Структурно-функциональное исследование сайт-специфического метилирования ДНК эукариот тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, доктор биологических наук Шевчук, Тарас Валерьевич

• Шевчук, Тарас Валерьевич
• доктор биологических наук
• 2008

Оглавление диссертации доктор биологических наук Шевчук, Тарас Валерьевич

ВВЕДЕНИЕ.

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Распределение 5-метилцитозина в различных нуклеотидных последовательностях и областях генома высших эукариот.

1.1. Метилируемые последовательности эукариотических ДНК.

1.2. Срв-островки и их свойства.

2. Структурно-функциональные свойства цитозин(С5)-ДНК-метилтрансфераз.

2.1. Функциональная топография первичной структуры прокариотических цитозин(С5)-ДНК-метилтрансфераз.

2.2. Эукариотические ДНК-метилазы.

2.2.1. ДНК-метилтрансферазы млекопитающих.

2.2.2. ДНК-метилтрансферазы растений.

3. Тотальное метилирование цитозина в эукариотических ДНК и РНК-интерференция.

4. Процессы тотального метилирования последовательностей

ДНК грибов.

5. Регуляция экспрессии и модуляции активности ДНК-метилтрансфераз.

6. Функциональная роль специфических типов метилирования

ДНК эукариот.

6.1. Первичная функция метилирования ДНК — защита от внутригеномных паразитов.

6.2. Срв-тип метилирования ДНК.

6.2.1. Метилирование и транскрипция генов. Белки, связывающиеся с метилированной ДНК.

6.2.2. Метилирование ДНК, структура хроматина и деацетилирование гистонов.

6.2.3. Деметилирование ДНК.

6.2.4. Метилирование ДНК и геномный импринтинг.

6.2.5. Роль метилирования ДНК в развитии растений.

6.2.6. Метилирование ДНК и канцерогенез.

6.2.6.1. Гипометилирование ДНК.

6.2.6.2. Увеличение ДНК-метилтрансферазной активности в опухолевых клетах.

6.2.6.3. Локальное гиперметилирование генома.

6.3. Несимметричный тип метилирования ДНК.

6.3.1. Метилирование ДНК и ее репликация.

6.3.2. Метилирование ДНК и выключение генетической экспрессии.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональное исследование сайт-специфического метилирования ДНК эукариот»

Актуальность проблемы. Несмотря на изучение явления энзиматического метилирования ДНК эукариот в течение шестидесяти лет, мы еще далеки от полного понимания функциональной роли этой модификации генома. В клетках эукариотических организмов метилирование ДНК участвует в регуляции генетической экспрессии, клеточной дифференцировки и морфогенеза, эпигенетическом контроле геномного импринтинга и инактивации мобильных генетических элементов. Эти функции установлены как у млекопитающих, так и у высших растений. Нарушение нормальной картины метилирования ДНК сопровождает канцерогенез и генетические заболевания человека. В настоящее время установлено, что большинство своих функций метилирование ДНК осуществляет в качестве интегральной части механизма модификации и ремоделирования структуры хроматина. В этом процессе участвуют многочисленные белки, осуществляющие различные ковалентные модификации гистонов, а также короткие некодирующие РНК. Согласно современным взглядам, метилирование ДНК служит эпигенетической меткой, позволяющей регуляторным факторам транскрипции отличать метилированные последовательности генома от гомологичных, но не метилированных последовательностей. Существенные успехи в исследовании метилирования ДНК получены после открытия белков, связывающихся с метилированной ДНК. В настоящее время особое внимание уделено белкам, связывающимся с метилированными Срв-последовательностями ДНК и мобилизующими в эти участки гистоновые деацетилазы и другие гистон-модифицирующие белки, формирующие транскрипционно неактивную структуру хроматина. Картина сложноразветвленной сети многочисленных взаимосвязанных реакций модификации и ремоделирования структуры хроматина только устанавливается, в том числе устанавливается специфичность функций индивидуальных ДНК-метилтрансфераз эукариотической клетки. В структурно-функциональном исследовании энзиматического метилирования эукариотических ДНК существует значительный пробел, связанный с изучением только Срв-типа этой модификации. Однако у эукариот обнаружен второй симметричный тип метилирования ДНК СрКрв (К — любой нуклеозид) и несимметричный тип метилирования Ср1Ч. Растущее внимание к картине метилирования эукариотического генома, на фоне которой развиваются нормальные и нарушенные процессы жизнедеятельности, ставит вопрос о раздельном анализе каждого из этих типов метилирования ДНК. Исследование различных типов сайт-специфического метилирования ДНК имеет фундаментальное значение для понимания функциональной роли этой модификации эукариотического генома.

Цели и задачи исследования. Целью работы было изучение Срв- и СрИрО-типов метилирования ДНК высших эукариот в условиях изменения метаболизма и клеточной дифференцировки и при трансген-индуцированном метилировании генома, а также разработка новых методических приемов анализа метилирования ДНК и применения ДНК-метилтрансфераз в новых биотехнологиях. В число основных экспериментальных задач входили:

- разработка метода определения уровня метилирования внутреннего цитозина в последовательностях СС\УвО (Ср^О-тип) генома;

- исследование эффекта трансген-индуцированного СС\УОО-метилирования ДНК клеток растений ШсоНапа 1аЪасит\

- анализ метилирования генома растений МезетЬгуапЖетит сгузгаШпит в условиях солевого стресса и переключения метаболизма на С4-путь фотосинтеза;

- анализ метилирования 5'-концевой области гена кальцитонина человека в норме и при лейкозах;

- исследование эффекта трансген-индуцированного СС\\^00-метилирования ДНК клеток НК293 культуры эпителиального слоя почек человека;

- разработка приемов применения цитозиновых ДНК-метилтрансфераз в новых биотехнологиях. Научная новизна. На основе особенностей каталитической активности ДНК-метилтрансфераз Лл/М и £соК11 разработан метод определения уровня метилирования внутреннего цитозина в последовательностях СС\УОО. Впервые осуществлен перенос в клетки растений гена гетерологичной ДНК-метилтрансферазы ЕсоШ\ (М\£со1Ш) в составе Т-ДНК агробактериальной Тьплазмиды дикого типа и в модифицированной форме №.8-М'£с01Ш в составе обезоруженной Т-ДНК. Обнаружено, что неэкспрессируемый ген М-2?соШ1 индуцирует у первичной трансформированной клеточной ткани Ж tabacum образование новых морфологических и биохимических фенотипов. Установлен пониженный уровень метилирования внутреннего цитозина в последовательностях СС\¥ОС в ДНК клеток этих фенотипов. Показано, что экспрессия гена НЬБ-МчЕсоКЛ индуцирует новый морфологический фенотип целого растения и вызывает в его геноме дополнительное метилирование последовательностей ССХУвО. Установлено, что в условиях засоления, при переключении Сз-фотосинтеза на С4-путь фотосинтеза, наблюдается двукратное повышение уровня метилирования последовательностей СС\УОО в ДНК растений М. crystallinum, связанное с гиперметилированием фракции повторяющейся ДНК. Полученные данные могут свидетельствовать о новой специфической функциональной роли СрМрО-метилирования повторяющейся ДНК в образовании специализированной структуры хроматина в клетках М. сгу^МаШпит при их адаптации к солевому стрессу и переключении на С4-путь фотосинтеза.

Обнаружено, что при лейкозах гиперметилирование цитозина в последовательностях Срв в 5'-концевой области гена кальцитонина человека не распространяется на близлежащие последовательности СрЫрО. Сформулировано положение о безальтернативном характере Срв-метилирования специфических областей генома высших эукариот. Впервые осуществлен перенос в клетки НК293 культуры эпителиального слоя почек человека гена ДНК-метилтрансферазы £coRII в модифицированной форме NLS-M\£coRII-GFP. Установлено, что трансген-индуцированное CCWGG-метилирование ДНК клеток НК293 не влияет на CpG-метилирование их генома. Показано отсутствие влияния CCWGG-метилирования промотора гена АРС на его экспрессию в клетках НК293. Установлено отсутствие эффекта CCWGG-метилирования олигодезоксинуклеотидных субстратов на активность ДНК-метилтрансферазы DNMT1 in vitro.

Установлены особенности в распределении и частотах встречаемости сайтов CWG и CCWGG в геноме человека, указывающие на возможную различную функцию их метилирования.

Для ингибирования цитозиновых ДНК-метилтрансфераз в клетке и применения в нанобиотехнологии сконструированы и исследованы олигодезоксинуклеотиды и олигодезоксинуклеотид-белковые комплексы на основе модифицированных производных цитозина и ДНК-метилтрансферазы

Практическая ценность работы. Разработанный метод определения уровня метилирования внутреннего цитозина в последовательностях CCWGG в геномной ДНК может применяться при анализе динамики сайт-специфического метилирования генома различных организмов в процессе их жизнедеятельности.

Получены генетические конструкции для трансформации клеток растений и млекопитающих и экспрессии модифицированных форм гена ДНК-метилтрансферазы £coRII: NLS-M£coRII и NLS-M£coRII-GFP. Перенос в клетки растений гетерологичных генов цитозиновых ДНК-метилтрансфераз можно использовать для получения эпигенетического разнообразия клеточных культур растений, а полученные клетки и ткани использовать в качестве новых удобных объектов для исследования функциональной роли энзиматического метилирования ДНК. Клетки млекопитающих, экспрессирующие гетерологичные гены цитозиновых ДНКметилтрансфераз могут использоваться как удобные модели для изучения особенностей эпигенетических модификаций ДНК.

Сконструированные на основе модифицированных производных цитозина и ДНК-метилтрансферазы EcoRll олигодезоксинуклеотиды и олигодезоксинуклеотид-белковые комплексы имеют перспективы использования в медицине для восстановления нормальной картины метилирования ДНК.

Полученные в работе оригинальные экспериментальные данные могут быть использованы в теоретических и практических курсах современной молекулярной и клеточной биологии высших эукариот.

Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из ведения, обзора литературы, материалов и методов, результатов и их обсуждения, выводов и списка цитированной литературы. Работа изложена на 232 страницах машинописного текста, содержит 43 рисунка и 11 таблиц. Библиография включает 454 источника.

Апробация результатов работы. Результаты данной работы были представлены на 4th New England Biolabs Workshop on Biological DNA Modification, (Австрия, 1997); Annual Oncologycal Congress of American Urologic Association, (США, 2002); Scholarship of Anticancer Drug Design, (США, 2003); FEBS-CNRS Workshop on DNA and RNA modification enzymes: Comparative Strucure, Mechanism, Function and Evolution, (Франция, 2007); 12th Congress of the European Hematology Association, (Австрия, 2007); VI Съезде Гематологов и трансфузиологов Республики Беларусь (Минск, 2007); III Съезде Биохимического общества (Санкт-Петербург, 2002); VI Съезде Общества Физиологов растений России (Сыктывкар, 2007); Международном симпозиуме по физико-химической биологии (Москва, 2004); IV съезде Общества Биотехнологов России им. Ю.А. Овчинникова, (Пущино, 2006); IV Съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008); IV, V и IX Пущинской конференции молодых ученых, (Пущино, 1999, 2001, 2005); III, IV и VIII чтениях, посвященных памяти академика Ю.А. Овчинникова (Москва-Пугцино, 1997, 1998, 2006); Отчетных конференциях Филиала Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова (Пущино, 1999, 2004).

Работа выполнена при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований и программы Президиума РАН «Динамика генофондов растений, животных и человека»

Публикации. По теме диссертации опубликовано 16 печатных работ. Личный вклад автора. Автору принадлежит ведущая роль в выборе стратегии исследования, разработке новых подходов к решению экспериментальных задач, в обсуждении и обобщении полученных результатов и написании публикаций. Все основные эксперименты, проведенные в работе, выполнены лично автором, а также руководимыми им сотрудниками и студентами. В работах, выполненных в соавторстве с сотрудниками ФИБХ РАН, сотрудниками других институтов РАН и с зарубежными коллегами, личный вклад автора заключался в постановке задачи, прямом участии в проведении экспериментов и получении результатов, их обсуждении и оформлении в виде публикаций. Благодарности. Благодарю всех своих коллег и друзей из лаборатории биотехнологии растений ФИБХ РАН, всех российских и зарубежных коллег за плодотворное сотрудничество. Выражаю особую признательность профессору Я.И. Бурьянову, в лаборатории которого были выполнены приоритетные исследования, положенные в основу настоящей работы, и профессору Стивену Смиту («City of Норе» National Medical Center, США) за возможность развития этой работы в его лаборатории.

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Шевчук, Тарас Валерьевич

выводы

1. Разработан энзнматическнй метод определения уровня метилирования внутреннего цитозина в последовательности СС\УОО эукариотических ДНК (СрЫрС-тип метилирования) с помощью ДНК-метилтрансфераз ЯсоЯП и £.^N1.

2. Получена рекомбинантная агробактериальная Тьплазмида дикого типа с интегрированным в область Т-ДНК неэкспрессируемым геном ДНК-метилтрансферазы £соМ1 (М-£соЯП). Этой плазмидой осуществлена генетическая трансформация клеток Шсойапа tabacum. Ген индуцировал у первичной трансформированной клеточной линии образование новых морфологических и биохимических фенотипов. Установлен пониженный уровень ССАУОО-метилирования ДНК этих клеток, что может быть связано с инактивацией одного из генов ДНК-метилтрансфераз.

3. Для трансген-индуцированного СС\УОО-метилирования ДНК в клетках эукариот получены модифицированные формы экспрессируемого гена М'-ЁсоШТ, кодирующие этот фермент, слитный с сигналом ядерной локализации (N1,8- M-iicoR.II) и зеленым флуоресцентным белком (N1,8-М-Ясо1Ш-ОРР).

4. Экспрессия гена NLS-M•£,coRII в клетках растений Шсойапа гаЬасит приводит к изменениям морфологического фенотипа трансформированных растений и к дополнительному ССХУСв-метилированию их ДНК.

5. В условиях засоления, при переключении СЗ- на С4-фотосинтез, наблюдается двукратное повышение уровня метилирования последовательности СС^'ОО в ДНК растений МеяетЬгуаШкетит сгуБгаШпит. К СС\УОО-гипер-метилированным мишеням генома растений относится фракция повторяющейся ДНК, что может указывать на специфическую функциональную роль ССАУвО-метилирования этой

ДНК в образовании специализированной структуры хроматина при адаптации растения к солевому стрессу и переключении на САМ-метаболизм.

6. Проведен анализ статуса метилирования внутреннего цитозина в последовательностях CCWGG 5'-концевой области гена кальцитонина человека в клетках периферической крови и костного мозга при различных видах лейкозов. Эти последовательности сохраняются неметилированными как в норме, так и при лейкозах, сопровождающихся их CpG-гиперметилированием. Таким образом, гиперметилирование динуклеотидов CpG в промоторной области гена кальцитонина человека не распространяется на близлежащий блок последовательностей CCWGG. Сформулировано положение о существовании особого безальтернативного CpG-метилирования генома эукариот.

7. Осуществлена и исследована экспрессия ДНК-метилтрансферазы £coRII в модифицированной форме NLS-M-iscoRII-GFP в клетках культуры эпителиального слоя почек человека. Трансген-индуцированное CCWGG-метилирование ДНК этих клеток не влияет на CpG-метилирование их генома. CCWGG-метилирование промотора гена АРС не влияет на его экспрессию в трансформированных клетках. Установлено отсутствие эффекта CCWGG-метилирования олигодезоксинуклеотидных субстратов на активность ДНК-метилтрансферазы DNMT1 in vitro. Выявлены особенности частоты встречаемости сайтов CWG и CCWGG в геноме человека, указывающие на их возможную различную структурно-функциональную роль.

8. Для применения в нанобиотехнологии и для ингибирования цитозиновых ДНК-метилтрансфераз in vivo сконструированы и исследованы олигодезоксинуклеотиды и олигодезоксинуклеотид-белковые комплексы на основе модифицированных производных цитозина и ДНК-метилтрансферазы EcoRll.

Заключение

Исследования последнего времени показали, что у большинства эукариотических организмов геномное метилирование осуществляют множественные ДНК-метилазы, специфически участвующие в различных генетических процессах, при этом иногда даже без проявления своей каталитической метилтрансферазной функции. Даже в клетках низших эукариот с одной ДНК-метилазой этот фермент способен выполнять множественные функции и модифицировать цитозин в различных специфических последовательностях ДНК за счет еще недостаточно изученных модулирующих факторов.

Особый тип контролирования картины метилирования ДНК может осуществляться на уровне ДНК-белковых взаимодействий. Так, фактор транскрипции Spl часто ассоциирован с неметилированными CpG-островками в промоторах «хаус-киппинг»-генов, запрещая de novo метилирование CpG-островков и поддерживая конститутивную экспрессию этих генов [Holler et al., 1994]. Делеция промоторной области гена aprt с GC-боксами или мутагенез в них Spl-узнаваемых последовательностей с CpG-сайтами приводили к метилированию de novo CpG-островка этого гена [MacLeod et al., 1994].

В то же время белки, связывающиеся с метилированной ДНК, могут сохранять ее метилированное состояние. В этой связи следует отметить существование особого класса ДНК(т5СрО) -связывающихся белков [Tatematsu et al., 2000]. Не исключено, что такими белками может определяться существование жесткой обратной связи между CpG- и CpNpG-типами метилирования специфических генетических областей и безальтернативным CpG-типом их гиперметилирования при некоторых формах рака [Маринич и др., 2004]. Возможно, экранирование одной из цепей ДНК специфическими белками вместе с модуляцией активности ДНК-метилаз приводит к дифференциальному массивному метилированию цитозина в одной из цепей ДНК центромерных областей хромосом проростков растений [Luo and Preuss 2003].

В клетке ДНК-метилазы модифицируют ДНК в структуре сложноустроенного хроматина. На уровне хроматина окончательно реализуются взаимосвязи между метилированием генома, многочисленными эпигенетическими модификациями белков хроматина и регуляторными функциями различных некодирующих малых РНК. В современные исследования регуляции генетической экспрессии в процессе роста и развития эукариот прочно вошло понятие эпигенома. Эпигеном объединяет в себе такие структуры как ДНК, гистоны, другие ассоциированные белки и молекулярные процессы ковалентной модификации ДНК и белков. В настоящее время актуально выяснение причинно-следственной последовательности процессов сайт-специфического метилирования ДНК и энзиматических модификаций ядерных белков в установлении специфических структур хроматина. Показано, что CpG-метилирование выполняет функцию центрального координатора эпигенетической памяти у растений [Mathieu et al., 2007].

Важен также вопрос о статусе различных сайт-специфических типов метилирования в целой картине метилирования генома в норме и патологии. Получение этой информации важно как для диагностики и прогнозирования заболеваний, связанных с аномальным метилированием ДНК, так и для их терапии. В этой связи остро стоит задача разработки методов мониторинга отдельных структурно-функциональных типов метилирования тотального генома и субгеномных фракций, а также поиска маркерных аномально метилируемых последовательностей ДНК. На этом пути уже достигнуты значительные успехи в получении геномной картины аномального метилирования CpG-островков [Costello et al, 2000], намечены некоторые подходы к анализу метилирования CpNpG-последовательностей в тотальном геноме и субгеномных фракциях [Бурьянов и Шевчук, 1999], а также найдены маркеры аномального метилирования ДНК для некоторых форм канцерогенеза [Esteller et al., 2001]. Дальнейшие исследования структурно-функциональной картины метилирования эукариотического генома и путей его регуляции должно внести существенный вклад в понимания фундаментальных основ эпигенетических процессов.

П. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 1. Материалы и оборудование 1.1. Оборудование

В работе использовалось следующее оборудование: центрифуга настольная Eppendorf 5415С (США), ультрацентрифуга Beckman L3-50, центрифуга Beckman J2-21, термомиксер Eppendorf 5436 (США), УФ-трансиллюминатор LKB 2011 Macrovue (Швеция), прибор для горизонтального электрофореза Pharmacia GNA-100 (Швеция), источники питания LKB 2197 и 2301 (Швеция), сцинтилляционный счетчик радиоактивности Beckman LS 6800 (США), счетчик радиоактивности (настольный) Minimonitor tml25 (Victoreen, США), термостат LP 141 (Венгрия), аппарат для электроблоттинга Mini Trans Blot (Bio-Rad, США), микробиологические качалки New Brunswik, центрифуга Tehtnica PLC-322 (Югославия), ПЦР-амплификатор Perkin Elmer GeneAmpPCR system 2400 (США), сортировщик клеток MoFlo MLS (Daco Cytomation, США).

1.2. Реактивы, среды и ферменты

Использовали следующие реактивы отечественного производства (квалификация «х.ч.» или «о.с.ч.»): хлорид натрия, ацетат натрия, нитрат аммония, нитрат калия, хлорид кальция, сульфат магния, гидрофосфат калия, сульфат марганца, сульфат цинка, сульфат меди, сульфат железа, хлорид кобальта, натрий молибденовокислый, гидроксид натрия, бромид калия, тиосульфат натрия, сульфит натрия, карбонат натрия, борную кислоту, этиловый спирт, изопропиловый спирт, медицинский хлороформ, фенол, 8-оксихинолин, мезо-инозитол, сахароза, муравьиная кислота, уксусная кислота, ацетон, фотофиксаж БКФ-2, хлорамин Б, азотнокислое серебро, аргинин.

В работе использовали следующие импортные реактивы: ацетат натрия (Fluka, Швейцария), агароза (Bio-Rad, США), бромфеноловый синий (Sigma, США), фенантренхинон (Sigma, США), саркозил (N-lauroylsarcosine) (Sigma, США), бакто-агар (Difco, США), бакто-триптон (Difco, США), дрожжевой экстракт (Difco, США), акриламид, бис-акриламид, персульфат аммония и 1Ч,]Ч,]^,]\[-тетраметилэтилендиамин (Serva, Германия), додецилсульфат Na, трис (оксиметиламинометан), EDTA, ксиленцианол, БСА, лизоцим, ацетосирингон, нопалин (Sigma, США), атропин (Sigma, США), кетоглутаровая кислота, меркаптоэтанол, бромистый этидий, Whatman ЗММ, мембрана для переноса ДНК Hybond-N (Amersham, Англия), сефадекс G-50 (Pharmacia, Швеция), ДЕАЭ-целлюлоза.

Использованные в работе эндонуклеазы рестрикции EcoRll и Äs/NI были выделены и очищены в нашей лаборатории согласно [Бурьянов и др., 1981; Барышев и др., 1989]. Эндонуклеазы Hpall и Mspl — производства New England Biolabs (США). Остальные эндонуклеазы рестрикции и другие ферменты для генной инженерии — производства «MBI Fermentas» (Литва). При получении ДНК-зондов использовали набор «DNA multiprime labelling system» Amersham (Англия). В работе была использована ДНК-полимераза Taq.

32 32

Радиоактивные соединения: [а Р, у Р] ИВЭ (Обнинск). S-аденозилл

Ь-[метил- Н]метионин; удельная активность: 15 Ci/mmol («Amersham», Англия); [3H]dCTP («Amersham», Англия).

Олигонукпеотиды. Структура олигонуклеотидов для амплификации последовательности гена npt II : 5'-TAT TCG GCT ATG ACT GGG CA-3' 5'-GCC AAC GCT ATG TCC TGA TA-3' Для амплификации последовательности гена M \ËcoRII: 5-CGG GTA CCA TGG GAT CCT CTG AAT TTG AAT TAC TGG CGC AG-3' 5'-CGA GAT CTT CAG ATT CGT TCA ACC TTG CAC-3' Для исследования активности ДНК-метилтрансферазы DNMT1:

З'-ТСОССОТОСТССССАССТСАОССАССССТОСТТСТССССАОАСА-З' 3'-ACCGCCACGACGGGTCCACTCGGTGGCGACGAAGACGGGTCTGT-5, ш

5'-ТСОССОТОСТОСССАССТСАСССАССССТОСТТСТОСССАСАСА-3' 3'-АСССССАСОАСОССТССАСТСООТСССОАСОААОАСОООТСТОТ-5' т т

5'-ТСОССОТОСТОСССАССТСАОССАССССТССТТСТССССАОАСА-3' 3'-АСССССАСОАСОССТССАСТСООТСССОАСОААОАСОООТСТСТ-5'

5'-ТООССОТОСТССССАССТСАОССАССССТССТТСТССССАОАСА-3' 3'-АСССССАСОАСОССТССАСТСаОТСССОАСОААОАСОООТСТСТ-5' ш

Для исследования эффективности связывания ДНК-метилазы Нка\ с ингибиторами ДНК-метилтрансфераз второго поколения: 5'-ТСАССАОАТО(5РС)СТОТАООТСОТОТО(5РС)ОСТООТТССАССАОАО (5РС)ОСТТСАССТСТАОТТ-3'

5'-ААСТАСАООТСАСАС(5шС)ОСТСТСОТСОААССАО(5шС)ОСАСАСО АССТАСАО(5тС)ОСАТСТСОТСА-3'.

Микробиологические среды: ЬВ-бульон: Юг бактотриптона (Б1£со, США), 5 г дрожжевого экстракта (Б1:Гсо, США), 10 г №С1, воды дистиллированной до 1 л, рН 7,5. ЬВ агар: к ЬВ-бульону добавляли бакто-агар (1Жсо, США)до 15 г/л. УЕВ: 5 г бакто-говяжьего экстракта (1Жсо, США), 1 г бакто-дрожжевого экстракта (1Жсо, США), 5 г пептона (Б1&о, США), 5 г сахарозы, воды дистиллированной до 1 л, рН 7,2.

Среда для конъюгации: ИВ-питательный бульон США) - 8г, агар

США) - 15 г, на 1 литр. Среда для культивирования растений: МЗ [Мига8Ы§е апс! Skoog., 1962]. Состав среды приводится в таблице 2. Среду готовили из концентрированных растворов макросолей (20х), микроэлементов (100х), Ре-хелата (200х) и витаминов (100х), добавляли инозит, сахарозу, агар, стерилизовали автоклавированием (0,5 атм., 30 мин). Гормоны и антибиотики добавляли непосредственно перед употреблением.

Среда для культивирования животных клеток: DMEM (Mediatech, США) Растворы гормонов: 6-БАП (Serva, ФРГ), растворяли в 0,1 М NaOH, гиббереловую кислоту (ГК) (Serva, ФРГ), кинетин (Serva, ФРГ), НУК (Serva, ФРГ) и ИУК (Serva, ФРГ) растворяли в капле этанола и разводили водой до концентрации 1,0 мг/мл. Стерилизовали фильтрованием через нитроцеллюлозные фильтры типа ВА83 или ВА85 (Schleicher&Schuell, ФРГ). Таблица 2

Состав среды MS для культивирования растений (мг/л) компонент концентрация макроэлементы

СаС12-2Н20 440

NH4N03 1650

KNO3 1900

КН2Р04 170

MgS04-7H20 370 микроэлементы

Н3ВО3 6,2

Na2Mo04-2H20 0,25

KI 0,83

СоС12-6Н20 0,025

MnS04-4H20 22

CuS04-5H20 0,025

ZnS04-7H20 8,6

Fe-хелат:

Na2EDTA FeS04 37,2 27,85 витамины

Никотиновая кислота 0,5

Пиридоксин-HCl 0,5

Тиамин-HCl 0,1 другие компоненты

Глицин 2

Инозитол 100

Растворы антибиотиков: Для селекции бактериальных штаммов и трансформированных растений использовали ряд антибиотиков. Рабочие концентрации антибиотиков, приведенные в таблице 3, получали путем добавления к средам исходных водных растворов (50 мг/л) карбенициллина, канамицина (Минмедбиопром, Москва), (250 мг/мл) цефотаксима, раствор рифампицина (Serva, ФРГ) в диметилсульфоксиде (50 мг/мл), тетрациклина в 50% этаноле.

Раствор РНКазы: РНКазу растворяли в дистиллированной воде в концентрации 10 мг/мл, прогревали при 100°С и хранили при -20°С. ТЕ-буфер: 10 мМ трис-HCl, рН 8,0; 1 мМ 3DTA.

ТВЕ-буфер для электрофореза 5х: трис - 54 г; борная кислота - 27,5 г; 0,5 М EDTA, рН 8,0 - 20 мл. Рабочий раствор - 89 мМ трис-борат, 89 мМ - борная кислота, 2 мМ - EDTA.

Буфер для нанесения проб на гель (10х): 0,25% бромфеноловый синий; 0,25% ксиленцианол; 25% фиколл (тип 400) в воде.

Раствор для предгибридизации: 6xSSC; 0,5% SDS; 5х раствор Денхардта; 100 мкг/мл денатурированной ДНК из спермы лосося или тимуса теленка.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Шевчук, Тарас Валерьевич, 2008 год

1. Баранова A.B., Янковский Н.К. Гены-супрессоры опухолевого роста. Н Мол. биол. 1998. Т. 32. С. 206-218.

2. Демидкина Н.П., Кирьянов Г.И., Ванюшин Б.Ф. Метилирование вновь синтезируемой ДНК в культуре мышиных фибробластов. // Биохимия. 1979. Т. 44. С. 1416-1426.

3. Дорохов Ю.Л. «Умолкание» генов у растений. // Молекулярная биология. 2007. Т. 41. С. 579-592.

4. Кирнос М.Д., Александрушкина Н.И., Ванюшин Б.Ф. 5-метилцитозин в пиримидиновых последовательностях ДНК растений и животных: специфичность метилирования. // Биохимия. 1981. Т. 46. С. 1458-1474.

5. Кирнос М.Д., Ганичева Н.И., Кутуева Л.И., Ванюшин Б.Ф. Нерепликативные синтез и метилирование ДНК в клеточном цикле клеток первого листа этиолированных проростков пшеницы. // Биохимия. 1984b. Т. 49. С. 1690-1702.

6. Маринич Д.В., Воробьев И.А., Смольникова В.В., Холмс Дж., Бабан Д., Шевчук Т.В., Бурьянов Я.И., Мирошников А.И. Гиперметилирование гена кальцитонина человека при лейкозах миелоидного происхождения // Гематология и трансфузиология. 1999. №4. С. 7-10.

7. Савельев C.B., Ашапкин В.В., Ванюшин Б.Ф. Рибосомная ДНК гексаплоидной пшеницы: характер метилирования и временная организация репликации в развивающихся проростках. // Мол. биол. 1990. Т. 24. С. 1042-1050.

8. Aapola U., Liv I., Peterson P. Imprinting regulator DNMT3L is a transcriptional repressor associated with histone deacetylase activity. // Nucí. Acids Res. 2002. V. 30. P. 3602-3608.

9. Anderson J.E. Restriction endonucleases and modification methylases. // Curr. Opinion Struct. Biol. 1993. V. 3. P. 24-30.

10. Antequera F., Bird A. CpG islands as genomic footprints of promoters that are associated with replication origins. // Curr. Biol. 1999. V. 9. P. R661-R667.

11. Antequera F., Boyes J., Bird A. Higth levels of de novo methylation and altered chromatin structure at CpG Hands in cell lines // Cell. 1990.V. 62. P. 503-514.

12. Ashapkin V. V., Antoniv T.T., Vanyushin B.F. Methylation-dependent binding of wheat nuclear proteins to the promoter region of ribosomal RNA genes. // Gene. 1995. V. 157. P. 273-277.

13. Attadia V. Effects of 5-aza-2'-deoxycytidine on differentiation and oncogene expression in the human monoblastic leukemia cell line U-937. II Leukemia. 1993. May;7. Suppl. 1. P. 9-16.

14. Aufsatz W., Mette M. F., Van Der Winden J., Matzke A. J. Matzke M. RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis. II Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2002. V. 99. P. 16499-16506.

15. Banks J.A., Masson P., Fedoroff N. Molecular mechanisms in the developmental regulation of the maize Suppressor-mutator transposable element. // Gen. DeV. 1988. V. 2. P. 1364-1380.

16. Barry C., Faugeron G., Rosignol J.-L. Methylation induced premeiotically in Ascobolus: coextension with DNA repeat lengths and effect on transcript elongation. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. V. 90. P. 4557-4561.

17. Baylin S.B., Herman J.G., Graff J.R., Vertino P. M., Issa J.-P. Alterations in DNA methylation: a fundamental aspect of neoplasia. // Adv. Cancer Res. 1998. V. 72. P. 141-196.

18. Baylin S.B., Hoppener J.W.M., de Bustros A., Steenbergh P. H., Lips C.J.M., Nelkin B.D. DNA methylation patterns of the calcitonin gene in human lung cancers and lymphomas. // Cancer Res. 1986. V. 46. P. 2917-2922.

19. Behrens B., Noyer-Weidner M., Pavlek P., Lauster R., Balganesh T.S., Trautner T.A. Organization of multispecific DNA methyltransferases encoded by temperate Bacillus subtilis phages. // EMBO J. 1987. V. 6. P. 1137-1142.

20. Bestor T.H. Activation of mammalian DNA methyltransferase by cleavage of a Zn binding regulatory domain. // EMBO J. 1992. V. 11. P. 2611-2617.

21. Bestor T.H. DNA methylation: evolution of a bacterial immune function into a regulator of gene expression and genome structure in higher eukaryotes. // Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 1990. V. 326. P. 179-187.

22. Bestor T.H. Methylation meets acetylation. // Nature. 1998. V. 393. P. 311-312.

23. Bird A. Genomic imprinting: imprints of islands. // Curr. Biol. 1993. V. 3. P. 275-277.

24. Bird A.P. CpG-rich islands and the function of DNA methylation. // Nature. 1986. V. 321. P. 209-213.

25. Bird A.P., Taggart M.H., Nicholls R.D., Higgs D.R. Nonmethylated CpG-rich islands at the human alpha-globin locus: implications for evolution of the alpha-globin pseudogene. // EMBO J. 1987. V. 6. P. 999-1004.

26. Bird A.P., Wolffe A.P. Methylation-induced repression belts, braces and chromatin. // Cell. 1999. V. 99. P. 451-454.

27. Birnboim H.C., Doly J. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. // Nucl. Acids Res. 1979 Nov 24;7(6): 1513-23.

28. Blow J.J., Laskey R.A. A role for the nuclear envelope in controlling DNA replication within the cell cycle. // Nature. 1988. V. 332. P. 546548.

29. Bostick M., Kim J.K., Esteve P.O., Clark A., Pradhan S., Jacobsen S.E. UHRF1 plays a role in maintaining DNA methylation in mammalian cells. II Science. 2007. V. 317. P. 1760-1764.

30. Bourbonniere M., Nalbantoglu J. The restriction enzyme ^/wNI is blocked by overlapping methylation // Nucl. Acids Res. 1991. V. 19. P. 4774.

31. Bourc'his, D., Xu, G.L., Lin, C.S., Bollman, В., and Bestor, Т.Н. Dnmt3L and the establishment of maternal genomic imprints. // Science. 2001. V. 294. P. 2536-2539.

32. Brenton J.D., Viville S., Surani M.A. Genomic imprinting and cancer. // Cancer Surv. 1995. V. 25. P. 161-171.

33. Broad P.M., Symes A.J., Thakker R.V., Craig R.K. Structure and methylation of the human calcitonin/alpha-CGRP gene. // Nucl. Acid Res. 1989. V. 17. P. 6999-7011.

34. Brock R.D., Davidson J.L. 5-azacytidine and gamma rays partially substitute for cold treatment in vernalizing winter wheat. // Environ. Exp. Bot. 1994. V. 34. P. 195-99.

35. Burn J.E., Bagnall D.J., Metzger J.D., Dennis E.S., Peacock W.J. DNA methylation, vernalization, and the initiation of flowering. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. V. 90. P. 287-291.

36. Buryanov Ya.I., Zinoviev V. V., Gorbunov Yu.A., Tuzikov F.V., Rechkunova N.I., Malygin E.G., Bayev A. A., Interaction of the Eco Dam methyltransferase with synthetic oligodeoxyribonucleotides. // Gene. 1988. V. 74. P. 67-69.

37. Buryanov Ya.I., Zinoviev V. V., Vienozhinskis M.T., Malygin E.G., Nesterenko V. F., Popov S.G. Gorbunov Yu.A. Does the DNA methylase Eco dam pair nucleotide sequences to form site-specific duplexes?// FEBS Lett. 1984. V. 168. P. 166-168.

38. Buschhausen G., Witting B., Graessmann M., Graessmann A. Chromatin structure is required to block transcription of the methylated herpes simplex virus thymidine kinase gene. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987. V. 84. P. 1177-1181.

39. Cambareri E.B., Jensen B.C., Schabtach E., Selker E.U. Repeat-induced G-C to A-T mutations in Neurospora. II Science. 1989. V. 244. P. 15711575.

40. Cameron E.E., Bachman K., Myöhänen S., Herman J.G., Baylin S.B. Synergy of demethylation and histone deacetylase inhibition in the reexpression of genes silenced in cancer. // Nature Genet. 1999. V. 21. P. 103-107.

41. Cao X., Springer N.M., Muszynsk, M.G., Phillips R.L., Kaeppler S.M., Jacobsen S.E. Conserved plant genes with similarity to mammalian de novo DNA methyltransferases. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2000. V. 97. P. 4979-4984.

42. Chan S.W., Henderson I.R., Jacobsen S.E. Gardening the genome: DNA methylation in Arabidopsis thaliana. // Nature Rev. Genet. 2005. V. 6. P. 351-360.

43. Chaudhuri S., Messing J. Allelespecific parental imprinting of dzrl, a posttranscriptional regulator of zein accumulation. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1994. V. 91. P. 4867-71.

44. Chen T., Ueda Y., Dodge J., Wang Z., Li E. Establishment and maintenance of genomic methylation patterns in mouse embryonic stem cells by Dnmt3a and Dnmt3b. // Mol. Cell. Biol. 2003. V. 23. P. 55945605.

45. Chen Z., Pikaard C.S. Epigenetic silencing of RNA polymerase I transcription: a role for DNA methylation histone modification in nuclear dominance. // Genes Dev. 1997. V. 11. P. 2124-2136.

46. Cheng X. DNA modification by methyltransferases. // Curr. Opin. Struct. Biol. 1995a. V. 5. P. 4-10.

47. Cheng X. Structure and function of DNA methyltransferases. // Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995b. V. 24. P. 293-318.

48. Cheng X., Kumar S., Posfai J., Pflugrath J.W., Roberts R.J. Crystal structure of the Hhal DNA methyltransferase complexed with S-adenosyl-L-methionin. // Cell. 1993. V. 74. P. 299-307.

49. Chernov A.V., Vollmayr P., Walter J., Trautner T.A. Masc2, a C5-DNA-methyltransferase from Ascobolus immersus with similarity to methyltransferase of higer organisms. // Biol. Chem. 1997. V. 378. P. 1467-1473.

50. Choi Y.-C., Chae C.-B. Demethylation of somatic and testis specific histone H2A and H2B genes in F9 embrionic carcinoma cells. // Mol. Cell. Biol. 1993. V. 13. P. 5538-5548.

51. Christman J.K., Sheikhnejad G., Dizik M., Abileah S., Wainfan E. Reversibility of changes in nucleic acid methylation and gene expression induced in rat liver by severe dietary methyl deficiency. // Carcinogenesis. 1993. V. 14. P. 551-557.

52. Christman J.K., Sheikhnejad G., Marasco C.J., Sufrin J.R. 5-methyl-2-deoxycytidine in single-stranded DNA can act in cis to single de novo DNA methylation. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V. 92. P. 73477351.

53. Chuang L.S, Ian H.I, Koh T.W, Ng H.H, Xu G, Li B.F. Human DNA-(cytosine-5)methyltransferase-PCNA complex as a target for p21WAFl. II Science. 1997. V. 277. P. 1996-2000.

54. Clark J, Shevchuk T, Kho M.R, Smith S.S. Methods for the design and analysis of oligodeoxynucleotide-based DNA (cytosine-5) methyltransferase inhibitors. II Anal. Biochem. 2003. V. 321. P. 50-64.

55. Clark S.J, Harrison J, Frommer M. CpNpG methylation in mammalian cells. /¡Nature Genet. 1995. V. 10. P. 20-28.

56. Clewell D.B, Helinski D.R. Supercoiled circular DNA-protein complex in Escherichia coli: purification and induced conversion to an opern circular DNA form. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1969. V. 62. P. 11591166.

57. Cokus S.J, Feng S, Zhang X, Chen Z, Merriman B, Haudenschild

58. C.D, Pradhan S, Nelson S.F, Pellegrini M, Jacobsen S.E. Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning. II Nature. 2008. V. 452. P. 215-219.

59. Comb M, Goodman H.M. CpG methylation inhibits proenkephalin gene expression and binding of the transcription factor AP-2. // Nucl. Acids Res. 1990. V. 18. P. 3975-3982.

60. Cooper D.N, Taggart M.H, Bird A.P. Unmethylated domains in vertebrate DNA. // Nucl. Acids Res. 1983. V. 11 P. 647-658.

61. Costello J.F, Friihwald M.C, Smiraglia D.J, Rush L.J, Robertson G.P, Gao X, Wright F.A, Feramisco J.D, Peltomaki P, Lang J.C, Schuller

62. Coulondre C., Miller J.H., Farabaugh P. J., Gilbert W. Molecular basis of base substitution hotspots in Escherichia coli. II Nature. 1978. V. 274. P. 775-780.

63. Craig J.M., Bickmore W.A. The distribution of CpG islands in mammalian chromosomes. // Nature Genet. 1994. V. 7. P. 376-381.

64. Cross S., Meehan R., Nan X., Bird A. A component of the transcriptional repressor MeCPl shares a motif with DNA methyltransferase and HRX proteins. II Nature Genet. 1997. V. 16. P. 256-259.

65. Cumaraswamy G., Lennon G., Trask B.J., Celano B.J., Baylin S.B. Isolation and characterization of the cDNA encoding human DNA methyltransferase. IINucl. Acids Res. 1992. V. 20. P. 2287-2291.

66. Czank A., Hauselmann R., Page A.W., Leonhardt H., Bestor T.H., Schaffner W., Hergersberg M. Expression in mammalian cells of a cloned gene encoding murine DNA methyltransferase. // Gene. 1991. V. 109. P. 259-263.

67. De Carvalho F., Gheysen G., Kushnir S., Van Montagu., Inze D., Castresana C. Suppression of (3-1,3-glucanase transgene expression in homozygous plants. // EMBO J. 1992. V. 11. P. 2595-2602.

68. De Marzo A.M., Marchi V. L., Yang E.S., Veeraswamy R., Lin X., Nelson W.G. Abnormal regulation of DNA methyltransferase expression during colorectal carcinogenesis. // Cancer Res. 1999. V. 59. P. 38553860.

69. Deng J., Szyf M. Multiple isoforms of DNA methyltransferase are encoded by vertebrate cytosine DNA methyltransferase gene. // J. Biol. Chem. 1998. V. 273. P. 22869-22872.

70. Dennis E.S., Finnegan E.J., Bilodeau P., Chaudhury A., Genger R. Vernalization and the initiation of flowering. // Semin. Cell Dev. Biol. 1996. V. 7. P. 441-448.

71. Dennis K., Fan T., Geiman T., Yan Q., Muegge K. Lsh, a member of the SNF2 family, is required for genome-wide methylation. // Genes Dev. 2001. V. 15. P. 2940-2944.

72. Deplus R., Brenner C., Burgers W.A., Putmans P., Kouzaridis T., de Launoit Y., Fuks F. Dnmt3L is a transcriptional repressor that recruits histone deacetylase // Nucl. Acids Res. 2002. V. 30. P. 3831-3838.

73. Dessain S.K., Yu H., Reddel R.R., Beijersbergen R.L. Weinberg R.A. Methylation of the human telomerase gene CpG island. // Cancer Res. 2000. V. 60. 537-541.

74. Devereux T.R., Horikawa I., Anna C.H., Annab L.A., Afshari C.A. Barrett J.C. DNA methylation analysis of the promoter region of the human telomerase reverse transcriptase (hTERT) gene. // Cancer Res. 1999. V. 59. P. 6087-6090.

75. Dhodapkar M., Gill J., Lust J. A. Abnormal Regional Hypermethylation of the Calcitonine Gene in Myelodisplastic Syndrome // Leukemia Res. 1995. V. 19. P. 719-726.

76. D'lncalci M., Covey J.M., Zaharko D.S., Kohn K.W. DNA alkali-labile sites induced by incorporation of 5-aza-2'-deoxycytidine into DNA of mouse leukemia L1210 cells. // Cancer Res. 1985. V. 45. P. 3197-3202.

77. Doerfler W. The fate of the DNA of adenovirus type 12 in baby hamster kidney cells. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1968. V. 60. P. 636-643.

78. Doskocil J, Sorm F. Distribution of 5-methylcytosine in pyrimidine sequences of deoxyribonucleic acids. // Biochim. Biophys. Acta. 1962. V. 55. P. 953-959.

79. Draper J., Scott R., Armitage Ph., Waiden R. Plant genetic transformation and gene expression. // A laboratory manual / J.Draper, R.Scott, Ph.Armitage (eds). London: Blackwell Sei. Publ. 1988. 355 p.

80. Drexler H.G. Review of alterations of the cyclin-dependent kinase inhibitor INK4 family genes pi5, pi6, pl8 and pi9 in human leukemia-lymphoma cells. II Leukemia. 1998. V. 12. P. 845-859.

81. Eads C.A., Danenberg K.D., Kawakami K., Saltz L.B., Danenberg P.V., Laird P.W. CpG island hypermethylation in human colorectal tumors is not associated with DNA methyltransferase overexpession. // Cancer Res. 1999. V. 59. P. 2302-2306.

82. Edwards K, Johnstone C, Thompson C. A simple and rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analysis. // Nitcl. Acids Res. 1991. V. 19. P. 1349.

83. Esteller M., Corn P.G., Baylin S.B., Herman, J.G. A gene hypermethylation profile of human cancer. // Cancer Res. 2001. V. 61. P. 3225-3229.

84. Fedoreeva L.I., Vanyushin B.F. N6-Adenine DNA-methyltransferase in wheat seedlings. IIFEBSLett. 2002. V. 514. P. 305-308.

85. Fedoroff N., Masson P., Banks J.A. Mutations, epimutations, and the developmental programming of the maize Suppressor-mutator transposable element. // BioEssays. 1989. V. 10. P. 139-144.

86. Feher Z., Kiss A., Venetianer P. Expression of a bacterial modification methylase gene in yeast. // Nature. 1983. V. 302. P. 266-268.

87. Feinberg A.P., Vogelstein B. Hypomethylation distinguishes genes of some human cancers from their normal counterparts. // Nature. 1983. V. 301. P. 89-92.

88. Finnegan E.J., Dennis E.S. Isolation and identification by sequence homology of a putative cytosine methyltransferase from Arabidopsis thaliana. //Nucl. Acids Res. 1993. V. 21. P. 2383-2388.

89. Finnegan E.J., Genger R.K., Peacock W.J., Dennis E.S. DNA methylation in plants. // Annu.Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 1998. V. 49. P. 223-247.

90. Finnegan E.J., Peacock W.J., Dennis E.S. Reduced DNA methylation in Arabidopsis thaliana results in abnormal plant development. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V. 93. P. 8449-8454.

91. Fire A. RNA-triggered gene silencing. // Trends Genet. 1999. V. 15. P. 358-363.

92. Flavell R.B., O'Dell M., Thompson W.F. Regulation of cytosine methylation in ribosomal DNA and nucleolus organizer expression in wheat. II J. Mol. Biol. 1988. V. 204. P. 523-534.

93. Foss H.M., Roberts C.J., Claeys K.M., Selker E.U. Abnormal chromosome behaviour in Neurospora mutants defective in DNA methylation. // Science. 1993. V. 262. P. 1737-1741.

94. Franchina M., Kay P.H. Evidence that cytosine residues within 5'-CCTGG-3' pentanucleotides can be methylated in human DNA independently of the methylating system that modifies 5'-CG-3' dinucleotides. H DNA Cell Biol. 2000. V. 19. P. 521-526.

95. Frank D., Keshet I., Sham M., Levinc A., Razin A., Cedar H. Demethylation of CpG islands in embryonic cells. // Nature. 1994. V. 351. P. 239-241.

96. Fuks F., Burgers W.A., Brehm A., Hughes-Davies L., Konzarides T. DNA methyltransferase Dnmtl associates with histone deacetylase activity. // Nature Genet. 2000. V. 24. P. 88-91.

97. Fuks F., Burgers W.A., Godin N., Kasai M., Kouzaridis T. Dnmt3a binds deacetylases and is recruited by a sequence-specific repressor to silence transcription HEMBOJ. 2001. V. 20. P. 2536-2544.

98. Fuks F., Hurd P.J., Deplus R., Kouzaridis T. The DNA methyltransferases associate with HP1 and the SUV39H1 histone methyltransferase. II Nucl. Acids Res. 2003. V. 31. P. 2305-2312.

99. Futscher B.W., Oshiro M.M., Wozniak R.J., Holtan N., Hanigan C.L., Duan H. Domann F.E. Role for DNA methylation in the control of cell type specific maspin expression. // Nature Genet. 2002. V. 31. P. 175179.

100. Gama-Sosa M.A., Slagel V.A., Trewyn R.W., Oxenhandler R., Kuo K.C., Gehrke C.W., Ehrlich M. The 5-methylcytosine content of DNA from human tumors. // Nucl. Acids Res. 1983. V. 11. P. 6883-6894.

101. Gardiner-Garden M, Frommer M. CpG islands in vertebrate genomes. // J. Mol. Biol. 1987. V. 196. P. 261-282.

102. Gaudet F, Talbot D, Leonhardt H, Jaenisch R. A short DNA methyltransferase isoform restores methylation in vivo. // J. Biol. Chem. 1998. V. 273. P. 32725-32729.

103. Gehring M, Choi Y, Fisher R. Imprinting and seed development // Plant Cell. 2004. V. 16. P. S203-S213.

104. Giordano M, Mattachini M.E, Cella R, Pedrali-Noy G. Purification and properties of a novel DNA methyltransferase from cultured rice cells. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991. V. 177. P. 711-719.

105. Glickman J.F, Pavlovich J.G, Reich N.O. Peptide mapping of the murine DNA methyltransferase reveals a major phosphorylation site and the start of translation. II J. Biol. Chem. 1997. V. 272. P. 17851-17867.

106. Goyon C, Barry C, Gregoire A, Faugeron G, Rossignol J.-L. Methylaion of DNA repeats of decreasing sizes in Ascobolus immersus. 11 Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. P. 3054-3065.

107. Goyon C, Faugeron G. Targeted transformation of Ascobolus immersus and de novo methylation of the resulting duplicated DNA sequences. // Mol. Cell. Biol. 1989. V. 9. P. 2818-2827.

108. Graesmann A, Graesmann M. DNA methylation, chromatin structure and regulation of Herpes simplex virus tk gene expression. // Gene. 1988. V. 74. P. 135-137.

109. Gribnau J, Hochedlinger K, Hata K, Li E, Jaenisch R. Asynchronous replication timing of imprinted loci is independent of DNA methylation,but consistent with differential subnuclear localization. // Genes Dev. 2003. V. 17. P. 759-773.

110. Grippo P., Iaccarino M., Parisi E., Scarano E. Methylation of DNA in developing sea urchin embryos. // J. Mol. Biol. 1968. V. 36. P. 195-208.

111. Gruenbaum Y., Naveh-Many T., Cedar H., Razin A. Sequence specificity of methylation in higher plant DNA. // Nature. 1981. V. 292. P. 860-862.

112. Grunstein M. Histone acetylation in chromatin structure and transcription. IINature. 1997. V. 389. P. 349-352.

113. Guschibauer W., The DNA and S-adenosylmethionine-binding regions of EcoDam and related methyltransferases. // Gene. 1988. V. 74. P. 211214.

114. Gutierrez-Marcos J., Dickinson H. Imprinted genes in maize / In: Comparative Biochemistry and Physiology. Part A132. 2002. P. SI70.

115. Hamilton A.J., Baulcombe D.C. A species of small antisense RNA in posttanscriptional gene silencing in plants. // Science. 1999. V. 286. P. 950-952.

116. Han.M., Grunstein M. Nucleosome loss activates yeast downstream promoters in vivo. II Cell. 1988. V. 55. P. 1137-1145.

117. Hata K., Sakaki Y. Identification of critical CpG sites for repression of LI transcription by DNA methylation. // Gene. 1997. V. 189. P. 227-234.

118. Hata, K., Okano, M., Lei, H., and Li, E. Dnmt3L cooperates with the Dnmt3 family of de novo DNA methyltransferases to establish maternal imprints in mice. II Development. 2002. V. 129. P. 1983-1993.

119. Hatada I., Fukasawa M., Kimura M., Morita S., Yamada K., Yoshikawa T., Yamanaka S., Endo C., Sakurada A., Sato M., Kondo T., Horii A.,

120. Ushijima T., Sasaki H. Genome-wide profiling of promoter methylation in human. // Oncogene. 2006. V. 25. P. 3059-3064.

121. Hatada J., Hayashizaki Y., Hirotsune S., Komatsubara H., Mukai T. A genomic scaning method for higher organisms using restriction sites as landmarks. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V. 88. P. 9523-9527.

122. Hendrich B., Bird A. Identification and characterization of a famaly of mammalian methyl-CpG binding proteins. // Mol. Cell Biol. 1998. V. 18. P. 6538-6547.

123. Henikoff S., Comai L. A DNA methyltransferase homolog with a chromodomain exists in multiple polymorphic forms in Arabidopsis. // Genetics. 1998. V. 149. P. 307-318.

124. Hererra-Estrella L., De Block M., Messens E., Hernalsteens J.-P., Van Montagu M., Schell J. Chimeric genes as dominant selectable markers in plant cells. //EMBOJ. 1983. V. 2. P. 987-995.

125. Hermann A., Schmitt S., Jeltsch, A. The human Dnmt2 has residual DNA-(cytosine-C5) methyltransferase activity. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. P. 31717-31721.

126. Heslop-Harrison J.S. Gene expression and parental dominance in hybrid plants. // Development. 1990. Suppl. P. 21-28.

127. Holler M., Westin G., Jiricny J., Schaffner W. Spl transcription factor binds DNA and activates transcription even when the binding site is CpG methylated. // Genes Dev. 1988. V. 2. P. 1127-1135.

128. Holsters M., Silva B., Van Vliet F., Genetello C., De Block M., Dhaese P., Depicker A., Inze D., Engler G., Villaroel R., Van Montagu., Shell J. The functional organization of the nopalin Ti plasmid pTi C58. // Plasmid. 1980. V. 3. P. 212-230.

129. Huettel B., Kanno T., Daxinger L., Aufsatz W., Matzke A.J., Matzke M. Endogenous targets of RNA-directed DNA methylation and Pol IV in Arabidopsis. //EMBOJ. 2006. V. 25. P. 2828-2836.

130. Hurtvagner G., Simard M.G. Argonaute proteins: key players in RNA silencing. II Nature Rev. Mol. Cell Biol. 2008. V. 9. P. 22-32.

131. Iguchi-Ariga S.M., Schaffner W. CpG methylation of the cAMP-responsive enhancer/promoter sequence TGACGTCA abolishes specific factor binding as well as transcriptional activation. // Genes Dev. 1989. V. 3. P. 612-619.

132. Ingelbrecht I., Van Houdt H., Van Montagu M., Depicker A. Posttranscriptional silencing of reporter transgenes in tobacco correlates with DNA methylation. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V. 91. P. 10502-10506.

133. Irvine D.V., Zaratiegui M., Tolia N.H., Goto D.B., Chitwood D.H., Vaughn M.W., Joshua-Tor L., Martienssen R.A. Argonaute slicing isrequired for heterochromatic silencing and spreading. // Science. 2006. V. 313. P. 1134-1137.

134. Issa J.-P., Ottaviano Y.L., Celano P., Hamilton S.R., Davidson N.E., Baylin S.B. Methylation of the oestrogen receptor CpG island links ageing and neoplasia in human colon. // Nature Genet. 1994. V. 7. P. 536-540.

135. Issa J.-P., Vertino P. M., Boehm C.D., Newsham I.F., Baylin S.B. Switch from monoallelic to biallelic human IGF2 promoter methylation during aging and carcinogenesis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996.V. 93. P. 11757-11762.

136. Jackson J.P., Lingroth A.M., Cao X., Jacobsen S.E. Control of CpNpG DNA methylation by the KRYPTONITE histone H3 methyltransferase // Nature. 2002. V. 416. P. 556-560.

137. Jacobsen S.E., Meyerowitz E.M. Hypermethylated SUPERMAN epigenetic alleles mArabidopsis. II Science. 1997. V. 277. P. 1100-1103.

138. Jacobsen S.E., Sakai H., Finnegan E.J., Cao X., Meyerowitz E.M. Ectopic hypermethylation of flower-specific genes in Arabidopsis. II Curr. Biol. 2000. V. 10. P. 179-186.

139. Jaenisch R. DNA methylation and imprinting: why bother? 11 Trends Genet. 1997. V. 13. P. 323-329.

140. James S.J., Pogribny I.P., Miller B.J., Pogribna M. Refeeding the contrrol diet during tumor promotion increases frequency of liver tumors and metastases in folate/methyl deficient rats. // Proc. Am. Assoc. Cancer. Res. 1997. V. 38. P. 711.

141. Janousek B., Siroky J., Vyskot B. Epigenetic control of sexual phenotype in a dioecious plant, Melandrium album. II Mol. Gen. Genet. 1996. V. 250. P. 483-490.

142. Jeanpierre M., Turleau C., Aurias A., Prieur M., Ledeist F., Fischer A., Viegas-Pequignot E. An embryonic-like methylation pattern of classicalsatellite DNA is observed in ISF syndrome. // Hum. Mol. Genet. 1993. V. 2. P. 731-735.

143. Jeddeloh J.A., Stokes T.L., Richards E.J. Maintenance of genomic methylation requires a SWI2/SNF2-like protein. // Nature Genet. 1999. V. 22. P. 94-97.

144. Jia D., Jurkowska R.Z., Zhang X., Jeltsch A., Cheng X. Structure of Dnmt3a bound to Dnmt3L suggests a model for de novo DNA methylation. II Nature. 2007. V. 449. P. 248-251.

145. Johnson L.M., Bostick M., Zhang X., Kraft E., Henderson I., Callis J., Jacobsen S.E. The SRA methyl-cytosine-binding domain links DNA and histone methylation. // CurrBiol. 2007. V. 17. P. 379-384.

146. Jones P. A. The DNA methylation paradox. // Trends Genet. 1999. V. 15. P. 34-37.

147. Jones P. L., Veenstra G.J.C., Wade P. A., Vermaak D., Kass S.U., Landsberger N., Strouboulis J., Wolffe A.P. Methylated DNA and MeCP2 recruit histone deacetylase to repress transcription. // Nature Genet. 1998. V. 19. P. 187-191.

148. Kakutani T. Genetic characterization of late-flowering traits induced by DNA hypomethylation mutation in Arabidopsis thaliana. // Plant J. 1998. V. 12. P. 1447-1451.

149. Kakutani T. Jeddeloh J.A., Flowers S.K., Munakata K., Richards E.J. Developmental abnormalities and epimutations associated with DNA hypomethylation mutations. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1996. V. 93. P. 12406-12411.

150. Kakutani T, Jeddeloh J, Richards E.J. Characterization of an Arabidopsis thaliana DNA hypomethylation mutant. // Nucl. Acids Res. 1995. V. 23. P. 130-137.

151. Kang E.S, Park C.W, Chung J.H. Dnmt3b, de novo DNA methyltransferase, interacts with SUMO-1 and Ubc9 through its N-terminal region and is subject to modification by SUMO-1 // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001. V. 289. P. 862-868.

152. Kangaspeska S, Stride B, Metivier R, Polycarpou-Schwarz M, Ibberson D, Carmouche R.P, Benes V, Gannon F, Reid G. Transient cyclical methylation of promoter DNA. II Nature. 2008. V. 452. P. 112115.

153. Kanno T, Huettel B, Mette M.F, Aufsatz W, Jaligot E, Daxinger L, Kreil D.P, Matzke M, Matzke A.J. Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation. // Nature Genet. 2005. V. 37. P. 761-765.

154. Kanno T, Mette M.F, Kreil D.P, Aufsatz W, Matzke M, Matzke A.J. Involvement of putative SNF2 chromatin remodeling protein DRD1 in RNA-directed DNA methylation. // Curr Biol. 2004. V. 14. P. 801-805.

155. Kass S.U., Landsberger N, Wolff A.P. DNA methylation directs a time-dependent repression of transcription initiation. // Curr. Biol. 1997. V. 7. P. 157-165.

156. Kautainien T. L, Jones P. A. DNA methyltransferase levels in tumorigenic and non-tumorigenic cells in culture. II J. Biol. Chem. 1986. V. 261. P. 1594-1598.

157. Kazazian H.H., Jr, Moran J.V. The impact of LI retrotransposons on the human genome. II Nature Genet. 1998. V. 19. P. 19-24.

158. Kermicle J.L. Imprinting of gene action in maize endosperm. / In: Maize Breeding and Genetics, ed. D.B. Waiden, New York. Wiley. 1978. P. 357-371.

159. Kermicle J.L., Alleman M. Gametic imprinting in maize in relation to the angiosperm life cycle. // Development Suppl. 1990. P. 9-14.

160. Kim, G.D., Ni, J., Kelesoglu, N., Roberts, R.J., Pradhan, S. Co-operation and communication between the human maintenance and de novo DNA (cytosine-5) methyltransferases // EMBOJ. 2002. V. 21. P. 4183-4195.

161. Kimura H., Shiota K. Methyl-CpG-binding protein, MeCP2, is a target molecule for maintenance DNA methyltransferase, Dnmtl // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. P. 4806-4812.

162. Kingston R.E., Bunker C.A., Imbalzano A.N. Repression and activation by multiprotein complexes that alter chromatin structure. // Genes Dev. 1996. V. 10. P. 905-920.

163. Kinoshita T., Miura A., Choi Y., Kinoshita Y., Cao X., Jacobsen S., Fisher R., Kakutani T. One-way control of FWA imprinting in Arabidopsis endosperm by DNA methylation // Science. 2004. V. 303. P. 521-523.

164. Kladde M.P., Xu M., Simpson R.T. DNA methyltransferases as probes of chromatin structure in vivo. // Methods Enzymol. 1999. V. 304. P. 431^147.

165. Klimasauskas S., Kumar S., Roberts R.J., Cheng X Hhal methyltransferase flips its target base out of DNA helix. // Cell. 1994. V. 76. P. 357-369.

166. Knezetic J.A., Luse D.S., The presence of nucleosomes on a DNA template prevents initiation by RNA polymerase II in vitro. // Cell. 1986. V. 45. P. 95-104.

167. Knudson A.G. Mutation and cancer: statistical study of retinoblastoma. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1971. V. 68. P. 820-823.

168. Kochanek S., Renz D., Doerfler W. DNA methylation in the Alu sequences of diploid and haploid primary human cells. IIEMBO J. 1993. V. 12. P. 1141-1151.

169. Kornberg R.D., Lorch Y. Tventy-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukayote chromosome. // Cell. 1999. V. 98. P. 285-294.

170. Kouzminova, E., Selker, E.U. dim-2 encodes a DNA methyltransferase responsible for all known cytosine methylation in Neurospora. // EMBO J. 2001. V. 20. P. 4309-4323.

171. Kumar S., Cheng X., Klimasauskas S., Sha ML, Posfai J., Roberts R.J., Wilson G.G. The DNA (cytosine-5) methyiltransferases. // Nucl. Acids Res. 1994. V. 22. P. 1-10.

172. Laird P. W., Jackson-Grusby L., Fazeli A., Dickinson S.L., Jung W.E., Li E., Weinberg R.A., Jaenisch R. Suppression of intestinal neoplasia by DNA hypomethylation. // Cell. 1995. V. 81. P. 197-205.

173. Lauster R. Evolution of type II methyltransferases. A gene duplication model. II J. Mol. Biol. 1989. V. 206. P. 313-321.

174. Lauster R., Trautner T.A., Nouer-Weidner M. Cytosine-speciflc type II DNA methyltransferases: a conserved enzyme core with variable target-recognition domains. II J. Mol. Biol. 1989. V. 206. P. 305-312.

175. Leegwater P. A., Lambooy L.H., De Abreu R.A., Bokkerink J.P., van den Heuvel L.P. DNA methylation patterns in the calcitonin gene region at first diagnosis and at relapse of acute lymphoblastic leukemia (ALL). II Leukemia. 1997. V. 11. P. 971-978.

176. Leemans J., Shaw Ch., Deblaere R., De Greve H., Hemalsteens J.P., Maes M., Van Montagu M., Schell J. Site-specific mutagenesis of Agrobacterium Ti plasmids and transfer of genes to plant cells. // J.Mol.Appl.Genet. 1981. V. 1. P. 149-164.

177. Lei H., Oh S.P, Okano ML, Jüttermann R., Goss K.A., Jaenisch R., Li E. De novo DNA cytosine methyltransferase activities in mouse embryonic stem cells. II Development. 1996. V. 122. P. 3195-3205.

178. Lei H., Oh S.P, Okano M., Jüttermann R., Goss K.A., Jaenisch R., Li E. De novo DNA cytosine methyltransferase activities in mouse embryonic stem cells. II Development. 1996. V. 122. P. 3195-3205.

179. Leonhardt H., Page A.W., Weier H.-U., Bestor T.H. A targeting sequence directs DNA methyltransferase to sites of DNA replication in mammalian nuclei. // Cell. 1992. V. 71. P. 865-873.

180. Lewis J.D., Meehan R.R., Henzel W.J., Maurer-Fogy I., Jeppesen P., Klein F., Bird A. Purification, sequence and cellular localization of a novel chromosomal protein that binds to methylated DNA. // Cell. 1992. V. 69. P. 905-914.

181. Li E., Beard C., Forster A.C., Bestor T.H., Jaenisch R. DNA methylation, genomic imprinting, and mammalian development. // Cold Spring Harbor Sympos. Quant. Biol. 1993. V. 58. P. 297-305.

182. Li E., Bestor T.H., Jaenisch R. Targeted mutation of the DNA methyltransferase gene results in embryonic lethality. // Cell. 1992. V. 69. P. 915-926.

183. Lin B-Y. Ploidy barrier to endosperm development in maize. 11 Genetics. 1984. V. 107. P. 103-115.

184. Lin K.T., Momparler R.L., Rivard G.E. High-performance liquid chromatographic analysis of chemical stability of 5-aza-2'-deoxycytidine. II J Pharm Sei. 1981. V. 70. P. 1228-1232.

185. Lindroth A.M., Cao X., Jackson J.P., Zilberman D., McCallum C.M., Henikoff S., Jacobsen S.E. Requirement of CHROMOMETHYLASE3for maintenance of CpXpG methylation // Science. 2001. V. 292. P. 2077-2080.

186. Liu L., Santi D.V. Mutation of asparagine 229 to aspartate in thymidylate synthase converts the enzyme to a deoxycytidylate methylase. // Biochemistry. 1992. V. 31. P. 5100-5104.

187. Loeb L.A. Mutator phenotype may be required for multistage carcinogenesis. // Cancer Res. 1991. V. 51. P. 3075-3079.

188. Loh W.E., Scrable H.J., Livanos E., Arboleda M.J., Cavenee W.K., Oshimura M., Weissmann B.E. Human chromosome 11 contains two different growth suppressor genes for embryonal rhabdomyosarcoma. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V. 89. P. 1755-1759.

189. Lorch Y., La Pointe J.W., Kornberg R.G. Nucleosomes inhibit the initiation of transcription but allow chain elongation with the displacement of histones. // Cell. 1987. V. 49. P. 203-210.

190. Lucy A.P., Guo H.-S., Li W.-X., Ding S.-W. Suppression of posttranscriptional gene silencing by a plant viral protein localized in the nucleus. HEMBOJ. 2000. V. 19. P. 1672-1680.

191. Luo S., Preuss D. Strand-biased DNA methylation associated with centromeric region in Arabidopsis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. P. 11133-11138.

192. Lyko F., Ramsahoye, B.H., Jaenisch, R. Development DNA methylation in Drosophila melanogaster. II Nature. 2000. V. 408. P. 538-540.

193. MacLeod A.R., Rouleau J., Szyf M. Regulation of DNA methylation by the Ras signaling pathway. // J. Biol. Chem. 1995. V. 270. P. 1132711337.

194. MacLeod A.R., Szyf M. Expression of an antisense to the DNA methyltransferase mRNA induces DNA demethylation and inhibits tumorigenesis. II J. Biol. Chem. 1995. V. 270. P. 8037-8043.

195. MacLeod D., Ali R.R., Bird A.P. An alternative promoter in the mouse major histocompatibility complex class II I-Ap gene: implications for the origin of CpG islands. // Mol. Cell Biol. 1998. V. 18. P. 4433-4443.

196. MacLeod D., Charlton J., Mullins J., Bird A.P. Spl sites in the mouse aprt gene promoter are required to prevent methylation of the CpG island. // Genes Dev. 1994. V. 8. P. 2282-2292.

197. Majumder S., Ghoshal K., Datta J., Smith D.S., Bai S., Jacob S.T. Role of DNA methyltransferases in regulation of human ribosomal RNA gene transcription. II J. Biol. Chem. 2006. V. 281. P. 22062-22072.

198. Malagnac F., Gregoire A., Goyon C., Rossignol J.-L., Faugeron G. Masc2, a gene from Ascobolus encoding a protein with a DNA-methyltransferase activity in vitro is dispensable for in vivo methylation. II Mol. Microbiol. 1999. V. 31. P. 331-338.

199. Malinen T, Palotie A, Pakkala S, Peltonen L, Ruutu T, Jansson S.E. Acceleration of chronic myeloid leukemia correlates with calcitonin gene hypermethylation. //Blood. 1991. V. 77. P. 2435-2440.

200. Malone C.S, Kuraishy A.I, Fike F.M, Loya R.G, Mikkili M.R, Teitell M.A, Wall R. B29 gene silencing in pituitary cells is regulated by its 3' enhancer. //J. Mol. Biol. 2006. V. 362. P. 173-183.

201. Malone C.S, Miner M.D, Doerr J.R, Jackson J.P, Jacobsen S.E, Wall R, Teitell M. CmC(A/T)GG DNA methylation in mature B cell lymphoma gene silencing. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. . 2001. V. 98. P. 10404-10409.

202. Margot J.B, Aguirre-Arteta A.M., Di Giacco B.V, Pradhan S, Roberts R.J, Cardoso M.C, Leonhardt H. Structure and function of the mouse DNA methyltransferase gene: Dnmtl shows a tripartite structure. // J. Mol. Biol. 2000. V. 297. P. 293-300.

203. Martienssen R.A, Richards E.J. DNA methylation in eukaryotes. // Curr. Opinion Genet. Dev. 1995. V. 5. P. 234-242.

204. Mathieu O, Reinders J, Caikovski M, Smathajitt C, Paszkowski J. Transgenerational Stability of the Arabidopsis Epigenome Is Coordinated by CG Methylation. // Cell. 2007. V. 130. P. 851-862.

205. Matzke M, Matzke A.J.M. Genomic imprinting in plants: parental effects and ira«s-inactivation phenomena. // Annu. Rev. Plant Physiol. Plant Mol. Biol. 1993. V. 44. P. 53-76.

206. Matzke M.A, Birchler J.A. RNAi-mediated pathways in the nucleus. // Nature Rev. Genet. 2005. V. 6. P. 24-35.

207. Matzke M.A, Matzke A.J.M, Primig M, Trnousky J. Reversible methylation and inactivation of marker genes in sequentially transformed tobacco plants. HEMBOJ. 1989. V. 8. P. 643-649.

208. McCormick F. Signalling networks that cause cancer. // Trends Cell Biol. 1999. V. 9. P. M53-M60.

209. McDonald J.F., Transposable elements, gene silencing and macroevolution. // Trends Ecol. Evolut. 1998. V. 13. P. 94-95.

210. Meehan R.R., Lewis J.D., McKay S., Kleiner E.L., Bird A.P. Identification of a mammalian protein that binds specifically to DNA containing methylated CpGs. // Cell 1989. V. 58. P. 499-507.

211. Mertineit C., Yoder J.A., Taketo T., Laird D.W., Trasler J.M., Bestor T.H. Sex-specific exons control DNA methyltransferase in mammalian germ cells. II Development. 1998. V. 125. P. 889-897.

212. Mette M., van der Winden J., Matzke M.A., Matzke A.J.M. Production of aberrant promoter transcripts contributes to methylation and silencing of unlinked homologous promoters in trans. // EMBO J. 1999. V. 18. P. 241-248.

213. Meyer P., Heidmann I., Niedenhof I. Differences in DNA-methylation are associated with a paramutation phenomenon in transgenic petunia. // Plant J. 1993. V. 4. P. 89-100.

214. Meyer P., Niedenhof I., ten Lohuis M. Evidence for cytosine methylation of non-symmetrical sequences in transgenic Petunia hybrida. II EMBO J. 1994. V. 13. P. 2084-2088.

215. Mi S., Roberts R.J. The DNA binding affinity of Hhal methylase is increased by a single amino acid substutuion in the catalytic center. // Nucl. Acids Res. 1993. V. 21. P. 2459-2464.

216. Miyamura Y., Ohtsu H., Niwa O., Kurishita A., Watanabe H., SadoT., Ono T. Comparison of the age-and tumor-associated changes in the c

217. Murashige T., Skoog F. A revised medium for rapid growth and bioassays with tobacco tissue cultures. // Plant Physiol. 1962. V. 15. P. 473-497.

218. Nakano Y., Steward N., Sekine M., Kusano T., Sano H. A tobacco NtMET cDNA encoding a DNA methyltransferase: molecular characterization and abnormal phenotypes of transgenic tobacco plants. // Plant Ce//.Physiol. 2000. V. 41. P. 448-457.

219. Nan X., Campoy F., Bird A. MeCP2 is a transcriptional repressor with abundant binding sites in genomic chromatin. // Cell. 1997. V. 88. P. 471-481.

220. Nan X., Meehan R.R., Bird A. Dissection of the methyl-CpG-binding domain from the chromosomal protein MeCP2. // Nucl. Acids Res. 1993. V.21.P. 4886-4892.

221. Nan X., Ng H.-H., Johnson C.A., Laherty C.D., Turner B.M., Eisenman R.N., Bird A. Transcriptional repression by the methyl-CpG-binding protein MeCP2 involves a histone deacetylase complex. II Nature. 1998. V. 393. P. 386-389.

222. Nan X., Tate P., Li E., Bird A. DNA methylation specifies chrmosomal localization ofMeCP2. II Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. P. 414-421.

223. Napoli C., Lemieux C., Jorgensen R. Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans. I ¡Plant Cell. 1990. V. 2. P. 279-289.

224. Nelkin B. D., Przepiorka D., Burke P. J., Thomas E. D., Baylin S. B. Abnormal methylation of the calcitonin gene marks progression of chronic myelogenous leukemia. // Blood. 1991. V. 77. P. 2431-2434.

225. Neumann B., Kubicka P., Barlow D.P. Characteristics of imprinted genes. II Nature Genet. 1995. V. 9. P. 12-13.

226. Ng H.-H., Zhang Yi., Hendrich B., Johnson C.A., Turner B.M., Erdjument-Bromage H., Tempst P, Reinberg D., Bird A. MBD2 is a transcriptional repressor belonging to the MeCPl histone deacetylase complex. II Nature Genet. 1999. V. 23. P. 58-61.

227. Nick H., Bowen B., Ferl R.J., Gilbert W. Detection of cytosine methylation in the maize alcohol dehydrogenase gene by the genomic sequencing. II Nature. 1986. V. 319. P. 243-246.

228. Noyer-Weinder M., Trutner T.A. Methylation of DNA in procaryotes. 11 DNA methylation: molecular biology and biological significance./ J.P. Jost, H.P. Saluz (eds) Basel; Boston; Berlin: Birhauser Verlag, 1993. P. 39-108.

229. Nuovo G.J., Plaia T.W., Belinsky S.A., Baylin S.B., Herman J.G. In situ detection of the hypermethylation-induced inactivation of the pl6 gene as an early event in oncogenesis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 12754-12759.

230. Okano M., Bell D.W., Haber D.A., Li E. DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b are essential for de novo methylation and mammalian development. // Cell. 1999. V. 99. P. 247-257.

231. Okano M., Xie S., Li E. Cloning and characterization of a family of novel mammalian DNA (cytosine-5) methyltransferases. // Nature Genet. 1998b. V. 19. P. 219-220.

232. Okano M., Xie S., Li E. Dnmt2 is not required for de novo and maintenance methylation of viral DNA in embryonic stem cells. // Nucl. Acids Res. 1998a. V. 26. P. 2536-2540.

233. Palmisano W.A., Divine K.K., Saccomanno G., Gilliland F.D., Baylin S.B., Herman J.G., Belinsky S.A. Predicting lung cancer by detecting aberrant promoter methylation in sputum. // Cancer Res. 2000. V. 60. P. 5954-5958.

234. Papa C.M., Springer N.M., Muszynski M.G., Meeley R., Kaeppler S.M. Maize chromomethylase Zea methyltransferase2 is required for CpNpG methylation. H Plant Cell. 2001. V. 13. P. 1919-1928.

235. Paranjape S.M., Kamakaka R.T., Kadonaga J.T. Role of chromatin structure in the regulation of transcription by RNA polymerase II. // Annu. Rev. Biochem. 1994.V. 63. P. 265-297.

236. Pazin M.J., Kadonaga J.T. SWI2/SNF2 and related proteins: ATP-driven motors that disrupt protein-DNA interaction? // Cell. 1997a. V. 88. P. 737-740.

237. Pazin M.J., Kadonaga J.T. What's up and down with histone deacetylation and transcription? // Cell. 1997b. V. 89. P. 325-328.

238. Pedone P. V., Pikaart M.J., Cerrato F., Vernucci M., Ungaro P., Bruni C.B., Riccio A. Role of histone acetylation and DNA methylation in the maintenance of the imprinted expression of the HI 9 and Igf2 genes. // FEBSLett. 1999. V. 458. P. 45-50.

239. Pelissier T, Thalmeir S., Kempe D., Sänger H.-L., Wassenegger M. Heavy de novo methylation at symmetrical and non-symmetrical sites is a hallmark of RNA-directed DNA methylation. // Nucl. Acids Res. 1999. V. 27. P. 1625-1634.

240. Plass C. Cancer epigenomics. // Hum. Mol. Genet. 2002. V. 11. P. 24792488.

241. Pogribny L.P., Miller B.J., James S.J. Alterations in hepatic p53 gene methylation patterns during tumor progression with folate/methyl deficiency in the rat. // Cancer Lett. 1997. V. 115. P. 31-38.

242. Portier M, Molès JP, Mazars GR, Jeanteur P, Bataille R, Klein B, Theillet C. p53 and RAS gene mutations in multiple myeloma. // Oncogene. 1992. V. 7. P. 2539-2543.

243. Posfai J., Bhagwat A. S., Posfai G., Roberts R.J. Predictive motifs derived from cytosine methyltransferases. // Nucl. Acids Res. 1989. V. 17. P. 2421-2435.

244. Pradhan S., Adams R.L.P. Distinct CG and CNG DNA methyltransferases in Pisum sativum. II Plant J. 1995. V. 7. P. 471-481.

245. Pradhan S., Cummings M., Roberts R.J., Adams R.L.P. Isolation, characterization and baculovirus-mediated expression of the cDNA encoding cytosine DNA methyltransferase from Pisum sativum. II Nucl. Acids Res. 1998. V. 26. P. 1214-1222.

246. Pradhan S., Kim G.D. The retinoblastoma gene product interacts with maintenance human DNA (cytosine-5) methyltransferase and modulates its activity // EMBO J., 2002, V. 21, P. 779-788.

247. Ramchandani S., Bhattacharya S.K., Cervoni N., Szyf M. DNA methylation is a reversible biological signal. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 6107-6112.

248. Ramchandani S, MacLeod A.R, Pinard M, von Hofe E, Szyf M. Inhibition of tumorigenesis by a cytosine-DNA methyltransferase, antisense oligodeoxynucleotide. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 684-689.

249. Ramsahoye B.H, Biniskiewicz D, Lyko F, Clark V, Bird A.P., Jaenish R. Non-CpG methylation is prevalent in embryonic stem cells and may be mediated by DNA methyltransferase 3a. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V. 97. P. 5237-5242.

250. Ratcliff F, Harrison B.D, Baulcombe D.C. A similarity between viral defense and gene silencing in plants. // Science. 1997. V. 276. P. 15581560.

251. Razin A, Cedar H. DNA methylation and genomic imprinting. // Cell. 1994. V. 77. P. 473-476.

252. Reik W. Genomic imprinting and genetic disorders in man. // Trends Genet. 1989. V. 5. P. 331-336.

253. Reik W, Walter J. Imprinting mechanisms in mammals. // Curr. Opinion Genet. Dev. 1998. V. 8. P. 154-164.

254. Reik W, Collick A, Norris M.L, Barton S.C, Surani M.A. Genomic imprinting determines methylation of parental alleles in transgenic mice. // Nature. 1987. V. 328. P. 248-254.

255. Rhounim L, Gregoire A, Salama S, Faugeron G. Clustering of multiple trsnsgene integrations in highly-unstable Ascobolus immersus transformants. // Curr.Genet. 1994. V. 26. P. 344-351.

256. Rhounim L, Rossignol J.-L, Faugeron G. Epimutation of repeated genes in Ascobolus immersus. I/EMBOJ. 1992. V. 11. P. 4451-4457.

257. Rideout W.M. Ill, Coetzee G.A, Olumi A.F, Jones P. A. 5-methylcytosine as an endogenous mutagen in the human LDL receptor and p53 genes. II Science. 1990. V. 249. P. 1288-1290.

258. Riggs A.D, Pfeifer G.P. X-chromosome inactivation and cell memory. // Trends Genet. 1992. V. 8. P. 169-174.

259. Ritter M., de Kant E., Huhn D., Neubauer A. Detection of DNA methylation in the calcitonin gene in human leukemias using differential polymerase chain reaction. II Leukemia. 1995. V. 9. P. 915-921.

260. Romanov G.A., Vanyushin B.F. Methylation of reiterated sequences in mammalian DNAs. Effects of the tissue type, age, malignancy and hormonal induction. // Biochim. Biophys. Acta. 1981. V. 653. P. 204-218.

261. Ronemus M.J., Galbiati M., Ticknor C., Chen J., Dellaporta S.L. Demethylation-induced developmental pleiotropy in Arabidopsis // Science. 1996. V. 273. P. 654-657.

262. Rossignol J.-L., Faugeron G. Gene inactivation triggered by recognition between DNA repeats. // Experientia. 1994. V. 50. P. 307-317.

263. Rouleau J., MacLeod A.R., Szyf M. Regulation of the DNA methyltransferase by the Ras-APl signaling pathway. // J. Biol Chem. 1995. V. 270. P. 1595-1601.

264. Rountree, M.R., Bachman, K.E., Baylin, S.B. DNMT1 binds HDAC2 and a new co-repressor, DMAP1, to form a complex at replication foci // Nature Genet. 2000. V. 25. P. 269-277.

265. Salomon R., Kaye A.M. Methylation of mouse DNA in vivo: di- and tripyrimidine sequences containing 5-methylcytosine. // Biochim. Biophys. Acta. 1970. V. 204. P. 340-351.

266. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular cloning : a laboratory manual. New York: Cold Spring Harbour Press, 1989. 545p.

267. Santini V., Kantarjian H.M., Issa J.P. Changes in DNA methylation in neoplasia: pathophysiology and therapeutic implications. // Ann. Intern. Med. 2001. V. 134. P. 573-586.

268. Sapienza C., Peterson A., Rossant J., Balling R. Degree of methylation of transgenes is dependent on gamete of origin. // Nature. 1987. V. 328. P. 251-254.

269. Schluckebier G., O'Gara M., Saenger W., Cheng X. Universal catalytic domain structure of AdoMet-dependent methyltransferases. // J. Mol. Biol. 1995. V. 247. P. 16-20.

270. Schmutte C., Jones P. A. Involvement of DNA methylation in human carcinogenesis. II Biol. Chem. 1998. V. 379. P. 377-388.

271. Schwartz D., Dennis E. Transposase activity of the Ac controlling element in maize is regulated by its degree of methylation. // Mol. Gen. Genet. 1986. V. 205. P. 476^182.

272. Selker E. Premeiotic instability and repeated sequences in Neurospors crassa. II Annu. Rev. Genet. 1990. V. 24. P. 579-613.

273. Selker E.U. Epigenetic phenomena in filamentous fungi: useful paradigms or repeat-induced confusion? // Trends Genet. 1997. V. 13. P. 296-301.

274. Selker E.U., Cambareri E.B., Jensen B.C., Haack K.R. Rearrangement of duplicated DNA in specialized eels of Neurospora. // Cell. 1987. V. 51. P. 741-752.

275. Selker E.U., Fritz D.Y., Singer M.J. Dense nonsymmetrical DNA methylation resulting from repeat-induced point mutation in Neurospora. II Science. 1993. V. 262. P. 1724-1728.

276. Selker E.U., Stevens J.N DNA methylation at asymmetric sites is associated with numerous transition mutations. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V. 82. P. 8114-8118.

277. Serrano M., Hannon G.J., Beach D. A new regulatory motif in cell-cycle control causing specific inhibition of cyclin D/CDK4. // Nature. 1993. V. 366. P. 704-707.

278. Shapiro H.S., Chargaff E. Studies on the nucleotide arrangement in deoxyribonucleic acid IV. Patterns of nucleotide sequence in the deoxyribonucleic acid of rye germ and its fractions. // Biochim. Biophys. Acta. 1960. V. 39. P. 68-82.

279. Shemer R., Birger Y., Riggs A.D., Razin A. Structure of the imprinted mouse Snrpn gene and establishment of its parental-specific methylation pattern. II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 10267-10272.

280. Shen J.-C., Rideout W.M., III, Jones P. High frequency mutagenesis by a DNA methyltransferase. // Cell. 1992. V. 71. P. 1073-1080.

281. Shen J.-C., Zingg J.-M., Yang A.S., Schmutte C., Jones P. A. A mutant Hpall methyltransferase functions as a mutator enzyme. // Nucl. Acids Res. 1995. V. 23. P. 4275-4282.

282. Simon D., Stuhlmann H., Jahner D., Wagner H., Werner E., Jaenisch R. Retrovirus genomes methylated by mammalian but not bacterial methylase are non-infectious. II Nature. 1983. V. 304. P. 275-277.

283. Singh J., Klar, A.J. Active genes in budding yeast display enhanced in vivo accessibility to foreign DNA methylases: a novel in vivo probe for chromatin structure of yeast. // Genes DeV. 1992. V. 6. P. 186-196.

284. Sinsheimer R.L. The action of pancreatic deoxyribonuclease I. Isolation of mono- and dinucleotides. II J. Biol. Chem. 1954. V. 208. P. 445-459.

285. Sinsheimer R.L. The action of pancreatic deoxyribonuclease II. Isomeric dinucleotides. II J. Biol. Chem. 1955. V. 215. P. 579-583.

286. Slack A., Cervoni N, Pinard M., Szyf M. Feedback regulation of DNA methyltransferase gene expression by methylation. // Eur. J. Biochem. 1999. V. 264. P. 191-199.

287. Smit A.F. The origin of interspersed repeats in the human genome. // Curr. Opin. Genet. Dev. 1996. V. 6. P. 743-748.

288. Smith S.S. Biological implications of the mechanism of action of human DNA (cytosine-5)methyltransferase. // Prog. Nucl. Acid Res. Mol. Biol. 1994. V. 49. P. 65-111.

289. Smith S.S. Gilbert's conjecture: the search for DNA (cytosine-5) demethylases and the emergence of new functions for eukaryotic DNA (cytosine-5) methyltransferases. // J. Mol. Biol. 2000. V. 302. P. 1-7.

290. Smith S.S., Kan J.L.C., Baker D.J., Kaplan B.E., Dembek P. Recognition of unusual DNA structures by human DNA (cytosine-5)methyltransferase. II J. Mol. Biol. 1991. V. 217. P. 39-51.

291. Smith S.S., Kaplan B.E., Sowers L.C., Newman E.M. Mechanism of human methyl-directed DNA methyltransferase and the fidelity ofcytosine methylation. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1992. V. 89. P. 4744-4748.

292. Smith S.S., Niu L., Baker D.J., Wendel J.A., Kane S.E., Joy D.S. Nucleoprotein-based nanoscale assembly. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1997. V. 94. P. 2162-2167.

293. Sneider T.W. The 5!-cytosine in CCGG is methylated in two eucaryotic DNAs and Mspl is sensitive to methylation at this site. // Nucl. Acids Res. 1980. V. 8. P. 3829-3840.

294. Southern E. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. II J. Mol. Biol. 1975. V. 98. P. 503-512.

295. Spencer V.A., Davie J.R. Role of covalent modifications of histones in regulating gene expression. // Gene. 1999. V. 240. P. 1-12.

296. Stancheva I. Caught in conspiracy: cooperation between DNA methylation and histone H3K9 methylation in the establishment and maintenance of heterochromatin. // Biochem. Cell Biol. 2005. V. 83. P. 385-395.

297. Stöger R., Kubicka P., Lin C.G., KafriT., Razin A., Cedar H., Barlow D.P. Maternal-specific methylation of the imprinted mouse Igf2r locus identifies the expressed locus as carrying the imprinting signal. // Cell. 1993. V. 73. P. 61-71.

298. Strahl K. Histone acetylation and transcriptional regulatory mechanisms. // Genes Dev. 1998. V. 12. P. 599-606.

299. Suetake I., Shinozaki F., Miyagawa J., Takeshima H., Tajima S. DNMT3L stimulates the DNA methylation activity of Dnmt3a and Dnmt3b through a direct interaction. // J. Biol. Chem. 2004. V. 279. P. 27816-27823.

300. Surani M.A. Reprogramming of genome function through epigenetic inheritance. II Nature. 2001. V. 414. P. 122-128.

301. Szyf M., Rouleau J., Theberge J., Bozovic V. Induction of myogenic differentiation by an expression vector encoding the DNA methyltransferase cDNA sequence in the antisense orientation. // J. Biol. Chem. 1992. V. 267. P. 12831-12836.

302. Tamaru H., Selker E.U. A histone H3 methyltransferase controls DNA methylation in Neurospora crassa // Nature. 2001. V. 414. P. 277-283.

303. Tariq M, Paszkowski J. DNA and histone methylation in plants. // Trends Genet. 2004. V. 20. P. 244-251.

304. Tariq M, Saze H, Probst AV, Lichota J, Habu Y, Paszkowski J Erasure of CpG methylation in Arabidopsis alters patterns of histone H3 methylation in heterochromatin. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V. 100. P. 8823-8827.

305. Tasheva E.S., Roufa D.J. A mammalian origin of bidirectional DNA replication within the transcribed sequences of the Chinese hamster RPS14 locus. // Mol. Cell. Biol. 1994a. V. 14. P. 5628-5635.

306. Tasheva E.S., Roufa D.J. Densely methylated DNA islands in mammalian chromosomal replication origins. // Mol. Cell Biol. 1994b. V. 14. P. 5636-5644.

307. Tasheva E.S., Roufa D.J. Deoxycytidine methylation and the origin of spontaneous transition mutations in mammalian cells. // Somat.Cell Mol. Genet. 1993. V. 19. P. 275-283.

308. Tate P., Skarnes W., Bird A. The methyl-CpG binding protein MeCP2 is essential for embryonic development in the mouse. // Nature Genet. 1996. V. 12. P. 1469-1475.

309. Tatematsu K.I., Yamazaki T., Ishikawa F. MBD2-MBD3 complex binds to hemi-methylated DNA and forms a complex containing DNMT1 at the replication foci in late S phase. // Genes Cells. 2000. V. 5. P. 677688.

310. Teerawanichpan P., Chandrasekharan M.B., Jiang Y., Narangajavana J., Hall T.C. Characterization of two rice DNA methyltransferase genes and RNAi-mediated reactivation of a silenced transgene in rice callus // Planta. 2004. V. 218. P. 337-349.

311. Thayer R.E., Singer M.F., Fanning T.G. Undermethylation of specific LINE-1 sequences in human cells producing a LINE-1-encoded protein. // Gene. 1993. V. 133. P. 273-277.

312. Theiss G, Schleicher R., Schimpff-Weil R., Follmann H. DNA methylation in wheat. // Eur. J. Biochem. 1987. V. 167. P. 89-96.

313. Thomas X., Teillon M.H., Belhabri A., Rimokh R., Fiere D., Magaud J.P., Archimbaud E. Hypermethylation of calcitonin gene in adult acute leukemia at diagnosis and during complete remission. // Hematol. Cell Ther. 1999. V. 41. P. 19-26.

314. Tolberg, M.E. and Smith, S.S. (1984) Methylation of a middle repetitive DNA sequence class during differentiation in Friend erythroleukemia cells. // FEBSLett. V. 176. P. 250-254.

315. Tollefsbol T.O., Hutchinson C.A., III. Control of methylation spreading in synthetic DNA sequences by the murine DNA methyltransferase. // J. Mol. Biol. 1997. V. 269. P. 494-504.

316. Tollefsbol T.O., Hutchinson C.A., III. Mammalian DNA(cytosine-5)-methyltransferase expressed in Escherichia coli, purified and characterized. H J. Biol. Chem. 1995. V. 270. P. 18543-18550.

317. Tornaletti S, Pfeifer G.P. Complete and tissue-independent methylation of CpG sites in the p53 gene: implications for mutations in human cancers. //Oncogene. 1995. V. 10. P. 1493-1499.

318. Toth M, Miiller U, Doerfler W. Establishment of de novo DNA methylation patterns. Transcription factor binding and deoxycytidine methylation at CpG and non-CpG sequences in an integrated adenovirus promoter. II J. Mol. Biol. 1990. V. 214. P. 673-683.

319. Tran R.K, Henikoff J.G, Zilberman D, Ditt R.F, Jacobsen S.E, Henikoff S. DNA methylation profiling identifies CG methylation clusters in Arabidopsis genes. // Curr Biol. 2005. V. 15. P. 154-159.

320. Tsukiyama T, Wu C. Chromatin remodeling and transcription. // Curr. Opinion Genet. Dev. 1997. V. 7. P. 182-191.

321. Tuck S.P, Crawford L. Characterization of the human p53 gene promoter. II Mol. Cell. Biol. 1989. V. 9. P. 2163-2172.

322. Tweedie S, Charlton J, Clark V, Bird A. Methylation of genomes and genes at the invertebrate-vertebrate boundary. // Mol. Cell. Biol. 1997. V. 17. P. 1469-1465.

323. Tyler J.K, Kadonaga J.T. The «dark side» of chromatine remodeling: repressive effects on transcription. // Cell. 1999. V. 99. P. 443-446.

324. Ueda H, Ullrich S.J, Gangemi J.D, Kappel C.A, Ngo L, Feitelson M.A, Jay G. Functional inactivation but not structural mutation of p53 causes liver cancer. II Nature Genet. 1995. V. 9. P. 41-47.

325. Van der Krol A.R, Mur L.A, Beld M, Mol J.N.M, Stuitje A.R. Flavonoid genes in petunia: addition of a limited number of gene copies may lead to a suppression of gene expression. // Plant Cell. 1990. V. 2. P. 291-299.

326. Vanyushin B.F., Kirnos M.D. DNA methylation in plants. 11 Gene. 1988. V. 74. P. 117-121.

327. Vanyushin B.F., Lopatina N.G., Wise C.K., Fullerton F.R., Poirier L.A. Butylated hydroxytoluene modulates DNA methylation in rats. // Eur. J. Biochem. 1998. V. 256. P. 518-527.

328. Vaucheret H., Beclin C., Elmayan T., Fenerbach F., Godon C., Morel J.B., Mourrain P., Palauqui J.-C., Vernettes S. Transgene-induced gene silencing in plants. II Plant J. 1998. V. 16. P. 651-659.

329. Venkatachalam S., Shi Y.P., Jones S.N., Bradley A., Pinkel D., Donehower L.A. Retention of wild-type p53 in tumors from p53 heterozygous mice: reduction of p53 dosage can promote cancer formation. II EMBO J. 1998. V. 17. P. 4657-4667.

330. Vertino P. M., Yen R.C., Gao J., Baylin S.B. De novo methylation of CpG island sequences in human fibroblast overexpressing DNA (cytosine-5-)-methyltransferase. // Mol. Cell Biol. 1996. V. 16. P. 45554565.

331. Vinkenoog R., Scot R.J. Regulation of genomic imprinting in floering plants / In: Comparative Biochemistry and Physiology. Part A132. 2002. P. S170.

332. Vlasova T.I., Demidenko Z.N., Kirnos M.D., Vanyushin B.F. In vitro DNA methylation by wheat nuclear cytosine DNA methyltransferase: effect of phytohormones. // Gene. 1995. V. 157. P. 279-281.

333. Voinnet O. Induction and suppression of RNA silencing: insights from viral infections. II Nature Rev. Genet. 2005. V. 6. P. 206-220.

334. Wade P. A., Gegonne A., Jones P. L., Ballestar E., Aubry F., Wolffe A.P. Mi-2 complex couples DNA methylation to chromatin remodelling and histone deacetylation. // Nature Genet. 1999. V. 23. P. 62-66.

335. Wainfan E., Poirier L.A. Methyl groups in carcinogenesis: effect of DNA methylation and gene expression. // Cancer Res. 1992. V. 52. P. 2071s-2077s.

336. Wakefield M.J., Keohane A.M., Turner B.M., Graves J.A.M. Histone underacetylation is an ancient component of mammalian X-chromosome inactivation. HProc. Natl. Acad. Sei. USA. 1997. V. 94. P. 9665-9668.

337. Wassenegger M., Heimes S., Sänger H.L. An infectious viroid RNA replicon evolved from an in vitro-generated non-infectious viroid deletion mutant via a complementary deletion in vivo. // EMBO J. 1994. V. 13. P. 6172-6177.

338. Waterhause P. M., Graham M.W, Wang M.-B. Virus resistance and gene silencing in plants can be induced by simultaneous expression of sense and antisense RNA. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1998. V. 95. P. 1395913964.

339. Wendel J.A., Smith S.S. Uracil as an alternative to 5-fluorocytosine in addressable protein targeting // Nanotechnology. 1998. V. 9. P. 297-304.

340. Wicki R., Franz C., Scholl F.A., Heizmann C.W., Schäfer B.W. Repression of the candidate tumor suppressor gene S100A2 in breast cancer is mediated by site specific hypermethylation. // Cell Calcium. 1997. V. 22. P. 243-254.

341. Wilke K., Rauhut E., Noyer-Weidner M., Lauster R., Pawlek B. Sequential order of target-recognition domains in multispecific DNA methyltransferases. II EMBO J. 1988. V. 7. P. 2601-2609.

342. Wilkinson, C.R., Bartlett, R., Nurse, P., and Bird, A.P. The fission yeast gene pmtl+ encodes a DNA methyltransferase homologue. // Nucl. Acids Res. 1995. V. 23. P. 203-210.

343. Woo H.R., Pontes O., Pikaard C.S., Richards E.J. VIM1, a methylcytosine-binding protein required for centromeric heterochromatinization. // Genes Dev. 2007. V. 21. P. 267-277.

344. Wood W.B. Host specificity of DNA produced by E.coli:- bacterial mutations affecting the restriction and modification of DNA. // J. Mol. Biol. 1966. V16. P. 118-133.

345. Woodcock D.M., Crowther P. J., Diver W.P. The majority of methylated deoxycytidines in human DNA are not in the CpG dinucleotide. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1987. V. 145. P. 888-894.

346. Woodcock D.M., Lawler C.B., Linsenmeyer M.E., Doherty J.P., Warren W.D. Asymmetric methylation in the hypermethylated CpG promoter region of the human LI retrotransposon. // J. Biol. Chem. 1997. V. 272. P. 7810-7816.

347. Wu J., Herman J.G., Wilson G., Lee R.Y., Yen R.W., Mabry M., de Bustros A., Nelkin B.D., Baylin S.B. Expression of procaryotic Hhal DNA methyltransferase is transforming and lethal to NIH3T3 cells. // Cancer Res. 1996. V. 56. P. 616-622.

348. Wu J., Issa J.-P., Herman J., Bassett D.E.Ir., Nelkin B.D., Baulin S.B. Expression of an exogenous eukaryotic DNA methyltransferase gene induced transformation of NIH3T3 cells. // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1993. V. 90. P. 8891-8895.

349. Wutz A., Smrzka O.W., Schweifer N., Schellander K., Wagner E.F., Barlow D.P. Imprinted expression of the Igf2r gene depends on an intronic CpG island. II Nature. 1997. V. 389. P. 745-749.

350. Wyszynski M., Gabbara S., Bhagwat A.S. Cytosine deaminations catalyzed by DNA cytosine methyltransferases are unlikely to be the major cause of mutational hot spots at sites of cytosine methylation in

351. Escherichia coli. II Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1994. V. 91. P. 15741578.

352. Wyszynski M.W., Gabbara S., Bhagwat A.S. Substitutions of a cysteine conserved among DNA cytosine methylases result in a variety of phenotypes. // Nucl. Acids Res. 1992 V. 20. P. 319-326.

353. Xie S., Wang Z., Okano M., Nogami M., Li Y., He W.W., Okumura K., Li E. Cloning, expression and chromosome locations of the human DNMT3 gene family. // Gene. 1999. V. 236. P. 87-95.

354. Yang A.S., Shen J.-C., Zingg J.-M., Mi S., Jones P. A. Hhal and Hpall DNA methyltrasferases bind DNA mismatches, methylate uracil and block DNA repair. II Nucl. Acids Res. 1995. V. 23. P. 1380-1387.

355. Yebra M., Bhagwat A.S. A cytosine methyltransferase converts 5-methylcytosine in DNA to thymine. // Biochemistry. 1995. V. 34. P. 14752-14757.

356. Yen R.W., Vertino P. M., Nelkin B.D., Yu J.J., el-Deiry W., Cumaraswamy A., Lennon G.G., Trask B.J., Celano P, Baylin S.B. Iisolation and characterization of the cDNA encoding human DNA methyltransferase. II Nucl. Acids Res. 1992. V. 20. P. 2287-2291.

357. Yoder J.A., Bestor T.H. A candidate mammalian DNA methyltransferase related to pmtlp of fission yeast. // Hum. Mol. Genet. 1998. V. 7. P. 279284.

358. Yoder J.A., Walsh C.P., Bestor T.H. Cytosine methylation and the ecology of intragenomic parasites. // Trends Genet. 1997. V. 13. P. 335

359. Yoshida M., Horiniuchis S., Beppu T. Trichostatin A and trapoxin: Novel chemical probes for the role of histone acetylation in chromatin structure and function. // BioEssays. 1995. V. 17. P. 423-430.

360. Zamore P. D., Haley B. Ribo-genome: the big world of small RNAs. // Science. 2005. V. 309. P. 1519-1524.

361. Zamore P., Tuschl T., Sharp P., Bartel D. RNAi: Double-stranded RNA directs the ATPdependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. // Cell. 2000. V. 101. P. 25-33.

362. Zhang X., Haswell S.J. Micro-fluidic and lab-on-a-chip technology. // Ernst. ScheringFoundSymp. Proc. 2006. V. 3. P. 21-37.

363. Zhang X., Jacobsen S.E. Genetic analyses of DNA methyltransferases in Arabidopsis thaliana. // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 2006. V. 71. P. 439-447.

364. Zhang Y., LeRoy G., Seeling H.P., Lane W.S., Reinberg D. The dermatomyositis-specific autoantigen Mi2 is a component of a complex containing histone deacetylase and nucleosome remodeling activities. // Cell. 1998. V. 95. P. 279-289.

365. Zhou L, Cheng X, Connolly BA, Dickman MJ, Hurd PJ, Hornby DP. Zebularine: a novel DNA methylation inhibitor that forms a covalent complex with DNA methyltransferases. // J. Mol. Biol. 2002. V. 321. P. 591-599.

366. Zhu J.K. Regulation of ion homeostasis under salt stress. // Curr. Opin. Plant Biol. 2003. V. 6. P. 441-445.

367. Zilberman D., Cao X., Jacobsen S. ARGONAUTE4 control of locus-specifi c siRNA accumulation and DNA and histone methylation. // Science. 2003. V. 299. P. 716-719.

368. Zimermann C., Guhl E., Graessmann A. Mouse DNA methyltransferase (MTase) deletion mutants that retain the catalytic domain display neither de novo nor maintenance methylation activity in vivo. II Biol. Chem. 1997. V. 378. P. 393-405.