ДНК-белковое узнавание: Анализ первич. структур и физ.-хим. излучение тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.02, доктор физико-математических наук Полозов, Роберт Валентинович

• Полозов, Роберт Валентинович
• доктор физико-математических наук
• 1998

Оглавление диссертации доктор физико-математических наук Полозов, Роберт Валентинович

Оглавление

Введение

Глава 1. Анализ первичных структур промоторов, терминаторов и кодирующих участков генома E.coli: статистический анализ, Фурье-спектры и классификация

Глава 2. Анализ первичных структур промоторов, терминаторов и кодирующих участков генома E.coli: вейвлет-спектры, фрактальные свойства

Глава 3. Определение первичной структуры биополимеров по ее перекрывающимся фрагментам

Глава 4. Зависимость вторичной структуры ДНК от первичной: неплоское строение аминозамещенных азотистых оснований и уотсон-криковских пар

Глава 5. Гидратация двойной спирали ДНК: атом-атомные корреляционные функции

Глава 6. ДНК-белковые взаимодействия: комплекс сигма 70 субъединицы РНК-полимеразы с промотором

Глава 7. Электростатические потенциалы ДНК, регуляторных белков и РНК-полимеразы

Выводы

Список литературы

Общая характеристика работы Актуальность проблемы

Биолог сталкивается с проблемой специфических биологических реакций практически в любой своей деятельности. Специфические биологические реакции присущи многим процессам жизнедеятельности, от взаимодействий между ферментами и субстратами , между гормонами и их рецепторами, между антителами и антигенами, и вплоть до взаимодействий между клетками. Природа использует механизмы молекулярного узнавания генной экспрессии для того, чтобы достигнуть селективности, необходимой в естественном отборе. РНК-, ДНК-полимеразы, топоизомеразы, другие ферменты и регуляторные белки узнают и преимущественно связываются с вполне определенными нуклеотидными последовательностями ДНК генома, различая их среди большого числа других нуклеотидных последовательностей. Эти специфические первичные структуры отбирались в процессе эволюции, чтобы удовлетворить требованию функционально адекватного уровня связывания.

Специфическое узнавание, или селекция связывания нуклеотидных последовательностей ДНК-белком, основано на физико-химических взаимодействиях между ними. ДНК-белковое узнавание осуществляется на нескольких уровнях, характеризуемых различными взаимодействиями и шкалой расстояний : от электростатического взаимодействия на больших и средних расстояниях до узнавания белками вторичной и первичной структур ДНК. Этот многоуровневый механизм молекулярного узнавания обеспечивает высокую степень надежности, точности и воспроизводимости процесса генной экспрессии.

Первичные структуры ДНК часто интерпретируются как генетические тексты, написанные на неизвестном языке. Исследование генной экспрессии теоретическими и компьютерными методами имеет поэтому два аспекта: формальный, или информационный, и физико-химический. Формальный аспект проблемы включает в себя анализ символьных нуклеотидных последовательностей ( текст, записанный в четырехбуквенном алфавите ). Физико-химический же состоит в изучении структур ДНК, регуляторных белков, ферментов, их конформаций, физико-химических взаимодействий между ними. Эти два аспекта проблемы - текстологический и физико-химический , тесно взаимосвязаны. Существует тонкое и деликатное соответствие между организацией первичных структур и взаимодействиями, имеющими место при генной экспрессии.

Совершенно ясно, что организация экспрессии генов, и в частности процесса транскрипции, - одна из центральных проблем молекулярной биологии. Исследование ДНК-белковых взаимодействий, анализ и интерпретация генетических текстов, выработка самосогласованного описания биологических процессов узнавания на молекулярном уровне является несомненно актуальным как с научной, так и с прикладной точек зрения.

Цель и задачи исследования

Молекулярное узнавание промоторов РНК-полимеразой и регуляторными белками осуществляется на нескольких уровнях: на уровне первичной структуры, вторичной, и структур более высокого порядка. Каким образом белки узнают специфические, функционально значимые нуклеотидные последовательности ДНК и от каких формальных ( на уровне первичной структуры ДНК ), структурных и физико-

химических свойств и характеристик зависит процесс молекулярного узнавания - это основные вопросы, которые возникают в проблеме ДНК-белкового узнавания.

Цель данной работы: изучение первичных структур и физических факторов, обусловливающих процесс белок-нуклеинового узнавания.

Для достижения этой цели предлагается подход, комбинирующий текстологический (информационный) и физико-химический аспекты ДНК-белкового узнавания. При этом будем придерживаться требования проводить расчеты конформаций и физико-химических характеристик на атомном уровне и на всех пространственных шкалах - от взаимодействий на коротких расстояниях до электростатических взаимодействий на средних и больших расстояниях. Это поможет рассмотреть процесс молекулярного узнавания на всех уровнях с достаточной точностью.

Рассмотрим задачи, возникающие в связи с обсуждаемой проблематикой.

1 .В настоящее время во взглядах на первичную структуру ДНК генома исходят из того, что геном представляет собой эволюционную, нелинейную динамическую систему, в символьной последовательности которой содержатся сведения о структуре и состоянии этой системы. Коль скоро принято это положение, дальнейшее исследование состоит в анализе и изучении организации и логики этой символьной последовательности. Это положение, подкрепленное многочисленными наблюдениями и опытными данными и принятое ныне в качестве парадигмы, сразу же позволяет применить к анализу нуклеотидных последовательностей методы теории динамических систем, теории информации, комбинаторики, теории хаоса, методы анализа сигналов и временных рядов.

В первом разделе данной работе в связи с изучением организации первичных структур ДНК мы решаем следующие задачи ( в большей части это будет относиться к промоторам, терминаторам и кодирующим последовательностям ДНК генома E.coli):

дадим доказательство того, что нуклеотидные последовательности ДНК геномов имеют фрактальные свойства. Основу доказательства составит метод вейвлет-преобразования;

вычислим Фурье- и вейвлет-спектры первичных структур промоторов , терминаторов, кодирующих участков ДНК генома E.coli;

методами статистической физики вычислим, а затем изучим статистические свойства промоторов, терминаторов, кодирующих участков ДНК E.coli;

решим задачу восстановления первичной структуры ДНК по ее перекрывающимся фрагментам.

2.В проблеме ДНК-белкового узнавания задача о зависимости структурных параметров двойной спирали ДНК от специфической последовательности нуклеотидов занимает важное место, т.к. структурные особенности двойной спирали узнаются белками и лигандами. Принцип комплементарного спаривания является ключевым в понимании структурной и функциональной организации нуклеиновых кислот. Исходно он базируется на предположении о плоском строении канонических азотистых оснований.

Задачи второго раздела работы следующие:

дадим доказательство того, что канонические азотистые основания , имеющие аминогруппы, неплоские;

установим, что внутренняя геометрия пары азотистых оснований (пропеллер и другие углы) и геометрия пар азотистых оснований в двойной спирали ДНК определяется фактором неплоскости азотистых оснований, имеющих аминогруппу.

3. Электростатические потенциалы ДНК и белков являются важными характеристиками этих молекул, которые определяют первичное узнавание белками ДНК на средних расстояниях. Электростатическая комплементарность является важным механизмом молекулярного узнавания на средних расстояниях между белком и ДНК. Задачи этого раздела следующие:

вычисление электростатических потенциалов белков, специфически взаимодействующих с ДНК;

вычисление электростатических потенциалов промоторов E.coli; сравнительный анализ потенциалов промоторов E.coli;

вычисление атом-атомных корреляционных функций системы ДНК-вода; построение компьютерной модели комплекса сигма 70 субъединицы РНК-полимеразы E.coli с ТАТА-боксом промотора lacUV5.

Научная новизна работы

Вычислены Фурье - спектры нуклеотидных последовательностей ДНК промоторов и на их основе проведена классификация промоторов. Установлен и проанализирован набор периодов как для нуклеотидных последовательностей промоторов, так и для соответствующих им кодирующих участков ДНК. Показано принципиальное отличие одних групп промоторов от других. Показана периодическая структура расположения нуклеотидов в промоторах E.coli и Н.Sapiens; показана их высокая степень гетерогенности: Фурье — спектры последовательностей нуклеотидов в промоторах прокариот и человека отличаются как по набору величин периодичностей, так и по параметрам блочности определенных групп нуклеотидов.

Обнаружены периодичности в расположении точек контакта РНК-полимеразы E.coli с промоторами. Показано, что боьшинство из них не совпадают с периодичностью сахарофосфатного остова канонической B-формы ДНК.

Показана возможность распознавания нуклеотидных последовательностей эукариот и прокариот как методами нейронных сетей, так и методами частотного анализа, причем последний оказывается не менее эффективным, чем первый.

Методами вейвлет - преобразования обнаружены и исследованы мультифрактальные свойства первичных структур ДНК. Впервые вычислены и изучены статистические характеристики нуклеотидных последовательностей промоторов, терминаторов и кодирующих участков ДНК генома E.coli: автокорреляционные функции, функция бинарной информации, вейвлет - спектры и их корреляции, масштабно - зависимая статистическая сумма. Показано, что по этим характеристикам все три класса первичных структур - промоторы, терминаторы и кодирующие участки -резко отличаются друг от друга.

Построен алгоритм восстановления первичной структуры по ее перекрывающимся фрагментам и показана его применимость к проблеме перекрывающихся генов.

Теоретически показано, что валентные взаимодействия, формирующие пирамидальное строение аминогрупп аденина, цитозина и гуанина, являются одним из главных факторов, определяющих зависимость вторичной структуры ДНК от первичной структуры.

Вычислены атом - атомные корреляционные функции системы ДНК - вода. Предложенный численный алгоритм позволяет вычислять гидратацию ДНК без привлечения упрощающих допущений о структуре макромолекулы и рассчитывать параметры гидратации специфических, функционально важных участков двойной спирали ДНК.

Вычислены электростатические потенциалы промоторов E.coli и проведено их сравнительное изучение. Это открывает возможность построения моделей электростатического узнавания белками своих специфических участков на молекуле ДНК.

Вычислены электростатические потенциалы ( решение как линейного, так и нелинейного уравнения Пуассона-Больцмана ) нескольких регуляторных белков и узнающего -10- область промотора E.coli фрагмента сигма - 70 субъединицы РНК-полимеразы E.coli, - 10- участка нескольких промоторов генома E.coli.

Построена компьютерная модель комплекса фрагмента сигма -70 субъединицы РНК-полимеразы E.coli и - 10-участком промотора lacUV5 генома E.coli.

Практическое значение работы

Результаты изучения первичных структур ДНК и физико-химических свойств ДНК, белков и их комплексов необходимы для выработки адекватных теоретических представлений и построения моделей процесса транскрипции. Развитые в работе методы могут быть применены в биотехнологических разработках, в проектировании новых лекарственных средств, в технологии ДНК-вычислений.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «ДНК-белковое узнавание: Анализ первич. структур и физ.-хим. излучение»

Введение

Проблема молекулярного узнавания может быть поставлена следующим образом: молекула К (узнающая) должна «правильно» дискриминировать одну или несколько (узнаваемых) молекул (Р],..Р]) из определенного класса "похожих" молекул Рь..., Р[,..., Рп, причем вероятность направленного узнавания должна быть меньше определенной величины ро, порога узнавания. Трактовка слов «правильно» и «похожие» зависит от конкретной задачи узнавания. Степень специфичности будет зависеть как от числа п, так и от порога узнавания, определенного величиной ро.

Узнаваемые молекулы составляют набор близких по структуре молекул, имеющих как общие структурные особенности данного класса, так и специфические, характеризующие молекулярную индивидуальность. Узнающими молекулами могут быть как низкомолекулярные, так и высокомолекулярные соединения или их комплексы. В настоящее время стало совершенно ясно, что именно молекулы белков являются универсальными узнающими элементами. Нуклеиновые кислоты образуют значительно более узкий класс узнающих молекул, и в процессе белок-нуклеинового узнавания являются скорее узнаваемыми, чем узнающими молекулами. Биополимеры (белки и нуклеиновые кислоты) в противоположность малым компактным органическим молекулам имеют протяженную первичную структуру, которой соответствует уникальная пространственная структура. Такой способ организации пространственной структуры позволяет сформировать огромное число биополимеров с различными активными центрами или активными областями для выполнения определенных биологических функций.

Процесс узнавания характеризуется совокупностью организованных в пространстве и во времени физичеких и химических взаимодействий. Установление общих принципов этой физико-химической организации узнавания составляет проблему так называемого второго кода (в отличие от первого - генетического кода). И основная задача белок-нуклеинового узнавания состоит в выявлении физико-химических механизмов кодирования; в выяснении того, какие структурные и физические свойства белковых молекул и нуклеиновых кислот, отобранных

эволюционным процессом, позволяют им функционировать в качестве универсальных систем молекулярного узнавания.

Специфическое узнавание и селекция связывания осуществляются по следующему сценарию. Процесс узнавания начинается в ионном растворе на расстояниях, меньших 10А от молекулярной поверхности ДНК. Определяющими взаимодействиями, определяющими узнавание, что это ДНК, на этих расстояниях являются электростатические взаимодействия, а основными физическими факторами -электростатические потенциалы ДНК и белков. Следующий этап состоит в том, что регуляторные белки и ферменты, специфически взаимодействующие с ДНК, конденсируются на ней и затем за короткий промежуток времени находят соответствующие им специфические нуклеотидные участки и связываются с ними. Процесс этой быстрой диффузии не ясен. Гипотеза, которая здесь может быть высказана, состоит в том, что белки диффундируют по поверхности ДНК в ее электростатическом поле. Направление и величина этого эволюционно отобранного электростатического поля способствует нахождению белком своих специфических мест связывания, уменьшая время поиска по сравнению с простой диффузией. Поэтому можно полагать, что на этом, втором, этапе узнавания пространственно организованные электростатические поля ДНК и белков, также как и на стадии конденсации, являются основным фактором узнавания.

Третья стадия узнавания - это стадия образования интерфазы между белком и ДНК (расстояния ~1н-2А). Известно, что дегидратация ДНК и белков в области интерфазы играет доминирующую роль в связывании и образовании комплекса. Интерфаза образуется в результате процесса дегидратации как белка, так и ДНК. При дегидратации и образовании интерфазы происходит перераспределение молекул воды и ионов относительно не взаимодействующих друг с другом молекул ДНК и белка. Образование интерфазы сопровождается увеличением частоты колебаний атомов, находящихся в интерфазе, большой (отрицательной) по величине изменения удельной теплоемкости, тонкой зависимости изменения свободной энергии связывания от нуклеотидной последовательности. Дискриминация белком различных специфических мест связывания имеет энтропийный характер. Дегидратация и образование интерфазы сложным образом зависят от нуклеотидной последовательности и от деталей перераспределения молекул воды и ионов. На стадии дегидратации основным фактором, влияющим на образование интерфазы, является фактор сольватации ДНК и белков. Основная физическая величина, которую необходимо уметь рассчитывать, это свободная энергия сольватации и ее изменении при образовании комплекса. Следует отметить, что метальная группа тимина нуклеотидной последовательности ДНК придает специфичность процессу дегидратации, и, возможно, во многом определяет параметры связывания -10-области промотора.

В интерфазе взаимодействуют две комплементарные поверхности, ДНК и белка, в которые вкраплены относительно небольшое число «точечных» контактов. Узнавание на этой стадии происходит, следовательно, как на уровне взаимодействия комплементарных поверхностей, так и на уровне взаимодействия отдельных химических групп, т.е. носит как непрерывный, так и дискретный характер. В интерфазе обнаруживается определенной (по-видимому, оптимальное) число контактов между атомами аминокислотных остатков и атомами сахарофосфатного остова и азотистых оснований. Здесь налицо плотная упаковка атомов, максимум водородных связей, комплементарное спаривание зарядов. На этой стадии узнавания, как и на всех указанных ранее, специфика нуклеотидной последовательности оказывается решающей для селекции связывания. Первичная структура ДНК оказывается определяющей для геометрии контактов белка и ДНК. Это обстоятельство приводит к необходимости

рассмотрения задач о зависимости вторичной структуры ДНК от первичной и к необходимости изучения свойств первичных структур ДНК, что порождает огромный класс задач анализа нуклеотидных последовательностей.

Процесс белок-нуклеинового узнавания был разбит нами на несколько стадий, каждая из которых имеет свое характерное время действия. Конденсация молекулы белка на молекуле ДНК - это трехмерная диффузия белка в электростатическом поле ДНК. Быстрая диффузия белка по молекулярной поверхности ДНК - это вторая стадия. Третья стадия - это образование интерфазы, образование специфических точечных контактов и, в конечном счете, образование комплекса (закрытого комплекса РНК-полимеразы с промотором). Ясно, что самая медленная стадия - это стадия трехмерной диффузии, самая быстрая - стадия образования атомных контактов.

Человек, входящий в темную комнату, ищет сначала стену, это трехмерная диффузия, ощупывание стены рукой - это двумерная диффузия, обнаружение провода и поиск выключателя - это одномерная диффузия, нажатие на кнопку - аналог образования атомных контактов. Целесообразность, иерархичность поиска, сходимость к определенной пространственной конфигурации характерны для приведенного примера и процесса молекулярного узнавания.

Динамика и кинетика процессов узнавания остается вне рамок данной работы. Хотя совершенно ясно, что характер динамики ДНК и белка играет конструктивную роль в процессе узнавания, и также, как и структуры белков и ДНК, динамика подвергалась эволюционному отбору.

Диссертационная работа построена следующим образом. Во введении ставится задача белок-нуклеинового узнавания, и обсуждаются факторы, ответственные за точность и специфику процесса узнавания. В начале первой главы дается краткий обзор методов анализа нуклеотидных последовательностей, а затем излагаются результаты решения задач поиска закономерностей в нуклеотидных последовательностях промоторов, терминаторов и их классификация. Вторая глава также посвящена анализу первичных структур , однако в ней упор делается на «нестационарные», фрактальные свойства первичных структур ДНК. Третья глава посвящена решению задачи об определении первичной структуры по ее фрагментам. Четвертая, пятая, шестая и седьмая главы посвящены изучению физических факторов, определяющих процесс узнавания.

Заключение диссертации по теме «Биофизика», Полозов, Роберт Валентинович

Выводы

1. Впервые вычислены Фурье-спектры нуклеотидных последовательностей ДНК промоторов и на их основе проведена классификация промоторов. Установлен и проанализирован набор периодов как для нуклеотидных последовательностей промоторов, так и для соответствующих им кодирующих участков ДНК. Показано принципиальное отличие одних групп промоторов от других.На основе Фурье-анализа впервые обнаружены периодичности в расположении точек контакта РНК-полимеразы E.coli с промоторами. Показано, что они в большинстве случаев не совпадают с периодичностью сахарофосфатного остова канонической B-формы ДНК.

Показана возможность распознавания нуклеотидных последовательностей эукариот и прокариот как методами нейронных сетей, так и методами частотного анализа, причем последний оказывается не менее эффективным, чем первый.

2. Впервые обнаружены и исследованы мультифрактальные свойства первичных структур ДНК методами вейвлет-преобразования. Показано, что использование автокорреляционных функций вейвлет-коэффициентов нуклеотидных последовательностей позволяет достичь высокой степени разрешения при распознавании трех типов первичных структур - промоторов, терминаторов и кодирующих последовательностей.

3. Построен алгоритм восстановления первичной структуры по ее перекрывающимся фрагментам и показана его применимость к проблеме перекрывающихся генов.

4. Теоретически показано, что валентные взаимодействия, формирующие пирамидальное строение аминогрупп аденина, цитозина и гуанина, являются возможно одним из основных факторов, определяющих зависимость вторичной структуры ДНК от первичной структуры.

5. Впервые вычислены атом-атомные корреляционные функции системы ДНК-вода. Предложенный численный алгоритм позволяет вычислять гидратацию ДНК без привлечения упрощающих допущений о структуре макромолекулы и рассчитывать параметры гидратации специфических, функционально важных участков двойной спирали ДНК. С использованием этого алгоритма показано, что значения атом-атомных корреляционных функций гетероатомов азотистых оснований (узкий и широкий желоб) зависят от длины двуспиральной нуклеотидной цепочки, что свидетельствует о кооперативной природе взаимодействия молекул воды с гетероатомами. В то же время, атом-атомные корреляционные функции остальных атомов зависят лишь от соседних нуклеотидных пар двойной спирали ДНК, т.е. гидратация этих атомов имеет локальный характер.

6. Численным интегрированием как линейного, так и нелинейного уравнений Пуассона-Больцмана вычислены электростатические потенциалы функционально значимых участков ДНК, нескольких регуляторных белков и фрагмента сигма 70 субъединицы РНК-полимеразы E.coli. Это открывает возможность построения моделей электростатического узнавания белками своих специфических участков на молекуле ДНК.

7. Впервые рассчитана структура комплекса, возникающего при посадке фрагмента сигма 70 субъединицы РНК-полимеразы E.coli на ТАТА-бокс промотора lacUV5 генома E.coli Приведенные расчеты впервые выявили картину специфических взаимодействий на начальной стадии инициации транскрипции.

Список литературы диссертационного исследования доктор физико-математических наук Полозов, Роберт Валентинович, 1998 год

Список литературы.

1. Никифоров В.Г. РНК-полимераза бактерий : сравнительние исследования, Успехи микробиологии, т.21,105-151,1987.

2. Hawley, D. К., McClure, W.R., Compilation and analysis of Escherichia coli promoter DNA sequences.Nucleic Acids Res., V.l 1, N 8, 2237-2255, 1983.

3. Harley, C.B. & Reynolds, R.P., Analysis of E.coli promoter sequences. Nucleic. Acids Res, v.15, 2343-2361,1987.

4. Brendel, V, Hamm, G.H. , Trifonov, E.N, Terminators of Transcription with RNA Polymerase from Escherichia coli: What They Look Like and How to Find Them. J. of Biomolecular Structure and Dynamics, V.3, N4, 705-723, 1986.

5. McClure, W.R, Mechanism and control of transcription initiation in prokaryotes. Annu. Rev. Biochem, v.54, 171-204, 1985.

6. Deuschle, U, Kammerer, W, Gentz, R. & Bujard, H. Promoters of Escherichia coli: a hierarchy of in vivo strength indicates alternate structures. EMBO J, v. 5, 2987-2994, 1986.

7. Banner, C.D. B, Morgan, C.P, Jr & Losick, R. Deletion analysis of a complex promoter for a developmentally regulated gene from Bacillus subtilis, J. Mol. Biol, v.168, 351-365,1983.

8. Plaskon, R. R. & Warteil, R.M. Sequence distribution associated with DNA Curvature are found upstream of strong E.coli promoters. Nucl. Acids Res, v.l5, 785-796, 1987.

9. Lisser, S, Margalit, H, Determination of common structural features in Escherichia coli promoters by computer analysis.Eur. J. Biochem, v.223, 823-830 1994.

10.Siebenlist, U.,Simpson, R.B.,and Gilbert, W., E.coli RNA Polymerase Interacts Homologously with Two Different Promoters. Cell, v.20, 269281, 1980.

11 .Nussinov, R. Promoter Helical Structure Variation at the Escherichia coli Polymerase Interaction Site. J. Biol.Chem., v.259, N11, 6798-6805, 1984.

12.Nakata, K., Kanehisa,M.,& Maizel, J.V. Discriminant analysis of promoter regions in Escherichia coli sequences. Comput. Appl. Biosci.,v.4, 367-371,

1988.

13.Ezhov A. A., Kalambet Yu.A., Cherny D.I.Neuron Network for Recognition of E.coli promoters.Studia Biophisica, v. 129, 'H2-3, 183-192,

1989.

14.Hopfield J.J. Neural networks and physical systems with emergent collective computational abilities. Proc. Natl. Acad. Sei. USA, v.72, 25542558, 1982.

15.Lukashin, A.V., Anshelevich, V.V., Amirikyan, B.R., Gragerov, A.I.,&Frank-Kamenetskii,M.D. Neural Network Models for Promoter Recognition, J.Biolmol. Struct. Dyn. V.6, 1123-1133, 1989.

16.0'Neill, M.C. Training back-propagation neural networks to define and detect DNA-binding sites. Nucleic Acids Res., v. 19, 313-318, 1991.

17.Demeler, B.,Zhou, G. Neural network optimization for E. coli promoter prediction. Nucleic Acids Res., v. 19,1593-1599,1991.

18.Arrigo P., Giuliano F., Scalia F., Rappalo A., Damiani G. Identification of a new motif on nucleic acid sequence data using Kohonen's self-organizing map. CABIOS, v.7, N 3, 353-357, 1991.

19.Kohonen T. Self- Organization and Associative Memory.Springer- Verlag. Berlin, 1988.

20.Snyder, E.E., Stormo, G.D. Identification of Protein Coding Regions in Genomic DNA. J. Mol. Biol., v.248,1-18, 1995.

21.Larsen, N.I, Engelbrecht, J, Brunak, S. Analysis of eukaryotic promoter sequences reveals a systematically occuring CT-signal. Nucleic Acids Res, v.23, N7, 1223-1230, 1995.

22.O'Neill M.C. Escherichia coli promoters. I.Consensus as it relates to spacing class, specificity, repeat substructure, and three-dimensional organization.!, of Biological Chemistry, v.264, N10, 5522-5530, 1989.

23.O'Neill, M.C, Chiafari F. Escherichia coli promoters. II. A spacing class-dependent promoter search protocol. J. of Biological Chemistry, v.264, N 10,5531-5534, 1989.

24.Busby, S, Ebright, R.H. Promoter structure, promoter recognition, and transcription activation in prokaryotes. Cell, v.19, 743-746,1994.

25.Gelfand, M.S., Computer Functional Analysis of Nucleotide Sequences: Problems and Approaches. DIMACS Series in Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, v.8, 19-61, 1992.

26.Chechetkin, V.R. and Turigin, A.Yu. Search of Hidden Periodicities in DNA Sequences. J. theor. Biol, v.175,477-494, 1995.

27.Makeev, V.Ju, Tumanyan, V.G. Search of periodicities in primary structure of biopolymers: a general Fourier approach . CABIOS, v. 12, 4954, 1996.

28.Khomyakova E.B, Petrova M.V, Minyat E.E, Ivanov V.I. Slipped loop structure of DNA: a specific nucleotide sequence forms only one unique conformer. FEBS Lett, v.422(2), 265-268, 1998.

29.Chyprina, V.P. Regularities in formation of the spine of hydration in the DNA minor groove and its influence on the DNA Structure. FEBS Lett. v.186, 98-102, 1985.

30.Eisenhaber, F, Mannik, J. H, Tumanyan V.G. Structural Principles of B-DNA Grooves Hydration in Fibres as Revealed by Monte Carlo Simulations and X-ray Diffraction. Biopolymers, v.29, N10-11, 14531464,1990.

31.Теплухин, A.B., Журкин, В.Б., Джерниган, Р., Полтев, В.И. Моделирование гидратации ДНК с помощью метода Монте-Карло. Взаимодействие аденинов с водой в негликозидном желобе А-трактов стабилизирует В'-конформацию. Мол. биол. т. 30, вып. 1, 121, 1996.

32.Lisser, Sh, Margalit, Н., Compilation of E.coli mRNA promoter sequences. Nucleic Acids Res., v.21 ,N7, 1507-1516, 1993.

33.Travers, A. Structure and function of E.coli promoter DNA. Crit. Rev. Biochem., v.22, 181-219, 1987.

34.Duval-Valentin G., Ehrlich, R. Interaction between E.coli RNA polymerase and tetR promoter from pSClOl: homologies and differences with other E.coli promoter system from close contact point studies. Nucleic Acids Res. v. 14, N 5, 1967, 1986.

35.Chenchick,A., Beabealashvilli,R., Mirzabekov A. Topography of interaction of Escherichia coli RNA polymerase subunits with lacUV5 promoter. FEBS Letters, v. 128, N1, 46, 1981.

36.Тапака, К., Kusano, Sh., Fujita, N., Ishihama, A., Takahashi, H., "Promoter determinants for Escherihia coli RNA polimerase holoenzyme containing a38 (the rpoS gene product)/Nucleic Acids res., v.23, N5, 827834, 1995.

37.Darst. S.A., Kubalek, E.W., Kornberg, R.D. Three-dimentional structure of Eshcherichia coli RNA polymerase holoenzyme determined by electron crystallography. Nature, v.340, 730-732, 1989.

38.Wang, J.C., Jacobsen, J.H., Saucier, J.-M., Physicochemical studies on interactions between DNA and RNA polymerase. Unwinding of the DNA helix by Escherichia coli RNA polymerase. Nucleic Acids Res., v.4, N 5, 1225-1241, 1977.

39.Malhorta A., Severinova, E., Darst S. Crystal structure of a cr1" Subunit Fragment from E.coli RNA Polymerase. Cell, v.87, 127-136, 1996.

40.Perez-Martin, J., Espinosa, M., Correlation between DNA Bending and Transcriptional Activation at a Plasmid Promoter. J.Mol. Biol., v.241, 717, 1994.

41.Pruss, G.J., and Drlica, K.1989. DNA supercoiling and prokaryotic transcription. Cell, v.56, 521-523, 1994.

42.Gorin, A.A., Zhurkin, V. В., Olson, W.K. B-DNA Twisting Correlates with Base-pair Morfology. J. Mol. Biol., v.247, 34-48, 1995.

43.Han, W., Lindsay, S.M., Dlakic, M., Harrington R.E. Kinked DNA. Nature, v.386, 563, 1997.

44. Schwabe, J., WR The role of water in protein-DNA interactions. Curr. Opin Struct. Biol., v.7, 126-133, 1997.

45.1shihama, A., Promoter selectivity of prokaryotic RNA polymerases Trends in Genetics, v.4, N10, 282-286, 1988.

46.Dickerson, R.E., Drew, H.R. Structure of a B-DNA dodecamer. II. Influence of base sequence on helix structure. J. Mol.Biol., v.149, 761-786, 1981.

47.Артемьев И.В., Васильев, Г.В., Гуревич, А. И., Статистические исследования нуклеотидной последовательности прокариотического промотора. Элементы структуры, определяющие эффективность протекания этапов начала транскрипции. Биоорганическая химия, т.9, N11, 1544-1557, 1983.

48.Blattner, F.R., Plunkett, G., Bloch, C.A., Perna, N.T., Burland, V., Riley, M., Collado-Vides, J., Glasner, J.D., Rode, Ch.K., Mayhew, G.F., Gregor, J., Davis, N.W., Kirkpatrick, H.A., Goeden, M.A., Rose, DJ., Mau, В., Shao, Y. The Complete Genome Sequence of Escherichia coli K-12. Science, v.277,1453-1476, 1997.

49.Г.И. Кутузова, P.B. Полозов. Алгоритм поиска специфических участков в первичной структуре ДНК. Биофизика, т.40, 209-211, 1995.

50.G.I. Kutuzova, L.A. Panchenko, V.Yu. Makeev, V.G. Tumanyan, R.V. Polozov. Classification and Analysis of E.coli Promoter and Terminator DNA Sequences, Based on Statistics and Artificial Neural Networks/Karadeniz Journal of Medical Sciences, v.8, N 4, 247-248,

1995.

51.Кутузова Г.И., Полозов P.B., Туманян В.Г. Распознавание, классификация и аналих специфических участков ДНК статистическими инейросетевыми методами. Тезисы международной конференции " Математические методы распознавания образов, Пущино, 118,1995.

52.Kutuzova G.I., Polozov R.V., Tumanyan V.G.. Classification of DNA Promoter and Terminator Sequences and Structure-Function Relationships.Abstract of the Workshop on Mathematical Analysis of Biological Sequences, Norvwegian University of Science and Technology, Trondheim, Norway, 14,1996.

53. Kutuzova G.I., Polozov R.V., Makeev V.Yu., Frank G.K., Esipova N.G. and Tumamyan V.G.. Classification, Fourier- and Wavelet -Transform of E.coli Promoter and Terminator Sequences. Folding & Design, v.IS, 237,

1996.

54. Кутузова Г.И., Франк Г.К., Макеев В.Ю., Есипова Н.Г., Полозов Р.В.. Фурье-анализ нуклеотидных последовательностей. Периодичности в промоторных последовательностях.. Биофизика, т.42, N2, 354-362,

1997.

55.Combes J.M., GrossmanA., Tchamitchan P.(Eds.)Wavelet, Springer, Berlin, 1998.

56.Altaiski M., Mornev O., Polozov R. Wavelet Analysis of DNA Sequences. B.M. Birla Science Centre Technical Report BSC-CAMCS-95-06-2,1995.

57.Altaiski, O. Mornev, R. Polozov. Wavelet Ananysis of DNA Sequences. Genetic Analysis: Biomolecular Engineering, v. 12, 165-168, 1996.

58. Peng C.-K., Buldyrev S.V., Goldbery A.L., HavlinS.,Sciortino F., Simon M., Stanley H.E., Long range correlations in nucleotide sequence. Nature, v.356, 168-170, 1992.

59.Voss R., Evolution of long-range fractal correlations and 1/f noise in DNA base sequences. Phys. Rev. Lett., v.68, 3805-3808, 1992.

60.Tsonis A.A., Kumar P., Eisner J.B., Tsonis P.A., Wavelet analysis of DNA sequences. Phys. Rev. E, v.53, N2, 1828-1834, 1996.

61.Arneodo A., d'Aubenton-Carafa Y., Bacry E., Graves P.V., Muzy J. F., Thermes C. Wavelet based fractal analysis of DNA sequences. Physica D, v.96, 291-320, 1996.

62.Holshneider M., Tchamitchan P., In "Les Ondelets", ed. By Lemarie P.G.,Springer, Berlin, 1990.

63.Gale J.M.et al., J.Mol. Biol., v.224, 343,1992.

64.0zoline O.N., Deev A.A., Arkhipova M.V. Non-canonical sequence elements in promoter structure, Nucl. Acids Res., v.25, N23, 4703-4709, 1997.

65.Muzy J.F.,Bacry E., Arneodo A., Multifractal formalizm for fractal signals, Phys. Rev. E, v.47, N2, 875-884,1993.

66.Васгу E., Muzy J.F., Arneodo A., Singularity spectrum of fractal signals from wavelet analysis: exact results, J. Stat. Phys., v.70, N3/4, 635-674, 1993.

67.Halsey T.C., Jensen M.H., Kadanoff L.P., Procaccia I., Shraiman B.I. Fractal Measures and their Singularities: the Characterization of Strange Sets, Phys. Rev.A, v.33, 1141, 1986.

68.Полозов P.B., Сметанич Я.С., Сухоруков Б.И. К определению первичной структуры линейных гетерополимеров. Биофизика, т. 17, N2, 688-690, 1972.

69.Smetanich Ya.S., Polozov R.V. On the Algorithms for Determining the Primary Structure of Biopolymers. Bull. Math. Biology, v.41, 1-20, 1979.

70.Козлов Н.Н., Математический анализ особого способа записи генетической информации, Математическое моделирование, т.7, №12, 33-47, 1995.

71.Unconventional Models of Computation. Calude S., Casti J.,Dinneen MJ. (Eds.), Springer, Singapore, 1998.

72.Полозов P.B.. Метод полуэмпирического силового поля в конформационном анализе биополимеров. М.,Наука, 1981.

73.Polozov R.V., Poltev V.I., Sukhorukov B.I.. Relation of the Interaction of Nucleic Acid Bases to the Helical Conformations of Polynucleotides. Studia Biophisica, v.40,13-20, 1973.

74.Polozov R.V., Poltev V.I., Sukhorukov B.I.. The Influence of Nitrous Bases Interactions on the DNA Secondary Structure Formation. J. Theor. Biol., v.55, 491-503, 1975.

75.Комаров B.M., Полозов P.B.. О неплоском строении оснований нуклеиновых кислот. Депон. ВИНИТИ, N 12003-5214,1989.

76.Комаров В.М., Полозов Р.В., Коноплев Г.Г.. Неплоское строение аминозамещенных азотистых оснований: PCILO конформационные исследования. Препринт НЦБИ, Пущино, 1989.

77.Komarov V.M., Polozov R.V.. On the Nonplanar Structure of Aminosubstituted Nitrous Bases.. 10-th International Biophysics Congress, Vancouver, Canada, 189, 1990.

78.Komarov V.M., Polozov R.V.. On the Propeller Structure of Isolated Watson-Crick Base Pairs. Z. Naturforsh. v.45C, 1080, 1990.

79.Комаров B.M., Полозов P.B.. Неплоское строение аминозамещенных азотистых оснований. Биофизика, т.35 , N2, 367-368, 1990.

80.Komarov V.M., Polozov R.V., Konoplev G.G.. Non-planar Structure of Nitrous Bases and Non-Coplanarity of Watson-Crick Pairs. J. Theor. Biol., v.155, 281-294, 1992.

81.Bubcock M, Olson W.K.. The Effect of Mathematics and Coordinate System on Comparability and "dependencies" of Nucleic Acid Structure Parameters. J. Mol. Biol, v.237, N1, 98-124, 1994.

82.Wilson C.C, Tollin P.-Nucleosides and Nucleo tides, v. 6, 643, 1987.

83.Rammal R, Toulouse G, Virasoro M.A.Ultrametricity for Physicists. Rev. Mod. Phys, v.58, N3, 765-788, 1986.

84,Олемский А.И, Флат А.Я.Использование концепции фрактала в физике конденсированной среды. Успехи физ. Наук, т.163, №12, 1-50, 1993.

85.Kitano М, Kuchitsu K.-Bull.Chem.Soc. Jap, v. 47, 67, 1974.

86.Вилков Л.В, Мастрюков B.C., Садова Н.И. Определение геометрического строения свободных молекул. JI, Химия, 1978.

87.Brand J.C.P, Williams D.R, Cook T.J. - J. Mol. Spectr, v.20, 359, 1966.

88.Molecular Structures and Dimensions, vAI, In teratomic Distancese 1960-65.Ed. Kennard 0. Cambridge, 1972.

89.Klessinger M. - Theoret. Chim. Acta, v.5, 236, 1966.

90.Lister D.G, Tyier J.K, Hog J.H, Larsen N.W. - J. Mol. Structure, v.23, 253, 1974.

91.Комаров B.M, Плотников В.Г. - Теоретическая и экспери ментальная химия, т. 10, 62, 1974.

92.Excited States, VI. - Ed. Lim E.G., A.P, New York, 1974. 93.Semiempirical Methods of Electronic Structure Calculations, Part A:

Techniques/Ed. Segal G.A, Plenum Press, 1977.

94.Pullman B, Pullman A. - Adv. Protein Chemistry, v.28, 347,1974.

95.Dattagupta J.K, Saenger W, Bolewska K, Kulakowska 1. - Acta Cryst, v.B33, 85,1977.

96.Costain C.C, Dowling J.M. - J.Chem. Phys, v.32, 158,1960.

97.King S.T. - J. Chem. Phys, v.75, 405, 1971.

98.Lesyng В., Saenger W. - Biochim. Biophys. Acta, v.544, 215,1978.

99.Kulakowska 1., Geller M., Lesyng В., Bolews ka K., Wierzchowski K.L. - Biochim. Biophys. Acta, v. 407, 420, 1975.

100. Дашевский В.Г. Конформационный анализ органических молекул. М., Химия, 1982.

101. Larsen N.W., Nicolaisin Р\М. - Chem. Phys. Lett., v.43, 584, 1976.

102. Internal Rotation in Molecules./Ed. Orville Tomas WJ., John Wiley & Sons, 1974.

103. Felgel M. - J.Phys, Chem., v.87, 3054, 1983.

104. Shoup R.R., Miles H.T., Becker E.D. - J. Phys. Chem., v.76, 64, 1972.

105. Rao K.C.,Rao C.N.R. - J.Chem.Soc.Perkin. Trans.n, 889,1973.

106. Комаров B.M. Некомпланарное Н-связывание хугстеновских пар оснований. PCILO конформационные оценки. 1.Аденин-аденин и аденин-тимин пары. Биофизика, т.25, вып.5. 837-842, 1994.

107. Wilson С.С. Nucleic Acids Res. V.15, 8577, 1987.

108. Chandler D., Andersen H.C.- J. Chem. Phys. v.51, № 5, 1930, 1972.

109. Monson P.A., Morriss G.P. - Adv. Chem. Phys. Eds. by I. Prigogine, S. Rice, v.77, 451, 1990.

110. Pettitt B.M., Karplus M., Rossky PJ. - J. Phys. Chem., v.90, № 23, 6335, 1986.

111. HirataF., Rossky P.J.. PettittB.M.- J. Chem. Phys., v.78, 4133, 1983.

112. Hirata F., Levy R.M.- Chem. Phys. Lett., v.136, 267, 1987.

113. Hirata F., Levy R.M. - J. Phys. Chem., v.93,479, 1989.

114. Тихонов Д.А., Саркисов Г.Н. - Журн. физ. Химии, т.71, 480, 1997.

115. Kelley С.Т. Iterative Methods for Linear and Nonlinear Equations. SI AM Frontiers 16, 1995.

116. Hansen J.P., McDonald I.R. Theory of Simple Liquids. London: Academic Press, 1986.

117. Martynov G.A. Fundamental Theory of Liquids. London: Hilger, 1992.

118. Cammings P.T., Stell G.- Mol. Phys., v.46, 383, 1982.

119. Landoldt-Bomstein Numerical Data and Functional Relationships in Science and Technology, New Series, VII/lb/Ed.W. Saenger. Berlin: Springer-Verlag, 1989.

120. Poltev V.l., Teplukhin A.V.. Malenkov G.G.- Int. J. Quant. Chem., v.42, 1499,1992.

121. Журкин В.Б., Полтев В.И., Флорентьев В.Д. - Молекуляр. Биология,, т. 14, 111, 1980.

122. Jorgensen W.L. - J. Amer. Chem. Soc., v. 103. 341, 1981.

123. Тихонов Д.А, Полозов P.B., Горелов A.B., Тимошенко Э.Г.. Кузнецов Ю.А.. Панченко JI.A., Доусон К.А. Биофизика, т.42, вып. 5, 1054-1065,1997.

124. Тихонов Д.А., Полозов Р.В., Горелов A.B., Тимошенко Е.Г., Кузнецов Ю.А., Панченко JI.A., Доусон К.А.. Гидратация фрагмента d(GGGGG) B-формы ДНК. Интегральные уравнения теории жидкости. Биофизика, т.42, №5, 1066-1078, 1997.

125. Tikhonov D.A., Polozov R.V., Timoshenko E.G., Kuznetsov Yu.A., Gorelov A.V., Dawson K.A.. Hydration of Atom-atom Correlation Functions with the Reference Interaction Site Model Approximation, J.Chem.Phys. (in press).

126. Saenger W. - Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem., v. 16, 93, 1987.

127. Теплухин A.B, Журкин В.Б., Джерниган P.. Полтев В.И. Молекуляр. Биология, т.30, вып. 1, 121, 1996.

128. Hummer G., Soumpasls D.M. Proc. Eighth Conversations in the Discipline Biomolecular Stereodynamics. Eds. R.H. Sarma, M.H. Sarma. Schenectady. N.Y.: Adenine Press, v.2, 273, 1994.

129. Hummer G., Soumpasis D.M. - Phys. Rev. E, v.50, 5085, 1994.

130. Hummer G., Soumpasis D.M., Garcia A.E. - Biophys. J., v.66, A25,

1994.

131. Van Gunsteren W.,F., Berendsen HJ.C, Geurtsen R.G., Zwinderman H.R.- J. Ann. N.Y. Acad. Sei, v.482, 297, 1986.

132. Schneider B, Cohen DM, Schleifer L, Sriniwsan A.R, Olson W.K, Berman H.M. - Biophys. J., v.65, 2291, 1993.

133. Hummer Q, Garcia A.E, Soumpasis DM. - Biophys. J, v.68, 1639,

1995.

134. Kollman P.. Keepers S.W.. Weiner P. - Biopolymers, v.21, 2345, 1982.

135. Rosenfeld R, Vajda S, DeLisi C, Flexible docking and design. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct, v.24, 677-700,1995.

136. Kuznetsov D.A, Lim H.A. Visicoor: a simple program for visualisation of proteins. J. Mol. Graphics, v. 10, 245-247, 1992.

137. Kuznetsov D.A, Abagyan R.A. A technique for identifying atoms from a screen image. J. Mol. Graphics, v.l 1, 25-28,1993.

138. Abagyan R.A, Totrov M, Kuznetsov D.A. ICM - a new methods for protein modeling and design: applications to docking and structure prediction from the distorted native conformation. J. Comp. Chem, v. 15, 488-506, 1994.

139. R.V. Polozov, D.A. Kuznetsov, V.G. Tumanyan, N.G. Esipova. Electrostatics of DNA. New Dipol Model. Modelling and Computer Methods in Molecular Biology and Genetics, Nova Science Publishers, Inc,N-Y, 97-102, 1992.

140. Anderson C.F, Record M.T, Jr., Ion distributions around DNA and other cylindricol polyions: theoretical description and plugrical implications. Annu. Rev. Biophys. Chem, v. 19, 423-^465,1990.

141. Sharp K.A, Honig B. Electrostatic interactions in macromolecules. Annu. .Rev. Biophys. Chem, v. 19, 301-332, 1990.

142. Honig В., Nicholls A. Classical electrostatics in Biology and Chemitry. Science, 268 , 1144^-1149, 1995.

143. Nakamura H. Roles of electrostatic interaction in proteins. Quart. Rev., v.29, 1+90, 1996.

144. Richards H.M. - Annu. Rev. Biophys.Bioenerg., v.6, 151, 1977.

145. Федоренко Р.П. Введение в вычислительную физику. М., Изд-во МФТИ, 172ч-180, 1994

146. Malhotra A., Severinova Е., Darst S.A. Crystal Structure of a a70 subunit fragment from E.coli RNA polymerase. Cell v.87, 127+136, 1996.

147. Weiner P.K., Kollman P.A. AMBER: assisted model building with energy refinement. A general program for modeling molecules and their interactions. J. Comput. Chem., v.2, 287, 1981.

148. Koppenol W.H., Margoliash E. The asymmetric distribution of Charges on the surface of harse cytochrome C. Functional implications. J. Biol. Chem., v.257, 4426+4437, 1982.

149. Antosiewics J., Miller M.D., Kraux K.L., Mc Cammon J.A. Simulation of electrostatic and hydrodynamic properties of Serratia endonucleans. Biopolymers, v.41, 443-450,1997.

150. Juang Y.L., Helmann J.D. A promoter melting region in the primary sigma factor of Bacillus subtilis. Identification of functionally important aromatic amino acids. J. Mol. Bio., v.235,1470-1488, 1994.

151. Lesley S.A., Burgess R.R. Characterization of the E. Coli transcription factor sigma 70: localisation of a region involved in the interaction with core RNA polymerase. Biochemistry, v.28, 7728-7734, 1989.

152. Ramanathan G.V., Woodbury C.P. - J. Chem. Phys., v.77, 4133,1982.

153. Лукашин A.B., Аншелевич B.B., Франк-Каменецкий М.Д. Современное состояние теории сильно заряженных полиэлектролитов типа ДНК. Препринт НЦБИ АН. Пущино, 1985.

154. Fixman M. The Poisson-Boltzmann equation and its application to polyelectrolytes. J. Chem. Phys., v.70, N11, 4995-5005, 1979.

155. Anshelevich V.V., Lukashin A.V., Frank-Kamenetskii. - Chem. Phys., v.91, 225, 1984.

156. McClarin J.A., Frederict C.A., Wang B.C., Greene P., Boyer H.W., Grable J., Rosenbery J.M. - Science, v.234,1526-1541, 1986.

157. Warwicker J., Ollis D., Richads F.M., Steits T. - J. Mol. Biol., v. 186, 645-649, 1985.

158. Lohmann T.M. - CRC Crit. Rev. Biochem., v.19, 191-246,1986.

159. Zimmer С., Wahnert U. - Prog. Biophys. Mol. Biol., v.47, 31-112, 1986.

160. Франк-Каменецкий М.Д., Аншелевич B.B., Лукашин A.B. Полиэлектролитная модель ДНК. Успехи физ. Наук, т. 151, №4, 595618, 1987.

161. Fedoseyev A.I., Petrenko I.I., Purtov S.K. Solution of large FEM problem by multigrid method in complex shaped regions. Preprint N 364 IPM AS USSR, Moscow, 1988.

162. Bode W., Schwager P. - J. Mol. Biol., v.98, 693, 1975.

163. Guenot J., Fletterick R, Kollman P. - Protein Sei., v.3, 1276, 1994.

164. Berendsen H.J.C., Postma J.P.M., Van Gunsteren W.F.,Hermans J. Proc. 14th Jerusalem Symp. On Quantum Chemistry and Biochemistry, Ed. B.Pullman, Reidel, Dordrecht, The Netherlands, 331,1981.

165. Saenger W. - Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem., v.16, 93, 1987.

166. Levitt M, Park B.H.- Structure, v.l, N4, 223, 1993.

167. Jayaram В., Sharp K.A., Honig В. The Electrostatic Potential of B-DNA. Biopolymers, v.28, 975-973,1989.

168. Wagner K., Keyes E., Kephart T.W., Edwards G. Analytical Debye-Huckel Model for Electrostatic Potentials around Dissolved DNA, Biophys. J., v.73, 21-30, 1997.

169. Gralla J.D. "Promoter Recognition and mRNA Initiation by E.coli" Methods in Enzymology. Gene Expression Technology.D.V. Goeddel ed. Academic Press, San Diego, California, 1991.

170. Saenger W. Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag, 1984.