Особенности регуляции экспрессии оперона микроцина C51 в клетках Escherichia COLI тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Веселовский, Александр Михайлович

• Веселовский, Александр Михайлович
• кандидат биологических наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Веселовский, Александр Михайлович

1. Введение.

2. Обзор литературы. Инициация транскрипции прокариот и ее регуляция.

2.1. Структура РНК-полимеразы.

2.2. Структура промоторов и их взаимодействие с РНК-полимеразой.

2.2.1. Структура промоторов, транскрипционный цикл.

2.2.2. Модуляция активности промоторов.

2.2.2.1. Репрессия.

2.2.2.2. Активация.

2.2.3. Промоторы, активируемые при замедлении и прекращении роста Е, coli.

2.3. Глобальные регуляторы транскрипции.

2.3.1. Сигма S - ключевой фактор регуляции экспрессии генов при переходе клеток к стационарной фазе роста и при стрессах.

2.3.1.1. Регуляция экспрессии гена rpoS на уровне транскрипции.

2.3.1.2. Регуляция экспрессии гена rpoS на уровне трансляции.

2.3.1.3. Регуляция внутриклеточного содержания os на стадии протеолиза.

2.3.1.4. Строение os и особенности связывания с промотором.

2.3.2. Белок CRP и сАМР.

2.3.2.1. Структура белка CRP, взаимодействие с сАМР, ДНК и РНК-полимеразой.

2.3.2.2. Участие CRP в регуляции транскрипции.

2.3.3. CytR.

2.3.4. Гистоноподобные белки.

2.3.4.1. H-NS.

2.3.4.2. IHF - фактор интеграции.

2.3.4.3. Белок FIS.

2.3.4.4. Лейцин-зависимый белок Lrp.

2.4. Микроцины - пептидные антибиотики энтеробактерий и генетические детерминанты, определяющие их синтез.

3. Материалы и методы.

4. Результаты.

4.1. Особенности функционирования промотора оперона микроцина С51 (Ртсс) в зависимости от фазы и условий роста.

4.1.1. Получение однокопийной конструкции Pmcc-/öC в составе рекомбинантного фага XDF.

4.1.2. Активация ?mcc-lac экспрессии при переходе клеток E.coli в стационарную фазу роста.

4.1.3. Особенности функционирования Ртсс в различных условиях роста клеток.

4.1.4. Сравнение активности промотора оперона микроцина С51 и промотора гена lacZв штамме E.coli SBS1936.

4.2. Сигма-S и сигма-70 субъединицы РНК-полимеразы в регуляции транскрипции оперона микроцина С51.

4.2.1. Зависимость транскрипции Ртсс~1ос от g — субъединицы РНК-полимеразы.

4.2.2. Влияние суперпродукции а70 и а32 на экспрессию Ртсс-/ас.

4.2.3. Экспрессия Ртсс-1ас в клетках E.coli с мутацией rpoDSOO.

4.2.4. Экспрессия ?тсс-1ас в клетках E.coli с мутацией ssrl в гене, кодирующем 6S-РНК.

4.2.5. Анализ нуклеотидной последовательности Vmcc и влияние замен в сайте -10 на экспрессию Vmcc-lac.

4.3. Регуляция экспрессии Pmcc-/ac в условиях голодания без глюкозы клеток E.coli в экспоненциальной фазе роста.

4.4. Изучение роли глобальных регуляторов транскрипции белков CRP, CytR, H-NS и Lrp в регуляции экспрессии оперона микроцина С51.

4.4.1. Роль белков CRP и CytR в регуляции экспрессии Ртсс-1ас. Локализация сайта связывания белка CRP.

4.4.2. Изучение роли белка H-NS в регуляции экспрессии Ртсс-1ас.

4.4.3. Роль белка Lrp.

5. Обсуждение результатов.

6. Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Особенности регуляции экспрессии оперона микроцина C51 в клетках Escherichia COLI»

Актуальность проблемы.

Исследования, связанные с поиском и подробным изучением веществ с антибиотической активностью на протяжении многих десятилетий вызывали самое пристальное внимание специалистов различных областей медицины и биологии. В настоящее время интерес к поиску и изучению новых антибиотиков возрос в связи с широким распространением устойчивости патогенных бактерий к обычно используемым лекарственным препаратам, что привело к снижению эффективности действия большого количества антибиотиков.

В 1976 году была обнаружена новая группа антибиотических веществ, продуцируемых бактериями семейства Еп(егоЬас(епасеае, которые вследствие своего малого размера были названы микроцинами. Микроцины являются антибиотиками пептидной природы, часто с необычной структурой, с различным типом действия; они активны в отношении грамотрицательных бактерий, особенно энтеробактерий разных видов и родов. В большинстве случаев синтез микроцинов определяется плазмидами, которые детерминируют также иммунитет к микроцину клетки-продуцента. При изучении микроцинов и генетического контроля их синтеза выявлены особенности, представляющие общебиологический интерес. Большой интерес вызывает изучение регуляции синтеза микроцинов, что является частью проблемы регуляции синтеза вторичных метаболитов бактерий.

Известно, что при переходе клеток грамотрицательных бактерий в стационарную фазу роста в них происходят существенные изменения экспрессии генов. В этих условиях ингибируется синтез большинства клеточных белков. Однако, наряду с этим происходит индукция синтеза ряда белков, которые необходимы бактериям для выживания в неблагоприятных условиях внешней среды. Многие антибиотики и другие вторичные метаболиты (токсины, органические кислоты и др.), а также большое количество ферментов продуцируются при переходе клеток в стационарную фазу роста, что определяет важность изучения этого периода жизни клетки для биотехнологии. В настоящее время механизмы регуляции экспрессии генов в данных условиях изучены недостаточно. До сих пор остается невыясненным, какие механизмы обеспечивают «молчание» генов в экспоненциальной фазе роста и их индукцию при переходе из экспоненциальной фазы в стационарную. Для изучения особенностей транскрипции в этих условиях гены, определяющие синтез микроцинов, могут служить удобной модельной системой.

-л

В моей работе эти вопросы исследуются на модели оперона микроцина С51-нуклеотидпептидного антибиотика с необычной структурой, обнаруженного в Лаборатории внехромосомной наследственности Института молекулярной генетики РАН.

Цель работы и задачи исследования

Целью настоящей работы было изучение регуляции экспрессии оперона микроцина С51, зависимой от фазы роста клеток Escherichia coli. Конкретными задачами работы были:

- изучение особенностей функционирования промотора оперона микроцина С51 в различных условиях роста клеток Е. coli;

- исследование роли сигма субъединиц РНК-полимеразы в регуляции экспрессии оперона микроцина С51;

- изучение роли 6S-PHK в регуляции экспрессии оперона микроцина С51; изучение роли белков - глобальных регуляторов транскрипции (CRP, гистоноподобных белков H-NS и Lrp, белка CytR) в регуляции экспрессии оперона микроцина С51;

- выявление сайтов в промоторной области, функционально значимых для регуляции транскрипции микроцинового оперона.

Научная новизна и практическая значимость

В представленной работе впервые исследованы особенности функционирования промотора оперона микроцина С51 в различных условиях роста клеток E.coli. В экспериментах, проведенных с использованием одиокопийной конструкции Ртсс-/ас, содержащей клонированную промоторную область микроцинового оперона, слитую с репортером /ас-опероном в составе векторного фага XRS45, было показано, что замедление роста (при переходе клеток в стационарную фазу, росте на минимальных средах с различными источниками углерода) в большинстве случаев приводит к активации транскрипции, инициированной с этого промотора. Проведено исследование влияния мутаций в генах глобальных регуляторов транскрипции на экспрессию оперона микроцина С51. Было установлено, что в регуляции экспрессии микроцинового оперона участвует сложная регуляторная сеть, включающая четыре глобальных регулятора транскрипции: сигма S субъединицу РНК-полимеразы, белок-активатор CRP и два белка с репрессирующим действием, H-NS и Lrp, Зависимость транскрипции оперона микроцина С51 от гена rpoS показывает, что транскрипция выполняется главным образом с

РНК-полимеразой, содержащей а . Белок CytR, который может модулировать действие белка CRP, в регуляции экспрессии Ртсс-¡ас участия не принимает.

Обнаружено, что глобальные регуляторы транскрипции белкн CRP, H-NS и Lrp участвуют как в RpoS-зависимой, так и в RpoS-независимой регуляции экспрессии оперона микроцина С51. Определена локализация сайта связывания белка CRP с ДНК в промоторной области микроцинового оперона. Показано, что мутации в генах lrp и hns при росте клеток на минимальной среде с глюкозой приводили к увеличению экспрессии Pmcc-lac в экспоненциальной фазе роста, что позволило высказать предположение о роли этих белков в репрессии микроцинового оперона в этой фазе роста.

При исследовании возможного участия других сигма субъединиц РНК-полимеразы (кроме cys) в транскрипции микроцинового оперона показана необходимость а70 для активации транскрипции этого оперона при переходе клеток в фазу замедления роста и стационарную фазу, а54 и а28 были несущественны для его транскрипции. Обнаружено, что суперпродукция о70 и а32 приводила к уменьшению экспрессии Ртк-1ас, зависимой от gs, по-видимому, в результате конкуренции этих сигма-субъединиц с os за лимитирующее количество кор-РНК-полимеразы. Показано, что 6S РНК не играет существенной роли в регуляции транскрипции оперона микроцина С51. Обнаружены различия в регуляции экспрессии оперона микроцина С51 при переходе культуры к стационарной фазе роста и при стрессе, вызванном голоданием без глюкозы клеток экспоненциальной фазы роста.

Показано, что введение замен в -10 сайт Ртсс, в результате чего был сформирован консенсус ТАТААТ, привело к повышению силы промотора, но не изменило зависимости транскрипции от фазы роста, os и белка CRP.

Практическая значимость работы связана с возможностью использования промотора оперона микроцина С51 в биотехнологии для создания векторов, обеспечивающих активацию (индукцию) синтеза продуктов метаболизма бактерий при переходе культур в стационарную фазу роста, без специальных индуцирующих воздействий.

Апробация работы.

Материалы диссертации докладывались на Втором съезде Вавиловского общества генетиков и селекционеров Санкт-Петербург (1-5 февраля 2000г.), Путинской школе-конференции «Горизонты физико-химической биологии» (28 мая-2 июня 2000 г.), Девятом Иранском конгрессе «Инфекционные болезни и тропическая медицина» (14-18 января 2001 г.), Международном симпозиуме «Молекулярные механизмы генетических процессов и биотехнология» (Москва - Минск, ноябрь 2001 г.), Четырнадцатой зимней международной молодежной школе «Перспективные направления физико-химической

-чбиологии и биотехнологии» (Москва, 11-15 февраля 2002 г.), Седьмой Пущинской школе-конференции «Биология - наука 21 века» (апрель 2003 г.), ежегодных отчетных научных конференциях ИМГ РАН (1999-2003 гг.), семинарах Лаборатории внехромосомной наследственности микроорганизмов Института молекулярной генетики РАН.

Структура и объем диссертации.

Диссертация изложена на 132 страницах машинописного текста и включает в себя 28 рисунков и 6 таблиц. Работа состоит из введения, литературного обзора, экспериментальной части, включая описание материалов и методов, обсуждения результатов, выводов и списка использованной литературы.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Веселовский, Александр Михайлович

6. ВЫВОДЫ.

1. С использованием однокопийной конструкции, содержащей промоторную область оперона микроцина С51, слитую с репортером /ас-опероном (Рт<х-/ас), показано, что в регуляции экспрессии микроцинового оперона, активируемой при переходе клеток Escherichia coli в стационарную фазу роста, участвует сложная регуляторная сеть, включающая по крайней мере четыре глобальных регулятора транскрипции: сигма S субъединицу РНК- полимеразы, белок-активатор CRP и два белка с репрессирующим действием H-NS и Lrp.

2. Экспрессия Pmcc-lac в rpoS мутантах, лишенных as, составляла от 6 до 30% от ее уровня в штаммах дикого типа, что может свидетельствовать об участии в транскрипции оперона микроцина С51 других сигма-субъединиц РНК-полимеразы.

3. Белки CRP, H-NS и Lrp принимают участие как в о^-зависимом, так и в as -независимом путях экспрессии оперона микроцина С51.

4. Определена локализация сайта связывания белка CRP с ДНК промоторной области оперона микроцина С51.

5. Суперпродукция су70 и а32 субъединиц РНК-полимеразы уменьшает (^-зависимую экспрессию Ртсс-lac, по-видимому, в результате конкуренции сигма-субъединиц за ограниченное количество молекул кор-РНК-иолимеразы.

6. а70 участвует в регуляции экспрессии микроцинового оперона. В клетках с мутацией rpoD800, приводящей к термочувствительности РНК-полимеразы, при непермиссивной температуре активация экспрессии ?тсс-1ас в фазе замедления роста клеток не происходит.

7. Показано, что 6S РНК и белок CytR не участвуют в регуляции экспрессии оперона микроцина С51.

8. Точечные замены в -10 районе промотора микроцинового оперона, приводящие к consensus ТАТААТ сайту, увеличивают активность промотора. При этом с зависимость экспрессии Ртсс-1ас от с субъединицы РНК-полимеразы, фазы роста клеток и белка CRP сохраняется. /

9. Экспрессия Pmcc-/ac активируется не только при переходе клеток в стационарную /1 фазу роста, но и при стрессе, вызванном голоданием без глюкозы клеток экспоненциальной фазы. В этих условиях активация экспрессии Pmcc-lac частично независима от as и о70 субъединиц РНК-полимеразы. /

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Веселовский, Александр Михайлович, 2003 год

1. Aiba Н., Krakow J.S. 1981 Isolation and characterization of the amino carboxyl proximal fragments of the adenosine cyclic 3, 5,-phosphate receptor protein of Escherichia coli. Biochemistry V20: 4774-80.

2. Altuvia S. et al. 1994 The dps promoter is activated by OxyR during growth and by IHF and sigma-S in stationary phase. Molecular Microbiology VI3: 265-272.

3. Arnquist A. et al. 1994 Sigma S dependent growth phase induction of the csgBA promoter in Escherichia coli can be achieved in vivo by sigma 70 in the absence of the nucleoid-associated protein H-NS. Molecular Microbiology V13: 1021-32.

4. Ball C.A. et al. 1992 Dramatic changes in Fis levels upon nutritient up shift in Escherichia coli. J. Bacteriology V174: 8043-56.

5. Bar-Nahum G., Nudler E. 2001 Isolation and characterization of sigma (70)-retaining transcription elongation complexes from Escherichia coli. Cell V106: 44351.

6. Barne K., Bown J., Busby S., Minchin S. 1997 Region 2.5 of the Escherichia coli RNA-polymerase a70 unit is responsible for the recognition of the extended -10 motif at promoters. The EMBO J. VI6: 4034-40.

7. Barrios H, Valderrama B, Morett E. 1999 Compilation and analysis of sigma(54)-dependent promoter sequences. NAR V27: 4305-13.

8. Barth M. et al. 1995 Role for the histone-like protein H-NS in growth-phaseсdependent and osmotic regulation of a -dependent genes in Escherichia coli. J.Bacteriology V177: 3455-64.

9. Bayer A. et al. 1993 Posttranslational backbone modifications in the ribosomal biosynthesis of the glycine-rich antibiotic microcin B17. Angew. Chem. Int. Ed. V32: 1336-39.

10. Beach M.B., Osuna R. 1998 Identification and characterization of the fis operon in Enteric bacteria. J. Bacteriology VI80: 5932-5946.о

11. Becker G., Hengge-Aronis R. 2001 What makes an Esherichia coli promoter a dependent? Role of the -13/-14 nucleotide promoter positions and region 2.5 of E.coli. J. Molecular Biology V39: 1153-65.

12. Birnboim K., Doly J. 1979 A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA NARV7: 1513-23.

13. Blond A. et al. 2000 Structure/activity relationship of the antibiotic nucleotide-peptide microcin C51, p. 601-602. In J.Martinez, and J.-A.Fehrentz (ed.), Peptides 2000. Proceedings of the 26th European Peptide Symposium. EDK, Paris, France.

14. Bohannon DE, Connel N et al. 1991 Stationary-phase-inducible «gearbox» promoters: differential effects of katF mutations and role of a70. J.Bacteriology VI73: 4482-92.

15. Bohringer J. et al. 1995 UDP-glucose is a potential intracellular molecule in theq Ocontrol of expression of a and o -dependent genes in Escherichia coli. J.Bacteriology V177: 413-22.

16. Boquero F, Moreno F 1984 The microcins. FEMS Microbiol. Letters V23: 117-24.

17. Bordes P, Bouvier J, Conter A, Kolb A, Gutierrez C. 2002 Transient repressor effect of Fis on the growth phase-regulated osmE promoter of Escherichia coli Kl2. Mol. Genet. Genomics. V268: 206-13.

18. Bordes P. et al. 2000 Involvement of differential efficiency of transcription by Eas and Ea RNA polymerase holoenzymes in growth phase regulation of the Escherichia coli osmE promoter. Mol. Microbiol. V35: 845-53.

19. Bordes P. et al. 2003 DNA supercoiling contributes to disconnect as accumulation from as-dependent transcription in Escherichia coli. Mol. Microbiol. V48: 561-71.

20. Borst D., Blumenthal R., Matthews R. 1996 Use of an in vivo titration method to study a global regulator: effects of varying Irp levels on expression of gltBDF in Escherichia coli. J.Bacteriology VI78: 6904-12.

21. Bown J.A. et al. 1999 Organization of open complexes at Escherichia coli promoters. Location of promoter DNA sites close to region 2.5 of the a70 subunit of RNA Polymerase. J.B.C. V274: 2263-70.

22. Braaten B. et al. 1992 Leucine responsive regulatory protein (Lrp) controls the expression of both the pap and fan pili operons in Escherichia coli. PNAS V89: 425054.

23. Brandy A., Falconi M. 1991 Identification of a cold shock transcriptional enhancer of the Escherichia coli gene encoding nucleoid protein H-NS. PNAS V88: 10907-911.

24. Brikun I et al. 1996 Analysis of eAMP-CRP interactions at the Escherichia coli udp promoter. J. Bacteriology V178: 1614-22.

25. Buck M., Gallegos M. et al. 2000 The bacterial enhancer-dependent a54 (rpoN) transcription factor. J.Bacteriology V182: 4129-4136.

26. Burgess R.R., Antony L. 2001 How sigma docks to RNA Polymerase and what sigma does. Current Opinion in Microbiology V4: 126-31.

27. Burr T. et al. 2000 DNA sequense elements located immidiately upstream of the -10 hexamer in Escherichia coli promoters: a systematic study. NAR V 28: 1864-70.

28. Busby S., Elbright R. 1994 Promoter structure, promoter recognition and transcription activation in Procaryotes. Cell V79: 743-6.

29. Calvo J., Matthews R. 1994 The Leucine-responsive regulatory protein, a global regulator of metabolism in Escherichia coli. Microbiol. Rev. V58: 466-490.

30. Ceschini S., Lupidi G. et al. 2000 Multimeric self assambly equlibria involving the histone-like protein H-NS. A thermodynamic study. J.Biol.Chem. V275: 729-34.

31. Chen C, Newman EB. 1998 Comparison of the sensitivities of two Escherichia coli genes to in vivo variation of Lrp concentration. J.Bacteriology V180: 655-59.

32. Claverie-Martin F, Magasanik B. 1991 Role of integration host factor in the regulation of the glnHp2 promoter of Escherichia coli. PNAS V88: 1631-35.

33. Collado-Vides J., Magasanik B., Gralla J. 1991 Control site location and transcriptional regulation in Escherichia coli. Microbiol. Review V55: 371-94.

34. Colland F. et al. 2000 Sigma factor selectivity of Escherichia coli RNA Polymerase: a role for CRP, IHF and Lrp transcription factors. The EMBO J. VI9: 3028-37.

35. Colland F., Kolb A. et al. 1999 Positioning of the stationary phase a factor in Escherichia coli RNA Polymerase-promoter open complex. The EMBO J. VI8: 404959.

36. Cossart P., Gicquel-Sanzey B. 1985 Regulation of expression of the crp gene of Escherichia coli Kl2: in vivo study. J.Bacteriology V161: 454-57.

37. Cui Y et al. 1995 A consensus sequence for binding of LRP to DNA. J Bacteriology VI77: 4872-80.

38. Cukier K.R., Jacquet M., Cros F. 1972 Two heat resistant low molecular weight proteins from Escherichia coli that stimulate DNA-directed RNA synthesis. PNAS V69: 3643-47.-im—

39. Cunning C., Elliott T. 1999 RpoS synthesis is growth rate regulated in Salmonella typhimurium but its turnover is not dependent on acetyl phosphate synthesis or PTS function. J.Bacteriology VI81: 4853-62.

40. Dai X. et al. 1999 DNA structure and transcription. Current Opinion in Microbiology V2: 126-30.

41. Daube S.S., von Hippel P.H. 1999 Interactions of Escherichia coli a70 within the transcription elongation complex. PNAS V96: 8390-95.

42. Delgado M.A., Rintoul M.R., Farias R.N., Salomon R.A. 2001 Escherichia coli RNA polymerase is the target of the cyclopeptide antibiotic microcin J25. J Bacteriology V183: 4543-4550.

43. Destoumieux-Garzon D. et al. 2002 Focus on modified microcins: structural features and mechanism of action. Biochimie V84: 511-19.

44. Ding Q. et al 1995 Promoter selectivity control of Escherichia coli RNA polymerase by ionic strength: differential recognition of osmoregulated promoters by1. T\ (J

45. Ea and Eo holoenzymes. Mol. Microbiol. V16: 649-56.

46. Ditto MD, Roberts D, Weisberg RA 1994 Growth phase variation of integration host factor level in Escherichia coli. J. Bacteriology V176: 3738-48.

47. Dombroski A.J., Johnson B.D., Lonetto M., Gross C.A. 1996 The sigma subunit of Escherichia coli RNA Polymerase senses promoter spacing. PNAS V93: 8858-62.

48. Dove S.L., Hochschild A. 1998 Conversion of the omega subunit of Escherichia coli RNA polymerase into a transcriptional activator or an activation target. Genes Dev. 1998 Mar l;12(5):745-54.

49. Dover N., Padan E. 2001 Transcription of nhaA, the main Na(+)/H(+) antiporter of Escherichia coli, is regulated by Na(+) and growth phase. J.Bacteriology VI83: 64453.

50. Drlika K. 1992 Control of bacterial DNA supercoiling. Molecular Microbiology V6: 425-33.

51. Drlika K., Rouviere-Janiv J. 1987 Histone-like proteins of bacteria. Microbiol. Rev. V51: 301-19.

52. Ellinger T. et al. 1994 Context-dependent effects of upstream A-tracts. Stimulation or inhibition of Escherichia coli promoter function. J.M.B. V239: 466-75.

53. Ernsting BR, Denninger JW, Blumenthal RM, Matthews RG. 1993 Regulation of the gltBDF operon of Escherichia coli. How a leucine-insensitive operon regulated by the leucine-responsive regulatory protein. J.Bacteriology VI75: 7160-69.

54. Espinosa-Urgel M. 1996 A consensus structure for as-dependent promoters. Mol. Microbiol. V21:657-59.

55. Estrem ST, Gaal T et al. 1998 Identification of an UP element consensus sequence for bacterial promoters. PNAS V95: 9761-66.

56. Falconi M. et al. 1988 Proteins from the prokaryotic nucleoid: primary and quarternary structure of the 15 kDa Escherichia coli DNA binding protein H-NS. Molecular Microbiology V2: 323-29.

57. Falconi M. et al. 1996 Antagonistic involvement of FIS and H-NS proteins in the transcriptional control of hns expression. Molecular Microbiology V19: 965-75.

58. Fang F.C. et al. 1992 The alternative sigma factor KatF (RpoS) regulates Salmonella virulence. PNAS V 89: 11978-82.

59. Farewell A., Kvint K., Nystrom T. 1998 Negative regulation by rpoS: a case of sigma factor competition. Molecular Microbiology V29: 1039-51.

60. Fenton M., Lee S., Gralla J. 2000 Escherichia coli promoter opening and -10 recognition: mutational analysis of a70. The EMBO J. V19: 1130-37.

61. Finkel SE, Johnson RC 1992 The Fis protein: it is not just for DNA inversion anymore. Molecular Microbiology V6: 3257-65.

62. Fomenko D., Veselovski A., Khmel I. 2001. Regulation of microcine C51 operon expression: the role of global regulators of transcription. Research in Microbiology VI52: 469-479.

63. Fomenko D. et al. 2003 Microcin C51 plasmid genes: possible sourse of horizontal gene transfer. Antimicrobial Agents and Chemotherapy V47: 2868-74.

64. Forsman K. et al. 1992 Antirepression function in Escherichia coli for the cAMP-CRP receptor protein transcriptional activator. PNAS V89: 9880-84.

65. Fräser J., Newman E.B. 1975 Derivation of glycine from threonine in Escherichia coli Kl2 mutants. J.Bacteriology V122: 810-17.

66. Frisby D., Zuber P. 1991 Analysis of the upstream activating sequence and site of carbon and nitrogen source repression in the promoter of an early-induced sporulation gene of Bacillus subtilis. J.Bacteriology V173: 7557-64.

67. Gaal T. et al. 2001 Promoter recognition and discrimination by Ea RNA Polymerase. Mol. Microbiol. V42: 939-54.

68. Gaily D., Bogan J., Eisenstein B., Blomfield I. 1993 Enviromental regulation of the fim switch controlling type 1 fimbrial phase variation in Escherichia coli K12: effects of temperature and media. J.Bacteriology V175: 6186-93.

69. Gartenberg M.R., Crothers D.M. 1991 Synthetic DNA bending site sequences increase the rate of an in vitro transcription initiation at the Escherichia coli lac promoter. J.M.B. V219: 217-30.

70. Gavigan S., Nguyen T., Nguyen N., Senear D. 1999 Role of multiple CytR binding sites on cooperativity, competition, and induction at the Escherichia coli udp promoter. J.B.C. V274: 16010-9.

71. Gentry D.R. et al. 1993 Synthesis of the stationary-phase sigma factor as is positively regulated by ppGpp. J.Bacteriology V175: 7982-89.

72. Germer J. et al. 2001 Role of activator site position and a distal UP-element halfsite for sigma factor selectivity at a CRP/H-NS activated cs-dependent promoter in Escherichia coli. Mol. Microbiol. V41: 705-16.

73. Ghosh P. et al 2001 Escherichia coli RNA polymerase subunit omega and its terminal domain bind foollength beta' to facilitate incorporation into alpha2beta subassembly. Eur. J. Biochem. Y268:4621-7.

74. Gollop N, Tavori H, Barak Z 1982 Acetohydroxy acid synthase is a target for leucine-containing peptide toxiticity in Escherichia coli. J.Bacteriology V149: 387-90.

75. Gonzalez-Gil G, Bringman P, Kahmann R 1996 FIS is a regulator of metabolism in Escherichia coli. Molecular Microbiology V22: 21-29.

76. Gonzalez-Pastor J.E. et al 1995 Structure and organization of plasmid genes required to produce the translation inhibitor microcin C7. J Bacteriology V177: 713140.

77. Goodrich JA, Schwartz ML, McClure WR 1990 Searching for and predicting the activity of sites for DNA binding proteins: compilation and analysis of the binding sites for Escherichia coli integration host factor (IHF). NAR VI8: 4993-5000.

78. Goosen N, van den Putte P 1995 The regulation of transcription initiation by integration host factor. Molecular Microbiology V16: 1-7.

79. Goransson M et al. 1990 Transcriptional silencing and thermoregulation of gene expression in Escherichia coli. Nature V344: 682-85.

80. Gosink K. et al. 1993 DNA binding and bending are nessesary but sufficient for Fis-dependent activation of rrnBPl. J. Bacteriology V175: 1580-89.

81. Fis-dependent activation of rrnBPl. J. Bacteriology V175: 1580-89.

82. Gralla J. 1996 Activation and repression of Escherichia coli promoters. Current Opinion in Genetics and Development V6: 526-30.

83. Gralla J., Collado-Vides J. 1996 Organization and function of transcription regulatory elements. In Escherichia coli and Salmonella. Edited by Neidhardt F. Washington: American Society for Microbiology; 1996: 1232-46.

84. Grossman A. et al. 1987 a32 synthesys can regulate the synthesys of heat shock proteins in Escherichia coli. Genes and Development VI: 179-84.

85. Guijarro J. et al. 1995 Chemical structure and translational inhibition studies of the antibiotic microcin C7. J.B.C. V270: 23520-32.

86. Heltzel A. et al. 1990 Activator-dependent preinduction binding of cj70-RNA polymerase at the metal-regulated mer promoter. Biochemistry V29: 9572-84.

87. Hengge-Aronis R. 1996 Back to log phase sigma S as a global regulator in the osmotic control of gene expression in Escherichia coli. Molecular Microbiology V21: 887-93.

88. Hengge-Aronis R. 2000 The general stress response of Escherichia coli. In «Bacterial stress response» Storz G., Hengge-Aronis R., Washington D.C. American Society for Microbiology Stress pp. 161-178.

89. Ballesteros M. Kusano S. 1998 The ftsqlp promoter of of Escherichia coli is a major sigma S dependent promoter in the ddlB-fts region. Molecular Microbiology V30: 419-430.

90. Hengge-Aronis R. 2002 Signal transduction and regulatory mechanisms involved in control of the os (rpoS) subunit of RNA Polymerase. Microbiology and Molecular Biology Reviews V66: 373-95.

91. Hengge-Aronis R. 2002 Stationary phase gene regulation: what makes an Escherichia coli promoter os-selective. Current Opinion in Microbiology V5: 591-5.

92. Heyduk T., Lee J.C. 1990 Application of the fluorescence energy transfer polarization to monitor Escherichia coli cAMP receptor protein and lac promoter interaction. PNAS V87: 1744-48.

93. Higgins C. et al. 1990 Protein HI: a role for chromatin structure in the regulation of bacterial gene expression and virulence? Molecular Microbiology V4: 2007-12.of bacterial gene expression and virulence? Molecular Microbiology V4: 2007-12.

94. Hindley J. 1967 Fractionation of 32P-labeled ribonucleic acids on polyacrilamide gels and their characterization by fingerprinting. J.M.B. V30: 125-36.

95. Hiratsu K. et al. 1995 Mode of promoter recognotion by the Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme containing the os sub unit: identification of the recognition sequence of the fic promoter. Mol. Microbiol. V18: 841-50.

96. Hochschild A, Irwin N, Ptashne M. 1983 Repressor structure and the mechanism of positive control. Cell V32:319-25.

97. Hu J., Gross C. 1988 Mutations in rpoD that increase expression genes in the mal regulon of Escherichia coli K12. J.M.B. V203: 15-27.

98. Hughes KT, Mathee K 1998 The anti-sigma factors. Annual Rev. Microbiol. Y52: 231-86.

99. Igarashi K. et al. 1991 Functional map of the a subunit of Escherichia coli RNA Polymerase: two modes of transcription activation by positive factors. PNAS V88: 8958-62.

100. Ishihama A. 1992 Role of RNA Polymerase a subunit in transcription activation. Molecular Microbiology V6: 3283-88.

101. Ishihama A. 1993 Protein-protein communication within the transcription apparatus. J. Bacteriology VI75: 2483-2489.

102. Ishihama A. 1999 Modulation of the nucleoid, the transcription apparatus, and the translation machinery in bacteria for stationary phase survival. Genes to Cells V4: 135-43.

103. Ishihama A. 2000 Functional modulation of Escherichia coli RNA polymerase. Ann. Rev. Microbiol. V54: 499-518.

104. Jafri S., Chen S., Calvo J. 2002 IlvIH operon expression in Escherichia coli requires Lrp binding to two distinct regions of DNA. J.Bacteriology VI84: 5293-300.

105. Jagura-Burdzy G. et al. 1999 Repression at a distance by the global regulator KorB of promiscuous IncP plasmids. Molecular Microbiology V32: 519-32.

106. Jakob F., Monod J. 1961 Genetic regulatory mechanisms in the synthesis of proteins. J.M.B. V3: 318-56.

107. Jenkins D.e., Auger A.E., Matin A. 1991 Role of RpoH, a heat shock regulator protein in Escherichia coli carbon starvation protein synthesis and survival. J.Bacteriology VI73: 1992-96.

108. Jishage M. et al. 1996 Regulation of RNA Polymerase sigma subunit synthesis in Escherichia coli: intracellular levels of four species of sigma subunit under various growth conditions. J.Bacteriology V178: 5447-51.

109. Jishage M, Ishihama A 1998 A stationary phase protein in Escherichia coli with binding activity to the major a subunit of RNA polymerase. PNAS V95: 4953-8.

110. Jishage M., Ishihama A. 1995 Regulation of RNA Polymerase sigma subunit synthesis in Escherichia coli: intracellular levels of a70 and a38. J.Bacteriology V177: 6832-35.

111. Jordi B. et al. 1995 DNA twist, flexibility and transcription of the osmoregulated proL promoter of Salmonella typhimurium. The EMBO J. V14: 5690-700.

112. Jordi J., Higgins C. 2000 The downstream regulatory element of the proU operon of Salmonella typhimurium inhibits open complex formation by RNA polymerase at a distance. J.B.C V275: 12123-28.

113. Joung B. et al. 2001 A coiled-coil from the RNA Polymerase ß'-subunit allosterically induces selective nontemplate strand binding by sigma (70). Cell VI05: 935-44.

114. Joung J., Koepp D., Hochschild A. 1994 Synergistic activation of transcription by bacteriophage lambda cl protein and E.coli cAMP receptor protein. Science V265.T863-66.

115. Kahmann R. et al. 1985 G inversion in bacteriophage Mu DNA is stimulated by a site within the invertase gene a host factor. Cell V41: 771-80.

116. Kahn J., Crothers D. 1992 Protein induced bending and DNA cyclization. PNAS V89: 6343-47.

117. Kamashev D., Baladina E., Rouivere-Janiv J. 1999 The binding motif recognized by HU on both nicked and cruciform DNA. The EMBO J. V 18: 5434-5444.

118. Khmel I., Bondarenko V., Manokhina I. et al. 1993 Isolation and characterization of Escherichia coli strains producing microcins B and C types. FEMS Microbiol. Letters VI11: 269-74.

119. Kim J., Zwieb C., Wu C., Adhya S. 1989 Binding DNA by gene regulatory proteins: construction and use of a DNA bending vector. Gene V85: 15-23.

120. Kiupakis K., Reitzer L. 2002 ArgR-independent induction and ArgR-dependent superinduction of the astCADBE operon in Escherichia coli. J.Bacteriology VI84: 2940-50.-'UZ

121. Klauck E., Bohringer J., Hengge-Aronis R. 1997 The Lys-R like regulator LeuO in Escherichia coli is involved in the translational regulation of rpoS by affecting the expression of the small regulatory DsrA-RNA. Molecular Microbiology V25: 559-69.

122. Kolb A., Busby S., Garges S., Adhya S. 1993 Transcriptional regulation by c-AMP and its receptor protein. Annual Rev. Biochem. V62: 749-95.

123. Kolter R., Siegele D., Tormo A. 1993 The stationary life of bacterial life cycle. Annual Microbiol. Review V47: 855-74.

124. Kurepina N., Basyuk E., Metlitskaya A. et al. 1993 Cloning and mapping of the genetic determinants for microcin C51 production and immunity. Mol.Gen.Genet. V241: 700-706.

125. Kusano S. et al. 1996 Promoter selectivity of Escherichia coli RNA Polymerase Ea70 and Ea38 holoenzyme effect of DNA supercoiling. J.B.C. V 271: 1998-2004.

126. Kvint K., Farewell A., Nystrom T. 2000 RpoS-dependent promoters require guanosine tetraphosphate for induction even the presence of high level of as. J.B1.C. V275: 14795-98.

127. Kvint K. et al. 2000 Emergency derepression: stringency allows RNA polymerase to override negative control by an active repressor. Mol. Microbiol. V35: 435-43.

128. Landgraf J., Wu J., Calvo J. 1996 Effect of nutrition and growth rate on Irp levels in Escherichia coli. J.Bacteriology V178: 6930-36.

129. Landini P. et al. 1996 The leucine responsive regulatory protein (Lrp) acts as acspecific repressor for a -dependent transcription of the Escherichia coli aidB gene. Molecular Microbiology V20: 947-55.

130. Lange R., Fischer D., Hengge-Aronis R. 1995 Identification of transcriptional start sites and the role of ppGpp in the expression of rpoS, the structural gene for the as subunite of RNA-polymerase in Escherichia coli. J.Bacteriology VI77: 4676-80.

131. Lange R., Fisher D., Hengge-Aronis R. 1995 Identification of transcriptional startcsites and the role of ppGpp in the expression of rpoS, the stuctural gene for the c subunit of RNA Polymerase in Escherichia coli. J.Bacteriology V177: 4676-80.

132. Lange R., Hengge-Aronis R. 1991 Growth phase-regulated expression of bolA and morphology of stationary-phase Escherichia coli cells are controlled by the novel-¡AHsigma factor sigma S. Molecular Microbiology V5 : 49-59.

133. Lange R., Hengge-Aronis R. 1991 Identification of a central regulator of stationary phase gene expression in Escherichia coli. Molecular Microbiology V5: 49-59.

134. Lange R., Hengge-Aronis R. 1994 The nlpD gene is located in an operon with rpoS on the Escherichia coli chromosome and encodes a novel lipoprotein with a potential function in cell wall formation. Molecular Microbiology V13: 733-43.

135. Lavigne M., Herbert M., Kolb A., Buc H. 1992 Upstream curved sequences influence the initiation of transcription at the Escherichia coli galactose operon. J.M.B. V224: 293-306.

136. Lee S., Gralla J. 2001 Sigma 38 (RpoS) RNA polymerase promoter engagement via-10 region nucleotides. J.B.C. V276: 30064-71.

137. Lesley S., Burgess R. 1989 Characterization of the Escherichia coli transcription70factor a : localization of a region involved in the interaction with core RNA Polymerase. Biochemistry V28: 7728-34.

138. Li Y.-M. et al. 1996 From peptide precursors to oxazole and thiazole-containing peptide antibiotics: microcin B17 synthase. Science V274: 1188-93.

139. Lichenstein H., Hamilton E., Lee N. 1987 Repression and catabolite gene activation in the araBAD operon. J.Bacteriology VI69: 811-22.

140. Liebke H., Gross C., Walter W., Burgess R. 1980 A new mutation rpoD800, affecting the sigma subunit of Escherichia coli. RNA polymerase is allelic to two other sigma mutants. Mol. Gen. Genet. VI77: 277-82.

141. Liu J. 1994 Microcin B17: posttranslational modifications and their biological implications. PNAS V91:4618-20.

142. Liu X., Matsumura P. 1995 An alternative sigma factor controlls transcription of flagellar class III operons in Escherichia coli: gene sequence, overproduction, purification and characterization. Gene VI64: 81-4.

143. Liu-Johnson H.A., Gartenberg M.R., Crothers D.M. 1986 The DNA binding domain and bending angle of Escherichia coli CAP protein. Cell V47: 995-1005.

144. Loewen P.C., Hengge-Aronis R. 1994 The role of the sigma factor cts (KatF) in bacterial global regulation. Annual Rev. Microbiol. V48: 53-80.70

145. Lonetto M., Gribskov M., Gross C.A. 1992 The a'u family: sequence conservation and evolutionary relationship. J.Bacteriology V174: 3843-49.

146. MacCann M.P. et al. 1993 The putative a factor KatF is regulated posttranscriptionally during carbon starvation. J.Bacteriology V175: 2143-49.posttranscriptionally during carbon starvation. J.Bacteriology V175: 2143-49.

147. Madhusudhan K., Lorenz D., Socatch J. 1993 The bkdR gene of Pseudomonas putida is required for expression of the bkd operon and encodes a protein related to Lrp of Escherichia coli. J.Bacteriology V175: 3934-40.

148. Maeda H. et al. 2000 Competition among seven Escherichia coli o-subunits: relative binding affinities to the core RNA polymerase. NAR V28: 3497-503.

149. Maeda H., Jishage M. et al. 2000 Two extracytoplasmic function sigma subunits, aE and afecI of Escherichia coli: promoter selectivity and sigma levels. J.Bacteriology V182: 1181-84.

150. Majors J. 1975 Specific binding of CAP factor to lac promoter DNA. Nature V256: 672-74.

151. Malhotra A. et al. 1996 Crystal Structure of a a70 Subunit Fragment from E.coli RNA Polymerase Cell V87: 127-36.

152. Mao W., Siegele D. 1998 Genetic analysis of the stationary phase-induced mcb operon promoter in E.coli. Molecular Microbiology V27: 415-24.

153. Marasco et al. 1994 In vivo footprinting analysis of lrp binding to the ilvIH promoter region of Escherichia coli. J.Bacteriology V176: 5197-5201.

154. Marr M., Roberts. J. 1997 Promoter recognition as measured by binding of polymerase to nontemplate strand oligonucleotide. Science V276: 1258-60.

155. Marshall D., Sheehan B., Dorman C. 1999 A role for the leucine-responsible regulatory protein and integration host factor in the regulation of the Salmonella plasmid virulence (spv) locus in Salmonella thyphimurium. Molecular Microbiology V34: 134-45.

156. McGovern V. et al. 1994 H-NS overexpression induces an artificial stationary phase by silencing global transcription. Biochimie V76: 1019-29.

157. Metlitskaya A., Katrukha G., Shashkov A. et al. 1995 Structure of microcin C51, a new antibiotic with a broad spectrum of activity. FEBS Letters V357: 235-38.

158. Missiakas D., Raina S. 1998 The extracytoplasmic function sigma factors: role and regulation. Molecular Microbiology V28: 1059-66.

159. Mooney R.A., Artsimovitch I., Landick R. 1998 Information processing by RNA polymerase: recognition of regulatory signals during RNA chain elongation. J.Bacteriology V180: 3265-75.

160. Moreno F. et al. 2002 The regulation of microcin B, C and J operons. Biochimie V84: 521-29.

161. Muffler A. et al. 1996 The response regulator RssB controls stability of the as subunite of RNA polymerase in Escherichia coli. The EMBO J. V15: 1333-39.

162. Muffler A., Barth M., Marschall C., Hengge-Aronis R. 1997 Heat shock regulationcof a turnover: a role for DnaK and relationship between stress responses mediated by os and a32 in Escherichia coli. J.Bacteriology V179: 445-52.

163. Muffler A., Trauisen D., Lange R., Hengge-Aronis R. 1996. Posttranscriptional osmotic regulation of the as subunit of RNA Polymerase in Escherichia coli. J.Bacteriology V178: 1608-13.

164. Mulvey M. et al. 1990 Regulation of transcription of katE and katF in Escherichia coli. J.Bacteriology VI72: 6713-20.

165. Musso R., Di Lauro R. et al. 1977 Dual control for transcription of the galactose operon by cAMP receptor protein at interspersed promoters. Cell V2: 847-54.

166. Neidhardt F.C., and (Eds). Escherichia coli and Salmonella // ASM Press. Washington. DC 20005. p. 1233,1996.

167. Newlands J., Josaitis C., Ross W., Gourse R. 1992 Both fis-dependent and factor-independent upstream activation of the rrnB PI promoter are face of the helix dependent. NAR V20:719-26.

168. Nguyen L., Burgess R. 1997 Comparative analysis of the interaction of Escherichia coli os and c70 RNA Polymerase holoenzyme with the stationary phase specific bolApl promoter. Biochemistry V36: 1748-54.

169. Nou X. et al. 1993 Regulation of pyelonephritis pili phase-variation in Escherichia coli: binding of the Papl and the Lrp-regulatory proteins is controlled by DNA metylation. Molecular Microbiology V7: 545-53.

170. Orsini G., Ouhammouch M., Le Caer J., Brody E. 1993 The asiA gene of7Hbacteriophage T4 codes for the anti-o protein. J.Bacteriology VI75: 85-93.

171. Osuna R., Finkel S., Johnson R. 1991 Identification of two functional regions in FIS: the N-terminus is required to promote Hin-mediated DNA inversion but not X excision. The EMBO J. V10: 1593-1603.

172. Owen-Hughes T. et al. 1992 The chromatin-associated protein H-NS interacts with curved DNA to influence DNA topology and gene expression. Cell V71: 255-65.

173. Pedersen M. et al. 1992 cAMP-CRP activator complex and the CytR repressor protein bind cooperatuvely to the cytR promoter in Escherichia coli and CytR antagonized the cAMP-CRP-induced DNA bend. J.M.B. V227: 397-406.

174. Pedersen M. et al. 1995 Gene-regulatory moduls in Escherichia coli: nucleoprotein complexes formed by cAMP-CRP and CytR at the nupG promoter. Molecularcomplexes formed by cAMP-CRP and CytR at the nupG promoter. Molecular Microbiology V17: 843-53.

175. Perez-Martin J, de Lorenzo V. 1997 Clues and consequences of DNA bending in transcription. Ann. Rev. Microbiol. V51: 593-628.

176. Perlman R., Pastan I. 1969 Plleyotropic deficiency of carbohydrate utilization in an adenyl cyclase deficient mutant of Escherichia coli. Biochem. Biophys. Res. Commun. V37: 151-57.

177. Pettijohn D. 1988 Histone-like proteins and bacterial chromosome structure. J.B.C. V263: 12793-96.

178. Polayes D., Rice P., Garner M„ Dahlberg J. 1988 Cyclic AMP-cyclicAMP receptor protein as a repressor for transcription of the spf gene of Escherichia coli. J.Bacteriology V170:3140-14.

179. Quay S., Dick T., Oxender D. 1977 Role of transport systems in amino acid metabolism leucine toxiticity and the branched-chain amino acid transport systems. J.Bacteriology V129: 1257-65.

180. Raibaud O., Schwartz M. 1984 Positive control of transcription initiation in bacteria. Annual Rev. Genet. VI8: 173-206.

181. Ramani N., Huang L., Freundlich M. 1992 In vitro interactions of integration host factor with the ompF promoter-regulatory region of Escherichia coli. Mol. Gen. Genetics V231:248-55.

182. Rhodius V.A., Busby S. 1998 Positive activation of gene expression. Current Opin. Microbiol. VI: 152-59.

183. Richet E. 2000 Synergistic transcription activation: a dual role for CRP in the activation of an Escherichia coli promoter depending on MalT and CRP. The EMBO J. VI9: 5222-32.

184. Rockwell P., Gottesman M. 1991 An Escherichia coli rpoB mutation that inhibit transcription of catabolite sensitive operons. J.M.B. V 222 N1: 189-96.

185. Romling U. et al. 1998 Multicellular and aggregative behaviour of Salmonella typhimurium strains is controlled by mutations in the agfD promoter. Mol. Microbiol. V28: 249-64.

186. Ross L. et. al. 1993 A third recognition element in bacterial promoters: DNA binding by the a subunits of RNA-polymerase. Science V262: 1407-13.

187. Ross W et al. 1990 Escherichia coli Fis protein activates ribosomal RNA trancription in vitro and in vivo. The EMBO J. V9: 3733-42.

188. Safo MK et al. 1997 The transactivation region of the FIS protein that controls site-specific DNA inversions contains extended mobile ß-hairpin arms. The EMBO J. V16: 6860-73.

189. Sambrook J. Fritsch E., Maniatis T. 1989 Molecular cloning, a laboratory manual. Second ed. Cold Spring Harbor Lab. Press.

190. Sasse-Dwihgt S., Gralla J. 1990 Role of eucaryotic type domains found in the procaryotic enhancer receptor factor a54. Cell V62: 945-50.

191. Schellhorn H. et al. 1998 Identification of conserved, RpoS-dependent stationary-phase genes of Escherichia coli. J.Bacteriology VI80: 6283-91.

192. Schlax P., Capp M., Record M. 1995 Inhibition of transcription initiation by Lac repressor. J.M.B. V245: 331-350.

193. Schmid MB 1990 More than just «histone-like» proteins. Cell V63: 451-53.

194. Schneider R., Travers A., Kutateladze T., Muskhelishvili G. 1999 A DNA architectural protein couples cellular physiology and DNA topology in Escherichia coli. Molecular Microbiology V34: 953-64.

195. Schroder O., Wagner R. 2000 The bacterial DNA-binding protein H-NS represses ribosomal RNA transcription by trapping RNA polymerase in the initiation complex. J.M.B. V298: 737-48.

196. Schroth G., Gottesfeld J., Bradbury E. 1991 TFIIIA induced DNA bending: effect of low ionic strength electrophoresis buffer conditions. NAR V19: 511-16.

197. Schweder T., Lee K., Lomovskaya O., Matin A. 1996 Regulation of Escherichia coli starvation sigma factor (as) by ClpXP protease. J.Bacteriology V 178 N2: 470-76.

198. Sevcik M., Sebkova J. et al. 2001 Transcripton of arcA and rpoS during growth of Salmonella typhimurium under aerobic and microaerobic conditions. Microbiology V147: 701-8.

199. Shabb J., Corbin J. 1992 Cyclic nucleotide-binding domains in proteins having diverse functions. J.B.C. V267: 5723-26.

200. Shaw D., Rice D., Guest J. 1983 Homology between CAP and FNR, a regulator of anaerobic respiration in Escherichia coli. J.M.B. V 166 N2: 241-47.

201. Shiba T. et al. 1997 Inorganic polyphosphate and the induction of rpoS expression. PNAS V94: 11210-11215.

202. Shindo H. et al. 1995 Solution structure of the DNA-binding domain of a nucleoid-associated protein H-NS from Escherichia coli. FEBS Letters V360: 125-31.

203. Siegele D., Guynn L. 1996 Escherichia coli proteins synthesized during recovery from starvation. J.Bacteriology V178: 6352-56.-mfrom starvation. J.Bacteriology V178: 6352-56.

204. Silhavy T.J. et al. 1984 Experiments with Gene Fusions. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY.

205. Simons R.W., Houman F., Kleckner N. 1987 Improuved single and milticopy /debased cloning vectors for protein and operon fusions. Gene V53: 85-96.

206. Soutourina O. et al. 1999 Multiple control of biosynthesis in Escherichia coli: role of H-ns protein and the cyclic AMP-catabolite activator protein complex in transcription of the fthDC master operon. J Bacteriology V181: 7500-508.

207. Stotzfus L., Wilcox G. 1989 Effect of mutations in the cAMP receptor protein-binding site on araBAD and araC expression. J.Bacteriology V171: 1178-84.

208. Suzuki M., Yagi N. 1995 Stereochemical basys of DNA bending by transcription factors. NAR V23: 2083-91.

209. Tanaka K. et al. 1995 Promoter determinants for Escherichia coli RNA-polymerase holoenzyme containing a38 (the rpoS gene product). NAR V23: 827-34.

210. Tanaka K., Takahashi H. 1994 Cloning, analysis and expression of an rpoS homologue gene from Pseudomonas aeruginosa. Gene VI50: 81-5.

211. Tang H. et al. 1994 Location, structure, and function of the target of a transcription activator protein. Genes Dev. V8: 3058-67.

212. Thompson J.F., Landy A 1988 Empirical estimation of protein-induced DNA bending angles: applications to lambda site-specific recombination complexes. NAR VI8: 9687-9705.

213. Travers A. 1984. Conserved features of coordinately regulated Escherichia coli promoters. NAR V12: 2605-18.

214. Travers A. 1989 DNA conformation and protein binding. Annual Review Biochem. V58: 427-52.

215. Travers A., Ner S. 1994 DNA chaperones: a solution to a persistence problem? Cell V19: 89-106.

216. Tupper A. et al. 1994 The chromatin-associated protein H-NS alters DNA topology in vitro. The EMBO J. VI3: 258-68.

217. Ueguchi C. et al. 1996 Systematic mutational analysis revealing the functional domain organization of the Escherichia coli nucleoid protein H-NS. J.M.B. V263: 149-62.

218. Unden G., Guest J. 1984 Cyclic AMP and anaerobic gene expression in Escherichia coli. FEBS letters VI70: 321-25.

219. Ushida C., Aiba H. 1990 Helical phase dependent action of CRP: effect of the distance between CRP site and the -35 region on promoter activity. NAR VI9: 632530.

220. Valentine-Hansen P. et al. 1996 A flexible partnership: the CytR anti-activator and the cAMP-CRP activator protein, comrades in transcriptional control. Molecular Microbiology V20: 461-66.

221. Valentine-Hansen P., Holst B. et al. 1991 Designe of cAMP-CRP-activated promoters in Escherichia coli. Molecular Microbiology V5: 433-37.

222. Visente M., Chater K., de Lorenzo V. 1999. Bacterial transcription factors involved in global regulation. Molecular Microbiology V33: 8-17.

223. Vizan J. et al. 1991 The peptide antibotic microcin B17 induces double-strand cleavage of DNA mediated by E.coli DNA gyrase. The EMBO J. VI9: 467-76.

224. Wang Q., Wu J., Friedberg D., Platko J., Calvo J.M. 1994 Regulation of the Escherichia coli Irp gene. J.Bacteriology VI76: 1831-39.

225. Wang Y. et al. 1997 Determinants for Escherichia coli RNA-polymerase assembly within ß subunit. J.M.B. V206: 648-62.

226. Wassarman K., Storz G. 2000 6S-RNA regulates Escherichia coli RNA Polymerase activity. Cell V101: 613-23.

227. Weickert M., Adhya S. 1992 A family of bacterial regulators homologous to Gal and Lac repressors. J.B.C. V267: 15869-74.

228. Williams R., Rimsky S. 1997 Molecular aspects of the Escherichia coli nucleoid protein H-NS, a central controller of gene regulatory networks. FEMS Microbiol. Letters VI56: 175-85.

229. Willins D., Ryan C., Platko J., Calvo J. 1991 Characterization of Lrp, an Escherichia coli regulatory protein that mediates a global response to leucine. J.B.C. V266: 10768-74.70

230. Wilson C., Dombroski A. 1997 Region I of o is. required for efficient izomerization and initiation of transcription by Escherichia coli RNA Polymerase. J.M.B. V267: 60-74.

231. Wise A. et al 1996 Sequences in the -36 region of Escherichia coli rpoS-dependent genes promote transcription by Ea . J Bacteriology V178: 2785-93.

232. Yamashino T., Ueguchi C., Mizuno T. 1995 Quantitative control of the stationatycphase specific sigma factor a in Escherichia coli: involvement of the nucleoid protein H-NS. The EMBO J. V14: 594-602.

233. Yang С., Nash H. 1989 Interaction of Escherichia coli IHF protein with specific binding sites. Cell V57: 869-80.

234. Yura T, Nagai H, Mori H. 1993 Regulation of the heat-shock response in bacteria. Annual Rev. Microbiol. V47: 321-350.

235. Zatyka M., Bingle L., Jones A., Thomas C. 2001 Cooperativity between KorB and TrbA repressors of broad-host-range plasmid RK2. J Bacteriology VI83:1022-31.

236. Zhang A., Belfort M. 1992 Nucleotide sequence of a newly-identified Escherichia coli gene stpA, encoding an H-NS like protein. NAR V20: 6735-40.

237. Zhang G. et al. 1999 Crystal Structure of Thermus aquaticus Core RNA Polymerase at 3.3 A Resolution. Cell V98: 811-24.

238. Zhou J., Gross C. 1992 How a mutation in the gene encoding a70 supresses the defective heat shock response caused by mutation in the gene encoding sigma 32. J.Bacteriology V174: 7128-37.

239. Zinkel S., Crothers D. 1991 Catabolite activator protein-induced DNA bending in transcription initiation. J.M.B. V219: 201-15.

240. Zou C., Fu J. et al. 1992 Mapping the cAMP receptor protein contact site on the a subunit of Escherichia coli RNA Polymerase. Molecular Microbiology V6: 2599-605.

241. Zubay G., Schwartz D., Beckwith J. 1970 Mechanism of activation of catabolite-sensitive genes: a positive control system. PNAS V66: 104-10.

242. Zulianello L, de Rosny E, van Ulsen P, van de Putte P, Goosen N. 1994 The HimA and HimD subunits of integration host factor can specifically bind to DNA as homodimers. The EMBO J. V13: 1534-40.

243. Агол В.И. с соавт. 1990 Молекулярная биология. Структура и биосинтез нуклеиновых кислот. Москва «Высшая школа» 1990.

244. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. 1984 Молекулярное клонирование. Москва Издательство «Мир».

245. Миллер Д. 1976 Эксперименты в молекулярной генетике. Издательство «Мир».

246. Никифоров В.Г. 2002 Структурно-функциональные исследования РНК-полимеразы (1962-2002). Молекулярная биология Том 36 N2: 197-207.

247. Хмель И.А. 1999 Микроцины пептидные антибиотики энтеробактерий: генетический контроль синтеза, структура, механизм действия. Генетика Том N35: 5-16.

248. Также хочу выразить признательность своим родителям, которые поддерживали меня все эти годы.

249. Отдельное спасибо Валентине Филлиповне Норкиной, нашей бессменной лаборантке и просто хорошему человеку.