Исследование механизмов патогенности вариантов нуклеотидной последовательности гена PAX6, выявленных у пациентов с врожденной аниридией тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Филатова Александра Юрьевна

• Филатова Александра Юрьевна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Филатова Александра Юрьевна

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования

Степень разработанности темы

Цели и задачи

Задачи, решаемые в ходе исследования:

Научная новизна

Теоретическая и практическая значимость работы

Методология и методы исследования

Положения, выносимые на защиту

Степень достоверности результатов

Апробация результатов

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Личный вклад автора в проведение исследования

Публикации

Структура и объем диссертации

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Врожденная аниридия

1.1.1 Клиническая характеристика врожденной аниридии

1.1.2 Молекулярно-генетические основы врожденной аниридии

1.1.2.1 Структура, экспрессия и функции гена РАХ6

1.1.2.2 Спектр патогенных вариантов в РАХ6 при врожденной аниридии

1.2 Роль некодирующих вариантов в развитии менделирующих заболеваний

1.2.1 Варианты, нарушающие активность промотора

1.2.2 Варианты, нарушающие работу дистальных регуляторных элементов генома

1.2.3 Сплайсинг и его роль в развитии менделирующих заболеваний

1.2.3.1 Краткое описание основных этапов сплайсинга

1.2.3.2 Роль регуляторных последовательностей в прохождении сплайсинга

1.2.3.3 Варианты, нарушающие сплайсинг, как причина развития менделирующих заболеваний

1.2.3.4 Подходы к анализу вариантов, нарушающих сплайсинг

1.2.4 Варианты в 5'-нетранслируемых областях как причина развития менделирующих заболеваний

1.2.4.1 5'-нетранслируемые области и их роль в инициации трансляции

1.2.4.2 Upstream ORFs и их функции

1.2.4.3 Роль вариантов в 5'-нетранслируемых областях в развитии менделирующих заболеваний

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Номенклатура вариантов нуклеотидной последовательности и определение патогенности

2.2 Материалы исследования

2.3 Методы исследования

2.3.1 Базовые методы работы со штаммом E.coli XL10-Gold

2.3.1.1 Приготовление компетентных клеток методом обработки 10% ПЭГ3000

2.3.1.2 Проведение трансформации бактерий методом теплового шока

2.3.1.3 Наращивание и выделение плазмид

2.3.2 Базовые методы работы с линиями эукариотических клеток

2.3.2.1 Разморозка эукариотических клеток

2.3.2.2 Пересев и подсчёт эукариотических клеток

2.3.2.3 Заморозка эукариотических клеток

2.3.3 Исследование вариантов сплайсинга с использованием системы экспрессии минигенов

2.3.3.1 Создание конструкций, экспрессирующих минигены

2.3.3.2 Трансфекция клеточной линии HEK293T

2.3.3.3 Исследование структуры РНК

2.3.4 Исследование вариантов в 5'-нетранслируемой области PAX6

2.3.4.1 Биоинформатический анализ uORFs в 5UTR

2.3.4.2 Получение конструкций, экспрессирующих 5UTR гена PAX6 с люциферазой

2.3.4.3 Трансфекция клеточных линий НЕК293Т и А549

2.3.4.4 Выделение РНК и получение кДНК из клеточной линии НЕК293Т

2.3.4.5 Исследование структуры РНК в клеточной линии НЕК293Т

2.3.4.6 Исследование экспрессии мРНК люциферазы в клеточной линии НЕК293Т

2.3.4.7 Проведение двойного люциферазного теста в клеточных линиях НЕК293Т и А549

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Исследование влияния вариантов нуклеотидной последовательности в гене РАХ6 на прохождение сплайсинга

3.1.1 Применение биоинформатических алгоритмов для определения влияния исследуемых вариантов на сплайсинг

3.1.2 Создание системы экспрессии минигенов РАХ6

3.1.2.1 Создание векторов для экспрессии минигенов

3.1.3 Анализ вариантов, расположенных в интронах гена РАХ6

3.1.4 Анализ вариантов, расположенных в экзонах гена РАХ6

3.1.5 Заключение по первому разделу работы

3.2 Исследование вариантов в 5'-нетранслируемой области гена РАХ6

3.2.1 Исследование влияния вариантов на эффективность трансляции

3.2.2 Изучение молекулярного механизма патогенности вариантов за счет разрушения малой открытой рамки считывания в 5' -нетранслируемой области гена РАХ6

3.2.3 Анализ консервативности и предполагаемой регуляторной функции малой открытой рамки считывания РАХ6

3.2.4 Описание дополнительных малых открытых рамок считывания, находящихся в 5'-нетранслируемой области гена РАХ6

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРИМЕНЕНИЕ НАУЧНЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ И ВЫВОДОВ

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ВА - врожденная аниридия

NGS - next generation sequencing - массовое параллельное секвенирование нового поколения

ВНП - вариант нуклеотидной последовательности

HGMD - The Human Genome Mutation Database

5UTR - 5'-untranslated region - 5'-нетранслируемая область

ORF - open reading frame - открытая рамка считывания

uORF - upstream open reading frame - малые открытые рамки считывания, находящиеся в 5UTR гена

п. н. - пар нуклеотидов

синдром WAGR - Wilms tumour, Aniridia, Genitourinary anomalies, and mental Retardation синдром WAGRO - Wilms tumour, Aniridia, Genitourinary anomalies, mental Retardation, and Obesity

OMIM - Online Mendelian Inheritance in Man

SELEX -Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment - Систематическая эволюция

лигандов экспоненциальным обогащением

bHLH - basic helix-loop-helix

TSS - transcription start site

PD - paired domain - парный домен белка

HD - homeodomain - гомеодомен белка

ChlP-seq - chromatin immunoprecipitation with massively parallel DNA sequencing -иммунопреципитация хроматина с последующим секвенированием

PPCD - Posterior Polymorphous Corneal Dystrophy - Задняя полиморфная дистрофия роговицы

CRE - Cis-regulatory element - цис-регуляторный элемент

мяРНК - малая ядерная РНК

мяРНП - малый ядерный рибонуклеопротеин

SS - splice site - сайт сплайсинга

BP - branch point - точка ветвления

SRE - splicing regulatory elements - регуляторные элементы сплайсинга RBP - RNA-binding protein - РНК-связывающий белок ESEs - exonic splicing enhancers - экзонные энхансеры сплайсинга ESSs - exonic splicing silencers - экзонные сайленсеры сплайсинга ISEs - intronic splicing enhancers - интронные энхансеры сплайсинга ISSs - intronic splicing silencers - интронные сайленсеры спласинга

ENCODE - Encyclopedia of DNA Elements

eCLIP - enhanced version of the crosslinking and immunoprecipitation - модификация иммунопреципитации после сшивания РНК с белками

KD-RNA-seq - knockdown followed by RNA sequencing - нокдаун с последующим секвенированием РНК

NAS - Nonsense-Associated Altered Splicing - нонсенс-ассоциированное изменение сплайсинга

EJC - exon junction complex - белковый комплекс, находящийся в мРНК на стыке экзонов

PTC - premature termination codon - преждевременный стоп-кодон

NMD - nonsense mediated decay - нонсенс-опосредованная деградация РНК

PWM - Position Weight Matrix - позиционно весовая матрица

MED - maximum entropy distribution - модель максимального распределения энтропии ПЦР - полимеразная цепная реакция

ОТ-ПЦР - обратная транскрипция с последующей полимеразной цепной реакцией КДО - клинически доступные образцы

PBMC - peripheral blood mononuclear cell - мононуклеарные клетки периферической крови

ВЭБ - вирус Эпштейна-Барр

GTEx - The Genotype-Tissue Expression

TPM - Transcripts Per Million - транскриптов на миллион (единица измерения экспрессии)

PABP - Poly(A) binding protein - поли(А)-связывающий белок

PIC - pre-initiation complex - пре-инициаторный комплекс рибосомы

ГТФ - Гуанозинтрифосфат

тРНК - транспортная РНК

IRES - Internal Ribosome Entry Site - внутренняя последовательность посадки рибосомы IRE - Iron Responsive Element - железозависимый элемент последовательности в 5UTR IRB - Iron Responsive element-Binding proteins - белки, связывающиеся с железозависимым элементом

Ribo-seq - Ribosome profiling - рибосомальный профайлинг MCS - multiple cloning site - полилинкер

GFP - green fluorescent protein - зеленый флуоресцирующий белок HGVS - Human Genome Variation Society ПААГ - полиакриламидный гель WT - wild-type - образец дикого типа

MUT - mutant - образец содержащий исследуемый вариант нуклеотидной последовательности

ВВЕДЕНИЕ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование механизмов патогенности вариантов нуклеотидной последовательности гена PAX6, выявленных у пациентов с врожденной аниридией»

Актуальность темы исследования

Несмотря на всё большее внедрение технологий секвенирования нового поколения (NGS) в рутинную диагностическую практику, более 50% пациентов с наследственными заболеваниями не получают молекулярно-генетического диагноза [Kremer L. S. et al., 2017]. Одной из причин этого является то, что в настоящее время поиск и интерпретация патогенных вариантов нуклеотидной последовательности (ВНП) в основном фокусируется на кодирующих частях генов. В последние годы в литературе появляется всё больше исследований, подчеркивающих роль некодирующих ВНП в развитии наследственных заболеваний [French J. D. et al., 2020]. Однако обнаружение и интерпретация таких вариантов в ходе рутинного генетического тестирования остается серьезной проблемой из-за недостаточности знаний о механизмах их патогенности. Существующие сегодня биоинформатические алгоритмы в некоторых случаях могут помочь оценить влияние некодирующих вариантов на функцию гена, однако в большинстве случаев только экспериментальные функциональные исследования могут доказать патогенность варианта, а также углубить понимание молекулярно-генетических механизмов, ведущих к развитию заболеваний.

Варианты нуклеотидной последовательности, нарушающие прохождение сплайсинга -наиболее многочисленная группа некодирующих вариантов в структуре наследственных заболеваний. Хотя в базе данных "The Human Gene Mutation Database" (HGMD) (Professional 2022.1) на варианты сплайсинга приходится ~9% всех записей, многие авторы склоняются к тому, что это значение занижено и мутации сплайсинга играют ещё более существенную роль в развитии менделирующих заболеваний [Lee M. et al., 2017, Lim K. H. et al., 2011, Sterne-Weiler T. et al., 2011]. Несмотря на то, что сегодня существует целый ряд биоинформатических алгоритмов, позволяющих in silico оценить влияние ВНП на прохождение сплайсинга, только экспериментальные подходы могут выявить реальный эффект варианта на структуру мРНК, так как регуляция сплайсинга является сложным и недостаточно изученным процессом. Важно отметить, что варианты сплайсинга могут быть расположены как в интронах, так и экзонах генов. В последнем случае их часто неправильно аннотируют как синонимичные, миссенс или даже нонсенс замены. Это приводит, с одной стороны, к неправильной классификации патогенности вариантов, что затрудняет установление молекулярно-генетического диагноза конкретному пациенту. А с другой стороны, негативно сказывается на изучении механизмов развития заболевания, гено-фенотипических корреляций, прогнозе течения и подборе терапии. Таким

образом, разработка и применение экспериментальных подходов для исследования вариантов сплайсинга является актуальной задачей современной медицинской генетики.

Другой группой некодирующих ВНП являются варианты в 5-нетранслируемых областях (5 UTR) генов. В отличии от вариантов сплайсинга, данные ВНП на сегодняшний день практически не представлены в структуре причин развития менделирующих заболеваний. Это связано очевидно с отсутствием доступных биоинформатических алгоритмов поиска и интерпретации таких вариантов из-за недостаточности знаний о том, как они могут реализовывать свою патогенность. В 5 UTR генов описано большое количество различных регуляторных элементов, в том числе и малые открытые рамки считывания (uORF), трансляция которых начинается до основного белка и может регулировать его экспрессию. По различным оценкам около половины генов человека содержат такие рамки [Ji Z. et al., 2015, McGillivray P. et al., 2018, Scholz A. et al., 2019]. Исследования популяционных частот показали, что некоторые группы вариантов, разрушающих uORF, находятся под действием сильного отрицательного отбора и могу приводить к развитию менделирующих заболеваний [Lee D. S. M. et al., 2021, Whiffin N. et al., 2020]. На сегодняшний день в литературе описаны лишь единичные случаи таких патогенных вариантов. Можно предположить, что их должно быть намного больше и что существующие рутинные диагностические алгоритмы пропускают их, поэтому разработка биоинформатических и экспериментальных подходов к исследованию механизмов патогенности вариантов в 5UTR представляет особый интерес.

Настоящее исследование посвящено анализу некодирующих вариантов при врожденной аниридии. Врожденная аниридия (MIM #106210) (ВА) - редкий моногенный порок развития глаза, наследуемый по аутосомно-доминантному типу, с полной пенетрантностью и варьирующей экспрессивностью. Ведущими диагностическими признаками являются врожденное отсутствие ткани радужки, гипоплазия центральной ямки и нистагм. ВА является относительно генетически однородным состоянием - ~97% всех случаев обусловлено гетерозиготными мутациями в гене PAX6 или хромосомными перестройками, затрагивающими данный ген [Pedersen H. R. et al., 2020, Vasilyeva T. A. et al., 2017]. Это делает врожденную аниридию удобной моделью для изучения новых молекулярных механизмов развития моногенных заболеваний, связанных с некодирующими ВНП, так как эффект последних не связан непосредственно с активностью белкового продукта и является универсальным для многих генов. Таким образом, разработанные подходы для исследования некодирующих вариантов при ВА в дальнейшем можно будет применить для исследования других менделирующих заболеваний. Кроме того, исследование патогенности вариантов 5'-

нетранслируемой области гена PAX6, может помочь в изучении регуляции его экспрессии в норме.

Степень разработанности темы

На момент выполнения работы в России и мире не проводилось экспериментального исследования вариантов, влияющих на прохождение сплайсинга, в гене PAX6 при врожденной аниридии. Кроме того, в данном гене не были экспериментально изучены экзонные варианты, патогенность которых на самом деле связана с влиянием на структуру мРНК. Уже после публикации результатов данной работы появились статьи и других групп авторов, посвященные экспериментальному анализу вариантов сплайсинга в гене PAX6, что подчёркивает актуальность и востребованность темы исследования.

Несколько вариантов в 5 UTR гена PAX6 было ранее описано в мировой литературе в ходе проведения стандартных клинико-генетических исследований пациентов с ВА. Однако механизм их патогенности не был описан или предположен. Более того, несмотря на активное исследование регуляции и функции гена PAX6, ранее в нем не было показано трансляции uORF. На данный момент в мире экспериментально подтверждены единичные случаи патогенности вариантов в uORF для других генов, ассоциированных с развитием моногенных заболеваний, в то время как в России таких работ ранее не проводилось.

Цели и задачи

Целью исследования явилось изучение механизмов патогенности вариантов сплайсинга и регуляторных вариантов нуклеотидной последовательности гена PAX6, выявленных у пациентов с врожденной аниридией.

Задачи, решаемые в ходе исследования:

1. Разработать систему экспрессии минигенов для исследования влияния вариантов на сплайсинг и структуру мРНК гена PAX6.

2. Изучить влияние выявленных у российских пациентов интронных вариантов в гене PAX6 на прохождение сплайсинга.

3. Изучить влияние выявленных у российских пациентов экзонных вариантов в гене PAX6 на прохождение сплайсинга.

4. Разработать люциферазную систему для анализа влияния вариантов в 5'-нетранслируемой области гена PAX6 на эффективность трансляции.

5. Исследовать влияние выявленных у пациентов вариантов в 5-нетранслируемой области гена PAX6 на эффективность трансляции основного белка.

6. Изучить молекулярный механизм влияния вариантов в 5'-нетранслируемой области гена PAX6 на эффективность трансляции основного белка.

7. Используя биоинформатические и экспериментальные подходы провести поиск и охарактеризовать малые открытые рамки считывания в 5-нетранслируемой области гена PAX6.

Научная новизна

На момент проведения исследования данная работа представляет собой одновременное исследование самого большого количества вариантов, влияющих на сплайсинг, в гене PAX6. В работе впервые разработана и протестирована система экспрессии минигенов для исследования включения экзонов 5, 6, 8, 10 и 11 гена PAX6. Впервые показано, что пять интронных вариантов, расположенных вне канонических ±1,2 позиций гена PAX6 (c.141+4A>G, a1032+6T>G, c.142-5T>G, c.142-14C>G, c.682+4delA) нарушают прохождение сплайсинга и изменяют структуру его мРНК. Данный анализ позволил подтвердить патогенность исследуемых интронных вариантов, некоторые из которых ранее были классифицированы как варианты с неопределенным клиническим значением.

Разработанная система также позволила впервые провести анализ влияния экзонных вариантов в гене PAX6 на прохождение сплайсинга. Показано, что один миссенс вариант (c.140A>G) и один синонимичный вариант (c.174C>T), изменяют нормальный паттерн сплайсинга, что, приводит к образованию преждевременного стоп-кодона с вероятным последующим разрушением аберрантной мРНК по нонсенс-опосредованному механизму деградации (NMD). Таким образом, данные варианты были классифицированы как варианты с потерей функции (loss-of-function). Описанный синонимичный вариант является первым описанным патогенным синонимичным вариантом в гене PAX6.

Несмотря на то, что варианты в 5 -нетранслируемой области гена PAX6 были описаны ранее у пациентов с врожденной аниридией, механизм их патогенности не был предположен или изучен. В представленной работе впервые была разработана люциферазная система, содержащая полноразмерную 5'-нетранслируемую область гена PAX6. С помощью данной системы впервые были экспериментально исследованы пять вариантов нуклеотидной последовательности (c.-128-

2ёе1Л, с.-125ёирО, с.-122ёирО, с.-118_-117ёе1, с.-52+50>С), выявленные у пациентов с врождённой аниридией. Показано, что все эти варианты приводят к снижению эффективности трансляции белка, при том, что некоторые из них также влияют на включение в мРНК РАХ6 некодирующего экзона 3.

Используя биоинформатические и экспериментальные подходы впервые в мире обнаружена консервативная малая открытая рамка считывания в 5-нетранслируемой области гена РАХ6 (РЛХ6-8аа-иОКБ1). Показано, что практически все выявленные ранее у пациентов варианты в 5иТЯ приводят к сдвигу данной рамки, из-за чего она удлиняется и перекрывается с основной кодирующей частью гена РАХ6, тем самым снижая эффективность её трансляции. Таким образом, в ходе данной работы был продемонстрирован новый ранее неописанный молекулярный механизм развития врожденной аниридии. Более того, биоинформатический анализ данной рамки позволил предположить её роль в регуляции трансляции белка РЛХ6 в норме, что было подтверждено экспериментально. Помимо РЛХ6-8аа-иОКБ1 в 5,иТЯ РАХ6 также были предсказаны другие иОЯБ, которые также гипотетически могут играть роль в регуляции трансляции белка.

Теоретическая и практическая значимость работы

Показано, что разработанная система экспрессии минигенов для экзонов 5, 6, 8, 10 и 11 гена РАХ6 применима для проведения функционального анализа интронных и экзонных вариантов сплайсинга. Применение данного подхода позволило, с одной стороны, доказать патогенность вновь выявленных вариантов, а с другой, углубить понимание молекулярно-генетических механизмов, ведущих к развитию заболевания, для ранее описанных мутаций.

Продемонстрировано, что исследованные интронные варианты (с.141+4Л>0, с.1032+6Т>0, с.142-5Т>0, е.142-14С>0, с.682+4ёе1Л) в гене РАХ6, выявленные у российских пациентов, нарушают прохождение сплайсинга и изменяют структуру мРНК. Данный анализ позволил подтвердить патогенность исследуемых интронных вариантов, некоторые из которых ранее были классифицированы как варианты с неопределенным клиническим значением. Кроме того показано, что экзонные варианты (с.140Л>0 и с.174С>Т) также могут влиять на сплайсинг и приводить к потере функции гена РАХ6.

Показано, что использование люциферазной системы позволяет исследовать экзонные и интронные варианты, выявленные в 5 -нетранслируемой области гена РАХ6. Данная система позволила не только продемонстрировать, что пять вариантов (с.-128-2ёе1Л, с.-125ёирО, с.-122ёирО, с.-118_-117ёе1, с.-52+50>С), выявленных у российских пациентов с врождённой

аниридией, приводят к снижению эффективности трансляции основного белка, но и описать механизм такого эффекта.

Данный механизм связан с трансляцией в 5'-нетранслируемой области РАХ6 малой открытой рамки считывания. Показано, что практически все выявленные ранее у пациентов варианты в 5иТЯ приводят к сдвигу данной рамки, из-за чего она удлиняется и перекрывается с основной кодирующей частью гена, тем самым снижая эффективность её трансляции. Таким образом, в ходе данной работы был продемонстрирован новый ранее неописанный молекулярный механизм развития врожденной аниридии. Более того, показано, что последовательность малой открытой рамки считывания в 5' -нетранслируемой области гена РАХ6 высоко консервативна среди позвоночных и может в норме регулировать трансляцию белка РАХ6.

Полученные результаты демонстрируют важность анализа некодирующих вариантов в ходе проведения ДНК-диагностики пациентов с наследственными заболеваниями. Обнаружение и интерпретация таких вариантов все еще остается серьезной проблемой, поэтому для доказательства патогенности таких вариантов необходимо проведение экспериментальных функциональных исследований. Впервые разработанные в ходе настоящей работы подходы демонстрируют высокий потенциал их применения для анализа вариантов сплайсинга и вариантов в 5,-нетранслируемых областях. Подобные системы можно использовать для исследования некодирующих вариантов в других генах, что уже активно внедряется в практику лаборатории функциональной геномики ФГБНУ «МГНЦ».

Методология и методы исследования

Методологической и теоретической основной диссертационного исследования явились научные работы отечественных и зарубежных исследователей в области офтальмогенетики, а также проведения функциональных исследований для анализа патогенности вариантов нуклеотидной последовательности. В работе использованы следующие молекулярно-генетические методы: клонирование локусов гена РАХ6 для создания конструкций, экспрессирующих минигены, и конструкций с репортерным геном люциферазы, внесение в получившиеся конструкции исследуемых вариантов с помощью сайт-направленного мутагенеза, ведение и пересев клеточных линий человека (НЕК293Т и А549), трансфекция клеточных линий человека полученными плазмидами, выделение тотальной РНК, проведение реакции обратной транскрипции, полимеразная цепная реакция (в том числе в режиме «реального времени»),

определение люциферазной активности клеточных лизатов, методы статистической обработки результатов.

Положения, выносимые на защиту

1. Интронные варианты c.141+4A>G, a1032+6T>G, 142-5T>G, c.142-14C>G, c.682+4delA, расположенные вне инвариантн^1х позиций ±1,2, нарушают прохождение сплайсинга в гене PAX6, что приводит к развитию врожденной аниридии.

2. Показано, что два экзонных варианта в гене PAX6 (c.140A>G (p.Gln47Arg) и c.174C>T(p.Gly58=)) приводят к развитию врожденной аниридии за счёт нарушения прохождения сплайсинга, а не за счёт влияния на функцию белка. Таким образом, эти варианты являются вариантами с потерей функции (loss-of-function), а не миссенс и синонимичным, как они были классифицированы исходно.

3. Анализ вариантов c.-128-2delA, c.-125dupG, c.-122dupG, c.-118_-117del, c.-52+5G>C, расположенных в 5'-нетранслируемой области гена PAX6, выявил новый молекулярный механизм развития врожденной аниридии, связанный с разрушением малой открытой рамки считывания (uORF). Показано, что данный механизм является основным для как минимум 16 из 19 ранее описанных вариантов в 5-нетранслируемой области PAX6.

4. Показано, что малая открытая рамка считывания PAX6-8aa-uORF1 может участвовать в регуляции трансляции основного белка PAX6 в норме, но эта регуляция зависит от клеточного контекста.

5. Биоинформатически предсказано существование дополнительно четырёх малых открытых рамок считывания в 5 -нетранслируемой области гена PAX6, которые также гипотетически могут играть роль в регуляции трансляции белка.

6. Разработанные в ходе исследования экспериментальные подходы (система экспрессии минигенов и люциферазная система) могут быть использованы как для изучения молекулярных механизмов развития врожденной аниридии, так и для анализа патогенности вариантов нуклеотидной последовательности гена PAX6, выявленных в ходе ДНК-диагностики пациентов.

Степень достоверности результатов

Результаты работы получены на большом экспериментальном материале. Для достижения высокого уровня достоверности работа проводилась с высоким количеством повторов в

экспериментах и с использованием современных методов статистической оценки полученных результатов. Работа базируется на современной литературе и теоретически продолжает исследования в области молекулярной биологии, биотехнологии и генетики. В работе использовались современные молекулярно-биологические и генетические методы исследования. Поставленные в работе цели полностью выполнены, и их результаты полностью отражены в выводах.

Апробация результатов

Материалы диссертации доложены на 20 международных и всероссийской конференциях, среди которых The International Symposium Systems Biology and Biomedicine (30-31 August 2016, Novosibirsk, Russia), European Human Genetics Conference 2018 (16-19 June 2018, Milan, Italy), 3rd European Aniridia Conference (26th-28th Aug., 2016, Duisburg, Germany), 2nd International Caparica Conference in splicing (16th - 19th July 2018 Lisbon, Portugal), 11th International Multiconference «Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\ Systems Biology» (20 - 25 August 2018 Novosibirsk, Russia), European Human Genetics Conference ESHG'2019 (15-18 June, 2019, Gothenburg, Sweden), 3rd International Caparica Conference in Splicing 2020 (13th - 16th July 2020 Caparica, Portugal), Moscow Conference on Computational Molecular Biology (July 30th — August 2nd, 2021. Moscow, Russia), European Human Genetics Conference ESHG'2021 (28-31 August 2021, Virtual conference).

Работа одобрена этическим комитетом и прошла экспертную комиссию, рекомендована к защите на заседании Диссертационного совета 24.1.168.01 при Федеральном государственном бюджетном научном учреждении «Медико- генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова» (ФГБНУ «МГНЦ»).

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Диссертация соответствует формуле специальности 1.5.7. - Генетика (биологические науки) - «Генетика человека. Медицинская генетика. Наследственные болезни. Молекулярные основы наследственности. Мутационная изменчивость. Популяционная генетика» - работа включает в себя обсуждение генетики человека, медицинской генетики, наследственных заболеваний. Включает в себя изучение проблем реализации генетической информации (транскрипция, трансляция) на молекулярном и клеточном уровне, механизмы регуляции экспрессии генов.

Личный вклад автора в проведение исследования

Автор исследовательской работы принимал непосредственное участие в проведении работы на всех её этапах: изучение литературы, формулирование цели и задач, работа над экспериментальной частью, обработка и интерпретация полученных результатов, формулирование выводов. Автором проанализирована и проработана отечественная и зарубежная литература по теме диссертации, обработаны полученные результаты, сформулированы выводы и написана рукопись. Материалы исследования подготовлены автором к публикации в рецензируемых отечественных и зарубежных журналах. Результаты работы представлены автором лично на 12 международных и 2 всероссийских конференциях.

Публикации

Материалы диссертационной работы представлены в 12 печатных работах, в том числе в 2 статьях (2 в WoS и Scopus), опубликованных в журналах, рекомендованных ВАК при Минобрнауки России для соискателей ученой степени кандидата биологических наук. В опубликованных научных работах и автореферате полностью отражены основные результаты диссертации, положения и выводы.

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа имеет следующую структуру: список сокращений и условных обозначений, введение, обзор литературы, материалы и методы исследования, результаты и обсуждение, заключение, выводы, список научных трудов по теме диссертации, список цитируемой литературы. Работа представлена на 144 страницах машинописного текста, содержит 9 таблиц и 21 рисунок. Библиографический указатель включает 239 наименований, из них 1 отечественный и 238 зарубежных источника.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Врожденная аниридия

1.1.1 Клиническая характеристика врожденной аниридии

Врожденная аниридия (MIM #106210; ВА) - редкий наследственный врожденный порок развития (ВПР) глаза, наследуемый по аутосомно-доминантному типу с полной пенетрантностью и варьирующей экспрессивностью. Согласно данным портала Orphanet количество новых случаев изолированной аниридии выявляемых в среднем за год в Европе составляет 1.31 на 100'000 населения [Rath А. et al., 2022]. Развитие врожденной аниридии в ~97% случаев обусловлено гетерозиготными мутациями в гене PAX6 или хромосомными перестройками региона 11p13, затрагивающими данный ген [Pedersen H. R. et al., 2020, Vasilyeva T. A. et al., 2017]. Соотношение спорадических и семейных случаев варьируется от исследования к исследованию и составляет от 1:2 [Hingorani M. et al., 2009] до 2:1 [Netland P. A. et al., 2011], в выборке российских пациентов это соотношение составляет 3:2 [Vasilyeva T. A. et al., 2017].

Заболевание характеризуется полной или частичной гипоплазией радужной оболочки, а также патологическими изменениями других структур глаза. Степень гипоплазии радужки может значительно варьироваться от небольшого истончения до полного отсутствия [Landsend E. C. S. et al., 2021, Pedersen H. R. et al., 2019]. Гипоплазия фовеа наблюдается у 79 - 86% пациентов с ВА [Hingorani M. et al., 2009, Landsend E. C. S. et al., 2019, Pedersen H. R. et al., 2018], реже встречается гипоплазия зрительного нерва, у 11 - 29% [Landsend E. C. S. et al., 2019, McCulley T. J. et al., 2005]. Данные ВПР в большинстве случаев ведут к снижению остроты зрения (у ~100% пациентов) и нистагму (у 64-95% пациентов) [Landsend E. C. S. et al., 2021]. С течением болезни часто развиваются глаукома (46-70%), катаракта (90%), болезнь «сухого глаза» (56-95%) и кератопатия (78-96%) [Landsend E. C. S. et al., 2021]. Таким образом, врожденная аниридия является панокулярным пороком развития, затрагивающим в разной степени практически все структуры глаза.

Обычно врожденную аниридию описывают как изолированную глазную аномалию, однако у трети пациентов она может входить в состав синдромальных патологий, наиболее частой из которых является синдром WAGR (MIM #194072) [Blanco-Kelly F. et al., 2021]. Данный синдром включает в себя четыре характерных клинических признака: опухоль Вильмса (W), врожденную аниридию (A), урогенитальные аномалии (G) и задержку психомоторного развития (R). Лишь 44% пациентов с синдромом WAGR имеют все четыре клинических признака, 26% имеют три из них, а ещё 20% - только два [Fischbach B. V. et al., 2005]. При этом 98% всех

пациентов имеют врожденную аниридию, а опухоль Вильмса развивается только ~60% случаев. Наиболее распространенной аномалией мочеполовой системы при синдроме WAGR является крипторхизм, обнаруженный у 60% пациентов мужского пола. У 17% девочек наблюдались рудиментарные яичники и двурогая матка. Умственная отсталость, определяемая как IQ<74, выявляется у 70% пациентов с синдромом WAGR [Fischbach B. V. et al., 2005]. Генетической причиной развития синдрома WAGR являются различные делеции хромосомного региона 11p13, затрагивающие одновременно гены PAX6 (что приводит к развитию аниридии) и WT1 (что вероятно приводит к остальным фенотипическим признакам синдрома) [Robinson D. O. et al., 2008]. Реже встречается вариант синдрома WAGR, включающий ещё один характерный клинический признак - ожирение и называемый синдромом WAGRO (MIM #612469). Данный синдром ассоциирован с делециями 11p13-p12, захватывающими помимо генов PAX6 и WT1, ген BDNF [Rodriguez-Lopez R. et al., 2013].

В последние годы с накоплением большого количества данных о пациентах с ВА и расширением возможностей их клинического обследования было замечено, что «классическая» аниридия, ассоциированная с мутациями в гене PAX6, нередко имеет системные проявления. Поэтому сегодня всё чаще говорят о «синдроме аниридии» или «PAX6 синдроме» [Kasmann-Kellner B. et al., 2014]. Netland et al. выявили у своих пациентов такие проявления как зубные аномалии, задержка развития, костно-мышечные аномалии, бесплодие, астма, диабет, болезни желчного пузыря [Netland P. A. et al., 2011]. Кроме того, врожденная аниридия может иногда сопровождаться снижением обоняния, потерей слуха, нарушением сна и другими эндокринными расстройствами. Однако, чтобы доказать связь этих системных проявлений непосредственно с ВА и исключить стохастический компонент необходимо проведение исследований с участием более крупных групп пациентов [Blanco-Kelly F. et al., 2021].

Реже врожденная аниридия входит в состав других синдромов, например, в состав синдрома Гиллепси (MIM #206700). Данный синдром ассоциирован с мутациями в гене ITPR1 и характеризуется частичной аниридией, гипоплазией мозжечка, мозжечковой атаксией и отставанием в развитии [Hall H. N. et al., 2019]. Другими синдромами, связанными с нарушением развития переднего отдела глаза и включающими ВА, являются синдром Аксенфельда-Ригера (MIM #180500, MIM #601499) и аномалия Петерса (MIM #604229), ассоциированные с мутациями в генах PITX2, FOXC1 и CYP1B1 [Ma A. S. et al., 2019]. Наличие типичных для перечисленных синдромов вне глазных проявлений, таких как зубные аномалии, сердечные аномалии, потеря слуха, мозжечковая атаксия и т.д., позволяет эффективно провести их дифференциальную диагностику с синдромом аниридии и синдромом WAGR/WAGRO [Blanco-Kelly F. et al., 2021].

1.1.2 Молекулярно-генетические основы врожденной аниридии

Около 97% всех случаев врожденной аниридии обусловлено гетерозиготными мутациями в гене PAX6 или хромосомными перестройками, затрагивающими данный ген [Pedersen H. R. et al., 2020, Vasilyeva T. A. et al., 2017]. Главным механизмом развития ВА на сегодняшний день считается гаплонедостаточность (уменьшение дозы) гена PAX6, что не позволяет поддерживать его нормальную функцию в процессе эмбриогенеза [Blanco-Kelly F. et al., 2021].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Филатова Александра Юрьевна, 2022 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Рыжкова О. П., Кардымон О. Л., Прохорчук Е. Б., Коновалов Ф. А., Масленников А. Б.,

Степанов В. А., Афанасьев А. А., Заклязьминская Е. В., Ребриков Д. В., Савостьянов К. В., Глотов А. С., Костарева А. А., Павлов А. Е., Голубенко М. В., Поляков А. В., Куцев С. И. Руководство по интерпретации данных последовательности ДНК человека, полученных методами массового параллельного секвенирования (MPS) (редакция 2018, версия 2) // Медицинская генетика. - 2019. - V. 18. - № 2. - P. 3-23.

2. Aalfs C. M., Fantes J. A., Wenniger-Prick L. J., Sluijter S., Hennekam R. C., van Heyningen V.,

Hoovers J. M. Tandem duplication of 11p12-p13 in a child with borderline development delay and eye abnormalities: dose effect of the PAX6 gene product? // Am J Med Genet. - 1997. - V.

73. - № 3. - P. 267-71. doi: 10.1002/(sici)1096-8628(19971219)73:3<267::aid-ajmg7>3.0.co;2-p

3. Abrahams L., Savisaar R., Mordstein C., Young B., Kudla G., Hurst L. D. Evidence in disease and

non-disease contexts that nonsense mutations cause altered splicing via motif disruption // Nucleic Acids Res. - 2021. - V. 49. - № 17. - P. 9665-9685. doi: 10.1093/nar/gkab750

4. Abramowicz A., Gos M. Splicing mutations in human genetic disorders: examples, detection, and

confirmation // J Appl Genet. - 2018. - V. 59. - № 3. - P. 253-268. doi: 10.1007/s13353-018-0444-7

5. Ahlborn L. B., Dandanell M., Steffensen A. Y., Jonson L., Nielsen F. C., Hansen T. V. Splicing

analysis of 14 BRCA1 missense variants classifies nine variants as pathogenic // Breast Cancer Res Treat. - 2015. - V. 150. - № 2. - P. 289-98. doi: 10.1007/s10549-015-3313-7

6. Aicher J. K., Jewell P., Vaquero-Garcia J., Barash Y., Bhoj E. J. Mapping RNA splicing variations

in clinically accessible and nonaccessible tissues to facilitate Mendelian disease diagnosis using

RNA-seq // Genet Med. - 2020. - V. 22. - № 7. - P. 1181-1190. doi: 10.1038/s41436-020-0780-

y

7. Alibes A., Nadra A. D., De Masi F., Bulyk M. L., Serrano L., Stricher F. Using protein design

algorithms to understand the molecular basis of disease caused by protein-DNA interactions: the Pax6 example // Nucleic Acids Res. - 2010. - V. 38. - № 21. - P. 7422-31. doi: 10.1093/nar/gkq683

8. Anderson T. R., Hedlund E., Carpenter E. M. Differential Pax6 promoter activity and transcript

expression during forebrain development // Mech Dev. - 2002. - V. 114. - № 1-2. - P. 171-5. doi: 10.1016/s0925-4773(02)00051 -5

9. Ashery-Padan R., Marquardt T., Zhou X., Gruss P. Pax6 activity in the lens primordium is required

for lens formation and for correct placement of a single retina in the eye // Genes Dev. - 2000. -V. 14. - № 21. - P. 2701-11. doi: 10.1101/gad.184000

10. Axton R. A., Hanson I. M., Love J., Seawright A., Prosser J., van Heyningen V. Combined

SSCP/heteroduplex analysis in the screening for PAX6 mutations // Mol Cell Probes. - 1997. -V. 11. - № 4. - P. 287-92. doi: 10.1006/mcpr.1997.0117

11. Azuma N., Yamaguchi Y., Handa H., Tadokoro K., Asaka A., Kawase E., Yamada M. Mutations

of the PAX6 gene detected in patients with a variety of optic-nerve malformations // Am J Hum Genet. - 2003. - V. 72. - № 6. - P. 1565-70. doi: 10.1086/375555

12. Berger M. F., Badis G., Gehrke A. R., Talukder S., Philippakis A. A., Pena-Castillo L., Alleyne T.

M., Mnaimneh S., Botvinnik O. B., Chan E. T., Khalid F., Zhang W., Newburger D., Jaeger S. A., Morris Q. D., Bulyk M. L., Hughes T. R. Variation in homeodomain DNA binding revealed by high-resolution analysis of sequence preferences // Cell. - 2008. - V. 133. - № 7. - P. 126676. doi: 10.1016/j.cell.2008.05.024

13. Bhatia S., Bengani H., Fish M., Brown A., Divizia M. T., de Marco R., Damante G., Grainger R.,

van Heyningen V., Kleinjan D. A. Disruption of autoregulatory feedback by a mutation in a remote, ultraconserved PAX6 enhancer causes aniridia // Am J Hum Genet. - 2013. - V. 93. -№ 6. - P. 1126-34. doi: 10.1016/j.ajhg.2013.10.028

14. Blanco-Kelly F., Tarilonte M., Villamar M., Damian A., Tamayo A., Moreno-Pelayo M. A., Ayuso

C., Corton M. Genetics and epidemiology of aniridia: Updated guidelines for genetic study // Arch Soc Esp Oftalmol (Engl Ed). - 2021. - V. 96 Suppl 1. - №. - P. 4-14. doi: 10.1016/j.oftale.2021.02.002

15. Boso F., Taioli F., Cabrini I., Cavallaro T., Fabrizi G. M. Aberrant Splicing in GJB1 and the

Relevance of 5' UTR in CMTX1 Pathogenesis // Brain Sci. - 2020. - V. 11. - № 1. - doi: 10.3390/brainsci11010024

16. Bournazos A. M., Riley L. G., Bommireddipalli S., Ades L., Akesson L. S., Al-Shinnag M.,

Alexander S. I., Archibald A. D., Balasubramaniam S., Berman Y., Beshay V., Boggs K., Bojadzieva J., Brown N. J., Bryen S. J., Buckley M. F., Chong B., Davis M. R., Dawes R., Delatycki M., Donaldson L., Downie L., Edwards C., Edwards M., Engel A., Ewans L. J., Faiz F., Fennell A., Field M., Freckmann M. L., . . . Standardized practices for RNA diagnostics using clinically accessible specimens reclassifies 75% of putative splicing variants // Genet Med. -2022. - V. 24. - № 1. - P. 130-145. doi: 10.1016/j.gim.2021.09.001

17. Brunak S., Engelbrecht J., Knudsen S. Prediction of human mRNA donor and acceptor sites from

the DNA sequence // J Mol Biol. - 1991. - V. 220. - № 1. - P. 49-65. doi: 10.1016/0022-2836(91)90380-o

18. Burge C., Karlin S. Prediction of complete gene structures in human genomic DNA // J Mol Biol.

- 1997. - V. 268. - № 1. - P. 78-94. doi: 10.1006/jmbi.1997.0951

19. Calvo S. E., Pagliarini D. J., Mootha V. K. Upstream open reading frames cause widespread

reduction of protein expression and are polymorphic among humans // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2009. - V. 106. - № 18. - P. 7507-12. doi: 10.1073/pnas.0810916106

20. Cartegni L., Chew S. L., Krainer A. R. Listening to silence and understanding nonsense: exonic

mutations that affect splicing // Nat Rev Genet. - 2002. - V. 3. - № 4. - P. 285-98. doi: 10.1038/nrg775

21. Cenik C., Derti A., Mellor J. C., Berriz G. F., Roth F. P. Genome-wide functional analysis of human

5' untranslated region introns // Genome Biol. - 2010. - V. 11. - № 3. - P. R29. doi: 10.1186/gb-2010-11-3-r29

22. Chanas S. A., Collinson J. M., Ramaesh T., Dora N., Kleinjan D. A., Hill R. E., West J. D. Effects

of elevated Pax6 expression and genetic background on mouse eye development // Invest Ophthalmol Vis Sci. - 2009. - V. 50. - № 9. - P. 4045-59. doi: 10.1167/iovs.07-1630

23. Chao L. Y., Mishra R., Strong L. C., Saunders G. F. Missense mutations in the DNA-binding region

and termination codon in PAX6 // Hum Mutat. - 2003. - V. 21. - № 2. - P. 138-45. doi: 10.1002/humu.10163

24. Chen J., Brunner A. D., Cogan J. Z., Nunez J. K., Fields A. P., Adamson B., Itzhak D. N., Li J. Y.,

Mann M., Leonetti M. D., Weissman J. S. Pervasive functional translation of noncanonical human open reading frames // Science. - 2020. - V. 367. - № 6482. - P. 1140-1146. doi: 10.1126/science.aay0262

25. Cheng J., Nguyen T. Y. D., Cygan K. J., Celik M. H., Fairbrother W. G., Avsec Z., Gagneur J.

MMSplice: modular modeling improves the predictions of genetic variant effects on splicing // Genome Biol. - 2019. - V. 20. - № 1. - P. 48. doi: 10.1186/s13059-019-1653-z

26. Chu Y., Huang J., Ma G., Cui T., Yan X., Li H., Wang N. An Upstream Open Reading Frame

Represses Translation of Chicken PPARgamma Transcript Variant 1 // Front Genet. - 2020. -V. 11. - №. - P. 165. doi: 10.3389/fgene.2020.00165

27. Chung D. D., Frausto R. F., Cervantes A. E., Gee K. M., Zakharevich M., Hanser E. M., Stone E.

M., Heon E., Aldave A. J. Confirmation of the OVOL2 Promoter Mutation c.-307T>C in Posterior Polymorphous Corneal Dystrophy 1 // PLoS One. - 2017. - V. 12. - № 1. - P. e0169215. doi: 10.1371/journal.pone.0169215

28. Consortium G. T. The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project // Nat Genet. - 2013. - V. 45.

- № 6. - P. 580-5. doi: 10.1038/ng.2653

29. Corvelo A., Hallegger M., Smith C. W., Eyras E. Genome-wide association between branch point

properties and alternative splicing // PLoS Comput Biol. - 2010. - V. 6. - № 11. - P. e1001016. doi: 10.1371/journal.pcbi.1001016

30. Cvekl A., Kashanchi F., Sax C. M., Brady J. N., Piatigorsky J. Transcriptional regulation of the

mouse alpha A-crystallin gene: activation dependent on a cyclic AMP-responsive element (DE1/CRE) and a Pax-6-binding site // Mol Cell Biol. - 1995. - V. 15. - № 2. - P. 653-60. doi: 10.1128/MCB.15.2.653

31. Czerny T., Busslinger M. DNA-binding and transactivation properties of Pax-6: three amino acids

in the paired domain are responsible for the different sequence recognition of Pax-6 and BSAP (Pax-5) // Mol Cell Biol. - 1995. - V. 15. - № 5. - P. 2858-71. doi: 10.1128/MCB.15.5.2858

32. Damjanovich K., Langa C., Blanco F. J., McDonald J., Botella L. M., Bernabeu C., Wooderchak-

Donahue W., Stevenson D. A., Bayrak-Toydemir P. 5'UTR mutations of ENG cause hereditary hemorrhagic telangiectasia // Orphanet J Rare Dis. - 2011. - V. 6. - №. - P. 85. doi: 10.1186/1750-1172-6-85

33. Davidson A. E., Liskova P., Evans C. J., Dudakova L., Noskova L., Pontikos N., Hartmannova H.,

Hodanova K., Stranecky V., Kozmik Z., Levis H. J., Idigo N., Sasai N., Maher G. J., Bellingham J., Veli N., Ebenezer N. D., Cheetham M. E., Daniels J. T., Thaung C. M., Jirsova K., Plagnol V., Filipec M., Kmoch S., Tuft S. J., Hardcastle A. J. Autosomal-Dominant Corneal Endothelial Dystrophies CHED1 and PPCD1 Are Allelic Disorders Caused by Non-coding Mutations in the Promoter of OVOL2 // Am J Hum Genet. - 2016. - V. 98. - № 1. - P. 75-89. doi: 10.1016/j .ajhg.2015.11.018

34. Davis N., Yoffe C., Raviv S., Antes R., Berger J., Holzmann S., Stoykova A., Overbeek P. A.,

Tamm E. R., Ashery-Padan R. Pax6 dosage requirements in iris and ciliary body differentiation // Dev Biol. - 2009. - V. 333. - № 1. - P. 132-42. doi: 10.1016/j.ydbio.2009.06.023

35. den Dunnen J. T., Dalgleish R., Maglott D. R., Hart R. K., Greenblatt M. S., McGowan-Jordan J.,

Roux A. F., Smith T., Antonarakis S. E., Taschner P. E. HGVS Recommendations for the Description of Sequence Variants: 2016 Update // Hum Mutat. - 2016. - V. 37. - № 6. - P. 5649. doi: 10.1002/humu.22981

36. Desmet F. O., Hamroun D., Lalande M., Collod-Beroud G., Claustres M., Beroud C. Human

Splicing Finder: an online bioinformatics tool to predict splicing signals // Nucleic Acids Res. -2009. - V. 37. - № 9. - P. e67. doi: 10.1093/nar/gkp215

37. Di Blasi C., He Y., Morandi L., Cornelio F., Guicheney P., Mora M. Mild muscular dystrophy due

to a nonsense mutation in the LAMA2 gene resulting in exon skipping // Brain. - 2001. - V. 124. - № Pt 4. - P. 698-704. doi: 10.1093/brain/124.4.698

38. Dietz H. C., Kendzior R. J., Jr. Maintenance of an open reading frame as an additional level of

scrutiny during splice site selection // Nat Genet. - 1994. - V. 8. - № 2. - P. 183-8. doi: 10.1038/ng 1094-183

39. Dionnet E., Defour A., Da Silva N., Salvi A., Levy N., Krahn M., Bartoli M., Puppo F., Gorokhova

S. Splicing impact of deep exonic missense variants in CAPN3 explored systematically by minigene functional assay // Hum Mutat. - 2020. - V. 41. - № 10. - P. 1797-1810. doi: 10.1002/humu.24083

40. Dubey S. K., Mahalaxmi N., Vijayalakshmi P., Sundaresan P. Mutational analysis and genotype-

phenotype correlations in southern Indian patients with sporadic and familial aniridia // Mol Vis. - 2015. - V. 21. - №. - P. 88-97.

41. Epstein J., Cai J., Glaser T., Jepeal L., Maas R. Identification of a Pax paired domain recognition

sequence and evidence for DNA-dependent conformational changes // J Biol Chem. - 1994. - V. 269. - № 11. - P. 8355-61.

42. Epstein J. A., Glaser T., Cai J., Jepeal L., Walton D. S., Maas R. L. Two independent and interactive

DNA-binding subdomains of the Pax6 paired domain are regulated by alternative splicing // Genes Dev. - 1994. - V. 8. - № 17. - P. 2022-34. doi: 10.1101/gad.8.17.2022

43. Erkelenz S., Mueller W. F., Evans M. S., Busch A., Schoneweis K., Hertel K. J., Schaal H. Position-

dependent splicing activation and repression by SR and hnRNP proteins rely on common mechanisms // RNA. - 2013. - V. 19. - № 1. - P. 96-102. doi: 10.1261/rna.037044.112

44. Erkelenz S., Theiss S., Otte M., Widera M., Peter J. O., Schaal H. Genomic HEXploring allows

landscaping of novel potential splicing regulatory elements // Nucleic Acids Res. - 2014. - V. 42. - № 16. - P. 10681-97. doi: 10.1093/nar/gku736

45. Fairbrother W. G., Yeh R. F., Sharp P. A., Burge C. B. Predictive identification of exonic splicing

enhancers in human genes // Science. - 2002. - V. 297. - № 5583. - P. 1007-13. doi: 10.1126/science.1073774

46. Filatova A., Freire V., Lozier E., Konovalov F., Bessonova L., Iudina E., Gnetetskaya V., Kanivets

I., Korostelev S., Skoblov M. Novel KIAA1109 variants affecting splicing in a Russian family with ALKURAYA-KUCINSKAS syndrome // Clin Genet. - 2019. - V. 95. - № 3. - P. 440-441. doi: 10.1111/cge.13472

47. Fischbach B. V., Trout K. L., Lewis J., Luis C. A., Sika M. WAGR syndrome: a clinical review of

54 cases // Pediatrics. - 2005. - V. 116. - № 4. - P. 984-8. doi: 10.1542/peds.2004-0467

48. Fraile-Bethencourt E., Diez-Gomez B., Velasquez-Zapata V., Acedo A., Sanz D. J., Velasco E. A.

Functional classification of DNA variants by hybrid minigenes: Identification of 30 spliceogenic variants of BRCA2 exons 17 and 18 // PLoS Genet. - 2017. - V. 13. - № 3. - P. e1006691. doi: 10.1371/j ournal.pgen.1006691

49. Fraile-Bethencourt E., Valenzuela-Palomo A., Diez-Gomez B., Acedo A., Velasco E. A.

Identification of Eight Spliceogenic Variants in BRCA2 Exon 16 by Minigene Assays // Front Genet. - 2018. - V. 9. - №. - P. 188. doi: 10.3389/fgene.2018.00188

50. Fraile-Bethencourt E., Valenzuela-Palomo A., Diez-Gomez B., Caloca M. J., Gomez-Barrero S.,

Velasco E. A. Minigene Splicing Assays Identify 12 Spliceogenic Variants of BRCA2 Exons 14 and 15 // Front Genet. - 2019. - V. 10. - №. - P. 503. doi: 10.3389/fgene.2019.00503

51. French J. D., Edwards S. L. The Role of Noncoding Variants in Heritable Disease // Trends Genet.

- 2020. - V. 36. - № 11. - P. 880-891. doi: 10.1016/j.tig.2020.07.004

52. Fu X. D. Towards a splicing code // Cell. - 2004. - V. 119. - № 6. - P. 736-8. doi:

10.1016/j .cell.2004.11.039

53. Fu X. D., Ares M., Jr. Context-dependent control of alternative splicing by RNA-binding proteins

// Nat Rev Genet. - 2014. - V. 15. - № 10. - P. 689-701. doi: 10.1038/nrg3778

54. Glaser T., Jepeal L., Edwards J. G., Young S. R., Favor J., Maas R. L. PAX6 gene dosage effect in

a family with congenital cataracts, aniridia, anophthalmia and central nervous system defects // Nat Genet. - 1994. - V. 7. - № 4. - P. 463-71. doi: 10.1038/ng0894-463

55. Glaser T., Walton D. S., Maas R. L. Genomic structure, evolutionary conservation and aniridia

mutations in the human PAX6 gene // Nat Genet. - 1992. - V. 2. - № 3. - P. 232-9. doi: 10.1038/ng1192-232

56. Gobin-Limballe S., Ottolenghi C., Reyal F., Arnoux J. B., Magen M., Simon M., Brassier A., Jabot-

Hanin F., Lonlay P., Pontoizeau C., Guirat M., Rio M., Gesny R., Gigarel N., Royer G., Steffann J., Munnich A., Bonnefont J. P. OTC deficiency in females: Phenotype-genotype correlation based on a 130-family cohort // J Inherit Metab Dis. - 2021. - V. 44. - № 5. - P. 1235-1247. doi: 10.1002/j imd.12404

57. Gronskov K., Rosenberg T., Sand A., Brondum-Nielsen K. Mutational analysis of PAX6: 16 novel

mutations including 5 missense mutations with a mild aniridia phenotype // Eur J Hum Genet. -1999. - V. 7. - № 3. - P. 274-86. doi: 10.1038/sj.ejhg.5200308

58. Grzegorski S. J., Chiari E. F., Robbins A., Kish P. E., Kahana A. Natural variability of Kozak

sequences correlates with function in a zebrafish model // PLoS One. - 2014. - V. 9. - № 9. - P. e108475. doi: 10.1371/journal.pone.0108475

59. Guangchuang Y., Zhou L. ggmsa: Plot Multiple Sequence Alignment using 'ggplot2'. R package

version 0.0.4. https://CRAN.R-project.org/package=ggmsa //. - 2020. - V. - №. -

60. Gurskaya N. G., Staroverov D. B., Zhang L., Fradkov A. F., Markina N. M., Pereverzev A. P.,

Lukyanov K. A. Analysis of alternative splicing of cassette exons at single-cell level using two fluorescent proteins // Nucleic Acids Res. - 2012. - V. 40. - № 8. - P. e57. doi: 10.1093/nar/gkr1314

61. Habara Y., Takeshima Y., Awano H., Okizuka Y., Zhang Z., Saiki K., Yagi M., Matsuo M. In vitro

splicing analysis showed that availability of a cryptic splice site is not a determinant for alternative splicing patterns caused by +1G-->A mutations in introns of the dystrophin gene // J Med Genet. - 2009. - V. 46. - № 8. - P. 542-7. doi: 10.1136/jmg.2008.061259

62. Haberle V., Stark A. Eukaryotic core promoters and the functional basis of transcription initiation

// Nat Rev Mol Cell Biol. - 2018. - V. 19. - № 10. - P. 621-637. doi: 10.1038/s41580-018-0028-8

63. Halder G., Callaerts P., Gehring W. J. Induction of ectopic eyes by targeted expression of the

eyeless gene in Drosophila // Science. - 1995. - V. 267. - № 5205. - P. 1788-92. doi: 10.1126/science.7892602

64. Hall H. N., Williamson K. A., FitzPatrick D. R. The genetic architecture of aniridia and Gillespie

syndrome // Hum Genet. - 2019. - V. 138. - № 8-9. - P. 881-898. doi: 10.1007/s00439-018-1934-8

65. Hanson I., Churchill A., Love J., Axton R., Moore T., Clarke M., Meire F., van Heyningen V.

Missense mutations in the most ancient residues of the PAX6 paired domain underlie a spectrum of human congenital eye malformations // Hum Mol Genet. - 1999. - V. 8. - № 2. - P. 165-72. doi: 10.1093/hmg/8.2.165

66. Hanson I. M., Fletcher J. M., Jordan T., Brown A., Taylor D., Adams R. J., Punnett H. H., van

Heyningen V. Mutations at the PAX6 locus are found in heterogeneous anterior segment malformations including Peters' anomaly // Nat Genet. - 1994. - V. 6. - № 2. - P. 168-73. doi: 10.1038/ng0294-168

67. Harvey S. E., Xu Y., Lin X., Gao X. D., Qiu Y., Ahn J., Xiao X., Cheng C. Coregulation of

alternative splicing by hnRNPM and ESRP1 during EMT // RNA. - 2018. - V. 24. - № 10. - P. 1326-1338. doi: 10.1261/rna.066712.118

68. Highsmith W. E., Burch L. H., Zhou Z., Olsen J. C., Boat T. E., Spock A., Gorvoy J. D., Quittel

L., Friedman K. J., Silverman L. M., et al. A novel mutation in the cystic fibrosis gene in patients with pulmonary disease but normal sweat chloride concentrations // N Engl J Med. - 1994. - V. 331. - № 15. - P. 974-80. doi: 10.1056/NEJM199410133311503

69. Hingorani M., Hanson I., van Heyningen V. Aniridia // Eur J Hum Genet. - 2012. - V. 20. - № 10.

- P. 1011-7. doi: 10.1038/ejhg.2012.100

70. Hingorani M., Williamson K. A., Moore A. T., van Heyningen V. Detailed ophthalmologic

evaluation of 43 individuals with PAX6 mutations // Invest Ophthalmol Vis Sci. - 2009. - V. 50.

- № 6. - P. 2581-90. doi: 10.1167/iovs.08-2827

71. Hinnebusch A. G. Translational regulation of GCN4 and the general amino acid control of yeast //

Annu Rev Microbiol. - 2005. - V. 59. - №. - P. 407-50. doi: 10.1146/annurev.micro.59.031805.133833

72. Hong X., Scofield D. G., Lynch M. Intron size, abundance, and distribution within untranslated

regions of genes // Mol Biol Evol. - 2006. - V. 23. - № 12. - P. 2392-404. doi: 10.1093/molbev/msl111

73. Hornig N. C., de Beaufort C., Denzer F., Cools M., Wabitsch M., Ukat M., Kulle A. E., Schweikert

H. U., Werner R., Hiort O., Audi L., Siebert R., Ammerpohl O., Holterhus P. M. A Recurrent Germline Mutation in the 5'UTR of the Androgen Receptor Causes Complete Androgen Insensitivity by Activating Aberrant uORF Translation // PLoS One. - 2016. - V. 11. - № 4. -P. e0154158. doi: 10.1371/journal.pone.0154158

74. Hsu A. P., Zerbe C. S., Foruraghi L., Iovine N. M., Leiding J. W., Mushatt D. M., Wild L., Kuhns

D. B., Holland S. M. IKBKG (NEMO) 5' Untranslated Splice Mutations Lead to Severe, Chronic Disseminated Mycobacterial Infections // Clin Infect Dis. - 2018. - V. 67. - № 3. - P. 456-459. doi: 10.1093/cid/ciy186

75. Huang N., Li F., Zhang M., Zhou H., Chen Z., Ma X., Yang L., Wu X., Zhong J., Xiao F., Yang

X., Zhao K., Li X., Xia X., Liu Z., Gao S., Zhang N. An Upstream Open Reading Frame in Phosphatase and Tensin Homolog Encodes a Circuit Breaker of Lactate Metabolism // Cell Metab. - 2021. - V. 33. - № 1. - P. 128-144 e9. doi: 10.1016/j.cmet.2020.12.008

76. Huang Y., Zhang L. An In Vitro Single-Primer Site-Directed Mutagenesis Method for Use in

Biotechnology // Methods Mol Biol. - 2017. - V. 1498. - №. - P. 375-383. doi: 10.1007/978-1-4939-6472-7_26

77. Hudder A., Werner R. Analysis of a Charcot-Marie-Tooth disease mutation reveals an essential

internal ribosome entry site element in the connexin-32 gene // J Biol Chem. - 2000. - V. 275. -№ 44. - P. 34586-91. doi: 10.1074/jbc.M005199200

78. Igarashi M., Masunaga Y., Hasegawa Y., Kinjo K., Miyado M., Saitsu H., Kato-Fukui Y.,

Horikawa R., Okubo Y., Ogata T., Fukami M. Nonsense-associated altered splicing of MAP3K1 in two siblings with 46,XY disorders of sex development // Sci Rep. - 2020. - V. 10. - № 1. -P. 17375. doi: 10.1038/s41598-020-74405-1

79. Ingolia N. T., Ghaemmaghami S., Newman J. R., Weissman J. S. Genome-wide analysis in vivo

of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling // Science. - 2009. - V. 324. -№ 5924. - P. 218-23. doi: 10.1126/science.1168978

80. Ito K., Patel P. N., Gorham J. M., McDonough B., DePalma S. R., Adler E. E., Lam L., MacRae

C. A., Mohiuddin S. M., Fatkin D., Seidman C. E., Seidman J. G. Identification of pathogenic

gene mutations in LMNA and MYBPC3 that alter RNA splicing // Proc Natl Acad Sci U S A. -2017. - V. 114. - № 29. - P. 7689-7694. doi: 10.1073/pnas.1707741114

81. Jackson R. J., Hellen C. U., Pestova T. V. The mechanism of eukaryotic translation initiation and

principles of its regulation // Nat Rev Mol Cell Biol. - 2010. - V. 11. - № 2. - P. 113-27. doi: 10.1038/nrm2838

82. Jaganathan K., Kyriazopoulou Panagiotopoulou S., McRae J. F., Darbandi S. F., Knowles D., Li

Y. I., Kosmicki J. A., Arbelaez J., Cui W., Schwartz G. B., Chow E. D., Kanterakis E., Gao H., Kia A., Batzoglou S., Sanders S. J., Farh K. K. Predicting Splicing from Primary Sequence with Deep Learning // Cell. - 2019. - V. 176. - № 3. - P. 535-548 e24. doi: 10.1016/j.cell.2018.12.015

83. Jang Y. J., LaBella A. L., Feeney T. P., Braverman N., Tuchman M., Morizono H., Ah Mew N.,

Caldovic L. Disease-causing mutations in the promoter and enhancer of the ornithine transcarbamylase gene // Hum Mutat. - 2018. - V. 39. - № 4. - P. 527-536. doi: 10.1002/humu.23394

84. Jaworski C., Sperbeck S., Graham C., Wistow G. Alternative splicing of Pax6 in bovine eye and

evolutionary conservation of intron sequences // Biochem Biophys Res Commun. - 1997. - V. 240. - № 1. - P. 196-202. doi: 10.1006/bbrc.1997.7623

85. Ji Z., Song R., Regev A., Struhl K. Many lncRNAs, 5'UTRs, and pseudogenes are translated and

some are likely to express functional proteins // Elife. - 2015. - V. 4. - №. - P. e08890. doi: 10.7554/eLife.08890

86. Jia L., Mao Y., Ji Q., Dersh D., Yewdell J. W., Qian S. B. Decoding mRNA translatability and

stability from the 5' UTR // Nat Struct Mol Biol. - 2020. - V. 27. - № 9. - P. 814-821. doi: 10.1038/s41594-020-0465-x

87. Jian X., Boerwinkle E., Liu X. In silico tools for splicing defect prediction: a survey from the

viewpoint of end users // Genet Med. - 2014. - V. 16. - № 7. - P. 497-503. doi: 10.1038/gim.2013.176

88. Joynt A. T., Evans T. A., Pellicore M. J., Davis-Marcisak E. F., Aksit M. A., Eastman A. C., Patel

S. U., Paul K. C., Osorio D. L., Bowling A. D., Cotton C. U., Raraigh K. S., West N. E., Merlo C. A., Cutting G. R., Sharma N. Evaluation of both exonic and intronic variants for effects on RNA splicing allows for accurate assessment of the effectiveness of precision therapies // PLoS Genet. - 2020. - V. 16. - № 10. - P. e1009100. doi: 10.1371/journal.pgen.1009100

89. Juan-Mateu J., Gonzalez-Quereda L., Rodriguez M. J., Verdura E., Lazaro K., Jou C., Nascimento

A., Jimenez-Mallebrera C., Colomer J., Monges S., Lubieniecki F., Foncuberta M. E., Pascual-Pascual S. I., Molano J., Baiget M., Gallano P. Interplay between DMD point mutations and splicing signals in Dystrophinopathy phenotypes // PLoS One. - 2013. - V. 8. - № 3. - P. e59916. doi: 10.1371/journal.pone.0059916

90. Kasmann-Kellner B., Seitz B. [Aniridia syndrome: clinical findings, problematic courses and

suggestions for optimization of care ("aniridia guide")] // Ophthalmologe. - 2014. - V. 111. - № 12. - P. 1145-56. doi: 10.1007/s00347-014-3060-x

91. Ke S., Shang S., Kalachikov S. M., Morozova I., Yu L., Russo J. J., Ju J., Chasin L. A. Quantitative

evaluation of all hexamers as exonic splicing elements // Genome Res. - 2011. - V. 21. - № 8.

- P. 1360-74. doi: 10.1101/gr.119628.110

92. Kim J., Lauderdale J. D. Overexpression of pairedless Pax6 in the retina disrupts corneal

development and affects lens cell survival // Dev Biol. - 2008. - V. 313. - № 1. - P. 434-54. doi: 10.1016/j.ydbio.2007.10.043

93. Kiniry S. J., O'Connor P. B. F., Michel A. M., Baranov P. V. Trips-Viz: a transcriptome browser

for exploring Ribo-Seq data // Nucleic Acids Res. - 2019. - V. 47. - № D1. - P. D847-D852. doi: 10.1093/nar/gky842

94. Kondratyeva E., Bukharova T., Efremova A., Melyanovskaya Y., Bulatenko N., Davydenko K.,

Filatova A., Skoblov M., Krasovsky S., Petrova N., Polyakov A., Adyan T., Amelina E., Shadrina V., Zhekaite E., Zodbinova A., Chernyak A., Zinchenko R., Kutsev S., Goldshtein D. Health Characteristics of Patients with Cystic Fibrosis whose Genotype Includes a Variant of the Nucleotide Sequence c.3140-16T>A and Functional Analysis of this Variant // Genes (Basel). -2021. - V. 12. - № 6. - doi: 10.3390/genes12060837

95. Kozak M. An analysis of 5'-noncoding sequences from 699 vertebrate messenger RNAs // Nucleic

Acids Res. - 1987. - V. 15. - № 20. - P. 8125-48. doi: 10.1093/nar/15.20.8125

96. Kremer L. S., Bader D. M., Mertes C., Kopajtich R., Pichler G., Iuso A., Haack T. B., Graf E.,

Schwarzmayr T., Terrile C., Konarikova E., Repp B., Kastenmuller G., Adamski J., Lichtner P., Leonhardt C., Funalot B., Donati A., Tiranti V., Lombes A., Jardel C., Glaser D., Taylor R. W., Ghezzi D., Mayr J. A., Rotig A., Freisinger P., Distelmaier F., Strom T. M., Meitinger T., . . . Genetic diagnosis of Mendelian disorders via RNA sequencing // Nat Commun. - 2017. - V. 8.

- №. - P. 15824. doi: 10.1038/ncomms15824

97. Kurosaki T., Popp M. W., Maquat L. E. Quality and quantity control of gene expression by

nonsense-mediated mRNA decay // Nat Rev Mol Cell Biol. - 2019. - V. 20. - № 7. - P. 406420. doi: 10.1038/s41580-019-0126-2

98. Kvon E. Z., Zhu Y., Kelman G., Novak C. S., Plajzer-Frick I., Kato M., Garvin T. H., Pham Q.,

Harrington A. N., Hunter R. D., Godoy J., Meky E. M., Akiyama J. A., Afzal V., Tran S., Escande F., Gilbert-Dussardier B., Jean-Marcais N., Hudaiberdiev S., Ovcharenko I., Dobbs M. B., Gurnett C. A., Manouvrier-Hanu S., Petit F., Visel A., Dickel D. E., Pennacchio L. A. Comprehensive In Vivo Interrogation Reveals Phenotypic Impact of Human Enhancer Variants // Cell. - 2020. - V. 180. - № 6. - P. 1262-1271 e15. doi: 10.1016/j.cell.2020.02.031

99. Lacerda R., Menezes J., Romao L. More than just scanning: the importance of cap-independent

mRNA translation initiation for cellular stress response and cancer // Cell Mol Life Sci. - 2017. - V. 74. - № 9. - P. 1659-1680. doi: 10.1007/s00018-016-2428-2

100. Landsend E. C. S., Lagali N., Utheim T. P. Congenital aniridia - A comprehensive review of clinical features and therapeutic approaches // Surv Ophthalmol. - 2021. - V. 66. - № 6. - P. 1031-1050. doi: 10.1016/j.survophthal.2021.02.011

101. Landsend E. C. S., Pedersen H. R., Utheim O. A., Rueegg C. S., Baraas R. C., Lagali N., Bragadottir R., Moe M. C., Utheim T. P. Characteristics and Utility of Fundus Autofluorescence in Congenital Aniridia Using Scanning Laser Ophthalmoscopy // Invest Ophthalmol Vis Sci. -2019. - V. 60. - № 13. - P. 4120-4128. doi: 10.1167/iovs.19-26994

102. Larkin M. A., Blackshields G., Brown N. P., Chenna R., McGettigan P. A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I. M., Wilm A., Lopez R., Thompson J. D., Gibson T. J., Higgins D. G. Clustal W and Clustal X version 2.0 // Bioinformatics. - 2007. - V. 23. - № 21. - P. 2947-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btm404

103. Lee D. S. M., Park J., Kromer A., Baras A., Rader D. J., Ritchie M. D., Ghanem L. R., Barash Y.

Disrupting upstream translation in mRNAs is associated with human disease // Nat Commun. -2021. - V. 12. - № 1. - P. 1515. doi: 10.1038/s41467-021-21812-1

104. Lee J., Suh Y., Jeong H., Kim G. H., Byeon S. H., Han J., Lim H. T. Aberrant expression of PAX6

gene associated with classical aniridia: identification and functional characterization of novel noncoding mutations // J Hum Genet. - 2020. - V. 10.1038/s10038-020-00829-2 - №. - doi: 10.1038/s10038-020-00829-2

105. Lee J., Suh Y., Jeong H., Kim G. H., Byeon S. H., Han J., Lim H. T. Aberrant expression of PAX6

gene associated with classical aniridia: identification and functional characterization of novel noncoding mutations // J Hum Genet. - 2021. - V. 66. - № 3. - P. 333-338. doi: 10.1038/s10038-020-00829-2

106. Lee M., Roos P., Sharma N., Atalar M., Evans T. A., Pellicore M. J., Davis E., Lam A. N., Stanley

S. E., Khalil S. E., Solomon G. M., Walker D., Raraigh K. S., Vecchio-Pagan B., Armanios M., Cutting G. R. Systematic Computational Identification of Variants That Activate Exonic and Intronic Cryptic Splice Sites // Am J Hum Genet. - 2017. - V. 100. - № 5. - P. 751-765. doi: 10.1016/j.ajhg.2017.04.001

107. Leman R., Parfait B., Vidaud D., Girodon E., Pacot L., LE GAC G., Ka C., Ferec C., Fichou Y.,

Quesnelle C., Aucouturier C., Muller E., Vaur D., Castera L., Boulouard F., Ricou A., Tubeuf H., Soukarieh O., Gaildrat P., Riant F., Guillaud-Bataille M., Caputo S., Moncoutier V., Boutry-Kryza N., Bonnet-Dorion F., Schultz I., Rossing M., Quenez O., Goldenberg L., Harter V., . . . SPiP: Splicing Prediction Pipeline, a machine learning tool for massive detection of exonic and

intronic variant effect on mRNA splicing // Authorea. - 2022. - V. 10.22541/au.164544915.57104749/v1 - №. - doi: 10.22541/au.164544915.57104749/v1

108. Leppek K., Das R., Barna M. Functional 5' UTR mRNA structures in eukaryotic translation regulation and how to find them // Nat Rev Mol Cell Biol. - 2018. - V. 19. - № 3. - P. 158-174. doi: 10.1038/nrm.2017.103

109. Li Y., Li Y., Liu Y., Xie P., Li F., Li G. PAX6, a novel target of microRNA-7, promotes cellular

proliferation and invasion in human colorectal cancer cells // Dig Dis Sci. - 2014. - V. 59. - № 3. - P. 598-606. doi: 10.1007/s10620-013-2929-x

110. Lim K. H., Ferraris L., Filloux M. E., Raphael B. J., Fairbrother W. G. Using positional distribution to identify splicing elements and predict pre-mRNA processing defects in human genes // Proc Natl Acad Sci US A. - 2011. - V. 108. - № 27. - P. 11093-8. doi: 10.1073/pnas.1101135108

111. Lima Cunha D., Owen N., Tailor V., Corton M., Theodorou M., Moosajee M. PAX6 missense variants in two families with isolated foveal hypoplasia and nystagmus: evidence of paternal postzygotic mosaicism // Eur J Hum Genet. - 2021. - V. 29. - № 2. - P. 349-355. doi: 10.1038/s41431 -020-00737-1

112. Lin J. H., Wu H., Zou W. B., Masson E., Fichou Y., Le Gac G., Cooper D. N., Ferec C., Liao Z.,

Chen J. M. Splicing Outcomes of 5' Splice Site GT>GC Variants That Generate Wild-Type Transcripts Differ Significantly Between Full-Length and Minigene Splicing Assays // Front Genet. - 2021. - V. 12. - №. - P. 701652. doi: 10.3389/fgene.2021.701652

113. Lindeboom R. G., Supek F., Lehner B. The rules and impact of nonsense-mediated mRNA decay

in human cancers // Nat Genet. - 2016. - V. 48. - № 10. - P. 1112-8. doi: 10.1038/ng.3664

114. Liu J. J., Kao W. W., Wilson S. E. Corneal epithelium-specific mouse keratin K12 promoter // Exp Eye Res. - 1999. - V. 68. - № 3. - P. 295-301. doi: 10.1006/exer.1998.0593

115. Luksan O., Jirsa M., Eberova J., Minks J., Treslova H., Bouckova M., Storkanova G., Vlaskova H., Hrebicek M., Dvorakova L. Disruption of OTC promoter-enhancer interaction in a patient with symptoms of ornithine carbamoyltransferase deficiency // Hum Mutat. - 2010. - V. 31. -№ 4. - P. E1294-303. doi: 10.1002/humu.21215

116. Luscieti S., Tolle G., Aranda J., Campos C. B., Risse F., Moran E., Muckenthaler M. U., Sanchez

M. Novel mutations in the ferritin-L iron-responsive element that only mildly impair IRP binding cause hereditary hyperferritinaemia cataract syndrome // Orphanet J Rare Dis. - 2013. - V. 8. -№. - P. 30. doi: 10.1186/1750-1172-8-30

117. Ma A. S., Grigg J. R., Jamieson R. V. Phenotype-genotype correlations and emerging pathways

in ocular anterior segment dysgenesis // Hum Genet. - 2019. - V. 138. - № 8-9. - P. 899-915. doi: 10.1007/s00439-018-1935-7

118. Makris G., Lauber M., Rufenacht V., Gemperle C., Diez-Fernandez C., Caldovic L., Froese D. S.,

Haberle J. Clinical and structural insights into potential dominant negative triggers of proximal urea cycle disorders // Biochimie. - 2021. - V. 183. - №. - P. 89-99. doi: 10.1016/j.biochi.2020.12.003

119. Marquardt T., Ashery-Padan R., Andrejewski N., Scardigli R., Guillemot F., Gruss P. Pax6 is required for the multipotent state of retinal progenitor cells // Cell. - 2001. - V. 105. - № 1. - P. 43-55. doi: 10.1016/s0092-8674(01)00295-1

120. May G., Akirtava C., Agar-Johnson M., Micic J., Woolford J., McManus J. Unraveling the influences of sequence and position on yeast uORF activity using massively parallel reporter systems and machine learning // bioRxiv. - 2021. - V. 10.1101/2021.04.16.440232 - №. - P. 2021.04.16.440232. doi: 10.1101/2021.04.16.440232

121. McCulley T. J., Mayer K., Dahr S. S., Simpson J., Holland E. J. Aniridia and optic nerve hypoplasia // Eye (Lond). - 2005. - V. 19. - № 7. - P. 762-4. doi: 10.1038/sj.eye.6701642

122. McGillivray P., Ault R., Pawashe M., Kitchen R., Balasubramanian S., Gerstein M. A comprehensive catalog of predicted functional upstream open reading frames in humans // Nucleic Acids Res. - 2018. - V. 46. - № 7. - P. 3326-3338. doi: 10.1093/nar/gky188

123. Melis M. A., Muntoni F., Cau M., Loi D., Puddu A., Boccone L., Mateddu A., Cianchetti C., Cao

A. Novel nonsense mutation (C-->A nt 10512) in exon 72 of dystrophin gene leading to exon skipping in a patient with a mild dystrophinopathy // Hum Mutat. - 1998. - V. Suppl 1. - №. -P. S137-8. doi: 10.1002/humu.1380110146

124. Mercer T. R., Clark M. B., Andersen S. B., Brunck M. E., Haerty W., Crawford J., Taft R. J., Nielsen L. K., Dinger M. E., Mattick J. S. Genome-wide discovery of human splicing branchpoints // Genome Res. - 2015. - V. 25. - № 2. - P. 290-303. doi: 10.1101/gr.182899.114

125. Meyer K. D., Patil D. P., Zhou J., Zinoviev A., Skabkin M. A., Elemento O., Pestova T. V., Qian

S. B., Jaffrey S. R. 5' UTR m(6)A Promotes Cap-Independent Translation // Cell. - 2015. - V. 163. - № 4. - P. 999-1010. doi: 10.1016/j.cell.2015.10.012

126. Michel A. M., Kiniry S. J., O'Connor P. B. F., Mullan J. P., Baranov P. V. GWIPS-viz: 2018 update // Nucleic Acids Res. - 2018. - V. 46. - № D1. - P. D823-D830. doi: 10.1093/nar/gkx790

127. Milovidova T. B., Schagina O. A., Freire M. V., Demina N. A., Filatova A. Y., Skoblov M. Y.,

Stepanova A. A., Chuhrova A. L., Polyakov A. V. X-linked hypohidrotic ectodermal dysplasia: clinical and molecular genetic analysis of a large Russian family with a synonymous p.Ser267= (c.801A>G) splice site mutation // J Eur Acad Dermatol Venereol. - 2019. - V. 33. - № 12. - P. e468-e470. doi: 10.1111/jdv.15798

128. Mohn F., Buhler M., Muhlemann O. Nonsense-associated alternative splicing of T-cell receptor beta genes: no evidence for frame dependence // RNA. - 2005. - V. 11. - № 2. - P. 147-56. doi: 10.1261/rna.7182905

129. Morbidoni V., Baschiera E., Forzan M., Fumini V., Ali D. S., Giorgi G., Buson L., Desbats M. A., Cassina M., Clementi M., Salviati L., Trevisson E. Hybrid Minigene Assay: An Efficient Tool to Characterize mRNA Splicing Profiles of NF1 Variants // Cancers (Basel). - 2021. - V. 13. - № 5. - doi: 10.3390/cancers13050999

130. Mort M., Sterne-Weiler T., Li B., Ball E. V., Cooper D. N., Radivojac P., Sanford J. R., Mooney

S. D. MutPred Splice: machine learning-based prediction of exonic variants that disrupt splicing // Genome Biol. - 2014. - V. 15. - № 1. - P. R19. doi: 10.1186/gb-2014-15-1-r19

131. Na C. H., Barbhuiya M. A., Kim M. S., Verbruggen S., Eacker S. M., Pletnikova O., Troncoso J.

C., Halushka M. K., Menschaert G., Overall C. M., Pandey A. Discovery of noncanonical translation initiation sites through mass spectrometric analysis of protein N termini // Genome Res. - 2018. - V. 28. - № 1. - P. 25-36. doi: 10.1101/gr.226050.117

132. Netland P. A., Scott M. L., Boyle J. W. t., Lauderdale J. D. Ocular and systemic findings in a

survey of aniridia subjects // J AAPOS. - 2011. - V. 15. - № 6. - P. 562-6. doi: 10.1016/j.jaapos.2011.07.009

133. Niimi T., Seimiya M., Kloter U., Flister S., Gehring W. J. Direct regulatory interaction of the eyeless protein with an eye-specific enhancer in the sine oculis gene during eye induction in Drosophila // Development. - 1999. - V. 126. - № 10. - P. 2253-60. doi: 10.1242/dev.126.10.2253

134. Noguchi S., Arakawa T., Fukuda S., Furuno M., Hasegawa A., Hori F., Ishikawa-Kato S., Kaida

K., Kaiho A., Kanamori-Katayama M., Kawashima T., Kojima M., Kubosaki A., Manabe R. I., Murata M., Nagao-Sato S., Nakazato K., Ninomiya N., Nishiyori-Sueki H., Noma S., Saijyo E., Saka A., Sakai M., Simon C., Suzuki N., Tagami M., Watanabe S., Yoshida S., Arner P., Axton R. A., . . . FANTOM5 CAGE profiles of human and mouse samples // Sci Data. - 2017. - V. 4. - №. - P. 170112. doi: 10.1038/sdata.2017.112

135. Occhi G., Regazzo D., Trivellin G., Boaretto F., Ciato D., Bobisse S., Ferasin S., Cetani F., Pardi E., Korbonits M., Pellegata N. S., Sidarovich V., Quattrone A., Opocher G., Mantero F., Scaroni C. A novel mutation in the upstream open reading frame of the CDKN1B gene causes a MEN4 phenotype // PLoS Genet. - 2013. - V. 9. - № 3. - P. e1003350. doi: 10.1371/journal.pgen.1003350

136. Onuma Y., Takahashi S., Asashima M., Kurata S., Gehring W. J. Conservation of Pax 6 function

and upstream activation by Notch signaling in eye development of frogs and flies // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2002. - V. 99. - № 4. - P. 2020-5. doi: 10.1073/pnas.022626999

137. Padgett R. A. New connections between splicing and human disease // Trends Genet. - 2012. -

V. 28. - № 4. - P. 147-54. doi: 10.1016/j.tig.2012.01.001

138. Pan Q., Shai O., Lee L. J., Frey B. J., Blencowe B. J. Deep surveying of alternative splicing complexity in the human transcriptome by high-throughput sequencing // Nat Genet. - 2008. -V. 40. - № 12. - P. 1413-5. doi: 10.1038/ng.259

139. Panigrahi A., O'Malley B. W. Mechanisms of enhancer action: the known and the unknown // Genome Biol. - 2021. - V. 22. - № 1. - P. 108. doi: 10.1186/s13059-021-02322-1

140. Pedersen H. R., Baraas R. C., Landsend E. C. S., Utheim O. A., Utheim T. P., Gilson S. J., Neitz

M. PAX6 Genotypic and Retinal Phenotypic Characterization in Congenital Aniridia // Invest Ophthalmol Vis Sci. - 2020. - V. 61. - № 5. - P. 14. doi: 10.1167/iovs.61.5.14

141. Pedersen H. R., Hagen L. A., Landsend E. C. S., Gilson S. J., Utheim O. A., Utheim T. P., Neitz

M., Baraas R. C. Color Vision in Aniridia // Invest Ophthalmol Vis Sci. - 2018. - V. 59. - № 5.

- P. 2142-2152. doi: 10.1167/iovs.17-23047

142. Pedersen H. R., Neitz M., Gilson S. J., Landsend E. C. S., Utheim O. A., Utheim T. P., Baraas R.

C. The Cone Photoreceptor Mosaic in Aniridia: Within-Family Phenotype-Genotype Discordance // Ophthalmol Retina. - 2019. - V. 3. - № 6. - P. 523-534. doi: 10.1016/j.oret.2019.01.020

143. Pereverzev A. P., Gurskaya N. G., Ermakova G. V., Kudryavtseva E. I., Markina N. M., Kotlobay

A. A., Lukyanov S. A., Zaraisky A. G., Lukyanov K. A. Method for quantitative analysis of nonsense-mediated mRNA decay at the single cell level // Sci Rep. - 2015. - V. 5. - №. - P. 7729. doi: 10.1038/srep07729

144. Perez-Solorzano S., Chacon-Camacho O. F., Astiazaran M. C., Ledesma-Gil G., Zenteno J. C. PAX6 allelic heterogeneity in Mexican congenital aniridia patients: expanding the mutational spectrum with seven novel pathogenic variants // Clin Exp Ophthalmol. - 2017. - V. 45. - № 9.

- P. 875-883. doi: 10.1111/ceo.12982

145. Pertea M., Lin X., Salzberg S. L. GeneSplicer: a new computational method for splice site prediction // Nucleic Acids Res. - 2001. - V. 29. - № 5. - P. 1185-90. doi: 10.1093/nar/29.5.1185

146. Pervouchine D., Popov Y., Berry A., Borsari B., Frankish A., Guigo R. Integrative transcriptomic

analysis suggests new autoregulatory splicing events coupled with nonsense-mediated mRNA decay // Nucleic Acids Res. - 2019. - V. 47. - № 10. - P. 5293-5306. doi: 10.1093/nar/gkz193

147. Peskova L., Jurcikova D., Vanova T., Krivanek J., Capandova M., Sramkova Z., Sebestikova J.,

Kolouskova M., Kotasova H., Streit L., Barta T. miR-183/96/182 cluster is an important morphogenetic factor targeting PAX6 expression in differentiating human retinal organoids // Stem Cells. - 2020. - V. 10.1002/stem.3272 - №. - doi: 10.1002/stem.3272

148. Plaisancie J., Tarilonte M., Ramos P., Jeanton-Scaramouche C., Gaston V., Dollfus H., Aguilera

D., Kaplan J., Fares-Taie L., Blanco-Kelly F., Villaverde C., Francannet C., Goldenberg A., Arroyo I., Rozet J. M., Ayuso C., Chassaing N., Calvas P., Corton M. Implication of non-coding PAX6 mutations in aniridia // Hum Genet. - 2018. - V. 137. - № 10. - P. 831-846. doi: 10.1007/s00439-018-1940-x

149. Prokudin I., Simons C., Grigg J. R., Storen R., Kumar V., Phua Z. Y., Smith J., Flaherty M., Davila S., Jamieson R. V. Exome sequencing in developmental eye disease leads to identification of causal variants in GJA8, CRYGC, PAX6 and CYP1B1 // Eur J Hum Genet. - 2014. - V. 22. - № 7. - P. 907-15. doi: 10.1038/ejhg.2013.268

150. Prosser J., van Heyningen V. PAX6 mutations reviewed // Hum Mutat. - 1998. - V. 11. - № 2. -

P. 93-108. doi: 10.1002/(SICI)1098-1004(1998)11:2<93::AID-HUMU1>3.0.CO;2-M

151. Qian X., Wang J., Wang M., Igelman A. D., Jones K. D., Li Y., Wang K., Goetz K. E., Birch D.

G., Yang P., Pennesi M. E., Chen R. Identification of Deep-Intronic Splice Mutations in a Large Cohort of Patients With Inherited Retinal Diseases // Front Genet. - 2021. - V. 12. - №. - P. 647400. doi: 10.3389/fgene.2021.647400

152. Qian Z., Zhang Q., Hu Y., Zhang T., Li J., Liu Z., Zheng H., Gao Y., Jia W., Hu A., Li B., Hao J.

Investigating the mechanism by which SMAD3 induces PAX6 transcription to promote the development of non-small cell lung cancer // Respir Res. - 2018. - V. 19. - № 1. - P. 262. doi: 10.1186/s12931-018-0948-z

153. Radhakrishnan B., Alwin Prem Anand A. Role of miRNA-9 in Brain Development // J Exp Neurosci. - 2016. - V. 10. - №. - P. 101-120. doi: 10.4137/JEN.S32843

154. Ramaesh T., Collinson J. M., Ramaesh K., Kaufman M. H., West J. D., Dhillon B. Corneal abnormalities in Pax6+/- small eye mice mimic human aniridia-related keratopathy // Invest Ophthalmol Vis Sci. - 2003. - V. 44. - № 5. - P. 1871-8. doi: 10.1167/iovs.02-0576

155. Rath A., Yamazaki M. Prevalence and incidence of rare diseases: Bibliographic data // Orphanet

report series. - 2022. - V. - № 1. -

156. Redeker E. J., de Visser A. S., Bergen A. A., Mannens M. M. Multiplex ligation-dependent probe

amplification (MLPA) enhances the molecular diagnosis of aniridia and related disorders // Mol Vis. - 2008. - V. 14. - №. - P. 836-40.

157. Reese M. G., Eeckman F. H., Kulp D., Haussler D. Improved splice site detection in Genie // J

Comput Biol. - 1997. - V. 4. - № 3. - P. 311-23. doi: 10.1089/cmb.1997.4.311

158. Reinhold-Hurek B., Shub D. A. Self-splicing introns in tRNA genes of widely divergent bacteria

// Nature. - 1992. - V. 357. - № 6374. - P. 173-6. doi: 10.1038/357173a0

159. Rice G. I., Reijns M. A., Coffin S. R., Forte G. M., Anderson B. H., Szynkiewicz M., Gornall H.,

Gent D., Leitch A., Botella M. P., Fazzi E., Gener B., Lagae L., Olivieri I., Orcesi S., Swoboda

K. J., Perrino F. W., Jackson A. P., Crow Y. J. Synonymous mutations in RNASEH2A create cryptic splice sites impairing RNase H2 enzyme function in Aicardi-Goutieres syndrome // Hum Mutat. - 2013. - V. 34. - № 8. - P. 1066-70. doi: 10.1002/humu.22336

160. Richards S., Aziz N., Bale S., Bick D., Das S., Gastier-Foster J., Grody W. W., Hegde M., Lyon

E., Spector E., Voelkerding K., Rehm H. L., Committee A. L. Q. A. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology // Genet Med. - 2015. - V. 17. - № 5. - P. 405-24. doi: 10.1038/gim.2015.30

161. Riolo G., Cantara S., Ricci C. What's Wrong in a Jump? Prediction and Validation of Splice Site

Variants // Methods Protoc. - 2021. - V. 4. - № 3. - doi: 10.3390/mps4030062

162. Rivas M. A., Pirinen M., Conrad D. F., Lek M., Tsang E. K., Karczewski K. J., Maller J. B., Kukurba K. R., DeLuca D. S., Fromer M., Ferreira P. G., Smith K. S., Zhang R., Zhao F., Banks E., Poplin R., Ruderfer D. M., Purcell S. M., Tukiainen T., Minikel E. V., Stenson P. D., Cooper D. N., Huang K. H., Sullivan T. J., Nedzel J., Consortium G. T., Geuvadis C., Bustamante C. D., Li J. B., Daly M. J., . . . Human genomics. Effect of predicted protein-truncating genetic variants on the human transcriptome // Science. - 2015. - V. 348. - № 6235. - P. 666-9. doi: 10.1126/science.1261877

163. Robinson D. O., Howarth R. J., Williamson K. A., van Heyningen V., Beal S. J., Crolla J. A. Genetic analysis of chromosome 11p13 and the PAX6 gene in a series of 125 cases referred with aniridia // Am J Med Genet A. - 2008. - V. 146A. - № 5. - P. 558-69. doi: 10.1002/ajmg.a.32209

164. Rodriguez-Lopez R., Perez J. M., Balsera A. M., Rodriguez G. G., Moreno T. H., Garcia de Caceres M., Serrano M. G., Freijo F. C., Ruiz J. R., Angueira F. B., Perez P. M., Estevez M. N., Gomez E. G. The modifier effect of the BDNF gene in the phenotype of the WAGRO syndrome // Gene. - 2013. - V. 516. - № 2. - P. 285-90. doi: 10.1016/j.gene.2012.11.073

165. Rodriguez-Munoz A., Liquori A., Garcia-Bohorquez B., Jaijo T., Aller E., Millan J. M., Garcia-

Garcia G. Functional assays of non-canonical splice-site variants in inherited retinal dystrophies genes // Sci Rep. - 2022. - V. 12. - № 1. - P. 68. doi: 10.1038/s41598-021-03925-1

166. Rodriguez-Palmero A., Schluter A., Verdura E., Ruiz M., Martinez J. J., Gourlaouen I., Ka C., Lobato R., Casasnovas C., Le Gac G., Fourcade S., Pujol A. A novel hypomorphic splice variant in EIF2B5 gene is associated with mild ovarioleukodystrophy // Ann Clin Transl Neurol. - 2020. - V. 7. - № 9. - P. 1574-1579. doi: 10.1002/acn3.51131

167. Rogozin I. B., Milanesi L. Analysis of donor splice sites in different eukaryotic organisms // J Mol Evol. - 1997. - V. 45. - № 1. - P. 50-9. doi: 10.1007/pl00006200

168. Romanelli Tavares V. L., Kague E., Musso C. M., Alegria T. G. P., Freitas R. S., Bertola D. R.,

Twigg S. R. F., Passos-Bueno M. R. Craniofrontonasal Syndrome Caused by Introduction of a

Novel uATG in the 5'UTR of EFNB1 // Mol Syndromol. - 2019. - V. 10. - № 1-2. - P. 40-47. doi: 10.1159/000490635

169. Sakharkar M. K., Chow V. T., Kangueane P. Distributions of exons and introns in the human genome // In Silico Biol. - 2004. - V. 4. - № 4. - P. 387-93.

170. Sander M., Neubuser A., Kalamaras J., Ee H. C., Martin G. R., German M. S. Genetic analysis reveals that PAX6 is required for normal transcription of pancreatic hormone genes and islet development // Genes Dev. - 1997. - V. 11. - № 13. - P. 1662-73. doi: 10.1101/gad.11.13.1662

171. Sangermano R., Khan M., Cornelis S. S., Richelle V., Albert S., Garanto A., Elmelik D., Qamar R., Lugtenberg D., van den Born L. I., Collin R. W. J., Cremers F. P. M. ABCA4 midigenes reveal the full splice spectrum of all reported noncanonical splice site variants in Stargardt disease // Genome Res. - 2018. - V. 28. - № 1. - P. 100-110. doi: 10.1101/gr.226621.117

172. Sato H., Singer R. H. Cellular variability of nonsense-mediated mRNA decay // Nat Commun. -2021. - V. 12. - № 1. - P. 7203. doi: 10.1038/s41467-021-27423-0

173. Schleich S., Strassburger K., Janiesch P. C., Koledachkina T., Miller K. K., Haneke K., Cheng Y.

S., Kuechler K., Stoecklin G., Duncan K. E., Teleman A. A. DENR-MCT-1 promotes translation re-initiation downstream of uORFs to control tissue growth // Nature. - 2014. - V. 512. - № 7513. - P. 208-212. doi: 10.1038/nature13401

174. Scholz A., Eggenhofer F., Gelhausen R., Gruning B., Zarnack K., Brune B., Backofen R., Schmid

T. uORF-Tools-Workflow for the determination of translation-regulatory upstream open reading frames // PLoS One. - 2019. - V. 14. - № 9. - P. e0222459. doi: 10.1371/journal.pone.0222459

175. Semler O., Garbes L., Keupp K., Swan D., Zimmermann K., Becker J., Iden S., Wirth B., Eysel P., Koerber F., Schoenau E., Bohlander S. K., Wollnik B., Netzer C. A mutation in the 5'-UTR of IFITM5 creates an in-frame start codon and causes autosomal-dominant osteogenesis imperfecta type V with hyperplastic callus // Am J Hum Genet. - 2012. - V. 91. - № 2. - P. 34957. doi: 10.1016/j.ajhg.2012.06.011

176. Shaer A., Azarpira N., Karimi M. H., Soleimani M., Dehghan S. Differentiation of Human-Induced Pluripotent Stem Cells Into Insulin-Producing Clusters by MicroRNA-7 // Exp Clin Transplant. - 2016. - V. 14. - № 5. - P. 555-563. doi: 10.6002/ect.2014.0144

177. Shaham O., Menuchin Y., Farhy C., Ashery-Padan R. Pax6: a multi-level regulator of ocular development // Prog Retin Eye Res. - 2012. - V. 31. - № 5. - P. 351-76. doi: 10.1016/j .preteyeres.2012.04.002

178. Shahin H., Walsh T., Sobe T., Lynch E., King M. C., Avraham K. B., Kanaan M. Genetics of congenital deafness in the Palestinian population: multiple connexin 26 alleles with shared origins in the Middle East // Hum Genet. - 2002. - V. 110. - № 3. - P. 284-9. doi: 10.1007/s00439-001-0674-2

179. Shalom-Feuerstein R., Serror L., De La Forest Divonne S., Petit I., Aberdam E., Camargo L., Damour O., Vigouroux C., Solomon A., Gaggioli C., Itskovitz-Eldor J., Ahmad S., Aberdam D. Pluripotent stem cell model reveals essential roles for miR-450b-5p and miR-184 in embryonic corneal lineage specification // Stem Cells. - 2012. - V. 30. - № 5. - P. 898-909. doi: 10.1002/stem.1068

180. Sheikh T. I., Mittal K., Willis M. J., Vincent J. B. A synonymous change, p.Gly16Gly in MECP2 Exon 1, causes a cryptic splice event in a Rett syndrome patient // Orphanet J Rare Dis. - 2013.

- V. 8. - №. - P. 108. doi: 10.1186/1750-1172-8-108

181. Shibata A., Okuno T., Rahman M. A., Azuma Y., Takeda J., Masuda A., Selcen D., Engel A. G., Ohno K. IntSplice: prediction of the splicing consequences of intronic single-nucleotide variations in the human genome // J Hum Genet. - 2016. - V. 61. - № 7. - P. 633-40. doi: 10.1038/jhg.2016.23

182. Simpson T. I., Price D. J. Pax6; a pleiotropic player in development // Bioessays. - 2002. - V. 24.

- № 11. - P. 1041-51. doi: 10.1002/bies.10174

183. Singer R. A., Arnes L., Cui Y., Wang J., Gao Y., Guney M. A., Burnum-Johnson K. E., Rabadan R., Ansong C., Orr G., Sussel L. The Long Noncoding RNA Paupar Modulates PAX6 Regulatory Activities to Promote Alpha Cell Development and Function // Cell Metab. - 2019. - V. 30. - № 6. - P. 1091-1106 e8. doi: 10.1016/j.cmet.2019.09.013

184. Singh G., Cooper T. A. Minigene reporter for identification and analysis of cis elements and trans factors affecting pre-mRNA splicing // Biotechniques. - 2006. - V. 41. - № 2. - P. 177-81. doi: 10.2144/000112208

185. Singh S., Mishra R., Arango N. A., Deng J. M., Behringer R. R., Saunders G. F. Iris hypoplasia in mice that lack the alternatively spliced Pax6(5a) isoform // Proc Natl Acad Sci U S A. - 2002.

- V. 99. - № 10. - P. 6812-5. doi: 10.1073/pnas.102691299

186. Skeens H. M., Brooks B. P., Holland E. J. Congenital aniridia variant: minimally abnormal irides with severe limbal stem cell deficiency // Ophthalmology. - 2011. - V. 118. - № 7. - P. 1260-4. doi: 10.1016/j.ophtha.2010.11.021

187. Smith P. J., Zhang C., Wang J., Chew S. L., Zhang M. Q., Krainer A. R. An increased specificity

score matrix for the prediction of SF2/ASF-specific exonic splicing enhancers // Hum Mol Genet.

- 2006. - V. 15. - № 16. - P. 2490-508. doi: 10.1093/hmg/ddl171

188. Soemedi R., Cygan K. J., Rhine C. L., Wang J., Bulacan C., Yang J., Bayrak-Toydemir P., McDonald J., Fairbrother W. G. Pathogenic variants that alter protein code often disrupt splicing // Nat Genet. - 2017. - V. 49. - № 6. - P. 848-855. doi: 10.1038/ng.3837

189. Soukup A. A., Zheng Y., Mehta C., Wu J., Liu P., Cao M., Hofmann I., Zhou Y., Zhang J., Johnson

K. D., Choi K., Keles S., Bresnick E. H. Single-nucleotide human disease mutation inactivates a

blood-regenerative GATA2 enhancer // J Clin Invest. - 2019. - V. 129. - № 3. - P. 1180-1192. doi: 10.1172/JCI122694

190. Sparber P., Filatova A., Anisimova I., Markova T., Voinova V., Chuhrova A., Tabakov V., Skoblov M. Various haploinsufficiency mechanisms in Pitt-Hopkins syndrome // Eur J Med Genet. - 2020. - V. 63. - № 12. - P. 104088. doi: 10.1016/j.ejmg.2020.104088

191. St-Onge L., Sosa-Pineda B., Chowdhury K., Mansouri A., Gruss P. Pax6 is required for differentiation of glucagon-producing alpha-cells in mouse pancreas // Nature. - 1997. - V. 387.

- № 6631. - P. 406-9. doi: 10.1038/387406a0

192. Sterne-Weiler T., Howard J., Mort M., Cooper D. N., Sanford J. R. Loss of exon identity is a common mechanism of human inherited disease // Genome Res. - 2011. - V. 21. - № 10. - P. 1563-71. doi: 10.1101/gr.118638.110

193. Stormo G. D. DNA binding sites: representation and discovery // Bioinformatics. - 2000. - V. 16.

- № 1. - P. 16-23. doi: 10.1093/bioinformatics/16.1.16

194. Sun J., Rockowitz S., Xie Q., Ashery-Padan R., Zheng D., Cvekl A. Identification of in vivo DNA-binding mechanisms of Pax6 and reconstruction of Pax6-dependent gene regulatory networks during forebrain and lens development // Nucleic Acids Res. - 2015. - V. 43. - № 14.

- P. 6827-46. doi: 10.1093/nar/gkv589

195. Tang H. K., Singh S., Saunders G. F. Dissection of the transactivation function of the transcription

factor encoded by the eye developmental gene PAX6 // J Biol Chem. - 1998. - V. 273. - № 13.

- P. 7210-21. doi: 10.1074/jbc.273.13.7210

196. Tarilonte M., Morin M., Ramos P., Galdos M., Blanco-Kelly F., Villaverde C., Rey-Zamora D., Rebolleda G., Munoz-Negrete F. J., Tahsin-Swafiri S., Gener B., Moreno-Pelayo M. A., Ayuso C., Villamar M., Corton M. Parental Mosaicism in PAX6 Causes Intra-Familial Variability: Implications for Genetic Counseling of Congenital Aniridia and Microphthalmia // Front Genet.

- 2018. - V. 9. - №. - P. 479. doi: 10.3389/fgene.2018.00479

197. Tarilonte M., Ramos P., Moya J., Fernandez-Sanz G., Blanco-Kelly F., Swafiri S. T., Villaverde

C., Romero R., Tamayo A., Gener B., Calvas P., Ayuso C., Corton M. Activation of cryptic donor splice sites by non-coding and coding PAX6 variants contributes to congenital aniridia // J Med Genet. - 2021. - V. 10.1136/jmedgenet-2020-106932 - №. - doi: 10.1136/jmedgenet-2020-106932

198. Teraoka S. N., Telatar M., Becker-Catania S., Liang T., Onengut S., Tolun A., Chessa L., Sanal O., Bernatowska E., Gatti R. A., Concannon P. Splicing defects in the ataxia-telangiectasia gene, ATM: underlying mutations and consequences // Am J Hum Genet. - 1999. - V. 64. - № 6. - P. 1617-31. doi: 10.1086/302418

199. Ticho B. H., Hilchie-Schmidt C., Egel R. T., Traboulsi E. I., Howarth R. J., Robinson D. Ocular findings in Gillespie-like syndrome: association with a new PAX6 mutation // Ophthalmic Genet.

- 2006. - V. 27. - № 4. - P. 145-9. doi: 10.1080/13816810600976897

200. Torrance V., Lydall D. Overlapping open reading frames strongly reduce human and yeast STN1

gene expression and affect telomere function // PLoS Genet. - 2018. - V. 14. - № 8. - P. e1007523. doi: 10.1371/journal.pgen.1007523

201. Tran V. K., Takeshima Y., Zhang Z., Habara Y., Haginoya K., Nishiyama A., Yagi M., Matsuo M. A nonsense mutation-created intraexonic splice site is active in the lymphocytes, but not in the skeletal muscle of a DMD patient // Hum Genet. - 2007. - V. 120. - № 5. - P. 737-42. doi: 10.1007/s00439-006-0241-y

202. Twigg S. R., Babbs C., van den Elzen M. E., Goriely A., Taylor S., McGowan S. J., Giannoulatou

E., Lonie L., Ragoussis J., Sadighi Akha E., Knight S. J., Zechi-Ceide R. M., Hoogeboom J. A., Pober B. R., Toriello H. V., Wall S. A., Rita Passos-Bueno M., Brunner H. G., Mathijssen I. M., Wilkie A. O. Cellular interference in craniofrontonasal syndrome: males mosaic for mutations in the X-linked EFNB1 gene are more severely affected than true hemizygotes // Hum Mol Genet.

- 2013. - V. 22. - № 8. - P. 1654-62. doi: 10.1093/hmg/ddt015

203. Tzoulaki I., White I. M., Hanson I. M. PAX6 mutations: genotype-phenotype correlations // BMC

Genet. - 2005. - V. 6. - №. - P. 27. doi: 10.1186/1471-2156-6-27

204. Uchiyama-Kadokura N., Murakami K., Takemoto M., Koyanagi N., Murota K., Naito S., Onouchi

H. Polyamine-responsive ribosomal arrest at the stop codon of an upstream open reading frame of the AdoMetDC1 gene triggers nonsense-mediated mRNA decay in Arabidopsis thaliana // Plant Cell Physiol. - 2014. - V. 55. - № 9. - P. 1556-67. doi: 10.1093/pcp/pcu086

205. Ule J., Blencowe B. J. Alternative Splicing Regulatory Networks: Functions, Mechanisms, and Evolution // Mol Cell. - 2019. - V. 76. - № 2. - P. 329-345. doi: 10.1016/j.molcel.2019.09.017

206. van der Klift H. M., Jansen A. M., van der Steenstraten N., Bik E. C., Tops C. M., Devilee P., Wijnen J. T. Splicing analysis for exonic and intronic mismatch repair gene variants associated with Lynch syndrome confirms high concordance between minigene assays and patient RNA analyses // Mol Genet Genomic Med. - 2015. - V. 3. - № 4. - P. 327-45. doi: 10.1002/mgg3.145

207. Van Nostrand E. L., Freese P., Pratt G. A., Wang X., Wei X., Xiao R., Blue S. M., Chen J. Y., Cody N. A. L., Dominguez D., Olson S., Sundararaman B., Zhan L., Bazile C., Bouvrette L. P. B., Bergalet J., Duff M. O., Garcia K. E., Gelboin-Burkhart C., Hochman M., Lambert N. J., Li H., McGurk M. P., Nguyen T. B., Palden T., Rabano I., Sathe S., Stanton R., Su A., Wang R., . . . A large-scale binding and functional map of human RNA-binding proteins // Nature. - 2020. -V. 583. - № 7818. - P. 711-719. doi: 10.1038/s41586-020-2077-3

208. Vance K. W., Sansom S. N., Lee S., Chalei V., Kong L., Cooper S. E., Oliver P. L., Ponting C. P.

The long non-coding RNA Paupar regulates the expression of both local and distal genes // EMBO J. - 2014. - V. 33. - № 4. - P. 296-311. doi: 10.1002/embj.201386225

209. Vasilyeva T. A., Marakhonov A. V., Voskresenskaya A. A., Kadyshev V. V., Kasmann-Kellner B., Sukhanova N. V., Katargina L. A., Kutsev S. I., Zinchenko R. A. Analysis of genotype-phenotype correlations in PAX6-associated aniridia // J Med Genet. - 2020. - V. 10.1136/jmedgenet-2019-106172 - №. - doi: 10.1136/jmedgenet-2019-106172

210. Vasilyeva T. A., Marakhonov A. V., Voskresenskaya A. A., Kadyshev V. V., Kasmann-Kellner B., Sukhanova N. V., Katargina L. A., Kutsev S. I., Zinchenko R. A. Analysis of genotype-phenotype correlations in PAX6-associated aniridia // J Med Genet. - 2021. - V. 58. - № 4. - P. 270-274. doi: 10.1136/jmedgenet-2019-106172

211. Vasilyeva T. A., Voskresenskaya A. A., Kasmann-Kellner B., Khlebnikova O. V., Pozdeyeva N.

A., Bayazutdinova G. M., Kutsev S. I., Ginter E. K., Semina E. V., Marakhonov A. V., Zinchenko R. A. Molecular analysis of patients with aniridia in Russian Federation broadens the spectrum of PAX6 mutations // Clin Genet. - 2017. - V. 92. - № 6. - P. 639-644. doi: 10.1111/cge.13019

212. Wai H. A., Lord J., Lyon M., Gunning A., Kelly H., Cibin P., Seaby E. G., Spiers-Fitzgerald K.,

Lye J., Ellard S., Thomas N. S., Bunyan D. J., Douglas A. G. L., Baralle D., Splicing, disease working g. Blood RNA analysis can increase clinical diagnostic rate and resolve variants of uncertain significance // Genet Med. - 2020. - V. 22. - № 6. - P. 1005-1014. doi: 10.1038/s41436-020-0766-9

213. Wallace E. S., A. AltTranslationInitiation // Book AltTranslationInitiation / EditorGitHub repository, 2018.

214. Wang E. T., Sandberg R., Luo S., Khrebtukova I., Zhang L., Mayr C., Kingsmore S. F., Schroth

G. P., Burge C. B. Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes // Nature. -2008. - V. 456. - № 7221. - P. 470-6. doi: 10.1038/nature07509

215. Wang H., Wang Y., Yang J., Tang N., Li H., Xie M., Xie Z. A spatiotemporal translatome of mouse tissue development // bioRxiv. - 2020. - V. 10.1101/2020.04.14.041079 - №. - P. 2020.04.14.041079. doi: 10.1101/2020.04.14.041079

216. Wang H., Wang Y., Yang J., Zhao Q., Tang N., Chen C., Li H., Cheng C., Xie M., Yang Y., Xie

Z. Tissue- and stage-specific landscape of the mouse translatome // Nucleic Acids Res. - 2021.

- V. 49. - № 11. - P. 6165-6180. doi: 10.1093/nar/gkab482

217. Wang J., Chang Y. F., Hamilton J. I., Wilkinson M. F. Nonsense-associated altered splicing: a frame-dependent response distinct from nonsense-mediated decay // Mol Cell. - 2002. - V. 10.

- № 4. - P. 951-7. doi: 10.1016/s1097-2765(02)00635-4

218. Wang X., Zhong J., Gao Y., Ju Z., Huang J. A SNP in intron 8 of CD46 causes a novel transcript

associated with mastitis in Holsteins // BMC Genomics. - 2014. - V. 15. - №. - P. 630. doi: 10.1186/1471-2164-15-630

219. Wang Z., Burge C. B. Splicing regulation: from a parts list of regulatory elements to an integrated