Создание и изучение биологических свойств кандидатных ДНК-вакцин против ВИЧ тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.04, кандидат биологических наук Мурашев, Борис Владимирович

• Мурашев, Борис Владимирович
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Мурашев, Борис Владимирович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1.1. Особенности развития ВИЧ-инфекции и возможность создания вакцины против ВИЧ-1.

1.1.1. Развитие ВИЧ-инфекции и уход вируса из под иммунной атаки.

1.1.2. Перспективность вакцинирования против ВИЧ-инфекции.

1.1.3. Значимость ЦТЛ-ответа при вакцинации против ВИЧ-инфекции.

1.1.4. Значимость IgG-ответа при вакцинации против ВИЧ-инфекции.

1.1.5. Значимость хелперного ответа, опосредованного CD4+ Т-лимфоцитами, при вакцинации против ВИЧ-инфекции.

1.2. ДНК-вакцины.

1.2.1. Структура и отдельные элементы ДНК-вакцины.

1.2.2. Потенциальные преимущества ДНК-вакцин перед традиционными подходами.

1.2.3. Экспрессия и презентация антигена, специфика иммунного ответа.

1.2.4. Эффективность трансформации и возможность интеграции в геном.

1.2.5. Самоадъювация ДНК-вакцин за счет CpG последовательностей.

1.2.6. Иммунологическое усиление ДНК-вакцин.

1.3. ДНК-вакцины против ВИЧ-1.

1.3.1. Возможность создания субтипической и субтип-независимой вакцины.

1.3.2. ДНК-вакцина как прайм при иммунизации.

1.3.3. Доклинические и клинические испытания ДНК-вакцин против ВИЧ-инфекции, проводящиеся в мире.

1.4. Методы очистки ДНК-вакцин и стандарты их качества.

1.4.1. Различные методы очистки ДНК-вакцин.

1.4.2. Контроль качества препаратов ДНК-вакцин.

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

2.1. Методы генно-инженерных манипуляций с ДНК.

2.1.1. Плазмидные ДНК, использованные в работе.

2.1.2. Реакции ферментативной модификации ДНК.

2.1.2.1. Полимеразная цепная реакция.

2.1.2.2. Реакция рестрикции плазмидной ДНК.

2.1.2.3. Реакция обработки ДНК-полимеразой фага Т4 (Т4 ДНКпол).

2.1.2.4. Реакция обработки ДНК щелочной фосфотазой из кишечника теленка (CIAP).

2.1.2.5. Реакция лигирования фрагментов ДНК.

2.1.2.6. Реакция ферментативного секвенирования ДНК.

2.1.3. Электрофорез нуклеиновых кислот.

2.1.3.1. Аналитический электрофорез ДНК в агарозном геле.

2.1.3.2. Препаративный электрофорез ДНК и выделение ДНК из агарозного геля.

2.1.3.3. Электрофорез РНК в денатурирующих условиях.

2.1.4. Микробиологические методы.

2.1.4.1. Приготовление компетентных клеток E.coli для трансформации.

2.1.4.2. Трансформация клеток Е. coli.

2.1.4.3. Скрининг рекомбинантных клонов на наличие искомой плазмидной ДНК.

2.1.4.4. Масштабное культивирования клеток E.coli - продуцентов плазмидных ДНК-вакцин.

2.2. Очистка нуклеиновых кислот.

2.2.1. Выделение плазмидной ДНК из клеток E.coli.

2.2.2. Очистка ДНК между ферментативными реакциями.

2.2.3. Концентрирование нуклеиновых кислот.

2.2.4. Очистка плазмидной ДНК в градиенте плотности хлористого цезия с бромистым этидием.

2.2.5. Хроматографическая очистка плазмидной ДНК.

2.2.6. Выделение тотальной РНК из трансформированных культур клеточных линий.

2.3. Контроля качества препаратов плазмидных ДНК.

2.3.1. Определение содержания суперскрученной формы плазмид.

2.3.2. Определение содержания РНК в препаратах плазмидных ДНК.

2.3.3. Определение содержания хромосомной ДНК E.coli в препаратах плазмидных ДНК.

2.3.3.1. Подготовка проб к анализу.

2.3.3.2. Перенос и иммобилизация ДНК на фильтрах.

2.3.3.3. Получение специфического меченого зонда.

2.3.3.4. Проведение гибридизации ДНК.

2.3.4. Определение спектрофотометрических показателей препаратов плазмидных ДНК и РНК.

2.3.5. Определение содержания белка в препаратах плазмид.

2.3.6. Определение содержания эндотоксинов в препаратах плазмид.

2.3.7. Методы идентификации плазмид.

2.3.8. Определение стерильности препаратов плазмид.

2.4. Анализ экспрессии генов ВИЧ-1 in vitro.

2.4.1. Культуральные методы.

2.4.1.1. Линии клеток, среды и условия культивирования.

2.4.1.2. Трансформация клеток млекопитающих.

2.4.1.3. Определение эффективности трансформации с помощью проточного цитофлуориметра.

2.4.2. Northern-гибридизация.

2.4.2.1. Перенос и иммобилизация препаратов РНК на фильтрах.

2.4.2.2. Получение специфических меченых зондов.

2.4.2.3. Проведение гибридизации РНК.

2.4.3. Иммуноблотинг.

2.4.3.1. Получение образцов.

2.4.3.2. Электрофорез белков в ПААГ.

2.4.3.3. Перенос препаратов белков на фильтр.

2.4.3.4. Проведение иммунологического окрашивания белков.

2.4.4. Анализ экспрессии гена nef с помощью проточного цитофлуориметра.

2.5. Иммунологические методы исследования.

2.5.1. Иммунизация мышей и забор иммунологических проб.

2.5.2. Анализ специфической активности ЦТЛ.

2.5.2.1. Выделение эффекторных лимфоцитов.

2.5.2.2. Цитотоксический анализ с использованием набора CytoTox 96.

2.5.2.3. Цитотоксический анализ с использованием проточного цитофлуориметра.

2.5.3. Анализ CD8+- спленоцитов иммунизированных мышей.

2.5.4. Анализ CD4+- спленоцитов иммунизированных мышей.

2.5.5. Иммуноферментный анализ (ИФА).

2.5.6. Анализ неспецифической стимуляции лимфоцитов мыши плазмидной ДНК in vitro.

2.6. Обработка результатов и статистический анализ данных.

3. РЕЗУЛЬТАТЫ.

3.1. Создание плазмидного экспрессионного вектора рВМС.

3.2. Создание плазмид на основе вектора рВМС.

3.3. Очистка плазмидных ДНК.

3.3.1. Хроматографическая очистка плазмидных ДНК.

3.3.2. Контроль качества плазмидных ДНК.

3.4. Изучение свойств полученных плазмид in vitro.

3.4.1. Анализ экспрессии генов ВИЧ-1 in vitro.

3.4.2. Неспецифическая стимуляция лимфоцитов мыши плазмидами in vitro.

3.5. Результаты лабораторных иммунологических испытаний препаратов кандидатных ДНК-вакцин.

3.5.1. Результаты сравнительнх испытаний ДНК вакцин на основе вектора рВМС и других векторов, полученных соисполнителями Биомедицинского центра по данной тематике.

3.5.2. Результаты иммунологических испытании ДНК-вакцин несущих гены ВИЧ-1 субтипа В.

3.5.3. Некоторые результаты доклинических испытаний кандидатных ДНК-вакцин несущих гены ВИЧ-1 субтипа А.

4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.

4.1. Создание плазмидного экспрессионного вектора рВМС и серии плазмидных ДНК-вакцин.

4.2. Оптимизация штамма-продуцента.

4.2. Очистка плазмидных ДНК-вакцин.

4.3. Свойства кандидатных ДНК-вакцин в системе in vitro.

4.4. Изучение иммунологических свойств кандидатных ДНК-вакцин на мышах.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Создание и изучение биологических свойств кандидатных ДНК-вакцин против ВИЧ»

Актуальность проблемы.

В России и других странах бывшего СССР в настоящее время эпидемия ВИЧ-инфекции находится в стадии перехода от концентрированной, в среде инъекционных наркопотребителей, к генерализованной, т.е. распространяющейся среди людей, не принадлежащих к обособленным группам риска. Как было показано в нашей и других лабораториях, уровень генетического разнообразия ВИЧ-1 в странах СНГ и темпы его роста являются самыми низкими в мире [138, 156]. Таким образом, полученная в лаборатории биомедицинского центра полная нуклеотидная последовательность генома ВИЧ-1 доминирующего на территории России и стран СНГ субтипа A (00UA0116) является основой для создания отечественной вакцины против ВИЧ-инфекции.

ДНК-вакцины являются новым методом вакцинации, основанным на введении ДНК, кодирующей антигены патогена и обеспечивающей их экспрессию в клетках иммунизированного организма. Имитируя вирусную инфекцию и не являясь таковой в действительности, данный подход инициирует развитие полноценного, преимущественно опосредованного Т-клетками иммунного ответа [75]. Применение гетерологичной системы праймирования и бустирования с использованием различных векторов доставки одного и того же иммуногена стимулирует как Т-клеточное, так и гуморальное звено иммунного ответа. При этом многими авторами показано, что использование ДНК-вакцин при праймировании является перспективным и целесообразным [188].

Существует общепризнанное мнение, что профилактическая вакцина против ВИЧ-инфекции должна индуцировать специфический Т-клеточный и, возможно, гуморальный иммунный ответ. При этом в связи с высоким генетическим разнообразием ВИЧ-1 в мире считается, что создание кандидатных вакцин против ВИЧ/СПИД целесообразно проводить на основе субтипов ВИЧ-1, доминирующих в регионе, для которого эти вакцины предназначены [103].

Цели и задачи исследования.

Целью данного исследования является создание кандидатных ДНК-вакцин против ВИЧ и изучение их биологических свойств.

Задачи исследования:

1. Осуществление молекулярного дизайна плазмидного вектора и разработка серии плазмидных кандидатных ДНК-вакцин против ВИЧ-инфекции.

2. Изучение экспрессионных и адъювантных возможностей кандидатных ДНК-вакцин в системе in vitro.

3. Определение способности ДНК-вакцин вызывать различные формы иммунного ответа у мышей.

Научная новизна работы.

Впервые был получен отечественный препарат кандидатной ДНК-вакцины против ВИЧ-инфекции, несущий фрагменты генов российского штамма ВИЧ-1 субтипа А, и всесторонне изучены его биологические свойства. Разработанная оригинальная векторная система обеспечивает эффективную экспрессию антигенов и адъювантность кандидатных ДНК-вакцин в системе in vitro. Модификация последовательности гена nef штамма ВИЧ-1 доминирующего субтипа А российского изолята увеличивает уровень его экспрессии по отношению к природному. Показана активация ВИЧ-специфического иммунного ответа при внутримышечной вакцинации мышей кандидатными ДНК-вакцинами, а также образование клеток иммунологической памяти.

Научно-практическое значение работы.

Данные проведенного исследования представляют собой часть работы по созданию профилактической вакцины против ВИЧ-инфекции, проводимой в ННИУ «Биомедицинский центр», ФГУП "ГосНИИ особо чистых биопрепаратов ФМБА России" и СПбГУ. В ходе работы созданы генно-инженерные конструкции и кандидатные вакцины против ВИЧ/СПИД. Включение в конструкции последовательностей фрагментов генов штамма ВИЧ-1 субтипа А, доминирующего на территории России и стран СНГ, делает перспективным дальнейшие испытания и применение полученных кандидатных вакцин в данном регионе. Проведено всестороннее изучение биохимических, биологических и иммунологических свойств данного препарата. Доклинические испытания, осуществленные в лабораториях ННИУ "Биомедицинский центр" и ФГУП "ГосНИИ особо чистых биопрепаратов ФМБА России", показали, что новая вакцина не токсична, не вызывает аллергических реакций, безопасна, апирогенна и не обладает раздражающим действием. Эффективная активация ВИЧ-специфического Т-клеточного иммунного ответа и образование клеток иммунологической памяти при вакцинации мышей, выявленные в работе, являются потенциальной предпосылкой иммуногенности данных препаратов у людей и протективности вызываемых реакций против инфицирования ВИЧ. Таким образом, данная работа не только углубляет фундаментальные знания и теоретические основы вакцинологии, но и вносит непосредственный практический вклад в борьбу с эпидемией ВИЧ/СПИД.

Форма выполнения диссертационной работы.

Работа выполнялась в рамках финансирования ННИУ "Биомедицинский центр" и ФГУП "ГосНИИ особо чистых биопрепаратов" ФМБА России по Межведомственной научно-технической программе "Вакцины нового поколения и медицинские диагностические системы будущего", Федеральной целевой научно-технической программе "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники", а также по грантам Международного центра Фогарти (FIC, AITRP, 5-D43-TWO1028-04) и МНТЦ №2344.

Апробация работы.

Материалы диссертации были представлены на 7-й - 12-й и 14-й - 16-й Международных конференциях "СПИД, рак и родственные проблемы", Санкт-Петербург, Россия, 1999-2004 и 2005-2007; международных конференциях "Вакцина против СПИДа" Филадельфия, США, 2001; Нью-Йорк, США, 2003 и Амстердам, Голландия, 2006; 10-й конференции по ретровирусам и оппортунистическим инфекциям, Бостон, США, 2003. По теме диссертации опубликовано 11 статей, 29 тезисов докладов и получено 6 патентов Российской Федерации.

Объем и структура диссертации.

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов исследования, обсуждения полученных результатов, выводов и списка литературы. Работа изложена на 196 страницах машинописного текста, иллюстрирована 28 рисунками, 17 таблицами и 9 приложениями. Список литературы содержит 260 литературных источников.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Мурашев, Борис Владимирович

ВЫВОДЫ

1. Создана идеологическая, методическая и реагентная база для разработки вакцин нового поколения - ДНК-вакцин.

2. Получен плазмидный вектор рВМС, на основе которого создана коллекция плазмидных ДНК, являющихся кандидатными ДНК-вакцинами против ВИЧ-инфекции.

3. Осуществлена модификация последовательности гена nef ВИЧ-1, которая значительно увеличивает его уровень экспрессии, но не во всех клетках одинаково.

4. Установлено, что кандидатные ДНК-вакцины in vitro обладают адъювантным эффектом по отношению к Т-лимфоцитам, выраженным в неспецифической дифференцировке хелперных лимфоцитов по Независимому пути.

5. Показано, что при вакцинации мышей кандидатными ДНК-вакцинами возникает системный ВИЧ-специфический Thl-зависимый Т-клеточный иммунный ответ, и образуются клетки иммунологической памяти. При этом уровень индукции ВИЧ-специфических антител незначителен.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Мурашев, Борис Владимирович, 2007 год

1. Духовлинов И.В. Изучение свойств ДНК-иммуногенов на основе гена gag ВИЧ-1 субтипа А. / И.В. Духовлинов, Е.В. Ворожцова, Е. В. Казеннова, Б.В. Мурашев и др. // Русский журнал СПИД, рак и общественное здоровье. -2006. Т.10. -№1. - С.35-42.

2. Климов Н.А. Сравнительные испытания новых иммуногенов и способов их доставки на мелких лабораторных животных./ Н.А. Климов, A.M. Ерошкин, С.Г. Поздняков и др. // Аллергия, астма и клиническая иммунология. 1999. -Т.9.-С.110-113.

3. Козлов А.П. Рекомбинантная плазмидная ДНК pBMC-gpl20(A)m-l для иммунизации против вируса иммунодефицита человека. / Козлов А.П., Климов Н.А., Машарский А.Э. и др. // Патент на изобретение Российской Федерации. -№ 2227161. 2003.

4. Мурашев Б.В. Разработка ДНК-вакцин против ВИЧ/СПИД на основе генов, кодирующих иммуногенные эпитопы вариантов ВИЧ. / Б.В. Мурашев, И.В. Мурашева, И.В. Духовлинов и др. // Аллергия, астма и клиническая иммунология. 2003. - Т.7. - №9. - С.126-133.

5. Мурашев Б.В. Создание и изучение иммунологических свойств ДНК-вакцины на основе гена env ВИЧ-1. / Б.В. Мурашев, И.В. Мурашева, А.Э. Романович и др. // Русский журнал ВИЧ/СПИД и родственные проблемы. -2000. Т.4. - №2. - С.29-36.

6. Мурашев Б.В. Экспрессия рекомбинантных белков Nef и р24 ВИЧ-1 в клетках E.coli и их очистка. / Б.В. Мурашев, И.В. Мурашева, А.С.Рождественская и др. // Русский журнал «СПИД, рак и общественное здоровье». 2006. - Т. 10. - №1. - С.28-34.

7. Хаитов P.M. СПИД / P.M. Хаитов, Г.А. Игнатьева // Москва: Народная академия культуры и общечеловеческих ценностей. - 1992.

8. Ada G.L. The immune response to influenza infection. / G.L. Ada, P.D. Jones // Curr Top Microbiol Immunol. 1986. - V. 128. - P. 1-54.

9. Albini A. HIV-1 Tat protein mimicry of chemokines. / A. Albini, S. Ferrini, R. Benelli et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA- 1998. V.95. - P. 13153-8.

10. Alexander-Miller M.A. Role of antigen, CD8, and cytotoxic T lymphocyte (CTL) avidity in high dose antigen induction of apoptosis of effector CTL. / M.A. Alexander-Miller, G.R. Leggatt, A. Sarin, J.A. Berzofsky // J. Exp. Med. 1996. -V. 184.-P.485-92.

11. Alizon M. Genetic variability of the AIDS virus: nucleotide sequence analysis of two isolates from African patients / M. Alizon, S. Wain-Hobson, L. Montagnier et al. // Cell. 1986. - V.46. - P.63-74.

12. Allen P.M. Promethean viruses? / P.M. Allen, R.M. Zinkernagel // Nature. 1994. - V.369. -P.355-6.

13. Alving C.R. Novel vaccines and adjuvants: mechanisms of action. / C.R. Alving, N.M. Wassef// AIDS Res. Hum. Retrovir. 1994.- V.l0.-P.91^L

14. Amano H. Morphological estimation of total number of influenza A type virion spikes. / H. Amano, Y. Hosaka // J. Electron. Microsc. 1992. - V.41. - P. 104-6

15. Andre S. Increased immune response elicited by DNA vaccination with a synthetic gpl20 sequence with optimized codon usage. / S. Andre, B. Seed, J. Eberle et al. // J. Virol. 1998. - V.72. - P.1497-503.

16. Annunziata P. HIV-1 gpl20 increases the permeability of rat brain endothelium cultures by a mechanism involving substance P./ P.Annunziata, C.Cioni, S. Toneatto, E. Paccagnini // AIDS. 1998. - V.12. - P.2377-85.

17. Appay V.Characterization of CD4(+) CTLs ex vivo. / V.Appay, J.J. Zaunders, L. Papagno et al. // J. Immunol. 2002. - V.l68. - P.5954-8.

18. Ara Y. Zymosan enhances the immune response to DNA vaccine for human immunodeficiency virus type-1 through activation of complement system. / Y. Ara, T. Saito, T. Takaqi et al. // Immunol. 2001. - V.103. - P.98-105.

19. Badovinac V.P.Programmed contraction of CD8(+) T cells after infection. / V.P.Badovinac, B.B. Porter, J.T. Harty // Nat. Immunol. 2002. - V.3. - P.619-26.

20. Barnett S.W. Vaccination with HIV-1 gpl20 DNA induces immune responses that are boosted by a recombinant gpl20 protein subunit. / S.W. Barnett, S. Rajasekar, H. Legg // Vaccine. 1997. - V.15. - P.869-73.

21. Barouch D.H. Control of viremia and prevention of clinical AIDS in rhesus monkeys by cytokine-augmented DNA vaccination. / D.H. Barouch, S. Santra, J.E. Schmitz et al. // Science. 2000. - V.290. - P.486-92.

22. Barouch D.H. DNA vaccination for HIV-1 and SIV./ D.H. Barouch, N.L. Letvin // Intervirology. 2000. - V.43. - P.282-7.

23. Belz G.T. Compromised influenza virus-specific CD8(+)-T-cell memory in CD4(+)-T-cell-deficient mice. / G.T. Belz, D. Wodarz, G. Diaz // J. Virol. -2002. V.76. - P.12388-93.

24. Benimetskaya L. Mac-1 (CDllb/CD18) is an oligodeoxynucleotide-binding protein. / L. Benimetskaya, J.D. Loike, Z. Khaled, et al. // Nat. Med. 1997. -V.3.-P.414-20.

25. Bertoletti A. Natural variants of cytotoxic epitopes are T-cell receptor antagonists for antiviral cytotoxic T cells. / A. Bertoletti, A. Sette, F.V.Chisari et al. // Nature. 1994. - V.369. - P.407-10.

26. Binley J.M. Analysis of the interaction of antibodies with a conserved enzymatically deglycosylated core of the HIV type 1 envelope glycoprotein 120. / J.M. Binley, R. Wyatt, E. Desjardins et al. // AIDS Res. Hum. Retroviruses. -1998. V.14. -P.191-8.

27. Birnboim H.C. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. / H.C.Birnboim, J. Doly // Nucleic. Acids. Res. 1979. - V.7. -P.l 513—1523.

28. Borrow P. Virus-specific CD8+ cytotoxic T-lymphocyte activity associated with control of viremia in primary human immunodeficiency virus type 1 infection. / P.Borrow, H. Lewicki, B.H. Hahn et al. // J. Virol. 1994. - V.68. - P.6103-10.

29. Bourinbaiar A.S. The ratio of defective HIV-1 particles to replication-competent infection virions. / A.S. Bourinbaiar//Acta. Virol. 1994. - V.38. -P.59-61.

30. Branovic K. Application of short monolithic columns for fast purification of plasmid DNA. / K. Branovic, D. Forcic, J. Ivancic et al. // J. Chromatogr. В Analyt. Technol. Biomed. Life. Sci. 2004. - V.801. - P.331-7.

31. Buchbinder S. HIV-infected long-term nonprogressors: epidemiology, mechanisms of delayed progression, and clinical ahd research implications. / S. Buchbinder, E. Vittinghoff// Microbes ahd Infection. 1999. - P.l 113-20.

32. Budker V. Hypothesis: naked plasmid DNA is taken up by cells in vivo by a receptor-mediated process. / V.Budker, T. Budker, G. Zhang et al. // J. Gene. Med.-2000.-V.2.-P.76-88.

33. Burrows S.R. The specificity of recognition of a cytotoxic T lymphocyte epitope. / S.R. Burrows, S.J. Rodda, A. Suhrbier et al. // Eur. J. Immunol. 1992. - V.22. -P.191-5.

34. Burton D.R. A sound rationale needed for phase III HIV-1 vaccine trials. / D.R. Burton, R.C.Desrosiers, R.W. Doms et al. // Science. -2004. -V.303. -P.316.

35. Cao H. Cytotoxic T-lymphocyte cross-reactivity among different human immunodeficiency virus type 1 clades: implications for vaccine development. / H. Cao, P.Kanki, J.L. Sankale et al. // J. Virol. 1997. - V.71. -P.8615-23.

36. Caplen N.J. Gene therapy for cystic fibrosis in humans by liposome-mediated DNA transfer: the production of resources and the regulatory process. / NJ. Caplen, X. Gao, P.Hayes et al. // Gene Ther. 1994. - V.l. - P.139^47

37. Chakrabarti B.K. Modifications of the human immunodeficiency virus envelope glycoprotein enhance immunogenicity for genetic immunization. / B.K. Chakrabarti, W.P.Kong, B.Y. Wu et al. // J. Virol. 2002. - V.76. - P.5357-68.

38. Chandra G. Large-scale purification of plasmid DNA by fast protein liquid chromatography using Hi-Load Q Sepharose column. / G. Chandra, P.Patel, T.A. Kost, J.G. Gray // Anal. Biochem. 1992. - V.203. - P. 169-72.

39. Chang K.M. Differential CD4(+) and CD8(+) T-cell responsiveness in hepatitis С virus infection. / K.M. Chang, R. Thimme, J.J. Melpolder et al. // Hepatology. -2001. V.33. -P.267-76.

40. Chapman B.S. Effect of intron A from human cytomegalovirus (Towne) immediate-early gene on heterologous expression in mammalian cells. / B.S. Chapman, R.M. Thayer, K.A. Vincent et al. // Nucleic Acids Res. 1991. - V.19. -P.3979-86.

41. Choi M.J. Topical vaccination of DNA antigens: topical delivery of DNA antigens. / M.J. Choi, H.I. Maibach // Skin Pharmacol. Appl. Skin Physiol. 2003. - V.16. -P.271-82.

42. Cichutek K. Nucleic acid immunization: a prophylactic gene therapy? / Cichutek K. // Vaccine. 1994. - V. 12. - P. 1520-5.

43. Cocchi F. Identification of RANTES, MIP-1 alpha, and MIP-1 beta as the major HIV-suppressive factors produced by CD8+ T cells. / F. Cocchi, A.L. DeVico, A. Garzino-Demo et al. // Science. 1995. - V.270. - P.1811-5.

44. Coffin J.M. Genetic variation in AIDS viruses. / J.M. Coffin // Cell. 1986. -V.46. -P.l-4.

45. Coffin J.M. HIV population dynamics in vivo: implications for genetic variation, pathogenesis, and therapy. / J.M. Coffin 11 Science. 1995. - V.267. - P.483-9.

46. Conant K. Induction of monocyte chemoattractant protein-1 in HIV-1 Tat-stimulated astrocytes and elevation in AIDS dementia. / K. Conant, A. Garzino-Demo, A. Nath, et al. // Proc Natl Acad Sci U S A. 1998. - V.95. - P.3117-21.

47. Constant S.L. Induction of Thl and Th2 CD4+ T cell responses: the alternative approaches. / S.L. Constant, K. Bottomly // Annu. Rev. Immunol. 1997. - V.15. - P.297-322.

48. Currier J.R. A panel of MHC class I restricted viral peptides for use as a quality control for vaccine trial ELISPOT assays. / J.R. Currier, E.G. Kuta, E. Turk et al. // J. Immunol. Methods. 2002. - V.260. - P. 157-72.

49. Davenport M.P. Clonal selection, clonal senescence, and clonal succession: the evolution of the T cell response to infection with a persistent virus. / M.P.Davenport, C.Fazou, A.J. McMichael, M.F. Callan // J. Immunol. 2002. -V.168. -P.3309-17.

50. Davis H.L. Comparison of plasmid DNA preparation methods for direct gene transfer and genetic immunization. / H.L. Davis, M. Schleef, P.Moritz et al. // Biotechniques. 1996. - V.21. - P.92-9.

51. Demkowicz W.E. Vaccinia virus-specific CD8+ cytotoxic T lymphocytes in humans. / W.E. Demkowicz, F.A. Ennis // J. Virol. 1993. - V.67. - P. 1538-44.

52. Diogo M.M. Purification of a cystic fibrosis plasmid vector for gene therapy using hydrophobic interaction chromatography. / M.M. Diogo, J.A. Queiroz, G.A. Monteiro, et al. // Biotechnol. Bioeng. 2000. - V.68. - P.576-83.

53. Donnelly J.J. DNA vaccines. / J.J. Donnelly, J.B. Ulmer, J.W. Shiver, M.A. Liu // Annu. Rev. Immunol. 1997. - V.15. - P.617-48.

54. Dukhovlinov I.V. Design and development of candidate DNA vaccines based on subtype A HIV-1 gag and nef gene. / I.V.Dukhovlinov, B.V.Murashev, I.V.Murashevaetal. //AIDS Vaccine 2003 Conference. -2003. P. 140.

55. Dupuis M. Distribution of DNA vaccines determines their immunogenicity after intramuscular injection in mice. / M. Dupuis, K. Denis-Mize, C.Woo et al. // J. Immunol. 2000. - V.165. - P.2850-8.

56. Earl P.L. Immunogenicity and protective efficacy of oligomeric human immunodeficiency virus type 1 gpl40. / P.L. Earl, W. Sugiura, D.C.Montefiori et al. // J. Virol. 2001. - V.75. - P.645-53.

57. Eigen M. On the nature of virus quasispecies / M. Eigen // Trends. Microbiol. -1996. V.4. -P.216-8.

58. Esser M.T. Memory T cells and vaccines. / M.T. Esser, R.D. Marchese, L.S. Kierstead et al. // Vaccine. 2003. - V.21. - P.419-30.

59. Estcourt M.J. DNA vaccines against human immunodeficiency virus type 1. / M.J. Estcourt, A.J. McMichael, T. Hanke // Immunol. Rev. 2004. - V.199. - P.144-55.

60. Estcourt M.J. Prime-boost immunization generates a high frequency, high-avidity CD8(+) cytotoxic T lymphocyte population. / M.J. Estcourt, A.J. Ramsay, A. Brooks et al. // Int. Immunol. 2002. - V.14. - P.31-7.

61. Fackler O.T. Live and let die: Nef functions beyond HIV replication. / O.T. Fackler, A.S. Baur // Immunity. -2002. V.l6. - P.493-7.

62. Ferrantelli F. Neutralizing antibodies against HIV back in the major leagues? / F. Ferrantelli, R.M. Ruprecht // Curr. Opin. Immunol. - 2002. - V.l4. - P.495-502.

63. Ferreira G.N.M. Studies on the batch adsorbtion of plasmid DNA onto anion-exchange chromatographic supports. / G.N.M. Ferreira, J.M.S. Cabral, D.M.F. Prazeres // Biotechnol. Prog. 2000. - V.l6. - P.416-24.

64. Foecking M.K. Powerful and versatile enhancer-promoter unit for mammalian expression vectors. / M.K. Foecking, H. Hofstetter // Gene. 1986. - V.45. -P.101-5.

65. Fouts T.R. Expression and characterization of a single-chain polypeptide analogue of the human immunodeficiency virus type 1 gpl20-CD4 receptor complex. / T.R. Fouts, R. Tuskan, K. Godfrey et al. // J. Virol. 2000. - V.l A. - P. 11427-36.

66. Fujii Y. Evidence for the role of human immunodeficiency virus type 1 Nef protein as a growth inhibitor to CD4+T lymphocytes and for the bloking of the nef function by anti-Nef antibodies. / Y. Fujii, M. Ito, K. Ikuta // Vaccine. 1993. -V.l 1-P.837-47.

67. Fujita K. Rapid degradation of CD4 in cells expressing human immunodeficiency virus type 1 Env and Vpu is blocked by proteasome inhibitors / K. Fujita, S. Omura, J. Silver//J. Gen. Virol. 1997.-V.78. -P.619-25.

68. Gallimore A. Protective immunity does not correlate with the hierarchy of virus-specific cytotoxic T cell responses to naturally processed peptides. / A. Gallimore, T. Dumrese, H. Hengartner, et al. // J. Exp. Med. 1998. - V.l87. - P. 1647-57.

69. Gallo R.C. Tat as one key to HIV-induced immune pathogenesis and Tat (correction of Pat) toxoid as an important component of a vaccine. / R.C.Gallo // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1999. - V. 96. - P.8324-6.

70. Geleziunas R. HIV-1 Nef inhibits ASKl-dependent death signaling providing a potential mechanism for protecting the infected host cell. / R. Geleziunas, W. Xu, K. Takeda et al. //Nature. -2001. V.410. -P.834-8.

71. Glansbeek H.L. Adverse effects of feline IL-12 during DNA vaccination against feline infectious peritonitis virus. / H.L. Glansbeek, B.L. Haagmans, E.G. Lintelo et al. // J. Gen. Virol.- 2002. V.83. - P. 1-10.

72. Goodenow M. HIV-1 isolates are rapidly evolving quasispecies: evidence for viral mixtures and preferred nucleotide substitutions / M. Goodenow, T. Huet, W. Saurin et al. // J. Acquir. Immune. Defic. Syndr. 1989. - V.2. - P.344-52.

73. Gould SJ. The trojan exosome hypothesis. / SJ. Gould, A.M. Booth, J.E. Hildreth // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 2003. V.100. - P. 10592-7.

74. Graf M. Codon-optimized genes that enable increased heterologous expression in mammalian cells and elicit efficient immune responses in mice after vaccination of naked DNA. / M. Graf, L. Demi, R. Wagner // Methods. Mol. Med. 2004. -V.94.-P.197-210.

75. Greenberg M.E. The SH3 domain-binding surface and an acidic motif in HIV-1 Nef regulate trafficking of class IMHC complexes. / M.E. Greenberg, A.J. Iafrate, J. Skowronski // EMBO J. 1998.- V.7. - P.2777-289.

76. Greenway A. Human immunodeficiency virus type 1 Nef protein inhibits activation pathways in peripheral blood mononuclear cells and T-cell lines / A. Greenway, A. Azad, D. McPhee // J. Virol. 1995. - V.69. - P.l842-50.

77. Grundner G. Factors limiting the immunogenicity of HIV-1 gpl20 envelope glycoproteins. / G. Grundner, M. Pancera, J.M. Kang et al. // Virology. 2004. -V.330. -P.233^18.

78. Gursel M. Differential and competitive activation of human immune cells by distinct classes of CpG oligodeoxynucleotide. / M. Gursel, D. Verthelyi, I. Gursel, et al. // J. Leukoc. Biol. 2002. - V.71. - P.813-20.

79. Gurunathan S. DNA vaccines: a key for inducing long-term cellular immunity. / S. Gurunathan, C.Y. Wu, B.L. Freidag, R.A. Seder // Curr. Opin. Immunol. -2000. V.12. - P.442-7.

80. Gurunathan S. DNA vaccines: immunology, application, and optimization. / S. Gurunathan, D.M. Klinman, R.A. Seder // Annu. Rev. Immunol. 2000. - V.18. -P.927-74.

81. Gutierrez-Rivas M. A mutation in the primer grip region of HIV-1 reverse transcriptase that confers reduced fidelity of DNA synthesis. / M. Gutierrez-Rivas, L. Menendez-Arias // Nucleic. Acids. Res. 2001. - V.29. - P.4963-72.

82. Hahn B.H. Genetic variation in HTLV-III/LAV over time in patients with AIDS or at risk for AIDS / B.H. Hahn, G.M. Shaw, M.E. Taylor et al. // Science. 1986. -V.232.-P.1548-53.

83. Haigwood N.L. Native but not denatured recombinant human immunodeficiency virus type 1 gpl20 generates broad-spectrum neutralizing antibodies in baboons. / N.L. Haigwood, P.L. Nara, E. Brooks et al. // J. Virol. 1992. - V.66. - P. 172-82.

84. Halstead S.B. Global epidemiology of dengue hemorrhagic fever. Southeast Asian. / S.B. Halstead // J. Trop. Med. Public. Health. 1990. - V.21. - P.636^1.

85. ЮЗ.Напке Т. Design and construction of an experimental HIV-1 vaccine for a year-2000 clinical trial in Kenya. / T. Hanke, A.J. McMichael // Nat. Med. 2000. -V.6. -P.951-5.

86. Hanke T. Enhancement of MHC class I-restricted peptide-specific T cell induction by a DNA prime/MVA boost vaccination regime. / T. Hanke, T.J. Blanchard, J. Schneider et al. // Vaccine. 1998. - V.16. - P.439^5.

87. Hassett D.E. Direct ex vivo kinetic and phenotypic analyses of CD8(+) T-cell responses induced by DNA immunization / D.E. Hassett, M.K. Slifka, J. Zhang, J.L. Whitton // J. Virol. 2000. - V.74. - P.8286-91.

88. Haynes J.R. Particle-mediated nucleic acid immunization. / J.R. Haynes, D.E. McCabe, W.F. Swain et al. // J. Biotechnol. 1996. - V.44. - P.37^2.

89. Hines R.N. Large-scale purification of plasmid DNA by anion-exchange high-performance liquid chromatography. / R.N. Hines, K.C. O'Connor, G. Vella, W. Warren // Bio.Techniques. 1992. - V. 12. - P.430^

90. Ho D.D. Rapid turnover of plasma virions and CD4 lymphocytes in HIV-1 infection / D.D. Ho, A.U. Neumann, A.S. Perelson et al. // Nature. 1995. -V.373.-P.123-6.

91. Horn N.A. Cancer gene therapy using plasmid DNA:Purification of DNA for human clinical trials. / N.A. Horn, J.A. Meek, G. Budahazi, M. Marquet // Hum. Gene. Ther. 1995. - V.6. - P.565-73.

92. Hou S. Virus-specific CD8+ T-cell memory determined by clonal burst size. / S. Hou, L. Hyland, K.W. Ryan et al. // Nature. 1994. - V. 369. - P.652^1.

93. Hu W.S. Retroviral recombination and reverse transcription / W.S. Ни, H.M. Temin // Science. -1990. V.250. - P. 1227-33.

94. Hua J. Human immunodeficiency virus types 1 and 2 and simian immunodeficiency virus Nef use distinct but overlapping target sites for downregulation of cell surface CD4 / J. Hua, B.R. Cullen // J. Virol. 1997. -V.71. -P.6742-8.

95. Irvine K.R. Enhancing efficacy of recombinant anticancer vaccines with prime/boost regimens that use two different vectors. / K.R. Irvine, R.S. Chamberlain, E.P. Shulman et al. // J. Natl. Cancer. Inst. 1997. - V.89. -P. 1595-601.

96. Janssen E.M. CD4+ T cells are required for secondary expansion and memory in CD8+ T lymphocytes. / E.M. Janssen, E.E. Lemmens, T. Wolfe et al. // Nature. -2003. V.421. - P.852-6.

97. Jeffs S.A. Antigenicity of truncated forms of the human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoprotein. / S.A. Jeffs, J. McKeating, S. Lewis et al. // J. Gen. Virol. 1996. - V.77. - P.1403-10.

98. Jones T.R. Synthetic oligodeoxynucleotides containing CpG motifs enhance immunogenicity of a peptide malaria vaccine in Aotus monkeys / T.R. Jones, N. Obaldia, R.A. Gramzinski et al. // Vaccine. 1999. - V.l7. - P.3065-71.

99. Kang C.Y. Development of HIV/AIDS vaccine using chimeric gag-env virus-like particles. / C.Y. Kang, L. Luo, M.A. Wainberg, Y. Li // Biol. Chem. 1999. -V.380. -P.353-64.

100. Kaul R. New insights into HIV-1 specific cytotoxic T-lymphocyte responses in exposed, persistently seronegative Kenyan sex workers. / R. Kaul, S.L. Rowland-Jones, J. Kimani et al. // Immunol. Lett. 2001. - V.79. - P.3-13.

101. Khanolkar A. Preferential utilization of the perforin/granzyme pathway for lysis of Epstein-Barr virus-transformed lymphoblastoid cells by virus-specific CD4+ T cells. / A. Khanolkar, H. Yagita, M.J. Cannon // Virology. 2001. - V.287. -P.79-88.

102. Klenerman P. Cytotoxic T-cell activity antagonized by naturally occurring HIV-1 Gag variants. / P. Klenerman, S. Rowland-Jones, S. McAdam et al. // Nature. -1994. V.369. - P.403-7.

103. Klinman D.M. CpG motifs as immune adjuvants / D.M. Klinman, K.M. Barnhart, J. Conover // Vaccine. 1999. - V.17. - P. 19-25.

104. Klotman M.E. Kinetics of expression of multiply spliced RNA in early human immunodeficiency virus type 1 infection of lymphocytes and monocytes. / M. E. Klotman, S. Kim, A. Buchbinder et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. -V.88. -P.5011-5.

105. Kolchinsky P. Adaptation of a CCR5-using, primaiy human immunodeficiency virus type 1 isolate for CD4-independent replication. / P. Kolchinsky, T. Mirzabekov, M. Farzan et al. // J. Virol. 1999. - V.73. - P.8120-6.

106. Koup R.A. Temporal association of cellular immune responses with the initial control of viremia in primary human immunodeficiency virus type 1 syndrome. / R.A. Koup, J.T. Safrit, Y. Cao et al. // J. Virol. 1994. - V.68. - P.4650-5.

107. Kozak M. Initiation of translation in prokaryotes and eukaryotes. / M. Kozak // Gene. 1999. - V.234. - P.l 87-208.

108. Krieg A.M. The role of CpG motifs in innate immunity. / A.M. Krieg // Curr. Opin. Immunol. 2000. - V.12. - P.35^13.

109. LaBranche C.C. Determinants of CD4 independence for a human immunodeficiency virus type 1 variant map outside regions required for coreceptor specificity. / C.C. LaBranche, T.L. Hoffman, J. Romano et al. // J. Virol. 1999. - V.73. - P.l0310-9.

110. LaCasse R.A. Fusion-competent vaccines: broad neutralization of primary isolates of HIV. / R.A. LaCasse, K.E. Follis, M. Trahey et al. // Science. 1999. - V.283. -P.357-62.

111. Lamb R.A. Do Vpu and Vpr of human immunodeficiency virus type 1 and NB of influenza В virus have ion channel activities in the viral life cycles? / R.A. Lamb, L.H. Pinto // Virology. 1997. - V.229. - P. 1-11.

112. LaRosa G.J. Conserved sequence and structural elements in the HIV-1 principal neutralizing determinant. / G.J. LaRosa, J.P. Davide, K. Weinhold et al. // Science. 1990. - V.249. - P.932-5.

113. Lazouskaya N.V. The HIV type 1 epidemic in Belarus: predominance of Eastern European subtype A strains and circulation of subtype В viruses. / N.V. Lazouskaya, V.F. Eremin, K.W. Adema et al. // AIDS Res. Hum. Retroviruses. -2005. V.21. - P.830-3.

114. Le T.P. Safety, tolerability and humoral immune responses after intramuscular administration of a malaria DNA vaccine to healthy adult volunteers. / T.P. Le, K.M. Coonan, R.C. Hedstrom et al. // Vaccine. 2000. - V.l8. - P. 1893-901.

115. HO.Ledwith B.J. Plasmid DNA vaccines: investigation of integration into host cellular DNA following intramuscular injection in mice. / B.J. Ledwith, S. Manam, P.J. Troilo et al. // Intervirology. 2000. - V.43. - P.258-72.

116. Lee A.L. A method for ladge scale plasmid purification. / A.L. Lee, S. Sagar // World Intellectual Propery Organization pub. 1996. - V.02658.

117. Leifer C.A. Heterogeneity in the human response to immunostimulatory CpG oligodeoxynucleotides. / C.A. Leifer, D. Verthelyi, D.M. Klinman // J. Immunother. 2003. - V.26. - P.313-9.

118. Leifert J.A. Targeting plasmid-encoded proteins to the antigen presentation pathways. / J.A. Leifert, M.P. Rodriguez-Carreno, F. Rodriguez, J.L. Whitton // Immunol. Rev. 2004. - V.l99. - P.40-53.

119. Lemmens R. Supercoiled plasmid DNA: selective purification by thiophilic/aromatic adsorption. / R. Lemmens, U. Olsson, T. Nyhammar, J. Stadler // J. Chromatogr. В Analyt. Technol. Biomed. Life. Sci. 2003. - V.784. - P.291-300.

120. Leong K.H. Generation of enchanced immune responses by consecutive immunization with DNA and recombinant fowl poxvirus. / K.H. Leong, A.J. Ramsay, I.A. Ramshaw et al. // Vaccines Cold Spring Harbor Laboratory Press. -1995. -P.327-331.

121. Letvin N.L. Potent, protective anti-HIV immune responses generated by bimodal HIV envelope DNA plus protein vaccination. / N.L. Letvin, D.C. Montefiori, Y. Yasutomi et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1997. V.94. - P.9378-83.

122. Levy J.A. Pathogenesis of human immunodeficiency virus infection. / J.A. Levy // Microbiol. Rev. -1993. V.57. - P. 183-289.

123. Li C.J. Induction of apoptosis in uninfected lymphocytes by HIV-1 Tat protein. / C.J. Li, D.J. Friedman, C. Wang et al. // Science. 1995. - V.268. - P.429-31.

124. Loke S.L. Characterization of oligonucleotide transport into living cells. / S.L. Loke, C.A. Stein, X.H. Zhang et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1989. -V.86. P.3474-8.

125. Lole K.S. Full-length human immunodeficiency virus type 1 genomes from subtype C-infected seroconverters in India, with evidence of intersubtype recombination / K.S. Lole, R.C.Bollinger, R.S. Paranjape et al. // J. Virol. 1999. - V.73. -P.152-60.

126. Lubon H. Cell-specific activity of the modulator region in the human cytomegalovirus major immediate-early gene. / H. Lubon, P. Ghazal, L. Hennighausen et al. //Mol. Cell. Biol. 1989. - V.9. - P. 1342-5.

127. Malm M. GTU-MultiHIV DNA vaccine results in protection in a novel P815 tumor challenge model. / M. Malm, R. Sikut, K. Krohn, V. Blazevic // Vaccine. -2007. V.25. -P.3293-301.

128. Mansky L.M. Lower in vivo mutation rate of human immunodeficiency virus type 1 than that predicted from the fidelity of purified reverse transcriptase / L.M. Mansky, H.M. Temin // J. Virol. 1995. - V.69. - P.5087-94.

129. Martin T. Plasmid DNA malaria vaccine: the potential for genomic integration after intramuscular injection. / T. Martin, S.E. Parker, R. Hedstrom et al. // Hum. Gene. Ther. 1999. - V.10. - P.759-68.

130. Marzio R. CD69 and regulation of the immune function. / R. Marzio, J. Mauel, S. Betz-Corradin // Immunopharmacol Immunotoxicol. 1999. -V.21. - P.565-82.

131. Masharsky A.E. Molecular cloning and analysis offull-length genome of HIV type 1 strains prevalent in countries of theformer Soviet Union. / A.E. Masharsky, N.A. Klimov, A.P. Kozlov // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2003. - V.19. -P.933-9.

132. Melief C.J. Regulation of cytotoxic T lymphocyte responses by dendritic cells: peaceful coexistence of cross-priming and direct priming? / C.J. Melief // Eur. J. Immunol. 2003. - V.33. - P.2645-54.

133. Meyerhans A. In vivo persistence of a HIV-l-encoded HLA-B27-restricted cytotoxic T lymphocyte epitope despite specific in vitro reactivity. / A. Meyerhans, G Dadag.io, J.P. Vartanian et al. // Eur. J. Immunol. 1991. - V.21. -P.2637-40.

134. Miller M.D. The human immunodeficiency virus-l nef gene product: a positive factor for viral infection and replication in primary lymphocytes and macrophages

135. M.D. Miller, M.T. Warmerdam, I. Gaston et al. // J. Exp. Med. 1994. - V.179. -P.101-13.

136. Montgomery D.L. Heterologous and homologous protection against influenza A by DNA vaccination: optimization of DNA vectors. / D.L. Montgomery, J.W. Shiver, K.R. Leander et al. // DNA.Cell Biol. 1993. - V.12. - P.777-83.

137. Moore J.P. Genetic subtypes, humoral immunity, and human immunodeficiency virus type 1 vaccine development. / J.P. Moore, P.W. Parren, D.R. Burton // J. Virol. 2001. - V.75. - P.5721-9.

138. Moore J.P. Sattentau. Dissociation of gpl20 from HIV-1 virions induced by soluble CD4. / J.P. Moore, J.A. McKeating, R.A. Weiss, Q.J. Sattentau. // Science.- 1990.-V.250.-P.1139-42.

139. Moskophidis D. Virus persistence in acutely infected immunocompetent mice by exhaustion of antiviral cytotoxic effector T cells. / D. Moskophidis, F. Lechner, H. Pircher, R.M. Zinkernagel //Nature. 1993. - V.362. -P.758-61.

140. Mountain A. Recombinant proteins, monoclonal antibodies and therapeutic genes. / A. Mountain, U. Ney, D. Schomburg // Biotechnology, Weinheim, Wiley-VCH.- 1999. V. 5a. - Ch.20.

141. Mourich D.V. Spermine compaction is an efficient and economical methodof producing vaccination-grade DNA. / D.V. Mourich, M.W. Munks, J.C. Murphy et al. // J. Immunol. Methods. 2003. - V.274. - P.257-64.

142. Mueller Y.M. Increased CD85/Fas-induced apoptosis of HlV-Specific CD8+ T cells. / Mueller Y.M. //Immunity. -2001. V. 15. - P.871-82.

143. Muller D. LCMV-specific, class II-restricted cytotoxic T cells in beta 2-microglobulin-deficient mice. / D. Muller, B.H. Koller, J.L. Whitton et al. // Science. 1992. - V.255. - P. 1576-8.

144. Murashev B.V. Immunogenicity of candidate DNA vaccine based on subtype A human immunodeficiency virus type 1 predominant in Russia. / B.V. Murashev, E.V. Kazennova, A.A. Kozlov et al. // Biotechnol. J. 2007. - V.2. - P.871-8.

145. Murashev B.V. Immunological properties of HIV-1 env gene based DNA vaccines. / B.V. Murashev, I.V. Murasheva, T.Yu. Kreslavskiy et al. // Abstract Conferentce AIDS VACCINE 2001, Philadelphia, PA USA. 2001. - P. 84.

146. Murphy J.C. Purification of plasmid DNA using selective precipitation by compaction agents. / J.C. Murphy, J.A. Wibbenmeyer, G.E. Fox, R.C. Wilson // Nature Biotechnol. 1999. - V.17. - P.822-3.

147. Mwau M. Design and validation of an enzyme-linked immunospot assay for use in clinical trials of candidate HIV vaccines. / M. Mwau, A.J. McMichael, T. Hanke // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2002. - V.l 8. - P.611-8.

148. Myers G. Human Retroviruses and AIDS. / G. Myers // Theoretical Biology and Biophysics Group, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM. 1987.

149. Nehete P.N. Studies on V3-specific cross-reactive T-cell responses in chimpanzees chronically infected with HIV-1IIIB. / P.N. Nehete, K.K. Murthy, W.C. Satterfield et al. //AIDS. 1995.- V.9.-P.567-72.

150. Pang S. Human immunodeficiency virus Env-independent infection of human CD4(-) cells. / S. Pang, D. Yu, D.S. An et al. // J. Virol. 2000. - V.74. -P.l 0994—1000.

151. Patterson S. CD4 expression on dendritic cells and their infection by human immunodeficiency virus. / S. Patterson, J. Gross, N. English et al. // J. Gen. Virol. 1995.-V.76.-P.l 155-63.

152. Paul N.L. Expression of HIV-1 envelope glycoproteins by Semliki Forest virus vectors. / N.L. Paul, M. Marsh, J.A. McKeating et al. // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1993. - V.9. - P.963-70.

153. Pinto B.L.A. Alloantigen-stimulated anti-HIV activity. / B.L.A. Pinto // Blood. -1998. V.92. - P.3346-54

154. Pinto L.A. ENV-specific cytotoxic T lymphocyte responses in HIV seronegative health care workers occupationally exposed to HIV-contaminated body fluids. / L.A. Pinto, J. Sullivan, J.A. Berzofsky et al. // J. Clin. Invest. 1995. -V.96. -P.867-76.

155. Pircher H. Viral escape by selection of cytotoxic T cell-resistant virus variants in vivo. / H. Pircher, D. Moskophidis, U. Rohrer et al. // Nature. 1990. - V.346. -P.629-33.

156. Prazeres D.M. Large-scale production of pharmaceutical-grade plasmid DNA for gene therapy: problems and bottlenecks. / D.M. Prazeres, G.N. Ferreira, G.A. Monteiro et al. //Trends. Biotechnol. 1999. - V.17. - P. 169-74.

157. Prazeres D.M.F. Preparative purification of supercoiled plasmid DNA using anion-exchange chromatography. / D.M.F. Prazeres, T. Schluep, C. Cooney // J. Chrom. A. 1998. - V.806. -P.31^15.

158. Price D.A. Antigen-specific release of beta-chemokines by anti-HIV-1 cytotoxic T lymphocytes. / D.A. Price, A.K. Sewell, T. Dong et al. // Curr. Biol. 1998. -V.8. -P.355-8.

159. Quinn D.G. Transfer of lymphocytic choriomeningitis disease in beta 2-microglobulin-deficient mice by CD4+ T cells. / D.G. Quinn, A.J. Zajac, J.A. Frelinger, D. Muller//Int. Immunol. 1993. - V.5.- P. 1193-8.

160. Ramshaw I.A. The prime-boost strategy: exciting prospects for improved vaccination. / I.A. Ramshaw, A.J. Ramsay // Immunol. Today. 2000. - V.21. -P.163-5.

161. Raposo G. Human macrophages accumulate HIV-1 particles in МНС II compartments. / G. Raposo, M. Moore, D. Innes et al. // Traffic. 2002. - V.3. -P.718-29.

162. Raul R. Late seroconversion in HIV-resistant Nairobi prostitutes despite preexisting HIV-specific CD8+ responses. / R. Raul // The Journal of clinical investigation. -2001. V.l 07. -P.341-9.

163. Reitter J.N. A role for carbohydrates in immune evasion in AIDS. / J.N. Reitter, R.E. Means, R.C. Desrosiers //Nat. Med. 1998. - V.4. -P.679-84.

164. Ribergo R.M. In vivo dynamics of T cell activation, proliferation, and death in HIV-1 infection: Why are CD4+ but not CD8+ T cells depleted? / R.M. Ribergo, H. Monhri, D.D. Ho, A.S. Perelson // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 2002. -V.99.-P.l 5572-7.

165. Rickinson A.B. Long-term T-cell-mediated immunity to Epstein-Barr virus. / A.B. Rickinson, D.J. Moss, L.E. Wallace et al. // Cancer Res. 1981. - V.41. -P.4216-21.

166. Roberts J.D. The accuracy of reverse transcriptase from HIV-l / J.D. Roberts, K. Bebenek, T.A. Kunkel // Science. 1988. - V.242. - P.l 171-3.

167. Robertson J.S. Assuring the quality, safety, and efficacy of DNA vaccines. / J.S. obertson, E. riffiths // Mol. Biotechnol. 2001. - V. 17. - P. 143-9.

168. Robinson H.L. New hope for an AIDS vaccine. / H.L. Robinson // Nat. Rev. Immunol. 2002. - V.2. - P.239-50.

169. Robinson H.L. Prime boost vaccines power up in people. / H.L. Robinson // Nat. Med.-2003.-V.9.-P.642-3.

170. Robinson H.L. T cell vaccines for microbial infections. / H.L. Robinson, R.R. Amara // Nat. Med. 2005. - V. 11. - P.25-32.

171. Robinson W.E. Antibodies to the primaiy immunodominant domain of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) glycoprotein gp41 enhance HIV-1 infection in vitro. / W.E. Robinson, T. Kawamura, D. Lake et al. // J. Virol. -1990. V.64. -P.5301-5.

172. Rockville M.D. Characterization of plasmid DNA vectors for use in Human gene therapy. / M.D. Rockville, M. Marquet, N.A. Horn, J.A.Meek // Biopharm. -1997. V.5. - P.42-50.

173. Rodriguez F. Immunodominance in virus-induced CD8+ T-cell responses is dramatically modified by DNA immunization and is regulated by gamma interferon. / F. Rodriguez, S. Harkins, M.K. Slifka, J.L. Whitton // J. Virol. -2002.-V.76.-P.4251-9.

174. Rowland-Jones S.J. HIV-specific cytotoxic T-cells in HIV-exposed but uninfected Gambian women. / S.J. Rowland-Jones, K. Sutton, T. Ariyoshi, et al. // Nat. Med. 1995. - V.l. -P.59-64

175. Rowland-Jones S.L. HIV-specific cytotoxic T-cell activity in an HIV-exposed but uninfected infant. / S.L. Rowland-Jones, D.F. Nixon, M.C. Aldhous et al. // Lancet. 1993.-V.3.-P. 860-1

176. Medzhitov R. Innate immune recognition: mechanisms and pathways./ R. Medzhitov, C.Jr.Janeway // Immunol Rev. 2000. - V.173. - P.89-97.

177. Rugeles M.T. Alloantigen recognition in utero: dual advantage for the fetus? / M.T. Rugeles // Trends in immunology. 2004. - V.25. - P.348-52.

178. Sanger F. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors / F. Sanger, S. Nicklen, A.R. Coulson//Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1977. - V.74.-P.5463-7.

179. Sato Y. Immunostimulatory DNA sequences necessaiy for effective intradermal gene immunization. / Y. Sato, R. Mark, H. Tighe et al. // Science. 1996. - V.273. -P.352-354.

180. Schmitz J.E. Control of viremia in simian immunodeficiency virus infection by CD8+ lymphocytes. / J.E. Schmitz, M.J. Kuroda, S. Santra et al. // Science. -1999. V.283. - P.857-60.

181. Seaman M.S. Subsets of memory cytotoxic T lymphocytes elicited by vaccination influence the efficiency of secondary expansion in vivo. / M.S. Seaman, F.W. Peyerl, S.S. Jackson et al. // J. Virol. 2004. - V.78. - P.206-15.

182. Secchiero P. Extracellular HIV-1 tat protein up-regulates the expression of surface CXC-chemokine receptor 4 in resting CD4+ T cells. / P. Secchiero, D. Zella, S. Capitani et al. Hi. Immunol. 1999. - V. 162. -P.2427-31.

183. Sedegah M. Protection against malaria by immunization with plasmid DNA encoding circumsporozoite protein. / M. Sedegah, R. Hedstrom, P. Hobart, S.L. Hoffman // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1994. V.91. - P.9866-70.

184. Sedlik C. In vivo induction of a high-avidity, high-frequency cytotoxic T-lymphocyte response is associated with antiviral protective immunity. / C. Sedlik, G. Dadaglio, M.F. Saron et al. // J. Virol. 2000. - V.74. - P.5769-75.

185. Shata M.T. Recent advances with recombinant bacterial vaccine vectors. / M.T. Shata, L. Stevceva, S. Agwale, et al. // Mol. Med. Today. 2000. - V.6. - P.66-71.

186. Shiver J.W. Cytotoxic T lymphocyte and helper T cell responses following HIV polynucleotide vaccination. / J.W. Shiver, H.C. Perry, M.E. Davies et al. // Ann. N.Y. Acad. Sci. 1995. - V.772. - P. 198-208.

187. Simmonds P. Analysis of sequence diversity in hypervariable regions of the external glycoprotein of human immunodeficiency virus type 1 / P. Simmonds, P. Balfe, C.A. Ludlam et al. //J. Virol. 1990. - V.64. -P.5840-50.

188. Slifka M.K. Functional avidity maturation of CD8(+) T cells without selection of higher affinity TCR. / M.K. Slifka, J.L. Whitton // Nat. Immunol. 2001. - V.2. -P.711-7.

189. Sofer G. Handbook of process chromatography: a guide to optimization. Scale-up, and validation. / G. Sofer, L. Hagel // Academic Press, San Diego. 1997.

190. Sol-Foulon N. HIV-1 Nef-induced upregulation of DC-SIGN in dendritic cells promotos lymphocyte clustering and viral spread. / N. Sol-Foulon, A. Moris, C. Nobile et al. // Immunity. 2002. - V.16. - P. 145-55.

191. Sparwasser T. Bacterial CpG-DNA activates dendritic cells in vivo: T helper cell-independent cytotoxic T cell responses to soluble proteins. / T. Sparwasser, R.M. Vabulas, B. Villmow et al. // Eur. J. Immunol. 2000. - V.30. - P.3591-7.

192. Srivastava P. Interaction of heat shock proteins with peptides and antigen presenting cells: chaperoning of the innate and adaptive immune responses. / P. Srivastava // Annu. Rev. Immunol. 2002. - V.20. - P.395-425.

193. Stadler J. Plasmid DNA purification. / J. Stadler, R. Lemmens, T. Nyhammar // J. Gene. Med. 2004. - V.6. - P.54-66.

194. Stein B.S. pH-independent HIV entry into CD4-positive T cells via virus envelope fusion to the plasma membrane. / B.S. Stein, S.D. Gowda, J.D. Lifson et al. // Cell. 1987. - V.49. - P.659-68.

195. Steven G.W. Repressor titration: a novel system for selection and stable maintenance of recombinant plasmids. / G.W. Steven, R.M. Cranenburgh, A.M.E. Weiss et al. // Nucleic Acids Research. 1998. - V.26. -P.2120-4.

196. Stranford S.A. Lack of infection in HIV-exposed individuals is associated with a strong CD8(+) cell noncytotoxic anti-HIV response. / S.A. Stranford, J. Skurnick, D. Louria et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1999. V.96. - P. 1030-5.

197. Strick T.R. Behavior of supercoiled DNA. / T.R. Strick, J.F. Allemand, D. Bensimon, V. Croquette // Biophys. J. 1998. - V.74. - P.2016-28.

198. Su L. Characterization of a virtually full-length human immunodeficiency virus type 1 genome of a prevalent intersubtype (C/B') recombinant strain in China / L. Su, M. Graf, Y. Zhang et al. // J. Virol. 2000. - V.74. - P. 11367-76.

199. Sumida S.M. Neutralizing antibodies and CD8+ T lymphocytes both contribute to immunity to adenovirus serotype 5 vaccine vectors. / S.M. Sumida, D.M. Truitt, M.G. Kishko et al. // J. Virol. 2004. - V.78. - P.2666-73.

200. Sun S. Type I interferon-mediated stimulation of T cells by CpG DNA. / S. Sun, X. Zhang, D.F. Tough, J. Sprent // J. Exp. Med. 1998. - V.188. - P. 2335^12.

201. Suni M.A. Detection of antigen-specific T cell cytokine expression in whole blood by flow cytometry. / M.A. Suni, L.J. Picker, V.C. Maino // J. Immunol. Methods. 1998. - V.212. - P.89-98.

202. Turner B.G. Structural biology of HIV. / B.G. Turner, M.F. Summers // J. Mol. Biol. 1999.-V.285.-P. 1-32.

203. Ulmer J.B. Heterologous protection against influenza by injection of DNA encoding a viral protein. / J.B. Ulmer, J.J. Donnelly, S.E. Parker et al. // Science. -1993. V.259. - P.1745-9.

204. Van Parijs L. The Fas/Fas ligand pathway and Bcl-2 regulate T cell responses to model self and foreign antigens. / L. Van Parijs, D.A. Peterson, A.K. Abbas // Immunity. 1998. - V.8. - P.265-74.

205. Wabl M. Hypermutation at the immunoglobulin heavy chain locus in a pre-B-cell line / M. Wabl, P.D. Burrows, A. von Gabain et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. -1985. V.82. -P.479-82.

206. Walker B.D. Immune control of HIV: the obstacles of HLA and viral diversity. / B.D. Walker, B.T. Korber // Nat. Immunol. 2001. - V.2. - P.473-5.

207. Whitmire J.K. Costimulation in antiviral immunity: differential requirements for CD4(+) and CD8(+) T cell responses. / J.K.Whitmire, R. Ahmed // Curr. Opin. Immunol. 2000. - V.12. - P.448-55.

208. Whitton J.L. The regulation and maturation of antiviral immune responses. / J.L. Whitton, M.K. Slifka, F. Liu et al. // Advances in virus research. 2004. - V.63. -P.181-238.

209. Wicks I.P. Bacterial lipopolysaccharide copurifies with plasmid DNA: implications of animal models and human gene therapy. / I.P. Wicks, M.L. Howell, T. Hancock et al. // Hum. Gene. Ther. 1995. - V.6. - P.317-23.

210. Widera G. Increased DNA vaccine delivery and immunogenicity by electroporation in vivo. / G. Widera, M. Austin, D. Rabussay et al. // J. Immunol. 2000. - V. 164. - P.4635-40.

211. Wilson C.C. Development of a DNA vaccine designed to induce cytotoxic T lymphocyte responses to multiple conserved epitopes in HIV-1. / C.C. Wilson, D. McKinney, M. Anders et al. // J. Immunol. 2003. - V.l71. - P.5611-23.

212. Wu Y. Selective transcription and modulation of resting T cell activity by preintegrated HIV DNA. / Y. Wu, J.W. Marsh // Science. 2001. - V.293. -P. 1503-6.

213. Wyatt R. Functional and immunologic characterization of human immunodeficiency virus type 1 envelope glycoproteins containing deletions of the major variable regions. / R. Wyatt, N. Sullivan, M. Thali et al. // J. Virol. 1993. -V.67. -P.4557-65.

214. Xin K.Q. Immunization of RANTES expression plasmid with a DNA vaccine enhances HIV-1-specific immunity. / K.Q. Xin, Y. Lu, K. Hamajima et al. // Clin. Immunol. 1999. - V.92. - P.90-6.

215. Yang X. Modifications that stabilize human immunodeficiency virus envelope glycoprotein trimers in solution. / X. Yang, L. Florin, M. Farzan et al. // J. Virol. -2000. V.74. - P.4746-54.

216. Yang X. Stiochiometry of envelope glycoprotein trimers in the entry of human immunodeficiency virus type 1. / X. Yang, S. Kurteva, X. Ren et al. // J.Virol. -2005. V.79. - P.12132^47.

217. Zagury D. Interferon alpha and Tat involvement in the immunosuppression of uninfected T cells and C-C chemokine decline in AIDS. / D. Zagury, A. Lachgar, V. Chams et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1998. V.95. - P.3851-6.

218. Zeh H.J. High avidity CTLs for two self-antigens demonstrate superior in vitro and in vivo antitumor efficacy. / H.J. Zeh, D. Perry-Lalley, M.E. Dudley et al. // J. Immunol. 1999.- V.162.-P.989-94.

219. Zinkernagel R.M. Antiviral protection by virus-immune cytotoxic T cells: infected target cells are lysed before infectious virus progeny is assembled. / R.M. Zinkemagel, A. Althage // J. Exp. Med. 1977. - V. 145. - P.644-51.

220. Zinkernagel R.M. On Immunity Against Infections and Vaccines: Credo 2004. / R.M. Zinkemagel // Scand. J. Immunol. 2004. - V.60. - P.9-13.

221. Zocchi M.R. HIV-1 Tat inhibits human natural killer cell function by blocking L-type calcium channels. / M.R. Zocchi, A. Rubartelli, P. Morgavi, A. Poggi // J. Immunol. 1998. - V.161. -P.2938^13.

222. Полная нуклеотидная последовательность плазмидного вектора рВМС