Взаимоотношения геномной ДНК и липидов: влияние факторов окружающей среды тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, доктор наук Ибрагимова Миляуша Якубовна

• Ибрагимова Миляуша Якубовна
• доктор наук
• 2017

Оглавление диссертации доктор наук Ибрагимова Миляуша Якубовна

ОГЛАВЛЕНИЕ

1. ВВЕДЕНИЕ

2. ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

2.1. Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1.1. Липидомика. Новые подходы к классификации и номенклатуре липидов

2.1.1.1. Инструментальные методы липидомики: тандемная масс-спектрометрия (ТМС), время-пролетная лазерная десорбция и ионизация с помощью матрикса (MALDI-TOF), электроспрей-ионизация-масс-спектрометрия (ESI-MS), жидкостная хроматография-масс-спектрометрия (LC-MS-MS)

2.1.1.2. Количественный анализ липидома с использованием общих экстрактов клеток и тканей

2.1.1.3. Международные центры и проекты по липидомике

2.1.1.4. Медицинские задачи, решаемые методами липидомики

2.1.2. Медико-биологическое значение перекисного окисления липидов

2.1.3. Антиоксидантная защита организма

2.1.4. Взаимосвязь дисбаланса макро- и микроэлементов

2.1.5. Мутагенез и антимутагенез. Основные механизмы действия антимутагенов

2.2. Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 66-90 2.2.1. Биомаркеры жирнокислотного состава общих липидов грамположительной Bacillus subtilis и грамотрицательной Pseudomonas aurantiaca бактерий в зависимости от температуры и фазы роста

2.2.2. Выделение, идентификация и анализ липидов, прочносвязанных с ДНК

2.2.3. Липидный и жирнокислотный составы фракций ДНК-связанных липидов Pseudomonas aurantiaca по данным масс-спектрометрии

2.2.4. Компьютерные эксперименты по исследованию взаимодействия ДНК с жирными кислотами методом молекулярной динамики

2.2.5. Определение индикаторов перекисного окисления липидов

2.2.5.1. Гидроперекиси липидов в плазме крови

2.2.5.2. Диеновые конъюгаты ненасыщенных высших жирных кислот в гомогенатах органов крыс

2.2.5.3. Малоновый диальдегид (ТБК-активные соединения) в осадке липопротеидов плазмы крови

2.2.5.4. Малоновый диальдегид (ТБК-активные соединения) в тканях

2.2.6. Оценка состояния системы антиоксидантной защиты организма

2.2.6.1. Суммарная антиокислительная активность сыворотки

крови

2.2.6.2. Активность каталазы в эритроцитах крови

2.2.6.3. Пероксидазная активность в эритроцитах крови

2.2.6.4. Церулоплазмин в сыворотке крови

2.2.7. Содержание макро- и микроэлементов в органах крыс

2.2.8. Генетические эффекты модуляторов липидного обмена.. 88-90 2.2.8.1. Оценка мугагенных и антимутагенных эффектов лекарственных препаратов в эритроцитах периферической крови мышей путем регистрации микроядер

2.3. Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

2.3.1. Жирнокислотные маркеры общих липидов грамотри-цательной и грамположительной бактерий в зависимости от температуры и фазы роста

2.3.1.1. Жирнокислотные маркеры общих липидов грамположительной бактерии Bacillus subtilis в зависимости от температуры и фазы роста

2.3.1.2. Жирнокислотные маркеры общих липидов грамотрицательной бактерии Pseudomonas aurantiaca в зависимости от температуры и фазы роста

2.3.2. Жирнокислотные и липидные профили фракций ДНК-связанных липидов грамотрицательной бактерии Pseudomonas aurantiaca

2.3.2.1. Жирнокислотные профили фракций ДНК-связанных липидов Pseudomonas aurantiaca, выделенных детергентным методом

2.3.2.2. Жирнокислотные профили фракций ДНК-связанных липидов Pseudomonas aurantiaca, выделенных фенольным методом

2.3.2.3. Жирнокислотный и фосфолипидный профили фракций липидов, прочносвязанных с ДНК грамотрицательной бактерии Pseudomonas aurantiaca

2.3.3. О регуляции экспрессии генов жирными кислотами: комплексообразование ДНК с жирными кислотами (in silico)

2.3.3.1. Молекулярная динамика и свободная энергия связывания линолевой кислоты с ДНК в водном растворе

2.3.3.2. Особенности комплексообразования ДНК с олеиновой кислотой по данным молекулярной динамики и спектров ЯМР

2.3.3.3. Молекулярная динамика комплексов ДНК с фосфолипидом

2.3.3.4. К вопросу о взаимосвязи и проблематике исследований липид-нуклеиновых взаимодействий и комплексов про- и эукариот

2.3.4. Лабильность липидов под влиянием мутагена циклофосфамида: индикаторы перекисного окисления липидов в крови и органах крыс и система антиоксидантной защиты организма

2.3.4.1. Влияние циклофосфамида на индикаторы перекисного окисления липидов в крови и органах

2.3.4.2. Влияние циклофосфамида на систему антиоксидантной защиты организма: каталазу, пероксидазу, церулоплазмин, суммарную антиокислительную активность крови

2.3.5. Влияние лекарственного препарата с мутагенным эффектом - циклофосфамида - на содержание биоэлементов в органах крыс

2.3.6. Мутагенные эффекты модуляторов липидного обмена.... 159-163 2.3.6.1. Мутагенные эффекты биологически активных веществ

в эритроцитах периферической крови мышей (in vivo)

2.3.7. Антимутагенные эффекты модуляторов липидного

обмена

2.3.7.1. Антимутагенные эффекты лекарственных препаратов

в эритроцитах периферической крови мышей (in vivo)

3. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

3.1. Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ

3.2. ВЫВОДЫ

4. СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ

5. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

6. ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Взаимоотношения геномной ДНК и липидов: влияние факторов окружающей среды»

1. ВВЕДЕНИЕ

При создании новых парадигм в современных науках используется множество самых различных методологических приёмов, среди которых все большее внимание привлекают подходы, изучающие самоформирующиеся сложные биологические системы (Chen et al., 2014; Dharuri et al., 2014; Schuster et al., 2014). При этом используются комплексные исследовательские программы и междисциплинарные научные методы, позволяющие соединить в единую прогнозируемую сеть закономерности, характерные для, на первый взгляд, не связанных друг с другом элементов. В биологии такие исследования в настоящее время считаются наиболее перспективными, особенно в рамках разработки новых направлений -липидомики и метаболомики, определяющих биохимическое пролифелирование живых систем (Beike et al., 2014; Dennis 2009; Grinde et al., 2014; Los et al., 2013; Molloy 2012; Schmitt et al., 2014). С этих позиций очевидно стремление исследователей изучить информационные каналы, связывающие метаболизм высокоорганизованных метаболитов (белков, жиров углеводов и др.) с физиологическими параметрами живых системы на разных уровнях организации (Kell, Goodacre, 2014; Metallo, Heiden, 2013; Mironov et al., 2014). Эти подходы положены в основу настоящей работы: мы попытались оценить особенности жирнокислотного и липидного профилей в структуре клеток (прокариот) и роль отдельных звеньев метаболизма липидов в реализации таких свойств, как генетическая изменчивость клетки, биоэлементный баланс и некоторые другие (Дьячков и др., 2011; Жданов и др., 2012; 2014а,б,в,г; 2015; Ибрагимова и др., 2011а,б,в; 2012а,б; 2013).

Научный поиск часто начинается с изучения морфологических параметров объекта с последующей оценкой их роли в формировании фенотипических параметров в условиях нормы и патологии (Жданов и др., 2014). Этот алгоритм показал свою эффективность во многих научных разработках. Таким образом, на первом этапе наших исследований была

произведена оценка жирнокислотного состава общих липидов грамположительных и грамотрицательных бактерий в условиях различных режимов эксперимента (Жданов и др., 2012; Жданов и др., 2014а,б; Ибрагимова и др., 2012а). При этом был сделан акцент на изучение жирнокислотного и липидного профилей фракций ДНК-связанных липидов с применением современных инструментальных методов (газовая хроматография, масс-спектрометрия, ядерный магнитный резонанс, высокоэффективная жидкостная хроматография и др.). Это позволило нам разработать методы и подходы, чтобы на их основании провести серию исследований, определяющих участие липидов в механизме конденсации ДНК в хроматине. Анализ полученных результатов с применением методов компьютерного моделирования позволил предложить ряд концепций, расширяющих понимание процессов конденсации хроматина, экспрессии генов, апоптоза и, что особенно важно, разработать и апробировать метод молекулярной диагностики нестабильности генома (Тарасов и др., 2012).

На втором этапе мы нашли подходы к оценке генетического и биоэлементного гомеостаза в условиях экспериментально модифицированного липидного баланса. Очевидно, что при таких подходах для решения поставленных задач выбор модификаторов имел первостепенное значение. Прежде всего это должны быть соединения, зарекомендовавшие себя в подобного рода исследованиях, с хорошо изученными биологическими характеристиками и физико-химическими параметрами (растворимостью, периодом полураспада, приемлемой для наших условий биотрансформацией, невысокими комплексообразующими свойствами с компонентами биожидкостей организма), оптимальным соотношением токсической, мутагенной и липидмодифицирующей активности и т.д. (Kasamoto et а1., 2014). И, самое главное, эти соединения должны быть инструментом, позволяющим модифицировать и отслеживать различные стороны липидного обмена в зависимости от целевых установок протокола опыта.

В предварительных экспериментах были проведены сравнительные исследования нескольких препаратов. Наиболее подходящими для нас оказались два модификатора - циклофосфамид и используемые в медицине лиганды адренорецепторов (Takahashi et al., 2014; Ward et al., 2014). Эти модификаторы позволили оценить значимость перекисного окисления липидов и адреналин-зависимый липогенез в генетической изменчивости, биоэлементном гомеостазе, а также некоторые другие параметры клетки. Циклофосфамид (ЦФ) - противоопухолевое и иммунодепрессивное средство, широко известное и изученное лекарственное соединение (Kasamoto et al., 2014). Важным является его способность индуцировать перекисное окисление липидов (ПОЛ) составной части липидного обмена практически всех клеток эукариот (Jnaneshwari et al., 2013). Кроме того, ЦФ проявляет высокую алкилирующую активность, которая достаточно часто реализуется в метаболизме липидов. Учёт алкилирующего потенциала циклофосфамида может привести к обнаружению новых каналов влияния алкилирующих реакций, происходящих на уровне липидного обмена, на исследуемые нами физиологические параметры (генетическую изменчивость и др.). Необходимо также отметить неоднозначное (ингибирующее или стимулирующее) влияние лигандов адренорецепторов на липолиз (Lee et al., 2013; Tayel et al., 2012).

Предметом нашего изучения были такие параметры клетки, как генетический и биоэлементный гомеостаз клетки, в условиях модификации различных сторон метаболизма липидов. Состояние генетического гомеостаза клетки при нарушении антиоксидантно/прооксидантного равновесия мы оценивали по интенсификации в клетках процессов мутагенеза и антимутагенеза. Следует подчеркнуть, что, формируя протокол экспериментов, мы решали и другую задачу - оценивали возможность использования анализа профилей жирных кислот ДНК-связанных липидов в качестве молекулярного индикатора нестабильности клеточного генома.

Изучение содержания биоэлементов в условиях повышенной

пероксидации липидов позволило выявить существенные отклонения в содержании ряда элементов от физиологической нормы (Ибрагимова и др., 2013). С учётом этого был составлен прогноз повреждений в элемент-зависимых звеньях системы липогенез - липолиз, что в итоге может послужить подходом для формирования универсальной рабочей самоподдерживающей патогенетической цепочки, характерной для многих системных заболеваний.

Актуальность исследования. В ряду биологически важных молекул липиды занимают особое место (Albi et al., 2013; Khandelia et al., 2014; Lazzarini et al., 2015). Это уникальный класс биомолекул с двойственной природой: в органических средах липиды представляют собой низкомолекулярные соединения, а в водных растворах - биомакромолекулы, образующие организованные липидные поверхности. Липиды служат «каркасом» для всех клеточных мембран, выполняя барьерную функцию. Они важны для энергетики клетки при запасании энергии в форме триглицеридов. Многие липиды или их производные являются важнейшими участниками переноса регуляторных сигналов (Шмырина, 2005; Hannun, Obeid, 2008; Jimenez-Rojo et al., 2014; Zhang et al., 2014). Данные сигналы могут быть самыми разнообразными - от программируемой гибели клеток (апоптоза) (Шмырина, 2005; Kagan et al., 2004) до активации клеточного деления и связывания с субстратом (Forrester et al., 2004). В последнее время липиды признаются исключительно важными молекулами, участвующими в процессе при передаче сигнала и эндомембранном транспорте, например при передаче сигнала сфинголипидами (церамидами) (Шмырина, 2005; Hannun, Obeid, 2008; Kamath-Loeb et al., 2014) или в сфингомиелиновых рафтах (Rajendran, Simons, 2005). Известны примеры регуляции активности генов жирными кислотами, а полиненасыщенные жирные кислоты, как установлено, являются ингибиторами пролиферации клеток (Kamath-Loeb et

al., 2014). Предполагается, что нарушения в процессах метаболизма липидов могут лежать в основе таких «болезней века», как онкологические, сердечнососудистые заболевания (Christofaro et al., 2014; Jones et al., 2014; Lepore et al., 2014), атеросклероз, болезнь Альцгеймера и другие нейро-дегенеративные заболевания (Nguyen et al., 2014; Rocha et al., 2014).

Задачами липидомики являются определение всех находящихся в данный момент в клетке липидов, изучение их биологической роли в комплексе с белками, вовлеченными в метаболизм, а также исследование их функций, включая оценку пероксилипидома и его индикаторов (Шмырина, 2005; Flasinski, Hac-Wydro, 2014), и роли в метаболических путях и регуляции генов. Одним из первых был опубликован полный липидом дрозофилы (Carvalho et al., 2012). Однако в современных проектах липидомики (Lipid Maps; Eurolipidomics) мало изученной все еще остается большая группа липидов ядра (Albi, Magni, 2004; Atesenko, Burlakova, 2002), специфически взаимодействующих с ДНК, - ДНК-связанные липиды (Стручков, Стражевская, 1993; Zhdanov, Hianik, 2002; Zhdanov et al., 2006). В связи с этим большой интерес представляет проведение исследований по изучению любых взаимодействий геномной ДНК с липидами с помощью разных методов, как, например, различных типов взаимодействий и их специфичности (Schild et al., 2012), поскольку это может облегчить разработку новых методов диагностики заболеваний или создание новых типов лекарственных средств (Богданенко, Ибрагимова, 2009; Московцев и

др., 2012).

В настоящей работе мы представили результаты по исследованию комплексов между липидами и ДНК в зависимости от влияния факторов внешнего воздействия: оценили мутагенез и антимутагенез посредством модуляторов липидного обмена - лигандов адренорецепторов, определили уровень индикаторов перекисного окисления липидов в крови и органах, активности антиокислительной системы и ферментов в крови, а также

содержание биоэлементов в органах животных при действии мутагенов; исследовали жирнокислотный и липидный профили ДНК-связанных липидов прокариот и специфичность взаимодействия с ДНК компонентов липидома (жирные кислоты и фосфолипид).

Цель настоящей работы - исследование структуры и свойств комплексов между липидами и ДНК; влияние на них факторов внешнего воздействия среды (температура, фазы роста, лекарственные препараты) для изучения взаимосвязи нестабильности геномной ДНК и модуляторов липидного обмена.

Обозначенная цель обусловила постановку конкретных задач:

1. дать сравнительную характеристику жирнокислотных маркеров общих липидов грамположительной и грамотрицательной бактерий в зависимости от температуры и фазы роста;

2. определить жирнокислотный и липидный профили ДНК-связанных липидов грамотрицательной бактерии Pseudomonas aurantiaca;

3. провести компьютерные эксперименты по установлению природы связей ДНК с жирными кислотами и ДНК с одним из базовых фосфолипидов;

4. определить влияние лекарственного препарата с мутагенным эффектом циклофосфамида на индикаторы перекисного окисления липидов и содержание ряда макро- и микроэлементов в гомогенатах органов крыс;

5. оценить мутагенный и антимутагенный эффекты модуляторов липидного обмена - лигандов адренорецепторов - в эритроцитах периферической крови мышей.

Положения, выносимые на защиту.

1. Предложены критерии выявления жирнокислотных маркеров общих липидов грамположительной бактерии Bacillus subtilis штамм OSU-142 и грамотрицательной бактерии Pseudomonas aurantiaca («Нахимовская 1948») штамм B-1558 в зависимости от фазы роста и температуры как факторов внешней среды.

2. Определены жирнокислотные профили двух фракций ДНК-связанных липидов грамотрицательной бактерии Pseudomonas aurantiaca («Нахимовская 1948») штамм B-1558.

3. Оптимизированы структурные характеристики комплексов жирной кислоты (линолевая кислота) и фосфатидилэтаноламина (два остатка линолевой кислоты) с ДНК по результатам компьютерных расчетов.

4. Лекарственное средство с мутагенным действием - циклофосфамид, являясь фактором внешнего воздействия, вызывает как нестабильность геномной ДНК и перекисное окисление липидов, так и уменьшает содержание семи микроэлементов (железо, медь, цинк, марганец, кобальт, молибден, селен) в органах крыс.

5. Модуляторы липидного обмена, факторы внешнего воздействия -лиганды адренорецепторов (стимуляторы и блокаторы а- и ß-адренорецепторов) - ослабляют негативные генетические эффекты циклофосфамида (как фактора внешней среды) в эритроцитах периферической крови мышей.

Научная новизна результатов исследования.

Впервые определены жирнокислотные маркеры и липиды, а также кислоты, входящие в состав липидов, взаимодействующих с компонентами надмолекулярного комплекса ДНК бактерий, независимой обработкой комплекса Pseudomonas aurantiaca ферментами, гидролизующими либо ДНК или РНК, либо белки.

Впервые с помощью компьютерных экспериментов методом молекулярной динамики определены структурные параметры: длины связей между атомами ДНК и жирной кислоты и основные конформации комплексов компонентов генома (ДНК) и липидома (олеиновой, линолевой кислот и фосфатидилэтаноламина). Обнаружен комплекс фосфатидилэтаноламина с ДНК, обусловленный структурными особенностями молекулы липида.

Впервые исследованы биоэлементы (30 макро- и микроэлементов) эукариотического организма в связи с мутагенной активностью алкилирующего, цитостатического препарата циклофосфамида как фактора влияния внешней среды, показано достоверное снижение содержания семи микроэлементов в результате его введения.

Теоретическая и практическая значимость.

Предложено понятие «надмолекулярный комплекс ДНК-липид», основанное на способности фосфатидилэтаноламина взаимодействовать с молекулой ДНК. Такой комплекс может лежать в основе важнейших биологических механизмов (таких, как суперспирализация ДНК, конденсация хроматина и др.) и их адаптации под влияние внешней среды.

Данные, полученные на основе компьютерных экспериментов по молекулярной динамике комплексов ДНК с жирными кислотами, показавших большую стабильность комплексов ДНК с линолевой кислотой, предлагается использовать для разработки элементов «комплексов-носителей» в транспорте генов с помощью липидных систем в целях генотерапии. При этом более эффективно можно использовать не производную олеиновой кислоты - диолеилфосфатидилэтаноламин (ДОФЭ, DOPE), а соответствующее производное линолевой кислоты.

Полученные результаты свидетельствуют об изменениях пероксилипидного и биоэлементного состава в органах животных при

нестабильности геномной ДНК в результате действия мутагена как фактора внешней среды.

На примере циклофосфамида впервые показано, что при использовании в терапии лекарственных препаратов-канцеростатиков, являющихся алкилирующими соединениями, происходит уменьшение содержания семи биоэлементов в органах после однократного введения в дозе 40 мг/кг. При лечении больных циклофосфамидом и для лучшей реабилитации онкологических больных может применяться поддерживающая терапия препаратами данных химических элементов -железо, цинк, медь, марганец, молибден, кобальт, селен.

При выборе лекарственных средств для лечения социально значимых заболеваний предпочтительнее отбирать те препараты, которые обладают, помимо прочего, антимутагенным эффектом.

Результаты работы внедрены в учебный процесс кафедры биохимии и биотехнологии ИФМиБ КФУ.

Апробация результатов исследования.

Основные результаты работы докладывались на конференциях, российских и международных симпозиумах: the 13th Symposium «Biomedical Science & Technology» (Стамбул, Турция, 2007); International Symposium on Gene Therapy (Стамбул, Турция, 2007); Международном симпозиуме Фонда им. А. Гумбольдта «Наука и политика в XXI веке: новые импульсы международного сотрудничества» (Пенза, 2007); 11-й Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI» (Пущино, 2007); Seminars of Chair of Genetics and Bioengineering, Yeditepe University (Стамбул, Турция, 2007, 2008); II Международной научно-практической конференции «Постгеномная эра в биологии и проблемы биотехнологии» (Казань, 2008); 12-й Международной Пущинской школе-конференции молодых ученых (Пущино, 2008); XIV Всероссийской научно-

практической конференции с международным участием «Молодые ученые в медицине» (Казань, 2009); International on-line Internet Conference «Fundamental Medicine: from Scalpel - to Genomics, Proteomics, Lipidomics», devoted to 50th Anniversary of 1961 Nobel Prize for DNA double helix (Казань, 2011); III Международной научно-практической конференции «Биоэлементы. Научные основы и опыт применения биоэлементов» (Оренбург, 2011); Cell Symposium «Genetics and Chemistry Sharing a Language of Discovery» (Кембридж, США, 2012); IV Российском съезде биофизиков (Нижний Новгород, 2012); II Russian-French Symposium on Chemo- and Bioinofrmatics (Казань, 2012); Международной научной интернет-конференции «Биоинформатика и молекулярное моделирование» (Казань, 2012); III Международной научной онлайн-конференции «Актуальные проблемы биохимии и бионанотехнологий» (Казань, 2012); III Международной научно-практической конференции «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» (Казань, 2012); the 38th FEBS Congress (Санкт-Петербург, 2013); Международном симпозиуме, посвященном 150-летию образования кафедры биохимии Казанского университета «Биохимия - основа наук о жизни» (Казань, 2013), III Международной научной интернет-конференции «Медицина в XXI веке: тенденции и перспективы» (Казань, 2014).

Публикации. По теме диссертации опубликованы 90 работ, в том числе 13 статей в российских журналах, рекомендованных ВАК РФ к публикации основных результатов научного исследования, 1 патент, 2 статьи в коллективной монографии и 8 учебных и учебно-методических пособий.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 262 страницах машинописного текста и состоит из введения и четырех глав (обзор литературы, материалы и методы исследования, результаты собственных исследований и их обсуждение), заключения, выводов, списка

литературы, включающего 420 источников (из них 299 - зарубежных), и приложения. Работа содержит 37 таблиц и 50 рисунков.

Работа поддержана грантами: ЦНИЛ КГМУ (2006-2007); Университета Едитепе, Стамбул, Турция (2007-2008); КФУ - Минобрнауки РФ, тема № бюджет Ф11-02 (2011); КФУ - Минобрнауки РФ, тема № гос. рег. 021000026, № бюджет 12-26 (№ 13-64-ВП), НД02, ВД 0210 (2012-2013); РФФИ 12-03-97089-р_поволжье_а (2012-2014); НИР в рамках проектной части государственного задания в сфере научной деятельности по Заданию № 6.1139.2014/К (2014-2015); международным грантом Postdoctoral Fellowship Института перспективных исследований Московского педагогического государственного университета (2015).

Тема диссертации соответствует приоритетному направлению модернизации и технологического развития РФ - «Науки о жизни» (Указ Президента РФ от 21 мая 2006 г. № 843), а также перечню критических технологий РФ - «Геномные и постгеномные технологии создания лекарственных средств» (Указ Президента РФ от 7 июля 2011 г. № 899).

2. ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ 2.1. Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 2.1.1. Липидомика. Новые подходы к классификации

и номенклатуре липидов

Возможность существования ДНК-связанных липидов была впервые показана в 1959 г. в работе лауреата Нобелевской премии М. Уилкинса и его сотрудника Г. Зубаи по изучению нуклеогистоновых комплексов тимуса теленка методом рентгеноструктурного анализа (Шмырина, 2005; Wilkins, 7иЬау, 1959).

На современном этапе целью липидомики является идентификация всех липидов клетки (как прокариотической, так и эукариотической) и установление их функций, хотя сделать это, по-видимому, будет непросто. Число липидных молекул (lipid шо1еси1аг species) до настоящего времени оценивалось по разным источникам от 1000 до 3000 липидов и их производных. По разрозненным данным ранее считали основными классами липидов нейтральные липиды, такие как длинноцепочечные ацилглицериды, жирные кислоты, и их окисленные производные, сложные липиды, такие как фосфо-, сфинго- и гликолипиды, а также многие стероиды, стерины и их производные (Шмырина, 2005; Christie, 2003). В действительности же их число может быть и значительно больше, поскольку определение точного числа всех липидных молекул клеток представляется сложной задачей из-за экстраординарного числа возможных комбинаций их основных классов с огромным числом известных жирных кислот, этерифицирующих положения 1, 2 и/или 3 глицерина (в моноацилглицеридах, диацилглицеридах или триацилглицеридах). Кроме того, в ацилглицерофосфатах жирнокислотные остатки могут сочетаться в разных комбинациях с большим числом полярных групп (polar head grouppings), этерифицирующих фосфатные группы. Таким образом, все вышесказанное дает представление о том, почему сложно определить точное число молекул и их стереоизомеров даже

для определенного набора жирных кислот (и полярных групп) данного липида (подобные рассуждения справедливы также для стероидов и сфинголипидов). Систематические исследования липидного состава живых клеток в рамках липидомных проектов, начатые в начале XXI века, производят революцию не только в липидологии (Dennis, 2009; Jimenez-Rojo et al., 2014; Lagarde et al., 2003), но и в биохимии и патофизиологии. В чем же заключается эта революция?

Во-первых, изменены классификация липидов, ее описание и номенклатура. Международный комитет по классификации и номенклатуре липидов (International Committee for the Classification and Nomenclature of Lipids, ICCNL) совместно с Американским проектом «Липидные карты» (Lipid MAPS initiative: www.lipidmaps.org) выделил 8 категорий липидов: жирные кислоты (fatty acids), глицеролипиды (glycerolipids), глицерофосфолипиды (glycerolipids), сфинголипиды (sphingolipids), стероиды (sterol lipids, для них вводится 15 подклассов), пренолы (prenol lipids), сахаролипиды (saccharolipids), и поликетиды (polyketides) (табл. 1) (Dennis, 2009; Fahy et al., 2005; 2009). К производным липидов можно также отнести белки и другие макромолекулы, модифицированные теми или иными липидными молекулами (Богданенко и др., 2012). Каждая категория липидов подразделяется далее на классы и субклассы. Там, где это необходимо, введена четырехуровневая классификация липидов, например, в категории «пренольные липиды» подкласс сесквитерпенов С15 содержит 90 известных вариантов, основанных на различиях в их углеродных скелетах. В других случаях используется 12-знаковое обозначение. С учетом этого и существующей номенклатуры липидов в рамках структурной базы данных LIPID MAPS (LMSD) была создана удобная схема, позволяющая давать систематическое название представителям различных классов и подклассов липидов (Sud et al., 2007), в данной работе приведены также и ссылки на рекомендации по номенклатуре IUPAC-IUBMB. Все липиды в LMSD

классифицированы и аннотированы с использованием этой детализированной системы классификации и номенклатуры, созданной консорциумом LIPID MAPS. Эта 12-14 - знаковая система обеспечивает единообразие написания и номенклатуры липидов, поскольку ранее одни и те же липиды могли быть названы и обозначены по-разному и представлены в различных базах данных по-разному (Fahy et al., 2005; 2009).

Таблица 1

Основные категории липидов живой клетки согласно полной

классификации LIPID MAPS (адаптировано из Fahy et al., 2009)

Категория структуры липида Сокращенное название категории липида в базе данных Количество молекул липидов данной категории в базе данных LIPID MAPS*

Жирные кислоты ЖК (FA) 2678

Глицеролипиды ГЛ (GL) 3009

Глицерофосфолипиды ГФ (GP) 1970

Сфинголипиды СФ (SP) 620

Стероидные липиды СТ (ST) 1744

Пренольные липиды ПР (PR) 610

Сахаролипиды (гликолипиды) СЛ (SL) 11

Поликетиды ПК (PK) 132

* Структуры липидов LMSD получены из четырех источников: а) лабораторий консорциума LIPID MAPS и их партнеров; б) липиды, идентифицированные в экспериментах в рамках LIPID MAPS; в) структуры соответствующих классов липидов, генерированные с помощью компьютерных программ; г) липиды биологического поисхождения, взятые вручную из баз данных LIPID BANK, LIPIDAT и других источников (например, из научной литературы) (Sud et al., 2007).

В жирных кислотах в классе эйкозаноидов появился подкласс пероксидов -hydroxy/hydroperoxyeicosapentaenoic acid - и другие пероксиды, чтобы можно было учесть гидропероксиды. Убраны названия подклассов, основанные на

источнике липидов, например фитостероиды и т. д., и введены подклассы стероидов, основанные на углеродном скелете ядра стероида: эргостерины (ergosterols), горгостероины (gorgosterols). Два новых класса липидов включены в категорию глицеролипиды: glycosyldiradylglycerols и glycosylmonoradylglycerols, чтобы учесть такие липиды растений, как sulfoquinovosyldiacylglycerols, обнаруженные в хлоропластах. Позиционные стереоизомеры предусмотрены в LMSD и хранятся как одна структура с указанием количества изомеров в сокращении, которые могут быть, однако, получены по требованию. Например, 6 изомеров триглицерида с разными ацильными остатками (radyl) при разных sn атомах глицеринового остова присутствуют в базе данных LMSD как LMGL03010043 c общим названием TG(16:0/16:1(9Z)/18:1(9Z))[iso6] и систематическим названием 1-hexadecanoyl -2-(9Z-hexadecenoyl)-3-(9Z-octadecenoyl)-sn-glycerol и обозначают липидную структуру с 6 возможными позиционными изомерами (Sud et al., 2007). Введя 12- или 14-знаковый код липида в базу LMSD, можно получить информацию о его структурной формуле (а введя формулу, можно получить LM ID), принятом систематическом названии, категории, классе и подклассе липида, синонимах.

Ниже перечислены существующие базы данных по липидам:

• LIPID BANK for Web (www.lipidbank.jp);

• LIPIDAT (www.lipidat.chemistry.ohio-state.edu);

• LIPID MAPS website (www.lipidmaps.org/data/standards/);

• LMSD (www.lipidmaps.org/data/structure/);

• LIPID MAPS Proteome Database (LMPD) (www.lipidmaps.org/data/proteome/index.cgi);

• Lipid Library (www.lipidlibrary.co.uk);

• Cyberlipids (www.cyberlipid.org);

• Glycosphingolipidome (www.sphingomap.org).

Во-вторых, сформулированы два различных подхода к инструментальному липидомному анализу клетки.

1) Можно разработать протоколы экстракции, оптимизированные для каждой категории липидов и, в некоторых случаях, для классов липидов, а затем использовать жидкостную хроматографию для оптимального разделения содержащихся липидных молекул. Консорциум LIPID MAPS (Deems et al., 2007; Garrett et al., 2007ab; Ivanova et al., 2007; Krank et al., 2007; McDonald et al., 2007; Sullards et al., 2007) предпочел именно этот подход. Хроматографические элюаты индивидуальных фракций впрыскиваются затем прямо в масс-спектрометр для дальнейшего (on-line) анализа молекулярной фрагментации (molecular fragmentation (MS/MS)), мониторинга сложных реакций (multiple reaction monitoring (MRM)) и сканирования сложных ионов-предшественников (multiple precursor ion scanning (MPIS)) (Dennis, 2009).

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Ибрагимова Миляуша Якубовна, 2017 год

5. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Агаджанян, Н.А. Эколого-биогеохимические факторы и здоровье человека / Н.А. Агаджанян, В.Л. Сусликов, Н.В. Ермакова, А.Ш. Капланова // Экология человека. - 2000. - № 1. - С. 3-5.

2. Алекперов, У.К. Антимутагенез. Теоретические и прикладные аспекты / У.К. Алекперов. - М.: Наука, 1984. - 100 с.

3. Алексеев, В.П. Вилюйский энцефаломиелит; географическая патология региона Крайнего Севера / В.П. Алексеев, А.А. Жаворонков, В.А. Владимирцев // Наука и образование. - 1996. - № 4. - С. 70-73.

4. Алексеенко, И.Ф. Функциональная роль сфингозина в индукции пролиферации и гибели клеток / И.Ф. Алексеенко // Биохимия. -1998. -Т. 63, № 1.-С. 75-82.

5. Антонова, И.В. Роль экзогенных факторов в формировании врожденных пороков развития / И.В. Антонова, Е.В. Богачева, Ю.Ю. Китаева // Экология человека. - 2010. - № 6. - С. 30-35.

6. Арутюнян, Р.М. Модификация химического мутагенеза в клетках человека / Р.М. Арутюнян. - Ереван : Изд-во Ереванского университета, 1985. - 161 с.

7. Арчаков, А.И. Актуальные проблемы генного переноса и генотерапии / А.И. Арчаков, Р.И. Жданов // Вопросы Медицинской Химии. - 2000. -Т. 46, № 3. - С. 101.

8. Ацель, Е.А. Обоснование применения озонированных растворов кристаллоидов в компенсации синдрома повышенной вязкости крови: дис. ... канд. мед. наук: 14.00.05 / Евгения Александровна Ацель. -Казань, 2004. - 113 с.

9. Бабенко, Г.А. Микроэлементозы человека: патогенез, профилактика, лечение / Г.А. Бабенко // Микроэлементы в медицине. - 2001. - Т. 1, № 2. - С. 2-5.

10. Баранов, В.С. Геном человека и гены предрасположенности / В.С. Баранов, Е.В. Баранова, Т.Э. Иващенко, М.В. Асеев. - Санкт -Петербург: Интермедика, 2000. - 272 с.

11. Безуглов, В.В. Стереохимия замены аллильной гидроксильной группы на атом фтора в простагландинах. Синтез 15-фтор-11,15-дидезоксипростагландинов Е1 / В.В. Безуглов, В.Е. Пашинник, В.И. Товстенко, Л.Н. Марковский, Я.Ф. Фрейманис, И.В.Серков // Биоорганическая Химия. - 1996. - Т. 22, № 10. - С. 814- 822.

12. Безуглов, В.В. Липиды и рак. Очерки липидологии онкологического процесса / В.В. Безуглов, С.С. Коновалов. - Санкт - Петербург: Прайм -Еврознак, 2009. - 352 с.

13. Бергельсон, Л.Д. Препаративная биохимия липидов / Л.Д. Бергельсон, Э.В. Дятловицкая, Ю.Г. Молотковский, С.Г. Батраков, Л.И. Барсуков, Н.В. Проказова. - М.: Наука, 1981. - 256 с.

14. Богданенко, Е.В. Невирусный перенос генов в экспериментальной генотерапии: учебное пособие / Е.В. Богданенко, М.Я. Ибрагимова. -Казань: Изд-во Казанского государственного университета, 2009. - 90 с.

15. Богданенко, Е.В. Доставка генов в органы с помощью невирусных систем направленного транспорта с различной гидрофобностью и с лактозной адресной группой / Е.В. Богданенко, М.Я. Ибрагимова, Э.Т. Зиннатуллина, Р.И. Шакирова, А.Ю. Храмова, Р.И. Жданов // Клет. Транспл. Ткан. Инженерия. - 2012. - Т. 7, № 3 - С. 29-33.

16. Бойко, Н.И. Моделирование взаимодействия ДНК с диглицеридами / Н.И. Бойко, Р.И. Жданов, Е.П. Дьячков, П.Н. Дьячков // Известия Академии наук. Серия химическая. - 2008. - Т. 57, № 8. - С. 1741-1744.

17. Бочков, Н.П. Система поиска и изучения соединений с антимутагенными свойствами / Н.П. Бочков, А.Д. Дурнев, В.С. Журков // Химико-фармацевтический журнал. - 1992. - Т.26, № 9 - С. 42-46.

18. Бурлакова, Е.Б. Действие сверхмалых доз биологически активных веществ и низкоинтенсивных физических факторов / Е.Б. Бурлакова, А.А. Конрадов, Е.Л. Мальцева // Химическая физика. - 2003. - Т. 22, № 2. - С. 390-424.

19. Бушманов, А.Ю. Радиоактивные микроэлементы и здоровье человека / А.Ю. Бушманов // Микроэлементы в медицине. - 2000. - Т. 1, № 1. -С. 26-30.

20. Валеева, И.Х. Фармакологическая коррекция нарушений перекисного окисления липидов, вызываемых ксенобиотиками: дис. ... докт. биол. наук: 14.00.25 / Илдария Хайрулловна Валеева. - Казань, 2004. - 330 с.

21. Валеева, И.Х. Методы исследования липидного обмена: учебно-методическое пособие / И.Х. Валеева, М.Я. Ибрагимова, Р.И. Жданов, И.И. Салафутдинов, А.Р. Халикова, А.Р. Халикова, Л.Я. Ибрагимова. -Казань : Изд-во Казанского государственного университета, 2008а. - 60 с.

22. Валеева, И.Х. Методы определения содержания продуктов перекисного окисления липидов в биологическом материале: учебно-методическое пособие / И.Х. Валеева, М.Я. Ибрагимова, Р.И. Жданов, А.Р. Халикова, А.Р. Халикова. - Казань: Изд-во Казанского государственного университета, 2008б. - 26 с.

23. Валеева, И.Х. Методы оценки состояния системы антиоксидантной защиты организма: учебно-методическое пособие / И.Х. Валеева, М.Я. Ибрагимова, Р.И. Жданов, С.В. Малков, А.Р. Халикова, А.Р. Халикова -Казань: Изд-во Казанского государственного университета, 2008в. - 50 с.

24. Вафин, Л.Х. Особенности развития глубоконедоношенных детей и пути оптимизации их выхаживания: канд. мед. наук: 14.00.09 / Линар Хатыпович Вафин. - Казань, 2004. - 98 с.

25. Веремеенко, Е.Г. Активация антиоксидантного комплекса у бактерий Pseudomonas aurantiaca - продуцентов феназиновых антибиотиков /

Е.Г. Веремеенко, Н.П. Максимова // Микробиология. - 2010. - Т. 79, № 4. - С. 463-469.

26. Винтер, В.Г. Применение атомно-силовой микроскопии для исследования ДНК-гидролизующей активности антител к ДНК / В.Г. Винтер, Т.А. Невзорова, О.А. Коновалова, М.Х. Салахов // Доклады Академии наук. - 2005. - Т. 405, № 3. - С. 409-411.

27. Владимиров, Ю.А. Свободные радикалы в биологических системах / Ю. А. Владимиров // Соровский образовательный журнал. - 2000. - Т. 6, № 12. - С. 13-19.

28. Гаврилов, В.Б. Анализ методов определения продуктов перекисного окисления липидов в сыворотке крови по тесту с тиобарбитуровой кислотой / В.Б. Гаврилов, А.Р. Гаврилова, Л.М. Мажуль // Вопросы медицинской химии. - 1987. - № 1. - С. 118-122.

29. Гайнуллина, М.Я. Лиганды адренорецепторов - модуляторы клеточного мутагенеза: дис. ... канд. биол. наук: 03.00.04 / Миляуша Якубовна Гайнуллина. - Казань, 2000. - 120 с.

30. Грабеклис, А.Р. Возрастные и половые различия в элементном составе волос детей школьного возраста / А.Р. Грабеклис // Российский педиатрический журнал. - 2004. - № 4. - С. 60-61.

31. Демидов, В.А. Сравнительная эколого-физиологическая характеристика элементного гомеостаза жителей различных районов Московской области: дис. ... канд. биол. наук: 03.00.13 / Василий Александрович Демидов. -М., 2001. - 128 с.

32. Демидов, В.А. Оценка элементного статуса детей Московской области при помощи многоэлементного анализа волос / В.А. Демидов, А.В. Скальный // Микроэлементы в медицине. - 2001. - Т. 2, Вып. 3. - С. 46-55.

33. Дьячков, Е.П. Исследование взаимодействия ДНК с жирными кислотами методом молекулярного докинга / Е.П. Дьячков, М.Я. Ибрагимова, П.Н.

Дьячков, Р.И. Жданов // Ученые записки Казанского университета. Серия Естественные науки. - 2011. - Т. 153, № 1. - С. 86-96.

34. Дубинин, Н.П. Химические мутагены окружающей среды / Н.П. Дубинин. - М.: Наука, 1983. - 202 с.

35. Дурнев, А.Д. Мутагены: скрининг и фармакологическая профилактика воздействий / А.Д. Дурнев, С.Б. Середенин - М.: Медицина, 1998. - 328 с.

36. Дурнев, А.Д. Анализ и значение мутаций в зародышевых клетках / А.Д. Дурнев // Медицинская генетика. - 2011. - Т. 10, № 2. - С. 3-11.

37. Дятловицкая, Э.В. Роль биологически активных сфинголипидов в опухолевом росте / Э.В. Дятловицкая, А.Г. Кандыба // Биохимия. - 2006. -Т. 71, № 1. - С. 17-25.

38. Ершов, Ю.А. Механизм токсического действия неорганических соединений / Ю.А. Ершов, Т.В. Плетнева - М.: Медицина, 1989. - 272 с.

39. Жданов, Р.И. Липидом - новый информационный уровень в исследовании генома человека / Р.И. Жданов, А.А. Кубатиев // Патогенез. - 2003. - Т. 1, № 1. - С. 2-11.

40. Жданов, Р.И. ДНК-связанные липиды: компьютерное моделирование комплексов ДНК с насыщенными и ненасыщенными жирными кислотами / Р.И. Жданов, Е.П. Дьячков, В.А. Стручков, Н.Б. Стражевская, П.Н. Дьячков // Известия Академии Наук. Серия Химия. -2003а. - Т. 52, № 9 - С. 1893-1899.

41. Жданов, Р.И. Структура и стабильность комплексов олигомеров ДНК с жирными кислотами по данным молекулярной механики / Р.И. Жданов, Е.П. Дьячков, Н.Б. Стражевская, В.А. Стручков, П.Н. Дьячков // Доклады Академии наук. - 2003б. - Т. 390, № 4. - С. 548-552.

42. Жданов, Р.И. Холестерин и его эфиры жирных кислот в природных комплексах ДНК: анализ липидного состава, компьютерное моделирование связывания с ДНК и связывание холестерина с иммобилизованными олигодезоксирибонуклеотидами / Р.И. Жданов,

Е.П. Дьячков, Н.Б. Стражевская, А.А. Кубатиев // Известия Академии Наук. Серия Химия. - 2005. - Т. 52, № 9. - С. 2138-2144.

43. Жданов, Р.И. Жирнокислотные профили ДНК-связанных и общих липидов резко различаются / Р.И. Жданов, А.С. Шмырина, Т.В. Зарубина, А. Краус, В. Лоренц // Доклады Акад. Наук. - 2006а. - Т. 410, № 4. - С. 548-552.

44. Жданов, Р.И. В прокариотах присутствует фракция липидов, прочносвязанная с геномной ДНК / Р.И. Жданов, А.С. Шмырина, А.Л. Мулюкин, Г.И. Эль-Регистан, Т.В. Зарубина, А. Краус, Н. Гаупт, В. Лоренц // Доклады Акад. Наук. - 2006б. - Т. 410, № 6. - С. 828-831.

45. Жданов, Р.И. Методы невирусного переноса генов в целях генной терапии: учебное пособие / Р.И. Жданов, Е.В. Богданенко, М.Я. Ибрагимова. - Казань: Изд-во Казанского государственного университета, 2009. - 49 с.

46. Жданов, Р.И. Биомаркеры фазы роста и влияния температуры в жирнокислотном профиле грамотрицательной бактерии Pseudomonas aurantiaca / Р.И. Жданов, И.И. Салафутдинов, А. Арслан, М.Я. Ибрагимова // Доклады Академии наук. - 2012. -Т. 445, № 1. - С. 98-101.

47. Жданов, Р.И. Способ качественного и количественного анализа липидов, прочносвязанных с геномной ДНК / Р.И. Жданов, Р.А. Курбанов, М.Я. Ибрагимова. - 2014а. - Патент № 2506314.

48. Жданов, Р.И. Жирнокислотный состав ДНК-связанных липидов Pseudomonas aurantiaca по данным масс-спектрометрии / Р.И. Жданов, Д. Керн, В. Лоренц, М.Я. Ибрагимова // Цитология. - 2014б. - Т. 56. -С. 437-438.

49. Жданов, Р.И. К проблеме липидного кодирования геномной ДНК: особенности молекулярной динамики комплексов ДНК с фосфолипидом / Р.И. Жданов, А.Х. Аюпов, Г.В. Андрианов, Н.И. Акберова, М.Я. Ибрагимова // Гены и клетки. - 2014в. - Т. IX, № 3. - С. 78-81.

50. Жданов, Р.И. Патофизиология в зеркале «омики»: липидомика в установлении патогенеза болезней / Р.И. Жданов, М.Я. Ибрагимова // Избранные главы фундаментальной и трансляционной медицины (коллективная монография). - Казань: Изд-во Казан. ун-та, 2014г. -C. 358-379.

51. Жданов, Р.И. Липидный и жирнокислотный профили ДНК-связанных липидов Pseudomonas aurantiaca по данным масс-спектрометрии / Р.И. Жданов, Д. Керн, В. Лоренц, М.Я. Ибрагимова // Микробиология. -2015. - Т. 84, № 1 - С. 50-57.

52. Жимулев, И.Ф. Общая и молекулярная генетика: учебное пособие / И.Ф. Жимулев. - Новосибирск: Изд-во Новосибирского университета, 2002. -459 с.

53. Жуковская, Е.Д. Содержание некоторых микроэлементов в волосах и эритроцитах при детском церебральном параличе / Е.Д. Жуковская, Н.С. Орлова, А.В. Скальный, А.Е. Каменшиков, И.А. Шварц // Педиатрия. -1992. - № 7. - С. 76-77.

54. Зеленин, К.Н. Газовая хроматография в медицине / К.Н. Зеленин // Соросовский образовательный журнал. - 1996. - № 11. - С. 20-25.

55. Золотарева, Г. Н. Лекарственный антимутагенез / Г. Н. Золотарева, Э.А. Акаева // Химико-фармацевтический журнал. - 1981. - Т. 15, № 12. -C. 9-14.

56. Ибрагимова, М.Я. Этапы развития цитогенетики: учебное пособие / М.Я. Ибрагимова, Я.Х. Ибрагимов, Л.Я. Ибрагимова, Л.Я. Сабирова. -Казань: Изд-во Казанского государственного университета, 2005а. - 87 с.

57. Ибрагимова, М.Я. Современные проблемы антимутагенеза: учебное пособие // М.Я. Ибрагимова, Я.Х. Ибрагимов, Л.Я. Сабирова, Л.Я. Ибрагимова. - Казань: Изд-во Казанского государственного университета, 2005б. - 103 с.

58. Ибрагимова, М.Я. Адреналин - модификатор мутагенеза, индуцированного этилметансульфонатом / М.Я. Ибрагимова, В.В. Семенов, Л.Я. Ибрагимова, С.И. Смоленская // Каз. Мед. Журнал. -2005в. - Т. 86, № 3.- С. 231 - 232.

59. Ибрагимова, М.Я. Имеется ли мутагенная и антимутагенная активность у стимуляторов а- и в- адренорецепторов? / М.Я. Ибрагимова, В.В. Семенов, В.С. Харитонов, Я.Х. Ибрагимов, Л.Я. Сабирова, Л.Я. Ибрагимова // Каз. Мед. Журнал. - 2007. -Т. 88, №3. - С. 280.

60. Ибрагимова, М.Я. Обмен макро- и микроэлементов в организме человека: учебное пособие / М.Я. Ибрагимова, Л.Я. Сабирова, И.Х. Валеева, М.Г. Скальная, Р.Р. Сабиров, Л.Я. Ибрагимова, А.Р. Халикова,

A.Р. Халикова. - Казань: Изд-во Казанского государственного университета, 2009. - 100 с.

61. Ибрагимова, М.Я. Оценка мутагенной и антимутагенной активности лигандов адренорецепторов на воздушно-сухих семенах Crepis capillaries / М.Я. Ибрагимова, В.В. Семенов, Р.И. Жданов, Л.Я. Сабирова, И.Х. Валеева // Каз. Мед. Журнал. - 2011а. -Т. 92, № 1. -С. 107-111.

62. Ибрагимова, М.Я. Мутагенная и антимутагенная активность лигандов а-и в-адренорецепторов в клетках костного мозга мышей / М.Я. Ибрагимова,

B.В. Семенов, Р.И. Жданов // Каз. Мед. Журнал. - 2011б. - Т. 92, № 2. -

C. 249-251.

63. Ибрагимова, М.Я. Взаимосвязь дисбаланса макро- и микроэлементов и здоровье населения / М.Я. Ибрагимова, Л.Я. Сабирова, Е.С. Березкина, М.Г. Скальная, Р.И. Жданов, А.В. Скальный // Каз. Мед. Журнал. -2011в. - Т. 92, № 4. - С. 606-609.

64. Ибрагимова, М.Я. Биомаркеры жирнокислотного профиля общих липидов Bacillus subtilis при различных фазе роста и температуре / М.Я.

Ибрагимова, И.И. Салафутдинов, Ф. Шахин, Р.И. Жданов // Доклады Академии наук. - 2012а. - Т. 443, №5. - С. 628-631.

65. Ибрагимова, М.Я. Содержание жизненно необходимых микроэлементов и продуктов перекисного окисления липидов в органах как результат действия лекарственных препаратов / М.Я. Ибрагимова, А.В. Скальный, И.Х. Валеева, Л.Я. Сабирова, Р.И. Жданов // Вопр. Биол. Мед. Фарм. Химии. - 2012б. -№ 6 - С. 56-62.

66. Ибрагимова, М.Я. Влияние циклофосфамида на баланс макро- и микроэлементов и индикаторы перекисного окисления липидов в органах в эксперименте / М.Я. Ибрагимова, А.В. Скальный, И.Х. Валеева, М.Г. Скальная, Л.Я. Сабирова, Р.И. Жданов // Вестник восстановительной медицины. - 2013. - № 2. - С. 70-74.

67. Ибрагимова, М.Я. Генетические эффекты лекарственных препаратов -модуляторов липидного обмена / М.Я. Ибрагимова, В.В. Семенов, Я.Х. Ибрагимов, Ш.Д. Валидов, Р.И. Жданов // Гены и клетки. - 2014а. -Т. IX, № 3. - С. 199-203.

68. Ибрагимова, М.Я. Обмен макро- и микроэлементов в организме человека. Современные методы определения химических элементов в биологических материалах / М.Я. Ибрагимова, М.Г. Скальная, Л.Я. Сабирова, А.В. Скальный, Р.И. Жданов // Избранные главы фундаментальной и трансляционной медицины (коллективная монография). - Казань: Изд-во Казан. ун-та, 2014б. - С. 330-346.

69. Иванов, В.И. Генетика: учебник для вузов / В.И. Иванов, Н.В. Барышникова, Дж.С. Билева, Е.Л. Дадали, Л.М. Константинова, О.В. Кузнецова, А.В. Поляков; под ред. академика РАМН В.И. Иванова. - М.: ИКЦ «Академкнига», 2006. - 638 с.

70. Ильинских, И.Н. Инфекционная кариопатология / И.Н. Ильинских, В.В. Новицкий, Е.Н. Ильинских, Н.Н. Ильинских, С.Б. Ткаченко. - Томск: Изд-во Томского ун-та, 2005. - 168 с.

71. Истомин, А.А. Особенности химического состава волос якутов в эндемическом очаге вилюйского энцефаломиелита / А.А. Истомин, А.А. Жаворонков, А.В. Скальный, В.П. Алексеев // Микроэлементы в медицине. - 2002. - Т. 3, Вып. 3. - С. 33-34.

72. Карганов, М.Ю. Метаболические сдвиги при повышении содержания токсических элементов в организме / М.Ю. Карганов, И.Б. Алчинова, О.О. Фролова О.А. Ежова, А.В. Шакула, В.В. Рисник, Н.И. Калетина, Н.А. Павловская // Микроэлементы в медицине. - 2007. - Т. 1, № 8. -С. 9-12.

73. Крыжановский, Г.Н. Болезнь дизрегуляции / Г.Н. Крыжановский // Экология человека. - 2004. - № 3. - С. 22-25.

74. Кудрин, А.В. Иммунофармакология микроэлементов / А.В. Кудрин, А.В. Скальный, А.А. Жаворонков, М.Г. Скальная. - М.: КМК. - 2000. - 456 с.

75. Литвицкий, П.Ф. Патофизиология: учебник / П.Ф. Литвицкий. - М.: Геотар-Мед, 2002. - Т. 1. - 752 с.

76. Луценко, В.К. Молекулярная патофизиология / В.К. Луценко. - М.: МАИК Наука, 2004. - 270 с.

77. Меерсон, Ф.З. Адаптация, стресс и профилактика / Ф.З. Меерсон - М.: Наука, 1981. - 192 с.

78. Михеев, В.С. Мутагенность гормонов и гормональных препаратов / В.С. Михеев, Л.Е. Анисимова - 1988 - Деп. в ВИНИТИ № 8871-В88.

79. Московцев, А.А. Эффективность и механизм противоопухолевой активности липоплексов кардиолипиноподобного липида и гена тимидинкиназы HSV-tk в присутствие ганцикловира / А.А. Московцев, А.А. Соколовская, М.Я. Ибрагимова, А.Н. Дойникова, Ю.Л. Себякин, Р.И. Жданов // Клет. Транспл. Ткан. Инженерия. - 2012. - Т. 7, № 3. -С. 116-120.

80. Мутовин, Г.Р. Клиническая генетика. Геномика и протеомика наследственной патологии / Г.Р. Мутовин. - 3-е изд. - М.: Гэотар-Медиа, 2010. - 832 с.

81. Некрасов, В.И. Элементный статус лиц вредных и опасных профессий / В.И. Некрасов, А.В. Скальный. - М.: РОСМЭМ, 2006. - 229 с.

82. Новицкий, В.В. Патофизиология / В.В. Новицкий, Е.Д. Гольдберг, О.И. Уразова. - М.: ГЭОТАР-Медиа, 2010. - 1492 с.

83. Ноздрюхина, Л.Р. Биологическая роль микроэлементов в организме животного и человека / Л.Р. Ноздрюхина. - М.: Наука, 1977.-184 с.

84. Оберлис, Д. Новый подход к проблеме дефицита микроэлементов/ Д. Оберлис // Микроэлементы в медицине. - 2002. - Т. 3, Вып. 1. - С. 2-7.

85. Пальцев, М.А. Иммуногенетика человека и биобезопасность / М.А. Пальцев, Р.М. Хаитов, Л.П. Алексеев. - М.: Медицина, 2009. - 256 с.

86. Петров, Р.В. Справочник-путеводитель практикующего врача: Лекарственные средства / Р.В. Петров, Л. Е. Зиганшина. - М.: ГЭОТАР-МЕД, 2003. - 800 с.

87. Подколзин, А.А. Иммунитет и микроэлементы / А.А. Подколзин, В.И. Донцов. - М.: Аламанда, 1994. - 144 с.

88. Порошенко, Г.Г. Антимутагены: подходы к классификации и перспективы поиска активных соединений / Г.Г. Порошенко // Вестник РАМН. - 1995. - № 1. - С. 38-44.

89. Ревелль, П. Среда нашего обитания: В 4-х книгах. Кн. 4. - Здоровье и среда, в которой мы живем: Пер. с англ / П. Ревелль, Ч. Ревелль. - М.: Мир, 1995. - 191 с.

90. Свердлов, Е.Д. Взгляд на жизнь через окно генома / Е.Д. Свердлов. - М.: Наука, 2009. - 526 с.

91. Северин, Е.С. Проблемы генного переноса и генотерапии / Е.С. Северин, Р.И. Жданов // Вопросы Биол., Мед. и Фарм. Химии. - 1999. - Т. 45, № 4. -100 с.

92. Северин, Е.С. Биохимия: учебник для вузов. / Е.С. Северин. - Изд-во ГЭОТАР-Медиа. - 2003. - 779 с.

93. Семенов, В.В. Мутагенез, антимутагенез и регуляторные системы клетки / В.В. Семенов // Вестн. РАМН. - 1995. - № 5. - С. 41-44.

94. Семенов, В.В. Антимутагены как модификаторы циклазной системы клетки / В.В. Семенов, И.А. Студенцова, А.Д. Дурнев, С.Б. Середенин, А.О. Визель // Вопросы медицинской химии. - 1994. - Т. 40, № 3. -С. 48-50.

95. Семенов, В.В. Рецепторно-регуляторные механизмы действия антимутагенов / В.В. Семенов // Вестн. РАМН. - 1997. - № 7. - С. 28-33.

96. Сергеев, П.В. Рецепторы физиологически активных веществ / П.В. Сергеев, Н.Л. Шимановский, В.И. Петров. - Волгоград: Издательство «Семь ветров», 1999. - 640 с.

97. Сергеева, М.Г. Каскад арахидоновой кислоты / М.Г. Сергеева, А.Т. Варфоломеева - М.: Народное образование, 2006. - 255 с.

98. Середенин, С.Б. Фармакологическая защита генома / С.Б. Середенин, А.Д. Дурнев - М.: ВИНИТИ, 1992. - 160 с.

99. Скальная, М.Г. Химические элементы-микронутриенты как резерв восстановления здоровья жителей России / М.Г. Скальная, Р.М. Дубовой, А.В. Скальный. - Оренбург: РИК ГОУ ОГУ, 2004. - 239 с.

100. Скальный, А.В. Микроэлементозы у детей / А.В. Скальный, Г.В. Яцык, Н.Д. Одинаева. - М.: КМК, 2002а. - 151 с.

101. Скальный, А.В. Микроэлементы и здоровье детей / А.В. Скальный, А.Т. Быков, Г.В. Яцык - М.: КМК, 2002б. - 134 с.

102. Скальный, А.В. Эколого-физиологические аспекты применения макро- и микроэлементов в восстановительной медицине / А.В. Скальный, А.Т. Быков - Оренбург: РИК ГОУ ОГУ, 2003. - 198 с.

103. Скальный, А.В. Медико-экологическая оценка риска гипермикроэлементозов у населения мегаполиса / А.В. Скальный, А.Т. Быков, Е.П. Серебрянский, М.Г. Скальная. - Оренбург: РИК ГОУ ОГУ, 2003. - 134 с.

104. Скальный, А.В. Перспективы применения анализа химических форм элементов («speciation analysis») в биологии и медицине /

A.В. Скальный, Е.С. Вятчанина // Клинико-лабораторный консилиум. -2008. - № 3 (22). - С. 26-32.

105. Соловьев, В.С. Биотический обмен веществ и элементный портрет человека / В.С. Соловьев, Т.Я. Корчина // Вестник Тюменского гос. унта. - 2008. - № 3. - С. 4-11.

106. Стручков, В.А. Состав ДНК связанных липидов| в регенерирующей печени крыс / В.А. Стручков, Н.Б. Стражевская // Биохимия, 1988. -Т. 53, № 11. - С. 1449-1456.

107. Стручков, В.А. ДНК-связанные липиды клеток асцитной гепатомы Зайдена и асцитного рака Эрлиха / В.А. Стручков, Н.Б. Стражевская // Экспериментальная онкология. - 1989. - Т. 11, № 1. - С. 35-39.

108. Стручков, В.А. ДНК-связанные липиды клеток эукариот (спермы вьюна, эритроциты голубя) и прокариот (E. coli B, ФАГ Т2) // В.А. Стручков, Н.Б. Стражевская // Биохимия. - 1990. - Т. 55, № 7. - С. 1266-1275.

109. Стручков, В.А. ДНК-связанные липиды: состав и возможные функции /

B.А. Стручков, Н.Б. Стражевская // Биохимия. - 1993. - Т. 58, № 8. -

C. 1154-1175.

110. Стручков, В.А. Структурные и функциональные аспекты ядерных липидов нормальных и опухолевых клеток / В.А. Стручков, Н.Б. Стражевская // Биохимия. - 2000. - Т. 65, № 5. - С. 620-643.

111. Стражевская, Н.Б. Структурная липидомика. ДНК-связанные липиды эухроматина, гетерохроматина и ядерного матрикса тимуса и печени крысы / Н.Б. Стражевская, Р.И. Жданов, А.А. Кубатиев // Патогенез. -2004. - Т. 2, № 1. - С. 4-8.

112. Стражевская, Н.Б. Различия жирнокислотного профиля ДНК-связанных липидов Pseudomonas aurantiaca в зависимости от физиологического возраста бактерий / Н.Б. Стражевская, А.Л. Мулюкин, А.С. Шмырина, А. Краус, В. Лоренц, Р.И. Жданов, Г.И. Эль-Регистан // Микробиология. -2009. - Т.78, № 1. - С. 59-67.

113. Суменкова, Е.А. Антиоксидантное действие беридона в терапии пироплазмоза собак: дис. ... канд. вет. наук: 16.00.04 / Елена Антоновна Суменкова. - М., 2007. - 167 с.

114. Сусликов, В.Л. Геохимическая экология болезней. Атомовиты / В.Л. Сусликов. - М.: Гелиос АРВ, 2000. - 672 с.

115. Тарасов, Д.С. Молекулярная динамика и свободная энергия связывания линолевой кислоты с ДНК в водном растворе / Д.С. Тарасов, М.Я. Ибрагимова, Е.Д. Изотова, Н.И. Акберова, Р.И. Жданов // Доклады Акад. наук. - 2012. -Т. 446, № 2. - С. 226-231.

116. Телегин, Л.Ю. Фармакогенетика циклофосфамида / Л.Ю. Телегин. - М.: ИНФРА, 2012. - 78 с.

117. Хафизьянова, Р.Х. Математическая статистика в экспериментальной и клинической фармакологии / Р.Х. Хафизьянова, И.М. Бурыкин, Г.Н. Алеева. - Казань : Медицина, 2006. - 374 с.

118. Худолей, В.В. Методы регистрации и процедура тестирования загрязнителей среды на канцерогенность в хронических экспериментах на лабораторных животных: протокол, возможности, ограничения. -В сб.: Мутагены и канцерогены окружающей среды и наследственность человека / В.В. Худолей. - 1994. - Ч. 1. - С. 67-105.

119. Чеснокова, Н.П. Молекулярно - клеточные механизмы инактивации свободных радикалов в биологических системах / Н.П. Чеснокова, Е.В. Понукалина, М.Н. Бизенкова // Успехи Соврем. Естествознания, 2006. - № 7. - С. 29-36.

120. Шепелев, А.П. Связанные с ДНК липиды терморезистентных и термолабильных штаммов Shigella sonnei / А.П. Шепелев, А.В. Шестопалов, А.А. Рындич, И.М. Ставиский, В.В. Яговкина // Бюллет. Эксп. Биол. Мед. - 1995. - Т. 120, № 2. - С. 332-333.

121. Шмырина, А.С. Жирнокислотный профиль и структурное моделирование ДНК-связанных липидов: дис. ... канд. биол. наук: 03.00.04 / Анастасия Сергеевна Шмырина. - М., 2005. - 138 с.

122. Abb, M. Phthalates in house dust / M. Abb, T. Heinrich, E. Sorkau, W. Lorenz // Environ. Int. - 2009. -V. 35, № 6. - P. 965-970.

123. Akhter, T. Regucalcin increases

Ca-ATPase activity in the heart mitochondria of normal and regucalcin transgenic rats / T. Akhter, N. Sawada, M. Yamaguchi // Int. J. of molecular medicine. - 2006. - V. 18, № 1. -P. 171-176.

124. Albi, E. Rat liver chromatin phospholipids / E. Albi, M. Mersel, C. Leray, M. L. Tomassoni, M. P. Viola Magni // Lipids. - 1994. - V. 29, № 10. - P. 715-719.

125. Albi, E. The role of intranuclear lipids / E. Albi, M.P. Viola Magni // Biol. Cell. - 2004. - V. 96, № 8. - P. 657-667.

126. Albi, E. Nuclear lipid microdomain as place of interaction between sphingomyelin and DNA during liver regeneration / E. Albi, A. Lazzarini, R. Lazzarini, A. Floridi, E. Damaskopoulou, F. Curcio, S. Cataldi // Int. J. Mol. Sci. - 2013. - V. 14, № 4. - P. 6529-6541.

127. Atesenko, A.V. Neutral sphingomyelinase: localization in rat liver nuclei and involvement in regeneration/proliferation / A.V. Aksenko, S. ^afte^ee // Mol. Cell. Biochem. - 1995. - V. 143. - P. 169-174.

128. Atesenko, A.V. Functional role of phospholipids in the nuclear events / A.V. Atesenko, E.B. Burlakova // Bioelectrochem. - 2002. - V. 58, № 1. - P. 13-21.

129. Allis, C.D. The molecular hallmarks of epigenetic control / C.D. Allis, T. Jenuwein // Nature Rev. Genetics. - 2016. - V. 17. - P. 487-500.

130. Al Mofleh, I.A. Spices, herbal xenobiotics and the stomach: friends or foes? / I.A. Al Mofleh / World J. Gastroenterol. - 2010. - V. 16, № 22. - P. 27102719.

131. Anderson, D. Cyclophosphamide: review of its mutagenecity for an assesment of potential germ cell risk / D. Anderson, J. B. Bishop, R. C. Garner, P. Ostrosky-Wegman, P.B. Selby // Mutat. Res. - 1995. - V. 330, № 1-2. - P. 115-181.

132. Anke, M. Elements and their compounds in the environment / M. Anke, M. Ihnat, M. Stoeppler - WILEY-VCH Verlag GMBH & Co. KGaA, 2004. - P. 1007-1037.

133. Annous, B.A. Critical role of anteiso-C 15:0 fatty acid in the growth of Listeria monocytogenes at low temperatures / B.A. Annous, Becker L.A., Bayles D.O., Labeda D.P., Wilkins B.J. // Appl. Environ. Microbiol. - 1997. -V. 63. - P. 3887-3894.

134. Arruzazabala, M.L. Effect of oleic, lauric and myristic acids on phenylephrine-induced contractions of isolated rat vas deferens / M.L. Arruzazabala, Y. Perez, Y. Ravelo, V. Molina, D. Carbajal, R. Mas, E. Rodriguez // Indian J. Exp. Biol. - 2011. - V. 49, № 9. - P. 684-688.

135. Auerbach, M. Intravenous iron optimizes the response to recombinant human erythropoietin in cancer patients with chemotherapy-related anemia: A multicenter, open-label, randomized trial / M. Auerbach, H. Ballard, J. R. Trout, M. McIlwain, A. Ackerman, H. Bahrain, S. Balan, L. Barker, J. Rana // J. Clin. Oncol. - 2004. - Vol. 22, № 7. - P. 1301-1307.

136. Ayhanci, A. Protective Effect of Zinc on Cyclophosphamide-Induced Hematoxicity and Urotoxicity / A. Ayhanci, R. Uyar, E. Aral, S. Kabadere, S. Appak // Biol. Trace Elem. Res. - 2008. - V. 126 - № 1-3 - P. 186-193.

137. Barbosa, K.B. Modulators of erythrocyte glutathione peroxidase activity in healthy adults: An observational study / K.B. Barbosa, A.C. Volp,

J.L. Marques-Rocha, S.M. Ribeiro, I. Navarro-Blasco, M.A. Zulet, J.A. Martínez, J. Bressan // Redox Report. - 2014. - V. 19, № 6. - P. 251-258.

138. Baysse, C. Pseudomonas: a model system in biology. V. 5. Pseudomonas: genomics, life style and molecular architecture / C. Baysse, F. O'Gara, J.L. Ramos, A. Filloux. - Heidelberg, Germany : Springer, 2007. - P. 193-224.

139. Beike, A.K. High contents of very long-chain polyunsaturated fatty acids in different moss species / A.K.Beike, C. Jaeger, F. Zink, E.L. Decker, R. Reski // Plant Cell Rep. - 2014. - V. 33. - P. 245-254.

140. Bene, H. Cloning and characterization of the human stearyl - CoA desaturase gene promoter: transcriptional activation by stearyl regulatory element binding protein and repression by polyunsaturated fatty acids and cholesterol / H. Bene, D. Lasky, J.M. Ntambi // Biochim. Biophys. Res. Commun. - 2001. -V. 284, № 5. - P. 1194-1198.

141. Bhattacharjee, A. Nano-Se attenuates cyclophosphamide-induced pulmonary injury through modulation of oxidative stress and DNA damage in Swiss albino mice / A. Bhattacharjee, A. Basu, J. Biswas, S. Bhattacharya // Mol. Cell. Biochem. - 2015. - Vol. 40 - P. 243-256

142. Bhattacharjee, A. Protective effect of Selenium nanoparticle against cyclophosphamide induced hepatotoxicity and genotoxicity in Swiss albino mice. / A. Bhattacharjee, A. Basu, P. Ghosh, J. Biswas, S. Bhattacharya // J. Biomater. Appl. - 2014. - V. 29 - № 2 - 303-317c.5, № 1-2. - P. 243-256.

143. Bischoff, G. DNA-drug interaction measurements using surface plasmon resonance / G. Bischoff, R. Bischoff, E. Birch-Hirschfeld, E. Gromann, U. Lindau, S. Meister, W. V. Bambirra, S. D. Bohley, S. Hoffmann // Biomol. Struct. Dynam., 1998. - V. 16. - P. 187-203.

144. Blaho, V.A. Lipidomic analysis of dynamic eicosanoid responses during the induction and resolution of Lyme arthritis / V.A. Blaho, M.W. Buczynski, C.R. Brown, E.A. Dennis // J. Biol. Chem. - 2009. - V. 284, № 32. -P. 21599-21612.

145. Bleich, S. Genetic variants of methionine metabolism and DNA methylation. / S. Bleich, A. Semmler, H. Frieling, L. Thumfart, M. Muschler, T. Hillemacher, J. Kornhuber, U. Kallweit, M. Simon, M. Linnebank // Epigenomics - 2014. - V. 6 - № 6 - 585-591.

146. Bligh, E.G. A rapid method of total lipid extraction and purification / E.G. Bligh, W.J. Dyer // Can. J. Biochem. Physiol. - 1959. - V. 37. - P. 911-917.

147. Bogdanov, M. Lipids and topological rules governing membrane protein assembly / M. Bogdanov, W. Dowhan, H. Vitrac // Biochim. Biophys. Acta. -2014. - V. 1843. - P. 1475-1488.

148. Boubaker, J. Mutagenic, antimutagenic and antioxidant potency of leaf extracts from Nitraria retusa / J. Boubaker , I. Skandrani, I. Bouhlel, S. Mohamed Ben, A. Neffati, K. Ghedira, L. Chekir-Ghedira // Food Chem. Toxicol. - 2010. - V. 48, № 8. - P. 2283-2290.

149. Brand, R.E. Genotype/phenotype of familial pancreatic cancer / R.E. Brand, H.T. Lynch // Endocrinol Metab. Clin. North. Am. - 2006. - V. 35, № 2. -P. 405-415.

150. Brozmanova, J. Selenium: A double-edged sword for defense and offence in cancer / J. Brozmanova, D. Manikova, V. Vlckova, M. Chovanec // Arch. Toxicol. - 2010. - V. 84. - № 12. - P. 919-938.

151. Brugger, B. Quantitative analysis of biological membrane lipids at the low picomole level by nano-electrospray ionization tandem mass spectrometry / B. Brugger , G. Erben, R. Sandhoff, F.T. Wieland, W.D. Lehmann // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1997. - V. 94. - P. 2339-2344.

152. Buczynski, M. An integrated omics analysis of eicosanoid biology / M. Buczynski, D. Dumlao, E. Dennis // Journal of Lipid Research. - 2009. -V. 50, № 6. - P. 1015-1038.

153. Buldak, L. Metformin affects macrophages' phenotype and improves the activity of glutathione peroxidase, superoxide dismutase, catalase and decreases malondialdehyde concentration in a partially AMPK-independent

manner in LPS-stimulated human monocytes/macrophages / L. Buldak, K. Labuzek, R.J. Buldak, M. Kozlowski, G. Machnik, S. Liber, D. Suchy, A. Dulawa-Buldak, B. Okopien // Pharmacol. Rep. - 2014. - V. 66, № 3. -P. 418-429.

154. Byrdwell, W.C. Atmospheric pressure chemical ionization mass spectrometry for analysis of lipids / W.C. Byrdwell // Lipids. - 2001. - V. 36, № 4. -P. 327-346.

155. Camargo, M. MALDI-TOF fingerprinting of seminal plasma lipids in the study of human male infertility / M. Camargo, P. Intasqui, C. Bruna de Lima, D.A. Montani, M. Nichi, E.J. Pilau, F.C. Gozzo, E.G. Lo Turco, R.P. Bertolla // Lipids. - 2014. - V. 49, № 9. - doi:10.1007/s11745-014-3922-7.

156. Cao, J. Association between total antioxidant status and atherosclerosis in elderly patients with essential hypertension / J. Cao, H.Y. Wang // Zhonghua Xin Xue Guan Bing Za Zhi. - 2013. - V. 41, № 10. - 857-861.

157. Carafoli, E. Calcium signaling: A tale for all seasons / E. Carafoli // Proc. Natl. Acad. Soc. - 2002. - V. 99, № 3. - P. 1115-1122.

158. Caro, J.J. Anemia as an independent prognostic factor for survival in patients with cancer: a systemic, quantitative review. / J. J. Caro, M. Salas, A. Ward, G. Goss // Cancer - 2001. - V. 91 - № 12 - 2214-21с. Carvalho, M. Effects of diet and development on the Drosophila lipidome / M. Carvalho, J.L. Sampaio, W. Palm, M. Brankatschk, S. Eaton, A. Shevchenko // Mol. Syst. Biol. - 2012. - V. 8, № 1 (600). - P. 2214-2221.

159. Cascianelli, G. Lipid microdomains in cell nucleus / G. Cascianelli, M. Villani, M. Tosti, F. Marini, E. Bartoccini, M. Viola Magni, E. Albi // Mol. Biol. Cell. - 2008. - V. 19, № 12. - P. 5289-5295.

160. Chakraborty, P. Modulation of cyclophosphamide-induced cellular toxicity by diphenylmethyl selenocyanate in vivo, an Enzymatic study / P. Chakraborty, U. Hossain Sk, N. M. Jayanta, K. Das, S. Pal, S. Bhattacharya // J. Cancer Mol. - 2009. - V. 4 - № 6 - P. 183-189.

161. Chen, A.Y. Synthesis and patterning of tunable multiscale materials with engineered cells / A.Y. Chen., Z. Deng, A.N. Billings, U.O. Seker, M.Y. Lu, R.J. Citorik, B. Zakeri, T.K. Lu // Nat. Mater. - 2014. - V. 13, № 5. -P. 515-523.

162. Cherdshewasart, W. Mutagenic and antimutagenic effects of the traditional herb used for treating erectile dysfunction, Butea superba Roxb / W. Cherdshewasart, W. Sutjit, K. Pulcharoen, M. Chulasiri // Biosci. Biotechnol. Biochem. - 2010. - V. 74, № 5. - P. 923-927.

163. Chojnacka, K. Inter-relationship between elements in human hair: the effect of gender / K. Chojnacka, I. Michalak, A. Zielinska, H. Górecka, H. Górecki // Ecotoxicol. Environ Saf. - 2010. - V. 73, № 8. - P. 2022-2028.

164. Christie, W.W. Lipid analysis / W.W. Christie. - Bridgwater: Oily Press,

2003. - V. 15. - 416 p.

165. Christofaro, D.G. The association between cardiovascular risk factors and high blood pressure in adolescents: a school-based study / D.G. Christofaro, R.A. Fernandes, A.R. Oliveira, I.F. Freitas Junior, M.V. Barros, R.M. Ritti-Dias // Am. J. Hum. Biol. - 2014. - V. 26, № 4. - P. 518-522.

166. Cocco, L. Nuclear localization and signalling activity of inositol lipids / L. Cocco, N.M. Maraldi, S. Capitani, A.M.Martelli, F.A. Manzoli // Italian journal of anatomy and embryology. - 2001. - V. 106, № 2. - P. 31-43.

167. Daniel, K.G. Organic copper complexes as a new class of proteasome inhibitors and apoptosis inducers in human cancer cells / K. G. Daniel, P. Gupta, R. H. Harbach, W. C. Guida, Q. P. Dou // Biochem. Pharmacol. -

2004. - V. 67 - № 6 - P. 1139-1151.

168. Darve, E. Adaptive biasing force method for scalar and vector free energy calculations / E. Darve , D. Rodríguez-Gómez, A. Pohorille // J. Chem. Phys. -2008. - V. 128, № 14. - P. 144120.

169. Deems, R.A. Detection and quantitation of eicosanoids via high performance liquid chromatography/electrospray ionization mass spectrometry / R.A.

Deems, M.W. Buczynski, R.C. Bowers-Gentry, R.C. Harkewicz, E.A. Dennis // Methods Enzymol. - 2007. - V. 432. - P. 59-82.

170. Deevska, G.M. Acid sphingomyelinase deficiency prevents diet-induced hepatic triacylglycerol accumulation and hyperglycemia in mice / G.M. Deevska, K.A. Rozenova, N.V. Giltiay, M. A. Chambers, J. White, B.B. Boyanovsky, J. Wei, A. Daugherty, E.J. Smart, M.B. Reid, A.H. Merrill, M. Nikolova-Karakashian // J. Biol. Chem. - 2009. - V. 284, № 13. - P. 83598368.

171. Dennis, E. Lipidomics joins the omics evolution / E. Dennis // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S. - 2009. - V. 106, № 7. - P. 2089-2090.

172. Dhar, S.K. Manganese superoxide dismutase regulation and cancer / S.K. Dhar, S. Clair, K. Daret // Free Radic. Biol. Med. - 2012. - V. 52. - № 11-12. -

P. 2209-2222.

173. Dharuri, H. Genetics of the human metabolome, what is next? / H. Dharuri, A. Demirkan, J.B. van Klinken, D.O. Mook-Kanamori, C.M. Van Duijn, P.A. Hoen, K.W. van Dijk // Biochim. Biophys. Acta. - 2014. - V. 1842, № 10. -P. 1923-1931.

174. Di Sotto, A. Inhibition by beta-caryophyllene of ethyl methanesulfonate-induced clastogenicity in cultured human lymphocytes / A. Di Sotto, G. Mazzanti, F. Carbone, P. Hrelia, F. Maffei // Mutat. Res. - 2010. - V. 699, № 1-2. -P. 23-28.

175. Dolenc, J. Molecular dynamics simulations and free energy calculations of netropsin and distamycin binding to an AAAAA DNA binding site // J. Dolenc, C. Oostenbrink, J. Koller, W.F. van Gunsteren // Nucleic. Acids Res., 2005. -V. 33, № 2. - P. 725-733.

176. Dorne, J. Human variability in xenobiotic metabolism and pathway-related uncertainty factors for chemical risk assessment: A review / J. Dorne, L. Walton K, A.G. Renwick // Food Chem. Toxicol. - 2005. - V. 43, № 2. -P. 203-216.

177. Dowhan, W. Lipid-dependent membrane protein topogenesis / W. Dowhan, M. Bogdanov // Annual review of biochemistry. - 2009. - V. 78.- P. 515-540.

178. Downey, A.M. Zinc Transport Differs in Rat Spermatogenic Cell Types and Is Affected by Treatment with Cyclophosphamide / A. M. Downey, B. F. Hales, B. Robaire // Biol. Reprod. - 2016. - V. 95 (1) - № 22 - P. 1-12.

179. Duplus, E. Fatty acid regulation of gene transcription / E. Duplus, M. Glorian, C. Forest // J. Biol. Chem. - 2000. - V. 270, № 40. - P. 30749-30752.

180. Dursun, S. The anti-inflammatory and antioxidant effects of pravastatin and nebivolol in rat aorta / S. Dursun, S. Cuhadar, M. Koseoglu, A. Atay, S.G. Akta§ // Anadolu Kardiyol Derg. - 2014. - V. 14. - P. 229-233.

181. Duzgunes, N. Cationic liposomes for gene delivery: novel cationic lipids and enhancement by proteins and peptides / N. Duzgunes, C.T. De Ilarduya, S. Simoes, R.I. Zhdanov, K. Konopka, M.C. Pedroso de Lima // Current medicinal chemistry. - 2003. - V. 10, № 14. - P. 1213-1220.

182. D'yachkov P.N. DNA-phospholipid recognition: modulation by metal ion and lipid nature. Complexes structure and stability calculated by molecular mechanics / P.N. D'yachkov, B.B. Fedorov, R. Bischoff, G. Bischoff, R.I. Zhdanov // Bioelectrochem., 2002. - V. 58, № 1. - P. 47-51.

183. Ejsing, C.S. Global analysis of the yeast lipidome by quantitative shotgun mass spectrometry / C.S. Ejsing, J.L. Sampaio, V. Surendranath, E. Duchoslav, K. Ekroos, R.W. Klemm, K. Simons, A. Shevchenko // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 2009. - V. 106. - P. 2136-2141.

184. Elahy, M. Mechanisms of PEDF mediated protection against ROS damage in diabetic retinopathy and neuropathy / M. Elahy, S. Baindur-Hudson, P. Newsholme, C. Dass // J. of Endocrinol. - 2014. - V. 222, № 3. - P. 129-139.

185. Elkady, A.S. DNA-lipid supravolecular complexes: structural and functional peculiarities as studied by scanning atomic force microscopy / A.S. Elkady, Y. Sebyakin, M. Gallyamov, A. Moskovtsev, G. Bischoff, A. Shmyrina, R.I. Zhdanov, A.R. Khokhlov // Micro- and Nanostructures of Biological Systems,

2nd ed., G. Bischoff, H.-J. Hein, eds. Shaker Verlag Aachen, Germany. -2004. - P. 32-48.

186. Estrada-Camarena, E. Antidepressant effects of estrogens: a basic approximation / E. Estrada-Camarena, C. Lopez-Rubalcava, N. Vega-Rivera, S. Recamier-Carballo, A. Fernandez-Guasti // Behav. Pharmacol. - 2010. -№ 5-6. - P. 451-464.

187. Evershed, R.P. Mass spectrometry of lipids. In Lipid analysis. A practical Approach (edited by R.J. Hamilton&S. Hamilton) / R.P. Evershed. - Oxford: IRL Press. - 1992. - P. 263-308.

188. Fahy, E. A comprehensive classification system for lipids / E. Fahy, S. Subramaniam, H.A. Brown, C.K. Glass, A.H. Merrill, R.C. Murphy, C.R.H. Raetz, D.W. Russell, Y. Seyama, W. Shaw // J. Lipid Res. - 2005. -V. 46, № 5. - P. 839-861.

189. Fahy, E. Update of the lipid maps comprehensive classification system for lipids / E. Fahy, S. Subramaniam, M. Murphy // J. Lipid Res. - 2009. - V. 50. -P. 9-14.

190. Farago, O. Computational and analytical modeling of cationic lipid-DNA complexes / O. Farago, N. Groenbech-Jensen // Biophys. J. - 2007. - V. 92, № 9. P. 3228-3240.

191. Fenech, M. Folate (vitamin B9) and vitamin B12 and their function in the maintenance of nuclear and mitochondrial genome integrity // Mutat. Res. -Fundam. Mol. Mech. Mutagen. - 2012. - V. 733. - № 1-2. - P. 21-33.

192. Finnegan, C. Sphingomyelinase restricts the lateral diffusion of CD4 and inhibits human immunodeficiency virus fusion / C. Finnegan, S. Rawat, E. Cho, D.L. Guiffre, S. Lockett, A.H. Merrill, R. Blumenthal // J. of Virology. -2007. - V. 81, № 10. - P. 5294-5304.

193. Flasinski, M. Natural vs synthetic auxin: studies on the interactions between plant hormones and biological membrane lipids / M. Flasinski, K. Hac-Wydro // Environ. Res. - 2014. - V. 133. - P. 123-134.

194. Folch, J. A simple method for the isolation and purification of total lipids from animal tissues / J. Folch, M. Lees, G.H. Stanley // J. Biol. Chem. - 1957. -V. 226, № 1. - P. 497-509.

195. Forrester, J.S. Computational lipidomics: a multiplexed analysis of dynamic changes in membrane lipid composition during signal transduction / J.S. Forrester, S.B. Milne, P.T. Ivanova, H.A. Brown // Mol. Pharmacol. -2004. - V. 65, № 4. - P. 813-821.

196. Fouchard, S. Influence of growth conditions on Pseudomonas fluorescens strains: A link between metabolite production and the PLFA profile / S. Fouchard, Z. Abdellaoui-Maane, A. Boulanger, P. Llopiz, S. Neunlist // FEMS Microbiol Lett. - 2005. - V. 251, № 2. - P. 211-218.

197. Franklin, R.B. Zinc as an anti-tumor agent in prostate cancer and in other cancers / R. B. Franklin, L. C. Costello // Arch. Biochem. Biophys. - 2007. -V. 463 - № 2 - P. 211-217.

198. Gackiere, F. A role for voltage gated T-type calcium channels in mediating «capacitative» calcium entry? / F. Gackiere, G. Bidaux, P. Lory, N. Prevarskaya, P. Mariot // Cell Calcium. - 2006. - V. 39, № 4. - P. 357-366.

199. Gangar, S.C. Anti-clastogenic activity of Azadirachta indica against benzo(a)pyrene in murine forestomach tumorigenesis bioassay / S.C. Gangar, R. Sandhir, A. Koul // Acta Pol. Pharm. - 2010. - V. 67, № 4. - P. 381-390.

200. Garrett, T.A. Analysis of ubiquinones, dolichols and dolichol diphosphate-oligosaccharides by liquid chromatography-electrospray ionization mass spectrometry / T.A. Garrett, Z. Guan, C.R. Raetz // Methods Enzymol. -2007a. - V. 432. - P. 117-142.

201. Garrett, T.A. Quantification of cardiolipin by liquid chromatography-electrospray ionization mass spectrometry / T.A. Garrett, R. Kordestani, C.R.H. Raetz // Methods Enzymol. - 2007b. - V. 432. - P. 214-230.

202. Gerber, G.B. Carcinogenicity, mutagenicity and teratogenicity of manganese compounds / G.B. Gerber, A. Leonard, Ph. Hantson // Crit. Rev. Oncol. Hematol. - 2002. - V. 42. - № 1. - P. 25-34.

203. Ghobadi, E. The mechanisms of cyclophosphamide-induced testicular toxicity and the protective agents / E. Ghobadi, M. Moloudizargari, M. H. Asghari, M. Abdollahi // Expert Opin. Drug Metab. Toxicol. - 2016. - P. 1-12.

204. Golenia, A. Catalase activity in blood fractions of patients with sporadic ALS / A. Golenia, M. Leskiewicz, M. Regulska, B. Budziszewska, E. Szcz^sny, J. Jagiella, M. Wnuk, M. Ostrowska, W. Lason, A. Basta-Kaim, A. Slowik // J. Biol Inorg Chem. - 2014. - V. 66, № 4. - P. 704-707.

205. Goodman, V.L. Copper deficiency as an anti-cancer strategy / V.L. Goodman, G.J. Brewer, S.D. Merajver // Endocr. Relat. Cancer. - 2004. - V. 11. - № 2. - P. 255-263.

206. Goyal, A. Evaluation of Oxidative Stress Markers in Aqueous Humor of Primary Open Angle Glaucoma and Primary Angle Closure Glaucoma Patients / A. Goyal, A. Srivastava, R. Sihota, J. Kaur // Current Eye Res. -2014. - V. 39, № 4. - P. 1-7.

207. Grechkin, A.N. The lipooxygenase pathway in tulip (Tulipa gesneriana): detection of the ketol route / A.N. Grechkin, L.S. Mukhtarova, M. Hamberg // J. Biochem. - 2000. - V. 352. - P. 501-509.

208. Grechkin, A.N. Hydroperoxides of a-ketols. Novel products of the plant lipoxygenase pathway / A.N. Grechkin, R.A. Kuramshin, S.K. Latypov // Eur. J. Biochem. - 2005. - V. 199, № 2. - P. 451-457.

209. Grechkin, A.N. Tomato CYP74C3 is a multifunctional enzyme not only synthesizing allene oxide but also catalyzing its hydrolysis and cyclization / A.N. Grechkin, L.S. Mukhtarova, L.R. Latypova // ChemBioChem. - 2008. -V. 9, № 15. - P. 2498-2505.

210. Grinde M.T. Interplay of choline metabolites and genes in patient-derived breast cancer xenografts / M.T. Grinde, N. Skrbo, S.A. Moestue, E.A.

Rodland, E. Borgan, A. Kristian, B. Sitter, T.F. Bathen, A.-L. Borresen-Dale, G.M. Maelandsmo, O. Engebraaten, T. Sorlie, E. Marangoni, I.S. Gribbestad // Breast Cancer Research. - 2014. - V. 16. - P. 1-15.

211. Gromadzinska, J. Selenium and cancer: Biomarkers of selenium status and molecular action of selenium supplements / J. Gromadzinska, E. Reszka, K. Bruzelius, W. W^sowicz, B. Akesson // Eur. J. Nutr. - 2008. - V. 47. - № SUPPL. 2. - P. 29-50.

212. Guse, A.H. Second messenger function and the structure-activity relationship of cyclic adenosine diphosphoribose (cADPR) / A.H. Guse // FEBS J. - 2005. -V. 272, № 18. - P. 4590-4597.

213. Guo-Qing, C. Protection of Seaweed Polysaccharides Iron Complex for Anaemic Mice Induced by Cyclophosphamide / C. Guo-Qing, X. Hong, C. Jian-Bo // Pharmaceutical Journal of Chinese People's Liberation Army -2009.

214. Gupte, A. Elevated copper and oxidative stress in cancer cells as a target for cancer treatment / A. Gupte, R. J. Mumper // Cancer Treat. Rev. - 2009. - V. 35 - № 1 - P. 32-46.

215. Gutowska, I. Changes in the concentration of microelements in the teeth of rats in the final stage of type I diabetes, with an absolute lack of insulin / I. Gutowska, I. Baranowska-Bosiacka, M. Rybicka, I. Nocen, W. Dudzinska, M. Marchlewicz // Biol Trace Elem Res. - 2011. - V. 139, № 3. - P. 332-340.

216. Gyorfi, J. Mineral composition of different strains of edible medicinal mushroom Agaricus subrufescens peck / J. Gyorfi, A. Geosel, J. Vetter // J. Med. Food. - 2010. - V. 13, № 6. - P. 1510-1514.

217. Hamamoto, T. Effect of temperature and growth-phase of fatty-acid composition of the psychrophilic Vibrio sp. strain No-5710 / T. Hamamoto, N. Takata, T. Kudo, K. Horikoschi // FEMS Microbiol. Lett. - 1994. -V. 119, № 1-2. - P. 77-81.

218. Han, X. Global analyses of cellular lipidomes directly from crude extracts of biological samples by ESI mass spectrometry: a bridge to lipidomics / X. Han, R. W. Gross // J. Lipid Res. - 2003. - V. 44, № 6. - P. 1071-1079.

219. Han, X. Shotgun lipidomics: electrospray ionization mass spectrometric analysis and quantitation of cellular lipidomes directly from crude extracts of biological samples / X. Han, R.W. Gross // Mass Spectrometry Rev. - 2005. -V. 24, № 3. - P. 367-412.

220. Hannan, M.A. Copper, selenium, and zinc concentrations in human milk during the first three weeks of lactation / M.A. Hannan, N.N. Dogadkin, I.A. Ashur, W.M. Markus // Biol. Trace. Elem. Res. - 2005. - V. 107, № 1. - P. 11-20.

221. Hannan, M.A. Maternal milk concentration of zinc, iron, selenium, and iodine and its relationship to dietary intakes / M.A. Hannan, B. Faraji, J. Tanguma, N. Longoria, R.C. Rodriguez // Biol. Trace. Elem. Res. - 2009. - V. 127, № 1. - P. 6-15.

222. Hannun, Y.A. Principles of bioactive lipid signalling: lessons from sphingolipids / Y.A. Hannun, L.M. Obeid // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. - 2008. -V. 9, № 2. - P. 139-150.

223. Hansma, H.G. Surface biology of DNA by atomic force microscopy / H.G. Hansma // Annu. Rev. Phys. Chem. - 2001. - V. 52. - P. 71-92.

224. Hara, A. Lipid extraction of tissues with low toxicity solvent / A. Hara, N.S. Radin // Anal. Biochemistry. - 1978. - V. 90, № 1. - P. 420-426.

225. Haraguchi, H. Metallomics as integrated biometal science / H. Haraguchi // J. of Analytical Atomic Spectrometry. - 2004. - V. 19, № 5. - P. 5-14.

226. Hartman, P.E. Antimutagens and anticarcinogens: a survey of putative interceptor molecules / P.E. Hartman, D.M. Shankel // Environ. Mol. Mutagen. - 1990. - V. 15, № 3. - P. 145-182.

227. Henin, J. Exploring multidimensional free energy landscapes using time-dependent biases on collective variables / J. Henin, G. Forin, C. Chipot, M.L. Klein // J. Chem. Theor. Comput. - 2010. - V. 6, № 1. - P. 35-47.

228. Henry, D.H. Intravenous ferric gluconate significantly improves response to epoetin alfa versus oral iron or no iron in anemic patients with cancer receiving chemotherapy. / D. H. Henry, N. V Dahl, M. Auerbach, S. Tchekmedyian, L. R. Laufman // Oncologist - 2007. - V. 12 - № 2 - P. 231-42.

229. Ho, D. Modulation of beta-adrenergic receptor signaling in heart failure and longevity: targeting adenylyl cyclase type 5 / D. Ho, L. Yan, K. Iwatsubo, S. F. Vatner // Heart Fail. Rev. - 2010. - V. 15, № 5. - P. 495-512.

230. Hofer, A.M. Another dimension to calcium signaling: a look at extracellular calcium / A.M. Hofer // J. Cell. Sci. - 2005. - V. 118, № 5. - P. 855-862.

231. Holland, W.L. Sphingolipids, insulin resistance, and metabolic disease: new insights from in vivo manipulation of sphingolipid metabolism / W.L. Holland, S.A. Summers // Endocr. Rev. - 2008. - V. 29, № 4. - P. 381-402.

232. Houtkooper, R.H. Cardiolipin, the heart of mitochondrial metabolism / R.H. Houtkooper, F.M. Vaz // Cell. Mol. Life Sciences. - 2008. - V. 65, № 16. - P. 2493-2506.

233. Hu, Q. Antimutagenicity of selenium-enriched rice on mice exposure to cyclophosphamide and mitomycin C / Q. Hu, J. Xu, L. Chen // Cancer Lett. -2005. - V. 220 - № 1 - P. 29-35c.

234. Huang, X. Iron overload and its association with cancer risk in humans: Evidence for iron as a carcinogenic metal // Mutat. Res. - Fundam. Mol. Mech. Mutagen. - 2003. - V. 533. - № 1-2. - P. 153-171.

235. Huang, Z. Cardiolipin deficiency leads to decreased cardiolipin peroxidation and increased resistance of cells to apoptosis / Z. Huang, J. Jiang, V.A. Tyurin // Free Radical Biology and Medicine. - 2008. - V. 44, № 11. - P. 1935-1944.

236. Ivanova, P. Glycerophospholipid identification and quantitation by electrospray mass spectrometry / P. Ivanova, S. Milne, M.O. Byrne, Y. Xiang, H.A. Brown // Methods Enzymol. - 2007. - V. 432. - P. 21-57.

237. Jablonska, E. Lung cancer risk associated with selenium status is modified in smoking individuals by Sep15 polymorphism / E. Jablonska, J. Gromadzinska, W. Sobala, E. Reszka, W. Wasowicz // Eur. J. Nutr. - 2008. -V. 47 - № 1 - P. 47-54.

238. Jiménez-Rojo, N. Membrane permeabilization induced by sphingosine: effect of negatively charged lipids / N. Jiménez-Rojo, J. Sot, A.R. Viguera, M.I. Collado, A.3. Torrecillas, J.C. Gómez-Fernández, F.M. Goñi, A. Alonso // Biophys J. - 2014. - V. 106, № 12. - P. 2577-2584.

239. Jnaneshwari, S. Crocin, a dietary colorant, mitigates cyclophosphamide-induced organ toxicity by modulating antioxidant status and inflammatory cytokines / S. Jnaneshwari, M. Hemshekhar, M.S. Santhosh, K. Sunitha, R. Thushara, C. Thirunavukkarasu, K. Kemparaju, K.S. Girish // J. Pharm. Pharmacol. - 2013. - V. 65, № 4. - Р. 604-614.

240. Johansson, E. Alterations in nickel and cadmium concentrations in erythrocytes and plasma of patients with Parkinson's disease / E. Johansson, T. Westermarck, M.Y. Hasan, B. Nilsson, S. Stephen, A. Adem // Микроэлементы в медицине. - 2007. -V. 1, № 8. - С. 63-67.

241. Jones, P.J. DHA-enriched high-oleic acid canola oil improves lipid profile and lowers predicted cardiovascular disease risk in the canola oil multicenter randomized controlled trial / P.J. Jones, V.K. Senanayake, S. Pu, D.J. Jenkins, P.W. Connelly, B. Lamarche, P. Couture, A. Charest, L. Baril-Gravel, S.G. West, X. Liu, J.A. Fleming, C.E. McCrea, P.M. Kris-Etherton // Am. J. Clin. Nutr. - 2014. - doi: 10.3945/ajcn. 113.081133.

242. Jump, D.B. Fatty acid regulation of gene transcription / D.B. Jump // Crit. Rev. Clin. Lab. Sci. - 2004. - V. 41, № 1. - P. 41-78.

243. Kagan, V.E. Oxidative lipidomics of apoptosis: redox catalytic interactions of cytochrome c with cardiolipin and phosphatidylserine / V.E. Kagan, G.G. Borisenko, Y.Y. Tyurina, V.A. Tyurin, J. Jiang, A.I. Potapovich, V. Kini, A.A. Amoscato, Y. Fujii // Free Radic. Biol. Med. - 2004. - V. 37, № 12. -P. 1963-1985.

244. Kagan, V.E. Cytochrome c acts as a cardiolipin oxygenase required for release of pro-apoptotic factors / V.E. Kagan, V.A. Tyurin, J. Jiang, Y.Y. Tyurina, V.B. Ritov, A.A. Amoscato, A.N. Osipov, N.A. Belikova, A.A. Kapralov, V. Kini, I.I. Vlasova, Q. Zhao, M.M. Zou, P. Di, D.A. Svistunenko, I.V. Kurnikov, G.G. Borisenko // Nature Chem. Biol. -2005. - V.1, № 4. - P. 223-232.

245. Kalinowski, D. The evolution of iron chelators for the treatment of iron overload disease and cancer / D. Kalinowski, D. R. Richardson // Pharmacol. Rev. - 2005. - V. 57 - № 4 - P. 547-583.

246. Kamath-Loeb, A.S. Sphingosine: a modulator of human translesion DNA polymerase activity / A.S. Kamath-Loeb, S. Balakrishna, D. Whittington, J.C. Shen, M.J. Emond, T. Okabe, C. Masutani, F. Hanaoka, S. Nishimura, L.A. Loeb // J. Biol. Chem. - 2014. - V. 289, № 31. - doi:10.1074/jbc.M114.570242.

247. Karlidag, H. Effects of root inoculation of plant growth promoting rhizobacteria (PGPR) on yield, growth and nutrient element contents of leaves of apple / H. Karlidag, A. Esitken, M. Turan, F. Sahin // Scientia Horticulturae. - 2007. - V. 114, № 1. - P. 16-20.

248. Kasamoto, S. Flow cytometric analysis of micronuclei in rat peripheral blood: an interlaboratory reproducibility study / S. Kasamoto, D. Mukai, S. Masumori, K. Suzuki, R. Tanaka, D.K. Torous, J. Yamate, M. Hayashi // Mutat Res. Genet. Toxicol. Environ Mutagen. - 2014. - V. 762. - P. 39-42.

249. Kell, D.B. Metabolomics and systems pharmacology: why and how to model the human metabolic network for drug discovery / D.B. Kell, R. Goodacre // Drug Discov. Today. - 2014. - V. 19. - P. 171-182.

250. Kilic, E. Chromium and manganese levels in the scalp hair of normals and patients with breast cancer. / E. Kilic, R. Saraymen, A. Demiroglu, E. Ok // Biol. Trace Elem. Res. - 2004. - V. 102 - № 1-3 - P. 19-25.

251. Kim, Y.J. Novel application of proton pump inhibitor for the prevention of colitis-induced colorectal carcinogenesis beyond acid suppression / Y.J. Kim, J.S. Lee, K.S. Hong, J.W. Chung, J.H. Kim, K.B. Hahm // Cancer Prev. Res. -2010. - V. 3, № 8. - P. 963-974.

252. Khandelia, H. Pairing ofcholesterol with oxidized phospolipid species in lipid bilayers / H. Khandelia, B. Loubet, A. Olzynska, P. Jurkiewicz, M. Hof // Soft Matter. - 2014. - V. 10, № 4. - P. 639-647.

253. Kleywegt, G.J. Crystallographic refinement of ligand complexes / G.J. Kleywegt // Acta Cryst, - 2007. - D63. - P. 94-100.

254. Koivusalo, M. Quantitative determination of phospholipid compositions by ESI-MS: effects of acyl chain length, unsaturation, and lipid concentration on instrument response / M. Koivusalo, P. Haimi, L. Heikinheimo, R. Kostiainen, P. Somerharju // J. Lipid Res. - 2001. - V. 42. - P. 663-672.

255. Kolomiytseva, I.K. Nuclear and chromatin lipids: metabolism in normal and irradiated rats / I.K. Kolomiytseva, T.P. Kulagina, L.N. Markevich et al. // Bioelectrochem. - 2002. - V. 58, № 1. - P. 31-40.

256. Koskela, A. Pinosylvin-mediated protection against oxidative stress in human retinal pigment epithelial cells / A. Koskela, M. Reinisalo, J.M. Hyttinen, K. Kaarniranta, R.O. Karjalainen // Molecular Vision. - 2014. - V. 20. -P. 760-769.

257. Kotthaus, J. Reduction of N-omega-hydroxy-L-arginine by the mitochondrial amidoxime reducing component (mARC) / J. Kotthaus, B. Wahl, A. Havemeyer, J. Kotthaus, D. Schade, D. Garbe-Schonberg, R. Mende, F. Bittner, B. Clement // Biochem. J. - 2011. - V. 433 - № 2 -P. 383-391.

258. Krank, J. Qualitative analysis and quantitative assessment of changes in neutral glycerol lipid molecular species within cells / J. Krank, R.C. Murphy,

R.M. Barkley, E. Duchoslav, A. McAnoy // Methods Enzymol. - 2007. -V. 432. - P. 1-20.

259. Kunitsky, C. Identification of microorganisms using fatty acid methyl ester (FAME) analysis and the MIDI Sherlock® Microbial Identification System / C. Kunitsky, G. Osterhout, M. Sasser // Enzyclopedia of Rapid Microbial methods, 2006. - V. 3, chapter 1. (store.pda.org/bookstore/TableOfContents/

260. ERMM_V3_Ch01.pdf).

261. Kuroda, Y. Mutagen-modifying effects of vitamin A and vitamin E in mammalian cells in culture / Y. Kuroda // Mutat. Res. - 1988. - V. 203. -P. 377-378.

262. Lagarde, M. Lipidomics is emerging / M. Lagarde, A. Geloen, M. Record, D. Vance, F. Spener // Biochim. Biophys. Acta. - 2003. - V. 1634, № 3. - P. 61.

263. Latham, T. Lactate, a product of glycolytic metabolism, inhibits histone deacetylase activity and promotes changes in gene expression / T. Latham, L. MacKay, D. Sproul, M. Karim, J. Culley, D.J. Harrison, L. Hayward, P. Langridge-Smith, N. Gilbert, B.H. Ramsahoye // Nucleic Acids Res. -2012. - V. 40, № 11. - P. 4794-4803.

264. Lazzarini, A. Very-long-chain fatty acid sphingomyelin in nuclear lipid microdomains of hepatocytes and hepatoma cells: can the exchange from C24:0 to C16:0 affect signal proteins and vitamin D receptor? / A. Lazzarini, A. Macchiarulo, A. Floridi, A. Coletti, S. Cataldi, M. Codini, R. Lazzarini, E. Bartoccini, G. Cascianelli, F.S. Ambesi-Impiombato et al. // Mol. Biol. Cell. -2015. - V. 26, № 13. - P. 2418-2425.

265. Le Doux, J.M. Gene Therapy Protocols, v. 1. Production and in vivo applications of gene transfer vectors, Series: Methods in Molecular Biology. / J.M. Le Doux. - 3rd edition: Humana Press, 2008a - V. 433.

266. Le Doux, J.M., ed. Gene Therapy Protocols, v. 2. Design and characterization of gene transfer vectors, Series: Methods in Molecular Biology / J.M. Le Doux. - 3rd edition : Humana Press, 2008b. - V. 434.

267. Lee, P. Formoterol, a highly p2-selective agonist, increases energy expenditure and fat utilization in men / P. Lee, R.O. Day, J.R. Greenfield, K.K. Ho // Int. J. Obes (Lond). - 2013. - V. 37, № 4. - P. 593-597.

268. Leone, N. Zinc, copper, and magnesium and risks for all-cause, cancer, and cardiovascular mortality. / N. Leone, D. Courbon, P. Ducimetiere, M. Zureik // Epidemiology - 2006. - V. 17 - № 3 - P. 308-14.

269. Lepore, M. A novel self-lipid antigen targets human T cells against CD1c+ leukemias // M. Lepore, C. de Lalla, S.R. Gundimeda, H. Gsellinger, M. Consonni, C. Garavaqlia, S. Sansano, F. Piccolo, A. Scelfo, D. Haussinger, D. Montaqna, F. Locatelli, C. Bonini, A. Bondanza, A. Forcina, Z. Li, G. Ni, F. Ciceri, P. Jeno, C. Xia, L. Mori, P. Dellabona, G. Casorati, G. De Libero // J. Exp. Med. - 2014. - V. 211, № 7. - doi: 10.1084/jem.20140410.

270. Li, M. Aberrant expression of zinc transporter ZIP4 (SLC39A4) significantly contributes to human pancreatic cancer pathogenesis and progression. / M. Li, Y. Zhang, Z. Liu, U. Bharadwaj, H. Wang, X. Wang, S. Zhang, J. P. Liuzzi, S.-M. Chang, R. J. Cousins, W. E. Fisher, F. C. Brunicardi, C. D. Logsdon, C. Chen, Q. Yao // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2007. - V. 104 - № 47 - P. 18636-18641.

271. Li, Y. Differentiation of bacteria / Y. Li, S. Wu, L. Wang, Y. Li, F. Shi, X. Wang // J. of the Science of Food and Agriculture, 2010. - V. 90, № 8. -P. 1380-1383.

272. Lin, J. Computational drug design accommodating receptor flexibility: the relaxed complex scheme / J. Lin, H. Perryman, A.L. Schames, J.R. McCammon // J. A. J.Am. Chem. Soc. - 2002. - T. 124. - P. 5632-5633.

273. Limem, I. Phlomis mauritanica extracts reduce the xanthine oxidase activity, scavenge the superoxide anions, and inhibit the aflatoxin B1-, sodium azide-, and 4-nitrophenyldiamine-induced mutagenicity in bacteria / I. Limem, I. Bouhlel, M. Bouchemi, S. Kilani, J. Boubaker // J. Med. Food. - 2010. -V. 13, № 3. - P. 717-724.

274. Liu, C.-J. Chronic Iron Deficiency Anemia and Cancer Risk / C.-J. Liu, K.-W. Chen, Y.-W. Hu, Y.-C. Hong, Y.-C. Huang, T.-J. Chiou, C.-H. Tzeng // Blood - 2015. - V. 120 - № 21. - P. 5172

275. Loarca-Pina, G. Antioxidant, antimutagenic, and antidiabetic activities of edible leaves from Cnidoscolus chayamansa Mc. Vaugh / G. Loarca-Pina, S. Mendoza, M. Ramos-Gomez, R. Reynoso // J. Food Sci. - 2010. - V. 75, № 2. - P. 68-72.

276. Loganathan, P. Pasture soils contaminated with fertilizer-derived cadmium and fluorine: livestock effects / P. Loganathan, M.J. Hedley, N.D. Grace // Rev Environ Contam Toxicol. - 2008. - V. 192. - P. 29-66.

277. Los, D.A. Regulatory role of membrane fluidity in gene expression and physiological functions / D.A. Los, K.S. Mironov, S.I. Allakhverdiev // Photosynth Res. - 2013. - V. 116, № 2-3. - P. 489-509.

278. Lu, Y. Classification of bacteria by simultaneous methylation-solid phase microextraction and gas chromatography/mass spectrometry analysis of fatty acid methyl esters. Y. Lu, P.B. Harrington // Anal. Bioanal. Chem. - 2010. -V. 397. - P. 2959-2966.

279. Lux, A. Root responses to cadmium in the rhizosphere: a review / A. Lux, M. Martinka, M. Vaculik, P.J. White // J. Exp. Bot. - 2011a. - V. 62, № 1. -P. 21-37.

280. Lux, A. Cadmium induces hypodermal periderm formation in the roots of the monocotyledonous medicinal plant Merwilla plumbea / A. Lux, M. Vaculik, M. Martinka, D. Liskova, M.G. Kulkarni, W.A. Stirk, J. Van Staden // Ann Bot. - 2011b. - V. 107, № 2. - P. 285-292.

281. Machesky, N.J. Human cytomegalovirus regulates bioactive sphingolipids / N.J. Machesky, G. Zhang, B. Raghavan, P. Zimmerman, S.L. Kelly, A.H. Merrill, W.J. Waldman // Journal of Biological Chemistry. - 2008. - V. 283, № 38. - P. 26148-26160.

282. Madonna, A.J. Rapid detection of taxonomically important fatty acid methyl ester and steroid biomarkers using in situ thermal hydrolysis/methylation mass spectrometry (THM-MS): implications for bioaerosol detection / A.J. Madonna, K.J. Voorhees, T.L. Hadfield // J. Analyt. Appl. Pyrolysis. - 2001. -V. 61. - P. 65-89.

283. Manzoli, F.A. Lipid-DNA interactions. 2. Phospholipids, cholesterol, glycerophosphorylcholine, sphingosine and fatty-acids / F.A. Manzoli, J.H. Muchmore, B. Bonora, S. Capitani, S. Bartoli // Biochimica et Biophysica Acta - Nucleic Acids and Protein Synthesis. - 1974. - V. 340, № 1. - P. 1-15.

284. Manzoli, F.A. Role of chromatin phospholipids on template availability and ultrastructure ofisolated nuclei / F.A. Manzoli, S. Capitani, G. Mazzotti, O. Barnabei, N.M. Maraldi // Adv. Enzyme Reg. - 1982. - V. 20. - P. 247-262.

285. Maraldi, N.M. Threedimensional analysis of the interphase nucleus / N.M. Maraldi, E. Caramelli, S. Capitani, F. Marinelli, A. Antonucci, G. Mazzotti, F.A. Manzoli // Biol. Cell. - 1982. - V. 46. -P. 325-328.

286. Maremanda, K.P. Zinc protects cyclophosphamide-induced testicular damage in rat: Involvement of metallothionein, tesmin and Nrf2 / K. P. Maremanda, S. Khan, G. Jena // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2014. - V. 445 -№ 3 - P. 591-596.

287. Maruyama, W. Role of lipid peroxide in the neurodegenerative disorders / W. Maruyama, M. Shaomoto-Nagai, Y. Kato, S. Hisaka, T. Osawa, M. Naoi // Subcell. Biochem. - 2013. - P. 127-136. - doi: 10.1007/978-94-007-7920-4_11.

288. Maslat, A.O. Antimutagenic activities of two suspected anticarcinogenic bifunctional organoiron seleno-terephthalate derivatives / A. O. Maslat, I. Jibril, S. Mizyed // Drug Chem. Toxicol. - 2010. - V. 33, № 3. - P. 254-260.

289. Mate, S. N-nervonoylsphingomyelin (c24:1) prevents lateral heterogeneity in cholesterol-containing membranes / S. Mate, J.V. Busto, A.B. Garcia-Arribas, J. Sot, R. Vazquez, V. Herlax, C. Wolf, L. Bakas, F.M. Goni // Biophys J. -2014. - V. 106, № 12. - P. 2606-2616.

290. McCammon A. Target flexibility in molecular recognition / A. McCammon // Biochim. Biophys. Acta. - 2005. - V. 1754, № 1-2. - P. 221-224.

291. McDonald, J.G. Extraction and analysis of sterols in biological matrices by high-performance liquid chromatography electrospray ionization mass spectrometry / J.G. McDonald, B. Thompson, E.C. McCrum, D.W. Russell // Methods Enzymol. - 2007. - V. 432. - P. 143-168.

292. Mendel, R.R. Cell biology of molybdenum / R.R. Mendel, F. Bittner // Biochim. Biophys. Acta - Mol. Cell Res. - 2006. - T. 1763 - № 7 - P. 621635.

293. Mendel, R.R. Cell biology of molybdenum in plants and humans / R.R. Mendel, T. Kruse // Biochim. Biophys. Acta - Mol. Cell Res. - 2012. - V. 1823 - № 9 - P. 1568-1579.

294. Merrill, A.H. (Glyco)sphingolipidology: an amazing challenge and opportunity for systems biology / A.H. Merrill, M.D. Jr, Wang, M. Park, M.C. Sullards // Trends in Biochem. Sci. - 2007. - V. 32, № 10. - P. 457-468.

295. Merrill, A.H. Sphingolipidomics: a valuable tool for understanding the roles of sphingolipids in biology and disease / A.H. Merrill, T.H. Stokes, A. Momin, H. Park, B.J. Portz, S. Kelly, E. Wang, M.C. Sullards, M.D. Wang // J. Lipid Res. - 2009. -V. 50. - P. 97-102.

296. Metallo, C.M. Understanding metabolic regulation and its influence on cell physiology / C.M. Metallo, M.G.V. Heiden // Mol. Cell. - 2013. - 3: Vol. 49. -P. 388-398.

297. Michanek, A. RNA and DNA association to zwitterionic and charged monolayers at the air-liquid interface / A. Michanek, M. Yanez, H. Wacklin, A. Hughes, T. Nylander, E. Sparr // Langmur. - 2012. - V. 28 (25). - P. 96219633.

298. Miller, E. Isoprostanes and neuroprostanes as biomarkers of oxidative stress in neurodegenerative diseases / E. Miller, A. Morel, L. Saso, J. Saluk // Oxid Med. Cell. Longev. - 2014. - doi: 10.1155/2014/572491.

299. Mimica-Dukic, N. Essential oil of Myrtus communis L. as a potential antioxidant and antimutagenic agents / N. Mimica-Dukic, D. Bugarin, S. Grbovic, D. Mitic-Culafic, B. Vukovic-Gacic // Molecules. - 2010. -V. 15, № 4. - P. 2759-2770.

300. Minke, W.E. The role of waters in flexible docking strategies for carbohydrate derivatives: heat-labile enterotoxin, a multivalent test case / W.E. Minke, D.J. Diller, W.G. Hol, C. L. Verlinde // J. Med. Chem. - 1999. -V. 42. - P. 1778-1788.

301. Mironov, K.S. Cold-induced gene expression and ®3 fatty acid unsaturation is controlled by red light in Synechocystis / K.S. Mironov, R.A. Sidorov, V.D. Kreslavski, V.S. Bedbenov, V.D. Tsydendambaev, D.A. Los // J. Photochem. Photobiol. B: Biol. - 2014. - V. 137. - doi: 10.1016/j.jphotobiol.2014.03.001.

302. Moder, M. Determination of endocrine disrupting compounds and acidic drugs in water by coupling of derivatization, gas chromatography and negative-chemical ionization mass spectrometry / M. Moder, P. Braun, F. Lange, S. Schrader, W. Lorenz // Clean-Soil, Air, Water. - 2007. - V. 35, № 5. - P. 444-451.

303. Molloy, A.M. Genetic aspects of folate metabolism / A.M. Molloy // Subcell Biochem. - 2012. - V. 56. - P. 105-130.

304. Momcilovic, B. Hair iodine for human iodine status assessment / B. Momcilovic, J. Prejac, V. Visnjevic, M.G. Skalnaya, N. Mimica, S. Drmic // Thyroid. - 2014. - V. 24, № 6. - doi: 10.1089/thy.2012.0499.

305. Monteiro, J.P. Methylation potential associated with diet, genotype, protein, and metabolite levels in the delta obesity vitamin study / J.P. Monteiro, C. Wise, M.J. Morine, C. Teitel, L. Pence, A. Williams, B. McCabe-Sellers, C. Champagne, J. Turner, B. Shelby, B. Ning, J. Oguntimein, L. Taylor, T. Toennessen, C. Priami, R.D. Beger, M. Bogle, J. Kaput // Genes Nutr. - 2014. -V. 9, № 3. - P. 403.

306. Moore, J.D. Quantitation and standardization of lipid internal standards for mass spectroscopy / J.D. Moore, W.V. Caufield, W. Shaw // Methods Enzymol. - 2007. - V. 432. - P. 351-367.

307. Mosovska, S. Genotoxic and antimutagenic activities of extracts from pseudocereals in the Salmonella mutagenicity assay / S. Mosovska, M. Mikulasova, L. Brindzova, L. Valik, L. Mikusova // Food Chem. Toxicol. -2010. - V. 48, № 6. - 1483-1487.

308. Morgan, J.A.W. Microbial biomarkers. In: Modern soil microbiology / J.A.W. Morgan, C. Winstanley, J.D van Elsas, J.T. Trevors, and E.M.H. Wellington, eds., Marcel Dekker Inc., New York., 1997. - P. 331-352.

309. Morris, G. M. Distributed automated docking of flexible ligands to proteins: parallel applications of AutoDock 2.4. / G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. Huey, A. J. Olson, // J. Computer-Aided Molecular Design. - 1996. - V. 10. -P. 293-304.

310. Morris, G. M. Automated Docking Using a Lamarckian Genetic Algorithm and and Empirical Binding Free Energy Function / G. M. Morris, D. S. Goodsell, R.S. Halliday, R. Huey, W. E. Hart, R. K. Belew, A. J. Olson // J. Computational Chemistry. - 1998. - V. 19. - P. 1639-1662.

311. Morris, G. M. Automated Docking of Flexible Ligands to Receptors. User's Guide / G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. Huey, W. E. Hart, S. Halliday, R. Belew, A. J. Olson: University Press, 2001. - 276 p.

312. Mulyukin, A.L. Effect of alkylhydroxybenzenes, microbial anabiosis inducers, on the structural organization of Pseudomonas aurantiaca DNA and on the induction of phenotypic dissociation / A.L. Mulyukin, M.A. Vakhrushev, N.B. Strazhevskaya, A.S. Shmyrina, R.I. Zhdanov, N.E. Suzina, V.I. Duda, A.N. Kozlova, G.I. El-Registan // Microbiology (Moscow). -2005. - V. 74. - P. 128-135.

313. Murphy, R.C. Mass spectrometry of lipids. Handbook of lipid research / R.C. Murphy. - N.Y.: Plenum Press, 1993. - V. 7. - P. 134.

314. Murphy, R.C. Imaging of lipid species by MALDI mass spectrometry / R.C. Murphy, J. Hankin, R. Barkley // Journal of Lipid Research. - 2009. - V. 50. -P. 317-322.

315. Murray M.N. Atomic force microscopy of biochemically tagged DNA / M.N. Murray, H.G. Hansma, M. Bezanilla, T. Sano, D.F. Ogletree, W. Kolbe, C.L. Smith, C. R. Cantor, S. Spengler, P.K. Hansma // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1993. - V. 90. - P. 3811-3814.

316. Musci, G. Ceruloplasmin-ferroportin system of iron traffic in vertebrates / G. Musci, F. Polticelli, di Patti M.C. Bonaccorsi // World J. Biol Chem. -2014. - V. 5, № 2. - P. 204-215.

317. Nakamura, M.T. Mechanisms of regulation of gene expression by fatty acids / M.T. Nakamura, Y. Cheon, Y. Li, T.Y. Nara // Lipids. - 2004. - V. 39, № 11. -P. 1077-1083.

318. Nguyen, L.N. Mfsd2a is a transporter for the essential omega-3 fatty acid docosahexaenoic acid / L.N. Nguyen, D. Ma, G. Shui, P. Wong, A. Cazenave-Gassiot, X. Zhang, M.R. Wenk, E.L. Goh, D.L. Silver // Nature. - 2014. -V. 509, № 7501. - P. 503-506.

319. Novotny, J.A. Molybdenum intake influences molybdenum kinetics in men. / J. A. Novotny, J. R. Turnlund // J. Nutr. - 2007. - V. 137 - № 1 - P. 37-42.

320. Ogra, Y. Molecular mechanisms underlying copper homeostasis in Mammalian cells / Y. Ogra // Nihon Eiseigaku Zasshi. - 2014. - V. 69, № 2. -P. 136-145.

321. Okey, A. B. Toxicological implications of polymorphisms in receptors for xenobiotic chemicals: The case of the aryl hydrocarbon receptor / A. B. Okey, M. A. Franc, I. D. Moffat, N. Tijet, P.C. Boutros, M. Korkalainen // Toxicol. Appl. Pharmacol. - 2005. - V. 207, Suppl. 2. - P. 43-51.

322. Owatari, S. Copper-transporting P-type ATPase, ATP7A, confers multidrug resistance and its expression is related to resistance to SN-38 in clinical colon cancer / S. Owatari, S. Akune, M. Komatsu, R. Ikeda, S. D. Firth, X. F. Che,

M. Yamamoto, K. Tsujikawa, M. Kitazono, T. Ishizawa, T. Takeuchi, T. Aikou, J. F. B. Mercer, S. I. Akiyama, T. Furukawa // Cancer Res. - 2007. -V. 67 - № 10 - P. 4860-4868.

323. Pal, D. Eugenol restricts DMBA croton oil induced skin carcinogenesis in mice: downregulation of c-Myc and H-ras, and activation of p53 dependent apoptotic pathway / D. Pal, S. Banerjee, S. Mukherjee, A. Roy, C.K. Panda, S. Das. // J. Dermatol. Sci. - 2010. - V. 59, № 1. - P. 31-39.

324. Pani, G. Deregulated Manganese Superoxide Dismutase Expression and Resistance to Oxidative Injury in p53-deficient Cells Deregulated Manganese Superoxide Dismutase Expression and Resistance to / G. Pani, B. Bedogni, R. Anzevino, O. Injury, R. Colavitti, B. Palazzotti, S. Borrello // Cancer Res. -2000. - № 19 - P. 4654-4660.

325. Parihar, V.K. Targeted overexpression of mitochondrial catalase prevents radiation-induced cognitive dysfunction / V.K. Parihar, B.D. Allen, K. Tran, N.N. Chmielewski, B.M. Craver, V. Martirosian, J.M. Morganti, S. Rosi, R. Vlkolinsky, M. Acharya, G.A. Nelson, A.R. Allen, C. Limoli // Antioxid Redox Signal. - 2014. - V. 22, № 1. - doi: 10.1089/ars.2014.5929.

326. Pasachan, S.C. Effect of thyroidectomy on bone marrow chromosomes and growth of swiss albino mice at various stages of development / S.C. Pasachan, V.P. Sabhlok // Harayana Agr. Univ. Res. - 1983. - V. 13. - P. 213-217.

327. Patrick, L. Selenium and Cancer Selenium Biochemistry and Cancer: A Review of the Literature / L. Patrick // Altern. Med. - 2004. - V. 9 - № 3 - P. 239-258.

328. Peix, A. Reclassification of Pseudomonas aurantiaca as a synonym of Pseudomonas chlororaphis and proposal of three Mar. Drugs 2011, 9 789 subspecies, P. chlororaphis subsp. chlororaphis subsp. nov., P. chlororaphis subsp. aureofaciens subsp. nov., comb. nov. and P. chlororaphis subsp. aurantiaca subsp. nov., comb. nov. / A. Peix , A. Valverde, R. Rivas, J.M. Igual, M.H. Ramirez-Bahena, P.F. Mateos, I. Santa-Regina, C. Rodriguez-

Barrueco, E. Martinez-Molina, E. Velazquez // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. -2007. - V. 57, № 6. - P. 1286-1290.

329. Petrova, G.V. Role of alpha-tocopherol in oxidative stress of rat thymocytes induced by hydrogen peroxide and menadione // G.V. Petrova, G.V. Donchenko // Ukr. Biokhim. Zh. - 2008. - V. 80, № 3. - P. 94-102.

330. Phillips, J.C. Scalable molecular dynamics with NAMD / J.C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid // Journal of Computational Chemistry. - 2005. - V. 26. - P. 1781-1802.

331. Pinnix, Z.K. Ferroportin and iron regulation in breast cancer progression and prognosis. / Z. K. Pinnix, L. D. Miller, W. Wang, R. D'Agostino, T. Kute, M. C. Willingham, H. Hatcher, L. Tesfay, G. Sui, X. Di, S. V Torti, F. M. Torti // Sci. Transl. Med. - 2010. - V. 2 - № 43 - P. 43-56.

332. Piotrowska-Seget, Z. Signature Lipid biomarker (SLM) analysis in determining changes in community structure of soil microorganisms / Z. Piotrowska-Seget, A. Mrozik // Polish J. of Environ. Studies. - 2003. -V. 12. - P. 669-675.

333. Polak-Juszczak, L. Mineral elements content in smoked fish / L. Polak-Juszczak // Rocz. Panstw. Zakl. Hig. - 2008. - V. 59, № 2. - P. 187-196.

334. Polak-Juszczak, L. Bioaccumulation and temporal trends of trace elements in flounder from the southern Baltic Sea for the 1996-2003 period / L. Polak-Juszczak // J. Toxicol. Environ. Health. A. - 2010. - V. 73, № 17-18. -P. 1186-1193.

335. Pratt, D.A. Free radical oxidation of polyunsaturated lipids: New mechanistic insights and the development of peroxyl radical clocks / D.A. Pratt, K.A. Tallman, N.A. Porter // Accounts Chem. Res. - 2011. - V. 44, № 6. - P. 458-467.

336. Quehenberger, O. Lipidomics analysis of essential fatty acids in macrophages / O. Quehenberger A. Armando, D. Dumlao, D.L. Stephens, E.A. Dennis // Prostaglandins, Leukotrienes and Essential Fatty Acids. - 2008. - V. 79. -P. 123-129.

337. Rajendran, L. Lipid rafts and membrane dynamics / L. Rajendran, K. Simons // J. Cell. Sci. - 2005. - V. 118, № 6. - P. 1099-1102.

338. Rajendran, P. Antioxidants and human diseases / P. Rajendran, N. Nandakumar, T. Rengarajan, R. Palaniswami, E.N. Gnanadhas, U. Lakshminarasaiah, J. Gopas, I. Nishiqaki // Clin. Chim. Acta. - 2014. -V. 436, P. 332-347. - doi: 10.1016/j.cca.2014.06.004.

339. Rasool, M. Comparative Studies of Salivary and Blood Sialic Acid, Lipid Peroxidation and Antioxidative Status in Oral Squamous Cell Carcinoma (OSCC) / M. Rasool, S.R. Khan, A.3. Malik, K.M. Khan, S. Zahid, A. Manan, M.H. Qazi, M.I. Naseer // Pak. J. Med. Sci. - 2014. - V. 30, № 3. -P. 466-471.

340. Resh, M.D. Covalent lipid modifications of proteins / M.D. Resh // Curr. Biol. -2013. - V. 23, № 10. - P. 431-435.

341. Roberts, M.S. Bacillus vallismortis sp. nov., a close relative of Bacillus subtilis, isolated from soil in Death Valley, California / M.S. Roberts, L.K. Nakamura, F.M. Cohan // J. System. Bacteriol. - 1994. - V. 44, № 2. - P. 256-264.

342. Rocha, V.Z. CXCR3 controls T-cell accumulation in fat inflammation / V.Z. Rocha, E.J. Folco, C. Özdemir, Y. Sheikine, T. Christen, G.K. Sukhova, E.H. Tang, M.S. Bittencourt, R.D. Santos, A.D. Luster, D.E. Cohen, P. Libby // Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. - 2014. - V. 34, № 7. - P. 1374-1381.

343. Ruiz, N. Advances in understanding bacterial outer-membrane biogenesis / N. Ruiz, D. Kahne, T.J. Silhavy // Nature Rev. Microbiol. - 2006. - V. 4, № 1. -P. 57-66.

344. Ruiz-Azuara, L. Copper Compounds in Cancer Chemotherapy / L. Ruiz-Azuara, M. E. Bravo-Gomez // Curr. Med. Chem. - 2010. - V. 17 - № 31 -P. 3606-3615.

345. Russel, N.J. Studies that compare proteins from thermophilic and mesophilic organisms can heterogeneity in their building block lipids / N.J. Russel, N. Fukunaga // FEMS Microbiol. Rev. - 1990. - V. 75. - P. 171-182.

346. Samimi, G. Increased expression of the copper efflux transporter ATP7A mediates resistance to cisplatin, carboplatin, and oxaliplatin in ovarian cancer cells / G. Samimi, R. Safaei, K. Katano, A. K. Holzer, M. Rochdi, M. Tomioka, M. Goodman, S. B. Howell // Clin. Cancer Res. - 2004. - V. 10 -№ 14 - P. 4661-4669.

347. Schild, L. Composition of molecular cardiolipin species correlates with proliferation of lymphocytes / L. Schild, U. Lendeckel, A. Gardemann, I. Wiswedel, C.A. Schmidt, C. Wolke, R. Walther, P. Grabarczyk, C. Busemann // Exp. Biol. Med. - 2012. - V. 237, № 4. - P. 372-379.

348. Schiller, J. Matrix - assisted laser desorption and ionization time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry in lipid and phospholipid research / J. Schiller, R. Suess, J. Arnhold, B. Fuchs, J. Lessig, M. Müller, M. Petkovic, H. Spalteholz // Progress in Lipid Res. - 2004. - V. 43. - P. 449-488.

349. Schlachetzki, J.C. Norepinephrine enhances the LPS-induced expression of COX-2 and secretion of PGE2 in primary rat microglia / J.C. Schlachetzki, B.L. Fiebich, E. Haake, A.C. de Oliveira, E. Candelario-Jalil, M.T. Heneka, M. Hull // J. Neuroinflammation. - 2010. - V. 7, № 2. - doi:10.1186/1742-2094-7-2.

350. Schlame, M. Microanalysis of cardiolipin in small biopsies including skeletal muscle from patients with mitochondrial disease / M. Schlame, S. Shanske, S. Doty, T. König, T. Sculco, S. DiMauro, T. J. Blanck // J. Lipid Res. - 1999. -V. 40. - P. 1585-1592.

351. Schmitt, F.J. Reactive oxygen species: Re-evaluation of generation, monitoring and role in stress-signaling in phototrophic organisms / F.J. Schmitt, G. Renger, T. Friedrich, V.D. Kreslavski, S.K. Zharmukhamedov,

D.A. Los, V.V. Kuznetsov, S.I. Allakhverdiev // Biochim Biophys Acta. -2014. - V. 1837, № 6. - P. 835-848.

352. Schuster, B. Biomimetic interfaces based on S-layer proteins, lipid membranes and functional biomolecules / B. Schuster, U.B. Sleytr // J. R. Soc. Interface. - 2014. - V. 11, № 96. - doi: 10.1098/rsif.2014.0232.

9-1353. Sergeeva, M. Arachidonic acid in astrocytes block Ca oscillations by

94- 9-1-

inhibiting store-operated Ca entry, and causes delayed Ca influx / M. Sergeeva, M. Strokin, H. Wang, J.J. Ubl, G. Reiser // Cell Calcium. -2003. - V. 33, № 4. - P. 137-140.

354. Senesse, P. High dietary iron and copper and risk of colorectal cancer: A case-control study in Burgundy, France / P. Senesse, S. Meance, V. Cottet, J. Faivre, M.-C. C. Boutron-Ruault / Nutrition and Cancer. - 2004. - P. 66-71.

355. Shaner, R.L. Quantitative analysis of sphingolipids for lipidomics using triple quadrupole and quadrupole linear ion trap mass spectrometers / R.L. Shaner, J.C. Allegood, H. Park, E. Wang, S. Kelly, C.A. Haynes, M.J. Cameron Sullards // Lipid Res. - 2009. - V. 50. - P. 1692-1707.

356. Simonsen, L.O. Cobalt metabolism and toxicology-A brief update / L.O. Simonsen, H. Harbak, P. Bennekou // Sci. Total Environ. - 2012. - V. 432. -P. 210-215.

357. Skibniewska, K.A. Calcium availability from yogurt by itself or yogurt-cereal-containing products / K.A. Skibniewska, J. Zakrzewski,

E. Siemianowska, E. Siemianowska, L. Polak-Juszczak, M. Aljewicz // J. Toxicol. Environ. Health A. - 2010. - V. 73, № 17-18. - P. 1150-1154.

358. Slabbinck, B. Towards large-scale FAME-based bacterial species identification using machine learning techniques / B. Slabbinck, P. De Baets, P. Dawyndt, P. De Vos // Systematic and Applied Microbiology. - 2009. -V. 32, № 3. - P. 163-176.

359. Sloiewski, M. Microelements in stones, urine, and hair of stone formers: a new key to the puzzle of lithogenesis? / M. Sloiewski, B. Czerny, K. Safranow et al. // Biol Trace Elem Res. - 2010. - V. 137, № 3. - P. 301-316.

360. Spangler, J.G. Environmental manganese and cancer mortality rates by county in north carolina: An ecological study / J. G. Spangler, J. C. Reid // Biol. Trace Elem. Res. - 2010. - V. 133 - № 2 - P. 128-135.

361. Stoddard, B.L. Molecular recognition analyzed by docking simulations: the aspartate receptor and isocitrate dehydrogenase from Escherichia coli / B.L. Stoddard, Jr. D.E. Koshland // Nature. - 1992. - V. 358. - P. 774-776.

362. Strahl, B.D. The language of covalent histone modifications / B.D. Strahl,

C.D. Allis // Nature. - 2000. - V. 403, № 6765. - P. 41-45.

363. Struchkov, V.A. Specific natural DNA-bound lipids in post-genome era. The lipid conception of chromatin organization / V.A. Struchkov, N.B. Strazhevskaya, R.I. Zhdanov // Bioelectrochem. - 2002a. - V. 56, № 1. -P. 195-198.

364. Struchkov, V.A. DNA-bound lipids of normal and tumor cells: retrospective and outlooks for functional genomics / V.A. Struchkov, N.B. Strazhevskaya, R.I. Zhdanov // Bioelectrochem. - 2002b. - V. 58, № 1. - P. 23-30.

365. Struchkov, V.A. DNA-bound lipids of normal ... Metabolism in normal and y-irradiated rats / V.A. Struchkov, N.B. Strazhevskaya, R.I. Zhdanov // Bioelectrochem. - 2002c. - V. 58. - P. 55-57.

366. Sud, M. LMSD: Lipid maps structure database / M. Sud, E. Fahy, D. Cotter, A. Brown, E.A. Dennis, C.K. Glass, A.H. Merrill, R.C. Murphy, C.R. Raetz,

D.W. Russell // Nucleic Acids Res. - 2007. - V. 35, № 1. - P. 527-532.

367. Sullards, M.C. Structure-specific, quantitative methods for analysis of sphingolipids by liquid chromatography tandem mass spectrometry: «Inside -out» sphingolipidomics / M.C. Sullards, J.C. Allegood, S. Kelly, E. Wang, C. A. Haynes, H. Park // Methods Enzymol. - 2007. - V. 432. - P. 83-115.

368. Suliburska J. Dietary intake and serum and hair concentrations of minerals and their relationship with serum lipids and glucose levels in hypertensive and obese patients with insulin resistance / J. Suliburska, P. Bogdanski, D. Pupek-Musialik, Z. Krejpcio // Biol Trace Elem Res. - 2011. - V. 139, № 2. -P. 137-150.

369. Takahashi, T. Successful use of intravenous cyclophosphamide pulse therapy for interstitial lung disease in a patient with systemic sclerosis on hemodialysis // T. Takahashi, Y. Asano, R. Sunaga, Y. Ichimura, T. Taniguchi, M. Yamamoto, Z. Tamaki, T. Takekoshi, H. Mitsui, M. Sugaya, T. Ohse, S. Sato // J. Dermatol. - 2014. - V. 41, № 6. - P. 533-535.

370. Tayel, S.I. Association of deletion allele of insertion/deletion polymorphism in a2B adrenoceptor gene and hypertension with or without type 2 diabetes mellitus / S.I. Tayel, H.F. Khader, N.G. El-Helbawy, W.A. Ibrahim // Appl. Clin. Genet. - 2012. - V. 5. - P. 111-118.

371. Thorgeirsson S.S. Functional genomics of hepatocellular carcinoma / S.S. Thorgeirsson, J. S. Lee, J. W. Grisham // Hepatology. - 2006. - V. 43, Suppl. 1. -P. 145-150.