Создание иммуногена на основе белка p17 ВИЧ-1 субтипа A тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.04, кандидат биологических наук Аль-Шехадат, Руслан Исмаилович

• Аль-Шехадат, Руслан Исмаилович
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Аль-Шехадат, Руслан Исмаилович

ОГЛАВЛЕНИЕ

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Цель и задачи исследования

Научная новизна работы

Научно-практическая значимость работы

Форма выполнения диссертационной работы

Апробация работы

Объем и структура диссертации

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Общая характеристика белка р 17 ВИЧ-1

1.2 Вирионная форма белка р 17

1.3 Внутриклеточная форма белка р17

1.4 Экстраклеточная форма белка р 17

1.5 Структура эпитопов белка р 17

1.6 Белок р 17 как терапевтическая вакцина против ВИЧ-1

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Плазмидные ДНК, использованные в работе

2.1.1 Плазмида pET151/D-TOPO

2.1.2 Плазмиды pBMCGagHum и pBMCGagNat

2.2 Бактериальные штаммы

2.3 Реакции ферментативной модификации ДНК и РНК

2.3.1 Амплификация последовательностей генов pi 7Nat и pi 7Mod

2.3.2 Скрининг колоний Е. coli с использованием ПЦР

2.3.3 Рестрикция плазмидной ДНК

2.3.4 Встраивание фрагментов ДНК в вектор рЕТ151/D-TOPO

2.3.5 Секвенирование ДНК по методу Сэнджера

2.3.6 Синтез кДНК

2.3.7 ПЦР в реальном времени с использованием SYBR GREEN

2.4 Электрофорез нуклеиновых кислот 64 2.4.1 Аналитический электрофорез ДНК в агарозном геле

2.4.2 Препаративный электрофорез ДНК и выделение ДНК из агарозного геля

2.5 Микробиологические методы

2.5.1 Приготовление компетентных клеток E.coli для трансформации

2.5.2 Трансформация клеток Е. coli

2.5.3 Индукция экспрессии гена, кодирующего рекомбинантный белок,

в штамме-продуценте

2.5.4 Автоиндукция экспрессии 0.2% лактозой по методу Штудиера

2.6 Очистка нуклеиновых кислот

2.6.1 Выделение плазмидной ДНК из клеток E.coli

2.6.2 Очистка и обессоливание ДНК

2.6.3 Выделение РНК из клеток Е. coli

2.7 Анализ и хроматография белков

2.7.1 Диск-электрофорез белков в денатурирующих условиях

по методу Леммли

2.7.2 Окрашивание белков в полиакриламидных гелях

2.7.3 Иммуноблоттинг

2.7.4 Разрушение бактериальных клеток в нативных условиях

2.7.5 Разрушение бактериальных клеток в денатурирующих условиях

2.7.6 Иммобилизованная металлоаффинная хроматография

в нативных условиях

2.7.7 Иммобилизованная металлоаффинная хроматография

в денатурирующих условиях

2.7.8 Определение концентрации белка по методу Бредфорд

2.7.9 Концентрирование белка методом ультрафильтрации

2.7.10 Сублимационное высушивание препарата белка р17

2.8 Статистический анализ полученных результатов

2.9 Компьютерные методы анализа данных

2.10 Синтетические пептиды

2.11 Иммунологические методы и методы работы с животными

2.11.1 Лабораторные животные

2.11.2 Иммунизация лабораторных животных различными дозами белка р 17

2.11.3 Иммунизация лабораторных животных белком р17

в сочетании с различными адъювантами

2.11.4 Иммунизация лабораторных животных белком pl

при различных путях введения антигена

87

89

2.11.5 Иммунизация лабораторных животных белком р17 для изучения особенностей иммунного ответа

при интраназальном введении антигена

2.11.6 Выделение спленоцитов и определение

антиген-специфической пролиферации

2.11.7 Индукция цитокинов в культурах спленоцитов

2.11.8 Определение уровней цитокинов в супернатантах

2.11.9 Иммунизация лабораторных животных белком р17

при смешанном пути введения антигена

2.11.10 Определение титра антител методом иммуноферментного анализа 85 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1 Клонирование последовательностей природного (нативного) гена pi 7Nat и модифицированного гена pi 7Mod, кодирующих белок р17, в плазмидном векторе для экспрессии pET151/D-TOPO

3.2 Динамика роста клеток E.coli штаммов BL21pl7Nat и BL21pl7Mod после индукции экспрессии 1 мМ ИПТГ и без индукции

3.3 Динамика биосинтеза рекомбинантного белка р17 клетками E.coli штаммов BL21pl7Nat и BL21pl7Mod после индукции

экспрессии 1 мМ ИПТГ

3.4 Биосинтез рекомбинантного белка р17 клетками E.coli штаммов BL21pl7Nat и BL21pl7Mod после автоиндукции экспрессии

0.2% лактозой по методу Штудиера

3.5 Иммуноблоттинг рекомбинантного белка р 17

3.6 Определение растворимости рекомбинантного белка р17 при его синтезе

в клетках E.coli штамма BL21pETpl7Mod

3.7 Частичная очистка рекомбинантного белка р17 из лизатов клеток E.coli штамма BL21pl7Mod методом ИМАХ с использованием сорбента

Ni-НТУ сефарозы

3.8 Определение G+C состава нативного и модифицированного гена pi 7

3.9 Определение состава редких для Е. coli кодонов в нативном и модифицированном генах, кодирующих белок р 17

3.10 Расчет вторичных структур мРНК, транскрибирующихся

с нативного и модифицированного генов, кодирующих белок pi7

3.11 Измерение динамики накопления РНК в клетках Е. coli

3.12 Сублимационное высушивание препарата белка р 17

3.13 Анализ гуморального иммунного ответа при иммунизации животных различными дозами белка ВИЧ р 17

3.14 Анализ гуморального иммунного ответа мышей при иммунизации животных белком ВИЧ р17 в сочетании с иммунотропными препаратами

3.15 Изучение иммунного ответа у мышей на белок р17

при различных путях введения

3.16 Изучение особенностей иммунного ответа на белок р17

при интраназальном введении

3.17 Оптимизация схемы иммунизации белком р17

для индукции местного и системного иммунного ответа

4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

4.1 Создание штамма-продуцента рекомбинантного белка р17

ВИЧ-1 субтипа А и оптимизация его экспрессии

4.2 Изучение факторов, влияющих на увеличение экспрессии модифицированного гена, кодирующего белок pi 7 ВИЧ-1 субтипа А,

по сравнению с нативным геном

4.3 Особенности выделения и очистки рекомбинантного белка р17

из клеток E.coli штамма BL21pl7Mod

4.4 Изучение иммунного ответа на рекомбинантный белок р17

у мышей линии Balb/C

5. ВЫВОДЫ 158 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 160 ПРИЛОЖЕНИЕ 1 191 ПРИЛОЖЕНИЕ 2 192 БЛАГОДАРНОСТИ

ВААРТ ВИЧ-1 ДНКаза 1 дНТФ ИЛ

ИМАХ

ИНФ

ИПТГ

ОП

ПААГ

ПВДФ

pl7Mod

pl7Nat

СПИД

ТАЕ

ФНО-а

ЭДТА

АР-1

АР-2

АР-3

CCL19

CCL21

CCR7

CD

CD4+

CD8+

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ

высокоактивная антиретровирусная терапия вирус иммунодефицита человека первого типа дезоксирибонуклеаза 1 дезоксинуклеотидтрифосфаты интерлейкин

иммобилизованная металлоаффинная хроматография интерферон

изопропил-(3-0-1 -тиогалактопиранозид оптическая плотность полиакриламидный гель поливинилиденфторид модифицированный ген pi 7 нативный ген pi

синдром приобретенного иммунодефицита

40 мМ Трис-ацетат, 2мМ ЭДТА, рН 8

фактор некроза опухоли альфа

этилендиаминтетраацетат динатриевая соль

activator protein 1 (активаторный белок 1)

activator protein 2 (активаторный белок 2)

activator protein 3 (активаторный белок 3)

С-С chemokine ligand 19 (С-С хемокин лиганд 19)

С-С chemokine ligand 21 (С-С хемокин лиганд 21)

С-С chemokine receptor type 7 (С-С рецептор хемокинов 7)

Cluster of Differentiation (кластер дифференцировки)

Т-хелперы

цитотоксические Т-лимфоциты

E2F1 eukaryotic transcription factor 2 type 1 (эукариотический

транскрипционный фактор 2 тип 1) EMSA electromobility shift analysis (метод замедления подвижности в геле)

HLA-DR human leukocyte antigen (антиген лейкоцитов человека DR)

hsp70 heat shock protein 70 (белок теплового шока 70)

LB Lysogeny Broth (жидкая среда для лизогении)

LTR long terminal repeat (длинный концевой повтор)

МСР-1 monocyte chemoattractant protein-1 (белок-хемоатрактант 1 для

моноцитов) Ni-НТУ Ni-нитрилотриуксусная кислота NK Natural killer (естественные киллеры)

РВМС Peripheral Blood Mononuclear Cell (мононуклеарные клетки

перефирической крови) RBS ribosome binding site (сайт связывания с рибосомой)

TEV Tobacco Etch Virus (вирус гравировки табака)

ТЕ 1 ОмМ Трис-HCl рН 8.0, 1мМ ЭДТА

TLR Toll-like receptor (Толл подобный рецептор)

Однобуквенные обозначения аминокислот:

А Алании L Лейцин

R Аргинин К Лизин

N Аспарагин М Метионин

D Аспарагиновая кислота F Фенилаланин

С Цистеин Р Пролин

Q Глутамин S Серин

Е Глутаминовая кислота Т Треонин

G Глицин W Триптофан

Н Гистидин Y Тирозин

I Изолейцин V Валин

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Создание иммуногена на основе белка p17 ВИЧ-1 субтипа A»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Вирус иммунодефицита человека первого типа является возбудителем опасного инфекционного заболевания - синдрома приобретенного иммунодефицита. В XXI веке распространение этого заболевания имеет характер пандемии. Уже с первых дней глобальной пандемии затрачиваются большие усилия для контроля прогрессирующего, вирус-индуцированного разрушения иммунной системы организма пациентов со СПИДом. Единственным доступным на сегодняшний день видом лечения является высокоактивная антиретровирусная терапия (ВААРТ). Однако, несмотря на то, что ВААРТ является триумфом современной медицины, его эффективность ограничивается высокой стоимостью, многочисленными побочными эффектами, необходимостью пожизненного применения без перерывов и, что главное, не полным восстановлением иммунной системы (Llibre et al., 2009). Дисфункция иммунной системы у пациентов, прошедших ВААРТ, ассоциирована с повышенным риском развития оппортунистических инфекционных заболеваний, раковых заболеваний, заболеваний почек и печени, ранним старением (Deeks and Phillips, 2009).

В настоящее время, когда число людей, инфицированных ВИЧ-1, в мире превысило 39 миллионов, остро необходимы новые, эффективные, нетоксические терапевтические подходы для борьбы с заболеванием. Терапевтические вакцины против ВИЧ-1 представляют многообещающую стратегию, способную эффективно дополнить применяемые сейчас антиретровирусные препараты.

Предполагается, что использование в качестве антигенов белков ВИЧ-1, отвечающих за иммуносупрессию и развитие СПИДа, даже у пациентов, прошедших ВААРТ, приведет к восстановлению нормального функционирования защитных систем организма. При этом присутствие на

данных антигенах эпитопов для нейтрализующих/ингибирующих антител дополнительно уменьшит горизонтальную и вертикальную передачу вируса за счет выработки антител на слизистых оболочках. Все это уменьшит ВИЧ-1 ассоциированный вред, наносимый иммунной системе, и позволит обеспечить длительные перерывы между курсами ВААРТ.

Исследования последних лет показали, что матриксный белок р17 ВИЧ-1 является ключевым фактором иммунопатогенеза СПИДа, играющим важнейшую роль во всех этапах развития вируса и прогрессии заболевания. Взаимодействие матриксного белка со своим рецептором-сиротой, экспрессирующимся практически на всех клетках иммунной системы, приводит к дерегуляции иммунной системы человека и созданию воспалительного микроокружения клеток, благоприятствующего размножение ВИЧ-1.

Связывание моноклональных антител против некоторых эпитопов белка р17 с поверхностью ВИЧ-1 инфицированных клеток приводит к уменьшению инфекционности вируса, то есть к уменьшению продуцирования вирусных частиц инфицированными клетками. Кроме этого, антитела к некоторым эпитопам матриксного белка обладают прямой вирус-нейтрализующей активностью, ингибируя инфицирование чувствительных клеточных линий после взаимодействия с вирионами.

Клинические исследования показали, что наличие высокого уровня антител к белку р17 коррелирует с медленным развитием СПИДа и, наоборот, уровень антител к р17 сильно падает при переходе от бессимптомного течения инфекции к СПИДу.

Из вышеизложенного, следует, что выработка антител на белок р17 и его функционально значимые мотивы может уменьшить негативное влияние ВИЧ-1 на иммунную систему, способствовать восстановлению нормального функционирования защитных систем

организма и уменьшить горизонтальную и вертикальную передачу вируса за счет выработки антител на слизистых оболочках.

Цель и задачи исследования

Целью данной работы является получение, очистка и изучение биохимических и иммунологических свойств белка р17 российского изолята ВИЧ-1 субтипа А и создание на его основе препарата иммуногена с перспективой его последующего использования в составе вакцины против ВИЧ.

Для достижения данной цели были поставлены следующие задачи:

1. Создать штамм-продуцент белка р17 ВИЧ-1 субтипа А с высоким уровнем его экспрессии.

2. Разработать метод очистки рекомбинантного белка р17 из клеточных лизатов.

3. Исследовать биохимические и иммунологические свойства рекомбинантного белка р17.

4. Изучить системный и местный иммунный ответ на созданный иммуноген.

Научная новизна работы

Впервые создан штамм Е. coli суперпродуцент рекомбинантного белка р17 ВИЧ-1 субтипа А российского изолята и проведено детальное изучение биохимических и иммунологических свойств белка, полученного в прокариотической системе экспрессии. Обнаружено, что использование GC-богатого модифицированного гена р17 приводит к 40% увеличению его экспрессии в клетках Е. coli по сравнению с нативным геном. Показано, что данный эффект ассоциирован с увеличением термодинамической стабильности целевой мРНК и с повышением ее относительного содержания в клетках E.coli.

Разработан эффективный способ одностадийной очистки рекомбинантного белка р17 из клеточного лизата с выходом 38 мг/л.

Впервые показано, что использование интерлейкина-1 (3 в качестве адъюванта при подкожной иммунизации мышей линии Ва1Ь/с рекомбинантным белком р17 приводит к достоверному увеличению титра специфических антител класса в к слабоиммуногенным, функционально

г 1 т 10-30 1 аЗО-52

значимым эпитопам белка р 17 и р 17

Обнаружено, что интраназальная иммунизация рекомбинантным белком р17 ВИЧ-1 субтипа А в сочетании с рекомбинантным ИЛ-1(3 является эффективным способом индукции местного гуморального иммунитета на всех слизистых оболочках мыши, однако, при этом практически не индуцируются системные антитела класса О. Показано, что при интраназальной иммунизации белок р17 ВИЧ-1 субтипа А не обладает не специфическим иммуносупрессивным действием, а наблюдаемый эффект слабого индуцирования антител при мукозальном введении, вероятно, связан с не достаточной абсорбцией белка или его физическим выведением со слизистой оболочки за счет взаимодействия с гепаран-сульфат протеогликанами.

Обнаружено, что наиболее эффективной схемой иммунизации рекомбинантным белком р17 ВИЧ-1 субтипа А для индуцирования как высокого уровня системного поствакцинального иммунитета, так и местного мукозального иммунного ответа, является первичная однократная парентеральная и последующая двукратная интраназальная вакцинация. Данный вариант позволяет получить высокие уровни ^А к р17 на слизистых оболочках и напряженность поствакцинального системного иммунитета сопоставимую с таковой при только парентеральном введении иммуногена.

Научно-практическая значимость работы

Разработана эффективная технология получения рекомбинантного белка р17 ВИЧ-1 субтипа А российского изолята, которая может быть использована при крупномасштабном производстве. Очищенный рекомбинантный белок pl7 может быть использован:

• в качестве терапевтической вакцины против ВИЧ/СПИДа;

• в составе тест-систем для выявления ВИЧ/СПИДа;

• для изучения различных функций белка р 17.

Показано, что эффективным способом увеличения экспрессии вирусного гена р17 ВИЧ-1 субтипа А в клетках Е. coli является использование GC-богатого модифицированного варианта гена.

Показано, что для слабоиммуногенных эпитопов белка р17, каковыми являются фрагменты белка р1710"30 и р1730"52, использование интерлейкина-lß в качестве адъюванта позволило достоверно увеличить титр специфических антител класса G при подкожном введении.

Разработана эффективная схема иммунизации рекомбинантным белком р17 ВИЧ-1 субтипа А российского изолята (однократное парентеральное праймирование белком р17 совместно с ИЛ-lßH последующие двукратное интраназальное бустирование р 17+ИЛ-1 ß) для индукции высоких уровней IgA к р17 на всех слизистых оболочках и для индукции высоких уровней IgG в системном кровотоке. Полученная схема вакцинации может быть использована в доклинических и клинических испытаниях терапевтической вакцины против ВИЧ/СПИДа на основе рекомбинантного белка р17.

Форма выполнения диссертационной работы

Работа выполнялась в рамках финансирования ННИУ "Биомедицинский центр" и ФГУП "ГосНИИ особо чистых биопрепаратов" ФМБА России по государственному контракту № 40.001.08.0. «Разработка ДНК-вакцины против ВИЧ и молекулярно-эпидемиологический мониторинг

разнообразия ВИЧ в Санкт-Петербурге» и в рамках гранта для студентов и аспирантов правительства Санкт-Петербурга в 2009 г.

Апробация работы

Материалы диссертации были представлены на 17-й и 18-й международных конференциях «СПИД, рак и общественное здоровье», Санкт-Петербург, Россия, в 2008 и 2009 годах; на рабочем совещании по рассмотрению хода выполнения распоряжения Правительства РФ от 25 декабря 2007 г. №1905-р, Новосибирск, Россия, в 2009 году. По теме диссертации опубликована 1 статья, 1 патент, 1 заявка на патент с заключением о выдаче патента и 4 тезисов докладов.

Объем и структура диссертации

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов исследования, обсуждения полученных результатов, выводов и списка литературы. Работа изложена на 193 страницах машинописного текста, иллюстрирована 43 рисунками, 7 таблицами и 2 приложениями. Список литературы содержит 262 литературных источников.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Аль-Шехадат, Руслан Исмаилович

5. ВЫВОДЫ

1. Получен штамм Е. coli - суперпродуцент рекомбинантного белка р17 российского изолята ВИЧ-1 субтипа А с максимальной продуктивностью 39+/-1% от общего клеточного белка. Высокая эффективность экспрессии белка р17 достигнута за счет использования в составе генно-инженерной конструкции искусственно синтезированного оптимизированного гена р17, богатого G+C основаниями, и метода автоиндукции. Увеличение экспрессии оптимизированного гена р17 связано с повышением относительного содержания соответствующей мРНК в клетках Е. coli.

2. Разработан метод очистки рекомбинантного белка р17 на основе иммобилизованной металлоаффинной хроматографии, позволяющий получить белок с чистотой 97% и выходом 38 мг/л. Совокупность изученных биохимических свойств высокоочищенного белка позволяет сделать вывод о возможности использования его в качестве иммуногена.

3. Создан препарат иммуногена на основе белка р17, который стабилен в растворе и в лиофилизированном состоянии. Данный препарат обладает иммуногенностью у мышей линии Balb/C, вызывая при различных условиях вакцинации индукцию специфического системного и/или местного гуморального иммунного ответа на всех слизистых оболочках.

4. Разработана схема иммунизации, основанная на свойствах белка р17 российского изолята ВИЧ-1 субтипа А, обеспечивающая одновременную индукцию высоких уровней антигенспецифических ^А на слизистых оболочках и высоких уровней антигенспецифических ^О в системном кровотоке.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Аль-Шехадат, Руслан Исмаилович, 2011 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Аль-Шехадат РИ, Духовлинов ИВ, Ворожцова ЕВ, Мурашев БВ, Климов НА, Козлов АП. Исследование механизмов, лежащих в основе увеличения экспрессии G+C обогащенных генов // Материалы 17-ой международной конференции «СПИД, рак и общественное здоровье». - 2008. -С. 10-11.

2. Колобов А. А., Колодкин Н. И., Золотарев Ю. А., Тафил С., Наволоцкая Е. В. Взаимодействие синтетического иммуномодулирующего дипептида бестима с макрофагами и тимоцитами мыши // Биоорг. Хим. - 2008. - Т.34. -№1. - С. 43-49.

3. Лобзин Ю.В., А.Л. Позняк, A.C. Симбирцев, А.Ю. Котов, A.A. Колобов, В.М. Мудрицкий. Эффективность применения иммунопрепарата Бестим при острой нейроинфекции хламидийного генеза // Цитокины и воспаление. - 2004. - №4. - С. 2426.

4. Петров A.B., Пигарева Н.В., Котов А.Ю., Колобов A.A., Симбирцев A.C. Изучение влияния Бестима (SCV-07) на дифференцировку Т-лимфоцитов у мышей // Цитокины и воспаление. - 2007. - Т.6. - №3. - С. 2731.

5. Пигарева Н.В., Сахарова И.Я., Васильева Г.Ю. Бестим в комплексной терапии туберкулеза легких. Под ред. Ю.Н.Левашева и А.С.Симбирцева // -СПб.: «Борей-Арт», 2007. -68 С.

6. Пигарева Н.В., Симбирцев A.C., Колобов A.A., Калинина Н.М., Кауров O.A., Кетлинский С.А. Изучение иммуномодулирующей активности нового пептидного соединения бестима // Иммунология. - 2000. - №1. - С. 33-35.

7. Симбирцев A.C. Биология семейства интерлейкина1 человека // Иммунология. - 1998. - № 3. - С. 9-17.

8. Aimanianda V, Haensler J, Lacroix-Desmazes S, Kaveri SV, Bayry J. Novel cellular and molecular mechanisms of induction of iMMune responses by aluminum adjuvants // Trends Pharmacol Sei. - 2009. - V. 30(6). - P. 287-95.

9. Albini A, Ferrini S, Benelli R, Sforzini S, Giunciuglio D, Aluigi MG, Proudfoot AE, Alouani S, Wells TN, Mariani G, Rabin RL, Farber JM, Noonan DM. HIV-1 Tat protein mimicry of chemokines // Proc Natl Acad Sei U S A. -1998.-V. 95.-P. 13153-13158.

10. Alcami A, Ghazal P, Yewdell JW. Viruses in control of the iMMune system. Workshop on molecular mechanisms of iMMune modulation: lessons from viruses //EMBO. - 2002. - V. 3. - P. 927-932.

11. Alcami A. Viral mimicry of cytokines, chemokines and their receptors // Nat Rev iMMunol. - 2003. - V. 3. - P. 36-50.

12. Alfano M, Poli G. Cytokine and chemokine based control of HIV infection and replication // Curr Pharm Des. - 2001. - V. 7. - P. 993-1013.

13. Almeida M, Cordero M, Almeida J, Orfao A. Different subsets of peripheral blood dendritic cells show distinct phenotypic and functional abnormalities in HIV-1 infection//AIDS. -2005. -V. 19. - P. 261-271.

14. Ambrose Z, Thompson J, Larsen K, Kuller L, Panicali DL, Clements JD, Agy M, Montefiori DC, Hu SL, Bosch ML. Evidence for iMMune-mediated reduction of viral replication in Macaca nemestrina mucosally iMMunized with inactivated SHIV(89.6) // Virology. - 2003. - V. 308(1). - P. 178-90.

15. Anthony DD, Yonkers NL, Post AB, Asaad R, Heinzel FP, Lederman MM, Lehmann PV, Valdez H. Selective impairments in dendritic cell-associated function distinguish hepatitis C virus and HIV infection // J IMMunol. - 2004. - V. 40.-P. 738-746.

16. Aoki Y., Tosato G. Neoplastic conditions in the context of HIV-1 infection // Curr. HIV. Res. - 2004. - V. 2. - P. 343-349.

17. Aukrust P, Müller F, Lien E, Nordoy I, Liabakk NB, Kvale D, Espevik T, Froland SS. Tumor necrosis factor (TNF) system levels in human

iMMunodeficiency virus-infected patients during highly active antiretroviral therapy: persistent TNT activation is associated with virologic and iMMunologic treatment failure // J Infect Dis. - 1999. - V. 179. - P. 74-82.

18. Ayna A., Amelia Still, and Eric Barklis. Analysis of Human IMMunodeficiency Virus Type 1 Matrix Binding to Membranes and Nucleic Acids // Journal of Virology. - 2009. - V. 83(23). - P. 12196-12203.

19. Baneyx F. Recombinant protein expression in Escherichia coli // Curr Opin Biotechnol. - 1999. - V. 10. - P. 411-421.

20. Barnett SW, Burke B, Sun Y, Kan E, Legg H, Lian Y, Bost K, Zhou F, Goodsell A, Zur Megede J, Polo J, Donnelly J, Ulmer J, Otten GR, Miller CJ, Vajdy M, Srivastava IK. Antibody-mediated protection against mucosal simian-human iMMunodeficiency virus challenge of macaques iMMunized with alphavirus replicon particles and boosted with trimeric envelope glycoprotein in MF59 adjuvant//J Virol. -2010,- V. 84(12).-P. 5975-85.

21. Barron MA, Blyveis N, Palmer BE, MaWhinney S, Wilson CC. Influence of plasma viremia on defects in number and iMMunophenotype of blood dendritic cell subsets in human iMMunodeficiency virus 1-infected individuals // J Infect Dis. -2003.-V. 187.-P. 26-37.

22. Batista-Duharte A, Lindblad EB, Oviedo-Orta E. Progress in understanding adjuvant iMMunotoxicity mechanisms // Toxicol Lett. - 2011. - V. 203(2). - P. 97105.

23. Battle-Miller K, Eby CA, Landay AL, Cohen MH, Sha BE, Baum LL. Antibody-dependent cell-mediated cytotoxicity in cervical lavage fluids of human iMMunodeficiency virus type 1-infected women // J Infect Dis. - 2002. - V. 185. -P. 439-447.

24. Becker PD, Fiorentini S, Link C, Tosti G, Ebensen T, Caruso A, Guzman CA. The HIV-1 matrix protein pi7 can be efficiently delivered by intranasal route in mice using the TLR 2/6 agonist MALP-2 as mucosal adjuvant // Vaccine. -2006. - V. 24(25). - P. 5269-76.

25. Beckwith J. The operon: An historical account // F.C. Neidhardt (Ed.), Escherichia Coli and Salmonella Typhimurium: Cellular and Molecular Biology Biology, American Society for Microbiology, Washington, D.C. - 1987. - P. 1439-1452.

26. Behren A, Simon C, Schwab RM, Loetzsch E, Brodbeck S, Huber E, Stubenrauch F, Zenner HP, Iftner T. Papillomavirus E2 protein induces expression of the matrix metalloproteinase-9 via the extracellular signal-regulated kinase/activator protein-1 signaling pathway // Cancer Res. - 2005. - V. 65. - P. 11613-11621.

27. Belyakov IM, Ahlers JD. Mucosal IiviMunity and HIV-1 Infection: Applications for Mucosal AIDS Vaccine Development // Curr Top Microbiol iMMunol. - 2011. - [Epub ahead of print].

28. Belyakov IM, Ahlers JD. Simultaneous Approach Using Systemic, Mucosal and Transcutaneous Routes of iMMunization For Development of Protective HIV-1 Vaccines // Curr Med Chem. -2011.- [Epub ahead of print]

29. Belyakov IM, Berzofsky JA. iMMunobiology of mucosal HIV infection and the basis for development of a new generation of mucosal AIDS vaccines // iMMunity. - 2004. - V. 20. - P. 247-253.

30. Bhattacharya J, Repik A, Clapham P. Gag regulates association of HIV-1 envelope with detergent-resistant membranes // J. Virol. - 2006. - V. 80. - P. 5292-5300.

31. Biggs TE, Cooke SJ, Barton CH, Harris MP, Saksela K, Mann DA. Induction of activator protein 1 (AP-1) in macrophages by human iMMunodeficiency virus type-1 NEF is a cell-type-specific response that requires both hck and MAPK signaling events // J Mol Biol. - 1999. - V. 290. - P. 21-35.

32. Billiau A, Matthys P. Modes of action of Freund's adjuvants in experimental models of autoiMMune diseases // J Leukoc Biol. - 2001. - V. 70(6). - P. 849-60.

33. Biron CA, Nguyen KB, Pien GC, Cousens LP, Salazar-Mather TP. Natural killer cells in antiviral defense: function and regulation by innate cytokines // Annu Rev iMMunol. - 1999. - V. 17. - P. 189-220.

34. Blank SE, Leslie GA, Clem W. Antibody affinity and valence in viral neutralization // J IMMunol. - 1972. - V. 108. - P. 665-73.

35. Boraschi D, Tagliabue A. Interleukin-1 and interleukin-1 fragments as vaccine adjuvants // Methods. - 1999. - V. 19(1). - P. 108-13.

36. Boucher CA, Krone WJ, Goudsmit J, Meloen RH, Naylor PH, Goldstein AL, Sun DK, Sarin PS. iMMune response and epitope mapping of a candidate HIV-1 pl7 vaccine HGP30 // J Clin Lab Anal. - 1990. - V. 4(1). - P. 43-7.

37. Boyle MJ, Berger MF, Tschuchnigg M, Valentine JE, Kennedy BG, Divjak M, Cooper DA, Turner JJ, Penny R, Sewell WA. Increased expression of interferon-gaMMa in hyperplastic lymph nodes from HIV-infected patients // Clin Exp IMMunol. - 1993. -V. 92. - P. 100-105.

38. Bradford MM. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding // Anal. Biochem. - 1976. - V. 72. - P. 248-254.

39. Briggs JA, Kräusslich HG. The Molecular Architecture of HIV // J Mol Biol. -2011.-V. 410(4).-P. 491-500.

40. Brinkmann U, Mattes RE, Buckel P. High-level expression of recombinant genes in Escherichia coli is dependent on the availability of the dnaY gene product // Gene. - 1989. - V. 85. - P. 109-114.

41. Brooks B, Chapman K, Lawry J, Meager A, Rees RC. Suppression of lymphokine-activated killer (LAK) cell induction mediated by interleukin-4 and transforming growth factor-beta 1: effect of addition of exogenous tumour necrosis factor-alpha and interferon-gaMMa, and measurement of their endogenous production // Clin Exp IMMunol. - 1990. - V. 82. - P. 583-589.

42. Bukrinskaya A, Vorkunova G, Burstein M, Stevenson M. Intracellularly cleaved HIV-1 matrix protein is packaged into virions // Doklady Biol. Sci. (Mosc.). - 2006. - V. 404. - P. 249-252.

43. Bukrinskaya A, Vorkunova G, Tentsov Y. HIV-1 matrix protein pi7 resides in cell nuclei in association with genomic RNA // AIDS Res. Hum. Retroviruses. -1992.-V. 8.-P. 1795-1801.

44. Bukrinskaya A. The activity of the protease of HIV-1 is initiated at the membrane of infected cells before the release of viral proteins and is required for release to occur with maximum efficiency // Virus Res. - 2007. - V. 124. - P. 111.

45. Bukrinsky M, Haggerty S, Dempsey M, Sharova N, Adzhubei A, Spitz L, Lewis P, Goldfarb D, Emerman M, Stevenson M. A nuclear localization signal within HIV-1 matrix protein that governs infection of non-dividing cells // Nature.

- 1993. - V. 365. - P. 666-669.

46. Bukrinsky M. A hard way to the nucleus // Mol. Med. - 2004. - V. 10. - P. 1-6.

47. Buratti E, Tisminetzky SG, D'Agaro P, Baralle FE. A neutralizing monoclonal antibody previously mapped exclusively on human iMMunodeficiency virus type 1 gp41 recognizes an epitope in pi7 sharing the core sequence IEEE // J Virol. - 1997. - V. 71(3). - P. 2457-62.

48. Burnette B, Kahn R, Glover CJ, Felsted RL. Bacterial expression, purification, and in vitro N-myristoylation of HIV-1 pl7gag // Protein Expr Purif.

- 1992.-V. 3,-P. 395-402.

49. Burniston MT, Cimarelli A, Colgan J, Curtis SP, Luban J. HIV-1 Gag polyprotein multimerization requires nucleocapsid domain and RNA and is promoted by the capsid-dimer interface and the basic region of matrix protein // J. Virol. - 1999. -V. 73. - P. 8527-8540.

50. Caputo A, Gavioli R, Bellino S, Longo O, Tripiciano A, Francavilla V, Sgadari C, Paniccia G, Titti F, Cafaro A, Ferrantelli F, Monini P, Ensoli F, Ensoli

B. HIV-1 Tat-based vaccines: an overview and perspectives in the field of HIV/AIDS vaccine development // Int Rev iMMunol. - 2009. - V. 28(5). - P. 285334.

51. Caruso A, Canaris AD, Licenziati S, Cantalamessa A, Folghera S, Lonati MA, de Panfilis G, Garotta G, Turano A. CD4+ and CD8+ lymphocytes of patients with AIDS synthesize increased amounts of interferon-gaMMa // J Acquired iMMune Defic Syndr. - 1995. - V. 10. - P. 462^70.

52. Caruso A, Pollara P, Foresti I, Bonfanti C, De Francesco M, Gelmi M, Turano A. Interferon-gaMMa is associated with the surface of the human iMMunodeficiency virus and binds to the gag gene product pi7 // AIDS Res Hum Retroviruses. - 1989. -V. 5. - P. 605-605.

53. Cella M, Jarrossay D, Facchetti F, Alebardi O, Nakajima H, Lanzavecchia A, Colonna M. Plasmacytoid monocytes migrate to inflamed lymph nodes and produce large amounts of type I interferon // Nat Med. - 1999. - V. 5. - P. 919— 923.

54. Cerutti A, Chen K, Chorny A. iMMunoglobulin responses at the mucosal interface // Annu Rev IMMunol. - 2011. - V. 29. - P. 273-93.

55. Cerutti A. The regulation of IgA class switching // Nat Rev IMMunol. -2008.-V. 8(6).-P. 421-34.

56. Chargelegue D, C M O'Toole, and B T Colvin Clin. A longitudinal study of the IgG antibody response to HIV-1 pi7 gag protein in HIV-1+ patients with haemophilia: titre and avidity // Exp IMMunol. - 1993. - V. 93(3). - P. 331-336.

57. Chargelegue D, Stanley CM, O'Toole CM, Colvin BT, Steward MW. The affinity of IgG antibodies to gag p24 and pi7 in HIV-1-infected patients correlates with disease progression // Clin Exp IMMunol. - 1995. - V. 99(2). - P. 175-81.

58. Cheng C, Shuman S. DNA strand transfer catalyzed by vaccinia topoisomerase: ligation of DNAs containing a 3' mononucleotide overhang // Nucleic Acids Res. -2000. -V. 28. - P. 1893-1898.

59. Christopher P. Jones, Siddhartha A. K. Datta, Alan Rein, Ioulia Rouzina, and Karin Musier-Forsyth. Matrix Domain Modulates HIV-1 Gag's Nucleic Acid Chaperone Activity via Inositol Phosphate Binding // Journal of Virology. - 2011. -V. 85(4).-P. 1594-1603.

60. Cocchi F, DeVico AL, Garzino-Demo A, Arya SK, Gallo RC, Lusso P. Identification of RANTES, MIP-1 alpha, and MIP-1 beta as the major HIV-suppressive factors produced by CD8+ T cells // Science. - 1995. - V. 270. - P. 1811-1815.

61. Colonna M, Krug A, Cella M. Interferon-producing cells: on the front line in iMMune responses against pathogens // Curr Opin iMMunol. - 2002. - V. 14. - P. 373-379.

62. Conant K, Garzino-Demo A, Nath A, McArthur JC, Halliday W, Power C, Gallo RC, Major EO. Induction of monocyte chemoattractant protein-1 in HIV-1 Tat-stimulated astrocytes and elevation in AIDS dementia // Proc Natl Acad Sci U S A. - 1998.-V. 95.-P. 3117-3121.

63. Conte MR, Matthews S. Retroviral matrix proteins: A structural perspective. //Virology. - 1998.-V. 246.-P. 191-198.

64. Cosson P. Direct contact between the envelope and matrix protein of HIV-1 //EMBO J. - 1996.-V. 15.-P. 5783-5788.

65. Dalton AK, Murray PS, Murray D, Vogt VM. Biochemical characterization of Rous sarcoma virus MA protein interaction with membranes // J. Virol. - 2005. -V. 79.-P. 6227-6238.

66. Das S, Dixon JE, Cho W. Membrane-binding and activation mechanism of PTEN // Proc Natl Acad Sci USA. - 2003. - V. 100. - P. 7491-7496.

67. Davis M, Aiken C. Role of the MA protein in HIV-1 core function // Materials of Retrovirus Meeting Cold Spring Harbor, New York. - 2005. - P. 2429.

68. Davis M, Jiang J, Zhou J, Freed E, Aiken C. A mutation in the HIV-1 Gag protein destabilizes the interaction of the envelope protein subunits gpl20 and gp41 //J. Virol.-2006.-V. 80.-P. 2405-2417.

69. De Francesco MA, Baronio M, Fiorentini S, Signorini C, Bonfanti C, Poiesi C, Popovic M, Grassi M, Garrafa E, Bozzo L, Lewis GK, Licenziati S, Gallo RC, Caruso A. HIV-1 matrix protein pi7 increases the production of proinflaMMatory cytokines and counteracts IL-4 activity by binding to a cellular receptor // Proc Natl Acad Sci USA. - 2002. - V. 99. - P. 9972-9977.

70. De Francesco MA, Caruso A, Fallacara F, Canaris AD, Dima F, Poiesi C, Licenziati S, Corulli M, Martinelli F, Fiorentini S, Turano A. HIV pi7 enhances lymphocyte proliferation and HIV-1 replication after binding to a human serum factor//AIDS. - 1998. -V. 12. - P. 245-252.

71. De Francesco MA, Poiesi C, Ricotta D, Manca N. HIV pi7 reverses the anti-inflaMMatory activity of IL-4 on IL-15 stimulated monocytes and modulates their ability to secrete MIP-1 alpha // Virus Res. - 2006. - V. 118. - P. 170-177.

72. De Francesco Maria A., Manuela Baronio, and Claudio Poiesi. HIV-1 pl7 Matrix Protein Interacts with Heparan Sulfate Side Chain of CD44v3, Syndecan-2, and Syndecan-4 Proteoglycans Expressed on Human Activated CD4+ T Cells Affecting Tumor Necrosis Factor alpha and Interleukin 2 Production // The Journal of Biological Chemistry. -2011. -V. 286(22). - P. 19541-19548.

73. Deeks SG, Phillips AN. HIV infection, antiretroviral treatment, ageing, and non-AIDS related morbidity // BMJ. - 2009. - V. 338. - P. a3172.

74. Dieli F, Asherson GL, Sireci G, Bonnano CT, Caccamo N, Salerno A. Interleukin 4 suppresses primary interferon gaMMa response by T cells iMMunized in vivo and cultured in vitro with interleukin 2 // Cytokine. - 2003. - V. 120. - P. 294-299.

75. DiMMock Nigel J.The complex antigenicity of a small external region of the C-terminal tail of the HIV-1 gp41 envelope protein: a lesson in epitope analysis // Rev. Med. Virol. -2005. -V. 15.-P. 365-381.

76. Dinarello CA. iMMunological and inflaMMatory functions of the interleukin-1 family // Annu Rev iMMunol. - 2009. - V. 27. - P. 519-50.

77. Ding L, Derdowski A, Wang J, Spearman P. Independent segregation of HIV-1 Gag protein complexes and lipid rafts // J. Virol. - 2003. - V. 77. - P. 1916-1926.

78. Donaghy H, Pozniak A, Gazzard B, Qazi N, Gilmour J, Gotch F, Patterson S. Loss of blood CDllc(+) myeloid and CDllc(-) plasmacytoid dendritic cells in patients with HIV-1 infection correlates with HIV-1 RNA virus load // Blood. -2001.-V. 98.-P. 2574-2576.

79. Dong X, Li H, Derdowski A, Ding L, Burnett A, Chen X, Peters TR, Dermody TS, Woodruff E, Wang JJ, Spearman P. AP-3 directs the intracellular trafficking of HIV-1 Gag and plays a key role in particle assembly // Cell. - 2005. -V. 120.-P. 663-674.

80. Donovan RM, Bush CE, Markowitz NP, Baxa DM, Saravolatz LD. Changes in viral load markers during AIDS-associated opportunistic diseases in human iMMunodeficiency virus-infected persons // J Infect Dis. — 1996. — V. 174. - P. 401-403.

81. Dorfman T, MaMMano F, Haseltine WA, Gottlinger HG. Role of the matrix protein in the virion association of the HIV-1 envelope glycoprotein // J. Virol. -1994.-V. 68.-P. 1689-1696.

82. Eisenbarth SC, Colegio OR, O'Connor W, Sutterwala FS, Flavell RA. Crucial role for the Nalp3 inflaMMasome in the iMMunostimulatory properties of aluminium adjuvants // Nature. - 2008. - V. 453(7198). - P. 1122-6.

83. Embretson J, Zupancic M, Ribas JL, Burke A, Racz P, Tenner-Racz K, Haase AT. Massive covert infection of helper T lymphocytes and macrophages by HIV during the incubation period of AIDS // Nature. - 1993. - V. 362. - P. 35962.

84. Ensoli B, Bellino S, Tripiciano A, Longo O, Francavilla V, Marcotullio S, Cafaro A, Picconi O, Paniccia G, Scoglio A, Arancio A, Ariola C, Ruiz Alvarez

MJ, Campagna M,Scaramuzzi D, Iori C, Esposito R, Mussini C, Ghinelli F, Sighinolfi L, Palamara G, Latini A, Angarano G, Ladisa N, Soscia F, Mercurio VS, Lazzarin A, Tambussi G, Visintini R,Mazzotta F, Di Pietro M, Galli M, Rusconi S, Carosi G, Torti C, Di Perri G, Bonora S, Ensoli F, Garaci E. Therapeutic iMMunization with HIV-1 Tat reduces iMMune activation and loss of regulatory T-cells and improves iMMunefunction in subjects on BAAPT // PLoS One. - 2010. -V. 5(11).-P. el3540.

85. Evans DT, Chen LM, Gillis J, Lin KC, Harty B, Mazzara GP, Donis RO, Mansfield KG, Lifson JD, Desrosiers RC, Galán JE, Johnson RP. Mucosal priming of simian iMMunodeficiency virus-specific cytotoxic T-lymphocyte responses in rhesus macaques by the Salmonella type III secretion antigen delivery system // J Virol.-2003.-V. 77(4)

86. Facchetti F, Vermi W, Mason D, Colonna M. Interferon-producing cells: on the front line in iMMune responses against pathogens // Virchows Arch. - 2003. -V. 443.-P. 703-717.

87. Faham, S., Hileman, R.E., FroMM, J.R., Linhardt, R.J., Rees, D.C. Heparin structure and interactions with basic fibroblast growth factor // Science. - 1996. -V. 271.-P. 1116-1120.

88. Fantuzzi L, Conti L, Gauzzi MC, Eid P, Del Corno M, Varano B, Canini I, Belardelli F, Gessani S. Regulation of chemokine/cytokine network during in vitro differentiation and HIV-1 infection of human monocytes: possible importance in the pathogenesis of AIDS // J Leukoc Biol. - 2000. - V. 68. - P. 391-399.

89. Fauci AS, Frank MM, Johnson JS. The relationship between antibody affinity and efficiency of complement fixation // J iMMunol. - 1970. - V. 105. - P. 215-20.

90. Fiorentini S, Giagulli C, Caccuri F, Magiera AK, Caruso A. HIV-1 matrix protein pi7: a candidate antigen for therapeutic vaccines against AIDS // Pharmacol Ther. - 2010. - V. 128(3). - P. 433-44.

91. Fiorentini S, Marini E, Bozzo L, Trainini L, Saadoune L, Avolio M, Pontillo A, Bonfanti C, Sarmientos P, Caruso A. Preclinical studies on iMMunogenicity of the HIV-1 pl7-based synthetic peptide AT20-KLH // Biopolymer. - 2004. - V. 76(4).-P. 334-43.

92. Fiorentini S, Marini E, Caracciolo S, Caruso A. Functions of the HIV-1 matrix protein pl7 // New Microbiol. - 2006. - V. 29. - P. 1-10.

93. Fiorentini S, Marsico S, Becker PD, Iaria ML, Bruno R, Guzman CA, Caruso A. Synthetic peptide AT20 coupled to KLH elicits antibodies against a conserved conformational epitope from a major functional area of the HIV-1 matrix protein pl7 // Vaccine. - 2008. - V. 26(36). - P. 4758-65.

94. Fiorentini S, Riboldi E, Facchetti F, Avolio M, Fabbri M, Tosti G, Becker PD, Guzman CA, Sozzani S, Caruso A. HIV-1 matrix protein pi7 induces human plasmacytoid dendritic cells to acquire a migratory iMMature cell phenotype // Proc Natl Acad Sci USA.- 2008. - V. 105. - P. 3867-3872.

95. Fischer-Smith T, Croul S, Sverstiuk AE, Capini C, L'Heureux D, Régulier EG, Richardson MW, Amini S, Morgello S, Khalili K, Rappaport J. CNS invasion by CD14+/CD16+ peripheral blood-derived monocytes in HIV dementia: perivascular accumulation and reservoir of HIV infection // J Neurovirol. - 2001. -V. 7.-P. 528-541.

96. Flaminio G, Caruso A, Poiesi C, Bonfanti C, Terleghi L, Canaris AD, Varinacci C, Martinelli F, Garotta G, Albertini A, Turano A. Interferon-gaMMa is associated with the surface of the human iMMunodeficiency virus and binds to the gag gene product pl7 // AIDS Res Hum Retroviruses. - 1995. - V. 11. - P. 1441— 1447.

97. Fledderman Emily L., Ken Fujii, Ruba H. Ghanam, Kayoko Waki, Peter E. Prevelige, Eric O. Freed, and Jamil S. Saad. Myristate Exposure in the Human IMMunodeficiency Virus Type 1 Matrix Protein Is Modulated by pH // Biochemistry. -2010. -V. 49. - P. 9551-9562.

98. Forshey BM, von Swedler U, Sundquist WI, Aiken C. Formation of a HIV-1 core of optimal stability is crucial for virus replication // J. Virol. - 2002. - V. 76. -P. 5667-5677.

99. Forthal DN, Moog C. Fc receptor-mediated antiviral antibodies // Curr Opin HIV AIDS. - 2009. - V. 4. - P. 388-393.

100. Fountoulakis M, Juranville JF, Maris A, Ozmen L, Garotta G. One interferon gaMMa receptor binds one interferon gaMMa dimer // J Biol Chem. -1990. -V. 265. - P. 19758-19767.

101. Freed EO. HIV-1 gag proteins: diverse functions in the virus life cycle // Virology.- 1998,-V. 251.-P. 1-15.

102. Frisch M, Biggar RJ, Engels EA, Goedert JJ; AIDS-Cancer Match Registry Study Group. Association of cancer with AIDS-related iMMunosuppression in adults //JAMA.- 2001. - V. 285.-P. 1736-1745.

103. Gallay P, Swingler S, Song J, Bushman F, Trono D. Nuclear import is governed by the phosphotyrosine-mediated binding of matrix to the core domain of integrase // Cell. - 1995. - V. 83. - P. 569-576.

104. Ganser B, Su L, Klishko V, Finch J, Sundquist W. Assembly and analysis of conical models for the HIV-1 core // Science. - 1999. - V. 283. - P. 80-83.

105. Giagulli C, Marsico S, Magiera AK, Bruno R, Caccuri F, Barone I, Fiorentini S, Ando S, Caruso A. Opposite effects of HIV-1 pl7 variants on PTEN activation and cell growth in B cells // PLoS One. - 2011. - V. 6(3). - P el7831.

106. Gibellini D, Re MC, Bassini A, Guidotti L, Catani L, La Placa M, Zauli G. HIV-1 gpl20 induces the activation of both c-fos and c-jun iMMediate-early genes in HEL megakaryocyte cells // Br J Haematol. - 1999. - V. 104. - P. 81-86.

107. Gillis S, Mochizuki DY, Conlon PJ, Hefeneider SH, Ramthun CA, Gillis AE, Frank MB, Henney CS, Watson JD. Molecular characterization of interleukin 2 // iMMunol Rev. - 1982. - V. 63. - P. 167-209.

108. Goletti D, Weissman D, Jackson RW, Graham NM, Vlahov D, Klein RS, Munsiff SS, Ortona L, Cauda R, Fauci AS. Effect of Mycobacterium tuberculosis

on HIV replication. Role of iMMune activation // J iMMunol. - 1996. - V. 175. - P. 1271-1278.

109. Gonzalez E, Rovin BH, Sen L, Cooke G, Dhanda R, MuMMidi S, Kulkarni H, Bamshad MJ, Telles V, Anderson SA, Walter EA, Stephan KT, Deucher M, Mangano A, Bologna R, Ahuja SS, Dolan MJ, Ahuja SK. HIV-1 infection and AIDS dementia are influenced by a mutant MCP-1 allele linked to increased monocyte infiltration of tissues and MCP-1 levels // Proc Natl Acad Sci US A.-2002. - V. 99. - P. 13795- 13800.

110. Gotch F, Hardy G, Imami N. Therapeutic vaccines in HIV.l infection // IMMunol Rev. - 1999. - V. 170. - P. 173-82.

111. Gould SJ, Booth AM, Hildreth JE. The Trojan exosome hypothesis // Proc Natl Acad Sci USA. - 2003. - V. 100. - P. 10592-10597.

112. Grandori C, Mac J, Siebelt F, Ayer DE, Eisenman RN. Myc-Max heterodimers activate a DEAD box gene and interact with multiple E box-related sites in vivo // EMBO J. - 1996. - V. 15(16). - P. 4344-57.

113. Grossman TH, Kawasaki ES, Punreddy SR, Osburne MS Spontaneous cAMP-dependent derepression of gene expression in stationary phase plays a role in recombinant expression instability // Gene. - 1998. - V. 209. - P. 95-103.

114. Guihot, A., Tubiana, R., Breton, G., Marcelin, A. G., Samri, A., Assoumou, L., Goncalves E, Bricaire F, Costagliola D, Calvez V, Rouzioux C, Autran B, Katlama C, Carcelain G; ALT-ANRS CO-15 study group; DECAMUNE study group. IMMune and virological benefits of 10 years of permanent viral control with antiretroviral therapy // AIDS. - 2010. - V 24. - P. 614-617.

115. Gupta S, Arora K, Gupta A, Chaudhary VK. Gag-derived proteins of HIV-1 isolates from Indian patients: cloning, expression, and purification of pi 7 of B- and C-subtypes // Protein Expr Purif. - 2001. - V. 21. - P. 378-385.

116. Guy B. The perfect mix: recent progress in adjuvant research // Nat Rev Microbiol. - 2007. - V. 5(7). - P. 505-17.

117. Gwinn WM, Kirwan SM, Wang SH, Ashcraft KA, Sparks NL, Doil CR, Tlusty TG, Casey LS, Hollingshead SK, Briles DE, Dondero RS, Hickey AJ, Foster WM, Staats HF. Effective induction of protective systemic iMMunity with nasally administered vaccines adjuvanted with IL-1 // Vaccine. - 2010 - V. 28(42). -P. 6901-14.

118. Hannig G, Makrides SC. Strategies for optimizing heterologous protein expression in Escherichia coli // Trends in Biotechnology. - 1998. - V. 16. - P. 54-60.

119. He R, Leeson A, Andonov A, Li Y, Bastien N, Cao J, Osiowy C, Dobie F, Cutts T, Ballantine M, Li X. Activation of AP-1 signal transduction pathway by SARS Coronavirus nucleocapsid protein // Biochem Biophys Res CoMMun. -2003.-V. 311.-P. 870-876.

120. Hearps AC, Wagstaff KM, Piller SC, Jans DA. The N-Terminal Basic Domain of the HIV-1 Matrix Protein Does Not Contain a Conventional Nuclear Localization Sequence But Is Required for DNA Binding and Protein Self-Association // Biochemistry. - 2008. - V. 47. - P. 2199-2210.

121. Herbein G, Coaquette A, Perez-Bercoff D, Pacino G. Macrophage activation and HIV infection: can the Trojan horse turn into a fortress? // Curr Mol Med. -2002.-V. 2.-P. 723-738.

122. Hermuda-Matsumoto L, Resh MD. HIV-1 protease triggers a myristoyl switch that modulates membrane binding of Pr55 Gag and pl7 MA // J. Virol. -1999.-V. 73.-P. 1902-1908.

123. Herrick D, Parker R, Jacobson A. Identification and comparison of stable and unstable mRNAs in Saccharomyces cerevisiae // Mol Cell Biol. - 1990. - V. 10.-P. 2269-2284.

124. Hill WI, Worthylake CP, Bancroft D, Christensen DP, Sundquist AM. Crystal structure of the trimeric HIV-1 matrix protein: implication for membrane association and assembly // Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. - 1996. - V. 93. - P. 3099-30104.

125. Hirsch VM, Sharkey ME, Brown CR, Brichaeek B, Goldstein S, Wakefield J, Byrum R, Elkins WR, Hahn BH, Lifson JD, Stevenson M. Vpx is required for dissemination and pathogenesis of SIV(SM) PBj: evidence of macrophage-dependent viral amplification // Nat Med. - 1998. - V. 4. - P. 1401-1408.

126. Ho WZ, Cherukrui R, Douglas SD. The macrophage and HIV-1 // iMMunol Ser. - 1994. - V. 60. - P. 569-587.

127. Holloway G, Coulson BS. Rotavirus activates JNK and p38 signaling pathways in intestinal cells, leading to AP-1 -driven transcriptional responses and enhanced virus replication // J Virol. - 2006. - V. 80. - P. 10624-10633.

128. Hosmalin A, Lebon P. Type I interferon production in HIV-infected patients // J Leukoc Biol. - 2006. - V. 80. - P. 984-993.

129. Huber RE, Kurz G, Wallenfels K. A quantitation of the factors which affect the hydrolase and transgalactosylase activities of beta-galactosidase (E. coli) on lactose // Biochemistry. - 1976. -V. 15. - P. 1994-2001.

130. Ikuta K., Chizuko Moritaa, Shiro Miyakea, Tetsuya Itoa, Masafumi Okabayashia, Kouichi Sanob, Masuyo Nakaib, Kanji Hiraic and Shiro Kato. Expression of human iMMunodeficiency virus type 1 (HIV-1) gag antigens on the surface of a cell line persistently infected with HIV-1 that highly expresses HIV-1 antigens // Virology. - 1989. - V. 170. - P. 408-417.

131. Inada T, Kimata K, Aiba H. Mechanism responsible for glucose-lactose diauxie in Escherichia coli: challenge to the cAMP model // Genes Cells. - 1996. -V. 1.-P. 293-301.

132. Ishikawa S, Hashinaka K, Hashida S, Oka S, Ishikawa E. Sensitive enzyme iMMunoassay of antibodies to HIV-1 pl7 antigen using indirectly iMMobilized recombinant pl7 for diagnosis of HIV-1 infection // J Clin Lab Anal. - 1998. - V. 12.-P. 343-350.

133. Jana S, Deb JK. Strategies for efficient production of heterologous proteins in Escherichia coli // Appl Microbiol Biotechnol. - 2005. - V. 67. - P. 289-298.

134. Jayasekera JP, Moseman EA, Carroll MC. Natural antibody and complement mediate neutralization of influenza virus in the absence of prior iMMunity // J Virol. -2007. - V. 81.-P. 3487-3494.

135. Jiang JD, Chu FN, Naylor PH, Kirkley JE, Mandeli J, Wallace JI, Sarin PS, Goldstein AL, Holland JF, Bekesi JG. Specific antibody responses to synthetic peptides of HIV-1 pi 7 correlate with different stages of HIV-1 infection // J Acquir iMMune Defic Syndr. - 1992. - V. 5(4). - P. 382-90.

136. Kageyama S, Kurimura T. Disappearance of anti-pl7 correlates with successful isolation of human iMMunodeficiency virus and deterioration in clinical status Hint J STD AIDS.- 1990.-V. 1(2).-P. 129-31.

137. Kane JF. Effects of rare codon clusters on high-level expression of heterologous proteins in Escherichia coli // Curr Opin Biotechnol. - 1995. - V. 6. -P. 494-500.

138. Kaplan AH, Manchester M, Swanstrom M. The activity of the protease of HIV-1 is initiated at the membrane of infected cells before the release of viral proteins and is required for release to occur with maximum efficiency // J. Virol. -1994. - V. 68. - P. 6782-6786.

139. Kaushik R, Ratner L. Role of HIV-1 matrix phosphorylation in an early postentry step of virus replication // J. Virol. - 2004. - V. 78. - P. 2319-2326.

140. Kawai T, Akira S. The roles of TLRs, RLRs and NLRs in pathogen recognition // Int iMMunol. - 2009. - V. 21(4). - P. 317-37.

141. Kedzierska, K., Crowe, S.M., Turnville, S., and Cunningham, A.L. The influence of cytokines, chemokines and their receptors on HIV-1 replication in monocytes and macrophages // Rev Med Virol. - 2003. - V. 13. - P. 39-56.

142. Kelder W, McArthur JC, Nance-Sproson T, McClernon D, Griffin DE. Beta-chemokines MCP-1 and RANTES are selectively increased in cerebrospinal fluid of patients with human iMMunodeficiency virus-associated dementia // Ann Neurol.-1998.-V. 44.-P. 831-835.

143. Kido M, Yamanaka K, Mitani T, Niki H, Ogura T, Hiraga S. RNase E polypeptides lacking a carboxyl-terminal half suppress a mukB mutation in Escherichia coli // J Bacteriol. - 1996. - V. 178. - P. 3917 -3925.

144. Kiernan R, Ono A, Englund G, Freed E. Role of matrix in an early postentry step in the human iMMunodeficiency virus type 1 life cycle // J. Virol. - 1998. - V. 72.-P. 4116-4126.

145. Kieser A, Kilger E, Gires O, Ueffmg M, Kolch W, HaMMerschmidt W. Epstein-Barr virus latent membrane protein-1 triggers AP-1 activity via the c-Jun N-terminal kinase cascade // EMBO J. - 1997. - V. 16. - P. 6478-6485.

146. Kimata K, Takahashi H, Inada T, Postma P, Aiba H. cAMP receptor proteincAMP plays a crucial role in glucose-lactose diauxie by activating the major glucose transporter gene in Escherichia coli // Proc Natl Acad Sei USA.- 1997. -V. 94.-P. 12914-12919.

147. Kinter AL, Poli G, Fox L, Hardy E, Fauci AS. HIV replication in Unstimulated peripheral blood mononuclear cells is driven in an autocrine/paracrine manner by endogenous cytokines // J iMMunol. - 1995. - V. 154. - P. 2448-2459.

148. Kleber-Janke T, Becker WM. Use of modified BL21(DE3) Escherichia coli cells for high-level expression of recombinant peanut allergens affected by poor codon usage // Protein Expr Purif. - 2000. - V. 19. - P. 419-424.

149. Kolobov A.A., Simbirtsev A.S. Bestim is an unique regulator of iMMunity // New Information technologies in medicine, pharmacology and biology. - Gurzuf, 2005.-P. 81-84.

150. Kumar A, Manna SK, Dhawan S, Aggarwal BB. HIV-Tat protein activates c-Jun N-terminal kinase and activator protein-1 // J IMMunol. - 1998. - V. 161. -P. 776-781.

151. Kwon D, Fuller AC, Palma JP, Choi IH, Kim BS. Induction of chemokines in human astrocytes by Picornavirus infection requires activation of both AP-1 and NF-kappa B // Glia. - 2004. - V. 45. - P. 287-296.

152. LaeMMli UK. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 // Nature. - 1970. - V. 227. - P. 680-685.

153. Lai SK, Hida K, Shukair S, et al. Human iMMunodeficiency virus type 1 is trapped by acidic but not by neutralized human cervicovaginal mucus // J Virol. -2009. - V. 83. - P. 11196-11200.

154. Lange JM, de Wolf F, Krone WJ, Danner SA, Coutinho RA, Goudsmit J. Decline of antibody reactivity to outer viral core protein pl7 is an earlier serological marker of disease progression in human iMMunodeficiency virus infection than anti-p24 decline // AIDS. - 1987. - V. 1(3). - P. 155-9.

155. Leslie NR, Batty IH, Maccario H, Davidson L, Downes CP. Understanding PTEN regulation: PIP2, polarity and protein stability // Oncogene. - 2008. - V. 27.

- P. 5464-5476.

156. Li S., Luisa Bozzo, Zhibin Wu, Wuyuan Lu, Fabio Romerio. The HIV-1 matrix protein pi7 activates the transcription factors c-Myc and CREB in human B cells // New Microbiologica. - 2010. - V. 33. - P. 13-24.

157. Liu X, Liu Z, Jang SW, Ma Z, Shinmura K, Kang S, Dong S, Chen J, Fukasawa K, Ye K. Sumoylation of nucleophosmin/B23 regulates its subcellular localization, mediating cell proliferation and survival // Proc Natl Acad Sci USA.

- 2007. - V. 104. - P. 9679-9684.

158. Llibre, J. M., Falco, V., Tural, C., Negredo, E., Pineda, J. A., Munoz, J., Ortega E, Videla S, Sirera G, Martinez E, Miralles C, Iribarren J, Galindo MJ, Domingo P, dArminio-Monforte A, Miro JM, Clotet B. The changing face of HIV/AIDS in treated patients // Curr HIV Res. - 2009. - V. 7. - P. 365-377.

159. Lopez PJ, Marchand I, Joyce SA, Dreyfus M. The C-terminal half of RNase E, which organizes the Escherichia coli degradosome, participates in mRNA degradation but not rRNA processing in vivo // Mol Microbiol. - 1999. - V. 33. -P. 188-199.

160. Lore K, Sonnerborg A, Brostrom C, Goh LE, Perrin L, McDade H, Stellbrink HJ, Gazzard B, Weber R, Napolitano LA, van Kooyk Y, Andersson J.

Accumulation of DC-SIGN+CD40+ dendritic cells with reduced CD80 and CD86 expression in lymphoid tissue during acute HIV-1 infection // AIDS. - 2002. - V. 16.-P. 683-692.

161. Marcu KB, Bossone SA, Patel AJ. Myc function and regulation // Annu Rev Biochem. - 1992. - V. 61. - P. 809-60.

162. Marini E, Tiberio L, Caracciolo S, Tosti G, Guzman CA, Schiaffonati L, Fiorentini S, Caruso A. HIV-1 matrix protein pi7 binds to monocytes and selectively stimulates MCP-1 secretion: role of transcriptional factor AP-1 // Cell Microbiol. - 2008. - V. 10. - P. 655-666.

163. Martinelli E, Cicala C, Van Ryk D, Goode DJ, Macleod K, Arthos J, Fauci AS. HIV-1 gpl20 inhibits TLR9-mediated activation and IFN-{alpha} secretion in plasmacytoid dendritic cells // Proc Natl Acad Sci USA.- 2007. - V. 104. - P. 3396-3401.

164. Massiah MA, Starich MR, Paschall C, SuMMers MF, Christensen AM, Sundquist WI. Three-dimensional structure of the human iMMunodeficiency virus type 1 matrix protein // Journal of Molecular Biology. - 1994. - V. 244, N. 2. - P. 198-223.

165. Matthews S, Barlow P, Boyd J, Barton G, Russell R, Mills H, Cunningham M, Meyers N, Burns N, Clark N, Kingsman S, Kingsman A, Campbell I. Structural similarity between the pi7 matrix protein of HIV-1 and interferon-gaMMa // Nature. - 1994. - V. 370. - P. 666-668.

166. McCaffrey, T.A., Falcone, D.J., Du, B. Transforming growth factor-beta 1 is a heparin binding protein: identification of putative heparin-binding regions and isolation of heparins with varying affinity for TGF-beta 1 // J.Cell. Physiol. - 1992. -V. 152.-P. 430-440.

167. McCubrey JA, Steelman LS, Abrams SL, Lee JT, Chang F, Bertrand FE, Navolanic PM, Terrian DM, Franklin RA, D'Assoro AB, Salisbury JL, Mazzarino MC, Stivala F, Libra M. Roles of the RAF/MEK/ERK and PI3K/PTEN/AKT

pathways in malignant transformation and drug resistance // Adv Enzyme Regul. -2006. - V. 46. - P. 249-279.

168. McKee AS, Munks MW, Marrack P. How do adjuvants work? Important considerations for new generation adjuvants // iMMunity. - 2007. - V. 27(5). - P. 687-90.

169. Meadow ND, Fox DK, Roseman S. The bacterial phosphoenolpyruvate: glycose phosphotransferase system // Annu Rev Biochem. - 1990. - V. 59. - P. 497-542.

170. Mehta SU, Rupprecht KR, Hunt JC, Kramer DE, McRae BJ, Allen RG, Dawson GJ, Devare SG. Prevalence of antibodies to the core protein PI7, a serological marker during HIV-1 infection // AIDS Res Hum Retroviruses. - 1990. -V. 6(4).-P. 443-54.

171. Meili R, Sasaki AT, Firtel RA. Rho Rocks PTEN // Nat Cell Biol. - 2005. -V. 7.-P. 334-335.

172. Menu P, Vince JE. The NLRP3 inflaMMasome in health and disease: the good, the bad and the ugly // Clin Exp iMMunol. - 2011. - [Epub ahead of print].

173. Mestecky J, Russell MW, Elson CO. Perspectives on mucosal vaccines: is mucosal tolerance a barrier? // J iMMunoi. - 2007. - V. 179(9). - P. 5633-8.

174. Mosser DD, Caron AW, Bourget L, Meriin AB, Sherman MY, Morimoto RI, Massie B. The chaperone function of hsp70 is required for protection against stress-induced apoptosis // Mol Cell Biol. - 2000. - V. 20. - P. 7146-7159.

175. Murakami T, Ablan S, Nagashima K, Komano J, Miyauchi K, Matsuda Z, Freed E, Yamamoto N. Characterization of HIV-1 matrix mutants: effect on the early stage of infection // Meeting Retroviruses Cold Spring Harbor, New York, May 24-29.-2005.

176. Murakami T, Freed EO. Genetic evidence for an interaction between HIV-1 matrix and alfa-helix 2 of the gp41 cytoplasmic tail // J. Virol. - 2000. - V. 74. - P. 3548-3554.

177. Muriaux D, Costes S, Nagashima K, Mirro J, Cho E, Lockett S, Rein A. Role of murine leukemia nucleocapsid protein in virus assembly // J. Virol. - 2004. -V. 78.-P. 12378-12385.

178. Murray PS, Li Z, Wang J, Tang CL, Honig B, Murray D. Retroviral matrix domains share electrostatic homology: models for membrane binding function throughout the viral life cycle // Structure. - 2005. - V. 13(10). - P. 1521-31.

179. Nakae S, Asano M, Horai R, Iwakura Y. Interleukin-1(3, but not interleukin-la, is required for T-cell-dependent antibody production // iMMunology. - 2001. -V. 104.-P. 402-9.

180. Nara PL, Garrity RR, Goudsmit J. Neutralization of HIV-1: a paradox of humoral proportions // FASEB J. - 1991. - V. 5. - P. 2437-55.

181. Naylor PH, Naylor CW, Badamchian M, Wada S, Goldstein AL, Wang SS, Sun DK, Thornton AH, Sarin PS. Human iMMunodeficiency virus contains an epitope iMMunoreactive with thymosin alpha 1 and the 30-amino acid synthetic pi7 group-specific antigen peptide HGP-30 // Proc Natl Acad Sci USA.- 1987. -V. 84(9).-P. 2951-2955.

182. Nickel W. The mystery of nonclassical protein secretion: A current view on cargo proteins and potential export routes // Eur J Biochem. - 2003. - V. 270. - P. 2109-2119.

183. Nohria A, Rubin RH. Cytokines as potential vaccine adjuvants // Biotherapy. - 1994. - V. 7(3-4).-P. 261-9.

184. Olszewska W, Obeid E. Obeid and Michael W. Steward. Protection against Measles Virus-Induced Encephalitis by Anti-mimotope Antibodies: The Role of Antibody Affinity // Virology. - 2000. - V. 272 (1). - P. 98-105.

185. Ono A, Demirov D, Freed E. Relationship between HIV-1 Gag multimerization and membrane binding // J. Virol. - 2000. - V. 74. - P. 51425150.

186. Ono A, Freed E. Binding of HIV-1 Gag to membrane: role of the matrix amino terminus // J. Virol. - 1999. - V. 73. - P. 4136-4144.

187. Ono A, Freed E. Cell-type dependent targeting of HIV-1 assembly to the plasma membrane and the multivesicular body // J. Virol. - 2004. - V. 78. - P. 1552-1563.

188. Ono A, Waheed AA, Joshi A, Freed E. Association of HIV-1 Gag with membrane does not require highly basic sequences in the nucleocapsid: use of a novel Gag multimerization assay // J. Virol. - 2005. - V. 79. - P. 14131-14140.

189. Osborn L, Kunkel S, Nabel GJ. Tumor necrosis factor alpha and interleukin 1 stimulate the human iMMunodeficiency virus enhancer by activation of the nuclear factor kappa B // Proc Natl Acad Sci USA.- 1989. - V. 86. - P. 23362340.

190. Ota A, Bautista AN, Yadav ML, Ueda S. Anti-P30-52 monoclonal antibody cross-reacted to Env V3 and inhibited the viral multiplication of HIV-1-infected MT-4 cells // Hybridoma. - 1999. - V. 18(2). - P. 139-47.

191. Ota A, Liu X, Fujio H, Sakato N, Ueda S. Random expression of human iMMunodeficiency virus-1 (HIV-1) pi7 (epitopes) on the surface of the HIV-1-infected cell // Hybridoma. - 1998. - V. 17(1). - P. 73-5.

192. Ota A, Ueda S. Analysis of the anti-HIV-1 activity of an anti-pl7-derivative peptide (P30-52) monoclonal antibody // Hybridoma. - 1999b. - V. 18(4). - P. 305-14.

193. Ota A, Ueda S. Inhibitory mechanism of anti-P30-52 monoclonal antibody against human iMMunodeficiency virus type 1 (HIV-1) multiplication in infected MT-4 cells // Hybridoma. - 1999a. - V. 18(3). - P. 235-41.

194. O'Toole CM, Lowdell MW, Chargelegue D, Colvin BT. Decline in CTL and antibody responses to HIV-1 pi7 and p24 antigens in HIV-1-infected hemophiliacs irrespective of disease progression. A 5-year follow-up study // AIDS Res Hum Retroviruses. - 1992. -V. 8(8). - P. 1361-8.

195. Ott D, Coren L, Gagliardi T. Redundant roles for nucleocapsid and matrix protein RNA-binding sequences in HIV-1 assembly // J. Virol. — 2005. - V. 79. — P. 13839-13847.

196. Paillart J-C, Gottlinger H. Opposing effect of HIV-1 matrix mutations support the myristil switch model of Gag membrane targeting // J. Virol. - 1999. -V. 73.-P. 2604-2612.

197. Palella, F. J.,Delaney,K.M.,Moorman, A. C., Loveless, M. O., Fuhrer, J., Satten,G. A., Aschman DJ, Holmberg SD. Declining morbidity and mortality among patients with advanced human iMMunodeficiency virus infection. Outpatient Study Investigators. // N Engl J Med. - 1998. - V. 338. - P. 853-860.

198. Pantaleo G, Graziosi C, Demarest JF, Butini L, Montroni M, Fox CH, Orenstein JM, Kotler DP, Fauci AS. HIV infection is active and progressive in lymphoid tissue during the clinically latent stage of the disease // Nature. - 1993. -V. 362.-P. 355-8.

199. Papsidero L D, Sheu M, and Ruscetti F W. Human iMMunodeficiency virus type 1-neutralizing monoclonal antibodies which react with pi7 core protein: characterization and epitope mapping // J Virol. - 1989. - V. 63(1). - P. 267-272.

200. Paxton WA, Martin SR, Tse D, O'Brien TR, Skurnick J, VanDevanter NL, Padian N, Braun JF, Kotler DP, Wolinsky SM, Koup RA. Relative resistance to HIV-1 infection of CD4 lymphocytes from persons who remain uninfected despite multiple high-risk sexual exposure // Nat Med. - 1996. - V. 2. - P. 412-417.

201. Poiesi Claudio, Maria A. De Francesco, Manuela Baronio, Nino Manca. HIV-1 pl7 binds heparan sulfate proteoglycans to activated CD4+ T cells // Virus Research. - 2008. - V. 132. - P. 25-32.

202. Poli G, Fauci AS. Cytokine modulation of HIV expression // Semin iMMunol. - 1993. - V. 5. - P. 165-173.

203. Popovic M, Tenner-Racz K, Pelser C, Stellbrink HJ, van Lünzen J, Lewis G, Kalyanaraman VS, Gallo RC, Racz P. Persistence of HIV-1 structural proteins and glycoproteins in lymph nodes of patients under highly active antiretroviral therapy //Proc Natl Acad SciU S A.-2005. - V. 102.-P. 14807-14812.

204. Porath J, Carlsson J, Olsson I, Belfrage G. Metal chelate affinity chromatography, a new approach to protein fractionation // Nature. - 1975. - V. 258.-P. 598-599.

205. Pulliam L, Gascon R, Stubblebine M, McGuire D, McGrath MS. Unique monocyte subset in patients with AIDS dementia // Lancet. - 1997. — V. 349. - P. 692-695.

206. Pulliam L, Sun B, Rempel H. Invasive chronic inflaMMatory monocyte phenotype in subjects with high HIV-1 viral load // J NeuroiMMunol. - 2004. - V. 157.-P. 93-98.

207. Rabbi MF, Saifuddin M, Gu DS, Kagnoff MF, Roebuck KA. U5 region of the human iMMunodeficiency virus type 1 long terminal repeat contains TRE-like cAMP-responsive elements that bind both AP-1 and CREB/ATF proteins // Virology. - 1997. -V. 233. - P. 235-245.

208. Ratelade J, Marie-Caroline Miot, EMMett Johnson, Jean-Michel Betton, Philippe Mazodier, and Nadia Benaroudj. Production of Recombinant Proteins in the Ion-Deficient BL21(DE3) Strain of Escherichia coli in the Absence of the DnaK Chaperone // Appl Environ Microbiol. - 2009. - V. 75(11). - P. 3803-3807.

209. Reeder J, Hochsmann M, Rehmsmeier M, Voss B, Giegerich R. Beyond Mfold: recent advances in RNA bioinformatics // J Biotechnol. - 2006. - V. 124. — P. 41-55.

210. Resh MD. A myristoyl switch regulates membrane binding of HIV-1 Gag // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. - 2004. - V. 101. - P. 417-418.

211. Reuse S, Calao M, Kabeya K, Guiguen A, Gatot JS, Quivy V, Vanhulle C, Lamine A, Vaira D, Demonte D, Martinelli V, Veithen E, Cherrier T, Avettand V, Poutrel S, Piette J, de Launoit Y, Moutschen M, Burny A, Rouzioux C, De Wit S, Herbein G, Rohr O, Collette Y, Lambotte O, Clumeck N, Van Lint C. Synergistic activation of HIV-1 expression by deacetylase inhibitors and prostratin: implications for treatment of latent infection // PLoS ONE. - 2009. - V. 4. - P. e6093.0

212. Rexach M, Blobel G. Protein import into nuclei: association and dissociation reactions involving transport substrate, transport factors, and nucleoporins // Cell. - 1995.-V. 83.-P. 683-692.

213. Romani B, Engelbrecht S, Glashoff RH. Functions of Tat: the versatile protein of human iMMunodeficiency virus type 1 // J Gen Virol. - 2010. - V. (Pt 1).-P. 1-12.

214. Sadowska B, Barrueco R, Khalili K, Safak M. Regulation of human Polyomavirus JC virus gene transcription by AP-1 in glial cells // J Virol. - 2003. -V. 77.-P. 665-672.

215. Saier MH Jr, Crasnier M. Inducer exclusion and the regulation of sugar transport // Res Microbiol. - 1996. - V. 147. - P. 482-489.

216. Saito A, Morimoto M, Ohara T, Takamizawa A, Nakata A, Shinagawa H. Overproduction, purification, and diagnostic use of the recombinant HIV-1 Gag proteins, the precursor protein p55 and the processed products pi7, p24, and pi5 // Microbiol iMMunol. - 1995. - V. 39. - P. 473-483.

217. Sánchez-Beato M, Sánchez-Aguilera A, Piris MA. Cell cycle deregulation in B-cell lymphomas//Blood.-2003.-V. 101.-P. 1220-1235.

218. Sanger F, Nicklen S, Coulson AR. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors // Proc Natl Acad Sei USA.- 1977. - V. 74. - P. 5463-5467.

219. Sarin PS, Sun DK, Thornton AH, Naylor PH, Goldstein AL. Neutralization of HTLV-III/LAV replication by antiserum to thymosin alpha 1 // Science. - 1986. -V. 30, 232(4754).-P. 1135-1137.

220. Scarlata S, Ehrlich LS, Carter CA. Membrane-induced alterations in HIV-1 Gag and matrix protein-protein interactions // J Mol Biol. - 1998. - V. 277. - P. 161-169.

221. Schmidt B, Scott I, Whitmore RG, Foster H, Fujimura S, Schmitz J, Levy JA. Low-level HIV infection of plasmacytoid dendritic cells: onset of cytopathic effects and cell death after PDC maturation // Virology. - 2004. - V. 329. - P. 280-288.

222. Scholz I, Arvidson B, Huseby D, Barklis E. Virus particle core defects caused by mutations in the HIV capsid N-terminal domain // J. Virol. - 2005. - V. 79.-P. 1470-1479.

223. Shacklett BL, Ferre AL. Mucosal iMMunity in HIV controllers: the right place at the right time // Curr Opin HIV AIDS. - 2011 - V. 6(3). - P. 202-7.

224. Shang F, Huang H, Revesz K, Chen HC, Herz R, Pinter A. Characterization of Monoclonal Antibodies against the Human iMMunodeficiency Virus Matrix Protein, pl7gag: Identification of Epitopes Exposed at the Surfaces of Infected Cells // J Virol. - 1991. - V. 65(9). - P. 4798-4804.

225. Shearer GM, Clerici M. Early T-helper cell defects in HIV infection // AIDS.-1991.-V. 5.-P. 245-53.

226. Shim H, Dolde C, Lewis BC, Wu CS, Dang G, Jungmann RA, Dalla-Favera R, Dang CV. c-Myc transactivation of LDH-A: implications for tumor metabolism and growth // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 1997. - V. 94. - P. 6658-6663.

227. Siegal FP, Kadowaki N, Shodell M, Fitzgerald-Bocarsly PA, Shah K, Ho S, Antonenko S, Liu YJ. The nature of the principal type 1 interferon-producing cells in human blood // Science. - 1999. - V. 284. - P. 1835-1837.

228. Sinicco A, Biglino A, Sciandra M, Forno B, Pollono AM, Raiteri R, Gioannini P. Cytokine network and acute primary HIV-1 infection // AIDS. -1993.-V. 7.-P. 1167-1172.

229. Sozzani S. Dendritic cell trafficking: more than just chemokines // Cytokine Growth Factor Rev.-2005.-V. 16.-P. 581-592.

230. Spanjaard RA, van Duin J. Translation of the sequence AGG-AGG yields 50% ribosomal frameshift // Proc Natl Acad Sci USA.- 1988. - V. 85. - P. 7967-7971.

231. Spillmann, D. Heparan sulfate: anchor for viral intruders? // Biochimie. -2001.-V. 83.-P. 811-817.

232. Staats HF, Nichols WG, Palker TJ. Mucosal iMMunity to HIV-1: systemic and vaginal antibody responses after intranasal iMMunization with the HIV-1 C4/V3 peptide T1SP10 MN(A) // J ImMuiioL - 1996. - V. 157(1). - P. 462-72.

233. Staruch MJ, Wood DD. The adjuventicity of interleukin 1 in vivo // J iMMunol. - 1983. -V. 130. - P. 2191-2194.

234. Steward MW, Stanley CM, Dimarchi R, Mulcahy G, Doel TR. High-affinity antibody induced by iMMunization with a synthetic peptide is associated with protection of cattle against foot-andmouth disease // iMMunology. - 1991. - V. 72. -P. 99-103.

235. Steward MW, Steensgaard J. Antibody affinity: thermodynamic aspects and biological significance // Boca Raton: CRC Press. - 1983.

236. Studier FW, Moffatt BA. Use of bacteriophage T7 RNA polymerase to direct selective high-level expression of cloned genes // J Mol Biol. - 1986. - V. 189.-P. 113-130.

237. Studier FW. Protein production by auto-induction in high density shaking cultures // Protein Expr Purif. - 2005. - V. 41. - P. 207-234.

238. Takeuchi O, Akira S. Pattern recognition receptors and inflaMMation // Cell. - 2010. - V. 140(6). - P. 805-20.

239. Tanaka Y, Kanai F, Ichimura T, Tateishi K, Asaoka Y, Guleng B, Jazag A, Ohta M, Imamura J, Ikenoue T, Ijichi H, Kawabe T, Isobe T, Omata M. The hepatitis B virus X protein enhances AP-1 activation through interaction with Jabl // Oncogene. - 2006. - V. 26. - P. 633-642.

240. Tang C, Loeliger E, Luncsford P, Kinde I, Beckett D, SuMMers MF. Entropie switch regulates myristate exposure in the HIV-1 matrix protein // Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. - 2004. - V. 101. - P. 517-522.

241. Thomas HI, Wilson S, O'Toole CM, Lister CM, Saeed AM, Watkins RP, Morgan-Capner P. Differential maturation of avidity of IgG antibodies to gp41, p24 and pi7 following infection with HIV-1 // Clin Exp IMMunol. - 1996. - V. 103(2).-P. 185-91.

242. Tomaras GD, Haynes BF. Strategies for eliciting HIV-1 inhibitory antibodies // Curr Opin HIV AIDS. - 2010. - V. 5(5). - P. 421-7.

243. Torres J, Pulido R. The tumor suppressor PTEN is phosphorylated by the protein kinase CK2 at its C terminus. Implications for PTEN stability to proteasome-mediated degradation // J Biol Chem. - 2001. - V. 276. - P. 993-998.

244. Tritto E, Mosca F, De Gregorio E. Mechanism of action of licensed vaccine adjuvants // Vaccine. - 2009. - V. 27(25-26). - P. 3331-4.

245. van der Molen RG, Sprengers D, Binda RS, de Jong EC, Niesters HG, Kusters JG, Kwekkeboom J, Janssen HL. Functional impairment of myeloid and plasmacytoid dendritic cells of patients with chronic hepatitis B // Hepatology. -2004.-V. 40.-P. 738-746.

246. VanCott TC, Bethke FR, Polonis VR et al. Dissociation rate of antibody-gpl20 binding interactions is predictive of V3-mediated neutralization of HIV-1 // J iMMunol. - 1994. -V. 153. - P. 449-59.

247. Vandergeeten C, Quivy V, Moutschen M, Van Lint C, Piette J, Legrand-Poels S. HIV-1 protease inhibitors do not interfere with pro virus transcription and host cell apoptosis induced by combined treatment TNF-alpha+TSA // Biochem Pharmacol.-2007.-V. 73.-P. 1738-1748.

248. Varin A, Decrion AZ, Sabbah E, Quivy V, Sire J, Van Lint C, Roques BP, Aggarwal BB, Herbein G. Synthetic Vpr protein activates activator protein-1, c-Jun N-terminal kinase, and NF-kappaB and stimulates HIV-1 transcription in promonocytic cells and primary macrophages // J Biol Chem. - 2005. - V. 280. -P. 42557-42567.

249. Verli H, Calazans A, Brindeiro R, Tanuti A, Gulmaraes J. Molecular dynamics analysis of HIV-1 matrix protein: clarifying differences between crystallographic and solution structures // J. Mol. Graph. Model. - 2007. - V. 26, N. l.-P. 62-68.

250. Vicenzi E, Biswas P, Mengozzi M, Poli G. Role of pro-inflaMMatory cytokines and beta-chemokines in controlling HIV replication // J Leukoc Biol. -1997.-V. 62.-P. 34^40.

251. Vitale M, Caruso A, De Francesco MA, Rodella L, Bozzo L, Garrafa E, Grassi M, Gobbi G, Cacchioli A, Fiorentini S. HIV-1 matrix protein pi7 enhances the proliferative activity of natural killer cells and increases their ability to secrete proinflaMMatory cytokines // Br J Haematol. - 1996. - V. 4. - P. 337-343.

252. Vivanco I, Sawyers CL. The phosphatidylinositol 3-Kinase AKT pathway in human cancer // Nat Rev Cancer. - 2002. - V. 2. - P. 489-501.

253. Wahl SM, Greenwell-Wild T, Peng G, Ma G, Orenstein JM, Vazquez N. Viral and host cofactors facilitate HIV-1 replication in macrophages // J Leukoc Biol. - 2003. - V. 74. - P. 726-735.

254. Weinberg JB, Matthews TJ, Cullen BR, Malim MH. Productive human iMMunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infection of nonproliferating human monocytes //J. Exp. Med. - 1991. - V. 174. - P. 1477-1482.

255. Wen YM, Duan SC, Howard CR, Frew AF, Steward MW. The affinity of anti-HBc antibodies in acute and chronic hepatitis B infection // Clin Exp iMMunol. - 1990. -V. 79. - P. 83-86.

256. White PC, Shore AM, Clement M, McLaren J, Soeiro I, Lam EW, Brennan P. Regulation of cyclin D2 and the cyclin D2 promoter by protein kinase A and CREB in lymphocytes // Oncogene. - 2006. - V. 25. - P. 2170-2180.

257. Wills JW, Craven RC. Form, function, and use of retroviral gag proteins // AIDS. - 1991.-V. 5, N. 6.-P. 639-654.

258. Xie J, Pan H, Yoo S, Gao SJ. Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus induction of AP-1 and interleukin 6 during primary infection mediated by multiple mitogen-activated protein kinase pathways // J Virol. - 2005. - V. 79. - P. 1502715037.

259. Yu X, Yuan X, Matsuda Z, Lee TH, Essex M. The matrix protein of HIV-1 is required for incorporation of viral envelope protein into mature virions // J. Virol. - 1992. - V. 66. - P. 4966-4971.

260. Zhang CY, Wu YL, Boxer LM. Impaired proliferation and survival of activated B cells in transgenic mice that express a dominant-negative cAMP response element-binding protein transcription factor in B cells // J. Biol. Chem. -2002. - V. 277. - P. 48359-48365.

261. Zhang Z, Fu J, Zhao Q, He Y, Jin L, Zhang H, Yao J, Zhang L, Wang FS. Differential restoration of myeloid and plasmacytoid dendritic cells in HIV-1-infected children after treatment with highly active antiretroviral therapy // J iMMunol. - 2006. - V. 176. - P. 5644-5651.

262. Zinkernagel RM, Hengartner H. T-cell-mediated iMMunopathology versus direct cytolysis by virus: implication for HIV and AIDS // IMMunol Today. - 1994. -V. 15.-P. 262-8.