Исследование геномного разнообразия популяций человека методом мультилокусного ДНК-фингерпринтинга тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат биологических наук Шаброва, Елена Вадимовна

• Шаброва, Елена Вадимовна
• кандидат биологических наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Шаброва, Елена Вадимовна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

I. ВВЕДЕНИЕ

1.1) Актуальность проблемы.

1.2) Цель и задачи исследования.

1.3) Научная новизна.

1.4) Практическая значимость работы.

1.5) Основные положения, выносимые на защиту.

II. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

11.1) Структурные компоненты популяционной системы и критерии оценки межпопуляционного разнообразия.

11.2) Системы генетических маркеров.

И.З) Характеристика минисателлитных локусов. Механизмы нестабильности минисателлитов.

11.4) Использование минисателлитов в популяционных исследованиях человека.

11.5) Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг на основе минисателлитов М13 в исследованиях геномного разнообразия

III. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

111.1) ПОПУЛЯЦИОННЫЕ ВЫБОРКИ.

111.2) ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ МЕТОДЫ

111.2.1) Выделение ДНК из образцов крови человека.

111.2.1.1) Осаждение ядерной фракции лейкоцитов

111.2.1.2) Экстракция смесью фенол-хлороформ.

111.2.1.3) Контроль качества ДНК с помощью гель-электрофореза.

111.2.2) Рестрикция.

111.2.3) Получение ДНК фага М13.

111.2.3.1) Получение компетентных клеток.

111.2.3.2) Трансформация компетентных клеток.

III.2.3.3) Выделение одноцепочечной ДНК фага М

111.2.4) Получение меченного маркера молекулярных масс.

III.2.5) Саузерн блот-гибридизация с ДНК фага М13.

III.2.6) Методы первичной обработки картин блот-гибридизации.

III.3) СТАТИСТИЧЕСКАЯ ОБРАБОТКА РЕЗУЛЬТАТОВ 111.3.1) Количественные параметры геномной вариабельности.

III.3.2) Многомерный статистический анализ.

111.3.2.1) Кластерный анализ.

111.3.2.2) Многомерное шкалирование.

111.3.2.3) Анализ соответствий.

VI. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

VI.1) ДЕТАЛЬНАЯ РАЗРАБОТКА ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНОЙ МЕТОДИКИ.

VI.2) РАЗРАБОТКА ПРИНЦИПОВ ПЕРВИЧНОИ ОБРАБОТКИ КАРТИН

БЛОТ - ГИБРИДИЗАЦИИ.

VI.2.1) Получение матрицы размеров фрагментов.

VI.2.2) Результаты первичной обработки картин блот-гибридизации j VI.3) ВЫВОД ФОРМУЛ ДЛЯ РАСЧЕТА ПОКАЗАТЕЛЕЙ j ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ.

VI.3.1) Расчет коэффициентов межпопуляционного разнообразия.

VI.3.2) Расчет показателей сходства популяций.

VI.3.3) Расчет гетерозиготности популяций.

VI.4) ДИФФЕРЕНЦИАЦИЯ ГРУППЫ ИССЛЕДОВАННЫХ ПОПУЛЯЦИЙ МЕТОДАМИ МНОГОМЕРНОГО СТАТИСТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА . 83 VI.5) ИССЛЕДОВАНИЕ ГЕНОМНОГО РАЗНООБРАЗИЯ В ГРУППЕ ПОПУЛЯЦИЙ ИЗ ВОСТОЧНОЙ ЕВРОПЫ И СЕВЕРНОЙ АЗИИ

VI.5.1) Сопоставление экспериментальных результатов с данными по популяциям Волго-Уральского региона.

VI.5.2) Количественные параметры геномной вариабельности.

VI.5.3) Результаты расчета Gst для пар популяций

VI.5.3.1) Расчет с использованием показателей сходства.

VI.5.3.2) Расчет с использованием гетерозиготности . 96 VI.5.4) Расчет Gst* для лингвистической иерархической структуры.

VI.5.5) Дифференциация популяций методами многомерного статистического анализа.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование геномного разнообразия популяций человека методом мультилокусного ДНК-фингерпринтинга»

1.1) Актуальность проблемы

Одно из современных направлений фундаментальных исследований популяционной генетики - использование полиморфизма геномной ДНК для изучения структуры и эволюции популяций человека. Полиморфизм геномной последовательности не случаен и является следствием многочисленных мутационных изменений, накопленных в ходе биологических, исторических и экологических процессов. В настоящее время изучение полиморфизма ДНК проводится на многих популяциях мира, при этом в исследования включаются как диаллельные, так и гипервариабельные локусспецифические последовательности ДНК ядерного и митохондриального генома. Популяционные различия в распределении частот аллелей установлены для многих полиморфных систем; однако показано, что гипервариабельные локусы ДНК в силу своей большей гетерозиготности в популяциях, являются наиболее информативными маркерами при изучении структуры популяций. Одним из методов, использующих гипервариабельность минисателлитных локусов, является мультилокусный ДНК-фингерпринтинг, который визуализирует множественный полиморфизм длины рестрикционных фрагментов, что позволяет достаточно быстро выявлять генетическую вариабельность на внутри- и межпопуляционном уровнях. Метод разработан A.J. Jeffreys [Jeffreys et al, 1985] и получил свое название вследствие крайней специфичности индивидуальных паттернов гибридизации. Результаты ДНК-фингерпринтинга являются чувствительным индикатором геномного полиморфизма, так как вследствие высокой вариабельности картин гибридизации мала вероятность совпадения паттернов у случайных индивидуумов. Метод нашел широкое применение в криминалистике, генеалогических исследованиях, близнецовом анализе и исследованиях мутационных процессов. Результаты использования метода в популяционных исследованиях позволяют сделать вывод о его высокой эффективности для описания как популяционной структуры большой подразделенной популяции, принадлежащей к одному этносу, так и генетической структуры различных в этническом отношении популяций. Тем не менее, в настоящее время мультилокусный ДНК-фингерпринтинг не получил широкого применения в популяционных исследованиях из-за ряда методических проблем и проблем, связанных со статистической обработкой результатов. Значительным недостатком метода является отсутствие генетической интерпретации происхождения фрагментов гибридизации, что не позволяет использовать традиционные статистические методы популяционно-генетического анализа результатов. Другой серьезной проблемой является сопоставление результатов, полученных в различных лабораториях, даже при условии использования одного гибридизационного зонда. В настоящее время известно значительное количество последовательностей, при гибридизации которых с ДНК человека получается картина фингерпринтинга, одной из них является 15-ти нуклеотидный тандемный повтор в последовательности бактериофага М13 [Джинчарадзе и др.,1987; Vassart et al, 1987]. Первые работы по исследованию популяций человека, выполненные методом мультилокусного ДНК-фингерпринтинга на основе ДНК фага М13, показали широкие возможности метода и проблемы, связанные с анализом полученных данных. Поэтому представляет определенный интерес детальная разработка мультилокусного ДНК-фингерпринтинга, как метода, позволяющего достаточно быстро и адекватно сопоставлять генетические структуры близких и отдаленных в этническом отношении популяций человека.

Территория Северной Евразии является зоной контакта монголоидной и европеоидной рас, поэтому исследования генофонда современного коренного населения представляют особый интерес для популяционной генетики и широко проводятся в настоящее время. Накоплен огромный материал популяционно-генетических исследований народонаселения различных регионов Северной Евразии, в том числе по популяциям из России и Белоруссии, которые были изучены в представленной работе [Микулич, 1989; Рафиков и др., 1981, 1987, 1992; Шнейдер и др., 1989, 1995; Хуснутдинова, 1999; Хуснутдинова и др., 1999а, 19996]. Исследования, выполненные методом мультилокусного

ДНК-фингерпринтинга, могут внести значительный вклад в изучение генетической структуры народонаселения Восточно-Европейского региона.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Шаброва, Елена Вадимовна

выводы

1) Оптимизированы условия мультилокусного ДНК-фингерпринтинга и разработаны способы первичной обработки данных, что позволило добиться необходимой воспроизводимости результатов и провести исследование группы популяций из России и Белоруссии.

2) Предложены варианты статистической обработки данных и способы их использования для анализа результатов мультилокусного ДНК-фингерпринтинга, которые позволяют охарактеризовать исследуемую систему популяций и оценить уровень генетической дифференциации в группах, формируемых на разных уровнях организации популяционной структуры.

3) По результатам многомерного статистического анализа данных мультилокусного ДНК-фингерпринтинга выявлено, что исследованная система популяций разделяется на три мажорных кластера, которые формируют треугольник в условном пространстве 1 и 2 размерности. Ось первой размерности разделяет группы славянских и уральских популяций, ось второй размерности отделяет группу популяций с наибольшим содержанием монголоидного компонента.

4) Показано, что славянские популяции образуют наиболее компактную и гомогенную группу, которая характеризуется наименьшим уровнем межпопуляционного разнообразия (Gsr = 0.030 (0.033)) и наиболее существенными отличиями от остальных групп.

5) Обнаружены различия в уровнях популяционной подразделенности в пределах одного этноса: высокая гетерогенность группы башкирских популяций и значительное сходство белорусских популяций из различных регионов.

6) Показана устойчивость картины дифференциации популяций, полученной различными методами многомерного статистического анализа, что свидетельствует об адекватности результатов и эффективности использования метода мультилокусного ДНК-фингерпринтинга для исследований популяций человека.

Выражаю глубокую благодарность Светлане Андреевне Лимборской за предоставление темы, терпение и руководство;

Василию Евгеньевичу Дерябину за консультации по вопросам многомерной статистики.

Также благодарю всех сотрудников Отдела молекулярных основ генетики человека за благожелательное отношение и помощь при обсуждении полученных результатов.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Исследование генофонда современного коренного населения бывшего Советского Союза широко проводится в настоящее время с использованием генетических маркеров различных типов. Признано, что для получения несмещенных оценок генетических расстояний между популяциями необходима информация по многим полиморфным локусам. В этом смысле мультилокусный ДНК-фингерпринтинг с использованием ДНК фага М13 в качестве зонда представляет значительный интерес, так как позволяет выявлять множество гипервариабельных локусов, которые равномерно распределены по всей геномной последовательности и имеют менделевский тип наследования.

Тем не менее, в настоящее время мультилокусный ДНК-фингерпринтинг не получил широкого применения в популяционных исследованиях из-за ряда методических проблем и проблем, связанных со статистической обработкой результатов.

При постановке экспериментов, был выработан ряд дополнительных рекомендаций к стандартной методике фингерпринтинга, которые позволили добиться необходимого качества и воспроизводимости результатов эксперимента:

• для ДНК-фингерпринтинга необходимо использовать только хорошо очищенные высокомолекулярные образцы ДНК

• особое внимание необходимо уделять качеству используемых реактивов, особенно, агарозы, формамида и ТРИС

• при использовании буфера ТАЕ для проведения электрофореза, помимо ежедневной смены буфера, для повышения буферной емкости можно увеличить его концентрацию до 1.5х

• при проведении электрофореза при комнатной температуре, оптимальным напряжением является 50 - 55 В (1.8 - 2.0 В/см); проблема диффузионного размывания полос полностью снимается при проведении электрофореза при низкой температуре (+4 С): полосы хорошо сфокусированы даже при более низком напряжении (35-40 В)

• точность идентификации позиций фрагментов гибридизации на радиоавтографах в значительной степени определяется качеством используемого маркера молекулярных масс: маркер должен иметь достаточное количество реперных фрагментов во всей исследуемой области

• постановка гибридизации в малом объеме, использование качественного формамида и 1 % SDS в гибридизационном буфере значительно улучшают гибридизационную картину

• из разных типов фильтров, использованных в работе, наиболее подходящими оказались Hybond С extra

В представленной работе также были разработаны принципы первичной обработки картин блот-гибридизации, которые позволяют достаточно точно идентифицировать фрагменты гибридизации на радиоавтографах и, следовательно, сопоставлять данные разных экспериментов. В рамках представленной работы была получена матрица размеров фрагментов, выявляемых при гибридизации с ДНК фага М13, в наиболее разрешаемой и информативной области фингерпринтинга (10 -1.8 тпн). Матрица размеров фрагментов может быть использована для анализа аналогичных данных по другим популяциям.

Получены распределения частот фрагментов гибридизации для изученных популяций и рассчитаны различные параметры геномной вариабельности. Предложены два варианта расчета критериев генетической дифференциации: через показатели сходства и гетерозиготность. Первый вариант, несмотря на большую сложность расчета, оказался более приемлемым для анализа подобных данных, так как позволяет работать с малыми выборками и дает более сопоставимые результаты с результатами, полученными другими методами анализа.

Результаты первичной обработки картин ДНК-фингерпринтинга, представленные в виде бинарной матрицы, были сопоставлены с аналогичными данными для популяций Волго-Уральского региона [Хидиятова, 1993; Хуснутдинова, 1997]. Выполнен совместный статистический анализ данных мультилокусного ДНК-фингерпринтинга для 13 популяций, который выявил следующее:

Исследованная система популяций разделяется на три мажорных кластера: 'Славянский', кластер 'Башкиры' - 'Якуты' и 'Уральскую группу'. Не наблюдается абсолютного соответствия между полученным подразделением популяций Волго-Уральского региона и общепринятой лингвистической классификацией: популяции 'Татары' и 'Чуваши', которые принадлежат к Алтайской лингвистической семье, формируют третий кластер с популяциями Уральской лингвистической семьи. Исследованная нами якутская популяция примкнула к группе башкирских популяций, которые, по разным оценкам [Хуснутдинова, 1999], характеризуются наибольшим содержанием монголоидного компонента.

Кластеры формируют треугольник в условном пространстве 1 и 2 размерности. Популяции с наибольшим содержанием монголоидного компонента (якутская и башкирские популяции) отделяются от всех остальных популяций по оси 2 размерности, при этом наиболее монголоидная якутская популяция, в большинстве случаев, показывает максимальные различия по координате. Ось 1 размерности разделяет славянские популяции и 'Уральскую группу', второй кластер занимает промежуточное положение.

Славянские популяции образуют наиболее компактную и гомогенную группу, которая характеризуется наименьшим уровнем межпопуляционного разнообразия (Gsr'Cnae = 0.030 (0.033)) и наиболее существенными различиями от остальных групп.

Белорусские популяции не показали региональных различий в отличие от группы башкирских популяций. Популяция юго-западных башкир ('Башкиры4') значительно выделяется из группы остальных башкирских популяций и занимает промежуточное положение между кластером 'Башкиры' - 'Якуты' и смешанным кластером остальных популяций Волго-Уральского региона.

Наблюдаются значительные внутрикластерные (межпопуляционные) различия для кластеров, сформированных популяциями Волго

• Максимальный уровень межпопуляционного разнообразия выявлен для тюркской лингвистической группы (Gsr'7Vop/c=0.081(0.096)) по сравнению с межпопуляционным разнообразием для других лингвистических групп, сформированных в соответствие с лингвистической классификацией.

В работе представлен, вероятно, наиболее полный на сегодняшний день набор различных вариантов статистического анализа данных мультилокусного ДНК-фингерпринтинга. Сопоставление полученных результатов позволяет рекомендовать многомерное шкалирование, как оптимальный с точки зрения информативности и простоты необходимых для выполнения анализа расчетов, метод для получения представления об анализируемой системе популяций.

Анализ данных мультилокусного ДНК-фингерпринтинга различными статистическими методам, в целом, дал идентичные и адекватные результаты. Исследование гетерогенной группы популяций человека выявило сходство между территориально удаленными популяциями, принадлежащими одному этносу и значительные различия между популяциями разных этносов. Результаты работы позволяют сделать вывод о целесообразности использования метода для исследования генетической структуры, оценки генетической вариабельности и генетического родства в сложных группах различных в этническом отношении популяций. Доступность компьютерных программ, в частности, пакета статистических программ STAJISTICA, дают возможность применения различных методов многомерного статистического анализа, которые позволяют наглядно представлять полученные результаты, выявлять взаимосвязи и внутреннюю структуру в исследуемой группе популяций.

Расчет показателей сходства и критериев генетической дифференциации позволяет оценить вариабельность на внутри- и межпопуляционных уровнях и сравнить полученные результаты с данными по другим ДНК и биохимическим маркерам.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Шаброва, Елена Вадимовна, 2003 год

1. Amarger V., Gauguier D., Yerle M., Apiou F., Pinton P., Giraudeau F.t Monfouilloux S., Lathrop M., et al. Analysis of the human, pig, and rat genomes supports a universal telomeric origin of minisatellite sequences // Genomics. 1998. V. 52. P. 62 71.

2. Appelgren H., Cederberg H., and Rannug U. Meiotic interallelic conversion at the human minisatellite MS32 in yeast triggers recombination in several chromatids // Gene. 1999. V. 239. P. 29 38.

3. Appelgren H., Cederberg H., and Rannug U. Mutations at the human minisatellite MS32 integrated in yeast occur with high frequency in meiosis and involve complex recombination events // Mol. Gen. Genet. 1997. V. 256. P. 7-17.

4. Armour J. A. L, Povey S., Jeremiax S., and Jeffreys A. J. Systematic cloning of human minisatellites from ordered array charomid libraries // Genomics. 1990. V. 8. P. 501 512.

5. Ashley T. Mammalian meiotic recombination: a reexamination // Hum. Genet. 1994. V. 94. P. 587 593.

6. Baker C.S., Gilbert D.A., Weinrich M.T., Lambertsen R., Calambokidis J., McArdle В., Chambers G.K., and O'Brien S.J. Population Characteristics of DNA Fingerprints in Humpback Whales (Megaptera novaeangliae) И J. Hered. 1993. V. 84. P. 281 290.

7. Bellamy R.J., Inglehearn C.F., Jalili I.K., Jeffreys A.J., and Bhattacharya S.S. Increased band sharing in DNA fingerprints of an inbred human population // Hum. Genet. 1991. V. 87. P. 341 347.

8. Benson G. Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences // Nucleic Acid. Res. 1999. V. 27. P. 573 580.

9. Boan F., Rodriguez J. M., and Gomez-Marquez J. A non-hypervariable human minisatellite strongly stimulated in vitro intramolecular homologous recombination // J. Mol. Biol. 1998. V. 278. P. 499 505.

10. H.Bo/'s P., Stead J. В., Bakshi S., Williamson J., Neumann R., Moghadaszadeh В., and Jeffreys A. J. Isolation and characterization of mouse minisatellites // Genomics. 1998. V. 50. № 3. P. 317 330.

11. Botstein D., White R.L., Skolnick M., Davis R.W., 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms //Am. J. Hum Genet. V. 32. P. 314 331.

12. Brusco A., Saviozzi S.t Cinque F., Bottaro A., and DeMarchi M. A recurrent breakpoint in the most common deletion of the Ig heavy chain locus (del A1-GP-G2-G4-E) // J. Immunol. 1999. V. 163. P. 4392-4398.

13. Buard J. and Vergnaud G. Complex recombination events at the hypermutable minisatellite CEB1 (D2S90) // EMBO J. 1994. V. 13. P. 3203 -3210.

14. Buard J., Collick A., Brown J., and Jeffreys A. J. Somatic versus germline mutation processes at minsatellite CEB1 (D2S90) in humans and transgenic mice // Genomics. 2000. V. 65. P. 95 103.

15. Burke Т., and Bruford M.W. DNA fingerprinting in birds // Nature. 1987. V. 327. P. 149-152.

16. Chaillet J. R., BaderD. S., and Leder P. Regulation of genomic imprinting by gametic and embryonic processes // Genes Dev. 1995. V. 9. P. 1177 — 1187.

17. W.Chakravarti A. Population genetics making sense out of sequence // Nature genetics supplement. 1999. V. 21. P. 56 - 60.

18. Christmann A., Lagoda P. J. L, Zang K. D. Non-radioactive in situ hybridization pattern of the M13 minisatellite sequences on human metaphase chromosomes // Human Genetics. 1991. V.86. P.487-490.

19. Greenacre M. J. Theory and applications of correspondence analysis / New York: Academic Press. 1984.

20. Huey B. and Hall J. Hypervariable DNA Fingerprinting in Escherichia coii: Minisatellite Probe from Bacteriophage M13 //J. Bacteriol. 1989. V. 171. № 5. P. 2528 2532.

21. Jeffreys A. J. and Neumann R. Somatic mutation processes at a human minisatellite // Hum. Mol. Genet. 1997. V. 6. P. 129 136.

22. Jeffreys A. J., Neil D., and Neumann R. Repeat instability at human minisatellites arising from meiotic recombination // EMBO J. 1998. V. 17. P. 4147-4157.

23. Jeffreys A.J. Spontaneous and induced minisatellite instability in human genome // Clinical Science. 1997. V. 93. № 5. P. 383 390.

24. Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L. Hypervariable "minisatellite" regions in human DNA // Nature. 1985. V. 314. P. 67 73.

25. Jeffreys AJ, Murray J, Neumann R. High-resolution mapping of crossovers in human sperm defines a minisatellite-associated recombination hotspot II Mol. Cel. 1998. V. 2. № 2. P. 267 73.

26. Kennedy G. C., German M. S.$ and Rutter W. J. The minisatellite in the diabetes susceptibility locus IDDM2 regulates insulin transcription // Nat. Genet. 1995. V. 9. P. 293 298.

27. Lebart L, Morineau A., Warwick K.M. Multivariate Descriptive Statistical Analysis. Correspondence Analysis and Related Techniques for Large Matrices / New York. Chichester: J Wiley & Sons. 1984. P. 231.

28. Lewin R. DNA Fingerprints in Health and Diseases // Science. 1986. V. 233. P. 521 522.

29. Lichtenstein A.V., Moiseev V.L., Zaboikin M.M. A procedure for DNA and RNA transfer to membrane filters avoiding weight-induced gel flattening // Anal. Biochem. 1990. V. 15. № 1. P. 187 191.

30. Livshits G., Nei M. Relationships between intrapopulational and interpopulational genetic diversity in man // Ann. Hum. Bio.l 1990. V. 17. P. 501-513.

31. Lynch M. Analysis of population genetic structure by DNA fingerprinting // EXC. 1991. V. 58. P. 113-126.

32. Lynch. M. The similarity index and DNA fingerprinting // Mol. Biol. Evol. 1990. V. 7. P. 478-484.

33. M13 cloning and sequencing handbook II SPL, Blenheim Crescent, London. Amersham UK. 1984. Amersham International pic.

34. Mathew C.G.P. The isolation of high molecular weight eukaryotic DNA. In: Methods in Molecular Biology / Humana Press (ed Walker JM). 1984. V. 2. P. 31 34.

35. Monckton D.J., Neumann R., Guram Т., Fretwell N., Tamaki K., MacLeod A., and Jeffrey A.J. Minisatellite mutation rate variation associated with a flanking DNA sequence polymorphism // Nat. Genet. 1994. V. 8. P. 162 -170.

36. Murray J., Buard J., Neil D.L., Yeramian E., Tamaki K., Hollies C., and Jeffreys A.J. Comparative Sequence Analysis of Human Minisatellites Showing Meiotic Repeat Instability // Genome Res. 1999. V. 9. P. 130 136.

37. Nakamura Y., Leppert M., O'Connell P., Wolff R., Holm Т., Culver M., Martin C., Fujimoto E. Variable number of tandem repeat (VNTR) markers for human gene mapping // Science. 1987. V. 235. P. 1616 1622.

38. Nei M. Analysis of gene diversity in subdivided populations // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1973. V. 70. P. 3321 3323.

39. Nei M. Definition and estimation of fixation indices // Evolution. 1986. V. 40. P. 643 645.

40. Nei M. Molecular Population Genetics and Evolution // North-Holland Publishing Company. Amsterdam. 1975. P. 290.

41. Neumann В., Kubicka P., and Barlow D. P. Characteristics of imprinted genes // Nat. Genet. 1995. V. 9. P. 12 13.

42. O'Brien S.J., Wildt D.E., Goldman D., Merril C.R., and Bush M. The cheetah is depauperate in genetic variation // Science. 1983. V. 221. P. 459 462.

43. Reeve H.K., Westneat D.F., Noon W.A., Sharman P.A., Aquadro C.F. DNA "fingerprinting" reveals high levels of inbreeding in colonies of the eusocial naked mole-rat // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. V. 87. P. 2496 2500.

44. Ryskov A.P., Jincharadze A.G., Prosnyak M.L, Ivanov P.L, and Limborska S.A. M13 phage DNA as a universal marker for DNA fingerprinting of animals, plants and microorganisms // FEB. 1988. V. 233. P. 388 392.

45. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular Cloning // Cold Spring Harbor, Laboratory Press. USA. 1989.

46. Satoh C. and Kodaira M. Effect of radiation on children // Nature. 1996. V. 383. P. 226.

47. Smith E.G., Summers M.D. The Bidirectional Transfer of DNA and RNA to Nitrocellulose or Diazobenzyloxymethyl-Paper // Texas A @ M University. 1980. V.109. P. 123-129.

48. Sneath P.H.A., and Sokal R.R. Numerical taxonomy / San Francisco: W. H. Freeman & Co. 1973.

49. Stead J.D. and Jeffreys A.J. Allele diversity and germline mutation at the insulin minisatellite // Hum. Mol. Genet. 2000. V. 20. № 5. P. 713 723.

50. Stephens J.C., Gilbert D.A., Yuhki N., O'Brien S.J. Estimation of heterozygosity for single-probe multilocus DNA fingerprints // Mol. Biol. Evol. 1992. V. 9. P. 729-743.

51. Sutherland G. R., Baker £., and Richards R. I. Fragile sites still breaking // Trends Genet. 1998. V. 14. P. 501 506.

52. Sybenga J. What makes homologous chromosomes find each other in meiosis? A review and an hypothesis // Chromosoma. 1999. V. 108. P. 209 -219.

53. Te/ca/a F.t Yeramian E., Dujon B. Amino acid composition of genomes, lifestyles of organisms, and evolutionary trends: a global picture with correspondence analysis // Gene. 2002. V. 297. P. 51 60.

54. Tishkoff D.X., Filosi N., Gaida G.M., and Kolodner R.D. A novel mutation avoidance mechanism dependent on S. cerevisiae RAD27 is distinct from DNA mismatch repair // Cell. 1997. V. 88. P. 253 263.

55. Tokarskaya O.N., Kalnin V.V., Panchenko V.G., Ryskov A.P. Genetic differentiation in a captive population of endangered Siberian crane (Grus leucogeranus Pall) // Mol. Gen. Genet. 1994. V. 245. P. 658 660.

56. Turn M. G., Cuin K. A., and Porter A. C. Characterization of a novel minisatellite that provides multiple splice donor sites in an interferon induced transcript // Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. P. 1854 1861.

57. Vassart G., Georges M., Monsieur R., Brocas H., Lequarre A.S., Christophe D. A sequence in M13 phage detects hypervariable minisatellites in human and animal DNA // Science. 1987. V. 235. P. 683 684.

58. Vergnaud G. and Denoeud F. Minisatellites: Mutability and Genome Architecture II Genome Research. 2000. V. 10. P. 899 907.

59. Vergnaud G. Polymers of random short oligonucleotides detect polymorphic loci in the human genome // Nucleic Acids Res. 1989. V.17. P. 7623 7630.

60. Vergnaud G., Mariat D., Apiou F., Aurias A., Lathrop M., and Lauthier V. The use of synthetic tandem repeats to isolate new VNTR loci: cloning of a human hypermutable sequence // Genomics. V. 11. P. 135 -144.

61. Vogel F. ABO blood groups and diseases // Amer. J. Hum. Genet. 1970. V. 22. P. 464.

62. Wahls W. P. and Moore P. D. Recombination hotspot activity of hypervariable minisatellite DNA requires minisatellite DNA binding proteins // Somat. Cell Mol. Genet. 1998. V. 24. P. 41-51.

63. Ward J.H. Hierarchical grouping to optimize an objective function // Journal of the American Statistical Association. 1963. V. 58. P. 236.

64. Wetton J.H., Carter R.E., Parkin D.T., Walters D. Demographic study of a wild house sparrow population by DNA fingerprinting // Nature. 1987. V. 327. P. 147-149.

65. Wildt D.E., Bush M., Goodrowe K.L., Packer C., Pusey A.E., Brown J.L., Joslin P., and O'Brien S.J. Reproductive and genetic consequences of founding isolated lion populations // Nature. 1987. V. 329. P. 328 331.

66. Williamson R., Bowcock A., Kidd K. et al. Report of the DNA committee and catalogues of cloned and mapped genes and DNA polymorphisms // Cytogenet. Cell. Genet. 1990. V. 55. P. 457 778.

67. Wong Z., Wilson V., Patel I., Poiey S.t Jeffreys A.J. Characterisation of a panel of highly variable minisatellites cloned from human DNA // Am. J. Hum. Genet. 1987. V. 31. P. 269 288.

68. Wright S. The genetical structure of populations // Ann. Eugen. 1951. V. 15. P. 323 354.

69. Wyman A. R. and White R. A highly polymorphic locus in human DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. 1980. V. 77. P. 6754-6758.

70. Барышева Е.В., Букина A.M., Петрова Н.В., Лимборская С.А., Гинтер Е.К. Использование полиморфизма ДНК, выявляемого с помощью ДНК фага М13, в популяционных исследованиях // Генетика. 1991. Т. 27. № 3. С. 399 403.

71. Бунак В.В. Геногеографические зоны Восточной Европы, выделяемые по факторам крови АВО // Вопр. антропологии. 1969. Вып. 32. С. 6.

72. Дерябин В.Е. Современные восточнославянские народы. Восточные славяне. Антропология и этническая история / М: Научный мир. 1999а. С. 30 - 59.

73. Дерябин В.Е. Многомерное количественное антропологическое изучение современных народов Кавказа. Часть I // Вестник антропологии. 19996. Вып.6. С. 39 58.

74. Дерябин В.Е. Многомерное количественное антропологическое изучение современных народов Кавказа. Часть II // Вестник антропологии. 1999в. вып.6. С.59 -78.

75. Дерябин В.Е. Многомерные биометрические методы для антропологов // Рукопись, депонированная в ВИНИТИ. 2001. № 37-В2001.

76. Иванов П.Л., Семиохина А.Ф., Рысков А.П. Геномная дактилоскопия крыс Rattus Norvegicus: новый подход к генетическому маркированию // Генетика. 1989. Т. 25. № 2. С.238 249.

77. Кайданов Л.З. Генетика популяций / Москва: Высшая школа. 1996. С. 319.

78. Кимура М. Молекулярная эволюция: теория нейтральности / М: «Мир». 1985. С. 398.

79. Лебедева И.А. Генофонд народонаселения России и сопредельных стран по данным молекулярной гибридизации ДНК. В книге Рычкова

80. Люблинский А. В. Результаты произведенных в Кронштадте в последние 5 лет исследований зрения у нижних чинов: Из медицинских прибавлений к Морскому сборнику / СПб. 1885. С. 23.

81. Малюта С. С., Дыбков М.В., Телегеев Г.Д. Изучение полиморфизма ДНК жителей Украины, выявляемого зондом на основе фага М13 // Цитология и генетика. 1996. Т. 30. № 1. С. 31 35.

82. Микулич А.И. Геногеография сельского населения Белоруссии // Минск: Наука и техника. 1989. С. 181.

83. Пасеков В.П. Генетические расстояния // Итоги науки и техники. Общая генетика. М. ВИНИТИ. 1983. Т. 8. С. 4 75.

84. Рафиков Х.С., Белова И.Ю., Юмагужина Н.Х., Кузеев Р.Г. Структура популяции башкир в регионе среднего Поволжья и Урала // В сб.: Популяционно-генетические исследования народов Южного Урала. Уфа: БФ АН СССР, 1981. С. 3-36.

85. Рафиков Х.С., Хуснутдинова Э.К., Долматова И.Ю. с соав. Структура и генетическая близость башкир к народам Волго-Уральского региона и Сибири // В сб.: Антропология и популяционная генетика башкир. Уфа. 1987. С. 60-76.

86. Рафиков Х.С., Хуснутдинова Э.К., Хидиятова И.М. Особенности формирования генетической структуры башкир // Материалы к антропологии уральской расы. Уфа. 1992. С. 60-70.

87. Рысков А.П. Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг в генетико-популяционных исследованиях биоразнообразия // Молекулярная биология. 1999. Т. 33. № 6. С. 997-1011.

88. Рысков А.П., Токарская О.Н., Вербовая Л.В. Джинчарадзе А.Г., Гинсбург А.Л. Геномная "дактилоскопия" микроорганизмов: использование в качестве гибридизационного зонда ДНК фага М13 // Генетика. 1988. Т. 24. № 7. С. 1310 1313.

89. Рысков А.П., Фаизов Т.Х., Алимов A.M., Романова Е.А. Геномная "дактилоскопия": новые возможности в определении видовой принадлежности бруцелл // Генетика. 1990. Т. 26. № 1. С. 130-134.

90. Рычков Ю.Г. Система древних изолятов человека в Северной Азии в свете проблем стабильности и эволюции популяций. Поиски и решения на путях популяционной генетики // Вопросы антропологии. 1973. Вып. 44. С. 3 22.

91. Рычков Ю.Г., Жукова О.В., Шереметьева В.А. и др. Генофонд и геногеография народонаселения / ред. Рычков Ю.Г. и Алтухов Ю.П. 2000. Санкт-Петербург: Наука. Т. I. С. 611.

92. Рычков Ю.Г., Ящук Е.В. Генетика и этногенез // Вопросы антропологии 1980. Вып. 64 С. 23 39 .

93. Рычков Ю.Г., Ящук Е.В. Генетика и этногенез. Состояние и тенденции генетического процесса в связи с особенностями развития народонаселения Европы (зарубежной) // Вопросы антропологии. 1983. Вып. 72. С. 3-17.

94. Рычков Ю.Г., Ящук Е.В., Веселовская Е.В. Генетика и этногенез. О генетической прапамяти систем коренного населения Северной Азии и Америки // Вопросы антропологии. 1982. Вып. 69.

95. Семина (Барышева) Е.В., Букина A.M., Гинтер Е.К., Лимборская С.А. Семейный анализ «фингерпринтов» человека, полученный с помощью зонда ДНК фага М13 // Генетика. 1993а. Т. 29. № 10. С. 1608 -1611.

96. Спицын В. А. Биохимический полиморфизм человека / М. 1985. С. 214.

97. Токарская О.Н., Зуев А.В., Сорокин А.Г., Панченко В.Г., Рысков А.П. Геномная дактилоскопия журавлей: новый подход для генотипирования видов // Генетика. 1990. Т. 26. № 4. С. 599-605.

98. Хидиятова И.М. Использование рестрикционного полиморфизма ДНК в популяционно-генетических исследованиях // Дисс. канд. биол. наук. М. 1993.

99. Хуснутдинова Э.К. Молекулярная этногенетика народов Волго-Уральского региона //Уфа: Гилем. 1999. С. 237.

100. Хуснутдинова Э.К. Молекулярно-генетическая характеристика популяций башкир и других народов Вол го-Уральского региона // Дисс. докт. биол. наук. М. 1997. С. 343.

101. Шнейдер Ю.В., Тихомирова Е.В., Шильникова И.Н. Генетический полиморфизм и геногеография коренного населения Уральского региона. 1. Генетическая структура народов Волго-Уральского региона И Генетика. 1995. Т. 31. № 4. С. 560-572.