Специфичность метилирования ДНК растений при различных физиологических состояниях тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Дьяченко, Ольга Владимировна

• Дьяченко, Ольга Владимировна
• кандидат биологических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Дьяченко, Ольга Владимировна

ВВЕДЕНИЕ

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Метилируемые последовательности эукариотических ДНК

1.2. Структура и функции цитозин(С5)-ДНК-метилтрансфераз

1.2.1. Первичная структура цитозин(С5)-ДНК-метилтрансфераз

1.2.2. Эукариотические ДНК-метилазы 11 1.2.2.1. ДНК-метилазы растений

1.2.3. Регуляция экспрессии ДНК-метилазных генов

1.3. Функциональная роль метилирования ДНК растений

1.3.1. Влияние метилирования ДНК на структуру хроматина

1.3.2. Тотальное метилирование цитозина в ДНК растений и РНК-интерференция

1.3.3. Роль метилирования ДНК в развитии растений

1.3.4. Метилирование ДНК и геномный импринтинг

1.3.5. Влияние неблагоприятных условий окружающей среды на метилирование ДНК растений

II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Материалы и оборудование 39 2.1.1.0 борудование

2.1.2. Реактивы, среды и ферменты

2.1.3. Бактериальные штаммы и плазмиды

2.1.4. Растительный материал

2.2. Методы

III. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ 55 3.1. Влияние интеграции гена ДНК-метилтрансферазы

ЕсоШ\ на фенотип и картину метилирования CpNpG-последовательностей генома трансгенных клеток высших эукариот

3.1.1. Получение рекомбинантных плазмид с модифицированным геном ДНК-метилтрансферазы ЕсоК\\ для экспрессии в клетках высших эукариот

3.1.2. Получение трансгенных растений ШсоИапа тЬасит, содержащих модифицированный ген М^-МЯсоКП

3.1.3. Анализ метилирования ДНК трансформированных клеток человека НК293, экспрессирующих модифицированный ген Ж.З-М ЯсоКП-ОРР

3.2. Исследование метилирования ДНК растений

МезетЬгуаШкетит сгуБгаШпит в стрессовых условиях

IV. ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Специфичность метилирования ДНК растений при различных физиологических состояниях»

Изучение явления энзиматического метилирования ДНК эукариот продолжается более пятидесяти лет. Однако мы далеки пока от всестороннего понимания функциональной роли этой модификации генома. В исследовании энзиматического метилирования ДНК можно выделить два основных этапа.

На первом, самом раннем, этапе с помощью классических биохимических методов была установлена видовая, клеточная, тканевая [Ванюшин, Белозерский,1959; Маринова и др., 1969; Vanyushin et al., 1970; Vanyushin et al., 1973] и внутригеномная специфичность [Сулимова и др. 1970; Romanov, Vanyushin, 1981] метилирования ДНК животных и растений. На этом этапе было также обнаружено связанное с онтогенезом изменение содержания 5-метилцитозина в эукариотическом геноме [Бердышев и др., 1967; Дрожденюк и др., 1976] и изменение метилирования ДНК при канцерогенезе и при воздействии на организм различных физиологических факторов [Vanyushin et al., 1973; Бурцева и др., 1977; Romanov, Vanyushin, 1981]. Следует отметить значительный приоритетный вклад отечественных ученых школы А.Н. Белозерского в структурно-функциональные исследования метилирования эукариотических геномов, указавших на участие метилирования ДНК в регуляции генетической экспрессии. В этот же период был обнаружен CpG-тип метилирования ДНК животных и растений [Sinsheimer, 1954; Sinsheimer, 1955; Shapiro, Chargaff, 1960; Doskocil, Sorm, 1962; Grippo et al., 1968] и CpNpG-тип (N- любой нуклеозид) метилирования ДНК высших растений [Кирнос и др., 1981; Gruenbaum et al., 1981].

Второй этап исследований энзиматического метилирования ДНК эукариот, продолжающийся и в настоящее время, связан с революционными достижениями современной биологии в области молекулярной генетики, секвенирования метилированной ДНК, а также с выделением и исследованием самих ДНК-метилтрансфераз (ДНК-метилаз). За это время получена обширная информация о характере распределения метилированных последовательностей CpG и неметилированных CpG-островков в геноме позвоночных [Bird, 1986; Gardiner-Garden, Frommer, 1987; Antequera, Bird, 1993] и растений [Antequera, Bird, 1988], а также получены первые данные о существовании у млекопитающих CpNpG-типа метилирования ДНК [Clark et al., 1995] и о существовании в клетках грибов [Selker, Stevens, 1985], животных [Toth et al., 1990] и растений [Meyer et al., 1994] NpC-несимметричного типа метилирования ДНК.

Если у прокариот энзиматическое метилирование ДНК участвует в системах рестрикции-модификации, обеспечивая защиту против чужеродных ДНК, то в эукариотической клетке оно выполняет многие другие функции. В настоящее время установлено участие энзиматического метилирования ДНК эукариотических организмов в регуляции транскрипции генов, клеточной дифференцировке и эмбриональном развитии [Bestor, 1990], эпигенетическом контроле геномного импринтинга [Sapienza et al., 1987] и инактивации мобильных генетических элементов [Bestor, 1990; Yoder et al., 1997]. Эти функции установлены как у млекопитающих, так и у высших растений. Нарушение нормальной картины метилирования ДНК сопровождает канцерогенез и различные генетические заболевания человека. В растениях снижение уровня метилирования ДНК может нарушать нормальное развитие растений и вызывать появление новых морфологических фенотипов [Finnegan et al., 1998], а гиперметилирование ДНК может приводить к "замолканию" чужеродных генов в трансгенных растениях. Кроме того, изменение уровня метилирования растительной ДНК имеет место при воздействии неблагоприятных условий окружающей среды [Schmitt et al., 1997].

Регуляция функционирования генов может быть связана также с недавно открытым новым типом энзиматической модификации адениновых остатков в ДНК. Впервые N6 -адениновая ДНК-метилаза была выделена из колеоптилей пшеницы в лаборатории Б.Ф. Ванюшина [Fedoreyeva, Vanyushin, 2002]. Эта новая тематика энзиматической модификации ДНК находится только в начале своей разработки [Ванюшин, 2005].

Существенные успехи в исследовании функций метилирования ДНК получены после открытия белков, связывающихся с метилированными Срв-последовательностями ДНК и мобилизующими в эти участки гистоновые деацетилазы, формирующие транскрипционно неактивную структуру хроматина. В этом смысле "метилирование встречает ацетилирование" [ВезФг, 1998], то есть метилирование ДНК и деацетилирование гистонов могут быть прочно сопряжены с процессом формирования нетранскрибируемой структуры хроматина.

В структурно-функциональном исследовании энзиматического метилирования эукариотических ДНК существует значительный пробел, связанный с изучением только Срв-типа этой модификации. Только в настоящее время выясняется связь других сайт-специфических типов метилирования эукариотических ДНК с разными генетическими функциями. Растущее внимание к картине метилирования целого эукариотического генома, на фоне которого развиваются нормальные и нарушенные процессы жизнедеятельности клетки, ставит вопрос о понимании функционального значения этих типов метилирования ДНК и роли индивидуальных ДНК-метилаз в специфических генетических процессах.

Целью настоящей работы являлось изучение энзиматического метилирования ДНК растений при различных физиологических состояниях. Для экспрессии ДНК-метилтрансферазы М-ЯссЯН в клетках эукариот стояла задача получения модифицированных форм этого гена, кодирующих сигнал ядерной локализации. В число основных экспериментальных задач входили: исследование эффекта переноса гена бактериальной ДНК-метилтрансферазы ЯаЛШ в геном растений Шсойапа 1аЬасит\ анализ уровня сайт-специфического метилирования ядерной ДНК и исследование картины метилирования некоторых генов растений МезетЬгуаШЬетит сгу51аШпит, растущих в экстремальных условиях засоления.

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Дьяченко, Ольга Владимировна

IV. ВЫВОДЫ

1. Для экспрессии ДНК-метилтрансферазы M-£coRII в клетках эукариот получены и использовании в работе модифицированные формы этого гена, кодирующие сигнал ядерной локализации.

2. Интеграция гена ДНК-метилтрансферазы M\£coRII в геном клеток табака Nicotiana tabacum приводит к изменениям в фенотипе трансформированных растений и в CCWGG-метилировании их ДНК.

3. В условиях засоления, при переключении с СЗ-фотосинтеза на САМ-метаболизм, наблюдается двукратное повышение уровня метилирования последовательностей CCWGG в ДНК растений Mesembryanthemum crystallinum.

4. К CCWGG-гиперметилированным мишеням генома растений Mesembryanthemum crystallinum относится фракция микросателлитной ДНК, что, возможно, свидетельствует о специфической функциональной роли CpNpG-метилирования сателлитной ДНК в образовании специализированной структуры хроматина в клетках Mesembryanthemum crystallinum при их адаптации к солевому стрессу и переключении на САМ-метаболизм.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Дьяченко, Ольга Владимировна, 2006 год

1. Бердышев Т.Д., Коротаев Т.К., Боярских Г.В., Ванюшин Б.Ф. Нуклеотидный состав ДНК и РНК соматических тканей горбуши и его изменение в течение нереста.// Биохимия. 1967. Т.32. С.988-993.

2. Бурцева H.H., Азизов Ю.М., Иткин В.З., Ванюшин Б.Ф. Изменение метилирования ДНК лимфоцитов крупного рогатого скота при хроническом лимфолейкозе.// Биохимия. 1977. Т.42. С.1690-1696.

3. Бурьянов Я.И., Кирьянов Г.И. Структурно-функциональные основы энзиматического метилирования ДНК. / М.: Итоги науки и техники. ВИНИТИ; АН СССР. Сер.Мол.биол. Т.23. 1987. 220с.

4. Бурьянов Я.И., Шевчук Т.В. ДНК-метилтрансферазы и структурно-функциональная специфичность модификации эукариотических ДНК. // Биохимия. 2005. Т.70. В.7. С.885 899.

5. Ванюшин Б.Ф. Метилирование адениновых остатков в ДНК эукариот // Молекулярная биология. 2005. Т.39. С.557-566.

6. Ванюшин Б.Ф., Белозерский А.Н. Нуклеотидный состав дезоксирибонуклеиновых кислот высших растений.// Докл. АН СССР. 1959. Т. 129. С.944-946.

7. Власова Т.Й., Кирнос М.Д., Демиденко З.Н., Ванюшин Б.Ф. Модуляция фитогормонами in vitro метилирования ядерной пшеничной ДНК цитозиновой ДНК-метилтрансферазой пшеницы.// Биохимия. 1994. Т.59. С.1872-1881

8. Дрожденюк А.П., Сулимова Т.Е., Ванюшин Б.Ф. Изменение нуклеотидного состава и молекулярной популяции ДНК пшеницы при прорастании.//Мол.биол. 1976. Т.10. С.1378-1386.

9. Кирнос М.Д., Александрушкина Н.И., Ванюшин Б.Ф. 5-метилцитозин в пиримидиновых последовательностях ДНК растений и животных: специфичность метилирования.//Биохимия. 1981. Т.46. С.1458-1474.

10. Косых В.Г., Глинскайте И.В., Бурьянов Я.И., Баев A.A. Определение локализации генов рестриктазы и метилазы EcoRII на рекомбинантных плазмидах.//Докл.АН СССР. 1982. Т.265. С.727-730.

11. Лакин Г.Ф. Биометрия. Москва: Высшая школа, 1990. С.352.

12. Маринич Д.В., Воробьёв И.А., Смольникова В.В., Холмс Дж., Бабан Д., Шевчук Т.В., Бурьянов Я.И., Мирошников А.И. Гиперметилирование гена кальцитонина человека при лейкозах миелоидного происхождения. // Гематол.транфузиол. 1999. Т.44. С.7-10.

13. Маринова Е.И., Владыченская Н.С., Антонов А.С. Нуклеотидный состав ДНК некоторых однодольных растений. // Докл. АН СССР. 1969. Т. 185. С.945-948.

14. Сулимова Г.Е., Мазин A.JL, Ванюшин Б.Ф., Белозерский А.Н. Содержание 5-метилцитозина в различных по составу фракциях ДНК выших растений. // Докл.АН СССР. 1970. Т. 193. С. 1422-1425

15. Aapola, U., Liiv, I., Peterson, P. Imprinting regulator DNMT3L is a transcriptional repressor associated with histone deacetylase activity // Nucleic Acids Res. 2002. V.30. P.3602-3608.

16. Aapola, U., Maenpaa, K., Kaipia, A., and Petersen, P. Epigenetic modifications affect Dnmt3L expression. // Biochem. J. 2004. V.380. P.705-713.

17. Adams S., Vinkenoog R., Spielman M., Dickinson H.G., Scott R.J. Parent-of-origin effects on seed development Arabodopsis ihaliana require DNA methylation // Development. 2000. V.127. P.2493-2502

18. Aissani В., Bernardi G. CpG islands: features and distribution in the genomes of vertebrates.//Gene. 1991. V.106. P. 173-183

19. An G., Ebert P.R., Mitra A., Ha S.B. Binary vectors. // Plant molecular biology manual. Ed.Gelvin S.B., Schilperoort R.A., Verma D.P.S. Dordrecht: Kluwer Acad. Publ. 1988. №.3. P. 1-19.

20. Antequera F., Bird A. CpG islands//DNA methylation: molecular biology and biological significance. /J.P.Jost, H.P.Saluz (eds.) Basel; Boston; Berlin: Birkhauser Verlag. 1993. P.169-185

21. Antequera F., Bird A. Unmethylated CpG islands associated with genes in higher plant DNA.// EMBO J. 1988. V.7. P.2295-2299

22. Antequera F., Boyes J., Bird A. Higth levels of de novo methylation and altered chromatin structure at CpG Hands in cell lines // Cell. 1990.V.62. P.503-514

23. Antequera F., MacLeod D., Bird A. Specific protection of methylated CpGs in mammalian nuclei.// Cell. 1989. V.44. P.535-543

24. Aufsatz, W., Mette, M. F., Van Der Winden, J., Matzke, A. J. & Matzke, M. RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis. II Proc. Natl Acad. Sei. USA. 2002. V.99. P. 16499-16506

25. Babinger P., Kobl I., Mages W., Schmitt R. A link between DNA methylation and epigenic silencing in transgenic Volvo:t carteri II Nucleic Acids Res. 2001. V.29. no.6. P.1261-1271.

26. Bachman K.E., Rountree M.R., Baylin S.B. Dnmt3a and Dnmt3b are transcriptional repressors that exhibit unique localization properties to heterohromatin.//J.Biol.Chem. 2001. V.276. P.32282-32287

27. Balmain A. Exploring the Bowels of DNA Methylation // Current Biology. 1995. V.5. no.9. P.1013-1016.

28. Bandaru B., Wyszynski M., Bhagwat A.S. Hpall methyltransferase is mutagenic m Escherichia coli.ll J.Bacteriol. 1995. V.177. P.2950-2952

29. Banks JA, Masson P, Fedoroff N. Molecular mechanisms in the developmental regulation of the maize Suppressor-mutator transposable element. // Gen. Dev. 1988. V.2. P. 1364-80

30. Bartee L., Malagnac F., Bender J. Arabidopsis cmt3 chromomethylase mutation block non-CG methylation and silencing of an endogenous gene. // Genes Dev. 2001. V.15. P. 1753-1758

31. Baylin S. B., Hoppener J. W. M., de Bustros A., Steenbergh P. H., Lips C. J. M., Nelkin B. D. DNA methylation patterns of the calcitonin gene in human lung cancers and lymphomas.// Cancer Res. 1986. V.46. P.2917-2922.

32. Baylin S.B, Herman J.G., DNA hypermethylation in tumorigenesis: epigenetics joins genetics. // Trends Genett. 2000. V.16. P.168-174

33. Baylin S.B., Herman J.G., Graff J.R., Vertino P.M., Issa J.-P. Alterations in DNA methylation: a fundamental aspect of neoplasia.// Adv. Cancer Res. 1998. V.72. P. 141-196

34. Bernacchia G., Primo A., Giorgetti L., Pitto L., Cella R. Carrot DNA-methyltransferase is encoded by two classes of genes with differing patterns of expression. //Plant J. 1998. V.13. P.317-329

35. Bernstein E, Caudy A, Hammond S, Hannon G Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference. // Nature. 2001. V.409. P.363-366.

36. Bestor T.H. DNA methylation: evolution of a bacterial immune function into a regulator of gene expression and genome structure in higher eukaryotes.// Philos. Trans. R.Soc.Lond.B.Biol.Sci. 1990. V.326. P. 179-187

37. Bestor T.H. Methylation meets acetylation.// Nature. 1998. V.393. P.311-312

38. Bestor T.H., Ingram V.M. Two DNA methyltransferases from murine erythroleukemia cells: purification, sequence specifity, and mode of interaction with DNA.//Proc.Natl. Acad. Sci. USA. 1983. V.80. P.5559-5563

39. Bigey P., Ramchandani S., Theberge J., Araujo F.D., Szyf M. Transcriptional regulation of the human DNA methyltransferase (dnmtl) gene. //Gene. 2000. V.242. P.407-418.

40. Bird A.P. CpG-rich islands and the function of DNA methylation.// Nature. 1986. V.321. P.209-213

41. Bird A.P., Taggart M.H., Nicholls R.D., Higgs D.R. Nonmethylated CpG-rich islands at the human alpha-globin locus: implications for evolution of the alpha-globin pseudogene.// EMBO J. 1987. V.6. P.999-1004

42. Bird A.P., Wolffe A.P. Methylation-induced repression belts, braces and chromatin.//Cell. 1999 V.99. P.451-454

43. Bolivar F., Rodrigers R.L., Greene P.J., Betlach M.C., Heynecker H.L., Boyer K.W., Crosa J.H., Falkow S. Construction and characterization of new cloning vechicles. A multipurpose cloning system. // Gene. 1977. P. 95-113.

44. Bolivar F., Rodriges R.L., Greene P.J., Betlach M.C., Heynecker H.L., Boyer K.W., Crosa J.H., Falkow S. Construction and characterization of new cloning vechicles. II. A multipurpose cloning system.// Gene. 1977. V.2. P.95-113

45. Bourc'his, D., Xu, G.L., Lin, C.S., Bollman, B., Bestor, T.H. Dnmt3L and the establishment of maternal genomic imprints // Science, 2001. V.294. P.2536-2539.

46. Bourbonniere M., Nalbantoglu J. The restriction enzyme AlwNl is blocked by overlapping methylation // Nucleic Acids Res. 1991. V. 19. P.4774.

47. Boyes J., Bird A. Repression of genes by DNA methylation depends upon CpG density and promoter strength: evidance for involvement of a methyl-CpG binding protein.//EMBO J. 1992. V.ll. P.327-333

48. Bray E.A., Bailey-Serres J., Weretilnyk E. Responses to abiotic stresses. // Biochemistry and Molecular Biology of Plants./ Buchanan B., Gruissem W., Jones R. (eds) Amer. Soc. Plant Physiol., Rockville. 2000. P.l 1581203

49. Broad P.M., Symes A.J., Thakker R.V., Craig R.K. Structure and methylation of the human calcitonin/alpha-CGRP gene.//Nucleic Acid Res. 1989. V.17. P.6999-7011.

50. Brock R.D., Davidson J.L. 5-azacytidine and gamma rays partially substitute for cold treatment in vernalizing winter wheat. // Environ. Exp. Bot. 1994. V.34. P.195-99

51. Burn J.E., Bagnall D.J., Metzger J.D., Dennis E.S., Peacock W.J. DNA methylation, vernalization, and the initiation of flowering. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. V.90. P.287-291

52. Buryanov Ya.I., Zakharchenko N.S., Shevchuk T.V., Bogdarina I.G. Effect of the M-iiCoRII methyltransferase-encoding gene on the phenotype of Nicotiana tabacum transgenic cells. // Gene. 1995. V.157. P.283-287.

53. Cameron E.E., Bachman K., Myohanen S., Herman J.G., Baylin S.B. Synergy of demethylation and histone deacetylase inhibition in the reexpression of genes silenced in cancer.//Nature Genet. 1999. V.21. P.103-107

54. Cao X., Jacobsen S. Role of Arabidopsis DRM methyltransferases in de novo DNA methylation and gene silencing.// Curr. Biol., 2002, V. 12, P. 1138-1144 см саму статью

55. Cao, X., Springer, N.M., Muszynski, M.G., Phillips, R.L., Kaeppler, S.M., Jacobsen, S.E. Conserved plant genes with similarity to mammalian de novo DNA methyltransferases. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2001, V. 97,1. P. 4979-4984

56. Carotti D., Palitti F., Lavia P., Strom R. In vitro methylation of CpG island.// Nucleic Acids Res. 1989. V.17. P.9219-9229

57. Carty, S.M., Greenleaf, A.L. Hyperphosphorylated C-terminal repeat domain-associating proteins in the nuclear proteome link transcription to DNA/chromatin modification and RNA processing // Mol. Cell. Proteomics. 2002. V.l. P.598-610.

58. Chaudhuri S., Messing J. Allelespecific parental imprinting of dzrl, a posttranscriptional regulator of zein accumulation. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994. V.91. P.4867-71

59. Chedin, F., Lieber, M.R., Hsieh, C.L. The DNA methyltransferase-like protein DNMT3L stimulates de novo methylation by Dnmt3a // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 2002. V.99. P.16916-16921.

60. Chen Z., Pikaard C.S. Epigenetic silencing of RNA polymerase I transcription: a role for DNA methylation histone modification in nuclear dominance.//Genes Dev. 1997. V.ll. P.2124-2136

61. Cheng X., Kumar S., Posfai J., Pflugrath J.W., Roberts R.J. Crystal structure of the Hhal DNA methyltransferase complexed with S-adenosyl-L-methionin.// Cell. 1993. V.74. P.299-307

62. Choi Y.-C., Chae C.-B. Demethylation of somatic and testis specific histone H2A and H2B genes in F9 embrionic carcinoma cells.// Mol. Cell. Biol. 1993. V.13. P.5538-5548

63. Chuang L.S., Ian H.I., Koh T.W., Ng H.H., Xu G., Li B.F. Human DNA-(cytosine-5)methyltransferase-PCNA complex as a target for p21WAFl.// Science. 1997. V.277. P.1996-2000

64. Clark S.J., Harrison J., Frommer M. CpNpG methylation in mammalian cells.//Nature Genet. 1995. V.10. P.20-28

65. Cooper D.N., Taggart M.H., Bird A.P. Unmethylated domains in vertebrate DNA.//Nucleic Acids Res. 1983. V.ll P.647-658

66. Coulondre C., Miller J.H., Farabaugh P.J., Gilbert W. Molecular basis of base substitution hotspots in Escherichia coli.ll Nature. 1978. V.274. P.775-780

67. Cross S., Meehan R., Nan X., Bird A. A component of the transcriptional repressor MeCPl shares a motif with DNA methyltransferase and HRX proteins.//Nature Genet. 1997. V.16. P.256-259

68. Cullis C.A. DNA rearrangements in response to environmental stress. // Adv. Genet. 1990. V.28. P.73-97

69. De Carvalho F., Gheysen G., Kushnir S., Van Montagu., Inze D., Castresana C. Suppression of ß-l,3-glucanase transgene expression in homozygous plants.// EMBO J. 1992. V.l 1. P.2595-2602

70. Deng J., Szyf M. Multiple isoforms of DNA methyltransferase are encoded by vertebrate cytosine DNA methyltransferase gene.//J.Biol.Chem. 1998. V.273. P.22869-22872

71. Dennis E.S., Finnegan E.J., Bilodeau P., Chaudhury A., Genger R. Vernalization and the initiation of flowering. // Semin. Cell Dev. Biol. 1996. V.7. P.441-48

72. Deplus R., Brenner C., Burgers W.A., Putmans P., Kouzaridis T., de Launoit Y., Fuks F. Dnmt3L is a transcriptional repressor that recruits histone deacetylase //Nucleic Acids Res. 2002. V. 30. P. 3831-3838.

73. Ditta G., Stanfield S., Gorbin D., Helinsky D.R. Broad host range DNA cloning system for gram-negativ bacteria-construction of a gene bank of Rhizobium meliloti. I I Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1980. V. 77. P. 73477349.

74. Doskocil J., Sorm F. Distribution of 5-methylcytosine in pyrimidine sequences of deoxyribonucleic acids.// Biochim.Biophys.Acta. 1962. V.55. P.953-959

75. Draper J., Scott R., Armitage Ph., Walden R. Plant genetic transformation and gene expression.//A laboratory manual/ J.Draper, R.Scott, Ph.Armitage (eds). London: Blackwell Sci. Publ, 1988. 355 p.

76. Elbashir S., Lendeckel W., Tuschl T. RNA interference is mediated by 21-and 22-nucleotide RNAs. // Genes Dev. 2001. V. 15. P. 188-200.

77. Fedoreeva L.I., Vanyushin B.F. A^-Adenine DNA-methyltransferase in wheat seedlings. //FEBS Letters. 2002. V.514. P.305-308

78. Fedoroff N., Masson P., Banks JA. Mutations, epimutations, and the developmental programming of the maize Suppressor-mutator transposable element. //BioEssays. 1989. V.10. P.139-144

79. Fedoroff N.V., Banks J.A. Is the Suppressor-mutator element controlled by a basic developmental regulatory mechanism? // Genetics. 1988. V.120.1. P.559-577

80. Finnegan E.J., Dennis E.S. Isolation and identification by sequence homology of a putative cytosine methyltransferase from Arabidopsis thaliana.// Nucleic Acids Res. 1993. V.21. P.2383-2388

81. Finnegan E.J., Genger R.K., Peacock W.J., Dennis E.S. DNA methylation in plants.// Annu.Rev.Plant Physiol.Plant Mol.Biol. 1998. V.49. P.223-247

82. Finnegan E.J., Kovac K.A., Plant DNA methyltransferases // Plant Mol. Biol. 2000. V.43. P. 189-201

83. Finnegan E.J., Peacock W.J., Dennis E.S. Reduced DNA methylation in Arabidopsis thaliana results in abnormal plant development.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V.93. P.8449-8454

84. Fire A. RNA-triggered gene silencing.// Trends Genet. 1999. V.15. P.358-363

85. Fire A., Xu S., Montgomery M., Kostas S., Driver S. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. II Nature 1998. V.391. P.806-811.

86. Flavell R.B., Moore G. Plant genome constituents and their organization. //I

87. Plant generate isolation: principles and practice. / Foster G.D., Twell D. John Wiley & Sons, New York, N.Y.: 1996. P. 1-25

88. Frank D., Keshet I., Sham M., Levinc A., Razin A., Cedar H. Demethylation of CpG islands in embryonic cells.// Nature. 1994. V.351. P.239-241

89. Friedman S., Ansari N. Binding of the EcoRII Methyltransferase to 5-fluorocytosine-containing DNA. Isolation of Bound Protein.// Nucleic Acids Res. 1992. V. 21. V.3241-3248

90. Fuks F., Burgers W.A., Brehm A., Hughes-Davies L., Konzarides T. DNA methyltransferase Dnmtl associates with histone deacetylase activity.// Nature Genet. 2000. V.24. P.88-91

91. Fuks, F., Burgers, W.A., Godin, N., Kasai, M., Kouzaridis, T. Dnmt3a binds deacetylases and is recruited by a sequence-specific repressor to silence transcription // EMBO J. 2001. V. 20. P. 2536-2544.

92. Fuks, F., Hurd, P.J., Deplus, R., Kouzaridis, T. The DNA methyltransferases associate with HP1 and the SUV39H1 histone methyltransferase // Nucleic Acids Res. 2003. V.31. P.2305-2312.

93. Gardiner-Garden M., Frommer M. CpG islands in vertebrate genomes. // J. Mol. Biol. 1987. V.196. P.261-282

94. Gaudet F., Talbot D., Leonhardt H., Jaenisch R. A short DNA methyltransferase isoform restores methylation in vivo. II J.Biol.Chem. 1998. V.273. P.32725-32729

95. Gehring M., Choi Y., Fisher R. Imprinting and seed development // Plant Cell, 2004, V. 16, P. S203-S213

96. Giordano M., Mattachini M.E., Cella R., Pedrali-Noy G. Purification and properties of a novel DNA methyltransferase from cultured rice cells. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1991. V.177. P.711-719

97. Glickman J.F., Pavlovich J.G., Reich N.O. Peptide mapping of the murine DNA methyltransferase reveals a major phosphorylation site and the start of translation.// J.Biol.Chem. 1997. V.272. P.17851-17867

98. Grandbastien M.A. Activation of plant retrotransposons under stress conditions. // Trends Plant Sci. 1998. V.3. P. 181-187

99. Grippo P., Iaccarino M., Parisi E., Scarano E. Methylation of DNA in developing sea urchin embryos.//J.Mol.Biol. 1968. V.36. P. 195-208

100. Gruenbaum Y., Cedar H., Razin A. Substrate and sequence specificity of a eukaryotic DNA methylase.// Nature. 1982. V. 295. 620-622

101. Gruenbaum Y., Naveh-Many T., Cedar H., Razin A. Sequence specificity of methylation in higher plant DNA.//Nature. 1981. V.292. P.860-862

102. Grunstein M. Histone acetylation in chromatin structure and transcription.// Nature. 1997. V.389. P.349-352

103. Gutierrez-Marcos J., Dickinson H. Imprinted genes in maize / In: Comparative Biochemistry and Physiology. Part A132. 2002. P. S170

104. Hall I., Shankaranarayana G., Noma K.-I., Ayoub N., Cohen A. Establishment and maintenance of a heterochromatic domain. // Science. 2002. V.297. P.2232-2237.

105. Hamilton A. J., Baulcombe D.C. A species of small antisense RNA in posttanscriptional gene silencing in plants.// Science. 1999. V.286. P.950-952

106. Hammond S., Bernstein E., Beach D., Hannon G. An RNA-directed nuclease mediates post-transcriptional gene silencing in Drosophila cells. // Nature. 2000. V.404. P.293-296.

107. Han M., Grunstein M. Nucleosome loss activates yeast downstream promoters in vivo.// Cell. 1988. V.55. P.l 137-1145

108. Hata K., Okano M., Lei H., Li E. Dnmt3L cooperates with the Dnmt3 family of de novo DNA methyltransferases to establish maternal imprints in mice // Development. 2002. V.129. P.1983-1993.

109. Hattman S., Cousens L. Location of the region controlling host specificity (hs II) with respect to drug resistance markers on fi"R factor N3.// J.Bacteriol. 1972. V.112. P. 1428-1430

110. Henikoff S., Comai L. A DNA methyltransferasehomolog with a chromodomain exists in multiple polymorphic forms in Arabidopsis. // Genetics. 1998. V.148. P.307-318.

111. Hererra-Estrella L., De Block M., Messens E., Hernalsteens J.-P., Van Montagu M., Schell J. Chimeric genes as dominant selectable markers in plant cells.// EMBO J. 1983. V.2. P.987-995.

112. Hererra-Estrella L., Depicker A., Van Montagu M., Schell J. Expression of chimeric genes transferred into plant cell using a Ti-plasmid -derived vector. // Nature. 1983. V. 303. P. 209-213.

113. Hiroshiko H., Okamoto H., Kakutani T. Silencing of retrotransposons in Arabidopsis and reactivation by the ddml mutation // Plant Cell. 2000. V.12. P.357-368

114. Holsters M., Silva B., Van Vliet F., Genetello C., De Block M., Dhaese P., Depicker A., Inze D., Engler G., Villaroel R., Van Montagu., Shell J. The functional organization of the nopalin Ti plasmid pTi C58. Plasmid. 1980. V.3. P.212-230.

115. Hsieh C.L. In vivo activity of murine de novo methyltransferases, Dnmt3a and Dnmt3b.// Mol.Cell.Biol. 1999. V.19. P.8211-8218

116. Ingelbrecht I., Van Houdt H., Van Montagu M., Depicker A. Posttranscriptional silencing of reporter transgenes in tobacco correlates with DNA methylation.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V.91. P. 1050210506

117. Inze D & Van Montagu M Oxidative Stress in Plants. / Taylor and Francis: London. 2002. 250 p.

118. Issa J.-P., Ottaviano Y.L., Celano P., Hamilton S.R., Davidson N.E., Baylin S.B. Methylation of the oestrogen receptor CpG island links ageing and neoplasia in human colon.// Nature Genet. 1994. V.7. P.536-540

119. Issa J.-P., Vertino P.M., Boehm C.D., Newsham I.F., Baylin S.B. Switch from monoallelic to biallelic human IGF2 promoter methylation during aging and carcinogenesis.// Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996.V.93.1. P.11757-11762

120. Jackson J.P., Lingroth A.M., Cao X., Jacobsen S.E. Control of CpNpG DNA methylation by the KRYPTONITE histone H3 methyltransferase // Nature. 2002. V. 416. P. 556-560.

121. Jacobsen S.E., Meyerowitz E.M. Hypermethylated SUPERMAN epigenetic alleles in Arabidopsis.il Science. 1997. V.277. P.l 100-1103

122. Jacobsen S.E., Sakai H., Finnegan E.J., Cao X., Meyerowitz E.M. Ectopic hypermethylation of flower-specific genes mArabidopsis.il Curr.Biol. 2000. V.10. P.179-186

123. Jain S.M. 0 Tissue culture-derived variation in crop improvement. // Euphytica. 2001. V.118. P. 153-166

124. Janousek B., Siroky J., Vyskot B. Epigenetic control of sexual phenotype in a dioecious plant, Melandrium album. II Mol. Gen. Genet. 1996. V.250.1. P.483-490

125. Jones P.L., Veenstra G.J.C., Wade P.A., Vermaak D., Kass S.U., Landsberger N., Strouboulis J., Wolffe A.P. Methylated DNA and MeCP2 recruit histone deacetylase to repress transcription.// Nature Genet. 1998. V.19. P. 187-191

126. Joyce S.M., Cassells A.C., Jain S.M. Stress and aberrant phenotypes in in vitro culture// Plant Cell, Tissue and Organ Culture. 2003. V.74. P. 103-121

127. Kakutani T. Genetic characterization of late-flowering traits induced by DNA hypomethylation mutation in Arabidopsis thaliana. // Plant J. 1998. V.12. P. 1447-1451

128. Kakutani T., Jeddeloh J., Richards E.J. Characterization of an Arabidopsis thaliana DNA hypomethylation mutant. // Nucleic Acids Res. 1995. V.23. P.130-137

129. Kakutani T., Jeddeloh J.A., Flowers S.K., Munakata K., Richards E.J. Developmental abnormalities and epimutations associated with DNA hypomethylation mutations.//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1996. V.93. P.12406-12411.

130. Kang, E.S., Park, C.W., Chung, J.H. Dnmt3b, de novo DNA methyltransferase, interacts with SUMO-1 and Ubc9 through its N-terminal region and is subject to modification by SUMO-1 // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001. V.289. P.862-868.

131. Kermicle J.L. Imprinting of gene action in maize endosperm. / In: Maize Breeding and Genetics, ed. D.B. Waiden, New York. Wiley. 1978. P. 357

132. Kermicle J.L., Alleman M. Gametic imprinting in maize in relation to the angiosperm life cycle. // Development Suppl. 1990. P. 9-14

133. Kim G.D., Ni J., Kelesoglu N., Roberts R.J., Pradhan S. Co-operation and communication between the human maintenance and de novo DNA (cytosine-5) methyltransferases // EMBO J. 2002. V. 21. P. 4183-4195.

134. Kimura H., Shiota K. Methyl-CpG-binding protein, MeCP2, is a target molecule for maintenance DNA methyltransferase, Dnmtl // J. Biol. Chem. 2003. V.278. P.4806-4812.

135. Kingston R.E., Bunker C.A., Imbalzano A.N. Repression and activation by multiprotein complexes that alter chromatin structure.// Genes Dev. 1996. V.10. P.905-920

136. Kinoshita T., Miura A., Choi Y., Kinoshita Y., Cao X., Jacobsen S., Fisher R., Kakutani T. One-way control of FWA imprinting in Arabidopsis endosperm by DNA methylation // Science. 2004. V.303. P.521-523

137. Klöti A., He X., Potrykus I., Hohn T., Fütterer J. Tissue-specific silencing of transgene in rice // Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 2002. V.99. no.16. P.10881-10886

138. Knezetic J.A., Luse D.S., The presence of nucleosomes on a DNA template prevents initiation by RNA polymerase II in vitro.// Cell. 1986. V.45. P.95-104

139. Koncz C., Schell J. The promoter of TL-DNA gene 5 controls the tissue-specific expression of chimaeric genes carried by a novel type of Agrobacterium binary vector. //Mol. Gen. Genet. 1986. V.204. P383-396.

140. Kornberg R.D., Lorch Y. Tventy-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukayote chromosome.// Cell. 1999. V.98. P.285-294

141. Kumar S., Cheng X., Klimasauskas S., Sha M., Posfai J., Roberts R.J., Wilson G.G. The DNA (cytosine-5) methyiltransferases.// Nucleic Acids Res. 1994. V.22. P. 1-10

142. Lauster R. Evolution of type II methyltransferases. A gene duplication model.//J.Mol.Biol. 1989a. V.206. P.313-321

143. Lauster R., Trautner T.A., Nouer-Weidner M. Cytosine-specific type II DNA methyltransferases: a conserved enzyme core with variable target-recognition domains.// J.Mol.Biol. 1989b. V.206. P.305-312

144. Leonhardt H., Page A.W., Weier H.-U., Bestor T.H. A targeting sequence directs DNA methyltransferase to sites of DNA replication in mammalian nuclei.// Cell. 1992. V.71. P.865-873

145. Li E., Beard C., Forster A.C., Bestor T.H., Jaenisch R. DNA methylation, genomic imprinting, and mammalian development.// Cold Spring Harbor Sympos.Quant.Biol. 1993. V.58. P.297-305

146. Liang G., Chan M., Tomigahara Y., Tsai Y.C., Gonzales F.A., Li E., Laird P.W., Jones P.A. Cooperativity between DNA methyltransferases in the maintenance methylation of repetitive elements. // Mol. Cel. Biol. 2002. V.22. P.480-491

147. Lin B-Y. Ploidy barrier to endosperm development in maize. // Genetics. 1984. V.107. P.103-115

148. Lindroth A.M., Cao X., Jackson J.P., Zilberman D., McCallum C.M., Henikoff S., Jacobsen S.E. Requirement of CHROMOMETHYLASE3 for maintenance of CpXpG methylation // Science. 2001. V.292. P.2077-2080.

149. Lorch Y., La Pointe J.W., Kornberg R.G. Nucleosomes inhibit the initiation of transcription but allow chain elongation with the displacement of histones.//Cell. 1987. V.49. P.203-210.

150. Lucy A.P., Guo H.-S., Li W.-X., Ding S.-W. Suppression of posttranscriptional gene silencing by a plant viral protein localized in the nucleus.// EMBO J. 2000. V.19. P. 1672-1680

151. Luo S., Preuss D. Strand-biased DNA methylation associated with centromeric region in Arabidopsis II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. V.100. P.11133-11138

152. Lyko F., Ramsahoye B.H., Kashevsky H., Tudor M., Mastrangelo M.A., Orr-Weaver T.L., Jaenisch R. Mammalian (cytosine-5) methyltransferases cause genomic DNA methylation and lethality in Drosophila.il Nat.Genet. 1999. V.23. P.363-366.

153. MacLeod A.R., Rouleau J., Szyf M. Regulation of DNA methylation by the Ras signaling pathway.//J.Biol.Chem. 1995a. V.270. P.l 1327-11337

154. MacLeod D., Ali R.R., Bird A.P. An alternative promoter in the mouse major histocompatibility complex class III-A0 gene: implications for the origin of CpG islands.//Mol.Cell Biol. 1998. V.18. P.4433-4443

155. Margot J.B., Aguirre-Arteta A.M., Di Giacco B.V., Pradhan S., Roberts R.J., Cardoso M.C., Leonhardt H. Structure and function of the mouse DNA methyltransferase gene: Dnmtl shows a tripartite structure.// J.Mol.Biol. 2000. V.291. P.293-300

156. Matzke M., Matzke A. Planting the seeds of a new paradigm // PLoS Biology. 2004. V. 2. P. 0582-0586

157. Matzke M., Matzke A.J.M. Genomic imprinting in plants: parental effects and fraw-inactivation phenomena. Annu.Rev.Plant PhysioI.Plant Mol.Biol. 1993. V.44. P.53-76

158. Matzke M.A., Matzke A.J.M., Primig M., Trnousky J. Reversible methylation and inactivation of marker genes in sequentially transformed tobacco plants.//EMBO J. 1989. V.8. P.643-649

159. McCallum C.M., Comai L., Greene E.A., Henikoff S. Targeting induced local lesions in genomes (TILLING) for plant functional genomics. // Plant Physiol. 2000. V.123. P.439-442.

160. Meehan R.R., Lewis J.D., McKay S., Kleiner E.L., Bird A.P. Identification of a mammalian protein that binds specifically to DNA containing methylated CpGs.//Cell. 1989. V.58. P.499-507

161. Mertineit C., Yoder J.A., Taketo T., Laird D.W., Trasler J.M., Bestor T.H. Sex-specific exons control DNA methyltransferase in mammalian germ cells.//Development. 1998. V.125. P.889-897

162. Mette M., van der Winden J., Matzke M.A., Matzke A.J.M. Production of aberrant promoter transcripts contributes to methylation and silencing of unlinked homologous promoters in trans.// EMBO J. 1999. V.18. P.241-248

163. Mette, M. F., Aufsatz, W., van der Winden, J., Matzke, M. A. & Matzke, A. J. Transcriptional silencing and promoter methylation triggered by double-stranded RNA. // EMBO J. 2000. V.19. P.5194-5201

164. Meyer P., Heidmann I., Niedenhof I. Differences in DNA-methylation are associated with a paramutation phenomenon in transgenic petunia.// Plant J.1993. V.4. P.89-100

165. Meyer P., Niedenhof I., ten Lohuis M. Evidence for cytosine methylation of non-symmetrical sequences in transgenic Petunia hybrida.ll EMBO J.1994. V.13. P.2084-2088

166. Murashige T., Skoog F. A revised medium for rapid growth and bioassays with tobacco tissue cultures// Plant Physiol. 1962. V.15. P.473-497

167. Nagl W.O Gene amplification and related events. //Biotechnol. 1990. V.l 1. P. 153-201

168. Nakano Y., Steward N., Sekine M., Kusano T., Sano H. A tobacco NtMET cDNA encoding a DNA methyltransferase: molecular characterization and abnormal phenotypes of transgenic tobacco plants.// Plant Cell.Physiol. 2000. V.41. P.448-457

169. Nan X., Meehan R.R., Bird A. Dissection of the methyl-CpG-bindingidomain from the chromosomal protein MeCP2.// Nucleic Acids Res. 1993. V.21. P.4886-4892

170. Nan X., Ng H.-H., Johnson C.A., Laherty C.D., Turner B.M., Eisenman R.N., Bird A. Transcriptional repression by the methyl-CpG-binding protein MeCP2 involves a histone deacetylase complex.// Nature. 1998. V.393. P.386-389

171. Napoli C., Lemieux C., Jorgensen R. Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans.lf?\wA Cell. 1990. V.2. P.279-289;

172. Nelkin B. D., Przepiorka D., Burke P. J., Thomas E. D., Baylin S. B. Abnormal methylation of the calcitonin gene marks progression of chronic myelogenous leukemia.// Blood. 1991. V.77. P.2431-2434.

173. Ng H.-H., Zhang Yi., Hendrich B., Johnson C.A., Turner B.M., Erdjument-Bromage H., Tempst P , Reinberg D., Bird A. MBD2 is a transcriptional repressor belonging to the MeCPl histone deacetylase complex.// Nature Genet. 1999. V.23. P.58-61

174. Okano M., Bell D.W., Haber D.A., Li E. DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b are essential for de novo methylation and mammalian development.// Cell. 1999. V.99. P.247-257

175. Okano M., Xie S., Li E. Cloning and characterization of a family of novel mammalian DNA (cytosine-5) methyltransferases.// Nature Genet. 1998. V.19. P.219-220

176. Pal-Bhadra M., Leibovitch B., Gandhi S., Rao M., Bhadra U. Heterochromatic silencing and HP1 localization in Drosophila are dependent on the RNAi machinery. // Science. 2004. V.303. P.669-672.

177. Papa C.M., Springer N.M., Muszynski M.G., Meeley R., Kaeppler S.M. Maize chromomethylase Zea methyltransferase2 is required for CpNpG methylation // Plant Cell. 2001. V.13. P.1919-1928

178. Paranjape S.M., Kamakaka R.T., Kadonaga J.T. Role of chromatin structure in the regulation of transcription by RNA polymerase II.// Annu. Rev. Biochem. 1994.V.63. P.265-297

179. Pazin M.J., Kadonaga J.T. What's up and down with histone deacetylation and transcription?//Cell. 1997. V.89. P.325-328

180. Pelissier T, Thalmeir S., Kempe D., Sänger H.-L., Wassenegger M. Heavy de novo methylation at symmetrical and non-symmetrical sites is a hallmark of RNA-directed DNA methylation.// Nucleic Acids Res. 1999. V.27. P.1625-1634

181. Posfai J., Bhagwat A. S., Posfai G., Roberts R.J. Predictive motifs derived from cytosine methyltransferases. // Nucleic Acids Res. 1989. V.17. P.2421-2435

182. Pradhan S., Adams R.L.P. Distinct CG and CNG DNA methyltransferases in Pisum sativum. // Plant J. 1995. V.7. P.471-481

183. Pradhan S., Cummings M., Roberts R.J., Adams R.L.P. Isolation, characterization and baculovirus-mediated expression of the cDNA encoding cytosine DNA methyltransferase from Pisum sativum.//Nucleic Acids Res. 1998. V.26. P.1214-1222

184. Ratcliff F., Harrison B.D., Baulcombe D.C. A similarity between viral defense and gene silencing in plants.// Science. 1997. V.276. P. 1558-1560

185. Razin A., Cedar H. DNA methylation and genomic imprinting.// Cell. 1994. V.77. P.473-476

186. Rhee I., Bachman K.E., Park B.H., Jair K.W., Yen R.W., Schuebel K.E., Cui h., Feiberg A.P., Lengauer C., Kinzler K.W., Baylin S.B., Vogelstein B. DNMT1 and DNMT3b cooperate to silence genes in human cancer cells.//Nature. 2002. V.416. P.552-556.

187. Richards E.J. DNA methylation and plant development. // TIG. 1997. V.13. P.319-323

188. Riggs A.D., Pfeifer G.P. X-chromosome inactivation and cell memory. // Trends Genet. 1992. V.8. P. 169-174.

189. Romanov G. A., Vanyushin B. F. Methylation of Reiterated Sequences in Mammalian DNAs // Biochim. Biophys. Acta. 1981. V. 53. no.2. P.204-218.

190. Ronemus M.J., Galbiati M., Ticknor C., Chen J., Dellaporta S.L. Demethylation-induced developmental pleiotropy in Arabidopsis // Science.1996. V.273. P.654-657.

191. Rouleau J., MacLeod A.R., SzyfM. Regulation of the DNA methyltransferase by the Ras-APl signaling pathway.// J.Biol.Chem. 1995. V.270. P. 1595-1601

192. Rountree, M.R., Bachman, K.E., Baylin, S.B. DNMT1 binds HDAC2 and a new co-repressor, DMAP1, to form a complex at replication foci // Nat. Genet., 2000, V. 25, P. 269-277.

193. Salomon R., Kaye A.M. Methylation of mouse DNA in vivo: di- and tripyrimidine sequences containing 5-methylcytosine.//

194. Biochim.Biophys.Acta. 1970. V.204. P.340-351

195. Sapienza C., Peterson A., Rossant J., Balling R. Degree of methylation of transgenes is dependent on gamete of origin.// Nature. 1987. V.328. P.251-254

196. Schmitt F., Oakeley E.J., Jost J.P. Antibiotic induce genome-wide hypermethylation in cultured Nicotiana tabacum plants.// J.Biol.Chem.1997. V.272. P.1534-1540

197. Schmutte C., Jones P. A. Involvement of DNA methylation in human carcinogenesis.// Biol. Chem. 1998. V.379. P.377-388

198. Schwartz D. Comparison of methylation of the male- and femalederived wx-m9 Ds-cy allele in endosperm and sporophyte. 11 Ref. 1988. V.100. P.351-354

199. Schwartz D., Dennis E. Transposase activity of the Ac controlling element in maize is regulated by its degree of methylation. // Mol. Gen. Genet. 1986. V.205. P.476-482

200. Selker E.U., Stevens J.N DNA methylation at asymmetric sites is associated with numerous transition mutations.// Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1985. V.82. P.8114-8118

201. Shapiro H.S., Chargaff E. Studies on the nucleotide arrangement in deoxyribonucleic acid IV. Patterns of nucleotide sequence in the deoxyribonucleic acid of rye germ and its fractions.// Biochim.Biophys.Acta. 1960. V.39. P.68-82

202. Shen J.-C., Rideout W.M., III, Jones P. High frequency mutagenesis by a DNA methyltransferase.//Cell. 1992. V.71. P.1073-1080

203. Shen J.-C., Zingg J.-M., Yang A.S., Schmutte C., Jones P.A. A mutant Hpall methyltransferase functions as a mutator enzyme.// Nucleic Acids Res. 1995. V.23. P.4275-4282

204. Sijen T., Vijn I., Rebocho A., van Blokland R., Roelofs D. Transcriptional and posttranscriptional gene silencing are mechanistically related. // Curr. Biol. 2001. V.ll.P.436^40.

205. Simon D., Stuhlmann H., Jahner D., Wagner H., Werner E., Jaenisch R. Retrovirus genomes methylated by mammalian but not bacterial methylase are non-infectious.//Nature. 1983. V.304. P.275-277

206. Sinsheimer R.L. The action of pancreatic deoxyribonuclease I. Isolation of mono- and dinucleotides.//J.Biol.Chem. 1954. V.208. P.445-459

207. Sinsheimer R.L. The action of pancreatic deoxyribonuclease II. Isomeric dinucleotides.//J.Biol.Chem. 1955. V.215. P.579-583

208. Slack A., Cervoni N., Pinard M., Szyf M. Feedback regulation of DNA methyltransferase gene expression by methylation.//Eur.J.Biochem. 1999. V.264. P. 191-199

209. Smith S.S., Kan J.L.C., Baker D.J., Kaplan B.E., Dembek P. Recognition of unusual DNA structures by human DNA (cytosine-5)methyltransferase.// J.Mol.Biol. 1991. V.217. P.39-51

210. Smith S.S., Kaplan B.E., Sowers L.C., Newman E.M. Mechanism of human methyl-directed DNA methyltransferase and the fidelity of cytosine methylation.//Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1992. V.89. P.4744-4748

211. Smulders M.J.M., Rus-Kortekaas W., Vosman B. Tissue culture induced DNA methylation polymorphisms in repetitive DNA of tomato calli and regenerated plants. // TAG. 1995. V.91. P. 1257-1264

212. Sneider T.W. The 5'-cytosine in CCGG is methylated in two eucaryotic DNAs and Mspl is sensitive to methylation at this site.// Nucleic Acids Res. 1980. V.8. P.3829-3840

213. Southern E. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. // J.Mol.Biol. 1975. V.98. P.503-512

214. Spencer V.A., Davie J.R. Role of covalent modifications of histones in regulating gene expression.// Gene. 1999. V.240. P.1-12

215. Steimer A., Amedeo P., Karin A., Fransz P., Scheid O.M., Paszkowski J. Endogenous targets of transcriptional gene silencing in Arabidopsis II Plant Cell. 2000. V.12. P. 1165-1178

216. Steward N., Ito M., Yamaguchi Y., Koizumi N., Sano H. Periodic DNA methylation in maize nucleosomes and deme-thylation by environmental stress. //J. Biol. Chem. 2002. V.277. P.37741-37746

217. Struhl K. Histone acetylation and transcriptional regulatory mechanisms.// Genes Dev. 1998. V.12. P.599-606

218. Suetake, I., Shinozaki, F., Miyagawa, J., Takeshima, H., Tajima, S. DNMT3L stimulates the DNA methylation activity of Dnmt3a and Dnmt3b through a direct interaction // J. Biol. Chem., 2004, V. 279, P. 27816-27823

219. Surani M.A. Reprogramming of genome function through epigenetic inheritance. //Nature, 2001, V. 414, P. 122-128

220. Taiz L., Zeiger E. Plant Physiology. // 3rd edn. Associates, Sunderland. 2002. 465 p.

221. Tamara H., Selker E.U. A histone H3 methyltransferase controls DNA methylation in Neurospora crassa // Nature. 2001. V.414. P.277-283.

222. Tatematsu, K.I., Yamazaki, T., Ishikawa, F. MBD2-MBD3 complex binds to hemi-methylated DNA and forms a complex containing DNMT1 at the replication foci in late S phase // Genes Cells, 2000, V. 5, P. 677-688.

223. Tazi J., Bird A. Alternative chromatin structure at CpG islands.// Cell. 1990. V.60. P.909-920

224. Teerawanichpan P., Chandrasekharan M.B., Jiang Y., Narangajavana J., Hall T.C. Characterization of two rice DNA methyltransferase genes and RNAi-mediated reactivation of a silenced transgene in rice callus // Planta. 2004. V.218. P.337-349

225. Theiss G, Schleicher R., Schimpff-Weil R., Follmann H. DNA methylation in wheat. //Eur.J.Biochem. 1987. V.167. P.89-96

226. Thomashow M.F. Role of cold-responsive genes in plant freezing tolerance. //Plant Rhysiol. 1998. V. 118. P.l-8.

227. Topfer R., Matzeit V., Gronenborn B., Schell J., Steinbiss H. A set of plant expression vectors for transcriptional and translational fusions. // Nucl. Acids Res. 1987. V.15. P.5890.

228. Toth M., Muller U., Doerfler W. Establishment of de novo DNA methylation patterns. Transcription factor binding and deoxycytidine methylation at CpG and non-CpG sequences in an integrated adenovirus promoter.//J.Mol.Biol. 1990. V.214. P.673-683

229. Tsukiyama T., Wu C. Chromatin remodeling and transcription.// Curr. Opinion Genet. Dev. 1997. V.7. P. 182-191

230. Van der Krol A.R., Mur L.A., Beld M., Mol J.N.M., Stuitje A.R. Flavonoid genes in petunia: addition of a limited number of gene copies may lead to a suppression of gene expression. // Plant Cell. 1990. V.2. P.291-299

231. Vanyushin B.F., Mazin A.L., Vasilyev V.K., Belozersky A.N. The content of 5-methylcytosine in animal DNA: the species and tissue specificity.// Biochim.Biophys.Acta. 1973. V.299. P.397-403

232. Vanyushin B.F., Tkacheva S.G., Belozersky A.N. Rare bases in animal DNA. //Nature. 1970. V.225. P.948-949

233. Vaucheret H., Beclin C., Elmayan T., Fenerbach F., Godon C., Morel J.-B., Mourrain P., Palauqui J.-C., Vernettes S. Transgene-induced gene silencing in plants.//Plant J. 1998. V.16. P.651-659

234. Vinkenoog R., Scot R.J. Regulation of genomic imprinting in floering plants / In: Comparative Biochemistry and Physiology. Part A132. 2002. P.S170

235. Vlasova T.I., Demidenko Z.N., Kirnos M.D., Vanyushin B.F. In vitro DNA methylation by wheat nuclear cytosine DNA methyltransferase: effect of phytohormones. // Gene. 1995. V.157. P.279-281

236. Volpe T., Kidner C., Hall I., Teng G., Grewal S. Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi. // Science. 2002. V.297. P.1833-1837.

237. Wada Y., Miyamoto K., Kusano T., Sano H. Association between up-regulyation of stress-responsive genes and hypomethylation of genomic DNA in tobacco plants. //Mol. Gen. Genomics. 2004. V.271. P.658-666

238. Wada Y., Ohya H., Yamaguchi Y., Koizumi N., Sano H. Preferential de novo methylation of cytosine residues in non-CpG sequences by a domains rearranged DNA methyltransferase from tobacco plants. // J. Biol. Chem., 2003. V.278. P.42386-42393.

239. Wade P.A., Gegonne A., Jones P.L., Ballestar E., Aubry F., Wolffe A.P. Mi-2 complex couples DNA methylation to chromatin remodelling and histone deacetylation.//Nature Genet. 1999. V.23. P.62-66.

240. Wakefield M.J., Keohane A.M., Turner B.M., Graves J.A.M. Histone underacetylation is an ancient component of mammalian X-chromosome inactivation. //Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1997. V.94. P.9665-9668.

241. Wassenegger M., Heimes S., Riedel., Sanger H.L. RNA-directed de novo methylation of genomic sequences in plants. // Cell. 1994. V.76. P.567-576.

242. Waterhause P.M., Graham M.W, Wang M.-B. Virus resistance and gene silencing in plants can be induced by simultaneous expression of sense and antisense RNA. //Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1998. V.95. P.13959-13964.

243. Wood W.B. Host specificity of DNA produced by E.coli: bacterial mutations affecting the restriction and modification of DNA. // J.Mol.Biol. 1966. VI6. P.l 18-133

244. Woodcock D.M., Crowther P.J., Diver W.P. The majority of methylated deoxycytidines in human DNA are not in the CpG dinucleotide.// Biochem. Biophys. Res. Commun. 1987. V.145. P.888-894.

245. Yang A.S., Shen J.-C., Zingg J.-M., Mi S., Jones P.A. Hhal and Hpall DNA methyltrasferases bind DNA mismatches, methylate uracil and block DNA repair. //Nucleic Acids Res. 1995. V.23. P.1380-1387.

246. Yebra M., Bhagwat A.S. A cytosine methyltransferase converts 5-methylcytosine in DNA to thymine. // Biochemistry. 1995. V.34. P.14752-14757.

247. Yen R.W., Vertino P.M., Nelkin B.D., Yu J.J., el-Deiry W., Cumaraswamy A., Lennon G.G., Trask B.J., Celano P, Baylin S.B. ¡isolation and characterization of the cDNA encoding human DNA methyltransferase. // Nucleic Acids Res. 1992. V.20. P.2287-2291.

248. Yoder J. A., Bestor T.H. Genetic analysis of genomic methylation patterns in plants and mammals. // Biol. Chem. 1996. V.377. P. 605-610.

249. Yoder J.A., Walsh C.P., Bestor T.H. Cytosine methylation and the ecology of intragenomic parasites. // Trends Genet. 1997. V.13. P.335-340.

250. Yoshida M., Horiniuchis S., Beppu T. Trichostatin A and trapoxin: Novel chemical probes for the role of histone acetylation in chromatin structure and function.// BioEssays. 1995. V.17. P.423-430

251. Zamore P., Tuschl T., Sharp P., Bartel D. RNAi: Double-stranded RNA directs the ATPdependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals. // Cell. 2000. V.101. P.25-33.

252. Zilberman D., Cao X., Jacobsen S. ARGONAUTE4 control of locus-specifi c siRNA accumulation and DNA and histone methylation. // Science. 2003. V.299. P.716-719.

253. Zilberman D., Cao X., Johansen L.K., Xie Z., Carrington J.C., Jacobsen S.E. Role of Arab idops is ARGONAUTE 4 in RNA-directed DNA methylation triggered by inverted repeats. // Curr. Biol. 2004. V.14.1. P.1214-1220.1161. БЛАГОДАРНОСТИ

254. Выражаю искреннюю признательность моему научному руководителю Ярославу Ивановичу Бурьянову за помощь в проведении работы, внимательное отношение и ценные советы.

255. Благодарю Наталью Сергеевну Захарченко, Елену Борисовну Рукавцову и всех сотрудников лаборатории биотехнологии растений за плодотворное сотрудничество и неоценимую помощь в работе.