Изучение нового семейства генов su(mg) у Drosophila melanogaster тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат биологических наук Кривега, Иван Валерьевич

• Кривега, Иван Валерьевич
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Кривега, Иван Валерьевич

Оглавление

Введение.

Цель и задачи исследования.

Список сокращений.

1. Обзор литературы.

1.1 Способы регуляции транскрипции.

1.2 Инсуляторы - регуляторные элементы высших эукариот.

1.3 Инсуляторы различных групп организмов.

1.3.1 Инсуляторы позвоночных.

1.3.1.1 Инсулятор Р-глобинового кластера.

1.3.1.2 Инсулятор igf2/hl9 локуса.

1.3.2 Барьерные элементы дрожжей.

1.3.3 Инсуляторы дрозофилы.

1.3.3.1 Инсуляторы локуса теплового шока.

1.3.3.2 Инсуляторные элементы Bithorax комплекса.

1.3.3.3 Su(Hw) инсулятор.

2. Материалы и методы.

2.1 Характеристика объекта исследования.

2.2 Генетические методы.•.

2.2.1 Линии Drosophila melanogaster, использованные в работе.

2.2.2 Фенотипический анализ экспрессии генов.

2.2.3 Трансформация эмбрионов Drosophila melanogaster и получение трансгенных линий.

2.2.4 Индукция сайт-специфической рекомбинации.

2.2.5 Получение мутации србО47.

2.2.6 Получение рабочих линий Drosophila melanogaster.

2.2.7 Введение мутации в генах east, србО, ср190 и гиперэкспрессии гена east в мух, несущих аллели генов yellow, scute, cut.

2.2.8 Введение мутаций в генах east, србО, mod(mdg4) и гиперэкспрессии гена east в генетические конструкции PfflKII-Su;w+} и P{E-Su;w+}.

2.2.9 Введение гиперэкспрессии гена east в линии, несущие генетическую конструкцию P{PRE(S)YW}, и генетические конструкции, втроенные в теломерные районы хромосом.

2.2.10 Введение гиперэкспрессии гена east в мух, несущих аллели гена su(var)205. 54 2.3 Биохимические методы.

2.3.1 Полимеразная цепная реакция.

2.3.2 Приготовление компетентных клеток и трансформация. Выделение плазмидной ДНК. Рестрикция, лигирование, переосаждение ДНК, гель-электрофорез.

2.3.3 Получение последовательностей кДНК генов.

2.3.4 Получение конструкций, экспрессирющих белки СР60 и Mod(mdg4)67.2.

2.3.5 Получение конструкций для дрожжевой двугибридной системы.

2.3.6 Получение генетических конструкций.

2.3.7 Выделение геномной ДНК Drosophila melanogaster.

2.3.8 Саузерн-блот-анализ.

2.2.9 Дрожжевая двугибридная система.

2.3.10 Задержка в геле комплекса ДНК-белок.

2.3.11 Окраска ядер клеток линии S2.

2.3.12 Окраска ядер клеток имагинальных дисков личинки Drosophila melanogaster

2.3.13 Детекция белков на политенных хромосомах дрозофилы.

2.3.14 Иммунопреципитация хроматина.

2.3.15 Коиммунопреципитация.

3.Результат ы.

3.1 Изучение влияния гена east на функционирование инсулятора в системе аллеля у

3.2 Определение последовательности, ответственной за проявление EAST-зависимой репрессии.

3.2.1 Влияние гиперэкспрессии гена east на аллели yTD гена yellow.

3.2.2 Влияние гиперэкспрессии гена east на производные аллеляу2.

3.4 Участие белков СР60 и EAST в функционировании инсулятора Su(Hw).

3.4.1 Взаимодействие белка СР60 с инсулятором Su(Hw) in vitro.

3.4.2 Взаимодействие белка СР60 и инсулятора Su(Hw) in vivo в клетках линии S2.

3.4.3 Изучение свойств белка СР60 in vivo в клетках Drosophila melanogaster.

3.4.4 Функциональное взаимодействие между белками СР60 и EAST и белками инсуляторного комплекса.

3.5 Влияние белка EAST на функционирование инсулятора Su(Hw) в системах отличных от аллеля у2.

3.5.1 Влияние бека EAST на функционирование генного комплекса achaete-scute.

3.5.2 Влияние белка EAST на функционирование гена cut.

3.5.3 Влияние гена east на функционирование различных репрессионных белковых комплексов.

4. Обсуждение результатов.

4.1 Изучение влияния гена east на функционирование инсулятора в системе аллеля у

4.2 Исследование молекулярных взаимодействий между белками EAST, СР60 и белками инсуляторного комплекса.

4.3 Влияние белка EAST на функционирование различных репрессионных комплексов.

5. Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение нового семейства генов su(mg) у Drosophila melanogaster»

Экспрессия гена регулируется при помощи различных цис- и транс-регуляторных элементов. К цис-регуляторным элементам относятся последовательности ДНК, непосредственно прилежащие к генам, так называемые промоторы, и дистально расположенные энхансеры и сайленсеры. Большинство энхансеров не обладает специфичностью по отношению к промоторам, следовательно должна существовать система, ограничивающая активность энхансера только «правильным» промотором. Предполагается, что в функционировании данной системы значительную роль могут играть инсуляторы. Инсулятор представляет собой последовательность ДНК, которая, находясь между энхансером и промотором, ограничивает их взаимодействие. Таким образом, инсуляторы выполняют важную функцию регуляции транскрипции, определяя какой энхансер должен активировать данный промотор.

На настоящий момент механизм действия инсуляторов полностью не изучен. Существует несколько моделей их функционирования, каждая из которых имеет свои преимущества и недостатки, но практически все они предполагают связь работы инсулятора с ядерной периферией и белками ядерного матрикса. К сожалению, до сих пор не выявлены конкретные белки, входящие в эти ядерные структуры и одновременно влияющие на работу инсулятора. Это направление исследований представляет большой интерес, так как рассматривает инсуляцию как составную часть глобального процесса регуляции транскрипциии в ядре в целом. Выяснение функциональных связей между процессом инсуляции и белками ядерного матрикса позволит понять роль инсуляторов в образовании различных областей ядра: с повышенной и пониженной активностью транскрипции.

В представленной работе было продолжено изучение широко известного Su(Hw)зависимого инсулятора, впервые обнаруженного в последовательности ретротранспозона

МДГ4 у Drosophila melanogaster . Известно, что инсулятор Su(Hw) способен блокировать более 30 известных энхансеров, работающих в разных тканях и на разных этапах развития. Белковый комплекс инсулятора Su(Hw) состоит из трех известных на данный момент белков: связывающегося с ДНК белка Su(Hw), белка Mod(mdg4) и недавно открытого белка CP 190. Мутация в гене mod(mdg4) нарушает связывание кодируемого им белка Mod(mdg4)67.2 с инсуляторным комплексом. Отсутствие белка Mod(mdg4)67.2 приводит к нарушению инсуляции в различных модельных системах. Недавно в нашей лаборатории была обнаружена группа генов su(mg) {suppressor of mod(mdg4)), мутации в которых приводили к восстановлению 8и(Нш)-зависимой инсуляции даже при отсутствии белка Mod(mdg4)67.2. Один из клонированных генов группы su(mg) кодирует белок EAST, который, как предполагается, является компонентом ядерного матрикса. Изучение свойств и функций этого белка позволит более детально понять связь между инсуляцией, ядерным матриксом и транскрипцией.

Цель и задачи исследования

Основной целью данной работы является изучение структуры и функций гена из семейства su(mg), который кодирует белок EAST.

В работе были поставлены следующие задачи:

1. Изучить генетические взаимодействия между геном east и генами, кодирующими белки, входящие в состав инсуляторного комплекса Su(Hw).

2. Найти в составе ретортранспозона МДГ4 последовательность, отвечающую за проявление эффектов гена east.

3. Доказать существование молекулярных взаимодействий между белками EAST, СР60 и белками инсуляторного комплекса.

Список сокращений

1. ПЦР - полимеразная цепная реакция

2. т.п.н. - тысяч пар нуклеотинов

3. п.н. - пар нуклеотидов

4. ДКП - длинный концевой повтор ретротранспозона МДГ4

5. AS-комплекс - генный комплекс achaete-scute

6. DPE - расположенный после ТАТА-бокса промоторный элемент (downstream core promoter element)

7. MTE - последовательность, содержащая 10 пар нуклеотидов, располагающаяся после инициаторной последовательности в промоторе

1. Обзор литературы

Заключение диссертации по теме «Молекулярная генетика», Кривега, Иван Валерьевич

5. Выводы

1. С помощью различных генетических модельных систем, как нативных, так и искусственно созданных, впервые была показана функциональная взаимосвязь между инсуляторными и репрессионными свойствами инсулятора Su(Hw) и уровнем экспрессии генов east и србО. Было показано, что изменение уровня экспрессии генов, кодирующих входящие в инсуляторный комплекс белки, в сочетании с мутациями в генах east и србО, также меняло свойства инсулятора.

2. Установлено, что для проявления эффектов, связанных с экспрессией гена east, необходимы последовательности инсулятора Su(Hw) и длинного концевого повтора из ретротранспозона МДГ4.

3. Впервые показано прямое взаимодействие между белком СР60 и белком СР190, компонентом инсуляторного комплекса, а также взаимодействие между белком СР60 и белком EAST, предполагаемым компонентом ядерного матрикса. Способность белка СР60 связываться с последовательностью инсулятора Su(Hw) и коиммунопреципитация белка СР60 с основным компонентом инсулятора Su(Hw) -белком Mod(mdg4)67.2 подтверждает, что белок СР60 также является компонентом инсуляторного комплекса.

Благодарности

Автор выражает благодарность ЛС.Мельниковой и П.Г.Георгиеву за помощь в работе, консультации и обсуждение полученных результатов, а также М.В.Костюченко и И.А.Волкову за техническую помощь.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Кривега, Иван Валерьевич, 2007 год

1. Ahmad К, Melnick A, Lax S, Bouchard D, Liu J, Kiang C, Mayer S, Takahashi S, Licht J, Prive G. Mechanism of SMRT corepressor recruitment by the BCL6 BTB domain. // Mol. Cell. 2003. V.12. P.1551-1564.

2. Andrulis E, Neiman A, Zappulla D, Sternglanz R. Perinuclear localization of chromatin facilitates transcriptional silencing. //Nature. 1998. V.394. P.592-595.

3. Avramova Z, Tikhonov A. Are scs and scs' 'neutral' chromatin domain boundaries of the locus?//TrendsGenet. 1999. V.15. P.138-139.

4. Babiarz J, Halley J, Rine J. Telomeric heterochromatin boundaries require NuA4-dependent acetylation of histone variant H2A.Z in Saccharomyces cerevisiae. // Genes Dev. 2006. V.20. P.700-710.

5. Baniahmad A, Steiner C, Kohne AC, Renkawitz R. Modular structure of a chicken lysozyme silencer: involvement of an unusual thyroid hormone receptor binding site. // Cell. 1990. V.61. P.505-514.

6. Bell A, Felsenfeld G. Methylation of a CTCF-dependent boundary controls imprinted expression of the Igf2 gene. // Nature. 2000. V.405. P.482-485.

7. Bell A, West A, Felsenfeld G. The protein CTCF is required for the enhancer blocking activity of vertebrate insulators. // Cell. 1999. V.98. P.387-396.

8. Bell A, West A, Felsenfeld G. Insulators and boundaries: versatile regulatory elements in the eukaryotic genome. // Science. 2001. V.291. P.447-450.

9. Bezborodova E, Kulikov A, Georgiev P. A new family of genes which, when mutated, suppress the inhibitory effect of the mod(mdg4)lul mutation on y2 expression in Drosophila melanogaster. //Mol Gen Genet. 1997. V.257. P.83-90.

10. Bi X, Broach J. UASrpg can function as a heterochromatin boundary element in yeast. // Genes Dev. 1999. V.13. P.1089-1101.

11. Bi X., Broach J. Chromosomal boundaries in S. cerevisiae. // Curr.Opin.Gen.Dev. 2001. V. 11. P. 199-204.

12. Blackwood E, Kadonaga J. Going the distance: a current view of enhancer action. // Science. 1998. V.281 P.60-63.

13. Blanton J, Gaszner M, Schedl P. Protein: protein interactions and the pairing of boundary elements in vivo. // Gen.Dev. 2003. V.17. P.664-675.

14. Blobel G. Gene gating: a hypothesis.'// PNAS. 1985. V.82. P.8527-8529.

15. Bondarenko V, Liu Y, Jiang Y, Studitsky V. Communication over a large distance: enhancers and insulators. // Biochem Cell Biol. 2003 V.81. P.241-251.

16. Brasset E, Bantignies F, Court F, Cheresiz S, Conte C, Vaury C. Idefix insulator activity can be modulated by nearby regulatory elements. // Nucleic Acids Research. 2007. V.35. P.2661-2470.

17. Breathnach R, Chambon P. Organization and expression of eucaryotic split genes coding for proteins. // Annu Rev Biochem. 1981. V.50. P.349-383.

18. Brown C, Silver P. Transcriptional regulation at the nuclear pore complex. // Current Opinion in Genetics & Development. 2006. V.17. P. 1-7.

19. Buchner K, Roth P, Schotta G, Krauss V, Saumweber H, Reuter G, Dorn R. Genetic and molecular complexity of the position effect variegation modifier mod(mdg4) in Drosophila. // Genetics. 2000. V.155. P.141-157.

20. Bulger M, Groudine M. Looping versus linking: toward a model for long-distance gene activation. // Genes Dev. 1999. V.13. P.2465-2477.

21. Burgess-Beusse В, Farrell С, Gaszner M, Litt M, Mutskov V, Recillas-Targa F, Simpson M, West A, Felsenfeld G. The insulation of genes from external enhancers and silencing chromatin. //Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 2002. V.99. P. 16433-16437.

22. Burke T, Kadonaga J. Drosophila TFIID binds to a conserved downstream basal promoter element that is present in many TATA-box-deficient promoters. // Genes Dev. 1996. V.10. P.711-724.

23. Burley S, Roeder G. Biochemistry and structural biology of transcription factor IID (TFIID). // Annu Rev Biochem. 1996. V.65. P.769-799.

24. Busturia A, Lloyd A, Bejarano F, Zavortink M, Xin H, Sakonju S. The MCP silencer of the Drosophila Abd-B gene requires both Pleoihomeotic and GAGA factor for the maintenance of repression. //Development. 2001. V.128. P.2163-2173.

25. Butcher R, Chodagam S, Basto R, Wakefield J, Henderson D, Raff J, Whitfield W. The Drosophila centrosome-associated protein CP 190 is essential for viability but not for cell division. //J Cell Sci. 2004 V.117.P.1191-1199.

26. Cai H, Levine M. Modulation of enhancer-promoter interactions by insulators in the Drosophila embryo. //Nature. 1995 V.376. P.533-536.

27. Cai H, Levine M. The gypsy insulator can function as a promoter-specific silencer in the Drosophila embrio. //EMBO J. 1997. V.16. P. 1732-1741.

28. Cai H, Shen P. Effects of cis arrangement of chromatin insulators on enhancer-blocking activity. // Science. V.291. P.493-495.

29. Cam H, Sugiyama T, Chen S, Chen X, Fitzgerald C, Grewal S. Comprehensive analysis of heterochromatin- and RNAi-mediated epigenetic control of the fission yeast genome. // Nat.Genet. 2005. V.37. P.809-819.

30. Capelson M, Corces V. Boundary elements and nuclear organization. // Biol.Cell. 2004. V.96. P.617-629.

31. Capelson M, Corces V. SUMO conjugation attenuates the activity of the gypsy chromatin insulator. //EMBO J. 2006. V.25. P. 1906-1914.

32. Capelson M, Corces V. The Ubiquitin Ligase dTopors Directs the Nuclear Organization of a Chromatin Insulator. // Mol Cell. 2005 V.20. P. 105-116.

33. Casolari J, Brown C, Drubin D, Rando O, Silver P. Develomentally induced changes in transcriptionally programm alter spatial organization across chromosomes. // Gen.Dev.2005. V.19. P.l 188-1198.

34. Casolari J, Brown C, Komili S, West J, Hieronimus H, Silver P. Genome-wide localization of the nuclear transport machinary couples transcriptional status and nuclear organization. //Cell. 2004. V.117. P.427-439.

35. Chan C, Rastelli L, Pirrotta V. A. Polycomb response element in the Ubx gene that determines an epigenetically inherited state of repression. //EMBO J. 1994. V13. P.2553-2564.

36. Chung J, Whitely M, Felsenfeld G. A 5' element of the chicken b-globin domain serves as an insulator in human erythroid cells and protects against position effect in Drosophila. //Cell. 1993. V.74. P.505-514.

37. Cleard F, Moshkin Y, Karch F, Maeda R. Probing long-distance regulatory interactions in the Drosophila melanogaster bithorax complex using Dam identification. // Nat Genet.2006. V.38. P.931-935.

38. Comet I, Savitskaya E, Schuettengruber B, Negre N, Lavrov S, Parshikov A, Jude F, Gracheva E, Georgiev P, Cavalli G. PRE-mediated bypass of two Su(Hw) insulators targets PcG proteins of a downstream promoter. //Dev. Cell. 2006. V. 11. P.l 17-124.

39. Courey A, Jia S. Transcriptional repression: the long and the short of it. // Genes Dev. 2001. V.15. P.2786-2796.

40. Cryderman D, Morris E, Biessmann H, Elgin S, Wallrath L. Silencing at Drosophila telomeres: nuclear organization and chromatin structure play critical roles. // EMBO J. 1999. V.18. P.3724-3735.

41. Cutler G, Perry K, Tjian R. Adf-1 is a nonmodular transcription factor that contains a TAF-binding Myb-like motif. // Mol. Cell Biol. 1998 V. 18. P.2252-2261.

42. Cuvier 0, Hart C, Laemmli U. Identification of a class of chromatin boundary elements. // Mol.Cell Biol. 1998. V.18. P.7478-7486.

43. Dekker J, Rippe K, Dekker M, Kleckner N. Capturing chromosome conformation. // Science. 2002. V.295. P.1306-1311.

44. Denning D, Mykytka B, Allen N, Huang L, Al B, Rexach M. The nucleoporin Nup60p functions as a Gsplp-GTP-sensitive tether for Nup2p at the nuclear pore complex. // J.Cell Biol. 2001. V.154. P.937-950.

45. Dilworth D, Suprapto A, Padovan J, Chait B, Wozniak R, Rout M, Aitchison J. Nup2p dynamically associates with the distal regions of the yeast nuclear pore complex. // J.Cell Biol. 2001. V.153. P. 1465-1478.

46. Donze D, Kamakaka R. RNA polymerase III and RNA polymerase II promoter complexes are heterochromatin barriers in Saccharomyces cerevisiae. // EMBO J. 2001. V.20. P.520-531.

47. Donze D., Adams C, Rine J, Kamakaka R. The boundaries of the silenced HMR domain in Saccharomyces cerevisiae. // Genes Dev. 1999. V.13. P.698-708.

48. Dorn R, Morawietz H, Reuter G, Saumweber H. Identification of an essential Drosophila gene that is homologous to the translation initiation factor eIF-4A of yeast and mouse. // Mol. Gen. Genet. 1993. V.237. P.233-240.

49. Dorsett D. Distant liaisons: long-range enhancer-promoter interactions in Drosophila. // Curr.Opin.Genet.Dev. 1999. V.9. P.505-514.

50. Drissen R, Palstra R, Gillemans N, Splinter E, Grosveld F, Philipsen S, de Laat W. The active spatial organization of the J3-globin locus requires the transcription factor EKLF. // Genes Dev. 2004. 18. P.2485-2490.

51. Duncan I. The bithorax complex. // Annu.Rev.Genet. 1987. V.21. P.285-319.

52. Dvir A, Conaway J, Conaway R. Mechanism of transcription initiation and promoter escape by RNA polymerase II.//Curr.Opin.Genet.Dev. 2001. V.ll. P.209-214.

53. Eggert H, Gortchakov A, Saumweber H. Identification of the Drosophilainterband-specific protein Z4 as a DNA-binding zinc-finger protein determining chromosomal structure. //J. of Cell Science. 2004. V.117. P.4253-4264.

54. Eissenberg J, Morris G, Reuter G, Hartnett T. The heterochromatin-associated protein HP-1 is an essential protein in Drosophila with dosage-dependent effects on position-effect variegation. //Genetics. 1992. V.131. P.345-352.

55. Emerson B. Specificity of gene regulation. // Cell. 2002. V.109. P.267-270.

56. Engel N, Bartolomei S. Mechanisms of insulator function in gene regulation and genomic imprinting. //Int.Rev.Cytol. 2003. V.232. P.89-127.

57. Engel N, Thorvaldsen J, Bartolomei M. CTCF binding sites promote transcription initiation and prevent DNA methylation on the maternal allele at the imprinted H19/Igf2 locus. // Hum.Mol.Genet. 2006. V.15. P.2945-2954.

58. Engel N, West A, Felsenfeld G, Bartolomei S. Antagonism between DNA hypermethylation and enhancer-blocking activity at the H19DMDis uncovered by CpG mutations. //Nat.Genet. 2004. V.36. P.883-888.

59. Erlich H. PCR technology. // Stockton Press. New York. 1989.

60. Espinas M, Jimenez-Garcia E, Vaquero A, Canudas S, Bernues J, Azorin F. The N-terminal POZ domain of GAGA mediates the formation of oligomers that bind DNA with high affinity and specificity. //J.Biol.Chem. 1999. V.274. P. 16461-16469.

61. Farkas G, Leibovitch B, Elgin S. Chromatin organization and transcriptional control of gene expression in Drosophila. // Gene. 2000. V.253. P.l 17-136.

62. Farrell C, West A, Felsenfeld G. Conserved CTCF insulator elements flank the mouse and human P-globin loci. //Mol.Cell.Biol. 2002. V.22. P.3820-3831.

63. Fedoriw A, Stein P, Svoboda P, Schultz R, Bartolomei M. Transgenic RNAi reveals essential function for CTCF in H19 gene imprinting. // Science. 2004. V.303. P.238-240.

64. Filippova G, Thienes C, Penn B, Cho D, Hu Y, Moore J, Klesert T, Lobanenkov V, Tapscott S. CTCF-binding sites flank CTG/CAG repeats and form a methylation-sensitive insulator at the DM1 locus. // Nat.Genet. 2001. V.28 P.335-343.

65. Fourel G, Boscheron C, Revardel E, Lebrun E, Hu Y, Simmen K, Muller K, Li R, Mermod N, Gilson E. An activationindependent role of transcription factors in insulator function. //EMBO Rep. 2001. V.2. P. 124-132.

66. Fourel G, Revardel E, Koering C, Gilson E. Cohabitation of insulators and silencing elements in yeast subtelomeric regions. //EMBO J. 1999. V.18. P.2522-2537.

67. Galy V, Olivo-Marin J, Scherthan H, Doye V, Rascalou N, Nehrbass U. Nuclear pore complexes in the organization of silent telomeric chromatin. // Nature. 2000. V.403. P.108-112.

68. Gaszner M, Felsenfeld G. Insulators: exploiting transcriptional and epigenetic mechanisms. //Nature Reviews Genetics. 2006. V.7. P.703-713.

69. Gaszner M, Vazquez J, Schedl P. The Zw5 protein, a component of the scs chromatin domain boundary, is able to block enhancer-promoter interaction. // Genes.Dev. 1999. V.13. P.2098-2107.

70. Gause M, Hovhannisyan H, Kan T, Kuhfittig S, Mogila V, Georgiev P. hobo Induced rearrangements in the yellow locus influence the insulation effect of the gypsy su(Hw)-binding region in Drosophila melanogaster. // Genetics. 1998 V.149. P. 1393-1405.

71. Gause M, Morcillo P, Dorsett D. Inhibition of enhancer-promoter communication by a gypsy transposon insert in the Drosophila cut gene: cooperation between Suppressor of Hairy-wing and Modifier of mdg4 proteins. //Mol.Cell Biol. 2001. V.21. P.4807-4817.

72. Gdula D, Corces V. Characterization of functional domains of the su(Hw) protein that mediate the silencing effect of mod(mdg4) mutations. // Genetics. 1997. V.145. P. 153161.

73. Georgiev P, Corces V. The Su(Hw) protein bound to gypsy sequences in one chromosome can repress enhancer-promoter interactions in the paired gene located in the other homolog. //Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 1995. V.92. P.5184-5188.

74. Georgiev P, Korochkina S, Georgieva S, Gerasimova T. Mitomycin С induces genomic rearrangements involving transposable elements in Drosophila melanogaster. // Mol.Gen.Genet. 1990. V.220. P.229-233.

75. Georgiev P, Kozycina M. Interaction between mutations in the suppressor of Hairy wing and modifier of mdg4 genes of Drosophila melanogaster affecting the phenotype of gypsy-induced mutations. // Genetics. 1996. V.142. P.425-436.

76. Gerasimova T, Byrd K, Corces V. A chromatin insulator determines the nuclear localization of DNA. // Mol Cell. 2000. V.6. P. 1025-1035.

77. Gerasimova T, Corces V. Polycomb and Trithorax group proteins mediate the function of a chromatin insulator. // Cell. 1998. V.92. P.511-521.

78. Geyer P, Clark I. Protecting against promiscuity: the regulatory role of insulators. // Cell. Mol. Life Sci. 2002. V.59. P.2112-2127.

79. Geyer P, Corces V. DNA position-specific repression of transcription by a Drosophila zinc finger protein. // Genes Dev. 1992. V.6. P. 1865-1873.

80. Geyer P, Corces V. Separate regulatory elements are responsible for the complex pattern of tissue-specific and developmental transcription of the yellow locus in Drosophila melanogaster. // Genes Dev. 1987. V. 1. P.996-1004.

81. Geyer P. The role of insulator elements in defining domains of gene expression. // Curr.Opin.Genet.Dev. 1997. V.7. P.242-248.

82. Ghosh D, Gerasimova T, Corces V. Interactions between the Su(Hw) and Mod(mdg4) proteins required for gypsy insulator function. // EMBO J. 2001. V.20. P.2518-2527.

83. Glass С, Rosenfeld M. The coregulator exchange in transcriptional functions of nuclear receptors. // Genes Dev. 2000. V.14 P. 121-141.

84. Glover D, Leibowitz M, McLean D, Parry H. Mutations in aurora preventcentrosome separation leading to the formation of monopolar spindles. // Cell. 1995. V.81. P.95-105.

85. Golovnin A, Birukova I, Romanova 0, Silicheva M, Parshikov A, Savitskaya E, Pirrotta V, Georgiev P. An endogenous Su(Hw) insulator separates the yellow gene from the Achaetescute gene complex in Drosophila. // Development. 2003. V.130. P.3249-3258.

86. Golovnin A, Mazur A, Kopantseva M, Kurshakova M, Gulak P, Gilmore B, Whitfield W, Geyer P, Pirrotta V, Georgiev P. Integrity of the Mod(mdg4)-67.2 BTB domain is critical to insulator function in Drosophila. //.Mol.Cell Biol. 2007. V.27. P.963-974.

87. Gortchakov A, Eggert H, Gan M, Mattow J, Zhimulev I, Saumweber H. Chriz, a chromodomain protein specific for the interbands of Drosophila melanogaster polytene chromosomes. // Chromosoma. 2005. V.l 14. P.54-66.

88. Gotta M, Laroche T, Formenton A, Maillet L, Scherthan H, Gasser S. The clustering of telomeres and colocalization with Rapl, Sir3, and Sir4 proteins in wild-type Saccharomyces cerevisiae. // J.Cell Biol. 1996. V.l34 P. 1349-1363.

89. Grewal S, Elgin S. Heterochromatin: new possibilities for the inheritance of structure. // Curr.Opin.Genet.Dev. 2002. V.12. P.-178-187.

90. Guasconi V, Souidi M, Ait-Si-Ali S. Nuclear Positioning, Gene Activity and Cancer. // Cancer Biology & Therapy. 2005. V. 4. P.134-138

91. Haldar D, Kamakaka R. tRNA genes as chromatin barriers. // Nat.Struct.Mol.Biol. 2006. V.13. P.192-193.

92. Hampsey M. Molecular genetics of the RNA polymerase II general transcription machinery. // Microbiology and Molecular Biology Reviews. 1998. V.62. P.465-503.

93. Hark A, Schoenherr C, Katz D, Ingram R, Levorse J, Tilghman S. CTCF mediates methylation-sensitive enhancer-blocking activity at the H19/Igf2 locus. // Nature. 2000. V.405. P.486-489.

94. Harrison D, Gdula D, Coyne R, Corces V. A leucine zipper domain of the suppressor of Hairy-wing protein mediates its repressive effect on enhancer function. // Gen.Dev. 1993. V.7. P. 1966-1978.

95. Hart C, Cuvier O, Laemmli U. Evidence for an antagonistic relationship between the boundary element-associated factor BEAF and the transcription factor DREF. // Chromosoma. 1999. V.108. P.375-383.

96. Hart C, Zhao K, Laemmli U. The scs' boundary element: characterization of boundary element-associated factors. //Mol.Cell Biol. 1997. V.17 P.999-1009.

97. Holmgren C, Kanduri C, Dell G, Ward A, Mukhopadhya R, Kanduri M, Lobanenkov V, Ohlsson R. CpGmethylation regulates the Igf2/H19 insulator. // Curr.Biol. 2001. V. 11. P. 1128-1130.

98. Holohan E, Kwong C, Adryan B, Bartkuhn M, Herald M, Renkawitz R, Russell S, White R. CTCF genomic binding sites in Drosophila and the organisation of the bithorax complex. // PLoS Genetics. 2007. V.3. P.el 12.

99. Ishii K, Arib G, Lin C, Van Houwe G, Laemmli U. Chromatin boundaries in budding yeast: the nuclear pore connection. // Cell. 2002. V.109. P.551-562.

100. Jack J, Dorsett D, Delotto Y, Liu S. Expression of the cut locus in the Drosophila wing margin is required for cell type specification and is regulated by a distant enhancer. //Development. 1991. V.113. N3 P.735-747.

101. Karch F, Galloni M, Sipos L, Gausz J, Gyurkovics H, Schedl P. Мер and Fab-7: molecular analysis of putative boundaries of cis-regulatory domains in the bithorax complex of Drosophila melanogaster. //Nucleic Acids Res. 1994. V.22. P.3138-3146.

102. Karess R, Rubin G. Analysis of P transposable element functions in Drosophila. // Cell. 1984. V.38 P.135-146.

103. Kato Y, Sasaki H. Imprinting and looping: epigenetic marks control interactions between regulatory elements. // BioEssays. 2005. V.27. P. 1-4.

104. Katsani K, Hajibagheri M, Verrijzer C. Co-operative DNA binding by GAGA transcription factor requires the conserved BTB/POZ domain and reorganizes promoter topology. // EMBO J. 1999. V. 18. P.698-708.

105. Kellogg D, Oegema K, RafF J, Schneider K, Alberts В. CP60: a microtubule-associated protein that is localized to the centrosome in a cell cycle-specific manner. //Mol.Biol.Cell. 1995. V.6. P. 1673-1684.

106. Kellum R, Schedl P. A group of scs elements function as domain boundaries in an enhancer-blocking assay. //Mol. Cell-Biol. 1992. V.12. P.2424-2431.

107. Kim J, Shen B, Rosen C, Dorsett D. The DNA-binding and enhancer-blocking domains of the Drosophila suppressor of hairy-wing protein. // MCB. 1996. V.16. P.3381-3392.

108. Kimura A, Horikoshi M. Partition of distinct chromosomal regions: negotiable border and fixed border. // Genes Cells 2004. V.9. P.499-508.

109. Kimura A, Umehara T, Horikoshi M. Chromosomal gradient of histone acetylation established by Sas2p and Sir2p functions as a shield against gene silencing. // Nat.Genet. 2002. V.32. P.370-377.

110. Kobor M, Venkatasubrahmanyam S, Meneghini M, Gin J, Jennings J, Link A, Madhani H, Rine J. A protein complex containing the conserved Swi2/Snf2-related ATPase Swrlp deposits histone variant H2A.Z into euchromatin. // PLoS Biol. 2004. V.2. P.E131.

111. Kurshakova M, Maksimenko O, Golovnin A Pulina M, Georgieva S, Georgiev P, Krasnov A. Evolutionarily conserved E(y)2/Susl protein is essential for the barrier activity of Su(Hw)-dependent insulators in Drosophila. // Mol Cell. 2007. V.27. P.332-338.

112. Kyrchanova O, Toshchakov S, Parshikov A, Georgiev P. Drosophila bithorax complex: effects of insulator pairing on the enhancer-promoter communication. // Mol Cell Biol. 2007 V.27. P.3035-3043.

113. Labrador M, Corces, V. Setting the boundaries of chromatin domains and nuclear organization. // Cell. 2002. V.l 11. P. 151-154.

114. Lee J. Molecular links between X-inactivation and autosomal imprinting: X-inactivation as a driving force for the evolution of imprinting? // Curr Biol. 2003. V.13. P.R242-R254.

115. Lee T, Young R. Transcription of eukaryotic protein-coding genes. // Annu Rev Genet. 2000. V.34. P.77-137.

116. Lefstin J, Yamamoto K. Allosteric effects of DNA on transcriptional regulators. // Nature. 1998. V.392 P.885-888.

117. Lei E, Corces V. RNA interference machinery influences the nuclear organization of a chromatin insulator. // Nat Genet. 2006. V.38. P.936-941.

118. Lemon B, Tjian R. Orchestrated response: a symphony of transcription factors for gene control. // Genes Dev. 2000. V.14. P.2551-2569.

119. Lewis A, Mitsuya K, Constancia M, Reik W. Tandem repeat hypothesis in imprinting: deletion of a conserved direct repeat element upstream of hl9 has no effect on imprinting in the igf2-hl9 region. // Mol.Cell.Biol. 2004. V.24. P.5650-5656.

120. Lieb J, Liu X, Botstein D, Brown P. Promoter-specific binding of Rapl revealed by genome-wide maps of protein-DNA association. //Nat.Genet. 2001. V.28. P.327-334.

121. Lim C, Santoso B, Boulay T, Dong E, Ohler U, Kadonaga J. The MTE, a new core promoter element for transcription by RNA polymerase II. // Genes Dev. 2004. V. 18. P. 1606-1617.

122. Lindsley D, Zimm G. The genome of Drosophila melanogaster. // Academic Press. New York. 1992.

123. Ling J, Li T, Hu J, Vu T, Chen H, Qiu X, Cherry A, Hoffman A. CTCF Mediates Interchromosomal Colocalization Between Igf2/H19 and Wsbl/Nfl. // Science. 2006. V.312. P.269-272.

124. Lucchesi J, Kelly W, Panning B. Chromatin remodeling in dosage compensation. // Annu Rev Genet. 2005. V.39. P.615-651.

125. Lutz M, Burke L, LeFevre P, Myers F, Thome A, Crane-Robinson C, Bonifer C, Filippova G, Lobanenkov V, Renkawitz R. Thyroid hormone-regulated enhancer blocking: cooperation of CTCF and thyroid hormone receptor. // EMBO J. 2003. V.22. P. 1579-1587.

126. Maillet L, Gaden F, Brevet V, Fourel G, Martin S, Dubrana K, Gasser S, Gilson E. Ku-deficient yeast strains exhibit alternative states of silencing competence. // EMBO Rep. 2001. V.2. P.203-210.

127. Marlor R, Parkhurst S, Corces V. The Drosophila melanogaster gypsy transposable element encodes putative gene products homologous to retroviral proteins. // Mol Cell Biol. 1986. V.6. P. 1129-1134.

128. Mazo A., Mizrokhi L., Karavanov A. Sedkov Y, Krichevskaja A, Ilyin Y. Suppression in Drosophila: su(Hw) and su(f) gene products interact with a region of mdg4 (gypsy) regulating its transcriptional activity. //EMBO J. 1989. V.8. P.903-911.

129. McKenna N, O'Malley B. Combinatorial control of gene expression by nuclear receptors and coregulators. // Cell. 2002. V.108. P.465-474.

130. Melnick A, Carlile G, Ahmad K, Kiang C, Corcoran C, Bardwell V, Prive G, Licht J. Critical residues within the BTB domain of PLZF and Bcl-6 modulate interaction with corepressors. //MCB. 2002. V.22. P. 1804-1818.

131. Melnikova L, Georgiev P. Drosophila telomeres: the non-telomerase alternative. H Chromosome Res. 2005. V.13. P.431-441.

132. Melnikova L, Georgiev P. Enhancer of terminal gene conversion, a new mutation in Drosophila melanogaster that induces telomere elongation by gene conversion. II Genetics. 2002. V.162. P. 1301-1312.

133. Meneghini M, Wu M, Madhani H. Conserved histone variant H2A.Z protects euchromatin from the ectopic spread of silent heterochromatin. // Cell. 2003. V.l 12. P.725-736.

134. Mihaly J, Hogga I, Barges S, Galloni M, Mishra R, Hagstrom K, Muller M, Schedl P, Sipos L, Gausz J, Gyurkovics H, Karch F. Chromatin domain boundaries in the bithorax complex. // Cell Mol. Life Sci. 1998. V.54. P.60-70.

135. Mikhailovsky S, Belenkaya T, Georgiev P. Broken chromosomal ends can be elongated by conversion in Drosophila melanogaster. // Chromosoma. 1999. V.l08. P. 114-120.

136. Minervini C, Marsano R, Casieri P, Fanti L, Caizzi R, Pimpinelli S, Rocchi M, Viggiano L. Heterochromatin protein 1 interacts with 5'UTR of transposable element ZAM in a sequence-specific fashion. // Gene. 2007. V.393. P.l-10.

137. Modolell J, Campuzano S. The achaete-scute complex as an integrating device. // Int J Dev Biol. 1998. V.42. N3. P.275-282.

138. Mogila V, Ladvishenko A, Simonova O, Gerasimova T. Intragenic suppression: Stalker, a retrovirus-like transposable element, can compensate for a deficiency at the cut locus of Drosophila melanogaster. // Genetica. 1992. V.86. P.305-311.

139. Muller M, Hagstrom K, Gyurkovics H, Pirrotta V, Schedl P. The Мер element from the Drosophila melanogaster bithorax complex mediates long-distance regulatory interactions. //Genetics. 1999. V.153. P.1333-1356.

140. Muravyova E, Golovnin A, Gracheva E, Parshikov A, Belenkaya T, Pirrotta V, Georgiev P. Loss of insulator activity by paired Su(Hw) chromatin insulators. // Science. 2001. V.291. P.495-498.

141. Murrell A, Heeson S, Reik W. Interaction between differentially methylated regions partitions the imprinted genes Igf2 and HI9 into parent-specific chromatin loops. // 2004. Nat.Genet. V.36. P.889-893.

142. Mutskov V, Farrell C, Wade P, Wolffe A, Felsenfeld G. The barrier function of an insulator couples high histone acetylation levels with specific protection of promoter DNA from methylation. // Genes Dev. 2002. V.16. P.1540-1554.

143. Myer VE, Young RA. RNA polymerase II holoenzymes and subcomplexes. // J Biol Chem. 1998. V. 273. P.27757-27760.

144. Nabirochkin S, Ossokina M, Heidmann T. A nuclear matrix/scaffold attachment region co-localizes with the gypsy retrotransposon insulator sequence. // J.Biol.Chem. 1998. V.273. P.2473-2479.

145. Narlikar G, Fan H, Kingston R. Cooperation between complexes that regulate chromatin structure and transcription. // Cell. 2002. V.108. P.475-487.

146. Noma K, Allis C, Grewal S. Transitions in distinct histone H3 methylation patterns at the heterochromatin domain boundaries. // Science. 2001. V.293. P.l 150-1155.

147. Noma К, Cam H, Maraia R, Grewal S. A Role for TFIIIC transcription factor complex in genome organization. // Cell. 2006. V.125. P.859-872.

148. Oegema K, Marshall W, Sedat J, Alberts B. Two proteins that cycle asynchronously between centrosomes and nuclear structures: Drosophila CP60 and CP 190. //Journal of Cell Science. 1997. V.110. P.1573-1583.

149. Oki M, Kamakaka R. Barrier function at HMR. // Mol.Cell. 2005. V.19. P.707-716.

150. Oki M, Valenzuela L, Chiba T, Ito T, Kamakaka T. Barrier proteins remodel and modify chromatin to restrict silenced domains. // Mol.Cell.Biol. 2004. V.24. P.1956-1967.

151. Orphanides G, Lagrange T, Reinberg D. The general transcription factors of RNA polymerase II. // Genes Dev. 1996. V. 10 P.2657-2683.

152. Orphanides G, Reinberg D. A unified theory of gene expression // Cell. 2002. V.108 P.439-451.

153. Pagans S, Ortiz-Lombardia M, Espinas M, Bernues J, Azorin F. The Drosophila transcription factor tramtrack (TTK) interacts with Trithorax-like (GAGA) and represses GAGA-mediated activation. //NAR. 2002. V.30. P.4406-4413.

154. Pai C, Lei E, Ghosh D, Corces V. The centrosomal protein CP 190 is a component of the gypsy chromatin insulator. //Mol.Cell. 2004. V.16. P.737-748.

155. Parnell T, Kuhn E, Gilmore B, Helou C, Wold M, Geyer P. Identification of Genomic Sites That Bind the Drosophila Suppressor of Hairy-wing Insulator Protein. // Mol.Cell.Biol. 2006. V.26. N.16. P.5983-5993.

156. Paule M, White R. Survey and summary: transcription by RNA polymerases I and III. //NAR. 2000. V.28. P. 1283-1298.

157. Pryde F, Louis E. Limitations of silencing at native yeast telomeres. // EMBO J.1999. V.18. P.2538-2550.

158. Ptashne M. Gene regulation by proteins acting nearby and at a distance. // Nature. 1986. V.322. P.697-701.

159. Qi H, Rath U, Ding Y, Ji Y, Blacketer J, Girton J, Johansen J, Johansen K. EAST interacts with Megator and localizes to the putative spindle matrix during mitosis in Drosophila. // J Cell Biochem. 2005. V.95. P. 1284-1291.

160. Raisner R, Madhani H. Patterning chromatin: form and function for H2A.Z variant nucleosomes. // Curr.Opin.Genet.Dev. 2006. V.16. P.l 19-124.

161. Ramos E, Ghosh D, Baxter E, Corces V. Genomic organization of gypsy-like chromatin insulators in Drosophila melanogaster. // Genetics. 2006. V.172. P.2337-2349.

162. Reed M, Riggs A Mann J. Deletion of a direct repeat element has no effect on Igf2 and HI9 imprinting. //Mamm.G.enome. 2001. V.12. P.873-876.

163. Ripoche M, Chantal K, Poirier F, Dandolo L. Deletion of the HI 9 transcription unit reveals the existence of a putative imprinting control element. // Genes Dev. 1997. V. 11. P. 1596-1604.

164. Roeder R. Role of general and gene-specific cofactors in the regulation of eukaryotic transcription. // Cold Spring Harbor Symp Quant Biol. 1998. V.58. P.201-218.

165. Roseman R., Pirrotta V., Geyer P. The Su(Hw) protein insulates expression of the Drosophila melanogaster white gene from chromosomal position-effects. // EMBO J. 1993. V.12. P.435-442.

166. Rubin G, Sprandling A. Genetic transformation of Drosophila with transposable element vectors. // Science. 1982. V.218. P.348-353.

167. Rusche L, Kirchmaier A, Rine J. The establishment, inheritance, and function of silenced chromatin in Saccharomyces cerevisiae. // Annu. Rev.Biochem. 2003. V.12. P.481-516.

168. Sambrook J, Fritsch E, Maniatis T. Molecular Cloning. A laboratory manual. // CSHL Press. 2001.

169. Schmid M, Arib G, Laemmli C, Nishikawa J, Durussel T, Laemmli U. Nup-PI: The nucleopore-promoter interaction genes in yeast. // Mol.Cell. 2006. V.21. P.379-391.

170. Schoenherr C, Levorse J, Tilghman S. CTCF maintains differential methylation at the Igf2/H19 locus. //Nat.Genet. 2003. V.33. P.66-69.

171. Schweinsberg S, Hagstrom K, Gohl D, Schedl P, Kumar R, Mishra R, Karch F. The enhancerblocking activity of the Fab-7 boundary from the Drosophila bithorax complex requires GAGA-factor-binding sites. // Genetics. 2004. V.168. P.1371-1384.

172. Schweinsberg S, Schedl P. Developmental modulation of Fab-7 boundary function. //Development. 2004. V.131. P.4743-4749.

173. Scott K, Merrett S, Willard H. A heterochromatin barrier partitions the fission yeast centromere into discrete chromatin domains. // Curr.Biol. 2006. V.16. P. 119-129.

174. Scott К., Geyer P. Effects of the Su(Hw) insulator protein on the expression of the divergently transcribed Drosophila yolk protein genes. // EMBO J. 1995. V.14. P.6258-6279.

175. Scott K., Taubman A., Geyer P. Enhancer blocking by the Drosophila gypsy insulator depends upon insulator anatomy and enhancer strength. // Genetics. 1999. V. 153. P. 787-798.

176. Shen B, Kim J, Dorsett D. The enhancer-blocking suppressor of hairy-wing zinc finger protein of Drosophila melanogaster alters DNA structure. // MCB. 1994. V.14. P.5645-5652.

177. Sipos L, Gyurkovics H. Long-distance interactions between enhancers and promoters. // FEBS J. 2005. V.272. P.3253-3259.

178. Smale S. Core promoters: active contributors to combinatorial gene regulation. // Genes Dev. 2001. V. 15. P. 2503-2508.

179. Smale S. Transcription initiation from TATA-less promoters within eukaryotic protein-coding genes. // Biochim Biophys Acta. 1997. V.1351 P.73-88.

180. Smith P., Corces V. The suppressor of Hairy-wing binding region is required for gypsy mutagenesis. //Mol.Gen.Genet. 1992. V.233. P.65-70.

181. Spana C, Corces V. DNA bending is a determinant of binding specificity for a Drosophila zink finger protein. // Genes Dev. 1990. V.4. P.1505-1515.

182. Spana C, Harrison D, Corces V. The Drosophila melanogaster supressor of Hairy wing protein binds to specific sequences of the gypsy retrotransposon. // Genes Dev. 1988. V.2. P. 1414-1423.

183. Sparago A, Cerrato F, Vernucci M, Ferrero G, Silengo M, Riccio A. Microdeletions in the human H19 DMR result in loss of IGF2 imprinting and Beckwith-Wiedemann syndrome. //Nat.Genet. 2004. V.36. P.958-960.

184. Splinter E, Heath H, Kooren J, Palstra R, Klous P, Grosveld F, Galjart N, de Laat W. CTCF mediates long-range chromatin looping and local histone modification in the P-globin locus. // Gen.Dev. 2006. V.20. P.2349-2354.

185. Stadnick M, Pieracci F, Cranston M, Taksel E, Thorvaldsen J, Bartolomei M. Role of a 461 bp G-rich repetitive element in H19 transgene imprinting. // Dev.Genes Evo. 1999. V.209. P.239-248.

186. Strahl B, Allis C. The language of covalent histone modifications. // Nature. 2000. V.403. P.41-45.

187. Strambio-de-Castillia C, Blobel G, Rout M. Proteins connecting the nuclear pore complex with the nuclear interior. // J.Cell Biol. 1999. V.144. P.839-855.

188. Struhl K. Promoters, activator proteins, and the mechanism of transcriptional initiation in yeast. //Cell. 1987. V.49. P.295-297.

189. Struhl, K. Fundamentally different logic of gene regulation in eukaryotes and prokaryotes. // Cell. 1999. V.98. P. 1-4.

190. Suka N, Luo K, Grunstein M. Sir2p and Sas2p opposingly regulate acetylation of yeast histone H4 Iysinel6 and spreading of heterochromatin. // Nat.Genet. 2002. V.32. P.378-383.

191. Sun F, Cuaycong M, Craig C, Wallrath L, Locke J, Elgin S. The fourth chromosome of Drosophila melanogaster: interspersed euchromatic and heterochromatic domains. // Proc. Natl. Acad. Sci. 2000. V.97. P.5340-5345.

192. Sun F, Elgin S. Putting boundaries on silence. // Cell. 1999. V.99. P.459-462.

193. Szabo P, Tang S, Rentsendorj A, Pfeifer G, Mann J. Maternal-specific footprints at putative CTCF sites in the HI 9 imprinting control region give evidence for insulator function. // Curr.Biol. 2000. V.10. P.607-610.

194. Szabo P, Tang S, Silva F, Tsark W, Mann J. Role of CTCF binding sites in the Igf2/H19 imprinting control region. // Mol.Cell.Biol. 2004. V.24. P.4791-4800.

195. Tackett A, Dilworth D, Davey M, O'Donnell M, Aitchison J, Rout M, Chait B. Proteomic and genomic characterization of chromatin complexes at a boundary. // J. Cell Biol. 2005. V. 169. P.35-47.

196. Tanimoto K, Sugiura A, Omori A, Felsenfeld G, Engel J, Fukamizu A Human b-globin locus control region HS5 contains CTCF- and developmental stage-dependent enhancer-blocking activity in erythroid cells. //Mol Cell Biol. 2003. V.23. P.8946-8952.

197. Thorvaldsen J, Duran K, Bartolomei M. Deletion of the H19 differentially methylated domain results in loss of imprinted expression of HI 9 and Igf2. // Genes Dev. 1998. V.12. P.3693-3702.

198. Thorvaldsen J, Mann M, Nwoko 0, Duran K, Bartolomei M. Analysis of sequence upstream of the endogenous HI9 gene reveals elements both essential and dispensable for imprinting. //Mol. Cell. Biol. 2002. V.22. P.2450-2462.

199. Tolhuis B, Palstra R, Splinter'E, Grosveld F, de Laat W. Looping and interaction between hypersensitive sites in the active P-globin locus. // Mol.Cell. 2002. V.10. P. 1453-1465.

200. Tremblay K, Duran K, Bartolomei M. A 5' 2-kilobase-pair region of the imprinted mouse HI9 gene exhibits exclusive paternal methylation throughout development. // Mol.Cell.Biol. 1997. V.17. P.4322-4329.

201. Udvardy A. Dividing the empire: boundary chromatin elements delimit the territory of enhancers. // EMBO J. 1999. V. 18. P. 1-8.

202. Vakoc С, Letting D, Gheldof N, Sawado T, Bender M, Groudine M, Weiss M, Dekker J, Blobel G. Proximity among distant regulatory elements at the p-globin locus requires GATA-1 and FOG-1. //Mol.Cell. 2005. V.17. P.453-462.

203. Vazquez J, Muller M, Pirrotta V, Sedat J. The Мер element mediates stable long-range chromosome-chromosome interactions in Drosophila. // Mol.Biol.Cell. 2006. V.17. P.2158-2165.

204. Verona R, Mann M, Bartolomei M. Genomic imprinting: intricacies of epigenetic regulation in clusters. // Annu.Rev.Cell Dev.Biol. 2003. V.19. P.237-259.

205. Vostrov A, Quitschke W. The zinc finger protein CTCF binds to the APBb domain of the amyloid b-protein precursor promoter. Evidence for a role in transcriptional activation. //J Biol Chem. 1997. V.272. P.33353-33359.

206. Wasser M, Chia W. The Drosophila EAST protein associates with a nuclear remnant during mitosis and constrains chromosome mobility. // J Cell Sci. 2003. V.l 16. P.1733-1743.

207. Wasser M, Chia W. The EAST protein of Drosophila controls an expandable nuclear endoskeleton. //Nat Cell Biol. 2000. V.2. P.268-275.

208. Wasser M, Chia W. The extrachromosomal EAST protein of Drosophila protein can associate with polytene chromosomes and regulate gene expression. // PLoS ONE. 2007. V.2. P.e412.

209. Wasser M, Osman Z, Chia W. EAST and Chromator control the destruction and remodeling of muscles during Drosophila metamorphosis. // Dev Biol. 2007. V.307. P.380-393.

210. Weinmann R, Roeder R. Role of DNA-dependent RNA polymerase 3 in the transcription ofthetRNAand 5S RNA genes. //PNAS. 1974. V.71. P. 1790-1794.

211. Weis L, Reinberg D. Transcription by RNA polymerase II: initiator-directed formation of transcription-competent complexes. FASEB J. 1992 V.6. P.3300-3309.

212. Wells W. Searching for a spindle matrix. I I J Cell Biol. 2001. V.154. P. 11021104.

213. West A, Huang S, Gaszner M, Litt M, Felsenfeld G. Recruitment of histone modifications by USF proteins at a vertebrate barrier element. // Mol.Cell. 2004. V.16. P.453-463.

214. West A, Gaszner M, Felsenfeld G. Insulators: many functions, many mechanisms. // Genes Dev. 2002. V.16. P.271-288.

215. Wood V, Gwilliam R, Rajandream M, Lyne M, Lyne R, et al. The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe. //Nature. 2002. V.415. P.871-880.

216. Xu Q., Li M., Adams J., Cai H. Nuclear location of a chromatin insulator in Drosophila melanogaster. //J Cell Sci. 2004. V.l 17. P. 1025-1032.

217. Yoon Y, Jeong S, Rong Q, Chung J, Pfeifer K. Analysis of the H19ICR Insulator. //Mol.Cell Biol. 2007 V.27. P.3499-3510.

218. Yu Q, Qiu R, Foland T, Griesen D, Galloway C, Chiu Y, Sandmeier J, Broach J, Bi X. Raplp and other transcriptional regulators can function in defining distinct domains of gene expression. //Nucleic Acids Res. 2003. V.31. P.1224-1233.

219. Yusufzai T, Tagami H, Nakatani Y, Felsenfeld G. CTCF tethers an insulator to subnuclear sites, suggesting shared insulator mechanisms across species. // Mol.Cell. 2004. V.13. P.291-298.

220. Zhang Y, Reinberg D. Transcription regulation by histone methylation: interplay between different covalent modifications of the core histone tails. // Genes Dev. 2001. V.15. P.2343-2360.