Эволюционный анализ вирусов семейства Retroviridae, Parvoviridae и Astroviridae тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.06, доктор медицинских наук Лукашов, Владимир Владимирович

• Лукашов, Владимир Владимирович
• доктор медицинских наук
• 2003

Оглавление диссертации доктор медицинских наук Лукашов, Владимир Владимирович

1. ВВЕДЕНИЕ.

1.1. Актуальность проблемы.

1J. Цели ■ задачи исследования.

1J. Научная новизна работы.

1.4. Апробация работы.

1.5. Выполнение работы.

2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

2.1. Вирус иммунодефицита человека и СПИД.

2.1.1. Начало и современное состояние мировой эпидемии СПИД.

2.1.2. Пути передачи и группы риска для ВИЧ.

2.1.3. Клинические этапы инфекции ВИЧ.

2.1.4. Прогностические лабораторные показатели при инфекции ВИЧ.

2.2. Строение и репликация ВИЧ.

2.2.1. Общие сведения.

2.2.2. Структура и функции вирусных белков.

2.2.3. Цикл репликации ВИЧ-1.

2.3. Генетическая гетерогенность и эволюция ВИЧ-1: от индивидуальной инфекции к инфицированной популяции.

2.3.1. Уровни изменчивости ВИЧ-1.

2.3.2. Трансмиссия ВИЧ-1.

2.3.3. Иммунный ответ как движущая сила эволюции ВИЧ-1 внутри хозяина.

2.3.4. Гипотезы о роли изменчивости ВИЧ-1 внутри хозяина в патогенезе СПИД

2.4. Молекулярная эпидемиология ВИЧ.

2.4.1. Генетическое разнообразие и классификация ВИЧ.

2.4.2. Географическое распределение и биологическое значение субтипов ВИЧ

2.4.3. Принципы и возможности молекулярной эпидемиологии ВИЧ-1.

2.4.4. Эпидемия ВИЧ-1 в Нидерландах и Западной Европе.

2.4.5. Эпидемия ВИЧ-1 в России и на территории бывшего СССР.

2.5. Концепция молекулярных часов и происхождение ВИЧ-1.

2.6. Семейстио ParvovirUae.

2.7. Семейство AstroviriSae.

2.8. Метали филогенетического и эволюционного анализа,

3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

3.1. Пациенты.

3.1.1. Инфицированные ВИЧ-1 лица из СССР и новых государств на его территории.

3.1.2. Когортные исследования ВИЧ/СПИД среди ГБМ и ВВН в Амстердаме, Нидерланды.

3.1.3. Жители Нидерландов, инфицированные в результате гетеросексуальных связей.

3.1.4. Жители Западной Европы, инфицированные ВИЧ-1 в результате инъекционного использования психоактивных препаратов.

3.1.5. Балтиморские когортные исследования среди инъекционных наркоманов, США.

3.1.6. Программа ООН/ВОЗ по изолированию и характеризации ВИЧ - UN AIDS

3.1.7. Эфиопо-Нидерландский научно-исследовательский проект по проблемам СПИД-ENARP.

3.2. Выделение нуклеиновых кислот и определение иуклеотидных последова1ельностей.

3.2.1. Выделение нуклеиновых кислот из клинических образцов и супернатанта клеточных культур.

3.2.2. Получение вирусспецифической ДНК из РНК.

3.2.3. Амплификация нуклеотидных последовательностей генома ВИЧ-1.

3.2.4. Молекулярное клонирование.

3.2.4. Определение нуклеотидных последовательностей.

3.2.5. Контроль качества экспериментов.

3.3. Поиск и использование полученных ранее генетических последовательностей.

3.4. Методы филогенетического и эволюционного анализа.

Я .4.1. Подготовка последовательностей для анализа.

3.4.2. Определение эволюционных дистанций.

3.4.3. Построение филогенетических деревьев.

3.4.4. Другие методы анализа генетических последовательностей.

3.5. Методы статистического анализа и математического моделировании.

4.2. Эволюция ВИЧ-1 в инфицированных популяциях: молекулярная эпидемиология ВИЧ-1 в Нидерландах и Северной Европе.

4.2.1. Независимое происхождение и распространение эпидемии ВИЧ-1 среди ВВН и ГБМ в Нидерландах и Северной Европе.

4.2.2. Миграция вариантов ВИЧ-1 среди ВВН в Западной Европе.

4.2.3. Субтипы ВИЧ-1, циркулирующие в Нидерландах среди пациентов из эндемичных для ВИЧ-1 стран и территорий.

4.2.4. Эпидемия ВИЧ-1 в Нидерландах, распространяемая гетеросексуальным путем: влияние эпидемии среди ВВН и циркуляция различных субтипов ВИЧ

4.3. Эволюция ВИЧ-1 в инфицированных популяциях: молекулярная эпидемиология ВИЧ-1 на территории Российской Федерации и бывшего Советского Союза.

4.3.1. Независимое проникновение субтипов ВИЧ-1 в различные группы риска до начала современной эпидемии среди ВВН.

4.3.2. Современная лавинообразная эпидемия ВИЧ-1 среди ВВН: циркуляция трех популяций ВИЧ-1, отличающихся экстремально высокой гомогенностью.

4.3.2.1. Эпидемия ВИЧ-1 в Светлогорске, Беларусь, вызвана экстремально гомогенным вариантом ВИЧ-1 субтипа А.

4.3.2.2. Циркуляция различных вариантов ВИЧ-1 в Санкт-Петербурге связана с географическим происхождением инфекций.

4.3.2.3. Независимое проникновение вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В в среду ВВН на Юге Украины положило начало эпидемии ВИЧ-1 среди ВВН

4.3.2.4. Эпидемия ВИЧ-1 субтипа В среди ВВН в бывшем СССР имеет происхождение, независимое от эпидемии в Европе и других эпидемий среди ВВН.

4.4. Глобальная эволюция ВИЧ-1.

4.4.1. Эволюционное происхождение ВИЧ-1.

4.4.1.1. Эволюционная модель молекулярных часов.

4.4.1.2. Начало эпидемии ВИЧ-1 в США.ПО

4.4.1.3. Начало эпидемий ВИЧ-1 среди ГБМ и ВВН в Нидерландах.

4.4.1.4. Начало мировой эпидемии ВИЧ-1 субтипа В.

4.4.1.5. Происхождение эпидемий субтипа С (С и С1) в Эфиопии.

4.4.2. Генетическая стабильность субтипов ВИЧ-1.

4.5. Эволюционные отношения между вирусами семейства Parvoviridae.

4.5.1. Идентификация эволюционных групп в подсемействе Parvovirinae.

4.5.2. Эволюционные связи между адено-ассоциированными парвовирусами и парвовирусами птиц.

4.5.3. Автономные парвовирусы приматов, бурундуков и КРС: коэволюция автономных парвовирусов приматов и их хозяев.

4.5.4. Парвовирусы грызунов, хищников и свиней.

4.6. Эволюционные отношения между вирусами семейства Astroviridae.

5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

5.1. Роль изменчивости ВИЧ-1 в патогенезе СПИД: модель продолжающейся вирусной адаптации.

5.2. Эволюция ВИЧ-1 в инфицированных популяциях.

5.2.1. Молекулярная эпидемиология ВИЧ-1 в Нидерландах и Северной и Западной Европе.

5.2.2. Молекулярная эпидемиология ВИЧ-1 на территории Российской Федерации и бывшего Советского Союза.

5.2.3. Роль эпидемиологических сетей в мировой эпидемии ВИЧ-1 и СПИД.

5.3. Глобальная эволюция и происхождение ВИЧ-1.

5.3.1. Эволюционная стабильносгь субтипов ВИЧ-1: субтипы как генетические ниши.

5.3.2. Молекулярная история эпидемии ВИЧ-1.

5.4. Эволюционные отношения в семействе Parvoviridae.

5.4.1. Эволюционная классификация семейства Parvoviridae.

5.4.2. Движущие силы эволюции парвовирусов.

5.5. Эволюционные отношения в семействе Astroviridae.

6. ВЫВОДЫ.

Заключение диссертации по теме «Вирусология», Лукашов, Владимир Владимирович

6. ВЫВОДЫ

1. Эволюция ВИЧ-1 внутри хозяина связана с иммуной компетентностью хозяина. Изменчивость ВИЧ-1 обратно связана с прогрессией СПИД, в то время как его способность к изменчивости - вариабельность - не связана с прогрессией. Предложена модель продолжающейся вирусной адаптации, объясняющая причины эволюции ВИЧ-1 внутри хозяина и ее отношения с иммунным давлением и наличием клеток-мишеней.

2. Всемирная эпидемия ВИЧ-1 может быть рассмотрена как совокупность вспышек или очагов в раздельных, но взаимосвязанных эпидемиологических сетях, определяемых географическими и социальными, в том числе этническими, факторами. Такие эпидемиологические сети характеризуются, вообще говоря, различными циркулирующими генотипами ВИЧ-1.

3. Эпидемии ВИЧ-1 среди ВВН и ГБМ в Нидерландах связаны с циркуляцией отличающихся генетических вариантов ВИЧ-1 субтипа В. Эти различия сохраняются в ходе эпидемии, демонстрируя стабильность обеих социальных сетей. Эпидемия среди ВВН в Нидерландах и Западной и Северной Европе имеет независимое от эпидемии среди ГБМ происхождение и связана с эпидемией среди ВВН в США. Популяции ВВН в различных странах Западной и Северной Европы эпидемиологически связаны между собой, что определяет взаимообмен циркулирующими вариантами ВИЧ-1.

4. ВВН в Нидерландах являются одним из основных источников инфекции среди лиц, зараженных гетеросексуальным путем. Циркуляция различных субтипов ВИЧ-1 в этой группе риска связана с географическим и этническим происхождением инфицированных лиц.

5. Ранняя - до начала лавинообразной эпидемии среди ВВН - эпидемия ВИЧ-1 на территории бывшего СССР характеризовалась циркуляцией различных субтипов ВИЧ-1, в зависимости от группы риска. В этот период, эпидемия характеризовалась значительным генетическим разнообразием циркулирующих вариантов ВИЧ-1, что являлось результатом многочисленных независимых заносов ВИЧ-1.

6. Начало современной лавинообразной эпидемии ВИЧ-1 среди ВВН на территории бывшего СССР положено независимыми заносами двух вариантов ВИЧ-1, относящихся к субтипам А и В - ВВН-А и ВВН-В. Циркуляция этих двух вариантов в одной и той же группе риска привела к их рекомбинации и распространению рекомбинантной формы - ВВН-А/В. Все три популяции ВИЧ-1 характеризуются высокой степенью генетической гомогенности. Из них, наибольшее распространение как географически, так и по числу вызванных инфекций, получил вариант ВВН-А, вызвавший эпидемии на Украине, в Беларуси и России. Распространение вариантов

ВВН-В и ВВН-А/В в настоящее время ограничено соответственно территориями Южной Украины (Николаев) и Калиниградской области России.

7. Территория бывшего СССР является единым эпидемиологическим пространством. С эпидемиологической точки зрения, Советский Союз продолжает существовать.

8. Генетические субтипы ВИЧ-1 стабильны в ходе эпидемии. Эволюция ВИЧ-1 ограничена определенной областью многомерного генетического пространства вокруг консенсуса данного субтипа. Генетический субтип представляет собой эволюционную нишу, соответствующую пику адаптации.

9. Молекулярные часы действуют в эволюции ВИЧ-1. Предложен и охарактеризован популяционный метод для определения дат эволюционных событий без предварительного определения скорости эволюции. Диверсификация ВИЧ-1 внутри группы М совпадает по времени с началом мировой эпидемии СПИД.

10. Подсемейство Parvovirinae включает в себя три эволюционные группы вирусов - (i) адено-ассоциированные парвовирусы (ААВ) и парвовирусы птиц, (ii) автономные парвовирусы приматов, бурундуков и крупного рогатого скота и (iii) парвовирусы грызунов, хищников и свиней. Современная классификация семейства не отражает эволюционных связей между видами. Предложена новая классификация семейства Parvoviridae, основанная на эволюционной истории и генетическом родстве парвовирусов. Происхождение двух линий парвовирусов человека - B19/V9 и ААВ -является результатом двух независимых межвидовых переносов. Обнаружена рекомбинация в группе парвовирусов грызунов.

11. Эволюционная история семейства Astroviridae включает в себя по меньшей мере два межвидовых переноса вирусов в группе хозяев, включающей свинью, кошку и человека. Возникновение астровнрусов человека HAstV является результатом одного межвидового переноса, случившегося задолго до идентификации HAstV в 1970-ых гг.

12. Стабилизирующий отбор является одним из ключевых факторов в эволюция вирусов семейств Parvoviridae и Astroviridae.

Список литературы диссертационного исследования доктор медицинских наук Лукашов, Владимир Владимирович, 2003 год

1. Наркевич, М. И., Фролова, О. П. ВИЧ-инфекция в России. 1998. Вопросы вирусологии 43(3): 105-106.

2. Abebe, А., С. L. Kuiken, J. Goudsmit, M. Valk, T. Messele, T. Sahlu, H. Yeneneh, A. Fontanct, F. de Wolf, and T. F. Rinke De Wit. 1997. HIV type 1 subtype С in Addis Ababa, Ethiopia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 13:1071-1075.

3. Afanasiev, B. N. E. E. Galyov, L. P. Buchatsky, and Y. V. Kozlov. 1991. Nucleotide sequence and genomic organization of Aedes densonucleosis virus. Virology 185: 323-336.

4. Albert, J., J. Wahlberg, T. Leitner, D. Escanilla, and M. Uhlen. 1994. Analysis of a rape case by direct sequencing of the human immunodeficiency virus type 1 pol and gag genes. J. Virol. 68: 5918-5924.

5. Allan, J. S., J. E. Coligan, F. Barin, M. F. McLane, J. G. Sodroski, C. A. Rosen, W. A. Haseltine, Т. H. Lee, and M. Essex. 1985. Major glycoprotein antigens that induce antibodies in AIDS patients are encoded by HTLV-III. Science 228: 1091-1094.

6. Astell, C. R., E. M. Gardiner, and P. Tattersall. 1986. DNA sequence of the lymphotropic variant of minute virus of mice, MVM(i), and comparison with the DNA sequence of the fibrotropic prototype strain. J. Virol. 57:656-669.

7. Astell, C. R., M. Thomson, M. Merchlinsky, and D. C. Ward. 1983. The complete DNA sequence of minute virus of mice, an autonomous parvovirus. Nucleic Acids Res. 11: 999-1018.

8. Auguste, V., A. Garbarg-Chenon, and Q. T. Nguyen. 1999. Eiythrovirus and its applications. Patent W09928439.

9. AsjO, В., L. Morfeldt-Minson, J. Albert, G. Biberfeld, A. Karlsson, K. Lidman, and E.-M. FenyO. 1986. Replicative capacity of human immunodeficiency virus from patients with vaiying severity of HIV infection. The Lancet ii: 660-662.

10. Back, N. К. Т., L. Smit, J. J. de Jong, W. Keulen, M. Schutten, J. Goudsmit, and M. Tersmette. 1994. An N-glycan within the human immunodeficiency vims type 1 gpl20 V3 loop affects virus neutralization. Virology 199:431-438.

11. Back, N. К. Т., L. Smit, M. Schutten, P. L. Nara, M. Tersmette, and J. Goudsmit. 1993. Mutations in HIV-1 gp41 affect sensitivity to neutralization by gpl20 antibodies and soluble CD4. J. Virol. 67:6897-6902.

12. Ball-Goodrich, L. J. and E. Johnson. 1994. Molecular characterization of a newly recognized mouse parvovirus. J. Virol. 68:6476-6486.

13. Ball-Goodrich, L. J., S. E. Leland, E. A. Johnson, F. X. Paturzo, and R. O. Jacoby. 1998. Rat parvovirus type 1: the prototype for a new rodent parvovirus serogroup. J. Virol. 72: 3289-3299.

14. Bando, H., T. Hayakawa, S. Asano, K. Sahara, M. Nakagaki, and T. Iizuka. 1995. Analysis of the genetic information of a DNA segment of a new virus from silkworm. Arch. Virol. 140: 1147-1155.

15. Bando, H., J. Kusuda, T. Gojobori, T. Maruyama, and S. Kawase. 1987. Organization and nucleotide sequence of a densovirus genome imply a host-dependent evolution of the parvoviruses. J. Virol. 61: 553-560.

16. Bandres, J. C., A. S. Shaw, and L. Ratner. 1995. HIV-1 Nef protein downregulation of CD4 surface expression: relevance of the Ick binding domain of CD4. Virology 207: 338341.

17. Bantel-Schaal, U., H. Delius, R. Schmidt, and zur Hausen H. 1999. Human adeno-associated virus type 5 is only distantly related to other known primate helper-dependent parvoviruses. J. Virol. 73:939-947.

18. Bebenek, K., J. Abbotts, J. D. Roberts, S. N. Wilson, and T. A. Kunkel. 1989. Specificity and mechanism of error-prone replication by human immunodeficiency virus-1 reverse transcriptase. J. Biol. Chem. 264,28: 16948-16956.

19. Becker-Pergola, G., P. Kataaha, L. Johnston-Dow, S. Fung, J. B. Jackson, and S. H. Eshleman. 2000. Analysis of HIV type 1 protease and reverse transcriptase in antiretroviral drug-naive Ugandan adults. AIDS Res. Hum. Retroviruses 16: 807-813.

20. Belliot, G., H. Laveran, and S. S. Monroe. 1997. Detection and genetic differentiation of human astroviruses: phylogenetic grouping varies by coding region. Arch. Virol. 142: 1323-1334.

21. Bergeron, J., B. Hebert, and P. Tijssen. 1996. Genome organization of the Kresse strain of porcine parvovirus: identification of the allotropic determinant and comparison with those of NADL-2 and field isolates. J. Virol. 70: 2508-2515.

22. Bergeron, J., J. Menezes, and P. Tijssen . 1993. Genomic organization and mapping of transcription and translation products of the NADL-2 strain of porcine parvovirus. Virology 197: 86-98.

23. Berkhout, B. and K.-T. Jeang. 1992. Functional roles for the TATA promoter and enhancers in basal and Tat induced expression of the human immunodeficiency virus type 1 long terminal repeat. J. Virol. 66: 139-149.

24. Berkhout, В., R. H. Silverman, and K.-T. Jeang. 1989. Tat trans-activates the human immunodeficiency virus through a nascent RNA target. Cell 59: 273-282.

25. Berndt, C., U. Muller, F. Bergmann, U. Schmitt, R. Kaiser, and C. Muller. 2000. Comparison between a nucleic acid sequence-based amplification and branched DNA test for quantifying HIV RNA load in blood plasma. J. Virol. Methods 89: 177-181.

26. Bems, К. I. 1996. Parvoviridae: the viruses and their replication, p. 2173-2197. In B. N. Fields, D. M. Knipe, and P. M. Howley (eds.), Fields Virology. Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, PA, USA.

27. Besselsen, D. G., D. J. Pintel, G. A. Purdy, C. L. Besch-Williford, C. L. Franklin, R. R Hook, Jr., and L. K. Riley. 19%. Molecular characterization of newly recognized rodent parvoviruses. J. Gen. Virol. 77:899-911.

28. Biggar, R. J. and P. S. Rosenberg. 1993. HIV infection/AIDS in the United States during the 1990s. Clin. Infect. Dis. 17: S219-S223.

29. Blundell, M. С., C. Beard, and C. R. Astell. 1987. In vitro identification of a B19 parvovirus promoter. Virology 157: 534-538.

30. Bonhoeffer, S., E. C. Holmes, and M. A. Nowak. 1995. Causes of HIV diversity. Nature 376:125.

31. Boom, R., C. J. A. Sol, M. M. M. Salimans, C. L. Jansen, P. M. E. Wertheim-van Dillen, and J. van der Noordaa. 1990. Rapid and simple method for purification of nucleic acids. J. Clin. Microbiol. 28:495-503.7478-7487

32. Boublik, Y., F. X. Jousset, and M. Bergoin. 1994. Complete nucleotide sequence and genomic organization of the Aedes albopictus parvovirus (AaPV) pathogenic for Aedes aegypti larvae. Virology 200: 752-763.

33. Brown, К. E., S. W. Green, M. G. O'SulIivan, and N. S. Young. 1995. Cloning and sequencing of the simian parvovirus genome. Virology 210: 314-322.

34. Brown, К. E., S. W. Green, and N. S. Young. 1995. Goose parvovirus an autonomous member of the dependovirus genus? Virology 210- 283-291.

35. Brown, P. О., B. Bowerman, H. E. Varmus, and J. M. Bishop. 1987. Correct integration of retroviral DNA in vitro. Cell 49: 347-356.

36. Brown, P. О., B. Bowerman, H. E. Varmus, and J. M. Bishop. 1989. Retroviral integration: structure of the initial covalent product and its precursor, and a role for the viral IN protein. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:2525-2529.

37. Bukrinsky, M. I., N. Sharova, M. P. Dempsey, T. L. Stanwick, A. G. Bukrinskaya, S. Haggerty, and M. Stevenson. 1992. Active nuclear import of human immunodeficiency virus type 1 preintegration complexes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 6580-6584.

38. Buonagurio, D. A., S. Nakada, J. D. Parvin, M. Kiystal, P. Palese, and W. M. Fitch. 1986. Evolution of human influenza A viruses over 50 years: rapid, uniform rate of change in NS gene. Science 232: 980-982.

39. Cao, Y., L. Qing, L. Zhang, J. Safrit, and D. D. Ho. 1995. Virologic and immunologic characterization of long-term survivors of human immunodeficiency virus type 1 infection. N. Engl. J. Med. 332: 201-208.

40. Carlson, J., K. Rushlow, I. Maxwell, F. Maxwell, S. Winston, and W. Hahn. 1985. Cloning and sequence of DNA encoding structural proteins of the autonomous parvovirus feline panleukopenia virus. J. Virol. 55: 574-582.

41. Cheingsong-Popov, R., D. Callow, S. Beddows, S. Shaunak, C. Wasi, P. Kaleebu, C. Gilks, I. V. Petrascu, M. M. Garaev, D. M. Watts, N. T. Constantine, and J. N. Weber. 1992.

42. Geographic diversity of human immunodeficiency virus type 1: serological activity to env epitopes and relationship to neutralization. J. Infect. Dis. 165:256-261.

43. Chen, К. С., В. C. Shull, E. A. Moses, M. Lederman, E. R. Stout, and R. C. Bates. 1986. Complete nucleotide sequence and genome organization of bovine parvovirus. J. Virol. 60:1085-1097.

44. Chiorini, J. A., F. Kim, L. Yang, and R. M. Kotin. 1999. Cloning and characterization of adeno-associated virus type 5. J. Virol. 73:1309-1319.

45. Chiorini, J. A., L. Yang, Y. Liu, B. Safer, and R. M. Kotin. 1997. Cloning of adeno-associated virus type 4 (AAV4) and generation of recombinant AAV4 particles. J. Virol. 71: 6823-6833.

46. Clavel, F., M. Guyader, D. Guetard, M. Salle, L. Montagnier, and M. Alizon. 1986. Molecular cloning and polymorphism of the human immune deficiency virus type 2. Nature 324: 691-695.

47. Coffin, J. M. 1990. Retroviridae and their replication, p. 1437-1500. In B. N. Fields and D. M. Knipe (eds.), Virology. Raven Press, New York, N.Y.

48. Cohen, E. A., G. Dehni, J. G. Sodroski, and W. A. Haseltine. 1990. Human Immunodeficiency Virus vpr product is a virion-associated regulatory protein. J. Virol. 64: 3097-3099.

49. Cohen, E. A., E. F. Terwilliger, Y. Jalinoos, J. Proulx, J. G. Sodroski, and W. A. Hasehine. 1990. Identification of HIV-1 vpr product and function. J. AIDS 3:11-18.

50. Cohen, E. A., E. F. Terwilliger, J. G. Sodroski, and W. A. Haseltine. 1988. Identification of a protein encoded by the vpu gene of HIV-1. Nature 334: 532-534.

51. Cooper, D. A., J. Gold, P. Maclean, B. Donovan, R. Finlayson, T. G. Barnes, H. M. Michelmore, P. Brooke, and R. Penny. 1985. Acute AIDS retrovirus infection. Definition of a clinical illness associated with seroconversion. The Lancet i: 537-540.

52. Cooper, D. A., B. Tindall, E. J. Wilson, A. A. Imrie, and R. Penny. 1988. Characterization of T lymphocyte responses during primary infection with human immunodeficiency virus. J. Infect. Dis. 157: 889-896.

53. Coutinho, R. A., J. Goudsmit, D. A. Paul, F. de Wolf, J. Lange, J. van der Noordaa, and the Dutch AIDS-study Group. 1987. The natural history of HIV infection in homosexual men. Ann. Inst. Pasteur/Virol. 138:67-74.

54. Dehne, K. L., L. Khodakevich, F. F. Hamers, and B. Schwartlander. 1999. The HIV/AIDS epidemic in eastern Europe: recent patterns and trends and their implications for policy-making. AIDS 13: 741-749.

55. Delwart, E. L., H. W. Sheppard, B. D. Walker, J. Goudsmit, and J. I. Mullins. 1994. Human immunodeficiency virus type 1 evolution in vivo tracked by DNA heteroduplex mobility assays. J. Virol. 68: 6672-6683.

56. Des Jarlais, D. C. and S. R. Friedman. 1988. HIV and intravenous drug use. AIDS 2: S65-S69.

57. Dickerson, R. E. 1971. The structure of cytochrome с and the rates of molecular evolution. J. Mol. Evol. 1: 26-45.

58. Diffoot, N., К. C. Chen, R. C. Bates, and M. Lederman. 1993. The complete nucleotide sequence of parvovirus LuIII and localization of a unique sequence possibly responsible for its encapsidation pattern. Virology 192: 339-345.

59. Dragic, Т., V. Litwin, G. P. Allaway, S. R. Martin, Y. Huang, K. A. Nagashima, C. Cayanan, P. J. Maddon, R. A. Koup, J. P. Moore, and W. A. Paxton. 1996. HIV-1 entry into CD4+ cells is mediated by the chemokine receptor CC-CKR-5. Nature 381:667-673.

60. Dumas, В., M. Jourdan, A. M. Pascaud, and M. Bergoin. 1992. Complete nucleotide sequence of the cloned infectious genome of Junonia coenia densovirus reveals an organization unique among parvoviruses. Virology 191: 202-222.

61. Eigen, M. 1971. Self-organization of matter and the evolution of biological macromolecules. Naturwissenschaften 58:465-523.

62. Eigen, M. 1987. New concepts for dealing with the evolution of nucleic acids. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology LII: 307-320.

63. Eigen, M., J. McCaskill, and P. Schuster. 1988. Molecular quasi-species. J. Phys. Chemis. 92: 6881-6891.

64. Eigen, M. and K. Nieselt-Struwe. 1990. How old is the immunodeficiency virus? AIDS 4: S85-S93.

65. Eigen, M., R. Winkler-Oswatitsch, and A. Dress. 1988. Statistical geometry in sequence space: a method of quantitative comparative sequence analysis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5913-5917.

66. Feinberg, M., D. Baltimore, and A. D. Frankel. 1991. The role of Tat in the human immunodeficiency virus life cylce indicates a primary effecv on transcriptional elogation. Proc. Natl. Acad Sci. USA 88: 4045-4049.

67. Felsenstein, J. 1982. Evolutionary trees from DNA sequences: a maximum likelihood approach. J. Mol. Evol. 17: 368-376.

68. Felsenstein, J. 1990. Phylip manual version 3.2. University Herbarium, University of California, Berceley, California, USA.

69. Ferdats, A., V. Konicheva, I. Dievbema, E. Lilja, and J. Albert. 1999. An HIV type 1 subtype A outbreak among injecting drug users in Latvia. AIDS Res. Hum. Retroviruses 15 : 1487-1490.

70. Fisher, A. G., B. Ensoli, D. Looney, A. Rose, R. C. Gallo, M. S. Saag, G. M. Shaw, В. H. Hahn, and F. Wong-Staal. 1988. Biologically diverse molecular variants within a tingle HIV-1 isolate. Nature 334:444-447.

71. Fitch, W. M., J. M. E. Leiter, X. Li, and P. Palese. 1991. Positive Darwinian evolution in human influenza A viruses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:4270-4274.

72. Fouchier, R. A. M. and H. Schuitemaker. 1996. Molecular determinants of human immunodeficiency virus type 1 phenotype variability. Eur. J. Clin. Invest. 26:175-185.

73. Fritz, С. C. and M. R. Green. 1996. HIV Rev uses a conserved cellular protein export pathway for the nucleocytoplasmic transport of viral RNAs. Curr. Biol. 6: 848-854.

74. Fu, Y. X. 1995. Linear invariants under Jukes' and Cantor's one-parameter model. J. Theor. Biol. 173: 339-352.

75. Gabuzda, D. H., K. Lawrence, E. Langhoff, E. Terwillinger, T. Dorfman, W A. Haseltine, and J. Sodroski. 1992. Role of vif in replication of human immunodeficiency virus type 1 in CD4+ T lymphocytes. J. Virol. 66: 6489-6495.

76. Gallaher, W. R. 1987. Detection of a fusion peptide sequence in the transmembrane protein of human immunodeficiency virus. Cell 50: 327-328.

77. Ganeshan, S., R. E. Dickover, В. Т. M. Korber. Y. J. Bryson, and S. M. Wolinsky. 1997. Human immunodeficiency virus type 1 genetic evolution in children with different rates of development of disease. J. Virol. 71:663-677.

78. Garcia, J. A., D. Harrich, E. Soutanakis, F. Wu, R. Mitsuyasu, and R. B. Gaynor. 1989. Human immuno defeciency virus type 1 LTR TATA and TAR region sequences required for transcriptional regulation. EMBO J. 8: 765-778.

79. Gibbs, D. A., D. N. Hamill, and K. Magruder-Habib. 1991. Populations at increased risk of HIV infection: current knowledge and limitations. J. Acquir. Immune. Defic. Syndr. 4:881-889.

80. Gill, P. S., A. M. Levine, P. R. Meyer, S. L. Aguilar, M. Rarick, J. W. Parker, and S. Rasheed. 1986. Human T-cell lymphotropic virus type III associated disorders. The spectrum in the heterosexual population. Arch. Intern. Med. 146:1501-1504.

81. Gillespie, J. H. 1993. Episodic evolution of RNA viruses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:10411-10412.

82. Gojobori, Т., К. Ishii, and M. Nei. 1982. Estimation of average number of nucleotide substitutions when the rate of substitution varies with nucleotide. J. Mol. Evol. 18: 414-423.

83. Gojobori, T. and E. N. Moriyama. 1990. Molecular clock of viral evolution, and the neutral theory. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:10015-10018.

84. Gojobori, Т., E. N. Moriyama, Y. Ina, K. Ikeo, T. Miura, H. Tsujimoto, M. Hayami, and S. Yokoyama. 1990. Evolutionary origin of human and simian immunodeficiency viruses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:4108-4111.

85. Gottlieb, M. S., R. SchrofT, H. M. Schanker, J. D. Weisman, P. T. Fan, R. A. Wolf, and A. Saxon. 1981. Pneumocystis carinii' pneumonia and mucosal candidiasis in previously healthy homosexual men. N. Engl. J. Med. 305:1426-1431.

86. Gettlinger, H. G., J. G. Sodroski, and W. A. Haseltine. 1989. Role of capsid precursor processing and myristoylation in morphogenesis and infectivity of human immunodeficiency virus type 1. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 5781-5785.

87. Green, S. W., I. Malkovska, M. G. O'Sullivan, and К. E. Brown. 2000. Rhesus and pig-tailed macaque parvoviruses: identification of two new members of the erythrovirus genus in monkeys. Virology 269:105-112.

88. Grmek, M. D. 1990. History of AIDS: emergence and origin of a modem pandemic. Princeton University Press, Princeton, New Jersey, USA.

89. Guyader, M., M. Emerman, P. Sonigo, F. Clavel, L. Montagnier, and M. Alizon. 1987. Genome organization and transactivation of the human immunodeficiency virus type 2. Nature 326:662-669.

90. Haastrecht van, H. J. A., J. A. R. van den Hoek, G. H. Mientjes, and R. A. Coutinho. 1992. Did the introduction of HIV among homosexual men precede the introduction of HIV among injecting drug users in the Netherlands? AIDS 6:131-132.

91. Hader, S. L., D. K. Smith, J. S. Moore, and S. D. Holmberg. 2001. HIV infection in women in the United States: status at the Millennium. JAMA 285:1186-1192.

92. Acad. Sci. USA 82:4813-4817.

93. Hahn, В. H., G. M. Shaw, S. К. Arya, M. Popovic, R. C. Gallo, and F. Wong-Staal. 1984. Molecular cloning and characterization of the HTLV-III virus associated with

94. AIDS. Nature 312: 166-169.

95. Hall, T. A. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Res., Symposium Series 41: 95-98.

96. Hamers, F. F., A. M. Downs, A. Infuso, and J. B. Brunet. 1998. Diversity of the

97. HIV/AIDS epidemic in Europe. AIDS 12: S63-S70.

98. Hansen, J., T. Schulze, W. Mellert, and K. Moelling. 1988. Identification andcharacterization of HIV-specific RNase H by monoclonal antibody. EMBO J. 7: 239-243.

99. Hayasaka, К., K. Fujii, and S. Horai. 1996. Molecular phytogeny of macaques: implications of nucleotide sequences from an 896-base pair region of mitochondrial DNA. Mol. Biol. Evol. 13:1044-1053.

100. Hemauer, A., K. Beckenlehner, H. Wolf, B. Lang, and S. Modrow. 1999. Acute parvovirus B19 infection in connection with a flare of systemic lupus erythematodes in a female patient. J. Clin. Virol. 14: 73-77.

101. Hemauer, A., A. von Poblotzki, A. Gigler, P. Cassinotti, G. Siegl, H. Wolf, and S. Modrow. 19%. Sequence variability among different parvovirus B19 isolates. J. Gen. Virol. 77: 1781-1785.

102. Higgins, D. G. 1992. Sequence ordinations: a multivariate analysis approach to analysing large sequence data sets. CABIOS 8:15-22.

103. Ho, D. D., M. S. C. Fung, H. Yoshiyama, Y. Cao, and J. E. Robinson. 1992. Discontinous epitopes on gpl20 important in HIV-1 neutralization. AIDS Res. Hum. Retroviruses 8:1337-1339.

104. Ho, D. D., T. Moudgil, and M. Alam. 1989. Quantitation of human immunodeficiency virus type 1 in the blood of infected persons. N. Engl. J. Med. 321 16211625.

105. Ho, D. D., M. G. Samgadharan, L. Resnick, F. di Marzo Veronese, T. R. Rota, and M. S. Hirsch. 1985. Primary human T-lymphotropic virus type III infection. Ann. Intern. Med. 103: 880-883.

106. Hofftnan, T. L. and R. W. Doms. 1998. Chemokines and coreceptors in HIV/SIV-host interactions. AIDS 12: S17-S26.

107. Hokynar, K., J. Brunstein, M. Soderlund-Venermo, O. Kiviluoto, E. K. Partio, Y. Konttinen, and K. Hedman. 2000. Integrity and full coding sequence of B19 virus DNA persisting in human synovial tissue. J. Gen. Virol. 81:1017-1025.

108. Hope, Т. J. 1999. The ins and outs of HIV Rev. Arch. Biochem. Biophys. 365: 186-191.

109. Horiuchi, M., H. Goto, N. Ishiguro, and M. Shinagawa. 1994. Mapping of determinants of the host range for canine cells in the genome of canine parvovirus using canine parvovirus/mink enteritis virus chimeric viruses. J. Gen. Virol. 75: 1319-1328.

110. Horiuchi, M., Y. Yamaguchi, T. Gojobori, M. Mochizuki, H. Nagasawa, Y. Toycda, N. Ishiguro, and M. Shinagawa. 1998. Differences in the evolutionary pattern of feline panleukopenia virus and canine parvovirus. Virology 249:440-452.

111. Hu, W.-S. and H. M. Temin. 1990. Genetic consequences of packaging two RNA genomes in one retroviral particle: pseudodiploidy and high rate of genetic recombination. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1556-1560.

112. Hu, W.-S. and H. M. Temin. 1990. Retroviral recombination and reverse transcription. Science 250: 1227-1233.

113. Hussein, M., A. Abebe, G. Pollakis, M. Brouwer, B. Petros, A. L. Fontanet, and T. F. Rinke De Wit. 2000. HIV-1 subtype С in commerical sex workers in Addis Ababa, Ethiopia. J. Acquir. Immune. Defic. Syndr. 23:120-127.

114. Imada, Т., S. Yamaguchi, M. Mase, K. Tsukamoto, M. Kubo, and A. Morooka. 2000. Avian nephritis virus (ANV) as a new member of the family Astroviridae and construction of infectious ANV cDNA. J. Virol. 74: 8487-8493.

115. Jacks, Т., M. D. Power, F. R. Masiarz, P. A. Luciw, P. J. Barr, and H. E. Varmus. 1988. Characterization of ribosomal frameshifting in HIV-1 gag-pol expression. Nature 331: 280-283.

116. Jaffe, H. W., D. J. Bergman, and R. M. Selik. 1983. Acquired immune deficiency syndrome in the United States: the first 1,000 cases. J. Infect. Dis. 148: 339-345.

117. Janssens, W., A. Buve, and J. N. Nkengasong. 1997. The puzzle of HIV-1 subtypes in Africa. AIDS 11: 705-712.

118. Jonassen, С. M., T. 0. Jonassen, and B. Grinde. 1998. A common RNA motif in the 3' end of the genomes of astroviruses, avian infectious bronchitis virus and an equine rhinovirus. J. Gen. Virol. 79: 715-718.

119. Jonassen, С. M., Т. O. Jonassen, Y. M. Saif, D. R. Snodgrass, H. Ushijima, M. Shimizu, and B. Grinde. 2001. Comparison of capsid sequences from human and animal astroviruses. J. Gen. Virol. 82:1061-1067.

120. Jurriaans, S., J. T. Dekker, and A. de Ronde. 1992. HIV-1 viral DNA load in peripheral blood mononuclear cells from seroconverters and long-term infected individuals. AIDS 6:635-641.

121. Kalichman, S. C , J. A. Kelly, K. J. Sikkema, A. P. Koslov, A. Shaboltas, and J. Granskaya. 2000. The emerging AIDS crisis in Russia: review of enabling factors and prevention needs. Int. J. STD AIDS 11: 71-75.

122. Kalichman, S. C., J. A. Kelly, K. J. Sikkema, A. P. Koslov, A. Shaboltas, and J. Granskaya. 2000. The emerging AIDS crisis in Russia: review of enabling factors and prevention needs. Int. J. STD AIDS 11: 71-75.

123. Kalish, M. L., C.-C. Luo, B. G. Weniger, K. Limpakarnjanarat, N. Young, C.-Y. Ou, and G. Schochetman. 1994. Early HIV type 1 strains in Thailand were not responsible for the current epidemic. AIDS Res. Hum. Retroviruses 10: 1573-1575.

124. Kariatsumari, Т., M. Horiuchi, Е. Наша, К. Yaguchi, N. Ishigurio, Н. Goto, and М. Shinagawa. 1991. Construction and nucleotide sequence analysis of an infectious DNA clone of the autonomous parvovirus, mink enteritis virus. J. Gen. Virol. 72: 867-87S.

125. Kim, S., R. Bym, J. Groopman, and D. Baltimore. 1989. Temporal aspects of DNA and RNA synthesis during human immunodeficiency virus infection: evidence for differential gene expression. J. Virol. 63,9: 3708-3713.

126. Kim, S., K. Ikeuchi, R. Bym, J. Groopman, and D. Baltimore. 1989. Lack of a negative influence on viral growth by the nef gene of human immunodeficiency virus type 1. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 9S44-9S48.

127. Kimura, M. 1981. Estimation of evolutionary distances between homologous nucleotide sequences. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78:4S4-4S8.

128. Kimura, M. 1983. The neutral theory of evolution. Cambridge University Press, Cambridge.

129. Klatzmann, D., E. Champagne, and S. Chamaret. 1984. T-lymphocyte T4 molecule behaves as the receptor for human retrovirus LAV. Nature 312: 767-768.

130. Klenerman, P. and R. M. Zinkemagel. 1998. Original antigenic sin impairs cytotoxic T lymphocyte responses to viruses bearing variant epitopes. Nature 394: 482-485.

131. Koci, M. D., B. S. Seal, and S. Schultz-Cherry. 2000. Molecular characterization of an avian astrovirus. J. Virol. 74: 6173-6177.

132. Koot, M., R. van Leeuwen, R. E. Y. de Goede, S. A. Danner, J. К. M. Eeftinck Schattenkerk, P. Reiss, M. Tersmette, J. M. A. Lange, and H. Schuitemaker. 1998. Unpublished data.

133. Koiber, В., M. Muldoon, J. Thciler, F. Gao, R. Gupta, A. Lapedes, В. H. Hahn, S. Wolinsky, and T. Bhattacharya. 2000. Timing the ancestor of the HIV-1 pandemic strains. Science 288:1789-17%.

134. Korber, B. and G. Myers. 1992. Signature pattern analysis: a method for assessing viral sequence relatedness. AIDS Res. Hum. Retroviruses 8:1549-1560.

135. Korber, В., J. Theiler, and S. Wolinsky . 1998. Limitations of a molecular clock applied to considerations of the origin of HIV-1. Science 280:1868-1871.

136. Korber, В. Т. M., E. E. Allen, A. D. Farmer, and G. L. Myers. 1995. Heterogeneity of HIV-1 and HIV-2. AIDS 9: S5-S18.

137. Korber, В. Т. M., K. Maclnnes, R. F. Smith, and G. Myers. 1994. Mutational trends in V3 loop protein sequences observed in different genetic lineages of human immunodeficiency virus type 1. J. Virol. 68: 6730-6744.

138. Koup, R. A., J. T. Safrit, Y. Cao, C. A. Andrews, Y. Wu, G. McCleod, W. Borkowsky, C. Farthing, and D. D. Ho. 1994. Temporal association of cellular immune response with the initial control of viremia in primary HIV-1 syndrome. J. Virol. 68: 46504655.

139. Kowalski, M., J. Potz, L. Basiripour, T. Dorfman, W. C. Goh, E. Terwilliger, A. Dayton, C. Rosen, W. Haseltine, and J. Sodroski. 1987. Functional regions of the envelope glycoprotein of human immunodeficiency virus type 1. Science 237: 1351-1355.

140. Kozlov, A. P., G. V. Volkova, A. G. Malykh, G. S. Stepanova, and A. V. Glebov. 1993. Epidemiology of HIV infection in St.Petersburg, Russia. J. AIDS 6: 208-212.

141. Kuiken, C. L. and J. Goudsmit. 1994. Silent mutation pattern in V3 sequences distinguishes virus according to risk group in Europe. AIDS Res. Hum. Retroviruses 10: 319320.

142. Kulkosky, J. and A. M. Skalka. 1990. HIV DNA integration: observations and inferences. J. AIDS 3: 839-851.

143. Kumar, S. and S. B. Hedges. 1998. A molecular timescale for vertebrate evolution. Nature 392:917-920.

144. Kumar, S., K. Tamura, and M. Nei. 1993. Molecular evolutionary genetics analysis (MEGA). Institute of Molecular Evolutionary Genetics, Pennsylvania State University, University Park, Pennsylvania, USA.

145. Lee, P. P. and M. L. Linial. 1994. Efficient particle formation can occur if the matrix domain of human immunodeficiency virus type 1 Gag is substituted by a mynstylation signal. J. Virol. 68: 6644-6654.

146. Leitner, Т., D. Escanilla, C. Franzen, M. Uhlen, and J. Albert. 1996. Accurate reconstruction of a known HIV-1 transmission history by phylogenetic tree analysis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 10864-10869.

147. Lever, A., H. Gottlinger, W. Haseltine, and J. Sodroski. 1989. Identification of a sequence required for efficient packaging of human immunodeficiency virus type 1 RNA into virions. J. Virol. 63: 4085-4087.

148. Levy, J. A. 1993. Pathogenesis of human immunodeficiency virus infection. Microbiol. Rev. 57: 183-289.

149. Levy, R. M. and D. E. Bredesen. 1988. Central nervous system dysfunction in acquired immunodeficiency syndrome. J. Acquir. Immune. Defic. Syndr. 1: 41-64.

150. Li, W.-H., M. Tanimura, and P. M. Sharp . 1988. Rates and dates of divergence between AIDS virus nucleotide sequences. Mol. Biol. Evol. 5: 313-330.

151. Li, W.-H., C.-I. Wu, and C.-C. Luo. 1985. A new method for estimating synonymous and nonsynonymous rates of nucleotide substitution considering the relative likelihood of nucleotide and codon changes. Mol. Biol. Evol. 2:150-174.

152. Liitsola, К., T. Laukkanen, A. Denisova, A. Grishkevichius, T. Smolskaja, V. Ustina, N. Vlasov, P. Leinikki, and M. O. Salminen. 1996. Genetic characterization of HIV-1 strains in the Baltic countries and Russia. Scand. J. Infect. Dis. 28: 537-541.

153. Litvak, S., L. Sarih-Cottin, M. Fournier, K. Andreola, and L. Tarrago-Litvak. 1994. Priming of HIV replication by tRNA(Lys3): role of reverse transcriptase. Trends Biochem. Sci. 19: 114-118.

154. Luo, С. С., C. Tian, D. J. Ни, M. Kai, T. Dondero, and X. Zheng. 1995. HIV-1 subtype С in China. Lancet 345: 1051-1052.

155. Maddison, W. P. 2000. Testing character correlation using pairwise comparisons on a phytogeny. J. Theor. Biol. 202: 195-204.

156. Maddison, W. P. and D. R. Maddison. 1989. Interactive analysis of phytogeny and character evolution using the computer program MacClade. Folia Primatol. 53: 190-202.

157. Martins, L. P., N. Chenciner, B. AsjO, A. Meyerhans, and S. Wain-Hobson. 1991. Independent fluctuation of human immunodefiency virus type 1 rev and gp41 quasispecies in vivo. J. Virol. 65:4502-4507.

158. Martyn, J. С., В. E. Davidson, and M. J. Studdert. 1990. Nucleotide sequence of feline panleukopenia virus: comparison with canine parvovirus identifies host-specific differences. J. Gen. Virol. 71:2747-2753.

159. Mastro, T. D. and V. De, 1. 19%. Probabilities of sexual HIV-1 transmission. AIDS 10: S75-S82.

160. Mastro, T. D. and D. Kitayapom. 1998. HIV type 1 transmission probabilities: estimates from epidemiological studies. AIDS Res. Hum. Retroviruses 14: S223-S227.

161. Matsui, S. M. and H. B. Greenberg. 1996. Astroviruses, p. 811-824. In B. N. Fields, D. M. Knipe, and P. M. Howley (eds.), Fields Virology. Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, PA, USA.

162. McCune, J. M., L. B. Rabin, M. B. Feinberg, M. Lieberman, J. C. Kosek, G. R. Reyes, and I. L. Weissman. 1988. Endoproteolytic cleavage of gpl60 required for the activation of human immunodeficiency virus. Cell 53: 55-67.

163. Mcdonald, R. A., G. Chang, and N. L. Michael. 2001. Relationship between V3 genotype, biologic phenotype, tropism, and coreceptor use for primary isolates of human immunodeficiency virus type 1. J. Hum. Virol. 4: 179-187.

164. McGeoch, D. J., S. Cook, A. Dolan, F. E. Jamieson, and E. A. R. Telford. 1995. Molecular phytogeny and evolutionary timescale for the family of mammalian herpesviruses. J. Mol. Biol. 247:443-458.

165. McLean, A. R. 1993. The balance of power between HIV and the immune system. Trends Microbiol. 1:9-13.

166. Mellon, J. W , L. A. Kingsley, C. R. Rinaldo, Jr., J. A. Todd, B. S. Hoo, and R. P. G. P. Kokka. 1995. Quantitation of HIV-1 RNA in plasma predicts outcome after seroconversion. Ann. Intern. Med. 122: 573-579.

167. Mellon, J. W., C. R. Rinaldo, P. Gupta, R. M. White, J. A. Todd, and L. A. Kingsley. 1996. Prognosis in HIV-1 infection predicted by the quantity of virus in plasma. Science 272:1167-1170.

168. Mendez-Toss, M., P. Romero-Guido, M. E. Munguia, E. Mendez, and C. F. Arias. 2000. Molecular analysis of a serotype 8 human astrovirus genome. J. Gen. Virol. 81: 28912897.

169. Meyerhans, A., R. Cheynier, J. Albert, M. Seth, S. Kwok, J. Sninsky, L. Morfeldt-M&nson, B. Asj6, and S. Wain-Hobson. 1989. Temporal fluctuations in HIV quasispecies in vivo are not reflected by sequential HIV isolations. Cell 58:901-910.

170. Mulder-Kampinga, G. A., C. Kuiken, J. Dekker, H. J. Scherpbier, K. Boer, and J. Goudsmit. 1993. Genomic human immunodeficiency virus type 1 RNA variation in mother and child following intra-uterine virus transmission. J. Gen. Virol. 74:1747-1756.

171. Muramatsu, S., H. Mizukami, N. S. Young, and К. E. Brown. 1996. Nucleotide sequencing and generation of an infectious clone of adeno-associated virus 3. Virology 221: 208-217.

172. МШ1ег, S., P. Nam, R. D'Amelio, R. Biselli, D. Gold, H. Wang, H. Kdhler, and G. J. Silverman. 1992. Clonal patterns in human immune response to HIV-1 infection. Intern. Rev. Immunol. 9: 1-13.

173. Myers, G. 1994. HIV: between past and future. AIDS Res. Hum. Retroviruses 10: 1317-1324.

174. Myers, G., K. Maclnnes, and B. Korber. 1992. The emergence of simian/human immunodeficiency viruses. AIDS Res. Hum. Retroviruses 8,3: 373-386.

175. Narayan, 0. and J. E. Clements. 1989. Review article: Biology and pathogenesis of lentiviruses. J. Gen. Virol. 70: 1617-1639.

176. Nichol, S. Т., J. E. Rowe, and W. M. Fitch. 1993. Punctuated equilibrium and positive Darvinian evolution in vesicular stomatitis virus. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 10424-10428.

177. Niederman, Т. M. J., B. J. Thielan, and L. Ratner. 1989. Human immunodeficiency virus type 1 negative factor is a transcriptional silencer. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1128-1132.

178. Novitsky, V. A., M. A. Montano, and M. Essex. 1998. Molecular epidemiology of an HIV-1 subtype A subc luster among injection drug users in the Southern Ukraine. AIDS Res. Hum. Retroviruses 14:1079-1085.

179. Nowak, M. 1990. HIV mutation rate. Nature 347: 522.

180. Nowak, M. A., R. M. Anderson, M. C. Boerlijst, S. Bonhoeffer, R. M. May, and A. J. McMichael. 1996. HIV-1 evolution and disease progression. Science 274: 1008-1010.

181. Nowak, M. A., R. M. Anderson, A. R. McLean, T. F. W. Wolfs, J. Goudsmit, and R. M. May. 1991. Antigenic diversity thresholds and the development of AIDS. Science 254: 963-969.

182. Nowak, M. A., R. M. May, and R. M. Anderson. 1990. The evolutionary dynamics of HIV-1 quasispecies and the development of immunodeficiency disease. AIDS 4:1095-1103.

183. Oh, D. and E. Schreier. 2001. Molecular characterization of human astroviruses in Germany. Arch. Virol. 146: 443-455.

184. Olsen, H. S., P. Nelbock, A. W. Cochrane, and C. A. Rosen. 1990. Secondary structure is the major determinant for interaction of HIV rev protein with RNA. Science 247: 845-848.

185. Olsen, J. C. and R. Swanstrom. 1985. A new pathway in the generation of defective retrovirus DNA. J. Virol 55. 779-789.

186. Olshevsky, U., E. He!seth, C. Furman, J. Li, W. Haseltine, and J. Sodroski. 1990. Identification of individual human immunodeficiency virus type 1 gpl20 amino acids important for CD4 receptor binding. J. Virol. 64: 5701-5707.

187. Palca, J. 1987. Lab worker infected with AIDS virus. Nature 329: 92.

188. Pantaleo, G. and A. S. Fauci. 1995. New concepts in the immunopathogenesis of HIV infection. Annu. Rev. Immunol. 13:487-512.

189. Parrish, C. R. 1990. Emergence, natural history, and variation of canine, mink, and feline parvoviruses. Adv. Virus Res. 38: 403-450.

190. Parrish, C. R. 1991. Mapping specific functions in the capsid structure of canine parvovirus and feline panleukopenia virus using infectious plasmid clones. Virology 183: 195205.

191. Parrish, C. R. and U. Truyen. 2000. Parvovirus variation and evolution, p. 421439. In E. Domingo, R. G. Webster, and J. Holland (eds.), Origin and evolution of viruses. Academic Press, San Diego, CA, USA.

192. Pedersen, С., В. O. Lindhardt, B. L. Jensen, E. Lauritzen, J. Gerstoft, E. Dickmeiss, J. Gaub, E. Scheibel, and T. Karlsmark. 1989. Clinical course of primary HIV infection: consequences for subsequent course of infection. Brit. Med. J. 299: 154-157.

193. Piatak, M., M. S. Saag, L. С. Yang, S. J. Clark, J. C. Kappes, K.-C. Luk, В. H. Hahn, G. M. Shaw, and J. D. Lifson. 1993. High levels of HIV-1 in plasma during all stages of infection determined by competitive PCR. Science 259:1749-1754.

194. Piot, P., M. Bartos, P. D. Ghys, N. Walker, and B. Schwartlander. 2001. The global impact of HIV/AIDS. Nature 410: 968-973.

195. Popovic, M., P. S. Sarin, M. Robert-Guroff, V. S. Kalyanaraman, D. Mann, J. Minowada, and R. C. Galio. 1983. Isolation and transmission of human retrovirus (human T-cell leukemia virus). Science 219: 856-859.

196. Preston, B. D., B. J. Poiesz, and L. A. Loeb. 1988. Fidelity of HIV-1 reverse transcriptase. Science 242:1168-1171.

197. Priimagi, L., V. Ustina, J. Martin, M. Salminen, P. Leinikki, and L. Grinshpun. 1993. HIV-infection in Estonia. Clin. Diagnost. Virol. 1:11-16.

198. Querat, G., G. Audoly, P. Sonigo, and R. Vigne. 1990. Nucleotide sequence analysis of SA-OMW, a visna-related ovine lentivirus: phylogenetic history of lentiviruses. Virology 175: 434-447.

199. Ranz, A. I., J. J. Manclus, E. Diaz-Aroca, and J. I. Casal. 1989. Porcine parvovirus: DNA sequence and genome organization. J. Gen. Virol. 70: 2541-2553.

200. Ratner, L., R. C. Gallo, and F. Wong-Staal. 1985. HTLV-III, LAV, ARV are variants of the same AIDS virus. Nature 313: 636-637.

201. Reed, A. P., E. V. Jones, and T. J. Miller. 1988. Nucleotide sequence and genome organization of canine parvovirus. J. Virol. 62: 266-276.

202. Reitz, M. S., Jr., M. Popovic, W. C. Saxinger, L. Hall, E. Read-Connole, P. Markham, and R. C. Gallo. 1994. Partial envelope sequences from some of the earliest isolates of HIV-1. AIDS Res. Hum. Retroviruses 10: 621-623.

203. Rhode, S. L., Ill and P. R. Paradiso. 1983. Parvovirus genome: nucleotide sequence of H-1 and mapping of its genes by hybrid-arrested translation. J. Virol. 45: 173-184.

204. Robertson, D. L., P. M. Sharp, F. E. McCutchan, and В. H. Hahn. 1995. Recombination in HIV-1. Nature 374: 124-126.

205. Rogers, M. F., L. M. Mofenson, and R. R. Moseley. 199S. Reducing the risk of perinatal HIV transmission through zidovudine therapy: treatment recommendations and implications. J. Am. Med. Womens Assoc. SO: 78-82,93.

206. Rosen, C. A. 1992. HIV regulatory proteins: potential targets for therapeutic intervention. AIDS Res. Hum. Retroviruses 8: 175-181.

207. Rosenberg, P. S. and R. J. Biggar. 1998. Trends in HIV incidence among young adults in the United States. JAMA 279: 1894-1899.

208. Rouzioux, C. 1995. Prevention of maternal HIV transmission. Practical guidelines. Drugs 49: 17-24.

209. Rutledge, E. A., C. L. Halbert, and D. W. Russell. 1998. Infectious clones and vectors derived from adeno-associated virus (AAV) serotypes other than AAV type 2. J. Virol. 72: 309-319.

210. Rzhiuky, A. and M. Nei. 1995. Tests of applicability of several substitution models for DNA sequence data. Mol. Biol. Evol. 12:131-151.

211. Saag, M. S., В. H. Hahn, J. Gibbons, Y. Li, E. S. Parks, W. P. Parks, and G. M. Shaw 1988. Extensive variation of human immunodeficiency virus type 1 in vivo. Nature 334: 440 414

212. Sahli, R., G. K. McMaster, and B. Hirt. 1985. DNA sequence comparison between two tissue-specific variants of the autonomous parvovirus, minute virus of mice. Nucleic Acids Res. 13: 3617-3633.

213. Sakuragi, J., A. Iwamoto, and T. Shioda. 2002. Dissociation of genome dimerization from packaging functions and virion maturation of human immunodeficiency virus type 1. J. Virol. 76:959-967.

214. Samulski, R. J., A. Srivastava, К. I. Bems, and N. Muzyczka. 1983. Rescue of adeno-associated vims from recombinant plasmids: gene correction within the terminal repeats of AAV. Cell 33: 135-143.

215. Sanchez, С. M., F. Gebauer, C. Sune, A. Mendez, J. Dopazo, and L. Enjuanes. 1992. Genetic evolution and tropism of transmissible gastroenteritis coronaviruses. Virology 190: 92-105.

216. Schuierer, S., M. E. Bloom, O. R. Kaaden, and U. Truyen. 1997. Sequence analysis of the lymphotropic Aleutian disease parvovirus ADV-SL3. Arch. Virol. 142: 157166.

217. Schuitemaker, H., N. A. Kootstra, M. Groenink, R. E. Y. de Goede, F. Miedema, and M. Tersmette. 1992. Differential tropism of clinical HIV-1 isolates for primary monocytes and promonocytic cell lines. AIDS Res. Hum. Retroviruses 8: 1679-1682.

218. Selik, R. M., H. W. Haverkos, and J. W. Curran. 1984. Acquired immune deficiency syndrome (AIDS), trends in the United States, 1978-1982. Amer. J. Med. 76: 493500.

219. Sharp, P. M. and W.-H. Li. 1988. Understanding the origins of AIDS viruses. Nature 336: 315.

220. Sharp, P. M., D. L. Robertson, F. Gao, and В. H. Hahn. 1994. Origins and diversity of human immunodeficiency viruses. AIDS 8: s27-s42.

221. Simpson. A. A., P. R. Chipman, T. S. Baker, P. Tijssen, and M. G. Rossmann. 1998. The structure of an insect parvovirus (Galleria mellonella densovirus) at 3.7 A resolution. Structure. 6: 1355-1367.

222. Snoeck, J., S. Van Dooren, K. Van Laethem, I. Derdelinckx, E. Van Wijngaerden, E. De Clercq, and A. M. Vandamme. 2002. Prevalence and origin of HIV-1 group M subtypes among patients attending a Belgian hospital in 1999. Virus Res. 85: 95-107.

223. Sodroski, J., W. C. Goh, C. Rosen, K. Campbell, and W. A. Haseltine. 1986. Role of the HTLV-III/LAV envelope in syncytium formation and cytopathicity. Nature 322: 470474.

224. Soike, K. F., M. Iatropoulis, and G. Siegl. 1976. Infection of newborn and fetal hamsters induced by inoculation of LuIII parvovirus. Arch. Virol. 51: 235-241.

225. South, T. L., B. Kim, D. R. Hare, and M. F. Summers. 1990. Zinc fiugers and molecular recognition. Structure and nucleic acid binding studies of an HIV zinc finger-like domain. Biochem. Pharmacol. 40:123-129.

226. Stafford, M. A., L. Corey, Y. Cao, E. S. Daar, D. D. Ho, and A. S. Perelson. 2000. Modeling plasma virus concentration during primary HIV infection. J. Theor. Biol. 203: 285301.

227. Stein, M., D. Spencer, A. Kuten, and W. Bezwoda. 1994. AIDS-related Kaposi's sarcoma: a review. Isr. J. Med. Sci. 30: 298-305.

228. Takahashi, H., R. N. Germain, B. Moss, and J. A. Berzofsky. 1990. An immunodominant class I-restricted cytotoxic T lymphocyte determinant of human immunodeficiency virus type 1 induces CD4 Class II-restricted help for itself. J. Exp. Med. 171:571-576.

229. Tarrago-Litvak, L., M. L. Andreola, G. A. Nevinsky, L. Sarih-Cottin, and S. Litvak. 1994. The reverse transcriptase of HIV-1: from enzymology to therapeutic intervention. FASEB J. 8: 497-503.

230. Termorshuizen, F., H. Houweling, P. J. E. Bindels, and J. K. van Wijngaarden. 1997. AIDS-epidemie in Nederland: recente ontwikkelingen naar transmissieroute, leeftijd en nationaliteit. Ned. Tijdsch* Geneeskd. 141.830-835.

231. Tossing, G. 1996. Immunodeficiency and its relation to lymphoid and other malignancies. Ann. Hematol. 73:163-167.

232. Traisupa, A., C. Wongba, and D. N. Taylor. 1987. AIDS and prevalence of antibody to human immunodeficiency virus (HIV) in high risk groups in Thailand. Genitourin. Med. 63: 106-108.

233. Tsega, E., B. Mengesha, E. Nordenfelt, B. G. Hansson, and J. Lindberg. 1988. Serological survey of human immunodeficiency virus infection in Ethiopia. Ethiop. Med. J. 26: 179-184.

234. Umene, K. and T. Nunoue. 1990. The genome type of human parvovirus B19 strains isolated in Japan during 1981 differs from types detected in 1986 to 1987: a correlation between genome type and prevalence. J. Gen. Virol. 71: 983-986.

235. Varmus, H. and R. Swanstrom. 1984. Replication of retroviruses, p. 369-512. In R. Weiss, N. Teich, H. Varmus, and J. Coffin (eds.), RNA tumor viruses. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.

236. Vartanian, J.-P., A. Meyerhans, B. Asj6, and S. Wain-Hobson. 1991. Selection, recombination and G-*A hypermutation of human immunodeficiency virus type 1 genomes. J. Virol. 65: 1779-1788.

237. Vasudevacharya, J., S. Basak, R. V. Srinivas, and R. W. Compans. 1989. Nucleotide sequence analysis of the capsid genes and the right-hand terminal palindrome of porcine parvovirus, strain NADL-2. Virology 173: 368-377.

238. Vasudevacharya, J., S. Basak, R. V. Srinivas, and R. W. Compans. 1990. The complete nucleotide sequence of an infectious clone of porcine parvovirus, strain NADL-2. Virology 178:611-616.

239. Wang, Q. H., J. Kakizawa, L. Y. Wen, M. Shimizu, O. Nishio, Z. Y. Fang, and H. Ushijima. 2001. Genetic analysis of the capsid region of astroviruses. J. Med. Virol. 64: 245255.

240. Ward, J. W. and J. S. Duchin. 1997. The epidemiology of HIV and AIDS in the United States. AIDS Clin. Rev. 1-4:'.

241. Weiss, S. H., J. J. Goedert, S. Gartner, M. Popovic, D. Waters, P. Markham, M. di, V, M. H. Gail, W. E. Barkley, J. Gibbons, and . 1988. Risk of human immunodeficiency virus (HIV-1) infection among laboratory workers. Science 239:68-71.

242. Weniger, B. G., K. Limpakamjanarat, K. Ungchusak, S. Thanprasertsuk, K. Choopanya, S. Vanichseni, T. Uneklabh, P. Thongcharoen, and C. Wasi. 1991. The epidemiology of HIV infection and AIDS in Thailand. AIDS 5: S71-S85.

243. Willcocks, M. M. and M. J. Carter. 1993. Identification and sequence determination of the capsid protein gene of human astrovirus serotype 1. FEMS Microbiology Letters 114:1-7.

244. Willcocks, M. M., J. B. Kurtz, T. W. Lee, and M. J. Carter. 1995. Prevalence of human astrovirus serotype 4: capsid protein sequence and comparison with other strains. Epidem. Inf. 114:385-391.

245. Wolfs, T. F. W., G. Zwart, M. Bakker, and J. Goudsmit. 1992. HIV-1 genomic RNA diversification following sexual and parental virus transmission. Virology 189:103-110.

246. Wolfs, T. F. W., G. Zwart, M. Bakker, M. Valk, C. L. Kuiken, and J. Goudsmit. 1991. Naturally occurring mutations within HIV-1 V3 genomic RNA lead to antigenic variation dependent on a single amino acid substitution. Virology 185: 195-205.

247. Wolinsky, S. M., K. J. Kunstman, J. T. Safrit, R. A. Koup, A. U. Neumann, and B. Т. M. Korber. 1996. HIV-1 evolution and disease progression. Science 274:1010-1011.

248. Wu, F. K., J. A. Garcia, D. Harrich, and R. B. Gaynor. 1988. Purification of the human imunodeficiency virus type 1 enhancer and TAR binding proteins. EMBO J. 7: 21172129.

249. Xiao, W„ N. Chirmule, S. C. Berta, B. McCullough, G. Gao, and J. M. Wilson. 1999. Gene therapy vectors based on adeno-associated virus type 1. J. Virol. 73: 3994-4003.

250. Yamagishi, J., Y. Hu, J. Zheng, and H. Bando. 1999. Genome organization and mRNA structure of Periplaneta fuliginosa densovirus imply alternative splicing involvement in viral gene expression. Arch. Virol. 144: 2111-2124.

251. Yamaguchi, Y. and T. Gojobori. 1997. Evolutionary mechanisms and population dynamycs of the 3rd variable envelope region of HIV within single hosts. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:1264-1269.

252. Yang, Z., R. Nielsen, N. Goldman, and A. M. Pedersen. 2000. Codon-substitution models for heterogeneous selection pressure at amino acid sites. Genetics 155: 431-449.

253. Yokoyama, S., L. Chung, and T. Gojobori . 1988. Molecular evolution of the human immunodeficiency and related viruses. Mol. Biol. Evol. 5: 237-251.

254. Yoo, В. C., D. H. Lee, S. M. Park, J. W. Park, C. Y. Kim, H. S. Lee, J. S. Seo, K. J. Park, and W. S. Ryu. 1999. A novel parvovirus isolated from Manchurian chipmunks. Virology 253: 250-258.

255. Zadori, Z., R. Stefancsik, T. Rauch, and J. Kisary. 1995. Analysis of the complete nucleotide sequences of goose and muscovy duck parvoviruses indicates common ancestral origin with adeno-associated virus 2. Virology 212: 562-573.

256. Zhang, L., C. D. Carruthers, T. He, Y. Huang, Y. Cao, G. Wang, B. Hahn, and D. D. Ho. 1997. HIV type 1 subtypes, coreceptor usage, and CCR5 polymorphism. AIDS Res. Hum. Retroviruses 13:1357-1366.

257. Zhang, L. Q., R. S. Diaz, D. D. Ho, J. W. Mosley, M. P. Busch, and A. Mayer. 1997. Host-specific driving force in human immunodeficiency virus type 1 evolution in vivo. J. Virol. 71: 2555-2561.

258. Zhang, L. Q., P. MacKenzie, A. Cleland, E. C. Holmes, A. J. Leigh Brown, and P. Stmmonds. 1993. Selection for specific sequences in the external envelope protein of human immunodeficiency virus type 1 upon primary infection. J. Virol. 67: 3345-3356.

259. Zhu, Т., В. Т. Korber, A. J. Nahmias, E. Hooper, P. M. Sharp, and D. D. Ho. 1998 Ал African HIV-1 sequence from 1959 and implications for the origin of the epidemic. Nature 391: 594-597.

260. Zwart, G., H. Langedijk, L. van der Hoek, J. J. de Jong, T. F. W. Wolfs, С Ramautarsing, M. Bakker, A. de Ronde, and J. Goudsmit. 1991. Immunodominance and antigenic variation of the principal neutralization domain of HIV-1. Virology 181:481 -489.

261. Zwart, G., T. F. W. Wolft, M. Vtlk, L. van der Hoek, C. L. Kuiken, and J. Goudsmit. 1992. Characterization of the specificity of the human antibody response to the V3 neutralization domain of HIV-1. AIDS Rea. Hum. Retroviruses 8:1897-1908.1. Цч<§

262. Свриипа мформщ» об эволюционных моделях