Роль белковых факторов и РНК-белковых взаимодействий в импорте тРНК в митохондрии дрожжей тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Брандина, Ирина Львовна

• Брандина, Ирина Львовна
• кандидат биологических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Брандина, Ирина Львовна

ВВЕДЕНИЕ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Импорт тРНК в митохондрии.

1.1. Импорт тРНК в митохондрии простейших.

1.1.1. Импорт тРНК в митохондрии Tetrahymena.

1.1.2. Импорт тРНК в митохондрии трипаносоматид.

1.1.2.а. Отряд Kinetoplastidae.

1.1.2.6. Отряд Leishmania.

1.1.3. Другие представители простейших.

1. 2. Импорт тРНК в митохондрии дрожжей.

1.3. Импорт тРНК в митохондрии растений.

1.4. Импорт тРНК в митохондрии животных.

2. Убиквитин-протеасомная система деградации белков.

2.1.Введени е.

2.2. Функции УПС в клетке.

2.3. Убиквитинилирующая система в S. cerevisiae.

2.4. 26S протеасома: строение и функционирование.

2.4.1.20S субчастица, или каталитическое ядро.

2.4.2. 19S регуляторная субчастица.

2.5.Где локализованы протеасомы в клетке?.

2.6. Узнавание полиубиквитиновых цепей.

2.6.7. Протеасомные субъединицы, узнающие полиубиквитиновые цепи.

2.6.2. ЕЗ и Е4 ферменты в направлении субстратов к протеасоме.

2.6.3. Доставка субстратов к протеасоме посредством Cdc48 и его кофакторовАЪ

2.6.4. Шапероны и их кофакторы в деградации белков.

2.7. UFD путь. "' '. DOA1 как компонент UFD-nymu.

2.8. Непротеолитическая роль убиквитина и убиквитин-связывающих белков в клетке

2.8.1. Образование моноубиквитинилированных белков.

2.8.2. Связывание моноубиквитинилированных белков с различными убиквитин-связывающими доменами.

2.8.3. Альтернативные функции убиквитина.

A. Убиквитин изменяет локализацию белков.

Б. Убиквитин влияет на функцию белков.

B. Убиквитин регулирует белок-белковые взаимодействия.

Г. Убиквитин влияет на наследование и морфологию митохондрий.

Д. Убиквитин участвует в митохондриальной локализации белков.

2.9. Индукция УПС и каскадов протеинкиназ в ответ на тепловой шок.

3. Енолаза - гликолитический фермент.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ.

Материалы.

Реактивы.

Коммерческие наборы.

Антитела.

Приборы и оборудование:.

1. Штаммы микроорганизмов и линии клеток.

1.1. Штаммы Escherichia coli.

1.2. Штаммы Saccharomyces cerevisiae.

1.3. Линия клеток человека.

2. Условия выращивания организмов.

Дрожжевые питательные среды.

3. Генно-инженерные конструкции.

4. Генно-инженерные методы.

4.1. Полимеразная цепная реакция (ПЦР).

4.2. Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции и дефосфорилирование.

4.3. Лигирование.

4.4. Обратная транскрипция и амплификация.

5. Определение нуклеотидной последовательности ДНК методом Сэнгера.

6. Трансформация клеток Е.coli.

7. Трансформация Saccharomyces cerevisiae плазмидной ДНК.

8. Трансформация Saccharomyces cerevisiae библиотекой кДНК.

9. Определение фенотипов штаммов дрожжей S. cerevisiae.

10. Исключение плазмиды, содержащей маркер URA3, из дрожжевых клеток.

11. Определение активности р-галактозидазы.

11.1. Определение активности р-галактозидазы с помощью иммобилизации клеток на нитроцеллюлозных фильтрах.

11.2. Определение активности р-галактозидазы с использованием раствора X-gal в 0.5% агаре.

12. Скрещивание дрожжей.

13. Выделение ДНК из клеток дрожжей.

14. Выделение митохондриальных РНК из дрожжей.

14.1.Выделение митохондрий.

14.2. Выделение митохондриальных РНК.

15. Выделение суммарных клеточных РНК из дрожжей.

16. Гибридизация по Нозерну.

17. Western-гибридизация.

18. Мечение тРНК для реакций импорта.

19. Проверка ам?юацилирования РНК методом перйодатного окисления и мечения с использованием РНК-лигазы.

20. Транспорт радиоактивно меченной ТРК1 в изолированные митохондрии.

20.1. Выделение белкового препарата, способного направлять импорт тРНК в изолированные митохондрии дрожжей.

20.2. Выделение митохондрий из клеток дрожжей.

20.3. Исследование импорта РНК в изолированные митохондрии.

21. Выделение митохондрий из клеток человека.

22. Выделение митохондрий из гепатоцитов быка.

23. Измерение активности протеасомы in vitro.

24. Локализация митохондриальных белков.

24.1. Получение 358-меченных белков.

24.2. Импорт 358-меченных белков в изолированные митохондрии дрожжей.

25. Локализация З53-меченых енолаз в митохондриальной фракции дрожжей.

26. Конфокальная микроскопия клеток дрожжей.

27. Определение энзиматической активности гликолитических ферментов.

28. Выделение фракции, обогащенной внешними мембранами митохондрий дрожжей

29. Двумерный нативный электрофорез по Шагеру и фон Ягову.

29.4. Western-гибридизация BN-PAGE.

30. Иммунопреципитация.

31. Методы масс-спектрометрического анализа.

31.1. Визуализация белков в ПААГ.

31.2. Расщепление белков трипсином в геле.

31.3. MALDI- TOF анализ.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

1. Поиск потенциальных факторов импорта тРНК с использованием дву- и тригибридных систем в дрожжах.

1.1. Поиск белков, взаимодействующих с pre-Msklp в двугибридной системе.

1.1.1. Метод двугибридной системы в дрожжах.

1.1.2. Скрининг библиотек кДНК для поиска белков, связывающих pre-Msklp.

1.2. Поиск белков, взаимодействующих с импортируемой тРНК.

1.3. Функциональный анализ роли потенциальных факторов импорта.

1.3.1. Роль убиквитин-протеасомной системы в импорте тРНК.

A. Возможная роль субъединицы протеасомы Rpnl3p в импорте тРНК.

Б. Doalp как фактор импорта и компонент UFD-пути.

B. Влияние остановки каталитической функции УПС на эффективность импорта ТРК1 в митохондрии дрожжей.

В.1. Анализ уровня импорта тРНК в митохондрии штаммов, дефектных по каталитической функции протеасомы.

В.2. Использование ингибитора протеасомы и цистеиновых протеиназ MG132.

1.3.2. Анализ роли других потенциальных факторов импорта.

A. Регулятор транскрипции Mthl.

Б. Ингибитор протеин-киназ - PILI.

B. Белки, специфически связывавшиеся с ТРК1 в тригибридной системе, - PNC1 и

LEU9.

Г. Транспортер магния - ALR1.

Д. РНК-зависимые хеликазы DRS1 и SEN1.

2. Новые функции енолазы как фактора импорта тРНК.

2.1. Анализ локализации енолазы в клетках дрожжей in vivo с использованием Western-гибридизации.

2.2. Локализация Епо2р, меченной YFP, в клетках дрожжей.

2.3. Енолаза, связанная с митохондриями, является функционально активной?. 149 3. Анализ митохондриальных комплексов, содержащих енолазу.

A. Использование двумерного нативиого электрофореза.

Б. Использование иммунопреципитации с антителами к енолазе.

B. Сравнение и анализ результатов, полученных двумя методами.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль белковых факторов и РНК-белковых взаимодействий в импорте тРНК в митохондрии дрожжей»

Митохондрии осуществляют широкий спектр функций, включая обеспечение клеток энергией за счет окислительного фосфорилирования. Для митохондрий характерно наличие собственной ДНК и системы биосинтеза белка, однако большое число макромолекул импортируется в органеллы из цитоплазмы. Было показано, что в ряде случаев в митохондрии транспортируются не только белки, но также и тРНК. К настоящему времени импорт тРНК в митохондрии был обнаружен у простейших, ряда растений, сумчатых млекопитающих, а также у почкующихся дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Механизм переноса тРНК в митохондрии и его специфичность значительно отличается от вида к виду.

В случае дрожжей было показано, что из цитоплазмы в митохондрии импортируется два вида тРНК - тРНКЬусии (Martin et al., 1979) и тРНКс1п (Reinehardt et al., 2005). Импорт тРНК является высокоспецифичным процессом, так как одна из двух изоакцепторных лизиновых тРНК (тРНК yscаправляется в митохондрии дрожжей, в то время как вторая (тРНКЬу\>ии) присутствует только в цитоплазме. Такое различие в локализации довольно близких тРНК может быть объяснено отличиями в структуре этих тРНК (Entelis et al., 1998). Следующий уровень селекции может быть опосредован белками, взаимодействующими с тРНК. Ранее в нашей лаборатории было показано, что для импорта ТРК1 должна быть аминоацилирована с помощью цитоплазматической лизил-тРНК-синтетазы, затем необходимо ее взаимодействие с предшественником митохондриальной лизил-тРНК-синтетазы (pre-Msklp) (Tarassov et al., 1995b). Однако присутствия аминоацилированной ТРК1 и pre-Msklp не достаточно для импорта ТРК1 в митохондрии, что говорит о необходимости дополнительных белковых факторов, направляющих ее импорт, так называемых факторов импорта.

Данная работа была направлена на обнаружение белков, участвующих в импорте тРНК в митохондрии дрожжей и изучение их роли в этом процессе. При выполнении данной работы были получены указания на роль убикивитин-протеасомной системы деградации белков в импорте тРНК в митохондрии. Поэтому мы анализировали влияние различных компонентов этой системы на импорт ТРК1.

Во время выполнения данной работы в нашей лаборатории были получены данные, указывающие на участие гликолитического фермента - енолазы - в импорте тРНК (Н.Энтелис, неопубликованные данные). Также недавно было показано, что енолаза в комплексе с другими гликолитическими ферментами присутствует во фракции внешних мембран митохондрий Arabidopsis thaliana (Giege et al., 2003). Помимо этого известно, что гликолитические ферменты обладают радом альтернативных функций. Поэтому мы г А и к слит. (Ре Агентов предположили, что одной из функций • —т комплекса/могло бы быть участие в импорте тРНК в митохондрии. В связи с этим мы анализировали подробнее роль енолазы в импорте тРНК, ее митохондриальную локализацию в клетках дрожжей и осуществили поиск митохондриальных белков, образующих комплекс с енолазой.

Целью данной работы было исследование роли белковых факторов и РНК-белковых взаимодействий в импорте тРНК в митохондрии дрожжей.

Для этого в ходе исследования предполагалось выполнить следующие задачи:

1. Идентифицировать белковые факторы, потенциально участвующие в импорте тРНК в митохондрии дрожжей, так называемые факторы импорта, с использованием дву- и тригибридной систем в дрожжах.

2. Изучить влияние выявленных факторов на импорт тРНК в митохондрии дрожжей.

3. Исследовать роль гликолитического фермента — енолазы дрожжей - в импорте тРНК.

4. Охарактеризовать митохондриальную локализацию енолазы в клетках дрожжей и идентифицировать митохондриальные белки, взаимодействующие с енолазой.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Брандина, Ирина Львовна

выводы

1. Идентифицировано 9 белков, взаимодействующих с импортируемой в митохондрии дрожжей лизиновой тРНК и ее переносчиком- pre-Msklp, и являющихся потенциальными факторами импорта ТРК1.

2. Деления каждого из шести проанализированных генов (DOAI, LEU9, МТН1, PILI, PNC1, RPN13) приводит к увеличению эффективности импорта лизиновой тРНК. Это может указывать на то, что они являются репрессорами импорта.

3. Показана прямая корреляция между протеолитической функцией протеасомы 26S и эффективностью импорта тРНК в митохондрии дрожжей.

4. Доказано, что гликолитический фермент енолаза 2 частично локализован на внешней митохондриальной мембране в составе макромолекулярного комплекса, включающего импортируемую лизиновую тРНК дрожжей.

5. Продемонстрировано, что енолаза 2 специфически взаимодействует с импортируемой лизиновой тРНК дрожжей и непосредственно принимает участие в ее импорте.

6. Реконструирована система импорта лизиновой тРНК дрожжей в митохондрии из индивидуальных компонентов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Брандина, Ирина Львовна, 2005 год

1. Сойдла Т.Р. и Голованов Е.И. 1984 Возможная роль TPHKILys в узнавании участков пре-мРНК, имеющих регуляторное значение для сплайсинга. Молекулярная биология 18:277-285.

2. Энгельс Ф. "Диалектика природы", М., Политическая литература, 1987, с.259.

3. Adams, С.С., Jakovljevic, J., Roman, J., Harnpicharnchai, P. и Woolford, J.L., Jr. (2002) Saccharomyces cerevisiae nucleolar protein Nop7p is necessary for biogenesis of 60S ribosomal subunits. Rna, 8,150-165.

4. Adhya, S., Ghosh, Т., Das, A., Bera, S.K. и Mahapatra, S. (1997) Role of an RNA-binding protein in import of tRNA into Leishmania mitochondria. J Biol Chem, 272, 21396-21402.

5. Ahmadzadeh, M., Horng, А. и Colombini, M. (1996) The control of mitochondrial respiration in yeast: a possible role of the outer mitochondrial membrane. Cell Biochem Fund, 14,201-208.

6. Akashi, K., Hirayama, J., Takenaka, M., Yamaoka, S., Suyama, Y., Fukuzawa, H. и Ohyama, K. (1997) Accumulation of nuclear-encoded tRNA(Thr) (AGU) in mitochondria of the liverwort Marchantía polymorpha. Biochim Biophys Acta, 1350, 262-266.

7. Akashi, K., Sakurai, K., Hirayama, J., Fukuzama, H. и Ohyama, K. (1996) Occurence of nuclear-encoded tRNAIle in mitochondria of the liverwort Marchantía polymorpha. Curr. Genet., 30,181-185.

8. Alfonzo, J.D., Blanc, V., Estevez, A.M., Rubio, M.A. и Simpson, L. (1999) С to U editing of the anticodon of imported mitochondrial tRNA(Trp) allows decoding of the UGA stop codon in Leishmania tarentolae. Embo J, 18, 7056-7062.

9. Amerik, A., Swaminathan, S., Krantz, B.A., Wilkinson, K.D. и Hochstrasser, M. (1997) In vivo disassembly of free polyubiquitin chains by yeast Ubpl4 modulates rates of protein degradation by the proteasome. Embo J, 16,4826-4838.

10. Baumeister, W., Walz, J., Zuhl, F. и Seemuller, E. (1998) The proteasome: paradigm of a self-compartmentalizing protease. Cell, 92,367-380.

11. Ben-Neriah, Y. (2002) Regulatory functions of ubiquitination in the immune system. Nat Immunol, 3,20-26.

12. Bergmeyer H.U., G.K.G.M.V., 2nd edn. Academic Press, New York. (1974) Enzymes as Biochemical Reagents. Academic Press, New York.

13. Berry, M.D. h Boulton, A.A. (2000) Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase h apoptosis. JNeurosci Res, 60,150-154.

14. Bertolaet, B.L., Clarke, D.J., Wolff, M., Watson, M.H., Henze, M., Divita, G. h Reed, S.I. (2001) UBA domains of DNA damage-inducible proteins interact with ubiquitin. Nat Struct Biol, 8,417-422.

15. Bhattacharyya, S.N. h Adhya, S. (2004) tRNA-triggered ATP hydrolysis h generation of membrane potential by the leishmania mitochondrial tRNA import complex. J Biol Chem, 279, 11259-11263.

16. Bhattacharyya, S.N., Chatteijee, S. h Adhya, S. (2002) Mitochondrial RNA import in Leishmania tropica: aptamers homologous to multiple tRNA domains that interact cooperatively or antagonistically at the inner membrane. Mol Cell Biol, 22,43724382.

17. Bhattacharyya, S.N., Chatterjee, S., Goswami, S., Tripathi, G., Dey, S.N. h Adhya, S. (2003) "Ping-pong" interactions between mitochondrial tRNA import receptors within a multiprotein complex. Mol Cell Biol, 23, 5217-5224.

18. Bhattacharyya, S.N., Mukherjee, S. h Adhya, S. (2000) Mutations in a tRNA import signal define distinct receptors at the two membranes of Leishmania mitochondria. Mol Cell Biol, 20, 7410-7417.

19. Boer, P.H. h Gray, M.W. (1988) Transfer RNA genes h the genetic code in Chlamydomonas reinhardtii mitochondria. Curr Genet, 14, 583-590.

20. Borner, G.V., Morl, M., Janke, A. h Paabo, S. (1996a) RNA editing changes the identity of a mitochondrial tRNA in marsupials. Embo J, 15, 5949-5957.

21. Borner, G.V., Morl, M., Janke, A. h Paabo, S. (1996b) RNA editing changes the identity of a mitochondrial tRNA in marsupials. Embo J, 15, 5949-5957.

22. Boumans, H., Grivell, L.A. h Berden, J.A. (1998) The respiratory chain in yeast behaves as a single functional unit. J Biol Chem, 273,4872-4877.

23. Braun, B.C., Glickman, M., Kraft, R., Dahlmann, B., Kloetzel, P.M., Finley, D. h Schmidt, M. (1999) The base of the proteasome regulatory particle exhibits chaperone-like activity. Nat Cell Biol, 1,221-226.

24. Casalone, E., Barberio, C., Cavalieri, D. h Polsinelli, M. (2000) Identification by functional analysis of the gene encoding alpha-isopropylmalate synthase II (LEU9) in Saccharomyces cerevisiae. Yeast, 16, 539-545.

25. Cascio, P., Call, M., Petre, B.M., Walz, T. h Goldberg, A.L. (2002) Properties of the hybrid form of the 26S proteasome containing both 19S h PA28 complexes. Embo J, 21,2636-2645.

26. Cavarelli, J. h Moras, D. (1993) Recognition of tRNAs by aminoacyl-tRNA synthetases. Faseb J, 7, 79-86.

27. Chang, D.D. h Clayton, D.A. (1987) A mammalian mitochondrial RNA processing activity contains nucleus- encoded RNA. Science, 235, 1178-1184.

28. Charriere, F., Tan, T.H. h Schneider, A. (2005) Mitochondrial initiation factor 2 of Trypanosoma brucei binds imported formylated elongator-type tRNA(Met). J Biol Chem, 280, 15659-15665.

29. Chen, D.H., Shi, X. h Suyama, Y. (1994) In vivo expression h mitochondrial import of normal h mutated tRNA(thr) in Leishmania. Mol Biochem Parasitol, 64, 121-133.

30. Chiu, N., Chiu, A. h Suyama, Y. (1975) Native h imported transfer RNA in mitochondria. J Mol Biol, 99,37-50.

31. Chung, N., Jenkins, G., Hannun, Y.A., Heitman, J. h Obeid, L.M. (2000) Sphingolipids signal heat stress-induced ubiquitin-dependent proteolysis. J Biol Chern, 275,17229-17232.

32. Crane, D.I., Kalish, J.E. h Gould, S.J. (1994) The Pichia pastoris PAS4 gene encodes a ubiquitin-conjugating enzyme required for peroxisome assembly. J Biol Chem, 269, 21835-21844.

33. Crausaz Esseiva, A., Marechal-Drouard, L., Cosset, A. h Schneider, A. (2004) The T-stem determines the cytosolic or mitochondrial localization of trypanosomal tRNAsMet. Mol Biol Cell, 15,2750-2757.

34. Crespo, J.L., Helliwell, S.B., Wiederkehr, C., Demougin, P., Fowler, B., Primig, M. h Hall, M.N. (2004) NPR1 kinase h RSP5-BUL1/2 ubiquitin ligase control GLN3-dependent transcription in Saccharomyces cerevisiae. J Biol Chem, 279,37512-37517.

35. Delage, L., Duchene, A.M., Zaepfel, M. h Marechal-Drouard, L. (2003) The anticodon h the D-domain sequences are essential determinants for plant cytosolic tRNA(Val) import into mitochondria. Plant J, 34,623-633.

36. Delley, P.A. h Hall, M.N. (1999) Cell wall stress depolarizes cell growth via hyperactivation of RHOl. J Cell Biol, 147, 163-174.

37. DeMarini, D.J., Winey, M., Ursic, D., Webb, F. h Culbertson, M.R. (1992) SEN1, a positive effector of tRNA-splicing endonuclease in Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol, 12,2154-2164.

38. Di Fiore, P.P., Polo, S. h Hofmann, K. (2003) When ubiquitin meets ubiquitin receptors: a signalling connection. Nat Rev Mol Cell Biol, 4, 491-497.

39. Dieckmann, T., Withers-Ward, E.S., Jarosinski, M.A., Liu, C.F., Chen, I.S. h Feigon, J. (1998) Structure of a human DNA repair protein UBA domain that interacts with HIV-1 Vpr. Nat Struct Biol, 5,1042-1047.

40. Diekert, K., de Kroon, A.I., Kispal, G. h Lill, R. (2001) Isolation h subfractionation of mitochondria from the yeast Saccharomyces cerevisiae. Methods Cell Biol, 65,37-51.

41. Dietrich, A., Marechal-Drouard, L., Carneiro, V., Cosset, A. h Small, I. (1996a) A single base change prevents import of cytosolic tRNA(Ala) into mitochondria in transgenic plants. Plant J, 10,913-918.

42. Dietrich, A., Small, I., Cosset, A., Weil, J.H. h Marechal-Drouard, L. (1996b) Editing h import: strategies for providing plant mitochondria with a complete set of functional transfer RNAs. Biochimie, 78, 518-529.

43. Dietrich, A., Weil, J.H. h Marechal-Drouard, L. (1992) Nuclear-encoded transfer RNAs in plant mitochondria. Annu Rev Cell Biol, 8,115-131.

44. Doersen, С.J., Guerrier-Takada, С., Altman, S. и Attardi, G. (1985) Characterization of an RNase P activity from HeLa cell mitochondria. Comparison with the cytosol RNase P activity. J Biol Chem, 260,5942-5949.

45. Dorner, M., Altmann, M., Paabo, S. и Morl, M. (2001) Evidence for Import of a Lysyl-tRNA into Marsupial Mitochondria. Mol Biol Cell, 12, 2688-2698.

46. Entelis, N.S., Kieffer, S., Kolesnikova, O.A., Martin, R.P. и Tarassov, I.A. (1998) Structural requirements of tRNALys for its import into yeast mitochondria. Proc Natl Acad Sei USA, 95,2838-2843.

47. Entelis, N.S., Kolesnikova, O.A., Dogan, S., Martin, R.P. и Tarassov, I.A. (2001) 5 S rRNA и tRNA import into human mitochondria. Comparison of in vitro requirements. J Biol Chem, 276,45642-45653.

48. Entelis, N.S., Krasheninnikov, I.A., Martin, R.P. и Tarassov, I.A. (1996) Mitochondrial import of a yeast cytoplasmic tRNA (Lys): possible roles of aminoacylation и modified nucleosides in subcellular partitioning. FEBS Lett, 384,3842.

49. Entian, K.D., Meurer, В., Kohler, H., Mann, K.H. и Mecke, D. (1987) Studies on the regulation of enolases и compartmentation of cytosolic enzymes in Saccharomyces cerevisiae. Biochim Biophys Acta, 923,214-221.

50. Esseiva, A.C., Naguleswaran, A., Hemphill, А. и Schneider, A. (2004) Mitochondrial tRNA import in Toxoplasma gondii. J Biol Chem, 279,42363-42368.

51. Fields, S. и Song, O. (1989) A novel genetic system to detect protein-protein interactions. Nature, 340,245-246.

52. Fisher, R.D., Wang, В., Alam, S.L., Higginson, D.S., Robinson, H., Sundquist, W.I. и Hill, C.P. (2003) Structure и ubiquitin binding of the ubiquitin-interacting motif. J Biol Chem, 278,28976-28984.

53. Fisk, H.A. и Yaffe, M.P. (1997) Mutational analysis of Mdmlp function in nuclear и mitochondrial inheritance. J Cell Biol, 138,485-494.

54. Fisk, H.A. и Yaffe, M.P. (1999) A role for ubiquitination in mitochondrial inheritance in Saccharomyces cerevisiae. J Cell Biol, 145,1199-1208.

55. Flick, K.M., Spielewoy, N., Kalashnikova, T.I., Guaderrama, M., Zhu, Q., Chang, H.C. и Wittenberg, C. (2003) Grrl-dependent inactivation of Mthl mediates glucose-induced dissociation of Rgtl from HXT gene promoters. Mol Biol Cell, 14,32303241.

56. Forte, M. (2004) VDAC function in a cellular context. Topics in Current Genetics., 8.

57. Frothingham, R., Meeker-O'Connell, W.A., Talbot, E.A., George, J.W. и Kreuzer, K.N. (1996) Identification, cloning, и expression of the Escherichia coli pyrazinamidase и nicotinamidase gene, pncA. Antimicrob Agents Chemother, 40, 1426-1431.

58. Galan, J.M., Moreau, V., Иге, В., Volln, С. и Haguenauer-Tsapis, R. (1996) Ubiquitination mediated by the Npilp/Rsp5p ubiquitin-protein ligase is required for endocytosis of the yeast uracil permease. J Biol Chem, 271,10946-10952.

59. Gallo, C.M., Smith, D.L., Jr. и Smith, J.S. (2004) Nicotinamide clearance by Pncl directly regulates Sir2-mediated silencing и longevity. Mol Cell Biol, 24,1301-1312.

60. Ghislain, M., Dohmen, R.J., Levy, F. и Varshavsky, A. (1996) Cdc48p interacts with Ufd3p, a WD repeat protein required for ubiquitin-mediated proteolysis in Saccharomyces cerevisiae. Embo J, 15,4884-4899.

61. Giege, P., Heazlewood, J.L., Roessner-Tunali, U., Millar, A.H., Fernie, A.R., Leaver,

62. C.J. h Sweetlove, L.J. (2003) Enzymes of glycolysis are functionally associated with the mitochondrion in Arabidopsis cells. Plant Cell, 15,2140-2151.

63. Gillman, E.C., Slusher, L.B., Martin, N.C. h Hopper, A.K. (1991) MOD5 translation initiation sites determine N6-isopentenyladenosine modification of mitochondrial h cytoplasmic tRNA. Mol Cell Biol, 11,2382-2390.

64. Glickman, M.H. h Ciechanover, A. (2002) The ubiquitin-proteasome proteolytic pathway: destruction for the sake of construction. Physiol Rev, 82,373-428.

65. Glickman, M.H. h Raveh, D. (2005) Proteasome plasticity. FEES Lett, 579,32143223.

66. Glickman, M.H., Rubin, D.M., Fried, V.A. h Finley, D. (1998) The regulatory particle of the Saccharomyces cerevisiae proteasome. Mol Cell Biol, 18, 3149-3162.

67. Glickman, M.H., Rubin, D.M., Fu, H., Larsen, C.N., Coux, O., Wefes, I., Pfeifer, G., Cjeka, Z., Vierstra, R., Baumeister, W., Fried, V. h Finley, D. (1999) Functional analysis of the proteasome regulatory particle. Mol Biol Rep, 26,21-28.

68. Glover, K.E., Spencer, D.F. h Gray, M.W. (2001a) Identification h structural characterization of nucleus-encoded transfer RNAs imported into wheat mitochondria. J Biol Chem, 276,639-648.

69. Glover, K.E., Spencer, D.F. h Gray, M.W. (2001b) Identification h structural characterization of nucleus-encoded transfer RNAs imported into wheat mitochondria. J Biol Chem, 276,639-648.

70. Goldberg, A.L. (1972) Degradation of abnormal proteins in Escherichia coli (protein breakdown-protein structure-mistranslation-amino acid analogs-puromycin). Proc Natl Acad Sci USA, 69,422-426.

71. Goldberg, A.L. (2003) Protein degradation h protection against misfolded or damaged proteins. Nature, 426, 895-899.

72. Goswami, S., Chatteijee, S., Bhattacharyya, S.N., Basu, S. h Adhya, S. (2003) Allosteric regulation of tRNA import: interactions between tRNA domains at the inner membrane of Leishmania mitochondria. Nucleic Acids Res, 31, 5552-5559.

73. Gottlob, K., Majewski, N., Kennedy, S., Knel, E., Robey, R.B. h Hay, N. (2001) Inhibition of early apoptotic events by Akt/PKB is dependent on the first committed step of glycolysis h mitochondrial hexokinase. Genes Dev, 15,1406-1418.

74. Graier-Vazeille, X., Bathany, K., Chaignepain, S., Camougra, N., Manon, S. h Schmitter, J.M. (2001) Yeast mitochondrial dehydrogenases are associated in a supramolecular complex. Biochemistry, 40, 9758-9769.

75. Groll, M., Bajorek, M., Kohler, A., Moroder, L., Rubin, D.M., Huber, R., Glickman, M.H. h Finley, D. (2000) A gated channel into the proteasome core particle. Nat Struct Biol, 7,1062-1067.

76. Groll, M., Ditzel, L., Lowe, J., Stock, D., Bochtler, M., Bartunik, H.D. h Huber, R. (1997) Structure of 20S proteasome from yeast at 2.4 A resolution. Nature, 386,463471.

77. Groll, M., Heinemeyer, W., Jager, S., Ullrich, T., Bochtler, M., Wolf, D.H. h Huber, R. (1999) The catalytic sites of 20S proteasomes h their role in subunit maturation: a mutational h crystallographic study. Proc Natl Acad Sci USA, 96,10976-10983.

78. Gunther, T. (1993) Mechanisms h regulation of Mg2+ efflux h Mg2+ influx. Miner Electrolyte Metab, 19,259-265.

79. Haglund, K., Shimokawa, N., Szymkiewicz, I. h Dikic, I. (2002) Cbl-directed monoubiquitination of CIN85 is involved in regulation of lign-induced degradation of EGF receptors. Proc Natl Acad Sci USA, 99, 12191-12196.

80. Halestrap, A.P. h Brennerb, C. (2003) The adenine nucleotide translocase: a central component of the mitochondrial permeability transition pore h key player in cell death. Curr MedChem, 10, 1507-1525.

81. Hancock, K. h Hajduk, S.L. (1990) The mitochondrial tRNAs of Trypanosoma brucei are nuclear encoded. J Biol Chem, 265,19208-19215.

82. Hartmann-Petersen, R., Wallace, M., Hofmann, K., Koch, G., Johnsen, A.H., Hendil, K.B. h Gordon, C. (2004) The Ubx2 h Ubx3 cofactors direct Cdc48 activity to proteolytic h nonproteolytic ubiquitin-dependent processes. Curr Biol, 14, 824-828.

83. Heessen, S., Masucci, M.G. h Dantuma, N.P. (2005) The UBA2 domain functions as an intrinsic stabilization signal that protects Rad23 from proteasomal degradation. Mol Cell, 18,225-235.

84. Hicke, L. h Riezman, H. (1996) Ubiquitination of a yeast plasma membrane receptor signals its ligH-stimulated endocytosis. Cell, 84, 277-287.

85. Hoshikawa, C., Shichiri, M., Nakamori, S. h Takagi, H. (2003) A nonconserved Ala401 in the yeast Rsp5 ubiquitin ligase is involved in degradation of Gapl permease h stress-induced abnormal proteins. Proc Natl Acad Sci USA, 100, 11505-11510.

86. Hu, M., Li, P., Li, M., Li, W., Yao, T., Wu, J.W., Gu, W., Cohen, R.E. h Shi, Y. (2002) Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation h in complex with ubiquitin aldehyde. Cell, 111, 1041-1054.

87. Huibregtse, J.M., Scheffner, M., Beaudenon, S. h Howley, P.M. (1995) A family of proteins structurally h functionally related to the E6-AP ubiquitin-protein ligase. Proc Natl Acad Sci USA, 92,2563-2567.

88. Janke, A., Xu, X. h Arnason, U. (1997) The complete mitochondrial genome of the wallaroo (Macropus robustus) h the phylogenetic relationship among Monotremata, Marsupialia, h Eutheria. Proc Natl Acad Sci USA, 94, 1276-1281.

89. Jenuwein, T. h Allis, C.D. (2001) Translating the histone code. Science, 293, 1074-1080.

90. Johnson, E.S., Ma, P.C., Ota, I.M. h Varshavsky, A. (1995) A proteolytic pathway that recognizes ubiquitin as a degradation signal. J Biol Chem, 270,1744217456.

91. Kaiser, C., Michaelis, S., Mitchell, A. (1994) Methods in yeast Genetics. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.

92. Kaminska, J., Kwapisz, M., Grabinska, K., Orlowski, J., Boguta, M., Palamarczyk, G. h Zoladek, T. (2005) Rsp5 ubiquitin ligase affects isoprenoid pathway h cell wall organization in S. cerevisiae. Acta Biochim Pol, 52,207-220.

93. Kang, R.S., Daniels, C.M., Francis, S.A., Shih, S.C., Salerno, W.J., Hicke, L. h Radhakrishnan, I. (2003) Solution structure of a CUE-ubiquitin complex reveals a conserved mode of ubiquitin binding. Cell, 113, 621-630.

94. Kaniak, A., Xue, Z., Macool, D., Kim, J.H. h Johnston, M. (2004) Regulatory network connecting two glucose signal transduction pathways in Saccharomyces cerevisiae. Eukaryot Cell, 3,221-231.

95. Kaplun, L., Ivantsiv, Y., Bakhrat, A. h Raveh, D. (2003) DNA damage response-mediated degradation of Ho endonuclease via the ubiquitin system involves its nuclear export. J Biol Chem, 278,48727-48734.

96. Kapushoc, S.T., Alfonzo, J.D., Rubio, M.A. h Simpson, L. (2000) End processing precedes mitochondrial importation h editing of tRNAs in leishmania tarentolae In Process Citation. J Biol Chem, 275, 37907-37914.

97. Kazakova, H.A., Entelis, N.S., Martin, R.P. h Tarassov, I.A. (1999) The aminoacceptor stem of the yeast tRNA(Lys) contains determinants of mitochondrial import selectivity. FEBS Lett, 442, 193-197.

98. Keil, R.L., Wolfe, D., Reiner, T., Peterson, C.J. h Riley, J.L. (1996) Molecular genetic analysis of volatile-anesthetic action. Mol Cell Biol, 16, 3446-3453.

99. Kenniston, J.A., Baker, T.A. h Sauer, R.T. (2005) Partitioning between unfolding h release of native domains during ClpXP degradation determines substrate selectivity h partial processing. Proc Natl Acad Sci USA, 102,1390-1395.

100. Kleinschmidt, J.A., Escher, C. h Wolf, D.H. (1988) Proteinase yscE of yeast shows homology with the 20 S cylinder particles of Xenopus laevis. FEBS Lett, 239, 35-40.

101. Kohler, A., Cascio, P., Leggett, D.S., Woo, K.M., Goldberg, A.L. h Finley, D. (2001) The axial channel of the proteasome core particle is gated by the Rpt2 ATPase h controls both substrate entry h product release. Mol Cell, 7, 1143-1152.

102. Kolesnikova, O., Entelis, N., Kazakova, H., Braina, I., Martin, R. P., Tarassov, I. (2002) Targeting of tRNA into mitochondria: the role of anticodon nucleotides. Mitochondrion, The official journal of the Mitochondria Research Society, 2,95-107.

103. Kolesnikova, O.A., Entelis, N.S., Mireau, H., Fox, T.D., Martin, R.P. h Tarassov, I.A. (2000) Suppression of mutations in mitochondrial DNA by tRNAs imported from the cytoplasm. Science, 289,1931-1933.

104. Kraemer, B., Zhang, B., SenGupta, D., Fields, S. h Wickens, M. (2000) Using the yeast three-hybrid system to detect h analyze RNA-protein interactions. Methods Enzymol, 328,297-321.

105. Krause, J., Hay, R., Kowollik, C. h Brdiczka, D. (1986) Cross-linking analysis of yeast mitochondrial outer membrane. Biochim Biophys Acta, 860, 690-698.

106. Krogan, N.J., Lam, M.H., Fillingham, J., Keogh, M.C., Gebbia, M., Li, J., Datta, N., Cagney, G., Buratowski, S., Emili, A. h Greenblatt, J.F. (2004) Proteasome involvement in the repair of DNA double-stra breaks. Mol Cell, 16, 1027-1034.

107. Kumar, R., Marechal-Drouard, L., Akama, K. h Small, I. (1996) Striking differences in mitochondrial tRNA import between different plant species. Mol Gen Genet, 252,404-411.

108. Laforest, M.J., Delage, L. h Marechal-Drouard, L. (2005) The T-domain of cytosolic tRNAVal, an essential determinant for mitochondrial import. FEBS Lett, 579,1072-1078.

109. Lakshmanan, J., Mosley, A.L. h Ozcan, S. (2003) Repression of transcription by Rgtl in the absence of glucose requires Stdl h Mthl. Curr Genet, 44, 19-25.

110. Lam, Y.A., Lawson, T.G., Velayutham, M., Zweier, J.L. h Pickart, C.M. (2002) A proteasomal ATPase subunit recognizes the polyubiquitin degradation signal. Nature, 416, 763-767.

111. Lassie, M., Blatch, G.L., Kundra, V., Takatori, T. h Zetter, B.R. (1997) Stress-inducible, murine protein mSTIl. Characterization of binding domains for heat shock proteins h in vitro phosphorylation by different kinases. J Biol Chem, 212, 1876-1884.

112. LeBlanc, A.J., Yermovsky-Kammerer, A.E. h Hajduk, S.L. (1999) A nuclear encoded h mitochondrial imported dicistronic tRNA precursor in Trypanosoma brucei. J Biol Chem, 21 A, 21071-21077.

113. Li, K., Smagula, C.S., Parsons, W.J., Richardson, J.A., Gonzalez, M., Hagler, H.K. h Williams, R.S. (1994) Subcellular partitioning of MRP RNA assessed by ultrastructural h biochemical analysis. J Cell Biol, 124, 871-882.

114. Liakopoulos, D., Doenges, G., Matuschewski, K. h Jentsch, S. (1998) A novel protein modification pathway related to the ubiquitin system. Embo J, 17,2208-2214.

115. Lima, B.D. h Simpson, L. (1996) Sequence-dependent in vivo import of tRNAs into the mitochondrion of Leishmania tarentolae. RNA, 2,429-440.

116. Liu, K., Zhang, X., Lester, R.L. h Dickson, R.C. (2005) The sphingoid long chain base phytosphingosine activates AGC-type protein kinases in Saccharomyces cerevisiae including Ypkl, Ypk2, h Sch9. J Biol Chem, 280, 22679-22687.

117. Luders, J., DemH, J. h Hohfeld, J. (2000) The ubiquitin-related BAG-1 provides a link between the molecular chaperones Hsc70/Hsp70 h the proteasome. J Biol Chem, 275,4613-4617.

118. Lye, L.F., Chen, D.H. h Suyama, Y. (1993) Selective import of nuclear-encoded tRNAs into mitochondria of the protozoan Leishmania tarentolae. Mol Biochem Parasitol, 58,233-245.

119. Madura, K. (2002) The ubiquitin-associated (UBA) domain: on the path from prudence to prurience. Cell Cycle, 1,235-244.

120. Magalhaes, P.J., Hreu, A.L. h Schon, E.A. (1998) Evidence for the presence of 5S rRNA in mammalian mitochondria. Mol Biol Cell, 9,2375-2382.

121. Mahajan, R., Delphin, C., Guan, T., Gerace, L. h Melchior, F. (1997) A small ubiquitin-related polypeptide involved in targeting RanGAP 1 to nuclear pore complex protein RanBP2. Cell, 88, 97-107.

122. Mahapatra, S. h Adhya, S. (1996) Import of RNA into Leishmania mitochondria occurs through direct interaction with membrane-bound receptors. J Biol Chem, 111, 20432-20437.

123. Mahapatra, S., Ghosh, S., Bera, S.K., Ghosh, T., Das, A. h Adhya, S. (1998) The D arm of tRNATyr is necessary h sufficient for import into Leishmania mitochondria in vitro. Nucleic Acids Res, 26,2037-2041.

124. Mahata, B., Bhattacharyya, S.N., Mukheijee, S. h Adhya, S. (2005) Correction of translational defects in patient-derived mutant mitochondria by complex-mediated import of a cytoplasmic tRNA. J Biol Chem, 280, 5141-5144.

125. Marechal-Drouard, L., Guillemaut, P., Cosset, A., Arbogast, M., Weber, F., Weil, J.H. h Dietrich, A. (1990) Transfer RNAs of potato (Solanum tuberosum) mitochondria have different genetic origins. Nucleic Acids Res, 18, 3689-3696.

126. Marres, C.A., de Vries, S. h Grivell, L.A. (1991) Isolation h inactivation of the nuclear gene encoding the rotenone-insensitive internal NADH: ubiquinone oxidoreductase of mitochondria from Saccharomyces cerevisiae. Eur J Biochem, 195, 857-862.

127. Martin, R., Schneller, J.M., Stahl, A. h Dirheimer, G. (1979) Import of nuclear deoxyribonucleic acid coded lysine-accepting transfer ribonucleic acid (anticodon C-U-U) into yeast mitochondria. Biochemistry, 18,4600-4605.

128. Martin, R.P. h Dirheimer, G. (1983) Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis in the study of yeast mitochondrial transfer RNA. Mol Biol (Mosk), 17,1117-1125.

129. Maurizi, M.R. (1998) Proteasome assembly: biting the hh. Curr Biol, 8, R453-456.

130. Mayor, T., Lipford, J.R., Graumann, J., Smith, G.T. h Deshaies, R.J. (2005) Analysis of polyubiquitin conjugates reveals that the RpnlO substrate receptor contributes to the turnover of multiple proteasome targets. Mol Cell Proteomics, 4, 741-751.

131. Maytal-Kivity, V., Reis, N., Hofmann, K. h Glickman, M.H. (2002) MPN+, a putative catalytic motif found in a subset of MPN domain proteins from eukaryotes h prokaryotes, is critical for Rpnl 1 function. BMC Biochem, 3,28.

132. McAlister, L. h HoIIh, M.J. (1982) Targeted deletion of a yeast enolase structural gene. Identification h isolation of yeast enolase isozymes. J Biol Chem, 257, 7181-7188.

133. McCammon, M.T., Hartmann, M.A., Bottema, C.D. h Parks, L.W. (1984) Sterol methylation in Saccharomyces cerevisiae. J Bacteriol, 157,475-483.

134. Morris, M.C., Kaiser, P., Rudyak, S., Baskerville, C., Watson, M.H. h Reed, S.I. (2003) Cksl-dependent proteasome recruitment h activation of CDC20 transcription in budding yeast. Nature, 423, 1009-1013.

135. Moskvina, E., Schuller, C., Maurer, C.T., Mager, W.H. h Ruis, H. (1998) A search in the genome of Saccharomyces cerevisiae for genes regulated via stress response elements. Yeast, 14,1041-1050.

136. Mukherjee, S., Bhattacharyya, S.N. h Adhya, S. (1999) Stepwise transfer of tRNA through the double membrane of Leishmania mitochondria. J Biol Chem, 274, 31249-31255.

137. Muratani, M. h Tansey, W.P. (2003) How the ubiquitin-proteasome system controls transcription. Nat Rev Mol Cell Biol, 4,192-201.

138. Neumann, S., Petfalski, E., Brugger, B., Grosshans, H., Wieln, F., Tollervey, D. h Hurt, E. (2003) Formation h nuclear export of tRNA, rRNA h mRNA is regulated by the ubiquitin ligase Rsp5p. EMBO Rep, 4,1156-1162.

139. Nie, J., McGill, M.A., Dermer, M., Dho, S.E., Wolting, C.D. h McGlade, C.J. (2002) LNX functions as a RING type E3 ubiquitin ligase that targets the cell fate determinant Numb for ubiquitin-dependent degradation. Embo J, 21, 93-102.

140. Niederacher, D. h Entian, K.D. (1991) Characterization of Hex2 protein, a negative regulatory element necessary for glucose repression in yeast. Eur J Biochem, 200,311-319.

141. Ohlmeier, S., Kastaniotis, A.J., Hiltunen, J.K. h Bergmann, U. (2004) The yeast mitochondrial proteome, a study of fermentative h respiratory growth. J Biol Chem, 279, 3956-3979.

142. Ozean, S. h Johnston, M. (1995) Three different regulatory mechanisms enable yeast hexose transporter (HXT) genes to be induced by different levels of glucose. Mol Cell Biol, 15,1564-1572.

143. Palleschi, C., Francisci, S., Zennaro, E. h Frontali, L. (1984) Expression of the clustered mitochondrial tRNA genes in Saccharomyces cerevisiae: transcription h processing of transcripts. Embo J, 3,1389-1395.

144. Pallotti, F. h Lenaz, G. (2001) Isolation h subfractionation of mitochondria from animal cells h tissue culture lines. Methods Cell Biol, 65,1-35.

145. Pancholi, V. (2001) Multifunctional alpha-enolase: its role in diseases. Cell Mol Life Sei, 58,902-920.

146. Phelps, A. h Wohlrab, H. (2004) Homodimeric mitochondrial phosphate transport protein. Transient subunit/subunit contact site between the transport relevant transmembrane helices A. Biochemistry, 43,6200-6207.

147. Phizicky, E.M. h Fields, S. (1995) Protein-protein interactions: methods for detection h analysis. Microbiol Rev, 59, 94-123.

148. Pickart, C.M. (2001) Mechanisms underlying ubiquitination. Annu Rev Biochem, 70, 503-533.

149. Pickart, C.M. (2004) Back to the future with ubiquitin. Cell, 116,181-190.

150. Polo, S., Sigismund, S., Faretta, M., Guidi, M., Capua, M.R., Bossi, G., Chen, H., De Camilli, P. h Di Fiore, P.P. (2002) A single motif responsible for ubiquitin recognition h monoubiquitination in endocytic proteins. Nature, 416,451-455.

151. Raasi, S., Orlov, I., Fleming, K.G. h Pickart, C.M. (2004) Binding of polyubiquitin chains to ubiquitin-associated (UBA) domains of HHR23A. JMol Biol, 341,1367-1379.

152. Rabinovich, E., Kerem, A., Frohlich, K.U., Diamant, N. h Bar-Nun, S. (2002) AAA-ATPase p97/Cdc48p, a cytosolic chaperone required for endoplasmic reticulum-associated protein degradation. Mol Cell Biol, 22,626-634.

153. Rapaport, D., Taylor, R.D., Kaser, M., Langer, T., Neupert, W. h Nargang, F.E. (2001) Structural requirements of Tom40 for assembly into preexisting TOM complexes of mitochondria. Mol Biol Cell, 12,1189-1198.

154. Rape, M., Hoppe, T., Gorr, I., Kalocay, M., Richly, H. h Jentsch, S. (2001) Mobilization of processed, membrane-tethered SPT23 transcription factor by CDC48(UFD 1/NPL4), a ubiquitin-selective chaperone. Cell, 107, 667-677.

155. Reed, G.H., Poyner, R.R., Larsen, T.M., Wedekind, J.E. h Rayment, I. (1996) Structural h mechanistic studies of enolase. Curr Opin Struct Biol, 6, 736-743.

156. Rich, A. h RajBhHary, U.L. (1976) Transfer RNA: molecular structure, sequence, h properties. Annu Rev Biochem, 45, 805-860.

157. Richly, H., Rape, M., Braun, S., Rumpf, S., Hoege, C. h Jentsch, S. (2005) A series of ubiquitin binding factors connects CDC48/p97 to substrate multiubiquitylation h proteasomal targeting. Cell, 120, 73-84.

158. Rinehart, J., Krett, B., Rubio, M.A., Alfonzo, J.D. h Soli, D. (2005) Saccharomyces cerevisiae imports the cytosolic pathway for Gln-tRNA synthesis into the mitochondrion. Genes Dev, 19,583-592.

159. Ripmaster, T.L., Vaughn, G.P. h Woolford, J.L., Jr. (1992) A putative ATP-dependent RNA helicase involved in Saccharomyces cerevisiae ribosome assembly. Proc Natl Acad Sci USA, 89,11131-11135.

160. Rivett, A.J. h Hearn, A.R. (2004) Proteasome function in antigen presentation: immunoproteasome complexes, Peptide production, h interactions with viral proteins. Curr Protein Pept Sci, 5,153-161.

161. Rodeheffer, M.S., Boone, B.E., Bryan, A.C. h Shadel, G.S. (2001) Namlp, a protein involved in RNA processing h translation, is coupled to transcription through an interaction with yeast mitochondrial RNA polymerase. J Biol Chem, 276, 86168622.

162. Rodriguez, M.S., Gwizdek, C., Haguenauer-Tsapis, R. h Dargemont, C. (2003) The HECT ubiquitin ligase Rsp5p is required for proper nuclear export of mRNA in Saccharomyces cerevisiae. Traffic, 4, 566-575.

163. Rogers, S., Wells, R. h Rechsteiner, M. (1986) Amino acid sequences common to rapidly degraded proteins: the PEST hypothesis. Science, 234,364-368.

164. Rotin, D., Staub, O. h Haguenauer-Tsapis, R. (2000) Ubiquitination h endocytosis of plasma membrane proteins: role of Nedd4/Rsp5p family of ubiquitin-protein ligases. JMembr Biol, 176,1-17.

165. Rouiller, I., DeLaBarre, B., May, A.P., Weis, W.I., Brunger, A.T., Milligan, R.A. h Wilson-Kubalek, E.M. (2002) Conformational changes of the multifunction p97 AAA ATPase during its ATPase cycle. Nat Struct Biol, 9, 950-957.

166. Rubio, M.A., Liu, X., Yuzawa, H., Alfonzo, J.D. h Simpson, L. (2000) Selective importation of RNA into isolated mitochondria from Leishmania tarentolae. Rna, 6,988-1003.

167. Rusconi, C.P. h Cech, T.R. (1996) Mitochondrial import of only one of three nuclear-encoded glutamine tRNAs in Tetrahymena thermophila. Embo J, 15, 32863295.

168. Russell, N.S. h Wilkinson, K.D. (2004) Identification of a novel 29-linked polyubiquitin binding protein, Ufd3, using polyubiquitin chain analogues. Biochemistry, 43,4844-4854.

169. Salinas, T., Schaeffer, C., Marechal-Drouard, L. h Duchene, A.M. (2005) Sequence dependence of tRNA(Gly) import into tobacco mitochondria. Biochimie.

170. Schagger, H. (1995) Native electrophoresis for isolation of mitochondrial oxidative phosphorylation protein complexes. Methods Enzymol, 260, 190-202.

171. Schneider, A., Martin, J. h Agabian, N. (1994a) A nuclear encoded tRNA of Trypanosoma brucei is imported into mitochondria. Mol Cell Biol, 14,2317-2322.

172. Schneider, A., McNally, K.P. h Agabian, N. (1994b) Nuclear-encoded mitochondrial tRNAs of Trypanosoma brucei have a modified cytidine in the anticodon loop. Nucleic Acids Res, 22,3699-3705.

173. Schnell, J.D. h Hicke, L. (2003) Non-traditional functions of ubiquitin h ubiquitin-binding proteins. J Biol Chem, 278,35857-35860.

174. Schoenheimer, R. (1942) The dynamic state of body constituents.

175. Schuberth, C., Richly, H., Rumpf, S. и Buchberger, A. (2004) Shpl и Ubx2 are adaptors of Cdc48 involved in ubiquitin-dependent protein degradation. EMBO Rep, 5, 818-824.

176. SenGupta, D.J., Zhang, В., Kraemer, В., Pochart, P., Fields, S. и Wickens, M. (1996) A three-hybrid system to detect RNA-protein interactions in vivo. Proc Natl AcadSci USA, 93, 8496-8501.

177. Sherrer, R.L., Yermovsky-Kammerer, A.E. и Hajduk, S.L. (2003) A sequence motif within trypanosome precursor tRNAs influences abundance и mitochondrial localization. Mol Cell Biol, 23, 9061-9072.

178. Shevchenko, A., Wilm, M., Vorm, О. и Mann, M. (1996) Mass spectrometry sequencing of proteins silver-stained polyacrylamide gels. Anal Chem, 68, 850-858.

179. Shi, X., Chen, D.H. и Suyama, Y. (1994) A nuclear tRNA gene cluster in the protozoan Leishmania tarentolae и differential distribution of nuclear-encoded tRNAs between the cytosol и mitochondria. Mol Biochem Parasitol, 65,23-37.

180. Shih, S.C., Prag, G., Francis, S.A., Sutanto, M.A., Hurley, J.H. и Hicke, L. (2003) A ubiquitin-binding motif required for intramolecular monoubiquitylation, the CUE domain. Embo J, 22,1273-1281.

181. Shih, S.C., Sloper-Mould, K.E. и Hicke, L. (2000) Monoubiquitin carries a novel internalization signal that is appended to activated receptors. Embo J, 19,187198.

182. Sikorski, R.S. и Hieter, P. (1989) A system of shuttle vectors и yeast host strains designed for efficient manipulation of DNA in Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 122,19-27.

183. Sirover, M.A. (2005) New nuclear functions of the glycolytic protein, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, in mammalian cells. J Cell Biochem, 95, 45-52.

184. Sloper-Mould, K.E., Jemc, J.C., Pickart, C.M. и Hicke, L. (2001) Distinct functional surface regions on ubiquitin. J Biol Chem, 276, 30483-30489.

185. Smith, C.J., Ley, A.N., D'Obrenan, P. и Mitra, S.K. (1971) The structure и coding specificity of a lysine transfer ribonucleic acid from the haploid yeast Saccharomyces cerevisiae alpha S288C. J Biol Chem, 246,7817-7819.

186. Sollner, Т., Rassow, J. и Pfanner, N. (1991) Analysis of mitochondrial protein import using translocation intermediates и specific antibodies. Methods Cell Biol, 34, 345-358.

187. Sonoda, J. и Wharton, R.P. (1999) Recruitment of Nanos to hunchback mRNA by Pumilio. Genes Dev, 13,2704-2712.

188. Springael, J.Y. и Иге, В. (1998) Nitrogen-regulated ubiquitination of the Gapl permease of Saccharomyces cerevisiae. Mol Biol Cell, 9, 1253-1263.

189. Srere, P.A. (1987) Complexes of sequential metabolic enzymes. Annu Rev Biochem, 56, 89-124.

190. Steinhilb, M.L., Turner, R.S. и Gaut, J.R. (2001) The protease inhibitor, MG132, blocks maturation of the amyloid precursor protein Swedish mutant preventing cleavage by beta-Secretase. J Biol Chem, 276,4476-4484.

191. Strous, GJ. и Govers, R. (1999) The ubiquitin-proteasome system и endocytosis. J Cell Sci, 112 (Pt 10), 1417-1423.

192. Suyama, Y. (1967) The origins of mitochondrial ribonucleic acids in Tetrahymena pyriformis. Biochemistry, 6,2829-2839.

193. Suyama, Y. и Eyer, J. (1967) Leucyl tRNA и leucyl tRNA synthetase in mitochondria of Tetrahymena pyriformis. Biochem Biophys Res Commun, 28, 746751.

194. Suyama, Y. и Hamada, J. (1978) The mitochondrial и cytoplasmic valyl tRNA synthetases in Tetrahymena are indistinguishable. Arch Biochem Biophys, 191,437443.

195. Suyama, Y., Jenney, F. и Okawa, N. (1987) Two transfer RNA sequences abut the large ribosomal RNA gene in Tetrahymena mitochondrial DNA: tRNA(leu) (anticodon UAA) и tRNA(met) (anticodon CAU). Curr Genet, 11, 327-330.

196. Tan, Т.Н., Bochud-Allemann, N., Horn, E.K. и Schneider, A. (2002a) Eukaryotic-type elongator tRNAMet of Trypanosoma brucei becomes formylated after import into mitochondria. Proc Natl Acad Sci USA, 99,1152-1157.

197. Tan, Т.Н., Pach, R., Crausaz, A., Ivens, А. и Schneider, A. (2002b) tRNAs in Trypanosoma brucei: genomic organization, expression, и mitochondrial import. Mol Cell Biol, 22,3707-3717.

198. Tarassov, I., Entelis, N. и Martin, R.P. (1995a) An intact protein translocating machinery is required for mitochondrial import of a yeast cytoplasmic tRNA. J Mol Biol, 245,315-323.

199. Tarassov, I., Entelis, N. и Martin, R.P. (1995b) Mitochondrial import of a cytoplasmic lysine-tRNA in yeast is mediated by cooperation of cytoplasmic и mitochondrial lysyl-tRNA synthetases. EmboJ, 14,3461-3471.

200. Tarassov, I.A. и Entelis, N.S. (1992) Mitochondrially-imported cytoplasmic tRNA(Lys)(CUU) of Saccharomyces cerevisiae: in vivo и in vitro targetting systems. Nucleic Acids Res, 20,1277-1281.

201. Thrower, J.S., Hoffman, L., Rechsteiner, M. и Pickart, C.M. (2000) Recognition of the polyubiquitin proteolytic signal. Embo J, 19, 94-102.

202. Tolerico, L.H., Benko, A.L., Aris, J.P., Stanford, D.R., Martin, N.C. и Hopper, A.K. (1999) Saccharomyces cerevisiae Mod5p-II contains sequences antagonistic for nuclear и cytosolic locations. Genetics, 151,57-75.

203. Traboni, C., Córtese, R. и Salvatore, F. (1980) Selective 32P-labelling of individual species in a total tRNA population. Nucleic Acids Res, 8,5223-5232.

204. Ursic, D., DeMarini, D.J. h Culbertson, M.R. (1995) Inactivation of the yeast Senl protein affects the localization of nucleolar proteins. Mol Gen Genet, 249, 571584.

205. Ursic, D., Himmel, K.L., Gurley, K.A., Webb, F. h Culbertson, M.R. (1997) The yeast SEN1 gene is required for the processing of diverse RNA classes. Nucleic Acids Res, 25,4778-4785.

206. Varshavsky, A. (2005) Regulated protein degradation. Trends Biochem Sci, 30, 283-286.

207. Varshavsky, A., Bachmair, A. h Finley, D. (1987) The N-end rule of selective protein turnover: mechanistic aspects h functional implications. Biochem Soc Trans, 15,815-816.

208. Voges, D., Zwickl, P. h Baumeister, W. (1999) The 26S proteasome: a molecular machine designed for controlled proteolysis. Annu Rev Biochem, 68,10151068.

209. Von der Haar, F. (1979) Purification of Aminoacyl-tRNA Synthetases. Methods in Enzymology, LIX, 257267.

210. Voos, W., von Ahsen, O., Muller, H., Guiard, B., Rassow, J. h Pfanner, N. (1996) Differential requirement for the mitochondrial Hsp70-Tim44 complex in unfolding h translocation of preproteins. Embo J, 15,2668-2677.

211. Wiebel, F.F. h Kunau, W.H. (1992) The Pas2 protein essential for peroxisome biogenesis is related to ubiquitin-conjugating enzymes. Nature, 359,73-76.

212. Wiedemann, N., Pfanner, N. h Ryan, M.T. (2001) The three modules of ADP/ATP carrier cooperate in receptor recruitment h translocation into mitochondria. Embo J, 20, 951-960.

213. Wilkinson, C.R., Seeger, M., Hartmann-Petersen, R., Stone, M., Wallace, M., Semple, C. h Gordon, C. (2001) Proteins containing the UBA domain are able to bind to multi-ubiquitin chains. Nat Cell Biol, 3, 939-943.

214. Wilkinson, K.D. (2000) Ubiquitination h deubiquitination: targeting of proteins for degradation by the proteasome. Semin Cell Dev Biol, 11,141-148.

215. Wilson, J.E. (2003) Isozymes of mammalian hexokinase: structure, subcellular localization h metabolic function. J Exp Biol, 206,2049-2057.

216. Wilson, T.E. (2002) A genomics-based screen for yeast mutants with an altered recombination/end-joining repair ratio. Genetics, 162, 677-688.

217. Winey, M. h Culbertson, M.R. (1988) Mutations affecting the tRNA-splicing endonuclease activity of Saccharomyces cerevisiae. Genetics, 118, 609-617.

218. Voet, M., Volckaert, G., Ward, T.R., Wysocki, R., Yen, G.S., Yu, K., Zimmermann, K., Philippsen, P., Johnston, M. h Davis, R.W. (1999) Functional characterization of the S. cerevisiae genome by gene deletion h parallel analysis. Science, 285, 901-906.

219. Witowsky, J.A. h Johnson, G.L. (2003) Ubiquitylation of MEKK1 inhibits its phosphorylation of MKK1 h MKK4 h activation of the ERK1/2 h JNK pathways. J Biol Chem, 278,1403-1406.

220. Wojcik, C. h DeMartino, G.N. (2003) Intracellular localization of proteasomes. Int JBiochem Cell Biol, 35, 579-589.

221. Wold, F. h Ballou, C.E. (1957a) Studies on the enzyme enolase. I. Equilibrium studies. J Biol Chem, 227, 301-312.

222. Wold, F. h Ballou, C.E. (1957b) Studies on the enzyme enolase. II. Kinetic studies. J Biol Chem, 227,313-328.

223. Wolf, D.H. h Hilt, W. (2004) The proteasome: a proteolytic nanomachine of cell regulation h waste disposal. Biochim Biophys Acta, 1695, 19-31.

224. Wolfe, D., Reiner, T., Keeley, J.L., Pizzini, M. h Keil, R.L. (1999) Ubiquitin metabolism affects cellular response to volatile anesthetics in yeast. Mol Cell Biol, 19, 8254-8262.

225. Wu, R. h Racker, E. (1959) Regulatory mechanisms in carbohydrate metabolism. III. Limiting factors in glycolysis of ascites tumor cells. J Biol Chem, 234, 1029-1035.

226. Xie, Y. h Varshavsky, A. (2001) RPN4 is a lign, substrate, h transcriptional regulator of the 26S proteasome: a negative feedback circuit. Proc Natl Acad Sci U S A, 98,3056-3061.

227. Yermovsky-Kammerer, A.E. h Hajduk, S.L. (1999) In vitro import of a nuclearly encoded tRNA into the mitochondrion of Trypanosoma brucei. Mol Cell Biol, 19,6253-6259.

228. Yoshionari, S., Koike, T., Yokogawa, T., Nishikawa, K., Ueda, T., Miura, K. h Watanabe, K. (1994) Existence of nuclear-encoded 5S-rRNA in bovine mitochondria. FEBS Lett,338,137-142.

229. Yuan, H. h Douglas, M.G. (1992) The mitochondrial F1 ATPase alpha-subunit is necessary for efficient import of mitochondrial precursors. J Biol Chem, 267, 14697-14702.

230. Zhang, X., Lester, R.L. h Dickson, R.C. (2004) Pillp h Lsplp negatively regulate the 3-phosphoinositide-dependent protein kinase-Iike kinase Pkhlp h downstream signaling pathways Pkclp h Ypklp. J Biol Chem, 279,22030-22038.

231. Zhaung, Z.P. h McCauley, R. (1989) Ubiquitin is involved in the in vitro insertion of monoamine oxidase B into mitochondrial outer membranes. J Biol Chem, 264, 14594-14596.

232. Zhuang, Z., Hogan, M. h McCauley, R. (1988) The in vitro insertion of monoamine oxidase B into mitochondrial outer membranes. FEBS Lett, 238,185-190.

233. Zhuang, Z.P., Marks, B. h McCauley, R.B. (1992) The insertion of monoamine oxidase A into the outer membrane of rat liver mitochondria. J Biol Chem, 267, 591596.

234. Zizi, M., Forte, M., Blachly-Dyson, E. h Colombini, M. (1994) NADH regulates the gating of VDAC, the mitochondrial outer membrane channel. J Biol Chem, 269,1614-1616.

235. Сердечно благодарю д-ра Ли Свитлова за возможность выполнения анализа активности гликолитических ферментов в его лаборатории, Оксфорд, Англия, а также за конструктивные замечания в обсуждении полученных результатов.

236. Я хочу поблагодарить Сильви Фриант за предоставленные штаммы дрожжей и ценные советы при планировании экспериментов.

237. Мне также приятно выразить благодарность всем сотрудникам кафедры молекулярной биологии Московского Государственного Университета и всему коллективу лаборатории РЯЕ2735 под руководством Р.Мартина за оказанную помощь, внимание и теплое отношение.