Структура и функции новых белков респираторного эпителия rSec14p и rYm1olf тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Ильницкая, Елена Вячеславовна

• Ильницкая, Елена Вячеславовна
• кандидат химических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат химических наук Ильницкая, Елена Вячеславовна

Список сокращений

Введение

1.Хитиназы и хитиназоподобные белки (Литературный обзор)

1.1. Хитин и хитозан

1.2. Хитинолитические ферменты

1.3. Семейство гликогидролаз

1.4. Представители семейства гликогидролаз 18 млекопитающих

1.4.1. Истинные хитиназы млекопитающих

1.4.2. Хитиназоподобные белки млекопитающих

1.5. Специфичность хитиназоподобных белков

1.6. Уровень экспрессии генов хитиназ и хитиназоподобных белков в организмах млекопитающих в условиях синдрома иммунного воспаления

1.6.1. Инфецирование млекопитающих микроорганизмами

1.6.2. Аллергия и астма

1.6.3. Окислительное повреждение тканей

1.6.4. Неопластические образования 47 Заключение

2. Результаты и обсуждение

2.1. Изучение функциональных свойств гБесНр

2.1.1. Оценка уровня синтеза гБесНр и обнаружение нового белка гУпйо^ в обонятельной выстилке крыс с хроническим воспалением

2.1.2. Определение уровня экспрессии гена гБесИр в обонятельной выстилке крыс с хроническим воспалением

2.2. Идентификация нового белка гУш1о1Гиз обонятельной выстилки крысы

2.2.1. Определение Ы-концевой аминокислотной последовательности

2.2.2. Масс-спектрометрический анализ белка гУт1о1Г

2.2.3. Определение частичной аминокислотной последовательности гУш1о1Г

2.2.4. Сравнение полученных результатов с базой данных вепВапк

2.3. Установление последовательности полноразмерной кДНК и полной первичной структуры белка гУт1о^ из обонятельной выстилки крысы 65 2.3.1. Подбор экспериментальной модели животных с острым воспалением

2.3.2. Получение фрагмента кДНК, кодирующего белок гУпйоН"

2.3.3. Определение 5'- и 3"-нетранслируемых областей кДНК гУт1о^

2.3.4. Определение полноразмерной последовательности кДНК и аминокислотной последовательности белка гУт 1 оИ

2.4. Структурные особенности белка гУт1о^ - представителя семейства гликогидролаз

2.5. Исследование уровней экспрессии генов белков гУт1о^ и гБес14р из обонятельной выстилки крыс на модели острого воспаления

2.6. Проверка экспрессии гена СЫ314 в обонятельной выстилке крысы 80 Заключение

3. Экспериментальная часть

3.1. Материалы

3.1.1. Реактивы

3.1.2. Бактериальные штаммы и плазмидные векторы

3.1.3. Буферы и растворы

3.2. Модели животных

3.3. Методы исследования

3.3.1. Выделение и очистка природного гБес 14р из обонятельной выстилки крыс

3.3.2. Получение моноклональных антител к белку гБесМр

3.3.3. Вестерн-блот анализ гБесМр

3.3.4. Выделение суммарной РНК и синтез кДНК

3.3.5. Полимеразная цепная реакция

3.3.6. Количественная ПЦР в реальном времени

3.3.6.1. Определение уровня экспрессии гена г8ес14р в обонятельной выстилке крыс с хроническим воспалением

3.3.6.2. Исследование уровней экспрессии генов белков гУш1о1Г и гБесМр из обонятельной выстилки крыс на модели острого воспаления

3.3.7. Приготовление гистологических срезов

3.3.8. Компьютерная обработка данных

3.3.9. Определение частичной аминокислотной последовательности гУш1о1Г

3.3.10. Получение компетентных клеток и их трансформация

3.3.11. Работы с фрагментами ДНК, их клонирование и определение нуклеотидных последовательностей

4. Выводы

Благодарности 5. Список литературы

Список сокращений

Chi - хитиназа

CID - хитиназный внутренний домен

CLP - хитиназоподобный белок

ЕСМ - внеклеточный матрикс

EGFR - рецептор эпидермального фактора роста

FAK - киназа фокальных адгезий

GH - гликозилгидролазы

IL - интерлейкин

МСР-1 - моноцитарный хемоаттрактивный белок-1 МПМа - макрофагальный белок воспаления-1 а РКВ - фосфатидилкиназа В

PtdIns(3,4,5)P3 - фосфатадилинозит-3,4,5-трифосфат

TGF-ßl - трансформирующий фактор роста-ßl

TIM - триозофосфатизомер

Tregs - Т-регуляторные клетки

ААМф - альтернативно активированные макрофаги

БЛД - бронхолегочная дисплазия

ГМ-КСФ - гранулоцитарно-макрофагальный колониестимулирующий фактор

ГСПГ - гепарансульфатпротеогликаны ИНФ - интерферон

ОНП - однонуклеотидный полиморфизм ОРДС - острый респираторный дистресс-синдром ОФВ1 - объемом форсированного выдоха за 1 с ПРР - паттерн-распознающие рецепторы СОПЛ - синдром острого повреждения легких ФАТ - фактор активации тромбоцитов ФНО - фактор некроза опухоли ФРФ - фактора роста фибробластов

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структура и функции новых белков респираторного эпителия rSec14p и rYm1olf»

Эпителиальные ткани воздухоносных путей млекопитающих как пограничное образование осуществляют обмен веществ между организмом и окружающей средой. Некоторые из этих тканей, например, обонятельный эпителий, покрыты слизью, которая является первым защитным фактором и обеспечивает нормальное функционирование клеток эпителия - самоочищение дыхательной поверхности от экзогенных включений и эндогенных продуктов (с помощью фагоцитоза), неспецифическую бактерицидную защиту (радикальными соединениями, генерируемыми активированными фагоцитами) и специфическую иммунную защиту от инфекционных возбудителей и чужеродных макромолекул. Большая физиологическая значимость процессов регулировки защитных механизмов предопределяет интенсивность исследований белков и компонентов слизи эпителиальных тканей воздухоносных путей как защитного барьера организма.

Неспецифическая иммунная защита слизистых оболочек, выстилающих эпителиальные ткани, является одной из систем, нарушение работы которой приводит ко многим социально значимым, в первую очередь бронхо-легочным, заболеваниям, являющихся огромной проблемой всего мира, и с каждым годом актуальность их исследования лишь возрастает. При инфекционных процессах слизистая дыхательных путей становится местом развития иммунных процессов, которые сами по себе могут оказаться деструктивными. И самый масштабный и неадекватный характер иммунные процессы в слизистой приобретают при развитии гиперергических воспалительных процессов (при аллергии, астме). Несмотря на достигнутый за последние годы прогресс в этой области, в развитии понимания механизмов протекания, клинического разнообразия, условий, способствующих хронизации воспаления, и, как следствие, фармакотерапии, непрекращающийся рост заболеваемости этими патологиями приводит к выводу, что их причины многофакторны, далеко не все участники развития процесса идентифицированы и изучены. Поэтому большой фундаментальный и практический интерес представляет задача определения специфических маркеров, белков, сопричастных появлению и протеканию воспалительных процессов в эпителиальных тканях воздухоносных путей.

Наиболее острой проблемой в последние годы стал резкий рост случаев заболевания бронхиальной астмой, которая характеризуется пожизненным течением и высокой скоростью развития обострения. Как любой воспалительный процесс, эта патология сопровождается инфильтрацией иммунных клеток, однако, остается до конца неясным, что вызывает или способствует постоянному поддержанию концентрации этих клеток при хроническом течении заболевания, то есть, неизвестны факторы, инициирующие хронизацию воспаления.

Открытием, с которым в последние годы связывается надежда на выявление новых маркеров и перспективных терапевтических мишеней развития острого и хронического воспалений, явилось обнаружение в организмах млекопитающих хитиназ и хитиназоподобных белков (chitinase-like protein, CLP) семейства гликогидролаз 18. Накопление представителей семейства CLP является отрицательным прогностическим маркером многих воспалительных заболеваний самой различной этиологии. Имея в споем распоряжении подобные молекулы, можно идентифицировать стадию развития патологического процесса и скорректировать течение заболевания.

К началу настоящей работы в нашей лаборатории при изучении белкового состава слизи обонятельного эпителия крысы методом SDS-ПААГ-электрофореза был обнаружен новый водорастворимый белок, с молекулярной массой ~ 45 кДа, имеющий! в своем составе Sec-14-домен (по названию дрожжевого белка Secl4p, в котором он впервые был обнаружен), или, как принято его обозначать, rSecHp. Значительное содержание (порядка 2% от всех водорастворимых белков обонятельного эпителия) дало основание предположить важную роль rSecl4p в обеспечении нормального функционирования эпителиальных тканей, и, возможно, защитную функцию путем участия в биогенезе мембран клеток. В результате изучения свойств белка rSec Hp и поиска его возможных партнеров на моделях животных с хроническим воспаленном был обнаружен неизвестный белок с молекулярной массой ~ 43 кДа. Определено, что новый белок (назван нами rY::i!o!f) является хитиназоподобным, огпчситея к семейству гликогидролаз 18 и ко.лруется геном Chi3l3. Ve i .повлена последовательность полноразмериой кДНК rYmlolf. Изучение экспрессии генов белков rYmlolf и rSecl4p в обонятельной! выстилке животных с моделью острого воспаления показало совместнее вовлечение этих белков в иммуть.й ответ организма. Предположено, что уровень экспрессии генов гУш1о1Г и г8ес14р может являться критерием прогмо ?и рус мости течения заболевания.

Изучение свойств исследуемых белков позволило углубим, наше понимание проблемы идентификации и развития воспалительных реакций, связанных со слизистыми оболочками. Возможно, новые белки мот быть полезны в фундаментальных исследованиях воспалительных процессов, а также найдут практическое применение в медицине, как маркеры \р шпации воспалений различной этиологии. Походя из вышесказанного, функши мальное изучение белков обонятельно! о ьчмечия, представляется весьма .¡¡¡-'чпмым и интересным.

В работе как сипоншч.! использованы термины «обоняю^ или» и «респираторный» эпителий; и ■ ,!чюи ситуации это допустимо, :,,1ко'1ьку исследование не связано с запа\-е о ¡ьпшющими белками и изучением процесса обоняния, а рассматриваются исключительно защитные функши; белков эпителиальных клеток воздух 01 пи пых путей, так как обонятельи, мчость является частью дыхательных п> г-\

Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Ильницкая, Елена Вячеславовна

4. Выводы

1. Подобрана животная модель с хроническим воспалением, на которой показано увеличение уровня экспрессии гена и белка гБесМр по сравнению с контрольной группой.

2. В обонятельной выстилке крыс с моделью хронического воспаления обнаружен и идентифицирован новый белок гУт1о1£ определена его частичная аминокислотная последовательность и принадлежность к семейству гликогидролаз 18. Установлено, что белок кодируется геном СЫ313.

3. Установлена последовательность полноразмерной кДНК гУш1о1^ которая депонирована в ОепВапк под номером 1Р781276, уточнена экзон-интронная организация гена СЫ313 крысы. Установлена полная 380-членная аминокислотная последовательность нового белка гУт!о^ крысы, определена последовательность предшественника его зрелой формы.

4. Изучена экспрессия генов, кодирующих гУт1о^ и гБесНр в обонятельной выстилке животных с моделью острого воспаления. Показано совместное вовлечение этих белков в иммунный ответ организма - резкое увеличение количества их транскриптов (гена гУш1о^ в 22,6 раза, а гена гБесНр в 5,4) по сравнению с контрольной группой.

5. Высказано предположение, что уровень экспрессии гена, кодирующего белок гУт1оН", может являться перспективным критерием прогнозируемое™ течения воспалительного процесса.

Благодарности вюр сердечно б iaiодарил чнена-корреспонден ia РАН Линкипа Валерия Михайловича я д.х н ПКваев\ I ai ьян\ Мараювпу за нлодо] ворныс дискчссии. совеiы и весьма цепные кришчеекис замечания к диссер]анионной рабо 1е

Автор гл\боко призшиетсп всем коллетам нз лаборатории белков гормональной рсг\ляции и. в особенное!и. Радченко Вшалию Владиславовичу за ботып\ю пракгичсск\ ю помощь в данной paooie.

Необходимо oiMciHib большею пракшческ)ю помощь колiici высококвалифицированных спсциалнеюв из др\iих инсштов. Сюрожсвой Зинаиды Ивановны и5 Hncnmia нормальной фишолоши им ПК Анохина РАМН. I peiьякова Вадима Свюиьевича и Серебряковой Марины Владимировны из 11а\ чно-иеследова1сльеко1 о инешта физико-химическои медицины. Косыревои Анны Михайловны из Пахчно-исслсдовагсльского иноита морфоло! ии человека РЛМП, без \часгия которых выполнение поставленных за щч было бы невозможным

Авюр 1л}боко нризтпетеп дмн Макаровой Олые Васи прение - рхководшелю шбораюрии иммуноморфоло! ии воспаления На\ чно-псспедовалеиьско1 о инешта морфоло!ии человека РАМН, ока;авшей неоцепим) ю помощь в подготовке жеперимешальных. биомедицинских по (ходов и обс\ж ieп 11 и рсз\льгаюв. связанных с их возможным применением в медицине

Pa6oia выполнялась при поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (РФФИ 11-04-00761) и Программы Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология» ( Липкин В.М.)

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Ильницкая, Елена Вячеславовна, 2012 год

1. Скрябин К.Г., Вихорева Г.А., Варламов В.П. Хитин и хитозан. Получение, свойства и применение. М.: Наука. 2002. - 368 с.

2. Muzzarelli R.A. Chitins and Chitosans as Immunoadjuvants and Non-Allergenic Drug Carriers. Mar. Drugs 2010. V. 8. P. 292-312.

3. Goodday G.W. The ecology of chitin degratiotic. In: Marshall K.C., ed. Advance in microbial ecology. V. 11. New York: New Plenum Press. 1990. 387-430.

4. Da Silva C.A., Chalouni C., Williams A., Hartl D., Lee C.G., Elias J.A. Chitin is a size-dependent regulator of macrophage TNF and IL-10 production. J Immunol. 2009. V. 182. P. 3573-3582.

5. Nishimura K., Nishimura S., Nishi N., Saiki I., Tokura S., Azuma I. Immunological activity of chitin and its derivatives. Vaccine. 1984. V. 2. P. 93-99.

6. Da Silva C.A., Pochard P., Lee C.G., Elias J.A. Chitin particles are multifaceted immune adjuvants. Am J Respir Crit Care Med. 2010. V. 182. P. 1482-91.

7. Cantarel B.L., Coutinho P.M., Rancurel C., Bernard Т., Lombard V. The Carbohydrate-Active EnZymes database (CAZy): an expert resource for Glycogenomics. Nucleic Acids Res. 2009. V. 370. P. 233-238.

8. Nakamura Т., Mine S., Hagihara Y., Ishikawa K., Uegaki K. Structure of the catalytic domain of the hyperthermophilic chitinase from Pyrococcus furiosus. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 2007. V. 63. P. 7-11.

9. Jia Z., Sun Y., Yuan L., Tian Q., Luo K. The chitinase gene (Bbchitl) from Beauveria bassiana enhances resistance to Cytospora chrysosperma in Populus tomentosa Carr. Biotechnol Lett. 2010. V. 32. P. 1325-1332.

10. Arakane Y, Muthukrishnan S. Insect chitinase and chitinase-like proteins. Cell Mol Life Sci. 2010. V. 67. P. 201-216.

11. Seibold MA, Donnelly S, Solon M, Innes A, Woodruff PG, Boot RG, Burchard EG, Fahy JV. Chitotriosidase is the primary active chitinase in the human lung and is modulated by genotype and smoking habit. J Allergy Clin Immunol. 2008. V. 122. P.944-950.

12. Hoell IA, Dalhus B, Heggset EB, Aspmo SI, Eijsink VGH. Crystal structure and enzymatic properties of a bacterial family 19 chitinase reveal differences from plant enzymes. FEBS J. 2006. V. 273. P. 4889-4900.

13. Johnson L.N. The early history of lysozme. Nat. Struct. Mol Biol 1998. V. 5. P. 942-944.

14. С.Д. Варфоломеев Химическая энзимология. — M.: Издательский центр "Академия". 2005. — С. 238-239.

15. Robertus J.D., Monzingo A.F. The structure and action of chitinases. EXS. 1999. V. 87. P. 125-135.

16. Suzuki S, Nakanishi E, Furihata K, Miyamoto K, Tsujibo H, Watanabe T, Ohnishi Y, Horinouchi S, Nagasawa H, Sakuda S. Chitinase inhibitor allosamidin promotes chitinase production of Streptomyces generally. Int J Biol Macromol. 2008. V. 43.P. 3-9.

17. Baban J., Fjeld S., Sakuda S., Eijsink V.G., Sorlie M. The roles of three Serratia marcescens chitinases in chitin conversion are reflected in different thermodynamic signatures of allosamidin binding. J Phys Chem B. 2010. V. 114. P. 6144-6149.

18. Lienemann M., Boer PL, Paananen A., Cottaz S., Koivula A. Toward understanding of carbohydrate binding and substrate specificity of a glycosyl hydrolase 18 family (GH-18) chitinase from Trichoderma harzianum. Glycobiology. 2009. V. 19. P. 1116-1126.

19. Funkhouser J.D., Aronson N.N., Jr. Chitinase family GH18: evolutionary insights from the genomic history of a diverse protein family. BMC Evol Biol. 2007. V. 7. P. 96-112.

20. Kawase Т., Saito A., Sato Т., Kanai R., Fujii T. et al. Distribution and phylogenetic analysis of family 19 chitinases in Actinobacteria. Appl Environ Microbiol. 2004. V. 70. P. 1 135-1144.

21. Huang Q.S., Xie X.L., Liang G., Gong F., Wang Y., Wei X.Q., Wang Q., Ji Z.L., Chen Q.X. The GH18 family of chitinases: their domain architectures, functions and evolutions. Glycobiology. 2012. V. 22. P. 23-34.

22. Li H , Gieene L H Sequence and Structural Analysis of the Chitinase Insertion Domain Reveals Two Conserved Motifs Involved in Chitin-Bindmg PLoS One 2010 V 5 P 8654

23. Norberg A L , Dybvik A I, Zakariassen H , Moimann M , Peter-Katalmic I, Eijsink V G , Soilie M Substiate positioning in chitinase A, a processive chito-biohydiolase from Senatia maicescens FEBS Lett 2011 V 585 P 2339-2344

24. Schuelei-Fuiman O , Bakei D Conserved lesidue clustering and protein structure piediction Proteins 2003 V 52 P 225-235

25. Park J A . Drazen J M . Tschumperhn D J The chitinase-like protein YKL-40 is secreted by airway epithelial cells at base line and m response to compiessive mechanical stress J Biol Chem 2010 V 285 P 29817-29825

26. Hartl D . He C H . Kollei B , Da Silva C A , Kobayashi Y , Lee C G , Flavell R A, Elias IA Acidic Mammalian Chitinase Regulates Epithelial Cell Apoptosis via a Chitinolytic-Independent Mechanism J Immunol 2009 V 182 P 5098-5106

27. Steck E. Breit S. Bieusch SJ. Axt M, Richter.W Enhanced expiession of the human chitinase 3-like 2 gene (YKL-39) but not chitinase 3-like 1 gene (YKL-40) in osteoaithntic caitilage Biochem Biophys Res Commun 2002 V 299 P 109-115

28. Cai Y., Kumar R.K., Zhou J., Foster P.S., Webb D.C. Yml/2 promotes Th2 cytokine expression by inhibiting 12/15(S)-lipoxygenase: identification of a novel pathway for regulating allergic inflammation. J Immunol. 2009. V. 182. P. 5393-5399.

29. Lee C.G., Da Silva C.A., Delà Cruz C.S., Ahangari F., Ma B., Kang M.J. He C.H., Takyar S., Elias J.A. Role of chitin and chitinase/chitinase-like proteins in inflammation, tissue remodeling, and injury. Annu Rev Physiol. 2011. V. 73. P. 479501.

30. Bussink A.P., Speijer D., Aerts J.M., Boot R.G. Evolution of mammalian chitinase(-like) members of family 18 glycosyl hydrolases. Genetics. 2007. V. 177. P. 959-970.

31. Saitou N., Nei M. The number of nucleotides required to determine the branching order of three species, with special reference to the human-chimpanzee-gorilla divergence. J Mol Evol. 1986. V. 24. P. 189-204.

32. Lundblad G., Hederstedt B., Lind J., Steby M. Chitinase in goat serum. Preliminary purification and characterization.Eur J Biochem. 1974. V. 46. P. 367-376.

33. Den Tandt W.R., Inaba T., Verhamme I., Overdyk B., Brouwer J., Prieur D. Non-identity of human plasma lysozyme and 4-methylumbelliferyl-tetra-N-acetyl-beta-D-chitotetraoside hydrolase. Int J Biochem. 1988. V. 20. P. 713-719.

34. Den Tandt W.R., Scharpe S. Micromethod determination of N-acetyl-alpha-D-glucosaminidase in human leukocytes and study of some of its characteristics. Int J Biochem. 1993. V. 25. P. 209-212.

35. Hollak C.E., van Weely S., van Oers M.H., Aerts J.M. Marked elevation of plasma chitotriosidase activity. A novel hallmark of Gaucher disease. J Clin Invest. 1994. V. 93. P. 1288-1292.

36. Kzhyshkowska J., Gratchev A., Goerdt S. Human chitinases and chitinase-like proteins as indicators for inflammation and cancer. Biomark Insights. 2007. V. 2. P. 128-46.

37. Bargagli E., Maggiorelli C., Rottoli P. Human chitotriosidase: a potential new marker of sarcoidosis severity. Respiration. 2008. V. 76. P. 234-238.

38. Boot R.G., Blommaart E.F., Swart E., Ghauharali-van der Vlugt K., Bijl N., Moe C., Place A., Aerts J.M. Identification of a novel acidic mammalian chitinase distinct from chitotriosidase. J Biol Chem. 2001. V. 276. P. 6770-6778.

39. Sutherland T.E, Maizels R.M., Allen J.E. Chitinases and chitinase-like proteins: potential therapeutic targets for the treatment of T-helper type 2 allergies. Clin Exp Allergy. 2009. V. 39. P. 943-955.

40. Homer R.J., Zhu Z., Cohn L., Lee C.G., White W.I., Chen S., Elias J.A. Differential expression of chitinases identify subsets of murine airway epithelial cells in allergic inflammation. Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol. 2006. V. 291. P. 502-511.

41. Hartl D., He C.H., Koller B., Da Silva C.A., Kobayashi Y., Lee C.G., Flavell R.A., Elias J.A. Acidic mammalian chitinase regulates epithelial cell apoptosis via a chitinolytic-independent mechanism. J Immunol. 2009. V. 182. P. 5098-5106.

42. Hakala B.E., White C., Recklies A.D. Human cartilage gp-39, a major secretory product of articular chondrocytes and synovial cells, is a mammalian member of a chitinase protein family. J Biol Chem. 1993. V. 268. P. 25803-25810.

43. Morrison B.W., Leder P. Neu and ras initiate murine mammary tumors that share genetic markers generally absent in c-myc and int-2-initiated tumors. Oncogene. 1994. V. 9. P. 3417-3426.

44. Correale J., Fiol M. Chitinase effects on immune cell response in neuromyelitis optica and multiple sclerosis. Mult Scler. 2011. V. 17. P. 521-531.

45. Bhat K.P., Pelloski C.E., Zhang Y., Kim S.H., deLaCruz C., Rehli M., Aldape K.D. Selective repression of YKL-40 by NF-kappaB in glioma cell linesinvolves recruitment of histone deacetylase-1 and -2. FEBS Lett. 2008. V. 582. P. 3193-3200.

46. Johansen J.S., Pedersen A.N., Schroll M., Jorgensen T., Pedersen B.K., Bruunsgaard H. High serum YKL-40 level in a cohort of octogenarians is associated with increased risk of all-cause mortality. Clin Exp Immunol. 2008. V. 51. P. 260-266.

47. Colton C.A., Mott R.T., Sharpe H., Xu Q., Van Nostrand W.E., Vitek M.P. Expression profiles for macrophage alternative activation genes in AD and in mouse models of AD. J Neuroinflammation. 2006. V. 3. P. 27.

48. Sakata M., Masuko-Hongo K., Tsuruha J., Sekine T., Nakamura H., Takigawa M., Nishioka K., Kato T. YKL-39, a human cartilage-related protein, induces arthritis in mice. Clin Exp Rheumatol. 2002. V. 20. P. 343-350.

49. Tsuruha J., Masuko-Hongo K., Kato T., Sakata M., Nakamura H., Sekine T., Takigawa M., Nishioka K. Autoimmunity against YKL-39, a human cartilage derived protein, in patients with osteoarthritis. J Rheumatol. 2002. V. 29. P. 1459-1466.

50. Chang N.C., Hung S.I., Hwa K.Y., Kato I., Chen J.E., Liu C.H., Chang A.C. A macrophage protein, Yml, transiently expressed during inflammation is a novel mammalian lectin. J Biol Chem. 2001. V. 276. P. 17497-17506.

51. Ward J.M., Yoon M., Anver M.R., Haines D.C., Kudo G., Gonzalez F.J., Kimura S. Hyalinosis and Yml/Ym2 gene expression in the stomach and respiratory tract of 129S4/SvJae and wild-type and CYPlA2-null B6, 129 mice. Am J Pathol. 2001. V. 158. P. 323-32.

52. Korolenko T.A., Cherkanova M.S. Chitotriosidase of human macrophages and mammalian chitinases: biological functions and abnormalities in pathology. Vestn Ross Akad Med Nauk. 2009. V. 11. P. 39-45.

53. Tsai M.L., Liaw S.H., Chang N.C. The crystal structure of Yml at 1.31 A resolution. J Struct Biol. 2004. V. 148. P. 290-296.

54. Waern I., Jia J., Pejler G., Zcharia E., Vlodavsky I., Li J.P., Wernersson S. Accumulation of Yml and formation of intracellular crystalline bodies in alveolar macrophages lacking heparanase. Mol Immunol. 2010. V. 47. P. 1467-1475.

55. Mansour M.K., Vyas J.M., Levitz S.M. Dynamic virulence: real-time assessment of intracellular pathogenesis links Cryptococcus neoformans phenotype with clinical outcome. MBio. 2011. V. 2. P. 1-3.

56. Gordon S., Martinez F.O. Alternative activation of macrophages: mechanism and functions. Immunity. 2010. V. 32. P. 593-604.

57. Loke P. Gallagher I., Nair M.G. et al. Alternative activation is an innate response to injury that requires CD4+ T cells to be sustained during chronic infection. J Immunol. 2007. V. 179. P. 3926-3236.

58. Arora S., Olszewski M.A., Tsang T.M., McDonald R.A., Toews G.B., Huffnagle G.B. Effect of cytokine interplay on macrophage polarization during chronic pulmonary infection with Cryptococcus neoformans. Infect Immun. 2011 V. 79. P. 1915-1926.

59. Cho W.S., Kim T.H., Lee H.M., Lee S.H., Yoo J.H., Kim Y.S. Increased expression of acidic mammalian chitinase and chitotriosidase in the nasal mucosa of patients with allergic rhinitis. Laryngoscope. 2010. V. 120. P. 870-875.

60. Di Luca M., Romi R., Severini F. et al. High levels of human chitotriosidase hinder the formation of peritrophic membrane in anopheline vectors. Parasitol Res. 2007. V. 100. P. 1033-1039.

61. Lee C.G., Da Silva C.A., Lee J.Y., Hartl D., Elias J.A. Chitin regulation of immune responses: an old molecule with new roles. Curr Opin Immunol. 2008. V. 20. P. 684-689.

62. Huber S. Hoffmann R., Muskens F., Voehringer D. Alternatively activated macrophages inhibit T-cell proliferation by Stat6-dependent expression of PD-L2. Blood. 2010. V. 116. P. 331 1-3320.

63. Pesce J., Kaviratne M., Ramalingam T.R. et al. The IL-21 receptor augments Th2 effector function and alternative macrophage activation. J Clin Invest 2006. V. 116. P. 2044-2055.

64. Yazdanbakhsh M., van den Biggelaar A., Maizels R.M. Th2 responses without atopy: immunoregulation in chronic helminth infections and reduced allergic disease. Trends Immunol 2001. V. 22. P. 372-377.

65. Wilson M.S., Taylor M.D., Balic A., Finney C.A., Lamb J.R., Maizels R.M. Suppression of allergic airway inflammation by helminth-induced regulatory T cells. J Exp Med. 2005. V. 202. P. 1199-1212.

66. Hartl D., Lee C.G., Da Silva C.A., Chupp G.L., Elias JA. Novel biomarkers in asthma: chemokines and chitinase-like proteins. Curr Opin Allergy Clin Immunol. 2009. V. 9. P. 60-66.

67. Ober C., Chupp G.L. The Chitinase and Chitinase-Like Proteins: A Review of Genetic and Functional Studies in Asthma and Immune-Mediated Diseases. Curr Opin Allergy Clin Immunol. 2009. V. 9. P. 401-408.

68. Reese T.A., Liang H.E., Tager A.M. et al. Chitin induces accumulation in tissue of innate immune cells associated with allergy. Nature 2007. V. 447. P. 9296.

69. Barnes P.J. The cytokine network in chronic obstructive pulmonary disease. Am J Respir Cell Mol Biol. 2009. V. 41. P. 631-638.

70. Shuhui L., Mok Y.K., Wong W.S. Role of mammalian chitinases in asthma. Int Arch Allergy Immunol. 2009. V. 149. P. 369-377.

71. Tang H., Fang Z., Sun Y., Li B., Shi Z., Chen J., Zhang T., Xiu Q. YKL-40 in asthmatic patients, and its correlations with exacerbation, eosinophils and immunoglobulin E. Eur Respir J. 2010. V. 35. P. 757-760.

72. Bhandari A., Bhandari V. Pitfalls, problems, and progress in bronchopulmonary dysplasia. Pediatrics. 2009. V. 123. P. 1562-1573.

73. Sohn M.H., Kang M.J., Matsuura H., Bhandari V., Chen N.Y., Lee C.G., Elias J.A. The chitinase-like proteins breast regression protein-39 and YKL-40 regulate hyperoxia-induced acute lung injury. Am J Respir Crit Care Med. 2010. V. 182. P. 918928.

74. Coffman F.D. Chitinase 3-Like-l (CHI3L1): a putative disease marker at the interface of proteomics and glycomics. Crit. Rev. Clin. Lab. Sci. 2008. V. 45. P. 531-562.

75. Shao R., Hamel K., Petersen L., Cao Q.J., Arenas R.B. et al. YKL-40, a secreted glycoprotein, promotes tumor angiogenesis. Oncogene. 2009. V. 28. P. 44564468

76. Shuhui L., Mok Y.K., Wong W.S. Role of mammalian chitinases in asthma. Int Arch Allergy Immunol. 2009. V. 49. P. 369-377.

77. Gu Z., Cao Z., Jin M. Expression and role of acidic mammalian chitinase and eotaxin-3 in chronic rhinosinusitis with nasal polyps. J Otolaryngol Head Neck Surg. 2011. V. 40. P. 64-69.

78. Song H.M., Jang A.S., Ahn M.H. et al. Yml and Ym2 expression in a mouse model exposed to diesel exhaust particles. Environ Toxicol 2008. V. 23. P. 110116.

79. Ober C., Tan Z., Sun Y. et al. Effect of variation in CHI3L1 on serum YKL-40 level, risk of asthma, and lung function. N Engl J Med. 2008. V. 358. P. 16821691.

80. Humbles A., Brewah Y., Kearley J. et al. Deficiency in chitinase-like protein BRP-39 significantly reduces airways hyper-responsiveness and inflammation in a murine model of asthma. Am Thorac Soc. 2008. V. 177. P. 501

81. Sotgiu S., Angius A., Embry A., Rosati G., Musumeci S. Hygiene hypothesis: innate immunity, malaria and multiple sclerosis. Med Hypotheses. 2008. V. 70. P. 819-825.

82. Nielsen A.R., Plomgaard P., Krabbe K.S., Johansen J.S., Pedersen B.K. IL-6, but not TNF-a, increases plasma YKL-40 in human subjects. Cytokine. 2011. V. 55. P. 152-155.

83. Hattori N., Oda S., Sadahiro T., Nakamura M., Abe R., Shinozaki K., Nomura F., Tomonaga T. Matsushita K., Kodera Y., Sogawa K., Satoh M., Hirasawa H. YKL-40 identified by proteomic analysis as a biomarker of sepsis. Shock. 2009. V. 32. P. 393-400.

84. Mylonas K.J., Nair M.G., Prieto-Lafuente L., Paape D., Allen J.E. Alternatively activated macrophages elicited by helminth infection can be reprogrammed to enable microbial killing. J Immunol. 2009. V. 182. P. 3084-3094.

85. Bargagli E., Margollicci M., Nikiforakis N. Chitotriosidase activity in the serum of patients with sarcoidosis and pulmonary tuberculosis. Respiration. 2007. V. 74. P. 548-552.

86. Korthagen N.M., van Moorsel C.H., Barlo N.P. Ruven H.J., Kruit A., Heron M., van den Bosch J.M., Grutters J.C. Serum and BALF YKL-40 levels are predictors of survival in idiopathic pulmonary fibrosis. Respir Med. 2011. V. 105. P. 106-113.

87. Migliaccio C.T., Buford M.C., Jessop F., Holian A. The IL-4R{alpha} pathway in macrophages and its potential role in silica-induced pulmonary fibrosis. J Leukoc Biol. 2008. V. 83. P. 630-639.

88. Giannetti N, Moyse E, Duciay A et al Accumulation of Yml/2 piotein in the mouse olfactoiy epithelium duimg legeneiation and aging Neuioscience 2004 V 123 P 907-917

89. Меркулова M И , Радченко В В , Ильницкая Е В , Шуваева Т М , Липкин В М Протеомный подход к изучению функций 8ес14р-подобного белка р45 Биоорган химия 2005 V 31 Р 280-287

90. Monmoto К , Yoshimi К , Tonohira Т , Yamada N , Oda Т , Koneko I Neuioscience 1998 V 84 P 479-489

91. Писарев В Б , Богомолова Н В , Новочадов В В Бактериальный эндоюксикоз взгляд патолога Волгоград Изд-во ВолГМУ 2008 -208 с

92. Maiechal X , Favory R . Joulin О . Montaigne D , Hassoun S . Decostei В . Zerimech F . Nevieie R Endothelial glycocalyx damage dunng endotoxenna coincides with miciocuculatoiy dysfunction and vascular oxidative stiess Shock 2008 V 29(5) P 572-576

93. Novoselov V I. Peshenko I V , Evdokimov V A , Nikolaev J V , Matveeva E A, Fesenko E E 45-kDa GTP-binding protein from rat olfactory epithelium purification, chaiactenzation and localization Chem Senses 1996 V 21 P 181-188

94. Shan L . Kawakami T. Asano S , Nontake S , Yoshimoto D , Yamashita K. Kikkawa H. Kinoshita M. Matsubara S Inverse lelationship between Secl413 mRNA/piotem expiession and allergic anway inflammation Eui J Pharmacol 2009 V 616 P 293-300

95. LaemmhUK Natuie 1970 V 227 P 680-685

96. Kohlei G. Milstein С Continuous cultuies of fused cells secreting antibody of predefined specificity Natuie 1975 V 256 P 495-497

97. Galfre G , Milstein С Preparation of monoclonal antibodies stiategies andpioceduies Methods Enzymol 1981 V 73 P 3-46

98. Eswai N, Maiti-Renom M A, Webb B, Madhusudhan M S. Eiamian D Shen M Pieper U Sail A Compaiative Piotein Stiuctuie Modeling With MODELLER Cuirent Piotocols in Bioinfoimatics, John Wiley & Sons. Inc, Supplement 2006 V 15 P 5 6 1-5 6 30

99. Ochman H., Ajioka J.W., Garza D., Hartl D.L. Biotechnology. 1990. V. 8. P. 759-760.

100. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. V. 74. P. 5463-5467