Функциональная интерпретация единичных нуклеотидных замен в интроне 2 гена К-ras мыши, связанных с развитием рака легких тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат биологических наук Антонцева, Елена Вячеславовна

• Антонцева, Елена Вячеславовна
• кандидат биологических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Антонцева, Елена Вячеславовна

1. Введение

2. Обзор литературы

2.1. Семейство протоонкогенов ras

2.1.1. Функциональная значимость белков семейства Ras

2.1.2. Структура Ras белков

2.1.3. Ген K-Ras и канцерогенез лёгких

2.2. Единичные нуклеотидные замены

2.3. Транскрипционные факторы

2.3.1. Транскрипционный фактор NF-Y

2.3.2. Транскрипционный фактор GATA

3. Материалы и методы

3.1. Материалы, использованные в работе

3.2. Олигонуклеотиды

3.3. Животные

3.4. Выделение геномной ДНК из лёгких мыши

3.5. Получение препаратов ДНК с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР)

3.6. Выделение продуктов ПЦР из агарозного геля

3.7. Получение экстракта ядер лёгких мышей

3.8. Введение метки в ДНК с помощью фрагмента Клёнова

3.9. Введение концевой метки в ДНК

3.10. Метод задержки ДНК-зонда в ПААГ белками ядерного 52 экстракта

3.11. Вестерн-блот анализ

3.12. Поиск сайтов гиперчувствительности К ДНК-азе I

3.12.1. Обработка ядер клеток легкого ДНК-азой I

3.12.2. Гибридизация по Саузерну

4. Результаты и обсуждение

4.1. Изучение связывания ядерных белков с районом 58 локализации сопряженых с развитием рака легких однонуклеотидных замен в интроне 2 гена K-Ras мыши

4.2. Идентификация транскрипционных факторов, 73 взаимодействующих с областью 12-ого кодона гена K-Ras мыши

4.3. Влияние легочных канцерогенов 3-метилхолантрена 79 и нитрозоэтилмочевины на ДНК-связывающую активность транскрипционных факторов GATA-6 И NF-Y

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Функциональная интерпретация единичных нуклеотидных замен в интроне 2 гена К-ras мыши, связанных с развитием рака легких»

Актуальность темы.

Ген K-ras является одной из наиболее перспективных моделей для изучения механизмов наследственной предрасположенности к развитию опухолей легких, поскольку он идентифицирован как ген, детерминирующий чувствительность к пульмоноканцерогенезу, и у человека и у экспериментальных животных. У мышей получено множество инбредных линий, различающихся по чувствительности к спонтанному и химически индуцированному раку легких. В результате генотипирования большого числа таких линий была установлена связь между единичными нуклеотидными заменами (Single nucleotide polymorphisms, SNPs) в интроне 2 гена K-ras и предрасположенностью к развитию опухолей легких [Chen et al., 1994а]. Показано, что у чувствительных к пульмоноканцерогенезу линий (А/Не, GR, ICR) в позициях 288 и 296 п.н. относительно старта трансляции располагаются нуклеотиды С и А, у резистентных линий (AKR, DD, РТ, UT, СЗН/А, C57BL) - G и С, а у линии с промежуточным фенотипом (СВА)- С и С [Chen et al.,1994а; Тимофеева и др.,2002].

Стремительно возрастающий в последние годы интерес к выявлению и исследованию SNPs в различных генах вызван тем, что они часто оказываются связанными с разнообразными фенотипическими проявлениями, включающими предрасположенность ко многим заболеваниям. При этом наиболее интенсивно изучаются SNPs, расположенные в кодирующих районах генов, что обусловлено относительной простотой их интерпретации, в особенности, в тех случаях, когда SNPs приводят к заменам аминокислот. Начинают развиваться и работы по исследованию потенциально регуляторных SNP, расположенных в промоторных районах генов. Среди SNPs, расположенных в интронах генов, наиболее изученными являются варианты, влияющие на сплайсинг мРНК. Расположенные в интронах SNPs, способные хотя бы потенциально влиять на интенсивность экспрессии генов, остаются почти не исследованными. Поскольку имеются уже достаточно много данных об энхансерах, сайленсерах и отдельных регуляторных элементах, расположенных в интронах генов, логично предполагать, что SNPs в интронах также могут затрагивать регуляторные районы. В связи с этим изучение молекулярных механизмов, посредством которых SNPs в интроне могут оказывать влияние на фенотипические признаки, представляется весьма актуальным и перспективным направлением.

Ген K-ras является одним из наиболее известных протоонкогенов, мутации в котором (как спонтанные, так и индуцированные химическими канцерогенами) локализованы почти исключительно в трех «горячих» точках - ко донах 12, 13 и 61 [Minamoto et al., 2000]. В настоящее время подобную направленность мутагенеза связывают, главным образом, с особенностями локальной структуры ДНК в местах предпочтительного возникновения мутаций [Krawczak, Cooper, 1996; Krawczak et al.,2000; Loechler, 1996]. Однако такое объяснение является далеко не всеобъемлющим. Например, при анализе мутаций, затрагивающих ко доны 12, 13 и 61 гена K-ras, в опухолях легких у гибридных мышей, полученных скрещиванием чувствительных и резистентных линий, было показано, что мутация происходит только в «чувствительном» аллеле этого гена, несмотря на полную идентичность нуклеотидной последовательности обоих аллелей в местах образования мутаций [Chen et al., 1994а]. Известен также феномен тканевой специфичности направленного мутагенеза. Например, под действием канцерогена уретана в печени и коже возникают мутации в 61-м ко доне гена Н-гая, а в легких - в 61-м ко доне гена К-гая [ВагЫп, 2000]. Такие закономерности дают основание думать об участии еще каких-то механизмов в обеспечении избирательности мутационного процесса. В частности, поскольку для гена К-газ установлено, что чувствительность мышей разных линий к развитию рака легких коррелирует с 8ЫР в его втором интроне, можно предполагать, что эти нуклеотидные замены могут приводить к специфическим, характерным только для чувствительного аллеля изменениям в структуре хроматина и/или конформации ДНК в районе 12-го и 13-го ко донов (экзон 1), что может способствать образованию аддуктов ДНК-канцероген и в последующем мутаций именно в этих позициях. Так как известно, что в формировании и/или поддержании определенной структуры хроматина участвуют транскрипционные факторы, связывающиеся с ДНК, можно думать, что сопряженные с чувствительностью к пульмоноканцерогенезу 8ЫР затрагивают сайты связывания таких белков.

Цель и задачи исследования

Целью исследования являлось выяснение молекулярных механизмов, посредством которых единичные нуклеотидные замены во втором интроне гена К-гая могут влиять на формирование чувствительности к спонтанному и индуцированному раку легких у мышей, а также выяснение механизма высокой избирательности возникновения мутаций в 12-м кодоне протоонкогена К-гая.

Задачи работы включали:

1. Изучение влияния сопряженных с развитием рака легких мононуклеотдных замен в позициях 288 и 296 п.н. интрона 2 К-гая у М. тшси1ш на связывание с ядерными белками. Идентификация транскрипционных факторов, взаимодействующих с полиморфным районом.

2. Изучение влияния замены в позиции 311 п.н. интрона 2 K-ras, отличающей мышей устойчивого к пульмоноканцерогенезу вида М. spretus от чувствительных линий М. Musculus, на связывание с транскрипционными факторами и их идентификация.

3. Изучение влияния различных вариантов SNP на картину связывания ядерных белков с потенциальным композиционным элементом в начале интрона 2 гена K-ras, охватывающим область расположения всех трех сопряженных с чувствительностью к раку легких мононуклеотидных замен.

4. Идентификация белков экстракта ядер клеток легких, взаимодействующих с областью первого кодирующего экзона гена K-ras мыши, включающей ко доны 12 и 13, которые являются «горячими» точками возникновения мутаций в гене K-ras.

5. После того как нами были получены данные о том, что с областью локализации ко донов 12 и 13 гена K-ras мыши и с районом расположения связанных с чувствительностью к раку легких мононуклеотидных замен взаимодействуют транскрипционные факторы NF-Y и GATA-6, была поставлена также задача определения влияния пульмоноканцерогенов на активность этих факторов.

Научная новизна и практическая ценность работы.

Впервые показано, что сопряженные с предрасположенностью к развитию рака легких у мышей SNPs во втором интроне гена K-ras являются потенциально регуляторными. Установлено, что CA вариант полиморфизма в позициях 288 и 296 п.н., характерный для чувствительных линий мышей вида M.musculus, соответствует комплексному сайту связывания транскрипционных факторов NF-Y и GATA-6, а в случае "устойчивого" GC и "промежуточного" СС вариантов этот сайт оказывается разрушенным. Показано также, что в результате замены С—>Т в позиции 311 п.н. у мышей

M.spretus, устойчивых к пульмоноканцерогенезу, происходит повреждение сайта связывания NF-Y и это отличает их от мышей чувствительных линий M.musculus. Полученные данные предполагают существование трех гаплотипов, определяющих предрасположенность к пульмоноканцерогенезу: двух устойчивых - GCC и CAT и одного чувствительного - САС.

Впервые продемонстрировано, что горячая точка мутагенеза в протоонкогене K-ras - область 12-го ко дона - является сложным сайтом связывания белков NF-Y и GATA-6. Получены оригинальные данные о том, что под действием пульмоноканцерогенов 3-метилхолантрена (3-МХ) и нитрозоэтилмочевины (НЭМ) происходит усиление связывания факторов NF-Y и GATA-6 с районом 12 ко дона и областью полиморфизма в начале интрона 2 гена K-ras, что является новым свидетельством вовлеченности регуляторных систем клетки в механизм действия химических канцерогенов.

Полученные результаты открывают новые перспективы для изучения молекулярных механизмов сайт-направленных генных мутаций, а также для развития представлений о роли регуляторных систем клетки в инициации и развитии канцерогенного процесса. Полученные данные также имеют значение для выяснения молекулярных основ генетической предрасположенности к пульмоноканцерогенезу.

Апробация работы.

Результаты работы были представлены на межлабораторных семинарах ИЦиГ, на 7-ой Пущинской школе-конференции молодых ученых (Пущино, 2003) и на международных конференциях: "Физико-химическая биология" (Новосибирск, 2006); "Genomics, proteomics, bioinformatics and nanotechnologies for medicine" (Novosibirsk, 2006); "Genome Sequencing & Biology" (New York, 2001); "Mathematics and Engineering Techniques in Medicine and Biological Sciences" (Las Vegas, 2001).

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Генетика», Антонцева, Елена Вячеславовна

6. выводы

1 Показано, что SNPs в интроне 2 гена K-ras в позициях 288 и 296 п.н., сопряженные с предрасположенностью мышей M.musculus к раку легких, формируют комплексный сайт связывания транскрипционных факторов GATA-6 и NF-Y. Взаимодействие GATA-6 и NF-Y с районом локализации SNPs (278/307 п.н.) носит взаимозависимый характер.

2 Мононуклеотидная замена в позиции 311 п.н. интрона 2 гена K-ras, отличающая чувствительные к развитию рака линии мышей вида M.musculus от мышей устойчивого вида M.spretus, приводит к ухудшению выявленного нами дополнительного сайта связывания NF-Y.

3 Набор SNP С (288п.н.), А (296 п.н.) и С (311 п.н.) в интроне 2 гена К-Ras у мышей чувствительных к раку легких линий М. Musculus формирует потенциальный композиционный элемент, включающий два NF-Y сайта и один сайт GATA-6. Мононуклеотидные замены, характерные для устойчивых линий, элиминируют различные компоненты этого композиционного элемента: GATA-6 сайт у M.Musculus и NF-Y сайт у M.Spretus.

4 Район экзона 1 гена K-Ras (от 20 до 50 п.н.), включающий ко дон 12 (горячая точка мутагенеза), также содержит комплексный сайт связывания транскрипционных факторов GATA-6 и NF-Y.

5 Показано, что при введении легочных канцерогенов 3-метилхолантрена и нитрозоэтилмочевины животным происходит увеличение ДНК-связывающей активности NF-Y и GATA-6, а также усиление их связывания с обоими выявленными нами GATA-6/NF-Y комплексными сайтами в условиях in vitro. Эффект канцерогенов наблюдается у мышей чувствительных к развитию рака легких линий ICR, GR и А/Не, но не у резистентных линий C57BL и СЗН.

6 Происходящее под действием пульмоноканцерогенов увеличение ДНК-связывающей активности NF-Y и GATA-6 не связано с изменением концентрации транскрипционных факторов NF-Y и GATA-6 в ядерных экстрактах, что предполагает какие-то модификации этих белков.

5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В современной молекулярной генетике уделяется большое внимание выявлению и изучению однонуклеотидных замен (SNPs). Завершение программы по секвенированию генома человека предоставило новые возможности в исследовании вариаций генома человека для понимания причин, лежащих в основе наследуемых заболеваний и лекарственной устойчивости.

Интерес к изучению протоонкогена K-ras у мышей вызван тем, что мутации в нем наблюдаются в тех же кодонах в спонтанных и химически индуцированных опухолях легкого, селезёнки и прямой кишки, что и у человека [Tuveson, Jacks, 1999; Ramakrishna et al., 2000].

Нами впервые было показано, что район горячей точки мутагенеза -ко донов 12 и 13 гена K-ras мыши- является местом кооперативного связывания транскрипционных факторов NF-Y и GATA-6. Было показано также, что у мышей чувствительных линий M.musculus в начале интрона 2 имеется регуляторный композиционный элемент, образованный двумя NF-Y сайтами и одним сайтом для GATA-6, а связанные с устойчивостью к пульмоноканцерогенезу SNPs разрушают его различные компоненты: GATA-6 сайт у мышей устойчивых линий M.musculus и NF-Y сайт у вида M.spretus (Рис. -f"?). Из литературы известно, что наличие чувствительного к пульмоноканцерогенезу варианта полиморфизма в интроне 2 гена K-ras оказывает цис-эффект на образование или фиксацию мутаций в кодонах 12 и 61. Вероятнее всего, именно различия в связывании транскрипционных факторов NF-Y и GATA-6 с различными аллельными состояниями интрона 2 гена K-ras мыши, лежат в основе событий, приводящих к формированию чувствительного или устойчивого к развитию рака легких фенотипа. Мы предполагаем, что, в результате наблюдаемых различий в связывании идентифицированных нами факторов с областью расположения SNPs изменяется архитектоника хроматина в данном районе гена, тем более, что транскрипционному фактору NF-Y свойственно изгибать нить ДНК на 60-80° в зависимости от фланкирующей последовательности. Изменения в структуре хроматина могут открывать ко дон 12 действию кацерогенов или нарушать работу ферментов репарации в данном районе, и таким образом способствовать возникновению мутаций. Это предположение поддерживают полученные нами данные об увеличении ДНК-связывающей активности факторов NF-Y и GATA-6 и усилении их связывания с районами кодонов 12,13 и точкового полморфизма в начале интрона 2 гена K-ras в условиях in vitro после введения легочных канцерогенов нитрозэтилмочевины и 3'-метилхолантрена мышам чувствительных линий.

Таким образом, SNPs в начале интрона 2 гена K-ras обладают выраженным регуляторным потенциалом и требуют дальнейшего всестороннего изучения.

Автор выражает искреннюю благодарность Т.И. Меркуловой за общее руководство работой, В.И. Каледину за предоставление прекрасно подготовленной экспериментальной модели для изучения роли аллельных вариантов гена K-ras в механизмах пульмоноканцерогенеза, а также за консультации и за помощь при работе с животными, Г.В. Васильеву за помощь в овладении методической базой, O.A. Тимофеевой и З.Б. Левашовой за работы, положившие начало данному исследованию, В.Ф. Кобзеву за синтез олигонуклеотидов и М.П. Пономаренко за компьтерный поиск сайтов связывания ТФ в изучаемых последовательностях.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Антонцева, Елена Вячеславовна, 2006 год

1. Вингендер Э. Классификация транскрипционных факторов эукариот. // Молекулярная биология. 1997. Т.31. С.584-600.

2. Морозов И.В. Сравнительный структурно-функциональный анализ генов тирозинаминотрансферазы человека и крысы: дис. канд. биол. наук. Н.: Новосибирский институт биоорганической химии, 1998.

3. Остерман JI.A. Методы исследования белков и нуклеиновых кислот: Электрофорез и ультроцентрифугирование //Москва, Наука, 1981, 286с.

4. Смагулова Ф.А. Молекулярная природа фенилкетонурии в Новосибирской области. // диссертация на соискание степени кандидата биологических наук, Новосибирск, 2000г.

5. Тимофеева О.А., Филипенко M.JL, Каледин В.И. Изучение корреляции между генотипом K-ras и чувствительностью мышей к химически индуцированному раку лёгких//Генетика. 1999. Т.35. С.1309-1312.

6. Adjei A.A. Blocking oncogenic Ras signaling for cancer therapy // J. Natl. Cancer Inst2001. V.93. P.1062-74.

7. Alemany R., Ruan S., Kataoka M., Koch P.E., Mukhopadhyay Т., Cristiano R.J., Roth J.A., Zhang W-W. Growth inhibitory effect of anti-K-ras adenovirus on lung cancer cells // Cancer Gene Therapy. 1996. V.3. P.296-301.

8. Arents G., Moudrianakis E.N. The histone fold: a ubiquitous architectural motif utilized in DNA compaction and protein dimerization // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1995. V.92. P.l 1170-4.

9. Balasubramanian S., Xia Y., Freinkman E., Gerstein M. Sequence variation in G-protein-coupled receptors: analysis of single nucleotide polymorphisms. //Nucleic Acids Res. 2005. V.33. P.1710-21.

10. Barbacid M. ras genes // Ann. Rev. Biochem. 1987. V.56. P.779-827. Barbin A. Etheno-adduct-forming chemicals: from mutagenicity testing to tumor mutation spectra. // Mutat. Res. 2000. V.462. P.55-69.

11. Bellorini M., Zemzoumi K., Farina A., Berthelsen J., Piaggio G., Mantovani R. Cloning and expression of human NF-YC // Gene. 1997. V.193. P.119-25.

12. Bi W., Wu L., CoustryF., de Crombrugghe B., MaityS.N. DNA binding specificity of the CCAAT-binding factor CBF/NF-Y // J. Biol. Chem. 1997. V.272. P.26562-72.

13. Bos J.L. Ras oncogenes in human cancer: a review // Cancer Res. 1989. V.49. P.4682-9.

14. Cirillo L.N., Lin F.R., Cuesta I., Friedman D., Jarnik M., Zaret K.S. Opening of compacted chromatin by early developmental transcription factors HNF3 (FoxA) and GATA-4. // Mol. Cell. 2002. V.9. P.279-289.

15. Charron F., Paradis P., Bronchain O., Nemer G., Nemer M. Cooperative interaction between GATA-4 and GATA-6 regulates myocardial gene expression // Mol. Cel. Biol. 1999. V.19. P.4355-4365.

16. Chen K.Y. Transcription factors and the down-regulation of Gl/S boundary genes in human diploid fibroblasts during senescence. // Front Biosci. 1997. V.2. P.d417-26.

17. Chen B., Johanson L., Wiest J.S., Anderson M.W., You M. The second intron of the K-ras gene contains regulatory elements associated with mouse lung tumor susceptibility //Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1994a. V.91. P. 15891593.

18. Chen B., You L., Wang Y., Stoner G.D., You M. Allele-specific activation and expression of the K-ras gene in hybrid mouse lung tumors induced by chemical carcinogens // Carcinogenesis. 1994b. V.15. P.2031-2035.

19. Coustry F., Sinha S., Maity S.N., Crombrugghe B. The two activation domains of the CCAAT-binding factor CBF interact with the dTAFIIllO component of the Drosophila TFIID complex // Biochem. J. 1998. V.331. P.291-7.

20. Coustry F., Hu Q., de Crombrugghe B., Maity S.N. CBF/NF-Y functions both in nucleosomal disruption and transcription activation of the chromatin-assembled topoisomerase Ilalpha promoter. Transcription activation by

21. CBF/NF-Y in chromatin is dependent on the promoter structure // J. Biol. Chem. 2001. V.276. P.40621-30.

22. Crossley M., Merika M., Orkin S.H. Self-association of the erythroid transcription factor GATA-1 mediated by its zinc finger domains. // Mol. Cell Biol. 1995. V.15. P.2448-56.

23. Donfack J., Schneider D.H., Tan Z., Kurz T., Dubchak I., Frazer K.A., Ober C. Variation in conserved non-coding sequences on chromosome 5q and susceptibility to asthma and atopy. // Respir. Res. 2005. V.6. P. 145.

24. Eisenberg E., Adamsky K., Cohen L., Amariglio N., Hirshberg A., Rechavi G., Levanon E.Y. Identification of RNA editing sites in the SNP database. // Nucleic Acids Res. 2005. V.33. P.4612-7.

25. Elkon R, Linhart C., Sharan R., Shamir R., Shiloh Y. Genome-wide in silico identification of transcriptional regulators controlling the cell cycle in human cells. // Genome Res. 2003. V.13. P.773-780.

26. Ellis C.A., Clark G. The importance of being K-Ras // Cell. Signal. 2000. V.12. P.425-434.

27. Espinas M.L., Roux J., Ghysdael J., Pictet R., Grange T. Participation of Ets transcription factors in the glucocorticoid response of the rat tyrosine aminotransferase gene // Mol. Cell. Biol., 1994. V.14. P.4116-25.

28. Fairbrother W.G., Holste D., Burge C.B., Sharp P.A. Single nucleotide polymorphism-based validation of exonic splicing enhancers. // PLoS Biol. 2004. V.2. P.1388-95.

29. Feng Z., Hu W., Komissarova E., Pao A., Hung M.C., Adair G.M., Tang Ms. Transcription-coupled DNA repair is genomic context-dependent. // J. Biol. Chem. 2002. V.277. P.12777-83.

30. Field L.L. Bonnevie-Nielsen V., Pociot F., Lu S., Nielsen T.B., BeckNielsen H. OAS1 splice site polymorphism controlling antiviral enzyme activity influences susceptibility to type 1 diabetes. // Diabetes. 2005. V.54. P.1588-91.

31. Fung TK, Poon RY. A roller coaster ride with the mitotic cyclins. // Semin. Cell Dev. Biol. 2005. V.16. P.335-42.

32. Gorski K., Carnero M., Schibler U. Tissue-specific in vitro transcription from the mouse albumin promoter // Cell. 1986. V. 47. P. 767-776.

33. Gray D., Warshawsky D., Xue W., Nines R., Wang Y., Yao R., Stoner G.D. The effects of binary mixture of benzo(a)pyrene and 7H-dibenzo(c,g)carbazole on lung tumors and K-ras oncogene mutations in strain A/J mice // Exp. Lung Res. 2001. V.27. P.245-253.

34. Guerra C., Mijimolle N., Dhawahir A., Dubus P., Barradas M., Serrano M., Campuzano V., Barbacid M. Tumor induction by an endogenous K-ras oncogene is highly dependent on cellular context // Cancer Cell. 2003. V.4. P.111-120.

35. Guo B., Odgren P.R., van Wijnen A.J., Last T., Nickerson J., Penman S., Lian J., Stein G. The nuclear matrix protein NMP-1 is the transcription factor YY1. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V. 92. P. 10526-10530.

36. Gusmaroli G., Tonelli C., Mantovani R. Regulation of the CCAAT-Binding NF-Y subunits in Arabidopsis thaliana // Gene. 2001. V.264. P.173-85.

37. Halushka M.K., Fan J.B., Bentley K., Hsie L., Shen N., Weder A., Cooper R., Lipshutz R, Chakravarti A. Patterns of single-nucleotide polymorphisms in candidate genes for blood-pressure homeostasis. // Nat Genet. 1999. V.22. P.239-247.

38. Hancock J.F., Cadwallader K., Marshall C.J. Methylation and proteolysis are essential for efficient membrane binding of prenylated p21K-ras(B) // EMBOJ. 1991a. V.10. P.641-6.

39. Hancock J.F., Cadwallader K., Paterson H., Marshall C.J. A CAAX or a CAAL motif and a second signal are sufficient for plasma membrane targeting of ras proteins // EMBO J. 1991b. V.10. P.4033-9.

40. Hu W., Feng Z., Tang M-s. Preferential carcinogen-DNA adduct formation at codon 12 and 14 in the human K-ras gene and their possible mechanisms // Biochemistry. 2003. V.42. P. 10012-23.

41. Huang D.Y., Kuo Y.Y., Lai J.S., Suzuki Y., Sugano S, Chang Z.F. GATA-1 and NF-Y cooperate to mediate erythroid-specific transcription of Gfi-IB gene //Nucleic Acids Res. 2004. V.32. P.3935-46.

42. Huggon I.C., Davies A., Gove C., Moscoso G., Moniz C., Foss Y., Farzaneh F., Towner P. Molecular cloning of human GATA-6 DNA binding protein:high levels of expression in heart and gut. // Biochim. Biophys. Acta. 1997. V.1353. P.98-102.

43. Imbriano C., Bolognese F., Gurtner A., Piaggio G., Mantovani R. HSP-CBF is an NF-Y-dependent coactivator of the heat shock promoters CCAAT boxes // J. Biol. Chem. 2001. V.276. P.26332-9.

44. Jackson J.H., Li J.W., Buss J.E., Der C.J., Cochrane C.G. Polylysine domain of K-ras 4B protein is crucial for malignant transformation // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1994. V.91. P. 12730-4.

45. Jiang R, Duan J., Windemuth A., Stephens J.C., Judson R., Xu C. Genome-wide evaluation of the public SNP databases. // Pharmacogenomics. 2003. V.4. P.779-789.

46. Jin S., Scotto K.W. Transcriptional regulation of the MDR1 gene by histone acetyltransferase and deacetylase is mediated by NF-Y // Mol. Cell Biol. 1998. V.18.P.4377-84.

47. Johnson L., Mercer K., Greenbaum D., Bronson R.T., Crowley D., Tuveson D.A., Jacks T. Somatic activation of the K-ras oncogene causes early onset lung cancer in mice //Nature. 2001. V.410. P.l 111-16.

48. Jones-Bolin S.E., Johansson E., Palmisano W.A., Anderson M.A., Wiest J.S., Belinsky S.A. Effect of promoter and intron 2 polymorphisms on murine lung K-ras gene expression // Carcinogenesis. 1998. V.19. P.1503-1508.

49. Kato K., Cox A.D., Hisaka M.M., Graham S.M., Buss J.E., Der C.J. Isoprenoid addition to Ras protein is the critical modification for its membrane association and transforming activity // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1992. V.89. P.6403-7.

50. Ketola I., Otonkoski T., Pulkkinen M.A., Niemi H., Palgi J., Jacobsen C.M., Wilson D.B., Heikinheimo M. Transcription factor GATA-6 is expressed in the endocrine and GATA-4 in the exocrine pancreas. // Mol. Cell Endocrinol. 2004. V.226. P.51-7.

51. Koera K., Nakamura K., Nakao K., Miyoshi J., Toyoshima K., Hatta T., Otani H., Aiba A., Katsuki M. K-ras is essential for the development of the mouse embryo. // Oncogene. 1997. V.15. P.1151-59.

52. Koutsourakis M., Langeveld A., Patient R., Beddington R., Grosveld F. The transcription factor GATA6 is essential for early extraembryonic development. //Development. 1999. V.126. P.723-32.

53. Krawczak M., Cooper D.N. Single base-pair substitutions in pathology and evolution: two sides to the same coin. // Hum. Mutat. 1996. V.8. P.23-31.

54. Krawczak M., Chuzhanova N.A., Stenson P.D., Johansen B.N., Ball E.V., Cooper D.N. Changes in primary DNA sequence complexity influence the phenotypic consequences of mutations in human gene regulatory regions. // Hum. Genet. 2000. V.107. P.362-5.

55. LaVoie H.A., 2003 The role of GATA in mammalian reproduction. // Exp. Biol. Med. 2003. V.228. P.1282-90.

56. Liberati C., Ronchi A., Lievens P., Ottolenghi S., Mantovani R. NF-Y organizes the gamma-globin CCAAT boxes region // J. Biol. Chem. 1998. V.273. P.16880-9.

57. Liu C., Ikegami M., Stahlman M.T., Dey C.R., Whitsett J.A. Inhibition of alveolarization and altered pulmonary mechanics in mice expressing GATA-6. // Am. J. Physiol. Lung Cell Mol. Physiol. 2003. V.285. P.L1246-54.

58. Loechler E.L. The role of adduct site-specific mutagenesis in understanding how carcinogen-DNA adducts cause mutations: perspective, prospects and problems. // Carcinogenesis. 1996. V.17. P.895-902.

59. Macara I.G., Lounsbury K.M., Richards S.A., McKiernan C., Bar-Sagi D. The Ras superfamily of GTPases // FASEB J. 1996. V.10. P.625-630.

60. Malumbers M., Pellicer A. Ras pathways to cell cycle control and cell transformation//Front. Biosci. 1998. V.3. P.d887-d912.

61. Manenti G., Falvella F.S., Gariboldi M., Dragani T.A., Pierotti M.A. Different susceptibility to lung tumorigenesis in mice with an identical Kras2 intron 2. // Genomics. 1995. V.29. P.438-444.

62. Mantovani R. A survey of 178 NF-Y binding CCAAT boxes // Nucleic Acids Res. 1998. V.26. P.l 135-43.

63. Marvit J., DiLella A.G., Brayton K., Ledley F.D., Robson K., Woo S. GT to AT transition at a splice donor site causes skipping of the preceding exon in phenilketonuria. //Nucl. Res. Comm. 1987. V.15. P.5613-5628.

64. Matuoka K., Chen K.Y. Nuclear Factor Y (NF-Y) and Cellular Senescence // Experimental Cell Research. 1999. V.253. P.365-371.

65. Matzinger S.A, Chen B, Wang Y., Crist K.A., Stoner G.D., Kellof G.J, Lubet R.A, You M. Tissue-specific expression of the K-ras allele from the A/J parent in (A/J x TSG-/?53) F, mice // Gene. 1997. V.188. P.261-269.

66. Meuwissen R, Linn S.C, van der Valk M, Mooi W.J, Berns A. Mouse model for lung tumorigenesis through Cre/lox controlled sporadic activation of the K-ras oncogene // Oncogene. 2001. V.20. P.6551-58.

67. Miller R.D, Phillips M.S, Jo I, Donaldson M.A, Studebaker J.F, et.al.; The SNP Consortium Allele Frequency Project. High-density single-nucleotide polymorphism maps of the human genome. // Genomics. 2005. V.86. P.l 17-26.

68. Minamoto T, Mai M, Ronai Z. K-ras mutation: early detection in molecular diagnosis and risk assessment of colorectal, pancreas and lung cancers // Cancer Detect. Prevent. 2000. V.24. P.l-12.

69. Molkentin J.D.The zinc finger-containing transcription factors GATA-4, -5, and -6. Ubiquitously expressed regulators of tissue-specific gene expression. // J. Biol. Chem. 2000. V.275. P.38949-52.

70. Morrisey E.E, Ip H.S, Lu M.M, Parmacek M.S. GATA-6: a zinc finger transcription factor that is expressed in multiple cell lineages derived from lateral mesoderm. //Dev. Biol. 1996. V.177. P.309-22.

71. Morrisey E.E, Ip H.S, Tang Z, Parmacek M.S. GATA-4 activates transcription via two novel domains that are conserved within the GATA-4/5/6 subfamily. // J. Biol. Chem. 1997a. V.272. P.8515-24.

72. Morrisey E.E, Ip H.S, Tang Z, Lu M.M, Parmacek M.S. GATA-5: a transcriptional activator expressed in a novel temporally and spatially-restricted pattern during embryonic development. // Dev. Biol. 1997b. V.183. P.21-36.

73. Mottagui-Tabar S, Faghihi M.A, Mizuno Y, Engstrom P.G, Lenhard B, Wasserman W.W, Wahlestedt C. Identification of functional SNPs in the 5-prime flanking sequences of human genes. // BMC Genomics. 2005. V.6. P.18.

74. Mu D.Q, Peng Y.S, Xu Q.J. (2004) World J. Values of mutations of K-ras oncogene at codon 12 in detection of pancreatic cancer: 15-year experience. // World J Gastroenterol. 2004. V.10. P.471-5.

75. Muro-Pastor M.I, Gonzalez R, Strauss J, Narendja F, Scazzocchio C. The GATA factor AreA is essential for chromatin remodelling in a eukaryotic bidirectional promoter. // EMBO J. 1999. V.18. P. 1584-97.

76. Nakshatri H., Bhat-Nakshatri P., Currie R.A. Subunit association and DNA binding activity of the heterotrimeric transcription factor NF-Y is regulated by cellular redox // J. Biol. Chem. 1996. V.271. P.28784-91.

77. Naukkarinen J., Gentile M., Soro-Paavonen A., Saarela J., Koistinen H.A., Pajukanta P., Taskinen M.R., Peltonen L. USF1 and dyslipidemias: converging evidence for a functional intronic variant. // Hum. Mol. Genet. 2005. V.14. P.2595-605.

78. Ngwenya S., Safe S. Cell context-dependent differences in the induction of E2F-1 gene expression by 17 beta-estradiol in MCF-7 and ZR-75 cells // Endocrinology. 2003. V.144. P. 1675-85.

79. Oetting W.S. 2005 Human Genome Variation Society Scientific Meeting. // Hum. Mutat. 2006. V.27. P.286-9.

80. Omichinski J.G., Clore G.M., Schaad O., Felsenfeld G., Trainor C., Appella E., Stahl S.J., Gronenborn A.M. NMR structure of a specific DNA complex of Zn-containing DNA binding domain of GAT A-1. // Science. 1993. V.261. P.438-46.

81. Orkin S.H. Embryonic stem cells and transgenic mice in the study of hematopoiesis. // Int. J. Dev. Biol. 1998. V.42. P.927-34.

82. Osada H., Grutz G., Axelson H., Forster A., Rabbitts T.H. Association of erythroid transcription factors: complexes involving the LIM protein RBTN2 and the zinc-finger protein GATA1. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V.92. P.9585-9.

83. Peng Y., Jahroudi N. The NFY transcription factor inhibits von Willebrand factor promoter activation in non-endothelial cells through recruitment of histone deacetylases // J. Biol. Chem. 2003. V.278. P.8385-94.

84. Perlman H., Suzuki E., Simonson M., Smith R.C., Walsh K. GATA-6 induces p21(Cipl) expression and G1 cell cycle arrest. // J. Biol. Chem. 1998. V.273. P.13713-8.

85. Procudina L., Castillejo-Lopez C., Oberg F., Gunnarsson I., et.al. A regulatory polymorphism in PDCD1 is associated with susceptibility tosystemic lupus erythematosus in humans // Nature Genetics. 2002. V.32. P.666-669.

86. Pruitt K., Der C.J. Ras and Rho regulation of the cell cycle and oncogenesis//Cancer Letters. 2001. V.171. P.l-10.

87. Ramakrishna G., Biakovska A., Perella C., Birely L., Fornwald L.W., Diwan B.A., Schiao Y-H., Anderson L.M. Ki-ras and characteristics of mouse lung tumors // Mol. Carcinogenesis. 2000. V.28. P. 156-167.

88. Riva A., Kohane I.S. .A SNP-centric database for the investigation of the human genome. // BMC Bioinformatics. 2004. V.5. P.33.

89. Romero F., Martinez-A C., Camonis J., Rebollo A. Aiolos transcription factor controls cell death in T cells by regulating Bcl-2 expression and its cellular localization // EMBO J. 1999. V.18. P.3419-30.

90. Romier C., Cocchiarella F., Mantovani R., Moras D. The NF-YB/NF-YC structure gives insight into DNA binding and transcription regulation by CCAAT factor NF-Y // J. Biol. Chem. 2003. V.278. P.1336-45.

91. Ryan J., Barker P.E., Nesbitt M.N, Ruddle F.H. KRAS2 as a genetic marker for lung tumor susceptibility in inbread mice // J. Natl. Cancer Inst. 1987. V.79. P.1351-57.

92. Ryan W.A, Franza B.R, Gilman M.L. Two distinct cellular phosphoproteins bind to the c-fos serum response element // EMBO J. 1989. V.8. P.1785-1792.

93. Sakai Y, Nakagawa R, Sato R, Maeda M. Selection of DNA binding sites for human transcriptional regulator GATA-6. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1998. V.250. P.682-8.

94. Schuettengruber B., Simboeck E, Khier H., Seiser C. Autoregulation of mouse histone deacetylase 1 expression // Mol. Cell Biol. 2003. V.23. P.6993-7004.

95. Schug J., Overton G.C. TESS: Transcription element search software on the WWW // Technical report CBIL-TR-1997-1001-v0.0, of the Computational Biology and Informatics Laboratory, School of Medicine, University of Pensilvania. 1997.

96. Shah N., Teplitsky M.V., Minovitsky S., Pennacchio L.A., Hugenholtz P., Hamann B., Dubchak I.L. SNP-VISTA: an interactive SNP visualization tool. //BMC Bioinformatics. 2005. V.6. P.292.

97. Shapiro D.G., Sharp P.A., Wahli W.W., Keller M.J. A high-efficiency HeLa cell nuclear transcription extract // DNA. 1988. V.7. P.47-55.

98. Shaw-White J.R., Bruno M.D., Whitsett J.A. GATA-6 activates transcription of thyroid transcription factor-1. // J. Biol. Chem. 1999. V.274. P.2658-64.

99. Shen L.X., Basilion J.P., Stantion V.P. Single-nucleotide polymorphisms can cause different structural folds of mRNA. // Biochemistry. 1999. V.96. P.7871-7876.

100. Shimkin M.B., Stoner G.D. Lung tumors in mice: application to carcinogenesis bioassay.//Adv. Cancer Res. 1975. V.21. P.1-58.

101. Sinha S., Maity S.N., Seldin M.F., de Crombrugghe B. Chromosomal assignment and tissue expression of CBF-C/NFY-C, the third subunit of the mammalian CCAAT-binding factor // Genomics. 1996a. V.37. P.260-3.

102. Stamm S., Riethoven J.J., Le Texier V., Gopalakrishnan C., Kumanduri V., Tang Y., Barbosa-Morais N.L., Thanaraj T.A. ASD: abioinformatics resource on alternative splicing. // Nucleic Acids Res. 2006. V.34. P.D46-55.

103. Stenson P.D., Ball E.V, Mort M., Phillips A.D., Shiel J.A., Thomas N.S., Abeysinghe S., Krawczak M., Cooper D.N. Human Gene Mutation Database (HGMD): 2003 update. // Hum. Mutat. 2003. V.21. P.577-81.

104. Suzuki A., Yamada R., Chang X., Tokuhiro S., et.al. Functional haplotypes of PADI4, encoding citrullinating enzyme peptidylarginine deiminase 4, are associated with rheumatoid arthritis. // Nature Genetics. 2003. V.34. P.395-402.

105. Suzuki E., Evans T., Lowry J., Truong L., Bell D.W., Testa J.R., Walsh K. The human GATA-6 gene: structure, chromosomal location, and regulation of expression by tissue-specific and mitogen-responsive signals // Genomics. 1996. V.38. P.283-290.

106. Trahey M., McCormick F. A cytoplasmic protein stimulates normal N-ras p21 GTPase, but does not affect oncogenic mutants. // Sciense. 1987. V.238. P.542-545

107. Tuveson D.A., Jacks T. Modeling human lung cancer in mice: similarities and shortcomings // Oncogene. 1999. V.18. P.5318-24.

108. Wade C.M., Daly M.J. Genetic variation in laboratory mice. 11 Nature Genetics. 2005. V.37. P. 1175-80.

109. Walitza S., Renner T.J., Dempfle A. Konrad K., et.al. Transmission disequilibrium of polymorphic variants in the tryptophan hydroxylase-2 gene in attention-deficit/hyperactivity disorder. // Mol. Psychiatry. 2005. V.10. P.1126-32.

110. Wang L., Liu S., Niu T., Xu X. SNPHunter: a bioinformatic software for single nucleotide polymorphism data acquisition and management. // BMC Bioinformatics. 2005. V.6. P.60.

111. Wang X., Tomso D.J., Liu X., Bell D.A. Single nucleotide polymorphism in transcriptional regulatory regions and expression of environmentally responsive genes. // Toxicol. Appl. Pharmacol. 2005. V.207. P.84-90.

112. Wennerberg K., Rossman K.L., Der C.J. The Ras superfamily at a glance // J.Cell. Science. 2005. V.l 18. P.843-846.

113. Whitsett J.A, Tichelaar J.W. Forkhead transcription factor HFH-4 and respiratory epithelial cell differentiation. // Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 1999. V.21. P.153-4.

114. Whyatt D.J., deBoer E., Grosveld F. The two zinc finger-like domains of GATA-1 have different DNA binding specificities. // EMBO J. 1993. V.12. P.4993-5005.

115. Xing Y., Zhang S. Olesen J.T., Rich A., Guarente L. Subunit interaction in the CCAAT-binding heteromeric complex is mediated by a very short alpha-helix in HAP2 // Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1994. V.91. P.3009-13.

116. Xu Y., Banville D., Zhao H.F., Zhao X., Shen S.H. Transcriptional activity of the SHP-1 gene in MCF7 cells is differentially regulated bybinding of NF-Y factor to two distinct CCAAT-elements // Gene. 2001. V.269. P.141-53.;

117. Yamamoto M., Ko L.J., Leonard M.W., Beug H., Orkin S.H., Engel J.D. Activity and tissue-specific expression of the transcription factor NF-E1 multigene family. // Genes Dev. 1990. V.4. P. 1650-62.

118. Yang H., Lu M.M., Zhang L., Whitsett J.A., Morrisey E.E. GATA6 regulates differentiation of distal lung epithelium. // Development. 2002. V.129. P.2233-46.

119. You M., Wang Y., Stoner G., You L., Maronpot R., Reynolds S.H., Anderson M. Parental bias of Ki-ras oncogenes detected in lung tumors from mouse hybrids. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V.89. P.5804-5808.

120. Yue P., Melamud E., Moult J. SNPs3D: candidate gene and SNP selection for association studies. // BMC Bioinformatics. 2006. V.7:166.

121. Ziegel R., Shallop A., Jones R., Tretyakova N. K-rcis gene sequence effects on the formation of 4-(methilnitrosamino)-l-(3-pyridyl)-l-butanone (NNK) DNA adducts // Chem. Res. Toxicol. 2003. V.16. P.541-550.