Влияние аналогов малых ядрышковых РНК на экспрессию генов человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, кандидат наук Степанов, Григорий Александрович

• Степанов, Григорий Александрович
• кандидат наук
• 2013

Оглавление диссертации кандидат наук Степанов, Григорий Александрович

ОГЛАВЛЕНИЕ

ОГЛАВЛЕНИЕ

ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1 УЧАСТИЕ МАЛЫХ ЯДРЫШКОВЫХ РНК В РЕГУЛЯЦИИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ

В КЛЕТКАХ ЭУКАРИОТ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

1.1 Введение

1.2. Структура малых ядрышковых РНК

1.2.1 Структурные особенности малых ядрышковых С/О-бокс-РНК

1.2.2 Структурные особенности малых ядрышковых Н/АСА-бокс-РНК

1.2.3 Разнообразие форм РНК, содержащих С/О- и Н/АСА-боксы

1.2.4 Организация генов, кодирующих малые ядрышковые РНК

1.3 Состав и структура рибонуклеопротеидов, осуществляющих 2'-0-метилирование

нуклеотидов рРНК

1.4. Участие С/О-бокс-РНК в процессинге РНК клеток эукариот

1.4.1 Участие С/О-бокс-РНК в сайт-специфичном 2'-0-метилировании нуклеотидов рибосомных РНК

1.4.2 Функциональная роль 2'-0-метилированных нуклеотидов в составе рибосомных РНК клеток эукариот

1.4.3 Участие С/О-бокс-РНК в пост-транскрипционном созревании пре-мРНК и регуляции трансляции мРНК

1.4.3.1 Процессинг СЛЭ-бокс-РНК до коротких форм и их участие в регуляции экспрессии генов

1.4.3.2 Участие С/О-бокс-РНК в жизненном цикле вируса Эпштейна-Барра

1.5 Искусственные ДНК-конструкции, кодирующие С/О-бокс-РНК, направленные на нарушение сплайсинга пре-мРНК

1.6 Методы выявления 2'-0-метилированных нуклеотидов в составе клеточных РНК

1.7. Изменение уровня экспрессии малых ядрышковых РНК при заболеваниях человека

1.8 Заключение

ГЛАВА 2 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

2.1 Материалы и реактивы

2.2 Ферменты

2.3 Олигодезоксирибонуклеотиды

2.3.1 Олигодезоксирибонуклеотиды, используемые для ОТ рРНК клеток человека

2.3.2 Олигодезоксирибонуклеотиды, используемые для ген-специфичного ОТ-ПЦР суммарной РНК клеток человека

2.3.3 Олигодезоксирибонуклеотиды, используемые для синтеза ДНК-матриц аналогов C/D-бокс-РНК

2.3 Олигорибонуклеотиды

2.4 Буферные смеси

2.5 Методы

2.5.1 Конструирование и синтез аналогов C/D-бокс-РНК

2.5.2 Введение [32Р]-метки по 5'-концу нуклеиновых кислот

2.5.3 Культуры клеток

2.5.4 Трансфекция клеток MCF-7 синтетическими РНК

2.5.5 Выделение суммарной РНК клеток человека

2.5.6 Выделение РНК из цитоплазматической и ядерной фракций клеток MCF-7

2.5.7 Выявление 2'-0-метилированных нуклеотидов в составе рРНК клеток человека

2.5.8 Определение первичной структуры рРНК клеток человека

2.5.9 Анализ накопления флуоресцентно меченой РНК в клетках MCF-7

2.5.11 Анализ стабильности аналогов C/D-бокс-РНК в клетках человека

2.5.12 Анализ изменения уровня мРНК в клетках человека, трансфицированных аналогами C/D-бокс-РНК

2.5.13 Анализ проапототических изменений цитоплазматической мембраны клеток человека MCF-7

2.5.14 Определение жизнеспособности клеток с помощью МТТ-теста

2.5.15 Подготовка препаратов суммарной РНК клеток MCF-7 для анализа экспрессии генов на

чипе Illumina HT-12. Первичный и вторичный анализ данных гибридизации

ГЛАВА 3 РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Структура и синтез аналогов C/D-бокс-РНК человека

3.2 Анализ накопления и локализации синтетических аналогов C/D-бокс-РНК в клетках человека

3.3 Влияние аналогов C/D-бокс-РНК на 2'-0-метилирование рибосомных РНК клеток человека

3.3.1 Модификация метода выявления 2'-0-метилированных нуклеотидов РНК

3.3.2 Влияние аналогов C/D-бокс-РНК на de novo 2'-0-метилирование нуклеотидов рРНК

3.3.3 Влияние аналогов C/D-бокс-РНК на глубину природного 2'-0-метилирования нуклеотидов рРНК клеток человека

3.4 Влияние аналогов C/D-бокс-РНК на сплайсинг пре-мРНК гена HSPA8

3.5 Анализ цитотоксического действия синтетических C/D-бокс-РНК на клетки человека в культуре

3.5.1 Сравнительный анализ влияния аналогов C/D-бокс-РНК на жизнеспособность клеток MCF-7

3.5.2 Влияние аналогов C/D-бокс-РНК на жизнеспособность клеток человека в сочетании с цитотоксическими агентами

3.6 Изменения транскриптома клеток человека MCF-7 под действием C/D-бокс-РНК

3.6.1 Функциональный анализ изменения экспрессии генов клеток MCF-7, трансфицированных аналогами C/D-бокс-РНК

3.6.2 Активация транскрипции интерферон-стимулируемых генов под действием синтетических аналогов C/D-бокс-РНК

3.6.3 Повышение уровня мРНК проапоптотических генов в клетках MCF-7, трансфицированных синтетическими аналогами C/D-бокс-РНК

3.6.4 Особенности структуры синтетических аналогов C/D-бокс-РНК, влияющие на активацию транскрипции генов врожденного иммунного ответа

3.6.5 Механизмы понижения уровня экспрессии генов при трансфекции клеток MCF-7

синтетическими аналогами C/D-бокс-РНК

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ

AGO — семейство белков Аргонавт

AMV - вирус миелобластоза птиц

CI - комбинационный индекс

DAPI - 4,6-диамидино-2-фенилиндол дигидрохлорид

ddNTP (ddATP, ddGTP, ddCTP, dTTP, ddUTP) - дидезоксинуклеозид-5'-трифосфат

dNTP- дезоксинуклеозид-5'-трифосфат

FAM - 5(6)-карбоксифлуоресцеин

FITC - флуоресцеин изоцианат

Flu-12-UTP - флуоресцеин-5(6)- карбоксиамидокапроил-[5-(3-аминоаллил)-2'-дезоксиуридин-

5'- трифосфат]

HSP- семейство белков теплового шока

IFN- интерферон

IL- интерлейкин

IMDM- культуральная среда Дульбеко в модификации Пскова

lncPHK - длинная некодирующая рибонуклеиновая кислота

m3U- З-М-метилуридин

M-MLV - вирус лейкемии мышей Молони

MTT- бромид 3-(4,5-диметилтиазол-2-ил)-2,5-тетразолия

NaAc- ацетат натрия

Nra- 2'-0-метилированный нукпеотид

NTP- нуклеозид-5'-трифосфат

PI- пропидий йодид

RFU- средний уровень флуоресценции

SAM- Б-аденозилметионин

scaPHK- рибонуклеиновая кислота телец Кахаля

SDS - додецилсульфат натрия

shPHK - малая шпилечная рибонуклеиновая кислота

siPHK- малая интерферирующая рибонуклеиновая кислота

TEMED- 1Ч,К,М',К'-тетраметилэтилендиамин

TLR - То11-подобный рецептор

UTR- нетранслируемая область последовательности матричной РНК

в-мяоРНК - вирусная малая ядрышковая РНК

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

ДНКаза - дезоксирибонуклеаза

ДТТ - дитиотреит

дцРНК - двуцепочечная рибонуклеиновая кислота

е.а. - единица активности

МЕ - международные единицы

мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота

мяоРНК - малая ядрышковая рибонуклеиновая кислота

мяРНК - малая ядерная рибонуклеиновая кислота

н. - нуклеотид

НК - нуклеиновая кислота

нкРНК - некодирующая белок рибонуклеиновая кислота

НМКРЛ - немелкоклеточный рак легкого

ОТ-ПЦР - обратная транскрипция с последующей полимеразной цепной реакцией

офВЭЖХ - обращенно-фазовая высокоэффективная жидкостная хроматография

оцРНК - одноцепочечная рибонуклеиновая кислота

п.н. - пара нуклеотидов

ПААГ - полиакриламидный гель

пре-микроРНК - предшественник микроРНК

пре-мРНК - предшественник матричной, рибонуклеиновой кислоты

пре-рРНК предшественник рибосомных рибонуклеиновых кислот

ПТЦ - пептидилтрансферазный центр рибосом

РМЖ - рак молочной железы

РНКаза - рибонуклеаза

РНП - рибонуклеопротеидные комплексы

рРНК - рибосомная рибонуклеиновая кислота

Трис - трис(гидроксиметил)аминометан

тРНК - транспортная рибонуклеиновая кислота

ТСХ - тонкослойная хроматография

ТФ - транскрипционный фактор

УФ-излучение - ультрафиолетовое излучение

ФНО - фактор некроза опухоли

ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Влияние аналогов малых ядрышковых РНК на экспрессию генов человека»

ВВЕДЕНИЕ

Разработка новых искусственных регуляторов экспрессии генов на основе знаний о структуре и функциях малых некодирующих РНК (нкРНК) является актуальной задачей для фундаментальной науки и практической медицины. Открытие явления РНК-интерференции привело к развитию работ, посвященных роли малых РНК в регуляции процессов реализации генетической информации [1]. Результаты таких работ убедительно показали эффективность применения коротких антисмысловых РНК для осуществления контроля над процессами жизнедеятельности клеток человека и стимулировали поиск новых природных механизмов регуляции экспрессии генов. В настоящее время известно, что малые нкРНК выполняют в клетках разнообразные функции - они участвуют в регуляции пост-транскрипционного созревания и стабильности различных РНК, могут влиять на транскрипцию и трансляцию матричных РНК (мРНК), а также являются компонентами сложных рибонуклеопротеидных комплексов, в составе которых проявляют специфическую каталитическую активность [2-4].

К классу нкРНК относятся малые ядрышковые РНК (мяоРНК, от англ. «small nucleolar RNAs», snoRNAs), которые содержат в своей структуре так называемые С- и D-боксы (C/D-бокс-мяоРНК) или Н- и АСА-боксы (Н/АСА-бокс-мяоРНК). Эти РНК играют ключевую роль в пост-транскрипционной модификации нуклеотидов рибосомных РНК (рРНК) клеток эукариот [5, 6]. В комплексе со специфическим набором белков C/D-бокс-РНК направляют 2'-0-метилирование нуклеотидов рРНК, Н/АСА-бокс-РНК направляют псевдоуридилирование рРНК. Недавние исследования показали, что мяоРНК обладают широким спектром функций, которые не ограничиваются их участием в ядрышковом созревании рибосомных РНК. Некоторые мяоРНК вовлечены в процессы регуляции сплайсинга и пост-транскрипционной модификации нуклеотидов пре-мРНК [7, 8]. Кроме того, C/D-бокс и Н/АСА-бокс-РНК, как и другие нкРНК, являются предшественниками коротких регуляторных форм РНК в клетках эукариот. Короткие фрагменты мяоРНК взаимодействуют с мРНК и пре-мРНК и влияют на результат альтернативного сплайсинга и эффективность трансляции РНК-мишени. Отдельные мяоРНК, а также их микроРНК-подобные фрагменты транспортируются в цитоплазму клеток и секретируются во внеклеточное пространство, где они могут играть роль переносчиков внутри-и межклеточных сигналов [9-11]. Исследования экспрессии генов малых ядрышковых РНК в различных тканях млекопитающих показали, что изменение уровня мяоРНК может быть напрямую связано с развитием заболеваний человека и животных [12, 13]. Особый интерес представляют данные, свидетельствующие об изменении экспрессии генов, кодирующих C/D-бокс- и Н/АСА-бокс-мяоРНК при онкотрансформации клеток [14,15].

Ранее основным подходом к исследованию свойств малых ядрышковых РНК было создание ДНК-конструкций, экспрессирующих искусственные РНК внутри клеток. С помощью таких ДНК-конструкций было показано, что изменяя область узнавания мишени в структуре C/D-бокс-мяоРНК, можно модулировать специфичность действия мяоРНК и направлять модификации в заранее заданные нуклеотиды новой РНК-мишени [5]. Направленное сайт-специфичное введение дополнительных 2'-0-метилированных нуклеотидов в состав рРНК дрожжей может индуцировать нарушения трансляции мРНК на рибосомах и приводить к снижению скорости роста клеток [16].

Таким образом, малые ядрышковые РНК являются перспективной основой для разработки новых искусственных модуляторов экспрессии генов. Изучение механизмов функционирования малых ядрышковых РНК и исследование нарушения их экспрессии в клетках могут открыть новые перспективы для разработки диагностических подходов и создания средств терапии заболеваний человека. В настоящее время, в частности, открытым остается вопрос влияния малых ядрышковых РНК на ключевые клеточные процессы в результате проникновения этих РНК в клетки из внеклеточного пространства.

Целью данной работы являлось исследование влияния синтетических аналогов малых ядрышковых C/D-бокс-РНК на экспрессию генов в клетках человека. В ходе работы планировалось решить следующие задачи:

сконструировать и синтезировать аналоги малых ядрышковых C/D-бокс-РНК, направленные на нуклеотиды 18S и 28S рРНК человека, участвующие в формировании ключевых функциональных центров рибосом, а также на нуклеотиды, критичные для сплайсинга пре-мРНК гена белка теплового шока HSPA8;

адаптировать метод определения первичной структуры РНК и методы выявления 2'-0-метилированных нуклеотидов в составе рибосомных РНК к использованию обратной транскриптазы вируса лейкемии мышей Молони (M-MLV);

исследовать влияние аналогов C/D-бокс-РНК на 2'-0-метилирование нуклеотидов рибосомных РНК в клетках человека;

исследовать влияние аналогов C/D-бокс-РНК на уровень мРНК гена HSPA8 в клетках человека;

провести анализ влияния аналогов C/D-бокс-РНК на жизнеспособность клеток аденокарциномы молочной железы человека MCF-7;

провести анализ изменения транскриптома клеток человека под действием синтетических аналогов C/D-бокс-РНК методом гибридизации РНК на полнотранскриптомных чипах Illumina.

ГЛАВА 1 УЧАСТИЕ МАЛЫХ ЯДРЫШКОВЫХ РНК В РЕГУЛЯЦИИ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ В КЛЕТКАХ ЭУКАРИОТ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)

1.1 Введение

Различные РНК клеток эукариот в ходе созревания проходят стадии ядерного посттранскрипционного процессинга, к которым относятся химические модификации нуклеотидов и разрезание пре-рРНК-транскрипта, сплайсинг пре-мРНК, копирование и полиаденилирование матричных РНК, редактирование мРНК и модификации нуклеотидов малых ядерных РНК (мяРНК). Известно, что в регуляции процессов созревания пре-рРНК важную роль играют малые ядрышковые РНК - СЛЭ-бокс-РНК и Н/АСА-бокс-РНК. Первоначально считалось, что участие в пост-транскрипционном процессинге рРНК является основной и единственной функцией мяоРНК в клетках эукариот. Позже было показано, что часть модификаций малых ядерных РНК клеток эукариот и транспортных РНК (тРНК) клеток архей осуществляют каталитические рибонуклеопротеидные комплексы, содержащие СЛЭ-бокс-РНК и Н/АСА-бокс-РНК [17, 18]. В настоящее время появились экспериментальные данные, позволяющие предположить наличие у мяоРНК целого набора и других регуляторных функций. Показано, например, что некоторые малые ядрышковые РНК участвуют в регуляции альтернативного сплайсинга и трансляции матричных РНК клеток эукариот [7, 8]. Новые данные свидетельствуют о том, что СЛЭ-бокс- и Н/АСА-бокс-РНК могут быть вовлечены в функционирование разнообразных сигнальных каскадов и могут контролировать рост и жизнедеятельность клеток [10].

Целью данного обзора литературы является рассмотрение разнообразия природных механизмов экспрессии генов в клетках эукариот, в которых принимают участие малые ядрышковые РНК. Наиболее детальное описание в обзоре посвящено строению и функциям СЛЭ-бокс-мяоРНК.

1.2. Структура малых ядрышковых РНК

К малым ядрышковым РНК относят многочисленную группу коротких некодирующих РНК, которые играют важную роль в пост-транскрипционном созревании предшественников других нкРНК - рРНК, тРНК и мяРНК [17, 18]. По наличию консервативных особенностей структуры почти все мяоРНК относят к двум семействам - СЛЭ-бокс-РНК и Н/АСА-бокс-РНК. Как уже упоминалось, эти мяоРНК играют ключевую роль в пост-транскрипционной модификации нуклеотидов рибосомных РНК клеток эукариот. СЛЭ-бокс-мяоРНК направляют сайт-специфичное 2'-0-метилирование нуклеотидов РНК-мишеней (Рисунок \А); Н/АСА бокс

мяоРНК участвуют в реакции псевдоуридилирования - превращения уридина в псевдоуридин в структуре рРНК (Рисунок 1 Б) [5, 6]. Отдельные малые ядрышковые РНК, такие как U3, U8, U13 и U22, необходимы также для вырезания зрелых форм 18S, 28S и 5.8S рРНК из структуры пре-рРНК-транскрипта в ходе его созревания [19, 20]. Кроме того, к мяоРНК относят РНК, входящие в состав РНКаз Р и MRP. РНКаза Р осуществляет удаление 5'-концевой лидерной последовательности у предшественников тРНК. Эндорибонуклеаза MRP (от англ. «mitochondrial RNA processing») гидролизует предшественник рРНК, высвобождая 5.8S рРНК [4, 21].

А

S-аденозилметионин S-аденозилгомоцистеин

о

rf^NH

О

А

HN NH

\

N ^О

о он

\

с' ^о

псевдоуридинсинтаза

iPfi

о он

Рис. 1. Химические модификации нуклеотидов РНК, осуществляемые рибонуклеопротеидными комплексами, содержащими малые ядрышковые РНК. (А) 2'-0-метилирование нуклеотидов РНК. (Б) Превращение уридина в псевдоуридин (псевдоуридилирование) в структуре РНК.

1.2.1 Структурные особенности малых ядрышковых С/О-бокс-РНК

Малые ядрышковые С/О-бокс-РНК представляют собой одноцепочечные РНК (оцРНК) длиной 60-120 н. В структуре СЮ-бокс-РНК выделяют консервативные элементы - «С-бокс» (тЮА1ЮА) и «Э-бокс» (С1ЮА). В молекуле мяоРНК С- и О-боксы расположены вблизи 5'- и 3'-концов соответственно (Рисунок 2).

А

С-бокс Зу Рнк~ми,„г

О-бокс

бокс

NNNNN1

>10 н. >3 н. <-» <->

>10 н. <->

С-бокс

О'-бокс С'-бокс

¡мши

й-бокс

В

5'

5 н. <->

<—^-» — з' С/О-бокс-РНК

I I

3'

I I

РНК-мишень

М

Рис. 2. Структура малых ядрышковых С/О-бокс-РНК. (А) Схематичное изображение строения С/О-бокс-РНК и взаимодействия мяоРНК с РНК-мишенью. (Б) Структурные «правила» расположения консервативных элементов - С (С')- и О (О')-боксов - в молекуле малой ядрышковой РНК (в соответствии с [22]). (В) Структура дуплекса мяоРНК*рРНК, определяющая мишень 2'-0-метилирования. М - положение нуклеотида-мишени 2'-0-метилирования.

В структуре СЛЭ-бокс-РНК выделяют также «область узнавания» - последовательность из 10-21 н., расположенную с 5'-конца от Б-бокса и частично комплементарную участку рРНК-мишени. Область узнавания служит для определения нуклеотида, который является мишенью 2'-0-метилирования. Модификации подвергается пятый нуклеотид РНК-мишени от Б-бокса (Рисунок 2А и В) [5]. В структуре некоторых СЮ-бокс-РНК выделяют дополнительную пару функциональных элементов - «С'-бокс» и «Б'-бокс», которые расположены вблизи центральной части молекулы малой ядрышковой РНК (Рисунок 2А и В). Область узнавания, расположенная с 5'-стороны от Б'-бокса, также служит для направленного 2'-0-метилирования нуклеотидов комплементарной РНК-мишени [23, 24]. Во вторичной структуре большинства мяоРНК С- и Б-боксы сближены за счет короткого несовершенного (4—5 п.н.) дуплекса, образованного 5'- и З'-концевыми участками (Рисунок 2А). Структура, включающая С- и Б-боксы и концевой дуплекс, названа «СЛЭ-мотивом» [25].

1.2.2 Структурные особенности малых ядрышковых Н/АСА-бокс-РНК

Консервативные элементы последовательностей малых ядрышковых РНК, направляющих псевдоуридилирование рРНК, получили название Н- и АСА-боксов (Рисунок 3). Н/АСА-бокс-РНК имеют общую вторичную структуру, состоящую из двух шпилек, соединенных петлей, и 3'-концевого одноцепочечного участка [6, 25]. Н-бокс представляет собой последовательность пяти нуклеотидов - АКАМЫА (Ы - любой нуклеотид). АСА-бокс расположен на расстоянии трех нуклеотидов от З'-конца мяоРНК (Рисунок ЗА). Оба бокса - Ни АСА- - находятся в основании шпильки с 5'- и З'-конца соответственно [18]. Каждая Н/АСА-мяоРНК содержит область узнавания (9-13 н.), состоящую из двух отдельных частей, которая находится во внутренней области шпилек. При взаимодействии мяоРНК с РНК-мишенью образуются два двуцепочечных участка, фланкирующие два нуклеотида, один из которых становится мишенью направленной изомерации (Рисунок ЗА). Так же как и для СЮ-бокс-РНК, для Н/АСА-бокс-РНК существует правило взаимного расположения нуклеотида-мишени и консервативных боксов, согласно которому . расстояние от Н- или АСА-бокса до модифицируемого нуклеотида должно составлять 14-16 н. (Рисунок 3Б). В ходе реакции псевдоуридилирования происходит разрыв И-гликозидной связи выбранного уридина-мишени, поворот урацила, который в промежуточном состоянии ковалентно связан с активным центром фермента, на 180° вокруг оси Сб-Из и образование С-гликозидной связи (СГ-С5) [17,26,27].

Н-бокс АСА-бокс

Б

Рис. 3. Структура малых ядрышковых Н/АСА-бокс-РНК (в соответствии с [22]). (А) Схематичное изображение строения Н/АСА-бокс-РНК и взаимодействия мяоРНК с РНК-мишенью. (Б) Структура дуплекса мяоРНК/рРНК, определяющая мишень псевдоуридилирования. - псевдоуридин.

1.2.3 Разнообразие форм РНК, содержащих С/И- и Н/АСА-боксы

Благодаря наличию в структуре малых ядрышковых РНК консервативных элементов, были разработаны биоинформационные и экспериментальные подходы поиска малых ядрышковых РНК в клетках различных организмов и отдельных органах животных и человека [22, 28-30]. Малые ядрышковые РНК обнаружены в клетках как высших, так и низших эукариот. Гомологи эукариотических мяоРНК были также обнаружены в клетках архей [31-33]. Это указывает на эволюционную консервативность механизма модификации нуклеотидов РНК с участием малых ядрышковых РНК и позволяет проводить исследования свойств СЮ-бокс и Н/АСА-бокс-РНК на менее сложных объектах и экстраполировать полученные данные на клетки эукариот.

Детальный анализ форм C/D-бокс-РНК, обнаруженных в клетках животных и растений, показал, что С-, D-, С'- и D'-боксы в своей структуре могут содержать однонуклеотидные (в случае D/D' боксов) или даже двунуклеотидные (в случае С/С'-боксов) отклонения от ранее описанных последовательностей - RUGAUGA и CUGA [22, 34]. Так, около 20% выявленных форм C/D-бокс-РНК млекопитающих содержат последовательность RUGAUGU в положении С/С'-боксов. В то же время было показано, что консервативная последовательность С- и D-боксов критична для связывания мяоРНК со специфичными белками, и значительные изменения в последовательности этих элементов могут приводить к нарушению функций мяоРНК [35-37].

Одним из основных подходов к выявлению новых C/D-бокс-мяоРНК является выделение фракций малых РНК из клеток с последующим конструированием и секвенированием кДНК-библиотек. Подробное описание природных C/D-бокс-мяоРНК привело к формированию специальных правил, позволяющих максимально корректно выявлять функциональные формы малых ядрышковых РНК в полученных кДНК-библиотеках. Так, расстояние между С- и D-боксами (как и С'- и D'-боксами) должно быть не менее 10 н.; С'-бокс должен быть расположен с З'-конца от D'-бокса на расстоянии не менее 3 н.; область комплементарности C/D-бокс-РНК к РНК-мишени должна быть не менее 9 н., при этом для осуществления реакции 2'-0-метилирования комплементарность первого нуклеотида области узнавания мяоРНК с нуклеотидом РНК-мишени необязательна (Рисунок 2Б, В) [5, 22, 38]. Возможное количество неканонических пар в дуплексе мяоРНК'рРНК сильно варьирует в зависимости от длины дуплекса, термодинамической стабильности дуплекса и неканонической пары, а также положения неканонической пары относительно D-бокса. Так, дуплекс между рРНК и областью узнавания мишени длиной 17 н. в мяоРНК, направляющей 2'-0-метилирование, может содержать до трех G-U пар. Наименее вероятно 2'-0-метилирование нуклеотида-мишени при наличии в дуплексе пар С-А, C-U. При этом наиболее чувствительны к некомплементарным парам положения в дуплексе мяоРНК с рРНК-мишенью вблизи пятого нуклеотида от D-бокса [5, 38].

В клетках эукариот обнаружены малые РНК, содержащие С- и D-боксы, но не соответствующие общей структуре, представленной на Рисунке 2 [19, 39]. Так, отдельные C/D-бокс-РНК, которые вовлечены в разрезание пре-рРНК-транскрипта, в частности, U3, U8 и U13, содержат на 5'-конце структуру кэпа [19, 40]. Описаны также малые некодирующие РНК, содержащие одновременно C/D- и Н/АСА-боксы. Такие РНК локализуются в особых ядерных структурах - тельцах Кахаля, или спиральных тельцах, клеток животных и ядрышковых тельцах клеток дрожжей [19, 41]. Было установлено, что РНК телец Кахаля, названные scaPHK (от англ. «Cajal body-specific small RNAs»), могут направлять обе модификации - как 2'-0-

метилирование, так и псевдоуридилирование - и участвуют в модификации нуклеотидов малых ядерных РНК [42]. Кроме того, в клетках человека обнаружены длинные некодирующие РНК (IncPHK, от англ. «long non-coding RNAs»), содержащие вблизи 5'- и З'-концов последовательности С- и D-боксов. Новые нкРНК, имеющие длину порядка 1200-2900 н., получили название sno-lncPHK. Функции sno-lncPHK не установлены, но показано, что изменение их уровня в клетках может приводить к нарушению сплайсинга пре-мРНК различных генов. При этом предполагают, что С- и D-боксы в структуре таких РНК обеспечивают их стабильность [43]. Существуют также кольцевые РНК C/D-бокс-РНК, которые были обнаружены в клетках архей Pyrococcus furiosus [44].

Описанное к настоящему времени многообразие форм РНК, содержащих в своей структуре элементы, характерные для мяоРНК, а именно, пары C/D- и Н/АСА-боксов, указывает на широкий набор функций, которые могут выполнять такие РНК в клетках живых организмов. Разнообразие организмов, в которых были обнаружены C/D- и Н/АСА-бокс-РНК -от представителей архей до высших животных и растений - свидетельствует об эволюционной древности регуляторных механизмов, в которых принимают участие эти РНК.

1.2.4 Организация генов, кодирующих малые ядрышковые РНК

В клетках позвоночных гены малых ядрышковых РНК находятся в интронах как белок-кодирующих, так и белок-некодирующих РНК. Интересно, что большое количество генов мяоРНК, участвующих в модификации нуклеотидов рРНК, консервативно расположено в генах домашнего хозяйства, в том числе в генах белков, участвующих в биогенезе рибосом [45, 46]. Так как уровень мяоРНК в клетках напрямую зависит от экспрессии гена, в котором она закодирована, то описанное расположение генов малых ядрышковых РНК указывает на генетически и эволюционно запрограммированное участие C/D- и Н/АСА-бокс-РНК в созревании рРНК. Зрелая мяоРНК образуется в результате разрушения структуры лассо интрона, вырезанного в ходе сплайсинга, и дальнейшего процессинга предшественника мяоРНК экзонуклеазами. Большинство генов C/D-бокс-РНК расположено на расстоянии 70-80 н. от 3'-конца интрона, что указывает на взаимосвязь регуляторных путей сплайсинга и процессов созревания малых ядрышковых РНК [47, 48]. Однако было установлено, что некоторые C/D-бокс-РНК закодированы на большем расстоянии от границы интрона с последующим экзоном, и их созревание проходит по сплайсинг-независимому механизму [48]. Гены таких мяоРНК окружены инвертированным повтором, который формирует несовершенный дуплекс длиной порядка 20 н.п. и стабилизирует вторичную структуру C/D-мотива предшественника мяоРНК. Стабилизированный C/D-мотив узнается белком 15.5 kD,

который инициирует созревание малой ядрышковой C/D-бокс-РНК и дальнейшую сборку рибонуклеопротеидного метилтрансферазного комплекса [48]. Незначительная часть малых ядрышковых РНК клеток высших эукариот закодирована отдельными транскрипционными единицами. Такие мяоРНК независимо синтезируются РНК-полимеразой П и проходят стадию кэпирования [40,46].

В геноме позвоночных гены малых ядрышковых РНК расположены по одному в интроне, но при этом ген одной мРНК может содержать множество генов одной или разных мяоРНК [49]. Например, в интронах гена человека GAS5 закодированы 10 разных C/D-бокс-РНК; ген MEG8 содержит в интронах 1, 9 и 31 копию генов C/D-бокс-РНК SNORD112, SNORD113 и SNORDU4 соответственно; а ген SNORD115, кодирующий C/D-бокс-РНК НВП-52, имеет 48 копий в геноме человека и порядка 130 копий в геноме мыши [50, 51]. Согласно биоинформационному анализу, общее число всех подтвержденных и предполагаемых генов малых ядрышковых РНК в геноме человека превышает 1000 копий [52]. В то же время в клетках дрожжей S. cerevisiae только небольшая часть генов C/D-бокс- и Н/АСА-бокс-РНК содержится в интронах. Большинство мяоРНК дрожжей экспрессируется независимо в виде moho-, ди- или полицистронного РНК-транскрипта, который далее подвергается процессингу эндо- и экзонуклеазами. Наличие кластеров многократно повторяющихся генов различных мяоРНК, транскрибирующихся в виде полицистронного предшественника, также широко распространено у высших растений и у простейших семейства Trypanosoma [25, 40,46].

В настоящее время сформированы базы данных, которые дают представление о разнообразии структур малых ядрышковых РНК, о положении генов C/D-бокс- и Н/АСА-бокс-мяоРНК в геномах различных организмов и об известных РНК-мишенях этих РНК [19, 53, 54]. Например, одна из наиболее востребованных баз данных «snoRNA-LBME-db, а comprehensive database of human H/ACA and C/D box snoRNAs» содержит информацию о структуре и функциях более 350 описанных мяоРНК и 25 известных РНК телец Кахаля [19].

1.3 Состав и структура рибонуклеопротеидов, осуществляющих 2'-0-метилирование

нуклеотидов рРНК

Малые ядрышковые РНК функционируют в составе рибонуклеопротеидных комплексов (РПК). В каждый такой комплекс в клетках эукариот входит одна молекула малой ядрышковой РНК, специфичный набор РНК-связывающих белков, в том числе фермент, катализирующий реакцию модификации. В клетках млекопитающих в каталитический комплекс, осуществляющий 2'-0-метилирование нуклеотидов рРНК, входят фибрилларин (S-аденозилметионин (5АМ)-зависимая метилтрансфераза), белки NOP56p (от англ. «nucleolar protein 56»), NOP58p и 15.5 kD (Рисунок 4) [35, 55, 56]. В клетках дрожжей обнаружены функциональные и структурные гомологи этих белков: Noplp, Nop56p, Nop58p и Snul3p соответственно. В клетках архей каталитически активные комплексы гомологов C/D-бокс-РНК с белками содержат фибрилларин, Nop5 и белок L7ae, входящий в состав большой субъединицы рибосомы клеток архей [57, 58].

3'

Рис. 4. Схематическое изображение комплекса малой ядрышковой С/Б-бокс-РНК с белками клеток эукариот.

Н/АСА бокс мяоРНК, направляющие псевдоуридилирование рРНК, взаимодействуют в клетках эукариот с другим набором белков, включающим дискерин (псевдоуринсинтазу СВР5р), ОАЮр, МОР Юр и 1ЧНР2р (Рисунок 5) [25]. Их функциональные гомологи: СЬГ5, Саг1, Мор 10 и Ь7ае соответственно - найдены в клетках архей [59].

3' о,..

М

Н-бокс АСА-бокс

Рис. 5. Схематическое изображение комплекса малой ядрышковой Н/АСА-бокс-РНК с белками клеток эукариот.

С применением широкого спектра методов, включающего электронную микроскопию и кристаллографию, было установлено, что C/D-мотив малых ядрышковых РНК служит местом сборки функционального каталитического комплекса [36, 58, 60, 61]. Белок 15.5 kD (Snul3p) взаимодействует с C/D-мотивом еще на стадии созревания мяоРНК и инициирует сборку каталитически компетентного комплекса [48]. Показано, что 15.5 kD млекопитающих, как и его гомолог из клеток дрожжей, также участвует в сборке и функционировании сплайсосом, взаимодействуя со структурой U4/U6*U5 мяРНК [62-65]. Для связывания 15.5 kD (и гомологичных ему белков - Snul3p клеток дрожжей) с РНК необходимо наличие в структуре РНК специфичного структурного элемента, получившего название «Kink-turn» (K-turn) [37, 6668]. K-turn был впервые описан как элемент вторичной структуры 23S и 16S рибосомных РНК клеток архей и обнаружен в структуре U4 малой ядерной РНК (Рисунок 6А) [69]. Во вторичной структуре малых ядрышковых РНК K-turn включает в себя С- и D-боксы, а также концевой дуплекс мяоРНК (Рисунок 6Б) [70, 60]. При этом C'/D'-мотив не образует K-turn, и поэтому белок 15.5 kD (Snul3p) непосредственно взаимодействует только с C/D-мотивом [37, 60, 66].

А Б 3'

С-бокс 0 -с

N0^ С О й-бокс

N ^ К ^

(С)С-С(С) ГЧ-М

5 3 м _ м

5' 3'

Рис. 6. Элемент вторичной структуры РНК К-Шгп. (А) К-Шгп во вторичной структуре рибосомных РНК. (Б) Структура элемента К-Шгп, описанная для СЮ-бокс-мяоРНК (в соответствии с [70]).

Белок Ь7ае клеток архей образует комплексы с обеими парами С/Е>(С'/0')-боксов (Рисунок 1А) [68, 71, 72]. За счет этого метилтрансферазные комплексы, содержащие С/О-бокс-РНК и белки архей, имеют симметирное строение, в отличие от своих эукариотических гомологов. Данные, полученные с помощью электронной микроскопии, позволили установить, что комплексы белков с СЛЭ-бокс-РНК в клетках архей способны образовывать димеры за счет межмолекулярного взаимодействия молекул белка Ь7ае, как это схематично показано на Рисунке 1Б [58]. Такие рибонуклеопротеидные комплексы архей содержат по две молекулы С/Е)-бокс-РНК и по две пары белков Ь7ае, 1Чор5 и фибрилларина (Рисунок 1Б).

Рис. 7. Рибонуклеопротеидные комплексы, осуществляющие 2'-0-метилирование нуклеотидов РНК в клетках архей. (А) Схематическое изображение комплекса малой ядрышковой СЯ)-бокс-РНК с белками клеток архей. (Б) Схематическое изображение димера РПК, содержащего две молекулы С/Б-бокс-РНК [59].

Аминокислотная последовательность фибрилларина (Noplp) содержит консервативный мотив SAM-зависимых метилтрансфераз [73]. Точечные мутации в предполагаемом метилтрансферазном мотиве фибрилларина дрожжей полностью ингибирует метилирование остатков рибозы в рРНК [74]. Эти данные позволили предположить, что и Noplp дрожжей, и фибрилларин млекопитающих являются метилтрансферазой в рибонуклеопротеидных комплексах, содержащих C/D-бокс-РНК, что позже подтвердили в экспериментах in vitro [75]. В экспериментах in vivo было показано, что фибрилларин и NOP58p связываются с C/D-мотивом мяоРНК независимо, в то время как для связывания NOP56p с C'/D'-мотивом необходимо присутствие фибрилларина [76, 77]. В недавних исследованиях было показано, что в клетках фибрилларин взаимодействует с NOP56p еще до включения белков в комплекс с малой ядрышковой РНК [78].

Для того, чтобы однозначно установить структуру взаимодействия C/D-бокс-РНК со специфическими белками и изучить молекулярные основы 2'-0-метилирования нуклеотидов рРНК, был проведен ренттеноструктурный анализ каталитического метилтрансферазного комплекса клеток архей с РНК-субстратом [68, 79]. Полученные данные подтвердили роль отдельных белков и структурных элементов C/D-бокс-РНК в формировании каталитически активных комплексов и направленной модификации нуклеотида РНК-мишени. Так, например, было установлено, что белок Nop5 необходим для формирования каталитически компетентной геометрии взаимодействия C/D-бокс-РНК с РНК-мишенью в ходе реакции 2'-0-метилирования и для взаимодействия фибрилларина с нуклеотидом-мишенью [68,79, 80].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Степанов, Григорий Александрович, 2013 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Fire, A., Xu, S., Montgomery, M. К., Kostas, S. A., Driver, S. E., Mello, С. C. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans // Nature. - 1998. - V. 391. - P. 806-811.

2. Krol, J., Loedige, I., Filipowicz, W. The widespread regulation of microRNA biogenesis, function and decay // Nat. Rev. Genet. - 2010. - V. 11. - P.597-610.

3. Valadkhan, S., Mohammadi, A., Jaladat, Y., Geisler, S. Protein-free small nuclear RNAs catalyze a two-step splicing reaction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2009. - V. 106. - P. 11901-11906.

4. Xiao, S., Scott, F., Fierke, C. A., Engelke, D. R. Eukaryotic ribonuclease P: a plurality of ribonucleoprotein enzymes // Annu. Rev. Biochem. - 2002. - V. 71. - P. 165-189.

5. Cavaille, J., Nicoloso, M., Bachellerie, J. P. Targeted ribose methylation of RNA in vivo directed by tailored antisense RNA guides // Nature. - 1996. - V. 383. - P. 732-735.

6. Ganot, P., Bortolin, M. L., Kiss, T. Site-specific pseudouridine formation in preribosomal RNA is guided by small nucleolar RNAs // Cell. - 1997. - V. 89. - P. 799-809.

7. Kishore, S., Stamm, S. The snoRNA HBII-52 regulates alternative splicing of the serotonin receptor 2C // Science. - 2006. - V. 311. - P. 230-232.

8. Vitali, P., Basyuk, E., Le, M. E., Bertrand, E., Muscatelli, F., Cavaille, J., Huttenhofer, A. ADAR2 mediated editing of RNA substrates in the nucleolus is inhibited by C/D small nucleolar RNAs // J. Cell. Biochem. - 2005. - V. 169. - P. 745-753.

9. Semenov, D. V., Baryakin, D. N., Brenner, E.V., Kurilshikov, A. M., Vasiliev, G. V., Bryzgalov, L. A., Chikova, E. D., Filippova, J. A., Kuligina, E. V., Richter, V. A. Unbiased approach to profile the variety of small non-coding RNA of human blood plasma with massively parallel sequencing technology // Expert Opin. Biol. Ther. - 2012. - V. 12 Suppl. 1 - P. S43-S51.

10. Michel, С. I., Holley, C. L., Scruggs, B. S., Sidhu, R., Brookheart, R. Т., Listenberger, L. L., Behlke, M. A., Ory, D. S„ Schaffer, J. E. Small nucleolar RNAs U32a, U33, and U35a are critical mediators of metabolic stress // Cell. Metab. - 2011. - V. 14. - P. 33^44.

11. Ono, M., Scott, M. S„ Yamada, K., Avolio, F„ Barton, G. J., Lamond, A. I. Identification of human miRNA precursors that resemble box C/D snoRNAs // Nucleic Acids Res. -2011. - V. 39. - N. 9. - P. 3879-3891.

12. Doe, С. M., Relkovic, D., Garfield, A. S., Dalley, J. W., Theobald, D. E., Humby, Т., Wilkinson, L. S., Isles, A. R Loss of the imprinted snoRNA mbii-52 leads to increased

5htr2c pre-RNA editing and altered 5HT2CR-mediated behavior // Hum. Mol. Genet. -2009. - V. 18. - P. 2140-2148.

13. Laufer, В. I., Mantha, K., Kleiber, M. L., Diehl, E. J., Addison, S. M., Singh, S. M. Long lasting alterations to DNA methylation and ncRNAs may underlie the effects of fetal alcohol exposure // Dis. Model. Mech. - 2013. - V. 6. - P. 977-992

14. Su, H., Xu, Т., Ganapathy, S., Shadfan, M., Long, M., Huang, Т. H., Thompson, I., Yuan, Z. M. Elevated snoRNA biogenesis is essential in breast cancer // Oncogene. - 2013. -doi:10.1038/onc.2013.89.

15. Williams, G. Т., Farzaneh, F. Are snoRNAs and snoRNA host genes new players in cancer? // Nat. Rev. Cancer. - 2012. - V. 12. - N. 2. - P. 84-88.

16. Liu, В., Fournier, M. J. Interference probing of rRNA with snoRNPs: A novel approach for functional mapping of RNA in vivo // RNA. - 2004. - V. 10. - P. 1130-1141.

17. Watkins, N. J., Bohnsack, M. T. The box C/D and H/ACA snoRNPs: key players in the modification, processing and the dynamic folding of ribosomal RNA // Wiley Interdiscip. Rev. -RNA. - 2012. - V. 3. - P. 397^14.

18. Bratkovic, Т., Rogelj, B. Biology and applications of small nucleolar RNAs // Cell. Mol. Life Sci. - 2011. - V. 68. - P. 3843-3851

19. Lestrade, L., Weber, M. J. snoRNA-LBME-db, a comprehensive database of human H/ACA and C/D box snoRNAs // Nucleic Acids Res. - 2006. - V. 34. - P. D158-D162.

20. Cavaille, J., Hadjiolov, A. A., Bachellerie, J. P. Processing of mammalian rRNA precursors at the 3' end of 18S rRNA. Identification of cis-acting signals suggests the involvement of U13 small nucleolar RNA // Eur. J. Biochem. - 1996. - V. 242. - N. 2. - P. 206-213.

21. Макарова, Ю. А., Крамеров, Д. А. Малые ядрышковые РНК // Молекулярная биология. - 2007. - Т. 41. - С. 246-259.

22. Huttenhofer, A., Cavaille, J., Bachellerie, J. P. Experimental RNomics: a global approach to identifying small nuclear RNAs and their targets in different model organisms // Methods Mol. Biol. - 2004. - V. 265. - P. 409-428.

23. Tycowski, К. Т., Smith, С. M., Shu, M. D., Steitz, J. A. A small nucleolar RNA requirement for site-specific ribose methylation of rRNA in Xenopus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1996. - V. 93. - P. 14480-14485.

24. Kiss-Laszlo, Z., Henry, Y., Kiss, T. Sequence and structural elements of methylation guide snoRNAs essential for site-specific ribose methylation of pre-rRNA // EMBO J. - 1998. -V. 17.-P. 797-807.

25. Bachellerie, J. P., Cavaille, J., Huttenhofer, A. The expanding snoRNA world // Biochimie. - 2002. - V. 84. - P. 775-790.

26. Ofengand, J. Ribosomal RNA pseudouridines and pseudouridine synthases // FEB S Lett. -

2001.-V. 514.-P. 17-25.

27. Liang, X. H., Liu, Q., Liu, Q., King, T. H., Fournier, M. J. Strong dependence between functional domains in a dual-function snoRNA infers coupling of rRNA processing and modification events // Nucleic Acids Res. - 2010. - V. 38. - P. 3376-3387.

28. Fedorov, A., Stombaugh, J., Harr, M. W., Yu, S., Nasalean, L., Shepelev, V. Computer identification of snoRNA genes using a Mammalian Orthologous Intron Database // Nucleic Acids Res. - 2005. - V. 33. - P. 4578^583.

29. Rederstorff, M., Bernhart, S. H., Tanzer, A., Zywicki, M., Perfler, K., Lukasser, M., Hofacker, I. L., Huttenhofer, A. RNPomics: defining the ncRNA transcriptome by cDNA library generation from ribonucleo-protein particles // Nucleic Acids Res. - 2010. - V. 38. -ell3.

30. Liu, N., Xiao, B., Ren, H. Y., Tang, Z. L., Li, K. Systematic identification and characterization of porcine snoRNAs: structural, functional and developmental insights // Anim. Genet. - 2013. - V. 44. - P. 24-33.

31. Omer, A. D., Lowe, T. M., Russell, A. G., Ebhardt, H., Eddy, S. R., Dennis, P. P. Homologs of small nucleolar RNAs in Archaea // Science. - 2000. - V. 288. - P. 517-522.

32. Tang, T. H., Polacek, N„ Zywicki, M., Huber, H., Brugger, K., Garrett, R., Bachellerie, J. P., Huttenhofer, A. Identification of novel non-coding RNAs as potential antisense regulators in the archaeon Sulfolobus solfataricus // Mol. Microbiol. - 2005. - V. 55. - P. 469-481.

33. Dennis, P. P., Omer, A. Small non-coding RNAs in Archaea // Curr. Opin. Microbiol. -2005.-V. 8.-P. 685-694.

34. Marker, C., Zemann, A., Terhorst, T., Kiefmann, M., Kastenmayer, J. P., Green, P., Bachellerie, J. P., Brosius, J., Huttenhofer, A. Experimental RNomics: identification of 140 candidates for small non-messenger RNAs in the plant Arabidopsis thaliana // Curr. Biol. -

2002. - V. 12. - P. 2002-2013.

35. Watkins, N. J., Segault, V., Charpentier, B., Nottrott, S., Fabrizio, P., Bachi, A., Wilm, M., Rosbash, M., Branlant, C., Luhrmann, R. A Common core RNP structure shared between the small nucleoar box CD/ RNPs and the spliceosomal U4 snRNP // Cell. - 2000. - V. 103.-P. 457-466.

36. Watkins, N., Dickmanns, A., Luhrmann, R. Conserved stem II of the box C/D motif is essential for nucleolar localization and is required, along with the 15.5 K Protein, for the

hierarchical assembly of the box C/D snoRNP // Mol. Cell. Biol. - 2002. - V. 22. - P. 8342-8352.

37. Szewczak, L. В., DeGregorio, S. J., Strobel, S. A., Steitz, J. A. Exclusive interaction of the 15.5 kD protein with the terminal box C/D motif of a methylation guide snoRNP // Chem. Biol. - 2002. - V. 9. - P. 1095-1107.

38. Cavaille, J., Bachellerie, J. P. SnoRNA-guided ribose methylation of rRNA: structural features of the guide RNA duplex influencing the extent of the reaction // Nucleic Acids Res. - 1998. - V. 26. - P. 1576-1587.

39. Marz, M., Gruber, A. R., Honer, Zu Siederdissen, C., Amman, F., Badelt, S., Bartschat, S., Bernhart, S. H., Beyer, W., Kehr, S., Lorenz, R., Tanzer, A., Yusuf, D., Tafer, H., Hofacker, I. L., Stadler, P. F. Animal snoRNAs and scaRNAs with exceptional structures // RNA Biol. - 2011. - V. 8. - P. 938-946.

40. Matera, A. G., Terns, R. M., Terns, M. P. Non-coding RNAs: lessons from the small nuclear and small nucleolar RNAs // Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. - 2007. - V. 8. - P. 209220.

41. Cioce, M., Lamond, A. I. Cajal bodies: a long history of discovery // Annu. Rev. Cell. Dev. Biol.-2005.-V. 21.-P. 105-131.

42. Darzacq, X., Jady, В. E., Vferheggen, C., Kiss, A. M., Bertrand, E., Kiss, T. Cajal body-specific small nuclear RNAs: a novel class of 2'-0-methylation and pseudouridylation guide RNAs // EMBO J. - 2002. - V. 21. - P. 2746-2756.

43. Yin, Q.-F., Yang, L., Zhang, Y., Xiang, J.-F., Wu, Y.-W.,Carmichael, G., Chen, L.-L. Long Noncoding RNAs with snoRNA Ends // Molecular Cell. - 2012. - V. 48. - P. 219230

44. Starostina, N. G., Marshburn, S., Johnson, L. S., Eddy, S. R., Terns, R. M., Terns, M. P. Circular box C/D RNAs in Pyrococcus furiosus // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2004. - V. 101.-P. 14097-14101.

45. Hoeppner, M. P., White, S., Jeffares, D. C., Poole, A. M. Evolutionarily stable association of intronic snoRNAs and microRNAs with their host genes // Genome Biol. Evol. - 2009. -V. l.-P. 420-428.

46. Макарова, Ю. А., Крамеров, Д. А. Гены малых ядрышковых РНК // Генетика. - 2007. -Т. 43.-С. 149-158.

47. Hirose, Т., Steitz, J. A. Position within the host intron is critical for efficient processing of box C/D snoRNAs in mammalian cells // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2001. - V 98. - P. 12914-12919.

48. Hirose, Т., Shu, M. D., Steitz, J. A. Splicing-dependent and -independent modes of assembly for intron-encoded box C/D snoRNPs in mammalian cells // Mol. Cell. - 2003. -V. 12.-P. 113-123.

49. Макарова, Ю. А., Крамеров, Д. А. Малые ядрышковые РНК и их гены у позвоночных // Генетика. - 2010. - Т. 46. - С. 1185-1187.

50. Smith, С. М., Steitz, J. A. Classification of gas5 as a multi-small-nucleolar-RNA (snoRNA) host gene and a member of the 5'-terminal oligopyrimidine gene family reveals common features of snoRNA host genes // Mol. Cell. Biol. - 1998. - V. 18. - P. 68976909.

51. Cavaille, J., Seitz, H., Paulsen, M., Ferguson-Smith, A. C., Bachellerie, J. P. Identification of tandemly-repeated C/D snoRNA genes at the imprinted human 14q32 domain reminiscent of those at the Prader-Willi/Angelman syndrome region // Hum. Mol. Genet. -2002. -V. 11.-P. 1527-1538.

52. Rearick, D., Prakash, A., McSweeny, A., Shepard, S. S., Fedorova, L., Fedorov, A. Critical association of ncRNA with introns // Nucleic Acids Res. - 2011. - V. 39. - P. 2357-2366.

53. Piekna-Przybylska, D., Decatur, W. A., Fournier, M. J. New bioinformatic tools for analysis of nucleotide modifications in Eukaryotic rRNA // RNA. - 2007. - V. 13. - P. 305-312.

54. Ellis, J. C., Brown, D. D., Brown, J.W. The small nucleolar ribonucleoprotein (snoRNP) database // RNA. - 2010. - V. 16. - P. 664-666.

55. Newman, D. R., Kuhn, J.F., Shanab, G.M., Maxwell, E.S. Box C/D snoRNA-associated proteins: Two pairs of evolutionarily ancient proteins and possible links to replication and transcription // RNA. - V. 6. - P. 861-879.

56. Gautier, T, Berges, T, Tollervey, D, Hurt, E. Nucleolar KKE/D repeat proteins Nop56p and Nop58p interact with Noplp and are required for ribosome biogenesis // Mol. Cell. Biol. - 1997. - V. 17. - P. 7088-7098.

57. Omer, A. D., Ziesche, S., Ebhardt, H., Dennis, P. P. In vitro reconstitution and activity of a C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2002. - V. 99. - P. 5289-5294.

58. Bower-Phipps, K. R., Taylor, D. W., Wang, H. W., Baserga, S. J. The box C/D sRNP dimeric architecture is conserved across domain Archaea // RNA. - 2012. - V. 18. - P. 1527-1540.

59. Yip, W. S., Vincent, N. G., Baserga, S. J. Ribonucleoproteins in Archaeal Pre-rRNA Processing and Modification // Archaea. - 2013. - V. 2013. - ID: 614735.

60. Cahill, N. M., Friend, K„ Speckmann, W., Li, Z. H., Terns, R. M., Terns, M. P., Steitz, J. A. Site-specific cross-linking analyses reveal an asymmetric protein distribution for a box C/D snoRNP // EMBO J. - 2002. - V. 21. - P. 3816-3828.

61. Bleichert, F., Gagnon, K. T., Brown, B. A. 2nd, Maxwell, E. S., Leschziner, A.E., Unger, V.M., Baserga, S.J. A dimeric structure for archaeal box C/D small ribonucleoproteins // Science. - 2009. -V. 3251. - P 1384-1387.

62. Nottrott, S., Hartmuth, K., Fabrizio, P., Urlaub, H„ Vidovic, I., Ficner, R., Luhrmann, R. Functional interaction of a novel 15.5kD [U4/U6.U5] tri-snRNP protein with the 5' stem-loop of U4 snRNA // EMBO J. - 1999. - V. 18. - P. 6119-6133.

63. Vidovic, I., Nottrott, S., Hartmuth, K., Luhrmann, R., Ficner, R. Crystal structure of the spliceosomal 15.5kD protein bound to a U4 snRNA fragment // Mol. Cell. - 2000. - V. 6. -P. 1331-1342.

64. Gottschalk, A., Neubauer, G., Banroques, J., Mann, M., Luhrmann, R., Fabrizio, P. Identification by mass spectrometry and functional analysis of novel proteins of the yeast [U4/U6.U5] tri-snRNP // EMBO J. - 1999. - V. 18. - P. 4535-4548.

65. Stevens, S. W., Abelson, J. Purification of the yeast U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein particle and identification of its proteins // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1999. -V. 96. - P. 7226-7231.

66. Szewczak, L. B., Gabrielsen, J. S., Degregorio, S. J., Strobel, S. A., Steitz, J. A. Molecular basis for RNA kink-turn recognition by the hl5.5K small RNP protein // RNA. - 2005. -V. 11.-P. 1407-1419.

67. Spackova, N., Reblova, K., Sponer, J. Structural dynamics of the box C/D RNA kink-turn and its complex with proteins: the role of the A-minor 0 interaction, long-residency water bridges, and structural ion-binding sites revealed by molecular simulations // J. Phys. Chem. B. - 2010. - V. 114. - P. 10581-10593.

68. Lin, J., Lai, S., Jia, R., Xu, A., Zhang, L., Lu, J., Ye, K. Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes // Nature. - 2011. - V. 469. - P. 559-563.

69. Klein, D. J., Schmeing, T. M., Moore, P. B., Steitz, T. A. The kink-turn: a new RNA secondary structure motif// EMBO J. - 2001. - V. 20. - P. 4214-^221.

70. Henras, A. K., Dez, C„ Henry, Y. RNA structure and function in C/D and H/ACA s(no)RNPs // Curr. Opin. Struct. Biol. - 2004. - V. 14. - P. 335-343.

71. Nolivos, S., Carpousis, A. J., Clouet-d'Orval, B. The K-loop, a general feature of the Pyrococcus C/D guide RNAs, is an RNA structural motif related to the K-turn // Nucleic Acids Res. - 2005. - V. 33. - P. 6507-6514.

72. Oruganti, S., Zhang, Y., Li, H. Structural comparison of yeast snoRNP and spliceosomal protein Snul3p with its homologs // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2005. - V. 333. -P. 550-554.

73. Wang, H., Boisvert, D., Kim, K. K„ Kim, R., Kim, S. H. Crystal structure of a fibrillarin homologue from Methanococcus jannaschii, a hyperthermophile, at 1.6 A resolution // EMBO J. - 2000. - V. 19. - P. 317-323.

74. Tollervey, D., Lehtonen, H., Jansen, R., Kern, H., Hurt, E. C. Temperature-sensitive mutations demonstrate roles for yeast fibrillarin in pre-rRNA processing, pre-rRNA methylation, and ribosome assembly // Cell. - 1993. - V. 72. - P. 443-457.

75. Galardi, S., Fatica, A., Bachi, A., Scaloni, A., Presutti, C., Bozzoni, I. Purified box C/D snoRNPs are able to reproduce site-specific 2'-0-methylation of target RNA in vitro // Mol. Cell. Biol. - 2002. - V. 22. - P. 6663-6668.

76. Lafontaine, D. L., Tollervey, D. Synthesis and assembly of the box C+D small nucleolar RNPs // Mol. Cell. Biol. - 2000. - V. 20. - P. 2650-2659.

77. Lafontaine, D. L., Tollervey, D. Nop58p is a common component of the box C+D snoRNPs that is required for snoRNA stability // RNA. - 1999. - V. 5. - P. 455-467.

78. Lechertier, T., Grob, A., Hernandez-Verdun, D., Roussel, P. Fibrillarin and Nop56 interact before being co-assembled in box C/D snoRNPs // Exp. Cell. Res. - 2009. - V. 315. - P. 928-942.

79. Ye, K., Jia, R., Lin, J., Ju, M., Peng, J., Xu, A., Zhang, L. Structural organization of box C/D RNA-guided RNA methyltransferase // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2009. - V. 106. -P. 13808-13813.

80. Oruganti, S., Zhang, Y., Li, H., Robinson, H., Terns, M. P., Terns, R. M., Yang, W., Li, H. Alternative conformations of the archaeal Nop56/58-fibrillarin complex imply flexibility in box C/D RNPs // J. Mol. Biol. - 2007. - V. 371. - P. 1141-1150.

81. Samarsky, D. A., Fournier, M. J., Singer, R. H., Bertrand, E. The snoRNA box C/D motif directs nucleolar targeting and also couples snoRNA synthesis and localization // EMBO J. - 1998. - V. 17. - P. 3747-3757.

82. Rodriguez-Galan, 0., Garcia-Gomez, J. J., de la Cruz, J. Yeast and human RNA helicases involved in ribosome biogenesis: Current status and perspectives // Biochim. Biophys. Acta. - 2013. - V. 1829. - P. 775-790

83. Pan, C., Russell, R. Roles of DEAD-box proteins in RNA and RNP Folding // RNA Biol. -

2010.-V. 7.-P. 667-676.

84. Jankowsky, E. RNA helicases at work: binding and rearranging // Trends Biochem. Sei. -

2011. -V. 36.-P. 19-29.

85,

86

87,

88

89

90,

91

92

93,

94,

95,

96,

97.

98,

Lebaron, S., Froment, C., Fromont-Racine, M., Rain, J. C., Monsarrat, B., Caizergues-

Ferrer, M., Henry, Y. The splicing ATPase prp43p is a component of multiple

preribosomal particles // Mol. Cell. Biol. - 2005. - V. 25. - P. 9269-9282.

Bohnsack, M. T., Kos, M., Tollervey, D. Quantitative analysis of snoRNA association with

pre-ribosomes and release of snR30 by Rokl helicase // EMBO Rep. - 2008. - V. 9. - P.

1230-1236.

Kos, M., Tollervey, D. The Putative RNA Helicase Dbp4p Is Required for Release of the U14 snoRNA from Preribosomes in Saccharomyces cerevisiae // Mol. Cell. - 2005. - V. 20.-P. 53-64.

Liang, X. H, Fournier, M. J. The helicase Haslp is required for snoRNA release from pre-rRNA // Mol. Cell. Biol. - 2006. - V. 26. - P. 7437-7450.

Srivastava, L., Lapik, Y. R., Wang, M., Pestov, D. G. Mammalian DEAD box protein Ddx51 acts in 3' end maturation of 28S rRNA by promoting the release of U8 snoRNA // Mol. Cell. Biol. - 2010. - V. 30. - P. 2947-2956.

Kos, M., Tollervey, D. Yeast pre-rRNA processing and modification occur cotranscriptionally // Mol. Cell. - 2010. - V. 37. - P. 809-820.

Pansel, V. G., Johnson, A. W. Maturation of eukaryotic ribosomes: acquisition of functionality // Trends Biochem. Sci. - 2010. - V. 35. - P. 260-266. Decatur, W. A., Fournier, M. J. rRNA modifications and ribosome function // Trends Biochem. Sci. - 2002. - V. 27. - P. 344-351.

Piekna-Przybylska, D., Decatur, W. A., Fournier, M. J. The 3D rRNA modification maps database: with interactive tools for ribosome analysis // Nucleic Acids Res. - 2008. - V. 36.-P. 178-183.

Hoskins, A. A., Moore, M. J. The spliceosome: a flexible, reversible macromolecular machine // Trends Biochem. Sci. - 2012. - V. 37. - P. 179-188.

Wahl, M. C., Will, C. L., Luhrmann, R. The spliceosome: design principles of a dynamic RNP machine // Cell. - 2009. - V. 136. - P. 701-718.

Jady, B., Kiss, T. A small nucleolar guide RNA functions both in 2'-0-ribose methylation and pseudouridylation of the U5 spliceosomal RNA // EMBO J. - 2001. - V. 20. - P. 541551.

Kehr, S., Bartschat, S., Stadler, P. F., Tafer, H. PLEXY: efficient target prediction for box C/D snoRNAs // Bioinformatics. - 2011. - V. 27. - 279-280.

Maden, B. E. Locations of methyl groups in 28S rRNA of Xenopus laevis and man. Clustering in the conserved core of molecule // J. Mol. Biol. - 1988. - V. 201. - P. 289314.

99. Maden, В. E. The numerous modified nucleotides in eukaryotic ribosomal RNA // Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. - 1990. - V. 39. - P. 241-303.

100. Bachellerie, J. P., Michot, В., Nicoloso, M., Balakin, A., Ni, J., Fournier, M. J. Antisense snoRNAs: a family of nucleolar RNAs with long complementarities to rRNA // Trends Biochem. Sci. - 1995. - V. 20. - P. 261-264.

»

101. Liu, В., Ni, J., Fournier, M. J. Probing RNA in vivo with methylation guide small nucleolar RNAs // Methods. - 2001. - V. 23. - P. 276-286.

102. Liu, В., Liang, X. H., Piekna-Przybylska, D., Liu, Q., Fournier, M. J. Mis-targeted methylation in rRNA can severely impair ribosome synthesis and activity // RNA Biol. -

2008.-V. 5.-P. 249-254.

103. Baudin-Baillieu, A., Fabret, C., Liang, X. H., Piekna-Przybylska, D., Fournier, M. J., Rousset, J. P. Nucleotide modifications in three functionally important regions of the Saccharomyces cerevisiae ribosome affect translation accuracy // Nucleic Acids Res. -

2009. - V. 37. - P. 7665-7677.

104. van Nues, R. W., Granneman, S., Kudla, G., Sloan, К. E., Chicken, M., Tollervey, D., Watkins, N. J. Box C/D snoRNP catalysed methylation is aided by additional pre-rRNA base-pairing // EMBO J. - 2011. - V. 30. - P. 2420-2430.

105. Lapeyre, B. Conserved ribosomal RNA modification and their putative roles in ribosome biogenesis and translation // Topics in Current Genetics. - 2005. - V. 12. - P. 85-91.

106. Ben-Shem, A., Jenner, L., Yusupova, G., Yusupov, M. Crystal structure of the eukaryotic ribosome // Science. - 2010. - V. 330. - P. 1203-1209.

107. Williams, D. J., Boots, J. L., Hall, К. B. Thermodynamics of 2'-ribose substitutions in UUCG tetraloops // RNA. - 2001. - V. 7. - P. 44-53.

108. Кочетков, H. К., Будовский, Э. И., Свердлов, Е. Д., Симукова, Н. А., Турчинский, М. Ф., Шибаев, В. Н. Органическая химия нуклеиновых кислот. М.: Химия. - 1970. -720 с.

109. Liang, X. H., Liu, Q., Fournier, M.J. rRNA modifications in an intersubunit bridge of the ribosome strongly affect both ribosome biogenesis and activity // Mol. Cell. - 2007. - V. 28.-P. 965-977.

110. Higa-Nakamine, S., Suzuki, T., Uechi, T., Chakraborty, A., Nakajima, Y., Nakamura, M., Hirano, N., Suzuki, T., Kenmochi, N. Loss of ribosomal RNA modification causes developmental defects in zebrafish // Nucleic Acids Res. - 2012. - V. 40. - P. 391-398.

111. Esguerra, J., Warringer, J., Blomberg, A. Functional importance of individual rRNA 2'-0-ribose methylations revealed by high-resolution phenotyping // RNA. - 2008. - V. 14. - P. 649-656.

112. Liang, X. H., Liu, Q., Fournier, M. J. Loss of rRNA modifications in the decoding center of the ribosome impairs translation and strongly delays pre-rRNA processing // RNA. -

2009.-V. 15.-P. 1716-1728.

113. Baxter-Roshek, J. L., Petrov, A. N., Dinman, J. D. Optimization of ribosome structure and function by rRNA base modification // PLoS ONE. - 2007. - V. 2. - el74.

114. Bazeley, P. S., Shepelev, V., Talebizadeh, Z., Butler, M. G., Fedorova, L., Filatov, V., Fedorov, A. snoTARGET shows that human orphan snoRNA targets locate close to alternative splice junctions // Gene. - 2008. - V. 408. - P. 172-179.

115. Huttenhofer, A., Kiefmann, M., Meier-Ewert, S., O'Brien, J., Lehrach, H., Bachellerie, J. P. Brosius, J. RNomics: an experimental approach that identifies 201 candidates for novel, small, non-messenger RNAs in mouse // EMBO J. - 2001. - V. 20. - P. 2943-2953.

116. Castle, J. C., Armour, C. D., Lower, M., Haynor, D., Biery, M„ Bouzek, H., Chen, R., Jackson, S., Johnson, J. M., Rohl, C. A., Raymond, С. K. Digital genome-wide ncRNA expression, including SnoRNAs, across 11 human tissues using polyA-neutral amplification // PLoS One. - 2010. - V. 5. - el 1779.

117. Rogelj, B. Brain-specific small nucleolar RNAs // J. Mol. Neurosci. - 2006. - V. 28. - P. 103-109.

118. Cavaille, J., Buiting, K., Kiefmann, M., Lalande, M., Brannan, С. I., Horsthemke, В., Bachellerie, J. P., Brosius, J., Huttenhofer, A. Identification of brain-specific and imprinted small nucleolar RNA genes exhibiting an unusual genomic organization // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2000. - V. 97. - P. 14311-14316.

119. Kishore, S., Stamm, S. Regulation of alternative splicing by snoRNAs // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. - 2006. - V. 71. - P. 329-334.

120. Kishore, S., Khanna, A., Zhang, Z., Hui, J., Balwierz, P. J., Stefan, M., Beach, C., Nicholls, R. D., Zavolan, M., Stamm, S. The snoRNA MBII-52 (SNORD 115) is processed into smaller RNAs and regulates alternative splicing // Hum. Mol. Genet. - 2010. - V. 19. -1153-1164.

121. Bortolin-Cavaille, M. L., Cavaille, J. The SNORD115 (Н/МВП-52) and SNORD116 (H/MBII-85) gene clusters at the imprinted Prader-Willi locus generate canonical box C/D snoRNAs // Nucleic Acids Res. - 2012. - V. 40. - P. 6800-6807.

122. Soeno, Y., Taya, Y., Stasyk, Т., Huber, L. A., Aoba, Т., Huttenhofer, A. Identification of novel ribonucleo-protein complexes from the brain-specific snoRNA MBH-52 // RNA. -

2010.-V. 16.-P. 1293-1300.

123. Khanna, A., Stamm, S. Regulation of alternative splicing by short non-coding nuclear RNAs // RNA Biol. - 2010. - V. 7. - P. 480-485.

124. Falaleeva, M., Stamm, S. Processing of snoRNAs as a new source of regulatory non-coding RNAs: snoRNA fragments form a new class of functional RNAs // Bioessays. -2013.-V. 35.-P.46-54.

125. Shen, M., Eyras, E., Wu, J., Khanna, A., Josiah, S., Rederstorff, M., Zhang, M. Q., Stamm, S. Direct cloning of double-stranded RNAs from RNase protection analysis reveals processing patterns of C/D box snoRNAs and provides evidence for widespread antisense transcript expression // Nucleic Acids Res. - 2011. - V. 39. - P. 9720-9730.

126. Tafit, R. J., Glazov, E. A., Lassmann, T., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Mattick, J. S. Small RNAs derived from snoRNAs // RNA. - 2009. - V. 15. - P. 1233-1240.

127. Cole, C., Sobala, A., Lu, C., Thatcher, S. R., Bowman, A., Brown, J. W., Green, P. J., Barton, G. J., Hutvagner, G. Filtering of deep sequencing data reveals the existence of abundant Dicer-dependent small RNAs derived from tRNAs // RNA. - 2009. - V. 15. - P. 2147-2160.

128. Saraiya, A. A., Wang, C. C. snoRNA, a novel precursor of microRNA in Giardia lamblia // PLoS Pathog. - 2008. - V. 4. - el000224.

129. Ender, C., Krek, A., Friedlander, M. R., Beitzinger, M., Weinmann, L., Chen, W., Pfeffer, S., Rajewsky, N., Meister, G. A human snoRNA with microRNA-like functions // Mol. Cell. - 2008. - V. 32. - P. 519-528.

130. Martens-Uzunova, E. S., Olvedy, M., Jenster, G. Beyond microRNA - Novel RNAs derived from small non-coding RNA and their implication in cancer // Cancer Lett. - 2013.

- http://dx.doi.Org/10.1016/j.canlet.2012.l 1.058.

131. Scott, M. S., Ono, M. From snoRNA to miRNA: Dual function regulatory non-coding RNAs // Biochimie. - 2011. - V. 93. - P. 1987-1992.

132. Scott, M. S., Ono, M., Yamada, K., Endo, A., Barton, G. J., Lamond, A. I. Human box C/D snoRNA processing conservation across multiple cell types // Nucleic Acids Res. - 2012. -V. 40. - P. 3676-3688.

133. Holley, C. L., Topkara, V. K. An introduction to small non-coding RNAs: miRNA and snoRNA // Cardiovasc. Drugs Ther. - 2011. - V. 25. - P. 151-159.

134. Rother, S., Meister, G. Small RNAs derived from longer non-coding RNAs // Biochimie. -2011. -V. 93.-P. 1905-1915.

135. Brameier, M., Herwig, A., Reinhardt, R., Walter, L., Gruber, J. Human box C/D snoRNAs with miRNA like functions: expanding the range of regulatory RNAs // Nucleic Acids Res.

- 2011. - V. 39. - P. 675-686.

136. Langenberger, D., Cakir, M. V., Hoffmann, S., Stadler, P. F. Dicer-processed small RNAs: rules and exceptions // J. Exp. Zool. B. Mol. Dev. Evol. - 2013. - V. 320. - P. 35-46.

137. Scott, M. S., Avolio, F., Ono, M., Lamond, A. I., Barton, G. J. Human miRNA precursors with box H/ACA snoRNA features // PLoS Comput. Biol. - 2009. - V. 5. - el000507.

138. Weber, M. J. Mammalian small nucleolar RNAs are mobile genetic elements // PLoS Genet. - 2006. - V. 2. - e205.

139. Politz, J. C., Hogan, E. M., Pederson, T. MicroRNAs with a nucleolar location // RNA. -2009.-V. 15.-P. 1705-1715.

140. Li, Z., Ender, C., Meister, G., Moore, P. S., Chang, Y., John, B. Extensive terminal and asymmetric processing of small RNAs from rRNAs, snoRNAs, snRNAs, and tRNAs // Nucleic Acids Res. - 2012. - V. 40. - P. 6787-6799.

141. Haussecker, D., Huang, Y., Lau, A., Parameswaran, P., Fire, A. Z., Kay, M. A. Human tRNA-derived small RNAs in the global regulation of RNA silencing // RNA. - 2010. - V. 16.-P. 673-695.

142. Sobala, A., Hutvagner, G. Small RNAs derived from the 5' end of tRNA can inhibit protein translation in human cells // RNA Biol. - 2013. - V. 10. - P. 553-563.

143. Loss-Morais, G., Waterhouse, P. M., Margis, R. Description of plant tRNA-derived RNA fragments (tRFs) associated with argonaute and identification of their putative targets // Biol. Direct. - 2013. - V. 8:6

144. Lee, Y. S., Shibata, Y., Malhotra, A., Dutta, A. A novel class of small RNAs: tRNA-derived RNA fragments (tRFs) // Genes Dev. - 2009. - V. 23. - P. 2639-2649.

145. Wang, Q., Lee, I., Ren, J., Ajay, S. S., Lee, Y. S., Bao, X. Identification and functional characterization of tRNA-derived RNA fragments (tRFs) in respiratory syncytial virus infection // Mol. Ther. - 2013. - V. 21. - P. 368-379.

146. Thompson, D. M., Lu, C., Green, P. J., Parker, R. tRNA cleavage is a conserved response to oxidative stress in eukaryotes // RNA. - 2008. - V. 14. - P. 2095-2103.

147. Fu, H., Feng, J., Liu, Q„ Sun, F., Tie, Y., Zhu, J., Xing, R., Sun, Z., Zheng, X. Stress induces tRNA cleavage by angiogenin in mammalian cells // FEBS Lett. - 2009. - V. 583. -P. 437-442.

148. Gebetsberger, J, Zywicki, M, Kunzi, A, Polacek, N. tRNA-derived fragments target the ribosome and function as regulatory non-coding RNA in Haloferax volcanii // Archaea. -2012. - V. 2012. - ID: 260909.

149. Bernard, J. J., Cowing-Zitron, C., Nakatsuji, T., Muehleisen, B., Muto, J., Borkowski, A. W., Martinez, L., Greidinger, E. L., Yu, B. D., Gallo, R. L. Ultraviolet radiation damages self noncoding RNA and is detected by TLR3 // Nat. Med. - 2012. - V. 18. - 1286-1291.

150. Kapranov, P., Cheng, J., Dike, S., Nix, D. A., Duttagupta, R., Willingham, A. T., Stadler, P. F., Hertel, J., Hackermuller, J., Hofacker, I. L., Bell, I., Cheung, E., Drenkow, J.,

Dumais, E., Patel, S., Helt, G., Ganesh, M., Ghosh, S., Piccolboni, A., Sementchenko, V., Tammana, H., Gingeras, T. R. RNA maps reveal new RNA classes and a possible function for pervasive transcription // Science. - 2007. - V. 316. - P. 1484-1488.

151. Hutzinger, R., Feederle, R., Mrazek, J., Schiefermeier, N., Balwierz, P. J., Zavolan, M., Polacek, N., Delecluse, H. J., Huttenhofer, A. Expression and processing of a small nucleolar RNA from the Epstein-Barr virus genome // PLoS Pathog. - 2009. - V. 5. -el000547.

152. Barth, S., Pfuhl, Т., Mamiani, A., Ehses, C., Roemer, K., Kremmer, E., Jaker, C., Hock, J., Meister, G., Grasser, F. A. Epstein-Barr virus-encoded microRNA miR-BART2 down-regulates the viral DNA polymerase BALF5 // Nucleic Acids Res. - 2008. - V. 36. - P. 666-675.

153. Sharp, P. A. On the origin of RNA splicing and introns // Cell. - 1985. - V. 42. - P. 397400.

154. Rino, J., Carmo-Fonseca, M. The spliceosome: a self-organized macromolecular machine in the nucleus? // Trends Cell. Biol. - 2009. - V. 19. - P. 375-384.

155. Зенгер, В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот: пер. с англ. -М.: Мир. - 1987.-584 с.

156. Moore, М., Sharp, P. Site-specific modification of pre-mRNA: the 2'-hydroxyl groups at the splice sites // Science. - 1992. - V. 256. - P. 992-997.

157. Zhao, X., Yu, Y. T. Targeted pre-mRNA modification for gene silencing and regulation // Nat. Methods. - 2008. - V. 5. - P. 95-100.

158. Ge, J., Liu, H„ Yu, Y. T. Regulation of pre-mRNA splicing in Xenopus oocytes by targeted 2'-0-methylation // RNA. - 2010. - V. 16. - P. 1078-1085.

159. Ono, M., Yamada, K., Avolio, F., Scott, M.S., van Koningsbruggen, S., Barton, G.J., Lamond, A.I. Analysis of human small nucleolar RNAs (snoRNA) and the development of snoRNA modulator of gene expression vectors // Mol. Biol. Cell. - 2010. - V. 21. - P. 1569-1584.

160. Bauman, J. A., Kole, R. Modulation of RNA splicing as a potential treatment for cancer // Bioeng. Bugs. - 2011. - V. 2. - P. 125-128.

161. Blair, C. A., Zi, X. Potential molecular targeting of splice variants for cancer treatment // Indian J. Exp. Biol. - 2011. - V. 49. - P. 836-839.

162. Aoki, Y., Nakamura, A., Yokota, Т., Saito, Т., Okazawa, H., Nagata, Т., Takeda, S. Inframe dystrophin following exon 51-skipping improves muscle pathology and function in the exon 52-deficient mdx mouse // Mol. Ther. - 2010. - V. 18. - P. 1995-2005.

163. Zalachoras, I., Evers, M. M., van Roon-Mom, W. M., Aartsma-Rus, A. M., Meijer, О. C. Antisense-mediated RNA targeting: versatile and expedient genetic manipulation in the brain // Front. Mol. Neurosci. - 2011. - V. 4. - doi:10.3389/fnmol.2011.00010.

164. Kelemen, O., Converting P., Zhang, Z., Wen, Y., Shen, M., Falaleeva, M., Stamm, S. Function of alternative splicing // Gene. - 2013. - V. 514. - P. 1-30.

165. Кочетков, H. К., Будовский, Э. И., Свердлов, E. Д., Симукова, Н. А., Турчинский, М. Ф., Шибаев, В. Н. Органическая химия нуклеиновых кислот. - М.: Химия. - 1970. -720 с.

166. Maden, В. Е., Corbett, М. Е., Heeney, P. A., Pugh, К., Ajuh, P. М. Classical and novel approaches to the detection and localization of the numerous modified nucleotides in eukaryotic ribosomal RNA // Biochimie. - 1995. - V. 77. - P. 22-29.

167. Maden, В. E. Mapping 2'-0-methyl groups in ribosomal RNA // Methods. - 2001. - V. 25. -P. 374-382.

168. Rebane, A., Roomerel, H., Metspalu, A. Locations of several novel 2'-0-methylated nucleotides in human 28S rRNA // BMC Mol. Biol. - 2002. - V. 3. - doi:10.1186/1471-2199-3-1.

169. Yu, Y., Shu, M., Steitz, J. A. A new method for detecting sites of 2'-0-methylation in RNA molecules // RNA. - 1997. - V. 3. - P. 324-331.

170. Freed, E. F., Bleichert, F., Dutca, L. M., Baserga, S. J. When ribosomes go bad: diseases of ribosome biogenesis // Mol. Biosyst. - 2010. - V. 6. - P. 481^493.

171. Montanaro, L., Trere, D., Derenzini, M. Nucleolus, ribosomes, and cancer // Am. J. Pathol. - 2008. - V. 173. - P. 301-310.

172. Mannoor, K., Liao, J., Jiang, F. Small nucleolar RNAs in cancer // Biochim. Biophys. Acta. - 2012. - V. 1826. - P. 121-128.

173. Gee, H. E., Buffa, F. M„ Camps, C., Ramachandran, A., Leek, R., Taylor, M., Patil, M., Sheldon, H., Betts, G., Homer, J., West, C., Ragoussis, J., Harris, A. L. The small-nucleolar RNAs commonly used for microRNA normalisation correlate with tumour pathology and prognosis // Br. J. Cancer. - 2011. - V. 104. - P. 1168-1177.

174. Mei, Y. P., Liao, J. P., Shen, J., Yu, L., Liu, B. L„ Liu, L„ Li, R. Y„ Ji, L., Dorsey, S. G., Jiang, Z. R., Katz, R. L., Wang, J. Y., Jiang, F. Small nucleolar RNA 42 acts as an oncogene in lung tumorigenesis // Oncogene. - 2012. - V. 31. - P. 2794-2804.

175. Chang, L. S., Lin, S. Y., Lieu, A. S., Wu, T. L. Differential expression of human 5S snoRNA genes // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2002. - V. 299. - P. 196-200.

176. Zhang, Y., Lu, H. Signaling to p53: ribosomal proteins find their way // Cancer Cell. -2009.-V. 16.-P. 369-377.

177. Liao, J., Yu, L., Mei, Y., Guaraera, M., Shen, J., Li, R., Liu, Z., Jiang, F. Small nucleolar RNA signatures as biomarkers for non-small-cell lung cancer // Mol. Cancer. - 2010. - V. 9:198.

178. Dong, X. Y., Rodriguez, C., Guo, P., Sun, X., Talbot, J. T., Zhou, W., Petros, J., Li, Q., Vessella, R. L., Kibel, A. S., Stevens, V. L., Calle, E. E., Dong, J. T. SnoRNA U50 is a candidate tumor-suppressor gene at 6ql4.3 with a mutation associated with clinically significant prostate cancer // Hum. Mol. Genet. - 2008. - V. 17. - P. 1031-1042.

179. Dong, X. Y., Guo, P., Boyd, J., Sun, X., Li, Q., Zhou, W., Dong, J. T. Implication of snoRNA U50 in human breast cancer // J. Genet. Genomics. - 2009. - V. 36. - P. 447454.

180. Teittinen, K. J., Laiho, A., Uusimaki, A., Pursiheimo, J. P., Gyenesei, A., Lohi, O. Expression of small nucleolar RNAs in leukemic cells // Cell Oncol. (Dordr). - 2013. - V. 36.-P. 55-63.

181. Valleron, W., Laprevotte, E., Gautier, E. F., Quelen, C., Demur, C., Delabesse, E., Agirre, X., Prosper, F., Kiss, T., Brousset, P. Specific small nucleolar RNA expression profiles in acute leukemia // Leukemia. - 2012. - V. 26. - 2052-2060.

182. Valleron, W., Ysebaert, L., Berquet, L., Fataccioli, V., Quelen, C., Martin, A., Parrens, M., Lamant, L., de Leval, L., Gisselbrecht, C., Gaulard, P., Brousset, P. Small nucleolar RNA expression profiling identifies potential prognostic markers in peripheral T-cell lymphoma // Blood. - 2012. - V. 120. - P. 3997-4005.

183. Martens-Uzunova, E. S., Jalava, S. E., Dits, N. F., van Leenders, G. J., Moller, S., Trapman, J., Bangma, C. H., Litman, T., Visakorpi, T., Jenster, G. Diagnostic and prognostic signatures from the small non-coding RNA transcriptome in prostate cancer // Oncogene. - 2012. - V. 31. - P. 978-991.

184. Ferreira, H. J., Heyn, H., Moutinho, C., Esteller, M. CpG island hypermethylation-associated silencing of small nucleolar RNAs in human cancer // RNA Biol. 2012. V. 9. P. 881-890.

185. Lopez-Serra, P., Esteller, M. DNA methylation-associated silencing of tumor-suppressor microRNAs in cancer // Oncogene. - 2012. - V. 31. - P. 1609-1622.

186. Zandberga, E., Kozirovskis, V., Abols, A., Andrejeva, D., Purkalne, G., Line, A. Cell-free microRNAs as diagnostic, prognostic, and predictive biomarkers for lung cancer // Genes Chromosomes Cancer. - 2013. - V. 52. - P. 356-369.

187. Sridhar, P., Gan, H. H., Schlick, T. A computational screen for C/D box snoRNAs in the human genomic region associated with Prader-Willi and Angelman syndromes // J. Biomed. Sci. - 2008. - V. 15. - P. 697-705.

188. Nakatani, J., Tamada, K., Hatanaka, F., Ise, S., Ohta, H., Inoue, K., Tomonaga, S., Watanabe, Y., Chung, Y. J., Baneijee, R., Iwamoto, K., Kato, Т., Okazawa, M., Yamauchi, K., Tanda, К., Takao, K., Miyakawa, Т., Bradley, A., Takumi, T. Abnormal behavior in a chromosome-engineered mouse model for human 15qll-13 duplication seen in autism // Cell. - 2009. - V. 137. - P. 1235-1246.

189. Zhang, L., Yang, M., Marks, P., White, L. M., Hurtig, M., Mi, Q. S„ Divine, G., Gibson, G. Serum non-coding RNAs as biomarkers for osteoarthritis progression after ACL injury // Osteoarthritis Cartilage. - 2012. - V. 20. - P. 1631-1637.

190. McDaniel, R. E., Maximov, P. Y., Jordan, V. C. Estrogen-mediated mechanisms to control the growth and apoptosis of breast cancer cells: a translational research success story // Vitam. Horm. - 2013. - V. 93. - P. 1-49.

191. Huber-Keener, K. J., Liu, X., Wang, Z., Wang, Y., Freeman, W., Wu, S., Planas-Silva, M. D., Ren, X., Cheng, Y., Zhang, Y., Vrana, K., Liu, C. G., Yang, J. M., Wu, R. Differential gene expression in tamoxifen-resistant breast cancer cells revealed by a new analytical model of RNA-Seq data // PLoS One. - 2012. - V. 7. - e41333.

192. Grigsby, I. F., Pham, L., Gopalakrishnan, R., Mansky, L. M., Mansky, К. C. Downregulation of Gnas, Got2 and Snord32a following tenofovir exposure of primary osteoclasts // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2010. - V. 391. - P. 1324-1329.

193. Kol, G., Lev-Maor, G., Ast, G. Human-mouse comparative analysis reveals that branchsite plasticity contributes to splicing regulation // Hum. Mol. Genet. - 2005. - V. 14. - P. 1559-1568.

194. Маниатис, Т., Сэмбрук, Д., Фрич, Э. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование: пер. с англ. - М.: Мир, 1984. - 480 с.

195. Use of tripan blue stain and the hemocytometer to determinate total cell counts and viable cell number. Sigma. - 1996. - P. 1702.

196. Livak, K. J., Schmittgen, T. D. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-ДДС(Т)) Method // Methods. - 2001. - V. 25. - P. 402-408.

197. Berenbaum, M. C. What is synergy? // Pharmacol. Rev. - 1989. - V. 41. - P. 93-141.

198. www.illumina.com, Normalization & Differential Analysis Algorithms, BeadStudio Framework User Guide VERSI03

199. http://www.geneontology.org/

200. Frazer, K. A., Pachter, L., Poliakov, A., Rubin, E. M., Dubchak, I. VISTA: computational tools for comparative genomics // Nucleic Acids Res. - 2004. - V. 32. - P. W273-W279.

201. Zambon, A. C., Zhang, L., Minovitsky, S., Kanter, J. R., Prabhakar, S., Salomonis, N., Vranizan, K., Dubchak, I., Conklin, B. R., Insel, P. A. Gene expression patterns define key

transcriptional events in cell-cycle regulation by cAMP and protein kinase A // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2005. - V. 102. - P. 8561-8566.

202. Lewis, B. P., Bürge, C. B., Bartel, D. P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets // Cell. - 2005. -V. 120.-P. 15-20.

203. http://www.targetscan.org

204. Kiss-Laszlo, Z., Henry, Y., Bachellerie, J. P., Caizergues-Ferrer, M., Kiss, T. Site-specific ribose methylation of preribosomal RNA: a novel function for small nucleolar RNAs // Cell - 1996. - V. 85. - P. 1077-1088.

205. Qu, L. H„ Henry, Y., Nicoloso, M., Michot, B., Azurn, M. C., Renalier, M. H., Caizergues-Ferrer, M., Bachellerie, J. P. U24, a novel intron-encoded small nucleolar RNA with two 12 nt long, phylogenetically conserved complementarities to 28S rRNA // Nucleic Acids Res. - 1995. - V. 23. - P. 2669-2676.

206. Tycowski, K. T., Shu, M. D., Steitz, J. A. A mammalian gene with introns instead of exons generating stable RNA products // Nature. - 1996. - V. 379. - P. 464-466.

207. Steitz, T. A. A mechanism for all polymerases // Nature. - 1998. - V. 391. - P. 231-232.

208. Steitz, T. A. DNA polymerases: structural diversity and common mechanisms // J. Biol. Chem. - 1999. - V. 274. - P. 17395-17398.

209. Batra, V. K., Beard, W. A., Shock, D. D., Pedersen, L. C., Wilson, S. H. Structures of DNA polymerase beta with active-site mismatches suggest a transient abasic site intermediate during misincorporation // Mol. Cell. - 2008. - V. 30. - P. 315-324.

210. Graifer, D„ Molotkov, M., Styazhkina, V., Demeshkina, N., Bulygin, K., Eremina, A., Ivanov, A., Laietina, E., Venyaminova, A., Karpova, G. Variable and conserved elements of human ribosomes surrounding the mRNA at the decoding and upstream sites // Nucleic Acids Res. - 2004. - V. 32. - P. 3282-3293.

211. Bulygin, K., Malygin, A., Hountondji, C., Graifer, D., Karpova, G. Positioning of CCA-arms of the A- and the P-tRNAs towards the 28S rRNA in the human ribosome // Biochimie. - 2013. - V. 95. - P. 195-203.

212. Qu, G., van Nues, R. W., Watkins, N. J., Maxwell, E. S. The spatial-functional coupling of box C/D and C'/D' RNPs is an evolutionarily conserved feature of the eukaryotic box C/D snoRNP nucleotide modification complex // Mol. Cell. Biol. - 2011. - V. 31. - P. 365374.

213. Lindquist, S., Craig, E. A. The heat-shock proteins // Annu. Rev. Genet. - 1988. - V. 22. -P.631-677.

214. Krynetskaia, N. F., Phadke, M. S., Jadhav, S. H., Krynetskiy, E. Y. Chromatin-associated proteins HMGB1/2 and PDIA3 trigger cellular response to chemotherapy-induced DNA damage // Mol. Cancer Ther. - 2009. - V. 8. - P. 864-872.

215. Nylandsted, J., Gyrd-Hansen, M., Danielewicz, A., Fehrenbacher, N., Lademann, U., Hoyer-Hansen, M., Weber, E., Multhoff, G., Rohde, M., Jaattela, M. Heat shock protein 70 promotes cell survival by inhibiting lysosomal membrane permeabilization // J. Exp. Med. - 2004. -V. 200. - P. 425-435.

216. Gibbons, N. B„ Watson, R. W., Coffey, R. N.. Brady, H. P., Fitzpatrick, J. M. Heat-shock proteins inhibit induction of prostate cancer cell apoptosis // Prostate. - 2000. - V. 45. - P. 58-65.

217. Rohde, M., Daugaard, M., Jensen, M. H., Helin, K., Nylandsted, J., Jaattela, M. Members of the heat-shock protein 70 family promote cancer cell growth by distinct mechanisms // Genes Dev. - 2005. - V. 19. - P. 570-582.

218. Xiang, T. X., Li, Y., Jiang, Z., Huang, A. L., Luo, C., Zhan, B., Wang, P. L., Tao, X. H. RNA interference-mediated silencing of the Hsp70 gene inhibits human gastric cancer cell growth and induces apoptosis in vitro and in vivo // Tumori. - 2008. - V. 94. - P. 539-550.

219. Nylandsted, J„ Wick, W., Hirt, U. A., Brand, K., Rohde, M., Leist, M., Weller, M., Jaattela, M. Eradication of glioblastoma, and breast and colon carcinoma xenografts by Hsp70 depletion // Cancer Res. - 2002. - V. 62. - P. 7139-7142.

220. Zhao, Z. G., Shen, W. L. Heat shock protein 70 antisense oligonucleotide inhibits cell growth and induces apoptosis in human gastric cancer cell line SGC-7901 // World J. Gastroenterol. - 2005. - V. 11. - P. 73-78.

221. Maquat, L. E. Nonsense-mediated mRNA decay in mammals // J. Cell. Sci. - 2005. - V. 118.-P. 1773-1776.

222. Nishizawa, M., Okumura, T., Ikeya, Y., Kimura, T. Regulation of inducible gene expression by natural antisense transcripts // Front. Biosci. - 2012. - V. 17. - P. 938-958.

223. Kaikkonen, M. U., Lam, M. T., Glass, C. K. Non-coding RNAs as regulators of gene expression and epigenetics // Cardiovasc. Res. - 2011. - V. 90. - P. 430-440.

224. Ajit, S. K. Circulating microRNAs as biomarkers, therapeutic targets, and signaling molecules // Sensors (Basel). - 2012. - V. 12. - P. 3359-3369.

225. Hannafon, B. N., Ding, W. Q. Intercellular Communication by Exosome-Derived microRNAs in Cancer // Int. J. Mol. Sci. - 2013. - V. 14. - P. 14240-14269.

226. Nazarenko, I., Rupp, A. K., Altevogt, P. Exosomes as a potential tool for a specific delivery of functional molecules // Methods Mol. Biol. - 2013. - V. 1049. - P. 495-511.

227. Kostova, I. Platinum complexes as anticancer agents // Recent Pat. Anticancer Drug Discov. - 2006. V. 1. - V. 1. - P. 1-22.

228. Kelland, L. The resurgence of platinum-based cancer chemotherapy // Nat. Rev. Cancer. -2007.-V. 7.-P. 573-584.

229. Siddik, Z. H. Cisplatin: mode of cytotoxic action and molecular basis of resistance // Oncogene. - 2003. - V. 22. - P. 7265-7279.

230. Saleh, E. M., El-Awady, R. A., Anis, N., El-Sharkawy, N. Induction and repair of DNA double-strand breaks using constant-field gel electrophoresis and apoptosis as predictive markers for sensitivity of cancer cells to cisplatin // Biomed. Pharmacother. - 2012. - V. 66.-P. 554-562.

231. Jordan, V. C. Tamoxifen (ICI46,474) as a targeted therapy to treat and prevent breast cancer // Br. J. Pharmacol. - 2006. - V. 147 Suppl 1. - P. S269-S276.

232. Salami, S., Karami-Tehrani, F. Biochemical studies of apoptosis induced by tamoxifen in estrogen receptor positive and negative breast cancer cell lines // Clin. Biochem. - 2003. -V. 36.-P. 247-253.

233. Razandi M., Pedram A., Jordan V. C., Fuqua S., Levin E. R. Tamoxifen regulates cell fate through mitochondrial estrogen receptor beta in breast cancer // Oncogene. - 2013. - V. 32. P. 3274-3285.

234. Schilsky, R.L. Methotrexate: an effective agent for treating cancer and building careers. The polyglutamate era // Stem Cells. - 1996. - V. 14. - P. 29-32.

235. Соухами, P., Тобайас, Дж. Рак и его лечение: пер. с англ. - М.: Бином. Лаборатория знаний. - 2009. - 437 с.

236. Huennekens, F.M. The methotrexate story: a paradigm for development of cancer chemotherapeutic agents // Adv. Enzyme Regul. - 1994. - V. 34. P. 397-419.

237. Villaverde, M. S., Gil-Cardeza, M. L., Glikin, G. C., Finocchiaro, L. M. Interferon-P lipofection I. Increased efficacy of chemotherapeutic drugs on human tumor cells derived monolayers and spheroids // Cancer Gene Ther. - 2012. - V. 19. - P. 508-516.

238. Чесноков, В. H., Мертвецов, H. П. Влияние ингибитора трансляции циклогексимида на экспрессию генов млекопитающих // Биохимия. - 1990. - Т. 55. - С. 1276-1278.

239. Cesari, М., Heliot, L., Meplan, С., Pabion, М., Khochbin, S. S-phase-dependent action of cycloheximide in relieving chromatin-mediated general transcriptional repression // Biochem. J. - 1998. - V. 336. - P. 619-624.

240. Blom, W. M., de Bont, H. J., Meijerman, I., Mulder, G. J., Nagelkerke, J. F. Prevention of cycloheximide-induced apoptosis in hepatocytes by adenosine and by caspase inhibitors // Biochem. Pharmacol. - 1999. - V. 58. - P. 1891-1898.

241. Telford, W. G., Komoriya, A., Packard, B. Z., Bagwell, C. B. Multiparametric analysis of apoptosis by flow cytometry // Methods Mol. Biol. - 2011. - V. 699. - P.203-227.

242. Binder, C., Schulz, M., Hiddemann, W., Oellerich, M. Induction of inducible nitric oxide synthase is an essential part of tumor necrosis factor-alpha-induced apoptosis in MCF-7 and other epithelial tumor cells // Lab. Invest. - 1999. - V. 79. - P. 1703-1712.

243. Svidritskiy, E., Ling, C., Ermolenko, D. N., Korostelev, A. A. Blasticidin S inhibits translation by trapping deformed tRNA on the ribosome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2013.-V. 110.-P. 12283-12288.

244. Johnson, C. R., Jiffar, T., Fischer, U. M., Ruvolo, P. P., Jarvis, W. D. Requirement for SAPK-JNK signaling in the induction of apoptosis by ribosomal stress in REH lymphoid leukemia cells // Leukemia. - 2003. - V. 17. - P. 2140-2148.

245. Sato, M., Ohtsuka, M., Miura, H., Miyoshi, K., Watanabe, S. Determination of the optimal concentration of several selective drugs useful for generating multi-transgenic porcine embryonic fibroblasts // Reprod. Domest. Anim. - 2012. - V. 47. - P. 759-765.

246. Porta, C., Hadj-Slimane, R., Nejmeddine, M., Pampin, M., Tovey, M. G., Espert, L., Alvarez, S., Chelbi-Alix, M. K. Interferons alpha and gamma induce p53-dependent and p53-independent apoptosis, respectively // Oncogene. - 2005. - V. 24. - P. 605-615.

247. Mollenhauer, H. H., Morre, D. J., Rowe, L. D. Alteration of intracellular traffic by monensin; mechanism, specificity and relationship to toxicity // Biochim. Biophys. Acta. -1990. -V. 1031. - P. 225-246.

248. Yoon, M. J., Kang, Y. J., Kim, I. Y., Kim, E. H., Lee, J. A., Lim, J. H., Kwon, T. K., Choi, K. S. Monensin, a polyether ionophore antibiotic, overcomes TRAIL resistance in glioma cells via endoplasmic reticulum stress, DR5 upregulation and c-FLIP downregulation // Carcinogenesis. - 2013. - V. 34. - P. 1918-1928.

249. Zhang, Z., Beyer, S„ Jhiang, S. M. MEK inhibition leads to lysosome-mediated Na+/I-symporter protein degradation in human breast cancer cells // Endocr. Relat. Cancer. -2013.-V. 20.-P. 241-250.

250. Fehrholz, M., Bersani, I., Kramer, B. W., Speer, C. P., Kunzmann, S. Synergistic effect of caffeine and glucocorticoids on expression of surfactant protein B (SP-B) mRNA // PLoS One. 2012.-V. 7.-e51575.

251. Brickelmaier, M., Carmillo, A., Goelz, S., Barsoum, J., Qin, X. Q. Cytotoxicity of combinations of EFN-beta and chemotherapeutic drugs // J. Interferon Cytokine Res. 2002. -V.22.-P. 873-880.

252. Villaverde, M. S., Gil-Cardeza, M. L., Glikin, G. C., Finocchiaro, L. M. Interferon-P lipofection I. Increased efficacy of chemotherapeutic drugs on human tumor cells derived monolayers and spheroids // Cancer Gene Ther. - 2012. - V. 19. - P. 508-516.

253. Ma, J. H., Patrut, E., Schmidt, J., Knaebel, H. P., Buchler, M. W., Marten, A. Synergistic effects of interferon-alpha in combination with chemoradiation on human pancreatic adenocarcinoma // World J. Gastroenterol. - 2005. - V. 11. - P. 1521-1528.

254. Lindner, D. J., Borden, E. C. Synergistic antitumor effects of a combination of interferon and tamoxifen on estrogen receptor-positive and receptor-negative human tumor cell lines in vivo and in vitro // J. Interferon Cytokine Res. - 1997. - V. 17. - P. 681-693.

255. Schild-Hay, L. J., Leil, T. A., Divi, R. L., Olivero, O. A., Weston, A., Poirier, M. C. Tamoxifen induces expression of immune response-related genes in cultured normal human mammary epithelial cells // Cancer Res. - 2009. - V. 69. - P. 1150-1155.

256. Der, S. D., Zhou, A., Williams, B. R., Silverman, R. H. Identification of genes differentially regulated by interferon alpha, beta, or gamma using oligonucleotide arrays // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1998. - V. 95. - P. 15623-15628.

257. Trinchieri, G. Type I interferon: friend or foe? // J. Exp. Med. - 2010. - V. 207. - P. 205363.

258. Sadler, A. J., Williams, B. R. Interferon-inducible antiviral effectors // Nat. Rev. Immunol. 2008. -V. 8.-P. 559-568.

259. Schlee, M., Hornung, V., Hartmann, G. siRNA and isRNA: two edges of one sword // Mol. Ther. - 2006. - V. 14. - P. 463^70.

260. Kabilova, Т. O., Meschaninova, M. I., Venyaminova, A. G., Nikolin, V. P., Zenkova, M.

A., Vlassov, V. V., Chernolovskaya E. L. Short double-stranded RNA with immunostimulatory activity: sequence dependence // Nucleic Acid Ther. - 2012. - V. 22. -P.196-204.

261. Кабилова, Т. О., Владимирова, А. В., Зенкова, М. А., Черноловская, Е. Л., Власов, В.

B. Антипролиферативное и интерферон-индуцирующее действие уникальной короткой двуцепочечной РНК // Доклады АН. - 2011. - Т. 436. - С. 412-416.

262. Kumar, Н., Kawai, Т., Akira, S. Toll-like receptors and innate immunity // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2009. - V. 388. - P. 621-625.

263. Ospelt, C., Gay, S. TLRs and chronic inflammation // Int. J. Biochem. Cell. Biol. - 2010. -V. 42.-P. 495-505.

264. Diamond, M. S., Farzan, M. The broad-spectrum antiviral functions of IFIT and IFITM proteins // Nat. Rev. Immunol. - 2013. - V. 13. - P. 46-57.

265. http://www.kegg.jp/kegg/kegg2.html

266. Pop, С., Salvesen, G. S. Human caspases: activation, specificity, and regulation // J. Biol. Chem. - 2009. - V. 284. P. 21777-21781.

267. Hellwig, C.T., Rehm, M. TRAIL signaling and synergy mechanisms used in TRAIL-based combination therapies // Mol. Cancer Ther. - 2012. - V. 11. -P. 3-13.

268. Кудрявцев, И. В., Головкин, А. С., Зурочка, А. В., Хайдуков, С. В. Современные методы и подходы к изучению апоптоза в экспериментальной биологии // Медицинская иммунология. - 2012. - Т. 14. - С. 461-482.

269. Van, D. N., Roberts, С. F., Marion, J. D., Lepine, S., Harikumar, К. В., Schreiter, J., Dumur, С. I., Fang, X., Spiegel, S., Bell, J. K. Innate immune agonist, dsRNA, induces apoptosis in ovarian cancer cells and enhances the potency of cytotoxic chemotherapeutics // FASEB J. - 2012. - V. 8. - P. 3188-3198.

270. Bernardo, A. R., Cosgaya, J. M., Aranda, A., Jimenez-Lara, A. M. Synergy between RA and TLR3 promotes type I IFN-dependent apoptosis through upregulation of TRAIL pathway in breast cancer cells // Cell Death Dis. - 2013. - V. 4. - e479.

271. Ning, Y., Riggins, R. В., Mulla, J. E., Chung, H„ Zwart, A., Clarke, R. IFNgamma restores breast cancer sensitivity to fulvestrant by regulating STAT1, IFN regulatory factor 1, NF-kappaB, BCL2 family members, and signaling to caspase-dependent apoptosis // Mol. Cancer Ther. - 2010. - V. 9. - P. 1274-1285.

272. Park, S. Y., Seol, J. W., Lee, Y. J., Cho, J. H., Kang, H. S., Kim, I. S., Park, S. H., Kim, Т.Н., Yim, J. H., Kim, M., Billiar, T. R., Seol, D. W. IFN-gamma enhances TRAIL-induced apoptosis through IRF-1 // Eur. J. Biochem. - 2004. - V. 271. - P. 4222-4228.

273. Schwartz, J. L., Shajahan, A. N., Clarke, R. The Role of Interferon Regulatory Factor-1 (IRF1) in Overcoming Antiestrogen Resistance in the Treatment of Breast Cancer // Int. J. Breast Cancer. - 2011. - V. 2011 - ID:912102.

274. De Ambrosis, A., Casciano, I., Croce, M., Pagnan, G., Radic, L., Banelli, В., Di Vinci, A., Allemanni, G., Tonini, G. P., Ponzoni, M., Romani, M., Ferrini, S. An interferon-sensitive response element is involved in constitutive caspase-8 gene expression in neuroblastoma cells // Int. J. Cancer. - 2007. - V. 120. - P. 39^17.

275. Bouker, К. В., Skaar, Т. C., Riggins, R. В., Harburger, D. S., Fernandez, D. R., Zwart, A., Wang, A., Clarke, R. Interferon regulatory factor-1 (IRF-1) exhibits tumor suppressor activities in breast cancer associated with caspase activation and induction of apoptosis // Carcinogenesis. - 2005. - V. 26. - P. 1527-1535.

276. Besch, R., Poeck, H., Hohenauer, Т., Senft, D., Hacker, G., Berking, C., Hornung, V., Endres, S., Ruzicka, Т., Rothenfusser, S., Hartmann, G. Proapoptotic signaling induced by

RIG-I and MDA-5 results in type I interferon-independent apoptosis in human melanoma cells // J. Clin. Invest. - 2009. - V. 119. - P. 2399-2411.

277. Li, Y., Li, C., Xue, P., Zhong, B., Mao, A. P., Ran, Y., Chen, H., Wang, Y. Y., Yang, F., Shu, H. B. ISG56 is a negative-feedback regulator of virus-triggered signaling and cellular antiviral response // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2009. - V. 106. - P. 7945-7950.

278. Zhou, X., Michal, J. J., Zhang, L., Ding, B., Lunney, J. K., Liu, B., Jiang, Z. Interferon induced IFTT family genes in host antiviral defense // Int. J. Biol. Sei. - 2013. - V. 9. - P. 200-208.

279. Sen, G. C., Fensterl, V. Crystal structure of IFIT2 (ISG54) predicts functional properties of IFITs // Cell Res. - 2012. - V. 22. P. 1407-1409.

280. Reich, N. C. A death-promoting role for ISG54/IFIT2 // J. Interferon Cytokine Res. -2013.-V. 33.-P. 199-205.

281. Stawowczyk, M., Van Scoy, S„ Kumar, K. P., Reich, N. C. The interferon stimulated gene 54 promotes apoptosis //J. Biol. Chem. - 2011. - V. 286. - P. 7257-7266.

282. Liu, X. Y., Chen, W., Wei, B., Shan, Y. F., Wang, C. IFN-induced TPR protein IFIT3 potentiates antiviral signaling by bridging MAVS and TBK1 // J. Immunol. - 2011. - V. 187.-P. 2559-2568.

283. Pichlmair, A., Lassnig, C., Eberle, C. A., Görna, M. W., Baumann, C. L., Burkard, T. R., Burckstummer, T., Stefanovic, A., Krieger, S., Bennett, K. L., Rulicke, T., Weber, F., Colinge, J., Muller, M., Superti-Furga, G. IFIT1 is an antiviral protein that recognizes 5'-triphosphate RNA // Nat. Immunol. - 2011. - V. 12. - P. 624-630.

284. Abbas, Y. M., Pichlmair, A., Görna, M. W„ Superti-Furga, G., Nagar, B. Structural basis for viral 5-PPP-RNA recognition by human IFIT proteins // Nature. - 2013. - V. 494. P. 60-64.

285. Hornung, V., Ellegast, J., Kim, S., Brzozka, K., Jung, A., Kato, H., Poeck, H., Akira, S., Conzelmann, K. K., Schlee, M., Endres, S., Hartmann, G. 5'-Triphosphate RNA is the ligand for RIG-I // Science. - 2006. - V. 314. - P. 994-997.

286. Pichlmair, A., Schulz, O., Tan, C. P., Naslund, T. I., Liljestrom, P., Weber, F., Reis e Sousa,

C. RIG-I-mediated antiviral responses to single-stranded RNA bearing 5'-phosphates // Science. - 2006. - V. 314. - P. 997-1001.

287. Schmidt, A., Schwerd, T„ Hamm, W., Hellmuth, J. C., Cui, S., Wenzel, M., Hoffmann, F. S., Michallet, M. C., Besch, R., Hopfner, K. P., Endres, S., Rothenfusser S. 5'-triphosphate RNA requires base-paired structures to activate antiviral signaling via RIG-I // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. - 2009. - V. 106. - P. 12067-12072.

288. Matzura, O., Wennborg, A. RNAdraWan integrated program for RNA secondary structure calculation and analysis under 32-bit Microsoft Windows // Comput. Appl. Biosci. - 1996. -V. 12.-P. 247-249.

289. Malathi, K., Dong, B., Gale, M. Jr., Silverman, R. H. Small self-RNA generated by RNase L amplifies antiviral innate immunity // Nature. - 2007. - V. 448. - P. 816-819.

290. Stewart, C. K., Li, J., Golovan, S. P. Adverse effects induced by short hairpin RNA expression in porcine fetal fibroblasts // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2008. - V. 370.-P. 113-117.

291. Poos, K., Smida, J., Nathrath, M., Maugg, D., Baumhoer, D„ Korsching, E. How microRNA and transcription factor co-regulatory networks affect osteosarcoma cell proliferation // PLoS Comput. Biol. - 2013. - V. 9. - el003210.

292. Ye, H., Liu, X., Lv, M., Wu, Y., Kuang, S., Gong, J., Yuan, P., Zhong, Z., Li, Q., Jia, H., Sun, J., Chen, Z., Guo, A. Y. MicroRNA and transcription factor co-regulatory network analysis reveals miR-19 inhibits CYLD in T-cell acute lymphoblastic leukemia // Nucleic Acids Res. - 2012. - V. 40. - P. 5201-5214.

293. Zhao, M., Sun, J., Zhao, Z. Synergetic regulatory networks mediated by oncogene-driven microRNAs and transcription factors in serous ovarian cancer // Mol. Biosyst. - 2013. - V. 9.-P. 3187-3198.

294. Zhao, J. P., Jiang, X. L., Zhang, B. Y., Su, X. H. Involvement of microRNA-mediated gene expression regulation in the pathological development of stem canker disease in Populus trichocarpa // PLoS One. - 2012. - V. 7. - e44968.

295. Hecker, M., Thamilarasan, M., Koczan, D., Schroder, I., Flechtner, K., Freiesleben, S., Fullen, G., Thiesen, H. J., Zettl, U. K. MicroRNA Expression Changes during InterferonBeta Treatment in the Peripheral Blood of Multiple Sclerosis Patients // Int. J. Mol. Sci. -2013.-V. 14.-P. 16087-16110.

296. Tanaka, T., Sugaya, S., Kita, K., Arai, M., Kanda, T„ Fujii, K., Imazeki, F., Sugita, K., Yokosuka, O., Suzuki, N. Inhibition of cell viability by human IFN-P is mediated by microRNA-431 // Int. J. Oncol. - 2012. - V. 40. - P. 1470-1476.

297. Kimura, T., Jiang, S., Nishizawa, M., Yoshigai, E., Hashimoto, I., Nishikawa, M., Okumura, T., Yamada, H. Stabilization of human interferon-al mRNA by its antisense RNA // Cell. Mol. Life Sci. - 2013. - V. 70. - P. 1451-1467.