Создание и применение методов количественной протеомики с использованием и без использования изотопного мечения тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 01.04.17, кандидат физико-математических наук Агрон, Илья Александрович

• Агрон, Илья Александрович
• кандидат физико-математических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Агрон, Илья Александрович

Введение.

Цель работы.

Научная новизна работы.

Практическая значимость работы.

Личный вклад автора.

Защищаемые положения.

Структура диссертации.

Список сокращений.

Глава 1. Методики качественной и количественной идентификации белков в смесях с применением масс-спектрометрии.

Развитие применения масс-спектрометрии в протеомике.

Подходы к идентификации белков методами масс-спектрометрии, существующие на данный момент.

Peptide mass fingerprint.

Подход bottom-up.

Подход top-down.

Секвенирование de novo.

Метод точных массово-временных меток.

Разрешающая способность и точность измерения масс.

Масс-спектрометрия ИЦР ПФ.

Подходы в количественной протеомике.

Совмещение методов атомно-силовой микроскопии и масс-спектрометрии.

Источники ионизации.

Источник ионов на основе электрораспыления в вакуум.

MALDI при атмосферном давлении.

Источник MALDI при атмосферном давлении.

APCI - химической ионизации при атмосферном давлении.

Глава 2. База точных массово-временных меток для протеома мочи человека

Объект исследования.

Методы исследования.

Сбор образцов мочи.

Подготовка проб для хромато-масс-спектрометрии.

Хромато-масс-спектрометрия.

Анализ данных и идентификация белков.

Структура базы данных.

Созданная база точных массово-временных меток для протеома мочи человека.

Глава 3. Количественная протеомика.

Пробоподготовка.

Получение образцов мочи.

Получение пептидов, меченных О.

Хромато-масс-спектрометрический эксперимент.

Обработка результатов эксперимента.

Выделение моноизотопных пиков однозарядных ионов.

Поиск по АМТ-базе.

Объединение результатов поиска.

Корректировка интенсивностей пиков.

Схема сравнительно-количественного анализа.

Модельный эксперимент.

Глава 4. Подход к совмещению методов атомно-силовой микроскопии и масс-спектрометрии.

Модельный эксперимент №1.

Модельный эксперимент №2.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Создание и применение методов количественной протеомики с использованием и без использования изотопного мечения»

При помощи современных методов, основанных на масс-спектрометрическом анализе, можно исследовать биологические объекты самого разного происхождения и сложности. Это стало возможным благодаря открытию новых методов ионизации вещества: метода электроспрей и метода лазерной десорбции/ионизации из матрицы (МАЛДИ) — которые позволили переводить в газовую фазу и одновременно ионизировать большие биологические молекулы, такие как пептиды, белки и полинуклеотиды. Среди методов масс-спектрометрии, используемых в протеомных исследованиях, масс-спектрометрия ионного циклотронного резонанса с преобразованием Фурье (ИЦР ПФ) занимает особое место. Главными достоинствами этого метода являются: сверхвысокая разрешающая способность и рекордная точность измерения масс. С помощью современного масс-спектрометра ИЦР ПФ можно однозначно как идентифицировать индивидуальные биомолекулы, так и определять состав их смесей.

В настоящее время полностью расшифрованы геномы различных организмов, в том числе и человека. В связи с исследованиями многообразия белков, содержащихся в различных биологических объектах, возникла новая фундаментальная концепция, названная «протеом» (ПРОТЕиновое дополнение к генОМу). Создана новая дисциплина - протеомика, которая призвана дополнить и аннотировать информацию, содержащуюся в геномах. Современная масс-спектрометрия (в том числе, и ИЦР ПФ) занимает передовые позиции в решении основной задачи протеомики идентификация белков. В настоящее время также ведется активная разработка масс-спектрометрических методов количественного анализа протеомов.

Масс-спектрометр ИЦР ПФ обладает ограниченным динамическим диапозоном, в то же время, протеомы различных организмов содержат белки в широком диапазоне относительных концентраций. И поэтому необходимо использовать масс-спектрометрии ИЦР ПФ в комбинации с существующими 4 методами разделения (жидкостная хроматография, электрофорез). Время удерживания пептида (продукта гидролиза белка энзимом трипсин) на хроматографе может являться дополнительным параметром при идентификации пептида.

В работе разрабатывались и оптимизировались методы, использующие масс-спектрометрию ИЦР ПФ для исследования протеомного состава одной из физиологических жидкостей человека — мочи. В работе были разработаны и использованы новые подходы для обработки и интерпретации полученных данных, в том числе, для сравнительного количественного анализа протеома. Также проводилась разработка подхода для совмещения методов атомно-силового микроскопа и масс-спектрометрии, где масс-спектрометрические методы использовались для идентификации молекул, обнаруживаемых АСМ.

Цель работы

1.разработать хромато-масс-спектрометрические методики анализа протеомного состава мочи человека;

2.разработать и применить в реальных исследованиях метод точной массово-временной метки для анализа протеома мочи;

3.создать новую базу данных, состоящую из точных массово-временных меток, для быстрого поиска и идентификации белков содержащихся в моче человека;

4.разработать методику сравнительного количественного анализа протеома, реального биологического объекта;

5.разработать подход масс-спектрометр ической идентификации белков детектируемых методами атомно-силовой микроскопии.

Научная новизна работы

1. Создана база данных точных массово-временных меток триптических пептидов протеома мочи человека.

2.Создана новая процедура нормирования времен удерживания на колонке жидкофазного хроматографа триптических пептидов белков, содержащихся в моче человека, которая может быть использована для идентификации белков методом точных массово-временных меток.

3. Разработан новый метод для сравнительного количественного анализа на основе использования методов точной массово-временной метки и изотопного мечения с применением концепции гипотетической аминокислоты «аверагин» для коррекции значений интенсивности пиков пептидов в спектрах.

4. Исследован протеомный состав мочи здорового человека, при помощи новой хромато-масс-спектрометрической методики, основанной на методе точной массово-временной метки. Обнаружено 39 новых генных продуктов.

5. Предложен подход совместного использования методов атомно-силовой микроскопии и масс-спектрометрии для идентификации и количественного определения содержания белков при сверхмалых концентрациях.

Практическая значимость работы

Разработанные хромато-масс-спектрометрические подходы для качественного и количественного анализа биологических жидкостей человека могут быть использованы при разработке методов диагностики различных паталогий, вызванных, в том числе, заболеваниями.

Новая база данных точных массово-временных меток может использоваться для высокопроизводительного анализа протеома мочи человека при поиске биомаркеров различных заболеваний.

Подход, разработанный для идентификации белков, детектируемых методами атомно-силовой микроскопии может применяться для исследования других объектов, содержащихся в сверхнизких концентрациях в реальных биологических жидкостях.

Личный вклад автора

Материал, представленный в диссертации, получен при непосредственном участи автора как в постановке задачи, так и при проведении исследований. База данных точных массово-временных меток создавалась автором совместно с Д.М. Автономовым (ИНЭП ХФ РАН), И.А. Поповым (ИБХФ РАН) и A.C. Кононихиным (ИНЭПХФ РАН). Метод количественного анализа был разработан автором совместно с Д.М. Автономовым (ИНЭП ХФ РАН). Подход к совместному использованию методов атомно-силовой микроскопии и масс-спектрометрии был разработан совместно с A.C. Батуриным, Е.В. Дедковой. Диссертационная работа выполнена в Институте энергетических проблем химической физики Российской академии наук, в Лаборатории ионной и молекулярной физики, часть работ выполнялась автором параллельно в Институте биохимической физики им. Н.М. Эмануэля Российской академии наук в период с 2005 по 2011 год.

Защищаемые положения

1.новая база данных точных массово-временных меток триптических пептидов протеома мочи;

2.новый метод количественного анализа протеома физиологических жидкости человека, основанный на использовании методик точной массово-временной метки и изотопного мечения триптических пептидов изотопом 180;

3.новая процедура нормирования времен удерживания на хроматографической колонке и идентификации пептидов;

4.метод идентификации белков при сверхмалых концентрациях с использованием масс-спектрометрии и атомно-силовой микроскопии.

Структура диссертации

Первая глава является литературным обзором, в котором описываются распространенные на данный момент подходы к идентификации белков при помощи масс-спектрометрии, приводится изложение сути метода точных массово-временных меток (АМТ меток). Выделяются и описываются проблемы и сложности, возникающие при реализации данного метода.

Во второй главе описывается методика постановки экспериментов, сбора образцов для них, структура спроектированной базы данных. Приводятся результаты по созданной базе точных массово-временных меток для протеома мочи человека.

В третьей главе изложено описание разработанной схемы для сравнительного количественного анализа, изложены результаты модельного эксперимента.

Четвертая глава содержит описание подхода к совмещению атомно-силовой микроскопии и масс-спектрометрии с целью идентификации белков при сверхмалых концентрациях.

Диссертация изложена на 87 страницах, содержит 19 рисунков, 2 таблицы, 4 приложения.

Список сокращений

ИЦР ПФ - ионный циклотронный резонанс с преобразованием Фурье; АМТ - подход точной массово-временной метки (accurate mass and time tags database);

LC - высокоэффективная жидкофазная хроматография (liquid chromatography);

MS - масс-спектрометрия (mass-spectrometry); MS/MS — тандемная масс-спектрометрия;

CID - столкновительно-индуцированная фрагментация (collision induced dissociation);

ECD - фрагментация при захвате медленнего электрона (electron capture dissociation);

IRMPD — инфракрасная мультифотонная диссоциация (infrared multi photon dissociation);

ACM - атомно-силовая микроскопия.

Заключение диссертации по теме «Химическая физика, в том числе физика горения и взрыва», Агрон, Илья Александрович

Заключение

1.Создана база данных точных массово-временных меток пептидов протеома мочи человека, которая содержит более 3000 записей для триптических пептидов. База содержит 39 впервые обнаруженных в моче человека генных продуктов (см. Приложение №4).

2.Продемонстрирована возможность использования базы данных для быстрого поиска и идентификации белков без применения методов фрагментации — идентификация производится по точной массе пептидов и временам их удерживания в хроматографической колонке.

3.Разработана процедура количественного анализа содержания белков в физиологических жидкостях человека на основе методов точной массово-временной метки, изотопного мечения кислородом-18 и гипотетической аминокислоты «аверагин» (для коррекции накладывающихся углеродных изотопных распределений).

4.Разработана процедура масс-спектрометрической идентификации белков, обнаруженных методом атомно-силовой микроскопии, которая в перспективе позволит понизить порог обнаружения низкокопийных белков.

Перечень работ, опубликованных по теме диссертации

1.Dmitry Avtonomov, Ilya Agron, Eugene Nikolaev. A New Approach to Deisotoping of Complex Isotopically Resolved Spectra. 58th Amer. Soc. Mass Spectrom. Annual Conf. on Mass Spectrometry & Allied Topics, Salt Lake City, UT, USA, 2010.

2.11ya A. Agron, Dmitriy M. Avtonomov, Eugene Nikolaev. Implementation of 180 labelling for urine proteome quantification using accurate mass tag retention time data base. 58th Amer. Soc. Mass Spectrom. Annual Conf. on Mass Spectrometry & Allied Topics, Salt Lake City, UT, USA, 2010. 3.11ya A Agron, Dmitriy M. Avtonomov, Eugene Nikolaev. Approach for Isotopic Distribution Deconvolution in Mass Spectra of Peptide Compounds. 8th Annual World Congress of Human Proteome Organization, Toronto, Canada, September 26-30, 2009.

4.А Bugrova, T Shevchenko, A Kononikhin, A Zhiryakova, I Popov, N Khristenko, I Agron, D Avtonomov, G Kalamkarov, E Nikolaev. Development of the Platform for Comparative Analysis of the Tear Proteome based on the AMT Approach. 8th Annual World Congress of Human Proteome Organization, Toronto, Canada, September 26-30, 2009.

5.Dmitriy M. Avtonomov, Ilya A. Agron, Eugene N. Nikolaev. On the usage of information about the number of carbon atoms in peptides for protein identification. 57th Amer. Soc. Mass Spectrom. Annual Conf. on Mass Spectrometry & Allied Topics, Philadelphia, PA, USA, June, 2009.

6.E. Nikolaev, A. Kononikhin, V. Zgoda, S. Moshkovskiy, O. Harybin, I. Popov, D.Avtonomov, I. Agron, V. Kurova, O. Demina, S. Varfolomeev. Development and usage of accurate mass and time tag approach in mass spectrometry for chromato-mass-spectrometric analysis of urinary proteome. Fundamental Sciences - Medicine. Conference materials, Moscow.: «Slovo», p. 168-169, 2006.

7.Avtonomov DM, Popov IA, Kononikhin AS, Agron IA, Moshkovskiy SA, Larina IM, Zamulaeva IA, Varfolomeev SB, Archakov AI, Nikolaev EN. Creation of an accurate mass and time tags database for human urinary proteome and retention time normalization inside it. 3rd international school-conference "Mass spectrometry in chemical physics, biophysics and ecology", Zvenigorod (Moscow region), Russia, October 2010.

8.Evgenij N Nikolaev, IA Popov, AS Kononikhin, IA Agron, DM Avtonomov, SA Moshkovsky, IM Larina, IA Zamulaeva, С Masselon, AI Archakov. Accurate Mass Tag Retention Time Database for Urine Proteome. 8th Annual World Congress of Human Proteome Organization, Toronto, Canada, September 26-30, 2009.

9. D. M. Avtonomov, I. A. Agron, A. S. Kononikhin, I. A. Popov, E. N. Nikolaev. "A New Method for Normalization of the Peptide Retention Times in Chromatographic/Mass Spectrometric Experiments". Bioorganic chemistry (Moscow), 2011, Vol. 37, No. 2, pp. 146-150.

10. Агрон И.А., Автономов Д.М., Кононихин A.C., Попов И.А., Мошковский С.А. и Николаев Е.Н. «База данных по точным массово-временным меткам для хромато-масс-спектрометрического анализа протеома мочи» в Т.75, №5, стр. 636-641, 2010 г.

11. Д.М. Автономов, И.А. Агрон, A.C. Кононихин, E.H. Николаев "Создание базы данных точных массово-временных меток для качественного и количественного подхода в исследовании протеома мочи человека с использованием изотопного мечения". Труды МФТИ, Номер 1, 2009, стр. 2429.

12. И.А. Агрон, Д.М. Автономов, A.C. Кононихин, И.А. Попов, С.А. Мельник, С.А. Мошковский, E.H. Николаев «Комбинация подходов точной массово-временной метки и мечения изотопом кислорода 180 для количественного анализа протеома мочи человека» ТРУДЫ МФТИ. 2011. Том 3, № 3, страницы 3-10.

13.Патент #2419796 (заявка №2009144132 от 30.09.09), Способ проведения ферментативного гидролиза белков, иммобилизованных на подложке сканирующего микроскопа, авторы: И.А. Агрон, A.C. Батурин, Е.В. Дедкова.

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Агрон, Илья Александрович, 2011 год

1. P. James, "Protein identification in the post-genome era: the rapid rise of proteomics.," Quarterly reviews of biophysics, vol. 30 (4), pp. 279-331, 1997.

2. M. B. Comisarow and A. G. Marshall, "Fourier transform ion cyclotron resonance spectroscopy," Chemical Physics Letters, vol. 25, no. 2, pp. 282-283, March 1974.

3. M. Yamashita and J. B. Fenn; "Electrospray ion source. Another variation on the free-jet theme," Journal of Physical Chemistry, vol. 88, no. 20, pp. 4451-4459, 1984.

4. J. B. Fenn, M. Mann, С. K. Meng, S. F. Wong, and С. M. Whitehouse, "Electrospray ionization for mass spectrometry of large biomolecules," Science, vol. 246 (4926), pp. 64—71,1989.

5. M.JI. Александров, JI.H. Галль, H.B. Краснов, В.И. Николаев, and В.А. Шкуров, "Прямая стыковка микроколоночного жидкостного хроматографа с масс-спектрометром," Биоорганическая химия, vol. 10, pp. 710-711,1984.

6. М. Karas and F. Hillenkamp, "Laser desorption ionization of proteins with molecular masses," Anal. Chem., vol. 60, no. 20, pp. 2299-2301, 1988.

7. M. S. Wilm and M. Mann, "Electrospray and Taylor-Cone theory, Dole's beam of macromolecules at last?," International Journal of Mass Spectrometry and Ion Processes, vol. 136, no. 2-3, pp. 167-180,1994.

8. F. S. Collins, E. D. Green, A. E. Guttmacher, and M. S. Guyer, "A vision for the future of genomics research," Nature, vol. 422(6934), pp. 835-847, 2003.

9. S. E. Lander, "Initial sequencing and analysis of the human genome," Nature, vol. 409(6822), pp. 860-921, 2001.

10. J. C. Venter, "The sequence of the human genome," Science, vol. 291, pp. 1304-51, 2001.t

11. International Human Genome Sequencing Consortium, "Finishing the euchromatic sequence of the human genome," Nature, vol. 431 (7011), pp. 93145, 2004.

12. O. N. Jensen, "Modification-specific proteomics: characterization of post-translational modifi-cations by mass spectrometry," Curr. Opin. Chem. Biol., vol. 8(1), pp. 33-41, 2004.

13. K. Tanaka, H. Waki, Y. Ido, S. Akita, Y. Yoshida, and T. Yoshida, "Protein and Polymer Analyses up to m/z 100 000 by Laser Ionization Time-of flight Mass Spectrometry," Rapid Commun Mass Spectrom, vol. 2, no. 20, pp. 151-3.

14. D. Fenyo, J. Qin, and B. J. Chait, "Protein identification using mass spectrometric information," Electrophoresis, vol. 19, pp. 998-1005,1998.

15. D. Fenyo, J. Eriksson, and R. Beavis, "Mass spectrometric protein identification using the global proteome machine," Methods Mol. Biol., vol. 673, pp. 189-202, 2010.

16. J. Eriksson and D. Fenyo, "Protein identification in complex mixtures," J Proteome Res, vol. 4, pp. 387-93, 2005.

17. J. Eriksson and D. Fenyo, "Improving the success rate of proteome analysis by modeling protein-abundance distributions and experimental designs," Nat Biotechnol, vol. 25, pp. 651-5, 2007.

18. O. N. Jensen, A. V. Podtelejnikov, and M. Mann, "Identification of the components of simple protein mixtures by high accuracy peptide mass mapping and database searching," Anal Chem, vol. 69, pp. 4741-50, 1997.

19. D. A. Wolters, M. P. Washburn, and J. R. Yates, "An Automated Multidimensional Protein Identification Technology for Shotgun Proteomics," Anal. Chem., vol. 73, no. 23, pp. 5683-5690, 2001.

20. K. Hakansson, H. J. Cooper, M. R. Emmett, C. E. Costello, A. G. Marshall, and C. L. Nilsson, "Electron Capture Dissociation and Infrared Multiphoton

21. Dissociation MS/MS of an N-Glycosylated Tryptic Peptide To Yield Complementary Sequence Information," Anal. Chem., vol. 73, no. 18, pp. 45304536, 2001.

22. Jack Simons, "Mechanisms for S-S and N-Ca bond cleavage in peptide ECD and ETD mass spectrometry," Chemical Physics Letters, vol. 484, no. 4-6, pp. 8195, 2010.

23. A. G. Harrison, "To b or not to b: the ongoing saga of peptide b ions," Mass Spectrom Rev, vol. 28, no. 4, pp. 640-54, 2009.

24. M.M. Savitski, F. Kjeldsen, M.L. Nielsen, and R.A. Zubarev,

25. Complementary sequence preferences of electron-capture dissociation and vibrational excitation in fragmentation of polypeptide polycations," Angewandte Chemie International Edition, vol! 45, no. 32, pp. 5301-5303, August 2006.

26. J. K. Eng, A. L. McCormack, and J. R. Yates, "An approach to correlate mass spectral data with amino acid sequences in a protein database," J Am Soc Mass Spectrom, vol. 5, p. 976,1994.

27. Matthias Mann and Matthias Wilm; "Error-tolerant identification of peptides in sequence databases by peptide sequence tags," Anal Chem, vol. 66, pp. 4390-9.

28. J. Zimmer, M.E. Monroe, Qian, W.J., and R.D. Smith, "Advances in proteomics data analysis and display using an accurate mass and time tag approach," Mass Spectrometry Reviews, vol. 25, pp. 450-482, 2006.

29. M. F. Khan, M. J. Bennett, C. C. Jumper, A. J. Percy, L. P. Silva, and D. C. Schriemer, "Proteomics by mass spectrometry—Go big or go home?," J. Pharm. Biomed. Anal., no. doi:10.1016/j.jpba.2011.02.012, February 2011.

30. N. L. Kelleher, H. Y. Lin, G. A. Valaskovic, D. J. Aaserud, E. K. Fridriksson, and F. W. McLafferty, "Top Down versus Bottom Up Protein Characterization by Tandem High-Resolution Mass Spectrometry," J. Am. Chem. Soc., vol. 121, pp. 806-812, 1999.

31. N. L. Kelleher, "Top-down proteomics," Anal Chem, vol. 76, no. 11, pp. 197A-203A, June 2004.

32. J. J. Coon, B. Ueberheide, J. E. P. Syka, D. D. Dryhurst, J. Ausio, J. Shabanowitz, and D. F. Hunt, "Protein identification using sequential ion/ion reactions and tandem mass spectrometry," Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., vol. 102, pp. 9463-9468, 2005.

33. M.M. Savitski, M.L. Nielsen, F. Kjeldsen, and R.A. Zubarev, "Proteomics-Grade de Novo Sequencing Approach," J. Proteome Res., vol. 4, no. 6, pp. 23482354, 2005.

34. R.D. Smith, G.A. Anderson, M.S. Lipton, L. Pasa-Tolic, Y. Shen, T.P. Conrads, T.D. Veenstra, and H.R. Udseth, "An accurate mass tag strategy forquantitative and high-throughput proteome measurements," Proteomics, vol. 2, no. 5, pp. 513-523, 2002.

35. Y. Shen, N. Tolic, C. Masseion, L Pasa-Tolic, DGI Camp, K.K. Hixson, R. Zhao, G.A. Anderson, and R.D. Smith, "Ultrasensitive proteomics using high-effciency on-line micro-SPE-NanoLC-NanoESI MS and MS/MS," Anal. Chem., vol. 76, pp. 144-154, 2004.

36. T. Liu, M.E. Belov, N. Jaitly, W.J. Qian, and R.D. Smith, "Accurate Mass Measurements in Proteomics," Chem. Rev., vol. 107, pp. 3621-3653, 2007.

37. T. P.' Conrads, G. A. Anderson, T. D. Veenstra, L. Pasa-Tolic, and R. D Smith, "Utility of Accurate Mass Tags for Proteome-Wide Protein Identification," Anal. Chem., vol. 72, pp. 3349-3354, 2000.

38. Агрон И.А., Автономов Д.М., Кононихин A.C., Попов И.А., Мошковский С.А. и Николаев E.H. «База данных по точным массово-временным меткам для хромато-масс-спектрометрического анализа протеома мочи» в Т.75, №5, стр. 636-641, 2010 г.

39. Ют К. Hixson, "Label-Free Relative Quantitation of Prokaryotic Proteomes Using the Accurate Mass and Time Tag Approach," Methods in Molecular Biology, vol. 492, pp. 39-63, 2009.

40. А.Т. Kopylov, V.G. Zgoda The methods of quantitative proteomics // Biochemistry, 2008. V. 2, No. 1. - P. 28-46.

41. Spirson D.B. and Rittenberg D. Labeling of peptides during hydrolysis // Nature. 1951. - V. 167. - P. 484-487.

42. Senko M.W., Beu S.C. and McLafferty F.W. Determination of monoisotopic masses and ion populations for large biomolecules from resolved isotopic distributions // Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 1995. — V. 6. - P. 229-233.

43. Gygi S.P., Rist В., Gerber S.A., Turecek F., Gelb M.H., Aebersold R. Quantitative analysis of complex protein mixtures using isotope-coded affinity tag // Nat.Biotechnol. 2009. - V. 17. - P. 994-999.

44. Shen M., Guo L., Wallace A., Fitzner J., Eisenman J., Jacobson E., Jhonson R.S. Isolation and isotope labeling of cysteine-and methionine-containing tryptic peptides // Мої. Cell. Proteomics. 2003. - V. 2. - P. 315-324.

45. Warwood S., Mohammed S., Cristea I.M., Evans C., Whetton A.D., Gaskell S.J., Guanidination chemistry for qualitative and quantitative proteomics // Rapid Comm. Mass Spectrom. 2006. - V. 20. - P. 3245-3256.

46. Yao X., Freas A., Ramirez J, Demirev P.A., Fenselau C. Proteolytic 180 labeling for comparative proteomics: model studies with two serotypes of adenovirus // Anal Chem. 2001. - V. 73. - P. 2836-2842.

47. Yao X., Afonso C., Fenselau C. Dissection of proteolytic 180 labeling: endoprotease-catalyzed 160-to-180 exchange of truncated peptide substrates // J. Proteome Res. 2003. - V. 2. - P. 147-152.

48. Cao Yi, Balamurali M.M., Sharma D., Li H. A functional single-molecule binding assay via force spectroscopy // PNAS. 2007. V. 104. P. 15677-15681.

49. Hinterdorfer P., Dufrene Y.F. Detection and localization of single molecular recognition events using atomic force microscopy // Nat. Methods. 2006. V.3. P. 347.

50. Дедков В.Г., Дедкова Е.Г. Контактная атомно-силовая спектроскопия биологических тканей // Письма в ЖТФ. 2010. Т. 36. № 3. С. 76.

51. Fillaux F., de Loze С. Spectroscopic study of monosubstited amides. II. Rotation isomers in amides substituted by aliphatic side-chain models. // Biopolymers. 1972. V. 11. P. 2063.

52. Fillaux F., de Loze C. Spectroscopic studies of the monosubstituted amides. VI. Neutron inelastic scattering spectra of N-methyl acetamide // Chem. Phys. Lett. 1976. V. 39. P. 547.

53. Picquart M., Haro-Poniatowski E., Morhange J.F., Jouanne M. Low frequency vibrations and structural characterization of a murine IgG2amonoclonal antibody studied by Raman and IR spectroscopies // Biopolymers. 2000. V. 53. P. 342.