Новые методы количественного масс-спектрометрического анализа белковых систем с использованием селективных изотопных меток тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.04, кандидат химических наук Федяев, Михаил Владимирович

• Федяев, Михаил Владимирович
• кандидат химических наук
• 2007

Оглавление диссертации кандидат химических наук Федяев, Михаил Владимирович

1. Введение.

2. Литературный обзор.

2.1. Протеомика: задачи и методы.

2.2. Сиквенирование белков и масс-спектрометрия.

2.2.1. Деградация Эдмана.

2.2.2. Бомбардировка быстрыми атомами.

2.2.3. Ионизация в электроспрее.

2.2.4. Ионизация МА1Л)1.

2.2.5. Тандемные масс-спектрометры.

2.2.6. Основы интерпретации тандемных масс-спектров пептидов.

2.2.7. Современные задачи.

2.3. Изотопные метки специфичные к тиольным группам.

2.3.1. Селективная модификация цистеина.

2.3.2. Метки 1САТ.

2.3.3. Другие метки.

2.4. Изотопные метки специфичные к аминогруппам.

2.4.1. Селективная модификация аминогрупп лизина.

2.4.2. Восстановительное диметилирование.

2.4.3. Метки ГГггк!.

2.4.4. Метод 1У1САТ.

2.4.5. Другие метки.

3. Экспериментальная часть.

3.1. Синтез изотопных реагентов.

3.2. Модификация белков и пептидов изотопными метками.

3.3. Гель-электрофорез.

3.4. Хроматомасс-спектрометрический анализ.

3.5. Биоинформатика.

3.6. Биологические эксперименты.

3.7. Протеомический анализ биологических объектов.

3.8. Биохимические эксперименты.

4. Обсуждение результатов.

4.1. Метод изотопных аналогов с использованием меток специфичных к тиольным группам.

4.2. Метод изотопных аналогов с использованием меток специфичных к концевым аминогруппам пептидов.

4.3. Биоинформатика.

4.4. Протеомический анализ биологических объектов.

5. Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Новые методы количественного масс-спектрометрического анализа белковых систем с использованием селективных изотопных меток»

Протекание биологических процессов (как то фаза роста, метаболический цикл, патологические изменения или воздействие лекарства) связано с изменением белкового состава клеток или биологических жидкостей. В этой связи глобальное исследование различных протеомов (наборов всех белков клетки, ткани и т.п.) -является первостепенной задачей, как для фундаментального понимания биологических процессов, так и для разработки новых методов лечения или диагностики различных болезней.

К решению данной задачи можно подходить путем сравнения различных протеомов для выявления белков, содержание которых значительно меняется в ответ на определенное воздействие, например, заболевание, и которые представляют наибольший интерес для дальнейшего изучения. Данными исследованиями занимается сравнительная протеомика, все более важным требованием к которой становится способность количественной оценки изменений белкового состава клетки, ткани или физиологической жидкости. В то же время масс-спектрометрия, которая продолжает играть ключевую роль в протеомических исследованиях, сама по себе не является количественным методом и нуждается в дополнительных аналитических методах. Наиболее признанной методологией в настоящее время является дериватизация белков (пептидов) с

О 13 1 ^ 1Я использованием стабильных изотопов ("Н, С, 10О) для создания "изотопных аналогов" (Рис. 1).

Можно выделить 3 основные группы методов введения стабильных изотопов: метаболические, энзиматические протеолитические) и химические. Метаболические методы заключаются в использовании изотопсодежащих исходных веществ для процессов обмена веществ, например, при росте клеток. Энзиматические методы основаны на проведении протеолиза белков в обычной и тяжелой (,80) воде. Основным преимуществом энзиматических и метаболических методов является отсутствие дополнительных стадий в процессе приготовления образцов, в то же время существует и ряд фундаментальных ограничений. Так, например, в случае метаболических методов использование тяжелых изотопов часто приводит к нарушению биологических процессов, кроме того, данные методы применимы в основном только для клеточных моделей. Для протеолитических методов одной из основных проблем является различная степень введения изотопов, а также обратный изотопный обмен, что может приводить к значительным ошибкам измерений и снижению чувствительности вследствие уменьшения интенсивности сигнала. По причине использования только двух (легкого и тяжелого) изотопов анализ также ограничен одновременным сравнением не более чем двух образцов, а небольшая разница в массе приводит к перекрыванию изотопных кластеров, что затрудняет интерпретацию получаемых данных.

Химические методы, основанные на селективной ковалентной модификации белков или полученных при протеолизе пептидов реагентами, содержащими стабильные изотопы, включают в себя те, в которых селективно модифицируется определенный аминокислотный остаток (например, цистеин), и методы, основанные на модификации функциональных групп присутствующих практически в любом пептиде, полученном при протеолизе белка, например, терминальных аминогрупп. Химические методы, таким образом, являются наиболее универсальными и представляют наибольший интерес.

На данный момент существует ряд изотопных реагентов описанных в печати (см. обзоры [1, 2]) и некоторые из них являются коммерчески доступными. Тем не менее, различные недостатки существующих решений и растущие потребности протеомики указывают на необходимость разработки более совершенных методов.

Белок А в образце 1 введение изотопов протео^ лиз выделение на матрице легкии

Белок А в образце 2 промывка -► жх-мс/мс

Рис. 1. Пример схемы количественного анализа белковых смесей с использованием метода изотопного аналога. Зеленым цветом обозначен легкий изотоп, красным -тяжелый.

Данная работа описывает разработку и использование двух взаимодополняющих методов количественного анализа белковых систем. Первый метод, обеспечивающий увеличение чувствительности анализа за счет упрощения анализируемой смеси, основан на быстрой и селективной изотопной модификации тиольных групп белков с последующим ковалентным выделением меченых пептидов на твердофазной матрице и их масс-спектрометрическим анализом. Второй метод заключается в изотопной модификации терминальных аминогрупп пептидов, полученных при протеолизе белка, что обеспечивает наиболее полную идентификацию аминокислотной последовательности анализируемых белков и, следовательно, более точную количественную информацию, а также позволяет проводить анализ посттрансляционных модификаций.

2. Литературный обзор.

Заключение диссертации по теме «Биохимия», Федяев, Михаил Владимирович

5. Выводы.

1. Разработаны реагенты и метод количественного определения белков с использованием селективной изотопной модификации тиольных групп с последующим ковалентным выделением меченых пептидов на твердофазной матрице.

2. Разработаны реагенты и метод количественного анализа сложных белковых смесей, основанный на селективной изотопной модификации концевых аминогрупп пептидов. Продемонстрирована эффективность фрагментации меченых пептидов в условиях тандемной масс-спектрометрии.

3. Разработан комплекс биоинформатических программ для анализа данных, получаемых при масс-спектрометрическом анализе сложных белковых смесей.

4. Метод количественного анализа с использованием 1Ч-концевого мечения пептидов применен к исследованию биологических объектов, продемонстрирована его точность и эффективность по сравнению с используемыми ранее методами.

5. С использованием разработанных методов впервые исследовано изменение белкового состава мембран при дифференциации клеток карциномы кишечника и показано что дифференциация приводит к селективной экспрессии на клеточной мембране более 150 белков, включая новые' ранее неизвестные клеточные каналы.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Федяев, Михаил Владимирович, 2007 год

1. Leitner A., Lindner W. Chemistry meets proteomics: the use of chemical tagging reactions for MS-based proteomics // Proteomics 2006. - № 6 -C. 5418-5434.

2. Leitner A., Lindner W. Current chemical tagging strategies for proteome analysis by mass spectrometry // J. Chromatogr. B 2004. - № 813 -C. 1 -26.

3. Biemann K., Gapp F., Seibl J. Amino acid sequence in peptides // J. Am. Chem. Soc. 1959. - №81, C. 2274 - 2275.

4. Edman P. Method for determination of the amino acid sequence in peptides // Acta Chem. Scand. 1950. - № 4, C. 283-293.

5. Edman P., Begg G.A. A protein sequenator // Eur. J. Biochem. 1967. -№ 1, C. 80-91.

6. Biemann K. Four decades of structure determination by mass spectrometry: from alkaloids to heparin // J. Am. Soc. Mass Spectrom. -2002. -№ 13, c. 1254-1272.

7. Fast atom bombardment of solids (F.A.B.): a new ion source for mass spectrometry / Barber M., Bordoli R.S., Sedgwick R.D., Tyler A.N. // J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1981. - № 7, C. 325-327.

8. Fast atom bombardment of solids as an ion source in mass spectrometry / Barber M., Bordoli R. S., Sedgwick R. D., Tyler A. N. // Nature 1981. -№ 293, C. 270-295.m

9. Haddon W.F., McLafferty F.W. Metastable Ion Characteristics. VII. Collision-Induced Metastables // J. Am. Chem. Soc. 1968. - № 90, C. 4745-4746

10. Jennings K.R. Collision-induced decompositions of aromatic molecular ions // Int. J. Mass Spectrom. Ion Phys. 1968. - № 1, C. 227-235.

11. Biemann K. The Primary structure of thioredoxin from Chromatium vinosum determined by high-performance tandem mass spectrometry // Anal. Chem. 1986. - № 58, C. 1289A- 1300A.

12. Yamashita M.,. Fenn J.B. Another Variation on the free-jet theme // J. Phys. Chem. 1984. - № 88, C. 4451 - 4459.

13. Yamashita M., Fenn J.B. Negative ion production with the electrosprayion source // J. Phys. Chem. 1984. - № 88, C. 4671 - 4675.t

14. Dole M., Mack L.L., Hines R.L. Molecular Beams of Macroions // J. Chem. Phys. 1968. - Том 49; № 5, С. 2240 - 2249.

15. On the working characteristics of the ion source with electrohydrodinamic introduction of liquids into the mass spectrometer / Alexandrov M.L., Gall L.N., Krasnov N.V. и др. // Int. J. Mass Spectrom. Ion Phys. 1983. -'№46, C. 231-235.

16. Расчет свободной поверхности проводящей жидкости, находящейся в сильном электрическом поле / Александров M.JL, Галль JI.H., Иванов В.Я., Николаев В.И. // Известия АН СССР. Механика жидкости и газа. 1983. - №>6, С. 165 - 167.

17. Экстракция ионов из растворов при атмосферном давлении новый метод масс-спектрометрического анализа / Александров М.Л., Галль Л.Н., Краснов Н.В. и др. // ДАН СССР - 1983. - Том 277; №2, С. 379-383.

18. Прямая стыковка микроколоночного жидкостного хроматографа с масс-спектрометром / Александров M.JI., Галль Л.Н., Краснов Н.В. и др. // Биоорганическая химия 1984. - № 10, С. 710 - 711.

19. О механизме образования ионов при электрогидродинамическом распылении жидкости в вакуум / Александров М.Л., Галль Л.Н., Краснов Н.В. и др. //ЖАХ 1984. - № 39, С. 1596 - 1602.

20. Метод масс-спектрометрического анализа труднолетучих термически нестабильных веществ, основанный на экстракции ионов из растворов при атмосферном давлении / Александров М.Л., Галль Л.Н., Краснов Н.В. и др. // ЖАХ 1985. - Том 40; № 9, С. 1560 -1567.

21. Галль Л.Н., Туркина М.Я. Возможности масс-спектрометрического анализа нелетучих и термически нестабильных биоорганических соединений // Успехи химии 1985. - Том 65; № 5, С. 741 - 745.

22. Новый массспектрометрический метод определения аминокислотной последовательности пептидов / Александров М.Л., Галль Л.Н., Барам Г.И. и др. // Биоорганическая химия 1985. - Том 11, №5, С. 705 -708.'

23. New developments in biochemical mass spectrometry: electrospray ionization // Smitlj R.D., Loo J.A., Edmonds C.G. h Ap- H Anal. Chem. -1990. Tom 62; № 9, C. 882 - 899.

24. Verentchikov A.N., Ens W., Standing K.G. Reflecting time-of-flight mass spectrometer with an electrospray ion source and orthogonal extraction // Anal. Chem. 1994. - Tom 66; № 1, C. 126 - 133.

25. Electrospray interface for liquid chromatographs and mass spectrometers / Whitehouse C.M., Dreyer R.N., Yamashita M., Fenn J.B. // Anal. Chem. 1985. - № 57, C. 675 - 679.

26. Electrospray ionization for mass spectrometry of large biomolecules / Fenn J.B., Mann M., Meng C.K. h äP- // Science 1989. - № 246, C. 64-71.

27. Mass Spectrometric Sequencing of Proteins from Silver-Stained Polyacrylamide Gels / Shevchenko A., Wilm M., Vorm O., Mann M. // Anal. Chem. 1996. - № 68, C. 850 - 858.

28. Femtomole sequencing of proteins from Polyacrylamide gels by nano-electrospray mass spectrometry / Wilm M., Shevchenko A., Houthaeve T. h «p. // Nature 1996. - № 379, C. 446 - 469.

29. Karas M., Hillenkamp F. Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding lO'OOO daltons // Anal. Chem. 1988. - № 60,vi.1. C. 2299-3201.

30. Design and performance of a mass-analysed ion kinetic energy (MIKE) spectrometer / Beynon J.H., Cooks R.G., Amy J.W. h ^p. // Anal. Chem.1973. № 45, C. 1023A - 1027A.qi

31. High-resolution tandem mass spectrometer (MS/MS) of increased sensitivity and mass range / McLafferty F.W., Todd P.J., McGilvery D.C., Baldwin M.A. //J. Am. Chem. Soc. 1980. - № 102, C. 3360 - 3363.

32. Yost R. A., Enke C. G. Selected ion fragmentation with a tandem quadrupole mass spectrometer // J. Am. Chem. Soc. 1978. - № 100, C. 2274 - 2275.

33. McLuckey S.A., Glish G.L., Cooks R.G. Kinetic energy effects in mass spectrometry: mass spectrometry using a sector-quadrupole tandeminstrument. // Int. J. Mass Spectrom. Ion Phys. 1981. - № 39, C. 219 - 230.li

34. Ion trap mass spectrometry. Using high-pressure ionization. / McLuckey S.A, Van Berkel G.J., Goeringer D.E., Glish G.L. // Anal. Chem. 1994. - № 66, C. 737A - 743A.

35. Jonscher K.R., Yates J.R. The quadrupole ion trap mass spectrometer a small solution to a big challenge // Anal. Biochem. - 1997. - № 244, C. 1 - 15.

36. Wiley M.C., McLaren I.H. Time-of-flight mass spectrometer with improved resolution // Rev. Sci. Instrum. 1955. - № 26, C. 1150 - 1162.

37. Cotter R.J. Time-of-flight mass spectrometry: instrumentation andifapplications in biological research Washington, D.C.: American Chemical Society, 1997. - 121c.

38. Marshall A.G., Hendrickson C.L., Jackson G.S. Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry: a primer // Mass Spectrom. Rev. -1998.-Tom 17;№'l,C. 1-35.

39. Comisarow M.B., Marshall A.G. Fourier transform ion cyclotron resonance spectroscopy I I Chem. Phys. Lett. 1974. - Том 25; № 2, С. 282 -283.

40. Hardman M., Makarov A. A. Interfacing the orbitrap mass analyzer to an electrospray ion source // Anal. Chem. 2003 - Том 75; № 7, С. 1699 - 1705.

41. The Orbitrap: a new mass spectrometer / Hu Q., Noll R.J., Li H. и др. // J. Mass Spectrom. 2005. - Том 40; № 4, С. 430 - 443.

42. Явор М.И., Веренчиков А.Н. Планарный многоотражательный времяпролетный масс-анализатор, работающий без ограничения диапазона масс // Научное приборостроение 2004. - Том 14; № 2, С. 38 -45.м

43. Многоотражательный времяпролетный масс спектрометр с ионной ловушкой на входе / Козлов Б.Н., Труфанов А.С., Явор М.И. и др. // Научное приборостроение 2006. - Том 16; N2 3,С. 40-48.

44. McCormack A.L., Jones J.L., Wysocki V.H. Surface-induced dissociation of multiply protonated peptides // J. Am. Soc. Mass Spectrom. -1992.-№3, C. 859- 862.

45. Fragmentation of protonated peptides: surface-induced dissociation in conjunction with a quantum mechanical approach / McCormack A.L., Somogyi A., Dongre A.R., Wysocki V.H. // Anal. Chem. 1993. - № 65, C. 2859 - 2872. "Tr

46. Klose J. Protein mapping by combined isoelectric focusing and electrophoresis of mouse tissues. A novel approach to testing for induced point mutations in mammals // Humangenetik 1975. - № 26, C. 231 - 243.

47. Reduction and alkylation of proteins in preparation of two-dimensional map analysis: why, when, and how? / Herbert B., Galvani M., Hamdan M. h Ap. //Electrophoresis 2001. - № 22, C. 2040 - 2051.

48. Glazer A.N., DeLange R.J., Sigman D.S. Chemical modifications of proteins. New York: American Elsevier Publishing Co., 1975. - 208c.

49. Grant A. Synthetic peptides: a user's guide (advances in molecularbiology). New York: Gregory Oxford University Press, 2002 - 190c.i. .

50. Ozols J. Amino acid analysis // Meth. Enzymol. 1990 - № 182, C. 587- 601.

51. Quantitative analysis of complex protein mixtures using isotope-coded affinity tags / Gygi S.P., Rist B., Gerber S.A. h «p. // Nat. Biotechnol. -1999.-№ 17, C. 994-999.

52. Abundance ratio-dependent proteomic analysis by mass spectrometry / Griffin T.J., Lock C.M., Li X.-J. h «p. // Anal. Chem. 2003. - Tom 75; № 4, C. 867 - 877.

53. A correlation algorithm for the automated quantitative analysis of shotgun proteomics data / MacCoss M.J., Wu C.C., Liu H. и др. // Anal. Chem. 2003. - Том 75; № 24, С. 6912 - 6921.

54. Moseley M.A.n Current trends in differential expression proteomics: isotopically coded tags // Trends Biotechnol. 2001. - № 19, C. S10 - S16.

55. Fractionation of isotopically labeled peptides in quantitative proteomics / Zhang R., Sioma C.S., Wang S., Regnier F.E. // Anal. Chem. 2001. -Том 73; № 21, C. 5142 -5149.

56. Zhang R., Regnier F.E. Minimizing resolution of isotopically coded peptides in comparative proteomics // J. Proteome Res. 2002 - Том 1; № 2, С. 139- 147.

57. Controlling deuterium isotope effects in comparative proteomics / R. Zhang, Sioma C.S., Thompson R.A. и др. // Anal. Chem. 2002. -Том 74; № 15, C. 3662 - 3669.

58. Li J., Steen H., Gygi S.P. Protein profiling with cleavable isotope-coded affinity tag (cICAT) reagents: the yeast salinity stress response // Mol. Cell. Proteomics 2003^- Том 2; № 11, С. 1198 - 1204.г

59. Low-energy collision-induced dissociation fragmentation analysis of cysteinyl-modified peptides / Borisov O.V., Goshe M.B., Conrads T.P. и др. // Anal. Chem. 2002. - Том 74; № 10, С. 2284 - 2292.

60. Quantitative proteome analysis by solid-phase isotope tagging and mass spectrometry / Zhou H., Ranish J.A., Watts J.D., Aebersold R. // Nat. Biotechnol. 2002. - Том 20; № 5, С. 512 - 515.

61. Quantitative chemical proteomics for identifying candidate drug targets / Oda Y., Owa T., Sato Т. и др. // Anal. Chem. 2003. - Том 75; № 9, С. 2159 -2165.

62. Evaluation of the acid-cleavable isotope-coded affinity tag reagents:application to camptothecin-treated cortical neurons / Yu L.-R.,j

63. Conrads T.P., Uo Т. и др. // J. Proteome Res. 2004. - Том 3; № 3, С. 469 - 477. лгл'

64. Membrane protease proteomics: Isotope-coded affinity tag MS identification of undescribed MT1-matrix metalloproteinase substrates / Tam E.M., Morrison C.J., Wu Y.I. и др. // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. -2004. Tom 101; JV« 18, C. 6917 - 6922.

65. Acid-labile isotope-coded extractants: a class of reagents for quantitative mass spectrometric analysis of complex protein mixtures / Qiu Y., Sousa E.A., Hewick R.M., Wang J.H. // Anal. Chem. 2002. - Том 74; № 19, С. 4969-4979.

66. Element-coded affinity tags for peptides and proteins / Whetstone P.A., Butlin N.G., Corneillie T.M., Meares C.F. // Bioconjug. Chem. 2004. -Том15;№1,С. 3-6.

67. Enrichment of cysteine-containing peptides from tryptic digests using a quaternary amine stag / Ren D., Julka S., Inerowicz H.D., Regnier F.E. // Anal. Chem. 2004. - Том 76; № 15, С. 4522 - 4530.

68. Wang S., Zhang X., Fred E. Quantitative proteomics strategy involving the selection of peptides containing both cysteine and histidine from tryptic digests of cell lysates. // J. Chromatogr. A 2002. - Том 949; № 1 - 2, С. 153 - 162.

69. Darbre A. Practical protein chemistry: a handbook. New York: Wiley & Sons, 1986- 356c.

70. Semisynthetic D-His-l,N-epsilon-acetimidoglucagon: structure-functiont •relationships / Mahrenholtz A.M., Flanders K.C., Hoosein N.M. и др. // Arch. Biochem. Biophys. 1987. - Том 257; № 2, С. 379 - 386.

71. Nureddin A., Inagami T. Chemical modification of amino groups and guanidino groups of trypsin. Preparation of stable and soluble derivatives // Biochem. J. 1975. - Том 147; № 1, С. 71 - 81.

72. Chemoselective acylation of fully deprotected hydrazino acetyl peptides. Application to the synthesis of lipopetides / Bonnet D., Ollivier N., GrasMasse H., Melnyk O. // J. Org. Chem. 2001. - Том 66; № 2, С. 443 - 449.Г

73. Stable-isotope dimethyl labeling for quantitative proteomics / Hsu J.-L., Huang S.-Y., Chow N.-H., Chen S.-H., Anal. Chem. 2003. - Том 75; № 24, С. 6843 - 6852.с,

74. Beyond quantitative proteomics: signal enhancement of the al ion as a mass tag for peptide sequencing using dimethyl labeling / Hsu J.-L., Huang S.-Y., Shiea J.-T. и др. // J. Proteome Res. 2005. - № 4, C. 101-108.

75. Quantitation of protein phosphorylation in pregnant rat uteri using stable isotope dimethyl labeling coupled with IMAC / Yuang S.-Y., Tsai M.-L., Wu C.-J. и др. // Proteomics 2006. - Том 6; № 6, С. 1722 - 1734.

76. Ji С., Li LJ. Quantitative proteome analysis using differential stable isotopic labeling and microbore LC-MALDI MS and MS/MS // J. Proteome Res. 2005. - Томг4; № 3, C. 734 - 742.

77. Ji С., Guo N., Li L. Differential dimethyl labeling of N-termini of peptides after guanidination for proteome analysis // J. Proteome Res. -2005. Tom 4; № 6', C. 2099 - 2108.r" />

78. Fu Q., Li L. De novo sequencing of neuropeptides using reductive isotopic methylation and investigation of ESI QTOF MS/MS fragmentation pattern of neuropeptides with N-terminal dimethylation // Anal. Chem. -2005. Tom 77; № 23, C. 7783-7795.

79. Melanson J.E., Chisholm K.A., Pinto D.M. Targeted comparative proteomics by liquid chromatography/matrix-assisted laser desorption/ionization triple-quadrupole mass spectrometry // Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006. - Tom 20; № 5, C. 904 - 910.

80. Multiplexed protein quantitation in Saccharomyces cerevisiae using amine-reactive isobaric tagging reagents / Ross P.L., Huang, Y.N., Marchese, J.N. h £p. // Mol. Cell. Proteomics 2004. - Tom 3; № 12, C. 1154- 1169.

81. Comparative study of three proteomic quantitative methods, DIGE, cICAT, and iTRAQ, using 2D gel- or LC-MALDI TOF/TOF / Wu W.W., Wang G., Baek S. J., Shen R.-F. // J. Proteome Res. 2006. - Tom 5; № 3, C. 651 -658.

82. A comparison of the consistency of proteome quantitation using two-dimensional electrophoresis and shotgun isobaric tagging in Escherichia coli cells / Choe L.H., Aggarwal K., Franck Z., Lee K.H. // Electrophoresis -2005. № 26, C. 2437 - 2449.

83. Williamson B.L., Marchese J., Morrice N.A. Automated identification and quantification of protein phosphorylation sites by LC/MS on a hybrid triple quadrupole linear ion trap mass spectrometer // Mol. Cell. Proteomics -2006. Tom 5; № 2, C. 337 - 346.

84. Improved peptide detection with matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry by trimethylation of amino groups / Stewart N.A., Pham V.T., Choma C.T. h #p. // Rapid Commu. Mass Spectrom. 2002r-sToM 16; № 15, C. 1448 - 1453.

85. Poon C., Kaplan H., Mayer P.M. Methylating peptides to prevent adduct ion formation also directs cleavage in collision-induced dissociation mass spectrometry // Eur. J. Mass Spectrom. 2004. - Tom 10; № 1, C. 39 - 46.as

86. Laremore T.N., Weber D.M., Chôma С.T. An evaluation of the utility of in vacuo methylation for mass-spectrometry-based analyses of peptides // Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005. - № 19, C. 2045 - 2051.

87. Chakraborty A., Regnier F.E. Global internal standard technology for comparative proteomics // J. Chromatogr. A 2002. - Том 949, № 1 - 2, С. 173- 184.

88. Julka S., Regnier F.J. Quantification in proteomics through stable isotope coding: a review // Proteome Res. 2004. - Том 3; № 3, С. 350 -363.

89. Julka S., Regnier F.E. Recent advancements in differential proteomics based on stable isotope coding //Brief. Funct. Genomic. Proteomic. 2005. -Tom 4; № 2, C. 158- 177.

90. In-Gel Stable-Isotope Labeling (ISIL): a strategy for mass spectrometrybased relative quantification / Asara J.M., Zhang X., Zheng В. и др. // J. Proteome Res. 2006. - № 5, C. 155 - 163.

91. Strategy for qualitative and quantitative analysis in proteomics based on signature peptides / Ji J.,. Chakraborty A, Geng M. и др. // J. Chromatogr. В 2000. - Том 745; № 1, С. 197 - 210.

92. Wang S., Regnier F.E. Proteomics based on selecting and quantifying cysteine containing peptides by covalent chromatography // J. Chromatogr. A 2001. - Том 924; № 1 - 2, C. 345 - 353.

93. Geng M., Ji J., Regnier F.E. Signature-peptide approach to detecting1. Л1proteins in complex mixtures // J. Chromatogr. A 2000. - Том 870; №1-2, С. 295- 313.

94. Riggs L., Seeley E.H., Regnier F.E. Quantification of phosphoproteins with global internal standard technology 11 J. Chromatogr. B 2005. -Tom 817; № 1 - 2, C. 89-96.

95. Che F.-Y., Biswas R., Fricker L.D. Relative quantitation of peptides in wild-type and Cpe(fat/fat) mouse pituitary using stable isotopic tags and mass spectrometry // J. Mass Spectrom. 2005. - № 40, C. 227 - 237.

96. Che F.-Y., Fricker L.D. Quantitative peptidomics of mouse pituitary: comparison of different stable isotopic tags // J. Mass Spectrom. 2005. -№40, C. 238-249.

97. Peptidomics of Cpe fat/fat mouse hypothalamus: effect of food deprivation and exercise on peptide levels / Che F.-Y., Yuan Q., Kalinina E., Fricker L.D. // J. Biol. Chem. 2005. - Tom 280; № 6, C. 4451 - 4461.

98. Mason D.E., Liebler D.C. Quantitative analysis of modified proteins by LC-MS/MS of peptides labeled with phenyl isocyanate // J. Proteome Res. -2003,- №2, C. 265 -272.

99. Quantitation and facilitated de novo sequencing of proteins by isotopic•T

100. N-terminal labeling of peptides with a fragmentation-directing moiety / Miinchbach M., Quadroni M., Miotto G. h ap. // Anal. Chem. 2000. -Tom 72; № 17, C. 4047 - 4057.

101. Schmidt A., Kellermann J., Lottspeich F. A novel strategy for quantitative proteomics using isotope-coded protein labels // Proteomics -2005.-Tom 5; № 1, C. 4-15.cii

102. Tandem mass tags: a novel quantification strategy for comparative analysis of complex protein mixtures by MS/MS / Thompson A., Schaefer J., Kuhn К. и др. // Anal. Chem. 2003. - № 75, С. 1895 - 1904.

103. Казанский Б.А. Синтезы органических препаратов. Т. 4. М.: Издательство иностранной литературы, 1953. - 453с.

104. Moore R.E., Young М.К., Lee T.D. Qscore: an algorithm for evaluating SEQUEST database search results // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002. - Том 13; № 4, С. 378 - 386.

105. Evaluation of multidimensional chromatography coupled with tandemmass spectrometry (LC/LC-MS/MS) for large-scale protein analysis: the-лyeast proteome / Peng J., Elias J.E., Thoreen C.C. и др. // J. Proteome Res. -2003. Tom 2; № 1, C. 43 - 50.

106. Purification of the human intestinal brush border membrane / Schmitz J., Preiser H., Maestracci D. и др. // Biochim. Biophys. Acta. -1973. -Tom 323;№ 1, C. 98- 112.

107. Effect of inhibiting vacuolar acidification on insulin signaling in hepatocytes / Balbis A., Baquiran G., Dumas V., Posner B.I. // J. Biol. Chem. 2004. - № 279, C. 12777 - 12785.

108. Borgmann V., Moon T., Laidler K. Molecular kinetics of beef heart lactate dehydrogenase // Biochem. 1974. - № 13, C. 5152 - 5158.

109. Tietz A, Ochoa S. Fluorokinase and pyruvic kinase. // Arch. Biochem. Biophys. 1958. - Tom 78; № 2, C. 477 - 493.

110. Bergmeyer H.U. Methods of Enzymatic Analysis. New York: Academic Press, 1974. - 289c.

111. Pegoraro В., Yuan J.H., Lee C.Y. Purification and structural properties of isozymes of isocitrate dehydrogenase from the mouse // Mol. Cell Biochem. 1979. - Том 23; № 3, С. 177 - 184.

112. Feldman R.I., Weiner H. Horse liver aldehyde dehydrogenase. I. Purification and characterization // J. Biol. Chem. 1972. - Том 247; № 1, С. 260 - 266.

113. Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontologyui

114. Consortium / Ashburner M., Ball C.A., Blake J.A. и др. // Nat. Genet. -2000.-Том 25; № l,C.25-29.