Исследование структуры и конформационной динамики макромолекул на поверхностях твердых адсорбентов и в нанокластерах тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 01.04.07, кандидат физико-математических наук Кручинин, Никита Юрьевич

• Кручинин, Никита Юрьевич
• кандидат физико-математических наук
• 2012

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Кручинин, Никита Юрьевич

ОГЛАВЛЕНИЕ

Введение

ГЛАВА 1. МОЛЕКУЛЯРНО-ДИНАМИЧЕСКИЙ И СТАТИСТИЧЕСКИЙ ПОДХОДЫ В ПРОБЛЕМЕ ОПИСАНИЯ КОНФОРМАЦИОННЫХ ПЕРЕСТРОЕК МАКРОЦЕПНЫХ СТРУКТУР. КИНЕТИКА РЕАКЦИЙ В НАНОСТРУКТУРАХ

1.1 Обзор и анализ метода молекулярной динамики

1.2 Статистическая теория распределения плотности звеньев полимерной цепи на поверхностях адсорбентов

1.3 Кинетика реакций в наноструктурах

ГЛАВА 2. КОНФОРМАЦИОННАЯ ДИНАМИКА И РАСПРЕДЕЛЕНИЕ ЗВЕНЬЕВ МАКРОМОЛЕКУЛ ПРИ АДСОРБЦИИ НА КРИСТАЛЛИЧЕСКИХ ПОВЕРХНОСТЯХ И В ПОЛОСТЯХ ТВЕРДЫХ АДСОРБЕНТОВ

2.1 Распределение плотности звеньев полимерной цепи на плоских кристаллических поверхностях адсорбентов

2.2 Распределение плотности звеньев полимерной цепи внутри цилиндрической нанопоры

2.3 Распределение плотности звеньев полимерной цепи в полости

пористого адсорбента

ГЛАВА 3. РАСПРЕДЕЛЕНИЕ ЗВЕНЬЕВ МАКРОЦЕПЕЙ ПРИ АДСОРБЦИИ НА НАНОЧАСТИЦАХ РАЗЛИЧНОЙ ФОРМЫ

3.1. Распределение плотности звеньев полимерной цепи на поверхности дисперсной наночастицы

3.2. Адсорбция макроцепей на углеродных нанотрубках

ГЛАВА 4. КОНФОРМАЦИОННАЯ ДИНАМИКА МАКРОЦЕПЕЙ В РАСТВОРАХ С ЗАКРЕПЛЕННЫМИ НА НИХ ДИСТАНЦИОННО

РЕАГИРУЮЩИМИ МОЛЕКУЛАМИ-МЕТКАМИ

4.1 Конформационная динамика фрагмента лизоцима с закрепленными

дистанционно реагирующими молекулами-метками

4.2 Конформационная динамика лизоцима в нанопорах и вблизи

наночастиц с закрепленными на них молекулами-метками

ГЛАВА 5. ДИНАМИКА ИОНОВ В ВОДЕ С МАКРОМОЛЕКУЛОЙ ДНК

5.1 Динамика ионов натрия и хлора в растворе с ДНК

5.2 Динамика молекул красителей в растворе с ДНК

Заключение

Список использованных источников

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Исследование структуры и конформационной динамики макромолекул на поверхностях твердых адсорбентов и в нанокластерах»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Для получения функциональных наносистем с регулируемыми параметрами в ряде случаев создают условия для адсорбции звеньев полимерных цепей на плоской поверхности кристалла, на поверхностях наночастиц сфероидальной (глобулярные кластеры, квантовые точки) и цилиндрической (нанотрубки, наностержни) формы, или размещения полимерной цепи в цилиндрических и сферических нанопорах. Некоторые из звеньев макроцепей сами могут выступать в роли реагентов, либо захватывать малые молекулы, участвующие в процессе, ограничивая их подвижность. Конформационные характеристики полимерных молекул, захваченных адсорбентом, отличаются от таковых для макроцепи в растворе. По этой причине будет различаться и кинетика реакций между малыми молекулами, размещенными между звеньями макроцепей, находящихся в различных конформациях. Это связано с появлением неоднородного распределения плотности звеньев макромолекул на мезоскопической шкале длин. Для описания кинетики аннигиляционных процессов, возникающих между электронно-возбужденными молекулами, в том числе с участием молекул кислорода, необходимо знать функцию пространственного распределения концентрации молекул фотосенсибилизатора, размещенного на звеньях макромолекулы, адсорбированной поверхностью нанопоры или наночастицы. Если молекулы фотосенсибилизаторов (как правило -органических красителей) адсорбированы цепью однородно (или статистически однородно) по ее длине, то характер пространственного распределения концентрации таких молекул будет повторять профиль плотности полимерных субъединиц в усредненной конформации. Знание распределения звеньев вблизи поверхности нанопоры или наночастицы позволяет произвести корректное описание кинетического режима молекулярных реакций в данных наноструктурах.

В растворах макромолекул, а также в случае адсорбции их на поверхности наночастицы или в нанопоре, возникают и другие специфические особенности формирования кинетических режимов бимолекулярных реакций. В первую очередь это связано с микрогетерогенностью системы, а также с конформационной динамикой макроцепей, на которых могут сорбироваться некоторые из реагентов. В результате конформационных изменений, происходящих с макромолекулой, изменяется расстояние между адсорбированными на ней молекулами-реагентами. Это находит отражение в кинетике дистанционной передачи энергии электронного возбуждения между малыми молекулами, а также спин-селективной аннигиляции возбуждений триплетного типа. И те и другие процессы относятся к донор-акцепторному безызлучательному переносу энергии электронного возбуждения между введенными в систему молекулами. Такие молекулы давно используется для зондирования структуры неоднородных сред и различных нанообъектов, включая биологические.

В растворах полиэлектролитов (заряженных полимерных цепей) при адсорбции одного из компонентов донорно-акцепторной системы на полимерной цепи, молекулы второго компонента в ходе диффузионного перемещения испытывают на себе действие поля макроиона, что отражается на кинетике диффузионно-контролируемой передачи энергии электронного возбуждения между ионами. Поэтому при исследовании свойств растворов ДНК, или им подобных полиэлектролитов, важно знать динамику ионов и молекул красителей в поле заряженной макромолекулы.

Цель работы заключалась в определении конформационной структуры и динамики макромолекул, адсорбированных на поверхности кристаллов, наночастиц и пористых сред; исследовании пространственного распределения ионов в растворах ДНК для описания кинетики реакций в наноструктурированных системах.

Постановка задач. Для достижения этой цели необходимо было решить следующие основные задачи:

1. Определить характер распределения плотности звеньев полимерных цепей на твердых поверхностях и в нанополостях различной формы методами статистической теории макромолекул и степень влияния пространственной неоднородности распределения реагентов на кинетику фотореакций.

2. Исследовать методом молекулярной динамики (МД) конформационную структуру полипептида, расположенного на поверхности различной кривизны и в нанополости твердого тела.

3. Рассчитать по результатам МД-моделирования пространственное распределение концентрации атомов полипептида, адсорбированного на поверхности твердого тела, и использовать для получения характерных показателей и коэффициентов для уравнений, описывающих распределение концентрации методами статистической теории макромолекул.

4. Исследовать динамику молекул красителей, расположенных на полипептиде в растворе, а также на поверхности наночастицы и в нанополости. Определить величины флуктуаций радиуса донор-акцепторной пары молекул, связанных с полимерной цепью.

5. Исследовать методом МД эволюцию аксиального распределения ионов в поле цепи ДНК, рассчитать равновесное радиальное распределение концентрации ионов.

Научная новизна

1. Определен характер распределения плотности звеньев макромолекулы на поверхности цилиндрической и сферической частицы на основе специальной математической модели конформационной структуры полимера, допускающей получение простых, удобных для использования аналитических выражений. Произведен расчет кинетики кросс-аннигиляции молекулярных электронных возбуждений в нанопорах твердых адсорбентов.

2. Методом МД исследована конформационная релаксация и получено равновесное распределение концентрации атомов макромолекулы полипептида на плоской поверхности кристаллов кварца, графена и графита, внутри цилиндрической и сферической нанопоры из оксида алюминия, на внешней и внутренней поверхности углеродной нанотрубки, на фуллерене С720 и сферической частицы из оксида алюминия. Получены характерные показатели и коэффициенты для использования в уравнениях, описывающих распределение плотности звеньев макроцепи в рамках аналитической теории (методами статистической физики макромолекул).

3. Получены временные зависимости и определены величины флуктуаций расстояния между молекулами люминесцентных зондов -красителей (эритрозина, эозина, родамина 60, малахитового зеленого), расположенных на макромолекуле полипептида в растворе, на поверхности сферической частицы, в нанопоре из оксида алюминия, а также на поверхности фуллерена С720.

4. Методом МД исследована релаксация радиального профиля плотности малых ионов в растворе относительно оси макромолекулы ДНК, получены равновесные радиальные зависимости концентрации ионов.

Практическая значимость

Полученные результаты могут быть использованы:

1. Для описания кинетики молекулярных реакций в природных и синтезированных наноструктурах, пористых средах и на поверхностях кристаллов, модифицированных полимерными соединениями.

2. При решении проблем создания люминесцентно-оптического измерителя концентрации молекулярного кислорода в качестве датчика-модуля технологического процесса и сенсора синглетного кислорода для биомедицинских применений.

3. При создании конъюгатов, представляющих собой наночастицу, покрытую пептидом с адсорбированными фотоактивными молекулами -центрами генерации, либо топологически инвертированную систему - в

которой пептиды и молекулы фотосенсибилизатора располагаются на поверхности нанопоры для применения в качестве сенсибилизаторов в фотодинамической терапии для генерации синглетного кислорода.

4. Композитные полимерные системы могут найти применение при зондировании сред и внедренных в них нанообъектов, мониторинга состояний наноструктур и процессов их деструкции.

Основные защищаемые положения

1. Макромолекулярная цепь, адсорбированная на плоской поверхности кристалла, в цилиндрической и сферической нанопоре, на поверхности цилиндрической и сферической наночастицы, имеет характерное распределение концентрации звеньев, определяемое длиной звена полимера, параметрами потенциала адсорбирующей поверхности, ее кривизной и термодинамическими параметрами системы.

2. Радиальная зависимость распределения плотности звеньев макромолекулы на адсорбирующей поверхности цилиндрической и сферической наночастиц целиком определяется двупараметрическим модельным потенциалом притяжения 8-функционального типа.

3. Амплитуды флуктуаций расстояния между зондовыми молекулами красителей на полипептиде в растворе достигают 0.1-0.4 нм, а для полимерной цепи внутри нанополости и на поверхности частицы - 0.2-0.5 нм.

4. В полиэлектролитах ДНК формируется характерное аксиальное распределение противоионов и ионов соли, формирующее эффективное электростатическое поле в окрестности макроцепи, способное влиять на кинетику реакций малых ионов на цепи ДНК.

Достоверность результатов диссертации обеспечивается использованием универсальных законов и уравнений классической и квантовой механики, статистической физики полимеров; расчетами, проведенными с использованием различных апробированных программных комплексов.

Апробация результатов работы

Основные положения и результаты работы докладывались и обсуждались на 8 научно-практических конференциях, из которых 4 - с международным участием. В том числе: всероссийской научно-практической конференции «Интеграция науки и образования как условие повышения качества подготовки специалистов» (Оренбург, 2008), всероссийской научно-практической конференции «Многопрофильный университет как региональный центр образования и науки» (Оренбург, 2009), международной конференции «Organic nanophotonics» (St. Petersburg, 2009), международной конференции «Фотоника молекулярных наноструктур» (Оренбург, 2009), всероссийской научно-практическая конференции «Интеграция науки и практики в профессиональном развитии педагога» (Оренбург, 2010), международной конференции «Опто-, наноэлектроника, нанотехнологии и микросистемы» (Ульяновск, 2010), международной конференции «Прочность и разрушение материалов и конструкций» (Оренбург, 2010), международном саммите проекта «Open Cirrus» (Москва, 2011), всероссийской конференции «Фотоника органических и гибридных наноструктур» (Черноголовка, 2011). Основные положения диссертационной работы отражены в 16 публикациях.

Участие в научных проектах

Автор диссертации являлся одним из исполнителей следующих научных проектов, результаты которых частично вошли в материалы диссертации: «Исследование трансформации энергии электронного возбуждения в молекулярных системах, конденсированных на поверхности твердых диэлектриков» (Задание министерства образования и науки РФ №1.3.06), ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007 - 2012 годы»: «Разработка научных основ технологии создания наноструктурированных материалов с использованием биополимеров» (Госконтракт № 02.5.13.11.3086), «Создание функциональных наносистем на основе ячеечных структур оксида алюминия, заполненных окрашенными

макромолекулярными цепями с селективным фотооткликом» (РФФИ проект № 08-02-99035-р_офи), «Разработка лазерной технологии локального концентрирования фотоактивированных реагентов в структурах функциональных наносистем» (РФФИ проект № 10-02-96021), «Разработка методов создания функциональных наноустройств для датчика - измерителя молекулярного кислорода с дистанционным мониторингом состояний по оптическому каналу» (ГК № 16.513.11.3015), «Разработка методов формирования упорядоченных массивов наноструктур на основе оксида алюминия для люминесцентных сенсоров кислорода» (Госконтракт № 16.513.11.3042).

Структура и объем диссертации.

Диссертация состоит из введения, пяти глав, заключения, списка использованных источников. Работа изложена на 189 страницах, в том числе: основной текст на 170 страницах, 102 рисунка, список использованных источников из 180 наименований на 19 страницах. Первая глава посвящена обзору молекулярно-динамического и статистического подходов в проблеме описания конформационных перестроек макроцепных структур, описанию кинетики реакций в наноструктурах. Во второй главе представлены результаты МД-моделирования фрагментов лизоцима и гемоглобина, полипептида подобного лизоциму на плоских поверхностях кристаллов кварца, графита и графена, в цилиндрической и сферической порах из оксида алюминия, внутри углеродной нанотрубки; определены пространственные распределения атомов макромолекулы на поверхностях этих структур; определены характерные показатели и коэффициенты для уравнений, описывающих распределение концентрации звеньев методами статистической теории. В третьей главе представлены: вывод уравнений описывающих распределение звеньев макромолекулы на адсорбирующей сферической и цилиндрической поверхности с двупараметрическим модельным потенциалом притяжения 8-функционального типа; результаты МД-моделирования фрагмента лизоцима, полипептида подобного лизоциму,

полиаланина на поверхности сферической частицы из оксида алюминия, фуллерена С720, на поверхности углеродной нанотрубки; определены пространственные распределения атомов макромолекулы на наночастице и нанотрубке; определены характерные показатели и коэффициенты для уравнений, описывающих распределение концентрации звеньев методами статистической теории. В четвертой главе представлены результаты МД-моделирования адсорбированных люминесцентных зондов - красителей (эритрозина, эозина, родамина бв, малахитового зеленого) на фрагменте и полной молекуле лизоцима в вакууме, в воде, в сферической нанопоре из оксида алюминия, около сферической частицы из оксида алюминия и рядом с фуллереном С720; получены временные зависимости и определены величины флуктуаций расстояния между молекулами красителей. Пятая глава содержит результаты МД-моделирования макромолекулы ДНК в растворе с ионами натрия и хлора, с молекулами красителей эозина и родамина 6в; исследована эволюция аксиального распределения ионов в поле цепи ДНК; рассчитано равновесное распределение радиальной концентрации ионов. В заключении перечислены основные выводы и результаты работы.

Заключение диссертации по теме «Физика конденсированного состояния», Кручинин, Никита Юрьевич

Основные выводы и результаты работы:

1. Методом МД исследована конформационная релаксация и получено равновесное распределение концентрации атомов полипептида на плоской поверхности кристаллов кварца, графита и графена, внутри цилиндрической и сферической нанопоры из оксида алюминия, на внешней и внутренней поверхности углеродной нанотрубки, на поверхности сферической частицы из оксида алюминия, на фуллерене С720.

2. Распределение локальной плотности атомов полипептида на плоской поверхности, в цилиндрической и сферической нанопоре хорошо согласуется с распределением плотности звеньев макромолекулы, предсказываемым в предложенных соответствующих статистических моделях с 8-функциональной потенциальной ямой адсорбционного потенциала. Показано, что неоднородное распределение концентрации молекул красителей оказывает существенное влияние на формирование в нанообласти специфической кинетики фотореакций с их участием.

3. Максимум распределения локальной концентрации атомов полипептида по расстоянию от плоской поверхности находится на удалении 0.2-0.4 нм для кристаллов кварца, графита и графена. Максимум радиальной зависимости концентрации атомов полипептида в цилиндрической поре из оксида алюминия радиуса 4.55 нм находится на расстоянии в среднем 3.653.8 нм от оси поры, а в сферической поре радиуса 4.5 нм на расстоянии в среднем 3.6-3.8 нм от центра поры. В случае углеродной нанотрубки этот максимум расположен на расстоянии 4.4 нм от оси внутри трубки радиуса 4.65 нм.

4. Радиальная зависимость распределения плотности звеньев макромолекулы на адсорбирующей поверхности цилиндрической и сферической наночастиц целиком определяется двупараметрическим потенциалом притяжения S-функционального типа, что согласуется с результатами моделирования системы методом МД в вакууме и в воде.

5. Максимум радиальной зависимости концентрации атомов полипептида на поверхности сферической частицы из оксида алюминия радиуса 4.65 нм находится на расстоянии в среднем 5.15-5.3 нм, а на поверхности фуллерена С720 радиуса 1.35 нм примерно на 1.55 нм от центра частицы. На поверхности нанотрубки радиуса 2 нм максимум радиальной зависимости концентрации атомов полипептида находится на расстоянии 2.22.45 нм (70 звеньев) и 2.45-2.6 нм (500 звеньев) от оси нанотрубки.

6. Амплитуды флуктуаций расстояния между молекулами-реагентами на макроцепи, связанные с ее конформационной динамикой, достигают величины 0.1-0.4 нм, а на полипептиде в полости и на поверхности частицы

0.2-0.5 нм, что может существенно влиять на скорость дистанционного донор-акцепторного переноса энергии и аннигиляции локализованных на цепи электронных возбуждений.

7. В полиэлектролитах ДНК формируется характерное аксиальное распределение противоионов и ионов соли, формирующее эффективное электростатическое поле в окрестности макроцепи, способное влиять на кинетику реакций малых ионов на поверхности и внутри цепи ДНК. Максимум радиальной зависимости концентрации ионов натрия находится на расстоянии 0.8 нм от оси макромолекулы.

Основные публикации по теме диссертации:

1. Кучеренко М.Г., Русинов А.П., Чмерева Т.М., Игнатьев A.A., Кислов Д.А., Кручинин Н.Ю. Кинетика фотореакций в регулярной пористой наноструктуре с цилиндрическими ячейками, заполненными активаторсодержащими макромолекулами. // Оптика и спектроскопия. -2009.- т. 107, № 3. - С. 510-516.

2. Kucherenko M. G., Izmodenova S. V., Kruchinin N. Yu., Chmereva Т. M. Change in the Kinetics of Delayed Annihilation Fluorescence During Rearrangement of Polymer-Chain Structure in a Nanocavity of a Solid Adsorbent. // High Energy Chemistry. - 2009. - Vol. 43, № 7. - pp. 592-598.

3. Кучеренко М.Г., Чмерева T.M., Кручинин Н.Ю. Кинетика квазистатического тушения возбужденных центров приповерхностного слоя сегментами макромолекулярных цепей в нанопорах и вблизи наночастиц. // Вестник ОГУ. - 2010. -№5. - С.124-135.

4. Кручинин Н.Ю. Размещение фрагментов лизоцима в цилиндрической поре из оксида алюминия. // Вестник ОГУ.- 2009.-№4.-С. 150-154.

5. Kucherenko M.G., Izmodenova S.V., Kruchinin N.Y. Delayed fluorescence annihilation kinetics change by reconstruction of polymeric chain structure in solid sorbent cavities and on nanoparticle surfaces: book of abstracts «International conference «Organic nanophotonics» (ICON-RUSSIA 2009)», - St. Petersburg. -2009.-C. 168.

6. Кучеренко М.Г., Измоденова C.B., Кручинин Н.Ю., Чмерева Т.М.Изменение кинетики аннигиляционной замедленной флуоресценции при перестройке структуры полимерной цепи в нанополости твердого адсорбента. // Сборник трудов. Международная конференция «Органическая фотоника» (ICON-RUSSIA 2009). Симпозиум «Фундаментальные основы нанофотоники». - Санкт-Петербург. -2009. - С. 103-113.

7. Кучеренко М.Г., Чмерева Т.М., Измоденова С.В., Кручинин Н.Ю. Влияние структуры полимерной цепи в кислородсодержащих нанополостях пористых сред на кинетику аннигиляционной замедленной флуоресценции красителей. // Матер. Международ, конфер. «Фотоника молекулярных наноструктур». -Оренбург: ОГУ. - 2009. - С. 26-28.

8. Кучеренко М.Г., Измоденова С.В., Кручинин Н.Ю. Кинетика бимолекулярных диффузионно-контролируемых фотореакций в приповерхностном слое наночастиц с адсорбированными макроцепями. //

Матер. Международ, конфер. «Фотоника молекулярных наноструктур». — Оренбург: ОГУ. - 2009. - С. 29-31.

9. Кручинин Н.Ю., Кучеренко М.Г. Адсорбция фрагментов лизоцима на поверхности кристалла кварца. МД-моделирование: материалы всероссийской научно-практической конференции «Интеграция науки и образования как условие повышения качества подготовки специалистов». // - Оренбург: ГОУ ОГУ. - 2008. - С. 3-12.

10. Измоденова C.B., Кручинин Н.Ю., Кучеренко М.Г. Влияние структурной перестройки полимерной цепи на кинетику фотореакций в нанопоре. // Всероссийская научно-практическая конференция «Многопрофильный университет как региональный центр образования и науки». - Оренбург: ОГУ. - 2009. - С. 2238-2248.

11. Кучеренко М.Г., Кручинин Н.Ю., Дюсембаев Р.Н. Спин-селективная аннигиляция локализованных электронных возбуждений полимерных цепей в растворах при наличии внешнего магнитного поля. // Всероссийская научно-практическая конференция «Многопрофильный университет как региональный центр образования и науки». - Оренбург: ОГУ. - 2009. - С. 2280-2289.

12. Кучеренко М.Г., Чмерева Т.М., Измоденова C.B., Кручинин Н.Ю., Подрезова Н.С. Диффузионная кинетика реакций в макроцепных оболочках фуллереновых и тубуленовых ядер. // Всероссийская научно-практическая конференция «Интеграция науки и практики в профессиональном развитии педагога». - Оренбург: ГОУ ОГУ. - 2010.

13. Кучеренко М.Г., Кручинин Н.Ю., Чмерева Т.М. Кинетика резонансного переноса энергии в нанокомпозитных системах с флуктуирующими конфигурационными параметрами. // Труды 12 международной конференции «Опто-, наноэлекторника, нанотехнологии и микросистемы» - Ульяновск: УлГУ.-2010.-362 с.

14. Кучеренко М.Г., Кручинин Н.Ю., Измоденова C.B., Чмерева Т.М. Деструкция композитного нанокластера «полимерная цепь - наночастица» и физические методы ее мониторинга. // Труды 6 международной конференции «Прочность и разрушение материалов и конструкций». - Оренбург: ОГУ. -2010.

15. Кручинин Н.Ю. Моделирование методом молекулярной динамики ионов натрия и хлора в воде с ДНК. // Международный саммит проекта «Open Cirrus» - Москва: РАН. - 2011. - С. 84-86.

16. Кучеренко М.Г., Чмерева Т.М., Кручинин Н.Ю., Измоденова C.B. Диффузионная кинетика фотореакций с участием молекул кислорода в макроцепных оболочечных структурах на поверхности тубуленовых ядер. // Всероссийская конференция «Фотоника органических и гибридных наноструктур». - Черноголовка: РАН. - 2011 - С. 90.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Кручинин, Никита Юрьевич, 2012 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ ИСТОЧНИКОВ

1. Агранович, В.М. Перенос энергии электронного возбуждения в конденсированных средах / Агранович В.М., Галанин М.Д. // М.: Наука.- 1978.-384 с.

2. Ашкрофт, Н. Физика твердого тела. / Ашкрофт Н., Мермин Н. - М.: Мир, 1979.-2т.

3. Балабаев, Н.К. Молекулярная динамика и электронно-конформационные взаимодействия в ферредоксине / Балабаев Н.К., Лемак A.C., Шайтан К.В. // Молекулярная биология. - 1996. - т. 30. -С. 1348-1356.

4. Балабаев, Н. К. Молекулярно-динамическое моделирование двухмерного полимерного расплава / Балабаев Н. К, Даринский А. А., Неелов И. М., Лукашева Н. В., Эмри И. // Высокомолек. соед., Сер. А. - 2002. - т. 44 (7). - С. 1228-1239.

5. Балабаев, Н. К. Молекулярно-динамическое моделирование структуры и термомеханического поведения кристаллов монтмориллонита / Балабаев Н. К., Маневич Л. И., Мазо М. А. // Российские нанотехнологии. - 2009. - т.4 (9-10). - С. 1118-1135.

6. Балабаев, Н. К. Задача о включениях в липидном бислое: моделирование методом молекулярной динамики / Балабаев Н. К., Рабинович А. Л. // Обозрение прикладной и промышленной математики. - 2004. - T.l 1 (4). - С. 750-752.

7. Балабаев, Н. К. Задача о цилиндрической полости в липидном бислое: моделирование методом молекулярной динамики / Балабаев Н. К., Рабинович А. Л. // Обозрение прикладной и промышленной математики. - 2004. - T.l 1 (2). -С. 292-293.

8. Балабанян, А. Г. Исследование водного раствора полиэтиленоксида методом молекулярной динамики / Балабанян А. Г., Мазо М. А. , Ронова И. А. // Химия и компьютерное моделирование. Бутлеровские сообщения. - 2002. - Т.2, №8. - С. 1-12.

9. Бараш, Ю. С. Силы Ван-дер-Ваальса / Бараш Ю. С. - М.: Наука, 1988.—344 с.

10. Бартенев, Г. М. Физика полимеров / Бартенев Г.М., Френкель С .Я. -Л.: Химия, 1990.-432 с.

11. Белащенко, Д. К, Компьютерное моделирование некристаллических веществ методом молекулярной динамики / Белащенко Д.К // Соросовский образовательный журнал. - 2001. -т.7, №8.-С. 44-50.

12. Берлин, А. А. Имитация свойств твердых тел и жидкостей методами компьютерного моделирования / Берлин A.A., Балабаев Н.К. // Соросовский образовательный журнал. - 1997. - №11. - С. 85- 92.

13. Берлин, А. А. Плавление кристаллов из упругих и леннард-джонсовых сферических частиц // Берлин A.A., Гендельман О.В., Мазо М.А., Маневич Л.И., Балабаев Н.К. // Доклады АН. - 2002. - т. 382 (6), С. 798-801.

14. Берлин, А. А. Молекулярно-динамическое поведение одно- и двухкомпонентных систем в узких щелевидных порах / Берлин A.A., Мазо М.А., Балабаев Н.К., Товбин Ю.К. // Химическая физика. - 2002. -№21 (2).-С. 3-8.

15. Бессонов, В.В. Реакция макромолекулы дендримера на механическое сжатие. Молекулярно-динамическое моделирование / Бессонов В.В., Балабаев Н.К., Мазо М.А. // ЖФХ. - 2002. - т. 76 (11). - С. 1806-1809.

16. Большая советская энциклопедия. - 3-е изд. - 1969-1978 гг.

17. Боум, А. Квантовая механика: основы и приложения / Боум А. - М.: Мир. - 1990.- 720 с.

18. Блохинцев, Д. И. Основы квантовой механики. 5-ое изд. / Блохинцев Д. И.- Наука. - 1976.- 664 с.

19. Бурлацкий, С.Ф. Диффузионно- контролируемые реакции с участием полимерных цепей / Бурлацкий С.Ф., Ошанин Г.С., Лихачев В.Н. // Химическая физика. - 1988. - Т.7, № 7. - С. 970-978.

20. Валуев, А. А. Метод молекулярной динамики: теория и приложения / Валуев А. А., Норман Г. Э., Подлипчук В. Ю. // В сб. «Математическое моделирование. Физико-химические свойства вещества». - М.: Наука, 1989.-С. 5-40.

21. Волькенштейн, М. В. Биофизика / Волькенштейн М. В. - М.: Наука. -1988.-591 с.

22. Гмурман, В. Е. Теория вероятностей и математическая статистика / В.Е. Гмурман. - М. : Высш. шк. - 2004. - 479 с.

23. Градштейн, И. С. Таблицы интегралов, сумм, рядов и их произведений / Градштейн И. С., Рыжик И. М. - М.: Наука. - 1971. -1108 с.

24. Готлиб, Ю. Я. Физическая кинетика макромолекул / Готлиб Ю. Я., Даринский А. А., Светлов Ю. Е. - Л., Химия. - 1986. - 276 с.

25. Гросберг, А. Ю. Статистическая физика макромолекул / Гросберг А. Ю., Хохлов А.Р. - М.: Наука. - 1989. - 344 с.

26. Гулд, X. Компьютерное моделирование в физике / Гулд X., Тобочник Я.- М.: Наука.-1990.-2 т.

27. Дирак, П. Принципы квантовой механики. 2-ое изд. / Дирак П. М.: Наука. - 1979.-480 с.

28. Доброгорская, Я. И. Моделирование реакции ацилирования субстрата в активном центре сериновых протеаз / Доброгорская Я.И., Немухин A.B..// Вестник Московского Университета. Химия. - 2003. - т. 44, № 2. -С. 103-107.

29. Дой, М. Динамическая теория полимеров / Дой М., Эдварде С. - М.: Мир.-1998.-440 с.

30. Дэвени, Т. Аминокислоты, пептиды и белки / Дэвени Т., Гергей Я. -М.:Мир.-1976.-366 с.

31. Ермолаев, В.Л., Безызлучательный перенос энергии электронного возбуждения / Ермолаев В.Л., Бодунов E.H., Свешникова Е.Б., Шахвердов Т.А. // Ленинград: Наука. - 1977. - 311 с.

32. Ивайкина, А. Г. Определение вклада пептидной структуры в энергетику реакций окисления-восстановления белков, содержащих Fe4S4 кластеры с помощью компьютерных МД экспериментов / Ивайкина А. Г., Балабаев Н. К, Шайтан К. В. // Биофизика. - 2001. -№ 46 (4). - С. 589-594.

33. Измоденова, C.B. Влияние структурной перестройки полимерной цепи на кинетику фотореакций в нанопоре / Измоденова C.B., Кручинин Н.Ю., Кучеренко М.Г. // Всероссийская научно-практической конференция. "Многопрофильный университет как региональный центр образования и науки". Оренбург: ОГУ. - 2009. - С. 2238-2248.

34. Изюмов, Ю. А. Фазовые переходы и симметрия кристаллов / Изюмов Ю. А., Сыромятников В. H. - М.: Наука. - 1984. - 247 с.

35. Займан, Дж. Принципы теории твердого тела / Займан Дж. - М.:Мир. -1974.-476 с.

36. Каданов, JI. Квантовая статистическая механика / Каданов Д., Бейм Г. - МИР: Москва. - 1964. - 254 с.

37. Кантор, Ч. Биофизическая химия / Кантор Ч., Шиммел П. - М.: МИР. -1984-1985.-3 т.

38. Кислов Д. А. Кинетика бинарной реакции молекулярных ионов в поле линейного полииона / Кислов Д. А., Кучеренко М. Г., Сизова М. С. // Всероссийская молодежная научная конференция с международным участием "Современные проблемы фундаментальных и прикладных наук. 51-я научная конференция МФТИ. - 2008.

39. Китель, Ч. Введение в физику твердого тела / Киттель Ч. - М.: Наука. -1978.-791 с.

40. Корнилов, В. В. Исследование структуры и свойств полиненасыщенных липидных монослоев методом молекулярной динамики / Корнилов В. В., Рабинович A. JL, Балабаев Н. К. // Журнал физической химии. - 2002. - 76(11). - С. 2018-2022.

41. Краснов, К. С. Молекулы и химическая связь. 2-ое изд. / Краснов К. С. - М: Высшая школа. - 1984.- 295 с.

42. Краснов, К.С. Физическая химия. В 2 книгах. Книга 1. Строение вещества. Термодинамика. / Краснов К.С. - М: Высшая школа. - 2001. -512с.

43. Кривцов, А. М. Метод частиц и его использование в механике деформируемого твердого тела / КривцовА. М. Кривцова Н. В. // Дальневосточный математический журнал ДВО РАН. - 2002. -Т.З, №2.-С. 254-276.

44. Кручинин, Н. Ю. Адсорбция фрагментов лизоцима на поверхности кристалла кварца. МД-моделирование / Кручинин Н. Ю., Кучеренко М.Г. // Материалы всероссийской научно-практической конференции «Интеграция науки и образования как условие повышения качества подготовки специалистов», Оренбург, ГОУ ОГУ. -2008. - С. 3-12.

45. Кручинин, Н. Ю. Размещение фрагментов лизоцима в цилиндрической поре из оксида алюминия / Кручинин Н.Ю. // Вестник ОГУ. -2009. -№4. - С. 150-154.

46. Кулезнев В.Н., Шершнев В.А. Химия и физика полимеров: Учеб. М.: Высш. шк., 1988.

47. Кучеренко, М. Г. Влияние индуцированной фононами десорбции молекул кислорода с поверхности твердого тела на кинетику люминесценции адсорбатов / Кучеренко М. Г., Чмерева Т. М., Гуньков В. В. // Оптика и спектроскопия. - 2006. - Т. 100, №1. - С. 82-87.

48. Кучеренко, М. Г. Влияние структуры полимерной цепи в кислородсодержащих нанополостях пористых сред на кинетику аннигиляционной замедленной флуоресценции красителей / Кучеренко М. Г., Чмерева Т. М., Измоденова С. В., Кручинин Н. Ю. // Матер, международ, конфер. "Фотоника молекулярных наноструктур". Оренбург, ОГУ. - 2009. - С. 26-28.

49. Кучеренко, M. Г. Индуцированная колебательными переходами десорбция возбужденных молекул кислорода из поверхностного монослоя / Кучеренко М.Г., Чмерева Т.М. // Вестник ОГУ. - 2001. -№1.- С. 81-87.

50. Кучеренко, М.Г. Кинетика биомолекулярных диффузионно-контролируемых фотореакций в приповерхностном слое наночастиц с адсорбированными макроцепями / Кучеренко М.Г., Измоденова C.B., Кручинин Н.Ю // Материалы международной конференции «Фотоника молекулярных наноструктур». Оренбург, ИПК ГОУ ОГУ. - 2009. -С.29-32.

51. Кучеренко, М. Г. Кинетика бимолекулярных фотореакций в разбавленных полимерных растворах / Кучеренко М.Г., Человечков В.В., Жолудь A.A., Степанов В.Н. // Вестник ОГУ. - 2006. - №1. - С. 53-60.

52. Кучеренко, М. Г. Кинетика диффузионно-контролируемого безызлучательного переноса энергии между малыми молекулярными ионами в растворах полиэлектролитов / Кучеренко М.Г., Кислов Д. А. // Вестник ОГУ. -2010. -№1. - С. 122-130.

53. Кучеренко, М. Г. Кинетика квазистатического тушения возбужденных центров приповерхностного слоя сегментами макромолекулярных цепей в нанопорах и вблизи наночастиц / Кучеренко М.Г., Чмерева Т.М., Кручинин Н.Ю. // Вестник ОГУ.- 2010.-№5.-С.

54. Кучеренко, М.Г. Кинетика кислородных фотореакций в структурах адсорбированных макроцепей / Кучеренко М.Г., Игнатьев A.A., Жолудь A.A., Человечков В.В., Чмерева Т.М., Гуньков В.В. // Матер. Всеросс. научно-практ. конфер. «Вызовы XXI века и образование». Секция 9. Вопросы фундаментальной и прикладной физики. Оренбург, ОГУ.-2006.-С. 41-48.

55. Кучеренко, М.Г. Кинетика нелинейных фотопроцессов в конденсированных молекулярных системах / Кучеренко М.Г. // Оренбург: ОГУ. - 1997. - 386 с.

56. Кучеренко, М. Г. Кинетика фотореакций в регулярной пористой наноструктуре с цилиндрическими ячейками, заполненными активаторсодержащими макромолекулами / Кучеренко М.Г., Русинов А.П., Чмерева Т.М., Игнатьев A.A., Кислов Д.А., Кручинин Н.Ю. // Оптика и спектроскопия. - 2009. - т. 107, №3. - С. 510-516.

57. Кучеренко, М.Г. Люминесценция органических молекул, связанных с полимерными цепями в жидких растворах: кинетика переноса энергии к тушителям и квантовый выход свечения, управляемые конформационными переходами / Кучеренко М.Г., Игнатьев A.A., Жолудь A.A. // Вестник ОГУ. - 2004. - №4. - С. 121 -131.

58. Кучеренко, М.Г. Модель переноса энергии электронного возбуждения с участием молекулярного кислорода на поверхности твердого сорбента / Кучеренко М.Г., Гуньков В.В., Чмерева Т.М. // Хим. физика. 2006. - Т. 25, №8. - С. 95-102.

59. Кучеренко, М.Г. О кинетике реакции синглетного кислорода с неподвижными сенсибилизаторами / Кучеренко М.Г. // Химическая физика. - 2001. - Т .20, №3. - С. 31-36.

60. Кучеренко, М.Г. Перенос энергии электронного возбуждения между фрагментами полимерной цепи в пределе быстрых конформационных переходов / Кучеренко М.Г. // Вестник ОГУ. -2005. -№5. -С. 90-97.

61. Кучеренко, М. Г. Размещение звеньев полимерной цепи в поле гладкой твердой поверхности и в нанополостях пористого сорбента / Кучеренко М. Г., Чмерева Т. М. // Вестник ОГУ. - 2008. - №9. - С. 177184.

62. Кучеренко, М. Г. Спин-селективная аннигиляция локализованных электронных возбуждений полимерных цепей в растворах при наличии внешнего магнитного поля / Кучеренко М.Г., Кручинин Н.Ю.,

Дюсембаев Р.Н. // Всероссийская научно-практической конференция. "Многопрофильный университет как региональный центр образования и науки". Оренбург, ОГУ, 2009. - С. 2280-2289.

63. Кучеренко, М.Г. Учет конформационной подвижности макромолекул при анализе сигналов люминесцентных зондов / Кучеренко М.Г., Жолудь А.А., Игнатьев А.А. // Биофизика. 2006. - Т. 51. - №1. - С. 4456.

64. Кучеренко, М. Г. Экситонные процессы в полимерных цепях / Кучеренко М.Г., Степанов В.Н. - Оренбург: ОГУ. - 2005. - 160 с.

65. Лагарьков, Л. Н. Метод молекулярной динамики в статистической физике / Лагарьков Л. Н., Сергеев В. М. // "Успехи физ. наук". - 1978.

- т. 125, в. 3. - С. 409-448.

66. Лакович, Дж. Основы флуоресцентной спектроскопии / Лакович Дж. -М.: Мир.-1986.-496 с.

67. Ландау, Л. Д. Статистическая физика. 4.1 / Ландау Л.Д., Лифшиц Е.М.

- М.-.Наука. - 1976. - 584 с.

68. Ландау, Л. Д. Квантовая механика (нерелятивистская теория). 6-е изд. / Ландау Л. Д., Лифшиц, Е. М. -М.: Физматлит. - 2004. - 800с.

69. Лахно, В.Д. Кластеры в физике, химии, биологии / Лахно В.Д. -Москва-Ижевск: РХД. - 2001. - 256 с.

70. Ле-Захаров, А. А. Исследование процессов теплопроводности в кристаллах с дефектами методом молекулярной динамики / Ле-Захаров А. А., Кривцов А. М. // ДАН 2008. - т. 420, N 1. - с.45-49.

71. Ленинджер, А. Основы биохимии / Ленинджер А. - М.: Мир. - 1985. -Зт.

72. Лифшиц, И. М. Объемные взаимодействия в статистической физике полимерной макромолекулы / Лифшиц И. М., Гросберг А. Ю., Хохлов А.Р. // Успехи физических наук. - 1979. - т. 127, №3. - С. 353-389.

73. Лихачев, В.А. Принципы организации аморфных структур / Лихачев

B. А., Шудегов В. Е. - СПб.: Изд-во С.-Петербургского ун-та. - 1999. -228 с.

74. Маррел, Дж. Химическая связь / Маррел Дж., Кеттл С., Теддер Дж. -М.: Мир.-1980.-384 с.

75. Минкин, В. И. Квантовая химия органических соединений. Механизмы реакций / Минкин В. И., Симкин Б. Я., Миняев Р. М. - М.: Химия. - 1986.-248 с.

76. Немухин, А. В. Компьютерное моделирование в химии / Немухин A.B. // Соросовский образовательный журнал. - 1998. - №6. - С. 48-52.

77. Павлов, П.В. Физика твердого тела / Павлов П.В., Хохлов А. Ф. -М.:Высшая школа. - 1985. - 384 с.

78. Попов, Е.М. Проблема белка, т. 2. Пространственное строение белка / Попов Е.М., Демин В.В. и др., отв. ред. В.Т. Иванов, ред. Т.Н. Соркина. - М.: Наука. - 1996. - 480 с.

79. Попов, Е.М. Проблема белка, т. 3. Структурная организация белка / Попов Е.М., отв. ред. В.Т. Иванов, ред. Т.И. Соркина. - М.: Наука. -1997.-604 с.

80. Пул, Ч.(мл.) Нанотехнологии. Серия: Мир материалов и технологий / Пул Ч.(мл.), Оуэне Ф. - М.: Техносфера. - 2006. - 336 с.

81. Рабинович, А. Л. Компьютерное моделирование липидных мембранных систем с включениями / Рабинович А.Л., Балабаев Н.К // В кн.: Физико-химия полимеров: синтез, свойства и применение. Сб. научных трудов. Тверь, Тверской гос. университет. - 2005. - вып.11. -

C. 190-201.

82. Рабинович, А. Л. Компьютерное моделирование гидратированных бислоев ненасыщенных фосфатидилхолинов / Рабинович А. Л., Рипатги П. О., Балабаев Н. К. // ЖФХ. - 2004. - т. 78 (7) . - С. 11601165.

83. Рабинович, A. JI. Моделирование молекулярной динамики бислоев ненасыщенных липидов / Рабинович A. Л., Рипатти П. О., Балабаев Н. К. // В сб.: Структура и динамика молекулярных систем. Казань -Москва - Йошкар-Ола: Изд. Центр КГУ. - 2003. - Вып. X, 4.2. - С. 141149.

84. Рит, М. Наноконструирование в науке и технике. Введение в мир нанорасчета / Рит М. - Москва-Ижевск РХД. - 2005. - 160 с.

85. Романовский, Ю. М. Молекулярная динамика ферментов / Романовский Ю.М. - Издательство МГУ им.М.В.Ломоносова. - 2000. -169 с.

86. Рубин, А. Б. Биофизика / Рубин А. Б. - М.:Высшая школа. - 1987. - 2т.

87. Секацкий, С.К. Сканирующая оптическая микроскопия нанометрового разрешения с резонансным возбуждением флуоресценции образцов от одноатомного возбужденного центра / Секацкий С.К., Летохов B.C. // Письма в ЖЭТФ. - 1996. - Т. 63. - Вып. 5.-С. 311-315.

88. Семчиков, Ю. Д. Высокомолекулярные соединения, 2-е изд. / Семчиков Ю. Д. - М.: Издательский центр «Академия» . - 2005. - 368 с.

89. Степанов, Н. Ф. Водородная связь: как ее понимать / Степанов Н.Ф. // СОЖ.-Т.7, №2.-2001.- с.28-34.

90. Степанов, Н. Ф. Квантовая механика и квантовая химия / Степанов Н. Ф. - М.:Мир. -2001. - 519 с.

91. Суздалев, И. П. Нанотехнология. Физико-химия нанокластеров, наноструктур и наноматериалов / Суздалев И. П. - М.:КомКнига. -2006. - 592 с.

92. Тагер, А. А. Физико-химия полимеров / Тагер А. А. - М.: Химия. -1978.-545 с.

93. Татевский, В. М. Строение молекул / Татевский В. М. - М.:Химия. -1977.-512 с.

94. Тейлор, Дж. Введение в теорию ошибок / Дж. Тейлор. - М.:Мир. -1985.-272 с.

95. Тугов, И. И. Химия и физика полимеров / Тутов И. И., Кострыкина Г. И. - М.:Химия. - 1989. - 432 с.

96. Уэрт, Ч. Физика твердого тела / Уэрт Ч., Томсон Р.- М.:Мир. - 1966. -568 с.

97. Фейнман, Р. Феймановские лекции по физике / Фейнман Р., Лейтон Р., Сэндс. - М.:Мир. - 1966—1967. - т. 8-9.

98. Физическая энциклопедия / Гл. ред. А. М. Прохоров. - М.:Болыпая Российская энциклопедия. - 1990-1992. - 5 т.

99. Фларри, Р. Квантовая химия / Фларри Р. - М.:Мир. - 1985. - 473 с.

100. Флюгге, 3. Задачи по квантовой механике / Флюгге 3. -М.:Мир. -1974.-2 т.

101. Франк-Каменецкий, М. Д. Полиэлектролитная модель ДНК / Франк-Каменецкий М. Д., Аншелевич В. В., Лукашин А. В. // УФН. - 1987. -Т. 151, вып. 4.-С. 595-618.

102. Халатур, П. Г. Компьютерное моделирование полимеров / Халатур П. Г., Хохлов А. Р. // Соросовский образовательный журнал. - 2001. - Т.7, №8.-С. 37-43.

103. Хеерман, Д. В. Методы компьютерного эксперимента в теоретической физике / Хеерман Д. В. - М: Наука. - 1990. - 176 с.

104. Шайтан, К. В. Конформационная подвижность белка с точки зрения физики / Шайтан к. В. // Соросовский образовательный журнал, - 1999.- №5.- С. 8 - 13.

105. Шайтан, К. В. Влияние дисульфидных связей на динамику лизоцима/ Шайтан К. В., Михайлюк М. Г., Леонтьев К. М., Сарайкин С. С., Беляков А. А. // Биофизика. - 2003. - №48(2). - С. 210-216.

106. Шайтан, К. В. Молекулярная динамика олигопептидов. Динамические особенности часто и редко встречающихся дипептидных фрагментов

белков / Шайтан К. В., Беляков А. А. // Биофизика. - 2002. - №47(2) . -С. 219-227.

107. Шайтан, К. В. Молекулярная динамика изгибных флуктуаций элементов вторичной структуры белков/ Шайтан К. В., Михайлюк М. Г., Леонтьев К. М., Сарайкин С. С., Беляков А. А. // Биофизика. - 2002. -№47.- С. 411-419.

108. Шайтан, К. В. Молекулярная динамика олигопептидов. 3. Карты уровней свободной энергии модифицированных дипептидов и динамические корреляции в аминокислотных остатках / Шайтан К. В., Ермолаева М. Д., Сарайкин С. С. // Биофизика. - 1999. - № 44. - С. 1821.

109. Шайтан, К. В. Молекулярная динамика олигопептидов. 2. Корреляционные функции внутренних степеней свободы модифицированных дипептидов / Шайтан К. В., Ермолаева М. Д., Балабаев Н. К., Лемак А. С., Орлов М. В. // Биофизика. - 1997. - №. 42(3). - С. 558-565.

110. Шайтан, К. В. Молекулярная динамика олигопептидов. 1. Использование длинных траекторий и высоких температур для определения статистического веса конформационных подсостояний / Шайтан К. В., Балабаев Н. К., Лемак А. С., Ермолаева М. Д., Ивайкина А. Г., Кислюк О. С., Орлов М. В., Гельфанд Е. В. // Биофизика. - 1997. -№42.-С. 47-53.

111. Шаскольская, М. П. Кристаллография / Шаскольская М. П. -М.:Высшая школа. - 1984. - 376 с.

112. Шур, А. М. Высокомолекулярные соединения / Шур А. М. -М.:Высшая школа. - 1981. - 656 с.

113. Эткинс, П. Физическая химия / Эткинс П. - М.:Мир. - 1980. - 2 т.

114. Якубке, X. Д. Аминокислоты, пептиды, белки / Якубке X. Д., Ешкайт Х.-М.: Мир. - 1985. -456 с.

115. Allen, M. P. Computer Simulation of Liquids / Allen M. P., Tildesley A. K. - Oxford: Clarendon Press. - 1987. - 385 p.

116. Anselmi, M. Molecular Dynamics Simulation of the Neuroglobin Crystal: Comparison with the Simulation in Solution / Anselmi M., Brunori M., Vallone B., Di Nola A. // Biophys. - 2008. - 95(9). - P. 4157-4162.

117. Ben-Nun, M. AB INITIO quantum molecular dynamics / Ben-Nun M., Martinez T. // Advances in Chemical Physics. - Volume 121. - P. 439-512

118. Bird, G.A. Molecular gas dynamics and the direct simulation of gas flows / Bird G.A. - OXFORD: Clarendon Press. - 1994.-458 p.

119. Bruccoleri, R. E. Conformational sampling using high-temperature molecular dynamics / Bruccoleri R. E., Karplus M. // Biopolymers. - 1990 -V.29(14) - P. 1847-1862.

120. Burlatsky, S.F. Diffusion-controlled reactions with polymers / Burlatsky S.F., Oshanin G.S. //Phys. Letters. A. 1990. -V. 145. - #1. - P. 61-65.

121. Cerutti, David S. Brownian Dynamics Simulations of Ion Atmospheres Around Polyalanine and B-DNA: Effects of Biomolecular Dielectric /Cerutti David S., Wong Chung F., McCammon J. Andrew // Biopolymers. - 2003. -70.-P. 391^102.

122. Car-Parrinello Molecular Dynamics. - The CPMD consortium. - 2008. -258 p.

123. Computational Biochemistry and Biophysics / Becker O.M. (ed.), Mackerell J. (ed.), Roux B., Watanabe M. (eds.). - Marcel Dekker. - 2001. - 525 p.

124. Computational methods for protein folding / Edited by Richard A. Friesner. - John Wiley & Sons, Inc. - 2002. - 528 p.

125. Cygan, R.T. Molecular models and simulations of layered materials / Cygan R.T., Greathouse J.A., Heinz H., Kalinichev A.G. // Journal of Materials Chemistry. - 2009. - 19. - P. 2470-2481.

126. Cygan, R.T. Molecular models of hydroxide, oxyhydroxide, and clay phases and the development of a general force field. / Cygan R.T., Liang J.-J., Kalinichev A.G. // - J.Phys.Chem.B. - 2004. - 108. - P. 1255-1266.

127. Day, Richard N. Fluorescence Resonance Energy Transfer Microscopy of Localized Protein Interactions in the Living Cell Nucleus / Day Richard N., Periasamy Ammasi, Schaufele Fred // METHODS. - 2001. - V. 25. - P. 418.

128. Deuflhard, P. Computational Molecular Dynamics: challenges, methods, ideas / Deuflhard P. - Springer. - 1997. - 504 p.

129. Dexter, D.L. A theory of sensitized luminescence in solids / Dexter D.L. // J. Chem. Phys. - 1953. - V.21. - #5. - P. 836-850.

130. Duran, H. Poly(y-benzyl-L-glutamate) Peptides Confined to Nanoporous Alumina: Pore Diameter Dependence of Self-Assembly and Segmental Dynamics / Duran H., Gitsas A., Floudas G., Mondeshki M., Steinhart M., Knoll W. // Macromolecules. - 2009. - V.42, No. 8. - P. 2881-2885.

131. Phillips, James C. Scalable molecular dynamics with NAMD / James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel, Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. // Journal of Computational Chemistry. - 2005. - 26 -P. 1781-1802.

132. Frenkel, D. Understanding Molecular Simulation / Frenkel D., Smit B. -San Diego, California: Academic Press. -2002. - 658 p.

133. Foresman, J. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods / Foresman J., Eleen Frisch. - Gaussian, Inc.- 1993. - 302 p.

134. Forester, T.R. Molecular dynamics studies of the behaviour of water molecules and small ions in concentrated solutions of polymeric B-DNA / Forester T.R., McDonald I.R. // Molecular Physics. - 1991. - V. 72(3). - P. 643-660.

135. Forster, Th. Ann. der Phys / Forster Th. // -1948. - V. 2. - №1-2. - P. 5575.

136. Gromacs user manual. -2006. - Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. - 300 p.

137. Heermann, D.W. Computer Simulation Methods in Theoretical Physics / Heermann D.W. - Springer-Verlag. - 1986. - 155 p.

138. Hiechliffe, A. Modelling Molecular Structures / Hiechliffe A. - JOHN WILEY & SONS. - 1997. - 336 p.

139. Hehre, W. J. The Molecular Modeling Workbook for Organic Chemistry / Hehre W.J., Shusterman A.J., Nelson J.E.. - Irvine: Wavefunction ink. -1998.-307 p.

140. HyperChem Release 7 for Windows. - Hypercube, Inc. -2002. - 2170 p.

141. Kalinichev, A.G. Molecular dynamics modeling of the structure, dynamics and energetics of mineral-water interfaces: application to cement materials. / Kalinichev A.G., Wang J., Kirkpatrick R.J. // Cement and Concrete Research. - 2007. - 37. - P. 337-347.

142. Kalinichev, A.G. Effects of hydrogen bonding on the properties of layered double hydroxides intercalated with organic acids: Molecular dynamics computer simulations. / Kalinichev A.G., Kumar P., Kirkpatrick R.J. // Philosophical Magazine. - 2010. - 90. - P. 2475-2488.

143. Kalinichev, A.G. Molecular dynamics modeling of chloride binding to the surfaces of Ca-hydroxide, hydrated Ca-aluminate and Ca-silicate phases. / Kalinichev A.G., Kirkpatrick R.J. // Chemistry of Materials. - 2002. - 14. -P. 3539-3549.

144. Kalinichev, A.G. Molecular simulations of liquid and supercritical water: Thermodynamics, structure, and hydrogen bonding/ Kalinichev A.G. // Reviews in Mineralogy and Geochemistry. - 2001. - 42. - P. 83-129.

145. Kirkpatrick, R.J. Molecular dynamics modeling of mineral interlayers and surfaces: Structure and dynamics. / Kirkpatrick R.J., Kalinichev A.G., Wang J., // Mineralogical Magazine. - 2005. - 69. - P. 287-306.

146. Korolev, N. A molecular dynamics simulation study of poly amine- and Interplay between polyamine binding and DNA structure / Korolev N.,

Lyubartsev A. P.,Laaksonen A.,Nordenskio L. // Eur Biophys J. - 2004. -33.-P. 671-682.

147. Koshi, M. Molecular Dynamics Study of High Temperature PhaseSeparation in a H20/N2 Mixture with Exp-6 Interactions / Koshi M.; Matsu H. // Molecular Simulation. - 1994. - V. 12(3). - P. 227-239.

148. Kovalev, V. L. Analysis of the Heterogeneous Recombination of Oxygen Atoms on Aluminum Oxide by Methods of Quantum Mechanics and Classical Dynamics / Kovalev V. L., Krupnov A. A., Pogosbekyan M. Yu., Sukhanov L. P. // Fluid Dynamics. - 2010. - V. 45(2). - P. 305-311.

149. Kucherenko, M. G. Delayed fluorescence annihilation kinetics change by reconstruction of polymeric chain structure in solid sorbent cavities and on nanoparticle surfaces / Kucherenko M.G., Izmodenova S.V., Kruchinin N.Y. // Book of abstracts «International conference "Organic nanophotonics" (ICON-RUSSIA 2009) », St. Petersburg. - 2009. - C. 168.

150. Kucherenko, M. G. Features of electronic excitations spin-selective annihilation in DNA-solutions and protein structures / Kucherenko M.G. // Abstracts of Third Russian-Japanese Seminar «Molecular and Biophysical Magnetoscience» SMBM-2008. Hiroshima. 2008.

151. Kucherenko, M. G. Kinetics of the diffusion controlled nonradiative transfer of energy among small molecular ions in polyelectrolyte solutions / Kucherenko M.G., Kislov D.A. // Vestnik OSU. - 2010. - 1. - P. 122-130.

152. Kucherenko, M. G. Recording of holographic gratings by the thermodiffusion mechanism / Kucherenko M.G., Rusinov A.P., Kislov D.A. // Proceedings SPIE. - 2007. - Vol. 6725. - P. 123-134.

153. Kumar, P. Hydrogen-bonding structure and dynamics of aqueous carbonate species from Car-Parrinello molecular dynamics simulations. / Kumar P., Kalinichev A.G., Kirkpatrick R.J. // J.Phys.Chem.B. - 2009. - 113. - P. 794802.

154. Marx, D. Ab initio molecular dynamics: Theory and Implementation / Marx D., Hutter J. // Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry. -2000.-P. 301-449.

155. Marx, D. Advanced Car-Parrinello Techniques: Path Integrals and Nonadiabaticity in Condensed Matter Simulations/ Marx D. // Lect. Notes Phys. - 2006. - 704. - P. 507-539.

156. Mohan, V. Molecular Dynamics Simulation of Ions and Water around Triplex DNA / Mohan V., Smith P.E., Pettitt B.M. // Phys. Chem. - 1993. -97.-P. 12984-18990.

157. Molecular - Dynamics simulation of statistical-mechanical systems / edited by Ciccotti G., Hoover W. G. - North-Holland. - 1986. - 622p.

158. NAMD User's Guide. - Theoretical Biophysics Group, Beckman Institute, University of Illinois. - 2009. - 156 p.

159. Nose, S. Constant-Temperature Molecular-Dynamics / Nose S. // Journal of Physics - Condensed Matter. - 1990. - V. 2. - P. SA115-SA119.

160. Ponomarev, S. Y. Ion motions in molecular dynamics simulations on DNA / Ponomarev S.Y., Thayer K.M., Beveridge D.L. // PHAS. - 2004. - V. 101(41).-P. 14771-14775.

161. Quantum systems in chemistry and physics / Hernández-Laguna A, Jean Maruani. - London: Kluwer Academic Publishers. - 2002. - 42 lp.

162. Ramanan, H. Beyond Lattice Models of Activated Transport in Zeolites: High-Temperature Molecular Dynamics of Self-Diffusion and Cooperative Diffusion of Benzene in NaX / Ramanan H., Auerbach S. M., Tsapatsis M. // Phys. Chem. - 2004. - 108(44). - P. 17171-17178.

163. Rahman, A. Correlations in the Motion of Atoms in Liquid Argon / Rahman A. // Phys. Rev. - 1964. - V.136. - P. 405.

164. Rogers, D. Computational Chemistry Using the PC / Rogers D. - John Wiley & Sons. - 2003. - 349 p.

165. Sarzynska, J.. Parametrization of 2-thiouracil and 4-thiouracil in CHARMM all-atom empirical force field / Sarzynska J., KuliTski T. // Computational methods in science and technology - 2005. - 11(1). - P. 4955.

166. Seshasayee, A. S. N. High-Temperature unfolding of a trp-Cage miniprotein: a molecular dynamics simulation study / Aswin Sai Narain Seshasayee // Theor Biol Med Model - 2005 - 2(7).

167. Shaitan, K. V. Computer-aided molecular design of nanocontainers for inclusion and targeted delivery of bioactive compounds / Shaitan K.V., Tourleigh Y.V., Golik D.N., Kirpichnikov M.P. // J. DRUG DEL. SCI. TECH -2006.-16(4).-P. 253-258.

168. Sharma, R.D. High temperature unfolding of Bacillus anthracis amidase-03 by molecular dynamics simulations / Sharma R.D., Lynn A.M., Sharma P.K., Jawaid S. // Bioinformation - 2009. - 3(10). - P. 430-434.

169. Sawilowsky, E. F.. Structures, Energies, and Electrostatics for Methane Complexed with Alumina Clusters / Sawilowsky E. F., Meroueh O., Schlegel H. B.,Hase W. L. // J. Phys. Chem. - 2000. -104. - P. 4920-4927.

170. Smith, W. THE DL POLY 2 USER MANUAL / Smith W., Forester T.R., Todorov I.T. - STFC Daresbury Laboratory Daresbury, Warrington. - 2007. - 312 p.

171. Soler-Lopez, M. Water and Ions in a High Resolution Structure of B-DNA / Soler-Lopez M., Malinina L., Huynh-Dinh T., Subirana J.A. // The journal of biological chemistry. - 1999. -V. 284(34). - P. 23683-23686.

172. Thar, J. Car-Parrinello Molecular Dynamics Simulations and Biological Systems / Thar J.,-Reckien W.,-Kirchner B. / Top Curr Chem. - 2007. -268. -P. 133-171.

173. Verlet, L. Computer 'experiments' on classical fluids. I. Thermodynamical properties of Lennard-Jones molecules / Verlet L. // Phys. Rev. - 1967.-V. 159, №98.-P. 103.

174. Vuilleumier, R. Density Functional Theory based Ab Initio Molecular Dynamics Using the Car-Parrinello Approach / Vuilleumier R. // Lect. Notes Phys. - 2006. - 703. - P. 223-285.

175. Wang, Y. Infiltration of Macromolecules into Nanoporous Silica Particles / Wang Y., Angelatos A.S., Dunstan D.E., Caruso F. // Macromolecules. -2007. - V.40. - P. 7594-7600.

176. Warshel, A. Calculations of electrostatic interactions in biological systems and in solutions / Warshel A., Russell S. // Quarterly Review of Biophysics. - 1984.- 17(3).-P. 283-422.

177. Watanabe, H. DFT Vibrational Calculations of Rhodamine 6G Adsorbed on Silver: Analysis of Tip-Enhanced Raman Spectroscopy / Watanabe H.,Hayazawa N.,Inouye Y.,Kawata S. // J. Phys. Chem. - 2005. - 109. - P. 5012-5020.

178. Wittbrodt, J. M. Ab Initio Study of the Interaction of Water with Cluster Models of the Aluminum Terminated (0001) r-Aluminum Oxide Surface / Wittbrodt J. M., Hase W. L.,Schlegel H. B. // J. Phys. Chem. - 1998. - 102. -P. 6539-6548.

179. Yokota, M. / Yokota M., Tanimoto O. // J. Phys. Soc. Japan. - 1967. - V. 22.-P. 779.

180. Young, D. C. Computational chemistry / Young D. C. - JOHN WILEY & SONS.-2001.-398 p.