Структурная основа механизма ферментативной активности нуклеозидфосфорилазы из Salmonella typhimurium тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 01.04.18, кандидат химических наук Павлюк, Богдан Филиппович

• Павлюк, Богдан Филиппович
• кандидат химических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат химических наук Павлюк, Богдан Филиппович

Введение.

Глава 1. Литературный обзор.

1.1 онкологические заболевания и методы химиотерапии опухолевых процессов основанные на применении аналогов пуринов и пиримидинов.

1.2 основные классы ингибиторов пиримидиновых фосфорилаз.

1.3 медицинское применение ингибиторов уридинфосфорилазы в химиотерапии опухолей.

1.4 медицинское применение ингибиторов уридинфосфорилазы, как антибактериальных и противопаразитических препаратов.

1.5 механизмы фосфоролиза на основании структурных и кинетических данных.

1.6 Общая характеристика нуклеозидфосфорилаз.

1.6.1 нуклеозидфосфорилазы состоящие из одного домена.

1.6.2 нуклеозидфосфорилазы состоящие из двух доменов.

1.6.3 рентгеноструктурные исследования.

1.6.4. структурная организация активного центра.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурная основа механизма ферментативной активности нуклеозидфосфорилазы из Salmonella typhimurium»

На сегодняшний день особый интерес для исследования уделяется, самым многочисленным функциональным классам белков: белки-ферменты. Без этих природных катализаторов невозможно протекание с приемлемой скоростью в физиологических условиях практически ни одной химической реакции в организме. Многие фармакологические препараты, применяемые в медицинской практике, взаимодействуют именно с белками-ферментами, ослабляя или, реже, усиливая, их каталитическую активность.

Некоторые белки-ферменты используются клетками опухолей и паразитических микроорганизмов для защиты от разрушительного воздействия на них со стороны лекарственных препаратов. Преодолеть подобный вид устойчивости можно двумя способами: либо искать новые варианты препаратов, устойчивые к ферментативной инактивации, либо попытаться селективно подавить ферментативную активность белка. Второй способ можно реализовать, используя высокоселективный ингибитор фермента.

Синтез новых высокоэффективных и высокоселективных ингибиторов, на сегодняшний день, невозможен без знания пространственной структуры белков-мишеней и пространственных аспектов взаимодействия белков с лигандами. Наиболее мощным методом исследования трёхмерных структур биомакромолекул на атомарном уровне является метод рентгеноструктурного анализа (РСА) монокристаллов. С помощью данного метода возможно определение пространственной структуры глобулярных белков с молекулярной массой от нескольких тысяч до нескольких сотен тысяч дальтон и их комплексов с субстратами и вероятными ингибиторами, а так же сложных надмолекулярных образований.

Нуклеозидфосфорилазы осуществляют фосфоролиз пуриновых и пиримидиновых оснований, и обеспечивают клетку предшественниками нуклеотидов, тем самым составляют альтернативу синтезу нуклеотидов de novo. Фосфоролиз заключается в расщеплении C-N гликозидной связи ионом фосфата с образованием свободного основания и рибоза-Г-фосфата.

Интерес к структурным особенностям нуклеозидфосфорилаз, и, в частности, уридинфосфорилазы возник из-за их способности инактивировать химиотерапевтические препараты - производные пуриновых и пиримидиновых оснований, в клетках злокачественных новообразований, а так же ввиду важности данного вида ферментов для жизнедеятельности многих паразитических микроорганизмов.

К настоящему времени описано большое количество нуклеозидфосфорилаз как низших, так и высших организмов. Несмотря на то, что нуклеозидфосфорилазы осуществляют схожую реакцию расщепления нуклеозида, среди них наблюдается низкая гомология аминокислотных последовательностей.

Объектом изучения в данной работе является фермент уридинфосфорилазы из Salmonella typhimurium (StUPh) - однодоменная пиримидиннуклеозидфосфорилаза. Механизм его взаимодействия с субстратами не изучен. Предположительно реакция протекает по механизму нуклеофильного замещения. До последнего времени структуры однодоменных пиримидинфосфорилаз были мало исследованы. Определена была только пространственная структура уридинфосфорилазы Escherichia coli (Е. coli). Изучавшаяся нами уридинфосфорилаза S. typhimurium, хотя и близка по последовательности к ферменту из Е. coli, отличается от него по ряду свойств: обладает более широкой субстратной специфичностью, а также более высоким сродством к субстрату. Поэтому основное внимание в данной работе было сосредоточено на исследовании пространственной структуры уридинфосфорилазы S. typhimurium и ее комплексов с аналогами субстратов.

Полученные в ходе работы структурные данные могут, оказаться полезными в синтезе новых высокоселективных и высокоэффективных ингибиторов уридинфосфорилазы, с помощью которых увеличится эффективность и уменьшаться экономические затраты консервативного медикаментозного лечения целого ряда онкологических заболеваний.

Заключение диссертации по теме «Кристаллография, физика кристаллов», Павлюк, Богдан Филиппович

Основные результаты и выводы:

1. Оптимизирована методика получения кристаллов высокого разрешения нелигандированной StUPh в виде димера.

Получены наборы рентгенодифракционных интенсивностей на источнике синхронтронного излучения с разрешением 1 ,7бА.

Решены и уточнены кристаллические структуры нелигандированного фермента с параметрами элементарной ячейки а=150.86 А, с=47.84 А, у = 120°, пр.гр. R3, Rfactor= 16.3%, Rfree= 20.7%, r.m.s.d. по длинам связей и валентным углам 0.007А и 1.138° соответственно (открытая конформация петли активного центра) и параметрами а=151.66 А, с=47.92А, пр.гр. R3, Rfactor= 20.37 %, Rfree= 24.69 %, r.m.s.d. по длинам связей и валентным углам 0.009А и 1.223° соответственно (закрытая конформация петли).

2. Исходя из разработанных условий кристаллизации нативного фермента, были оптимизированы условия получения комплексов StUPh с: ионом калия; уридином; урацилом и ионом фосфата; тимином и ионом фосфата.

С выращенных кристаллов комплексов получены наборы рентгенодифракционных интенсивностей на источнике синхронтронного излучения с разрешениями: 1.70А (комплекс с тимином и ионом фосфата); 2.15А (комплекс с ионом калия), 2.49А (комплекс с урацилом и ионом фосфата), 2.90А (комплекс с уридином).

Решены и уточнены структуры комплексов StUPh с субстратами и продуктами реакции. Параметры для комплекса с урацилом: а=89.00 А, Ь=124.26 А, с=133.9бА, пр.гр. P2i2,2u Rfactor= 22.1%, Rfree= 25.4%, r.m.s.d. по длинам связей и валентным углам 0.006А и 0.976° соответственно; для комплекса с тимином: а=88.79 A, b=124.07 А, с=134.11А, пр.гр. P2i2i2i( Rfactor= 15.5%, Rfree= 18.4%, r.m.s.d. по длинам связей и валентным углам 0.008А и 1.24° соответственно; для комплекса с ионом калия: а=88.52 А,

97 b=123.98 A, c=133.52A, np.ip. P2,2,2b Rfactor,= 21.2%, Rfree= 24.1%, r.m.s.d. no длинам связей и валентным углам 0.005А и 0.747° соответственно; для комплекса с уридином: а=88.88 А, Ь=123.99 А, с=134.1бА, пр.гр. P2i2i2ls Rfactors= 21.2%, Rfree= 25.5%, r.m.s.d. по длинам связей и валентным углам 0.006А и 0.989° соответственно.

3. На основании анализа уточнённых структур комплексов SVUPh с лигандами:

• установлены аминокислотные остатки пиримидин-, рибоза- и фосфат-связывающих сайтов;

• показано, что на гомодимер приходится два асинхронно работающих активных центра фермента, каждый из которых формируется аминокислотными остатками обеих субъединиц гомодимера.

4. Анализ пространственной организации ферментативного центра SYUPh показал, что аминокислотные остатки с 222 по 230(233) включительно образуют петлю, регулирующую доступ субстрата к сайтам связывания энзима. В двух своих крайних положениях петля находится в «открытой» конформации (составлена а.о. с 222 по 230) или «закрытой» (составлена а.о. с 222 по233).

Впервые показано, что для свободного фермента возможна, как «открытая», так и «закрытая» конформация петли.

Впервые показано, что присутствие ионов калия стабилизирует положение петли в открытой конформации, что может привести к увеличению скорости ферментативной реакции.

5. Сравнительный анализ нуклеозид- (пиримидин-, рибозо-) связывающего сайта комплексов StUPh с уридином, урацилом и тимином показал, что сродство фермента к уридину (урацилу) выше, чем к тимину. Кроме того, можно предположить, что разница в скорости биохимической реакции расщепления ферментом нуклеозидов производных пиримидина связана не только с особенностью строения фермента, а также определяется природой, индуктивными и мезомерными эффектами заместителей нуклеозида.

1.7 заключение

Нуклеозидфосфорилазы, мономеры которых состоят из одного или двух доменов, представляют собой два структурно индивидуальных семейства ферментов, что катализируют похожие фундаментальные биохимические реакции. Наиболее вероятно, что произошли они от разных предшественников и эволюционировали независимо.

Нуклеозидфосфорилазы, вовлеченные в фосфоролиз большого количества пуриновых и пиримидиновых нуклеозидов, имеют только два способа укладки белковой молекулы. Анализ последовательностей нуклеозидфосфорилаз в сочетании с известными пространственными структурами обеспечил информацией относительно структурно -функциональной взаимосвязи в обоих этих семействах и помог объяснить различия и схожесть, что существует среди принадлежащих им ферментов. В то время как укладка белковой молекулы в первом и втором типах не похожа, положение субстратов в активном центре и конформация связанных нуклеозидов оказались подобными. К тому же, хотя механизм катализа для тимидинфосфорилаз не изучен так, как для пуриновых нуклеозидфосфорилаз, он возможно очень похож на предполагаемый механизм катализа для ферментов первого типа.

Кроме этого, примеры нуклеозидфосфорилаз показали, что пространственные структуры часто более консервативны среди белков выполняющих одинаковые функции, чем их аминокислотные последовательности. Поэтому структурная информация может служить более точной оценкой в определении дальнего родства, чем идентичность последовательностей, а также может оказаться полезной для поиска клинически пригодных ингибиторов.

Из вышеизложенного следует, что структурная информация об уридинфосфорилазе из различных организмов, как в нативном состоянии, так и в комплексе с субстратами, псевдосубстратами и ингибиторами, важна не только для оптимизации противоопухолевой терапии, но и для создания новых антибиотиков и противопаразитических препаратов.

Объектом изучения в данной работе является фермент уридинфосфорилазы из Salmonella typhimurium. Механизм его взаимодействия с субстратами не изучен. До последнего времени структуры уридинфосфорилаз были мало исследованы. Определена была только пространственная структура уридинфосфорилазы Escherichia coli. Изучавшаяся нами уридинфосфорилаза S. typhimurium, хотя и близка по последовательности к ферменту из Е. coli, отличается от него по ряду свойств: обладает более широкой субстратной специфичностью, а также более высоким сродством к субстрату (табл. 4). Поэтому основное внимание в данной работе было сосредоточено на исследовании пространственной структуры уридинфосфорилазы S. typhimurium и ее комплексов с аналогами субстратов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Павлюк, Богдан Филиппович, 2007 год

1. Давыдов, М.И. and Е.М. Аксель, Злокачественные новообразования в России и странах СНГ в 2002 г. ГУ РОНЦ им. Н.Н.Блохина РАМН, 2004: р. 256.

2. Boyle, P. and J. Ferlay, Cancer incidence and mortality in Europe, 2004. Ann Oncol, 2005.16(3): p. 481-8.

3. Ганцев, Ш.Х., Онкология. 2004: ООО "Медицинское информационное агентство". 550.

4. Visser, G.W., et al., Tissue distribution of 18F.-5-fluorouracil in mice: effects of route of administration, strain, tumour and dose. Cancer Chemother Pharmacol, 1990.26(3): p. 205-9.

5. Kemeny, N., Role of chemotherapy in the treatment of colorectal carcinoma. Semin Surg Oncol, 1987.3(3): p. 190-214.

6. Куценко, C.A., Основы токсикологии. 2002, Санкт-Петербург.

7. Heidelberger, С., et al., Fluorinated pyrimidines. VI. Effects of 5-fluorouridine and 5-fluoro-2'-deoxyuridine on transplanted tumors. Proc Soc Exp Biol Med, 1958. 97(2): p. 470-5.

8. Drabikowska, A.K., et al., Inhibitor properties of some 5-substituted uracil acyclonucleosides, and 2,2-anhydrouridines versus uridine phosphorylase from E. coli and mammalian sources. Biochem Pharmacol, 1987. 36(23): p. 4125-8.

9. Veres, Z., et al., Inhibition of uridine phosphorylase by pyrimidine nucleoside analogs and consideration of substrate binding to the enzyme based on solution conformation as seen by NMR spectroscopy. Eur J Biochem, 1988. 178(1): p. 173-81.

10. Watanabe, S. and T. Uchida, Cloning and expression of human uridine phosphorylase. Biochem Biophys Res Commun, 1995. 216(1): p. 265-72.

11. Darnowski, J.W. and R.E. Handschumacher, Tissue uridine pools: evidence in vivo of a concentrative mechanism for uridine uptake. Cancer Res, 1986. 46(7): p. 3490-4.

12. Lee, K.H., et al., Inhibition of nucleoside transport in murine lymphoma L5178Y cells and human erythrocytes by the uridine phosphorylase inhibitors 5-benzylacyclouridine and 5-benzyloxybenzylacyclouridine. Cancer Res, 1984. 44(9): p. 3744-8.

13. Niedzwicki, J.G., et al., Structure-activity relationship of ligands of the pyrimidine nucleoside phosphorylases. Biochem Pharmacol, 1983. 32(3): p. 399-415.

14. Veres, Z., et al., Biological activity of the potent uridine phosphorylase inhibitor 5-ethyl-2,2'-anhydrouridine. Drugs Exp Clin Res, 1987. 13(10): p. 615-21.

15. Iigo, M., et al., Differential effects of 2,2'-anhydro-5-ethyluridine, a uridine phosphorylase inhibitor, on the antitumor activity of 5-fluorouridine and 5-fluoro-2-deoxyuridine. Biochem Pharmacol, 1990. 39(7): p. 1247-53.

16. Pugmire, M.J. and S.E. Ealick, Structural analyses reveal two distinct families of nucleoside phosphorylases. Biochem J, 2002. 361(Pt 1): p. 1-25.

17. Morgunova, E., et al., Atomic structure at 2.5 A resolution of uridine phosphorylase from E. coli as refined in the monoclinic crystal lattice. FEBS Lett, 1995.367(2): p. 183-7.

18. Burling, F.T., et al., Structure of Escherichia coli uridine phosphorylase at 2.0 A. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr, 2003. 59(Pt 1): p. 73-6.

19. Jimenez, B.M., et al., Inhibition of uridine phosphorylase from Giardia lamblia by pyrimidine analogs. Biochem Pharmacol, 1989. 38(21): p. 3785-9.

20. Lee, C.S., B.M. Jimenez, and W.J. O'Sullivan, Purification and characterization of uridine (thymidine) phosphorylase from Giardia lamblia. Mol Biochem Parasitol, 1988. 30(3): p. 271-7.

21. Levene P.A. and Medigreceanu F. On nucleases. J. Biol. Chem. 1911, V.9, pp. 65 83.

22. Levene P A., Yamagawa M. and Weber I. On nucleosidases. I. General properties. J. Biol. Chem. 1924, V.60, pp. 693 706.

23. Levene P. A. and Weber I. On nucleosidases. II. Purification of the enzyme. J. Biol. Chem. 1924, V.60, pp. 707 715.

24. Kalckar H.M. Enzymatic synthesis of a nucleoside. J. Biol. Chem. 1945, V. 158, pp. 723-724.

25. Kalckar H.M. The enzymatic synthesis of purine ribosides. J. Biol. Chem. 1947, V. 167, pp. 477-486.

26. Friedkin M. and Roberts D. The enzymatic synthesis of nucleosides. I. Thymidine phosphorylase in mammalian tissue. J. Biol. Chem. 1954, V.207, pp. 245 256.

27. Friedkin M. and Roberts D. The enzymatic synthesis of nucleosides. II. Thymidine and related pyrimidine nuclosides. J. Biol. Chem. 1954, V.207, pp. 257 266.

28. Paege L.M., Schlenk F. Bacterial uracil riboside phosphorylase. J. Arch. Biochem. Biophys. 1952, V.40, pp. 42 49.

29. Kalckar H.M. Enzymatic microanalysis of purine compounds. J. Biol. Chem. 1945, V.158, pp. 313 314.

30. Kalckar H.M. Differential spectrophotometry of purine compounds by means of specific enzymes. III. Studies of the enzymes of purine metabolism. J. Biol. Chem. 1947, V.167, pp. 461 475.

31. Kalckar H.M. Differential spectrophotometry of purine compounds by means of specific enzymes. II. Determination of adenine compounds. J. Biol. Chem. 1947, V. 167, pp. 445-459.

32. Kalckar H.M. Differential spectrophotometry of purine compounds by means of specific enzymes. I. Determination of hydroxypurine compounds. J. Biol. Chem. 1947, V.167, pp. 429 443.

33. Lewis A.S., Glantz M.D. Bovine brain purine-nucleoside phosphorylase purification, characterization, and catalytic mechanism. J. Biochemistry. 1976, V.15, pp.4451 -4457.

34. Porter D.J. Purine nucleoside phosphorylase. Kinetic mechanism of the enzyme from calf spleen. J. Biol. Chem. 1992, V.267, pp. 7342 7351.

35. Lewis A.S., Glantz M.D. Monomeric purine nucleoside phosphorylase from rabbit liver. Purification and characterization. J. Biol. Chem. 1976, V.251, pp. 407-413.

36. Milman G., Anton D.L., Weber J.L. Chinese hamster purine-nucleoside phosphorylase: purification, structural, and catalytic properties. J. Biochemistry. 1976, V.15, pp. 4967 4973.

37. Jensen K.F., Nygaard P. Purine nucleoside phosphorylase from Escherichia coli and Salmonella typhimurium. Purification and some properties. Eur. J. Biochem. 1975, V.51, pp. 253 265.

38. Shirea H, Yokozeki K. Purifications and properties of orotidine-phosphorolyzing enzyme and purine nucleoside phosphorylase from Erwinia carotovora AJ 2992. J. Agric. Biol. Chem. 1991, V.55, pp. 1849 1857.

39. Gilpin R.W. and. Sadoff H.L. Physical and catalytic properties of the purine nucleoside phosphorylases from cells and spores of Bacillus cereus T. J. Biol. Chem, Mar 1971; 246: 1475 1480.

40. Krenitsky Т.А., Mellors J.W. and Barclay M. Pyrimidine nucleosidases. J. Biol. Chem. 1965, V.240, pp. 1281- 1286.

41. Delia Ragione F, Oliva A, Gragnaniello V, Russo G.L., Palumbo R, Zappia V. Physicochemical and immunological studies on mammalian 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase. J. Biol. Chem. 1990, V.265, pp. 6241 -6246.

42. Ferro A.J., Wrobel N.C. and Nicolette J.A. 5-Methylthioribose 1-phosphate: A product of partially purified, rat liver 5'-methylthioadenosine phosphorylase activity. J. Biochimica et Biophysica Acta Enzymology. 1979, V.570, pp. 65-73.

43. Kim B.K., Cha S., Parks R.J. Purine nucleoside phosphorylase from human erythroyctes. II. Kinetic analysis and substrate-binding studies. J. Biol. Chem. 1968, V.243, pp. 1771 1776.

44. Kim B.K., Cha S, Parks R.J. Purine nucleoside phosphorylase from human erythrocytes. I. Purification and properties. J. Biol. Chem. 1968, V.243, pp. 1763-1770.

45. Варфоломеев С.Д., Гуревич К.Г. Биокинетика: Практический курс. Фаир-Пресс. Москва. 1998,715 с.

46. Carlson J.D., Fischer A.G. Characterization of the active site of homogeneous thyroid purine nucleoside phosphorylase. J. Biochim. Biophys. Acta. 1979, V.571, pp. 21 -34.

47. Erion M.D., Takabayashi K., Smith H.B., Kessi J., Wagner S., Honger S., Shames S.L., Ealick S.E. Purine nucleoside phosphorylase. 1. Structure-function studies. J. Biochemistry. 1997, V.36, pp. 11725 11734.

48. Erion M.D., Stoeckler J.D., Guida W.C., Walter R.L., Ealick S.E. Purine nucleoside phosphorylase. 2. Catalytic mechanism. J. Biochemistry. 1997, V.36, pp. 11735-11748.

49. Krenitsky ТА. Uridine phosphorylase from Escherichia coli : Kinetic properties and mechanism. J. Biochimica et Biophysica Acta Enzymology. 1976, V.29, pp. 352-358.

50. Kraut A., Yamada E.W. Cytoplsmic uridine phosphorylase of rat liver. Characterization and kinetics. J. Biol. Chem. 1971, V.246, pp. 2021-2030.

51. Zappia V., Delia Ragione F., Pontoni G., Gragnaniello V., Carteni-Farina M. Human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase: kinetic studies and catalytic mechanism. J. Adv. Exp Med. Biol. 1988, V.250, pp. 165-177.

52. Garbers D.L. Demonstration of 5'-methylthioadenosine phosphorylase activity in varius rat tissues. Some properties of the enzyme from rat lung. J. Biochimica et Biophysica Acta Enzymology. 1978, V.523, pp. 82 - 93.

53. Shugart L., Mahoney L., Chastain B. Kinetic studies of Drosophila melanogaster methylthioadenosine nucleoside phosphorylase. Int. J. Biochem. 1981, V.13,pp. 559-564.

54. Bennett E.M., Li C., Allan P.W., Parker W.B., Ealick S.E. Structural basis for substrate specificity of Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase. J. Biol. Chem. 2003, V.278, pp. 47110 47118.

55. Narayana S.V. Refined structure of purine nucleoside phosphorylase at 2.75 A resolution. J. Acta Crystallogr. 1997, D53, pp. 131 142.

56. Koellner G., Luic M., Shugar D., Saenger W., Bzowska A. Crystal structure of calf spleen purine nucleoside phosphorylase in a complex with hypoxanthine at 2.15 A resolution. J. Mol. Biol. 1997, V.265, pp. 202 216.

57. Mao C., Cook W.J., Zhou M., Federov A.A., Almo S.C., Ealick S.E. Calf spleen purine nucleoside phosphorylase complexed with substrates and substrate analogues. J. Chen. Biochemistry. 1998, V.37, pp. 7135 7146.

58. Appleby T.C., Erion M.D., Ealick S.E.The structure of human 5'-deoxy-5'-methylthioadenosine phosphorylase at 1.7 A resolution provides insights into substrate binding and catalysis. J. Structure Fold Des. 1999, V.7, pp. 629 -641.

59. Mao C., Cook W.J., Zhou M., Koszalka G.W., Krenitsky T.A., Ealick S.E. The crystal structure of Escherichia coli purine nucleoside phosphorylase: a comparison with the human enzyme reveals a conserved topology. J. Structure. 1997, V.5, pp. 1373 1383.

60. Burling F.T., Kniewel R., Buglino J.A., Chadha Т., Beckwith A., Lima C.D. Structure of Escherichia coli uridine phosphorylase at 2.0 A. J. Acta Cryst. 2003, D59, pp. 73-76.

61. Appleby T.C., Mathews I.I., Porcelli M., Cacciapuoti G., Ealick S.E. Three-dimensional structure of a hyperthermophilic 5'-deoxy-5-methylthioadenosine phosphorylase from Sulfolobus solfataricus. J. Biol. Chem. 2001, V.276, pp. 39232 39242.

62. Pugmire M.J., Ealick S.E. Structural analyses reveal two distinct families of nucleoside phosphorylases. J. Biochem. 2002, V.361, pp. 1-25.

63. Zappia V., Oliva A., Cacciapuoti G., Galletti P., Mignucci G., Carteni-Farina M. Substrate specificity of 5'-methylthioadenosine phosphorylase from human prostate. J. Biochem. 1978, V.175, pp. 1043-1050.

64. Dontsova M.V., Savochkina Yu.A., Gabdoulkhakov A.G. et al. Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of uridine phosphorylase from Salmonella Typhimurium. Acta Cryst. D. 2004. V.60. P.709-711.

65. Dontsova M.V., Gabdoulkhakov A.G., Molchan O.K. et al. Preliminary investigation of the three-dimensional structure of Salmonella Typhimurium uridine phosphorylase in the crystalline state. Acta Cryst. F. 2005. V.61. P.337-40.

66. Laster L., Blair A. An intestinal phosphorylase for uric acid ribonucleoside. J. Biol. Chem. 1963, V.238, pp. 3348 3357.

67. Zimmerman M. and Seidenberg J. Deoxyribosyl Transfer. I. Thymidine phosphorylase and nucleoside deoxyribosyltransferase in normal and malignant tissues. J. Biol. Chem. 1964, V.239, pp. 2618-2621.

68. Zimmerman M. Deoxyribosyl transfer. II. Nucleoside.-pyrimidine deoxyribosyltransferase activity of three partially purified thymidine phosphorylases. J. Biol. Chem. 1964, V.239, pp. 2622 2627.

69. Молчан O.K., Дмитриева H.A., Романова Д.В., JI. Эррайс Лопес, В.Г. Дебабов, А.С. Миронов. Выделение и первичная характеристика уридинфосфорилазы из Salmonella typhimurium. Биохимия. 1998, Т.63, вып. №2, с. 235 239.

70. Brunger, А.Т., et al., Crystallography & NMR System: A New Software Suite for Macromolecular Structure Determination. Acta Ciystallographica Section D, 1998. 54(5): p. 905-921.

71. Collaborative, The CCP4 suite: programs for protein crystallography. Acta Ciystallographica Section D, 1994. 50(5): p. 760-763.

72. Vagin, A. and Teplyakov, MOLREP: an automated program for molecular replacement. J. Appl. Cryst., 1997.30: p. 1022-1025.

73. Winn, M.D., M.N. Isupov, and G.N. Murshudov, Use of TLS parameters to model anisotropic displacements in macromolecular refinement. Acta Ciystallographica Section D, 2001. 57(1): p. 122-133.

74. Brunger, A.T., M. Karplus, and G.A. Petsko, Ciystallographic refinement by simulated annealing: application to crambin. Acta Ciystallographica Section A, 1989. 45(1): p. 50-61.

75. Brunger, A.T., A. Krukowski, and J.W. Erickson, Slow-cooling protocols for ciystallographic refinement by simulated annealing. Acta Ciystallographica Section A, 1990.46(7): p. 585-593.

76. Kuriyan, J., et al., X-ray refinement of protein structures by simulated annealing: test of the method on myohemerythrin. Acta Ciystallographica Section A, 1989.45(6): p. 396-409.

77. Emsley, P. and K. Cowtan, Coot: model-building tools for molecular graphics. Acta Crystallographica Section D, 2004. 60(12 Part 1): p. 21262132.

78. Vaguine, A.A., J. Richelle, and S.J. Wodak, SFCHECK: a unified set of procedures for evaluating the quality of macromolecular structure-factor data and their agreement with the atomic model. Acta Crystallographica Section D, 1999. 55(1): p. 191-205.

79. Laskowski, R.A., et al., PROCHECK: a program to check the stereochemical quality of protein structures. Journal of Applied Crystallography, 1993. 26(2): p. 283-291.

80. Hooft, R.W.W., et al., Errors in protein structures. Nature, 1996. 381: p. 272-272.

81. Laemmli UK. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. J. Nature. 1970, V.227, pp. 680 685.

82. Kabsch, W., Integration, scaling, space-group assignment and post refinement. XDS., in International Tables for Crystallography, M.G. Rossmann and E.F. Arnold, Editors. 2001, Dordrecht: Kluwer Academic Publishers.1. Благодарности