Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) и других инфекционных агентов у иксодовых клещей в городских и пригородных биотопах г. Томска. Секвенирование и молекулярно-биологический анализ генома штамма ВКЭ Глубинное/2004 тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Чаусов, Евгений Владимирович

• Чаусов, Евгений Владимирович
• кандидат биологических наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Чаусов, Евгений Владимирович

1. Введение

2. Обзор литературы

2.1. Характеристика вируса клещевого энцефалита

2.2. Строение и свойства ВКЭ

2.3. Репликативный цикл флавивирусов

2.4. Генетическое разнообразие ВКЭ и географическое распределение генотипов

2.5. Клиническая характеристика КЭ

2.6. Клинические особенности заболевания в зависимости от генотипа ВКЭ

2.7. Молекулярные основы патогенности ВКЭ

2.8. Методы филогенетического и эволюционного анализа

2.9. Патогенные бактерии и простейшие, переносимые клещами

2.9.1. Клещевой боррелиоз

2.9.2. Клещевой эрлихиоз

2.9.3. Клещевой риккетсиоз

2.9.4. Клещевой бабезиоз

2.9.5. Клещевые бартонеллезы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) и других инфекционных агентов у иксодовых клещей в городских и пригородных биотопах г. Томска. Секвенирование и молекулярно-биологический анализ генома штамма ВКЭ Глубинное/2004»

Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ) был открыт в 1937 г. на Дальнем Востоке СССР (Зильбер, 1939) и является прототипным представителем одноименного серокомплекса, в который включают ВКЭ, вирус омской геморрагической лихорадки (ОГЛ), вирус Лангат, вирус Повассан (ВП), вирус Киассанурской лесной болезни, вирус шотландского энцефаломиелита овец и др. Основными переносчиками ВКЭ являются иксодовые клещи Ixodes persulcatus и Ixodes ricinus; заражение происходит при присасывании зараженного клеща, а также при употреблении молока от зараженных коров и коз (Погодина, 1958). ВКЭ вызывает у людей заболевание центральной нервной системы с уровнем смертности 1-30% (Погодина и др., 1986, Злобин и Горин, 1996), называемое клещевым энцефалитом (КЭ).

В Российской Федерации в период с 1990-х по 2000 год отмечен резкий подъем заболеваемости КЭ вплоть до 11000 случаев в год (Львов и Злобин, 2007). В настоящее время средняя заболеваемость КЭ в Российской Федерации снизилась, однако в ряде регионов Урала, Сибири и Дальнего Востока рост заболеваемости (до 30 случаев КЭ на 100 тыс. населения) наблюдается и в настоящее время (Львов и Злобин, 2007). По данным Роспотребнадзора, ежегодно в Российской Федерации регистрируется от 232 тыс. до 318 тыс. человек, пострадавших от укусов клещей (http://www.rospotrebnadzor.ru). Среди пострадавших доля привитых лиц составляет не более 7-9%, а экстренную серопрофилактику получает не более 53-57%. Роспотребпадзором РФ охват населения вакцинацией и экстренной профилактикой КЭ признан недостаточным. На низком уровне остаются также экстренная дифференциальная диагностика клещевых инфекций и мониторинг энтомологического состояния природных очагов.

Наряду с увеличением количества случаев КЭ также имеется тенденция к нарастанию тяжести заболевания с увеличением доли менингеальных и очаговых форм

Волкова и Образцова, 2002). Настороженность вызывает и возникновение новых форм КЭ, таких как КЭ с геморрагическим синдромом (Ternovoi et al., 2003).

Актуальными вопросами молекулярной эпидемиологии ВКЭ в настоящее время являются уточнение ареала распространения его генотипов, отслеживание изменений в географическом распространении генотипов, изучение вариабельности ВКЭ на уровне генотипа, а также изучение свойств штаммов, существенно отличающихся от основных 3 генотипов (Злобин и др., 2007).

Небольшое на сегодняшний день количество полностью определенных последовательностей вирусных РНК различных штаммов ВКЭ (менее 30 полноразмерных последовательностей, опубликованных в базе данных GenBank) не отражает широкого спектра генетического разнообразия вируса и не позволяет определить мутации, приводящие к повышению патогенности вируса. Определение полных нуклеотидных последовательностей и молекулярно-генетический анализ современных, в особенности -необычных штаммов ВКЭ, проявляющих высокую патогенность, является важной задачей для установления ключевых моментов в молекулярной биологии ВКЭ и патогенезе КЭ. Таким образом, детальный анализ генома нового высокопатогенного штамма Глубинное/2004 в сравнении с известными штаммами и природными вариантами ВКЭ также представляется важной научной задачей.

Еще одной актуальной проблемой молекулярной биологии ВКЭ в настоящее время является изучение роли нетранслируемых областей генома в репликации вируса. В ряде работ (Filomatori et al., 2006; Alvarez et al., 2008; Li et al., 2008) 5'-нетранслируемая область генома (5'-НТО) флавивирусов идентифицирована как промотор репликации. В опубликованных данных, однако, содержатся указания на то, что вариабельность 5'-НТО флавивирусов составляет до 55,5% (Casati et al., 2006), что может обуславливать адаптацию вируса к различным хозяевам (Gritsun et al., 2006а-с, Gritsun et al., 2007a-b, Khromykh et al., 2003). Исследования вариабельности 5'-НТО были проведены лишь для вариантов ВКЭ европейского генотипа, выделенных из клещей I. ricinus. Для сибирского и дальневосточного генотипов ВКЭ у клещей I. persulcatus и I. Pavlovskiy подобных данных не опубликовано. Томская область является регионом, высокоэндемичным по клещевым инфекциям, и в силу этого представляет большой интерес для изучения вариабельности 5'-НТО у природных вариантов ВКЭ и их генетического разнообразия.

Иксодовые клещи также являются переносчиками возбудителей многих других инфекционных заболеваний человека и животных (простейших, бактерий и вирусов): энцефалит Повассан, клещевой боррелиоз, клещевой риккетсиоз, моноцитарный эрлихиоз человека, бабезиоз и zip.(Aleksecv et al., 2004), клинические проявления которых в ряде случаев могут ошибочно трактоваться как КЭ (Коренберг, 2002, Korenberg and Likhacheva, 2006). У иксодовых клещей выявляются также вирус Западного Нила (Львов и Ильичев, 1979, Москвитина и др., 2008) и возбудитель бартопеллеза (Morozova et al., 2004), однако роль клещей в передаче данных инфекций человеку не доказана.

В природных очагах (Европа и Европейская часть России, Урал, Сибирь, Дальний Восток, Казахстан, Япония) у клещей выявлено совместное наличие двух и более возбудителей инфекций и показано возникновение микст-инфекций у человека (Alekseev et al., 2004, Hilpertshauser et al., 2006, Majlathova et al., 2006, Shpynov et al., 2004, Shpynov et al., 2006, Tabara et al., 2007, Zamoto et al, 2004). Ценными в научном и клиническом плане являются сведения о степени распространенности различных возбудителей, а также их уточненный видовой состав в очагах клещевых инфекций на территории Российской Федерации (Злобин и др., 2007). Учитывая тот факт, что комплексных исследований встречаемости клещевых инфекций в Томской области до настоящего времени не проводилось, мы решили не ограничиваться ВКЭ в изучении спектра переносимых клещами патогенов.

Эти данные представляют практическую ценность для развития и совершенствования дифференциальной диагностики переносимых клещами инфекций у лиц, пострадавших от укусов клещей.

Цели и задачи исследования:

Целями работы являлись изучение встречаемости и генетического разнообразия ВКЭ и других переносимых клещами инфекций в городских и пригородных биотопах г. Томска, а также секвенирование и молекулярно-генетический анализ генома нового штамма ВКЭ, вызвавшего особо тяжелую быстротекущую форму заболевания энцефалитом (штамм Глубинное/2004).

В связи с этими целями, основными задачами исследования были:

1. Создание коллекции ДНК и РНК, выделенных из иксодовых клещей, собранных в городских и пригородных биотопах г. Томска.

2. Выявление РНК ВКЭ и ДНК бактерий и простейших в образцах иксодовых клещей, собранных в течение эпидемического сезона в г. Томске, и определение соотношения встречаемости данных патогенов в клещах.

3. Секвенирование и молекулярно-генетический анализ генома штамма ВКЭ Глубинное/2004.

4. Изучение генетического разнообразия 5'-НТО геномной РНК в природных вариантах ВКЭ и анализ нуклеотидных замен, появляющихся в процессе адаптации изолятов ВКЭ к клеткам почки эмбриона свиньи (РКЕ. cells).

5. Определение нуклеотидных последовательностей фрагментов геномов вновь выявленных вариантов ВКЭ, фрагментов ДНК бактерий и простейших и их молекулярно-генетический анализ.

Научная новизна и практическая ценность работы:

1. Впервые комплексно определена встречаемость геномов ВКЭ, Borrelia spp., Rickettsia spp., Ehrlichia spp. (в том числе в виде совместных инфекций) в иксодовых клещах, собранных в течение эпидемического сезона в г. Томске и его пригородах.

2. На территории г. Томска обнаружены варианты ВКЭ дальневосточного генотипа.

3. Изучена изменчивость 5'-концевой (промоторной) области генома природных вариантов ВКЭ сибирского и дальневосточного генотипов при пассировании их на культуре клеток РКЕ.

4. Определена полная нуклеотидная последовательность нового высокопатогенного штамма ВКЭ Глубинное/2004, проведен молекулярно-генетический анализ его генома и описаны области генома, замены в которых, возможно, определяют его высокую патогенность для человека.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Методами ПЦР-анализа с последующим секвенированием установлено, что в исследованных образцах клещей встречаемость ВКЭ составила 6,5±1,9%, Borrelia spp. - 8±3%, Rickettsia spp. -4,5±2,4%, Ehrlichia spp. -1,67%.

2. Уровень гомологии 5'-НТО геномной РНК ВКЭ составляет 95% для дальневосточного и 89% для сибирского генотипов. Среди исследованных вариантов ВКЭ мутации были выявлены в следующих участках Y-структуры 5'-НТО: А2 - у 20 вариантов (55,5%), С1 - у 18 (50%), С2 - у 12 (33,3%), CS В - у 9 (25%), AI - у 5 (13,9%), CS А - у 3 (8%), В1 - у 1 (2,8%).

3. Штамм Глубинное/2004 относится к дальневосточному генотипу ВКЭ, формируя в нем отдельную ветвь, и по сравнению со штаммами 205 и Софьин несет соответственно 53 и 57 аминокислотных замен. Наибольшие изменения обнаружены в вирусных белках NS3 (10 и 12 аминокислотных замен, по сравнению со штаммами 205 и Софьин, соответственно), NS5 (по 16 замен) и CTHD (по 5 замен на последовательность в 20 а.о.). Изменены сайты процессинга вирусного полипротеина C/CTHD, CTHD/prM, prM/M, E/NS1, NS2B/NS3. В участке Р Y-структуры 5'-НТО обнаружены замены Тзо—>С и Т35—»С.

Вклад автора:

1. Создание коллекции образцов ДНК и РНК, выделенных из иксодовых клещей, собранных в городских и пригородных биотопах г. Томска.

2. Расчет и тестирование олигонуклеотидных праймеров для генодиагностики и генотипирования РНК ВКЭ и ДНК бактерий и простейших, переносимых иксодовыми клещами.

3. Выявление РНК ВКЭ и ДНК бактерий и простейших в образцах иксодовых клещей и определение нуклеотидных последовательностей выявленных вариантов.

4. Филогенетический анализ фрагментов геномов вариантов ВКЭ, бактерий и простейших, выявленных в городских и пригородных биотопах г. Томска.

5. Определение полной нуклеотидной последовательности и молекулярно-генетический анализ генома штамма ВКЭ Глубинное/2004.

Апробация работы:

По материалам диссертации опубликовано 2 статьи в журналах, рекомендованных для опубликования основных результатов диссертаций на соискание ученой степени кандидата биологических наук.

Результаты работы были представлены на конференциях:

• Российско-британский семинар молодых ученых "Emerging Diseases: Tick-transmitted and influenza". Россия, г. Новосибирск, 2006.

• Юбилейная конференция, посвященная 70-летию открытия клещевого энцефалита. Россия, г. Владивосток, 2007.

• XIV International Congress of Virology, Турция, г. Стамбул, 2008. Полученные в ходе выполнения работы нуклеотидные последовательности штамма

Глубинное/2004 и фрагментов геномов ВКЭ, Borrelia spp., Rickettsia spp., Ehrlichia spp. депонированы в базу данных GenBank (номера DQ862460, EU715139 - EU715174, EU919251 - EU919255, EU919256 - EU919263, EU919248 - EU919250, FJ640555).

Структура и объем диссертации:

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и их обсуждения, выводов и списка использованной литературы. Работа изложена на 143 страницах, содержит 30 рисунков и 12 таблиц. Список использованной литературы включает 191 источник, в том числе 138 опубликованных в иностранных журналах.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Чаусов, Евгений Владимирович

6. Выводы

1. Изучена временная динамика выявления генетических маркеров ВКЭ, Borrelia spp., Rickettsia spp., и Ehrlichia spp. в иксодовых клещах, собранных в течение эпидемического сезона в городских и пригородных биотопах г. Томска, Показано, что пик зараженности клещей всех стадий развития вирусом клещевого энцефалита приходится на май и июль (уровень зараженности 4,7-5,8%), Borrelia spp. — на май (9,6%), Rickettsia spp.

- на июнь (4,8%). Встречаемость Ehrlichia spp. составила 1,67%. В 2,3% проб выявлены два и более инфекционных агента. При этом генетические маркеры Babesia spp., Bartonella spp. и ВП в исследованных образцах нами обнаружены не были.

2. Определены нуклеотидные последовательности и проведен филогенетический анализ 5'НТО выявленных вариантов ВКЭ, фрагментов ДНК бактерий и простейших. Показано присутствие в городских и пригородных биотопах г. Томска представителей двух генотипов ВКЭ, Borrelia garinii, Ehrlichia muris и Rickettsia spp. (R. tarasevichae и риккетсии, близкие к R. raoiillii, возможно, являющиеся представителями нового подвида рода Rickettsia). Для вариантов ВКЭ, выявленных в пригородных биотопах, сибирский генотип определен в 89,5% случаев, дальневосточный в 10,5%, а в городских биотопах соответственно в 53,0% и 47,0% случаев.

3. Уровень гомологии 5'-НТО геномной РНК ВКЭ составил 95% для дальневосточного и 89% для сибирского генотипов. Сибирский генотип представлен тремя генетическими группами, дальневосточный — двумя. Среди 36 исследованных вариантов ВКЭ мутации были выявлены в следующих участках Y-структуры 5'-НТО: А2

- у 20 вариантов (55,5%), С1 - у 18 (50%), С2 - у 12 (33,3%), CS В - у 9 (25%), AI - у 5 (13,9%), CS А - у 3 (8%), В1 - у 1 (2,8%).

4. Секвенирование и последующий анализ генома высокопатогенного штамма ВКЭ Глубинное/2004 показали, что он относится к дальневосточному генотипу ВКЭ, формируя в нем отдельную ветвь. Оценка времени дивергенции с использованием средней частоты синонимичных мутаций показала, что расхождение штамма Глубинное/2004 с группой М0.1-8епг1шщ произошло 300-470 лет назад, а с группой ОзЫта-Софьин - 320-490 лет назад.

5. Последовательность полипротеина штамма Глубинное/2004 по сравнению со штаммами 205 и Софьин имеет, соответственно, 53 и 57 аминокислотных замен. Наибольшие изменения выявлены в последовательностях вирусных белков N83 (10 и 12 аминокислотных замен по сравнению со штаммами 205 и Софьин, соответственно), N85 (по 16 замен соответственно) и функционально важном домене СТНБ белка С (по 5 замен на последовательность в 20 а.о. соответственно). Выявлены замены в сайтах процессинга вирусного полипротеина С/СТНГ), СТТГО/ргМ, ргМ/М, Е/7Ч81, ^2В/№!3. В нуклеотидной последовательности участка Р У-структуры 5'НТО обнаружены замены Тзо—>С и Т35—>С.

5. Заключение

Актуальными вопросами молекулярной эпидемиологии ВКЭ в последние годы являются уточнение ареалов распространения его генотипов, изучение вариабельности ВКЭ на уровне генотипов и отдельных генов и некодирующих областей генома, а также изучение биологических свойств и особенностей генома штаммов, проявляющих особые свойства. Весьма ценными в научном и практическом плане являются также сведения о распространенности других переносимых клещами инфекций, их видовом разнообразии и устойчивости к лекарственным препаратам.

В соответствии с этим, нами была исследована распространенность и генетическое "разнообразие ВКЭ, боррелий, риккетсий и эрлихий в городских и пригородных биотопах г. Томска, а также определена и проанализирована нуклеотидная последовательность высокопатогенного для человека штамма ВКЭ Глубинное/2004 (дальневосточный генотип).

В биотопах г. Томска обнаружены варианты ВКЭ сибирского и дальневосточного субтипов и установлена преимущественная локализация дальневосточного субтипа ВКЭ в городской черте. Данный факт дает основания предположить, что дальневосточный субтип ВКЭ распространился в регионе, эндемичном для сибирского субтипа, посредством деятельности человека. По всей вероятности, штаммы дальневосточного субтипа были завезены в г. Томск с инфицированными грызунами и/или клещами, находящимися в грузах, идущих с Дальнего Востока РФ, и нашли благоприятную экологическую нишу в городских биотопах, распространяясь в настоящее время и на территорию пригородов. Большую настороженность вызывает факт обнаружения варианта ВКЭ, весьма схожего по секвенированному нами фрагменту генома со штаммом 205, в черте г. Томска, где на базе именно этого штамма в течение около 25 лет производится и тестируется на животных вакцина от клещевого энцефалита. Для других регионов Сибири публикации о степени распространенности дальневосточного генотипа

ВКЭ в настоящее время отсутствуют, хотя фиксируются отдельные летальные случаи КЭ, вызванного штаммами именно дальневосточного генотипа (Ternovoi V.A. et al., 1999). Учитывая потенциально более высокую патогенность для' человека штаммов дальневосточного субтипа ВКЭ по сравнению с сибирским, их дальнейшее распространение в густонаселенных городских районах может серьезно ухудшить эпидемиологическую обстановку по этому возбудителю. В связи с этим представляется целесообразным проведение молекулярпо-эпидемиологического мониторинга по этому возбудителю в пригородах и парках сибирских городов и усиление мер по профилактике заболеваемости КЭ в виде вакцинации с охватом более значительной, чем сейчас, части населения в этих районах.

Выявленное нами разнообразие генетических групп вариантов сибирского субтипа ВКЭ свидетельствует о продолжительной эволюции данного субтипа (эндемичности) на территории г. Томска и области. Так, среди выявленных вариантов сибирского субтипа ВКЭ обнаружены представители генетической группы, прототипным представителем которой является штамм Zausaev, что подтверждает происхождение данного штамма именно из г. Томска. Циркуляция Zausaev-подобных вариантов ВКЭ на территории г. Томска и его пригородов продолжается, и таким образом сохраняется возможность появления новых случаев долговременного хронического инфицирования ВКЭ человека, что является еще одним доводом в пользу проведения широкомасштабной вакцинации населения.

Нами также было выявлено, что иксодовые клещи в городских и пригородных биотопах г. Томска также являются переносчиками таких патогенов как Borrelia garinii (генетически приближенных к японским вариантам), Rickettsia spp. (R. tarasevichae, генетически близких к сибирским вариантам, и риккетсий, близких к R. raoultii, возможно являющихся представителями нового подвида рода Rickettsia) и Ehrlichia muris. Вместе с тем, вирус Повассан, бабезии и бартонеллы у иксодовых клещей в городских и пригородных биотопах г. Томска нам обнаружить не удалось, несмотря на использование описанных в литературе пар праймеров для ПЦР.

Необходимо отметить, что в ходе работы нами выявлено совместное носительство иксодовыми клещами сразу нескольких патогенов, опасных для человека. Это указывает на возможность развития микст-инфекций у людей, подвергшихся укусу клеща, и доказывает необходимость дифференциальной лабораторной диагностики возбудителей переносимых клещами инфекций с целью их полной идентификации и проведения адекватного лечения.

У ряда штаммов ВКЭ определены генотип-характерные пуклеотидные замены в 5'-НТО и показана изменчивость последовательности 5'-НТО при пассировании вариантов ВКЭ, выделенных из иксодовых клещей, на культуре клеток млекопитающих. Эта изменчивость вернее всего отражает процесс отбора вариантов ВКЭ, более приспособленных для репликации в клетках позвоночных, из популяции квазивида. Отобранные варианты ВКЭ содержат мутации, характерные для штаммов, неоднократно пассированных на лабораторных животных и/или культурах клеток млекопитающих.

Нами определена полная нуклеотидная последовательность штамма Глубинное/2004 ВКЭ, и проведен анализ его генома с целью выявления мутаций, обусловливающих быстрое течение инфекции, вызванной данным штаммом. По нашим предположениям, высокая патогенность штамма Глубинное/2004 может быть объяснена усилением скорости репликации РНК, связанным с изменениями в промоторной области (мутации Тзо—^С и Т35—>С), белках NS3 и NS5 и/или ускоренным созреванием вирионов, вызванным мутациями в сайтах процессинга структурных вирусных белков. Это подтверждается повышенной (в сравнении с штаммом 205) скоростью репликации штамма Глубинное/2004 в культуре клеток на ранних сроках (12-24 часа) после инфицирования (см. рис. 21). В результате, скорость развития инфекции существенно опережает ответ иммунной системы, что и может приводить к ускоренному летальному исходу.

Следует отметить, что штамм Глубинное/2004 стоит особняком в генетической ветви дальневосточного генотипа. Проведенная нами оценка времени дивергенции с использованием средней частоты синонимичных мутаций показала, что расхождение штамма Глубинное/2004 с группой МВ1-8епг11аг^ произошло 300-470 лет назад, а с группой ОяЫта-Софьин — 320-490 лет назад. Это, в свою очередь, свидетельствует о возможности существования и других вариантов дальневосточного генотипа, промежуточных по набору генетических отличий и биологических свойств.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Чаусов, Евгений Владимирович, 2009 год

1. Алексеев А.Н. Современное состояние знаний о переносчиках клещевого энцефалита // Вопр. Вирусол.- 2007.- №5- С. 22-26.

2. Аммосов А.Д. Клещевой энцефалит. -Кольцово, 2002.

3. Бахвалова В.Н., Pap В.А., Ткачев С.Е., Добрикова Е.Ю., Морозова О.В. Генетический анализ штаммов вируса клещевого энцефалита Западной Сибири // Вопр. Вирусол.- 2000,- №5- С. 11-13.

4. Бахвалова В.Н., Караванов A.C., Матвеев Н.Э., Матвеева В.А., Морозова О.В. Исследование с помощью моноклональных антител антигенов Е и NS1 штаммов вируса клещевого энцефалита Западной Сибири // Вопр. Вирусол.- 2001.- №6- С. 33-36.

5. Богачек М.В., Протопопова Е.В., Терновой В.А., Качко A.B., Иванова A.B., Иванисенко В.А., Швалов А.Н., Локтев В.Б. Иммунохимические свойства белка ргМ и С-концевого фрагмента белка M вируса Западного Нила // Молекул, биол.-2007.- №41- С.8-17.

6. Борисов В.А., Ющук Н.Д., Малов И.В., Аитов К.А. Особенности клещевого энцефалита в различных регионах. // Эпидемиология и инфекц. бол.- 2000.- №2- С. 43-47.

7. Волкова Л.И., Образцова Р.Г. Клиническая картина острого клещевого энцефалита на Среднем Урале // Клещевой энцефалит. Владивосток, 2002.- С. 88-98.

8. Воробьева М.С. Современное состояние вакцинопрофилактики клещевого энцефалита // Клещевой энцефалит. Владивосток, 2002.- С. 166-170.

9. Вотяков В.И., Злобин В.И., Мишаева Н.П. Клещевые энцефалиты Евразии. -Новосибирск, 2002.

10. Временные методические указания по изучению природных очагов клещевого энцефалита и оценке эффективности противоэнцефалитных мероприятий. Министерство здравоохранения РСФСР. М., 1959.

11. Гайдамович С.Я. Клещевой энцефалит // Здоровье населения и среда обитания -1996.-№4- С. 19-22.

12. Гурарий P.M. Клиническая характеристика клещевого энцефалита в Приморском крае по материалам вспышки 1956г. / Тезисы доклада научной конференции по вопросам краевой патологии АМН СССР в Иркутске. -М. 1957, е. 22.

13. Зильбер JI.A. Весенний (весеннее-летний) клещевой энцефалит // Арх. биол. наук -1939,- Т. 56- Вып. 2- С. 9-37.

14. Злобин В.И., Горин О.З. Клещевой энцефалит. Этиология. Эпидемиология и профилактика в Сибири. -Новосибирск, Наука, 1996.

15. Злобин В.И., Газо М.Х., Беликов С.И., Джиоев Ю.П., Демина Т.В., Верхозина М.М., Козлова И.В., Адельшин Р.В., Дорощенко Е.К. Молекулярные зонды для генетического типирования вируса клещевого энцефалита // Вопр. Вирусол.- 2001,-№4- С. 43-47.

16. Злобин В.И. Клещевой энцефалит в Российской Федерации: современное состояние проблемы и стратегия профилактики // Вопр. Вирусол.- 2005.- №3- С. 26-32.

17. Злобин В.И., Верхозина М.М., Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Адельшин Р.В., Козлова И.В., Беликов С.И., Хаснатинов М.А., Данчинова Г.А., Исаева Е.И., Гришечкин А.Е. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита // Вопр. Вирусол.- 2007.-№6-С. 4-13.

18. Иерусалимский А.П. Клещевой энцефалит. Руководство для врачей. -Новосибирск, 2001.

19. Карань JI.C., Браславская С.И., Мязин А.Е. Развитие методов детекции и генотипирования вируса клещевого энцефалита на основе амплификационных технологий. // Вопр. Вирусол. 2007, №6, с. 17-22.

20. Коренберг Э.И. Микст инфекции, передающиеся иксодовыми клещами: актуальные аспекты изучения и профилактики. // Клещевой энцефалит. Под ред. Леоновой Г.Н., Сомовой-Исачковой Л.М. 2002, Владивосток.

21. Леонова Г.Н., Исачкова Л.М., Кругляк С.П., Майстровская О.С. Патогенетические критерии оценки вирулентности штаммов вируса клещевого энцефалита, изолированных на юге Дальнего Востока. // Вопр. вирусол., 1995, №4, 165-169.

22. Леонова Г.Н. Клещевой энцефалит в Приморском крае. // Владивосток, 1997.

23. Леонова Г.Н., Исачкова Л.М., Борисевич В.Г.,' Фисенко А.Ю. Экспериментальный клещевой энцефалит у золотистых хомячков на фоне специфической иммунотерапии. // Вопр. Вирусол. 2000, №4, с. 28-33.

24. Леонова Г.Н., Беликов С.И., Павленко Е.В., Кулакова Н.В., Крылова Н.В. Биологическая и молекулярно-генетическая характеристика дальневосточной популяции вируса клещевого энцефалита и ее патогенетическое значение. // Вопр. Вирусол. 2007, №6, с. 13-17.

25. Локтев В.Б., Терновой В.А., Нетесов C.B. Молекулярно-генетическая характеристика вируса клещевого энцефалита. // Вопр. Вирусол. 2007, №5, с. 10-16.

26. Львов Д.К., Ильичев В.Д. Миграции птиц и перенос возбудителей инфекций. // М.: Наука, 1979.

27. Львов Д.К., Злобин В.И. Стратегия и тактика профилактики клещевого энцефалита на современном этапе. // Вопр. Вирусол. 2007, №5, с. 26-30.

28. Мельникова О.В., Ботвинкин А.Д., Данчинова Г.А. Зараженность голодных и питавшихся таежных клещей вирусом клещевого энцефалита (по данным иммуноферментного анализа). //Журн. инфекц. патол. 1996, Т.З, №1, 14-18.

29. Морозова О.В., Фоменко H.A., Бургышева Ю.В., Максимова Т.Г., Белавин П.А., Репкова М.Н., Добрикова Е.Ю. Взаимодействие РНК вируса клещевого энцефалита с белками. // Вопр. Вирусол. 2001, №2, с. 13-17.

30. Морозова О.В. Свойства некоторых белков вируса клещевого энцефалита. Диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук. -Кольцово, 20016.

31. Москвитина Н.С., Романенко В.Н., Терновой В.А., Иванова Н.В., Протопопова Е.В., Кравченко Л.Б., Кононова Ю.В., Куранова В.Н., Чаусов Е.В., Москвитин С.С., Першикова Н.Л., Гашков С.И., Коновалова С.Н., Большакова Н.П., Локтев В.Б.

32. Выявление вируса Западного Нила и его генотипирование в иксодовых клещах (Parasitiformes: Ixodidae) в Томске и его пригородах // Паразитология.- 2008.- 42(3)-С.210-225.

33. Онищенко Г.Г. Распространение вирусных природно-очаговых инфекций в Российской Федерации и меры по их профилактике //Эпидемиол. и инфекц. бол.-2000.- №4- С. 4-8

34. Онищенко Г.Г., Федоров Ю.М., Пакскина Н.Д. Организация надзора за клещевым энцефалитом и меры по его профилактике в Российской Федерации // Вопр. Вирусол.- 2007.- №5- С. 8-10.

35. Онищенко Г.Г. приказ от 25.03.2008 № 01/2659-8-32.

36. Погодина В.В. Устойчивость вируса клещевого энцефалита к воздействию желудочного сока// Вопр. Вирусол.- 1958.- №3- С. 295-299.

37. Погодина В.В., Фролова М.П., Ерман Б.А. Хронический клещевой энцефалит. -Новосибирск, 1986.

38. Погодина В.В. М.П. Чумаков: посмертный вклад в изучение хронического клещевого энцефалита / Международная научная конференция «Вирусные, риккетсиозные и бактериальные инфекции, переносимые клещами», Иркутск 1996, стр. 102-103.

39. Погодина В.В., Бочкова Н.Г., Карань Л.С., Фролова М.П., Маленко Г.В., Левина Л.С., Платонов А.Е. Сравнительный анализ вирулентности сибирского идальневосточного подтипов вируса клещевого энцефалита // Вопр. Вирусол.- 2004.-№6- С. 24-30.

40. Погодина В.В. Мониторинг популяций вируса клещевого энцефалита и этиологической структуры заболеваемости за 60-летний период // Вопр. Вирусол.-2005.-№3-С. 7-13.

41. Покровский В.И., Лобан K.M. (ред.) Руководство по инфекционным болезням. -Москва, 1986.

42. Романенко В.В., Прохорова О.Г., Злобин В.И. Новая стратегия специфической профилактики клещевого энцефалита: опыт организации массовой вакцинации населения Свердловской области // Эпидемиол. и вакцинопрофилактика.- 2005.-№3- С. 24-27.

43. Фоменко Н.В., Сабитова Ю.В., Хаснатдинов М.А., Гольцова H.A., Данчинова Г.А., Батаа Ж., Амбед Д., Стронин О. В. Гетерогенность гена р83/100 комплекса Borrelia burgdorferi sensu lato // Молекуляр. генет. микробиол. вирусол.- 2007.- №4- С. 31-37.

44. Чебышев Н.В., Воробьев A.A., Пак С.Г. Трансмиссивные инфекции и инвазии. -Москва, 2005.

45. Чунихин С.П., Стефуткина Л.Ф., Королев М.Б., Решетников И.А., Хозинская Г.А. Половая передача вируса клещевого энцефалита у иксодовых клещей (Ixodidae) // Паразитология,- 1983,- Т.17,- вып. 3- С. 214-217.

46. Чунихин С.П., Решетников И.Н., Ляпустин В.Н. Изменчивость вируса клещевого энцефалита при пассировании через иксодовых клещей и мелких млекопитающих // Мед. паразитол. и паразитарн. болезни.- 1986.- №6- С. 58-61.

47. Шаповал А.Н. Клещевой энцефаломиелит. Москва, 1980.

48. Alekseev A.N., Dubinina H.V., Jushkova O.V. First report on the coexistence and compatibility of seven tick-borne pathogens in unfed adult Ixodes Persulcatus Schulze (Acarina:Ixodidae) // Int. J.Med. Microbiol.- 2004.- Vol. 293.- Suppl. 37- P. 104-108.

49. Allison, S. L., J. Schalich, K. Stiasny, C. W. Mandl, C. Kunz, and F. X. Heinz. Oligomeric rearrangement of tick-borne encephalitis virus envelope proteins induced by an acidic pH // J. Virol.- 1995,- 69- P.695-700.

50. Allison S.L., Schlalich J., Stiasny K. Mandl C.W., Heinz F.X. Mutational evidence for an internal fusion peptide in flavivirus envelope protein E // J. Virol.- 2001,- 75- P. 42684275.

51. Alvarez D.E., Filomatori C.V., Gamarnik A.V. Functional analysis of dengue virus cyclization sequences located at the 5' and 3' UTRs // Virology.- 2008.- 375- P. 223-235.

52. Amberg, S. M., A. Nestorowicz, D. W. McCourt, and С. M. Rice. NS2B-3 proteinase-mediated processing in the yellow fever virus structural region: in vitro and in vivo studies // J. Virol.- 1994.- 68- P. 3794-3802.

53. Arias C.F., Preugscat F., Strauss J.H. Dengue 2 virus NS2B and NS3 form a stable complex that can cleave NS3 within the helicase domain // Virology.- 1993.- 193- P. 888899.1. T*

54. Barrett P.N., Schober-Bendixen S., Ehrlich H.J. History of TBE vaccines // Vaccine.-2003.- 21- S1/41-S1/49.

55. Blaskovic D, Pucekova G, Kubinyi L. An epidemiological study of tick-borne encephalitis in the Tribec region: 1956-1963 // Bull. WHO.- 1967.- 36- P. 89-94.

56. Bormane A., Lucenko I., Duks A., Mavtchoutko V., Ranka R., Salmina K., Baumanis V. Vectors of tick-borne diseases and epidemiological situation in Latvia in 1993-2002 // Int. J. Med. Microbiol.- 2004.- Vol. 293(37)- P. 36-47.

57. Cahour A., Pletnev A., Vazielle F.M., Rosen L.,Lai C.J. Growth-restricted dengue virus mutants containing deletions in the 5' noncoding region of the RNA genome // Virology.-1995,- 207- P. 68-76.

58. Casati S., Gern L., Pifaretti J-C. Diversity of the population of tick-borne encephalitis virus infecting Ixodes ricinus ticks in an endemic area of central Switzerland (Canton Bern) // J. Gen. Virol.- 2006,- 87- P. 2235-2241.

59. Cavalli-Sforza L.L., Edwards A.W.F. Phylogenetic analysis: models and estimation procedures // Evolution.- 1967.- 32- P. 550-570.

60. Chambers T.J., Hahn C.S., Galler R, Rice C.M. Flavivirus genome organization, expression, and replication // Annu. Rev. Microbiol.- 1990.- 44- P. 649-688.

61. Chang C.C., Hayashidani H., Pusterla N., Kasten R.W., Madigan J.E., Chomel B.B. Investigation of Bartonella infection in ixodid ticks from California // Comp. Immunol. Microbiol. Infect. Dis.- 2002.- 25- P. 229-236.

62. Colombage G., Hall R., Pavy M., Lobigs M. DNA-based and alphavirus-vectored immunisation with prM and E proteins elicits long-lived and protective immunity against the flavivirus, Murray Valley encephalitis virus //Virology.- 1998.- 250- P- 151-163.

63. Corver J., Lenches E., Smith K., Robison R.A., Sando T., Strauss E.G., and Strauss J.H. Fine mapping of a cis-acting sequence element in yellow fever virus RNA that is required for RNA replication and cyclization // J. Virol.- 2003.- 77- P. 2265-2270.

64. Csango P.A., Blakstad E., Kirtz G.C., Pedersen J.E. and Czettsel B. Tick-borne encephalitis in Southern Norway // Emerg. Infect. Dis.- 2004.- 10- P. 533-534.

65. Dumpis U., Crook D., Oksi J. Tick-borne encephalitis // Clin. Inf. Dis.- 1999.- 28- P. 882-890.

66. Ebel G.D., Kramer L.D. Short report: duration of tick attachment required for transmission of Powassan virus by deer ticks // Am. J. Trop. Hyg.- 2004.- 71(3)- P. 268271.

67. Ecker M. Allison S.L., Meixner T. and Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia // J. Gen. Virol.-1999.- 80-P. 179-185.

68. Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap // Evolution.- 1985.- 39- P. 787-791.

69. Felsenstein J. Phylogenies from molecular sequences: inference and reliability // Annu. Rev. Genet.- 1988.- 22- P. 521-565.

70. Felsenstein J., Churchill G.A. A Hidden Markov Model approach to variation among sites in rate of evolution // Mol. Biol. Evol.-1996.-.13- P. 93-104.

71. Filomatori C.V., Lodeiro M.F., Alvarez D.E., Samsa M.M., Pietrasanta L., Gamarnik A.V. A 5' RNA enement promotes dengue virus synthesis on a circular genome // Genes Dev.- 2006.- 20- P. 2238-2249.

72. Fitch W.M. Towards defining the course of evolution: Minimum change for a specific tree topology // Systematic Zoology.- 1971.- 20- P. 406-416.

73. Gorbalenya A.E., Donchenko A.P., Koonin E.V., Blinov V.M. N-terminal domains of putative helicases of flavi- and pestiviruses may be serine proteases // Nucl. Acids Res.-1989,- 17- P. 3889-3897.

74. Gould E.A. Virus cryopreservation and storage // Meth. Mol. Biol.- 1995.- 38- P. 7-20.

75. Gray J.S. Babesia sp.: emerging intracellular parasites in Europe // Pol. J. Microbiol.-2004.- 53- P. 55-60.

76. Gritsun T.S., Lashkevich V.A. and Gould E.A. Tick-borne encephalitis // Antiviral Res.-2003a.- 57- P. 129-146.

77. Gritsun T.S. Gould E.A. The 3' unrtanslated region of tick-borne flaviviruses originated by the duplication of long repeat sequences within the open reading frame // Virology.-2006a.- 350- P. 269-275.

78. Gritsun T.S. Gould E.A. The 3' untranslated regions of Kamiti River virus and cell fusing agent virus originated by self-duplication // J. Gen. Virol.- 2006b.- 87- P. 2615-2619.

79. Gritsun T.S. Gould E.A. Direct repeats in the 3' untranslated regions of mosquito-borne flaviviruses: possible implications for virus transmission // J. Gen. Virol.- 2006c.- 87- P. 3297-3305.

80. Gritsun T.S. Gould E.A. Direct repeats in the flavivirus 3' untranslated region; a strategy for survival in the environment // Virology.- 2007a.- 358- P. 258-265.

81. Gritsun T.S. Gould E.A. Origin and evolution of flavivirus 5' UTRs and panhandles: trans-terminal duplications? // Virology.- 2007b.- 366- P. 8-15.

82. Haglund M., Gunther G. Tick-borne encephalitis — pathogenesis, clinical course and long-term follow-up //Vaccine.- 2003.- 21- Sl/11-S1/18.

83. Hanada K., Suzuki Y., Gojobori T. A large variation in the rates of synonymous substitution for RNA viruses and its relationship to a diversity of viral infection and transmission modes // Mol. Biol. Evol.- 2004.- 21- P. 1074-1080.

84. Hayasaka D., Ivanov L., Leonova G.N., Goto A., Yoshii K., Mizutani T., Kariwa H. and Takashima I. Distribution and characterization of tick-borne encephalitis viruses from Siberia and Far-Eastern Asia// J. Gen. Virol.- 2001.- 82- P. 1319-1328.

85. Hayasaka D., Goto A., Yoshii K., Mizutani T., Kariwa H., Takashima I. Evaluation of European tick-borne encephalitis virus vaccine against recent Siberian and far-eastern subtype strains //Vaccine.- 2001,- 19- P. 4774-4779.

86. Hendy M.D., Penny D. Branch and bound algorithms to determine minimal evolutionary trees // Mathematical Biosciences.- 1982.- 59- P. 277-290.

87. Heinz F.X. and Kunz C. Molecular epidemiology of tick-borne encephalitis virus: peptide mapping of large non-structural proteins of European isolates and comparison with other flaviviruses // J. Gen. Virol.- 1982.- 62- P. 271-285.

88. Heinz F.X. Molecular aspects of TBE virus research // Vaccine.- 2003.- 21- S1/3-S1-10.

89. Heinz, F. X., and S. L. Allison. Flavivirus structure and membrane fusion // Adv. Virus Res.- 2003.- 59-P. 63-97.

90. Heinz F.X., Kunz C. Tick-borne encephalitis and impact of vaccination // Arch. Virol.-2004,- 18- P. 201-205.

91. Hewson R.A. RNA viruses: emerging vectors for vaccination and gene therapy // Molecular Medicine Today.- 2000.- 6- P. 18-35.

92. Hilpertshauser H., Deplazes P., Schnyder M., Gern L., Mathis A. Babesia spp. identified by PCR in ticks collected from domestic and wild ruminants in Southern Switzerland // Appl. Environ Microbiol.- 2006.- 72(10)- P. 6503-6507.

93. Hillis D.M., Bull J.J. An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis // Syst. Biol.- 1993.- 42- P. 182-192.

94. Heibz F.X. Molecular epidemiology of tick-borne encephalitis virus: cross-protection between European and Far Eastern subtypes // Vaccine.- 1992.- 10- P. 345-349.

95. Holzmann H., Stiasny K., Ecker M. Kunz C, Heinz F.X. Characterization of monoclonal antibody-escape mutants of tick-borne encephalitis virus with reduced neuroinvasiveness in mice // J. Gen. Virol.- 1997.- 78- P. 31-37.

96. Jenkins G.M., Rambaut A., Pybus O.G., Holmes E.C. Rates of molecular evolution in RNA viruses: a quantitative phylogenetic analysis // J. Mol. Evol.- 2002,- 54- P. 156-165.

97. Jones L.D., Davies C.R., Steele G.M., Nuttal P.A. A novel mode of arbovirus transmission involving a nonviremic host // Science.- 1987.- 237- P. 775-777.

98. Jukes T.H., Cantor C.R. Evolution of protein molecules / Mammalian Protein Metabolism. Edited by H. N. Munro. -Acad. Press., NY London, 1996, P. 21-132.

99. Karabatsos N. General characteristics and antigenic relationships / Monath T.P. (Ed.), St. Louis Encephalitis., -APHA, Washington DC.- 1980.- P. 159-200.

100. Karbowiak G., Stanko M., Rychlik L., Nowakowski W., Siuda K. The new data about zoonotic reservoir of Babesia Microti in small mammals in Poland // Acta Parasitologic^- 1999.- 44- P. 142-144.

101. Kjemtrup, A.M., Conrad P.A. Human babesiosis: an emerging tick-borne disease // Int. J. Parasitol.- 2000,- 30- P. 1323-1337.

102. Khromykh A.A., Meka H., Guyatt K.J., Westaway E.G. Essential role of cyclisation sequences in flavivirus RNA replication // J. Virol.- 2001,- 75- P. 6719-6728.

103. Khromykh A.A., Kondratieva N., Sgro J-Y., Palmenberg A., Westaway E.G. Significance in replication of the terminal nucleotides of the flavivirus genome // J. Virol.- 2003,- 77(19)- P. 10623-10629.

104. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences // J. Mol. Evol.- 1980.- 16- P. 111120.

105. Koonin E.V. Computer-assisted identification of a putative methyl transferase domain in NS5 protein of flaviviruses and lambda 2 protein of reovirus // J. Gen. Virol.- 1993.- 74-P. 733-740.

106. Korenberg E.I.,Kovalevskii Y.V. Main features of tick-borne encephalitis eco-epidemiology in Russia//Z. Bakteriol.- 1999a.- Bd. 289- P. 525-539.

107. Korenberg E.I., Kovalevskii Y.V., Karavanov A.S., Moskvitina G.G. Mixed infection by tick-borne encephalitis virus and Borrelia in ticks // Med. Vet. Entomol.- 1999b.- 13- P. 204-208.

108. Korenberg E., Likhacheva T. Analysis of the long-term dynamics of tick-borne encephalitis (TBE) and ixodid tick-borne borrelioses (ITBB) morbidity in Russia //Int. J. Med. Microbiol.- 2006,- 296- P. 54-58.

109. Kuno G., Chang G.-J., Tsuchiya K.R., Karabatsos N., Cropp C.B. Phylogeny of the genus Flavivirus // J.Virol.- 1998,- 72- P. 73-83.

110. Kunz C. TBE vaccination and the Austrian experience // Vaccine.- 2003.- 21- Sl/50-Sl/55.

111. Li, W.H., Wu C.I., Luo C.C. A new method for estimating synonymous and nonsynonymous rates of nucleotide substitution considering the relative likelihood of nucleotide and codon changes // Mol. Biol. Evol.- 1985.- 2- P. 150-174.

112. Li W.H., Tanimura M. The molecular clock runs more slowly in man than in apes and monkeys //Nature.- 1987.- 326- P. 93-96.

113. Li W.H., Tanimura M., Sharp P.M. Rates and dates of divergence between AIDS virus nucleotide sequences // Mol. Biol. Evol.- 1988,- 5(4)- P. 313-330.

114. Li Yu, Nomaguchi M., Padmanabhan R., Markoff L. Specific requirements for elements of the 5' and 3' terminal regions in flavivirus RNA synthesis and viral replication // Virology.- 2008,- 374- P. 170-185.

115. Mackensie J.M., Khromykh A.A., Jones M.K., Westaway E.G. Subcelluar localization and some biochemical properties of the Flavivirus Kunjin nonstructural proteins NS2A and NS4A //Virology.- 1998.- 245- P. 203-215.

116. Majlathova V., Majlath I., Derdakova M., Vichova B., Pet'ko B. Borrelia lusitaniae and green lizards (Lacerta viridis), Karst Region, Slovakia // Emerg. Infect. Dis.- 2006.- 12-P. 1895-1901.

117. Mandl C.W., Holzmann H., Kunz C., Heinz F.X. Complete genomic sequence of Powassan virus: evaluation of genetic elements in tick-borne versus mosquito-borne flaviviruses// Virology.- 1993.- 194-P. 173-184.

118. Mandl C.W., Ecker M., Holzmann H., Kunz C., Heinz F.X. Infectious cDNA clones of tick-borne encephalitis virus European subtype prototypic strain Neudoerfl and high virulence strain Hypr // J.Gen. Virol.- 1997.- 78- P. 1049-1057.

119. Mandl C.W., Alison S.L., Holzman H., Meixner T., Heinz F.X. Attenuation of tick-borne encephalitis by sructure-based site-specific mutagenesis of putative flavivirus receptor binding site //J. Virol.- 2000,- 74(20)- P. 9601-9609.

120. McMinn P.C. The molecular basis of virulence of the encephalitogenic flaviviruses // J. Gen. Virol.- 1997.- 78- P. 2711-2722.

121. Mediannikov O.Y., Sidelnikov Y., Ivanov L., Mokretsova E., Fournier E.L., Tarasevich I., Raoult D. Acute tick-borne rickettsiosis caused by Rickettsia Heilongjiangensis in Russian Far East // Emerg. Infect. Dis.- 2004.- 10(5)- P. 810-817.

122. Mediannikov, O., Matsumoto, K., and Fournier, P.-E. Rickettsia raoultii, a potential human pathogen // Submitted (16-JAN-2006) Unite des Rickettsies, Universite de la Mediterranee, 27 Blvd. Jean Moulin, Marseilles 13385, France.

123. Meer-Scherrer L., Adelson M., Mordechai E., Lottaz B., Tilton R. Babesia microti infection in Europe // Curr. Microbiol.- 2004.- 48(6)- P. 435-437.

124. Monath T.P., Heinz F.X. Flaviviruses / Fields Virology, 3-d Edition ed. by B.N. Fields, D.M. Knipe, P.M. Howley, et al. -Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996- P. 961-1034.

125. Morozova O.V., Cabello F.C., Dobrotvorsky A.K. Seminested PCR detection of Bartonella henselae in Ixodes persulcatus ticks from Western Siberia, Russia // Vector Borne Zoonotic Dis.- 2004.- 4- P. 306-309.

126. Mukhopadhyay, S., R. J. Kuhn, and M. G. Rossmann. A structural perspective of the flavivirus life cycle //Nat. Rev. Microbiol.- 2005.- 3- P. 13-22.

127. Muylaert I.R., Galler R.G., Rice C.M. Mutagenesis of the N-linked glycosylation sites of the yellow fever virus NS1 protein: Effects on virus replication and mouse neurovirulence // Virology.- 1996,- 222- P. 159-168.

128. Muse S.V. Evolutionary analysis of DNA sequences subject to constraints on secondary structure // Genetics.- 1995.- 139- P. 1429-1439.

129. Ng M.L., Hong S.S. Flavivirus infection: Essential ultrastructural changes and association of Kunjin virus NS3 protein with microtubules // Arch.Virol.- 1989.-106- P. 103-120.

130. Pletnev A.G. Yamshchikov V.F. and Blinov V.M. Tick-borne encephalitis virus genome //FEBS.- 1986.- 200(2)- P. 317-321.

131. Popovnikova T.V. Specific clinical and epidemiological features of tick-borne encephalitis in Western Siberia // Int. J. Med. Microbiol.- 2006.- 296- P. 59-62.

132. Protopopova E.V., Sorokin A.V., Konovalova S.N., Kachko A.V., Netesov S.V., Loktev V.B. Human laminin binding protein as a cell receptor for the tick-borne encephalitis virus // Zent. Bl. Bakteriol.- 1999.- 289- P. 632-638.

133. Rey F.A., Heinz F.X., Mandl C., Kunz C., Harrison S.C. The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2A resolution //Nature.- 1995.- 375- P. 291-298.

134. Rice C.M. Flaviviridae: The Viruses and Their Replication // Fields Virology. 3-d Edition ed. by D.N. Fields, D.M. Knipe, P.M. Howley, et al. -Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996, p. 931- 959.

135. Roehrig J.T. Antigenic structure of flavivirus proteins // Adv. Virus Res.- 2003.- 59- P. 141-175.

136. Russell P.K., Brandt W.E., Dalrymple J.M. Chemical and antigenic structure of flaviviruses / Schlesinger RW, eds. The Togaviruses: Biology, Structure, Replication. -New York: Academic Press, 1980, P. 503-529.

137. Ruzek D., St'asna H., Kopecky J., Golovljova I., Grubhoffer L. Rapid subtuping of tickborne encephalitis virus isolates using multiplex RT-PCR // J. Virol. Methods.- 2007.-144-P. 133-137.

138. Rzhetsky A. Nei M. A simple method for estimating and testing minimum-evolution trees // Mol. Biol. Evol.- 1992.- 9- P. 945-967.

139. Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees // Mol. Biol. Evol.- 1987.- 4- P. 406-425.

140. Sanderson M.J. Objections to bootstrapping phylogenies: A critique // Syst. Biol.- 1995.44- P. 299-320.

141. Sanderson M.J. Wojciechowski M.F. Improved bootstrap confidence limits in large-scale phylogenies, with an example from Neo-Astragalus (Leguminosae) // Syst. Biol.- 2000.-49-P. 671-685.

142. Schmidt H.A., Strimmer K., Vingron M., von Haeseler A. TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing // Bioinformatics.-2002.- 18- P. 502-504.

143. Shimodaira H., Hasegawa, M. Multiple comparisons of log-likelihoods with applications to phylogenetic inference // Mol. Biol. Evol.- 1999.- 16- P. 1114-1116.

144. Schräder C., Suss J. A nested RT-PCR for the detection of tick-borne encephalitis virus (TBEV) in ticks in natural foci // Zentralbl. Bakteriol.- 1999,- 289- P. 319-328.

145. Smith R.P., Muzaffar S.B.,Lavers J., Lacombe J.H., Cahill B.K., Lubelczyk B.K, Kinsler A., Mathers A.J., Rand P.W. Borrelia garinii in seabird ticks (Ixodes uriae), Atlantic Coast, North America//Emerg. Infect. Dis.- 2006,- 12- P. 1909-1912.

146. Skarpaas T., Ljostad U. and Sundoy A. First human cases of tick-borne encephalitis, Norway // Emerg. Infect. Dis.- 2004,- 10- P. 2241-2243.

147. Stadler, K., S. L. Allison, J. Schalich, and F. X. Heinz. Proteolytic activation of tickborne encephalitis virus by furin // J. Virol.- 1997.- 71- P. 8475-8481.

148. Stiasny K., Kossl C., Lepault J., Rey F.A., Heinz F.X. Characterization of a structural intermediate of flavivirus membrane fusion // PLOS Feb.- 2007.- 3(2)- P. 191-199.

149. Suss J. Epidemiology and ecology of TBE relevant to the production of effective vaccines // Vaccine.- 2003.- 21 S1 /19-S1 -35.

150. Suzuki Y. Multiple transmissions of tick-borne encephalitis virus between Japan and Russia // Genes Genet. Syst.- 2007.- 82- P. 187-195.

151. Tajima F. Simple methods for testing the molecular evolutionary clock hypothesis // Genetics.- 1993.- 135- P. 599-607.

152. Tamura K., Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees // Mol. Biol. Evol.- 1993.- 10-P. 512-526.

153. Ternovoi V.A., Protopopova E.V., Chausov E.V., Novikov D.V., Leonova G.N., Netesov S.V. and Loktev V.B. Novel variant of Tick-borne encephalitis virus, Russia // Emerg.

154. Infect. Dis.-2007,- 13-P. 1574-1578.

155. Thorne J.L., Kishino H., Felsenstein, J. Inching toward reality: an improved likelihood model of sequence evolution // J. Mol. Evol.- 1992.- 34- P. 3-16.

156. Thorne J.L., Goldman, N., Jones, D.T. Combining protein evolution and secondary structure // Mol. Biol. Evol.- 1996.- 13- P. 666-673.

157. Wallner G., Mandl C.W., Ecker M., Holzmann H., Stiasny K., Kunz C. and Heinz F.X. Characterization and complete genome sequences.of high- and low- virulence variants of tick-borne encephalitis virus // J. Gen. Virol.- 1996.- 77- P. 1035-1042.

158. Westaway E.G., Khromykh A.A., Kenney M.T., Mackenzie J.M., Jones M.K. Proteins C and NS4B of the Flavivirus Kunjin translocate independently into the nucleus // Virology.- 1997,- 234- P. 31-41.

159. Zanotto P.M., Gao G.F., Gritsun T., Marin M.S., Jiang W.R., Venugopal K., Reid H.W., Gould E.A. An arbovirus cline across the northern hemisphere // Virology.- 1995.- 210-P. 152-159.

160. Zanotto P.M., Gould E.A., Gao G.F., Harvey P.H., Holmes E.C. Population dynamics of flaviviruses revealed by molecular phylogenies // Proc. Nat. Acad. Sei. USA.- 1996.- 93-P.548-553.

161. Zharkikh A., Li W.H. Statistical properties of bootstrap estimation of phylogenetic variability from nucleotide sequences: II. Four taxa without a molecular clock // J. Mol. Evol.- 1992.-35- P. 356-366.