Бактерии рода Pseudomonas в микробном сообществе озера Байкал тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.16, кандидат биологических наук Павлова, Ольга Николаевна

• Павлова, Ольга Николаевна
• кандидат биологических наук
• 2004

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Павлова, Ольга Николаевна

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. Обзор литературы.

1.1. История изучения бактерий рода Pseudomonas.

1.2. Характеристика представителей рода Pseudomonas.

1.3. Современная систематика бактерий рода Pseudomonas.

1.4. Микробиологические исследования на Байкале.

1.5.Экологические факторы, определяющие развитие микроорганизмов в оз. Байкал.

ГЛАВА 2. Объекты и методы исследования.

2.1. Объекты исследования.

2.2. Методы исследования.

ГЛАВА 3. Пространственное распределение и сезонная динамика бактерий рода Pseudomonas в воде и осадках озера Байкал.

3.1. Пространственное распределение представителей рода Pseudomonas в глубоководной зоне.

3.2. Сезонная динамика бактерий рода Pseudomonas в мелководной зоне.

ГЛАВА 4. Биоразнообразие, физиолого-биохимическая характеристика бактерий рода Pseudomonas, изолированных из озера

Байкал.

4.1. Биоразнообразие бактерий рода Pseudomonas.

4.2. Ферментативная активность природных штаммов Pseudomonas.

4.3. Молекулярно-биологический анализ культивируемых бактерий рода Pseudomonas.

ГЛАВА 5. Роль микроорганизмов рода Pseudomonas в биодеградации сложных органических соединений.

5.1. Деградация углеводородов бактериями рода Pseudomonas.

5.2. Деградация бис-(2-этилгексил)фталата бактериями рода Pseudomonas.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Бактерии рода Pseudomonas в микробном сообществе озера Байкал»

Аэробные бактерии рода Pseudomonas - большая гетерогенная группа микроорганизмов, впервые описанная Migula в 1894 году [Migula W., 1895] для неспорообразующих грамотрицательных бактерий с полярными жгутиками.

Данные микроорганизмы широко населяют биосферу и принимают активное участие в процессах минерализации органических соединений, очищения окружающей среды от загрязнения. Они являют собой пример истинного космополитизма, в основе которого лежит их высокая биохимическая лабильность, обеспечивающая им приспособляемость к разнообразным экологическим условиям.

Паллерони Н. в 1984 году разделил род Pseudomonas на 5 филогенетических групп, основываясь на изучении рРНК - ДНК гибридизации [Palleroni N.J., 1984]. Всестороннее изучение, особенно с применением молекулярно-биологического метода на основе анализа последовательностей 16S рРНК, сыграло решающую роль в определении таксономической структуры рода Pseudomonas и его места в системе микробного мира. Многие виды, первоначально описанные как относящиеся к роду Pseudomonas, были реклассифицированны в другие рода и группы.

В современной систематике, отраженной в «Списке бактериальных названий с положением в номенклатуре» [List of Bacterial Names with Standing in Nomenclature: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST] род Pseudomonas занимает следующее положение: «Cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas и делится на 7 основных филогенетических групп: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas chlororaphis, Pseudomonas fluorescens, Pseudomonas pertucinogena, Pseudomonas stutzeri, Pseudomonas syringae группы.

Изучение физиолого-биохимических свойств культивируемых бактерий рода Pseudomonas позволяет получить новые данные об их природных возможностях. Кроме этого, сохранение природных экосистем и микробного разнообразия в настоящее время является одной из актуальных задач микробной экологии [Lemke M.J., Leff L.G., 2000].

Озеро Байкал - как объект исследования уникальное, олиготрофное озеро, возраст которого 20-30 млн. лет.

Водная толща озера Байкал заселена большим количеством микроорганизмов, которые играют важную роль в процессах круговорота веществ и энергии. Микроорганизмы занимают ведущее место в процессах самоочищения озера, минерализуя органические вещества, участвуя в круговороте биогенных элементов. Активность бактерий определяется экологическими условиями их существования: составом и концентрацией органических и минеральных веществ, температурой, рН и др.

Своеобразие температурного режима оз. Байкал, необычайная глубина озера и резкое преобладание глубинной зоны над мелководьями, олиготрофность озера, высокое содержание кислорода во всей толще воды — создают особенные экологические условия для жизнедеятельности микроорганизмов.

В озере Байкал бактерии рода Pseudomonas изучены рядом авторов в составе так называемых «физиологических групп» [Кузнецов С.И., 1957; Романова А.П., 1958; Младова Т.А., 1971; Максимова Э.А., 1972; Лаптева Н.А., 1990]. В данных работах показано, что большую часть микробного сообщества воды и донных осадков озера Байкал составляют, главным образом, неспрообразующие палочки. Проведенные авторами исследования лишь косвенно затрагивают вопросы видового разнообразия Pseudomonas в озере Байкал. Многие виды, первоначально описанные ими как относящиеся к роду Pseudomonas, в настоящее время, согласно современной систематике перенесены в другие рода и группы. Анализ работ показал, что в целом доминирующая группа микроорганизмов изучена недостаточно.

Определение видового состава, в соответствии с современной систематикой бактерий рода Pseudomonas, с применением как микробиологических, так и молекулярно-биологических методов, актуально при исследовании состава и структуры микробного сообщества, оно необходимо для экологического мониторинга качества воды оз. Байкал, так как некоторые виды Pseudomonas относятся к потенциально - патогенным бактериям и авторы предлагают использовать Pseudomonas aeruginosa в качестве дополнительного индикатора качества воды [Панасюк Е. Ю., Дрюккер В. В., 2002]. Изучение распределения представителей рода Pseudomonas в озере Байкал связано не только с определением их места в микробном сообществе, но и роли в экосистеме озера.

В последние десятилетия возрос интерес к микроорганизмам-деструкторам различных высокомолекулярных соединений. Загрязнение окружающей среды нефтью, нефтепродуктами, полициклическими ароматическими углеводородами (ПАУ) является проблемой мирового масштаба. Поэтому, в настоящее время разрабатываются микробиологические методы, основанные на использовании ферментативной активности микроорганизмов-деструкторов, использующих высокомолекулярные соединения в качестве единственного источника углерода и энергии. Микробиологическая деградация ПАУ является основным процессом, приводящим к очистке от этих соединений водоемов и почв. Большим катаболическим потенциалом в отношении ароматических углеводородов обладают бактерии рода Pseudomonas. Псевдомонады способны полностью утилизировать или частично трансформировать такие соединения как фенантрен, флуорантен, пирен и др. [Cerniglia С.Е., 1992; Кошелева И.А., 2000; Звягинцева И.С., 2001].

Изучение и выделение микроорганизмов рода Pseudomonas, обладающих углеводородокисляющей активностью, из озера Байкал позволит оценить роль данных бактерий в процессах очищения и поддержания чистоты байкальских вод.

Цель настоящей работы - изучить роль бактерий рода Pseudomonas в микробном сообществе оз. Байкал и определить степень участия их в процессах биодеградации углеводородов.

В соответствии с поставленной целью были определены следующие задачи:

1. Изучить биоразнообразие бактерий рода Pseudomonas в озере Байкал.

2. Исследовать сезонную, межгодовую динамику и пространственное распределение доминирующих видов Pseudomonas.

3. Определить ферментативную активность бактерий Pseudomonas.

4. В условиях лабораторного моделирования определить углеводородокисляющую активность исследуемых бактерий и оценить биологический потенциал природных штаммов в процессах деградации углеводородов.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Бактерии рода Pseudomonas доминируют в гетеротрофном микробном сообществе озера Байкал, сезонная динамика изучаемых бактерий характеризуется закономерностями, отличными от динамики развития гетеротрофов.

2. В культивируемом сообществе микроорганизмов озера Байкал обнаружены представители 5 из 7 филогенетических групп рода Pseudomonas, установленных современной систематикой: P. aeruginosa, P. alcaligenes, P. mendocina; P.putida; P.JIuorescens; P. stutzeri; P.fragi.

3. Природные штаммы Pseudomonas, изолированные из воды и донных осадков оз. Байкал, являются активными продуцентами экзоферментов, благодаря которым происходит процесс биодеструкции как простых, так и сложных высокомолекулярных соединений, способствующий сохранению чистоты байкальских вод.

Научная новизна: в настоящей работе впервые проведено комплексное изучение доминирующей в микробном сообществе оз. Байкал группы микроорганизмов - бактерий рода Pseudomonas. Из озера Байкал было выделено и идентифицировано 200 чистых культур, отнесенных к роду

Pseudomonas, с учетом экологических особенностей водоема. Согласно современной систематике видовой состав рода представлен пятью основными филогенетическим группами из семи. Изучена сезонная, межгодовая динамика бактерий исследуемого рода, а также их физиолого-биохимическая и углеводородокисляющая активность.

Практическая значимость работы: Полученные данные об экологических особенностях, видовом составе культивируемых видов рода Pseudomonas, являются частью работ по изучению состава и функционирования микробного сообщества оз. Байкал в целом и могут быть использованы при организации экологического мониторинга. Исследуемые бактерии, являются активными биодеструкторами как простых, так и сложных высокомолекулярных соединений и могут быть использованы в биологической очистке сточных и природных вод.

Заключение диссертации по теме «Экология», Павлова, Ольга Николаевна

ВЫВОДЫ

1. Впервые проведена систематизированная работа по изучению биоразнообразия и идентификации бактерий рода Pseudomonas в озере Байкал.

2. Бактерии рода Pseudomonas доминируют в гетеротрофном сообществе микроорганизмов озера Байкал. В воде и донных осадках обнаруживаются представители 5 из 7 филогенетических групп рода Pseudomonas, установленных современной систематикой: P. aeruginosa, P. alcaligenes, Р. mendocina; P. putida', P. fluorescens', P. stutzeri', P.fragi.

3. Исследованиями установлено, что пространственное распределение бактерий рода Pseudomonas различно в Южном, Среднем и Северном Байкале. Количество этих микроорганизмов в воде Северного Байкала составляет 21% от количества культивируемых гетеротрофов, в Среднем - 22% - 48%, в Южном -35%-38%.

4. Сезонная динамика бактерий исследуемого рода отличается от динамики развития гетеротрофов. В поверхностном слое воды максимум развития микроорганизмов рода Pseudomonas отмечен в июне и в ноябре. Доминирование псевдомонад в психрофильном сообществе гетеротрофов наблюдается в апреле - мае, а также в октябре — ноябре.

5. В донных осадках придельтового района р. Селенги установлено от 18% до 47%) бактерий рода Pseudomonas от количества гетеротрофов. В осадках, отобранных в районах, граничащих с районом дельты, отмечено от 62 до 88% Pseudomonas, в районе влияния БЦБК количество Pseudomonas не превышает 20%) от числа гетеротрофов, т. е. бактерии рода Pseudomonas доминируют, в основном, в чистых районах акватории озера, не подверженных влиянию антропогенных факторов.

6. Природные штаммы Pseudomonas, изолированные из воды и донных осадков озера Байкал, проявляют высокую биохимическую активность таких ферментов как: протеаза - 65%, липаза - 53%, фосфатаза - 65%, фосфолипаза «С» - 68% штаммов, соответственно.

7. Культивируемые бактерии рода Pseudomonas способны использовать полициклические ароматические углеводороды в качестве единственного источника углерода и энергии; в присутствии бактерий рода Pseudomonas, в условиях модельного эксперимента, биодеградация ПАУ составляет 20 — 30%. Данные микроорганизмы, обладая значительным потенциалом в процессах биодеградации органополлютантов, участвуют в процессах сохранения чистоты байкальских вод.

Автор выражает благодарность научному руководителю д.б.н., профессору, чл.-корр. РЭА В. В. Дрюккеру. Выражаю искреннюю признательность зав. лабораторией водной микробиологии, к.б.н. В. В. Парфеновой за поддержку, внимание и помощь в проводимых исследованиях, к.б.н. Т. И. Земской, к.б.н. О. М. Тимошкину, к.х.н. А. Г. Горшкову, ст.н.с. А. Л. Верещагину, м.н.с. Н. Л. Бельковой, рук. группы О. М. Хлыстову и всем сотрудникам лаборатории водной микробиологии за оказанную поддержку и сотрудничество при выполнении работ.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В результате проведенной систематизированной работы по изучению бактерий рода Pseudomonas установлено, что бактерии исследуемого рода доминируют в гетеротрофном микробном сообществе озера Байкал. В воде и донных осадках озера обнаруживаются представители 5 из 7 филогенетических групп рода Pseudomonas, установленных современной систематикой: Р. aeruginosa, P. alcaligenes, P. mendocina', P. putida', P. fluorescens', Pseudomonas stutzeri; Pseudomonas fragi, а с учетом данных литературы в озере Байкал установлены представители всех семи филогенетических групп.

Пространственное распределение бактерий рода Pseudomonas находится в зависимости от экологических факторов: места отбора проб, сезонных закономерностей, глубины водной толщи. Установлено, что в Северном Байкале бактерии рода Pseudomonas, так же как и гетеротрофные микроорганизмы, преобладают либо в поверхностном слое до глубины 50 м, либо в придонных слоях. Развитие гетеротрофов именно на этой глубине, по-видимому, связано с концентрацией органического вещества, которое образуется в результате массового отмирания холодолюбивого комплекса фитопланктона. Количество микроорганизмов рода Pseudomonas в воде Северного Байкала, в среднем, составляет 21% от количества культивируемых гетеротрофов. В Среднем Байкале бактерии исследуемого рода занимают доминирующее положение в пробах воды, отобранных на разрезе с. Болдаково - Ольхонские ворота, где установлено 48% и 30% данных микроорганизмов в июне 2002 г. и сентябре 2003 г., соответственно. На разрезе отмечено явное преобладание флуоресцирующих бактерий рода Pseudomonas, с сине-зеленым диффундирующим в питательную среду пигментом. На стандартных гидрологических разрезах м. Ухан - м. Тонкий, Анга — Сухая выявлено 20% и 22% бактерий рода Pseudomonas от числа культивируемых гетеротрофов. В Южном Байкале бактерии рода Pseudomonas доминируют в пробах воды, отобранных на разрезах п. Маритуй - р. Солзан, м. Кадильный - р. Мишиха

35 и 38%, соответственно. Бактерии рода Pseudomonas выявлены в поверхностном слое, на глубине 50 м, 800 м. Таким образом, установлено, что бактерии исследуемого рода распределены в Байкале неравномерно. Максимальное их количество выделяется в Южном и Среднем Байкале. Представители рода Pseudomonas в Северном Байкале выделяются, в основном, из эпилимниона, в Южном и Среднем - из эпилимниона, зоны температурного скачка и гиполимниона.

В донных осадках придельтового района р. Селенги отмечено от 18% до 47% бактерий рода Pseudomonas от количества гетеротрофов. В осадках, отобранных в районах граничащих с районом дельты, зафиксировано от 62,4 до 88% Pseudomonas, в районе влияния БЦБК количество Pseudomonas не превышает 20% от числа гетеротрофов, т. е. бактерии рода Pseudomonas доминируют, в основном, в чистых районах акватории озера, не подверженных влиянию антропогенных факторов.

Изучение сезонной динамики бактерий рода Pseudomonas в мелководной зоне Южного Байкала позволило установить их численность в различные сезоны года, которая косвенно освещает роль микроорганизмов в круговороте органического вещества. Сезонная динамика развития Pseudomonas в мелководной зоне озера Байкал отличается от таковой гетеротрофных микроорганизмов, которая в поверхностных слоях воды имеет три подъема: весенний, летний, осенний. В развитии Pseudomonas в поверхностном слое наблюдается два подъема: в июне (летний) и в ноябре (осенний). Динамика развития Pseudomonas в мелководной зоне озера Байкал тесно связана как с температурным, так и с другими экологическими факторами. В сезонном аспекте доминирование псевдомонад в поверхностном слое воды наблюдается в мае - 84% от количества гетеротрофов, а также ноябре, когда численность бактерий рода Pseudomonas составляет 93% - на глубине 7 и 14 м, 96 % - в поверхностном слое. Температура воды + 4°С благоприятствует развитию микроорганизмов рода Pseudomonas, доминирующих в психрофильном микробном сообществе. В летние месяцы в поверхностном горизонте и в зимний период в подледных сообществах преобладают пигментные формы микроорганизмов, в придонных слоях - бактерии рода Bacillus. В летние месяцы псевдомонады доминируют в среднем горизонте; в поверхностном слое их количество составляет 32 - 53%, в придонных — 5 - 15 %, соответственно от количества гетеротрофов.

Установлено, что бактерии рода Pseudomonas, изолированные из воды и донных осадков озера Байкал, показали высокую биохимическую активность таких экзоферментов как: протеаза, липаза, фосфатаза, фосфолипаза. Липазной активностью обладают 53% штаммов, протеазной - 65% культур. Фосфолипазу «С» и фосфатазу образуют 68 и 65% штаммов, соответственно, что позволяет говорить об активном участии данных микроорганизмов в деструкционных процессах, протекающих в озере.

Также, проведенные исследования показали, что культивируемые бактерии рода Pseudomonas, выделенные из донных осадков озера Байкал, способны использовать полициклические ароматические углеводороды в качестве единственного источника углерода и энергии. Степень конверсии в условиях модельного эксперимента составляет 20 - 30%, за исключением штамма, отнесенного к Pseudomonas putida, где конверсия не превышает 3,1%, причем, пирен в данных условиях сохранился полностью. Способность селективного действия микроорганизмов на ПАУ наиболее четко прослеживается для штамма, отнесенного к Pseudomonas aeruginosa, в опытах с которым флуорантен разрушается в 2-3 раза быстрее, чем фенантрен и пирен. Следует отметить, что уровень биодеградации фенантрена сопоставим с таковым для флуорантена и пирена только в присутствии культуры Pseudomonas sp., а под влиянием штамма, идентифицированного как Pseudomonas fluorescens, сопоставим только с уровнем разрушения флуорантена и превышает уровень пирена. Наиболее активным штаммом, по отношению к указанным полициклическим ароматическим углеводородам, является штамм, отнесенный к Pseudomonas aeruginosa, менее активным оказался штамм, идентифицированный как Pseudomonas putida

Исследуемые микроорганизмы, несомненно, обладают высоким катаболическим потенциалом в биодеградации органополлютантов, обеспечивая чистоту байкальских вод, а само озеро Байкал может стать источником для получения высокоэффективных, лабильных штаммов биодеструкторов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Павлова, Ольга Николаевна, 2004 год

1. Андрусенко М. Я. Об окислении углеводородов различными физиологическими группами углеводородокисляющих микроорганизмов. // Биология и физиология микроорганизмов. АН УССР.: Изд - во «Фан», 1967.

2. Барам Г. И., Азарова И. Н., Горшков А. Г., Верещагин А. Л., Ланг Б., Кирюхина Е. Д. //Журнал аналитической химии. 2000. Т. 55, № 8. - С. 834 -839.

3. Барышникова Л. М., Грищенков В. Г., Аринбасаров М. У., Шкидченко А. И., Воронин А. И. Биодеградация нефтепродуктов штаммами -деструкторами и их ассоциациями в жидкой среде // Прикладная биохимия и микробиология. 2001. Т. 37, № 5. - С. 542 - 550.

4. Башкатова Н. А., Северина Л. О. Экзолипазы некоторых видов Pseudomonas II Микробиология. 1978. Т. 47, № 2. - С. 234 - 240.

5. Белькова Н. Л., Денисова Л. Я., Манакова Е. Н., Зайчиков Е. В., Грачев М. А. Видовое разнообразие глубоководных микроорганизмов озера Байкал, выявленное по последовательностям 16S рРНК //Доклады академии наук. -1996. Т. 38, № 5. С. 692 - 695.

6. Белькова Н. JL, Парфенова В. В., Косторнова Т. Я., Денисова JI. Я., Зайчиков Е. Ф. Характеристика биоразнообразия микробного сообщества водной толщи озера Байкал //Микробиология. 2003. Т. 72, № 2. - С. 239 -249.

7. Белькова Н. JL, Дрюккер В. В., Хонг С. X., Ан Т. С. Изучение состава водного бактериального сообщества озера Байкал методом гибридизации IN SITU //Микробиология. 2003. Т. 72, № 2. - С. 282 - 283.

8. Вотинцев К. К. Гидрохимия озера Байкал //Тр. Байк. лимнол. ст. АН СССР.-1961. Т. 20.-302 с.

9. Вотинцев К.К., Мещерякова А. И., Поповская Г. И. Круговорот органического вещества в озере Байкал // Н.: Наука, 1975. — 189 с.

10. Верхозина В. А. Микробиальные процессы круговорота азота в Байкале //Микроорганизмы в экосистемах озер и водохранилищ. Н.: Наука, 1985. С. 33-42.

11. Голдырев Г. С., Выхристюк Л. А., Лазо Ф. И. Донные отложения авандельты р. Селенги // Лимнология придельтовых пространств Байкала. Л.: Наука, 1971.-С. 43 -64.

12. Горбенко А. Ю., Дзюбан А. Н. О возможности количественного учета олигокарбофильного (олиготрофного) бактериопланктона на богатой питательной среде // Микробиология. 1992. Т. 61, № 3. - С. 531 - 532.

13. Горленко В. М, Дубинина Г. А., Кузнецов С. И. Экология водных микроорганизмов. М.: Наука, 1977.

14. Горшков А.Г., Маринайте И.И., Оболкин В.А., Барам Г.И., Ходжер Т.В. Полициклические ароматические углеводороды в снежном покрове южногопобережья оз. Байкал // Оптика атмосферы и океана. 1998. Т. 11, № 8. - С. 913-918.

15. Горшков А.Г., Маринайте И.И. Мониторинг экотоксикантов в объектах окружающей среды Прибайкалья // Оптика атмосферы и океана. 2003. Т. 13,№ 10.-С. 967-970.

16. Гранина Л.З., Каллендер Е., Ломоносов И.С., Мац В.Д., Голобокова Л.П. Аномалии состава поровых вод донных осадков Байкала // Геология и геофизика. 2001. Т. 42 (1-2). - С. 362-372.

17. Грищенков В. Г. и др. Деградация 3 хлорбензойной кислоты штаммом Pseudomonas putida II Микробиология. - 1983. Т. 52, № 5. - С. 771 - 775.

18. Громов Б. В., Павленко Т. В. Экология бактерий. Л.: Изд- во Ленингр. унта, 1989.

19. Денисова Л. Я., Белькова Н. Л., Тулухонов И. И., Зайчиков Е. В. Биоразнообразие бактерий на различных глубинах Южной котловины озера Байкал, выявленное по последовательностям 16S рРНК //Микробиология. — 1999. Т. 68, № 4. С. 475 - 483.

20. Заварзин Г. А. К понятию микрофлоры рассеяния в круговороте углерода //Журнал общей биологии. 1970. Т. 31, № 4. - С. 386 - 393.

21. Звягинцева И. С., Суровцева Э. Г., Поглазова М. Н., Ивойлов В. С., Беляев С. С. Деградация нефтяных масел нокардиоподобными бактериями //Микробиология. 2001. Т. 70, № 3. - С. 321 - 328.

22. Исаев В. П., Преснова Р. Н. Байкальская нефть. //Нефть и газ в современном мире: Геолого-экономические и социально-культурные аспекты: Материалы молодежной школы. Иркутск. - 2003. С. 45 -51.

23. Киприанова Е. А., Айзенман Б. Е., Бойко О.И. Ключ для определения сапрофитных флюоресцирующих бактерий рода Pseudomonas // Микробиологический журнал. 1973, № 3. - С. 367 - 369.

24. Киприанова Е. А., Бойко О. И. О возможности обнаружения пиоцианина в клетках Pseudomonas aeruginosa II Микробиология. 1980. Т. XLIX, № 4. -С. 555-559.

25. Киприанова Е. А., Бойко О. И. Чувствительность к ионам бария и ЭДТА как таксономический маркер рода Pseudomonas II Микробиология. 1992. Т. 61,№3.-С. 508-513.

26. Киприанова Е. А., Гарагуля А. Д., Леванова Г. Ф., Барышева Н. Н. Таксономическое изучение Pseudomonas fragi И Микробиология. 1988. Т. 57, №1.-С. 119- 125.

27. Кожов М. М. Очерки по Байкаловедению // Изд — во ИГУ. 1972.

28. Козлова Е. В. Влияние арсенита на физиологические и цитологические свойства штаммов Pseudomonas putida, деструкторов полициклических ароматических углеводородов. // Микробиология. 1999. Т. 68, № 2. - С. 179 -186.

29. Коронелли Т.В. Экофизиологические основы и практический опыт интродукции углеводородокисляющих бактерий в природные экосистемы // Интродукция микроорганизмов в окружающую среду. Тез. докл. Москва, 1994. -С. 53.

30. Коронелли Т. В. Видовая структура углеводородокисляющих бактериоценозов водных экосистем разных климатических зон // Микробиология. 1994. Т. 63, № 5. - С. 917 - 922.

31. Корте Ф. М. Экологическая химия. Основы и концепции. М.: Химия. — 1997.-395 с.

32. Кошелева И.А., Балашова Н.В., Измалкова Т.Ю., Филонов А.Е., Соколов С.Л., Слепенькин А.В., Воронин A.M. Деградация фенантрена мутантными штаммами-деструкторами нафталина //Микробиология. 2000. Т. 69, № 6. -С. 783-789.

33. Кузнецов С. И. Основные итоги и очередные задачи микробиологических исследований распада органического вещества в озерных иловых отложениях // Тр. Русск. гидробиол. об-ва. M.-JL - 1949. Вып. 1. - с. 73 -90.

34. Кузнецов С. И. Роль микроорганизмов в круговороте веществ // М.: Изд — во академии наук СССР. 1952.

35. Кузнецов С. И. Микробиологическая характеристика вод и грунтов Байкала. // Тр. Байкальск. лимнолог, ст. 1957. Т. XV. - С. 45 - 50.

36. Кузнецов С. И., Дубинина Г. А. Методы изучения водных микроорганизмов. М.: Наука. 1989. - 288 с.

37. Кузнецов С. И., Романенко В. И. Микробиологическое изучение внутренних водоемов. Лабораторное руководство. М.- Л.: Изд-во АН СССР. 1963.-129 с.

38. Кузнецов С. И. Микрофлора озер и ее геохимическая деятельность. Л. -1970.-400 с.

39. Лаптева Н. А. Видовая характеристика олиготрофных бактерий в озере Байкал // Микробиология. 1990. - Т. 59, № 3 - с. 499 - 506.

40. Лаптева Н. А., Шестаков В. В., Косолапова Н. Г. К характеристике бактериопланктона Телецкого озера //Сибирский экологический журнал. -1998, №2.-С. 201 -210.

41. Лут Б. Ф. Геоморфология Прибайкалья и впадины озера Байкал. Н.: Наука.- 1978.-С. 54-76.

42. Лях С. П. Адаптация микроорганизмов к низким температурам. М.: Наука.- 1976.- 106 с.

43. Максимова Э. А., Максимов В. Н. Вертикальное распределение микробиального планктона в течение 1969 года в Южном Байкале // Микробиология. 1972. - Т. 41. - С. 896 - 902.

44. Медицинская микробиология. // Под ред. Покровского В. И., Поздеева О. К.- 1999.- 1200 с.

45. Мизандронцев И. Б. Химический состав грунтовых растворов и вод придонного слоя // Лимнология придельтовых пространств Байкала. Л.: Наука.-1971.-С. 64-81.

46. Милько Е. С., Мартынкина Л. П. Морфрлогические и физиолого — биохимические особенности диссоциантов Pseudomonas aeruginosa II Микробиология. 1996. Т. 65, № 3. - С. 352 - 356.

47. Младова Т. А. О качественном составе бактериоплактона //Тр. Лимнолог, ин-та СО АН СССР. 1971. Т. 12 (32).-С. 196-201.

48. Младова Т. А. Численность и биомасса бактериопланктона //Тр. Лимнолог, ин-та. 1971. Т. 12 (32).-С. 185- 196.

49. Намсараев Б. Б., Земская Т. И. Микробиологические процессы круговорота углерода в донных осадках озера Байкал //Новосибирск. 2000. -160 с.

50. Никитин Д. И., Циренина М. Л., Чумаков К. М. // Изв. АН. СССР. Сер. биол.- 1986.-№ 1.-С. 125.

51. Никитин Д. И., Вишневецкая О. Ю., Златкин И. В. Кластеризация олиготрофных микроорганизмов на основании устойчивости к антибиотикам и динамических характеристик мембран // Микробиология. -1988. Т. 57, № 2. - С. 262 - 267.

52. Николаев О. А., Проссер Дж. И., Паников Н. С. Внеклеточные факторы адаптации к неблагоприятным условиям среды в периодической культуре Pseudomonas fluorescens 11 Микробиология. 2000. - Т. 69, № 5. - С. 629 — 635.

53. Оборин А. А., Калачникова И. Г., Масливец Т. А., Базенкова И. Н., Плещеева О. В., Оглоблина А. И. Восстановление нефтезагрязненных почвенных экосистем. М.: Наука. - 1988. - С. 140 - 159.

54. Определитель бактерий Берджи. В 2-х т. /Под ред. Дж. Хоулта, Н. Крига, П. Снита, Дж. Стейли, С. Уилльямса. М.: Мир, 1997. - 432 с.

55. Определение грамотрицательных потенциально патогенных бактерий возбудителей внутрибольничных инфекций. // М.: 1987. - Мин - во здравоохранения РСФСР.

56. Павлова О. Н., Дрюккер В. В. Систематика бактерий рода Pseudomonas, выделенных из озера Байкал. //Оценка современного состояния микробиологических исследований в Восточно Сибирском регионе. -Иркутск, 2002, с. 48 - 50.

57. Панасюк Е. Ю., Дрюккер В. В., Парфенова В. В., Косторнова Т. Я. Биоразнообразие и распределение бактерий семейства Enterobacteriacea и неферментирующей группы в озере Байкал // Сибирский экологический журнал. 2002. - Т. 9, № 4. - С. 485 - 490.

58. Парфенова В.В., Илялетдинов А. Н. Видовой состав фосформобилизующих микроорганизмов, выделенных из воды и грунтов Байкала //Микроорганизмы в экосистемах озер и водохранилищ. -Новосибирск: Наука. 1985. - С. 55 - 63.

59. Парфенова В. В., Павлова О. Н., Теркина И. А., Суслова М.Ю., Косторнова Т. Я., Никулина И.Г., Синюкович В.Н., Сороковикова Л.М.1. С. 96.

60. Изучение микробного сообщества окисленного слоя донных осадков оз. Байкал в придельтовом районе реки Селенга // Водные ресурсы. 2004, № 5 (в печати)

61. Практикум по микробиологии. // Под ред. Егорова Н. С. М., 1976. - 307 с.

62. Разумов А. С. Микробиологический планктон воды. // Тр. Всесоюзн. гидробиол. об ва. - 1962, № 12. - С. 60 - 190.

63. Родина А. Г. Методы водной микробиологии. JL: Наука, 1965. 363 с.

64. Рождественский А., В., Чеботарев А. И. Статистические методы в гидрологии // JI.: «Гидрометеоиздат». 1974. - 424 с.

65. Романенко В. И. Микробиологические процессы продукции и деструкции органического вещества во внутренних водоемах. JL: Наука. 1985. - 295 с.

66. Романенко В. И., Кузнецов С. И. Экология микроорганизмов пресных водоемов //М.: изд-во «Наука». 1974. - 194 с.

67. Романова А. П. Сезонная динамика бактериопланктона, его горизонтальное и вертикальное распределение в Южной части Байкала // Изв. СО АН СССР. 1958, № 7. - С. 114 - 124.

68. Рубан Е. JI. Физиология и биохимия представителей рода Pseudomonas. М.: Наука, 1986.

69. Смирнов В. В., Киприанова Е. А. Бактерии рода Pseudomonas. Киев: Наук. Думка. 1990. - 264 с.

70. Сороковикова Я. М., Авдеев В. В. Первичная продукция и деструкция органического вещества р. Селенги //Водные ресурсы. 1992. - Т. 5. - С. 163 -165.

71. Таусон В. О. Основные положения растительной биоэнергетики // Изд -во АН СССР. 1950.

72. Телегина 3. П. Влияние отрицательных температур на жизнеспособность углеводородокисляющих бактерий // Прикладная биохимия и микробиология. 1979. - Т.15, №2. - С. 254 - 257.

73. Трещанина Н. А. и др. Связь щелочной фосфатазы Pseudomonas maltophilia с мембранами // Микробиология. 1981. - Т. 1, № 4. - С. 613 -618.

74. Тыдельская И. JL, Рожавин М. А., Сологуб В. В. Селективная среда с этонием и пенициллином для выращивания Pseudomonas aeruginosa II Лаб. дело. 1980, № 9. - С. 549 - 550.

75. Хлыстов О.М., Клерке Ж., Де Батист М. Донные осадки, содержащие приповерхностные ГТ в оз. Байкал. // Третья Верещагинская Байкальская конференция: Тез. докл. Иркутск. - 2000. - С. 258.

76. Шевцова И. И., Украинский В. В. Состояние покоя, вызванное длительным водным дефицитом // Микробиология. 1980. - Т. 49, № 6. - С.88.892.

77. Шимарае^МГ^Г, Гранин Н. Г. К вопросу о стратификации и механизме конвекции в Байкале // Докл. АН. СССР. 1991. - Т. 321, №2. - С. 381-385.

78. Andersson R. Е., Bodin Н. G. Thermal inb ;tivation of a heat-resistant lipase- I Aproduces by the psychrotrophic bacterium Pseudomonas fluorescent// J 'dairy Sci. 1979. - Vol.62, № 3. - P. 361 - 367.

79. Anzai Y. Phylogenetic affiliation о f the Pseudomonads based on 16S rRNA sequence // Int. J. of Syst and Evol. Microbiol. 2000. - Vol. 50. - P. 1563 -1589.

80. Ballard R., Doudoroff M., Stainer R. et al. Taxonomy of aerobic pseudomonads: P. diminuta and P. veziculare II J.Gen. Microbiol. -1968. Vol. 53, №3.-P. 349-361.

81. Bowman J. P. Diversity and association of psichrophillic bacteria in Antarctic sea ice //Applied microbiology and biotechnology. 1997. - P. 3067 - 3078.

82. Bradley D. A. Function of Pseudomonas aeruginosa polar pili: twitching motility // Can. J. microbiol. 1980. - Vol. 26, № 1. - P. 146 - 154.

83. Buchanan Т., Pearce W. Pathogenic aspects of membrane components of Gram negative bacteria // Bacterial outher membranes, biogenesis and function. - New York: Wiley and Sons. - 1979. - P. 475 - 514.

84. Bugg Т. Uptake and active efflux of polycyclic aromatic hydrocarbons by Pseudomonas fluorescens II Applied microbiology and biotechnology. 2000. -Vol 66,№ 12.-P. 5387-5392.

85. Burbage D., Sasser M. A medium selective for Pseudomonas cepacia II Phytopatology. 1982. - Vol. 72, № 6. - P. 706 - 710.

86. Cerniglia С. E. Biodegradation of polycyclic aromatic hydrocarbons // Biodegradation. 1992, № 3. - P. 351 - 368.

87. Cho J. C., Tiedje J. M. Biogeography and degree of endemicity of fluorescent Pseudomonas strains in soil // Applied and environmental microbiology. - 2000. -Vol. 66, № 12. - P. 5448 - 5456.

88. Dooren de Jong L.E. Bijdrage tot de Kennis van het mineralisatieproces. -Rotterdam: Nijgt, van Ditmar. 1926.

89. De Vos N. Genotypic relationships and taxonomic localization of unclassified Pseudomonas and Pseudomonas lake strains by deoxyribonucleic acid: ribosomal ribonucleic acid hybridizations // Int. J. Syst. Bacteriol. - 1989. - Vol. 39.-P. 35-49.

90. Enkiri F. Hydrophobic adsorption of aromatic compounds on polyurethane as carbon source for Pseudomonas growth // Applied microbiology and biotechnology. 1995. - Vol. 44. - P. 539 - 545.

91. Fonchy E. et. al. Effect of growth temperature on hydrolytic and esterifying activities from Pseudomonas fragi grown on whey // Applied and environmental microbiology. 1999. - Vol. 65. - P. 3114 - 3120.

92. Foster J. W. Hydrocarbons as substrates for microorganisms. Journ. Antonie van Leeuwenhock. 1986. - Vol. 28. - P. 241 - 274.

93. Fuerst J. A., Hayward A. Surface appendages similar to fimbrial (pili) von Pseudomonas species // J. Gen. Microbiol. 1989. - Vol. 58, № 2. - P. 227 - 237.

94. Furtmann К. Phthalate in der aqatischen Umwelt. Dusseldorf: Landesamt fur Wasser und Abfall Nordrhein-Wesfalen, LWA-Materialen. 1993, № 6. - 177 p.

95. Giam C. S., Atlas E., Powers M. A., Leonard J. E. // The Handbook of environmental Chemistry. Berlin: Springer-Verlag. 1984. - Vol. 3, part C. - P. 67- 142.

96. Gheysen A. B. Production and comparison of peptide siderophores from strains of distantly related pathovars of Pseudomonas syringae and Pseudomonas viridiflava LMG 2352 // Applied and environmental microbiology. 2000. - Vol. 66, № l.-P. 325-331.

97. Goldberg J.B. Pseudomonas: global bacteria // Trends in microbiology. 2000. -Vol. 8, №2.-P. 456-460.

98. Grimberg S. J., Strigfellow W. Т., Aitken M. D. Quantifying the biodegradation of phenanthrene by Pseudomonas stutzeri in the presence of a nonionic surfactant // Applied and environmental microbiology. 1996. - Vol. 62,-"№7. -P. 2387-2392.

99. Guillou C., Guespin Michel J. F. Evidence for two domains of growth temperature for the psychrotrophic bacterium Pseudomonas fluorescens H Applied and environmental microbiology. - 1996. Vol. 62, № 9. - P. 3319 - 3324.

100. Gurman Sherman D. Differential effects of growth temperature on ice nuclei active at different temperatures that are produced by cells of Pseudomonas syringe II Criobiology. - 1995. Vol. 32, № 2. - P. 34 - 38.

101. Haigler В. E., Pettigrew C. A., Spain J. C. Biodegradation of mixtures of substituted benzenes by Pseudomonas sp. strain // Applied and environmental microbiology. 1992. - Vol. 58, № 7. - P. 2237 - 2244.

102. Halden R. U. Degradation of 3 phenoxybenzoic acid in soil by Pseudomonas pseudoalcaligenes and two modified Pseudomonas strains // Applied and environmental microbiology. - 1999. - Vol. 65, № 8. - P. 3354 - 3359.

103. Hersman L. E. et. al. Growth of Pseudomonas mendocina on Fe (III) (hydr) oxides // Applied and environmental microbiology. 2001. - Vol. 67, № 10. - P. 4448-4453.

104. Hoffman H. P., Geftic S. C., Heumann H., Adair F. W. Mesosomes in Pseudomonas aeruginosa II J. Bacteriol. 1973. - Vol. 114, № 2. - P. 434 - 438.

105. Hugh R., Leifson E. The taxonomic significance of fermentative versus oxidative m etabolism о f с arbohydrates b у v arious gram n egative b acteria / /J. Bacteriology. - 1953. - Vol. 66, №1. - P. 24 - 25.

106. Iizuka H., Komagata K. An attempt at grouping of the genus Pseudomonas II J. Gen. and Appl. Microbiol. 1963. - Vol. 9, № 1. - P. 73 - 82.

107. Jessen O. Pseudomonas aeruginosa and other green fluorescent pseudomonads. Munksgaad, Copenhgen. - 1965. - 240 p.

108. Johnsen K., Andersen S., Jacobsen C. S. Phenotypic and genotypic characterization of phenantrene degrading fluorecent Pseudomonas biovars // Applied and environmental microbiology/ - 1996. - Vol. 62, № 10. - P. 3818 -3825.

109. Kahng H-Y. Cellular Responses of Pseudomonas sp. KK1 to Two-Ring Polycyclic Aromatic Hydrocarbom, Naphthalene // Journal of Microbiology. -2002. Vol. 40, No. 1. - P. 38 - 42.

110. Kanner D. Pattern of Phenazine pigments production by strain of Pseudomonas aeruginosa II J. Bacteriol. 1978. - Vol. 137, № 2. - P. 690 - 692.

111. Kanaly R., Haarayma S. Biodegradation of high molecular weight polycyclic aromatic hydrocarbons by bacteria // J. of bacteriology. - 2000. - Vol. 182, № 8. -P. 2059-2067.

112. Kersters K. Recent chage in the classification of the Pseudomonads: an overveiw // Syst. Appl. Microbiol. 1996. - Vol. 19. - P. 465 - 477.

113. King E. O., Ward M. K., Raney D. E. Two simple media for demonstration of pyocyanin and fluorescin // J. Lab. Clin/ Med. 1954. - Vol. 44. - P. 301 - 307.

114. Kiyohara H., Nagao K., Yana K. Rapid screen for bacterial degrading water -insoluble, solid hydrocarbons on agar plates // Applied and environmental microbiology. 1982. - Vol. 43, № 2. - P. 454 - 457.

115. Kovacs N. Identification of Pseudomonas pyoceanea by the oxidase reaction I I Nature. 1956. - Vol. 178, № 39.

116. Lemke M. J., Leff L. G. Bacterial populations in an anthropogenically disturbed stream: comparison of different seasons //Microb. Ecol. 1999. - Vol. 38.-P. 234-243.

117. Lysenko O. Pseudomonas- an attempt at a general classification //J. Gen. Microbiol. 1961. - Vol. 25, № 3. p. 379 408.

118. Malkki Y., Mattson R., Rouhiainen L. Properties and use a new Pseudomonas peptidase. In: fifth Intern. Ferment. Symp. - 1976, sess. 19. - P. 307.

119. Marisol F. Highly active microbial communities in the ice and snow cover of high mountain lakes // Applied and environmental microbiology. 1995. - P. 2394-2401.

120. Master E. R., Mohn W. W. Psychrotolerant bacteria isolated from arctic soil that degrade polychlorinated biphenyls at low temperatures // Applied and environmental microbiology. 1998. - Vol. 64, № 12. - P. 4823 - 4829.

121. Membre J. M., Burlot P. M. Effects of temperature, pH, and NaCl on growth and pectinolytic activity of Pseudomonas marginalis II Applied and environmental microbiology. 1994. - Vol. 60, № 6. - P. 2017 - 2022.

122. Meyer J. M. Pyoverdines: pigments, siderophores and potential taxonomic markers of fluorescent Pseudomonas species // University of Louis - Pasteur. -2000.

123. Migula W. Shizomycetes // Engler and Prante. Naturlichen pflanzenfamilien. -1985.-P. 29.

124. Moeller V. Simplified tests for some amino acid decarboxylases and for the arginine dehydrolase system // Acta pathol. et microbiol. scand. 1955. - Vol. 36, №1. - P. 158- 172.

125. Nogales В. Combined use of 16S ribosomal DNA and 16S pPNA to study the bacterial community of polychlorinated biphenyl polluted soil //Applied and environmental microbiology. - 2001. - Vol. 67, № 4. - P. 1874 - 1884.

126. Oyama J., Foster J. W. Bacterial oxidation of cycloparafmic hydrocarbons. Journ. Antonie van Leeuwenhock. 1978. - Vol. 31, № 1. - P. 45 - 65.

127. O'Connor K. The effect of nutrient limitation on styrene metabolism in Pseudomonas putida CA 3 //Applied and environmental microbiology. - 1996. -Vol. 62, № 10. - P. 3594 - 3599.

128. Palleroni N. J. Pseudomonadacea // Bergeys manual of systematic bacteriology. 1984. - P. 140 - 218.

129. Palleroni N. J. Genus Pseudomonas Migula 1894 //Bergeys manual of systematic bacteriology. Ed. R. Noel, Krieg J. G., Holf Baltimor; London; Williams Wilkins. - 1984. - Vol. 1. - P. 141 - 198.

130. Palleroni N.J. Human and animalpathogenic Pseudomonads // The Prokaryotes: a handbook of the biology: Springier. - 1992. - Vol. 3. - P. 3086 -3103.

131. Palleroni N. J., Doudoroff M., Stanier R. Y. et al. Taxonomy of the aerobic Pseudomonads: the properties of the Pseudomonas stutzeri group //J. Gen. Mirobiol. 1970. - Vol. 60, № 2. - P. 215 - 231.

132. Rashid N. Low temperature lipase from psychrotrophic Pseudomonas sp. strain // Applied and environmental microbiology. - 2001. - Vol. 67, № 9. - P. 4064-4069.

133. Raymond R. L. Microbial oxidation of n-paraffinic hydrocarbons // Develop. Industry. Microbiology. 1961. - Vol 2, № 1. - P. 23 - 32.

134. Saijo Y., Mitamura O., Ogiyama K. Chemical composition of surface film in the coastal sea area and in fresh water lakes //Japan. J. Limnol. - 1974. - Vol. 35.-P. 110-116.

135. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular Cloning. A laboratory manual //Cold Spring Harbor Laboratory Press . 1989. - Vol. 2.

136. Sands D. С., Schroth M. N., Hildebrand D. C. Taxonomy of the phytopathogenic Pseudomonads // J. Bacterid. 1970. - Vol. 101. - P. 9 - 19.

137. Schulte G., Bonne L., Winder U. Glycogen and various polysaccharides stimulate a the formation of exolipase by Pseudomonas aeruginosa //Canad. J. microbiol. 1982. - Vol. 28, № 3. p. 636 - 642.

138. Snell J. J., Lapage S. P. Carbon source utilization test as an acid to the classification of none fermenting gram - negative bacteria // J. Gen. Microbiol. - 1973. - Vol. 74, № 1. p. 9 20.

139. Staley J. Т., Gosink J.J. Poles apart: biodeversity and biogeography of sea ice bacteria // Annual Rev. Microbiol. 1999. - Vol. 53. - P. 189 - 215.

140. Staples C. A., Peterson D. R., Parkerton T. F., Adams W. J. // Chemosphere. -1997. Vol. 35, № 4. - P. 667 - 749.

141. Stanier R. V., Palleroni N. J., Doudoroff M. The aerobic pseudomonads: a taxonomic study // J. Gen. microbial. 1966. - Vol. 43, № 2. - P. 159 - 271.

142. Stover С. K. Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa PAOl, an opportunistic pathogen // Nature. 2000. - Vol. 406. - P. 959 - 964.

143. Wiedmann M. Molecular and phenotypic characterization of Pseudomonas spp. Isolated from milk // Applied and environmental microbiology. 2000. -Vol. 66, № 5.

144. Willocx F. Modelling the influence of temperature and carbon dioxide upon the growth of Pseudomonas fluoresces II Food microbiology. 1993. - Vol.10, № 2. -P. 456-461.

145. Young H. O. Ultrastructure of Pseudomonas sacchorophila at early and late lag phase of growth. // J. Bacteriol. 1972. - Vol. 109, № 2. - P. 862 - 868.

146. Yen К. M., Serdar С. M. Genetics of naphtalene catabolism in Pseudomonas II Crit. Rev. Microbiol. 1988. - Vol. 15. - P. 247 - 668.