Конформационные изменения молекулы ДНК при ее взаимодействии с биологически активными соединениями в растворе тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.06, доктор физико-математических наук Касьяненко, Нина Анатольевна

• Касьяненко, Нина Анатольевна
• доктор физико-математических наук
• 2003

Оглавление диссертации доктор физико-математических наук Касьяненко, Нина Анатольевна

Введение.

Глава 1. Влияние ионного состава раствора на структуру и свойства молекулы ДНК.

1.1. Структурная организация молекулы ДНК.

1.2. Процессы протонирования и депротонирования в растворах ДНК.

1.3. Полиэлектролитные свойства ДНК при ее взаимодействии с ионами металлов.

Глава 2. Взаимодействие молекулы ДНК с биологически активными многозарядными и комплексными ионами.

2.1. Конденсация ДНК, вызванная ее взаимодействием с многовалентными ионами.

2.2. Взаимодействие молекулы ДНК с координационными соединениями платины.

Глава 3 Методы исследования конформации макромолекул и их комплексов с биологически активными соединениями.

3.1. Некоторые понятия конформационной статистики макромолекул.

3.2. Элементы теории вязкости.

3.3. Основы теории двойного лучепреломления в потоке и его измерение.

3.4. Спектральные методы.

3.5. Статическое и динамическое рассеяние света.

3.6. Флуоресцентная и атомная силовая микроскопия.

3.7. Характеристика изучаемых объектов

Глава 4. Сравнительный анализ конформационных изменений ДНК в растворе при ее взаимодействии с ионами различной структуры и валентности.

4.1. Влияние ионного состава и рН раствора на конформацию

4.2. Сопоставление влияния двух- и трехвалентных ионов металлов на конформацию молекулы ДНК в растворе.

4.3. Взаимодействие молекулы ДНК с синтетическими полимерами в растворе.

Глава 5. Комплексы молекулы ДНК с соединениями платины, проявляющими биологическую активность.

5.1. Изучение влияния состава первой координационной сферы платины на характер ее взаимодействия с молекулой ДНК.

5.2. Влияние диметилсульфоксида на взаимодействие соединений платины с молекулой ДНК.

5.3. Комплексообразование ДНК с моноядерными соединениями двухвалентной платины, содержащими сложные лиганды.

5.4. Взаимодействия молекулы ДНК с биядерными соединениями двухвалентной платины.

5.5. Сравнение взаимодействия молекулы ДНК с моно- и биядерными соединениями двух- и четырехвалентной платины, содержащими теофилин.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Конформационные изменения молекулы ДНК при ее взаимодействии с биологически активными соединениями в растворе»

Интерес к изучению процессов, протекающих в растворах полиэлектролитов, обусловлен широким использованием заряженных макромолекул в различных областях науки и промышленных технологиях. При использовании полиэлектролитов существенную роль играют их конформационные свойства, которые определяются плотностью заряда, структурой, молекулярной массой и жесткостью полимеров, а также природой и составом растворителя. Изучение конформации заряженных макромолекул при их взаимодействии с малыми лигандами может способствовать поиску способа направленного влияния на свойства полимеров и их комплексов. Такие исследования важны и для решения проблемы направленного синтеза новых низкомолекулярных соединений, находящих применение в различных отраслях народного хозяйства, в том числе в фармакологии и медицине.

Исследование структуры и свойств биополимеров является важнейшей задачей науки о высокомолекулярных соединениях. Все биологические макромолекулы являются полиионами. Среди них особое место занимает молекула ДНК, обеспечивающая хранение и передачу генетической информации живых организмов. Являясь чрезвычайно жестким и сильно заряженным полимером, она представляет собой уникальный объект исследования не только из-за высокой биологической ценности. В водном растворе высокомолекулярная двуспиральная ДНК приобретает конформацию статистического клубка, в то время как в ядре клетки она находится в компактном состоянии, которое обеспечивается, в частности, ее взаимодействием с катионными группами гистонов и ионами металлов, подавляющими электростатическое расталкивание заряженных групп макромолекулы. Однако в некоторых биологических процессах происходит разворачивание ДНК. Способность ДНК обратимо переходить в компактное состояние с сохранением своей вторичной структуры является важнейшим свойством, необходимым для ее функционирования. Известно, что решающая роль при этом принадлежит электростатическим взаимодействиям. В связи с этим исследование комплексообразования молекулы ДНК с заряженными биологически активными соединениями различной природы на уровне модельных систем (водных растворов малой концентрации) представляет интерес как для понимания конформационных превращений макромолекулы в различных биологических процессах, так и для создания новых биологически активных препаратов. Вместе с тем, такие исследования позволяют уйти от рассмотрения взаимодействий только с точки зрения их биологической значимости. Водно-солевые растворы высокомолекулярной природной ДНК являются типичными полиэлектролитными системами, в которых конформация макромолекул зависит от степени экранировки ионогенных групп и состава растворителя. Таким образом, изучение взаимодействия ДНК с заряженными соединениями различной природы и валентности полезно не только для понимания процессов, протекающих в биологических структурах с участием нуклеиновых кислот, но и для всестороннего исследования полиэлектролитных свойств жестких полимеров.

Практически во всех процессах, протекающих с участием нуклеиновых кислот, участвуют ионы металлов. Их роль зависит от природы, валентности и содержания в клетке. Они выполняют структурообразующие функции, являются посредниками при образовании контактов ДНК с ядерными белками и ферментами, регулируют транспорт веществ. Однако влияние ионов металлов на биологические процессы не ограничивается только участием в нормальном функционировании клетки. Ионы некоторых двухвалентных металлов могут оказывать канцерогенное действие на живой организм. Они участвуют и в процессе апоптоза («осознанной» гибели клетки), ключевым событием которого является повреждение ДНК. Использование модельных систем может служить простым и эффективным способом изучения влияния ионов различных металлов на генетический материал клетки.

В диссертационной работе проводится сравнение конформационных изменений ДНК при ее взаимодействии с ионами металлов разной валентности. При этом новые данные получены как для области больших концентраций одновалентных противоионов, так и при использовании двух- и трехвалентных ионов металлов. Благодаря привлечению взаимодополняющих методов исследования, а также разработке оригинальных подходов к изучению взаимодействия ион-ДНК, в работе получены экспериментальные данные, позволяющие выявить характерные особенности конформационных изменений макромолекулы при ее взаимодействии с заряженными соединениями различной структуры и валентности.

В последнее время в связи с развитием новых технологий возникла необходимость направленного внедрения заданного генетического материала в клетки-мишени. В связи с этим большой интерес привлекает изучение комплексов ДНК с различными агентами, вызывающими обратимую компактизацию макромолекулы в растворе. Помимо компактного состояния, для эффективного использования таких комплексов необходимо, чтобы компактизация носила обратимый характер, а молекула ДНК была надежно защищена от действия агрессивных факторов. На практике для создания таких систем используют липосомы, инактивированные вирусные частицы, полипептиды и синтетические поликатионы. Последние имеют ряд существенных преимуществ по сравнению с другими агентами. Они не являются биологическими объектами, поэтому при их использовании меньше вероятность иммунологических реакций. Созданные на их основе генные векторы существенно дешевле систем, содержащих липосомы или оболочки вирусов. Наконец, для синтетических полимеров всегда существует возможность их модификации путем направленного синтеза новых соединений. Для успешного применения таких систем необходимы исчерпывающие знания о конформационных возможностях ДНК, о характере ее взаимодействия с заряженными агентами. В работе исследуется компактизация ДНК при ее взаимодействии с ионами трехвалентных металлов и поликатионами. Проводится сопоставление влияния многозарядных «точечных» ионов и клубкообразных полиионов на конформацию ДНК в растворе.

Возможность влияния на протекающие в биологических системах процессы путем введения определенных агентов, взаимодействующих с ДНК, расширяет перспективы создания новых лекарственных форм. Заметим, что основной принцип действия используемых в настоящее время в практической медицине противоопухолевых препаратов основан на их связывании с молекулой ДНК в клетке. Для этого также необходимы широкие знания о взаимодействии лиганд - ДНК.

Среди биологически активных соединений, используемых в работе, особое место занимают противоопухолевые препараты на основе платины. Эти неорганические комплексные соединения достаточно легко синтезируются и применяются при лечении целого ряда опухолей. Они просты в использовании, хотя и являются достаточно дорогостоящими. Наиболее известным представителем таких соединений является цис-диаминодихлорплатина (цис-ДДП). Согласно литературным данным, эффективность ее действия при лечении ряда опухолей чрезвычайно велика. К сожалению, достаточно серьезные побочные эффекты, неизбирательность действия и развитие сопротивляемости организмов к этому препарату значительно ограничивают его применение. В связи с этим поиск аналогов цис-ДЦП, не уступающих ей в активности и не обладающих ее отрицательными качествами, является весьма актуальной задачей. В настоящее время установлено, что основной «мишенью» действия противоопухолевых препаратов платины в клетке является молекула ДНК. Образование комплексов платины с ДНК препятствует делению клетки и тормозит развитие опухоли. Изучение комплексообразования молекулы ДНК с координационными соединениями платины в растворе может служить способом исследования молекулярного механизма действия новых препаратов. В процессе таких исследований по конформационным изменениям молекулы ДНК можно следить за характером взаимодействия макромолекулы с малыми лигандами. Сравнение данных, полученных для известных биологически активных соединений и новых аналогов, может способствовать предварительному отбору препаратов, минуя трудоемкую и дорогую процедуру биологических тестов. Использование физико-химических методов для исследования взаимодействия соединений платины с молекулой ДНК на уровне модельных систем может дать ценную информацию о влиянии стерических и структурных особенностей платиновых комплексов на их биологическую активность. Такой подход разрабатывается в настоящей работе.

Сказанное выше свидетельствует об актуальности темы предлагаемой диссертационной работы. Практическая значимость работы определяется возможностью использования результатов и выводов при направленном синтезе новых биологически активных соединений, а также при исследовании процессов, протекающих с участием полиэлектролитов различной природы.

Природная ДНК при нейтральных рН является жесткоцепным полианионом с достаточно консервативной вторичной структурой. Вариация рН среды может привести к существенному изменению зарядовых и конформационных свойств макромолекулы. Существует область рН, границы которой зависят от ионной силы раствора, в которой ДНК приобретает полиамфолитные свойства при сохранении двуспиральной структуры. С другой стороны, в области щелочных рН наблюдается увеличение плотности и без того значительного отрицательного заряда макромолекулы. При щелочной или кислотной денатурации ДНК, которая наблюдается при более значительном изменении рН раствора, происходит катастрофическое падение ее жесткости. Этот процесс сопровождается уменьшением гидрофильности ДНК, так как обычно расположенные внутри двойной спирали гидрофобные азотистые основания при этом вступают в контакт с молекулами воды вследствие нарушения водородных связей, обеспечивающих стабильность вторичной структуры макромолекулы. Сказанное выше свидетельствует о том, что молекула ДНК представляет собой уникальный объект, зарядовые свойства, жесткость, гидрофильность которого можно достаточно легко варьировать при изменении ионной силы, кислотности и состава растворителя. Таким образом, изучая взаимодействие молекулы ДНК с выбранными соединениями при вариации ионной силы и рН раствора, состава растворителя, можно получить дополнительную информацию о структуре и свойствах образующихся комплексов. В работе при исследовании комплексообразования ДНК с различными соединениями используется протонированная форма макромолекулы. Такой подход является оригинальным. В связи с этим проводится подробное исследование влияния рН на конформацию двуспиральной ДНК в растворе.

Для решения поставленных в работе задач был разработан также способ исследования механизма действия ряда биологически активных соединений с использованием конкурирующих агентов, заключающийся в изучении сложных систем -водных растворов ДНК, содержащих исследуемое вещество и различные низкомолекулярные добавки, взаимодействие которых с молекулой ДНК известно. Изучение конкуренции за место связывания в таких системах дает информацию об участии тех или иных групп макромолекулы в образовании комплекса и характере взаимодействия компонентов.

Цель диссертационной работы состояла в анализе конформационных изменений высокомолекулярной природной ДНК ее при взаимодействии с заряженными соединениями различной структуры и состава в растворе для определения молекулярного механизма действия ряда биологически активных соединений, образующих комплексы с ДНК с участием электростатических взаимодействий, а также в поиске способа предварительного отбора новых препаратов на основании анализа конформационных изменений ДНК при комплексообразовании в модельных системах (разбавленных водно-солевых растворах).

Заметим, что наиболее серьезные конформационные изменения наблюдаются при нарушении вторичной структуры ДНК в результате кислотной, щелочной или тепловой денатурации (плавление). Такой конформационный переход типа спираль-клубок достаточно хорошо изучен и его исследование не входит в круг задач, решаемых в данной работе. Хотя многие из используемых соединений при определенных условиях могут дестабилизировать двойную спираль и вызывать нарушение вторичной структуры ДНК, нас в первую очередь интересовали конформационные изменения двуспиральной ДНК в процессе изучаемого взаимодействия. Для этого мы осуществляли контроль за состоянием вторичной структуры макромолекулы с помощью спектральных методов.

Задачи, решаемые в диссертационной работе.

Исследование конформационных изменений молекулы ДНК в процессе ее взаимодействия с ионами металлов, комплексными ионами и поликатионами при изменении концентрации и заряда противоионов.

Определение характера и позиции связывания используемых соединений с ДНК, анализ влияния ионной силы и рН раствора на процесс комплексообразования.

Рассмотрение влияния изменения плотности заряда макромолекулы в результате протонирования и депротонирования на ее полиэлектролитное набухание и термодинамическую жесткость.

Изучение обратимой компактизации ДНК точечными многовалентными ионами и синтетическими поликатионами. Исследование состояния вторичной структуры ДНК при ее конденсации в растворе.

Сравнительный анализ взаимодействия ДНК с координационными соединениями платины, проявляющими противоопухолевую активность, их неактивными аналогами и новыми соединениями, синтезированными в Санкт-Петербургской химико-фармацевтической академии для выявления возможной корреляции между их структурой, биологической активностью и характером влияния на конформацию ДНК в растворе.

Научная новизна работы. Следует отметить, что, несмотря на обширную литературу, посвященную исследованию полиэлектролитных свойств ДНК, необходимые для данного исследования сведения о поведении макромолекулы в условиях избытка противоионов, о влиянии двухвалентных и трехвалентных противоионов на конформационные параметры ДНК либо были противоречивы, либо отсутствовали. Полученные в работе данные в ряде случаев позволили уточнить существующие представления, а также обнаружить новые особенности конформационных изменений ДНК при ее взаимодействии с малыми лигандами. Впервые изучена оптическая анизотропия макромолекулы при значительных концентрациях противоионов, Впервые проведено исследование влияния протонирования и депротонирования на объем и термодинамическую жесткость двуспиральной ДНК. Впервые получены данные, свидетельствующие о внутримолекулярном структурировании ДНК при малых концентрациях точечных многовалентных ионов. Являются оригинальными и подходы, разработанные для изучения комплексообразования (использование протонированной ДНК, исследование сложных систем, содержащих конкурирующие за место связывания агенты). Кроме того, все результаты, связанные с изучением комплексов ДНК с координационными соединениями платины, были получены впервые. В работе использовали новые препараты, синтезированные в Санкт- Петербургской химико-фармацевтической академии. Для известных противоопухолевых препаратов впервые получены данные о гидродинамических свойствах и термодинамической жесткости ДНК в процессе взаимодействия.

Достоверность полученных результатов определяется использованием взаимодополняющих методов исследования третичной и вторичной структуры макромолекул. Полученные различными методами данные хорошо согласуются между собой и не противоречат существующим представлениям. Выводы основаны на результатах, полученных неоднократно. Фиксируемые изменения параметров находятся за пределами ошибки измерений. Кроме того, направленный подбор соединений и условий проведения экспериментов позволил наиболее полно раскрыть особенности конформационных изменений ДНК в процессе изучаемых взаимодействий. Важной особенностью подобных исследований является наличие таких сложностей, как сохранение изоионности при концентрационных исследованиях разбавленных растворов, а в ряде случаев сохранение молекулярности растворов и стабильности систем. В работе выполнены методические разработки, позволяющие преодолеть эти проблемы.

Хотя высокомолекулярная природная ДНК, являющаяся основным объектом исследования в предлагаемой работе, обладает чрезвычайно большой персистентной длиной, мы не можем пренебрегать объемными эффектами вследствие существенного полиэлектролитного набухания даже при умеренных ионных силах раствора. Разделение ближних и дальних взаимодействий при исследовании конформации заряженных макромолекул является обычно довольно сложной задачей. Использование сочетания методов вискозиметрии и динамического двойного лучепреломления дает возможность контроля над ближними взаимодействиями в растворах ДНК. При конформационных исследованиях необходимо располагать сведениями и о вторичной структуре молекулы ДНК, которые можно получить с помощью используемых в работе спектральных методов (кругового дихроизма, УФ- спектрофотометрии). Для некоторых систем были использованы также методы наблюдения за индивидуальными молекулами -флуоресцентная и атомная силовая микроскопия, а также статическое и динамическое светорассеяние. Необходимо отметить также возможность получения дополнительных сведений при проведении сравнительного анализа результатов, полученных при вариации ионного состава среды (изменение концентрации низкомолекулярного поддерживающего электролита в широких пределах, увеличение или понижение кислотности среды, вызывающее изменение плотности заряда на макромолекулах и др.)

Все экспериментальные результаты, представленные в работе, получены соискателем лично или совместно со студентами и аспирантами. Синтез и исследование структуры биологически активных соединений проводили сотрудники Санкт-Петербургской химико-фармацевтической академии. Получение и характеристику синтетических полимеров осуществляли сотрудники Института высокомолекулярных соединений РАН.

Таким образом, в работе проведен анализ процесса образования, структуры и устойчивости биологически значимых комплексов природной ДНК с заряженными соединениями. Проводится также исследование влияния ионного состава и рН среды, заряда связывающегося соединения на комплексообразование, выявление общих для полиионов свойств, проявляющихся при их взаимодействии с противоположно заряженными агентами.

Результаты работы докладывались и обсуждались на конференциях и симпозиумах:

XII международном биофизическом конгрессе (Амстердам, 1996), II европейском биофизическом конгрессе (Орлеан, 1997), II симпозиуме по молекулярной структуре (Вена, 1997), международном симпозиуме по коллоидной и молекулярной электрооптике (Санкт-Петербург, 1997), семинаре «Понимание полиэлектролитов» (Майнц, 1997), международной конференции "Фундаментальные проблемы физики полимеров" (Москва, 1997), 2 международной конференции «Химия высокоорганизованных веществ и научные основы нанотехнологии» (С.-Петербург,

1998), конференции «Человек-лекарство» (Москва, РАМН, 1998), международном симпозиуме «Физика биологических систем» (Киев, 1998), II международном симпозиуме «Полиэлектролиты» (Инаяма, Япония, 1998), международной конференции "Фармацея в XXI веке" (Санкт-Петербург, 1999), 2 съезде биофизиков России (Москва,

1999), XIII международном биофизическом симпозиуме (Дели, 1999) Международной конференции "Конформация, модификация и узнавание ДНК в биомедицине (Брно,

2000), III европейском биофизическом конгрессе (Мюнхен, 2000), XVII международном Черняевском совещании по химии, анализу и технологии платиновых металлов (Москва,

2001), XIV семинаре по межмолекулярному взаимодействию и конформациям макромолекул (Иваново, 2001), II, III и IV международных симпозиумах «Молекулярный порядок и подвижность в полимерных системах» (1996, 1999, 2002, Санкт-Петербург).

Основные результаты диссертации опубликованы в работах:

1. Касьяненко Н.А., Семенова О.Ю., Кленин С.И., Быкова Е.Н., Медведев Г.П., Аветисян П.К., Фрисман Э.В. Исследование молекулярных характеристик полимерных флокулянтов в растворах разной ионной силы. Высокомолекулярные Соединения 1985, т. А27, №5, с. 1073-1078.

2. Касьяненко Н.А., Бартошевич С.Ф., Фрисман Э. В Исследование влияния рН среды на конформацию молекулы ДНК. Молекулярная биология, 1985, т. 19, №5, с. 13 861393.

3. Касьяненко Н.А., Фрисман Э.В., Кленин С.И., Быкова Е.Н., Кочеткова И.С. Исследование влияния ионной силы и рН среды на конформацию полимерных флокулянтов Высокомолекулярные соединения. 1987, Т.А29, №6, с.1129-1135

4. Касьяненко Н.А., Дьяконова Н.Е., Фрисман Э.В. Исследование молекулярного механизма взаимодействия ДНК с двухвалентными ионами металлов. Молекулярная биология. 1989, т.23, №4, с.975-982

5. Фрисман Э.В., Касьяненко Н.А. Гидродинамическое и оптическое поведение молекулы ДНК в области больших ионных сил. Молекулярная биология. 1990, т.24, №2, с.318-327.

6. Kasyanenko N. A., Frisman E.V. DNA conformation in solutions of high ionic strength. 2 World Congress of Theoretical Organic Chemists 1990, Toronto p.CA-21

7. Касьяненко H.A., Валуева C.B., Сморыго H.A., Дьяченко С.А., Фрисман Э.В. Исследование взаимодействия молекулы ДНК с координационными соединениями двухвалентной платины 1. Взаимодействие цис-ДДП с молекулой ДНК. Молекулярная биология, 1995, т.29, №2, с.345-353

8. Касьяненко Н.А. Дарымов М.А., Сморыго Н.А., Дьяченко С.А. Фрисман Э.В. Исследование взаимодействия молекулы ДНК с координационными соединениями двухвалентной платины II. Влияние природы и расположения лигандов в первой координационной сфере платины. Молекулярная биология, 1995, т.29, №3, с.585-594.

9. Kasyanenko N. A., Prokhorova S.A., Frisman E.V. DNA complexes with Fe3+ and Pt (II) Compounds. Progress in Biophysics and Molecular Biology, 1996, v.65, p. 142

10. Kasyanenko N. A., Haya E.E.F., Sudakova S. S., Prokhorova S.A. A comparative study of DNA interaction with mono-, di-, and trivalent metal ions and coordination compounds of Pt(II) and Co(III). European Biophysics Journal with Biophysics Letters, 1997, 26/1, p.50.

11. Kasyanenko N. A., Diachenko S.A., Smorygo N.A., Ivin B. A. Interaction of DNA with coordination compounds of Pt(II) and Co(III). In Proceedings of the 2 Int. Symp. On Molecular Struct. Biol., 1997, Vienna, p.128.

12. Kasyanenko N. A, Karymov M. A., Kokareva G.V. DNA conformation at high concentration of counterions. Understanding of Polyelectrolytes -Int. Symp., Mainz, Germany, 1997, p. 15

13. Касьяненко H.A., Прохорова С.А., Николенко O.B., Дьяченко С.А., Сморыго Н.А. Исследование взаимодействия молекулы ДНК с координационными соединениями двухвалентной платины III. Соединения платины с двумя пиримидиновыми лигандами. Молекулярная биология 1997, т. 31, №2,299-304

14. Kasyanenko N. A, Nazarova O.V., Panarin E.F. Zanina A.V. DNA interaction with different counterions and complex ions in solution. II Symposium on Polyelectrolytes 1998 Abstracts. Inyama, Japan, Nagoya Univ. COOP p.44.

15. Kasyanenko N. A., Arikainen N., Frisman E. Investigation of DNA Complexes with Iron Ions in Solution. Biophysical Chemistry. 1998, v.70, p.93-100.

16. Kasyanenko N. A , Prokhorova S., Haya E.E.F., Sudakova S. Interaction of protonated DNA with trans-diclorodiammineplatinum(II) Colloids and Surfaces A - Physicochemical and Engineering Aspects 148/1-2, (1999) p. 121-128

17. Kasyanenko N. A., Zanina A., Plotnikova L., Simonenkov A., Defrenne S., Nazarova O. Study of the DNA Packing Caused by Charged Compounds of Different Nature in solution. Macromolecular. Symp. 1998, v.l36,p.25-31.

18. Kasyanenko N. A., Nazarova O., Panarin E., Zanina A. Study of the DNA Packing Caused by Multivalent Ions. In: Polyelectrolytes. Ed. Ichiro Noda, Etsuo Kokufuta,Yamada Sci. Foundation, Osaka, Japan,(1999) p. 153-155

19. Kasyanenko N. A., Haya E.E.F., Bogdanov A., Zanina A. DNA Conformation in Complexes with the Coordination Compounds. Journal of Biosciences (1999) v. 24, s.l,p. 90.

20. Kasyanenko N. A., Zanina A., Nazarova O., Panarin E. DNA Interaction with Complex Ions in Solution. Langmuir, (1999) v.15, n 23, p.7912-7917

21. Kasyanenko N. A., Haya E.F., Bogdanov A., Yakovlev K. Studies of cis- and trans- DDP competition for the binding position on DNA In: International Conference on DNA Conformation, Modification and Recognition in Biomedicine Brno, July 2-5,2000, p.24

22. Kasyanenko N. A., Kopyshev A. M., Obuhova O. N., Nazarova О. V., Panarin E. F. DNA Interaction with Synthetic Polycations in a Solution. European Biophysics Journal with Biophysics Letters, 2000, 29/4-5, p.249, 254.

23. Касьяненко H.A., Плотникова Л.В. Изучение взаимодействия молекулы ДНК с ионами железа в присутствии двухвалентного марганца Вестник Санкт-Петербургского университета. Сер. 4. 2001, вып. 1. (N 24) Физика стр. 3-10

24. Касьяненко Н.А., Обухова О.Н., Назарова О.В., Панарин Е.Ф. Комплексы ДНК с» полиаллиламином в растворе. Журнал физической химии (2002), т.76, с. 2036-2042.

25. Касьяненко Н.А., Айа Э.Э.Ф., Богданов А.А., Космотынская Ю.В., Яковлев К.И < Сравнение комплексообразования ДНК с противоопухолевым препаратом цис-ДДП и биядерным соединением двухвалентной платины, содержащим пиразин. Молекулярная биология (2002) т.36, с. 1-8.

26. Касьяненко Н.А., Богданов А.А., Дефрене С. Взаимодействие молекулы ДНК с координационными соединениями платины и кобальта в растворе Биофизика (2002) т.47, вып.З, 449-452.

27. Касьяненко Н.А., Богданов А.А., Космотынская Ю.В., Спевак В.Н. Комплексы ДНК с соединениями двухвалентной платины в присутствии диметилсульфоксида. Журн. Физ. Химии (2002), т.76, с.2043-2048.

28. Касьяненко Н.А., Плотникова JI.В., Занина А.В., Андержанов А.Ш., Дефрене С. Изучение комплексов ДНК с трехвалентными ионами металлов в присутствии ионов марганца. Биофизика (2002) т.47, вып.З, 433-438.

29. Kasyanenko N.A., Obukhova О. N, Baibak N. A., Nazarova О. V. Panarin Е. F. Investigation of DNA interaction with synthetic polymers in solution in the presence of metal ions. In.: Book of Abstracts of 4 International Symposium Molecular Order and Mobility in Polymer Systems, St.-Petersburg, (2002), p.214.

Заключение диссертации по теме «Высокомолекулярные соединения», Касьяненко, Нина Анатольевна

4. Результаты работы свидетельствуют о том, что трехвалентные ионы металлов вызывают компактизацию ДНК даже в условиях полной экранировки ее заряда одновалентными противоионами в результате образования внутримолекулярной «скрепки», обеспечивающей появление взаимно ориентированных участков ДНК.

5. Исследование взаимодействия молекулы ДНК с синтетическими поликатионами показало, что в разбавленных растворах, содержащих противоположно заряженные полиионы и низкомолекулярную соль, в некоторой области концентраций полимеров не наблюдается образования полиэлектролитных комплексов, в отличие от многозарядных точечных ионов, оказывающих влияние на объем ДНК даже при весьма малом их содержании в растворе. Приблизительно при равных концентрациях противоположно заряженных групп полиионов в растворе наблюдается образование обратимых компактных структур. Показано, что в таком комплексе ДНК надежно защищена от протонирования и атаки биологически активных соединений. Молекулярная масса поликатиона и плотность его заряда влияет на процесс образования компактных структур.

6. В работе предложен новый подход к изучению взаимодействия биологически активных соединений с ДНК путем исследования сложных многокомпонентных систем, в которых осуществляется конкуренция между лигандами за место связывания на макромолекуле

7. Показано, что для образования биологически значимых комплексов изученных в работе соединений платины с ДНК в растворе необходимым условием является образование координационной связи с основаниями ДНК, не возмущающей, однако, вторичную структуру макромолекулы. Активные противоопухолевые препараты при этом образуют две координационных связи с ДНК, чему способствует цис- расположение лигандов как в случае моноядерных, так и двуядерных соединений платины.

8. Показано, что присутствие в растворе диметилсульфоксида не влияет на характер связывания ДНК с цис- и транс-ДДП. Введение же ДМСО в первую координационную сферу платины препятствует образованию биологически значимых комплексов, хотя и не мешает ее связыванию с макромолекулой.

9. Исследование взаимодействия ДНК с соединениями двухвалентной платины, содержащими крупные лиганды, показало, что конформационные изменения макромолекулы (глобальные - на масштабах клубка, и локальные - на уровне вторичной структуры макромолекулы) значительно зависят от того, какова конфигурация внутренней координационной сферы платины. Основную роль при образовании координационной связи играет наличие ацидолиганда, а также цис - расположение к нему крупной введенной группы, которое к тому же способствует частичной интеркаляции гетероциклических лигандов между основаниями и стабилизации комплекса, тогда как транс- расположение ослабляет связывание. Существенно меньшее влияние оказывают детали структуры крупного лиганда.

10. Моно- и двуядерные комплексы двухвалентной платины, содержащие теофилин, влияют при связывании на конформацию ДНК сходным образом. Следовательно, основную роль при образовании комплекса таких двуядерных соединений играет связывание одного из атомов платины с ДНК.

11. Сопоставление взаимодействия двуядерных соединений двух- и четырехвалентной платины с ДНК показало, что двуядерные препараты Pt(IV) вызывают меньшие конформационные изменения ДНК, чем аналогичные препараты двухвалентной платины, причем цис- изомеры Pt(IV) связываются слабее, чем транс-, в то время как для Pt(II) наблюдается обратная зависимость.

В заключение считаю своим особым долгом выразить глубокую признательность и благодарность Эмилии Вениаминовне Фрисман, к числу учеников которой я имею честь принадлежать.

Благодарю за сотрудничество и помощь в осуществлении экспериментов аспирантов Карымова Михаила, Айа Эрвина Энрике Фернандо, Богданова Алексея, Прохорову Светлану, студентов кафедры молекулярной биофизики физического факультета СПбГУ, принимавших участие в получении экспериментальных данных представленной работы, Анатолия Анатольевича Трусова, Ирину Михайловну Зырянову, Евгению Борисовну Морошкину, Майю Александровну Сибилеву и других сотрудников кафедры и лаборатории молекулярной биофизики за поддержку.

Искренне благодарю сотрудников Санкт-Петербургской химико-фармацевтической академии Яковлева Константина Ивановича, Сморыго Наталью Александровну и Дьяченко Светлану Александровну за предоставленные соединения платины и полезное обсуждение некоторых аспектов строения и химических свойств препаратов платины, академика Хохлова Алексея Ремовича, сотрудников института элементоорганических соединений имени А.Н. Несмеянова РАН Абрамчука Сергея Савельевича, Благодатских Инессу Васильевну за любезно предоставленную возможность и сотрудничество при исследовании систем методами динамического светорассеяния, флуоресцентной и атомной силовой микроскопии. Выражаю глубокую признательность сотрудникам ИВС РАН Бирштейн Татьяне Максимовне, Кленину Станиславу Иосифовичу, Кипперу Альберту Ивановичу, Назаровой Ольге Владимировне, Панарину Евгению Федоровичу за полезные дискуссии, предоставленные полимеры и доброе отношение.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В диссертационной работе рассмотрено взаимодействие высокомолекулярной природной ДНК с биологически активными соединениями в растворах разной ионной силы. При образовании комплексов макромолекулы со сложными биологически активными соединениями важной составляющей является влияние малых ионов, присутствующих в растворе, как и во всех биологических структурах. Кроме того, зарядовые свойства ДНК определяются величиной рН. В связи с этим в работе проведено исследование влияния величины рН и ионных условий среды на конформацию ДНК в растворе. Особое внимание при этом было уделено поведению макромолекулы в условиях избытка противоионов, а также изучению влияния рН среды на объемные эффекты и термодинамическую жесткость ДНК. Эти вопросы не были решены ранее в других исследованиях. Проведено сравнение поведения ДНК и синтетических полиионов в рассматриваемых условиях.

Кроме того, в работе исследовано взаимодействие молекулы ДНК с трехвалентными ионами и синтетическими поликатионами, индуцирующими образование компактных обратимых структур в растворе. Нас в первую очередь интересовало влияние малых концентраций этих агентов на конформацию ДНК в растворе для выяснения характера взаимодействия, приводящего в дальнейшем к ее обратимой компактизации.

Наконец, проведено изучение комплексов молекулы ДНК с координационными соединениями платины, проявляющими биологическую активность. В этой части исследования было решено несколько вопросов. Был разработан методический подход, позволяющий по фиксируемым конформационным изменениям ДНК при использовании гидродинамических и спектральных методов сравнивать характер взаимодействия известных активных, неактивных и новых соединений для выявления особенностей комплексообразования, ответственных за биологическую активность препаратов платины. В работе обоснована возможность использования сложных систем, содержащих конкурирующие за место связывания агенты, а также применение протонированной формы ДНК для изучения места связывания биологически активных соединений с макромолекулой. Было изучено влияние природы и расположения лигандов в первой координационной сфере платины на характер ее связывания с ДНК на примере простых соединений -препаратов платины первого поколения. Проведено сравнение дву- и однозамещенных соединений платины с большими лигандами, моно- и двуядерных комплексов платины цис- и транс- конформации, препаратов двухвалентной и четырехвалентной платины с точки зрения их взаимодействия с молекулой ДНК. Рассмотрено влияние диметилсульфоксида на комплексообразование платины с молекулой ДНК.

Разработанный в работе подход может быть использован для решения широкого круга задач, связанных с изучением характера взаимодействия различных агентов с молекулой ДНК в растворе, а также с исследованием конформационных превращений полиионов при связывании с малыми лигандами.

Список литературы диссертационного исследования доктор физико-математических наук Касьяненко, Нина Анатольевна, 2003 год

1. Watson J. D., Crick F. H. C. Molecular structure of nucleic acids: A structure for deoxyribose nucleic acid, Nature, (1953), v. 171, p.737 738.

2. Watson J. D., Crick F. H. C. Genetical implications of the structure of deoxyribonucleic acid, Nature, (1953), v. 171, p.964 967.

3. Wang A. H. J., Quibley G. J., Kolpak F. J., Crawford J. L., van Boom J. H., van der Marel G., Rich A. Molecular structure of a left - handed DNA fragment at atomic resolution, Nature, (1979), v. 282, p.680 - 686.

4. Dickerson R. E., Drew H. R., Conner B. N., Wing R. M., Fratini A. V., Корка M. L. The anatomy of A-, B- and Z-DNA, Science, (1982), v. 216, p.475 485.

5. Pohl F. M., Jovin Т. M. Salt-Indused co-operative conformational change of a synthetic DNA: Equilibrium and kinetic studies with poly d(G-C), J. Mol. Biol., (1972), v.67, p.375 —396.

6. Bene M., Felsenfeld G. Effects of methylation on a synthetic polynucleotide: The B-Z transition in poly(dG-m5dG)-poly(dG-m5dC), Proc. Natl. Acad. Sci. USA, (1981), v.78, p. 1619 1623.

7. Rich A., Wang A. H. J., Nordhiem A. Chemistry and Biology of Left Handed Z DNA In: Nucleic Acid Research. Future Development / Ed. Mizobuchi K., Watanabe I., Watson J. Academ.Press Japan, Inc, Tokyo (1983), p. 11-34.

8. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот Москва, Мир, (1987) 579 с. Перевод книги Saenger W., Principles of Nucleic Acid Structure, Springer Verlag, Ed. Cantor C.R. New York, Berlin, Heidelberg, Tokyo, (1984).

9. Arnott S., Hukins D. W. L. Conservation of conformation in mono- and polynucleotides, Nature, (1969), v. 224, p. 886 888.

10. IUPAC IUB Commission on Biochemical Nomenclature (CBN), Abreviations and symbols for nucleic acids, polynucleotides and their constituents, Eur. J. Biochem., (1970), v. 15, p. 203 - 208, and Eur. J. Biochem., (1972), v. 25, p. 1 - 4.

11. IUPAC Commission on Macromolecular Nomenclature, Stereochemical definitions and notations relating to polymers, Pure Appl. Chem., (1979), v. 51, p. 1101 -1121.

12. IUPAC IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature, Abreviations and symbols for the description of conformations of polynucleotide chains, Eur. J. Biochem. (1983), v. 131, p. 9 - 15.

13. Daune M. Molecular biophysics. Structures in motion. Oxford University Press (1999)499 p.

14. Nucleic Acids in Chemistry and Biology, Eds. G. M. Blackburn, M.J. Gait, Oxford Univ. Press, (1997), 528 p.

15. Уотсон Дж., Туз Дж., Курц Д. Рекомбинантные ДНК, М., Мир, (1986), 288 с.

16. Сингер М., Берг П. Гены и геномы. Т.1, М., Мир, (1998), 373 с.

17. Кочетков Н.К., Будовский Э.И., Свердлов Е.Д., Симукова Н.А., Турчинский М.Ф., Шибаев В.И., Органическая химия нуклеиновых кислот, М., Химия, (1970), с.720

18. Шабарова З.А., Богданов А.А., Химия нуклеиновых кислот и их компонентов, М., Химия, (1978), с. 584

19. Freifelder D. Molecular biology (1987) Jones and Bartlett Publishers. London. 8341. P

20. Guschlbauer W., Nucleic Acid Structure, Springer Verlag N.J., Heidelberg, berlin, (1976), 146 p.

21. Zavriev S.K., Minchenkova L.E., Volickova M., Kolchinsky A.M., Volkenstein M.V., Ivanov V.I. Circular dichroism anisotropy of DNA with different modifications at N7 of guanine. Biochem. Biophis. Acta, (1974), v.564, N2, p. 212224.

22. Courtois Y., Fromageot P., Guschlbauer W. Protonated polynucleotide structures III. An optic rotatory dispersion study of the protonation of DNA. Eur. J. Biochem., (1968), v. 6, N4, p. 193-201.

23. Tran Dinh son, Guschlbauer W., Gueron M. Flexibility and conformations of guanosine monophosphates by the Querhauser effect. J. Amer. Chem. Soc. (1974), v. 94, № 22, p. 7965-7970.

24. Hoogsteen K. The crystal structure of 1-methylthymme. Acta Cryst., (1963), v.16, p. 28-38.

25. Smolyaninova T.I., Zhidkov V.A., Sokolov G.V.Analysis of difference spectra of protonated DNA determination of degree of protonation of nitrogen bases and the fractions of disordered nucleotide pairs. Nucleic Acids Res., (1982), 10, N8, p. 2121-2134 .

26. Sarkar R.K., Yang J.T. Effect of protonation on the Cotton effects on nucleic acids. Arch. Biochem. biophys., (1965), 112, N3, p. 512-518.

27. Luck G., Zimmer Ch. Comporative study of ultraviolet rotatiory dispersion of DNA from various sources at neutral and acidic pH. Biophys. Biochem. Acta, (1968), 169, N2, p. 466-475.

28. Dove W.F., Wallace Т., Davidson N. Spectrophotometric study of the protonation of undenatured DNA. Biochem. Biophys. Res. Com., (1959), 1, N6, p. 312-317

29. Zimmer Ch., Luck G., Venner H., Fric J. Study on the conformation of protonated DNA. Biopolymers, (1968), 6, N4, p. 563-574

30. Dore F., Frontalli C., Gratton E. Physico-chemical descreiption of a condensed form of DNA. Biopolymers, (1972), 11, N2, p. 443-459

31. Luck G., Zimmer Ch., Snatzke G. Circular dichroism of protonated DNA. Biophys. Biochem. Acta, (1968), v. 169, p. 548-549.

32. Hermann Ph., Fredericq E. The role of AT- pairs in the acid denaturation of DNA. Nucleic Acids Res., (1977), 4, N8, p. 2939-2947

33. Marky L.A., Breslauer K.J.Calorimetric determination of base- stacking enthalpies in double helical DNA molecules. Biopolymers, (1982), 21, p. 2185-2194

34. Wilcoxon J., Schurr J.M. Temperature dependence of the dynamic light scattering of linear <p29 DNA implications for spontaneous opening of the double helix. Biopolymers, (1983), 22, p.2273-2321

35. O'Connor Т., Mansy S., Bina M., McMillin D.R., Bruck M.A., Tobias R.S. The pH-dependent structure of calf thymus DNA studied by Ramman spectroscopy. Biophys. Chem., (1982), 15, N1, p. 53-64.

36. Монтрель M.M., Сухоруков Б.И. Рентгеноструктурные исследования полиморфизма двойной спирали ДНК при протонировании. Биофизика, (1983), 28, N5, с. 875-876

37. Струц А.В., Слоницкий С.В. Исследование конформации молекулы ДНК в водных растворах акриламида и семикарбазида. Вестник ЛГУ, Физика, химия, (1983), 4, N22, с. 33-3

38. Zimmer Ch., Triebel Н. Studies of conformational changes in DNA structure induced by protonation reversible and irreversible acid titration and sedimentation measurements. Biopolymers, (1969), 8, N5, p. 573-593

39. Lin S.C., Thomas J.C., Allison S.A., Schurr J.M. Dynamic light scattering studies of internal motions in DNA III. Evidence for titrable joints assosiated with boynd polycations. Biopolymers, (1981), 20, p. 209-230

40. Касьяненко H.A., Бартошевич С.Ф., Фрисман Э.В. Исследование влияния рН среды на конформацию молекулы ДНК. Молекулярная биология, (1985), т. 19, вып. 5, с. 1386-1393

41. Касьяненко H.A., Фрисман Э.В., Кленин С.И., Быкова Е.Н., Кочеткова И.С. Исследование влияния ионнойц силы и рН среды на конформацию полимерных флокулянтов. Высокомолекулярные соединения, (1987), т.А 29, вып.6, с.1129-1135

42. Слоницкий С.В., Купцов В.Ю. Дифференциальное рассеяние циркулярно поляризованного света в растворах протонированной ДНК в присутствии спермина. Молекулярная биология, (1990), т.24, в.2, с. 328-331

43. Fenley М.О., Manning G.S., and Olson W.K. Approach to the limit of Counterion Condesation. Biopolymers (1990), v.30, p.l 191-1203.

44. Granot J., Keams D.R. Interaction of DNA with divalent metal ions. Biopolymers (1982), v.21. No. I, p.203-232.

45. Фрисман Э.В., Щагина Л.В., Воробьев В.И„ Шапиро Г.В. Гидродинамическое поведение молекул нуклеиновых кислот в растворах разной ионной силы. Биохимия (1966), т.31, №5, с. 1027-1032.

46. Касьяненко Н.А. Дьяконова Н.Е., Фрисман Э.В. Исследование молекулярного механизма взаимодействия ДНК с двухвалентными ионами металлов. Молек. биология (1989), т.23, вып.4, с.835-841.

47. Касьяненко Н. А., Сэльман-Хусейн Coca Г., В.Н. Фрисман Э.В Исследование влияния ионов Мп2+ и Mg2+ на конформацию молекулы ДНК. Молекул, биология (1987), т.21, вьш.1. с. 140-145.

48. Egli M. DNA-cation interactions: Quo vadis? Chemistry & Biology (2002), v.9, p.277-286.

49. Denisov V.P., Halle V. Sequence-specific binding jf counterions to B-DNA Proc. Natl. Acad. Sci. Usa (2000) v. 97, p.629-633.

50. Minasov G., Teresko V., Egli M. Atomic- resolution crystal structure of B-DNA reveal specific influences of divalent metal ions on conformation and packing . J. Mol. Biol. (1999) v.291, p. 83-99.

51. Chiu Т.К., Dickerson R. E. 1A Crystal structures of B-DNA reveal sequence-specific binding and sequence-specific binding and groove-specific bending of DNA by magnesium and calcium. J. Mol. Biol., (2000) v. 301,915 945.

52. Sibileva M.A. Moiseenko A.F., Frisman E.V. Specific effect of monovalent ions on the conformation of DNA in solution. Stud, biophys. (1989). v.129. No.l. p.37.

53. Roberts C., Chaput J. C., Switzer C. Beyong guanine quarters: cation-induced formation of homogenous and chimerric DNA tetraplexes incorporating iso-guanine and guanine. Chem. & Biol.(1997) v. 4, 12, p.899-908.

54. Lindsay S.M., Lee S.A., Powell J.W., Weidlich Т., Demarco C., Lewen C.D., Tao N.J., and Rupprecht A. The origin of the A to В transition in DNA fibers and films. Biopolymers (1988), v.27, p.1015-1043.

55. Brandes R,, Void R.R., Kearns D.R. and Rupprecht A. H-NMR study of the A-DNA conformation in films of oriented Na-DNA: evidence of a disordered B-DNA conformation. Biopolymers (1988), v.27, 1159-1170.

56. Иванов В.И. Круговой дихроизм и структура комплементарных нуклеиновых кислот. Молек. биология М.: ВИНИТИ (1973), с. 105-140.

57. Zimmer Ch., Venner Н. Abhandigkeit der stabilitat der DNS verschiedenen GC-gehaltes von art und konzentration der ionen in wasseriger losung. Naturwissenschaften (1962), v.49, No4, S.86-87.

58. Кузнецов И.А., Луканин A.C., Цурканов Л.Ф. Влияние ионов щелочных металлов на вторичную структуру ДНК. IV Термическая денатурация дезоксирибонуклеатов щелочных металлов в растворах с низкой ионной силой. Биофизика (1971), т.16,№1, с.144-146.

59. Korolev N.I., Vlasov А.Р., and Kuznetsov l.A. Thermal denaturation of Na- and Li-DNA in salt-free solutions. Biopolymers (1994), v.34, P.1275-1290.

60. Anderson P., Bauer W. Supercoiling in closed cicular DNA: dependence upon ion type and concentration. Biochemistry (1978), v.17, No.4, p.594-601.

61. Le Bret M„ Zimm B. Distribution of counterions around cylindrical polyelectrolyte and Manning's condensation theory. Biopolymers (1984), v.23, No.2, p.287-312.

62. Izumrudov Y.A., Kargov S.I., Zhiryakova M.V., Zezin A.B., Kabanov V.A. Competitive reactions in solutions of DNA and water soluble interpolyelectrolyte complexes. Biopolymers (1995), v.35, No.5, p.523-531.

63. Sissoeff 1., Grisvald J., Guite E. Studies on metal ions DNA interactions: specific behaviour of reiterative DNA sequences. Progr. Biophys. and Mol. Biol. (1976), v.31, No.2, p.165-199.

64. Daune M. Interactions of metal ions with nucleic acids. Metal Ions in Biol. Syst., N.Y. Marcel Dekker, (1979), No.3, p.1-43.

65. Благой Ю.П., Сорокин B.A., Валеев B.A. Спектральное исследование связывания оснований ДНК с ионами магния и кальция. Молек. биология (1980), т. 14, вып. 3, с.595-605.

66. Ла X., Marzilli L. G. Zinc ion DNA polymer interactions. Biopolymers (1991), v.31, p.23-44.

67. Duguid J.G., Bloomfield V.A. Aggregation of melted DNA by divalent metal ion-mediated cross-linking. Biophys. J. (1995), v.69, p.2642-2648

68. Braunlin W.H. Nordenskiold L., and Drakenberg T. A reexamination of Mg2+ NMR in DNA solution: site heterogenety and cation composition effects. Biopolymers (1991), v.31, p.1343-1346.

69. Zimmer C., Luck G. Conformation and reactivity of DNA. Ill Circular dichroism studies of the effects of aqueous concentrated univalent salt solutions upon helix conformation. Biochim. Bioph. Acta (1973), v.312, p.215-227.

70. Ivanov V.I., Minchenkova L.E., Scholkina A.K., Poletaev A.I. Different conformations of double-stranded nucleic acid in solution as revealed by circular dichroism. Biopolymers (1973), v.12, p.89-110.

71. Chen C. Y., Pheiffer B.H., Zimmerman S. В., Hanlon S. Conformational characteristics of deoxyribonucleic acid butulamine complexes with C-type circular dichroism spectra I. An X-ray fiber, diffraction study Biochemistry (1983), v.22, No 20,p.4746 —4751

72. Fish S. R.,Chen C. Y., Thomas Jr. C. J., Hanlon S. Conformational characteristics of deoxyribonucleic acid butulamine complexes with C-type circular dichroism spectra I. A Raman spectroscopic study. Biochemistry (1983) v.22, No 20,p. 4751 —4756.

73. Франк-Каменецкий М.Д. Теоретические модели ДНК. / В сб.: Итоги науки и техники, ВИНИТИ, серия Молекулярная биология, 1979, т. 15, С.42-73.

74. Gruenwedel D.W., Hsu Ch.H., Lu D.S. The effect of aqueous neutral solutions on the melting temperature of deoxyribonucleic acids. Biopolymers (1971), v.10, No.l, p.47-68.

75. Wolf В., Berman S., and Hanlon S. Structural transitions of the thymus DNA in concentrated LiCI solutions. Biochemistry (1977), v.16, No.16, P.3655-3662.

76. Melchior W.B. Jr. Von Hippel P. Alteration of the relative stability of dA-dT and dG-dC base pairs in DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1973), v.70, No.2, p.298-302.

77. Hamaguchi K. and Geiduschek E.P. The effect of electrolytes on the stability of the deoxyribonucleic helix. J. Am. Chem. Soc. (1962), v.84, No.8, p.1329-1338.

78. Schildkraut C., Lifson S. Dependence of melting temperture of DNA on salt concentration. Biopolymers (1965), v.3. No.l, p. 195-203.

79. Монаселидзе Д.Р., Мгеладзе Г.Н. Тепловые свойства ДНК и поли-дезоксирибонуклеотидов в широкой области концентраций ионов нейтральных солей и полимера. Биофизика (1977), т.22, №5, с.950-958.

80. Pohl P.M. Jovin Т.М. Salt-induced co-operative conformational change of a synthen. DNA. Equilibrium and kinetic studies with poly d(G-C). J. MoL Bid (1972) v.67, p.375-396.

81. Drew H., Takano Т., Tapaka S., Itakura K., Dickerson R.E. High-salt d(CpGpCpG): a left handed ZDNA double helix. Nature (1980), v.286, p.567-573.

82. Montoro J. C. G., Abascal J.L.F. The free energy difference between simple models of B- and Z-DNA: Computer simulation and theoretical predictions -J. Chem. Phys. (1997) v. 106, p.8239-8253.

83. Wang A.H.-J., Quigley G.J., Kolpa F.J., Crawford L.J., Boom J.H., van Marel G., van der Rich A. Molecular structure of a left handed double-helical DNA fragment at atomic resolution. // Nature (1979), v.262, P.680-686.

84. Frausto de Silva J.J.R., Williams R. J. P. The biological chemistry of the elements.The inorganic chemistry of life (2001) Oxford University Press, 575 p.

85. Schneider В., Patel К., Berman Н. М. Hydration of the phosphate group in double-helical DNA Biophys.J. (1998) v. 75, p. 2422-2434.

86. Denisov V.P., Carlstrom G., Venu K., Halle B.Kinetics of DNA Hydration J.Mol.Biol. (1997), v.268, p. 118-136.

87. Schneider B. Kabelac M. Stereochemistry of binding of metal cations and water to a phosphate group J. Am. Chem. Soc.(1998), v.l20, p. 161-165.

88. Hopfinger A.J. Intermolecular interactions and biomolecular organization. Wiley, New York, 1977, p.p.159-169.

89. Dickerson R.E. The DNA helix and how it is read. Sci. Am. (1983), v.249, P.94

90. Chen Y.Z Prohofsky Е.У. Synergetic effects in the melting of DNA hydration shell: melting of the minor groove hydration spine in poly(dA)-poly(dT) and its effect on base pair stability. Biophys. J. (1992), v.64, P.1385-1393.

91. Texter J. Nucleic acid-water interactions. Prog. Biophys. Mol. Biol. (1978), v.33, p-83-97.

92. Hanlon S., Brudno S., Wolf B. Structural transitions of deoxyribonucleic acid in aqueous electrolyte solutions. 1. Reference spectra of conformational limits. Biochemistry (1975), v.14, p. 1648-1660.

93. Wolf В., Hanlon S. Structural transitions of deoxyribonucleic acid in aqueous electrolyte solutions. II. The role of hydration. Biochemistry (1975), v.14, P. 1661-1670.

94. Schneider В., Cohen D.M., Schleifer L„ Srinivasan A.R., Olson W.K. and Berman H.M. A systematic method for studying the spartial distribution of water molecules around nucleic acid bases. Biophys. J. (1993), v.65, P.2291-2303.

95. Harmouchi M., Albiser G., and Premilat S. Changes of hydration during conformational transitions of DNA. Eur. Biophys. J. (1990), v.19 p.87-92.

96. Fritzche H., Ruppercht A.The B-A transition of Na-DNA in wet-spun orieented films. Influence of ethanol treatment and rigorous dehydration. J. Mol. Liq. (1990), v.46, p.39-52.

97. Lavalle N.S., Lee S.A., and Rupprecht A. Couterion effects on the physical properties and the A-transition to B-transidon of calf thymus DNA films. Biopolymers (1990), v.30, p.877-887.

98. Kubinec M.G., and Wemmer D.E. NMR evidence for DNA bound water in solution. J. Am. Chem. Soc. (1992), V.I 14, p.8739-8740.

99. Tunis M.-J.B. Hearst J.E. On the hydration of DNA. 11 Base composition dependence of the net hydration of DNA. Biopolymers (1968), v.6, P.1343-1353.

100. Falk M„ Poole A.G., Goymour C.G. Infrared study of the state of water in the hydration shell of DNA. Can. J. Chem. (1970), v.48, p.1536-1542.

101. Drew H.R., Dickerson R.E. Structure of a DNA dodecamer. Ill Geometry of hydration. J. Mol. Biol. (1981), v.151, p.535-556.

102. Falk M„ Hartman K.A., Jr., Lord R.C. Hydration of deoxyribonucleic acid. П. An infrared study. J. Amer. Chem. Soc. (1963), v.85, p.387-392.

103. Brandes R. Void R.R„ Void R.L. & Kearns D.R. Effects of hydration on purine motion in solid DNA. Biochemistry (1986), v.25, p.7744-7751.

104. Albanese G., Derin A., Cavatorta F., and Rupprecht A. Rayleigh scattering of Mossbauer radiation in hydrated oriented DNA fibers. Biopolymers (1993), v.33, p.633-63 8.

105. Corongiu G. and Clementi E. Simulation of the solvent structure for macromolecules. 1. Solvation of B-DNA double helix at T = 300 K. Biopolymers (1981), v.20, p.551-571.

106. Chalikian T.V., Sarvazyan A.P., Plum G.E„ and Breslauer К J. Influence of band composition, base sequence, and duplex structure on DNA hydration. Biochemistry1994), v.33, p.2394-2401.

107. Scneider B. and Berman H.M. Hydration of the DNA bases is local. Biophys. J.1995), v.69, p.2661-2669.

108. Narayana, Ginell N.S., Russu I.M., and Berman H.M. Crystal and molecular structure of a DNA fragment: d(CGTGAATTCACG). Biochemistry (1991), v.30, p.4449-4455.

109. Alexeev D.G., Lipanov A.A., and Skuratovskn I.Y. Poly(dA)-poly(dT) is a B-type double helix with a distinctively narrow minor groove. Nature (1987). v.325. 821823.

110. Корка M.L. Fratini A.V., Drew H.R., and Dickerson R.E. Ordered water structure around B-DNA dodecamer. A quantitative study. J. Mol. Biol. (1983). v.163, p.129-146.

111. Larsen T.A., Корка M.L., and Dickerson R.E. Crystal structure analisys of the B-DNA dodecamer CGTGAATTCACG. Biochem. (1991), v.30, p.4443-4449.

112. Teplukhin A.V., Poltev V.I., and Chuprina V.P. Dependence of the hydration shell structure in the minor groove of the DNA double helix on the groove width as revealed by Monte-Carlo simulation. Biopolymers (1992), v.32, p.1445-1453.

113. Lee W.K., Gao Y., and Prohofsky E.W. Structure of hydrated Na+ ions around a region of A- or B-DNA helix. Biopolymers (1984), v.23, P.257-270.

114. Chuprina V.P. Anomalous structure and properties of Poly(dA)-poly(dT). Computer simulation of the polynucleotide structure with the spine of hydration in the minor groove. Nucleic Acids Res. (1987), v.15, P.293-31L

115. Langan P.V., Forsyth Т., Mahendrasingam A., Pigram W.J.Mason S.A., and Fuller W. A high angle newtron fibre diffraction study of the hydration of the A-conformation of the DNA double helix. J. Bimol. Sruct. Dyn. (1992), v.10, p.489-503.

116. Brandes R. Kearns D.R. et al A +H-NMR study of the DNA hydration water in solid Li-DNA assembles. Biopolymers (1988), v.27, 546

117. Conner B.N., Takano Т., Tanaka S., Itakura K., Dickerson R.E. The molecular structure of d(CpCpGpG), a fragment of right-handed double helical A-DNA. Nature (1982), v.295, p.294-299.

118. Фрисман Э.В. Оптическое и гидродинамическое поведение ДНК и ее комплексов с биологически активными лигандами. В сб.: Доклады симпозиумов IV Международного биофизического конгресса. Пущино, ОНТИ НЦБИ АН СССР, 1973, т. I, с.301-317.

119. Фрисман Э.В., Касьяненко Н.А. Гидродинамическое и оптическое поведение молекулы ДНК в растворах большой ионной силы. Молек. биология (1990), вып.2, С.301-317.

120. Веселков А.Н., Морошкин В.А., Полякова И.Д., Шпунгин И.Л., Фрисман Э.В, Конформация молекулы денатурированной ДНК в растворах разной ионной силы. Молек. биология (1976), т.10, с. 1050-1060.

121. Kachalsky A., Alexandrowicz Z., Kedem O. Chemical Physics of Ionic Solutions, Eds. Conwey B.E., Baradas R. G. New York,Wiley, (1966), 622 p.

122. Katchalsky A., Lifson S. The electrostatic free energy of polyelectrolyte solution.

123. Randomly kinked macromolecules J.Polym. Sci.(1953) v.l 1, No 5, p.409-423.

124. Lifson S., Katchalsky A. The electrostatic free energy of polyelectrolyte solution.1.. Fully stretched Macromolecules J.Polym. Sci.(1954) v.13, No 68, p.43-55.

125. Flory P. Molecular configuration of polyelectrolytes. J. Chem. Phys. (1953), v.21, No 1, p.162-163.

126. Птицын О.Б. Теория растворов полиэлектролитов. I. Размеры молекул полиэлектолитов при малых степенях ионизации. Высокомолек. Соедин. (1961) Т.З, No 7, с. 1084-1092.

127. Птицын О.Б. Теория растворов полиэлектролитов. II. Макромолекулы полиэлектролитов в солевых растворах. Высокомолек. Соед., (1961), No 8, с. 1252-1262.

128. Птицын О.Б. Теория растворов полиэлектролитов. III Влияние неравномерного растпределения зарядов вдоль цепи на размеры и форму макромолекул. Высокомолек. Соедин. (1961) Т.З, No 9, с. 1401-1410.

129. Nagasawa М., Expansion of a polyion in salt solutions. J. Amer. Chem. Soc.(1961), v.83,2, p.300-305.

130. Лукашин A.B., Аншелевич B.B., Франк-Каменецкий М.Д. Современное состояние теории сильно заряженных полиэлектролитов. // Препринт, ОНТИ НЦБИ АН СССР, Пущино, 1985.

131. Khokhlov A.R., Khachaturian К.A. On the theory of weakly charged polyelectrolytes. // Polymer (1982), v.23, No.12, p.1742-1750.

132. Manning G.S. The molecular theory of polyelectrolyte solutions with applications to the electrostatic properties of polynucleotides. // Quart. Rev. Biophys. (1978), v.ll, No.2, p. 179-246.

133. Fixman M. The Poisson- Boltzmann equation and its application to polyelectrolytes. J. Chem. Phys. (1979), v.70, p.4995.

134. Ramanathan G.V Statistical Mechanics of electrolytes and polyelectrolytes III. The cylindrical Poisson-Boltzmann equation. J. Phys. Chem. (1983), v.78, p.3223.

135. Korolev N., Lyubattsev A. P., Rupprecht A., Nordenskiold L. Experimental and Monte Carlo Simulation Studies on the Competitive Binding of Li+, Na+, and K+ Ions to DNA Oriented DNA Fibers -J. Chem.Phys. B. (1999) v. 103, p.9008-9019.

136. Gavryushov S., Zielenkiewicz P. Electrostatic Potential of B-DNA: Effect of interionic correlations. Biophys. J., (1998), 75, p/2732-2742.c

137. Fixman M. The flexibility of polyelectrolyte molecules. // J. Chem. Phys. (1982). v.76, No.12, p. 6346-6353.

138. Odijk T. Polyeieclroiytes near rod limit. // J. Polym. Sci. Polym. Phys. Ed. (1977), v.15, No.3, p.447-483.

139. Skolnik J., Fixman M. Electrostatic persistent length of a wormlike polyelectrolyte. // Macromolec. (1977), v.lO, No.5, p.944-948.

140. Франк-Каменецкий М.Д., Аншелевич B.B., Лукашин A.B. Полиэлектролитная модель ДНК. // Успехи физ. наук (1987), т.151, выл.4, 595-618.

141. Klein В J„ Pack G.R. Calculations of the spartial distribution of the charge density in the environment of DNA. // Biopolymers (1983), v.22, No.ll, p.2331-2352.

142. Pack G.R., Garrett G.A„ Wang L. and Lamm G. The Effect of a variable dielectric coefficient and finite ion size on Poisson-Boltzmann calculations of DNA-electrolyte systems. // Boipys J. (1993), v.65, P.1363-1370.

143. Le Bret M. Electrostatic contribution to the persistence length of a polyelectrolyte. // J. Phys. Chem. (1982), v.76, No.12, p.6243-6255

144. Le Bret M., Zimm B.H. Monte-Karlo determination of the distribution of ions about a cylindrical polyelectrolyte. II Biopolymers (1984), v.23, No.2, p.271-285.

145. Alexandrovicz Z. Effect of excluded volume on polyelectrolytes in salt solutions. // J. Phys. Chem. (1967), v.47, p. 4377-4784.

146. Fixman М. Excluded volume in polymer chains. J. Chem. Phys.(1955), v.23, p.1656 -1659.

147. Птицын О.Б. Высокомолекулярные соединения (1961)3, с.957-964.

148. Frusawa Н., Ito К., Hayakawa R. Linear polyelectrolytes in solutions Reports on Progress in Polymer Physics in Japan (2000) v.43, p.81-110

149. Netz R. R., Orland H. Eur. Phys.J. (1999) v.8, p.81

150. Гроссберг А.Ю., Хохлов A.P. Статистическая физика макромолекул М., Наука, 1989

151. На B.-Y., Thirumalai D. J.Chem.Phys. (1999)v.l 10, р.7533

152. Liverpool Т.В., Stapper M. Europhys. Lett. (1997) v.40, p. 485.

153. Howard K.P. Thermodynamics of DNA duplex formation. J. Chem. Educ. (2000), v. 77, 1469-1476.

154. Onoa G. В., Moreno V. Study of the modifications caused by cisplatin, transplatin, and Pd(II) and Pt(II) mepirizole derivatives on pBR322 DNA by atomic force microscopy. Int.J.Pharmaceut. (2000), v.245, p. 55-65.

155. Lerman L. S. The polymer and salt-induced condensation of DNA.In: Physica-Chemical Properties of Nucleis Acids (J. Duchesne, ed.) v.3, Acad. Press, New York (1973), p. 59-76.

156. Huey R. & Mohr S. C.Condensed states of nucleic acids. III. ц/+ and ц/-conformational transitions of DNA induced by ethanol and salt. Biopolymers (1981), v. 20, p.2533-2552.

157. Maniatis Т., Venable J.H.Jr., Lerman L.S., The structure of vy1* DNA. J. Mol. Biol., (1974), 84, p.37-64

158. Gosule L.C., Shellman J.A. Compact form of DNA induced by spermine . Nature (1976), v.259, p. 333-335.

159. Manning, G. S. Limiting laws and counterion condensation in polyelectrolyte solutions. I. Colligative properties.il. Self diffusion of small ions. J. Chem. Phys. (1969) v. 61, No3, p. 924-936.

160. Oosawa, F., Polyelectrolytes, Marcell Dekker, New York, 1971.

161. Widom J., Baldwin R. L. Cation-induced toroidal condensation of DNA: studies with Co3+(NH3)6 J. Mol.Biol.(1980), v. 144, p.431-453.

162. Bloomfield V. A. Condensation of DNA by multivalent cations: Consideration on Mechanism. Biopolymers (1991), v.31, No3, p. 1471 1481.

163. Pelta J., Livolant F., Sikorav J.-L. DNA aggregation induced by polyamines and cobalthexamine. J. Biol. Chem. (1996) v.271, No 8, p.5656-5662.

164. Kankia В. I., Buckin V., Bloomfield V. A. Hexaminecobalt (Ill)-induced condensation of calf thymus DNA: circular dichroism and hydration measurements. Nucleic Acids Res. (2001) v. 29, No 13, p. 2795-2801.

165. Bloomfield, V. A., He, S., Li, A. Z. & Arscott, P. G. in Laser Light Scattering In Biochemistry, Harding, S. E., Sattelle, D. B. & Bloomfield, V. A., Eds., Royal Society of Chemistry, Cambrige, 1992, pp.320-333.

166. Marx, K. A. in Structure and Dynamics of Biopolymers, Nicolini, C., Ed., NATO ASI Series E, Vol. 133, Martinus Nijhoff, 1987, pp. 137-168.

167. Ma, C. & BloomfieldV. A., Gel electrophoresis measurement of counterion condensation on DNA.Biopolymers, (1995) v.35, p. 211-216.

168. Rouzina J., Bloomfield V.A., DNA bending by small, mobile multivalent cations. Biophys. J. (1998), 74, p.3152-3164.

169. Lavery R., Sklenar H., Pullman В., J. The flexibility of the nucleic acids. III. The interaction of an aliphatic diamine, putrescine, with flexible B-DNA. Biomol. Struct. Dynam., (1986),3, p.1015-1031

170. Park S. Y., Harries D.Gelbart W. M. Topological Defects and the Optimum Size of DNA Condensates. Biophys. J.,(1998), v.75,2, p. 714-720.

171. Plum G. E., Arscott P. G. & Bloomfield V. A., Biopolymers 30, 1990, p.631-643.

172. Porschke, D., Structure and dynamics of double helices in solution: modes of DNA bending. J. Biomol. Struct. Dynam. (1986), 4„ p.373-389.

173. Baumann C.G., Smith S.B., Bloomfield V.A. & Bustamante C., Ionic effect on the elasticity of single DNA molecules. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1997), 94, p.6185-6190

174. Касьяненко H. А. Кандидатская диссертация, ЛГУ,Ленинград,1988

175. Braunlin W.H. & Xu Q. Hexamincobalt (III) binding environment on double-helical DNA, Biopolymers, (1992), v. 32, p.l703-1711.

176. Gao Y.G., Robinson H., J.H. van Boom, and A.HJ. Wang, Influence of counterions on the crystal structures of DNA decamers: binding of Со(№1з)б3+ and Ba2+ to A-DNA. Biophys. J., (1995), v.69, p.559-568.

177. Behe M., & Felsenfeld G„ Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 78, 1981,ррЛ 619-1623.

178. Reinhard V. Gessner et.al., Biochemistry, 24, 1985, pp.237-240.

179. Arscott P. G., Ma C., Wenner J. R. & Bloomfield V. A. DNA condensation by cobalthexamine (III) in alcohol- water mixtures: dielectric constant and other solvent effects. Biopolymers (1995) v. 36,, p.345-364.

180. Xu, Q., Jampani, S. R. B. & Braunlin W. H. Rotational dynamics of hexamincobalt (III) bound to oligomeric DNA: correlation with cation-induced structural transition, Biochemistry (1993), 32, p.l 1754-11760.

181. Post, С. B. & Zimm, В. H., Internal condensation of a single DNA molecule. Biopolymers (1979), 18, p.1487-1501.

182. Grosberg A.Y., Zhestkov A.V., On the compact form of linear duplex DNA: global States of the uniform elastic (persistent macromolecule. J. Biomol. Struct. Dyn., (1986), v.3, p.859-872.

183. Vasilevskaya V.V., Khokhlov A. R., Kidoaki S., Yoshikawsa K. Structure of collapsed persistent macromolecules: toroid vs. spherical globule. Biopolymers (1997), v.41, p.51-60.

184. Lifshitz I.M., Grosberg A.Y., Khokhlov A.R., Some problems of the statistical physics of polymer chains. Rev. Mod. Phys. (1978), v. 50, p.683-713 .

185. Ubbink J., Odijk T. Polumer- and salt-induced toroids of hexagonal DNA. Biophys. J., (1995) v. 68, p.54-61.

186. Odijk, Т., Theory of polyelectrolyte conformations. In Lecture Notes in Physics. V.172. Ionic liquids,molten salts and polyelectrolytes. Spingler Verlag, Berlin,

187. Geidelberg, New York, Eds., Benneman, K., Brouers, H. & Quitmann, D., 1982, pp.185-197.

188. De Gennes P.G., Scaling Concepts in Polymer Physics, 1979 Cornell University Press, Ithaca, NY.

189. Ubbink J., Odijk T. Deformation of toroidal DNA condensates under surface stress. Europhys. Lett., 33,1996, p.353-358.

190. Brautigam C.A., Ashheim K., Steitz T.A. Structural elucidation of the binding and inhibitory properties of lanthanide (III) ions at the 3'-5'exonucleotic active site of the Klenow fragment Chemistry and Biology (1999) v. 6, 12, p.901-908.

191. Travascio P., Li Y., Sen D. DNA-enhanced peroxidase activity of a DNA aptamer hemin complex .Chem. & Biol.(1998) v.5,9, p. 505-517.

192. Ambroz H.B., Bradshaw Т. K., Kemp T. J., Kornacka E. M., Przybytniak G. К Journ. Of Photochem. & Photobiol.A: Chem. (2001) v.142,1, p.9 18.

193. Kankia B.I., Buckin V., Bloomfield V. A. Hexamminecobalt (Ill)-induced condensation of calf thymus DNA: circular dichroism and hydration measurements. Nucl. Ac. Res.(2001) v.29, 13, p.2795-2801.

194. Arakawa H., Ahmad R., Naoui M., Tajmir Riahi H.-A. A comparative Study of calf thymus DNA binding to Cr(III) and Cr(IV) ions. J.Biol. Chem.(2000), v. 275, 14, p. 10150-10153

195. Vijayalakshmi R., Kanthimathi M., Subramanicu V., Unni Nair B. Interaction of DNA with Cr(Sciff baseXH20)2.C104. Biochim.et Biophys. Acta (2000) v.1475, p. 157- 162.

196. Hicks M., Wharton G., Huchital D. H., Murphy W. R., Sheardy R. D. Assessing the sequence specificity in the binding of CO(III) to DNA via thermodynamic approach. Biopolymers (1997) v. 42, p. 549-559.

197. Tajmir-Riahi H., Ahmad R., Naoui M. Interaction of calf-thymus DNA with trivalent La, Eu and Tb ions. Metal ion binding, DNA condensation and structural features. J. Biomolec. Srtuct. Dynam.(1993), v. 10, 5, p.865-877.

198. Ahmad R., Naoui M., Neault J. F., Diamantoglou S., Najmir-Riahi H. A. An FTIR Spectroscopic Study of Calf -thymus DNA. Complexation with Al(III) and Ga(III) cations. J . Biomolec. Srtuct. Dynam.(1996), v. 13, 5, p.795-801.

199. Strauss J. K., Prakash T. P., Roberts C., Switzer C., Maher L. J. Ill DNA bending by a phantom protein Chem. &Biol. (1996) v.3,8, p.671 -678.

200. Евдокимов Ю.М., Жидкокристаллические дисперсии нуклеиновых кислот. Известия академии наук. Серия физическая. (1991), т. 55, 9, с.1804-1816.

201. Евдокимов Ю.М., Салянов В.И., Лаврентьев П.И. Жидкие кристаллы и жидкокристаллические дисперсии кольцевой ДНК. Известия академии наук. Серия физическая. (1995), т. 59, 3, с.117-130.

202. Solis F. J., Olvera de la Cruz M. Flexible Linear Polyelectrolytes in Multivalent Salt Solutions: Solubility Conditions. Europ. Physical Journ. E.(2000) v. 1, p. 1 -18.

203. Raspaud E., Olvera de la Cruz M., Sikorav J.-L., Livolant F. Precipitation of DNA by polyamines: apolyelectrolyte behaviour. Biophys. J. (1998) v.74, p.381-393.

204. Brewer L. R., Corzett M., Balhorn R. Protamine-induced condensation and decondensation of the same molecule. Science. (1999), v. 286, p. 120-123.

205. Olvera de la Cruz M., Belloni L., Delsanti M., Dalbiez J. P., Spalla O., Drifford M. Precipitation of highly charged polyelectrolyte solutions in the presence of multivalent salts. J. Chem. Phys. (1995) v.103, 13, p. 5781 5791.

206. Nguyen Т. Т., Shklovskii В. I. Model of Inversion of DNA Charge by a positive polymer: fractionalisation of the polymer charge. Phys. Rev. Lett. (2002), v. 89, 1, 018101 (1-4).

207. Melnikova Y., Melnikov S., Lofroth J. E. Physico-chemical aspects of the interaction between DNA and oppositely charged mixed liposomes. Biophys. Chem. (1999) v. 81, p.125-141.

208. Zabner J., Fasbender A. J., Moninger Т., Poellinger K. A., Welsh M. J. Celluar and molecular barriers to gene transfer by a cationic lipid. J. Biol. Chem. (1995), 270, p. 18997-19007.

209. Хачатрян A.T., Тер-Никогосян B.A., Акопян С. М., ГалустянМ. Г., Новоселер М.А. Структура комплексов полилизин-ДНК. Биофизика (1982), т. 30, 5, с. 768-.771.

210. Е. Tomlinson. А.Р. Rolland, Controllable gene-therapy pharmaceutics of non-viral gene delivery systems, J. Control. Release (1996) 39, 357-372.

211. A.L. Martin, M.C. Davies, B.J. Rackstraw, C.J. Roberts, S. Stolnik, SJ.B. Tendler, P. M. Williams Observation of DNA-polymer condensate formation in real time at a molecular level. FEBS Letters, 480,2000,106-112.

212. Self-assembling Complexes for Gene Delivery. From Laboratory to Clinical Trial (Kabanov, A.Y., Feigner, P.L. and Seymour, L.W., eds), (1998) John Wiley& Sons, Chichester, UK

213. Garnett M.C. Gene delivery systems using cationic polymers, Crit. Rev. Ther. Drug Carrier Syst. 16 (1999) 147-207.

214. Boussif, F. Lezoualc'h, M.A. Zanta, M.D. Mergny, D. Sherman, B. Deminieux, J.P. Behr, A versatile vector for gene and oligonucleotide transfer into cell in culture and in vivo: Polyethylenimine, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92 (1995) 72977301.

215. Y. Dong, A. I. Skoultchi, J. W. Pollard Efficient DNA transfection of quiescent mammalian cells using poly-L-ornithine, Nucleic Acids Res 21 (1993) 771-772.

216. A.V. Kabanov, I.V. Astafieva, M.L. Chikindas, G.F. Rosenblat, Y.I. Kiselev, E.S. Severin, V.A. Kabanov, DNA interpotyelectrolyte complexes as a tool for efficient cell transformation, Biopolymers, 31, (1991) 1437-1443.

217. J.-Y. Cherng, P. van de Wetering, H. Talsma, D.J.A. Crommelin W. E. Henninck, Effect of size and serum proteins on transfection efficiency of poly(2-(dimethylamino)ethyl methacrylate)-plasmid nanoparticles, Pharm. Res. 13,1996, 1038-1042.

218. J.F. Kukowska-Latallo, A.U. Bielinska, J. Johnson, R. Spindler, D. A. Tomalia, J. R. Baker Jr Efficient transfer of genretic material into mammalian cells using Starburst polyamidoamine dendrimers, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93 (1996) 48974902.

219. Hill I. R., Garnett M.C., Bignotti F., Davis S.S. In vitro cytoxicity of poly(amidoamine)s relevance to DNA delivery Biochim. Biophys. Acta (1999), 1427,161-174.

220. F.D. Ledley, Pharmaceutical approach to somatic gene therapy, Pharm. Res., (1996), 13, 1595-1614.

221. A.V. Kabanov. Taking polycation gene delivery systems from in vitro to in vivo. Pharmaceutical Science and Technology Today (1999), 2, p. 365-372

222. Segura Т., Shera L.D. Materials for non-viral gene delivery. Annu. Rev.Mater.Sci. (2001), v. 41, p.25-46.

223. Wolfert M.A., Schacht E. H., Toncheva V., Ulbrich K., Nazarova O., Seymor L.W. Caracterization of vectors for gene therapy formed by self-assembly of DNA with synthetic Block co-polymers. Human gene therapy.(1996), 7, p.2123-2133.

224. Зезин А.Б., Кабанов B.A. Новый класс комплексных водорастворимых полиэлектролитов. Успехи химии 1982,т. 51, вып. 9 с.1447-1483.

225. Wu N.,. Atai М. М Current Opinion in Biotechnology 2000, 11:205-208.

226. Michael S.I., Curiel D.T. Strategies to achieve targeted gene delivery via the receptor-mediated endocytosis pathway. Gene. Ther. (1994) v.l, p.223-232.

227. Kriegler M. (1990) Gene Transfer and Expression: A Laboratory Manual. New York, NY, USA: W.H. Freeman and Company.

228. Wu G.Y. and Wu C.H. Receptor-mediated in vitro gene transformation by a soluble DNA carrier system J. Biol. Chem., (1987), v. 262, p.4429-4432.

229. Wu G.Y. and Wu C.H. J. Evidence for targeted gene delivery to Hep G2 hepatoma cells in vitro. Biochem., (1988) v.21, p.887-892.

230. Kabanov A.V. Astafieva I.V., Maksimova I.V., Lukamdin E. M., Georgiev G. P., Kabanov V.A. Efficient transformation of mammalian cells using DNA interpolyelectrolyte complexes with carbon chain polycations. Bioconj. Chem., (1993) v. 4 p. 448-454.

231. Izumrudov V.A., Zhiryakova M.V., Kudaibergenov S. E. Controllable stability of DNA-containing polyelectrolyte complexes in water-salt solution. Biopolymers, (1999), v.52, p.94-108.

232. Bakeev K.N., Yang M.Shu, Zezin A.B., Kabanov Y.A., Lezov A.V., Mel'nikov A.V., Kolomiets I.P., Rjumtsev E.I., MacKnight W.J. Macromolecules (1996), v.29, 4, 1320.

233. Lezov A.V., Kolomiets I.P., Rjumtsev E.I., Bakeev K.N., Yang M. Shu, Zezin A.B., MacKnight W.J., Kabanov V.A. Polymer Sci. (1995), A,v.37,11, p.1185.

234. Kabanov A.V., Kabanov V.A. DNA complexes with polycationsfor the delivery of genetic material into cells. Bioconjugzte Chem. (1995), v. 6„ p.7-20

235. Rosenberg, В., Van Camp, L. and Krigas Т., Inhibition of cell division in Escherechia coli by electrolysis products from a platinum electrode. Nature(1965) 205,4972, 698.

236. Rosenberg, В., Van Camp, L., Trosko J.E., Mansour V.H. Platinum compounds: a new class of potent antitumor agents. Nature( 1969) 222, 5191,385.

237. Harder H., Rosenberg В., Inhibitory effects of anti-tumor platinum compounds on DNA, RNA and protein syntheses in mammalian cells in virtro. Int J Cancer. 1970 15;6(2):207-216.

238. Karter S.K., Cis-platin: current states and new developments, New York: Acaf. press, 1980.

239. Rosenberg, B. Fundamental studies with cisplatin. Cancer. (1985) v. 55, 8, 2303.

240. Andrew P.A; Mann S.C. Velury,S.B. In platinum and other metal coordination compounds in cancer chemotherapy; Nicolini, M., Ed.; Martinus Nijhoff Publishing: Boston, 1988; pp 248-254.

241. Bakhtiar R., Ochiai Ei-Ichiro. Pharmacological applications of inorganic complexes. General Pharmacology. (1999) v. 32, 5, 525-540.

242. Pinedo, H. M. and Schornagel, J. H. (Eds.) (1996) Platinum and Other Metal Coordination Compounds in Cancer Chemotherapy, Plenum, New York/London.

243. Johnson S. W., Ferry K.V., Hamilton Т. C., Recent insights into platinum drug resistance in cancer Drag Resist Updates 1998: 1: 243-254.

244. Judson I, Kelland LR. New developments and approaches in the platinum arena. Drugs 2000; 59 Suppl. 4: 29-36

245. Fichtinger-Schepman A. M. Van der Veer J.L. Den Hartog JH. et al. Adducts of the antitumour drug cis-diamminedichloro-platinum(II) with DNA: formation, identification and quantitation. Biochemistry 1985; 24: 707-13

246. Comess, К. M., and Lippard. S. J. (1993) In Molecular Aspects of Anticancer Drug-DNA Interactions, pp. 134-168 (eds. S. Neidle and M. Waring), Macmillan Press Ltd, London. 134-68

247. Kartalou M., Essigmann J. M. Mechanism of resistance to cisplatin. Mutation research/ Fundamental and Molecular Mechanisms of mutagenesis (2001), v. 478, 1-2, p.23-43.

248. Godwin A. K., Meister A., O'Dwyer P.J., High resistance to cisplatin in human ovarian cancer cell lines in associated with marked increase of glutathione synthesis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 3070-3074.

249. Черняев И.И., Комплексные соединения переходных металлов, М., Наука, 1973, с. 15-173

250. Переводчикова Н.И. и др., Средство для лечения злокачественных опухолей яичка и рака яичника "платин", опубл. 30.03.91, бюл. 14

251. Duffull S, Robinson В. Clinical pharmacokinetics and dose optimisation of carboplatin. Clin Pharmacokinet 1997; 33: 161-83

252. Extra J, Marly M, Brienza S, et al. Pharmacokinetics and safety profile of oxaliplatin. Semin Oncol 1998; 25: 13-22

253. Tulub A.A., Stefanov V.E. Cisplatin stops tubulin assembly into microtubulines. A new inside into the mechanism of antitumor activity of platinum complexes. Int. J. of Biol. Macromolec. (2001), v.28, 3,p. 191-198.

254. Chu, G. Cellular responses to cisplatin. The roles of DNA-binding proteins and DNA repair J. Biol. Chem, (1994) v. 269, p. 787 790

255. Olinski R, Briggs RC, Basinger M, Jones MM. Effectiveness of chemical agents in removing platinum from DNA isolated from cisplatin-treated HL-60 cells. Acta Biochim Pol. (1992) v. 39, 4, p. 327-334.

256. Akaboshi M., Kawai K., Maki H., Akuta K., Ujeno.Y., Miyahara. Т., Jpn. J. Cancer Res. 1992, 83, p. 522-526.

257. Reedijk J. Whe does cisplatin reach guanine-N7 with competing S-donor ligands available in the cell? Chem. Rev. (1999). V. 99. P. 2499 -2510.

258. Coll M, Sherman SE, Gibson D, Lippard SJ, Wang AH. Molecular structure of the complex formed between the anticancer drug cisplatin and d(pGpG): C222(l) crystal form. J Biomol Struct Dyn v. 8, p. 315-330.

259. Huang H, Zhu L, Reid BR, Drobny GP, Hopkins PB Solution structure of a cisplatin-induced DNA interstrand cross-link. Science. (1995) v. 270, p. 1842-1845.

260. Herman, F., Kozelka, J., Sloven, V., Guittet, E., Girault, J.-P., Huynh-Dinh, Т., Igolen, J., Lallemand. J.-Y. And Chottard, J.-C. (1990) Eur. J. Biochem. 194, 119133.

261. Den Hartog, J. H. J., Altona, C., van der Marel, G. A. and Reedijk, J. (1985) Eur. J. Biochem. 147, 371-379.

262. Bellon SF, Coleman JH, Lippard SJ. DNA unwinding produced by site-specific intrastrand cross-links of the antitumor drug cis-diamminedichloroplatinum(II). Biochemistry (1991) v. 30, p. 8026-8035.

263. Bancroft, D. P., Lepre, C. A. and Lippard, S. J. (1990) J. Am. Chem. Soc. 112, 6860-6871.

264. Brabec V, Sip M, Leng M. DNA conformational change produced by the site-specific interstrand cross-link of trans-diamminedichloroplatinum(II). Biochemistry (1993) v. 32, p. 11676-11681

265. Eastman A, Jennerwein MM, Nagel DL. Characterization of bifunctional adducts produced in DNA by trans-diamminedichloroplatinum(II). Chem Biol Interact. (1988) v. 67, p. 71-80.

266. Szymkowski DE, Yarema vK. Essigmann JM. et al. An in-trastrand d(GpG) platinum crosslink in duplex MI3 DNA is refractory to repair by human cell extracts. Proc Natl Acad Science USA. (1992) v. 89, p. 10772-10776.

267. Zwelling LA. Anderson T. Kohn KW. DNA-protein and DNA inlerstrand cross-linking by cis- and trans-platinum(II) diamminedichloride in LI210 mouse leukemia cells and relation to cylotoxicity. Cancer Res (1979) v. 39 (2 Pt I) p. 365369

268. Takahara PM. Rosenzweig AC. Frederick CA. et al. Crystal structure of double-stranded DNA containing the major adduct of the anticancer drug cisplatin. Nature (1995) v. 377 p. 649-652.

269. Fichtinger-Schepman A. M. van der Veer JL. den Hartog JH. et al. Adducts of the antitumour drug cis-diamminedichloro-platinum(II) with DNA: formation, identification and quanti-tation. Biochemistry (1985), v. 24:, p.707-713.

270. Sip M, Schwartz A, Vovelle F, Ptak M, Leng M (1992) Distortions induced in DNA by cis-platinum interstrand adducts. Biochemistry. 31,2508-2513.

271. Bradley LJ, Yarema KJ, Lippard SJ, Essigmann JM. Mutagenicity and genotoxicity of the major DNA adduct of the antitumor drug cis-diamminedichloroplatinum(II). Biochemistry (1993) v. 32, p. 982-988.

272. Pinto AL, Lippard SJ. Binding of the antitumor drug cis-diamminedichloroplatinum(II) (cisplatin) to DNA Biochim Biophys Acta. (1985) v. 780,3, p. 167-80.

273. Huang H. Zhu L. Reid BR, et al. Solution structure of a cisplatin-induced DNA interstrand cross-link. Science 1995: 270: 1842-5

274. Thomas J. O., Travers A.A., HMG1 and HMG2 and related 'architectural' DNA-binding proteins. Trends in Biochemical Sciences (2001) v. 26, 3, p. 167-174.

275. Yang, D., Van Boom, S.S.G.E, Reedijk, J., Van Boom J.H., and Wand, A.H.-J. Structure and isomerisation of an intrastrand cisplatin-cross-linked octamer DNA duplex by NMR analysis. Biochemistry (1995) v. 34, p. 12 912 -12920.

276. Rice,J.A., Crothers,D.M., Pinto,A.L. and Lippard, S.JProc. Natn. Acad. Sci. U.S.A. .(1988) v. 85, p. 4158-4161.

277. Bancroft, D. P., Lepre, C. A. and Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. (1990) v. 112, p. 6860-6871.

278. Huang H, Zhu L, Reid BR, Drobny GP, Hopkins PB Solution structure of a cisplatin-induced DNA interstrand cross-link. Science. (1995) v. 270, p. 18421845.

279. Paquet F, Perez C, Leng M, Lancelot G, Malinge JM. NMR solution structure of a DNA decamer containing an interstrand cross-link of the antitumor drug cis-diamminedichloroplatinum (II). J Biomol Struct Dyn. (1996) v. 14, p. 67-77.

280. Wang AH, Quigley GJ, Kolpak FJ, Crawford JL, van Boom JH, van der Marel G, Rich A. Molecular structure of a left-handed double helical DNA fragment at atomic resolution.Nature. (1979) v. 282, p. 680-686.

281. Lippard S. J. Chemistry and molecular biology of platinum anticancer drugs. Pure and Appl.Chem. (1987) v.59, 6, 731.

282. Van Boom, S.S.G.E., Yang, D.„ Reedijk, J., van der Marel, G.A. and Wand, A.H.-J. J. Biomolec. Struct.Dyn. (1996) 13 , 989-998.

283. Касьяненко Н.А., Николенко О.В., Прохорова С.А., Дьяченко С.А., Сморыго Н.А., Ивин Б.А., Фрисман, Э.В., Исследование взаимодействия молекулы ДНК с координационными соединениями двухвалентной платины

284. I.Соединения платины с двумя пиримидиновыми лигандами. Молекулярная биология (1997), т. 31, №2,299-304

285. Jamieson Е. R., Lippard S. Structure, Recognition and Procttding of Cisplatin-DNA Adducts. J. Chem. Rev. (1999) v. 99. P. 2467 -2498.

286. Farrell, N. In: Metal ions in Biological Systems, Sigel H. (ed.), (1996), v. 32, Marcel Dekker, New York, p. 603-639.

287. Coluccia M., Nassi A., Loseto F., Boccarelli, A., Mariggio,M.A., Giordano D., Intini F.P., Caputo P., Natile G.J. Med. Chem. (1993), 36, 510-512.

288. Wu P.K., Kharatishvili M., Qu Y., Farrell N. J. Inorg. Chem. 1996, 63, 9-18.

289. Farrell N., Appleton T.G., Roberts J.D. Soares Fontes A.P., Skov K.A., Wu P., Zou Y., Biochem., (1995), 34, 15480-15486.

290. Amo Ochoa P., Gonzalez V.M., Perez J.M., Masaguer J.R., Alonso C., Navarro-Ranninger C. J. Inorg. Biohem., (1996), 64, 287-289.

291. Касьяненко H.A., Айа Э.Э.Ф., Судакова C.C., Яковлев К.И. Взаимодействие молекулы ДНК с двуядериыми соединениями двухвалентной платины, проявляющими противоопухолевую активность. В материалах конференции Человек-лекарство, Москва, РАМН, (1998), с. 88.

292. Kasyanenko N. A, Yakovlev K.I., Bogdanov A. DNA interaction with coordination compounds of platinum and cobalt. International Symposium Physics of the Biological Systems, Kiev, (1998), p. 15

293. Kasyanenko N. А., Haya E.E.F., Bogdanov A., Zanina A. DNA Conformation in Complexes with the Coordination Compounds. Journal of Biosciences, (1999) v. 24, s.l,p. 90.

294. Касьяненко H.A., Айа Э.Э.Ф., Богданов A.A., Яковлев К.И. Комплексы ДНК с двуядерными соединениями Pt(II) и Pt(IV), проявляющими противоопухолевую активность В сб. Тезисы докладов 2 съезда биофизиков России, (1999), Москва т. 2, с. 120-121

295. Kasyanenko N. A., Haya E.F., Bogdanov A., Yakovlev K.DNA Interaction With Pt(II) and Pt(IV) Compounds In: International Conference on DNA Conformation, Modification and Recognition in Biomedicine Brno, (2000), p.91.

296. Mollis S.Z. and others, Platinum and other metal coordination compounds in cancer chemotherapy, Italy, 1987, p. 538

297. Аксенов О. А., Мурина E. А., Коган Э. M., Платонова Г. А., Сидорова H. С., Тимковский A. JI. Биологическая активность комплекса поли(Г).поли(Ц), модифицированного соединениями двухвалентной платины. Вопросы вирусологии (1995), т. 40, 2, с. 56- 59.

298. Brabec V., Timkovsky A. L. Electrochemistry of double-stranded complexes of synthetic polyribonucleotides having interferonogenic and antiviral activity. Gen. Physiol. Biophys. (1983), v.2, p.487-497.

299. Стеценко А. И., Яковлев К. И., Рожкова Н. Д., Погарева В. Д., Казаков С. А. Биядерные комплексы Pt(II) с мостиковыми молекулами полиметилен диаминов. Координационная химия (1990), 16, 4, 560.

300. Яковлев К. И., Рожкова Н. Д., Стеценко А. И. Моно- и биядерные комплексные соединения Pt(II) с имидазолом, бензимидазолом и теофилином. Журнал неорганической химии. (1991). Т. 36. С. 120-127.

301. Стеценко А. И., Яковлек К. И., Алексеева Г. М., Коновалова A. JT. Комплексы платины триаминового типа и их противоопухолевая активность. Теор. и эксп. хим. (1991), 3, с. 354- 361.

302. W. Kuhn Uber die gestalt fadenformiger moleciili in iosungen. Kolloid Z.,(1934) v.68, p. 2-5.

303. Guth E., Mark H.Zur innermolecularen statistic, instesondere beiketten molekiilen. Monatsch. Chem. (1934), v.65, p.93-121.

304. Kratky O., Porod G. Rontgenuntersuchung geloster fadenmolecule. Rec. trav. Chim. (1949), v. 68,6, p.l 106-1122.

305. Ландау Л., Лифшиц E. Статистическая физика. М. Л., (1951) Гостехиздат

306. Vologodskii А.У., Anchelevich V.V., Lukashin А.У., Frank-Kamenetskii M.D. Nature v.280,p. 294 (1979)

307. Kuhn W. Experientia v. 1, p.28 (1945)

308. Benoit H., Doty P. J.Phys.Chem. v.57,p.958 (1953)

309. Eyring H., Phys. Rev. (1932), v. 39, p. 746.

310. Волькенштейн M. В. Конфигурационная статистика полимерных цепей. М.-Л„ Изд. АН СССР(1959), 466 с.

311. Т.М. Бирштейн,. О.Б. Птицын, Конформации макромолекул, М., Наука, (1964)392 е.

312. Flory P. Principles of Polymer Chemistry. Ithaca: Cornell University Press, 1953.

313. Zimm В., Stockmayer W., Fixman M. Excluded volume in polymer chains. J.Chem.Phys. (1953) v.21,10, p. 1716-1723.

314. Yamakawa H., Tanaka G. Excluded volume effects in linear polymer chains: a hierarchy of differential equations. J. Chem. Phys. (1967) v. 47, p. 3991.

315. Muthukumar M., Nickel B.J.Expansion of a polymer chain with excluded volume interaction J. Chem. Phys. (1987) v.86, 460-476

316. Stockmayer W. J.Polym.Sci., v. 15, p.595 (1955)

317. Птицын О.Б. Геометрия линейных полимеров. VIII. Приближенная статистическая теория объемных эффектов в линейных полимерных цепях. Высокомолек. Соедин. (1961) Т.З, с. 1673-1683.

318. Alexandrowicz Z., Effect of Excluded Volume on Polyelectrolytes in Salt Solutions J. Chem. Phys., (1967), v.ll, p.4377.

319. Де Жен П. Идеи скейлинга в физике полимеров М., Мир , 1982 Перевод книги: Pierre-Gilles de Genne, Scaling Consept in Polymer Physics, Cornell University Press, Ithaca and London, 1979.

320. M. Дой, С. Эдварде, Динамическая теория полимеров М., Мир, 1998 Перевод книги: М. Doi, S.F. Edwards, The Theory of Polymer Dynamics, Clarendon Press, Oxford, 1986.

321. Polymeric systems. Advances in chemical physics v. 94 (Ed.Prigogine I., Stuart A. Rice) John Willey & Sons, Inc.N.Y. (1997).

322. Тенфорд Ч., Физическая химия полимеров М., Химия, 1965.

323. Флори П. Статистическая механика цепных молекул Изд-во Мир, Москва 1971. Перевод книги: Paul J. Flory, Statistical Mechanics of Chain Molecules, John Wiley & Sons, 1969.

324. Yamakawa H. Modern Theory of Polymer Solutions. N. Y.-Harperand Row 1971

325. Цветков B.H. Жесткоцепные полимерные молекулы. JI., Наука( 1986) 3 79

326. Хохлов А. Р. Статистическая физика макромолекул. М., МГУ, (1985), 192

327. Готлиб Ю. Я., Даринский А. А., Светлов Ю. Е. Физическая кинетика макромолекул. Л., Химия, (1986), 272 с.

328. Будтов В. П. Физическая химия растворов полимеров. СПб, Химия, (1992), 382 с.

329. Eigner J., Doty P. J.Mol.Biol. (1965), v,12, p.549.

330. Птицын О. Б., Эйзнер Ю.Е. Гидодинамика растворов полимеров. IV. О влиянии объемных эффектов на рассеяние света и константу трения макромолекул в растворе. Высоком. Соед.(1959) т.1, No 7, с.966-977.

331. Птицын О. Б., Эйзнер Ю.Е. Гидодинамика растворов полимеров. Н.Гидродинамические свойства макромолекул в хороших растворителях. Журн. Техн. Физ.(1959) т.29, с.1117-1134.

332. Yamakawa Н., Fujii М. Intrinsic viscosity of wormlike chains determination of the salt factor. Macromol. (1974), v. 7, No 1, p.128-135.

333. Frisman E.V., Schagina L.V., Vorobiev V.I. A glass rotation viscometer. Biorheology (1965) v.2, p.189-194.

334. Чебышян M. А. Влияние молекулярного веса и растворителя на конформацию макромолекул в растворе. Лфндидатская диссертация.(1975), ЛГУ, Ленинград.

335. Цветков В. Н. Эскин В. Е., Френкель С. Я. Труктура макромолекул в растворах. М., Наука, (1964), 719 с.

336. Kuhn W., Grun F. Beziehund zwischen konstanten und dehnumgs doppelbrechung hochel. Kolloid.Z.(1942), v.101, p.248

337. Цветков B.H., Фрисман Э.В. Геометрическая форма и оптические свойства цепных молекул в растворе. ДАН СССР (1954), т. 47, No 4, с. 647-650.

338. Цветков В.Н. Об оптическом эффекте формы жестких полимерных цепей в растворах. Высокомолек. Соед. (1963) т.5,с.740-746.

339. Фрисман Э.В. Докторская диссертация. ЛГУ. Ленинград, 1964.

340. Фрисман Э.В., Сибилева М.А., Красноперова А.В. Гидродинамические и оптические свойства растворов полимеров в области больших концентраций. Высокомолек. Соед. (1959) т.1, No 4, с.597-606.

341. Снатцке Г. Дисперсия оптического вращения и круговой дихроизм в органической химии. (1970) М., Мир

342. Кантор Ч., Шиммел П. Биофизическая химия. (1984), М.,Мир. Т.2.

343. Debye P. J. Appl. Phys. (1944), v. 15, p. 338.

344. Debye P. J. Phys. Coll. Chem. (1947), v. 51, p. 18.

345. Эскин В. E. Рассеяние света растворами полимеров. М., Наука, (1973), 350

346. Тэнфорд Ч. Физическая химия полимеров. М., Химия (1965), 772 с.

347. Munk P. Introduction to Macromolecular Science. John Willey & Sons, N.Y.,(1989).

348. Wu C., Chu B. Light Scattering. In: Experimental Methods in Polymer Science. Ed. Tanaka T. Acad. Press. USA.(2000), p.1-57.

349. Berne B. J., Pecora R. Dynamic Light Scattering with Applications to Chemistry, Biology, and Physics. 2nd ed. Dover Publications, Inc. Mineola. N.Y. (2000), 376 p.

350. Спектроскопия оптического смешения и корреляции фотонов. Под ред. Камминса Г., Пайка Э. М., Мир, 1978.

351. Лебедев А. Д., Левчук Ю. Н., Ломакин А. В., Носкин В. А. Лазерная корреляционная спектроскопия в биологии. Киев, Наукова думка, (1987).

352. Forrester А. Т. Photoelectric mixing as a spertroscopic tool. J. Opt. Soc. Amer. (1961),v. 51, 3, p.253-259.

353. Тихонов A. H., Арсенин В. Я. Методы решения некорректных задач. М., (1974)

354. Kopel D. E. Analisys of macromolecular polydispersity in intensity correlation soectroscopy: the method of cumulants. J. Chem. Phys. (1972) v.57, 11, p.4814-4820.

355. Danovich G. R., Serdyuk J. N. In : Photon correlation techniques (1983) p. 315321.

356. Schmitz K. S. An introduction to the dynamic light scattering by macromolecules. Academic, San Diego, CA. (1990).

357. Chu B. Laser light scattering: Basic principles and practice. 2nd ed.,Academic, San Diego, CA (1991).

358. Stepanek P. Dynamic Light Scattering. Method and Some Applications. Ed. by W.Brown Oxford: Clarendron Press, (1993).

359. Bloomfield V. A., Lim Т. K. Quasi-elastic laser light scattering. Methods Enzymol. (1978), 48 F,p.415-494.

360. Bustamante C. Direct observation and manipulation of single DNA molecules using fluorescence microscopy. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. (1991), v. 20, p. 415-446.

361. Binning G., Quate C. F., Gerber C. Atomic force microscope. Phys. Rev. Lett. (1986) v. 56, p. 930-933.

362. Binning G., Gerber Ch., Stoll E., Albrech T. R., Quate C. F. Atomic resolution with atomic force microscopy. Europhys. Lett. (1987), v. 3,12, p. 1281-1287.

363. Bustamanate C., Vesenka J., Tang C. L., Rees W., Guthod M., Keller R. Circular DNA molecules imaged in air by scanning force microscopy. Biochemistry (1992) v. 31, p. 22-26.

364. Vesenka J., Guthod M., Tang C.L. Keller R. Delaine E., Bustamanate C. Substrate preparation for reliable imaging of DNA molecules with the scanning force microscope. Ultramicroscopy. (1992) v. 42-44, p. 1243-1249.

365. Thundat Т., Allison D.P., Warmack R. J., Brown G. M., Jacobson K.B., ScrickJ.J., Ferrell T.L. Atomic force microscopy of DNA on mica and chemically modified mica. Scanning Microsc. (1992), v. 6, 4, p.911-918.

366. Hu J., Wang M., Weier H.-U. G., Franz P., Kolbe W., Ogletree D.F. Imaging of single extended DNA molecules on flat (aminopropyl) triethoxysilane-mica by atomic force microscopy. Langmuir (1996), v. 12,7, p. 1697-1700.

367. Lyubchenko Y. L., Gall A. A., Sclyakhtenko L. S., Harrington R. E., Jacobs B. L., Oden P. I., Lindsay S. M. Atomic force microscopy imaging of double stranded DNA and RNA. J. Biomol. Struc. Dynam. (1992), v. 10, 3, p. 589-606.

368. Schaper A., Starink J. P. P., Jovin Т. M. The scanning force microscopy of DNA in air and n-propanol using new spreading agents. FEBS Lett. (1994), v. 355, p. 9195.

369. Сканирующая зондовая микроскопия биополимеров. (Под ред. Яминского И. В.) М., Научный мир, (1997), 88 с.

370. Спирин А. С. Биохимия (1958), т. 28, с. 656-662.

371. Pavlov G.M., Panarin E.F., Korneeva E.V., Kurochkin K.V., Baikov V.E., Ushakova V.N. Hydrodynamic properties of poly(l-vinyl-2-pyrrolidone) molecules in dilute solution. Makromol. Chem. 1990; 191(12): 2889-2899.

372. Panarin E.F., Tarasova N.N., Gorbunova O.P. Copolymerization of N-vinylpyrrolidone with monoallylammonium salts Zh. Prikl. Khim. (Russia) 1993;66(11):2525-2530.

373. Korneeva E., Tarasova N., Gorbunova O., Arpidov Yu., Panarin E., Pavlov G. Study of dilute solution properties of polyallylamine .Abstr. of First Int. Symp. «Polyelectrolytes Potsdam "95». 1995. Potsdam, Germany, (p. 92).

374. Sakurada I. Ise N. Uber die Viskositat von Polyelektrolytlosungen. Makromol. Chem. (1960) B.40, N.l/2 s.126-139.

375. Cox R.A. The influence of ionic strength on the viscosity of ribonucleic acid and other polyelectrolytes. J. Polym. Sci (1960) у.41, No 149, p. 441-447.

376. Scruggs R.L., Ross P. D. Viscosity study of DNA. Biopolymers (1964) v.2, p.539-609

377. Reinert К. E., Geller F. Interaction of different substance with polyelectrolyte DNA. Stud. Biophys. (1968) v. 10, No 1, p.65-73.

378. Rosenberg A. H. Studier F. W. Intrinsic viscosity of native and single stranded T7 DNA and its relationship to sedimentation coefficient. Biopolymers (1969) v.7, No 5, p.765-774.

379. Russel B.W.B. The low-shear limit of the effective viscisity of a solution of charged macromolecules. J. Fluid. Mechan.(1979) v.92, 3, p.401-419.

380. Borochov N., Eisenberg H., Kam Z. Dependence of DNA conformation on the concentration of salt. Biopolymers (1981) v.20, No 1, p. 231 -235.

381. Любина С.Я., Стреляна И.А., Нудьга Л.А., Плиско Е.А., Богатова И.Н. Двойное лучепреломление в потоке и вязкость растворов хитозана в уксусной кислоте при различной ионной силе. Высокомолек. Соед. (1983). Т. 25A, No 7, С. 1467-1472.

382. Borochov N., Eisenberg Н. Contribution of Li-DNA in solution of LiCl. Biopolymers (1984) v.23, No9, p. 1757-1769

383. Tricot M. Comparison of experimental and theoretical persistence length of some polyelectrolytes at various ionic strengths. Macromolecules.(1984) v. 17, No 9, p. 1698-1704

384. Будтов В.П., Будтова T.B., Френкель С.Я. О набухании цепей полиэлектолитов при изменении концентрации растворов. Высокомолек. Соединнения. (1990) т.32 A, No 5, с.1100-1106.

385. Borochov N., Eisenberg Н. Stiff (DNA) and flexible (NaPSS) polyelectrolyte chain expansion at very low salt concentration. Macromolecules (1994) v.27, No 6, p. 1440-1445.

386. Касьяненко H.A., Семенова О.Ю., Кленин С.И., Быкова Е.Н., Медведев Г.П., Аветисян П.К. Фрисман Э.В. Исследование молекулярных характеристик полимерных флокулянтов в растворах разной ионной силы. Высокомолек. Соед. (1985), Т.37А, No 5, с.1073-1078.

387. Odijk Т. On the ionic strength dependence of the intrinsic viscosity of DNA. Biopolymers (1979) v. 18, р.3111 -3112.

388. Harrington R.E. Opticohydrodynamic properties of high-molecularweight DNA III. The effect of NaCl concentration Biopolymers (1978) v.17, No3, p. 919-936

389. Shurr J.M., Allison S.A. Polyelectrolyte contribution to the persistence length of DNA salt Biopolymers (1981) v.20, No2, p. 251-268.

390. Geller K., Reinert K. Evidence for an increase of DNA contour length at low ionic strength Nucl. Ac. Res. (1980) v.8,No 12, p.2807-2822.

391. Щагина Л.В, Рихтер Д., Фрисман Э.В., Воробьев В. И. Влияние ионной силы раствора на термодинамическую жесткость молекул нативной ДНК. Молек. Биол.(1969) т.З, No 2, с. 221-227.

392. Hagerman P., Investigation of the flexibility of DNA using transient electric birefringence. Biopolym.(l981) v.20,No7,p. 1503-1535.

393. Mandel M., Schouten J. Ionic strength dependence of low molecular weight DNA macromolecules

394. Maret G., Weil G. Magnetic birefringence of the electrostatic and intrinsic persistence length of DNA. Biopolym. (1983), v.22, No 12, p.2727-2744.

395. Buhler E., Rinaudo M. Structural and dynamic properties of semirigid polyelectrolyte solutions: A light scattering study. Macromolecules (2000) v.33, p. 2098-2106.

396. Liu Т., Rulkens R., Wegner G., Chu B. Laser light scattering study of a rigid -rod polyelectrolyte. Macromolecules (1998) v. 31, p. 6119-6128.

397. Borsali R., Nguen H , Pecora R. Small-angle neutron scattering and dynamic light scattering from a polyelectrolyte solution: DNA. Macromolecules (1998), v. 31, p. 1548-1555.

398. Stockmayer W.H., Fixman M. On the estimation of unpertutbed dimentions from intrinsic viscosities. J. Polym. Sci. (1963) v.61, p. 137-141.

399. Кабо В.Я., Ицкович JI.A., Будтов В.П. Особенности поведения полиэлектролитов в концентрированных солях. Высокомолек. Соед.(1989) т.31 A, No 10, С.2019-2025.

400. Pack G. R., Garrett G. A., Wang L., Lamm J. The effect of a variable dielectric coefficient and finite ion size on Poisson- Boltzmann calculations of DNA-electrolyte systems. Biophys.J. (1993)v.65, p. 1363-1370.

401. Maestre M. F. Circular dichroism of DNA films. Reversibility study. .J. Mol. Biol.(1970) v. 52, p. 543-556.

402. Frisman E.V., Dadivanian A.K. Effect of solvent on the optical behaviour of macromolecules in a laminar flow. J.Polym.Sci.(1972)part C, No 16, p.1001-1009.

403. Вода в полимерах. Под ред. С. Роуленда. М., Мир, 1984, 556 с.

404. Conner B.N., Takano Т., Tanaka S., Itakura К., Dickerson R.E. The molecular structure of d(CpCpGpG), a fragment of right-handed double helical A-DNA. // Nature (1982), v.295, p.294-299.

405. Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование. М.: Мир, 1984. С.264-265.

406. Schultz J., Nordenskiold L., Rupprecht A. A study of the quadrupolar NMR splitting of 7Li+, 23Na+, 23Cs+ counterions in macroscopically oriented DNA fibers Biopolymers( 1992) v.32, p. 1631-1639.

407. Бирштейн T.M., Будтов В.П., Фрисман Э.В., Яновская Н.К. Влияние состава сополимера на оптическую анизотропию его молекул. Высокомолекулярные соединения.(1962) т.4, No 3, с.455-462.

408. Hearst J. Е., Tagami Y. J. Chem. Phys.(1965) v.42, No 12, p.4149-4151.

409. Yamakawa H., Yoshizaki T. Macromolecules (1980) v.13, N 3, p.633-643.

410. Цветков B.H., Лезов A.B. Высокомолек. Соед.Б, (1984) t.26,N 7, c.494-498.

411. Sharp P., Bloomfield Y.A. Intrinsic viscosity of wormlike chains with excluded volume effects. J. Chem. Phys. (1968) v.48, N 5, p.2149-2155.

412. Kasyanenko N., Arikainen N., Frisman E. Investigation of DNA complexes with iron ions in solution. Biophys. Chem. (1998) v. 70, p. 93-100.

413. Kasyanenko N., Zanina A., Plotnikova L., Simonenkov A., Defrenne S., Nazarova O., Panarin E. Study of the DNA packing caused by charged compounds of different nature and structure. Macromolec. Symp. (1998) v. 136, p.25 -31.

414. Bloomfield V. A., Crothers D. M., Tinoco I. Jr. Nucleic acids. Structures, properties and function.University science book, CA (2000) 794 p.

415. Raspaud E., Olvera de la Cruz M., Sikorav J.-L., Livolant F. Precipitation of DNA by Polyamines: A polyelectrolyte Behavior. Biophysical Journal.(1998) v. 74, p.381-393.

416. Jary D., Sikorav J.L. Cyclization of Globular DNA. Implication for DNA-DNA Interactions in vivo. Biochem.(1999) v.38, 11, 3223-3227.

417. Brewer L.R., Corzett M., Balhorn R. Protamine-induced condensation and decondensation of the same DNA molecule. Science. (1999) v/286, 120-123

418. Pelta J., Livolant F., Sikorav J. L. DNA aggregation induced by polyamines and cobalthexamine. Journ. Biological Chem.(1996) v. 271, 10, 5656-5662.

419. Nguen Т. Т., Shklovskii B.I. Model of inversion of DNA charge by a positive polymer: fractionalization of the polymer charge. Phys. Rev. Lett. (2002), v.89, 1, 018101-1 -4.

420. Thurmond II K.B., Remsen E.E., Kowalewski Т., Wooley K.L. Packaging of DNA by shell crosslinked nanoparticles. Nucl. Ac.Res., (1999), v.27, 14, p.2966-2971.

421. Ahmad R., Naoui M., Neault J. F., Diamantoglou S., Tajmar-Riahi H. A. An FTIR spectroscopic study of calf thymus DNA complexation with Al(III) and Ga(III) cations. J.of Biomolec. Struct.& Dynamic. (1996) v.13, No 5, p.795-801.

422. Osterberg R., Persson D., Bjursell G. The condensation of DNA by Chromium (III) ions. J.of Biomolec. Struct.& Dynamic. (1984) v.2, No 2, p.285-290.

423. Gessner R.V., Quigley G.J., Wang A.H.-J.,Van der Marel G.A., van Boom J.H., Rich A. Structural basis for stabilization of Z-DNA by cobalt hexaammine and magnesium cations. Biochemistry (1985) v.24, No 2, p.237-240.

424. Фрисман Э.В., Сибилева M.A., Пинаев Г.П., Воробьев В.И., Водницка Б., Пиотровский Ю., Нгуэн Тхи Дэ, Голикова А.И., Сергеева Н.И. Молек. Биология (1969) т.З, с.182

425. Фрисман Э.В., Сибилева М.А., Голикова А.И., Пинаев Г.П., Воробьев В.И. Молек. Биология (1970) т.4, с.587.

426. Сибилева М.А., Осипова Т.Н., Заленский А.О., Чебишян М.А., Голикова А. И., Воробьев В.И., Фрисман Э.В. Исследование комплексов ДНК с гистонами . Молек. Биология (1976) т. 10, 3, с.514-520.

427. Бирштейн Т.М., Ельяшевич A.M., Меленевский А.Г. Биофизика (1973), т.18, с.797

428. Галлямов М. О., Яминский И.В. Нуклеиновые кислоты. В кн. Сканирующая зондовая микроскопия биополимеров. Под ред Яминского И.В. М., Научный мир, (1997) с. 25.

429. Cisplatin. Current status and new developments, Ed/Prestayko W.A., Carter S.K. New York, 1980, 318 p.

430. Davidson J. P., Faber P. J. Ficher R. G., Mansy S., Peresie U. J., Rosenberg В., Van Camp L. Platinum-pyrimidine blues and related complexes. Neww class of potents antitumor agent. Cancer Chemother. Rep. Part I (1970), v.59, p. 287

431. Wing R. M., Drew H. R„ Dickerson R. E. EMBO J. (1984) 3, p. 1201

432. Butour J., Macquest J.P., Biooch. Biophys. Acta(1981) v.3, p.305-311.

433. Кривцова M. А., Морошкина E. Б., Глибин E. H., Фрисман Э. В. Взаимодействие ДНК с низкомолекулярными лигандами различной структуры. II. Комплексы ДНК с актиномином и его аналогами. Молекулярная биология (1982) т.16, № 1, с.149-155.

434. Веселков А.Н., Морошкина Е. Б., Соболева О.И., Фрисман Э. В. Сравнительное исследование взаимодействия ДНК с дауномицином и профлавином в растворе. Молекулярная биология (1984) т. 18, № 2, с.481-487.

435. Морошкина Е. Б., Степанова Т. Ф., Ракецкая В.В., Фрисман Э. В. Взаимодействие ДНК с бифуекциональным акридиновым красителем. Молекулярная биология (1987) т.21, № 2, с.389-395.

436. Переводчикова Н. И., Горбунова В. А., Преснов М. А. И др. Авторское свидетельство 1208619 СССР, МКИ С 07F 15/00 А 61 К. Средство для лечения злокачественных опухолей яичка и рака яичников «платан».

437. Hollis L. S., Amundsen A. R., Stern Е. W. Chemical and biological properties of a new series of cis-diammineplatinum (II) antitumor agents containing three nitrogen donors: cis-Pt(NH3)2(N-donor)Cl.". J.Med.(1989) v. 32,1, p.128.

438. Coluccia M., Nassi A., Loseto F., Boccarelly A., Mariggio M. A., Giordano D., Intini F. P., Caputo P., Natile G. J. Med. Chem. (1993). V. 36. P. 510 512.

439. Redijk J. Why does cisplatin reach guanine N7 with competing S-donor ligands available in the cell? Chem. Rev. (1999), v 99, p. 2499-2510.

440. Sherman S. E., Lippard S. J. Chem. Rev. V. 87. P. 1153 1181.

441. Reinert К. E. Aspects of specific DNA-protein interaction: Local bending of DNA molecules by in-register binding of the oligopeptide antibiotic distamycin. Biophys. Chem. (1981). V. 13. P. 1-14.

442. Kasyanenko N. A., Zanina A. V., Nazarova О. V., Panarin E. F. DNA interaction with complex ions in Solution. Langmuir. (1999). V. 15. P. 7912 7917.

443. Касьяненко H.A., Плотникова JI.B. Изучение взаимодействия молекулы ДНК с ионами железа в присутствии двухвалентного марганца Вестник Санкт-Петербургского университета. Физика. (2001), сер. 4. вып. 1., N 24, стр. 3-10.

444. Глинка H.JI. Общая химия. Л., Химия, (1974), 704 с.

445. Касьяненко Н.А., Богданов А.А., Космотынская Ю.В., Спевак В.Н. Комплексы ДНК с соединениями двухвалентной платины в присутствии диметилсульфоксида. Журн. Физ. Химии (2002), т.76, с.2043-2048.

446. Касьяненко Н.А., Обухова О.Н., Назарова О.В., Панарин Е.Ф. Комплексы ДНК с полиаллиламином в растворе. Журнал физической химии (2002), т.76, с. 2036-2042.

447. Касьяненко Н.А., Богданов А.А., Дефрене С. Взаимодействие молекулы ДНК с координационными соединениями платины и кобальта в растворе Биофизика (2002) т.47, вып.3,449-452.