Создание и исследование свойств новых генетических систем на основе элементов лактозного оперона Escherichia coli тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Скороходова, Александра Юрьевна

• Скороходова, Александра Юрьевна
• кандидат биологических наук
• 2005

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Скороходова, Александра Юрьевна

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ 4 ВВЕДЕНИЕ

Актуальность проблемы

Цели и задачи работы

Научная новизна и практическая значимость

Структура и объем работы

Апробация работы 7 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Введение

1. Промоторы - сайты инициации транскрипции

2. Примеры генетических систем с регулируемой инициацией транскрипции

2.1. Система регуляции транскрипции лактозного оперона Е. coli

2.2. Особенности регуляции транскрипции арабинозного оперона

2.3. Особенности взаимодействия репрессора бактериофага "к с операторами

2.4. Использование механизмов регуляции транскрипции фага Т

3. Метаболически регулируемые системы экспрессии генов

3.1. Элементы регуляции транскрипцииpho-регулона E.coli

3.2. Элементы регуляции транскрипции генов л/г-системы 48 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Бактериальные штаммы, плазмиды и среды

Олигонуклеотиды

Проведение полимеразной цепной реакции

Генно-инженерные методики

Р1 -зависимая трансдукция

Электрофорез клеточных белков 61 Определение активности р-галактозидазы в экстрактах бактериальных клеток

Измерение люминесценции бактериальной культуры

Электротрансформация клеток Е. coli 62 Проведение интеграции фрагментов ДНК в бактериальную хромосому, с использованием Red-зависимой системы рекомбинации бактериофага X

Конструирование штаммов E.coli MG1655(Ar^::CmR) и E.coli MG1655 (Д/сй: :CmR), используя метод Red-зависимой интеграции фрагментов ДНК в бактериальную хромосому

Конструирование рекомбинантных плазмид

Оценка числа копий вектора RSF1010-тоЪ~ по сравнению с RSF

Исследование эффективности мобилизации плазмид

Анализ стабильности наследования бактериальных плазмид в клетках E.coli

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

1. Создание и исследование свойств авто- и плавно регулируемого генетического элемента 0з/Р/асиУ5/0/ос-^/ас/

1.1. Молекулярное клонирование регуляторного элемента 0з/Р/дсиу5/0/ас и структурной части гена lacl E.coli с высокоэффективным участком связывания рибосом

1.2. Создание искусственного генетического элемента 0з/Р/асиУ5/0/ас-^/ас/

1.3. Исследование свойств нового искусственного генетического элемента

1.3.1. Исследование свойств нового искусственного генетического элемента, с использованием /их-оперон Photobacterium leiognathi в качестве репортера

1.3.2. Исследование свойств нового искусственного генетического элемента, с использованием гена lacZ E.coli в качестве репортера

1.4. Практическое применение нового искусственного авторегулируемого генетического элемента Оз/Р/аС1т/0/ас"^яс/

2. Создание и исследование свойств новых оптимизированных вариантов гибридных 0/ас-содержащих элементов лактозного оперона

2.1. Создание новых оптимизированных вариантов гибридных 0/ас-содержащих промоторов

2.2. Исследование свойств новых оптимизированных вариантов гибридных Оiac-содержащих промоторов

ВЫВОДЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Создание и исследование свойств новых генетических систем на основе элементов лактозного оперона Escherichia coli»

Актуальность проблемы. Лактозный оперон E.coli один из первых и любимых объектов современной молекулярной биологии и генетики. Именно на примере изучения этой генетической структуры были установлены и впервые сформулированы основные принципы генетической регуляции транскрипции прокариот, наполнены молекулярным содержанием понятия промотор, оператор, репрессор, оперон. Не удивительно, что с момента начала генно-инженерных экспериментов по обеспечению эффективной экспрессии гомо- и гетерологичных генов в клетках E.coli для регулируемой транскрипции целевых цистронов широко используются элементы лактозного оперона. Несмотря на то, что в практике современных исследований по молекулярной биологии, биотехнологии, генной и метаболической инженерии для этих же целей используется достаточно большое число прокариотических промоторов с известными механизмами регуляции инициации транскрипции, применение элементов лактозного оперона E.coli не потеряло своей актуальности и практической значимости. Действительно, по эффективности репрессии и по специфичности индукции система лактозного оперона превосходит подавляющее большинство других прокариотических систем регуляции транскрипции, осуществляемой РНКП E.coli.

Однако специфические особенности регуляции транскрипции лактозного оперона дикого типа и его наиболее часто используемого мутантного (UV5) варианта приводят к двум принципиальным недостаткам при практическом применении элементов системы для транскрипции целевых генов. Уровень инициации транскрипции в условиях максимальной дерепрессии оказывается недостаточно высок по сравнению с использованием других прокариотических промоторов и, в то же время, лактозный промотор полностью дерепрессируется уже при относительно невысоких концентрациях индуктора в среде, что в совокупности не позволяет проводить исследования влияния различной эффективности транскрипции находящихся под контролем лактозного промотора генов в широком диапозоне, варьируя концентрацию индуктора в среде. Фактически, система лактозного оперона может быть использована для регулируемой транскрипции генов в тригерном режиме (репрессия/дерепрессия) и при этом максимальный уровень транскрипции относительно невысок. Если в эпоху создания «плазмидных» штаммов-продуцентов биологически активных веществ последний недостаток (относительно слабая транскрипция) лактозного промотора мог быть легко компенсирован за счет использования мульти-копийной рекомбинантной плазмиды его содержащей, то в случае создания безплазмидных штаммов-продуцентов нового поколения, в которых усиление экспрессии одной копии целевого гена, локализованного в составе бактериальной хромосомы, осуществляется заменой его промотора — «слабость» лактозного (UV5) промотора становится весьма серьезным недостатком его практического использования.

Таким образом, значительное увеличение «силы» лактозного промотора с одновременным сохранением эффективности его регуляции, а также обеспечение плавной регуляции силы промотора в широком диапазоне концентраций добавляемого индуктора, безусловно, являются актуальными направлениями современного этапа исследований этой генетической системы, а создаваемые при этом новые элементы могут найти достаточно широкое практическое применение.

Цель и задачи работы. Диссертационная работа посвящена конструированию и исследованию свойств новых строго регулируемых генетических систем на основе хорошо известных регуляторных элементов лактозного оперона и структурной части гена lac-репрессора E.coli, позволяющих оптимизировать экспрессию целевых генов.

В процессе работы решались следующие задачи:

• создание авторегулируемой и строго репрессируемой системы, способной к плавному изменению экспрессии в зависимости от концентрации добавленного в среду индуктора;

• создание модифицированных вариантов 0/ас-содержащих промоторов, способных, при сохранении строгой регуляции, обеспечивать более эффективную транскрипцию в условиях полной индукции.

Научная новизна и практическая значимость. В ходе работы создан новый искусственный генетический элемент - 0з/Р/асуу5/0/ас->lacl, на основе промоторно-операторной области мутантного (UV5) лактозного оперона E.coli, Оз/P/^uvs/CW, и структурной части гена lacl с модифицированным участком связывания рибосом, способный осуществлять плавную регуляцию экспрессии целевых генов, находящихся под контролем 0/ас-содержащих промоторов и расположенных как in cis, так и in trans.

Высокий уровень репрессии нового элемента, в отсутствии индуктора, позволил с его помощью осуществить клонирование и исследовать экспрессию структурных областей некоторых генов и оперонов, которые ранее, из-за токсичности их белковых продуктов, не удавалось клонировать в других 0/ас-содержащих векторных системах.

С использованием нового генетического элемента, впервые сконструирован вариант вектора RSF1010, обладающий регулируемой (добавлением ИПТГ) копийностью, не содержащий каких-либо участков ответственных за мобилизацию, а также не имеющий в своём составе генов устойчивости к антибиотикам.

Созданы и охарактеризованы новые эффективно регулируемые 0/ас-содержащие гибридные промоторы: P^c-ideai-2» Pfrc-ideai-з и P^c-ideaM, превосходящие в 4 раза по «силе» P/acuvs и, в отличие от предшественников (Р,гс и P^c-idcai), не уступающие ему по уровню репрессии.

Структура и объем работы. Диссертационная работа изложена на 133 листах машинописного текста, включая 31 рисунок и 3 таблицы. Работа состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов и их обсуждение, выводов и списка цитируемой литературы. Список цитируемой литературы содержит 265 источников, в том числе 8 на русском языке.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Скороходова, Александра Юрьевна

Выводы:

1. На основе мутантной (UV5) промоторно-операторной области лактозного оперона E.coli, OiTPtacws/Otac, и структурной части гена lacl с модифицированным участком связывания рибосом осуществлено конструирование нового элемента

Ог/ViacXNslOiac^lacI:

• он способен регулировать уровень экспрессии целевых генов, расположенных как in cis, так и in trans, увеличивая его пропорционально добавляемому индуктору (ИПТГ) в диапазоне концентраций от 20 мкМ до 1 мМ;

• в единственной копии в хромосоме, действуя in trans, новый элемент позволяет эффективно репрессировать и плавно регулировать транскрипцию генов с О/ас содержащих промоторов, входящих в состав много-копийных рекомбинантных плазмид;

• в отсутствии индуктора новый элемент обеспечивает на столько высокий уровень репрессии, что делает возможным клонирование на его основе генов с токсичными продуктами, которые не удавалось клонировать в составе традиционных Lacl-регулируемых систем.

2. Практическое использование Оз/Р/асиу5/0/ас->/ас/позволило:

• осуществить клонирование и исследование регулируемой экспрессии нативных и мутантных генов и оперонов биосинтеза аминокислот - созданные конструкции и полученные результаты исследований были использованы при создании высокоактивных штаммов-продуцентов, имеющих промышленное значение;

• провести конструирование производных плазмиды RSF1010 с регулируемой (добавлением ИПТГ) копийностью, с маркером ThyA вместо генов устойчивости к антибиотикам, а также не содержащих каких-либо участков, существенных для мобилизации плазмиды.

3. На основе искусственных промоторов Vtrc и P,rc-ideai созданы новые регуляторные элементы - P,rc-ideai-2, Pft-c-ideai-3 и P/rc-ideai-4, содержащие 0/acjdeai между каноническими участками «-35» и «-10» и обладающие следующими свойствами:

• новые промоторы по «силе» аналогичны исходным Рtrc и Р,rc-ideai, и, следовательно, примерно в 4-5 раз превосходят P/acuvs;

• достигая 40-50-ти кратного уровня Ьас1-зависимой репрессии, тем самым новые регуляторные элементы по эффективности не уступают P/acuvs> превосходя как минимум в 3-5 раз созданный ранее P/rc-ideai

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Скороходова, Александра Юрьевна, 2005 год

1. Abo Т., Inada Т., Ogcrwa К., Aiba Н. 2000. SsrA-mediated tagging and proteolysis of Lacl and its role in the regulation of lac operon. EMBO J., v. 19, p.3762-3769

2. Alting-Mees M.A., Short J.M. 1989. pBluescript II SK: gene mapping vector. Nucleic Acids Res., v.l7, p.9494

3. Ann-Hue Thi Tu, Turnbough C.L. 1997. Regulation of upp expression in Escherichia coli by UTP-sensitive selection of transcription start sites coupled with UTP-dependent reiterative transcription. J. Bacterid., v. 179, p.6665-6673

4. Atkinson M.R., Ninfa A.J. 1993. Mutation analysis of the bacterial signal-transducing protein kinase/phosphatase nitrogen regulator II (NRI or NRII). J. Bacter., v. 175, p.7016-7023

5. Backman K., Ptashne M. 1978. Maximizing gene expression on a plasmid using recombination in vitro. Cell, v. 13, p.65-71

6. Balbas P., Soberon X, Merino E., Zurita M., Lomeli H., Valle F., Flores N., Bolivar F. 1986. Plasmid vector pBR322 and its special-purpose derivatives—a review. Gene, v.50, p.3-40

7. Barry J.K., Matthews K.S. 1999.Thermodynamic analysis of unfolding and dissociation in lactose repressor protein. Biochemistry, v.38, p.6520-6528

8. Bell C.E., Lewis M. 2001. The Lac repressor: a second generation of structural and functional studies. Current Opinion in Structural Biology, v.l 1, p. 19-25

9. Benson N. Adams С., Youderian P. 1994. Genetic selection for mutations that impair the cooperative binding of the lambda repressor. Mol. Microbiol., v.l 1, p.567-579

10. Beverin S., Sheppard D.E., Park S.S. 1971. D-Fucose as a gratuitous inducer of the L-arabinose operon Escherichia coli B/r mutant in gene araC. J. Bacteriol., v. 107, p.79-86

11. Bolivar F. 1978. Construction and characterization of new cloning vehicles. III. Derivatives of plasmid pBR322 carrying unique EcoRI sites for selection of EcoRI generated recombinant DNA molecules. Gene, v.4, p.121-136

12. Borukhov S., Severinov K. 2002. Role of the RNA polymerase sigma subunit in transcription initiation. Res. Microbiol., v.153, p.557-562

13. Brosius J., Erfle M., Storella J. 1985. Spacing of the -10 and —35 regions in the tac promoter. Effect on its in vivo activity. J. Biol. Chem., v.260, p.3539-3541

14. Browning D.F., Busby S.J. 2004. The regulation of bacterial transcription initiation. Nat Rev Microbiol., v.2, p.57-65

15. Brunschwig E„ Darzins A. 1992. A two-component T7 system for the overexpression of genes in Pseudomonas aeruginosa. Gene, v.l 11, p.35-41

16. Brunell A., SchleifR. 1989. Determining residue-base interactions between AraC protein and aral DNA. J. Mol. Biol., v.209, p.607-622

17. Brzoska P., Rimmele M, Brzostek K, Boos W. 1994. The Pho regulon dependent Ugp uptake system for glycerol-3-phosphate in Escherichia coli is trans inhibited by Pi. J. Bacteriol., v. 176, p.5-20

18. Buck M„ Gallegos M.T., Studholme D.J., Guo Y., Gralla J.D. 2000. The bacterial enhancer-dependent sigma(54) (sigma(N)) transcription factor. J. Bacterid., v. 182, p.4129-4136

19. Carra J., SchleifR. 1993. Variation of half-site organization and DNA looping by AraC protein. Eur. J. Mol. Biol., v. 12, p.35-44

20. Casadaban M. 1976. Regulation of the regulatory gene for the arabinose pathway, araC. J. Mol. Biol., v.104, p.557-566

21. Chamberlin M., Ring J. 1973. Characterization of T7-specific ribonucleic acid polymerase. 1. General properties of the enzymatic reaction and the template specificity of the enzyme. J. Biol. Chem., v.248, p.2235-2244

22. Chan F.Y., Torriani A. 1996. PstB protein of the phosphate specific transport system of Escherichia coli is an ATPase. J. Bacterid., v. 178, p.3974-3977

23. Chanda P., Ono M., Kuwano M., Kung H. 1985. Cloning, sequence analysis, and expression of alteration of the mRNA stability gene (ams+) of Escherichia coli. J. Bacteriol., v. 161, p.446-449

24. Chang A.C., Cohen S.N. 1978. Construction and characterization of amplifiable multicopy DNA cloning vehicles derived from the PI5A cryptic miniplasmid. J. Bacteriol., v. 134, p. 1141-1156

25. Chen W., Tabor S., Struhl K. 1987. Distinguishing between mechanisms of eukaryotic transcriptional activation with bacteriophage T7 RNA polymerase. Cell, v.50, p. 10471055

26. Cheng Y., Dylla S.M., Turnbough C.L. 2001. A long T • A tract in the upp initially transcribed region is required for regulation of upp expression by UTP-dependent reiterative transcription in Escherichia coli. J. Bacteriol., v.183, №1, p.221-228

27. Cheng Y.S., Kwoh D.Y., Kwoh T. J., Soltvedt B.C., Zipser D. 1981. Stabilization of a degradable protein by its overexpression in Escherichia coli. Gene, v.14, p.121-130

28. Churchward G., binder P., Caro L. 1983. The nucleotide sequence of replication and maintenance functions encoded by plasmid pSClOl. Nucleic Acids Res., v.ll, p.5645-5659

29. Claverie-Martin F„ Diaz-Torres M.R., Yancey S.D., Kushner S.R. 1989. Cloning of the altered mRNA stability (ams) gene of Escherichia coli K-12. J. Bacterid., v. 171, p.5479-5486

30. Collier J., Binet E., Bouloc P. 2002. Competition between SsrA tagging and translational termination at weak stop codons in Escherichia coli. Mol. Microbiol., v.45, p.745-754

31. Conrad В., Savchenko R.S., Breves R., Hofemeister J. 1996. A T7 promoter-specific, inducible protein expression system for Bacillus subtilis. Mol. Gen. Genet., v.250, p.230-236

32. Cranenburgh R. M., Hanak J.A.J., Williams S.G., Sherratt D.J. 2001. Escherichia coli strains that allow antibiotic-free plasmid selection and maintenance by repressor titration. Nucleic Acids Research, v.29, №5, p. 1203-1210

33. Datsenko K.A., Wanner B.L. 2000. One-step inactivation of chromosomal genes in Escherichia coli K12 using PCR products. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., v.97, p.6640-6645

34. Deng H., Wang C„ Acsadi G., Wolff J.A. 1991. High-efficiency protein synthesis from T7 RNA polymerase transcripts in 3T3fibroblasts. Gene, v.109, p.193-201

35. Deuschle U., Kammerer W., Gentz R., Bujard H. 1986. Promoters of Escherichia coli: a hierarchy of in vivo strength indicates alternate structures. EMBO J., v.5, p.2987-2994

36. Diederich L., Roth A., Meser W. 1994. A versatile plasmid vector system for the regulated expression of genes in Escherichia coli. Bio Techniques, v. 16, p.916-923

37. Dombrovski A.J. 1997. Recognition of the promoter sequence by a partial polypeptide of in vitro. J. Biol. Chem., v.272, p.3487-3494

38. Donovan R.S., Robinson C.W., Glick B.R. 1996. Review: optimizing inducer and culture conditions for expression of foreign proteins under the control of the lac promoter. J. Ind. Microbiol., v.16, p.145-154

39. Ellison D.W., McCleary W.R. 2000. The unphosphorylated receiver domain of PhoB silences the activity of its output domain. J. Bacterid., v. 182, № 23, p.6592-6597

40. Elroy-Stein 0., Moss B. 1990. Cytoplasmic expression system based on constitutive synthesis of bacteriophage T7 RNA polymerase in mammalian cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.87, p.6743-6747

41. Elvin C.M., Thompson P.R., Argall M.E., Hendry P., Stamford N.P., Lilley P.E., Dixon N.E. 1990. Modified bacteriophage lambda promoter vectors for overproduction of proteins in Escherichia coli. Gene, v.87, p.123-126

42. Emory S.A., Belasco J.G. 1990. The ompA 5' untranslated RNA segment functions in Escherichia coli as a growth-rate-regulated mRNA stabilizer whose activity is unrelated to translational efficiency. J. Bacterid., v. 172, p.4472-4481

43. Englesberg E., Irr J., Power J., Lee N. 1965. Positive control of enzyme synthesis by gene С in the L-arabinose system. J. Bacterid., v.90, p.946-957

44. Falcon C.M., Matthews K.S. 2000. Operator DNA sequence variation enhances high affinity binding by hinge helix mutants of lactose repressor protein. Biochemistry, v.39, p.l 1074-11083

45. Falcon C.M., Swint-Kruse L., Matthews K.S. 1997. Designed disulfide between N-terminal domains of lactose repressor disrupts allosteric linkage. J. Biol. Chem., v.272, p.26818-26821

46. Farmer W.R., Liao J.C. 2000. Improving lycopene production in Escherichia coli by engineering metabolic control. Nat. Biotechnol., v. 15, p.533-537

47. Fiedler U., Weiss V. 1995. A common switch in activation of the response regulators NtrC and PhoB: phosphorylation induces dimerization of the receiver modules. EMBO J., v.15, p.3696-3705

48. Finnegan J., Sherratt D. 1982. Plasmid ColEl conjugal mobility: the nature of bom, a region required in cis for transfer. Mol. Gen. Genet., v. 185, p.344-351

49. Fisher S.L., Jiang W, Wanner B.L., Walsh C.T. 1995. Cross-talk between the histidine protein kinase VanS and the response regulator PhoB: characterization of a VanS domain that inhibits activation of PhoB. J. Biol. Chem., v.270, p.23143-23149

50. Frey J., Bagdasarian M.M., Bagdasarian M. 1992. Replication and copy number of the broad-host-rangeplasmid RSF1010. Gene, v.l 13, p. 101-106

51. Fried G.F., Hudson J.M. 1996. DNA looping and Lac repressor-CAP interaction. Science, v.274, p.1930-1931

52. Friedman A.M., Fischmann Т.О., Steitz T.A. 1995. Crystal structure of the Lac repressor core tetramer and its implications for DNA looping. Science, v.268, p.1721-1727

53. GerkL.P., Leven O., Miller-Hill B. 2000. Strengthening the dimerisation interface of Lac repressor increases its thermostability by 40°C. J. Mol. Biol., v.299, p.805-812

54. Gijsegem F., Toussaint A., Casadaban M. 1987. Phage Mu, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., p.215-250

55. Gilbert W., Gralla J., Majors J., Maxam A. 1975. Lactose repressor sequences and the action of the lac repressor. In Symposium on Protein-Ligand Interaction. Sund H. and Blauer G. (eds). Berlin: Walter de Gruyter, p. 193-206

56. Goulet I., Zivanovic Y., Prunell A. 1987. Helical repeat of DNA in solution. The V curve method. Nucleic Acids Res., v.l5, p.2803-21.

57. Greenblatt J., Schleif R. 1971. Regulation of the arabinose operon in vitro. Nat. New Biol., v. 233, p.166-170

58. Guarente L., Roberts Т., Ptashne M. 1980. A technique for expressing eukaryotic genes in bacteria. Science, v.209, p.1428-1430

59. Guo H.C., Roberts J.F. 1990. Heterogeneous initiation due to slippage at the bacteriophage 82 late gene promoter in vitro. Biochemistry, v.29, p. 10702-10709

60. Hahn S„ Schleif R. 1983. In vivo regulation of the Escherichia coli araC promoter. J. Bacteriol., v.155, p.593-600

61. HanX., Turnbough C.L. 1998. Regulation of carAB expression in Escherichia coli occurs in part through UTP-dependent reiterative transcription. J. Bacteriol., v. 180, p.705-713

62. Harley C.B., Reynolds R.P. 1987. Analysis of Escherichia coli promoter DNA sequence. Nucleic Acids Research, v.15, p.2343-2361

63. Hawley D.K., Johnson A.D., McClure W. 1985. Functional and physical characterization of transcription initiation complexes in the bacteriophage XOr region. J. Biol. Chem., v.260,p.8618-8626

64. Hawley D.K., McClure W.R. 1983. Compilation and analysis of Escherichia coli promoter DNA sequence. Nucleic Acids Research, v. 11, p.2237-2256

65. Helling R., Weinberg R. 1963. Complementation studies of arabinose genes in Escherichia coli. Genetics, v.48, p.1397-1410

66. Hendrickson W., Schleif R. 1984. Regulation of the Escherichia coli L-arabinose operon studied by gel electrophoresis DNA binding assay. J. Mol. Biol., v. 178, p.611-628

67. Hendrickson W., Stoner C, Schleif R. 1990. Characterization of the Escherichia coli araFGH and araJpromoters. J. Mol. Biol., v.215, p.497-510

68. Hirsh J., Schleif R. 1973. On the mechanism of action of L-arabinose С gene activator and lactose repressor. J. Mol. Biol., v.80, p.433-444

69. Hochschild A., Irvin N., Ptashne M. 1983. Repressor structure and the mechanism of positive control. Cell, v.32, p.319-325

70. Hochschild A., Ptashne M. 1988. Interaction a distance between X repressors disrupts gene activation. Nature (London), v.336, p.353-357

71. Horazdovsky B.F., Hogg R.W. 1987. High-affinity L-arabinose transport operon. J. Mol. Biol., v.l 97, p.27-35

72. Horazdovsky B.F., Hogg R.W 1989. Genetic reconstitution of the high affinity L-arabinose transport operon. J. Bacteriol., v. 171, p.3053-3059

73. Horowitz D.S., WangJ.C. 1984. Torsional rigidity of DNA and length dependence of the free energy of DNA supercoiling. J Mol Biol., v.173, p.75-91

74. Hudson J.M., Fried G.F. 1990. Co-operative interactions between the catabolite gene activator protein and the Lac repressor at the lactose promoter. J. Mol. Biol., v.214, p.381

75. Hullet F.M. 1996. The signal-transduction network for Pho regulation in Bacillus subtilis. Mol. Microbiol., v.l9, p.933-939

76. Jacob F., MonodJ. 1961. Genetic regulatory mechanisms in the synthesis of proteins. J. Mol. Biol., v.3,p.318-356

77. Jeong W., Kang C. 1994. Start site selection at lacUVS promoter affected by the sequence context around the initiation sites. Nucleic Acids Research, v.12, №22, p.4667-4672

78. Jiang P., Ninfa A.J. 1999. Regulation of the autophosphorylation of Escherichia coli nitrogen regulator II by The PII signal transduction protein. J. Bacter., v.181, p. 19061911

79. Jiang P., Peliska J.A., Ninfa A.J. 1998. Reconstitution of the signal-transduction bicyclic cascade responsible for the regulation of Ntr gene transcription in Escherichia coli. Biochemistry, v.37, p. 12795-12801

80. Jiang P., Peliska J.A., Ninfa A.J. 1998. The regulation of Escherichia coli glutamine synthetase revisited: role of 2-ketoglutarate in the regulation of glutamine synthetase adenylylation state. Biochemistry, v.37, p.12802-12810

81. Jin D.J. 1994. Slippage synthesis at the galP2 promoter of Escherichia coli and its regulation by UMP concentration and cAMP-cAMP receptor protein. J. Biol. Chemistry, v.269, №25, p.17221-17227

82. Joho K.E., Gross L.B, McGraw N.J., Raskin C., McAllister W.T. 1990. Identification of a region of the bacteriophage T3 and T7 RNA polymerases that determines promoter specificity. J. Mol. Biol., v.215, p.31-39

83. Johnson A.D., Meyer B.J., Ptashne M. 1979. Interactions between DNA-bound repressor govern regulation by X phage repressor. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.76, p.5061-5065

84. Johnson J., SchleifR. 1995. In vivo induction kinetics of the arabinose promoters in Escherichia coli. J. Bacteriol., v.177, p.3438-3442

85. Jones K.L., Kim S.-W., Keasling J.D. 2000. Low-copy plasmids can perform as well as or better than high-copy plasmids for metabolic engineering of bacteria. Metabolic Engineering, v.2, p.328-338

86. Jordan S.R., Pabo C.O. 1988. Structure of the lambda complex at 2.5 A resolution: details of the repressor-operator interactions. Science, v.242, p.893-899

87. Kammerer W., Deuschle U., Gentz R., Bujard H. 1986. Functional dissection of Escherichia coli promoters: information in the transcribed region is involved in late steps of the overall process. EMBO J., v.5, p.2995-3000

88. Kamberov E.S., Atkinson M.R., Ninfa A.J. 1995. The Escherichia coli PII signal transduction protein is activated upon binding 2-ketoglutarate and ATP. J. Biol. Chem., v.270, p. 17797-17807

89. Kasahara M., Makino К, Amemura M., Nakata A., Shinagawa H. 1991. Dual regulation of the ugp operon by phosphate and carbon starvation at two interspaced promoters. J. Bacteriol., v. 173, p.549-558

90. Keene R.G., Luse D.S. 1999. Initially transcribed sequences strongly affect the extent of abortive initiation by RNA polymerase II. J. Biol. Chem., v.274, p.l 1526-11534

91. Khlebnikov A., Risa O, Skaug Т., Carrier T.A., Keasling J.D. 2000. Regulatable arabinose-inducible gene expression system with consistent control in all cells of a culture. J. Bacteriol., v.182, p.7029-7034

92. Kim S.K, Wilmes-Riesenberg M.R., Wanner B.L. 1996 Involvement of the sensor kinase EnvZ in the in vivo activation of the response-regulator PhoB by acetyl phosphate. Mol. Microbiol., v.22, p. 135-147

93. Kuldell N., Hochschild A. 1994. Amino acid substitution in the -35 recognitionn лmotif of ст that result in defects in phage X repressor-stimilated transcription. J. Bacterid., v. 176, p.2991-2998

94. Laemmli V.K 1970. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature, v.227, p.680-685

95. Landy A. 1989. Dynamic, structural, and regulatory aspects of X site-specific recombination. Annu. Rev. Biochem., v.58, p.913-949

96. Lanzer M, Bujard H. 1988. Promoters largely determine the efficiency of repressor action. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.85, p.8973-8977

97. Law S.M., Bellomy G.R., Schlax P.J., Record M.T.Jr. 1993. In vivo thermodynamic analysis of repression with and without looping in lac constructs. J. Mol. Biol., v.230, p.161-173

98. Lebedeva M.I., Rogozkhina E. V., Tsyba N.A., Mashko S. V. 1994. A new T7 RNA polymerase-driven expression system induced via thermoamplification of a recombinant plasmid earring a T7 promoter Escherichia coli operator. Gene, v. 142, p.61-66

99. Lee J., Goldfarb A. 1991. Lac repressor acts by modifying the initial transcribing complex so that it cannot leave the promoter. Cell, v.66, p.793-798

100. Lee jV. 1980. Molecular aspects of ara regulation, p.389-410. In J.H. Miller and W.S. Reznikoff (ed.), The operon. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.

101. Lehming N. Sartorius J., Genenger G., von Wilcken-Bergmann В., Muller-Hill В. 1987. The interaction of the recognition helix of Lac repressor with lac operator. EMBO J., v.6,p.3145-3153

102. Lewin B. 1997. «Genes VI». Oxford, English: University Press.

103. Lewis M. 1996. DNA looping and Lac repressor-CAP interaction. Science, v.274, p.1931

104. Lewis M., Chang G., Horton N.C., Kercher M.A., Pace H.C., Schumacher M.A., Brennan R.G., Lu P. 1996. Crystal structure of the lactose operon repressor and its complexes with DNA and inducer. Science, v.271, p. 1247-1254

105. Li M., Moyle H., Susskind M.M. 1994. Target of the transcriptional activation function of the A.cl protein. Science, v.263, p.75-77

106. Liaw S.-H., Pan C., Eisenberg D. 1993. Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from Salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.90, p.4995-5000

107. Liu J., Magasanik B. 1995. Activation of the dephosphorylation of nitrogen regulator I-phosphate of Escherichia coli. J. Bacter., v. 177, p.926-931

108. Lloyd G., Landini P., Busby S. 2001. Activation and repression of transcription initiation in bacteria. Essays Biochem, v.37, p. 17-31

109. Lobell R.B., Schleif R.F. 1991. AraC-DNA looping: orientation and distance-dependent loop breaking by the cyclic AMP receptor protein. J. Mol. Biol., v.218, p.45-54

110. Lundberg U., von Gabain A., Melefors O. 1990. Cleavages in the 5' region of the ompA and bla mRNA control stability: studies with an E. coli mutant altering mRNA stability and a novel endoribonuclease. EMBO J., v.9, p.2731-2741

111. Lutz R., Bujard H. 1997. Independent and tight regulation of transcription units in Escherichia coli via the Lac/O, the TetR/O and AraC/Ij-b regulatory elements. Nucleic Acids Research, v.25, №6, p.1203-1210

112. Lutz R., Lozinski Т., Ellinger Т., Bujard H. 2001. Dissecting the functional program of Escherichia coli promoters: the combined mode of action of Lac repressor and AraC activator. Nucleic Acids Research, v.29, №18, p.3873-3881

113. Maiden M.C., Jones-Mortimer M.C., Henderson P.J.F. 1988. The cloning, DNA sequence, and overexpression of the gene araE coding for the arabinose-proton symport in Escherichia coli K12. J. Biol. Chem., v.263, p.8003-8010

114. Makino К, Amemura M., Kawamoto Т., Kimura S., Shinagawa H., Nakata A. 1996. DNA binding of PhoB and its interaction with RNA polymerase. J. Mol. Biol., v.259, p. 15-26

115. Makino K, Amemura M., Kim S.K., Nakata A., Shinagawa H. 1993. Role of sigma70 subunit of RNA polymerase in transcription activation by activator protein PhoB in Escherichia coli. Genes. Dev., v.7, p. 149-169

116. Makino K, Kim S.K., Shinagawa H., Amemura M., Nakata A. 1991. Molecular analysis of the cryptic and functional phn operons for phosphonate use in Escherichia coli K-12. J. Bacteriol., v.173, p.2665-2672

117. Makino K., Shinagawa //., Amemura M., Kawamoto Т., Yamada M., Nakata A. 1989. Signal transduction in the phosphate regulon of Escherichia coli involves phosphotransfer between PhoR and PhoB proteins. J. Mol. Biol., v.210, p.551-559

118. Makino K., Shinagawa H., Amemura M., Kimura S., Nakata A. 1988. Regulation of the phosphate regulon of Escherichia coli: activation of the pstS transcription by PhoB protein in vitro. J. Mol. Biol., v.203, p.85-95

119. Makino K, Shinagawa H., Amemura M., Nakata A. 1986. Nucleotide sequence of phoB gene, the positive regulatory gene for the phosphate regulon of Escherichia coli K12. J. Mol. Biol., v.l90, p.37-44

120. Makino K, Shinagawa H., Amemura M., Nakata A. 1986. Nucleotide sequence of the phoR gene, a regulatory gene for the phosphate regulon of Escherichia coli. J. Mol. Biol., v. 192, p.549-556

121. Marger M.D., Saier Jr.M.H. 1993. A major superfamily of transmembrane facilitators that catalyse uniport, symport and antiport. Trends Biochem. Sci., v.l8, p. 1320

122. Matthews КС., Nichols J.C. 1998. Lactose repressor protein: functional properties and structure. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol., v.58, p. 127-164

123. McCleary W.R., Stock J.B., Ninfa A.J. 1993. Is acetyl phosphate a global signal in Escherichia coli? J. Bacter., v.l75, p.2793-2798

124. McCleary W.R. 1996. The activation of PhoB by acetylphosphate. Mol. Microbiol., v.20,p.l 155-1163

125. Mecsas J., Cowing D.W., Gross C.A. 1991. Development of RNA polymerase-promoter contacts during open complex formation. J Mol Biol., v.220, p.585-597

126. Melefors 0., von Gabain A. 1988. Site-specific endonucleolytic cleavages and the regulation of stability of E. coli ompA mRNA. Cell, v.52, p.893-901

127. Merrick M., Edwards R.A. 1995. Nitrogen control in bacteria. Microbiol. Rev., v.59, p.604-622

128. Miller J.H. 1972. Experiments in molecular genetics, N.Y. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor

129. Mitchell J.E., Zheng D., Busby S.J.W., Mitchin S.D. 2003. Identification and analysis of -10'promoters in Escherichia coli. Nucleic Acids Research, v.31, №16, p.4689-4695

130. Miyada C.G., Stoltzfus L„ Wilcox G. 1984. Regulation of araC gene of Escherichia coli: catabolite repression, autoregulation, and effect on araBAD expression. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.81, p.4120-4124

131. Mizusawa S., Ward D.F. 1982. A bacteriophage lambda vector for cloning with BamHI and Sau3A. Gene, v.20, p.317-322

132. Mossing M. C., Record M. T.Jr 1986. Upstream operators enhance repression of the lac promoter. Science, v.233, p.889-892

133. Muda M., Rao N., Torriani A. 1992. Role of PhoU in phosphate transport and alkaline phosphatase regulation. J. Bacteriol., v.l74, p.8057-8064

134. Mtiller J., Oehler S., Muller-Hill B. 1996. Repression of lac promoter as a function of distance, phase and quality of an auxiliary lac operator. J. Mol. Biol., v.257, p.21-29

135. Nichols J.C., Matthews K.S. 1997. Combinatorial mutations of the repressor. Stability of monomer-monomer interface is increased by apolar substitution at position 84. The Journal of Biological Chemistry, v.272, №30, p.l 8550-18557

136. Ninfa A. J., Atkinson M.R. 1986. Covalent modification of the glnG product, NRI, by the glnL product, NRII, regulates the transcription if the glnAGL operon in Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.83, p.5909-5913

137. Ninfa A., Atkinson M.R. 2000. PII signal transduction proteins. Trends Microbiol., v.8, p. 172-179

138. Novick A., Weiner M. 1957. Enzyme induction as an all-or-none phenomenon. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.43, p.553-556

139. Nudler E. 1999. Transcription elongation: structural basis and mechanisms. J Mol Biol., v.288, p.1-12

140. O'Connor C.D., Timmis K.N. 1987. Highly repressible expression system for cloning genes that specify potentially toxic protein. J. Bacteriol., v. 169, p.4457-4464

141. Oehler S„ Amouyal M„ Kolkhof P., von Wilcken-Bergmann В., Muller-Hill B. 1994. Quality and position of the lac operators of E.coli define efficiency of repression. EMBO J., v.13, p.3348-3355

142. Oehler S., Eismann E.R., Kramer H., Muller-Hill B. 1990. The three operators of the lac operon cooperative in repression. EMBO J., v.9, p.973-979

143. O'Gara F., Condon S., Ross P. Marker genes for genetic manipulation. EP00406003A1,29.06.1990

144. Okamura H., Hanaoka S., Nagadoi A., Makino K, Nishimura Y. 2000. Structural comparison of the PhoB and OmpR DNA-binding/transactivation domains and the arrangement of PhoM molecules on the phosphate box. J. Mol. Biol., v.295, № 5, p. 12251230

145. Olins P.O., Devine C.S., Rangwala S.H., Kavka, K.S. 1988. The T7 phage gene 10 leader RNA, a ribosome-binding site that dramatically enhances the expression of foreign genes in Escherichia coli. Gene, v.73, p.227-235

146. Olins P.O., Rangwala S.H. 1989. A novel sequence element derived from bacteriophage T7 mRNA acts as an enhancer of translation of the lacZ gene in Escherichia coli. J. Biol. Chem., v.264, p.16973-16976

147. Pabo C.O., Lewis M. 1982. The operator-binding domain of lambda repressor: structure and DNA recognition. Nature (London), v.298, p.443-447

148. Pace H.C., Kercher M.A., Markiewicz P., Miller J.H., Chang G., Lewis M. 1997. Lac repressor genetic map in real space. Trends Biochem. Sci., v.22, p.334-339

149. Paget M.S., Helmann J.D. 2003. The sigma70 family of sigma factors. Genome Biol., v.4, p.203

150. Pal M., Luse D.S. 2002. Strong natural pausing by RNA polymerase II within 10 bases of transcription start may result in repeated slippage and reextention of the nascent RNA. Mol. Cell Biol., v.22, p.30-40

151. Paulsen I.T., Brown M.H., Skurray R.A. 1996. Proton-dependent multidrug efflux systems. Microbiol. Rev., v.60, p.575-608

152. Paulsen I.T., Sliwinski M.K, Saier Jr.M.H. 1998. Microbial genome analyses: global comparisons of transport capabilities based on phylogenies, bioenergetics and substrate specificities. J. Mol. Biol., v.277, p.573-592

153. Peredelchuk M.Y., Bennett G.N. 1997. A method for construction of E.coli strains with multiple DNA insertions in the chromosome. Gene, v.l87. p.231-238

154. Peros M., Steitz Т. 1996. DNA looping and Lac repressor-CAP interaction. Science, v.274, p.l929-1930

155. Poindexter K., Gayle III R.B. 1991. Induction of recombinant gene expression in Escherichia coli using an alkaline pH shift. Gene, v.97, p.125-130

156. Ptashne, M. 1992. Genetic switch. Blackwell Scientific Publications, Inc., Cambridge, Mass

157. Ptashne M., Jeffrey A., Johnson A.D., Matter R., Meyer B.J., Pabo C.O., Roberts T.M., SauerR.T. 1980. How the X repressor and Cro work. Cell, v. 19, p. 1-11

158. Ptitsyn L.R, Fatova M.A., Stepanov A.I. 1990. Expression of Photobacterium leiognathi bioluminescence system genes in Escherichia coli. Mol. Gen. Mikrobiol. Virusol., v.2, p.26-29

159. Qi F., Turnbough C.L. 1995. Regulation of codBA operon expression in Escherichia coli UTP-dependent reiterative transcription and UTP-sensitive transcription start site switching. J. Mol. Biol., v.254, p.552-565

160. Rao N.N., Torriani A. 1988. Utilization by Escherichia coli of a high-molecular-weight, linear polyphosphate: roles of phosphatases and pore proteins. J. Bacterid., v.170, p.5216-5223

161. Rao N.N., Torriani A. 1990. Molecular aspects of phosphate transport in Escherichia coli. Mol. Microbiol., v.7, p. 1083-1090

162. Reeder Т., Schleif R. 1991. Mapping, sequence, and apparent lack of function of araJ a gene of the Escherichia coli arabinose operon. J. Bacterid., v.173, p.7765-7771

163. Remaut E., Stanssens P., Fiers W. 1981. Plasmid vectors for high-efficiency expression controlled by the PL promoter of coliphage lambda. Gene, v. 15, p.81-93

164. Remaut E, Tsao H., Fiers W. 1983. Improved plasmid vectors with a thermoinducible expression and temperature-regulated runaway replication. Gene, v.22, p.103-113

165. Reznikoff W.S., Winter R.B., Hurley C.K. 1974. The location of the repressor binding sites in the lac operon. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.71, p.2314-2318

166. Rhee S.G., Chock P.B., Stadman E.R. 1989. Regulation of Escherichia coli glutamine synthetase. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol., v.62, p.37-92

167. Rhodius V.A., Busby S.J.W. 1998. Positive activation of gene expression. Curr. Opin. Microbiol., v.l, p. 152-159

168. Roberts Т., Kacich R., Ptashne M. 1979. A general method for maximizing the expression of a cloned gene. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v. 76, p. 760-764

169. Rosenberg #., Gerdes R.G., Chegwidden К 1977. Two systems for the uptake of phosphate in Escherichia coli. J. Bacterid., v.131. p.505-511

170. Russell D.R., Bennett G.N. 1982. Construction and analysis of in vivo activity of E. coli promoter hybrids and promoter mutants that alter the -35 to -10 spacing. Gene, v.20, p.231-243

171. Sadler J.R., Sasmor H., Betz J.L. 1983. A perfectly symmetric lac operator binds the lac repressor very tightly. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.80, p.6785-6789

172. Sambrook J., Fritsch E„ Maniatis T. 1989. Molecular cloning: a laboratory manual, 1st and 2nd ed. N.Y. Cold Spring Harbor Laboratory Press

173. Sanger F., Nicklen S., Coulson A. 1977. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.74, p.5463-5467

174. Saviola В., Seabold R., Schleif R.F. 1998. Arm-domain interactions in AraC. J. Mol. Biol., v.278,p.539-548

175. Schickor P., Metzger W„ Werel W., Lederer H., Heumann H. 1990. Topography of intermediates in transcription initiation of E.coli. EMBO J., v.9, p.2215-2220

176. Schleif R. 1987. Why should DNA loop? Nature, v.327, p.369-370

177. Schleif R. 2000. Regulation of the L-arabinose Escherichia coli operon. TIG, v. 16, №12, p.559-565

178. Schmitz A., Galas D.J. 1979. The interaction of RNA polymerase and Lac repressor with the lac control region. Nucleic Acids Res., v.6, p.l 11-137

179. Scholten M., Tomassen J. 1993. Topology of the PhoR protein of E. coli and functional analysis of internal deletions. Mol. Biol., v.8, p.269-275

180. Scholz P., Haring V., Wittmann-Liebold В., Ashman K, Bahdasarian M„ Scherzinger E. 1989. Complete nucleotide sequence and gene organization of the broad host range plasmid RSF1010. Gene, v.75, p.271-288

181. Schultz S.C., Shields G.C., Steitz T.A. 1991. Crystal structure of a CAP-DNA complex: the DNA is bent by 90 degrees. Science, v.253, p.1001

182. Senior P.J. 1975. Regulation of nitrogen metabolism in Escherichia coli and Klebsiella aerogenes: studies with the continuous-culture technique. J. Bacter., v. 123, p.407-418

183. Severinov K. 2000. RNA polymerase structure-function: insights into points of transcriptional regulation. Curr. Opin. Microbiol., v.3, p.l 18-125

184. Shapiro B.M.,. Kingdon H.S., Stadtman E.R. 1967. Regulation of glutamine synthetase. VII. Adenylyl glutamine synthetase: a new form of the enzyme with altered regulatory and kinetic properties. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.58, p.642-649

185. Shapiro B.M. 1969. The glutamine synthetase deadenylylating enzyme system from Escherichia coli. Resolution into two components, specific nucleotide stimulation, and cofactor requirements. Biochemistry, v.8, p.659-670

186. Sheppard D., Englesberg E. 1967. Further evidence for positive control of the L-arabinose system by gene araC. J. Mol. Biol., v.25, p.443-454

187. Siegele D.A., Ни J.С. 1997. Gene expression from plasmids containing the araBAD promoter at subsaturating inducer concentrations represents mixed populations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.94, p.8168-8172

188. Simons A., Tils D., von Wilcken-Bergmann В., Muller-Hill B. 1984. Possible ideal lac operator: Escherichia coli operator-like sequences from eukaryotic genomes lack the central G С pair. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, v.81, p.1624-1628

189. Singer B.S., Gold L. 1991. Phage T4 expression vector: protection from proteolysis. Gene, v. 106, p. 1-6

190. Sola M., Gomes-Ruth F.X., Serrano L., Gonzales A. Coll M. 1999. Three-dimensional crystal structure of the transcriptional factor PhoB receiver domain. J. Mol. Biol., v.285, № 2, p.675-687

191. Sousa R, Chung Y.J., Rose J.P., Wang B.-C. 1993. Crystal structure of bacteriophage T7 RNA polymerase at 3.3 A resolution. Nature, v.364, p.593-599

192. Spronk C.A.E.M., Folkers J.E., Noordman A.-M.G. W., Wechselberger R., van der Brink N., Boelens R., Kaptein R. 1999. Hinge-helix formation and DNA bending in various lac repressor-operator complexes. EMBO J., v.22, p.6472-6480

193. Spronk C.A.E.M., Slijper M., van Boom J.H., Kaptein R„ Boelens R. 1996. Formation of the hinge-helix in the lac repressor is induced upon binding to the lac promoter. Nature Struct. Biol., v.3, p.916-919

194. Straney S.B., Crothers D.M. 1987. Lac repressor is a transient gene-activating protein. Cell, v.51, p.699-707

195. Studier F.W., Moffatt B.A. 1986. Use of bacteriophage T7 RNA polymerase to direct selective high-level expression of cloned genes. J. Mol. Biol., v.l 89, p. 113-130

196. Studier F. W., Rosenberg A.H., Dunn J. J., DubendorffJ. W. 1990. Use of T7 RNA polymerase to direct expression of cloned genes. Meth. Enzymol., v. 185, p.60-89

197. Surin B.P., Rosenberg H., Cox G.B. 1985. Phosphate-specific transport system of Escherichia coli: nucleotide sequence and gene-polypeptide relationship. J. Bacteriol, v.161, p.189-198

198. Tabor S., Richardson C.C. 1985. A bacteriophage T7 RNA polymerase/promoter system for controlled exclusive expression of specific genes. Nucleic Acids Research, v.82, p.1074-1078

199. Tanhauser S.M., Jewell D.A., Tu Т.К., Silverman D.N., Laipis P.J. 1992. A T7 expression vector optimized for site-directed mutagenesis using oligodeoxyribonucleotide cassettes. Gene, v.l 17, p. 113-117

200. Tommassen J. 1987. Expression of outer membrane PhoE protein in Escherichia coli K12. Phosphate metabolism and cellular regulation in microorganisms. / Eds. Torriani-Gorini A., Yagil E., Silver S Washington, DC: Am. Soc. Microbiol., p.26-30

201. Tommassen J., De Geus P., Lugtenberg B., Hackett J., Reeves P. 1982. Regulation of the Pho regulon of Escherichia coli К12. Cloning of the regulatory genes phoB and phoR and identification of their gene products. J. Mol. Biol., v. 157, p.256-274

202. Torriani-Gorini A. 1994. Introduction: the Pho regulon of Escherichia coli. Phosphate in microorganisms: cellular and molecular biology. / Eds. Torriani-Gorini A., Yagil E., Silver S. Washington, DC: Am. Soc. Microbiol., p. 1-4

203. Tsygankov Yu.D., Chistoserdov A.Yu. 1985. Specific-purpose broad-host-range vectors. Plasmid., v.14, p.118-125

204. Uhlin В.E„ Molin S., Gustafsson P., Nordstrom K. 1979. Plasmids with temperature-dependent copy number for amplification of cloned genes and their products. Gene, v.6, p.91-106

205. Wacket L.P., Wanner B.L., Venditti C.P., Walsh C.T. 1987. Involvement of the phosphate regulon and psiD locus in the carbon-phosphorus lyase activity of Escherichia coli K12. J. Bacteriol., v.169, p.1753-1756

206. Wanner B.L. 1993. Gene regulation by phosphate in enteric bacteria. J. Biol. Chem., v.51, p.47-54

207. Wanner B.L., Wilmes-Riesenberg M.R. 1992 Involvement of phosphotransacetylase, acetate kinase, and acetyl phosphate synthesis in control of the phosphate regulon in Escherichia coli. J. Bacteriol., v. 174, p.2124-2130

208. Wright E.M., Humphreys G.O., Yarranton G.T. 1986. Dual-origin plasmids containing an amplifiable ColEl ori; temperature-controlled expression of cloned genes. Gene, v.49, p.311-321

209. Wu H.-M., Clothers D.M. 1984. The locus of sequence-directed and protein-induced DNA bending. Nature, v.308, p.509-513

210. XiongX.F., Reznikoff W.S. 1993. Transcriptional slippage during the transcription initiation process at a mutant lac promoter in vivo. J. Mol. Biol., v.231, p.569-580

211. Yamada M, Makino K., Shinagawa Я, Nakata A. 1990. Regulation of the phosphate regulon of E.coli: properties of phoR deletion mutants and subcellular localization of PhoR protein. Mol. Gen. Genet., v.220, p.366-372

212. Yanisch-Perron С., Vieira J., Messing J. 1985. Improved M13 phage cloning vector and strains: nucleotide sequences of the M13mpl8and pUC19 vectors. Gene, v.33, p.103-119

213. Zhang X., SchleifR. 1996. Transcription activation parameters at ara?bad■ J- Mol. Biol., v.258, p. 14-24

214. Zhang X. SchleifR. 1998. Catabolite gene activator protein mutations affecting activity of the araBAD promoter. J. Bacteriol., v. 180, p.l 95-200

215. Zinkel S.S., Clothers D.M. 1987. DNA bends direction by phase sensitive detection. Nature, v.328, p. 178-181

216. Zweib C., Kim J., Adhya S. 1989. DNA bending by negative regulatory proteins: Gal and Lac repressors. Genes Dev., v.3, p.606-611

217. Каташкина Ж.И. 2003. Разработка и использование методов направленной модификации целевых генетических локусов хромосомы E.coli при конструировании штаммов-продуцентов аминокислот. Автореферат., Москва

218. Матыс С.В., Лауринавичюс КС., Несмеянова М.А. 1996. Катаболизм метилфосфоновой кислоты и его физиологическая регуляция у Escherichia coli. Микробиология, т.65, с.481-487

219. Машко С.В., Горовиц P.JI., Трухан М.Э., Демчук Е.Я., Лебедева М.И., Лапидус А.Л., Подковыров С.М.,Козлов Ю.И., Дебабов В.Г. 1986. Изучение относительной эффективности некоторых промоторов Escherichia coli и фага X. Докл. АН СССР, т.291, с. 1510-1513

220. Перельман А.Н., Мочульская Н.А., Миронов А.С., Магико С.В. 1995. Создание нового реципиентного штамма E.coli для термоиндуцибельной экспрессии в системе транскрипции фага X. Биотехнология, №1-2, с. 11-18