Симбиотические системы, формируемые инфузориями рода Paramecium и их внутриядерными бактериями: Молекулярно-генетические аспекты тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.07, доктор биологических наук Раутиан, Мария Сергеевна

• Раутиан, Мария Сергеевна
• доктор биологических наук
• 2002

Оглавление диссертации доктор биологических наук Раутиан, Мария Сергеевна

Список сокращений.

Введение.

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Первые описания внутриядерных симбионтов парамеций.

2. Современное описание и диагноз рода Holospora высокоинфекционных симбионтов Paramecium.

2.1. Морфология и жизненный цикл Holospora.

2.2. Ультраструктура Holospora.

2.3. Изменение спектра белков в жизненном цикле Holospora.

2.4. Видовая и ядерная специфичность Holospora.

2.5. Транспорт Holospora в специфическое ядро.

2.6. Другие внутриядерные симбионты парамеций.

2.6.1. Caedibacter caryophila и С. macronucleorum.

2.6.2. Nonospora macronucleata.

2.6.3. Подвижные симбионты из макронуклеуса Paramecium, multimicronucleatum.

И. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

1. Культивирование инфузорий.

1.1. Заражение неинфицированных клонов Paramecium симбиотическими бактериями.

1.2. Освобождение инфузорий от эндосимбионтов с помощью антибиотиков.

2. Методы цитологического анализа.

2.1. Приготовление препаратов, окрашенных по Фельгену.

2.2. Измерение количества ДНК в ядре.

3. Пульс-электрофорез.

3.1. Приготовление препаратов ДНК Holospora.

3.2. Приготовление препаратов тотальной ДНК парамеций.

3.3. Приготовление маркеров молекулярной массы молекул

3.4. Обработка агарозных блоков, содержащих ДНК Holospora, крупнощепящими рестриктазами.

3.5. Условия проведения пульс-электрофореза.

3.6. Денситометрический анализ электрокариотипов макронуклеусов парамеций.

3.7. Измерение размера молекул ДНК по данным пульс-электрофореза.

4. Молекулярно-биологические методы.

4.1. Проведение гибридизации по Саузерну.

4.2. Проведение полимеразной цепной реакции.

4.3. Гибридизация на фильтрах ( блот-гибридизация).

4.4. Гибридизация in situ (FISH).

5. Микроманипуляция.

6. Статистическая обработка.

III. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.

Часть I. Исследование внутриядерных симбионтов.

Глава 1. Распределение внутриядерных симбионтов инфузорий по основным систематическим группам микроорганизмов.

1.1. Постановка задачи.

1.2. Результаты и обсуждение.

1.2.1. Использованные культуры.

1.2.2. Исследование Holospora.

1.2.3. Другие внутриядерные симбионты парамеций.

Глава 2. Исследование геномов Holospora.

2.1. Постановка задачи.

2.2. Результаты.

2.2.1. Использованные культуры.

2.2.2. Разработка методов очистки Holospora.

2.2.2.1. Выделение и очистка Holospora obtusa, Н. undulata и Н. recta.

2.2.2.2. Выделение и очистка

Holospora acuminata и Н. curviuscula.

2.2.3. Результаты исследования геномов Holospora методом пульс-электрофореза.

2.2.3.1. Геном Holospora acuminata.

2.2.3.2. Геном Holospora curviuscula.

2.2.3.3. Геномы Holospora undulata и

Holospora recta.

2.2.3.4. Геном Holospora obtusa.

2.3. Обсуждение результатов.

2.3.1. Линейная структура хромосомы Holospora.

2.3.2. Размер генома у Holospora.

2.3.3. Вариабельность геномов Holospora.

Часть II. Влияние симбионтов на ядерный аппарат хозяина.

Глава 3. Последствия инфекции, вызываемые симбионтами микронуклеуса.

3.1. Постановка задачи.

3.2. Результаты и обсуждение.

3.2.1. Зависимость результатов инфекции от концентрации инфекционных форм Holospora undulata. Потеря микронуклеуса на ранних стадиях заражения.

3.2.2. Морфологические изменения микронуклеуса в процессе инфекции.

3.2.3. Стабильность поддержания Holospora undulata на ранних стадиях заражения.

3.2.4. Влияние Holospora undulata на деление микронуклеуса.

3.2.5. Измерение количества ДНК в микронуклеусах, освободившихся от симбионтов.

Глава 4. Последствия инфекции, вызываемые симбионтами макронуклеуса.

4.1. Постановка задачи.

4.2. Результаты.

4.2.1. Использованные культуры.

4.2.2. Исследование генома макронуклеуса парамеций.

4.2.2.1. Электрокариотип Paramecium caudatum.

4.2.2.2. Электрокариотипы других парамеций.

Paramecium aurelia.Til

Paramecium multimicronucleatum.

Paramecium bursaria.

Paramecium putrinum.

4.2.3. Влияние внутриядерных эндобионтов на генетический материал макронуклеуса парамеций.

4.2.4. Анализ с использованием блот-гибридизации.

4.3. Обсуждение результатов.

4.3.1. Пульс-электрофорез как новый подход к анализу геномов инфузорий.

4.3.2. Влияние внутриядерных симбионтов на ядерный аппарат парамеций-хозяев.

Часть III. Взаимодействие партнеров в симбиотической системе.

Глава 5. Исследование специфичности симбионт-хозяин в системе Paramecium / Holospora.

5.1.Постановка задачи.

5.2. Результаты.

5.2.1 .Использованные культуры.

5.2.2. Совместимость симбионта и хозяина.

5.2.2.1. Совместимость симбионта и хозяина в системе Paramecium caudatum - Holospora obtusa.

5.2.2.2. Определение стадий, на которых нарушается ход инфекционного процесса у несовместимых пар Paramecium caudatum -Holospora obtusa.

5.2.2.3. Совместимость симбионта и хозяина в системе Paramecium bursaria-Holospora acuminata.

5.2.2.4. Определение стадий, на которых нарушается ход инфекционного процесса у несовместимых пар Paramecium bursaria-Holospora acuminata.

5.2.3. Генетический контроль устойчивости Paramecium caudatum к инфекции Holospora: исследование методом трансформации.

5.3. Обсуждение результатов.

5.3.1. Комплементация симбионта и хозяина. Сингенная специфичность симбиотических отношений.

5.3.2. Генетический контроль инфекции хозяином.

5.3.3. Молекулярные механизмы инфекционного процесса.

5.3.4. Регуляция дифференцировки инфекционных форм Holospora. Quorum sensing.

5.4. Перспективы исследования.

Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Симбиотические системы, формируемые инфузориями рода Paramecium и их внутриядерными бактериями: Молекулярно-генетические аспекты»

Исследования последних лет убедительно и разносторонне подтвердили высказанную около ста лет назад гипотезу о симбиогенном происхождении хлоропластов и митохондрий (Mereschkovsky, 1905; Мережковский, 1909), казавшуюся тогда, да и много лет спустя (см. обзоры: Taylor, 1979; Маргелис, 1983), совершенно фантастической, тем самым утвердив исключительную роль, которую сыграл эндосимбиоз в происхождении современной эукариотической клетки. Филогения, построенная на основании анализа нуклеотидных последовательностей рибосомных и ряда других генов, хорошо согласуется с данными сравнительной геномики и показывает общность происхождения митохондрий и a-Proteobacteria (Woese, 1987a,b). Более того, кажутся вполне убедительными доводы ряда авторов, отводящих риккетсиеподобным протосимбионтам, давшим начало современным митохондриям, не просто роль "энергетической машины", позволившей интенсифицироваать обмен эукариотического хозяина, но признающих существенный вклад этих симбионтов в сам процесс формирования генома эукариотического ядра (Lang et al., 1999; Gray et al., 1999; Emelyanov, 2001).

Совокупность данных из области геносистематики, анализ Пигментного состава хлоропластов и исследование механизмов транспортировки высокомолекулярных продуктов в хлоропласты позволяет утверждать, что хлоропласты современных фотосинтезирующих эукариот имеют симбиогенное происхождение, причем возникали они многократно. У красных водорослей, глаукофитовых водорослей, зеленых водорослей и наземных растений они произошли в результате первичного симбиоза общего предка водорослей и высших растений с цианобактериями (см. Gray et al., 1999).

После этого хлоропласты возникали еще несколько раз. У водорослей, Хлоропласты которых окружены несколькими мембранами (эвгленовые, гаптофитовые, гетероконты, динофлагелляты, криптомонады, хлорарахниофитовые), хлоропласты возникли в результате вторичного симбиоза с эукариотической фотосинтезирующей водорослью, причем у двух последних из них кроме дополнительных мембран в хлоропластах остались еще и рудиментные ядра - нуклеоморфы (McFadden, 1999a,b). Сопоставление пигментного состава и нуклеотидных последовательностей в генах рРНК нуклеоморфов показало, что хлоропласты криптомонад произошли в результате симбиоза feтeooтpoфнoгo предка с красной водорослью, а у хлорарахниофитовых -как результат симбиоза с зеленой одноклеточной водорослью (McFadden, 1999a,b).

Иными словами, если автотрофы, возникшие вследствие первичного симбиоза с цианобактерией, вероятно, имеют монофилетическое происхождение, то вторичные хлоропласты возникали по крайней мере дважды (Whatley, Whatley, 1981; McFadden, 1999a,b). Исследование рДНК у трех необычно пигментированных динофлагеллят позволило предположить, что их хлоропласты произошли от симбиоза Дин )флагелят с гаптофитовыми водорослями, которые, в свою очередь, сами имеют вторичные хлоропласты. Таким образом, весьма вероятно, что в данном случае имеют место третичные хлоропласты (Tengs et al., 2000; Ishida, Green, 2002).

Можно сказать, что симбиоз, приведший к формированию органелл современной эукариотической клетки, был не просто удачной случайностью, но растянутым и повторявшимся в разных вариантах процессом. Каковы предпосылки образования новых органелл, с какими "проблемами" сталкивается организм при переходе к симбиотическому существованию и какие пути их решения возможны, всякая ли симбиотическая ассоциация в перспективе может дать начало новой органелле и вообще, где проходит грань между симбионтом и органеллой? Ответы на эти и сопряженные с ними вопросы можно искать, исследуя современные симбиотические ассоциации.

Что мы рассматриваем как симбиоз? Введение термина, как писал А. А. Любищев (1982), есть конечный этап классификации, задача которой в том, чтобы объединить родственные объекты и разделить различные. После этого введение термина есть лишь обозначение класса родственных о'бъектов или явлений (Любищев, 1982). Поэтому важно, как сгруппированы объекты, а не как они названы. Для этого важно понять, каким кругом объектов будет ограничен этот поиск, иными словами, каковы те фундаментальные общие черты, которыми обладают интересующие нас симбиотические системы.

Термин «симбиоз» был предложен Де Бари (De Вагу, 1879) и первоначально не был связан с представлениями о вреде и пользе, а лишь констатировал продолжительную совместную жизнь разных в таксономическом отношении организмов. Однако постепенно этот термин трансформировался в антоним термина паразитизм, сформировав два линейно связанных полюса: вредные (паразитические) взаимоотношения и полезные (симбиотические) с разнообразными переходными формами сожительства, которые можно выстроить по степени вреда, наносимого хозяину.

Уже в самом термине "паразитизм" (para - рядом, вместе, sitos -питание) заложен субстратный подход: использование продуктов, производимых хозяином - паразитизм (вред), поставка продуктов, нужных хозяину - симбиоз (польза). Такое противопоставление на первый взгляд кажется вполне очевидным, поэтому оно прочно утвердилось и в бытовых представлениях широкой аудитории и в профессиональной биологической среде. Однако более глубокий анализ показывает, что тождественность некоторых понятий, заложенных в определение, например, "питание за счет хозяина наносит ему вред", лишь кажущееся. Разумная избыточность - основа гомеостаза всех живых организмов. Для сохранения гомеостаза живые организмы должны иметь некоторый "запас прочности", который выражается в запасании питательных веществ, то есть в избытке субстратных и энергетических ресурсов в самом организме, в наличии альтернативных путей биосинтеза, позволяющих при истощении или отсутствии одного субстрата переключаться на другой.

Избыточность дает свободу маневра. Но живой организм -открытая система, и все, что накоплено, не может храниться вечно. Поэтому запасание носит динамический характер: все время происходит обновление запасов - накопление новых и использование существующих. Жи?ые организмы достигли очень высокой экономичности при реутизилации неиспользованных ресурсов, тем не менее это лишь снижает плату за надежность, а вовсе не отменяет ее. А коль скоро организм сам вынужден работать на уничтожение сделанных запасов, то не будет беды, если эту работу выполнит другой организм. Поэтому само по себе потребление паразитом продуктов, производимых хозяином, еще не говорит о том, что он наносит хозяину вред. Проблема не в том, что он использует субстраты хозяина, а в том, чтобы вовремя остановиться. В оптимальном случае паразит должен остановиться там, где остановился бы сам хозяин, или хотя бы рядом. Но это уже вопрос регуляции взаимоотношений.

Рассматривая разнообразные паразитарные системы, В.А. Догель в книге "Общая паразитология" (1962) показывает, что несомненно близкие типы ассоциаций у некоторых видов приводят к глубоким патогенным последствиям, тогда как в родственных системах они могут иметь оппортунистический характер. Считается, что в эволюционно более древних системах партнеры лучше приспособлены друг к другу и отрегулированы так, что не наносят взаимного вреда. Переход на нового хозяина, нарушающий сложившиеся отношения, как правило^влечет за собой усиление антагонизма. Многогранность и тонкая регуляция отношений между партнерами может обернуться, даже при незначительных изменениях, резким дисбалансом в системе и глубокому патогенному или даже летальному эффекту. Убедительно показывая искусственность деления ассоциаций организмов по степени вреда или пользы, поверхностный характер подобного сходства, В.А. Догель дает такое определение паразитизма: "паразиты - это такие организмы, которые используют другие живые организмы в качестве среды обитания, возлагая при этом (частично или полностью) на своих хозяев задачу регуляции своих взаимоотношений с окружающей внешней средой". Согласно этому определению взаимоотношения термитов и их кишечной микрофлоры, эндобионтов тлей и их хозяев, так же как взаимоотношения любых эндобионтов и хозяев следует рассматривать как паразитизм, поскольку для них всех несомненно, что регуляция отношений с внешней средой опосредована хозяином (Догель, 1962).

Важен и еще один аспект. Поскольку хозяином паразитофауны часто оказывается или сам человек, или используемые им животные и растения, возникающие нарушения в системе оцениваются с позиции хозяина. В то же время очевидно, что гибель хозяина невыгодна организму, для которого он является средой обитания, особенно, если это единственная среда обитания, как у облигатных паразитов. Вследствие этого возникает сильный вектор отбора в пользу гармонизации отношений, то есть в пользу взаимной регуляции партнеров. Чрезвычайно показательны в этом отношении результаты исследования патогенов растений - Pseudomonas, Erwinia, Xanthomonas и др. Исследование механизмов устойчивости к этим бактериальным инфекциям показало, что во многих случаях она определяется так называемой реакцией гиперчувствительности хозяина. В результате связывания мембранных рецепторов клетки-хозяина с бактериальным продуктом (лигандом) индуцируется экспрессия комплекса генов хозяина, что, в конечном итоге, приводит к запуску апоптоза - программируемой клеточной смерти (Long, Staskawicz, 1993; Mourey, Dixon, 1994; Monack et al., 1997). Этот пример показывает, что гибель клеток хозяина, почти безразличная для него самого, губительна для паразита. И растение защищается от патогена, жертвуя частью своих клеток, не допуская, таким образом, его размножения.

Стратегия адаптации патогена обычно связана с накоплением мутаций, изменяющих структуру лиганда так, что нарушается образование комплекса лиганд-рецептор и апоптоз у хозяина не запускается, а разворачивается процесс инфекции (Ryals et al., 1996; Baker et al., 1997). Генетическая вариабельность бактерии-патогена и хозяина по этим комплементирующим генам выражается в классических отношениях "gei e-for-gene-relationship" (Keen, 1990).

Неприемлемость субстратного подхода не менее очевидна и при анализе "типичных" случаев симбиоза. Классический пример симбиоза -ассоциация клубеньковых бактерий - ризобий - и бобовых растений (Пирузян, Андрианов, 1985; Симаров и др., 1990; Проворов, 1996а,б). Бактерии-азотфиксаторы позволяют хозяину заселять бедные азотом почвы. В результате зависимость от азота в почве заменяется зависимостью от бактерий, потому что в отсутствие бактерий бобовые хуже растут даже на богатых почвах. Если при этом учесть, что фиксация азота исключительно энергоемкий процесс - на фиксацию одной молекулы азота расходуется 12 молекул АТФ, которые поставляются хозяином (Симаров и др., 1990; Проворов, Аронштам, 1991), то ризобий можно рассматривать как энергетического паразита.

Присутствие симбиотических хлорелл в клетках гидры может как повышать жизнеспособность гидры, так и понижать ее, в зависимости от условий освещения (Douglas, Smith, 1989). Что это - симбиоз или паразитизм?

Внутриклеточные организмы, представляющие для нас наибольший интерес, весь свой обмен осуществляют через хозяина. Учет баланса вклада и потребления в таких системах часто настолько сложен, что многие авторы попросту отказываются от таких попыток, называя симбиозом любую ассоциацию с локализацией одного из партнеров внутри клеток другого. Прир и соавт. называют партнеров в такой системе симбионтом и хозяином (Preer et al., 1974). Проворов и Аронштам (1991), подчеркивая функциональное равенство партнеров в симбиотической системе, называют хозяина макросимбионтом, а живущий в хозяине организм - микросимбионтом. Мы видим, что эта точка зрения по существу совпадает с позицией Догеля, поскольку в обоих случаях организмы, способные к стабильному существованию внутри клетки хозяина, рассматриваются как одна группа общности.

Некоторые авторы предпочитают называть сожительство внутриклеточных организмов и их хозяев эндобиозом, поясняя, что недостаточность знаний о реальных взаимоотношениях партнеров не позволяет отнести их к паразитам или симбионтам (Gortz, 1983). Сам термин мне кажется очень удачным, в первую очередь потому, что не несет на себе исторического груза оценочной концепции "пользы и вреда", который, вероятно, навсегда останется за терминами «симбиоз» и «паразитизм». Однако введение этого термина в неявной форме полагает возможным когда-нибудь, когда мы лучше узнаем реальные отношения организмов, все-таки отнести их к одному из двух противоположных типов.

Концептуально важную попытку уйти от обсуждения баланса «вр*да» и «пользы» при характеристике симбиотических отношений, в основном применительно к случаю внутриклеточного симбиоза (паразитизма), предприняла А. Дуглас (Douglas, Smith, 1989; Douglas, 1994). Проанализировав разнообразные типы и формы внутриклеточных ассоциаций, она пришла к выводу, что фундаментальная общая черта разнообразных симбиотических ассоциаций состоит в том, что благодаря симбиозу хозяин приобретает новые биосинтетические возможности.

Действительно, эукариотические клетки, выступающие в роли хозяев, в биохимическом отношении ущербны. Эукариоты лишены очень мне :их биосинтетических цепей, присутствующих у прокариот: они не способны к окислительному фосфорилированию, фотосинтезу, фиксации азота из атмосферы, многие утратили способность синтезировать кофакторы ряда ферментов и едва ли не половину аминокислот (незаменимые аминокислоты), входящих в состав их белков. Во многих Случаях эукариоты приобретают отсутствующие у них биосинтетические возможности за счет симбиоза с прокариотами (или другими эукариотами, как это часто бывает в случае фотосинтезирующих симбионтов). Дуглас предлагает рассматривать симбиоз как источник hobdIx биосинтетических возможностей (Douglas, 1994), и, соответственно, именно ассоциации, дающие новые биосинтетические возможности, предлагает считать симбиотическими.

Приобретение нового биосинтетического пути - это и приобретение определяющих его генных комплексов, которые сложились в* эволюции эндобионта независимо от генома хозяина. Более того, "в нагрузку" к отсутствующему у хозяина биосинтезу предлагается целый организм со своей физиологией, генетической организацией, механизмами регуляции.

Хорошо известно, что генетическая система любой клетки функционирует как целостная система, и генный дисбаланс может приводить к существенным нарушениям в ее функционировании. Поэтому не вызывает сомнения, что функционирование в пределах одной клетки двух независимо сформированных генетических систем возможно только в том случае, когда не нарушаются процессы регуляции в каждой из них, то есть когда они способны к совместной и взаимной регуляции.

Мне представляется, что именно это - способность осуществлять взаимную регуляцию - является фундаментальной общей чертой симбиотических систем. Выделенные по этому критерию системы, при всем их многообразии, оказываются во многих отношениях близкими, зачастую построенными на использовании единых механизмов. Именно нарушения в регуляции приводят к наиболее существенным патологическим последствиям при инфекциях. При этом совсем не обязательно, чтобы все связи оказались нарушены или еще не сформированы - нарушение взаимной регуляции к каком-либо одном процессе может приводить к дисбалансу системы в целом и, как следствие, патогенезу. Отсюда вытекает важное следствие: патогенные, то есть «неотрегулированные», системы могут иметь частично перекрывающиеся механизмы формирования с симбиотическими, совпадая в части, где регуляция совершенна.

Предлагаемый нами подход может показаться неконструктивным, поскольку выявление регуляторных связей в сложной системе - одна из наиболее трудных задач. Однако индикатором того, что регуляторные проблемы в системе решены, может служить сама способность к длительному совместному существованию - в противном случае такая система нежизнеспособна. Это возвращает нас к исходному определению симбиоза, данному Де Бари, - симбиозу как продолжительному совместному существованию таксономически различных организмов. При этом слово продолжительное оказывается ключевым.

Именно в наиболее древних, наиболее долго сосуществующих и, следовательно, развитых симбиотических системах мы находим удивительно глубокие формы взаимной регуляции партнеров. Самой глубокой формой такой регуляции является перенос генов из симбионта в хозяина и из хозяина в симбионта (напр.: Keeling, Palmer, 2001; Kondo et al., 2002), подобно переносу части митохондриальных и пластидных генов в ядро и некоторых ядерных генов в геном органелл, имевшему место в эволюции митохондрий и пластид (Маргелис, 1983; Baldauf, Palmer, 1990; Gray 1992; Gray et al., 1992, 2000).

Другая форма давно установившихся регуляторных отношений связана с субституцией ряда функций симбионта за счет аналогичных фук'-щий хозяина. Великолепные примеры такого рода получены благодаря исследованиям симбионтов тлей - Buchnera aphidicola CBaumann et al., 1995; Shigenobu et al., 2000; Clark et al., 2001). Опубликованные недавно результаты анализа полностью секвенированного генома Buchnera aphidicola - симбионтов тлей -показали, что у них практически полностью отсутствуют пути биосинтеза заменимых аминокислот, синтезируемых тлей. При этом, часть ферментов в каждом пути присутствует, показывая тем самым рудименты прежних биосинтезов. В то же время цепи синтеза незаменимых аминокислот, в частности лейцина и фенилаланина, которые не синтезируются хозяином, у симбионтов представлены, а гены, кордирующие ключевые ферменты в биосинтезе этих аминокислот ("узкое место" в цепи биосинтеза), амплифицированы и находятся на многокопийных плазмидах (Baumann et al., 1995; Thao et al., 1998; Clark et al., 2001). Поскольку во многих случаях исходным субстратом для незаменимых аминокислот являются заменимые аминокислоты - глютамат и аспартат, - можно сделать вывод, что цепи биосинтеза аминокислот симбионта и хозяина практически объединены (Shigenobu et al., 2000; Clark et al., 2001). Но, может быть, самые удивительные изменения претерпели собственно регуляторные гены. У Buchnera утрачены почти все собственные регуляторные системы. Отсутствуют двухкомпонентные регуляторные системы, регулирующие транскрипцию в ответ на изменения окружающей среды. Отсутствуют и другие транскрипционные регуляторы, в частности, регулирующие биосинтез аминокислот, хотя гены, кодирующие многие из ферментов этих путей, сохранились. Хотя у Buchnera есть фосфотрансферазы, которые у других бактерий участвуют в катаболитной репрессии через ц-АМФ, у них отсутствует аденилат^циклаза и рецепторный белок для ц-АМФ, т.е. отсутствует регуляция на уровне транскрипции при перемене источника углерода. Существуют только два сигма-фактора - rpoD и rpoH (Baumann et al., 1995; Shigenobu et al., 2000; Clark et al., 2001).

Для других внутриклеточных бактерий - Micoplasma genitalium и Rickettsia prowazekii - также показано уменьшение генома и потеря собственных генов, кодирующих многие регуляторные системы (Andersson, Kurland, 1998; Andersson, Dehio, 2001), однако у них произошла и потеря регулируемых (структурных) генов. В случае Buchnera потеря генов-регуляторов не сопровождалась соответствующей потерей структурных генов, что может свидетельствовать о регуляции их со стороны хозяина (Shigenobu et al., 2000).

В случае симбиоза тлей и Buchnera геном хозяина практически не изучался, поэтому нельзя утверждать, что переноса генов симбионта в ядро хозяина в этой системе за время ее существования не произошло. Однако это кажется маловероятным, поскольку симбионты в данном случае передаются через соматические клетки (бактериоциты), и поэтому, чтобы передаваться вертикально, перенос генетической информации должен происходить в каждом поколении, как у Agrobacterium.

Еще один удивительный пример взаимной регуляции партнеров можно видеть при инфекции грам-отрицательными бактериями их эукариотических хозяев. У широкого круга инфекционных бактерий агрессивных патогенов, таких как Yersinia, Shigella (Bliska et al, 1993; Demers et al., 1998; Cornelis, 2002), оппортунистических патогенов, приводящих к патогенезу только в иммунокомпромисных хозяевах -Brucella, Pseudomonas (Sola-Landa et al., 1998; Parsek, Greenberg, 2000), a также у клубеньковых бактерий, симбионтов бобовых (Rhizobium) (Симаров и др., 1990; Проворов, Аронштам, 1991); и патогенных бактерий растений (Erwinia, Xanthomonas, Agrobacterium), вызывающих раковое разрастание тканей у двудольных растений, процесс инфекции осуществляется и контролируется очень сходно. Он связан с контактом между хозяином и симбионтом (патогеном), в результате которого у бактерии по механизму двухкомпонентной регуляции активируются гены, необходимые для инфекции. Этот блок генов включает, с одной стороны, гены эффекторы, продукты которых специфически взаимодействуют с мембранными рецепторами клетки хозяина, что приводит к каскадной регуляции генов хозяина, вовлеченных в процесс проникновения патогена-симбионта (Finlay, Cossart, 1997). С другой стороны, в этот бактериальный регулон входят гены, продукты которых ответственны за транспортировку эффекторов в клетку-хозяина (см. "Colloquium on infection and pathogenicity", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, vol. 97, №16).

Подводя итог, отметим, что если рассматривать взаимодействие организмов, образующих тесные ассоциации, то наиболее продуктивно рассматривать их не в терминах "вреда" и "пользы" или "нападения" и "защиты", а с позиций диалога, который происходит между разными организмами, элементами этой системы. Взаимоотношения, построенные на диалоге, то есть многоступенчатом взаимодействии, по принципу «запрос - ответ», качественно отличаются от отношений субстратных, будь то сапрофитное потребление, хищничество и т.п. Разнообразные системы, где такой диалог происходит, обладают фундаментальными общими чертами, часто используют одни и те же механизмы. Эволюционные последствия внутриклеточного существования также обладают чертами глубокого сходства в самых разных системах (Andersson, Kurland, 1998; Kurland, Anderson, 2000 и др.).

Исходя из сказанного выше, мне представляется, что старое опреление симбиоза, данное Де Бари, наиболее четко очерчивает границы этого масштабного явления, сводя воедино внешне различающиеся, но глубинно близкие системы - а потому является эвристичным. Наша работа строилась именно на таком подходе. Термин симбиоз я использую именно в таком смысле, поэтому его синонимом могут быть термины «паразитизм» или «эндосимбиоз». Патогенные отношения могут возникать в ситуации несовершенного (недоотрегулированного) симбиоза.

Симбионтология" не существует пока как самостоятельная дисциплина. Исторически сложилось так, что различные симбиозы рассматривают в рамках зоологии, ботаники, микробиологии, гидробиологии, энтомологии. В результате почти неизбежно симбиоз описывается или с позиции хозяина или с позиций симбионта. Комплексный взгляд, рассматривающий обоих партнеров, встречается крайне редко. Таким исключением, едва ли ни единственным, является бобово-ризобиальный симбиоз. В последние годы начинают изучаться и другие системы, где параллельно исследуются оба партнера - и хозяин и симбионт, например, симбиоз головоногих моллюсков с бактериями, формирующими светящийся орган (Foster et al., 2000; McFall-Ngai, Ruby, 2000).

Цель нашей работы состояла в изучении генетических аспектов симбиоза инфузорий рода Paramecium и их внутриядерных бактерий. Первая часть работы посвящена исследованию симбионтов. Мы сосредоточили внимание на двух вопросах, касающихся симбионтов: систематической принадлежности внутриядерных симбионтов и особенностях их геномной организации. Во второй части суммированы результаты исследований генетических последствий пребывания симбионтов в ядрах. Исследовано влияние микро- и макронуклеарных симбионтов и проведено их сравнение. В третьей части рассматриваются результаты исследований по взаимодействию партнеров; основным подходом при изучении взаимодействия симбионта и хозяина стал анализ их генетически обусловленной совместимости/несовместимости.

Наша работа направлена на изучение фундаментальных принципов организации эндосимбиотических систем. Исследование геномов внутриядерных симбионтов, их влияния на ядерный аппарат хозяина и цзаимодействия партнеров в совместимых и несовместимых комбинациях важно для понимания механизмов образования и путей эволюции симбиотических систем. В то же время изучение специфических особенностей генетической организации внутриклеточных и, в частности, внутриядерных бактерий может иметь и большое практическое значение. Многие патогенные бактерии человека и хозяйственно ценных животных и растений являются внутриклеточными или имеют внутриклеточные формы. В таком состоянии они, как правило, недоступны для иммунной системы хозяина и потому вызывают особенно тяжелые заболевания. Исследования последних лет показали удивительную общность генных и клеточных систем, используемых различными бактериями в процессе инфекции для взаимодействия с эукариотическими клетками. Знание механизмов такого взаимодействия может стать важным инструментом

I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Заключение диссертации по теме «Микробиология», Раутиан, Мария Сергеевна

Выводы.

1. Использование гибридизации in situ рРНК внутриядерных симбионтов инфузорий рода Paramecium с олигонуклеотидными зондами, специфичными к разным группам бактерий, позволило показать, что семь видов Holospora: Н. obtusa, Н. undulata, Н. recta, Н. curviuscula, Н. acuminata и Н. caryophila составляют тесную родственную группу в подотделе a-Proteobacteria. Это позволяет считать род Holospora монофилетическим.

2. Nonospora macronucleata и три независимо выделенные изолята "ноноспоро-подобных" симбионтов из макронуклеуса P. caudatum, а также подвижные симбионты sp.nova из макронуклеуса

- В. multimicronucleatum, относятся к подотделу a-Proteobacteria.

3. Из 17 видов внутриядерных симбионтов парамеций, систематическое положение которых в настоящее время определено, 16 принадлежат подотделу a-Proteobacteria. Это может свидетельствовать либо о филогенетическом родстве всех эндонуклеобионтов парамеций, либо о предрасположенности данной группы к внутриядерному симбиозу.

4. Методом пульс-электофореза исследованы геномы 19 изолятов относящиеся к пяти видам Holospora: Н. acuminata, Н. curviuscula,

Н. undulata, Н.recta и Н. obtusa, - и установлено, что их геномы представлены одной бактериальной хромосомой и не содержат экстрахромосомных элементов - плазмид или вирусов.

5. Размер генома Holospora составляет - 1240-1390 т.п.н. у Н. acuminata (в зависимости от сингена хозяина), 1630-1760 т.п.н. у Н. undulata (в зависимости от изолята), 1800-1900 т.п.н. у Н. obtusa (в зависимости от изолята) и 2200 т.п.н. у Н. curviuscula.

6. Показана внутри- и межвидовая вариабельность по размеру генома и паттерну рестрикции хромосомной ДНК Holospora. Для сингеноспецифичных видов - Н. acuminata и, видимо, Н. curviuscula -определенному сингену хозяина соответствует определенный паттерн рестрикции хромосомной ДНК симбионта. Предполагается, что важным механизмом, генерирующим вариабельность геномов Holospora, является внутригеномная рекомбинация.

7. Подвижность генофора Holospora в условиях пульс-электрофореза и анализ числа рестрикционных фрагментов при одиночных и двойных рестрикциях позволяют утверждать, что хромосомная ДНК Holospora линейна.

8. Исследование методом пульс-электрофореза в сочетании с денситометрией и блот-гибридизацией показывает, что спектр молекул ДНК в макронуклеусах инвариантен у разных клонов одного вида парамеций; это позволяет распространить термин "электрокариотип" на макронуклеус инфузорий и считать его характеристикой вида.

9. Электрокариотипы разных морфологических видов парамеций -Р caudatum, P. bursaria, P. multimicronucleatum, P. putrinum и P. aurelia комплекса видов-двойников значительно различаются. Следовательно, эволюция процесса реаранжировки генома макронуклеусов (потери и/или приобретения сайтов фрагментации хромосом) активно идет на эволюционно коротких расстояниях - на уровне рода.

10. Симбионты микронуклеуса вызывают значительные изменения микронуклеарного генома: потерю ядра при массированной инфекции и частичную, разную в разных клетках и доходящую до 90%, потерю ДНК микронуклеуса, в результате жизнедеятельности симбионтов в ядре.

11. Виды Holospora, обитающие в макронуклеусах не вызывают заметных изменений (в пределах чувствительности метода ПЭФ) в этом ядре. Подвижные симбионты sp.nova из макронуклеусов P. multimicronucleatum вызывает систематическое увеличение размера фрагментов ДНК макронуклеуса на 20 - 30 т.п.н. Предполагается, что это связано с удлинением теломеров на фрагментах ДНК в макронуклеусах. Предложены три гипотезы и способы их проверки, которые могут объяснить столь существенные различия между влиянием родственных симбионтов на разные ядра: макро- и л икронуклеус.

12. Анализ природного разнообразия несовместимости симбионта и хозяина в системах P. caudatum/H. obtusa и P. bursaria/H.acuminata показывает комплементарное соответствие симбионта и хозяина, которое фенетически соответствует классической схеме "gene-for-gene-relationship". Это приводит к выводу, который подтверждается экспериментами по трансформации устойчивой к инфекции линии P. caudatum, о множественности генов как симбионта, так и хозяина, вовлеченных в контроль за симбиотическими отношениями.

13. Анализ литературных данных показывает, что инфекционность грамотрицательных бактерий контролируется блоком генов,

Список литературы диссертационного исследования доктор биологических наук Раутиан, Мария Сергеевна, 2002 год

1. Агроскин JI.C., Папаян Г.В. Цитофотометрия. Л.: Наука. 295 с.

2. Андронов Е.Е., Румянцева M.JL, Сагуленко В.В., Снмаров Б.В. Влияние растения-хозяина на генетическое разнообразие природной популяции Sinorhizobium meliloti II Генетика. 1999. Т. 35. №10. С. 1358-1366.

3. Борхсениус О.Н., Скобло И.И., Осипов Д.В. Holospora curviuscula -новый вид симбиотической бактерии макронуклеуса Paramecium bursaria II Цитология. 1983.Т. 25. № 1. С.91-97.

4. Борхсениус О.Н., Скобло И.И., Лебедева Н.А., Осипов Д.В. Случайное попадание и кратковременное пребывание симбиотических бактерий Holospora acuminata в макронуклеусе инфузорий Paramecium bursaria // Цитология. 1990. Т.32. № 6. С. 578-583.

5. Громов Б.В., Мамкаева К.А., Осипов Д.В. Особенности цитодифференцировки ю-частиц симбиотических бактерий Paramecium caudatum клона М1-48 //Микробиол. 1975. Т.44. № 1. С.97-102.

6. Громов Б.В., Мамкаева К.А., Осипов Д.В. Ультраструктура йота-частиц симбиотических бактерий Paramecium caudatum II Изв. АН СССР, сер. биол. 1976. № 3. С.399-409.

7. Догель В.А. Общая паразитология. Л.: Изд-во ЛГУ, 1962, 592 с.

8. Захаров И.А., Зинкевич Н.С., Шайкевич Е.В., Высоцкая J1.B., Доджу Ч.М., Межерес М.Е.Н. Соотношение полов и явление бессамцовости в сибирских популяциях Harmonia axyridis ( Pall.) // Генетика. 1999. Т.35. №6. С.771-776.

9. Ильинских Н.Н., Бочаров Е.Ф., Ильинских И.Н. Инфекционный мутагенез. Новосибирск: Наука. 1982. 168 с.

10. Инге-Вечтомов С.Г., Андрианова В.М. Каталог Петергофской генетической коллекции дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Jl.: Изд-во Ленинградского Университета. 1988. 53 с.

11. Лебедева Н.А., Родионова Г.В., Скобло И.И. Поддержание Holospora undulata микронуклеус-специфичной симбиотической бактерии Paramecium caudatum в макронуклеусе, инфицированном Holospora obtusa II Цитология. 1992. Т. 34. № 4. С. 85.

12. Любищев А.А. Проблемы формы систематики эволюции организмов. М: Наука, 1982.

13. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М.: Мир. 1984. 479 С.

14. Маргелис Л. Роль симбиоза в эволюции клетки. М.: Мир. 1983. 351 с.

15. Межевая Е.В., Бериташвили Д.Р., Степанова В.П., Яровой Б.Ф., Захаров И.А. Изучение интеграции плазмиды pYF91 в дрожжевые хромосомы методом пульс-электрофореза // Биополимеры и клетка. 1990. Т. 6. № 3. С. 90-93.

16. Мережковский К.С. Теория двух плазм как основа симбиогенеза, нового учения о происхождении микроорганизмов. Казань, 1909.

17. Митрофанов П.И. Ядерный аппарат парамеций// Работы изъ Зоотомической Лаборатории Варшавского Университета. Т. 31. Ред. П.И. Митрофанов. 1903. Варшава: Типография Варшавского учебного округа, Краковское-Предместье №3. С. 1

18. Михайлова А.В., Потехин А.А. Определение круга возможных хозяев бактерии Holospora caryophila внутриядерного симбионта инфузорий рода Paramecium. Конкурсная работа олимпиады школьников Центрального района. С-Петербург. 1998. 16 с. (рукопись).

19. Осипов Д.В. Видовая инфекционная специфичность омега-частиц, симбиотических бактерий микронуклеуса инфузории Paramecium caudatum //Цитология. 1973. Т.15. № 2. С.211-217.

20. Осипов Д.В. Проблемы гетероморфизма ядер у одноклеточных организмов. Л.: Наука. 1981. 167 с.

21. Осипов Д.В., Ивахнюк И.С. Омега-частицы, симбиотические бактерии микронуклеуса инфузории Paramecium caudatum клона MI-48 // Цитология. 1972. Т. 14. № 11. С. 1414-1419.

22. Осипов Д.В., Подлипаев С.А. Электронно-микроскопическое исследование ранних стадий заражения Paramecium caudatum симбионтами микронуклеуса (йота-бактериями) // Acta Protozool. 1977. V. 16. P. 289-308.

23. Осипов Д.В., Подлипаев С.А. Внутриклеточное перемещение симбиотических бактерий (йота-частиц) при инфекции макронуклеуса инфузории Paramecium caudatum // Цитология. 1978. Т. 20. №6. С.612-618.

24. Осипов Д.В., Подлипаев С. А. Внутриядерные симбиотические микроорганизмы как фактор эволюционного процесса одноклеточных животных. В кн.: Протозоология. Вып. 9. Л.: Наука. 1984. С. 30-34.

25. Оси ов Д.В., Тавровская М.В. Микронуклеус и морфогенез у Paramecium caudatum II В: Успехи протозоологии. Тезисы III Международного Конгресса Протозоологов. 1969. С. 103-104.

26. Осипов Д.В., Громов Б.В., Мамкаева К.А. Электронно-микроскопическое исследование омега-частиц -симбиотических бактерий микронуклеуса и ядерного аппарата Paramecium caudatum клона Ml-48 // Цитология. 1973. Т. 15. № 1. С. 97-103.

27. Осипов Д.В., Раутиан М.С., Скобло И.И. Потеря способности к половому процессу у клеток Paramecium caudatum, инфицированных внутриядерными симбиотическими бактериями //Генетика. 1974. Т. 10. № 7. С. 62-70.

28. Осипов Д.В., Скобло И.И., Раутиан М.С. Симбиотические бактерии макронуклеуса инфузории Paramecium caudatum II Цитология. 1975. Т.17. № 1. С.95-97.

29. Осипов Д.В., Скобло И.И., Борхсениус О.Н., Раутиан М.С., Подлипаев С.A. Holospora acuminata sp.n. симбиотическая бактерия микронуклеуса инфузории Paramecium bursaria Focke // Цитология. 1980а. Т.22. № 7. С.922-929.

30. Осипов Д.В., Борхсениус О.Н., Подлипаев С.А. Особенности организации ядерного аппарата инфузорий Paramecium bursaria, зараженных симбиотическими бактериями Holospora acuminata //Acta Protozoologica. 19806. V.19. № 4. Р.315-326.

31. Осипов Д.В., Скобло И.И., Борхсениус О.Н., Раутиан М.С., Фокин С.И. О встречаемость эндосимбионтов в природных популяциях инфузорий рода Paramecium в различных районах Советского

32. Союза // Экология морских и пресноводных простейших. Саласпилс. 1984. С. 84-85.

33. Пирузян Э.С., Андрианов В.М. Плазмиды агробактерий и генетическая инженерия растений. М: Наука. 1985. 279 с.

34. Попенко В.И., Новикова Е.Г., Чуриков И.А., Викторова Л.С., Черни Н.Е. Размер ДНК и структурная организация хроматина макронуклеуса инфузории Paramecium bursaria truncatella II Мол. биология. 1998. Т. 32. № 2. С. 323-331.

35. Проворов Н.А. Коэволюция бобовых растений и клубеньковых бактерий: таксономические и генетические аспекты // Журн. общей биологии. 1996а. Т. 57. № 2. С. 52-77.

36. Проворов Н.А. Эволюция генетических систем симбиоза у клубеньковых бактерий // Генетика. 19966. Т. 32. № 8. С. 10291040.

37. Проворов Н.А., Аронштам А.А. Генетика симбиотической азотфиксации у клубеньковых бактерий // Итоги науки и техники. Сер. Микробиология. 1991. Т. 23. С. 3-97.

38. Пунина Е.О., Беляев А.А., Паук В.Н., Агроскин Л.С., Гриф В.Г. Использование автоматического анализатора изображений для исследования хромосом растений // Цитология. 1994. Т. 36. № 8.1. С. 824-827.

39. Раутиан М.С. Геномные мутации генеративного ядра инфузории Paramecium caudatum, индуцируемые симбиотическими бактериями Holospora undulata И В кн.: Протозоология. Вып. 9. Л.: Наука. 1984. С. 128-135.

40. Раутиан М.С., Осипов Д.В. Генетические эффекты внутриклеточного симбиоза//Цитология. 1985. Т. 27. № 2. С. 124-135.

41. Раутиан М.С., Осипов Д.В, Скобло И.И. Изменение хроматина микронуклеуса инфузории Paramecium caudatum при заражении омега-частицами // Цитология. 1975. Т. 17. № 10. С. 1200-1207.

42. Раутиан М.С, Скобло И.И, Осипов Д.В. Инфекционная стадия в жизненном цикле симбиотических бактерий микронуклеуса инфузории Paramecium caudatum и влияние концентрации инфекционных бактерий на микронуклеус // Цитология. 1978. Т. 20. № 4. С. 455-459.

43. Раутиан М.С, Скобло И.И, Лебедева Н.А, Осипов Д.В. Комплементарность при создании системы симбионт-хозяин между клонами инфузории Paramecium caudatum и штаммами бактерии Holospora obtusa 11 Цитология. 1990. Т. 32. № 6. С. 584591.

44. Симаров Б.В, Аронштам А.А, Новикова Н.И. Генетические основы селекции клубеньковых бактерий. Л. Агропромиздат. 1990. 192 с.

45. Скобло И.И, Лебедева Н.А. Инфекция ядерного аппарата инфузории Paramecium bursaria симбиотическими бактериями Holospora curviuscula II Цитология. 1986. Т. 28. № 3. С.367-372.

46. Скобло И.И, Лебедева Н.А. Инфекционность Holospora acuminata -внутриядерной симбиотической бактерии инфузории Paramecium bursaria. 1. Сингенная специфичность инфекции // Цитология. 1993. Т.35. № 3. С.92-99.

47. Скобло И.И., Борхсениус О.Н., Лебедева Н.А., Осипов Д.В. Новый вид бактериального цитоплазматического симбионта инфузории Paramecium bursaria (Ciliophora, Protozoa) // Цитология. 1985. Т. 25. № 11. С.1282-1297.

48. Скобло И.И., Борхсениус О.Н., Лебедева Н.А., Осипов Д.В. Симбиогенный лизис бактерий Holospora acuminata в генеративном ядре инфузории Paramecium bursaria II Цитология. 1990. Т. 32. №5. С. 515-518.

49. Скобло И.И., Макаров С.В., Осипов Д.В Анализ природного разнообразия симбиотических отношений в системе Paramecium bursaria—Holospora curviuscula II Цитология. 2001. T.43. № 5. С. 520-528.

50. Сковородкин И.Н. Приспособление для обездвиживания мелких биологических объектов при их светооптическом изучении // Цитология. 1990. Т. 32. №3. С. 301-303.

51. Сковородкин И.Н., Раутиан М.С. Заражение инфузорий Paramecium caudatum эндонуклеобиотическими бактериями Holospora obtusa путем микроинъекций //Цитология. 1990. Т. 32. № 1. С. 87-91.

52. Сковородкин И.Н., Фокин С.И. Резистентность некоторых клонов инфузории Paramecium caudatum к заражению бактериями Holospora undulata II Цитология. 1991. Т. 33. № 6. С.106-110.

53. Тимофеева А.С., Раутиан М.С. Определение размера генома внутриядерной симбиотической бактерии Holospora undulataметодом пульс-электрофореза // Цитология. 1997. Т. 39. № 7. С. 634-639.

54. Фокин С.И. Бактериальные эндобионты инфузории Paramecium woodruffi. I. Эндобионты из макронуклеуса // Цитология. 1989. Т. 31. №7. С. 839-844.

55. Фокин С.И. Holospora recta sp. nov. микронуклеарный эндобионт инфузории Paramecium caudatum II Цитология. 1991. Т. 33. № 7. С. 135-141.

56. Фокин С.И. Бактериальные эндобионты инфузорий и их использование в экспериментальной протозоологии // Цитология. 1993. Т. 35. №3. С. 59-91.

57. Фокин С.И., Осипов Д.В. Влияние локального УФ-микрооблучения на ядерный^ппарат и цитоплазму инфузорий Paramecium caudatum //Цитология. 1975. Т. 17. №9. С. 1073-1080.

58. Фокин С.И., Сабанеева Е.В. Эвригалинные парамеции (Ciliophora, Peniculina) побережья Баренцева и Белого морей и их эндобионты // Экология, воспроизводство и охрана биоресурсов морей Северной Европы. Мурманск. 1990. С. 139-140.

59. Фокин С.И., Сковородкин И.Н. Holospora obtusa эндонуклеобионт инфузории Paramecium caudatum - в поисках макронуклеуса // Цитология. 1991 а. Т. 33. № 3. С. 10-23.

60. Фокин С.И., Сковородкин И.Н. Holospora undulata эндонуклеобионт инфузории Paramecium caudatum - в поисках макронуклеуса // Цитология. 1991 б. Т. 33. № 5. С. 64-75.

61. Фокин С.И., Осипов Д.В., Скобло И.И., Раутиан М.С., Сабанеева Е.В. Nonaspora macronucleata g.n., sp. п. симбионт вегетативного ядра инфузории Paramecium caudatum 11 Цитология. 1987. Т. 29. № 8. С. 963-970.

62. Хачатуров Е.Н., Смирнова Е.А. Применение риванола-802 для цитофотометрии ДНК // Изв. АН СССР. Сер. Биол. 1966. №6. С. 900-905.

63. Шульман С.С. Паразитизм у одноклеточных животных // В кн.: Протозоология. Вып. 9. JL: Наука. 1984. С. 4-18.

64. Юдин A.JI. Ядерно-цитоплазматические взаимоотношения и клеточная наследственность у амеб. JL: Наука. 1982. 200 С.

65. Юрина Н.П., Одинцова М.С. Сравнительная характеристика структурной организации геномов хлоропластов и митохондрий растений//Генетика. 1998. Т. 34. № 1. С. 5-22.

66. Aksoy S. Wigglesworthia gen. nov. and Wigglesworthia glossinidia sp. nov., taxa consisting of the mycetocyte-associated, primary endosymbionts of tsetse flies//Int. J. Syst. Bacteriol. 1995. V. 45. P. 848-851.

67. Allardet-Servent A., Michaux-Charachon S., Jumas-Bilak E., Karayan L. Presence of one linear and one circular chromosome in the Agrobacterium tumefaciens C58 genome // J. Bacteriol. 1993. V. 175. P. 7869-7874.

68. Altschuler M.I., Yao M.-C. Macronuclear DNA of Tetrahymena thermophila exists as defined subchromosomal-sized molecules // Nucl. Acids Res. 1985. V. 13. P. 5817-5831.

69. Amann R., Binder B.J., Olson R.J., Chrisholm S.W., Devereux R., Stahl D.A. Combination of 16S rRNA-targeted oligonucleotide probes with flow cytometry for analyzing mixed microbial populations // Appl. Environ. Microbiol. 1990. V. 56. P. 1919-1926.

70. Amann R., Springer N., Ludwig W., Gortz H.-D., Schleifer K.H. Identification in situ and phylogeny of uncultured bacterial endosymbionts //Nature. 1991. V. 351. P. 161-164.

71. Amenn R., Zarda В., Stahl D.A., Schleifer K.H. Identification of individual prokaryotic cells by using enzyme-labeled, rRNA-targetedoligonucleotide probes // Appl. Environ. Microbiol. 1992. V. 58. P. 3007-3011.

72. Amann R., Ludwig W., Schleifer K.H. Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cellswithout cultivation // Microbiol. Rev. 1995. V. 59. P. 143-169.

73. Amann R., Springer N., Scholnhuber W., Ludwig W., Schmidt E.N., Muller K.D., Michel R. Obligate intracellular bacterial parasites of acanthamoebae related Chlamydia spp // Appl. Environ. Microbiol. 1997. V. 63. P. 115-121.

74. Amar L. Chromosome end formation and internal sequence elimination as alternative genomic rearrangements in the ciliate Paramecium II J. Mol. Biol. 1994. V. 236. P. 421-426.

75. Ames G.F.-L., Prody C., Kustu S. Simple, rapid and quantitative release of periplasmic proteins by chloroform // J. Bacteriol. 1984. V. 160. P. 1181-1183.

76. Ammermann D., Steinbriick G., von Berger L., Hennig W. The development of the macronucleus in the ciliated protozoan Stylonychia mytilus II Chromosoma. 1974. V. 45. P. 21-26

77. Andersson J.O., Andersson S.G. Insights into the evolutionary process of genome degradation // Curr. Opin. Genet. Dev. 1999a. V. 9. P. 664671.

78. Andersson J.O., Andersson S.G. Genome degradation is an ongoing process in Rickettsia II Mol. Biol. Evol. 1999b.V.16. P. 1178-1191.

79. Andersson S.G., Dehio C. Rickettsia prowazekii and Bartonella henselae: differences in the intracellular life styles revisited // Int. J. Med. Microbiol. 2000. V. 290. P. 135-141.

80. Andersson S.G., Kurland C.G. Reductive evolution of resident genomes // Trends Microbiol. 1998. V. 6. P. 263-268.

81. Aragon V., Diaz R., Moreno E., Moriyon I. Characterization of Brucella abortus and Brucella melitensis native haptens asouter membrane O-type polysaccharides independent from the smoothlipopolysaccharide // J. Bacteriol. 1996. V.178. P. 1070-1079.

82. Balbiani E.G. Recherches sur les phenomenes sexuels des infusoires // J. Physiol. Homme Anim. 1861. V. 4. P. 465-520.

83. Baldauf S.L., Palmer J.D. Evolutionary transfer of the chloroplast tufA gene to the nucleus // Nature. 1990. V. 344. P. 262-265.

84. Ball G.H. Organisms living on and in protozoa // In: Chen T.-T. (ed.) Research in Protozoology. London, New York: Pergamon Press, 1969. V.3. P. 565-718.

85. Barhey K., Gibson I. A study on the conditions of or infection of Holospora caryophila, a macronuclear symbiont of Paramecium biaucelia II Micron. Microscop. Acta. 1984. V. 15. P.261-268.

86. Baumann L., Thao M.L., Hess J.M., Johnson M.W., Baumann P. The genetic properties of the primary endosymbionts of mealybugs differ from those of other endosymbionts of plant sap-sucking insects // Appl. Environ. Microbiol. 2002. V. 68. P. 3198-205.

87. Baumann P., Cech T.R. Potl, the putative telomere end-binding protein in fission yeast and humans // Science. 2001. V.292. P.l 171-1175.

88. Baumann P., Moran N.A. Non-cultivable microorganisms from symbiotic associations of insects and other hosts // Antonie Van Leeuwenhoek. 1997. V. 72. P. 39-48.

89. Baumann P., Baumann L., Lai C.Y., Rouhbakhsh D., Moran N.A., Clark M.A. Genetics, physiology, and evolutionary relationships of the genus Buchnera: intracellular symbionts of aphids // Annu. Rev. Microbiol. 1995. V. 49. P. 55-94.

90. Baumann P., Baumann L., Clark M.A., Thao M. Buchnera aphidicola: the endosymbiont of aphids // ASM News. 1998. V. 64. № 4. P. 203-209.

91. Beale G.H, Jurand J, Preer Jr. J.P. The classes of endosymbiont of Paramecium aurelia II J. Cell Sci. 1969. V. 5. P. 65-91.

92. Beier C., Horn M, Gortz H.-D, Michel R, Wagner M. The genus Caedibacter comprising endosymbionts of Paramecium spp. Is polyphyletic // XI International Congress of Protozoology. Salzburg. 2001. P.30.

93. Berger J.D, Schmidt H.J. Regulation of macronuclear DNA content in Paramecium tetraurelia II J.Cell Biol. 1978. V.76. P. 116-126.

94. Berger J.D. Initiation and termination of macronuclear DNA synthesis in Paramecium: effect of variation in macronuclear DNA content // Canad. J. Zool. 1982. V.60. P.2501-2506.

95. Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. 9th ed. Holt J.G, Krieg N.R, Sneath P.H.A, Staley J.T, Williams S.T. (eds.) Baltimore et al.: Williams & Wilkins. 1994.

96. Beveridge T.J. Structures of gram-negative cell walls and their derived membrane vesicles // J. Bacteriol. 1999. V. 181. P. 4725-4733.

97. Birkelund S, Stephens R.S. Construction of physical and genetic maps of Chlamydia trachomatis serovar L2 by pulsed-field gel electrophoresis // J. Bacteriol. 1992. V. 174. P. 2742-2747.

98. Bliska J.B, Galan J.E, Falkow S. Signal transduction in the mammalian cell during bacterial attachment and entry // Cell. 1993. V. 73. № 5. P. 903-920.

99. Bodenbender J, Prohaska A, Jauker F, Hipke H, Cleffmann G. DNA elimination and its relation to quantities in the macronucleus of Tetrahymena //Dev. Genet. 1992. V.13. P. 103-110.

100. Borchsenius O.N., Ossipov D.V. Polymorphism of micronuclei of Paramecium caudatum. II. Mitotical cycles of micronuclei of different morphological types // Acta Protozool. 1968. V. 6. P. 161168.

101. Carle G.F., Olson M.V. Separation of chromosomal DNA molecules from yeast by orthogonal-field-alternation gel electrophoresis // Nucl. Acids Res. 1984. V. 12. № 14. P. 5647-5664.

102. Carle G.F., Olson M.V. An electrophoretic caryotype for yeast // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V.82. № 11. P. 3756-3760.

103. Caron F. A high degree of macronuclear chromosome polymorphism is generated by variable DNA rearrangements in Paramecium primaurelia during macronuclear differentiation // J. Mol. Biol. 1992. V. 225. №3. P. 661-678.

104. Caron F., Meyer E. Molecular basis of surface-antigen variation in Paramecia II Annu. Rev. Microbiol. 1989. V.43. P. 23-42.

105. Casjens S. The diverse and dynamic structure of bacterial genomes // Ann. Rev. Genet. 1998. V.32. P. 339-377.

106. Casjens S., Delange M., Ley H.L. 3rd, Rosa P., Huang W.M. Linear chromosomes of Lyme disease agent spirochetes: genetic diversity and conservation of gene order // J. Bacteriol. 1995. V.177. №10. P.2769-2780.

107. Casjens S., Murphy M., DeLange M., Sampson L., van Vung R., Huang W.M. Telomers of the linear chromosome of Lyme disease spirocheaters: nucleotide sequence and posiible exchange with linear plasmid telomeres//Mol. Microbiol. 1997. V.26. № 3. P.581-596.

108. Chang C., Stewart R.C. The two-component system. Regulation of diverse signaling pathways in prokaryotes and eukaryotes // Plant Physiol. 1998. V.l 17. № 3. P.723-731.

109. Tetrahymena II Exp. Cell Res. 1968. V.50. P. 193-207. Cleffmann G. Amount of DNA produced during extra S phases in

110. Tetrahymena// J. Cell Biol. 1975.V.66. P.204-209. Colt S.T., Saint Girons I. Bacterial genomics // FEMS Microbiol. Rev. 1994. V. 14. P. 139-160.

111. Collmer A., Lindeberg M., Petnicki-Ocwieja Т., Schneider D., Alfano J. Genomic mining type III secretion system effectors in Pseudomonas syringae yields new picks for all TTSS prospectors // Trends Microbiol. 2002. V. 10. P.462.

112. Conover R.K., Brunk C.F. Macronuclear DNA molecules of Tetrahymena thermophila II J. Mol. Cell. Biol. 1986a. V. 6. № 3. P. 900-905.

113. Conover R.K., Brunk C.F. Characterization of the macronuclear DNA of different species of Tetrahymena II J. Mol. Evol. 19866. V. 24. № 12. P. 143-151.

114. Cornelis G.R. Yersinia type III secretion: send in the effectors //J. Cell Biol. 2002. V. 158. P. 401-408.

115. Coyne R.S., Chalker D.S., Yao M.-C. Genome downsizing during ciliate development: nuclear division of labor through chromosome restructuring // Ann. Rev. Genet. 1996. V. 30, P. 557-578.

116. Crespi M., Messens E., Caplan A.B., van Montagu M., Desomer J. Fasciation induction by the phytopathogen Rhodococcus fascians depends upon alinear plasmid encoding a cytokinin synthase gene // EMBO J. 1992. V.l 1. № 3. P.795-804.

117. Cummings D.J. Mitochondrial genomes of the ciliates // Int Rev Cytol. 1992. V.141. P. 1-64.

118. Cummings D.J. Studies on macronuclear DNA from Paramecium aurelia II Chromosoma. 1975. V.53. № 3. P.191-208.

119. Das K.C., Guo X.L., White C.W. Protein kinase С delta-dependent induction of manganese superoxide dismutase geneexpression by microtubuleactive anticancer drugs 11 J. Biol. Chem. 1998. V.273. №51. P.34639-34645.

120. De Bary A. Die Erscheinungen der Symbiose. Strassburg: Trubner, 1879.

121. DeLong E.F., Wickham G.S., Pace N.R. Phylogenetic stains: ribosomal RNA-based probes for the identification of singlejcells // Science. 1989. V. 243. P. 1360-1363.

122. Demers В., Sansonetti P.J., Parsot C. Induction of type III secretion in Shigella flexneri is associated with differential control of transcription of genes encoding secreted proteins // EMBO J. 1998. V.17. P.2894-2903.

123. Distel D.L., Cavanaugh C.M. Independent phylogenetic origins of methanotrophic and chemoautotrophi^bacterial endosymbioses in marine bivalves // J. Bacteriol. 1994. V. 176. P. 1932-1938.

124. Distel D.L., Lee H.K., Cavanaugh C.M. Intracellular coexistence of methano- and thioautotrophic bacteria in ahydrothermal vent mussel // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. V. 92. P. 9598-9602.

125. Dohra H., Fujishima M. Effects of antibiotics on the early infection process of a macronuclear endosymbiotic bacterium Holospora obtusa of Paramecium caudatum H FEMS Microbiol. Lett. 1999. V.179. P.473-477.

126. Dohra H., Fujishima M., Hoshide K. Monoclonal antibodies specific for periplasmic materials of the macronuclear specific bacterium Holospora obtusa of the ciliate Paramecium caudatum II J. Eukaryot. Microbiol. 1994. V. 30. P. 288-294.

127. Dohra H., Fujishima M., Ishikawa H. Structure and expression of a GroE-homologous operon of a macronucleus-specific symbiont Holospora obtusa of the ciliate Paramecium caudatum II J. Eukaryot. Microbiol. 1998. V. 45. P. 71-79.

128. Duharcourt S, Keller A.M., Meyer E. Homology-dependent maternal inhibition of developmental excision of internal eliminated sequences in Paramecium tetraurelia II Mol. Cell. Biol. 1998. V.18. P.7075-7085.

129. Dupy-Blanc J. Etude cytophotometrique des teneaurs en DNA desmicronucleus de Paramecium caudatum au cours de la conjugaisonet pendant la differenciations des "Anlagen" en macronucleus //

130. Protistologica. 1969. V.5. P.239-248.

131. Edelstein P.H, Edelstein M.A, Higa F, Falkow S. Discovery of virulencegenes of Legionella pneumophila by using signature vtaggedjmutagenesis in a guinea pig pneumonia model //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. V. 96. P. 8190-8195.

132. Eisen J. A. The RecA protein as a model molecule for molecular systematic studies of bacteria: comparison of trees of RecAs and 16S rRNAs from the same species //J. Mol. Evol. 1995. V. 41. P. 1105-1123.

133. Embley T.M., Dyal P., Kilvington S. A group I intron in the small subunit ribosomal RNA gene from Naegleria andersoni ssp. strain PPMFB-6 //Nucleic Acids Res. 1992. V.20. № 23. P.6411.

134. Embley T.M., Finlay B.J. Systematic and morphological diversity of endosymbiotic methanogens in anaerobicciliates // Antonie Van Leeuwenhoek. 1993-1994. V. 64. P. 261-271.

135. Emelyanov V.V. Rickettsiaceae, rickettsia-like endosymbionts, and the origin of mitochondria //Biosci. Rep. 2001. V. 21. P. 1-17.

136. Engelmann T.W. Zur Naturgeschichte der Infusionsthiere // Z. Wiss. Zool. 1862. V. 11. P. 347-393.

137. Eremeeva M.E., Roux V., Raoult D. Determination of genome size and restriction pattern polymorphism of Rickettsia prowazekii and Rickettsia typhi by pulsed field gel electrophoresis // FEMS Microbiol. Lett. 1993. V.112. №1. P.105-112.

138. Estive J.-C. Une population de type "killer" chez Paramecium caudatum (Ehrenberg) // Protistologica. 1978. V. 14. P. 201-207.

139. Falkow S. Bacterial entry into eukaryotic cell // Cell. 1991. V. 65. P. 10991102.

140. Fenchel Т., Ramsing N.B. Identification of sulphate-reducing ectosymbiotic bacteria from anaerobicciliates using 16S rRNA binding oligonucleotide probes II Arch. Microbiol. 1992. V.158. P. 394-397.

141. Ferdows M.S., Barbour A.G. Megabase-sized linear DNA in the bacterium Borrelia burdgoferi, the Lyme disease agent // Pros. Natl. Acad. Sci. USA. 1989. V.86. P.5969-5973.

142. Findly C.R., Gall J.G. Free ribosomal RNA genes in Paramecium are tandemly repeated // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1978. V. 75. № 7. P. 3312-3316.

143. Finlay В., Fenchel T. Ecology: role of ciliates in the natural environment// In: Hausmann K., Bradbury P.C. (eds.). Ciliates Cells as Organisms / Stuttgart: Fisher. 1997. P. 417-440.

144. Finlay B.B., Cossart P. Exploitation of mammalian host cell functions by bacterial pathogens // Science. 1997. V. 276. P. 718-725.

145. Finlay B.B., Falkow S. Common themes in microbial pathogenicity //Microbiol. Rev. 1989. V. 53. P. 210-230.

146. Finlay B.B., Falkow S. Common themes in microbial pathogenicity revisited // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1997. V.61. №2. P. 136-169.

147. Finlay B.J., Embley T.M., Fenchel T. A new polymorphic methanogen, closely related to Methanocorpusculum parvum, living in stable symbiosis within the anaerobic ciliate Trimyema sp // J. Gen. Microbiol. 1993. V.139. № 2. P.371-378.

148. Fiveiskaja A. Einfluss der Kernparasiten der Infusorien auf den Stoffwechsel // Arch. Protistenkd. 1929. V. 65. P. 275-298.

149. Fokin S.I., Gortz H.-D. Caedibacter macronucleorum sp. nov., a bacterium inhabiting the macronucleus of Paramecium dubosqui II Arch. Protistenkd. 1993. V. 143. P. 319-324.

150. Fokin S. I., Sabaneeva E. V. Bacterial endocytobionts of the ciliate Paramecium calkinsi И Eur. J. Protistol. 1993. V.29. P. 390-395.

151. Fokin S. I., Sabaneeva E. V. Release of endonucleobiotic bacteria Holospora bacillata and Holospora curvata from the macronucleus of their host cells Paramecium woodruffi and Paramecium calkinsi II Endocytobiosis Cell Res. 1997. V. 12. P. 49-55.

152. Fokin S. I., Brigger Т., Brenner J., Gortz H.-D. Holospora species infecting the nuclei of Paramecium appear to belong to two groups of bacteria // Europ. J. Protistol. 1996. V.32. P.9-24.

153. Forney J., Rodkey K. A repetitive DNA sequence in Paramecium macronuclei is related to the beta subunit of G proteins // Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. P. 5397-5402.

154. Forney J.D., Blackburn E.H. Developmentally controlled telomere addition in wild-type and mutant paramecia // Mol. Cell Biol. 1988. V.8. P. 251-258.

155. Foster J.S., Apicella M.A., McFall-Ngai M.J. Vibrio fischeri lipopolysaccharide induces developmental apoptosis, but not complete morphogenesis, of the Euprymna scolopes symbiotic light organ // Dev. Biol. 2000. V. 226. P. 242-254.

156. Fraser C.M., Casjens S., Huang W.M. et al. Genomic sequence of a Lyme disease spirochaete, Borrelia burgdorferi II Nature. 1997. V. 390. P. 580-586.

157. Freiburg M. Isolation and characterization of macronuclei of Paramecium caudatum infected with the macronucleus-specific bacterium ■ Holospora obtusa //J. Cell Sci. 1985. V. 73 P. 389-398.

158. Fujishima M. Further study of the infectivity of Holospora obtusa, a macronucleus specific bacterium of the ciliate Paramecium ■ caudatum II Acta Protozool. 1986. V.25. P. 345-350.

159. Fujishima M., Fujita M. Infection and maintainance of Holospora obtusa, a macronucleus specific bacterium of the ciliate Paramecium caudatum //J. Cell Sci. 1985.V. 76. P. 179-187.

160. Fujishima M., Gortz H.-D. Infection of macronuclear anlagen of Paramecium caudatum with the macronucleus-specific Holospora obtusa II J. Cell Sci. 1983. V. 64. P. 137-146.

161. Fujishima M., Hiwatashi K. Transplantation of germ nuclei in Paramecium caudatum. II. Induction of Meiosis in transplanted interphase nucleus //Exp. Cell Res. 1981. V. 131. P. 63-71.

162. Fujishima M., Hiwatashi K. Transplantation of germ nucleus in Paramecium caudatum. I. Nuclei in the pre-meiotic S phase can enter into mitotic cycle // Exp. Cell Res. 1978. V. 111. P. 468-471.

163. Fujishima M., Sawabe H., Iwatsuki K. Scanning electron microscopic observation of differentiation from the reproductive short form to the infectious long form of Holospora obtusa II J. Protozool. 1990b. V. 37. P. 123-128.

164. Galan J.E., Collmer A. Type III secretion machines: bacterial devices for protein delivery into host cells // Science. 1999. V. 284.P. 13221328.

165. Galperin M.Y., Koonin E.V. Comparative genome analysis // Methods Biochem. Anal. 2001. V.43. P.359-392.

166. Gao L.Y., Kwaik Y.A. The mechanism of killing and exiting the protozoan host Acanthamoeba polyphaga by Legionella pneumophila // Environ. Microbiol. 2000. V.2. P. 79-90.

167. Gibson W.C., Miles M.A. The karyotype and ploidy of Trypanosoma cruzi II EMBO J. 1986. V.5. P. 1299-1305.

168. Giovannoni S.J., DeLong E.F., Olsen G.J., Pace N.R. Phylogenetic group-specific oligodeoxynucleotide probes for identification of single microbial cells // J. Bacteriol. 1988. V.170. № 2. P.720-726.

169. Gortz H.-D. Endonuclear symbionts in Ciliates // Int. Rev. Cytol. 1983. Suppl. 14. P . 145-176.

170. Gortz H.-D. Endocytobiosis in ciliates // Int. Rev. Cytol. 1986. V. 102. P. 169-213.

171. Gortz H.-D. Endocytobiosis // In: Gortz H.-D. (ed): Paramecium. 1988. . Berlin-Heidelberg: Springer Verlag. P. 393-405.

172. Gortz H.-D. Intracellular bacteria in ciliates. // Int. Microbiol. 2001. V.4. P. 143-150.

173. Gortz H.-D, Brigge T. Intracellular bacteria in protozoa // Naturwissenschaften. 1998. V.85. P.359-368.

174. Gortz H.-D, Dieckmann J. Life cycle and infectivity of Holospora elegans (Hafkine), a micronucleus-specific symbiont of Paramecium caudatum (Ehrenberg) //Protistologica. 1980. V.16. P.591-603.

175. Gortz H.-D, Freiburg M. Bacterial symbionts in the micronucleus of Paramecium bursaria //Endocyt. Cell Res. 1984. V. LP. 37-46.

176. Gortz H.-D, Fujishima M. Conjugation and meiosis of Paramecium caudatum infected with the micronucleus-specific bacterium Holospora elegans II Eur. J. Cell Biol. 1983. V.32. P. 86-91.

177. Gortz H.-D, Maier G. A bacterial infection in a ciliate from sewage sludge // Endosymbiosis and Cell Res. 1991. V.8. P. 45-52.

178. Gortz H.-D, Wiemann M. Route of infection of the bacteria Holospora elegans and Holospora obtusa into the nuclei of Paramecium caudatum //Europ. J. Protistol. 1989. V. 24. P. 101-109.

179. Gortz H.-D, Freiburg M, Wiemann M. Polypeptide differences between infections and reproductive forms of Holospora obtusa, an endonucleobiotic bacterium from the macronucleus of Paramecium caudatum II Endocyt. Cell. Res. 1988. V.5. P. 233-244.

180. Gortz H.-D, Ahlers N, Robenek H. Ultrastructure of the infectious and reproductive forms of Holospora obtusa, a bacterium infecting the macronucleus of Paramecium caudatum II J. General Microbiol. 1989. V.135.P. 3079-3085.

181. Gortz H.-D, Lellig S, Miosga O, Wiemann M. Changes in fine structure and polypeptide pattern during development of Holospora obtusa, a bacterium infecting the macronucleus of Paramecium caudatum II J. Bacteriol. 1990. V. 172. P. 5664-5669.

182. Gortz H.-D., Benting M., Ansorge I., Freiburg M. Cell surface proteins of the infectious form of the symbiotic bacterium Holospora obtusa II Symbiosis. 1992. V.14. P.391-397.

183. Gray M.W. The endosymbiont hypothesis revisited // Int. Rev. Cytol. 1992. V. 141. P. 233-357.

184. Gray M.W., Burger G., Lang B.F. Mitochondrial evolution // Science. 1999. V. 283. P.1476-1481.

185. Gregory T.R. Coincidence, coevolution, or causation? DNA content, cell size, and the C-value enigma //Biol. Rev. Camb. Philos. Soc. 2001. V. 76. P. 65-101.

186. Groisman E.A., Heffron F. Regulation of Salmonella virulence by two-component regulatory systems // In: Two-component signal transduction., Hoch J. A., Silhavy T. J. (eds.) Washington, D.C.: ASM Press. 1995. P. 319-332.

187. Gromov B.V., Ossipov D.V. Holospora (ex Hafkine 1890) nom. rev., a genus of bacteria inhabiting the nuclei of Paramecia II Int. J. Syst. Bacteriol. 1981. V. 31. № 3. P. 348-352.

188. Hafkine W.M. Maladies infectieuses des paramecies // Ann. Inst. Pasteur. 1890. V.4. P. 148-162.

189. Hakenbeck R., Stock J.B. Analysis of two-component signal transduction systems involved in transcriptional regulation //Methods Enzymol. 1996. V. 273. P. 281-300. Halkka O., Heinonen L. Chromosome breakage associated with infection. II.

190. Stained sections // Hereditas. 1967. V.68. P. 253-261. Halkka O., Meynadier G., Vago C., Brummer-Korvenkantio M. Rickketsial induction of chromosome aberrations // Hereditas. 1970.V. 64. P. 126-128.

191. Hielm S., Bjorkroth J., Hyytia E., Korkeala H. Genomic analysis of Clostridium botulinum group II by pulsed-field gel electrophoresis // Appl. Environ. Microbiol. 1998. V.64. P.703-708.

192. Hinnebusch J., Tilly K. Linear plasmids and chromosomes in bacteria // Mol. Microbiol. 1993. V. 10. P. 917-922.

193. Horn M., Fritsche T.R., Gautom R.K., Schleifer K.H., Wagner M. Novel bacterial endosymbionts of Acanthamoeba spp. related to the Paramecium caudatum symbiont Caedibacter caryophilus II Environ. Microbiol. 1999. V.l. P.357-367.

194. Huang C.H., Lin Y.S., Yang Y.L, Huang S.W., Chen C.W. The telomeres of Streptomyces chromosomes contain conserved palindromic sequences with potential to form complex secondary structures // Mol. Microbiol. 1998. V. 28. P. 905-916.

195. Jiang Q., Hiratsuka K., Taylor D. E. Variability of gene order in different Helicobacter pylori strains contributes to genomic diversity // Mol. Microbiol. 1996. V.20. P.833-842.

196. Jumas-Bilak E., Michaux-Charachon S., Bourg G., Ramuz M., Allardent-Sevent A. Unconvertional genomic organization in the alpha subgroup of the Proteobacteria // J. Bacteriol. 1998. V.180. P. 27492755.

197. Kalkus J., Menne R., Reh M., Schlegel H.G. The terminal structures of linear plasmids from Rhodococcus opacus II Microbiology. 1998. V.144. № 5. P.1271-1279.

198. Karlin S., Weinstock G.M., Brendel V. Bacterial classifications derived from recA protein sequence comparisons // J. Bacteriol. 1995. V.177. №23. P. 6881-6893.

199. Katzen A., Cann G., Blackburn E. Sequence-specific fragmentation of macronuclear DNA in a holotrichous ciliate Glaucoma chattoni 11 Cell. 1981. V. 24. P. 313-320.

200. Keeling P.J., Palmer J.D. Lateral transfer at the gene and subgenic levels in the evolution of eukaryotic enolase // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. V. 98. P. 10745-10750.

201. Keen N.T. Gene-for-gene complementarity in plant-pathogen interactions // Annu. Rev. Genet. 1990. V. 24. P. 447-463.

202. Kim J., Mayfield J.E. Brucella abortus arginase and ornithine cyclodeaminase genes are similar to Ti plasmid arginase andornithine cyclodeaminase // Biochim. Biophys. Acta. 1997. V. 1354. P.55-57.

203. Kink J.A., Maley M., Preston R., Ling K., Wallen-Friedman M., Saimi Y., Kung C. Mutations in Paramecium calmodulin indicate functional differences between the C-terminal and N-terminal lobes in vivo // Cell. 1990. V. 62. P. 165-174.

204. Koizumi S., Kobayashi S. Mating type transformation by transfer of macronuclear chromatin in Paramecium tetraurelia //Exp. Cell Res. 1981. V. 131. P. 441-446.

205. Koizumi S., Kobayashi S. Microinjection of plasmid DNA encoding the A surface antigen of Paramecium tetraurelia restores the ability to regenerate a wild-type macronucleus //Mol. Cell. Biol. 1989. V. 9. P. 4398-4401.

206. Kok:o A. Dynamic bacterial genome organization // Mol. Microbiol. 1997. V.24. P.241-248.

207. Komaki K., Sato S., Ishikawa H. A characteristic difference among GroEL homologs from intracellular symbionts of closely-interrelated species of aphid // Zool. Sci. 1996. V. 13. P. 319-323.

208. Kondo N., Nikoh N., Ijichi N., Shimada M., Fukatsu T. Genome fragment of Wolbachia endosymbiont transferred to X chromosome of host insect //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. V. 99. P. 14280-14285.

209. Koonin E.V., Muchegan A.R., Rudd K.E. Sequencing and analysis of bacterial genomes//Curr. Biol. 1996. V.6. P.404-416.

210. Krawiec S., Riley M. Organization of the bacterial chromosome // Microbiol. Review. 1990. V. 54. P. 502-539.

211. Krueger D.M., Cavanaugh C.M. Phylogenetic diversity of bacterial symbionts of Solemya hosts based on comparative sequence analysis of 16S rRNA genes // Appl. Environ. Microbiol. 1997. V.63. P. 9198.

212. Kundig С, Hennecke H, Gottfert M. Correlated physical and genetic map of the Bradyrhizobium japonicum 110 genome // J. Bacteriol. 1993. V. 175. P. 613-622.

213. Kurland C.G, Andersson S.G. Origin and evolution of the mitochondrial proteome // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2000. V. 64. P. 786-820.

214. Mantis N.J., Winans S.C. The chromosomal response regulatory gene chvl of Agrobacterium tumefaciens complements an Escherichia coli phoB mutation and is required for virulence // J. Bacteriol. 1993.1. V.175.P. 6626-6636.

215. Maule J. Electrophoretic karyotype analysis // Methods in Molecular

216. Biology. 1994. V. 29. P. 221-252. Mayer K.M., Mikami K., Forney J.D. A mutation in Paramecium tetraurelia reveals functional and structural features of developmentally excised DNA elements // Genetics. 1998. V.148. P.139-149.

217. McCormick-Graham M., Romero D.P. A single telomerase RNA is sufficient for the synthesis of variable telomeric DNA repeats in ciliates of the genus Paramecium II Mol. Cell. Biol. 1996. V. 16. P. 1871-1879.

218. McDade J. E., Shepard С. C., Fraser D. W., Tsai T. R., Redus M. A., Dowdle W.R. Legionnaires' disease: isolation of a bacterium and demonstration of its role in other respiratory disease// New Engl. J. Med. 1977. V. 297. P. 1197-1203.

219. McFadden G.I. Endosymbiosis and evolution of the plant cell // Curr. Opin.

220. Mereschkovsky K.C. Le plant considere comme un complex symbiotique //

221. Meyer E., Butler A., Dubrana K., Duharcourt S., Caron F. Sequence-specific epigenetic effects of the maternal somatic genome ondevelopmental rearrangements of the zygotic genome in Paramecium primaurelia II Mol Cell Biol. 1997. V.17. P. 3589-3599.

222. Miao E.A., Miller S.I. A conserved amino acid sequence directing intracellular type III secretion by Salmonella typhimurium II Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V. 97. P. 7539-7544.

223. Mikami K., Gortz H.-D. Holospora elegans infected micronuclei of Paramecium caudatum still serve a function during vegetative life // J. Protozool. 1985. V. 32. P. 736-737.

224. Mikami K., Koizumi S. Microsurgical analysis of the clonal age and the cell-cycle stage required for the onset of autogamy in Paramecium tetraurelia II Dev. Biol. 1983. V. 100. P. 127-132.

225. Misui S., Sasaki Т., Ishikawa H. GroE-homologous operon of Wolbachia, an intracellular symbiont of arthropods: a new approach for their phylogeny // Zool. Sci. 1997. V. 14. P. 701-706.

226. Miyake A. Cell communication, cell union, and initiation of meiosis in ciliate conjugation //Curr. Top. Dev. Biol. 1978. V. 12. P. 37-82.

227. Miyake A. Physiology and biochemistry of conjugation in ciliates // M. Levandowsky, S.H. Hunter (eds.). Biochemistry and Physiology of Protozoa. V. 4. New York: Academic Press, 1981. P. 37-82.

228. Monack D.M., Mecsas J., Ghori N., Falkow S. Yersinia signals macrophages to undergo apoptosis and YopJ is necessary for this cell death // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94. P. 10385-10390.

229. Moran N., Baumann P. Phylogenetics of cytoplasmically inherited microorganisms of arthropods //Tree. 1994.V.9. P. 15-20.

230. Moreno E. Genome evolution within alpha Proteobacteria: why do some bacteria not posess plasmids and others exhibit more than one different chromosome? // FEMS Microbiol. Rev. 1998. V.22. P. 255-275.

231. Mourey R.J., Dixon J.E. Protein tyrosine phosphatases: characterization of extracellular and intracellular domains //Curr. Opin. Genet. Dev. 1994. V. 4. P. 31-39. Muller J. Beobachtungen an Inlusorien/ Monatsberichte der Berliner

232. O'Neill S.L, Giordano R, Colbert A.M., Karr T.L, Robertson H.M. 16SrRNA phylogenetic analysis of the bacterial endosymbiontsassociated wit^cytoplasmic incompatibility in insects // Proc. Natl.

233. Acad. Sci. USA. 1992. V.89. P.2699-2702.

234. Orias E, Flacks M. Macronuclear genetics of Tetrahymena. I. Randomvdistribution of macronuclear gene^opies in T. pyriformis, syngen 1 // Genetics. 1975. V. 79. P. 187-206.

235. Orias E., Higashinakagawa Т. Genome organization and reorganization in ciliated Protozoa // Zool. Sci. 1990. V. 7. Suppl. P. 59.

236. Ossipov D.V. The specifity of localization of omega-particles, the intranuclear symbiotic bacteria in Paramecium caudatum II Acta Protozool. 1975. V. 14. P. 43- 57.

237. Ossipov D.V., Karpov S.A., Smirnov A.V., Rautian M.S. Peculiarities of the symbiotic systems of protists with diverse patterns of cellular organization // Acta Protozool. 1997. V. 36. P. 3-21. Ъ >

238. Overbye L.J., Sandkvist M., Bagdasarian M. Genes required for extracellular secretion of enterotoxin are clustered in Vibrio cholerae II Gene. 1993. V. 132. P. 101-106.

239. Palacios G., Martin-Gonzalez A., Guttierez J.C. Macronuclear DNA analysis of vegetative cells and resting cyst of Colpoda inflata, using pulsed-field and standard electrophoresis // Europ. J. Protistol. 1995. V. 31. P. 468.

240. Pandza K., Pfalzer G., Cullum J., Hranueli D. Physical mapping shows that the unstable oxytetracycline gene cluster of Streptomyces rimosus lies close to one end of the linear chromosome // Microbiology. 1997. V.143. P.1493-1501.

241. Pars^k M.R., Greenberg E.P. Acyl-homoserine lactone quorum sensing in gram-negative bacteria: a signaling mechanism involved in associations with higher organisms // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V.97. P. 8789-8793.

242. Paton G.R., Jacobs J.P., Perkins F.T. Chromosome changes in human diploid-cell cultures infected with Mycoplasma II Nature. 1965. V. 207. P. 43-45.

243. Pelvat В., de Haller G. Macronuclear DNA in Stentor coeruleus: first approach to its characterization // Genet. Res. 1976. V. 27. P.277-289.

244. Petschenko B. Drepanospira Mulleri n. G. N. Sp. Parasite des Paramaeciums; Contribution a 1'etude de la structure des bacteries// Arch. Protistenkd. 1911. V. 22. P. 248.

245. Phan H.L., Forney J., Blackburn E. Analysis of Paramecium macronuclear DNA using pulsed-field gel electrophoresis // J. Protozool. 1989. V. 36. P. 402-408.

246. Piras L., Salvini M., Bini E., Nobili R. Macronuclear chromatin DNA of Blepharisma japonicum II J. Protozool. 1989. V. 36. № 2. P. 27A.

247. Podlipaev S.A., Ossipov D.V. Early stages of infection of Paramecium caudatum micronuclei symbiotic bacteria omega-particles (electron microscopy examination) // Acta Protozool. 1979. V. 18. P. 477-491.

248. Pond F.R., Gibson I., Lalucat J., Quackenbush R.L. R-body- producing bacteria // Microbiol. Rev. 1989. V. 53. № 1. P. 25-67.

249. Pratt L.A., Silhavy T.J. The response regulator SprE controls the stability of RpoS // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1996. V. 93. P.2488-2492.

250. Preer J.R.Jr. Quantitative predictions of random segregation models of the ciliate macronucleus // Genet. Res. 1976. V.27 P.227-238.

251. Preer J.R.Jr. Epigenetic mechanisms affecting macronuclear development in Paramecium and Tetrahymena II J. Eukaryot. Microbiol. 2000. V. 47. P. 515-524.

252. Preer J.R.Jr., Preer L.B. The size of macronuclear DNA and its relationship to models for maintaining genie balance // J. Protozool. 1979. V. 26.1. P. 14-18.

253. Preer J.R.Jr., Preer L.B. Endosymbionts of Protozoa // N.R. Krieg (ed.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. V. 1. Baltimore: Williams and Wilkins, 1984. P. 795-811.

254. Preer J.R.Jr., Stark P. Cytological observations on the cytoplasmic factor "kappa" in Paramecium aurelia II Exp. Cell Res. 1953. V. 5. P. 478491.

255. Preer J.R.Jr., Preer L.B., Jurand A. Kappa and other endosymbionts in Paramecium aurelia II Bacteriol. Rev. 1974. V. 38. P. 113-163.

256. Pree; L.B. Alpha, an infectious macronuclear symbiont of Parmecium aurelia //J. Protozoology. 1969. V. 16. P. 570-578.

257. Preer L.B., Preer J.R.Jr. Killing activity from lysed particles of Paramecium II Genet. Res. 1964. V. 5. P. 230-239.

258. Prescott D.M. The DNA of ciliated protozoa // Microbiol. Rev. 1994. V. 58. № 2. P. 233-267.

259. Prescott DM. Genome gymnastics: unique modes of DNA evolution and processing in ciliates//Nat. Rev. Genet. 2000. V.l. P. 191-198.

260. Pritchard A.E., Seilhamer J.J., Mahalingam R., Sable C.L., Venuti S.E., Cummings D.J. Nucleotide sequence of the mitochondrial genome of Paramecium //Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. № 1. P. 173-180.

261. Monogr. Wien New York: Springer Verlag. 1982.V. 9. P. 1- 474. Raikov I.B. Structure and genetic organization of the polyploid macronucleus of ciliates: a comparative review // Acta Protozool.1995. V. 34. №3. P. 151-171.

262. Rautian M.S., Vishnyakov A.E., Makarov S.V., Ossipov D.V. Transformation of Paramecium caudatum clone resistant to infection by Holospora intranuclear symbiotic bacteria // Europ. J. Protistol.1996. № 32. Suppl. 1. P. 135-140.

263. Rautian M.S., Timofeyeva A., Vishniakov A. Alpha-Proteobacteria as intranuclear symbionts of Ciliates: Peculiarities of their genome organization // Abstr. 3rd Europ. Congr. Protistol., 9th Europ. Conf. Ciliate Biol. Helsingor. Denmark, 1999. P. 63.

264. Rocap G., Distel D.L., Waterbury J.B., Chisholm S.W. Resolution of Prochlorococcus and Synechococcus ecotypes by using 16S-23S ribosomal DNA internal transcribed spacer sequences // Appl. Environ. Microbiol. 2002. V. 68. P. 1180-1191.

265. Ruby E.G. Lessons from a cooperative, bacterial-animal association: the Vibrio fischeri-Euprymna scolopes light organ symbiosis // Annu. Rev. Microbiol. 1996. V.50. P.591-624.

266. Rumbaugh KP, Griswold JA, Hamood AN. The role of quorum sensing in the in vivo virulence of Pseudomonas aeruginosa II Microbes. Infect. 2000. V.2. P.1721-1731.

267. Ryals J.A., Neuenschwander U.H., Willits M.G., Molina A., Steiner H.Y., Hunt M.D. Systemic acquired resistance // Plant Cell. 1996. V. 8. P. 1809-1819.

268. Saito M., Sato H. Morphological studies on the macronuclear structure of Paramecium caudatum. III. On the development of the macronucleus in the exconjugant // Zool. Mag. (Jap.). 1961. V. 70. P. 81-88.

269. Salmond G.P., Reeves P.J. Membrane traffic wardens and protein secretion in gram-negative bacteria // Trends Biochem. Sci. 1993. V. 18. P. 712.

270. Sandkvist M., Bagdasarian M., Howard S.P., DiRita V. Interaction between the autokinase EpsE and EpsL in the cytoplasmic membrane is required for extracellular secretion in Vibrio cholerae II EMBO J. 1995. V.14. P.1664-1673.

271. Schensted I.V. Model of subnuclear segregation in the macronucleus of ciliates // Am. Nat. 1958. V. 92. P. 161-170.

272. Schmidt H.J. Isolation of Ora/Arow-endosymbionts from mass cultures of Euplotes aediculatus and characterization of their DNA // Exp. Cell Res. 1982. V. 140. P. 417-425.

273. Schmidt H.J, Freiburg M, Gortz H.-D. Comparison of the infectious forms of two bacterial endonucleobionts Holospora elegans and Holospora obtusa, from the ciliate Paramecium caudatum II Microbios. 1987. V. 49. P. 189-197.

274. Schwartz D.C, Cantor C.R. Separation of yeast chromosome-sized DNAs by pulsed-field gel electrophoresis // Cell. 1984. V. 37. P. 67-75.

275. Shea J.E, Hensel M, Gleeson C, Holden D.W. Identification of a virulence locus encoding a second type III secretion system in Salmonella typhimurium II Proc. Natl Acad. Sci. USA. 1996. V. 93. P. 25932597.

276. Shea J.E, Beuzon C.R, Gleeson C, Mundy R, Holden D.W. Influence of the Salmonella typhimurium pathogenicity island 2 type III secretion system on bacterial growth in the mouse // Infect. Immun. 1999.V.67. P. 213-219.

277. Shigenobu S, Watanabe H, Hattori M, Sakaki Y, Ishikawa H. Genome sequence of the endocellular bacterial symbiont of aphids Buchnera sp. APS //Nature. 2000. V. 407. P. 81- 86.

278. Skoblo I.I, Lebedeva N.A, Rodionova G.V. The formation of the Paramecium Holospora symbiotic system: a study of the compatibility of different symbiont isolates and host clones // Europ. J. Protistol. 1996. V. 32. Suppl. 1. P. 147-153.

279. Smith C.L., Matsumoto Т., Niwa О., Klco S., Fan J.B., Yanagida M., Cantor C.R. An electrophoretic karyotype for Schizosaccharomyces pombe by pulsed field gel electrophoresis // Nucleic Acids Res. 1987. V.15.№11. P.4481-4489.

280. Smith-Sonneborn J. Genetics and aging in Protozoa // Int. Rev. Cytol. 1981. V.73. P.319-354.

281. Sobral B.W., Honeycutt R.J., Atherly A.G., McClelland M. Electrophoretic separation of the three Rhizobium meliloti replicons // J. Bacteriol. 1991. V. 173. № 16. P. 5173-5180.

282. Soldo А.Т., Brickson S.A., Larin F. The kinetic and analytical complexities of the DNA genomes of certain marine and fresh-water ciliates // J. Protozool. 1981. V. 28. № 4. P. 377-383.

283. Soldo A.T., Brickson S.A., Larin F. The size and structure of the DNA genome of symbiont xenosome particles in the ciliate Parauronema acutum И J. Gen. Microbiol. 1983. V. 129. P. 1317-1325.

284. Soloski M.J., Metcalf ES. The involvement of class lb molecules in the host response to infection with Salmonella and its relevance to autoimmunity // Microbes Infect. 2001. V. 3. P. 1249-1259.

285. Sonneborn T.M. Mating types, toxic interactions and heredity in Paramecium aurelia II Science. 1938. V. 88. P. 503.

286. Sonneborn T.M. Methods in the general biology and genetics of Paramecium aurelia II J. Exp. Zool. 1950. V. 113. P. 87-148.

287. Sonneborn T.M. Beyond the gene two years later. In: Baitsell J.A. (ed.) Science in Progress. New Haven,Connecticut: Yale University Press,1951. P.167-203.

288. Sonneborn T.M. Breeding systems, reproductive methods, and species problems in Protozoa// In: E. Mayr (ed.). The Species Problem. Washington: American Association for the Advancement of Science, 1957. P. 155-324.

289. Sonneborn T.M. Kappa and related particles in Paramecium II Adv. Virus

290. Res. 1959. V. 6. P. 229-356. Sonneborn T.M. Methods in Paramecium II Methods in Cell Physiology

291. New York Academy Press. 1970. V. 4. P. 241-339. Sonneborn T.M. The Paramecium aurelia complex of 14 sibling species //

292. Stasjcawicz В.J., Ausubel F.M., Baker В .J,. Ellis J.G., Jones J.D. Molecular genetics of plant disease resistance //Science. 1995. V. 268. P. 661667.

293. Steele C.J., Barkocy-Gallagher G.A., Preer L.B., Preer J.R. Jr. Developmentally excised sequences in micronuclear DNA of Paramecium //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V. 91. P. 22552259.

294. Steinbriick G., Haas I., Hellmer K.-H., Ammermann D. Characterization of macronuclear DNA in five species of ciliates // Chromosoma. 1981. V. 83. P. 199-208.

295. Steinbriick G., Radzikowski S., Golembiewska-Skoczylas M., Sapetto-Rebow B. Characterization of low and high molecular weight DNA in the macronucleus of the ciliate Chilodonella steini II Acta Protozool. 1995. V. 34. P. 125-135.

296. Stepkowski Т., Legocki A.B. Reduction of bacterial genome size and expansion resulting from obligate intracellular lifestyle and adaptation to soil habitat // Acta Biochim. Pol. 2001. V.48. P. 367381.

297. SteVens A. M., Dolan К. M., Greenberg E. P. Synergistic binding of the Vibrio fischeri LuxR transcriptional activator domain and RNA polymerase to the lux promoter region // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. V.91.P. 12619-12623.

298. Strenl В., Holtzendorff J., Partensky F., Hess W.R. A small and compact genome in the marine cyanobacterium Prochlorococcus marinus

299. ССМР 1375: lack of an intron in the gene for tRNA(Leu)(UAA) and a single copy ofthe rRNA operon // FEMS Microbiol Lett. 1999. V. 181. P. 261-266.

300. Strtider-Kypke M.C., Wright A.D., Fokin S.I., Lynn D.H. Phylogenetic relationships of the genus Paramecium inferred from small subunit rRNA gene sequences // Mol. Phylogenet. Evol. 2000a. V.14. P. 122130.

301. Strtider-Kypke M. C., Wright A.-D. G., Fokin S. I., Lynn D. H. Phylogenetic relationships of the subclass Peniculia (Oligohymenophorea, Ciliophora) inferred from small subunit rRNA gene sequences // J. Eukaryot. Microbiol. 2000b. V.47. P.419-429.

302. Sumner A.T. Chromosome Banding // London: Unwin Hayman. 1990. 434 P

303. Sun L.V., Foster J.M., Tzertzinis G., Ono M., Bandi C., Slatko B.E., O'Neill S.L. Determination of Wolbachia genome size by pulsed-field gel electrophoresis //J. Bacteriol. 2001. V. 183. P. 2219-2225.

304. Swanson M.S., Hammer B.K. Legionella pneumophila pathogesesis: a fateful journey from amoebae to macrophages // Annu. Rev. Microbiol. 2000.V.54. P.567-613.

305. Takagi Y., Kanazawa N. Age-associated change in macronuclear DNA content in Paramecium caudatum II J.Cell Sci. 1982. V. 54. P. 137147.

306. Tam L.W., Ng S.F. The role of the micronucleus in stomatogenesis in sexual reproduction of Paramecium tetraurelia: laser microbeam irradiation ofthe micronucleus //J. Cell Sci. 1986. V. 86. P. 287-303.

307. Taylor D.E, Eaton M., Chang N., Salama S.M. Construction of a Helicobacter pylori genome map and demonstration of diversity at the genome level 11 J. Bacteriol. 1992. V. 174. P. 6800-6806.

308. Taylor F.J. Symbionticism revisited: a discussion of the evolutionary impact of intracellular symbioses // Proc. R. Soc. Lond. В Biol. Sci. 1979. V. 204. P. 267-286.

309. Trevors J. T. Genome size in bacteria // Antonie van Leeuwenhoek. 1996. V.69. P. 293-303.

310. Tsukii Y. Genetic diversity among natural stocks of Paramecium caudatum revealed by RAPD markers // Europ. J. Protistol. 1996. V. 32. Suppl. l.P. 165-169.

311. Uchiya K., Barbieri M.A., Funato K., Shah A.H., Stahl P.D., Groisman E.A. A Salmonella virulence protein that inhibits cellular trafficking // EMBO J. 1999. V. 18. P. 3924-3933.

312. Vellai Т., Kovacs A., Kovacs G., Ortutay C., Vida G. Genome economization and a new approach to the species concept in bacteria. Proc. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci. 1999. V. 266. P. 1953-1958.

313. Viale A.M., Arakaki A.K. The chaperone connection to the origins of the eukaryotic organelles//FEBS Lett. 1994. V.341. P.146-151.

314. Viale A.M., Arakaki A.K, Soncini F.C, Ferreyra R.G. Evolutionary relationships among eubacterial groups as inferred from GroEL (chaperonin) sequence comparisons // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. V.44. №3. P. 527-533.

315. Viprey V, Del Greco A, Golinowski W, Broughton W.J, Perret X. Symbiotic implications of type III protein secretion machinery in Rhizobium II Mol. Microbiol. 1998. V.28. P. 1381-1389.

316. Vishniakov A, Rautian M. Systematic position of some inracellular bacteria of ciliates // Abst. 3rd Eur.Congress of Protistol. 9th Europ.Conf. on Ciliate Biology. 1999. P.79.

317. Vishniakov A, Rodionova G. Motile intranuclear symbionts of cyliate Paramecium multimicronucleatum II In: Wagner E. et al. (eds.) Symbiosys to Eukaryotism. Endocytobiology VII. Geneva: Geneva University Press. 1998. P. 168-177.

318. Vishniakov A, Skoblo I, Rodionova G. New motile intranuclear symbionts of ciliate // Endocyt. Cell Res. 1998. V. 13. Suppl. P. 142.

319. Vishnyakov A, Rautian M, Lebedeva N. Possible new intranuclearsymbionts of Paramecium caudatum II Protistology. 2001. V. 2. P. 63-67.

320. Vizcaino N, Zygmunt M.S., Verger J.M, Grayon M, Cloeckaert A. Localization and characterization of a specific linear epitope of the Brucella DnaK protein // FEMS Microbiol. Lett. 1997. V. 154. P. 117-122.

321. Welch M, Todd D. E, Whitehead N. A, McGowan S. J, Bycroft B. W, Salmond G. PN-acyl homoserine lactone binding to the CarR receptor determines quorum-sensing specificity in Erwinia II EMBO J. 2000. V.19.P. 631-641.

322. Wichterman R. Parasitism in Paramecium caudatum II J. Parasitol. 1940. V. 26. P. 29.

323. Wichterman R. Schizomycetes parasitic in Paramecium bursaria II J.

324. Parasitol. 1945. V. 31. P. 25. Wichtermann R. The Biology of Paramecium II New York, London: Plenum Press. 1986. 599 p.

325. Wright A.D., Dehority B.A., Lynn D.H. Phylogeny of the rumen ciliates Entodinium, Epidinium and Polyplastron (Litostomatea: Entodiniomorphida) inferred from small subunit ribosomal RNA sequences // J. Eukaryot. Microbiol. 1997. V. 44. P. 61-67.

326. Yanagi M., Yamasato K. Phylogenetic analysis of the family Rhizobiaceae and related bacteria by sequencing of 16S rRNA gene using PCR and DNA sequencer // FEMS Microbiol. Lett. 1993. V.107. № 1. P.115-120.

327. Yang C.C., Huang C.H., Li C.Y., Tsay Y.G., Lee S.C., Chen C.W. The terminal proteins of linear Streptomyces chromosomes and plasmids: a novel class of replication priming proteins // Mol. Microbiol. 2002. V. 43. P. 297-305.

328. Yang D., Oyaizu Y., Oyaizu H., Olsen G.J., Woese C.R. Mitochondrial origins // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. V.82. P. 4443-4447.

329. Yao M.C., Gorovsky M.A. Comparison of the sequences of macro- and micronuclear DNA of Tetrahymenapyriformis II Chromosoma. 1974. V. 48. № 1. P. 1-18.

330. Yao M.C., Yao C.H., Monks B. The controlling sequence for site-specific chromosome breakage in Tetrahymena II Cell. 1990. V.63. P.763-772.

331. Zeilstra-Ryalls J., Fayet O., Georgopoulos C. The universally conserved GroEL (Hsp 60) chaperonins // Annu. Rev. Microbiol. 1991. V.45. P. 301-325.

332. Zhu J., Winans S.C. The quorum-sensing transcriptional regulator TraR requires its cognate signaling ligand for protein folding, protease resistance, and dimerization // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001. V. 98. P. 1507-1512.

333. Ziemienowicz A. Odyssey of Agrobacterium T-DNA// Acta Biochimica Polonica. 2001. V. 48. P. 623-635.