Механизмы накопления фибрилларина в ядре и ядрышке тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.03.04, кандидат наук Шубина Мария Юрьевна

• Шубина Мария Юрьевна
• кандидат наук
• 2019

Оглавление диссертации кандидат наук Шубина Мария Юрьевна

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Цель и задачи исследования

Объект и предмет исследования

Научная новизна

Теоретическое и практическое значение

Методология и методы исследования

Положения, выносимые на защиту

Личный вклад автора

Степень достоверности результатов и апробация работы

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Структура фибрилларина

1.2. Структура метилтрансфераз

1.3. FBL имеет структуру типичную для метилтрансфераз

1.4. Механизмы выбора метилируемых нуклеотидов

1.5. GAR-домен фибрилларина

1.6. GAR-домены других ядерных белков

1.7. Метилирование фибрилларина

1.8. Неядрышковые функции фибрилларина

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Плазмиды

2.2. Коммерческие наборы

2.3. Культуры эукариотических клеток

2.4. Культуры прокариотических клеток

2.5. Молекулярное клонирование (получение конструктов химерных белков)

2.5.1. Получение конструктов FBL-EGFP, GAR-EGFP и AGAR-EGFP

2.5.2. Получение конструктов FBL-TagRFP, B23-TagRFP

2.5.3. Получение конструкта EGFP- NLSSV40

2.5.4. Получение конструктов FBL-lacZ-EGFP и lacZ-EGFP

2.6. Обработка ДНК эндонуклеазами рестрикции

2.7. Лигирование

2.8. Приготовление компетентных клеток E. coli

2.9. Трансформация E. coli плазмидной ДНК

2.10. Выделение плазмидной ДНК из E. coli

2.11. Горизонтальный гель-электрофорез ДНК

2.12. Культивирование эукариотических клеток

2.13. Трансфекция клеток HeLa плазмидной ДНК

2.14. Определение локализации FBL, AGAR и GAR-домена после ингибирования транскрипции в клетках HeLa

2.15. Фиксация клеток

2.16. Истощение клеточного пула АТФ (ATP depletion)

2.17. Слияние клеток

2.18. Прижизненные наблюдения

2.19. Восстановление флуоресценции после фотообесцвечивания (FRAP)

2.20. Оценка эффективности накопления белков в ядре и ядрышке

2.30. Ингибирование активности импортинов

2.31. Ингибирование клеточных метилтрансфераз с помощью AdOx

2.32. Анализ взаимодействия белков в системе F2H

2.33. Сайт-направленный мутагенез

2.34 Наработка лентивирусных частиц и трансдукция

2.35 MALDI-TOF масс-спектрометрия

2.36. Работа с пекарскими дрожжами Saccharomyces cerevisiae

2.36.1. Культивирование дрожжей

2.36.2. Получение дрожжевого штамма, в котором ген дрожжевого фибрилларина NOP1 находится под контролем галактозного GAL1-промотора (W303 Pgal-NOP1:: HIS)

2.36.3. Амплификация дрожжевых генов при помощи ПЦР

2.36.4. Переосаждение ДНК

2.36.5. Выделение суммарной ДНК из дрожжей S. cerevisiae

2.36.6. Трансформация дрожжей S. cerevisiae с использованием 0.1М LiAc буфера

2.36.7. Горизонтальный гель-электрофорез ДНК

2.36.8. Молекулярное клонирование (получение конструктов химерных белков)

2.36.9. Изучение выживаемости клеток дрожжей S. cerevisiae при ингибировании экспрессии дрожжевого фибрилларина NOP1

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ

3.1. Дизайн экспериментов

3.2. Роль GAR-домена в функционировании фибрилларина

3.3. Роль GAR-домена в накоплении белка в ядре

3.4. Роль GAR-домена в накоплении белка в ядрышке

3.5 Роль метилирования GAR-домена в накоплении белка в ядре и ядрышке

4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

ИСПОЛЬЗОВАННАЯ ЛИТЕРАТУРА

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

Для аминокислот и их производных использовались обозначения, рекомендуемые комиссией по номенклатуре Международного союза чистой и прикладной химии (IUPAC) и Международного союза биохимиков (IUP). В работе использовались следующие сокращения и обозначения: ГК - гранулярный компонент ядрышка мРНП - малые рибонуклеопротеидные комплексы у Архей мякРНК - малая ядрышковая РНК

мякРНП - малые ядрышковые рибонуклеопротеидные комплексы

пре-рРНК - пре-рибосомные РНК

ПФК - плотный фибриллярный компонент ядрышка

рДНК - рибосомная дезоксирибонуклеиновая кислота

рРНК - рибосомная рибонуклеиновая кислота

ФЦ- фибриллярный центр ядрышка

aDMA - Ng ,Ng - асимметричный диметиларгинин

AdoHcy - S-аденозилгомоцистеин

AdoMet=SAM - S-аденозил-L-метионин

GAR-домен - домен фибрилларина, обогащенный глицинами и аргининами

MNA - Ng - монометиларгинин NLS - сигнал ядерной локализации NoLS - сигнал ядрышковой локализации NPC - ядерные поровые комплексы PNB - проядрышко

PRMT - белковая аргининметилтрансфераза sDMA - Ng ,Ng - симметричный диметиларгинин ЯОР - ядрышковый организатор

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизмы накопления фибрилларина в ядре и ядрышке»

Актуальность проблемы

Клеточное ядро является высоко структурированной органеллой эукариотической клетки. Наиболее крупной и заметной субструктурой ядра является не ограниченная мембраной органелла - ядрышко, которое представляет собой «фабрику рибосом» клетки. Ядрышко клеток млекопитающих характеризуется четкой компартментализацией молекулярных комплексов, отвечающих за различные этапы биогенеза рибосом. В ядрышке выделяют три основных компартмента: фибриллярные центры (ФЦ), на грацине которых происходит транскрипция рДНК, плотный фибриллярный компонент (ПФК), в котором происходит процессинг пре-рРНК, и гранулярный компонент (ГК), к котором осуществляется полное созревание пре-рРНП и взаимодействие с рибосомными белками.

Для каждого компартмента ядрышка характерно накопление в нем определенного, специфического набора белков. Именно накопление белков (т.е. локальное повышение их концентрации в определенной области ядра) способствует эффективному протеканию биохимических реакций и функционированию структуры в целом. Одним из ключевых ядрышковых белков является -фибрилларин (ББЬ). Фибрилларин преимущественно локализуется в ПФК, то есть в фокусах транскрипции рДНК и процессинга рРНК [27]. Фибрилларин катализирует сайт-специфическое 2'-0-метилирование остатков рибозы в пре-рРНК, участвует в процессинге пре-рРНК [157] и регулирует транскрипцию рРНК, метилируя остаток глутамина в гистоне Н2А [89, 151]. ББЬ играет важную роль в формировании и поддержании структурной целостности плотного фибриллярного компонента ядрышка [164]. За последние несколько лет накопилось достаточно много экспериментальных данных, свидетельствующих в пользу того, что, помимо его основных функций, фибрилларин способен оказывать влияние на различные клеточные процессы,

такие как: развитие патологического состояния и даже динамику старения организма [99, 140].

Фибрилларин является относительно небольшим белком (34-38 kDa) и состоит из трех основных доменов: N-концевой домен GAR-домен (80 а.о.), обогащенный аминокислотными остатками глицина и аргинина (Glycine and Arginine-rich Domain), РНК-связывающий домен (~90 а.о.) и С-концевой а-спиральный домен (33 а.о.) [5]. Вместе РНК-связывающий и а-спиральный домены формируют S-аденозил-L-метионин (SAM)-зависимый метилтрансферазный домен, который катализирует 2'-O метилирование остатков рибозы , использую SAM в качестве донора метильной группы [9]. Аминокислотная последовательность и пространственная структура (3D) метилтрансферазного домена являются высоко консервативными на протяжении всей эволюции, начиная от Архей и заканчивая человеком [128, 141]. Более того были проделаны эксперименты, в которых фибрилларин из человека и Xenopus laevis [61], а также из Arabidopsis thaliana [7] могли функционально заменить дрожжевой фибрилларин, что свидетельствует в пользу консервативности функции FBL. У почкующихся дрожжей Saccharomyces cerevisiae есть ген NOP1, который кодирует белок, являющейся гомологом человеческого фибрилларина. Известно, что дрожжевой NOP1 необходим для роста, модификации и процессинга пре-рРНК [57, 135].

Особое внимание привлекает к себе GAR-домен фибрилларина. Важно отметить, что данный домен отсутствует у Архей и появляется только у эукариот [3]. У эукариот GAR-домен содержит несколько RGG-мотивов, чередующихся с несколькими остатками фенилаланина (Phe). Более того, большинство аргининов в составе GAR-домена подвергаются посттрансляционному асимметричному диметилированию [1, 86, 88, 105, 166]. Было показано, что N-концевой участок молекулы фибрилларина (1-182 а.о.) является субстратом для белковых аргинин-метилтрансфераз (PRMT)-PRMT1[149] и PRMT7 [175]. Молекула человеческого фибрилларина

характеризуется высокой степенью метилирования и содержит 4.1% NG, NG-диметиларгининов. Известно, что метилирование остатков аргинина в эукариотических рибонуклеопротеинах может регулировать их взаимодействие с РНК [88, 96, 98, 150]. Однако, остается неясным, участвует ли домен GAR в основных функциях фибрилларина (метилирование и процессинг пре-рРНК) и как (если это так) он способствует специфической локализации фибрилларина в сайтах транскрипции пре-рРНК.

Можно предположить, что GAR-домен необходим для накопления фибрилларина в ядре и ядрышке. Известно, что в клетках эукариот за накопление белков в ядре могут отвечать сигналы ядерной локализации (NLS), которые узнаются специальными адаптерными белками импортинами, осуществляющими их транспорт в ядро. За локализацию белов в ядрышке могут отвечать специальные аминокислотные последовательности, называемые сигналами ядрышковой локализации (NoLS). Чаще всего NoLS представляют собой кластеры положительно заряженных аминокислот (аргининов и лизинов) на конце белка [102]. Поскольку GAR-домен обогащен положительно заряженными аминокислотными остатками аргинина, то нельзя исключить, что он может выполнять функции NLS и NoLS, т.е. функции, которые необходимы только в случае белков эукариот.

Степень разработанности темы

На сегодняшний день вопрос о роли основных структурных доменов FBL в обеспечении его специфической локализации внутри ядрышка остается нерешенным. Было показано, что GAR-домен необходим и достаточен для локализации гомолога FBL AtFbr1 из Arabidopsis в ядре [122]. Было показано, что в клетках HeLa GAR-домен вместе c первым спейсером достаточен для перемещения FBL в ядрышко [80]. Кроме того, GAR-домен FBL из Nicotiana benthamiana (NbFib2) является важным и необходимым для накопления белка в ядрышке и тельцах Кахаля [174]. С другой стороны, Snaar и соавторы показали, что GAR-домен человеческого FBL не играет значительной роли в накоплении

фибрилларина в ядрышке [144]. Также неясно, имеет ли какое-либо функциональное значение метилирование аргининов в составе GAR-домена фибрилларина. Таким образом, вопрос с помощью какого механизма происходит накопление FBL в ядре и ядрышке, а также о роли метилирования аргининов в этих процессах остается нерешенным.

Цель и задачи исследования

Целью работы было изучение роли GAR-домена в накоплении фибрилларина в ядре и ядрышке.

Были поставлены следующие конкретные задачи:

1. Определить роль GAR-домена для функциональной активности фибрилларина.

2. Изучить роль GAR-домена в накоплении фибрилларина в ядре.

3. Изучить роль GAR-домена фибрилларина в накоплении белка в ядрышке.

4. Изучить роль метилирования аргининов в составе GAR- домена в накоплении фибрилларина в ядре и ядрышке.

Объект и предмет исследования

Основным объектом исследования была клеточная линия HeLa. Предмет исследования - функциональные характеристики GAR-домена в обеспечении специфической локализации FBL, а также функциональное значение метилирования аргининов в составе GAR-домена.

Научная новизна

В работе исследовали роль GAR-домена в обеспечении правильной локализации FBL и его функционирования. На дрожжевой модели показано, что GAR-домен фибрилларина необходим для его функционирования. Показано, что накопление FBL в ядре зависит от GAR-домена, выполняющего роль NLS. В работе выдвинута и экспериментально доказана гипотеза о существовании двух механизмов накопления фибрилларина в фокусах транскрипции, где GAR-домен отвечает за высоко динамическое накопление

фибрилларина в гранулярном компоненте ядрышка, в то время как метилтрансферазный домен способствует медленному накоплению белка в плотном фибриллярном компоненте. Получены данные в пользу того, что электростатические взаимодействия GAR-домена с компонентами ядрышка определяют накопление фибрилларина в гранулярном компоненте ядрышка.

Впервые исследована роль асимметричного диметилирования GAR-домена FBL. На дрожжевой модели было показано, что метилирование аргининов в GAR-домене играет важную роль в функционировании фибрилларина. Впервые качественно и количественно показано, что метилирование аргининов в GAR-домене необходимо для выполнения им функции NLS, однако препятствует его взаимодействию с гранулярным компонентом ядрышка (т.е. функции NoLS).

Теоретическое и практическое значение

Полученные в работе данные расширяют знания о возможных механизмах возникновения и эволюции внутриядерной компартментализации при переходе от прокариот к эукариотам. Результаты исследования могут быть использованы при чтении курса «Клеточная биология» для студентов факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ имени М.В. Ломоносова.

Изучение FBL важно не только с теоретической, но и практической точки зрения. FBL является одной из мишеней аутоантител при системных аутоиммунных заболеваниях человека. Аутоиммунные заболевания относятся к одним из наиболее распространенных заболеваний, которые в развитых странах поражают до 5-8% населения. Например, диффузная склеродермия (системный склероз) относится к числу системных заболеваний соединительной ткани, при котором наблюдается тяжелое фибротическое поражение кожи и нарушения микроциркуляции. Нередко развивается поражение внутренних органов, включая фиброз легких, поражение пищевода, сердца, почек. Системная склеродермия сопровождается появлением в крови большого количества аутоантител к рибонуклеиновым кислотам и ассоциированным с ними белкам.

Аутоантитела к FBL обнаруживаются примерно у 8% пациентов, страдающих от системной склеродермии. Наличие антител к ББЬ или его комплексам с мякРНК в крови пациента может служить диагностическим признаком развития аутоиммунного заболевания группы системного склероза с плохим прогнозом [168]. На сегодняшний день точные причины возникновения аутоиммунных болезней остаются неизвестными.

Наряду с вовлеченностью фибрилларина в аутоиммунные заболевания, за последнее время стало появляться все больше данных о влиянии фибрилларина на протекание различных клеточных процессов, а также на развитие столь остро стоящей в наши годы проблемы рака и даже динамику старения организма. Механизм, по средствам которого фибрилларин может влиять на эти процессы, не известен, однако, некоторые исследования показывают, что повышение или понижение экспрессии фибрилларина отражается на свойствах рибосом и, как следствие, на процессе трансляции. Понимание механизмов накопления такого важного белка как фибрилларин в фокусах его функционирования может послужить хорошим подспорьем при разработке таргетной терапии.

Методология и методы исследования

Проведенные в рамках данной работы исследования базируются на существующих проверенных методологических приемах научного познания. В работе использовались методы клеточной и молекулярной биологии, методы цито- и иммунофлуоресцентной микроскопии, прижизненного наблюдения с использованием современного оборудования, методы математического и статистического анализа. Полностью методология и методы исследования отражены в разделе «Материалы и методы».

Положения, выносимые на защиту:

1. GAR-домен фибрилларина интегрирует функции NLS и NoLS.

2. Метилирование аргининов в составе GAR-домене модулирует активность NLS и NoLS.

Личный вклад автора

Личный вклад автора заключался в анализе литературных данных, планировании и постановке экспериментов, обработке полученных экспериментальных данных и их интерпретации. Автор принимал непосредственное участие в обсуждении и подготовке публикаций по теме диссертации.

Степень достоверности результатов и апробация работы

В диссертационной работе представлены результаты, полученные различными методами молекулярной и клеточной биологии. Достоверность полученных данных подтверждается большим количеством хорошо воспроизводимых результатов, а также их статистической значимостью. Результаты диссертационной работы были представлены на XVII всероссийском симпозиуме "Структура и функции клеточного ядра" (Санкт-Петербург, Россия, 2014), на II Всероссийской конференции "Внутриклеточная сигнализация, транспорт, цитоскелет" (2015), на XXVI Российской конференции по электронной микроскопии (РКЭМ-2016) (Зеленоград, Россия, 2016), на конференции "Клеточная биология: проблемы и перспективы" (Санкт-Петербург, Россия, 2017), на XXV Международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых учёных «Ломоносов-2018» (Москва, 2018), на XVIII Всероссийском симпозиуме "Структура и функции клеточного ядра" (Санкт-Петербург, Россия, 2018), на 26th Wilhelm Bernhard Workshop on the Cell Nucleus (Дижон, Франция, 2019). Также основные результаты работы были доложены на заседании кафедры клеточной биологии и гистологии биологического факультета МГУ и на семинаре отдела электронной микроскопии НИИ ФХБ им. А.Н. Белозерского МГУ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1 Структура фибрилларина

Фибрилларин (FBL) - высоко консервативный ядрышковый белок, являющийся одним из ключевых компонентов малых ядрышковых рибонуклеопротеидных комплексов (мякРНП) [129]. Фибрилларин принимает участие в метилировании и процессинге пре-рибосомных РНК (пре-рРНК), а также в сборке пре-рибосом (Eichler & Craig, 1994; Tollervey et al., 1993).

Впервые данный белок был идентифицирован у Physarum polycephalum [33]. Свое название этот белок получил благодаря характерной локализации в фибриллярном компоненте ядрышка позвоночных животных [111], однако для разных организмов использовались и другие обозначения (В-36 - грибы, NOP1 - дрожжи, aFIB - археи). FBL является одним из наиболее высоко консервативных белков, у которого гомология среди эволюционно далеких друг от друга видов достигает 80%. На сегодняшний день гены или кДНК, кодирующие FBL, были выделены и секвенированы для многих животных [5, 159], амфибий [77], грибов [34, 121, 152], высших растений [7, 122], дрожжей [54, 57], простейших [26, 106] и архей [3, 23, 163]. В зависимости от организма молекулярная масса FBL колеблется от 34 до 38 кДа, основная изоэлектрическая точка равна pI 8,5-10. Молекула FBL характеризуется высоким содержанием глицина (=20%) и NG, ^-диметиларгининов (=4%).

У человека молекула FBL состоит из 321 аминокислотного остатка, и в ней выделяют три основных структурных домена: (1) N-концевой домен, включающий в себя первые 80 аминокислотных остатков белка, обогащенный аминокислотными остатками глицина и аргинина (Glycine and Arginine-rich Domain, GAR-домен); (2) центральный домен длиной ~90 аминокислотных остатков, который предположительно является РНК-связывающим доменом; (3) С-концевой а-спиральный домен, состоящий примерно из 33 аминокислотных остатков [5]. Вместе РНК-связывающий и а-спиральный домены формируют метилтрансферазный домен. Эти структурные домены фибрилларина человека

разделены короткими (~50 аминокислотных остатков) участками - первым (Бр1) и вторым (Бр2) спейсерами (рис. 1).

N-терминальный домен Метилтрансферазный домен

Рис. 1. Доменная организация FBL.

GAR - домен, обогащенный остатками глицина и аргинина, RB - РНК-связывающий домен, а - альфа-спиральный домен, Sp1 - первый спейсер, Sp2 - второй спейсер.

Аминокислотная последовательность и пространственная структура FBL высоко консервативны [5, 57, 77, 135, 159]. Здесь мы приводим множественное выравнивание молекул FBL из различных таксономических групп - археи Pyrococcus horikoshii, инфузории Tetrahymena thermophile, дрожжи Schizosaccharomyces pombe, человека и табака Nicotiana benthamiana. (рис. 2). На выравнивании видно, что РНК-связывающий и альфа-спиральный домены консервативны по последовательности практически во всех изученных FBL. Напротив, для GAR-домена характерна высокая вариабельность по последовательности среди эукариот. В фибрилларинах архей GAR-домены отсутствуют [3, 163]. Причины появления нового домена при переходе от прокариот к эукариотам на сегодняшний день не изучены. Можно предположить, что GAR-домен способствует специфической локализации фибрилларина внутри ядра и ядрышка. Однако неопровержимых данный о необходимости GAR-домена для правильной локализации фибрилларина получено не было.

Рис. 2. Аминокислотная последовательность и трехмерная структура ЕБЬ эукариот и

ЕБЬ-подобных белков архей.

а) Множественное выравнивание ББЬ из разных таксономических групп - археи Pyrococcus horikoshii, инфузории Tetrahymena thermophile, дрожжи Schizosaccharomyces pombe, человека и табака Nicotiana benthamiana. Часть белка, соответствующая РНК-связывающему и альфа-спиральному доменам, консервативна по последовательности, тогда как участок, соответствующий ОЛЯ-домену, крайне разнообразен по последовательности у различных белков, а у архей отсутствует. б) 3D структура ББЬ человека (PDB ГО: 21РХ). в) 3D структура ББЬ -подобного белка археи Aeropyrumpernix (РББ ГО: 4ББ3). Пространственные структуры этих двух белков сходны между собой, что говорит о высокой эволюционной

консервативности укладки белка.

1.2. Структура метилтрансфераз

FBL является Б-аденозил-Ь-метионин (AdoMet)-зависимой метилтрансферазой, которая может метилировать как РНК, так и белки. Основной функцией FBL является сайт-специфическое 2'-О-метилирование остатков рибозы (рис. 3) в 18Б и 28Б рРНК и участие в процессинге пре-рРНК транскриптов [68, 157, 161]. Кроме того, FBL регулирует транскрипцию рРНК, метилируя остаток глутамина в гистоне Н2А, т.е. выступает в роли белковой метилтрансферазы [89, 151].

О О СНз 0=Р—о

О О СНз

ч

Рис. 3. Схема сайт-специфического 2'-О-метилирования остатков рибозы.

Метилтрансферазы играют важную роль в функционировании клетки [32, 162]. В реакциях метилирования в качестве донора метильной группы чаще всего выступает молекула S-аденозил-Ь-метионин (AdoMet = SAM). Реакцию метилирования катализируют ферменты метилтрансферазы, которые переносят

метильную группу с AdoMet с образованием S-аденозилгомоцистеина (AdoHcy).

AdoMet-зависимые метилтрансферазы осуществляют метилирование большого количества различных молекул и подразделяются на метилтрансферазы ДНК (HhaI, TaqI, HaeШ, PvuIÍ), РНК (УР39, БгшАш, БгшС, фибрилларин), белков (СИеЯ, Hшt1, РКМТЗ), липидов, полисахаридов и различных небольших молекул (СОМТ, ОКМТ) [32]. Для AdoMet-зависимых метилтрансфераз характерно наличие особой консервативной центральной структуры [32, 163] (рис. 4, а). Подобная структура каталитического домена характерна и для фибрилларина (рис. 4, б).

а)

б)

Рис. 4. Структура каталитического домена фибрилларина сходна с каталитическим

доменом других метилтрансфераз.

а) Схема консервативного каталитического домена, характерная для всех метилтрансфераз. б) Схема С-концевого метилтрансферазного домена фибрилларин-подобного белка археи

Aeropyrum pernix. Круги - альфа-спирали, треугольники - бета-тяжи, овал - участок связывания АёоМе!. С-концевой домен у Methanococcus jannaschcii (М]0697) практически полностью идентичен домену известных метилтрансфераз с одним лишь отличием - в С-концевом домене М]0697 содержится дополнительная мини-спираль (а5) [163].

Центральный домен метилтрансфераз включает в себя Р-лист, состоящий из семи Р-тяжей, и шести а-спиралей, по три с каждой стороны от Р-листа. Все тяжи в составе Р-листа располагаются параллельно друг другу кроме седьмого тяжа, который идет антипараллельно другим шести тяжам и расположен между пятым и шестым тяжами (6| 7| 5| 4| Ц 2| 3|). Вероятно, антипараллельное расположение седьмого тяжа между пятым и шестым тяжами играет важную функциональную роль. Такая укладка каталитического центрального домена характерна для большинства метилтрансфераз. Считается, что тяжи 1-3 формируют ту часть каталитического домена, который взаимодействует с AdoMet, а тяжи 4-7 ответственны за связывание с субстратом. Высокая степень консервативности вторичной укладки метилтрансферазного домена позволяет выявлять потенциальные метилтрансферазы среди неаннотированных белков. Важно отметить, что, несмотря на высокую структурную консервативность вторичной структуры метилтрансферазного домена, на уровне аминокислотной последовательности AdoMet-зависимые метилтрансферазы очень отличаются друг от друга.

1.3. РБЬ имеет структуру типичную для метилтрансфераз

Пространственная укладка FBL была определена с помощью ренгеноструктурного анализа и ядерного магнитного резонанса. В частности, была детально изучена структура гомолога фибрилларина из археи Methanococcus jannaschii (М]0697), С-концевой домен которого оказался практически полностью идентичен домену известных метилтрансфераз [163]. Интересно, что среди гомологов FBL этот домен консервативен даже на уровне первичной аминокислотной последовательности. Идентичность аминокислотных последовательностей фибрилларинов позвоночных и М]0697 между остатками 25-95, содержащих а1-р1 петлю, составляет 56-64%, а сходство 78-80%. Идентичность аминокислотных последовательностей фибрилларинов человека и Xenopus составляет 81%, сходство - 90%;

первичные структуры фибрилларинов человека и дрожжей идентичны на 67% и сходны на 82% [5]. Такая высокая идентичность на уровне аминокислотной последовательности среди гомологов FBL может свидетельствовать в пользу консервативности функций FBL. Это подтверждается еще и тем, что фибрилларин из человека и Xenopus laevis [61], а также из Arabidopsis thaliana [7] могут функционально заменить дрожжевой фибрилларин NOP1. Стоит отметить, что в данных экспериментах дрожжевые мутанты с фибрилларинами человека и Xenopus были чувствительны к температуре, и при 36°C клетки переставали расти. Все же, возможность фибрилларинов из человека и Xenopus комплементировать дрожжевой NOP1 свидетельствует в пользу консервативности его функций на протяжении эволюции. Также проводились эксперименты с фибрилларином простейшего Tetrahymena, где изучалась его возможность функционально заменить дрожжевой NOP1 в Saccharomyces cerevisiae [39]. Помимо полноразмерного фибрилларина из Tetrahymena в клетках дрожжей был экспрессирован химерный белок, у которого на N-конце был закодирован ген GAR-домена из Saccharomyces cerevisiae, а на С-конце были закодированы 2/3 молекулы фибрилларина из Tetrahymena. Но ни полноразмерный, ни химерный белки фибрилларина из Tetrahymena не могли комплементировать NOP1, и клетки гибли.

Структура фибрилларина была описана и для других видов архей: Archaeoglobus fulgidus [2], Pyrococcus furiosus [41] и Aeropyrum pernix [142]. В этих случаях белок был ко-кристализован с AdoMet, который связывался с каталитическим сайтом фибрилларина. Также получены структуры фибрилларина Pyrococcus furiosus в комплексе с Nop56/58 и с AdoMet [116] , фибрилларина Sulfolobus solfataricus в составе C/D-РНП комплекса [85, 169]. Относительно недавно, с помощью ядерного магнитного резонанса и низко-углового рассеивания нейтронов была описана структура 390 kDa комплекса из археи Pyrococcus furiosus, что позволило детально охарактеризовать механизм позиционирования фибрилларина [78]. Получена структура центрального

домена человеческого фибрилларина в комплексе с AdoMet (PDB ID 2IPX), которая схожа со структурой, описанной для архей.

Таким образом, центральный домен фибрилларина характеризуется метилтрансферазной активность и содержит РНК-связывающий мотив (RBM-RNA-binding motif) GCVYAVCF, специфический для РНК-связывающихся белков [5]. Этот домен схож с другими каталитическими доменами в разных белках, обладающих AdoMet-зависящей метилтрансферазной активностью.

1.4. Механизмы выбора метилируемых нуклеотидов

По-видимому, консервативность фибрилларина связана не только с консервативностью метилтрансферазного домена, но и с тем, что фибрилларин входит в состав довольно консервативного макромолекулярного комплекса.

При созревании рРНК формируются различные РНП комплексы, в состав которых входят мякРНК, белки ядрышка, рибосомные белки и т.д. Эти мякРНП комплексы осуществляют посттранскрипционные модификации первичного транскрипта пре-рРНК: расщепление первичного пре-рРНК транскрипта, специфическое 2'-О-метилирование остатков рибозы и изомеризация уридина в псевдоуридин [47]. Считается, что эти модификации ускоряют сборку рибосом и стабилизируют рРНК [67, 112]. Также мякРНП комплексы участвуют в сборке рибосомных белков и рРНК в функциональные рибосомные субъединицы. Каждый мякРНП комплекс содержит мякРНК, которые представляют собой многочисленную группу не кодирующих РНК длиной от 70 до 600 нуклеотидов, и различные ядрышковые белки, включая фибрилларин. На основании особенностей структуры консервативных элементов нуклеотидной последовательности выделяют два семейства мякРНК: C/D и H/ACA. Эти классы мякРНП комплексов присутствуют во всех эукариотах; аналогичные РНП обнаружены у архей, где их называют малыми РНП (мРНП) комплексами [42, 113]. У архей мРНП комплексы осуществляют модификации как в рРНК, так и в тРНК [35]. У бактерий нет данных классов мякРНК.

мякРНК C/D-семейства определяют нуклеотид РНК, который будет подвергнут 2'-О-метилированию [169]. Они имеют длину ~70 н. и содержат так называемые боксы C (5'-RUGAUGA-3', R-пурин), D (5'-CUGA-3'), а также, как правило, их копии C' и D', которые могут быть вырожденными [69]. Эти мякРНК особым образом связывают рРНК вокруг необходимого сайта, что обеспечивает сайт-специфическое метилирование остатков рибозы на молекуле рРНК за счет переноса фибрилларином метильной группы с AdoMet [44, 68, 161]. Консервативные элементы расположены в порядке 5'-C-D'-C'-D-3'. Боксы C и D сближены за счет комплементарных взаимодействий концевых нуклеотидов мякРНК и образуют Уотсон-Криковские связи, и такое взаимодействие образует так называемый K-turn (kink-turn) структурный мотив. У архей боксы C' и D' образуют петельную структуру k-loop, родственную K-turn [110]. Боксы C, D и концевая шпилька образуют структуру, названную C/D-мотивом [133]. Этот мотив служит местом связывания четырех коровых белков C/D-РНП: NOP56, NOP58, 15.5-кДа белка и фибрилларина [50, 52]. Ассоциация с коровыми белками необходима для ядрышковой локализации мякРНК и предохраняет их концы от деградации [70]. В направлении 5'-конца от бокса D и (или) D' расположены так называемые антисмысловые, или антисенс-элементы - последовательности длиной 10-21 нуклеотидов, комплементарные фрагменту одной из клеточных РНК и способные взаимодействовать с ним. В результате такого взаимодействия нуклеотид РНК, входящий в образующуюся двойную спираль и отделенный четырьмя нуклеотидами от последовательности D и (или) D', подвергается 2'-О-метилированию (Tollervey, 1996).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Шубина Мария Юрьевна, 2019 год

ИСПОЛЬЗОВАННАЯ ЛИТЕРАТУРА

1. Ai L.S. Arginine methylation of a glycine and arginine rich peptide derived from sequences of human FMRP and fibrillarin. / L. S. Ai, C. H. Lin, M. Hsieh, C. Li // Proc. Natl. Sci. Counc. Repub. China. B. - 1999. - T. 23 - № 4 - 175-80c.

2. Aittaleb M. Structure and function of archaeal box C/D sRNP core proteins. / M. Aittaleb, R. Rashid, Q. Chen, J. R. Palmer, C. J. Daniels, H. Li // Nat. Struct. Biol. -2003. - T. 10 - № 4 - 256-63c.

3. Amiri K.A. Fibrillarin-like proteins occur in the domain Archaea. / K. A. Amiri // J. Bacteriol. - 1994. - T. 176 - № 7 - 2124-7c.

4. Aris J.P. Identification and characterization of a yeast nucleolar protein that is similar to a rat liver nucleolar protein. / J. P. Aris, G. Blobel // J. Cell Biol. - 1988. -T. 107 - № 1 - 17-31 c.

5. Aris J.P. cDNA cloning and sequencing of human fibrillarin, a conserved nucleolar protein recognized by autoimmune antisera. / J. P. Aris, G. Blobel // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1991. - T. 88 - № 3 - 931-935c.

6. Baldwin G.S. Specific enzymic methylation of an arginine in the experimental allergic encephalomyelitis protein from human myelin. / G. S. Baldwin, P. R. Carnegie // Science - 1971. - T. 171 - № 3971 - 579-81 c.

7. Barneche F. Fibrillarin genes encode both a conserved nucleolar protein and a novel small nucleolar RNA involved in ribosomal RNA methylation in Arabidopsis thaliana. / F. Barneche, F. Steinmetz, M. Echeverría // J. Biol. Chem. - 2000. - T. 275 - № 35 - 27212-20c.

8. Bartel R.L. Effects of adenosine dialdehyde on S-adenosylhomocysteine hydrolase and S-adenosylmethionine-dependent transmethylations in mouse L929 cells. / R. L. Bartel, R. T. Borchardt // Mol. Pharmacol. - 1984. - T. 25 - № 3 - 418-24c.

9. Barygina V. V Analysis of Nucleolar Protein Fibrillarin Mobility and Functional State in Living HeLa Cells / V. V Barygina, V. P. Veiko, O. V Zatsepina - 2010. - T. 75 - № 8.

10. Baudin-Baillieu A. Nucleotide modifications in three functionally important regions of the Saccharomyces cerevisiae ribosome affect translation accuracy. / A. Baudin-Baillieu, C. Fabret, X.-H. Liang, D. Piekna-Przybylska, M. J. Fournier, J.-P. Rousset // Nucleic Acids Res. - 2009. - T. 37 - № 22 - 7665-77c.

11. Bedford M.T. Protein arginine methylation in mammals: who, what, and why. / M. T. Bedford, S. G. Clarke // Mol. Cell - 2009. - T. 33 - № 1 - 1-13c.

12. Bedford M.T. Arginine methylation an emerging regulator of protein function. / M. T. Bedford, S. Richard // Mol. Cell - 2005. - T. 18 - № 3 - 263-72c.

13. Belin S. Dysregulation of Ribosome Biogenesis and Translational Capacity Is Associated with Tumor Progression of Human Breast Cancer Cells / S. Belin, A. Beghin, E. Solano-Gonzàlez, L. Bezin, S. Brunet-Manquat, J. Textoris, A.-C. Prats, H. C. Mertani, C. Dumontet, J.-J. Diaz // PLoS One - 2009. - T. 4 - № 9 - e7147c.

14. Bhattacharya D. EGFP-tagged core and linker histones diffuse via distinct mechanisms within living cells. / D. Bhattacharya, A. Mazumder, S. A. Miriam, G. V Shivashankar // Biophys. J. - 2006. - T. 91 - № 6 - 2326-36c.

15. Boisvert F.-M. The multifunctional nucleolus. / F.-M. Boisvert, S. van Koningsbruggen, J. Navascués, A. I. Lamond // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. - 2007. -T. 8 - № 7 - 574-85c.

16. Borer R.A. Major nucleolar proteins shuttle between nucleus and cytoplasm / R. A. Borer, C. F. Lehner, H. M. Eppenberger, E. A. Nigg // Cell - 1989. - T. 56 - № 3 - 379-390c.

17. Bouffard S. Fibrillarin is essential for S-phase progression and neuronal differentiation in zebrafish dorsal midbrain and retina / S. Bouffard, E. Dambroise, A. Brombin, S. Lempereur, I. Hatin, M. Simion, R. Corre, F. Bourrat, J.-S. Joly, F.

Jamen // Dev. Biol. - 2018.

18. Bouvet P. Nucleolin interacts with several ribosomal proteins through its RGG domain. / P. Bouvet, J. J. Diaz, K. Kindbeiter, J. J. Madjar, F. Amalric // J. Biol. Chem. - 1998. - T. 273 - № 30 - 19025-9c.

19. Brahms H. Symmetrical dimethylation of arginine residues in spliceosomal Sm protein B/B' and the Sm-like protein LSm4, and their interaction with the SMN protein. / H. Brahms, L. Meheus, V. de Brabandere, U. Fischer, R. Lührmann // RNA - 2001. - T. 7 - № 11 - 1531-42c.

20. Brahms H. The C-terminal RG dipeptide repeats of the spliceosomal Sm proteins D1 and D3 contain symmetrical dimethylarginines, which form a major B-cell epitope for anti-Sm autoantibodies. / H. Brahms, J. Raymackers, A. Union, F. de Keyser, L. Meheus, R. Lührmann // J. Biol. Chem. - 2000. - T. 275 - № 22 - 17122-9c.

21. Buchwalter A. Nucleolar expansion and elevated protein translation in premature aging. / A. Buchwalter, M. W. Hetzer // Nat. Commun. - 2017. - T. 8 - № 1 - 328c.

22. Bult C.J. Complete genome sequence of the methanogenic archaeon, Methanococcus jannaschii. / C. J. Bult, O. White, G. J. Olsen, L. Zhou, R. D. Fleischmann, G. G. Sutton, J. A. Blake, L. M. FitzGerald, R. A. Clayton, J. D. Gocayne, A. R. Kerlavage, B. A. Dougherty, J. F. Tomb, M. D. Adams, C. I. Reich, R. Overbeek, E. F. Kirkness, K. G. Weinstock, J. M. Merrick, A. Glodek, J. L. Scott, N. S. Geoghagen, J. C. Venter // Science - 1996. - T. 273 - № 5278 - 1058-73c.

23. Cahill N.M. Site-specific cross-linking analyses reveal an asymmetric protein distribution for a box C/D snoRNP. / N. M. Cahill, K. Friend, W. Speckmann, Z.-H. Li, R. M. Terns, M. P. Terns, J. A. Steitz // EMBO J. - 2002. - T. 21 - № 14 - 3816-28c.

24. Cansizoglu A.E. Structure-based design of a pathway-specific nuclear import inhibitor. / A. E. Cansizoglu, B. J. Lee, Z. C. Zhang, B. M. A. Fontoura, Y. M. Chook

// Nat. Struct. Mol. Biol. - 2007. - T. 14 - № 5 - 452-4c.

25. Cappai R. Cloning and sequence of a Leishmania major homologue to the fibrillarin gene. / R. Cappai, A. H. Osborn, E. Handman // Mol. Biochem. Parasitol. -1994. - T. 64 - № 2 - 353-5c.

26. Career G. de Simultaneous localization of transcription and early processing markers allows dissection of functional domains in the plant cell nucleolus. / G. de Carcer, F. J. Medina // J. Struct. Biol. - 1999. - T. 128 - № 2 - 139-51c.

27. Carmeliet P. Molecular mechanisms and clinical applications of angiogenesis. / P. Carmeliet, R. K. Jain // Nature - 2011. - T. 473 - № 7347 - 298-307c.

28. Carmo-Fonseca M. To be or not to be in the nucleolus / M. Carmo-Fonseca, L. Mendes-Soares, I. Campos // Nat. Cell Biol. - 2000. - T. 2 - № 6 - E107-E112c.

29. Cerdido A. Subnucleolar location of fibrillarin and variation in its levels during the cell cycle and during differentiation of plant cells. / A. Cerdido, F. J. Medina // Chromosoma - 1995. - T. 103 - № 9 - 625-34c.

30. Charron C. The archaeal sRNA binding protein L7Ae has a 3D structure very similar to that of its eukaryal counterpart while having a broader RNA-binding specificity. / C. Charron, X. Manival, A. Clery, V. Senty-Segault, B. Charpentier, N. Marmier-Gourrier, C. Branlant, A. Aubry // J. Mol. Biol. - 2004. - T. 342 - № 3 -757-73c.

31. Cheng X. AdoMet-dependent methylation, DNA methyltransferases and base flipping. / X. Cheng, R. J. Roberts // Nucleic Acids Res. - 2001. - T. 29 - № 18 -3784-95c.

32. Christensen M.E. Identification of NG, NG-dimethylarginine in a nuclear protein from the lower eukaryote physarum polycephalum homologous to the major proteins of mammalian 40S ribonucleoprotein particles. / M. E. Christensen, A. L. Beyer, B. Walker, W. M. Lestourgeon // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 1977. - T. 74 -№ 2 - 621-9c.

33. Christensen M.E. The nucleolar protein, B-36, contains a glycine and dimethylarginine-rich sequence conserved in several other nuclear RNA-binding proteins. / M. E. Christensen, K. P. Fuxa // Biochem. Biophys. Res. Commun. -1988. - T. 155 - № 3 - 1278-83c.

34. Clouet d'Orval B. Box C/D RNA guides for the ribose methylation of archaeal tRNAs. The tRNATrp intron guides the formation of two ribose-methylated nucleosides in the mature tRNATrp. / B. Clouet d'Orval, M. L. Bortolin, C. Gaspin, J. P. Bachellerie // Nucleic Acids Res. - 2001. - T. 29 - № 22 - 4518-29c.

35. Craig N. Nucleotide sequence determining the first cleavage site in the processing of mouse precursor rRNA. / N. Craig, S. Kass, B. Sollner-Webb // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1987. - T. 84 - № 3 - 629-33c.

36. Créancier L. Determination of the functional domains involved in nucleolar targeting of nucleolin. / L. Créancier, H. Prats, C. Zanibellato, F. Amalri c, B. Bugler // Mol. Biol. Cell - 1993. - T. 4 - № 12 - 1239-50c.

37. Dang C. V MYC on the path to cancer. / C. V Dang // Cell - 2012. - T. 149 - № 1 - 22-35c.

38. David E. An unusual fibrillarin gene and protein: structure and functional implications. / E. David, J. B. McNeil, V. Basile, R. E. Pearlman // Mol. Biol. Cell -1997. - T. 8 - № 6 - 1051-61 c.

39. Dawson J.M. Lowry method of protein quantification: evidence for photosensitivity. / J. M. Dawson, P. L. Heatlie // Anal. Biochem. - 1984. - T. 140 -№ 2 - 391-3c.

40. Deng L. Structure determination of fibrillarin from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus. / L. Deng, N. G. Starostina, Z.-J. Liu, J. P. Rose, R. M. Terns, M. P. Terns, B.-C. Wang // Biochem. Biophys. Res. Commun. - 2004. - T. 315 - № 3 - 726-32c.

41. Dennis P.P. Small non-coding RNAs in Archaea. / P. P. Dennis, A. Omer // Curr. Opin. Microbiol. - 2005. - T. 8 - № 6 - 685-94c.

42. Derenzini M. What the nucleolus says to a tumour pathologist / M. Derenzini, L. Montanaro, D. Treré // Histopathology - 2009. - T. 54 - № 6 - 753-762c.

43. Dunbar D.A. Fibrillarin-associated box C/D small nucleolar RNAs in Trypanosoma brucei. Sequence conservation and implications for 2'-O-ribose methylation of rRNA. / D. A. Dunbar, S. Wormsley, T. M. Lowe, S. J. Baserga // J. Biol. Chem. - 2000. - T. 275 - № 19 - 14767-76c.

44. Duncan F.E. Age-associated dysregulation of protein metabolism in the mammalian oocyte / F. E. Duncan, S. Jasti, A. Paulson, J. M. Kelsh, B. Fegley, J. L. Gerton // Aging Cell - 2017. - T. 16 - № 6 - 1381-1393c.

45. Dundr M. The dynamics of postmitotic reassembly of the nucleolus. / M. Dundr, T. Misteli, M. O. Olson // J. Cell Biol. - 2000. - T. 150 - № 3 - 433-46c.

46. Eichler D.C. Processing of eukaryotic ribosomal RNA. / D. C. Eichler, N. Craig // Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. - 1994. - T. 49 - 197-239c.

47. Emmott E. Nucleolar targeting: the hub of the matter. / E. Emmott, J. A. Hiscox // EMBO Rep. - 2009. - T. 10 - № 3 - 231-8c.

48. Erales J. Evidence for rRNA 2'-O-methylation plasticity: Control of intrinsic translational capabilities of human ribosomes / J. Erales, V. Marchand, B. Panthu, S. Gillot, S. Belin, S. E. Ghayad, M. Garcia, F. Laforêts, V. Marcel, A. Baudin-Baillieu, P. Bertin, Y. Couté, A. Adrait, M. Meyer, G. Therizols, M. Yusupov, O. Namy, T. Ohlmann, Y. Motorin, F. Catez, J.-J. Diaz // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2017. - T. 114 -№ 49 - 12934-12939c.

49. Filipowicz W. Biogenesis of small nucleolar ribonucleoproteins. / W. Filipowicz, V. Pogacic // Curr. Opin. Cell Biol. - 2002. - T. 14 - № 3 - 319-27c.

50. Friesen W.J. SMN, the product of the spinal muscular atrophy gene, binds preferentially to dimethylarginine-containing protein targets. / W. J. Friesen, S. Massenet, S. Paushkin, A. Wyce, G. Dreyfuss // Mol. Cell - 2001. - T. 7 - № 5 -1111—7c.

51. Gautier T. Nucleolar KKE/D repeat proteins Nop56p and Nop58p interact with Noplp and are required for ribosome biogenesis. / T. Gautier, T. Berges, D. Tollervey, E. Hurt // Mol. Cell. Biol. - 1997. - T. 17 - № 12 - 7088-98c.

52. Ghisolfi L. The glycine-rich domain of nucleolin has an unusual supersecondary structure responsible for its RNA-helix-destabilizing properties. / L. Ghisolfi, G. Joseph, F. Amalric, M. Erard // J. Biol. Chem. - 1992. - T. 267 - № 5 - 2955-9c.

53. Girard J.P. Study of multiple fibrillarin mRNAs reveals that 3' end formation in Schizosaccharomyces pombe is sensitive to cold shock. / J. P. Girard, J. Feliu, M. Caizergues-Ferrer, B. Lapeyre // Nucleic Acids Res. - 1993. - T. 21 - № 8 - 1881-7c.

54. Girard J.P. GAR1 is an essential small nucleolar RNP protein required for pre-rRNA processing in yeast. / J. P. Girard, H. Lehtonen, M. Caizergues-Ferrer, F. Amalric, D. Tollervey, B. Lapeyre // EMBO J. - 1992. - T. 11 - № 2 - 673-82c.

55. Goldfarb D.S. Importin a: A multipurpose nuclear-transport receptor / D. S. Goldfarb, A. H. Corbett, D. A. Mason, M. T. Harreman, S. A. Adam // Trends Cell Biol. - 2004. - T. 14 - № 9 - 505-514c.

56. Henriquez R. Isolation and sequencing of NOP1. A yeast gene encoding a nucleolar protein homologous to a human autoimmune antigen. / R. Henriquez, G. Blobel, J. P. Aris // J. Biol. Chem. - 1990. - T. 265 - № 4 - 2209-15c.

57. Higa-Nakamine S. Loss of ribosomal RNA modification causes developmental defects in zebrafish / S. Higa-Nakamine, T. Suzuki, T. Uechi, A. Chakraborty, Y. Nakajima, M. Nakamura, N. Hirano, T. Suzuki, N. Kenmochi // Nucleic Acids Res. -2012. - T. 40 - № 1 - 391-398c.

58. Hirose T. Splicing-dependent and -independent modes of assembly for intron-encoded box C/D snoRNPs in mammalian cells. / T. Hirose, M.-D. Shu, J. A. Steitz // Mol. Cell - 2003. - T. 12 - № 1 - 113-23c.

59. Hurt E.C. Nucleolar and nuclear envelope proteins of the yeast Saccharomyces cerevisiae. / E. C. Hurt, A. McDowall, T. Schimmang // Eur. J. Cell Biol. - 1988. - T. 46 - № 3 - 554-63c.

60. Jansen R.P. Evolutionary conservation of the human nucleolar protein fibrillarin and its functional expression in yeast. / R. P. Jansen, E. C. Hurt, H. Kern, H. Lehtonen, M. Carmo-Fonseca, B. Lapeyre, D. Tollervey // J. Cell Biol. - 1991. - T. 113 - № 4 - 715-29c.

61. Johnson B.A. Accumulation of substrates for protein L-isoaspartyl methyltransferase in adenosine dialdehyde-treated PC12 cells. / B. A. Johnson, J. Najbauer, D. W. Aswad // J. Biol. Chem. - 1993. - T. 268 - № 9 - 6174-81 c.

62. Jones K.W. Direct Interaction of the Spinal Muscular Atrophy Disease Protein SMN with the Small Nucleolar RNA-associated Protein Fibrillarin / K. W. Jones, K. Gorzynski, C. M. Hales, U. Fischer, F. Badbanchi, R. M. Terns, M. P. Terns // J. Biol. Chem. - 2001. - T. 276 - № 42 - 38645-38651c.

63. Jong A.Y. Saccharomyces cerevisiae SSB1 protein and its relationship to nucleolar RNA-binding proteins. / A. Y. Jong, M. W. Clark, M. Gilbert, A. Oehm, J. L. Campbell // Mol. Cell. Biol. - 1987. - T. 7 - № 8 - 2947-55c.

64. Kass S. The U3 small nucleolar ribonucleoprotein functions in the first step of preribosomal RNA processing. / S. Kass, K. Tyc, J. A. Steitz, B. Sollner-Webb // Cell - 1990. - T. 60 - № 6 - 897-908c.

65. Kim S.H. Interaction of a plant virus-encoded protein with the major nucleolar protein fibrillarin is required for systemic virus infection / S. H. Kim, S. MacFarlane, N. O. Kalinina, D. V. Rakitina, E. V. Ryabov, T. Gillespie, S. Haupt, J. W. S. Brown, M. Taliansky // Proc. Natl. Acad. Sci. - 2007. - T. 104 - № 26 - 11115-11120c.

66. King T.H. Ribosome structure and activity are altered in cells lacking snoRNPs that form pseudouridines in the peptidyl transferase center. / T. H. King, B. Liu, R. R. McCully, M. J. Fournier // Mol. Cell - 2003. - T. 11 - № 2 - 425-35c.

67. Kiss-Laszlo Z. Site-specific ribose methylation of preribosomal RNA: a novel function for small nucleolar RNAs. / Z. Kiss-Laszlo, Y. Henry, J. P. Bachellerie, M. Caizergues-Ferrer, T. Kiss // Cell - 1996. - T. 85 - № 7 - 1077-88c.

68. Kiss-Laszlo Z. Sequence and structural elements of methylation guide snoRNAs essential for site-specific ribose methylation of pre-rRNA. / Z. Kiss-Laszlo, Y. Henry, T. Kiss // EMBO J. - 1998. - T. 17 - № 3 - 797-807c.

69. Kiss T. Biogenesis of small nuclear RNPs. / T. Kiss // J. Cell Sci. - 2004. - T. 117 - № Pt 25 - 5949-51 c.

70. Klein D.J. The kink-turn: a new RNA secondary structure motif. / D. J. Klein, T. M. Schmeing, P. B. Moore, T. A. Steitz // EMBO J. - 2001. - T. 20 - № 15 - 4214-21c.

71. Koh C.M. Alterations in nucleolar structure and gene expression programs in prostatic neoplasia are driven by the MYC oncogene / C. M. Koh, B. Gurel, S. Sutcliffe, M. J. Aryee, D. Schultz, T. Iwata, M. Uemura, K. I. Zeller, U. Anele, Q. Zheng, J. L. Hicks, W. G. Nelson, C. V. Dang, S. Yegnasubramanian, A. M. De Marzo // Am. J. Pathol. - 2011. - T. 178 - № 4 - 1824-1834c.

72. Kosugi S. Design of peptide inhibitors for the importin alpha/beta nuclear import pathway by activity-based profiling. / S. Kosugi, M. Hasebe, T. Entani, S. Takayama, M. Tomita, H. Yanagawa // Chem. Biol. - 2008. - T. 15 - № 9 - 940-9c.

73. Lagarias J.C.CONVERGENCE PROPERTIES OF THE NELDER-MEAD SIMPLEX METHOD IN LOW DIMENSIONS * / J. C. Lagarias, J. A. Reeds, M. H. Wright, P. E. Wright, S. J. Optim- 112-147c.

74. Lange A. Classical nuclear localization signals: definition, function, and interaction with importin alpha. / A. Lange, R. E. Mills, C. J. Lange, M. Stewart, S.

E. Devine, A. H. Corbett // J. Biol. Chem. - 2007. - T. 282 - № 8 - 5101-5c.

75. Lapeyre B. Nucleolin, the major nucleolar protein of growing eukaryotic cells: an unusual protein structure revealed by the nucleotide sequence. / B. Lapeyre, H. Bourbon, F. Amalric // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1987. - T. 84 - № 6 - 1472-6c.

76. Lapeyre B. Molecular cloning of Xenopus fibrillarin, a conserved U3 small nuclear ribonucleoprotein recognized by antisera from humans with autoimmune disease. / B. Lapeyre, P. Mariottini, C. Mathieu, P. Ferrer, F. Amaldi, F. Amalric, M. Caizergues-Ferrer // Mol. Cell. Biol. - 1990. - T. 10 - № 1 - 430-4c.

77. Lapinaite A. The structure of the box C/D enzyme reveals regulation of RNA methylation. / A. Lapinaite, B. Simon, L. Skjaerven, M. Rakwalska-Bange, F. Gabel, T. Carlomagno // Nature - 2013. - T. 502 - № 7472 - 519-23c.

78. Lee W.C. The NSR1 gene encodes a protein that specifically binds nuclear localization sequences and has two RNA recognition motifs. / W. C. Lee, Z. X. Xue, T. Melese // J. Cell Biol. - 1991. - T. 113 - № 1 - 1-12c.

79. Levitskiy S.A. Identification of signal sequences determining the specific nucleolar localization of fibrillarin in HeLa cells / S. A. Levitskiy, K. S. Mukharyamova, V. P. Veiko, O. V. Zatsepina // Mol. Biol. - 2004. - T. 38 - № 3 -405-413c.

80. Li C. Protein N-arginine methylation in adenosine dialdehyde-treated lymphoblastoid cells. / C. Li, L. S. Ai, C. H. Lin, M. Hsieh, Y. C. Li, S. Y. Li // Arch. Biochem. Biophys. - 1998. - T. 351 - № 1 - 53-9c.

81. Liang X. rRNA Modifications in an Intersubunit Bridge of the Ribosome Strongly Affect Both Ribosome Biogenesis and Activity / X. Liang, Q. Liu, M. J. Fournier // Mol. Cell - 2007. - T. 28 - № 6 - 965-977c.

82. Lin C.H. Protein N-arginine methylation in subcellular fractions of lymphoblastoid cells. / C. H. Lin, M. Hsieh, Y. C. Li, S. Y. Li, D. L. Pearson, K. M.

Pollard, C. Li // J. Biochem. - 2000. - T. 128 - № 3 - 493-8c.

83. Lin J. Structural basis for site-specific ribose methylation by box C/D RNA protein complexes. / J. Lin, S. Lai, R. Jia, A. Xu, L. Zhang, J. Lu, K. Ye // Nature -2011. - T. 469 - № 7331 - 559-63c.

84. Lischwe M.A. Purification and partial characterization of a nucleolar scleroderma antigen (Mr = 34,000; pi, 8.5) rich in NG,NG-dimethylarginine. / M. A. Lischwe, R. L. Ochs, R. Reddy, R. G. Cook, L. C. Yeoman, E. M. Tan, M. Reichlin, H. Busch // J. Biol. Chem. - 1985. - T. 260 - № 26 - 14304-10c.

85. Liteplo R.G. Periodate-oxidized adenosine induction of murine thymidine kinase: role of DNA methylation in the generation of tumor cell heterogeneity. / R. G. Liteplo, R. S. Kerbel // Cancer Res. - 1986. - T. 46 - № 2 - 577-82c.

86. Liu Q. In vivo and in vitro arginine methylation of RNA-binding proteins. / Q. Liu, G. Dreyfuss // Mol. Cell. Biol. - 1995. - T. 15 - № 5 - 2800-8c.

87. Loza-Muller L. Fibrillarin methylates H2A in RNA polymerase I trans-active promoters in Brassica oleracea. / L. Loza-Muller, U. Rodríguez-Corona, M. Sobol, L. C. Rodríguez-Zapata, P. Hozak, E. Castano // Front. Plant Sci. - 2015. - T. 6 - 976c.

88. Ma T.H. Genetic control of nucleolar size: An evolutionary perspective / T. H. Ma, L. W. Lee, C. C. Lee, Y. H. Yi, S. P. Chan, B. C. M. Tan, S. J. Lo // Nucleus -2016. - T. 7 - № 2 - 112-120c.

89. Marcel V. Ribosome heterogeneity in tumorigenesis: the rRNA point of view / V. Marcel, F. Catez, J.-J. Diaz // Mol. Cell. Oncol. - 2015. - T. 2 - № 3 - e983755c.

90. Marcel V. P53 Acts as a Safeguard of Translational Control by Regulating Fibrillarin and rRNA Methylation in Cancer / V. Marcel, S. E. Ghayad, S. Belin, G. Therizols, A. P. Morel, E. Solano-González, J. A. Vendrell, S. Hacot, H. C. Mertani, M. A. Albaret, J. C. Bourdon, L. Jordan, A. Thompson, Y. Tafer, R. Cong, P. Bouvet, J. C. Saurin, F. Catez, A. C. Prats, A. Puisieux, J. J. Diaz // Cancer Cell - 2013. - T. 24 - № 3 - 318-330c.

91. Martin R.M. Principles of protein targeting to the nucleolus / R. M. Martin, G. Ter-Avetisyan, H. D. Herce, A. K. Ludwig, G. Lattig-Tunnemann, M. C. Cardoso // Nucleus - 2015. - T. 6 - № 4 - 314-325c.

92. Mauro V.P. Translation regulation by ribosomes: Increased complexity and expanded scope / V. P. Mauro, D. Matsuda // RNA Biol. - 2016. - T. 13 - № 9 -748-755c.

93. Maxwell E.S. The small nucleolar RNAs. / E. S. Maxwell, M. J. Fournier // Annu. Rev. Biochem. - 1995. - T. 64 - 897-934c.

94. Mcbride A.E. State of the Arg : Protein Methylation at Arginine Comes of Age / A. E. Mcbride, P. A. Silver - 2001. - T. 106 - 5-8c.

95. Medina F.J. Components of the nucleolar processing complex (Pre-rRNA, fibrillarin, and nucleolin) colocalize during mitosis and are incorporated to daughter cell nucleoli. / F. J. Medina, A. Cerdido, M. E. Fernandez-Gomez // Exp. Cell Res. -1995. - T. 221 - № 1 - 111-25c.

96. Methylation A. RNA by / A. Methylation, D. Gary, C. S. D. V. Substrates-myelin

- 1998. - T. 61.

97. Monaco P. 2'-O-Methylation of Ribosomal RNA: Towards an Epitranscriptomic Control of Translation? / P. Monaco, V. Marcel, J.-J. Diaz, F. Catez // Biomolecules

- 2018. - T. 8 - № 4 - 106c.

98. Morlando M. Coupling between snoRNP assembly and 3' processing controls box C/D snoRNA biosynthesis in yeast. / M. Morlando, M. Ballarino, P. Greco, E. Caffarelli, B. Dichtl, I. Bozzoni // EMBO J. - 2004. - T. 23 - № 12 - 2392-401c.

99. Mumberg D. Yeast vectors for the controlled expression of heterologous proteins in different genetic backgrounds / D. Mumberg, R. Mailer, M. Funk // Gene - 1995. -T. 156 - 119-122c.

100. Musinova Y.R. A charge-dependent mechanism is responsible for the dynamic accumulation of proteins inside nucleoli. / Y. R. Musinova, E. Y. Kananykhina, D. M. Potashnikova, O. M. Lisitsyna, E. V Sheval // Biochim. Biophys. Acta - 2015. -T. 1853 - № 1 - 101-10c.

101. Musinova Y.R. Nucleolar localization/retention signal is responsible for transient accumulation of histone H2B in the nucleolus through electrostatic interactions. / Y. R. Musinova, O. M. Lisitsyna, S. A. Golyshev, A. I. Tuzhikov, V. Y. Polyakov, E. V Sheval // Biochim. Biophys. Acta - 2011. - T. 1813 - № 1 - 27-38c.

102. Najbauers J. Peptides with Sequences Similar to Glycine , Arginine-rich Motifs in Proteins Interacting with RNA Are Efficiently Recognized by Methyltransferase ( s ) Modifying Arginine in Numerous Proteins * / J. Najbauers, B. A. Johnson, A. L. Young, D. W. Aswadg - 1993. - № 14 - 10501-10509c.

103. Narcisi E.M. Fibrillarin, a conserved pre-ribosomal RNA processing protein of Giardia. / E. M. Narcisi, C. V Glover, M. Fechheimer // J. Eukaryot. Microbiol. -1998. - T. 45 - № 1 - 105-11c.

104. Nemeth A. Genome organization in and around the nucleolus. / A. Nemeth, G. Längst // Trends Genet. - 2011. - T. 27 - № 4 - 149-56c.

105. Newton K. Fibrillarin is essential for early development and required for accumulation of an intron-encoded small nucleolar RNA in the mouse. / K. Newton, E. Petfalski, D. Tollervey, J. F. Caceres // Mol. Cell. Biol. - 2003. - T. 23 - № 23 -8519-27c.

106. Nikulenkov F. Insights into p53 transcriptional function via genome-wide chromatin occupancy and gene expression analysis / F. Nikulenkov, C. Spinnler, H. Li, C. Tonelli, Y. Shi, M. Turunen, T. Kivioja, I. Ignatiev, A. Kel, J. Taipale, G. Selivanova // Cell Death Differ. - 2012. - T. 19 - № 12 - 1992-2002c.

107. Nolivos S. The K-loop, a general feature of the Pyrococcus C/D guide RNAs, is an RNA structural motif related to the K-turn. / S. Nolivos, A. J. Carpousis, B. Clouet-d'Orval // Nucleic Acids Res. - 2005. - T. 33 - № 20 - 6507-14c.

108. Ochs R.L. Fibrillarin: a new protein of the nucleolus identified by autoimmune sera. / R. L. Ochs, M. A. Lischwe, W. H. Spohn, H. Busch // Biol. Cell - 1985. - T. 54 - № 2 - 123-33c.

109. Ofengand J. Ribosomal RNA pseudouridines and pseudouridine synthases. / J. Ofengand // FEBS Lett. - 2002. - T. 514 - № 1 - 17-25c.

110. Omer A.D. Homologs of small nucleolar RNAs in Archaea. / A. D. Omer, T. M. Lowe, A. G. Russell, H. Ebhardt, S. R. Eddy, P. P. Dennis // Science - 2000. - T. 288

- № 5465 - 517-22c.

111. Omer A.D. RNA-modifying machines in archaea. / A. D. Omer, S. Ziesche, W. A. Decatur, M. J. Fournier, P. P. Dennis // Mol. Microbiol. - 2003. - T. 48 - № 3 -617-29c.

112. Omer A.D. In vitro reconstitution and activity of a C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex. / A. D. Omer, S. Ziesche, H. Ebhardt, P. P. Dennis // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2002. - T. 99 - № 8 - 5289-94c.

113. Oruganti S. Alternative Conformations of the Archaeal Nop56/58-Fibrillarin Complex Imply Flexibility in Box C/D RNPs / S. Oruganti, Y. Zhang, H. Li, H. Robinson, M. P. Terns, R. M. Terns, W. Yang, H. Li // J. Mol. Biol. - 2007. - T. 371

- № 5 - 1141-1150c.

114. Ou Y. Mapping and characterization of the functional domains of the nucleolar protein RNA helicase II/Gu. / Y. Ou, M. J. Fritzler, B. C. Valdez, J. B. Rattner // Exp. Cell Res. - 1999. - T. 247 - № 2 - 389-98c.

115. Pahlich S. Protein arginine methylation: Cellular functions and methods of analysis / S. Pahlich, R. P. Zakaryan, H. Gehring // Biochim. Biophys. Acta - Proteins Proteomics - 2006. - T. 1764 - № 12 - 1890-1903c.

116. Penzo M. The importance of being (slightly) modified: The role of rRNA editing on gene expression control and its connections with cancer / M. Penzo, A. Galbiati, D. Trere, L. Montanaro // Biochim. Biophys. Acta - Rev. Cancer - 2016. - T. 1866 -№ 2 - 330-338c.

117. Pierron G. Immunoelectron microscopic localization of the nucleolar protein B-36 (fibrillarin) during the cell cycle of Physarum polycephalum. / G. Pierron, J. Pedron, M. Schelling, M. Christensen // Biol. Cell - 1989. - T. 65 - № 2 - 119-26c.

118. Pih K.T. Molecular cloning and targeting of a fibrillarin homolog from Arabidopsis. / K. T. Pih, M. J. Yi, Y. S. Liang, B. J. Shin, M. J. Cho, I. Hwang, D. Son // Plant Physiol. - 2000. - T. 123 - № 1 - 51-8c.

119. Pilz R.B. Adenosine dialdehyde and nitrous oxide induce HL-60 differentiation. / R. B. Pilz, G. Van den Berghe, G. R. Boss // Blood - 1987. - T. 70 - № 4 - 1161-4c.

120. Pollak M.N. Insulin-like growth factors and neoplasia. / M. N. Pollak, E. S. Schernhammer, S. E. Hankinson // Nat. Rev. Cancer - 2004. - T. 4 - № 7 - 505-18c.

121. Rakitina D. V. Two RNA-binding sites in plant fibrillarin provide interactions with various RNA substrates / D. V. Rakitina, M. Taliansky, J. W. S. Brown, N. O. Kalinina // Nucleic Acids Res. - 2011. - T. 39 - № 20 - 8869-8880c.

122. Rashid R. Functional requirement for symmetric assembly of archaeal box C/D small ribonucleoprotein particles. / R. Rashid, M. Aittaleb, Q. Chen, K. Spiegel, B. Demeler, H. Li // J. Mol. Biol. - 2003. - T. 333 - № 2 - 295-306c.

123. Raska I. Structure and function of the nucleolus in the spotlight. / I. Raska, P. J. Shaw, D. Cmarko // Curr. Opin. Cell Biol. - 2006. - T. 18 - № 3 - 325-34c.

124. Rodriguez-Corona U. Fibrillarin from Archaea to human / U. Rodriguez-Corona, M. Sobol, L. C. Rodriguez-Zapata, P. Hozak, E. Castano // Biol. Cell - 2015. - T. 107 - № 6 - 159-174c.

125. Russell A.G. Unusual features of fibrillarin cDNA and gene structure in Euglena gracilis: evolutionary conservation of core proteins and structural predictions for methylation-guide box C/D snoRNPs throughout the domain Eucarya. / A. G. Russell, Y. Watanabe, J. M. Charette, M. W. Gray // Nucleic Acids Res. - 2005. - T. 33 - № 9 - 2781-91 c.

126. Russell I.D. NOP3 is an essential yeast protein which is required for pre-rRNA processing. / I. D. Russell, D. Tollervey // J. Cell Biol. - 1992. - T. 119 - № 4 - 737-47c.

127. Sakuma K. Transcription factors c-Myc and CDX2 mediate E-selectin ligand expression in colon cancer cells undergoing EGF/bFGF-induced epithelialmesenchymal transition. / K. Sakuma, M. Aoki, R. Kannagi // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 2012. - T. 109 - № 20 - 7776-81c.

128. Samarsky D.A. The snoRNA box C/D motif directs nucleolar targeting and also couples snoRNA synthesis and localization. / D. A. Samarsky, M. J. Fournier, R. H. Singer, E. Bertrand // EMBO J. - 1998. - T. 17 - № 13 - 3747-57c.

129. Savada R.P. Charge versus sequence for nuclear/nucleolar localization of plant ribosomal proteins. / R. P. Savada, P. C. Bonham-Smith // Plant Mol. Biol. - 2013. -T. 81 - № 4-5 - 477-93c.

130. Schimmang T. A yeast nucleolar protein related to mammalian fibrillarin is associated with small nucleolar RNA and is essential for viability. / T. Schimmang, D. Tollervey, H. Kern, R. Frank, E. C. Hurt // EMBO J. - 1989. - T. 8 - № 13 -4015-24c.

131. Schmidt-Zachmann M.S. Protein localization to the nucleolus: a search for targeting domains in nucleolin. / M. S. Schmidt-Zachmann, E. A. Nigg // J. Cell Sci. - 1993. - T. 105 ( Pt 3 - 799-806c.

132. Scott M.S. Characterization and prediction of protein nucleolar localization sequences. / M. S. Scott, F.-M. Boisvert, M. D. McDowall, A. I. Lamond, G. J.

Barton // Nucleic Acids Res. - 2010. - T. 38 - № 21 - 7388-99c.

133. Sheng Z. Nuclear and nucleolar localization of 18-kDa fibroblast growth factor-2 is controlled by C-terminal signals. / Z. Sheng, J. A. Lewis, W. J. Chirico // J. Biol. Chem. - 2004. - T. 279 - № 38 - 40153-60c.

134. Shi Z. Heterogeneous Ribosomes Preferentially Translate Distinct Subpools of mRNAs Genome-wide. / Z. Shi, K. Fujii, K. M. Kovary, N. R. Genuth, H. L. Rost, M. N. Teruel, M. Barna // Mol. Cell - 2017. - T. 67 - № 1 - 71-83.e7c.

135. Shubina M.Y. Proliferation, cancer, and aging-novel functions of the nucleolar methyltransferase fibrillarin? / M. Y. Shubina, Y. R. Musinova, E. V. Sheval // Cell Biol. Int. - 2018. - T. 42 - № 11 - 1463-1466c.

136. Shubina M.Y. Nucleolar methyltransferase fibrillarin: Evolution of structure and functions / M. Y. Shubina, Y. R. Musinova, E. V. Sheval // Biochem. - 2016. - T. 81

- № 9.

137. Silva U. de Structure of Aeropyrum pernix fibrillarin in complex with natively bound S-adenosyl-L-methionine at 1.7 Á resolution. / U. de Silva, Z. Zhou, B. A. Brown // Acta Crystallogr. Sect. F. Struct. Biol. Cryst. Commun. - 2012. - T. 68 -№ Pt 8 - 854-9c.

138. Sirri V. Nucleolus: the fascinating nuclear body. / V. Sirri, S. Urcuqui-Inchima, P. Roussel, D. Hernandez-Verdun // Histochem. Cell Biol. - 2008. - T. 129 - № 1 -13-31 c.

139. Snaar S. Mutational analysis of fibrillarin and its mobility in living human cells. / S. Snaar, K. Wiesmeijer, A. G. Jochemsen, H. J. Tanke, R. W. Dirks // J. Cell Biol.

- 2000. - T. 151 - № 3 - 653-62c.

140. Sobol M. UBF complexes with phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate in nucleolar organizer regions regardless of ongoing RNA polymerase I activity. / M. Sobol, S. Yildirim, V. V Philimonenko, P. Marásek, E. Castaño, P. Hozák // Nucleus

- 2013. - T. 4 - № 6 - 478-86c.

141. Sornjai W. Hypermethylation of 28S ribosomal RNA in ß-thalassemia trait carriers / W. Sornjai, P. Lithanatudom, J. Erales, P. Joly, A. Francina, S. Hacot, S. Fucharoen, S. Svasti, J. J. Diaz, H. C. Mertani, D. R. Smith // Int. J. Biol. Macromol.

- 2017. - T. 94 - 728-734c.

142. Stauber R.H. Intracellular traficking and interactions of the HIV-1 Tat protein / R. H. Stauber, G. N. Pavlakis // Virology - 1998. - T. 252 - № 1 - 126c.

143. Su H. Elevated snoRNA biogenesis is essential in breast cancer / H. Su, T. Xu, S. Ganapathy, M. Shadfan, M. Long, T. H. M. Huang, I. Thompson, Z. M. Yuan // Oncogene - 2014. - T. 33 - № 11 - 1348-1358c.

144. Tang J. PRMT 3, a type I protein arginine N-methyltransferase that differs from PRMT1 in its oligomerization, subcellular localization, substrate specificity, and regulation. / J. Tang, J. D. Gary, S. Clarke, H. R. Herschman // J. Biol. Chem. - 1998.

- T. 273 - № 27 - 16935-45c.

145. Tao J. Specific binding of arginine to TAR RNA. / J. Tao, A. D. Frankel // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1992. - T. 89 - № 7 - 2723-6c.

146. Tessarz P. Glutamine methylation in histone H2A is an RNA-polymerase-I-dedicated modification. / P. Tessarz, H. Santos-Rosa, S. C. Robson, K. B. Sylvestersen, C. J. Nelson, M. L. Nielsen, T. Kouzarides // Nature - 2014. - T. 505 -№ 7484 - 564-8c.

147. Testillano P.S., Sanchez-Pina M.A. L.-I.C. Distribution of B-36 nucleolar protein in relation to transcriptional activity / L.-I. C. Testillano P.S., Sanchez-Pina M.A., R. M. C. Olmedilla A., Christensen M.E. // Chromosoma - 1992. - T. 102 -41-49c.

148. Tiku V. Small nucleoli are a cellular hallmark of longevity / V. Tiku, C. Jain, Y. Raz, S. Nakamura, B. Heestand, W. Liu, M. Späth, H. E. D. Suchiman, R. U. Müller, P. E. Slagboom, L. Partridge, A. Antebi // Nat. Commun. - 2016. - T. 8 - № May.

149. Tollervey D. Small nucleolar RNAs guide ribosomal RNA methylation. / D. Tollervey // Science - 1996. - T. 273 - № 5278 - 1056-7c.

150. Tollervey D. Function and synthesis of small nucleolar RNAs. / D. Tollervey, T. Kiss // Curr. Opin. Cell Biol. - 1997. - T. 9 - № 3 - 337-42c.

151. Tollervey D. The small nucleolar RNP protein NOPN ( fibrillarin ) is required for pre-rRNA processing in yeast / D. Tollervey, H. Lehtonen, M. Carmo-fonseca, E.

C. Hurt - 1991. - T. 10 - № 3 - 573-583c.

152. Tollervey D. Temperature-sensitive mutations demonstrate roles for yeast fibrillarin in pre-rRNA processing, pre-rRNA methylation, and ribosome assembly. /

D. Tollervey, H. Lehtonen, R. Jansen, H. Kern, E. C. Hurt // Cell - 1993. - T. 72 - № 3 - 443-57c.

153. Troester M.A. Gene expression patterns associated with p53 status in breast cancer / M. A. Troester, J. I. Herschkowitz, D. S. Oh, X. He, K. A. Hoadley, C. S. Barbier, C. M. Perou // BMC Cancer - 2006. - T. 6 - № 1 - 276c.

154. Turley S.J. Molecular cloning and sequence analysis of U3 snoRNA-associated mouse fibrillarin. / S. J. Turley, E. M. Tan, K. M. Pollard // Biochim. Biophys. Acta -1993. - T. 1216 - № 1 - 119-22c.

155. Tyc K. U3, U8 and U13 comprise a new class of mammalian snRNPs localized in the cell nucleolus. / K. Tyc, J. A. Steitz // EMBO J. - 1989. - T. 8 - № 10 - 3113-9c.

156. Tycowski K.T. A small nucleolar RNA requirement for site-specific ribose methylation of rRNA in Xenopus. / K. T. Tycowski, C. M. Smith, M. D. Shu, J. A. Steitz // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. - 1996. - T. 93 - № 25 - 14480-5c.

157. Vanyushin B.F. DNA methylation in plants. / B. F. Vanyushin // Curr. Top. Microbiol. Immunol. - 2006. - T. 301 - 67-122c.

158. Wang H. Crystal structure of a fibrillarin homologue from Methanococcus jannaschii, a hyperthermophile, at 1.6 A resolution. / H. Wang, D. Boisvert, K. K. Kim, R. Kim, S. H. Kim // EMBO J. - 2000. - T. 19 - № 3 - 317-23c.

159. Wang Y. Nascent Pre-rRNA Sorting via Phase Separation Drives the Assembly of Dense Fibrillar Components in the Human Nucleolus Article Nascent Pre-rRNA Sorting via Phase Separation Drives the Assembly of Dense Fibrillar Components in the Human Nucleolus / Y. Wang, Y. Xing, L. Yang, L. Chen, R. Yao, G. Xu, Y. Wang, L. Shan, P. Luan, Y. Wang, M. Wu, L. Yang // Mol. Cell - 2019. - 1-17c.

160. Watanabe-Susaki K. Biosynthesis of Ribosomal RNA in Nucleoli Regulates Pluripotency and Differentiation Ability of Pluripotent Stem Cells / K. Watanabe-Susaki, H. Takada, K. Enomoto, K. Miwata, H. Ishimine, A. Intoh, M. Ohtaka, M. Nakanishi, H. Sugino, M. Asashima, A. Kurisaki // Stem Cells - 2014. - T. 32 - № 12 - 3099-3111c.

161. Yagoub D. Yeast proteins Gar1p, Nop1p, Npl3p, Nsr1p, and Rps2p are natively methylated and are substrates of the arginine methyltransferase Hmt1p. / D. Yagoub, G. Hart-Smith, J. Moecking, M. A. Erce, M. R. Wilkins // Proteomics - 2015. - T. 15 - № 18 - 3209-18c.

162. Yanagida M. Human Fibrillarin Forms a Sub-complex with Splicing Factor 2-associated p32, Protein Arginine Methyltransferases, and Tubulins a3 and ß1 That Is Independent of Its Association with Preribosomal Ribonucleoprotein Complexes / M. Yanagida, T. Hayano, Y. Yamauchi, T. Shinkawa, T. Natsume, T. Isobe, N. Takahashi // J. Biol. Chem. - 2004. - T. 279 - № 3 - 1607-1614c.

163. Yang J.M. Fibrillarin and other snoRNP proteins are targets of autoantibodies in xenobiotic-induced autoimmunity. / J. M. Yang, S. J. Baserga, S. J. Turley, K. M. Pollard // Clin. Immunol. - 2001. - T. 101 - № 1 - 38-50c.

164. Ye K. Structural organization of box C/D RNA-guided RNA methyltransferase. / K. Ye, R. Jia, J. Lin, M. Ju, J. Peng, A. Xu, L. Zhang // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S.

A. - 2009. - T. 106 - № 33 - 13808-13c.

165. Yi Y.H. A Genetic Cascade of let-7-ncl-1-fib-1 Modulates Nucleolar Size and rRNA Pool in Caenorhabditis elegans / Y. H. Yi, T. H. Ma, L. W. Lee, P. T. Chiou, P. H. Chen, C. M. Lee, Y. De Chu, H. Yu, K. C. Hsiung, Y. T. Tsai, C. C. Lee, Y. S. Chang, S. P. Chan, B. C. M. Tan, S. J. Lo // PLoS Genet. - 2015. - T. 11 - № 10 - 1-17c.

166. Yoo D. Colocalization and Interaction of the Porcine Arterivirus Nucleocapsid Protein with the Small Nucleolar RNA-Associated Protein Fibrillarin / D. Yoo, S. K. Wootton, G. Li, C. Song, R. R. Rowland // J. Virol. - 2003. - T. 77 - № 22 - 12173-12183c.

167. Yoshikawa H. Splicing factor 2-associated protein p32 participates in ribosome biogenesis by regulating the binding of Nop52 and fibrillarin to preribosome particles. / H. Yoshikawa, W. Komatsu, T. Hayano, Y. Miura, K. Homma, K. Izumikawa, H. Ishikawa, N. Miyazawa, H. Tachikawa, Y. Yamauchi, T. Isobe, N. Takahashi // Mol. Cell. Proteomics - 2011. - T. 10 - № 8 - M110.006148c.

168. Zhang X. The coiled-coil domain of the Nop56/58 core protein is dispensable for sRNP assembly but is critical for archaeal box C/D sRNP-guided nucleotide methylation. / X. Zhang, E. A. Champion, E. J. Tran, B. A. Brown, S. J. Baserga, E. S. Maxwell // RNA - 2006. - T. 12 - № 6 - 1092-103c.

169. Zheng L. The Subcellular Localization and Functional Analysis of Fibrillarin2, a Nucleolar Protein in Nicotiana benthamiana. / L. Zheng, J. Yao, F. Gao, L. Chen, C. Zhang, L. Lian, L. Xie, Z. Wu, L. Xie // Biomed Res. Int. - 2016. - T. 2016 -2831287c.

170. Zurita-Lopez C.I. Human protein arginine methyltransferase 7 (PRMT7) is a type III enzyme forming ©-NG-monomethylated arginine residues. / C. I. Zurita-Lopez, T. Sandberg, R. Kelly, S. G. Clarke // J. Biol. Chem. - 2012. - T. 287 - № 11 - 7859-70c.