Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика энтеротоксигенных и шига-токсин продуцирующих Escherichia coli, выделенных в Российской Федерации в 2011-2016 гг. тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Карцев, Николай Николаевич

• Карцев, Николай Николаевич
• кандидат наук
• 2017

Оглавление диссертации кандидат наук Карцев, Николай Николаевич

СОДЕРЖАНИЕ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования

Степень разработанности темы исследования

Задачи исследования

Научная новизна исследования

Теоретическая и практическая значимость исследования

Методология и методы исследования

Микробиологические методы исследования

Работа с животными

Иммунологические методы исследования

Молекулярно-генетические методы исследования

Биоинформационные методы исследования

Личное участие автора в получении результатов

Основные положения диссертации, выносимые на защиту

Степень достоверности и апробация результатов

Объем и структура диссертации

Глава 1. Обзор литературы

1.1 Патогенные Escherichia coli и их роль в патологии человека и животных

1.2 Энтеротоксигенные E. coli (ЕТЕС)

1.2.1 Эпидемиология ЕТЕС инфекции

1.2.2 Факторы вирулентности ЕТЕС

1.2.2.1 Энтеротоксины ЕТЕС

1.2.2.2 Факторы адгезии и колонизации ЕТЕС

1.2.3 Антибиотикорезистентность среди ЕТЕС: распространение и молекулярные механизмы

1.2.3.1 Гены бета-лактамаз в энтеротоксигенных E. coli

1.2.3.2 Интегроны в патогенных кишечных палочках

1.2.4 Лабораторная диагностика энтеротоксигенных E. coli

1.3 Шига-токсин продуцирующие E. coli (STEC) - возбудители геморрагического колита (ГК) и ассоциированного с ним гемолитико-уремического синдрома (ГУС)

1.3.1 Общая характеристика STEC

1.3.2 Энтерогеморрагические E. coli (ЕНЕС)

1.3.3 Шига-токсин продуцирующие E. coli, не относящиеся к ЕНЕС

1.3.4 Факторы вирулентности ЕНЕС

1.3.4.1 Факторы адгезии ЕНЕС

1.3.4.2 Шига-токсины типов 1 и 2 - Stxl и Stx2

1.3.4.3 Энтерогемолизины: общая характеристика, генетические детерминанты

1.3.5 Антибиотикорезистентность среди STEC: распространение и молекулярные механизмы

1.3.6 Патогенез гемолитико-уремического синдрома

1.3.7 Лабораторная диагностика STEC

1.4 Методы генотипирования диареегенных E. coli

1.4.1 Онлайн ресурс для изучения геномной эпидемиологии диареегенных

E. coli

1.5 Лечение и профилактика эшерихиозов

1.6 Перспективы разработки лечебных и профилактических препаратов против ETEC- и STEC-инфекций

1.7 Заключение по обзору литературы

РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ

Глава 2. Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика

ЕТЕС, выделенных в России в 2011-2012 гг

2.1 Описание вспышки острой кишечной инфекции в г. Череповце и спорадического случая острой кишечной инфекции в г. Владивостоке 56 2.1.1 Выделение и идентификация штаммов ЕТЕС из клинического материала

и продуктов питания во время вспышки кишечной инфекции в г. Череповце и

при спорадическом случае в г. Владивостоке

2.2 Фенотипическая характеристика штаммов ЕТЕС

2.2.1 Серогрупповая принадлежность

2.2.2 Продукция термолабильного энтеротоксина

2.2.3 Чувствительность к антимикробным препаратам

2.3 Молекулярно-генетическая характеристика штаммов ЕТЕС

2.3.1 Разработка праймеров для детекции генов вирулентности ЕТЕС

2.3.2 Определение наличия генов энтеротоксинов в штаммах ETEC

2.3.3 Детекция генов факторов адгезии

2.3.4 Молекулярные механизмы антибиотикорезистентности ЕТЕС

2.3.5 Генотипирование штаммов ЕТЕС

2.4 Заключение по Главе 2

Глава 3. Фенотипическая и молекулярно-генетическая характеристика шига-

токсин продуцирующих Е. coli

3.1 Вспышка острой кишечной инфекции, вызванная STEC штаммами, в Санкт-Петербурге в 2013 г.,

3.1.1 Эпидемиология вспышки и клинические проявления STEC инфекции

3.1.2 Выделение и идентификация STEC штаммов от больных геморрагическим колитом детей и образцов сырого питьевого молока

3.1.3 Фенотипические свойства и генетические детерминанты вирулентности

выделенных STEC штаммов

3.1.4. Сравнительный анализ геномов штаммов E. coli О157:Н7 и E. coli О101:Н33

3.1.5 Анализ геномов штаммов E. coli 61-58 и E. coli 13573 с помощью онлайн сервисов Центра геномной эпидемиологии CGE

3.1.6 Мультилокусное сиквенс-типирование штаммов STEC

3.1.7 Заключение по Главе 3

Глава 4. Фенотипическая и молекулярно-генетическая характеристика диареегенных Escherichia coli, выделенных в 2015-2016 гг

4.1 Описание коллекции изолятов диареегенных E. coli

4.2 Определение патогрупп диареегенных эшерихий, генов вирулентности и О-серогрупповой принадлежности с помощью ПЦР-РВ

4.3 Заключение по Главе 4

Глава 5. Индикация и выделение шига-токсин продуцирующих Escherichia coli

из клинического материала и продуктов питания с помощью полимеразной

цепной реакции и иммуномагнитной сепарации

5.1 Алгоритм быстрой идентификации STEC культур в клиническом материале и продуктах питания

5.1.1 Пробоподготовка клинического материала и образцов пищевых продуктов

5.1.2 Идентификация патотипов диареегенных эшерихий

5.1.3 Тестирование EAgEC-, ЕРЕС- и/или ЕНЕС-позитивных образцов на наличие в них генов, определяющих синтез О-антигенов E coli

5.1.3.1 Разработка системы праймеров и флюоресцентных зондов для детекции

E. coli серогруппы О101

5.1.3.2 Определение О-серогрупп специфичных генов диареегенных E coli

5.1.4 Выделение культур E coli с помощью иммуномагнитных частиц,

специфичных к определённым серогруппам E coli

5.1.5 Определение генов вирулентности в выделенных чистых культурах E coli

5.1.6 Определение продукции шига-токсинов 1 и/или 2 типов

5.2 Практика выделения STEC штаммов из искусственно контаминированных образцов продуктов питания и объектов внешней среды

5.3 Заключение по Главе 5

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика энтеротоксигенных и шига-токсин продуцирующих Escherichia coli, выделенных в Российской Федерации в 2011-2016 гг.»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования

Диареегенные Escherichia coli (DEC) включают в себя семь патологических групп: энтеропатогенные E. coli (ЕРЕС), энтеротоксигенные E. coli (ЕТЕС), энтероинвазивные E. coli (EIEC), шига-токсин продуцирующие E. coli (STEC), энтероагрегативные E. coli (EАgEC), диффузно-адгезивные E. coli (DAEC) и адгезивно-инвазивные E. coli (AIEC). В свою очередь, патогруппа STEC включает в себя энтерогеморрагические E. coli (EHEC) и E. coli, не относящиеся к энтерогеморрагическим E. coli (non-EHEC). Данная классификация основана на наличии у возбудителей различных факторов патогенности. Кроме того, в последние годы выявляются гибридные патотипы диареегенных эшерихий - энтероагрегативные геморрагические E. coli (EAHEC) и шига-токсин продуцирующие энтеротоксигенные E. coli (STEC/ETEC) [53; 88; 126].

Диареегенные E. coli занимают значимое место среди бактериальных возбудителей острых кишечных инфекций (ОКИ) у детей в возрасте до 5 лет. Наибольшую опасность среди этих патогенов представляют энтеротоксигенные E. coli, вызывающие энтериты и энтероколиты, сопровождающиеся острой дегидратационной диареей, а также шига-токсин продуцирующие E. coli, являющиеся возбудителями геморрагического колита (ГК) и гемолитико-уремического синдрома (ГУС) [88].

Энтеротоксигенные E. coli характеризуются продукцией термостабильного (ST) и термолабильного (LT) энтеротоксинов, а также факторов адгезии, благодаря которым они способны вызвать холероподобную диарею у человека и животных. Среди всех патогенных кишечных палочек энтеротоксигенные E. coli являются наиболее распространенными возбудителями диареи человека в разных странах мира: в год регистрируется более 650 млн. случаев энтеротоксигенных инфекций, среди которых 800 тыс. случаев заканчиваются смертью [86]. В развивающихся странах в период 2009-2012 гг. ежегодно около 700 тыс. детей младше пяти лет умирало от тяжелой дегидратационной диареи [63]. Энтеротоксигенные E. coli вызывают также так называемую «диарею путешественников», которой заражаются при посещении развивающихся стран Латинской Америки, Африки и Индийского субконтинента. Кроме того, энтеротоксигенные E. coli являются причиной кишечных заболеваний в воинских контингентах сил Организации Объединенных Наций [47].

Шига-токсин продуцирующие E. coli способны продуцировать шига-токсины двух типов, группа энтерогеморрагических E. coli, кроме того, энтерогемолизин и фактор адгезии интимин. Пищевые инфекции, вызываемые шига-токсин продуцирующими штаммами E. coli, диагностируются во многих странах мира, включая США, Канаду, страны Европейского Союза, Японию и др. [88; 89]. Начиная с 1990-х гг., заболевания, обусловленные шига-токсин продуцирующими штаммами E. coli, регистрируются и в Российской Федерации [9; 13; 14]. Шига-токсин продуцирующие E. coli представляют наибольшую опасность для детей младшего возраста и пожилых людей, поскольку способны вызвать геморрагический колит и ассоциированный с ним гемолитико-уремический синдром, при котором у больного развиваются острая почечная недостаточность, тромбоцитопения и гемолитическая анемия. При этих состояниях смертность может достигать 5% и более; а у 10-50% пациентов, перенесших гемолитико-уремический синдром, в течение длительного периода проявляются осложнения в виде хронической почечной недостаточности, диабета, невралгических нарушений и других тяжёлых патологий [1; 134]. Эффективные методы лечения STEC-инфекций в настоящее время отсутствуют. Применение антибиотиков при лечении STEC-инфекции не рекомендуется, поскольку их использование повышает риск развития гемолитико-уремического синдрома. Во время острой фазы заболевания назначается поддерживающая терапия, основанная на введении больному жидкостей и электролитов, а также проведение гемодиализа [1; 89].

Гибридные штаммы диареегенных E. coli объединяют свойства разных патогрупп E. coli, что вызывает трудности в их диагностике и лечении, а также представляют повышенную эпидемиологическую опасность [91]. Наиболее ярким примером инфекции, вызванной гибридным диареегенным штаммом E. coli, явилась крупная вспышка острой кишечной инфекции в Германии в 2011 г., обусловленная энтероагрегативно-геморрагическим штаммом E. coli серотипа O104:H4, когда инфекцией было поражено более 4000 человек, из которых 54 умерли [8; 170].

Учитывая важную этиологическую роль патогенных эшерихий, углублённое изучение и всесторонняя микробиологическая и молекулярно-генетическая характеристика этой группы возбудителей, выделяемых на территории Российской Федерации, является весьма актуальным и важным научным направлением, необходимым для разработки новых методических подходов к их диагностике и

лечению, а также для совершенствования эпидемиологического контроля за данными возбудителями.

Степень разработанности темы исследования

Молекулярно-генетическая характеристика диареегенных эшерихий является предметом изучения исследовательских учреждений многих стран мира. За последние десятилетия у E. coli были всесторонне изучены и описаны основные факторы патогенности и их генетические детерминанты, что позволило усовершенствовать систематику и диагностику диареегенных эшерихий. Исследования, посвященные изучению энтеротоксигенных и шига-токсин продуцирующих штаммов E. coli, выделенных от людей и животных, разработке средств их диагностики, проводятся и в Российской Федерации начиная с 90-х годов прошлого столетия [5; 6; 9; 13; 14]. Клинико-эпидемиологические особенности, вопросы дифференциальной диагностики острых кишечных инфекций, вызванных различными патотипами эшерихий, и новые подходы к этиотропной терапии этой группы заболеваний были отражены в работах ряда отечественных исследователей [3; 4; 12]. Однако в перечисленных работах изучению молекулярно-генетических свойств диареегенных эшерихий уделялось сравнительно мало внимания. Например, до наших исследований в международных базах данных мультилокусного сиквенс-типирования (MLST) не были представлены энтеротоксигенные и шига-токсин продуцирующие штаммы E. coli, выделенные на территории Российской Федерации.

Изучение гетеропатогенных (гибридных) штаммов диареегенных эшерихий находится на начальном этапе, сообщения о них в научной литературе стали появляться только в последние годы. Гибридные энтеротоксигенные/шига-токсин продуцирующие штаммы E. coli различных серотипов были выявлены в ходе ретроспективного анализа коллекции патогенных E. coli, выделенных в Финляндии в период с 1990 по 2013 гг. [126]. Описаны также гетеропатогенные штаммы, филогенетически расположенные между шига-токсин продуцирующими и уропатогенными E. coli (UPEC). Показано, что они обладают фенотипом и факторами вирулентности, характерными для обеих патогрупп, и способны вызвать как диарею, так и инфекцию мочевыводящих путей [28; 178].

В связи с вышеизложенным, углублённое изучение диареегенных эшерихий, циркулирующих на территории Российской Федерациии, будет способствовать

расширению знаний о биологии и эпидемиологии данных, а также совершенствованию и разработке новых методических подходов к их индикации.

Цель исследования: изучение микробиологических и молекулярно-генетических свойств энтеротоксигенных и шига-токсин продуцирующих штаммов Escherichia coli, возбудителей диареи и геморрагического колита, выделенных в Российской Федерации в 2011-2016 гг.

Задачи исследования:

1. Создание коллекции штаммов энтеротоксигенных и шига-токсин продуцирующих штаммов Escherichia coli, выделенных в Российской Федерации в 2011-2016 гг., и их фенотипическая характеристика.

2. Изучение генетических свойств энтеротоксигенных и шига-токсин продуцирующих штаммов Escherichia coli: определение детерминант вирулентности и антибиотикорезистентности.

3. Конструирование систем праймеров и зондов для детекции и изучения генов, кодирующих синтез токсинов и факторов адгезии энтеротоксигенных штаммов Escherichia coli, а также для детекции гена, ответственного за синтез липополисахаридного антигена E. coli серогруппы 0101.

4. Мультилокусное сиквенс-типирование выделенных энтеротоксигенных и шига-токсин продуцирующих штаммов Escherichia coli, а также изучение их филогенетических связей.

5. Полногеномное секвенирование и биоинформационный анализ шига-токсин продуцирующих штаммов Escherichia coli серотипов O157:H7 и O101:H33, вызвавших вспышку геморрагического колита в г. Санкт-Петербург в 2013 г.

6. Отработка методики определения основных О-серологических групп и генов вирулентности диареегенных Escherichia coli методом полимеразной цепной реакции с гибридизационно-флюоресцентной детекцией для ускоренной индикации и выделения шига-токсин продуцирующих штаммов Escherichia coli из клинического материала и продуктов питания.

Научная новизна исследования

Получены новые данные о биологических и генетических особенностях штаммов диареегенных эшерихий, продуцирующих шига- и энтеротоксины, выделенных на территории Российской Федерации от больных с острыми кишечными инфекциями и из

продуктов питания, касающиеся их биохимических свойств, лекарственной чувствительности и генетических маркеров патогенности.

Установлена этиологическая роль Е. coli серогрупп O26 и О142 в возникновении ряда эпизодов энтеротоксигенной инфекции, что является вкладом в изучение этиологической структуры данного заболевания.

Впервые от больного энтеротоксигенной инфекцией был выделен штамм Е. coli серогруппы O26, несущий ген термолабильного энтеротоксина, что расширяет знания об этиологической структуре диарей, вызванных энтеротоксигенными Е. coli.

Определены сиквенс-типы энтеротоксигенных штаммов Е. coli, среди которых 11 новых сиквенс-типов, не описанных ранее в мире (ST1043, ST1312, ST3697, ST3707, ST3708, ST3709, ST3710, ST3755, ST3756, ST3757 и ST4509), и известный сиквенс-тип ST4. У штамма Е. coli серотипа 0101:H33, продуцирующего шига-токсин, определён новый, ранее не описанный сиквенс-тип ST145.

Показано, что на территории Российской Федерации циркулируют антибиотикорезистентные энтеротоксигенные штаммы E. coli, несущие гены эпидемически значимых бета-лактамаз blaTEM и blaCTX-M-15, а также интегроны класса 1 с генетическими кассетами, определяющими устойчивость к аминогликозидам и сульфаниламидам -[dfrA17-aadA5] и [dfrA12-aadA2]. Выявлены мультирезистентные штаммы энтеротоксигенных E. coli, устойчивые к пяти функциональным классам антибактериальных препаратов и имеющие одновременно гены бета-лактамаз и интегроны класса 1.

Диагностирована вспышка геморрагического колита и гемолитико-уремического синдрома у детей, связанная с употреблением сырого молока, инфицированного одновременно энтерогеморрагическими штаммами Е. coli двух серотипов: О157:Н7 и 0101:H33.

Выявлен новый этиологический агент геморрагического колита у детей - гибридный штамм Е. coli серотипа 0101:H33, проявляющий свойства и несущий гены, характерные для энтерогеморрагических и энтеротоксигенных штаммов Е. coli одновременно: stx2a, eae-йота, ehxA и estl.

Теоретическая и практическая значимость исследования

Полученные результаты свидетельствуют о продолжающейся в настоящее время эволюции патогенных штаммов E. coli, о чём свидетельствуют факты выявления у больных

геморрагическим колитом и энтеротоксигенной диареей нового гибридного штамма E. coli 0101:H33 и энтеротоксигенного штамма серогруппы О26, содержащего ген термолабильного энтеротоксина elt. Обнаружение новых вариантов этиологических агентов расширяет знания в области эпидемиологии энтеротоксигенной инфекции и инфекции, вызванной штаммами E. coli, продуцирующими шига-токсины.

В Государственную коллекцию патогенных микроорганизмов «ГКПМ-Оболенск» депонированы 27 штаммов Е. coli, в том числе 21 - энтеротоксигенных, 4 - шига-токсин продуцирующих, 2 - энтеропатогенных, используемые в качестве контрольных штаммов при проведении молекулярно-генетических исследований.

В международной базе данных GenBank депонированы нуклеотидные последовательности генов вирулентности энтеротоксигенных E. coli (n=8), генов «домашнего хозяйства» E. coli, продуцирующих шига-токсин (n=16), детерминант антибиотикорезистентности E. coli (n=23), последовательность гена wzm0m - АВС транпортёра пермеазы О-антигена штамма E. coli 0101:H33.

В международной базе данных MLST (University of Warwick, UK. http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/dbs/Ecoli/GetTableInfo_html) аннотированы 11

энтеротоксигенных штаммов E. coli, имеющих новые сиквенс-типы: ST1043, ST1312, ST3697, ST3707, ST3708, ST3709, ST3710, ST3755, ST3756, ST3757 и ST4509, новые штаммы с сиквенс-типом ST4, а также шига-токсин продуцирующие штаммы E. coli, имеющие сиквенс-типы ST330 и ST11.

В международной базе данных MLST Референс-центра по изучению E. coli, продуцирующих шига-токсины (Michigan State University, USA. http://shigatox.net/ecmlst/cgi-bm/version#L2), аннотированы два новых сиквенс-типа штаммов E. coli, продуцирующих шига-токсин: ST145 и ST146.

Разработана тест-система, позволяющая идентифицировать ген синтеза специфического О-полисахарида штамма Е. coli серогруппы O101 методом ПЦР с электрофоретической и гибридизационно-флуоресцентной детекцией. Данная ПЦР тест-система, обладая высокой специфичностью и чувствительностью, может заменить используемую в настоящее время серологическую идентификацию эшерихий серогруппы О101.

Разработаны и утверждены Методические рекомендации «Индикация и выделение шига-токсин продуцирующих Escherichia coli из клинического материала и продуктов

питания с помощью полимеразной цепной реакции и иммуномагнитной сепарации» (утверждены Учёным советом ФБУН ГНЦ ПМБ, Оболенск, протокол № 8 от 29.10.2015 г.).

Создана и охарактеризована рабочая коллекция штаммов патогенных Е. coli (n=405), в том числе: шига-токсин продуцирующие и энтерогеморрагические (n=68), энтеротоксигенные (n=23), энтеропатогенные (n=17) и энтероаггрегативные (n=5), а также штаммы гибридной патогруппы: шига-токсин продуцирующие/энтеротоксигенные (n=3), которая может быть использована в научных и практических целях в качестве источника контрольных и референс-культур при оценке новых антимикробных препаратов, бактериофагов, бактериоцинов и других антимикробных субстанций; для валидации новых методов детекции патогенных эшерихий, а также сравнительной характеристики вновь выделяемых патогенных эшерихий, в том числе - атипичных.

Методология и методы исследования

При выполнении данной работы использованы методологические подходы, позволяющие получить данные по микробиологическим и молекулярно-генетическим свойствам штаммов патогенных эшерихий и определить их эпидемиологическую значимость. Начальным этапом исследований являлся клинико-эпидемиологический анализ вспышек острых кишечных инфекций, затем следовало выделение возбудителей, которое проводили в соответствии с регламентирующими нормативно-методическими документами. Фенотипическую и молекулярно-генетическую характеристику штаммов осуществляли по методикам, описанным в отечественной и зарубежной литературе с использованием специализированного оборудования, реактивов, соответствующего программного обеспечения и последующим биоинформационным анализом полученных данных. В работе проанализированы вспышечные и спорадические случаи заболеваний острыми кишечными инфекциями с применением эпидемиологических, микробиологических, молекулярно-генетических и биоинформационных методов анализа.

Микробиологические методы исследования

Штаммы микроорганизмов

Таблица 1 - Содержание рабочей коллекции штаммов Escherichia coli

Происходение штаммов Количество, шт.

Выделенные во время вспышки пищевой инфекции в г. Череповец Вологодской обл. в августе 2011 г. 121

Изолированные из тушек цыплят одной из птицефабрик Рязанской области в феврале 2011 г. 100

Полученные из ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Приморском крае» в сентябре 2012 г. 16

Выделенные из клинического материала и образцов пищевых продуктов во время вспышки острой кишечной инфекции в г. Санкт-Петербург в 2013 г. 6

Полученные из Государственной коллекции патогенных микроорганизмов «ГКПМ-Оболенск», ранее выделенные от людей и животных в 2007-2008 гг. в Тульской, Воронежской и Орловской областях 10

Полученные из ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Омской области» в 2014 г. 1

Полученные из Национального медицинского исследовательского центра нейрохирургии имени академика Н. Н. Бурденко, г. Москва, 2014 г. 1

Выделенные в период проведения XXII Олимпийских и XI Паралимпийских Зимних Игр 2014 г. 4

Полученные из Государственного учреждения здравоохранения «Ярославская областная Инфекционная клиническая больница №1» в 2015-2016 гг. 97

Полученные из коллекции референс-лаборатории Европейского Союза по изучению веротоксин-продуцирующих E. coli (European Union Reference Laboratory VTEC) Государственного института санитарии (Istituto Superiore di Sanita), г. Рим, Италия 10

Выделенные и идентифицированные нами из образцов пищевых продуктов и воды во время тренинговых исследований, проводимых референс-лабораторией Европейского Союза по изучению веротоксин-продуцирующих E. coli (European Union Reference Laboratory VTEC) в 2012-2016 гг. 36

Полученные из Государственного Института Сывороток (Statens Serum Institute), Дания 3

Всего 405

В ходе изучения рабочей коллекции были идентифицированы штаммы E. coli, принадлежащие к 4 патогруппам: STEC (n = 68), ETEC (n = 23), ЕРЕС (n = 17) и EAgEC (n = 5), а также выявлены штаммы гибридной патогруппы STEC/ETEC (n = 3).

В Государственную коллекцию патогенных микроорганизмов и клеточных

культур «ГКПМ-Оболенск» депонированы штаммы ЕТЕС: ЕТЕС_16-8У (B-7205); ЕТЕС_22-2У (B-7203); ЕТЕС_24-10У (B-7204); ЕТЕС_26-15У (B-7196); ЕТЕС_27-1У (B-7207); ЕТЕС_73-7У (B-7199); ЕТЕС_73-10У (B-7206); ЕТЕС_85-4-7У (B-7202); 85-17У (B-7197); ЕТЕС_112-2У (B-7201); ЕТЕС_118-5У (B-7198); ЕТЕС_121-3У (B-7200); NK-67 (B-7914); NK-75 (B-7915); NK-76 (B-7927); ЕТЕ^^2 (В-7684); ЕТЕС_Е^4 (В-7685); ЕТЕ^^5 (В-7686); ЕТЕ^^б (В-7687); ЕТЕ^^7 (В-7688) и ЕТЕ^^9 (В-7689).

В Государственную коллекцию патогенных микроорганизмов и клеточных культур «ГКПМ-Оболенск» депонированы штаммы STEC: E. coli O157:H7 61-58 (В-7613); E. coli 0101:H33 13199-2 (В-7616); E. coli 0101:H33 85-50 (В-7614); E. coli 0101:H33 13573 (В-7615), выделенные во время вспышки острой кишечной инфекции в г. Санкт-Петербург в июне-июле 2013 г.

Выделение ЕТЕС и STEC из клинического материала и продуктов питания

Выделение патогенных эшерихий из образцов фекалий и пищевых продуктов осуществляли, используя среды обогащения для энтеробактерий: «Питательная среда № 11 ГРМ», «RVS-бульон», «Питательная среда № 3 ГРМ», «SDS-бульон» (ФБУН ГНЦ ПМБ, Оболенск, Россия), с последующим высевом бульонной культуры на плотные селективные питательные среды «Питательная среда № 1 ГРМ», «Сорбитол E. coli O157:H7 агар», «XLD-агар», «Агар Эндо-ГРМ», «Лактозный ТТХ агар с тергитолом 7» (ФБУН ГНЦ ПМБ, Оболенск, Россия). Культивирование выделенных штаммов E. coli проводили на плотных питательных средах Luria Bertani broth (Difco, США) и «среда №1 ГРМ» (ФБУН ГНЦ ПМБ, Оболенск, Россия). Выделение и культивирование шига-токсин продуцирующих эшерихий выполняли согласно Методическим указаниям МУК 4.2.2963-11 «Методические указания по лабораторной диагностике заболеваний, вызываемых E. coli, продуцирующими шига-токсины (STEC-культуры) и обнаружению возбудителей STEC-инфекций в пищевых продуктах» и МУК 4.2.992-00 «Методы выделения и идентификации энтерогеморрагической кишечной палочки E. coli O157:H7». Бактериальные изоляты хранили в 10 %-ном глицерине при температуре минус 70 °С.

Видовая идентификация

Видовую идентификацию микроорганизмов проводили с помощью биохимических тест-систем API-20, автоматического бактериологического анализатора

VITEK-2 Compact (Biomerieux, Франция), а также на масс-спектрометре MALDI-TOF Biotyper (Bruker, Германия). Хранили бактериальные культуры в 10 %-ном глицерине при температуре минус 70 °С, а также в лиофильно высушенном виде.

Чувствительность к бактериофагу V32, специфичному к E. coli серогруппы O157, определяли методом спот-теста [11].

Серологическое типирование

Определение О-серогрупповой принадлежности штаммов E. coli осуществляли с помощью реакции агглютинации на стекле, используя наборы «Сыворотки диагностические, эшерихиозные ОК-поливалентные сухие для реакции агглютинации (РА)» и «Сыворотки диагностические, эшерихиозные О-групповые и факторные сухие для РА» (ОАО «Биомед» им. И.И. Мечникова, Россия), «Сыворотки диагностические, эшерихиозные ОК сухие для РА-ФСП 42-0010-4610-03», «Сыворотки диагностические, эшерихиозные ОК поливалентные сухие для РА-ФСП 42-0010-4611-03» (ОАО «Биомед» им. И.И. Мечникова, Россия), «Агглютинирующая моновалентная сыворотка О101» (ФКП «Армавирская биофабрика», Россия), «Диагностическая агглютинирующая сыворотка О101» (Statens Serum Institute, Дания), а также диагностические наборы реагентов для быстрой идентификации возбудителей геморрагического колита E coli O157:H7 и E coli 0104:H4 в реакции латекс-агглютинации: жидкие «Латексная тест-система E. coli O157:H7» и «Латексная тест-система E. coli 0104:H4» (ФБУН ГНЦ ПМБ, Россия) в соответствии с инструкциями производителей. Определение Н-серогрупповой принадлежности проводили в реакции иммобилизации с сывороткой Н7 (ОАО «Биомед» им. И.И. Мечникова, Россия).

Определение чувствительности к антимикробным препаратам

Определение чувствительности к антибактериальным препаратам (АБП) выполняли на агаре и бульоне Muller-Hinton (Himedia, Индия) диско-диффузионным методом и методом микроразведений в бульоне, а также с помощью бактериологического анализатора VITEK-2 Compact. Для проведения диско-диффузионного метода использовали диски с АМП производства фирм Himedia, Индия и Oxoid, Великобритания. Интерпретировали результаты согласно критериям EUCAST 2012-2013 гг. (http://www.eucast.org/clinical_breakpoints/). В качестве контрольных использовали штаммы E. coli ATCC 25922 и E. coli ATCC 35218, полученные из

коллекции «ГКПМ-Оболенск». Фенотипическое определение наличия бета-лактамаз расширенного спектра действия (БЛРС) осуществляли с помощью метода двойных дисков в соответствии с МУК 4.2.1890-04 «Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам» (2004 г.) и Клиническим рекомендациям Межрегиональной ассоциации по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии «Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. Версия-2015-02» (2015 г.).

Работа с животными

Для наработки специфических иммуноглобулинов иммунизировали самцов кроликов породы «Шиншила» весом 3 кг. Первую иммунизацию кроликов проводили подкожно препаратом инактивированного холерного токсина в концентрации 0,8 мг/мл (Oxoid, Великобритания) в объеме 1 мл. Вторую, третью и четвертую иммунизации проводили внутривенно (в краевую вену уха кролика) объемом 1 мл с интервалом две недели. Через семь дней после последней иммунизации проводили забор крови с целью выделения специфических иммуноглобулинов.

Иммунологические методы исследования

Получение кроличьих иммуноглобулинов IgG

Специфические иммуноглобулины получали традиционным способом -осаждением 40 % раствором сульфата аммония с последующей очисткой иммуноглобулинов класса G ионообменной хроматографией. Титр полученных иммуноглобулинов в иммуноферментном методе составлял 1:2048. Специфичность анти-СТ IgG подтверждали данными вестерн-блот-анализа с инактивированным холерным токсином.

Приготовление лабораторного образца латексной тест-системы для детекции

термолабильного энтеротоксина

К 1 % суспензии латексных частиц диаметром 0,8 мкм с карбоксильными группами (Bang Lab) добавляли анти-СТ IgG в разведении 1:300, смесь инкубировали 2 ч при температуре 37 °С. После трехкратной отмывки центрифугированием (5000 g, 10 мин) осадок латексных частиц ресуспендировали в блокирующем буфере (10 мМ глициновый буфер, pH 7,4, содержащий 3 % бычьего сывороточного альбумина) и

выдерживали 18 ч при температуре 4 °С. Готовую латексную тест-систему проверяли в реакции агглютинации с надосадочной культуральной жидкостью LT-позитивных штаммов E. coli.

Латекс-агглютинация

Суспензию культуры ЕТЕС, выращенную на ГРМ-агаре в течение 18 ч, в концентрации 109 КОЕ/мл вносили в пробирки с питательной средой Mundell [121] в соотношении 1:10 и культивировали при аэрации со скоростью вращения 120 об/мин при температуре 37 °С в течение 24 ч, затем в бульонную культуру вносили полимиксин В из расчёта 25 мкл (10000 ед/мл) на 1 мл бульонной культуры дополнительно культивировали без аэрации в течение 4 ч при температуре 37 °С. Бульонную культуру центрифугировали при 900 g в течение 20 мин, отбирали супернатант и фильтровали его через фильтрующую колонку «Ultrafree-MC Microcentrifuge Filters» с диаметром пор 0,22 мкм (Sigma-Aldrich, США). В полученном фильтрате определяли присутствие термолабильного энтеротоксина в реакции латекс-агглютинации с экспериментальной серией латексной тест-системой (ФБУН ГНЦ ПМБ, Оболенск, Россия).

Реакцию латекс-агглютинации проводили, смешивая 20 мкл очищенного супернатанта исследуемой бактериальной культуры с 20 мкл латексной тест-системы для детекции LT. В качестве положительного контроля агглютинации использовали очищенный холерный токсин (Oxoid, Великобритания) в концентрации 2 г/л, в качестве отрицательного контроля - очищенный супернатант бульонной культуры штамма E. coli HВ101, не продуцирующего энтеротоксинов.

Иммунохроматографическая детекция шига-токсинов

Определение шига-токсинов и специфического О-антигена E. coli серотипа О157:Н7 в клиническом материале и в бактериальных культурах проводили с помощью иммунохроматографических (ИХ) тестов RIDA QUICK Verotoxin/O157 Combi (R-biopharm, Германия), Singlepath® E. coli O157 (Merck, Германия), Duopath® Verotoxins (Merck, Германия) в соответствии с рекомендациями производителя и Методическими указаниями МУК 4.2.2963-11 «Методические указания по лабораторной диагностике заболеваний, вызываемых E. coli, продуцирующих шига-токсины (STEC-культуры) и обнаружению возбудителей STEC-инфекций в пищевых продуктах» (2011 г.).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Карцев, Николай Николаевич, 2017 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Байко, С.В. Гемолитико-уремический синдром: эпидемиология, классификация, клиника, диагностика, лечение / С.В. Байко // Нефрология и диализ. - 2007. - Т. 9.

- № 4. - С. 370-374.

2. Белая, Ю.А. Термолабильный энтеротоксин Escherichia coli в биосубстратах больных кишечными инфекциями / Ю.А. Белая, Л.А. Шеклакова, Ю.Ф. Белый, В.Г. Петрухин, Т.В. Ружанская // Современные наукоемкие технологии. - 2005. - № 10.

- С. 35-35.

3. Горелов, А. В. Клинико-эпидемиологическая характеристика энтероаггрегативного эшерихиоза у детей / А.В. Горелов, А.В. Бондарева, А.Т. Подколзин // Инфекционные болезни. - 2013. - Т. 11. - № 3. - С. 22-26.

4. Горелов, А.В. Стартовая терапия эшерихиозов у детей / А.В. Горелов, А.В. Бондарева // Лечение и профилактика. - 2016. - № 4(20). - С. 69-73.

5. Гончар, Н.В. Антибиотико- и фагорезистентность клинических штаммов кишечной палочки у госпитализированных детей Санкт-Петербурга, больных эшерихиозами / Н.В. Гончар, И.В. Партина, О.И. Ныркова, А.С. Драп // Антибиотики и химиотерапия. - 2014. - Т.59. - № 9/10. - С. 38-43.

6. Егорова, С.А. Этиологическая значимость условно-патогенных энтеробактерий при острых кишечных заболеваниях и дисбиотических состояниях кишечника / С.А. Егорова, М.А. Макарова, Л.А. Кафтырева // Инфекция и иммунитет. - 2011. - Т.1.

- № 2. - С. 181-184.

7. Карпухина, О.А. Гемолитико-уремический синдром как осложнение инфекционных заболеваний у детей: принципы диагностики и лечения / О.А. Карпухина, Л.В. Крамарь, А.А. Арова, А.Б. Невинский // Лекарственный вестник. - 2015. - Т. 9. - № 1(57). - С. 10-15.

8. Кафтырева, Л.А. Вспышки острой кишечной инфекции, вызванные Escherichia coli 0104:Н4, зарегистрированные в странах Европы, и биологические особенности возбудителя / Л.А. Кафтырева, С.А. Егорова, М.А. Макарова, А.В. Забровская, Л.В. Сужаева, Ю. А. Артамонова // Вестник Санкт-петербургского университета. -2011. - Сер.11. - Вып. 4. - С. 119-126.

9. Кафтырева, Л.А. Характеристика энтерогеморрагической Escherichia coli 0145:Н28, выделенной от пациента с гемолитико-уремическим синдромом / Л.А. Кафтырева, М.А. Макарова, Т.А. Коновалова, З.Н. Матвеева // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2013. - № 5. - С. 100-104.

10. МУК 4.2.992-00 Методы выделения и идентификации энтерогеморрагической кишечной палочки E. coli O157:H7: Методические указания. - М.: Федеральный центр госсанэпиднадзора Минздрава России, 2001. - 21 с. — Режим доступа: http:// http://mibio.ru/docs/110/muk_4.2.992-00_kishechnoy_palochki_e.coli_o157h7.pdf.

11. Пат. 2425877 РФ. Штамм бактериофага Escherichia coli V32 для идентификации бактерий Escherichia coli серогруппы 0157. / В.В. Верёвкин, Н.В. Воложанцев, Ю.Г. Степаншин, Э.А. Светоч, В.П. Мякинина // Бюл. - 2011. - №22.

12. Плоскирева, А.А. Ступенчатая диетотерапия вторичной лактазной недостаточности при острых кишечных инфекциях у детей / А.А. Плоскирева, А.В. Горелов // РМЖ. - 2012. - № 24. - С. 1189.

13. Светоч, Э.А. Чувствительность Escherichia coli 0157:H7, возбудителя геморрагического колита, к антибактериальным препаратам / Э.А. Светоч, Ю.Г. Степаншин, И.Н. Манзенюк, А.В. Степанов, М.В. Храмов, С.Ю. Рудницкий, В.Н. Борзенков, Б.В. Ерусланов, Т.С. Шобухова, А.Г. Лобковский, С.В. Безобразова, Т.А. Попова // Антибиотики и химиотерапия. - 1998. - Т. 43. - № 11. - С. 16-20.

14. Степаншин, Ю.Г. Бактерионосительство энтерогеморрагических эшерихий серовара 0157:H7 у животных / Ю.Г. Степаншин, Э.А. Светоч, Б.В. Ерусланов // Ветеринария. - 2005. - № 7. - С. 17-22.

15. Ahmed, A. Safety and immunogenicity of Escherichia coli O157 O-specific polysaccharide conjugate vaccine in 2-5-year-old children / A. Ahmed, J. Li, Y. Shiloach, J.B. Bobbins, S.C. Szu // J. Inf. Dis. - 2006. - Vol. 193, N 4. - P. 515-521.

16. Ahmed, S.A. Genomic comparison of Escherichia coli 0104:H4 isolates from 2009 and 2011 reveals plasmid, and prophage heterogeneity, including shiga toxin encoding phage stx2 / S.A. Ahmed, J. Awosika, C. Baldwin, K.A. Bishop-Lilly, B. Biswas, S. Broomall, P.S. Chain, O. Chertkov, O. Chokoshvili, S. Coyne, K. Davenport, J.C. Detter, W. Dorman, T.H. Erkkila, J.P. Folster, K.G. Frey, M. George, C. Gleasner, M. Henry, K.K. Hill, K. Hubbard, J. Insalaco, S. Johnson, A. Kitzmiller, M. Krepps, C.C. Lo, T. Luu, L.A. McNew, T. Minogue, C.A. Munk, B. Osborne, M. Patel, K.G. Reitenga, C.N.

Rosenzweig, A. Shea, X. Shen, N. Strockbine, C. Tarr, H. Teshima, E.V. Gieson, K. Verratti, M. Wolcott, G. Xie, S. Sozhamannan, H.S. Gibbons // Plos One. - 2012. - Vol. 7, N 11. - P. e48228.

17. Ahren, C.M. Comparison of methods for detection of colonization factor antigens on enterotoxigenic Escherichia coli / C.M. Ahren, L. Gothefors, B.J. Stoll, M.A. Salek, A.M. Svennerholm // J. Clin. Microbiol. - 1986. - Vol. 23, N 3. - P. 586-591.

18. Ahren, C.M. Synergistic protective effect of antibodies against Escherichia coli enterotoxin and colonization factor antigens / C.M. Ahren, A.M. Svennerholm // Infect. Immun. - 1982. - Vol. 38. - P. 74-79.

19. Amani, J. Immunogenic properties of chimeric protein from espA, eae and tir genes of Escherichia coli O157:H7 / J. Amani, A.H. Salmanian, S. Rafati, S.L. Mousavi // J. Vaccine. - 2010. - Vol. 28, N. 42. - P. 6923-6929.

20. Angiuoli, S.V. Toward an online repository of Standard Operating Procedures (SOPs) for (meta)genomic annotation / S.V. Angiuoli, A. Gussman, W. Klimke, G. Cochrane, D. Field, G. Garrity, C.D. Kodira, N. Kyrpides, R. Madupu, V. Markowitz, T. Tatusova, N. Thomson, O. White // OMICS. - 2008. - Vol. 12, N. 2. - P. 137-141.

21. Ansaruzzaman, M. Characterization of enterotoxigenic Escherichia coli from diarrhoeal patients in Bangladesh using phenotyping and genetic profiling / M. Ansaruzzaman, N.A. Bhuiyan, Y.A. Begum, I. Kühn, G.B. Nair, D.A. Sack, A.M. Svennerholm, F. Qadri // J. Med. Microbiol. - 2007. - Vol. 56, N. 2. - P. 217-222.

22. Badouei, M.A. Molecular characterization of enterohemorrhagic Escherichia coli hemolysin gene (EHEC-hlyA)-harboring isolates from cattle reveals a diverse origin and hybrid diarrheagenic strains / M.A. Badouei, S. Morabito, A. Najafifar, E. Mazandarani // Infect. Genet. Evol. - 2016. - Vol. 39. - P. 342-348.

23. Ballmer, K. Fast DNA serotyping of Escherichia coli by use of an oligonucleotide microarray / K. Ballmer, B.M. Korczak, P. Kuhnert, P. Slickers, R. Ehricht, H. Hächler // J. Clin Microbiol. - 2007. - Vol. 45, N. 2. - p. 370-379.

24. Belanger, L. Escherichia coli from animal reservoirs as potential source of human extraintestinal pathogenic E. coli / L. Belanger, A. Garenaux, J. Harel, M. Boulianne, E. Nadeau, C.M. Dozois // FEMS Immunol. Med. Microbiol. - 2011. - Vol. 62, N. 1. - P. 1-10.

25. Bettelheim, K.A. Studies of Escherichia coli cultured on Rainbow Agar O157 with particular reference to enterohaemorrhagic Escherichia coli (EHEC) / K.A. Bettelheim //

Microbiol. Immunol. - 1998. - Vol. 42, N. 4. - P. 265-269.

26. Beutin, L. Close association of verotoxin (Shiga-like toxin) production with enterohemolysin production in strains of Escherichia coli / L. Beutin, M.A. Montenegro, I. Orskov, F. Orskov, J. Prada, S. Zimmermann, R. Stephan // J. Clin. Microbiol. - 1989. - Vol. 27, N. 11. - P. 2559-2564.

27. Beutin, L. Spread of a distinct Stx2-encoding phage prototype among Escherichia coli O104:H4 strains from outbreaks in Germany, Norway, and Georgia / L. Beutin, J.A. Hammerl, E. Strauch, J. Reetz, R. Dieckmann, Y. Kelner-Burgos, A. Martin, A. Miko, N.A. Strockbine, B.A. Lindstedt, D. Horn, H. Monse, B. Huettel, I. Müller, K. Stüber, R. Reinhardt // J. Virology. - 2012. - Vol. 86, N. 19. - P. 10444-10455.

28. Bielaszewska, M. Heteropathogenic virulence and phylogeny reveal phased pathogenic metamorphosis in Escherichia coli O2:H6 / M. Bielaszewska, R. Schiller, L. Lammers, A. Bauwens, A. Fruth, B. Middendorf, M.A. Schmidt, P.I. Tarr, U. Dobrindt, H. Karch, A. Mellmann // EMBO Molecul. Medicine. - 2014. - Vol. 6, N. 3. - P. 347-357.

29. Bielaszewska, M. Shiga toxin activatable by intestinal mucus in Escherichia coli isolated from humans: predictor for a severe clinical outcome / M. Bielaszewska, A.W. Friedrich, T. Aldick, R. Schurk-Bulgrin, H. Karch // Clin. Infect. Dis. - 2006. - Vol. 43, N. 9. - P. 1160-1167.

30. Bielaszewska, M. Shiga toxin-mediated hemolytic uremic syndrome: time to change the diagnostic paradigm? / M. Bielaszewska, R. Köck, A.W. Friedrich, C. Eiff, L.B. Zimmerhackl, H. Karch, A. Mellmann // Plos One. - 2007. - Vol. 2, N. 2. -P. e1024.

31. Bonacorsi, S. Molecular epidemiology of Escherichia coli causing neonatal meningitis / S. Bonacorsi, E. Bingen // Int. J. of Med. Microbiol. - 2005. - Vol. 295, N. 6-7.- P. 373381.

32. Borczyk, A.A. Bovine reservoir for verotoxin-producing Escherichia coli O157:H7 / A.A. Borczyk, M.A. Karmali, H. Lior, L.M. Duncan // The Lancet. - 1987. - Vol. 329, N. 8524. - P. 98.

33. Brooks, J.T. Non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli infections in the United States, 1983-2002 / J.T. Brooks, E.G. Sowers, J.G. Wells, K.D. Greene, P.M. Griffin,

R.M. Hoekstra, N.A. Strockbine // J. Infect. Dis. - 2005. - Vol. 192, N. 8. - P. 14221429.

34. Brunder, W. EspP, a novel extracellular serine protease of enterohaemorrhagic Escherichia coli O157:H7 cleaves human coagulation factor V / W. Brunder, H. Schmidt, H. Karch // Mol. Microbiol. - 1997. - Vol. 24, N. 4. - P. 767-778.

35. Cai, K. Enhanced immunogenicity of a novel Stx2Am-StxlB fusion protein in a mice model of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 infection / K. Cai, X. Gao, T. Li, Q. Wang, X. Hou, W. Tu, L. Xiao, M. Tian, Y. Liu, H. Wang // J. Vaccine. - 2011. -Vol. 29, N. 5. - P. 946-952.

36. Calderwood, S.B. Proposed new nomenclature for SLT (VT) family / S.B. Calderwood, S. Kaplan Bernard, H. Karch, A.D. O'Brien, T.G. Obrig, Y. Takeda, P.L. Tarr, I.K. Wachsmuth, D.W.K. Acheson, G.T. Keusch, T.J. Barrett, P.M. Griffen, N.A. Strockbine, B. Swaminathan, J.B. Kaper, M.M. // Levine ASM News. - 1996. - Vol. 62. - P. 118119.

37. Campellone, K. G. EspFU is a translocated EHEC effector that interacts with Tir and N-WASP and promotes Nck-independent actin assembly / K.G. Campellone, D. Robbins, J.M. Leong // Dev. Cell. - 2004. - Vol. 7, N. 2. - P. 217-228.

38. Canto, F.D. Distribution of classical and non classical virulence genes in enterotoxigenic Escherichia coli isolates from Chilean children and tRNA gene screening for putative insertion sites for genomic islands / F.D. Canto, P. Valenzuela, L. Cantero, J. Bronstein, J.E. Blanco, J. Blanco, V. Prado, M. Levine, J. Nataro, H. Sommerfelt, R. Vidal // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N. 9. - P. 3198-3203.

39. Canton, R. CTX-M Enzymes: Origin and Diffusion / R. Canton, J.M. Gonzalez-Alba, J.C. Galan // Frontiers in Microbiology. - 2012. - Vol. 3. - P. 110-129.

40. Centers for Disease Control and Preventation. 2002-2003 Foodnet population survey. http://www.cdc.gov/foodnet/surveys/pop/2002/2002Atlas.pdf Accessed 15 December 2009.

41. Chokoshvili, O. Investigation of an outbreak of bloody diarrhea complicated with hemolytic uremic syndrome / O. Chokoshvili, K. Lomashvili, N. Malakmadze, M. Geleishvil, J. Brant, P. Imnadze, N. Chitadze, L. Tevzadze, G. Chanturia, T. Tevdoradze, T. Tsertsvadze, D. Talkington, R.K. Mody, N. Strockbine, R.A. Gerber, E. Maes, T. Rush // J. Epidemiol. Glob. Health. - 2014. - Vol. 4, N. 4. - P. 249-259.

42. Clarke, S.C. Diarrhoeagenic Escherichia coli - an emerging problem? / S.C. Clarke // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2001. - Vol. 41, N. 3. - P. 93-98.

43. Cookson, A.L. Relationship between virulence gene profiles of atypical enteropathogenic Escherichia coli and Shiga toxin-producing E. coli isolates from cattle and sheep in New Zealand / A.L. Cookson, M. Cao, J. Bennett, C. Nicol, F. Thomson-Carter, G.T. Attwood // Appl. Environ. Microbiol. - 2010. - Vol. 76, N. 11. - P. 3744-3747.

44. DebRoy, C. Development of PCR assays targeting genes in O-antigen gene clusters for detection and identification of Escherichia coli O45 and O55 serogroups / C. DebRoy, P.M. Fratamico, E. Roberts, M.A. Davis, Y. Liu // Appl. Environ. Microbiol. - 2005. -Vol. 71, N. 8. - P. 4919-4924.

45. Donnenberg, M.S. Role of the eaeA gene in experimental enteropathogenic Escherichia coli infection / M.S Donnenberg, C.O. Tacket, S.P. James, G. Losonsky, J.P. Nataro, S.S. Wasserman, J.B. Kaper, M.M. Levine // J. Clin. Investig. - 1993. - Vol. 92, N. 3. - P. 1412-1417.

46. Donta, S.E. Stimulation of steriodogenesis in tissue culture by enterotoxigenic Escherichia coli and its neutralization by specific antiserum / S.E. Donta, D.M. Smith // Infect. Immun. - 1974. - Vol. 9, N. 3. - P. 500-505.

47. DuPont, H.L. Systematic review: the epidemiology and clinical features of travellers' diarrhoea / H.L. DuPont // Aliment. Pharmacol. Ther. - 2009. - Vol. 30. - P. 187-196.

48. Echeverria, P. Identification by DNA hybridization of enterotoxigenic Escherichia coli in homes of children with diarrhea / P. Echeverria, J. Seriwatana, U. Leksomboon, U. Tirapat, W. Chaicumpa, B. Rowe // The Lancet. - 1984. - Vol. 323, N. 8368. - P. 63-66.

49. EU-RL VTEC_Method_02_Rev_0. Identification and characterization of Verocytotoxin-producing Escherichia coli (VTEC) by Real Time PCR amplification of the main virulence genes and the genes associated with the serogroups mainly associated with severe human infections. Режим доступа: http://www.iss.it/binary/vtec/cont/EU_RL_VTEC_Method_02_Rev_0.pdf.

50. Evans, D.G. Detection and characterization of colonization factor of enterotoxigenic Escherichia coli isolated from adults with diarrhea / D.G. Evans, D.J. Jr. Evans, W.S. Tjoa, H.L. DuPont // Infect. Immun. - 1978. - Vol. 19, N. 2. - P. 727-736.

51. Evans, D.G. Hemagglutination of human group A erythrocytes by enterotoxigenic Escherichia coli isolated from adults with diarrhea: correlation with colonization factor /

D.G. Evans, D.J. Jr. Evans, W.S. Tjoa // Infect. Immun. - 1977. - Vol. 18, N. 2. - P. 330-337.

52. Feil, E.J. Recombination and the population structures of bacterial pathogens / E.J. Feil, B.G. Spratt // Annu. Rev. Microbiol. - 2001. - Vol. 55. - P. 561-590.

53. Fratamico, P.M. Editorial: emerging approaches for typing, detection, characterization, and traceback of Escherichia coli / P.M. Fratamico, C. DebRoy, D.S. Needleman // Frontiers in Microbiology. - 2016. - Vol. 7. - P. 6-8.

54. French, G.L. The continuing crisis in antibiotic resistance / G.L. French // Int. J. Antimicrob. Agents. - 2010. - Vol. 36, N. 3. - P. 53-57.

55. Friedrich, A.W. Escherichia coli harboring Shiga toxin 2 gene variants: frequency and association with clinical symptoms / A.W. Friedrich, M. Bielaszewska, W.L. Zhang, M. Pulz, T. Kuczius, A. Ammon, H. Karch // J. Infect. Dis. - 2002. - Vol. 185, N. 1. - P. 74-84.

56. Froehlich, B. The pCoo plasmid of enterotoxigenic Escherichia coli is a mosaic cointegrate / B. Froehlich, J. Parkhill, M. Sanders, M.A. Quail, J.R. Scott // J. Bacteriol. -2005. - Vol. 187, N. 18. - P. 6509-6516.

57. Furyk, J.S. Systematic review: neonatal meningitis in the developing world / J.S. Furyk, O. Swann, E. Molyneux // Trop. Med. Int. Health. - 2011. - Vol. 16, N. 6. - P. 672-679.

58. Garg, A.X. Long-term renal prognosis of diarrhea-associated hemolytic uremic syndrome: a systematic review, meta-analysis, and meta-regression / A.X. Garg, R.S. Suri, N. Barrowman, F. Rehman, D. Matsell, M.P. Rosas-Arellano, M. Salvadori, R.B. Haynes, W.F. Clark // JAMA. - 2003. - Vol. 290, N. 10. - P. 1360-1370.

59. Garmendia, J. TccP is an enterohaemorrhagic Escherichia coli O157:H7 type III effector protein that couples Tir to the actin-cytoskeleton / J. Garmendia, A.D. Phillips, M.F. Carlier, Y. Chong, S. Schuller, O. Marches, S. Dahan, E. Oswald, R.K. Shaw, S. Knutton, G. Frankel // Cell. Microbiol. - 2004. - Vol. 6, N. 12. - P. 1167-1183.

60. Germinario, C. Community-wide outbreak of haemolytic uraemic syndrome associated with Shiga toxin 2-producing Escherichia coli O26:H11 in southern Italy, summer 2013 / Germinario C, Caprioli A, Giordano M, Chironna M, Gallone MS, Tafuri S, Minelli F, Maugliani A, Michelacci V, Santangelo L, Mongelli O, Montagna C, Scavia G // Eurosurveillance. - 2016. - Vol. 21. - N. 38. - P. 30343.

61. Giron, J. A. The flagella of enteropathogenic Escherichia coli mediate adherence to epithelial cells / J.A. Giron, A.G. Torres, E. Freer, J. B. Kaper // Mol. Microbiol. - 2002. - Vol. 44, N. 2. - P. 361-379.

62. Gonzales, L. Alkaline pH Is a signal for optimal production and secretion of the heat labile toxin, LT in enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) / L. Gonzales, Z.B. Ali, E. Nygren, Z. Wang, S. Karlsson, B. Zhu, M. Quiding-Jarbrink, A. Sjoling // Plos one. -2013. - Vol. 8, N. 9. - P. e74069.

63. Gonzales, L. The different ecological niches of enterotoxigenic Escherichia coli / L. Gonzale, A. Sjöling // Environ. Microbiol. - 2016. - Vol. 18, N. 3. - P. 741-51.

64. Gonzalez, E.A. Serotypes and antibiotic resistance of verotoxigenic (VTEC) and necrotizing (NTEC) Escherichia coli strains isolated from calves with diarrhoea / E.A. Gonzalez, J. Blanco // FEMS Microbiol. Lett. - 1989. - Vol. 51, N. 1. - P. 31-36.

65. Gouali, M. Evaluation of CHROMagar STEC and STEC O104 chromogenic agar media for detection of Shiga toxin-producing Escherichia coli in stool specimens / M. Gouali, C. Ruckly, I. Carle, M. Lejay-Collin, F.X. Weill // J. Clin. Microbiol. - 2013. - Vol. 51,

N. 3. - 894-900.

66. Griffin, M.G. Conventional drug therapy in inflammatory bowel disease / M.G. Griffin, P.B. Jr. Miner // Gastroenterol. Clin. N. Am. - 1995. - Vol. 24, N. 3. - P. 509-521.

67. Grys, T.E. Rapid and sensitive detection of Shiga toxin-producing Escherichia coli from nonenriched stool specimens by real-time PCR in comparison to enzyme immunoassay and culture // T.E. Grys, L.M. Sloan, J.E. Rosenblatt, R. Patel // J. Clin. Microbiol. -

2009. - Vol. 47, N. 7. - P. 2008-2012.

68. Grys, T.E. The StcE protease contributes to intimate adherence of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 to host cells / T.E. Grys, M.B. Siegel, W.W. Lathem, R.A. Welch // Infect. Immun. - 2005. - Vol. 73, N. 3. - P. 1295-1303.

69. Guerrant, R.L. Cyclic adenosine monophosphate and alteration of Chinese hamster ovary cells morphology: a rapid, sensitive in vitro assay for the enterotoxins of Vibrio cholerae and Escherichia coli / R.L. Guerrant, L.L. Brunton, T.C. Schnaitman, L.I. Rebhun, A.G. Gilman // Infect. Immun. - 1974. - Vol. 10, N. 2. - P. 320-327.

70. Hays, M.P. Immunization with the MipA, Skp, or ETEC_2479 Antigens Confers Protection against Enterotoxigenic E. coli Strains Expressing Different Colonization

Factors in a Mouse Pulmonary Challenge Model / M.P. Hays, A. Kumar, F.J. Martinez-Becerra, P.R. Hardwidge // Front. Cell. Infect. Microbiol. - 2016. - Vol. 6. - P. 181.

71. Hill, W.E. Food borne enterotoxigenic Escherichia coli: detection and enumeration by DNA colony hybridization / W.E. Hill, J.M. Madden, B.A. McCardell, D.B. Shah, J.A. Jagow, W.L. Payne, B.K. Boutin // Appl. Environ. Microbiol. - 1983. - Vol. 45, N. 4. -P. 1324-1330.

72. Hinenoya, A. Molecular characterization of cytolethal distending toxin genepositive Escherichia coli from healthy cattle and swine in Nara, Japan / A. Hinenoya, K. Shima, M. Asakura, K. Nishimura, T. Tsukamoto, T. Ooka, T. Hayashi, T. Ramamurthy, S. M. Faruque, S. Yamasaki // BMC Microbiology. - 2014. - Vol. 14. - P. 1-13.

73. Hirvonen, J.J. Usability and performance of CHROMagar STEC medium in detection of Shiga toxinproducing Escherichia coli strains / J.J. Hirvonen, A. Siitonen, S.S.

Kaukoranta // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50, N. 11. - P. 3586-3590.

74. Hodges, K. Infectious diarrhea - cellular and molecular mechanisms / K. Hodges, G. Ravinder // Gut Microbes. - 2010. - Vol. 1, N. 1. - P. 4-21.

75. Honda, T. A simple assay to detect Escherichia coli producing heat labile enterotoxin: results of a field study of the Biken tests in Bangladesh / T. Honda, Q. Akhtar, R.I. Glass,

A.K. Kibriya // The Lancet. - 1981. - Vol. 318, N. 847. - P. 609-610.

76. Hyytia-Trees, E. Second generation subtyping: a proposed PulseNet protocol for multiple-locus variable-number tandem repeat analysis of Shiga toxin-producing Escherichia coli O157 (STEC O157) / E. Hyytia-Trees, S.C. Smole, P.A. Fields,

B. Swaminathan, E.M. Ribot // Foodborne Pathog. Dis. - 2006. - Vol. 3, N. 1. - P. 118131.

77. Imamura, S. A unique DNA sequence of human enterotoxigenic Escherichia coli enterotoxin encoded by chromosomal DNA / S. Imamura, N. Kido, M. Kato, H. Kawase, A. Miyama, T. Tsuji // FEMS Microbiol. Lett. - 1997. - Vol. 146, N. 2. - P. 241-245.

78. Ito, S. Evidence based treatment for Shiga-toxin-producing E. coli related hemolytic uremic syndrome / S. Ito // Nihon Jinzo Gakkai Shi. - 2014. - Vol. 56, N. 7. - P. 10751081.

79. Jackson, S.A. Rapid genomic-scale analysis of Escherichia coli O104:H4 by using highresolution alternative methods to next-generation sequencing / S.A. Jackson, M.L.

Kotewicz, I.R. Patel, D.W. Lacher, J. Gangiredla, C.A. Elkins // Appl. Environ. Microbiol. - 2012. - Vol. 78, N. 5. - P. 1601-1605.

80. Jafari, A. Escherichia coli: a brief review of diarrheagenic pathotypes and their role in diarrheal diseases in Iran / A. Jafari, M.M. Aslani, S. Bouzari // Iran. J. Microbiol. -2012. - Vol. 4, N. 3. - P. 102-117.

81. Jiang Z-D, Butzler J-P. The bacterial pathogens. In: Travelers' diarrhea. 2nd ed. BC Decker Inc.; 2008. pp. 6-17.

82. Jobling, M.G. Heat-Labile Enterotoxins / M.G. Jobling, R.K. Holmes // EcoSal Plus. -2006. - Vol. 2, N. 1. - Режим доступа: doi: 10.1128/ecosalplus.8.7.5.

83. Jobling, M.G. Type II heat-labile enterotoxins from 50 diverse Escherichia coli isolates belong almost exclusively to the LT-IIc family and may be prophage encoded / M.G. Jobling, R.K. Holmes // Plos One. - 2012. - Vol. 7, N. 1. - P. e29898.

84. Joensen, K.G. Real-time whole-genome sequencing for routine typing, surveillance, and outbreak detection of verotoxigenic Escherichia coli / K.G. Joensen, F. Scheutz, O. Lund, H. Hasman, R.S. Kaas, E.M. Nielsen, F.M. Aarestrup // J. Clin. Microbil. - 2014. - Vol. 52, N. 5. - P. 1501-1510.

85. Johnson, R.P. Serum antibody responses of cattle following experimental infection with Escherichia coli O157:H7 / R.P. Johnson, W.C. Cray Jr., S.T. Johnson // Infect. Immun. -1996,- Vol. 64, N. 5. - P. 1879-1883.

86. Johnson, T.J. Pathogenomics of the virulence plasmids of Escherichia coli / T.J. Johnson, L.K. Nolan // Microbiol. Mol. Biol. Rev. - 2009. - Vol. 73, N. 4. - P. 750-774.

87. Jourdan, S.N. Outbreak of haemolytic uraemic syndrome due to Shiga toxin-producing Escherichia coli O104: H4 among French tourists returning from Turkey, September 2011 / S.N. Jourdan, J.N. Silva, M. Watrin, F.X. Weill, L.A. King, M. Gouali, A. Mailles, D. Cauteren, M. Bataille, S. Guettier, C. Castrale, P. Henry, P. Mariani, V. Vaillant, H. Valk // Euro Surveill. - 2012. - Vol. 17, N. 4. - P. pii:20065.

88. Kaper, J.B. Pathogenic Escherichia coli / J.B. Kaper, J.P. Nataro, H.L. Molby // Nat. Rev. Microbiol. - 2004. - Vol. 2. - P. 123-140.

89. Karch, H. Enterohaemorrhagic Escherichia coli in human medicine / H. Karch, P.I. Tarr, M. Bielaszewska // Int. J. Med. Microbiol. - 2005. - Vol. 295, N. 6-7. - P. 405-418.

90. Karch, H. Epidemiology and diagnosis of Shiga toxin-producing E. coli infections / H. Karch, M. Bielaszewska, M. Bitzan, H. Schmidt // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 1999.

- Vol. 34, N. 3. - P.229-243.

91. Karch, H. The enemy within us: lessons from the 2011 European Escherichia coli O104:H4 outbreak / H. Karch, E. Denamur, U. Dobrindt, B.B. Finlay, R. Hengge, L. Johannes, E.Z. Ron, T. Tonjum, P.J. Sansonetti, M. Vicente // EMBO Mol. Med. - 2012.

- Vol. 4, N. 9. - P. 841-848.

92. Karmali, M.A. Maintaining the existing phenotype nomenclatures for E. coli cytotoxins / M.A. Karmali, C.A. Lingwood, M. Petric, J. Brunton, C. Gyles // ASM News. - 1996. -Vol. 62. - P. 167-169.

93. Karmali, M.A. Verocytotoxin-producing Escherichia coli (VTEC) / M.A. Karmali, V. Gannon, J.M. Sargeant // Vet. Microbiol. - 2010. - Vol. 27, N. 140. - P. 360-370.

94. Kauffmann F. Classification of bacteria. A realistic scheme with special reference to the classification of Salmonella - and Escherichia- species. Munksgaard, Copenhagen, Denmark. 1975.

95. Kim, J.S. Characterization of CTX-M-type extended-spectrum beta-lactamase-producing diarrheagenic Escherichia coli isolates in the Republic of Korea during 2008-2011 / J.S. Kim, J. Kim, S.J. Kim, S.E. Jeon, K.H. Oh, S.H. Cho, Y.H. Kang, S.Y. Han, G.T. Chung // J. Microbiol. Biotechnol. - 2014. - Vol. 24, N. 3. - P. 421-426.

96. Koczura, R. Association between the presence of class 1 integrons, virulence genes, and phylogenetic groups of Escherichia coli isolates from river water / R. Koczura, J. Mokracka, A. Barczak, N. Krysiak, A. Kaznowski // Microb. Ecol. - 2013. - Vol. 65, N. 1. - P. 84-90.

97. Konadu, E.Y. Investigational vaccine for Escherichia coli O157: phase 1 study of O157 O-specific polysaccharide-Pseudomonas aeruginosa recombinant exoprotein A conjugates in adults / E.Y. Konadu, J.C. Parke, H.T. Tran, J.B. Robbins, S.C. Szu // J. Inf. Dis. - 1998. - Vol. 177, N. 2. - P. 378-387.

98. Konishi, N. Bacteriological and epidemiological characteristics of enterotoxigenic Escherichia coli isolated in Tokyo, Japan, between 1966 and 2009 / N. Konishi, H. Obata, C. Monma, A. Nakama, A. Kai, T. Tsuji // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N. 9. - P. 3348-3351.

99. Konowalchuk, J. Vero response to a cytotoxin of Escherichia coli / J. Konowalchuk, J.I. Speirs, S. Stavric // Infect. Immun. - 1977. - Vol. 18, N. 3. - P. 775-779.

100. La Ragione, R.M. Variable and strain dependent colonisation of chickens by Escherichia coli O157 / R.M. La Ragione, A. Best, K. Sprigings, E. Liebana, G.R. Woodward, A.R. Sayers, M.J. Woodward // Vet. Microbiol. - 2005. - Vol. 107, N. 1-2. - P. 103-113.

101. Lacher, DW. Molecular evolution of typical enteropathogenic Escherichia coli: clonal analysis by multilocus sequence typing and virulence gene allelic profiling. / D.W. Lacher, H. Steinsland, T.E. Blank, M.S. Donnenberg, T.S. Whittam. // J. Bacteriol. -

2007. - Vol. 189. - N. 2. - P. 342-50.

102. Lasaro, M.A. Genetic diversity of heat-labile toxin expressed by enterotoxigenic Escherichia coli strains isolated from humans / M.A. Lasaro, J.F. Rodrigues, C. MathiasSantos, B.E.C. Guth, A. Balan, M.E. Sbrogio-Almeida, L.C.S. Ferreira // J. Bacteriol. -

2008. - Vol. 190, N. 7. - P. 2400-2410.

103. Lathem, W.W. StcE, a metalloprotease secreted by Escherichia coli O157:H7, specifically cleaves C1 esterase inhibitor / W.W. Lathem, T.E. Grys, S.E. Witowski, A.G. Torres, J.B. Kaper, P.I. Tarr, R.A. Welch // Mol. Microbiol. - 2002. - Vol. 45, N. 2. - P. 277-288.

104. Levine, M.M. Escherichia coli that cause diarrhea: enterotoxigenic, enteropathogenic, enteroinvasive, enterohemorrhagic, and enteroadherent / M.M. Levine // J. Infect. Dis. -1987. - Vol. 155, N. 3. - P. 377-389.

105. Li, D. A multiplex PCR method to detect 14 Escherichia coli serogroups associated with urinary tract infections / D. Li, B. Liu, M. Chen, D. Guo, X. Guo, F. Liu, L. Feng, L. Wang // J. Microbiol. Meth. - 2010. - Vol. 82, N. 1. - P. 71-77.

106. Liaqat, I. Biofilm formation and binding specificities of CFA/I, CFA/II and CS2 adhesions of enterotoxigenic Escherichia coli and Cfae-R181A mutant / I. Liaqat, H. Sakellaris // Braz. J. Microbiol. - 2012. - Vol. 43, N. 3. - P. 969-980.

107. Liu, J. Simultaneous detection of six diarrhea-causing bacterial pathogens with an in-house PCR-luminex assay / J. Liu, J. Gratz, A. Maro, H. Kumburu, G. Kibiki, M. Taniuchi, A.M. Howlader, S.U. Sobuz, R. Haque, K.A. Talukder, S. Qureshi, A. Zaidi, D.M. Haverstick, E.R. Houpt // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50, N. 1. - P. 98-103.

108. Lobersli, I. Rapid and high resolution genotyping of all Escherichia coli serotypes using 10 genomic repeat-containing loci / I. Lobersli, K. Haugum, B.A. Lindstedt // J. Microbiol. Methods. - 2012. - Vol. 88, N. 1. - P. 134-139.

109. Machado, J. Identification of Escherichia coli flagellar types by restriction of the amplified fliC gene / J. Machado, F. Grimont, P.A. Grimont // Res. Microbiol. - 2000. -Vol. 151, N. 7. - P. 535-546.

110. Mahmoudi-Aznaveh, A. The trend of enteropathogenic Escherichia coli towards atypical multidrug resistant genotypes / A. Mahmoudi-Aznaveh, B. Bakhshi, S. Najar-Peerayeh // J. Chemother. - 2017. - Vol. 29, N. 1. - P. 1-7.

111. Maniatis, T. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. / T. Maniatis, J. Sambrook, E.F. Fritsch // Cold Spring Harbor Laboratory Press:1982.

112. Manning, S.D. Variation in virulence among clades of Escherichia coli O157:H7 associated with disease outbreaks / S.D. Manning, A.S. Motiwala, A.C. Springman // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. - 2008. - Vol. 105, N. 12. - P. 4868-4873.

113. Marcato, P. Recombinant Shiga toxin B-subunit-keyhole limpet hemocyanin conjugate vaccine protects mice from Shigatoxemia / P. Marcato, T.P. Griener, G.L. Mulvey, G.D. Armstrong // J. Inf. Immun. - 2005. - Vol. 73, N. 10,- P. 6523-6529.

114. McCallum, C. Prevalence of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) in Tasmania, Australia / C. McCallum, A. McGregor, T. Vanniasinkam // Pathology. -

2013. - Vol. 45, N. 7. - P. 681-688.

115. McNeilly, T.N. Immunization of cattle with a combination of purified intimin-531, EspA and Tir significantly reduces shedding of Escherichia coli O157:H7 following oral challenge / T.N. McNeilly, M.C. Mitchell, T. Rosser, S. McAteer, J.C. Low, D.G.E. Smith, J.F. Huntley, A. Mahajan, D.L. Gaily // J. Vaccine. - 2010. - Vol. 28. - P. 14221428.

116. Mellmann, A. Prospective genomic characterization of the German enterohemorrhagic Escherichia coli O104:H4 outbreak by rapid next generation sequencing technology / A. Mellmann, D. Harmsen, C.A. Cummings, E.B. Zentz, S.R. Leopold, A. Rico, K. Prior, R. Szczepanowski, Y. Ji, W. Zhang, S.F. McLaughlin, J.K. Henkhaus, B. Leopold, M. Bielaszewska, R. Prager, P.M. Brzoska, R.L. Moore, S. Guenther, J.M. Rothberg, H. Karch // PloS One. - 2011. - Vol. 6, N. 7. - P. e22751.

117. Michelacci, V. A new pathogenicity island carrying an allelic variant of the Subtilase cytotoxin is common among Shiga toxin producing Escherichia coli of human and ovine origin / V. Michelacci, R. Tozzoli, A. Caprioli, R. Martinez, F. Scheutz, L. Grande, S. Sanchez, S. Morabito // Clin. Microbiol. Infect. - 2013. - Vol. 19, N. 3. - P. 149-156.

118. Mohawk, K.L. Neutralizing antibodies to Shiga toxin type 2 (Stx2) reduce colonization of mice by Stx2-expressing Escherichia coli O157:H7 / K.L. Mohawk, A.R. Melton-Celsa, C.M. Robinson, A.D. O'Brien // J. Vaccine. - 2010. - Vol. 28. - P. 4777-4785.

119. Moon, H.W. Attaching and effacing activities of rabbit and human enteropathogenic Escherichia coli in pig and rabbit intestines / H.W. Moon, S.C. Whipp, R.A. Argenzio, M.M. Levine, R.A. Giannella // Infect. Immun. - 1983. - Vol. 41, N. 3. - P. 1340-1351.

120. Morabito, S. Enteroaggregative Escherichia coli and other unusual VTEC: a world in motion [Электронный ресурс] / S. Morabito // Istituto Superiore di Sanita, Department of Veterinary Public Health and Food Safety, European Reference Laboratory for Escherichia coli — 2014. — Режим доступа: http://www.iss.it/binary/vtec/cont/11.pdf

121. Mundell, D.H. Factors influencing heat-labile Escherichia coli enterotoxin activity / D.H. Mundell, C.R. Anselmo, R.M. Wishnow // Infect. Immun. - 1976. - Vol. 14, N. 2. - P. 383-388.

122. Murase, K. Haemolysin E- and enterohaemolysin-derived haemolytic activity of O55/O157 strains and other Escherichia coli lineages / K. Murase, T. Ooka, A. Iguchi, Y. Ogura, K. Nakayama, M. Asadulghani, M.R. Islam, H. Hiyoshi, T. Kodama, L. Beutin, T. Hayashi // Microbiology. - 2012. - Vol. 158, N. 3. - P. 746-58.

123. Nada, R.A. Discovery and phylogenetic analysis of novel members of class b enterotoxigenic Escherichia coli adhesive fimbriae / R.A. Nada, H.I. Shaheen, S.B. Khalil, A. Mansour, N. El-Sayed, I. Touni, M. Weiner, A.W. Armstrong, J.D. Klena // J. Clin. Microbiol. - 2011. - Vol. 49, N. 4. - P. 1403-1410.

124. Nataro, J.P. Diarrheagenic Escherichia coli / J.P. Nataro, J.B. Kaper // Clinical. Microbiol. Rev. - 1998. - Vol. 11, N. 1. - P. 142-201.

125. Nyholm, O. Comparative genomics and characterization of hybrid shigatoxigenic and enterotoxigenic Escherichia coli (STEC/ETEC) strains / O. Nyholm, J. Halkilahti, G. Wiklund, U. Okeke, L. Paulin, P. Auvinen, K. Haukka, A. Siitonen // Plos One. - 2015. -Vol. 10, N. 8. - P. 1-17.

126. Nyholm, O. Hybrids of Shigatoxigenic and Enterotoxigenic Escherichia coli (STEC/ETEC) Among Human and Animal Isolates in Finland / O. Nyholm, S. Heinikainen, S. Pelkonen, S. Hallanvuo, K. Haukka, A. Siitonen // Zoonoses Public Health. - 2015. - Vol. 62, N. 7. - P. 518-524.

127. O'Brien, A.D. A proposal for rationalization of the Escherichia coli cytotoxins, in recent advances in verocytotoxin-producing Escherichia coli infections / A.D. O'Brien, M.A. Karmali, S.M. Scotland // Elsevier Science. - 1994. - P. 147-149.

128. O'Sullivan, J. Methods for Detection and Molecular Characterization of Pathogenic Escherichia coli / J. O'Sullivan, D.J. Bolton, G. Duffy et al. Pathogenic E. coli Network Coordination action food-ct-2006-036256. AFRC, 2007.

129. Ombarak, R.A. Prevalence and pathogenic potential of Escherichia coli isolates from raw milk and raw milk cheese in Egypt / R.A. Ombarak, A. Hinenoya, S.P. Awasthi, A. Iguchi, A. Shima, A.R. Elbagory, S. Yamasaki // Int. J. Food. Microbiol. - 2016. - Vol. 221. - P. 69-76.

130. Ooka, T. Clinical significance of Escherichia albertii / T. Ooka, K. Seto, K. Kawano, H. Kobayashi, Y. Etoh, S. Ichihara, A. Kaneko, J. Isobe, K. Yamaguchi, K. Horikawa, T.A. Gomes, A. Linden, M. Bardiau, J.G. Mainil, L. Beutin, Y. Ogura, T. Hayashi // Emerg. Infect. Dis. - 2012. - Vol. 18, N. 3. - P. 488-492.

131. Orskov, F. Special Escherichia coli serotypes among enterotoxigenic strains from diarrhea in adults and children / F. Orskov, I. Orskov, D.J. Jr. Evans, R.B. Sack, T. Wadstorm // Med. Microbiol. Immunol. - 1978. - Vol. 162, N. 2. - P. 73-80.

132. Pacheco, A.B.F. Clonal nature of enterotoxigenic Escherichia coli serotype O6:H16 revealed by randomly amplified polymorphic DNA analysis / A.B.F. Pacheco, K.C. Soares, D.F. Almeida, G.I. Viboud, N. Binsztein, L.C.S. Ferreira // J. Clin. Microbiol. - 1998. - Vol. 36, N. 7. - P. 2099-2102.

133. Paddock, Z. Applicability of a multiplex PCR to detect O26, O45, O103, O111, O121, O145, and O157 serogroups of Escherichia coli in cattle feces / Z. Paddock, X. Shi, J. Bai, T.G. Nagaraja // Vet. Microbiol. - 2012. - Vol. 156, N. 3-4. - P. 381-388.

134. Padhye, N.V. Escherichia coli O157:H7 epidemiology, pathogenesis and methods for detection in food / N.V. Padhye, M.P. Doyle // J. Food Protect. - 1992. - Vol. 55, N. 7. -P. 555-565.

135. Paraoan, C.E. Detection of Class I and II integrons for the assessment of antibiotic and multidrug resistance among Escherichia coli isolates from agricultural irrigation waters in Bulacan, Philippines / C.E. Paraoan, W.L. Rivera, P.G. Vital // J. Environ. Sci. Health B. - 2017. - Vol. 52, N. 5. - P. 306-313.

136. Paredes-Paredes, M. Seasonality of Diarrheagenic Escherichia coli pathotypes in U.S. Students Acquiring Diarrhea in Mexico / M. Paredes-Paredes, P.C. Okhuysen, J. Flores, J.A. Mohamed, R.S. Padda, A. Gonzalez-Estrada, C.A. Haley, L.G. Carlin, P. Nair, H.L. DuPont // J. Travel. Med. - 2011. - Vol. 18, N. 2. - P. 121-125.

137. Pazhani, G.P. QRDR mutations, efflux system & antimicrobial resistance genes in enterotoxigenic Escherichia coli isolated from an outbreak of diarrhoea in Ahmedabad, India / G.P. Pazhani, S. Chakraborty, K. Fujihara, S. Yamasaki, A. Ghosh, G.B. Nair, T. Ramamurthy // Indian J. Med. Res. - 2011. - Vol. 134, N. 2. - P. 214-223.

138. Perelle, S. Detection by 5'-nuclease PCR of Shiga-toxin producing Escherichia coli O26, O55, O91, 0103, O111, O113, O145 and O157:H7, associated with the world's most frequent clinical cases / S. Perelle, F. Dilasser, J. Grout, P. Fach // Mol. Cell. Probes. -2004. - Vol. 18, N. 3. - P. 185-192.

139. Perelle, S. Identification of the O-antigen biosynthesis genes of Escherichia coli O91 and development of a O91 PCR serotyping test / S. Perelle, F. Dilasser, J. Grout, P. Fach // J. App. Microbiol. - 2002. - Vol. 93, N. 5. - P. 758-764.

140. Perelle, S. Screening food raw materials for the presence of the world's most frequent clinical cases of Shiga toxin-encoding Escherichia coli O26, O103, O111, O145 and O157 / S. Perelle, F. Dilasser, J. Grout, P. Fach // Int. J. Food. Microbiol. - 2007. - Vol. 113, N. 3. - P. 284-288.

141. Perry, J.D. A decade of development of chromogenic culture media for clinical microbiology in an Era of molecular diagnostics / J.D. Perry // Clin. Microbiol. Rev. -2017. - Vol. 30, N. 2. - P. 449-479.

142. Persson, S. Subtyping method for Escherichia coli Shiga toxin (verocytotoxin) 2 variants and correlations to clinical manifestations / S. Persson, O. Ke, S. Ethelberg, F. Scheutz // J. Clin. Microbiol. - 2007. - Vol. 45, N. 6. - P. 2020-2024.

143. Peterson, R.E. Effect of a vaccine product containing type III secreted proteins on the probability of Escherichia coli O157:H7 fecal shedding and mucosal colonization in feedlot cattle / R.E. Peterson, T.J. Klopfenstein, R.A. Moxley, G.E. Erickson, S. Hinkley,

G. Bretschneider, E.M. Berberov, D. Rogan, D.R. Smith // J. of Food Protection. - 2007. - Vol. 70, N. 11. - P. 2568-2577.

144. Priamchuk, S.D. Genetic determinants of antibacterial resistance among nosocomial Escherichia coli, Klebsiella spp., and Enterobacter spp. isolates collected in Russia within 2003-2007 / S.D. Priamchuk, N.K. Fursova, I.V. Abaev, I.N. Kovalev, N.A. Shishkova, E.I. Pecherskikh, O.V. Korobova, E.I. Astashkin, D.M. Pachkunov, A.N. Kruglov, D.V. Ivanov, S.V. Sidorenko, E.A. Svetoch, I.A. Diatlov // Antibiot. Khimioter. - 2010. - Vol. 55, N. 9-10. - P. 3-10.

145. Qadri, F. Enterotoxigenic Escherichia coli in developing countries: epidemiology, microbiology, clinical features, treatment and prevention / F. Qadri, A.-M. Svennerholm, A.S. Faruque, R.B. Sack // Clin. Microbiol. Rev. - 2005. - Vol. 18, N. 3. - P. 465-483.

146. Rajkhowa, S. Detection of heat-stable and heat-labile enterotoxin genes of Escherichia coli in diarrhoeic faecal samples of mithun (Bos frontalis) calves by polymerase chain reaction / S. Rajkhowa, I. Hussain, C. Rajkhowa // J. Appl. Microbiol. - 2009. - Vol. 106, N. 2. - P. 455-458.

147. Ramachandran, V. Distribution of intimin subtypes among Escherichia coli isolates from ruminant and human sources / V. Ramachandran, K. Brett, M.A. Hornitzky, M. Dowton, K.A. Bettelheim, M.J. Walker, S.P. Djordjevic // J. Clin. Microbiol. - 2003. - Vol. 41, N. 11. - P. 5022-5032.

148. Rangel, J.M. Epidemiology of Escherichia coli O157:H7 outbreaks, United States, 19822002 / J.M. Rangel, P.H. Sparling, C. Crowe, P.M. Griffin, D.L. Swerdlow // Emerg. Infect. Dis. - 2005,- Vol. 11, N. 4. - P. 603-609.

149. Rauw, K.D. Enteroaggregative Shiga toxin-producing Escherichia coli of serotype O104:H4 in Belgium and Luxembourg / K.D. Rauw, S. Vincken, L. Garabedian, E. Levtchenko, I. Hubloue, J. Verhaegen, J. Craeghs, Y. Glupczynski, J. Mossong, D. Pierard // New Microbes New Infect. - 2014. - Vol. 2, N. 5. - P. 138-143.

150. Reuter, S. A pilot study of rapid wholegenome sequencing for the investigation of a Legionella outbreak / S. Reuter, T.G. Harrison, C.U. Köser, M.J. Ellington, G.P. Smith, J. Parkhill, S.J. Peacock, S.D. Bentley, M.E. Török // BMJ Open. - 2013. - Vol. 3, N. 1. -P.

151. Ribot, E.M. Standardization of pulsed-field gel electrophoresis protocols for the subtyping of Escherichia coli O157:H7, Salmonella, and Shigella for PulseNet / E.M.

Ribot, M.A. Fair, R. Gautom, D.N. Cameron, S.B. Hunter, B. Swaminathan, T.J. Barrett // Foodborne Pathog. - 2006. - Vol. 3, N. 1. - P. 59-67.

152. Rodas, C. Clonal relatedness of enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) strains expressing LT and CS17 isolated from children with diarrhoea in La Paz, Bolivia / C. Rodas, J.D. Klena, M. Nicklasson, V. Iniguez, A. Sjöling // Plos One. - 2011. - Vol. 6, N. 11. - P. e18313.

153. Ron, E.Z. Distribution and evolution of virulence factors in septicemic Escherichia coli / E.Z. Ron // Int. J. of Med. Microbiol. - 2010. - Vol. 300, N. 6. - P. 367-370.

154. Rudin, A. Monoclonal antibodies against enterotoxigenic Escherichia coli colonization factor antigen I (CFA/I) that cross-react immunologically with heterologous CFAs / A. Rudin, M.M. McConnell, A.M. Svennerholm // Infect. Immun. - 1994. - Vol. 62, N. 10. - P. 4339-4346.

155. Russo, T.A. Medical and economic impact of extraintestinal infections due to Escherichia coli: focus on an increasingly important endemic problem / T.A. Russo, J.R. Johnson // Microbes Infect. - 2003. - Vol. 5, N. 5. - P. 449-456.

156. Salvador, F.A. Distribution of non-LEE-encoded type 3 secretion system dependent effectors in enteropathogenic Escherichia coli / F.A. Salvador, R.T. Hernandes, M.A. Vieira, A.C. Rockstroh, TA. Gomes // Braz. J. Microbiol. - 2014. - Vol. 45, N. 3. - P. 851-855.

157. Scheutz, F. Multicenter evaluation of a sequence-based protocol for subtyping Shiga toxins and standardizing Stx nomenclature / F. Scheutz, L.D. Teel, L. Beutin, D. Pierard, G. Buvens, H. Karch, A. Mellmann, A. Caprioli, R. Tozzoli, S. Morabito, N.A. Strockbine, A.R. Melton-Celsa, M. Sanchez, S. Persson, A.D. O'BrienVolume // J. Clin. Microbiol. - 2012. - Vol. 50, N. 9. - P. 2951-2963.

158. Scheutz, F. Whole Genome Sequencing applications to VTEC surveillance and outbreak investigations. / 9th Annual Workshop of the National Reference Laboratories for E. coli in the EU. 20-21 October, 2014. Rome, Italy.

159. Schultsz, C. Detection of enterotoxigenic Escherichia coli in stool samples by using nonradioactively labeled oligonucleotide DNA probes and PCR / C. Schultsz, G.J. Pool, R. Ketel, B. Wever, P. Speelman, J. Dankert // J. Clin. Microbiol. - 1994. - Vol. 32, N. 10. - P. 2393-2397.

160. Scotland, S.M. Evaluation of a reversed passive latex agglutination test for detection of Escherichia coli heat-labile toxin in culture supernatants / S.M. Scotland, R.H. Floman, B. Rowe // J. Clin. Microbiol. - 1989. - Vol. 27, N. 2. - P. 339-340.

161. Sears, C. L. Enteric bacterial toxins: mechanisms of action and linkage to intestinal secretion / C.L. Sears, J. B. Kaper // Microbiol. Rev. - 1996. - Vol. 60, N. 1. - P. 167215.

162. Shahrokhi, N. Comparison of virulence markers and antibiotic resistance in enterotoxigenic Escherichia coli isolated ten years apart in Tehran / N. Shahrokhi, S. Bouzari, A. Jafari // J. Infect. Dev. Ctries. - 2011. - Vol. 5, N. 4. - P. 248-254.

163. EFSA/ECDC. Shiga toxin/verotoxin-producing Escherichia coli in humans, food and animals in the EU/EEA, with special reference to the German outbreak strain STEC 0104 / Technical Report of EFSA/ECDC — Режим доступа: http://ecdc.europa.eu/en/publications /Publications/1106_ TER_ EColi_joint_EFSA. pdf.

164. Sizemore, D.R. Enterotoxigenic Escherichia coli virulence factors and vaccine approaches // D.R. Sizemore, K.L. Roland, U.S. Ryan // Expert Rev. Vaccines. - 2004. -Vol. 3, N. 5. - P. 585-595.

165. Smith, D.R. A two-dose regimen of a vaccine against type III secreted proteins reduced Escherichia coli 0157:H7 colonization of the terminal rectum in beef cattle in commercial feedlots / D.R. Smith, R.A. Moxley, R.E. Peterson, T.J. Klopfenstein, G.E. Erickson, G. Bretschneider, E.M. Berberov, S. Clowser // J. Foodborne Pathogens and Disease. - 2009. - Vol. 6, N. 2. - P. 158-161.

166. Smith, H.W. Observations by the ligated intestinal segment and oral inoculation methods on Escherichia coli infections in pigs, calves, lambs and rabbits / H.W. Smith, S. Halls // J. Pathol. Bacteriol. - 1967. - Vol. 93, N. 2. - P. 499-529.

167. Smith, M.J. Development of a hybrid Shiga holotoxoid vaccine to elicit heterologous protection against Shiga toxins types 1 and 2 / M.J. Smith, L.D. Teel, H.M. Carvalho, A.R. Melton-Celsa, A.D. O'Brien // J. Vaccine. - 2006. - Vol. 24, N. 19. - P. 4122-1129.

168. Snedeker, K.G. A systematic review of vaccinations to reduce the shedding of Escherichia coli 0157 in the faeces of domestic ruminants / K.G. Snedeker, M. Campbell, J.M. Sargeant // Zoonoses Public Health. - 2012. - Vol. 59. - P. 126-138.

169. Sommerfelt, H. Colonization factors of enterotoxigenic Escherichia coli isolated from children in north India / H. Sommerfelt, H. Steinsland, H.M. Grewa, G.I. Viboud, N.

Bhandari, W. Gaastra, A.M. Svennerholm, M.K. Bhan // J. Infect. Dis. - 1996. - Vol. 174, N. 5. - P. 768-776.

170. Soon, J.M. Escherichia coli O104:H4 outbreak from sprouted seeds / J.M. Soon, P. Seaman, R.N. Baines // Int. J. Hyg. Environ. Health. - 2012. - Vol. 216, N. 3. - P. 346-354.

171. Sramkova, L. Vero cytotoxin-producing strains of Escherichia coli in children with haemolytic uraemic syndrome and diarrhoea in Czechoslovakia / L. Sramkova, M. Bielaszewska, J. Janda, K. Blahova, O. Hausner // Infection. - 1990. - Vol. 18, N. 4.

- P. 204-209.

172. Steinsland, H. Ancestral lineages of human enterotoxigenic Escherichia coli / H. Steinsland, D.W. Lacher, H. Sommerfelt, T.S. Whittam // J. Clin. Microbiol. - 2010.

- Vol. 48, N. 8. - P. 2916-2924.

173. Tabaran, A. First study on characterization of virulence and antibiotic resistance genes in verotoxigenic and enterotoxigenic E. coli isolated from raw milk and unpasteurized traditional cheeses in Romania / A. Tabaran, M. Mihaiu, F. Tabaran, L. Colobatiu, O. Reget, M.M. Borzan, S.D. Dan // Folia Microbiol. (Praha). - 2017. - Vol. 62, N. 2. - P. 145-150.

174. Tamura, K. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. / K. Tamura, G. Stecher, D. Peterson, A. Filipski, S. Kumar // Mol. Biol. Evol. - 2013. -Vol. 30, N. 12. - P. 2725-2729.

175. Tatsuno, I. toxB gene on pO157 of enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7 is required for full epithelial cell adherence phenotype / I. Tatsuno, M. Horie, H. Abe, T. Miki, K. Makino, H. Shinagawa, H. Taguchi, S. Kamiya, T. Hayashi, C. Sasakawa // Infect. Immun. - 2001. - Vol. 69, N. 11. - P. 6660-6669.

176. Tilden, J. A new route of transmission for Escherichia coli: infection from dry fermented salami / Jr.J. Tilden, W. Young, A.M. McNamara, C. Custer, B. Boesel, M.A. LambertFair, J. Majkowski, D. Vugia, S.B. Werner, J. Hollingsworth, J.G. Morris, Jr. Am // J. Public. Health. - 1996. - Vol. 86, N. 8. - P. 1142-1145.

177. Tobe, T. An extensive repertoire of type III secretion effectors in Escherichia coli O157 and the role of lambdoid phages in their dissemination / T. Tobe, S.A. Beatson, H. Taniguchi, H. Abe, C.M. Bailey, A. Fivian, R. Younis, S. Matthews, O. Marches, G.

Frankel, T. Hayashi, M.J. Pallen // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2006. - Vol. 103, N. 40. - P. 14941-14946.

178. Toval, F. Characterization of urinary tract infection-associated Shiga toxin-producing Escherichia coli / F. Toval, R. Schiller, I. Meisen, J. Putze, I.U. Kouzel, W. Zhang, H. Karch, M. Bielaszewska, M. Mormann, J. Muthing, U. Dobrindt // Infect. Immun. -2014. - Vol. 82, N. 11. - P. 4631-4642.

179. Tsuji, T. Protection of mice from Shiga toxin-2 toxemia by mucosal vaccine of Shiga toxin 2B-Hjs with Escherichia coli enterotoxin / T. Tsuji, T. Shimizu, K. Sasaki, Y. Shimizu, K. Tsukamoto, H. Arimitsu, S. Ochi, S. Sugiyama, K. Taniguchi, P. Neri, H. Mori // J. Vaccine. - 2008. - Vol. 26, N. 4. - P. 469-476.

180. Turner, S.M. Weapons of mass destruction: virulence factors of the global killer enterotoxigenic Escherichia coli / S.M. Turner, A. Scott-Tucker, L.M. Cooper, I.R. Henderson // FEMS Microbiol. Lett. - 2006. - Vol. 263, N. 1. - P. 10-20.

181. United Nations Children's Fund. Committing to child survival: promise renewed progress report 2013. UNICEF; 2013. Available: http://www.unicef.org/lac/Committing_to_Child_Survival_APR_9_S ept_2013 .pdf

182. Valvatne, H. Clonal clustering and colonization factors among thermolabile and porcine thermostable enterotoxin-producing Escherichia coli / H. Valvatne, H. Steinsland, H. Sommerfelt // APMIS. - 2002. - Vol. 110, N. 9. - P. 665-672.

183. von Mentzer, A. Identification of enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) clades with long-term global distribution / A. von Mentzer, T.R. Connor, L.H. Wieler, T. Semmler, A. Iguchi, N.R. Thomson, D.A. Rasko, E. Joffre, J. Corander, D. Pickard, G. Wiklund, A.M. Svennerholm, A. Sjöling, G. Dougan // Nat. Genet. - 2014. - Vol. 46, N. 12. - P. 1321-1326.

184. Walker, R.I. An assessment of enterotoxigenic Escherichia coli and Shigella vaccine candidates for infants and children / R.I. Walker // Vaccine. - 2015. - Vol. 33, N. 8. - P. 954-965.

185. Wang, Q. Development of a serogroup-specific multiplex PCR assay to detect a set of Escherichia coli serogroups based on the identification of their O-antigen geneclusters / Q. Wang, X. Ruan, D. Wei, Z. Hu, L. Wu, T. Yu, L. Feng, L. Wang // Mol. Cell. Prob. -2010. - Vol. 24, N. 5. - P. 286-290.

186. Weisbecker, A. A legal history of raw milk in the United States / A. Weisbecker // J. Environ. Health. - 2007. - Vol. 69, N. 8. - P. 62-63.

187. Wen, S.X. Genetic toxoids of Shiga toxin types 1 and 2 protect mice against homologous but not heterologous toxin challenge / S.X. Wen, L.D. Teel, N.A. Judge, A.D. O'Brien // J. Vaccine. - 2006. - Vol. 24, N. 8. - P. 1142-1148.

188. Wilson, K. Preparation of genomic DNA from bacteria / K. Wilson // Curr. Protoc. Mol. Biol. - 2001. - Vol. 2, Unit 2.4. - P. 2.4.1.-2.4.5.

189. Wirth, T. Sex and virulence in Escherichia coli: an evolutionary perspective / T. Wirth, D. Falush, R. Lan, F. Colles, P. Mensa, L.H. Wieler, H. Karch, P.R. Reeves, M.C. Maiden, H. Ochman, M. Achtman // Mol. Microbiol. - 2006. - Vol. 60, N. 5. - P. 11361151.

190. Wolf, M.K. Occurrence, distribution, and associations of O and H serogroups, colonization factor antigens, and toxins of enterotoxigenic Escherichia coli / M.K. Wolf // Clin. Microbiol. Rev. - 1997. - Vol. 10, N. 4. - P. 569-584.

191. Wylie, J.L. Evaluation of a new chromogenic agar medium for detection of Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) and relative prevalences of O157 and non-O157 STEC in Manitoba, Canada / J.L. Wylie, P.V. Caeseele, M.W. Gilmour, D. Sitter, C.

Guttek, S. Giercke // J. Clin. Microbiol. - 2013. - Vol. 51, N. 2. - P. 466-471.

192. Yolken, R.H. Enzyme-linked immunosorbant assay for detection of Escherichia coli heat-labile enterotoxin / R.H. Yolken, H.B. Greenberg, M.H. Merson, R.B. Sack, A.Z. Kapikian // J. Clin. Microbiol. - 1977. - Vol. 6, N. 5. - P. 439-444.

193. Zelyas, N. Assessment of commercial chromogenic solid media for the detection of non-O157 Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) / N. Zelyas, A. Poon, L. Patterson-Fortin, R.P. Johnson, W. Lee, L. Chui // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2016. - Vol. 85,

N. 3. - P. 302-308.

194. Zhang, W.L. Genetic diversity of intimin genes of attaching and effacing Escherichia coli strains / W.L. Zhang, B. Kohler, E. Oswald, L. Beutin, H. Karch, S. Morabito, A. Caprioli, S. Suerbaum, H. Schmidt // J. Clin. Microbiol. - 2002. - Vol. 40, N. 12. - P. 4486-4492.

195. Zimmer, M. Detection of Campylobacter jejuni strains in the water lines of a commercial broiler house and their relationship to the strains that colonized the chickens / M.

Zimmer, H. Barnhart, U. Idris, M.D. Lee // Avian. Dis. - 2003. - Vol. 47, N. 1. - P. 101107.