Новые методы детекции однонуклеотидных замен и общие принципы ДНК-идентификации личности на основе генетического штрих-кодирования тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Гарафутдинов, Равиль Ринатович

• Гарафутдинов, Равиль Ринатович
• кандидат биологических наук
• 0

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Гарафутдинов, Равиль Ринатович

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

• ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. ДНК-идентификация личности

1.1.1. Идентификация личности.

1.1.2. ДНК-идентификация личности на основе вариабельного числа тандемных повторов VNTR-локусов.

1.1.3. ДНК-идентификация личности на основе коротких тандемных повторов STR-локусов.

1.1.4. ДНК-идентификация личности на основе однонуклеотидного полиморфизма ДНК.

1.2. Методы обнаружения однонуклеотидных замен.

1.2.1. Однонуклеотидное удлинение праймера.

1.2.2. Аллель-специфичная ПЦР.

1.2.3. Анализ снипов путем определения температур плавления дуплексов.

1.2.4. Инвазивное расщепление.

1.2.5. Методы анализа снипов, основанные на лигировании.

1.2.6. Аллель-специфичная гибридизация. 1.2.7. Анализ однонуклеотидных замен с помощью ДНК-чипов. 1.2.8. Изготовление ДНК-чипов.

ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.1. Краткая характеристика объектов исследований.

2.2. Выделение геномной ДНК человека.

2.3. Синтез и очистка олигодезоксирибонуклеотидов.

2.4. Фосфорилирование олигонуклеотидов.

4 2.5. Полимеразная цепная реакция - ПЦР. ш 2.6. Полимеразная цепная реакция в реальном времени - ПЦР

2.7. Лигазная цепная реакция в реальном времени - ЛЦР-РВ.

2.8. Аналитический гель-электрофорез ДНК.

2.9. Технология циклирующей пробы - ТЦП.

2.10. Иммобилизация олигонуклеотидов на стекло.

2.11. Объединение циклической амплификации по типу катящегося кольца и технологии циклирующей пробы.

2.12. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей

2.13. Реактивы и материалы.

2.14. Составы использованных стандартных растворов.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Принципы генетического штрих-кодирования.

3.2. Методы детекции однонуклеотидных замен

3.2.1. Лигазная цепная реакция в режиме реального времени.

3.2.2. Технология циклирующей пробы.

3.2.3. ТЦП в чиповом варианте.

3.2.4. Объединение циклической амплификации по типу катящегося кольца и технологии циклирующей пробы с рибобиконом.

3.3. Базы данных по генетическим штрих-кодам населения и их программное сопровождение.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Новые методы детекции однонуклеотидных замен и общие принципы ДНК-идентификации личности на основе генетического штрих-кодирования»

Актуальность темы. В настоящее время человечество стоит перед необходимостью однозначно идентифицировать любого человека по только ему свойственным биологическим признакам вследствие высокого уровня криминалитета, терроризма, происходящих природных и техногенных катастроф, приводящих зачастую к многочисленным, иногда неподдающимся опознанию жертвам. Начало ДНК-идентификации личности, которая насчитывает уже более двух десятилетий, было положено работами

А. Джеффриса, впервые предложившего использовать высокополиморфные локусы для генетической паспортизации человека [Jeffreys et al., 1985; Gill et al., 1985]. На основе минисателлитного участка, присутствующего в первом интроне миоглобинового гена, ими были созданы гибридизационные пробы

33.15 и 33.6, получившие впоследствии название «пробы Джеффриса».

Помимо них для ДНК-идентификации личности применялись и другие гипервариабельные гибридизационные пробы, в том числе основанные на тандемных повторах, локализованных в гене белка 3 фага М13 [Рысков и др.,

1988; Иванов и др., 1989]. Однако сопоставление электрофоретических картин полиморфизма ДНК разных людей велось практически по принципу похоже - не похоже», что сильно затрудняло их сравнение. Несмотря на определенные трудности в использовании проб, относящихся к VNTR-( локусам (Variable Number of Tandem Repeats), они широко использовались в криминалистике на протяжении целого десятилетия и при этом сыграли значительную роль в установлении виновности подозреваемых.

В начале 90-х гг. прошлого столетия на смену проб к VNTR-локусам пришел анализ STR-локусов (Short Tandem Repeats), отличающихся от первых более короткими, как правило, 2-5 нуклеотидными повторяющимися мотивами [Edwards et al., 1991]. Поскольку нередки случаи обнаружения на месте преступления биологических следов в крайне малых количествах и подчас содержащих ДНК в деградированном состоянии, не позволяющем провести анализ VNTR-полиморфизма, то одним из главных преимуществ использования STR-локусов стало то, что для их анализа требовалось значительно меньшее количество ДНК. В последние годы наблюдается тенденция использования в ДНК-идентификации личности так называемых miniSTR-локусов, характеризующихся сближенным расположением праймеров к непосредственно микросателлитным повторам, что способствует повышению точности анализов при работе с сильно фрагментированной ДНК [Butler et al., 2003; Coble, Butler, 2005].

Серьезным недостатком использования для ДНК-идентификации STR-локусов была и остается их сильная зависимость от расовых и национальных особенностей, из-за которой в одной только Великобритании существует 3 разных базы данных, где сведения о людях хранятся сообразно их расовым признакам. В одной из них содержатся сведения о европейцах, в другой - об азиатах, включая индусов, в третьей собраны данные о выходцах из стран Африки и Карибского бассейна. При этом базы данных не могут быть сравнены между собой. Следовательно, для определения принадлежности неизвестных ДНК-следов, оставленных на месте преступления, экспертам необходимо проводить несколько анализов, используя разные коммерческие наборы с соответствующими STR-локусами. Это свидетельствует в пользу необходимости замены используемых маркерных признаков на основе STR-локусов другими, в гораздо меньшей степени зависимыми от расовой и национальной принадлежности носителей ДНК.

В настоящее время на роль новых маркеров - маркеров третьего поколения, претендуют однонуклеотидные замены [Budowle et al., 2005; Divne, Allen, 2005; Dixon et al., 2005; Vallone et al., 2005]. Они теоретически могут обеспечить уникальность каждого индивидуума при ДНК-идентификации [Gill, 2001] и пригодны для создания на их основе истинно цифровых баз данных с возможностью поиска и сравнения по ним.

В сегодняшний день анализ снипов ведется разными методами, однако разработка новых более производительных методов продолжается. Серьезное внимание уделяется подходам, которые потенциально могут быть переведены в более производительный и дешевый биочиповый формат. Обилие методов анализа снипов свидетельствует о том, что не предложен метод, удовлетворяющий всем требованиям.

Цель и задачи исследования. Целью исследования явилась разработка принципов однозначной ДНК-идентификации личности и новых методов обнаружения однонуклеотидного полиморфизма в режиме реального времени.

В задачи исследования входило:

1) сформулировать принципы выбора генетических маркеров, способных обеспечить индивидуальность каждого члена общества;

2) разработать принципы генетического штрих-кодирования на основе индивидуального полиморфизма ДНК человека;

3) создать прообраз банка данных по генетическим штрих-кодам людей и его программное сопровождение;

4) разработать новые методы обнаружения однонуклеотидных замен в режиме реального времени с возможностью их перевода в ДНК-чиповый формат.

Научная новизна и практическая ценность. Впервые предложен способ генетического штрих-кодирования человека, основанный на индивидуальном полиморфизме однонуклеотидных замен, теоретически обеспечивающий однозначную ДНК-идентификацию личности. Впервые созданы прообразы банка данных по генетическим штрих-кодам людей, написаны компьютерные программы для ввода данных, их поиска и сравнительного анализа. Лигазная цепная реакция (ЛЦР) амплификации фрагментов ДНК преобразована для ее проведения в режиме реального времени. Предложены новые методы детекции однонуклеотидных замен, основанные на лигазной цепной реакции, на объединении технологии циклирующей пробы с молекулярным рибонуклеотидным сигнальным огнем (рибобиконом), а также на объединении двух последних с изотермической амплификацией по типу «катящегося кольца». Для последнего подхода предложен более экономичный вариант за счет применения на стадии лигирования дополнительного короткого олигонуклеотида с дискриминирующими нуклеотидами на З'-конце, что позволяет более длинный олигонуклеотид сделать общим для детекции всех вариантов нуклеотидов в конкретном снипе. Показана принципиальная возможность перевода объединенной технологии поиска однонуклеотидных замен с помощью циклирующей пробы и рибобикона в более удобный для массовых анализов ДНК-чиповый формат.

Практическая значимость работы заключается в разработке генетического штрих-кода человека, который может стать дополнительной характеристикой каждого индивидуума, упорядочить учет граждан, помочь правоохранительным органам в борьбе с преступностью. Социальная значимость генетических штрих-кодов и баз данных по ним заключается в однозначной идентификации тел погибших без привлечения для анализа ДНК родственников. Предложенные варианты лигазной цепной реакции в реальном времени применимы также для целей общей высокочувствительной и специфичной ДНК-диагностики.

Апробация работы♦ Материалы диссертации были представлены на III съезде ВОГиС "Генетика в XXI веке" (Москва, 2004), на II и III съездах Общества биотехнологов России (Москва, 2004, 2005), на международном симпозиуме "Трансгенные растения и проблемы биобезопасности" (Москва, 2004), на VI Международном форуме "Высокие технологии XXI века" (Москва, 2005), на 2-ой международной конференции "Биотехнология-Биомедицина-Окружающая среда" (Пущино, 2005), на республиканской научно-практической конференции «Успехи интеграции академической и вузовской науки по химическим специальностям» (Уфа, 2006). Конкурсная поддержка работы. Исследования были выполнены в соответствии с Федеральной целевой программой «Интеграция науки и высшего образования России на 2002-2006 гг.», с Научной программой Министерства науки и высшего образования РФ «Развитие научного потенциала высшей школы», в рамках Программы государственной поддержки ведущих научных школ РФ-НШ-2217.2003.4 и НШ-1003.2006.4 и Государственных контрактов ФЦНТП №№ 02.438.11.7003 и 02.445.11.7018. Публикации. По теме диссертации опубликовано 11 печатных работ. Структура и объем работы. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и их обсуждения, заключения, выводов и списка цитированной литературы, включающего 234 работы отечественных и зарубежных авторов. Работа изложена на 144 страницах, содержит 29 рисунков и 4 таблицы.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Гарафутдинов, Равиль Ринатович

ВЫВОДЫ:

1. Предложен новый способ ДНК-идентификации личности, основанный на разработанном нами принципе генетического штрих-кодирования. В основу универсального генетического штрих-кода человека положены четырехаллельные снипы, локализованные в высокополиморфных аутосомных локусах.

2. Для четырехаллельных снипов предложен оригинальный способ оцифровки четверки нуклеотидов ACGT, где в бинарном формате наличие нуклеотидов обозначено «1», отсутствие - «О»; 10 возможных комбинаций гомозиготных и гетерозиготных состояний нуклеотидов в снипах обозначены следующим образом: А и А - 1000, С и С - 0100, G и G - 0010, Т и Т - 0001, А и С - 1100, А и G - 1010, А и Т - 1001, С и G -0110, С и Т-0101, G и Т-0011.

3. Разработанный генетический штрих-код условного человека, несущего в 24 снипах набор нуклеотидов СС AC GT СС СС GG ТТ GG СС АА CG GG СС AC GT СТ АС ТТ АА GG ТТ AT AC AT, в бинарном формате имеет вид: 0100110000110100010000100001001001001000011000100 10011000011010111000001100000100001100111001001, в гексадеци-мальном формате - 4С34421248624С35С18119С9, в графическом формате-II III lllllilll III I lllll.

4. Создан прообраз банка данных по генетическим штрих-кодам, для которого написаны: а) компьютерная программа по переводу результатов выявления нуклеотидов в снипах в бинарный, гексадецимальный и графический форматы; б) компьютерная программа сравнительного анализа вновь полученных генетических штрих-кодов с уже имеющимися в банке данных.

5. Разработан новый метод анализа однонуклеотидных замен с помощью лигазной цепной реакции, преобразованной нами в режим реального времени. Показана возможность применения лигазной цепной реакции в реальном времени для целей общей высокочувствительной и специфичной ДНК-диагностики.

6. Разработан новый метод анализа однонуклеотидных замен с помощью объединения технологий циклирующей пробы и молекулярного рибонуклеотидного сигнального огня (рибобикона) и показана принципиальная возможность перевода его в более производительный ДНК-чиповый формат.

7. Разработан новый более экономичный метод анализа однонуклеотидных замен с помощью объединения технологий циклирующей пробы, рибобикона и изотермической амплификации по типу катящегося кольца с применением на стадии лигирования дополнительного короткого олигонуклеотида с дискриминирующим нуклеотидом на 3-конце.

121

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Насчитывающая уже более 20 лет ДНК-идентификация личности прочно вошла в нашу жизнь, что вполне закономерно и объяснимо. Человечество не становится добропорядочнее, законопослушнее, миролюбивее: случаются военные конфликты, возрастает уровень терроризма и преступности. Происходят пожары, техногенные катастрофы, сопровождаемые людскими жертвами, Планета преподносит сюрпризы в виде стихийных бедствий и катастроф. В связи с этим часто возникают случаи, требующие опознания погибших не визуально, а с помощью сохраняющихся идентификаторов, которыми могут служить молекулы ДНК.

Можно неутешительно прогнозировать, что количество ДНК-анализов в будущем будет расти. Прошедшие два десятилетия ДНК-идентификации уже убедительно доказали уникальность и пригодность молекулы ДНК для решения подобных задач. Однако в настоящее время необходимо разработать подходы, позволяющие приступить к созданию истинно цифровых баз данных по полиморфизму ДНК с возможностью поиска по ним, поскольку существующие довольно ущербны и не соответствуют времени.

Нами предложен подход к ДНК-идентификации личности, основанный на принципе генетического штрих-кодирования. Можно с уверенностью утверждать, что альтернативы генетическим штрих-кодам не существует. После практически полного завершения секвенирования генома человека и продолжающегося исследования полиморфизма ДНК отдельных особей появились способствующие тому обстоятельства. Так, наибольшие отличия геномов разных людей заключаются в однонуклеотидных заменах, встречающихся в среднем через каждые 200-500 пн, составляющих до 85% всего полиморфизма ДНК и насчитывающих уже более 10 миллионов. Ввиду более надежного наследования в ряду поколений однонуклеотидные замены имеют преимущество перед повторяющимися элементами генома, таким как VNTR и STR, поскольку скорость мутаций для них составляет порядка 10-2-10"3 против 10'8 для снипов. При анализе снипов очень легко создать двухуровневую матрицу, данные которой будут цифровыми, поскольку представляют линейную запись чередующихся нулей и единиц, что является бинарным компьютерным форматом записи данных.

Подавляющее число снипов биаллельны, однако имеются триаллельные и четырехаллельные снипы. Последних на 12.04.2006 известно 2209, что вполне достаточно для выбора нескольких десятков наиболее подходящих. Существует несколько причин для рассмотрения именно четырехаллельных однонуклеотидных замены. Во-первых, они обеспечивают заметно большее число возможных комбинаций, чем биаллельные. Во-вторых, оцифровываются более подходящим образом, обеспечивая формирование компактного гексадецимального формата записи, который кратен четырем знакам бинарного кода. В-третьих, даже при анализе биаллельных или триаллельных снипов нужно иметь в виду их потенциальную четырехаллельность. Следовательно, надо сразу брать в анализ четырехаллельные высокополиморфные снипы.

Нам представляется, что генетический штрих-код человека должен заключаться в наборе последовательно расположенных 24-х ячеек однонуклеотидных замен, каждая из которых несет цифровую информацию в бинарном виде об обнаруживаемых в них нуклеотидах. С учетом возможной гетерозиготности локусов, разных типов ячеек может быть 10, что соответствует всем вариантам встречаемости двух нуклеотидов. Шесть из них (А и С), (А и G), (А и Т), (С и G), (С и Т), (G и Т) гетерозиготны, остальные четыре (А и А), (С и С), (G и G), (Т и Т) гомозиготны. Количество возможных комбинаций для 24 снипов составит гептиллион (Ю24).

В настоящее время анализ снипов успешно ведется разными методами, однако продолжается разработка новых более производительных методов. Причина этого проста: со снипами связывают персональную медицину будущего, и фармацевтические компании вкладывают огромные деньги как в разработку новых методов, так и в обнаружение новых снипов и выявление связи последних со здоровьем человека. При этом серьезное внимание уделяется подходам, которые потенциально могут быть переведены в более производительный и дешевый биочиповый формат.

Обилие методов анализа снипов свидетельствует о том, что не предложен метод, удовлетворяющий всем требованиям. Нами было уделено внимание этому вопросу и разработаны новые методы детекции снипов в передовом варианте в виде режима реального времени. Учитывая, что ДНК лигаза более требовательна к спариванию нуклеотидов в местах лигирования, чем ДНК полимераза к их комплементарности в месте удлинения праймера, ЛЦР-РВ может стать хорошей альтернативой аллель-специфичной ПЦР. Нами показано, что ЛЦР-РВ может с успехом использоваться в ДНК-диагностике при обнаружении различных инфекций, не уступая по чувствительности ПЦР. Технология циклирующей пробы после ее объединения нами с технологией молекулярного сигнального огня оказалась пригодной для анализа снипов, причем не только в режиме реального времени, но и в чиповом формате. Амплификация ДНК по типу катящегося кольца уже используется для детекции снипов, однако нами проведено удешевление данного подхода путем применения на стадии лигирования кольца дополнительного короткого олигонуклеотида с дискриминирующими нуклеотидами на 3'-конце. Это позволило сделать длинный олигонуклеотид общим для детекции всех вариантов нуклеотидов в конкретном снипе. Детекция наработки целевых продуктов в ходе изотермической амплификации велась нами в реальном времени с помощью рибобикона и технологии циклирующей пробы.

Созданный нами прообраз базы данных по генетическим штрих-кодам, основанным на полиморфизме однонуклеотидных замен, сопряжен со специально написанной компьютерной программой для занесения информации по снипам в базу данных и поиску одинаковых генетических штрих-кодов по ней. Часть этой базы данных выделена под хранение информации по снипам из ДНК-следов, найденных на месте преступления, выявляемых в рамках ведения уголовных дел.

Принятие Госдумой в первом чтении Федерального закона «О персональных данных» свидетельствует о решимости государства провести ДНК-паспортизацию населения. Вероятно, в новых паспортах строка личного кода будет заполненной. В первую очередь базы данных должны пополняться генетическими штрих-кодами лиц, чья деятельность связана с повышенным риском. Каждая страна должна иметь свою базу данных, которая будет частью мировой. Набор снипов для генетического штрих-кодирования населения планеты должен быть тщательно подобран и принят ведущими мировыми державами. Нам представляется, что банки данных по генетическим штрих-кодам должны быть доступны только соответствующим органам в своих странах.

Генетическое штрих-кодирование всего народонаселения с одной стороны потребует значительных средств, а с другой будет представлять многомиллиардный бизнес. Можно прогнозировать, что в обозримом будущем потребуется проведение около 10 миллиардов анализов SNP-полиморфизма, а с учетом того, что всем новорожденным впредь будут присваиваться генетические штрих-коды, анализ однонуклеотидного полиморфизма ДНК останется востребован до тех пор, пока существует человечество. Стоимость одного анализа в настоящее время составит от 10 до 15 долларов для западных стран и 5-7 долларов для России. Средняя себестоимость будет составлять от 2 до 10 долларов США в зависимости от места изготовления соответствующего набора и метода анализа, на который он будет рассчитан. Нынешний анализ STR-полиморфизма для ДНК-идентификации личности одного индивида обходится в 30-50 долларов без учета амортизации и оплаты труда работающих. По оценкам специалистов каждый доллар, инвестированный в ДНК-криминалистику, сохраняет 35 долларов, которые были бы потрачены на социальные мероприятия, связанные с преступлением, без учета средств на само расследование.

119

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Гарафутдинов, Равиль Ринатович, 0 год

1. Ефремов И.А., Чистяков Д.А., Носиков В.В. Анализ полиморфизма двух гипервариабельных районов генома человека в русской популяции Москвы с помощью полимеразной цепной реакции // Мол. Биол. 1996. - Т. 30, №2.-С. 307-318.

2. Перепечина И.О. Исследование ДНК в судебно-медицинской экспертизе вещественных доказательств: проблема индивидуализации // Судебн. Мед. Экспертиза. 2002. - № 4. - С.29-35.

3. Рысков А.П., Джинчаридзе А.Г., Просняк М.Н. Геномная «дактилоскопия» организмов различных таксономических групп: использование в качестве гибридизационной пробы ДНК фага М13 // Генетика. 1988. - Т. 24, № 2. - С. 227-239.

4. Рысков А.П., Токарская О.Н., Вербовая Л.В. Геномная "дактилоскопия" микроорганизмов: использование в качестве гибридизационного зонда ДНК фага М13 // Генетика. 1988. - Т. 24, №7. -С. 1310-1314.

5. Abravaya К., Carrino J.J., Muldoon S., Lee H.H. Detection of point mutations with a modified ligase chain reaction (Gap-LCR) // Nucleic Acids Res. 1995. - V. 23.-P. 675-682.

6. Alderborn A., Kristofferson A., Hammerling U. Determination of single-nucleotide polymorphisms by real-time pyrophosphate DNA sequencing //

7. Genome Res.-2000.-V. 10.-P. 1249-1258.

8. Azoury M., Zamir A., Oz C., Wiesner S. The effect of 1,2-indanedione, a latent fingerprint reagent on subsequent DNA profiling // J. Forensic Sci. — 2002. -V. 47, №3.-P. 586-588.

9. Babon J.J., McKenzie M., Cotton R.G. The use of resolvases T4 endonuclease VII and T7 endonuclease I in mutation detection // Mol. Biotechnol. -2003. -V. 23.-P. 73-81.

10. Barany F. Genetic disease detection and DNA amplification using cloned thermostable ligase // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. - V. 88. - P. 189-193.

11. Barbaro A., Cormaci P., Teatino A., La Marca A., Barbaro A. Anonymous letters? DNA and fingerprints technologies combined to solve a case // Forensic Sci. Int. -2004.-V. 146. (Suppl.).-P. 133-134.

12. Beier M., Hoheisel J.D. Production by quantitative photolithographic synthesis of individually quality checked DNA microarrays // Nucleic Acids Res. -2000.- V. 28,№4. электроннаяпубликация., ell.

13. Bellas S., Soto J.L., Carracedo A., Rodriguez-Calvo M.S. Minisatellite variant repeat coding using a semiautomatic system // Biotechniques. 1997. - V. 23, № 1.-P. 44-46.

14. Belousov Y.S., Welch R.A., Sanders S. et al. Single nucleotide polymorphism genotyping by two colour melting curve analysis using the MGB Eclipse Probe System in challenging sequence environment // Hum. Genomics. -2004.-V. l.-P. 209-217.

15. Bender K., Farfan M.J., Schneider P.M. Preparation of degraded human DNA under controlled conditions // Forensic Sci. Int. 2004. - V. 139. - P. 135140.

16. Benters R., Niemeyer C.M., Drutschmann D. et al. DNA microarrays with РАМАМ dendritic linker systems // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30, № 2. электронная публикация. elO.

17. Biesecker L.G., Bailey-Wilson J.E., Ballantyne J. et al. DNA identifications after the 9/11 World Trade Center attack // Science. 2005. - V. 310. - P. 1122

18. Bonnet G., Tyagi S., Libchaber A., Kramer F.R. Thermodynamic basis of the enhanced specificity of structured DNA probes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. -V. 96. - P. 6171-6176.

19. Bourgeois S., Labuda D. Dynamic allele-specific oligonucleotide hybridization on solid support // Anal. Biochem. 2004. - V. 324. - P. 309-311.

20. Brazill S.A., Kuhr W.G. A single base extension technique for the analysis of known mutations utilizing capillary gel electrophoreisis with electrochemical detection // Anal. Chem. 2002. - V. 74, № 14. - P. 3421-3428.

21. Brettell T.A., Butler J.M., Saferstein R. Forensic science // Anal. Chem. -2005. V. 77, № 12. - P. 3839-3860.

22. Budowle B. SNP typing strategies // Forensic Sci. Int. 2004. - V. 146. (Suppl.).-P. 139-142.

23. Budowle В., Bieber F.R., Eisenberg A.J. Forensic aspects of mass disasters: strategic considerations for DNA-based human identification // Leg. Med. (Tokyo). 2005. - V. 7, № 4. - P. 230-243.

24. Budowle В., Chakraborty R., Giusti A.M., Eisenberg A.J., Allen R.C. Analysis of the VNTR locus D1S80 by the PCR followed by high-resolution PAGE // Am. J. Hum. Genet. 1991. - V. 48, №1. - P. 137-144.

25. Budowle В., Lindsey J.A., DeCou J.A. et al. Validation and population studies of the loci LDLR, GYPA, HBGG, D7S8, and Gc (PM loci), and HLA-DQ alpha using a multiplex amplification and typing procedure // J. Forensic Sci. -1995.-V. 40, № l.-P. 45-54.

26. Buel E., Schwartz M.B., La Fountain M.J. Capillary electrophoresis STR analysis: comparison to gel-based systems // J. Forensic Sci. 1998. - V. 43, № 1. -P. 164-170.

27. Bui C.T., Babon J.J., Lambrinakos A., Cotton R.G. Detection of mutations in DNA by solid-phase chemical cleavage method. A simplified assay // Methods Mol. Biol. 2003a. - V. 212. - P. 59-70.

28. Bui C.T., Lambrinakos A., Cotton R.G. Spectroscopic study ofpermanganate oxidation reactions of oligonucleotides containing single base mismatches // Biopolymers. 2003c. -V. 70, № 4. - P. 628-636.

29. Bui C.T., Rees K., Cotton R.G. Permanganate oxidation reactions of DNA: perspective in biological studies // Nucleosides Nucleotides Nucl. Acids. 2003d. -V. 22, №9.-P. 1835-1855.

30. Butler J.M., Buel E., Crivellente F., McCord B.R. Forensic DNA typing by capillary electrophoresis using the ABI Prism 310 and 3100 genetic analyzers for STR analysis // Electrophoresis. 2004. - V. 25, № 10-11. - P. 1397-1412.

31. Butler J.M., Li J., Shaler T.A., Monforte J.A., Becker C.H. Reliable genotyping of short tandem repeat loci without an allelic ladder using time-of-flight mass spectrometry // Int. J. Legal Med. 1999. - V. 112. - P. 45-49.

32. Butler J.M., Shen Y., McCord B.R. The development of reduced size STR amplicons as tools for analysis of degraded DNA // J. Forensic Sci. 2003. - V. 48, №5.-P. 1054-1064.

33. Cahill P., Bakis M., Smith D.R. Exo-proofreading, a versatile SNP scoring technology // Genome Res. 2003. - V. 13. - P. 925-931.

34. Case-Green S.C., Mir K.U., Pritchard C.E. et al. Analysing genetic information with DNA arrays // Cur. Opinion in Chem. Biol. 1998. - V. 2. - P. 404-410.

35. Chen J., Iannone M.A., Li M.S. et al. A microsphere-based assay for multiplexed single nucleotide polymorphism analysis using single base chain extension // Genome Res. 2000. - V. 10. - P. 549-557.

36. Chen X., Kwok P.Y. Template-directed dye-terminator incorporation (TDI) assay: a homogeneous DNA diagnostic method based on fluorescence resonance energy transfer // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. - P. 347-353.

37. Cheung V.G., Morley M., Aguilar F. et al. Making and reading microarrays //Nature Genetics. 1999. - V. 21. (Suppl.). - P. 15-19.

38. Chou L.S., Lyon E., Wittwer C.T. A comparison of high-resolution melting analysis with denaturing high-performance liquid chromatography for mutation scanning: cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene as a model //

39. Am. J. Clin. Pathol. 2005. - V. 124. - P. 330-338.

40. Coble M.D., Butler J.M. Characterization of new miniSTR loci to aid analysis of degraded DNA // J. Forensic Sci. 2005. - V. 50. - P. 43-53.

41. Coble M.D., Vallone P.M., Just R.S. et al. Effective strategies for forensic analysis in the mitochondrial DNA coding region // Int. J. Legal Med. 2006. -V. 120.-P. 27-32.

42. Decorte R., Cassiman J.J. Evaluation of the ALF DNA sequencer for highspeed sizing of short tandem repeat alleles // Electrophoresis. 1996. — V. 17, № 10.-P. 1542-1549.

43. Demchinskaya A.V., Shilov I.A., Karyagina A.S., Plobner L. A new approach for point mutation detection based on a ligase chain reaction // J. Biochem. Biophys. Methods. 2001. - V. 50, № 1. - P. 79-89.

44. Di Martino D., Giuffre G., Staiti N. et al. Single sperm cell isolation by laser microdissection // Forensic Sci. Int. -2004. V. 146 (Suppl.). - P. 151-153.

45. Divne A.M., Allen M. A DNA microarray system for forensic SNP analysis // Forensic Sci. Int. 2005. - V. 154, № 2-3. - P. 111-121.

46. Dixon L.A., Dobbins A.E., Pulker H.K. et al. Analysis of artificially degraded DNA using STRs and SNPs-results of a collaborative European

47. EDNAP) exercise // Forensic Sci. Int. 2006. Электронная публикация - 9 декабря 2005.

48. Dixon L.A., Murray C.M., Archer E.J. et al. Validation of a 21-locus autosomal SNP multiplex for forensic identification purposes // Forensic Sci. Int. -2005. V. 154.-P. 62-77.

49. DNA arrays: methods and protocols / Под ред. Rampal В. Jang. (Methods in molecular biology). Totowa: Humana Press. 2001. - V. 170. - P. 264.

50. Dubertret В., Calame M., Libchaber A.J. Single-mismatch detection using gold-quenched fluorescent oligonucleotides // Nat. Biotechnol. 2001. - V. 19. -P. 365-370.

51. Duck P., Alvarado-Urbina G., Burdick В., Collier B. Probe amplifier system based on chimeric cycling oligonucleotides // BioTechniques. 1990. — V. 9. -P. 142-148.

52. Duewer D.L., Currie L.A., Reeder D.J. et al. Interlaboratory comparison of autoradiographic DNA profiling measurements. 2. Measurement uncertainty and its propagation // Anal. Chem. 1995. - V. 67, № 7. - P. 1220-1231.

53. Duewer D.L., Lalonde S.A., Aubin R.A., Fourney R.M., Reeder D.J. Interlaboratory comparison of autoradiographic DNA profiling measurements: precision and concordance // J. Forensic Sci. 1998. - V. 43, № 3. - P. 465-471.

54. Edwards A., Civitello A., Hammond H.A., Caskey C.T. DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats // Am. J. Hum. Genet. 1991. - V. 49, № 4. - P. 746-756.

55. Edwards A., Hammond H.A., Jin L., Caskey C.T., Chakraborty R. Genetic variation at five trimeric and tetrameric tandem repeat loci in four human population groups // Genomics. 1992. -V. 12, № 2. - P. 241-253.

56. Elenitoba-Johnson K.S., Bohling S.D. Solution-based scanning for single-base alterations using a double-stranded DNA binding dye and fluorescence-melting profiles // Am. J. Pathol. 2001. - V. 159. - P. 845-853.

57. Ellis T.P., Humphrey K.E.) Smith M.J., Cotton R.G. Chemical cleavage of mismatch: a new look at an established method // Hum. Mutat. 1998. - V. 11, №5.-P. 345-353.

58. Fakhrai-Rad H., Pourmand N., Ronaghi M. Pyrosequencing: an accurate detection platform for single nucleotide polymorphisms // Hum. Mutat. 2002. -V. 19.-P. 479-485.

59. Faruqi A.F., Hosono S., Driscoll M.D. et al. High-throughput genotyping of single nucleotide polymorphisms with rolling circle amplification. BMC // Genomics. 2001. - V. 2. - P. 4.

60. Frazier R.R., Millican E.S., Watson S.K., Gill P.D. Validation of the Applied Biosystems Prism 377 automated sequencer for the forensic short tandem repeat analysis // Electrophoresis. 1996. - V. 17, № 10. - P. 1550-1552.

61. Fregeau C.J., Fourney R.M. DNA typing with fluorescently tagged short tandem repeats: a sensitive and accurate approach to human identification // Biotechniques. 1993. - V. 15, № 1.-P. 100-119.

62. Frutos A.G., Pal S., Quesada M., Lahiri J. Method for detection of single-base mismatches using bimolecular beacons // J. Am. Chem. Soc. 2002. - V. 124.-P. 2396-2397.

63. Fuhrmann M., Oertel W., Berthold P., Hegemann P. Removal of mismatched bases from synthetic genes by enzymatic mismatch cleavage // Nucleic Acids Res. 2005. - V. 33. электронная публикация. e58.

64. Gao X., LeProust E., Zhang H. et al. A flexible light-directed DNA chips synthesis gated by deprotection using solution photogenerated acids // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29, № 22. - P. 4744-4750.

65. Germer S., Higuchi R. Single-tube genotyping without oligonucleotide probes // Genome Res. 1999. - V. 9. - P. 72-78.

66. Gill P., Brenner C., Brinkmann В., Budowle B. DNA Commission of the International Society of Forensic Genetics: recommendations on forensic analysis using Y-chromosome STRs // Forensic Sci. Int. 2001. - V. 124, № 1. - P. 5-10.

67. Gill P. Role of short tandem repeat DNA in forensic casework in the UK-past, present, and future perspectives // Biotechniques. 2002. - V. 32, № 2. - P. 366-368, 370, 372.

68. Gill P., Fereday L., Morling N., Schneider P.M. New multiplexes for Europe-Amendments and clarification of strategic development // Forensic Sci. Int. 2006a.

69. Gill P., Fereday L., Morling N., Schneider P.M. The evolution of DNA databases—recommendations for new European STR loci // Forensic Sci. Int. -2006b. V. 156, № 2-3. - P. 242-244.

70. Gill P., Foreman L., Buckleton J.S., Triggs C.M., Allen H. A comparison of adjustment methods to test the robustness of an STR DNA database comprised of 24 European populations // Forensic Sci. Int. 2003. - V. 131, № 2-3. - P. 184196.

71. Gill P., Hagelberg E. Ongoing controversy over Romanov remains // Science. 2004a. - V. 306(5695). -P. 407-410.

72. Gill P., Jeffreys A.J., Werrett D.J. Forensic application of DNA "fingerprints" // Nature. 1985. - V. 318 (6046). - P. 577-579.

73. Gill P., Whitaker J., Flaxman C., Brown N., Buckleton J. An investigation of the rigor of interpretation rules for STRs derived from less than 100 pg of DNA // Forensic Sci. Int. 2000. - V. 112, № 1. - P. 17-40.

74. Goto S., Takahashi A., Kamisango K., Matsubara K. Single-nucleotide polymorphism analysis by hybridization protection assay on solid support // Anal. Biochem. 2002. - V. 307. - P. 25-32.

75. Griffin T.J., Hall J.G., Prudent J.R., Smith L.M. Direct genetic analysis by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1999. -V. 96. - P. 6301-6306.

76. Griffiths R.A., Barber M.D., Johnson P.E., Gill P. New reference allelic ladders to improve allelic designation in a multiplex STR system // Int. J. Legal

77. Med. 1998. - V. 111, № 5. - P. 267-272.

78. Gundry C.N., Vandersteen J.G., Reed G.H., Wittwer C.T. Amplicon melting analysis with labeled primers: a closed-tube method for differentiating homozygotes and heterozygotes // Clin. Chem. 2003. - V. 49. - P. 396-406.

79. Gusmao L., Butler J.M., Carracedo A. et al. DNA Commission of the International Society of Forensic Genetics (ISFG): an update of the recommendations on the use of Y-STRs in forensic analysis // Forensic Sci. Int. -2006b.-V. 157.-P. 187-197.

80. Haff L.A., Smirnov I.P. Single-nucleotide polymorphism identification assays using a thermostable DNA polymerase and delayed extraction MALDI-TOF mass spectrometry // Genome Res. 1997. - V. 7. - P. 378-388.

81. Hall J.G., Eis P.S., Law S.M., Lyamichev V.I. Sensitive detection of DNA polymorphisms by the serial invasive signal amplification reaction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. - V. 97. - P. 8272-8277.

82. Hebert N.E., Kuhr W.G., Brazill S.A. A microchip electrophoresis device with integrated electrochemical detection: a direct comparison of constant potential amperometry and sinusoidal voltammetry // Anal. Chem. 2003. - V. 75,№ 14.-P. 3301-3307.

83. Hochmeister M.N., Budowle В., Jung J. et al. PCR-based typing of DNA extracted from cigarette butts // Int. J. Legal Med. 1991. - V. 104, № 4. - P. 229-233.

84. Hsu T.M., Chen X., Duan S., Miller R.D., Kwok P.Y. Universal SNP genotyping assay with fluorescence polarization detection // Biotechniques. -2001. V. 31. - P. 560, 562, 564-560,8, passim.

85. Hsu T.M., Law S.M., Duan S., Neri B.P., Kwok P.Y. Genotyping single-nucleotide polymorphisms by the invader assay with dual-color fluorescencepolarization detection // Clin. Chem. 2001. - V. 47. - P. 1373-1377.

86. Jeffreys A J., Wilson V., Blanchetot A. et al. The human myoglobin gene: a third dispersed globin locus in the human genome // Nucleic Acids Res. 1984. -V. 12.-P. 3235-3243.

87. Jeffreys A.J., Allen M.J., Hagelberg E., Sonnberg A. Identification of the skeletal remains of Josef Mengele by DNA analysis // Forensic Sci. Int. 1992. -V. 56, № 1. - P. 65-76.

88. Jeffreys A.J., Royle N.J., Patel I., Crosier M. Principles and recent advances in human DNA fingerprinting // EXS. 1991. - V. 58. - P. 1-19.

89. Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L. Hypervariable minisatellite region in human DNA // Nature. 1985. - V. 314. - P. 67-73.

90. Jeffreys A.J., Wilson V., Thein S.L. Individual specific "fingerprints" of human DNA // Nature. 1985. - V. 316. - P. 76-79.

91. Jin Y., Wang K., Tan W. et al. Monitoring molecular beacon/DNA interactions using atomic force microscopy // Anal. Chem. 2004. - V. 76. — P. 5721-5725.

92. Jobling M.A., Bouzekri N., Taylor P.G. Hypervariable digital DNA codes for human paternal lineages: MVR-PCR at the Y-specific minisatellite, MSY1 (DYF155S1) // Hum. Mol. Genet. 1998. - V. 7, № 4. - P. 643-653.

93. Jobling M.A., Gill P. Encoded evidence: DNA in forensic analysis // Nat. Rev. Genet. 2004. - V. 5, № 10. - P. 739-751.

94. Johnson M.P., Haupt L.M., Griffiths L.R. Locked nucleic acid (LNA) single nucleotide polymorphism (SNP) genotype analysis and validation using real-time PCR // Nucleic Acids Res. 2004. - V. 32. электронная публикация.

95. Joos В., Kuster H., Cone R. Covalent attachment of hybridizable oligonucleotides to glass supports // Anal. Biochem. 1997. - V. 247. - P. 96101.

96. Jurinke C., van Den B.D., Jacob A. et al. Analysis of ligase chain reaction products via matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight-mass spectrometry//Anal. Biochem. 1996.-V. 237, №2.-P. 174-181.

97. Just R.S., Irwin J.A., O'Callaghan J.E. et al. Toward increased utility of mtDNA in forensic identifications // Forensic Sci. Int. 2004. - V. 146. (Suppl.). -P. 147-149.

98. Kabilov M., Pyshnyi D., Dymshits G., Zarytova V., Ivanova E. A new approach to revealing point mutations in DNA analyzed by colorimetric detection // Nucleosides Nucleotides Nucl. Acids. 2004. - V. 23, № 6-7. - P. 1023-1030.

99. Kalin I., Shephard S., Candrian U. Evaluation of the ligase chain reaction (LCR) for the detection of point mutations // Mutat. Res. 1992. - V. 283. - P. 119-123.

100. Kasai K., Nakamura Y., White R. Amplification of a variable number of tandem repeats (VNTR) locus (pMCT118) by the polymerase chain reaction (PCR) and its application to forensic science // J. Forensic Sci. 1990. - V. 35, № 5.-P. 1196-1200.

101. King G.C., Di Giusto D.A., Wlassoff W.A., Flening E., Tyrelle G.D. Proofreading genotyping assays and electrochemical detection of SNPs // Hum. Mutat. 2004. - V. 23, № 5. p. 420-425.

102. Kline M.C., Duewer D.L., Reeder D.J., Richard M. Interlaboratory evaluation of short tandem repeat triplex CTT // J. Forensic Sci. 1997. - V. 42, №5.-P. 897-906.

103. Koizumi M., Morita K., Takagi M., Yasumo H., Kasuya A. Improvement of single nucleotide polymorphism genotyping by allele-specific PCR using primers modified with an ENA residue // Anal. Biochem. 2005. - V. 340. - P. 287-294.

104. Krenke B.E., Viculis L., Richard M.L. et al. Validation of male-specific, 12-locus fluorescent short tandem repeat (STR) multiplex // Forensic Sci. Int. -2005. -V. 151.-P. 111-124.

105. Kumar A., Larsson O., Parodi D. et al. Silanized nucleic acids: a general platform for DNA immobilization // Nucleic Acids Res. 2000. - V. 28, № 14. электронная публикация. е71

106. Kutyavin I.V., Afonina I.A., Mills A. et al. З'-minor groove binder-DNA probes increase sequence specificity at PCR extension temperatures // Nucleic Acids Res. 2000. - V. 28. - P. 655-661.

107. J., Butler J.M., Tan Y. et al. Single nucleotide polymorphism determination using primer extension and time-of-flight mass spectrometry // Electrophoresis. 1999. - V. 20. - P. 1258-1265.

108. R.C., Harris H.A. Using hydrophilic adhesive tape for collection of evidence for forensic DNA analysis // J. Forensic Sci. 2003. - V. 48, № 6. - P.1318-1321.

109. Mansfield E.S., Robertson J.M., Vainer M. et al. Analysis of multiplexed short tandem repeat (STR) systems using capillary array electrophoresis //

110. Electrophoresis. 1998.-V. 19, № 1. p. 101-107.

111. Marras S.A., Kramer F.R., Tyagi S. Multiplex detection of single-nucleotide variations using molecular beacons // Genet. Anal. 1999. - V. 14. -P. 151-156.

112. Marras S.A.E., Kramer F.R., Tyagi S. Genotyping SNPs with molecular beacons / Single nucleotide polymorphism: methods and protocols. (Methods in molecular biology). Humana Press Inc., Totowa, NJ. 2001. - V. 212. - P. 111128.

113. Mathew C.C. The isolation of high molecular weight eucariotic DNA // Methods in molecular biology / Ed. Walker J.M.N.Y.; Haman press. 1984. - P. 31-34.

114. Matsubara Y., Kure S. Detection od single nucleotide substitution by competitive allele-specific short oligonucleotide hybridization (CASSOH) with immunochromatographic strip // Human Mutation. 2003. - V. 22. - P. 166-172.

115. McKeown B.J., Lyndon G.J., Andersen J.F. Generation of minisatellite variant repeat codes on an automated DNA sequencer using fluorescent dye-labeled primers // Biotechniques. 1994. - V. 17, № 5. - P. 901-908.

116. Mein C.A., Barratt B.J., Dunn M.G. et al. Evaluation of single nucleotide polymorphism typing with invader on PCR amplicons and its automation // Genome Res. 2000. - V. 10. - P. 330-343.

117. Mhlanga M.M., Malmberg L. Using molecular beacons to detect single-nucleotide polymorphisms with real-time PCR // Methods. 2001a. - V. 25. - P. 463-471.

118. Moretti T.R., Baumstark A.L., Brown A.L., Budowle B. Validation of STR typing by capillary electrophoresis // J. Forensic Sci. 2001. - V. 46, № 3. - P. 661-676.

119. Morling N. Forensic genetics // Lancet. 2004. - V. 364. - P. 10-11. Nakamura Y., Leppert M., O'Connell P. et al. Variable number of tandem repeat (VNTR) markers for human gene mapping // Science. - 1987. - V. 235(4796).-P. 1616-1622.

120. Neil D.L., Jeffreys A.J. Digital DNA typing at a second hypervariable locus by minisatellite variant repeat mapping // Hum. Mol. Genet. 1993. - V. 2, № 8. -P. 1129-1135.

121. Nelson N.C., Hammond P.W., Matsuda E., Goud A.A., Becker M.M. Detection of all single-base mismatches in solution by chemiluminescence // Nucleic Acids Res. 1996. - V. 24. - P. 4998-5003.

122. Niederstatter H., Coble M.D., Grubwieser P., Parsons T.J., Parson W. Characterization of mtDNA SNP typing and mixture ratio assessment with simultaneous real-time PCR quantification of both allelic states // Int. J. Legal Med.-2006.-V. 120.-P. 18-23.

123. Nielsen P.E., Egholm M., Berg R.H., Buchardt O. Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide // Science. 1991. -V. 254. - P. 1497-1500.

124. Nikiforov T.T., Rendle R.B., Goelet P. et al. Genetic Bit Analysis: a solid phase method for typing single nucleotide polymorphisms // Nucleic Acids Res. — 1994.-V. 22.-P. 4167-4175.

125. Olivier M., Chuang L.M., Chang M.S. et al. High-throughput genotyping of single nucleotide polymorphisms using new biplex invader technology // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30. электронная публикация. e53.

126. Olivier M. The Invader assay for SNP genotyping // Mutat. Res. 2005. -V. 573.-P. 103-110.

127. Рарр А.С., Pinsonneault J.K., Cooke G., Sadee W. Single nucleotide polymorphism genotyping using allele-specific PCR and fluorescence melting curves // Biotechniques. 2003. - V. 34. - P. 1068-1072.

128. Pati N., Schowinsky V., Kokanovic O., Magnuson V., Ghosh S. A comparison between SNaPshot, pyrosequencing, and biplex invader SNP genotyping methods: accuracy, cost, and throughput // J. Biochem. Biophys. Methods.-2004.-V. 60,№ l.-P. 1-12.

129. Petersen K., Vogel U., Rockenbauer E. et al. Short PNA molecular beacons for real-time PCR allelic discrimination of single nucleotide polymorphisms // Mol. Cell Probes. 2004. - V. 18. - P. 117-122.

130. Petkovski E., Keyser-Tracqui C., Hienne R., Ludes B. SNPs and MALDI-TOF MS: tools for DNA typing in forensic paternity testing and anthropology // J. Forensic Sci. 2005. - V. 50. - P. 535-541.

131. Pettersson M., Bylund M., Alderborn A. Molecular haplotype determination using allele-specific PCR and pyrosequencing technology // Genomics. 2003. - V. 82. - P. 390-396.

132. Pickering J., Bamford A., Godbole V. et al. Integration of DNA ligation and rolling circle amplification for the homogeneous, end-point detection, of single nucleotide polymorphisms // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30, № 12. электронная публикация. e60.

133. Podyminogin M.A., Lukhtanov E.A., Reed M.W. Attachment of benzaldehyde-modified oligodeoxynucleotide probes to semicarbazide-coated glass // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29, № 24. - P. 5090-5098.

134. Proudnikov D., Timofeev E., Mirzabekov A. Immobilization of DNA in polyacrylamide gel for the manufacture of DNA and DNA-oligonucleotide microchips // Anal. Biochem. 1998. - V. 259. - P. 34-41.

135. Purushothaman S., Toumazoua C., Oub C-P. Protons and single nucleotide polymorphism detection: A simple use for the Ion Sensitive Field Effect Transistor // Sensors and Actuators B. 2006. - V. 114. - P. 964-968.

136. Qi X., Bakht S., Devos K.M., Gale M.D., Osbourn A. L-RCA (ligationrolling circle amplification): a general method for genotyping of single nucleotide polymorphisms (SNPs) // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29. электронная публикация., el 16.

137. Raddats S., Mueller-Ibeler J., Kluge J. Hydrazide oligonucleotides: new chemical modification for chip array attachment and conjugation // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30, № 21. - P. 4793-4802.

138. Rao K.V., Stevens P.W., Hall J.G. et al. Genotyping single nucleotide polymorphisms directly from genomic DNA by invasive cleavage reaction on microspheres // Nucleic Acids Res. 2003. - V. 31. электронная публикация., ебб.

139. Rehman F. N., Audeh M., Abrams E. S. et al. Immobilization of acrylamide-modified oligonucleotides by co-polymerization // Nucleic Acids Res. 1999. - V. 27, № 2. - P. 649-655.

140. Richie K.L., Goldsborough M.D., Darfler M.M. et al. Long PCR for VNTR analysis // J. Forensic Sci. 1999. - V. 44, № 6. - P. 1176-1185.

141. Rizzo J., Gifford L.K., Zhang X., Gewirtz A.M., Lu P. Chimeric RNA-DNA molecular beacon assay for ribonuclease H activity // Mol.&Cell. Probes. -2002.-V. 16.-P. 277-283.

142. Rockenbauer E., Petersen K., Vogel U. et al. SNP genotyping using microsphere-linked PNA and flow cytometric detection // Cytometry A. 2005. -V. 64.-P. 80-86.

143. Roger Y., Jiang-Baucom P., Huang Z.-J. et al. Immobilization of oligonucleotides onto glass support via disulfide bonds: a method for preparation of DNA microarrays // Anal. Biochem. 1999. - V. 266. - P. 23-30.

144. Roget A., Livache T. In situ synthesis and copolymerization of oligonucleotides on conducting polymers // Mikrochim. Acta. 1999. - V. 131. -P. 3-8.

145. Rosier A., Bailey L., Jones S. et al. Rolling circle amplification for scoring single nucleotide polymorphisms // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. -2001.-V. 20.-P. 893-894.

146. Ross P., Hall L., Smirnov I., Haff L. High level multiplex genotyping by MALDI-TOF mass spectrometry // Nat. Biotechnol. 1998. - V. 16. - P. 13471351.

147. Rudi K., Hoick A.L. Real-time closed tube single nucleotide polymorphism (SNP) quantification in pooled samples by quencher extension (QEXT) // Nucleic Acids Res. 2003. - V. 31. электронная публикация., e 117.

148. Ruitberg C.M., Reeder D.J., Butler J.M. STRBase: a short tandem repeat DNA database for the human identity testing community // Nucleic Acids Res. -2001.-V. 29.-P. 320-322.

149. Ryan D., Nuccie В., Arvan D. Non-PCR-dependent detection of the factor V Leiden mutation from genomic DNA using a homogeneous invader microtiter plate assay // Mol. Diagn. 1999. - V. 4. - P. 135-144.

150. Sanchez J.J., Borsting C., Buchard A., Hernandez A., Morling N. Multiplex PCR and minisequencing of SNPs—a model with 35 Y chromosome SNPs // Forensic Sci. Int. 2003. - V. 137, № 1. - P. 74-84.

151. Sauer S. Typing of single nucleotide polymorphisms by MALDI mass spectrometry: principles and diagnostic applications // Clin. Chim. Acta. 2006. -V. 363.-P. 95-105.

152. Schouten J.P., McElgunn C.J., Zwijnenburg D., Diepvens F., Pals G. Relative quantification of 40 nucleic acid sequences by multiplex ligation-dependent probe amplification // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30, № 12. электронная публикация. e57.

153. Sealey P.G., Whittaker P.A., Southern E.M. Removal of repeated sequences from hybridisation probes // Nucleic Acids Res. 1985. - V. 13, № 6. - P. 19051922.

154. Shchepinov M.S., Case-Green S.C., Southern E.M. Steric factorsinfluencing hybridization of nucleic acids to oligonucleotide arrays // Nucleic Acids Res. 1997.- V. 25, №6.-P. 1155-1161.

155. Shen R., Fan J.B., Campbell D. et al. A. High-throughput SNP genotyping on universal bead arrays // Mutat. Res. 2005. - V. 573, № 1-2. - P. 70-82.

156. Shewale J.G., Nasir H., Schneida E. et al. Y-chromosome STR system, Y-PLEX 12, for forensic casework: development and validation // J. Forensic Sci. -2004. V. 49. - P. 1278-1290.

157. Shi C., Eshleman S.H., Jones D. et al. LigAmp for sensitive detection of single-nucleotide differences // Nat. Methods. 2004. - V. 2. - P. 141-147. электронная публикация.

158. Simeonov A., Nikiforov T.T. Single nucleotide polymorphism genotyping using short, fluorescently labeled locked nucleic acid (LNA) probes and fluorescence polarization detection // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30. электронная публикация. e91.

159. Sinha S.K., Nasir H., Gross A.M., Budowle В., Shewale J.G. Development and validation of the Y-PLEX 5, a Y-chromosome STR genotyping system, for forensic casework // J. Forensic Sci. 2003. - V. 48. - P. 985-1000.

160. Smith R.N. Accurate size comparison of short tandem repeat alleles amplified by PCR// Biotechniques. 1995. - V. 18, № 1. - P. 122-128.

161. Solinas A., Brown L.J., McKeen C. et al. Duplex Scorpion primers in SNP analysis and FRET applications // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29. электронная публикация. e96.

162. Sorensen K.J., Turteltaub K., Vrankovich G., Williams J., Christian A.T. Whole-genome amplification of DNA from residual cells left by incidental contact // Anal. Biochem. 2004. - V. 324, № 2. - P. 312-314.

163. Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragmentsseparated by gel electrophoresis // J. Mol. Biol. 1975. - V. 98, № 3. - P. 503517.

164. Stevens A., Ray D.W., Worthington J., Davis J.R. Polymorphisms of the human prolactin gene—implications for production of lymphocyte prolactin and systemic lupus erythematosus // Lupus. 2001. - V. 10, № 10. - P. 676-683.

165. Sun G., Kaushal R., Pal P. et al. Whole-genome amplification: relative efficiencies of the current methods // Leg. Med. (Tokyo). 2005. - V. 7, № 5. -P. 279-286.

166. Syvanen A.C. Accessing genetic variation: genotyping single nucleotide polymorphisms //Nat. Rev. Genet. 2001. -V. 2. - P. 930-942.

167. Szilvasi A., Andrikovics H., Kalmar L., Bors A., Tordai A. Asymmetric PCR increases efficiency of melting peak analysis on the LightCycler // Clin. Biochem. 2005. - V. 38. - P. 727-730.

168. Tabone Т., Sallmann G., Webb E., Cotton R.G. Detection of 100% of mutations in 124 individuals using a standard UV/Vis microplate reader: a novel concept for mutation scanning // Nucleic Acids Res. 2006. - V. 34, № 6. электронная публикация. e45.

169. Takatsu K., Yokomaku Т., Kurata S., Kanagawa T. A FRET-based analysis of SNPs without fluorescent probes // Nucleic Acids Res. 2004. - V. 32. электронная публикация., el56.

170. Tamaki K., Brenner C.H., Jeffreys A.J. Distinguishing minisatellite mutation from non-paternity by MVR-PCR // Forensic Sci. Int. 2000. - V. 113, № 1-3.-P. 55-62.

171. Tamaki K., Jeffreys A.J. Human tandem repeat sequences in forensic DNA typing // Leg. Med. (Tokyo). 2005. г V. 7, № 4. - P. 244-250.

172. Tan E., Wong J., Nguyen D. et al. Isothermal DNA amplification coupled with DNA nanosphere-based colorimetric detection // Anal. Chem. 2005. - V. 77.-P. 7984-7992.

173. Tapp I., Malmberg L., Rennel E., Wik M., Syvanen A.C. Homogeneous scoring of single-nucleotide polymorphisms: comparison of the 5-nuclease TaqMan assay and Molecular Beacon probes // Biotechniques. 2000. - V. 28. -P. 732-738.

174. Taylor J.D., Briley D., Nguyen Q. et al. Flow cytometric platform for high-throughput single nucleotide polymorphism analysis // Biotechniques. 2001. -V.30.-P. 661-669.

175. Thelwell N., Millington S., Solinas A., Booth J., Brown T. Mode of action and application of Scorpion primers to mutation detection // Nucleic Acids Res. -2000.-V. 28.-P. 3752-3761.

176. Tobe V.O., Taylor S.L., Nickerson D.A. Single-well genotyping of diallelic sequence variations by a two-color ELISA-based oligonucleotide ligation assay // Nucleic Acids Res. 1996. - V. 24, № 19. - P. 3728-3732.

177. Tong A.K., Ju J. Single nucleotide polymorphism detection by combinatorial fluorescence energy transfer tags and biotinylated dideoxynucleotides // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30. электронная публикация., el9.

178. Tost J., Gut I.G. Genotyping single nucleotide polymorphisms by mass spectrometry // Mass Spectrom. Rev. 2002. - V. 21. - P. 388-418.

179. Tsourkas A., Behlkel M.A., Rosel S.D., Bao G. Hybridization kinetics and thermodynamics of molecular beacons // Nucleic Acids Res. 2003. - V. 31, № 4.-P. 1319-1330

180. Twyman R.M. SNP discovery and typing technologies forpharmacogenomics // Curr. Top. Med. Chem. 2004. - V. 4. - P. 1423-1431.

181. Twyman R.M., Primrose S.B. Techniques patents for SNP genotyping // Pharmacogenomics. 2003. - V. 4. - P. 67-79.

182. Tyagi S., Kramer F.R. Molecular beacons: probes that fluoresce upon hybridization // Nat. Biotechnol. 1996. - V. 14, № 3. - P. 303-308.

183. Ugozzoli L.A., Latorra D., Puckett R., Arar K., Hamby K. Real-time genotyping with oligonucleotide probes containing locked nucleic acids // Anal. Biochem. 2004. - V. 324. - P. 143-152.

184. Vallone P.M., Butler J.M. Y-SNP typing of U.S. African American and Caucasian samples using allele-specific hybridization and primer extension // J. Forensic Sci. 2004. - V. 49. - P. 723-732.

185. Vallone P.M., Decker A.E., Butler J.M. Allele frequencies for 70 autosomal SNP loci with U.S. Caucasian, African-American, and Hispanic samples // Forensic Sci. Int. 2005. - V. 149. - P. 279-286. •

186. Vallone P.M., Just R.S., Coble M.D., Butler J.M., Parsons T.J. A multiplex allele-specific primer extension assay for forensically informative SNPs distributed throughout the mitochondrial genome // Int. J. Legal Med. 2004. - V. 118.-P. 147-157.

187. Vassart G., Georges M., Monsieur R. et al. A sequence in M13 phage detects hypervariable minisatellites in human and animal DNA // Science. 1987. -V. 235.-P. 683-684.

188. Walsh M., Wang X., Weimer B. Optimising the immobilization of single-stranded DNA onto glass beads // J. Biochem. Biophys. Methods. 2001. - V. 47. -P. 221-231.

189. Wang J., Chuang K., Ahluwalia M. et al. High-throughput SNP genotypingby single-tube PCR with Tm-shift primers // Biotechniques. 2005. - V. 39. - P. 885-893.

190. Wang Y., Wang H., Gao L. et al. Polyacrylamide gel film immobilized molecular beacon array for single nucleotide mismatch detection // J. Nanosci. Nanotechnol. 2005. - V. 5. - P. 653-658.

191. Webb L.G., Egan S.E., Turbett G.R. Recovery of DNA for forensic analysis from lip cosmetics // J. Forensic Sci. 2001. - V. 46, № 6. - P. 1474-1479.

192. Weller P., Jeffreys A.J., Wilson V., Blanchetot A. Organization of the human myoglobin gene // EMBO J. 1984. - V. 3. - P. 439-446.

193. Whitcombe D., Theaker J., Guy S.P., Brown Т., Little S. Detection of PCR products using self-probing amplicons and fluorescence // Nat. Biotechnol. -1999. V. 17, № 8. - P. 804-807.

194. Wiegand P., Kleiber M. Less is more-length reduction of STR amplicons using redesigned primers // Int. J. Legal Med. 2001. - V. 114, № 4-5. - P. 285287.

195. Wittwer C.T., Reed G.H., Gundiy C.N., Vandersteen J.G., Piyor R.J. High-resolution genotyping by amplicon melting analysis using LCGreen // Clin. Chem. -2003.-V. 49.-P. 853-860.

196. Wu D.Y., Wallace R.B. The ligation amplification reaction (LAR) -amplification of specific DNA sequences using sequential rounds of template-dependent ligation // Genomics. 1989. - V. 4. - P. 560-569.

197. Xu H., Sha M.Y., Wong E. et al. Multiplexed SNP genotyping using the Qbead system: a quantum dot-encoded microsphere-based assay // Nucleic Acids Res. -2003. V. 31. электронная публикация. e43.

198. Yamane A. MagiProbe: a novel fluorescence quenching-based oligonucleotide probe carrying a fluorophore and an intercalator // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30. электронная публикация. e97.

199. Yeh H.C., Ho Y.P., Shih I., Wang Т.Н. Homogeneous point mutation detection by quantum dot-mediated two-color fluorescence coincidence analysis // Nucleic Acids Res. 2006. - V. 34, № 5. электронная публикация. e35.

200. Youil R., Kemper B.W., Cotton R.G. Screening for mutations by enzyme mismatch cleavage with T4 endonuclease VII // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1995.-V. 92.-P. 87-91.

201. Zamir A., Oz C., Wolf E., Vinokurov A., Glattstein B. A possible source of reference DNA from archived treated adhesive lifters // J. Forensic Sci. 2004. — V. 49, № l.-P. 68-70.

202. Zamir A., Springer E., Glattstein B. Fingerprints and DNA: STR typing of DNA extracted from adhesive tape after processing for fingerprints // J. Forensic Sci. 2000. - V. 45, № 3. - P. 687-688.

203. Zammateo N., Jeanmart L., Hamels S. et al. Comparison between different strategies of covalent attachment of DNA to glass surfaces to build DNA microarrays //Anal. Biochem. 2000. - V. 280. - P. 143-150

204. Zhou G.H., Gotou M., Kajiyama Т., Kambara H. Multiplex SNP typing by bioluminometric assay coupled with terminator incorporation (BATI) // Nucleic Acids Res. 2005. -V. 33. электронная публикация. el33.

205. Zhou G.H., Shirakura H., Kamahori M. et al. A gel-free SNP genotyping method: bioluminometric assay coupled with modified primer extension reactions (BAMPER) directly from double-stranded PCR products // Hum. Mutat. 2004. -V. 24.-P. 155-163.

206. Zhou L., Wang L., Palais R., Piyor R., Wittwer C.T. High-resolution DNA melting analysis for simultaneous mutation scanning and genotyping in solution // Clin. Chem.-2005.-V. 51.-P. 1770-1777.