Взаимосвязь положения в ядре и функциональной регуляции генов и трансгенов в интерфазных ядрах Drosophila Melanogaster и культивируемых клеток млекопитающих тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Федорова, Елена Михайловна

• Федорова, Елена Михайловна
• кандидат биологических наук
• 2008

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Федорова, Елена Михайловна

Введение

Список сокращений

1. Обзор литературы

1.1. Модификации гистонов, характерные для эухроматина и гетерохроматина

1.2. Регуляция транскрипционной активности белками PcG

1.3. Взаимодействия между PRE-элементами у Drosophila

1.4. Архитектура ядра и регуляция работы генов

2. Материалы и методы

2.1. Материалы

2.1.1. Химикалии, культуральные среды и добавки

2.1.2. Ферменты

2.1.3. Нуклеотиды, нуклеиновые кислоты и векторы

2.1.4. Антитела и конъюгаты

2.1.5. Красители и маркеры

2.1.6. Киты

2.1.7. Буферы и растворы

2.1.8. Микроскопы

2.1.9. Программы для обработки изображений

2.1.10. Линии мух Drosophila melanogaster

2.1.10.1. Мухи дикого типа

2.1.10.2. Трансгенные мухи

2.1.10.2.1. Трансгенные конструкции 5F3, 5F24 и 24F

2.1.10.2.2. Трансгенные линии мух

2.1.11. Линии клеток

2.1.11.1. Клетки Drosophila

2.1.11.2. Клетки человека

2.1.11.3. Клетки свиньи

2.1.11.3.1. Клетки свиней дикого типа (WT)

2.1.11.3.2. Клетки трансгенных свиней, имеющие лентивирусную конструкцию LV-PGK

2.1.11.3.3. Линии клеток трансгенных свиней

2.2. Методы 46 2.2.1. Клетки млекопитающих

2.2.1.1. Культура клеток млекопитающих in vitro

2.2.1.2. Посев клеток на покровные стекла

2.2.1.3. Фиксация клеток метанолом и уксусной кислотой

2.2.1.4. Фиксация клеток формальдегидом

2.2.1.5. Иммуноокрашивание клеток, фиксированных формальдегидом

2.2.1.6. Флуоресцентная in situ гибридизация (FISH)

2.2.1.6.1. Мечение проб

2.2.1.6.2. Ферментативная деградация ПЦР-меченых проб

2.2.1.6.3. Осаждение проб ДНК

2.2.1.6.4. Денатурация и гибридизация

2.2.1.6.5. Детекция

2.2.1.7. РНК-интерференция

2.2.1.8. Экспрессия CFTR в клетках HeLa

2.2.2. Клетки и ткани Drosophila melanogaster

2.2.2.1. Культура клеток Drosophila

2.2.2.2. Содержание мух Drosophila

2.2.2.3. Препарирование личиночных тканей Drosophila

2.2.2.4. Фиксация клеток формальдегидом

2.2.2.5. Иммуноокрашивание фиксированных формальдегидом клеток Кс

2.2.2.6. Иммуноокрашивание тканей Drosophila

2.2.2.7. Флуоресцентная in situ гибридизация (FISH)

2.2.2.7.1. Подготовка проб

2.2.2.7.2. Мечение проб

2.2.2.7.3. Эффективность мечения и специфичность проб

2.2.2.7.4. Осаждение проб

2.2.2.7.5. FISH на политенных хромосомах

2.2.2.7.6. FISH на тканях личинок

2.2.2.7.7. HMMyHoFISH на фрагментах тканей

2.2.2.7.7.1. ПротоколА

2.2.2.7.7.2. Протокол В

2.2.3. Анализ изображений

2.2.3.1. Анализ изображений ядер, фиксированных метанолом уксусной кислотой

2.2.3.2. Анализ изображений ядер, фиксированных формальдегидом

2.2.3.2.1. Измерение расстояний между двумя генами

2.2.3.2.2. Измерение расстояний между геном и ядерной ламиной хромоцентром

2.2.3.2.3. Коррекция расстояний

2.2.3.3. Анализ трехмерной организации фокусов белка Polycomb 69 3. Результаты 72 3.1. Локализация генов и трансгенов в интерфазных ядрах клеток личиночных тканей Drosophila melanogaster

3.1.1. Пространственная организация хроматина в ядрах Drosophila

3.1.2. Локализация генов и трансгенных конструкций в интерфазном ядре Drosophila

3.1.2.1. Неактивные гены

3.1.2.1.1. Abdominal-B (Abd-B)

3.1.2.1.2. Scalloped (sd)

3.1.2.1.3. Ultrabithorax (Ubx)

3.1.2.2. Локализация Fab-7-содержэщих трансгенов в ядре в разных состояниях активности 3.1.2.2.1. Локализация трансгена 5F24 в ядрах личинок Drosophila линии Р1\Л/

3.1.2.2.2. Локализация трансгена 5РЗ в ядрах личинок линии А-\Л/

3.1.2.2.3. Локализация трансгена 24Р6 в ядрах личинок линии Р1Р\Л/

3.1.2.3. Положение в ядре других PRE-элементов в их активном и неактивном состояниях

3.1.3. Существует ли физическое взаимодействие между гомологичными PRE-элементами?

3.1.3.1. Локализация эндогенной и трансгенной копий Fab-7 элемента относительно друг друга в ядрах клеток различных тканей личинок FLW

3.1.3.2. Эндогенная и трансгенная копии Fab-7 в ядрах личинок линии 5F24 25,2: влияет ли температура развития мух на предполагаемые взаимодействия?

3.1.3.3. Важна ли хромосомная локализация трансгенной копии Fab-7? Измерения расстояний между эндогенным и трансгенным Fab-7 элементами в ядрах клеток различных тканей личинок FLFW

3.1.4. Пространственное распределение белка Polycomb в интерфазных ядрах клеток различных личиночных тканей

3.1.4.1. Ассоциация эндогенных Pc-GFP-связывающих сайтов с активной формой RNAPIIser2 на поверхности хромоцентра

3.2. Локализация активных vs неактивных трансгенов LV-PGK в ядрах фибробластов трансгенных свиней (Sus scrofa scrofa)

3.2.1. Иммортализованные клетки

3.2.2. Первичные культуры клеток

3.2.3. Активация трансгена LV-PGK с помощью 5-азацитидина

3.2.4. Локализация активного трансгена LV-PGK в инфицированных клетках WT

3.3. Роль белка Трг в локализации гена CFTR в ядрах клеток HeLa

3.3.1. Влияние пост-транскрипционной инактивации белка Трг на локализацию CFTR в ядрах клеток HeLa

3.3.2. Отсутствие Трг приводит к перемещению CFTR, не вызывая его транскрипционной активации

4. Обсуждение

4.1. Локализация PRE-элемента Fab-7 в ядрах Drosophila melanogaster 4.1.1. Организация хромоцентра в ядрах различных типов клеток

Drosophila melanogaster 4.1.2. Пространственная организация эухроматиновых модификаций гистонов в интерфазных ядрах личиночных тканей Drosophila melanogaster

4.1.3. Расположение активных сайтов на поверхности хромоцентра

4.1.4. Локализация неактивных генов в ядрах личиночных тканей

Drosophila

4.1.5. Положение активных и неактивных Fab-7-содержэщих трансгенов в ядрах клеток личиночных тканей Drosophila

4.1.6. Есть ли физический контакт между гомологичными PRE-элементами в ядрах клеток личиночных тканей Drosophila?

4.1.6.1. Политенные vs обычные хромосомы, тип ткани и взаимодействия эндогенных и трансгенных Fab-7 элементов

4.1.6.2. Влияют ли положение на хромосоме и температура на взаимное расположение копий PRE-элемента Fab-7 в ядре?

4.1.7. Трехмерная ядерная организация Рс-связывающих сайтов у Drosophila: трудности интерпретации

4.2. Сайт интеграции и транскрипционная активность определяют ядерную локализацию трансгенов LV-PGK в клетках свиней

4.3. Белок Трг, ассоциированный с комплексами ядерных пор, принимает участие в периферической локализации неактивных генов в клетках человека

Выводы

Благодарности

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Взаимосвязь положения в ядре и функциональной регуляции генов и трансгенов в интерфазных ядрах Drosophila Melanogaster и культивируемых клеток млекопитающих»

Актуальность проблемы

Результаты многих исследований указывают на связь локализации генов в интерфазном ядре с их транскрипционной активностью. Ядерная периферия и гетерохроматин традиционно считаются репрессивными доменами, а внутренняя область ядра - районом активной транскрипции. Ассоциация неактивных генов с гетерохроматином была выявлена у Drosophila (Csink, Henikoff, 1996; Dernburg et al., 1996) и млекопитающих (Brown et al., 1997; Francastel et al., 1999). Репрессия генов на периферии ядра была обнаружена у дрожжей (Andrulis et al., 1998; Cockell, Gasser, 1999) и некоторых многоклеточных эукариот (Kosak et al., 2002; Zink et al., 2004; Pickersgill et al., 2006). Однако полученные недавно результаты показывают, что у дрожжей активные гены также могут занимать периферическое положение в ядре (Casolari et al., 2004; Casolari et al., 2005; Taddei et al., 2006). Отметим, что механизмы взаимодействия хроматина с белками ядерной ламины и ядерных поровых комплексов in vivo, а также механизм участия этих белков в репрессии генов у млекопитающих пока неясны. Представляется интересным исследовать, могут ли транскрипционно активные гены находиться на периферии ядра в ассоциации с ядерными поровыми комплексами (nuclear pore complex, NPC) у высших эукариот, таких как насекомые и млекопитающие.

Поддержание стабильно активного или репрессивного состояния многих генов у Drosophila и млекопитающих осуществляется при участии белков двух антагонистических групп: Polycomb (PcG) и trithorax (trxG) (Ringrose, Paro, 2007). Белки PcG и trxG осуществляют свои функции путем связывания с регуляторными последовательностями, называемыми Polycomb/Trithorax-group Response Elements (PREs/TREs, или PRE-элементами). Ряд фактов позволяет предполагать, что положение PRE-элементов в интерфазном ядре и, в частности, их эктопическая конъюгация могут играть важную роль в регуляции их функции (Bantignies et al., 2003; Grimaud et al., 2006; Vazquez et al., 2006), однако этот вопрос требует дальнейшего исследования.

Цели и задачи исследования

Целью исследования было изучение взаимосвязи между функциональным статусом генов и трансгенов и их локализацией в интерфазных ядрах Drosophila melanogaster и культивируемых клеток млекопитающих. Для достижения поставленной цели были сформулированы следующие задачи:

1. Провести сравнительный анализ ядерной локализации генов и трансгенов

Drosophila в неактивном и активном состояниях.

2. Изучить пространственное распределение Рс-связывающих сайтов и возможность их физического взаимодействия в интерфазных ядрах клеток личиночных тканей Drosophila.

3. Сравнить расположение активного и неактивного трансгена LV-PGK в ядрах фибробластов трансгенных свиней.

4. Выяснить, влияет ли отсутствие белка Трг на локализацию в ядре неактивного гена CFTR человека.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Периферия хромоцентра политенных хромосом Drosophila имеет сложную мозаичную организацию, где одновременно представлены несколько фокусов сателлита (AAGAG)n, ди- и триметилированный по лизину 4 гистон НЗ, активная форма РНК-полимеразы II и активные PRE-элементы .

2. Неактивные гены Abd-B, sd и Ubx, а также Fab-7-содержэщие трансгены локализуются у Drosophila на периферии интерфазного ядра.

3. Транскрипционно активные Fab-7-содержэщие трансгены часто локализуются на периферии хромоцентра.

4. Эндогенная и трансгенная копии Fab-7 элемента располагаются независимо в ядрах клеток пяти личиночных тканей.

5. Трансген LV-PGK в зависимости от функционального состояния имеет разное положение в ядрах фибробластов трансгенных свиней Sus scrofa scrofa.

6. Отсутствие ассоциированного с ядерным поровым комплексом белка Трг, вызванное РНК-интерференцией, приводит к изменению локализации неактивного гена CFTR в интерфазном ядре культивируемых клеток линии HeLa.

Научная новизна работы

Впервые показано, что в интерфазных ядрах Drosophila на периферии хромоцентра одновременно представлены сателлитный повтор (AAGAG)n, ди- и триметилированный по лизину 4 гистон НЗ, активная форма РНК-полимеразы II и активные PRE-элементы. Впервые проанализировано положение относительно ядерной ламины и хромоцентра генов Abd-B, sd и Ubx, а также Fab-7-содержэщих трансгенов Drosophila в разных состояниях активности. Впервые показано, что активные Fab-7-содержэщие трансгены могут быть ассоциированы с периферией хромоцентра. С помощью конфокальной микроскопии изучено взаимное расположение эндогенной и трансгенной копий Fab-7 элемента в ядрах клеток пяти личиночных тканей разных линий мух и показана их независимая локализация в ядре. Взаимосвязь между активностью и положением в ядре была также установлена для трансгена LV-PGK в ядрах фибробластов трансгенных свиней Sus scrofa scrofa. Впервые с помощью РНК-интерференции показано, что белок Трг, ассоциированный с NPC, необходим для локализации неактивного гена CFTR человека на периферии ядра.

Теоретическое и практическое значение работы

Выявленная сложная архитектура периферии хромоцентра важна для понимания функциональной организации интерфазного ядра. Примененные в данной работе методы изучения локализации генов в трехмерном пространстве ядра и распределения Рс-связывающих сайтов, основанные на данных конфокальной микроскопии с последующим компьютерным анализом, могут быть использованы в аналогичных экспериментах на других объектах. Участие ассоциированного с NPC белка Трг в периферической локализации неактивного гена CFTR человека в сочетании с результатами других исследований позволяет предположить существование консервативного механизма взаимодействия периферических белков с хроматином. Результаты, представленные в диссертационной работе, могут быть включены в план учебных курсов «Организация интерфазного ядра», «Организация хромосомы эукариот», «Эволюция геномов и кариотипов» и других, читаемых на кафедре генетики и селекции и кафедре цитологии и гистологии СПбГУ.

Список работ, опубликованных по теме диссертации

1. Rybakina Е., Раго R., Dahlsveen I, Becker Р., Zink D. 2004. Analysis of the relationships between functional states of the Drosophila melanogaster Fab-7 element and its nuclear position // European Journal of Cell Biology. Vol. 83. Suppl. 54. P. 63.

2. Rybakina E., Dahlsveen I., Becker P., Paro R., Zink D. 2005. How does the nuclear architecture contribute to the functional regulation of the Polycomb response element Fab-7 ? // Book of Abstracts of the UK Chromatin Meeting. P.15.

3. Rybakina, E. 2006. Nuclear positioning and functional regulation of endogenous genes and transgenes in the fruit fly Drosophila melanogaster and in mammalian cells. Dissertation, LMU München: Fakultät für Biologie, 176 pp.

4. Fedorova E., Sadoni N., Dahlsveen I.K., Koch J., Kremmer E., Eick D., Paro R., Zink D. 2008. The nuclear organization of Polycomb/Trithorax group response elements in larval tissues of Drosophila melanogaster II Chromosome Research. Vol.16. № 4. P. 649673.

5. Fedorova E.M. and Rodionov A.V. 2008. Towards understanding the mechanisms of epigenetic regulation: Part 1. An evolutional insight into PcG-mediated gene repression // Экологическая Генетика. Т. 6. № 1. С. 12-19.

6. Fedorova Е. and Zink D. 2008. Nuclear architecture and gene regulation // BBA - Molecular Cell Research, doi: 10.1016/j.bbamcr.200807.018

Работа выполнена в Биоцентре Университета Людвига Максимилиана (Ludwig-Maximilians-Universität), Мюнхен, Германия под руководством Dr. Daniele Zink при финансовой поддержке гранта немецкого научно-исследовательского общества (Deutsche Forschungsgemeinschaft) SFB/Transregio 5.

Список сокращений

3D трехмерный димНЗК4 гистон НЗ, диметилированный по лизину 4 димНЗКЭ гистон НЗ, диметилированный по лизину 9 тримНЗК4 гистон НЗ, триметилированный по лизину 4 п.н. пара нуклеотидов т.п.н. тысяча пар нуклеотидов

Abd-B Abdominal-B

ANTP-C Antennapedia complex

5-azaC 5-азацитидин

ВХ-С Bithorax complex

CFTR Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator

ChIP Chromatin immunoprecipitation dH20 дистиллированная вода

DRB 5,6-dichlorobenzimidazole riboside

Fab-7 Frontoabdominal-7

GFP green fluorescent protein

HP1 heterochromatin protein 1

HSE тепловой шок на эмбриональной стадии развития

HSL тепловой шок на личиночной стадии развития eGFP enhanced green fluorescent protein

Pc Polycomb

PcG Polycomb group

PRE Polycomb Response Element

RNAi RNA interference

RNAPIISer2 РНК-полимераза II, фосфорилированная no Ser 2

NPC nuclear pore complex sd scalloped t KOMH комнатная температура

Tpr translocated promoter region trxG trithorax group

TSA trichostatin A

Ubx Ultrabithorax

WT дикий тип

1. Обзор литературы

В 1928 году Гейц (Heitz, 1928) обнаружил, что в клеточных ядрах при окрашивании препаратов карминовым красным выявляются два типа хроматина: интенсивно окрашенные участки, которые оставались конденсированными в течение всего клеточного цикла, и хроматин, который в интерфазе был деконденсирован, а в профазе митоза относительно слабо окрашен. Первый тип хроматина он назвал гетерохроматином, а второй - эухроматином. В настоящее время под гетерохроматином понимается фракция хроматина, которая остается высококонденсированной в течение всего клеточного цикла, содержит относительно немного генов, поздно реплицируется в S-фазе, содержит гиперметилированную ДНК и гипоацетилированные гистоны и может подавлять транскрипционную активность генов, оказавшихся по соседству в результате перестроек хромосом (Weiler, Wakimoto, 1995; Elgin, 1996; Elgin, Grewal, 2003; Zhimulev, Belyaeva, 2003). Напротив, эухроматин рано реплицируется, деконденсирован, содержит основную массу генов, имеет гиперацетилированные гистоны и чувствителен к перевариванию нуклеазами (Dillon, Festenstein, 2002; Grewal, Elgin, 2002; Gaszner, Felsenfeld, 2006). Более детальное рассмотрение структурных и функциональных особенностей эу- и гетерохроматина, их пространственная организация в клеточном ядре и влияние на экспрессию генов представлено ниже.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Федорова, Елена Михайловна

Выводы

1. Периферия хромоцентра политенных ядер Drosophila имеет сложную мозаичную структуру. В' интерфазных ядрах Drosophila на периферии хромоцентра одновременно представлены сателлитный повтор (AAGAG)n, ди- и триметилированный по лизину 4 гистон НЗ, активная форма РНК-полимеразы II и активные PRE-элементы.

2. Неактивные гены Abd-B, sd и Ubx и Fab-7-содержэщие трансгены у Drosophila melanogaster занимают периферическое расположение в ядре и не ассоциированы с хромоцентром.

3. Транскрипционная активация Fab-7-содержэщих трансгенов приводит к изменению их локализации относительно ядерной ламины и увеличению частоты их ассоциации с хромоцентром (до 50%).

4. С помощью конфокальной микроскопии изучено взаимное расположение эндогенной и трансгенной копий Fab-7 элемента в ядрах клеток пяти личиночных тканей разных линий мух и показана их независимая локализация в ядре.

5. На материале фибробластов трансгенных свиней Sus scrofa scrofa показано, что положение трансгена LV-PGK в ядре изменяется при активации его транскрипции.

6. С помощью РНК-интерференции показано, что белок Трг, ассоциированный с NPC, необходим для локализации неактивного гена CFTR человека на периферии ядра.

Б л а го д а р н ости

В первую очередь хочу выразить благодарность кафедре генетики и селекции Санкт-Петербургского государственного университета (в лице ее профессорско-преподавательского состава), где мною были получены обширные и глубокие знания по специальности. Объем и уровень этих знаний произвели сильное впечатление на моего научного руководителя Dr. Daniele Zink и моих коллег по лаборатории в Университете Мюнхена и позволили мне легко освоить новые экспериментальные методики и выполнить исследования, результаты которых представлены в данной работе. Кроме этого, хочу отдельно поблагодарить д.б.н. Т.В. Кузнецову и д.б.н. И.Е. Воробцову, моих научных руководителей бакалаврской и магистерской квалификационных работ, которые способствовали приобретению мною опыта экспериментальной работы, оформления и представления результатов исследований.

Выражаю глубочайшую благодарность и признательность Dr. Daniele Zink, предоставившей мне возможность выполнения исследований в лаборатории Универститета Мюнхена, взаимодействия и совместной работы с другими исследовательскими коллективами и представления полученных результатов на различных конференциях. Dr. Daniele Zink и коллеги по лаборатории оказали мне неоценимую помощь в освоении новых методик работы и в обсуждении и оформлении результатов исследований, завершившихся написанием диссертации на английсом языке, защитой ее в Университете Мюнхена и получением степени Doctor Rerum Naturalium (доктор естественных наук).

Приношу отдельную благодарность д.б.н. A.B. Родионову, д.б.н. Т.В. Кузнецовой и к.б.н. C.B. Мыльникову за огромную помощь, оказанную мне при адаптации перевода англоязычного варианта диссертации к стандартам терминологии и оформления, принятым в нашей стране.

Моему научному руководителю д.б.н. A.B. Родионову хочу выразить особую благодарность и признательность за год плодотворной совместной работы и неоценимую помощь на всех этапах работы над данной диссертацией. В итоге была переосмыслена часть полученных результатов, появился новый раздел в главе «Обсуждение», и диссертация стала в целом намного более гармоничной и последовательной.

Отдельную благодарность хочу выразить к.б.н. C.B. Мыльникову за советы, консультации, организационную и моральную поддержку и дружеское участие.

Выражаю благодарность д.б.н. С.Н. Новикову за предоставленную возможность совмещать должностные обязанности и работу над данной диссертацией, за всемерную поддержку, понимание и помощь.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Федорова, Елена Михайловна, 2008 год

1. Жимулев, И. Ф. 1993. Гетерохроматин и эффект положения гена // Наука, Новосибирск. 490 с.

2. Ahmad, K., and S. Henikoff. 2001. Centromeres are specialized replication domains in heterochromatin // J Cell Biol. V. 153: P. 101-10.

3. Ahmad, K., and S. Henikoff. 2002. Histone H3 variants specify modes of chromatin assembly // Proc Natl Acad Sci U S A. V. 99 Suppl 4: P. 16477-84.

4. Akhtar, A., and P.B. Becker. 2000. Activation of transcription through histone H4 acetylation by MOF, an acetyltransferase essential for dosage compensation in Drosophila II Mol Cell. V. 5: P. 367-75.

5. Akhtar, A., D. Zink, and P.B. Becker. 2000. Chromodomains are protein-RNA interaction modules // Nature. V. 407: P. 405-9.

6. Alkema, M.J., M. Bronk, E. Verhoeven, A. Otte, L.J. van 't Veer, A. Berns, and M. van Lohuizen. 1997. Identification of Bmi1-interacting proteins as constituents of a multimeric mammalian polycomb complex // Genes Dev. V. 11: P. 226-40.

7. Allfrey, V.G., R. Faulkner, and A.E. Mirsky. 1964. Acetylation And Methylation Of Histones And Their Possible Role In The Regulation Of Rna Synthesis // Proc Natl Acad Sci U S A. V. 51: P. 786-94.

8. Andrulis, E.D., A.M. Neiman, D.C. Zappulla, and R. Sternglanz. 1998. Perinuclear localization of chromatin facilitates transcriptional silencing // Nature. V. 394: P. 592-5.

9. Appels, R., and A.J. Hilliker. 1982. The cytogenetic boundaries of the rDNA region within heterochromatin in the X chromosome of Drosophila melanogaster and their relation to male meiotic pairing sites // Genet Res. V. 39: P. 149-56.

10. Aravin, A.A., M. Lagos-Quintana, A. Yalcin, M. Zavolan, D. Marks, B. Snyder, T. Gaasterland, J. Meyer, and T. Tuschl. 2003. The small RNA profile during Drosophila melanogaster development // Dev Cell. V. 5: P. 337-50.

11. Arlucea, J., R. Andrade, R. Alonso, and J. Arechaga. 1998. The nuclear basket of the nuclear pore complex is part of a higher-order filamentous network that is related to chromatin // J Struct Biol. V. 124: P. 51-8.

12. Ashburner, M. 1989. Drosophila: A laboratory handbook // Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY.

13. Bannister, A.J., P. Zegerman, J.F. Partridge, E.A. Miska, J.O. Thomas, R.C. Allshire, and T. Kouzarides. 2001. Selective recognition of methylated lysine 9 on histone H3 by the HP1 chromo domain 11 Nature. V. 410: P. 120-4.

14. Bantignies, F., C. Grimaud, S. Lavrov, M. Gabut, and G. Cavalli. 2003. Inheritance of Polycomb-dependent chromosomal interactions in Drosophila II Genes Dev. V. 17: P. 2406-20.

15. Beisel, C., A. Imhof, J. Greene, E. Kremmer, and F. Sauer. 2002. Histone methylation by the Drosophila epigenetic transcriptional regulator Ash1 Nature.V. 419: P. 857-62.

16. Bell, A.C., A.G. West, and G. Felsenfeld. 2001. Insulators and boundaries: versatile regulatory elements in the eukaryotic // Science. V. 291: P. 447-50.

17. Bender, W., and D.P. Fitzgerald. 2002. Transcription activates repressed domains in the Drosophila bithorax complex // Development. V. 129: P. 4923-30.

18. Bienz, M., and J. Muller. 1995. Transcriptional silencing of homeotic genes in Drosophila. II Bioessays. V. 17: P. 775-84.

19. Bodoor, K„ S. Shaikh, D. Salina, W.H. Raharjo, R. Bastos, M. Lohka, and B. Burke. 1999. Sequential recruitment of NPC proteins to the nuclear periphery at the end of mitosis // J Cell Sci. V. 112: P. 2253-64.

20. Boivin, A., and J.M. Dura. 1998. In vivo chromatin accessibility correlates with gene silencing in Drosophila II Genetics. V. 150: P. 1539-49.

21. Boyle, S., S. Gilchrist, J.M. Bridger, N.L. Mahy, J.A. Ellis, and W.A. Bickmore. 2001. The spatial organization of human chromosomes within the nuclei of normal and emerin-mutant cells// Hum Mol Genet. V. 10: P. 211-9.

22. Braunstein, M., R.E. Sobel, C.D. Allis, B.M. Turner, and J.R. Broach. 1996. Efficient transcriptional silencing in Saccharomyces cerevisiae requires a heterochromatin histone acetylation pattern // Mol Cell Biol. V. 16: P. 4349-56.

23. Breiling, A., E. Bonte, S. Ferrari, P.B. Becker, and R. Paro. 1999. The Drosophila polycomb protein interacts with nucleosomal core particles In vitro via its repression domain. // Mol Cell Biol. V. 19: P. 8451-60.

24. Brown, J.L., D. Mucci, M. Whiteley, M.L. Dirksen, and J.A. Kassis. 1998. The Drosophila Polycomb group gene pleiohomeotic encodes a DNA binding protein with homology to the transcription factor YY1 // Mol Cell. V. 1: P. 1057-64.

25. Brown, K. 2002. Visualizing nuclear proteins together with transcribed and inactive genes in structurally preserved cells // Methods. V. 26: P. 10-8.

26. Brown, K.E., S. Amoils, J.M. Horn, V.J. Buckle, D.R. Higgs, M. Merkenschlager, and A.G. Fisher. 2001. Expression of alpha- and beta-globin genes occurs within different nuclear domains in haemopoietic cells // Nat Cell Biol. V. 3: P. 602-6.

27. Brown, K.E., J. Baxter, D. Graf, M. Merkenschlager, and A.G. Fisher. 1999. Dynamic repositioning of genes in the nucleus of lymphocytes preparing for cell division // Mol Cell. V. 3: P. 207-17.

28. Brown, K.E., S.S. Guest, S.T. Smale, K. Hahm, M. Merkenschlager, and A.G. Fisher. 1997. Association of transcriptionally silent genes with Ikaros complexes at centromeric heterochromatin // Cell. V. 91: P. 845-54.

29. Brownell, J.E., J. Zhou, T. Ranalli, R. Kobayashi, D.G. Edmondson, S.Y. Roth, and C.D. Allis. 1996. Tetrahymena histone acetyltransferase A: a homolog to yeast Gcn5p linking histone acetylation to gene activation // Cell. V. 84: P. 843-51.

30. Buchenau, P., J. Hodgson, H. Strutt, and D.J. Arndt-Jovin. 1998. The distribution of polycomb-group proteins during cell division and development in Drosophila embryos: impact on models for silencing // J Cell Biol. V. 141: P. 469-81.

31. Busturia, A., and M. Bienz. 1993. Silencers in abdominal-B, a homeotic Drosophila gene //Embo J. V. 12: P. 1415-25.

32. Busturia, A., C.D. Wightman, and S. Sakonju. 1997. A silencer is required for maintenance of transcriptional repression throughout Drosophila development// Development. V. 124: P. 4343-50.

33. Byrd, K.N., and A. Shearn. 2003. ASH1, a Drosophila trithorax group protein, is requiredfor methylation of lysine 4 residues on histone H3 // Proc Natl Acad Sci USA. V. 100: P. 11535-40.

34. Campbell, S.D., A. Duttaroy, A.L. Katzen, and A. Chovnick. 1991. Cloning and characterization of the scalloped region of Drosophila melanogaster // Genetics. V. 127: P. 367-80.

35. Opinion in Genetics & Development. V. 9:1 P. 99-205. Cordes, V.C., S. Reidenbach, A. Kohler, N. Stuurman, R. van Driel, and W.W. Franke.1993. Intranuclear filaments containing a nuclear pore complex protein //J Cell Biol. V. 123: P. 1333-44.

36. Csink, A.K., and S. Henikoff. 1996. Genetic modification of heterochromatic associationand nuclear organization in Drosophila II Nature. V. 381: P. 529-31.

37. Csink, A.K., and S. Henikoff. 1998. Large-scale chromosomal movements during interphase progression in Drosophila IIJ Cell Biol. V. 143: P. 13-22.

38. Czermin, B., R. Melfi, D. McCabe, V. Seitz, A. Imhof, and V. Pirrotta. 2002. Drosophila enhancer of Zeste/ESC complexes have a histone H3 methyltransferase activity that marks chromosomal Polycomb sites // Cell. V. 111: P. 185-96.

39. Daigle, N., J. Beaudouin, L. Hartnell, G. Imreh, E. Hallberg, J. Lippincott-Schwartz, and J. Ellenberg. 2001. Nuclear pore complexes form immobile networks and have a very low turnover in live mammalian cells // J Cell Biol. V. 154: P. 71-84.

40. Dernburg, A.E, K.W. Broman, J.C. Fung, W.F. Marshall, J. Philips, D.A. Agard, and J.W. Sedat. 1996. Perturbation of nuclear architecture by long-distance chromosome interactions // Cell. V. 85: P. 745-59.

41. Devlin, R.H., B. Bingham, and B.T. Wakimoto. 1990a. The organization and expression of the light gene, a heterochromatic gene of Drosophila melanogaster II Genetics. V. 125: P. 129-40.

42. Devlin, R.H., D.G. Holm, K.R. Morin, and B.M. Honda. 1990b. Identifying a single-copy DNA sequence associated with the expression of a heterochromatic gene, the light locus of Drosophila melanogaster II Genome. V. 33: P. 405-15.

43. Dietzel, S., H. Niemann, B. Bruckner, C. Maurange, and R. Paro. 1999. The nuclear distribution of Polycomb during Drosophila melanogaster development shown with a GFP fusion protein // Chromosoma. V. 108: P. 83-94.

44. Dillon, N., and R. Festenstein. 2002. Unravelling heterochromatin: competition between positive and negative factors regulates accessibility //Trends Genet. V. 18: P. 2528.

45. Ebert, A., G. Schotta, S. Lein, S. Kubicek, V. Krauss, T. Jenuwein, and G. Reuter. 2004. Su(var) genes regulate the balance between euchromatin and heterochromatin in Drosophila II Genes Dev. V. 18: P. 2973-83.

46. Elbashir, S.M., J. Harborth, W. Lendeckel, A. Yalcin, K. Weber, and T. Tuschl. 2001a. Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells // Nature. V. 411: P. 494-8.

47. Elbashir, S.M., J. Harborth, K. Weber, and T. Tuschl. 2002. Analysis of gene function in somatic mammalian cells using small interfering RNAs // Methods. V. 26: P. 199213.

48. Elbashir, S.M., W. Lendeckel, and T. Tuschl. 2001b. RNA interference is mediated by 21-and 22-nucleotide RNAs // Genes Dev. V. 15: P. 188-200.

49. Elgin, S.C. 1996. Heterochromatin and gene regulation in Drosophila H Curr Opin Genet Dev. V. 6: P. 193-202.

50. Elgin, S.C., and S.I. Grewal. 2003. Heterochromatin: silence is golden // Curr Biol. V. 13:1. P. R895-8.

51. Englmanri, A. 2005a. Functional regulation and spatial organization of the human CFTR region // FASEB Summer Research Conference, Saxtons River, Vermont, USA. Presentation.

52. Englmann, A. 2005b. Kernpositionierung und funktionelle Regulation von Genen der humanen CFTR-Region auf Chromosom 7 // In Fakultät für Biologie LMU München, München. 161 pp.

53. Fauvarque, M.O., and J.M. Dura. 1993. polyhomeotic regulatory sequences induce developmental regulator-dependent variegation and targeted P-element insertions in Drosophila // Genes Dev. V. 7: P. 1508-20.

54. Felsenfeld, G. 1996. Chromatin unfolds // Cell. V. 86: P. 13-19.

55. Ficz, G., R. Heintzmann, and D.J. Arndt-Jovin. 2005. Polycomb group protein complexes exchange rapidly in living Drosophila II Development. V. 132: P. 3963-76.

56. Fischle, W„ Y. Wang, S.A. Jacobs, Y. Kim, C.D. Allis, and S. Khorasanizadeh. 2003. Molecular basis for the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains// Genes Dev. V. 17:1 P. 870-81.

57. Fletcher, T.M., and J.C. Hansen. 1995. Core histone tail domains mediate oligonucleosome folding and nucleosomal DNA organization through distinct molecular mechanisms // J Biol Chem. V. 270: P. 25359-62.

58. Follenzi, A., L.E. Ailles, S. Bakovic, M. Geuna, and L. Naldini. 2000. Gene transfer by lentiviral vectors is limited by nuclear translocation and rescued by HIV-1 pol sequences // Nat Genet. V. 25: P. 217-22.

59. Francastel, C., M.C. Walters, M. Groudine, and D.I. Martin. 1999. A functional enhancer suppresses silencing of a transgene and prevents its localization close to centrometric heterochromatin // Cell. V. 99: P. 259-69.

60. Francis, N.J., and R.E. Kingston. 2001. Mechanisms of transcriptional memory// Nat Rev Mol Cell Biol. V. 2: P. 409-21.

61. Franke, A., M. DeCamillis, D. Zink, N. Cheng, H.W. Brock, and R. Paro. 1992. Polycomb and polyhomeotic are constituents of a multimeric protein complex in chromatin of Drosophila melanogaster // Embo J. V. 11: P. 2941-50.

62. Gall, J.G., E.H. Cohen, and M.L. Polan. 1971. Reptitive DNA sequences in Drosophila II Chromosoma. V. 33: P. 319-44.

63. Galy, V., J.C. Olivo-Marín, H. Scherthan, V. Doye, N. Rascalou, and U. Nehrbass. 2000. Nuclear pore complexes in the organization of silent telomeric chromatin // Nature. V. 403: P. 108-12.

64. Gaszner, M., and G. Felsenfeld. 2006. Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms // Nat Rev Genet. V. 7: P. 703-13.

65. Gatti, M., and S. Pimpinelli. 1992. Functional elements in Drosophila melanogaster heterochromatin //Annu Rev Genet. V. 26: P. 239-75.

66. Gemkow, M.J., P.J. Verveer, and D.J. Arndt-Jovin. 1998. Homologous association of the Bithorax-Complex during embryogenesis: consequences for transvection in Drosophila melanogaster II Development. V. 125: P. 4541-52.

67. Gerasimova, T.I., K. Byrd, and V.G. Corces. 2000. A chromatin insulator determines the nuclear localization of DNA// Mol Cell. V. 6: P. 1025-35.

68. Gerasimova, T.I.,andV.G. Corces. 1996. Boundary and insulator elements in chromosomes // Curr Opin Genet Dev. V. 6: P. 185-92.

69. Goldberg, M., A. Harel, M. Brandeis, T. Rechsteiner, T.J. Richmond, A.M. Weiss, and Y. Gruenbaum. 1999. The tail domain of lamin DmO binds histones H2A and H2B // Proc Natl Acad Sci U S A. V. 96: P. 2852-7.

70. Goldman, R.D., Y. Gruenbaum, R.D. Moir, D.K. Shumaker, and T.R Spann. 2002. Nuclear lamins: building blocks of nuclear architecture // Genes Dev. V. 16: P. 533-47.

71. Grant, P.A., A. Eberharter, S. John, R.G. Cook, B.M. Turner, and J.L. Workman. 1999. Expanded lysine acetylation specificity of Gcn5 in native complexes // J Biol Chem. V. 274: P. 5895-900.

72. Grewal, S.I., and S.C. Elgin. 2002. Heterochromatin: new possibilities for the inheritance of structure // Curr Opin Genet Dev. V. 12: P. 178-87.

73. Grimaud, C., F. Bantignies, M. Pal-Bhadra, P. Ghana, U. Bhadra, and G. Cavalli. 2006. RNAi components are required for nuclear clustering of Polycomb group response elements // Cell. V. 124: P. 957-71.

74. Gyurkovics, H., J. Gausz, J. Kummer, and F. Karch. 1990. A new homeotic mutation in the Drosophila bithorax complex removes a boundary separating two domains of regulation // Embo J. V. 9: P. 2579-85.

75. Hagstrom, K., M. Muller, and P. Schedl. 1996. Fab-7 functions as a chromatin domain boundary to ensure proper segment specification by the Drosophila bithorax complex // Genes Dev. V. 10: P. 3202-15.

76. Hall, I.M., G.D. Shankaranarayana, K. Noma, N. Ayoub, A. Cohen, and S.I. Grewal. 2002. Establishment and maintenance of a heterochromatin domain // Science. V. 297: P. 2232-7.

77. Hase, M.E., and V.C. Cordes. 2003. Direct interaction with nup153 mediates binding of Tpr to the periphery of the nuclear pore complex // Mol Biol Cell. V. 14: P. 1923-40.

78. Hebbes, T.R., A.W. Thorne, and C. Crane-Robinson. 1988. A direct link between core histone acetylation and transcriptionally active chromatin // Embo J. V. 7: P. 1395402.

79. Heitz, E. 1928. Das Heterochromatin der Moose //1. Jahrb. Wiss. Botanik. V. 69: P. 762818.

80. Henikoff, S. 1997. Nuclear organization and gene expression: homologous pairing and long-range interactions // Curr Opin Cell Biol. V. 9: P. 388-95.

81. Hochstrasser, M., D. Mathog, Y. Gruenbaum, H. Saumweber, and J.W. Sedat. 1986. Spatial organization of chromosomes in the salivary gland nuclei of Drosophila melanogaster IIJ Cell Biol. V. 102: P. 112-23.

82. Hochstrasser, M., and J. W. Sedat. 1987a. Three-dimensional organization of Drosophila melanogaster interphase nuclei. I. Tissue-specific aspects of polytene nuclear architecture // J Cell Biol. V. 104:1455-70.

83. Hochstrasser, M., and J. W. Sedat. 1987b. Three-dimensional organization of Drosophila melanogaster interphase nuclei. II. Chromosome spatial organization and gene regulation //J Cell Biol. V. 104: P. 1471-83.

84. Hofmann, A., B. Kessler, S. Ewerling, A. Kabermann, G. Brem, E. Wolf, and A. Pfeifer. 2006. Epigenetic regulation of lentiviral transgene vectors in a large animal model // Mol Ther. V. 13: P. 59-66.

85. Hofmann, A., B. Kessler, S. Ewerling, M. Weppert, B. Vogg, H. Ludwig, M. Stojkovic, M. Boelhauve, G. Brem, E. Wolf, and A. Pfeifer. 2003. Efficient transgenesis in farm animals by lentiviral vectors // EMBO Rep. V. 4: P. 1054-60.

86. Janssen, S., T. Durussel, and U.K. Laemmli. 2000. Chromatin opening of DNA satellites by targeted sequence-specific drugs // Mol Cell. V. 6: P. 999-1011.

87. Jenuwein, T. 2001. Re-SET-ting heterochromatin by histone methyltransferases//Trends Cell Biol. V. 11: P. 266-73.

88. Jenuwein, T„ and C.D. Allis. 2001. Translating the histone code. Science. V. 293: P. 107480.

89. Jenuwein, T., G. Laible, R. Dorn, and G. Reuter. 1998. SET domain proteins modulate chromatin domains in eu- and heterochromatin. Cell Mol Life Sci. V. 54: P. 80-93.

90. Kal, A. J., T. Mahmoudi, N.B. Zak, and C.P. Verrijzer. 2000. The Drosophila brahma complex is an essential coactivator for the trithorax group protein zeste. Genes Dev. V. 14: P. 1058-71.

91. Kassis, J.A. 1994. Unusual properties of regulatory DNA from the Drosophila engrailed gene: three "pairing-sensitive" sites within a 1.6-kb region // Genetics. V. 136: P. 1025-38.

92. Kassis, J.A. 2002. Pairing-sensitive silencing, polycomb group response elements, and transposon homing in Drosophila //Adv Genet. V. 46: P. 421-38.

93. Kassis, J.A., E.P. VanSickle, and S.M. Sensabaugh. 1991. A fragment of engrailed regulatory DNA can mediate transvection of the white gene in Drosophila II Genetics. V. 128: P. 751-61.

94. Kaufmann, B.P. 1938. Nucleolus-organizing regions in salivary gland chromosomes of Drosophila melanogaster II Cell and Tissue Research. V. 28: P. 1-11.

95. Keller, P.J., F. Pampaloni, and E.H. Stelzer. 2006. Life sciences require the third dimension // Curr Opin Cell Biol. V. 18: P. 117-24.

96. Kenninson, J.A. 2000. Preparation and Analysis of Polytene Chromosomes // In Drosophilaprotocols. W. Sullivan, Ashburner, M., Hawley, S.R., editor. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York. P. 111-118.

97. Kim, S.H., P.G. McQueen, M.K Lichtman, E.M. Shevach, L.A. Parada, and T. Misteli. 2004. Spatial genome organization during T-cell differentiation // Cytogenet Genome Res. V. 105: P. 292-301.

98. Koonin, E.V., S. Zhou, and J.C. Lucchesi. 1995. The chromo superfamily: new members, duplication of the chromo domain and possible role in delivering transcription regulators to chromatin // Nucleic Acids Res. V. 23: P. 4229-33.

99. Kornberg, R.D. 1974. Chromatin structure: a repeating unit of histones and DNA// Science. V. 184: P. 868-71.

100. Koryakov, D.E., A.A. Alekseyenko, and I.F. Zhimulev. 1999. Dynamic organization of the beta-heterochromatin in the Drosophila melanogaster polytene X chromosome // Mol Gen Genet. V. 260: P. 503-9.

101. Koryakov, D.E., E.S. Belyaeva, A.A. Alekseyenko, and I.F Zhimulev. 1996. Alpha and beta heterochromatin in polytene chromosome 2 of Drosophila melanogaster II Chromosoma. V. 105: P. 310-9.

102. Kosak, S.T., and M. Groudine. 2004. Gene order and dynamic domains // Science. V. 306: P. 644-7.

103. Kosak, S.T., J.A. Skok, KL. Medina, R. Riblet, M.M. Le Beau, A.G. Fisher, and H. Singh. 2002. Subnuclear compartmentalization of immunoglobulin loci during lymphocyte development//Science. V. 296: P. 158-62.

104. Kouzarides, T. 2002. Histone methylation in transcriptional control // Curr Opin Genet Dev. V. 12: P. 198-209.

105. Krull, S., J. Thyberg, B. Bjorkroth, H.R. Rackwitz, and V.C. Cordes. 2004. Nucleoporins as components of the nuclear pore complex core structure and Tpr as the architectural element of the nuclear basket // Mol Biol Cell. V. 15: P. 4261-77.

106. Kuo, M.H., J.E. Brownell, R.E. Sobel, T.A. Ranalli, R.G. Cook, D.G. Edmondson, S.Y. Roth, and C.D. Allis. 1996. Transcription-linked acetylation by Gcn5p of histones H3 and H4 at specific lysines // Nature. V. 383: P. 269-72.

107. Kuo, M.H., J. Zhou, P. Jambeck, M.E. Churchill, and C.D. Allis. 1998. Histone acetyltransferase activity of yeast Gcn5p is required for the activation of target genes in vivo II Genes Dev. V. 12: P. 627-39.

108. Messmer, S., A. Franke, and R. Paro. 1992. Analysis of the functional role of the Polycomb chromo domain in Drosophiia meianogaster II Genes Dev. V. 6: P. 1241-54.

109. Mihaly, J., I. Hogga, S. Barges, M. Galloni, R.K. Mishra, K. Hagstrom, M. Muller, P. Schedl, L. Sipos, J. Gausz, H. Gyurkovics, and F. Karch. 1998. Chromatin domain boundaries in the Bithorax complex// Cell Mol Life Sci. V. 54: P. 60-70.

110. Misteli, T. 2004. Spatial positioning; a new dimension in genome function // Cell. V. 119: P. 153-6.

111. Misteli, T. 2005. Concepts in nuclear architecture // Bioessays. V. 27: P. 477-487.

112. Muller, J., C.M. Hart, N.J. Francis, M.L. Vargas, A. Sengupta, B. Wild, E.L. Miller, M.B. O'Connor, R.E. Kingston, and J.A. Simon. 2002. Histone methyltransferase activity of a Drosophiia Polycomb group repressor complex // Cell. V. 111: P. 197-208.

113. Muller, J., and J.A. Kassis. 2006. Polycomb response elements and targeting of Polycombgroup proteins in Drosophila II Curr Opin Genet Dev. V. 16: P. 476-484.

114. Muller, M., K. Hagstrom, H. Gyurkovics, V. Pirrotta, and P. Schedl. 1999. The mcp element from the Drosophila melanogaster bithorax complex mediates long-distance regulatory interactions // Genetics. V. 153: P. 1333-56.

115. Myers, F.A., D.R. Evans, A.L. Clayton, A.W. Thorne, and C. Crane-Robinson. 2001. Targeted and extended acetylation of histones H4 and H3 at active and inactive genes in chicken embryo erythrocytes // J Biol Chem. V. 276: P. 20197-205.

116. Ng, J., C.M. Hart, K. Morgan, and J.A. Simon. 2000. A Drosophila ESC-E(Z) protein complex is distinct from other polycomb group complexes and contains covalently modified ESC // Mol Cell Biol. V. 20: P. 3069-78.

117. Noma, K., C.D. Allis, and S.I. Grewal. 2001. Transitions in distinct histone H3 methylation patterns at the heterochromatin domain boundaries // Science. V. 293: P. 1150-5.

118. Orlando, V. 2003. Polycomb, epigenomes, and control of cell identity. Cell. 112:599-606.

119. Orlando, V., E.P. Jane, V. Chinwalla, P.J. Harte, and R. Paro. 1998. Binding of trithorax and Polycomb proteins to the bithorax complex: dynamic changes during early Drosophila embryogenesis // Embo J. V. 17: P. 5141-50.

120. Orlando, V., and R. Paro. 1993. Mapping Polycomb-repressed domains in the bithorax complex using in vivo formaldehyde cross-linked chromatin // Cell. V. 75: P. 118798.

121. Orlando, V., and R. Paro. 1995. Chromatin multiprotein complexes involved in the maintenance of transcription patterns // Curr Opin Genet Dev. V. 5: P. 174-9.

122. Pal-Bhadra, M., B.A. Leibovitch, S.G. Gandhi, M. Rao, U. Bhadra, J.A. Birchler, and S.C. Elgin. 2004. Heterochromatic silencing and HP1 localization in Drosophila are dependent on the RNAi machinery // Science. V. 303: P. 669-72.

123. Papoulas, O., S.J. Beek, S.L. Moseley, C.M. McCallum, M. Sarte, A. Shearn, and J.W. Tamkun. 1998. The Drosophila trithorax group proteins BRM, ASH1 and ASH2 are subunits of distinct protein complexes // Development. V. 125: P. 3955-66.

124. Papp, B., and J. Muller. 2006. Histone trimethylation and the maintenance of transcriptional ON and OFF states by trxG and PcG proteins // Genes Dev. V. 20: P. 2041-54.

125. Parekh, B.S., and T. Maniatis. 1999. Virus infection leads to localized hyperacetylation of histones H3 and H4 at the IFN-beta promoter// Mol Cell. V. 3: P. 125-9.

126. Paro, R., and D.S. Hogness. 1991. The Polycomb protein shares a homologous domain with a heterochromatin-associated protein of Drosophila II Proc Natl Acad Sci USA. V. 88:2 P. 63-7.

127. Patience, C., W.M. Switzer, Y. Takeuchi, D.J. Griffiths, M.E. Goward, W. Heneine, J.P. Stoye, and R.A. Weiss. 2001. Multiple groups of novel retroviral genomes in pigs and related species // J Virol. V. 75: P. 2771-5.

128. Peng, J.C., and G.H. Karpen. 2007. H3K9 methylation and RNA interference regulate nucleolar organization and repeated DNA stability// Nat Cell Biol. V. 9: P. 25-35.

129. Peters, A.H., J.E. Mermoud, D. O'Carroll, M. Pagani, D. Schweizer, N. Brockdorff, and T. Jenuwein. 2002. Histone H3 lysine 9 methylation is an epigenetic imprint of facultative heterochromatin // Nat. Genet. V. 30: P. 77-80.

130. Petruk, S., Y. Sedkov, S. Smith, S. Tillib, V. Kraevski, T. Nakamura, E. Canaani, C.M. Croce, and A. Mazo. 2001. Trithorax and dCBP acting in a complex to maintain expression of a homeotic gene // Science. V. 294: P. 1331-4.

131. Pickersgill, H., B. Kalverda, E. de Wit, W. Talhout, M. Fornerod, and B. van Steensel. 2006. Characterization of the Drosophila melanogaster genome at the nuclear lamina // Nat Genet. V. 38: P. 1005-14.

132. Pirrotta, V. 1995. Chromatin complexes regulating gene expression in Drosophila II Curr Opin Genet Dev. V. 5:4 P. 66-72.

133. Pirrotta, V. 1998. Polycombing the genome: PcG, trxG, and chromatin silencing // Cell. V. 93: P. 333-6.

134. Pirrotta, V. 1999. Transvection and chromosomal trans-interaction effects // Biochim Biophys Acta. V. 1424: P. M1-8.

135. Platero, J.S., A.K. Csink, A. Quintanilla, and S. Henikoff. 1998. Changes in chromosomal localization of heterochromatin-binding proteins during the cell cycle in Drosophila IIJ Cell Biol. V. 140: P. 1297-306.

136. Platero, J.S., T. Hartnett, and J.C. Elssenberg. 1995. Functional analysis of the chromo domain of HP1 // Embo J. V. 14: P. 3977-86.

137. Ragoczy, T., M.A. Bender, A. Telling, R. Byron, and M. Groudine. 2006. The locus control region is required for association of the murine beta-globin locus with engaged transcription factories during erythroid maturation // Genes Dev. V. 20: P. 1447-57.

138. Rastelli, L., C.S. Chan, and V. Pirrotta. 1993. Related chromosome binding sites for zeste, suppressors of zeste and Polycomb group proteins in Drosophila and their dependence on Enhancer of zeste function // Embo J. V. 12: P. 1513-22.

139. Reuter, G., and P. Spierer. 1992. Position effect variegation and chromatin proteins // Bioessays. V. 14: P. 605-12.

140. Ringrose, L., and R. Paro. 2004. Epigenetic regulation of cellular memory by the Polycomb and Trithorax group proteins //Annu Rev Genet. V. 38: P. 413-43.

141. Ringrose, L, and R. Paro. 2007. Polycomb/Trithorax response elements and epigenetic memory of cell identity // Development. V. 134: P. 223-32.

142. Ringrose, L., M. Rehmsmeier, J.M. Dura, and R. Paro. 2003. Genome-wide prediction of Polycomb/Trithorax response elements in Drosophila melanogaster // Dev Cell. V. 5: P. 759-71.

143. Rundlett, S.E., A.A. Carmen, R. Kobayashi, S. Bavykin, B.M. Turner, and M. Grunstein.1996. HDA1 and RPD3 are members of distinct yeast histone deacetylase complexes that regulate silencing and transcription // Proc Natl Acad Sci USA. V. 93: P. 14503-8.

144. Santos-Rosa, H., R. Schneider, A.J. Bannister, J. Sherriff, B.E. Bernstein, N.C. Emre, S.L. Schreiber, J. Melior, and T. Kouzarides. 2002. Active genes are tri-methylated at K4 of histone H3 // Nature. V. 419: P. 407-11.

145. Saurin, A.J., Z. Shao, H. Erdjument-Bromage, R Tempst, and R.E. Kingston. 2001. A Drosophila Polycomb group complex includes Zeste and dTAFII proteins // Nature. V. 412: P. 655-60.

146. Saurin, A.J., C. Shieis, J. Williamson, D.P. Satijn, A.P. Otte, D. Sheer, and P.S. Freemont. 1998. The human polycomb group complex associates with pericentromeric heterochromatin to form a novel nuclear domain // J Cell Biol. V. 142: P. 887-98.

147. Schneider, R., A.J. Bannister, F.A. Myers, A.W. Thorne, C. Crane-Robinson, and T. Kouzarides. 2004. Histone H3 lysine 4 methylation patterns in higher eukaryotic genes // Nat Cell Biol. V. 6: P. 73-7.

148. Schotta, G., A. Ebert, V. Krauss, A. Fischer, J. Hoffmann, S. Rea, T. Jenuwein, R. Dorn, and G. Reuter. 2002. Central role of Drosophila SU(VAR)3-9 in histone H3-K9 methylation and heterochromatic gene silencing // EMBO J. V. 21: P. 1121-31.

149. Schotta, G., A. Ebert, and G. Reuter. 2003. SU(VAR)3-9 is a conserved key function in heterochromatic gene silencing // Genetica. V. 117: P. 149-58.

150. Schotta, G., M. Lachner, K. Sarma, A. Ebert, R. Sengupta, G. Reuter, D. Reinberg, and T. Jenuwein. 2004. A silencing pathway to induce H3-K9 and H4-K20 trimethylation at constitutive heterochromatin // Genes Dev. V. 18: P. 1251-62.

151. Schroder, A.R., P. Shinn, H. Chen, C. Berry, J.R. Ecker, and F. Bushman. 2002. HIV-1 integration in the human genome favors active genes and local hotspots // Cell. V. 110: P. 521-9.

152. Segura-Totten, M., and KL. Wilson. 2004. BAF: roles in chromatin, nuclear structure and retrovirus integration //Trends Cell Biol. V. 14: P. 261-6.

153. Selig, S., K. Okumura, D.C. Ward, andH. Cedar. 1992. Delineation of DNA replication time zones by fluorescence in situ hybridization // Embo J. V. 11: P. 1217-25.

154. Shao, Z., F. Raible, R. Mollaaghababa, J.R. Guyon, C.T. Wu, W. Bender, and R.E. Kingston. 1999. Stabilization of chromatin structure by PRC1, a Polycomb complex // Cell. V. 98: P. 37-46.

155. Sigrist, C.J., and V. Pirrotta. 1997. Chromatin insulator elements block the silencing of a target gene by the Drosophila polycomb response element (PRE) but allow trans interactions between PREs on different chromosomes // Genetics. V. 147: P. 20921.

156. Simon, J., A. Chiang, W. Bender, M.J. Shimell, and M. O'Connor. 1993. Elements of the Drosophila bithorax complex that mediate repression by Polycomb group products //Dev Biol. V. 158: P. 131-44.

157. Simon, J.A., and J.W. Tamkun. 2002. Programming off and on states in chromatin: mechanisms of Polycomb and trithorax group complexes // Curr Opin Genet Dev.1. V. 12: P. 210-8.

158. Skok, J.A., K.E. Brown, V. Azuara, M.L. Caparros, J. Baxter, K. Takacs, N. Dillon, D. Gray, R.P. Perry, M. Merkenschlager, and A.G. Fisher. 2001. Nonequivalent nuclear location of immunoglobulin alleles in B lymphocytes // Nat Immunol. V. 2: P. 84854.

159. Srivastava, A., A.J. Simmonds, A. Garg, L. Fossheim, S.D. Campbell, and J.B. Bell. 2004. Molecular and functional analysis of scalloped recessive lethal alleles in Drosophila melanogaster//Genetics. V. 166: P. 1833-43.

160. Strahl, B.D., and C.D. Allis. 2000. The language of covalent histone modifications // Nature. V. 403: P. 41-5.

161. Strahl, B.D., R. Ohba, R.G. Cook, and C.D. Allis. 1999. Methylation of histone H3 at lysine 4 is highly conserved and correlates with transcriptionally active nuclei in Tetrahymena // Proc Natl Acad Sci U S A. V. 96: P. 14967-72.

162. Strutt, H., G. Cavalli, and R. Paro. 1997. Co-localization of Polycomb protein and GAGA factor on regulatory elements responsible for the maintenance of homeotic gene expression // Embo J. V. 16: P. 3621-32.

163. Strutt, H., and R. Paro. 1997. The polycomb group protein complex of Drosophila melanogaster has different compositions at different target genes // Mol Cell Biol. V. 17: P. 6773-83.

164. Sukegawa, J., and G. Blobel. 1993. A nuclear pore complex protein that contains zinc finger motifs, binds DNA, and faces the nucleoplasm // Cell. V. 72: P. 29-38.

165. Sullivan, B., and G. Karpen. 2001. Centromere identity in Drosophila is not determined in vivo by replication timing // J Cell Biol. V. 154: P. 683-90.

166. Sun, F.L., M.H. Cuaycong, and S.C. Elgin. 2001. Long-range nucleosome ordering is associated with gene silencing in Drosophila melanogaster pericentric heterochromatin // Mol Cell Biol. V. 21: P. 2867-79.

167. Taddei, A., G. Van Houwe, F. Hediger, V. Kalck, F. Cubizolles, H. Schober, and S.M. Gasser. 2006. Nuclear pore association confers optimal expression levels for an inducible yeast gene // Nature. V. 441: P. 774-8.

168. Thakar, R., andA.K. Csink. 2005. Changing chromatin dynamics and nuclear organization during differentiation in Drosophila larval tissue // J Cell Sci. V. 118: P. 951-60.

169. Thorne, A.W., D. Kmiciek, K. Mitchelson, P. Sautiere, and C. Crane-Robinson. 1990. Patterns of histone acetylation // Eur J Biochem. V. 193: P. 701-13.

170. Tumbar, T., andA.S. Belmont. 2001. Interphase movements of a DNA chromosome region modulated by VP16 transcriptional activator// Nat Cell Biol. V. 3: P. 134-9.

171. Turner, B.M. 2000. Histone acetylation and an epigenetic code. Bioessays. V. 22: P. 83645.

172. Turner, B.M., A.J. Birley, and J. Lavender. 1992. Histone H4 isoforms acetylated at specific lysine residues define individual chromosomes and chromatin domains in Drosophila polytene nuclei // Cell. V. 69: P. 375-84.

173. Vazquez, J., M. Muller, V. Pirrotta, and J.W. Sedat. 2006. The Mcp element mediates stable long-range chromosome-chromosome interactions in Drosophila // Mol Biol Cell. V. 17: P. 2158-65.

174. Verdel, A., S. Jia, S. Gerber, T. Sugiyama, S. Gygi, S.I. Grewal, and D. Moazed. 2004. RNAi-mediated targeting of heterochromatin by the RITS complex // Science. V. 303: P. 672-6.

175. Vlcek, S., T. Dechat, and R. Foisner. 2001. Nuclear envelope and nuclear matrix: interactions and dynamics // Cell Mol Life Sci. V. 58: P. 1758-65.

176. Volpe, T.A., C. Kidner, I.M. Hall, G. Teng, S.I. Grewal, and R.A. Martienssen. 2002. Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi // Science. V. 297: P. 1833-7.

177. Wallrath, L.L., and S.C. Elgin. 1995. Position effect variegation in Drosophila is associated with an altered chromatin structure //Genes Dev. V. 9: P. 1263-77.

178. Wang, L., J.L. Brown, R. Cao, Y. Zhang, J.A. Kassis, and R.S. Jones. 2004. Hierarchical recruitment of polycomb group silencing complexes // Mol Cell. V. 14: P. 637-46.

179. Weiler, K.S., andB.T. Wakimoto. 1995. Heterochromatin and gene expression in Drosophila //Annu Rev Genet. V. 29: P. 577-605.

180. West, A.G., M. Gaszner, and G. Felsenfeld. 2002. Insulators: many functions, many mechanisms // Genes Dev. V. 16: P. 271-88.

181. Wu, R.S., H.T. Panusz, C.L. Hatch, and W.M. Bonner. 1986. Histones and their modifications // CRC Crit Rev Biochem. V. 20: P. 201-63.

182. Yasuhara, J.C., and B.T. Wakimoto. 2006. Oxymoron no more: the expanding world of heterochromatic genes // Trends Genet. V. 22: P. 330-8.

183. Yasuhara, J.C., and B.T. Wakimoto. 2008. Molecular landscape of modified histones in Drosophila heterochromatic genes and euchromatin-heterochromatin transition zones // PLoS Genet. V. 4:e16.

184. Zhang, J., F. Xu, T. Hashimshony, I. Keshet, and H. Cedar. 2002. Establishment of transcriptional competence in early and late S phase // Nature. V. 420: P. 198-202.

185. Zhang, P., andA.C. Spradling. 1995. The Drosophila salivary gland chromocenter contains highly polytenized subdomains of mitotic heterochromatin // Genetics. 139:659-70.

186. Zhimulev, I.F. 1998. Polytene chromosomes, heterochromatin, and position effect variegation //Adv Genet. V. 37: P. 1-566.

187. Zhimulev, I.F., and E.S. Belyaeva. 2003. Intercalary heterochromatin and genetic silencing // Bioessays. V. 25: P. 1040-51.

188. Zimowska, G., J.P. Aris, and M.R. Paddy. 1997. A Drosophila Tpr protein homolog is localized both in the extrachromosomal channel network and to nuclear pore complexes // J Cell Sci. V. 110: P. 927-44.

189. Zink, B., and R. Paro. 1989. In vivo binding pattern of a trans-regulator of homoeotic genes in Drosophila melanogaster // Nature. V. 337: P. 468-71.

190. Zink, D. 2006. The temporal program of DNA replication: new insights into old questions // Chromosoma. V. 115: P. 273-87.