Структурно-функциональное исследование белка с молекулярной массой 45 кДа из обонятельного эпителия крысы тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.04, кандидат биологических наук Радченко, Виталий Владиславович

• Радченко, Виталий Владиславович
• кандидат биологических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Радченко, Виталий Владиславович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

1. ФОСФОЛИПИД-ПЕРЕНОСЯЩИЕ БЕЛКИ: СТРУКТУРА И

БИОЛОГИЧЕСКИЕ ФУНКЦИИ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ).

Введение.

Часть I. Липид-переиосящие белки и их биологическая роль. Липидиый транспорт

1.1. Биологическое значение динамики движения липидов.

1.2. Фосфолипид-переносящие белки млекопитающих, растений и прокариот.

1.2.1. PL-TP, найденные в тканях млекопитающих.

1.2.2. PL-TP в тканях растений.

1.2.3. Дрожжевые PL-TP.

1.2.4. Бактериальные PL-TP.

1.3. Специфические сайты связывания остатков жирных кислот, находящихся в sn-1- и sn-2- положениях молекулы глицерина.

Часть II. Фосфатидилинозитид-переносящие белки. Структурная организация фосфатидилинозитид-связывающих доменов. Передача сигналов и регуляция клеточных функций.

1.4. Структура и лигандная специфичность фосфатидилинозит-распознающих доменов.

1.4.1. PtdIns(3,4,5)P3 - мишень РН-домена во внутриклеточном сигнальном каскаде.

1.4.2. PtdIns(3,4)P2 - липидный вторичный мессенджер. Мишень некоторых РН-и РХ-доменов.

1.4.3. PtdIns(3)P - ключевой фосфатидилинозит в мембранном транспорте. FYVE -распознавание и РХ-домены.

1.4.4. PtdIns(4,5)P2-cBH3biBaioiime белки и регулирование цитоскелета.

1.5. SECM-домен. Белки ТАР-семейства, их структура и биологические функции.

1.6. Некоторые биологические функции фосфолипид-переносящих бел ков.

1.6.1. Регуляция биосинтеза фосфатидилхолина.

1.6.2. PL-TP в везикулярном транспорте.

1.6.3. PL-TP и передача клеточных сигналов. PtdIns(3,4,5)P3 - липидный вторичный мессенджер.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурно-функциональное исследование белка с молекулярной массой 45 кДа из обонятельного эпителия крысы»

2.1. Выделение и очистка природного р45 из обонятельного эпителия крысы.59

2.2. Экспрессия в клетках Escherichia coli штамма Rosetta™ кДНК р45 из обонятельного эпителия крысы.59

2.2.1. Создание генно-инженерной конструкции, обеспечивающей получение рекомбинантного р45.60

2.2.2. Разработка условий получения рекомбинантного р45 в прокариотической системе экспрессии.61

2.2.3. Очистка препарата рекомбинантного р45.62

2.2.4. Сопоставление характеристик природного и рекомбинантного препаратов р45.62

2.2.4.1. Электрофоретический анализ.63

2.2.4.2. Вестерн-блоттинг.64

2.2.4.3. Измерение КД.65

2.2.4.4. Масс-спектрометрические измерения.66

2.3. Исследование фосфолипид-связывающей специфичности р45.70

2.4. Разработка нового метода изучения липид-белковых взаимодействий in vitro и применение его в исследовании р45.73

2.4.1. Общая схема метода.75

2.4.2. Взаимодействие р45 с липидными фракциями на нитроцеллюлозе.78

2.4.3.Масс-спектрометрические измерения липидных фракций. Подтверждение липид-связывающей специфичности р45.79

2.5. Экспрессия кДНК полноразмерного р45 и фрагментов кДНК, кодирующих отдельные домены, в эукариотических клетках COS-1.80

2.5.1. Изучение секреции р45 в клетках COS-1.81

2.5.2. Демонстрация совпадения внутриклеточной, локализации р45 и его природного лиганда - фосфатидилинозит-3,4,5-трифосфата.83

2.6. Выявление возможных белков-кандидатов на роль биологических партнеров р45 с использованием двугибридной системы.86

2.6.1. Экспрессия кДНК белка р45 в клетках S. cerevisiae и ее детекция методом Вестерн-блоттинга.87

2.6.2. Двугибридный скрининг и анализ отобранных клонов.89

2.6.2.1. Наиболее вероятные партнеры белка р45.90

2.6.2.2. Белки - маловероятные партнеры белка р45.91

Заключение.93

3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ (МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ).95

3.1. Материалы.96

3.1.1. Реактивы.96

3.1.2. Бактериальные и дрожжевые штаммы и плазмидные векторы.97

3.1.3. Буферы и растворы.97

3.1.4. Микробиологические среды.101

3.1.5. Ферменты.101

3.2. Методы.101

3.2.1. Выделение плазмидных ДНК из клеток Е. coli и S. cerevisiae.102

3.2.1.1. Выделение плазмидной ДНК в макроварианте.102

3.2.1.2. Выделение плазмидной ДНК для структурного анализа и клонирования.103

3.2.2. Экстракция липидов и нанесение липидных фракций на нитроцеллюлозную подложку.103

3.2.3. Получение компетентных клеток и их трансформация.104

3.2.4. Полимеразная цепная реакция (ПЦР).104

3.2.5. Работы с фрагментами ДНК и их клонирование.105

3.2.6. Экспрессия кДНК р45.106

3.2.6.1. В клетках Е. coli.106

3.2.6.2. В клетках S. cerevisiae.107

3.2.1. Получение и хроматографическая очистка рекомбинантного белка. 107

3.2.8. Вестерн-блот анализ р45.108

3.2.9. Исследование липид-связывающей специфичности р45 на нитроцеллюлозе («PLO-assay»).109

3.2.10. Масс-спектрометрические исследования липидов.110

3.2.11. Двугибридный скрининг и анализ отобранных клонов.111

4. ВЫВОДЫ.113

5. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.115

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

PL-TP - фосфолипид-переносящие белки

PC - фосфатидилхолин

PI, Ptdlns - фосфатидилинозит

РЕ - фосфатидилэтаноламин

PS- фосфатидилсерин

РА - фосфатидная кислота

SPM- сфингомиелин

PI3K - фосфатидилинозитид-3-киназа

PIPkin I - фосфатидилинозит-4-фосфат-5-киназа типа I

PTEN - тензин-гомологичная фосфатаза

ВВЕДЕНИЕ

Эпителиальные ткани млекопитающих имеют непосредственный контакт с окружающей средой и больше, чем другие ткани, подвержены ее деструктивному влиянию. Некоторые из этих тканей, в том числе и обонятельный эпителий, покрыты слизью, являющейся первым защитным барьером, обеспечивающим нормальное функционирование клеток эпителия. В слизи находится множество белков, определяющих ее защитные свойства. Это антибактериальные белки, иммуноглобулины, ферменты биотрансформации, включая некоторые ферменты-антиоксиданты, защищающие клетки эпителия от повреждений, вызываемых действием активных форм кислорода.

Ранее при исследовании белкового состава слизи обонятельного эпителия крысы методом Бз-Ма-ПААГ-электрофореза был выделен новый водорастворимый белок, имеющий молекулярную массу ~ 45 кДа. Его количество составляло порядка 2% от всех белков обонятельного эпителия. Столь значительное содержание в слизи предполагало его важную роль в обеспечении нормального функционирования клеток обонятельного эпителия, что послужило основанием для последующего изучения его структуры и свойств.

В процессе исследований был получен фрагмент кДНК, кодирующей полноразмерный р45, и установлена его нуклеотидная последовательность. При анализе первичной структуры р45 был выявлен консервативный участок, содержащий ~250 аминокислотных остатков, характерный для многих липид-связывающих/переносящих белков. Поскольку этот домен был впервые идентифицирован у дрожжевого белка БЕСИ (БесНр), белки, имеющие его в своём составе, относят к семейству БесМр-подобных белков. Структура и функции некоторых представителей этого семейства достаточно хорошо изучены. 8ес14рподобные белки приспособлены эволюционно для выполнения множества функций, таких как липидный транспорт, передачи сигналов, регуляция секреции и взаимодействие внутриклеточных компартментов.

Одна из целей настоящей работы состояла в получении рекомбинантного аналога р45, обладающего структурно-функциональными характеристиками максимально приближенными к таковым у природного белка и всестороннее изучение свойств р45. Поскольку важным этапом установления функции липид-переносящих белков является нахождение их специфичных липидных лигандов, другой целью был поиск такого лиганда для р45 и доказательство специфичности их взаимодействия.

Автор выражает глубокую признательность своему научныму руководителю чл.-корр. РАН, д.х.н., профессору В. М. Липкину и к.х.н., с.н.с. Т. М. Шуваевой за внимание к данной работе и помощь в ее проведении, к.б.н. М.И. Меркуловой за помощь в проведении исследований р45 с использованием двугибридной системы и СОБ-Ьклеток. Автор так же благодарит доктора биологических наук В.И. Новоселова за помощь в работе с природным р45, к.х.н. Н. С. Быстрова за синтез олигонуклеотидных зондов, к.х.н. Т. Н. Симонову за помощь в получении липидных экстрактов и разделении липидных фракций, к.х.н. В. Е. Третьякова за помощь в масс-спектрометрическом анализе липидных фракций.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Радченко, Виталий Владиславович

4. ВЫВОДЫ

1. Разработаны условия экспрессии кДНК Sec 14р-подобного белка с молекулярной массой 45 кДа из обонятельного эпителия крысы в клетках Escherichia coli штамма Rosetta™ и очистки полученного продукта. Установлено различие молекулярных масс природного и рекомбинантного белков и высказана гипотеза о том, какие посттрансляционные модификации могут с наибольшей степенью вероятности отвечать за это. Очевидно, к ним относятся: сульфирование ТугЗб, ацилирование N-концевого аминокислотного остатка и, возможно, фосфорилирование одного из остатков Ser в положениях 9,223 или 233.

2. В экспериментах с препаратами природного и рекомбинантного белков, используя метод взаимодействия с различными липидами на нитроцеллюлозных фильтрах, найден специфический природный лиганд р45 - фосфатидилинозит-3,4,5-трифосфат.

3. Разработан новый метод изучения липид-белковых взаимодействий in vitro, позволяющий исследовать транспортную активность белка по отношению к липидному лиганду. С использованием этого метода подтверждено, что секреторный белок с молекулярной массой 45 кДа из обонятельного эпителия крысы является переносчиком фосфатидилинозит-3,4,5-трифосфата.

4. В экспериментах на COS-1-клетках изучена секреция р45 и продемонстрировано совпадение клеточной локализации изучаемого белка и фосфатидилинозит-3,4,5-трифосфата.

5. С использованием двугибридной системы выявлены возможные белки-кандидаты на роль биологических партнеров р45.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Радченко, Виталий Владиславович, 2006 год

1. Rogers D. P, Bankaitis VA. Phospholipid transfer proteins and physiological functions. Int. Rev. Cytol., 2000, Vol. 197, p. 35-81

2. Daleke D. L. Regulation of transbilayer plasma membrane phospholipid asymmetry. J. Lipid Res., 2003, Vol. 44, p. 233-242

3. Burger K.N.J. Greasing membrane fusion and fission machineries. Traffic, 2000, Vol. l,p. 605-613

4. Raggers R.J., Pomorski T., Holthuis J., Kalin N., van Meer G. Lipid traffic: the ABC of transbilayer movement. Traffic, 2000, Vol. 1, p. 226-234

5. Hamilton J. A. Fatty acid transport: difficult or easy? J. Lipid Res., 1998, Vol. 39, p. 467-481

6. Tall A. R., Lalanne F. Phospholipid Transfer Protein and Atherosclerosis. Arterioscler. Thromb. Vase. Biol, 2003, Vol. 23, p. 1484-1485

7. Wirtz K. W. A. Phospholipid transfer protein. Ann. Rev. Diochem., 1991, Vol. 60, p. 73-99

8. Zimmer S., Stocker A., Sarbolouki M. N., Spycher S. E., Sassoon J., Azzi A. A novel human tocopherol-associated protein: cloning, in vitro expression, and characterization. J. Biol. Chem., 2000, Vol. 275, p. 25672-25680

9. Yamauchi J., Iwamoto T., Kida S., Masushige S., Yamada K., Esashi, T. Tocopherol-associated protein is a ligand-dependent transcriptional activator. Biochem. Biophys. Res. Commun., 2001, Vol. 285, p. 295-299

10. Kemp H.H., Wirtz K.W.A., Van Deenen L.L.M. A study on phospholipid exchange proteins present in the soluble fractions of beef liver and brain. Biochlm. Biophys. Acta, 1973, Vol. 318, p. 313-325

11. Lumb R.H., Kloosterman A.D., Wirtz K.W., Deenen L.M. Some properties of phospholipid exchange proteins from rat liver. Eur. J. Biochem., 1976, Vol. 69, p. 15-22

12. Helmkamp G. M. Jr., Harvey M. S., Wirtz K.W. A., van Deenen L.L.M. Phospholipid Exchange between Membranes. J. Biol. Chem., 1974, Vol. 249, p. 6382-6389

13. DiCorleto P.E., Warach J.B., Zilversmit D.B. Purification and characterization of two phospholipid exchange proteins from bovine heart. J. Biol. Chem., 1979, Vol. 254, p. 7795-7802

14. Venuti S.E., Helmkamp G.M. Tissue distribution, purification and characterization of rat phosphatidylinositol transfer protein. Biochim. Biophys. Acta, 1985, Vol. 946, p. 119-128

15. Daum G., Paltauf F. The effect of myo-inositol deficiency on phosphatases of yeast. Biochim. Biophys. Acta, 1984, Vol. 794, p. 385-391

16. Szolderits G., Hermetter A., Paltauf F., Daum G. Membrane properties modulate the activity of a phosphatidylinositol transfer protein from the yeast, Saccharomyces cerevisiae. Biochim. Biophys. Acta, 1989, Vol. 986, p. 301-309

17. Grondin P., Vergnolle C., Chavant L., Kader J.C. Purification and characterization of a novel phospholipid transfer protein from filamentous fungi. Int. J. Biochem., 1990, Vol. 22, p. 93-98

18. Bloj C. P., Zilversmit D. B. Rat liver proteins capable of transferring phosphatidylethanolamine. Purification and transfer activity for other phospholipids and cholesterol. J. Biol. Chem., 1977, Vol. 252, p. 1613-1619

19. Baciou L., Gulik-Krzywicki T., Sebban P. Involvement of the proteinprotein interactions in the thermodynamics of the electron-transfer process in the reaction centers from Rhodopseudomonas viridis. Biochemistry, 1991, Vol.30, p. 1298-1302

20. Wirtz K.W. A., Zilversmit D.B. Exchange of phospholipids between liver mitochondria and microsomes in vitro. J. Biol. Chem., 1968, Vol. 243, p.3596-3602

21. Akiyama M., Sakagami T. Exchange of mitochondrial lecithin and cephalin with those in rat liver microsomes. Biochim. Biophys. Acta, 1969, Vol. 187, p.105-112

22. Wirtz, K., W., A. Phospholipid transfer proteins revisited. Biochem. J., 1997, Vol. 324, p.353-360

23. Vergnolle C., Arondel V., Jolliot A., Kader J.C. Phospholipid transfer proteins from higher plants. Methods Enzymol., 1992, Vol. 209, p. 522-530

24. Arondel V., Vergnolle C., Cantrel C., Kader J.-C. Lipid transfer proteins are encoded by a small multigene family in Arabidopsis thaliana. Plant Sci., 2000, Vol. 157, p. 1-12

25. Kasuga M., Liu Q., Miura S., Yamaguchi-Shinozaki K., Shinozaki K. Improving plant drought, salt, and freezing tolerance by gene transfer of a single stress-inducible transcription factor. Nature Biotechnol., 1999, Vol. 17, p. 287-291

26. Yoder M.D. An essential role of Glu-243 and His-239 in the phosphotransfer reaction catalyzed by pyruvate dehydrogenase kinase. J. Biol. Chem., 2001, Vol 276, p. 9246-9252

27. Sha B., Phillips S. E., Bankaitis V. A., Luo M. Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae phosphatidylinositol-transfer protein. Nature, 1998, Vol. 391, p.506-510

28. Daum G., Paltauf F. Lipid transport in microorganisms. Experientia, 1990, Vol. 46, p. 586-592

29. Nikaido H. Molecular Basis of Bacterial Outer Membrane Permeability Revisited. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 2003, Vol. 67, p. 593— 656

30. Dickeson S. K., Lim C. N. Schuyler G. T., Dalton T. P., Helmkamp G. M., Yarbrough L. R. Isolation and sequence of cDNA clones encoding rat phosphatidylinositol transfer protein. J. Biol. Chem., 1989, Vol. 264, p. 1655716564

31. Lemmon M.A. Phosphoinositide Recognition Domains. Traffic, 2003, Vol. 4, p. 201-213

32. Hurley J.H., Meyer T. Subcellular targeting by membrane lipids. Curr. Opin Cell Biol., 2001, Vol. 13, p. 146-152

33. Cho W. Membrane targeting by CI and C2 domains. J. Biol. Chem., 2001, Vol. 276, p. 32407-32410

34. Murray D, Honig B. Electrostatic control of the membrane targeting of C2 domains. Mol. Cell, 2002, Vol. 9, p. 145-154

35. Cullen P.J., Cozier G.E., Banting G., Mellor H. Modular phosphoinositidebinding domains their role in signalling and membrane trafficking. Curr. Biol., 2001, Vol. 11, p. 882-893

36. Rameh L.E., Tolias K.F., Duckworth B.C., Cantley L.C. A new pathway for synthesis of phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate. Nature, 1997, Vol. 390, p. 192-196

37. Dove S.K., Cooke F.T., Douglas M.R., Sayers L.G., Parker P.J., Michell R.H. Osmotic stress activates phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate synthesis. Nature, 1997, Vol. 390, p. 187-192

38. Stephens L.R., Jackson T.R., Hawkins P.T. Agonist-stimulated synthesis of phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate: a new intracellular signalingsystem? Biochim. Biophys. Acta, 1993, Vol. 1179, p. 27-75

39. Czech M.P. PIP2 and PIP3: complex roles at the cell surface. Cell, 2000, Vol. 100, p. 603-606

40. Lemmon M.A., Ferguson K.M. Signal-dependent membrane targeting by pleckstrin homology (PH) domains. Biochem. J., 2000, Vol. 350, p. 1-18

41. Isakoff S.J., Cardozo T., Andreev J., Li Z., Ferguson K.M., Abagyan R., Lemmon M.A., Aronheim A., Skolnik E.Y. Identification and analysis of

42. PH domain-containing targets of phosphatidylinositol 3-kinase using a novel in vivo assay in yeast. EMBOJ., 1998, Vol. 17, p. 5374-5387

43. Dowler S., Currie R.A., Downes C.P., Alessi D.R. DAPP1: a dual adaptor for phosphotyrosine and 3-phosphoinositides. Biochem. J., 1999, Vol. 342, p. 712

44. Kavran J.M., Klein D.E., Lee A., Falasca M., Isakoff S.J., Skolnik E.Y., Lemmon M.A. Specificity and promiscuity in phosphoinositide binding by pleckstrin homology domains. J. Biol. Chem., 1998, Vol. 273, p. 30497-30508

45. Ferguson K.M., Kavran J.M., Sankaran V.G., Fournier E., Isakoff S.J., Skolnik E.Y, Lemmon M.A. Structural basis for discrimination of 3-phosphoinositides by pleckstrin homology domains. Mol. Cell, 2000, Vol. 6, p.373-384

46. Lietzke S.E., Bose S., Cronin T., Klarlund J., Chawla A., Czech M.P., Lambright DG. Structural basis of 3-phosphoinositide recognition bypleckstrin homology domains. Mol. Cell, 2000, Vol. 6, p. 385-394

47. Van der Kaay J., Beck M., Gray A., Downes C.P. Distinct phosphatidylinositol 3-kinase lipid products accumulate upon oxidative and osmotic stress and lead to different cellular responses. J. Biol. Chem., 1999, Vol. 274, p. 35963-35968

48. Dowler S., Currie R.A., Campbell D.G., Deak M., Kular G., Downes C.P., Alessi D.R. Identification of pleckstrin-homology-domain-containing proteins with novel phosphoinositide-binding specificities. Biochem. J., 2000, Vol. 351, p. 19-31

49. Kimber W.A., Trinkle-Mulcahy L., Cheung P.C.F., Deak M., Marsden L.J., Kieloch A., Watt S., Javier R.T., Gray A., Downes C.P., Lucocq J.M.,

50. Alessi D.R. Evidence that the tandem-pleckstrin-homology-domaincontaining protein TAPP1 interacts with Ptd Ins (3,4) P2 and the multi-PDZ-domain-containing protein MUPP1 in vivo. Biochem. J., 2002, Vol. 361, p. 525-536

51. Kanai F., Liu H., Field S.J., Akbary H., Matsuo T., Brown G.E., Cantley L.C., Yaffe M.B. The PX domains of p47phox and p40phox bind to lipid products of PI(3)K. Nat. Cell Biol, 2001, Vol. 3, p. 675-678

52. Gillooly D.J., Morrow I.C., Lindsay M., Gould R., Bryant N.J., Gaullier J.M., Parton R.G., Stenmark H. Localization of phosphatidylinositol 3-phosphate in yeast and mammalian cells. EMBOJ., 2000, Vol. 19, p. 4577-4588

53. Corvera S. Phosphatidylinositol 3-kinase and the control of endosome dynamics: new players defined by structural motifs. Traffic, 2001, Vol. 2, p. 859— 866

54. Odorizzi G., Babst M., Emr S.D. Phosphoinositide signaling and the regulation of membrane trafficking in yeast. Trends Biochem. Sci., 2000, Vol. 25, p. 229-235

55. Stenmark H., Aasland R., Driscoll P.C. The phosphatidylinositol 3-phosphate-binding FYVE finger. FEBSLetts., 2002, Vol. 513, p. 77-84

56. Misra S., Hurley J.H. Crystal structure of a phosphatidylinositol 3-phosphate-specific membrane-targeting motif, the FYVE domain of Vps27p. Cell, 1999, Vol. 97, p. 657-666

57. Dumas J.J., Merithew E., Sudharshan E., Rajamani D., Hayes S., Lawe D., Corvera S., Lambright D.G. Multivalent endosome targeting by homodimeric EEA1 .Mol. Cell, 2001, Vol. 8, p. 947-958

58. Sankaran V.G., Klein D.E., Sachdeva M.M., Lemmon M.A. High-affinity binding of FYVE domains to phosphatidylinositol-3-phosphate requiresintact phospholipid, but not FYVE domain oligomerization. Biochemistry, 2001, Vol. 40, p. 8581-8587

59. Misra S., Miller G.J., Hurley J.H. Recognizing phosphatidyl inositol 3-phosphate. Cell, 2001, Vol. 107, p. 559-562

60. Kutateladze T., Overduin M. Structural mechanism of endosome docking by the FYVE domain. Science, 2001, Vol. 291, p. 1793-1796

61. Cheever M.L., Sato T.K., de Beer T., Kutateladze T.G., Emr S.D., Overduin M. Phox domain interaction with Ptdlns(3) P targets the Vam7 t-SNARE to vacuole membranes. Nat. Cell Biol., 2001, Vol. 3, p. 613-618

62. Hayes S., Chawla A., Corvera S. TGF beta receptor internalization into EEAl-enriched early endosomes: role in signaling to Smad2. J. Cell Biol.,2002, Vol. 158, p. 1239-1249

63. Ponting C.P. Novel domains in NADPH oxidase subunits, sorting nexins,and Ptdlns 3-kinases: binding partners of SH3 domains? Protein Sci., 1996, Vol. 5, p. 2353-2357

64. Song X., Xu W., Zhang A., Huang G., Liang X., Virbasius J.V., Czech M.P., Zhou G.W. Phox homology domains specifically bind phosphatidylinositol phosphates. Biochemistry, 2001, Vol. 40, p. 8940-8944

65. Xu Y., Hortsman H., Seet L., Wong S.H., Hong W. SNX3 regulates endosomal function through its PX-domain-mediated interaction with PtdIns(3)P. Nat. Cell Biol., 2001, Vol. 3, p. 658-666

66. Yu J.W., Lemmon M.A. All phox homology (PX) domains from Saccharomyces cerevisiae specifically recognize phosphatidylinositol-3-phosphate. J. Biol. Chem., 2001, Vol. 276, p. 44179^4184

67. Kurten R.C., Eddington A.D., Chowdhury P., Smith R.D., Davidson A.D., Shank B.B. Self-assembly and binding of a sorting nexin to sorting endosomes. J. Cell Sci., 2001, Vol. 114, p. 1743-1756

68. Teasdale R.D., Loci D., Houghton F., Karlsson L., Gleeson P.A. A large family of endosome-localized proteins related to sorting nexin 1.

69. Biochem. J., 2001, Vol. 358, p. 7-16

70. Lemmon M.A., Ferguson K.M., O'Brien R., Sigler P.B., Schlessinger J. Specific and high-affinity binding of inositol phosphates to anisolated pleckstrin homology domain. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, Vol. 92, p. 10472-10476

71. Raucher D., Stauffer T., Chen W., Shen K., Guo S., York J.D., Sheetz M.P., Meyer T. Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate functions as a second messenger that regulates cytoskeleton-plasma membrane adhesion.

72. Cell, 2000, Vol. 100, p. 221-228

73. Sechi A.S., Wehland J. The actin cytoskeleton and plasma membrane connection: PtdIns(4,5)P2 influences cytoskeletal protein activity at the plasma membrane. J. Cell Sci., 2000, Vol.113, p. 3685-3695

74. Yin H.L., Janmey P.A. Phosphoinositide regulation of the actin cytoskeleton. Annu. Rev. Physiol, 2003, Vol. 65, p. 911-929

75. Rohatgi R., Ma L., Miki H., Lopez M., Kirchhausen T., Takenawa T.,

76. Kirschner M.W. The interaction between N-WASP and the Arp2/3 complex links Cdc42-dependent signals to actin assembly. Cell, 1999, Vol. 97, p. 221-231

77. Niggli V. Structural properties of lipid-binding sites in cytoskeletal proteins. Trends Biochem. Sci., 2001, Vol. 26, p. 604-611

78. Caroni P. Actin cytoskeleton regulation through modulation of PI(4,5)P2 rafts. EMBOJ., 2001, Vol. 20, p. 4332-4336

79. McLaughlin S., Wang J., Gambhir A., Murray D. PIP2 and proteins: interactions, organization, and information flow. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 2002, Vol. 31, p. 151-175

80. Hamada K., Shimizu T., Matsui T., Tsukita S., Hakoshima T. Structural basis of the membrane-targeting and unmasking mechanisms of theradixin FERM domain. EMBOJ., 2000, Vol. 19, p. 4449-4462

81. Novoselov S.V., Peshenko I.V., Evdokimov V.A., Nikolaev J.V., Matveeva E.A., Fesenko E.E. Water-soluble GTPbinding protein from rat olfactory epithelium.CVze/w. Senses, 1996, Vol. 21, p. 181-188

82. Aravind L., Neuwald A. F., Ponting C. P. Secl4p-like domains in NF1 and Dbl-like proteins indicate lipid regulation of Ras and Rho signaling.

83. Curr. Biol., 1999, Vol. 9, p. 195-197

84. Kempna P., Zingg J.M., Ricciarelli R., Hierl M.,Saxena S., and Azzi A. Cloning of novel human SEC14p-like proteins: ligand binding and functional properties. FreeRadic. Biol. Med., 2003, Vol. 34, p. 1458-1472

85. Crabb J. W., Goldflam S., Harris S. E., Saari J. C.

86. Cloning of the cDNAs encoding the cellular retinaldehyde-binding protein from bovine and human retina and comparison of the protein structures. J. Biol. Chem., 1988, Vol. 263, p. 18688-18692

87. Bankaitis V. A., Aitken J. R., Cleves A. E., Dowhan W. An essential role for a phospholipid transfer protein in yeast Golgi function. Nature, 1990, Vol. 347, p. 561-562

88. Gu M., Warshawsky I., Majerus P. W. Cloning and expression of a cytosolic megakaryocyte protein-tyrosine-phosphatase with sequence homology to retinaldehyde-binding protein and yeast SEC14p. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1992, Vol. 89, p. 2980-2984

89. Hentati A., Deng H. X., Hung W. Y., Nayer M„ Ahmed M. S., He X., Tim R., Stumpf D. A., Siddique T., Ahmed. Human alpha-tocopherol transfer protein: gene structure and mutations in familial vitamin E deficiency. Ann. Neurol., 1996, Vol. 39, p. 295-300

90. Stocker A., Zimmer S., Spycher S. E., Azzi A. Identification of a novel cytosolic tocopherol-binding protein: structure, specificity, and tissue distribution. IUBMB Life, 1999, Vol. 48, p. 49-55

91. Panagabko C., Morley S., Hernandez M., Cassolato P., Gordon H., Parsons R., Manor D., Atkinson J. Ligand specificity in the CRAL-TRIO protein family. Biochemistry, 2003, Vol. 42, p. 6467-6474

92. Phillips S. E., Sha B., Topalof L., Xie Z., Alb J. G., Klenchin V. A., Swigart P., Cockcroft S., Martin T. F., Luo M., Bankaitis

93. V. A. Yeast Secl4p deficient in phosphatidylinositol transfer activity is functional in vivo. Mol. Cell, 1999, Vol. 4, p. 187-197

94. Ferguson J.B., Bloch, K. Purification and propertiesof a soluble protein activator of rat liver squalene epoxidase. J. Biol. Chem., 1977, Vol. 252, p. 5381-5385

95. Anantharaman V., Aravind L. The GOLD domain, a novel protein module involved in Golgi function and secretion. Genome Biol., 2002, Vol. 3, research0023

96. Sohda M., Misumi Y., Yamamoto A., Yano A., Nakamura N., Ikehara Y. Identification and characterization of a novel Golgi protein, GCP60, that interacts with the integral membrane protein giantin. J. Biol. Chem., 2001, Vol. 276, p. 45298-45306

97. Bankaitis V.A., Aitken J.R., Cleves A.E., Dowhan W. An essential role for a phospholipid transfer protein in yeast Golgi function. Nature, 1990, Vol. 347, p. 561-562

98. РадченкоВ. В., Меркулова М.И., Шуваева T.M., Симонова Т. Н.,Бондарь А.А., Липкин В.М. Функциональная экспрессия Secl4p-подобного белка с молекулярной массой 45 кДа из обонятельного эпителия крысы. Биохимия, 2005, Т. 70, №12, с. 1631-1638

99. Merkulova M.M., Radchenko V.V., Il'nitskaya E.V.,Shuvaeva T.M., Lipkin V.M. A proteomic approach to study of the function of the Secl4p-like p45 protein Bioorg. Шт.,2005,'Vol. 31, p. 280-287

100. Merkulova M., Huynh H., Radchenko V., Saito K., Lipkin V., Shuvaeva T. and Mustelin T. Secretion of the mammalian Secl4p-like phosphoinositide-binding p45 protein FEBS Journal., 2005, Vol. 272, p. 5595-5605

101. Blazer-Yost B. L., Nofziger C. Phosphoinositide lipid second messengers: new paradigms for transepithelial signal transduction Eur. J. Physiol.,2005, Vol.450, p. 75-82

102. Folch J., Less M., Sloane G. A simple method for the isolation and purification of total lipides from animal tissues. J. Biol. Chem., 1957, Vol. 226, p. 497-509

103. Deak M., Csamayor A., Currie R.A., Downes C.P., Alessia, D.R. Characterisation of a plant 3-phosphoinositide-dependent protein kinase-1 homologue which contains a pleckstrin homology domain. FEBS Lett., 1999, Vol.451, p. 220-226

104. Provencher S.W., Glockner J. Estimation of globular protein secondary structure from circular dichroism. Biochemistry, 1981, Vol. 20, p. 33-37

105. Бергельсон Л.Д., Дятловицкая Э.В., Молотковский Ю.Г., Батраков С.Г., Барсуков Л.И., Проказова Н.В. Препаративная биохимия липидов, 1981, Изд. «Наука», Москва

106. Komatsu H., Bouma В., Wirtz K.W., Taraschi T.F., Janes N. Activity of phosphatidylinositol transfer protein is sensitive to ethanol and membrane curvature. Biochem. J., 2000, Vol. 348, p. 667-673

107. Kasper A.M., Helmkamp Jr. G.M. Protein-catalyzed phospholipid exchange between gel and liquid-crystalline phospholipid vesicles. Biochemistry, 1981, Vol. 20, p. 146-151

108. Demel R.A., Wirtz K.W.A., Kamp H.H., van Kessel G.W.S.M., van Deenen L.L.M. Phosphatidylcholine exchange protein from beef liver. Nature New Biology, 1973, Vol. 246, p. 102-105

109. Радченко В. В., Шуваева Т. М., Ильницкая Е. В., Липкин В. М. Заявка на получение патента РФ «Способ определения липидпереиосящей способности белков», РОСПАТЕНТ Рег.№ 2005127889 от 07 сентября 2005 года

110. Bartel P., Chien C.T., Sternglanz R., Fields S. Elimination of false positives that arise in using the two-hybrid system. Biotechniques., 1993, Vol. 14, p. 920-924

111. Sambrook J., Fritsch E., Maniatis T. Molecular Cloning. Cold Spring Harbor; New York; Cold Spring Harbor Lab. Press, 1989

112. Ito H., Fukuda Y., Murata K., Kimura A. Transformation of intact yeast cells treated with alkali cations. J. Bacteriol., 1983, Vol. 153, p. 163-168

113. Printen J.A., Sprague G.F., Jr. Protein-protein interactions in the yeast pheromone response pathway: Ste5p interacts with all members of the MAP kinase cascade. Genetics., 1994, Vol. 138, p. 609-619

114. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, 1970, Vol. 227, p. 680-685

115. Perrot V., Vazquez-Prado J., Gutkind J.S. Plexin B regulates Rho through the guanine nucleotide exchange factors leukemia-associated Rho GEF (LARG) and PDZ-RhoGEF. J. Biol. Chem., 2002, Vol. 277, p. 43115—43120

116. Durfee T., Becherer K„ Chen P.L., Yeh S.H., Yang Y., Kilburn A.E., Lee W.H., Elledge S.J. The retinoblastoma protein associates with the protein phosphatase type 1 catalytic subunit. Genes Dev., 1993, Vol. 7, p. 555-569