Идентификация и дифференциация патогенных видов Burkholderia на основе ПЦР-анализа генов антибиотикорезистентности тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Тетерятникова Наталья Николаевна

• Тетерятникова Наталья Николаевна
• кандидат наук
• 2022

Оглавление диссертации кандидат наук Тетерятникова Наталья Николаевна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Методы идентификации и дифференциации патогенных видов Burkholderia

1.2 Разнообразие и распространенность ß-лактамаз у различных видов грамотрицательных бактерий

1.3 ß-лактамазы Burkholderia pseudomallei

1.3.1 Характеристика ß-лактамаз B. pseudomallei молекулярного класса A

1.3.2 Характеристика ß-лактамаз B. pseudomallei молекулярного класса D

1.3.3 Характеристика ß-лактамаз B. pseudomallei молекулярного класса B

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Штаммы, питательные среды и условия культивирования

2.2 Определения чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам

2.3 Проведение лабораторных исследований проб биологического материала от животных с экспериментальной инфекцией

2.3.1 Характеристика лабораторных животных, использованных для моделирования экспериментальных инфекций

2.3.2 Заражение лабораторных животных

2.3.3 Подготовка проб биологического материала от животных с экспериментальной инфекцией

2.4 Обеззараживание проб для молекулярно-генетических исследований

2.5 Методы выделения ДНК

2.5.1 Выделение геномной ДНК из чистых культур микроорганизмов методом протеиназного лизиса

2.5.2 Выделение геномной ДНК из чистых культур Burkholderia spp. методом мембранных технологий на основе диоксида кремния в виде

колонок

2.5.3 Выделение ДНК из биологического (клинического) материала методом сорбции на частицах силикагеля

2.6 Праймеры для детекции ß-лактамаз молекулярных классов B и D

2.7 Параметры амплификации

2.8 Методы детекции продуктов амплификации ДНК

2.9 Секвенирование ДНК

2.10 Статистическая обработка полученных данных

ГЛАВА 3. РАЗРАБОТКА СПОСОБА ИДЕНТИФИКАЦИИ И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ BURKHOLDERIA SPP. НА ОСНОВЕ ДЕТЕКЦИИ ГЕНОВ ß-ЛАКТАМАЗ МОЛЕКУЛЯРНЫХ КЛАССОВ B

И D В ФОРМАТЕ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ПЦР

3.1 Оптимизация параметров полимеразной цепной реакции для детекции генов ß-лактамаз буркхольдерий в мультиплексном формате

3.2 Оценка эффективности набора реагентов для детекции генов ß-лактамаз молекулярных классов B и D в мультиплексной ПЦР для идентификации и дифференциации штаммов B. pseudomallei, B. mallei и B. thailandensis

3.2.1 Состав набора реагентов «Амплиген буркхольдерии группы

«pseudomallei» ßL B/D - EPh»

3.2.2 ПЦР-детекция последовательностей генов ß-лактамаз в коллекционных штаммах B. pseudomallei, B. mallei и B. thailandensis

3.2.3 ПЦР-детекция последовательностей генов ß-лактамаз в

коллекционных штаммах B. cepacia complex

ГЛАВА 4. ОПРЕДЕЛЕНИЕ АНАЛИТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК НАБОРА РЕАГЕНТОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ БУРКХОЛЬДЕРИЙ ГРУППЫ «PSEUDOMALLEI» В ФОРМАТЕ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ С ЭЛЕКТРОФОРЕТИЧЕСКОЙ ДЕТЕКЦИЕЙ «АМПЛИГЕН

БУРКХОЛЬДЕРИИ ГРУППЫ «PSEUDOMALLEI» ßL B/D - EPH»

4.1 Контрольные лабораторные испытания набора реагентов «Амплиген

Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh»

4.1.1 Анализ чувствительности набора реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh»

4.1.2 Анализ специфичности набора реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh»

4.1.3 Оценка набора реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» для выявления и дифференциации буркхольдерий группы «pseudomallei» в формате мультиплексной полимеразной цепной реакции с электрофоретической детекцией по

результатам контрольных лабораторных испытаний

4.2 Оценка эффективности набора реагентов для детекции и дифференциации штаммов B. pseudomallei и B. thailandensis в

биологических образцах при экспериментальной инфекции

ГЛАВА 5. ИДЕНТИФИКАЦИЯ КЛИНИЧЕСКИХ И ПОЧВЕННЫХ ИЗОЛЯТОВ BURKHOLDERIA SPP., ВЫДЕЛЕННЫХ ВО ВЬЕТНАМЕ

В 2015 - 2017 ГГ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПЕРЕЧЕНЬ СОКРАЩЕНИЙ, УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Идентификация и дифференциация патогенных видов Burkholderia на основе ПЦР-анализа генов антибиотикорезистентности»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования и степень разработанности проблемы

Burkholderia - род грамотрицательных микроорганизмов, выделенный из рода Pseudomonas в 1992 году Е. Yabuuchi с соавторами [Yabuuchi et al., 1992]. Первоначально в него вошли 7 видов II группы рРНК-ДНК гомологии рода Pseudomonas [Palleroni et al., 1973; Palleroni, 2005]: P. cepacia, P. mallei, P. pseudomallei, P. caryophyli, P. gladioli, P. picketii и P. solanacearum. Род представляет собой гетерогенную по составу таксономическую группу, содержащую сапрофиты, фитопатогены, патогены животных и человека. Включает более 90 видов микроорганизмов [Yabuuchi et al., 1992; Vandamme et al., 1997; Coenye et al., 2001; Coenye and Vandamme, 2003; Ginther et al., 2015]. Наиболее важные представители рода объединены в Burkholderia cepacia complex и Burkholderia pseudomallei complex.

Burkholderia cepacia complex (BCC) состоит из 20 близкородственных видов со сходными фенотипическими и различными генотипическими свойствами, определяющими их разную эпидемичность и патогенность [Воронина и др., 2013; Семыкин и др., 2013; Price et al., 2016]. До 2004 года представители комплекса считались геномоварами вида B. cepacia. Термин «геномовар» был введен в 1995 г. [Ursing et al., 1995] для обозначения фенотипически аналогичных видов вместо употребляемого ранее «геномный вид» [Vandamme et al., 1997].

Виды BCC обитают в почве, воде, ризосфере растений и могут являтся патогенными для растений, а также животных и человека [Goldmann and Klinger, 1986; Homma et al., 1991; Hebbar et al., 1992; McLoughlin et al., 1992; Bevivino et al., 1994;]. Представители Burkholderia cepacia complex вызывают респираторные и системные инфекции у больных муковисцидозом, а также иммунодефицитами различного генеза [Шагинян и Чернуха, 2005; Чернуха и др., 2014; Drevinek and Mahenthiralingam, 2010].

Burkholderia pseudomallei complex (BPC) ранее состоял из трех видов: B. pseudomallei, B. mallei и B. thailandensis, но в последние годы расширен за счет

включения близкородственных видов B. oklahomensis, B. humptydooensis и трех clades A, B и C [Glass et al., 2006; Gee et al., 2008; Lowe et al., 2016; Price et al., 2016; Tuanyok et al., 2017]. Наибольшее клиническое значение имеют B. mallei и B. pseudomallei, являющиеся возбудителями сапа и мелиоидоза - тяжелых заболеваний человека и животных, характеризующихся септицемией с множественными некротическими поражениями внутренних органов и трудно поддающихся антибактериальной терапии. B. mallei и B. pseudomallei могут служить вероятными агентами биотеррористических атак.

Мелиоидоз эндемичен для ряда стран Юго-Восточной Азии, Северной Австралии, Западной и Центральной Африки, Центральной и Латинской Америк. Случаи мелиоидоза с недавних пор регистрируют в таких регионах, как южный Китай, Тайвань, Гонконг, южная Индия и Бразилия [John et al., 1996; Yang, 2000; Currie et al., 2008; Chen et al., 2010; Brilhante et al., 2012; Currie, 2015; Limmathurotsakul et al., 2016].

Возбудитель мелиоидоза широко представлен в составе микробиоты почвы и воды стоячих водоемов во всех эндемичных по данной инфекции регионах [White, 2003; Cheng and Currie, 2005]. В группу риска входят лица, которые находятся в непосредственном контакте с влажной почвой. Заражение человека происходит через поврежденные кожные покровы и слизистые оболочки путем попадания возбудителя с почвой или водой, а также аэрогенным путем при вдыхании микроорганизма. Документально подтверждены отдельные случаи заражения человека мелиоидозом от больного, например, медицинского персонала при работе с больными мелиоидозом, а также половой путь передачи возбудителя от партнера с хроническим простатитом [McCormick et al., 1975; Kunakorn et al., 1991; Abbink et al., 2001; Holland et al., 2002]. Факторами риска являются сахарный диабет, цирроз печени, талассемия, заболевания почек, алкоголизм [Chaowagul et al., 1989; Suputtamongkol et al., 1999; Currie et al., 2000; Currie, 2015; Wiersinga et al., 2018]. Инкубационный период заболевания варьирует в пределах 21-х суток, однако при высокой инфицирующей дозе может

составлять даже менее суток. Описаны случаи латентной инфекции, длившейся несколько десятков лет [Currie, 2015].

В ряде стран эндемичных регионов мелиоидоз признается одной из основных причин острого летального сепсиса [Currie, 2015; Wiersinga et al., 2018]. Летальность у больных септической формой мелиоидоза достигает 80-90% в течение первых 48 часов даже в условиях стационара [White et al., 1989; Sanford, 1995]. Общий уровень смертности от мелиоидоза в эндемичных регионах в разных странах варьирует, в зависимости уровня развития системы здравоохранения, от 19% до 50% [Currie et al., 2000; White, 2003; Cheng and Currie, 2005; Limmathurotsakul et al., 2010; Currie, 2015; Limmathurotsakul et al., 2016].

В развитых странах Западной Европы и Северной Америки, расположенных вне эндемичных географических регионов, регулярно фиксируют завозные случаи мелиоидоза [McCormick et al., 1977; Nussbaum et al., 1980; Bodilsen et al., 2014; Gudmundsdottir et al., 2014; Leth et al., 2014; Dan, 2015; Guo et al., 2015; Morelli et al., 2015; Starzacher et al., 2014; Gauthier et al., 2016], причем их количество значительно возросло за последние 15 лет [Захарова, 2018]. В группу риска входят, прежде всего, экологические туристы, а также лица, длительное время находившиеся на эндемичных территориях. Значительное увеличение количества случаев мелиоидоза, регистрируемых в разных странах мира, очевидно, связано не только с расширением ареала распространения возбудителя в мире, но и с возросшей настороженностью в отношении этой инфекции и хорошо налаженной в развитых странах лабораторной службой.

В нашей стране регламентированных лабораторных исследований, направленных на выявление B. pseudomallei у туристов и лиц, прибывающих из эндемичных территорий, не предусмотрено. Не исключено, что именно по этой причине в России не зарегистрировано ни одного случая мелиоидоза. Тем не менее, в связи с развитием в нашей стране международного туризма, в том числе и экологического, возрастает вероятность завоза в Россию самых разных экзотических инфекций, в частности, мелиоидоза [Захарова, 2018].

Сап - инфекционное заболевание, распространенное в странах Африки, Азии, Среднего Востока и Южной Америки [Whitlock et al., 2007]. B. mallei поражает непарнокопытных животных (лошадей, мулов, ослов), также описаны случаи инфицирования хищных животных при употреблении зараженного мяса [Khan et al., 2013]. К группам риска заражения сапом относятся лица, профессионально связанные с непарнокопытными (ветеринары, работники скотобоен, сотрудники коневодства) или микробиологи. Обычно человек заражается в результате контакта с инфекционным материалом через повреждения кожных покровов и слизистых оболочек. Заболевание имеет 95% летальность при отсутствии специфического лечения [Spickler, 2008], смерть наступает через 7-10 дней [Gregory and Waag, 2007], и 50% при антибиотикотерапии [Spickler, 2008].

В развитых странах Европы, Северной Америки и Советского Союза сап был ликвидирован уже к середине XX века. В настоящее время болезнь встречается в ряде регионов Африки, Азии, Среднего Востока, Центральной и Южной Америки и охватывает территории 23 стран мира, среди которых Монголия, Турция, Иран, Ирак, Китай, что не исключает вероятность завоза B. mallei на территорию Российской Федерации.

Так называемые B. pseudomallei-like виды представлены B. thailandensis, B. oklahomensis, B. humptydooensis и тремя clades A, B, C. B. thailandensis и B. oklahomensis, как правило, считаются авирулентными для млекопитающих [DeShazer, 2007], однако, к настоящему времени описаны случаи инфекции различной степени тяжести, вызванные B. thailandensis, B. oklahomensis [McCormick et al., 1977; Nussbaum et al., 1980; Dharakul et al., 1999; Lertpatanasuwan et al., 1999; Glass et al., 2006; Zueter et al., 2016]. B. humptydooensis авирулентен для белых мышей [Tuanyok et al., 2017]. Сведений о вирулентности Burkholderia clades на сегодняшний день нет.

B. thailandensis - сапрофит, встречающийся во влажной почве и застойной воде по всей Юго-Восточной Азии и Северной Австралии [Brett et al., 1998; Lowe et al., 2016]. В свое время B. thailandensis определяли, как арабиноза-

положительный вариант B. pseudomallei [Wuthiekanun et al., 1996]. В дальнейшем B. thailandensis был выделен в самостоятельный вид на основании различий в последовательностях генов 16S рРНК, вирулентности и некоторых других признаков [Trakulsomboon et al., 1997; Brett et al., 1998; Chaiyaroj et al., 1999; Dharakul et al., 1999; Thepthai et al., 2001; Liu et al., 2002; Sonthayanon et al., 2002; Wuthiekanun et al., 2002; Inglis et al., 2003].

Изоляты, выделенные от больных в отдельных районах юго-запада США и из почвы в Оклахоме, также были первоначально определены как B. pseudomallei, но позднее отнесены к новому виду B. oklahomensis [Glass et al., 2006]. B. humptydooensis и clades A, B, C являются экологическими изолятами из Северной Австралии [Glass et al., 2006; Gee et al., 2008; Ginther et al., 2015; Price et al., 2016].

Перечисленные выше непатогенные и слабовирулентные представители комплекса B. pseudomallei не дифференцируются с возбудителем мелиоидоза в большинстве диагностических тестов, за исключением ассимиляции арабинозы [Thibault et al., 2004; Glass et al., 2006; Gee et al., 2008; Wiersinga et al., 2018].

Практически все клинически значимые виды BCC и BPC, исключая B. mallei, разделяют с непатогенными Burkholderia естественные среды обитания. Одновременное присутствие в исследуемых образцах почвы или воды B. pseudomallei и В. thailandensis или бактерий BCC усложняет задачу идентификации B. pseudomallei при проведении эпидемиологического обследования окружающей среды.

Поскольку два вида BPC способны вызывать тяжелые, часто летальные, заболевания, дифференциация буркхольдерий как внутри комплекса «pseudomallei», так и с видами комплекса «cepacia» имеет важное значение для клинической диагностики. По мнению ведущих профильных специалистов, [Limmathurotsakul, 2010; Doker et al., 2014; Currie, 2015], рутинные методы идентификации и дифференциации буркхольдерий недостаточно эффективны, что говорит в пользу комплексного подхода к этой проблеме, в том числе с применением молекулярных методов, и необходимости разработки быстрых и

точных методов идентификации и дифференциации буркхольдерий комплекса «pseudomallei».

К настоящему времени описано несколько тест-систем, детектирующих в формате мультиплексной ПЦР те или иные комбинации видов патогенных буркхольдерий. Большинство из описанных методов дифференцируют B. pseudomallei и B. mallei [Лемасова и др., 2016; U'Ren et al., 2005; Bowers et al., 2010] либо виды внутри BPC [Bauernfeind et al., 1998; Thibault et al., 2004; Lee et al., 2005; Altukhova et al., 2007; Wattiau et al., 2007; Ho et al., 2011; Lowe et al., 2016]. Представлены две тест-системы для дифференциации отдельных представителей BPC от B. cepacia [Suppiah et al., 2010; Ho et al., 2011]. В первой из них предполагается идентификация B. pseudomallei и B. cepacia с использованием двух форматов: постановка трех отдельных реакций, с электрофоретической детекцией результатов, и дуплексная ПЦР в реальном времени с использованием интеркалирующего красителя SYBR green и с учетом результатов по анализу кривых плавления. Второй метод позволяет в мультиплексном формате успешно дифференцировать по размеру ампликона B. pseudomallei, B. thailandensis и B. cepacia. Однако, по опубликованным сведениям, неясен предел чувствительности описанных методов, поскольку в первом случае он был приведен только для одной пары праймеров, идентифицирующей B. cepacia; а во втором - оценивался в исследовании разведений рекомбинантной плазмидной ДНК с клонированными целевыми продуктами ПЦР.

Метод дифференциации трех видов BPC от B. cepacia в формате мультиплексной ПЦР, описанный S.F. Koh с соавторами [Koh et al., 2012] при заявленной авторами 100% специфичности имеет невысокую чувствительность. В мультиплексе присутствуют одновременно 5 пар праймеров, что предьявляет повышенные требования к концентрации ДНК-матрицы в реакционной смеси. Наличие внутреннего контроля с наименьшим из всех размером ампликона создает конкуренцию для амплификации специфических фрагментов большего размера. Учитывая значительно отличающееся минимальное детектируемое

количество ДНК для определяемых видов буркхольдерий (между B. pseudomallei и B. cepacia на порядок), при неоптимальной концентрации матрицы высока вероятность получить невалидный результат.

Активные исследования, проводимые в мире с целью разработки чувствительного и специфичного метода быстрого обнаружения и дифференциации видов BPC, свидетельствует об актуальности проблемы выявления и надежной дифференциации B. pseudomallei от других видов буркхольдерий. В качестве генетических мишеней в большинстве описанных способах идентификации используются в основном консервативные гены или детерминанты факторов вирулентности (гены 16S РНК, 23S РНК, кластер генов T3SS, fliC и т. д.).

В последние годы изучается возможность использования генов видоспецифических Р-лактамаз в качестве целей для геноидентификации бактерий. Так, для обнаружения в ПЦР Acinetobacter baumannii использовали праймеры, специфичные гену Р-лактамазы blaOXA-51 [Turton et al., 2006], для идентификации Vibrio parahaemolyticus - ген blaCARB-17 [Li et al., 2016].

Анализ распространенности генов Р-лактамаз различных молекулярных классов в геномах патогенных буркхольдерий и сконструированный для этих целей набор праймеров [патент № 2474614, опубликован 10.02.2013, бюл. № 4] показал перспективность использования праймеров, специфичных генам металло-Р-лактамаз (молекулярный класс B) и оксациллиназ (молекулярный класс D) для дифференциации между видами B. pseudomallei, B. mallei, B. thailandensis. Однако протестированое ограниченное количество штаммов (6 штаммов B. pseudomallei, и по два штамма B. mallei, B. thailandensis) не давало полного представления о возможности использования разработанного набора праймеров для идентификации перечисленных видов бактерий, что определяло необходимость проведения дальнейших исследований.

В связи с этим целью настоящей работы являлась разработка набора реагентов для идентификации и одновременной дифференциации B. pseudomallei, B. mallei и B. thailandensis по набору генов Р-лактамаз молекулярных классов B и

D в пробах выделенных культур, биологического (клинического) материала и из объектов окружающей среды методом мультиплексной полимеразной цепной реакции с электрофоретическим способом детекции.

Задачи исследования:

1. Определить оптимальные соотношения компонентов реакционной смеси полимеразной цепной реакции в мультиплексном формате, обеспечивающие эффективную амплификацию генов ß-лактамаз молекулярных классов B и D Burkholderia spp.

2. Определить амплификационные профили для широкого набора штаммов B. pseudomallei, B. mallei, B. thailandensis в формате разработанной мультиплексной ПЦР.

3. Сконструировать набор реагентов для идентификации и одновременной дифференциации B. pseudomallei, B. mallei и B. thailandensis по индивидуальному для каждого вида набору генов ß-лактамаз молекулярных классов B и D с электрофоретическим способом детекции.

4. Определить аналитические характеристики набора реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» для выявления и дифференциации буркхольдерий комплекса «pseudomallei» в формате мультиплексной ПЦР с электрофоретической детекцией.

5. Определить эффективность разработанного генодиагностического набора реагентов для выявления Burkholderia spp. при исследовании биологического материала от лабораторных животных с разными клиническими формами инфекций, обусловленных буркхольдериями комплекса «pseudomallei».

6. Апробировать набор реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» на широком наборе штаммов Burkholderia spp., выделенных в 2015 - 2017 годах из различных источников в Социалистической Республике Вьетнам.

Научная новизна. Возможность использования генов ß-лактамаз для определения видовой принадлежности бета-протеобактерий, в частности генов металло^-лактамаз (молекулярный класс B) и оксациллиназ (молекулярный класс

D) для идентификации B. pseudomallei, B. mallei, B. thailandensis и дифференциации между этими видами доказана впервые.

Впервые показана стабильность выявляемых маркеров у всех штаммов комплекса «pseudomallei», независимо от их географического происхождения, сроков давности выделения культур и уровня резистентности к ß-лактамам.

В Российской Федерации до настоящего времени отсутствуют зарегистрированные генодиагностические препараты, позволяющие идентифицировать и одновременно дифференцировать высокопатогенные B. pseudomallei, B. mallei от малопатогенного для млекопитающих B. thailandensis. Нами впервые разработан набор реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» с электрофоретическим способом детекции результатов, позволяющий в формате мультиплексной ПЦР выявлять и дифференцировать по индивидуальному для каждого из видов набора амплифицируемых фрагментов генов ß-лактамаз молекулярных классов B и D виды BPC как между собой, так и с буркхольдериями комплекса «cepacia».

Доказана высокая чувствительность (1*104 м.к./мл) и 100%-я специфичность разработанного генодиагностического препарата как при исследовании культур микроорганизмов, так и контаминированных проб нативного биологического материала и объектов окружающей среды. Установлена высокая диагностическая эффективность мультиплексной ПЦР с использованием созданного набора реагентов (не менее 99,0%) для выявления ДНК возбудителей, выделенной непосредственно из биологического материала на разных стадиях инфекционного процесса при острой (генерализованной, местной), а также хронической формах экспериментальной инфекции лабораторных животных с различной видовой восприимчивостью к мелиоидозу.

Доказана возможность использования набора реагентов для проведения мониторинговых исследований распространенности возбудителя мелиоидоза в окружающей среде.

Теоретическая и практическая значимость. Автором доказана индивидуальность патогенных видов рода Burkholderia по набору генов ß-лактамаз молекулярных классов B и D.

Создан набор реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» с электрофоретическим способом детекции результатов, позволяющий в формате мультиплексной ПЦР идентифицировать заявленные патогены по индивидуальному для каждого вида паттерну амплификации.

При проведении Референс-центром по мониторингу за возбудителями сапа и мелиоидоза ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора испытаний по сравнительной оценке информативности иммунологических и молекулярно-генетических методов и средств на этапах специфической индикации возбудителя мелиоидоза с использованием ряда диагностических коммерческих (зарегистрированных в Российской Федерации) и экспериментальных наборов реагентов для обнаружения возбудителей мелиоидоза и близкородственных видов буркхольдерий набор реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» позволил осуществить идентификацию и дифференциацию всех 3 видов близкородственных буркхольдерий уже на первом этапе через 4 часа.

Набор реагентов для выявления и дифференциации буркхольдерий группы «pseudomallei» в формате мультиплексной полимеразной цепной реакции с электрофоретической детекцией «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL В/D - EPh» успешно прошел предварительные контрольные лабораторные испытания (Протокол № 2/15 от 01.10.2015 г.). Разработаны промышленный регламент ПР № 01898084-14-16 на производство указанного генодиагностического препарата по ТУ 21.20.23-014-01898084-2016 (утвержден директором ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора 26.06.2016 г.) и комплект технической и эксплуатационной документации для государственной регистрации медицинского изделия: технические условия - ТУ 21.20.23-014-01898084-2016, инструкция по

применению. Получены Акты оценки результатов технических испытаний (№ ТИ -03/16 от 30.11.2016 г.) и клинических испытаний (№ 27 от 20.05.2018 г.) медицинского изделия для диагностики in vitro набора реагентов, выданные Испытательным лабораторным центром ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора (г. Саратов). «Набор реагентов для выявления и дифференциации буркхольдерий группы «pseudomallei» в формате мультиплексной полимеразной цепной реакции с электрофоретической детекцией «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» PL В/D - EPh» по ТУ 21.20.23014-01898084-2016» зарегистрирован в установленном порядке (Регистрационное удостоверение № РЗН 2018/7785 от 07.11.2018 г.).

Разработанный набор реагентов используется в деятельности Референс-центра по мониторингу за возбудителями сапа и мелиоидоза ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора (справка о внедрении № 02-12/2086 от 27.11.2018 г.), а также для идентификации клинических и почвенных изолятов на эндемичной по мелиоидозу территории в Социалистической Республики Вьетнам в лаборатории молекулярной биологии Российско-Вьетнамского Тропического научно-исследовательского и технологического центра (г. Ханой) (справка о внедрении № 18 от 27.04.2018 г.).

Результаты, полученные в настоящей работе, использованы для пополнения паспортных данных штаммов из коллекции ФКУЗ Волгоградский научно -исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора.

Аннотированы и депонированы в GenBank NCBI 5 нуклеотидных последовательностей генов Р-лактамаз молекулярного класса B, принадлежащих к суперсемейству «металло-гидролазы / оксидоредуктазы», семейству P-CASP РНК-метаболизирующие гидролазы (под номерами KU053951, KU053952, KU053953, KU053954, KU053955), 4 нуклеотидные последовательностей генов Р-лактамаз молекулярного класса D B. pseudomallei (под номерами MG384618, MG384619, MG384620, MG384621) и 2 нуклеотидные последовательности генов Р-лактамаз

молекулярного класса D B. thailandensis (под номерами MG384622, MG384623), принадлежащие к суперсемейству транспептидаз.

Материалы диссертации были использованы при подготовке проекта методических указаний «Лабораторная диагностика мелиоидоза и сапа. Организация и проведение в лабораториях различного уровня», а также представлены в практическом руководстве «Лабораторный скрининг и идентификация Burkholderia pseudomallei» (Волгоград, 2018).

Методология и методы исследования. Разработку набора реагентов для идентификации и одновременной дифференциации B. pseudomallei, B. mallei и B. thailandensis по набору генов ß-лактамаз молекулярных классов B и D проводили по следующему алгоритму: были оптимизированы состав реакционной смеси и параметры проведения реакции, обеспечивающие эффективную амплификацию генов ß-лактамаз молекулярных классов B и D Burkholderia spp. в мультиплексном формате; проведен анализ паттернов амплификации широкого набора штаммов определяемых видов; создан набор реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh», для которого были определены аналитические характеристики; оценена эффективность набора для выявления заявленных патогенов из биологического материала лабораторных животных с различными формами инфекций, опосредованных B. pseudomallei и B. thailandensis; проведена апробация разработанного набора при исследовании почвенных и клинических изолятов на эндемичной по мелиоидозу территории Социалистической Республики Вьетнам. В работе были использованы бактериологические и молекулярно-генетические методы исследования.

Положения, выносимые на защиту:

1. Разработанный набор реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» с электрофоретической детекцией результатов обеспечивает идентификацию и дифференциацию B. pseudomallei, B. mallei и B. thailandensis по индивидуальному для каждого вида набору генов ß-лактамаз молекулярных классов B и D.

2. Уровень аналитической чувствительности и специфичности сконструированного набора реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» соответствует регламентируемым требованиям к разрабатываемым амплификационным тест-системам: набор реагентов выявляет ДНК B. pseudomallei, B. mallei и B. thailandensis в концентрации не менее 1х104 м.к./мл при исследовании чистых культур, биологического материала и объектов окружающей среды при 100% специфичности.

3. Набор реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» с высокой эффективностью идентифицирует штаммы B. pseudomallei, B. mallei и B. thailandensis различного географического происхождения, независимо от срока давности выделения культур, а также штаммы перечисленных видов с измененным уровнем резистентности к ß-лактамам.

4. Применение набора реагентов «Амплиген Буркхольдерии группы «pseudomallei» ßL B/D - EPh» обеспечивает высокую эффективность выявления ДНК искомых возбудителей непосредственно в биологическом материале от лабораторных животных с разными клиническими формами инфекций, обусловленных буркхольдериями комплекса «pseudomallei».

Степень достоверности и апробация результатов. Достоверность полученных результатов основана на анализе большого фактического материала, полученного с использованием современных научных методов на высокотехнологичном оборудовании, зарегистрированном в установленном порядке и прошедшем метрологическую поверку.

Диссертация выполнена в рамках государственных тем № 061-3-11 (№ гос. регистрации 01201155414), № 0S1-3-13 (№ гос. регистрации 012013519S5), № 0S6-2-16 (№ гос. регистрации АААА-А17-117022850059-6), № 090-3-17 (№ гос. регистрации АААА-А17-117022850054-1).

Основные результаты исследований изложены в 1S опубликованных работах, из них 5 - в рецензируемых периодических изданиях, входящих в перечень ВАК, и 2 - в зарубежных журналах (один из которых индексируется Web of Sciences Core Collections (SCIE) и SCOPUS, второй - SCOPUS).

Результаты исследований по теме диссертационной работы были представлены на Х Межгосударственной научно-практической конференции государств-участников СНГ «Актуальные проблемы предупреждения и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций в области санитарно-эпидемиологического благополучия населения государств-участников СНГ» (г. Ставрополь, 2010), Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Актуальные проблемы болезней, общих для человека и животных» (г. Ставрополь, 2012), XI Межгосударственной научно-практической конференции «Современные технологии в совершенствовании мер предупреждения и ответных действий на чрезвычайные ситуации в области общественного здравоохранения санитарно-эпидемиологического характера» (г. Саратов, 2012), XI съезда Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов «Обеспечение эпидемиологического благополучия: вызовы и решения» (г. Москва, 2017), II Всероссийской научно-практической конференции «Актуальные проблемы болезней, общих для человека и животных» (г. Ставрополь, 2017), IX Всероссийской научно-практической конференции молодых ученых и специалистов Роспотребнадзора «Современные проблемы эпидемиологии, микробиологии и гигиены» (г. Иркутск, 2017), XIV Межгосударственной научно -практической конференции «Обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия в государствах-участниках СНГ» (г. Саратов, 2018) и доложены на научно-практической конференции молодых ученых и специалистов ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора «Современное состояние и актуальные направления фундаментальных и прикладных исследований в отношении опасных инфекционных болезней» (г. Волгоград, 2016).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Тетерятникова Наталья Николаевна, 2022 год

СПИСОКЛИТЕРАТУРЫ

1. Викторов, Д.В. Молекулярное типирование штаммов Burkholderia pseudomallei с различной чувствительностью к антибиотикам / Д.В. Викторов, И.Б. Захарова, Л.К. Меринова, В.В. Алексеев // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2006. - № 1. - С. 7-11.

2. Воронина, О.Л. Характеристика генотипов штаммов Burkholderia cepacia complex, выделенных от больных в стационарах Российской Федерации / О.Л. Воронина, М.Ю. Чернуха, И.А. Шагинян и др. // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2013. - № 2. - С. 22-30.

3. ГОСТ Р 56919-2016 Организация испытаний ПЦР-наборов, используемых для идентификации целевых таксонов микрофлоры, растений и генетически модифицированных организмов. Требования к качеству, безопасности, транспортированию и хранению. Национальный стандарт Российской Федерации. - М.: Стандартинформ, 2016. - 12 с.

4. Директива 2010/63/EU Европейского парламента и совета европейского союза по охране животных, используемых в научных целях. - С.-Петербург, 2010. - 48 с.

5. Зарядов И.С. Статистический пакет R: теория вероятностей и математическая статистика: учебно-методическое пособие / И.С.Зарядов. -Москва: Издательство Российского университета дружбы народов, 2010. -141 с.

6. Захарова, И.Б. Актуальные вопросы современной эпидемиологии мелиоидоза: обзор литературы и анализ случаев завоза инфекции в не эндемичные регионы / И.Б. Захарова // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2018. - Т. 23. - С. 126-133.

7. Лемасова, Л.В. Разработка мультиплексной тест-системы для обнаружения и дифференциации Burkholderia mallei и Burkholderia pseudomallei методом ПЦР в режиме реального времени / Л.В. Лемасова, Г.А. Ткаченко,

С.С. Савченко и др. // Проблемы особо опасных инфекций. - 2016. - № 4. -С. 56-59.

8. Лопастейская, Я.А. Применение времяпролетной масс-спектрометрии с матрично активированной лазерной десорбцией-ионизацией (maldi-tof) для идентификации возбудителей сапа и мелиоидоза / Я.А. Лопастейская, Т.Н. Шаров, Е.В. Молчанова и др. // Клиническая лабораторная диагностика. - 2016. - Т. 61, № 8. - С. 501-508.

9. Молчанова, Е.В. Особенности идентификации Burkholderia mallei и Burkholderia pseudomallei с помощью микробиологического анализатора Vitek 2 compact 30 / Е.В. Молчанова, Я.А. Лопастейская, А.В. Незнамова и др. // Проблемы особо опасных инфекций. - 2016. - № 3. - С. 57-61.

10. Молчанова, Е.В. Применение системы EZ::TN5 <R6KyORI/KAN-2> TNP для полуцчения инсерционных мутантов Burkholderia mallei / Е.В. Молчанова, Я.А. Лопастейская, Т.Н. Шаров и др. // Вестник Волгоградского государственного медицинского университета. - 2015. -№ 4 (56). - С. 85-88.

11. Незнамова, А.В. Особенности идентификации микроорганизмов комплекса Burkholderia cepacia и рода Pseudomonas с помощью биохимического автоматического анализатора Vitek 2 / А.В. Незнамова, Я.А. Лопастейская, Е.В. Молчанова и др. // Вестник Волгоградского государственного медицинского университета. - 2016. - № 3 (59). - С. 109-112.

12. Патент № 2474614 РФ Олигонуклеотидные праймеры для детекции и типирования генов ß-лактамаз патогенных буркхольдерий / Д.В. Викторов, А.В. Романова, И.Б. Захарова. - № 2011139063/10; заявл. 23.09.2011; опубл. 10.02.2013, Бюл. № 4.

13. Приказ Минздравсоцразвития РФ от 23.08.2010 № 708н «Об утверждении правил лабораторной практики» (Зарегистрировано в Минюсте РФ 13.10.2010 №18713) 2010. - 22 с.

14. Прохватилова, Е.В. Оценка эффективности применения наборов реагентов для обнаружения возбудителя мелиоидоза при проведении внутреннего

контроля качества лабораторных исследований в Референс-центре по мониторингу за возбудителями сапа и мелиоидоза / Е.В. Прохватилова,

B.А. Антонов, Д.В. Викторов и др. // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. - 2014. - № 25 (25). - С. 128-132.

15. Романова, А.В. Конструирование праймеров для детекции и типирования генов ß-лактамаз патогенных видов рода Burkholderia / А.В. Романова, И.Б. Захарова, В.С. Замараев, Д.В. Викторов // Проблемы особо опасных инфекций. - 2012. - № 2 (112). - С. 59-61.

16. Семыкин, С.Ю. Burkholderia cepacia - новая угроза для больных муковисцидозом / С.Ю. Семыкин, С.С. Постников, С.В. Поликарпова и др. // Детская больница. - 2013. - Т. 2. - С. 52-55.

17. Страчунский, Л.С. ß-лактамазы расширенного спектра - быстро растущая и плохо осознаваемая угроза / Л.С. Страчунский // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2005.- Т. 7, № 1.- С. 9296.

18. Шагинян, И.А. Неферментирующие грамотрицательные бактерии в этиологии внутрибольничных инфекций: клинические, микробиологические и эпидемиологические особенности / И.А. Шагинян, М.Ю. Чернуха // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2005. - Т. 7, № 3. - С. 271-285.

19. Шевченко, О.В. Металло^-лактамазы: значение и методы выявления у грамотрицательных неферментирующих бактерий / О.В. Шевченко, М.В. Эйдельштейн, М.Н. Степанова // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2007. - Т. 9, № 3. - С. 211-218.

20. Черкашин, Е.А. Исследование распространенности металло-бета-лактамаз в Российской Федерации / Е.А. Черкашин, В.В. Федорчук, Д.В. Иванов и др. // Вестник Московского Университета. Серия 2: Химия. - 2006. - Т. 47, № 2. -

C. 83-86.

21. Чернуха, М.Ю. Алгоритм микробиологической диагностики хронической инфекции легких у больных муковисцидозом / М.Ю. Чернуха,

Л.Р. Аветисян, И.А. Шагинян и др. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2014. -Т. 16, № 4. - С. 312-324.

22. Эйдельштейн, М.В. ß-Лактамазы аэробных грамотрицательных бактерий: характеристика, основные принципы классификации, современные методы выявления и типирования / М.В. Эйдельштейн // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2001. - Т. 3, № 3. -С. 223-242.

23. Abbink, F.C. Mother-to-child transmission of Burkholderia pseudomallei /

F.C. Abbink, J.M. Orendi, A.J. deBeaufort // New England Journal of Medicine.

- 2001. - Vol. 344, № 15. - P. 1171-1172.

24. Alibek, K. Biohazard: The chilling true story of the largest covert biological weapons program in the world - told from inside by the man who ran it / K. Alibek, S. Handelman // New York: Random House. - 1999. - Р. 319.

25. Allworth, A.M. Tsunami lung: a necrotising pneumonia in survivors of the Asian tsunami / A.M. Allworth // The Medical journal of Australia. -2005. - Vol. 182, № 7. - Р. 364.

26. Athan, E. Melioidosis in tsunami survivors / E. Athan, A.M. Allworth, C. Engler et al. // Emerging infectious diseases. - 2005. - Vol. 11, № 10. - Р. 1638-1639.

27. Altukhova, V. Use of the polymerase chain reaction to detect the glanders and melioidosis pathogens in experimental infection / V. Altukhova, V. Antonov,

G. Tkachenko et al. //Molecular Genetics, Microbiology and Virology. - 2007.

- Vol. 22, № 3. - Р. 112-119.

28. Amornchai, P. Accuracy of Burkholderia pseudomallei identification using the API 20NE system and a latex agglutination test / P. Amornchai, W. Chierakul, V. Wuthiekanun et al. // Journal of clinical microbiology. - 2007. - Vol. 45, № 11. - Р. 3774-3776.

29. Anuntagool, N. Monoclonal antibody-based rapid identification of Burkholderia pseudomallei in blood culture fluid from patients with community-acquired septicaemia / N. Anuntagool, P. Naigowit, V. Petkanchanapong et al. // Journal of medical microbiology. - 2000. - Vol. 49, № 12. - Р. 1075-1078.

30. Ashdown, L.R. Identification of Pseudomonas pseudomallei in the clinical laboratory / L.R. Ashdown // Journal of clinical pathology. - 1979. - Vol. 32, № 5. - Р. 500-504.

31. Bassam, B.J. Fast and sensitive silver staining of DNA in Polyacrylamide gels / B.J. Bassam, G. Caetano-Anolles, P.M. Gresshoff // Analytical Biochemistry. -1991. - Vol. 196, № 1. - P. 80-83.

32. Bauernfeind, A. Molecular procedure for rapid detection of Burkholderia mallei and Burkholderia pseudomallei / A. Bauernfeind, C. Roller, D. Meyer et al. // Journal of clinical microbiology. - 1998. - Vol. 36, № 9. - Р. 2737-2741.

33. Behera, B. Ceftazidime resistance in Burkholderia pseudomallei: first report from India / B. Behera, TL. Prasad Babu, A. Kamalesh, G. Reddy // Asian Pacific jornal of tropicalmedicin. - 2012. - Vol. 5, № 4. - P. 329-330.

34. Bevivino, A. Phenotypic comparison between rhizosphere and clinical isolates of Burkholderia cepacia / A. Bevivino, S. Tabacchioni, L. Chiarini et al. // Microbiology. - 1994. - Vol. 140, № 5. - P. 1069-1077.

35. Bodilsen, J. Mycotic aneurysm caused by Burkholderia pseudomallei in a previously healthy returning traveler / J. Bodilsen, S. Vammen, K. Fuursted, U. Hjort // BMJ case reports. - 2014. - Vol. 2014. - P. bcr2013202824.

36. Bowers, J.R. BurkDiff: a real-time PCR allelic discrimination assay for Burkholderia pseudomallei and B. mallei / J.R. Bowers, D.M. Engelthaler, J.L. Ginther et al. // PLoS One. - 2010. - Vol. 5, № 11. - P. e15413.

37. Brent, A.J. Misdiagnosing melioidosis / A.J. Brent, P.C. Matthews, D.A. Dance et al. // Emerging infectious diseases. - 2007. - Vol. 13, №2. - P.349-351.

38. Brett, P.J. Burkholderia thailandensis sp. nov., a Burkholderia pseudomallei-like species / P.J. Brett, D. DeShazer, D.E. Woods // International journal of systematic bacteriology. - 1998. - Vol. 48. - P. 317-320.

39. Brilhante, R.S. Clinical-epidemiological features of 13 cases of melioidosis in Brazil / R.S. Brilhante, T.J. Bandeira, R.A. Cordeiro et al. // Journal of clinical microbiology. - 2012. - Vol. 50, № 10. - P. 3349-3352.

40. Brook, M.D. Isolation and identification of Burkholderia pseudomallei from soil using selective culture techniques and the polymerase chain reaction / M.D. Brook, B. Currie, P.M. Desmarchelier // Journal of applied microbiology. -1997. - Vol. 82, № 5. - P. 589-596.

41. Bugrysheva, J.V. Antibiotic resistance markers in Burkholderia pseudomallei strain Bp1651 identified by genome sequence analysis / J.V. Bugrysheva, D. Sue, J.E. Gee et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2017. - Vol. 61, № 6.

- P. e00010-17.

42. Bugrysheva, J.V. Finished annotated genome sequence of Burkholderia pseudomallei strain Bp1651, a multidrug-resistant clinical isolate / J.V. Bugrysheva, D. Sue, J. Hakovirta et al. // Genome announcements. - 2015. -Vol. 3, № 6. - P. e01427-15.

43. Bush, K. A functional classification scheme for ß-lactamases and its correlation with molecular structure / K. Bush, G.A. Jacoby, A.A. Medeiros // Antimicrobialagents and chemotherapy. - 1995. - Vol. 39, № 6. - P. 1211-1233.

44. Chang, C.Y. Integron types, gene cassettes, antimicrobial resistance genes and plasmids of Shigella sonnei isolates from outbreaks and sporadic cases in Taiwan / C.Y. Chang, P.L. Lu, C.C. Lin et al. // Journal of medical microbiology. - 2011.

- Vol. 60, № 2. - P. 197-204.

45. Chantratita, N. Antimicrobial resistance to ceftazidime involving loss of penicillin-binding protein 3 in Burkholderia pseudomallei / N. Chantratita, D.A. Rholl, B. Sim et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences. -2011. - Vol. 108, № 41. - P. 17165-17170.

46. Chaiyaroj, S.C. Differences in genomic macrorestriction patterns of arabinose-positive (Burkholderia thailandensis) and arabinose-negative Burkholderia pseudomallei / S.C. Chaiyaroj, K. Kotrnon, S. Koonpaew et al. // Microbiology and Immunology. - 1999. - Vol. 43, № 7. - P. 625-630.

47. Chaowagul, W. Melioidosis: a major cause of community-acquired septicemia in northeastern Thailand / W. Chaowagul, N.J. White, D.A. Dance et al. // Journal of infectious diseases. - 1989. - Vol. 159, № 5. - P. 890-899.

48. Chen, Y.S. Distribution of melioidosis cases and viable Burkholderia pseudomallei in soil: evidence for emerging melioidosis in Taiwan / Y.S.Chen, H.H. Lin, J.J. Mu et al. // Journal of clinical microbiology. - 2010. - Vol. 48, № 4. - P. 1432-1434.

49. Cheng, A.C. Melioidosis: Epidemiology, Pathophysiology, and Management / A.C. Cheng, B.J. Currie // Clinical microbiology reviews. - 2005. - Vol. 18, № 2.

- P. 383-416.

50. Cheng, A.C. Indirect hemagglutination assay in patients with melioidosis in northern Australia / A.C. Cheng, M. O'Brien, K.Freeman et al. // The American journal of tropical medicine and hygiene. - 2006. - Vol. 74, № 2. - P. 330-334.

51. Cheng, A.C. Intensity of exposure and incidence of melioidosis in Thai children / A.C. Cheng, V. Wuthiekanun, D. Limmathurotsakul et al. // Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene. - 2008. - Vol. 102. - P. S37-S39.

52. Chenthamarakshan, V. Detection of immunoglobulins M and G using culture filtrate antigen of Burkholderia pseudomallei / V. Chenthamarakshan, J. Vadivelu, S.D. Puthucheary // Diagnostic microbiology and infectious disease.

- 2001. - Vol. 39, № 1. - P. 1-7.

53. Cheung, T.K. Cloning and expression of class A ß-lactamase gene blaA (BPS) in Burkholderia pseudomallei / T.K. Cheung, P.L. Ho, P.C. Woo et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2002. - Vol. 46, № 4. - P. 1132-1135.

54. Chierakul, W. Melioidosis in 6 tsunami survivors in southern Thailand / W. Chierakul, W. Winothai, C. Wattanawaitunechai et al. // Clinical infectious diseases. - 2005. - Vol. 41, № 7. - P. 982-990.

55. Christopher, G.W. Biological warfare. A historical perspective / G.W. Christopher, T.J. Cieslak, J.A. Pavlin, E.M.Jr. Eitzen // JAMA. - 1997. -Vol. 278, № 5. - P. 412-417.

56. Cravitz, L. Immunologic studies with Malleomyces mallei and Malleomyces pseudomallei, agglutination and complement fixation tests in man and laboratory

animals / L. Cravitz, W.R. Miller // The Journal of infectious diseases. - 1950. -Vol. 86, № 1. - P. 52-62.

57. Coenye, T. Taxonomy and identification of theBurkholderia cepacia complex / T. Coenye, P. Vandamme, J.R. Govan, J.J. LiPuma // Journal of clinical microbiology. - 2001. - Vol. 39, № 10. - P. 3427-3436.

58. Coenye, T. Diversity and significance of Burkholderia species occupying diverse ecological niches / T. Coenye, P. Vandamme // Environmental Microbiology. -2003. - Vol. 5, № 9. - P. 719-729.

59. Crowley, D. Molecular epidemiology of cystic fibrosis-linked Burkholderia cepacia complex isolates from three national referral centres in Ireland / D. Crowley, M. Daly, B. Lucey et al. // Journal of applied microbiology. - 2002. - Vol. 92. - P. 992-1004.

60. Currie, B.J. Melioidosis: an important cause of pneumonia in residents of and travelers returned from endemic regions / B.J. Currie // European Respiratory Journal. - 2003. - Vol. 22. - P. 542-550.

61. Currie, B.J. Melioidosis: evolving concepts in epidemiology, pathogenesis, and treatment / B.J. Currie // Seminars in respiratory and critical care medicine. -2015. - Vol. 36, № 1. - P. 111-125.

62. Currie, B.J. The global distribution of Burkholderia pseudomallei and melioidosis: an update / B.J. Currie, D.A. Dance, A.C. Cheng // Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene. - 2008. - Vol. 102. - P. S1-S4.

63. Currie, B.J. The epidemiology and clinical spectrum of melioidosis: 540 cases from the 20 year Darwin prospective study / B.J. Currie, L. Ward, A.C. Cheng // PLoS Negl Trop Dis. - 2010. - Vol. 4, № 11. - P. e900.

64. Currie, B.J. Endemic melioidosis in tropical northern Australia: a 10-year prospective study and review of the literature / B.J. Currie, D.A. Fisher, D.M. Howard et al. // Clinical infectious diseases. - 2000. - Vol. 31, № 4. -P. 981-986.

65. Dan, M. Melioidosis in travelers: review of the literature / M. Dan // Journal of travel medicine. - 2015. - Vol. 22, № 6. - P. 410-414.

66. Dance, D.A.B. Identification of Pseudomonas pseudomallei in clinical practice: use of simple screening tests and API 20NE / D.A.B. Dance, V. Wuthiekanun, P. Naigowit, N.J. White // Journal of clinical pathology. - 1989. - Vol. 42, № 6. -P. 645-648.

67. Dance, D.A. Melioidosis. In the wellcome trust illustrated history of tropical diseases, F.E.G. Cox, ed. / D.A. Dance, N.J. White // London: The Wellcome Trust. - 1996. - P. 72-81.

68. DeShazer, D. Virulence of clinical and environmental isolates of Burkholderia oklahomensis and Burkholderia thailandensis in hamstersand mice / D. DeShazer // FEMS microbiology letters. - 2007. - Vol. 277, № 1. - P. 64-69.

69. Dharakul, T. Detection of Burkholderia pseudomallei DNA in patients with septicemic melioidosis / T. Dharakul, S. Songsivilai, S. Viriyachitra et al. // Journal of clinical microbiology. - 1996. - Vol. 34. - P. 609-614.

70. Dharakul, T. Phylogenetic analysis of Ara+ and Ara- Burkholderia pseudomallei isolates and development of a multiplex PCR procedure for rapid discrimination between the two biotypes / T. Dharakul, B. Tassaneetrithep, S.Trakulsomboon, S. Songsivilai // Journal of clinical microbiology. - 1999. - Vol. 37. - P. 1906-1912.

71. Drevinek, P. Burkholderia cenocepacia in cystic fibrosis: epidemiology and molecular mechanisms of virulence / P. Drevinek, E. Mahenthiralingam // Clinical microbiology and infection. - 2010. - Vol. 16. - P. 821-830.

72. Doker, T.J. Fatal Burkholderia pseudomallei infection initially reported as a Bacillus species, Ohio, 2013 / T.J. Doker, C.L. Quinn , E.D. Salehi et al. // The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. - 2014. - Vol. 91, № 4. -P. 743-746.

73. Domingues, S. Integrons Vehicles and pathways for horizontal dissemination in bacteria / S. Domingues, G.J. da Silva, K.M. Nielsen // Mobile Genetic Elements. - 2012. - Vol. 2, № 5. - P. 211-223.

74. Elnifro, E.M. Multiplex PCR: optimization and application in diagnostic virology / E.M. Elnifro, A.M. Ashshi, R.J. Cooper, P.E. Klapper // Clinical Microbiology Reviews. - 2000. - Vol. 13. - P. 559-570.

75. Fernandes, R. ß-Lactams: chemical structure, mode of action and mechanisms of resistance / R. Fernandes, P. Amador, C. Prudêncio // Reviews in Medical Microbiology. - 2013. - Vol. 24, № 1. - P. 7-17.

76. Frickmann, H. Discrimination of Burkholderia mallei/pseudomallei from Burkholderia thailandensisby sequence comparison of a fragment of the ribosomal protein S21 (RPSU) gene. / H. Frickmann, N. Chantratita, Y.P. Gauthier et al. // European journal of microbiology and immunology. -2012. - Vol. 2. - P. 148-156.

77. Gal, D. Short report: application of a polymerase chain reaction to detect Burkholderia pseudomallei in clinical specimens from patients with suspected melioidosis / D. Gal, M. Mayo, E. Spencer et al. // The American journal of tropical medicine and hygiene. - 2005. - Vol. 73. - P. 1162-1164.

78. Gauthier, J. Melioidosis in travelers returning from Vietnam to France / J. Gauthier, P. Gérôme, M. Defez et al. // Emerging infectious diseases. - 2016. -Vol. 22, № 9. - P. 1671-1673.

79. Gee, J.E. Use of 16S rRNA gene sequencing for rapid identification and differentiation of Burkholderia pseudomallei and B. mallei / J.E. Gee, C.T. Sacchi, M.B. Glass et al. // Journal of clinical microbiology. - 2003. - Vol. 41. - P. 4647-4654.

80. Gee, J.E. Recovery of a Burkholderia thailandensis-like isolate from an Australian water source / J.E. Gee, M.B. Glass, R.T. Novak et al. // BMC Microbiology. - 2008. - Vol. 8, № 1. - P. 54.

81. Gilad, J. Burkholderia mallei and Burkholderia pseudomallei: the causative microorganisms of glanders and melioidosis / J. Gilad // Recent Pat Antiinfect Drug Discov. - 2007. - Vol. 2, № 3. - P. 233-241.

82. Ginther, J.L. Identification of Burkholderia pseudomallei Near-Neighbor species in the northern territory of Australia / J.L. Ginther, M. Mayo, S.D. Warrington et al. // PLoS neglected tropical diseases. - 2015. - Vol. 9, № 6. - P. e0003892.

83. Glass, M.B. Burkholderia oklahomensis sp. nov., a Burkholderia pseudomallei-like species formerly known as the Oklahoma strain of Pseudomonas pseudomallei / M.B. Glass, A.G. Steigerwalt, J.G. Jordan et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2006. - Vol. 56. -P. 2171-2176.

84. Glass, M.B. Preliminary evaluation of the API 20NE and RapID NF Plus systems for rapid identification of Burkholderia pseudomallei and B. mallei / M.B. Glass, T. Popovic // Journal of clinical microbiology. - 2005. - Vol. 43. - P. 479-483.

85. Godfrey, A.J. Pseudomonas pseudomallei resistance to beta-lactam antibiotics due to alterations in the chromosomally encoded beta-lactamase / A.J. Godfrey, S. Wong, D.A. Dance et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 1991. -Vol. 35, № 8. - P. 1635-1640.

86. Goldmann, D.A. Pseudomonas cepacia biology, mechanisms of virulence, epidemiology / D.A. Goldmann, J.D. Klinger // The Journal of pediatrics. - 1986. - Vol. 108. - P. 806-812.

87. Gregory, B.C. Glanders / B.C. Gregory, D.M. Waag // Medical Aspects of Biological Warfare. - 2007. - P. 121-146.

88. Gudmundsdottir, T. Melioidosis, first four cases in Iceland / T.Gudmundsdottir, H. Asgeirsson, H.S. Hardarson, A.S. Thorisdottir // Laeknabladid. - 2014. - Vol. 100, № 2. - P. 85-89.

89. Guo, R.F. Splenic abscesses in a returning traveler / R.F. Guo, F.L. Wong, M.L. Perez // Infectious disease reports. - 2015. - Vol. 7, № 1. - P. 5791.

90. Haase, A. Evaluation of PCR for diagnosis of melioidosis / A. Haase, M. Brennan, S. Barrett et al. // Journal of clinical microbiology. - 1998. -Vol. 36. - P. 1039-1041.

91. Hagen, R.M. Strategies for PCR based detection of Burkholderia pseudomallei DNA in paraffin wax embedded tissues / R.M. Hagen, Y.P. Gauthier, L.D. Sprague et al. // Molecular Pathology. - 2002. - Vol. 55, № 6. - P. 398-400.

92. Hebbar, K.P. Rhizobacteria of maize antagonistic to Fusarium monilforme, a soil-borne fungal pathogen: isolation and identification / K.P. Hebbar, A.G. Davey, P.J. Dart // Soil Biol Biochem. - 1992. - Vol. 24, № 10. - P. 979-987.

93. Henegariu, O. Multiplex PCR: critical parameters and step-by-step protocol / O. Henegariu, N.A. Heerema, S.R. Dlouhy et al. // BioTechniques. - 1997. -Vol. 23. - P. 504-511.

94. Ho, C.C. Novel pan-genomic analysis approach in target selection for multiplex PCR identification and detection of Burkholderia pseudomallei, Burkholderia thailandensis, and Burkholderia cepacia complex species: a proof-ofconcept study / C.C. Ho, C.C.Y. Lau, P. Martelli et al. // Journal of clinical microbiology. - 2011. - Vol. 49. - P. 814-821.

95. Hodgson, K. Comparison of routine bench and molecular diagnostic methods in identification of Burkholderia pseudomallei / K. Hodgson, C. Engler, B. Govan et al. // Journal of clinical microbiology. - 2009. - Vol. 47. - P. 1578-1580.

96. Hoffmaster, A.R. Melioidosis diagnostic workshop, 2013 / A.R. Hoffmaster, D. AuCoin, P. Baccam et al. // Emerging infectious diseases. - 2015. - Vol. 21, № 2. - P. 1-9.

97. Holden, M.T.G. Genomic plasticity of the causative agent of melioidosis, Burkholderia pseudomallei / M.T.G. Holden, R.W. Titball, S.J. Peacock et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2004. - Vol. 101, № 39. - P. 14240-14245.

98. Holland, D.J. Cystic fibrosis and Burkholderia pseudomallei infection: an emerging problem? / D.J. Holland, A. Wesley, D. Drinkovic, B.J. Currie // Clinical infectious diseases. - 2002. - Vol. 35, № 12. - P. e138-e140.

99. Homma, Y. Mode of suppression of sugar beet damping-off caused by Rhixoctoniu solani by seed bacterization with Pseudomonas cepacia / Y. Homma, Y. Chikuo, A. Ogoshi // Bulletin OILB SROP (France). - 1991.

100. Inglis, T.J. Cellular fatty acid profile distinguishes Burkholderia pseudomallei from avirulent Burkholderia thailandensis / T.J. Inglis, M. Aravena-Roman, S. Ching et al. // Journal of clinical microbiology. - 2003. - Vol. 41, № 10. -P. 4812-4814.

101. Inglis, T.J. Comparison of diagnostic laboratory methods for identification of Burkholderia pseudomallei / T.J. Inglis, A. Merritt, G. Chidlow et al. // Journal of clinical microbiology. - 2005. - Vol. 43. - P. 2201-2206.

102. Inglis, T.J. Potential misidentification of Burkholderia pseudomallei by API 20NE / T.J. Inglis, D. Chiang, G.S. Lee, L. Chor-Kiang // Pathology. - 1998. -Vol. 30. - P. 62-64.

103. Inglis, T.J. Use of matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analysis for rapid confirmation of Burkholderia pseudomallei in septicemic melioidosis / T.J. Inglis, P.E. Healy, L.J. Fremlin, C.L. Golledge // The American journal of tropical medicine and hygiene. - 2012. - Vol. 86, № 6. - P. 1039-1042.

104. James, G.L. Surprisingly low seroprevalence of Burkholderia pseudomallei in exposed healthy adults in the Darwin region of tropical Australia where melioidosis is highly endemic / G.L. James, B. Delaney, L. Ward et al. // Clinical and Vaccine Immunology. - 2013. - Vol. 20, № 5. - P. 759-760.

105. John, T.J. Melioidosis in India: the tip of the iceberg? / T.J. John, M.V. Jesudason, M.K. Lalitha et al. // The Indian journal of medical research. -1996. - Vol. 103. - P. 62-65.

106. Joris, B. Comparison of the sequences of class A ß-lactamases and of the secondary structure elements of penicillin-recognizing proteins / B. Joris, P. Ledent, O. Dideberg et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 1991. -Vol. 35, № 11. - P. 2294-2301.

107. Kao, C.M. Detection of Burkholderia pseudomallei in rice fields with PCR-based technique / C.M. Kao, S.C. Chen, Y.S. Chen et al. // Folia Microbiologica. -2003. - Vol. 48, № 4. - P. 521-524.

108. Keith, K.E. Functional characterization of OXA-57, a class D beta-lactamase from Burkholderia pseudomallei / K.E. Keith, P.C. Oyston, B. Crossett et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2005. - Vol. 49, № 4. - P. 1639-1641.

109. Khan, I. Glanders in animals: a review on epidemiology, clinical presentation, diagnosis and countermeasures/ I. Khan, L.H. Wieler, F. Melzer et al. // Transboundary and emerging diseases. - 2013. - Vol. 60, № 3. -P. 204-221.

110. Kingsley, P.V. Melioidosis in Malaysia: A Review of Case Reports / P.V. Kingsley, M. Leader, N.S. Nagodawithana et al. // PLoS neglected tropical diseases. - 2016. - Vol. 10, № 12. - P. e0005182.

111. Koh, S.F. Development of a multiplex PCR assay for rapid identification of Burkholderia pseudomallei, Burkholderia thailandensis, Burkholderia mallei and Burkholderia cepacia complex / S.F. Koh, S.T. Tay, R. Sermswan et al. // Journal of microbiological methods. - 2012. - Vol. 90, № 3. - P. 305-308.

112. Kunakorn, M. Man-to-man transmission of melioidosis / M. Kunakorn, P. Jayanetra, D. Tanphaichitra // Lancet. - 1991. - Vol. 337. - Р. 1290-1291.

113. Kung, C.T. Development of ceftazidime resistance in Burkhoderia pseudomallei in a patient experiencing melioidosis with mediastinal lymphadenitis / C.T. Kung, C.H. Lee, C.J. Li et al. // Ann. Acad. Med. Singapore. - 2010. - Vol. 39, № 12. -P. 945-947.

114. Lee, M.A. Detection and differentiation of Burkholderia pseudomallei, Burkholderia mallei and Burkholderia thailandensis by multiplex PCR / M.A. Lee, D.L. Wang, E.H. Yap // FEMS Immunol. Med. Microbiol. - 2005. -Vol. 43. - P. 413-417.

115. Lehavi, O. Glanders-a potential disease for biological warfare in humans and animals / O. Lehavi, O. Aizenstien, L. Katz, A. Hourvitz // Harefuah. - 2002. -Vol. 141. - P. 88-91.

116. Lertpatanasuwan, N. Arabinose-positive Burkholderia pseudomallei infection in humans: Case report / N. Lertpatanasuwan, K. Sermsri, A. Petkaseam et al. // Clinical infectious diseases. - 1999. - Vol. 28, № 4. - P. 927-928.

117. Leth, S. Melioidosis in a Danish tourist returning from Northeastern Thailand / S. Leth, M. Wang, S. Deutch // Ugeskrift of laeger. - 2014. - Vol. 176, № 12. -P. V12120748.

118. Lew, A.E. Detection of Pseudomonas pseudomallei by PCR and hybridization /

A.E. Lew, P.M. Desmarchelier // Journal of clinical microbiology. - 1994. -Vol. 32. - P. 1326-1332.

119. Li, R. A novel PCR-based approach for accurate identification of Vibrio parahaemolyticus / R. Li, J. Chiou, E.W.-C. Chan, S. Chen // Frontiers in microbiology. - 2016. - Vol. 7. - P. 44.

120. Limmathurotsakul, D. Predicted global distribution of Burkholderia pseudomallei and burden of melioidosis / D. Limmathurotsakul, N. Golding, D.A. Dance et al. // Nature microbiology. - 2016. - Vol. 1, № 1. - Р. 15008.

121. Limmathurotsakul, D. Increasing incidence of human melioidosis in Northeast Thailand / D. Limmathurotsakul, S. Wongratanacheewin, N. Teerawattanasook et al. // The American journal of tropical medicine and hygiene. - 2010. - Vol. 82, № 6. - P. 1113-1117.

122. Liu, Y. Identification of a novel repetitive DNA element and its use as a molecular marker for strain typing and discrimination of ara- from ara+ Burkholderia pseudomallei isolates / Y. Liu, D. Wang, E.H. Yap et al. // Journal of medical microbiology. - 2002. - Vol. 51, № 1. - P. 76-82.

123. Lowe, P. Comparison of automated and nonautomated systems for identification of Burkholderia pseudomallei / P. Lowe, C. Engler, R. Norton // Journal of clinical microbiology. - 2002. - Vol. 40, № 12. - P. 4625-4627.

124. Lowe, C-W. A quadruplex Real-Time PCR assay for the rapid detection and differentiation of the most relevant members of the B. pseudomallei complex:

B. mallei, B. pseudomallei, and B. thailandensis / C-W. Lowe, B.A. Satterfield, D.B. Nelson et al. // PLoS ONE. - 2016. - Vol. 11, № 10. - P. e0164006.

125. Machado, E. Integron content of extended-spectrum-ß-lactamase-producing Escherichia coli strains over 12 years in a Single Hospital in Madrid, Spain /

E. Machado, R. Canton, F. Baquero et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2005. - Vol. 49, № 5. - P. 1823-1829.

126. Markoulatos, P. Multiplex polymerase chain reaction: a practical approach / P. Markoulatos, N. Siafakas, M. Moncany // Journal of clinical laboratory analysis. - 2002. - Vol. 16, № 1. - P. 47-51.

127. McCormick, J.B. Human-to-human transmission of Pseudomonas pseudomallei / J.B. McCormick, D.J. Sexton, J.G. McMurray et al. // Annals of Internal Medicine. - 1975. - Vol. 83, № 4. - P. 512-513.

128. McCormick, J.B. Wound infection by an indigenous Pseudomonaspseudomallei-like organism isolated from the soil: case report and epidemiologic study / J.B. McCormick, R.E. Weaver, P.S. Hayes et al. // Journal of infectious diseases. - 1977. - Vol. 135, № 1. - P. 103-107.

129. McLoughlin, T.J. Pseudomonas cepacia suppression of Sunflower wilt fungus and role of antifungal compounds in controlling the disease / T.J. McLoughlin, J.P. Quinn, A. Bettermann, R. Bookland // Applied and environmental microbiology. - 1992. - Vol. 58, № 5. - P. 1760-1763.

130. Mendes, R.E. Integron carrying a novel metallo-ß-lactamase gene, blaIMP-16, and a fused form of aminoglycoside-resistant gene aac(6')-30/aac(6')-Ib': Report from the SENTRY Antimicrobial Surveillance Program / R.E. Mendes, M.A. Toleman, J. Ribeiro et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. -2004. - Vol. 48, № 12. - P. 4693-4702.

131. Meumann, E.M. Clinical evaluation of a type III secretion system real-time PCR assay for diagnosing melioidosis / E.M. Meumann, R.T. Novak, D. Gal et al. // Journal of clinical microbiology. - 2006. - Vol. 44, № 8. - P. 3028-3030.

132. Morelli, F. Melioidosis and renal failure in a Dutch man after a trip to Gambia /

F. Morelli, L. Smeets, M. Hobijn, H. Boom // The Netherlands journal of medicine. - 2015. - Vol. 73, № 6. - P. 296-298.

133. Naas, T. Integron-located VEB-1 extended-spectrum ß-lactamase gene in a Proteus mirabilis clinical isolate from Vietnam / T. Naas, F. Benaoudia,

S. Massuard, P. Nordmann // Journal of antimicrobial chemotherapy. - 2000. -Vol. 46, №5. - P. 703-711.

134. Naureen, A. Comparative evaluation of Rose Bengal plate agglutination test, mallein test, and some conventional serological tests for diagnosis of equine glanders / A. Naureen, M. Saqib, G. Muhammad et al. // Journal of veterinary diagnostic investigation. - 2007. - Vol. 19, № 4. - P. 362-367.

135. Neubauer, H. Development and clinicalevaluation of a PCR assay targeting the metalloprotease gene (mprA) of B. pseudomallei / H. Neubauer, L.D. Sprague, M. Joseph et al. // Zoonoses Public Health. - 2007. - Vol. 54, № 1. - P. 44-50.

136. Neubauer, H. Serodiagnosis of Burkholderia mallei infections in horses: state-of-the-art and perspectives / H. Neubauer, L.D. Sprague, R. Zacharia et al. // Zoonoses and Public Health. - 2005. - Vol. 52, № 5. - Р. 201-205.

137. Ngauy,V. Cutaneous melioidosis in a man who was taken as a prisoner of war by the Japanese during World War II /V. Ngauy, Y. Lemeshev, L. Sadkowski, G. Crawford // Journal of clinical microbiology. - 2005. - Vol. 43, № 2. - Р. 970972.

138. Niumsup, P. Cloning of the class D beta-lactamase gene from Burkholderia pseudomallei and studies on its expression in ceftazidime-susceptible and -resistant strains / P. Niumsup, V. Wuthiekanun // Journal of antimicrobial chemotherapy. - 2002. - Vol. 50, № 4. - Р. 445-455.

139. Novak, R.T. Development and evaluation of a real-time PCR assay targeting the type III secretion system of Burkholderia pseudomallei / R.T. Novak, M.B. Glass, J.E. Gee et al. // Journal of clinical microbiology. - 2006. - Vol. 44, № 1. - P. 8590.

140. Nussbaum, J.J. Pseudomonas pseudomallei in an anopthalmic orbit / J.J. Nussbaum, D.S. Hull, M.J. Carter // Arch Ophthalmol. - 1980. - Vol. 98. -P. 1224-1225.

141. Palleroni, N.J. Nucleic acid homo-logies in the genus Pseudomonas / N.J. Palleroni, R. Kunisawa, R. Contopoulou, M. Doudoroff // International

Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 1973. - Vol. 23, № 4. -P. 333-339.

142. Palleroni, N.J. Genus I Pseudomonas Migula 1894 / N.J. Palleroni // Bergey's manual of systematic bacteriology. - 2005. - P. 323-378.

143. Pan, J.C. Molecular characteristics of class 1 and class 2 integrons and their relationships to antibiotic resistance in clinical isolates of Shigella sonnei and Shigella flexneri / J.C. Pan, R. Ye, D.M. Meng et al. // Journal of antimicrobial chemotherapy. - 2006. - Vol. 58, № 2. - P. 288-296.

144. Panomket, P. Susceptibility of ceftazidime to Burkholderia pseudomallei found in patients in Sappasit Prasong Hospital / P. Panomket, S. Wanrum, J. Jittimanee et al. // J Med Tech Phy Ther. - 2011. - Vol. 23. - P. 265-273.

145. Panya, M. Prevalence of bla (PenA) and bla (OXA) in Burkholderia pseudomallei isolated from patients at Sappasitthiprasong Hospital and their susceptibility to ceftazidime and carbapenems / M. Panya, S. Thirat, S. Wanram et al. // Journal of the Medical Association of Thailand - Chotmaihet thangphaet. - 2016. - Vol. 99. - P. S12-6.

146. Parameswaran, U. Melioidosis at Royal Darwin Hospital in the big 2009-2010 wet season: comparison with the preceding 20 years / U. Parameswaran, R.W. Baird, L.M. Ward, B.J. Currie // Medical Journal of Australia. - 2012. -Vol. 196, № 5. - P. 345-348.

147. Peacock, S.J. Management of accidental laboratory exposure to Burkholderia pseudomallei and B. mallei / S.J. Peacock, H.P. Schweizer, D.A. Dance et al. // Emerging infectious diseases. - 2008. - Vol. 14, № 7. - P. e2.

148. Podin, Y. Reliability of automated biochemical identification of Burkholderia pseudomallei is regionally dependent / Y. Podin, M. Kaestli, N. McMahon et al. // Journal of clinical microbiology. - 2013. - Vol. 51, № 9. - P. 3076-3078.

149. Poirel, L. Outbreak of extended-spectrum ß-lactamase VEB-1-producing isolates of Acinetobacter baumannii in a French hospital / L. Poirel, O. Menuteau, N. Agoil et al. // Journal of clinical microbiology. - 2003. - Vol. 41, № 8. -P. 3542-3547.

150. Price, E.P. Improved multilocus sequence typing of Burkholderia pseudomallei and closely related species / E.P. Price, B. MacHunter, B.G. Spratt et al. // Journal of medical microbiology. - 2016. - Vol. 65, № 9. - P. 992-997.

151. Price, E.P. Whole-genome sequences of Burkholderia pseudomallei isolates exhibiting decreased meropenem susceptibility / E.P. Price, M.L. Smith, E.E. Paxinos et al. // Genome announcements. - 2017. - Vol. 5, № 14. - P. e00053-17.

152. Puthucheary, S.D. Molecular investigation of virulence determinants between a virulent clinical strain and an attenuated strain of Burkholderia pseudomallei / S.D. Puthucheary, S.M. Puah, H.C. Chai et al. // Journal Mol Microbiol Biotechnol. - 2012. - Vol. 22, № 3. - P. 198-204.

153. Rainbow, L. Distribution of type III secretion gene clusters in Burkholderia pseudomallei, B. thailandensis and B. mallei / L. Rainbow, C.A. Hart, C. Winstanley // Journal of medical microbiology. - 2002. - Vol. 51, № 5. -P. 374-384.

154. Ramisse, V. DNA-DNA hybridization study of Burkholderia species using genomic DNA macro-array analysis coupled to reverse genome probing / V. Ramisse, J. Balandreau, F. Thibault et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2003. - Vol. 53, № 3. - P. 739-746.

155. Ramirez, M.S. Class 2 integron with a novel cassette array in a Burkholderiaceno cepacia isolate / M.S. Ramirez, L.J. Vargas, V. Cagnoni et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2005. - Vol. 49, № 10. - P. 4418-4420.

156. Ramirez, M.S. Novel rearrangement of a class 2 integron in two non-epidemiologically related isolates of Acinetobacter baumannii / M.S. Ramirez, C. Quiroda, D. Centron // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2005. -Vol. 49, № 12. - P 5179-5181.

157. Reckseidler, S.L. Detection of bacterial virulence genes by subtractive hybridization: identification of capsular polysaccharide of Burkholderia pseudomallei as a major virulence determinant / S.L. Reckseidler, D. DeShazer, P.A. Sokol, D.E. Woods // Infection and Immunity. - 2001. - Vol. 69, № 1. -P. 34-44.

158. Rholl, D.A. Molecular investigations of PenA-mediated ß-lactam resistance in Burkholderia pseudomallei / D.A. Rholl, K.M. Papp-Wallace, A.P. Tomaras et al. // Frontiers in Microbiology. - 2011. - Vol. 2. - Р. 139.

159. Rogul, M. Nucleic acid similarities among Pseudomonas pseudomallei, Pseudomonas multivorans, and Actinobacillus mallei/ M. Rogul, J.J. Brendle, D.K. Haapala, A.D. Alexander // Journal of Bacteriology. - 1970. - Vol. 101, № 3. - P. 827-835.

160. Rotz, L.D. Public health assessment of potential biological terrorism agents / L.D. Rotz, A.S. Khan, S.R. Lillibridge et al. // Emerging infectious diseases. -2002. - Vol. 8, № 2. - P. 225-230.

161. Rubin, H.L. Melioidosis - a military medical problem? / H.L. Rubin, A.D. Alexander, R.H. Yager // Military Medicine. - 1963. - Vol. 128. - P. 538-542.

162. Sam, I.C. Variations in ceftazidime and amoxicillin-clavulanate susceptibilities within a clonal infection of Burkholderia pseudomallei / I.C. Sam, K.H. See, S.D. Puthucheary // Journal of clinical microbiology. - 2009. - Vol. 47, № 5. -P. 1556-1558.

163. Samosornsuk, N. Short report: evaluation of a monoclonal antibody-based latex agglutination test for rapid diagnosis of septicemic melioidosis / N. Samosornsuk, A. Lulitanond, N. Saenla et al. // The American journal of tropical medicine and hygiene. - 1999. - Vol. 61, № 5. - P. 735-737.

164. Sánchez-Romero, I. Nosocomial Outbreak of VIM-1-producing Klebsiella pneumonia isolates of multilocus sequence type 15: Molecular basis, clinicalrisk factors, and outcome / I. Sánchez-Romero, A. Asensio, J. Oteo et al. // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2012. - Vol. 56, № 1. - P. 420-427.

165. Sanford, J.P. Pseudomonas species (including melioidosis and glanders) / J.P. Sanford // Principles and Practice of Infectious Diseases. - 1995. - P. 2003-2009.

166. Sarovich, D.S. Characterization of ceftazidime resistance mechanisms in clinical isolates of Burkholderia pseudomallei from Australia / D.S. Sarovich, E.P. Price, A.T. Von Schulze et al. // PLoS ONE. - 2012. - Vol. 7, № 2. - P. e30789.

167. Schweizer, H.P. Mechanisms of antibiotic resistance in Burkholderia pseudomallei: implications for treatment of melioidosis / H.P. Schweizer // Future Microbiology. - 2012. - Vol. 7, № 12. - P. 1389-1399.

168. Sermswan, R.W. Construction of a specific DNA probe for diagnosis of melioidosis and use as an epidemiological marker of Pseudomonas pseudomallei / R.W. Sermswan, S. Wongratanacheewin, U. Tattawasart, S Wongwajana // Molecular and Cellular Probes. - 1994. - Vol. 8. - P. 1-9.

169. Sermswan, R.W. Comparison of the polymerase chain reaction and serologic tests for diagnosis of septicemic melioidosis / R.W. Sermswan, S. Wongratanacheewin, N. Anuntagool, S. Sirisinha // The American journal of tropical medicine and hygiene. - 2000. - Vol. 63, № 3. - P. 146-149.

170. Sint, D. Advances in multiplex PCR: balancing primer efficiencies and improving detection success / D. Sint, L. Raso, M. Traugott // Methods in Ecology and Evolution. - 2012. - Vol. 3, № 5. - P. 898-905.

171. Smith-Vaughan, H.C. Ubiquity of putative type III secretion genes among clinical and environmental Burkholderia pseudomallei isolates in Northern Australia / H.C. Smith-Vaughan, D. Gal, P.M. Lawrie et al. // Journal of clinical microbiology. - 2003. - Vol. 41, № 2. - P. 883-885.

172. Sonthayanon, P. A simple method to detect and differentiate Burkholderia pseudomallei and Burkholderia thailandensis using specific flagellin gene primers / P. Sonthayanon, P. Krasao, V. Wuthiekanun et al. // Molecular and Cellular Probes. - 2002. - Vol. 16, № 3. - P. 217-222.

173. Spickler, A.R. Glanders / A.R. Spickler // Handbook For Zoonotic Diseases of Companion Animals. - 2008. - P. 133-135.

174. Sprague, L.D. Prevalence-dependent use of serological tests for diagnosing glanders in horses / L.D. Sprague, R. Zachariah, H. Neubauer et al. // BMC Veterinary Research. - 2009. - Vol. 5. - Р. 32.

175. Starzacher, A.K. Case report: eine Melioidose in Berlin / A.K. Starzacher, M. Knappik, N. Schonfeld et al. // Pneumologie. - 2014. - Vol. 68, № S 01. -Р. P103.

176. Steinmetz, I. Rapid identification of Burkholderia pseudomallei by latex agglutination based on an exopolysaccharide-specific monoclonal antibody / I. Steinmetz, A. Reganzerowski, B. Brenneke et al. // Journal of clinical microbiology. - 1999. - Vol. 37. - P. 225-228.

177. Suppiah, J. Development and evaluation of polymerase chain reaction assay to detect Burkholderia genus and to differentiate the species in clinical specimens / J. Suppiah, J.S. Thimma, S.H. Cheah, J. Vadivelu // FEMSMicrobiology Letters. - 2010. - Vol. 306. - P. 9-14.

178. Suputtamongkol, Y. Risk factors for melioidosis and bacteremic melioidosis / Y. Suputtamongkol, W. Chaowagul, P. Chetchotisakd et al. // Clinical infectious diseases. - 1999. - Vol. 29, № 2. - P. 408-413.

179. Tanpiboonsak, S. PCR-RFLP based differentiation of Burkholderia mallei and Burkholderia pseudomallei / S. Tanpiboonsak, A. Paemanee, S. Bunyarataphan, S. Tungpradabkul // Molecular and Cellular Probes. - 2004. - Vol. 18, № 2. -P. 97-101.

180. Thepthai, C. Differentiation between non-virulent and virulent Burkholderia pseudomallei with monoclonal antibodies to the Ara+ or Ara- biotypes / C. Thepthai, T. Dharakul, S. Smithikarn et al. // The American journal of tropical medicine and hygiene. - 2001. - Vol. 65, № 1. - P. 10-12.

181. Thibault, F.M. Identification and discrimination of Burkholderia pseudomallei, B. mallei, and B. thailandensis by real-time PCR targeting type III secretion system genes / F.M. Thibault, E. Valade, D.R. Vidal // Journal of clinical microbiology. - 2004. - Vol. 42, № 12. - P. 5871-5874.

182. Tomaso, H. Rapid presumptive identification of Burkholderia pseudomallei with real-time PCR assays using fluorescent hybridization probes / H. Tomaso, T.L. Pitt, F. Landt, S.Al Dahouk et al. // Molecular and Cellular Probes. - 2005. -Vol. 19. - P. 9-20.

183. Tomaso, H. Development of 5'nuclease real-time PCR assays for the rapid identification of the Burkholderia mallei / Burkholderia pseudomallei complex /

H. Tomaso, H.C. Scholz, S.Al Dahouk et al. // Diagnostic Molecular Pathology. -2004. - Vol. 13. - P. 247-253.

184. Trakulsomboon, S. Ribotype differences between clinical and environmental isolates of Burkholderia pseudomallei / S. Trakulsomboon, D.A. Dance, M.D. Smith et al. // Journal of medical microbiology. - 1997. - Vol. 46, № 7. -P. 565-570.

185. Trepanier, S. Characterization of the penA and penR genes of Burkholderia cepacia 249 which encode the chromosomal class A penicillinase and its LysRtype transcriptional regulator / S. Trepanier, A. Prince, A. Huletzky // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 1997. - Vol. 41, № 11. - P. 23992405.

186. Tribuddharat, C. Burkholderia pseudomallei class a beta-lactamase mutations that confer selective resistance against ceftazidime or clavulanic acid inhibition / C. Tribuddharat, R.A. Moore, P. Baker, D.E. Woods // Antimicrobial agents and chemotherapy. - 2003. - Vol .47, № 7. - P. 2082-2087.

187. Tsakris, A. Characterization of In3Mor, a new integron carrying VIM-1 metallo-ß-lactamase and sat1 gene, from Morganella morganii / A. Tsakris, A. Ikonomidis, N. Spanakis et al. // Journal of antimicrobial chemotherapy. -2007. - Vol. 59, № 4. - P. 739-741.

188. Tungpradabkul, S. PCR-RFLP analysis of the flagellin sequences for identification of Burkholderia pseudomallei and Burkholderia cepacia from clinical isolates / S. Tungpradabkul, S. Wajanarogana, S. Tunpiboonsak, S. Panyim // Molecular and Cellular Probes. - 1999. - Vol. 13, № 2. - P. 99-105.

189. Tuanyok, A. Burkholderia humptydooensis sp. nov., a New Species Related to Burkholderia thailandensis and the Fifth Member of the Burkholderia pseudomallei Complex / A. Tuanyok, M. Mayo, H. Scholz et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2017. - Vol. 83, № 5. - P. e02802-16.

190. Turton, J.F. Identification of Acinetobacter baumannii by detection of the blaOXA-51-like carbapenemase gene intrinsic to this species / J.F. Turton,

N. Woodford, J. Glover et al. // Journal of clinical microbiology. - 2006. -Vol. 44, № 8. - P. 2974-2976.

191. Ulrich, M.P. Using real-time PCR to specifically detect Burkholderia mallei / M.P. Ulrich, D.A. Norwood, D.R. Christensen, R.L. Ulrich // Journal of medical microbiology. - 2006. - Vol. 55, № 5. - P. 551-559.

192. Ulrich, R.L. Development of a polymerase chain reaction assay for the specific identification of Burkholderia mallei and differentiation from Burkholderia pseudomallei and other closely related Burkholderiaceae / R.L. Ulrich, M.P. Ulrich, M.A. Schell et al. // Diagnostic microbiology and infectious disease. - 2006. - Vol. 55, - P. 37-45.

193. Ursing, J.B. Taxonomic note: a pragmatic approach to the nomenclature of phenotypically similar genomic groups / J.B. Ursing, R.A. Rossello-Mora, E. Garcia-Valdes, and J. Lalucat // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 1995. - Vol. 45, № 3. - P. 604-604.

194. U'Ren, J.M. Use of a real-time PCR TaqMan assay for rapid identification and differentiation of Burkholderia pseudomallei and Burkholderia mallei / J.M. U'Ren // Journal of clinical microbiology. - 2005. - Vol. 43, № 11. - Р. 23.

195. Vandamme, P. Occurrence of multiple genomovars of Burkholderia cepacia in cystic fibrosis patients and proposal of Burkholderia multivorans sp. nov. / P. Vandamme, B. Holmes, M. Vancanneyt et al. // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 1997. -Vol. 47, № 4. - P. 11881200.

196. Viktorov, D.V. High-level resistance to fluoroquinolones and cephalosporins in Burkholderia pseudomallei and closely related species / D.V. Viktorov, I.B. Zakharova, M.V. Podshivalova /Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene. - 2008. - Vol. 102, № Supplement 1. - P. S103-S110.

197. Walsh, A.L. Immunofluorescence microscopy for the rapid diagnosis of melioidosis / A.L. Walsh, M.D. Smith, V. Wuthiekanun et al. // Journal of clinical pathology. - 1994. - Vol. 47, № 4. - P. 377-379.

198. Wajanarogana, S. Stable marker on flagellin gene sequences related to arabinose non-assimilating pathogenic Burkholderia pseudomallei / S. Wajanarogana, P. Sonthayanon, V. Wuthiekanun et al. // Microbiology and Immunology. - 1999.

- Vol. 43, № 11. - P. 995-1001.

199. Wattiau, P. Identification of Burkholderia pseudomallei and related bacteria by multiple-locus sequence typing-derived PCR and realtime PCR / P. Wattiau, M. Van Hessche, H. Neubauer et al. // Journal of clinical microbiology. - 2007. -Vol. 45, № 3. - P. 1045-1048.

200. Weissert, C. Burkholderia pseudomallei misidentified by automated system / C. Weissert, G. Dollenmaier, P. Rafeiner et al. // Emerging infectious diseases. -2009. - Vol. 15, № 11. - P. 1799-1801.

201. White, N.J. Melioidosis / N.J. White // Lancet. - 2003. - Vol. 361, № 9370. -P. 1715-1722.

202. White, N.J. Halving of mortality of severe melioidosis by ceftazidime / N.J. White, D.A. Dance, W. Chaowagul et al. // Lancet. - 1989. - Vol. 334, № 8665. - P. 697-701.

203. Whitlock, G.C. Glanders: off to the races with Burkholderia mallei / G.C. Whitlock, D.M. Estes, A.G. Torres // FEMSMicrobiology Letters. - 2007. -Vol. 277, № 2. - P. 115-122.

204. Wiersinga, W.J. Melioidosis / W.J. Wiersinga, H.S. Virk, A.G. Torres, B.J. Currie, S.J. Peacock, D.A.B. Dance, D. Limmathurotsakul // Nature Reviews Disease Primers. - 2018. - Vol. 4, № 17107. - DOI: 10.1038/nrdp.2017.107.

205. Winstanley, C. Presence of type III secretion genes in Burkholderia pseudomallei correlates with Ara(-) phenotype / C. Winstanley, C.A. Hart // Journal of clinical microbiology. - 2000. - Vol. 38, № 2. - P. 883-885.

206. Woo, P.C. Seronegative bacteremic melioidosis caused by Burkholderia pseudomallei with ambiguous biochemical profile: clinical importance of accurate identification by 16S rRNA gene and groEL gene sequencing / P.C. Woo, S.K. Lau, G.K. Woo et al. // Journal of clinical microbiology. - 2003.

- Vol. 41, № 8. - P. 3973-3977.

207. Woo, P.C.Y. Single gene target bacterial identification: groEL gene sequencing for discriminating clinical isolates of Burkholderia pseudomallei and Burkholderia thailandensis / P.C.Y. Woo, G.K.S. Woo, S.K.P. Lau et al. // Diagnostic microbiology and infectious disease. - 2002. - Vol. 44, № 2. - P. 143149.

208. Wuthiekanun, V. Short report: a rapid method for the differentiation of Burkholderia pseudomallei and Burkholderia thailandensis / V. Wuthiekanun, N. Anuntagool, N.J. White, S. Sirisinha // The American journal of tropical medicine and hygiene. - 2002. - Vol. 66, № 6. - P. 759-761.

209. Wuthiekanun, V. Evaluation of immunoglobulin M (IgM) and IgG rapid cassette test kits for diagnosis of melioidosis in an area of endemicity / V. Wuthiekanun, P. Amornchai, W. Chierakul et al. // Journal of clinical microbiology. - 2004. -Vol. 42, № 8. - P. 3435-3437.

210. Wuthiekanun, V. Development of antibodies to Burkholderia pseudomallei during childhood in melioidosis-endemic northeast Thailand / V. Wuthiekanun, W. Chierakul, S. Langa et al. // The American journal of tropical medicine and hygiene. - 2006. - Vol. 74, № 6. - P. 1074-1075.

211. Wuthiekanun, V. Trimethoprim / sulfamethoxazole resistance in clinical isolates of Burkholderia pseudomallei / V. Wuthiekanun, C. Cheng, W. Chierakul et al. // Journal of antimicrobial chemotherapy. - 2005. - Vol. 55, № 6. - P. 1029-1031.

212. Wuthiekanun, V. Biochemical characteristics of clinical and environmental isolates of Burkholderia pseudomallei / V. Wuthiekanun, M.D. Smith,

D.A. Dance et al. // Journal of medical microbiology. - 1996. - Vol. 45, № 6. -P. 408-412.

213. Yabuuchi, E. Proposal of Burkholderia gen. nov. and transfer of seven species of the genus Pseudomonas homology group II to the new genus, with the type species Burkholderia cepacia (Palleroni and Holmes 1981) comb. nov. /

E. Yabuuchi, Y. Kosako, H. Oyaizu et al. // Microbiology and Immunology. -1992. - Vol. 36, № 12. - P. 1251-1275.

214. Yang, S. Melioidosis research in China / S. Yang // Acta Tropica. - 2000. -Vol. 77, № 2. - P. 157-165.

215. Zakharova, I.B. Influence of biochemical features of Burkholderia pseudomallei strains on identification reliability by Vitek 2 System / I.B. Zakharova, Y.A. Lopasteyskaya, A.V. Toporkov, D.V. Viktorov // Journal of global infectious diseases. - 2018. - Vol. 10, № 1. - P. 7-10.

216. Zueter, A.R. Skin infection caused by Burkholderia thailandensis: Case report with review / A.R. Zueter, M. Abumarzouq, C.Y. Yean, A. Harun // Journal of microbiology and infectious diseases. - 2016. - Vol. 6, № 2. - P. 92-95.

217. Zueter, A.R. The epidemiology and clinical spectrum of melioidosis in a teaching hospital in a North-Eastern state of Malaysia: a fifteen-year review / A.R. Zueter, C.Y. Yean, M. Abumarzouq et al. // BMC Infectious Diseases. - 2016. - Vol. 16, № 1. - P. 333.