Биодеградация нефтяных углеводородов иммобилизованными родококками в колоночном биореакторе тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Серебренникова, Марина Константиновна

• Серебренникова, Марина Константиновна
• кандидат наук
• 2014

Оглавление диссертации кандидат наук Серебренникова, Марина Константиновна

ОГЛАВЛЕНИЕ

Введение

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Глава 1. Биологические особенности алканотрофных родококков

1.1. Механизмы окисления алифатических углеводородов

1.2. Механизмы расщепления ароматических углеводородов

1.3. Механизмы расщепления полиароматических углеводородов

Глава 2. Иммобилизованные микроорганизмов в биотехнологических процессах

2.1. Преимущества иммобилизованных микроорганизмов перед свободными

2.2. Методы оценки жизнеспособности иммобилизованных

микроорганизмов

Глава 3. Биореакторные технологии как способ оптимизации

биоремедиационных процессов ex situ

3.1. Адаптация как способ повышения углеводород окисляющей активности

микроорганизмов

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

Глава 4. Материалы и методы исследования

4.1. Бактериальные штаммы и условия их культивирования

4.2. Исследование кинетики процесса иммобилизации родококков

в биореакторе с перемешиванием и колоночного типа

4.3. Изучение способности бактериальных культур усваивать нефтяные углеводороды

4.4. Определение солеустойчивости бактериальных культур

4.5. Очистка нефтезагрязненной воды коиммобилизованными родококками в биореакторе с псевдоожиженным слоем

4.6. Структурный анализ нефтезагрязненной воды

4.7. Определение физико-химических свойств клеток родококков

4.7.1. Морфология клеточной поверхности

4.7.2. Гидрофобность клеточной стенки

4.7.3. Определение электрокинетического потенциала

4.7.4. Эмульгирующая активность

4.7.5. Определение суммарных клеточных липидов

4.7.6. Определение антибиотикочуствительности бактерий

4.8. Определение жизнеспособности и функциональной стабильности иммобилизованных клеток

4.9. Генетический анализ бактериальных штаммов

4.10. Математическое моделирование процесса иммобилизации клеток родококков в колоночном биореакторе с псевдоожиженным слоем

4.11. Статистическая обработка результатов

Глава 5. Подбор носителя для иммобилизации клеток родококков

Глава 6. Динамика процесса иммобилизация родококков в биореакторе

с перемешиванием и колоночного типа

Глава 7. Биодеградация нефтяных углеводородов ассоциацией

коиммобилизованных родококков в колоночном биореакторе

Глава 8. Возможные механизмы адаптации родококков

к углеводородным загрязнителям

Глава 9. Очистка промышленной нефтезагрязненной сточной воды в лабораторном колоночном биореакторе с иммобилизованными

родококками

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Биодеградация нефтяных углеводородов иммобилизованными родококками в колоночном биореакторе»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы. Развитие нефтяной промышленности приводит к загрязнению окружающей среды нефтепродуктами, а также увеличению объема нефтесодержащих сточных вод. В связи с этим, важным направлением экологической биотехнологии является разработка эффективных и безопасных способов очистки нефтезагрязненных сред. Наиболее перспективными и экологически безопасными являются микробиологические методы, основанные на использовании углеводородокисляющих микроорганизмов, как правило, иммобилизованных на твердых носителях. Данный подход предусматривает (1) сорбцию нефтяных углеводородов материалом носителя и (2) их эффективное окисление иммобилизованными микробными клетками (Жукова, Морозов, 2010; Рымовская, Ручай, 2008; Junter et al., 2002; Martins et al., 2012). Поскольку при иммобилизации решается проблема отделения биомассы от жидкой фазы, это позволяет перейти от периодических схем очистки воды к более производительным непрерывным технологиям, предусматривающим использование проточных биореакторов (Сироткин и др., 2007; Doaa, Wafaa, 2009).

Сегодня широкое применение в очистке загрязненных сточных вод получили колоночные биореакторы с псевдоожиженным слоем (ßuidized-bed), заполненные дисперсным носителем с иммобилизованной микрофлорой, через который циркулирует восходящий поток жидкости (Vainberg et al., 2002; McCarty, Meyer, 2005). Использование реакторов такого типа позволяет (1) осуществлять процессы в небольших по размеру конструкциях; (2) обеспечивать равномерное распределение загрязненной жидкости между поддерживаемыми во взвешенном состоянии частицами носителя, что повышает биодоступность углеводородов для закрепленных клеток; (3) создавать оптимальные условия для адаптации микроорганизмов к органическим загрязнителям и другим факторам (Касаткин, 1973; Махлин, 2009; Shieh, Keenan, 1986; Soko'l, Korpal, 2006; Werther, 2007).

Биотехнологически перспективной группой микроорганизмов, используемой для очистки нефтезагрязненных сред, являются актинобактерии рода Rhodococcus. Обладая широким спектром метаболических возможностей и

уникальными ферментными комплексами, родококки являются активными биодеструкторами токсичных и труднодоступных для многих микроорганизмов углеводородов (алифатических, ароматических, поли- и гетероциклических) и их производных (гербицидов, полихлорированных бифенилов, фармполлютантов, фенолов, эстрогенов) (Ившина и др., 2006; Bell et al., 1998; Yoshimoto et al., 2004; Martínková et al., 2009; Ivshina et al., 2012). Биотехнологические преимущества родококков обусловлены такими их биологическими особенностями как типично бактериальный рост и сложный морфогенетический цикл развития, способность ассимилировать гидрофобные субстраты и синтезировать поверхностно-активные вещества (биосурфактанты), а также устойчивая активность в экстремальных условиях среды (Ившина и др., 2007; Prieto et al., 20026; Kuyukina, Ivshina, 2010). В последнее время для расширения спектра окисляемых в процессах биоремедиации нефтяных углеводородов все чаще используются природные или искусственные ассоциации углеводородокисляющих микроорганизмов, отличающихся по спектру потребляемых субстратов (Жуков и др., 2007; Prieto et al., 20026; Ghazali et al., 2004; Mikesková et al., 2012). При подборе бактериальных ассоциаций необходимо учитывать антагонистическую активность штаммов, их устойчивость к солям тяжелых металлов и токсикантам и функциональную стабильность в экстремальных условиях среды. Возможность использования ассоциации на основе коиммобилизованных родококков для очистки нефтезагрязненных сточных вод в биореакторе до настоящего времени не исследовалась.

Цель настоящей работы - изучение процесса иммобилизации родококков на твердых носителях в колоночном биореакторе и оптимизация условий биодеградации нефтяных углеводородов.

Основные задачи исследования:

1. Подобрать оптимальные условия иммобилизации клеток родококков на органических носителях в колоночном биореакторе.

2. Изучить жизнеспособность и функциональную стабильность коиммобилизованных родококков в процессе очистки нефтезагрязненной воды.

3. Исследовать влияние процесса адаптации родококков к повышенным концентрациям углеводородов на физико-химические свойства клеток.

4. Оценить возможность использования иммобилизованной ассоциации родококков для очистки промышленных сточных вод в биореакторе.

Научная новизна. Впервые для биодеградации нефтяных углеводородов в колоночном биореакторе с псевдоожиженным слоем использована ассоциация алканотрофных родококков R. ruber и R. opacus, закрепленных на гидрофобизованных хвойных опилках. Экспериментально определены гидродинамические условия (1,2-2,0 мл/мин) в биореакторе, при которых происходит псевдоожижение частиц носителя. На основе математического моделирования подобран оптимальный скоростной режим (2,0 мл/мин) иммобилизации родококков на опилках, при котором происходит прочное закрепление клеток и достигается высокая (1,7 х 10 клеток/г носителя) концентрация биомассы в реакторе. Установлено, что родококки, адаптированные к повышенным концентрациям нефтезагрязнителей, характеризуются гидрофобной клеточной стенкой, обусловленной высоким содержанием клеточных липидов, и повышенным синтезом биосурфактантов. Выявлена прямая зависимость (R = 0,98; р < 0,05) между показателем гидрофобности клеточной стенки родококков и их электрокинетическим потенциалом. Показано, что адаптация к углеводородам в биореакторе сопровождается увеличением антибиотикоустойчивости бактериальной популяции и изменением плазмидного профиля. Так, из клеток адаптированного R. ruber выделена плазмида размером около 15 т.п.н., не выявляемая с помощью экстракционного метода в исходном штамме.

Теоретическое и практическое значение работы. Полученные данные расширяют представления о процессе биодеградации углеводородных загрязнителей иммобилизованными микроорганизмами в условиях биореактора. Показано, что коиммобилизованные клетки R. ruber и R. opacus могут быть использованы для очистки загрязненной нефтяными углеводородами воды в колоночном биореакторе с псевдоожиженным слоем. При этом оценена

возможность оптимизации процесса деградации нефтяных углеводородов ассоциацией коиммобилизованных родококков путем подбора оптимальной скорости подачи загрязненной воды в биореактор и адаптации бактериальных культур к углеводородам. Установлено, что в процессе очистки формируется устойчивая к высоким концентрациям нефтепродуктов ассоциация иммобилизованных бактерий, способная сохранять метаболическую активность при попадании в биореактор высококонцентрированных промышленных стоков. Разработан комбинированный метод видовой дифференциации и количественной детекции жизнеспособных родококков, входящих в состав иммобилизованной ассоциации, который может применяться для мониторинга функциональной активности биокатализаторов. Показана возможность многократного использования иммобилизованных на модифицированных опилках родококков в биотехнологическом процессе очистки нефтезагрязненной воды.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Процесс иммобилизации родококков на твердых носителях целесообразно проводить в биореакторе с псевдоожиженным слоем при оптимальной скорости подачи клеточной суспензии.

2. Ассоциация коиммобилизованных R. ruber и R. opacus эффективно удаляет нефтяные углеводороды из загрязненной воды.

3. Адаптация родококков к повышенным концентрациям нефтяных углеводородов в биореакторе сопровождается изменением их физико-химических свойств и возрастанием антибиотикоустойчивости.

4. Применение иммобилизованных на опилках адаптированных родококков эффективно для очистки нефтесодержащих сточных вод в биореакторе.

Апробация работы и публикации. Основные результаты исследований доложены и обсуждены на XVI и XVII Всероссийских школах-конференциях молодых ученых и студентов «Математическое моделирование в естественных науках», Пермь, 2007 и 2008; II Всероссийском с международным участием конгрессе студентов и аспиратнов-биологов «Симбиоз-Россия 2009», Пермь,

2009; The XIII Annual Symposium for Biology Students of Europe, Kazan, 2009; III Всероссийском конгрессе с международным участием студентов и аспирантов биологов «Симбиоз-Россия 2010», Н. Новгород, 2010; 3-ем Байкальском Микробиологическом Симпозиуме с международным участием, Иркутск, 2011; I Всероссийской с международным участием школе-конференции молодых учёных «Современные проблемы микробиологии, иммунологии и биотехнологии», Пермь, 2011; Environmental Microbiology & Biotechnology (ЕМВ2012), Болонья, Италия, 2012; VI Всероссийской конференции молодых ученых «Стратегия взаимодействия микроорганизмов и растений с окружающей средой», Саратов, 2012; 17-ой международной пущинской школе-конференции молодых ученых «Биология - наука XXI века», Пущино, 2013.

По теме диссертации опубликована 21 печатная работа, из них 8 статей в научных журналах, рекомендованных ВАК Минобрнауки РФ.

Объем и структура работы. Работа изложена на 159 страницах машинописного текста, содержит 13 таблиц и 30 рисунков. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, пяти глав собственных исследований, заключения, выводов, списка цитируемой литературы, включающего 221 наименование, в том числе 87 на русском и 134 на английском языках.

Связь работы с крупными программами и собственный вклад автора. Работа выполнена в лаборатории алканотрофных микроорганизмов Института экологии и генетики микроорганизмов УрО РАН и является частью исследований по теме «Изучение и сохранение функционального и видового разнообразия алканотрофных родококков in/ex situ, полезного для экзоценозов и практической деятельности человека» (номер госрегистрации 01.9.70 005279), ФЦП «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России» (соглашение № 8793). Исследования поддержаны грантом Российского фонда фундаментальных исследований (11-04-96045-р_урал_а), Президента РФ «Ведущие научные школы» № НШ-5589.2012.4 и Программы фундаментальных исследований Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология» (12-П-4-1052).

Личный вклад автора состоял в планировании и проведении экспериментов, критическом анализе полученных результатов. Автор принимал участие в подготовке результатов работы к публикации и их представлении на научных конференциях.

Благодарности. Автор выражает самую глубокую и искреннюю благодарность своему научному руководителю д.б.н. М.С. Куюкиной за постоянное внимание и неоценимую помощь в работе, а также чл.-корр. РАН И.Б. Ившиной и всему коллективу лаборатории алканотрофных микроорганизмов ИЭГМ УрО РАН за помощь и поддержку на всех этапах диссертационной работы.

Глава 1. БИОЛОГИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ АЛКАНОТРОФНЫХ

РОДОКОККОВ

Актинобактерии рода Rhodococcus широко распространены в природе и выделяются из водных (грунтовых, поверхностных, сточных) и почвенных биотопов, связанных, в частности, с месторождением нефти и газа (Нестеренко и др., 1985; Ившина и др., 1987; Жуков и др., 2006; Martinkovä et al, 2009). Обладая уникальными биологическими свойствами и характеризуясь широкими катаболическими возможностями и уникальными ферментными системами, родококки могут деградировать разнообразные по химической структуре ксенобиотики (Bell et al. 1998; Larkin et al., 2005; Martinkovä et al., 2009). Эти особенности в сочетании со способностью выживать в неблагоприятных условиях среды делает представителей рода Rhodococcus перспективным при разработке биокатализаторов и биопрепаратов для биологических способов ремедиации загрязненных углеводородами объектов окружающей среды.

Род Rhodococcus включает аэробные, грамположительные, неподвижные, некислотоустойчивые, неспорообразующие актинобактерии, характеризующиеся морфологическим разнообразием (Ившина и др., 1987, Finnerty, 1992; Bell et al., 1998). Характерной особенностью представителей данного рода является сложный морфогенетический цикл развития: короткие палочковидные, нитевидные или ветвящиеся клетки - рудиментарный или хорошо развитый первичный мицелий - палочковидные и кокковидные клетки (Ившина, 1997). Фрагментация клеточного мицелия способствует увеличению отношения клеточной поверхности к общему объему клетки, что, в свою очередь, повышает способность родококков поглощать трудноусваиваемый гидрофобный субстрат (Ившина и др., 2007).

Трехстадийный цикл развития родококков является причиной появления разнообразных способов клеточной кооперации, выражающейся в слипании пептидогликановых слоев клеточной стенки, формировании пилевидных тяжей или шишковидных выростов на ее наружной поверхности. Это, в свою очередь, способствует установлению контакта клеток друг с другом, их удержанию

в колониях, адсорбции на поверхности капель гидрофобных субстратов и почвенных частиц, а также образованию на поверхности носителей биопленок, использующихся в биотехнологических процессах. Кроме того, кооперация клеток, являясь защитным механизмом, способствует их выживанию в условиях стресса (de Carvalho, Fonseca, 2005).

Несмотря на то, что многие микроорганизмы способны использовать углеводороды в качестве источника углерода и энергии, имея различные ферментные системы и метаболические пути их потребления, именно актинобактерии рода Rhodococcus считаются одной из самых перспективных групп, на основе которой создаются биокатализаторы и биопрепараты, использующиеся для биодеградации высокостабильных и токсичных для многих микроорганизмов углеводородов (алифатических, ароматических, полициклических), полихлорированных бифенилов, нитроароматических соединений, а также разнообразных гетероциклических веществ, нитриламинов и гербицидов (Пирог и др., 2005а; Карпенко и др., 2006; Плотникова, 2010; Prieto et al., 20026; Kuyukina et al., 2003; Ivshina et al., 2012).

Биодеструктирующие свойства бактерий рода Rhodococcus (взаимодействие с гидрофобными субстратами и окисление их широкого спектра) обусловлены наличием липофильной клеточной стенки, которая, с одной стороны, обладает высоким сродством к углеводородам и обеспечивает взаимодействие с ними, а, с другой, выполняет барьерную функцию для крупных молекул, в том числе антибиотиков. Липофильный характер клеточной стенке родококков придают миколовые кислоты, представленные длинными цепочками а-разветвленных Р-гидроксилированных жирных кислот (Коронелли, 1996; Bell et al., 1998). Так Коронелли и Калюжная (1983) показали, что при подавлении синтеза миколовых кислот бактерия теряет способность к окислению углеводородов. Благодаря миколовым кислотам и способности родококков изменять жирнокислотный состав мембранных липидов, меняется текучесть и проницаемость клеточной стенки, что, в свою очередь, приводит к приобретению устойчивости к действию химических веществ и способствует их деградации

(Sikkema et al., 1995; Martinkova et al., 2009; de Carvalho, 2010). Кроме того, гидрофобным характером клеточной стенки Коваленко с соавт. (2003; 2006) объясняют способность родококков к необратимой адсорбции на поверхности различных носителей.

Биодеструктирующие свойства родококков также связаны с их способностью продуцировать поверхностно-активные вещества

(биосурфактанты), которые эмульгируют и солюбилизируют гидрофобные углеводороды, улучшая их поступление в микробные клетки, а, следовательно, увеличивают эффективность деградации (Ившина и др., 1993; Пирог и др., 20056; Карпенко и др., 2006; Куюкина, 2006; Гоготов, Ходаков, 2008; Philp et al., 2002). Кроме того, синтезируемые родококками в углеводородов биосурфактанты проявляют свойства металлохелаторов и препятствуют поступлению тяжелых металлов внутрь клетки (Ившина и др., 2013). Поэтому включение продуцирующих биосурфактанты родококков в состав биопрепаратов, использующихся в биотехнологических процессах очистки нефтезагрязненных сред, является целесообразным.

Разнообразие катаболических путей, позволяющих родококкам метаболизировать широкий круг соединений, обусловлено большим размером их генома (около 5,6-8,0 Mb), который включает плазмиды - от маленьких кольцевых до больших линейных (табл. 1), на которых расположено большое число катаболических генов, а также генов устойчивости и вирулентности (Fetzner et al., 2007; Alvarez, 2010; Larkin et al., 2010). Следует отметить, что плазмиды, связанные со свойством патогенности и вирулентности, характерны только для представителей R. equi и R. fascians, у которых также описаны плазмиды с характерными для непатогенных родококков катаболическими функциями (Takai et al., 2000; Duquesne et al., 2010).

Характеристика плазмид актинобактерий рода Ккойососст

Штамм Плазмида Размер, п.н. Форма Свойства Источник

Я. согаШпт В-276 рЫСЮ 70000 линейная Деградация трихролэтена 8аек1 е/я/., 1999

рИС20 85000 линейная

рМСЗО 185000 линейная Деградация пропилена, алкенмонооксигеназы деградации трихлорэтана

рИС40 235000 линейная Деградация трихролэтана

Я. едш рУАРВ1593 79251 кольцевая Вирулентные свойства Ь^ек а/., 2008

рУАРАМВЕПб (рУАРАПб) 83100 кольцевая Деградация ароматических соединений,вирулентные свойства ОициеБпе а1., 2010

Я. едш АТСС33701 рЯЕАТ701 80610 кольцевая Вирулентные свойства Така1 е/я/., 2000

Я. егуйлгороИъ рВ02 210205 линейная Деградация изопропилбензола, бифенилов, соокисление трихлорэтана, устойчивость к мышьяку и ртути 81ескег е? а1., 2003

Я. егуЖгороШ рТА421 5000 линейная Деградация бифенилов Ре12пег е/ а1., 2007

Штамм Плазмида Размер, п.н. Форма Свойства Источник

Л. егуИ^гороШ РЯ4 рЯЕС1 104014 кольцевая Деградация алканов, уЗ-окисление жирных кислот Ре1гпег а1., 2007

рЯЕС2 3637 кольцевая Устойчивость к металлам

рЯЕЫ 271577 линейная Деградация алканов, устойчивость к металлам

Я. /аБЫат Б188 рР1Б188 3027 линейная Синтез трансмембранного гидрофобного белка, осуществляющего эффлюкс хлорамфеникола из клетки, устойчивость к кадмию, фитопатогенность Б^гпег & а1., 2007

Я. globerulus Р6 рЬРб 650000 линейная Деградация бифенилов Ре1гпег ^ а1., 2007

р8Р6 360000 линейная

К^обШ ГШД1 рЯНЫ 1123075 линейная Деградация бифенилов и этилбензола, тетрафталата и фталата МсЬеос! е/ а1., 2006

рЯНЬ2 442536 линейная Деградация бифенилов и этилбензола

Штамм Плазмида Размер, п.н. Форма Свойства Источник

Я.]ОБШ ЬША1 рЯНЬЗ 332361 линейная Гены деградации ароматического кольца МсЬеоё е? а1., 2006

Я. ораст 1СР р1СР 74000 линейная Деградация 4-хлор-3,5-трихлоркатехола, 3-хлоркатехола, малилацетатредуктаза Ре12пег е/ а1., 2007

Я. ораст В 4 рКШ 111160 кольцевая Деградация бензола, бензоата, фенола, 4-нитрофенола, 4-гидроксибензоата, катехола № ег а1., 2005

рКШШ 4367 кольцевая

рК№102 2773 кольцевая Деградация протокатехола, фенилацетата, нафталина, никотина, трикарбамида

рЯОВ01 558192 линейная Деградация гербицидов, тиоцианата

рЮВ02 244997 линейная

Я. орасш М213 рШ01 75000 линейная Метаболизм ароматических соединении: катехол-2,3-диоксигеназа Ре1гпег et а1., 2007

рШ02 200000300000 линейная

Штамм Плазмида Размер, п.н. Форма Свойства Источник

Я. гкоЛ-оскгот ИОМЕН 3064 рМЪ1 10000 кольцевая Деградация галогеналканов Ки1акоуа а1., 1995

ЯкоЛососсия Бр. В264-1 рВ264 4970 кольцевая Плазмида, обладающая чувствительностью к температуре ЬеББагс! е/ а/., 2004

ЯЪ,ос1ососст Бр. ШЛ1 рБК1 380000 линейная Гены кодирующие оксигеназы начального этапа расщепления и диоксигеназы мета-расщепления кольца Ют г* а/., 2002

рБК2 330000 линейная Деградация алкилбензола, тетрафталата и фталата

рБКЗ 750000 линейная Деградация тетрафталата и фталата

Якойососст Бр. ЖЛМВ 12038 р2БЫ 380000 линейная Метаболизм нафталина Б^гпег е1 а1., 2007

Я. гиЪег Р-Н-123-1 рЫС903 2386 кольцевая Устойчивость к канамицину Ма1БШ е/ а/., 2006

На обнаруженных у представителей рода Rhodococcus плазмидах расположены также гены устойчивости к антибиотикам и тяжелым металлам (Dabbs, Sole, 1988; Stecker et al., 2003). Отмечено, что плазмиды могут служить своеобразным маркером экологической приуроченности родококков и представителей других родов актинобактерий (Leahy, Colwell, 1990). Так, показано, что плазмиды резистентности к антибиотикам и тяжелым металлам часто и с высокой степенью копийности встречаются у представителей почвенных и водных биотопов загрязненных нефтью и нефтепродуктами (Ившина и др., 1981).

t

Способность актинобактерий рода Rhodococcus приобретать новые ферментные активности и метаболические свойства, во многом объясняется высокой частотой рекомбинаций, инверсиями и дупликациями генов (van Hamme et al., 2003; van der Geize, Dijkhuizen, 2004; Larkin et al., 2006; Heuer, Smalla, 2012). Расширению деградационного потенциала и повышению адаптивных свойств родококков, способствует и то, что плазмиды биодеградации являются конъюгативными, а значит, способны к горизонтальному переносу между бактериальными клетками (Fetzner et al., 2007; Larkin et al., 2010). Последний является ключевым фактором появления новых катаболических путей, необходимых для эффективной деградации ксенобиотиков и повышения эффективности процессов очистки, а также обеспечения родококков дополнительными источниками углерода и энергии. К настоящему времени описана передача генов катаболизма галогеналканов, алкенов, бифенилов и нафталина между различными штаммами родококков (Kulakov et al., 2005). Кроме того, ключевые катаболические гены представлены в геноме родококков несколькими копиями, что также имеет немаловажное значение для поддержания катаболической активности (Larkin et al., 2010).

Для представителей рода Rhodococcus характерно наличие генных кластеров, включающих хромосомы и несколько плазмид или только палазмиды, между которыми рассредоточены гены деградации, что также

является важным фактором катаболического разнообразия и универсальности (van der Geize, Dijkhuizen, 2004; Larkin et al., 2006). Так у штамма R. jostii RHA1 гены деградации полихлорированных бифенилов и других ароматических соединений рассредоточены между четырьмя репликонами: линейной хромосомой и тремя линейными плазмидами pRHLl, pRHL и pRHL3 (McLeod et al., 2006). Кроме того, к настоящему времени у R. jostii RHA1 описаны генные кластеры, кодирующие тауринпируватамидотрансферазы и аланиндегидрогеназы, а также гены, контролирующие катаболизм таурина, роль которых подтверждена экспериментально (Larkin et al., 2006). Генные кластеры, отвечающие за деградацию фталатов и тетрафталатов, расщепление ароматического кольца, описаны для Rhodococcus sp. DK17 (Kim et al., 2002).

Большинство линейных плазмид, описанных у представителей рода Rhodococcus, связаны с генами катаболизма алканов или деградации ароматических соединений, например, нафталина, бифенилов или алкинбензолов, а также толуола (Fetzner et al., 2007; Larkin et al., 2010). Некоторые родококки (R. aetherivorans 124, R. erythropolis PR4, R. opacus MR 11, R. opacus B4), содержат как большие линейные, так и кольцевые плазмиды. Однако, следует отметить, что не всегда катаболические гены расположены на плазмидах. Так Grund с соавт. (1992) заметили, что у Rhodococcus sp. В4 гены трансформации нафталина находятся на хромосоме, а не на плазмиде. Это, в свою очередь, подтверждает значение переноса генов и генетической рекомбинации в формировании разнообразных метаболических путей у представителей данного рода. Криптические плазмиды родококков используются для создания селективных шаттл-векторов между представителями рода Rhodococcus, а также между родококками и представителями других родов бактерий (Singer, Finnerty, 1988; Matsui et al., 2006). Некоторые из них нашли свое применение в метаболической инженерии (Kostichka et al., 2003).

К настоящему моменту установлено, что использование плазмидсодержащих штаммов способствует интенсификации процессов очистки нефтезагрязненных сред за счет передачи плазмид и генов биодеградации, что ведет к увеличению числа клеток, содержащих плазмиды, и расширению спектра утилизируемых субстратов.

1.1. Механизмы окисления алифатических углеводородов. Окисление углеводородных субстратов происходит внутри бактериальных клеток, что определяет необходимость специфического способа их переноса в клетку (Ившина, 1987). Транспорт углеводородов у родококков идет в два этапа (Рачинский и др., 1971). На первом этапе происходит пассивная диффузия «-алканов через всю поверхность клеточной стенки до цитоплазматической мембраны, где они могут накапливаться и удерживаться без изменения структуры (Коронелли, 1996). Основную роль в поглощении жидких углеводородов на этом этапе играют образующие клеточную стенку липиды и миколовые кислоты, которые обуславливают непосредственный контакт углеводородного субстрата с клетками родококков. На втором этапе происходит активный транспорт углеводорода через цитоплазматическую мембрану с последующим их растворением в ее липидах. Ферментные системы, ответственные за окисление углеводородов, локализованы в мембранных структурах клеток или цитоплазме (Рачинский и др., 1971).

К настоящему времени изучены и описаны три пути окисления алканов бактериальными клетками (Ившина, 1987; Жуков и др., 2006):

(1) монотерминальное окисление метальной группы н-алкана с образованием первичного спирта, альдегида и монокарбоновой кислоты;

(2) субтерминальное окисление с последовательным образованием вторичного спирта и соответствующего метилкетона и (3) дитерминальное окисление, при котором одновременно или последовательно окисляются терминальные метальные группы н-алкана с последующим образованием жирных дикарбоновых кислот, по числу атомов углерода соответствующих исходному углеводороду. Следует отметить, что актинобактерии рода

Кко(1ососсш способны окислять алканы всем вышеописанным путям, однако наиболее распространенным является монотерминальное окисление.

При монотерминальном окислении концевая метальная группа посредством монооксигеназ окисляется до первичного спирта (Ившина, 1987). Ферментные системы, участвующие в оксигенировании субстрата, зависят от длины углеводородной цепи: СГС5 алканы окисляются растворимыми или мембрансвязанными метанмонооксигеназами; С5-С16 алканы - алкангидроксилазными системами, содержащими негемовое железо или цитохром Р450 монооксигеназами; алканы, содержащие более 17 атомов углерода - диоксигеназами (Пирог и др., 2010). Окисление н-гексадекана у представителей рода Югоскососст происходит с участием трехкомпонентного алкангидроксилазного комплекса, состоящего из растворимых НАДН- рубредоксинредуктаз и рубредоксина, а также мембрансвязанной монооксигеназы, или алкангидроксилазы.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Серебренникова, Марина Константиновна, 2014 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Алканотрофные родококки как катализаторы процесса биодеструкции непригодных к использованию лекарственных средств / И.Б. Ившина, М.И. Рычкова, Е.В. Вихарева [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. - 2006. - Т. 42, № 4. - С. 443-447.

2. Бактерии рода Rhodococcus грунтовых вод района нефтяных месторождений Пермского Предуралья / И.Б. Ившина [и др.] // Микробиология. - 1981. - Т. 50, Вып. 4. - С. 709-717.

3. Биотехнология / Под. ред Н.С. Егорова, A.B. Олескин. Кн. 1: Проблемы и перспективы / Н.С. Егорова, A.B. Олескин, В.Д. Самуилов. -М.:ВШ., 1987.- 159 с.

4. Бирюков, В.В., Барбот, B.C. Основные направления разработки аппаратуры для биосинтеза микробных метаболитов иммобилизованными клетками аэробных микроорганизмов: сб. науч. трудов «Иммобилизованные клетки в биотехнологии». -Пущино, 1987. - С. 163-173.

5. Взаимосвязь кинетики роста и дыхания у родококков в присутствии высоких концентраций солей / В.К. Плакунов [и др.] // Микробиология. - 1999. -Т. 68, № 1. - С. 40-44.

6. Влияние катаболических плазмид на физиологические параметры бактерий рода Pseudomonas на эффективность биодеградации нефти / A.A. Ветрова [и др.] // Микробиология. - 2007. - Т. 76, № 3. - С. 354-360.

7. Влияние состава клеточных липидов на формирование неспецифической антибиотикорезистентности алканотрофных родококков / М.С. Куюкина, И.Б. Ившина, М.И. Рычкова, О.Б. Чумаков // Микробиология. - 2000. - Т. 69, № 1. - С. 62-69.

8. Гвоздяк, П.И. Иммобилизованные микроорганизмы в очистке сточных вод от ксенобиотиков: сб. науч. трудов «Иммобилизованные клетки в биотехнологии». - Пущино, 1987. - С. 57-61.

9. Гоготов, И.Н. Образование поверхностно-активных веществ бактерией Rhodococcus erythropolis SH-5 при росте на разных источниках

углерода / И.Н. Гоготов, P.C. Ходаков // Прикладная биохимия и микробиология. - 2008. - Т. 44, № 2. - С. 207-212.

10. Гостев, В.В. Антибиотикорезистентность микрофлоры ран открытых переломов (II сообщение) / В.В. Гостев, З.С. Науменко, И.И. Мартель // Травматология и ортопедия России. - 2010. - Т. 55, №1. — С. 33-37.

11. Деградация 2,4-динитрофенола свободными и иммобилизованными клетками Rhodococcus erythropolis HL РМ-1 / А.Е. Китова [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. - 2004. - Т. 40, № З.-С. 307-311.

12. Деградация фенантрена и антрацена бактериями рода Rhodococcus / H.A. Ленева [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. - 2009. - Т. 45, № 2. - С. 188-194.

13. Евтушенков А.Н. Введение в биотехнологию: курс лекций / А.Н. Евтушенков, Ю.К. Фомичев. - Мн.: БГУ, 2002. - 105 с.

14. Егоров, Н.С. Биосинтез биологически активных веществ иммобилизованными клетками микроорганизмов / Н.С. Егоров, Н.С. Ландау, Е.А. Борман // Прикладная биохимия и микробиология. - 1984. - Т.20, № 5. -С. 579-592.

15. Егорова, Т.А. Основы биотехнологии: учеб. пособие для вузов по специальности «Биология» / Т.А. Егорова, С.М. Клунова, Е.А. Живухина. - М.: Академия, 2003. - 208 с.

16. Елькин, A.A. Окислительная биотрансформация тиоанизола клетками Rhodococcus rhodochrous ИЭГМ 66 / A.A. Елькин, В.В. Гришко, И.Б. Ившина // Прикладная биохимия и микробиология. - 2010. - Т. 46, №6,-С. 637-643.

17. Ефременко, E.H. Влияние длительного хранения клеток микроорганизмов, иммобилизованных в криогель поливинилового спирта, на их выживаемость и биосинтез целевых метаболитов / E.H. Ефременко, Н.Ю. Татаринова. - Микробиология. - 2007. - Т.76, № 3. - С. 383-389.

18. Ефременко, E.H. / Гетерогенные биокатализаторы на основе иммобилизованных клеток микроорганизмов: фундаментальные и прикладные аспекты: автореф. дис.... д-ра. биол. наук : 03.00.02, 03.00.23 / Ефременко Елена Николаевна. - М., 2009. - 53 с.

19. Жуков, Д.В. Механизмы деградации углеводородов нефти микроорганизмами / Д.В. Жуков, В.П. Мурыгина, C.B. Калюжный // Успехи современной биологии. - 2006. - Т. 126, № 3. - С. 285-296.

20. Жуков, Д.В. Кинетические закономерности биодеградации алифатических углеводородов бактериями Rhodococcus ruber и Rhodococcus erythropolis / Д.В. Жуков, В.П. Мурыгина, C.B. Калюжный // Прикладная биохимия и микробиология. - 2007. - Т. 43. - № 6. - С. 657-663.

21. Жукова, О.В. Взаимодействие микроорганизмов с твердыми поверхностями - сорбентами при снятии локального нефтяного загрязнения / О.В. Жукова, Н.В. Морозов // Вестник ТГГПУ. - 2010. - Т. 21, № 3 -С. 99-106.

22. Зайцева, Е.А. Изучение биокатализаторов и возможностей их практического использования в рамках Федеральной целевой научно-технической программы России «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники» / Е.А. Зайцева, Т.А. Осипова // Вестн. Моск. ун-та. сер. 2. Химия. - 2006. - Т. 47, № 1. -С. 4-14.

23. Звягинцев, Д.Г. Взаимодействие микроорганизмов с твердыми поверхностями / Д.Г. Звягинцев. - М.: Изд-во МГУ, 1973. - 176 с.

24. Звягинцев, Д.Г. Почва и микроорганизмы / Д.Г. Звягинцев. -М.: Изд-во МГУ, 1987. - 255 с.

25. Ившина, И.Б. Пропанокисляющие родококки / И.Б. Ившина, P.A. Пшеничнов, A.A. Оборин. - Свердловск: УНЦ АН СССР, 1987. - 125 с.

26. Ившина, И.Б. Антибиотикочувствительность родококков, культивируемых на разных средах / И.Б. Ившина, Т.Н. Каменских, Г.И. Козырева // Факторы и механизмы регуляции развития бактериальных

попуяций: Труды / УрО РАН. Ин-т экологии и генетики

микроорганизмов. - Свердловск: УНЦ АН СССР, 1990. - С. 92-98.

27. Ившина, И.Б. Экологические аспекты использования родококков - новых продуцентов биосурфактантов / И.Б. Ившина, М.С. Куюкина, М.И Рычкова // Экологическая безопасность зон градопромышленных агломераций Западного Урала. - Пермь, 1993. - С. 29-30.

28. Ившина, И.Б. Бактерии рода Rhodococcus (иммунодиагностика, детекция, биоразнообразие) : дис. ... д-ра биол. наук : 03.00.07 / Ившина Ирина Борисовна. - Пермь, 1997. - 197 с.

29. Ившина, И.Б. Селективное выделение пропанокисляющих родококков с использованием антибиотических веществ / И.Б. Ившина, М.С. Куюкина // Микробиология. - 1997. - Т. 66, № 4. - С. 494-500.

30. Ившина, И.Б. Адаптационные механизмы выживания алканотрофных родококков, реализованные в неблагоприятных условиях среды / И.Б.Ившина, Т.Н. Каменских, Б.А. Анохин // Вестник Пермского университета. - 2007. - Вып. 5 (10). - С. 107-112.

31. Ившина, И.Б. Адаптационные механизмы неспецифической устойчивости алканотрофных актинобактерий к ионам тяжелых металлов / И.Б. Ившина, М.С. Куюкина, JI.B. Костина // Экология. - 2013. - № 2. -С.115-123.

32. Ильина, Т.С. Биопленки как способ существования бактерий в окружающей среде и организме хозяина: феномен, генетический контроль и системы регуляции их развития / Т.С. Ильина, М.Ю. Романова,

A. Л. Гинцбург//Генетика. - 2004. - Т. 40, № 11.-С. 1445-1456.

33. Илялетдинов, А.Н., Алиева, P.M. Микробиологическая очистка промышленных сточных вод иммобилизованными клетками микроорганизмов-деструкторов: сб. науч. трудов «Иммобилизованные клетки в биотехнологии». - Пущино, 1987. - С. 62-71.

34. Иммобилизация клеток метанокисляющих бактерий /

B.И. Карпенко [и др.] // Микробиология. - 1980. - Т. 49, Вып. 3. - С. 479-484.

35. Иммобилизация уксуснокислых бактерий на углеродных волокнах и использование их для трансформации тиодигликоля / Н.Г.Медведева [и др.] // Биотехнология. - 2001. - № 5. -С. 51-57.

36. Иммобилизованные клетки микроорганизмов / А.П. Синицын, Е.И. Райнина, В.И. Лозинский, С.Д. Спасов. - М.: Изд-во МГУ, 1994. - 288 с.

37. Использование иммобилизованных на керамзите клеток нефтеокисляющих микроорганизмов для очистки воды от нефти / Т.П. Пирог [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. - 2005а. - Т. 41. - № 1. -С. 58-63.

38. Касаткин, А.Г. Основные процессы и аппараты химической технологии. - М.: Химия, 1973. - 750 с.

39. Кейтс, М. Техника липидологии. Выделение, анализ и идентификация липидов. - М.: Мир, 1975. - 324 с.

40. Коваленко, Г.А. Углеродные материалы как адсорбенты для биологически активных веществ и бактериальных клеток / Г.А. Коваленко, В.А. Семиколенов, Е.В. Кузнецова // Коллоидный журнал. — 1999. - Т. 61, № 6. - С. 787-795.

41. Коронелли, Т.В. Изменение ультраструктуры клеток сапротрофных микобактерий под влиянием изониазида / Т.В. Коронелли, Т.В. Калюжная // Микробиология. - 1983. - Т. 52, Вып. 2. - С. 278-281.

42. Коронелли, Т.В. Поверхностно-активные свойства некоторых штаммов углеводородокисляющих бактерий / Т.В. Коронелли, С.Г. Юферова// Вестн. Моск. ун-та. Сер. 16. Биология. - 1990. - № 1. -С. 14-18.

43. Коронелли, Т.В. Принципы и методы интенсификации биологического разрушения углеводородов в окружающей среде (обзор) / Т.В. Коронелли // Прикладная биохимия и микробиология. - 1996. - Т. 32, №6.-С. 579-585.

44. Кощеенко, К.А., Суходольская Г.В. Иммобилизация клеток микроорганизмов: сб. науч. трудов «Иммобилизованные клетки в биотехнологии». -Пущино, 1987. - С. 4-15.

45. Криворучко, A.B. Адсорбционная иммобилизация клеток алканотрофных родококков : дис. ... к-та биол. наук : 03.00.07 / Криворучко Анастасия Владимировна. - Пермь, 2008. - 174 с.

46. Куюкина, М.С. Биосурфактанты актинобактерий рода Rhodococcus: индуцированный биосинтез, свойства, применение: дис. ... д-ра биол. наук : 03.00.07 / Куюкина Мария Станиславовна. - Пермь, 2006. -295 с.

47. Лейкин, Ю.А. Саморегенерирующиеся сорбенты для очистки воды от нефтяных углеводородов / Ю.А. Лейкин, Т.А. Черкасова, H.A. Смагина // Сорбционные и хроматографические процессы. - 2008. -Т. 8, Вып. 4. - С. 585-599.

48. Лейкин, Ю.А. Вермикулитовый сорбент для очистки воды от нефтяных углеводородов / Ю.А. Лейкин, Т.А. Черкасова, H.A. Смагина // Сорбционные и хроматографические процессы. - 2009. - Т. 9, Вып. 1. -С. 104-117.

49. Леонов, A.B. Анализ условий трансформации нефтяных углеводородов в морских водах и моделирование процесса в заливе Анива / A.B. Леонов, В.М. Пищальник // Качество и охрана вод, экологические аспекты. - 2005. - Т. 32, № 6. - С. 712-726.

50. Махлин, В.А. Разработка и анализ гетерогенно-каталитических процессов и реакторов / В.А. Махлин // Теоретические основы химической технологии. - 2009. - Т. 43, № 3. - с. 261-275.

51. Методические указания по определению чувствительности микроорганизмов к антибиотикам методом диффузии в агар с использованием дисков. - М.: Мин. здрав. СССР, 1983. - 16 с.

52. Микробная трансформация фенантрена и антарцена / М.А. Бабошин [и др.] // Микробиология. - 2005. - Т. 73, № 3. - С. 357-364.

53. Молекулярная генетика: учеб.-метод, пособие / под. ред. C.B. Боронниковой. - Пермь: Перм. ун-т., 2007. - 150 с.

54. Нестеренко, O.A. Нокардиоподобные и коринеподобные бактерии. / O.A. Нестеренко, Е.И. Квасников, Т.М. Ногина. - Киев.: Наукова думка, 1985. - 336 с.

55. Нефтеокисляющий штамм Rhodococcus erythropolis В2 как основа создания биопрепарата для ликвидации углеводородных загрязнений и рекультивации земель [Электронный ресурс] / Э.В. Карасева [и др.] // Политематический сетевой электронный научный журнал Кубанского государственного аграрного университета (Научный журнал КубГАУ). -2012. - Т. 83, № 9. - Режим доступа: http://ej.kubagro.ru/2012/09/pdf/34.pdf. [26.03.2013]

56. Николаев, Ю.А. Внеклеточные факторы адаптации бактерий к неблагоприятным условиям среды / Ю.А. Николаев // Прикладная биохимия и микробиология. - 2004. - Т. 40, № 4. - С. 387-397.

57. Николаев, Ю.А. Биопленка - "город микробов" или аналог многоклеточного организма? / Ю.А. Николаев, В.К. Плакунов // Микробиология. - 2007. - Т. 76, № 2. - С. 149-163.

58. Образование поверхностно-активных веществ при росте штамма Rhodococcus erythropolis ЭК-1 на гидрофильных и гидрофобных субстратах / Т.П. Пирог [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. - 20056. - Т. 40, № 5.-С. 544-550.

59. Оценка эффективности литического действия пептидогликангидролаз на основе дыхательной активности клеток тест-культуры / Н.В. Зырина [и др.] // Вестник биотехнология. - 2008. -Т. 4, №2.-С. 5-11.

60. Пат. 2023686 Российская Федерация, МПК7 C02F3/34, Е02В15/04, С12Р39/00. Консорциум микроорганизмов Rhodococcus sp., Rhodococcus maris, Rhodococcus erythropolis, Pseudomonas stutzeri, Candida sp., используемый для очистки почвенных и солоноватоводных экосистем

от загрязнения нефтепродуктами / Борзенков И.А., [и др.]; заявитель и патентообладатель Научно-производственное объединение

«Биотехинвест». -N 5031873/13; заявл. 13.04.1992; опубл. 30.11.1994.

61. Пат. 2053205 Российская Федерация, МПК7 C02F3/34, C09K3/32, В09С1/10, В09С101:00. Биопрепарат для очистки почвы и воды от нефти и нефтепродуктов / Белонин М.Д., [и др.]; заявитель и патентообладатель Всеросс. нефтяной научн. исслед. геологоразведочный ин-т. - N 94034274/13; заявл. 29.09.1994; опубл. 27.01.1996.

62. Пат. 2143947 Российская Федерация, МПК7 B01J20/16, B01J20/00, C02F3/34, В09С1/08, В09С1/10. Сорбент для очистки природных вод и почвы от нефтяных загрязнений «Москат» / Ладыгин A.B.; заявитель и патентообладатель Общество с ограниченной ответственностью «Адекватные технологии». - N 99116475/12; заявл. 05.08.1999; опубл. 10.01.2000.

63. Пат. 2191752 Российская Федерация, МПК7 C02F3/34, В09С1/10, C12N1/26, C12N1/26, C12R1:01, C12N1/26, C12R1:32. Биопрепарат для очистки воды и почвы от нефти и нефтепродуктов / Холоденко В.П., [и др.]; заявитель и патентообладатель Государственный научный центр прикладной микробиологии. - N 99120413/13; заявл. 27.09.1999; опубл. 27.10.2002.

64. Пат. 2193533 Российская Федерация, МПК7 C02F3/34, В09С1/10. Биопрепарат для очистки воды и почвы от нефти и нефтепродуктов / Чугунов В.А., [и др.]; заявитель и патентообладатель Государственный научный центр прикладной микробиологии. -N99120414/13; заявл. 27.12.1999; опубл. 27.11.2002.

65. Пат. 2365438 Российская Федерация, МПК7 В09С 1/10, C02F 3/34, C12N 1/26. Биопрепарат для очистки почвы и воды от нефти и нефтепродуктов / Карасева Э.В., [и др.]; заявитель и патентообладатель Государственное образовательное учреждение высшего профессионального

образования «Кубанский государственный университет». -

N 2006121832/13; заявл. 21.06.2006; опубл. 27.08.2009.

66. Пат. 2384616 Российская Федерация, МПК7 C12N1/26, C02F3/34, В09С1/10. Консорциум штаммов микроорганизмов для очистки окружающей среды от углеводородов / Самсонов P.O., [и др.]; заявитель и патентообладатель Общество с ограниченной ответственностью «Научн. исслед. ин-т природных газов и газовых технологий - Газпром ВНИИГАЗ». -N2008109565/13; заявл. 12.03.2008; опубл. 20.03.2010.

67. Пат. 2395583 Российская Федерация, МПК7 C12Q1/68, C12Q1/25, C12Q1/04. Способ детекции микроорганизма и набор для детекции микроорганизма / Соедзима Т.,. Синити Е; заявитель и патентообладатель Моринага Милк Индастри Ко. - N. 2007149047/13; заявл. 17.02.2006; опубл. 27.07.2010.

68. Перспектива использования бактерий рода Rhodococcus и микробных поверхностно-активных веществ для деградации нефтяных загрязнений / Е.В. Карпенко [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. - 2006. - Т. 42, № 2. - С. 175-179.

69. Пирог, Т.П. Интенсификация синтеза поверхностно-активных веществ при культивировании Rhodococcus erythropolis ЭК-1 на гексадекане / Т.П. Пирог, Т.А. Шевчук, Ю.А. Клименко // Прикладная биохимия и микробиология. - 2010. - Т. 46, № 6. - С. 651-658.

70. Плакунов, В.К. Микробные биопленки: перспективы использования при очистке сточных вод / В.К. Плакунов, Ю.А. Николаев // Вода: Химия и экология. - 2008. - № 2. - С. 11-13.

71. Плешакова, Е.В. Интродукция нефтеокисляющих микроорганизмов в загрязненную почву: проблемы и перспективы / Е.В. Плешакова, Е.В. Дубровская, О.В. Турковская // Микроорганизмы и биосфера: Мат. Международной научной конференции. - Москва, 2007. -С. 97-98.

72. Плотникова, Е.Г. Бактерии-деструкторы ароматических углеводородов и их хлорпроизводных: разнообразие, особенности метаболизма, функциональная геномика : дис. д-ра биол. наук : 03.02.03 / Плотникова Елена Генриховна. - Пермь, 2010. - 330 с.

73. Разработка технологии очистки сточной воды с использованием иммобилизованной микрофлоры / Н.В. Кобызева [и др.] // Вестник ОГУ. -2009.-№ 1.-С. 104-107.

74. Рачинский, В.В. Локализация окисления н-парафинов дрожжами / В.В. Рачинский, Е.Г. Давидова, А.И. Лопатышкина // ДАН СССР. - 1971. -Т. 200, № 2. - С. 457-460.

75. Респираторная активность бактерии Acinetobacter calcoaceticus ТМ-31 при ассимиляции алкановых углеводородов / О.В. Игнатов [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. - 2000. - Т. 36, № 5. - С. 555-558.

76. Рубцова, Е.В. Адгезия клеток родококков к жидким углеводородам и их производным : дис. ... к-та биол. наук : 03.02.03 / Рубцова Екатерина Владиславовна. - Пермь, 2011. - 188 с.

77. Рубцова, Е.В. Влияние условий культивирования на адгезивную активность родококков в отношении н-гексадекана / Е.В. Рубцова, М.С. Куюкина, И.Б. Ившина // Прикладная биохимия и микробиология. -2012. - Т. 48, № 5. - С. 501-509.

78. Рымовская, М.В. Биосорбционная очистка сточной воды производства полимеров / М.В. Рымовская, Н.С. Ручай // Биотехнология. -2008.-№2.-С. 51-58.

79. Сироткин, A.C. Агрегация микроорганизмов: флоккулы, биопленки, микрбные гранулы / A.C. Сироткин, Г.И. Шагинурова, К.Г. Ипполитов. - Казань: Изд-во «Фон» АН РТ, 2007. - 160 с.

80. Справочник биохимика / Р. Досон, Д. Эллиот, У. Эллиот, К. Джонс. - М.: Мир, 1991. - 544 с.

81. Структурно- функциональная характеристика бактериальных биопленок / Т.А. Смирнова [и др.] // Микробиология. - 2010. -Т. 79, №4.-С. 435-446.

82. Углеродсодержащие макроструктурированные керамические носители для адсорбционной иммобилизации ферментов и микроорганизмов. III. Биокаталитические свойства адсорбированной инвертазы / Г.А. Коваленко [и др.] // Биотехнология. - 2003. - № 4. - С. 52-62.

83. Углеродсодержащие макроструктурированные керамические носители для адсорбционной иммобилизации ферментов и микроорганизмов. 5. Адсорбционная иммобилизация нерастущих клеток дрожжей и растущих клеток алканотрофных родококков / Г.А. Коваленко, JI.B. Перминова, Т.В. Чуенко, И.Б. Ившина, М.С. Куюкина, М.И. Рычкова [и др.] // Биотехнология. - 2006. - № 1. - С. 76-83.

84. Утилизация нефти в почве и воде микробными клетками / Л.Ф. Суржко [и др.] // Микробиология. - 1995. - Т. 64, № 3. - С. 393-398.

85. Физико-химические основы иммобилизации клеток методом сорбции (Обзор) / Е.И. Козляк [и др.] // Прикладная биохимия и микробиология. - 1991. - Т. 27, Вып. 6. - С. 788-801.

86. Фомина Л.И., Филатова Л.Б., Волкова М.А. Генно-инженерные подходы к конструированию челночного вектора для Rhodococcus spp. : сб. научн. трудов ИЭГМ УрО АН СССР «Физиология и биохимия микроорганизмов». - Екатеринбург: УрО РАН, 1992. - С. 69-75.

87. Юдин, И.П. Современные подходы к оценке жизнеспособности бактерий с акцентом на феномене некультурабельности / И.П. Юдин // Труды / Института микробиологии и иммунологии им. И.И. Мечникова АМН Украины. - 2007. - №3. - С. 8-15.

88. "Biofilmology": a multidisciplinary review of the study of microbial biofilms / E. Karunakaran [et al.] II Applied Microbiology and Biotechnology. -2011. - V. 90, N. 6.-P. 1869-1881.

89. A small cryptic plasmid from Rhodococcus erythropolis: characterization and utility for gene expression / K. Kostichka [et al.] II Applied Microbiology and Biotechnology.-2003,-V. 62, N. l.-P. 61-68.

90. A three-dimensional numerical study on the correlation of spatial structure, hydrodynamic conditions, and mass transfer and conversion in bioflms / H.J. Eberl [et al.] II Chemical Engineering Science. - 2000. - V. 55, N. 24. -P. 6209-6222.

91. Abed, R.M. Bacterial diversity of a cyanobacterial mat degrading petroleum compounds at elevated salinities and temperatures / R.M. Abed, A. Al-Thukair, D. de Beer// FEMS Microbiology Ecology. - 2006. - V. 57, N. 2.-P. 290-301.

92. Alkanotrophic Rhodococcus ruber as a biosurfactant producer / J.C. Philp, M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina [et al.] II Applied Microbiology and Biotechnology.-2002.-V. 59, N. 2-3.-P. 318-324.

93. Alvarez, M.H. Central metabolism of species of the genus Rhodococcus / M.H. Alvarez // Biology of Rhodococcus / Ed. H.M. Alvarez. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2010. - P. 91-108.

94. Anaerobic biodégradation of diesel fuel-contaminated wastewater in a fluidized bed reactor / M.A. Cuenca [et al.] II Bioprocess and Biosystems Engineering. - 2006. - V. 29, N. 1. - P. 29-37.

95. Analysis of plasmid diversity in 96 Rhodococcus equi strains isolated in Normandy (France) and sequencing of the 87-kb type I virulence plasmid / F. Duquesne [et al.] H FEMS Microbiology Letters. - 2010. - V. 311, N. 1. -P. 76-81.

96. Aromatic hydrocarbons removal by immobilized bacteria (Pseudomonas sp., Staphylococcus sp.) in fluidized bed bioreactor / J. Taoufik [et al] II Annals of Microbiology. - 2004. - V. 54, N. 2. - 189-200.

97. Bacterial Adhesion under Static and Dynamic Conditions / H.H.M. Rijnaarts [et al.] II Applied and Environmental Microbiology. - 1993. -V. 59, N. 10. - P. 3255-3265.

98. Beyenal, H. Dynamics of lead immobilization in sulfate reducing biofilms / H. Beyenal, Z. Lewandowski // Water Research. - 2004. - V. 38, N. 11. - P. 2726-2736.

99. Biodégradation of crude oil across a wide range of salinities by an extremely halotolerant bacterial consortium MPD-M, immobilized onto polypropylene fibers / M.P. Diaz [et al.] II Biotechnology and Bioengineering. -2002. - V. 79, N. 2. - P.145-153.

100. Biodégradation of drotaverine hydrochloride by free and immobilized cell of Rhodococcus rhodochrous IEGM 608 / I.B. Ivshina, E.V. Vikhareva, M.I. Richkova, A.N. Mukhutdinova [et al.] II World Journal of Microbiology and Biotechnology. - 2012. - V. 28, N. 10 - P. 2997-3006.

101. Biodégradation of Hydrocarbon Contamination by Immobilized Bacterial Cells / R.N. Rahman [et al] II Journal of Microbiology. - 2006. - V. 44, N. 3.-P. 354-359.

102. Biodégradation of hydrocarbons in soil by microbial consortium / F.M. Ghazali [et al.] II International Biodeterioration & Biodégradation. - 2004. -V. 54,N. l.-P. 61-67.

103. Biodégradation of MTBE and BTEX in an aerobic fluidized bed reactor / A. Pruden [et al] // Water Science and Technology. - 2003. - V. 47, N. 9.-P. 123-128.

104. Biodégradation of phenol in synthetic and industrial wastewater by Rhodococcus erythropolis UPV-1 immobilized in an air-stirred reactor with clarifier / M.B. Prieto [et al] H Applied Microbiology and Biotechnology. -2002a. - V. 58, N. 6. - P. 853-859.

105. Biodegradation of phenolic industrial wastewater in a fluidized bed bioreactor with immobilized cells of Pseudomonas putida / G. González [et al.] II Bioresource Technology. - 2001. - V. 80, N. 2. - P. 137-142.

106. Biodegradation potential of the genus Rhodococcus / L. Martínková [et al.] //Environment International.-2009.-V. 35, N. l.-P. 162-177.

107. Biofilm microbial community of a thermophilic trickling biofilter used for continuous biohydrogen production / Y. Ahn [et al.] II FEMS Microbiology Letters.-2005.-V. 249, N. l.-P. 31-38.

108. Biofilm reactors for industrial bioconversion processes: employing potential of enhanced reaction rates / N. Qureshi [et al.] II Microbial Cell Factories. -2005.-N. 25.-P. 4-24.

109. Bioremediation of crude oil-contaminated soil using slurry-phase biological treatment and land farming techniques / M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina, M.I. Ritchkova [et al.] II Soil Sediment Contamination. - 2003. -V. 12.-P. 85-99.

110. Biosorption and biodégradation of tributyltin (TBT) by alginate immobilized Chlorella vulgaris beads in several treatment cycles / T.G. Luan [et al.] II Process Biochemistry. - 2006. - V. 41, N. 7. - P. 1560-1565.

111. Biosurfactant-enhanced immobilization of hydrocarbon-oxidizing Rhodococcus ruber on sawdust / I.B. Ivshina, M.S. Kuyukina, A.V. Krivoruchko [et al.] 11 Applied Microbiology and Biotechnology. - 2013. - V. 97, N. 12. -P. 5315-5327.

112. Biotreatment of industrial wastewater by selected algal-bacterial consortia / E. Safonova [et al.] II Engineering in Life Sciences - 2004. - V. 4, N. 4.-P. 347-353.

113. Cassidy, M.B. Environmental applications of immobilized microbial cells: A review / M.B. Cassidy, H. Lee, J.T. Trevors // Journal of Industrial Microbiology. - 1996. -V. 16, N. 2. - P. 79-101.

114. Catalogue of Strains of the Regional Specialized Collection of Alkanotrophic Microorganisms [Электронный ресурс]. - 2008. - Режим доступа: www.iegm.ru/iegmcol/index.html.

115. Characterization of Rhodococcus-E. coli shuttle vector pNC9501 constructed from the cryptic plasmid of a propene-degrading bacterium / T. Matsui [et al.] // Current Microbiology. - 2006. -V. 52, N. 6. - P. 445-448.

116. Complete nucleotide sequence and genetic organization of the 210-kilobase linear plasmid of Rhodococcus erythropolis BD2 / C. Stecker [et al.] II Journal of Bacteriology. - 2003. - V. 185, N. 17. - P. 5269-5274.

117. Dabbs, E.R. Plasmid-borne resistance to arsenate, arsenite, cadmium, and chloramphenicol in a Rhodococcus species / E.R. Dabbs, G.J Sole // Mol. Gen. Genom. - 1988. - V. 211, N. 1. - P. 148-154.

118. de Carvalho, C.C.C.R. Influence of reactor configuration on the production of carvone from carveol by whole cells of Rhodococcus erythropolis DCL14 / C.C.C.R. de Carvalho, M.M.R. da Fonseca // Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic. - 2002. - V. 19-20. - P. 377-387.

119. de Carvalho, C.C.C. R. The remarkable Rhodococcus erythropolis / C.C.C.R. de Carvalho, M.M.R. da Fonseca // Applied Microbiology and Biotechnology.-2005.-V. 67, N. 6.-P. 715-726.

120. de Carvalho, C.C.C.R. Preventing biofilm formation: promoting cell separation with terpenes / C.C.C.R. de Carvalho, M.M.R. da Fonseca // FEMS Microbiology Ecology. - 2007. V. 61, N. 3. - P. 406-413.

121. de Carvalho, C.C.C.R. Cell wall adaptations of planktonic and biofilm Rhodococcus erythropolis cells to growth on C5 to C16 я-alkane hydrocarbons / C.C.C.R. de Carvalho, L.Y. Wick, H.J. Heipieper // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2009. - V. 82. - P. 311 -320.

122. de Carvalho, C.C.C.R. Adaptation of Rhodococcus to Organic Solvents / C.C.C.R. de Carvalho // Biology of Rhodococcus / Ed. H.M. Alvarez. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2010. - P. 110-131.

123. Degradation of Aroclor 1242 in a single-stage coupled anaerobic/aerobic bioreactor / B. Tartakovsky [et al] 11 Water Research. - 2001. -V. 35, N. 18.-P. 4323-4330.

124. Degradation of crude oil by a mixed population of bacteria isolated from sea-surface foams / E. Rambeloarisoa [et al] II Marine Biology. - 1984. -V. 83.-P. 69-81.

125. Degradation of Estrogens by Rhodococcus zopfii and Rhodococcus equi Isolates from Activated Sludge in Wastewater Treatment Plants / T. Yoshimoto [et al.] II Applied and Environmental Microbiology. - 2004. -V. 70, N. 9. - P. 5283-5289.

126. Degradation of phenol by Rhodococcus erythropolis UPV-1 immobilized on Biolite® in packed-bed reactor / M.B. Prieto [et al.] II Journal of Biotechnology. - 20026. -V. 97, N. 1.-P. 1-11.

127. Degradation of trichloroethene by a linear-plasmid-encoded alkene monooxygenase in Rhodococcus corallinus (Nocardia corallind) B-276 / H. Saeki [et al.] II Microbiology. — 1999.-V. 145.-P. 1721-1730.

128. Desulfurization of light gas oil in immobilized-cell systems of Gordona sp. CYKS1 and Nocardia sp. CYKS2 II J.H. Chang [et al.] II FEMS Microbiology Letters. -2000. - V. 182, N. 2.-P. 309-312.

129. Development of a genetic transformation system for benzene-tolerant Rhodococcus opacus strains / K.S. Na [et al] 11 Journal of Bioscience and Bioengineering. - 2005. - V. 99, N. 4. - P. 408-414.

130. Diversity of bacterial strains degrading hexadecane in relation to the mode of substrate uptake / M. Bouchez-Naitali [et al] II Journal of Applied Microbiology. - 1999. - V. 86, N. 3. - P. 421-428.

131. DNA sequence and comparison of virulence plasmids from Rhodococcus equi ATCC 33701 and 103 / S. Takai [et al.] II Infection and Immunity. - 2000. - V. 68, N. 12. - P. 6840-6847.

132. Doaa, M.A.R. Potential Application of Immobilization Technology in Enzyme and Biomass Production (Review Article) / M.A.R. Doaa, H. A. Wafaa // Journal of Applied Sciences Research. - 2009. - V. 5, N. 12. -P. 2466-2476.

133. Donlan, R.M. Biofilms: Microbial Life on Surfaces / R.M. Donlan // Emerging Infectious Diseases. - 2002. - V. 8, N. 9. - P. 881-890.

134. Effect of aromatic compounds on cellular fatty acid composition of Rhodococcus opacus / I.V. Tsiko [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 1999. - V. 65, N. 2. - P. 853-855.

135. Enhanced Benzaldehyde Tolerance in Zymomonas mobilis Biofilms and the Potential of Biofilm Applications in Fine-Chemical Production / X.Z. Li [et al.] II Applied and Environmental Microbiology. - 2006. - V. 72, N. 2. -P. 1639-1644.

136. Environmental Applications of Biosurfactants: Recent Advances / M. Pacwa-Plociniczak [et al.] II International Journal of Molecular Sciences. -2011. -V. 12, N. 1. - P. 633-654.

137. Ethidium Monoazide for DNA-Based Differentiation of Viable and Dead Bacteria by 5'-Nuclease PCR / H.K. Nogva [et al.] // Biotechniques. -2003.-V. 34, N. 4.- 804-813.

138. Evolution of the Rhodococcus equi vap pathogenicity island seen through comparison of host-associated vapA and vapB virulence plasmids / M. Letek [et al] II Journal of Bacteriology. - 2008. - V. 190, N. 17. -P. 5797-5805.

139. Fetzner, S. Catabolic Linear Plasmids / S. Fetzner, S. Kolkenbrock, K. Parschat // Microbial Linear Plasmids / Ed. F. Meinhardt, R. Klassen. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2007. - P. 63-98.

140. Finnerty, W.R. The biology and genetics of the genus Rhodococcus / W.R. Finnerty // Annual Review of Microbiology. - 1992. -V. 46.-P. 193-218.

141. Gômez, R. The use of respiration indices in the composting process : a review / R. Gômez, F. Lima, A. Ferrer // Waste Management and Research. - 2006. - V. 24, N. 1. - P. 24-37.

142. Gouid, J.C. The determination of bacterial sensitivity to antibiotics / J.C. Gouid, J.I I. Bowie // Edinburgh Medical Journal. - 1952. - V. 59. -P. 178-199.

143. Graves, D.A. Respirometric Analysis of the Biodégradation of Organic Contaminants in Soil and Water / D.A. Graves, C.A. Lang, M.E. Leavitt // Applied Biochemistry Biotechnology. - 1991. - V. 28/29. -P. 813-826.

144. Grund, E. Naphthalene degradation via salicylate and genetisate by Rhodococcus sp. strain B4 / E. Grund, B. Denecke, R. Eichenlaub // Applied and Environmental Microbiology. - 1992. -V. 58. - P.1874-1877.

145. Hallas, L.E. Glyphosate Degradation by Immobilized Bacteria: Field Studies with Industrial Wastewater Effluent / L.E. Hallas, W.J. Adams, M.A. Heitkamp // Applied and Environmental Microbiology. - 1992. - V. 58, N. 4. -P. 1215-1219.

146. Halwachs, W. Application of immobilized chymotrypsin in a multistage fluidized-bed reactor / W. Halwachs, C. Wandrey, K. Schiigerl // Biotechnology and Bioengineering. - 1977. - V. 19, N. 11. - P. 1667-1677.

147. Heuer, H. Plasmids foster diversification and adaptation of bacterial populations in soil / H. Heuer, K. Smalla // FEMS Microbiology Reviews. -2012. - V. 36, N. 6. - P. 1083-1104.

148. High efficiency degradation of tetrahydrofuran (THF) using a membrane bioreactor: identification of THF-degrading cultures of Pseudonocardia sp. strain Ml and Rhodococcus ruber isolate M2 / K.J. Daye [etal.] // Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. -2003. - V. 30, N. 12.-P. 705-714.

149. Hydrophobised sawdust as a carrier for immobilisation of the hydrocarbon-oxidizing bacterium Rhodococcus ruber / E.A. Podorozhko,

V.l. Lozinsky, I.B. Ivshina, M.S. Kuyukina, A.B. Krivorutchko [et al.] // Bioresource Technology. - 2008. - V. 99, N. 6. - 2001-2008.

150. Identification and environmental detection of Rhodococcus species by 16S rDNA-targeted PCR / K.S. Bell, M.S. Kuyukina, S. Heidbrink, J.C. Philp, D.W.J. Aw, I.B. Ivshina [et al.] II Journal of Applied Microbiology. - 1999. -V. 87, N. 4.-P. 472-480.

151. Immobilization of hydrocarbon-oxidizing bacteria in poly(vinyl alchohol) cryogels hydrophobized using a biosurfactant / M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina, A.Yu. Gavrin, E.A. Podorozhko [et al.] II Journal of Microbiological Methods. - 2006. - V. 65, N. 3. - P. 596-603.

152. Immobilized-cell physiology: current data and the potentialities of proteomics / G.-A. Junter [et al.] II Enzyme and Microbial Technology. - 2002. -V. 31, N. 3.-P. 201-212.

153. Influence of interfaces on microbial activity / M.C. van Loosdrecht [et al.] II Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 1990. - V. 54, N. 1. -P. 75-87.

154. Kaczorek, E. Uptake of Hydrocarbon by Pseudomonas fluorescens (PI) and Pseudomonas putida (Kl) Strains in the Presence of Surfactants: A Cell Surface Modification / E. Kaczorek, A. Olszanowski // Water Air Soil Pollut. -2011.-V. 214.-P. 451-459.

155. Kermanshahi, A. Biodegradation of petroleum hydrocarbons in an immobilized cell airlift bioreactor / A. pour Kermanshahi, D. Karamanev, A. Margaritis // Water Research. - 2005. - V. 39, N. 15. - P. 3704-3714.

156. Kuyukina, M.S. Rhodococcus Biosurfactants: Biosynthesis, Properties, and Potential Applications /M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina // Biology of Rhodococcus / Ed. H.M. Alvarez. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2010. -P. 292-313.

157. Larkin, M.J. Biodégradation and Rhodococcus - masters of catabolic versatility / M.J. Larkin, L.A. Kulakov, C.C. Allen // Current Opinion in Biotechnology. - 2005. - V. 16, N. 3. - 282-290.

158. Larkin, M.J. Biodégradation by Members of the Genus Rhodococcus: Biochemistry, physiology and Genetic Adaptation / M.J. Larkin, L.A. Kulakov, C.C.R. Allen // Advances in Applied Microbiology. - 2006. - V. 59. - P. 1-29.

159. Larkin, M.J. Genomes and Plasmids in Rhodococcus / M.J. Larkin, L.A. Kulakov, C.C.R. Allen // Biology of Rhodococcus / Ed. H.M. Alvarez. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2010. - P. 73-90.

160. Leahy, J.G. Microbial Degradation of Hydrocarbons in the Environment / J.G. Leahy, R.R. Colwell // Microbiological Reviews. - 1990. -V. 54, N. 3.- P. 305-315.

161. Li, X.Z. Single-species microbial biofilm screening for industrial applications / X.Z. Li, B. Hauer, B. Rosche // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2007. - V. 76, N. 6. - P. 1255-1262.

162. Littlejohns, J.V. Kinetics and interactions of BTEX compounds during degradation by a bacterial consortium / J.V. Littlejohns, A.J. Daugulis // Process Biochemistry. - 2008. - V. 43, N. 10. - P. 1068-1076.

163. Martinov, M. Liquid flow residence time in a fibrous fixed bed reactor with recycle / M. Martinov, D. Hadjiev, S. Vlaev // Bioresource Technology. -2010.-V. 101, N. 4.-P. 1300-1304.

164. Mathematical modelling of biofilm structures / M.C. van Loosdrecht [et al.] II Antonie Van Leeuwenhoek. - 2002. - V.81, N. 1-4. - P. 245-256.

165. McCarty, P.L. Numerical model for biological fluidized-bed reactor treatment of perchlorate contaminated groundwater / P.L. McCarty, T.E. Meyer // Environmental Science & Technology. - 2005. - V. 39, N. 3. - P. 850-858.

166. Mechanisms of solvent tolerance in gram-negative bacteria / J.L. Ramos [et al.] II Annual Review of Microbiology. - 2002. - V. 56. -P. 743-768.

167. Metabolism of anthracene by a Rhodococcus species / D. Dean-Ross [et al.] // FEMS Microbiology Letters. - 2001. - V. 204, N. 1. - P. 205-211.

168. Microbial degradation of aromatic and polyaromatic toxic compounds adsorbed on powdered activated carbon / K. Abu-Salah [et al.] // Journal of Biotechnology. - 1996. - V. 51, N. 3.-P. 265-272.

169. Microbial destruction of fuel oil in soil induced by the biological preparation Devoroil / D.G. Sidorov [et al.] II Applied Biochemistry and Microbiology. - 1998. - V. 34, N. 3. - P. 255-260.

170. Mihelcic, J.R. Degradation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbon Compounds under Various Redox Conditions in Soil-Water Systems // J.R. Mihelcic, R.G. Luthy // Applied and Environmental Microbiology. - 1988. -V. 54, N. 5.-P. 1182-1187.

171. Mikeskova, H. Interspecific interactions in mixed microbial cultures

t V

in a biodegradation perspective / H. Mikeskova, C. Novotny, K. Svobodova 11 Applied Microbiology and Biotechnology. - 2012. - V. 95, N. 4. - P. 861-870.

172. Miller, R.M. Evidence from Liposome Encapsulation for Transport-Limited Microbial Metabolism of Solid Alkanest / R.M. Miller, R. Bartha // Applied and Environmental Microbiology. - 1989. - V. 55, N. 2. - P. 269-274.

173. Molecular Mechanisms of Genetic Adaptation to Xenobiotic Compounds / J.R. van der Meer [et al.] II Microbiological Reviews. - 1992. -V. 56, N. 4. - P. 677-694.

174. Monocyclic aromatic hydrocarbon degradation by Rhodococcus sp. strain DK17 / D. Kim [et al.] II Applied and Environmental Microbiology. -2002. - V. 68, N. 7. - P. 3270-3278.

175. Murygina, V.P. Application of biopreparation "Rhoder" for remediation of oil polluted polar marshy wetlands in Komi Republic / V.P. Murygina, M.Y. Markarova, S.V. Kalyuzhnyi // Environment International. -2005,-V. 31, N. 2. - P.163-166.

176. Neu, T.R. An amphiphilic polysaccharide for an adhesive Rhodococcus strain / T.R. Neu, K. Poralla // FEMS Microbiology Letters. -1988,- V. 49, N. 3.-P. 389-392.

177. Norman, R.S. Variability in Pseudomonas aeruginosa Lipopolysaccharide Expression during Crude Oil Degradation / R.S. Norman, R. Frontera-Suau, P.J. Morris // Applied and Environmental Microbiology. -2002. - V. 68, N. 10. - P. 5096-5103.

178. Nwankwoala, A.U. Enhanced biodégradation of methylhydrazine and hydrazine contaminated NASA wastewater in fixed-film bioreactor /

A.U. Nwankwoala, N.O. Egiebor, K. Nyavor // Biodegradation. - 2001. - V. 12, N. l.-P. 1-10.

179. pB264, a small, mobilizable, temperature sensitive plasmid from Rhodococcus / P.A. Lessard [et al.] II BMC Microbiology. - 2004. - V.4, N. 1. -P. 1-14.

180. Penicillin production in an inverse fluidized bed bioreactor /

B.A.Ramsay [et al] II Journal of Fermentation and Bioengineering. - 1991. -V. 72, N. 6. - P. 495-497.

181. Petroleum-contaminated water treatment in a fluidized-bed bioreactor with immobilized Rhodococcus cells / M.S. Kuyukina, I.B. Ivshina, M.K. Serebrennikova, A.V. Krivorutchko [et al] 11 International Biodeterioration & Biodegradation. - 2009a. - V. 63, N. 4. - P. 427-432.

182. Physiological Adaptations Involved in Alkane Assimilation at a Low Temperature by Rhodococcus sp. Strain Q15t / L.G. Whyte [et al] II Applied and Environmental Microbiology. - 1999. - V. 65, N. 7. - P. 2961-2968.

183. Picioreanu, C. A theoretical study on the effect of surface roughness on mass transport and transformation in biofilms / C. Picioreanu, M.C. van Loosdrecht, J.J. Heijnen // Biotechnology and Bioengineering. - 2000. -V. 68, N. 4.-P. 355-369.

184. Plasmid pRTLl controlling 1-chloroalkane degradation by Rhodococcus rhodochrous NCIMB13064 / A.N. Kulakova [et al.] 11 Plasmid. -1995. - V.33, N. 3. - P. 208-217.

185. Polymeric cryogels as promising materials of biotechnological interest / V.l. Lozinsky [et al.] // TRENDS in Biotechnology. - 2003. - V. 21, N. 10. -P. 445-451.

186. Rajasimman, M. Optimization studies in an Inverse Fluidized Bed Bioreactor for Starch Wastewater Treatment / M. Rajasimman, C. Karthikeyan // International Journal of Environmental. - 2009. - V. 3, N. 4. - P. 569-574.

187. Rapid purification of nisin Z using specific monoclonal antibody-coated magnetic beads / G. Prioult [et al.] II International Dairy Journal. - 2000. -V. 10, N. 9.-P. 627-633.

188. Rosenberg, M. Role of adherence in growth of Acinetobacter calcoaceticus RAG-1 on hexadecane / M. Rosenberg, E. Rosenberg 11 Journal of Bacteriology. - 1981.- V. 148, N. l.-P. 51-57.

189. Sambrook, J. Molecular Cloning: A Laboratory Manual / J. Sambrook, T. Maniatis, E.F. Fritish / 2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory. New York: Cold Spring Harbor, 1989. - P. 121-376.

190. Scholz, W. Treatment of oil contaminated wastewater in a membrane bioreactor / W. Scholz, W. Fuchs // Water Research. - 2000. - V. 34, N. 14. -P. 3621-3629.

191. Selection of culturable environmental microbial strains for cellular immobilization: Association of phenotypic adhesive characteristics and quantitative cellular retention / S.C.S. Martins [et al.] 11 African Journal of Biotechnology. - 2012. - V. 11, N. 58. - P. 12206-12212.

192. Selective adsorption of hydrocarbon-oxidizing Rhodococcus cells in a column with hydrophobized poly(acrylamide) cryogel / M.S. Kuyukina, E.V. Rubtsova, I.B. Ivshina [et al.] II Journal of Microbiological Methods. -20096. - V. 79, N. 1. - P. 76-81.

193. Sequential modular simulation ofethanol production inathree- phasefluidizedbed bioreactor / A. Sheikhi [et al.] // Biochemical Engineering Journal. - 2012. - V. 63. - P. 95-103.

194. Sharma, S.L. Crude oil degradation by a marine actinomycete Rhodococcus sp. / S.L. Sharma, A. Pant // Indian Journal of Geo-Marine Sciences.-2001. -V. 30, N. 3. - P. 146-150.

195. Shieh, W.K. Fluidized Bed Biofilm Reactor for Wastewater Treatment / W.K. Shieh, J.D. Keenan // Advances in Biochemical Engineering Biotechnology. - 1986. - V. 33. - P. 131-169.

196. Short Protocols in Molecular Biology / Ed. F.M. Ausubel [et al.] 3 rd edition. John Wiley and Sons. - 1995. - 900 p.

197. Sikkema, J. Mechanisms of membrane toxicity of hydrocarbons / J. Sikkema, J.A. de Bont, B. Poolman // Microbiological Reviews. - 1995. - V. 59, N. 2.-P. 201-222.

198. Singer, M.E. Construction of an Escherichia coW-Rhodococcus shuttle vector and plasmid transformation in Rhodococcus spp. / M.E. Singer, W.R. Finnerty // Journal of Bacteriology. - 1988. - V. 170, N. 2. - P. 638-645.

199. Soko't, W. Hydrodynamics of a gas-liquid-solid fluidized bed bioreactor with a low-density biomass support / W. SokoT, M.R. Halfani // Biochemical Engineering Journal. - 1999. - V. 3, N. 3. - P. 185-192.

200. SokoT, W. Aerobic treatment of wastewaters in the inverse fluidised bed biofilm reactor / W. SokoT, W. Korpal // Chemical Engineering Journal. -2006. - V. 118, N. 3. - P. 199-205.

201. Steininger, C. Clinical significance of inhibition kinetics for Streptococcus pyogenes in response to penicillin / C. Steininger, F. Allerberger, E. Gnaiger // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2002. - V. 50, N. 4. -P. 517-523.

202. The complete genome of Rhodococcus sp. RHA1 provides insights into a catabolic powerhouse / M. McLeod [et al.] // PNAS - 2006. -V. 103, N. 42.-P. 15582-15587.

203. The Effects of Sub-Inhibitory Levels of Chloramphenicol on pBR322 Plasmid Copy Number in Escherichia coli DH5a Cells / S. Begbie [et al.] // Journal of Experimental Microbiology and Immunology. - 2005. -V.l.-P. 82-88.

204. The genus Rhodococcus / K.S. Bell [et al.] II Journal of Applied Microbiology. - 1998,-V. 85.-P. 195-210.

205. Tony, B.D. Decolorization of Direct Red 28 by mixed bacterial culture in an up-flow immobilized bioreactor / B.D. Tony, D. Goyal, S. Khanna // Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. - 2009. - V. 36, N. 7. -P. 955-960.

206. Treatment of MTBE-contaminated water in fluidized bed reactor / S. Vainberg [et al.] // Journal of Environmental Engineering. - 2002. - V. 128, N. 9.-P. 842-851.

207. van der Geize, R. Harnessing the catabolic diversity of rhodococci for environmental and biotechnological applications / R. van der Geize, L. Dijkhuizen // Current Opinion in Microbiology. - 2004. - V. 7, N. 3. -P. 255-261.

208. van Hamme, J. D. Recent advances in petroleum microbiology / J.D. van Hamme, A. Singh, O.P. Ward // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2003. - V. 67, N. 4. - P. 503-549.

209. van Schie, P.M. Adhesion of Biodegradative Anaerobic Bacteria to Solid Surfaces / P.M. van Schie, M. Fletcher // Applied and Environmental Microbiology. - 1999. - V. 65, N. 11. P. 5082-5088.

210. Walker, J.D. Measuring the potential activity of hydrocarbon-degrading bacteria / J.D. Walker, R.R. Colwell // Applied and Environmental Microbiology. - 1976. - V. 31, N. 2. - P. 189-197.

211. Ward, O. Accelerated biodégradation of petroleum hydrocarbon waste / O. Ward, A. Singh, J. van Hamme // Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. - 2003. - V. 30, N. 5. - P. 260-270.

212. Web-type evolution of Rhodococcus gene clusters associated with utilization of naphthalene / L.A. Kulakov [et al.] II Applied and Environmental Microbiology. - 2005. - V. 71, N. 4. - P. 1754-1764.

213. Weidhaas, J.L. An aerobic sequencing batch reactor for 2,4,6-trinitrophenol (picric acid) biodégradation / J.L. Weidhaas, E.D. Schroeder, D.P.Y. Chang // Biotechnology and Bioengineering. - 2007. - V. 97, N. 6. -P. 1408-1414.

214. Werther, J. Fluidized-Bed Reactors / J. Werther // Ullmann's Encyclopedia of Industrial Chemistry. - Weinheim, 2007. - P. 1-50.

215. Wrenn, B.A. Selective enumeration of aromatic and aliphatic hydrocarbon degrading bacteria by a most-probable number procedure / B.A. Wrenn, A.D. Venosa // Canadian Journal of Microbiology. - 1996. - V. 42, N. 3.-P. 252-258.

216. Yeom, S.-H. Analysis of Microbial Adaptation at Enzyme Level for Enhancing Biodégradation Rate of BTX / S.-H. Yeom, Y.-Je. Yoo // Korean J. Chem. Eng. - 2002. - V. 19, N. 5. - P. 780-782.

217. Zahmatkesh, M. Biodégradation of reactive orange 16 by Phanerochaete chrysosporium fungus: Application in a fluidized bed bioreactor / M. Zahmatkesh, F. Tabandeh, S. Ebrahimi 11 Iranian Journal of Environmental Health Science & Engineering. - 2010. - V. 7, N. 5. - P. 385-390.

218. Zeraik, A.E. Biosurfactants as agents to reduce adhesion of pathogenic bacteria to polystyrene surfaces: effect of temperature and hydrophobicity / A.E. Zeraik, M. Nitschke // Current Microbiology. - 2010. - V. 61, N. 6. -P. 554-559.

219. Zhang, L. Immobilization of microalgae for biosorption and degradation of butyltin chlorides / L. Zhang, G. Huang, Y. Yu // Artificial Cells, Blood Substitutes and Biotechnology. - 1998. - V. 26, N. 4. - P. 399-410.

220. Zheng, D. Influence of laminar flow velocity and nutrient concentration on attachment of marine bacterioplankton / D. Zheng, G.T. Taylora, G. Gyananath // Biofouling: The Journal of Bioadhesion and Biofilm Research. -1994.-V. 8, N. 2.-P. 107-120.

221. Zhu, Y. Adaptation of Clostridium tyrobutyricum for Enhanced Tolerance to Butyric Acid in a Fibrous-Bed Bioreactor / Y. Zhu, S.-T. Yang // Biotechnology Progress. - 2003. - V. 19, N. 2. - P. 365-372.