Установление строения О-антигенов кишечной палочки, содержащих нонулозоновые кислоты и другие необычные компоненты тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Шевелев, Сергей Дмитриевич

• Шевелев, Сергей Дмитриевич
• кандидат химических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат химических наук Шевелев, Сергей Дмитриевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

1.ВВЕДЕНИЕ

2. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР

Высшие моносахариды - компоненты бактериальных липополисахаридов

2.1. Общая характеристика липополисахаридов грамотрицательных бактерий

2.2. Гептозы и гептулозаровая кислота

2.3. Октулозоновые кислоты

2.4. Нонулозоновые кислоты

2.4.1. N-Ацетилнейраминовая кислота

2.4.2. Производные 5,7-диамино-3,5,7,9-тетрадезоксинон-2-улозоновых кислот

2.4.2.1. Псевдаминовая кислота

2.4.2.2. Легионаминовая кислота

2.4.2.3. 8-Эпилегионаминовая кислота

2.4.2.4. 4-Эпилегионаминовая кислота

2.4.2.5. Биосинтез 5,7-диамино-3,5,7,9-тетрадезоксинон-2-улозоновых кислот

2.4.3. Другие нонулозоновые кислоты

2.5. Высшие разветвленные моносахариды

2.6. Биологическое значение высших Сахаров

3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Общие подходы к структурному анализу полисахаридов

3.2. О-Антигены, содержащие нонулозоновые кислоты

3.2.1. Установление структуры ОПС Е. coli 0145 и уточнение структуры ОПС

S. eníerica 048, содержащих нейраминовую кислоту

3.2.2. Структура ОПС Е. coli 0161, содержащего легионаминовую кислоту

3.2.3. Структура ОПС Е. coli 0108, содержащего 8-эпилегионаминовую кислоту

3.3. Фосфорилированные О-антигены

3.3.1. Структура ОПС Е. coli 029 и 0130, содержащих фосфат глицерина

3.3.2. Структура ОПС Е. coli 0118 и 0151, содержащих фосфат рибита

3.4. Другие О-антигены

3.4.1. Структура ОПС Е. coli 0150, содержащего 2-ацетамидо-2-дезокси

4-[(£)-1 -карбоксиэтил]-0-глюкозу

3.4.2. Установление структур ОПС Е. coli 049 и S. eníerica 058 и уточнение структуры ОПС Е. coli 0123, содержащих производные 4-амино-4,6-дидезокси-О-глюкозы (4-амино-4-дезокси-Б-хиновозы)

3.4.3. Установление структуры ОПС Е. coli 0109 и уточнение структуры ОПС Е. coli 0119, содержащих производные 2,3-диамино-2,3,6-тридезокси-Ь-маннозы (2,3-Диамино-2,3-Дидезокси-Ь-рамнозы)

4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1. Особенности состава и строения изученных О-антигенов

4.2. Функциональный анализ генных кластеров О-антигенов

5. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

5.1. Бактериальные штаммы и культивирование

5.2. Выделение липополисахаридов

5.3. Получение полисахаридов и олигосахаридов

5.4. Химические методы анализа

5.4.1. Определение состава полисахаридов

5.4.2. Определение абсолютных конфигураций компонентов

5.5. Сольволиз трифторметансульфокислотой

5.6. Распад по Смиту

5.7. Спектроскопия ЯМР

5.8. Масс-спектрометрия 97 ВЫВОДЫ 98 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ГЖХ - газо-жидкостная хроматография

ДПС - О-дезацетилированный полисахарид

ЛПС - липополисахарид

КССВ - константа спин-спинового взаимодействия

ОПС - О-специфический полисахарид

ОРС, orf - открытая рамка считывания (open reading frame)

ФЕП - фосфоенолпируват

ЯМР - ядерный магнитный резонанс

Abe - 3,6-дидезокси-0-д:сшо-гексоза (абеквоза)

Asc - 3,6-дидезокси-Ь-а/>абшо-гексоза (аскарилоза)

Ас - ацетил

Ас-СоА - ацетилкоэнзим А

Ala - аланил

Am - ацетимидоил

Cm - карбамоил

CMP, СТР - цитидинмонофосфат, цитидинтрифосфат

COSY - корреляционная спектроскопия

DEPT - усиление без искажения путем переноса поляризации (distortionless enhancement by polarization transfer

Fo - формил

Fuc - 6-дезоксигалактоза (фукоза)

FucN - 2-амино-2,6-дидезоксигалактоза (фукозамин)

FucNAc - 2-ацетамидо-2,6-дидезоксигалактоза (N-ацетилфукозамин)

FucNAm - 2-ацетимидоиламино-2,6-дидезоксигалактоза

Fuc3N - 3-амино-3,6-дидезоксигалактоза

Gal - галактоза

GalNAc - 2-ацетамидо-2-дезоксигалактоза (N-ацеталгалактозамин) gHep - и-глицеро-В-галакто-геитоза

Glc - глюкоза

GlcA - глюкуроновая кислота

GlcNAc - 2-ацетамидо-2-дезоксиглюкоза (N-ацетилглюкозамин)

Glc4Slac - 4-[(<S)-1 -карбоксиэтил]глюкоза

Glu - глютамат

Gro - глицерин

Gro-al - глицериновый альдегид

Hep - Ъ-глщеро-О-манно-гептоза

Hep* - D-znuijepo-D-MdHHo-remo3a.

Hb, RUh, 5Hb - 3-гидроксибутаноил, (R)-, (5)-3-гидроксибутаноил

HMBC - гетероядерная мультисвязевая корреляция

HSQC - гетероядерная одноквантовая когеренция

Kdo - 3-дезокси-0-лш////о-окт-2-улозоновая (кетодезоксиоктоновая) кислота

Kdo8N - 8-амино-3,8-дидезокси-0-лш/шо-окт-2-улозоновая

Ко - В-глицеро-В-тало-окт-2-упозоновая (кетооктоновая) кислота lac - 1-карбоксиэтил (остаток молочной кислоты)

Leg - 5,7-диамино-3,5,7,9-тетрадезокси-0-г//г/г/еро-В-2алак/ио-нон-2-улозоновая легеонаминовая) кислота

LPSOH - О-дезацилированный ЛПС

Man - манноза

ManNAc - 2-ацетамидо-2-дезоксиманноза (N-ацетилманнозамин)

Neu5Ac - 5-ацетамидо-3,5-дидезокси-В-глыг/е/7о-В-г<атгак-/ио-нон-2-улозоновая

N-ацетилнейраминовая) кислота

NOESY - двумерная спектроскопия ядерного эффекта Оверхаузера

Р, Р! - фосфат, неорганический фосфат

РР, РР, - дифосфат, неорганический дифосфат

Par - 3,6-дидезокси-0-рибо-гексоза (паратоза)

Pse - 5,7-диамино-3,5,7,9-тетрадезокси-Е-глиг/еро-Е-л<анно-нон-2-улозоновая псевдаминовая) кислота

QuiNAc - 2-ацетамидо-2,6-дидезоксиглюкоза (N-ацетилхиновозамин)

Qui3N - 3-амино-3,6-дидезоксиглюкоза

Qui4N - 4-амино-4,6-дидезоксиглюкоза

QuiN4N - 2,4-диамино-2,4,6-тридезоксиглюкоза (бациллозамин)

RhaN3N - 2,3-диамино-2,3-Дидезоксирамноза

Rha - 6-дезоксиманноза (рамноза)

Rib-ol - рибит

ROESY - спектроскопия ядерного эффекта Оверхаузера во вращающейся системе координат

TOCSY - полная корреляционная спектроскопия

TDP - тимидиндифосфат

ТРР - тиаминдифосфат

Tyv - 3,6-дидезокси-0-арабино-гексоза (тивелоза)

UDP - уридиндифосфат

YerA, YerB - 4-С-[(Я)-, (5)-1-гидроксиэтил]-3,6-дидезокси-Б-к:смло-гексоза (йерсиниза А, В)

Ху1 - ксилоза

4eLeg - 5,7-диамино-3,5,7,9-тетрадезокси-В-глмг/е/?о-В-то//о-нон-2-улозоновая

4-эпилегионаминовая) кислота

4НЬ - 4-гидроксибутаноил

6dGul - 6-дезоксигулоза

6dHep - б-дезокси-О-лганно-гептоза

6dTal - 6-дезокситалоза

8eLeg - 5,7-диамино-3,5,7,9-тетрадезокси-Е-г//г/г/е/»о-В-галакАг20-нон-2-улозоновая (8-эпилегионаминовая) кислота

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Установление строения О-антигенов кишечной палочки, содержащих нонулозоновые кислоты и другие необычные компоненты»

Настоящая работа посвящена изучению строения О-антигенных полисахаридов кишечной палочки, отличающихся необычным составом за счет содержания в них высших нонулозоновых кислот и других редко встречающихся моносахаридов, а также неуглеводных компонентов. Кишечная палочка {Escherichia coli) относится к грамотридательным бактериям семейства Enterobacteriaceae. Она была открыта в 1885 году, и с тех пор интерес к ее исследованию не ослабевает. На сегодняшний день она является одной из наиболее изученных бактерий. Е. coli обычно встречается в нижней части кишечника теплокровных животных. Большинство штаммов не только являются безвредными, но и приносят пользу организму хозяина, предотвращая развитие патогенных микроорганизмов в кишечнике. В то же время известны вирулентные штаммы этих бактерий, которые могут вызывать гастроэнтериты, воспаления мочеполовой системы и менингит у новорожденных. Наиболее опасны энтерогеморрагические штаммы, вызывающие геморрагические колиты и гемолитический уремический синдром. К ним относятся штаммы серогрупп Е. coli 0157 и 0104, а также исследованный в настоящей работе штамм серогруппы 0145.

Важным компонентом грамотрицательных бактерий является липополисахарид (ЛПС), расположенный на внешней мембране клеточной оболочки. Полисахаридная цепь ЛПС определяет специфичность иммунного ответа на инфекцию и, соответственно, она называется О-специфическим полисахаридом (ОПС) или О-антигеном. Серологически отличимые типы микроорганизмов продуцируют ОПС со своей уникальной структурой, что позволяет использовать О-антигены для серотипирования штаммов бактерий и серодиагностики. Интерес к О-антигенам обусловлен также их ролью в патогенезе инфекционных заболеваний, вызываемых патогенными и условно-патогенными бактериями.

Исследования структуры, биосинтеза и функционирования ЛПС, в том числе О-антигенов, являются актуальной задачей современной биоорганической химии и гликобиологии. Они позволяет решать целый ряд фундаментальных проблем микробиологии и иммунологии, как то: выяснять взаимосвязь между строением и функцией структурных компонентов бактериальной клеточной стенки, устанавливать механизмы иммунного ответа, прослеживать эволюционные пути формирования у микроорганизмов разнообразных антигенных структур. Знание строения О-антигенов имеет большое практическое значение для классификации бактерий, разработки новых диагностических препаратов и искусственных вакцин. Функциональный анализ генов биосинтеза О-антигенов, расположенных в хромосомных генных кластерах, позволяет выявлять уникальные для данного О-серотипа гены, на основе которых создаются современные методы молекулярной диагностики и которые могут служить мишенями для целевой терапии инфекционных заболеваний.

Кишечная палочка отличается большим разнообразием О-антигенных форм, которое сформировалось под постоянным воздействием окружающей среды, включая другие биологические системы, и которое, как предполагают, способствует адаптации бактерий в различных экологических нишах. Штаммы Е. coli объединяются в 186 О-серогрупп, основанных на сероспецифичности О-антигенов, и некоторые из серогрупп разделены на подгруппы. Хотя О-антигены Е. coli были одними из первых объектов структурного исследования среди бактериальных полисахаридов и их строение продолжало интенсивно изучаться на протяжении последних пятидесяти лет, к началу нашей работы были установлены структуры лишь немногим более половины всех известных О-антигенных форм.

Целью данной работы было установление строения ОПС десяти ранее неисследованных О-серогрупп кишечной палочки (Е. coli 029, 049, 0108, 0109, 0118, 0130, 0145, 0150, 0151 и 0161). В ходе исследования было обнаружено, что ранее структуры ОПС двух других серогрупп (Е. coli 0119 и 0123) были определены с ошибками, и эти структуры были уточнены в настоящей работе. Кроме того, было найдено, что О-антигены некоторых изученных нами серогрупп (Е. coli 0118, 0123, 0145, 0151) структурно близкородственны О-антигенам других важных энтеробактерий - возбудителей сальмонеллёза (Salmonella enterica), было установлено строение одного из них (S. enterica 058) и уточнена структура другого (S. enterica 048).

Объекты данного исследования были выбраны на основании предварительного генетического исследования, которое позволило предположить наличие редких компонентов в составе ОПС вышеперечисленных серогрупп. Сделанное предположение подтвердилось в ходе дальнейшего структурного анализа выбранных ОПС; в частности, в составе трех из них были обнаружены и идентифицированы производные редко встречающихся в бактериальных углеводах высших Сахаров, относящихся к классу нонулозоновых кислот. Это определило выбор темы литературного обзора настоящей диссертации. В других ОПС были обнаружены такие компоненты, как простой эфир моносахарида с молочной кислотой - гликолактиловая кислота, 6-дезоксиаминосахара с необычными N-ацнльными заместителями, 6-дезоксидиаминосахар, фосфаты глицерина и рибита.

Установление строения ОПС необычного состава вызывает особый интерес, в частности, в связи с существенным вкладом редких моносахаридов в иммуноспецифичность бактерий, что важно для создания их серологических классификационных схем. Однако оно является трудной задачей, для решения которой потребовалось применение как классических методов структурной химии углеводов, таких как мягкий кислотный гидролиз ЛПС, полный кислотный гидролиз ОПС, ГЖХ-анализ летучих производных моносахаридов, распад по Смиту, так и нетрадиционные химические подходы (сольволиз ОПС, мягкий щелочной гидролиз ЛПС), а также новейшие методы, основанные на различных методиках двумерной спектроскопии ЯМР.

Еще одной целыо работы было определение функций генов биосинтеза изученных О-антигенов путем анализа секвенированных генных кластеров с учетом полученных структурных данных. Исследование генных кластеров О-антигенов, содержащих необычные моносахаридные и неуглеводные компоненты, позволило сделать предположения о происхождении сходных антигенных структур в различных группах бактерий и тем самым пролить свет на их эволюционную историю. Эта часть работы была выполнена совместно с китайскими партнерами - генетиками из лаборатории функциональной геномики микробов Колледжа ТЕДА Нанкайского университета (г. Тянь-дзинь, КНР).

Результаты, полученные в ходе выполнения настоящего исследования, имеют практическое значение. Данные о структуре О-антигенов представляют собой молекулярную основу серологической классификации штаммов кишечной палочки, необходимой для серодиагностики и эпидемиологического мониторинга. Данные функционального анализа генов биосинтеза О-антигенов могут быть использованы для разработки методов молекулярного типирования природных и клинических изолятов Е. coli, а также диагностики и целевой терапии вызываемых ими инфекций.

Результаты диссертационной работы опубликованы в 12 статьях, включая один обзор, в отечественных и зарубежных рецензируемых журналах, рекомендованных ВАК [1-12]. Они были представлены на двух российских и четырех международных конференциях: I Молодежная конференция ИОХ РАН, Москва, 2005 г.; 18th International Symposium on Glycoconjugates, Florence, Italy, 2005; 13th European Carbohydrate Symposium, Bratislava, Slovakia, 2005; 4th Baltic Meeting on Microbial Carbohydrates, Hyytiälä, Finland, 2010; IV Всероссийская школа-конференция «Химия и биохимия углеводов», Саратов, 2011 г.; FASEB Summer Research Conference Microbial Polysaccharides of Medical, Agriculiural and Industriell Importance, Carefree, Arizona, USA, 2011.

Диссертация состоит из введения, литературного обзора, описания результатов, их обсуждения, экспериментальной части и выводов, а также включает список сокращений и список литературы. Литературный обзор посвящен высшим моносахаридам - компонентам ЛПС. В нем также дается общая характеристика ЛПС грамотрицательных бактерий. В главах «Результаты» и «Обсуждение результатов» описано установление строения ОПС кишечной палочки и использование полученных данных для функционального анализа генных кластеров О-антигенов, обсуждаются особенности состава изученных полисахаридов, фундаментальное и практическое значение выполненной работы. В главе «Экспериментальная часть» собраны методики выделения полисахаридов, их химического анализа, модификации и избирательного расщепления, проведения ЯМР-спектроскопнческих и масс-спектрометрических экспериментов.

Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Шевелев, Сергей Дмитриевич

выводы

1. Установлены новые структуры О-специфических полисахаридов (О-антигенов) десяти серогрупп кишечной палочки (Esherichia coli) и одной серогруппы сальмонелл {Salmonella enterica) и уточнены ранее предложенные структуры полисахаридов двух серогрупп Е. coli и одной серогруппы S. enterica. Эти данные вносят существенный вклад в создание химической основы для классификации штаммов энтеробактерий по О-антигенам, необходимой для серодиагностики и эпидемиологического мониторинга.

2. В составе изученных полисахаридов обнаружены редко встречающиеся у бактерий моносахариды, такие как нонулозоновые кислоты (нейраминовая, легионаминовая и 8-эпилегионаминовая), гликолактиловая кислота - простой эфир N-ацетилглюкозамина с (5)-молочной кислотой, необычные N-ацильные производные 6-дезоксиаминосахаров и диаминосахар 2,3-диамино-2,3-дидезокси-Ь-рамноза. Впервые производное 8-эпилегионаминовой кислоты выделено в свободном виде и идентифицировано сравнением с заведомым синтетическим образцом.

3. С использованием данных о строении полисахаридов определены предположительные функции генов, кодирующих ферменты пути биосинтеза исследованных О-антигенов, включая пути синтеза предшественников нонулозоновых кислот. Выявлена генетическая основа родства О-антигенов Е. coli и S. enterica и формирования наблюдающегося разнообразия их структур. Полученные данные могут быть использованы для разработки метода молекулярного типирования клинических и природных изолятов кишечной палочки, а также ПЦР-диагностики и целевой терапии инфекций, вызываемых патогенными штаммами этой бактерии.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Шевелев, Сергей Дмитриевич, 2012 год

1. Perepelov A.V., Wang Q., Senchenkova S.N., Shevelcv S.D., Zhao G., Shashkov A.S., Feng L., Knirel Y.A., Wang L. Structure of a teichoic-acid like O-polysaccharide of Escherichia coli 029 // Carbohydr Res 2006, 341, 2176-2180.

2. Перепелов A.B., Вонг К., Сенченкова C.H., Шевелев С.Д., Шашков A.C. и др. Структура и характеристика генного кластера О-антигена Escherichia coli 049, содержащего 4,6-дидезокси-4-(5')-3-гидроксибутаноиламино.-0-гл10козу // Биохимия 2008, 73, 498-503.

3. Liu В., Perepelov A.V., Guo D., Shevelev S.D., Senchenkova S.N., Feng L., Shashkov A.S., Wang L., Knirel Y.A. Structural and genetic relationships between the O-antigens of Escherichia coli 0118 and 0151 // FEMS Immunol Med Microbiol 2010,60,199-207.

4. Перепелов A.B., Лыо Б., Сенченкова C.Ii., Шевелев С.Д., Вонг В., Шашков A.C., Фенг Л., Вонг Л., Книрель Ю.А. Структура глицерофосфат-содержащего О-специфического полисахарида Escherichia coli Ol30II Биоорган химия 2007, 33, 57-60.

5. Knirel Y.A., Shevelev S.D., Perepelov A.V. Higher aldulosonic acids: components of bacterial glycans // Mendeleev Commun 2011,21,173-186.

6. Hoist 0. Chemical structure of the core region of lipopolysaccharides // Endotoxin in Health and Disease (Hoist O., Brade IL, Opal S.M., Vogel S.N., Morrison D.C., eds), Marcel Dekker, New York, 1999. P. 115-154.

7. Knirel Y.A., Shashkov A.S., Tsvetkov Y.E., Jansson P-E, Zähringer U. 5,7-Diamino-3,5,7,9-tetradeoxynon-2-uIosonic acids in bacterial glycopolymers: chemistry and biochemistry // Adv Carbohydr Chem Biochem 2003, 58, 371-417.

8. Kosma P. Occurrence, synthesis and biosynthesis of bacterial heptoses // Curr Org Chem 2008, 12, 1021-1039.

9. Angata T., Varki A. Chemical diversity in the sialic acids and related alpha-keto acids: an evolutionary perspective // Chem Rev 2002, 102,439-469.

10. Edebrink P., Jansson P.-E., Bogwald J., Hoffman J. Structural studies of the Vibrio salmonicida lipopolysaccharide // Carbohydr Res 1996, 287,225-245.

11. Vinogradov E.V., Sidorczyk Z. The structure of the carbohydrate backbone of the rough type lipopolysaccharides from Proteuspenneri strains 12, 13, 37 and 44 // Carbohydr Res 2002, 337, 775-777.

12. Knirel Y.A., Vinogradov E.V., Jimenez N., Merino S., Tomas J.M. Structural studies on the R-type lipopolysaccharide of Aeromonas hydrophila II Carbohydr Res 2004, 339, 787-793.

13. Altman E., Chandan V., Li J., Vinogradov E.V. Lipopolysaccharide structures of Helicobacter pylori wild-type strain 26695 and 26695 IIP0826::Kan mutant devoid of the O-chain polysaccharide component // Carbohydrate Res 2011, 346,2437-2444.

14. Vinion-Dubiel A.D., Goldberg J.B. Lipopolysaccharide of Burkholderia cepacia complex // J Endotoxin Res 2003,9,201-213.

15. De Castro C., Sturiale L., Parrilli M. Characterisation of the a-(l->3) homopolymer of L-glycero-D-manno-heptose units isolated from the O-chain polysaccharide of Agrobacteriwn radiobacter H Eur J Org Chem 2004, 2436-2440.

16. Ansari A.A., Kenne L., Lindberg B.5 Gustafsson B., Holme T. Structural studies of the O-antigen from Vibrio cholerae 0:21 // Carbohydr Res 1986,150,213-219.

17. Chowdhury T.A., Jansson P-E., Lindberg B., Gustavsson B., Holme T. Structural studies of the Vibrio cholerae 0:3 O-antigen polysaccharide // Carbohydr Res 1991,215, 303-314.

18. Kondakova A.N., Sevillano A.M., Shaikhutdinova R.Z., et al. Revision of the O-polysaccharide structure of Yersinia pseudotuberculosis 0:1a, confirmation of the function of WbyM as paratosyltransferase // Carbohydr Res 2012, 350, 98-102.

19. Kondakova A.N., Ho N., Bystrova O.V., et al. Structural studies of the O-antigens of Yersinia pseudotuberculosis 0:2a and mutants thereof with impaired 6-deoxy-D-waw?o-heptose biosynthesis pathway // Carbohydr Res 2008, 343,1383-1389.

20. Kondakova A.N., Bystrova O.V., Shaikhutdinova R.Z., et al. Structure of the O-antigen of Yersinia pseudotuberculosis 0:4a revised // Carbohydr Res 2009,344, 531-534.

21. Feng L., Senchenkova S.N., Yang J., et al. Structural and genetic characterization of the Shigella boydii type 13 O-antigen // J Bacteriol 2004, 186, 4510-4519.

22. Vinogradov E.V., Brade H., Hoist O. The structure of the O-specific polysaccharide of the lipopolysaccharide from Chromobacterium violaceum NCTC 9694 // Carbohydr Res 1994, 264, 313-317.

23. Russa R., Urbanik-Sypniewska T., Shashkov A.S., et al. Partial structure of lipopolysaccharides isolated from Rhizobium leguminosarum bv. trifolii 24 and its GalAnegative exo" mutant AR20 // Syst Appl Microbiol 1996, 19,1-8.

24. Banaszek A. Synthesis of the unique trisaccharide repeating unit, isolated from lipopolysaccharides Rhizobium leguminosarum bv trifolii 24, and its analogs // Carbohydr Res 1998, 306,379-385.

25. Unger F.M. The chemistry and biological significance of 3-deoxy-D-w£/wjo-2-octuIosonic acid (KDO) // Adv Carbohydr Chem Biochem 1981, 38, 323-388.

26. Rund S., Lindner B., Brade H., Hoist O. Structural analysis of the lipopolysaccharide from Chlamydia trachomatis serotype L2 II J Biol Chem 1999, 274,16819-16824.

27. Knirel Y.A., Lindner B., Vinogradov E.V., et al. Temperature-dependent variations and intraspecies diversity of the structure of the lipopolysaccharide of Yersinia pestis II Biochemistry 2005,44, 1731-1743.

28. Vinogradov E.V., Müller-Loennies S., Petersen B.O., et al. Structural investigation of the lipopolysaccharide from Acinetobacter haemolyticus strain NCTC 10305 (ATCC 17906, DNA group 4) // Eur JBiochem 1997, 247, 82-90.

29. Vinogradov E.V., Korenevsky A., Beveridge T.J. The structure of the core region of the lipopolysaccharide from Shewanella algae BrY, containing 8-amino-3,8-dideoxy-D-»zawzo-oct-2-ulosonic acid // Carbohydr Res 2004, 339, 737-740.

30. Muldoon J., Perepelov A.V., Shashkov A.S., et al. Structure of an acidic polysaccharide from the marine bacterium Pseudoalteromonas jlavipulchra NCIMB 2033T II Carbohydr Res 2003, 338,459-462.

31. Kocharova N.A., Ovchinnikova O.G., Torzewska A., et al. The structure of the O-polysaccharide from the lipopolysaccharide of Providencia alcalifaciens 036 containing 3-deoxy-D-/»a««o-oct-2-ulosonic acid // Carbohydr Res 2007, 342, 665-670.

32. Shashkov A.S., Arbatsky N.P., Knirel Y.A. Structures and genetics of Kdo-containing O-antigens of Cronobacter sakazakii G706 and G2704, the reference strains of serotypes 05 and 06 // Carbohydr Res 2011, 346,1924-1929.

33. MacLean L.L., Vinogradov E.V., Pagotto F., Perry M.B. Structure of the O-antigen polysaccharide present in the lipopolysaccharide of Cronobacter dublinensis (subspecies lactaridi or lausannensis) HPB 3169 // Can J Microbiol 2012, 58, 540-546.

34. MacLean L.L., Vinogradov E.V., Pagotto F., Farber J.M., Perry M.B. Characterization of the O-antigen in the lipopolysaccharide of Cronobacter (Enterobacter) malonaticus 3267 // Biochem Cell Biol 2009, 87, 927-932.

35. Knirel Y.A. O-Specific polysaccharides of Gram-negative bacteria // Microbial Glycobiology: Structures, Relevance and Applications (Moran A., Brennan P., Hoist O., Von Itzstein M., eds), Elsevier, Amsterdam, 2009. P. 57-73.

36. Hoist O. Deacylation of lipopolysaccharides and isolation of oligosaccharide phosphates // Bacterial Toxins. Methods and Protocols (Hoist O., ed), Humana Press, Totowa, New Jersey, USA, 2000. P. 345-353.

37. Cipolla L., Gabrielli L., Bini D., Russo L., Shaikh N. Kdo: a critical monosaccharide for bacteria viability II Nat Prod Rep 2010,27,1618-1629.

38. Stead C., Tran A., Ferguson D., et al. A novel 3-deoxy-D-wtfWzo-oetulosonic acid (Kdo) hydrolase that removes the outer Kdo sugar of Helicobacter pylori lipopolysaccharide // JBacteriol 2005, 187, 3374-3383.

39. Chung H.S., Raetz C.R. Dioxygenases in Burkholderia ambifaria and Yersinia pestis that hydroxylate the outer Kdo unit of lipopolysaccharide // Proc Natl Acad Sci USA 2011, 108, 510-515.

40. Klenk E. Neuraminic acid, the cleavage product of a new brain lipoid // Physiol Chem 1941, 268, 50-58.

41. Gamian A., Jones C., Lipinski T., Korzeniowska-Kowal A., Ravenscroft N. Structure of the sialic acid-containing O-specific polysaccharide from Salmonella enterica serovar Toucra 048 lipopolysaccharide // Eur J Biochem 2000, 267, 3160-3166.

42. Stenutz R., Weintraub A., Widmalm G. The structures of Escherichia coli O-polysaccharide antigens // FEMS Microbiol Rev 2006, 30, 382-403.

43. Vinogradov E.V., Hoist O., Thomas-Oates J.E., Broady K.W., Brade H. The structure of the O-antigenic polysaccharide from lipopolysaccharide of Vibrio cholerae strain Hll (non-Ol) // Eur J Biochem 1992,210,491-498.

44. Shashkov A.S., Senchenkova S.N., Nazarenko E.L., et al. Structure of the acidic polysaccharide chain of the lipopolysaccharide of Shewanella alga 48055 // Carbohydr Res 1998,309,103-108.

45. Hood D.W., Randle G., Cox A.D., et al. Biosynthesis of cryptic lipopolysaccharide glycoforms in Haemophilus influenzae involves a mechanism similar to that required for O-antigen synthesis H JBacteriol 2004,186,7429-7439.

46. Inoue S., Kitajima K. KDN (deaminated neuraminic acid): dreamful past and exciting future of the newest member of the sialic acid family // Glycoconj J2006,23,277-290.

47. Knirel Y.A., Kocharova N.A., Shashkov A.S., et al. Structure of the capsular polysaccharide of Klebsiella ozaenae serotype K4 containing 3-deoxy-D-glycero-D-galacto-non\x\osornc acid // CarbohydrRes 1989, 188, 145-155.

48. Тульская E.M., Шашков A.C., Стрешинская Г.М., Сенченкова С.Н., Потехина Н.В., Козлова Ю.И., Евтушенко Л.И. Тейхуроновые и тейхулозоновые кислоты актиномицетов И Биохимия 2011, 76, 904-913.

49. Knirel Y.A., Vinogradov E.V., L'vov V.L., et al. Sialic acids of a new type from the lipopolysaccharides of Pseudomonas aeruginosa and Shigella boydii II Carbohydr Res 1984, 133,5-8.

50. Knirel Y.A., Vinogradov E.V., Shashkov A.S., et al. Identification of 5-acetamido-3,5,7,9-tetradeoxy-7-(i?)-3-hydroxybutyramido.-L-g(y£;ero-L-/Hüf/2rto-nonulosonic acid as a component of bacterial polysaccharides // Carbohydr Res 1985,141,1-3.

51. Staaf M., Weintraub A., Widmalm G. Structure determination of the O-antigenic polysaccharide from the enteroinvasive Escherichia coli 0136 // Eur J Biochem 1999, 263, 656-661.

52. Perepelov A.V., Shashkov A.S., Tomshich S.V., et al. A pseudoaminic acid-containing O-specific polysaccharide from a marine bacterium Cellulophaga fucicola II Carbohydr Res 2007, 342,1378-1381.

53. Knirel Y.A., Vinogradov E.V., Shashkov A.S., et al. Somatic antigens of Pseudomonas aeruginosa. The structure of O-specific polysaccharide chains of P. aeruginosa OlO (Lanyi) lipopolysaccharides // Eur J Biochem 1986, 157, 129-138.

54. Львов В.JI., Шашков А.С., Дмитриев Б.А. Антигенные полисахариды бактерий. Структура повторяющегося звена специфического полисахарида Shigella boydii 7 II Биоорган химия 1987, 13, 223-233.

55. Kenne L., Lindberg В., Schweda Е., et al. Structural studies of the O-antigen from Vibrio cholerae 0:2 // Carbohydr Res 1988,180,285-294.

56. Назаренко Е.Л., Шашков A.C., Книрель Ю.А., Иванова Е.П., Оводов Ю.С. Необычные кислые моносахариды компоненты О-специфических полисахаридов бактерий рода Vibrio II Биоорган химия 1990, 16, 1426-1429.

57. Sun Y., Arbatsky N.P., Wang М., et al. Structure and genetics of the O-antigen of Cronobacter Uiricensis G3882 from a new serotype, C. turicensis 02, and identification of a serotype-specific gene II FEMS Immunol Med Microbiol 2012,66, 323-333.

58. Hashii N., Isshiki Y., Iguchi Т., Kondo S. Structural characterization of the carbohydrate backbone of the lipopolysaccharide of Vibrio parahaemolyticus O-untypeable strain KX-V212 isolated from a patient // Carbohydr Res 2003, 338, 2711-2719.

59. Haseley S.R., Wilkinson S.G. Structural studies of the putative O-specific polysaccharide of Acinetobacter baumannii 024 containing 5,7-diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-L-g/ycero-D-gfl/ac/o-nonulosonic acid II Eur JBiochem 1,997,250, 617-623.

60. Knirel Y.A., Rietschel E.T., Marre R., Ziihringer U. The structure of the O-specific chain of Legionella pneumophila serogroup 1 lipopolysaccharide 11 Ear J Biochem 1994, 221,239-245.

61. Knirel,Y. A., Iielbig J. H., Ziihringer U., et al. Structure of a decasaccharide isolated by mild acid degradation and dephosphorylation of the lipopolysaccharide of Pseudomonas fluorescens strain ATCC 49271 // Carbohydr Res 1996, 283, 129-139.

62. Hashii N., Isshiki Y., Iguchi Т., Kondo S. Structural analysis of the carbohydrate backbone of Vibrio parahaemolyticus 02 lipopolysaccharides // Carbohydr Res 2003, 338, 1063-1071.

63. D-ga/ac/o-non-2-ulosonic (di-iV-acetyI-8-epilegionaminic) acid II J Carbohydr Chem 2009, 28, 463-472.

64. Shashkov A.S., Kocharova N.A., Zatonsky G.V., et al. Structure of the O-antigen of Providencia stuartii 020, a new polysaccharide containing 5,7-diacetamido-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-D-galacto-non-2-u\osomc acid // Carbohydr Res 2007,342,653-658.

65. Beynon L.M., Richards J.C., Perry M.B., The structure of the lipopolysaccharide O-antigen from Yersinia ruckerii serotype 01 // Carbohydr Res 1994,256,303-317.

66. Vinogradov E.V., Shashkov A.S., Knirel Y.A., et al. The structure of the O-specific polysaccharide chain of the lipopolysaccharide of Salmonella arizonae 061 // Carbohydr Res 1992, 231, 1-11.

67. Kilcoyne M., Shashkov A.S., Senchenkova S.N., et al. Structural investigation of the O-specific polysaccharides of Morganella morganii consisting of two higher sugars // Carbohydr Res 2002, 337,1697-1702.

68. Shashkov A.S., Torgov V.l., Nazarenko E.L., et al. Structure of the phenol-soluble polysaccharide from Shewanella putrefaciens strain A6 // Carbohydr Res 2002, 337, 1119-1127.

69. Назаренко E.JI., Перепелов A.B., Шевченков Л.С. и др. Структура О-специфического полисахарида Shewanella japónica КММ 3601, содержащего 5,7-диадетамидо-3,5,7,9-тетрадезокси-О-глм/ер0-О-»/а//о-нон-2-улозоновую кислоту // Биохимия 2011, 76, 969-975.

70. Tsvetkov Y.E., Shashkov A.S., Knirel Y.A., et al. Synthesis and identification in bacterial lipopolysaccharides of 5,7-diacetamido-3,5,7,9-tetradeoxy-D-g/^cero-D-ga/ac/o- and D-g/ycero-D-ta/o-nonuIosonic acids // Carbohydr Res 2001, 331, 233-237.

71. Knirel Y.A., Kochetkov N.K. 2,3-Diamino-2,3-dideoxyuronic and 5,7-diamino-3,5,7,9-tetradeoxynonulosonic acids: new components of bacterial polysaccharides // FEMS Microbiol. Rev 1987,46,381-384.

72. Chou W.K., Dick S., Wakarchuk W.W. Identification and characterization of NeuB3 from Campylobacter jejuni as a pseudaminic acid synthase H J Biol Chem 2005, 280, 35922-35928.

73. Schoenhofen I.C., Vinogradov E., Whitfield D.M., et al. The CMP-legionaminic acid pathway in Campylobacter, biosynthesis involving novel GDP-linked precursors // Glycobiology 2009, 19,715-725.

74. Glaze P.A., Watson D.C., Young N.M., Tanner M.E. Biosynthesis of CMP-N,N'-diacetyllegionaminic acid from UDP-N,N'-diacetylbacillosamine in Legionella pneumophila II Biochenistry 2008,47, 3272-3282.

75. Thibault P., Logan S.M., Kelly J.F., et al. Identification of the carbohydrate moieties and glycosylation motifs in Campylobacter jejuni flagellin II J Biol Chem 2001,276,34862-34870.

76. Lewis A.L., Desa N., Hansen E.E., et al. Innovations in host and microbial sialic acid biosynthesis revealed by phylogenomic prediction of nonulosonic acid structure // Proc Natl Acad Sei USA 2009,106,13552-13557.

77. Vinogradov E., MacLean L.L., Crump E.M., et al. Structure of the polysaccharide chain of the lipopolysaccharide from Flexibacter maritimus H EurJBiochem 2003, 270,1810-1815.

78. Corsaro M.M., Evidente A., Lanzetta R., et al. 5,7-Diamino-5,7,9-trideoxynon-2-ulosonic acid: a novel sugar from a phytopathogenic Pseudomonas lipopolysaccharide // Carbohydr Res 2002, 337, 955-959.

79. Kocharova N.A., Knirel Y.A., Widmalm G., et al. Structure of an atypical O-antigen polysaccharide of Helicobacter pylori containing a novel monosaccharide 3-C-methyl-D-mannose // Biochemistry 2000,39,4755-4760.

80. Zdorovenko E.L., Valueva O.A., Kachala V.V., et al. Structure of the O-polysaccharide of Azorhizobium caulinodans HAMBI 216, identification of 3-C-methyl-D-rhamnose as a component of bacterial polysaccharides 11 Carbohydr Res 2012, 358,106-109.

81. Toman R., Skultety L., Ftacek P., Hricovini M. NMR study of virenose and dihydroxystreptose isolated from Coxiella burnetii phase I lipopolysaccharide // Carbohydr Res 1998, 306, 291-296.

82. Грошкова Р.П., Зубков B.A., Исаков В.В., Оводов Ю.С. Структурные особенности О-специфического полисахарида из липополисахарида Yersinia pseudotuberculosis VI II Биоорган химия 1983,9,1068-1073

83. Грошкова Р.П., Зубков В.А., Исаков В.В., Оводов Ю.С., Новый разветвленный сахар из липополисахарида Yersinia enterocolitis 0:4,32 II Биоорган химия 1987, 13, 1146-1147.

84. Sonesson A, Jantzen E. The branched-chain octose yersiniose A is a lipopolysaccharide constituent of Legionella micdadei and Legionella maceachernii И J Microbiol Methods 1992, 15, 241-248.

85. Грошкова Р.П., Исаков B.B., Зубков В.А., Оводов Ю.С. Структура О-специфического полисахарида из липополисахарида Yersinia bercovieri 0:10 Н Биоорган химия 1994, 20, 1231-1235.

86. Грошкова Р.П., Исаков В.В., Зубков В.А., Оводов Ю.С. Структура О-специфического полисахарида из липополисахарида Yersinia frederiksenii 0:16,29 II Биоорган химия 1989, 15,1627-1633.

87. Mattos К.A., Todeschini A.R., Heise N., et al. Nitrogen-fixing bacterium Burkholderia brasiliensis produces a novel yersiniose A-containing 0-polysaccharide // Glycobiology 2005, 15,313-321.

88. Zubkov V.A., Gorshkova R.P., Ovodov Y.S., et al. Synthesis of 3,6-dideoxy-4-C-(4I-hydroxyethyl)hexopyranoses (yersinioses) from 1,6-anhydro-ß-D-glycopyranose // Carbohydr Res 1992,225, 189-207.

89. Сенченкова C.H., Шашков A.C., Книрель Ю.А. и др. Структура О-полисахарида Envinia carotovora ssp. atroseptica GSPB 9205, содержащего новый высший разветвленный моносахарид. ИзвАНСерхим 2005,1276-1281.

90. De Castro С., Lanzetta R., Molinaro A., et al. Acetyl substitution of the O-specific polysaccharide caryophyllan from the phenol phase of Pseudomonas (Burkholderia) caryophylli И Carbohydr Res 2001, 335,205-211.

91. Molinaro A., De Castro C., Petersen B.O., et al. Acetyl substitution of the O-specific caryan from the lipopolysaccharide of Pseudomonas (Burkholderia) caryophylli leads to a block pattern // Angew Chem Int £¿/2000, 39, 156-160.

92. Adinolfi M., Corsaro M.M., De Castro C., et al. The relative and absolute configurations of stereocenters in caryophyllose // Carbohydr Res 1995,274,223-232.

93. Adinolfi M., Corsaro M.M., De Castro C., et al. Caryose: a carbocyclic monosaccharide from Pseudomonas caryophylli II Carbohydr Res 1996, 284, 111-118.

94. Filippov A.A., Sergueev K.V., He Y., et al. Bacteriophage-resistant mutants in Yersiniapestis: identification of phage receptors and attenuation for mice // PLoS One 2011,6, e25486.

95. Yuki N. Human gangliosides and bacterial lipo-oligosaccharides in the development of autoimmune neuropathies // Functional Glycomics (Li J., ed), Humana Press, 2010. P. 51-65.

96. Länyi В., Vörös S., Adam M.M. Serological relationship between Pseudomonas aeruginosa and Enterobacteriaceae. II. Relationship of Pseudomonas aeruginosa О antigens to Escherichia,

97. Shigella, Proteus, Morganella, Rettgerella and Providencia II Acta Microbiol Acad Sci Hung 1973, 20, 249-254.

98. Helbig J.H., Luck P.C., Knirel Y.A., Zahringer U. Molecular characterization of a virulence-associated epitope on the lipopolysaccharide of Legionella pneumophila serogroup 1 // Epidemiol Infect 1995, 115, 71-78

99. Zahringer U., Knirel Y.A., Lindner В., et al. The lipopolysaccharide of Legionella pneumophila serogroup 1 (strain Philadelphia 1): chemical structure and biological significance 11 Prog Clin Biol Res 1995, 392,113-139.

100. Шашков A.C., Усов А.И., Книрель Ю.А., Дмитриев Б.А., Кочетков Н.К. Определениеабсолютной и аномерной конфигурации сахарных остатков олиго- и полисахаридов с11использованием эффектов гликозилирования в С ЯМР спектрах // Биооргап хгшия 1981,7,1364-1371.

101. Shashkov A.S., Lipkind G.M., Knirel Y.A., Kochetkov N.K. Stereochemical factors determining the effects of glycosylation on the 13C chemical shifts in carbohydrates // Magn Reson Chem 1988,26,735-747.

102. Knirel Y.A., Perepelov A.V. Trifluoromethanesulfonic acid: a useful reagent for the solvolytic cleavage of glycosidic linkages in structural analysis of bacterial polysaccharides // Aust J Chem 2002, 55, 69-72.

103. Altona C., Haasnoot C.A.G. Prediction of anti and gauche vicinal proton-proton coupling constants in carbohydrates: a simple additivity rule for pyranose rings // Org Magn Reson 1980, 13,417-429.1 "i

104. Lipkind G.M., Shashkov A.S., Knirel Y.A., Vinogradov E.V., Kochetkov N.K. A computerassisted structural analysis of regular polysaccharides on the basis of 13C-NMR data // Carbohydr Res 1988,175, 59-75.

105. Rundlof Т., Widmalm G. A method for determination of the absolute configuration of chiral glycerol residues in natural products using TEMPO oxidation and characterization of the glyceric acids formed // Anal Biochem 1996, 243, 228-233.

106. Nomenclature of carbohydrates // Carbohydr Res 1997,297, 1-92.

107. Перепелов А.В., Вонг К., Сенченкова С.Н. и др. Структура О-антигена и характеристика О-антигенного генного кластера Salmonella enterica 047, содержащего фосфат рибита и 2-ацетимидоиламино-2,6-дидезокси-Ь-галактозу // Биохгтия 2009,74, 515-521.

108. Knirel Y.A., Paramonov N.A., Vinogradov E.V., et al. 2-Acetamido-4-0-(S)-l-carboxyethyl.-2-deoxy-D-glucose, a new natural isomer of N-acetylmuramic acid from the O-specific polysaccharide of Proteus penneri 35 // Carbohydr Res 1994, 259,1-3.

109. Clark C.G., Kropinski A.M., Parolis H., et al. Escherichia coli 0123 О antigen genes and polysaccharide structure are conserved in some Salmonella enterica serogroups // J Med Microbiol 2009, 58, 884-894.

110. Knirel Y.A., Paramonov N.A., Shashkov A.S, et al. Structure of the polysaccharide chains of Pseudomonas pseudomallei lipopolysaccharides // Carbohydr Res 1992, 233, 185-93.

111. Arbatsky N.P., Shashkov A.S., Toukach F.V., et al. Structure of the O-specific polysaccharide of a serologically separate strain Proteus penneri 2 from a new proposed serogroup 066 // Eur JBiochem 1999, 261, 392-397.

112. Anderson A.N., Richards J.C., Perry M.B. Structure of the O-antigen of Escherichia coli 0119 lipopolysaccharide // Carbohydr Res 1992,237,249-262.

113. Rundlof Т., Weintraub A., Widmalm G., Structural studies of the enterovasive Escherichia coli (EIEC) 028 O-antigenic polysaccharide // Carbohydr Res 1996,291, 127-139.

114. Кондакова A.H, Линднер Б, Фудала P. и др. Новые структуры О-специфических полисахаридов Proteus. Часть 4. Полисахариды, содержащие необычные кислые N-ацильные производные 4-амино-4,6-дидезокси-Б-глюкозы // Биохгтия 2004, 69, 1271-1282.

115. Robbins P.W., Uchida Т. Studies on the chemical basis of the phage conversion of O-antigens in the E-group Salmonella II Biochemistry 1962,1, 323-335.

116. Westphal O, Jann K. Bacterial lipopolysaccharides. Extraction with phenol-water and further applications of the procedure // Methods Carbohydr Chem 1965, 5, 83-91.

117. Sawardeker J.S., Sloneker J.H., Jeanes A. Quantitative determination of monosaccharides as their alditol acetates by gas liquid chromatography II Anal Chem 1965, 37,1602-1603.

118. Arbatsky N.P., Wang M., Shashkov A.S., Chizhov A.O., Feng L., Knirel Y.A., Wang L. Structure of the O-antigen of Cronobacter sakazakii serotype 02 with a randomly O-acetylated L-rhamnose residue // Carbohydr Res 2010, 345,2090-2094.

119. Leontein K., Lindberg B., Lônngren J. Assignment of absolute configuration of sugars by g.l.c. of their acetylated glycosides formed from chiral alcohols // Carbohydr Res 1978, 62, 359-362.

120. Leontein K., Lônngren J. Determination of the absolute configuration of sugars by gas-liquid chromatography of their acetylated 2-octyl glycosides // Methods Carbohydr Chem 1993, 9, 87-89.