Конформационный анализ Т2-ДНК в комплексах с РНК-полимеразой Е. coli тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.02, кандидат биологических наук Иванова, Наталья Николаевна

• Иванова, Наталья Николаевна
• кандидат биологических наук
• 1999

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Иванова, Наталья Николаевна

СОДЕРЖАНИЕ

СТР

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

ГЛАВА 1. ПРОЦЕСС ТРАНСКРИПЦИИ И ФАКТОРЫ ЕГО РЕГУЛЯЦИИ

1.1. Неспецифическое связывание и поиск промоторов б

1.2. Специфические ДНК-связывающие домены РНК-полимеразы Е. coli

1.3. Участки промоторной ДНК, взаимодействующие с РНК-полимеразой

1.4. Образование закрытых промоторных комплексов

1.5. Образование открытых промоторных комплексов

1.6. Связывание инициирующих нуклеозидтрифосфатов и абортивный синтез РНК

1.7. Элонгация транскрипции 21 ГЛАВА 2. КОНФОРМАЦИОННЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ РНК-ПОЛИМЕРАЗЫ Е. COLI И ДНК В ПРОЦЕССЕ ИНИЦИАЦИИ ТРАНСКРИПЦИИ.

2.1. Конформационные изменения РНК-полимеразы

2.2. Конформационные изменения промоторной ДНК в процессе инициации транскрипции

2.3. Особенности структуры и динамики промоторной ДНК. 26 2.4 Роль структуры и динамики ДНК в активации транскрипции белками-регуляторами 31 ГЛАВА 3. МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ СТРУКТУРЫ И ДИНАМИКИ ДНК ' 35 ЦЕЛЬ И ОСНОВНЫЕ ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ 42 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Введение. Особенности структуры и функционирования ДНК Т-четных фагов

ГЛАВА I. МОДИФИКАЦИЯ ДНК Т-ЧЕТНЫХ ФАГОВ СПИНОВЫМИ МЕТКАМИ

1.1. Модификация Т2-ДНК 2,2',6,6'-тетраметил-4-

бромоацетоксшшперидин-1 -оксидом (I)

1.2. Модификация Т2- и Т4-ДНКЛЧ2,2'Д5'-тетраметил-3-карбоксипирролидин-1 -оксил)-имидазолом (II)

1.3. Компьютерные программы, используемые для моделирования ЭПР-спектров спин-меченой ДНК

1.4. Моделирование ЭПР-спектров свободной имидазолидной спиновой метки

1.5. Моделирование ЭПР-спектров спин-меченой глюкозилированной ДНК фага Т4

1.6. Моделирование ЭПР-спектров спин-меченой

неглюкозилированной ДНК мутантного фага Т4

ГЛАВА 2. КОНФОРМАЦИОННЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ ПРОМОТОРНЫХ УЧАСТКОВ ГЛЮКОЗИЛИРОВАННОЙ ДНК ФАГА Т2, МОДИФИЦИРОВАННОГО СПИНОВОЙ МЕТКОЙ I, В ПРОЦЕССЕ ОБРАЗОВАНИЯ ОТКРЫТЫХ ПРОМОТОРНЫХ КОМПЛЕКСОВ С РНК-ПОЛИМЕРАЗОЙ Е. COLI.

2.1. Матричная активность Т2-ДНК, модифицированного радикалом I

2.2. Локализация спин-меченых участков в промоторно-полимеразных комплексах

2.3. Конформационные изменения Т2-ДНК, модифицированной бромацетатной спиновой меткой по легкоплавким участкам, в процессе образования открытых промоторных комплексов с РНК-полимеразой Е. coli

2.4. Моделирование ЭПР-спектров Т2-ДНК, модифицированной по

легкоплавким участкам бромацетатной спиновой меткой, при комплексообразовании с РНК-полимеразой Е. coli.

ГЛАВА 3. КОНФОРМАЦИОННЫЕ ИЗМЕНЕНИЯ ГЛЮКОЗИЛИРОВАННОЙ ДНК ФАГА 12, МОДИФИЦИРОВАННОЙ СПИНОВОЙ МЕТКОЙ Ii В ПРОЦЕССЕ ОБРАЗОВАНИЯ ОТКРЫТЫХ ПРОМОТОРНЫХ КОМПЛЕКСОВ С РНК-ПОЛИМЕРАЗОЙ Е. COLI.

3.1. Матричные свойства ДНК Т-четных фагов, модифицированной спиновой меткой И

3.2. Изменения ЭПР-спектров Т2-ДНК, модифицированной имидазолидной спиновой меткой, в процессе комплексообразования с РНК-полимеразой Е. coli

3.3. Моделирование ЭПР-спектров Т2-ДНК, модифицированной имидазолидной спиновой меткой, в процессе комплексообразования с РНК-полимеразой

3.4. Масштабы конформационных изменений, регистрируемых с помощью нитроксильного радикала II при образовании открытых промоторных комплексов

3.5. Характер конформационных измеиений, регистрируемых с помощью нитроксильного радикала II при образовании открытых промоторных комплексов

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

128

ВЫВОДЫ

132

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

133

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Конформационный анализ Т2-ДНК в комплексах с РНК-полимеразой Е. coli»

введение.

Процесс транскрипции, т. е. синтез РНК на матрице ДНК является одним из ключевых в экспрессии закодированной в ДНК генетической информации. Помимо важной роли в обеспечении функционирования биологических систем, исследование процесса транскрипции представляет особый интерес, поскольку РНК-полимеразы занимают совершенно особое место среди белков, способных связываться с ДНК. Как правило, ДНК-связывающиеся белки разделяют на специфические, которые имеют высокую константу связывания с определенными нуклеотидными последовательностями и поэтому способны узнавать определенные сайты в ДНК, и неспецифические, которые имеют одинаковое сродство к разным нуклеотидным последовательностям. РНК-полимеразы относятся к специфическим ДНК-связывающим белкам, поскольку они начинают синтез РНК с определенных участков ДНК, называемых промоторами. Однако они способны и к неспецифическому связыванию с ДНК, что имеет важное значение для ускорения поиска промоторов среди других последовательностей ДНК. Кроме того, в процессе элонгации транскрипции РНК-полимеразы в идеале должны вести себя как сайт-неспецифические полимеразы, т. е. осуществлять синтез комплементарной РНК вне зависимости от последовательности транскрибируемой ДНК, останавливаясь только в точках терминации [1]. Однако, пожалуй наиболее необычным свойством РНК-полимеразы является ее способность к узнаванию сильно варьирующих по структуре промсггорных участков. Эта особенность РНК-полимеразы отличает ее как от других сайт-специфических ДНК-связывающих белков, таких как рестриктазы, белки-активаторы и репрессоры и др., так и от некоторых просто организованных РНК-полимераз, таких как фаговые РНК-полимеразы. Возможность узнавания разнообразных промоторных последовательностей одним и тем же белком - РНК-полимеразой, без участия каких-либо дополнительных белков-регуляторов, позволяет предположить, что в этом случае фактором,

Ч

определяющим взаимодействие фермента с промотором, является не только пространственное положение некоторого набора нуклеотидов, образующих контакты с боковыми цепями аминокислот, но и какие физико-химические характеристики промоторной ДНК, в частности, ее динамика.

Известно, что в регуляции процесса транскрипции на разных его стадиях участвуют различные механизмы. Они включают в себя взаимодействие РНК-полимеразы с белковыми и низкомолекулярными регуляторами, регуляцию за счет изменения концентрации субстратов -нуклеозидтрифосфатов, а также регуляцию транскрипции за счет изменения конформации и динамики ДНК. Структура и динамика ДНК является универсальным регулирующим фактором транскрипции, который действует на всех стадиях транскрипционного цикла, от инициации до терминации, и на всех транскрибируемых последовательностях ДНК. Таким образом, исследование конформации и динамики ДНК имеет большое значение как для выяснения общих механизмов функционирования генетического аппарата клетки, так и для понимания основных закономерностей, регулирующих экспрессию генетической информации.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Биофизика», Иванова, Наталья Николаевна

выводы

1. Разработаны условия модификации ДНК Т-четных фагов имидазолидной и бромацетатной спиновыми метками, позволяющие получить спин-меченые препараты ДНК без нарушения вторичной структуры и изменения ее матричных свойств.

2. Показано, что легкоплавкие участки Т2-ДНК располагаются в upstream области промоторов фага Т2 и принимают участие во взаимодействии с РНК-полимеразой Е. coli.

3. Обнаружены конформационные изменения легкоплавких участков Т2-ДНК при взаимодействии с РНК-полимеразой Е. coli.

4. Конформационные изменения, индуцируемые в промоторных участках присоединением РНК-полимеразы, переносятся по цепи ДНК на большие расстояния, что может быть одним из факторов, регулирующих процесс транскрипции на уровне структуры самой ДНК (аутохромосомный механизм регуляции транскрипции).

заключение

Процесс транскрипции является первой стадией реализации генетической информации, закодированной в последовательности ДНК. Эта стадия во многих случаях является ключевой в экспрессии генетической информации, поскольку регуляция экспрессии генов на этапе синтеза РНК позволяет клетке экономить метаболические ресурсы. В соответствии с современными представлениями, процесс транскрипции может регулироваться на всех стадиях транскрипционного цикла, однако, наиболее значимым в регуляторном отношении является этап, связанный с инициацией транскрипции. Поэтому понятен многолетний интерес исследователей к выяснению механизмов инициации транскрипции и поиску факторов, контролирующих этот процесс. В качестве модельной системы при этом часто используется РНК-полимеразная система Escherichia coli, причем эта система позволяет не только исследовать некоторые общие закономерности процесса транскрипции и, в частности, его инициации, но и представляет собой самостоятельный интерес в связи с широким использованием этой бактерии в биотехнологии.

Инициация транскрипции Е. coli представляет собой сложный многостадийный процесс, включающий в себя поиск и локализацию промоторов, расплетание небольшого (10-12 пар оснований) участка ДНК, а также синтез короткого фрагмента РНК, вслед за которым происходит конформационное изменение РНК-полимеразы и переход в стадию элонгации. Динамика РНК-полимеразы Е. coli в процессе инициации транскрипции активно исследуется в течение долгого времени. Полученные результаты свидетельствуют о том, что в процессе комплексообразования с ДНК и инициации транскрипции РНК-полимераза Е. coli претерпевает многочисленные конформационные изменения, которые являются специфическими для того или иного типа комплекса. Таким образом, РНК-полимеразе в процессе инициации транскрипции традиционно приписывается активная роль, в то время как ДНК, как правило, считается пассивным носителем структурной информации, "считываемой" РНК-полимеразой.

Однако, по-видимому, не только конформация, но и динамика промоторной (а, возможно, и непромоторной) ДНК играет важную роль в регуляции процесса транскрипции. Более того, в некоторых случаях (stringent control promoters и некоторые другие), именно конформация и динамика промоторной ДНК определяет характер конформационных изменений, которые претерпевает в процессе инициации транскрипции РНК-полимераза Е. coli. В то же время, исследования динамики ДНК в процессе транскрипции ограничиваются экспериментальными возможностями, поскольку многие методы дают только статическую картину структуры ДНК (методы футпринтинга, использование моноклональных антител и др.), а другие позволяют получить данные об усредненной структуре и динамике больших участков ДНК (круговой дихроизм, связывание флуоресцентных красителей, динамическое светорассеяние и др.).

Одним из наиболее перспективных методов, позволяющим исследовать структуру и динамику ДНК в процессе ее функционирования, является ЭПР-спектроскопия, возможности которой в настоящее время существенно расширяются в связи с разработкой методов моделирования экспериментальных спектров, позволяющих извлекать дополнительную информацию о структурно-конформационных свойствах двойной спирали ДНК и ее динамическом поведении. Введение спиновых меток в разные участки ДНК и использование таких спин-меченых препаратов для изучения процесса инициации транскрипции может способствовать получению новых данных о функционально значимых изменениях конформации и динамики как отдельных участков ДНК, так и макромолекулы в целом.

Использованный в настоящей работе метод ЭПР-спектроскопии в сочетании с компьютерным моделированием экспериментальных спектров

АЯЗ позволил не только сделать выводы об участии тех или иных участков промоторной и непромоторной ДНК в образовании специфических комплексов с РНК-полимеразой Е. coli, но и проанализировать возможный характер и масштабы этих конформационных изменений. Впервые показано, что легкоплавкие участки ДНК Т-четных фагов принимают участие в связывании с РНК-полимеразой Е. coli, и, по-видимому, находятся в непосредственном контакте с ферментом (предположительно с его а-субъединицей). Полученные данные позволяют также предположить, что взаимодействие фермента с легкоплавкими участками индуцирует в них конформационные изменения, однако эти изменения невелики, что, возможно, связано с измененной структурой легкоплавких участков, модифицированных бромацетатной спиновой меткой.

Использование второй спиновой метки, связывающейся равномерно вдоль всей длины ДНК, позволило зарегистрировать конформационные изменения, происходящие в непромоторных участках ДНК и сопровождающие образование открытых промоторных комплексов РНК-полимеразы Е. coli с промоторами фага Т2. Эти конформационные изменения, по-видимому, распространяются на расстояния в несколько сот пар оснований и характеризуются переходом ДНК в состояние с большей жесткостью. Зарегистрированные в настоящей работе конформационные изменения непромоторной ДНК, вызванные сильной локальной деформацией ДНК внутри открытого промоторного комплекса, могут иметь большое значение для функционирования ДНК, и, в частности для процесса транскрипции, предполагая существование еще одного уровня регуляции экспрессии генов - так называемой аутохромосомной регуляции. Этот механизм может обеспечивать тонкую координацию функционирования близко расположенных генов и оперонов, обеспечивая оптимальный уровень их экспрессии. В частности, в случае ДНК Т-четных фагов, механизм аутохромосомной регуляции может играть важную роль в

1Ъо оптимизации ранней транскрипции за счет исключения связывания молекул РНК-полимеразы с промотороподобными участками.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Иванова, Наталья Николаевна, 1999 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Weston В. F., Kuzmine I., Martin С. Т.: "Positioning of the start site in the initiation of transcription by bacteriophage T7 RNA polymerase", J. Mol. Biol., 1997, 272, 21-30.

2. von Hippel P. H.: "An integrated model of the transcription complex in elongation, termination, and editing", Science, 1998, 281, 660-665.

3. Harada I., Funatsu Т., Nonoyama Y., Yanagida Т.: "Single molecule image of RNA polymerase-DNA interactions in real time", Biophys. J., 1998, 74, A69.

4. von Hippel P. H., Berg O. G.: "Facilitated target location in biological systems", J. Biol. Chem., 1989, 264, 675-678.

5. Jeltsch A., Alves J., Wolfes H., Maass G., Pingoud A.: "Pausing of the restriction endonuclease EcoRI during linear diffusion on DNA", Biochemistry, 1994, 33, 10215-10219.

6. Berg O. G., Winter R. В., von Hippel P. H.: "Diffusion-driven mechanisms of protein translocation on nucleic acids. 1. Models and theory", Biochemistry 1981, 20, 6929-6948.

7. Ricchetti M., Metzger W., Heumann H.: "One-dimensional diffusion of Escherichia coli DNA-dependent RNA polymerase: a mechanism to facilitate promoter location", Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1988, 85, 46104614.

8. Albright R. A., Mossing M. C., Matthews B. W.: "Crystal structure of an engineered Cro monomer bound nonspecifically to DNA: possible implications for nonspecific binding by the wild-type protein", Protein Sei., 1998, 7, 1485-1494.

9. Chan C. L., Lonetto M. A., Gross C. A.: "Sigma domain sfructure: one down, one to go", Structure, 1996, 4, 1235-1238.

10. Jeon Y. H., Negishi Т., Shirakawa M., Yamazaki Т., Fujita N., Ishihama A., Kyogoku Y.: «Solution structure of the activator contact domain of the RNA polymerase alpha subunit», Science, 1995, 270, 1495-1497

4 я*

11. Bown J. A., Owens J. T., Meares C. F., Fujita N., Ishihama A., Busby S. J. W., Minchin S. D.: "Organization of open complexes at Escherichia coli promoters. Location of promoter DNA sites close to region 2.5 of the s70 subunit of RNA polymerase", J. Biol. Chem., 1999, 274,2263-2270.

12. Nudler E., Gusarov I., Avetissova E., Kozlov M., Goldfarb A.: "Spatial organization of transcription elongation complex in Escherichia coli", Science, 1998, 281, 424-428.

13. Gaal T., Ross W., Blatter E. E., Tang H., Jia X., Krishnan V. V., Assa-Munt N., Ebright R. H., Gourse R. L.: "DNA-binding determinants of the alpha subunit of RNA polymerase: novel DNA-binding domain architecture", Genes Dev., 1996, 10, 16-26.

14. Reddy B. V., Gopal V., Chatterji D.: "Recognition of promoter DNA by subdomain 4.2 of Escherichia coli sigma 70: a knowledge based model of -35 hexamer interaction with 4.2 helix-turn-helix motif', J. Biomol. Struct. Dyn., 1997,14,407-419

15. Lisser S., Margalit H.: "Compilation of E. coli mRNA promoter sequences", Nucleic Acids Res., 1993, 21,1507-1516.

16. Werel W., Schickor P., Heumann H.: "Flexibility of the DNA enhances promoter affinity of Escherichia coli RNA polymerase", EMBO J., 1991, 10,2589-2594.

17. Kobayashi M., Nagata K., Ishihama A.: "Promoter selectivity of Escherichia coli RNA polymerase: effect of base substitutions in the promoter -35 region on promoter strength", Nucleic Acids Res., 1990, 18, 7367-7372.

18. Schölten M., Tommassen J.: "Effect of mutations in the -10 region of the phoE promoter in Escherichia coli on regulation of gene expression", Mol. Gen. Genet., 1994, 245, 218-223.

19. Ellinger T., Behnke D., Bujard H., Gralla J. D.: "Stalling of Escherichia coli RNA polymerase in the +6 to +12 region in vivo is associated with

1M

tight binding to consensus promoter elements", J. Mol. Biol., 1994, 239, 455-465.

20. Beutel B. A., Record M. T., Jr.: "E. coli promoter spacer regions contain nonrandom sequences which correlate to spacer length", Nucleic Acids Res., 1990,18, 3597-3603.

21. Ross W., Aiyar S. E., Salomon J., Gourse R. L.: "Escherichia coli promoters with UP elements of different strengths: modular structure of bacterial promoters", J. Bacterid., 1998, 180, 5375-5383.

22. Fredrick K., Helmann J. D.: "RNA polymerase sigma factor determines start-site selection but is not required for upstream promoter element activation on heteroduplex (bubble) templates", Proc. Natl. Acad. Sci. U. S.A., 1997,94,4982-4987.

23. Negre D., Bonod-Bidaud C., Oudot C., Prost J. F., Kolb A., Ishihama A., Cozzone A. J., Cortay J. C.: "DNA flexibility of the UP element is a major determinant for transcriptional activation at the Escherichia coli acetate promoter", Nucleic Acids Res., 1997, 25, 713-718.

24. Estrem S. T., Gaal T., Ross W, Gourse R. L.: "Identification of an UP element consensus sequence for bacterial promoters", Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 9761-9766.

25. Chan B., Spassky A., Busby S.: "The organization of open complexes between Escherichia coli RNA polymerase and DNA fragments carrying promoters either with or without consensus -35 region sequences", Biochem. J., 1990, 270,141-148.

26. Bruner M., Bujard H.: "Promoter recognition and promoter strength in the E. coli system", EMBO J., 1987, 6, 3139-3145

27. Rozkot F., Sazelova P., Pivec L.: "A novel method for promoter search enhanced by function-specific subgrouping of promoters-developed and tested on E. coli system", Nucleic Acids Res., 1989, 17, 4799-4815

H5

28. O'Neill M. С.: "Escherichia coli promoters. I. Consensus as it relates to spacing class, specificity, repeat substructure, and three-dimensional organization", J. Biol. Chem., 1989, 264, 5522-5530

29. Ozoline O. N., Deev A. A., Arkhipova M. V.: "Non-canonical sequence elements in the promoter structure. Cluster analysis of promoters recognized by Escherichia coli RNA polymerase", Nucleic Acids Res., 1997, 25, 4703-4709.

30. Ring B. Z, Yarnell W. S., Roberts J. W.: "Function of E. coli RNA polymerase sigma factor sigma 70 in promoter-proximal pausing", Cell, 1996, 86,485-493.

31. Voskuil M. I., Chambliss G. H.: "The -16 region of Bacillus subttlis and other gram-positive bacterial promoters", Nucleic Acids Res., 1998, 26, 3584-3590.

32. Озолинь О. H., Масулис И. С., Часов В. В., Демина Н. Н., Камзолова С. Г.: "Структурно-функциональный анализ T7D промотора и его комплекса с РНК-полимеразой Е. coli", Изв. АН. Сер. хим., 1995, 7, 1369-1374

33. Owens J. Т., Ohmura A. J., Murakami К., Fujita N., Ishihama A., Meares C. F.: "Mapping the promoter DNA sites proximal to conserved regions of sigma 70 in an Escherichia coli RNA polymerase-lacUV5 open promoter complex", Biochemistry, 1998, 37, 7670-7675.

34. Lorimer D. D., Cao J. L., Revzin A.: "Specific sequences downstream from -6 are not essential for proper and efficient in vitro utilization of the Escherichia coli lactose promoter", J. Mol. Biol., 1990, 216, 275-287.

35. Bums H., Minchin S.: "Thermal energy requirement for strand separation during transcription initiation: the effect of supercoiling and extended protein DNA contacts", Nucleic Acids Res; 1994, 22, 3840-3845.

36. Record M. Т., Jr., Reznikoff W. S., Craig M. L., McQuade K. L., Schlax P. J.: "Escherichia coli RNA polymerase (Ea70), promoters, and the kinetics of the steps of transcription initiation", In: Escherichia coli and

Salmonella typhimurium: Cellular and Molecular Biology (Neidhardt F. C., ed.), 2nd edit, V. 1, 792-821, ASM Press, Washington, DC.

37. Li X. Y., McClure W. R.: "Characterization of the closed complex intermediate formed during transcription initiation by Escherichia coli RNA polymerase", J. Biol. Chem., 1998, 273, 23549-23557.

38. Craig M. L., Tsodikov O. V., McQuade K. L., Schlax P. E., Jr., Capp M. W., Saecker R. M., Record M. T., Jr.: "DNA footprints of the two kinetically significant intermediates in formation of an RNA polymerase-promoter open complex: evidence that interactions with start site and downstream DNA induce sequential conformational changes in polymerase and DNA", J. Mol. Biol., 1998, 283(4), 741-756.

39. Buckle M., Pemberton I. K., Jacquet M. A., Buc H,: "The kinetics of sigma subunit directed promoter recognition by E. coli RNA polymerase", J. Mol. Biol., 1999, 285, 955-964.

40. Guo Y., Gralla J. D.: "Promoter opening via a DNA fork junction binding activity", Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 11655-11660.

41. Tsodikov O. V., Craig M. L., Saecker R. M., Record M. T., Jr.: "Quantitative analysis of multiple-hit footprinting studies to characterize DNA conformational changes in protein-DNA complexes: application to DNA opening by Ea70 RNA polymerase", J. Mol. Biol., 1998, 283, 757769.

42. Suh W.-C., Ross W., Record M. T., Jr.: "Evidence for two open complexes at the APR promoter in vitro. Mg2+ is required to open the transcription site", Science, 1993, 259, 358-361.

43. Severinov K., Darst S. A.: "A mutant RNA polymerase that forms unusual open promoter complexes", Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1997, 94, 13481-13486.

44. Li X. Y., McClure W. R.: "Stimulation of open complex formation by nicks and apurinic sites suggests a role for nucleation of DNA melting in

ill

Escherichia coli promoter function", J. Biol. Chem., 1998, 273, 2355823566.

45. Duval-Valentin G., Ehrlich R.: "Dynamic and structural characterisation of multiple steps during complex formation between E. coîi RNA polymerase and the tetR promoter from pSClOl", Nucleic Acids Res., 1987,15, 575594.

46. Ozoiine O. N., Tsyganov M. A.: "Structure of open promoter complexes with Escherichia coli RNA polymerase as revealed by the DNase I footprinting technique: compilation analysis", Nucleic Acids Res., 1995, 23, 4533-4541.

47. Tagami H., Aiba H.: "A common role of CRP in transcription activation: CRP acts transiently to stimulate events leading to open complex formation at a diverse set of promoters", EMBO J, 1998, 17, 1759-1767.

48. Sen R, Nagai H., Hernandez V. J., Shimamoto N.: "Reduction in abortive transcription from the lambdaPR promoter by mutations in region 3 of the sigma70 subunit of Escherichia coli RNA polymerase", J. Biol. Chem., 1998, 273, 9872-9877.

49. Raghavan A., Chatteiji D.: "Guanosine tetraphosphate-induced dissociation of open complexes at the Escherichia coli ribosomal protein promoters rplJ and rpsA PI: nanosecond depolarization spectroscopic studies", Biophys. Chem, 1998, 75, 21-32.

50. Zhou Y. N., Jin D. J.: "The rpoB mutants destabilizing initiation complexes at stringently controlled promoters behave like "stringent" RNA polymerases in Escherichia coli", Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 1998, 95, 2908-2913.

51. Gaal T., Bartlett M. S., Ross W., Turabough C. L., Jr., Gourse R. L.: "Transcription regulation by initiating NTP concentration: rRNA synthesis in bacteria", Science, 1997,278,2092-2097.

JO 0

52. Kubori T., Shimamoto N.: "A branched pathway in the early stage of transcription by Escherichia coli RNA polymerase", J Mol. Biol., 1996, 256,449-457.

53. Kubori T., Shimamoto N.: "Physical interference between Escherichia coli RNA polymerase molecules transcribing in tandem enhances abortive synthesis and misincorporation", Nucleic Acids Res., 1997, 25, 26402647.

54. Metzger W., Schickor P., Meier T., Werel W., Heumann H.: "Nucleation of RNA chain formation by Escherichia coli DNA-dependent RNA polymerase", J. Mol. Biol., 1993, 232, 35-49.

55. Qi F., Turabough C. L., Jr.: "Regulation of codBA operon expression in Escherichia coli by UTP-dependent reiterative transcription and UTP-sensitive transcriptional start switching", J. Mol. Biol., 1995, 254, 552-565

56. Krasilnikova M. M., Samadashwily G. M., Krasilnikov A. S., Mirkin S. M.: "Transcription through a simple DNA repeat blocks replication elongation", EMBO J., 1998, 17, 5095-5102.

57. Parsons M. A., Sinden R. R., Izban M. G.: "Transcriptional properties of RNA polymerase II within triplet repeat-containing DNA from the human myotonic dystrophy and fragile X loci", J. Biol. Chem., 1998, 273, 2699827008.

58. Carver T. E., Jr., Millar D. P.: "Recognition of sequence-directed DNA structure by the Klenow fragment of DNA polymerase I", Biochemistry, 1998, 37,1898-1904.

59. Yager T. D., von Hippel P. H.: "A thermodynamic analysis of RNA transcript elongation and termination in Escherichia coir, Biochemistry, 1991,30, 1097-1118.

60. Uptain S. M., Chamberlin M. J.: "Escherichia coli RNA polymerase terminates transcription efficiently at rho-independent terminators on single-stranded DNA templates", Proc. Natl. Acad. Sei. U. S. A., 1997, 94, 13548-13553.

61. Fedoriw A. M., Liu H., Anderson V. E., de Haseth P. L.: "Equilibrium and kinetic parameters of the sequence-specific interaction of Escherichia coli RNA polymerase with nontemplate strand oligodeoxyribonucleotides, Biochemistry", 1998, 37, 11971-9.

62. Travers A. A.: "DNA bending and kinking", Curr. Opin. Struct. Biol., 1991,1,114-122

63. Travers A., Muskhelishvili G.: "DNA microloops and microdomains: a general mechanism for transcription activation by torsional transmission", J. Mol. Biol., 1998, 279, 1027-1043

64. Burley S. K.: "X-ray crystallographic studies of eukaryotic transcription initiation factors", Philos. Trans. R. Soc. Loud. B (Biol. Sci.), 1996, 351, 483-9

65. Albright R. A., Matthews B. W.: "How Cro and lambda-repressor distinguish between operators: the structural basis underlying a genetic switch", Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998, 95, 3431-3436

66. Suzuki M., Yagi N.: "An in-the-groove view of DNA structures in complexes with proteins", J. Mol. Biol., 1996, 255, 677-687

67. Brown M. L., Schroth G. P., Gottesfeld J. M., Bazett-Jones D. P.: "Protein and DNA requirements for the transcription factor IIIA-induced distortion of the 5 S rRNA gene promoter", J. Mol. Biol., 1996, 262, 600-614

68. Guzikevich-Guerstein G., Shakked Z.: "A novel form of the DNA double helix imposed on the TATA-box by the TATA-binding protein", Nat. Struct. Biol., 1996, 3, 32-37

69. Fairall L., Martin S., Rhodes D.: "The DNA binding site of the Xenopus transcription factor IIIA has a non-B-form structure", EMBO J., 1989, 8, 1809-1817

70. Juo Z. S., Chiu T. K., Leiberman P. M., Baikalov I., Berk A. J., Dickerson R. E.: "How proteins recognize the TATA box", J. Mol. Biol., 1996, 261, 239-254

¡HO

71. Chan P. T., Lebowitz J.: "Site-directed mutagenesis of the -10 region of the lacUV5 promoter. Introduction of dA4.dT4 tract suppresses open complex formation", J. Biol. Chem., 1990, 265, 4091-4097

72. Lingbeck J., Kubinec M. G., Miller J., Reid B. R., Drobny G. P., Kennedy M. A.: "Effect of adenine methylation on the structure and dynamics of TpA steps in DNA: NMR structure determination of [d(CGAGGTTTAAACCTCG)]2 and its A9-methylated derivative at 750 MHz", Biochemistry, 1996, 35, 719-734

73. McAlteer K., Ellis P. D., Kennedy M. A.: "The effects of sequence context on base dynamics at TpA steps in DNA studied by NMR", Nucl. Acids Res., 1995, 23, 3962-3966

74. Lyubchenko Y. L., Shlyakhtenko L. S., Appella E., Harrington R. E.: "CA runs increase DNA flexibility in the complex of lambda Cro protein with the OR3 site", Biochemistry, 1993, 32, 4121-4127

75. Leporc S., Mauffret O., El Antri S., Convert O., Lescot E., Tevanian G., Fermandjian S.: "An NMR study of d(CTACTGCTTTAG).d(CTAAAGCAGTAG) showing hydration water molecules in the minor groove of a TpA step", J. Biomol. Struct. Dyn.,

1998, 16, 639-649

76. Phan A. T., Leroy J. L., Gueron M.: "Determination of the residence time of water molecules hydrating B- DNA and B-DNA, by one-dimensional zero-enhancement nuclear Overhauser effect spectroscopy", J. Mol. Biol.,

1999, 286, 505-519

77. Meiklejohn A. L., Gralla J. D.: "Activation of the lac promoter and its variants. Synergistic effects of catabolite activator protein and supercoiling in vitro", J. Mol. Biol., 1989, 207, 661-673

78. Dethiollaz S., Eichenberger P., Geiselmann J.: "Influence of DNA geometry on transcriptional activation in Escherichia colf\ EMBO. J., 1996, 15, 5449-5458

iHi

79. Flatow U., Rajendrakumar G. V., Garges S.: "Analysis of the spacer DNA between the cyclic AMP receptor protein binding site and the lac promoter", J. Bacteriol., 1996, 178, 2436-2439

80. Ryu S., Garges S., Adhya S.: "An arcane role of DNA in transcription activation", Proc. Natl. Acad. Sei. U. S. A., 1994, 91, 8582-8586

81. Raibaud O., Vidal-Ingigliardi D., Richet E.: "A complex nucleoprotein structure involved in activation of transcription of two divergent Escherichia coli promoters", J. Mol. Biol., 1989, 205, 471-485

82. Richet E., Sogaard-Andersen L.: "CRP induces the repositioning of MalT at the Escherichia coli malKp promoter primarily through DNA bending", EMBO J, 1994, 13, 4558-4567

83. Carpousis A. J., Gralla J. D.: "Interaction of RNA polymerase with lacUV5 promoter DNA during mRNA initiation and elongation. Footprinting, methylation, and rifampicin-sensitivity changes accompanying transcription initiation", J. Mol. Biol., 1985, 183, 165-167

84. Auble D. T., de Haseth P. L.: "Promoter recognition by Escherichia coli RNA polymerase. Influence of DNA structure in the spacer separating the -10 and -35 regions", J. Mol. Biol., 1988, 202, 471-482

85. Straney D. C., Crothers D. M.: "Lac repressor is a transient gene-activating protein", Cell, 1987, 51, 699-707

86. Siebenlist U., Simpson R. B., Gilbert W.: "E. coli RNA polymerase interacts homologously with two different promoters", Cell, 1980, 20, 269281

87. O'Halloran T., Frantz B., Shin M., Ralston D., Wright J.: "The MerR heavy metal receptor mediates positive activation in a topologically novel transcription complex", Cell, 1989,119-129

88. Kuwabara M. D., Sigman D. S.: "Footprinting DNA-protein complexes in situ following gel retardation assays using 1,10-phenanthroline-copper ion: Escherichia coli RNA polymerase-lac promoter complexes", Biochemistry, 1987,26, 7234-7238

iHZ

89. Buckle M, Вис Н.: "Fine mapping of DNA single-stranded regions using base-specific chemical probes: study of an open complex formed between RNA polymerase and the lac UV5 promoter", Biochemistry, 1989, 28, 4388-4396

90. Belyaeva T. A., Bown J. A, Fujita N, Ishihama A., Busby S. J. W.: "Location of the C-terminal domain of the RNA polymerase alpha subunit in different open complexes at the Escherichia coli galactose operon regulatory region", Nucl. Acids Res, 1996, 24, 2243-2241

91. Zarudnaya M. I, Kosaganov Y. N, Lazurkin Y. S, Frank-Kamenetskii M. D, Beabealashvilli R. S, Savochkina L. P.: «The study of DNA-RNA-polymerase complexes by kinetic formaldehyde method», Eur. J. Biochem, 1976, 63, 607-615

92. Адлер В. В, Поверенный А. М, Подгородниченко В. Д, Шапот В. Д.: «Исследование транскрипции с помощью антител к ДНК», Мол. Биол, 1973,7,203-211

93. Heumann Н, Riccetti М, Werel W.: "DNA-dependent RNA polymerase of Escherichia coli induces bending or an increased flexibility of DNA by specific complex formation", EMBO J, 1988, 7, 4379-4381

94. Beabealashvilli R. Sh, Ivanov V. VI, Minchenkova L. E, Savochkina L. P.: "RNA polymerase-DNA complexes. I. The study of the conformation of nucleic acids at the growing point of RNA in an RNA polymerase-DNA system", Biochim. Biophys. Acta, 1972, 259, 35-43

95. Williams R. C, Chamberlin M. J.: "Electron microscope studies of transient complexes formed between Escherichia coli RNA polymerase holoenzyme and T7 DNA", Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 1977, 74, 37403744

96. Heumann H, Lederer H, Baer G, May R. P, Kjems J. K, Crespi H.L.: "Spatial arrangement of DNA-dependent RNA polymerase of Escherichia coli and DNA in the specific complex. A neutron small angle scattering study", J. Mol. Biol, 1988,201, 115-125

m

97. Wu P., Fujimoto B. S., Schurr J. M.: "Time-resolved FPA of short restriction fragments. The friction factor for rotation of DNA about its symmetry axis", Biopolymers, 1987, 26, 1463-1488

98. Robinson В. H., Mailer C., Drobny G.: "Site-specific dynamics in DNA: experiments", Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 1997, 26, 629-658

99. Keyes R. S,, Bobst A. M.: "Detection of internal and overall dynamics of a two-atom-tethered spin-labeled DNA", Biochemistry, 1995, 34, 9265-9276

100. Hustedt E. J., Kirchner J. J., Spaltenstein A., Hopkins P. В., Robinson B. H.: "Monitoring DNA dynamics using spin labels with different independent mobilities", Biochemistry, 1995, 34, 4369-4375

101. Spaltenstein A., Robinson В. H., Hopkins P. В.: "Sequence- and structure-dependent DNA base dynamics: synthesis, structure, and dynamics of site and sequence specifically labeled DNA", Biochemistry, 1989, 28, 94849895

102. Тимофеев В. П., Арутюнян А. И., Петров А. И.: "Сегментальная гибкость одно-, двух- и трехспиральных полирибонуклеотидов по данным метода спин-метки. Образование трехнитчатой полинуклеотидной спирали поли(А*А*и)", Мол. Биол., 1990, 24, 140155

103. Sprous D., Zacharias W., Wood Z. A., Harvey S. C.: "Dehydrating agents sharply reduce curvature in DNAs containing A tracts", Nucleic Acids Res., 1995,23, 1816-1821

104. Dlakic M„ Park K., Griffith J. D„ Harvey S. C, Harrington R. E.: "The organic crystallizing agent 2-methyl-2,4-pentanediol reduces DNA curvature by means of structural changes in A-tracts", J. Biol. Chem., 1996,271, 17911-17919

105.Mandel J. D., Hershey A. D.: "A fractionating column for analysis of nucleic acids", Anal. Biochem., 1960, 1, 66-78

106. Eigner J., Doty P.: "The native, denatured and renatured states of deoxyribonucleic acid", J. Mol. Biol., 1965, 12, 549-561

АЧЧ

107. Артюх Р. И., Постникова Г. Б., Сухоруков Б. И., Камзолова С. Г.: "Изучение спин-меченых ДНК. Химическая модификация ДНК с помощью стабильного радикала 2,2',6,6'-тетраметил-4-бромацетоксипиперидин-1-оксила", Биохимия, 1972, 37, 902-906

108. Barrat М. D., Dodd G. Н., Champan D.: "A spin label for tyrosine residues", Biochim. Biophys. Acta, 1969, 194, 600-607

109. Петров А. И., Постникова Г. Б., Сухоруков Б. И.: "Использование N-(2,2'5,5'-тетраметл-3-карбонилпирролин-1-оксил)имидазола для получения спин-меченых нуклеиновых кислот", Изв. АН СССР, Сер. Химич., 1972, 6, 1453

110. Berg P., Barrett К., Chamberlin М.: "Purification of two forms of Escherichia coli RNA polymerase and of sigma component", Methods Enzymol., 1971,21D, 506-519

111. Jones O. W., Berg P.: "Studies on the binding of RNA polymerase to polynucleotides", J. Mol. Biol., 1966, 22, 199-209

112. Хесин P. Б., Астаурова О. Б., Шемякин М. Ф.; Камзолова С. Г., Маняков В. Ф.:" Изменения свойств РНК полимеразы в комплексах с ДНК и рибонуклеозидтрифосфатами", Мол. биол., 1967, 1, 736-753

4 1 Т> ___"1 _ Т? т-м- ..а. Т? Т>____АТ Л7" тг.„i. ТТ ли . «/->_.__._,.■ ___.........1. : ......

ш>. керопа г., ieiari г., oouei j. i ., isjiscn n. ivi.: uenoiftic polymorphism in the T-even bacteriophages", EMBO J., 1994, 13, 4181-92

114. Мокульская Т. Д., Сметанина Е. П., Мышко Г. Е., Мокульский М. А.: "Вторичная структура ДНК фагов Т4 и Т6", Мол. Биол., 1975, 9. 552555 '

115. Мокульский М. А. и др.: "Вторичная структура ДНК фага Т2", Мол. Биол., 1972, 6, 716-731

116. Любченко Ю. JL, Трифонов Э. Н., Лазуркин Ю. С., Франк-Каменецкий М. Д.: "Обнаружение легкоплавких мест в молекуле ДНК фага Т2", Мол. Биол., 1971, 5, 772-779

117. Баев А. С., Любченко Ю. Л., Лазуркин Ю. С., Трифонов Э. Н., Франк-Каменецкий М. Д.: "Изучение легкоплавких участков ДНК фага Т2 с

помощью электронной микроскопии и кинетического формальдегидного метода", Мол. Биол., 1972, 6, 760-766

118. Cherny D. I., Aleksandrov A. A., Zarudnaya М. I., Kosaganov Yu. N., Lazurkin Yu. S., Beabealashvili R. Sch., Savochkina L. P.: "Investigation of the binding of Escherichia coli RNA polymerase to DNA from bacteriophages T2 and T7 by kinetic formaldehyde method and electron microscopy", Eur. J. Biochem., 1977, 79, 309-17

119. Grove A., Galeone A., Maoyl L., Geiduschek E. P: "On the connection between inherent DNA flexure and preferred binding of hydroxymethyluracil-containing DNA by the type II DNA-binding protein TF1", J. Mol. Biol., 1996,260, 196-206

120. Cox G. S., Conway T. W.: "Template properties of glucose-deficient T-even bacteriophage DNA", J. Virol., 1973, 12,1279-1287

121. Gram H., Liebig H.-D., Hack A., Niggemann E., Ruger W.: "A physical map of bacteriophage T4 including the positions of strong promoters and terminators recognized in vitro", Mol. Gen. Genet., 1984, 194, 232-240

122. Koch Т., Raudonikiene A., Wilkens K., Ruger W.: "Overexpression, purification, and characterization of the ADP-ribosyltransferase (glpAlt) of bacteripohage T4: ADP-ribosylation of is. coli RNA polymerase modulates T4 "early" transcription", Gene Expression, 1995, 4, 253-264

123. Liebig H. D., Ruger W.: "Bacteriophage T4 early promoter regions. Consensus sequences of promoters and ribosome-binding sites", J. Mol. Biol., 1989, 208, 517-536

124. Severinov K., Ross W., Tang H., Goldfarb A., Ebright R. H., Gourse R. L., 1994, Abstract of the 1994 Gargano Meeting, Italy

125. Ellinger Т., Behnke D., Knaus R., Bujard H., Gralla J. D.: "Context-dependent effects of upstream A-tracts.' Stimulation or inhibition of Escherichia coli promoter function", J. Mol. Biol., 1994, 239, 466-475

]4Q>

126. Hirota У., Ohyama Т.: "Adjacent upstream superhelical writhe influences an Esherichia coli promoter as measured by in vivo strength and in vitro open complex formation", J. Mol. Biol., 1995,254, 566-576

127. Wilkens K., Ruger W.: "Transcription from early promoters", in: Bacteriophage T4 (Mathews С. K., Kutter E. M., Mosig G., Berget P. В., eds.), American Society for Microbiology, Washington DC, 1994,132-141

128. Vrielink A., Ruger W., Driessen H. P., Fremont P. S.: "Crystal structure of the DNA-modifying enzyme p-glucosyltransferase in the presence and absence of the substrate uridine diphosphoglucose", EMBO J., 1994, 13, 3413-3422

129. Камзолова С. Г., АртюхР. И., Елфимова JI. И.: "Изучение матричных свойств Т2-ДНК, модифицированной 2,2,6,6-тетраметил-4-бромацетоксипиперидии-1 -оксидом, в РНК-полимеразной системе Е. coli В", Биохимия, 1977, 42, 1117-1122

130. Bobst А. М., Hakam М., Langemeier P. W., Kouidou S.: «Electron spin resonance melting of chemically spin-labeled nucleic acids», Arch. Biochem. Biophys., 1979 194, 171-181

131. Caspary W. J., Greene J. J., Stempel L. M., Ts'o P. O. P.: «Spin labeled nucleic acids» , Nucl. Acids Res., 1976, 3, 847-863

132. Smith C. P., Yamane Т.: «Spin-labeled nucleic acids», Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1969, 62, 1195-1202

133. Weygand-Durasevic I., Susie S.: "Sequence-specific spin labeling of DNA", Biochim. Biophys. Acta, 1990, 1048, 38-42

134. Камзолова С. Г., Калонтаров А. И., Елфимова Л. И., Сухоруков Б. И., Докл. АН СССР, 1973, 208, 245-247

135. Као S.-C., Bobst А. М.: "Local base dynamics and local structural features in RNAand DNA duplexes", Biochemistry, 1985, 24, 5465-5469

136. Bobst E. V., Keyes R. S., Cao У. Y., Bobst A. M.: "Spectroscopic probe for the detection of local DNA bending at an AAA triplet", Biochemistry, 1996,35,9309-9313

m

137. Strobel O. K., Keyes R. S., Sinden R. R., Bobst A. M.: "Rigidity of a B-Z region incorporated into a plasmid as monitored by electron paramagnetic resonance", Arch. Biochem. Biophys., 1995, 324, 357-366

138. Chen J. W., Auteri F. P., Budil D. E., Belford R. L., Clarkson R. B.:" Use of EPR to investigate rotational dynamics of paramagnetic contrast agents", J. Phys. Chem, 1994, 98,13452-13459.

139. Meirovitch E., Igner D., Igner E., Moro G., Freed J. H.: "Electron-spin relaxation and ordering in smectic and supercooled nematic liquid crystals", J. Chem. Phys., 1982, 27, 3915-3939

140. Keyes R. S., Bobst E. V., Cao Y. Y., Bobst A. M.: "Overall and internal dynamics of DNA as monitored by five-atom-tethered spin labels", Biophys. J., 1997, 72, 282-290

141. Bobst A. M., Kao S.-C., Toppin R. C., Ireland J. C., Thomas I. E.: "Dipsticking the major groove of DNA with enzymatically incorporated spin-labeled deoxyuridines by electron spin resonance spectroscopy", J. Mol. Biol, 1984, 173, 63-74

142. Steinhoff H.-J.: «A simple method for determination of rotational correlation times and separation of rotational and polarity effects from EPR spectra of spin-labeled biomolecules in a wide correlation time range», J. Biochem. Biophys. Methods, 17(1988), 237-248

143. Ross W., Gosink K. K., Salomon J., Igarashi K., Zou C., Ishihama A, Severinov K., Gourse R. L.: «A third recognition element in bacterial promoters: DNA binding by the alpha subunit of RNA polymerase», Science, 1993, 262, 1407

144. Yang J., Murakami K., Camakaris H., FujitaN., Ishihama A., Pittard A. J.: "Amino acid residues in the alpha-subunit C-terminal domain of Escherichia coli RNA polymerase involved in activation of transcription from the mtr promoter", J. Bacteriol., 1997, 179, 6187-6191

145. van Ulsen P., Hiliebrand M., Kainz M., Collard R., Zulianello L., van de Putte P., Gourse R. L., Goosen N.: "Function of the C-terminal domain of

■f UP

the alpha subunit of Escherichia coli RNA polymerase in basal expression and integration host factor-mediated activation of the early promoter of bacteriophage Mu'\ J. Bacteriol, 1997,179, 530-537

146. Giladi H, Murakami K, Ishihama A, Oppenheim A. B.: "Identification of an UP element within the IHF binding site at the PL1-PL2 tandem promoter of bacteriophage lambda", J. Mol. Biol, 1996, 260, 484-491

147. Tang Y, Murakami K, Ishihama A, deHaseth P. L.: "Upstream interactions at the lambda pRM promoter are sequence nonspecific and activate the promoter to a lesser extent than an introduced UP element of an rRNA promoter", J. Bacteriol, 1996, 178, 6945-6951

148. Wood L. F, Tszine N. Y, Christie G. E.: "Activation of P2 late transcription by P2 Ogr protein requires a discrete contact site on the C terminus of the alpha subunit of Escherichia coli RNA. polymerase", J. Mol. Biol, 1997, 274, 1-7

149. Perez-Martin I, Rojo F, de Lorezo V.: «Promoters responsive to DNA bending: a common theme in prokaryotic gene expression», Microbiol Rev, 1994, 58, 268

150. Spielmann H. P, Chi D.-Y, HuntN. G, Klein M. P, Hearst J. E, Spinlabeled psoralen probes for the study of DNA dynamics, Biochemistry, 1995, 34(45), 14801-14814

151. Klimaskauskas S, Szyperski T, Serva S, Wuthrich K.: "Dynamic modes of the flipped-out cytosine during Hhal methyltransferase-DNA interactions in solution", EMBO J, 1998, 17, 317-324

152. Kim U. S, Fujimoto B. S, Furlong C. E, Sundstrom J. A, Humbert R, Teller D. C, Schurr J. M.: «Dynamics and structures of DNA: long-range effects of a 16 base-pair (CG)8 sequence on secondary structure», Biopolymers, 1993, 33, 1725-1745

153. Ramsauer V, Aguilar L, Ballester M, Sheardy R. D, Whinkle S. A, Abstracts of the Biophysical Congress, Biophys. J, 1997, 72, A98

ma

154. Schurr J. M., Delrow J. J., Fujimoto B. S., Benight A. S.: "The question of long-range allosteric transitions in DNA", Biopolymers, 1998, 38, 283-308

155. Buckle M., Buc H., Travers A. A.: "DNA deformation in nucleoprotein complexes between RNA polymerase, cAMP receptor protein and the lacUV5 promoter probed by singlet oxygen", EMBO J., 1992, 11, 26192625

156. Muskhelishvili G., Travers A. A., Heumann H., Kahmann R.: "FIS and RNA polymerase holoenzyme form a specific nucleoprotein complex at a stable RNA promoter", EMBO J., 1995, 14, 1446-1452

157. Delrow J. J., Heath P. J., Fujimoto B. S., Schurr J. M.: "Effect of temperature on DNA secondary structure in the absence and presence of 0.5 M tetramethylammonium chloride", Biopolymers, 1998, 45, 503-515

158. Chan S. S., Austin R. H., Mukeiji I., Spiro T. G.: «Temperature-dependent ultraviolet resonance Raman spectroscopy of the premelting state of dA.dT DNA», Biophys. J., 1997, 72, 1512-1520

159. Shatzky-Schwartz M., Arbuckle N. D., Eisenstein M., Rabinovich D., Bareket-Samish A., Haran T. E., Luisi B. F., Shakked Z.: "X-ray and solution studies of DNA oligomers and implications for the structural basis of A-tract-dependent curvature", J. Mol. Biol., 1997, 267, 595-623

160. Gebe J. A., Delrow J. J., Heath P. J., Fujimoto B. S., Stewart D. W., Schurr J. M.: "Effects of Na+ and Mg2+ on the structures of supercoiled DNAs: comparison of simulations with experiments", J. Mol. Biol., 1996, 262, 105-128

161. Heath P. J., Clendenning J. B., Fujimoto B. S., Schurr J. M.: «Effect of bending strain on the torsion elastic constant of DNA», J. Mol. Biol., 1996, 260, 718-730

162. Mishra R. K., Gopal V., Chatteqi D.: «Correlation between the DNA supercoiling and the initiation of transcription by Escherichia coli RNA polymerase in vitro: role of the sequences upstream of the promoter region», FEBS Lett., 1990,260, 273-276

itO

163. Rippe K., Guthold M., von Hippel P. H., Bustamante C.: «Transcriptional activation via DNA-looping: visualization of intermediates in the activation pathway of E. coli RNA polymerase x sigma 54 holoenzyme by scanning force microscopy», J. Mol. Biol., 1997, 270, 125-138

164. Merlitz H., Rippe K., Klenin K.V., Langowski J.: «Looping dynamics of linear DNA molecules and the effect of DNA curvature: a study by Brownian dynamics simulation», Biophys. J., 1998, 74, 773-779

1ST1

Выражаю глубокую признательность моему научному руководителю, Светлане Григорьевне Камзоловой, за постоянное внимание, помощь и советы в работе. Хочу также выразить искреннюю благодарность А. И. Петрову, Р. И. Артюх и Л. Б. Елфимовой за помощь и сотрудничество, Г. Б. Постниковой и Р. И. Жданову за полезные дискуссии и критические замечание во время подготовки диссертации, А. А. Сорокину и Т. Р. Джелядину за помощью при подготовке диссертации.

¡Г2