Использование систем гомологичной и сайт-специфической рекомбинации фага λ для целенаправленной модификации хромосомы Pantoea ananatis тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.01.03, кандидат биологических наук Голубева, Любовь Игоревна

• Голубева, Любовь Игоревна
• кандидат биологических наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Голубева, Любовь Игоревна

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ. 6 Актуальность проблемы.

Цели и задачи работы.

Научная новизна и практическая значимость работы. 8 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

1. Использование микроорганизмов для получения веществ, применяющихся в различных сферах деятельности человека.

1.1. Основные этапы становления микробиологической промышленности.

1.2. Микроорганизмы, традиционно используемые в микробиологической промышленности.

1.2.1. Дрожжи.

1.2.2. Corynebacterium glutamicum.

1.2.3. Род Bacillus. 18 1.2.4 .E.coli.

1.3. Современные задачи микробиологической промышленности требуют расширения базы используемых микроорганизмов.

2. Использование сайт-специфической рекомбинации и гомологичной рекомбинации фагов — новый высокоэффективный подход к целенаправленному конструированию мутаций.

2. 1. «Recombineering» - генетическая инженерия бактерий с использованием фаговых систем гомологичной рекомбинации.

2.1.1. Основные элементы X Red и RecET систем гомологичной рекомбинации.

2.1.2. Интеграция линейных двухцепочечных и одноцепочечных фрагментов ДНК с использованием к Red и RecET систем гомологичной рекомбинации.

2.2. Совместное использование X Red или RecET и систем сайт-специфической рекомбинации.

2.3. Получение мутаций с удалением всех «следовых» последовательностей.

2.4. Использование X Red-системы в гетерологичных хозяевах.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

1. Штаммы.

2. Плазмиды.

3. Среды.

4. Проведение полимеразной цепной реакции.

5. Генно-инженерные методики.

6. Конструирование рекомбинантных плазмид.

7. Трансформация клеток P. ananatis плазмидной ДНК с помощью процедуры электропорации.

8. Трансформация клеток P. ananatis геномной ДНК с помощью процедуры электропорации.

9. X Red-зависимая интеграция двухцепочечных и одноцепочечных фрагментов ДНК в хромосому P. ananatis.

10. Конструирование интегративных кассет.

11. Секвенирование ДНК.

12. Измерение активности Р-галактозидазы.

13. Определение относительного количества мРНК гена lacZ P. ananatis методом ПЦР в реальном времени.

14. Олигонуклеодтиды. 58 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ.

1. Трансформация клеток P. ananatis методом электропорации.

2. Адаптация Red-зависимой системы гомологичной рекомбинации фага X для создания целенаправленных модификаций в хромосоме P. ananatis.

2.1. Конструирование плазмиды-помощника, обеспечивающей регулируемую экспрессию генов Red-системы фага X.

2.2. Одновременная экспрессия генов Red-системы фага X является токсичной для клеток P. ananatis.

2.3. Селекция штамма-реципиента для осуществления X Red-зависимой интеграции двухцепочечных фрагментов ДНК в хромосому P. ananatis.

3. Введение множественных модификаций в хромосому P. ananatis с использованием комбинированной системы X Red-Int/Xis.

4. Введение точечных мутаций в хромосому штамма SC17(0) 77 P. ananatis.

5. Целенаправленная модификация хромосомы штамма SC17 P. ananatis с помощью X Bet-зависимой интеграции олигонуклеотидов.

6. Ген р-галактозидазы - природный репортер, локализованный в хромосоме P. ananatis.

7. Создание охарактеризованной библиотеки промоторов для оптимизации экспрессии генов P. ananatis.

8. Идентификация гена аланин рацемазы P. ananatis и его использование в качестве репортера.

ВЫВОДЫ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Использование систем гомологичной и сайт-специфической рекомбинации фага λ для целенаправленной модификации хромосомы Pantoea ananatis»

Актуальность проблемы.

Использование бактерий в промышленном производстве биологически активных веществ (витаминов, антибиотиков, гормонов, аминокислот), органических кислот и биокатализаторов насчитывает более чем 50-ти летнюю историю, и в настоящее время объем микробных биотехнологических производств продолжает расти (Demain A.L., Adrio J.L., 2008). При этом, перед современной биотехнологией стоят такие задачи как расширение спектра производимых веществ и используемых субстратов, создание более рентабельных и экологичных технологий производства. Решение этих задач требует не только улучшения свойств существующих продуцентов, . но и поиск новых микроорганизмов, обладающих определенными преимуществами и биотехнологическим потенциалом. Более того, относительная доступность секвенирования бактериального генома и наличие целого пакета компьютерных программ, позволяющих реконструировать метаболические пути, опираясь только на нуклеотидную последовательность генома, обеспечивает достаточно большой объем начальной информации о метаболизме вновь отобранного организма. С другой стороны, накопленный опыт, а также данные, полученные на базе современных экспериментальных и аналитических методов исследования метаболизма (анализ распределения и контроля потоков, анализ уровня экспрессии генов, компьютерное моделирование и т.д.) однозначно указывают на необходимость тонкой настройки метаболизма для обеспечения высокоэффективного синтеза интересующего продукта бактериальными клетками. Успех в создании высокоэффективного штамма зависит не только от физиологических особенностей организма, но и от возможности быстро конструировать необходимые генетические модификации. Для решения этой задачи необходим удобный генно-инженерный инструментарий, позволяющий создавать бесплазмидные, безмаркерные штаммы, штаммы, несущие множественные мутации, модулировать уровень экспрессии целевого гена и интегрировать протяженные фрагменты ДНК в хромосому. Наиболее подробно подходы для подобных генетических манипуляций ранее были разработаны для Escherichia coli (Peredelchuk M.Y., Bennett G.N., 1997; Каташкина Ж. И., 2003; Meynial-Salles I. et al, 2005; Каташкина Ж.И. и dp, 2005; Minaeva N.I. et al, 2008). Основу этих методов составляет использование систем гомологичной (Red) и сайт-специфической рекомбинации фага X. Однако, несмотря на кажущуюся простоту Red-системы, включающей всего 3 фаговых гена, и подробное изучение механизма Red-зависимой рекомбинации, до сих пор этот чрезвычайно эффективный метод генной инженерии, первоначально разработанный для Е. coli К12, удавалось использовать только в ряде патогенных штаммах Е. coli и некоторых штаммах Salmonella, Erwinia, Yersinia и Pseudomonas. Поэтому расширение рамок применимости известных методов генной инженерии для манипулирования геномами новых потенциальных продуцентов является актуальной и практически значимой задачей.

Цели и задачи работы.

Целью данной диссертационной работы является адаптация высокоэффективного генно-инженерного инструментария, разработанного в настоящее время для Е. coli, для использования в клетках близкородственного организма Pantoea ananatis.

В ходе работы решались следующие задачи:

• адаптация Red-зависимой системы гомологичной рекомбинации фага X для создания целенаправленных модификаций (делеций, замен регуляторных областей, точечных мутаций) в хромосоме P. ananatis;

• разработка инструментария для конструирования штаммов Р. ananatis, содержащих множественные модификации хромосомы;

• создание охарактеризованной библиотеки промоторов для обеспечения плавного изменения уровня экспрессии целевых генов в Р. ananatis;

Научная новизна и практическая значимость работы.

В ходе адаптации X Red-зависимой системы рекомбинации фага X Е. coli для целенаправленной модификации хромосомы близко родственного организма P. ananatis была выявлена токсичность одновременной экспрессии X Red-генов для клеток данной бактерии. В ходе работы был отобран мутантный штамм P. ananatis, устойчивых к экспрессии генов X Red-системы. Использование данного штамма в качестве реципиента позволяет интегрировать линейные двуцепочечныые фрагменты ДНК в хромосому Р. ananatis с частотой не меньшей, чем в Е. coli К12. Было показано, что одновременная экспрессия X gam и bet генов не приводит к токсическому эффекту, что позволяет использовать данные гены для модификации хромосомы штамма дикого типа с помощью олигонуклеотидов.

Для P. ananatis были адаптированы процедура переноса маркированных мутаций с помощью электропорации геномной ДНК и X Int/Xis-зависимая система сайт-специфицеской рекомбинации для вырезания селективного маркера после его использования, что позволяет конструировать штаммы со множественными модификациями. Была разработана двухстадийная методика создания целенаправленных точечных мутаций в хромосоме P. ananatis с использованием гена sacB Bacillus subtilis в качестве контр-селективного маркера. Данная методика находит применение в решение задач белковой инженерии. Была получена и охарактеризована библиотека РШс-подобных промоторов узнаваемых РНКП

P. ananatis для плавного варьирования уровня экспрессии целевых генов в данном организме.

Совокупность разработанных методов активно применяется в работе НИИ «Аджиномото-Генетика» и позволяет быстро и эффективно решать как прикладные задачи по конструированию штаммов-продуцентов на базе Р. ananatis, так и задачи по изучению метаболизма данной бактерии.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

С середины прошлого века человек начинает активно использовать микроорганизмы для производства различных веществ. В настоящее время изучение генетики и физиологии микроорганизмов определяется не только научным, но и практическим интересом. Поэтому первая часть Обзора литературы посвящена описанию основных этапов развития микробиологической промышленности, описанию практического применения микроорганизмов, традиционно использующихся в этой области, а также современным тенденциям, направленным на создание новых штаммов-продуцентов, как с помощью метаболической инженерии, так и путем расширения спектра используемых видов.

Достигнутые успехи в изучении генетики и физиологии микроорганизмов во многом были определены развитием подходов для манипуляции их геномом. Вторая часть Обзора литературы посвящена подходу, первоначально разработанному для Е. coli и обеспечившему значительный прогресс в генной инженерии этой бактерии, и в настоящее время активно разрабатывающемуся для ряда других бактерий.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Голубева, Любовь Игоревна

выводы.

1. Выявлен токсический эффект от экспрессии генов X Red-системы в клетках P. ananatis, выражающийся в остановке роста бактерий. Отобран штамм SC17(0), способный к росту в условиях индукции экспрессии генов X Red-системы. Показано, что при использовании штамма SC17(0) в качестве реципиента частота X Red-зависимой интеграции линейных фрагментов ДНК с короткими плечами гомологии в хромосому P. ananatis сопоставима с частотой, получаемой в аналогичных экспериментах с Е. coli К12.

2. Разработан эффективный генетический инструментарий, позволяющий последовательно вводить множественные модификации в геном P. ananatis, получая штаммы, не содержащие в геноме маркеров устойчивости к антибиотикам. Его основными элементами являются:

• метод введения маркированных мутаций в геном штамма SC17(0) с помощью Red-системы фага X;

• метод переноса маркированных мутаций между штаммами Р. ananatis с помощью электропорации геномной ДНК;

• X Xis/Int-зависимое удаление использованных селективных маркеров.

3. Разработана двухстадийная процедура получения немаркированных точечных замен в хромосоме P. ananatis, основанная на использовании двойного селективного/контрселективного маркера и метода X Red-зависимой интеграции двухцепочечных фрагментов ДНК или X Bet-зависимой интеграции олигонуклеотидов. Эффективность проведения такой модификации в модельных экспериментах достигала 25%.

4. Осуществлено конструирование библиотеки искусственных Ptac-подобных промоторов, обеспечивающих различающиеся в диапазоне двух порядков величины уровни транскрипции целевого гена P. ananatis.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Голубева, Любовь Игоревна, 2010 год

1. Abalakina Е. G. et al. 2008. Phage Ми-driven two-plasmid system for integration of recombinant DNA in the Methylophilus methylotrophus genome. Appl. Microbiol. Biotechnol. 81(1), 191-200.

2. Abbott D. A. et al. 2009. Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for production of carboxylic acids: current status and challenges. FENS Yeast Res. 9(8), 1123-1136.

3. Albert H. et al. 1995. Site-specific integration of DNA into wild-type and mutant lox sites placed in the plant genome. Plant J. 7(4), 649-659.

4. Atsumi S., Liao J. C. 2008. Metabolic Engineering for Advanced Biofuels Production from Escherichia coli. Curr Opin Biotechnol. 19(5), 414-419.

5. Baily J. E. 1991. Toward a science of metabolic engineering. Science. 252(5013), 1668-1675.

6. Barrett E. et al. 2004. Heterologous expression of lactose- and galactose-utilizing pathways from lactic acid bacteria in Corynebacterium glutamicum for production of lysine in whey. Appl. Environ. Microbiol. 70, 2861-2866.

7. Baudin A. et al. 1993. Simple and efficient method for direct gene deletion in Saccharomyces cerevisiae. Nucleic Acids Research. 21(14), 3329-3330.

8. Becker D. M., Guarente L. 1991. High-efficiency transformation of yeast by electroporation. Methods Enzymol. 194, 182-7.

9. Belanger L. et al. 2004. Production of heterologous protein by Methylobacterium extorquens in high cell density fermentation. FEMS Microbiol Lett. 231, 197-204.

10. Bennett G. N., San K. Y. 2001. Microbial formation, biotechnological production and applications of 1,2-propanediol. Appl. Microbiol. Biotechnol. 55, 1-9.

11. Bhosale S. H., Rao M. В., Deshpande V. V. 1996. Molecular and Industrial Aspects of Glucose Isomerase. Microbiol. Rev. 60(2), 280-300.

12. Bi C. et al. 2009. Genetic Engineering of Enterobacter asburiae Strain JDR-1 for Efficient Production of Ethanol from Hemicellulose Hydrolysates. Appl Environ Microbiol. 75(18), 5743-5749.

13. Billman-Jacobe H. et al. 1994. Expression of ovine gamma interferon in Escherichia coli and Corynebacterium glutamicum. Appl. Environ. Microbiol. 60, 1641-1645.

14. Brady C. et al. 2008. Phylogeny and identification of Pantoea species associated with plants, humans, and the natural invironment base on multilocus analysis (MLSA). Syst and Appl Microbiol. 31, 447-460.

15. Brautaset T. et al. 2007. Bacillus methanolicus: a candidate for industrial production of amino acids from methanol at 50 degrees C. Appl. Microbiol. Biotechnol. 74(1), 22-34.

16. Bron P. A. 2004. Selection and characterization of conditionally active promoters in Lactobacillus plantarum, using alanine racemase as a promoter probe. Appl Environ Microbiol. 70(1), 310-317.

17. Bron P. A. et al. 2002. Use of the air gene as a food-grade selection marker in lactic acid bacteria. Appl Environ Microbiol. 68(11), 5663-5670.

18. Brunschwig E., Darzins A. 1992. A two-component T7 system for the overexpression of genes in Pseudomonas aeruginosa. Gene. 111(1), 35-41.

19. Burchhardt G., Ingram L. O. 1992. Conversion of xylan to ethanol by ethanologenic strains of Escherichia coli and Klebsiella oxytoca. Appl. Environ. Microbiol. 58, 1128-1133.

20. Byrom D., Carver M. 1991. Process for the production of acylamide amidohydrolase by Methylophilus methylotrophus. US patent 5077212.

21. Cassuto E. et al. 1971. Role of exonuclease and protein of phage lambda in genetic recombination. V. Recombination of lambda DNA invitro. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 68(7), 1639-43.

22. Cassuto E., RaddingC. M. 1971. Mechanism for the action of lambda exonuclease in genetic recombination. Nat. New. Biol. 229(1), 13-6.

23. Causey Т. B. et al. 2003. Engineering the metabolism of Escherichia coli W3110 for the conversion of sugar to redox-neutral and oxidized products: homoacetate production. Proc Natl Acad Sci USA. 100, 825-832.

24. Chen J. et al. 2009. Optimization of metabolic pathways for bioconversion of lignocellulose to ethanol through genetic engineering. Biotechnol. Adv. 27(5), 593-598.

25. Chen J. et al. 2009. Optimization of metabolic pathways for bioconversion of lignocellulose to ethanol through genetic engineering. Biotechnol. Adv. 27(5), 593-598.

26. Chen S. et al. 2005. Enhancement of inosine production by Bacillus subtilis through suppression of carbon overflow by sodium citrate. Biotechnol. Lett. 27(10), 689-692.

27. Cherepanov P. P., Wackernagel W. 1995. Gene disruption in Escherichia coli: TcR and KmR cassettes with the option of exision of the antibiotic-resistance determinant. Gene. 158, 9-14.

28. Chistoserdova L. et al. 2000. Analysis of two formaldehyde oxidation pathways in Methylobacillus flagellatus KT, a ribulose monophosphate cycle methylotroph. Microbiology. 146, 233-238.

29. Chitoserdova L. et al. 2007. Genome of Methylobacillus flagellatus, molecular basis for obligate methylotrophy, and polyphyletic origin of methylotrophy. J. Bacteriol. 189(11), 4020-4027.

30. Choi J. H., Lee S. Y. 2004. Secretory and extracellular production of recombinant proteins using Escherichia coli. Appl. Microbiol. Biotechnol. 64(5), 625-635.

31. Choi Y.J. et al. 2006. Multicopy integration and expression of heterologous genes in Methylobacterium extorquens ATCC 55366. Appl. Environ. Microbiol. 72, 753-759.

32. Christiansen Т., Christensen В., Nielsen. J. 2002. Metabolic network analysis of Bacillus clausii on minimal and semirich medium using 13C-labeled glucose. Metab. Eng. 4, 159-169.

33. Cohen S. N. et al. 1973. Construction of biologically functional bacterial plasmids in vitro. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 70(11), 3240-3244.

34. Cordier H. et al. 2007. A metabolic and genomic study of engineered Saccharomyces cerevisiae strains for high glycerol production. Metab. Eng. 9, 364-378.

35. Cosloy S. D., Oishi M. 1973. Genetic transformation in Escherichia coli K12. Proc. Natl. Acad. Sci. 70: 84-87.

36. Costantino N., Court D. L. 2003. Enhanced levels of A. Red-mediated recombinants in mismatch repair mutants. PNAS. 100(26), 15748-15753.

37. Court D. L., Sawitzke J. A., Thomason L. C. 2002. Genetic engineering using homologous recombination. Annu. Rev. Genet. 36, 361-88.

38. Court R. et al. 2007. The crystal structure of lambda-Gam protein suggests a model for RecBCD inhibition. J. Mol. Bio. 371(1), 25-33.

39. Cox M. M. et al. 2007. Scarless and site-directed utagenesis in Salmonella enteritidis chromosome. BMC Biotechnology. 7, 59.

40. Cregg J. M., Vedvick T. S., Raschke W. C. 1993. Recent advances in the expression of foreign genes in Pichia pastoris. Biotechnology. 11(8), 905-910.

41. Crowther G. J., Kosaly G., Lidstrom M. E. 2008. Formate as the main branchpoint for methylotrophic metabolism in Methylobacterium extorquens AMI. J. Bacteriol. 190, 5057-5062.

42. Dabert P., Smith G. R. 1997. Gene replacement with linear DNA fragments in wild-type Escherichia coli: enhancement by Chi sites. Genetics. 145, 877889.

43. Dale E. C., Ow D. W. 1991. Gene transfer with subsequent removal of the selection gene from the host genome. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88, 10558-62.

44. Das A. et al. 2007. An update on microbial carotenoid production: application of recent metabolic engineering tools. Appl. Microbiol. Biotechnol. 77, 505-512.

45. Dassler T. et al. 2000. Identification of a major facilitator protein from E. coli involved in efflux of metabolites of the cysteine pathway. Mol. Microbiol. 36, 1101-1112.

46. Date, H. Itaya, H. Matsui and Y. Kikuchi. 2006. Secretion of human epidermal growth factor by Corynebacterium glutamicum M. Lett. Appl. Microbiol. 42(1), 66-70.

47. Datsenko K. A., Wanner B. L. 2000. One-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K12 using PCR products. Proc Natl Acad Sci USA. 97, 6640-6645.

48. Datta S. et al. 2008. Identification and analysis of recombineering functions from Gram-negative and Gram-positive bacteria and their phages. PNAS. 105(5), 1626-1631.

49. Dauner M. et al. 2002. Intracellular carbon fluxes in riboflavin-producing Bacillus subtilis during growth on two-carbon substrate mixtures. Appl. Environ. Microbiol. 68, 1760-1771.

50. Dauner M., Bailey J. E., Sauer U. 2001. Metabolic flux analysis with a comprehensive isotopomer model in Bacillus subtilis. Biotechnol Bioeng. 76, 144-156.

51. Dehio M. et al. 1998. Construction of versatile high-level expression vectors for Bartonella henselae and to use of green fluorescent protein as a new expression marker. Gene. 215(2), 223-229.

52. Dejong J. M. et al. 2006. Genetic engineering of taxol biosynthetic genes in Saccharomyces cerevisiae. Biotechnol. Bioeng. 93, 212—224.

53. Demain A. L., Adrio J. L. 2008. Contributions of Microorganisms to Industrial Biology. Mol Biotechnol. 38, 41-55.

54. Derbise A. et al. 2003. A rapid and simple method for inactivating chromosomal genes in Yersinia. FEMSImmunol. Med. Microbiol. 38, 113-116.

55. DeVito J. 2007. Recombineering with tolC as a selectible/counter-selectible marker: remodeling the rRNA operons in Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 36(1), E4.

56. Dien B. S., Nichols N. N., Bothast R. J. 2002. Fermentation of sugar mixtures using Escherichia coli catabolite repression mutants engineered for production of L-lactic acid. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 29, 221-227.

57. Dower J. W., Miller J. F., Ragsdale C. W. 1988. High efficiency transformation of E. coli by high voltage electroporation. Nucleic Acids Research. 16(13), 6127-6145.

58. Dumas B. et al. 2006. Hydrocortisone made in yeast: metabolic engineering turns a unicellular microorganism into a drug-synthesizing factory. Biotechnol. J. 1(3), 299-307.

59. Durot M., Bourguignon P.-Y., Schachter V. 2009. Genome-scalemodels of bacterialmetabolism: reconstructionand applications. FEMS Microbiol Rev. 33, 164—190.

60. El Karoui M. et al. 1999. Gene replacement with linear DNA in electroporated wild-type Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 27, 1296-1299.

61. Ellis H. M. et al. 2001. High efficiency mutagenesis, repair, and engineering of chromosomal DNA using single-stranded oligonucleotides. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 98, 6742-6746.

62. Eppelmann K., Doekel S., Marahel M. A. 2001. Engineered biosynthesis of the peptide antibiotic bacitracin in the surrogate host Bacillus subtilis. J. Biol. Chem. 276, 34 824-34 831.

63. Fox S. L., Bala G. A. 2000. Production of surfactant from Bacillus subtilis ATCC 21332 using potato substrates. Bioresour. Technol. 75, 235-240.

64. Fromm M. E., Taylor L. P., Walbot V. 1986. Stable transformation of maize after gene transfer by electroporation. Nature. 319(6056), 791-793.

65. Furch T. et al. 2007. Comparative study on central metabolic fluxes of1

66. Bacillus megaterium strains in continuous culture using С labeled substrates. Bioprocess Biosyst. Eng. 30, 47—59.

67. Gerigk M. R. et al. 2002a. Process control for enhanced L-phenylalanine production using different recombinant E. coli strains. Biotechnol. Bioeng. 80, 746-754.

68. Gerigk M. R. et al. 2002b. Enhanced pilot-scale fed-batch L-phenylalanine production using recombinant E. coli by fully integrated reactive extraction. Bioprocess. Biosyst. Eng. 25, 43-52.

69. Gerlach R. G. et al. 2009. Rapid oligonucleotide-based recombineering of the chromosome of Salmonella enterica. Appl. Environ. Microbiol. 75(6), 15751580.

70. Gillen J. R. et al. 1977. Characterization of the deoxyribonuclease determined by lambda reverse as exonuclease VIII of Escherichia coli. J. Mol. Biol. 113(1), 27-41.

71. Goffeau A. et al. 1996. Life with 6000 genes. Science. 274 (5287): 546, 563-567.

72. Gormley E. P., Davies J. 1991. Transfer of plasmid RSF1010 by conjugation from Escherichia coli to Streptomyces lividans and Mycobacterium smegmatis. JBacteriol. 173, 6705-6708.

73. Gupta R. et al. 2002. An overview on fermentation, downstream processing and properties of microbial alkaline proteases. Appl. Microbiol. Biotechnol. 60, 381-395.

74. Gutierrez J. et al. 2005. Heterologous extracellular production of enterocin P from Enterococcus faecium P13 in the methylotrophic bacterium Methylobacterium extorquens. FEMS Microbiol. Lett. 248, 125-131.

75. Hall S. D., Kane M. F., Kolodner R. D. 1993. Identification and characterization of the Escherichia coli RecT protein, a protein encoded by the recE region that promotes renaturation of homologous single-stranded DNA. J. Bacteriol. 175, 277-287

76. Hall S. D., Kane M. F., Kolodner R. D. 1993. Identification and characterization of the Escherichia coli RecT protein, a protein encoded by the recE region that promotes renaturation of homologous single-stranded DNA. J. Bacteriol. 175(1), 277-87.

77. Hall S.D., Kolodner R. D. 1994. Homologous pairing and strand exchange promoted by the Escherichia coli RecT protein. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91(8), 3205-9.

78. Hautefort I., Proenca M. J., Hinton J. C. 2003. Single-copy green fluorescent protein gene fusions allow accurate measurement of Salmonella gene expression in vitro and during infection of mammalian cells. Appl. Environ. Microbiol. 69, 7480-7491.

79. Hermann T. 2003. Industrial production of amino acids by coryneform bacteria. Journal of Biotechnology. 104, 155- 172.

80. Hill S. A., Stahl M. M., Stahl W. F. 1997. Single-strand DNA intermediates in phage lambda's Red recombination pathway. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94(7), 2951-6.

81. Horinouchi S. 2009. Combinatorial biosynthesis of plant medicinal polyketides by microorganisms. Curr. Opin. Chem. Biol. 13(2), 197-204.

82. Huser A. T. et al. 2005. Rational design of a Corynebacterium glutamicum pantothenate production strain and its characterization by metabolic flux analysis and genome-wide transcriptional profiling. Appl. Environ. Microbiol. 71(6), 3255-3268.

83. Husseiny M. I., Hensel M. 2005. Rapid method for the construction of Salmonella enterica serovar Typhimurium vaccine carrier strains. Infection and Immunity. 73(3), 1598-1605.

84. Hwang E. I. et al. 2003. Production of plant-specific flavanones by Escherichia coli containing an artificial gene cluster. Appl. Environ. Microbiol. 69 (5), 2699-2706.

85. Ikeda M., Nakagawa S. 2003. The Corynebacterium glutamicum genome: features and impacts on biotechnological processes. Appl. Microbiol. Biotechnol. 62, 99-109.

86. Ingram L. O. et al. 1987. Genetic Engineering of Ethanol Production in Escherichia coli. Appl Environ Microbiol. 53(10), 2420-2425.

87. Ingram L. O. et al. 1987. Genetic Engineering of Ethanol Production in Escherichia coli. Appl. Environ. Microbiol. 53(10), 2420-2425.

88. Inui M. et al. 2004. Metabolic analysis of Corynebacterium glutamicum during lactate and succinate productions under oxygen deprivation conditions. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 7, 182-196.

89. Inui M. et al. 2004. Metabolic engineering of Corynebacterium glutamicum for fuel ethanol production under oxygen-deprivation conditions. J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 8, 243-254.

90. Izui H. et al. 2003. Method for producing L-glutamic acid. US partent 6596517.

91. Jahic M. et al. 2006. Process technology for production and recovery of heterologous proteins with Pichia pastoris. Biotechnol. Prog. 22(6), 1465-1473.

92. Jeffries T. W., Jin Y. S. 2007. Metabolic engineering for improved fermentation of pentoses by yeasts. Appl. Microbiol. Biotechnol. 63(5), 495509.

93. Joseph J. W., Kolodner R. 1983a. Exonuclease VIII of Escherichia coli. I. Purification and physical properties. J. Biol. Chem. 258(17), 10411-7.

94. Joseph J. W., Kolodner R. 1983b. Exonuclease VIII of Escherichia coli. II. Mechanism of action. J. Biol. Chem. 258(17), 10418-24.

95. Kalinowski J. et al. 2003. The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate derived amino acids and vitamins. J. Biotechnol. 104, 5-25.

96. Karakousis G. et al. 1998. The beta proteinof phage lambda binds preferentially to an intermediate in DNA renaturation. J. Mol. Biol. 276(4), 72131.

97. Karu A. E. et al. 1975. The gamma protein specified by bacteriophage gamma. Structure and inhibitory activity for the recBC enzyme of Escherichia coli. J Biol Chem. 250(18), 7377-87.

98. Katashkina J. I. et al. 2009. Use of the X Red-recombineering method for genetic engineering of Pantoea ananatis. BMC Molecular Biology. 10, 34.

99. Kealey J. T. et al. 1998. Production of a polyketide natural product in nonpolyketideproducing prokaryotic and eukaryotic hosts. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 95, 505-509.

100. Kilbane J. J. 2nd, Bielaga B. A. 1991. Instantaneous gene transfer from donor to recipient microorganism via electroporation. Biotechniques. 10(3), 354-365.

101. Kim H. S. et al. 1997. Production and properties of a lipopeptide biosurfactant from Bacillus subtilis C9. J. Ferment. Bioeng. 84, 41-46.

102. Kim S.W. et al. 2006. Over-production of beta-carotene from metabolically engineered Escherichia coli. Biotehnol. Lett. 28(12), 897-904.

103. Kinoshita S., Udaka S., Shimono M. 1957. Studies on the amino acid fermentation. Part I. Production of L-glutamic acid by various microorganisms. J. Gen. Appl. Microbiol. 3, 193-205.

104. Kirchner O., Tauch A., 2003. Tools for genetic engineering in the amino acid-producing bacterium Corynebacterium glutamicum. J. Biotechnol. 104, 287- 299.

105. Kishimoto K., Kinataka K., Ochiyama N. 1990. Production of D-ribose. US Patent 4904587.

106. Klrijn R. J. et al. 2010. Metabolic fluxes during strong carbon catabolite repression by malate in Bacillus subtilis. J. Biol. Chem. 285 (3), 1587-1596.

107. Kmiec E., Holloman W. K. 1981. Beta protein of bacteriophage lambda promotes renaturation of DNA. J. Biol. Chem. 256(24), 12636-9.

108. Koizumi S. et al. 2000. Production of riboflavin by metabolically engineered Corynebacterium ammoniagenes. Appl. Microbiol. Biotechnol. 51, 674—679.

109. Komeda T. et al. 2002. Production of active bovine cathepsin С (dipeptidyl aminopeptidase I) in the methylotrophic yeast Candida boidinii. Appl. Microbiol. Biotechnol. 59(2-3), 252-258.

110. Kovall R., Matthews B. W. 1997. Toroidal structure of lambda-exonuclease. Science. 277(5333), 1824-7.

111. Kramer M. et al. 2003. Metabolic engineering for microbial production of shikimic acid. Metab. Eng. 5, 277—283.

112. Kristensen C. S. et al. 1995. Site- pecific deletions of chromosomally located DNA segments with the multimer resolution system of broad-host-range plasmid RP4. J. Bacteriol. 177, 52-58.

113. Kulkarni S. K., Stahl W. F. 1989. Interaction between the sbcC gene of Escherichia coli and the gam gene of phage lambda. Genetics. 123(2), 249-53.

114. Kurusu Y. et al. 1990. Electroporation-transformation system for coryneform bacteria by auxotrophic complementation. Agric. Biol. Chem. 54(2), 443-7.

115. Kushner S. R., Nagaishi h., Clark A. J. 1974. Isolation of exonuclease VIII: the enzyme associated with sbcA indirect suppressor. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 71(9), 3593-7.

116. Kwon S. et al. 1997. Phylogenetic analysis of Erwinia species based on 16S rRNA gene sequence. Int JSyst Bacteriology. 47(3), 1061-1067

117. Lafontaine D., Tollervev D. 1996. One-step PCR mediated strategy for the construction of conditionally expressed and epitope tagged yeast proteins. Nucleic Acids res. 24(17), 3469-3471.

118. Lambert J. M., Bongers R. S., Kleerebezem M. 2007. Cre-/ox-based system for multiple gene deletions and selectable-marker removal in Lactobacillus plantarum. Appl. Environ. Microbiol. 73(4), 1126-1135.

119. Lee D. J. et al. 2009. Gene doctoring: a method for recombineering in laboratory and pathogenic Escherichia coli strains. BMC Microbiology. 9, 252.

120. Lee W., DaSilva N. A. 2006. Application of sequential integration for metabolic engineering of 1,2-propanediol production in yeast. Metab. Eng. 8, 58-65.

121. Lesic В., Rahme L. G. 2008. Use of the lambda Red recombinase system to rapidly generate mutants in Pseudomonas aeruginosa. BMC Molecular Biology. 9:20.

122. Li W., Zhou X., Lu P. 2004. Bottlenecks in the expression and secretion of heterologous proteins in Bacillus subtilis. Res. Microbiol. 155, 605-610.

123. Li X-T. et al. 2003. Identification of factors infiiencing strand bias in oligonucleotide-mediated recombination in Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 31(22), 6674-6687.

124. Li Z. et al. 1998. The beta protein of phage lambda promotes strand exchange. J. Mol. Biol. 276(4), 733-44.

125. Lieb M. 1979. Heat-sensitive lambda repressors retain partial activity during bacteriophage induction. J. Virology. 32(1), 162-166.

126. Liebl W., Sinskey A. J., Schleifer K.-H. 1992. Expression, secretion, and processing of staphylococcal nuclease by Corynebacterium glutamicum. J. Bacteriol. 174, 1854-1861.

127. Lilley P. E. et al. 1993. The 92-min region of the Escherichia coli chromosome: location and cloning of the ubiA and air genes. Gene. 129(1), 916.

128. Lin H., Bennett G. N, San K. Y. 2005. Metabolic engineering of aerobic succinate production systems in Escherichia coli to improve process productivity and achieve the maximum theoretical succinate yield. Metab. Eng. 7, 116-127.

129. Little J. W. 1967. An exonuclease induced by bacteriophage lambda. II. Nature of the enzymatic reaction. J. Biol. Chem 242(4), 679-86.

130. Lobocka M. et al. 1994. Organization and expression of the Escherichia coli K-12 dad operon encoding the smaller subunit of D-amino aciddehydrogenase and the catabolic alanine racemase. J Bacteriol. 176(5), 15001510.

131. Lynd L. R. et al. 2005. Consolidated bioprocessing of cellulosic biomass: an update. Curr. Opin. Biotechnol. 16(5), 577-83.

132. Margeot A. et al. 2009. New improvements for lignocellulosic ethanol. Curr. Opin. Biotechnol. 20(3), 372-80.

133. Marsic N. et al. 1993. In vivo studies on the interaction of RecBCD enzyme and lambda Gam protein. J. Bacteriol. 175(15), 4738-43.

134. Marx C. J., Lidstrom, M. E. 2002. Broad-host-range cre-lox system for antibiotic marker recycling in Gram-negative bacteria. Biotechniques. 33, 1062-1067.

135. Marx C.J. 2008. Development of a broad-host-range sacB-based vector for unmarked allelic exchange. BMC Res. Notes. 1,1.

136. Matsuura S. et al. 2001. Real-time observation of a single DNA digestion by lambda exonuclease under a fluorescence microscope field. Nucleic. Acids. Res. 29(16), E79.

137. Meynial-Salles I., Cervin M. A., Soucaille P. 2005. New tool for metabolic pathway engineering in Escherichia coli: One-step method to modulate expression of chromosomal genes. Appl Environ Microbiol. 11 (4), 2140-2144.

138. Miller J.H. 1972. Experiments in Molecular Genetics, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor.

139. Miller J. F., Dower J. W., Tompkins L. S. 1988. High-voltage electroporation of bacteria: Genetic transformation of Campylobacter jejuni with plasmid DNA. Proc. Nati. Acad. Sci. 85, 856-860.

140. Miyagawa K., Miyazaki J., Kanazaki N. 1992. Method of producing D-ribose. European patent 0501765A1.

141. Miyahisa I. et al. 2005. Efficient production of (2S)-flavanones by Escherichia coli containing an artificial biosynthetic gene cluster. Appl. Microbiol. Biotechnol. 68(4), 498-504.

142. Modig T. et al. 2008. Variability of the response of Saccharomyces cerevisiae strains to lignocellulose hydrolysate. Biotechnol Bioeng. 100(3), 423-9.

143. Modrich P. 1991. Mechanisms and biological effects of mismatch repair. Annu. Rev. Genet. 25, 229-253.

144. Muniyappa K., Radding С. M. 1986. The homologous recombination system of phage lambda. Pairing activities of beta protein. J. Biol. Chem. 261(16), 7472-8.

145. Murli S. et al. 2003. Metabolic engineering of Escherichia coli for improved 6-deoxyerythronolide В roduction. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 30(8), 500-503.

146. Murphy К. C. 1991. Lambda Gam protein inhibits the helicase and chi-stimulated recombination activities of Escherichia coli RecBCD enzyme. J. Bacteriol. 173(18), 5808-21.

147. Murphy К. C. 1998. Use of bacteriophage X recombination functions to promote gene replacement in Escherichia coli. J Bacteriol. 180, 2063-2071.

148. Murphy К. C., Campellone K. G. 2003. Lambda Red-mediated recombinogenic engineering of enterohemorrhagic and enteropathogenic E. coli. BMCMol. Biol. 13, 4:11.

149. Murphy К. C., Campellone K. G., Poteete A. R. 2000. PCR-mediated gene replacement in Escherichia coli. Gene. 246(1-2), 321-330.

150. Muyrers J. P. 2000. RecE/RecT and Redalpha/Redbeta initiate double-stranded break repair by specifically interacting with their respective partners. Genes Dev. 14(15), 1971-82.

151. Muyrers J. P. et al. 2000. Point mutation of bacterial artificial chromosomes by ET recombination. EMBO Reports. 3, 239-243.

152. Mylroie J. R., Friello D. A., Chakrabarty A. M. 1978. Transformation of Pseudomonas putida with chromosomal DNA. Biochem. Biophys. Res. Commun. 82(1), 281-288.

153. Nakayama K., Kitada S., Kinoshita S. 1961. Studies on lysine fermentation I. The control mechanism on lysine accumulation by homoserine and threonine. J. Gen. Appl. Microbiol. 7, 145-154.

154. Nefedov M., Williamson R., Laonnou P. A. 2000. Insertion of disease-causing mutations in BACs by homologous recombination in Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 28(17), E79.

155. Nesvera J. et al. 1994. Transfer of the broad-host-range plasmid RSF1010 and other plasmid vectors to the gram-positive methylotroph Brevibacterium methylicum by electro transformation. Appl. Microbiol. Biotechnol. 40, 864— 866.

156. Neumann E. et al. 1982. Gene transfer into mouse lyoma cells by electroporation in high electric fields. EMBOJ. 1(7), 841-845.

157. Ni Y., Chen R. 2009. Extracellular recombinant protein production from Escherichia coli. Biotechnol. Lett. 31(11), 1661-1670.

158. Nishizaki T. et al. 2007. Metabolic Engineering of Carotenoid Biosynthesis in Escherichia coli by Ordered Gene Assembly in Bacillus subtilis. Appl. Environ. Microbiol. 73(4), 1355-1361.

159. Noirot P., Kolodner R. D. 1998. DNA strand invasion promoted by Escherichia coli RecT protein. J. Biol. Chem. 273(20), 12274-80.

160. Oberhardt M. A., Palsson В., Papin J. A. 2009. Applications of genome-scale metabolic reconstructions. Molecular Systems Biology. 5, 320.

161. Ogawa Y. et al. 1997. Efficient production of poly-(y-glutamic acid) by Bacillus subtilis (natto) in jar fermenters. Biosci. Biotechnol. Biochem. 61, 1684-1687.

162. Okino S., Inui M., Yukawa H. 2005. Production of organic acids by Corynebacterium glutamicum under oxygen deprivation. Appl. Microbiol. Biotechnol. 68 (4), 475-480.

163. Olempska-Beer Z. S. et al. 2006. Food-processing enzymes from recombinant microorganisms a review. Regulatory Toxicology and Pharmacology. 45, 144-158.

164. Oswald M. et al. 2007. Monoterpenoid biosynthesis in Saccharomyces cerevisiae. FEMS Yeast Res. 7, 413-421.

165. Overkamp К. M. et al. 2002. Metabolic engineering of glycerol production in Saccharomyces cerevisiae. Appl. Environ. Microbiol. 68, 2814—2821.

166. Pandey A. et al. 2000. Advances in microbial amylases. Biotechnol. Appl. Biochem. 31, 135-152.

167. Paradis F. W. et al. 1987. The expression of Cellulomonas jimi cellulase genes in Brevibacterium lactofermentum. Gene. 61, 199-206.

168. Park J. H. et al. 2007. Metabolic engineering of Escherichia coli for the production of L-valine based on transcriptome analysis and in silico gene knockout simulation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 104(19), 7797-809.

169. Peredelchuk M. Y., Bennett G. N. 1997. A method for construction of E.coli strains with multiple DNA insertion in the chromosome. Gene. 187, 231238.

170. Peredelchuk MY, Bennett GN. 1997. A method for construction of E. coli strains with multiple DNAinsertions in the chromosome. Gene. 187: 231-8.

171. Perkins J. B. et al. 1999. Genetic engineering of Bacillus subtilis for the commercial production of riboflavin. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 22, 8-18.

172. Pfeifer B. A. et al. 2001. Biosynthesis of complex polyketides in a metabolically engineered strain of E. coli. Science. 291,1790-1792.

173. Popovych N. et al. 2009. Structural basis for cAMP-mediated allosteric control of the catabolite activator protein. PNAS. 106(17), 6927-6932.

174. Posfai G. et al. 1999. Markerless gene replacement in Escherichia coli stimulated by a double-strand break in chromosome. Nucleic. Acids. Res. 27, 4409-4415.

175. Poteete A. R., Fenton A. C. 2000. Genetic requirements of phage lambda red-mediated gene replacement in Escherichia coli K-12. J. Bacteriol. 182(8), 2336-40.

176. Poteete A. R., Fenton A. C., Murphy К. C. 1988. Modulation of Escherichia coli RecBCD activity by the bacteriophage lambda Gam and P22 Abe functions. J. Bacteriol. 170(5), 2012-21.

177. Priefer U. В., Simon R., Puhler A. 1985. Extension of the host range of Escherichia coli vectors by incorporation of RSF1010 replication and mobilization functions. J. Bacteriology. 163(1), 324-330.

178. Ranallo R. T. et al. 2006. Developing live Shigella vaccines using lambda Red recombineering. FEMS Immunol Med Microbiol. 47(3), 462-9.

179. Rao M. B. et al. 1998. Molecular and biotechnological aspects of microbial proteases. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 62, 597-635.

180. Rasmussen M. L. et al. 2010. Sequential saccharification of corn fiber and ethanol production by the brown rot fungus Gloeophyllum trabeum. Bioresour Technol. 101(10), 3526-33.

181. Rawlings D. E., Tietze E. 2001. Comparative Biology of IncQ and IncQ-Like Plasmids. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 65(4), 481-496.

182. Ro D. K. et al. 2006. Production of the antimalarial drug precursor artemisinic acid in engineered yeast. Nature. 440, 940-943.

183. Rodriguez E., Menzella H. G., Gramajo H. 2009. Heterologous production of polyketides in bacteria. Methods. Enzymol. 459, 339-365.

184. Ruhl M., Zamboni N., Sauer U. 2010. Dynamic flux responses in riboflavin overproducing Bacillus subtilis to increasing glucose limitation in fed-batch culture. Biotechnol. Bioeng. 105(4), 795-804.

185. Russel С. В., Dahlquist F. W. 1989. Exchange of chromosomal and plasmid alleles in Escherichia coli by selection for loss of a dominant antibiotic sensitivity marker. J. Bacteriol. 171, 2614-2618.

186. Rybalchenko N. et al. 2004. Strand invasion promoted by recombination protein beta of coliphage lambda. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101(49), 1705660.

187. Sadowski P. 1986. Site-specific recombinases: changing partners and doing the twist. J. Bacteriol. 165(2), 341-347.

188. Sahdev S., Khattar S. K., Saini K. S. 2008. Production of active eukaryotic proteins through bacterial expression systems: a review of the existing biotechnology strategies. Mol. Cell. Biochem. 307, 249-264.

189. Sakaki Y. 1974. Inactivation of the ATP-dependent DNase of Escherichia coli after infection with double-stranded DNA phages. J. Virol. 14(6), 1611-2.

190. Sambrook J., Fitsch E.F., Maniatis T. 1989. Molecular Cloning: A Laboratory Manual Cold Spring Harbor, Cold Spring Harbor Press.

191. Sanchez A. M., Bennett G. N., San K. Y. 2005. Efficient succinic acid production from glucose through overexpression of pyruvate carboxylase in an Escherichia coli alcohol dehydrogenase and lactate dehydrogenase mutant. Biotechnol. Prog. 21, 358-365.

192. Sauer U. et al. 1996. Physiology and metabolic fluxes of wild-type and riboflavin-producing Bacillus subtilis. Appl. Environ. Microbiol. 62(10), 36873696.

193. Sauer U., Bailey J.E. 1999. Estimation of P- to -O ratio in Bacillus subtilis and its influence on maximum riboflavin yield. Biotechnol. Bioeng. 64, 750754.

194. Schallmey M., Singh A., Ward O. P. 2004. Developments in the use of Bacillus species for industrial production. Can. J. Microbiol. 50, 1-17.

195. Schrader J. et al. 2008. Methanol-based industrial biotechnology: current status and future perspectives of methylotrophic bacteria. Trends in Biotechnology. 27(2), 107-115.

196. Schumann W. 2007. Production of recombinant proteins in Bacillus subtilis. Adv. Appl. Microbiol. 62, 137-189.

197. Seibold G. et al. 2006. Utilization of soluble starch by a recombinant Corynebacterium glutamicum strain: growth and lysine production. J Biotechnol. 124(2), 381-391.

198. Senecoff J. F., Rossmeissl P. J., Cox M. M. 1988. DNA recognition by the FLP recombinase of the yeast 2 mu plasmid. A mutational analysis of the FLP binding site. J. Mol Biol 201(2), 405-421.

199. Sharan S. K. et al. 2009. Recombineering: A homologous recombination-based method of genetic engineering. Nat. Protoc. 4(2), 206-223.

200. Sheng Yu., Mancino V., Birren B. 1995. Transformation of Escherichia coli with large DNA molecules by electroporation. Nucleic Acids Research. 23(11), 1990-1996.

201. Skotnicki M. L. et al. 1983. High-productivity alcohol fermentations using Zymomonas mobilis. Biochem. Soc. Symp. 48, 53—86.

202. Smith M. D. et al. 1986. Protoplast transformation in coryneform bacteria and introduction of an a-amylase gene from Bacillus amyloliquifaciens into Brevibacterium lactofermentum. Appl Environ. Microbiol 51, 634-639.

203. Spencer J. F. Т., Ragout de Spencer A. L., Laluce C. 2002. Non-conventional yeasts. Appl Microbiol Biotechnol 58, 147-156.

204. Stephenson K., Harwood C. R. 1998. Influence of cell-wall-associated protease on production of a-amylase by Bacillus subtilis. Appl Environ. Microbiol 64, 2875-2881.

205. Sun W., Wang S., Curtiss R. III. 2008. Highly efficient method for introducing successive multiple scarless gene deletions and markerless gene insertions into the Yersinia pestis Chromosome. Appl Environ. Microbiol 74(13), 4241-4245.

206. Sung-Jin J. et al. 2006. Production system for biodegradable polyester polyhydroxybutyrate by Corynebacterium glutamicum. J. Bioscience and Bioengineering. 102, 233-236.

207. Suzuki N. et al. 2005. New multiple-deletion method for the Corynebacterium glutamicum genome, using a mutant lox sequence. Appl Environ. Microbiol. 71(12), 8472-8480.

208. Szczebara F. M. et al. 2003. Total biosynthesis of hydrocortisone from a simple carbon source in yeast. Nat. Biotechnol. 21(2), 143-149.

209. Tauch A et al. 2002. Strategy to sequence the genome of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032: use of a cosmid and a bacterial artificial chromosome library. J Biotechnol. 95, 25-38.

210. Taylor M. P. et al. 2009. Thermophilic ethanologenesis: future prospects for second-generation bioethanol production. Trends Biotechnol. 27(7), 398-405.

211. Thompson J. R. et al. 1998. An improved protocol for the preparation of yeast cells for transformation by electroporation. Yeast. 14(6), 565-71.

212. Thresher R. J. et al. 1995. Electron microscopic visualization of RecT protein and its complexes with DNA. J. Mol. Biol. 254(3), 364-71.

213. Toivari M. H. et al. 2007. Metabolic engineering of Saccharomyces cerevisiae for conversion of D-glucose to xylitol and other five-carbon sugars and sugar alcohols. Appl. Environ. Microbiol. 73, 5471-5476.

214. Tsuge K., Matsui K., Itaya M. 2003. One step assembly of multiple DNA fragments with a designed order and orientation in Bacillus subtilis plasmid. Nucleic. Acids. Research. 31(21), el33.

215. Udaka S. 1960. Screening method for microorganisms accumulating metabolites and its use in the isolation of Micrococcus glutamicus. J. Bacteriol. 79, 754-755.

216. Underwood S. A. et al. 2002. Flux through citrate synthase limits the growth of ethanologenic Escherichia coli КО 11 during xylose fermentation. Appl. Environ. Microbiol. 68(3), 1071-1081.

217. Uzzau S. et al. 2001. Epitope tagging of chromosomal genes in Salmonella. PNAS. 98(26), 15264-15269.

218. Vary P. S. et al. 2007. Bacillus megaterium from simple soil bacterium to industrial protein production host. Appl. Microbiol. Biotechnol. 76, 957-967.

219. Vertes A. A., Inui M., Yukawa H. 2005. Manipulating Corynebacteria, from individual genes to chromosomes. Appl. Environ. Microbiol. 71(12), 7633-7642.

220. Verwaal R. et al. 2007. High-level production of beta-carotene in Saccharomyces cerevisiae by successive transformation with carotenogenic genes from Xanthophyllomyces dendrorhous. Appl. Environ. Microbiol. 73, 4342-4350.

221. Vorholt J.A. 2002. Cofactor-dependent pathways of formaldehyde oxidation in methylotrophic bacteria. Arch. Microbiol. 178, 239-249.

222. Vuilleumier S. et al. 2009. Methylobacterium genome sequences: a reference blueprint to investigate microbial metabolism of CI compounds from natural and industrial sources. PLos. One. 4(5), e5584.

223. Wang J. et al. 2006. An improved recombineering approach by adding RecA to lambda Red recombination. Mol. Biotechnol. 32(1), 43-53.

224. Warming S. et al. 2005. Simple and highly efficient ВАС recombineering using galK selection. Nucleic Acids Res. 33(4), E36.

225. Watanabe K., Oikawa H. 2007. Robust platform for de novo production of heterologous polyketides and nonribosomal peptides in Escherichia coli. Org. Biomol Chem. 5, 593-602.

226. Weidner M., Taupp M., Hallam S. J. 2010. Expression of recombinant proteins in the methylotrophic yeast Pichia pastoris. JVis. Exp. 36, 1862.

227. Westers L., Westers H., Quax W. J. 2004. Bacillus subtilis as cell factory for pharmaceutical proteins: a biotechnological approach to optimize the host organism. Biochim. Biophys. Acta. 1694 (1-3), 299-310.

228. Wild J. et al. 1985. Identification of the dadX gene coding for the predominant isozyme of alanine racemase in Escherichia coli K12. Mol Gen Genet. 198(2), 315-22.

229. Wong Q. N. Y. et al. 2005. Efficient and seamless DNA recombineering using a thymidylate synthase A selection system in Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 33(6), E59.

230. Wu X.-C. et al. 1991. Engineering a Bacillus subtilis expressionsecretion system with a strain deficient in six extracellular proteases. J. Bacteriol. 173, 4952-4958.

231. Yamamoto S. et al. 2009. Application of lambda Red recombination system to Vibrio cholerae genetics: simple methods for inactivation and modification of chromosomal genes. Gene. 438(1-2), 57-64.

232. Yan X., Yu H-J., Hong Q., Li S-P. 2008. Cre/lox System and PCR-Based Genome Engineering in Bacillus subtilis. Appl. Environ. Microbiol. 74(17), 5556-5562.

233. Yoon S. H. et al. 2000. Production of poly-(y-glutamic acid) by fed-batch culture of Bacillus licheniformis. Biotechnol. Lett. 22, 585—588.

234. Yoon S. H. et al. 2009. Combinatorial expression of bacterial whole mevalonate pathway for the production of beta-carotene in E. coli. J. Biotechnol. 140(3-4), 218-226.

235. Yu D. et al. 2000. An efficient recombination system for chromosome engineering in Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci USA. 97, 5978-5983.

236. Yukawa H et al. 2007. Comparative analysis of the Corynebacterium glutamicum group and complete genome sequence of strain R. Microbiology. 153, 1042-1058.

237. Yul R. J. et al. 2007. Bacillus thuringiensis as a specific, safe, and effective tool for insect pest control. J. Microbiol. Biotechnol. 17(4), 547-559.

238. Zamboni N. et al. 2005. Transient expression and flux changes during a shift from high to low riboflavin production in continuous cultures of Bacillus subtilis. Biotechnol. Bioeng. 89(2), 219-232.

239. Zelic B. et al. 2003. Fed-batch process for pyruvate production by recombinant Escherichia coli YYC202 strain. Eng. Life Sci. 3, 299-305.

240. Zerbs S., Frank A. M., Collart F. R. 2009. Bacterial Systems for Production of Heterologous Proteins. Methods in Enzymology. 463, 149-168.

241. Zhang H., Boghigian B.A., Pfeifer B. A. 2010. Investigating the role of native propionyl-CoA and methylmalonyl-CoA metabolism on heterologous polyketide production in Escherichia coli. Biotechnol. Bioeng. 105(3), 567-573.

242. Zhang Y. et al. 1998. A new logic for DNA engineering using recombination in Escherichia coli. Nature Genetics 1998, 20:123-128.

243. Zhang Y. et al. 2003. Phage annealing proteins promote oligonucleotide-directed mutagenesis in Escherichia coli and mouse ES cells. BMC Molecular Biology. 4:1

244. Zhou S. et al. 2005. Fermentation of 10% (w/v) sugar to D: (S)-lactate by engineered Escherichia coli B. Biotechnol. Lett. 27, 1891-1896.

245. Каташкина Ж. И. Москва 2003. Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Разработка и использование методов направленной модификации целевых генетических локусов хромосомы Е. coli при конструировании штаммов-продуцентов.

246. Каташкина Ж. И. и др. 2005. Направленное изменеие уровня экспрессии генов в бактериальной хромосоме. Молекулярная биология.Ъ9(5), 823-831.

247. Каташкина Ж. И. и др. 2008. Способ конструирования рекомбинантных бактерий, принадлежащих к роду Pantoea, и способ продукции L-аминокислот с использованием бактерий, принадлежащих к роду Pantoea. Заявка на изобретение RU 2006134574.

248. Скороходова А. Ю. и др. 2004. Создание и исследование свойств авторегулируемого и плавнорегулируемого генетического элемента 0з/Р/асцу5/0/ас—Биотехнология. 5, 3-21.1. БЛАГОДАРНОСТИ.

249. Автор хотел бы выразить признательность: