Мониторинг циркуляции вирусов гриппа в регионах России в 2006-2010 гг. тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.02, кандидат биологических наук Трушакова, Светлана Викторовна

• Трушакова, Светлана Викторовна
• кандидат биологических наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Трушакова, Светлана Викторовна

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

ГЛАВА 1. СТРУКТУРА И ФУНКЦИИ ГЕНОМА ВИРУСОВ ГРИППА.

1.1. Классификация вирусов гриппа, морфология, структура и функции генома.

1.2. Структура и свойства поверхностных вирионных белков: (НА и NA).

1.3. Структура и свойства внутренних вирионных белков.

1.3.1. Матриксный белок (М1) и мембранный белок (М2), нуклеопротеинСКР).

1.3.2. Внутренние белки вируса гриппа (РВ2,РВ1,РА, PB1-F2) и неструктурные белки (NSI, NS2).

ГЛАВА 2. ОСОБЕННОСТИ ЭПИДЕМИЧЕСКОГО ПРОЦЕССА ПРИ ГРИППЕ.

2.1. Факторы, обусловливающие изменчивость вирусов гриппа.

2.2. Рецепторная специфичность вирусов гриппа.

2.3. Эпидемии и пандемии гриппа XX века.

2.4. Циркуляция и антигенные свойства вирусов гриппа на рубеже XX-XXI веков.

2.5. Инфицирование людей вирусами гриппа птиц.

2.6. Инфицирование людей вирусами гриппа свиней. Начало пандемии XXI века.

ГЛАВА 3. ОСОБЕННОСТИ ПРОТИВОГРИППОЗНОГО ИММУНИТЕТА.

3.1. Характеристика постинфекционного иммунитета.

3.2. Популяционный иммунитет населения к вирусам, как показатель интенсивности циркуляции вирусов.

ГЛАВА 4. МЕТОДЫ ИНДИКАЦИИ И ИДЕНТИФИКАЦИИ ВИРУСОВ ГРИППА

4.1. Классические методы диагностики.

4.2. Методы индикации антигенов вирусов гриппа и антител к ним.

4.3. Полимеразная цепная реакция (ПЦР).

4.3.1. ПЦР с электрофоретической детекцией продуктов амплификации в агарозном геле.

4.3.2. ПЦР с флуоресцентной детекцией продуктов амплификации в режиме реального времени.

4.3.3. Коммерческие тесты на основе ПЦР для диагностики гриппа.

4.4. Применение ДНК-микрочипов в диагностике гриппа.

4.5. Использование поверхностного плазмонного резонанса в диагностике гриппа.

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И НАБЛЮДЕНИЯ.

ГЛАВА 1. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

1.1. Эпидемические, пандемические и эталонные штаммы.

1.2. Клеточные линии.

1.3. Носоглоточные смывы.

1.4. Сыворотки доноров.

1.5. Сиалилолигосахариды.

1.6. Наборы реактивов и тест-системы ПЦР.

1.7. Сорбенты.

1.8. Стандартные методики, использованные в работе.

1.8.1. Изоляция и культивирование вирусов в КЭ.

1.8.2. Культивирование вирусов на культуре клеток МБСК.

1.8.3. Реакция гемагглютинации (РГА).

1.8.4. Получение иммунных сывороток к вирусам гриппа.

1.8.5. Реакция торможения гемагглютинации (РТГА).

1.8.6. Определение термочувствительности поверхностного белка НА.

1.8.7. Изучение рецепторной специфичности НА.

1.8.8. Получение очищенных препаратов вирусов гриппа дифференциальным центрифугированием.

1.8.9. Определение специфических антител к современным вирусам гриппа у доноров.

1.8.10. Выделение вирусных нуклеиновых кислот.

1.8.11. Проведение реакции обратной транскрипции (ОТ).

1.8.12. Проведение полимеразной цепной реакции.

1.8.13. Электрофорез кДНК в агарозном геле.

1.8.14. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей.

1.8.15.Секвенировани е.

1.8.16.Статистическая обработка серологических данных.

1.8.17. Поверхностный плазмонный резонанс.

ГЛАВА 2. ЭВОЛЮЦИЯ ВИРУСОВ ГРИППА А И В, ЦИРКУЛИРОВАВШИХ В РОССИИ В ПЕРИОД 2006-20Югг.

2.1. Антигенные свойства вирусов гриппа А и В, циркулировавших в

России с 2006г. по 20 Юг.

2.2. Биологические свойства эпидемических штаммов вирусов гриппа, изолированных в период с 2006 г. по 2009 г.

2.2.1. Чувствительность систем изоляции культуры клеток МБ С К и КЭ к современным эпидемическим штаммам вирусов гриппа.

2.2.2. Чувствительность эритроцитов человека и кур к эпидемическим штаммам вирусов гриппа.

2.2.3. Влияние температурного воздействия на активность поверхностного белка НА эпидемических штаммов вирусов гриппа.

2.3. Состояние популяционного иммунитета населения к эпидемическим штаммам вирусов гриппа А и В в зависимости от периода эпидемического цикла.

2.3.1. Сравнительные исследования популяционного иммунитета к вирусам гриппа А и В населения Приморского края и Еврейского автономного округа России в октябре 2006гг.

2.3.2.Состояние популяционного иммунитета к современным эпидемическим штаммам вирусов гриппа А и В с 2006 г. по 2009 г. у населения (доноров) г.Москвы и Московской области.

ГЛАВ A3. ОСОБЕННОСТИ ПАНДЕМИЧЕСКОГО ПРОЦЕССА В РОССИИ.

3.1. Выявление первых случаев заболевания, вызванного вирусом гриппа A(HlNl)v подобного свиному.

3.2. Развитие пандемии на основе анализа материалов от больных методом ПЦР в течение 2009-2010гг.

3.3. Антигенные свойства пандемических штаммов вирусов гриппа A(HlNl)v, циркулировавших в России в 2009-20 Югг.

3.4. Биологические свойства пандемических штаммов вирусов гриппа A(HlNl)v, изолированных в России в период с 2009 по 20 Югг.

3.5. Состояние популяционного иммунитета к пандемическим штаммам вирусов гриппа A(HlNl)v у населения (доноров) г.Москвы и Московской области в период

2009-20Югг.

ГЛАВА 4. ПРИМЕНЕНИЕ СОВРЕМЕННЫХ МЕТОДОВ ДИАГНОСТИКИ ГРИППОЗНОЙ ИНФЕКЦИИ.

4.1. Тест-система Нарвак.

4.2. Тест-системы АмплиСенс.

4.3. Тест-система МультиРесп.

4.4. Тест-системы ДНК-технология.

4.5. Использование иммунносорбции и поверхностного плазмонного резонанса для детекции белков вирусов гриппа в растворах.

4.5.1. Сорбция кДНК на полианилинсодержащие сорбенты.

4.5.2. Определение кДНК и комплексов антиген-антитело вирусов гриппа в растворах методом поверхностного плазмонного резонанса.

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Мониторинг циркуляции вирусов гриппа в регионах России в 2006-2010 гг.»

Актуальность проблемы

Грипп и острые респираторные вирусные инфекции (ОРВИ) остаются одной из самых актуальных медицинских и социально экономических проблем. Грипп является опасной высококонтагиозной инфекцией, распространенной по всему миру и вызывающей заболевания у человека, многих видов млекопитающих и птиц. Во время эпидемии заболевает не менее 20-30% детей и 5-10 % взрослого населения, при пандемии - до 40-60% (Potter, 1998; Slepushkin et al., 2004; Гендон, 2007). Основная причина этого связана со способностью вируса гриппа преодолевать иммунитет, вызванный предшествующей гриппозной инфекцией или вакцинацией, благодаря естественной изменчивости генома возбудителя (Wilson & Сох, 1990; Гендон, 2008).

Реассортация генов вирусов гриппа человека, птиц и свиней, последующая реассортация вирусов гриппа свиней американской и евроазиатской генетических линий (WHO, 2009; Morens et al., 2009) привела к возникновению нового вируса A(HlNl)v, его активному распространению среди людей в странах разных континентов. Это вынудило экспертов ВОЗ объявить в июне 2009г. о начале новой пандемии XXI века. Благодаря современному транспортному сообщению, произошло быстрое проникновение вирусов в Российскую Федерацию из других стран. В России первый пандемический вирус гриппа был выделен в мае 2009г. от больного, вернувшегося из США, уже через два месяца после обнаружения первого случая заболевания в мире (Львов и др., 2009). Развитие пандемического процесса в России вызвало необходимость проведения исследований по изоляции и изучению молекулярно-биологических свойств пандемических штаммов из разных регионов.

Распространение высокопатогенного вируса гриппа A(H5N1) среди дикой и домашней птицы, а также регистрация случаев инфицирования этим вирусом людей (Сох, 2003; WHO, 2005; Webster&Govorkova, 2006) также может привести к возникновению антигенного варианта вируса гриппа - нового потенциального кандидата в пандемические штаммы (Львов и др., 2004; Webster et al., 2006; WER, 2008; MMWR, 2009). Быстрое проникновение вирусов гриппа A(H5N1) в нашу страну обусловлено соседством России со странами, где выделено большинство таких штаммов (WHO, 2010).

В связи с этим крайне важными направлениями борьбы с гриппом являются надзор за распространением инфекции, своевременная диагностика возбудителя и профилактика заболевания. Степень защищенности человеческой популяции зависит от возможности прогнозирования появления кардинально новых в антигенном отношении вирусов гриппа.

Для характеристики возбудителей проводятся вирусологические и серологические исследования. Выделение, типирование, изучение различных свойств современных циркулирующих штаммов вирусов гриппа позволяет определить направление антигенной изменчивости вирионных белков, установить эволюционные связи с ранее циркулировавшими эпидемическими и эталонными штаммами. Изучение динамики популяционного иммунитета в зависимости от периода эпидемического цикла показывает степень защиты населения к циркулирующим эпидемическим вирусам гриппа.

Данные об эпидемических актуальных штаммах необходимы как для расшифровки причин текущих и прогнозирования грядущих эпидемий, так и для проведения профилактических и противоэпидемических мероприятий, в том числе - подбора кандидатов в вакцинные штаммы и при разработке диагностических препаратов.

В настоящее время для выявления и идентификации вирусов широко используют молекулярные методы, специфичность которых основана на уникальности нуклеотидных последовательностей вирусных геномов (leven, 2007, Kesson, 2007). Наиболее распространенными методами являются различные модификации полимеразной цепной реакции (ПЦР). В настоящее время в России стали активно разрабатывать тест-системы на основе ПЦР для выявления вирусов гриппа и других ОРВИ. Сравнение чувствительности и специфичности, оценка способности этих систем выявлять вирусы гриппа в различных биологических образцах с учетом особенностей современного периода позволит усовершенствовать надзор за гриппом. Кроме того, важным направлением исследований является разработка новых подходов для диагностики гриппозной инфекции.

Таким образом, совокупность вирусологических и серологических данных в сравнении с циркулирующими штаммами в мире позволит получать сведения о циркуляции и изменчивости вирусов гриппа на территории России.

Цели и задачи исследования

Целью настоящего исследования является изучение распространения, молекулярно-биологических и иммуногенных свойств эпидемических и пандемических штаммов вирусов гриппа, циркулировавших в разных регионах России с 2006 по 2010гг., а также усовершенствование лабораторной диагностики гриппа.

Исходя из этого, были поставлены следующие задачи:

1. Изолировать и изучить антигенные и биологические свойства новых вариантов вирусов гриппа, циркулировавших в России в период 2006-2010 гг., определить их эволюционные связи с эталонными штаммами, рекомендованными ВОЗ в этот период.

2. Изучить изоляты пандемических штаммов вируса гриппа А(НШ1)у в России, определить их антигенные и молекулярно-биологические свойства.

3. Изучить чувствительность различных систем, используемых для изоляции (культура клеток МОСК. и куриные эмбрионы (КЭ) и идентификации вирусов гриппа (эритроциты человека и кур), к эпидемическим и пандемическим штаммам, изолированным в период 2006-2010гг.

4. Определить влияние температурного воздействия на активность НА эпидемических и пандемических штаммов, изолированных в период 20062010гг. и обладающих разными антигенными свойствами.

5. Изучить состояние популяционного иммунитета населения к современным штаммам вирусов гриппа А и В в зависимости от периода эпидемического цикла.

6. Оценить возможность использования новых отечественных ПЦР тест-систем для мониторинга за современными эпидемическими и пандемическими штаммами вирусов гриппа.

7. Установить возможность использования метода поверхностного плазмонного резонанса для детекции нуклеиновых кислот и белков вирусов гриппа в растворах.

Научная новизна работы

-Впервые в России получены приоритетные данные: выявлены представители пандемического варианта вируса гриппа А(НШ1)у, антигенно родственного вирусу гриппа свиней. Установлено начало пандемического процесса в Российской Федерации в 2009г., обусловленного появлением на территории нашей страны пандемического штамма.

-На основании результатов вирусологических и серологических исследований определена этиологическая структура эпидемий гриппа в России с 2006г. по 2010г., установлена социркуляция вирусов гриппа А(НШ1), А(НЗИ2) и В в течение всего периода.

-Впервые установлено появление в 2006г. штаммов вирусов гриппа А(НШ1), антигенно родственных новому эталону А/Соломоновы Острова/3/О6. Определена дальнейшая эволюция белков НА этих вирусов гриппа в направлении НА эталонного штамма А/Брисбен/59/07.

-Установлена эволюция вирусов гриппа А(НЗ^) в период с 2006 по 2009гг. Выявлена ежегодная смена антигенных вариантов, родственных новым эталонам А/Висконсин/67/05 и А/Брисбен/10/07.

-Впервые в России выявлены новые антигенные варианты, подобные В/Флорида/04/06 эволюционной линии В/Ямагата/16/88, при этом установлена социркуляция представителей двух эволюционных линий вирусов гриппа В в эпидемическом сезоне 2006-2007гг. и чередование циркуляции в следующие сезоны 2007-2008 и 2008-2010гг.

-Установлено, что системы изоляции КЭ и МБСК чувствительны к пандемическим штаммам вируса гриппа А(НШ1)у; культура клеток МЕ)СК продолжает оставаться приоритетной системой для изоляции эпидемических штаммов вирусов гриппа из носоглоточных смывов.

-Выявлена чувствительность эритроцитов человека 0(1) группы крови и кур к пандемическим штаммам А(Н1Ш)у и увеличение чувствительности эритроцитов кур к современным эпидемическим штаммам вирусов гриппа А(НШ1), А(НЗШ) и В, изолированным в период с 2006 по 2010гг.

-Впервые в России разработаны и апробированы 2 ПЦР тест-системы для идентификации и дифференциации Н1 и НЗ, N1 и N2 эпидемических штаммов вирусов гриппа А и эволюционных линий вирусов гриппа В.

-Впервые проведена детекция нуклеиновых кислот, комплексов вирусов гриппа с антителами в растворах методом поверхностного плазмонного резонанса с использованием пленок полианилина в качестве элемента-сенсора.

Практическая значимость работы

Установлено, что начало пандемического процесса в Российской Федерации в конце мая 2009г. обусловлено появлением на территории нашей страны нового пандемического штамма вируса гриппа А(НШ1)у. По материалам диссертации подана заявка на изобретение №2009129374/10 «Штамм вируса гриппа А/11У-Мозсо\у/01/2009 (НШ1)8\у1 для разработки средств и методов биологической защиты» (дата подачи 30.07.2009г.). Решение о выдаче патента РФ на изобретение получено 15.09.2009г.

Полученные данные по идентификации и изучению особенностей вирусов гриппа, циркулировавших на территории России и за рубежом, а также по определению основных направлений эволюции гемагглютинина этих вирусов учитывались при прогнозировании эпидемий и отборе кандидатов в вакцинные штаммы. Результаты анализа антигенной структуры и биологических свойств циркулировавших штаммов вирусов гриппа включались в информационные материалы, отсылавшиеся в ВОЗ, НИИ гриппа, Роспотребнадзор Минздравсоцразвития РФ, базовые областные ТУ Роспотребнадзора и в их ФГУЗ «Центры гигиены и эпидемиологии».

В рамках сотрудничества с ВОЗ в штаб-квартиру ВОЗ в Женеве (Швейцария) и Всемирные справочные центры по гриппу в Лондоне (Англия) и Атланте (США) высылались ежегодные отчеты и наиболее актуальные отечественные штаммы, которые затем входили в состав коллекций вирусов этих центров.

В Государственную коллекцию вирусов депонированы оригинальные штаммы, которые определили новые этапы в распространении и изменчивости вирусов гриппа: 3 эпидемических штамма вирусов гриппа А/Москва/68/2007 (НШ1) (ГКВ№2610), А/Москва/40/2008 (НШ1) (ГКВ№2612), А/Москва/45/2007 (Н3№) (ГКВ№2611); 82 пандемических штаммов вирусов гриппа А(НШ1)у, полученных в соавторстве с сотрудниками НИИ вирусологии. Вирусы могут быть использованы в качестве кандидатов в вакцинные штаммы, а также для приготовления диагностикумов.

Обосновано применение культуры клеток МБСК для изоляции современных эпидемических штаммов вирусов гриппа А и В и КЭ - для пандемических штаммов, использование эритроцитов человека 0(1) группы крови при их индикации и идентификации.

Результаты анализа и апробации 10 отечественных ПЦР тест-систем позволяют рекомендовать их как эффективные и специфичные системы для мониторинга циркулирующих современных эпидемических и пандемических штаммов вирусов гриппа в дополнении к классическим методам. Внедрение этих тест-систем в лабораторную практику будет способствовать усовершенствованию лабораторной диагностики гриппа и повышению уровня надзора за гриппом в России.

Результаты исследования нуклеиновых кислот и комплексов антиген-антитело методом ППР могут быть использованы при разработке сенсорных систем для определения вирусов гриппа и противогриппозных антител в растворах.

Основные положения, выносимые на защиту

1. В эпидемический период 2006-2010гг. в России социркулировали вирусы гриппа А(НШ1), А(НЗЫ2) и В. Антигенный дрейф поверхностных белков НА происходил в направлении эталонных штаммов, рекомендованных ВОЗ.

2. Выявлена общая тенденция к увеличению тропизма эпидемических штаммов вирусов гриппа периода 2006-2009гг. к эритроцитам кур, по сравнению с предыдущими периодами наблюдения. Вирусы гриппа А(НШ1) и В сохраняют тропизм к системе изоляции КЭ, а вирусы гриппа A(H3N2) практически полностью утратили тропизм к КЭ.

3. С мая 2009г. в России установлен факт циркуляции представителей вирусов гриппа A(HlNl)v, вызвавших пандемию гриппа XXI века в мире. По антигенным свойствам эти штаммы близкородственны эталону A/California/07/09. Пандемические штаммы имеют ярко выраженный тропизм к эритроцитам кур и тканям КЭ и MDCK.

4. Отечественные ПЦР тест-системы, предназначенные для выявления фрагментов генов различных белков вирусов гриппа, могут быть использованы для мониторинга вирусов гриппа человека в вирусологических лабораториях.

5. Для обнаружения нуклеиновых кислот, вирусов и комплексов вирусов гриппа с антителами может быть применен метод ППР с использованием в составе сенсора пленок, содержащих полианилин.

Апробация работы

Результаты работ были представлены на международных симпозиумах и конференциях: Всероссийской научной конференции «Эпидемиология, лабораторная диагностика и профилактика вирусных инфекций» (Санкт-Петербург, 2005); IV, VII, VIII Российских конгрессов детских инфекционистов «Актуальные вопросы инфекционной патологии и вакцинопрофилактики у детей» (Москва, 2005, 2008, 2009); Международной научной конференции «Профилактика, диагностика и лечение инфекционных болезней, общих для людей и животных» (Ульяновск, 2006); International Conference Infections and digestive tract diseases (France, Paris, 2006); IX съезде Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов (Москва, 2007); X International Symposium on Respiratory Viral Infections (Singapore, 2008); I, II, III Конференции молодых ученых НИИ вирусологии им. Д.И.Ивановского РАМН (Москва, 2008, 2009, 2010); V Конференции молодых ученых с международным участием: «Фундаментальные науки и прогресс клинической медицины» (Москва, 2008); IV Международной конференции «Идеи Пастера в борьбе с инфекциями» (Санкт-Петербург, 2008); Third European Influenza Conference (Vilamoura, Portugal, 2008); Пятом московском международном конгрессе «БИОТЕХНОЛОГИЯ: состояние и перспективы развития» (Москва, 2009); XVI и XVII Международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов» (Москва, 2009, 2010); II Научно-практической конференции «Современные технологии и методы диагностики различных групп заболеваний, лабораторный анализ» (Москва, 2009); ERS Annual Congress (Austria, Vienna, 2009); 14th Congress of the APSR and 3rd Joint Congress of the APSR/ACCP (Korea, Seoul, 2009); Всероссийской научной конференции «Проблемы современной эпидемиологии. Перспективные средства и методы лабораторной диагностики и профилактики актуальных инфекций» (Санкт-Петербург, 2009); Options for the Control of Influenza VII (Hong Kong SAR, China, 2010); Rusnanotech. Nanotechnology. International Forum (Москва, 2010); Всероссийской научно-практической конференции «Вакцинология-2010. Совершенствование иммунобиологических средств профилактики, диагностики и лечения инфекционных болезней (Москва, 2010).

В завершенном виде результаты диссертационной работы были доложены и обсуждены на совместном заседании отдела экологии вирусов с Центром экологии и эпидемиологии гриппа и апробационного совета ФГУ НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского 21 октября 2010г.

Публикации

По материалам диссертации опубликовано 31 научных работ, в том числе 9 статей в реферируемых российских научных журналах, 1 заявка на патент и материалы докладов в сборниках российских и международных конгрессов и конференций.

Объем и структура диссертации

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания использованных материалов и методов, 4 глав собственных исследований, их обсуждения и выводов. Список литературы включает 240 отечественных и зарубежных источников. Диссертация изложена на 167 страницах машинописного текста, включая 43 таблицы и 22 рисунка.

Заключение диссертации по теме «Вирусология», Трушакова, Светлана Викторовна

Основные результаты получены в соавторстве с к.м.н. Шевченко Е.С., с.н.с. Оскерко Т.А., м.н.с. Беляковой Н.В., м.н.с. Лаврищевой В.В., к.б.н. Киреевым Д.Е. (НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского), к.б.н. Никоновой A.A. (НИИ вакцин и сывороток им. И.И.Мечникова РАМН).

Автор выражает глубокую благодарность д.х.н. Иванову В.Ф., к.х.н. Исаковой A.A., к.х.н. Райтману O.A. (Институт физической химии и электрохимии им. А.Н. Фрумкина РАН), д.х.н. Бовину Н.В., тех.-лаб. Возновой Г.П. (Институт биоорганической химии им. академиков М.М.Шемякина и Ю.А.Овчинникова РАН) за предоставленные материалы и оборудование, а также за консультативную и практическую помощь в выполнении работы.

Кроме того автор выражает особую благодарность д.б.н. Гребенниковой Т.В. (НИИ вирусологии им. Д.И. Ивановского), к.б.н. Яцышиной С.Б. (ФГУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора), к.б.н. Абрамову Д.Д. (НПО «ДНК-технология»), к.б.н. Файзулоеву Е.Б. (НИИ вакцин и сывороток им. И.И.Мечникова РАМН) за оказанную помощь в выполнении работы. Автор глубоко признателен и благодарен своим соавторам за внимание и ценные консультации при выполнении работы.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Рассматривая в целом картину распространения вирусов в России в период с 2006 по 2009 год по вирусологическим и серологическим данным и сопоставляя ее с литературными данными, показано, что эпидемии гриппа в России были обусловлены циркуляцией и социркуляцией вирусов гриппа А(НШ1), А(НЗШ) и В, родственных референс-штаммам, аналоги которых циркулировали в мире в рассматриваемый период. Зарегистрировано не полное соответствие свойств вакцинных и эпидемических штаммов: в сезоне 2007-2008 гг. и 2008-2009 гг. - по вакцинному штамму вируса гриппа В; 2007-2008 гг. - по обоим вакцинным штаммам вирусов гриппа А. Наибольшее несоответствие состава вакцинных штаммов с циркулировавшими вирусами наблюдалось в эпидсезоне 2007-2008гг. Это связано с трудностями по выделению новых антигенных вариантов современных эпидемических штаммов на куриных эмбрионах. Наши исследования показали, что эволюционные изменения происходили в структуре вирионных белков и приводили к изменению не только антигенных, но и других биологических свойств.

Внедрение в лабораторную практику тест-систем на основе ПЦР позволило нам выявить появление в РФ пандемического штамма А(НШ1)у и провести мониторинг циркуляции этих вирусов в период пандемии 2009-2010гг. Разработка новых тест-систем является важным шагом к усовершенствованию лабораторной диагностики и эпидемиологического надзора за распространением гриппа в целом.

Для обнаружения нуклеиновых кислот и комплексов антиген-антитело впервые предложен метод ППР с использованием пленок содержащих полианилин, который может быть применен в диагностике не только гриппа, но и других инфекций.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Трушакова, Светлана Викторовна, 2010 год

1. Биргер М.О. Справочник по микробиологическим и вирусологическим методам исследования. 3-е изд., перераб. и доп. М.: Медицина, 1982, с.464

2. Букринская А.Г. Вирусология. М.: Медицина, 1986, с.336

3. Бурцева Е.И., Иванова В.Т., Оскерко Т.А., Слепушкин А.Н. Свойства вирусов гриппа А и В, выделенных на куриных эмбрионах и в культуре клеток MDCK. Вопр. вирусол. 2001, № 1, с.29-32.

4. Гайдамович С.Я. Классификация вирусов. В кн.: Общая и частная вирусология. М. Медицина, 1982, с.26-60.

5. Гамбарян A.C. Рецепторная специфичность вирусов гриппа разных хозяев. Автореферат диссертации, М.-2007.

6. Гендон Ю.З. Вакцины и химиопрепараты для профилактики гриппа. Вопр. вирусол., 2007, №1, с.4-10.

7. Гендон Ю.З. Пандемия гриппа: предположения и факты. Журн. микробиол., 2008, №5, с. 109-118.

8. Говоркова Е.А., Кизина A.A., Крылов В.Ф., Смирнов Ю.А. Уровень иммунитета населения к вирусам гриппа с гемагглютинином подтипа Н2. ЖМЭИ. 1993, N 6, с.58-59.

9. Гребенникова Т.В. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) в диагностике и мониторировании лечения инфекционных заболеваний. Метод, указания для студентов мед.фак. РУДЫ, 2005, с.39.

10. Ю.Гринбаум Е.Б., Литвинова О.М., Банников А.И. и др. Полиморфизм популяции современных вирусов гриппа А и В человека. Вестник РАМН. 1994, N 9, с.36.

11. Зубов В.П. Капустин Д В. Композиционные сорбенты для выделения и очистки биополимеров -http://www.expo.ras.ru/base/proddata.asp?prodid=2178

12. Иванова В.Т., Бурцева Е.И., Слепушкин А.Н.и др. Особенности вирусов гриппа, обусловивших эпидемический подъем заболеваемости в России в 2002-2003 гг. Возврат в циркуляцию вирусов гриппа, подобных В/Виктория/2/87.// Вопросы вирусологии, 2004, №3, с. 12.

13. Иванова В.Т., Ракутина P.O., Слепушкин А.Н. и др. Свойства эпидемических штаммов вирусов гриппа А и В, циркулировавших в эпидемическом сезоне 2004-2005 гг. в России. Вопр. вирусол., 2006, №6, с.27-30.

14. Иванова В. Т., Матюшина Р. О., Слепушкин А. Н., Бурцева Е. И. и др. Эпидемические штаммы вирусов гриппа А и В в сезоне 2005—2006 гг. в России. Вопр. вирусол., 2008 А, №4, с. 13-18.

15. Иванова В.Т, СапуринаИ.Ю., ИвановВ.Ф и др. Сорбция биологических объектов на нанокомпозиты полианилина и углеродных нанотрубок. Международный форум по нанотехнологиям, Москва, 6-8 октября 2009 г., С. 274-275.

16. Иванов В.Ф., Грибкова O.JL, Чеберяко К.В. и др. Матричный синтез полианилина в присутствии поли- (2-акриламидо-2-2метил-1-пропан)-сульфовой кислоты. Электрохимия.- 2004.- т.40.-№3.-с. 339-345.

17. Капустин Д.В., Ягудаева Е.Ю., Завада Л.Л., Жигис Л.С., Зубов В.П., Ярошевская Е.М., Плобнер Л., Лайзер Р.-.М., Брем Г. Композиционный полианилинсодержащий кремнеземный сорбент для выделения ДНК. Биоорг. хим., 2003, с.310-315.

18. Киреев Д. Е., Аканина Д. С., Гребенникова Т. В., Забережный А. Д., Щелканов М. Ю., Львов Д. К. Разработка тест-систем для выявления и типирования вируса гриппа А на основе полимеразной цепной реакции. Вопр. вирусол., 2007, №4, с. 17-22.

19. Киреев Д.Е. Разработка тест-систем на основе ПЦР для мониторинга вирусов гриппа А. Автореферат на соискание ученой степени к.б.н. 2007.

20. Князев Д.Г. Организация липид-белковых структур на примере вирусного белка Ml: электрохимический подход. 2008. Автореферат на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук.

21. Козлов Ю.В., Шилов A.A., Курманова А.Г., Горбунов В.Г. и др. Рекомбинантное происхождение эпидемического штамма А/СССР/90/77 вируса гриппа. ДАН. 1981, т.257, стр.721-724.

22. Ленинджер А. Биохимия. -М.: Мир.-1974.-с.68.

23. Литвинова О.М., Лузянина Т.Я. Этиология гриппа. Грипп. С.-П., 2001, с.7-31.

24. Львов Д.К., Ямникова С.С., Федякина И.Т. и др. Экология и эволюция вирусов гриппа в России в 1979-2002гг. Вопр. вирусол. 2004, №3, с. 17-24.

25. Матюшина Р.О., Трушакова С.В., Иванова В.Т., Иванов В.И., Бурцева Е.И. Современные подходы к диагностике и изучению вирусов гриппа. Материалы IV Международной конференции «Идеи Пастера в борьбе с инфекциями», Санкт-Петербург, 2008, с.23.

26. Михайлов И.Ф., Дьяков С.И. Люминесцентная микроскопия. М., 1961, с.106-110.

27. Найхин А.Н., Царицына И.М., Сыроедова Л.Г. и др. Антинейраминидазные сывороточные антитела при естественном инфицировании гриппом А и иммунизации гриппозными вакцинами. Вопр. вирусол.- 1983.-№ 3,- с.154-159.

28. Найхин А.Н., Царицына И.М., Олейникова Е.В. и др. Формирование и защитные функции антител к нейраминидазе вируса гриппа А. Вопр. вирусол.-1985.-№ 1.-С.35-39.

29. Никонова А. Выявление и идентификация респираторных вирусов методом мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени. Автореферат на соискание ученой степени к.б.н. 2008.

30. Нимадава П., Дондог Н., Алтанхуяг С., и др. Эпидемиологическая и этиологическая характеристика вспышки ОРЗ в апреле мае 1979 года в городе Улан-Баторе. Научно-практическая конференция, Улан-Батор. 1979, стр.23-24.

31. Перейра М., Ассад Ф.А., Делон П.Д. Эпидемический надзор за гриппом. Бюллетень ВОЗ. 1978, т.56, N 2, стр. 146-153.

32. Плиева Ф.М., Исаева Е.И., Лозинский В.И. Применение криогелей поливинилового спирта в биотехнологии.У1. Биоафинные сорбенты на основе сверхмакропористого носителя для работы с вирусными частицами //«Биотехнология», 1998, №5, с.3237.

33. Райтман O.A. Методическое пособие «Метод спектроскопии поверхностного плазмонного резонанса для исследования физико-химических характеристик веществ на твердых подложках», 2010.

34. Сафенкова И.В. Взаимодействие вирусов растений с антителами: количественные закономерности и практическое применение. Автореферат на соискание ученой степени к.б.н., 2010.

35. Ровнова З.И. Получение специфических противогриппозных сывороток. Вопросы вирусологии, 1959, №4, с.465-470.

36. Слепушкин А.Н., Ритова В.В. и др. Гуморальный иммунитет к вирусам гриппа А и В в сыворотках крови детей моложе 14 лет в 1981 году. Вопр. вирусол. 1983, N5, с.564.

37. Слепушкин А. Н. Современные особенности эпидемиологии и профилактики гриппа. Журн. микробиол. 2001. № 1, с.95-99.

38. Ямникова С.С., Петров H.A., Нимадава П., Яхно М.А., Львов Д.К. Характеристика вирусов гриппа A(H1N1), родственных A/PR/8/34, изолированных в МНР. Вопр. вирусол. 1991, N 3, стр.188-191.

39. Яцышина С.Б.,. Миненко А.Н, Прадед М.Н., Волошина П.В., Трушакова C.B., Браславская С.И., Бурцева Е.И., Шипулин Г.А., Малеев В.В., Покровский В.И.

40. Диагностика гриппа: новый вариант A/H1N1 в России. Эпидемиология и инфекционные болезни, 2009, №6, с.56-62.

41. Яхно М.А., Исаченко В.А., Молибог Е.В., Ямникова С.С. и др. Реверсия в естественной изменчивости вируса гриппа А. Вопр. вирусол. 1978, N 2, с. 146151.

42. Яхно М.А., Закстельская Л.Я., Молибог Е.В. и др. Сравнительная характеристика эпидемических штаммов вирусов гриппа В 1980-1981гг. выделения. Вопр. вирусол. 1982, N 6, стр.656-661.

43. Ada G. L., Perry В. Т., Abbot A. J. Gen. Microbiol., 1958, v. 19, p. 23.

44. Adcock P. M., Stout G. G., Hauck M. A. et al. Effect of rapid viral diagnosis on the management of children hospitalized with lower respiratory tract infection. Pediatr. Infect. Dis. J. 1997,№16, p.842-846.

45. Allander Т., Jartti Т., Gupta S. et al. Human bocavirus and acute wheezing in children. Clin Infect Dis. 2007, №44, p.904-910.

46. Allen H.J., Mc.Cauley, Waterfleld M., Gething M.J. Influenza virus RNA segment 7 has the coding capacity for two polypeptides. Virology. 1980, N 107, p.438-442.

47. Allwinn R, Preiser W, Rabenau H, Buxbaum S, Sturmer M, Doerr HW. Laboratory diagnosis of influenza—virology or serology? Med Microbiol Immunol (Berl), 2002, 191, p.157-160.

48. Air G.M., Gibbs A.J., Laver W.G., Webster R.G. Evolutionary changes in influenza В are not primary governed by antibody selection. Proc. Natl. Acad. Sci., USA. 1990, N 87, p.3884-3888.

49. Baltimor D. Expression of animal virus genomes. Bacterial Rev. 1971, v.35, p.235-241.

50. Berton M.T., Webster R.G. The antigenic structure of the influenza В virus hemagglutinin: Operation and topological mapping with monoclonal antibodies. Virology, 1985, 143, p.583-594.

51. Bidez R., Li S., MacDiarmid A.G. et al. Biomater.Sci.Polymer.Edn.2006.-V.17.- N 1-2.-P.212.

52. Biere В., Bauer В., Schweiger B. Differntiation of influenza В virus lineages Yamagata and Victoria by Real-time PCR. J.Clin.Microbiology, 2010, p.1425-1427.

53. Bridges C.B., Lim W., Primmer J.H., et al. Risk of influenza A(H5N1) infection among poultry workers, Hong Kong, 1997-1998. J. Infect. Dis. 2002; 185:1005-1010.

54. Bo Meng, Anthony C.Marriott, Nigel J.Dimmock. The receptor preference of infuenza viruses. Infuenza and Other Respiratory Viruses, 2010, 4(3), 147-153.

55. Boom R., Sol C.J., Salimans M.M. et al. Rapid and simple method for purification of nucleic acids. J Clin Microbiol. 1990. №28. p.495-503.

56. Buckler-White A.J., Murphy B.R. Nucleoproteide sequence analysis of nucleoprotein genes of an avian and a human virus strain identifies two classes of nucleoproteins. Virology, 1986, 155, p. 345-355.

57. Cafen A.C., Browelee G.C., Yewbell J.W. et al. The antigenic structure of the A/PR/8/34 hemagglutinin HI subtype virus. Cell. 1982, v.31, p.417-427.

58. CDC update: Influenza Activity United States, August 30, 2009 - March 27, 2010, and Composition of the 2010-11 Influenza Vaccine, MMWR, 2010, April 16, v. 59 №14, p .423-430

59. Chen W. et al. A novel influenza A virus mitochondrial protein that induces cell death. Nature Med., 2001, 7, p.1306-1312.

60. Chizhikov V., Wagner M., Ivshina A., et al. Detection and genotyping of human group A rotaviruses by oligonucleotide microarray hybridization. J.Clin.Microbiol. 2002, v.40, p.2398-2407.

61. Chonmaitree T., Mann L. Respiratory infections. Human Enterovirus Infections. Rotbart H.A. Washington, 1995, ch.5, p.255-270.

62. Choppin P.W., Schild A. The role of viral glycoproteine in adsorption, penetration and pathogenicity of viruses. Rev. Infect. Diseases. 1980, v.2, N 1, p.40-61.

63. Chuvakova Z.K., Rovnova Z.I., Isaeva E.I., Kim E.V., Ignat'eva T.V. 3 cases of isolating the influenza A virus with human hemagglutinin Hswl in 1983 in Alma-ta. Vopr. Virusol., 1985, v.30, p.530-536.

64. Claas E.C., Kawaoka Y., Jong J.C., Masurel N., Webster R.G. Infection of children with avian-human reassortant influenza virus from pigs in Europe. Virology, 1994, v.204, p.453-457.

65. Cinatl J Jr, Michaelis M, Doerr HW. The threat of avian influenza A (H5N1). Part IV: development of vaccines. Med Microbiol Immunol (Berl), 2007, 196, p.213-225

66. Compans R.W., Content J., Duesberg P.H. Structure of the ribonucleoprotein of influenza virus. J.Virol. 1972, N 10, p.795-900.

67. Coiras M.T., Aguilar J.C., Garcia M.L. et al. Simultaneous detection of fourteen respiratory viruses in clinical specimens by two multiplex reverse transcription nested-PCR assays. J Med Virol. 2004, №72, p.484-495.

68. Couch R.B. Scientific Aspects of influenza vaccination. In Abstracts et Final Program of the First International Conference on Influenza Vaccines for the World, 2004, Lisbon, Portugal

69. Davenport F., Minuse E., Henessy A. et al. Interpretation influenza patterns of man. Bull. WHO, 1969, v.41, p.453-460.

70. Dawood F.S., Finelli L., Shaw M.W., Lindstorm S. et al. Emergence of a novel Swine-Origin Influenza A(H1N1) virus in humans. N Engl J Med, 2009, v.360(25), p. 2605-2615.

71. Dawson, E. D., C. L. Moore, J. A. Smagala, D. M. Dankbar, M. Mehlmann, M. B. Townsend, C. B. Smith, N. J. Cox, R. D. Kuchta, and K. L. Rowlen. 2006. MChip: A new tool for influenza surveillance. Analytical Chemistry, v.78, p.7610-7615.

72. Ellis J, Iturriza M, Allen R, Bermingham A, Brown K, Gray J, Brown D. Evaluation of four real-time PCR assays for detection of inluenza A(HlNl)v viruses. Euro Surveill. 2009; 14(22):pii=l 9230.

73. Falsey A. R., Criddle M. C., Walsh E. E. Detection of respiratory syncytia! virus and human metapneumovirus by reverse transcription polymerase chain reaction in adults with and without respiratory illness. J. Clin. Virol. 2006, №35, p.46-50.

74. Field S., Winter G., Wraunlee G.C. Structure of the neuraminidase gene in human influenza virus A/PR/8/34. Nature. 1981, v.290, p.213-217.

75. Freymuth F., Quibriac M., Petitjean J. et al. Viruses responsible for respiratory infections in pediatrics. Evaluation of 3,480 nasal aspirates performed in children over a 6-year period. Ann Pediatr (Paris). 1987. - №34. - p.493-501.

76. Fronhoffs S., Totzke G., Stier S. et al. A method for the rapid construction of cRNA standard curves in quantitative real-time reverse transcription polymerase chain reaction. Mol Cell Probes. 2002, №16, p.99-110.

77. Frutos A.G., Corn R.M., Anal. Chem. News&Feat. 1998, July, 449-455

78. Gambaryan, A.S. and M.N.Matrosovich. 1992. A solid-phase enzyme-linked assay for influenza virus receptor-binding activity. J.Virol. Methods 39:111-123.

79. Gambaryan F., Yamnikova S., Lvov D. et al. Receptor specifity of influenzaviruses from birds and mammalians: new data in involvment of the inner fragmentsof the carboxylate chane.// Virolgy.-2005.-V.334.-P .276-283.

80. Gaydos J.C., Hodder R.A., Top F.H. et al. Swine influenza A at Fort Dix, New Jersey (January-Februery 1976). II. Transmission and morbidity in units with cases. J.Infect.Dis. 1977, v. 136 (Suppl.), p.S363-S368.

81. Ginocchio C.C. Detection of respiratory viruses using non-molecular based methods. Journal of Clinical Virology, 2007, v.40, № 1, p.l 1-14.

82. Gregory V., Bennett M., Thomas Y., et al. Human infection by a swine influenza A(H1N1) virus in Switzerland. Arch.Virol., 2003, v.143, p.793-802.

83. Gregory V., Lim W., Cameron K., et al. Infection of a child in Hong Kong by influenza A H3N2 virus closely related to viruses circulating in European pigs. J.Gen.Virol., 2001, v.82, p.1397-1406.

84. Hampson A. W., Mackenzie J. S. The influenza viruses. MJA. 2006. - V.185. -№10. -P.39-43.

85. Herrler, G. & Klenk, H. D. Structure and function of the HEF glycoprotein of influenza C virus. Adv Virus Res., 1991, 40, p.213-234.

86. Hidari KI, Shimada S, Suzuki Y, Suzuki T. Binding kinetics of influenza viruses to sialic acid-containing carbohydrates. Glycoconj J. 2007,24(9), p.583-90.

87. Hongo, S., Ishii, K., Mori, K., Takashita, E., Muraki, Y., Matsuzaki, Y. & Sugawara, K. Detection of ion channel activity in Xenopus laevis oocytes expressing influenza C virus CM2 protein. Arch Virol, 2004,149, p.35-50.

88. Jong J.C., Paccaud M.F., Ronde-Verloop F.M. et al. Isolation of swine-like influenza A(H1N1) viruses from man in Switzerland and The Netherlands. Ann.Inst.Pasteur.Virol.1988, v. 139, p.429-437.

89. Kantarovich-Prokudina E.N., Semyonova N.P., Yamnikova S.S., Berezina O.N., Zhdanov V.M. DNA Sequences in influenza virions. J. Gen. Virol. 1978, v.41, p.405-409.

90. Kawakami K., Ishihsha A., Hamaguchi M. RNA polymerase of Influenza virus comparisson of the virion associated RNA polymerase activity of verious strains of Influenza virus. J. Biochem. 1981, v.89, p. 1751-1757.

91. Kaverin N.V., Klenk H.-D. The effect of cell Denstity on influenza virus replication in CV-1 cell. J.Molecul.genet., 1995, N 2, p.26-33.

92. Kessler N., Ferraris O., Palmer K., et al. Use of the DNA Flow-Thru chip, a three dimensional biochip, for typing and subtyping of influenza viruses. J. Clin. Microbiol. 2004, v.32, p.2173-2185.

93. Kesson A. M. Respiratory virus infections. Pediatric respiratory reviews, 2007, №8, p.240-248.

94. Kida H., Ito T., Yasuda J. et al. Potential for transmission of avian influenza viruses to pigs. J. Gen. Virol., 1994, v.75, p.2183-2188.

95. Kilander A, R Rykkvin , S G Dudman , O Hungnes. Observed association between the HA1 mutation D222G in the 2009 pandemic influenza A(H1N1) virus and severe clinical outcome, Norway 2009-2010. Euro Surveill. 2010;15(9):pii=19498.

96. Klenk H.D., Carten W., Bosch F.X., Rott R. Virol, glycoproteins as determinents of pathogenicity. Med.microbiol. and immunol. 1982, v.170, N 3, p.145-153.

97. Kluska V., Macku M., Mensik J. Demonstration of antibodies against swine influenza viruses in man. Cesk Pediatr., 1961, v. 16, p.408-416.

98. Kordyukova L., Serebryakova M., Baratova A. and Michael Veit. S Acylation of the Hemagglutinin of Influenza Viruses: Mass Spectrometry Reveals Site-Specific Attachment of Stearic Acid to a Transmembrane Cysteine. J Virol. 2008, v.82(18), p. 9288-9292.

99. Krejnusova I, Gocnikovä H, Bystricka M, Blaskovicova H, Poläkovä K, Yewdell J, Bennink J, Russ G. Antibodies to PB1-F2 protein are induced in response to influenza A virus infection. Arch Virol. 2009, 154(10), p. 1599-604.

100. Krug R.M., Alonso-Cazlin F.X., Julkenen I., Katz M.C. Expression and replication of the influenza virus genom. The influenza viruses. Plenum Press, New York. 1988, p.89-132.

101. Lamb R.A. The Influenza virus RNA segments and their encoded proteins. In book: Genetic of Influenza viruses. Edds. Palese P., Kingsburg D.W. Springer-Verlay, Wien. New York. 1983, p.21-70.

102. Lamb R.A. Genes and proteins of the influenza viruses in the Influenza viruses., Edited by R.M. Krug, New York -London: Plenum Press, 1989, p.1-87.

103. Lamb R.A., Krug R.M. Orthomyxoviridae: The viruses and their replication// Fundamental virology /Knipe D.M., Howley P.M. Philadelphia, 2001. - Ch. 24. -P.725-769.

104. Lamb R.A., Zebedee L.S., Richardson C.D. Influenza virus protein in an integral membrane protein expressed on the infected cell surface. Cell. 1985, v.40, p.627-633.

105. Laver W.G., Valentine R.G. Morphology of the isolated hemagglutinin and neuraminidase subunits of influenza virus. Virology. 1969, v.38, p.105-119.

106. Lazarowitz S.G., Compans R.W., Choppin P.W. Influenza virus structural and nonstructural proteins in infected cells and their plasma membranes. Virology. 1971, v.46, p.830-843.

107. Lee W.M., Grindle K., Pappas T. et al. High-throughput, sensitive, and accurate multiplex PCR-microsphere flow cytometry system of large-scale compehensive detection of respiratory viruses. J Clin Microbiol., 2007, №45, p.2626-2634.

108. Li H., McCormac M.A., Estes R.W. et al. Simultaneous detection and high throughput identification of a panel of RNA viruses causing respiratory tract infections. J Clin Microbiol. 2007, №45, p. 2105-2109.

109. Li S., Shulman J., Itamaurra S., Palese P. Glycosylation of neuraminidase determines the neuraminidase determines the neuravirulence of influenza A/WSN/33 virus. J. Virol., 1993, v. 67,N 11 , p.6667-6673.

110. Lipshutz R.J., Fodor S.P., Ginderas T.R., and Lockhart D.J. High density synthetic oligonucleotide arrays. Nat.Genet. 1999, v.21, p.20-24.

111. Liu C., Elhelberger M.C., Compans R.W., Air G.M. Influenza type A virus neuraminidase does not play a role in viral entry, replication, assembly or budding. J. Virol. 1995, v.69, N 2, p.1099-1100.

112. Lodes M. J., Suciu D., Wilmoth J. L. at al. Identification of Upper Respiratory Tract Pathogens Using Electrochemical Detection on an Oligonucleotide Microarray. PLoS ONE. 2007, №9, p. 1-11.

113. Lvov D.K., Yamnikova S.S., Petrov N.A., Kawaoka Y., Webster R.G. Vatiety of influenza viruses isolated from atypical situations. Option for the control of Influenza II, Excepta Medica, eds. C.Hannoun et al. 1993, p.208-216.

114. Mackay I.M., Arden K.E., Nitsche A. Real-time PCR in virology. Nucleic Acids Res. 2002, №30, p.1292-1305.

115. Mahony J., Chong S., Merante F. et al. Development of a respiratory virus panel (RVP) test for the detection of twenty human respiratory viruses by using multiplex PCR and a fluid microbead-based assay. J Clin Microbiol. 2007, №45, p.2965-2670.

116. Mackie P. L. The classification of viruses infecting the respiratory tract. Paediatric reviews. 2003. - № 4. - P.84-90.

117. MacKenzie D. Bird flu may spread within families. New Scientist.com news service, 8 April 2008 at: www:newscientist:com.

118. Mantripragada K.K., Buckley P.G., de Stahl T.D. et al. Genomic microarrays in the spotlight. Trends Genet. 2004, v.20, №2, p.87-94.

119. Masurel N. Serological characteristics of a "new" serotype of influenza A virus: the Hong Kong strain. Bull. WHO, 1969, v.41, p.461-468.

120. Masurel N., Marine W. Recycling of Asian and Hong Kong influenza A virus hemagglutinin in man. Am. J. Epidemiol., 1973, v.91, p.44-49.

121. Matrosovich M., Gambaryan A., Tuzikov et al. Probing of the receptor binding sites of the HI and H3 influenza A and B viruses hemagglutinins by synthetic and natural sialosides. Virology, 1993, v. 196, p. 111 -121.

122. Matrosovich M., Krauss S., Webster R. // Virology. 2001. V. 281. P. 156.

123. Matrosovich M. N., T. Y. Matrosovich, T. Gray, N. A. Roberts, and H.-D. Klenk. Human and avian influenza viruses target different cell types in cultures of human airway epithelium. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004 A, 101:4620-4624.

124. McKeon K.D., Lewis A., Freeman J. W. Electrospun Poly(D,L-lactide) and Polyaniline Scaffold Characterization. Wiley InterScience,2009. www.interscience.wiley.com

125. Mandenius CF, Wang R, Alden A, Bergstrom G, Thebault S, Lutsch C, Ohlson S. Monitoring of influenza virus hemagglutinin in process samples using weak affinity ligands and surface plasmon resonance. Anal Chim Acta. 2008, 623(1), p.66-75.

126. Meng Bo, Marriott Anthony, Dimmock Nigel. The receptor preference of influenza viruses. Influenza and other respiratory virus 4(3), p. 147-153.

127. Michaelis M., Doerr H.W., Cinatl J. Of chickens and men: avian influenza in humans. Curr Mol Med, 2009, v.9, p. 131-151.

128. Michaelis M., Doerr H.W., Cinatl J. Novel swune-pandemic influenza A virus in humans: another pandemic knocking at the door. Med Microbiol Immunol, 2009, v.198, p.175-183.

129. Mir-Shekary S.Y.,Asford D.A.,Harvey D.J.,Dwek R.A.,Shulze I. The glycosylation of the influenza A virus hemagglutinin by mammalian cell-a site specific study.J.Biol.Chem., 1997, v.212, p.4027-4036.

130. Morbidity and Mortality Weekly Report (MMWR). Update: Swine A(H1N1) infection in two children southern California. March-April 2009.// CDC.-2009.-Vol.58.-N.17.-p.400-402/

131. Murphy B.R., Clements M.L. The systemic and mucosal response of humans to influenza A virus. Curr.Top.Microbiol.Immunol.-1989.-V.146.-P. 107-116.

132. Murphy B.R., Webster R.G. Ortomyxoviruses. Fields' Virology, 3rd edn., eds Fields B.N., Knipe D.M et al.-1996.-Lippincott-Raven, Philadelphia.-P.1397-1445.

133. Murti K.G., Webster R.G., Jonest I.M., Localization of RNA polymerases on influenza viral ribonucleoproteins by immunogold labeling. Virology. 1988, v. 164, p.562-566.

134. Myers K.P., Olsen K.W., Gray G.C. Cases of swine influenza in humans: a review of the literature. 2007, Clinical Inf. Disease, v.44, p. 1084-1088.

135. Nakagawa Y., Kimuro N., Toyoda T., Mizumoto K. et al. The RNA PB2 subunit is not required for replication of the influenza virus genom, but is involved in capped mRNA synthesis. J. Virol. 1995, v.69, N 2, p.728-733.

136. Nakamura K., Compans R.W. Glycopeptide components of influenza viral glycoproteins. Virology. 1978 6, v.96, p.432-442.

137. Neumann G., Noda T., Kawaoka Y. Emergence and pandemic potential of swine-origin H1N1 influenza virus. Reviews. Nature, 2009. v.459, p.931-938.

138. Nilsson C.E., Abbas S., Bennemo M., Larsson A., Hàmàlâinen M.D., Frostell-Karlsson A. A novel assay for influenza virus quantification using surface plasmon resonance. Vaccine. 2010 Jan 8;28(3), p.759-66.

139. Normile D. Pandemics skeptics warn against crying wolf. Science, 2005, 310, p.l 112-1113.164.01sen C.W., Karasin A.I., Carman S. et al. Triple reassortant H3N2 influenza A viruses, Canada, 2005. Emerg. Infect. Dis. 2006, v.12, p. 1132-1135.

140. Palese P., Shulman J.L. Mapping of the influenza virus genome: identification of the hemagglutinin and the neuraminidase genes. PNAS USA. 1976, v.73, p.2142-2146.

141. Palese P., Ritchey M.B., Shulman J.L. Mapping of the influenza virus genome 11 Identification of the P1,P2 and P3 gene. Virology. 1977, v.76, p.l 14-1121.

142. Patriarca P.A., Kendal A.P., Zakowsky P.C. et al. Lack of significant person-to-person spread of swine influenza-like virus following fatal infection in an immunocompromised chold. Am.J.Epidem.-1984.V.l 19.-N.2.-P. 152-158.

143. Porter A.G., Smith J.C., Emtage J.S. The sequence of influenza virus RNA segment 8 indicates that the coding regions for the NS1 and NS2 protein overlap. PNAS USA. 1980, v.77, p.5074-5078.

144. Potter C.W. Chronicle of Influenza pandemics. In: Nicholson KG, Webster RG, Hay AJ, editors. Textbook of influenza. Oxford: Blackwell Science, 1998, p.3-18.

145. Ungchusak K, Auewarakul P, Dowell SF, et al. «Probable person-to-person transmission of avian influenza A (H5N1)». N Engl J Med, 2005, 352 (4), p. 333^10.

146. Rohm C., Zhou N., Suss J., Mackenzie J., Webster R. Characterization of novel influenza hemagglutinin HI5, criteria for determination of influenza A subtypes. Virology. 1996, v 217, p.508-516.

147. Rogers G., D'Souza B. Receptor binding properties of human and animal HI influenza virus isolates. Virology, 1989, v.173, p.317-322.

148. Rosenberg MR, Casarotto MG. Coexistence of two adamantane binding sites in the influenza A M2 ion channel. Proc Natl Acad Sci USA. 2010,107(31), p.13866-71.

149. Rosenthal, P. B., Zhang, X., Formanowski, F., Fitz, W., Wong, C. H., Meier-Ewert, H., Skehel, J. J. & Wiley, D. C. Structure of the haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein of influenza C virus. Nature, 1998, 396, p.92-96.

150. Rota P.A., Hemphill M.L., Whistler H.L., Regnery H.L., Kendal A.P. Antigenic and genetic characterization of two hemagglutinins recent cocirculationg strains of influenza type B virus. J. Gen. Virol. 1992, v.73, p.2737-2742.

151. Richardson J., Akkina R. NS2 protein of influenza virus is found in purified virus and phosphorylated in infected cells. Arch. Virol. 1991. - №116. - P.69-80.

152. Rimmelzwaan G., Jong J., Bestebroer T. et al. Antigenic and genetic characterization of swine influenza A(H1N1) viruses isolated from pneumonia patients in The Netherlands. Virology, 2001, v.282, p. 301-306.

153. Sasaki S., R. Nagata, B. Hock, I. Karube, Anal. Chim. Acta 1998, 368, 71-76

154. Scholtissek C. Pigs as the 'mixing vessel' for the creation of new pandemic influenza A virus. Med Princip Prac, 1990, 2, p.65-71.

155. Schulze I. Virology. 1970, v.42, p.890.

156. Schulze I.T. Effect of glycosylation of influenza virus gemagglutinin. J.of Infection Disiases. 1997, v.176, p.24-28.

157. Schulze I.T., Fitch W.M., Ludwig S. et al. Evolution of pig viruses. Virology, 1991, v.183, p.61-73.

158. Sengupta S., Onodera K., Lai A., and Melcher U. Molecular detection and identification of influenza viruses by oligonucleotide microarray hybridization. J.Clin.Microbiol. 2003, v.41, p.4542-4550.

159. Shaw M.W., Lamb R.A., Erickson B.W., Briedis D.J. and Choppin P.W. Complete nucleotide sequence of the neuraminidase gene of influenza B virus. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1982a, v.79, p.6817-6821.

160. Schofield DJ, Dimmock NJ. Determination of affinities of a panel of IgGs and Fabs for whole enveloped (influenza A) virions using surface plasmon resonance. J Virol Methods. 1996, 62(1), p.33-42.

161. Shope R., Lewis P. Swine influenza: experimental transmission and pathology. J.Exp.Med. 1931, v.54, p.349-359.

162. Shinde V., Bridges C.B., Uyeki T.M., Shu B. et all. Triple-reassortant swine inXuenza A (HI) in humans in the United States, 2005-2009. N Engl J Med, 2009, v.360, N 25, p.2616-2625.

163. Simonsen L., Clarcke M.J., Williamson G.D., et al. The impact of influenza epidemics on mortality: introducing a severity index. Am. J. Public Health, 1997, v.87, p.1944-1950.

164. Skehel J. J., Waterfield M.D. Studies on the primary structure of the influenza virus hemagglutinin. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1975, v.72, N 1, p.93-97.

165. Skehel J.J., Stevens D.J., Daniels R.S. et al. A carbohydrate side chain on hemagglutinins of Hong Kong influenza viruses inhibits recognition by monoclonal antibody. PNAS USA,1984,v.81, N 6, p.1779-1783.

166. Smith W., Andrews C.H., Laidlaw P.P. A virus obtained from influenza patients. Lancet, 1933, v.225, p.66-68.

167. Smith T.F., Burgert E.O., Dowdle W.R., Noble G.R. et al. Isolation of swine influenza virus from autopsy lung tissue of man. N.Engl. J.Med., 1976, v.294, p.708-710.

168. Smirnov Yu.A., Kuznetsova M.A., Kaverin N.V. The genetic aspects of Influenza virus filamentous particle formation. Arch. Virol. 1991, v.l 18, p.279-284.

169. Song J., Cheng Q., Zhu S., Stevens R.C. "Smart" materials for biosensing devices: cell-mimcking supramolecular assemblies and colorimetric detection of pathogenic agents. Biomedical Microdevices: 4:3. 2002. p. 213-221.

170. Sota H., Hasegawa Y., Iwakura M. Anal. Chem. 1998, 70, 2019-2024

171. Soundararajan V, Tharakaraman K, Raman R, Raguram S, Shriver Z, Sasisekharan V, Sasisekharan R. Extrapolating from sequence—the 2009 H1N1 'swine' influenza virus. Nat Biotechnol. 2009 Jun;27(6):510-3.

172. Stieneke-Grober A, Vey M, Angliker H, Shaw E, Thomas G, Roberts C, Klenk HD, Garten W. Influenza virus hemagglutinin with multibasic cleavage site is activated by furin, a subtilisin-like endoprotease. EMBO J, 1992, 11, p.2407-2414.

173. Takemoto D.K., Skehel J.J., Wiley D.C. A surface Plasmon resonance assay for binding of influenza virus hemagglutinin to its sialic acid receptor. Virology, 1996, v.217, N2, p.452-458.

174. Taubenberger J.K., Reid A.H., Lourens R.M., Wang R., Jin G. & Fanning T.G. Characterization of the 1918 influenza virus polymerase genes. Nature, 2005, v.437, p.889-893.

175. Templeton K.E., Scheltinga S.A., van den Eeden W.C. Improved diagnosis of the etiology of community acquired pneumonia with real-time polymerase chain reaction//Clin Infect Dis. 2005. - №41. - P.345-351.

176. Thompson W.W., Shay D.K., Weintraub E., Brammer L., Cox N., Anderson L.J., Fukuda K. Mortality associated with influenza and respiratory syncytial virus in the Unated States. JAMA, 2003, v.289, p. 179-186.

177. Tsoi P.Y., Yang J., Sun Y., S. Sui, M. Yang, Langmuir 2000,16, 6590-6596

178. Tumpey TM, Basler CF, Aguilar PV, Zeng H, Solorzano A, Swayne DE, Cox NJ, Katz JM, Taubenberger JK, Palese P, Garcia-Sastre A. Characterization of the reconstructed 1918 Spanish influenza pandemic virus. Science, 2005, v.310, p.77-80.

179. Ulman I., Broni B., Krug R.M. Role of two of the influenza virus core proteins in recognizing virus RNA transorphion PNAS USA. 1981, v.78, p.7355-7359.

180. Underwood P.A. Antigenic map of the hemagglutinin of the influenza Hong Kong subtype H3N2 constructed using mouse monoclonal antibodies. Mol.Immunol., 1983, v.126, p.370-375.

181. Underwood P.A. Antigenic map of the hemagglutinin of the influenza Hong Kong subtype H3N2 constructed using mouse monoclonal antibodies. Mol.Immunol., 1984, v.21, p.653-667.

182. Vernet G. Molecular diagnostics in virology//J Clin Virol. 2004. - №31. - P. 239247.

183. Vijgen L., Keyaerts E., Moes E. et al. Development of one-step, real-time, quantitative reverse transcriptase PCR assays for absolute quantitation of human coronaviruses OC43 and 229E. J Clin Microbiol. 2005, №43, p.5452-5456.

184. Ward C.W., Dopheice T.A.A. Primary structure of the Hong Kong H3 hemagglutinin. Brit. Med. Bull. 1979, v.35., N 1, p.51-56.

185. Watzinger F., Suda M., Preuner S. et al. Real-time quantitative PCR assays for detection and monitoring of pathogenic human viruses in immunosuppressed pediatric patients. J Clin Microbiol. 2004, №42, p.5189-5198.

186. Webster R.G., Campbell C.H., and Granoff A. The "in vivo" production of "New" influenza viruses (I). Virology, 1971, 44, p.317-328.

187. Webster R.G., Campbell C.H., and Granoff A. The "in vivo" production of "New" influenza viruses (III). Virology, 1973, 51, p.149-162.

188. Webster R.G., Bean W.J., Corman O.T., Chambers T.H., Kawaoka Y. Evolution and ecology of influenza A viruses. Microbiol. Rev. 1992, v.56, p.152-179.

189. Webster R., Guan Y., Peiris M., Chen H. H5N1 Influenza continues to circulate and change. Microbe., vol.1, №12, 2006, p.559-565.

190. Webster R.G., Kawaoka Y. Influenza -an emerging and re-emerging disease. Seminar in Virology. 1994, v.5, p.103-111.

191. WER, Recommendations for the composition of Influenza virus vaccines. 1998, 2000,2006, 2007.

192. WER. Influenza. 2002, v.78, N 46, p.381-384.

193. WER, Influenza. 2003, v.78, N 11, p.81-88.

194. WER, Influenza. 2007, v.82, N 6, p.41-48.

195. WER, Influenza. 2007, v.82, N 9, p.69-76.

196. WER, Influenza. 2007, v.82, N 40, p.345-356.

197. WER, Influenza. 2008, v.83, N 41, p.365-372.

198. WER, Influenza. 2009, v.82, N 9, p.65-76.

199. WHO recommendations on the use of rapid testing for influenza diagnosis. Geneva, 2005, document available athttp://www.who.int/csr/disease/avian influenza/guidelines/rapid testing/en/index.html

200. Wiley D.S., Wilson I.A., Skehel J.J. Structural identification of the antibody -binding sites of Hong Kong influenza haemagglutinin and twir involvement in antigenic variation. Nature. 1981, v.289, p.373-378.

201. Wiley D.C., Skehel J.J. The structure and function of the hemagglutinin membrane glycoprotein of influenza virus. Annual Revier of Biochemistry. 1987, v.56, p.365-394.

202. Wilson I.A., Skehel J.J., Wiley D.C. Structure of haemagglutinin membrain glycoprotein of influenza virus at 3 A resolution. Nature, London. 1981, v.289, p.365-373.

203. Wilson, I. A. & Cox, N. J. Structural basis of immune recognition of influenza virus hemagglutinin. Annu Rev Immunol, 1990, №8, p.737-771.

204. Wittwer C. T., Herrmann M. G., Cameron N. et al. Real-Time Multiplex PCR. Methods. 2001, №25, p.430-442.

205. Wong S.S.Y., Yuen K. Avian Influenza virus infection in humans. Chest 2006; 129: 156-168.

206. Woo P. C., Chiu S. S., Seto W. H. et al. Cost-effectiveness of rapid diagnosis of viral respiratory tract infections in pediatric patients. J. Clin. Microbiol. 1997. - №35. -p.1579-1581.

207. Xu X., Guo Y., Rota P., Hemphill M., Kendal A., Cox N. Genetic reassortment of human influenza virus in nature. Options for the Control of Influenza II. 1993, p.203-207.

208. Ye Z., Pal R., Fox J.W., Wagner R.R. Functional and antigenic domains of the matrix (Ml) protein of influenza A virus. J.Virol., 1987, v.61, p.239-246.

209. Yuen K.Y., Chan P.K., Peiris M. et al. Clinical features and rapid viral diagnosis of human disease associated with avian influenza A/H5N1 virus. Lancet, 1998, v.351, p.467-471.

210. Zammatteo M., Hamels S., De Longueville F., et al. New chips for molecular biology and diagnostics. Biotechnol. Annu. Rev. 2002, v.8, p.85-101.

211. Zayats M., O.A. Raitman, V.I. Chegel, A.B. Kharitonov, I. Willner, Anal. Chem. 2002, 74, 4763-4773