Нитритрезистентные бактерии рода Halomonas в процессах аноксического культивирования тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.23, кандидат биологических наук Семенова, Екатерина Александровна

• Семенова, Екатерина Александровна
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Семенова, Екатерина Александровна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ДЕНИТРИФИЦИРУЮЩИЕ ПРОКАРИОТЫ

Обзор литературы)

1.1. Введение

1.2. Сущность процесса денитрификации

1.3. Денитрифицирующие микроорганизмы

1.4. Денитрифицирующие бактерии рода Halomonas

1.5. Энзимология денитрификации

1.6. Транспорт нитрата и нитрита в бактериях

1.7. Биотехнологический потенциал денитрификаторов

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Нитритрезистентные бактерии рода Halomonas в процессах аноксического культивирования»

Актуальность проблемы

В 70-е годы XX века, когда технология рекомбинантной ДНК прочно вошла в практику биотехнологов, бактериальная клетка стала основной платформой для получения гетерогенных белков (Muller et al., 2006). Промышленные биотехнологические процессы, основанные на использовании микроорганизмов, практически всегда связаны с их культивированием, осуществляемым различными способами. Одним из основных требований, предъявляемых к микробным технологиям, является создание асептических условий, при одновременной подаче и диспергировании в питательной среде свежих порций стерильного кислорода (воздуха) в сочетании с отводом отработанного газа (Капе, 1993; McNeil and Harvey, 2008; Schallmey et al., 2004). Реализация этого требования возможна лишь при использовании сложного технологического оборудования и сопряжена с высокими энергетическими и экономическими затратами. Одним из путей их снижения является использование методов анаэробного культивирования, осуществляемых, например, при ферментации облигатно анаэробных бактерий или микроорганизмов, обладающих бродильным типом метаболизма, архей, дрожжей (Morris, 1994; Stal and Moezelaar, 1997). Недостатком биотехнологий данного типа являются их сравнительно низкие скорость и эффективность. Вместе с тем, известны микроорганизмы, обладающие аэробным типом дыхания, и, одновременно, способные к энергетическому метаболизму при наличии в питательной среде других окислителей, например, нитратов, перхлоратов (Stal and Moezelaar, 1997; Straub et al., 2000; Zumft, 1992). Процессы их ферментации относятся к аноксическим и применяются, главным образом, в технологии очистки сточных вод, при этом скорость деления клеток приближается к уровню аэрируемого культивирования (Casella and Payne, 1996; Stepanov and Korpela, 1997). Присутствие NaN03 в среде устраняет необходимость стерильной аэрации и диспергирования воздуха, что приводит к соответствующему снижению затрат. Вместе с тем, для получения высоких конечных концентраций биомассы в аноксических процессах требуются значительные стартовые концентрации окислителя в среде, например, нитратов. С другой стороны, восстановление нитратов микроорганизмами до газообразного азота происходит с образованием и промежуточным накоплением в среде токсичных нитритов, способных ингибировать рост рабочей культуры в очень низких концентрациях - 0,05 - 0,l%NaN02 (Chung et al., 2004); Таким образом, использование метаболизма полной денитрификации в;классическом варианте не целесообразно из-за низких результирующих концентраций клеток. Сравнительно- недавно; (Усанов с соавт., 2002, 2003) обнаружены алкалогалотолерантные микроорганизмы, относящиеся к роду Halomonas(Vreeland etal., 1980); устойчивые к. высоким концентрациям нитритов и осуществляющие активную, де-нитрификацию NOf и NOo" до газообразного азота. Представляется вероятным и возможным их использование в качестве базовых-культур (хостов) для генетической модификации, что позволит осуществлять их культивирование без применения аэрации-воздухом, заменив>его адекватными концентрациями NaN03. Можно предположить, что вследствие высокой токсичности нитрита, который неизбежно будет накапливаться: в среде, подобные: системы будут устойчивы к контаминации. В этом случае процесс культивирования можно: будет осуществлять в биореакторах упрощенного типа, представляющих собой герметичную емкость с устройством для. термостатирования, снабженных маломощной циркуляционной мешалкой; что, в свою - очередь, приведет к значительному снижению капитальных, эксплуатационных и энергетических затрат.

Цель исследования

Выделение и изучение нитритрезистентных бактерий рода Halomonas для процессов аноксической ферментации и получения рекомбинантных белков в.условиях неингибированного нитратного и нитритного дыхания:

Задачи исследования

1. Выделить из природных ниш обитания культуры денитрифицирующих бактерий, способные к активному аноксическому росту на минимальных субстратах (цитрат натрия) в присутствии высоких концентраций нитратов и нитритов, определить их таксономическое положение с использованием современных методов сравнительного филогенетического анализа структуры 16S рРНК.

2. Изучить физиологические и биохимические свойства, а также денитрифицирующую активность выделенных штаммов, их устойчивость к высоким концентрациям токсичных нитритов, выявить перспективные рабочие изоляты бактерий, способных к активному аноксическому дыханию.

3. Подобрать модельный вектор, кодирующий зеленый флуоресцентный белок, и провести трансформацию одного из активных изолятов реком-бинантной ДНК, испытать его в режиме периодической и проточной ферментации.

4. Изучить поведение культур наиболее активных денитрификаторов в моделях технологии очистки образцов питьевой воды из подземных источников, загрязненной анионами нитратов и нитритов.

Научная новизна

Впервые обнаружены два типа акцепции нитрит анионов, используемых в качестве единственного акцептора электронов при росте культур денитрификаторов рода Halomonas в средах с высокой щелочностью (рН>9) — диффузия и активный транспорт.

Для обозначения предположительно новой группы денитрификаторов, способных к активной акцепции NCV, предложен термин "нитритофиль-ные" культуры.

Определены полные последовательности гена 16S рРНК для 5 изолятов галомонад, проведена реконструкция моделей филогенетических древ и определено их положение в роду Halomonas.

Подобраны условия трансформации культуры рода Halomonas sp. IB-G4 плазмидой pHS15G2, несущей ген зеленого флуоресцентного белка (GFP), в результате чего получены 4 клона трансформантов.

Впервые проведена трансформация денитрификаторов рода Halomonas рекомбинантной ДНК без использования хелперной плазмиды.

Качественно показана экспрессия плазмиды в хосте при аноксическом культивировании трансформанта G4.4 в условиях неингибированного нитратного и нитритного дыхания.

Практическая значимость

Создана коллекция штаммов Halomonas, развивающихся в аноксиче-ских условиях на минимальном субстрате (цитрате), способных к одновременному активному росту и денитрификации в присутствии высоких концентраций нитрита натрия (до 8%масс.).

Полные последовательности генов 16S рРНК пяти культур депонированы в базе данных EMBL (European Molecular Biology Laboratory)/GenBank и - доступны в сети Internet (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) под номерами АМ490135, АМ490136, АМ490137, АМ490138, АМ490139.

Установлены кинетические параметры аноксического культивирования штамма Halomonas sp. IB-G4 в присутствии нитрата или нитрита в качестве единственного акцептора электронов - максимальная удельная скорость роста на нитрате р,тах = 0,8 ч"1, на нитрите jj,max = 0,9 ч"1.

Показана принципиальная возможность и перспективность применения нитритофильных галомонад в процессах тонкой очистки питьевой воды, загрязненной анионами нитратов и нитритов.

Апробация работы

Материалы диссертации представлены на ряде научных форумов: межвузовской научно-технической конференции «Актуальные проблемы технических, естественных и гуманитарных наук» (Уфа, 2006), XIV Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов» (Москва, 2007), межрегиональной школе-конференции «Биомика -наука XXI века» (Уфа, 2007), III Всероссийской научно-практической конференции «Проблемы экологии Южного Урала» (Оренбург, 2007), региональной конференции молодых, ученых с международным участием «Современные проблемы экологии, микробиологии и иммунологии» (Екатеринбург -Пермь, 2007), II Международной школе молодых ученых «Эмбриология, генетика и биотехнология» (Уфа, 2007), Международной научной конференции «Проблемы биоэкологии и пути их решения (Вторые Ржавитинские чтения)» (Саранск, 2008).

Публикации

По теме диссертации опубликовано 12 работ, в том числе 1 - в журнале, рекомендованном ВАК РФ для публикаций материалов кандидатских работ.

Структура и объем диссертации

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, экспериментальной части, изложения результатов, выводов, приложений и списка цитируемой литературы, содержащего 241 ссылку. Работа изложена на 154 страницах машинописного текста, содержит 28 рисунков и 17 таблиц.

Заключение диссертации по теме «Биотехнология», Семенова, Екатерина Александровна

ВЫВОДЫ

1. По строению 16S рРНК выделенные нитритрезистентные денитрифицирующие Halomonas spp. образуют обособленную, филогенетически компактную группу, близкую к Halomonas desiderata со степенью гомологии 98 - 98,4%.

2. Нитритрезистентный штамм Halomonas sp. IB-G4 характеризуется высокой скоростью роста и денитрификации, генетической стабильностью, отсутствием патогенности и устойчивостью к контаминации и представляет собой наиболее перспективный объект для генетической модификации.

3. Впервые показана экспрессия рекомбинатного белка (GFP) в условиях неингибированного аноксического роста на щелочной среде с 1 - 1,5% нитрита натрия с использованием в качестве хост-культуры денитрифицирующего штамма Halomonas sp. IB-G4, а в качестве вектора - плазмиды pHS15G2.

4. Скорость роста и концентрация биомассы в условиях периодической и непрерывной аноксической ферментации денитрифицирующего штамма Halomonas sp. IB-G4 сопоставимы с аналогичными показателями, достигаемыми при использовании методов аэробного культивирования той же культуры.

5. Обнаружены два типа акцепции N02" галоалкалотолерантными штаммами Halomonas sp., предполагающие наличие активной и пассивной систем транслокации этого токсичного аниона внутрь клетки. Нитритрезистентные денитрификаторы с активным типом акцепции нитрита обозначены как «нитритофильные».

6. Культуры Halomonas sp., обладающие системами активной акцепции NOT, являются основой для новых перспективных технологий глубокой очистки воды от нитратов и нитритов.

1.8. Заключение

Обобщая данные, приведенные в обзоре литературы, следует отметить, что денитрифицирующие бактерии составляют 10 — 15% от бактериальных популяций в окружающей среде. Они встречаются почти во всех типах экологических ниш с дефицитом кислорода, изученных на сегодняшний день. Денитрификаторы используют широкий диапазон неорганических и органических соединений в качестве источников углерода и энергии, эффективность фосфорилирования которых в условиях денитрификации составляет 67 - 71%> по сравнению с процессом аэробного дыхания (Casella and Payne, 1996). В связи с этим денитрификация представляет собой наиболее эффективный тип микробной биотрансформации в условиях нехватки кислорода и наличия нитратов, нитритов или других окислов азота. Более того, нитрат гораздо лучше растворяется в воде и, зачастую, менее дорогой, чем кислород, что делает процессы денитрификации особенно привлекательными для промышленной биотехнологии.

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Объекты исследований

2.1.1. Микроорганизмы

В работе использовали нитритрезистентные штаммы Halomonas sp. из коллекции лаборатории прикладной микробиологии Института биологии УНЦ РАН, а также бактерии рода Halomonas, выделенные из различных природных мест обитания. В качестве тестовых культур при проведении физио-лого-биохимических анализов использовали типовые штаммы Немецкой коллекции MHKp00praHH3M0B(DSZM): Halomonas halophila DSM 4770, Halomonas desiderata DSM 9502. Для амплификации плазмидного вектора использовали культуру E.coli DH5a (Douka et al., 2001).

Чистые культуры бактерий хранили при 4 - 5°С на чашках Петри, содержавших агаризованные среды BS или СА, пересевая с периодичностью один раз в три месяца. Для более длительного хранения использовали замораживание бактериальной суспензии, содержавшей 50% глицерина, при -18 — -20°С. В экспериментах использовали 2 - 3-х суточные колонии чистых культур, полученные путем высева бактериальной суспензии, разведенной в стерильном растворе 0,9% хлорида натрия, на базовую агаризованную среду. В экспериментах, связанных с изучением аноксического культивирования, использовали жидкую анаэробную культуру, полученную в течение суток на средах GF1 или CGF1 при температуре 35 - 37°С.

2.1.2. Плазмидный вектор

Для трансформации культуры Halomonas sp. IB-G4 использовали плазмидный вектор pHS15G2 длиной 13180 п.о. под контролем универсального гетерогенного промотора (Douka et al., 2001). Вектор кодировал синтез зеленого флуоресцентного белка (GFP), содержал гены устойчивости к стрептомицину и ампициллину. Клетки, несущие эту плазмиду, выращивали аэробно или в условиях денитрификации при 35 - 37°С на среде, содержавшей по 40 мкг/мл ампициллина и стрептомицина. Флуоресценцию GFP наблюдали поеле инкубации трансформированной культуры в течение 24 часов при 4 - 5°С. Образцы плазмид были любезно предоставлены профессором Constantin Drainas (University of Ioannina Department of Chemistry Biochemistry Lab, Греция).

2.2. Материалы и реагенты

2.2.1. Реактивы для микробиологических исследований

В работе использовали агар бактериологический (Испания), дрожжевой экстракт (Франция), триптоп («Amresco», США), органические и неорганические натриевые и калиевые соли, углеводы, растворители, щелочи и кислоты категорий ч.д.а. и х.ч. фирм АО «Реахим» (г. Москва, Россия); ЗАО «Химре-активенаб», ЗАО «Уфимская химическая компания», ЗАО НПП «Биомед-хим» (г. Уфа, Башкортостан); ЗАО «НПО Экрос» (г. Санкт-Петербург, Россия).

2.2.2. Реактивы для молекулярной биологии

В работе применяли трис («Sigma», США), этилендиаминтетрауксус-ной кислоты динатриевую соль (ЭДТА) («Amresco», США), додецилсульфат натрия (SDS) («Pract», Англия), глицерин («Мегск», Германия); ацетат натрия, фенол, хлороформ, изоамиловый спирт, кальций хлористый российского производства; ферменты, олигонуклеотидные праймеры, смесь дНТФ фирм «Fermentas» (Литва), «Promega» (США); агарозу разного типа фирм «Sigma» и "Promega" (США); а также набор QIAquik Gel Extraction Kit (50) (QTAGEN, Германия). Для приготовления селективных питательных сред использовали антибиотики медицинского качества: ампициллин (ОАО «Биосинтез», г. Пенза), стрептомицин (ОАО «Синтез», г. Курган).

2.2.3. Реактивы для капиллярного электрофореза

Для приготовления хроматного буферного раствора использовали оксид хрома (VI) (г. Уфа, Россия), Н-цетил-Ы^Ы-триметиламмония бромид (ЦТАБ) и диэтаноламин фирмы «Мегск» (Германия). Калибровочные растворы готовили с применением безводных натриевых солей категории х.ч. российского производства, а также использовали гидроксид натрия и соляную кислоту фирмы АО «Реахим» (г. Москва, Россия).

2.3. Микробиологические методы 2.3.1. Питательные среды

Для скрининга нитриттолерантных бактерий, хранения и поддержания культур на чашках Петри использовали базовую среду BS следующего состава, в граммах:

Дрожжевой экстракт 10

NaCl 40

NaN02 10

КН2Р04 2

Агар 16

Вода дистиллированная 1000 мл рН после стерилизации 9,2 - 9,4

Перед стерилизацией, кислотность среды доводили до значения 6,8, используя 20% раствор КОИ и контролируя рН с помощью рН-метра РВ-11 («Sartorius», Германия). Стерилизацию сред осуществляли автоклавировани-ем при 1 ати в течение 40 минут. Значение рН питательной среды 9,2 - 9,4 получали путем смешения стерильных растворов 10% Ыа2СОз и собственно питательной среды непосредственно перед разливом ее в чашки Петри. Во всех остальных средах рН корректировали теми же методами.

Для выделения нитритрезистентных культур на минимальном субстрате, хранения и поддержания их на чашках Петри использовали базовую среду

СА следующего состава, в граммах:

Натрий лимоннокислый 2-зам. 15

Дрожжевой экстракт 0,25

NaCl 40

NaN02 10

КН2Р04 2

Агар 16

Вода дистиллированная 1000 мл рН после стерилизации 9,2 - 9,4

Для изучения физиолого-биохимических свойств выделенных культур использовали питательные среды, аналогичные по составу BS и С А без добавления нитрита натрия.

Для получения накопительной культуры и изучения роста бактерий в условиях денитрификации использовали жидкую среду GFx, содержавшую следующие компоненты, в граммах:

Дрожжевой экстракт 10

NaCl 10

КН2Р04 4

NaN02 х-10

Вода дистиллированная 1 ООО мл рН среды после стерилизации 9,2 - 9,4

Денитрифицирующую активность культур, выделенных на цитрате натрия, изучали при культивировании на жидкой среде CGFx следующего состава, в граммах:

Натрий лимоннокислый 2-зам. 15

Дрожжевой экстракт 0,25

NaCl 10

КН2Р04 4

NaN02 х-10

Вода дистиллированная 1000 мл рН после стерилизации 9,2 - 9,4

Облигатную потребность изучаемых бактерий в ионах натрия определяли по наличию или отсутствию бактериального роста на безнатриевой среде МК, содержавшей следующие компоненты, в граммах: Дрожжевой экстракт 10

КН2Р04 2

Агар 16

Вода дистиллированная 1000 мл рН после стерилизации 9,2 — 9,4

Для доведения рН после автоклавирования до значения 9,2 - 9,4 вместо 10% раствора Na2C03 был использован 10% раствор К2С03. Общее содержание натрия, вносимого в тестовую среду МК вместе с другими компонентами среды, составляло 1,5-1,7 мМ.

Антибиотикоустойчивость галомонад определяли по интенсивности бактериального роста на базовой питательной среде BS или СА с добавлением стрептомицина или ампициллина. Стерильный раствор антибиотиков необходимой концентрации вводили в питательную среду после автоклавирования непосредственно перед разливом её в чашки Петри. Все остальные среды, содержавшие антибиотики, готовили аналогичным образом.

Для работ по молекулярной биологии использовали питательный бульон LBx (Luria - Bertani) (Маниатис и др., 1984). Состав среды LBx, в граммах:

Триптон 10

Дрожжевой экстракт 5

NaCl х-10

Вода дистиллированная 1000 мл

Агаризованную среду LB получали аналогичным образом с добавлением агара в количестве 16 г/л. Кислотность среды доводили до значения 7,5 перед стерилизацией, используя 20% раствор КОН.

Для амплификации и хранения плазмидного вектора штамм-хозяин E.coli DH5a pHS15G2 культивировали на питательной среде LB1, рН 7,5 с добавлением ампициллина и стрептомицина по 40 мкг/мл каждого.

Для культивирования трансформированной культуры Halomonas sp. IB-G4 использовали питательную среду LB2, рН 9,2 - 9,4.

2.3.2. Условия культивирования и инокуляции

Инкубирование на чашках Петри и в пробирках осуществляли в биологических воздушных термостатах типа ТС-80-М2 при рабочей температуре 35 - 37°С, за исключением экспериментов, связанных с определением температурного диапазона роста культур. Для культивирования в аноксических условиях накопительную и чистую культуру микроорганизмов получали, выращивая в специальных стеклянных пробирках с завинчивающимися крышками и заполненных до верха питательной средой. Аэробное культивирование на воздушно-термостатируемых качалках типа УВМТ-12-250 проводили в 250 мл колбах, содержавших 60 мл соответствующей среды. Выращивание осуществляли при температуре 30 — 37°С и скорости перемешивания 150 — 200 об/мин в зависимости от условий эксперимента.

2.3.3. Почвенные образцы и пробы воды, их отбор и хранение

В качестве природных источников новых бактериальных изолятов использовали отдельные пробы почв и осадков, отобранные в период времени 1998 - 2006 гг. в географически удаленных местах: Россия (респ. Башкортостан, респ. Бурятия, Оренбургская обл., Челябинская обл., Краснодарский кр., п-ов. Камчатка), Египет (побережье Красного моря). Почвенные образцы после отбора хранились при температуре 4 — 5°С. Краткая характеристика всех образцов представлена в таблице 2.1.

Пробы воды для изучения их анионного состава отбирали в 2007 - 2008 гг. на территории Республики Башкортостан из различных природных источников. Воду отбирали в сухие 0,5 л сосуды из ПЭТФ с завинчивающимися крышками, хранили не более суток при 4 — 5°С и сразу использовали для анализа.

2.3.4. Учет численности микроорганизмов

Индивидуальный титр отдельных штаммов и накопительных культур определяли стандартным методом предельных разведений путем высева бактериальной суспензии на агаризованную среду (Практикум по микробиологии, 2005). Для десятичных разбавлений использовали стерильный 0,9% раствор хлорида натрия. Количество выросших колоний выражали в колониеоб-разующих единицах, КОЕ/мл.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Семенова, Екатерина Александровна, 2009 год

1. Болтянская Ю.В. Галоалкалофильные денитрифицирующие бактерии рода Halomonas из содовых озер // Алкалофильные микробные сообщества- М.: Наука 2007 - С. 276 - 298 - (Тр. Ин-та микробиологии им. Виноградского РАН; Вып. 14).

2. Брода П. Плазмиды: Пер. с англ./Под ред. А.А. Баева М.: Мир - 1982-224с.

3. Гильванова Е.А., У санов Н.Г. Количественная оценка биоцидной активности химических соединений с помощью микробных ассоциаций почвы // Прикладная биохимия и микробиология 2003 — Т. 39, № 3 — С. 329 -334.

4. Гильванова Е.А., Усанов Н.Г. Потенциал денитрификаторов рода Halomonas в биотехнологических процессах // Биотехнология.- 2003- Т. 6-С. 58-66

5. ГОСТ Р 51232-98 «Вода питьевая. Общие требования к организации и методам контроля качества».

6. Готтшалк Г. Метаболизм бактерий: Пер. с англ./Под ред. Е.Н. Кондратьевой.-М.: Мир.- 1982.-310 с.

7. Деткова Е.Н. Осмоадаптация галоалкалофильных бактерий из содовых озер // Алкалофильные микробные сообщества М.: Наука - 2007 - С. 348 - 373.- (Тр. Ин-та микробиологии им. Виноградского РАН; Вып. 14).

8. Логинова Л. П. Главный продукт потребления: питьевая вода // Университеты. Наука и просвещение — 2002 № 3.

9. Мельник А.И., Мельник В.А. Обострение наследственной метгемогло-бинемии у близнецов грудного возраста // Педиатрия 1986 - № 12.- С. 58 - 60.

10. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование: Пер. с англ./Т. Маниатис, Э. Фрич, Дж. Сэмбрук.-М.: Мир 1984 - 480 с.

11. Методы общей бактериологии: В 3-х томах. Пер. с англ./Под ред. Ф. Гер-хардта и др.-М.: Мир 1984.

12. Определитель бактерий Берджи: Пер с англ./Под ред. Дж. Хоулта, Н. Крига, П. Снита, Дж. Стейли, С. Уилльямса-М.: Мир 1997 - 800 с.

13. Патент Российской федерации № 2001120819 Способ денитрификации воды / А.Паскуале, К.Рубини, М.Росси, Л.Кавалли Опубл. 10.06.2003.

14. Патент Российской федерации № 2005108254 Установка для культивирования микроорганизмов / И.В.Владимцева, В.М.Самыгин, Л.К.Жога, Т.А.Гришкина, Л.В.Потапова. Опубл. 10.09.2006.

15. Патент Российской федерации № 2122979 Способ очистки воды от нитратов и нитритов / Аль Аджи Басам, Е.А.Лукашев Опубл. 10.12.1998.

16. Патент Российской федерации № 2134662 Аэрирующее устройство / Ю.М.Мешенгиссер, Р.А.Галич, Ю.Г.Марченко, В.А.Чернуха.- Опубл. 20.08.1999.

17. Патент Российской федерации № 2222500 Способ анаэробной микробиологической очистки воды от органических соединений с использованием азотной кислоты в качестве акцептора электронов / Е.А.Гильванова, Н.Г.Усанов- Опубл. 27.01.2004.

18. Патент Российской федерации № 2244687 Способ очистки воды / М.Уэйт — Опубл. 20.01.2005.

19. Патент Российской федерации № 2324730 Биореактор для проведения аэробных микробиологических процессов / А.Ю.Винаров, Д.П.Соколов, В.Н.Смирнов.- Опубл. 27.10.2007.

20. Практикум по микробиологии: Учеб. пособие/А.И. Нетрусов, М.А. Егорова, Л.М. Захарчук и др.; Под ред. А.И. Нетрусова.- М.: Издательский центр «Академия».- 2005 608 с.

21. Пушева М.А. Особенности энергетического метаболизма галоалкало-фильных анаэробных прокариот // Алкалофильные микробные сообщества- М.: Наука— 2007 С. 323 - 347- (Тр. Ин-та микробиологии им. Виноградского РАН; Вып. 14).

22. СанПиН 2.1.4.1074-01 «Питьевая вода. Гигиенические требования к качеству воды централизованных систем питьевого водоснабжения. Контроль качества».

23. СанПиН 2.1.4.1175-02 «Гигиенические требования к качеству воды нецентрализованного водоснабжения. Санитарная охрана источников».

24. Справочник биохимика: Пер. с англ./Р. Доусон, Д. Элиот, У. Элиот, К. Джонс.- М.: Мир.- 1991.- 544 с.

25. Титов В.Ю., Петренко Ю.М. Предполагаемый механизм развития нит-рит-индуцированной метгемоглобинемии // Биохимия.- 2005 Т. 70, № 4.-С. 575-587.

26. Abdelkafi S., Sayadi S., АН Gam Z. В., Casalot L. and Labat M. Bioconver-sion of ferulic acid to vanillic acid by Halomonas elongata isolated from table-olive fermentation // FEMS Microbiology Letters.- 2006.- V. 262.- P. 115-120.

27. Abu-Shammala F. Quantitative determination of subnanomolar concentration of nitrite in natural water by high-performance liquid chromatography // Asian Journal of Chemistry.- 1999.-V. 1 l.-P. 550-558.

28. Adman E. Т., Godden J. W. and Turley S. The structure of copper-nitrite reductase from Achromobacter cycloclastes at five pH values, with NCb bound and with type II copper depleted // Journal of Biological Chemistry 1995-V. 270.-P. 27458-27474.

29. Ahn Y., H. Sustainable nitrogen elimination biotechnologies: A review // Process Biochemistry.-2006.-V. 41-P. 1709-1721.

30. Alefounder P. R. and Ferguson S. J. The location of dissimilatory nitrite reductase and the control of dissimilatory nitrate reductase by oxygen in Para-coccus denitrificans II Biochemical Journal 1980 - V. 192 - P. 231-240.

31. Afendra A. S., Vargas C., Nieto J. J. and Drainas C. Gene transfer and expression of recombinant proteins in moderately halophilic bacteria // Methods in molecular biology (Clifton N. J.).- 2004,- V. 267.- P. 209-223.

32. Almeida J. S., Reis M. A., M. and Carrondo M. J. T. Competition between nitrate and nitrite reduction in denitrification by Pseudomonas fluorescens // Biotechnology and Bioengineering 1995 - V. 46 - P. 476-484.

33. Almeida J. S., Julio S. M., Reis M. A. M. and Carrondo M. J. T. Nitrite inhibition of denitrification by Pseudomonas fluorescens И Biotechnology and Bioengineering- 1995.-V. 46,-P. 194-201.

34. Alva V. A., and Peyton В. M. Phenol and catechol biodegradation by the haloalkaliphile Halomonas campisalis: Influence of pH and salinity // Environmental Science and Technology.- 2003.- V. 37.- P. 4397-4402.

35. Amelin V. G., and Kolodkin I. S. Cellulose paper with chemically immobilized 1-naphthylamine for the rapid determination of nitrites, nitrates, and aromatic amines // Journal of Analytical Chemistry.- 2001 V. 56 - P. 182187.

36. Arahal D. R., Ludwig W., Schleifer К. H. and Ventosa A. Phylogeny of the family Halomonadaceae based on 23 S and 16S rDNA sequence analyses // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.- 2002 V. 52.-P. 241-249.

37. Aston J. E. and Peyton В. M. Response of Halomonas campisalis to saline stress : Changes in growth kinetics, compatible solute production and membrane phospholipid fatty acid composition // FEMS Microbiology Letters-2007.-V. 274.-P. 196-203.

38. Azachi M., Henis Y., Oren A., Gurevich P. and Sarig S. Transformation of formaldehyde by a Halomonas sp. // Canadian Journal of Microbiology.-1995.-V. 41.-P. 548-553.

39. Badea M., Curulli A., Danet A., Moscone D. and Palleschi G. New electrochemical sensors used in flow injection analysis for nitrite/nitrate determination / UPB Scientific Bulletin, Series B'// Chemistry and Materials Science-2001.-V. 63.-P. 329-338.

40. Baumann L., Bowditch R. D. and Baumann P. Description of Deleya gen. nov. created to accommodate the marine species Alcaligenes aestus, A. pacificus,

41. A. cupidus, A. venustus and Pseudomonas marina II Int.J.Syst. Bacterid— 1983.-V. 33,-P. 793-802. '

42. Baumgartner M. and Conrad R. Role of nitrate and nitrite for production and consumption of nitric oxide during denitrification in soil // FEMS Microbiology Ecology.- 1992.-V. 101.-P. 59-65.

43. Berendes F., Gottschalk G., Heine-Dobbernack E., Moore E. R. B. and Tindall

44. B. J. Halomonas desiderata sp. nov., a new alkaliphilic, halotolerant and denitrifying bacterium isolated from a municipal sewage works // Systematic and Applied Microbiology.- 1996.-V. 19.-P. 158-167.

45. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd ed.//Springer US: 2005.2816 p.

46. Berthelet M., and MacLeod R. A. The role of Na+ in membrane transport and respiration in the marine bacterium Deleya aesta 134 // Canadian Journal of Microbiology.- 1991.-V. 37.-P. 433-439.

47. Blasco R., Martinez-Luque M., Madrid M. P., Castillo F. and Moreno-Vivian

48. C. Rhodococcus sp. RBI grows in the presence of high nitrate and nitrite concentrations and assimilates nitrate in moderately saline environments // Archives of Microbiology.-2001.- V. 175.-P. 435-440.

49. Blaszczyk M. and Rzeczycka M. Biological removal of mineral forms of nitrogen from wastewaters // Postepy Mikrobiologii 2006 - V. 45— P. 275286.

50. Boltyanskaya Y., Kevbrin V. V., Lysenlco A. M., Kolganova Т. V., Tourova T. P., Osipov G. A. and Zhilina T. N. Halomonas mongoliensis sp. nov. and Halomonas kenyensis sp. nov., new haloalkaliphilic denitrifiers capable of

51. N20 reduction, isolated from soda lakes // Microbiology 2007- V. 76 - P. 739-747.

52. Bonete M. J., Martinez-Espinosa R. M., Pire C., Zafrilla B. and Richardson D. J. Nitrogen metabolism in haloarchaea // Saline Systems 2008 - V. 4.

53. Breadmore M. C., and Haddad P. R. Approaches to enhancing the sensitivity of capillary electrophoresis methods for the determination of inorganic and small organic anions // Electrophoresis.— 2001.— V. 22 — P. 2464-2489.

54. Brosius J., Palmer M. L., Kennedy P. J. and Noller H. F. Complete nucleotide sequence of a 16S ribosomal RNA gene from Escherichia coli // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America-1978.- V. 75.- P. 4801-4805.

55. Burns L. C., Stevens R. J. and Laughlin R. J. Production of nitrite in soil by simultaneous nitrification and denitrification // Soil Biology and Biochemistry.- 1996.- V. 28.-P. 609-616.

56. Canovas D., Vargas C., Csonka L. N., Ventosa A. and Nieto J. J. Osmoprotec-tants in Halomonas elongata: High-affinity betaine transport system and cho-line-betaine pathway // Journal of Bacteriology- 1996 V. 178 - P. 72217226.

57. Casella S., and Payne W. J. Potential of denitrifiers for soil environment protection // FEMS Microbiology Letters 1996.- V. 140.- P. 1-8.

58. Cheneby D., Perrez S., Devroe C., Hallet S., Couton Y., Bizouard F., Iuretig G., Germon J. C. and Philippot L. Denitrifying bacteria in bulk and maize-rhizospheric soil: diversity and N20-reducing abilities // Can. J.Microbiol.-2004.-V. 50.-P. 469-474.

59. Clegg S., Yu F., Griffiths L. and Cole J., A. The roles of the polytopic membrane proteins NarK, NarU and NirC in Escherichia coli K-12: Two nitrate and three nitrite transporters // Molecular Microbiology 2002.- V. 44 — P. 143-155.

60. Clifford D. and Liu X. Ion exchange for nitrate removal // Journal / American Water Works Association 1993.-V. 85.- P. 135-143.

61. Connolly D. and Paull B. Rapid determination of nitrate and nitrite in drinking water samples using ion-interaction liquid chromatography // Analytica Chimica Acta.- 2001.- V. 441.-P. 53-62.

62. Conrad R. Soil microorganisms as controllers of atmospheric trace gases (H2, CO, CH4, OCS, N20 and NO) // Microbiol.Rev.- 1996.- V. 60.- P. 609-640.

63. Coronado M. J., Vargas C., Mellado E., Tegos G., Drainas C., Nieto J. J. and Ventosa A. The a-amylase gene amyH of the moderate halophile Halomonas meridiana: Cloning and molecular characterization // Microbiology — 2000-V. 146.-P. 861-868.

64. Coronado M. J., Vargas C., Hofemeister J., Ventosa A. and Nieto J. J. Production and biochemical characterization of an a-amylase from the moderate halophile Halomonas meridiana II FEMS Microbiology Letters — 2000 — V. 183.-P. 67-71.

65. Coyne M. S., Arunakumari A., Pankratz H. S. and Tiedje J. M. Localization of the cytochrome cd. and copper nitrite reductases in denitrifying bacteria // Journal of Bacteriology.- 1990.-V. 172.-P. 2558-2562.

66. Deeudom M., Rock J. and Moir J. Organization of the respiratory chain of Neisseria meningitidis II Biochemical Society Transactions 2006— V. 34 — P. 139-142.

67. Del Moral A., Severin J., Ramos-Cormenzana A., Truper H. G. and Galinski E. A. Compatible solutes in new moderately halophilic isolates // FEMS Microbiology Letters.-1994.-V. 122.-P. 165-172.

68. Denariaz G., Jackson Payne W. and LeGall J. The denitrifying nitrite reductase of Bacillus halodenitrificans II Biochimica et Biophysica Acta Bioener-getics.- 1991.-V. 1056.-P. 225-232.

69. Detkova E. N. and Boltyanskaya Yu. Relationships between the osmoadapta-tion strategy, amino acid composition of bulk protein, and properties of certain enzymes of haloalkaliphilic bacteria // Microbiology 2006 - V. 75.- P. 259265.

70. Dhamole P. В., Nair R. R., D'Souza S. F. and Lele S. S. Denitrification of Highly Alkaline Nitrate Waste Using Adapted Sludge // Applied Biochemistry and Biotechnology.- 2008.- V. 151.- P.433-440.

71. Diaz E. Bacterial degradation of aromatic pollutants: A paradigm of metabolic versatility II International Microbiology 2004- V. 7 - P. 173-180.

72. Dobson S. J., James S. R., Franzmann P. D. and McMeekin T. A. Emended description of Halomonas halmophila (NCMB 1971(T)) // International Journal of Systematic Bacteriology.- 1990.-V. 40.-P. 462-463.

73. Douka E., Christogianni A., Koukkou A. I., Afendra A. S. and Drainas C. Use of a green fluorescent protein gene as a reporter in Zymomonas mobilis and Halomonas elongata // FEMS Microbiology Letters.- 2001.- V. 201.- P. 221227.

74. Duckworth A. W., Grant W. D., Jones В. E. and Van Steenbergen R. Phy-logenetic diversity of soda lake alkaliphiles // FEMS Microbiology Ecology.— 1996.-V. 19,-P. 181-191.

75. Duckworth A. W., Grant W. D., Jones В. E., Meijer D., Marquez M. C. and Ventosa A. Halomonas magadii sp. nov., a new member of the genus Halomonas, isolated from a soda lake of the East African Rift Valley // Extremo-philes-2000.- V. 4.-P. 53-60.

76. Elbahloul Y. and Steinbuchel A. Engineering the genotype of Acinetobacter sp. strain ADP1 to enhance biosynthesis of cyanophycin // Applied and Environmental Microbiology-2006.-V. 72.-P. 1410-1419.

77. Ensafi A. A., Rezaei B. and Nouroozi S. Simultaneous spectrophotometric determination of nitrite and nitrate by flow injection analysis // Analytical Sciences.-2004.-V. 20.-P. 1749-1753.

78. Farhadian M., Vachelard C., Duchez D. and Larroche C. In situ bioremedia-tion of monoaromatic pollutants in groundwater: A review // Bioresource Technology.-2008.-V. 99.-P. 5296-5308.

79. Farver O., Kroneck P. M. H., Zumft W. G. and Pecht I. Intramolecular electron transfer in cytochrome cdi nitrite reductase from Pseudomonas stutzeri\ kinetics and thermodynamics // Biophysical Chemistry 2002- V. 98.- P. 2734.

80. Felsenstein J. Confidence limits on phylogenetics: An approach using the bootstrap // Evolution.- 1985,- V. 4.- P. 483.

81. Fendrich C. Halovibrio variabilis gen. Nov. sp. Nov., Pseudomonas halophilia sp. nov. and a new halopilic aerobic Coccoid Eubacterium from Great Salt Lake Utah, USA // Syst Appl Microbiol.- 1988.- V. 11.- P. 36-43.

82. Flores E. and Herrero A. Nitrogen assimilation and nitrogen control in cyano-bacteria // Biochemical Society Transactions 2005 - V. 33 — P. 164-167.

83. Francis A. J., Dodge C. J., Gillow J. B. and Papenguth H. W. Biotransformation of uranium compounds in high ionic strength brine by a halophilic bacterium under denitrifying conditions // Environmental Science and Technology.-2000.-V. 34.-P. 2311-2317.

84. Francis C. W. and Mankin J. B. High nitrate denitrification in continuous flow stirred reactors // Water Research.- 1977.- V.l 1.- P. 289-294.

85. Francis C. W. and Brinkley F. S. Biological denitrification of high concentration nitrate waste // US Patent 4,043,936.- 1977.

86. Franzmann P. D., Burton H. R. and McMeekin T. A. Halomonas subglaci-escola, a new species of halotolerant bacteria isolated from Antarctica // Int.J.Syst.Bacteriol 1987.-V. 37.-P. 27-34.

87. Gao D., Peng Y. and Wang S. Nitrogen removal from high nitrogen soybean wastewater by simultaneous nitrification and denitrification via nitrite // Huagong Xuebao/Journal of Chemical Industry and Engineering (China).-2005.-V. 56.-P. 699-704.

88. Garcia M. Т., Mellado E., Ostos J. C. and Ventosa A. Halomonas or-ganivorans sp. nov., a moderate halophile able to degrade aromatic compounds // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.-2004.-V. 54.-P. 1723-1728.

89. Gayon U. and Dupetit G. Sur la fermentation des nitrates // C.R.Acad.Sci-1882-V. 95.-P. 644-646.

90. Gayon U. and Dupetit G. Recherches sur la reduction des nitrates par les in-finement petits // Mem.Soc.Sci.Phys.Nat.(Bordeaux) Ser- 1886 V. 3 - P. 201-307.

91. Ghafari S., Hasan M. and Aroua M. K. Bio-electrochemical removal of nitrate from water and wastewater-A review // Bioresource Technology 2008 — V. 99.-P. 3965-3974.

92. Giuliano M., Schiraldi C., Marotta M. R., Hugenholtz J. and De Rosa M. Expression of Sulfolobus solfataricus a-glucosidase in Lactococcus lactis II Applied Microbiology and Biotechnology.- 2004.- V. 64 P. 829-832.

93. Glass C., Silverstein J. and Oh J. Inhibition of denitrification in activated sludge by nitrite // Water Environment Research 1997 — V. 69 — P. 10861093.

94. Glass C. and Silverstein J. Denitrification kinetics of high nitrate concentration water: pH effect on inhibition and nitrite accumulation // Water Research.- 1998.- V. 32.-P. 831-839.

95. Godden J. W., Turley S., Teller D. C., Adman E. Т., Liu M. Y., Payne W. J. and LeGall J. The 2.3 angstrom X-ray structure of nitrite reductase from Achromobacter cycloclastes II Science 1991- V. 253 - P. 438-442.

96. Gonzalez-Domenech С. M., Bejar V., Martinez-Checa F. and Quesada E. Halomonas nitroreducens sp. nov., a novel nitrate- and nitrite-reducing species // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.— 2008.-V. 58.-P. 872-876.

97. Goregues С. M., Michotey V. D. and Bonin P. C. Molecular, biochemical and physiological approaches for understanding the ecology of denitrification // Microbial Ecology.- 2005.- V. 49.- P. 198-208.

98. Granger J. and Ward В. B. Accumulation of nitrogen oxides in copper-limited cultures of denitrifying bacteria // Limnology and Oceanography 2003- V. 48.-P. 313-318.

99. Gutell R. R., Larsen N. and Woese C. R. Lessons from an evolving rRNA: 16S and 23S rRNA structures from a comparative perspective // Microbiological Reviews 1994.-V. 58.-P. 10-26.

100. Haider A. K. and Chakrabartty P. K. Constitutive nitrate- and nitrite reductase activities of Rhizobium in relation to denitrification // Journal of Basic Microbiology.- 1995.- V. 35.-P. 233-239.

101. Hall T. BioEdit Biological Sequence Alignment Editor Version 7.О.9.- 2007

102. H.Harris R. L., Eady R. R., Samar Hasnain S. and Gary Sawers R. Coordinate synthesis of azurin I and copper nitrite reductase in Alcaligenes xylosoxidans during denitrification // Archives of Microbiology 2006 - V. 186.- P. 241249.

103. Hartmann H. and Ahring В. K. Strategies for the anaerobic digestion of the organic fraction of municipal solid waste: An overview 2006 - 53 8.- P. 722.

104. Hebert A. M. and Vreeland R. H. Phenotypic comparison of halotolerant bacteria: Halomonas halodurans sp. nov. nom. rev. comb. nov. // Int J Syst Bacte-riol 1987.-V. 37.-P. 347-350.

105. Herbert R. A. A perspective on the biotechnological potential of extremo-philes // Trends in Biotechnology 1992.- V. 10.- P. 395-402.

106. Higgins D. G., Thompson J. D. and Gibson T. J. Using CLUSTAL for multiple sequence alignments 1996 - 266 - P. 383-400.

107. Horikoshi К. Alkaliphiles: Proceedings of the Japan Academy Series В // Physical and Biological Sciences.-2004.-V. 80.-P. 166-178.

108. Huesemann M. H., Skillman A. D. and Crecelius E. A. The inhibition of marine nitrification by ocean disposal of carbon dioxide // Marine Pollution Bulletin.-2002.-V. 44.-P. 142-148.

109. James S. R., Dobson S. J., Franzmann P. D. and McMeekin T. A. Halomonas meridiana, a new species of extremely halotolerant bacteria isolated from antarctic saline lakes // Systematic and Applied Microbiology 1990.- V. 13 — P. 270-278.

110. Jayakumar D. A., Francis C. A., Naqvi S. W. A. and Ward В. B. Diversity of nitrite reductase genes (nirS) in the denitrifying water column of the coastal Arabian Sea // Aquatic Microbial Ecology.- 2004- V. 34.- P. 69-78.

111. Jia W. and Cole J. A. Nitrate and nitrite transport in Escherichia coli II Biochemical Society Transactions-2005.-V. 33-P. 159-161.

112. Jones A. M. and Knowles R. Denitrification in Flexibacter canadensis II Canadian Journal of Microbiology.- 1990.- V. 36.- P. 430-434.

113. Jukes Т. H. and Cantor C. R. Evolution of protein molecules // Mammalian Protein Metabolism.- 1969.-P. 21-132.

114. Kaminskaya О. V., Zakharova E. A. and Slepchenko G. B. Simultaneous volt-ammetric determination of nitrites and nitrates in waters // Journal of Analytical Chemistry.-2004.-V. 59.-P. 1091-1096.

115. Kane J. F. Environmental assessment of recombinant DNA fermentations // Journal of Industrial Microbiology.- 1993.- V. 11.- P. 205-208.

116. Kim J. В., Cho К. S., Jeong S. K., Nam S. W., Jeong H. D. and Kim J. K. Identification and characterization of a pigment-producing denitrifying bacterium // Biotechnology and Bioprocess Engineering 2008.- V. 13.- P. 217223.

117. Kimura E. Metabolic engineering of glutamate production // Advances in biochemical engineering/biotechnology — 2003—V. 79.-P. 37-57.

118. Kluyver A. J. and Donker H. J. L. Die Einheit in der Biochemie // Chem.Zelle Gewebe — 1926-V. 13.-P. 134-190.

119. Knowles R. Denitrification: microbiology and ecology // Life support & biosphere science: international journal of earth space 1996 - V. 3.- P. 31-34.

120. Kornaros M., Zafiri C. and Lyberatos G. Kinetics of denitrification by Pseudomonas denitrificans under growth conditions limited by carbon and/or nitrate or nitrite // Water Environment Research 1996 - V. 68 - P. 934-943.

121. Krause B. and Nealson К. H. Physiology and enzymology involved in denitrification by Shewanella putrefaciens II Applied and Environmental Microbiology.- 1997.-V. 63.-P. 2613-2618.

122. Krulwich T. A. and Guffanti A. A. The Na+ cycle of extreme alkalophiles: A secondary NaVfT antiporter and Na+/solute symporters // Journal of Bioener-getics and Biomembranes.- 1989.-V. 21.-P. 663-677.

123. Krulwich T. A. and Guffanti A. A. Alkalophilic bacteria // Annual Review of Microbiology.- 1989.-V. 43.-P. 435-463.

124. Lens P. N. L., Visser A., Janssen A. J. H., Hulshoff Pol L. W. and Lettinga G.- Biotechnological treatment of sulfate-rich wastewaters // Critical Reviews in

125. Environmental Science and Technology 1998.- V. 28 - P. 41-88.

126. Mano A. and Santana F. Nitrite removal in a submerged biofilter // Environmental Technology.- 2002.- V. 23.- P. 1189-1195.

127. Maskow T. and Babel W. Calorimetrically obtained information about the efficiency of ectoine synthesis from glucose in Halomonas elongata II Bio-chimica et Biophysica Acta General Subjects - 2001.- V. 1527 - P. 4-10.

128. Maskow T. and Babel W. Thermokinetic description of anaerobic growth of Halomonas halodenitrificans using a static microcalorimetric ampoule technique // Journal of Biotechnology.- 2003.- V. 101- P. 267-274.

129. Mata J. A., Martinez-Canovas J., Quesada E. and Bejar V. A detailed pheno-typic characterisation of the type strains of Halomonas species // Systematic and Applied Microbiology.- 2002 V. 25,- P. 360-375.

130. McNeil B. and Harvey L. M. Practical Fermentation Technology Chichester: John Wiley & Sons Ltd.- 2008.- 388 p.

131. Merten O., Mattanovich D., Cole J., Lang C., Larsson G., Neubauer P., Porro D., Postma P. and Mattos J. T. Production of recombinant proteins with pro-karyotic and eukaryotic cells: Kluwer Academic Publ 2001 - P. 339-346.

132. Mierau I. and Kleerebezem M. 10 Years of the nisin-controlled gene expression system (NICE) in Lactococcus lactis II Applied Microbiology and Biotechnology.-2005.-V. 68.-P. 705-717.

133. Miller D. J. and Nicholas D. J. D. Characterization of a soluble cytochrome oxidase/nitrite reductase from Nitrosomonas europaea II Journal of General Microbiology.- 1985.-V. 131.-P. 2851-2854.

134. Minami H., Suzuki H. and Kumagai H. Salt-tolerant y-glutamyltranspeptidase from Bacillus subtilis 168 with glutaminase activity // Enzyme and Microbial Technology.-2003.-V. 32.-P. 431-438.

135. Moir J. W. B. and Wood N. J. Nitrate and nitrite transport in bacteria // Cellular and Molecular Life Sciences.- 2001.- V. 58 P. 215-224.

136. Mormile M. R., Romine M. F., Garcia M., Ventosa A., Bailey T. J. and Peyton В. M. Halomonas campisalis sp. nov., a denitrifying, moderately haloalka-liphilic bacterium // Systematic and Applied Microbiology 1999 - V. 22- P. 551-558.

137. Morris J. G. Obligately anaerobic bacteria in biotechnology // Applied Biochemistry and Biotechnology 1994- V. 48 - P. 75-106.

138. Muller D., Bayer K. and Mattanovich D. Potentials and limitations of pro-karyotic and eukaryotic expression systems for recombinant protein production a comparative view // Microbial Cell Factories - 2006 - V. 5 - P. 61.

139. Pao S. S., Paulsen I. T. and Saier J. Major facilitator superfamily // Microbiology and Molecular Biology Reviews 1998- V. 62 - P. 1-34.

140. Park E. Y. Recent progress in microbial cultivation techniques // Advances in biochemical engineering/biotechnology 2004 — V. 90 — P. 1-33.

141. Patterson G. H., Knobel S. M., Sharif W. D., Kain S. R. and Piston D. W. Use of the green fluorescent protein and its mutants in quantitative fluorescence microscopy//Biophysical Journal.- 1997.- V. 73.-P. 2782-2790.

142. Payne W. J., Grant M. A., Shapleigh J. and Hoffman P. Nitrogen oxide reduction in Wolinella succinogenes and Campylobacter species // Journal of Bacteriology.- 1982.-V. 152.-P. 915-918.

143. Peyton В. M., Mormile M. R. and Petersen J. N. Nitrate Reduction with Halomonas campisalis: Kinetics of denitrification at pH 9 and 12.5% NaCl // Water Research.- 2001.- V. 35.- P. 4237-4242.

144. Philippot L. and Hojberg O. Dissimilatory nitrate reductases in bacteria // Bio-chimica et Biophysica Acta Gene Structure and Expression- 1999 - V. 1446.-P. 1-23.

145. Philippot L., Hallin S. and Schloter M: Ecology of Denitrifying Prokaryotes in Agricultural Soil 2007.- 96.- P. 249-305.

146. Pinar G. and Ramos J. L. A strain of Arthrobacter that tolerates high concentrations of nitrate // Biodegradation.- 1997.- V. 8.- P. 393-399.

147. Pinar G., Duque E., Haidour A., Oliva J. M., Sanchez-Barbero L., Calvo V. and Ramos J. L. Removal of high concentrations of nitrate from industrial wastewaters by bacteria // Applied and Environmental Microbiology — 1997— V. 63.-P. 2071-2073.

148. Poth M. and Focht D. D. 15N kinetic analysis of N20'production by Nitrosomonas europaea: An examination of nitrifier denitrification // Applied and Environmental Microbiology.- 1985 V. 49-P. 1134-1141.

149. Prieme A., Braker G. and Tiedje J. M. Diversity of nitrite reductase (nirK and nirS) gene fragments in forested upland and wetland soils // Applied and Environmental Microbiology.-2002.-V. 68.-P. 1893-1900.

150. Quesada E., Ventosa A., Ruiz-Berraquero F. and Ramos-Cormenzana A. Deleya halophila, a new species of moderately halophilic bacteria // International Journal of Systematic Bacteriology.- 1984 V. 34- P. 287-292.

151. Richardson D. J., Bell L. C., Moir J. W. B. and Ferguson S. J. A denitrifying strain of Rhodobacter capsulatus И FEMS Microbiology Letters 1994.- V. 120.-P. 323-328.

152. Richardson D. J. Bacterial respiration: a flexible process for a changing environment // Microbiology (Reading, England).- 2000 V. 146.

153. Rodriguez-Moreno P. A. and Tarazona J. V. Nitrite-induced methemoglobin formation and recovery in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) at high chloride concentrations // Bulletin of Environmental Contamination and Toxicology.-1994.-V. 53.-P. 113-119.

154. Romano I., Giordano A., Lama L., Nicolaus B. and Gambacorta A. Halomonas campaniensis sp. nov., a haloalkaliphilic bacterium isolated from a mineral pool of Campania Region, Italy // Systematic and Applied Microbiology.-2005.-V. 28.-P. 610-618.

155. Rowe J. J., Yarbrough J. M., Rake J. B. and Eagon R. G. Nitrite inhibition of aerobic bacteria // Current Microbiology 1979.- V. 2- P. 51-54.

156. Rudolf M. and Kroneck P. M. H. The nitrogen cycle: Its biology.- 2005.- 43 -P. 75-103.

157. Rysgaard S., Glud R. N., Sejr M. K., Blicher M. E. and Stahl H. J. Denitrification activity and oxygen dynamics in Arctic sea ice // Polar Biology.- 2008-V. 31.-P. 527-537.

158. Saitou N. and Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees // Molecular biology and evolution 1987 - V. 4.- P. 406-425.

159. Sakamoto Т., Inoue-Sakamoto K. and Bryant D. A. A novel nitrate/nitrite permease in the marine cyanobacterium Synechococcus sp. strain PCC 7002 // Journal of Bacteriology.- 1999.-V. 181,-P. 7363-7372.

160. Sakurai Т., Nakashima S., Kataoka K., Seo D. and Sakurai N. Diverse NO reduction by Halomonas halodenitrificans nitric oxide reductase // Biochemical and Biophysical Research Communications 2005.- V. 333 - P. 483-487.

161. Sanchez-Porro C., Martin S., Mellado E. and Ventosa A. Diversity of moderately halophilic bacteria producing extracellular hydrolytic enzymes // Journal of Applied Microbiology.- 2003,- V. 94.- P. 295-300.

162. Sann R., Kostka S. and Friedrich B. A cytochrome cdrtype nitrite reductase mediates the first step of denitrification in Alcaligenes eutrophus И Archives of Microbiology.- 1994.-V. 161.-P. 453-459.

163. Schallmey M., Singh A. and Ward O. P. Developments in the use of Bacillus species for industrial production // Canadian Journal of Microbiology — 2004 — V. 50.-P. 1-17.

164. Seibold G., Auchter M., Berens S., Kalinowski J. and Eikmanns B. J. Utilization of soluble starch by a recombinant Corynebacterium glutamicum strain: Growth and lysine production // Journal of Biotechnology 2006 - V. 124-P. 381-391.

165. Shapleigh J. P. The denitrifying Prokaryotes // The Prokaryotes.- 2006 V. 2.- P. 769-792.

166. Shapovalova A. A., Khijniak Т. V., Tourova T. P., Muyzer G. and Sorokin D. Y. Heterotrophic denitrification at extremely high salt and pH by haloalka-liphilic Gammaproteobacteria from hypersaline soda lakes // Extremophiles.-2008.-V. 12.-P. 619-625.

167. Shiloach J. and Fass R. Growing E. coli to high cell density A historical perspective on method development // Biotechnology Advances - 2005 - V. 23-P. 345-357.

168. Shockley С. E., Miller J. D. and Shah P. S. Nitrate removal in a purge stream using constructed wetlands // US Patent 7,276,164 2007.

169. Shoun H., Капо M., Baba I., Takaya N. and Matsuo M. Denitrification by ac-tinomycetes and purification of dissimilatory nitrite reductase and azurin from Streptomyces thioluteus II Journal of Bacteriology 1998 - V. 180 - P. 44134415.

170. Sin G., Kaelin D., Kampschreur M. J., Wett В., Gernaey К. V., Rieger L., Sie-grist H. and Van Loosdrecht M. С. M. Modelling nitrite in wastewater treatment systems // A discussion of different modelling concepts 2008 - 586.-P. 1155-1171.

171. Sorokin D. Y. and Kuenen J. G. Chemolithotrophic haloalkaliphiles from soda lakes // FEMS Microbiology Ecology.- 2005.- V. 52.- P. 287-295.

172. Souza J. M., Castro L., Cassina A. M., Batthyany C. and Radi R. Nitrocyto-chrome c: Synthesis, Purification and Functional Studies 2008 - 441.— P. 197-215.

173. Stal L. J. and Moezelaar R. Fermentation in cyanobacteria // FEMS Microbiology Reviews.- 1997.- V. 21.- P. 179-211.

174. Stepanov A. L. and Korpela Т. K. Microbial basis for the biotechnological removal of nitrogen oxides from flue gases // Biotechnology and Applied Biochemistry.- 1997.-V. 25.-P. 97-104.

175. Straub K. L., Benz M. and Schink B. Iron metabolism in anoxic environments at near neutral pH // FEMS Microbiology Ecology.- 2000.- V. 34 P. 181186.

176. Streminska M. A. and Blaszczyk M. Biogeochemical cycle of nitrogen in the soils of coniferous forests // Postepy Mikrobiologii 2004 - V. 43- P. 235250.

177. Stres В., Mahne I., Avgustin G. and Tiedje J. M. Nitrous Oxide Reductase (nosZ) Gene Fragments Differ between Native and Cultivated Michigan Soils // Applied and Environmental Microbiology 2004.- V. 70.- P. 301-309.

178. Strohm Т. O., Griffin В., Zumft W. G. and Schink B. Growth yields in bacterial denitrification and nitrate ammonification // Applied and Environmental Microbiology.-2007.-V. 73.-P. 1420-1424.

179. Sung-Sik Y. and Kim C. Development of host-vector systems for lactic acid bacteria // Korean Journal of Applied Microbiology and Biotechnology — 2001.-V. 29.-P. 1-11.

180. Tallec G., Gamier J. and Gousailles M. Nitrogen removal in a wastewater treatment plant through biofilters: Nitrous oxide emissions during nitrification and denitrification //Bioprocess andBiosystems Engineering.-2006.- V. 29-P. 323-333.

181. Tartakovsky В., Guiot S., Breton J. and Delisle S. Bioremediation of nitrate contaminated groundwater // US Patent 6,599,425 2003.

182. The 3rd World Water Forum Final Report / Japan, Kioto // Secretariat of the 3rd World Water Forum 2003.- 275 p.

183. The Recombinant Protein Handbook. Protein Amplification and Simple Purification.- Uppsala, Sweden, Amersham: Pharmacia Biotech AB 2000 - 106 -P

184. Van de Peer Y. and De Wachter R. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment // Computer Applications in the Biosciences.— 1994.-V. 10.-P. 569-570.

185. Ventosa A. and Nieto J. J. Biotechnological applications and potentialities of halophilic microorganisms // World Journal of Microbiology & Biotechnology.- 1995.-V. 11.-P. 85-94.

186. Ventosa A., Nieto J. J. and Oren A. Biology of moderately halophilic aerobic bacteria // Microbiology and Molecular Biology Reviews 1998.- V. 62 - P. 504-544.

187. Villaverde A. and Mattanovich D. Recombinant protein production in the new Millennium // Microbial Cell Factories 2007 - V. 6.

188. Vreeland R. H., Litchfield C. D., Martin E. L. and Elliot E. Halomonas elongata, a new genus and species of extremely salt-tolerant bacteria // International Journal of Systematic Bacteriolog.- 1980 у-V. 30 P. 485-495.

189. Wang Y. N., Cai H., Yu S. L., Wang Z. Y., Liu J. and Wu X. L. Halomonas gudaonensis sp. nov., isolated from a saline soil contaminated by crude oil // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2007.-V. 57.-P. 911-915.

190. Wilson K. Preparation of genomic DNA from bacteria // Current protocols in molecular biology / edited by Frederick M., Ausubel et al 2001 - Chapter 2.

191. Woese C. R. Bacterial evolution // Microbiological Reviews 1987 - V. 51-P. 221-271.

192. Ye R. W., Averill B. A. and Tiedje J. M. Denitrification: Production and consumption of nitric oxide // Applied and Environmental Microbiology 1994 — V. 60.-P. 1053-1058.

193. Yoshie S., Ogawa Т., Makino H., Hirosawa H., Tsuneda S. and Hirata A. Characteristics of bacteria showing high denitrification activity in saline wastewater // Letters in Applied Microbiology 2006 - V. 42 - P. 277-283.

194. Yoshinari T. N20 reduction by Vibrio succinogenes II Applied and Environmental Microbiology 1980- V. 39.-P. 81-84.

195. Zimmer W., Stephan M. P. and Bothe H. Denitrification by Azospirillum bra-silense Sp 7.1. Growth with nitrite as respiratory electron acceptor // Archives of Microbiology.- 1984,-V. 138.-P. 206-211.

196. Zumft W. The prokaryotes A handbook of the biology of bacteria // The Denitrifying Prokaryotes, 2nd Ed - 1992.- V. 1.- P. 555-582.

197. Zumft W. G. Cell biology and molecular basis of denitrification // Microbiology and Molecular Biology Reviews.- 1997- V. 61— P. 533-616.

198. Zumft W. G. and Korner H. Enzyme diversity and mosaic gene organization in denitrification // Antonie van Leeuwenhoek, International Journal of General and Molecular Microbiology.- 1997.- V. 71- P. 43-58.

199. Zumft W. G. Nitric oxide reductases of prokaryotes with emphasis on the respiratory, heme-copper oxidase type // Journal of Inorganic Biochemistry.-2005.-V. 99.-P. 194-215.