Структура неравновесия по сцеплению гена MTHFR в популяциях Северной Евразии и у больных коронарным атеросклерозом тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.15, кандидат медицинских наук Трифонова, Екатерина Александровна

• Трифонова, Екатерина Александровна
• кандидат медицинских наук
• 2009

Оглавление диссертации кандидат медицинских наук Трифонова, Екатерина Александровна

Список сокращений.

Введение.

Глава 1 Обзор литературы.

1.1 Блочная структура неравновесия по сцеплению в геноме человека

1.2 Результаты и перспективы международного проекта «НарМар».

1.3 Структура неравновесия по сцеплению и картирование генов.

1.4 Гипергомоцистеинемия как фактор риска развития сердечнососудистых заболеваний.

1.5 Ген метилентетрагидрофолатредуктазы. Ассоциация SNPs гена MTHFR с коронарным атеросклерозом.

1.6 Население Северной Евразии. Краткая этноисторическая справка

Глава 2 Материалы и методы исследования.

2.1 Материалы исследования.

2.2 Типирование генетических маркеров.

2.3 Статистическая обработка результатов.

Глава 3 Результаты и обсуждение.

3.1 Генетическое разнообразие, структура гаплотипов и неравновесия по сцеплению гена MTHFR в некоторых популяциях Евразии.

3.1.1 Генетическое разнообразие в локусе MTHFR.

3.1.2 Структура LD в гене MTHFR.

3.1.3 Выбор TagSNPs гена MTHFR.

3.1.4 Филогенетический анализ взаимоотношений гаплотипов локуса MTHFR и оценка селективной нейтральности исследованных SNPs.

3.1.5 Генетическая дифференциация исследованных популяций.

3.1.6 Генетические взаимоотношения между популяциями.

3.2 Анализ структуры неравновесия по сцеплению и ассоциаций полиморфных вариантов гена MTHFR с коронарным атеросклерозом.

3.2.1 Ассоциация аллелей и генотипов локуса MTHFR с коронарным атеросклерозом.

3.2.2 Структура гаплотипов и неравновесия по сцеплению у больных КА и в контрольной группе.

3.2.3 Анализ ассоциаций с патогенетическими значимыми количественными признаками.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структура неравновесия по сцеплению гена MTHFR в популяциях Северной Евразии и у больных коронарным атеросклерозом»

С завершением проекта «Геном человека» приоритет в геномных исследованиях переместился в сторону изучения и характеристики вариабельности генома как на индивидуальном, так и на и популяционном уровнях. Генетическая вариабельность составляет основу фенотипической изменчивости человека и имеет огромное значение для объяснения индивидуальных различий в подверженности к мультифакториальным заболеваниям (МФЗ) и определения метаболических путей, вовлеченных в прогрессирование патологического процесса. Наиболее распространенным типом вариабельности генома являются однонуклеотидные замены (SNP). Усилиями международного консорциума по SNP к настоящему моменту в геноме человека выявлено около 10 миллионов SNPs с плотностью приблизительно 1 полиморфизм на 300 п.н. [Altshuler et al., 2008]. Каждый новый аллель полиморфного варианта возникает на фоне уже существующего гаплотипа, с аллелями, составляющими который, он изначально ассоциирован. Новые гаплотипы формируются путем накопления новых мутаций и рекомбинации. Совместное наследование аллелей в гаплотипе на популяционном уровне проявляется как неравновесие по сцеплению (LD).

Архитектура LD в геноме человека в настоящее время является предметом оживленных дискуссий и интенсивных исследований [Wu et al., 2002; Schaid, 2004; Zhao et al., 2007; Slatkin, 2008]. Ряд недавних работ показывает, что в геноме, можно выделить блоки сцепленных сайтов, не демонстрирующие свидетельств значительной рекомбинации в истории существования нашего вида, отделяемые участками с более интенсивным темпом рекомбинации, так называемыми «горячими точками» [Daly et al., 2001; Gabriel et al., 2002; Stumpf, 2002]. Характер LD в современных популяциях человека является результатом комплексного эволюционного процесса, который включает как демографическую историю популяций изменения эффективной численности, характер подразделенности, миграции), так и гено-специфические факторы, такие как темп мутирования и рекомбинации, давление отбора. Предполагается, что характеристика структуры LD позволит реконструировать демографическую историю популяций и займет центральное место при картировании генов МФЗ [Jeffreys et al., 2001; Gabriel et al., 2002].

В данной работе в качестве локуса для изучения неравновесия по сцеплению в популяциях был выбран ген метилентетрагидрофолатредуктазы (MTHFR). Фермент метилентетрагидрофолатредуктаза является катализатором единственной внутриклеточной реакции образования 5-метилтетрагидрофолата, который необходим для восстановления гомоцистеина до метионина. Снижение активности данного энзима, часто обусловленное мутациями в гене MTHFR, приводит к накоплению гомоцистеина (ГЦ) и развитию умеренной гипергомоцистеинемии (ГГЦ).

Согласно результатам проспективных когортных исследований (Physicians Health Study, British United Provident Study, Tromso Study и British Regional Heart Study) высокий уровень ГЦ увеличивает риск атеросклероза, ишемических нарушений и болезни Альцгеймера, а частота выявления ГГЦ составляет около 5% в общей популяции и достигает 13-47% среди пациентов с ИБС и цереброваскулярными заболеваниями [Nygard et al., 1995; Дербенева и др., 2003; Верткин и др., 2007]. В настоящее время общепризнано, что ГЦ является атерогенным фактором в кровеносном русле [Lusis et al., 2004; Хубутитя и др., 2004]. В литературе активно обсуждаются возможные патогенетические механизмы воздействия ГЦ на стенку сосудов: цитотоксическое действие, ингибирование роста эндотелиальных клеток, прооксидантное действие, способствующее перекисному окислению белков и липидов, митогенное влияние на гладкомышечные клетки, стимулирование аккумуляции белков в атеросклеротической бляшке и биосинтеза коллагена, а также усиление тромбогенеза и коагуляции. Таким образом, ГГЦ играет важную роль на ранних стадиях атерогенеза и может служить значимым фактором риска развития эндотелиальной дисфункции и гиперкоагуляции, являющимися одними из основных механизмов патогенеза атеросклероза [Hanson et al., 2001; Шевченко, 2002; Libby et al., 2005].

Согласно определению ВОЗ, атеросклероз - это вариабельная комбинация изменений интимы артерий, включающая накопление липидов, сложных углеводов, фиброзной ткани, компонентов крови, кальцификацию и сопутствующие изменения медии в артериальной стенке [Строгий, 2006]. Стенозирующий атеросклероз и последующая эмболизация сосудистого русла, сопровождаемая ишемией тканей, является ведущей причиной заболеваемости и смертности населения экономически развитых стран [Nabel, 2003; Торшин и др., 2008]. Данные многочисленных эпидемиологических, семейных и близнецовых исследований свидетельствуют о значительном вкладе наследственности в этиологию и патогенез этой патологии [Herrmann et al., 2002; Воевода и др., 2006; Пузырев, 2009]. Показано, что первые морфологические признаки атеросклероза стенок сосудов можно наблюдать даже у новорожденных. С возрастом этот процесс прогрессирует, но у разных людей с разной интенсивностью. Вероятно, это связано с генетической вариабельностью, определяющей индивидуальный липидный и углеводный метаболизм, состояние сердечно-сосудистой системы и гемостаза, а также ряд других факторов [Zieske et al., 2002]. Однако, рассматривая генетическую составляющую атеросклероза, несомненно, следует учитывать и влияние внешней среды.

Выявление структуры генетической компоненты распространенных болезней является одним из ключевых направлений в современной генетике человека. Классический подход к решению этой задачи, основанный на ассоциативных исследованиях отдельных маркеров генов-кандидатов с болезнью методом случай - контроль все еще сохраняет свою актуальность. Однако в последнее десятилетие арсенал методов генетики МФЗ пополнился высокопродуктивными подходами, такими как полногеномное картирование, мета-анализ, когортные и множественные репликативные исследования [Johnson et al., 2000; Carlson et al., 2003; Collins et al., 2004; Wollstein et al., 2007; Altshuler et al., 2008; Petterson, 2009]. Эффекты отдельных маркеров, выявляемые при классическом анализе ассоциаций, как правило, невелики и могут быть связаны не с самим изучаемым маркером, а со сцепленным с ним функционально значимым вариантом (мутацией или полиморфизмом). В силу этого анализ ассоциаций на уровне гаплотипов может оказаться более мощным и информативным средством, чем изучение отдельных маркеров [De Bakker et al., 2005]. Одной из потенциально наиболее продуктивных стратегий выявления генетических вариантов, лежащих в основе подверженности к МФЗ, является анализ структуры LD в области генов-кандидатов и обнаружение связанных с болезнью гаплотипов и их tagSNPs [Crawford et al., 2005; Zhang et al., 2005; Slatkin, 2008]. Ряд авторов сообщает о согласованности в различных популяциях пространственного размещения гаплотипических блоков в нескольких регионах генома человека, указывая на возможность общего механизма образования этих блоков, как вероятной причины данного феномена [Patil et al., 2001; Shifman et al., 2003; Rana et al., 2004; Oota et al., 2004]. Наряду с этим существуют данные, свидетельствующие о значимых различиях в степени и характере LD в одном и том же участке генома между популяциями [Reich et al., 2001; Jeffreys et al., 2001; Liu et al., 2004; De La Vega et al., 2002]. Эти результаты указывают на то, что характер LD, выявленный в конкретной популяции или выборке, вероятно, не может быть автоматически распространен на другие популяции, по крайней мере, в некоторых участках генома. Маловероятно, что одна общая карта неравновесия по сцеплению в геноме окажется полезной при выборе генетических маркеров для ассоциативных исследований во многих популяциях.

Таким образом, работа, выполненная в рамках изучения характера неравновесия по сцеплению в области генов-кандидатов и обнаружение связанных с болезнью гаплотипов и их tag-меток в конкретных популяционных группах, является высокопродуктивным подходом, позволяющим идентифицировать функциональные варианты, лежащие в основе предрасположенности к многофакторным заболеваниям, к которым, несомненно, относится коронарный атеросклероз (КА).

Цель работы: выявление структуры гаплотипов и неравновесия по сцеплению в гене MTHFR у населения Северной Евразии и ее особенностей у больных коронарным атеросклерозом.

Для достижения данной цели были поставлены следующие задачи:

1. Оценить вариабельность локуса MTHFR на уровне частот генотипов и гаплотипов в популяциях Северной Евразии.

2. Охарактеризовать структуру неравновесия по сцеплению гена MTHFR в популяциях Северной Евразии.

3. Идентифицировать информативные маркеры (tagSNPs), описывающие структуру гаплотипов в гене MTHFR.

4. Провести анализ ассоциаций полиморфизмов и гаплотипов гена MTHFR с атеросклерозом коронарных артерий.

5. Описать характер неравновесия по сцеплению в гене MTHFR у больных коронарным атеросклерозом.

6. Провести анализ ассоциаций исследованных SNPs гена MTHFR с патогенетически значимыми количественными признаками. Научная новизна исследования: В результате выполнения работы в популяциях Северной Евразии впервые охарактеризовано генетическое разнообразие локуса MTHFR по 12 полиморфным вариантам. Показано, что структура LD в гене MTHFR носит популяционно-специфичный характер. Произведена оценка возраста генерации разнообразия по 12 исследованным SNPs гена MTHFR, составившая 314000+135000 лет. Выявлена эволюция гаплотипов и их роль при формировании КА в русской популяции. Идентифицированы tagSNPs гена MTHFR, показана корреляция вариабельности структуры LD и уровня гаплотипического разнообразия гена MTHFR с количеством tagSNPs. Впервые выявлена ассоциация полиморфизмов rs7533315 и rs2066462 с КА. Получены данные о взаимосвязи генетической вариабельности локуса MTHFR у больных КА с патогенетически значимыми показателями липидного обмена. Кроме того, продемонстрирована высокая информативность гаплотипического подхода в анализе ассоциаций с МФЗ методом случай - контроль.

Теоретическая и практическая значимость: Полученные в работе данные могут быть использованы в эволюционной генетике для анализа структуры генофондов мирового народонаселения и создания геногеографических карт. Информация об идентифицированных tagSNPs гена MTHFR может служить основой при планировании дальнейших работ по выявлению генетической предрасположенности к КА и другим заболеваниям, в этиопатогенез которых вовлечен исследованный локус. Сведения о вкладе полиморфизма изученных генетических маркеров в формирование вариабельности подверженности к КА могут быть учтены при формировании групп риска и организации профилактических мероприятий.

Положения, выдвигаемые на защиту:

1. Структура LD в гене MTHFR носит популяционно-специфичный характер. Сильное сцепление между исследованными локусами обнаружено в популяциях кетов, южных киргизов и бурят. Популяции русских, хантов и северных киргизов характеризуются средним уровнем LD среди всех исследованных групп. Максимальное количество гаплотипических блоков и слабое сцепление наблюдается в популяциях тувинцев и якутов. Проведенный филогенетический анализ гаплотипов и идентичность основных гаплотипов во- всех исследованных выборках свидетельствуют об общем* механизме формирования данных паттернов LD.

2. Вариабельность структуры LD и уровень гаплотипического разнообразия гена MTHFR в исследованных выборках обуславливают определенный набор tagSNPs с установленной прогностической значимостью для каждой популяции. Наиболее информативно ценными tagSNPs из исследованного массива данных являются rs4846052, rsl801133, rs6541003, rs7533315, rsl801131 nrs3753588.

3. Полиморфизмы rs7533315 и rs2066462 и гаплотип GCCTTCGCACGC гена MTHFR являются структурными элементами наследственной компоненты подверженности к КА у русских г. Томска, а гаплотип GCCCTCGCCCGC проявляет протективный эффект. Характер структуры LD в группе пациентов с КА и контрольной выборке имеет во многом схожие черты.

4. У пациентов с КА генотипы шести SNPs (rs7533315, rs6541003, rs2066462, rsl801131, rsl7375901, rsl537516) коррелируют с вариабельностью содержания в плазме общего холестерина и/или триглицеридов, с уровнем ЛПВП ассоциированы два полиморфных варианта (rs7533315 и rs2066462). Физиологический механизм подверженности к КА у носителей неблагоприятного гаплотипа 3'-концевого блока сцепления реализуется через нарушения липидного обмена.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Трифонова, Екатерина Александровна

ВЫВОДЫ

1. Структура LD в гене MTHFR носит популяционно-специфичный характер. Наиболее сильное сцепление (все SNPs входят в состав одного блока) между исследованными локусами обнаружено в популяциях кетов и южных киргизов. Тесное сцепление наблюдалось также у бурят. Популяции русских, хантов и северных киргизов характеризуются средним уровнем LD среди всех исследованных групп. Максимальное количество гаплотипических блоков (4) и слабое LD наблюдается в популяциях тувинцев и якутов.

2. В исследованных популяциях наблюдается различная степень гаплотипического разнообразия, тем не менее, во всех выборках обнаружены одинаковые основные гаплотипы (с частотой более 5%), что указывает на возможность общего механизма формирования данных паттернов LD.

3. В изученных популяциях наблюдается различный состав набора tagSNPs, являющийся, следствием вариабельности структуры LD гена MTHFR в исследованных выборках. Наиболее информативно ценными tagSNPs являются rs4846052, rsl801133, rs6541003, rs7533315, rsl801131 и rs3753588.

4. Проведенный филогенетический анализ гаплотипов свидетельствует о схождении всех гаплотипов, наблюдаемых в современных популяциях человека, к одному общему предковому варианту. Значимой роли рекомбинации в генерации генетического разнообразия локуса MTHFR у современного человека не выявлено. Возраст генерации разнообразия по 12 исследованным SNPs гена MTHFR, полученный при анализе филогенетического древа гаплотипов, составляет 314000 ± 135000 лет.

5. Уровень генетической дифференциации изученных популяций по частотам аллелей 12 исследованных SNPs гена MTHFR составил 0,015, а по частотам гаплотипов 0,017. Наибольший вклад в межпопуляционное разнообразие вносят различия по частотам аллелей локусов rs4846052, rsl801133, rs6541003, rs2066462, rsl801131, и rs2274976. Наименьшая степень межпопуляционного разнообразия характерна для rs 17375901.

6. Показана ассоциация маркеров rs7533315 (OR=1,60; 95% CI: 1,08-2,36) и rs2066462 (OR=2,71; 95% CI: 1,13-6,72) и гаплотипа GCCTTCGCACGC (OR=2,98; 95% CI 1,53-5,88) гена MTHFR с КА. Выявлен один протективный гаплотип - GCCCTCGCCCGC (OR 0,18; 95% CI 0,04-0,69).

7. Характер структуры LD в группе пациентов с КА и контрольной выборке имеет во многом схожие черты: наличие «горячей точки» рекомбинации между rs2066462 и rsl801131, идентичный гаплотипический блок в 3'-области гена. Тем не менее, в 5'-области гена сцепление более выражено у больных КА.

8. Определена ассоциация генотипов шести SNPs (rs7533315, rs6541003, rs2066462, rsl801131, rsl7375901, rsl537516) с вариабельностью содержания в плазме общего холестерина и/или триглицеридов в группе больных КА. С уровнем ЛПВП в данной группе показали корреляцию два полиморфных варианта (rs7533315 и rs2066462). Физиологический механизм подверженности у носителей неблагоприятного гаплотипа блока 2 реализуется через нарушения липидного обмена.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Проведенное исследование архитектуры неравновесия по сцеплению (LD) локуса MTHFR базировалось на концепции блочной структуры генома человека. Изучение паттернов LD в геноме в конкретных популяционных группах является высокопродуктивным подходом, позволяющим идентифицировать функциональные варианты, лежащие в основе предрасположенности к МФЗ, проследить эволюционную историю населения и решить ряд других немаловажных задач. Предполагается, что анализ LD займет центральное место в исследованиях по генетическому картированию широко распространенных заболеваний как в полногеномном масштабе, так и при ассоциативных исследованиях, когда вариант связанный с болезнью выявляется по сцеплению с близлежащими сайтами в относительно узком регионе генома [Risch, 2000; Pritchard, Przeworski, 2001; Wall, Pritchard, 2003].

В представленной работе исследована структура гаплотипов и LD в гене метилентетрагидрофолатредуктазы (MTHFR) в восьми популяционных выборках, проживающих на территории Северной Евразии, группе больных коронарным атеросклерозом (КА) и контрольной выборке из русской популяции города Томска. Также в рамках данного исследования изучалась взаимосвязь 12 SNPs гена MTHFR с КА и вариабельностью патогенетически значимых количественных показателей. В качестве объекта для популяционных сравнений в работе были использованы данные по популяции европеоидов (жители штата Юта), китайцев (г. Пекин), японцев (г. Токио) и йоруба (Ибадан), полученные в ходе реализации проекта НарМар.

В результате данного исследования была выявлена популяционная специфичность структуры LD гена MTHFR в различных популяциях Северной Евразии. Наряду с этим были обнаружены сходства в архитектуре LD среди некоторых популяций. У кетов, южных киргизов, японцев и китайцев все изученные SNPs входят в состав одного гаплотипического блока, что указывает на значительную силу сцепления между исследованными полиморфными вариантами. Тесное сцепление было выявлено также в выборке бурят. Популяции русских, хантов и северных киргизов характеризуются средним уровнем LD среди всех исследованных групп. Минимальная степень LD и максимальное количество небольших по размеру гаплотипических блоков в локусе MTHFR обнаружено в популяциях тувинцев и якутов. Полученные данные свидетельствуют о том, что архитектура LD в геноме человека в значительной степени определяется эволюционной историей популяций, которая включает как демографическую составляющую (изменения эффективной численности, характер подразделенности, миграции), так и гено-специфические факторы, такие как темп мутирования и рекомбинации, давление отбора. Необходимо отметить, что в данной работе обнаружена различная степень гаплотипического разнообразия в исследованных популяциях, тем не менее, во всех выборках наблюдались одинаковые основные гаплотипы, что указывает на возможность общего механизма формирования данных паттернов LD.

Вариабельность структуры LD и уровень гаплотипического разнообразия гена MTHFR в исследованных выборках обуславливают определенный набор tagSNPs с установленной прогностической значимостью для каждой популяции. Наибольшая информативная ценность показана для 6 tagSNPs из исследованного массива данных (rs4846052, rsl801133, rs6541003, rs7533315, rsl801131 и rs3753588). Дизайн ассоциативных исследований, основанный на выборе маркеров согласно доступным на сегодняшний день картам LD с достаточно высокой плотностью SNPs, имеет несомненные преимущества, так как существенно уменьшает затраты на генотипирование и позволяет обнаружить маркеры, непосредственно не анализируемые в исследовании [Carlson et al., 2003, 2004; Gonzalez-Neira et al., 2006].

Проведенный филогенетический анализ гаплотипов свидетельствует о схождении всех гаплотипов, наблюдаемых в современных популяциях человека, к одному общему предковому варианту. Причем все наблюдаемые гаплотипы находятся в пределах 7 мутационных шагов от предкового варианта при анализе всего гена MTHFR и в пределах 4-х мутационных шагов от общего предка при поблочном анализе. Возраст генерации разнообразия по 12 исследованным SNPs гена MTHFR составил 314000± 135000 лет, для первого блока было получено время коалесценции равное 350000 ± 188000 лет, возраст предкового гаплотипа второго блока оценивается в 306000+188000 лет. Таким образом, полученные оценки возраста при анализе всего гена MTHFR и двух его различных блоков оказались приблизительно равными, что, вероятно, свидетельствует о незначительной роли рекомбинации в генерации генетического разнообразия локуса MTHFR в современных популяциях человека.

Также в представленной работе получены данные, подтверждающие действие балансирующего отбора на локусы rs4846052 и rs6541003 у европеоидов и влияние отрицательного отбора на определенные гаплотипы гена MTHFR в популяциях тувинцев, северных киргизов, якутов и хантов, характеризующихся наиболее высоким уровнем гаплотипичекого разнообразия (более 70%) и низким уровнем LD среди всех исследованных групп.

Все изученные SNPs гена MTHFR показали достоверную дифференциацию. Данные по отдельным локусам показывают, что наибольший вклад в межпопуляционное разнообразие вносят различия по частотам аллелей локусов rs4846052, rsl801133, rs6541003, rs2066462, rsl801131, и rs2274976. Наименьшая же степень межпопуляционного разнообразия характерна для rsl7375901.

В данном исследовании не получено значимой взаимосвязи КА ни с одним из трех функционально значимых SNPs гена MTHFR (С677Т, А1298С и G1793A). Однако КА достоверно ассоциирован с локусом rs7533315, расположенным в третьем интроне гена MTHFR, и синонимичной заменой 7 экзона rs2066462. Сравнение частотам гаплотипов больных КА и контрольной группы выявило достоверную взаимосвязь с КА гаплотипа GCCTTCGCACGC и один протективный гаплотип GCCCTCGCCCGC. Построенное медианное древо гаплотипов гена MTHFR показало, что именно эти два гаплотипа образовались непосредственно из предполагаемого гаплотипа-основателя. Гаплотип GCCTTCGCACGC содержит один мутантный аллель Т маркера rs7533315, для которого в данном исследовании была зафиксирована ассоциация с КА, а все остальные аллели данного гаплотипа являются предковыми, что указывает на возможное тесное сцепление rs7533315 с каким-то неисследованным в текущей работе функционально значимым полиморфизмом гена MTHFR.

Дополнительным подтверждением связи выявленных гаплотипов с коронарным атеросклерозом в нашей работе являются данные по взаимосвязи генетического полиморфизма MTHFR с эндофенотипами -патогенетически значимыми количественными признаками. Статистически значимая ассоциация с уровнем общего холестерина и триглицеридов у больных коронарным атеросклерозом была обнаружена для 3-х из 4-х SNPs, входящих в 3'-концевой блок сцепления (блок 2), гаплотипы которого ассоциированы с заболеванием как качественным фенотипом. Возможно, это свидетельствует о том, что физиологический механизм подверженности у носителей неблагоприятного гаплотипа блока 2 реализуется через нарушения липидного обмена. Многочисленные эксперименты, проведенные на культурах эндотелиальных клеток, показали, что ГГЦ сопровождается генерацией оксидантов, которые помимо цитотксического эффекта обладают способностью инициировать окисление ЛПНП. Кроме того, при ГГЦ в мембранах и межклеточном пространстве эндотелиоцитов повышается концентрация ЛПНП и ЛПОНП, вследствие недостатка метальной группы при синтезе белковой компоненты липопротеинов [1,3].

Полученные в настоящей работе данные представляют, по нашему мнению, значительный интерес в понимании нескольких генетических феноменов: межпопуляционных различий в структуре LD; структуры генетической компоненты МФЗ с точки зрения сравнительной информативности ассоциативных связей с болезнью на уровне отдельных маркеров и гаплотипов; функциональной значимости и плейотропного «поля действия» гена MTHFR.

Наконец, крайне любопытным представляется факт отсутствия ассоциации с атеросклерозом и его эндофенотипами полиморфизма С677Т, как при анализе отдельных SNPs, как и отсутствие его в составе сцепленных блоков SNPs у больных. Большая часть накопленных данных по ассоциации гена MTHFR с МФЗ, включая сердечно-сосудистые заболевания, касается именно этой миссенс-мутации, приводящей к синтезу термолабильного варианта фермента. Можно предположить, что эффект этого SNP в отношении сердечно-сосудистой патологии, если он является атрибутом самой замены, не столь велик, чтобы быть зафиксированным в таких относительно небольших выборках, как в настоящей работе. Вполне вероятно также, что в силу популяционных особенностей структуры LD, С677Т может входить в состав связанных с болезнью гаплотипов в одних популяциях, но не входить в других, как продемонстрировано в данной работе.

Суммируя результаты настоящего исследования можно заключить, что нами обнаружены существенные различия в структуре LD гена MTHFR как в популяциях различного этнического происхождения, так и в выборках из одной популяции, дифференцированных по наличию/отсутствию коронарного атеросклероза; выявлена высоко достоверная ассоциация отдельных SNPs и определенных гаплотипов MTHFR с атеросклерозом коронарных артерий, обнаружена взаимосвязь генетической вариабельности MTHFR с патогенетически значимыми показателями липидного обмена; продемонстрирована высокая информативность гаплотипического подхода в анализе ассоциаций с МФЗ методом случай - контроль.

Таким образом, анализ вариабельности с акцентом на структуру LD в популяциях человека является мощным инструментом, способным внести существенный вклад в такие отрасли медико-биологической науки как эволюционная биология человека, функциональная геномика, генетика МФЗ и фармакогеномика.

Список литературы диссертационного исследования кандидат медицинских наук Трифонова, Екатерина Александровна, 2009 год

1. Алексеев В.П., Гохман И.И. Антропология азиатской части СССР. М., 1984. 298 с.

2. Алексеев Н.А., Бадмаев А.А., Молодин В.И. и др. Народы Сибири: история и культура. Медведь в древних и современных культурах Сибири. Новосибирск: Изд-во ИАиЭТ СО РАН, 2000. 102 с.

3. Алексеенко Е.А. Кеты: Историко-этнографические очерки. Л.: Наука, 1967. 262 с.

4. Аронов Д.М. Лечение и профилактика атеросклероза. М.: Триада-Х.2000. С.411.

5. Баркаган З.С., Костюченко Г.И., Костюченко Л. А. Гипергомоцистеинемия: частота, возрастные особенности, методы коррекции у больных коронарной болезнью сердца // Тромбоз, гемостаз, реология. 2003. № 3. С. 33-36.

6. Блохина Е.Б. Роль генетического полиморфизма в онкологии // Фарматека. 2004. №3/4 (82). С. 29-34.

7. Бокарев М.И., Воробьев Г.С., Козлова Т.В. и др. Гипергомоцистеинемия как причина рецидивирующего тромбоза глубоких вен нижних конечностей // Тромбоз, гемостаз и реология.2001. №2 (6). С. 43-44.

8. Верткин А.Л., Тополянский А.В. Проблема гипергомоцистеинемии у кардиологических больных // Фарматека. 2007. №15. С. 10-14.

9. Вяткина К.В. Очерки культуры и быта бурят. Л., 1969. 97 с.

10. Гланц С. Медико-биологическая статистика. М.: Практика, 1999. 459 с.

11. Горлов И.П., Горлова О.Ю. Движущий отбор в ходе эволюции человека//Вестник ВОГиС. 2007. Т.П. № 2. С. 363-372.

12. Дербенева С.А., Погожева А.В. Гомоцистеин как фактор коронарного риска//Вопр. питания. 2003. Т. 72. № 5. С. 43-48.

13. Добронравов В.А., Голубев Р.В. Гипергомоцистеинемия фактор риска сердечно-сосудистых поражений у диализных больных и в общей популяции // Нефрология. 2004. Т. 8. С. 14-18.

14. Душкин М.И., Е.Н.,Корнюш, JI.M. Поляков и др. Биосинтез липидов и метаболизм нативных и ацетилированных липопротеидов низкой плотности в макрофагах, стимулированных зимозана in vivo и in vitro/ /Биохимия. 1992. Т. 57. № 8. С. 1181 -1191.

15. Животовский К., Хуснутдинова Э. Генетическая история человечества // В мире науки. 2003. № 7. С. 8-13.

16. Калашникова Л. А., Добрынина Л. А., Устюжанина М.К. Гипергомоцистеинемия и поражение головного мозга // Неврологический журнал. №3. 2004. С. 12-17.

17. Карпов Ю.А., Сорокин Е.В. Атеросклероз и факторы воспаления нелипидные механизмы действия статинов // РМЖ. 2001. №9(10) С. 59.

18. Костюченко Г.И., Баркаган З.С. Гипергомоцистеинемия и коронарная болезнь сердца как проблема пожилого возраста // Клин, геронтол. 2003. № 5. С. 9-12.

19. Кухарчук В.В. Диагностика и коррекция нарушений липидного обмена с целью профилактики и лечения атеросклероза // Кардиология. 2004. №2. С. 45-49.

20. Кучер А.Н. Иванова О.Ф., Пузырев В.П. и др. Генетико-демографическая характеристика современного сибирского города (на примере г. Томска) //Генетика. 1994. Т. 30. С. 276-281.

21. Лимборская С.А., Хуснутдинова Э.К. Балановская Е.В. Этногеномика и геногеография народов Восточной Европы. М.: Наука, 2002. 168 с.

22. Макаров О.В., Озолиня JI.A., Шполянская Н.Ю. и др. Роль генетических факторов в развитии тромбофилии в акушерстве и гинекологии // Акуш. и гин. 2000. № 4. С. 7-9.

23. Макацария А.Д., Белобородова Е.В., Баймурадова С.М. и др. Гипергомоцистеинемия и осложнения беременности // М.: Триада-Х, 2005. С. 61-65.

24. Малолетко A.M. Древние народы Сибири. Этнический состав по данным топонимики. Предыстория человека и языка. Уральцы. -Томск: Изд-во Томского ун-та, 1999. Т. 1. 281 с.

25. Малолетко A.M. Древние народы Сибири. Том 2. Кеты. Томск: Изд-во Томского ун-та, 2000.

26. Мухин М.А., Моисеев С.В., Фомин В.В. Гипергомоцистеинемия как фактор риска развития заболеваний сердечно-сосудистой системы // Клин. мед. 2001. № 6. С. 7-14.

27. Назаренко М.С., Пузырев В.П., Лебедев И.Н. Частоты полиморфизмов С677Т и Ф1298С гена метилентетрагидрофолатредуктазы на раннем этапе индивидуального развития человека // Генетика. 2006. Т. 42. № 5. С. 711-717.

28. Нимаев Д.Д. Проблемы этногенеза бурят. Новосибирск: Изд-во ИАиЭТ СО РАН, 1988. 196 с.

29. Пузырев В.П., Степанов В.А., Макеева О.А. Синтропные гены болезней сердечно-сосудистого континуума // Медицинская генетика. 2009. №3. С. 31-38.

30. Сидоренко Г.И., Мойсеенок А.Г., Колядко М.Г. Гомоцистеин важный фактор риска сердечно-сосудистых заболеваний // Кардиология. 2001. № 1.С. 6-11.

31. Спиридонова М.Г., Степанов В.А., Пузырёв В.П. О роли полиморфных вариантов гена 5,10-метилентетагидрофолатредуктазы в патогенезесердечно-сосудистых заболеваний // Клиническая медицина. 2001. № 2. С. 10-16.

32. Спиридонова М.Г., Степанов В.А., Пузырёв В.П., Карпов Р.С. Анализ генных комплексов подверженности к коронарному атеросклерозу // Генетика. 2002. т. 38. № 2. С. 383-392.

33. Степанов В.А. Этногеномика населения Северной Евразии. Томск: Печатная мануфактура, 2002. 244 с.

34. Строгий В.В. Генетические аспекты предрасположенности к атеросклерозу в детском и подростковом возрасте // БМЖ. 2006. № 4. С. 3-9.

35. Суханов С.Г., Таубер О.Н. Гипергомоцистеинемия и коронарный атеросклероз // Вестник СамГУ. 2007. № 2 (52). С. 285-293.

36. Титов В.Н. Патогенез атеросклероза для XXI века. // Клин. лаб. диагностика. 1998. N 1. С. 3-11.

37. Торховская Т.И., Фортинская Е.С., Гороховская Г.Н. и др. Гиполипопротеинемия и вторичная роль атеросклероза в развитии ишемической болезни сердца у больных с полицитемией // Кардиология. 2005. Т. 1. С. 18-21.

38. Торшин И.Ю., Громова О.А.Сосудистые заболевания сердца, мозга и молекулярные гены. Ассоциативные исследования и патофизиология сосудистых заболеваний // Трудный пациент. 2008. № 2. С. 12-19.

39. Тюняев А.А. Языки мира. М.: Ин, 2007.268 с.

40. Шевченко О. П. Гипергомоцистеинемия и её клиническое значение // Лаборатория. 2002. №1. С.3-6.

41. Фетисова И.Н., Добролюбов А.С., Липин М.А., Поляков А.В. Полиморфизм генов фолатного обмена и болезни человека // Вестник нов. мед. технологий. 2007. Т. 10. № 1. С. 12-17.

42. Хедрик Ф. Генетика популяций. М.: Техносфера, 2003. 592 с.

43. Хубутия М. Ш., Шевченко, О. П. Гомоцистеин при коронарной болезни сердца и сердечного трансплантанта. М.: Реафарм, 2004. 272 с.

44. Хуснутдинова Э.К., Кутуев И.А., Хусаинова Р.И., Этногеномика и филогенетические взаимоотношения народов Евразии // Вестник ВОГиС. 2006. Том 10. № 1. с. 24-40.

45. Abecasis G.R., Ghosh D., Nichols Т.Е. Linkage disequilibrium: ancient history drives the new genetics // Hum. Hered. 2005. V. 59. № 2. P. 118124.

46. Abu-Amero K.K., Wyngaard C.A., Dzimiri N. Prevalence and Role of Methylenetetrahydrofolate reductase 677 C-T and 1298 A-C polymorphisms in Coronary Artery Disease in arabs // Arch. Pathol. Lab. Med. 2003. V. 127. P.1349-1352.

47. Altshuler D., Daly M.J., Lander E.S. Genetic Mapping in Human Disease // Science. 2008. V. 322. P. 881-888.

48. Anderson J.L., King G.J., Thomson M.J. et al. A Mutation in the Methylenetetrahydrofolate Reductase Gene Is Not Associated With Increased Risk for Coronary Artery Disease or Myocardial Infarction // JACC. 1997. V. 30. № 5. P. 1206-11

49. Arnesen E., Refsum H., Bonaa K.H. et al. Serum total homocysteine and coronary artery disease // Int. J. Epidemiol. 1995. V. 24. P. 704 -709.

50. Barrett J.C., Fry В., Mailer J., Daly M.J. Haploview: analysis and visualization of LD and haplotype maps // Bioinformatics. 2005. № 21. P. 263-265.

51. Barrett J.C., Cardon L.R. Evaluating coverage of genome-wide association studies // Nat Genet. 2006. V. 38. P. 659-662.

52. Bailey L., Gregory J. Polymorphisms of methylenetetrahydrofolate reductase and other enzymes: metabolic significance, risks and impact on folate requirement // J. Nutr. 1999. № 129. P. 919-922.

53. Blacher J., Benetos A., Kirzin J. et al. Relation of plasma homocysteine to cardiovascular mortality in a French population // Am. J. Cardiol. 2002. V. 90 (6). P. 591-595.

54. Bodmer W., Bonilla C. Common and rare variants in multifactorial susceptibility to common diseases // Nat. Genet. 2008. V. 40. P. 695-701.

55. Boers G.H. Moderate hyperhomocysteinaemia and vascular disease: evidence, relevance and the effect of treatment // Eur. J. Pediatr. 1998. V. 157 P. 127-130.

56. Boers G.H., Smals A.G., Trijbels F.J. et al. Heterozygosity for homocystinuria in premature peripheral and cerebral occlusive arterial disease //N. Engl. J. Med. 1985. V. 313. P. 709-715.

57. Botto L.D., Yang Q. 5,10-Methylenetetrahydrofolate reductase gene variants and congenital anomalies: a HuGE review // Am. J. Epidemiol. 2000. V. 151. P. 862-877.

58. Botto N., Andreassi M.G., Manfredi S. Genetic polymorphisms in folate and homocysteine metabolism as risk factors for DNA damage // European Journal of Human Genetics. 2003. V. 11. P. 671-678.

59. Branco C.C., Pereirinha Т., Cabral R. et al. Thrombotic genetic risk factors and warfarin pharmacogenetic variants in Sao Miguel's healthy population (Azores) // Thromb. J. 2009. V. 7. 4-9.

60. Brattstrom L.E., Hardebo J.E., Hultberg B.L. Moderate homocysteinemia: a possible risk factor for arteriosclerotic cerebrovascular disease // Stroke. 1984. V. 15. P. 1012-1015.

61. Brattstrom L., Wilcken D.E., Ohrvik J., Brudin L. Common methylenetetrahydrofolate reductase gene mutation leads to hyperhomocysteinemia but not to vascular disease: the result of a metaanalysis // Circulation. 1998. V. 98. P. 2520-2526.

62. Brugada R., Marian A.J. A common mutation in methylenetetrahydrofolate reductase gene is not a major risk of coronary artery disease or myocardial infarction//Atherosclerosis. 1997. V. 3(1). P. 107-112.

63. Callejon G., Mayor-Olea A., Jimenez A.J. et al. Genotypes of the C677T and A1298C polymorphisms of the MTHFR gene as a cause of human spontaneous embryo loss // Hum. Reprod. 2007. V. 22. P. 3249-3254.

64. Cambien F., Tiret L. Genetics of Cardiovascular Diseases From Single Mutations to the Whole Genome // Circulation. 2007. V. 116. P. 1714-1724.

65. Campbell I.G., Baxter S.W., Eccles D.M., Choong D.Y. Methylenetetrahydrofolate reductase polymorphism and susceptibility to breast cancer // Breast Cancer Res. 2002. V. 4. № 14. P. 268-274.

66. Carlini D.B., Genut J.E. Synonymous snps provide evidence for selective constraint on human exonic splicing enhancers // J. Mol. Evol. 2006. V. 62. P. 89-98.

67. Carlson C. S., Eberle M. A., Rieder M. J. et al. Additional SNPs and linkage-disequilibrium analyses are necessary for whole-genome association studies in humans // Nat. Genet. 2003 V. 33. P. 518-521.

68. Chakravarti A. Population genetics—making sense out of sequence // Nature Genetics. 1999. V. 21. P. 56 60.

69. Crawford D.C., Nickerson D.A. Definition and clinical importance of haplotypes // Annu. Rev. Med. 2005. V. 56 P. 303-320.

70. Collins A., Lau W., De La Vega F.M. Mapping genes for Common Diseases: The case for genetic (LD) maps // Human Heredity. 2004. V. 58. P. 2-9.

71. Collins A. Allelic association: Linkage disequilibrium structure and gene mapping // Mol. Biotechnol. 2009. V. 41. P. 83-89.

72. Daly M. J., Rioux J. D., Schaffner S. F. et al. High-resolution haplotype structure in the human genome // Nature. 2001. V. 29. P. 229-232.

73. De Bakker P.I.W., Yelensky R., Peer I., et al. Efficiency and power in genetic association studies // Nature genetics. 2005. V. 37. № 11. P. 12171223.

74. Debette S, Markus H S. The genetics of cervical artery dissection: a systematic review // Stroke. 2009. V. 40(6). P. 459-466.

75. Di Rienzo A. Population genetics models of common diseases // Curr. Opin. Genet. Dev. 2006. V. 16. P. 630-636.

76. Ding K., Kullo I.J. Evolutionary Genetics of Coronary Heart Disease // Circulation. 2009. V. 119. P. 459-467.

77. Eller E. Estimating relative population sizes from simulated data sets and the question of greater African effective size // Am. J. Phys. Anthropol. 2001. V. 116. P. 1-12.

78. Excoffier L. Human demographic history: refining the recent African origin Model // Curr. Opin. Genet. Dev. 2002.V. 12. P. 675-682.

79. Evans R., Shaten J., Hempel J., Cutler J. et al. Homocysteine and risk of cardiovascular disease in the Multiple Risk Factor Intervention Trial // Arterioscler. Thromb. Vase. Biol. 1997. V. 17. P. 1947-1953.

80. Evans D., Cardon L.R., A comparison of linkage disequilibrium patterns and estimated population recombination rates across multiple populations // Am. J. Hum. Genet. 2005. V. 76. P. 681-687.

81. Falchi A., Giovannoni L., Piras I.S., et al. Prevalence of genetic risk factors for coronary artery disease in Corsica island (France) // Exp. Mol. Pathol. 2005. V. 79(3). P. 210-213.

82. Fodinger M., Horl W.H., Sunder-Plassmann G. Molecular biology of 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase // J. Nephrol. 2000. V. 13. P. 20-33.

83. Freedman M.L., Reich D., Penney K.L. et al. Assessing the impact of population stratification on genetic association studies // Nat. Genet. 2004. V. 36. №4. P. 388-393.

84. Friedman G., Goldschmidt N., Friedlander Y. A common mutation A1298C in human methylenetetrahydrofolate reductase gene: association with plasma total homocysteine and folate concentrations // J Nutr. 1999. № 129. P. 1656-1661.

85. Freitas A.I., Mendon9a I., Guerra G. Methylenetetrahydrofolate reductase gene, homocysteine and coronary artery disease: the A1298C polymorphism does matter. Inferences from a case study (Madeira, Portugal) //Thromb. Res. 2008. V. 122(5). P. 648-656.

86. Frisse L., Hudson R. R, Bartoszewicz A. et al. Gene conversion and different population histories may explain the contrast between polymorphism and linkage disequilibrium levels // Am. J. Hum. Genet. 2001. V. 69. P. 831-843.

87. Frosst P., Blom H.J., Milos R., et al. A candidate genetic risk factor for vascular disease: a common mutation methylenetetrahydrofolate reductase // NatGenet. 1995. № 10. P. 111-113.

88. Fu Y. X. Statistical tests of neutrality of mutations against population growth, hitchhiking and background selection // Genetics. 1997. V. 147. P. 915-925.

89. Fu W., Dudman N., Perry M., Wang X. Homocysteinemia attenuates hemodynamic responses to nitric oxide in vivo // Atherosclerosis. 2002. V. 161 (1). P. 169-176.

90. Gabriel S.B., Schaffher S.F., Nguyen H. et al. The structure of haplotype blocks in the human genome // Science. 2002. V. 296. P. 2225-2229.

91. Gaughan D.J., Barbaux S., Kluijtmans L.A.J., Whitehead A.S. The human and mouse methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) genes: genomicorganization, mRNA structure and linkage to the CLCN6 gene // Gene. 2000. V. 257. P. 279-289.

92. Ghazouani L., Abboud N., Mtiraoui N., et al. Homocysteine and methylenetetrahydrofolate reductase C677T and A1298C polymorphisms in Tunisian patients with severe coronary artery disease // J. Thromb. Thrombolysis. 2009. V. 27. P. 191-197.

93. Girelli D., Martinelli N., Pizzolo F. et al. The interaction between MTHFR 677 С—>T genotype and folate status is a determinant of coronary atherosclerosis risk//J. Nutr. 2003. V. 133. P. 1281-1285.

94. Gonzalez-Neira A., Ke X., Lao O., et'al (2006) The portability of tagSNPs across populations: a worldwide survey // Genome Res. V. 16. P. 323-330.

95. Goyette P., Christensen В., Rosenblatt D.S., Rozen R. Severe and mild mutations in cis for the methylenetetrahydrofolate reductase {MTHFR) gene, and description of five novel mutations in MTHFR // Am. J. Hum. Genet. 1996. V. 59. P. 1268-1275.

96. Goyette P., Pai A., Milos R., et al. Gene structure of human and mouse methylenetetrahydrofolate reductase // Mammalian Genome. 1998. V. 9. P. 652-656.

97. Graham I.M., Daly L.E., Refsum H.M. et al. Plasma homocysteine as a risk factor for vascular disease // The European Concerted Action Project. JAMA. 1997. V. 277. P. 1775-1781.

98. Gu S., A. J. Pakstis, H. Li ey al. Significant variation in haplotype block structure but conservation in tagSNP patterns among global populations // European Journal of Human Genetics*. 2007.15: 302-312.

99. Guerzoni A.R., BiselliP.M., de GodoyM.F. et al. Homocysteine and MTHFR and VEGF Gene Polymorphisms: Impact on Coronary Artery Disease // Arq. Bras. Cardiol. 2009. V. 92(4). P. 249-254.

100. Haggarty P., Campbell D.M., Duthie S. et al., Folic acid use in pregnancy and embryo selection // BJOG. 2008. V. 115(7). P. 851-856.

101. Halperin E., Kimmel G., Shamir R. Tag SNP Selection in Genotype Data for Maximizing SNP Prediciton Accuracy // Bioinformatics. 2005. V. 21. P. 195-203.

102. Halushka M.K., Fan J., Bentley K. et al., Patterns of single-nucleotide polymorphisms in candidate genes for blood-pressure homeostasis // Nature Genetics. 1999. V. 22. P. 239-247.

103. Hankey G.J., Eikelboom J.W. Homocysteine and vascular disease // Lancet. 1999. V. 354. P. 407-413.

104. Hao K. Genome-wide selection of tag SNPs using multiple-marker correlation//Bioinformatics. 2007. V. 23(23). P. 3178-3184.

105. Harmon D.L., Woodside J.V., Yarnell J.W. et al. The common 'thermolabile' variant of methylenetetrahydrofolate reductase is a major determinant of mild hyperhomocysteinaemia // QJM. 1996. V. 89. P. 571— 577.

106. Herrmann S., Paul M. Studying genotype-phenotype relationships: cardiovascular disease as an example // J. Mol. Med. 2002. V. 80. P. 282289.

107. Hsu L.A., Ко Y.L., Wang S.M. et al. The C677T mutation of the methylenetetrahydrofolate reductase gene is not associated with the risk ofcoronary artery disease or venous thrombosis among Chinese in Taiwan // Hum Hered. 2001. V. 51(1-2). P. 41-45.

108. Jaaskelainen E., Keski-Nisula E., Toivonen S. et al. MTHFR C677T polymorphism is not associated with placental abruption or preeclampsia in Finnish women // Hypertens. Pregnancy. 2006. V. 25. N 2. P. 73-80.

109. Jacques P.F., Bostom A.G., Williams R.R. et al. Relation between folate status, a common mutation in methylenetetrahydrofolate reductase, and plasma homocysteine concentrations // Circulation. 1996. V. 93. P. 7-9.

110. Jakubowski H. The pathophysiological hypothesis of homocysteine thiolactone-mediated vascular disease // J. Phys. Pharm. 2008. V. 59 (19). P. 155-167.

111. Jeffreys A.J., Neumann R. Factors influencing recombination frequency and distribution in a human meiotic crossover hotspot // Hum. Mol. Genet. 2005. V. 14. P. 2277-2287.

112. Jeffreys A.J., Kauppi L., Neumann R. Intensely punctuate meiotic recombination in the class II region of the major histocompatibility complex // Nat. Genet. 2001. V. 29. P. 217-222.

113. Johns M., Paulus-Thomas J. Purification of human genomic DNA from whole-blood using sodium perchlorate in place of phenol // Anal. Biochem. 1989. - Vol. 180. - № 2. - P. 276-278.

114. Johnson G.C., Esposito L., Barratt B.J. et al. Haplotype tagging for the identification of common disease genes // Nat Genet. 2001. V. 29. P. 233237.

115. Johnson G.C., Todd J.A. Strategies in complex disease mapping // Curr. Opin. Genet.Dev. 2000. V. 10. № 3. P. 330-334.

116. Jordanides N., Eskdale J., Stuart R., Gallagher, G. Allele associations reveal four prominent haplotypes at the human interleukin-6 (IL-6) locus // Genes Immun. 2000. V. 1. P. 451^155.

117. Kerkeni M., Addad F., Chauffert M. et al. Hyperhomocysteinaemia, methylenetetrahydrofolate reductase polymorphism and risk of coronary artery disease // Ann. Clin. Biochem. 2006. V. 43. P. 200-206.

118. Kidd K.K. A global survey of haplotype frequencies and linkage disequilibrium at the DRD2 locus // Hum. Genet 1998. V. 103. P. 211-227.

119. Kidd K.K., Kidd J.R. Human genetic variation of medical significance. Evolution in Health and Disease. New York: Oxford University Press, 2008. 363 p.

120. Kidd, K.K., Pakstis A.J., Speed W.C., Kidd J.R. Understanding Human DNA Sequence Variation // Journal of Heredity. 2004. V. 95(5). P. 406420.

121. Khan. M., Jamil K. Study on the conserved and the polymorphic sites of MTHFR using bioinformatics approaches // Trends in bioinformatics. 2008. V. l.P. 7-17.

122. Klerk M., Verhoef P., Clarke R. et al. MTHFR Studies Collaboration Group. MTHFR 677C—>T polymorphism and risk of coronary heart disease: a meta-analysis // JAMA. 2002. V. 288. P. 2023-2031.

123. Kluijtmans LA, Wendel U, Stevens EM. et al. Identification of four novel mutations in severe methylenetetrahydrofolate reductase deficiency // Eur. J. Hum. Genet. 1998. V. 6. P. 257-265.

124. Kong A., Gudbjartsson D.F., Sainz J. et al. A high-resolution recombination map of the human genome // Nat. Genet. 2002. V. 31. P. 241-247.

125. Kruglyak L. Prospects for whole-genome linkage disequilibrium mapping of common disease genes // Nat. Genet. 1999. V. 22. P. 139-144.

126. Kruglyak L., Nickerson D. A. Variation is the spice of life // Nature Genet. 2001. V. 27. P. 234-236.

127. Lai. E. Application of SNP Technologies in Medicine: Lessons Learned and Future Challenges // Genome Res. 2001. V. 11. P. 927-929.

128. Laraqui A., Allami A., Carrie A., et al. Relation between plasma homocysteine, gene polymorphisms of homocysteine metabolism-related enzymes, and angiographically proven coronary artery disease // Eur. J. Intern. Med. 2007. V. 18(6). P. 474-483.

129. Leclerc D., Sibani S., Rozen R. Molecular Biology of Methylenetetrahydrofolate Reductase {MTHFR) and Overview of Mutations/Polymorphisms //Landes Bioscience. 2004. V. 1. P. 153-164.

130. Li W.H., Ellsworth D.L., Krushkal J. et al. 1996. Rates of nucleotide substitution in primates and rodents and the generation-time effect hypothesis //Mol. Phylogenet. Evol. V. 5. P. 182-187.

131. Libby P., Theroux P. Pathophysiology of Coronary Artery Disease // Circulation. 2005. V. 111. P. 3481-3488.

132. Lin P.T., Huang M.C., Lee B.J. et al. High plasma homocysteine is associated with the risk of coronary artery disease independent of methylenetetrahydrofolate reductase 677C~>T genotypes // Asia Рас. J. Clin. Nutr. 2008. V. 17. № 2. P. 330-338.

133. Liskova P., Hysi P.G., Williams D., et al. Study of p.N247S KERA mutation in a British family with cornea plana // Molecular Vision. 2007. V. 13. P. 1339-13347.

134. Majors A., Ehrhart L., Pezacka E. Homocysteine as a risk factor for vascular disease. Enhanced collagen production and accumulation by smooth muscle cells // Arterioscler Thromb Vase Biol 1997. V. 17. P. 2074-2081.

135. Malinow M., Nieto F., Szklo M. et al. Carotid artery intimal-medial wall thickening and plasma homocysteine in asymptomatic adults // Circulation. 1993. V. 87. P. 1107-1113.

136. Mao R., Fan Y., Chen F. et al. Methylenetetrahydrofolate reductase gene polymorphisms in 13 Chinese ethnic populations // Cell Biochem. Funct. 2008. V. 26. P. 352-358.

137. Martin Y.N., Salavaggione O.E., Eckloff B.W. Human methylenetetrahydrofolate reductase pharmacogenomics: gene resequencing and functional genomics // Pharmacogenetics and Genomics. 2006. V. 16. P. 265-277.

138. Martin Y.N., Olson J.N., James N. et al. Methylenetetrahydrofolate Reductase Haplotype Tag Single-Nucleotide Polymorphisms and Risk of Breast Cancer // Cancer Epidemiol. Biomarkers. Prev. 2006. V. 15(11). P. 2322-2324.

139. Mayor-Olea A., Callejon G., Palomares A.R et al. Human genetic selection on the MTHFR 677C>T polymorphism // BMC Med. Genet. 2008. V. 9. P. 104.

140. McCarthy M. I., Abecasis G. R., Cardon L. R. et al. Genome-wide association studies for complex traits: Consensus, uncertainty and challenges //Nature Reviews. 2008. V. 9. P. 356-369.

141. McCully K.S. Vascular pathology of homocysteinemia: implications for the pathogenesis of arteriosclerosis // Amer. J. Pathology. 1969. - Vol. 56. -P. 111-128.

142. Melo S.S., Persuhn D.C., Meirelles N. et al. G1793A polymorphisms in the methylenetetrahydrofolate gene: Effect of folic acid on homocysteine levels // Mol. Nutr. Food Res. 2006. V. 50. P. 769 774.

143. Mohammad A., Syed A., Narang R. et al. Husain Association of polymorphism in the thermolabile 5, 10-methylenetetrahydrofolate reductase gene and hyperhomocysteinemia with coronary artery disease // Mol. Cell Biochem. 2008. V.310. P. 111-117.

144. Morita H., Kurihara H., Tsubaki S. et al. Methylenetetrahydrofolate reductase gene polymorphism and ischemic stroke in Japanese // Arterioscler. Thromb. Vase. Biol 1998. V. 18. P. 1465-1469.

145. Mukherjee M., Joshi S., Bagadi S. et al. A low prevalence of the C677T mutation in the methylenetetrahydrofolate reductase gene in Asian Indians // Clin. Genet. 2002. V. 61. P. 155-159.

146. Muniz M.T., SiqueiraE.R., FonsecaR.A. et al. Evaluation of MTHFR C677X Gene Polymorphism and Homocysteine Level in Coronary Atherosclerotic Disease. Arq. Bras. Endocrinol. Metab. 2006. V. 50. P. 1059-1065.

147. Nabel E. Cardiovascular disease // N. Engl. J. Med. 2003. V. 349. P. 60-72.

148. Nakai K., Itoh C., Nakai K. et al. Correlation between C677T MTHFR gene polymorphism, plasma homocysteine levels and the incidence of CAD // Am. J. Cardiovasc. Drugs. 2001. V. 1(5). P. 353-361.

149. Nesse R.M., Stearns S.C., Omenn G.S. Medicine needs evolution // Science. 2006 V. P. 311-317.

150. Nygard O., Vollset S.E., Refsum H. et al. Total plasma homocysteine and cardiovascular risk profile. The Hordaland Homocysteine Study // JAMA. 1995. V. 274. P. 1526-1533.

151. Nygard О., Nordrehaug J.E., Refsum H. et al. Plasma homocysteine levels and mortality in patients with coronary artery disease // N. Engl. J. Med. 1997. V. 1337. P. 230-236.

152. Olivieri O., Friso S., Trabetti E. et al. Homocysteine and atheromatous renal artery stenosis // Clin. Exp. Med. 2001. V. 1. P. 211-218.

153. Oota H., Pakstis A J., Bonne-Tamir B. et al. The evolution and population genetics of the ALDH2 locus: random genetic drift, selection, and low levels of recombination // Ann. Hum. Genet. 2004. V. 68. P.93-109.

154. Oota H., Pakendorf В., Weiss G. et al. Recent origin and cultural reversion of a Hunter-gatherer group // PLoS Biology. 2005. V. 3. P. 536-542.

155. Patil N., Berno A.J., Hinds D.A. et al. Blocks of limited haplotype diversity revealed by high-resolution scanning of human chromosome 21 // Science. 2001. V. 294. P. 1719-1723.

156. Patin E., G. Laval, L. Barreiro et al. Inferring the Demographic History of African Farmers and Pygmy Hunter-Gatherers Using a Multilocus Resequencing Data Set // PLoS Genetics. 2009. V. 5(4). P.

157. Perry I.J., Refsum H., Moms R.W. et al. Prospective study of serum total homocysteine concentration and risk of stroke in middle-age British men // Lancet. 1995. V. 346. P. 1395-1398.

158. Petterson F.H. et al. Marker selection for genetic case-control association studies // Nature Protocols. V. 4. № 5. 2009. P. 743-452.

159. Phillips M. S. Chromosome-wide distribution of haplotype blocks and the role of recombination hot spots // Nature Genet. 2003. V. 33. P. 382-387.

160. Pritchard J.K. Are rare variants responsible for susceptibility to complex diseases? //Am. J. Hum. Genet. 2001. V. 69. P. 124 -137.

161. Przeworski M. The signature of positive selection at randomly chosen loci // Genetics. 2002. V. 160. P. 1179-1189.

162. Rana N.A., Ebenezer N.D., Webster A.R. et al. Recombination hotspots and block structure of linkage disequilibrium in the human genome exemplified by detailed analysis of PGM1 on lp31 // Human Molecular Genetics. 2004. V. 24. P. 3089-3102.

163. Ramirez-Soriano A., Ramos-Onsins S.E., Fra J.R. et al. Statistical Power Analysis of Neutrality Tests Under Demographic Expansions, Contractions and Bottlenecks With Recombination // Genetics. 2008. V. 179. p. 555-567.

164. Rassoul F., Richter V., Hentschel В., ey al. Plasma homocysteine levels and 677CT methylenetetrahydrofolatereductase gene polymorphism in patients with coronary artery disease of different severity // Indian. J. Med. Res. V. 127. 2008. P. 154-158.

165. Reich D.E., Cargill M., Bolk S. et al. Linkage disequilibrium in the human genome // Nature. 2001. V. 411. P. 199-204.

166. Reich D.E., Lander E.S. On the allelic spectrum of human disease // Trends Genet. 2001. V. 17. P. 502-510.

167. Rosenberg N.A. et al. Genetic structure of human populations // Science. 2002. V. 298. P. 2381-2385.

168. Ross R. Atherosclerosis: an inflammatory disease // N. Engl. J. Med. 1999. V. 340. P. 115-126.

169. Rozen R. .Genetic modulation of homocysteinemia // Semin. Thromb. Hemost. 2000. V. 26. P. 255-261.

170. Rozen R. Genetic predisposition to hyperhomocysteinemia: deficiency of methylenetetrahydrofolate reductase {MTHFR) II Thromb. Haemost. 1997. V. 77. P. 523-526.

171. Sarecka-Hujar В., Zak I., Krauze J. Carrier-state of two or three polymorphic variants of MTHFR, IL-6 and 1С AMI genes increases the risk of coronary artery disease // Kardiologia Polska. 2008. V. 66. № 12. P. 1369-1277.

172. Sabeti P. C., Reich D. E., Higgins J. M. et al. Detecting recent positive selection in the human genome from haplotype structure // Nature. 2002. V. 419. P. 832-837.

173. Sawyer S.L., Mukherjee N., Pakstis A.J. et al. Linkage disequilibrium patterns vary substantially among populations // Eur. J. Hum. Genet. 2005. V. 13. P. 677-686.

174. Schaid D.J. Linkage Disequilibrium Testing When Linkage Phase Is Unknown // Genetics. 2004. V. 166. P. 505-512.

175. Service S., Sabatti C., Freimerl N. Tag SNPs Chosen From НарМар Perform Well in Several Population Isolates // Genetic Epidemiology. 2007. V. 31. P. 189-194.

176. Shifman S., Kuypers J., Kokoris M., et al. Linkage disequilibrium patterns of the human genome across populations // Human Molecular Genetics. 2003. V. 7. P. 771—776.

177. Slatkin M. Linkage disequilibrium — understanding the evolutionary past and mapping the medical future // Genetics. 2008. V. 9. P. 477-485.

178. Song C.M., Yeo B.H., Tantoso E. et al. iHAP integrated haplotype analysis pipeline for characterizing the haplotype structure of genes // Bioinformatics. 2006. № 7. P. 525.

179. Spiroski I., Kedev S., Antov S. et al. Association of Methylenetetrahydrofolate Reductase (MTHFR-611 and MTHFR-ИЩ Genetic Polymorphisms with Occlusive Artery Disease and Deep Venous Thrombosis in Macedonians // Croat Med J. 2008. V. 49. P. 39-49.

180. Stamler J.S., Loscallzo J. Endothelium-derived relaxing factor modulates the atherothrombogenic effects of homocysteine // J. Cardiol. Pharmacol. 1992. V. 12. P. 202-204.

181. Stampfer M.J., Malinow M.R., Willett W.C. et al. A prospective study of plasma homocysteine and risk of myocardial infarction in US physicians // JAMA. 1992. V. 268. P. 877-881.

182. Stumpf M.P.H. Haplotype diversity and the block structure of linkage disequilibrium // Trends Genet. 2002 V. 18. P. 226-228.

183. Stiihlinger M.C., Oka R.K., Graf E.E. et al. Endothelial dysfunction induced by hyperhomocyst(e)inemia: role of asymmetric dimethylarginine // Circulation. 2003. V. 108. P. 933-938.

184. Szczeklik A., Sanak M., Jankowski M. et al. Mutation A1298C of Methylenetetrahydrofolate Reductase: Risk for Early Coronary Disease Not Associated With Hyperhomocysteinemia // American Journal of Medical Genetics. 2001. V. 101. P. 36-39.

185. Su S.J., Huang L.W., Pai L.S. et al. Homocysteine at pathophysiological concentrations activates human monocyte and induces cytokine expression and inhibits macrophage migration inhibitory factor expression // Nutrition. 2005. V. 21. P. 994-1002.

186. Tajima F. Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism // Genetics. 1989. V. 123. P. 585-595.

187. Tan E.C., Chong S.A., Lim L.C. et al. Genetic analysis of the tliermolabile methylenetetrahydrofolate reductase variant in schizophrenia and mood disorders // Psychiatr. Genet. 2004. V. 14. P. 227-231.

188. Tawakol A., Forgione M., Stuehlinger M. et al. Homocysteine impairs coronary microvascular dilator function in humans // JACC. 2002. V. 40 (6). P. 1051-1058.

189. Taymaz H., Erarslan S., Oner E.T., et al. Sequence variations within the genes related to hemostatic imbalance and their impact on coronary artery disease in Turkish population // Thromb. Res. 2007. V.l 19(1). P. 55-62.

190. Templeton A.R. Out of Africa again and again // Natur. 2002. V. 416. P. 4551.

191. Templeton A.R., Clark A.G., Weiss K.M. et al. Recombination and Mutation at the LPL Locus // American Journal of Human. 2000. Genetics. V. 66. P. 69-83.

192. Tenesa A., Navarro P., Hayes B.J. et al. Recent human effective population size estimated from linkage disequilibrium // Genome Res. 2007. V. 17(4). P. 520-526.

193. Tishkoff S.A. and Verrelli B.C. Patterns of human genetic diversity: Implications for Human Evolutionary History and Disease // Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2003. V. 4. P. 293-340.

194. Tishkoff, S.A. and S.M. Williams. Genetic Analysis of African populations: Human evolution and complex disease // Nature Reviews Geneti. V. 3(8). P. 611-621.

195. The International НарМар Consortium. A haplotype map of the human genome // Nature. 2005. V. 437. P. 1299-1320.

196. The International НарМар Consortium. A second generation* human haplotype map of over 3.1 million SNPs // Nature. 2007. V. 449. P. 851862.

197. The International НарМар Consortium. The International НарМар Project // Nature. 2003. V. 426. P. 789-796.

198. Trabetti E. Homocysteine, MTHFR gene polymorphisms, and cardio-cerebrovascular risk // J. Appl. Genet. 2008 - Vol. 49(3). - P. 267-282.

199. Tran P., Leclerc D., Chan M. et al. Multiple transcription start sites and alternative splicing in the methylenetetrahydrofolate reductase gene result in two enzyme isoforms // Mamm Genome 2002. V. 13 P. 483^192.

200. Tsai J.C., Perrella M.A., Yoshizumi M. et al. Promotion of vascular smooth muscle cell growth by homocysteine: a link to atherosclerosis // Proc Natl Acad Sci USA. 1994. V. 91. P. 6369-6373.

201. Ueland P.M., Hustad S., Schneede J. et al. Biological and clinical implications of the MTHFR C677T polymorphism 11 Trends Pharmacol. Sci. 2001. V. 22. P. 195-201.

202. Verhoef P., Meleady R., Daly L.E. et al. Homocysteine, vitamin status and risk of vascular disease // Eur. Heart J. 1999. - Vol. 20. - P. 1234-1244.

203. Vinukonda G., Shaik Mohammad N., Md. Nurul Jain. J., Genetic and environmental influences on total plasma homocysteine and coronary artery disease (CAD) risk among South Indians // Clin. Chim. Acta. 2009. V. 405(1-2). P. 127-131.

204. Voutilainen S., Alfthan G., Nyyssonen K. et al. Association between elevated plasma total homocysteine and increased common carotid artery wall thickness // Ann. Med. 1998. V. 30. P. 300-306.

205. Wald D.S., Law M., Morris J.K. Homocysteine and cardiovascular disease: evidence on causality from a meta-analysis // BMJ. 2002. V. 325. P. 1202206.

206. Wall J. D., Pritchard J. K. Haplotype blocks and linkage disequilibrium in the human genome // Nature Rev. Genet. 2003. V. 4. P. 587-597.

207. Wanby P., Brattstrom L., Brudin L. et al. Asymmetric dimethylarginine and total homocysteine in plasma after oral methionine loading // Scand. J. Clin. Lab. Invest. 2003. V. 63. P. 347-353.

208. Wang G. Homocysteine stimulates the expression of monocyte chemoattractant protein-1 receptor (CCR2) in human monocytes: possible involvement of oxygen-free radicals // Biochem. J. 2001. V. 357. P. 233240.

209. Wang G., Siow Y.L. Homocysteine induces monocyte chemoattractant protein-1 expression by activating NF-kappa В in THP-1 macrophages // Am. J. Physiol. Heart Circ. Physiol. 2001. V. 280. P. 2840-2847.

210. Wang N., Akey J. M., Zhang K., et al. Distribution of recombination crossovers and the origin of haplotype blocks: the interplay of population history, recombination, and mutation // Am. J. Hum. Genet. 2002. V. 71. P. 1227-1234.

211. Wang W.Y., Barratt B.J., Clayton D.G., Todd J.A. Genome-wide association studies: theoretical and practical concerns // Nat. Rev. Genet. 2005. V. 6. P. 109-118.

212. Watkins H., Farrall M. Genetic susceptibility to coronary artery disease: from promise to progress // Nat Rev Genet. 2006. V. 7. P. 163-173.

213. Watterson G. A. On the number of segregating sites in genetical models without recombination // Theor. Popul. Biol. 1975. V. 7. P. 256-276.

214. Weisberg I., Tran P., Christensen B. et al. A second genetic polymorphism in methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) associated with decreased enzyme activity // Mol. Genet. Metab. 1998. V. 64. P. 169-172.

215. Weisberg I.S., Jacques P.F., Selhub J. et al. The 1298A->C polymorphism in methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR): in vitro expression and association with homocysteine // Atherosclerosis. 2001. V. 156. P. 409—415.

216. Wilcken D.E., Wang X., Sim A., McCredie R. Distribution in healthy and coronary populations of the methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR)

217. С677Т mutation // Arterioscleros. Thrombos. Vase. Biol. 1996. V. 16. P. 878-882.

218. Wilcken D.E., Wilcken B. The pathogenesis of coronary artery disease. A possible role for methionine metabolism // J. Clin. Invest. 1976. V. 57. P. 1079-1082.

219. Welch G.N., Upchurch G.R. Jr., Loscalzo J. Homocysteine, oxidative stress and vascular disease // Hosp. Pract. 1997. V. 32. P. 81-92.

220. Williams G.C., Nesse R.M. The dawn of Darwinian medicine // Q. Rev. Biol. 1991. V. 66. P. 1-22.

221. Wollstein A., Herrmann A., Wittig M. et al. Efficacy assessment of SNP sets for genome-wide disease association studies // Nucleic Acids Research. 2007. V. l.P. 2-10.

222. Wu R., Ma C., Casella G. Joint linkage and linkage disequilibrium mapping of quantitative trait loci in natural populations // Genetics. 2002. V. 160. P. 779-792.

223. Wu A.H., Tsongalis G.J. Correlation of polymorphisms to coagulation and biochemical risk factors for cardiovascular diseases // Am. J. Cardiol. 2001. V. 15. №87(12). P. 1361-1366.

224. Zhang K., Qin Z., Chen T. et al. HapBlock: haplotype block partitioning and tag SNP selection software using a set of dynamic programming algorithms //Bioinformatics. 2005. V. 21. P. 131-134.

225. Zhang K., Qin Z., Liu J. et al. Haplotype block partitioning and tag SNP selection using genotype data and their applications to association studies // Genome Research. 2004. V. 14. P. 908-916.

226. Zhang R.J., Li X., Jiang Y.S. et al. Novel strategies to mine alcoholism-related haplotypes and genes by combining existing knowledge framework // Science in China Series. 2009. V. 52 № 2. P. 163-172.

227. Zhao H., Nettleton D., Dekkers, J. С. M. Evaluation of linkage disequilibrium measures between multiallelic markers as predictors of linkage disequilibrium between single nucleotide polymorphisms // Genet. Res. 2007. V. 89. P. 1-6.

228. Zieske A.W., Malcom G.T., Strong J. P. Natural history and factors of atherosclerosis in children and young: the PDAY study // Pediatr. Patol. Mol. Med. 2002. V. 21. № 2. P.213-237.

229. Zuntar I., Topic E., Vukosavic D. et al. Croatian population data for the C677T polymorphism in methylenetetrahydrofolate reductase: frequencies in healthy and atherosclerotic study groups // Clin. Chim. Acta. 2003. V. 335(1-2). P. 95-100.