Гибридизационные подходы в широкомасштабных исследованиях геномов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, доктор биологических наук Ажикина, Татьяна Леодоровна

• Ажикина, Татьяна Леодоровна
• доктор биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации доктор биологических наук Ажикина, Татьяна Леодоровна

Список сокращений

1. Введение

2. Обзор литературы "Этапы развития сравнительных гибридизационных методов и их место в современных структурно-функциональных исследованиях геномов и транскриптомов"

2.1. Вычитающая гибридизация - принцип метода

2.2 Вычитающая гибридизация без применения ПЦР

2.3 Вычитающая гибридизация с использованием ПЦР

2.4 Representational Differential Analysis и современное искусство вычитания

2.4.1. RDA - проблемы и пути их решения

2.4.2. Применение RDA в геномных сравнениях

2.4.3. Применение RDA для сравнения кДНК

2.4.4. Метил-чувствительный репрезентативный дифференциальный анализ (MS-RDA)

2.4.5. Направления усовершенствования RDA

2.4.6. Разделение фрагментированных геномов по длине - метод упрощения геномов

2.5. In Gel Competitive Reassociation - 1GCR "

2.6. Эпоха ПЦР-супрессии

2.6.1. Вычитающая гибридизация кДНК (Suppressive Subtractive

Hybridization, SSH)

2.6.2. Вычитающая гибридизация геномных ДНК

2.6.3. Нормализация и истощение библиотек кДНК

2.6.4. Coincidence cloning 42 2.7 Заключение

3. Материалы и методы

3.1 Стандартные методики

3.2 Ткани, клеточные линии, штаммы, космиды

3.3 Компьютерный анализ

3.4 Методы, использованные в изучении геномного полиморфизма штаммов

М. tuberculosis

3.5 Методы, использованные в изучении геномного полиморфизма байкальских сиговых

3.6 Методы, используемые при изучении метилирования локуса

FXYD5-COX7A1 (Chr 19)

3.7 Методы, используемые для получения набора последовательностей М.tuberculosis, транскрибирующихся в легком мыши

3.8 Методы, используемые при изучении олигонуклеотидов с повышенным сродством к комплементарной матрице

4. Результаты и обсуждение

4.1 Вычитающая гибридизация близкородственных геномов

4.1.1. ПДРФ-вычитающая гибридизация

4.1.2. Полногеномное сравнение различных штаммов M.tuberculosis

4.1.3. Геномное сравнение близкородственных видов байкальских сиговых

4.2 Метод клонирования идентичных последовательностей 104 4.2.1.Метод клонирования идентичных последовательностей для анализа тканеспецифического метилирования протяженных геномных локусов 105 4.2.2 Rapid Identification of Genomic Splits

4.2.3. Распределение неметилированных сайтов в локусе FXYD5-COX7A1 хромосомы 19 в нормальной и опухолевой тканях легкого, а также клеточной линии А

4.2.4. Анализ бактериального транскриптома внутриклеточных патогенов in vivo

4.3. Использование олигонуклеотидов с повышенным сродством к комплементарной матрице как зондов в молекулярной биологии

4.3.1 Комбинации SBO в качестве объединенных праймеров для секвенирования

4.3.2 Использование модифициролванных олигонуклеотидов в ПЦР 150 4.3.3.Использование модифицированных олигонуклеотидов в RAPD

5. Выводы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Гибридизационные подходы в широкомасштабных исследованиях геномов»

Структурно-функциональные и сравнительные исследования геномов по-прежнему остаются основой молекулярной биологии и генетики. Все методы таких исследований условно подразделяют на две большие группы: методы прямого секвенирования и методы несеквенирующего сравнительного анализа. Современное секвенирование включает серию высокотехнологичных масштабных методов, позволяющих определять в короткие сроки последовательности десятков и сотен миллионов нуклеотидов. Однако полностью решить проблемы полногеномного исследования только прямым секвенированием вряд ли возможно, поскольку в геномах (особенно эукариотических) имеются локусы, недоступные для клонирования, определения первичной структуры ДНК или однозначной реконструкции протяженных фрагментов из-за наличия большого числа гомопоследовательностей, GC-богатых участков и/или повторов. Так, например, в «окончательном» варианте генома человека, опубликованном International Human Genome Sequencing Consortium в 2004г., оставалось более чем 340 участков, для которых не была определена первичная структура. Кроме того, полногеномное секвенирование остается очень дорогим методом, и всестороннее изучение громадной геномной вариабельности посредством секвенирования с точки зрения материальных затрат в настоящее время и в обозримом будущем нереально.

Методы, относящиеся ко второй группе, основанные на использовании свойства ДНК образовывать устойчивые двухцепочечные структуры из комплементарных одноцепочечных молекул, получили название гибридизационных. Среди гибридизационных подходов в частности активно используются различные виды микроэрреев, позволяющие в значительной степени интенсифицировать исследования при снижении временных и стоимостных затрат. Несмотря на широкое распространение в мире и успешное применение для решения самых разнообразных задач геномики, микроэррейные технологии имеют серьезные недостатки: недостаточная специфичность гибридизации на твердой подложке, а также большое количество ложнопозитивных сигналов, возникающих при взаимодействии повторяющихся элементов генома, семейств генов и других неоднозначных участков, проблемы при анализе транскрибирумых на низком уровне кДНК и сложности с дискриминацией различных вариантов сплайсинга. Существенным ограничением метода является обязательность знания нуклеотидной последовательности геномастандарта, без чего невозможно сконструировать микроэррей, а в сравниваемых со стандартом исследуемых геномах невозможно детектировать последовательности, присутствующие в исследуемом геноме, но отсутствующие в стандарте.

Преимущества гибридизации в растворе перед гибридизацией на твердом носителе основаны на преимуществах кинетики второго порядка, а также возможности выделения продуктов гибридизации из смеси для последующего анализа или же проведения дополнительного раунда гибридизации, что существенно увеличивает эффективность процедуры. Методы дифференциального гибридизационного анализа геномов и продуктов их экспрессии можно классифицировать по конечному результату, который они позволяют получить, на (i) методы описательного анализа фрагментов различий сравниваемых объектов (геномов или отдельных участков геномов) и (и) методы физического выделения дифференциальных фрагментов.

К описательным методам относят методы анализа различий определенных геномных локусов, например, анализ полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (RFLP) (Pearson, 1985) и методы полногеномного анализа (геномная дактилоскопия (DNA fingerprinting) (Tautz, 1990); ПЦР с произвольно выбранными праймерами (RAPD) (Welsh and McClelland, 1990), (Johnson et al., 1994); кросс-гибридизация (cross-hybridizing) (Gershon et al., 1989).

К группе методов, нацеленных на физическое выделение фрагментов ДНК, содержащих различия между геномами, можно отнести дифференциальный дисплей (для обзора cM.(Broude, 2002)) и методы, объединенные общим названием «вычитающая гибридизация». Методы этой группы дают возможность прямого получения библиотек различий сравниваемых геномов или продуктов их экспрессии, поэтому в результате их использования возможно быстрое получение структурной информации о различиях между объектами и ее использование для дальнейшего функционального анализа.

Таким образом, по-прежнему актуальными являются разработка и совершенствование гибридизационных методов анализа геномов, которые могли бы расширить возможности уже существующих методов, в частности, позволили бы с с высокой эффективностью идентифицировать дифференциальные последовательности геномных ДНК и характерные особенности сравниваемых транскриптомов.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Этапы развития сравнительных гибридизационных методов и их место в современных структурно-функциональных исследованиях геномов и транскриптомов

В обзоре литературы автор ограничивается рассмотрением метода вычитающей гибридизации, его основных принципов, этапов развития, места в современной сравнительной геномике. Исчерпывающий обзор литературы по этим вопросам малореален из-за огромного и постоянно растущего объема публикаций, поэтому особое внимание будет уделено наиболее ярким модификациям и приложениям этого метода.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Ажикина, Татьяна Леодоровна

5. ВЫВОДЫ

1. Для проведения полногеномного сравнения близкородственных бактериальных штаммов разработан оптимизированный метод ПДРФ-вычитающей гибридизации. Эффективность метода продемонстрирована на примере сравнения геномов штаммов М. tuberculosis HN878 и CDG1551, вызывающих различные клинические формы заболевания туберкулезом. Идентифицировано и охарактеризовано 9 нуклеотидных последовательностей, отличающих геном штамма HN878 от генома штамма CDC1551. Проведено сравнение геномов четырёх российских клинических штаммов М. tuberculosis с геномом штамма H37R.v. Идентифицировано и охарактеризовано 12 нуклеотидных последовательностей, отличающих геномы российских штаммов от секвенированного генома штамма H37R.v.

2. Предложен способ генотипирования штаммов*М tuberculosis методом геномной ПЦРг 12 локусов (ID-типирование). Эффективность и надежность.метода показана на коллекции из 172 штаммов М. tuberculosis, циркулирующих в центральных регионах Российской» Федерации. Обнаружен новый-характеристический геномный локус, присутствующий только в геномах штаммов М. tuberculosis семейства W/Beijing. Концепция ГО-типирования. носит универсальный характер и может использоваться как стандартный подход при проведении эпидемиологических исследований и анализа популяций любых бактериальных патогенов.

3. Методом ПДРФ-вычитающей гибридизации впервые на полногеномном уровне исследованы различия близкородственных представителей байкальских сиговых рыб-озерного сига (С. lavaretus baicalensis Dybovsky) и омуля (С. autumnalis migratorius Georgi). Показано, что данным методом не обнаруживаются устойчивые межвидовые различия. Все найденные нуклеотидные последовательности соответствуют полиморфным некодирующим участкам геномов, варьирующим в результате однонуклеотидных замен и коротких делеций. Многие из них картируются вблизи генов иммунной системы и имеют участки, идентичные широко распространенным среди рыб Tel-подобным транспозонам, транскрипционная активность которых может влиять на экспрессию близлежащих генов. Отсутствие устойчивых различий между геномами этих сиговых свидетельствует об их высокой близости, возможно связанной с их недавней эволюционной дивергенцией.

4. Разработана концепция анализа паттернов метилирования протяженных областей геномов. Концепция предполагает возможность влияния на экспрессию генов метилирования протяженных участков генома, включающих эти гены, а не только метилирования их регуляторных участков. Усовершенствован метод клонирования последовательностей, идентичных в двух сравниваемых геномах или транскриптомах, на его основе разработан новый метод анализа распределения тканеспецифического метилирования на протяженных участках геномной ДНК. Предложен принципиально новый. методический подход к экспресс-картированию сайтов расщепления протяженных фрагментов генома (на примере картирования сайтов расщепления метилчувствительной эндонуклеазой рестрикции Hpall).

5. Впервые проведен подробный анализ распределения метилирования в локусе FXYD5— СОХ7А1 19-ой хромосомы человека длиной 1,02 млн. п.о. для различных образцов геномной ДНК (паренхимы и семиномы яичка, нормальной и опухолевой тканей легкого, клеточной линии А549). Показано, что различия между паттернами метилирования локуса FXYD5-СОХ7А1 в исследованных нормальных и опухолевых тканях минимальны. Показано, что для клеточной линии А549 характерно гиперметилирование протяженной, содержащей гены, области длиной 30 тыс. п.о., не обнаруженное в других исследованных тканях. Сравнительный анализ транскрипционной активности генов MAG и НАМР, содержащихся в данной области, в разных тканях продемонстрировал ее независимость от метилирования ДНК. Полученные данные ставят под вопрос универсальность принятой точки зрения о роли метилирования в регуляции генов.

6. Разработан метод получения кДНК, представляющей полный транскриптом бактериального патогена, из пораженной ткани организма хозяина. Применение метода позволяет получать новые данные о механизмах патогенеза инфекционного заболевания и изменении регуляции экспрессии геномов патогенов при инфекции организмов. Эффективность метода продемонстрирована на примере получения кДНК М. tuberculosis из легочной ткани инфицированных мышей. Проведен анализ последовательностей, транскрибирующихся в легочной ткани мыши на 9-ой неделе развития инфекции. Показано, что для исследованных генов наблюдается качественное и количественное соответствие паттерна экспрессии паттерну, наблюдаемому при хронической фазе туберкулеза.

7. Предложены новые способы применения модифицированных олигонуклеотидов, содержащих 5-метилцизозин и 2-аминоаденин, и обладающих повышенным сродством к комплементарной матрице, в качестве праймеров для секвенирования и ПЦР. Продемонстрирована их повышенная эффективность праймирования при сохранении специфичности гибридизации. Разработан метод определения первичной структуры с использованием набора коротких модифицированных олигонуклеотидов в качестве праймера. Разработан вариант молекулярной дактилоскопии, RAPD, с использованием таких олигонуклеотидов.

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Ажикина, Татьяна Леодоровна, 2009 год

1. Abe, М., Ohira, М., Kaneda, A., Yagi, Y., Yamamoto, S., Kitano, Y., Takato, Т.,

2. Nakagawara, A. and Ushijima, T. CpG island methylator phenotype is a strong determinant of poor prognosis in neuroblastomas. Cancer Res 2005, 65, 828-834.

3. Agarwal, N., Hardt, Т., Brero, A., Nowak, D., Rothbauer, U., Becker, A., Leonhardt, H. and Cardoso, M.C. MeCP2 interacts with HP1 and modulates its heterochromatin association during myogenic differentiation. Nucleic Acids Res 2007, 35, 5402-5408.

4. Ahmed, F.E. Molecular techniques for studying gene expression in carcinogenesis. J Environ Sci Health С Environ Carcinog Ecotoxicol Rev 2002, 20, 77-116.i.

5. Akopov, S.B., Ruda, Y.M., Batrak, Y.Y., Vetchinova, A.S., Chernov, I.P., Nikolaev, L.G.,

6. Bode, J. and Sverdlov, E.D. Identification, genome mapping, and CTCF binding of potential insulators within the FXYD5-COX7A1 locus of human chromosome 19ql3.12. Mamm Genome 2006, 17, 1042-1049.

7. Akopyants, N.S., Fradkov, A., Diatchenko, L., Hill, J.E., Siebert, P.D., Lukyanov, S.A.,

8. Sverdlov, E.D. and Berg, D.E. PCR-based subtractive hybridization and differences in gene content among strains of Helicobacter pylori. Proc Natl Acad Sci U S A 1998, 95, 13108-13113.

9. Akopyanz, N., Bukanov, N.O., Westblom, T.U., Kresovich, S. and Berg, D.E. DNA diversity among clinical isolates of Helicobacter pylori detected by PCR-based RAPD fingerprinting. Nucleic Acids Res 1992, 20, 5137-5142.

10. Allen, N.L., Hilton, A.C., Betts, R. and Penn, C.W. Use of representational differenceanalysis to identify Escherichia coli 0157-specific DNA sequences. FEMS Microbiol Lett 2001, 197, 195-201.

11. Altschul, S.F., Madden, T.L., Schaffer, A.A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, W. and Lipman, D.J. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 1997, 25, 3389-3402.

12. Andersson, Т., Unneberg, P., Nilsson, P., Odeberg, J., Quackenbush, J. and Lundeberg, J. Monitoring of representational difference analysis subtraction procedures by global microarrays. Biotechniques 2002, 32, 1348-1350, 1352, 1354-1346, 1358.

13. Andersson, Т., Borang, S., Unneberg, P., Wirta, V., Thelin, A., Lundeberg, J. and Odeberg, J. Shotgun sequencing and microarray analysis of RDA transcripts. Gene 2003, 310, 3947.

14. Antequera, F. Structure, function and evolution of CpG island promoters. Cell Mol Life Sci 2003, 60, 1647-1658.

15. Aslanidis, C. and de Jong, P J. Coincidence cloning of Alu PCR products. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 6765-6769.

16. Attema, J.L., Papathanasiou, P., Forsberg, E.G., Xu, J., Smale, S.T. andWeissman, I.L.

17. Epigenetic characterization of hematopoietic stem cell differentiation using miniChIP and bisulfite sequencing analysis. Proc Natl Acad Sci U S A 2007, 104, 12371-12376.

18. Azhikina, Т., Gainetdinov, I., Skvortsova, Y., Batrak, A., Dmitrieva, N. and Sverdlov, E.

19. Non-methylated Genomic Sites Coincidence Cloning (NGSCC): an approach to large scale analysis of hypomethylated CpG patterns at predetermined1 genomic loci. Mol-Genet Genomics 2004,271, 22-32.

20. Bailey, D.M., Carter, N.P., de Vos, D., Leversha, M.A., Perryman, M'.T. and-Ferguson-Smith,-M. A. Coincidence painting: a rapid method for cloning region specific DNA sequences. Nucleic Acids Res 1993, 21, 5117-5123.

21. Baldocchi, R.A., Tartaglia, K.E., Bryda, E.C. and Flaherty, L. Recovery of probes linked to the jcpk locus on mouse chromosome 10 by the use of an improved representational difference analysis technique. Genomics 1996, 33, 193-198.

22. Banaiee, N., Jacobs, W.R., Jr. and Ernst, J.D. Regulation of Mycobacterium tuberculosis whiB3 in the mouse lung and macrophages. Infect Immun 2006, 74, 6449-6457.

23. Bautz, E.K. and Reilly, E. Gene-specific messenger RNA: isolation by the deletion method. Science 1966,151,328-330.

24. Berger, S.L. The complex language of chromatin regulation during transcription. Nature 2007, 447, 407-412.

25. Bernardi, G. The isochore organization of the human genome. Annu Rev Genet 1989, 23, 637-661.

26. Bifani, P.J., Mathema, В., Kurepina, N.E. and Kreiswirth, B.N. Global dissemination of the

27. Mycobacterium tuberculosis W-Beijing family strains. Trends Microbiol 2002, 10, 4552.

28. Bird, A. Does DNA methylation control transposition of selfish elements in the germline? Trends Genet 1997, 13,469-472.

29. Bishop, C.E., Guellaen, G., Geldwerth, D., Voss, R., Fellous, M. and Weissenbach, J. Single-copy DNA sequences specific for the human Y chromosome. Nature 1983,303, 831832.

30. Bjourson, A.J., Stone, C.E. and Cooper, J.E. Combined subtraction hybridization andpolymerase chain reaction amplification procedure for isolation of strain-specific Rhizobium DNA sequences. Appl Environ Microbiol 1992, 58,2296-2301.

31. Blasi, F., Ciarrocchi, A., Luddi, A., Strazza, M., Riccio, M., Santi, S., Arcone, R.,

32. Pietropaolo, C., D'Angelo, R., Costantino-Ceccarini, E. et al. Stage-specific gene expression in early differentiating oligodendrocytes. Glia 2002, 39, 114-123.

33. Bleicher, F., Couble, M.L., Buchaille, R., Farges, J.C. and Magloire, H. New genes involved in odontoblast differentiation. Adv Dent Res 2001, 15, 30-33.

34. Bogdanova, E.A., Shagin, D.A. and Lukyanov, S.A. Normalization of full-length enriched cDNA. Mol Biosyst 2008, 4, 205-212.

35. Bogdanova, E.A., Shagina, I.A., Mudrik, E., Ivanov, I., Amon, P., Yagner, L.L., Lukyanov, S.A. and Shagin, D.A. DSN depletion is a simple method to remove selected transcripts from cDNA populations. Mol Biotechnol 2009, 41, 247-253.

36. Bogush, M.L., Yelikodvorskaya, t.v., Lebedev, Y.B., Nikolaev, L.G., Lukyanov, S.A.,

37. Brennan, M.J., Delogu, G., Chen, Y., Bardarov, S., Kriakov, J., Alavi, M. and Jacobs, W.R., Jr. Evidence that mycobacterial PEPGRS proteins are cell surface constituents that influence interactions with other cells. Infect Immun 2001, 69, 7326-7333.

38. Britten, R.J. and Davidson, E.H. (1985) In Hames, B. and Higgins, S. (eds.), Nucleic Acids Hybridization. IRL Press, Oxford-Washington, pp. 3-14.

39. Brosch, R., Gordon, S.V., Pym, A., Eiglmeier, K., Gamier, T. and Cole, S.T. Comparative genomics of the mycobacteria. Int J Med Microbiol 2000, 290, 143-152.

40. Broude, N.E. Differential display in the time of microarrays. Expert Rev Mol Diagn 2002,2, 209-216.

41. Brown, N.F. and Beacham, I.R. Cloning and analysis of genomic differences unique to

42. Burkholderia pseudomallei by comparison with B. thailandensis. J Med Microbiol 2000,49, 993-1001.

43. Brown, N.F., Lew, A.E. and Beacham, I.R. Identification of new transposable genetic elements in Burkholderia pseudomallei using subtractive hybridisation. FEMS Microbiol Lett 2000, 183, 73-79.

44. Bulanenkova, S., Snezhkov, E., Nikolaev, L. and Sverdlov, E. Identification and mapping of open chromatin regions within a 140 kb polygenic locus of human chromosome 19 using E. coli Dam methylase. Genetica 2007, 130, 83-92.

45. Buzdin, A., Kovalskaya-Alexandrova, E., Gogvadze, E. and Sverdlov, E. GREM, a technique for genome-wide isolation and quantitative analysis of promoter active repeats. Nucleic Acids Res 2006, 34, e67.

46. Buzdin, A. and Lukyanov, S. (2007) Nucleic Acids Hybridization. Springer.

47. Chalaya, Т., Gogvadze, E., Buzdin, A., Kovalskaya, E. and Sverdlov, E.D. Improvingspecificity of DNA hybridization-based methods. Nucleic Acids Res 2004, 32, el30.

48. Chang, Y., Cesarman, E., Pessin, M.S., Lee, F., Culpepper, J., Knowles, D.M. and Moore, P.S. Identification of herpesvirus-like DNA sequences in AIDS-associated Kaposi's sarcoma. Science 1994, 266,1865-1869.

49. Cheong, C., Tinoco, I., Jr. and Chollet, A. Thermodynamic studies of base pairing involving 2,6-diaminopurine. Nucleic Acids Res 1988, 16, 5115-5122.

50. Chernov, I.P., Akopov, S.B., Nikolaev, L.G. and Sverdlov, E.D. Identification and mapping of DNA binding proteins target sequences in long genomic regions by two-dimensional EMS A. Biotechniques 2006, 41, 91-96.

51. Chernov, I.P., Timchenko, K.A., Akopov, S.B., Nikolaev, L.G. and Sverdlov, E.D. Identification of tissue-specific DNA-protein binding sites by means of two-dimensional electrophoretic mobility shift assay display. Anal Biochem 2007, 364, 6066.

52. Choi, J.Y., Sifri, C.D., Goumnerov, B.C., Rahme, L.G., Ausubel, F.M. and Calderwood, S.B. Identification of virulence genes in a pathogenic strain of Pseudomonas aeruginosa by representational difference analysis. J Bacteriol 2002, 184, 952-961.

53. Chong, S. and Whitelaw, E. Epigenetic germline inheritance. Curr Opin Genet Dev 2004, 14, 692-696.

54. Choudhary, R.K., Mukhopadhyay, S., Chakhaiyar, P., Sharma, N., Murthy, K.J., Katoch,

55. V.M. and Hasnain, S.E. PPE antigen Rv2430c of Mycobacterium tuberculosis induces a strong B-cell response. Infect Immun 2003, 71, 6338-6343.

56. Chu, W.M., Ballard, R., Carpick, B.W., Williams, B.R. and Schmid, C.W. Potential Alu function: regulation of the activity of double-stranded RNA-activated kinase PKR. Mol Cell Biol 1998, 18,58-68.

57. Clark, S.J. Action at a distance: epigenetic silencing of large chromosomal regions in carcinogenesis. Hum Mol Genet 2007,16 Spec No 1, R88-95.

58. Cole, S.T., Brosch, R., Parkhill, J., Gamier, Т., Churcher, C., Harris, D., Gordon, S.V., Eiglmeier, K., Gas, S., Barry, C.E., 3rd et al. Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence. Nature 1998, 393, 537-544.

59. Collier, G., Walder, K., De Silva, A., Tenne-Brown, J., Sanigorski, A., Segal, D., Kantham, L. and Augert, G. New approaches to gene discovery with animal models of obesity and diabetes. AnnN Y Acad Sci 2002, 967,403-413.

60. Costello, J.F., Plass, C. and Cavenee, W.K. Restriction landmark genome scanning. Methods Mol Biol 2002a, 200, 53-70.

61. Costello, J.F., Smiraglia, D.J. and Plass, C. Restriction landmark genome scanning. Methods 2002b, 27,144-149.

62. Cox, H.S., Kubica, Т., Doshetov, D., Kebede, Y., Rusch-Gerdess, S. and Niemann, S. The Beijing genotype and drug resistant tuberculosis in the Aral Sea region of Central Asia. Respir Res 2005, 6, 134.

63. Creelan, J.L., Bjourson, A.J., Meehan, B.M. and McCullough, S J. Characterisation of strain-specific sequences from an abortifacient strain of ovine Chlamydia psittaci using subtraction hybridisation. FEMS Microbiol Lett 1999, 171, 17-25.

64. Cross, S.H., Charlton, J.A., Nan, X. and Bird, A.P. Purification of CpG islands using a methylated DNA binding column. Nat Genet 1994, 6,236-244.

65. Dai, E., Tong, Z., Wang, X., Li, M., Cui, В., Dai, R., Zhou, D., Pei, D., Song, Y., Zhang, J. et al. Identification of different regions among strains of Yersinia pestis by suppression subtractive hybridization. Res Microbiol 2005, 156, 785-789.

66. Delcenserie, V., Lessard, M.H., LaPointe, G. and Roy, D. Genome comparison of Bifidobacterium longum strains NCC2705 and CRC-002 using suppression subtractive hybridization. FEMS Microbiol Lett 2008, 280, 50-56.

67. Devon, R.S. and Brookes, A.J. Coincidence cloning. Taking the coincidences out of genome analysis. Mol Biotechnol 1996, 5, 243-252.

68. Diatchenko, L., Lukyanov, S., Lau, Y.F. and Siebert, P.D. Suppression subtractivehybridization: a versatile method for identifying differentially expressed genes. Methods Enzymol 1999, 303, 349-380.

69. Dijkstra, J.M., Kiryu, I., Yoshiura, Y., Kumanovics, A., Kohara, M., Hayashi, N. and Ototake, M. Polymorphism of two very similar MHC class Ib loci in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Immunogenetics 2006, 58; 152-161.

70. Dordet-Frisoni, E., Dorchies, G., De Araujo, G., Talon; R. and Leroy, S. Genomic diversity in Staphylococcus xylosus. Appl Environ Microbiol 2007, 73, 7199-7209.

71. Dover, G. Molecular drive: a cohesive mode of species evolution. Nature 1982,299, 111-117.

72. Eckhardt, F., Lewin, J., Gortese, R., Rakyan, V.K., Attwood, J., Burger, M., Burton, J., Cox, T.V., Davies, R., Down; T.A. et al. DNA methylation profiling of human chromosomes 6, 20 and 22. Nat Genet 2006, 38, 1378-1385.

73. Endoh, D., Cho, K.O., Tsukamoto, K., Morimura, Т., Kon, Y. and Hayashi, M. Application of representational difference analysis to genomic fragments of Marek's disease virus. J Clin Microbiol 2000, 38, 4310-4314.

74. Ermolaeva, О ;D. and Sverdlov, E.D: Subtractive hybridization, a technique for extraction of DNA sequences distinguishing two closely related genomes: critical analysis. Genet Anal 1996, 13,49-58.

75. Esteller, M. Epigenetic lesions causing genetic lesions in human cancer: promoter hypermethylation of DNA repair genes. Eur J Cancer 2000, 36, 2294-2300.

76. Feinberg, A.P. and Tycko, B. The history of cancer epigenetics. Nat Rev Cancer 2004,4,143153.

77. Fleischmann, R.D., Alland, D., Eisen, J.A., Carpenter, L., White, O., Peterson, J., DeBoy, R., Dodson, R., Gwinn, M., Haft, D. et al. Whole-genome comparison of Mycobacterium tuberculosis clinical and laboratory strains. J Bacterid 2002, 184, 5479-5490.

78. Frohme, M., Scharm, В., Delius, H., Knecht, R. and Hoheisel, J.D. Use of representationaldifference analysis and cDNA arrays for transcriptional profiling of tumor tissue. Ann NY Acad Sci 2000, 910, 85-104; discussion 104-105.

79. Furuta, J., Nobeyama, Y., Umebayashi, Y., Otsuka, F., Kikuchi, K. and Ushijima, T.

80. Silencing of Peroxiredoxin 2 and aberrant methylation of 33 CpG islands in putative promoter regions in human malignant melanomas. Cancer Res 2006, 66, 6080-6086.

81. Gebicke-Haerter, P. Expression profiling methods used in drug abuse research. Addict Biol 2005,10, 37-46.

82. Geng, M., Wallrapp, С., Muller-Pillasch, F., Frohme, M., Hoheisel, J.D. and Gress, T.M. Isolation of differentially expressed genes by combining representational difference analysis (RDA) and cDNA library arrays. Biotechniques 1998, 25, 434-438.

83. Gershon, P.D., Ansell, D.M. and Black, D.N. A comparison of the genome organization of capripoxvirus with that of the orthopoxviruses. J Virol 1989, 63, 4703-4708.

84. Gordon, S.V., Brosch, R., Billault, A., Gamier, Т., Eiglmeier, K. and Cole, S.T. Identification of variable regions in the genomes of tubercle bacilli using bacterial artificial chromosome arrays. Mol Microbiol 1999a, 32, 643-655.

85. Gordon, S.V., Heym, В., Parkhill, J., Barrell, B. and Cole, S:T. New insertion sequences and a novel repeated sequence in the genome of Mycobacterium tuberculosis H37Rv. Microbiology 1999b, 145 ( Pt 4), 881-892.

86. Gotoh, K. and Oishi, M. Screening of gene-associated polymorphisms by use of in-gelcompetitive reassociation and EST (cDNA) array hybridization. Genome Res 2003, 13,492-495.

87. Gotoh, K. and Oishi, M. Isolation of polymorphic mRNAs (cDNAs) by in-gel competitive reassociation. Genomics 2004, 84, 435-440.

88. Gotoh, K., Inoue, K., Ogura, A. and Oishi, M. Intra-strain polymorphisms are detected but no genomic alteration is found in cloned mice. Biochem Biophys Res Commun 2006, 348, 166-169.

89. Graveel, C.R., Jatkoe, Т., Madore, S.J., Holt, A.L. and Farnham, P.J. Expression profiling and identification of novel genes in hepatocellular carcinomas. Oncogene 2001, 20, 27042712.

90. Grubinska, В., Laszkiewicz, I., Royland, J., Wiggins, R.C. and Konat, G.W. Differentiation-specific demethylation of myelin associated glycoprotein gene in cultured oligodendrocytes. JNeurosci Res 1994, 39, 233-242.

91. Guo, L.H., Shi, J.N., Zhang, Y., Liu, X.D., Duan, J. and Wei, S. Identification of genetic differences between two clinical isolates of Streptococcus mutans by suppression subtractive hybridization. Oral Microbiol Immunol 2006, 21, 372-380.

92. Gvozdevskii, N.A., Azhikina, T.L. and Sverdlov, E.D. Deletion-insertion differencesbetween the genomes of Mycobacterium tuberculosis highly virulent strain HN878 and less virulent strain CDC1551. Zh Mikrobiol Epidemiol Immunobiol 2006, 10-15.

93. Hillis, D.M. and Dixon, M.T. Ribosomal DNA: molecular evolution and phylogenetic inference. The Quarterly Review of Biology 1991, 66, 411-453.

94. Hillmann, A., Dunne, E. and Kenny, D. cDNA amplification by SMART-PCR andsuppression subtractive hybridization (SSH)-PCR. Methods Mol Biol 2009, 496,223243.

95. Hirsh, A.E., Tsolaki, A.G., DeRiemer, K., Feldman, M.W. and Small, P.M. Stable association between strains of Mycobacterium tuberculosis and their human host populations. Proc Natl Acad Sci U S A 2004, 101, 4871-4876.

96. Но, T.B., Robertson, B.D., Taylor, G.M., Shaw, R.J. and Young, D.B. Comparison of

97. Mycobacterium tuberculosis genomes reveals frequent deletions in a 20 kb variable region in clinical isolates. Yeast 2000, 17, 272-282.

98. Hollestelle, A. and Schutte, M. Representational difference analysis as a tool in the search for new tumor suppressor genes. Methods Mol Med 2005, 103, 143-159.

99. Howard, S.T., Byrd, T.F. and Lyons, C.R. A polymorphic region in Mycobacterium abscessus contains a novel insertion sequence element. Microbiology 2002, 148, 2987-2996.

100. Hozier, J., Graham, R., Westfall, Т., Siebert, P. and Davis, L. Preparative in situ hybridization: selection of chromosome region-specific libraries on mitotic chromosomes. Genomics 1994, 19,441-447.

101. Huang, X., Li, Y., Niu, Q. and Zhang, K. Suppression Subtractive Hybridization (SSH) and its modifications in microbiological research. Appl Microbiol Biotechnol 2007, 76, 753-760.

102. Hughes, M.S., Beck, L.A., Skuce, R.A. and Neill, S.D. Development of mycobacterial species-specific DNA probes by subtraction hybridization. FEMS Microbiol Lett 1997,156,31-36.

103. Jenkin, G.A., Stinear, T.P., Johnson, P.D. and Davies, J.K. Subtractive hybridization reveals a type I polyketide synthase locus specific to Mycobacterium ulcerans. J Bacteriol 2003, 185,6870-6882.

104. Ji, W., Wright, M.B., Cai, L., Flament, A. and Lindpaintner, K. Efficacy of SSH PCR in isolating differentially expressed genes. BMC Genomics 2002, 3, 12.

105. Johnson, S.L., Midson, C.N., Ballinger, E.W. and Postlethwait, J.H. Identification of RAPD primers that reveal extensive polymorphisms between laboratory strains of zebrafish. Genomics 1994, 19, 152-156.

106. Kanduma, E., McHugh, T.D. and Gillespie, S.H. Molecular methods for Mycobacterium tuberculosis strain typing: a users guide. J Appl Microbiol 2003, 94, 781-791.

107. Kaneda, A., Kaminishi, M., Nakanishi, Y., Sugimura, T. and Ushijima, T. Reducedexpression of the insulin-induced protein 1 and p41 Arp2/3 complex genes in human gastric cancers. Int J Cancer 2002, 100, 57-62.

108. Kato-Maeda, M., Rhee, J.T., Gingeras, T.R., Salamon, H., Drenkow, J., Smittipat, N. and Small, P.M. Comparing genomes within the species Mycobacterium tuberculosis. Genome Res 2001, 11, 547-554.

109. Kibel, A.S., Schutte, M., Kern; S.E., Isaacs, W.B. and Bova, G.S. Identification of 12p as a region of frequent deletion in advanced prostate cancer. Cancer Res 1998, 58, 56525655.

110. Kieleczawa, J., Dunn, J.J. and Studier, F.W. DNA sequencing by primer walking with strings of contiguous hexamers. Science 1992,258,1787-1791.

111. Kim, S., Zeller, K., Dang, C.V., Sandgren, E.P. and Lee, L.A. A strategy to identifydifferentially expressed genes using representational difference analysis and cDNA arrays. Anal Biochem 2001, 288, 141-148.

112. Kohne, D.E., Levison, S.A. and Byers, M.J. Room temperature method for increasing the rate of DNA reassociation by many thousandfold: the phenol emulsion reassociation technique. Biochemistry 1977, 16, 5329-5341.

113. Krasnov, A., Koskinen, H., Afanasyev, S. and Molsa, H. Transcribed Tel-like transposons in salmonid fish. BMC Genomics 2005, 6, 107.

114. Kubica, Т., Agzamova, R., Wright, A., Aziz, M.A., Rakishev, G., Bismilda, V., Richter, E., Rusch-Gerdes, S. and Niemann, S. The Beijing genotype is a major cause of drug-resistant tuberculosis in Kazakhstan. Int J Tuberc Lung Dis 2005, 9, 646-653.

115. Kunkel, L.M., Monaco, A.P., Middlesworth, W., Ochs, H.D. and Latt, S.A. Specific cloning of DNA fragments absent from the DNA of a male patient with an X chromosome deletion. Proc Natl Acad Sci U S A 1985, 82,4778-4782.

116. Rodgers, L., McCombie, R. et al. PTEN, a putative protein tyrosine phosphatase gene mutated in human brain, breast, and prostate cancer. Science 1997, 275, 1943-1947.1., M.S., Monahan, I.M., Waddell, S.J., Mangan, J.A., Martin, S.L., Everett, M.J. and

117. Mahairas, G.G., Sabo, P.J., Hickey, M.J., Singh, D.C. and Stover, C.K. Molecular analysis of genetic differences between Mycobacterium bovis BCG and virulent M. bovis. J Bacteriol 1996,178,1274-1282.

118. Manca, C., Tsenova, L., Barry, C.E., 3rd, Bergtold, A., Freeman, S., Haslett, P.A., Musser,

119. J.M., Freedman, V.H. and Kaplan, G. Mycobacterium tuberculosis CDC1551 induces a more vigorous host response in vivo and in vitro, but is not more virulent than other clinical isolates. J Immunol 1999, 162, 6740-6746.

120. Matz, M., Usman, N., Shagin, D., Bogdanova, E. and Lukyanov, S. Ordered differential display: a simple method for systematic comparison of gene expression profiles. Nucleic Acids Res 1997, 25, 2541-2542.

121. Matz, M.V. and Meleshkevitch, E.A. Ordered differential display. Methods Mol Biol 2006, 317, 59-74.

122. Milner, J.J., Cecchini, E. and Dominy, P.J. A kinetic model for subtractive hybridization. Nucleic Acids Res 1995,23, 176-187.

123. Miyamoto, K., Asada, K., Fukutomi, Т., Okochi, E., Yagi, Y., Hasegawa, Т., Asahara, Т.,

124. Sugimura, T. and Ushijima, T. Methylation-associated silencing of heparan sulfate Dglucosaminyl 3-0-sulfotransferase-2 (3-OST-2) in human breast, colon, lung and pancreatic cancers. Oncogene 2003, 22, 274-280.

125. Miyamoto, K., Fukutomi, Т., Akashi-Tanaka, S., Hasegawa, Т., Asahara, Т., Sugimura, T. and Ushijima, T. Identification of 20 genes aberrantly methylated in human breast cancers. Int J Cancer 2005, 116,407-414.

126. Mizuguchi, R., Inoue, S., Kiyama, R. and Oishi, M. Construction of libraries for methylation sites by in-gel competitive reassociation (IGCR). DNA Res 1995, 2, 219-223.

127. Monastyrskaya, G., Fushan, A., Abaev, I., Filyukova, O., Kostina, M., Pecherskih, E. and

128. Sverdlov, E. Genome-wide comparison reveals great inter- and intraspecies variability in B. pseudomallei and B. mallei pathogens. Res Microbiol 2004, 155, 781-793.

129. Nekrutenko, A. and Baker, R.J. Subgenome-specific markers in allopolyploid cotton

130. Gossypium hirsutum: implications for evolutionary analysis of polyploids. Gene 2003, 306, 99-103.

131. Nesbo, C.L., Nelson, K.E. and Doolittle, W.F. Suppressive subtractive hybridization detects extensive genomic diversity in Thermotoga maritima. J Bacteriol 2002,184,44754488.

132. Novak, P., Jensen, Т., Oshiro, M.M., Wozniak, R.J., Nouzova, M., Watts, G.S., Klimecki,

133. W.T., Kim, C. and Futscher, B.W. Epigenetic inactivation of the HOXA gene cluster in breast cancer. Cancer Res 2006, 66, 10664-10670.

134. Odeberg, J., Wood, Т., Blucher, A., Rafter, J., Norstedt, G. and Lundeberg, J. A cDNA RDA protocol using solid-phase technology suited for analysis in small tissue samples. Biomol Eng 2000,17,1-9.

135. Ohki, R., Oishi, M. and Kiyama, R. A whole-genome analysis of allelic changes in renal cell carcinoma by in-gel competitive reassociation. Mol Carcinog 1998, 22, 158-166.

136. Olek, A., Oswald, J. and Walter, J. A modified and improved method for bisulphite based cytosine methylation analysis. Nucleic Acids Res 1996, 24, 5064-5066.

137. Ong, C., Ooi, C.H., Wang, D., Chong, H., Ng, K.C., Rodrigues, F., Lee, M.A. and Tan, P. Patterns of large-scale genomic variation in virulent and avirulent Burkholderia species. Genome Res 2004, 14, 2295-2307.

138. Orlando, V. Mapping chromosomal proteins in vivo by formaldehyde-crosslinked-chromatin immunoprecipitation. Trends Biochem Sci 2000, 25; 99-104.

139. Panaud, O., Vitte, C., Hivert, J., Muzlak, S., Talag, J., Brar, D. and Sarr, A. Characterization of transposable elements in the genome of rice (Oiyza sativa L.) using Representational Difference Analysis (RDA). Mol Genet Genomics 2002, 268, 113121.

140. Pastorian, K., Hawel, L., 3rd and Byus, C.V. Optimization of cDNA representational.difference analysis for the identification of differentially expressed mRNAs. Anal Biochem 2000; 283, 89-98.

141. Pearson, P.L. Restriction fragment-length polymorphisms (RFLP's) and their use in mapping the human genome. Prog Clin Biol Res 1985,177, 23-36.

142. Politov, D.V., Bickham, J., Patton, J.S.Molecular phylogeography of Palearctic and Nearctic ciscoes. Annales Zoologici Fennici. 2004, 41, 13-24.

143. Politov, D.V., Gordon; N.Yu., Afanasiev, K.A. Altukhov, Yu.P. & Bickham, J.W.1.entification of palearctic coregonid fish species using mtDNA and allozyme genetic markers. Journal of Fish Biology 2000, 57(Supplement A), 51-71.

144. Pomati, F. and Neilan, B.A. PCR-based positive hybridization to detect genomic diversity associated with bacterial secondary metabolism. Nucleic Acids Res 2004, 32, e7.

145. Poulet, S. and Cole, S.T. Repeated DNA sequences in mycobacteria. Arch Microbiol 1995, 163, 79-86.

146. Rachman, H., Strong, M., Schaible, U., Schuchhardt, J., Hagens, K., Mollenkopf, H.,

147. Eisenberg, D. and Kaufmann, S.H. Mycobacterium tuberculosis gene expression profiling within the context of protein networks. Microbes Infect 2006, 8, 747-757.

148. Rauch, T.A., Zhong, X., Wu, X., Wang, M., Kernstine, K.H., Wang, Z., Riggs, A.D. and Pfeifer, G.P. High-resolution mapping of DNA hypermethylation and hypomethylation in lung cancer. Proc Natl Acad Sci USA 2008, 105, 252-257.

149. Raynaud, C., Guilhot, C., Rauzier, J., Bordat, Y., Pelicic, V., Manganelli, R;, Smith, I., Gicquel, B. and Jackson, M. Phospholipases С are involved in the virulence of Mycobacterium tuberculosis. Mol Microbiol 2002,45, 203-217.

150. Rebrikov, D., Desai, S., Kogan, Y.N., Thornton, A.M. and Diatchenko, L. Subtractivecloning: new genes for studying inflammatory disorders. Ann Periodontol 2002, 7, 1728.

151. Rebrikov, D.Y. and Kogan la, N. Use of suppressor subtraction hybridization for finding strain-specific sequences in bacterial genomes. Genetika 2003, 39,1317-1321.

152. Rebrikov, D.V., Desai, S.M., Siebert, P.D. and Lukyanov, S.A. Suppression subtractive hybridization. Methods Mol Biol 2004,258, 107-134.

153. Reed, M.B., Domenech, P., Manca, C., Su, H., Barczak, A.K., Kreiswirth, B.N., Kaplan, G.and Barry, C.E., 3rd. A glycolipid of hypervirulent tuberculosis strains that inhibits the innate immune response. Nature 2004, 431, 84-87.

154. Robertsen, B. The interferon system of teleost fish. Fish Shellfish Immunol 2006, 20, 172191.

155. Robertson, B.D. and Meyer, T.F. Genetic variation in pathogenic bacteria. Trends Genet 1992, 8, 422-427.

156. Rosenberg, M., Przybylska, M. and Straus, D. "RFLP subtraction": a method for making libraries of polymorphic markers. Proc Natl Acad Sci U S A 1994, 91, 6113-6117.

157. Rubin, C.M., Kimura, R.H. and Schmid, C.W. Selective stimulation of translational expression by Alu RNA. Nucleic Acids Res 2002, 30, 3253-3261.

158. Safi, H., Barnes, P.F., Lakey, D.L., Shams, H., Samten, В., Vankayalapati, R. and Howard, S.T. IS6110 functions as a mobile, monocyte-activated promoter in Mycobacterium tuberculosis. Mol Microbiol 2004, 52, 999-1012.

159. Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T. (1989) Molecular cloning: a laboratory manual (2nd edition). Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N. Y.

160. Sampson, S.L., Richardson, M., Van Helden, P.D. and Warren, R.M'. IS6110-mediated deletion polymorphism in isogenic strains of Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol 2004,42, 895-898.

161. Sasaki, H., Nomura, S., Akiyama, N., Takahashi, A., Sugimura, Т., Oishi, M. and Terada, M. Highly efficient method for obtaining a subtracted genomic DNA library by the modified in-gel competitive reassociation method. Cancer Res 1994, 54, 5821-5823.

162. Shagin, D.A., Lukyanov, K.A., Vagner, L.L. and Matz, M.V. Regulation of average length of complex PCR product. Nucleic Acids Res 1999,27, e23.

163. Shagin, D.A., Rebrikov, D.V., Kozhemyako, V.B., Altshuler, I.M., Shcheglov, A.S.,

164. Zhulidov, P.A., Bogdanova, E.A., Staroverov, D.B., Rasskazov, V.A. and Lukyanov, S. A novel method for SNP detection using a new duplex-specific nuclease from crab hepatopancreas. Genome Res 2002, 12, 1935-1942.

165. Shields, J.M., Der, C.J. and Powers, S. Identification of Ras-regulated genes byrepresentational difference analysis. Methods Enzymol 2001, 332,221-232.

166. Shiloh, Y., Rose, E., Colletti-Feener, C., Korf, В., Kunkel, L.M. and Latt, S.A. Rapid cloning of multiple amplified nucleotide sequences from human neuroblastoma cell lines by phenol emulsion competitive DNA reassociation. Gene 1987, 51, 53-59.

167. Siebert, P.D., Chenchik, A., Kellogg, D.E., Lukyanov, K.A. and Lukyanov, S.A. An improved PCR method for walking in uncloned genomic DNA. Nucleic Acids Res 1995, 23, 1087-1088.

168. Slotkin, R.K. and Martienssen, R. Transposable elements and the epigenetic regulation of the genome. Nat Rev Genet 2007, 8, 272-285.

169. Smith, T.J., Wilson, L., Kenwrick, S.J., Forrest, S.M., Speer, A., Coutelle, C. and Davies, K.E. Isolation of a conserved sequence deleted in Duchenne muscular dystrophy patients. Nucleic Acids Res 1987, 15, 2167-2174.

170. Snell, T.W., Brogdon, S.E. and Morgan, M.B. Gene expression profiling in ecotoxicology. Ecotoxicology 2003,12,475-483.

171. Sohaskey, C.D. Nitrate enhances the survival of Mycobacterium tuberculosis during inhibition of respiration. J Bacterid 2008, 190, 2981-2986.

172. Sternberg, M.B. and Gepstein, S. Subtractive hybridization techniques to study cellular senescence. Methods Mol Biol 2007, 371, 289-305.

173. Stevenson, D.S. and Jarvis, P. Chromatin silencing: RNA in the driving seat. Curr Biol 2003, 13, R13-15.

174. Straus, D. and Ausubel, F.M. Genomic subtraction for cloning DNA corresponding to deletion mutations. Proc Natl Acad Sci U S A 1990, 87, 1889-1893.

175. Sturzl, M. and Roth, W.K. PCR-synthesized single-stranded DNA: a useful tool for 'hyb' and 'HAP' standardization for construction of subtraction libraries. Trends Genet 1990, 6, 106.

176. Sukhanova, L.V., Smirnov, V.V., Kirilchik, S.V., Shimizu I. Grouping of Baikal omul

177. Coregonus autumnalis migratorius Georgi within the C. lavaretus complex confirmed by using a nuclear DNA marker. Annales Zoologici Fennici. 2004, 41, 41-49.

178. Sukhanova, L.V., Smirnov, V.V., Smirnova-Zalumi, N.S., Kirilchik, S.V., Griffiths, D. &

179. Suzuki, M.M. and Bird, A. DNA methylation landscapes: provocative insights from epigenomics. Nat Rev Genet 2008, 9, 465-476.

180. Tabor, S. and Richardson, C.C. DNA sequence analysis with a modified bacteriophage T7 DNA polymerase. Proc Natl Acad Sci U S A 1987, 84, 4767-4771.

181. Talarico, S., Durmaz, R. and Yang, Z. Insertion- and deletion-associated genetic diversity of Mycobacterium tuberculosis phospholipase C-encoding genes among 106 clinical isolates from Turkey. J Clin Microbiol 2005,43, 533-538.

182. Tautz, D. Genomic finger printing goes simple. Bioessays 1990, 12,44-46.

183. Toder, R., Xia; Y. and Bausch, E. Interspecies comparative genome hybridization and interspecies representational difference analysis reveal gross DNA differences between humans and great apes. Chromosome Res 1998, 6,487-494.

184. Toder, R., Grutzner, F., Haaf, T. and Bausch, E. Species-specific evolution of repeated DNA sequences in great apes. Chromosome Res 2001, 9, 431-435.

185. Trempat, P., Villalva, C., Xerri, L., Armstrong, F., Duplantier, M.M., Delsol, G. and Brousset, P. Gene expression profiling in anaplastic large cell lymphoma and Hodgkin's disease. Leuk Lymphoma 2004, 45, 2001-2006.

186. Ueda, S., Washio, K. and Kurosaki, K. Human-specific sequences: isolation of species-specific DNA regions by genome subtraction. Genomics 1990, 8, 7-12.

187. Ushijima, Т., Morimura, K., Hosoya, Y., Okonogi, H., Tatematsu, M., Sugimura, T. and

188. Nagao, M." Establishment of methylation-sensitive-representational difference analysis and isolation of hypo- and hypermethylated genomic fragments in mouse liver tumors. Proc Natl Acad Sci U S A 1997, 94, 2284-2289.

189. Ushijima, Т. and Yamashita, S. Methylation-sensitive representational difference analysis (MS-RDA). Methods Mol Biol 2009, 507, 117-130.

190. Valway, S.E., Sanchez, M.P., Shinnick, T.F., Orme, I., Agerton, Т., Hoy, D., Jones, J.S.,

191. Westmoreland, H. and Onorato, I.M. An outbreak involving extensive transmission of a virulent strain of Mycobacterium tuberculosis. N Engl J Med 1998, 338, 633-639.

192. Velculescu, V.E., Zhang, L., Vogelstein, B. and Kinzler, K.W. Serial analysis of gene expression. Science 1995, 270, 484-487.

193. Viana-Niero, C., de Haas, P.E., van Soolingen, D. and Leao, S.C. Analysis of geneticpolymorphisms affecting the four phospholipase С (pic) genes in Mycobacterium tuberculosis complex clinical isolates. Microbiology 2004, 150, 967-978.

194. Waddell, S.J., Chung, G.A., Gibson, K.J., Everett, M.J., Minnikin, D.E., Besra, G.S. and

195. Butcher, P.D. Inactivation of polyketide synthase and related genes results in the loss of complex lipids in Mycobacterium tuberculosis H37Rv. Lett Appl Microbiol 2005, 40, 201-206.

196. Waddell, S.J. and Butcher, P.D. Microarray analysis of whole genome expression of intracellular Mycobacterium tuberculosis. Curr Mol Med 2007, 7,287-296.

197. Wang, X. and Feuerstein, G.Z. Suppression subtractive hybridisation: application in the discovery of novel pharmacological targets. Pharmacogenomics 2000,1, 101-108.

198. Weber, M., Davies, J.J., Wittig, D., Oakeley, E.J., Haase, M., Lam, W.L. and Schubeler, D. Chromosome-wide and promoter-specific analyses identify sites of differential DNA methylation in normal and transformed human cells. Nat Genet 2005, 37, 853-862.

199. Welsh, J. and McClelland, M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res 1990,18, 7213-7218.

200. Wieland, I., Bolger, G., Asouline, G. and Wigler, M. A method for difference cloning: gene amplification following subtractive hybridization. ProcNatl Acad Sci U S A 1990, 87, 2720-2724.

201. Wieland, I., Bohm, M. and Bogatz, S. Isolation of DNA sequences deleted in lung cancer by genomic difference cloning. ProcNatl Acad Sci U S A 1992, 89, 9705-9709.

202. Williams, J.G., Kubelik, A.R., Livak, K.J., Rafalski, J.A. and Tingey, S.V. DNApolymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res 1990, 18, 6531-6535.

203. Wu, J., Wang, S.H., Potter, D., Liu, J.C., Smith,- L.T., Wu, Y.Z., Huang, Т.Н. and Plass, C. Diverse histone modifications on histone 3 lysine 9 and their relation to DNA methylation in specifying gene silencing. BMC Genomics 2007, 8,131.

204. Yamashita, S., Yoshida, Y., Kurahashi, A., Sugimura, T. and Ushijima, T. Construction of a high-throughput rat genetic mapping system with 466 arbitrarily primed-representational difference analysis markers. Mamm Genome 2000, 11, 982-988.

205. Yang, Z., Yang, D., Kong, Y., Zhang, L., Marrs, C.F., Foxman, В., Bates, J.H., Wilson, F. and Cave, M.D. Clinical relevance of Mycobacterium tuberculosis plcD gene mutations. Am J Respir Crit Care Med 2005,171,1436-1442.

206. Yokota, H., Amano, S., Yamane, Т., Ataka, K., Kikuya, E. and Oishi; M. Differential cloning using in-gel competitive reassociation. Electrophoresis 1995, 16, 286-290.

207. Zeschnigk, M., Horsthemke, B. and Lohmann, D. Detection of homozygous deletions in tumors by hybridization of representational difference analysis (RDA) products to chromosome-specific YAC clone arrays. Nucleic Acids Res 1999,27, e30.

208. Zhang, Y.L., Ong, C.T. and Leung, K.Y. Molecular analysis of genetic differences between virulent and avirulent strains of Aeromonas hydrophila isolated from diseased fish. Microbiology 2000, 146 (Pt 4), 999-1009.

209. Zhang, Y.W., Ding, L.S. and Lai, M.D. Reg gene family and human diseases. World J Gastroenterol 2003, 9,2635-2641.

210. Zhu, J. and Yao, X. Use of DNA methylation for cancer detection and molecular classification. J Biochem Mol Biol 2007,40,135-141.

211. Zhulidov, P.A., Bogdanova, E.A., Shcheglov, A.S., Vagner, L.L., Khaspekov, G.L.,

212. Kozhemyako, V.B., Matz, M.V., Meleshkevitch, E., Moroz, L.L., Lukyanov, S.A. et al. Simple cDNA normalization using kamchatka crab duplex-specific nuclease. Nucleic Acids Res 2004, 32, e37.

213. Быченко, O.C., Суханова, JI.B., Уколова, C.C., Скворцов, Т.А., Потапов, В.К., Ажикина, Т.Л. and Свердлов, Е.Д. Геномная близость байкальского омуля и сига. Биоорганическая Химия 2009, 35, 95-102.

214. Решетников, Ю.С. Современные проблемы изучения сиговых рыб. Вопросы ихтиологии. 1995, 35, С. 156-174.