Выявление генов дифференциально экспрессирующихся при регенерации планарий тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Богданова, Екатерина Андреевна
- Специальность ВАК РФ03.00.03
- Количество страниц 85
Оглавление диссертации кандидат биологических наук Богданова, Екатерина Андреевна
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР
1.1. Типы репаративной регенерации
1.2. Планарии как модельный объект при иссследованиях регенерации
1.2.1. Морфологические и функциональные особенности пресноводных 5 планарий
1.2.2. Общие аспекты регенерации планарии
1.3. Молекулярно- биологические иследования регенерации (Методы 9 идентификации регуляторных генов и их применение к исследованию регнерации)
1.3.1. Методы, основанные на мутационном анализе
1.3.2. Поиск генов с использованием их эволюционного-.консерватизма
1.3.3. Ограничения методов поиска генов, основанных на их эволюционном 20 консерватизме
1.3.4. Методы прямого поиска дифференциально экспрессируюгцихся генов
1.4. Заключение
2. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
2.1. Модельный эксперимент
2.2. Получение библиотек кДНК, обогащенных последовательностями 30 специфически экспрессирующимися в ходе регенерации различной полярности
2.2.1. Стратегия вычитающей гибридизации
2.2.2. Получение образцов амплифицированной кДНК из регенерационных 33 бластем планарии
2.2.3. Приготовление образцов кДНК трейсера и драйвера
2.2.4. Вычитающая гибридизация
2.3. Дифференциальный скрининг
2.3.1. Описание метода in vitro клонирования
2.3.2. Применение клонирования in vitro для анализа образцов кДНК, 35 обогащенных последоватльностями специфическими для регенерации различной полярности
2.4. Структура выделенных фрагментов
2.4.1. Нозерн-блот гибридизация
2.4.2. Выявление полной кодирующей последовательности кДНК гена scarf
2.4.3. Анализ структуры гена scarf
2.4.4. Scarf - представитель новой группы лектинов С-типа
2.5. Анализ экспрессии генов scarf и collar в теле нерегенерирующих 43 планарии
2.5.1. Whole mount in situ гибридизация
2.5.2. Анализ распределения мРНК выделенных генов вдоль дорсо- 45 вентральной оси
2.5.3. RT-ПЦР анализ
2.6. Анализ экспрессии генов scarf и collar в ходе регенерации 47 3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
3.1. Оборудование и материалы
3.2. Методы исследования 56 ВЫВОДЫ 66 СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 67 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Молекулярная биология», 03.00.03 шифр ВАК
Идентификация нуклеотидных последовательностей генов, экспрессирующихся при регенерации хрусталика и сетчатки у хвостатых амфибий1996 год, кандидат биологических наук Маркитантова, Юлия Владимировна
Анализ индукционных взаимодействий при регенерации планарии Dugesia tigrina1999 год, кандидат биологических наук Усман, Наталья Юрьевна
Экспрессия регуляторных генов при регенерации хрусталика и сетчатки у взрослых тритонов2004 год, кандидат биологических наук Макарьев, Евгений Олегович
Мелатонин и ретиноевая кислота как морфогены планарий2009 год, кандидат биологических наук Ермакова, Ольга Николаевна
Сравнительный анализ геномов половой и бесполой распланарии Girardia tigrina методом вычитающей гибридизации2002 год, кандидат биологических наук Ребриков, Денис Владимирович
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Выявление генов дифференциально экспрессирующихся при регенерации планарий»
ВВЕДЕНИЕ
Одно из важнейших свойств живых существ - способность восстанавливать целостность организма после ранения или утраты части тела. Это свойство может быть обнаружено у самых разных животных - от простейших до высших млекопитающих. В отличиии от большинства систематических групп животных, являющихся модельными объектами биологии развития, пресноводные планарии обладают способностью к восстановлению утраченного паттерна даже из небольших фрагментов тела и являются удобным объектом для изучения генетических основ репаративной регенерации.
Одним из наиболее эффективных подходов к пониманию механизмов регенерационных процессов является исследование генов, контролирующих эти процессы.
Целью представляемой работы была идентификация генов, дифференциально экспрессирующихся в ходе регенерации различной полярности (восстановление головной или хвостовой недостающей части тела) и могущих служить генетическими маркерами при изучении процесса восстановления нового паттерна. Для решения этой задачи мы применили стратегию вычитающей гибридизации. В результате нами были сконструированы библиотеки кДНК, обогащенные последовательностями, специфичными для регенерационных почек различной полярности. В ходе дифференциального скрининга этих библиотек было выявлено два гена (названные нами scarf и collar ), специфических для постериорной регенерации. Анализ структуры идентифицированных генов показал, что последовательность гена scarf соответствует белковому продукту, относящемуся к новому семейству лектинов С-типа. Были проведены исследования экспрессии выявленных генов в интактных и регенерирующих планариях.
Похожие диссертационные работы по специальности «Молекулярная биология», 03.00.03 шифр ВАК
Регенерация у гидробионтов при загрязнении водной среды сточными водами2007 год, кандидат биологических наук Павлова, Людмила Николаевна
Селективная супрессия полимеразной цепной реакции - новый подход к анализу структуры и экспрессии сложных геномов1999 год, доктор биологических наук в форме науч. докл. Лукьянов, Сергей Анатольевич
Семейство генов полидоменных лектинов С-типа планарии Dugesia tigrina2001 год, кандидат биологических наук Шагин, Дмитрий Алексеевич
Полногеномные подходы к функциональному анализу повторяющихся элементов2008 год, доктор биологических наук Буздин, Антон Александрович
Идентификация и анализ генов, вовлеченных в развитие коры головного мозга млекопитающих2006 год, кандидат биологических наук Поляков, Александр Святославович
Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Богданова, Екатерина Андреевна
выводы
1. С помощью метода вычитающей гибридизации созданы кДНК библиотеки, обогащенные последовательностями, специфическими для головной и хвостовой регенерационных почек планарии Dugesia tigrina.
2. Идентифицированы два новых гена - scarf и collar, дифференциально экспрессирующихся в ходе регенерации различной полярности планарий.
3. Показано, что ген scarf является представителем нового семейства генов, продуктами которых являются растворимые полидоменные лектины С-типа.
4. Проведен анализ экспрессии выявленных генов в интактных и регенерирующих планариях. Показан регион-специфический характер их экспрессии в теле нерегенерирующих планарий и падение уровня экспресии при антериорной регенерации. Продемонстрирована принципиальная возможность использования выявленных генов как маркеров для наблюдения за восстановительными процессами.
Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Богданова, Екатерина Андреевна, 1999 год
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
1. Goss R.J. (1969) Principles of regeneration. Acad. Press., NY, 287 P.
2. Карлсон Б.M. (1986) Регенерация. Наука, M., 296 С.
3. Morgan Т.Н. (1901) Regeneration. NY MacMillan, 316 P.
4. Лиознер Л.Д. (1975) Основные проблемы в учении о регенерации. Наука, М. 103 С.
5. Morgan Т.Н. (1900) Regeneration in planarians. W. Roux'Arch. Entwicklugsmech. Organism., Bd. 10, 58-119.
6. Przibram H. (1909) Experimental Zoologie. 2. Regeneration. Lepzig, Deutichke, 338 S.
7. Berril N.J. (1978) Induced segmental reorganization in sabbelid worms. J. Embriol. and Exp. Morphol. 47, 85-96.
8. Brondsted H.V. (1969) Planarian regeneration. Oxford/London, Pergadon Press Ltd., 276 P.
9. Baguna, J., Salo, E., Romero, R., Garcia-Fernandez, J., Bueno D., Munoz-Marmol A.M., Bayascas-Ramirez, J.R., Casali, A. (1994) Regeneration and pattern formation in planarians, cell, molecules and genes. Zool. Sci. 11, 781-795.
10. Baguna J.(1981) Planarian neoblasts. Nature 296, 14-15.
11. Baguna J., Salo E., Collet J. and Auladell M.C. (1989) Regeneration and pattern formation in planarians. Ill Evidence that neoblasts are totipotent stem cells and the source of blastema cells. Development 107, 77-86.
12. Sauzin M.J. (1967) Etude ultrastructurale de la différenciation du neoblaste au cours de la regeneration de la planaire Dugesia gonocephala. 1. Différenciation en cellule nerveuse. Bull.Soc.Zool.France 92, 313-318.
13. Baguna J. (1976) J. Mitosis in the intact and regenerating planarian Dugesia meditirania n. sp. 1 Mitotic stadies during growth, feeding and starvation. J. Exp. Zool. 195 (1), 53-64.
14. Hori I. (1985) Further observation on the fine structure of intact and regenerating gastrodermis of the planarian Dugesia japónica (Turbellaria) J. Submicrosc.Cytol. 17, 569-581.
15. Drobysheva I.M. (1986) Physiological regeneration of the digestive parenchyma in Convoluta convoluta and Oxyposthia praedator (Turbellaria, Acoela) Hydrobiologia 132, 189-193.
16. Chandebois R. (1980) The dinamics of wound closure and its role in the programming of planarian regeneration. II Distalization. Devel. Growth Differ.22, 693-704.
17. Salo E., Bagurta J. (1989) Regeneration and pattern formation in planarians. II Local origin and role of cell movements in blastema formation. Development 107, 69-76.
18. Шейман И.М. (1984) Регуляторы морфогенеза и их адаптивная роль. Наука, М., 172 С.
19. McWhinnie М.А., Gleason М.М. (1957) Histological changes in regenerating pieces of Dugesia dorotocephala. Biol. Bull. 112, 371-376.
20. Wolff E. (1962) Recent researches on the regeneration planaria. In, Regeneration. NY. Ronald., 53-84.
21. Lender T. (1962) Factors in morphogenesis of regeneration fresh-water planaria. In, Adv. in Morphogenesis, N 2, 305-331.
22. Betchaky F. (1967) Isolation of planarian neoblasts and their behavior in vitro with some aspects of the mechanism of the formation of regeneration blastema. J Exp Zool 164(3), 407-433.
23. Baguna J. (1974) Dramatic mitotic response in planarians after feeding, and a hypothesis for the control mechanism. J. Exp. Zool. 190 (1), 117-122.
24. Baguna J. (1976) Mitosis in the intact and regenerating planarian Dugesia meditirania n. sp. 2. Mitotic stadies during regeneration, and a possible mechanism of blastema formation. J. Exp. Zool. 195 (1), 65-80.
25. Woodruff L.S., Burnet A.L. (1965) The origin of the blastema cells in Dugesia tigrina. Exp. Cell Res. 38, 295-305.
26. Rose С., Schostak S. (1968) The transformation of gastrodermal cells to neoblasts in regenerating Phagocata gracilis (Leidy) Exp. Cell Res. 50, 553-561.
27. Coward S.J., Bennett C.E., Hazlehurst B.L. (1974) Lysosomes and lysosomal enzyme activity in the regenerating planarian; evidence in support of dedifferentiation. J. Exp. Zool. 189, 133-146.
28. Coward S.J. (1969) Regeneration in planarians, some unresolved problems and questions. J. Biol. Psych. 11, 15-19.
29. Coward S.J., Hay E.D. (1972) Fine structure of cells involved in physiological and reconstitutive regeneration in planarians. Anat. Rec. 172, 296.
30. Gremigni V. (1981) The problem of cell totipotency, dedifferentiation and trancdifferentiation in Turbellaria. Hydrobiologia 84, 171-179.
31. Gremigni V., Miceli C., Picano E. (1980) On the role of germ cells in planarian regeneration. II. Cytophotometric analysis of the nuclear Feulgen-DNA content in cells of regenerated somatic tissues. J Embryol Exp Morphol 55, 65-76.
32. Hall F., Morita M., Best J.B. (1986) Neoplastic transformation in the planarian, I. Cocarcinogenesis and histopathology. J.Exp.Zool. 240,211-227.
33. Кричинская Е.Б., Ефимова Г.В. (1978) Восстановление целого червя из небольших фрагментов тела планарии Dugesia tigrina. Онтогенез 9 (5), 510-513.
34. Богоровская Г.И. (1969) Регенерация нервной системы планарий. Цитология 11 (8), 964-972.
35. Pedersen K.J. (1972) Studies on regeneration blastemas of the planarian Dugesia tigrina with special reference to differentiation of the muscle-connective tissue filament system. Wilhem Roux Arch. 169, 134-169.
36. Levis E.B. (1978) A gene complex controlling segmentation in Drosophila. Nature 276, 565-570.
37. Gehring,W.J. (1987) Homeobox in the study of development. Science 236, 12451252.
38. Gehring,W.J. (1987) The homeobox, structural and evolutionary aspects. In, Molecular Approaches to Developmental Biology, 115 P.
39. Rio-Tsonis K., Washabaugh C. H. and Tsonis P. A. (1992) The mutant axolotl Short toes exhibits impaired limb regeneration and abnormal basement membrane formation. Proc Natl Acad Sci U S A 89, 5502-5506.
40. Mescher A. L. (1993) Development and regeneration of limbs in the short toes axolotl mutant. Prog Clin Biol Res 383A, 181-191.
41. Geraudie J., Monnot M. J., Brulfert A., Ferretti P. (1995) Caudal fin regeneration in wild type and long-fm mutant zebrafish is affected by retinoic acid. Int J Dev Biol 39, 373-381.
42. Johnson S. L., Weston J. A. (1995) Temperature-sensitive mutations that cause stage-specific defects in Zebrafish fin regeneration. Genetics 141, 1583-1595.
43. Sugiyama T., Fujisawa T. (1977) Genetic analysis of developmental mechanisms in hydra. I. Sexual reproduction of Hydra magnipapillata and isolation of mutants. Dev. Growth Differ. 19,187-200.
44. McGinis,W., Garber, R.L., Wirz, J., Kuroiowa, A., Gehring, W.J. (1984) A homologous protein-coding sequence in Drosophila homeotic genes and its conservation in other metazoans. Cell 37, 403-408.
45. Muller M,M., Carrasco A.E., DeRobertis E.M. (1984) A homeo-box-containing gene expressed during oogenesis in Xenopus. Cell 39, 157-162.
46. Scott M.P., Weiner A.J., Polisky B.A., Hazelrigg T.I., Pirrota V., Scalenghe F. and Kaufman T.C. (1983) The molecular organization of the Antennapedia locus of Drosophila. Cell 35, 763-776.
47. Burglin TR, Ruvkun G, Coulson A, Hawkins NC, McGhee JD, Schaller D, Wittmann C, Muller F, Waterston RH. (1991) Nematode homeobox cluster. Nature 351, 703.
48. McGinis,W., Levin,M., Hafen, E., Kuroiowa A., Gehring,W.J. (1984) A conserved DNA sequence in homoeotic genes of the Drosophila Antennapedia and bithorax complexes. Nature 308, 428-433.
49. Scott M.P., Weiner A.J. (1984) Structural relationships among genes that control development, sequence homology between the Antennapedia, Ultrabithorax, and fushi tarazu loci of Drosophila. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81(13), 4115-4119.
50. Gehring W.J., Hiromi Y. (1986) Homeotic genes and the homeobox. Annu.Rev.Genet. 20, 147-173.
51. Carrasco A.E., McGinis W., Gehring W. J., DeRobertis E.M. (1984) Cloning of an X. laevis gene expressed during early embryogenesis coding for a peptide region homologous to Drosophila homeotic genes. Cell 37, 409-414.
52. Fisher D.A., Bode H.R. (1989) Nucleotide sequence of an actin-encoding gene from Hydra attenuata, structural characteristics and evolutionary implications. Gene 84, 5564.
53. Garcia-Fernandez J., Baguna J., Salo E. (1991) Planarian homeobox genes, cloning, sequence analysis, and expression. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 7338-7342.
54. Schummer M., Scheurlen I., Schaller C., Galliot B. (1992) HOM/HOX homeobox genes are present in hydra (Chlorohydra viridissima) and are differentially expressed during regeneration. EMBO 11, 1815-1823.
55. Balavoine G., Teleford M.J. (1995) Identification of planarian homeobox sequences indicates the antiquity of most Hox/homeotic gene subclasses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 7227-7231.
56. Murtha M.T., Leckman J.F., Ruddle F.H. (1991) Detection of homeobox genes in development and evolution. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 10711-10715.
57. Taira M., Jamrich M., Good P.J., Dawid I.B. (1992) The LIM domain-containing homeo box gene Xlim-1 is expressed specifically in the organizer region of Xenopus gastrula embryos. Genes and Development 6, 356-366.
58. Dirksen M.L., Jamrich M. (1992) A novel, activin-inducible, blastopore lip-specific gene of Xenopus laevis contains a fork head DNA-binding domain. Genes and Development 6, 599-608.
59. Muneoka K., Bryant S.V. (1982) Evidense that patterning mechanisms in developing and regenerating limbs are the same. Nature 298, 369-371.
60. Bryant S.V. and Gardiner D.M. (1992) Retinoic acid, local cell-cell interactions and pattern formation in vertebrate limbs. Dev.Biol. 152, 1-25.
61. Muneoka K. and Sassoon D. (1992) Limb development and regeneration. Dev.Biol. 152,37-49.
62. Stone L.S. (1967) An investigation recording all salamanders which can and cannot regenerate a lens from the dorsal iris. J. Exp. Zool. 164, 87-104.
63. Mitashov V.I. (1996) Mechanisms of retina regeneration in urodeles. Int J Dev Biol 40 (4), 833-844.
64. Reyer R. W. (1977) The amphibian eye, development and regeneration In, Handbook of Sensory Physiology. The Visual System in Vertebrates. (Ed. Crescitelli. F.) V.VII, 5., P. 309.
65. Yamada T. (1977) Control mechanisms in cell-type conversion in newt lens regeneration. Monogr. Dev. Biol. 13, 126 p.
66. Monaghan A.P., Davinson D.R., Sime C., Graham E., Baldock R., Bhattacharya S.S., Hill R.E. (1991) The Msh-like homeobox genes define domains in the developing vertebrate eye. Development 112,1053-1061.
67. Nornes H.O., Dressier G.R., Knapik E.W., Deutch U., Gruss P. (1990) Spatially and temporally restricted expression of Pax2 during murine neurogenesis. Development 109, 797-809.
68. Washabaugh C. H., Wallace J. L., Rio-Tsonis K., Tsonis P. A. (1995) Cloning of homoeobox sequences expressed in the intact and the regenerating newt eye. Gene 158,301-302.
69. Rio-Tsonis K., Washabaugh C. H., Tsonis P. A. (1995) Expression of pax-6 during urodele eye development and lens regeneration. Proc Natl Acad Sci USA 92, 50925096.
70. Richardson J., Cvekl A.and Wistow G. (1995) Pax-6 is essential for lens-specific expression of zeta-crystallin. Proc Natl Acad Sci USA 92, 4676-4680.
71. Cvekl A., Piatigorsky J. (1996) Lens development and crystallin gene expression, many roles for Pax-6. Bioessays 18, 621-630.
72. Ton C.C., Hirvonen H., Miwa H., Weil M.M., Monaghan P., Jordan T., van Heyningen V., Hastie N.D., Meijers-Heijboer H., Drechsler M., et al. (1991) Positional cloning and characterization of a paired box- and homeobox-containing gene from the aniridia region. Cell 67(6), 1059-1074.
73. Walther C., Gruss P. (1991) Pax-6, a murine paired box gene, is expressed in the developing CNS. Development 113, 1435-1449.
74. Li H. S., Yang J. M., Jacobson R. D., Pasko D., Sundin O. (1994) Pax-6 is first expressed in a region of ectoderm anterior to the early neural plate, implications for stepwise determination of the lens. Dev Biol 162, 181-194.
75. Krauss S., Johansen T., Korzh V., Moens U., Ericson J. U., Fjose A. (1991) Zebrafish pax-6, a paired box-containing gene expressed in the neural tube. EMBO J 10, 36093619.
76. Puschel A. W., Gruss P., Westerfield M. (1992) Sequence and expression pattern of pax-6 are highly conserved between zebrafish and mice. Development 114, 643-651.
77. Quiring R., Walldorf U., Kloter U., Gehring W. J. (1994) Homology of the eyeless gene of Drosophila to the Small eye gene in mice and Aniridia in humans. Science 265, 785-789.
78. Loosli F., M. Kmita-Cunisse M., Gehring W. J. (1996) Isolation of a Pax-6 homolog from the ribbonworm Lineus sanguineus. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 26582663.
79. Wallace H. (1981) Vertebrate limb regeneration. NY. Wiley, 275 P.
80. Iten L.E., Bryant S.V. (1973) Forelimb regeneration from different levels of amputation in the newt, Notophtalmus viridescens, Length, rate and stages. W.Roux'sArch. Develop. Biol. 173, 263-282.
81. Gardiner D., Bryant S.V. (1996) Molecular mechanisms in the control of limb regeneration, the role of homeobox genes. Int. J. Dev.Biol. 40, 797-805.
82. Gardiner D.M., Blumberg B., Komine Y., Bryant S.V. (1995) Regulation of Hox A expression in developing and regeneration axolotl limbs. Development 121, 17311741.
83. Simon H-G., Tabin C.J. (1993) Analysis of Hox-4.5 and Hox-3.6 expression during newt limb regeneration, differential regulation of paralogus Hox genes suggest differett roles for members of different Hox clasters. Development 117, 1397-1407.
84. Brown R., Brockes J. P. (1991) Identification and expression of a regeneration-specific homeobox gene in the newt limb blastema. Development 111, 489-496.
85. Beauchemin M., Savard P. (1993) Expression of five homeobox genes in the adult newt appendages and regeneration blastemas. Prog Clin Biol Res 383A, 41-50.
86. Beauchemin M., Noiseux N., Tremblay M., Savard P. (1994) Expression of Hox A11 in the limb and the regeneration blastema of adult newt. Int J Dev Biol 38, 641-649.
87. Savard P., Gates P.B., Brockes J.P. (1988) Positon dependent expression of a homeobox gene transcript in relation to amphibian limb regeneration. EMBO J. 7, 4275-4282.
88. Tabin C.J. (1989) Isolation of potential vertebrate limb-identity genes. Development 105,813-820.
89. Crews L., Gates P. B., Brown R., Joliot A., Foley C., Brockes J. P. and Gann A. A. (1995) Expression and activity of the newt Msx-1 gene in relation to limb regeneration. Proc R Soc Lond B Biol Sci 259, 161-171.
90. Simon H-G., Nelson C., Goff D., Laufer E., Morgan B.A., Tabin C. (1995) Differential expression of myogenic regulatory genes and Msx-1 during dedifferentiation and redifferentiation of regenerating amphibian limbs. Dev. Dinamics 202,1-12.
91. Beauchemin M. and Savard P. (1992) Two distal-less related homeobox-containing genes expressed in regenerating blastemas of the newt. Dev. Biol. 154, 55-56.
92. Mullen LM, Bryant SV, Torok MA, Blumberg B, Gardiner DM. (1996) Nerve dependency of regeneration, the role of Distal-less and FGF signaling in amphibian limb regeneration. Development 122(11), 3487-3497.
93. Savard P, Tremblay M (1995) Differential regulation of Hox C6 in the appendages of adult urodeles and anurans. J Mol Biol 249(5), 879-889.
94. Izpisua-Belmonte J-C. and Duboule D. (1992) Homeobox genes and pattern formation in the vertebrate limb. Dev. Biol. 157, 410-422.
95. Duboule D. (1994) Guidebook to the homeobox genes, Oxford University Press, Oxford.
96. Brockes J.P. (1997) Amphibian limb regeneration, rebuilding a complex structure. Science 276, 81-87.
97. Song K., Wang Y., Sassoon D. (1992) Expression of Hox-7.1 in myoblasts inhibits terminal differentiation and induces cell transformation. Nature 360, 477-481.
98. Dolle P., Price M., Duboule D. (1992) Expression of the murine Dlx-1 homeobox gene during facial, ocular and limb development. Differentiation 49, 93-99.
99. Hayamizu TF, Wanek N, Taylor G, Trevino C, Shi C, Anderson R, Gardiner DM, Muneoka K, Bryant SV (1994) Regeneration of HoxD expression domains during pattern regulation in chick wing buds. Dev Biol 161(2), 504-512.
100. Fallon JF, Lopez A, Ros MA, Savage MP, Olwin BB, Simandl BK. (1994) FGF-2, apical ectodermal ridge growth signal for chick limb development. Science 264(5155), 104-107.
101. Taylor GP, Anderson R, Reginelli AD, Muneoka K FGF-2 induces regeneration of the chick limb bud. Dev Biol 1994 May;163(l), 282-284.
102. Niswander L, Tickle C, Vogel A, Booth I, Martin GR FGF-4 replaces the apical ectodermal ridge and directs outgrowth and patterning of the limb. Cell 1993 Nov 5;75(3), 579-587.
103. Boilly B., Cavanaugh K.P., Thomas D., Hondermarck H., Bryant S.V., Bradshaw R.A. (1991) Acidic fibroblast growth factor is present in regenerating limb blastemas of axolotls and binds specifically to blastema tissues. Dev. Biol. 154, 302-310.
104. Zenjari C, Boilly-Marer Y, Desbiens X, Oudghir M, Hondermarck H, Boilly B. (1996) Experimental evidence for FGF-1 control of blastema cell proliferation during limb regeneration of the amphibian Pleurodeles waltl. Int J Dev Biol 40(5), 965-971.
105. Zenjari C, Boilly B, Hondermarck H, Boilly-Marer Y. (1997) Nerve-blastema interactions induce fibroblast growth factor-1 release during limb regeneration in Pleurodeles waltl. Dev Growth Differ 39(1), 15-22.
106. Mescher A.L., Loh J.J. (1981) Newt forelimb regeneration blastemas in vitro, cellular response to explantation and effects of varios growth-promoting substances. J. Exp. Zool. 216, 235-245.
107. Maden M. Retinoids and the control of pattern in limb development and regeneration. 1985, Trends in Genet. 1, 103-107.
108. Scadding S.R. (1996) Treatment of axolotls with retinoids for limb regeneration studies. Int J Dev Biol 40 (4), 909-910.
109. Viviano CM, Brookes JP (1996) Is retinoic acid an endogenous ligand during urodele limb regeneration. Int J Dev Biol 40 (4), 817-822.
110. Giguere V., Ong E. S., Evans R. M. and Tabin C. J. (1989) Spatial and temporal expression of the retinoic acid receptor in the regenerating amphibian limb. Nature 337, 566-9.
111. Ragsdale CW Jr, Petkovich M, Gates PB, Chambon P, Brockes JP (1989) Identification of a novel retinoic acid receptor in regenerative tissues of the newt. Nature 341(6243), 654-657.
112. Ragsdale CW Jr, Gates PB, Brockes JP (1992) Identification and expression pattern of a second isoform of the newt alpha retinoic acid receptor. Nucleic Acids Res 20(21), 5851.
113. Ragsdale CW Jr, Gates PB, Hill DS, Brockes JP (1993) Delta retinoic acid receptor isoform delta 1 is distinguished by its exceptional N-terminal sequence and abundance in the limb regeneration blastema. Mech Dev 40(1-2), 99-112.
114. Mescher AL, Munaim SI (1986) Changes in the extracellular matrix and glycosaminoglycan synthesis during the initiation of regeneration in adult newt forelimbs. Anat Rec 214(4), 424-431.
115. Onda H, Goldhamer DJ, Tassava RA (1990) An extracellular matrix molecule of newt and axolotl regenerating limb blastemas and embryonic limb buds, immunological relationship of MT1 antigen with tenascin. Development 108(4), 657668.
116. Gardiner DM, Muneoka K, Bryant SV (1986) The migration of dermal cells during blastema formation in axolotls. Dev Biol 118(2), 488-493.
117. Birkedal-Hansen H (1995) Proteolytic remodeling of extracellular matrix. Curr Opin Cell Biol 7(5), 728-735.
118. Yan L, Pollock GH, Nagase H, Sarras MP Jr (1995) A 25.7 x 10(3) M(r) hydra metalloproteinase (HMP1), a member of the astacin family, localizes to the
extracellular matrix of Hydra vulgaris in a head-specific manner and has a developmental function. Development 121(6), 1591-1602.
119. Miyazaki K., Uchiyama K., Imokawa Y.and Yoshizato K. (1996) Cloning and characterization of cDNAs for matrix metalloproteinases of regenerating newt limbs. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 93, 6819-6824.
120. Poulin M. L., Patrie K. M., Botelho M. J., Tassava R. A.and Chiu I. M. (1993) Heterogeneity in the expression of fibroblast growth factor receptors during limb regeneration in newts (Notophthalmus viridescens) Development 119, 353-61.
121. Muller W.A. (1996) Pattern formation in the immortal Hydra. TIG 12, 91-96.
122. Bode P.M. and Bode H.R. (1984) Patterning in hydra In "Pattern formation. A primer in developmental biology" (ed. G.M. Malacinski and S.V. Bryant) London NY, MacMillan Publishing Co.
123. Shenk M.A., Gee L., Steele R.E., Bode H.R. (1993) Expression of Cnox-2, a HOM/HOX gene, is suppressed during head formation in Hydra. Dev.Biol. 160, 108118.
124. Shenk M.A., Bode H.R. , Steele R.E. (1993) Expression of Cnox-2, a HOM/HOX homeobox gene in hydra, is correlated with axial pattern formation. Development 117, 657-667.
125. Grens A, Gee L, Fisher DA, Bode HR (1996) CnNK-2, an NK-2 homeobox gene, has a role in patterning the basal end of the axis in hydra. Dev Biol Dec 15;180(2), 473488.
126. Bosch TC, Benitez E, Gellner K, Praetzel G, Salgado LM (1995) Cloning of a ras-related gene from Hydra which responds to head-specific signals. Gene 167(1-2), 191-195.
127. Greenwald I, Broach JR (1990) Cell fates in C. elegans, in medias ras. Cell 63(6), 1113-1116.
128. Gaul U, Mardon G, Rubin GM (1992) A putative Ras GTPase activating protein acts as a negative regulator of signaling by the Sevenless receptor tyrosine kinase. Cell 68(6), 1007-1019.
129. Moodie SA, Wolfman A (1994) The 3Rs of life, Ras, Raf and growth regulation. Trends Genet 10(2), 44-48.
130. Stocum D.L. (1996) A conceptual framework for analyzing axial patterning in regenerating urodele limbs. Int J Dev Biol 40 (4), 773-783.
131. Yokouchi Y., Sasaki H., Kuroiwa A. (1991) Homeobox gene expression correlated with the bifurcation process of limb cartilage development. Nature 353, 443-445.
132. Haack H., Gruss P. (1993) The establishment of murine Hox-1 expression domains during patterning of the limb. Dev.Biol., 157, 410-422.
133. Duboule D., Morata G. (1994) Colinearity and functional hierarchy among genes of the homeotic complexes. Trends Genet. 10, 358-364.
134. Orii, H., Agata, K., Watanabe, K. (1993) POU-domain genes in planarian Dugesia japonica - the structure and expression. Biochem. Biophys. Res. Commun. 192, 13951402.
135. Tarabykin, V.S., Lukyanov, K.A., Potapov, V. K., Lukyanov, S.A. (1995) Detection of planarian Antennapedia-like homeobox genes expressed during regeneration. Gene 158, 197-202.
136. Garcia-Fernandez, J., Baguna, J., and Salo, E. (1993) Genomic organization and expression of the planarian homeobox genes Dth-1 and Dth-2. Development 118, 241-253.
137. McGinnis W. and Krumlauf R. (1992) Cell, v.68,p. 283-302.
138. Bayascas, J.R., Castillo, A., Munoz-Marmol, A.M., and Salo, E. (1997) Planarian Hox genes, novel pattern of expression during regeneration. Development 124, 141148.
139. Тарабыкин B.C. (1995) Экспрессия гомеобоксных генов планарии при регенерации. Диссертация на соискание ученой степени к.б.н.
140. Rebagliati М., Weeks D., Harvey R. and Melton D. A. (1985) Identification and cloning of localized maternal RNAs from Xenopus Eggs. Cell 42, 769-777.
141. Melton D.A. (1987) Translocation of a localized maternal mRNA to the vegetal pole of Xenopus oocytes.Nature, v.328, p. 80-82.
142. Rosa F. Roberts AB, Danielpour D, Dart LL, Sporn MB, Dawid IB (1988) Mesoderm induction in amphibians, the role of TGF-beta 2-like factors. Science, v.239, p.783-785.
143. Sargent T.D. (1987) Isolation of differentially expressed genes. Methods Enzymol. 152, 423-432.
144. Liang P., Averboukh L. and Pardee A.B. (1993) Distribution and cloning of eucariotic mRNAs by means of differential display, refinements and optimization. Nucl. Acids Res. 21,3269-3275.
145. Ivanova, N., and Belyavsky, A. (1995) Identification of differentially expressed genes by restriction endonuclease-based gene expression fingerprinting. Nucleic Acids Res., 23,2954-2958.
146. Suzuki, H., Yaoi, T., Kawai, J., Hara, A., Kuwajima, G., and Watanabe, S. (1996) Restriction landmark cDNA scanning (RLCS), a novel cDNA display system using two-dimensional gel electrophoresis. Nucleic Acids Res., 24, 289-294.
147. Prashar, Y., Weissman, S.M. (1996) Analysis of differential gene expression by display of 3' end restriction fragments of cDNAs.Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 659663.
148. Myers R.M. (1993) The Pluses of Subtraction. Science 259, 942-943.
149. Galau G., Klein W., Britten R. and Davidson E. (1977) Significance of rare mRNA sequences in liver. Arch. Biochem. Biophys. 179, 584-599.
150. Timblin C., Battley J. and Kuehl W. H. (1990) Application of PCR technology to subtractive cDNA cloning, identification of genes expressed specifically in murine plasmacytoma cells. Nucl. Acids Res. 18, 1587-1593.
151. Hedrick S. M., Cohen, D. I., Nielsen E. L. and Davis M. M. (1984) Isolation of cDNA clones encoding T cell-specific membrane-associated proteins. Nature 308, 149-153.
152. Zimmerman C., Orr W., Leclerc R., Barnard E., Timberlake W. (1980) Molecular cloning ans selection of genes regulated in Aspergillus development. Cell 21, 709714.
153. Sargent T. and Dawid I. B. (1983) Differencial gene expression in the gastrula of Xenopus laevis. Science 222, 135-139.
154. Weinziger R., Salgado LM, David C.N., Bosch TC (1994) Ksl, an epithelial cell-specific gene, responds to early signals of head formation in Hydra. Development 120, 2511-2517.
155. Simon H. G. and Oppenheimer S. (1996) Advanced mRNA differential display, isolation of a new differentially regulated myosin heavy chain-encoding gene in amphibian limb regeneration. Gene 172, 175-181.
156. Simon HG, Kittappa R, Khan PA, Tsilfidis C, Liversage RA, Oppenheimer S (1997) A novel family of T-box genes in urodele amphibian limb development and regeneration, candidate genes involved in vertebrate forelimb/hindlimb patterning. Development 124(7), 1355-1366.
157. Казанская O.B., Маркитантова Ю.В., Снеговая И.Ю., Долгилевич C.M., Тарабыкин B.C., Зарайский А.Г., Лукьянов С.А., Знойко C.JL, Микаэлян А.С., МиташовВ.И. (1995) Идентификация новых генов и анализ их экспрессии в процессе регенерации хрусталика и сетчатки у взрослых тритонов. Известия Академии Наук. Серия биологическая №3, 271-275.
158. Bueno D, Baguna J, Romero R (1997) Cell-, tissue-, and position-specific monoclonal antibodies against the planarian Dugesia (Girardia) tigrina. Histochem Cell Biol 107(2), 139-149.
159. Vispo M, Cebria F, Bueno D, Carranza S, Newmark P, Romero R (1996) Régionalisation along the anteroposterior axis of the freshwater planarian Dugesia (Girardia) tigrina by TCEN49 protein. Int J Dev Biol 1,209S-210S.
160. Bueno D, Castillo E., Vispo M, Cebria F, Bayascas J.R., Salo E., Romero R. (1997) New protocol to vizualize gene expression in intact and regenerating adult planarians by whole mount in situ hybridization. Elsevier TRENDS J. Techical Tips Online, http, //www.elsevier.com/locate/TTO t01222.
161. ГурскаяН.Г., ШагинД.А., Лукьянов К.А., Вагнер Л.Л., Штутман М.С., Мусаткина Е.А., Моинова Е.В., Татосян А.Г., Лукьянов С.А., Свердлов Е.Д. (1996) Клонирование с помощью вычитающей гибридизации кДНК гена ha-
SDGF из линии клеток сирийского хомячка с повышенным потенциалом метастазирования. Биоорган, химия. 22, 425-431.
162. Лукьянов С.А., Гурская Н.Г., Лукьянов К.А., Тарабыкин B.C., Свердлов Е.Д.
(1994) Высокоэффективная вычитающая гибридизация кДНК. Биоорганическая химия20, 701-704.
163. Siebert P.D., Chenchik A., Kellog D.E., Lukyanov К.А., Lukyanov S.A. (1995) An improved PCR method for walking in uncloned genomic DNA. Nucleic Acids Res. 23, 1087-1088.
164. Diachenko L., Lau Y.-F.C., Campbell A.P., Chenchik A., Mogadam F., Huang В., Lukyanov S., Lukyanov K., Gurskaya N., Sverdlov E.D., Siebert D. Suppression Sabtracive Hybridization, A method for generating differentially regulated or tissue-specific cDNA probes and libraries. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 93, 6025-6030.
165. Lukyanov K.A., Launer G.A., Tarabykin V.S., Zaraisky A.G. and Lukyanov S.A.
(1995) Inverted terminal repets permit the average length of amplified DNA fragments to be regulated during preparation of cDNA libraries by polymerase chain reaction. Analytical Biochemistry 229, 198-202.
166. Belyavsky A., Vinogradova Т., Raevsky K. (1989) PCR-based cDNA library construction: general cDNA libraries at the level of a few cells. Nucl. Acids Res. 17, 2919-2932.
167. Krause M., Fire A., Harrison S. W., Priess J., Weintraub H. (1990) CeMyoD accumulation defines the body wall muscle cell fate during C. elegans embryogenesis. Cell 63, 907-919.
168. Chenchik,A., Diachenko, L., Tarabykin, V., Lukyanov, S., and Siebert, P.D. (1996) Full-length cDNA Cloning and Determination of mRNA 5'- and 3'- ends by Amplification of adapter-ligated cDNA. BioTechniques 21, 526-534.
169. Heijne G.(1986) "Amino acid counts for eukaryotic signal sequences" Nucleic Acid Resaech, v. 14(11), p. 4683-4690.
170. Drickamer K. (1993) Evolution of Ca -dependent animal lectins. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 45, 207-232.
171. Drickamer K. and Taylor M.E. (1993) Biology of animal lectins. Annu. Rev. Cell Biol. 9, 237-264.
172. Kawaguchi N., Komano H. and Natori S. (1991) Involvement of Sarcophaga lectin in the development of imaginal discs of Sarcophaga peregrina in an autocrine manner. Dev. Biol. 144, 86-93.
173. Kubo, T., Kawasaki, K, Nonomura, Y., Natori, S. (1991) Localization of regenectin in regenerates of American cockroach ( Periplaneta americana) legs. Int. J. Dev. Biol. 35,83-90.
174. Kubo T., Kawasaki K., and Natori S. (1993) Transient appearance and localization of a 26-kDa lectin, a novel member of the Periplaneta lectin family, in regenerating cockroach leg. Dev. Biol. 156, 381-390.
175. Tiemeyer, M., Goodman, C.S. (1996) Gliolectin is a novel carbohydrate-binding protein expressed by a subset of glia in the embryonic Drosophila nervous system. Development 122, 925-936.
176. Weis, W. I., Drickamer, K., and Hendrickson, A. (1992) Structure of a C-type mannose-binding protein complexed with an oligosaccharide. Nature 360, 127-134.
177. Revelle B.M., Scott D., Kogan T.P., Zheng J., Beck P.J. (1996) Structure-function analysis of P-selectin-sialyl LewisX binding interactions. Mutagenic alteration of ligand binding specificity. J. Biol. Chem. 271, 4289-4297.
178. Gabius H.J. (1997) Animal lectins. Eur.J.Biochem. 243, 543-576.
179. Drickamer K. (1993) Ca2+ -dependent carbohydrate-recognition domains in animal proteins. Curr. Opin. Struct. Biol. 3, 393-400.
180. Zanetta, J.-P., Badache, A., Maschke, S., Marshal, P., Kuchler, S. (1994) Carbohydrates and soluble lectins in the regulation of cell adhesion and proliferation. Histol. Histopath. 9, 385-412.
181. Chomczynski, P., Sacchi, N. (1987) Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chlorophorm extraction. Anal. Biochem. 162, 156159.
182. Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Lab. Press, Cold Spring Harbor.
183. Barnes W.M. (1994) PCR amplification of up to 35-kb DNA with high fidelity and high yield from lambda bacteriophage templates. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91, 2216-2220.
184. Kellog D.E., Rybalkin I., Chen S., Mukhamedova N., Vlasik T., Siebert P., Chenchik A. (1994) BioTechniq. 16, 1134-1137.
185. Short Protocols in Molecular Biology./ Eds F.M. Ausubel et al. (1992) N. Y. Harvard Medical School.
186. Robinson M., Simon M.I. (1991) Determining transcript number using the polymerase chain reaction: Pgk-2, mP2, and PGK-2 transgene mRNA levels during spermatogenesis. Nucleic Acid Res. 19, 1557-1562.
187. Harland RM. (1991) In situ hybridization: an improved whole-mount method for Xenopus embryos. Methods Cell Biol. 36, 685-95.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.