Полиморфизм минисателлитных маркеров З'Аров и D1S80 в популяциях Восточной Европы тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Вербенко, Дмитрий Анатольевич

• Вербенко, Дмитрий Анатольевич
• кандидат биологических наук
• 2008

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Вербенко, Дмитрий Анатольевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

I. ВВЕДЕНИЕ.

II. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

II. 1) Системы генетических маркеров в исследовании популяций человека.

II. 1.1) Диаллельные маркеры ДНК.

II. 1.2) Мультиаллельные маркеры ДНК.

П. 1.3) Гипервариабельные минисателлитные маркеры.

II. 1.3.1) Минисателлитный маркер гена аполипопротеина В.

II. 1.3.2) Минисателлитный маркер D1S80.

II. 1.4) Полиморфизм маркеров митохондриальной ДНК и Y-хромосомы.

II.2) Этническая геномика народов Восточной Европы.36

III. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

III. 1) Популяционные выборки.

111.2) Экспериментальные методы.

III.2.1) Выделение ДНК из образцов крови человека.

Ш.2.1.1) Осаждение ядерной фракции лейкоцитов.

Ш.2.1.2) Экстракция смесью фенол-хлороформ.

1П.2.1.3) Контроль качества ДНК с помощью гель-электрофореза.

111.2.2) Проведение полимеразной цепной реакции.

111.2.3) Электрофорез в полиакриламидном геле.

III.2.3.1) Приготовление стоковых растворов.

П1.2.3.2) Проведение вертикального электрофореза.

III.2.3.3) Окраска полиакриламидного геля серебром.

111.2.4) Синтез маркерных наборов для минисателлитных локусов.

Ш.2.5) Анализ аллельных вариантов минисателлитных локусов.

111.3) Статистическая обработка результатов.

Ш.3.1) Первичная обработка полученных данных.

III.3.2) Многомерный статистический анализ.

IV. РЕЗУЛЬТАТЫ.

IV. 1) Исследование полиморфизма минисателлитного локуса З'-концевой области гена

АРОВ.

IV. 1.1) Характеристики внутрипопуляционной изменчивости маркера.

IV. 1.2) Сравнительный анализ вариабельности маркера в популяциях.

IV.2) Исследование полиморфизма минисателлитного локуса D1S80.

IV.2.1) Характеристики внутрипопуляционной изменчивости маркера.

IV.2.2) Сравнительный анализ вариабельности маркера в популяциях.

IV.3) Анализ геномного разнообразия народов Восточной Европы.

IV.3.1) Дифференциация исследованных популяций методами многомерной статистики.

IV.3.2) Филогенетические взаимосвязи популяций Восточной Европы по данным изменчивости мультиаллельных локусов DM, DRPLA, SCA1, D1S80, З'АРОВ.

V. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Полиморфизм минисателлитных маркеров З'Аров и D1S80 в популяциях Восточной Европы»

Актуальность проблемы Гипервариабельные районы генома нашли широкое применение в качестве генетических маркеров при изучении генома человека. Данные локусы оказались высокоинформативными маркерами для генетического картирования, изучения генетической гетерогенности популяций, проведения судебно-медицинской экспертизы и установлении родства, а также в экологических исследованиях. В ходе исследований генома человека показано наличие целого класса тандемно повторяющихся последовательностей с элементарным звеном от 10 до 100 пар оснований. В некоторых случаях наблюдается высокая степень межиндивидуального варьирования числа тандемных повторов, наблюдаемого как множественный аллельный полиморфизм длины соответствующих последовательностей.Одним из наиболее часто используемых в популяционных исследованиях является гипервариабельный минисателлитный локус D1S80 (рМСТ 118), расположенный в коротком плече хромосомы 1. Длина элементарного звена тандемно организованного повторяющегося участка маркера составляет 16 пар нуклеотидов. По мнению некоторых исследователей, дифференцировка популяций основных расовых групп на основании только одного маркера D1S80 совпадает с картиной, выявленной при использовании классических (белковых) маркеров, а также других минисателлитньгх локусов ДНК [Duncan et al., 1996; Herrera et al.,.В гене аполипопротеина В описано несколько полиморфных участков [Boerwinkle et al., 1989а], в том числе высокополиморфный участок на расстоянии 500 пар оснований после 3'-конца гена. Повторяющимся звеном минисателлитного маркера З'АРОВ является тандем двух последовательностей длиной 14 и 16 п.н. Наличие большого количества данных по полиморфизму этого маркера делает его подходящим для изучения взаимосвязей между частотным распределением аллелей минисателлита и микроэволюционными процессами [Destro-Bisol et al., 2000].Поскольку исследования гипервариабельных минисателлитньгх локусов З'АРОВ и D1S80 активно проводятся во всем мире, стало возможным использование этих данных для анализа эволюционных механизмов, объясняющих современную изменчивость популяций человека. Общеизвестно, что данные по анализу материнских и отцовских линий популяций всего мира прямо указывают на расселение современных популяций из Африки.Проведенный недавно сравнительный анализ данных изменчивости минисателлита D1S80 и минисателлита З'АРОВ в популяциях всего мира еще раз подтвердил эту гипотезу [Herrera et al., 2004; Destro-Bisol et al., 2000]. Однако, до начала данного исследования, популяции Восточной Европы по этим типам маркеров были охарактеризованы лишь частично.Территория Северной Евразии представляет особый интерес для популяционных исследований, поскольку долгое время являлась местом контакта народов монголоидной и европеоидной рас, что наложило отпечаток на формирование генофонда современного коренного населения этого региона: здесь проживает множество смешанных народов, несущих в себе в разной пропорции признаки обеих рас. Изучение популяций, населяющих эту территорию, является частью всемирных исследований по изучению генетической разнообразия населения планеты, что подчеркивает важность и актуальность настоящей работы.Цели и задачи исследования Целью представленной работы являлось изучение полиморфизма минисателлитных маркеров З'АРОВ и D1S80 в популяциях Восточной Европы, относящихся к разным расам и различным этническим группам (русские, украинцы, белорусы, адыгейцы, абхазы, черкесы, калмыки, башкиры, коми).Основные задачи для достижения поставленной цели были следующие: изучить аллелыюе и генотипическое разнообразие минисателлитных локусов З'АРОВ и« -DIS80 в популяциях восточно-европейского региона, определить параметры полиморфизма (внутрипопуляционной изменчивости, гетерозиготности) минисателлитных локусов З'АРОВ и DIS80 на основании полученных данных провести характеристику филогенетической взаимосвязи популяций региона Восточной Европы с использованием метода многомерного шкалирования генетических расстояний. оценить свойства минисателлитных локусов З'АРОВ и D1S80 для дифференцировки популяций на разных уровнях организации (расовый, этнический, локальный). выявить филогенетические взаимосвязи народов Восточной Европы при совместном анализе полиморфизма маркеров, обладающих структурой тандемных повторов: минисателлитных локусов З'АРОВ и D1S80, а также изученных ранее микросателлитных локусов DM, DRPLA, SCA1, и сопоставить их с характеристиками, полученными в ходе анализа каждого из минисателлитных локусов З'АРОВ и D1S80 в отдельности. соотнести полученные картины филогенетических взаимосвязей популяций Восточной Европы с результатами исследований маркеров ДНК других типов (мтДНК, Y-хромосома, полиморфизм типа инсерция-делеция, однонуклеотидный полиморфизм).Научная новизна Впервые в большом числе популяций России и Белоруссии охарактеризованы параметры изменчивости минисателлитных маркеров З'АРОВ и D1S80.Продемонстрированы расово-диагностические свойства минисателлитных маркеров З'АРОВ и D1S80 при исследовании различных в этническом отношении популяций, населяющих территорию Северной Евразии.Высокая дифференцирующая способность минисателлитных маркеров З'АРОВ и D1S80 определена не только для популяций разных рас, но и для близко родственных, относящихся к одной этнической группе.Обнаружено соответствие генетической дифференциации изученных' популяций, оцениваемых как по каждому из используемых маркеров, а также с помощью пяти гипервариабельных маркеров DM, DRPLA, SCA1, D1S80, З'АРОВ. Подтверждена эффективность использования минисателлитных маркеров З'АРОВ и D1S80 для исследования эволюционной траектории популяций Восточной Европы.Научно-практическая значимость работы Результаты работы могут быть использованы для дальнейших популяционно-генетических исследований, оценки влияния экологических факторов, а также для судебно-медицинской экспертизы. Полученные данные могут представлять интерес в исследованиях по выявлению генетических факторов мультифакториальных заболеваний, а также - для оценки динамики изменения генофонда Восточной Европы.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Вербенко, Дмитрий Анатольевич

выводы

1. Дана характеристика аллельного и генотипического разнообразия популяций восточно-европейского региона по гипервариабельным минисателлитным маркерам З'АРОВ (27 популяций, 2400 человек) и D1S80 (33 популяции, 2860 человек). Обнаружен высокий уровень полиморфизма и гетерозиготности данных маркеров в изученных популяциях.

2. Показаны расово-диагностические свойства минисателлитных маркеров З'АРОВ и D1S80 в пределах территории Северной Евразии. С помощью многомерного статистического анализа выявлено разделение изученных популяций на отдельные кластеры европеоидов и монголоидов, между которыми находятся уральские популяции, содержащие в различной пропорции компоненты этих рас.

3. Установлено, что изменчивость данных маркеров в популяциях позволяет дифференцировать не только популяции разных рас, но и близкородственные, относящиеся к одной этнической группе. Кроме того, показано, что при многомерном статистическом анализе полиморфизма минисателлита З'АРОВ хорошо подразделяются европеоидные популяции, относящиеся к индо-европейской и северо-кавказской лингвистическим семьям, в случае минисателлита D1S80 среди популяций восточных славян удается выделить те, в которых более выражен финно-угорский компонент (северные русские Архангельской области).

4. Филогенетические взаимосвязи популяций Восточной Европы исследовали с привлечением данных о полиморфизме микросателлитных маркеров DM, DRPLA, SCA1. Анализ изменчивости пяти гипервариабельных маркеров ДНК DM, DRPLA, SCA1, D1S80, З'АРОВ у народов Восточной Европы обнаружил принципиальное сходство полученной филогенетической картины с результатами анализа каждого из двух изученных минисателлитных маркеров в отдельности, что является подтверждением их эффективности и дифференцирующих свойств.

5. Полученные с помощью минисателлитных маркеров З'АРОВ и D1S80 картины дифференцировки популяций, их кластеризация на графиках многомерного шкалирования согласуется с этнической историей, а также итогами антропологических и лингвистических исследований. Результаты подтверждают высокий потенциал и перспективность минисателлитных маркеров З'АРОВ и D1S80 для исследования эволюционной траектории популяций.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Полученные нами данные об изменчивости минисателлитных маркеров D1S80 и З'АРОВ в популяциях России и Белоруссии дополняют имеющиеся данные по другим регионам Европы и Азии, что позволяет более целостно рассматривать проблемы формирования межэтнического разнообразия генофонда современных этнических групп, как при глобальном филогенетическом анализе, так и детальном анализе изученных популяций. Результаты проведенной работы показали, что изменчивость минисателлитных маркеров D1S80 и З'АРОВ хорошо отражает эволюционную траекторию происхождения и дифференцировки этнических групп. Частотные характеристики минисателлитных маркеров, полученные для населения России, Украины и Белоруссии, найдут применение в исследованиях по анализу наиболее распространенных заболеваний, являющихся мультифакториальными, например таких, как атеросклероз и ишемическая болезнь сердца). Полученные данные могут быть использованы для оценки динамики изменения генофонда Восточной Европы, в том числе для экологического мониторинга различных областей.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Вербенко, Дмитрий Анатольевич, 2008 год

1. Алексеев В.П. География человеческих рас. М.: Мысль, 1974

2. Алтухов Ю.П., Салменкова Е.А. Полиморфизм ДНК в популяционной генетике // Генетика. 2002. Т.38. № 9. С. 1173-1195

3. Барышева Е.В., Букина A.M., Петрова Н.В., Лимборская С.А., Гинтер Е.К. Использование полиморфизма ДНК, выявляемого с помощью ДНК фага М13, в популяционных исследованиях // Генетика. 1991. Т. 27. № 3. С. 399 403.

4. Берг Р.Л. Генетика и эволюция. Избранные труды. Новосибирск: ВО "Наука", 1993, -284с.

5. Бермишева М.А., Викторова Т.В., Хуснутдинова Э.К. Полиморфизм митохондриальной ДНК человека // Генетика, 2003. т. 39, №8. с. 1013-1025.

6. Боринская С., Кожекбаева Ж.М., Горбунова Е.В., Соколова М.В., Юрьев Е.Б., Тяжелова Т.В., Гречанина Е.Я., Хуснутдинова Э.К., Янковский Н.К. Анализ полиморфизма гена DRD4 в популяциях России и сопредельных стран // Генетика, 2004. Т. 40, №6. С. 835840.

7. Васильев В.Б. Генетические основы митохондриальных болезней СПб.: Нестор-История, 2006 - 146 с.

8. Вейр Б. Анализ генетических данных: пер. с англ. М.: Мир, 1995.

9. И.Гурьев С.О., Федченко В.И., Жданов Р.И. Новый метод ПЦР-амплификации двух минисателлитных локусов человека и надежный метод выделения ДНК // Бюлл. Эксп. Биол. мед. 1999. т. 127, №3, с. 357-360.

10. Животовский Л.А., Популяционная биометрия. М., Наука, 1991, 272 С.

11. Жимулев И.Ф. Общая и молекулярная генетика. Н.: Сибирское университетское издательство", 2003.

12. Деренко М., Б. Малярчук, Г. Денисова и др. Молекулярно генетическая дифференциация этнических групп Южной и Восточной Сибири по данным о полиморфизме митохондриальной ДНК // Генетика. 2002. Т.38. №10: 1409-1416

13. Дерепко М.В., Малярчук Б.А., Возняк М., Дамбувева И.К., Доржу С.М., Лузина Ф.А., Ли Х.К., Мищичка-Сливка Д., Захаров И.А. Разнообразие линий Y-хромосомы коренного населения южной Сибири // Доклады биологических наук РАН. 2006. Т.411, с. 466-470.

14. Дерябин В.Е. Многомерные биометрические методы для антропологов. М: ВИНИТИ, УДК 572, 2001.

15. Картавцев Ю.Ф. Молекулярная эволюция и популяционная генетика. Издательство: Владивосток: Дальневосточный университет, 2005

16. Кикнадзе М.П. Ренин-ангиотензиновая система сердца // Кардиология. 1995. Т. 35, № 3. С.56-58.

17. Корниенко И.В., Щербакова Е.В., Земскова Е.Ю., Иванов П.Л. Распределение аллей D1S80 в случайной выборке популяции Российской Федерации // Судебно-медицинская экспертиза. 2002. Т.45, №6, С.27-31.

18. Коршунова Т.Ю., Ахметова В.Л., Кутуев И.А., Хусейнова Р.И., Гусейнов Г.Г., Хуснутдинова Э.К. VNTR-полиморфизм генов ФАГ, e-NOS и делеции гена CCR5 в популяциях Северного Кавказа // Генетика, 2004. Т. 40, №3. С. 409-414.

19. Котлярова С.Э., Масленников А.Б., Коваленко С.П., Полиморфизм 3'-фланкирующей области гена аполипопротеина В в популяции Сибирского региона // Генетика, 1994, Т. 30, №5, С.709-712.

20. Кравченко С.А., Малярчук О.С., Лившиц Л.А. Популяционно-генетическое исследование аллельного полиморфизма гипервариабельной области гена аполипопротеина В у населения разных регионов Украины // Цитология и генетика. 1996. Т.30, №5. С. 35-41.

21. Кравченко С.А., Малярчук С.Г., Пампуха В.М., Экшиян О.Ю., Нечипоренко М.В., Лившиц Л.А., Генетика и селекция на Украине на рубеже тысячелетий. Киев, Логос, 2001. Т.4. С.410-422.

22. Кравченко С.А., Сломинский П.А., Бец Л.А и др., Полиморфизм STR-локусов Y-хромосомы у восточных славян в трех популяциях из Белоруссии, России и Украины // Генетика, 2002, Т. 38, №1, С. 97-104.

23. Кузеев Р.Г. Волго-уральский регион этнокультурного взаимдействия финно-угорских и тюркских этносов. В кн.: Антропология и популяционная генетика башкир. Уфа, 1987.

24. Лимборская С.А., Хуснутдинова Э.К., Балановская Е.В. Этногеномика и геногеография народов Восточной Европы. М.: Наука, 2002, 261с.

25. Лимборская С.А., Сломинский П.А. Молекулярная генетика человека: Медико-генетические и популяционные исследования. В кн.: Проблемы и перспективы молекулярной генетики. Том 1. / Отв. ред. академик РАН Е.Д.Свердлов. М.: Наука,2003, сс. 307-371.

26. Лункина А.В., Денисова Г.А., Деренко М.В., Малярчук Б.А. Изменчивость митожондриальной ДНК в двух популяциях русских Новгородской области // Генетика.2004. т.40, №7, С.975-80.

27. Малярчук Б. Дифференциация славян и их генетическое положение среди народов Евразии по данным об изменчивости митохондриальной ДНК // Генетика. 2001. Т.37. № 12. С. 1705-1712.

28. Малярчук Б.А. Дифференцировка митохондриальной субгаплогруппы U4 в популяциях Восточной Европы, Урала и Западной Сибири: применение к генетической истории уральских популяций // Генетика. 2004. Т.40. № 11. С. 1549-1556.

29. Маниатис Т., Фрич Э., Сембрук Дж. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984,-478 с.

30. Микулич А.И., Лимборская С.А., Попова С.Н., Сломинский П.А., Цыбовский И.С., Шадрина М.И, Использование полиморфных маркеров ДНК в решении задач этнической антропологии и генетики человека// Доклады НАН Беларуси, 1999, т. 43, №2, С. 75-79.

31. Микулич А.И., Цыбовский И.С., Сломинский П.А., Лимборская С.А., Картель Н.А., Полиморфизм ДНК и этногеномика белорусских популяций // Доклады НАН Беларуси, 2002, т. 46, №5, С. 78-84.

32. Морозова И.Ю., Наумова О.Ю., Рычков С.Ю., Жукова И.В. Полиморфизм митохондриальной ДНК у русских из пяти областей европейской части России // Генетика. 2004. т. 41, №9, С. 1265-1271.

33. Народы Поволжья и Приуралья. / Под ред. Кузеева Р.Г. М.: Наука, 1985.

34. Погода Т.В., Никонова А.Л., Колосова Т.В. и соавт. Аллельные варианты генов аполипопротеинов В и С2 у больных ишемической болезнью сердца и здоровых лиц из московской популяции // Генетика, 1995, Т. 31, № 7, С. 1001-1009.

35. Попова С.Н., Сломинский П.А., Бебякова Н.А., Лимборская С.А., Полиморфизм триплетиых повторов в генах МРК, DRPLA и SCA1 в популяциях России // Экология человека, 2000, №3, С.21-23.

36. Попова С.Н., Сломинский П.А., Галушкин С.Н., Спицын В.А., Гусева И.А., Бебякова Н.А., Лимборская С.А. Полиморфизм глутатион S-трансферез Ml и Т1 в нескольких популяциях России // Генетика, 2002а, т. 38, №2. С. 281-284.

37. Происхождение и этническая история русского народа. / Под ред. Бунака В.В. М.: Наука, 1965.

38. Пушкарев В.П., Новиков П.И. Использование капиллярного электрофореза для исследования микросателлитов D13S317 и D7S820 в популяциях белого населения уральского региона России // Судебно-медицинская экспертиза, 2002, Т.45, №6, С.:31-35.

39. Рогинский Я.Я., Левин М.Г. Антропология. М.: Высшая школа, 1978. 528 с.

40. Рысков А.П., Джинчарадзе А.Г., Просняк М.И., Иванов П.Л., Лимборская С.А. Геномная дактилоскопия организмов различных таксономических групп: Использование в качестве гибридизационной пробы ДНК фага М13 // Генетика. 1988. Т. 24, № 2. С. 227-237.

41. Рысков А.П. Геномная дактилоскопия. М.: 1990. 39с. (Информ. бюл. "Геном человека").

42. Рысков А.П. Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг в генетико-популяционных исследованиях биоразнообразия // Молекулярная биология, 1999, Т.ЗЗ, № 6. С.997-1011.

43. Рычков Ю.Г., Жукова О.В., Шереметьева В.А. и др. Генофонд и геногеография народонаселения / ред. Рычков Ю.Г. и Алтухов Ю.П. 2000. Санкт-Петербург: Наука. Т. I. С. 611.

44. Сингер М., Берг П. Гены и геномы. В 2-х томах. М.: Мир, 1998,-391с.

45. Спицын В. А. Биохимический полиморфизм человека / М. 1985. С. 214.

46. Тарантул В.З. Геном человека: Энциклопедия, написанная четырьмя буквами. М.: Языки славянской культуры, 2003.

47. Харьков В.Н., Степанов В.А., Медведева О.Ф., Спиридонова М.Г., Максимова Н.Р., Ноговицына А.Н., Пузырев В.П. Происхождение якутов: анализ гаплотипов Y-хромосомы // Молекулярная биология, 2008, т.42, №2, С. 226-237.

48. Хрунин А.В., Бебякова Н.А., Иванов В.П., Солодилова М.А., Лимборская С.А., Полиморфизм микросателлитов Y-хромосомы в русских популяциях севера и юга России на примере Курской и Архангельской областей // Генетика, 2005, Т. 41, № 8, С.1125-1131.

49. Хуснутдинова Э.К., Хидиятова И.М., Галеева А.Р., Гринчук О.В., Лимборская С.А. Анализ полиморфизма гипервариабельного локуса гена аполипопротеипа В в популяциях народов Волго-Уральского региона// Генетика. 1996. Т.32, №12. С.1678-1682.

50. Хуснутдинова Э. Молекулярная этногенетика народов Волго-Уральского региона Уфа: Изд. "Гилем", 1999.

51. Шаброва Е.В. Исследование геномного разнообразия популяций человека методоим мультилокусного ДНК-фингерпринтинга. Дисс. на соискание уч. степ, к.б.н., Институт молекулярной генетики РАН, 2003.

52. Шадрина М.И.,Сломинский П.А., Оганов Р.Г., Перова Н.В., Лимборская С.А. Анализ полиморфизма 5'-концевой области гена аполипопротеина В у больных ишемической болезнью сердца// Генетика, 1996. Т. 32. №8, С. 1041-1044.

53. Шадрина М.И., Сломинский П.А., Милосердова О.В., Перова Н.В., Лимборская С.А. Анализ полиморфизма гена ангиотензинпревращающего фермента у больных ишемической болезнью сердца в московской популяции // Генетика 2001. Т.37, №4.

54. Alavantic D, Glisic S, Kandic I. APO В 3' HVR polymorphism in healthy population: relationships to serum lipid levels // Genetic Epidemiology, 1998, Vol.15, N2, P.l 13-122.

55. Alekseeva TI, Alekseev VP. Ethnogeny of Slavic peoples: an anthropologist's view // Ethnologia Slavica (Bratislava), 1977, Vol. 8/9, P. 13-23.

56. Appelgren H., Cederberg H., and Rannug U. Meiotic interallelic conversion at the human minisatellite MS32 in yeast triggers recombination in several chromatids // Gene. 1999. V. 239. P. 29-38.

57. Ardlie KG, Kruglyak L, Seielstad M., Patterns of linkage disequilibrium in the human genome // Nature Reviews Genetics, 2002, Vol.3, N4, P.299-309.

58. Amarger V., Gauguier D., Yerle M., Apiou F., Pinton P., Giraudeau F., Monfouilloux S., Lathrop M., Dutrillaux B, Buard J, Vergnaud G. // Genomics, 1998. Vol. 52, P.62-71.

59. Arakura A., Liu C., Ota M., Fukushima H. Subtyping and characterization of D1S80 alleles in a Japanese population using PCR-RFLP. // International Journal of Legal Medicine, 1998, Vol. Ill, N4. P.183-187.

60. Aseev M., Surin V., Baboev K. et al. Allele frequencies and molecular diagnosis in haemophilia A and В patients from Russia and from some Asian republics of the USSR // Prenatal Diagnosis. 1994. Vol. 14. P.513-522.

61. Asmundo A., Crino C. The distribution of D1S80 (pMCT118) alleles in a Southern Italian population sample // Journal of Forensic Sciences, 1998, Vol. 43, N4. P.911-912.

62. Belyaeva O., Bermisheva M., Khrunin A., Slominsky P., Bebyakova N., Khusnutdinova E., Mikulich A., Limborska S., Mitochondrial DNA variation in Russian and Belorussian populations // Human Biology, 2003, Vol. 75, N5, P.647-660.

63. Bernardi F., Legnani C., Volinia S., Patracchini P., Rodorigo G., DeRosa V., Marchetti G. A Hindlll RFLP and a gene lesion in the coagulation factor VIII gene // Human Genet. 1988. Vol. 78. P. 359-362.

64. Boerwinkle E., Lee S.S., Butler R., Schumaker V.R., Chan L. Rapid typing of apolipoprotein В DNA polymorphism by DNA amplification // Atherosclerosis, 1990, Vol. 81. P. 225-233.

65. Bois PR. Hypermutable minisatellites, a human affair? // Genomics, 2003, Vol.81, N4, P.349-355.

66. Bois P, Jeffreys AJ. Minisatellite instability and germline mutation // Cell Molecular Life Sciences, 1999, Vol.55, N12, P.1636-1648.

67. Bowcock A.M., Bucci C., Hcbert J.M., Kidd J.R., Kidd K.K., Friedlaender J.S., Cavalli-Sforza L.L. Study of 47 DNA markers in five populations from four continents // Gene Geogr, 1987, Vol.1, p. 47-64.

68. Buard J. and Vergnaud G. Complex recombination events at the hypermutable minisatellite CEB1 (D2S90) //EMBO J. 1994. Vol. 13. P. 3203 3210.

69. Budowle B, Chakraborty R, Giusti AM, Eisenberg AJ, Allen RC. Analysis of the VNTR locus D1S80 by the PCR followed by high-resolution PAGE // American Journal of Human Genetics, 1991, Vol.48, N1,P.137-144.

70. Cann RL, Stoneking M, Wilson AC. Mitochondrial DNA and human evolution // Nature, 1987, Vol.325, N6099, P.31-36.

71. Cavalli-Sforza L.L., Piazza A. Human genomic diversity in Europe: a summary of recent research and prospects for the future // European Journal of Human Genetics, 1993, V. 1, p. 318.

72. Cavalli-Sforza, LL, Menozzi, P, Piazza, A. 1994. The history and geography of human genes. Princeton, NJ: Princeton University Press.

73. Choong ML, Sethi SK, Koay ES. Effects of intragenic variability at 3 polymorphic sites of the apolipoprotein В gene on serum lipids and lipoproteins in a multiethnic Asian population // Human Biology, 1999, Vol.71, N3, P.381-397.

74. Christmann A., Lagoda P. J. L., Zang K. D. Non-radioactive in situ hybridization pattern of the M13 minisatellite sequences on human metaphase chromosomes // Human Genetics, 1991,. Vol.86, P.487-490.

75. Cidl K., Strelcova L., Vasku A., Vaeha J. Angiotensin I-converting enzyme (ACE): A review of I/D polymorphism in the world populations // Scr. Medicine (Brno), 1997, Vol. 70, N 2, P.81-87.

76. Clark AG. The role of haplotypes in candidate gene studies // Genetic Epidemiology, 2004; Vol. 27, N4, P.321-333.

77. Conrad DF, Jakobsson M, Coop G, Wen X, Wall JD, Rosenberg NA, Pritchard JK. A worldwide survey of haplotype variation and linkage disequilibrium in the human genome // Nature Genetics, 2006, Vol. 38, N11. P.1251-1260.

78. Das K, Mastana SS. Genetic variation at three VNTR loci in three tribal populations of Orissa, India// Annals of Human Biology, 2003, Vol.30, N3, P.237-249.

79. Debrauwere H., Buard J., Tessier J., Aubert D., Vergnaud G., and Nicolas A. Meiotic instability of human minisatellite CEB1 in yeast requires DNA double-strand breaks // Nat. Genet. 1999. Vol. 23. P.367 371.

80. Deka R., Chakraborty R., De Croo S., Rothhammer F., Barton S.A., Ferrell R.E., Characteristics of polymorphism at a VNTR locus 3' to the apolipoprotein В gene in five human populations // American Journal of Human Genetics, 1992, Vol. 51, pp.1325-1333

81. Destro-Bisol G., Presciuttini S., d'Aloja E., Dobosz M., Spedini G., Pascali V.L. Genetic Variation at the ApoB 3' HVR, D2S44, and D7S21 Loci in the Ewondo Ethnic Group of Cameroon // American Journal of Human Genetics,1994 Vol. 55, P. 158-164.

82. Ding C. 'Other' applications of single nucleotide polymorphisms // Trends of Biotechnology, 2007, Vol. 25, N7, P. 279-283.

83. Dobzhansky, T. (1970) Genetics of the Evolutionary Process (Columbia Univ. Press, New York).

84. Dubrova YE. Long-term genetic effects of radiation exposure // Mutation Research, 2003, Vol.544, N2-3, P. 433-439.

85. Duncan G, Thomas E, Gallo JC, Baird LS, Garrison J, Herrera RJ. Human phylogenetic relationships according to the D1S80 locus // Genetica, 1996-97, Vol. 98, N3, P. 277-287.

86. Duncan GT, Balamurugan K, Budowle B, Smerick J, Tracey ML. Microvariation at the human D1S80 locus // Int J Legal Med, 1997, Vol.110, N3, P.150-154.

87. Evans AE, Zhang W, Moreel JFR et al. Polymorphisms of the apolipoprotein В and E genes and their relationship to plasma lipid variables in healthy Chinese man // Hum Genetics, 1993, Vol. 92, P. 191-197.

88. Flint J., Bond J., Harding R.M., Clegg J.B. Minisatellite as tools for population genetic analysis. In Molecular biology and human diversity / 1996. eds. A J. Boyce and C.G.N. Mascie-Taylor. Cambridge: Cambridge University Press. P. 24 28.

89. Friedl W., Ludwig E.H., Paulweber В., Sandhofer F., McCarthy B.J. Hypervariability in a minisatellite 3' of the apolipoprotein В gene in patients with coronary heart disease compared with normal control // J. Lipid. Research, 1990, Vol. 31. P.659-665.

90. Fukuyama R., Takata M., Kudoh J., Sakai K., Tamura S., Shimizu N. DNA diagnosis of hydatidiform mole using polymerase chain reaction // Human Genetics, 1991, Vol. 87. P.216-218.

91. Gabriel S.B., Schaffner S.F., Nguyen H. et al., The structure of haplotype blocks in the human genome // Science, 2002, Vol.296, P.2225-2229.

92. Goldstein DB, Pollock DD. Launching microsatellites: a review of mutation processes and methods of phylogenetic interference // J Heredity, 1997, Vol. 88, N5, P.335-342.

93. Gonder MK, Mortensen HM, Reed FA, de Sousa A, Tishkoff SA. Whole-mtDNA genome sequence analysis of ancient African lineages // Mol Biol Evol., 2007, Vol.3, P.757-768.

94. Graham J.B., Kunkel G.R., Fowlkes D.M., Lord S.T. The utility of a Hind III polymorphism of factor VIII examined by rapid DNA analysis // Brit. J. Haematology, 1990, Vol. 76. P.75-79.

95. Jeffreys A.J., Tamaki K., MacLeod A., Monckton D.G., Neil D.L., and Armour J.A.L. Complex gene conversion events in germline mutation at human minisatellites // Nat. Genet. 1994, Vol. 6, P. 136 145.

96. Jeffreys AJ, Pena SD. Brief introduction to human DNA fingerprinting // EXS, 1993, Vol.67, P. 1-20.

97. Jin L, Chakraborty R. Population dynamics of DNA fingerprint patterns within and between populations // Genet Research, 1994, Vol.63, N1, P.l-9.

98. Jurka J, Gentles AJ. Origin and diversification of minisatellites derived from human Alu sequences // Gene, 2006, Vol.365, P.21-26.

99. Halushka M., Fan J., Bentley K. Et al. Pattern of single nucleotide polymorphism in candidate genes for blood-pressure homeostasis // Nature Genetics, 1999, Vol. 22, P. 239-247.

100. Han Y, Gu S, Oota H, Osier MV, Pakstis AJ, Speed WC, Kidd JR, Kidd KK. Evidence of positive selection on a class I ADH locus // American Journal of Human Genetics, 2007, Vol. 80, N3. P.441-456.

101. Hearne C.M., Ghosh S., Todd J.A. Microsatellites for lineage analysis of genetic traits // Trends. Genet., 1992, Vol. 8, P. 288-294.

102. Herrera RJ, Adrien LR, Ruiz LM, Sanabria NY, Duncan G. D1S80 single-locus discrimination among African populations // Human Biology, 2004, Vol. 76, N1, P. 87-108.

103. Hixson J.E., Powers P.K., McMahan C.A. The human apolipoprotein В 3' hypervariable region: detection of eight new alleles and comparisons of allele frequencies in blacks and whites // Human Genetics, 1993, Vol. 91, N 5. P.475-479.

104. Hoelzel AR and Bancroft DR. Statistical analysis of variation; in Hoelzel AR (ed): Molecular genetics analysis of populations. London, Oxford Univ. Press, 1998, pp 399-407.

105. Kan YW, Dozy AM. Polymorphism of DNA sequence adjacent to human beta-globin structural gene: relationship to sickle mutation // Proc Natl Acad Sci USA, 1978, Vol. 75, N11. P.5631-5635.

106. Kadasi L, Gecz J, Ferakova I et al. Distribution of ApoBII, MCT118 (D1S80), YNZ22 (D17S30) and COL2A1 Amp-FLPs (Amplified fragment length polymorphisms) in Caucasoid population of Slovakia// Gene Geography, 1994, Vol.8, P. 121-127.

107. Kasai K, Nakamura Y, White R. Amplification of a Variable Number of Tandem Repeat (VNTR) Locus (pMCTl 18) by the Polymerase Chain Reaction (PCR) and Its Application to Forensic Science // J Forensic Sci, 1990, Vol. 35, P.l 196-1200.

108. Kruglyak L., Prospects for whole-genome linkage disequilibrium mapping of common disease genes // Nat. Genet., 1999, Vol.22, N.2, P. 139-144.

109. Kutuev I, Khusainova R, Karunas A, Yunusbayev B, Fedorova S, Lebedev Y, Hunsmann G, Khusnutdinova E. From East to West: patterns of genetic diversity of populations living in four Eurasian regions // Hum Heredity, 2006, Vol.61, N1. P.l-9.

110. Latorra D, Stern CM, Schanfield MS. Characterization of human AFLP systems apolipoprotein B, phenylalanine hydroxylase, and D1S80 // PCR Methods Appl., 1994, Vol.3, N6, P.351-358.

111. Levinson G, Gutman GA. Slipped-strand mispairing: a major mechanism for DNA sequence evolution // Mol Biol Evol., 1987, Vol.4, N3, P.203-221.

112. Limborska S.A., Prosnyak M.I., Bocharova T.N., Smirnova E.M., Ryskov A.P. The properties of human DNA fingerprints produced by polymeric monocore probes // Genet. Anal., 1999, Vol. 15, N 1. P.19-24.

113. Liu N„ Sawyer S.L., Mukherjee N. Pakstis A.J., Kidd J.R., Kidd K.K., Brookes A.J., Zhao H., Haplotype block structures show significant variation among populations // Genet. Epidemiol., 2004, Vol.27, N.4, P.385-400.

114. Ludwig E.H., Blackhart B.D., Pierotti V.R., Caiati L., Fortier C., Knott Т., Scott J., Mahley R.W., Levy-Wilson В., McCarthy B.J. DNA sequence of the human apolipoprotein В gene // DNA, 1987, Vol. 6, N 4. P.363-372.

115. Ludwig E.H., Friedl W., McCarthy B.J., High resolution analysis of a hypervariable region in the human apolipoprotein В gene // American Journal of Human Genetics, 1989, Vol. 45, N3, pp.458-464

116. Luo R, Hipp AL, Larget B. A Bayesian model of AFLP marker evolution and phylogenetic inference // Stat Appl Genet Mol Biol., 2007, Vol.6:Articlell.

117. Malyarchuk В, Derenko M, Grzybowski T, Lunkina A, Czarny J, Rychkov S, Morozova I, Denisova G, Miscicka-Sliwka D. Differentiation of mitochondrial DNA and Y chromosomes in Russian populations // Hum Biology, 2004, Vol. 76, N6. P. 877-900.

118. Malysheva DN, Tokarskaya ON, Petrosyan VG, Danielyan FD, Darevsky IS, Ryskov AP. Genomic variation in parthenogenetic lizard Darevskia armeniaca: evidence from DNA fingerprinting data // J Heredity, 2007, Vol.98, N2, P.173-178.

119. Martinez L, Reategui EP, Fonseca LR, Sierra-Montes JM, Terreros MC, Pereira-Simon S, Herrera RJ. Superimposing polymorphism: the case of a point mutation within a polymorphic Alu insertion // Hum Heredity, 2005, Vol.59, N2, P.109-117.

120. Martinson J.J., Chapman N.H., Rees D.C., Liu Y.T., Clegg J.B. Global distribution of the CCR5 gene 32-basepair deletion // Nature Genet. 1997. Vol. 16. P. 100-103.

121. Mastana, S.S., Papiha, S.S. D1S80 distribution in world populations with new data from the UK and the Indian sub-continent // Ann. Hum. Biol., 2001, Vol. 28, P. 308-318.

122. Mastana S, Lee D, Singh PP, Singh M. Molecular genetic variation in the East Midlands, England: analysis of VNTR, STR and Alu insertion/deletion polymorphisms // Ann Hum Biology, 2003, Vol.30, N5, P.538-550.

123. Mathew C.G.P. The isolation of high molecular weight eukaryotic DNA. In: Methods in Molecular Biology / Humana Press (ed Walker JM). 1984. V. 2. P. 31 34.

124. Miller MP. R by C: A program that performs Fisher's Exact test on any sized contingency table through the use of the Metropolis algorithm. 1997, http://bioweb.usu.edu/mpmbio/

125. Mueller J.C., Lohmussaar E., Magi R., Remm M., Bettecken Т., Lichtner P., Biskup S. et al., Linkage disequilibrium patterns and tagSNP transferability among European populations // American Journal of Human Genetics, 2005, Vol.76, N.3, P.387-398.

126. Nakahara M, Shimozawa M, Nakamura Y, Irino Y, Morita M, Kudo Y, Fukami K. A novel phospholipase C, PLC(eta)2, is a neuron-specific isozyme // J Biol Chemistry, 2005, Vol. 280, N32, P.29128-29134.

127. Nakamura Y, Carlson M, Krapcho K, White R. Isolation and mapping of a polymorphic DNA sequence (pMCT118) on chromosome lp D1S80. // Nucleic Acids Research, 1988, Vol.16, N19, P. 9364.

128. Nei M. Genetic distance between populations. // American Naturalist 1972, Vol. 106, P. 283292.

129. Nei M. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals // Genetics, 1978, Vol.89, P. 583-590.

130. Neuhuber F, Radacher M, Sorgo G. Analysis of STR-PCR products with high-resolution denaturing PAGE // Int J Legal Med, 1996, Vol.108, N4, P. 225-226.

131. Pai CY, Chou SL, Tang TK, Wei YH, Yang CH. Prevention of false results from preferential PCR amplification or VNTR alleles // J Formos Med Association, 1996, Vol. 95, N1, P.69-72.

132. Pawlowski R, Paszkowska R, Hauser R, Brinkmann B. Population studies of three AMPFLPs systems in a north Polish population // Int J Legal Medicine, 1996, Vol.109, N3, P.155-156.

133. Pena S.D.J., Chakraborty R. Paternity testing in the DNA era // Trends in Genet., 1994, Vol.10, P. 204-210.

134. Phillips C. Online resources for SNP analysis: a review and route map // Mol Biotechnology, 2007, Vol.35, N1, P. 65-98.

135. Phillips M.S., Lawrence R., Sachidanandam R., Morris A.P., Balding D.J., Donaldson M.A., Studebaker J.F. et al., Chromosome-wide distribution of haplotype blocks and the role of recombination hot spots // Nat Genetics, 2003, Vol.33, N.3, P.382-387.

136. Pinheiro MF, Pontes ML, Huguet E, Gene M, da Costa JP, Moreno P. Study of three AMPFLPs (D1S80, 3'ApoB and YNZ22) in the population of the north of Portugal // Forensic Sci International, 1996, Vol. 79, N1, P. 23-29.

137. Podder M, Welch WJ, Zamar RH, Tebbutt SJ. Dynamic variable selection in SNP genotype autocalling from APEX microarray data // BMC Bioinformatics, 2006, Vol.7, P.521.

138. Poltl R., Luckenbach C., Reinhold J., Fimmers R., Ritter H. Comparison of German population data on the apoB-HVR locus with other Caucasian, Asian and Black populations // Forensic Sci International, 1996, Vol 80, P. 221-227.

139. Ranjan D, Trivedi R, Vasulu TS, Kashyap VK. Geographic contiguity and genetic affinity among five ethnic populations of Manipur, India: further molecular studies based on VNTR and STR loci // Ann Hum Biology, 2003, Vol.30, N2. P.117-31.

140. Rebala K, Mikulich Al, Tsybovsky IS, Sivakova D, Dzupinkova Z, Szczerkowska-Dobosz A, Szczerkowska Z. Y-STR variation among Slavs: evidence for the Slavic homeland in the middle Dnieper basin // J Hum Genet, 2007, Vol. 52, N5. P.406-414.

141. Roff DA, Bentzen P. The statistical analysis of mitochondrial DNA: %2 and problem of small samples // Mol Biol Evol, 1989, Vol. 6, P. 539-545.

142. Ruhlen, M. 1991. Postscript to: A guide to the Languages of the World. Stanford, Calif.: Stanford Univ. Press, 1975.

143. Ryskov A.P., Jincharadze A.G., Prosnyak M.I., Ivanov P.L., Limborska S.A. M13 phage DNA as a universal marker for DNA fingerprinting of animals, plants and microorganisms // FEBS Lett, 1988, Vol. 233, N 2. P.388-392.

144. Sainudiin R, Clark AG, Durrett RT. Simple models of genomic variation in human SNP density //BMC Genomics, 2007, Vol.8, P.146.

145. Sajantila A, Puomilahti S, Johnsson V, Ehnholm C. 1992b. Amplification of Reproducible Allele markers for Amplified Fragment Length Polymorphism Analysis // Biotechniques, 1992b, Vol. 12, N1, P.16-20.

146. Sajantila A., Lukka M., Syvanen A.-C., Experimentally observed germline mutations at human micro- and mini-satellite loci // European Journal of Human Genetics, 1999, Vol. 7, N2, P.263-266.

147. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular Cloning // Cold Spring Harbor, Laboratory Press. USA. 1989.

148. Santos A., Armour J.A.L. A highly variable segment of human subterminal 16p reveals a history of population growth for modern humans outside Africa // Proc. Natl Acad Sci USA, 2001, V. 98, N3, p. 864-869.

149. Santos FR, Pandya A, Tyler-Smith С, Pena SD, Schanfield M, Leonard WR, Osipova L, Crawford MH, Mitchell RJ. The central Siberian origin for native American Y chromosomes // American Journal of Human Genetics, 1999, Vol. 64, N2, P. 619-628.

150. Soubrier F., Alhenc-Gelas F., Hubert C. Two putative active centers in human angiotensin I-converting enzyme revealed by molecular cloning // Proc. Nat. Acad. Sci. US., 1988, Vol. 85. P. 9386-9390.

151. Stead JD, Jeffreys AJ. Allele diversity and germline mutation at the insulin minisatellite // Hum Mol Genetics, 2000, Vol.9, N5, P.713-723.

152. Takezaki N, Nei M. Empirical tests of the reliability of phylogenetic trees constructed with microsatellite DNA // Genetics, 2008, Vol.178, N1, P.385-392.

153. Vassart G., Georges M., Monsieur R., Brocas H., Lequarre A.S., Christophe D. A sequence in M13 phage detects hypervariable minisatellites in human and animal DNA // Science, 1987, Vol. 235. P. 683 684.

154. Verbenko DA, Pocheshkhova EA, Balanovskaya EV, Marshanija EZ, Kvitzinija PK, Limborska SA. Polymorphisms of D1S80 and 3'ApoB minisatellite loci in Northern Caucasus Populations // J Forensic Sciences, 2004, Vol. 50, P. 180-183.

155. Verbenko DA, Knjazev AN, Mikulich Al, Khusnutdinova EK, Bebyakova NA, Limborska SA. Variability of the З'АРОВ Minisatellite Locus in Eastern Slavonic Populations // Hum Heredity, 2005, Vol. 60, N1, P.10-18.

156. Verbenko DA, Slominsky PA, Spitsyn VA, Bebyakova NA, Khusnutdinova EK, Mikulich Al, Tarskaya LA, Sorensen MV, Ivanov VP, Bets LV, Limborska SA. Polymorphisms at locus

157. D1S80 and other hypervariable regions in the analysis of Eastern European ethnic group relationships // Ann Hum Biology, 2006, Vol. 33, N5-6, P.570-58.

158. Vergnaud G. and Denoeud F. Minisatellites: mutability and genome architecture // Genome Research. 2000. Vol. 10, P.899 907.

159. Vos P, Hogers R, Bleeker M, Reijans M, van de Lee T, Homes M, Frijters A, Pot J, Peleman J, Kuiper M, Zabeau M. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting // Nucleic Acids Res. 1995, Vol.23, N21, P.4407-4414.

160. Wall J.D., Pritchard J.K. Haplotype blocks and linkage disequilibrium in the human genome // Nat. Rev. Genet., 2003, Vol. 4, N.8, P.587-597.

161. Walsh S.J. and Eckhoff C. Australian Aboriginal population genetics at the D1S80 VNTR locus // Ann. Hum. Biology, 2007, Vol.34, N5, P.557-565.

162. Watanabe G, Shimizu K. DNA sequence analysis of long PCR amplified products at the D1S80 locus // Legal Medicine, 2002, Vol.4, P.37-39.

163. Weir, B.S. 1990. Genetic data analysis. Sinauer associates, Sunderland, MA. Lewis Lab Software, http://lewis.eeb.uconn.edu/lewishome/software.html

164. Woller J., Furedi S„ Padar Z. AMPFLP analysis of the VNTR loci D1S80 and ApoB in Hungary // Intern. J. Legal Medicine, 1995, Vol. 107, N 5. P.273-274.

165. Wright S. Evolution in Mendelian Populations // Genetics, 1931, Vol. 16, P. 97-159.

166. Wright S. The genetical structure of populations // Annals of Eugenics, 1951, Vol.15, P. 323354.

167. Wyman A. R. and White R. A highly polymorphic locus in human DNA // Proc. Natl. Acad. Sciences, 1980, Vol. 77. P. 6754-6758.

168. Y Chromosome Consortium. A nomenclature system for the tree of human Y-chromosomal binary haplogroups // Genome Research, 2002, Vol.12, N2, P.339-348.

169. Yeh FC, Yang R-C, Boyle T. 1999. POPGENE version 1.32. http://www.ualberta.ca/~fyeh/

170. Yu Z, Schaid DJ. Sequential haplotype scan methods for association analysis // Genet Epidemiology, 2007, Vol.31, N6, P.553-564.

171. Zago MA, Silva Junior WA, Tavella MH, Santos SE, Guerreiro JF, Figueiredo MS. Interpopulational genetic diversity of Amerindians as revealed by six variable number of tandem repeats// Hum Heredity, 1996, Vol. 46, P. 274-289.

172. Zhou Y., Wing M.R., Sondek J. and Harden Т.К. Molecular cloning and characterization of PLC-eta2 // Biochem. Journal, 2005, Vol. 391 (PT 3), P. 667-676.