Фенотипические и генотипические характеристики микробиоты мочи при рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.03, кандидат наук Джалагония Ксения Теймуразовна
Джалагония Ксения Теймуразовна
кандидат наук
2020
- Специальность ВАК РФ03.02.03
- Количество страниц 146
Оглавление диссертации кандидат наук Джалагония Ксения Теймуразовна
ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. Инфекции нижних мочевых путей, как проблема современной микробиологии и урологии (обзор литературы)
1.1. Распространенность инфекций нижних мочевых путей
1.2. Этиологическая структура и терапия инфекций нижних мочевых путей
1.3. Представления об уропатогенном потенциале микроорганизмов 22 ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Дизайн исследования и характеристика больных с рецидивирующей инфекцией нижних мочевых путей
2.2. Бактериологическое исследование микробиоты мочи
2.3. Определение фенотипических свойств микроорганизмов
2.4. Исследование генов факторов вирулентности энтеробактерий, выделенных из мочи
2.5. Статистическая обработка результатов исследования 38 Глава 3. Видовой состав и количественные характеристики микроорганизмов, выделенных из мочи при рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей
3.1. Микробные паттерны мочи
3.2. Анализ достоверных корреляционных связей между микроорганизмами, выделенными из мочи
3.3. Резюме 55 Глава 4. Фенотипические характеристики микроорганизмов, выделенных из мочи при рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей
4.1. Анализ гемолитической, адгезивной, антилизоцимной активностей
4.2. Антибиотикорезистентность приоритетных таксонов микробиоты мочи
4.3. Результаты восьмилетнего мониторинга антибиотикорезистентности приоритетных таксонов микробиоты мочи
4.4. Резюме 73 Глава 5. Гены факторов вирулентности энтеробактерий, выделенных из мочи при рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей
5.1. Анализ генетических детерминант патогенности энтеробактерий
5.2. Связь генов факторов вирулентности энтеробактерий со степенью бактериурии
5.3. Связь генов факторов вирулентности с фенотипическими свойствами энтеробактерий
5.4. Связь генов факторов вирулентности с клиническим течением рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей
5.5. Резюме 103 ЗАКЛЮЧЕНИЕ 105 ВЫВОДЫ 110 ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ 111 СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 112 СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Микробиология», 03.02.03 шифр ВАК
Микробиота урогенитального тракта и кишечника у здоровых женщин и при инфекциях мочевых путей2019 год, доктор наук Гудима Ирина Александровна
Особенности развития и течения острого обструктивного пиелонефрита в связи с видом уропатогена и уровнем бактериурии2019 год, кандидат наук Беджанян Саро Каренович
Роль папилломавирусной инфекции в развитии рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей2021 год, кандидат наук Крахоткин Денис Валерьевич
Сравнительный анализ течения острого обструктивного пиелонефрита, вызванного различными родами неклостридиальных анаэробов (клинико-экспериментальное исследование)2015 год, кандидат наук Митусова, Евгения Валерьевна
Лабораторная экспресс-диагностика клинически значимой бактериурии и антибиотикорезистентности возбудителей инфекций мочевыводящих путей у женщин репродуктивного возраста2021 год, кандидат наук Хуснутдинова Татьяна Алексеевна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Фенотипические и генотипические характеристики микробиоты мочи при рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей»
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы исследования и степень ее разработанности
Одной из наиболее распространенных групп заболеваний во всем мире является инфекционно обусловленная патология мочевых путей [4, 100, 125, 128, 249, 263]. Экономические потери в мире, связанные с диагностикой и лечением инфекций мочевых путей (ИМП) достигают 150 миллионов евро ежегодно [266]. В США регистрируют 8,6 миллионов обращений в медицинские учреждения по поводу ИМП, а затраты на лечение составляют около 2 миллионов в год [73, 119, 129]. Однако даже не это является самым существенным - наиболее значимым представляется не поддающийся оцифровке социальный ущерб. Чаще ИМП регистрируют у женщин [59, 114, 131]. С данной проблемой в течение жизни сталкиваются свыше 50,0% женщин, что в значительной степени влияет на качество их жизни, ежедневную активность и ментальное здоровье [97, 127, 176, 290].
Безусловно, к развитию ИМП и связанных с ними осложнений могут приводить различные причины [185], но, независимо от этого, большинство авторов едины во мнении, что краеугольный камень данной проблемы - микроорганизмы [18]. Вышесказанное обозначило ещё одну глобальную биомедицинскую проблему - почему вдруг крайне опасными становятся микроорганизмы, в частности представители семейства Enterobacteriaceae, которые в большинстве случаев являются нормальными представителями микробиоты человека?
При этом необходимо понимать, что вирулентность условно-патогенных бактерий, а к ним и относят возбудителей ИМП, может изменяться практически радикально. Так, например, уропатогенные Escherichia coli (УПЭК) приобретают структурно обусловленную способность контролировать все основные этапы взаимодействия со слизистыми мочевых путей, такие, как адгезия, колонизация и персистенция [88, 163, 223, 245, 271].
Ранее было показано, что в заселении уропатогенами слизистых оболочек могут быть задействованы различные поверхностные белки бактерий [209].
Многие из них, помимо функции адгезинов, способны изменять программу жизнедеятельности эпителиальных клеток, в частности, активируя функцию неспецифического фагоцитоза бактерий эпителиоцитами слизистых оболочек [208]. Полисахариды бактериальной клетки эффективно защищают ее от ком-плементопосредованных вариантов фагоцитоза. Кроме того, уропатогены способны преодолевать один из основных ограничительных механизмов жизнедеятельности бактерий в условиях внутренней среды макроорганизма - дефицит ионов свободного железа.
Безусловно, функциональность каждого из имеющихся в арсенале уропа-тогенных бактерий факторов вирулентности в отдельности может варьироваться в широких пределах, однако их совокупный потенциал часто утяжеляет клиническое проявление заболевания. В особенности в неблагоприятных средах, к которым можно отнести условия мочевыводящей системы [108, 146, 179, 247], что способствует селекции штаммов уропатогенов, отличающихся от своего исходного фенотипа даже на метаболическом уровне [196].
Пациентки с рецидивирующей инфекцией нижних мочевых путей (РИНМП) представляют наиболее сложную в плане терапии и профилактики рецидивов когорту больных. Поэтому в Федеральных руководствах Российского общества урологов (РОУ) последних лет из года в год повторяется фраза, что «по ведению пациентов с рецидивирующими инфекциями нижних мочевых путей консенсус не найден» (цит. по «Федеральным клиническим рекомендациям», 2017) [63]. По критериям Европейской Ассоциации Урологов (EAU) и РОУ, рецидивирующая инфекция мочевых путей определяется как 2 симптоматических эпизода в течение 6 месяцев и/или 3 эпизода за год [63, 141, 194]. Острота проблемы РИНМП заключается также в том, что в среднем 30,0% женщин, у которых был 1 эпизод ИМП, будут иметь рецидивы в 25,0% случаев [131]. Отсутствие консенсуса по ведению пациентов с РИНМП связано с различными факторами.
Можно предположить, что у пациенток с РИНМП большое значение имеет не формальный уровень бактериурии, регламентированный при данной патоло-
Л Л
гии (>1030 КОЕ/мл) [63, 136, 141], а биологические и генетические профили условно-патогенных микроорганизмов. Поэтому в контексте хронизации и реци-дивирования инфекционно-воспалительного процесса при ИМП особую актуальность имеет изучение фенотипических и генотипических свойств различных таксонов микробиоты мочи, в частности, представителей семейства ЕМвтоЪас-1епасеав при различных уровнях бактериурии, включая и минимальные.
Цель исследования
Анализ биологических свойств и генетических маркеров патогенности приоритетных таксонов микробиоты мочи у пациенток с рецидивирующей инфекцией нижних мочевых путей.
Задачи исследования
1. Определить спектр и количественные параметры приоритетных таксонов микробиоты мочи при рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей у женщин.
2. Исследовать фенотипические свойства энтеробактерий с учетом степени бактериурии, а также антибиотикорезистентность приоритетных таксонов микробиоты мочи при рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей.
3. Изучить гены факторов вирулентности энтеробактерий и их взаимосвязь с фенотипическими свойствами при различных уровнях бактериурии.
4. Установить взаимосвязь между генами факторов вирулентности энтеробак-терий и клиническим течением рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей.
Методология и методы диссертационного исследования
Данное исследование проведено в рамках научного направления кафедры микробиологии и вирусологии №1 ФГБОУ ВО РостГМУ Минздрава России (зав. - д.м.н., проф. Ю.Л. Набока) в области микробиологии «Микробиота человека в норме и при патологии» (регистрационный номер ЕГИСУ НИОКР
АЛЛЛ-Л16-116110810047-0). Методологическая концепция данной работы заключалась в системном микробиологическом исследовании микробных паттернов мочи с использованием комплекса питательных сред не только для легко культивируемых аэробных, но и для анаэробных таксонов микробиоты, соответственно в анаэробных условиях культивирования, а также микробиоты кишечника у пациенток с РИНМП. Полученные результаты сравнивались с аналогичными показателями у здоровых женщин. Бактериологические исследования мочи проведено на базе кафедры микробиологии и вирусологии №1 ФГБОУ ВО РостГМУ Минздрава России (зав. - д.м.н., проф. Ю.Л. Набока). Дизайн клинической части работы с разработкой критериев включения и исключения из исследования пациенток с РИНМП и здоровых женщин, пациенток выполнен на базе отделения урологии (зав. - к.м.н. О.Н. Васильев), кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека (с курсом детской урологии-андрологии) ФГБОУ ВО РостГМУ Минздрава России (зав. - д.м.н., проф. М.И. Коган).
Для оценки количественных и качественных показателей микробиоты мочи (бактериологический метод) обследовано 48 здоровых женщин различных возрастных групп. Среди молодых здоровых женщин слепой выборкой отобрано 20. Изучены возможные микробные колебания (по признакам частот обнаружения и количества) микроорганизмов, верифицированных в моче в дневное время суток. Здоровым женщинам проведено 88 бактериологических исследований мочи.
В течение 2016-2017 гг. обследовано 169 пациенток с РИНМП, проведено 169 бактериологических исследований мочи с верификацией не только представителей факультативно-анаэробной и аэробной, но и анаэробной микробиоты. В 2016 г. обследованы 87 пациенток, в 2017 г. - 82 пациентки. Забор мочи проводили до назначения антибактериальной терапии. К приоритетным таксонам микробиоты мочи были поставлены индивидуальные антибиотикограммы.
Для приоритетных таксонов факультатино-анаэробной микробиоты (п=456) и, в частности, энтеробактерий, выделенных из мочи пациенток с РИНМП определены некоторые фенотипические свойства в контексте уровней
бактериурии. У 62 штаммов энтеробактерий с различными уровнями бактериу-рии, верифицированных в моче пациенток с данной патологией, определены специфические фрагменты генов вирулентности: pap A, papE/F, papGH, afa, bmaE, iutA, feoB, fyuA, ApsMTII, usp. Данный фрагмент работы проведен на кафедре фундаментальной и прикладной микробиологии федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Башкирский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБОУ ВО БГМУ Минздрава России) (зав. - д.м.н., проф. А.Р. Мавзютов).
Проведен интегральный анализ полученных данных во взаимосвязи с изученными у энтеробактерий генами факторов вирулентности и гемолитической, адгезивной, антилизоцимной активностями, продукцией бета-лактамаз расширенного спектра (БЛРС), а также с клиническими и лабораторными показателями (частота рецидивов в год, лейкоцитурия, бактериурия).
Проведена статистическая обработка полученных результатов. Анализ структуры совокупностей количества обнаруженных микроорганизмов проведен с использованием квартилей и структурных средних (моды и медианы). Анализ вариации проведен с использованием среднеквадратичных отклонений. Для сравнения частот обнаружения микроорганизмов у здоровых и пациенток с РИНМП использован инструментарий таблиц сопряженности и критерий хи-квадрат [27]. Сравнение количества микроорганизмов проводилось с использованием t-критерия равенства средних и непараметрического критерия Манна-Уитни [32]. Выявление связей между количествами обнаруженных микроорганизмов реализовано с использованием коэффициентов ранговой корреляции Спирмена, между частотами обнаружения - на основе коэффициентов взаимной сопряженности (КВС) [42]. Для анализа связей между частотами встречаемости генов вирулентности и адгезивной и антилизоцимной активностей использован коэффициент «эта» (КЭ).
Статистическая обработка данных реализована с использованием специального программного средства (статистический пакет SPSS, версия 23).
Степень достоверности, апробация результатов, личное участие автора
Достоверность полученных в работе результатов базируется на корректном и достаточном объеме выборки, современных методах микробиологического исследования и статистического анализа полученных результатов.
Основные положения диссертации обсуждены на 66 итоговой научной конференции молодых ученых РостГМУ (Ростов-на-Дону, 2012); Южнорегиональной научно-практической конференции «Инфекции и воспаление в урологии и нефрологии (Ростов-на-Дону, 2013); 33 конгрессе Европейской Ассоциации Урологов (Копенгаген, 2018); XIX конгрессе Российского общества урологов (Ростов-на-Дону, 2019); XVII международной медицинской научной конференции студентов и молодых врачей (Плевен, 2019); VIII молодежном медицинском конгрессе «Санкт-Петербургские научные чтения», (Санкт-Петербург, 2019).
Личный вклад соискателя состоит в непосредственном участии во всех этапах выполнения диссертационного исследования. Первоначальная научная гипотеза, формирование цели и задач исследования проведены совместно с научным руководителем д.м.н., профессором Ю.Л. Набока.
Бактериологическая часть работы проведена автором самостоятельно. Статистическая обработка данных, их анализ и интерпретация, а также подготовка публикаций проводилась совместно с сотрудниками кафедры микробиологии и вирусологии №1 (зав. каф. - д.м.н., профессор Ю.Л. Набока), урологии и репродуктивного здоровья человека (с курсом детской урологии-андрологии) (зав. каф. - д.м.н., профессор М.И. Коган) и центральной научно-исследовательской лаборатории ( рук. - к.м.н. О.С. Оксенюк) ФГБОУ ВО Рост-ГМУ Минздрава России.
Положения, выносимые на защиту
1. Приоритетными таксонами микробиоты мочи при рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей являются не только представители семейства Еп1егоЪас1вг1асеав, но и коагулазоотрицательные стафилококки, энте-
рококки и неклостридиальные анаэробы с различными уровнями бакте-риурии.
2. 2/3 штаммов энтеробактерий обладают гемолитической активностью, при этом все штаммы являются адгезивноактивными с доминированием (p<0,05) высоких значений, имеют антилизоцимную активность чаще (p<0,05) со средними значениями в большинстве случаев вне связи со степенью бактериурии. Антибиотикорезистентность приоритетных таксонов микробиоты мочи к основному препарату - фосфомицину колеблется от 30,1% для энтерококков до 46,2% - для энтеробактерий.
3. Все изученные штаммы энтеробактерий, выделенные из мочи пациенток, имеют гены факторов вирулентности с преобладанием papGII (93,5%), fyuA (83,9%), feoB, usp (по 77,4%) при всех уровнях бактериурии. Обнаружена связь отдельных генов факторов вирулентности с конкретным уровнем бактериурии. Установлены значимые связи некоторых генов факторов вирулентности с наличием гемолитической, адгезивной, антилизоцимной активностей и продукцией бета-лактамаз расширенного спектра.
4. При рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей выявлены достоверные связи генов факторов вирулентности pap.A, papE/F, usp с количеством рецидивов заболевания в год и feoB, fyuA - с лейкоцитурией.
Научная новизна
Впервые доказано, что при рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей у женщин независимо от уровня бактериурии, энтеробактерии обладают широким спектром генов факторов вирулентности.
Впервые доказано, что энтеробактерии, выделенные из мочи в концентра-
2 0 3 0
ции 1020 КОЕ/мл (ниже диагностически значимой (>1030 КОЕ/мл)), обладают фенотипическими и генотипическими характеристиками подобными для высоких уровней бактериурии.
Впервые выявлена взаимосвязь генов факторов вирулентности pap A, feoB, fyuA, kpsMTII, usp и гемолитической активности энтеробактерий, генов pap A,
papGII, £psMTII - и адгезивной активности, генов pap A, afa, fyuA - и антилизо-цимной активности энтеробактерий.
Впервые обнаружена связь между частотой рецидивов заболевания в год и наличием у энтеробактерий генов факторов вирулентности usp, pap A, papE/F, а также между лейкоцитурией и генами факторов вирулентности papE/F, papGII, feoB, fyuA, usp при различных уровнях бактериурии.
Теоретическая и практическая значимость работы
Теоретическая значимость работы заключается в том, что при рецидиви-
2 О
рующей инфекции нижних мочевых путей у женщин минимальный (10 , КОЕ/мл) уровень бактериурии следует принимать как клинически значимый.
Обнаружение широкого спектра генов факторов вирулентности у энтеробакте-
2 0
рий при минимальном (10 , КОЕ/мл) уровне бактериурии и выявленная взаимосвязь между их наличием и обнаружением гемолитической, адгезивной, ан-тилизоцимной активностей, продукцией бета-лактамаз расширенного спектра подтверждают важную роль качественных характеристик микроорганизмов в развитии инфекционного процесса в нижних мочевых путях.
У пациенток с рецидивирующей инфекцией нижних мочевых путей приоритетными таксонами в моче являются не только энтеробактерии, но и коагу-лазоотрицательные стафилококки, энтерококки и неклостридиальные анаэробы. Для обнаружения последних необходимы не только специальные питательные среды, но и анаэробные условия культивирования (Патент РФ №2452774).
Высокие уровни антибиотикорезистентности энтеробактерий к антимикробным препаратам первой и второй линии терапии рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей в отдельном урологическом центре свидетельствуют о необходимости не только регулярного микробиологического мониторинга, но и поиска новых подходов к терапии.
Внедрение результатов исследования в практику
Результаты исследования используются в учебном процессе кафедр микробиологии и вирусологии №1 ФГБОУ и урологии и репродуктивного здоровья человека (с курсом детской урологии-андрологии) ФГБОУ ВО РостГМУ Минздрава России. Результаты диссертационного исследования внедрены в практическую деятельность отделения урологии клиники ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава России, отделения урологии Ростовской клинической больницы ФГБУЗ «Южный окружной медицинский центр Федерального медико-биологического агентства».
ГЛАВА 1. ИНФЕКЦИИ НИЖНИХ МОЧЕВЫХ ПУТЕЙ, КАК ПРОБЛЕМА СОВРЕМЕННОЙ МИКРОБИОЛОГИИ И УРОЛОГИИ
(обзор литературы)
1.1. Распространенность инфекций нижних мочевых путей
Несмотря на периодически вносимые изменения в классификацию ИМП незыблемой остается позиция разделения их, с клинической точки зрения, на осложненные и неосложненные [63, 118, 141].
На сегодняшний день большую проблему для микробиологов и урологов представляют РИНМП [36]. Трактовка рецидивирующей или возвратной ИМП основана на количестве эпизодов: более двух в течение полугода или трех - в течение года [63, 141].
Распространенность ИМП в целом и РИНМП, в частности, варьируется в широких пределах в зависимости от пола, возраста, половой активности, сопутствующей патологии и др. [59, 60, 169, 171, 290]. ИМП, бесспорно, являются экономической проблемой для здравоохранения всех стран. В США регистрируют 8,6 миллионов обращений в медицинские учреждения по поводу ИМП, а затраты на лечение составляют около 2 миллионов долларов в год. [73, 119, 129]. В России распространенность этой патологии составляет более 1000 случаев на 100 тыс. населения в год [41]. Ежегодно в стране регистрируется от 26 до 36 млн. случаев этой патологии [38]. Треть взрослого населения России перенесли в течение жизни, по крайне мере, один эпизод цистита [54, 64].
Наиболее распространенными симптомами РИНМП являются учащенное мочеиспускание, ургентные позывы и дизурия. 47,9% мужчин и 52,5% женщин (в возрасте от 40 до 99 лет) из 30 тыс., участвовавших в международном исследовании, сообщили, по крайне мере об одном из этих симптомов [256].
Среди больных с ИМП преобладают женщины [33, 175]. Риск развития ИМП в женской популяции в 14 раз выше, чем в мужской популяции [295]. В течение жизни почти у половины женщин имеет место хотя бы один эпизод цистита, у 30,0% возникает необходимость приема антибактериальных препа-
ратов [59, 101, 217]. Не обращаются за медицинской помощью, занимаясь самолечением, 46,0% больных, из них рецидивы заболевания наблюдаются у 48,0% [58, 188]., что изменяет микробиоту не только органов мочевой системы, но и близлежащих биотопов. В одном из последних обзоров, посвященных проблеме профилактики и лечения неосложненных инфекций нижних мочевых путей, уже указывается на то, что «длительное лечение антибиотиками может привести к изменениям в нормальном микробиоме влагалища и желудочно-кишечного тракта» (цит. по ^^гуБшк Б. е1 а1., 2019) [295]. Имеется ряд факторов риска развития и рецидивирования ИМП у женщин раннее начало половой жизни (возраст менее 15 лет), половые контакты с частой сменой партнеров, использование спермицидов, генетическая предрасположенность, ИМП в анамнезе, хронические соматические заболевания (сахарный диабет, гипотиреоз, почечная недостаточность), дисбиозы кишечника, влагалища и другие [34, 157]. Столь частое столкновение женщин с такой патологией наносит не поддающийся цифровому выражению социальный ущерб - нарушение реализации ими основной биологической функции - репродуктивной [73, 97, 117, 127, 141]. У пожилых женщин провоцировать эпизод цистита также может недержание мочи, атрофический вагинит, пролапс гениталий и другие гинекологические заболевания, а также дефицит эстрогенов, функциональные нарушения мочевого пузыря и др. [121, 161, 188].
Особого внимания заслуживают нозокомиальные ИМП, которые все чаще регистрируют не только в урологических, но и в стационарах других профилей [74], в которых внутрибольничные ИМП, серьезно осложняя течение неурологических заболеваний, занимает одну из ведущих позиций среди всех видов госпитальной инфекции. В урологических отделениях уровень внутрибольнич-ной ИМП составляет 11,0-12,0%, в связи с чем, госпитальные ИМП должны являться объектом особого внимания [28, 62].
Проведенное эпидемиологическое исследование [282] на большой когорте (1500) больных с ИМП выявило интересную значимую разницу между частотой
встречаемости ИМП в Западной Европе (11,2%) по сравнению с аналогичными показателями в Северной Америке (22,2%).
Бесспорно, что в различных странах уровни заболеваемости ИМП колеблются [29, 94, 95 96], но тенденции к снижению заболеваемости не наблюдается. Актуальность изучение данной проблемы подтверждается еще и тем, что данной патологией чаще страдают женщины, причем трудоспособного и репродуктивного возраста, что крайне снижает качество их жизни.
1.2. Этиологическая структура и терапия инфекций нижних мочевых путей
Обсуждая вопросы этиологической структуры ИМП, необходимо остановиться на проблеме диагностически значимого уровня бактериурии. До 2018 г. включительно «у женщин с симптомами неосложненного цистита диагностиче-
3 0
ски значимым является уровень бактериурии >10 , КОЕ/мл» (цит. по «Guidelines on urological infections, EUA», 2018) [141], что подтверждается не только рекомендациями, но и рядом других работ [81, 91, 99, 115, 235].
Диагностически значимый уровень бактериурии напрямую связан со стереотипной этиологической структурой заболевания и с основными уропатоге-нами представителями семейства Enterobacteriaceae, причастность которых к манифестации РИНМП бесспорна, что подтверждается рядом работ [17, 39, 61, 68, 96, 105, 106, 111, 118, 140, 150, 153, 158, 192, 199, 224, 242, 246, 289].
По результатам многоцентрового исследования «ДАРМИС» (2018) [57] из включенных в исследование 1052 изолятов бактерий «львиная доля» приходилась на энтеробактерии (90,6%), из них в субпопуляции взрослых E.coli составили 71,3%, K.pneumoniae - 11,7%.
Данный факт неоспорим, но возникают вопросы: «Если этиологическая структура РИНМП столь однозначна, то почему лечение данной когорты больных затруднено? Только ли энтеробактерии могут быть причастными к обострению и рецидивированию инфекций нижних мочевых путей?» Ответы на эти вопросы сложны, так как необходимо понимать на каком методе исследования
базируется изучение этиологической структуры заболевания. Если за основу взять рутинное бактериологическое исследование мочи [43], то полученные результаты абсолютно логичны, ибо использование ограниченного набора питательных сред и только аэробных условий культивирования подразумевает выделение из мочи легко культивируемых таксонов микроорганизмов [29, 149, 167, 226, 244].
К этиологии РИНМП могут быть также причастны Enterococcus spp., S.aureus, некоторые виды коагулазоотрицательных стафилококков (КОС) и различные таксоны неферментирующих грамотрицательных бактерий (НГБ) [96, 111, 123, 145, 170, 195, 292, 299].
В ряде работ дискутируется причастность к развитию заболевания Mycoplasma spp., Ureaplasma spp., Actinobaculum schaalii, Stenotrophomonas maltophi-lia, Chromobacterium violaceum [77, 83, 104, 172, 173, 216, 236, 270, 286].
Неклостридиальные анаэробы (НА), будучи условно-патогенными бактериями, являются основными симбионтами макроорганизма во всех его биотопах. Это очень разнообразная по таксономическому составу и видовой принадлежности группа бактерий, причастная к развитию ряда эндогенных инфекций [15, 24, 103, 132, 134, 139, 184, 189, 200, 203, 212]. Использование в бактериологическом исследовании мочи питательных сред и условий культивирования, необходимых для роста НА, позволяет выявлять широкий спектр этих бактерий [47, 52, 191, 236]. Кардинальное изменение представлений о микробной обсе-мененности мочи при ИМП произошло благодаря разработке таких молекуляр-но-генетических методов, как пиросеквенирование с обнаружением высоко консервативной части гена 16S рРНК разных видов бактерий. Это дает возможность не только надежно идентифицировать микроорганизмы, но и установить генетическое родство и возможности перемещения бактерий, занимающих в организме различные экологические ниши. Исследование микробиома мочи показало, что в ней могут присутствовать 1200-1400 видов микробов, для 90,0% которых нет разработанных и адекватных способов культивирования. Исследование микробиома мочи здоровых женщин с помощью обнаружения 16S рРНК
бактерий выявило преобладание в моче таких анаэробов, как Lactobacillus spp., Prevotella spp., Gardnerella spp. и др. [151, 230, 253, 261]. В работе Moustafa A. et al. (2018) [207], при изучении бактерий в моче больных с ИМП были верифицированы 28 родов и/или видов микроорганизмов, из них 15 были представлены НА.
С учетом вышеизложенного, можно говорить, что неклостридиальные анаэробы, наряду с другими участниками биоценоза мочи, могут играть определенную роль в генезе заболеваний органов мочеполовой системы в целом и РИНМП, в частности.
В настоящее время большое внимание при РИНМП уделяется бактериальной микст-инфекции, которая представлена не только различными сочетаниями представителей семейства Enterobacteriaceae, но и ассоциациями грамнегатив-ных и грампозитивных уропатогенов [201, 210].
Помимо бактериальных патогенов в моче пациентов с ИМП регистрируют различные таксоны вирусов: вирусы папилломы человека, контагиозного моллюска, BK, JC, анелловирусы, герпесвирусы 6 типа, вирусы простого герпеса I и II типов [207]. Причем последнее также обнаруживают в биоптатах мочевого пузыря женщин с рецидивирующим циститом [46, 51,79]. Верификация в моче BK вирусов чаще ассоциирована с клиническими проявлениями геморрагического цистита [67, 240].
Цитомегаловирусы (CMV), также относящиеся к семейству Herpesviridae, могут быть причастны к рецидивам неосложненной инфекции нижних мочевых путей у женщин, а также к геморрагическому циститу. Причем к факторам риска развития ИМП относят активацию CMV [76, 274].
При инфекциях нижних мочевых путей, среди вирусов папилломы человека (HPV) чаще регистрируют HPV6, HPV16, HPV18, HPV58 [260]. В биоптатах мочевого пузыря - HPV16, HPV18, HPV52 [78].
Нередко манифестация ИМП происходит на фоне или после перенесенной ОРВИ, в частности, вызванной вирусами гриппа, парагриппа, рино-, адено-, респираторно-синцитиальными вирусами [148, 168, 251].
Похожие диссертационные работы по специальности «Микробиология», 03.02.03 шифр ВАК
Хронотерапия и фототерапия в комплексном лечении больных хроническим рецидивирующим бактериальным циститом в стадии обострения2016 год, кандидат наук Гяургиев, Тимур Асланбекович
Комбинированное малоинвазивное хирургическое лечение посткоитального цистита2024 год, кандидат наук Иноятов Жасур Шухратович
Оптимизация диагностики и терапии инфекций мочевыводящих путей у беременных2022 год, кандидат наук Худовекова Александра Михайловна
Клинико–микробиологические характеристики хирургического лечения пролапса гениталий в постменопаузальном периоде2019 год, кандидат наук Боровлева Ольга Александровна
Изучение клинико-иммунологической эффективности бактериального лизата 18 штаммов кишечной палочки у женщин с рецидивирующей инфекцией мочевых путей2017 год, кандидат наук Волкова, Екатерина Михайловна
Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Джалагония Ксения Теймуразовна, 2020 год
Список литературы
1. Айвазян, С.А. Прикладная статистика и основы эконометрики / С.А. Айвазян, В.С. Мхитарян // М.: ЮНИТИ, 1998. - С. 469.
2. Алмагамбетов, К.Х. Транслокация кишечной микрофлоры и ее механизмы / К.Х. Алмагамбетов, Е.М. Горская, В.М. Бондаренко // Журн. микробиол. -1991. - № 7. - С. 74-79.
3. Аляев, Ю.Г. Роль определения функционального состояния нижних моче-выводящих путей в выборе лечебной тактики у пациентов с хроническим циститом и хроническим необструктивным пиелонефритом / Ю.Г. Аляев, П.В. Глыбочко, З.К. Гаджиева // Урология. - 2011. - № 6. - С. 4-8.
4. Балушкина, А.А. Терапия инфекций мочевыводящих путей / А.А. Балушки-на, Н.Е. Кан, В.Л. Тютюнник // Медицинский совет. - 2019. - №7. - С. 8792.
5. Бондаренко, В.М. Types of secretion and regulation of the functional activity of molecules associated with the pathogenicity of Enterobacteriaceae / В.М. Бондаренко, А.Р. Мавзютов // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2002. - № 5. - С. 86-91.
6. Бондаренко, В.М. Персистенция биологически активных компонентов микрофлоры желудочно-кишечного тракта / В.М. Бондаренко, В.Г. Лиходед // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2012. - № 4.
- С. 81-87.
7. Брилис, В.И., Методика изучения адгезивного процесса микроорганизмов / В.И. Брилис, Г.А. Брилине, А.А. Ленцнер // Лаб. дело. - 1986. - № 4. - С. 210-212.
8. Бухарин, О.В. Персистенция бактериальных патогенов как результат отношений в системе паразит-хозяин / О.В. Бухарин // Журн. микробиол. - 1997.
- № 4. - С. 3-9.
9. Бухарин, О.В. Персистенция патогенных бактерий / О.В. Бухарин М.: Медицина, 1999. - 367 с.
10. Бухарин, О.В. Механизмы выживания бактерий / О.В. Бухарин, А.Л. Гинц-бург, Ю.М. Романова [и др.] // М.: Медицина, 2005. - 367 с.
11. Бухарина, О.В. Экология микроорганизмов человека / О.В. Бухарина, А.В. Валышев, Ф.Г. Гильмутдинова [и др.] // Екатеринбург: УрО РАН, 2006. -477 с.
12. Бухарин, О.В. Симбиоз и его роль в инфекции / О.В. Бухарин, Е.С. Лобако-ва, Н.Б. Перунова [и др.] // Екатеринбург: УрО РАН, 2011. - 300 с.
13. Бухарин, О.В. Биология и экология энтерококков / О.В. Бухарин, А.В. Ва-лышев // Екатеринбург, 2012. - 227 с.
14. Воробьев, А.А. Медицинская микробиология, вирусология и иммунология. А.А. Воробьев // М.: «МИА», 2004. - 690 с.
15. Воробьев, А.А. Медицинская микробиология, вирусология, иммунология / А.А.Воробьев, А.С.Быков, Е.П. Пашков // М.: Медицина, 2008. - С. 357.
16. Гизатулина, С.С. Способ оценки состояния микрофлоры кишечника человека по количеству адгезивно-активных колоний и типу адгезии / С.С. Гизатулина, М.О. Биргер, Л.И. Кулинич [и др.] // Журн. микробиол. - 1991. - № 4а. - С. 21-23.
17. Глыбочко, П.В. Анаэробные паразитоценозы мочевыводящих путей как фактор риска развития острого пиелонефрита / П.В. Глыбочко, К.А. Хача-туров, В.С. Липский [и др.] // Урология. - 2006. - № 2. - С. 50-54.
18. Глыбочко, П.В. Инфекции и воспаления в урологии / П.В. Глыбочко, М.И. Коган, Ю.Л. Набока [и др.] // М.: «МЕДФОРУМ», 2019 - 888 с.
19. ГОСТ Р 53079.4-2008. Технологии лабораторные медицинские. Обеспечение качества клинических лабораторных исследований. Часть 4. Правила ведения преаналитического этапа.
20. Гриценко, В.А. Характеристика энтеробактерий, выделенных от больных с урогенитальной патологией / В.А. Гриценко, Ю.А. Брудастов, М.Г. Шухман [и др.] // Журн. микробиол. - 2001. - № 4. - С. 107-11.
21. Гриценко, В.А. Роль персистентных свойств микроорганизмов в патогенезе эндогенных инфекций / В.А. Гриценко, Ю.Б. Иванов // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2009. - № 4. - С. 66-71.
22. Громыко, Г.Л. Теория статистики / Г.Л. Громыко // М.: ИНФРА-М, 2009. -С. 65-66.
23. Гусак, Ю.К. Инфекционные заболевания влагалища. Поиски оптимального решения в их терапии. Защита или нападение? (обзор литературы) / Ю.К. Гусак, С.В. Рищук, В.Н. Тарасов, В.Н. Гусак // Вестник новых медицинских технологий. - 2019. - №4. - doi: 10.24411/2075-4094-2019-16485.
24. Давыдов, М.И. Инфекции в онкологии / М.И. Давыдов, И.В. Дмитриева // М.: Практическая медицина, 2009. - 471 с.
25. Захарова, И.Н. Механизмы развития инфекции мочевых путей и бессимптомной бактериурии / И.Н. Захарова, Э.Б. Мумладзе, Е.Б. Мачнева, А.Н. Касьянова // Consilium Medicum. - 2018. - № 1. - С. 106-110. - doi: 10.26442/2413-8460_2018.1.106-110.
26. Зверев, В.В. Медицинская микробиология, вирусология и иммунология / В.В. Зверев, А.С. Быков // М.: «МИА», 2016. - 816 с.
27. Илышева, А.М. Общая теория статистика / А.М. Илышева // М.: ЮНИТИ-ДАНА, 2008. - С. 278-279.
28. Кирчева, А.В. Нозокомиальная инфекция мочевого тракта / А.В. Кирчева, Д.Н. Паскалев // Нефрология. - 2005. - Т. 9. - № 1. - С. 29-33.
29. Клинические рекомендации «Бактериологический анализ мочи» // М., 2014. - 33 с.
30. Коган, М.И. Микробный спектр мочи молодых здоровых женщин / М.И. Коган, Ю.Л. Набока, И.А. Гудима [и др.] / Урология. - 2010. - № 5. - С. 710.
31. Копыцкий, А.В. Математическая статистика / А.В. Копыцкий // Гродно: ГрГМУ, 2013. - С. 86.
32. Корнеев, А.А., Условия применимости критериев Стьюдента и Манна-Уитни / А.А. Корнеев, А.Н. Кричевец // Психологический журнал. - 2011. -Т. 3. - №1. - С. 97-100.
33. Котова, Г.С. Острые неосложненные инфекции мочевыводящих путей у женщин / Г.С. Котова, О.А. Пересада, А.А. Куликов, Н.С. Милюк // Медицинские новости. - 2018. - № 4. - С.12-17.
34. Краснова, Т.Н. Инфекция мочевыводящих путей / Т.Н. Краснова // Клиницист. - 2008. - №2. - С.23-27.
35. Кузнецова, М.В. Уропатогенные штаммы Escherichia coli: биологические свойства и колонизационная активность / М.В. Кузнецова, Ю.С. Гизатулли-на, В.А. Демаков // Вестник ПФИЦ. - 2019. - doi: 10.7242/2658-705X/2019.1.1.
36. Кузьмин, И.В. Лечение и профилактика рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей у женщин / И.В. Кузьмин, С.Х. Аль-Шукри, М.Н. Сле-саревская // Урологические ведомости. - 2019. - Т. 9. - № 2. - С. 5-10.
37. Левинсон, У. Медицинская микробиология и иммунология / У. Левинсон // М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2015. - 1181 с.
38. Лоран, О. Б. Лечение и профилактика хронического рецидивирующего цистита у женщин / О.Б. Лоран, Л.А. Синякова, И.В. Косова // Consilium medicum. - 2004. - T.6. - №7. - С. 460-466.
39. Лоран, О.Б. Современные подходы к диагностике и лечению острого необ-структивного пиелонефрита у женщин / О.Б. Лоран, Л.А. Синякова, И.В. Косова // Медицинский совет. - 2008. - №1. - С. 59-63.
40. Мавзютов, А.Р. «Острова» патогенности условно-патогенных энтеробакте-рий / А.Р. Мавзютов, С.В. Фиалкина, В.М. Бондаренко // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2002. - № 6. С. 5-9.
41. Мазо, Е.Б. Современная антимикробная терапия урологических инфекций левофлоксацином / Е.Б. Мазо, С.В Попов // Фарматека. - 2006. - №15. - С. 24-28.
42. Медик, А.В. Статистика в медицине и биологии / А.В. Медик, М.С. Токма-чев, Б.Б. Фищман // М.: Медицина, 2000. - 412 с.
43. Меньшиков, В.В. Методики клинических лабораторных исследований / В.В. Меньшиков // М.: Лабора, 2009. - 880 с.
44. Методические указания МУК 4.2.18990-04 Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. - М., 2004. - 91 с.
45. Методические указания МУ 4.2.2039-05. Техника сбора и транспортирования биоматериалов в микробиологические лаборатории. - М., 2006. - С.43-59.
46. Набока, Ю.Л. Микробный спектр мочи и биотопов мочевого пузыря у женщин с хроническим рецидивирующим циститом / Ю.Л. Набока, И.А. Гуди-ма, М.И. Коган [и др.] // Урология. - 2013. - №4. - С. 16-18.
47. Набока, Ю.Л. Роль неклостридиальных анаэробов в развитии инфекционно-воспалительных заболеваний органов мочевой и половой системы / Ю.Л. Набока, И.А. Гудима, М.И. Коган [и др.] // Урология. - 2013. - №6. - С. 118121.
48. Набока, Ю.Л. Микробиота мочи и влагалища здоровых женщин постмено-паузального возраста (пилотное исследование) / Ю.Л. Набока, А.Н. Рыма-шевский, М.И. Коган [и др.] // Урология. - 2016. - №1. - С. 18-24.
49. Набока, Ю.Л. Есть ли дневные вариации микробиоты мочи у здоровых женщин? / Ю.Л. Набока, М.И. Коган, И.А. Гудима [и др.] // Нефрология. -2016. - Т. 20. - №. 5. - С. 36-42.
50. Набока, Ю.Л. Резистентность уропатогенов к антибактериальным препаратам у пациентов с острым обструктивным пиелонефритом / Ю.Л. Набока, И.А. Гудима, Е.В. Митусова [и др.] // Урология. - 2017. - №. 4. - С. 27-31.
51. Набока, Ю.Л. Бактериально-вирусная микробиота мочи при неосложненной рецидивирующей инфекции мочевых путей (пилотное исследование) / Ю.Л. Набока, М.И. Коган, С.В. Морданов [и др.] // Вестник урологии. - 2019. - Т. 7. - № 4. - Р. 13-19.
52. Набока, Ю.Л. Бактериальная микст-инфекция у женщин с хроническим рецидивирующим циститом / Ю.Л. Набока, М.И. Коган, Л.И. Васильева [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2011. - №1.
- С. 8-12.
53. Ниворожкина, Л.И. Модели бинарного отклика / Л.И. Ниворожкина, В.Б. Кравцова. - Ростов-на-Дону, 2000. - 61 с.
54. Нотов, К.Г. Клиническая оценка тяжести течения хронического цистита у женщин разных возрастных групп / К.Г. Нотов, Е.Г. Новикова, И.В. Феофи-лов [и др.] // Journal of Siberian Medical Sciences. - 2019. - № 2. - С. 94-105.
55. Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. Клинические рекомендации / Расширенное совещание межрегиональной ассоциации микробиологии и антимикробной химиотерапии (22.05.2015). - М., 2015. - 162 с.
56. Отраслевой стандарт «Протокол ведения больных. Дисбактериоз кишечника» (ОСТ 91500.11.0004-2003). - М., 2003.
57. Палагин, И.С. Антибиотикорезистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевых путей в России: результаты многоцентрового исследования «ДАРМИС-2018» / И.С. Палагин, М.В. Сухорукова, Ф.В. Дехнич [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2019.
- Т. 21. - № 2. - С. 134-146.
58. Перепанова, Т.С. Неосложненная инфекция мочевых путей / Т.С. Перепанова // Врачебное сословие. - 2004. - Т. 1. - № 2. - С. 48-50.
59. Плеханов, А.Н. Инфекция мочевых путей: эпидемиология, этиология, патогенез, факторы риска, диагностика (обзор литературы) / А.Н. Плеханов, А.Б. Дамбаев // Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. - 2016. - № 1 (107). - С.70-74.
60. Почерников, Д.Г. Этиология и частота встречаемости инфекций мочевыво-дящих путей в урологической клинике ИВГМА / Д.Г. Почерников, А.И. Стрельников, Г.Л. Шабаев // Вестник Ивановской медицинской академии. -2009. - Т.14. - № 1. - С. 37-40.
61. Рафальский, В.В. Фторхинолоны в лечении инфекций мочевыводящих путей: роль антибиотикорезистентности / В.В. Рафальский, Е.В. Довгань // Русский медицинский журнал. - 2011. - № 16. - С. 1006-1010.
62. Слесаревская, М.Н. Нозокомиальные инфекции в урологическом стационаре / М.Н. Слесаревская, С.Х. Аль-Шукри, И.В. Кузьмин [и др.] // 2019. - Т.9. - № 5. - С. 85-87.
63. Федеральные клинические рекомендации «Антимикробная терапия и профилактика инфекций почек, мочевыводящих путей и мужских половых органов / под ред. Ю.Г. Аляева, О.И. Аполихина, Д.Ю. Пушкаря [и др.] // М., 2017. - 72 с.
64. Шевченко, С.Ю. Инфекции мочевыводящих путей в структуре поликлинического приема уролога / С.Ю. Шевченко, Е.В. Кульчавеня, Я.В. Зулин // Медицина и образование в Сибири. - 2013. - № 5. - С. 21.
65. Abd EI Ghany. M. Genomic characterization of NDM-1, and OXA-181 carbape-nemases in uropathogenic Escherichi coli Isolates from Riyadh, Saudi Arabia /
E.I. Abd, M. Ghany, H. Sharaf [et al.] // PLoS One. - 2018. - Vol. 13, № 8. - P. e0201613. - doi: 10.1371/journal.pone.0201613.
66. Agrawal, R. Metabolic syndrome' in the brain: deficiency in omega-3 fatty acid exacerbates dysfunctions in insulin receptor signaling and cognition / R. Agrawal,
F. Gomez-Pinilla // J Physiol. - 2012. - Vol. 590. - P. 2485-2499.
67. Ahsan, N. Papillomavirus and Human Diseases / N. Ahsan, K.V. Shah // Advances in Experimental Medicine and Biology. - 2006. - doi: 10.1007/0387-32957-9_1.
68. Albenberg, L.G. Food and the gut microbiota in inflammatory bowel diseases: a critical connection / L.G. Albenberg, J.D. Lewis, G.D. Wu [et al.] // Curr Opin Gastroenterol. - 2012. - Vol. 28, № 4. - Р. 314-320.
69. Alteri, C.J. Fitness of Escherichia coli during urinary tract infection requires glu-coneogenesis and the TCA cycle / C.J. Alteri, S.N. Smith, H.L. Mobley // PLoS Pathog. - 2009. - Vol. 5. - P. e1000448. - doi: 10.1371/journal.ppat.1000448.
70. Ambite, I. Fimbriae reprogram host gene expression - Divergent effects of P and type 1 fimbriae / I. Ambite, D.S.C. Butler, C. Stork [et al.] // PLoS pathogens. -2019. - Vol. 15, № 6. - P. e1007671. - doi: 10.1371/journal.ppat.1007671.
71. An update on the Oxford Academic platform [http://academic.oup.com/femsle/article/363.21.fnw232.2681728].
72. Ananias, M. Serogroups and virulence genotypes of Escherichia coli isolated from parients with sepsis / M. Ananias, T. Yano // Braz J Med Biol Res. - 2008. -Vol. 41. - P. 877-883.
73. Anger, J. Recurrent Uncomplicated Urinary Tract Infections in Women: AUA/CUA/SUFU Guideline / A. Jennifer, U. Lee, A.L. Ackerman [et al.] // Infection Inflammation The Journal of Urology. - 2019. - Vol. 202. - P. 282-289.
74. Asadi Karam, M.R. Urinary tract infection: Pathogenicity, antibiotic resistance and development of effective vaccines against Uropathogenic Escherichia coli / M.R. Asadi Karam, M. Habibi, S. Bouzari // Mol Immunol. - 2019. - Vol. 108. -P. 56-67.
75. Asadi, S. The association of virulence determinants of uropathogenic Escherichia coli with antibiotic resistance / S. Asadi, M. Kargar, K. Solhjoo [et al.] // J. Microbiol. - 2014. - Vol. 7. - P. e9936. - doi: 10.5812/jjm.9936.
76. Atilla, E. Is cytomegalovirus a risk factor for haemorrhagic cystitis in allogeneic haematopoietic stem cell transplantation recipients? / E. Atilla, M. Yalciner, P.A. Atilla [et al.] // Antivir Ther. - 2018. - doi: 10.3851/IMP3252.
77. Azevedo, A.S. Impact of Delftia tsuruhatensis and Achromobacter xylosoxidans on Esherichia coli dual-species biofilm treated with antibiotic agents / A.S. Azevedo, C. Almedia, B. Pereira [et al.] / Biofouling. - 2016. - Vol. 32, № 3. - P. 227-241.
78. Badawi, H. Role of Human Papillomavirus Types 16, 18, and 52 in Recurent Cystitis and Urinary Bladder Cancer Among Egyptian Patients // H. Badawi, H. Ahmed, A. Ismail [et al.] // The Medscape Journal of Medicine. - 2008. - Vol. 10, № 10. - P. 232.
79. Badawi, H. Herpes simplex virus type-2 in Egyptian patients with bladder cancer or cystitis. / H. Badawi, H. Ahmed, L. Aboul Fadl [et al.] // APMIS. - 2010. -Vol. 118. - P. 37-44. - doi: 10.1111/j.1600-0463.2009.02556.x.
80. Bahadori, M. Genetic relatedness of the Escherichia coli fecal population and strains causing urinary tract infection in the same host / M. Bahadori, M. Mota-medifar, A. Derakhshandeh [et al.] // Microbiology Open. - 2018. - doi: 10.1002/mbo3.759.
81. Bai, Y. Tadalafil Facilitates the Distal Ureteral Stone Expulsion: A Meta - Analysis. / Y. Bai, Y. Yang, X. Wang [et al.] // J Endourol. - 2017. - Vol. 31, № 6. -P. 557-563.
82. Bailey, R.R. Prevention of urinary-tract infection with low-dose nitrofurantoin / R.R. Bailey., A.P. Roberts, P.E. Gover [et al.] // Lancet. - 1971. - Vol. 2. - P. 1112.
83. Barasch, J. Urine: Waste product or biologically active tissue / J. Barasch, T.G. Bavendam, D.K. Hoshizaki [et al.] // Neurourol. Urodyn. - 2018. - Vol. 37, № 3.
- P. 1162-1168.
84. Bauer, H.W. A long - term, multicenter double - blind study of an Escherichia coli extract (OM-89) in female patients with recurrent urinary tract infection / H.W. Bauer, S. Alloussi, G. Egger [et al.] // Eur Urol. - 2005. - Vol. 47. - P. 542548.
85. Beerepoot, M.A. Lactobacilli vs antibiotics to prevent urinary tract infections: a randomized, double-blind, noninferiority trail in postmenopausal women / M.A. Beerepoot, G. ter Riet, S. Nys, [et al.] // Arch Intern Med. - 2012. -Vol. 172, №9.
- P. 704-712.
86. Beguelin, C. Actinobaculum schaalii: clinical observation of 20 cases / C. Begue-lin, D. Genne, A. Varca [et al.] // Clin Microbiol Infect. - 2011. - Vol. 17, № 7. -P. 1027-1031.
87. Beigelman, P.M. Clinical significance of Bacteroides / P.M. Beigelman // Arch Intern Med. - 1949. - Vol. 5. - P. 605.
88. Bien, J. Role of uropathogenic Escherichia coli virulence factors in development of urinary tract infection and kidney damage. / J. Bien, O. Sokolova, P. Bozko // Int. J. Nephrol. - 2012. - doi: 10.1155/2012/681473.
89. Bleidorn, J. Recurrent urinary tract infection and complications after symptomatic versus antibiotic treatment: fol-liw-up of a randomized controlled trial. / J. Bleidorn, E. Hummers-Pradier, G. Schmie-Mann [et al.] // GMS. - 2016. - Vol. 14. -doi: 10.3205/000228.
90. Blekhman, R. Host genetic variation impacts microbiome composition across human body sites / R. Blekhman, J.K. Goodrich, K. Huang / Genome Biol. -2015. - Vol. 16. - P. 191.
91. Borghi, L. Nifedipine and methylprednisolone in facilitating ureteral stone passage: a randomized, double-blind, placebo-controlled study / L. Borghi, T. Me-schi, F. Amato [et al.] // J Urol. - 1994. Vol. 152, № 4. - P. 1095-1098.
92. Bourgogne, A. Large scale variation in Enterococcus faecalis illustrated by the genome analysis of strain OGIRF / A. Bourgogne, D.A. Garsin, X. Qin [et al.] // Genome Biol. - 2008. - Vol. 9. - P. 110.
93. Bowden, M.G. Is the GehD lipase from Staphylococcus epidermidis a collagen binding adhesin? / M.G. Bowden, L. Visai, C.M. Longshaw [et al.] // J Biol Chem. - 2002. - Vol. 277. - P. 43017-43023.
94. Brook, I. Urinary tract and genito-urinary suppurative infections due to anaerobic bacteria / I. Brook // International Journal of Urology. - 2004. - Vol. 11, № 3. - P. 133-141.
95. Brubaker, L. The new world of the urinary microbiota in women / L. Brubaker, A.J. Wolfe // Am J of Obst and Gynecol. - 2015. - Vol. 213. - № 5. - P. 644649.
96. Brubaker, L. The female urinary microbiota, urinary health and common urinary disorders / L. Brubaker, A.J. Wolfe // Ann Transl Med. - 2017. - Vol. 5, № 2. -P. 34-40.
97. Brumbaugh, A.R. Immunization with the yersiniabactin receptor, FyuA, protects against pyelonephritis in a murine model of urinary tract infection / A.R. Brum-
baugh, S.N. Smith, H.L.T. Mobley // Infect Immun - 2013. - Vol. 81. - P. 3303316.
98. Brunder, W. Novel type of fimbriae encoded by the large plasmid of sorbitol -fermenting enterohemorrhagic Escherichia coli O157 / W. Brunder, A.S. Khan, J. Hacker, H. Karch // Infect Immun. - 2001. - Vol. 69, № 7. - P. 4447-4457.
99. Campschroer, T. Alpha - blockers as medical expulsive therapy for ureteral stones / T. Campschroer, X. Zhu, R.W.M. Vernooij, M.T.W. Tycho Lock // Cochrane Database Syst Rev. - 2018. - Vol. 4. - doi: 10.1002/14651858.CD008509.pub3.
100. Caron, F. Practice guidelines for the management of adult community-acquired urinary tract infection / F. Caron, T. Galperine, C. Flateau [et al.] // Med Mal Infect. - 2018. - Vol. 48, № 5. - P. 327-358.
101. Cardwell, S.M. Epidemiology and economics of adult patients hospitalized with urinary tract infections / S.M. Cardwell, J.L. Crandon, D.P. Nicolau [et al.] // Hosp Pract. - 2016. - Vol. 44, № 1. - P. 33-40.
102. Caretto, M. Preventing urinary tract infection after menopause without antibiotics. / M. Caretto, A. Giannini, E. Russo, T. Simoncini // Maturitas. - 2017. -Vol. 99. - P. 43-46.
103. Carlet, J. Ready for a world without antibiotics? The Pensières Antibiotic Resistance Call to Action / J. Carlet, V. Jarlier, S. Harbarth [et al.] // Antimicrob Resist Infect Control. - 2012. - Vol. 1. - P. 11.
104. Carmeli, Y. Ceftazidime-avibactam or best available therapy in patients with ceftazididime-resistant Enterobacteriaceae and Pseudomonas aeruginosa complicated urinary tract infections or complicated intra-abdominal infections (REPRISE): a randomized, pathogen-directed, phase 3 study / Y. Carmeli, J. Armstrong, P.J. Laud [et al.] // Lancet Infect Dis. - 2016. - Vol. 16. - P. 661-673.
105. Chen, Z. The urinary microbiome in patients with refractory urge incontinence and recurrent urinary tract infection / Z. Chen, M.-D. Plan, L.J. Bates [et al.] // Int Urogynecol J. - 2018. - Vol. 20, №12. - P. 1775-1782.
106. Choe, H.-S. Aspects of urinary tract infections and antimicrobial resistance in hospitalized urology patients in Asia: 10-Year results of the Global Prevalence Study of infections in Urology (GPIU) / H.-S. Choe, S.-J. Lee, Y.-H. Cho [et al.] J Infecy Chemother. - 2018. - Vol. 24, № 4. - P.278-283.
107. Ciontea, A.S. Usein CR 2018 In vitro antimicrobial resistance of urinary Esche-richi coli isolates from outpatients collected in a laboratory during two years, 2015-2017 / A.S. Ciontea, D. Cristea, M.M. Andrei, A. Popa // Roum Arch Microbiol Immunol. - 2018. - Vol. 77, № 1. - P. 28-32.
108. Conover, M.S. Inflammation-induced adhesion-receptor interaction provides a fitness advantage to uropathogenic E.coli during chronic infection / M.S. Con-over, S. Ruer, J. Taganna [et al.] // Cell Host Microbe. - 2016. - Vol. 20. - P. 482-492.
109. Corbin, B.D. Metal chelation and inhibition of bacterial growth in tissue abscesses / B.D. Corbin, E.H. Seeley, A. Raab [et al.] // Science. - 2008. - Vol. 319. - P. 962-965.
110. Costa Monteiro, L.M. Neurogenic Bladder Findings in Patients with Congenital Zika Syndrome: A Novel Condition / L.M. Costa Monteiro, G.N.O. Cruz, J.M. Fonres [et al.] // PLoS ONE. - 2018. - Vol. 13, № 3. - P. e0193514. - doi: 10.1371/journal.pone.0193514.
111. Cyoia, P.S. Presence of virulence genes and pathogenicity islands in extraintestinal pathogenic Escherichia coli isolated from Brazil / P.S. Cyoia, G.R. Rodrigues, E.K. Nishio [et al.] // J Infect Dev Ctries. - 2015. - Vol. 9, №10. - P. 1068-1075.
112. Dasgupta, N. Analysis of quinolone resistance due of mutational changes in Escherichia coli associated with urinary tract infections: a study from North East India / N. Dasgupta, D. Paul, D. Dhar (Chandra) [et al.] // Int J Infect Dis. -2016. - Vol. 45. - P. 86.
113. Davis, J.M. Citotoxic necrotizing factor type 1 delivered by outer membrane vesicles of uropathogenic Escherichia coli attenuates polymorphonuclear leuko-
cyte antimicrobial activity and Chemotaxis / J.M. Davis, H.M. Carvalho, S.B. Rasmussen, A.D. O'Brien // Infect Immun. - 2006. - Vol.74. - P. 4401-4408.
114. Davis, C. Lower urinary tract infection in women / C. Davis, A. Rantell // British J Nursing. - 2017. - Vol. 26, № 9. - P. 12-19.
115. Dellabella, M. Medical-expulsive therapy for distal ureterolithiasis: randomized prospective study on role of corticosteroids used in combination with tamsulo-sin-simplified treatment regimen and health-related quality of life / M. Dellabella, G. Milanese, G. Muzzonigro // Urology. - 2005. - Vol. 66, № 4. - P. 712715.
116. Delpech, G. Antimicrobial resistance of uropathogenic Escherichi coli from elderly patients at a general hospital, Argentina / G. Delpech, N.G. Allende, S. Lissarrague, M. Sparo // Open Infect Dis. J.. - 2018. - Vol. 10, № 1. - P. 79-87.
117. Dibua, U.M.E. Frequency, urinalysis and susceptibility profile of pathogens causing urinary tract infections in Enugu State, Southeast Nigeria. / U.M.E. Dibua, I.S. Onyemerela, E.L. Nweze // Rev inst Med Trop Sao Paulo. - 2014. -Vol. 56, № 1. - P. 55-59.
118. Drage, L.K.L. Elevated urine IL-10 concentrations associate with Escherichia coli persistence in older patients susceptible to recurrent urinary tract infections / L.K.L. Drage, W. Robson, C. Mowbray [et al.] // Immunity & Ageing. - 2019. https://doi.org/10.1186/s12979-019-0156-9.
119. Duane, S. COSUTI: a protocol for the development of a core outcome set (COS) for interventions for the treatment of uncomplicated urinary tract infection (UTI) in adults / S. Duane, A. Vellinga, A.W. Murphy [et al.] // BMC. - 2019. - Vol. 20. - P. 106-112.
120. Eriksson, I. Do urinary tract infections affect morale among very old women? / I. Eriksson, Y. Gustafson, L. Fagerström [et al.] // Healt Qual Life Outcomes. -2010. - Vol. 8. - P. 73.
121. Fan, N.C. Rise of community-ons et urinary tract infection caused by extend-ed-spectrum ß-lactamase-producing Echerichia coli in children / N.C. Fan, H.H.
Chen, C.L. Chen // J Microbiol Immunol Infect. - 2013. - Vol. 47, №5. - P. 399-405.
122. Farkas, A. Urinary prostaglandin E2 in acute bacterial cystitis / A. Farkas, D. Alajem, S. Dekel, I. Binderman // J Urol. - 1980. - Vol. 124. - P. 455-457.
123. Fendukly, F. Isolation of Actinobaculum schaalii and Actinobaculum urinale from a patient with chronic renal failure / F. Fendukly, B. Osterman // J Clin Microbiol. - 2005. - Vol. 43, №7. - P. 3567-3569.
124. Finegold, S.M. Recently described clinically important anaerobic bacteria: medical aspects / S.M. Finegold, H. Jousimiens-Somer // Clin Infect Dis. - 1997. -25 (Suppl 2). - P. 88-93.
125. Flores-Mireles, A.L. Urinary tract infection: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options / A.L. Flores-Mireles, J.N. Walker, M. Caparon [et al.] // Nat Rev Microbiol. - 2015. - Vol. 13, №5. - P. 269-284.
126. Fonseca, K. First case of Zika virus infection in a returning Canadian traveler / K. Fonseca, B. Meatherall, D. Zarra [et al.] // Am J Trop Med Hyg. - 2014. -Vol. 91, №5. - P. 1035-1038. - doi: 10.4269/ajtmh.14-0151.
127. Foxman, B. Epidemiology of urinary tract infection: incidence, morbidity, and economic costs / B. Foxman // Disease-a-Month. - 2003, №49. - P. 53-70.
128. Foxman, B. The epidemiology of urinary tract infection / B. Foxman // Nat Rev Urol. - 2010. - № 7. - P. 653-660.
129. Foxman, B. Urinary tract infection syndromes occurrence, recurrence, bacteriology, risk factors, and disease burden / B. Foxman // Infect Dis Clin North AM. -2014. - Vol. 28, №1. - P. 1-13.
130. Gagyor, I. Ibuprofen versus fosfomycin for uncomplicated urinary tract infection in women: randomized controlled trial / I. Gagyor, J. Blcidorn, M.M. Kochen [et al.] // BMJ. - 2015. - Vol. 351. - h6544.
131. Geerlings, S.E. Clinical presentations and epidemiology of urinary tract infections / S.E. Geerlings // Microbiol Spectrum. - 2016. - Vol. 4. - № 5. - doi: 10.1128/microbiolspec.UTI-0002-2012.
132. Geetha, D. Results of repeat renal transplantation after graft loss from BK virus nephropathy / D. Geetha, S.M. Sozio, M. Ghanta [et al.] // Transplantation. -2011. - № 92. - P. 781-786.
133. Goldman, L. Approach to the Patient with Urinary Tract Infection / L. Goldman, A.I. Shaffer // Goldman's Cecil Medicine. - 2012. - P. 1791 - 1796.
134. Gottschick, C. The urinary microbiota of men and women and its changes in women during bacterial vaginosis and antibiotic treatment / C. Gottschick, Z.-L. Deng // Microbiome. - 2017. - Vol. 99, № 5. - P. 1-24.
135. Gourinat, A.C. Detection of Zika virus in urine / A.C. Gourinat, O. O'Connor, E. Calvez [et al.] // Emerg Infect Dis. - 2015. - Vol. 21, № 1. - P.84-86. - doi: 10.3201/eid2101.140894.
136. Grabe, M. EAU Guidelines on Urological infection (online) / M. Grabe, R. Bar-toletti, T.E. Bjerklund-Johansen [et al.] // European Associaation of Urology Web site. http://uroweb.org/guideline/urologucal-infections/, Updated 2019.
137. Grados, M.C. Stratification by demographic and clinical data of the antibiotic susceptibility of Escherichi coli from urinary tract infections of the community / M.C. Grados, I.J. Thuissard, J.-I. Alos // Aten Primaria. - 2018. - Vol. 51, №8. - p. 494-498.
138. Gravey, F. Bacterial epidemiology and antimicrobial resistance profiles of urinary specimens of the elderly / F. Gravey, G. Loggia, A. de La Blanchardiere, V. Cattoir // Med Mal Infect. - 2017. - Vol. 47, № 4. - P. 271-278. doi: 10.1016/j.medmal.2017.03.002.
139. Greenwood, D. Medical microbiology, 18th edition / D. Greenwood, M. Barer, R. Slack [et al.] // Churchill Livingstone, 2012.
140. Guarner, F. Gut flora in health and disease / F. Guarner, J.R. Malagelada // Lancet. - 2003. - Vol. 361. - P. 512-519.
141. Guidelines on urological infections, EUA, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 1170 s., 1159 s., 1374 s., 1258 s.
142. Gupta, K. International clinical practice guidelines for acute uncomplicated cystitis and pyelonephritis in women: a 2010 update by the IDSA and ESCMID
Guidelines Committee / K. Gupta, T.M. Hooton, K.G. Naber [et al.] // Clin Infect Dis. - 2011. - № 52. - P. 561.
143. Gupta, V. Recurrent urinary tract infection in women: how promising is the use of probiotics? / V. Gupta, D. Nag, P. Carg // Indian J Med Microbiol. - 2017. -Vol. 35. - P. 347-354.
144. Hacker, J. Pathogenicity islands of virulent bacteria: structure, function and impact on microbial evolution / J. Hacker, G. Blum-Oehler, I. Muhldorfer, H. Tschape // Mol. Microbiol. - 1997. - Vol. 23. - P. 1089-1097.
145. Hagberg, L. Contribution of adhesion to bacterial persistence in the mouse urinary tract / L. Hagberg, R. Hull, S. Hull [et al.] / Infect Immun. - 1983. - Vol. 40. - P. 265-272.
146. Hannan, T.J. Host-pathogen checkpoints and population bottlenecks in persistent and intracellular uropathogenic Escherichia coli bladder infection / T.J. Hannan, M. Totsika, K.J. Mansfield [et al.] / FEMS Microbiol Rev. - 2012. -Vol. 36, № 3. - P. 616-648.
147. Hassan, R. Characterization of Some Virulence Factors Associated with Enter-bacteriaceae isolated From Urinary Tract Infections in Mansoura Hospitals Egyptian / R. Hassan, W. El-Naggar, E. El-Sawy, A. El-Mahdy // Journal of Medical Microbiology. - 2011. - Vol. 20, № 2. - P. 9-17.
148. Hendaus, M.A. Risk Urinary Tract infection in Infants and Children Acute Bronchiolitis / M.A. Hendaus, A.H. Alhammadi, M.S. Khalifa [et al.] // Pediatries Child Health. - 2015. - Vol. 20, № 25. - P. e25-e29. - doi: 10.1093/pch/20.5/e25.
149. Hendrickx, A.P. Expression of two distinct types of pili by a hospital-axquired Enterococcus faecium isolate / A.P. Hendrickx, M.J. Bonten, M. van Luit-Asbroek [et al.] // Microbiol. - 2008. - Vol. 154, № 10. - P. 3212-3223.
150. Hernday, A. Self-perpetuating epigenetic pili switches in bacteria / A. Hernday, M. Krabbe, B. Braaten [et al.] // Proc Nat Acad Sci USA. - 2002. - Vol. 99, № 4. - P. 16470-16476.
151. Hilt, E.E. Urine is not sterile: use of enhanced urine culture techniques to detect resident bacterial flora in the adult female bladder / E.E. Hilt, K. McKinley, M.M. Pearce [et al.] // J Clin Microbiol. - 2014. - Vol. 52, № 3. P. 871-876.
152. Hojabri, Z. Characterization of antibiotic-susceptibility patterns and virulence genes of five major sequence types of Escherichia coli isolates cultured from extraintestinal specimens: a 1-year surveillance study from Iran / Z. Hojabri, M. Mirmohammadkhani, N. Darabi, M. Arab, O. Pajand // Infect Drug Resist. -2019. - Vol. 12. - P. 893-903.
153. Homburg, S. Expression analysis of the colibactin gene cluster coding for a novel polypeptide in Escherichia coli / S. Homburg, E. Oswald, J. Hacker [et al.] // FEMS Microbiol Lett. - 2007. - Vol. 275, № 2. - P. 255-262.
154. Hooton, T.M. Uncomplicated urinary tract infection / T.M. Hooton // N Engl J Med. - 2012. - Vol. 366, № 11. - P. 1028-1037.
155. Hooton, T.M. Voided midstream urine culture and acute cystitis in premenopausal women / T.M. Hooton, P.L. Roberts, M.E. Cox [et al.] // N Engl J Med. -2013. - Vol. 369. - P. 1883-1891.
156. Hopkins, W.J. Vaginal mucosal vaccine for urinary tract infection in women: results of a phase 2 clinical trial. / W.J. Hopkins, J.E. Elkahwaji, L.M. Beierle [et al.] // J. Urol. - 2007. - Vol. 177. - P. 1349-1353.
157. Horwirz, D. Decreased microbiota diversity associated with urinary tract infection in a trail of bacterial interference / D. Horwirz, T. McCue, A.C. Mapes // J Infect. - 2015. - Vol. 71, № 3. - P. 358-367.
158. Human microbiome project [http://nihroadmap.nih.gov/hmp/, www/human-microbiome.org].
159. Huttner, A. Nitrofurantoin revisited: a systematic review and meta-analysis of controlled trials / A. Huttner, E.M. Verhaegh, S. Harbarth [et al.] // J Antimicrob Chemother // 2015. - Vol. 70, № 9. - P. 2456-2464.
160. Jackson, S.L. Predictors of urinary tract infection after menopause: a prospective study / S.L. Jackson, E.J. Boyko, D. Scholes [et al.] // Am J Med. - 2004. -Vol.117. - P. 903-911.
161. Jadoon, S.A. Spectrum of bacterial culture and drug sensitivity vs resistance in uncomplicated urinary tract infection / S.A. Jadoon, A. Ahmed, R. Irsland // J Ayubmed Coll Abbottabad. - 2018. - Vol. 30, № 3. - P. 432-438.
162. Jepson, R.G. Cranberries for preventing urinary tract infection / R.G. Jepson, G. Williams, J.C. Craig // Cochrane Database Syst Rev. - 2012. - doi: 10.1002/14651858.
163. Johnson, J.R. Virulence factors in Escherichia coli urinary tract infection / J.R. Johnson // Clinical Microbiology Reviews. - 1991. - Vol. 4, № 1. - P. 80-128.
164. Johnson, J.R. Extended virulence genotypes of Escherichia coli strains from patients with urosepsis in relation to phylogeny and host compromise / J.R. Jon-son, A.L. Stella // J Infect Dis. - 2000. - Vol. 181. - P. 261-272.
165. Jones, C.H. FimH adhesin of type 1 pili is assembled into a fibrillar tip structure in the Enterobacteriaceae / C.H. Jones, J.S. Pinkner, R. Roth [et al.] // Proc Natl Acad Sci USA. - 1995. - Vol. 92. - P. 2081-2085. - doi: 10.1073/pnas.92.6.2081.
166. Kahan, N.R. Longer than recommended empiric antibiotic treatment of urinary tract infection in women: an avoidable waste of money / N.R. Kahan, D.P. Chi-nitiz, E. Kahan // J Clin Pharm Ther. - 2004. - Vol. 29, № 1. - P. 59-63.
167. Kahlmeter, G. An international survey of the antimicrobial susceptibility of pathogens from uncomplicated urinary tract infections: the ECO. SENS Project / G. Kahlmeter // J Antimicrob Chemother. - 2003. - Vol. 51. - P. 69-76
168. Kaluarachchi, D. When to perform urine cultures in respiratore syncytial viruspositive febrile older infants? / D. Kaluarachchi, V. Kaldas, E. Erickson [et al.] // Pediatr Emerg Care. - 2014. - Vol. 30, № 9. - P. 598-601.
169. Karam, M.R.A. Urinary tract infection: Pathogenicity, antibiotic resistance and development of effective vaccines against Uropathogenic Escherichia coli / M.R.A. Karam, M. Habibi, S. Bouzari // Molecular Immunology. - 2019. - Vol. 108. - P. 56-67.
170. Karstens, L. Does the urinary microbiome play a role in urgency urinary incontinence and its severity? / L. Karstens, M. Asquith, S. Davin [et al.] // Front Cell Infect Microbiol. - 2016. - № 6. - P. 78.
171. Kline, K.A. Gram-positive uropathogens, polymicrobial urinary tract infection, and the emerging microbiota of the urinary tract / K.A. Kline, A.L. Levis // Microbiol Spectrum. - 2016. - Vol. 4. - № 2. - doi: 10.1128/microbiolspec.UTI-0012-2012.
172. Kogan, M.I. Nonclostridial anaerobic bacteria - an etiological factor of complicated infection of the upper urinary tract (experimental studies) / M.I. Kogan, J.L. Naboka, D.G. Pasechnik [et al.] // European Urology, supplements. - 2015.
- Vol. 14. - P. e252-252a.
173. Koschinski, A. Why Escherichia coli alphahemolysin induced calcium oscillations in mammalian cells - the pore is on its own / A. Koschinski, H. Repp, B. Unver [et al.] / FASEB J. - 2006. - Vol. 20. - P. 973-975.
174. Kot, B. Antibiotic Resistance Among Uropathogenic Escherichia coli / B. Kot // Pol J Microbiol. - 2019. - Vol. 68, № 4. - P. 403-415. - doi: 10.33073/pjm-2019-048.
175. Köves, B. The role of the host and the pathogens in urinary tract infection / B. Köves, B. Wullt // Eur Urology Suppl. - 2016. - Vol. 15. - P. 88-94.
176. Kranz, J. Uncomplicated bacterial community-acquired urinary tract infection in adults / J. Kranz, S. Schmidt, C. Lebert [et al.] // Dtsch Arztebl Int. - 2017. - № 114. - P. 866-873.
177. Kronenberg, A. Symptomatic treatment of uncomplicated lower urinary tract infection in the ambulatory setting: randomized, double blind trial / A. Kronenberg, L. Butikofer, A. Odutayo [et al.] // BMJ. - 2017. - Vol. 359. - P.j4784.
178. Kumazawa, J. Significance of anaerobic bacteria isolated from the urinary tract. II. Experimental studies / J. Kumazawa, H. Kiyohara, S. Momose // Invest Urol.
- 1976. - Vol. 13, № 4. - P. 309-312.
179. Lane, M.C. Expression of flagella is coincident with uropathogenic Escherichia coli ascension to the upper urinary tract / M.C. Lane, C.J. Alteri, S.N. Smith [et al.] // Proc Natl Acad Sci USA. - 2007. - Vol. 104. - P. 16669-16674.
180. Langermann, S. Vaccination with FimHadhesin protects cynomolgus monkeys from colonization and infection by uropathogenic Escherichia coli / S. Langermann, R. Möllby, J.E. Burlein [et al.] // J Infect Dis. - 2000. - Vol. 181. - P. 774-778. - doi: 10.1086/315258.
181. Larios, O.E. First report of Actinobaculum schaalii urinary tract infection in North America / O.E. Larios, K.A. Bernard, K. Manickam [et al.] // Diagn Microbiol Infect Dis. - 2010. - Vol. 67, №3. - P. 282-285.
182. Laupland, K.B. Community-onset urinary tract infections: a population-based assessment / K.B. Laupland, T. Ross, J.D. Pitout [et al.] // Infection. - 2007. -Vol. 35, № 3. - P. 150-153.
183. Leffler, H. Glycolipid receptors for uropathogenic Escherichia coli on human erythrocytes and uroepithelial cells / H. Leffler, C. Svanborg-Edén // Infect Immun. - 1981. - Vol. 34. - P. 920-929.
184. Li, W. Memory and learning behavior in mice is temporally associated with diet-induced alteration in gut bacteria / W. Li, S.E. Dowd, B. Scurlock [et al.] // Physiol Behav. - 2009, № 96. - P. 557-567.
185. Lichtenberger, P. Complicated urinary tract infections / P. Lichtenberger, T.M. Hooton / Curr Infect Dis. - 2008. - Vol. 10. - P. 499-504.
186. Lopes, Mde F. Activity and expression of a virulence factors, gelatinase, in dairy enterocicci / Mde F. Lopes, A.P. Simöes, R. Tenreiro [ et al.] // Int J Food Mi -crobiol. - 2006. - Vol. 112, № 3. - P. 208-214.
187. Lüthje, P. Estrogen supports urothelial defense mechanisms / P. Lüthje, H. Brauner, N.L. Ramos [ et al.] // Sci Transl Med. - 2013. - Vol. 5, № 190. - doi: 10.1126/scitranslmed.3005574.
188. Maarifuchi, H. Staphylococcus saprophyticus native valve endocarditis in a diabetic with neurogenic bladder: A case report / H. Maarifuchi, K. Kusaba, H. Yamakuchi // J Infect Chemother. - 2015. - Vol. 21, № 9. - P. 695-699.
189. Madigan, M.T. Brock Biology of Microorganisms (13th Edition) / M.T. Madi-gan, J.M. Martinko, D. Stahl [et al.] // San Francisco: Pearson education, 2012.
190. Magasi, P. Uro-Vaxom and the management of recurrent urinary tract infection in adults: a randomized multicenter double - blind trial / P. Magasi, J. Panovics, A. Illes, M. Nagy // Eur Urol. - 1994. - Vol. 26. - P. 137-140.
191. Maghdid, D.M. Urine is not sterile: use of enhanced urine culture techniques to detect resident bacterial flora in the adult female bladder / D.M. Maghdid, D.J. Kok // Eur Urol. - 2014. - Vol. 66, № 5. - P. 966.
192. Mahler, M. FELASA recommendations for the health monitoring of mouse, rat, hamster, guinea pig and rabbit colonies in breeding and experimental units / M. Mahler, M. Berard, R. Feinstein [et al.] // Laboratory Animals. - 2014. - Vol. 48, № 3. - P. 178-192.
193. Maki, K.C. Consumption of a cranberry juice beverage lowered the number of clinical urinary tract infection episodes in woman with a recent history of urinary tract infection / K.C. Maki, K.L. Kaspar, C. Khoo [et al.] // Am J Clin Nutr. - 2016. - Vol. 103. - P. 1434-1442.
194. Malik, R.D. Definition of recurrent urinary tract infections in women which one to adopt? / R.D. Malik, Y.R. Wu, P.E. Zimmern // Female Pelvic Med Reconstr Sugr. - 2018. - Vol. 24, № 6. - P. 424-429. - doi: 10.1097/SPV.0000000000000509.
195. Mambie, A. Cefoxitin: an alternative to carbapenems in urinary tract infections due to extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae / A. Mambie, F. Vuotto, D. Poitrenaud [et al.] // Med Mal Infect. - 2016. - Vol. 46, № 4. - P. 215-219.
196. Mann, R. Metabolic Adaptations of Uropathogenic E.coli in the Urinary Trac / R. Mann, D.G. Mediati, I.G. Duggin [et al.] // Front Cell Infect Microbiol. -2017. - Vol.8, № 7. - P. 241. - doi: 10.3389/fcimb.2017.00241.
197. Martinez J. J. Type 1 pilus-mediated bacterial invasion of bladder epithelial cells. / Martinez, J. J., Mulvey M. A., Schilling J. D., Pinkner J. S., Hultgren S.J., // EMBO J. 2000 19, 2803-2812. doi: 10.1093/emboj/19.12.2803.
198. Martinez, J.J. Requirement of Rho-family GTPases in the invasion of type 1-piliated uropathogenic Escherichia coli / J.J. Martinez, S.J. Hultgren // Cell Microbiol. - 2002. - Vol. 4. - P. 19028. -doi: 10.1046/j.1462-5822.2002.00166.x.
199. Medina, M. An introduction to the epidemiology and burden of urinary tract infections / M. Medina, E. Castillo-Pino // Ther Adv Urol. - 2019. - Vol. 2. - P. 11. - doi: 10.1177/1756287219832172.
200. Michael, M. Short compared with standard duration of antibiotic treatment for urinary tract infection: a systematic review of randomized controlled trials / M. Michael, E.M. Hodson, J.C. Craig [et al.] // Arch Dis Child. - 2002. - Vol. 87, № 2. - P. 118-123.
201. Mills, M. Cytotoxic necrotizing factor type 1 of uropathogenic Escherichia coli kills cultured human uroepithelial 5637 cells by an apoptotic mechanism / M. Mills, K.C. Meysick, A.D. O'Brien // Infect Immun. - 2000. - Vol. 68. - P. 5869-5880.
202. Miotla, P. Should we always use antibiotics after urodynamic studies in high-risk patients? / P. Miotla, S. Wawrysiuk, K. Naber [et al.] // Biomed Res Int. -2018. - doi: 10.1155/2018/1607425.
203. Mittal, S. Study of virulence factors of uropathogenic Escherichia coli and its antibiotic susceptibility pattern / S. Mittal, M. Sharma, U. Chaudhary // Indian J Pathol Microbiol. - 2014. - Vol. 57, № 1. - P. 61-64.
204. Mohammed, M.A. Prevalence and antimicrobial resistance pattern of bacterial strains isolated from patients with urinary tract infection in Messalata Central Hospital, Libya / M.A. Mohammed, T.M.S. Alnour, O.M. Shakurfo, M.M. Ab-urass // Asian Pacific Journal of Tropical Medicine. - 2016. - Vol. 9, № 8. - P. 771-776.
205. Mond, N.C. Presentation, diagnosis and treatment of urinary tract infections in general practice / N.C. Mond, A. Percival, J.D. Williams [et al.] // Lancet. -1965. - Vol. 1. - P. 514-516.
206. Mora, A. Extraintestinal pathogenic Escherichia coli O:K1:H7/NM from human and avian origin: Detection of clonal groups B2 ST95 and D ST59 with different
host distribution / A. Mora, C. Lopez, G. Dabhi [et al.] // BMC Microbiol. -2009. - Vol. 9. - P. 132. - doi: 10.1186/1471-2180-9-132.
207. Moustafa, A. Microbial metagenome of urinary tract infection / A. Moustafa, W. Li, H. Singh [et al.] // Scientific Reports. - 2018. - Vol. 8, № 1. -doi:10.103 8/s41598-018-22660-8.
208. Mulvey, M.A. Induction and evasion of host defenses by Type 1-piliated Uropa-thogenic Escherichia coli / M.A. Mulvey, Y.S. Lopez-Boado, C.L. Wilson. [et al.] // Sci. - 1998. - Vol. 282. - P. 1494-1497. - doi: 10.1126/science.282.5393.1494.
209. Mulvey, M.A. Adhesion and entry of uropathogenic Escherichia coli / M.A. Mulvey // Cell Microbiol. - 2002. - Vol. 4. - P. 257-271. - doi: 10.1046/j.1462-5822.2002.00193.x.
210. Mulvey, M.A. Urinary tract infections: molecular pathogenesis and clinical management / M.A. Mulvey, D.J. Klumpp, A.E. Stapleton // Washington, 2017. - 550 p.
211. Murphy, E.F. Divergent metabolic outcomes arising from targeted manipulation of the gut microbiota in diet-induced obesity / E.F. Murphy, P.D. Cotter, A. Ho-gan [et al.] // Gut. - 2012. - Vol. 62. - P. 220-226.
212. Murray, P.R. Medical Microbiology 8-th edition (United States of America) / P.R. Murray, K.S. Rosental, M.A. Pfaller // Elsevier, 2016. - P. 408-417.
213. Naber, K.G. Immunoactive prophylaxis of recurrent urinary tract infection: a metanalsis / K.G. Naber, Y.-H. Cho, T. Matsumoto, A.J. Schaeffer // Int J Anti-microb Agents. - 2009. - Vol. 33. - P. 111-119.
214. Naber, K.G. Efficacy and safety of the phytotherapeutic drug Canephron N in prevention and treatment of urogenital and gestational disease review of clinical experience in Eastern Europe and Central Asia / K.G. Naber // Res Rep Urol. -2013. - Vol. 5. - P. 39-46.
215. Nakano, M. Structual and sequence diversity of the pathogenicity island of uropathogenic Escherichia coli with encodes the USP protein / M. Nakano, S. Ya-
mamoto, A. Terai [et al.] // FEMS Microbiol Lett. - 2001. - Vol. 205. - P. 7176.
216. Neupane, S. Correlation between biofilm formation and resistance toward different commonly used antibiotics along with extended spectrum beta lactamase production in uropathogenic Escherichia coli isolated from the patients suspected of urinary tract infections visiting Shree Birendra Hospital, Chhauni, Kath-mandu, Nepal / S. Neupane, N.D. Pant, S. Khatiwada [et al.] / Antimicrob Resist Infect Control. - 2016. - Vol. 5. - P. 5.
217. NHS choices: urinary tract infection in adults. UK National Health Service Web site. http: //www.nhs. uk/conditions/urinary-tract-infection-adults/pages/introduction. aspx, 2015.
218. Nickel, J.C. Urinary tract infections and resistant bacteria / J.C. Nickel // Re v Urol. - 2007. - Vol. 9. - P. 78-80.
219. Nicolas-Chanoine, M.H. Intercontinental emergence of Escherichia coli clone O25:H4-ST131 producing CTX-M-15 / M.H. Nicolas-Chanoine // J Antimicrob Chemother. - 2008. - Vol. 61. - P. 273-281.
220. Nicolle, L.E. Pivmecillinam in the treatment of urinary tract infections / L.E. Nicolle // J Antimicrob Chemother. - 2008. - Vol. 62, № 1. - P. 215.
221. Nielsen, H.L. Actinobaculum schaalii: a common cause of urinary tract infection in the elderly population, bacteriological and clinical characteristics / H.L. Nielsen, K.M. Soby, J.J. Christiensen [et al.] // Scand J Infect Dis. - 2010. - Vol. 42, № 1. - P. 43-47.
222. Nielsen, K.L. Escherichia coli from patients with E.coli urinary tract infection and healthy controls who have never had a urinary tract infection / K.L. Nielsen, P. Dynesen, P. Larsen [et al.] // J Med Microbiol. - 2014. - Vol. 63, № 4. - P. 582-589.
223. Nielubowicz, G.R. Host-pathogen interactions in urinary tract infection / G.R. Nielubowicz, H.L. Mobley // Nat Rev Urol. - 2010. - Vol. 7. - P. 430-441.
224. Osborne, N.G. Acute urinary-tract infection: a condition overdiagnosed in women? / N.G. Osborne // J of Gynecologic Surgery. - 2008. - Vol. 24, № 1. - P. 5154.
225. Nipic, D. Escherichia coli Uropathogenic-Specific Protein, Usp, Is a Bacteri-ocin-Like Genotoxin / D. Nipic, Z. Podlesek, M. Budic [et al.] // JID. - 2013. -Vol. 28. - P. 1545-1552.
226. Palmer, K.L. Comparative genomics of enterococci: variation in Enterococcus faecalis, clade structure in E.faecium, and defining characteristics of E.gallinarum and E.casseliflavus / K.L. Palmer, P. Godfrey, A. Griggs [et al.] // MBio. - 2012. - Vol. 3. - P. e00318-11. 2012;
227. Panesso, D. First characterization of a cluster of VanA-type glycopeptides-resistant Enterococcus faecium, Colombia / D. Panesso, S. Ospina, J. Robledo [et al.] // Emerg Infect Dis. - 2002. - Vol. 8. - P. 961-965.
228. Parsons, S.R. Investigation of uncomplicated recurrent urinary tract infection in women / S.R. Parsons, N.C. Cornish, B. Martin [et al.] // J Clin Urol. - 2016. -Vol. 4. - P. 234-238.
229. Pavelka, M.S. Identification of Two Genes, kpsM and kpsT, in Region 3 of the Polysialic Acid Gene Cluster of Escherichia coli K1 / M.S. Pavelka, L.F. Wright, R.P. Silver // J Bacteriology. - 1991. - Vol. 173, № 15. - P. 4603-4610.
230. Pearce, M.M. The female urinary microbiome: a comparison of women with and without urgency urinary incontinence / M.M. Pearce, E.E. Hilt, A.B. Rosenfeld [et al.] // Mbio. - 2014. - Vol. 5, № 4. - P. e01283-14.
231. Pelludat, C. The yersiniabactin biosynthetic gene cluster of Yersinia enterocoli-tica: organization and sideropgore-dependent regulation / C. Pelludat, A. Rakin, C.A. Jacobi // J Bacteriol. - 1998. - Vol. 180, № 3. - P. 538-546.
232. Peretz, A. High Rates of Fosfomcin Resistance in Gram-Negative Urinary Isolates from Israel / A. Peretz, B. Naamneh, L. Tkhawkho, O. Nitzan // Microbial Drug Resistance. - 2019. - doi:10.1089/mdr.2018.0393.
233. Perrotta, C. Oestrogens for preventing recurrent urinary tract infection in postmenopausal women / C. Perrotta, M. Aznar, R. Mejia [et al.] // Cochrane Database Syst Rev. - 2008. - Vol. 2. - doi: 10.1002/14651858.CD005131.
234. Petty, N.K. Global dissemination of a multidrug resistant Escherichia coli clone / N.K. Petty, N.L. Ben Zakour, M. Stanton-Cook [et al.] // Proc Natl Acad Sci USA. - 2014. - Vol. 111, № 15. - P. 5694-5699. - doi: 10.1073/pnas.1322678111.
235. Porpiglia, F. Effectiveness of nifedipine and deflazacort in the management of distal ureter stones / F. Porpiglia, P. Destefanis, C. Fiori, D. Fontana // Urology. - 2000. - Vol. 56, № 4. - P. 579-582.
236. Price, T.K. The clinical urine culture: enhanced techniques improve detection of clinically relevant microorganisms / T.K. Price, T. Dune, E.E. Hilt [et al.] // J Clin Microbiol. - 2016. - № 54. - P. 1216-1222.
237. Proctor, L.M. The national institutes of health human microbiome project / L.M. Proctor // Semin Fetal Neonatal Med. - 2016. - Vol. 21, № 6. - P. 368-372.
238. Ravel, J. Vaginal microbiome of reproductive-age women / J. Ravel, P. Gajer, Z. Abdo [et al.] // Proc Natl Acad Sci USA. - 2011. - Vol. 108, № 1. - P. 46804687.
239. Reinhard, M. Ten cases of Actinobaculum schaalii infection: clinical relevance, bacterial identification and antibiotic susceptibility / M. Reinhard, J. Prag, M. Kemp [et al.] // J Clin Microbiol. - 2005. - Vol. 43, № 10. - P. 5305-5308.
240. Rinaldo, C.H. The human polyomavirus BK (BKPyV): virological background and clinical implications / C.H. Rinaldo, G.D. Tylden, B.N. Sharma // APMIS. -2013. - Vol. 121. - P. 728-745. - doi: 10.1111/amp12134.
241. Rogers, B.A. Escherichia coli O25b-ST131: a pandemic, multiresistant, com-munityassociated strain / B.A. Rogers, H.E. Sidjabat, D.L. Paterson // J Antimi-crob Chemother. - 2011. - Vol. 66, № 1. - P. 1-14.
242. Rosa, R. Antimicrobial resistance in urinary tract infections at a large urban ED: factors contributing to empiric treatment failure / R. Rosa, L.M. Abbo, K. Raney [et al.] // Am J Emerg Med. - 2017. - Vol. 35, № 3. - P. 397-40.
243. Rudenko, N. Prevention of recurrent lower urinary tract infections by longterm administration of fosfomycin trometamol. Double blind, randomized, parallel group, placebo controlled study / N. Rudenko, A. Dorofeyev // Arzneimittelforschung. - 2005. - Vol. 55. - P. 420.
244. Salvador, E. Comparison of asymptomatic bacteriuria Escherichia coli isolates from healthy individuals versus those from hospital patients shows that long-term bladder colonization selects for attenuated virulence phenotypes / E. Salvador, F. Wagenlehner, C.D. Kohler [et al.] // Infect Immun. - 2012. - Vol. 80. -P. 668-678.
245. Salyers, A.A. Bacterial Pathogenesis: A Molecular Approach 2 nd edition/ A.A. Salyers, D.D. Whitt // Washington, DC: ASM Press USA, 2002. - P. 244-250.
246. Santiago-Rodriguez, T.M. The human urine virome in association with urinary tract infections / T.M. Santiago-Rodriguez, M. Ly, N. Bonilla [et al.] // Front Microbial. - 2015. - Vol. 6. - P. 14.
247. Sarkar, S. Role of capsule and O antigen in the virulence of uropathogenic Escherichia coli / S. Sarkar // PLoS. - 2014. - Vol. 9, № 4. - P. e94786. - doi: 10.1371/journal.pone.0094786.
248. Sarkar, S. Comprehensive analysis of type 1 fimbriae regulation in fimB-null strains from the multidrug resistant Escherichia coli ST131 clone / S. Sarkar, L.W. Roberts, M.D. Phan [et al.] // Mol Microbiol. - 2016. - Vol. 101. - P. 1069-1087.
249. Schaeffer, A.J. Infection of the urinary tract / A.J. Schaeffer, M.S. Matulewicz, D.J. Klumpp // Campbell-Walsh Urology. - 2016. - Vol. 12. - P. 237-303.
250. Scheckler, W.E. Comparison of low-dose cinoxacin therapy and placebo in the prevention of recurrent urinary tract infections / W.E. Scheckler, R.A. Burt, D.F. Paulson // J Fam Pract. - 1982. - Vol. 15. - P. 901.
251. Schlechter, S.A.K. Testing for Urinary Tract infection in the influenza/Respiratory Syncytial Virus-Positive Febrile infant Aged 2 to 12 Months / S.A.K. Schlechter, D.S. Hains, T. Jones [et al.] // Pediatr Emerg Care. - 2019. -Vol. 35, № 10. - P. 666-670.
252. Schmidt, H. Pathogenicity Islands in Bacterial Pathogenesis / H. Schmidt, M. Hensel // Clinical Microbiology Reviews. - 2004. - Vol. 17, № 1. - P. 14-56.
253. Schneeweiss, J. The human urinary microbiome and how it relates to urogyne-cology / J. Schneeweiss, M. Koch, W. Umek // Int Urogynecol J. - 2016. - Vol. 27, № 9. - P. 1307-1312.
254. Schubert, S. Prevalence of the «High-Pathogenicity Island» of Yersinia Species among Escherichia coli Strains That Are Pathogenic to Humans / S. Schubertö A. Rakin, H. Karch [et al.] // Infect Immun. - 1998. - Vol. 66, № 2. - P. 480485.
255. Schulman, C.C. Oral immunotherapy of recurrent urinary tract infection: a double-blind placebo-controlled multicenter study / C.C. Schulman, A. Corbusi-er, H. Michiels, H.J. Taenzer // J Urol. - 1993. - Vol. 150. - P. 917-921.
256. Scott, V.C.S. Intracellular bacterial communities: a potential etiology for chronic lower urinary tract symptoms / V.C.S. Scott, D.A. Haake, B.M. Churchill [et al.] // Urology. - 2015. - Vol. 86, № 3. - P. 425-431.
257. Shaw, J.P. Complete genome of Citrobacter freundii Siphophage Stevie / J.P. Shaw, C.F. Aviles Medina, Y. Chen [et al.] // Genome Announc. - 2015. - Vol. 3, № 1. - P. e01434-14.
258. Sheikh, A.F. Virulence - associated genes and drug susceptibility patterns of uropathogenic Escherichia coli isolated from patients with urinary tract infection. Infection and Drug Resistance / A.F. Sheikh, H. Goodarzi, M.J. Yadyad [et al.] // Infection and Drug Resistance. - 2019. - Vol. 12. - P. 2039-2047. - doi: 10.2147/idr.s199764.
259. Shetty, A.V. Prevalence of adhesive genes among uropathogenic Escherichia coli strains isolated from patients with urinary tract infection in Mangalore / A.V. Shetty, S.H. Kumar, M. Shekar [et al.] // Indian J Med Microbiol. - 2014. - Vol. 32, № 2. - P. 175178. - doi: 10.4103/0255 - 0857.129812.
260. Shigehara, K. Prevalence of human papillomavirus infection in the urinary tract of men with urethritis / K. Shigehara, T. Sasagava, S. Kawaguchi [et al.] // In-
ternational Journal of Urology. - 2010. - Vol. 17. - P. 563-568. - doi: 10.1186/1471-2334-14-43.
261. Siddiqui, H. Assesing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S RNA amplicons / H. Siddiqui, A.J. Nederbragt, K. Lage-sen [et al.] // BMC Microbiol. - 2011. - Vol. 11. - P. 244-251.
262. Singh, I. Effect of oral cranberry extract (standardized proanthocyanidin-A) in patients with recurrent UTI by pathogenic E.coli: a randomized placebo-controlled clinical research study / I. Singh, L.K. Gautam, I.R. Kaur // Int Urol Nephrol. - 2016. - Vol. 48, № 9. - P. 1379-1386.
263. Sivick, K.E. Waging war against uropathogenic Escherichia coli: winning back the urinary tract / K.E. Sivick, H.L. Mobley // Infect. Immun. - 2010. Vol. 78. -№ 2. - P. 568-585.
264. Srimanote, P. Characterization of a novel type IV pilus locus encoded on the large plasmid of locus of enterocyte effacement-negative Shigatoxigenic Esche-richia coli strains that are virulent for humans / P. Srimanote, A.W. Paton, J.C. Paton // Infect Immun. - 2002. - Vol. 70, № 6. - P. 3094-3100.
265. Stamm, W.E. Antimicrobial prophylaxis of recurrent urinary tract infections a double blind, placebo controlled trail / W.E. Stamm, G.W. Counts, K.F. Wagner [et al.] // Ann Intern Med. - 1980. - Vol. 92. - P. 770.
266. Stamm, W.E. Urinary tract infections: disease panorama and challenges / W.E. Stamm, S.R. Norrby // J Infect. - 2001. - Vol. 183, S. 1-4. - doi: 10.1086/318850.
267. Stapleton, A.E. The vaginal microbiota and urinary tract infection / A.E. Staple-ton // Microbiol Spectr. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.UTI-0025-2016.
268. Stapleton, A.E. Randomized, placebo controlled phase 2 trial of a Lactobacillus crispatus probiotic given intravaginally for the prevention of recurrent urinary tract infection / A.E. Stapleton, M. Au-Yeung, T.M. Hooton [et al.] // Clin Infect Dis. - 2011. - Vol. 52. - P.1212-1217.
269. Subashchandrabose, S. Draft genome sequences of five recent human uropatho-genic Escherichia coli isolates / S. Subashchandrabose, T.H. Hazen, D.A. Rasko, H.L.T. Mobley // Pathog Dis. - 2013. - Vol. 69. - P. 66-70.
270. Subashchandrabose, S. Host-specific induction of Escherichia coli fitness genes during human urinary tract infection / S. Subashchandrabose, T.H. Hazen, A.R. Brumbaugh // Proc Natl Acad Sci USA. - 2014. - Vol. 111, № 51. - P. 1832718332.
271. Subashchandrabose, S. Virulence and fitness determinants of uropathogenic Escherichia coli / S. Subashchandrabose, H.L.T. Mobley // Microbiol Spectrum. - 2015. - Vol. 3, № 4. - doi: 10.1128/microbiolspec.UTI-0015-2012.
272. Sullivan, N.L. The complete genome sequence of Proteus mirabilis strain BB2000 reveals differences from the P.mirabilis reference strain / N.L. Sullivan, A.N. Septer, A.T. Fields [et al.] // Genome Announc. - 2013. - Vol. 1. - P. e00024-13.
273. Takahashi, S. A randomized clinical trial to evaluate the preventive effect of cranberry juice (UR 65) for patients with recurrent urinary tract infection / S. Takahashi, R. Hamasuna, M. Yasuda [et al.] // J Infect Chemother. - 2013. -Vol. 19. - P. 112-117.
274. Taktak, A. Cytomegalovirus-related hemorrhagic cystitis in an immunocompetent child / A. Taktak, B. Acar, G. Gur [et al.] // Renal Failure. - 2014. - Vol. 37, № 6. - P. 1148-1150. - doi: 10.3109/0886022X.2014.926757.
275. Tammen, H. Immunobiotherapy with Uro-Vaxom in recurrent urinary tract infection. The german urinary tract infection study group / H. Tammen // Br J Urol. - 1990. - Vol. 65. - P. 6-9.
276. Tapiainen, T. Escherichia coli biofilm formation and recurrences of urinary tract infections in children / T. Tapiainen, A.M. Hanni, J. Salo [et al.] // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. - 2014. - Vol. 33. - P. 111-115.
277. Tchesnokova, V.L. Rapid and extensive expansion in the Uneted Sn tates of a new multidrug-resistant Escherichia coli clonal group, sequence type 1193 /
V.L. Tchesnokova, E. Rechkina, L. Larson [et al.] // Clin Infect Dis. - 2019. -Vol. 68, № 2. - P. 334-337.
278. Trautner, B.W. Approach to a Positive Urine Culture in Patient Without Urinary Symptoms / B.W.Trautner, L. Grigoryan // Infect Dis Clin N Am. - 2014. - Vol. 28. - P. 15-31.
279. Tzanos, I.A. Prevalence and antimicrobial susceptibility of ESBL producing E.coli, K.pneuminoniae and P.mirabilis isolates from urine cultures in a rehabilitation department / I.A. Tzanos, M. Papastefanou, E. Stefas [et al.] // An Phys Rehabil Med. - 2014. - Vol. 57. - P. 92.
280. Uehling DT, Vaginal mucosal immunization for recurrent urinary tract infection: phase II clinical trial / Uehling DT, Hopkins WJ, Balish E, Xing Y, Heisey DM, // 1997 J. Urol 157:2049 - 2052.
281. Uehling, D.T. Phase 2 clinical trial of a vaginal mucosal vaccine for urinary tract infection / D.T. Uehling, W.J. Hopkins, J.E. Elkahwaji [et al.] // J Urol. - 2003. - Vol. 170. - P. 867-869.
282. UTI - Lower urinary tract infection in females (in Swedish) / Uppsala, Swedish: Medical Products Agency, 2007.
283. Vaisanen, V. Mannose-resistant haemagglutination and P antigen recognition are characteristic of Escherichi coli causing primary pyelonephritis / V. Vaisanen, J. Elo, L.G. Tallgren [et al.] // Lancet. - 1981. - Vol. 2. - P. 1366-1369.
284. Vaisanen, V. Blood group M specific haemagglutinin in pelonephritogenic Escherichia coli / V. Vaisanen, T.K. Korhonen, M. Jokinen [et al.] // Lancet. -1982. - Vol. 319, № 8282. - P. 1192. - doi: 10. 1016/s0140-6736(82)92264-4.
285. Van de Wijgert, J.H. The vaginal microbiota: what have we learned after a decade of molecular characterization? / J.H. van de Wijgert, H. Borgdorff, R. Ver-helst [et al.] // Plos One. - 2014. - Vol. 22. - №9 (8). - P. e.105998.
286. Vanden Bempt, I. Actinobaculum schaalii causing Fournier's gangrene / I. Van-den Bempt, S. van Trappen, I. Cleenwerck [et al.] // J Clin Microbiol. - 2011. -Vol. 49, № 6. - P. 2369-2371.
287. Vane, J.R. Mechanism of action of nonsteroidal anti-inflammatory drugs / J.R. Vane, R.M. Botting // Am J Med. - 1998. - Vol. 104, № 3A. - P. 2S-8S.
288. Vik, I. Ibuprofen versus pivmecillinam for uncomplicated urinary tract infection in woman-A double-blind, randomized non-inferiority trail / I. Vik, M. Bolles-tad, N. Grude [et al.] // PLoS Med. - 2018 Vol. 15, № 5. - P. e1002569. - doi: 10.1371/journal.pmed.1002569.
289. Vincent, J.L. International study of prevalence and outcomes of infection in ICU / J.L. Vincent, J. Rello, J. Marshal [et al.] // JAMA. - 2009. - Vol. 302. - P. 2323-2329.
290. Wagenlehner, F. Social and economic burden of recurrent urinary tract infections and quality of life: a patient web-based study (GESPRIT) / F. Wagenlehner, B. Wullt, S. Ballarini [et al.] // Expert Rev Pharmacoecon Outcomes Res. -2018. - Vol. 18, № 1. - P.107-117. - doi: 10.1080/14737167.2017.1359543.
291. Wagenlehner, F.M. Non-Antibiotic Herbal Therapy (BNO 1045) versus antibiotic thepary (Fosfomycin Trometamol ) for the treatment of acute lower uncomplicated urinary tract infection in women a double-blind, parallel-group, randomized, multicentre non-inferiority phase III trail / F.M. Wagenlehner, D. Abra-mov-Sommariva, M. Holler [et al.] // Urol Int. - 2018. - Vol. 101, № 3. - P. 327-336. - doi: 10.1159/000493368.
292. Walz, W. AFA-I, a cloned afimbrial X-type adhesion from a human pyelone-phritic Escherichia coli strain. Purification and chemical, functional and serologic characterization / W. Walz, M.A. Schmidt, A.F. Labigne-Roussel [et al.] // Eur J Biochem. -1985. - Vol. 152. - P. 315-321.
293. Wang, M.C. Bacterial characteristics and glycemic control in diabetic patients with Escherichia coli urinary tract infection / M.C. Wang, C.C. Tseng, A.B. Wu [et al.] // J Microbiol Immunol Infect. - 2013. - Vol. 46. - P. 24-29.
294. Warren, J.W. Guidelines for antimicrobial treatment of uncomplicated acute bacterial cystitis and acute pyelonephritis in women / J.W. Warren, E. Abrutyn, J.R. Hebel [et al.] // Clin Infect Dis. - 1999. - № 4ro - P. 745-758. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10589881.
295. Wawrysiuk, S. Prevention and treatment of uncomplicated lower urinary tract infections in the era of increasing antimicrobial resistance-non n-antibiotic approaches: a systemic review / S. Wawrysiuk, K. Naber, T. Rechberger, P. Miotla // Archives of Gynecology and Obstetrics. - 2019. - Vol. 300. - P. 821-828.
296. Welch, R.A. Extensive mosaic structure revealed by the complete genome sequence of uropathogenic Escherichia coli / R.A. Welch, V. Burland, G.I. Plun-kett [et al.] // Proc Natl Acad Sci USA. - 2002. - Vol. 99. - P. 17020-17024.
297. Wells, C.L. Evidence for the translocation of Enterococcus faecalis across the mouse intestinal tract / C.L. Wells, P.R. Jechorek, S.L. Erlandsen // J Infect Dis. - 1990. - Vol. 162, № 1. - P. 82-90.
298. Wong, E.S. Management of recurrent urinary tract infections with patient-administered single-dose therapy / E.S. Wong, M. McKevitt, K. Running [et al.] // Ann Intern Med. - 1985. - Vol. 102. - P. 302.
299. Xavier, R. Unraveling the pathogenesis of inflammatory bowel diseases / R. Xavier, D.K. Podolsky // Nature. - 2007. - Vol. 448. - P. 427-434.
300. Yamaji, R. Persistent pandemic lineages of uropathogenic Escherichia coli in a college community from 1999 to 2017 / R. Yamaji, J. Rubin, E. Thys [et al.] // J Clin Microbiol. - 2018. - Vol. 56, № 4. - P. e01834-17. https://doi.org/10.1128/JCM.01834-17.
301. Yamamoto, S. Detection of urovirulence factors in Escherichia coli by multiplex polymerase chain reaction / S. Yamamoto, A. Terai, K. Yuri [et al.] // FEMS Immunol Med Microbiol. - 1995. - Vol. 12. - P. 85-90.
302. Yoon, S.H. PAIDB v2.0: exploration and analysis of pathogenicity and resistance islands / S.H. Yoon, Y.-K. Park, J.F. Kim // Nucleic Acids Research. -2015. - Vol. 43. - P. 624-630. - doi: 10.1093/nar/gku985.
303. Zakour, N.L.B. Sequential acquisition of virulence and fluoroquinolone resistance has shaped the evolution of Escherichia coli ST131 / N.L.B. Zakour, A.S. Alsheikh-Hussain, M.M. Ashcroft [et al.] // mBio. - 2016. - Vol. 7. - P. e00347-16.
304. Zaw, M.T. Uropathogenic specific protein gene, highly distributed in extraintestinal uropathogenic Escherichia coli, encodes a new member of H-N-H nuclease superfamily / M.T. Zaw, E.Yamasaki, S. Yamamoto [et al.] // Gut Pathog. -2013. - Vol. 5, № 13. - doi: 10.1186/1757-4749-5-13.
305. Zong, B. Effect of kpsM on the virulence of porcine extraintestinal pathogenic Escherichia coli / B. Zong, L. Wugang Y. Zhang [et al.] // FEMS Microbiology Letters. - 2016. - Vol. 363, № 21. - doi: 10.1093/femsle/fnw232.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.