Научно-практические основы рационального использования дрожжей и лактобактерий, выделенных в Центральной части Северного Кавказа тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Хозиев Алан Макарович

• Хозиев Алан Макарович
• доктор наук
• 2022

Оглавление диссертации доктор наук Хозиев Алан Макарович

ВВЕДЕНИЕ

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Зеленая масса растений, как сырье для биосинтеза белка

1.1.1 Биоконверсия сырья растительного происхождения

1.1.2. Общая характеристика вторичного ресурса - пивной дробины

1.1.3. Основные свойства растений, используемых в диссертационных исследованиях

1.2. Свойства продуцентов биотехнологических процессов

1.2.1. Общая характеристика дрожжевых грибов

1.2.2. Селекция штаммов дрожжей

1.2.3. Использование штаммов микроорганизмов -продуцентов в разных отраслях хозяйственной деятельности человека

Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДИКИ ИССЛЕДОВАНИЙ

Глава 3. ТАКСОНОМИЧЕСКАЯ ПРИНАДЛЕЖНОСТЬ ИДЕНТИФИЦИРОВАННЫХ ШТАММОВ ДРОЖЖЕЙ НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ РИБОСОМАЛЬНЫХ ГЕНОВ

3.1. Систематическое разнообразие дрожжевых грибов в РСО - Алания

3.2. Морфологические свойства изучаемых штаммов дрожжей

3.3. Идентификация исследуемых штаммов микроорганизмов на основе анализа

последовательности рибосомальных генов

Глава 4. ХИМИЧЕСКИЙ СОСТАВ И ПИТАТЕЛЬНАЯ ЦЕННОСТЬ ЗЕЛЕНОЙ МАССЫ ГОРЦА САХАЛИНСКОГО В РАЗНЫЕ ФЕНОФАЗЫ ОНТОГЕНЕЗА

4.1. Состав зеленой фитомассы горца сахалинского

в различные фенофазы вегетации

4.2. Анализ структурного состава минеральных компонентов зеленой массы горца сахалинского в свежем и консервированном виде

4.3. Содержание биологически активных веществ (БАВ) в зеленой массе горца

сахалинского

4.4. Результаты исследования химического состава консервированной

силосованием зеленой массы горца сахалинского

4.5 Качественный и количественный аминокислотный состав силосов из зеленной

массы горца сахалинского

Глава 5. БИОКОНВЕРСИЯ ЗЕЛЕНОЙ МАССЫ ГОРЦА САХАЛИНСКОГО

Глава 6. КУЛЬТИВИРОВАНИЕ ДРОЖЖЕЙ НА РАСТИТЕЛЬНЫХ ГИДРОЛИЗАТАХ

6.1 Реализация биоресурсного потенциала штаммов дрожжей при биоконверсии

зеленой массы горца Вейриха, интродуцированного в РСО-Алания с о.Сахалин

6.2 Реализация биоресурсного потенциала штаммов дрожжей при биосинтезе

микробного белка на гидролизатах из зеленой массы щирицы запрокинутой

(Amaranthus retroflexus L.)

Глава 7. ТЕХНОЛОГИЯ ВЫРАЩИВАНИЯ ДРОЖЖЕЙ НА ПИТАТЕЛЬНЫХ СРЕДАХ ИЗ ЗЕЛЕНОЙ МАССЫ СИЛЬФИИ

ПРОНЗЕННОЛИСТНОЙ

Глава 8. БИОКОНВЕРСИЯ ОТХОДОВ АЛКОГОЛЬНОГО ПРОИЗВОДСТВА

8.1. Результаты исследования минерального состава пивной дробины

8.2. Культивирование дрожжей из коллекции НИИ биотехнологии Горского ГАУ

на питательной среде из пивной дробины

8.3. Культивирование дрожжей на кислотном гидролизате пивной дробины

Глава 9. ЭФФЕКТИВНОСТЬ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ ШТАММОВ ЛАКТОБАКТЕРИЙ СЕЛЕКЦИИ ГОРСКОГО ГАУ В РАЦИОНАХ РЕМОНТНЫХ СВИНОК

9.1. Результаты использования штаммов молочнокислых микроорганизмов при

выращивании ремонтных свинок

9.2. Химический состав и питательность кормов, используемых в опыте

9.3. Число КОЕ в образцах молока, сквашенных музейными и местными

штаммами лактобактерий для использования в кормлении подопытных поросят

9.4. Динамика изменения живой массы подопытных свинок в процессе

проведения научно-хозяйственного опыта

9.5. Промеры тела подопытных животных

9.6. Динамика изменения некоторых показателей крови подопытных животных

9.7. Микробный пейзаж кишечника подопытных животных

9.8. Переваримость и использование питательных веществ рациона

9.9. Метаболизм азота

9.10. Обмен макро- и микроэлементов в организме подопытных животных

9.11. Рентабельность использования заквасок из местных и музейных штаммов при откорме свинок

Глава 10. ЭФФЕКТИВНОСТЬ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ БИОМАССЫ ДРОЖЖЕЙ ПРИ ВЫРАЩИВАНИИ СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННОЙ ПТИЦЫ

10.1 Эффективность использования в рационах кормления цыплят-бройлеров кросса «КОББ500тм» биомассы дрожжей РюЫа kudriavzevп и Metschnikovia

pulcherrima

10.2. Влияние биомассы дрожжей местной селекции в составе рациона на физиологические показатели кур-несушек кросса СооЬЬ

10.3. Результаты анализа состава крови цыплят-бройлеров кросса СООВ

10.4. Использование биомассы дрожжей в рационах кормления перепелов породы Фараон

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРЕДЛОЖЕНИЯ ПРОИЗВОДСТВУ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

ПРИЛОЖЕНИЕ

ПРИЛОЖЕНИЕ

ПРИЛОЖЕНИЕ

ПРИЛОЖЕНИЕ5

ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Научно-практические основы рационального использования дрожжей и лактобактерий, выделенных в Центральной части Северного Кавказа»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность и степень разработанности темы исследования.

Разнообразие форм взаимоотношений человека и окружающего микромира стимулирует интерес к изучению хозяйственно-ценных, экологических и физиолого-биохимических свойств микроорганизмов. Расширение знаний подобного свойства позволяет планировать стратегию эффективного взаимодействия человека с окружающей микробиотой.

Современное увеличение потребностей в биоресурсах растущего населения планеты приводит к колоссальному давлению на эволюционно сформировавшиеся межвидовые взаимосвязи и сокращению видового разнообразия микробиоты.

Изучение морфологических, биохимических, генетических свойств каждого микроорганизма и сохранение многообразия микробиоты является актуальным направлением исследовательских работ в биотехнологии биологических ресурсах.

Широкий диапазон ферментативных возможностей дрожжевых грибов делает эти микроорганизмы перспективными и привлекательными объектами исследований современных микробиологов и микологов.

Лактобактерии широко используются в жизнедеятельности человека, как продуценты многих продуктов питания, а также в качестве лечебно-профилактических препаратов, так как лактобактерии представляют собой активных антагонистов возбудителям желудочно-кишечных заболеваний. Кроме того, данная группа микроорганизмов обладает способностью активизировать процессы пищеварения как у человека, так и у животных, в силу чего они способствуют повышению интенсивности роста молодняка сельскохозяйственных животных.

К наиболее перспективным микроорганизмам относятся дрожжевые грибы и молочнокислые микроорганизмы. Современные микробиологи, используя возможности передовых методов генетических исследований, проявляют интерес как к полезным, так и вредным для человека свойствам штаммов микроорганизмов (Xanthopoulouetal., 2019).

На основе исследования морфологических особенностей и последовательностей ДНК генов 16S рДНК и 26S рДНК исследуемые авторами изоляты были «идентифицированы как BacШussafensis,

StenotrophomonasmaltophШa, Metschmkowiapulcherrma»(Lmg, 2019).

Полезные свойства для человека дрожжевых грибов в первую очередь связаны с их уникальным ферментативным спектром биохимических возможностей (GanH. сЫ., 2017).

Ферментация биологически активных веществ является важным для биотехнологических производств свойством продуцентов. Так, например, дрожжевые грибы Rhodotorula mucilaginosa активно используются в качестве источника каротиноидов, одноклеточные грибы Hanseniaspora uvarum могут приносить пользу в качестве источников белка, а также могут вызывать порчу вина (Kethireddy, 2016). AntoniodeAnchietaCаmaraJr. и др. изучили и описали технологические свойства таких винных дрожжей, как Torulasporаdelbrueckii, Metschnikowiapulcherrima и Lachanceathermotolerans(CаmaraJr. etal. 2019).

Микробиология - одно из приоритетных направлений развития науки и производства, которое использует биологические возможности микроорганизмов для удовлетворения нужд человечества. Наиболее древним процессом микробиологического производства является брожение (Рогов, 2004).

Широкое использование сообществ микроорганизмов в техногенных процессах стимулирует процесс изучения закономерностей развития и функционирования различных микробных групп(Хохлачева, 2015).

Таким образом, изучение биоресурсного потенциала, видового состава и физиологических особенностей дрожжевых грибов в Центральной части Северного Кавказа и эффективности практического применения идентифицированных штаммов микроорганизмов представляется перспективным направлением исследований.

Следовательно, расширение знаний о разнообразии микробиоты и биоресурсном потенциале местных штаммов микроорганизмов, являются актуальными.

Целью диссертационной работы явилось: Выделение чистых культур местных штаммов дрожжей из различных природных источников и разработка технологии производства биомассы дрожжей на растительных гидролизатах. Для осуществления поставленной цели решались задачи:

1. Проведение анализа секвенсов вариабельных участков генов, кодирующих 18S рРНК, при использовании автоматического секвенатора АЕ3000 и анализ филогенетического родства изучаемых микроорганизмов по базе данных GenBank и RDP-II в Биоресурсном Центре Всероссийская коллекция промышленных микроорганизмов (БРЦ ВКПМ) НИЦ «Курчатовский институт»-ГосНИИгенетика. Депонирование в БРЦ (ВКПМ) НИЦ «Курчатовский институт»-ГосНИИгенетика идентифицированных штаммов дрожжей.Депонирование наиболее ферментативно активных штаммов дрожжей в БРЦ ВКПМ НИЦ «Курчатовский институт» -ГосНИИгентика.

2. Определить биологические и промышленно ценные свойства выделенных штаммов дрожжей и разработать высокобелковые кормовые добавки на растительных гидролизатах из зеленой массы многолетних, высокоурожайных растений и пивной дробины.

3. Установить возможность использования растительного сырья: горца сахалинского (Reynoütria sachalinensis), горца Вейриха (Aconogonon weyrichii (F. Schmidt) H. Harn), щирицы запрокинутой (AmaranthusretroflexusL.), сильфии пронзеннолистной(SilphiumperfoliatumL.) и пивной дробины в качестве основы для приготовления питательной среды при культивировании дрожжевых грибов.

4. Установить эффективность культивирования дрожжевых грибов с целью биосинтеза микробного белка на питательных средах из растений: горца сахалинского, горца Вейриха, щирицы запрокинутой, сильфии пронзеннолистной.

5. Определить возможность реализации биоресурсного потенциала молодняка свиней при включении в рационы кормления разных видов лактобактерий, полученных из музея ВКПМ, а также собственной селекции.

6. Определить интенсивность реализации биоресурсного потенциала молодняка сельскохозяйственной птицы при включении в составрационов кормления биомассы физиологически активных штаммов дрожжей.

7. Расчет экономической эффективности использования идентифицированных и депонированных в БРЦ ВКПМ НИЦ «Курчатовский институт» -ГосНИИгентика штаммов дрожжей и лактобактерий в кормлении молодняка сельскохозяйственных животных и птицы.

Научная новизна работы заключается в проведении скрининга дрожжей, изолированных из различных субстратов в Центральной части Северного Кавказа.

Выделены, идентифицированы, депонированы в БРЦ ВКПМ НИЦ «Курчатовский институт»-ГосНИИгенетика новые штаммы микроорганизмов -продуцентов биологически активных веществ: HanseniasporauvarumВКПМ У-4278, SaccharomycescerevisiaeВКПМ У-4280, MetschnikowiapulcherrimaВКПМ У-4277, RhodotorulamucilaginosaВКПМ У-4282, SaccharomycescerevisiaeВКПМ У-4281, MetschnikowiapulcherrimaВКПМ У-4339,

MetschnikowiapulcherrimaВКПМ У-4340, PichiakudriavzeviiВКПМ У-4341, PichiakluyveriВКПМ У-4343, Torulasporadelbrueckii ВКПМ У-4279,

RhodotorulamucilaginosaВКПМ В-4342, MetschnikowiapulcherrimaВКПМ У-4864, KluiveromyceslaktisВКПМ У-4865, MetschnikowiasiensisВКПМ У-4866, SaccharomycescerevisiaeВКПМ У-4867, SaccharomycescerevisiaeВКПМ У-4868, SaccharomycescerevisiaeВКПМ У-4869, SaccharomycescerevisiaeВКПМ У-4870.

Установлена эффективность использования фитомассы высокоурожайных растений: горца сахалинского, горца Вейриха, щирицы запрокинутой, сильфии пронзеннолистной, как сырья для биосинтеза высококачественного микробного белка с использованием дрожжевых грибов.

Экспериментально обосновано применение растительной фитомассы горца сахалинского, горца Вейриха, щирицы запрокинутой, сильфии пронзеннолистной в качестве субстратов для накопления биомассы штаммов дрожжей селекции соискателя и продуцентов белка из коллекции НИИ биотехнологии ФГБОУ ВО Горский ГАУ.

Установлена зависимость физиологического статуса молодняка сельскохозяйственных животных и птицы от уровня введенных в состав рациона кормления биомассы штаммов дрожжей местной селекции и лактобактерий.

Получено 24 патента Российской Федерации на новые штаммы дрожжей и продукты, производимые с их использованием, что подтверждает научную новизну диссертационной работы.

Научно обоснована и экспериментально доказана целесообразность практического применения кормовых добавок, производимых с использованием новых штаммов дрожжей и лакто бактерий, в рационах молодняка сельскохозяйственных животных и птицы.

Теоретическая и практическая ценность диссертационной работы заключается в расширении знаний о систематическом разнообразии микробиоты окружающей среды и биологических особенностях отдельных её представителей.

Использование результатов проведённых исследований способствует расширению возможностей по снижению дефицита микробного белка, путем использования новых штаммов продуцентов белка.

Выделены чистые культуры дрожжей с поверхности ягод винограда, изучены их свойства и определена таксономическая принадлежность микробиоты различных сортов винограда: Бургунд, Восторг, Молдова, Каберне, Рислинг рейнский, Цветочный.

Изолирован и идентифицирован штамм дрожжей, выделенный из образца почвы участка фильтрации мелассной барды, который рекомендован в качестве деструктора и источника кормового белка

Определены урожайность и химический состав растительных субстратов: зеленной и консервированной массы горца сахалинского, зеленной массы горца Вейриха, щирицы запрокинутой и сильфии пронзеннолистной в различные фенофазы развития и определены оптимальные сроки сбора данного сырья для дальнейшей биотрансформации штаммами продуцентов местной селекции.

Результаты диссертационного исследования могут быть использованы в учебном процессе при реализации требований ФГОС ВО, а также предприятиями

пищевой и перерабатывающей промышленности и агропромышленного комплекса Северного Кавказа, в том числе для реализации биоресурсного потенциала молодняка сельскохозяйственных животных и птицы.

Практическое использование биомассы штаммов дрожжей HanseniasporauvarumВКПМ У-4278, SaccharomycescerevisiaeВКПМ У-4280, MetschnikowiapulcherrimaВКПМ У-4277, RhodotorulamucilaginosaВКПМ У-4282, SaccharomycescerevisiaeВКПМ У-4281, MetschnikowiapulcherrimaВКПМ У-4339, MetschnikowiapulcherrimaВКПМ У-4340, PichiakudriavzeviiВКПМ У-4341, PichiakluyveriВКПМ У-4343, Torulasporadelbrueckii ВКПМ У-4279,

RhodotorulamucilaginosaВКПМ В-4342 в качестве кормовой добавки реализовано на ООО «Агропромышленный холдинг Мастер-Прайм Березка», ООО «МИП «Экодом», что отраженно в актах внедрения результатов научно-исследовательской деятельности.

Методология и методы исследований. Общенаучная методология и системный подход использованы при планировании работы, экспериментальных исследований и анализе результатов.

Ресурсоведческие, стандартные физико-химические, биохимические, микробиологические и статистические методы обработки экспериментальных данных составили теоретико-методологическую основу работы.

Экспериментальные исследования проводились в соответствии с общепринятыми методиками изучения дрожжей. Учеты и наблюдения проводились стандартными методами с использованием приборов, оборудования, компьютерных программ. Полученные данные обрабатывались математически и достоверны, по существу.

Основные положения, выносимые на защиту:

^ Результаты выделения и идентификации новых штаммов дрожжей.

^ Химический состав использованных для биоконверсии растительных субстратов.

^ Качественные показатели биомассы дрожжевых грибов.

^ Практическое использование новых идентифицированных штаммом дрожжевых грибов в агропромышленном комплексе.

^ Результаты реализации биоресурсного потенциала использованием в кормовых рационах молодняка свиней штаммов лактобактерий.

Степень достоверности результатов. Научные положения, результаты и выводы, приведенные в диссертации достоверны, так, как базируются на анализе большого экспериментального материала, корректном использовании апробированных методов биологических и химических исследований, а также математической статистики.

Апробация и реализация результатов исследований. Основные научные положения диссертациидоложены и обсуждены на научно-производственных конференциях разного уровня: VII международной научно-практической конференции «Биотехнология: наука и практика», Севастополь 2019; Международном конгрессе «Биотехнология: состояние и перспективы развития», г.Москва, Гостиный двор, 25-27 февраля 2018; Международной научно-практической конференции, посвященной 100-летию Горского ГАУ. Владикавказ, 29-30 ноября 2018 г.; Международном конгрессе «Биотехнология: состояние и перспективы развития». 20-22 февраля 2017 г. Москва, Гостиный двор; Международной научно-практической конференции «Перспективы развития АПК в современных условиях». Владикавказ, 2017; Международной научно-практической конференции: Перспективы развития АПК в современных условиях. Владикавказ, 2016; Международной научно-практической конференции: Современные достижения биотехнологии. ВГАОУ ВО СКФУ. Ставрополь, 2015; Международной научно-практической конференции, посвященной 95-летию Горского ГАУ. Владикавказ, 2013; Международной научно-практической конференции «Молодые ученые в решении актуальных проблем науки», 2010; Всероссийской научно-практической конференции «Достижения науки - сельскому хозяйству». - Владикавказ, 2017; Ежегодных научно-практических конференциях Горского ГАУ по итогам года Владикавказ, 2004 - 2020 гг.

Результаты диссертационного исследования явились частью отчетов по научно-исследовательской работе ФГБОУ ВО ГГАУ за 2004-2020 гг.

Публикация результатов исследований. Автором опубликовано 92 научные работы, включая 24 патента Российской Федерации на изобретения. Общий объем опубликованных работ составил 45,41 п.л., лично автора 24,05 п.л., в том числе в изданиях, рекомендованных ВАК РФ 22 статьи; в изданиях международных баз данныхБсорш / ^ЪБ - 7/2; в прочих изданиях опубликовано 37 работ; издано 2 монографии по результатам научной работы.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 438 страницах компьютерного текста и состоит из разделов: введение, обзор литературы, материалы и методы исследования, результаты собственных исследований (9 глав), заключение, список литературы, приложения. Диссертация содержит 56 таблиц, 32рисунка, 18 справок о депонировании штаммов в ВКПМ ГосНИИгенетика, 19 патентов РФ, 6 приложений. Список литературы включает 282 источников, из них на иностранных языках - 74.

Связь темы диссертации с плановыми

исследованиями.Диссертационное исследование является составной частью плана научно-исследовательской деятельности ФГБОУ ВО Горский ГАУ, номер государственного учета НИОКТР - АААА-А18-118100590061-4, АААА-А17112820155-2, номер гос. регистрации 01.2.007 08206, 01.2.007 08213. регистрации 115012130046.

Личный вклад автора. Автором выделено и депонировано в БРЦ (ВКПМ) НИЦ «Курчатовский институт»-ГосНИИгенетика19 штаммов дрожжевых грибов. Лично автором в результате диссертационных исследований изучены морфологические и физиолого-биохимические свойства выделенных штаммов дрожжей. Доказана эффективность использования изучаемых штаммов дрожжевых грибов и в кормлении сельскохозяйственных животных и птицы.

Автором изданы монографии на основании результатов выполненных исследований, основной объем которых выполнен лично автором, осуществлен анализ полученных данных, сформулированы положения диссертации, которые

аргументируют ее новизну и практическую значимость. Осуществлена подготовка статей к публикации, а также презентации и доклады к выступлениям на конференциях разного уровня.

Диссертация является обобщением научных исследований,рационального использования систематического разнообразия микробиоты Центральной части Северного Кавказа. Личное участие автора также заключается в обосновании направлений исследований и разработке программы их выполнения, планировании и организации экспериментов, анализе и обобщении результатов исследований. Основная часть научных исследований выполнена автором на базе НИИ биотехнологии ФГБОУ ВО Горский ГАУ.

Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Зеленая масса растений, как сырье для биосинтеза белка 1.1.1 Биоконверсия сырья растительного происхождения

Термин биоконверсия произошел от латинского conversio - превращение, что довольно ярко отражает суть данного процесса. Биоконверсия - это трансформация различных органических соединений, в том числе растительного происхождения, под действием ферментных комплексов микроорганизмов, или посредством их компонентов, с получением пищевых и кормовых продуктов (Шлейкин, 2015). Биотехнологические процессы имеют ряд преимуществ перед химическими процессами: во-первых, использование ферментов самих продуцентов, во-вторых, возможность осуществления процесса в одну стадию, в-третьих, использование более низких температур. Существует большое количество технологических схем и способов получения из фитомассы кормовых добавок в результате биоконверсии посредством гидролиза(Карпов, 2000; Sanchez, 2009).

«Получение белоксодержащих кормовых добавок микробным синтезом обеспечивает высокую скорость накопления биомассы вне зависимости от климатических условий с использованием доступного постоянно возобновляемого растительного сырья (преимущественно в виде отходов основного производства) и получение белка, сбалансированного по аминокислотному составу и другим компонентам. Существовавшее на протяжении длительного времени в СССР производство кормовых дрожжей из гидролизатов, получаемых кислотным гидролизом растительного сырья, в настоящее время на постсоветском пространстве практически прекращено, несмотря на востребованность этого вида продукции. Это обусловлено применением неэффективных энергоемких и экологически небезопасных технологических процессов (фактически кардинально не менявшихся с периода основания отрасли и не обеспечивающих высокого выхода целевых продуктов) при значительном количестве отходов (главным образом гидролизного лигнина и

загрязненных сточных вод), а также морально и физически устаревшего оборудования (износ основных фондов в последние годы работы отрасли на большинстве заводов превышал допустимые нормы)» [Болтовский В.С., 2021].

На современном этапе развития науки и общества очень актуальным является вопрос переработки органических отходов, которые в свою очередь являются биологическим ресурсом или вторичным сырьем. Доступные технологии далеки от совершенства, так как не являются безотходными (ВеШа, 2016; Матковский, 2010).

По данным В. П. Комова, на планете Земля количество возобновляемого растительного сырья составляет 800 миллиардов тонн. Кроме этого от 4-6 миллиардов тонн накоплено отходов производства - древесно-растительного материала. Для микробиологической промышленности наличие такой обширной сырьевой базы открывает широкие перспективы для биоконверсии фитомассы в кормовые компоненты (Комов,2015).

О. А. Неверова (2014) указывает на то, что биоконверсия предполагает процесс трансформации или преобразования компонентов органической природы в процессе ферментации микроорганизмами (Неверова, 2014).Биоконверсия состоит из подготовки сырья (гидролиза), нормализации состава среды в соответствии с требованиями продуцента конечного продукта и ферментации (Работнов, 1980). Так как в результате гидролиза образуется легко усваиваемая дрожжами глюкоза, то на этом субстрате можно культивировать продуценты с различными технологическими требованиями (Губанова, 2010).

Подготовка растительного сырья к микробиологическому синтезу может осуществляться следующими способами: гидротермическим воздействием, химической обработкой (щелочью или кислотой), а также воздействием ферментных комплексов микроорганизмов (Сухарькова,2002).

В работах Ь. К Ьупё и соавторов (2002) отмечено, что благодаря присутствию цементирующего вещества в матриксе, волокна целлюлозы имеют правильную кристаллическую упаковку. Структурные характеристики матрикса находятся в прямой зависимости от возраста и вида растения. Как следствие, от

структуры компонентов зависит эффективность биотрансформации фитомассы(Ьупё,2002).

В 2009 году проблему биологической конверсии целлюлозосодержащих субстратов исследовала Е. М. Мордвинова, которая определила, что наиболее эффективным способ утилизации растительных масс является щелочная предобработка субстрата. Наиболее перспективным направлением дальнейшей биоконверсии является ферментация микробной биомассы с целью получения кормового белка(Мордвинова, 2009).

В настоящее время во всем мире обострилась проблема сокращения запасов органического ископаемого сырья. В связи с этим пристальное внимание уделяется возможности переработки возобновляемой в результате фотосинтеза биомассы растительного сырья, методами химической и биотехнологической переработки. Каждый год на нашей планете биосинтезируется огромное количество растительной фитомассы (около двухсот миллиардов тонн) (Алешина,2001 ).

Традиционно основным поставщиком углеводов для биотехнологических процессов является растительное сырье: побочные продукты сельского хозяйства и деревоперерабатывающей промышленности. Углеводы фитомассы растений входят в состав сахаров крахмала, воска, целлюлоз, гемицеллюлоз, жиров, белков и других структурных компонентов (Белооков, 2006).«Установлено, что в коре веток содержание фитомассы превышает аналогичный показатель древесины на 5,9 %, а содержание влаги в коре веток ниже на 4,1% чем в древесине» [Волков А.С., 2021]. «Кукуруза - это сравнительно нетребовательная культура, поэтому она подходит для любой местности. Кукурузные кочерыжки один из перспективных видов сырья особенно имеющийся в большом количестве в южных районах России» [Валеева Р.Т., 2019].

На территории Российской Федерации В. И. Левахиным и Ю. И. Левахиным отмечается уменьшение площадей для посева силосных растений. В хозяйствах с развитым животноводством наиболее используемой кормовой культурой является кукуруза (Левахин, 2005). В западных странах площади для посева кукурузы

расширены в 1,5 раза. Это показывает, что кукуруза является значимой кормовой культурой (Яковчик, 2004).

Различие в происхождении и неодинаковом составе растительного сырья, который зависит от большого количества факторов, способствуют тому, что и выход биомассы микроорганизмов из единицы ферментируемой массы сырья неодинаков (Федотова,2002).

Реализация биопотенциала микроорганизмов в процессе конверсии растительного сырья рассматривается как основное направление в биотехнологии (Элисашвили, 1993). Благодаря широкому спектру ферментационных возможностей наиболее перспективными продуцентами биоконверсии растительного сырья, посредством гидролиза, в биомассу с высоким содержанием качественного по аминокислотному составу кормового белка являются дрожжевые грибы (Джанаев,2012).

Благодаря богатому аминокислотному составу белков и наличию различных биологически активных веществ, вторичные биоресурсы предприятий агропромышленного комплекса, являются перспективным источником для создания перспективных белково-витаминных кормовых добавок для сельскохозяйственных животных и птицы (Серба,2015).

В результате исследования состава биологически активных веществ фитомассы Т. Г. Разиной (2006) было отмечено, что, несмотря на небольшие концентрации БАВ, они оказывают большое влияние на уровне систем и клеток. Химический состав БАВ растений зависит от ряда факторов и представлен такими функционально активными соединениями: антрагликозиды, флаваноиды, витамины, эфиры жирных кислот и глицерина и др.(Разина,2006).

Антрагликозиды - это вещества желтого или оранжевого цвета, содержащиеся в растениях в виде гликозидов или в свободном состоянии. Антрагликозиды имеют разнообразный химический состав и легко извлекаются благодаря хорошей растворимости в воде(Ьш,2021).

Помимо антрагликозидов в большом числе растений находятся фенольные соединения. Флавоноиды являются биологически активными веществами с широким спектром терапевтического действия (Kim, 2003).

Витамины, содержащиеся в растениях необходимы в небольших количествах живым организмам для нормализации метаболических процессов в качестве регуляторов белкового, жирового и углеводного обменов (Haegele,2000).

Жиры фитомассы растений относятся к биологически активным веществам и обладают иммуномодулирующем действием и антитоксическими свойствами (Mishima, 1998).

Сложные эфиры жирных кислот и глицерина относятся к жирным маслам, которые состоят из предельных жирных кислот: стеариновой, капроновой, миримистиновой, пальмитиновой, масляной, лауриновой и октановой (Наниева,2014).

Проблема рационального использования ресурсов и переработка органических отходов в настоящее время остро стоит перед современной наукой и практикой. Интенсивный прогресс технологий стимулирует заинтересованность в биотехнологических разработках по получению биотоплива. Жиры растительного и и животного происхождения в результате внедрения подобных разработок применяются в качестве сырья для получения биодизеля. Для этих же целей возможно использовать липиды дрожжей, которые схожи с растительными жирами. Следовательно, одной из перспективных отраслей биотехнологии является биологическая конверсия возобновляемого растительного сырья в различные продукты (VanHamme,2001).

При ферментативной трансформации жидких субстратов, имеющих в своем составе достаточное количество утилизируемого азота и углерода целесообразно использовавние биоконверсии. В случае использования твердых компонентов в качестве основного субстрата необходимо наличие мощных ферментных комплексов у микроорганизмов - продуцентов (Неверова, 2014).

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Хозиев Алан Макарович, 2022 год

Литература:

1. Michael A. Innis, David H. Gelfand, John J. Sninsky, Thomas J. White. PCR protocols. A guide to methods and applications. Academic press, INC. 1990.

2. Биохимия, 2007, 72, 12, 1659-1667

3. E. De Clerck, * T. Vanhoutte, T. Hebb, J. Geerinck, J. Devos, and P. De Vos. Isolation, Characterization, and Identification of Bacterial Contaminants in Semifinal Gelatin Extracts Applied and Environmental Microbiology, June 2004, p.3664-3672.

4. Prashant K. Mishra, Roland T.V. Fox, Alastair Culham. Development of a PCR-based assay for rapid and reliable identication of pathogenic Fusaria. FEMS Microbiology Letters 218 (2003) 329-332

117545, Москва, 1 -й Дорожный проезд, д. 1, ФГБУ «ГосНИИгенетика» тел: [phone] e-mail: [e-mail]

Идентификация штамма Ден-1 (7-2018) на основе анализа последовательности

рибосомальных генов.

Выдано: А. М. Хозиев Дата: 07.12.2017

I. Рассев культуры заказчика до отдельных колоний и получение биомассы для

анализа 18S РНК II. ВыделениеДНК. (Genomic DNA Purification Kit) III. Идентификация штамма по последовательности 18 S рДНК III.1. Выбор праймеров и режимы ПЦР. Консервативные праймеры для наработки последовательности гена, кодирующего 18S рРНК [1]:

NS1 - gtagtcatatgcttgtctc NS4 - cttccgtcaattcctttaag Режим реакции ПЦР:

1. 95оС - 3мин.

2. 35 циклов

95оС - 30 сек., 57оС - 30 сек., 72оС- 30 сек.

3. 72оС - 5мин

Консервативные праймеры для наработки последовательности гена, кодирующего 5.8S рРНК и внутренние транскрибируемые спейсеры ITS1 и ITS2 [2]: ITS1 - TCCGTAGGTGAACCTGCG ITS4 - TCCTCCGCTTATTGATATGC Режим реакции ПЦР:

1. 95оС - 3мин.

2. 35 циклов

95оС - 30 сек., 57оС - 30 сек., 72оС- 30 сек.

3. 72оС - 5мин

Консенвативные праймеры для амплификации домена D1/D2 гена 26S р РНК NL-1 GCATATCAATAAGCGGAGGAAAG NL-4 GGTCCGTGTTTCAAGACGG

Режим реакции ПЦР:

1. 95оС - 3мин.

2. 35 циклов

95оС - 30 сек., 52оС - 30 сек., 72оС- 30 сек.

3. 72оС - 5мин

III.2. Секвенирование генов 18S рРНК и 5.8S рРНК, сравнение секвенсов и построение деревьев родства.

Секвенирование проводилось на автоматическом секвенаторе АЕ3000.

Для анализа секвенсов использовалась специализированная компьютерная программа BLAST [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast]. Достоверность результатов. Были определены последовательности достаточные для отнесения штамма к определенной таксономической группе микроорганизмов. V. Условия электрофореза ПЦР исследуемых образцов.

1,0% агарозный гель, электрофорез при напряженности электрического поля 5 В/см

Этапы анализа.

а) Секвенирование участков последовательности, кодирующей ген 18S рРНК.

При секвенировании участка ДНК, кодирующего ген 18S рДНК исследуемого штамма, получена следующая последовательность:

TGATGCGGCAAAAGCTCAAATTTGAAATCCCCCGGGAATTGTAATTTGAAGAGATTTGGGTCCGGCCG

GCRGGGGTTAAGTCCACTGGAAAGTGGCGCCMCAGAGGGTGACAGCCCCGTGAACCCCYTCAACGCC

YTCATCCCAGATCTCCAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCTAAGTGGGTGGTAAATTCCATCT

AAAGCTAAATACCGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACAGTGATGGAAAGATGAAAAGCACTTTG

AAAAGAGAGTGAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGGGCTTGCAAGCAGACACTTAACTGGG

CCAGCATCGGGGCGGCGGGAARCAAAACCMCCGGGGAATGTACCTTTCGAGGATWATAACCCCGGY

CTYWAYTTCCTTRYTGCCCCGAGGCCTGCAATCTAAGGATGCTGGCGWAATGGTTGCARGTCGCCCGT

CTTGAACMACGGRACCA

б) Анализ последовательностей гена, кодирующего 18S рРНК. Анализ сходства нуклеотидной последовательности гена, кодирующего 18S рДНК, изучаемого штамма был проведен с помощью сервера BLAST [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast]. Результаты.

Первичный скрининг по базе данных GenBank показал, что исследуемый штамм принадлежит к следующей систематической группе: Eukaryota; Fungi; Dikarya; Ascomycota; Saccharomycotina;

Saccharomycetes; Saccharomycetales; Metschnikowiaceae; Metschnikowia.

Штаммы, принимающие участие в анализе, и уровень сходства последовательности 18S

рДНК изучаемого штамма показаны в таблице:

Query cover

Description

Metschnikowia aff. fructicola S1-44 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Rubus idaeus isolate RIY2-1 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; mitochondrial

Metschnikowia sp. 11-1090 clone c 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Saccharomycete sp. HA1406 partial 26S rRNA gene 100%

Metschnikowia sp. 11-1088 clone 21-5 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sinensis culture-collection IHEM:25106 28S ribosomal

Ident Accession

96% 96%

100% 100% 100%

KU862650.1

MF139080.1

RNA gene, partial sequence

Metschnikowia fructicola strain YzA 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia fructicola strain NDZBD12 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola KKS 26S ribosomal RNA gene, partial 98%

97% 100% 98% 100%

96% 96% 97%

96%

97%

96% 96%

KM350712.1

AJ511335.1

KM275365.1

JQ921015.1

HM191666.1

KC160596.1 GQ292552.1

sequence

Metschnikowia aff. fructicola C83 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola XJURML-10 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-104 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-29 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia fructicola strain UMY553 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola JY2-2 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-PDC-191 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola CEC F2 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola sp. 1 NS-2016 partial 28S rRNA gene, strain EXF-6409

Metschnikowia sp. strain NS-0-101 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola F-b-10 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola C433 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia fructicola partial 28S rRNA gene, strain EXF-6412 Metschnikowia sp. strain NS-0-103 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-33 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima culture-collection CBS:2256 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-PDC-207 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-229 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-228 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-99 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-71 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-PDC-214 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-PDC-57 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. 11-1090 clone d3 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. 11-1090 clone d2 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

100% 96% EU373448.1

100% 96% EU195298.1

97% 97% KT922823.1

97% 97% KT922752.1

99% 96% KP171590.1

97% 96% JQ771724.1

97% 97% KT922655.1

97% 96% JN083815.1

97% 96% LT594881.1

97% 96% KT922820.1

100% 96% FJ842082.1

100% 96% EU373454.1

96% 97% LT594884.1

97% 96% KT922822.1

97% 96% KT922756.1

100% 96% KY108498.1

97% 96% KT922669.1

96% 96% KT922948.1

97% 96% KT922947.1

96% 96% KT922818.1

100% 95% KT922794.1

97% 96% KT922676.1

96% 96% KT922526.1

97% 96% KM350709.1

97% 96% KM350708.1

Query Description cover Ident Accession

Metschnikowia fructicola strain GXZYP16 26S ribosomal RNA gene, 97% 96% KC160622.1

partial sequence

Metschnikowia fructicola strain GXZJD32 26S ribosomal RNA gene, 97% 96% KC160603.1

partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola D3895 partial 26S rRNA gene, strain D3895 97% 96% AM286804.1

Metschnikowia aff. fructicola EXF7978 partial 28S rRNA gene, strain EXF-7978 96% 96% LT594912.1

Metschnikowia aff. fructicola sp. 1 NS-2016 partial 28S rRNA gene, strain EXF-6413 97% 96% LT594885.1

Metschnikowia sp. strain NS-O-225 26S ribosomal RNA gene, partial 96% 96% KT922944.1

sequence

Metschnikowia sp. MeUn1 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 96% 96% KP324976.1

Metschnikowia pulcherrima strain IMBCO2 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 97% 96% KC878450.2

Metschnikowia sp. 11.1.21 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 96% 96% DQ666682.1

Metschnikowia sinensis strain W42 large subunit ribosomal RNA gene, 95% 97% KU307214.1

partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-235 26S ribosomal RNA gene, partial 97% 96% KT922954.1

sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-231 26S ribosomal RNA gene, partial 97% 96% KT922950.1

sequence

Metschnikowia sp. strain NS-PDC-195 26S ribosomal RNA gene, 96% 96% KT922659.1

partial sequence

Metschnikowia sp. isolate NCAIM Y.02198 large subunit ribosomal 95% 97% MG250360.1

RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola sp. 1 NS-2016 partial 28S rRNA gene, strain EXF-6404 98% 96% LT594876.1

Metschnikowia pulcherrima culture-collection CBS:2243 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence 100% 95% KY108490.1

Metschnikowia fructicola strain UMY593 26S ribosomal RNA gene, 97% 96% KP171592.1

partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola BBS2-30 26S ribosomal RNA gene, 95% 97% KF735098.1

partial sequence

Metschnikowia sp. MS-2013 clone 11-579-fc21 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 95% 97% KC411970.1

Metschnikowia sp. MS-2013 clone 11-579-fc15 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 95% 97% KC411968.1

Metschnikowia pulcherrima strain BZYXYL-1 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 100% 95% JX041890.1

Metschnikowia pulcherrima strain CEC F28 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 97% 97% JN083816.1

Metschnikowia pulcherrima isolate YQY 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 100% 95% GU290480.1

Metschnikowia pulcherrima strain Afen 26S ribosomal RNA gene, partial sequence 99% 95% EU272042.1

Metschnikowia sp. strain NS-O-238 26S ribosomal RNA gene, partial 97% 96% KT922957.1

sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-230 26S ribosomal RNA gene, partial 96% 96% KT922949.1

sequence

cover

Metschnikowia sp. strain NS-O-221 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-PDC-247 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. 11-1089 clone 22b 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. 11-1088 clone 21-1 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain TP23 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola HA 1634 partial 26S rRNA gene, strain HA 1634

Metschnikowia sp. isolate NCAIM Y.02200 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. isolate NCAIM Y.02199 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain ICE192 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-223 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-0-106 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia fructicola strain UMY552 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain JNXL-1 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia fructicola isolate AP47 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola HA 1651 partial 26S rRNA gene, strain HA 1651

Metschnikowia fructicola partial 28S rRNA gene, strain EXF-7995 Metschnikowia aff. fructicola sp. 1 NS-2016 partial 28S rRNA gene, strain EXF-7975

Metschnikowia sp. strain PNCB3 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-PDC-256 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-PDC-48 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain B-NC-13-F08 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. 7 MS-2013 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. 3 MS-2013 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. MS-2013 clone 11-1120-aa20 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain JY1-3 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain D77_2 26S ribosomal RNA gene,

Ident Accession

97% 96% KT922940.1

97% 96% KT922708.1

97% 96% KM275373.1

96% 96% KM275363.1

100% 95% HM988706.1

95% 97% AJ745106.1

95% 96% MG250362.1

95% 96% MG250361.1

96% 96% KX609390.1

97% 96% KT922942.1

97% 96% KT922825.1

99% 95% KP171589.1

97% 96% JX049427.1

96% 96% GQ281759.1

95% 96% AJ745113.1

95% 96% LT594921.1

95% 96% LT594909.1

100% 95% KU350434.1

96% 96% KT922717.1

97% 96% KT922517.1

97% 96% KJ794649.1

95% 96% KF735094.1

95% 96% KF735090.1

95% 96% KC411955.1

100% 95% JQ771725.1

100% 95% HM627131.1

partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola C435 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain C81 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain FB002 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. fructicola HA 1628 partial 26S rRNA gene, strain HA 1628

Metschnikowia aff. fructicola HA 1627 partial 26S rRNA gene, strain HA 1627

Metschnikowia aff. fructicola HA 1656 partial 26S rRNA gene, strain HA 1656

Metschnikowia sp. strain MALI66S7 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain MLEM2 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-237 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-O-90 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-PDC-54 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. strain NS-EM-194 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. 11-1089 clone 22f 26S ribosomal RNA gene, partial sequence

97% 96% EU373455.1

100% 95% EF116913.1

100% 95% EF139135.1

95% 96% AJ786395.1

95% 97% AJ745107.1

95% 96% AJ745114.1

96% 96% KU350443.1

96% 96% KU350438.1

97% 96% KT922956.1

97% 96% KT922811.1

97% 96% KT922523.1

97% 96% KT922464.1

97% 96% KM275374.1

Критерием отнесения микроорганизма к тому или иному виду считается гомология не менее 97% [2]. Как видно из таблицы, анализируемый штамм можно отнести к нескольким видам.

Для установления филогенетического родства близких видов был также использован метод сравнения нуклеотидных последовательностей, кодирующих ген 5,8 Б рРНК и внутренние транскрибируемые спейсеры 1ТБ1 и 1ТБ2 [2].

При секвенировании участка ДНК, кодирующего ген 5,8 Б рРНК и

внутренние транскрибируемые спейсеры 1ТБ1 и 1ТБ2, получена

следующая последовательность:

TCGGTCTCCGCTTATTGATATGCGCAGGTTCACCTACGGAWTCCTCCGCTTATTGAT

ATGCGCAGGTTCACCTACSGAWTCCTMCGYTTAWTRRTATRYATCMGSTYACCCWC

SCAAAAYCCTGGGGAATACCCCGGGGCGCATGTGCGTTCAAAGATTCAATGATTCA

CGTCTGCAAGTCATATTACGTATCGCATTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCGAGAACC

AAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTTTTTWATTGWGTGWWTGAMRAWAAAKATTTGGA

GTTTGTTTCTSCMARAGWGTGWGAAWWATTATTATGAATGATCCYCCCGYACGCC

CACCGAAGGAA

Штаммы, принимающие участие в анализе, и уровень сходства последовательности, кодирующей ген 5,8 Б рРНК и внутренние транскрибируемые спейсеры и 1ТБ2 изучаемого штамма, показаны в таблице:

Query cover

Description

Metschnikowia pulcherrima strain P-25a small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia sinensis strain AUMC 11232 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, 40% complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. isolate CCV9 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. isolate CCV2 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain S36 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia pulcherrima culture-collection CBS:5833 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed40% spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and

Ident Accession

40% 97% KY366243.1

97% KY611833.1

40% 97% MF769003.1

40% 97% MF769000.1

40% 97% MF574308.1

97% KY104205.1

internal transcribed spacer 2, partial sequence Metschnikowia chrysoperlae culture-collection CBS:9803 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain M1p internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence Metschnikowia sinensis strain yHAB199 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence Metschnikowia sinensis strain yHAB198 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence Metschnikowia pulcherrima strain yHKS191 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence Metschnikowia fructicola strain yHRM4 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia fructicola strain yHKS238 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia sp. 11-1158 clone Ich35 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. 11-1120 clone Ian10 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. 11-1120 clone Ian5 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. 11-1090 clone Ish13375/d 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. 11-1090 clone Ish1337g 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. 11-1090 clone Ish133413 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

40% 97% KY104196.1

40% 97% KU518362.1

40% 97% KM384337.1

40% 97% KM384336.1

40% 97% KM384332.1

40% 97% KM384311.1

40% 97% KM384310.1

40% 97% KM243749.1

40% 97% KM243748.1

40% 97% KM243746.1

40% 97% KM243742.1

40% 97% KM243736.1

40% 97% KM243733.1

Metschnikowia sp. 11-1088 clone Isi13324 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. 11-578 clone Ipuc10 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. 11-578 clone Ipuc6 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. 11-578 clone Ipub69 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. NYNU 1395 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia sp. NYNU 13645 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia pulcherrima strain NRRL Y-7111 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain NRRL Y-7111 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. chrysoperlae P44A006 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. chrysoperlae P40A002 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. chrysoperlae P40A002 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia aff. chrysoperlae P34A005 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2,

40% 97% KM243715.1

40% 97% KM209327.1

40% 97% KM209326.1

40% 97% KM209323.1

40% 97% KJ152750.1

40% 97% KF690368.1

40% 97% JX188180.1

40% 97% JX188179.1

40% 97% JX188175.1

40% 97% JX188174.1

40% 97% JX188173.1

40% 97% JX188172.1

complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia aff. chrysoperlae P34A004 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia chrysoperlae strain P34B007 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia chrysoperlae strain P34B007 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Fungal sp. LL11_124 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence Metschnikowia pulcherrima strain IMBCO2 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain YP2 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence Metschnikowia pulcherrima strain IMBYP2 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima isolate MCR-24 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia pulcherrima strain D148_4 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence Metschnikowia chrysoperlae strain D77 2 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence Metschnikowia chrysoperlae strain D46_1 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain 99729/2009 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 26S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia pulcherrima strain M43 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

40% 97% JX188171.1

40% 97% JX188170.1

40% 97% JX188169.1

40% 97% KF057618.1

40% 97% KC878460.1

40% 97% KC810953.1

40% 97% KC349932.1

40% 97% JX234570.1

40% 97% JQ026365.1

40% 97% JQ026351.1

40% 97% JQ026337.1

40% 97% JN229413.1

40% 97% HQ857739.1

Metschnikowia pulcherrima strain M12 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence;40% and internal transcribed spacer 2, partial sequence Saccharomycetes sp. OHZ2 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia pulcherrima strain M320 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 26S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia aff. fructicola KKS 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 26S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia chrysoperlae ATCC MYA-4304 ITS region; from TYPE material

Metschnikowia pulcherrima strain UMY12 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain ZY6 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 26S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia aff. fructicola HA 1634 18S rRNA gene (partial), ITS1, 5.8S rRNA gene and ITS2, strain HA 1634 Metschnikowia aff. fructicola HA 1631 ITS1, 5.8S rRNA gene and ITS2, strain HA 1631

97% HQ379150.1

40% 97% GU931319.1

40% 97% GU478319.1

40% 97% GQ292551.1

40% 97% NR 111376.1

40% 97% FJ172528.1

40% 97% EF449524.1

40% 97% AM160618.1

40% 97% AM160617.1

Metschnikowia chrysoperlae strain Gibson-3 internal transcribed

spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete 40% 97% AY494782.1 sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sinensis strain XY103 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 26S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia aff. chrysoperlae HA 1623 18S rRNA gene (partial), ITS1, 5.8S rRNA gene and ITS2, strain HA 1623 Metschnikowia aff. fructicola HA 1647 18S rRNA gene (partial), ITS1, 5.8S rRNA gene and ITS2, strain HA 1647 Metschnikowia ziziphicola culture-collection CBS:10358 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed

40% 97% DQ367881.1

39% 98% AM160616.1

40% 96% AM160619.1

spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima culture-collection CBS:9701 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia pulcherrima isolate IWBT-Y504 small subunit

38% 98% KY104214.1

38% 98% KY104204.1

39% 98% KY076625.1

ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain UniFGMP6 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain UniFGMP5 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia pulcherrima strain UniFGMP4 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1 and 5.8S 38% ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia sp. P34D002 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia aff. fructicola HA 1652 18S rRNA gene (partial), ITS1, 5.8S rRNA gene and ITS2, strain HA 1652 Metschnikowia aff. fructicola HA 1651 18S rRNA gene (partial), ITS1, 5.8S rRNA gene and ITS2, strain HA 1651 Metschnikowia ziziphicola strain AUMC 10778 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia chrysoperlae UCDFST:11-1039 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Metschnikowia sp. strain PDA W2 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima strain YPD W2 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima isolate 8 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima culture-collection CBS:2244 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima culture-collection CBS:5537 small 38%

38% 98% KT029788.1

38% 98% KT029787.1

98% KT029786.1

38% 98% JX188188.1

38% 98% AM160623.1

38% 99% AM160622.1

38% 99% KY495746.1

38% 99% KY037839.1

38% 99% KY816906.1

38% 99% KY816900.1

38% 99% KX424389.1

38% 98% KY104206.1

99% KY104203.1

subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima culture-collection CBS:2256 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed 38% spacer 2, complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

[Candida] pimensis culture-collection CBS:9805 small subunit ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, 38% complete sequence; and large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence

Ascomycota sp. KS83-3 genes for ITS1, 5.8S rRNA, ITS2, 26S rRNA, partial and complete sequence, strain: KS83-3 Ascomycota sp. KS83-2 genes for ITS1, 5.8S rRNA, ITS2, 26S rRNA, partial and complete sequence, strain: KS83-2 Ascomycota sp. KS83-1 genes for ITS1, 5.8S rRNA, ITS2, 26S rRNA, partial and complete sequence, strain: KS83-1 Hanseniaspora sp. strain CHLI16 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

Hanseniaspora sp. strain CHLI15 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima clone YS WHITE AM(B03,B04) internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima clone YS WHITE AM(B01,B02) internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima clone YS WHITE 3 AM (E01,D12) internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima clone YS WHITE 18 AM (E04,E05) internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima clone 70 2 6 W (G01,F12) internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima clone 70 2 6 W (G01,F12) internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene,

99% KY104202.1

99% KY102334.1

38% 99% AB922628.1

38% 99% AB922627.1

38% 99% AB922626.1

38% 99% KU350324.1

38% 99% KU350323.1

38% 99% KT758334.1

38% 99% KT758333.1

38% 99% KT758331.1

38% 99% KT758327.1

38% 99% KT758315.1

38% 99% KT758311.1

complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence

Metschnikowia pulcherrima clone 70 2 23 WLG (A07,A08) internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2 partial sequence

Metschnikowia pulcherrima clone 70 2 23 WLG (A06,A05)

internal transcribed spacer 1 and 5.8S ribosomal RNA gene, partial 38%

sequence

Metschnikowia pulcherrima clone 50_1_1_W (F10,F11) internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence