Свойства, структура и функции факторов терминации трансляции eRF1 и eRF3 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Кононенко, Артём Вадимович

• Кононенко, Артём Вадимович
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Кононенко, Артём Вадимович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 5 стр. ВВЕДНИЕ 7 стр.

1. Глава 1. ТЕРМИНАЦИЯ ТРАНСЛЯЦИИ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

Ы.Терминация трансляция опосредована белковыми факторами 1-го и 2-го классов. 10 стр.

1.2.Особенности структуры факторов терминации 2-го класса. 11 стр.

1.2.1. Структурные особенности G домена ГТФаз. 12 стр.

1.2.2. Первичная и третичная структуры RF3 и eRF3 13 стр.

1.3.ГТФазный цикл в рибосоме. 21 стр.

1.4.Функциональные свойства eRF

1.4.1. Роль eRF3 в терминации трансляции у эукариот 24 стр.

1.4.2. Нетерминационные функции eRF3 29 стр.

1.4.3. Взаимодействие eRF3 и eRFl 36 стр.

1.5.eRF3 не является функциональным аналогом RF3 37 стр.

1.6.Структурно-функциональные свойства eRFl. 39 стр.

2. Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.1.Штаммы бактерий, плазмиды, среды и реактивы 43 стр.

2.2.Методы исследований

2.2.1. Выделение плазмидной ДНК из Е. coli 45 стр.

2.2.2. Трансформация Е. coli плазмидной ДНК 46 стр.

2.2.3. Синтез и выделение белков

2.2.3.1. Получение eRFl человека для исследования методом малоуглового рассеяния. 47 стр.

2.2.3.2. Получение еШ71 и мутантов еШ71 человека для исследования калориметрическими методами. 48 стр.

2.2.3.3. Получение еКБЗ человека. 49 стр.

2.2.3.4. Получение доменов еЮ7! человека.

2.2.3.4.1. Получение ^ М и КМ доменов. 50 стр.

2.2.3.4.2. Получение С и МС доменов. 51 стр.

2.2.4. Электрофорез белков в денатурирующем 12% ПААГ. 51 стр.

2.2.5. Измерение флуоресценции растворов белков. 52 стр.

2.2.6. Измерения малоуглового рассеяния. 52 стр.

2.2.7. Дифференциальная сканирующая калориметрия (ДСК). 53 стр.

2.2.8. Круговой дихроизм (КД). 53 стр.

2.2.9. Изотермическая титрационная калориметрия 54 стр.

3. Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1.Связь между термостабильностью еШ7! и изменениями функциональной активности его мутантов 56 стр.

3.1.1. Тепловая денатурация еШ71 человека и его мутантов. 57 стр.

3.1.2. Термостабильность мутантов еШ7! и его ЯР-активность. 61 стр.

3.2.Молекулярная морфология еШ7! в растворе 68 стр.

3.3.Образование четверного комплекса еШ71*еШ73«ГТФ*

§2+ в растворе. 72 стр

3.3.1. Взаимодействие еИРЗ с гуаниловыми нуклеотидами. 73 стр.

3.3.2. Термодинамические параметры образование комплекса между еШ*! и еЯРЗ 73 стр.

3.3.3. Связывание ГТФ комплексом еИРЬеНРЗ 76 стр.

3.3.4. Обмен нуклеотидов в комплексе е!1Р1*е11РЗ*ГДФ/ГТФ 77 стр.

3.3.5. еШ71 как эффектор связывания гуаниловых нуклеотидов. 78 стр.

3.3.6. Схема взаимодействия между еЯРЗ и его лигандами 78 стр.

3.3.7. Роль еШ?1 по отношению к еИРЗ 81 стр.

3.3.8. Роль магния в связывании гуаниловых нуклеотидов 84 стр.

3.3.9. Сравнение полученных результатов с данными литературы. 85 стр. 3.4.Роль индивидуальных доменов еШЧ в связывании ГТФ с еЯРЗ.

Взаимодействия между доменами еЯЛ. 90 стр.

3.4.1. Связывание еЯРЗ с индивидуальными доменами еИР1. 91 стр.

3.4.2. Взаимодействия между индивидуальными доменами еЯЛ 93 стр.

3.4.3. Связывание ГТФ с еИРЗ в присутствии М и С доменов еЯЛ. 93 стр.

3.4.4. Роль доменов еИР1 в формировании ГТФ-связывающего центра еШ\3. 94 стр.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Свойства, структура и функции факторов терминации трансляции eRF1 и eRF3»

Заключительная стадия биосинтеза полипептидной цепи - терминация трансляции - происходит в тот момент, когда в А-участке рибосомы оказывается один из трех стоп-кодонов транслируемой мРНК - UAA, UAG или UGA, который декодируется фактором терминации трансляции 1-го класса. Ключевую роль в этом процессе играют белковые факторы терминации трансляции, которые подразделяют на два класса. Факторы первого класса или кодон-специфичные факторы принимают участие в узнавании стоп-кодона мРНК в рибосоме с последующей передачей сигнала от малой к большой субчастице рибосомы, что вызывает гидролиз пептидил-тРНК. Факторы второго класса - это G-белки, которые обладают способностью связывать гуаниловые нуклеотиды и осуществлять гидролиз ГТФ в присутствии фактора 1-го класса и рибосомы. Существует тесная взаимосвязь между факторами 1-го и 2-го класса, взаимодействующих друг с другом.

В эукариотах ключевую роль в терминации трансляции играют белковые факторы eRFl и eRF3. Хотя общая схема терминации трансляции известна, молекулярные механизмы этого процесса, структурные особенности и физические свойства факторов терминации остаются недостаточно изученными. Ранее eRFl и eRF3 исследовали главным образом с помощью генетических, биохимических и молекулярно-биологических методов. В этой работе использованы некоторые физические методы исследования, позволяющие изучать in vitro взаимосвязи структуры и функции eRFl и eRF3.

Ранее в лаборатории для выявления функционально важных аминокислотных остатков в eRFl, участвующих в узнавании стоп ко донов, использовали точечный мутагенез с последующим определением функциональной активности полученных мутантов (Seit-Nebi et al., 2001; 2002; Frolova et al., 2002;

Kolosov et al., 2005). Для интерпретации RF-активности мутантов и определения функционально важных аминокислот необходимо различить изменения RF-активности связанные с нарушением стереохимической комплементарности стоп-кодона и боковых групп аминокислот в участке узнавания eRFl,ot изменений активности, вызванных конформационными перестройками молекулы белка. В противном случае, это может привести к ошибкам в идентификации декодирующих аминокислотных остатков eRFl. Неизвестно, как организован eRFl в растворе и отличаются ли его конформации в кристалле и в растворе. Немногочисленные и противоречивые данные о взаимодействии in vitro между N, М и С доменами eRFl, между eRFl и eRF3, между eRF3 и гуаниловыми нуклеотидами недостаточны для понимания механизма ГТФазного цикла eRF3 в терминации трансляции. Применение различных физических методов позволяет существенно прояснить многие из перечисленных вопросов.

Цель работы состояла в использовании физических методов для: 1) оценок стабильности белка eRFl человека после внесения в молекулу точечных мутаций, 2) установление сходства и различий в конформации eRFl в кристалле и в растворе, 3) изучения взаимодействия между N, М и С доменами eRFl, между eRFl и eRF3, между eRF3 и гуаниловыми нуклеотидами. В связи с этим были сформулированы следующие задачи исследования: экспрессировать гены полноразмерного eRFl и eRF3 (лишённого с N конца 138 аминокислот) человека, мутантов eRFl, а также N, М, С, N-M и М-С доменов eRFl в клетках Е. coli и получить высокоочищенные препараты белка; методом дифференциальной сканирующей калориметрии (ДСК) оценить изменения стабильности белковой глобулы в растворе в результате мутаций. Кроме того, мы исследовали методом малоуглового рассеяния (МУР) рентгеновских лучей структуру eRFl в растворе и сравнили её с кристаллической структурой, а также методом изотермической титрационной калориметрии (1ТС) взаимодействия между Ы, М и С доменами еЯР1, между еЯР1 и еЯРЗ, между еЯРЗ и гуаниловыми нуклеотидами.

Установлено, что плавление молекулы еШЛ человека, состоящей из трёх доменов, носит кооперативный характер, это свидетельствует о взаимодействии между доменами внутри молекулы в растворе. Ряд замен в Ы-домене не изменяет термостабильность белка, а в некоторых случаях даже приводит к ее некоторому увеличению. У этих мутантов избирательность утраты функции стимуляции гидролиза пептидил-тРНК в Р-участке рибосомы в присутствии стоп-кодонов не связана с дестабилизацией их трёхмерной структуры, а обусловлена, скорее всего, локальными изменением стереохимии боковых групп этих аминокислотных остатков в функционально-важных участках Ы-домена. Обнаружены аминокислотные остатки в И-домене, существенные для поддержания стабильности структуры еЯР1 и влияющие на избирательное узнавание стоп-кодонов мРНК в рибосоме. Определены интегральные структурные параметры и форма молекул еМЧ человека по данным МУР в растворе, конформация еКР1 в растворе близка к конформации в кристалле. С помощью изотермической калориметрии определены термодинамические параметры и предложена возможная схема взаимодействия между еКРЗ, еЯР1 и гуаниловыми нуклеотидами. Обнаружены взаимодействия между изолированными доменами еЯР1 в растворе. Показано, что М-домен еКР1 также взаимодействует с еКРЗ, определены домены еШ7! необходимые для связывания ГТФ с еКРЗ. .

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Кононенко, Артём Вадимович

выводы

1. Замены Glu55Asp, Tyrl25Phe, Asn61Ser, Glu55Arg, Glu55Ala, Asn61Ser+Ser64Asp, Cysl27Ala и Ser64Asp не изменяют термостабильность белка eRFl человека. Это указывает на невовлечённость этих аминокислотных остатков в поддержание трёхмерной структуры молекулы eRFl. Обнаружены аминокислотные остатки Asnl29 и Phel31 в N-домене eRFl, существенные для поддержания термостабильности трёхмерной структуры eRFl. Прямая корреляция между уменьшением RF-активности и термостабильности у мутантов eRFl отсутствует.

2. Узнавание стоп-кодонов UAG и UAA в рибосоме in vitro чувствительнее к стабильности трёхмерной структуры eRFl человека, чем узнавание стоп ко дона UGA.

3. Общая форма молекул eRFl в растворе близка или идентична конформации eRFl в кристалле.

4. eRF3 связывает ГДФ в растворе независимо от присутствия или отсутствия eRFl, тогда как ГТФ связывается только с комплексом eRFl*eRF3. В Л цитозоле и в растворе образуется четверной комплекс eRFbeRFS^TO^Mg .

5. Изолированные С и М домены eRFl связываются с eRF3. МС домен eRFl, а также смесь индивидуальных доменов М и С инициируют связывание ГТФ с eRF3.

6. Данные изотермической калориметрии указывают на взаимодействие в растворе между М и С, а также М и N доменами eRFl, что не вытекает из данных рентгеноструктурного анализа.

БЛАГОДАРНОСТИ

Данная работа выполнена совместно с лабораториями малоуглового рассеяния, Института кристаллографии РАН зав. лаб. Волков В.В. (Дембо К.А.) и лаборатории конформационной стабильности белков и физических методов анализа, ИМБ РАН зав. лаб. Макаров А.А. (Миткевич В.А., Петрушенко И.Ю.).

Я благодарен сотрудникам лаборатории физики биополимеров, где проводились измерения флуоресценции; Борисовой Ольге Филипповне за помощь в обсуждении результатов и написании рукописи, Калюжному Дмитрию и Бессчетновой Ирине за помощь в проведении экспериментов,

Я благодарю всех сотрудников нашей лаборатории, словом и делом помогавших проведению работы Людмилу Юрьевну Фролову, Нику Опарину, Дубовую Веру Ивановну, Зиновьеву Ольгу Леонидовну, Машкову Тамару Дмитриевну, Петру Колосову.

Выражаю отдельную благодарность соавтору одной из наших публикаций Дмитрию Январёву за высококачественную очистку гуаниловых нуклеотидов.

3.5. Заключение

Рассматривая в совокупности все полученные данные, можно придти к некоторым общим заключениям, касающимися взаимоотношений структуры и функции факторов терминации трансляции 1-го и 2-го класса эукариот.

В предыдущих работах на основании данных, полученных в результате определения RF-активности мутантов eRFl, показано, что N-домен отвечает за узнавание стоп-кодонов (Bertram et al., 2000; Chavatte et al., 2002; Frolova et al., 2002; Ito et al., 2002; Seit-Nebi et al., 2002; Kolosov et al., 2005). Причина изменения RF-активности большинства полученных мутантов не связана с дестабилизацией их третичной структуры, а обусловлена локальными стериохимическими изменениями боковых групп аминокислотных остатков, возникших в результате мутаций. В целом предположения о вовлечённости аминокислотных остатков N домена eRFl в узнавании стоп ко донов, не изменились.

ГТФазный цикл эу- и прокариотических факторов терминации трансляции 2-го класса значительно отличаются. eRF3 не нуждается в классическом GEF, в отличие от своего прокариотического аналога RF3 (Zavialov et al., 2001), поскольку в eRF3 обмен нуклеотидов не связан с падением аффинности ГДФ к eRF3 в результате связывания eRFl. Картина совершенно иная, eRFl не нарушает способность eRF3 связывать ГДФ, а предоставляет дополнительную возможность взаимодействовать с ГТФ. Скорее, по своим свойствам eRFl ближе к GAP, у которых помимо основной функции активации ГТФазной активности G-белка, появилась способность модифицировать ГДФ связывающий участок eRF3, в результате чего связывание ГТФ становится возможным. ГТФ связывается как в результате большей аффинности к ГТФазе, по сравнению с ГДФ, так и благодаря на порядок более высокой концентрации ГТФ в цитозоле. В прокариотах, GEF для комплекса КРЗ*ГДФ - это посттерминационный комплекс (Zavialov et al., 2001). В эукариотах, другая ситуация: с рибосомой связывается четверной комплекс eRFl*eRF3*GTP*Mg2+, ненуждающийся в GEF-активности рибосомы. В свете имеющихся данных, роль RF3 и eRF3 в клетке представляется различной: функция RF3 заключается в освобождении из рибосомы факторов терминации 1-го класса (Zavialov et al., 2002), тогда как предполагаемая функция eRF3 может быть связана с точным позиционированием eRFl в рибосоме, которое может осуществляться за счёт его ГТФазной активности.

Данные МУР свидетельствуют о том, что конформация eRFl в растворе, близка к его кристаллической структуре. Это означает, что расстояние между наиболее удалёнными мотивами GGQ и NIKS в молекуле eRFl составляет 107 Á. Для правильного позиционирования eRFl в рибосоме, необходимо изменить угол между этими мотивами и сблизить их на расстояние порядка 75 Á. Это может происходить за счёт ГТФазной активности eRF3. В этом отношении немаловажную роль может играть взаимодействие М домена eRFl с eRF3, поскольку связывание ГТФ и ГТФазная активность eRF3 возможна только при участии М домена. Возможно, именно в результате связывания eRF3 с М доменом может происходить изменение угла между М и N доменами внутри молекулы eRFl как в растворе, так и в рибосоме. Если для сближения N и М доменов eRFl не достаточно связывания, а требуется гидролиз ГТФ - тогда это возможно только в присутствии рибосомы. Таким образом, функция eRF3 может быть прямо противоположена прокариотическому RF3. Если функция RF3 заключается в том, чтобы диссоциировать RF1/RF2 из посттерминационного комплекса после гидролиза пептидил-тРНК (Zavialov et al., 2002), то роль eRF3, напротив, позиционировать eRFl в рибосому, что необходимо для гидролиза пептидил-тРНК.

В работе Salas-Marco & Bedwell (2004) показано, что мутации eRF3 в ГТФазном домене увеличивают уровень сквозного прочитывания стоп кодона in vivo. На основании полученных данных Salas-Marco & Bedwell (2004) предложили модель, в которой взаимодействие eRFl и стоп кодона в рибосоме стимулирует гидролиз ГТФ eRF3, а это событие в свою очередь активирует eRFl, так, что он приобретает способность индуцировать гидролиз пептидил-тРНК. Предложенная модель согласуется с данными Alkalaeva et al. (2006), где показано, что гидролиз ГТФ предшествует освобождению синтезированного пептида, но противоречит данным Frolova et al. (1996), где говорится, что гидролиз ГТФ не зависит от декодирующих свойств eRFl. К тому же, в этой работе экспериментально не показано, что гидролиз ГТФ опосредовано через eRFl индуцирует гидролиз пептидил-тРНК. Опираясь на наши данные можно предложить альтернативную интерпретацию результатов, полученных Salas-Marco & Bedwell: мутации в ГТФазном домене eRF3, в результате которых падает его ГТФазная активность, служат причиной того, что правильное позиционирование eRFl в рибосоме осуществляется менее эффективно. Это приводит к увеличению уровня сквозного прочитывания стоп кодона in vivo.

По данным ДСК молекула eRFl плавится кооперативно, одним пиком, что довольно необычно для структуры, состоящей из трёх независимых доменов различной структуры, взаимное расположение которых в растворе напоминает букву Y. Кооперативное плавление молекулы eRFl можно объяснить, предположив, что домены тесно контактируют между собой и изменения пространственной структуры, возникшие в одной части молекулы белка, передаются на всю молекулу. Данные ITC свидетельствуют о взаимодействии между доменами eRFl, которое вполне возможно имеет место, в районе линкеров, соединяющих домены между собой, располагающиеся в центральной части молекулы eRFl. В пользу этой гипотезы можно привести тот факт, что обнаружено взаимодействие только между теми доменами eRFl, которые сочленены друг с другом подвижными линкерами: N*M и М*С, но не между N и С доменами. Конечно, число степеней свободы у индивидуальных доменов в растворе существенно больше, чем в составе целой молекулы eRFl. Поэтому, взаимодействия между индивидуальными доменами в растворе могут и не иметь функционального значения. Однако, в пользу специфичности взаимодействия между изолированными доменами еКР1, которые мы наблюдаем в растворе, говорит факт связывания ГТФ тройным комплексом, состоящим из отдельных М и С доменов, взаимодействующих между собой, и с еИРЗ. Возможно, что плавление молекулы еКР1 начинается с центральной её части, где домены взаимодействуют друг с другом и, таким образом, все три домена еШЧ начинают плавиться одновременно.

Задачи будущих исследований

1. необходимость кристаллизации комплексов еЮП'еИРЗ, МОеКРЗ для понимания механизма ГТФазной активности еИРЗ и роли е!1Р1.

2. выяснить механизм замены ГДФ/ГТФ в еШ^З с помощью феномена без излучательного переноса энергии между хромофорами и других флуоресцентных методов исследования.

3. выяснить роль рибосомы в ГТФазном цикле еКРЗ

4. выяснение того, какой путь формирования четверного комплекса реализуется - а или Ь . Это можно сделать иммунохимическими методами с 32Р или флуоресценцией.

5. природа кооперативного плавления еКР1 (плавление смеси индивидуальных доменов, плавление мутантов с заменами в области линкеров, соединяющих домены еКР1 и др.)

6. изменение конформация е1Ш и еШ^З при образовании комплекса (флуоресцентные метки, ЭПР и др.)

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Кононенко, Артём Вадимович, 2007 год

1. Воробьёв Ю.Н., Киселёв Л.Л. 2007. Молекулярное моделирование структуры эукариотического рибосомного трансляционно-терминационного комплекса. Молекулярная биология 41: 103-111.

2. Гаврилюк В.В. 2006. ГТФазы прокариотического аппарата трансляции. Молекулярная биология 40: 769-783.

3. Дубовая В.И., Колосов П.М, Алкалаева Е.З., Фролова Л.Ю., Киселёв Л.Л. 2006. Влияние изолированных доменов фактора терминации трансляции eRFl на ОТРазную активность фактора терминации трансляции eRF3. Молекулярная Биология 40: 310-316.

4. Зайцев Е.Н., Зайцева Е.М., Бахланова И.В., Горелов В.И., Кузьмин Н.П., Крюков В.М., Ланцов В.А. 1986. Клонирование и характеристика гена гесА из Pseudomonas aeruginosa. Генетика 22:2721-2727.

5. Инге-Вечтомов С.Г., Андрианова В.М. 1970. Генетика 6:103-115

6. Киселев Л.Л. 2003. Факторы терминации трансляции 1-ого класса -функциональные аналоги аминоацил-тРНК .Молекуляр. биология. 37:931-943.

7. Кубаренко А.В., Сергиев П.В., Роднина М.В. 2005. ОТРазы аппарата трансляции. Молекулярная биология. 39: 746-761.

8. Любарев А.Е., Курганов Б.И. 1998. Моделирование процесса необратимой тепловой денатурации при переменной температуре. I. Модель, включающая две последовательно протекающие необратимые стадии. Биохимия. 63:434-440.

9. Любарев А.Е., Курганов Б.И. 2000. Изучение необратимой денатурации белков методом дифференциальной сканирующей калориметрии. Успехи биологической химии. 40:43-84.

10. Могилевский Л.Ю., Дембо А.Т., Свергун Д.И., Фейгин JI.A. 1984. Дифрактометр малоуглового рассеяния с координатным детектором. Кристаллография. 29, 587-592.

11. Свергун Д.И., Фейгин J1.A. 1987. Рентгеновское и нейтронное малоугловое рассеяние. М.: Наука. 280 с. Перевод: Feigin L.A., Svergun D.I. 1987. Structure Analysis by Small-Angle X-ray and Neutron Scattering. New York: Plenum Press.

12. Сеит-Неби А., Фролова JI., Иванова H., Полтараус А., Киселев Л. 2000. Мутации остатка глутамина в универсальном трипептиде GGQ в факторе терминации трансляции eRFl человека не вызывают полной утраты его активности. Молекуляр биология. 34: 899-900.

13. Тер-Аванесян М.Д., Инге-Вечтомов С.Г. 1988. Генетический контроль аппарата белкового синтеза. Изд-во Ленингр.ун-та. Ленинград.

14. Alberts В., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. 2002. Molecular Biology of The Cell, Fourth Edition.Taylor & Francis Group Press, NY, pp. 616.

15. Alkalaeva E.Z., Pisarev A.V., Frolova L.Y., Kisselev L.L., Pestova T.V. 2006. In vitro reconstitution of eukaryotic translation reveals cooperativity between release factors eRFl and eRF3. Cell 125:1125-1136.

16. Andersen G.R., Pedersen L., Valente L., Chatterjee I., Kinzy T.G., Kjeldgaard M., Nyborg J. 2000a. Structural basis for nucleotide exchange and competition with tRNA in the yeast elongation factor complex eEFlA-.eEFlB.Mo/. Cell. 6: 1261-1266.

17. Andersen G.R., Thirup S., SpremuIIi L.L., Nyborg J. 2000b. High resolution crystal structure of bovine mitochondrial EF-Tu in complex with GDP. J. Mol. Biol. 297: 421-436.

18. Bailleul P.A., Newnam G.P., Steenbergen J.N., Chernoff Y.O. 1999. Genetic study of interactions between the cytoskeletal assembly protein Slal and prion-forming domain of the release factor Sup35 (eRF3) in Saccharomyces cerevisiae. Genetics 153: 81-94.

19. Berchtold H., Reshetnikova L., Reiser C.O., Schirmer N.K., Sprinzl M., Hilgenfeld R. 1993. Crystal structure of active elongation factor Tu reveals major domain rearrangements. Nature 365: 126-132.

20. Berg J.M., Tymoczko J.L., Stryer L. 2002. Biochemistry, Fifth Edition, W.H. Freeman & Company, p66.

21. Bertram G., Bell H.A., Ritchie D.W., Fullerton G, Stansfield I. 2000. Terminating eukaryote translation: domain 1 of release factor eRFl functions in stop codon recognition. RNA 6:1236-1247.

22. Bidou L., Stahl G., Hatin I., Namy O., Rousset J.P., Farabaugh P.J. 2000. Nonsense-mediated decay mutants do not affect programmed -1 Frameshifting. RNA 6: 952-961.

23. Bisbal C., Martinand C., Silhol M., Lebleu B., Salehzada T. 1995. Cloning and characterization of a RNAse L inhibitor. A new component of the interferon-regulated 2-5A pathway. J. Biol. Chem. 270: 13308-13317.

24. Bourne H. R.,. Sanders D.A., McCormick F. 1991. The GTPase superfamily: conserved structure and molecular mechanism. Nature (London) 349:117-127.

25. Breining P., Piepersberg W. 1986. Yeast omnipotent supressor SUP1 (SUP45): nucleotide sequence of the wildtype and a mutant gene. Nucleic Acids Res. 14:5187-5197.

26. Brinkmann U., Mattes R.E., Buckel P. 1989. High-level expression of recombinant genes in Escherichia coli is dependent on the availability of the dnaY gene product. Gene 85:109-114.

27. Browne G.J., Proud C.G. 2002. Regulation of peptide-chain elongation in mammalian cells. Eur JBiochem. 269: 5360-5368.

28. Buckingham R.H., Grentzmann G., Kisselev L. 1997. Polypeptide chain release factors. Mol. Microbiol. 24: 449-456.

29. Burton J.L., Burns M.E., Gatti E., Augustine G.J., Camilli P.D. 1994. Specific interactions of Mss4 with members of the Rab GTPase subfamily. EMBOJ. 13:5547-5558.

30. Chai J., Shiozaki E., Srinivasula S. M., Wu Q., Dataa P., Alnemri E. S., Shi Y. Structural basis of caspase-7 inhibition by XIAP.2001. Cell 104: 769780.

31. Caskey C.T., Beaudet A.L., Tate W.P. 1974. Mammalian release factor; in vitro assay and purification. Methods Enzymol. 30: 293-303.

32. Caskey C.T., Forrester W.C., Tate W., Ward C.D. 1984. Cloning of the Escherichia coli release factor 2 gene. J. Bacteriol. 158:365-368.

33. Carr-Schmid A., Pfund C., Craig E.A., Kinzy T.G. 2002. Novel G-protein complex whose requirement is linked to the translational status of the cell. Mol. Cell Biol. 22: 2564-2574.

34. Chavatte L.,Frolova L., Kisselev L., Favre A. 2001. The polypeptide chain release factor eRFl specifically contacts the s4.UGA stop codon located in the A site of eukaryotic ribosomes. Eur. J. Biochem. 268: 2896-2904.

35. Chavatte L., Seit-Nebi., Dubovaya V., Favre A. 2002. The invariant uridine of stop codons contacts the conserved NIKSR loop of human eRFl in the ribosome. EMBO. 21: 5302-5311

36. Chavatte L., Frolova L., Laugaa P., Kisselev L., Favre A. 2003. Stop codons and UGG promote efficient binding of the human polypeptide release factor eRFl to the eukaryotic ribosomal A-site. J. Mol. Biol. 331: 745-758

37. Chauvin C., Salhi S., Le Goff C., Viranaicken W., Diop D., Jean-Jean 0. 2005. Involvement of human release factors eRF3a and eRF3b in translation termination and regulation of the termination complex formation. Mol. Cell Biol. 25: 5801-5811.

38. Chen Y.H., Yang J.T., Martinez H.M. 1972. Determination of the secondary structures of proteins by circular dichroism and optical rotatory dispersion. Biochemistry. 11,4120-31.

39. Chernoff Y. O.,. Lindquist S.L, Ono B., Inge-Vechtomov S.G., Liebman S.W., 1995. Role of the chaperone protein hspl04 in propagation of the yeast prion-like factor PS7". Science 268: 880-884.

40. Chernoff Y.O., Newnam G.P., Kumar J., Allen K., Zink A. D. 1999. Evidence for a "protein mutator" in yeast: role of the Hsp70-related chaperone Ssb in formation, stability and toxicity of the PS7. prion. Mol. Cell. Biol. 19:8103-8112.

41. Chernoff Y.O. 2001. Mutation processes at the protein level: is Lamarck back? Mutat. Res. 488: 39-64.

42. Chernoff Y.O., Uptain S.M., Lindquist S.L. 2002. Analysis of prion factors in yeast. Methods Enzymol. 351: 499-538.

43. Cosson B., Berkova N., Couturier A., Chabelskaya S., Philippe M., Zhouravleva G. 2002. Poly(A)-binding protein and eRF3 are associated in vivo in human and Xenopus cells. Biol. Cell. 94: 205-16.

44. Czaplinski K., Ruiz-Echevarria M.J., Gonzalez C.I., Peltz S.W 1999. Should we kill the messenger? The role of the surveillance complex in translation termination and mRNA turnover. Bioessays 21: 685-696.

45. Czaplinski K, Majlesi N, Banerjee T, Peltz SW. 2000. Mttl is a Upfl-like helicase that interacts with the translation termination factors and whose overexpression can modulate termination efficiency. RNA 6:730-743.

46. Derkatch, I. L., Y. 0. Chernoff, V. V. Kushnirov, S. G. Inge-Vechtomov and S. W. Liebman, 1996 Genesis and variability of PSI. prion factors in Saccharomyces cerevisiae. Genetics 144: 1375-1386.

47. DerMardirossian C., Bokoch G.M. 2005. GDIs: central regulatory molecules in Rho GTPase activation.Trends Cell Biol. 15:356-363.

48. Doel S.M., McCready S.J., Nierras C.R., Cox B.S. 1994. The dominant PNM2- mutation which eliminates the psi factor of Saccharomyces cerevisiae is the result of a missense mutation in the SUP35 gene. Genetics 137: 659-670.

49. Doma M.K., Parker R. 2006. Endonucleolytic cleavage of eukaryotic mRNAs with stalls in translation elongation. Nature 440: 561-564.

50. Ebihara K., Nakamura Y. 1999. C-terminal interaction of translational release factors eRFl and eRF3 of fission yeast: G-domain uncoupled binding and the role of conserved amino acids. RNA 5:739-750.

51. Eurwilaichitr L., Graves F.M., Stansfield I., Tuite,M.F. 1999. The C-terminus of eRFl defines a functionally important domain for translation termination in Saccharomyces cerevisiae. Mol. Microbiol. 32:485-496.

52. Freistroffer D.V., Pavlov M.Y., MacDougall J., Buckingham R.H., Ehrenberg M. 1997. Release factor RF3 in E. coli accelerates the dissociation of release factors RF1 and RF2 from the ribosome in a GTP-dependent manner. EMBOJ. 16: 4126-4133.

53. Frolova L., Le Goff X., Zhouravleva G., Davydova E., Philippe M., Kisselev L. 1996. Eukaryotic polypeptide chain release factor eRF3 is an eRFl- and ribosome-dependent guanosine triphosphatase. RNA 2: 334-341

54. Frolova L.Y., Merkulova T.I., Kisselev,L.L. 2000. Translation termination in eukaryotes: polypeptide release factor eRFl is composed of functionally and structurally distinct domains. RNA 6:381-390

55. Frolova L., Seit-Nebi A., Kisselev L. 2002. Highly conserved NIKS tetrapeptide is functionally essential in eukaryotic translation termination factor qKFI.RNA. 8:129-136.

56. Ghaemmaghami S., Huh W.K., Bower K., Howson R.W., Belle A., Dephoure N., O'Shea E.K., Weissman J.S. 2003. Global analysis of protein expression in yeast. Nature 425:737-741.

57. González C.I., Ruiz-Echevarría M., Vasudevan S., Henry M., Peltz S. 2000. The Yeast hnRNP like Protein Hrpl/Nab4 Marks a Transcript for NonsenseMediated mRNA Decay. Molecular Cell 5:489-499.

58. Grentzmann G., Brechemier-Baey D., Heurgue V., Mora L., Buckingham R.H. 1994. Localization and characterization of the gene encoding release factor RF3 in E. coli. Proc. Natl. Acad Sci. USA 91: 5848-5852.

59. Grentzmann G., Kelly P.J., Laalami S., Shuda M., Firpo M.A., Cenatiempo Y., Kaji A. 1998. Release factor RF-3 GTPase activity acts in disassembly of the ribosome termination complex. RNA 4: 973-983.

60. Gross T., Siepmann A., Sturm D., Windgassen M., Scarcelli J.J., Seedorf M., Cole C.N., Krebber H. 2007. The DEAD-box RNA helicase Dbp5 functions in translation termination. Science 315: 646-649.

61. Hansen T, Schlichting B, Grotzinger J, Swan MK, Davies C, Schonheit P. (2005) Mutagenesis of catalytically important residues of cupin typephosphoglucose isomerase from Archaeoglobus fulgidus. FEBS J. 272:6266-6275.

62. Hauryliuk V., Zavialov A., Kisselev L., Ehrenberg M. 2006. Class-1 release factor eRFl promotes GTP binding by class-2 release factor eRF3. Biochimie 88:747-757

63. Hays R., Wickline L., Cagan R. 2002. Morgue mediates apoptosis in the Drosophila melanogaster retina by promoting degradation of DIAP1. Nat. Cell Biol. 4: 425-431.

64. Imataka H., Gradi A., Sonenberg N. 1998. A newly identified N-terminal amino acid sequence of human eIF4G binds poly(A)-binding protein and functions in poly(A)-dependent translation. EMBO J. 17: 7480-7489.

65. Inagaki Y., Ford D.W., 2000. Evolution of the eukaryotic translation termination system: origins of release factors. Mol. Biol. Evol. 17, 882-889.

66. Inge-Vechtomov S., Zhouravleva G., Philippe M. 2003. Eukaryotic release factors (eRFs) history. Biol. Cell. 95: 195-209.

67. Ito K., Ebihara K., Nakamura,Y. 1998. The stretch of C-terminal acidic amino acids of translational release factor eRFl is a primary binding site for eRF3 of fission yeast. RNA 4:958-972.

68. Jensen M.A., True H.L., Chernoff Y.O., Lindquist S. 2001. Molecular population genetics and evolution of a prion-like protein in Saccharomyces cerevisiae. Genetics 159: 527-535.

69. John J., Rensland H., Schlichting I., Vetter I., Goody R.S., Wittinghofer A. 1993. Kinetic and structural analysis of the Mg21-binding site of the guanine nucleotide-binding protein p21H-ras. J. Biol. Chem. 268:923-929.

70. Kawazu Y., Ito K, Matsumura K., Nakamura Y. 1995. Comparative characterization of release factor RF-3 genes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium, and Dichelobacter nodosus. J. Bacteriol. 177: 5547-5553.

71. Keeling K.M., Lanier J., Du M., Salas-Marco J., Gao L., Kaenjak-Angeletti A., Bedwell D.M. 2004. Leaky termination at premature stop codons antagonizes nonsense-mediated mRNA decay in S. cerevisiae. RNA 10: 691-703.

72. Kisselev L., Buckingham R.H. 2000. Translation termination comes of age. Trends Biochem. Sci. 25: 561-566.

73. Kjeldgaard M., Nyborg J. 1992. Refined structure of elongation factor EF-Tu from Escherichia coli. J. Mol. Biol. 223: 721-742.

74. Klaholz B.P., Pape T., Zavialov A.V., Myasnikov A.G., Orlova E.V., Vestergaard B., Ehrenberg M., van Heel M. 2003. Structure of the

75. Escherichia coli ribosomal termination complex with release factor 2. Nature 421:90-94.

76. Kobayashi T., Funakoshi Y., Shin-ichi H., Katada T. 2004. The GTP-binding Release Factor eRF3 as a Key Mediator coupling translation termination to mRNA decay. J. Biol. Chem. 279:45693-45700.

77. Kolosov P., Frolova L., Seit-Nebi A., Dubovaya V., Kononenko A., Oparina N., Justesen J., Efimov A., Kisselev L. 2005. Invariant amino acids essential for decoding function of polypeptide release factor eRFl. Nucleic Acids. Res. 33:6418-6425.

78. Kong C., Ito K., Walsh M.A., Wada M., Liu Y., Kumar S., Barford D., Nakamura Y., Song H. 2004. Crystal structure and functional analysis of the eukaryotic class II release factor eRF3 from S. pombe. Mol. Cell 14:233245.

79. Ladbury J. E., Doyle M. L. 2004. Biocalorimetry 2. Applications calorimetry in the biological sciences. The Sussex John Wiley & Sons, Ltd, pp. 259.

80. Lai C-C., Boguski M., Broek D., Powers S. 1993. Influence of guanine nucleotides on complex formation between Ras and CDC25 proteins. Mol. Cell Biol. 13:1345-1352.

81. Le Goff C., Zemlyanko O., Moskalenko S., Berkova N., Inge-Vechtomov S., Philippe M., Zhouravleva G. 2002. Mouse GSPT2, but not GSPT1, can substitute for yeast eRF3 in vivo. Genes Cells 7: 1043-1057.

82. Le Roy F., Laskowska A., Silhol M., Salehzada T., Bisbal C. 2000. Characterization of RNABP, an RNA binding protein that associates with RNase L. J. Interferon Cytokine Res. 20: 635-644.

83. Le Roy F., Salehzada T., Bisbal C., Dougherty J.P., Stuart W. P. 2005. A newly discovered function for RNase L in regulating translation termination. Nat Struct Mol Biol 12:505-512.

84. Liebman S.W., Sherman F. 1979. Extrachromosomal psi+ determinant suppresses nonsense mutations in yeast. J. Bacteriol. 139: 1068-1071.

85. Liu J.J., Lindquist S. 1999. Oligopeptide-repeat expansions modulate 'protein-only' inheritance in yeast. Nature. 400: 573-576.

86. Ma B. and Nussinov R. 2004. Release factors eRFl and RF2: a universal mechanism controls the large conformational changes. J. Biol. Chem., 279: 53875-53885.

87. Makhatadze GI, Privalov PL. 1990. Heat capacity of proteins. I. Partial molar heat capacity of individual amino acid residues in aqueous solution: hydration effect. J. Mol Biol 213:375-84.

88. Mandel M. and Higa A. 1970. Calcium-dependent bacteriophage DNA infection. J. Mol Biol 53:159-162.

89. Marcotte E.M., Pellgrini M., Thompson M.J., Yeates T.O., Eisenberg D.1999. A combined algorithm for genome-wide prediction of protein function. Nature 402: 83-86.

90. Merkulova T.I., Frolova L.Y., Lazar M., Camonis J., Kisselev L.L. 1999. C-terminal domains of human translation termination factors eRFl and eRF3 mediate their in vivo interaction. FEBS Letters 443:41-47.

91. Mikuni O., Ito K., Moffat J., Matsumura K., McCaughan K., Nobukuni T., Tate W., Nakamura Y., 1994. Identification of the prfC gene, which encodes peptide-chain-release factor 3 of E. coli. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91: 5798-5802.

92. Miroux B., Walker J.E. 1996. Over-production of proteins in Escherichia coli: mutant hosts that allow synthesis of some membrane proteins and globular proteins at high levels. J. Mol. Biol 260:289-298.

93. Mora L.,Heurgue-Hamard V.,Champ S.,Ehrenberg M., Kisselev L.I., Buckingham R.H. 2003. The essential role of the invariant GGQ motif in the function and the stability in vivo of bacterial release factors RF1 and RF2. Mol. Microbiol. 47:267-275.

94. Moreira D., Kervestin S., Jean-Jean O., Philippe H. 2002. Evolution of eukaryotic translation elongation and termination factors: variations of evolutionary rate and genetic code deviations. Mol. Biol. Evol. 19: 189-200.

95. Nakamura Y., Ito K., 1998. How protein reads the stop codon and terminates translation. Genes Cells 3,265-278.

96. Nakamura Y., Ito K., Ehrenberg M.A. 2000. Mimicry grasps reality in translation termination. Cell 101: 349-352.

97. Newnam G.P., Wegrzyn R.D., Lindquist S.L., Chernoff Y.O. 1999. Antagonistic interactions between yeast chaperones Hsp-104 and Hsp70 in prion curing. Mol. Cell. Biol. 19: 1325-1333.

98. Nissen P., Kjeldgaard M., Thirup S., Polekhina G., Reshetnikova L., Clark B., Nyborg J. 1995. Crystal structure of the ternary complex of Phe-tRNAPhe, EF-Tu, and a GTP analog. Science 270: 1464-1472.

99. Otero L.J., Ashe M.P., Sachs A.B. 1999. The yeast poly(A)-binding protein Pablp stimulates in vitro poly(A)-dependent and cap-dependent translation by distinct mechanisms. EMBOJ. 18: 3153-3163.

100. Pan J.Y., Sanford J.C.,Wessling-Resnick M. 1996. Influence of Mg2+ on the structure and function of Rab5. J. Biol. Chem. 271:1322-1328.

101. Pan Y., Wessling-Resnick M. 1998. GEF-mediated GDP/GTP exchange by monomeric GTPases: a regulatory role for Mg2+? BioEssays 20:516-521.

102. Patino M.M., Liu J.J., Glover J.R., Lindquist S. 1996. Support for the prion hypothesis for inheritance of a phenotypic trait in yeast. Science 273: 622626.

103. Paulin E.M., Campbell L.E., O'Brien K., Loughlin J., Proud C.G. 2001. Eukaryotic translation initiation factor 5 (elF5) acts as a classical GTPase-activator protein. Curr. Biol. 11: 55-59.

104. Paushkin S.V., KushnirovV.V., SmirnovV.N., TerAvanesyan M.D., 1996. Propagation of the yeast prion-like psi+. determinant is mediated by oligomerization of the St/P^-encoded polypeptide chain release factor. EMBOJ. 15:3127-3134.

105. Paushkin S.V., Kushnirov V.V., Smirnov V.N., Ter-Avanesyan M.D. 1997. Interaction between yeast Sup45p (eRFl) and Sup35p (eRF3)polypeptide chain release factors: Implications for prion-dependent regulation. Mol. Cell Biol 17:2798-2805.

106. Petry S, Brodersen DE, Murphy FV, Dunham CM, Selmer M, Tarry MJ, Kelley AC, Ramakrishnan V (2005) Crystal structures of the ribosome in complex with release factors RF1 and RF2 bound to a cognate stop codon. Cell 123: 1255-1266

107. Pierce M.M., Raman C.S., Nail B.T. 1999. Isothermal titration calorimetry of protein-protein interactions. Methods 19:213-221

108. Privalov P.L., Potekhin S.A. 1986. Scanning microcalorimetry in studying temperature-induced changes in proteins. Methods Enzymol. 131:4-51.

109. Rawat U.B., Zavialov A.V., Sengupta J., Valle M., Grassucci R.A., Linde J., Vestergaard B., Ehrenberg M., Frank J. 2003. A cryo-electron microscopic study of ribosome-bound termination factor RF2. Nature 421:87-90.

110. Rutthard H., Banerjee A., Makinen M.W. 2001. Mg2 is not catalytically required in the intrinsic and kirromycin-stimulated GTPase action of Thermus thermophilus EF-Tu. J. Biol Chem. 276: 18728-18733.

111. Ryoo H. D., Bergmann A., Gonen H., Ciechanover A., Steller H. 2002. Regulation of Drosophila I API degradation and apoptosis by reaper and ubcDl. Nat. Cell Biol 4: 432-438.

112. Salas-Marco J., Bedwell D.M. 2004. GTP hydrolysis by eRF3 facilitates stop codon decoding during eukaryotic translation termination. Mol. Cell. Biol. 24:7769-7778.

113. Salehzada T., Silhol M., Steff A.M., Lebleu B., Bisbal C. 1993. 2',5'-Oligoadenylatedependent RNase L is a dimer of regulatory and catalytic subunits. J. Biol. Chem. 268: 7733-7740.

114. Salvesen G.S., Duckett C.S. 2002. IAP proteins: blocking the road to death's door. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 3: 401^10.

115. Seit-Nebi A., Frolova L., Justesen J., Kisselev L. 2001. Class-1 translation termination factors: invariant GGQ minidomain is essential for release activity and ribosome binding but not for stop codon recognition. Nucl. Acids. Res. 29: 3982-3987.

116. Seit-Nebi A., Frolova L., Kisselev L. 2002. Conversion of omnipotent translation termination factor eRFl into ciliate-like UGA-only unipotent eRFl. EMBO Rep. 3:881-886.

117. Serio T.R., Lindquist S.L. 1999. .PSI+.: an epigenetic modulator of translation termination efficiency. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 15: 661-703.

118. Serio T.R., Lindquist S.L. 2000. Protein-only inheritance in yeast: something to get PSI".-ched about. Trends Cell Biol. 10: 98-105.

119. Shin D.H., Brandsen J., Jancarik J., Yokota H., Kim R., Kim S.H. 2004. Structural analyses of peptide release factor 1 from Thermotoga maritima reveal domain flexibility required for its interaction with the ribosome. J. Mol. Biol. 341: 227-239.

120. Sigurskjold B.W. 2000. Exact analysis of competition Iigand binding by displacement isothermal titration calorimetry. Anal. Biochem. 277:260-266.

121. Simon I., Zerial M., Goody R.S. 1996. Kinetics of interaction of Rab5 and Rab7 with nucleotides and magnesium ions. J. Biol. Chem. 271:2047020478.

122. Song H., Parsons M.R., Rowsell S., Leonard G., Phillips S.E. 1999. Crystal structure of intact elongation factor EF-Tu from Escherichia coli in GDP conformation at 2.05 A resolution. J. Mol. Biol. 285: 1245-1256.

123. Song H., Mugnier P., Das A.K., Webb H.M., Evans D.R., Tuite M.F., Hemmings B.A., Barford D. 2000. The crystal structure of human eukaryotic release factor eRFl-mechanism of stop codon recognition and peptidyl-tRNA hydrolysis. Cell 100:311-321.

124. Song L., Chai B.F., Wang W., Liang A.H. 2006. Identification of translational release factor eRFl a binding sites on eRF3 in Euplotes octocarinatus. Res. Microbiol. 157:842-50.

125. Sprang S.R., Coleman D.E. 1998. Invasion of the nucleotide snatchers: structural insights into the mechanism of G protein GEFs. Cell 95:155-158.

126. Stansfield I., Tuite M.F. 1994. Polypeptide chain termination in S. cerevisiae. Curr. Genet. 25: 385-395.

127. Studier F.W. and Moffatt B.A. 1986. Use of bacteriophage T7 RNA polymerase to direct selective high-level expression of cloned genes. J. Mol. Biol. 189:113-130.

128. Tarun S.Z. Jr., Sachs A.B. 1996. Binding of eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF4E) to eIF4G represses translation of uncapped mRNA. EMBO J. 15: 7168-7177.

129. Tikhodeev O.N., Getmanova V.L., Tikhomirova V.L., Inge-Vechtomov S.G. 1990. The ambiquity of translation in yeast: genetic control and modifications. Molecular Mechanism of Genetic Processes. Nauka (Moscow) pp. 218-228.

130. Tikhomirova V.L., Inge-Vechtomov S.G. 1996. Sensitivity of sup35 and sup45 mutants in Saccharomyces cerevisiae to the antimicrotubule drug benomyl. Curr Genet 30:44-49.

131. Traut T.W. 1994. Physiological concentrations of purines and pyrimidines. Mol. Cell. Biochem. 140:1-22.

132. Uchida N., Hoshino S., Imataka H., Sonenberg N., Katada T. 2002. A novel role of the mammalian GSPT/eRF3 associating with poly(A)-binding protein in cap/poly(A)-dependent translation. J. Biol. Chem. 277: 50286-50292.

133. Urakov V.N., Valouev I.A., Lewitin E.I., Paushkin S.V., Kosorukov V.S., Kushnirov V.V., Smirnov V.N., Ter-Avanesyan M.D. 2001. Ittlp, a novel protein inhibiting translation termination in Saccharomyces cerevisiae. BMC Mol Biol. 2: 9

134. Valouev I.A., Kushnirov V.V., Ter-Avanesyan M.D. 2002. Yeast polypeptide chain release factors eRFl and eRF3 are involved in cytoskeleton organization and cell cycle regulation. Cell Motil Cytoskeleton 52: 161-173.

135. Vestergaard B., Van L.B., Andersen G.R., Nyborg J., Buckingham R.H., Kjeldgaard M. 2001. Bacterial polypeptide release factor RF2 is structurally distinct from eukaiyotic eRFl. Mol. Cell. 8: 1375-1382.

136. Vitagliano L., Masullo M., Sica F., Zagari A., Bocchini V. 2001. The crystal structure of Sulfolobus solfataricus elongation factor 1 in complex with GDP reveals novel features in nucleotide binding and exchange. EMBO J. 20: 5305-5311.

137. Volkov K., Osipov K., Valouev I., Inge-Vechtomov S., Mironova L. 2007. N-terminal extension of Saccharomyces cerevisiae translation termination factor eRF3 influences the suppression efficiency of sup35 mutations. FEMS Yeast Res. In press

138. Wang W., Czaplinski K., Rao Y., Peltz S.W. 2001. The role of Upf proteins in modulating the translation read-through of nonsense- containing transcripts. EMBO J. 20: 880-890.

139. Weiss R.B., Murphy J.P., Gallant J.A. 1984. Genetic screen for cloned releasefactor genes. J. Bacteriol. 158:362-364.

140. Wells S. E., Hillner P. E., Vale R. D., Sachs A. B. 1998. Circularization of mRNA by eukaryotic translation initiation factors. Mol. Cell 2: 135-140.

141. Yoo S.J., Huh J.R., Muro I., Yu H., Wang L., Wang S.L., Feldman R. M., Clem R.J., Muller H.A., Hay B.A. 2002. Hid, Rpr and Grim negatively regulate DIAP1 levels through distinct mechanisms. Nat. Cell Biol. 4: 416— 424.

142. Yusupov M.M., Yusupova G.Z., Baucom A., Lieberman K., Earnest T.N., Cate J.H., Noller H.F. 2001. Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. Science 4.897-902.

143. Zavialov A.V., Buchingham R.H., Ehrenberg M.A. 2001. Posttermination ribosomal complex is the guanine exchange factor for peptide release factor RF3. Ce//107:115-124.

144. Zavialov A.V., Mora L., Buckingham R.H., Ehrenberg M. 2002. Release of peptide promoted by the GGQ motif of class 1 release factors regulates the GTPase activity of RF3. Mol Cell 10: 789-798.

145. Zhang B., Zhang Y., Shacter E., Zheng Y. 2005. Mechanism of the guanine nucleotide exchange reaction of Ras GTPase-evidence for a GTP/GDP displacement model. Biochemistry 44:2566-76.

146. Zavialov A.V., Hauryliuk V.V., Ehrenberg M. 2005. Guanine-nucleotide exchange on ribosome-bound elongation factor G initiates the translocation of tRNAs. J. Biol 4:9.

147. Zhouravleva G, Frolova L, Le Goff X, Le Guellec R, Inge-Vechtomov S, Kisselev L, Philippe M. 1995. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRFl and eRF3. EMBOJ. 14:4065-4072.

148. Zhouravleva G., Alenin V., Inge-Vechtomov S., Chernoff Y. 2002. To stick or not to stick: prion domains from yeast to mammals. Recent Res. Dev. Mol. Cell. Biol. 3: 185-219.