Антигенная структура различных форм пероксидазы хрена тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.15, кандидат химических наук Игнатенко, Ольга Витальевна

• Игнатенко, Ольга Витальевна
• кандидат химических наук
• 2001

Оглавление диссертации кандидат химических наук Игнатенко, Ольга Витальевна

СОДЕРЖАНИЕ.

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ.Л

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Глава 1. МОЛЕКУЛЯРНЫЕ ОСНОВЫ ИММУННОГО РАСПОЗНАВАНИЯ.

1.1. Краткая характеристика строения антител и их свойства.

1.2. Антигенные детерминанты белков.

1.3. Кинетические и термодинамические характеристики взаимодействия белка с антителом.

1.4. Моделирование механизма связывания антитела с антигеном.

Глава 2. КАРТИРОВАНИЕ АНТИГЕННЫХ ДЕТЕРМИНАНТ.

2.1. Определение антигенных детерминант нативного белка на основании данных о структуре комплексов антиген-антитело.

2.2. Иммунологическое определение антигенных детерминант.

Глава 3. ОБЩИЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ О СТРУКТУРЕ ПЕРОКСИДАЗЫХРЕНА

3.1 Общая характеристика пероксидаз.

3.2. Структура изофермента С пероксидазы хрена.

3.3. Иммунохимические свойства пероксидазы и других. гемсодержащих белков.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

Глава 4. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ.

4.1. Реагенты и оборудование.

4.2. Методы исследований.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ.

Глава 5. СРАВНИТЕЛЬНОЕ ИЗУЧЕНИЕ ИММУНОГЕННОСТИХОЛО-, АПО

И РЕКОМБИНАНТНОЙ ПЕРОКСИДАЗЫ ХРЕНА.

Глава 6. ИЗУЧЕНИЕ ОСОБЕННОСТЕЙ АНТИГЕННОЙ СТРУКТУРЫ РАЗЛИЧНЫХ ФОРМ ПЕРОКСИДАЗЫ.

6.1. Сравнительный анализ идентичности антигенных структур холо- и апо-пероксидазы методом двойной иммунодиффузии в агаре по Ухтерлони.

6.2. Исследование различий линейных антигенных детерминантах холо- и апо-пероксидазы методом PEPSCAN.

6.3. Анализ расположения линейных антигенных детерминант холо- и апо-пероксидазы в структуре молекулы.

Глава 7. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МОНОКЛОНАЛЬНЫХ АНТИТЕЛ ДЛЯ ХАРАКТЕРИСТИКИ АНТИГЕННЫХ СВОЙСТВ ПЕРОКСИДАЗЫХРЕНА.

7.1. Определение специфичности моноклональных антител методом конкурентного ИФА.

7.2. Связывание моноклональных антител с различными пероксидазами и их модифицированными формами.

7.3. Локализация линейных антигенных детерминант для моноклональных антител и анализ их пространственного расположения в структуре молекулы пероксидазы.

7.4. Определение констант комплексообразования моноклональных антител с нативной и рекомбинантной пероксидазой.

Глава 8. ВЛИЯНИЕ АНТИТЕЛ НА КАТАЛИТИЧЕСКУЮ АКТИВНОСТЬ И СТАБИЛЬНОСТЬ ПЕРОКСИДАЗЫ ХРЕНА.

8.1. Влияние моноклональных антител на каталитическую активность различных форм пероксидазы хрена.

8.2. Изучение стабильности нативной и рекомбинантной пероксидазы в комплексе с антителами.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Антигенная структура различных форм пероксидазы хрена»

Необходимым этапом исследования механизмов биохимических процессов, происходящих с участием белков, является установление их структуры. Большой прогресс, достигнутый в этой области в последнее время, в значительной степени обусловлен совершенствованием экспериментальных подходов. Основным методом, который в настоящее время позволяет получить детальную информацию о пространственной организации белковых молекул, является рентгеноструктурный анализ (PCА). Однако этот метод достаточно дорогостоящий и не всегда применим, так как связан с необходимостью получения регулярных кристаллов белков или белковых комплексов, что не всегда возможно экспериментально. Существует ряд физико-химических методов, позволяющих оценить форму, размеры, ассиметричность молекул или детально исследовать строение только небольшой части макромолекулы. Часто необходимо контролировать конформационные изменения, происходящие, например, при денатурации, модификации и фолдинге белковых молекул. Для этих целей помимо традиционных физико-химических методов можно использовать иммунологические методы, основанные на способности иммунной системы распознавать определенные элементы структуры чужеродных молекул, вырабатывая на них специфические антитела. Участки полипептидной цепи белковых молекул, на которые в процессе иммунного ответа вырабатываются специфические антитела и с которыми непосредственно связываются Fab-фрагменты антител, называются антигенными детерминантами, или эпитопами. Информация о химической и конформационной структуре антигенных детерминант дает возможность изучать природу антигенности и имуногенности, динамическую подвижность белковых молекул, конформационные изменения, происходящие в поверхностной структуре белков. Существует множество экспериментальных подходов, которые применяются для характеристики антигенных детерминант [1-5]. Одним из наиболее используемых является метод пептидного сканирования (PEPSCAN) первичной аминокислотной последовательности белков с использованием поликлональных и моноклональных антител, в котором применяются новейшие достижения в области твердофазного пептидного синтеза, а также метод иммуноферментного анализа [6;7]. Очевидно, что данный метод позволяет локализовать лишь линейные антигенные детерминанты, которые представляют собой непрерывные участки полипепетидной цепи. Однако подавляющую часть наблюдаемых антигенных детерминант составляют конформационные антигенные детерминанты. Поэтому исследование антигенной структуры белков только методом PEPSCAN не позволяет получить полную информацию об антигенной структуре белка. Для локализации антигенных детерминант изучают взаимодействие антител как с целым белком, так и с его фрагментами, либо модифицированными формами. Необходимо отметить, что в настоящее время не существует систематических подходов для исчерпывающего определения конформационных антигенных детерминант.

В работе изучалась антигенная структура различных форм изофермента С пероксидазы хрена. Этот фермент относится к гемсодержащим гликопротеинам и является наиболее охарактеризованным из суперсемейства растительных пероксидаз, известна его третичная структура, установленная методом РСА. Поэтому на примере взаимодействия пероксидазы хрена со специфическими антителами можно проанализировать возможности применения иммунологических методов для выявления особенностей третичной структуры белков. Поиск антител, комплексообразование с которыми влияет на ферментативную активность и стабильность фермента, важно и с практической точки зрения, поскольку пероксидаза хрена широко используется в методах аналитической биохимии и иммунохимии. В качестве объектов исследования использовались: нативная пероксидаза в холо- и апо-формах и рекомбинантная (дегликозилированная) пероксидаза, экспрессированная в клетках E-coli. Следует отметить, что получаемый методами генетической инженерии белок пероксидазы хрена не содержит в себе гема, т.е. находится с апо-форме. Встраивание гема в рекомбинантный белок представляет собой сложный процесс, и одним их возможных объяснений этого явления может быть определенное различие в третичной структуре апо- и холо-форм фермента. Информация об антигенных детерминантах холо- и апо-форм может оказать значительную помощь для установления этих различий, что важно для контроля процесса фолдинга при получении рекомбинантного белка. Существование конформационных различий в структурах нативного и рекомбинантного белков можно выявить по различию в антигенных детерминантах этих форм. Рекомбинантная пероксидаза не содержит углеводных остатков, поэтому сравнительное изучение иммуногенности нативной и рекомбинантной пероксидаз может прояснить роль углеводов в формировании иммунного ответа. Антитела, распознающие различные эпитопы фермента могут применяться для ориентированной иммобилизации пероксидазы на различных поверхностях, для модуляции каталитической активности и стабильности фермента.

Целью данной работы являлось изучение иммуногенности и антигенной структуры различных форм пероксидазы хрена с использованием поликлональных и моноклональных антител. Для достижения поставленной цели было необходимо решить следующие задачи:

1. Получить поликлональные антисыворотки против холо-, апо- и рекомбинантных форм пероксидазы хрена и изучить их иммунохимические свойства.

2. С помощью полученных поликлональных антител исследовать особенности антигенной структуры нативной и рекомбинантной пероксидазы хрена в холо- и апо-формах.

3. Определить линейные антигенные детерминанты различных форм пероксидазы методом пептидного сканирования (PEPSCAN) и проанализировать их расположение в структуре молекулы.

4. Охарактеризировать специфичность различных моноклональных антител, направленных к щелочным изоферментам пероксидазы хрена, исследуя их взаимодействие с нативными и модифицированными формами пероксидазы хрена.

5. Изучить влияние комплексообразования пероксидазы хрена с поликлональными и моноклональными антителами на каталитическую активность и стабильность фермента.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Катализ», Игнатенко, Ольга Витальевна

выводы

1. Установлено, что гликозилированная пероксидаза хрена является более иммуногенной по сравнению с рекомбинантной (негликозилированной) пероксидазой. Показано, что углеводные остатки усиливают иммунный ответ на близко расположенные участки полипептидной цепи.

2. Методом пептидного сканирования определены линейные антигенные детерминанты холо-, апо- и рекомбинантной форм пероксидазы хрена. Установлены три иммунодоминантных области, включающие 10 линейных антигенных детерминант и 6 одиночных линейных эпитопов, характерных для всех форм пероксидазы.

3. Установлена более высокая иммуногенность апо-пероксидазы по сравнению с холо-пероксидазой. Показано, что удаление гема сопровождается появлением новых линейных антигенных детерминант, характерных только для апо-белка и расположенных как вблизи активного центра, так и в удаленных от него участках молекулы.

4. По данным конкурентного анализа и взаимодействию с различными формами нативной и модифицированной пероксидазы моноклональные антитела 8 типов были разделены на три группы. Антитела I и II группы взаимодействуют с эпитопами, образованными элементами третичной структуры, их связывание ухудшается при удалении гема и частичной денатурации пероксидазы. Антитела III группы направлены против эпитопов, образованных элементами первичной и вторичной структуры. Локализованы линейные антигенные детерминанты для антител третьей группы РО1 и 36Fg, образованных аминокислотными остатками 261-268 и 271-277.

5. Определены константы комплексообразования трех групп моноклональных антител с нативной и рекомбинантной пероксидазой. Установлено, что константы комплексообразования антител I группы с нативной пероксидазой в 30-50 раз больше, чем с рекомбинантной. Это свидетельствует о некоторых различиях в третичной структуре нативной и рекомбинантной пероксидазы в области связывания данных антител.

Значения констант комплексообразования III группы с нативной и рекомбинантной пероксидазой существенной не различались.

6. Установлено увеличение каталитической активности пероксидазы в присутствии моноклональных антител. Показано, что образование комплексов с антителами сопровождается увеличением максимальной скорости ферментативной реакции, но не влияет на связывание субстрата. Изучено влияние моноклональных антител на стабильность пероксидазы в реакции окисления фенолов пероксидом водорода. Комплексообразование с антителами I группы оказывает наибольшее положительное влияние на операционную стабильность фермента, предохраняя ее от инактивации феноксильными радикалами.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Игнатенко, Ольга Витальевна, 2001 год

1. Amit,A.G., Mariuzza,R.A., Phillips,S.E., & PoIjak,R.J. (1986) Three-dimensional structure of an antigen-antibody complex at 2.8 A resolution. Science, 233, 747-753.

2. Atassi,M.Z. (1984) Antigenic structures of proteins. Their determination has revealed important aspects of immune recognition and generated strategies for synthetic mimicking of protein binding sites. Eur. J. Biochem, 145, 1-20.

3. Meloen,R.H. & Barteling,S.J. (1986) Epitope mapping of the outer structural protein VP1 of three different serotypes of foot-and-mouth disease virus. Virology, 149, 5563.

4. Padlan,E.A., Silverton,E.W., Sheriff,S., Cohen,G.H., Smith-Gill,S.J., & Davies,D.R. (1989) Structure of an antibody-antigen complex: crystal structure of the HyHEL-10 Fab-lysozyme complex. Proc Natl Acad Sci U. S. A, 86, 5938-5942.

5. Van Regenmortel,M.H. & Daney,d.M. (1988) An assessment of prediction methods for locating continuous epitopes in proteins. Immunol Lett., 17, 95-107.

6. Geysen,H.M., Rodda,S.J., Mason,T.J., Tribbick,G., & Schoofs,P.G. (1987) Strategies for epitope analysis using peptide synthesis. J. Immunol Methods, 102, 259-274.

7. Getzoff,E.D., Geysen,H.M., Rodda,S.J., Alexander,H., TainerJ.A., & Lerner,R.A. (1987) Mechanisms of antibody binding to a protein . Science, 235, 1191-1196.

8. Van Regenmortel,M.H. (1989) Structural and functional approaches to the study of protein antigenicity. Immunol Today, 10,266-272.

9. Ройт А. Основы иммунологии. Мир, Москва, 1991.

10. Pellequer,J.L., Westhof,E., & Van Regenmortel,M.H. (1991) Predicting location of continuous epitopes in proteins from their primary structures. Methods Enzymol., 203, 176-201.

11. Green,N., Alexander,H., Olson,A., Alexanders., Shinnick,T.M., Sutcliffe,J.G., & Lerner,R.A. (1982) Immunogenic structure of the influenza virus hemagglutinin. Cell, 28, 477-487.

12. KohIer,G. & Milstein,C. (1975) Continuous cultures of fused cells secreting antibody of predefined specificity. Nature, 256,495-497.

13. Глинн Л., Стюард M. Структура и функции антител, Москва, Мир, 1983.

14. Албертс Б., Брей Д., Льюис Дж., Рефф М., Роберте К., & Уотсон Дж. Молекулярная биология клетки, в 3-х томах. Москва, Мир, 1994.

15. Sela,M. (1966) Immunological studies with synthetic polypeptides. Adv. Immunol, 5, 29-129.

16. Van Regenmortel,M.H. (1989) The concept and operational definition of protein epitopes. Philos. Trans. R. Soc. bond В Biol Sci, 323, 451-466.

17. Barlow,D.J., Edwards,M.S., & Thornton,J.M. (1986) Continuous and discontinuous protein antigenic determinants. Nature, 322, 747-748.

18. Saad,B? Corradin,G., & Bosshard,H.R. (1988) Monoclonal antibody recognizes a conformational epitope in a random coil protein. Eur. J. Biochem, 178, 219-224.

19. Arnon,R. (1991) Synthetic peptides as the basis for vaccine design. Mol Immunol, 28, 209-215.

20. Laver,W.G., Air,G.M., Webster,R.G., & Smith-Gill,S.J. (1990) Epitopes on protein antigens: misconceptions and realities. Cell, 61, 553-556.

21. Jemmerson,R. (1987) Antigenicity and native structure of globular proteins: low frequency of peptide reactive antibodies. Proc Natl Acad Sci U. S. A, 84, 9180-9184.

22. Anderer F.A & Schlumberger H.D. (1965) Properties of different artificial antigens immunologically related to tobacco mosaic virus. Biochim. Biophis. Acta, 97, 503509.

23. Parry,N.R., Syred,A., Rowlands,D J., & Brown,F. (1988) A high proportion of anti-peptide antibodies recognize foot-and-mouth disease virus particles. Immunology, 64, 567-572.

24. Goldberg,M.E. (1991) Investigating protein conformation, dynamics and folding with monoclonal antibodies. Trends Biochem Sci, 16, 358-362.

25. Шульц Г. & Ширмер Р. Принципы структурной организации белков. Москва, Мир, 1982.

26. Quesniaux,V.F., Schmitter,D., Schreier,M.H., & Van Regenmortel,M.H. (1990) Monoclonal antibodies to cyclosporin are representative of the major antibody populations present in antisera of immunized mice. Mol Immunol, 27, 227-236.

27. Ripoll,D.R. (1992) Conformational study of a peptide epitope shows large preferences for beta-turn conformations. Int. J. Pept. Protein Res, 40, 575-581.

28. Davies,D.R., Sheriff,S., & Padlan,E.A. (1988) Antibody-antigen complexes. J. Biol Chem., 263, 10541-10544.

29. Edmundson,A.B., Harris,D.L., Tribbick,G., & Geysen,H.M. (1991) Binding of peptides to proteins: an exercise in molecular design. Ciba Found. Symp., 158, 213225.

30. Stanfield,R.L., Fieser,T.M., Lerner,R.A., & Wilson,I.A. (1990) Crystal structures of an antibody to a peptide and its complex with peptide antigen at 2.8 A. Science, 248, 712-719.

31. Dyson,H.J., Lerner,R.A., & Wright,P.E. (1988) The physical basis for induction of protein-reactive antipeptide antibodies. Annu. Rev. Biophys Biophys Chem., 17, 305324.

32. Mariuzza,R.A., Phillips,S.E., & Poljak,RJ. (1987) The structural basis of antigen-antibody recognition. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem., 16,139-159.

33. Lando,G., Berzofsky,J.A., & Reichlin,M. (1982) Antigenic structure of sperm whale myoglobin. I. Partition of specificities between antibodies reactive with peptides and native protein. J. Immunol., 129, 206-211.

34. Altschuh,D., A1 Moudallal,Z., Briand,J.P., & Van Regenmortel,M.H. (1985) Immunochemical studies of tobacco mosaic virus—VI. Attempts to localize viral epitopes with monoclonal antibodies. Mol. Immunol., 22, 329-337.

35. Colman,P.M., Varghese,J.N., & Laver,W.G. (1983) Structure of the catalytic and antigenic sites in influenza virus neuraminidase. Nature, 303,41-44.

36. BerzofskyJ.A., Buckenmeyer,G.K., Hicks,G., Gurd,F.R., Feldmann,R.J., & Minna,J. (1982) Topographic antigenic determinants recognized by monoclonal antibodies to sperm whale myoglobin. J. Biol Chem., 257, 3189-3198.

37. Berzofsky,J.A., Hicks,G., Fedorko,J., & Minna, J. (1980) Properties of monoclonal antibodies specific for determinants of a protein antigen, myoglobin. J. Biol. Chem., 255, 11188-11191.

38. Colman,P.M., Laver,W.G., Varghese,J.N., Baker,A.T., Tulloch,P.A., Air,G.M., & Webster,R.G. (1987) Three-dimensional structure of a complex of antibody with influenza virus neuraminidase. Nature, 326, 358-363.

39. Sheriff,S., Silverton,E.W., Padlan,E.A., Cohen,G.H., Smith-Gill,S.J., Finzel,B.C„ & Davies,D.R. (1987) Three-dimensional structure of an antibody-antigen complex. Proc Natl Acad Sci U. S. A, 84, 8075-8079.

40. Cygler,M., Rose,D.R., & Bundle,D.R. (1991) Recognition of a cell-surface oligosaccharide of pathogenic Salmonella by an antibody Fab fragment. Science, 253, 442-445.

41. Berzofsky,J.A. (1985) Intrinsic and extrinsic factors in protein antigenic structure. Science, 229, 932-940.

42. Novotny,J., Bruccoleri,R.E., & Saul,F.A. (1989) On the attribution of binding energy in antigen-antibody complexes McPC 603, D1.3, and HyHEL-5. Biochemistry, 28, 4735-4749.

43. Briggs,S., Price,M.R., & Tendler,S.J. (1993) Fine specificity of antibody recognition of carcinoma-associated epithelial mucins: antibody binding to synthetic peptide epitopes. Eur. J. Cancer, 29A, 230-237.

44. Geysen,H.M., Mason,T. J., & Rodda,S.J. (1988) Cognitive features of continuous antigenic determinants. J. Mol Recognit., 1, 32-41.

45. Schoofs,P.G., Geysen,H.M., Jackson,D.C., Brown,L.E., Tang,X.L., & White,D.O. (1988) Epitopes of an influenza viral peptide recognized by antibody at single amino acid resolution. J. Immunol, 140, 611-616.

46. Thornton,J.M., Edwards,M.S., Taylor,W.R., & Barlow,D.J. (1986) Location of 'continuous' antigenic determinants in the protruding regions of proteins. EMBOJ., 5, 409-413.

47. Lee,B. & Richards,F.M. (1971) The interpretation of protein structures: estimation of static accessibility. J. Mol Biol, 55, 379-400.

48. Geysen,H.M., Tainer,J.A., Rodda,S.J., Mason,T.J., Alexander,H., Getzoff,E.D., & Lerner,R.A. (1987) Chemistry of antibody binding to a protein. Science, 235, 11841190.

49. Tainer,J.A., Getzoff,E.D., Paterson,Y., Olson,A.J., & Lerner,R.A. (1985) The atomic mobility component of protein antigenicity. Annu. Rev. Immunol, 3, 501-535.

50. Westhof,E., Altschuh,D., Moras,D., Bloomer,A.C., Mondragon,A., Klug,A., & Van Regenmortel,M.H. (1984) Correlation between segmental mobility and the location of antigenic determinants in proteins. Nature, 311, 123-126.

51. Karplus,P.A. & Schulz,G.E. (1985) Naturwissenshften, 72, 212-213.

52. Hopp,T.P. & Woods,K.R. (1981) Prediction of protein antigenic determinants from amino acid sequences. Proc Natl Acad Sci U. S. A, 78, 3824-3828.

53. Cornette,J.L., Cease,K.B., Margalit,H., Spouge,J.L., Berzofsky,J.A., & DeLisi,C. (1987) Hydrophobicity scales and computational techniques for detecting amphipathic structures in proteins. J. Mol Biol, 195, 659-685.

54. Stern,P.S. (1991) Predicting antigenic sites on proteins. Trends Biotechnol., 9, 163169.

55. Atassi,M.Z. & Webster,R.G. (1983) Localization, synthesis, and activity of an antigenic site on influenza virus hemagglutinin. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 80, 840-844.

56. Worobec,E.A., Paranchych,W., Parker,J.M., Taneja,A.K., & Hodges,R.S. (1985) Antigen-antibody interaction. The immunodominant region of EDP208 pili. J. Biol. Chem., 260, 938-943.

57. Van Oss,C.J. (1995) Hydrophobic, hydrophilic and other interactions in epitope-paratope binding. Mol Immunol, 32, 199-211.

58. Ogiwara A, Uchiyama I., Seto Y., & Kanehisa M (1992) Construction of a dictionary of sequence motifs that characterize groups of related proteins. Prot. Engineering, 5, 479-488.

59. Neidhart D.J., Kenyon G.L., Gerlt J.A., & Petsko G.A. (1990) Mandelate racemase and muconate lactonizing enzyme are mechanistically distinct and structurally homologous. Nature, 347,692-694.

60. Wang,J.G., Jansen,R.W., Brown,E-A., & Lemon,S.M. (1990) Immunogenic domains of hepatitis delta virus antigen: peptide mapping of epitopes recognized by human and woodchuck antibodies. J. Virol., 64, 1108-1116.

61. MeIoen,R.H., Puyk,W.C., Meijer,D.J., Lankhof,H., Posthumus,W.P., & Schaaper,W.M. (1987) Antigenicity and immunogenicity of synthetic peptides of foot-and-mouth disease virus. J. Gen. Virol., 68 (Pt 2), 305-314.

62. Das,M.K. & Lindstrom,J. (1991) Epitope mapping of antibodies to acetylcholine receptor alpha subunits using peptides synthesized on polypropylene pegs. Biochemistry, 30,2470-2477.

63. Rose,G.D., Gierasch,L.M., & Smith,J. A. (1985) Turns in peptides and proteins. Adv. Protein Chem. , 37, 1-109.

64. Kyte,J. & Doolittle,R.F. (1982) A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J. Mol. Biol., 157, 105-132.

65. Chothia,C. (1976) The nature of the accessible and buried surfaces in proteins. J. Mol. Biol., 105,1-12.

66. Hopp,T.P. (1984) Protein antigen conformation: folding patterns and predictive algorithms; selection of antigenic and immunogenic peptides. Ann. Sclavo. Collana. Monogr, 1,47-60.

67. Welling,G.W., Weijer,W.J., van der,Z.R, & Welling-Wester,S. (1985) Prediction of sequential antigenic regions in proteins. FEBSLett., 188, 215-218.

68. Chou,P.Y. & Fasman,G.D. (1978) Prediction of the secondary structure of proteins from their amino acid sequence. Adv. Enzymol. Relat Areas Mol Biol, 47,45-148.

69. Levitt,M. (1976) A simplified representation of protein conformations for rapid simulation of protein folding. J. Mol. Biol, 104, 59-107.

70. Li,Y., Li,H., Smith-Gill,S.J., & Mariuzza,R.A. (2000) Three-dimensional structures of the free and antigen-bound Fab from monoclonal antilysozyme antibody HyHEL-63Q. Biochemistry, 39, 6296-6309.

71. Tulip,W.R., Varghese,J.N., Laver,W.G., Webster,R.G., & Colman,P.M. (1992)

72. Refined crystal structure of the influenza virus N9 neuraminidase-NC41 Fab complex. J.MolBiol, 227,122-148.

73. Janin,J. & Chothia,C. (1990) The structure of protein-protein recognition sites. J. Biol. Chem., 265, 16027-16030.

74. Berzofsky,J. A. & Schechter,A.N. (1981) The concepts of crossreactivity and specificity in immunology. Mol Immunol, 18, 751-763.

75. Smith D.S., Hassan M., & Nargessi R.D. (1984) Principles and Practice of Fluoroimmunoassay Procedures. In Modern Fluorescence Spectroscopy (Wehry E.Ag., ed), pp. 143-191. NY, AP.

76. Dandliker W.B., Schapiro H.C., Meduski J.W., Alonso R., Feigen G.A., & Hamrick J.R. (1964) Application of Fluorescence polarization to the antigen-antibody reaction. Theory and experimental method. Immunochemistry, 1,165-191.

77. Curochkin,I.N., Egorov,A.M., Gavrilova,E.M., Rubtsova,M.Yu., Cherednokova,T.V., & Severin,S.E. (1985) Study of monoclonal antibody-insulin interaction. Adv. Enzyme Regulation, 23, 377-386.

78. Фазекас де Сент-Грот С. Оценка качества антител и клеточных рецепторов, в книге: Методы исследования в иммунологии (ред. Лефковитс И., Пернис Б.), стр. 12-57, Москва, Мир, 1981

79. Steward,M.W. & Petty,R.E. (1972) The use of ammonium sulphate globulin precipitation for determination of affinity of anti-protein antibodies in mouse serum. Immunology, 22,747-756.

80. Farr,R.S. (1958) A quantitative immunochemical between I-BSA and antibody. J. Insect. Dis., 103,239-245.

81. Scatchard G. (1949) The attraction of proteins for small molecules and ions. Ann. N. Y. Acad. Sci., 51, 660-672.

82. Friguet,B., Chaffotte,A.F., Djavadi-Ohaniance,L., & Goldberg,M.E. (1985) Measurements of the true affinity constant in solution of antigen- antibody complexes by enzyme-linked immunosorbent assay. J. Immunol Methods, 77, 305-319.

83. Bobrovnik,S.A. (1999) Determination of antibody affinity using ELISA. Ukr. Biokhim. Zh„ 71, 90-102.

84. Tzartos,S J., Rand,D.E., Einarson,B.L., & Lindstrom,J.M. (1981) Mapping of surface structures of electrophorus acetylcholine receptor using monoclonal antibodies. J. Biol Chem., 256, 8635-8645.

85. Jemmerson,R. & Paterson,Y. (1986) Mapping epitopes on a protein antigen by the proteolysis of antigen- antibody complexes. Science, 232, 1001-1004.

86. Burnens,A., Demotz,S., Corradin,G., Binz,H., & Bosshard,H.R. (1987) Epitope mapping by chemical modification of free and antibody-bound protein antigen. Science, 235, 780-783.

87. Morris,G.E. (1989) Monoclonal antibody studies of creatine kinase. The ART epitope: evidence for an intermediate in protein folding. Biochem J., 257, 461-469.

88. Mazzoni,M.R., Malinski,J.A., & Hamm,H.E. (1991) Structural analysis of rod GTP-binding protein, Gt. Limited proteolytic digestion pattern of Gt with four proteases defines monoclonal antibody epitope. J. Biol Chem., 266, 14072-14081.

89. Zhao,Y. & Chalt,B.T. (1994) Protein epitope mapping by mass spectrometry. Anal. Chem., 66,3723-3726.

90. Frank R (1992) Sport-synthesis: an easy technique for the positionally addressable, parallel chemical synthesis on a membrane support. Tetrahedron, 48, 9217-9232.

91. Houghten,R.A., Pinilla,C., Blondelle,S.E., Appel,J.R., Dooley,C.T., & Cuervo,J.H.1991) Generation and use of synthetic peptide combinatorial libraries for basic research and drug discovery. Nature, 354, 84-86.

92. Scott,J.K. & Smith,G.P. (1990) Searching for peptide ligands with an epitope library. Science, 249, 386-390.

93. Alexander,H., Alexander,S., Getzoff,E.D., Tainer,J.A., Geysen,H.M., & Lerner,R.A.1992) Altering the antigenicity of proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 89, 33523356.

94. Wang,L., Hertzog,P.J., Galanis,M., Overall,M.L., Waine,GJ., & Linnane,A.W. (1994) Structure-function analysis of human IFN-alpha. Mapping of a conformational epitope by homologue scanning. J. Immunol., 152,705-715.

95. Braden,B.C., Souchon,H., Eisele,J.L., Bentley,G.A., Bhat,T.N., Navaza,J., & Poljak,R.J. (1994) Three-dimensional structures of the free and the antigen-complexed Fab from monoclonal anti-lysozyme antibody D44.1. J. Mol Biol, 243, 767-781.

96. Lescar,J., Souchon,H., & Alzari,P.M. (1994) Crystal structures of pheasant and guinea fowl egg-white lysozymes. Protein Sci, 3, 788-798.

97. Chitarra,V., Alzari,P.M., Bentley,G.A., Bhat,T.N., Eisele,J.L., Houdusse,A., Lescar,J., Souchon,H., & Poljak,R.J. (1993) Three-dimensional structure of a heteroclitic antigen-antibody cross- reaction complex. Proc Natl Acad Sci U, S. A, 90, 7711-7715.

98. Tulip,W.R., Harley,V.R., Webster,R.G., & Novotny,J. (1994) N9 neuraminidase complexes with antibodies NC41 and NC10: empirical free energy calculations capture specificity trends observed with mutant binding data. Biochemistry, 33, 7986-7997.

99. Liu,H., Smith,T.J., Lee,W.M., Mosser,A.G., Rueckert,R.R., Olson,N.H., Cheng,R.H., & Baker,T.S. (1994) Structure determination of an Fab fragment that neutralizes human rhinovirus 14 and analysis of the Fab-virus complex. J. Mol Biol, 240, 127137.

100. Ghiara,J.B., Stura,E.A., Stanfield,R.L., Profy,A.T., & Wilson,I.A. (1994) Crystal structure of the principal neutralization site of HIV-1. Science, 264, 82-85.

101. Shoham,M. (1993) Crystal structure of an anticholera toxin peptide complex at 2.3 A. J. Mol Biol, 232, 1169-1175.

102. Tormo,J., Blaas,D., Parry,N.R., Rowlands,D., Stuart,D., & Fita,I. (1994) Crystal structure of a human rhinovirus neutralizing antibody complexed with a peptide derived from viral capsid protein VP2. EMBOJ., 13,2247-2256.

103. Wien,M.W., Filman,D.J., Stura,E.A., Guillot,S., Delpeyroux,F., Crainic,R., & Hogle,J.M. (1995) Structure of the complex between the Fab fragment of a neutralizing antibody for type 1 poliovirus and its viral epitope. Nat. Struct. Biol, 2, 232-243.

104. Saul,F. A. & Alzari,P.M. (1996) Crystallographic studies of antigen-antibody interactions. Methods Mol. Biol, 66, 11-23.

105. Иммуноферментный анализ под ред. Нго Т. и Ленхофф Г., Москва, Мир, 1988.

106. Milich,D.R. (1989) Synthetic Т and В cell recognition sites: implications for vaccine development. Adv. Immunol, 45, 195-282.

107. Milich,D.R. (1989) Molecular and genetic aspects of the immune responses to hepatitis В viral antigens. Adv. Exp. Med. Biol, 257, 115-133.

108. Wilson,J.E. & Smith,A.D. (1984) A gel electrophoresis method for epitope mapping studies with monoclonal antibodies. Anal. Biochem, 143, 179-187.

109. Fields,G.B. & Noble,R.L. (1990) Solid phase peptide synthesis utilizing 9-fluorenylmethoxycarbonyl amino acids. Int. J. Pept. Protein Res., 35, 161-214.

110. Geysen,H.M., Meloen,R.H., & Barteling,S.J. (1984) Use of peptide synthesis to probe viral antigens for epitopes to a resolution of a single amino acid. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 81, 3998-4002.

111. Fodor,S.P., Read,J.L., Pirrung,M.C., Stryer,L., Lu,A.T., & Solas,D. (1991) Light-directed, spatially addressable parallel chemical synthesis. Science, 251, 767-773.

112. Frank,R. & Doring,R. (1988) Simultaneous Multiple Peptide Synthesis under Continuous Flow Conditions on Cellulose Paper Discs as Segmental Solid Supports. Tetrahedron, 44,6031-6040.

113. Frank,R. & Overwin,H. (1996) SPOT synthesis. Epitope analysis with arrays of synthetic peptides prepared on cellulose membranes. Methods Mol. Biol., 66, 149169.

114. Reineke,U., Kramer,A., & Schneider-Mergener,J. (1999) Antigen sequence- and library-based mapping of linear and discontinuous protein-protein-interaction sites by spot synthesis. Curr. Top. Microbiol. Immunol., 243, 23-36.

115. Ackers,G.K. & Smith,F.R. (1985) Effects of site-specific amino acid modification on protein interactions and biological function. Annu. Rev. Biochem., 54, 597-629.

116. Kaiser,E.T., Lawrence,D.S., & Rokita,S.E. (1985) The chemical modification of enzymatic specificity. Annu. Rev. Biochem, 54, 565-595.

117. Thomas,A.A., Woortmeijer,R.J., Puijk,W., & Barteling,S.J. (1988) Antigenic sites on foot-and-mouth disease virus type A10. J. Virol., 62,2782-2789.

118. McKeating,J.A., Gow,J., Goudsmit,J., Pearl,L.H., Mulder,C., & Weiss,R.A. (1989) Characterization of HIV-1 neutralization escape mutants. AIDS, 3, 777-784.

119. Parry,N., Fox,G., Rowlands,D., Brown,F., Fry,E., Acharya,R., Logan,D., & Stuart,D. (1990) Structural and serological evidence for a novel mechanism of antigenic variation in foot-and-mouth disease virus. Nature, 347, 569-572.

120. Houghten,R.A. (1985) General method for the rapid solid-phase synthesis of large numbers of peptides: specificity of antigen-antibody interaction at the level of individual amino acids. Proc Natl Acad Sci U. S. A, 82, 5131-5135.

121. Bottger,V. & Lane,E.B. (1994) A monoclonal antibody epitope on keratin 8 identified using a phage peptide library. J. Mol Biol, 235, 61-67.

122. Hoess,R.H., Mack,A.J., Walton,H., & Reilly,T.M. (1994) Identification of a structural epitope by using a peptide library displayed on filamentous bacteriophage. J. Immunol, 153,724-729.

123. Lenstra,J.A., Kusters,J.G., & van der Zeijst,B.A. (1990) Mapping of viral epitopes with prokaryotic expression products. Arch. Virol., 110, 1-24.

124. Geysen,H.M., Barteling,S.J., & Meloen,R.H. (1985) Small peptides induce antibodies with a sequence and structural requirement for binding antigen comparable to antibodies raised against the native protein. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 82, 178182.

125. Carter, J.M. (1994) Epitope mapping of a protein using the Geysen (PEPSCAN) procedure. Methods Mol. Biol., 36, 207-223.

126. Wan,L. & van Huystee,R.B. (1994) Immunogenicity of the N-glycans of peanut peroxidase. Phytochemistry, 37, 933-940.

127. Ching,W.M., Wychowski,C., Beach,M.J., Wang,H., Davies,C.L., Carl,M.,

128. Bradley,D.W., Alter,H.J., Feinstone,S.M., & Shih,J.W. (1992) Interaction of immune sera with synthetic peptides corresponding to the structural protein region of hepatitis С virus. Proc Natl Acad Sci U. S. A, 89,3190-3194.

129. Uvarov,V.Y., Sotnichenko,A.I., Vodovozova,E.L., Molotkovsky,J.G., Kolesanova,E.F., Lyulkin,Y.A., Stier,A., Krueger,V., & Archakov,A.I. (1994) Determination of membrane-bound fragments of cytochrome P-450 2B4. Eur. J. Biochem, 222, 483-489.

130. Schwab,C., Twardek,A., Lo,T.P., Brayer,G.D., & Bosshard,H.R. (1993) Mapping antibody binding sites on cytochrome с with synthetic peptides: are results representative of the antigenic structure of proteins? Protein Sci, 2, 175-182.

131. Subramanian,S. & Adiga,P.R. (1998) Identification and mapping of linear antigenic determinants of chicken riboflavin carrier protein. Biochim. Biophys. Acta, 1429, 7482.

132. Williams,S.C., Badley,R.A., Davis,P.J., Puijk,W.C., & Meloen,R.H. (1998) Identification of epitopes within beta lactoglobulin recognised by polyclonal antibodies using phage display and PEPSCAN. J. Immunol. Methods, 213,1-17.

133. Welinder,K.G. & Gajhede,M. (1993) Structure and Evolution of Peroxidases. In Plant Peroxidases Biochemistry and Physiology (Welinder,K.G., Rasmussen,S.K., Penel,C., & Greppin,H., eds), pp. 35-42. University of Geneva, Geneva.

134. Welinder,K.G. (1979) Amino Acid Sequence Studies of Horseradish Peroxidase. Eur. J. Biochem., 96,483-502.

135. Welinder,K.G. (1976) Covalent structure of the glycoprotein horseradish peroxidase (EC 1.11.1.7). FEBS Lett., 72, 19-23.

136. Gajhede,M., Schuller,D.J., Henriksen,A., Smith,A.T., & Poulos,T.L. (1997) Crystal structure of horseradish peroxidase С at 2.15 A resolution. Nat. Struct. Biol, 4, 10321038.

137. Smulevich,G., English,A.M., Mantini,A.R., & Marzocchi,M.P. (1991) Resonance Raman investigation of ferric iron in horseradish peroxidase and its aromatic donor complexes at room and low temperatures. Biochemistry, 30,772-779.

138. Pappa,H.S. & Cass,A.E. (1993) A step towards understanding the folding mechanism of horseradish peroxidase. Tryptophan fluorescence and circular dichroism equilibrium studies. Eur. J. Biochem, 212, 227-235.

139. Shiro,Y., Kurono,M., & Morishima,I. (1986) Presence of endogenous calcium ion and its functional and structural regulation in horseradish peroxidase. J. Biol. Chem., 261, 9382-9390.

140. Poulos,T.L., Freer,S.T., Alden,R.A., Edwards,S.L., Skogland,U., Takio,K., Eriksson,В., Xuong,N., Yonetani,T., & Kraut,J. (1980) The crystal structure of cytochrome с peroxidase. J. Biol. Chem., 255, 575-580.

141. Patterson,W.R. & Poulos,T.L. (1995) Crystal structure of recombinant pea cytosolic ascorbate peroxidase. Biochemistry, 34, 4331-4341.

142. Poulos,T.L., Edwards,S.L., Wariishi,H., & Gold,M.H. (1993) Crystallographic refinement of lignin peroxidase at 2 A. J. Biol. Chem., 268, 4429-4440.

143. Straus,W. (1968) Cytochemical detection of sites of antibody to horseradish peroxidase in spleen and lymph nodes. J. Histochem. Cytochem., 16, 237-248.

144. Marucci,A.A. (1973) Inhibition of horse radish peroxidase by specific antisera. Immunochemistry, 10,278-280.

145. Conroy JM & Marucci AA (1976) Immunochemical studies of horseradish peroxidase. Factors affecting the inhibition of enzyme activity by specific antibody. Immunochemistry, 13, 599-603.

146. Tipton,D.A., Walker,W.S., & Schonbaum,G.R. (1990) Epitope mapping of horseradish peroxidase with use of monoclonal antibodies. Hybridoma, 9, 319-330.

147. Hu,C.F. & van Huystee,R.B. (1988) Characterization of epitopes on the cationic peanut peroxidase by four monoclonal antibodies. Biochem. Biophys. Res. Commun., 156, 500-505.

148. Ким Б.Б. Физико-химические закономерности взаимодействия пероксидазы хрена с поликлональными и моноклональными антителами. Диссертация на соискание ученой степени канд. хим. наук. 1990, Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова.

149. Kim,I.C., Nolla,H., & Priola,S. (1987) Characterization of monoclonal antibodies to cytochrome c: analysis of the antigenic structure of. Biochem. Cell Biol, 65, 783-789.

150. Leder,L. & Bosshard,H.R. (1994) Immunoreactivity of cytochrome c: antibodies to horse cytochrome с distinguish between sequence-related cytochromes only at the level of the 3-D-structure. Biochimie, 76,465-470.

151. Чередникова T.B., Аммосова Т.Н., Титова Н.А., & Егоров A.M. (1994) Биотехнология, 2, 12-15.

152. Frew,J.E. & Jones,P.L. (1984) Structure and Functional Properties of Peroxidases and Catalases. Advances in Inorganic and Bioinorganic Mechanisms, 3, 175-212.

153. George,P. (1953) The Chemical Nature of the Second Hydrogen Peroxide Compound Formed by Cytochrome С Peroxide and Horseradish Peroxidase. Biochem. J., 55, 267271.

154. Arnao,M.B., Acosta,M., del Rio,J.A., & Garcia-Canovas,F. (1990) Inactivation of peroxidase by hydrogen peroxide and its protection by a reductant agent. Biochim. Biophys. Acta, 1038, 85-89.

155. Yonetani,T. (1967) Studies on cytochrome с peroxidase. X. Crystalline apo-and reconstituted holoenzymes. J. Biol Chem., 242, 5008-5013.

156. Homan W.L., van Kalshoven H, Kolk A.H.J, Musgrave A., Schuring F., & van den Ende H. (1987) Planta, 170, 328-335.

157. Kalb V.F. & Bernlohr R.W. (\911)Anal. Biochem., 82, 362-371.

158. Nakane,P.K. & Kawaoi,A. (1974) Peroxidase-Labeled Antibody a new Method of Conjugation.,/ Histochem. Cytochem., 22, 1084-1091.

159. Ouchterlony О (1967) Immunodiffusion and Immunoelectrophoresis. In Handbook of Experimental Immunology (Weir D.M., ed), Blackwell Schientific Publications, Oxford and Edinburgh.

160. Elbein,A.D. (1991) The role of N-linked oligosaccharides in glycoprotein function. Trends Biotechnol., 9, 346-352.

161. Kobata,A. (1992) Structures and functions of the sugar chains of glycoproteins. Eur. J. Biochem., 209,483-501.

162. Lis,H. & Sharon,N. (1993) Protein glycosylation. Structural and functional aspects. Eur. J. Biochem., 218, 1-27.

163. Rudd,P.M. & Dwek,R.A. (1997) Glycosylation: heterogeneity and the 3D structure of proteins. CritRev. Biochem. Mol. Biol., 32, 1-100.

164. Dwek,R.A. (1998) Biological importance of glycosylation. Dev. Biol. Stand., 96,4347.

165. Van den,S.P., Rudd,P.M., Proost,P., Martens,E., Paemen,L., Kuster,B., van Damme,J., Dwek,R.A., & Opdenakker,G. (1998) Oligosaccharides of recombinant mouse gelatinase В variants. Biochim. Biophys. Acta, 1425, 587-598.

166. Tams,J.W. & Welinder,K.G. (1998) Glycosylation and thermodynamic versus kinetic stability of horseradish peroxidase. FEBS Lett., 421,234-236.

167. Chang,С.Т., Wu,C.S., & Yang,J.T. (1978) Circular dichroic analysis of protein conformation: inclusion of the beta-turns. Anal. Biochem., 91, 13-31.

168. Урбах В.Ю. Статистический анализ в биологических и медицинских исследованиях. Москва, Медицина, 1975.

169. Максютов А.З. & Загребельный С.Н. Антигенные детерминанты белков. Гуморальный ответ. Молекулярная биология, 1993, т. 27, с. 980-991.

170. Woodward,М.Р., Young,W.W., & Bloodgood,R.A. (1985) Detection of monoclonal antibodies specific for carbohydrate epitopes using periodate oxidation. J. Immunol Methods, 78, 143-153.

171. Chattopadhyay К & Mazumdar S. Structural and conformational stability of horseradish peroxidase: effect of temperature and pH. 391., 263-270. 2000. Ref Type: Generic

172. Whitehead,T.P., Thorpe,G.H.G., Carter,T.J.N., Groucutt,C., & Kricka,L.J. (1983) Enhanced Luminescence Procedure for Sensitive Determination of Peroxidase-Labelled Conjugates in Immunoassays. Nature, 305, 158-159.

173. Kricka,L.J. (1991) Chemiluminescent and bioluminescent techniques. Clin. Chem., 37, 1472-1481.

174. Kapeluich,Y.L., Rubtsova,M.Y., & Egorov,A.M. (1997) Enhanced chemiluminescence reaction applied to the study of horseradish peroxidase stability in the course of p-iodophenol oxidation. J. Biolumin. Chemilumin., 12, 299-308.