Разработка mini-Mu системы для эффективной интеграции и амплификации генетического материала в хромосому бактерии E. coli в отсутствие селективного маркера тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Саврасова, Екатерина Алексеевна

• Саврасова, Екатерина Алексеевна
• кандидат биологических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Саврасова, Екатерина Алексеевна

Введение

Актуальность проблемы

Цели и задачи работы

Научная новизна и практическая ценность работы

Публикации и апробация работы

Структура и объем работы

Обзор литературы

1. Генетическая рекомбинация

1.1. Гомологичная рекомбинация

1.2. Сайт-специфическая рекомбинация

1.2.1. Локусы рекомбинации

1.2.2. Специализированные рекомбипазы

1.2.3. Консервативность

1.2.4. Биологическая роль сайт-специфической рекомбинации

1.2.5. Функциональный кор

1.2.6. Этап расщепления и переноса нити

1.2.7. Область перекрывания

1.2.8. Дополнительные элементы

1.2.9. Контроль эффективности и выбора времени 15 сайт-специфической рекомбинации

1.2.10. Интегративная рекомбинация и рекомбинация исключения 16 в ^-интегразной системе.

1.3. Транспозиция

1.3.1. Два типа реакций транспозиции

1.3.2. Различия между транспозицией и сайт-специфической 19 рекомбинацией

1.3.3. Классы транспозирующихся элементов

1.3.4. Транспозиция на молекулярном уровне

1.3.5. Инсерционные последовательности

1.3.6. Сложные ¡Б-транспозоны I класса

1.3.6.1. Элементы Тп 5 и Тп

1.3.7. Несложные транспозоны II класса

1.3.7.1. Элемент ТпЗ и родственные ему транспозоны

1.3.7.2. Тп 7 - сайтспецифический транспозон

1.3.8. Бактериофаг Ми

1.3.9. Внутримолекулярные и межмолекулярные перестановки

1.3.10. Концевые последовательности транспозонов

1.3.11. Сайты инсерции

1.3.12. Иммунность мишени

1.3.13. Кодируемые элементом транспозазы

1.3.14. Транспозоны в качестве генетического инструментария 32 2. Фаг-транспозон Ми

2.1. Общая характеристика фага Mu Е. coli

2.1.1. Жизненный цикл. Литическое и лизогенное развитие

2.1.2. Физическая и генетическая карты фага Ми

2.1.3. Сайты

2.1.4. Гены

2.1.5. Влияние температуры на Mu-направленный перенос генов

2.2. Модели транспозиции фага Ми. Два механизма транспозиции 38 фага Ми - консервативная и репликативная

2.3. Структура и функции концов генома фага Ми

2.4. Негативная регуляция транскрипции генами с и пег

2.4.1. Репрессор-с

2.4.2. Оператор

2.4.3. Сайты связывания с-репрессора

2.4.4. Репрессор пег

2.4.5. Сайты связывания репрессора пег

2.5. Транспозаза Ми А

2.6. Энхансер транспозиции фага Ми

2.7. Нуклеопротеиновые комплексы в транспозиции Ми

2.8. Кофактор транспозиции - белок В

2.9. Роль белка Ми В в реакции сборки транспозосомы. 51 АТФ-АДФ переключатель

2.10. Модель контроля доставки мишени и переноса нити белком Ми В

2.11. Точки интеграции

2.12. Иммунность мишени

2.13. Репликационные белки Е. coli

2.14. БелкиШРиНи

2.15. Производные фага Mu

2.15.1. Mini-Mu элементы

2.15.2. Системы для клонирования in vivo

2.16. Системы in vitro

2.16.1 Плазмидный мутагенез

2.16.2. Мутагенез генома

3. Современные методы конструирования штаммов-продуцентов

3.1. Биосинтез треонина

3.2. Биосинтез валина 71 Материалы и методы 74 Результаты и обсуждение

1. Высокоэффективная транспозиция вектора mini-Mu (MD4041)

1.1. Сравнительная оценка эффективности транспозиции транспозонов Tn5, mini-TnlO, mini-Mu (MD4041), MD4041-thrA*BC

1.2. Стабильность полученных штаммов

2. Конструирование продуцента треонина с использованием интегративных 101 векторов MD4041-thrA*BC

2.1. Проверка стабильности штаммов-продуцентов

3. Конструирование на основе элемента mini-Mu (MD4041) векторов, 105 обеспечивающих эффективную интеграцию и амплификацию генов, а также стабильность полученных штаммов

3.1. Создание транспозиционного модуля.

Конструирование плазмиды рМНЮ

3.2. Конструирование mini-Mu векторов, содержащих антибиотический маркер

3.3. Оценка эффективности интеграции векторов, содержащих антибиотический маркер

3.4. Стабильность штаммов, содержащих в хромосоме интегрированные mini-Mu кассеты

3.5. Зависимость утраты плазмид mini-Mu вектора и модуля транспозазы от наличия репрессора Mu в составе интегративного вектора

4. Конструирование безмаркерных малокопийных интегративных 120 mini-Mu векторов

4.1. Получение рекомбинантной плазмиды рМ

4.2. Конструирование малокопийного интегративного mini-Mu вектора, неспособного к автономной транспозиции

4.2.1. Конструирование плазмиды рМ

4.2.2. Клонирование терминатора транскрипции в вектор рМ

4.2.3. Конструирование плазмиды рМ

4.2.4. Конструирование интегративных векторов рМ16 и рМ

4.2.5. Определение места встраивания mini-Mu на векторе pMWl 127 и структуры интегративного вектора рМ

5. Эффективность разработанной mini-Mu системы в неселективных 130 условиях

5.1. Изучение эффективности интеграции генов биосинтеза аминокислот

5.2. Влияние терминации транскрипции внутри mini-Mu вектора на эффективность интеграции

5.3. Эффективность интеграции в процессе первичной транспозиции

5.4. Амплификация mini-Mu кассет, интегрированных в хромосому бактерии

5.5. Эффективность интеграции малокопийных интегративных mini-Mu векторов.

6. Использование разработанной интегративной mini-Mu системы для 138 конструирования бесплазмидного штамма-нродуцента валина, не содержащего маркер антибиотической устойчивости.

Выводы

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Разработка mini-Mu системы для эффективной интеграции и амплификации генетического материала в хромосому бактерии E. coli в отсутствие селективного маркера»

Актуальность проблемы.

При конструировании штаммов-продуцентов различных биологически активных веществ, в частности аминокислот, широко используется амплификация целевых генов в составе плазмид. Данный подход имеет ряд недостатков, связанных с последующим использованием плазмидных штаммов в производстве: законодательные ограничения; потенциальная нестабильность плазмидных штаммов при росте в неселективных условиях; сложность создания больших групп независимо экспрессирующихся генов в составе одного вектора.

В настоящее время предпочтительным является использование бесплазмидных штаммов-продуцентов. При конструировании таких штаммов на первоначальном этапе осуществляется создание в составе плазмид интегративных кассет, содержащих целевые гены или опероны биосинтеза с оптимизированным уровнем экспрессии, затем проводится интеграция данных кассет в бактериальную хромосому с использованием различных механизмов рекомбинации. Интеграция генетического материала возможна по i механизму общей рекомбинации бактериальной клетки, при условии наличия достаточно протяженной области фланговой гомологии, а также по механизму сайт-специфической рекомбинации, например бактериофага X (Datsenko К. A. et al., 2000). Другим подходом является использование свойств транспозирующихся элементов.

Транспозоны являются превосходными и широко используемыми генетическими инструментариями. К настоящему времени разработано много различных типов специализированных производных транспозонов. Наиболее широко используемыми являются конструкции, полученные на основе элементов Tn5, ТпЮ и бактериофага Mu, также используются конструкции, основанные на элементах ТпЗ и yö. Транспозоны разнообразны по своей природе и свойствам, среди них наиболее хорошо изученным является фаг-транспозон Mu. На основе данного элемента были разработаны системы для получения транскрипционных и трансляционных фьюзов, клонирования in vivo, картирования хромосомы (Gro'isman Е.А. et al., 1984; Casadaban М. J. et al, 1986; Lowes M. et al, 1995).

Разработка нового генетического инструментария, использующего транспозиционные свойтва фага-транспозона Mu, позволяющего эффективно интегрировать генетический материал в хромосому Е. coli в отсутствие антибиотических маркеров в составе mini-Mu векторов, является актуальной и практически значимой для биотехнологии, поскольку в настоящее время предъявляются повышенные требования к промышленным штаммам-продуцентам, одним из которых является отсутствие каких-либо антибиотических маркеров в хромосоме штаммов.

Цели и задачи работы.

Диссертационная работа посвящена разработке эффективной генетической системы на основе фага-транспозона Mu и ее применению для конструирования штаммов-продуцентов различных аминокислот.

В ходе работы решались следующие задачи:

- Сравнительная оценка эффективности транспозиции транспозонов: Tn5, mini-TnlO, MD4041 и MD4041-thrA*BC.

- Оценка возможности использования выбранного транспозона для прикладных задач. Конструирование модельного штамма-продуцента треонина с использованием транспозонов MD4041-thrA*BC. Проверка характеристик полученных штаммов: стабильность продукции и числа копий mini-Mu кассет.

- Конструирование на основе mini-Mu MD4041 векторов, содержащих антибиотический маркер, обеспечивающих как эффективную интеграцию и амплификацию генов, так и стабильность полученных штаммов.

- Создание на основе mini-Mu MD4041 новой линии интегративных векторов (малокопийных, безмаркерных), необходимых для решения ряда задач при конструировании штаммов-продуцентов, соответствующих повышенным требованиям.

- Оценка эффективности использования элементов генетической системы в неселективных условиях.

- Применение данной системы при конструировании бесплазмидного безмаркерного штамма-продуцента валина.

Научная новизна и практическая ценность работы.

Разработана генетическая система для эффективной интеграции и амплификации генетического материала в хромосому Е. coli в отсутствие антибиотического маркера на основе фага-транспозона Mu. Данная система является удобным генно-инженерным инструментарием, прикладным назначением которого является конструирование бесплазмидных штаммов-продуцентов биологически активных веществ на основе бактерии Е. coli.

Осуществлено конструирование новых линий интегративных векторов, несодержащих антибиотический маркер внутри mini-Mu, и показана эффективность их использования при интеграции и последующей амплификации. Осуществлено клонирование ряда генов центрального метаболизма и оперонов биосинтеза различных аминокислот, проведено конструирование двух линии интегративных векторов, которые нашли неиостредственное применение при создании ряда штаммов-продуцентов.

Разработанная система, в частности, малокопийные безмаркерные mini-Mu векторы были успешно использованы в работах НИИ «Аджиномото-Генетика» при конструировании высокопродуктивных штаммов-продуцентов различных аминокислот.

Публикации и апробация работы. По теме диссертации опубликовано 2 печатных работы в отечественном журнале, два тезисных сообщения в материалах научных конференций и три патента. Материалы диссертации докладывались на Смотрах-конкурсах работ сотрудников ЗАО «АГРИ» в июне 2004 и июне 2005 года. Диссертационная работа была апробирована на совместном семинаре ЗАО "АГРИ" и секции по молекулярной биологии Ученого Совета ФГУП ГосНИИгенетика 12 апреля 2007 года.

Структура и объем работы. Диссертация состоит из 6 разделов: «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты и обсуждение», «Выводы» и «Список цитируемой литературы». Работа изложена на 158 страницах, включая 53 рисунка и 23 таблицы. Список цитируемой литературы содержит 215 источников, в том числе 5на русском языке.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Саврасова, Екатерина Алексеевна

Выводы

1. Проведена оценка эффективности транспозиции группы транспозонов: Tn5, mini-TnlO, mini-Mu (MD4041), MD4041-thrA*BC. Показана высокая эффективность транспозиции mini-Mu транспозонов группы MD. Сконструированы штаммы-продуценты треонина с использованием интегративных векторов группы MD4041-thrA*BC. Показана нестабильность полученных штаммов, что явилось результатом высокой активности транспозазы, гены которой входят в состав данного транспозона.

2. Проведено разделение интегративного и транспозазного доменов mini-Mu вектора MD4041, и разработана двухплазмидная система. Плазмида-помощник рМНЮ кодирует транспозазу А фага Mu, транспозиционный кофактор - белок В, термочувствительный репрессор cts62, репрессор пег и «//¿-сайт. Интегративный вектор содержит сайты необходимые для интеграции (attL- и attR-сайты фага Mu) и маркер антибиотической устойчивости.

3. Проведено сравнительное изучение эффективности интеграции векторов pM-cts-IAS и рМ, в которые были клонированы гены треонинового и лейцинового оперонов. Эффективность интеграции составила: 98-100% для векторов группы рМ, что было в 30-50 раз более эффективно, чем для векторов группы pM-cts-IAS (2-3%). Проведена оценка эффективности амплификации векторов двух видов. При проведении нескольких последовательных этапов амплификации с использованием вектора рМ число копий mini-Mu кассет было увеличено с 4 до 7, а затем до 10. Амплификация векторов группы pM-cts-IAS происходила с такой же низкой эффективностью, как и интеграция, и число копий mini-Mu кассет было увеличено с 1 до 2, а затем до 3 при проведении второго этапа амплификации.

4. Проведена оценка эффективности интеграции и амплификации многокопийных и малокопийных интегративных векторов, не содержащих антибиотический маркер. Наиболее эффективные интегративные векторы включают только attL- и attR-сайты фага Mu: рМ, рМ16, рМ17. Во всех случаях наблюдался высокий процент интеграции: 85-100% (репликон рМВ1), 75-100% (репликон pSClOl).

5. Безмаркерные интегративные векторы были успешно использованы при конструировании генетически стабильного высокопродуктивного бесплазмидного штамма-продуцента валина, который содержал 10 копий mini-Mu кассет PR-ilvG*MED-2Tfd.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Саврасова, Екатерина Алексеевна, 2007 год

1. Holliday. R. A mechanism for gene conversion in fungi. // Genet. Res. 1964. - V.5. -P.282-304.

2. Kowalczykowski S.C., Dixon D.A., Eggleston A.K., Lauder S.D., Rehrauer W.M. Biochemistry of homologous recombination in Escherichia coli. II Microbiol. Rev. 1994. -V.58.-P.401-465.

3. Kuzminov A. Recombinational repair of DNA damage in Escherichia coli and bacteriophage lambda. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1999. - V.63. - P.751-813.

4. Clark A.J, Margulies A.D. Isolation and characterization of recombination-deficient mutants of Escherichia coli K-12. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.-1965. V.53. - P.451-459.

5. Howard-Flanders P., Theriot L. Mutants of Escherichia coli K-12 defective in DNA repair and in genetic recombination. // Genetics. 1966. - V.53. - P. 1137-1150.

6. Schofield M. A., Agbunag R., Miller J.H. DNA inversions between short inverted repeats in Escherichia coli. II Genetics. 1992. - V.132. - P.295-302.

7. Shen P., Huang H.V. Homologous recombination in Escherichia coli: dependence on substrate length and homology. // Genetics. 1986. - V.l 12. - P.441-457.

8. Bianco P.R., Tracy R.B., Kowalczykowski S.C. DNA strand exchange proteins: a biochemical and physical comparison. // Front. Biosci. 1998. - V.3. - p.570-603.

9. Lusetti S.L., Cox M.M. The bacterial RecA protein and the recombinational DNA repair of stalled replication forks. // Annu. Rev. Biochem. 2002. - V.71. - P.71-100.

10. Lindsley J.E., Cox M.M. Dissociation pathway for recA nucleoprotein filaments formed on linear duplex DNA. // J. Mol. Biol. 1989. - V.205. - V.695-711.

11. Shaner S.L., Radding C.M. Translocation of Escherichia coli recA protein from a single-stranded tail to contiguous duplex DNA. //J. Biol. Chem. 1987. - V.262. - P.9211-9219.

12. Shaner S.L., Flory J., Radding C.M. The distribution of Escherichia coli recA protein bound to duplex DNA with single-stranded ends. // J. Biol. Chem. 1987. - V.262. - P.9220-9230.

13. Bedale W.A., Cox M. Evidence for the coupling of ATP hydrolysis to the final (extension) phase of RecA protein-mediated DNA strand exchange. // J. Biol. Chem. 1996. - V.271. -P.5725-5732.

14. Clark A. J. Toward a metabolic interpretation of genetic recombination of E. coli and its phages. // Annu. Rev. Microbiol. -1971. V.25. - P.437-464.

15. Clark A. J. Recombination deficient mutants of E. coli and other bacteria. // Annu. Rev. Genet.- 1973. V.7.-P.67-86.

16. Campbell A.M. Episomes. // Adv. Genet. 1962. - V.l 1. - P. 101-145.

17. Gottesman M.E., Weisberg R.A. Prophage insertion and excision. In A. D. Hershey (ed.), The Bacteriophage Lambda. // Cold. Spring. Harbor, Laboratory., Cold. Spring. Harbor., N.Y. -1971. — P.l 13—138.

18. Geliert M., Nash H. Communication between segments of DNA during site-specific recombination. // Nature. -1987. V.325. - P.401^104.

19. Segall A.M., Nash H.A. Architectural flexibility in lambda site-specific recombination: three alternate conformations channel the attL site into three distinct pathways. // Genes. Cells. 1996. - V.1.-P.453-463.

20. Campbell A., Botstein D. Evolution of the lambdoid phages. In R. W. Hendrix J., Roberts W., Stahl F.W., Weisberg R.A. (ed.), Lambda II. II Cold. Spring. Harbor. Laboratory., Cold. Spring. Harbor., N.Y. 1983. - P.365-380.

21. Whitehouse H.L.K. Genetic Recombination: Understanding Mechanisms. // John Wiley and Sons, New York. 1982. - P. 112-116.

22. Nash H.A. Site-Specific Recombination: Integration, Excision, Resolution, and Inversion of Defined DNA Segments. // P.2363-2377

23. Craig N.L., Nash H.A. The mechanism of phage X site-specific recombination: site-specific breakage of DNA by Int topoisomerase. // Cell. 1983. - V.35. - P.795-803.

24. Pargellis C.A., Nunes-Duby S.E., Moitoso L. de Vargas, Landy A. Suicide recombination substrates yield covalent lambda integrase-DNA complexes and lead to identification of the active site tyrosine. // J. Biol. Chem. 1988. - V.263. - P.7678-7685.

25. Hatfull G.F., Grindley N.D. Analysis of gamma delta resolvase mutants in vitro: evidence for an interaction between serine-10 of resolvase and site I of res. II Proc. Natl. Acad. Sei. USA. -1986. V.83. -P.5429-5433.

26. Klippel A., Mertens G., Patschinsky T., Kahmann R. The DNA invertase Gin of phage Mu: formation of a covalent complex with DNA via a phosphoserine at amino acid position 9. // EMBOJ. 1988. - V.7. - P.1229-1237.

27. Bauer C.E., Hesse S.D., Gardner J.F., Gumport R.I. DNA interactions during bacteriophage X site-specific recombination. // Cold. Spring. Harbor. Symp. Quant. Biol. 1984. - V.49. -P.699-705.

28. Stark W.M., Grindley N.D.F., Hatfull G.F., Boocock M.R. Resolvase-catalysed reactions between res sites differing in the central dinucleotide of subsite I. // EMBO J. 1991. - V.l 1. -P.3541-3548.

29. Weisberg R.A., Enquist L.W., Foeller C., Landy A. Role of DNA homology in site-specific recombination. The isolation and characterization of a site affinity mutant of coliphage X. II J. Mol. Biol. 1983. - V.l 70. - P.319-342.

30. Johnson R. Mechanism of site-specific DNA inversion in bacteria. // Curr. Opin. Genet. Dev. -1991.- V.l. -P.412-416.

31. Ptashne M. A Genetic Switch: Phage X and Higher Organisms, 2nd ed. // Cell Press, Blackwell Scientific Publications, Cambridge. -1992.

32. Bruist M.F., Simon M.I. Phase variation and the Hin protein: in vivo activity measurements, protein overproduction, and purification. // J. Bacteriol. 1984. - V.l59. - P.71-79.

33. Federoff N., Botstein D. The Dynamic Genome: Barbara McClintock's Ideas in the Century of Genetics. // Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. 1992.

34. McClintock B. Chromosome organization and gene expression. // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1952. -V. 16. - P. 13.

35. Shapiro J.A. Mutations caused by the insertion of genetic material into the galactose operon of £ coll II J. Mol. Biol. 1969. - V.40. - P.93-105.

36. Craig N.L. Unity in transposition reactions. // Science. 1995. - V.270. - P.253-254.

37. Diaz-Aroca E., Mendiola M.V., Zabala J.C., de la Cruz F. Transposition of IS91 does not generate a target duplication. // J. Bacteriol. 1987. - V.169. - P.442-443.

38. Mizuuchi K. Transpositional recombination: mechanistic insights from studies of mu and other elements. // Annu. Rev. Biochem. 1992. - V.61. - P. 1011-1051.

39. Mahillon J., Chandler M. Insertion sequences. // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998. - V.62.- P.725-774.

40. Mizuuchi K. Polynucleotidyl transfer reactions in transpositional DNA recombination. // J. Biol. Chem. 1992. - V.267. - P.21273-21276.

41. Polard P., Chandler M. Retroviral integrases and bacterial transposases. // Mol. Microbiol. -1995.-V.15.-P.1-23.

42. Benjamin H.W., Kleckner N. Excision of Tn 10 from the donor site during transposition occurs by flush double-strand cleavages at the transposon termini. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1992. -V.89. P.4648-4652.

43. Bainton R., Gamas P., Craig N.L. Tn7 transposition in vitro proceeds through an excised transposon intermediate generated by staggered breaks in DNA. // Cell. 1991. - V.65. - P. 805-816.

44. Fujiwara Т., Mizuuchi К. Retroviral DNA integration: structure of an integration intermediate. // Cell. 1988. - V.54. - P.497-504.

45. Eichinger D.J., Boeke J.D. 1990. A specific terminal structure is required for Tyl transposition. // Genes Dev. 1990. - V.4. - P.324-330.

46. Craig N.L. Transposition. Escherichia coli and Salmonella (chapter 124), Second Edition, Editor in Chief: F.C.Neidhardt. // Washington D.C., ASM Press. 1996. - P.2339-2362.

47. Льюин Б. Гены. // Москва, Мир. -1987. С.546-561.

48. Ни W.Y., Derbyshire К.М. Target choice and orientation preference of the insertion sequence IS903.// J. Bacterid. 1998.- V.180.-P.3039-3048.

49. Weber P.C. Analysis of Tn5 inversion events in Escherichia coli plasmids. // Mol. Gen. Genet. 1995. - V.248. - P.459-470.

50. Dodson K.W., Berg D.E. Factors affecting transposition activity of IS50 and Tn5 ends. // Gene. 1989. -V.76. - P.207-213.

51. Kleckner N. Regulating TnlO and IslO Transposition. // Genetics, 1990, V.124, P.449-454.

52. Davies D.R., Goryshin I.Y., Reznikoff W.S., Rayment I. Three-dimensional structure of the Tn5 synaptic complex transposition intermediate. // Science. 2000. - V.289. - P.77-85.

53. Abraham L.J., Rood J.I. Identification of Tn4451 and Tn4452, chloramphenicol resistance transposons from Clostridium perfringens. // J. Bacteriol. 1987. - V.169. - P.1579-1584.

54. Grindley N.D. Transposition of Tn3 and related transposons.// Cell. 1983. - V.32. - P.3-5.

55. Bainton R., Gamas P., Craig N.L. Tn7 transposition in vitro proceeds through an excised transposon intermediate generated by staggered breaks in DNA. // Cell. 1991. - V.65. - P.805

56. Stark W.M., Boocock M.R., Sherratt D.J. Site-specific recombination by Tn3 resolvase. // Trends. Genet. -1989. V.5. - P.304-309.

57. Tsuda M., Minegishi K., lino T. Toluene transposons Tn4651 and Tn4653 are class II transposons. // J. Bacteriol. -1989. -V. 171. P. 1386-1393.

58. DeBoy R.T., Craig N.L. Target site selection by Tn7: attTn7 transcription and target activity. // J. Bacteriol. 2000. V.182. - P.3310-3313.

59. Lu F., Craig N.L. Isolation and characterization of Tn7 transposase gain-of-function mutants: a model for transposase activation. // EMBO J. 2000. - V.19. - P.3446-3457.

60. Biery M.C., Lopata M., Craig N.L. A minimal system for Tn7 transposition: the transposon-encoded proteins TnsA and TnsB can execute DNA breakage and joining reactions that generate circularized Tn7 species. // J. Mol. Biol. 2000. - V.297. - P.25-37.

61. Wolkow C.A., DeBoy R.T., Craig N.L. Conjugating plasmids are preferred targets for Tn7. // Genes. Dev. 1996. - V. 10. - P.2145-2157.

62. Peters J.E., Craig N.L. Tn7 transposes proximal to DNA double-strand breaks and into regions where chromosomal DNA replication terminates. // Mol. Cell. 2000. - V.6. - P.573-582.

63. Pato M.L. Bacteriophage Mu. In D. E. Berg and M. M. Howe (ed.), Mobile DNA. II American Society for Microbiology, Washington, D.C. 1989. - P.23-52.

64. Kleckner, N. Transposon Tn/0. In D. E. Berg and M. M. Howe (ed.), Mobile DNA. II American Society for Microbiology Washington, D.C. 1989. - P.227-268.

65. Benjamin H.W., Kleckner N. Intramolecular transposition by Tn 10. II Cell. 1989. - V.59. -P.373-383.

66. Haniford D., Kleckner N. Tn 10 transposition in vivo: temporal separation of cleavages at the two transposon ends and roles of terminal basepairs subsequent to interaction of ends. // EMBO J. 1994. - V.13. -P.3401-3411.

67. Allison R.G., Chaconas G. Role of the A protein-binding sites in the in vitro transposition of Mu DNA. A complex circuit of interactions involving the Mu ends and the transpositional enhancer. // J. Biol. Chem. 1992. - V.267. - P. 19963-19970.

68. Wiater L.A., Grindley N.D.F. y8 transposase and intergration host factor bind cooperatively at both ends ofyS. // EMBO J. 1990. - V.7. - P. 1907-1911.

69. Weinreich M.D., Reznikoff W.S. Fis plays a role in Tn5 and IS50 transposition. // J. Bacteriol. 1992. - V.174. - P.4530^537.

70. Arciszewska L.K., Craig N.L. Interaction of the Tn7-encoded transposition protein TnsB with the ends of the transposon. //Nucleic. Acids. Res. 1991. - V. 19. - P.5021-5029.

71. Craig N.L. Tn7: a target site-specific transposon. // Mol. Microbiol. 1991. - V.5. - P.2569-2573.

72. Bender J., Kleckner N. TnlO insertion specificity is strongly dependent upon sequences immediately adjacent to the target-site consensus sequence. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1992. V.89. - P.7996-8000.

73. Lee C.-H., Bhagwhat A., Heffron F. Identification of a transposon Tn3 sequence required for transposition immunity. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1983. - V.80. - P.6765-6769.

74. Chandler M., Fayet 0. 1993. Translational frameshifting in the control of transposition in bacteria. // Mol. Microbiol. 1993. -V.7. - P.497-503.

75. Polard P., Chandler M. Retroviral integrases and bacterial transposases. // Mol. Microbiol. -1995.-V.15.-P.1-23.

76. Namgoong S.Y., Harshey R.M. The same two monomers within a MuA tetramer provide the DDE domains for the strand cleavage and strand transfer steps of transposition. // EMBO J. -1998. V.17. -P.3775-85.

77. Berg C.M., Berg D.E. Transposable element tools for microbial genetics. Escherichia coli and Salmonella (chapter 140), Second Edition, Editor in Chief: F.C.Neidhardt. // Washington D.C., ASM Press. 1996. - P.2588-2612.

78. Berg D.E., Howe M.M. Mobile DNA. II American Society for Microbiology, Washington, D.C. 1989. - P. 105-135.

79. Herrero M., de Lorenzo V., Timmis K.N. Transposon vectors containing non-antibiotic resistance selection markers for cloning and stable chromosomal insertion of foreign genes in gram-negative bacteria. // J. Bacteriol. 1990. - V.172. - P.6557-6567.

80. Taylor A.L. Bacteriophage-induced mutation in E.coli. II Proc. Natl. Acad. Sci. USA .- 1963. -V.10.-P.60.

81. Symonds N., Toussaint A., Van de Putte P., Howe M. Phage Mu. // New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1987.

82. Mizuichi K., Craigie R. Mechanism of bacteriophage Mu transposition. // Ann. Rev. Genet. -1986. -V.20.-P.385.

83. Abelson J., Boram W., Bukhari A. I., Faelen M., Howe M.M. Summary of the genetic mapping of prophage Mu // J. Virol. 1973.- V.54. - P.90.

84. Stoddart S., Howe M.M. Localization and regulation of bacteriophage Mu promoters. // J. of Bacteriol. 1989. - V.171. -P.3440.

85. Goosen T., Giphart-Gassler M., van de Putte P. Bacteriophage Mu DNA replication is stimulated by non-essential early functions. // Mol. Gen. Genet. 1982. - V.186. - P. 135.

86. Howe M. M. Late genes, particle morphogenesis and DNA packaging. In Phage Mu (ed. Symonds N. et al.). // New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1987. - P.63.

87. Howe M.M. Invertible DNA in phage // Nature. 1978. - V.271. - P.608.

88. Faelen M., Resibois A., Toussaint A. Mini-Mu: an insertion element derived from temperate phage Mu-1.// Cold Spring Harbor Lab.- 1978. P.l 169-1177.

89. Faelen M., Toussaint A. Isolation of conditional defective mutants of temperate phage Mu-1 and deletion mapping of the Mu-1 prophage. // J. Virol. Virology 1976. - P.l 17-124.

90. Vogel J."L., Li Z.J., Howe M.M., Toussaint A., Higgins N.P. Temperature-sensitive mutations in the bacteriophage Mu c repressor locate a 63-amino-acid DNA-binding domain. // J. Bacteriol. 1991. - V.173. -P.6568-6577.

91. Waggoner B., Pato M., Toussaint A., Faelen M. Replication of mini-Mu prophage DNA. // Virology. 1981. - V.l 13. - P.379-387.

92. Akroyd J.E., Symonds N. Evidence for a conservative pathway of transposition of bacteriophage Mu. //Nature. 1983. May 5-ll;303(5912):84-6.

93. Chaconas G., Kennedy D.L., Evans D. Predominant integration end products of infecting bacteriophage Mu DNA are simple insertions with no preference for integration of either Mu DNA strand. // Virology. 1983. - V.128. - P.48-59.

94. Chaconas G., Harshey R.M., Sarvetnick N., Bukhari A.I. Predominant end-products of prophage Mu DNA transposition during the lytic cycle are replicon fusions. // J. Mol. Biol. -1981. V.l 50. - P.341-359.

95. Ohtsubo E., Zenilman M., Ohtsubo H., McCormick M., Machida C., Machida Y. Mechanism of insertion and cointegration mediated by IS1 and Tn3. // Cold. Spring. Harb. Symp. Quant. Biol. 1981. - V.45. -Pt.l. -P.283-295.

96. Craigie R., Mizuuchi M., Mizuuchi K. Site-specific recognition of the bacteriophage Mu ends by the Mu A protein. // Cell. 1984. - V.39(2 Pt 1). - P.387-394.

97. Allison R.G., Chaconas G. Role of the A protein-binding sites in the in vitro transposition of mu DNA. A complex circuit of interactions involving the mu ends and the transpositional enhancer. // J. Biol. Chem. 1992. - V.267. - P.19963-19970.

98. Mizuuchi M., Baker T.A., Mizuuchi K. DNase protection analysis of the stable synaptic complexes involved in Mu transposition. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1991. V.88. -P.9031-9035.

99. Mizuuchi M., Baker T.A., Mizuuchi K. Assembly of the active form of the transposase-Mu DNA complex: a critical control point in Mu transposition. // Cell. 1992. - V.70. - P.303-311.

100. Groenen M.A., van de Putte P. Mapping of a site for packaging of bacteriophage Mu DNA. // Virology. 1985.-V.144.-P.520-522.

101. Harshey R.M., Getzoff E.D., Baldwin D.L., Miller J.L., Chaconas G. Primary structure of phage mu transposase: homology to mu repressor. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1985. - V.82. -P.7676-7680.

102. Goosen N., van Heuvel M., Moolenaar G.F., van de Putte P. Regulation of Mu transposition. II. The Escherichia coli HimD protein positively controls two repressor promoters and the early promoter of bacteriophage Mu. // Gene. 1984 Dec;32(3):419-26.

103. Krause H.M., Rothwell M.R., Higgins N.P. The early promoter of bacteriophage Mu: definition of the site of transcript initiation. //Nucleic Acids Res. 1983. - V.l 1. -P.5483-5495.

104. Krause H.M., Higgins N.P. On the mu repressor and early DNA intermediates of transposition. // Cold. Spring. Harb. Symp. Quant. Biol. 1984. - V.49. - P.827-834.

105. Krause H.M., Higgins N.P. Positive and negative regulation of the Mu operator by Mu repressor and Escherichia coli integration host factor. // J. Biol. Chem.- 1986. V.261. - P.3744-3752.

106. Митькина JI.H. Транспозиция как способ существования: фаг Mu. // Генетика. 2003.- №5. С.637-656.

107. Alazard R., Betermier М., Chandler М. Escherichia coli integration host factor stabilizes bacteriophage Mu repressor interactions with operator DNA in vitro. // Mol. Microbiol. 1992.- V.6.-P.1707-1714.

108. Van Leerdam E., Karreman C., van de Putte P. Ner, a cro-like function of bacteriophage Mu. // Virology. 1982. - V.l23. - P. 19-28.

109. Goosen N., van de Putte P. Regulation of transcription. Phage Mu. Eds.Symonds M., Toussaint A., Van de Putte P., Howe M.M. N.Y.: Cold. Spring Harbor Lab. 1987. - P.41-52.

110. Leung P.C., Teplow D.B., Harshey R.M. Interaction of distinct domains in Mu transposase with Mu DNA ends and an internal transpositional enhancer. // Nature. 1989. - V.338. -P.656-658.

111. Clubb R.T., Omichinski J.G., Savilahti H., Mizuuchi K., Gronenborn A.M., Clore G.M.

112. A novel class of winged helix-turn-helix protein: the DNA-binding domain of Mu transposase. // Structure. 1994. - V.2. - P. 1041-1048.

113. Schumacher S., Clubb R.T., Cai M., Mizuuchi K., Clore G.M., Gronenborn A.M. Solution structure of the Mu end DNA-binding ibeta subdomain of phage Mu transposase: modular DNA recognition by two tethered domains. // EMBO J. 1997. - V.l6. - P.7532-7541.

114. Kim K., Harshey R.M. Mutational analysis of the att DNA-binding domain of phage Mu transposase. // Nucleic. Acids. Res. 1995. - V.23. - P.3937-3943.

115. Rice P., Mizuuchi K. Structure of the bacteriophage Mu transposase core: a common structural motif for DNA transposition and retroviral integration. // Cell. 1995. - V.82. -P.209-220.

116. Baker TA, Luo L. Identification of residues in the Mu transposase essential for catalysis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1994. V.91. - P.6654-6658.

117. Savilahti H., Mizuuchi K. Mu transpositional recombination: donor DNA cleavage and strand transfer in trans by the Mu transposase. // Cell. 1996. - V.85. - P.271-280.

118. Wu Z., Chaconas G. A novel DNA binding and nuclease activity in domain III of Mu transposase: evidence for a catalytic region involved in donor cleavage. // EMBO J. 1995. -V.14. -P.3835-3843.

119. Levchenko I., Luo L., Baker T.A. Disassembly of the Mu transposase tetramer by the ClpX chaperone. // Genes Dev. 1995 Oct l;9(19):2399-408.

120. Namgoong S.Y., Harshey R.M. The same two monomers within a MuA tetramer provide the DDE domains for the strand cleavage and strand transfer steps of transposition. // EMBO J.1998. V.17. -P.3775-3785.

121. Williams TL, Jackson EL, Carritte A, Baker TA. Organization and dynamics of the Mu transpososome: recombination by communication between two active sites. // Genes. Dev.1999. V.13. - P.2725-2737.

122. Jiang H., Yang J.Y., Harshey R.M. Criss-crossed interactions between the enhancer and the att sites of phage Mu during DNA transposition. // EMBO J. 1999. - V.18. - P.3845-3855.

123. Rijn P., Goosen N., Van de Putte P. Integration host factor of Escherichia coli regulates early- and repressor transcription of bacteriophage Mu by two different mechanisms.// Nucleic Acids Res. 1988. - V.16. - P.4595 - 4605.

124. Leung P.C., Teplow D.B., Harshey R.M. Interaction of distinct domains in Mu transposase with Mu DNA ends and an internal transpositional enhancer. // Nature. 1989. - V.338. - P.656 -658.

125. Surette M.G., Lavoie B.D., Chaconas G. Action at a distance in Mu DNA transposition: an enhancer-like element is the site of action of supercoiling relief activity by integration host factor (IHF). // EMBO J. 1989. - V.8. - P.3483-3489.

126. Surette M.G., Chaconas G. A protein factor which reduces the negative supercoiling requirement in the Mu DNA strand transfer reaction is Escherichia coli integration host factor. //

127. J. Biol. Chem. 1989. - V.264. - P.3028-3034.

128. Watson M.A., Chaconas G. Three-site synapsis during Mu DNA transposition: a critical intermediate preceding engagement of the active site. // Cell. 1996. - V.85. - P.435-445.

129. Mizuuchi M., Baker T.A., Mizuuchi K. Assembly of phage Mu transpososomes: cooperative transitions assisted by protein and DNA scaffolds. // Cell, 1995, V.83, P.375-385.

130. Baker T.A., Luo L. Identification of residues in the Mu transposase essential for catalysis. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994. - V.91. - P.6654-6658.

131. Adzuma K., Mizuuchi K. Target immunity of Mu transposition reflects a differential distribution of Mu B protein. // Cell. 1988. - V.53. - P.257-266.

132. Levchenko I., Yamauchi M., Baker T.A. ClpX and MuB interact with overlapping regions of Mu transposase: implications for control of the transposition pathway. // Genes. Dev. 1997. -V.11.-P.1561-1572.

133. Maxwell A, Craigie R, Mizuuchi K. B protein of bacteriophage mu is an ATPase that preferentially stimulates intermolecular DNA strand transfer. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1987. V.84. - P.699-703.

134. Teplow D.B., Nakayama C., Leung P.C., Harshey R.M. Structure-function relationships in the transposition protein B of bacteriophage Mu. // J. Biol. Chem. 1988. - V.263. - P.10851-10857.

135. Hung L.H., Chaconas G., Shaw G.S. The solution structure of the C-terminal domain of the Mu B transposition protein. // EMBO J. 2000. - V.19. - P.5625-5634.

136. Chaconas G., Giddens E.B., Miller J.L., Gloor G. A truncated form of the bacteriophage Mu B protein promotes conservative integration, but not replicative transposition, of Mu DNA. // Cell. 1985. - V.41. - P.857-865.

137. Hung L.H., Chaconas G., Shaw G.S. The solution structure of the C-terminal domain of the Mu B transposition protein. // EMBO J. 2000. - V.19. - P.5625-5634.

138. Coros C.J., Sekino Y., Baker T.A., Chaconas G. Effect of mutations in the C-terminal domain of Mu B on DNA binding and interactions with Mu A transposase. // J. Biol. Chem.2003. — V.278. — P.31210-31217.

139. Adzuma K., Mizuuchi K. Interaction of proteins located at a distance along DNA: mechanism of target immunity in the Mu DNA strand-transfer reaction. // Cell. 1989. - V.57. -P.41-47.

140. Yamauchi M., Baker T.A. An ATP-ADP switch in MuB controls progression of the Mu transposition pathway. // EMBO J. 1998. - V.17. - P.5509-5518.

141. Kamp D., Kahmann R. Two pathways in bacteriophage Mu transposition? // Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1980. - V.45. - P.329-336.

142. Manna D., Breier A.M., Higgins N.P. Microarray analysis of transposition targets in Escherichia coll: the impact of transcription. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. - V.101. -P.9780-9785.

143. Greene E.C., Mizuuchi K. Target immunity during Mu DNA transposition. Transpososome assembly and DNA looping enhance MuA-mediated disassembly of the MuB target complex. // Mol. Cell. -2002. V.10. - P.1367-1378.

144. Toussaint A., Faelen M. 1974. The dependence of temperate phage Mu-1 upon replication functions of E. coli K-12. // Mol. Gen. Genet. 1974. - V. 131. - P.209-214.

145. Lavoie B.D., Chaconas G. Site-specific HU binding in the Mu transpososome: conversion of a sequence-independent DNA-binding protein into a chemical nuclease. // Genes. Dev. -1993.-V.7.-P.2510-2519.

146. Mizuichi K., Craigie R. Mechanism of bacteriophage Mu transposition. // Ann. Rev. Genet. 1986.-V.20.-P.385.

147. Faelen M. Useful Mu and mini-Mu derivaties. // Virology. 1976. - P.l 17-124.

148. Faelen M., Toussaint A. Bacteriophage Mu-1: a tool to transpose and to localize bacterial genes. // J. Mol. Biol. 1976. - V.104. - P.525-539.

149. Casadaban M.J., Cohen S.N. Lactose genes fused to exogenous promoters in one step using a Mu-lac bacteriophage in vivo probe for transcriptional control sequences. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1979. - V.76. - P.4530-4533.

150. Casadaban M.J., Chou. J. In vivo formation of gene fusions encoding hybrid b-galactosidase proteins in one step with a transposable Mu-lac transducing phage. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1984. - V.81. - P.535-539.

151. Hughes K.T., Roth J. R. Conditionally transposition-defective derivative of Mu dl(Amp Lac). // J. Bacteriol. 1984. - V.159. - P. 130-137.

152. Sonti R.V., Keating D.H., Roth. J.R. Lethal transposition of Mud phages in Rec'strains of Salmonella typhimurium. // Genetics. 1993. -V.133. -P. 17-28.

153. Elliott T. Transport of 5-aminovulinic acid by the dipeptide permease in Salmonella typhimurium. // J. Bacteriol. 1993. - V.175. - P.325-331.

154. Benson N.R., Goldman B.S. Rapid mapping in Salmonella typhimurium with Mud-P22 prophages. // J. Bacteriol. 1992. - V.174. - P. 1673-1681.

155. M. Lawes, S. Maloy. Mud SacI, transposon with strong selectable and counterselectable markers: use for rapid mapping of chromosomal mutations in Salmonella typhimurium. II J. Bacteriology. -1995. -V. 177 P. 1383 - 1387.

156. Castilho B.A., Olfson P., Casadaban M.J. Plasmid insertion mutagenesis and lac gene fusion with Mini-Mu bacteriophage transposons. // J. Bacteriol. 1984. - V.158. - P.488-495.

157. Faelen M., Toussaint A. Stimulation of deletions in the Escherichia coli chromosome by partially induced Mucts62 prophages. // J. Bacteriol. 1978. -V.136. - P.477-483.

158. Groisman E.A., Castilho B.A., Casadaban M.J. In vivo DNA cloning and adjacent gene fusing with a mini-Mu-lac bacteriophage containing a plasmid replicon. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1984. -V.81. P.1480-1483.

159. Groisman E.A., Casadaban M.J. Mini-Mu bacteriophage with plasmid replicons for in vivo cloning and lac gene fusing. // J. Bacteriology. 1986. - V.168. -P.357 - 364.

160. Higgins N.P., Moncecchi D., Manlapaz-Ramos P., Olivera B.M. Bacteriophage Mu DNA replication in vitro. // J. Biol. Chem. 1983. - V.258. - P.4293-4297.

161. Schaller H., Otto B., Niisslein V., Huf J., Herrmann R., Bonhoeffer F. Deoxyribonucleic acid replication in vitro. // J. Mol. Biol. 1972. - V.63. - P. 183-200.

162. Higgins N.P., Manlapaz-Ramos P., Gandhi R.T., Olivera B.M. Bacteriophage Mu: a transposing replicon. // Cell. 1983. - V.33 - P.623-628.

163. Giphart-Gassler M., Goosen T., van Meeteren A., Wijffelman C., van de Putte P. Properties of the recombinant plasmid pGPl containing part of the early region of bacteriophage Mu. // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. -1979. 43 - Pt.2 - P. 1179-1185.

164. Fuller R.S., Kaguni J.M., Kornberg A. Enzymatic replication of the origin of the Escherichia coli chromosome. // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 1981. -V.78. - P.7370-7374.

165. Mizuuchi K. In vitro transposition of bacteriophage Mu: a biochemical approach to a novel replication reaction. // Cell. -1983. V.35. - P.785-794.

166. Craigie R., Mizuuchi K. Mechanism of transposition of bacteriophage Mu: structure of a transposition intermediate. // Cell. 1985. - V.41. - P.867-876.

167. Craigie R., Arndt-Jovin D.J., Mizuuchi K. A defined system for the DNA strand-transfer reaction at the initiation of bacteriophage Mu transposition: protein and DNA substrate requirements. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1985. V.82. - P.7570-7574.

168. Dale E.C., Ow D.W. Gene transfer with subsequent removal of the selection gene from the host genome. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. -V.88.-P.10558-10562.

169. Posfai G., Koob M., Hradecna Z., Hasan N., Filutowicz M., Szybalski W. In vivo excision and amplification of large segments of the Escherichia coli genome. // Nucleic. Acids. Research. 1994. -V.22. - P.2392-2398.

170. Cherepanov P.P., Wackernagel W. Gene disruption in Escherichia coli: TcR and KmR cassettes with the option of Flp-catalyzed excision of the antibiotic-resistance determinant. // Gene. 1995. -V.158.- P.9-14.

171. Peredelchuk, M.Y., Bennett, G.N. A method for construction of E. coli strains with multiple DNA insertions in the chromosome.// Gene. -1997.-V. 187.- P.231-238.

172. Datsenko K.A, Wanner B.L. One-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K-12 using PCR products. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 2000. V.97. - P.6640-6645.

173. Roberts R.B., Cowie D.B., Abelson P.H., Bolton E.T., Britten R.J. Studies of biosynthesis in Escherichia coli. //Carnegie Institution, Washington, D.C.- 1995.-Publication 607.-P.406-417.

174. Cohen G.N., Stanier R.Y., Le Bras G. Regulation of the biosynthesis of amino acids of theaspartate family in Coliform bacteria and Pseudomonads. // J. Bacteriol. 1969. - V.99. - P.791-801.

175. Szczesiul M., Wampler D.E. Regulation of a metabolic system in vitro: synthesis of threonine from aspartic acid. // Biochemistry. 1976. - V.15. -P.2236-2244.

176. Stadtman E.R., Cohen G.N., Lebras G. Feedback inhibition and repression of aspartokinase activity in Escherichia coli. II Ann. N. Y. Acad. Sei. -1961. V.94. - P.952-959.

177. Theze J., Saint-Girons I. Threonine locus of Escherichia coli K-12: genetic structure and evidence for an operon. // J. Bacteriol. 1974. - V.l 18. - P.990-998.

178. Theze J., Margarita D., Cohen G.N., Borne F., Patte J.C. Mapping of the structural genes of the three aspartokinases and of the two homoserine dehydrogenases of Escherichia coli K-12. //J. Bacteriol. 1974. - V.l 17. - P.133-143.

179. Haziza C, Stragier P, Patte JC. Nucleotide sequence of the asd gene of Escherichia coli: absence of a typical attenuation signal. // EMBO J. 1982. - V.l. - P.379-384.

180. Freundlich M. Multivalent repression in the biosynthesis of threonine in Salmonella typhimurium and Escherichia coli. II Biochem. Biophys. Res. Commun, 1963, V.10, P.277-282.

181. Gardner J.F., Smith O.H. Operator-promoter functions in the threonine operon of Escherichia coli. Hi. Bacteriol. 1975.-V.124.-P.161-166.

182. Kolter R., Yanofsky C. Attenuation in amino acid biosynthetic operons. // Annu. Rev. Genet. -1982.-V.16. -P. 113-134.

183. Guardiola J., De Felice M., Lamberti A., Iaccarino M. The acetolactate synthase isoenzymes of Escherichia coli K-12. // Mol. Gen. Genet. 1977. - V.156. - P.17-25.

184. Blatt J.M., Pledger W.J., Umbarger H.E. Isoleucine and valine metabolism in Escherichia coli. XX. Multiple forms of acetohydroxy acid synthetase. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1972. - V.48. - P.444-450.

185. Umbarger H.E. Evidence for a negative-feedback mechanism in the biosynthesis of isoleucine. // Science. 1956. - V.123. - P.848.

186. De Felice M., Squires C., Levinthal M., Guardiola J., Lamberti A., Iaccarino M. Growth inhibition of Escherichia coli K-12 by L-valine: a consequence of a regulatory pattern. // Mol. Gen. Genet. -1977.-V.156.-P.1-7.

187. Squires C.H., De Felice M., Devereux J., Calvo J.M. Molecular structure of ilvIH and its evolutionary relationship to ilvG in Escherichia coli K12. // Nucleic Acids Res. 1983. - V.ll. -P.5299-52313.

188. Lawther R.P., Wek R.C., Lopes J.M., Pereira R., Taillon B.E., Hatfield G.W. The complete nucleotide sequence of the ilvGMEDA operon of Escherichia coli K-12. // Nucleic Acids Res. -1987. V.15. -P.2137-2155.

189. Ramakrishnan Т., Adelberg E.A. Regulatory mechanisms in the biosynthesis of isoleucine and valine. 3. Map order of the structural genes and operator genes. // J. Bacteriol. 1965. -V.89. -P.661-664.

190. Nargang F.E., Subrahmanyam C.S., Umbarger H.E. Nucleotide sequence of ilvGMEDA operon attenuator region of Escherichia coli. II Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 1980. V.ll. -P.1823-1827.

191. Lawther R.P., Lopes J.M., Ortuno M.J., White M.C. Analysis of regulation of the ilvGMEDA operon by using leader-attenuator-galK gene fusions. // J. Bacteriol. 1990. -V.172. - P.2320-2327.

192. Chen J.W., Bennett D.C., Umbarger H.E. Specificity of attenuation control in the ilvGMEDA operon of Escherichia coli K-12. // J. Bacteriol. 1991. - V.173. - P.2328-2340.

193. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. // Москва. Мир. - 1984.

194. Миллер Дж. Эксперименты в молекулярной генетике. // Москва. Мир. - 1976.

195. Peng. L., Shimizu. К. Global metabolic regulation analysis for Escherichia coli K12 based on protein expression by 2-dimensional electrophoresis and enzyme activity measurement. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2003. - V.61. - P. 163-178.

196. Castilho B.A., Olfson P., Casadaban M.J. Plasmid insertion mutagenesis and lac gene fusion with mini-mu bacteriophage transposons. // J. Bacteriol. 1984. - V.158. - P.488-495.

197. Dazins A., Kent N.E., Buckwalter M.S., Casadaban M.J. Bacteriophage Mu sites required for transposition immunity. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. - V.85. - P.6826-6830.

198. Castilho B.A., Casadaban M.J. Specificity of mini-Mu bacteriophage insertions in a small plasmid. // J. Bacteriol. 1991. - V. 173. - P. 1339-1343.