Поверхностные белоксодержащие антигены близкородственных штаммов стрептококков группы Mitis и их иммунобиологические свойства тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Афанасьева Ольга Максимовна

• Афанасьева Ольга Максимовна
• кандидат наук
• 2024

Оглавление диссертации кандидат наук Афанасьева Ольга Максимовна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Молекулярно-биологическая характеристика стрептококков группы Mitis

1.2. Особенности идентификации стрептококков группы Mitis

1.3. Основные направления разработки современных профилактических пневмококковых вакцин

1.4. Заключение по обзору литературы

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Материалы исследования

2.1.1. Штаммы микроорганизмов, использованные в работе

2.1.2. Экспериментальные животные

2.2. Методы исследования

2.2.1. Микробиологические методы исследования

2.2.2. Химические и физико-химический методы исследования

2.2.3. Биологические методы исследования

2.2.4. Иммунобиологические методы

2.2.5. Молекулярно-генетический метод исследования штаммов

2.2.6. Молекулярно-биологический метод исследования

2.2.7. Методы статистической обработки

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Культивирование S. oralis и S. pneumoniae, получение и изучение

экспериментальных поверхностных белоксодержащих антигенов

3.1.1. Культивирование S. oralis и S. pneumoniae - продуцентов экспериментальных поверхностных белоксодержащих антигенов, изучение

их морфо - физиологических и вирулентных свойств

3.1.2. Выделение экспериментальных поверхностных белоксодержащих антигенов S. oralis и их физико-химическая, химическая характеристика и протективная активность

3.1.3. Выделение фракций 30-100 кДа S. pneumoniae 6В №3353 и их анализ

в сравнении с фракциями 30-100 кДа, полученными из S. oralis

3.2. Влияние экспериментальных поверхностных белоксодержащих антигенов S. oralis на ключевые эффекторы врожденного и адаптивного иммунитета

3.3. Молекулярно - генетическая характеристика штаммов S. oralis и S. pneumoniae серотипа 6В

3.4. Сравнительный молекулярно-биологический анализ белоксодержащих фракций 30-100 кДа, полученных из штаммов S. oralis и S. pneumoniae 6В

№

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЕ А. Результаты масс-спектрометрического исследования с последующим сравнительным анализом белкового состава белоксодержащих фракций 30-100 кДа

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Поверхностные белоксодержащие антигены близкородственных штаммов стрептококков группы Mitis и их иммунобиологические свойства»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность темы исследования

Streptococcus pneumoniae (пневмококк) - ведущий патоген человека, который, обычно бессимптомно, колонизирует слизистые оболочки верхних дыхательных путей (ВДП) и может проникать в стерильные локусы, приводя к развитию тяжелой пневмонии, бактериемии и менингиту. Эти инвазивные заболевания отмечают главным образом у детей, пожилых людей и у пациентов с ослабленным иммунитетом, приводящих к высокому уровню смертности во всем мире [87]. S. pneumoniae также является одной из основных причин неинвазивных заболеваний, таких, как пневмония, острый средний отит, синусит и конъюнктивит.

Существующие в настоящее время конъюгированные и полисахаридные вакцины эффективны в снижении уровня инвазивных пневмококковых заболеваний, вызываемых «вакцинными» штаммами, что является следствием строгого серотипспецифического иммунитета. Отмечается замещение «вакцинных» серотипов возбудителя на «невакцинные», что требует постоянного увеличения числа капсульных серотипов пневмококка в составе современных вакцин. Кроме того, известно, что современные вакцины не способны решить проблему назофарингеального носительства «невакцинных» штаммов [70, 85].

Все это влияет на появление новых эпидемиологически значимых штаммов S. pneumoniae, вызывающих тяжелые заболевания, а также свидетельствует о недостаточности серотипспецифического иммунного ответа в отношении «невакцинных» серотипов для профилактики пневмококковых инфекций [1, 30, 120]. Современная стратегия защиты от пневмококковых заболеваний направлена на создание серотипнезависимых вакцин, которые должны защищать от широкого спектра серотипов (их известно более 100 [37]), индуцировать мукозальный и системный иммунитет, снижать как первичную назальную колонизацию, так и инвазивные формы заболеваний [72, 111, 131, 135].

Фенотипически и филогенетически S. pneumoniae относят к кластеру стрептококков группы Mitis (SMG) [79], которые, являясь компонентом нормальной назофарингеальной флоры человека, ассоциированы с бактериальным эндокардитом (особенно после трансплантации клапанов), c септицемией, а также, с дентальным кариесом [154]. По данным Whatmore A.M с соавт. [82], к SMG относят 9 видов стрептококков, наиболее часто выделяемых от больных, в том числе S. mitis, S. oralis [82]. Некоторые исследователи [100] показали не только различия, но и совпадения в генах, кодирующих факторы патогенности S. pneumoniae, и, в частности, S. oralis [62].

Все это свидетельствует о целесообразности анализа факторов патогенности штаммов S. pneumoniae и S. oralis и сравнительного изучения протективной активности их белоксодержащих поверхностных антигенов.

Степень разработанности темы исследования

В последние годы основные типы инновационных серотипнезависимых пневмококковых вакцин исследователи разрабатывают на основе консервативных протективных белковых антигенов, в том числе, конъюгированных с расширенным спектром капсульных полисахаридов; большое внимание уделяют инактивированным цельноклеточным препаратам на основе лизатов, в том числе генетически модифицированных штаммов, и вакцин с использованием живых аттенуированных бактериальных векторов [38, 41, 63, 116, 117, 134, 153].

При этом, учитывая тропизм пневмококка к слизистым верхних и нижних дыхательных путей, большое внимание уделяют защите как от инвазивной инфекции, так и от назфарингеальной колонизации.

Ранее было показано, что секретируемые белоксодержащие антигены из Klebsiella pneumoniae, более иммуногенны при использовании в качестве продуцента наиболее вирулентного штамма [28]. В ФГБНУ НИИВС им. И. И. Мечникова были изучены иммуногенные свойства антигенов, полученных из Staphylococcus aureus - поверхностных антигенов клеточной стенки (включающих

пептидогликан, тейхоевые кислоты, входящие в вакцину «Стафиловак») и внеклеточных белоксодержащих антигенов (полученных с помощью ионно-обменной хроматографии), выделенных из невирулентных и слабовирулентного и, соответственно, из вирулентных штаммов. Они были сопоставимы по иммунобиологическим свойствам: была отмечена высокая протективная активность обоих типов препаратов, при этом было показано, что поверхностные антигены в большей степени активируют врожденный иммунитет, а внеклеточные - адаптивный иммунитет [18]. Изучение белоксодержащих препаратов, полученных впервые разработанным методом из клеточных стенок и культуральной среды S. pneumoniae серотипов 6В, 10А и 19F, показало их перекрестную протективную активность [24].

Таким образом, получение антигенов - экспериментальных белоксодержащих препаратов, из близкородственных штаммов SMG, в частности S. pneumoniae и S. oralis, обладающих перекрестной протективной активностью и их иммунобиологическая характеристика, как кандидатов в компоненты вакцины, является актуальным направлением.

Цель и задачи исследования

Цель работы - изучение иммунобиологических свойств поверхностных белоксодержащих антигенов, выделенных из S. oralis и S. pneumoniae.

Задачи исследования:

1. Исследовать морфо - физиологические, культуральные свойства и вирулентность штаммов S. oralis и S. pneumoniae, выделенных от пациентов с неинвазивными и инвазивными пневмококковыми заболеваниями.

2. Выделить экспериментальные поверхностные белоксодержащие антигены (ЭБСА) из штаммов S. oralis и S. pneumoniae различной вирулентности и оценить их протективную активность в отношении штаммов S. pneumoniae разных серотипов.

3. Определить влияние протективных поверхностных белоксодержащих антигенов S. oralis на активацию эффекторов врожденного и адаптивного иммунитета.

4. Определить гены, кодирующие основные факторы патогенности, присутствующие в штаммах S. oralis и S. pneumoniae различной вирулентности.

5. Провести молекулярно-биологический анализ белкового состава протективных поверхностных белоксодержащих фракций с молекулярной массой 30-100 кДа (БСФ), полученных из слабовирулентного штамма S. oralis и вирулентного S. pneumoniae.

Научная новизна исследования

Показано, что поверхностная белоксодержащая фракция 30-100 кДа (БСФ), выделенная из S. oralis, являясь активным стимулятором врожденного и адаптивного иммунитета, обладает межвидовой протективной активностью в отношении вирулентных штаммов S. pneumoniaе разных серотипов (серотипов 3 и 6В), в то время как БСФ из штамма S. pneumoniae 6В №3353 с промежуточной вирулентностью защищает мышей только от вирулентного штамма гомологичного серотипа S. pneumoniae №1121.

Впервые проведен сравнительный молекулярно-генетический анализ штаммов - слабовирулентного S. oralis и двух вирулентных штаммов S. pneumoniae серотипа 6В (№№3351 и 1121), выделенных от пациентов с неинвазивными и инвазивными пневмококковыми заболеваниями. Наряду с присутствием в штаммах общих генов, связанных с факторами патогенности S. pneumoniae, только в S. oralis выявлена группа генов, кодирующих белки, способствующие адгезии и образованию биопленок, которых нет у пневмококков. Только в штаммах S. pneumoniae выявлены гены ply, кодирующего синтез основного фактора патогенности - пневмолизина, lytA - холин-связывающего белка - аутолизина, а также hysA, кодирующего синтез гиалуронидазы. Только в

инвазивном штамме №1121 установлены гены, имеющие большое значение для вирулентности пневмококка (pspA и pspC).

Молекулярно-биологическая характеристика белкового состава БСФ, выделенных из S. oralis и S. pneumoniae 6В №3353, выявила, наряду с общими для обоих БСФ белками, относящимися к факторам патогенности, уникальные белки для каждой из них, которые оказались более выраженными или отмечены только в одной БСФ. Так, в БСФ из S. oralis преобладают белки адгезии, а также относящиеся к системам метаболизма и опосредованно участвующие в развитии инфекционного процесса, в то время как в БСФ из S. pneumoniae более выражены белки, относящиеся к основным факторам патогенности.

Личный вклад автора

Личное участие соискателя в получении результатов, изложенных в диссертации, заключалось в выполнении всех микробиологических исследований, выделении и характеристике экспериментальных белоксодержащих препаратов, обобщении результатов, статистической обработке данных.

Обработку и анализ данных полногеномного секвенирования штаммов проводили при консультивровании к.м.н. Е.А. Бржозовской в Центре лабораторной диагностики РДКБ РНИМУ им. Н.И. Пирогова МЗ России (заведующий - д.м.н., проф. Н.А. Маянский); молекулярно-биологический анализ фракций проведен на основании масс-спектрометрического исследования, выполненного к.б.н. В.О. Шендер на базе ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА.

Лично автором по теме исследования выполнен анализ большого объема российских и зарубежных источников литературы, по результатам которого опубликован аналитический обзор.

Теоретическая и практическая значимость работы

Поверхностная белоксодержащая фракция 30-100 кДа (БСФ), выделенная из S. oralis является активным стимулятором врожденного и адаптивного иммунитета, обладает межвидовой протективной активностью в отношении штаммов S. pneumoniae разных серотипов. Дальнейшего изучения требует определение возможности использования БСФ при разработке серотипнезависимой пневмококковой вакцины, как компонента, способствующего предупреждению адгезии и колонизации пневмококка, а также являющегося естественным адъювантом.

Апробирована схема выделения протективной белоксодержащей фракции БСФ с использованием эксклюзионной хроматографии, что может быть использовано для получения ее в препаративном количестве и применено при разработке серотипнезависимой пневмококковой вакцины.

Методология и методы исследования

Методология исследования спланирована в соответствии с поставленной целью диссертационной работы. Предмет исследования - выявление молекулярно-генетических особенностей близкородственных стрептококков группы Mitis (на примере S. oralis и S. pneumoniae), характеристика выделенных из них поверхностных белоксодержащих антигенов и определение их протективной активности в отношении вирулентных штаммов S. pneumoniae разных серотипов.

Научная литература, посвящённая проблеме исследования, а именно характеристике молекулярно-биологических особенностей стрептококков группы Mitis как основы для разработки серотипнезависимых пневмококковых вакцин, была проанализирована формально-логическими методами исследования.

При выполнении настоящей работы были использованы микробиологические, химические и физико-химические, биологические, и

иммунобиологические, статистические методы исследования. Молекулярно-генетический анализ штаммов выполнен на основании полногеномного секвенирования при консультировании к.м.н. Е.А. Бржозовской в Центре лабораторной диагностики РДКБ РНИМУ им. Н.И. Пирогова МЗ России (заведующий - д.м.н., проф. Н.А. Маянский); молекулярно-биологический анализ фракций проведен на основании масс-спектрометрического исследования, выполненного к.б.н. В.О. Шендер на базе ФГБУ ФНКЦ ФХМ ФМБА.

Планирование и проведение исследований, направленных на реализацию поставленных задач, осуществлялось на основе общенаучных и специфических методов.

Работа выполнена в ФГБНУ НИИ вакцин и сывороток им. И. И. Мечникова в рамках темы НИР 2019-2023гг «Создание современных вакцин для специфической профилактики и лечения бактериальных респираторных и внутрибольничных инфекций» (0525-2019-0035).

Основные положения, выносимые на защиту

1. Изучение морфо - физиологических свойств и вирулентности S. oralis и S. pneumoniae показало, что при более высокой вирулентности инвазивных штаммов различных серотипов, выделенных из ликвора больных гнойным менингитом, они обладали схожими ростовыми свойствами (за исключением более короткой лаг-фазы у S. oralis) и обеспечивали одинаковое накопление биомассы при выращивании в полусинтетической среде в условиях 5% содержания СО2.

2. Белоксодержащая фракция с ММ 30-100 кДа (БСФ), полученная из слабовирулентного штамма S. oralis обладает межвидовой протективной активностью и защищает от штаммов S. pneumoniae серотипов 3 и 6В, в то время как БСФ из штамма S. pneumoniae 6В №3353 (с промежуточной вирулентностью) защищает мышей только от вирулентного штамма гомологичного серотипа пневмококка. Различий в химическом составе и аномальной (острой) токсичности

БСФ, полученных из штаммов разных видов и контрастных по вирулентности, не выявлено.

3. БСФ, полученная из S. oralis, является активным стимулятором врожденного и адаптивного иммунитета, что показано по стимуляции созревания дендритных клеток мышей, экспрессии Toll-подобных рецепторов и фагоцитарной активности гранулоцитов мышей по сравнению с контролем, а также по изменению иммунофенотипа лимфоцитов селезенки мышей.

4. На основании молекулярно-генетического анализа установлено, что только у S. oralis выявлена группа генов, кодирующих белки, способствующие адгезии и образованию биопленок, которые отсутствуют у вирулентных штаммов S. pneumoniae.

5. Молекулярно-биологическая характеристика БСФ, выделенных из S. oralis и S. pneumoniae 6В №3353, показала наличие в их составе 21 и 35 уникальных белка, соответственно, и 57 общих для обеих БСФ, относящихся к основным семействам поверхностных белков - факторов патогенности. В БСФ из S. oralis преобладают белки адгезии и другие, опосредованно участвующие в развитии инфекционного процесса, в то время как в БСФ из S. pneumoniae более выражены белки, относящиеся к основным факторам патогенности.

Внедрение результатов исследования в практику

Результаты исследования внедрены в учебный процесс на кафедре микробиологии, вирусологии и иммунологии Института общественного здравоохранения имени академика АА. Воробьёва Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования Первый Московский государственный медицинский университет имени И. М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский Университет) при изучении дисциплины «Микробиология» акт от 19.04.2024.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Научные результаты и положения диссертации соответствуют паспорту научной специальности 1.5.11. Микробиология. Соответствие диссертации паспорту научной специальности 1.5.11. Микробиология (медицинские науки), определяется областью исследований, а именно: выделение, культивирование, идентификация и изучение свойств микроорганизмов; работа с микробиологическим оборудованием; выделение и изучение микробных антигенов.

Степень достоверности и апробация результатов исследования

В работе использованы современные микробиологические, биологические и иммунобиологические, химические и физико-химические методы исследования, молекулярно-генетический и протеомный анализ, сертифицированные реагенты и лабораторное оборудование. Полученные результаты исследования представлены в репрезентативном объеме проанализированных данных и статистическом анализе их достоверности.

Диссертационная работа апробирована на научной конференции отдела микробиологии ФГБНУ НИИВС им. И.И. Мечникова, протокол № 3 от 26 апреля 2024 года.

Результаты проведенных исследований доложены на следующих научно-практических мероприятиях: конференциях молодых ученых ФГБНУ НИИВС им. И.И. Мечникова - «Актуальные вопросы эпидемиологии, диагностики, лечения и профилактики инфекционных и онкологических заболеваний», г. Москва, Россия (2017 г.), «Вакцинология как ответ биологическим угрозам», г. Москва, Россия (2019 г.), "NEW APPROACHES IN THE FIELD OF MICROBIOLOGY, VIROLOGY AND IMMUNOLOGY ", г. Москва, Россия (2021 г.) (диплом III степени на конкурсе молодых ученых), «New Approaches in the Field of Microbiology, Virology, Immunology and Epidemiology», г. Москва, Россия (2023 г.); на Х

Ежегодном Всероссийском Конгрессе по инфекционным болезням с международным участием «Инфекционные болезни в современном мире: эволюция, текущие и будущие угрозы» (диплом II степени на конкурсе молодых ученых), г. Москва, Россия (2017 г.); на ХХ Международном конгрессе МАКМАХ по антимикробной терапии и клинической микробиологии, г. Москва, Россия (2018 г.); на 4-ой Российской научно-практической конференции " Актуальные проблемы менингококковой инфекции и гнойных бактериальных менингитов" г. Москва, Россия (2018 г.); на IV Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Современная иммунопрофилактика: вызовы, возможности, перспективы» (диплом II степени на конкурсе молодых ученых) г. Москва, Россия (2023 г.).

Публикации по теме диссертации

По результатам исследования автором опубликовано 18 работ: в том числе 4 научные статьи в изданиях, индексируемых в международной базе Scopus, одна из которых является обзором литературы; 14 публикаций в сборниках материалов международных, всероссийских и межрегиональных научных конференций.

Структура и объем диссертации

Материалы диссертации изложены на 161 страницах компьютерного текста, иллюстрированы 28 таблицами, 18 рисунками. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов собственных исследований и их обсуждения, заключения, выводов, практических рекомендаций, перспективы дальнейшей разработки темы, списка сокращений и условных обозначений, списка литературы, приложения. Список литературы включает 171 источник литературы, из них 36 отечественных и 135 иностранных авторов.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Молекулярно-биологическая характеристика стрептококков группы

Mitis

Род Streptococcus относится к семейству Streptococcaceae, порядку Lactobacillales, классу Bacilli, к бактериям типа [9, 22]. Долгое время классификация видов Streptococcus основывалась на гемолитических реакциях на кровяном агаре, которые делили род на две основные группы: пиогенных бета-гемолитических (виды проявляли завершенный гемолиз) и зеленящих, в основном альфа-гемолитических (виды проявляли неполный гемолиз) стрептококков. Основными патогенами, в этих группах пиогенных ß-гемолитических и зеленящих а-гемолитических стрептококках считали, соответственно, S. pyogenes и S. pneumoniae.

Зеленящие стрептококки - стрептококки группы viridans (Viridans Group Streptococccci, VGS) представляют собой близкородственные виды комменсальных стрептококков, обитающих в ротовой полости, желудочно-кишечном и мочеполовом трактах человека, но многие из них являются условно-патогенными микроорганизмами, вызывающими неинвазивные и инвазивные заболевания, такие как пневмония, острый средний отит, бактериемия, инфекционный эндокардит [75]. Особенно у людей с ослабленным иммунитетом на их долю приходится около 23% грамположительных бактериемий [55, 58] и около 17% случаев инфекционного эндокардита [60]. Понимание патогенеза заболеваний, вызываемых VGS, ограничено недостатком знаний об условиях, способствующих переходу от комменсализма к патогенности, что связано с трудностями идентификации клинических изолятов и установлением их патогенного потенциала.

Исследования на основе 16S рРНК последовательности генов позволили идентифицировать пять основных групп в VGS: Anginosus, Mitis, Salivarius, Bovis и Mutans [125]. Стрептококки группы Mitis (Mitis Group Streptococci, SMG) включают 17 известных видов [125] и на основании анализа 514 клинических изолятов отобрано 12 встречающихся видов и было построено филогенетическое дерево, приведенное на Рисунке 1 [139].

Рисунок 1 - Филогенетическое дерево SMG (на основе филогенетического анализа 514 клинических изолятов) [139]

Фенотипически и филогенетически S. pneumoniae относят к кластеру стрептококков группы Mitis (SMG) [9, 79], куда, по данным Whatmore A.M. с соавт. [82], входят 9 видов, наиболее часто выделяемых от больных, в том числе S. mitis, S. oralis, S. pseudopneumoniae. В свою очередь, к виду S. oralis относятся подвиды (subspecies) oralis, dentisani и tigurinus.

S. pneumoniae является ведущим патогеном человека, который обычно бессимптомно колонизирует слизистые оболочки верхних дыхательных путей и может проникнуть в стерильные локусы, что приводит к инвазивному заболеванию (бактериемии и менингиту), главным образом у детей, пожилых людей и пациентов с ослабленным иммунитетом [87]. Он также является основной причиной неинвазивных заболеваний, таких, как пневмония, острый средний отит, синусит и конъюнктивит. В серии работ Kilian М. с соавт. [124] обсуждается теория эволюции штаммов SMG, в частности показано, что S. pneumoniae представляет собой одну эволюционную линию с группой комменсальных штаммов S. mitis и они произошли от общего предка -пневмококкоподобного вида, похожего на современный пневмококк, предположительно патогенного для непосредственного хозяина. Ранее было показано присутствие важных факторов вирулентности1 S. pneumoniae, в частности, поверхностных белков, родственных S. pneumoniae, в штаммах SMG (S. mitis, S. oralis, S. pseudopneumoniae) [71, 107], и доказано, что кодирующие их гены были утрачены некоторыми штаммами S. mitis в редукционном эволюционном процессе. Это отразилось в том, что геномы S. mitis на 15% меньше, чем геномы S. pneumoniae [124]. Например, было показано, что из всех изученных штаммов, штамм S. pneumoniae Hungary19A приобрел наибольшую долю генов (8,2% гены, соответствующие 141тысяче пар нуклеотидов (т.п.н.)) из S. mitis. Авторы считают, что за счет частого импорта генов от других пневмококков и представителей генетически родственных комменсальных видов во время параллельной эволюции S. pneumoniae и S. mitis, пневмококк оптимизировал свою способность адаптироваться к новым хозяевам и селективному давлению окружающей среды, включая иммунные реакции хозяина и антибиотики. В последующих исследованиях Kilian М. и Tetellin H. [100] провели сравнение 60 геномных последовательностей штаммов SMG, относящихся к видам S. pneumoniae, S. mitis, S. pseudopneumoniae, подвидам S.

1 Вирулентность - мера патогенности, в отечественной литературе определяется факторами патогенности (а в иностранной - факторами вирулентности).

oralis- oralis, tigurinus и dentisani и S. infantis. Скрининг генов, связанных с патогенностью (вирулентностью), выявил 224 гена, среди которых 115 отсутствовали у всех штаммов S. mitis, из них 77 генов отсутствовали также у штаммов S. oralis, а 49 генов отсутствовали у всех штаммов S. mitis, S. oralis и S. pseudopneumoniae. Идентифицированные гены S. pneumoniae кодировали известные факторы патогенности пневмококка, такие как поверхностный белок пневмококка А (PspA), порообразующий токсин пневмолизин (Ply), аутолитический фермент аутолизин (LytA) и холин-связывающий белок А (PspC /CbpA). Несмотря на то, что экспрессия капсульного полисахарида имеет решающее значение для патогенного потенциала S. pneumoniae, опероны биосинтеза капсульных полисахаридов и экспрессия капсулы были установлены у многих штаммов комменсальных SMG [56]. Хотя зависимость от транспорта и метаболизма сахаров является общей чертой стрептококков, показано, что у S. mitis и у других комменсалов отсутствовали 14 гликозидаз, 8 гликозилтрансфераз и 19 из 32 систем транспорта углеводов, что может сказываться на ограничении диапазона потребляемых питательных веществ [100]. Ранее были идентифицированы 18 генов, участвующих в синтезе тейхоевых кислот клеточной стенки у S. pneumoniae [53].

В Таблице 1, составленной на основании исследования Kilian M. и Tetellin H. [100], приведены основные факторы патогенности S. pneumoniae, S. mitis и S. oralis sp. oralis; так, показано, что гликозилтрансфераза (SP_0102) присутствует у штаммов S. pneumoniae (92%) и S. mitis (5%) и отсутствуют у S. oralis sp. oralis.

Таким образом, анализ, проведенный на основании данных, приведенных в работе Kilian M. и Tetellin H. [100], показал не только различия, но и совпадения в генах, кодирующих факторы патогенности S. pneumoniae.

Таблица 1 - Факторы патогенности штаммов SMG: S. pneumoniae, S. mitis и S. oralis sp. oralis (составлена на основании данных Kilian M., Tetellin H., 2019 [100])

Класс факторов патогенности Белок, его функция Локус/ символ гена S. pneumoniae (N=13),% S. oralis sp.oralis (N=16), % S. mitis (N=20), %

Teichoic acid biosynthesis Synthesis and polymerization of repeating unit SP_0102 92 0 5

Loading of repeating units with PCho SP_1273 (licDl) 100 0 85

SP_1274 (LlicD2) 100 0 85

Synthesis and polymerization of repeating unit SP_1364 (tarP) 100 0 80

SP_1365 100 12,5 80

SP_1366 100 12,5 80

Toxin Pneumolysin SP 1923-6 (ply) 100 0 15

Toxin-antitoxin module SP_1223-4 100 0 20

Choline-binding proteins (CBPs) Autolysin SP 1937 (lyA) 100 0 20

Choline-binding protein A SP_2190/1 ((pspC/cbpA) 100 0 0

Choline-binding protein G SP_0390 (cbpG) 100 6 0

Choline-binding protein PcpA SP_2136 (pcpA) 100 6 5

Enzyme Hyaluronidase SP 0314-5, SP 031730 100 18 0

Sialidases nan A 92 56,25 55

nan B 100 0 30

nan C 53,8 0 0

Protease Zmp proteins (LPxTG) zmpA (iga) 100 37,5 55

zmpB 100 31,25 25

zmpC 15,4 37,5 25

Adherence Pneumococcal serine-rich repeat protein SP_177 (psrR) 38,5 25 15

Pneumococcal adhesion and virulence protein B SP_0082 92 0 5

Carbohydrate uptake systems ABC transporters SP_1688-90 53,8 0 40

SP_1796-8 53,8 0 0

SP 1895-7 100 0 0

Продолжение Таблицы 1

Phosphate SP_1824-30 100 0 20

uptake SP_2081-8 100 0 0

Iron uptake ABC transporters other than carbohydrate SP_1032-5 100 0 0

Peptide uptake SP_0703-7 100 5,8 15

Transporter of drugs transporters SP_1434-5 84,6 0 0

Glutamine uptake SP_1500 100 29,4 10

Manganese uptake SP_0117 (pspA) 100 0 0

Prophages Phage-associated proteins SP_1038-40 100 6 0

1.2. Особенности идентификации стрептококков группы Mitis

S. pneumoniae отличают от наиболее близкородственных видов а-гемолитических каталазонегативных стрептококков, в частности, S. mitis и S. oralis, традиционно на основе трех свойств: чувствительности к оптохину, растворимости в желчи и «золотого стандарта» - серотипирования со специфическими пневмококковыми капсульными антисыворотками (в 2020г - для 92 серотипов) [8, 145]. Однако, особенно в последние годы появились сообщения об отсутствии у штаммов S. pneumoniae одного или нескольких характерных свойств и эти изоляты иногда называют «атипичными» пневмококками [21, 73]. При этом показано, что наблюдается чувствительность к оптохину у выделенных от больных штаммов S. mitis, которая, как предполагают авторы, возникает в результате переноса генов АТФ от S. pneumoniae [112]. Кроме того, у многих представителей группы Mitis (S. mitis, S. oralis и др.) капсульный полисахарид проявляет перекрестную активность с антителами к нескольким серотипам пневмококка (2, 21, 36 и др.) [56]. С другой стороны, встречаются нетипируемые (бескапсульные) штаммы или штаммы новых серотипов S. pneumoniae. Сообщено о двух случаях инвазивного стрептококкового заболевания у пожилых людей в

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Афанасьева Ольга Максимовна, 2024 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Антибиотикорезистентность и клональная эволюция Streptococcus pneumoniae серотипа 19 А в России, 2003-2013 гг / Н.А. Маянский, Т.А. Савинова, Н.М. Алябьева [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2017. - Т. 19. - № 2. - С. 145-151.

2. Антигенная и генетическая характеристика штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных от больных инвазивными и неинвазивными пневмококковыми инфекциями, с использованием высокопроизводительного секвенирования / К.О. Миронов, И.И. Гапонова, В.И. Корчагин [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021. - Т. 98. - № 5. - С. 512518.

3. Асташкина, Е.А. Внеклеточные белоксодержащие антигены Staphylococcus aureus и их иммунобиологические свойства : дис. ... кандидата биологических наук : 03.02.03 «Микробиология» / Е.А. Асташкина; Науч.-исслед. ин-т вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова РАМН - Москва, 2017. - 115 с.

4. Афанасьева, О.М. Сравнительный анализ протеома протективных белоксодержащих фракций Streptococcus pneumoniae и Streptococcus oralis // New Approaches in the Field of Microbiology, Virology, Immunology and Epidemiology Сборник тезисов молодых ученых в рамках международной конференции, посвященной 300-летию РАН. Москва, 20-21 апреля 2023 года. / Под ред. акад. В.В. Зверева. - Москва: «Перо», 2023. - С. 9.

5. Афанасьева, О.М. Сложности дифференциации стрептококков группы Mitis на примере Streptococcus oralis / О.М. Афанасьева, Е.А. Бржозовская, И.М. Грубер // Материалы VIII Национального конгресса бактериологов, Москва , 27-28 сентября 2023 года , - Москва: «Династия», 2023. - C. 12.

6. Ахматова, Н.К. Врожденный иммунитет: противоопухолевый и противоинфекционный / Н.К. Ахматова, М.В. Киселевский - Москва: Практическая медицина, 2008. - 256 с. - ISBN 978-5-98811-111-5.

7. Ашмарин, И.П. Статистические методы в микробиологических исследованиях / И.П. Ашмарин, А.А. Воробьёв. - Ленинград: Медгиз, 1962. - 183 с. - ISBN 5-0637609-А

8. Белошицкий, Г.В. Оптохин и его использование для идентификации Streptococcus pneumoniae / Г.В. Белошицкий // Медицинский алфавит. -2012. - Т. 3. - № 14. - С.39-41.

9. Бржозовская, Е. А. Фенотипические и молекулярно-генетические характеристики носоглоточных Streptococcus pneumoniae с множественной лекарственной устойчивостью, выделенных у детей в 2010-2017 гг. : дис. ... кандидата медицинских наук : 03.02.03 «Микробиология» / Е. А. Бржозовская; ФГАОУ ВО Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский Университет) - Москва, 2020. - 120 с.

10. Ванеева, Н.П. Специфический иммунный ответ к отдельным капсульным полисахаридам S. pneumoniae у здоровых доноров крови и лиц, иммунизированных пневмококковыми вакцинами / Н.П. Ванеева, Н.Е. Ястребова // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2015. - Т. 92. - № 5. - С.20-26.

11. Влияние состава питательной среды на продукцию капсульного полисахарида S. pneumoniae типа 19А / Н.В. Грищенко, М.М. Токарская, Н.Г. Калина [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. -2012. - Т. 89. - № 2. - С.12-17.

12. Влияние экспериментальных белоксодержащих пневмококковых препаратов на созревание дендритных клеток у мышей / Н.К. Ахматова, И.М. Грубер, О.М. Кукина [и др.] // Инфекция и иммунитет. - 2021. - Т. 11 - № 1. С. 85-92.

13. Гланц, С. Медико-биологическая статистика. / С Гланц. - Москва: «Практика», 1998. - 459 с. - ISBN 5-89816-009-4.

14. Игнатова, О. М. Характеристика антигенных препаратов, выделенных из вакцинных штаммов Staphylococcus aureus, культивируемых в различных

условиях : дис. ... кандидата биологических наук : 03.02.03 «Микробиология», 14.03.09 «Клиническая иммунология, аллергология» / О. М. Игнатова ; Науч.-исслед. ин-т вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова РАМН. - Москва, 2010. -143 с.

15. Изучение токсичности рекомбинантного пневмолизина Streptococcus pneumoniae / Д.С. Воробьев, А.В. Сидоров, Ю.И. Аммур [и др.] // Клеточные технологии в биологии и медицине. - 2024. - № 1- С. 26-28.

16. Иммунизация рекомбинантным пневмолизином вызывает выработку антител и защищает мышей в модели системной инфекции, вызванной Streptococcus pneumoniae / Е.С. Петухова, Д.С. Воробьев, А.В. Сидоров [и др.] // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2019. - Т. 168. - № 10. - С. 471-473.

17. Иммунобиологические свойства антигенных препаратов Streptococcus pneumoniae и их смесей / М. М. Токарская, Е. А. Наянова, О. В. Нечаева [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2021. - Т. 20. - № 6. - С. 5-11.

18. Иммуногенные свойства клеточных и внеклеточных белоксодержащих антигенов Staphylococcus aureus / И.М. Грубер, Н.Б. Егорова, Е.А. Асташкина [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2019. - Т. 1. - № 1. - С.29-36.

19. Исследование иммунобиологических свойств поверхностных белоксодержащих антигенов Streptococcus pneumoniae серотипа 6B / О.М. Кукина, И.М. Грубер, Н.К. Ахматова [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. -2020. - Т. 19. - № 3. - С. 21-27.

20. Костюкова, Н.Н. Факторы патогенности пневмококка и их протективные свойства / Н.Н. Костюкова, В.А. Бехало // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014. - Т. 91. - № 3. - С. 67-77.

21. Лазарева, А.В. Микробиологическая характеристика, механизмы устойчивости к антибиотикам и молекулярная эпидемиология резистентных форм респираторных патогенов и госпитальных грамотрицательных бактерий: дисс...д-ра. мед. наук:03.02.03 / Лазарева Анна Валерьевна. - М., 2019. - 232 с.

22. Медицинская микробиология, вирусология и иммунология. Атлас-руководство: Учебное пособие / Под. ред. А.С. Быкова, В.В. Зверева.- Москва: Медицинское информационное агентство, 2018. - 416 с. - ISBN 978-5-9986-03075.

23. Методика ПЦР в режиме реального времени для определения серотипов Streptococcus pneumoniae / К.О. Миронов, А.Е. Платонов, Е.А. Дунаева, В.И. [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014. - Т. 91. - № 1. - С. 41-48.

24. Патент РФ № 2601158. Штаммы вида Streptococcus pneumoniae (варианты) и способ получения из них протективной белоксодержащей фракции, обладающей внутривидовой иммуногенной активностью: № 2015109854/10 : заявл. 12.05.2015 : опубл. 27.10.2016/ Н.Б. Егорова, Е.А. Курбатова, Д.С. Воробьев, А.П. Батуро, Э.Е. Романенко, Н.А. Михайлова ; заявитель, патентобладатель ФГБНУ НИИВС им. И.И. Мечникова. - 14 с.

25. Перт, С.Дж. Основы культивирования микроорганизмов и клеток / С.Дж. Перт // Под редакцией И.Л. Работновой - Москва: Мир, 1978 - 331 с.

26. Петухова, Е. С. Иммунобиологические свойства рекомбинантного атоксичного пневмолизина как потенциального компонента современных пневмококковых вакцин : дис. ... кандидата медицинских наук : 14.03.09 «Клиническая иммунология, аллергология» / Е. С. Петухова; ФГБНУ «Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова». - Москва, 2020. - 113 с.

27. Получение рекомбинантной формы белка пневмолизина Streptococcus pneumoniae / Д.С. Воробьев, А.В. Сидоров, А.А. Калошин [и др.] // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. - 2022. -Т. 174. - № 12. - С.723-727.

28. Протективная активность секретируемых белков Streptococcus pneumoniae и Klebsiella pneumoniae / А.В. Тришин, Ф.В. Доненко, Е.А. Курбатова [и др.] // Ж. Микробиол. 2008 - № 4. - С. 46-50.

29. Различные технологии получения пневмококковых иммуногенов: определение новых подходов к их разработке / И. М. Грубер, О.М. Кукина, Н. Б.

Егорова, О.В. Жигунова // Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. - 2021. - Т. 20 - № 1. С. 76-91.

30. Резистентность к антибиотикам Streptococcus pneumoniae, выделенных от детей в Москве до и после внедрения 13-валентной пневмококковой конъюгированной вакцины / Н.М. Алябьева, Е.А. Бржозовская, О.А. Пономаренко, [и др.] // Российский педиатрический журнал. - 2020. - Т. 23. - № 4. - С. 216-222.

31. Серотипнезависимая протективная активность экспериментальных белоксодержащих препаратов Streptococcus pneumoniae, полученных из свежевыделенных и музейных штаммов / О.М. Кукина, И.М. Грубер, Н.К. Ахматова, [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2020. - Т. 19. - № 1. - С. 35-42.

32. Спирин, А.С. Спектрофотометрическое определение суммарного количества нуклеиновых кислот / А.С. Спирин // Биохимия.1958. - Т. 23. - № 5. -С. 656-662.

33. Таточенко, В.К. Иммунопрофилактика-2018: справочник, 13-е издание, расширенное / В.К. Таточенко, Н.А. Озерецковский. Москва: Боргес, 2018. - 272с. - ISBN 978-5-906332-23-3.

34. Таточенко, В.К. Иммунопрофилактика-2020: справочник / Таточенко В.К., Озерецковский Н.А. - М: ПедиатрЪ, 2020. - 384с. - ISBN 978-5-6042576-6-1.

35. Факторы патогенности близкородственных стрептококков группы Mitis разной вирулентности / О.М. Афанасьева, И.М. Грубер, Е.А. Бржозовская, Е.А. Асташкина // Сборник Трудов XI Международной научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2023». Москва: АО «САЙЕНС МЕДИА ПРОДЖЕКТС», 2023. - С. 305-306. SBN 978-5-60489946_8_2.

36. Хейфец, Л.Б. Итоги изучения вакцин против брюшного тифа в четырёх контролируемых полевых опытах в СССР / Л.Б. Хейфец // Бюллетень ВОЗ. 1965. Т. 32. - № 1. - С. 5-19.

37. Aceil, J. Pneumococcal Surface Proteins as Virulence Factors, Immunogens, and Conserved Vaccine Targets / J. Aceil, F.Y. Avci // Front. Cell. Infect. Microbiol. -2022. - Vol. 12. - P. 832254.

38. Adjuvant system AS02V enhances humoral and cellular immune responses to pneumococcal protein PhtD vaccine in healthy young and older adults: randomised, controlled trials / I. Leroux-Roels, J.M. Devaster, G. Leroux-Roels, [et al.] // Vaccine. -2015. - Vol. 33. - № 4. - P. 577-84.

39. A functional genomic analysis of type 3 Streptococcus pneumoniae virulence / G.W. Lau, S. Haataja, M. Lonetto, [et al.] // Mol. Microbiol. - 2001. - Vol. 40. - № 3. -P. 555-71.

40. Allelic variation of polymorphic locus lytB, encoding a choline-binding protein, from streptococci of the mitis group / M. Moscoso, V. Obregón, R. López, [et al.] // Appl. Environ. Microbiol. - 2005. - Vol. 71. - № 12. - P. 8706-8713.

41. A Novel, Multiple-Antigen Pneumococcal Vaccine Protects against Lethal Streptococcus pneumoniae Challenge / W.Y. Chan, C. Entwisle, G. Ercoli, [et al.] // Infect. Immun. - 2019. Vol. 87. - № 3. - P. e00846-18.

42. Antibodies to PcpA and PhtD protect mice against Streptococcus pneumoniae by a macrophage- and complement-dependent mechanism / L. Visan, N. Rouleau, E. Proust, [et al.] // Hum. Vaccin. Immunother. - 2018. - Vol. 14. - № 2. - P. 489-494.

43. Antibody response to Streptococcus pneumoniae proteins PhtD, LytB, PcpA, PhtE and Ply after nasopharyngeal colonization and acute otitis media in children / M.E. Pichichero, R. Kaur, J.R. Casey, [et al.] // Hum. Vaccin. Immunother. - 2012. - Vol. 8. - № 6. - P. 799-805.

44. An Update on the Evolution of Glucosyltransferase (Gtf) Genes in Streptococcus / R.R. Xu, W.D. Yang, K.X. Niu, [et al.] // Front. Microbiol. : research article. 2018. Vol. 9. URL: https://www.frontiersin.org/journals/microbiology/articles/10.3389/fmicb.2018.02979/f ull. Дата публикации : 04.12.2018.

45. A Phase I, dose-escalation trial in adults of three recombinant attenuated Salmonella Typhi vaccine vectors producing Streptococcus pneumoniae surface protein

antigen PspA / S.E. Frey , K.R. Lottenbach, H. Hill, [et al.] // Vaccine. - 2013. - Vol. 31. - № 42. - P. 4874-4880.

46. A Phase 1 Randomized, Placebo-controlled, Observer-blinded Trial to Evaluate the Safety and Immunogenicity of Inactivated Streptococcus pneumoniae Whole-cell Vaccine in Adults / C.A. Keech, R. Morrison, P. Anderson, [et al.] // Pediatr. Infect. Dis. - 2020. - Vol. 39. - № 4. - P. 345-351.

47. A phase 3, randomized, double-blind study to evaluate the immunogenicity and safety of 3 lots of 20-valent pneumococcal conjugate vaccine in pneumococcal vaccine-naive adults 18 through 49 years of age / N.P. Klein, P. Peyrani, K. Yacisin, [et al.] // Vaccine. -2021. - Vol. 39. - № 38. - P. 5428-5435.

48. A phase 3 trial of safety, tolerability, and immunogenicity of V114, 15-valent pneumococcal conjugate vaccine, compared with 13-valent pneumococcal conjugate vaccine in adults 50 years of age and older (PNEU-AGE) / H.L. Platt, J.F. Cardona, M. Haranaka, [et al.] // Vaccine. - 2022. - Vol. 40. - № 1. - P. 162-172.

49. A pneumococcal pilus influences virulence and host inflammatory responses / M.A. Barocchi, J. Ries, X. Zogaj, [et al.] // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2006. - Vol. 103. - № 8. - P. 2857-2862.

50. A Randomized Trial Assessing the Safety and Immunogenicity of AS01 and AS02 Adjuvanted RTS, S Malaria Vaccine Candidates in Children in Gabon / B. Lell, S. Agnandji, I. von Glasenapp, [et al.] // PLOS ONE. - 2009. - Vol. 4. - № 10. - P. e7611.

51. A second pilus type in Streptococcus pneumoniae is prevalent in emerging serotypes and mediates adhesion to host cells / F. Bagnoli, M. Moschioni, C. Donati, [et al.] // J Bacteriol. - 2008. - Vol. 190. - № 15. - P. 5480-5492.

52. A trial to evaluate the safety and immunogenicity of a 20-valent pneumococcal conjugate vaccine in populations of adults >65 years of age with different prior pneumococcal vaccination / K. Cannon, C. Elder, M. Young, [et al.] // Vaccine. - 2021. - Vol. 39. - № 51. - P. 7494-7502.

53. Biosynthesis of teichoic acids in Streptococcus pneumoniae and closely related species: lessons from genomes / D. Denapaite, R. Brückner, R. Hakenbeck, W. Vollmer // Microb. Drug. Resist. - 2012. - Vol. 18. - № 3. - P. 344-358.

54. Blaschke, A.J. Interpreting assays for the detection of Streptococcus pneumoniae / A.J. Blaschke // Clin. Infect. Dis. - 2011. - Vol. 52. - № 4. - P. S331-S337.

55. Bloodstream infections in patients with solid tumors: epidemiology, antibiotic therapy, and outcomes in 528 episodes in a single cancer center / M. Marin, C. Gudiol,

C. Garcia-Vidal, [et al.] // Medicine (Baltimore) - 2014. - Vol. 93. - № 3. - P. 143-149.

56. Capsular Polysaccharide Expression in Commensal Streptococcus Species: Genetic and Antigenic Similarities to Streptococcus pneumoniae / U.B. Skov S0rensen, K. Yao, Y. Yang, [et al.] // mBio. - 2016. - Vol. 7. - № 6. -P. e01844-16.

57. Challenges of using molecular serotyping for surveillance of pneumococcal disease / V. Magomani, N. Wolter, S. Tempia, [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2014. -Vol. 52. - № 9. - P. 3271-6.

58. Changing aetiology, clinical features, antimicrobial resistance, and outcomes of bloodstream infection in neutropenic cancer patients / C. Gudiol, M. Bodro, A. Simonetti, [et al.] // Clin. Microbiol. Infect. -2013. - Vol.19. - № 5. - P. 474-479.

59. Clinical optochin resistant Streptococcus pneumoniae and Streptococcus pseudopneumoniae strains in Tunisia / S. Ktari, N.E.H. Ben Ayed, S. Maalej, [et al.] // J. Infect. Dev. Ctries. - 2021. - Vol. 15. - № 5. - P. 672-677.

60. Clinical presentation, etiology, and outcome of infective endocarditis in the 21st century: the International Collaboration on Endocarditis-Prospective Cohort Study /

D.R. Murdoch, G.R. Corey, B. Hoen, [et al.] //Arch. Intern. Med. - 2009. - Vol. 169. -№ 5. - P. 463-73.

61. Colorimetric method for determination of sugars and related substances / M. Dubois, K.A. Gilles, Y.K. Hamilton, [et al.] // Analyt. Chem. - 1956. - Vol. 28. - P. 350-356.

62. Comparative Genomics of Streptococcus oralis Identifies Large Scale Homologous Recombination and a Genetic Variant Associated with Infection / L.R.

Joyce, M.A. Youngblom, H. Cormaty, [et al.] // mSphere. - 2022. - Vol. 7. - № 6. - P. e0050922.

63. Comparison of four adjuvants revealed the strongest protection against lethal pneumococcal challenge following immunization with PsaA-PspA fusion protein and AS02 as adjuvant / X. Chen, B. Li, J. Yu, [et al.] // Med. Microbiol. Immunol. -2019. -Vol. 208. - № 2. - P. 215-226.

64. Comparison of species identification of endocarditis associated viridans streptococci using rnpB genotyping and 2 MALDI-TOF systems / J. Isaksson, M. Rasmussen, B. Nilson, [et al.] // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2015. - Vol. 81. - № 4.

- P. 240-245.

65. Conjugation of PspA4Pro with capsular Streptococcus pneumoniae polysaccharide serotype 14 does not reduce the induction of cross-reactive antibodies / M.A. da Silva, T.R. Converso, V.M. Gonfalves, [et al.] // Clin. Vaccine Immun. - 2017.

- Vol. 24. - № 8. - P. e00118-17.

66. Conserved surface accessible nucleoside ABC transporter component SP0845 is essential for pneumococcal virulence and confers protection in vivo / S. Saxena, N. Khan, R. Dehinwal, [et al.] // PLOS ONE. - 2015. - Vol. 10. - № 2. -P. e0118154.

67. Construction and immunological characterization of a novel nontoxic protective pneumolysin mutant for use in future pneumococcal vaccines / L. A. Kirkham, A. R. Kerr, G. R. Douce, [et al.] // Infection and immunity. - 2006. - Vol. 74. - № 1. - P. 586-593.

68. Crossing the barrier: evolution and spread of a major class of mosaic pbp2x in Streptococcus pneumoniae, S. mitis and S. oralis / F. Chi, O. Nolte, C. Bergmann, [et al.] // Int J Med Microbiol. - 2007. Vol. 297. - № 7-8. - P. 503-512.

69. Dalia, A. B. Three surface exoglycosidases from Streptococcus pneumoniae, NanA, BgaA, and StrH, promote resistance to opsonophagocytic killing by human neutrophils / A.B. Dalia, A.J. Standish, J.N. Weiser // Infect. Immun. - 2010. - Vol. 78.

- № 5. - P. 2108-2116.

70. Dendritic cell-targeting DNA-based nasal adjuvants for protective mucosal immunity to Streptococcus pneumoniae / K. Kataoka, Y. Fukuyama, D.E. Briles, [et al.] // Microbiol. Immunol. -2017. - Vol. 61. - № 6. - P. - 195-205.

71. Detection of Large Numbers of Pneumococcal Virulence Genes in Streptococci of the Mitis Group / C. Johnston, J. Hinds, A. Smith, [et al.] // J. Clin. Microbiol. -2010. - Vol. 48. - № 8. - P. 2762-2769.

72. Development of Next Generation Streptococcus pneumoniae Vaccines Conferring Broad Protection / M. Masomian, Z. Ahmad, L.T. Gew, C.L. Poh. // Vaccines (Basel). - 2020. - Vol. 8. - № 1. - P. 132.

73. Disease isolates of Streptococcus pseudopneumoniae and non-typeable S. pneumoniae presumptively identified as atypical S. pneumoniae in Spain / D. Rolo, A.S. Simöes, A. Domenech, [et al.] // PLoS One. -2013. - Vol. 8. - № 2. - P. e57047.

74. Diverse evolutionary patterns of pneumococcal antigens identified by pangenome-wide immunological screening / N.J. Croucher, J.J. Campo, T.Q. Le, [et al.] // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. - 2017. - Vol. 114. - № 3. - P. E357-E366.

75. Doern, C.D. It's not easy being green: the viridans group streptococci, with a focus on pediatric clinical manifestations / C.D. Doern, C.-A. D. Burnham // J. Clin. Microbiol. - 2010. - Vol. 48. - № 11. - P. 3829-3835.

76. Durmort C. Chapter 10 - Streptococcus pneumoniae Lipoproteins and ABC Transporters / C. Durmort, J.S. Brown // In Streptococcus pneumoniae: Molecular Mechanisms of Host-Pathogen Interactions ( JS Brown, S Hammerschmidt and C Orihuela, eds) - Amsterdam: Academic Press, 2015. P. 347-362.

77. Efficacy of a novel, protein-based pneumococcal vaccine against nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae in infants: A phase 2, randomized, controlled, observer-blind study / A. Odutola, M. O. C. Ota, M. Antonio, [et al.] // Vaccine. - 2017. - Vol. 35. - № 19. - P. 2531-2542.

78. Evidence of localized prophage-host recombination in the lytA gene, encoding the major pneumococcal autolysin / M. Morales, P. Garcia, A.G. de la Campa, [et al.] // J. Bacteriol. - 2010. - Vol. 192. - № 10. - P. 2624-32.

79. Facklam, R. What Happened to the Streptococci: Overview of Taxonomic and Nomenclature Changes Richard / R. Facklam // Clinical Microbiology Reviews. - 2002. - Vol. 15. - № 4. - P. 613-630.

80. Feldman, C. Review: current and new generation pneumococcal vaccines / C. Feldman, R. Anderson // J. Infect. - 2014. - Vol. 69. - № 4. - P. 309-325.

81. FLEXBAR—Flexible Barcode and Adapter Processing for Next-Generation Sequencing Platforms / B. Dodt, J. Roehr, R. Ahmed, C. Dieterich // Biology (Basel). -2012. - Vol. 1. - № 3. - P. 895-905.

82. Genetic Relationships between Clinical Isolates of Streptococcus pneumoniae, Streptococcus oralis, and Streptococcus mitis: Characterization of "Atypical" Pneumococci and Organisms Allied to S. mitis Harboring S. pneumoniae Virulence Factor-Encoding Genes / A.M. Whatmore, A. Efstratiou, A.P. Pickerill, [et al.] // Infect Immun. - 2000. - Vol. 68. -№ 3. - P. 1374-1382.

83. Genome-Wide Identification of Streptococcus pneumoniae Genes Essential for Bacterial Replication during Experimental Meningitis / T. E. Molzen, P. Burghout, H. J. Bootsma, [et al.] // Infect. Immun. - 2011. - Vol. 79. - № 1. - P. 288 - 297.

84. GyrB Polymorphisms accurately assign invasive viridans group streptococcal species / J. Galloway-Pena, P. Sahasrabhojane, J .Tarrand, [et al.] // J. Clin. Microbiol. 2014. - Vol. 52. - № 8. - P. 2905-2912.

85. Hausdorff, W.P. Interim results of an ecological experiment — Conjugate vaccination against the pneumococcus and serotype replacement / W.P. Hausdorff, W.P. Hanage // Hum. Vaccin. Immunother. - 2016. - Vol. 12. - № 2. - P. 358-374.

86. Hava, D. Large-scale identification of serotype 4 Streptococcus pneumoniae virulence factors / D. Hava, A. Camilli // Mol. Microbiol. -2002. - Vol. 45. - № 5. - P. 1389-1406.

87. Henriques-Normark, B. The pneumococcus: epidemiology, microbiology, and pathogenesis / B. Henriques-Normark, E.I. Tuomanen // Cold Spring Harb. Perspect. Med. -2013. - Vol. 3. - № 7. - P. a010215.

88. Identification of clinically relevant viridans group streptococci by phenotypic and genotypic analysis / C. Teles, A. Smith, G. Ramage, S. Lang // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2011. - Vol. 30(2). - P. 243-250.

89. Identification of a secreted cholesterol-dependent cytolysin (mitilysin) from Streptococcus mitis / J. Jefferies, L. Nieminen, L. A. Kirkham, [et al.] // J. Bacteriol. -2007. -Vol.189. - № 2. - P. 627-632.

90. IL-17A and Complement Contribute to Killing of Pneumococci Following Immunization With a Pneumococcal Whole Cell Vaccine / I.B. Campos, M. Herd, K.L. Moffitt, [et al.] // Vaccine. - 2017. - Vol. 35. - № 9. P. 1306-1315.

91. Immunization of healthy adults with a single recombinant pneumococcal surface protein A (PspA) variant stimulates broadly cross-reactive antibodies to heterologous PspA molecules / G.S. Nabors, P.A. Braun, D.J. Herrmann, [et al.] // Vaccine. - 2000. -Vol. 18. - № 17. - P. 1743-1754.

92. Immunization of mice with single PspA fragments induces antibodies capable of mediating complement deposition on different pneumococcal strains and cross-protection / A.T. Moreno, M.L. Oliveira, D.M. Ferreira, [et al.] // Clin. Vaccine Immunol. - 2010. - Vol. 17. - № 3. - P. 439-46.

93. Immunodominance in T cell responses elicited against different domains of detoxifiedpneumolysin PlyD1 / E. van Westen, M. C. M. Poelen, G. P. J. M. van den Dobbelsteen, [et al.] // PLOS ONE. - 2018. - Vol. 13. -№ 3. - P. e0193650.

94. Immunogenicity of pneumococcal conjugate vaccine formulations containing pneumococcal proteins, and immunogenicity and reactogenicity of co-administered routine vaccines - A phase II, randomised, observer-blind study in Gambian infants / A. Odutola, M.O.C. Ota, M. Antonio, [et al.] // Vaccine. - 2019. - Vol. 37. - № 19. - P. 2586-2599.

95. In silico assessment of virulence factors in strains of Streptococcus oralis and Streptococcus mitis isolated from patients with Infective Endocarditis / L.H. Rasmussen, K. H0jholt, R. Dargis, [et al.] // J. Med. Microbiol. - 2017. - Vol. 66. - № 9. - P. 1316-1323.

96. Invasive Streptococcus oralis Expressing Serotype 3 Pneumococcal Capsule, Japan / B. Chang, M. Morita, A. Nariai, [et al.] // Emerg Infect Dis. - 2022. Vol. 28. -№ 8. - P. 1720-1722.

97. In vivo proteomics identifies the competence regulon and AliB oligopeptide transporter as pathogenic factors in pneumococcal meningitis / F. Schmidt, N. Kakar, T.C. Meyer, [et al.] // PLoS Pathog. - 2019. - Vol. 15. - № 7. - P. e1007987.

98. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. - URL: https://www.genome.jp/kegg/ (дата обращения: 20.11.2023).

99. Khan, M. N. CD4 T Cell Memory and Antibody Responses Directed Against the Pneumococcal Histidine Triad Proteins PhtD and PhtE Following Nasopharyngeal Colonization and Immunization and Their Role in Protection Against Pneumococcal Colonization in Mice / M. N. Khan, M. E. Pichichero // Infect. Immun. - 2013. - Vol. 81. - № 10. - P. 3781-3792.

100. Kilian, M. Identification of Virulence-Associated Properties by Comparative Genome Analysis of Streptococcus pneumoniae, S. pseudopneumoniae, S. mitis, Three S. oralis Subspecies, and S. infantis / M. Kilian, H.Tettelin // mBio. - 2019. - Vol. 10. -№ 5. - P. e01985-19.

101. King, S.J. NanA, a neuraminidase from Streptococcus pneumoniae, shows high levels of sequence diversity, at least in part through recombination with Streptococcus oralis / S.J. King, A.M. Whatmore, C.G. Dowson // J. Bacteriol. -2005. - Vol. 187. -№ 15. - P. 5376-5386.

102. Kotton, C.N. Enteric pathogens as vaccine vectors for foreign anti-gen delivery / C.N. Kotton, E.L. Hohmann // Infect. Immun. - 2004. - Vol. 72. - № 10. - P. 5535-47.

103. Laemmli, U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 / U.K. Laemmli // Nature. - 1970. - Vol. 227. - № 5259. - P. 680-5.

104. Large-scale identification of virulence genes from Streptococcus pneumoniae / A. Polissi, A. Pontiggia, G. Feger, [et al.] // Infect. Immun. - 1998. - Vol. 66. - № 12. - P. 5620-5629.

105. Llull, D. Characteristic signatures of the lytA gene provide a basis for rapid and reliable diagnosis of Streptococcus pneumoniae infections / D. Llull, R. López, E. García // J. Clin. Microbiol. - 2006. - Vol. 44. - №4. - P. 1250-6.

106. Lo'pez, R. Recent trends on the molecular biology of pneumococcal capsules, lytic enzymes, and bacteriophage / R. López, E. García // FEMS Microbiol. Rev. -2004. - Vol. 28. - № 5. - P. 553-80.

107. Madhour, A. Cell surface proteins in S. pneumoniae, S. mitis and S. oralis / A. Madhour, P. Maurer, R. Hakenbeck // Iran J. Microbiol. - 2011. - Vol. 3. - № 2. - P. 58-67.

108. Maturation of Streptococcus pneumoniae lipoproteins by a type II signal peptidase is required for ABC transporter function and full virulence / S. Khandavilli, K.A. Homer, J. Yuste, [et al.] // Mol. Microbiol. - 2008. - Vol. 67. - № 3. - P. 541-557.

109. «Medicine in Development: Vaccines» Report current as of April 14, 2020. URL: https://phrma.org/ (дата обращения: 01.12.2023)

110. Mitis Group Streptococci Express Variable Pilus Islet 2 Pili / D. Zahner, A.R. Gandhi, H. Yi, D.S. Stephens // PLoS ONE. - 2011. - Vol. 6. - № 9. - P. e25124.

111. Moffitt, K. Rationale and prospects for novel pneumococcal vaccines / K. Moffitt, R. Malley // Hum. Vaccin. Immunother. - 2016. - Vol. 12. - № 2. - P. 383392.

112. Molecular characterization of disease-associated streptococci of the mitis group that are optochin susceptible / L. Balsalobre, A. Hernandez-Madrid, D. Llull, [et al.] // J Clin Microbiol. - 2006. - Vol. 44. - P. 4163-4171.

113. Molecular peculiarities of the lytA gene isolated from clinical pneumococcal strains that are bile insoluble / V. Obregón, P. García, E. García, [et al.] // J. Clin. Microbiol. - 2002. - Vol. 40. - № 7. - P. 2545-54.

114. Monocyte-Derived Dendritic Cells Promote Th Polarization, whereas Conventional Dendritic Cells Promote Th Proliferation / K. Chow, M. Lew, R. Sutherland, Y. Zhan // J. Immunol. - 2016. - Vol. 196. - № 2. - P. 624-636.

115. Morais, V. Next-Generation Whole-Cell Pneumococcal Vaccine / V. Morais, E. Texeira, N. Suarez // Vaccines. - 2019. - Vol. 7. - № 4. - P. 151.

116. Mucosal and systemic immunization with a novel attenuated pneumococcal vaccine candidate confers serotype independent protection against Streptococcus pneumoniae in mice / K. Wu, R. Yao, H. Wang, [et al.] // Vaccine. - 2014. -Vol. 32. -№ 33. - P. 4179-4188.

117. Mucosal immunization with the live attenuated vaccine SPY1 induces humoral and Th2-Th17-regulatory T cell cellular immunity and protects against pneumococcal infection / X. Xu, H. Wang, Y. Liu, [et al.] // Infect. Immun. - 2015. - Vol. 83. -№ 1. -P. 90-100.

118. Mucosal vaccine delivery of antigens tightly bound to an adjuvant particle made from food-grade bacteria / M.L. van Roosmalen, R. Kanninga, M. El Khattabi, [et al.] // Methods. -2006. - Vol. 38. - №2. - P. 144-149.

119. Multivalent Pneumococcal Protein Vaccines Comprising Pneumolysoid with Epitopes/Fragments of CbpA and/or PspA Elicit Strong and Broad Protection / A. Chen, B. Mann, G. Gao, [et al.] // Clin. Vaccine Immunol. - 2015. - Vol. 22. - № 10. - P. 1079-1089.

120. Nationwide surveillance of paediatric invasive and non-invasive 112 pneumococcal disease in Japan after the introduction of the 13-valent conjugated vaccine, 2015-2017 / S. Nakano, T. Fujisawa, Y. Ito, [et al.] // Vaccine. - 2019. - Vol. 38. - № 7. - P. 1818-1824.

121. Next Generation Vaccines: Development of a Novel Streptococcus pneumoniae Multivalent Protein Vaccine / P. Cecchini, C. Entwisle, M. Joachim [et al.] // BioProcessing Journal. - 2015. - Vol. 14. - P. 40-56.

122. Nucleotide sequence and expression of the pneumococcal autolysin gene from its own promoter in Escherichia coli / P. García, J.L. García, E. García, R. López // Gene. -1986. - Vol. 43. - № 3. - P. 265-272.

123. Pai, R. Sequential multiplex PCR approach for determining capsular serotypes of Streptococcus pneumoniae isolates / R. Pai, R.E. Gertz, B. Beall // J. Clin. Microbiol. -2006. - Vol. 44. - № 1. - P. 124-31.

124. Parallel evolution of Streptococcus pneumoniae and Streptococcus mitis to pathogenic and mutualistic lifestyles / M. Kilian, D.R. Riley, A. Jensen, [et al.] // mBio. - 2014. - Vol. 5. - № 4. - P. e01490-14.

125. Patel, S. Robust demarcation of fourteen different species groups within the genus Streptococcus based on genome-based phylogenies and molecular signatures / S. Patel, R.S. Gupta // Infect. Genet. Evol. - 2018. - Vol. 66. - P. 130-151.

126. PATH. Phase I Safety Trial of Streptococcus Pneumoniae Whole Cell Vaccine (SPWCV) + Alum in Healthy Adults .ClinicalTrials.gov. - 2014. - URL: https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT01537185 (дата обращения: 25.12.2023).

127. Pathogenic and antimicrobial resistance genes in Streptococcus oralis strains revealed by comparative genome analysis / J. Zhou, T. Sun, W. Kang, [et al.] // Genomics. - 2020. - Vol. 112. - № 5. - P. 3783-3793.

128. Pérez-Dorado, I. Pneumococcal surface proteins: when the whole is greater than the sum of its parts / I. Pérez-Dorado, S. Galan-Bartual, J.A. Hermoso // Mol. Oral Microbiol. - 2012. - Vol. 27. - № 4. - P. 221-245.

129. Personalized Dendritic Cell Vaccines-Recent Breakthroughs and Encouraging Clinical Results / B. Mastelic-Gavillet, K. Balint, C. Boudousquie, [et al.] // Front. Immunol. - 2019. - Vol. 11. - № 10. - P. 766.

130. Phase 1/2 study of a novel 24-valent pneumococcal vaccine in healthy adults aged 18 to 64 years and in older adults aged 65 to 85 years / G.R. Chichili, R. Smulders, V. Santos, [et al.] // Vaccine. - 2022. Vol. 40. - № 31. - P. 4190-4198.

131. Pichichero, M.E. Pneumococcal whole-cell and protein -based vaccines: Changing the paradigm / M.E. Pichichero // Expert. Rev. Vaccines. - 2017. - Vol. 6. -№ 12. - P. 1181-1190.

132. Pivotal Phase 3 Randomized Clinical Trial of the Safety, Tolerability, and Immunogenicity of 20-Valent Pneumococcal Conjugate Vaccine in Adults Aged >18 Years / B. Essink, C. Sabharwal, K. Cannon, [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2022. - Vol. 75. - № 3. - P. 390-398.

133. Pneumococcal Vaccine for Adults Aged >19 Years: Recommendations of the Advisory Committee on Immunization Practices, United States, 2023 / M. Kobayashi,

T. Pilishvili, J.L. Farrar, [et al.] // MMWR Recomm. Rep. -2023. - Vol. 72. - № 3. - P. 1-39.

134. Pneumococcal Vaccines: Past Findings, Present Work, and Future Strategies / G.S. Oliveira, M.L.S. Oliveira, E.N. Miyaji, T.C. Rodrigues // Vaccines (Basel). - 2021. - Vol. 9. - № 11. - P. 1338.

135. Principi, N. Development of pneumococcal vaccines over the last 10 years / N. Principi, S. Esposito // Expert Opin. Biol. Ther. - 2018. - Vol. 18. - № 1. - P. 7-17.

136. Protective responses of an engineered PspA recombinant antigen against Streptococcus pneumoniae. / E. Akbari, B. Negahdari, F. Faraji, [et al.] // Biotechnol Rep (Amst). - 2019. - Vol. 24. - P. e00385.

137. Protein measurement with Folin phenol reagent / O.H. Lowry, N.J. Rosebrough, A.L. Farr, R.J. Randall. // J. Biol. Chem. - 1951. - Vol. 193. - № 1. - P. 265-275.

138. Randomized controlled study of the safety and immunogenicity of pneumococcal vaccine formulations containing PhtD and detoxified pneumolysin with Alum or adjuvant system AS02v in elderly adults / K. Pauksens, A.C. Nilsson, M. Caubet, [et al.] // Clin. Vaccine Immunol. - 2014. - Vol. 21. - № 5. - P. 651-60.

139. Rapid and accurate species adentification of Mitis Group Streptococci using the MinlON Nanopore Sequencer / K. Imai, R. Nemoto, M. Kodana, [et al.] // Front. Cell. Infect. Microbiol. - 2020. - Vol. 10 - № 11. URL: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2020.00011/full. Дата публикации: 30.01.2020

140. Reactogenicity, safety and immunogenicity of a protein-based pneumococcal vaccine in Gambian children aged 2-4 years: A phase II randomized study / A. Odutola, M.O. Ota, E.O. Ogundare, [et al.] // Hum. Vaccines Immunother. - 2016. - Vol. 12. -№ 2. - P. 393-402.

141. Recognition of pneumococcal isolates by antisera raised against PspA fragments from different clades / M. Darrieux, A.T. Moreno, D.M. Ferreira, [et al.] // J. Med. Microbiol. -2008. - Vol. 57. - № 3. - P. 273-278.

142. Romero, P. Characterization of LytA-like N-acetylmuramoyl-L-alanine amidases from two new Streptococcus mitis bacteriophages provides insights into the properties

of the major pneumococcal autolysin / P. Romero, R. López, E. García // J. Bacteriol. -2004. - Vol. 186. - № 24. - P. 8229-39.

143. Romero, P. Development of a prophage typing system and analysis of prophage carriage in Streptococcus pneumoniae / P. Romero, E. García, T.J. Mitchell // Appl. Environ. Microbiol. - 2009. - Vol. 75. - № 6. - P. 1642-9.

144. Rosch, J.W. Promises and pitfalls of live attenuated pneumococcal vaccines / J.W. Rosch // Hum. Vaccin. Immunother. - 2014. - Vol. 10. - № 10. - P. 3000-3003.

145. Sadowy, E. Identification of Streptococcus pneumoniae and other Mitis streptococci: importance of molecular methods / E. Sadowy, W. Hryniewicz // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. - 2020. - Vol. 39. - № 12. - P. 2247-2256.

146. Safety and immunogenicity of a novel multiple antigen pneumococcal vaccine in adults: a phase 1 randomised clinical trial / C. Entwisle, S. Hill, Y. Pang, [et al.] // Vaccine. -2017. - Vol. 35. - № 51. - P. 7181-7186.

147. Safety and immunogenicity of a pneumococcal histidine triad protein D vaccine candidate in adults / M. Seiberling, M. Bologa, R. Brookes, [et al.] // Vaccine. - 2012. -Vol. 30. - № 52. - P. 7455-60.

148. Safety and immunogenicity of a trivalent recombinant PcpA PhtD and PlyD1pneumococcal protein vaccine in adults toddlers and infants: A Phase IRandomized Controlled Study / W.A. Brooks, L.J. Chang, X. Sheng, [et al.] // Vaccine.

- 2015. - Vol. 33. - № 36. - P. 4610-4617.

149. Safety and immunogenicity of pneumococcal protein vaccine candidates: monovalent choline-binding protein A (PcpA) vaccine and bivalent PcpA-pneumococcal histidine triad protein D vaccine. / M. Bologa, T. Kamtchoua, R. Hopfer, [et al.] // Vaccine. - 2012. - Vol. 30. - № 52. - P. 7461-7468.

150. Safety and immunogenicity of the pneumococcal pneumolysin derivative PlyD1 in a single-antigen protein vaccine candidate in adults / T. Kamtchoua, M. Bologa, R. Hopfer, [et al.] // Vaccine. -2013. - Vol. 31. - № 2. - P. 327-333.

151. Safety and immunogenicity of V114, a 15-valent pneumococcal conjugate vaccine, in adults living with HIV / L. Mohapi, Y. Pinedo, O. Osiyemi, [et al.] // AIDS.

- 2022. - Vol. 36. - № 3. - P. 373-382.

152. Screening for Th17-Dependent Pneumococcal Vaccine Antigens: Comparison of Murine and Human Cellular Immune Responses / Y.J. Lu, E. Oliver, F. Zhang, [et al.] // Infect. Immun. - 2018. - Vol. 86. - № 11. - P. e00490-18.

153. Serotype-Independent Protection Against Invasive Pneumococcal Infections Conferred by Live Vaccine With Igt Deletion / A.Y. Jang, K.B. Ahn, Y. Zhi, [et al.] // Front. Immunol. - 2019. - Vol. 10. - P.1212.

154. Simultaneous detection of Streptococcus pneumoniae, S. mitis, and S. oralis by a novel multiplex PCR assay targeting the gyrB gene / W. Kim, H.K. Park, W.J. Hwang, H.S. Shin // J. Clin. Microbiol. -2013. - Vol. 51. - № 3. - P. 835-840.

155. Sortase A Confers Protection against Streptococcus pneumoniae in Mice / C. Gianfaldoni , S. Maccari , L. Pancotto, [et al.] // Infect. Immun. - 2009. - Vol. 77. - № 7. - P. 2957-61.

156. SPAdes: a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing / A. Bankevich, S. Nurk, D. Antipov, [et al.] // J Comput Biol. - 2012. -Vol. 19. - № 5. - P. 455-477.

157. Streptococcus pneumoniae attenuated strain SPY1 with an artificial mineral shell induces humoral and Th17 cellular immunity and protects mice against pneumococcal infection / X. Zhang, J. Cui, Y. Wu, [et al.] // Front. Immunol. - 2018. - Vol. 8. - P. 1983.

158. STRING: functional protein association networks ver 11.5. URL: string-db.org (дата обращения: 17.12.2023)

159. Swiatlo, E. Choline-Binding Proteins / E. Swiatlo, L.S. McDaniel, D.E. Briles // In The Pneumococcus ( EI Tuomanen, TJ Mitchell, DA Morrison & BG Spratt, eds) - Washington, DC: American Society for Microbiology Press, 2004. P. 49-60.

160. The changing faces of Streptococcus antigen I/II polypeptide family adhesins / J.L. Brady, S.E. Maddocks, M.R. Larson, [et al.] // Mol Microbiol. - 2010. - Vol. 77. -№ 2. - P. 276-286.

161. The development of a 16S rRNA gene based PCR for the identification of Streptococcus pneumoniae and comparison with four other species specific PCR assays / N.A. El Aila, S. Emler, T. Kaijalainen, [et al.] // BMC Infect Dis. - 2010. - Vol. 10. -

№ 104. URL: https://bmcinfectdis.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2334-10-104#citeas. Дата публикации: 29.04.2010

162. The rgg gene is a specific marker for Streptococcus oralis / H.K. Park, H.J. Lee, E.G. Jeong, [et al.] // J. Dent. Res. - 2010. - Vol. 89. - № 11. - P. 1299-303.

163. The variome of pneumococcal virulence factors and regulators / G. Gamez, A. Castro, A. Gomez-Mejia, [et al.] // BMC Genomics. - 2018. - Vol. 19. - № 10. URL: https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4376-0. Дата публикации: 03.01.2018

164. TLR-mediated inflammatory responses to Streptococcus pneumoniae are highly dependent on surface expression of bacterial lipoproteins / G. Tomlinson, S. Chimalapati, T. Pollard, [et al.] // J. Immunol. - 2014. - Vol. 193. - № 7. - P. 37363745.

165. Toll-like receptor 2-dependent protection against pneumococcal carriage by immunization with lipidated pneumococcal proteins / K. Moffitt, M. Skoberne, A. Howard, [et al.] // Infect. Immun. - 2014. - Vol. 82. - № 5. - P. 2079-86.

166. UniProt Knowledgebase (UniProtKB). URL: https://www.uniprot.org/ (дата обращения: 20.12.2023)

167. Velsko, I.M. Resolving phylogenetic relationships for Streptococcus mitis and Streptococcus oralis through core- and pan-genome analyses / I.M. Velsko, M.S. Perez, V.P. Richards // Genome Biol. Evol. - 2019. - Vol. 11. - № 4. - P. 1077-1087.

168. Verhoeven, D. Vaccination with a Streptococcus Pneumoniae trivalent recombinant PcpA PhtD and PlyD1protein vaccine candidate protects against lethal pneumonia in an infant murine model / D. Verhoeven, Q. Xu, M.E. Pichichero // Vaccine. -2014. - Vol. 32(26). - P. 3205-10.

169. Weiser, J.N. Streptococcus pneumoniae: transmission, colonization and invasion / J.N. Weiser, D.M. Ferreira, J.C. Paton // Nat. Rev. Microbiol. - 2018. - Vol. 16. -№ 6. - P. 355-367.

170. Wood, D.E. Improved metagenomic analysis with Kraken 2. / D.E. Wood, J. Lu, B. Langmead // Genome Biol. - 2019. - Vol. 20. -№ 1. - P. 257.

171. Zhang, F. Multiple antigen-presenting system (MAPS) to induce comprehensive B- and T-cell immunity / F. Zhang, Y.J. Lu, R. Malley // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. -2013. - Vol. 110. - № 33. - P.13564-9.

ПРИЛОЖЕНИЕ А. Результаты масс-спектрометрического исследования с последующим сравнительным анализом

белкового состава белоксодержащих фракций 30-100 кДа

Таблица А.1 - Анализ белков, идентифицированных во фракциях 30-100 кДа, полученных из двух штаммов (S. oralis и S. pneumoniae 3353)

№ № п/п Номер доступа Обозначение гена, название локуса Название белка ММ кДа Участие белка в биологическом процессе Локализация # Кол-во (общее спект белка число ров)

SO SP

Белки, идентифицированные в БСФ S. oralis и S. pneumoniae № 3353

Углеводный обмен

1 AAK76079.1 gap, SP_2012 glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) 36 Гликолиз/ глюконеогенез н/и 428 356

2 AAK75238.1 eno, SP_1128 enolase (2-Phosphoglycerate Dehydratase) 47 ЦП 123 468

3 AAK74657.1 pgk, SP_0499 phosphoglycerate kinase 42 ЦП 55 94

4 AAK76091.1 SP_2026 alcohol dehydrogenase, iron-containing 97 н/и 4 41

5 AAK75927.1 SP_1855 alcohol dehydrogenase, zinc-containing 37 н/и 2 36

6 AAK76033.1 murAl, murA, SP_1966 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 46 Метаболизм сахаров и биосинтез пептидогликана ЦП 29 40

7 AAK75194.1 murA2, murZ, SP_1081 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase 45 ЦП 18 2

8 AAK75691.1 galE-l, SP_1607 UDP-glucose 4-epimerase 37 Метаболизм галактозы н/и 30 15

9 AAK74246.1 strH, SP_0057 beta-N-acetylhexosaminidase 145 Метаболизм сахаров КС 7 12

10 AAK74462.1 manL, SP_0284 PTS system, mannose-specific IIAB components 36 Фосфотрансферазная система (РТв) ЦП 16 68

11 AAK74793.1 SP_0646 putative PTS system, IIB component 11 н/и 2 3

12 AAK74542.1 gnd, SP_0375 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating 53 Пентозофосфатный путь н/и 14 9

13 AAK74871.1 spxB, SP_0730 pyruvate oxidase 65 Метаболизм пирувата н/и 33 22

14 AAK74218.1 prsl, prsA, SP_0027 ribose-phosphate pyrophosphokinase 36 Пентозофосфатный путь, метаболизм пурина ЦП 9 37

15 AAK75969.1 aga, SP_1898 alpha-galactosidase 82 Метаболизм галактозы н/и 4 8

16 AAK75375.1 tari, SP_1271 putative 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase 26 Взаимопревращение пентозы и глюкуроната н/и 22 31

17 AAK76151.1 cap4C, galU SP_2092 UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase 33 н/и 8 59

18 AAK75374.1 tarJ, SP_1270 alcohol dehydrogenase, zinc-containing 39 н/и 2 11

АВС транспортеры

19 AAK74976.1 SP_0845 lipoprotein 38 АВС транспортеры ЦП, МС 53 33

20 USV24852.18 8 tcyA amino acid ABC transporter substrate-binding protein 31 н/и 30 10

21 AAK75346.1 SP_1241 amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein/permease protein 78 МС 14 4

22 AAK75729.1 psaA, SP_1650 manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein 36 МС 18 5

23 A0A0H2UMY 0.1 SP_0092 carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein 55 МС 11 1

24 AAK76167.1 malX, SP_2108 maltose/maltodextrin ABC transporter, maltose/maltodextrin-binding protein 45 МС 23 9

25 AAK74888.1 livJ, SP_0749 branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein 40 АВС транспортеры, Quorum sensing (QS) н/и 14 4

26 AAK75962.1 amiA, SP_1891 oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein AmiA 73 МС 7 19

27 AAK75616.1 aliB, SP_1527 oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein AliB 73 МС 10 5

Двухкомпонентная система

28 AAK74554.1 SP_0387 DNA-binding response regulator 23 Двухкомпонентная система н/и 2 5

29 AAK74935.1 ciaR, SP_0798 DNA-binding response regulator CiaR 26 Двухкомпонентная система, QS ЦП 7 4

30 AAK74780.1 SP_0629 conserved hypothetical protein 26 Биосинтез пептидогликана, двухкомпонентная система н/и 2 4

31 AAK76286.1 htm, SP_2239 serine protease 42 Двухкомпонентная система, резистентность к САМР* МС 39 80

Метаболизм аминокислот

32 P0CB57.1 ddl, SP_1671 D-alanine—D-alanine ligase 39 Биосинтез пептидогликана ЦП 51 54

33 AAK74514.1 luxS, SP_0340 autoinducer-2 production protein 18 Метеболизм цистеина и метионина, QS н/и 16 22

34 AAK76205.1 arcA, SP_2148 arginine deiminase 47 Биосинтез аргинина ЦП 9 6

35 AAK75371.1 licC, SP_1267 licC protein 27 Биосинтез тейхоевых кислот н/и 2 1

36 AAK75263.1 zmpA (iga), SP 1154 immunoglobulin A1 protease 224 Пептидазы и ингибиторы КС 2 6

37 AAK75727.1 pepO, SP_1647 endopeptidase O 72 н/и 2 2

Обработка генетической информации

38 AAK75919.1 xpt, SP_1847 xanthine phosphoribosyltransferase 21 Метаболизм нуклеотидов ЦП 5 9

39 AAK75976.1 groEL, groL, SP 1906 chaperonin, 60 kDa (ETffl)** 57 Деградация РНК ЦП 53 198

40 AAK74675.1 dnaK, SP_0517 dnaK protein 65 н/и 163 497

41 AAK75977.1 groES, groS, SP 1907 chaperonin, 10 kDa (ETffl) 10 Шапероны, деградация белка ЦП 18 104

42 AAK75102.1 prsA, SP_0981 putative protease maturation protein 34 МС 4 29

43 AAK74909.1 SP_0771 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type 29 н/и 14 5

44 AAK76028.1 rpoB, SP_1961 DNA-directed RNA polymerase, beta subunit 134 РНК полимераза КК 12 2

45 AAK76066.1 ccpA, SP_1999 catabolite control protein A 37 Фактор транскрипции н/и 5 11

Не включенные в группу

46 AAK74904.1 sodA, SP_0766 superoxide dismutase, manganese-dependent 22 Оксидоредуктазы н/и 28 4

47 AAK74656.1 endoD, SP 0498 putative endo-beta-N-acetylglucosaminidase 183 Связывание ионов металлов КС, ЦП 9 46

48 AAK75051.1 SP_0927 transcriptional regulator, LysR family 35 Регулятор транскрипции н/и 25 1

49 AAK75590.1 bta, SP_1499 bacterocin transport accessory protein 13 Не определны биохимические пути по базе данных KEGG н/и 35 55

50 AAK74791.1 PrtA, SP_0641 serine protease, subtilase family 240 МС 22 6

51 A0A0H2UNG0 .1 spuA, SP_0268 Pullulanase A 143 КС 32 3

52 gi|1386813810| pdb|6EWJ|A SP_1837 Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein 78 н/и 8 2

53 AAK75576.1 SP_1482 oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family 36 н/и 2 7

54 AAK76248.1 SP_2197 putative ABC transporter, substrate-binding protein 38 н/и 2 1

55 AAK75633.1 SP_1546 conserved domain protein 23 н/и 23 1

56 AAK75187.1 SP_1074 conserved hypothetical protein 12 н/и 6 1

57 AAK75493.1 SP_1395 putative phosphate transport system regulatory protein PhoU 25 ЦП 2 7

Белки, идентифицированные только в БСФ S. oralis

АВС транспо ртеры

1 AAK76223.1 adcA, SP_2169 zinc ABC transporter, zinc-binding lipoprotein 56 МС 6 0

2 AAK75944.1 piuA, SP_1872 iron-compound ABC transporter, iron-compound-binding protein 35 АВС транспортеры н/и 5 0

3 AAK74761.1 glnQ, SP_0609 amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein 28 н/и 34 0

4 AAK75762.1 SP_1683 sugar ABC transporter, sugar-binding protein 48 н/и 5 <1

Углеводный обмен

5 AAK74792.1 SP_0645 putative PTS system IIA component 19 Фосфотрансферазная система (PTS) н/и 5 0

6 AAK74896.1 exp5, SP_0758 PTS system, IIABC components 78 ЦП, МС 7 <1

7 AAK75004.1 SP_0877 PTS system, fructose specific IIABC components 67 МС 14 <1

8 AAK74795.1 bgaA, SP_0648 beta-galactosidase 247 Метаболизм галактозы н/и 73 <1

Обработка генетической информации

9 AAK74677.1 dnaJ, SP_0519 dnaJ protein 40 Шапероны, деградация белка ЦП 11 0

10 AAK74513.1 SP_0338 putative ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit 78 н/и 2 0

11 AAK75926.1 galR, SP_1854 galactose operon repressor 38 Фактор транскрипции н/и 2 <1

12 AAK74509.1 SP_0334 yllC protein 36 Биогенез рибосом ЦП 2 0

13 AAK75834.1 secA2, SP_1759 preprotein translocase, SecA subunit 90 QS, экспорт белка, система секреции бактерий МС, ЦП 2 0

Не включенные в группу

14 AAK74516.1 dexB, SP_0342 glucan 1,6-alpha-glucosidase 62 Не определны биохимические пути по базе данных KEGG ЦП 2 0

15 ABC75807.1 SP_0368 cell wall surface anchor family protein 196 КС 18 0

16 AAK76236.1 glpO, SP_2185 hypothetical protein SP_2185 67 н/и 4 0

17 AAK76211.1 SP_2157 alcohol dehydrogenase, iron-containing 41 н/и 16 0

18 AAK75121.1 phtE, SP_1004 conserved hypothetical protein 115 Не определны биохимические пути по базе данных KEGG н/и 2 0

19 AAK74544.1 cbpC, SP_0377 choline binding protein C 40 н/и 2 0

20 AAK75117.1 SP_1000 thioredoxin family protein 21 н/и 2 0

21 AAK74372.1 SP_0191 hypothetical protein 21 н/и 4 <1

Белки, идентифицированные только в БСФ S. pneumoniae № 3353

ABC транспортер

1 AAK75666.1 msmK, SP_1580 sugar ABC transporter, ATP-binding protein 42 н/и о 2

2 AAK76278.1 SP_2230 ABC transporter, ATP-binding protein 61 АВС транспортеры н/и о 2

3 AAK75347.1 SP_1242 amino acid ABC transporter, ATP-binding protein 27 н/и о 2

4 AAK75492.1 SP_1394 amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein 29 МC о 1

5 AAK74994.1 SP_0867 ABC transporter, ATP-binding protein 28 н/и о 4

6 AAK75793.1 SP_1715 ABC transporter, ATP-binding protein 55 МC о 1

7 AAK75147.1 Pia, SP_M32 iron-compound ABC transporter, iron compound-binding protein 38 н/и о 2

8 AAK75968.1 rafE, SP_1897 sugar ABC transporter, sugar-binding protein 47 н/и о 2

9 AAK74534.1 aliA, SP_0366 oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein AliA 73 QS, АВС транспортеры МC о 22

1о AAK75498.1 pstSl, SP_1400 putative phosphate ABC transporter, phosphate-binding protein 31 АВС транспортеры, двухкомпонентная система МC о 7

Двухкомпонентная система

11 AAK76067.1 SP_2000 DNA-binding response regulator 22 Двухкомпонентная система н/и о 2

12 AAK75333.1 vicR, SP_1227 DNA-binding response regulator н/и о 6

Токсин

13 AAK75991.1 ply, SP_1923 pneumolysin 53 QS, бактериальный токсин ГС о 15

Углеводный обмен

14 AAK75764.1 nanE2, SP_1685 conserved hypothetical protein 26 Метаболизм сахаров н/и о 1

15 AAK74432.1 gldA, SP_0253 glycerol dehydrogenase 39 Метаболизм глицеролипидов н/и 0 17

16 AAK76089.1 SP_2024 PTS system, IIA component 12 Фосфотрансферазная система (PTS) н/и 0 2

Метаболизм аминокислот

17 AAK76264.1 usp45, SP_2216 secreted 45 kd protein 42 Пептидазы и ингибиторы н/и 0 3

18 AAK74988.1 SP_0860 pyrrolidone-carboxylate peptidase 23 ЦП 0 16

19 AAK74809.1 ZmpB, SP_0664 zinc metalloprotease ZmpB 214 МС 0 1

20 AAK74356.1 SP_0175 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 17 Биосинтез кофакторов н/и 0 2

Обработка генетической информации

21 AAK76239.1 SP_2188 chaperonin, 33 kDa 32 Шапероны, деградация белка ЦП 0 11

22 AAK75344.1 uvrB, SP_1238 excinuclease ABC, subunit B 76 Эксцизионная репарация нуклеотидов ЦП 0 4

23 AAK75659.1 SP_1572 non-heme iron-containing ferritin 20 Хромосомальные белки н/и 0 35

Не включенные в группу

24 AAK75572.1 SP_1478 oxidoreductase, aldo/keto reductase family 31 оксидоредуктазы 0 1

25 AAK76005.1 lytA, SP_1937 autolysin Не определны биохимические пути по базе данных KEGG ВН 0 2

26 AAK74520.1 cpsB, wzh, SP 0347 capsular polysaccharide biosynthesis protein Cps4B 28 н/и 0 2

27 AAK74496.1 SP_0320 oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family 29 н/и 0 1

28 AAK74270.1 pavB SP 0082 cell wall surface anchor family protein 91 МС 0 3

29 USV24897.1 SP_0206 phosphoribulokinase 11 н/и 0 7

30 AAK75120.1 SP_1003 conserved hypothetical protein 94 н/и 0 11

31 AAK75284.1 phtA, SP_1175 conserved domain protein 90 н/и 0 9

32 AAK75330.1 SP_1224 conserved domain protein 11 н/и 0 3

33 AAK75425.1 SP_1327 conserved hypothetical protein 18 н/и 0 2

34 AAK75883.1 SP_1810 hypothetical protein SP_1810 28 н/и 0 1

Примечание - # Обозначение локализации белков: ЦП - в цитоплазме, КС - в клеточной стенке, МС -внеклеточная область, КК - клеточный компонент, н/и - не изучено 1. - * CAMP - Cationic antimicrobial peptide 2. - **БТШ - белки теплового шока 3. - <1 - в этой и последующих таблицах количество спектров белка < 1 (0,49) не учитывается в мембране клеточной стенки, ВН-