Изучение пространственной структуры и внутримолекулярной подвижности некоторых циклоспоринов в растворах и в комплексе с мицеллами додецилфосфохолина методами ЯМР спектроскопии и молекулярной динамики тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Кобчикова Полина Павловна

• Кобчикова Полина Павловна
• кандидат наук
• 2023

Оглавление диссертации кандидат наук Кобчикова Полина Павловна

Введение

Глава 1. Объекты исследования

1.1 Циклоспорины. Их строение и свойства

1.2 Додецилфосфохолин в исследованиях пептидов методами ЯМР

1.3 Базовые понятия о структуре пептидов

Глава 2. ЯМР в изучении структуры пептидов

2.1 Основы ЯМР

2.2 Двумерная ЯМР-спектроскопия

2.2.1 Гомоядерная ЯМР спектроскопия

2.2.2 Гетероядерная ЯМР спектроскопия

2.3 NOESY/ROESY-спектроскопия

2.3.1 Ядерный Эффект Оверхаузера (ЯЭО)

2.3.2 Анализ NOESY и ROESY спектров

2.4 Определение структуры пептидов. Переход от ЯМР к МД

Глава 3. Молекулярная динамика

3.1 Алгоритм молекулярной динамики

3.2 Высокотемпературная МД

3.3 Машинное обучение в МД

3.3.1 Метод главных компонент

3.3.2 Метод К-средних

Глава 4. Результаты исследований

4.1 Параметры экспериментов и моделирования

4.2 Исследование структуры циклоспоринов в хлороформе

4.2.1 ЯМР-спектроскопия

4.2.2 Молекулярная динамика

4.2.3 Кластеризация

4.2.4 Обсуждение полученных результатов

Стр.

4.3 Исследование структуры циклоспоринов в комплексе с мицеллами ДФХ

4.3.1 ЯМР спектроскопия

4.3.2 Молекулярная динамика циклоспоринов в комплексе с мицеллами

4.3.3 Кластеризация

4.3.4 Обсуждение полученных результатов

4.4 Исследование медленной динамики пептидов

Выводы

Библиография

Введение

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изучение пространственной структуры и внутримолекулярной подвижности некоторых циклоспоринов в растворах и в комплексе с мицеллами додецилфосфохолина методами ЯМР спектроскопии и молекулярной динамики»

Актуальность работы.

CsA является важным медицинским препаратом, так как обладает, в первую очередь, иммунодепрессивными свойствами, а также имеет дополнительную активность в качестве противовирусного, противогрибкового и противовоспалительного средства. Несмотря на все свои преимущества, CsA обладает рядом побочных эффектов. Существует целое семейство циклоспори-нов, поэтому на протяжении уже долгого времени врачи и ученые пытаются получить такой вариант циклоспорина, который при сохранении всех своих полезных свойств не обладал бы при этом побочными эффектами. Таким образом, изучение различных вариантов циклоспоринов становится крайне важной задачей. Пространственная структура молекул, как известно, непосредественно связана с их биологическими свойствами. Такая связь называется в биологии SAR (structure-activity relationship или отношение структура-активность). Так, изучая пространственную структуру циклоспоринов, можно попытаться понять, как те или иные модификации вляют на свойства пептида. Немаловажным также является понимание динамики молекулы в разных средах (полярной и неполярной), так как в организме существуют как те, так и другие. Причем в разных средах пептиды могут иметь разные наборы конформеров, а от того, какие конформации принимает молекула, может зависеть ее биологическая активность и выполняемые функции. Таким образом, изучение пространственной структуры циклоспоринов и их подвижности в разных средах является ключом к пониманию связи между структурой и активностью молекул.

Спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР), равно как и составляющая ее ЯМР NOESY-спектроскопия (в ее основе лежит ядерный эффект Оверхаузера- ЯЭО или NOE в английском варианте), являются эффективными инструментами для изучения пространственной структуры молекул. Отметим, что метод ЯМР NOESY позволяет определять расстояния между атомами в молекуле вплоть до 5 А, что позволяет получать структуру молекул с достаточно хорошим разрешением.

Эффективным инструментом в изучении характера движения молекул является метод молекулярной динамики, который позволяет исследовать динамику различных молекул на биологически значимых коротких временах. С

помощью данного метода можно получить еще больше информации об особенностях движения как основной, так и боковых цепей полипептидов. При сочетании молекулярной динамики с методами машинного обучения можно извлекать еще более детальную информацию. Например, в настоящей работе данные, полученные с помощью МД, были кластеризованы, но перед этим к ним был применен метод главных компонент для уменьшения размерности пространства, с которым мы работаем.

Цель настоящей работы состояла в определении пространственной структуры молекул циклоспоринов в растворе хлороформа и в комплексе с мицеллами с помощью методов одно- и двумерной ЯМР спектроскопии, а также характера внутренней подвижности этих молекул с помощью расчетов методами молекулярной динамики. Для достижения поставленных целей были решены следующие задачи:

1. Регистрация, анализ и полное соотнесение сигналов одно- и двумерных спектров ЯМР 1H, 13C в растворе хлороформа и в комплексе с мицеллами до-децилфосфохолина (ДФХ).

2. Установление пространственной структуры циклоспоринов в растворе хлороформа и в комплексе с мицеллами (ДФХ) методами одно- и двумерной спектроскопии ЯМР.

3. Проведение расчетов методами молекулярной динамики для ряда циклоспоринов и последующий анализ полученных данных.

Объекты исследования. В работе были исследованы циклические пептиды: CsB, CsC, CsD, CsE, CsG, CsH, CsL - циклоспорины, состоящие из 11 аминокислотных остатков. Подробнее об их биологических свойствах можно узнать в Главе 1.

Методы исследования.

Для решения указанных задач применялись следующие методы ЯМР: одномерная ЯМР спектроскопия на ядрах 1Н и 13С, двумерные гомоядерные (COSY) и гетероядерные корреляционные ЯМР методики (HSQC, HMBC), двумерные методики ЯМР: 2D NOESY и 2D ROESY.

Основные эксперименты проводились на ЯМР спектрометре фирмы «Bruker» «AVANCE II - 500» (рабочая частота для 1Н 500 МГц, рабочая частота для 13С 125 МГц) и на ЯМР спектрометре «Avance III HD 700» фирмы «Bruker» (рабочая частота для 1Н 700 МГц, рабочая частота для 13С 175 МГц)

Института физики КФУ (оборудование ФЦКП ФХИ КФУ). Анализ спектров проводили с помощью программного продукта TopSpin 3.2 и NMRFAM-Sparky.

Расчеты молекулярной динамики проводились в пакетах Gromacs и Xplor-NIH. Анализ структур, полученных с помощью данного метода, проводился в программе Chimera, а также при помощи инструментов Python.

Научная новизна. Впервые исследован набор циклоспоринов на предмет схожести их структур и подвижности боковых и основной цепей. Были определены методами ЯМР пространственные структуры группы циклоспоринов: CsB, CsC, CsD, CsE, CsG, CsH, CsL. Впервые было проведено сравнение между этими циклоспоринами в двух средах, в мицеллярном окружении (в комплексе с мицеллами ДФХ) и малополярной среде (CDCl3). Было выдвинуто предположение, что CsE может иметь отличное от других циклоспоринов поведение за счет жесткости своей структуры.

Научная и практическая значимость.

Несмотря на то, что CsA широко применяется в медицине в качестве иммунодепрессивного и реже противовирусного, противогрибкового и противовоспалительного препарата, он обладает рядом побочных эффектов, среди которых есть и опасные, например, нефротоксичность. Для врачей является актуальным поиск такого аналога CsA, который бы одновременно сохранил полезные свойства, но при этом побочные эффекты были сведены к минимуму. Существует целое семейство циклоспоринов, обладающих разными свойствами при схожих химических структурах. Изучение их пространственной структуры и подвижности становится крайне важной задачей, так как влияние этих характеристик является ключевым в определении биологической активности молекулы, что может способствовать поиску наилучшего аналога CsA.

С точки зрения науки, установление взаимосвязи между структурой молекулы и ее активностью является фундаментальной задачей, способствующей развитию такого направления, как дизайн лекарств (drug design). Данные, полученные в настоящей работе, далее могут быть использованы другими научными группами, занимающимися подобными исследованиями.

Обоснованность и достоверность результатов подтверждается использованием современного оборудования и общепринятых методов спектроскопии ЯМР и программного обеспечения, а также отсутствием противоречий между полученными результатами и результатами исследований, полученных в компьютерном моделировании методами молекулярной динамики. Кроме того,

достоверность результатов подтверждается статьями в рецензируемых изданиях, индексируемых базами данных Scopus и Web Of Science, опубликованными тезисами докладов во всероссийских и международных конференциях различного уровня.

Личный вклад автора: регистрация и расшифровка одно- и двумерных спектров ЯМР, обработка этих спектров с последующим извлечением информации о межпротонных расстояниях в изучаемых молекулах. Также автору принадлежат данные компьютерного моделирования исследуемых циклоспори-нов в различных средах (в CDCI3 и ДФХ), а также результаты их обработки с помощью различных инструментов.

На защиту выносятся: положения, сформулированные в выводах.

Апробация работы. Основные результаты были представлены на следующих конференциях: Magnetic resonance and its applications Spinus-2019: International School (г. Санкт-Петербург, 2019); XXI Winter Youth School of PINP on Biophysics and Molecular Biology. Youth Conference 2020 (г. Санкт-Петербург, 2020); XV Международная научная конференция «Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2020» (г. Севастополь, 2020); A special symposium celebrating the 50th anniversary of the Protein Data Bank (виртуально, 2021); XVII Международная научная конференция «Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2022» (г. Севастополь, 2022); XXI International Youth Scientific School "Actual problems of magnetic resonance (г. Казань, 2022); The XXVI International Scientific Conference of Young Scientists and Specialists (AYSS-2022) (г. Дубна, 2022).

Диссертационная работа выполнена в Научной лаборатории ЯМР спектроскопии кафедры медицинской физики Института физики Казанского (Приволжского) федерального университета. Работа на отдельных этапах поддерживалась средствами РНФ: Проект РНФ 18-73-10088 (2018-2021).

Публикации. По материалам диссертации опубликовано 12 работ, из них 4 статьи в рецензируемых изданиях, представленных в базах данных Scopus и Web of Science, 8 - тезисы докладов.

Структура и объем работы.

Диссертация состоит из введения, четырех глав, выводов, списка публикаций автора, списка литературы из 186 наименований.

Работа изложена на 155 страницах, содержит 57 рисунков и 8 таблиц. Во введении говорится об актуальности диссертационной работы, также сформули-

рованы цель и задачи, приведены объекты и методы их исследования, отмечены научная новизна и практическая ценность полученных результатов. В первой главе представлен литературный обзор по объектам, используемым в данной работе. Описаны фармакологические свойства циклоспоринов, представлены их химические структуры. Также описана роль ДФХ в изучении биологически значимых объектов методами ЯМР. Приведены некоторые базовые понятия о структуре пептидов.

Вторая глава посвящена методам ЯМР спектроскопии, которые были использованы при выполнении работы, включая КОЕБУ и ЯОЕБУ.

В третьей главе описан метод МД в применении к изучению пептидов. Также рассмотрены некоторые подходы к анализу получаемых в результате МД данных.

В четвертой главе описаны параметры экспериментов и МД, а также приведены основные результаты применения этих методов к циклоспоринам. Глава поделена на два основных раздела. Сначала обсуждаются результаты, полученные для циклоспоринов в растворе хлороформа, затем - в комплексе с мицеллами, и, наконец, затрагивается исследование медленной динамики пептидов.

Выражаю искреннюю благодарность за постановку задач, грамотное руководство и поддержку, оказываемую при проведении исследований и написании диссертации, научному руководителю профессору Клочкову Владимиру Васильевичу. Также особенно хочется поблагодарить Ефимова Сергея Владимировича, научного консультанта, доцента кафедры медицинской физики за помощь в работе, своевременные консультации по сложным вопросам и поддержку на всем пути исследований. Отдельно хочу поблагодарить Ага-нова А. В., чьи возражения, рекомендации, справедливая критика, а также оказываемая поддержка были для меня крайне важны. Выражаю глубокую признательность коллективу лаборатории ЯМР: Галиуллиной Н.Ф., Блохину Д.С., Рахматуллину И.З., Юльметову А.Р., Халиуллиной А.В., Агановой О.В., Санчуговой Д.А. за поддержку в работе. Конечно, хочу поблагодарить свою семью и друзей за то, что всегда были рядом и помогали мне поверить в себя, за их поддержку и любовь.

Глава 1. Объекты исследования 1.1 Циклоспорины. Их строение и свойства

Циклоспорин A (CsA) был открыт в 1970 году и в первую очередь был признан эффективным иммунодепрессантом при трансплантации органов [1]. Семейство циклоспоринов включает в себя более 30 циклических пептидов, состоящих из 11 аминокислотных остатков, которые встречаются в природе в виде метаболитов почвенных грибов. Впервые циклоспорин был выделен из Tolypocladium inflatum Gams [2], также известного как Tolypocladium niveum (O. Rostr.) Bissetti [3]; телеоморфная форма этого организма известна как Cordyceps subsessilis Petch [4] или Elaphocordyceps subsessilis (Petch) [5] и является паразитом жесткокрылых насекомых.

CsA является одним из наиболее изученных циклоспорирнов в семействе циклоспоринов: из всех известных циклоспоринов это наиболее широко изученная и применяемая в фармацевтике форма. CsA, а также многие его производные имеют ряд особенностей, отличных от «типичных» пептидов: обширное N-метилирование (остатки 1, 3, 4, 6, 9, 10 и 11) (Рисунок 1.1), нестандартные аминокислотные остатки, такие как (4К)-4-[(Е)-2-бутенил]-4^-диметил-Ь-треонин (MeBmt) (остаток 1), а-аминомасляная кислота (Abu) (остаток 2) и a-D-аминокислота (остаток 8). Иммуносупрессивная активность CsA зависит от клеточной проницаемости, требующей проникновения CsA в клетку и связывания с белком циклофилином (Cyp), который затем образует активный тройной комплекс CsA-Cyp-каль-циневрин [6].

CsA обладает дополнительной фармацевтической активностью, включая противовирусное, противогрибковое, противопаразитарное и противовоспалительное действия; он также демонстрирует фармакологическую активность в подавлении опухоли с множественной лекарственной устойчивостью [7; 8]. Тестирование CsA в качестве иммунодепрессанта показало, что CsA уменьшает воспалительные реакции при адъювантном артрите Фрейнда, отторжении кожного трансплантата и болезни «трансплантат против хозяина» [9]. В последующих исследованиях было продемонстрировано, что CsA ингибирует

индуцированную конканавалином А пролиферацию лимфоцитов [9]. В целом, ранние исследования СэЛ продемонстрировали ингибирование Т-клеток без широко распространенной цитостатической активности, что потенциально указывает на повышенную эффективность и улучшенный профиль безопасности по сравнению с ранее существовавшими иммунодепрессантами. В конечном счете, эффективность, продемонстрированная в исследованиях на людях, оказалась решающей для СэЛ, получившем клиническое одобрение в начале 1980-х годов и ставшим основным терапевтическим средством для пациентов, перенесших трансплантацию. Тем не менее, введение СэЛ может вызывать многочисленные побочные эффекты, включая нефротоксичность [10; 11]. Были предприняты усилия по разработке аналогов СэЛ, которые уменьшали бы количество и силу его побочных эффектов. Например, СэС [12] продемонстрировал многообещающие результаты на животных моделях, одновременно обладая иммуносупрессивной активностью СэЛ, а также пониженной нефро-токсичностью [13—15]. К сожалению, исследования СэС на людях показали неоднозначные результаты в отношении побочных эффектов [16—18]. Другие неиммуносупрессивные аналоги СэЛ были исследованы в противопаразитар-ных [19—21], противовирусных [22] применениях или при множественной лекарственной устойчивости [23; 24].Учитывая эту разнообразную биологическую активность, становится ясно, что СэЛ и его аналоги имеют широкий спектр потенциальных фармацевтических применений.

Исключительная стабильность молекулярного каркаса циклоспоринов предполагала возможность использования циклоспорина в качестве шаблона при разработке лекарств. Помимо создания собственной защиты, грибы также обеспечили человечество лекарством, которое произвело в свое время революцию в трансплантационной терапии благодаря своей мощной иммуносу-прессивной активности [25].

Строение и свойства циклоспоринов

Циклоспорины представляют собой природные или синтетические циклические пептиды, состоящие из одиннадцати аминокислотных остатков. Разные циклоспорины обладают разными биологическими свойствами. Таким образом, они могут иметь широкий спектр реальных или возможных фармацевтических применений. Например, некоторые из циклоспоринов обладают антибактериальными свойствами, в то время как другие - имуннодепрессивными.

Наиболее вариабельным аминокислотным остатком в циклоспорине является второй аминокислотный остаток (Рисунок 1.1). В CsA, например, на второй позиции стоит Abu (а-аминомасляная кислота).

Помимо замены аминокислотных остатков (как правило, одного или двух), может наблюдаться метилирование амидных групп, что также может влиять на пространственную структуру молекулы и, как следствие, на ее биологическую активность. Кроме этого, еще встречаются энантиомерные участки, например, в циклоспорине H.

Химическую структуру циклоспорина A можно видеть на Рисунке 1.1. Второй аминокислотный остаток выделен цветом, так как этот участок является наиболее вариативным в семействе циклоспоринов.

В CsD, например, в отличие от CsA, вторая позиция - Val

LI о

Mgl_eu-10

19 MsLeu-9

mV MeVal-11

CH CH, сн2 CH3 Ch

СНтМ-СН-СЭ-М I L

CHi

си-

си IQ

снг сн L 9

8

Aß D-Ala

7 6

L И 1 L

-сн— 1 ■N— СО—CH—N-1 1

сн3 сн2 сн ¿H сн3 снэ

А7 L6

Ala МвLeu 6

N-СНз

n- , H , о

I - (

-- -С—CH-hl-CO —.. ,

II I I I I i MeLeu-a

сн3 h сн3 сн2 сн3 _сн сн2

CH

бъ

СИ

сн^сн^

н3 CH,

V

Vsl

Рис. 1.1 — Схема циклоспорина А. Второй аминокислотный остаток в последовательности выделен цветом, как наиболее вариативный.

В таблице ниже (Таблица 1) можно видеть составы изучаемых в данной работе циклоспоринов. Жирным шрифтом выделены аминокислотные остатки, отличающиеся от аминокислотных остатков в ОэЛ. Как можно видеть, рассмотренные циклоспорины отличаются от ОэЛ по строению углеводородного

скелета или наличию КСН3-группы в первом и одиннадцатом аминокислотных остатках.

Таблица 1 — Состав циклоспоринов, рассмотренных в данной работе

Аминокислотная последовательность Химическая формула CAS No.

CsA cyclo[N(Me) Bmt(E)-Abu-Sar-N(Me)Leu-Val-N(Me)Leu-Ala-Dal-N(Me)Leu-N(Me) Leu-N(Me)Val] C62H111N11O12 59865-13-3

CsB cyclo[N(Me)Bmt(E)-Ala-Sar-N(Me)Leu-Val-N(Me)Leu-Ala-Dal-N(Me)Leu-N(Me) Leu-N(Me)Val] C61H109N11O12 63775-95-1

CsC cyclo[N(Me)Bmt(E)-Thr-Sar-N(Me)Leu-Val-N(Me)Leu-Ala-DAla-N(Me)Leu-N(Me)Leu-N(Me)Val] C62H111N11O13 59787-61-0

CsD cyclo[N(Me)Bmt(E)-Val-Sar-N(Me)Leu-Val-N(Me)Leu-Ala-Dal-N(Me)Leu-N(Me)Leu-N(Me)Val] C63H113N11O12 63775-91-7

CsE cyclo[N(Me) Bmt(E)-Abu-Sar-N(Me)Leu-Val-N(Me) Leu-Ala-Dal-N(Me)Leu-N(Me)Leu-Val] C61H109N11O12 63798-73-2

CsG cyclo[N(Me)Bmt(E)-Nva-Sar-N(Me)Leu-Val-N(Me) Leu-Ala-Dal-N(Me)Leu-N(Me) Leu-N(Me)Val] C63H113N11O12 74436-00-3

CsH cyclo[N(Me)Bmt(E)-Abu-Sar-N(Me)Leu-Val-N(Me)Leu-Ala-DAla-N(Me)Leu-N(Me)Leu-D-N(Me)Val] C62H111N11O12 83602-39-5

CsL cyclo[Bmt(E)-Abu-Sar-N(Me)Leu-Val-N(Me)Leu-Ala-DAla-N(Me)Leu-N(Me)Leu-N(Me)Val] C61H109N11O12

Ниже дана краткая характеристика каждого из циклоспоринов в контексте его биологических свойств.

CsB. CsB является второстепенным метаболитом циклоспорина, продуцируемым T. polysporum и другими несовершенными грибами, обладающими различной биологической активностью [26]. Он ингибирует рост клеток Т-лим-фомы в зависимости от концентрации [27]. Он токсичен для личинок комаров (Culex pipiens) (LC50 = 3,0 мкг/мл) [28]. CsB также ингибирует активность P-гликопротеина [24].

CsC. CsC представляет собой грибковый метаболит, который был обнаружен в T. inflatum и обладает разнообразной биологической активностью, вклю-

чая противогрибковое, противовирусное и иммунодепрессивное действие [29— 32].

CsD. CsD является метаболитом CsA, иммунодепрессанта, который связывает циклофилин D, ингибируя фосфатазную активность кальциневрина в Т-клетках [33; 34]. CsD обладает примерно на 10% меньшей иммунодепрессив-ной активностью, чем CsA [29; 35]. CsD использовался в качестве внутреннего стандарта для количественного определения CsA [36].

CsE. CsE показал иммунодепрессивные свойства в экспериментах с мышами, а также продемонстрировал способность связываться с циклофилином А в исследованиях с человеком.

CsG. Иммунодепрессивный агент. CsG является иммунодепрессантом, который используется для предотвращения отторжения пересаженных органов [37]. CsG связывается с циклофилином и блокирует его активность, что предотвращает активацию других иммунных клеток. Было показано, что он эффективен в предотвращении отторжения трансплантата на животных моделях. CsG также ингибирует высвобождение уровня пролактина в сыворотке и подавляет иммунно-опосредованные заболевания, такие, как аутоиммунные заболевания. Было показано, что CsG имеет низкий профиль токсичности при приеме в терапевтических дозах, но может взаимодействовать с другими лекарственными средствами.

CsH. CsH представляет собой природный циклический ундекапептид, который избирательно противодействует рецептору формилпептида в концентрациях от 0,1 до 10 мкМ [38—40]. В отличие от CsA, CsH не связывается с циклофилином, не вызывая иммунодепрессивный ответ [41]. Сообщалось, что CsH ингибирует опосредованные форболовым эфиром эффекты в коже мышей и блокирует кальций/кальмодулин-зависимое фосфорилирование EF-2 in vitro [42].

CsL. CsL используется при лечении диабета 1 типа, болезни Крона и псориаза. CsL связывается с рецепторами Т-лимфоцитов и блокирует их активацию иммунной системой. CsL также ингибирует синтез белков в раковых клетках, что приводит к их гибели. Было показано, что CsL эффективен при лечении хронических активных вирусных инфекций гепатита В и С. Было показано, что этот препарат ингибирует активность фосфолипазы А2 и снижает уровень простагландинов, связанных с воспалением. CsL также ингибирует резорбцию кости, вызванную карбонатом кальция, у крыс, ингибируя высвобож-

дение остеокластами ионов водорода из их лизосом в цитоплазму и активируя их для резорбции кости [43].

Как видно, действительно были получены и изучены многочисленные аналоги СэА. Хотя эти аналоги, несомненно, обладают потенциалом использования в медицине, ни один из них не показал такой же безопасности и эффективности, как СэЛ. Тем не менее считается, что наиболее перспективным из этих аналогов является СэС, в котором а-аминомасляная кислота заменена на Куа (норвалин) во 2-м положении. Сравнительные исследования СэС и СэЛ на животных дали противоречивые результаты как в отношении нефротоксичности, так и эффективности СэС как иммунодепрессанта. Из этих исследований видно, что существуют видовые и штаммовые различия в метаболизме СэС, чувствительности к его токсическим эффектам и, возможно, в его иммунологической эффективности [44].

Механизм действия циклоспорина Л (в лечении аутоиммунных заболеваний) При системных аутоиммунных заболеваниях воспалительные пути активируются Т-клетками [45]. Циклоспорин избирательно ингибирует активацию Т-клеток [46]. Внутри клетки циклоспорин связывается с цитозольным белком циклофилином, образуя комплекс циклоспорин-циклофилин, который ингибирует фермент кальциневрин. При ингибированном кальциневрине происходит блокирование пути передачи сигнала, который в норме приводит к высвобождению транскрипционного фактора, ядерного фактора активированных Т-клеток, ответственных за активацию генов для 1Ь-2, 1Ь-17 и других родственных цитокинов, как видно на рисунке ниже (Рисунок 1.2). Эти цитокины являются мощными провоспалительными медиаторами, которые приводят к каскаду чрезмерного воспаления [45]. Блокада циклоспорином приводит к снижению уровня воспалительных цитокинов, что впоследствии ингибирует активацию Т-клеток и уменьшает симптомы аутоиммунных болезней [47].

Рис. 1.2 — Механизм действия циклоспорина. ОэЛ связывается с цитозольным белком циклофилином (ОрК), образуя комплекс ОэЛ-ОрК. Комплекс ингибиру-ет фермент кальциневрин (ОаК) от дефосфорилирования цитоплазматического компонента ядерного фактора активированных Т-клеток (КР-ЛТе). Только дефосфорилированный КР-ЛТе может транспортироваться в ядро для образования комплекса с ядерным компонентом ядерного фактора активированных Т-клеток (КР-ЛТп) для связывания промоторной области гена интерлейкина-2 (1Ь-2). В результате ОэЛ ингибирует активацию Т-клеток, блокируя выработку

1Ь-2.

Циклические пептиды в изучении структуры биологических объектов Как правило, конформеры нельзя выделить отдельно друг от друга, и поэтому изучить их биологическое действие не представляется возможным. Зачастую поиск стабильных конформеров в растворе является весьма трудной задачей; ещё сложнее выглядит картина конформационного обмена в биологических средах [48].

Существует несколько подходов в поиске наиболее стабильного конфор-мера. Если, допустим, надо изучить конформацию гормона на рецепторе, то

в одной из гипотез предполагается, что самая активная молекула предпочитает в растворе такую конформацию, которая наиболее схожа с конформацией, которую молекула должна иметь в комплексе с рецептором (Рисунок 1.3) [49].

Комплекс Раствор

©

менее более

активная активная

Рис. 1.3 — Способ I определить конформацию малой молекулы (лиганда) на рецепторе. Гипотеза: самая активная молекула предпочитает в растворе такую конформацию, которая наиболее схожа с конформацией на рецепторе.

Другая возможность получить конформацию на рецепторе заключается в установлении конформационной жёсткости. На рисунке ниже (Рисунок 1.4) это схематично показано «поясом». Если такое «сужение» приведёт к геометрии, не соответствующей форме на рецепторе, активности не будет; а при верном положении «пояса» активность не должна измениться, или даже может возрасти. На практике такого рода фиксирование конформации достигают проще всего замыканием в цикл, при котором конформационная свобода сильно урезается. Принцип «придания жёсткости» заставляет обратиться к изучению циклических пептидов [50].

Комплекс Раствор

Добавление жёсткости

00 0

неактивная активная

Рис. 1.4 — Способ II определения конформации на рецепторе.

Проницаемость мембран для молекул циклоспоринов Большинство пептидов способны образовывать множество водородных связей (Н-связи) с молекулами воды. Кроме того, они подвержены ферментативному расщеплению в желудочно-кишечном тракте. Это означает, что пептиды

обычно не биодоступны при пероральном введении. Однако хорошо известно, что ОэЛ обладает необычно высокой биодоступностью при пероральном приеме (среднее значение 40% для ОэЛ в препарате Неорала при введении человеку [51—53]), устойчив к деградации в желудочном и кишечном содержимом [54] и имеет высокую скорость пассивного проникновения через мембраны.

Циклоспорины представляют собой довольно гибкие молекулы, и многие из них имеют очень разные трехмерные структуры (конформации) в полярных и неполярных растворителях. Также сообщалось, что некоторые циклические пептиды обладают неожиданно высокой проницаемостью мембран [55]. Из них, как уже говорилось ранее, ОэА является наиболее известным и используемым препаратом.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Кобчикова Полина Павловна, 2023 год

Библиография

1. Aue W, Bartholdi E., Ernst R. Two-dimensional spectroscopy. Application to nuclear magnetic resonance // Journal of Chemical Physics. — 1976. — т. 64. — с. 2229—46. — DOI: https://doi.org/10.1063/1.432450.

2. Gams W. Tolypocladium, eine Hyphomycetengattung mit geschwollenen Phialiden // Persoonia. — 1971. — т. 6. — с. 185—191. — DOI: https : //doi.org/10.1016/0022-2011(84)90130-7.

3. Bissett J. Notes on Tolypocladium and related genera // Can. J. Bot. — 1983. — т. 61. — с. 1311—1329. — DOI: https : //doi . org/10. 1139/b83-139.

4. Hodge K., Krasnoff S., Humber R. Tolypocladium inflatum is the anamorph of Cordyceps subsessilis // Mycological Research. — 1996. — т. 88. — с. 715— 719. — DOI: https://doi.org/10.1080/00275514.1996.12026708.

5. Phylogenetic classification of Cordyceps and the clavicipitaceous fungi / G.-H. Sung [и др.] // Stud Mycol. — 2007. — т. 57. — с. 5—59. — DOI: 10.3114/ sim.2007.57.01.

6. Mechanisms of action of cyclosporine and effects on connective tissues DOI: 10.1016/0049-0172(92)90009-3 / G. Russell [и др.] // Can. J. Bot. — 1992. — т. 21. — с. 16—22. — DOI: https : //doi . org/10 . 1016/0049-0172(92) 90009-3.

7. Structural Diversity and Biological Activities of Fungal Cyclic Peptides, Excluding Cyclodipeptides / X. Wang [и др.] // Molecules. — 2017. — т. 22. — с. 2069. — DOI: 10.3390/molecules22122069.

8. Cyclosporins: Recent Developments in Biosynthesis, Pharmacology and Biology, and Clinical Applications / J. Kallen [и др.] // Biotechnology. — 1997. — т. 7. — 535591. — DOI: https : / / doi . org / 10 . 1002 / 9783527620999.ch12g.

9. Biological effects of cyclosporin A: a new antilymphocytic agent / J. Borel [и др.] // Agents Actions. — 1976. — т. 6. — с. 468—475. — DOI: 10.1007/ BF01973261.

10. Hepatobiliary and Pancreatic Complications of Cyclosporine Therapy in 466 Renal Transplant Recipients. / M. I. Lorber [h gp.] // Transplantation. —

1987. — t. 43. — 3540. — DOI: 10.1097/00007890-198701000-00009.

11. Palestine A. G., Nussenblatt R. B., Chan C. C. Side Effects of Systemic Cyclosporine in Patients Not Undergoing Transplantation // Am. J. Med. — 1984. — t. 77. — 652656. — DOI: 10.1016/0002-9343(84)90356-5.

12. Anti-Inflammatory Effects of Extracellular Cyclosporins Are Exclusively Mediated by CD147. / M. Malesevic [h gp.] // J. Med. Chem. — 2013. — t. 56. — 7302 7311. — DOI: 10.1021/jm4007577.

13. Masri M. A., Naiem M, Pingle S.; Daar A. S. Cyclosporine A versus Cyclosporine G: A Comparative Study of Survival, Hepatotoxicity, Nephrotoxicity, and Splenic Atrophy in BALB/c Mice. // Transplant Int. —

1988. — t. 1. — 1318. — DOI: 10.1007/BF00337843.

14. In Vivo Fluorescence Microscopy of Kidney Subcapsular Blood Flow in Mice: Effects of Cyclosporine, (Nva2)-Cyclosporine, and Isradipine, a New Calcium Antagonist. / P. Rooth [h gp.] // Transplantation. — 1988. — t. 46. — 566569. — DOI: 10.1097/00007890-198810000-00020.

15. Nephrotoxicity of Cyclosporine A and Cyclosporine G in a Rat Model / A. Tejani [h gp.] // Transplantation. — 1988. — t. 45. — 184187. — DOI: 10. 1097/00007890-198801000-00038.

16. A Clinical Trial of Cyclosporine G in Cadaveric Renal Transplantation / M. L. Henry [h gp.] // Pediatr. Nephrol. — 1995. — t. 9. — c. 49—51. — DOI: 10.1007/BF00867684.

17. A Randomized Pilot Study of Cyclosporin G in Renal Transplantation / S. Ohlman [h gp.] // Transplant Int. — 1992. — t. 5. — c. 464—469. — DOI: 10.1007/978-3-642-77423-2_136.

18. The Efficacy and Tolerability of Cyclosporine G in Human Kidney Transplant Recipients / B. Huser [h gp.] // Transplantation. — 1992. — t. 54. — 6569. — DOI: 10.1097/00007890-199207000-00011.

19. Bell A., Monaghan P., Page A. P. Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerases (Immunophilins) and Their Roles in Parasite Biochemistry, Host-Parasite Interaction and Antiparasitic Drug Action // Int. J. Parasitol. — 2006. — t. 36, Bbm. 3. — c. 261—276.

20. In Vitro Antiparasitic Activity of Cyclosporin A Analogs on Trypanosoma cruzi / J. Bua [h gp.] // Bioorg. Med. Chem. Lett. — 2004. — t. 14. — 46334637. — DOI: 10.1016/j.bmcl.2004.07.003.

21. Perkins M. E., Wu T. W., Le Blancq S. M. Cyclosporin Analogs Inhibit in Vitro Growth of Cryptosporidium parvum // Antimicrob. Agents Chemother. — 1998. — t. 42. — 843848. — DOI: 10.1128/AAC.42.4.843.

22. Sweeney Z. K., Fu J., Wiedmann B. From Chemical Tools to Clinical Medicines: Nonimmunosuppressive Cyclophilin Inhibitors Derived from the Cyclosporin and Sanglifehrin Scaffolds //J. Med. Chem. — 2014. — t. 57. — 71457159. — DOI: 10.1021/jm500223x.

23. Circumvention of P-glycoprotein-mediated Drug Resistance in Human Leukaemic Cells by Non-immunosuppressive Cyclosporin D Analogue, SDZ PSC 833 / X. Jiang [h gp.] // Br. J. Haematol. — 1995. — t. 90. — 375383. — DOI: 10.1111/j.1365-2141.1995.tb05162.x.

24. Cyclosporins: Structure-Activity Relationships for the Inhibition of the Human MDR1 P-Glycoprotein ABC Transporter / F. Loor [h gp.] //J. Med. Chem. — 2002. — t. 45, Bbm. 21. — c. 4598—4612.

25. Craik D. Seamless proteins tie up their loose ends // Science. — 2006. — t. 311. — c. 1563—1564. — DOI: 10.1126/science.1125248.

26. New cyclopeptides from Trichoderma polysporum (Link ex Pers.) Rifai: Cyclosporins B, D and E / R. Traber [h gp.] // Helv. Chim. Acta. — 1977. — t. 60, Bbin. 5. — c. 1568—1578. — DOI: 10.1002/hlca.19770600513.

27. Koponen M, Loor F. Activity of some natural and modified (fluorescent) cyclosporins on T-cells // Ann. Immunol. — 1983. — t. 134. — c. 171—189.

28. Weiser J., Matha V. The insecticidal activity of cyclosporines on mosquito larvae //J. Invertebr. Pathol. — 1988. — t. 51, Bbm. 1. — c. 92—93. — DOI: 10.1016/0022-2011(88)90092-4.

29. Wartburg A., Traber R. Cyclosporins, fungal metabolites with immunosuppressive activities // Prog. Med. Chem. — 1988. — t. 25. — c. 1—33.— DOI: 10.1016/s0079-6468(08)70276-5.

30. Cyclosporin C is the main antifungal compound produced by Acremonium luzulae / M. Moussaif [h gp.] // Appl. Environ. Microbiol. — 1997. — t. 63, Bbm. 5. — c. 1739—1743. — DOI: 10.1128/aem.63.5.1739-1743.1997.

31. Damaso C., Moussatche N. Inhibition of vaccinia virus replication by cyclosporin A analogues correlates with their affinity for cellular cyclophilins //J. Gen. Virol. — 1998. — т. 79. — с. 339—346. — DOI: 10.1099/0022-1317-79-2-339.

32. In vitro and in vivo comparative studies on immunosuppressive properties of cyclosporines A, C, D and metabolites M1, M17 and M21 / N. Sadeg [и др.] // Immunopharmacol. Immunotoxicol. — 1993. — т. 15. — с. 163—177. — DOI: 10.3109/08923979309025992.

33. Jorgensen K. A., Koefoed-Nielsen P. B., Karamperis N. Calcineurin phosphatase activity and immunosuppression. A review on the role of calcineurin phosphatase activity and the immunosuppressive effect of cyclosporin A and tacrolimus // Scand. J. Immunol. — 2003. — т. 57, вып. 2. — с. 93—98. — DOI: 10.1046/j.1365-3083.2003.01221.x.

34. Determination of cyclosporine and its metabolites in blood via HPLC-MS and correlation to clinically important parameters / B. Vollenbroeker [и др.] // Transplant. Proc. — 2005. — т. 37, вып. 4. — с. 1741—1744. — DOI: 10 . 1016/j.transproceed.2005.03.149.

35. Copeland K., Yatscoff R., McKenna R. Immunosuppressive activity of cyclosporine metabolites compared and characterized by mass spectroscopy and nuclear magnetic resonance // Clin. Chem. — 1990. — т. 36, вып. 2. — с. 225—229. — DOI: 10.1093/clinchem/36.2.225.

36. A new approach for the determination of immunosuppressive drugs using HPLC-MS/MS and Cs+ adducts / P. Kaiser [и др.] // German medical science : GMS e-journal. — 2006. — февр. — т. 4. — Doc01. — URL: https: //pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19675692/.

37. Cyclosporine G and D in experimental autoimmune uveoretinitis in the rat / H. Kawashima [и др.] // Jpn. J. Ophthalmol. — 1989. — т. 33, вып. 4. — с. 425—40.

38. Wenzel-Seifert K., Siefert R. Cyclosporin H is a potent and selective formyl peptide receptor antagonist. Comparison with N-t-butoxycarbonyl-L-phenylalanyl-L-leucyl-L-phenylalanyl-L-leucyl-L-phenylalanine and cyclosporins A, B, C, D, and E // J. Immunol. — 1993. — т. 150, вып. 10. — с. 4591—4599.

39. The Immunosuppressant Cyclosporin A Antagonizes Human Formyl Peptide Receptor through Inhibition of Cognate Ligand Binding / P. Yan [h gp.] // Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950). — 2006. — geK. — t. 177. — c. 7050—8. — DOI: 10.4049/jimmunol.177.10.7050.

40. V101L of human formyl peptide receptor 1 (FPR1) increases receptor affinity and augments the antagonism mediated by cyclosporins / C. Zhou [h gp.] // The Biochemical journal. — 2013. — ^eBp. — t. 451. — DOI: 10 . 1042/ BJ20121839.

41. Sherry B, Yarlett N, Strupp A, Cerami A. Identification of cyclophilin as a proinflammatory secretory product of lipopolysaccharide-activated macrophages / B. Sherry [h gp.] // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 1992. — Maß. — t. 89. — c. 3511—5. — DOI: 10.1073/pnas.89.8.3511.

42. Gschwendt M, Kittstein W , Marks F. The weak immunosuppressent cyclosporin D as well as the immunologically inactive cyclosporin H are potent inhibitors in vivo of phorbol ester TPA-induced biological effects in mouse skin and of Ca2+ /calmodulin dependent EF-2 phosphorylation in vitro // Biochemical and biophysical research communications. — 1988. — t. 150. — c. 545—51. — DOI: 10.1016/0006-291X(88)90428-7.

43. Cyclosporin L. — URL: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/ Cyclosporin-L.

44. Jeffery J. R. Cyclosporine analogues // Clinical Biochemistry. — 1991. — t. 24, № 1. — c. 15—21. — ISSN 0009-9120. — DOI: https://doi.org/10. 1016/0009-9120(91) 90105-N. — URL: https ://www . sciencedirect . com/science/article/pii/000991209190105N ; Selected Papers from the Canadian Consensus Meeting on Cyclosporine Monitoring.

45. Krueger J., Bowcock A. Psoriasis pathophysiology: current concepts of pathogenesis // Ann. Rheum. Dis. — 2005. — t. 64. — c. 30—36. — DOI: 10.1136/ard.2004.031120.

46. Ryan C, Amor K., Menter A. The use of cyclosporine in dermatology: part II //J. Am. Acad. Dermatol. — 2010. — t. 63. — c. 949—72. — DOI: 10 . 1016/j.jaad.2010.02.062.

47. Effects of cyclosporine on cytokines and cytokine receptors in psoriasis / E. Prens [h gp.] //J. Am. Acad. Dermatol. — 1995. — t. 33. — c. 947—53. — DOI: 10.1016/0190-9622(95)90285-6.

48. Wuthrich K., Bosch C, Brown R. Conformational studies of lipid-bound polypeptides by elucidation of proton-proton cross-relaxation networks // Biochem. Biophys. Res. Commun. — 1980. — t. 95. — c. 1504—1509. — DOI: https://doi.org/10.1016/S0006-291X(80)80067-2.

49. Kessler H, Loosli H.-R., Oschkinat H. Assignment of the 1H-, 13C-, and 15N NMR Spectra of Cyclosporin A in CDCl3 and C6D6 by a Combination of Homo- and Heteronuclear Two-Dimensional Techniques // Helv. Chim. Acta. — 1985. — t. 68. — c. 661—681. — DOI: https : //doi . org/10. 1002/ hlca.19850680318.

50. Deber C. M, Madison V., Blout E. R. Why cyclic peptides? Complementary approaches to conformations // Acc. Chem. Res. — 1976. — t. 9. — c. 106— 113. — DOI: https://doi.org/10.1021/ar50099a005.

51. Ku Y. M., Min D. I., Flanigan M. Effect of Grapefruit Juice on the Pharmacokinetics of Microemulsion Cyclosporine and Its Metabolite in Healthy Volunteers: Does the Formulation Difference Matter? //J. Clin. Pharmacol. — 1998. — t. 38. — 959965. — DOI: 10. 1002/j . 1552-4604. 1998.tb04393.x.

52. Absorption Characteristics of a Microemulsion Formulation of Cyclosporine in de Novo Pediatric Liver Transplant Recipients / S. P. Dunn [h gp.] // Transplantation. — 1995. — t. 60. — 1438 1442. — DOI: 10.1097/00007890199560120-00012.

53. New Oral Formulation of Cyclosporin A (Neoral) Pharmacokinetics in Allogeneic Bone Marrow Transplant Recipients / N. Parquet [h gp.] // Bone Marrow Transplant. — 2000. — t. 25. — 965968. — DOI: 10.1038/sj .bmt. 1702375.

54. Toward Oral Delivery of Biopharmaceuticals: An Assessment of the Gastrointestinal Stability of 17 Peptide Drugs / J. Wang [h gp.] // Mol. Pharmaceutics. — 2015. — t. 12. — 966973. — DOI: 10.1021/mp500809f.

55. Conformational Flexibility Is a Determinant of Permeability for Cyclosporin / C. Wang [h gp.] //J Phys Chem B. — 2018. — t. 122. — c. 2261—2276. — DOI: 10.1021/acs.jpcb.7b12419.

56. The Future of Peptide-Based Drugs / D. J. Craik [h gp.] // Chem. Biol. Drug. Des. — 2013. — t. 81. — c. 136—147. — DOI: 10.1111/cbdd.12055.

57. Highly Selective Inhibition of Histone Demethylases by De Novo Macrocyclic Peptides / A. Kawamura [h gp.] // Nat. Commun. — 2017. — t. 8. — c. 147— 73. — DOI: https://doi.org/10.1038/ncomms14773.

58. Integrin-Targeting Knottin Peptide-Drug Conjugates Are Potent Inhibitors of Tumor Cell Proliferation / N. Cox [h gp.] // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. — 2016. — t. 55. — c. 9894—9897. — DOI: 10.1002/anie.201603488.

59. Stable Peptides Instead of Stapled Peptides: Highly Potent avß6-Selective Integrin Ligands / O. V. Maltsev [h gp.] // Angew. Chem. Int. Ed. Engl. — 2016. — t. 55. — c. 1535—1539. — DOI: 10.1002/anie.201508709.

60. Dithiol Amino Acids Can Structurally Shape and Enhance the Ligand-Binding Properties of Polypeptides / S. Chen [h gp.] // Nat. Chem. — 2014. — t. 6. — c. 1009—1016. — DOI: 10.1038/nchem.2043.

61. Hydration Changes Implicated in the Remarkable Temperature-Dependent Membrane Permeation of Cyclosporin A / P. F. Augustijns [h gp.] // Biochemistry. — 2000. — t. 39. — 7621 7630. — DOI: 10.1021/bi9929709.

62. Modeling Conformational Changes in Cyclosporin A / M. F. O'Donohue [h gp.] // Protein. Sci. — 1995. — t. 4. — c. 2191—2202. — DOI: 10.1002/pro. 5560041025.

63. The Influence of Peptide Structure on Transport across Caco-2 Cells / R. A. Conradi [h gp.] // Pharm. Res. — 1991. — t. 8. — c. 1453—1460. — DOI: 10.1023/a:1015825912542.

64. Effect of Restricted Conformational Flexibility on the Permeation of Model Hexapeptides across Caco-2 Cell Monolayers / F. W. Okumu [h gp.] // Pharm. Res. — 1997. — t. 14. — c. 169—175. — DOI: https://doi.org/10.1023M: 1012092409216.

65. Optimizing Pk Properties of Cyclic Peptides: The Effect of Side Chain Substitutions on Permeability and Clearance / A. C. Rand [h gp.] // Med. Chem. Comm. — 2012. — t. 3. — c. 1282—1289. — DOI: 10.1039/C2MD20203D.

66. Intestinal Permeability of Cyclic Peptides: Common Key Backbone Motifs Identified / J. G. Beck [h gp.] //J. Am. Chem. Soc. — 2012. — t. 134. — c. 12125—12133. — DOI: 10.1021/ja303200d.

67. Nonclassical Size Dependence of Permeation Defines Bounds for Passive Adsorption of Large Drug Molecules / C. R. Pye [h gp.] //J. Med. Chem. — 2017. — t. 60. — c. 1665—1672. — DOI: 10.3390/pharmaceutics13081146.

68. Leung S. S., Sindhikara D., Jacobson M. P. Simple Predictive Models of Passive Membrane Permeability Incorporating Size-Dependent Membrane-Water Partition //J. Chem. Inf. Model. — 2016. — t. 56. — c. 924—929. — DOI: 10.1021/acs.jcim.6b00005.

69. Cyclic Peptide Natural Products Chart the Frontier of Oral Bioavailability in the Pursuit of Undruggable Targets / M. R. Naylor [h gp.] // Curr. Opin. Chem. Biol. — 2017. — t. 38. — c. 141—147. — DOI: 10.1016/j.cbpa.2017. 04.012.

70. Probing the Physicochemical Boundaries of Cell Permeability and Oral Bioavailability in Lipophilic Macrocycles Inspired by Natural Products / A. T. Bockus [h gp.] //J. Med. Chem. — 2015. — t. 58. — c. 4581—4589. — DOI: 10.1021/acs.chemrev.9b00008.

71. In Silico Partitioning and Transmembrane Insertion of Hydrophobic Peptides under Equilibrium Conditions / J. P. Ulmschneider [h gp.] //J. Am. Chem. Soc. — 2011. — t. 133. — c. 15487—15495. — DOI: 10.1021/ja204042f.

72. Spontaneous Transmembrane Helix Insertion Thermodynamically Mimics Translocon-Guided Insertion / M. B. Ulmschneider [h gp.] // Nat. Commun. — 2014. — t. 5, Ban. 4863. — DOI: https : / /doi . org/10 . 1038/ncomms5863.

73. On the Dependence of Molecular Conformation on the Type of Solvent Environment: A Molecular Dynamics Study of Cyclosporin A / J. Lautz [h gp.] // Biopolymers. — 1990. — t. 29. — c. 1669—1687. — DOI: 10. 1002/ bip.360291214.

74. Solvent Dependent Conformation and Hydrogen-Bonding Capacity of Cyclosporin A: Evidence from Partition Coefficients and Molecular Dynamics Simulations / N. el Tayar [h gp.] //J. Med. Chem. — 1993. — t. 36. — c. 3757— 3764. — DOI: 10.1021/jm00076a002.

75. Kinetic Models of Cyclosporin A in Polar and Apolar Environments Reveal Multiple Congruent Conformational States / J. Witek [и др.] //J. Chem. Inf. Model. — 2016. — т. 56, вып. 8. — с. 1547—1562.

76. Interconversion Rates between Conformational States as Rationale for the Membrane Permeability of Cyclosporines / J. Witek [и др.] // Chem. Phys. Chem. — 2017. — т. 18. — с. 3309—3314. — DOI: 10.1002/cphc.201700995.

77. Beyond Cyclosporine A: Conformation Dependent Passive Membrane Permeabilities of Cyclic Peptide Natural Products / C. L. Ahlbach [и др.] // Future Med. Chem. — 2015. — т. 7, вып. 16. — 21213130. — DOI: 10.4155/fmc.15.78.

78. Mikol V., Papageorgiou C, Borer X. The Role of Water Molecules in the Structure-Based Design of (5-Hydroxynorvaline)-2 Cyclosporin: Synthesis, Biological Activity, and Crystallographic Analysis with Cyclophilin A // J. Med. Chem. — 1995. — т. 38, вып. 17. — 3361 3367. — DOI: 10 . 2210/ pdb1MIK/pdb.

79. Detection of conformation types of cyclosporin retaining intramolecular hydrogen bonds by mass spectrometry / S.-J. Hyung [и др.] // Anal. Bioanal. Chem. — 2014. — т. 406, вып. 24. — с. 5785—5794. — DOI: 10.1007/s00216-014-8023-1.

80. Bock J. E., Gavenonis J., Kritzer J. A. Getting in Shape: Controlling Peptide Bioactivity and Bioavailability Using Conformational Constraints // ACS Chem. Biol. — 2013. — т. 8, вып. 3. — с. 488—499.

81. Navia M. A., Chaturvedi P. R. Design Principles for Orally Bioavailable Drugs // Drug Discovery Today. — 1996. — т. 1, вып. 5. — с. 179—189.

82. Cyclosporin Structure and Permeability: From A to Z and Beyond / K. M. Corbett [и др.] // J. Med. Chem. — 2021. — т. 64. — с. 13131—13151. — DOI: 10.1021/acs.jmedchem.1c00580.

83. Henry G., Sykes B. Methods to Study Membrane Protein Structure in Solution // Meth. Enzymol. — 1994. — т. 239. — с. 515—535.

84. Dodecylphosphocholine micelles as a membrane-like environment: New results from NMR relaxation and paramagnetic relaxation enhancement analysis / V. Beswick [и др.] // European biophysics journal : EBJ. — 1999. — т. 28. — с. 48—58. — DOI: 10.1007/s002490050182.

85. Physicochemical studies of the protein-lipid interactions in melittin-containing micelles / J. Lauterwein [и др.] // Biochim. Biophys. Acta. — 1979. — т. 556. — с. 244—264.

86. Bax A., Clore G. Protein NMR: boundless opportunities // J. Magn. Reson. — 2019. — т. 306. — с. 187—191. — DOI: 10 . 1016/j . jmr . 2019 . 07.037.

87. Structure-activity relationship, conformational and biological studies of temporin L analogues / M. Mangoni [и др.] //J. Med. Chem. — 2011. — т. 54. — с. 1298—307. — DOI: 10.1021/jm1012853.

88. Chapter 11 - Protein structure prediction / S. Agnihotry [и др.] ; под ред. D. B. Singh, R. K. Pathak. — Academic Press, 2022. — с. 177—188. — ISBN 978-0-323-89775-4. — DOI: https://doi.org/10.1016/B978-0-323-89775-4.00023-7. — URL: https://www.sciencedirect.com/science/ article/pii/B9780323897754000237.

89. Kumar P., Haider S., Bansal M. Biomolecular Structures: Prediction, Identification and Analyses / под ред. S. Ranganathan [и др.]. — Oxford : Academic Press, 2019. — с. 504—534. — ISBN 978-0-12-811432-2. — DOI: https : / / doi . org / 10 . 1016 / B978 - 0 - 12 - 809633 - 8 . 20141 - 6. — URL: https : / / www . sciencedirect . com / science / article / pii / B9780128096338201416.

90. WUthrich K. Protein structure determination in solution by NMR spectroscopy // Journal of Biological Chemistry. — 1990. — т. 265, вып. 36. — с. 22059—22062. — DOI: 10.1016/S0021-9258(18)45665-7.

91. Hinds M. G., Norton R. S. NMR spectroscopy of peptides and proteins. Practical considerations // Mol Biotechnol. — 1997. — т. 7. — с. 315—31. — DOI: 10.1007/BF02740822.

92. Schroeder C. I., Rosengren K. J. Three-Dimensional Structure Determination of Peptides Using Solution Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy // Methods Mol. Biol. — 2020. — т. 20. — с. 129—162. — DOI: 10.1007/978-1-4939-9845-6_7.

93. A protein structure from nuclear magnetic resonance data: lac Repressor headpiece / R. Kaptein [и др.] //J. Mol. Biol. — 1985. — т. 182. — с. 179— 182. — DOI: 10.1016/0022-2836(85)90036-1.

94. Shi Y. A glimpse of structural biology through X-ray crystallography // Cell. — 2014. — т. 159. — с. 995—1014. — DOI: 10 . 1016/j . cell. 2014 . 10.051.

95. Structure Determination of Membrane Proteins Using X-Ray Crystallography / E. Billings [и др.] // Methods Mol. Biol. — 2021. — т. 2302. — с. 101—136. — DOI: 10.1007/978-1-0716-1394-8_7.

96. Stanisic D., Martins L. G., Tasic L. Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy in Analyses of Biological Samples // Tools and Trends in Bioanalytical Chemistry. — 2022. — с. 203—221. — DOI: 10. 1007/978-3030-82381-8.

97. Ernst R., Bodenhausen G., Wokaun A. Principles of Nuclear Magnetic Resonance in One and Two Dimensions. — Oxford: Clarendon Press, 1987.

98. Чижик В.И. В., Чарная Е. Квантовая радиофизика: магнитный резонанс и его приложения. — СПб.: Издательство Санкт-Петербургского университета, 2009.

99. Сликтер Ч. Основы теории магнитного резонанса. — М.: Мир, 1981.

100. Price W. NMR Studies of Translational Motion. — Cambridge, Cambridge University Press, 2009.

101. Микушев В., Чарная Е. Ядерный магнитный резонанс в твердом теле. — СПб.: Издательство Санкт-Петербургского университета, 1995.

102. Neuhaus D., Williamson M. P. The Nuclear Overhauser Effect in Structural and Conformational Analysis. — Wiley-VCH, 2000.

103. Claridge T. D. High Resolution NMR Techniques in Organic Chemistry. — Wiley-VCH, 2016.

104. Kulhmann K. F., Grant D. M, Harris R. K. Nuclear Overhauser Effects and 13C Relaxation Times in 13C Double Resonance Spectra // Journal of Chemical Physics. — 1970. — т. 52, вып. 7. — с. 3439—3448. — DOI: 10 . 1063/1.1673508.

105. Ефимов С. Пространственное строение биологически активных пептидов в растворах и в комплексе с модельной мембраной по данным двумерных методов спектроскопии ЯМР : дис. ... канд. / Ефимов С.В. — Казань : Казанский Федеральный Университет, 12.2013. — с. 133. — Дис. ... канд. физ.-мат. наук: 01.04.07 физика конденсированного состояния.

106. Macura S. Two-dimensional chemical exchange and cross-relaxation spectroscopy of coupled nuclear spins //J. Magn. Reson. — 1979. — т. 70. — с. 493—499.

107. Гадиев Т. Двумерная спектроскопия ЯМР NOESY в изучении пространственной структуры мономерных и димерных производных ка-ликс[4]аренов в растворах : дис. ... канд. / Гадиев Т.А. — Казань : Казанский Федеральный Университет, 26.12.2013. — с. 123. — Дис. ... канд. физ.-мат. наук: 01.04.07 физика конденсированного состояния.

108. Scalar coupling constants - their analysis and their application for the elucidation of structures / M. Eberstadt [и др.] // Angewandte Chemie. — 1995. — т. 34. — с. 1671—169. — DOI: 10.1002/anie.199516711.

109. Predicting scalar coupling constants by graph angle-attention neural network / J. Fang [и др.] // Scientific Reports. — 2021. — сент. — т. 11. — с. 18686. — DOI: 10.1038/s41598-021-97146-1.

110. Probing Methyl Group Dynamics in Proteins by NMR Cross-Correlated Dipolar Relaxation and Molecular Dynamics Simulations / A. A. I. A. Ahmed [и др.] // J. Chem. Theory Comput. — 2022. — т. 18. — с. 7722—7732. — DOI: 10.1021/acs.jctc.2c00568.

111. Mazurek A. H., Szeleszczuk T, Pisklak D. M. A Review on Combination of Ab Initio Molecular Dynamics and NMR Parameters Calculations // Int. J. Mol. Sci. — 2021. — т. 22. — с. 4378. — DOI: 10.3390/ijms22094378.

112. Gunsteren W. F., Berendsen H. J. Computer simulation of molecular dynamics: Methodology, applications and perspectives in chemistry // Angewandte Chemie International Edition (in English). — 1992. — т. 29. — с. 992—1023. — DOI: 10.1002/anie.199009921.

113. Evans J. N. S. Biomolecular NMR Spectroscopy. — Oxford: Oxford University Press, 1995. — с. 464.

114. Neuhaus D., Williamson M. P. The Nuclear Overhauser Effect in Structural and Conformational Analysis. — Cambridge : Weinheim, VCH, 1989.

115. Lipari G., Szabo A. Model-free approach to the interpretation of nuclear magnetic resonance relaxation in macromolecules // Journal of the American Chemical Society. — 1982. — t. 104. — c. 4546—4559. — DOI: 10 . 1021/ ja00381a009.

116. Huenges M, Kessler H. Structural Chemistry Using NMR Spectroscopy, Peptides / nog peg. J. C. Lindon, G. E. Tranter, D. W. Koppenaal. — Third Edition. — Oxford : Academic Press, 2017. — c. 293—305. — ISBN 978-0-12-803224-4. — DOI: https://doi.org/10.1016/B978- 0- 12803224-4.00295-8. — URL: https://www.sciencedirect.com/science/ article/pii/B9780128032244002958.

117. Allison J. Using simulation to interpret experimental data in terms of protein conformational ensembles // Curr. Opin. Struct. Biol. — 2017. — t. 43. — c. 79—87. — DOI: 10.1016/j.sbi.2016.11.018.

118. Bottaro S., Lindorff-Larsen K. Biophysical experiments and biomolecular simulations: a perfect match? // Science. — 2018. — t. 361. — c. 355. — DOI: 1126/science.aat4010.

119. Allison J. R. Computational methods for exploring protein conformations // Biochem. Soc. Trans. — 2020. — t. 48. — c. 1707—1724. — DOI: 10.1042/ BST20200193.

120. Application of molecular dynamics simulation in biomedicine / X. Wu [h gp.] // Chem. Biol. Drug. Des. — 2022. — t. 99. — c. 789—800. — DOI: 10.1111/cbdd.14038.

121. Current Tools and Methods in Molecular Dynamics (MD) Simulations for Drug Design / M. Hernández-Rodríguez [h gp.] // Curr. Med. Chem. — 2016. — t. 23. — c. 3909—3924. — DOI: 10 . 2174 / 0929867323666160530144742.

122. Validation of Molecular Dynamics Simulations for Prediction of Three-Dimensional Structures of Small Proteins / K. Kato [h gp.] // Molecules. — 2017. — t. 22. — c. 1716. — DOI: 10.3390/molecules22101716.

123. Validation of Molecular Simulation: An Overview of Issues / W. F. Gunsteren [h gp.] // Angew. Chem. Int. Ed. — 2018. — t. 57. — c. 884—902. — DOI: 10.1002/anie.201702945.

124. Gunsteren W. F., Dolenc J., Mark A. E. Molecular simulation as an aid to experimentalists // Curr. Opin. Struct. Biol. — 2008. — t. 18. — c. 149—53. — DOI: 10.1016/j.sbi.2007.12.007.

125. Moradi S., Nowroozi A., Shahlaei M. Shedding light on the structural properties of lipid bilayers using molecular dynamics simulation: a review study // RSC Adv. — 2019. — t. 9. — c. 4644—4658. — DOI: 10 . 1039/ c8ra08441.

126. Cheng X., Ivanov I. Molecular dynamics // Methods Mol. Biol. — 2012. — t. 929. — c. 243—85. — DOI: 10.1007/978-1-62703-050-2_11.

127. Hug S. Classical molecular dynamics in a nutshell // Methods Mol. Biol. — 2013. — t. 924. — c. 127—52. — DOI: 10.1007/978-1-62703-017-5_6.

128. Monticelli L, Tieleman D. P. Force fields for classical molecular dynamics // Methods Mol. Biol. — 2013. — t. 924. — c. 197—213. — DOI: 10.1007/978-1-62703-017-5_8.

129. Bruccoleri R. E., Karplus M. Conformational sampling using high-temperature molecular dynamics // Biopolymers. — 1990. — t. 29. — c. 1847—62. — DOI: 10.1002/bip.360291415.

130. Explore Protein Conformational Space With Variational Autoencoder / H. Tian [h gp.] // Front. Mol. Biosci. — 2021. — t. 8. — c. 781635. — DOI: 10.3389/fmolb.2021.781635.

131. Kirkpatrick S., Gelatt C. D., Vecchi M. P. Optimization by Simulated Annealing // Science. — 1983. — t. 220, № 4598. — c. 671—680. — DOI: 10 . 1126/science . 220 . 4598 . 671. — eprint: https : / /www . science . org/doi/pdf /10 . 1126/science . 220 . 4598 . 671. — URL: https://www. science.org/doi/abs/10.1126/science.220.4598.671.

132. Purisima E. O, Scheraga H. A. An approach to the multiple-minima problem by relaxing dimensionality // Proc. Natl. Aca. Sci. USA. — 1986. — t. 83, Ban. 9. — c. 2782. — DOI: 10.1073/pnas.83.9.2782.

133. Ramachandran G. N., Ramakrishnan C., V. S. Stereochemistry of polypeptide chain configurations //J. Mol. Biol. — 1963. — т. 7. — с. 95—9. — DOI: 10.1016/s0022-2836(63)80023-6.

134. Dusan P., Shina C. L. K. Molecular modeling of conformational dynamics and its role in enzyme evolution // Curr. Opin. Struct. Biol. — 2018. — т. 52. — с. 50—57. — DOI: 10.1016/j.sbi.2018.08.004.

135. Dill K. A. Theory for the folding and stability of globular proteins // Biochemistry. — 1985. — т. 24, вып. 6. — с. 1501—1509. — DOI: 10.1021/ bi00327a032.

136. Shreyas K., Vattulainen I. Machine learning in the analysis of biomolecular simulations // Advances in Physics: X. — 2022. — т. 7. — с. 2006080. — DOI: 10.1080/23746149.2021.2006080.

137. Haiech J., Koscielniak T., Grassy G. Use of TSAR as a new tool to analyze the molecular dynamics trajectories of proteins //J. Mol. Graph. — 1995. — т. 13.— с. 46—48. — DOI: 10.1016/0263-7855(94)00012-h.

138. Gordon H. L, Somorjai R. L. Fuzzy cluster analysis of molecular dynamics trajectories // Proteins. — 1992. — т. 14. — с. 249—264. — DOI: 10.1002/ prot.340140211.

139. Troyer J. M., Cohen F. E. Protein conformational landscapes: energy minimization and clustering of a long molecular dynamics trajectory // Proteins. — 1995. — т. 23. — с. 97—110. — DOI: 10.1002/prot.340230111.

140. Karpen M. E., Tobias D. J., Brooks C. L. Statistical clustering techniques for the analysis of long molecular dynamics trajectories: analysis of a 2.2-ns trajectories of YPGDV // Biochemistry. — 1993. — т. 32. — с. 412—420. — DOI: 10.1021/bi00053a005.

141. Torda A. E, Gunsteren W. F. Algorithms for clustering molecular dynamics configurations //J. Comput. Chem. — 1994. — т. 15. — с. 1331—1340.

142. Kitao A. Principal Component Analysis and Related Methods for Investigating the Dynamics of Biological Macromolecules // Advance in Molecular Thermodynamics. — 2022. — т. 5, № 2. — с. 298—317. — ISSN 2571-8800. — DOI: 10. 3390/j5020021. — URL: https://www.mdpi.com/ 2571-8800/5/2/21.

143. Palma J., Pierdominici-Sottile G. On the Uses of PCA to Characterise Molecular Dynamics Simulations of Biological Macromolecules: Basics and Tips for an Effective Use // Chem. Phys. Chem. — 2022. — t. 24, Ban. 2. — e202200491. — DOI: 10.1002/cphc.202200491.

144. Jolliffe I. Principal Component Analysis, Series: Springer Series in Statistics. — N.-Y,: Springer, 2002. — ISBN 978-0-387-95442-4.

145. Dihedral angle principal component analysis of molecular dynamics simulations / A. Altis [h gp.] //J. Chem. Phys. — 2007. — t. 126. — c. 244111. — DOI: 10.1063/1.2746330.

146. Deisenroth M. P., Faisal A. A., Ong C. S. Mathematics for machine learning. — Cambridge University Press, 2020.

147. Markov models of molecular kinetics: generation and validation / J. H. Prinz [h gp.] // J. Chem. Phys. — 2011. — t. 134, Ban. 17. — c. 174105. — DOI: 10.1063/1.3565032.

148. Wolf A., Kirschner K. N. Principal component and clustering analysis on molecular dynamics data of the ribosomal L11-23S subdomain //J. Mol. Model. — 2013. — t. 19. — c. 539—549. — DOI: 10.1007/s00894-012-1563-4.

149. Atomic-level characterization of the ensemble of the A^(1-42) monomer in water using unbiased molecular dynamics simulations and spectral algorithms / N. G. Sgourakis [h gp.] //J. Mol. Biol. — 2011. — t. 405. — c. 570—583. — DOI: 10.1016/j.jmb.2010.10.015.

150. Cluster analysis of molecular simulation trajectories for systems where both conformation and orientation of the sampled states are important / T. M. Abramyan [h gp.] //J. Comput. Chem. — 2016. — t. 37, Ban. 21. — c. 1973— 82.— DOI: 10.1002/jcc.24416.

151. Overcoming the heuristic nature of k-means clustering: identification and characterization of binding modes from simulations of molecular recognition complexes / P. L. Bremer [h gp.] //J. Chem. Inf. Model. — 2020. — t. 60. — c. 3081—3092. — DOI: 10.1021/acs.jcim.9b01137.

152. Spin echo NMR spectra without J modulation / J. Aguilar [h gp.] // Chem. Commun. — 2012. — t. 48. — c. 811—813. — DOI: 10.1039/c1cc16699a.

153. Parella T. Towards perfect NMR: Spin-echo versus perfect-echo building blocks // Magn. Reson. Chem. — 2019. — т. 57. — с. 13—29. — DOI: 10. 1002/mrc.4776.

154. Tieleman P. — URL: https : / /people . ucalgary . ca / ~tieleman / download.html.

155. Berger O, Edholm O, Jahnig F. Molecular dynamics simulations of a fluid bilayer of dipalmitoylphosphatidylcholine at full hydration, constant pressure, and constant temperature // Biophys. J. — 1997. — т. 72, вып. 5. — с. 2002— 2013. — DOI: 10.1016/S0006-3495(97)78845-3.

156. UCSF Chimera - a visualization system for exploratory research and analysis / E. Pettersen [и др.] //J. Comput. Chem. — 2004. — т. 25. — с. 1605—1612. — DOI: 10.1002/jcc.20084.

157. Holzgrabe U, Diehl B., Wawer I. NMR spectroscopy in pharmacy //J. Pharm. Biomed. Anal. — 1998. — т. 17, вып. 4/5. — с. 557—616. — DOI: 10.1016/s0731-7085(97)00276-8.

158. Spatial structure of cyclosporin A and insight into its flexibility / S. Efimov [и др.] // Journal of Molecular Structure. — 2013. — т. 1036. — с. 298—304. — DOI: 10.1016/j.molstruc. 2012.11.005.

159. Friebolin H. Basic One- and Two-Dimensional NMR Spectroscopy, 5th, Completely Revised and Updated Edition. — U.S.A. : Wiley-vch, 2010.

160. Simpson J. H. Chapter 7 - Through-Space Effects: The Nuclear Overhauser Effect (NOE) // Organic Structure Determination Using 2-D NMR Spectroscopy (Second Edition) / под ред. J. H. Simpson. — Second Edition. — Boston : Academic Press, 2012. — с. 169—184. — ISBN 978-0-12-384970-0. — DOI: https : //doi . org/10 . 1016/B978 - 0 - 12 - 384970 - 0 . 00007-7. — URL: https : / / www . sciencedirect . com / science / article / pii / B9780123849700000077.

161. Coxon B. Developments in the Karplus equation as they relate to the NMR coupling constants of carbohydrates // Adv. Carbohydr. Chem. Biochem. — 2009. — т. 62. — с. 17—82. — DOI: 10.1016/S0065-2318(09)00003-1.

162. Minch M. Orientational Dependence of Vicinal Proton-Proton NMR Coupling Constants: The Karplus Relationship // Concepts Magn. Reson. — 1994. — т. 6. — с. 41—56. — DOI: 10.1002/cmr.1820060104.

163. Spatial Structure and Conformational Mobility of Seven-Membered Cyclic Acetals and Ketals Containing Pyridoxine Moiety in Solution by NMR Methods / I. Rakhmatullin [h gp.] // BioNanoScience. — 2018. — t. 8. — c. 963—970. — DOI: 10.1007/s12668-018-0562-z.

164. Molecular dynamics simulations and 2D-NOESY spectroscopy studied on conformational features of ACE-inhibitory tripeptide Gly-Glu-Phe in aqueous and DMSO solutions / C. Qi [h gp.] //J. Mol. Liq. — 2016. — t. 224. — c. 1233—1241. — DOI: 10.1016/j.molliq.2016.10.107.

165. High-pressure NMR spectroscopy in studies of the conformational composition of small molecules of ibuprofen in supercritical carbon dioxide / I. Khodov [h gp.] // J. Mol. Liq. — 2020. — t. 309. — c. 113. — DOI: 10.1016/j.molliq.2020.113113.

166. Accounting for Conformational Variability in NMR Structure of Cyclopeptides: Ensemble Averaging of Interproton Distance and Coupling Constant Restraints / P. Cuniasse [h gp.] //J. Am. Chem. Soc. — 1997. — t. 119. — c. 5239—5248. — DOI: 10.1021/ja9636810.

167. Determination of preferred conformations of mefenamic acid in DMSO by NMR spectroscopy and GIAO calculation / I. Khodov [h gp.] // AIP Conf. Proc. — 2019. — t. 2063. — c. 040007. — DOI: 10.1063/1.5087339.

168. Robustelli P., Stafford K., Palmer III A. Interpreting Protein Structural Dynamics from NMR Chemical Shifts //J. Am. Chem. Soc. — 2012. — t. 134. — c. 6365—6374. — DOI: 10.1021/ja300265w.

169. Combining NMR ensembles and molecular dynamics simulations provides more realistic models of protein structures in solution and leads to better chemical shift prediction / J. Lehtivarjo [h gp.] //J. Biomol. NMR. — 2012. — t. 52. — c. 257—267. — DOI: 10.1007/s10858-012-9609-6.

170. Langham A., Khandelia H., Kaznessis Y. How can a beta-sheet peptide be both a potent antimicrobial and harmfully toxic? Molecular dynamics simulations of protegrin-1 in micelles // Biopolymers. — 2006. — t. 84. — c. 219—31. — DOI: 10.1002/bip.20397.

171. Abdel-Azeim S. Revisiting OPLS-AA Force Field for Simulation of Anionic Surfactants in Concentrated Electrolyte Solutions // Chem. Theory Comput. — 2020. — t. 16. — c. 1136—1145. — DOI: 10 . 1021/acs . jctc . 9b00947.

172. Structural Flexibility of Cyclosporine A Is Mediated by Amide Cis-Trans Isomerization and the Chameleonic Roles of Calcium / A. Gray [h gp.] //J. Phys. Chem. B. — 2021. — t. 125. — c. 1378—1391. — DOI: 10.1021/acs. jpcb.0c11152.

173. Majerz I. Directionality of Inter- and Intramolecular OHO Hydrogen Bonds: DFT Study Followed by AIM and NBO Analysis // Phys. Chem. — 2012. — t. 116. — c. 7992—8000. — DOI: 10.1021/jp300942n.

174. Lindahl E, Hess B., Spoel D. GROMACS 3.0: A package for molecular simulation and trajectory analysis //J. Mol. Mod. — 2001. — t. 7. — c. 306— 317.

175. MD Analysis: A toolkit for the analysis of molecular dynamics simulations / N. Michaud-Agrawal [h gp.] //J. Comp. Chem. — 2011. — t. 32, Ban. 10. — c. 2319—2327. — DOI: 10.1002/jcc.21787.

176. Gao X., Wong T. NMR Studies of Adrenocorticotropin Hormone Peptides in Sodium Dodecylsulfate and Dodecylphosphocholine Micelles: Proline Isomerism and Interactions of the Peptides with Micelles // Biopolymers. — 2001. — t. 58. — c. 20—32. — DOI: 10.1002/1097-0282(200106)58:7<643:: AID-BIP1037>3.0.C0;2-R.

177. Bell A., Wernli B., Franklin R. Roles of peptidyl-prolyl cis-trans isomerase and calcineurin in the mechanisms of antimalarial action of cyclosporin A, FK506, and rapamycin // Biochem. Pharmacol. — 1994. — t. 48. — c. 495— 503. — DOI: 10.1016/0006-2952(94)90279-8.

178. The exact NOE as an alternative in ensemble structure determination / B. Vogeli [h gp.] // Biophys. J. — 2016. — t. 110. — c. 113—126. — DOI: 10. 1016/j.bpj.2015.11.031.

179. The importance of suppressing spin diffusion effects in the accurate determination of the spatial structure of a flexible molecule by nuclear Overhauser effect spectroscopy / I. Khodov [h gp.] //J. Mol. Struct. — 2016. — t. 1106. — 373e381. — DOI: 10.1016/j.molstruc.2015.10.055.

180. Vuister G, Bax A. Quantitative J correlation: a new approach for measuring homonuclear three-bond Ha) //J. Am. Chem. Soc. — 1993. — t. 115. — c. 7772—7777. — DOI: 10.1021/ja00070a024.

181. Structural characterization of cyclic kallidin analogues in DMSO by nuclear magnetic resonance and molecular dynamics / E. Schievano [h gp.] //J. Pept. Sci. — 2005. — t. 11. — c. 3—16. — DOI: 10.1002/psc.586.

182. Conformational Diversity in Contryphans from Conus Venom: cis-trans Isomerization and Aromatic/Proline Interactions in the 23-Membered Ring of a 7-Residue Peptide Disulfide Loop / R. Sonti [h gp.] // Chem. Eur. J. — 2013. — t. 19. — c. 15175—15189. — DOI: 10.1002/chem.201301722.

183. NMR Studies of the Na+ ,Mg2+ and Ca2+ Complexes of Cyclosporin A / J. Carver [h gp.] //J. Chem. Soc., Chem. Commun. — 1992. — t. 22. — c. 1682—1684.

184. Ko S., Dalvit C. Conformation of cyclosporin A in polar solvents // Int. J. Peptide Protein Res. — 1992. — t. 40. — c. 380—382. — DOI: 10.1111/j . 1399-3011.1992.tb00314.x.

185. Investigation of exchange processes by two-dimensional NMR spectroscopy / J. Jeener [h gp.] // J. Chem. Phys. — 1979. — t. 71. — c. 4546—4553.

186. Conformational Variability of Cyclosporin C Dissolved in Dimethylformamide / S. Efimov [h gp.] // BioNanoScience. — 2019. — t. 9. — c. 620—624. — DOI: 10.1007/s12668-019-00641-z.