Изотермические и управляемые сменой температур реакции амплификации и высокочувствительной детекции специфичных последовательностей нуклеиновых кислот в реальном времени тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Чемерис, Дмитрий Алексеевич

• Чемерис, Дмитрий Алексеевич
• кандидат биологических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Чемерис, Дмитрий Алексеевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Методы амплификации и высокочувствительной детекции специфичных фрагментов ДНК и РНК.

1.2. Полимеразная цепная реакция в реальном времени - ПЦР-РВ

1.3. Лигазная цепная реакция - ЛЦР.

1.4. Амплификация смещением цепи - Strand Displacement Amplification (SDA).

1.5. Амплификация по типу катящегося кольца или рамификация

1.6. Технология циклирующей пробы.

1.7. Гибридизационная цепная реакция - ГЦР.

ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.1. Объекты исследований.

2.2. Фосфорилирование олигонуклеотидов.

2.3. Выделение и очистка нуклеиновых кислот.

2.4. Получение кДНК.

2.5. Полимеразная цепная реакция.

2.6. Полимеразная цепная реакция в реальном времени.

2.7. Лигазная цепная реакция в реальном времени с красителем SYBR Green 1.

2.8. Лигазная цепная реакция, основанная на FRET-эффекте, в режиме реального времени.

2.9. Проведение амплификации по типу катящегося кольца с дезоксирибозимным расщеплением химерной пробы в реальном времени.

2.10. Рамификация в реальном времени.

2.11. Гибридизационная цепная реакция в реальном времени.

2.12. Электрофоретический анализ ампликонов и исходных молекул нуклеиновых кислот.

2.13. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей

2.14. Использованные в работе обычные и модифицированные олигонуклеотиды.

2.15. Основные реактивы, использованные в работе.

2.16. Составы использованных стандартных растворов.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Полимеразная цепная реакция в реальном времени.

3.2. Лигазная цепная реакция в реальном времени.

3.3. Амплификация по типу катящегося кольца с дезоксирибозимным расщеплением химерной пробы.

3.4. Рамификация в реальном времени.

3.5. Гибридизационная цепная реакция в реальном времени.

3.6. Применимость реакций амплификации и высокочувствительной детекции в реальном времени для фундаментальных исследований и диагностических целей.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Изотермические и управляемые сменой температур реакции амплификации и высокочувствительной детекции специфичных последовательностей нуклеиновых кислот в реальном времени»

Актуальность темы. После своего появления в середине 80-х гг. полимеразная цепная реакция (ПЦР) [Saiki et al., 1985; 1988] очень быстро стала по существу методом №1 в фундаментальных исследованиях нуклеиновых кислот и в ДНК-диагностике. Оставаясь таковым и поныне, она все же сильно изменилась, что в первую очередь связано с переводом этой реакции в режим реального времени, где детекция накопления ампликонов ведется в ходе самого процесса амплификации. ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ) во многом изменила взгляды как исследователей, использующих метод ПЦР для получения новых знаний о функционировании генов и геномов, так и тех, кто занят исключительно ДНК-диагностикой. Если для первых главным среди других задач является возможность количественного определения с помощью ПЦР-РВ числа копий той или иной мишени в стартовом материале, то вторые, помимо этого, отдают ей предпочтение еще и ввиду практически полного исключения загрязнения ампликонами рабочих помещений и сведения, таким образом, риска получения ложнопозитивных результатов к абсолютному минимуму, что при массовом характере анализов при использовании обычной ПЦР удается добиться далеко не всегда. Однако, несмотря на большое количество предложенных вариантов детекции ампликонов в ПЦР-РВ [Higuchi et al., 1993; Lee et al., 1993; Livak et al., 1995; Tyagi et al., 1996; 2000; Nazarenko et al., 1997; 2002; Wittwer et al., 1997; 2003; Whitcombe et al., 1999; Todd et al., 2000; Rasmussen et al., 2003; Zhang et al., 2003; Costa et al., 2004; Sherrill et al., 2004; Monis et al., 2005 и др.] остается возможность разработки новых способов, по некоторым параметрам превосходящих существующие.

Вслед за ПЦР на рубеже 90-х гг. появился целый ряд других реакций амплификации и способов высокочувствительной детекции специфичных фрагментов ДНК или РНК, среди которых можно отметить лигазную цепную реакцию (ЛЦР) [Wu, Wallace, 1989; Barany 1991], амплификацию смещением цепи [Walker et al., 1992], ее разновидность в виде амплификации катящимся кольцом [Lizardi et al., 1998; Zhang et al., 1998], технологию циклирующей пробы [Duck et al., 1990], самоподдерживающаюся репликацию [Kwoh et al., 1989; Guatelli et al., 1990; Compton, 1991], QP-репликазную амплификацию [Lomeli et al., 1989], разветвленную гибридизационную пробу [Urdea, 1987; Horn et al, 1997]. К настоящему времени большинство из них переведены в передовой и наиболее удобный для диагностики режим реального времени, однако в ряде случаев такой перевод оказался не очень эффективным и не лишенным серьезных недостатков.

Особый интерес эти реакции вызывают еще и тем, что все они (за исключением стандартной ПЦР и ЛЦР) протекают в изотермических условиях, благодаря чему нет потерь времени на смену температур и за счет этого не происходит искусственного сдерживания работы ферментов, что в ряде случаев более технологично.

Цели и задачи исследования. Цели исследования заключались в разработке новых вариантов управляемых сменой температур или протекающих изотермически в режиме реального времени реакций амплификации и высокочувствительной детекции нуклеиновых кислот и демонстрации их применения на практике.

В задачи исследования входило:

1) разработать основанный на флуоресцентном резонансном переносе энергии (FRET-эффекте) способ детекции ампликонов в ходе ПЦР-РВ на платформе "УФА" (Универсальная Флуоресцентная Амплификация) и показать возможность его применения для фундаментальных и прикладных исследований;

2) разработать способ детекции ампликонов в ходе ПЦР-РВ, основанный на временном гашении свечения флуорохрома, находящегося с гасителем в одном праймере, и возникновении флуоресценции вследствие расщепления ампликона термостабильной рестрикционной эндонуклеазой;

3) разработать основанный на ЕКЕТ-эффекте способ детекции ампликонов в ходе ЛЦР-РВ, обеспечивающий отсутствие нематричного лигирования;

4) разработать новый способ детекции специфичных фрагментов ДНК путем объединения технологии циклирующей пробы с амплификацией по типу катящегося кольца с образованием множественных дезоксирибозимов 10-23;

5) разработать новый способ детекции ампликонов на платформе "УФА" в ходе двухпраймерной амплификации катящимся кольцом (рамификации) в реальном времени;

6) преобразовать гибридизационную цепную реакцию нуклеиновых кислот в режим реального времени (ГЦР-РВ);

7) показать применимость разработанных методов амплификации и высокочувствительной детекции на практике.

Научная новизна и практическая значимость. Разработан улучшенный способ детекции накопления ампликонов в ПЦР-РВ на платформе "УФА", по большинству параметров превосходящий аналогичные методы. Показана применимость данного способа ПЦР-РВ для проведения как ДНК-диагностики, так и для фундаментальных исследований, где он может быть использован для определения уровня экспрессии генов, содержащих интроны, а также безынтронных генов без ДНКазной обработки. Разработан способ детекции ампликонов в ПЦР-РВ, основанный на временном гашении свечения флуорохрома, расположенного с гасителем в пределах одного праймера и возникновении флуоресценции вследствие их разобщения в процессе расщепления ампликона термостабильной рестриктазой Тги! в ходе самой амплификации. Путем использования РКЕТ-эффекта ЛЦР переведена в режим реального времени и при этом нематричное лигирование с помощью 1ЛС1 сведено к минимуму. Разработана ГЦР-РВ, основанная в одном варианте на РЯЕТ-эффекте, а во втором - на эффекте временного гашения свечения флуорохрома темновым гасителем. Продемонстрирована высокая специфичность данной реакции, позволяющая дискриминировать инициаторные молекулы с единичными заменами нуклеотидов, что может быть использовано при анализе однонуклеотидного полиморфизма ДНК человека. Показана возможность использования в ГЦР молекул РНК в качестве инициатора самосборки без их перевода в кДНК. Произведено объединение технологии амплификации ДНК катящимся кольцом с регистрацией этого процесса с помощью циклирующих проб, расщепляемых под действием образующих при смещении цепи ДНК множественных дезоксирибозимов. Показано, что протекание двухпраймерной рамификации в реальном времени может контролироваться с помощью регистрации FRET-эффекта на платформе "УФА".

Практическая значимость работы заключается в значительном расширении спектра методов амплификации и высокочувствительной детекции в реальном времени специфичных последовательностей ДНК или РНК. Показана возможность их использования как для фундаментальных, так и прикладных целей, в том числе для детекции коронавируса, хантавируса, вируса птичьего гриппа субтипа H5N1, выявления генетически модифицированных ингредиентов (ГМИ) путем обнаружения наиболее часто используемого для создания трансгенных растений промотора 35S. Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на III съезде ВОГиС (Москва, 2004), международном симпозиуме "Трансгенные растения и проблемы биобезопасности" (Москва, 2004), II и III съездах Общества биотехнологов России (Москва, 2004, 2005), 2-ой международной конференции "Биотехнология-Биомедицина-Окружающая среда" (Пущино, 2005), 3-ей международной конференции "Международное сотрудничество в биотехнологии: ожидания и реальность" (Пущино, 2006), XIII международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов-2006" (Москва, 2006), международной школе-конференции молодых ученых «Биотехнология будущего» (Санкт-Петербург, 2006), всероссийской научно-практической конференции "Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом" (Уфа, 2006).

Конкурсная поддержка работы. Исследования выполнены в рамках Программы государственной поддержки ведущих научных школ РФ -НШ-2217.2003.4, НШ-1003.2006.4 и Государственных контрактов ФЦНТП №№02.445.11.7018,02.445.11.7381.

Публикации. По теме диссертации опубликовано 14 печатных работ. Структура и объем работы. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и их обсуждения, заключения, выводов и списка цитированной литературы, включающего 176 работ. Диссертация изложена на 158 страницах, содержит 53 рисунка и 2 таблицы.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Чемерис, Дмитрий Алексеевич

выводы

1. Разработаны два скоростных и высокочувствительных способа детекции ампликонов в полимеразной цепной реакции в реальном времени, один из которых основан на переносе флуоресцентной резонансной энергии на платформе "УФА" (Универсальная Флуоресцентная Амплификация) между донорным и акцепторным красителями, входящими в состав прямого и обратного праймеров, отжигающихся встык; второй способ рассчитан на эффект гашения флуорохрома соответствующим гасителем, входящих в состав разных праймеров, отжигающихся аналогичным образом.

2. Разработаны варианты лигазной цепной реакции в реальном времени, основанные как на FRET-эффекте, так и на использовании интеркалирующего красителя SYBR Green I, в которых нематричное лигирование благодаря присутствию LiCl сведено к минимуму.

3. Произведено объединение технологии амплификации ДНК по механизму катящегося кольца с регистрацией этого процесса в реальном времени с помощью циклирующих химерных ДНК/РНК/ДНК-проб, расщепляемых под действием образующихся при смещении цепи ДНК множественных д езоксирибозимов.

4. Предложен способ детекции в реальном времени протекания реакции ратификации (двухпраймерной амплификации катящимся кольцом), основанный на переносе флуоресцентной резонансной энергии на платформе "УФА".

5. Разработано 2 варианта метода гибридизационной цепной реакции в реальном времени (ГЦР-РВ), особенностями которой является то, что она протекает изотермически, без участия ферментов и в ней происходит не амплификация нуклеиновых кислот, а под действием инициаторных гj искомых) молекул ДНК или РНК имеет место способный дискриминировать в последовательности-мишени даже единичные замены нуклеотидов линейный рост олигонуклеотидных наноструктур, собираемых из пары особым образом сконструированных шпилек:

- вариант I ГЦР-РВ основан на детекции увеличивающейся флуоресценции соответствующего красителя за счет исчезновения эффекта гашения, происходящего при пошаговом удлинении цепей ДНК и разнесении за счет этого в пространстве все большего числа пар молекул флуорохром/гаситель, оба из которых находятся в одной из самособирающихся олигонуклеотидных шпилек;

- вариант II ГЦР-РВ рассчитан на детекцию роста цепей ДНК по увеличению свечения красителя-акцептора после переноса на него флуоресцентной резонансной энергии от красителя-донора, входящих по отдельности в состав пары подобных олигонуклеотидных шпилек, также подверженных процессу самосборки.

6. Показана принципиальная возможность применения ряда разработанных подходов для высокочувствительной диагностики возбудителей различных инфекций и детекции генетически-модифицированных ингредиентов, а также для анализа активности транскрипции как безынтронных, так и содержащих интроны генов.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В настоящее время практически ни одна работа в молекулярной биологии, где объектами исследований являются нуклеиновые кислоты, не обходится без этапа их амплификации или высокочувствительной детекции. Что касается диагностических анализов, то и они сейчас преимущественно рассчитаны на амплификацию, главным образом, с помощью ПЦР специфичных фрагментов ДНК или РНК, которые могут принадлежать организмам всех уровней сложности, начиная от вирусов и заканчивая человеком. Причины столь широкого применения таких методов заключаются, с одной стороны, в скорости и относительной простоте амплификации фрагментов нуклеиновых кислот, а с другой - в их повышенной чувствительности и специфичности, благодаря чему экспериментаторы в короткие сроки могут получать достоверные результаты. Новый импульс ДНК/РНК амплификации придал перевод ПЦР в режим реального времени, который открыл новые перспективы в фундаментальных исследованиях и предоставил новые возможности для диагностики. При этом вариантов детекции накопления ампликонов в ПЦР в режиме реального времени разработано в мире уже свыше трех десятков, но лишь на основе только шести из них выпускаются коммерческие наборы. Повышенный интерес к амплификации и высокочувствительной детекции нуклеиновых кислот и разработке все новых их способов объясняется еще и тем, что это в настоящее время многомиллиардный и быстро растущий бизнес.

В данной работе предложены два скоростных варианта детекции целевых продуктов с помощью ПЦР-РВ на платформе "УФА", особенностью которой является максимально сближенное расположение прямого и обратного праймеров, дающее целый ряд преимуществ. В одном варианте прямой и обратный праймеры содержат в своем составе красители - донор и акцептор, что обеспечивает возникновение между ними Р11ЕТ-сигнала. Во втором варианте прямой и обратный праймеры несут краситель и его гаситель, что ведет к возникновению эффекта гашения при их объединении в едином двуцепочечном ампликоне. Другим преимуществом является то, что благодаря малому размеру ампликонов становится возможна амплификация мелких обломков молекул ДНК или РНК, отсутствует необходимость проведения отдельной стадии элонгации, что приводит к заметному сокращению времени реакции, а снижение температуры денатурации обеспечивает в целом более надежную амплификацию, поскольку уменьшается время пребывания ДНК полимеразы при высоких (не оптимальных) температурах. Весьма важным является то, что ПЦР-РВ на платформе "УФА" представляет собой реакцию с неким самоконтролем специфичности амплификации, поскольку позволяет на стадии плавления идентифицировать образование возможных праймерных гетеродимеров, которые могли бы привести к ложно-позитивным результатам.

Сближенное расположение праймеров было использовано также при разработке варианта детекции накопления ампликонов в ходе ПЦР-РВ, где изначально имеющий место эффект гашения исчезал благодаря физическому разобщению (под действием термостабильной рестриктазы) входящих в состав одного из праймеров красителя и гасителя, между которыми располагался сайт узнавания этого фермента.

Перевод ПЦР в режим реального времени не мог не повлиять на уже существующие и только разрабатываемые реакции амплификации и высокочувствительной детекции нуклеиновых кислот. Так, для исследуемых, в том числе, в данной работе однопраймерной и двупраймерной амплификаций катящимся кольцом ранее уже было предложено несколько вариантов детекции результатов в реальном времени. Предлагаемые нами способы детекции принципиально иные. В одном из них рост флуоресцентного сигнала обеспечивается путем образования множественных дезоксирибозимов и разрушения ими химерных ДНК/РНК/ДНК-проб, содержащих краситель с гасителем. В другом - изменение флуоресценции реакционной смеси вызывается переносом флуоресцентной резонансной энергии от красителя-донора на краситель-акцептор, входящих в состав двух праймеров, которые отжигались на "С-пробе" встык согласно разработанному нами принципу "УФА", подтверждая тем самым его действительную универсальность.

ЛЦР преобразована в режим реального времени путем детекции накопления ампликонов в одном варианте с помощью интеркалирующего красителя SYBR Green I при температуре, при которой одиночные дуплексы плавятся, а двойные дуплексы, представляющие собой целевой продукт, сохраняют свою двуспиральность. Другой вариант детекции основан на FRET-эффекте между красителем-донором, которым изначально был помечен один из олигонуклеотидов, и красителем-акцептором, входящим в состав соседнего олигонуклеотида, когда в результате происходящего матричного лигирования под действием термостабильной ДНК лигазы они становились единой молекулой. При этом регистрация флуоресценции велась при температуре денатурации, исключающей вклад отжегшихся, но непролигировавших олигонуклеотидов. Неспецифическое нематричное лигирование было сведено к минимуму добавлением в реакционную смесь хлористого лития.

Для ГЦР нами также предложены два варианта ее протекания в реальном времени. В одном из них ведется регистрации флуоресценции, возникающей вследствие исчезновения эффекта гашения при разнесении в пространстве пары молекул - флуорохром/гаситель, входящих в состав одного из шпилечных олигонуклеотидов. Во втором - за счет FRET-эффекта между донорным и акцепторным красителями, входящими по отдельности в состав пары подобных шпилек, подвергающихся самосборке. Поскольку ГЦР протекает без участия каких-либо ферментов и в ней происходит рост наноструктур, то ее вполне можно считать нанобиотехнологией.

Показано применение разработанных нами методов для детекции в реальном времени возбудителей вирусных и бактериальных инфекций, оценки уровня экспрессии отдельных генов у растительных и животных организмов, а также для анализа однонуклеотидного полиморфизма ДНК.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Чемерис, Дмитрий Алексеевич, 2006 год

1. Белохвостов А.С. Полимеразная цепная реакция и лигазные реакции, принципы, традиционные методики и нововведения // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1995. - №1, - С.21-26.

2. Гарафутдинов P.P. Новые методы детекции однонуклеотидных замен и общие принципы ДНК-идентификации личности на основе генетического штрих-кодирования: Автореф. дисс. канд. биол. наук / P.P. Гарафутдинов; Инст-т биохим. генет. УНЦ РАН Уфа, 2006. - 23 с.

3. Лысов Ю.П., Флорентьев В.Л., Хорлин А.А. и др. Определение нуклеотидной последовательности ДНК гибридизацией с олигонуклеотидами. Новый метод // ДАН СССР. 1988. - Т.303. - С.1508-1511.

4. Abravaya К., Carrino J. J., Muldoon S. Lee H.H. Detection of point mutations with a modified ligase chain reaction (Gap-LCR) // Nucleic Acids Res. 1995. -V. 23.-P. 675-682.

5. Adler M., Schulz S., Fischer R., Niemeyer C.M. Detection of Rotavirus from stool samples using a standardized immuno-PCR ("Imperacer") method with end-point and real-time detection // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005. -V.333.-P. 1289-1294.

6. Adler M., Wacker R., Niemeyer M. A real-time immuno-PCR assay for routine ultrasensitive quantification of proteins // Biochem. Biophys. Res. Commun. -2003.-V. 308.-P. 240-250.

7. Alves A.M., Can* F.J. Dot blot detection of point mutations with adjacently hybridising synthetic oligonucleotide probes // Nucleic Acids Res. 1988. -V.16.-P. 8723.

8. An L., Tang W., Ranalli T.A. et al. Characterization of a thermostable UvrD helicase and its participation in helicase-dependent amplification // J. Biol. Chem. 2005. - V. 280. - P. 28952-28958.

9. Auer Т., Sninsky J.J., Gelfand D.H. et al. Selective amplification of RNA utilizing the nucleotide analog dITP and Thermus thermophilus DNA polymerase // Nucleic Acids Res. 1996. - V. 24. - P. 5021-5025.143

10. Backman K. Ligase Chain Reaction: Diagnostic technology for the 1990s and beyond // Clin. Chem. 1992. - V. 38. - P. 457-458.

11. Bains W., Smith G.C. A novel method for nucleic sequence determination // J. Theor. Biol. 1988. - V. 135. - P. 303-307.

12. Barany F. Genetic disease detection and DNA amplification using cloned thermostable ligase // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1991. -V. 88. - P. 189-193.

13. Bar any F. The ligase chain reaction in a PCR world // PCR Methods Applic.1991a. V. l.-P. 5-16.

14. Barletta J. Applications of real-time immuno-polymerase chain reaction (rt

15. CR) for the rapid diagnoses of viral antigens and pathologic proteins // Mol.

16. Aspects Med. 2006. - V. 27. - P. 224-253.

17. Bekkaoui F., Poisson I., Crosby W. et al. Cycling probe technology with RNase H attached to an oligonucleotide // Biotechniques. 1996. - V.20. - P. 240-248.

18. Bengtsson M., Karlsson H.J., Westman G. et al. A new minor groove binding asymmetric cyanine reporter dye for real-time PCR // Nucl. Acids Res. 2003. -V. 31. - e45.

19. Bi W., Stambrook P.J. CCR: a rapid and simple approach for mutation detection // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. - P. 2949-2951.

20. Biesecker L.G., Bailey-Wilson J.E., Ballantyne J. et al. DNA identifications after the 9/11 World Trade Center attack // Science. 2005. - V. 310. - P. 1122-1123.

21. Birkenmeyer L.G., Mushahwar I.K. DNA probe amplification methods // J. Virol. Methods. 1991. -V. 35. - P. 117-126.

22. Birnboim H.C., Doly J. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA //Nucl. Acids Res. 1979. - V.7. - P.1513-1523.

23. Birkenmeyer L., Armstrong A.S. Preliminary evaluation of the ligase chain reaction for specific detection of Neisseria gonorrhoeae // J. Clin. Microbiol. -1992.-V. 30.-P. 3089-3094.

24. Bois J.S., Venkataraman S., Choi H.M. et al. Topological constraints in nucleic acid hybridization kinetics // Nucleic Acids Res. 2005. - V. 33. - P. 4090-4095.

25. Bolton E., McCarthy B. A general method for the isolation of RNA complementary to DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1962. - V.48. - P.1390-1397.

26. Britten R.J., Kohne D.E. Repeated sequences in DNA. Hundreds of thousands of copies of DNA sequences have been incorporated into the genomes of higher organisms//Science. 1968.-V. 161.-P. - 529-540.

27. Bronstein I., Voyta J.C., Edwards B. A comparison of chemiluminescent and colorimetric substrates in a hepatitis B virus DNA hybridization assay // Anal. Biochem. 1989. - V. 180. - P. 95-98.

28. Busti E., Bordoni R., Castiglioni B. et al. Bacterial discrimination by means of a universal array approach mediated by LDR (ligase detection reaction) // BMC Microbiol. 2002. - V. 2. - P.27.

29. Cairns M.J., Turner R., Sun L.Q. Homogeneous real-time detection and quantification of nucleic acid amplification using restriction enzyme digestion // Biochem. Biophys. Res. Comm. 2004. - V. 318. - P. 684-690.

30. Cardullo R.A., Agrawal S., Flores C. et al. Detection of nucleic acid hybridization by nonradiative fluorescence resonance energy transfer // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. -V. 85. - P. 8790-8794.

31. Chen R., Huang W., Lin Z. et al. Development of a novel real-time RT-PCR assay with LUX primer for the detection of swine transmissible gastroenteritis virus // J. Virol. Methods. 2004. - V. 122. - P. 57-61.

32. Chen X., Livak K.J., ICwok P.Y. A homogeneous, ligase-mediated DNA diagnostic test // Genome Res. 1998. - V. 8. - P. 549-556.

33. Clegg R.M., Murchi A.I.H., Zechel A., Lilley D.M.J. Observing the helical geometry of double-stranded DNA in solution by fluorescence resonance energy transfer // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. - V. 90. - P. 2994-2998.

34. Chomczynski P., Sacchi N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidium-thiocyanate-phenol-chloroform extraction // Anal. Biochem. 1987. -V. 162.-P. 156-159.

35. Compton J. Nucleic acid sequence-based amplification // Nature. 1991. -V.350. - P.91-92.

36. Costa J.M., Ernault P., Olivi M. et al. Chimeric LNA/DNA probes as a detection system for real-time PCR // Clin. Biochem. 2004. - V.37. - P.930-932.

37. Crockett A.O., Wittwer C.T. Fluorescein-labeled oligonucleotides for real-time per: using the inherent quenching of deoxyguanosine nucleotides // Anal. Biochem. 2001. - V. 290. - P. 89-97.

38. Dahl F., Baner J., Gullberg M. et al. Circle-to-circle amplification for precise and sensitive DNA analysis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. - V. 101. - P. 4548-4553.

39. Demchinskaya A.V., Shilov I.A., Karyagina A.S., Plobner L. A new approach for point mutation detection based on a ligase chain reaction // J. Biochem. Biophys. Methods. 2001. - V. 50. № 1. - P. 79-89.

40. Denhardt D.T. A membrane-filter technique for the detection of complementary DNA // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1966. - V. 23. - P. 641-646.

41. Didenko V.V. DNA probes using fluorescence resonance energy transfer (FRET): designs and applications // Biotechniques. 2001. - V. 31 - P. 1106-1111.

42. Dirks R.M., Pierce N.A. Triggered amplification by hybridization chain reaction//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2004. -V. 101. P. 15275-15278.

43. Drmanac R., Labat I., Brukner I. et al. Sequencing of megabase plus DNA by hybridization: theory of the method // Genomics. 1989. - V. 4. - P. 114-128.

44. Duck P., Alvarado-Urbina G., Burdick B., Collier B. Probe amplifier system based on chimeric cycling oligonucleotides // BioTechniques. 1990. - V. 9. - P. 142-148.

45. Efimov V.A., Chakhmakhcheva O.G., Choob M.V., Archdeacon D. Using chimeric DNA/RNA beacons for target-specific signal amplification. XllthV

46. Symposium «Chemistry of Nucleic Acids Components». 2002. Spindleruv Mlyn, Czech Republic. Abstract Book. V.5. - P. 308-311.

47. Eggerding F.A. A one-step coupled amplification and oligonucleotide ligation procedure for multiplex genetic typing // PCR Methods Appl. 1995. - V. 4. -P. 337-345.

48. Fong W.K., Modrusan Z., McNevin J.P. et al. Rapid solid-phase immunoassay for detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus using cycling probe technology // J. Clin. Microbiol. 2000. - V.38. - P. 2525-2529.

49. Forster T. Energiewanderung und fluoreszenz //Naturwissenschaften. 1946. -V. 6.-P. 166-175. ^ht. no Didenko, 2001).

50. Forster T. Zwischenmoleculare energiewandenderung und fluoreszenz // Ann. Phys. (Leipzig). 1948. - V. 2. - P. 55-75. (ijht. no Didenko, 2001).

51. French D.J., Archard C.L., Brown T., McDowell D.G. HyBeacon probes: a new tool for DNA sequence detection and allele discrimination // Mol. Cell. Probes. 2001.-V. 15.-P. 363-374.

52. Getz M.J., Altenburg L.C., Saunders G.F. The use of RNA labeled in vitro with iodine-125 in molecular hybridization experiments // Biochim. Biophys. Acta. -1972.-V. 287.-P. 485-494.

53. Gillespie D., Spiegelman S. A quantitative assay for DNA-RNA hybrids with DNA immobilized on a membrane // J. Mol. Biol. 1965. - V. 12. - P. 829-842.

54. Gingeras T.R., Higuchi R., Kricka L.J. et al. Fifty years of molecular (DNA/RNA) diagnostics // Clin. Chem. 2005. - V.51. - P.661-671.

55. Graham D.E. The isolation of high molecular weight DNA from whole organisms or large tissue masses // Anal. Biochem. 1978. - V.85. - P.609-613.

56. Guatelli J.C., Whitfield K.M., Kwoh D.Y. et al. Isothermal, in vitro amplification of nucleic acids by a multienzyme reaction modeled after retroviral replication // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1990. - V.87. - P.1874-1878.

57. Hall B.D., Spiegelman S. Sequence complementarity of T2-DNA and T2-specific RNA // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1961. - V. 47. - P. 137-146.

58. Hall J.G., Eis P.S., Law S.M. et al. Sensitive detection of DNA polymorphisms by the serial invasive signal amplification reaction Proc. Natl. Acad. Sei. USA. -2000.-V. 97.-P. 8272-8277.

59. Harvey J.J., Lee S.P., Chan E.K. et al. Characterization and applications of CataCleave probe in real-time detection assays // Anal. Biochem. 2004. - V. 333.-P. 246-255.

60. Hayashi M.N., Hayashi M., Spiegelman S. Chromatographic separation of annealed and enzymatically synthesized RNA-DNA hybrids // Biophys J. -1965.-V. 5.-P. 231-246.

61. Higuchi R., Dollinger G., Walsh P.S. et al. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences // Biotechnology. 1992. - V. 10. - P.413-417.

62. Higuchi R., Fockler C., Dollinger G. et al. Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions // Biotechnology. 1993. - V. 11.-P.1026-1030.

63. Horii T., Monji A., Uemura K. et al. Rapid detection of fluoroquinolone resistance by isothermal chimeric primer-initiated amplification of nucleic acids from clinical isolates of Neisseria gonorrhoeae // J. Microbiol. Methods. 2006. V. 65.-P. 557-561.

64. Horn T., Chang C.A., Urdea M.S. Chemical synthesis and characterization of branched oligodeoxyribonucleotides (bDNA) for use as signal amplifiers in nucleic acid quantification assays // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. - P. 4842-4849.

65. Horn T., Chang C.A., Urdea M.S. An improved divergent synthesis of comb-type branched oligodeoxyribonucleotides (bDNA) containing multiple secondary sequences // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. - P. 4835-4841.

66. Housby J.N., Southern E.M. Thermus scotoductus and Rhodothermus marinus DNA ligases have higher ligation efficiencies than thermus thermophilus DNA ligase // Anal. Biochem. 2002. - V. 302. - P. 88-94.

67. Isacsson J., Cao H., Ohlsson L. et al. Rapid and specific detection of PCR products using light-up probes // Mol Cell Probes. 2000. - V. 14. - P. 321-328.

68. Jeon H.J., Shin H.J., Choi J.J. et al. Mutational analyses of the thermostable NAD+-dependent DNA ligase from Thermus filiformis // FEMS Microbiol. Lett.-2004.-V. 237.-P. 111-118.

69. Kalin I., Shephard S., Candrian U. Evaluation of the ligase chain reaction (LCR) for the detection of point mutations // Mutat Res. 1992. - V.283. - P. 119-123.

70. Kandimalla E.R., Agrawal S. "Cylicons" as hybridization-based fluorescent primer-probes: Synthesis, properties and application in real-time PCR // Bioorg. Med. Chem. -2000. V. 8.-P. 1911-1916.

71. Koo K., Jaykus L.A. Detection of single nucleotide polymorphisms within the Listeria genus using an 'asymmetric' fluorogenic probe set and fluorescence resonance energy transfer based-PCR // Lett. Appl. Microbiol. 2002. - V. 35. -P. 513-517.

72. Kutyavin I.V., Afonina I.A., Mills A. et al. 3'-minor groove binder-DNA probes increase sequence specificity at PCR extension temperatures // Nucleic Acids Res. 2000. - V. 28. - P. 655-661.

73. Laing T.D., Mah D.C.W., Poirier R.T. et al. Genomic DNA detection using cycling probe technology and capillary gel electrophoresis with laser-induced fluorescence // Mol. Cell. Probes. 2004. - V.18. - P. 341-348.

74. Landegren U., Kaiser R., Sanders J., Hood L. A ligase-mediated gene detection technique // Science. 1988. - V. 241. - P. 1077-1080.

75. Landegren U. Molecular mechanics of nucleic acid sequence amplification // Trends Genet. 1993. - V. 9. - P. 199-204.

76. Leary J.J., Brigati D.J., Ward D.C. Rapid and sensitive colorimetric method for visualizing biotin-labeled DNA probes hybridized to DNA or RNA immobilized on nitrocellulose: Bio-blots // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1983. - V.80. -P.4045-4049.

77. Lee L.G., Connell C.R., Bloch W. Allelic discrimination by nick-translation PCR with fluorogenic probes // Nucl. Acids Res. 1993. - V. 21. - P. 3761-3766.

78. Lee M.A., Siddle A.L., Page R.H. ResonSense®: simple linear fluorescent probes for quantitative homogenous rapid polymerase chain reaction // Anal. Chim. Acta. 2002. V.457. P.61-70.

79. Li J., Chu X,. Liu Y. et al. A colorimetric method for point mutation detection using high-fidelity DNA ligase // Nucleic Acids Res. 2005. - V. 33. - el68.

80. Liew M., Pryor R., Palais R. et al. Genotyping of single-nucleotide polymorphisms by high-resolution melting of small amplicons // Clin. Chem. 2004.-V.50.-P.1156-1164.

81. Little M.C., Andrews J., Moore R. et al. Strand displacement amplification and homogeneous real-time detection incorporated in a second-generation DNA probe system, BDProbeTecET // Clin. Chem. 1999. - V. 45. - P. 777-784.

82. Livak K.J., Flood S.J., Marmaro J. et al. Oligonucleotides with fluorescent dyes at opposite ends provide a quenched probe system useful for detecting PCR product and nucleic acid hybridization // PCR Methods Appl. 1995. - V.4. - P.357-362.

83. Lizardi P.M., Huang X., Zhu Z. et al. Mutation detection and single-molecule counting using isothermal rolling-circle amplification // Nat. Genet. 1998. -V.19.-P. 225-232.

84. Lomeli H., Tyagi S., Pritchard C.G. et al. Quantitative assays based on the use of replicatable hybridization probes // Clin. Chem. 1989. - V. 35. - P. 1826-1831.

85. Luo J., Bergstrom D.E., Barany F. Improving the fidelity of Thermus thermophilus DNA ligase //Nucleic Acids Res. 1996. - V. 24. - P. 3071-3078.

86. Lyamichev V.I., Kaiser M.W., Lyamicheva N.E. et al. Experimental and theoretical analysis of the invasive signal amplification reaction // Biochemistry. -2000.-V. 39.-P. 9523-9532.

87. Marras S.A., Kramer F.R., Tyagi S. Efficiencies of fluorescence resonance energy transfer and contact-mediated quenching in oligonucleotide probes // Nucl. Acids Res. 2002. - V.30. - el22.

88. Marshall R.L., Laffler T.G., Cerney M.B. et al. Detection of HCV RNA by the asymmetric gap ligase chain reaction // PCR Methods Appl. 1994. - V.4. -P.80-84.

89. Mori N., Motegi Y., Shimamura Y. et al. Development of a new method for diagnosis of rubella vims infection by reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification // J. Clin. Microbiol. 2006a. - V. 44. - P. 3268-3273.

90. Mori Y., Nagamine K., Tomita N. et al. Detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by turbidity derived from magnesium pyrophosphate formation // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001. - V. 289. - P. 150-154.

91. Mori Y., Kitao M., Tomita N. et al. Real-time turbidimetry of LAMP reaction for quantifying template DNA // J. Bioch. Bioph. Meth. 2004. - V.59. - P. 145-157.

92. Mori Y., Hirano T., Notomi T. Sequence specific visual detection of LAMP reactions by addition of cationic polymers // BMC Biotechnol. 2006. - V.6. - P.3.

93. Moser M.J., Marshall DJ., Grenier J.K. et al. Exploiting the enzymatic recognition of an unnatural base pair to develop a universal genetic analysis system // Clin. Chem. 2003. - V.49. - P.407-414.

94. Nadeau J.G., Pitner J.B., Linn C.P. et al., Real-time, sequence-specific detection of nucleic acids during strand displacement amplification // Anal. Biochem. 1999. - V. 276. - P. 177-187.

95. Nagamine K., Hase T., Notomi T. Accelerated reaction by loop-mediated isothermal amplification using loop primers // Mol. Cell Probes. 2002. - V.16. -P. 223-229.

96. Nazarenko I.A., Bhatnagar S.K., Hohman R.J. A closed tube format for amplification and detection of DNA based on energy transfer // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. - P. 2516-2521.

97. Nazarenko I., Lowe B., Darfler M. et al. Multiplex quantitative PCR using self-quenched primers labeled with a single fluorophore // Nucleic Acids Res. -2002.-V. 30. e37.

98. Nelson N.C., Kacian D.L. Chemiluminescent DNA probes: a comparison of the acridinium ester and dioxetane detection systems and their use in clinical diagnostic assays // Clin. Chim. Acta. 1990. - V. 194. - P. 73-90.

99. Nickerson D.A., Kaiser R., Lappin S. et al. Automated DNA diagnostics using an ELISA-based oligonucleotide ligation assay // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1990.-V. 87.-P. 8923-8927.

100. Niemeyer C.M., Adler M., Wacker R. Immuno-PCR: high sensitivity detection of proteins by nucleic acid amplification // Trends Biotechnol. 2005. - V.23. -P.208-216.

101. Nilsson M., Malmgren H., Samiotaki M. et al. Padlock probes: circularizing oligonucleotides for localized DNA detection // Science. 1994. - V. 265. - P. 2085-2088.

102. Nilsson M., Barbany G., Antson D.O. et al. Enhanced detection and distinction of RNA by enzymatic probe ligation //Nat. Biotechnol. 2000. - V. 18. -P.791-793.

103. Nilsson M., Antson D.O., Barbany G., Landegren U. RNA-templated DNA ligation for transcript analysis // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29. - P. 578-581.152

104. Nilsson M., Dahl F., Larsson C. et al. Analyzing genes using closing and replicating circles // Trends Biotechnol. 2006. - V. 24. - P. 83-88.

105. Notomi T., Okayama H., Masubuchi H. et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA // Nucleic Acids Res. 2000. - V. 28. - E63.

106. Nuovo G.J., Hohman R.J., Nardone G.A. et al. In situ amplification using universal energy transfer-labeled primers // J. Histochem. Cytochem. 1999. V.47. P.273-279.

107. Nurmi J., Ylikoski A., Soukka T. et al. A new label technology for the detection of specific polymerase chain reaction products in a closed tube // Nucleic Acids Res. 2000. - V. 28. - e28.

108. Pham H.M., Nakajima C., Ohashi K. et al. Loop-mediated isothermal amplification for rapid detection of Newcastle disease virus // J. Clin. Microbiol. -2005. -V. 43.-P. 1646-1650.

109. Pickering J., Bamford A., Godbole V. et al. Integration of DNA ligation and rolling circle amplification for the homogeneous, end-point detection of single nucleotide polymorphisms // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30. - e60.

110. Prensky W., Steffensen D.M., Hughes W.L. The use of iodinated RNA for gene localization//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1973. -V. 70. - P. 1860-1864.

111. Pritchard C.E., Southern E.M., Effects of base mismatches on joining of short oligodeoxynucleotides by DNA ligases // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. -P. 3403-3407.

112. Rasmussen T.B., Uttenthal A., de Strieker K. et al. Development of a novel quantitative real-time RT-PCR assay for the simultaneous detection of all serotypes of foot-and-mouth disease virus // Arch. Virol. 2003. - V. 148. - P. 2005-2021.

113. Renz M., Kurz C. A colorimetric method for DNA hybridization // Nucleic Acids Res. 1984. - V. 12. - P. 3435-3444.153

114. Rizzo J., Gifford L.K., Zhang X. et al. Chimeric RNA-DNA molecular beacon assay for ribonuclease H activity // Mol.&Cell. Probes. 2002. - V. 16. - P. 277-283.

115. Rosler A., Bailey L., Jones S. et al. Rolling circle amplification for scoring single nucleotide polymorphisms // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. -2001.-V. 20.-P. 893-894.

116. Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1997. - V. 94. - P. 4262-4266. 128.Schachter J. DFA, EIA, PCR, LCR and other technologies: what tests should be used for diagnosis of chlamydia infections? // Immunol Invest. - 1997. - V. 26. - P. 157-161.

117. Seeman N.C. DNA engineering and its application to nanotechnology // Trend.

118. Biotechnol. 1999. - V. 17. - P. 437-443. 132.Seeman N.C. From genes to machines: DNA nanomechanical devices //

119. Trends Biochem. Sei. 2005. - V. 30. - P. 119-25. 133.Shchepinov M.S., Udalova I.A., Bridgman A.J. et al. Oligonucleotide dendrimers: synthesis and use as polylabelled DNA probes // Nucleic Acids Res. - 1997. - V. 25. - P. 4447-4454.

120. Shengqi W., Xiaohong W., Suhong C. et al. A new fluorescent quantitative polymerase chain reaction technique // Anal. Biochem. 2002. - V.309. - P. 206-211.

121. Sherril C.B., Marshall D.J., Moser M.J. et al. Nucleic acid analysis using an expanded genetic alphabet to quench fluorescence // J. Am. Chem. Soc. 2004. V.126. P.4550-4556.

122. Sismour A.M., Benner S.A. The use of thymidine analogs to improve the replication of an extra DNA base pair: a synthetic biological system // Nucl. Acids Res. 2005. V.33. P.5640-5646.

123. Smolina I.V., Demidov V.V., Cantor C.R. et al. Real-time monitoring of branched rolling-circle DNA amplification with peptide nucleic acid beacon // Anal. Biochem. 2004. - V. 335. - P. 326-329.

124. Solinas A., Brown L.J., McKeen C. et al. Duplex Scorpion primers in SNP analysis and FRET applications // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29. - E96.

125. Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis // J. Mol. Biol. 1975. - V. 98. - P. 503-517.

126. Southern E.M., Maskos U., Elder J.K. Analyzing and comparing nucleic acid sequences by hybridization to arrays of oligonucleotides: evaluation using experimental models // Genomics. 1992. - V. 13. - P. 1008-1017.

127. Spargo C.A., Fraiser M.S., Van Cleve M. et al. Detection of M. tuberculosis DNA using thermophilic strand displacement amplification // Mol. Cell Probes. 1996.-V. 10.-P. 247-256.

128. Stryer L., Haugland R.P. Energy transfer: a spectroscopic rule // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1967. -V. 58.-P. 719-726.

129. Svanvik N., Stahlberg A., Sehlstedt U. et al. Detection of PCR products in real time using light-up probes // Anal. Biochem. 2000. - V. 287. - P. - 179-182.

130. Thomas D.C., Nardone G.A., Randall S.K., Amplification of padlock probes for DNA diagnostics by cascade rolling circle amplification or the polymerase chain reaction // Arch. Pathol. Lab. Med. 1999. - V. 123. - P. 1170-1176.

131. Tian P., Mandrell R. Detection of norovirus capsid proteins in faecal and food samples by a real time immuno-PCR method // J. Appl. Microbiol. 2006. - V. 100.-P. 564-574.

132. Todd A.V., Fuery C.J., Impey H.L. et al DzyNA-PCR: use of DNAzymes to detect and quantify nucleic acid sequences in a real-time fluorescent format // Clin. Chem. 2000. - V. 46. - P. 625-630.

133. Tong J., Cao W., Barany F. Biochemical properties of a high fidelity DNA ligase from Thermus species AK16D // Nucleic Acids Res. 1999. - V. 27. - P. 788-794.

134. Tong J., Barany F., Cao W. Ligation reaction specificities of an NAD(+)-dependent DNA ligase from the hyperthermophile Aquifex aeolicus // Nucleic Acids Res. 2000. - V. 28. - P. 1447-1454.

135. Tyagi S., Kramer F.R. Molecular beacons: probes that fluoresce upon hybridization//Nat. Biotechnol. 1996. -V. 14. - P. 303-308.

136. Tyagi S., Marras S.A., Kramer F.R. Wavelength-shifting molecular beacons // Nat. Biotechnol.-2000. V. 18.-P. 1191-1196.

137. Van Ness J., Van Ness L.K., Galas D.J. Isothermal reactions for the amplifica-tion of oligonucleotides //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2003. V. 100. -P.4504-4509.

138. Vaughn C.P., Elenitoba-Johnson K.S. Hybridization-induced dequenching of fluorescein-labeled oligonucleotides: a novel strategy for PCR detection and genotyping // Am. J. Pathol. 2003. - V. 163. - P. 29-35.

139. Vincent M., Xu Y., Kong H. Helicase-dependent isothermal DNA amplification // EMBO Reports. 2004. - V.5. - P. 795-800.

140. Walker G.T, Fraiser M.S, Schräm J.L. et al. Strand displacement amplification~an isothermal, in vitro DNA amplification technique // Nucleic Acids Res. 1992. - V. 20. -1691-1696.

141. Walker G.T, Little M.C, Nadeau J.G. et al. Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1992. - V. 89. - P. 392-396.

142. Warmaar S.O., Cohen J A. A quantitative assay for DNA-DNA hybrids using membrane filters // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1966. - Y.24. - P.554-558.

143. Watson E.J, Templeton A, Russell I. et al. The accuracy and efficacy of screening tests for Chlamydia trachomatis: a systematic review // J. Med. Microbiol. 2002. - V. 51. - P. 1021 -1031.

144. Whitcombe D, Brownie J, Gillard H.L. et al. A homogenous fluorescence assaya for PCR amplicons: its application to real-time, single-tube genotyping // Clin. Chem. 1998. V.44,P.918-923.

145. Wiedmann M, Wilson W.J, Czajka J. et al. Ligase chain reaction (LCR) -overview and applications // PCR Methods Applic. 1994. - V. 3. - P. S51-S64.

146. Winn-Deen E.S. Multi-mutation screening using PCR and ligation principles and applications // Trends Biotechnol. - 1996. - V. 14. - P. 112-114.

147. Wittwer C.T, Herrmann M.G, Moss A.A., Rasmussen R.P. Continuous fluorescence monitoring of rapid cycle DNA amplification // Biotechniques. -1997.-V. 22.-P. 130-131, 134-138.

148. Wittwer C.T, Ririe K.M., Andrew R.Y. et al. The LightCycler: a microvolume multisample fluorimeter with rapid temperature control // Biotechniques. -1997a.-V. 22.-P. 176-181.

149. Wittwer C, Reed G, Gundry C.N. et al. High-resolution genotyping by amplicon melting analysis using LCGreen // Clin. Chem. 2003. - V.49. - P.853-860.

150. Wu D.Y, Wallace R.B. The ligation amplification reaction (LAR)~ amplification of specific DNA sequences using sequential rounds of template-dependent ligation // Genomics. 1989. - V. 4. - P. 560-569.157

151. Wu D.Y., Wallace R.B. Specificity of the nick-closing activity of bacteriophage T4 DNA ligase // Gene. 1989a. V.76. - P.245-254.

152. Yamane A. MagiProbe: a novel fluorescence quenching-based oligonucleotide probe carrying a fluorophore and an intercalator // Nucl. Acids Res. 2002. -V.30. - e97.

153. Yang J.Q., Tata P.V., Park-Turkel H.S., Waksal H.W. The application of AmpliProbe in diagnostics // Biotechniques. 1991. - V. 11. - P. 392-397.

154. Zhang D.Y., Zhang W., Li X., Konomi Y. Detection of rare DNA targets by isothermal ramification amplification // Gene. 2001. - V.274. P.209-216.

155. Zhang Y., Zhang D., Li W. et al. A novel real-time quantitative PCR method using attached universal template probe // Nucleic Acids Res. 2003. - V. 31. - el23.

156. Zhou L., Myers A.N., Vandersteen J.G. et al. Closed-tube genotyping with unlabeled oligonucleotide probes and a saturating DNA dye // Clin. Chem. -2004.-V. 50.-P. 1328-1335.