Возможности создания новых методов быстрого количественного исследования изоформ бета-амилоида человека на основе масс-спектрометрии сверхвысокого разрешения и тандемной времяпролетной масс-спектрометрии тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.04, кандидат наук Пеков Станислав Игоревич

• Пеков Станислав Игоревич
• кандидат наук
• 2020

Оглавление диссертации кандидат наук Пеков Станислав Игоревич

Введение

1. Обзор литературы

1.1. Болезнь Альцгеймера и роль бета-амилоида в её патогенезе

1.2. Фосфорилирование в белках и пептидах и его связь с болезнью Альцгеймера

1.3. Методы определения фосфорилирование в белках и пептидах

1.4. Изомеризация аминокислотных остатков аспарагиновой кислоты в белках и пептидах и её роль в патогенезе болезни Альцгеймера

1.5. Методы анализа изомеризации аспарагиновой кислоты в белках и пептидах

1.6. Особенности фрагментации пептидов содержащих изоаспарагиновую кислоту

1.7. Распределение стабильных изотопов в биомолекулах

2. Разработка метода определения степени фосфорилирования бета-амилоида с применением масс-спектрометрии сверхвысокого

разрешения

3. Исследование особенностей фрагментации бета-амилоида содержащего остаток изоаспарагиновой кислоты в условиях MALDI-TOF/TOF-MS

4. Разработка метода определения степени изомеризации бета-амилоида с применением тандемной времяпролетной масс-спектрометрии

Заключение

Список использованных источников

Приложения

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Возможности создания новых методов быстрого количественного исследования изоформ бета-амилоида человека на основе масс-спектрометрии сверхвысокого разрешения и тандемной времяпролетной масс-спектрометрии»

Введение

Физико-химические методы анализа в настоящее время играют ведущую роль в исследовании биологических систем. Развитие молекулярной биологии и биохимии, ставшее возможным благодаря расширению возможностей физико-химических методов исследования биологических объектов, открыло эпоху молекулярных исследований в биологии и медицине. [1,2]. Так, открытие структуры двойной спирали ДНК и исследование пространственной структуры белков, едва были бы возможны без применения рентгеноструктурного анализа

[3], а исследование экспрессии и пост-трансляционных модификаций белков в постгеномную эру во многом опирается как на развитие масс-спектрометрии биомакромолекул, так и совершенствование методов выделения и очистки белков

[4]. Метаболомика, липидомика и многие другие подходы в области наук о жизни опираются на физико-химические методы исследования вещества, и, в частности, на масс-спектрометрию. Высокая сложность биологических систем, обуславливаемая многочисленными взаимосвязями между геномом, транскриптомом, протеомом, метаболомом и экспосомом, а также развитие методов анализа данных и биоинформатики, повышают требования к аналитическим характеристикам инструментальных методов, применяемых для изучения живых систем.

Исследования, связанные с человеческим организмом зачастую ограничены низкой доступностью биоматериала - физиологические и этические ограничения во многих случаях позволяют получать лишь пробы ограниченного объема, содержащие малые количества аналита. Решение задач по поиску биомаркеров, исследованию их физиологической активности и их динамики в процессе развития заболевания может потребовать анализа на пределе чувствительности имеющихся физико-химических методов исследования даже в случае исследования молекул, накапливающихся в тканях в значительных количествах. Использование тканей как источника биоматериала в значительной мере

затрудняется необходимостью проведения инвазивной процедуры получения биоматериала, которая, в ряде случаев, таких как ткани мозга или сердца, может проводиться только в случае жизнеугрожающих патологий, что не дает возможности исследовать ткани здоровых людей и пациентов с ранней степенью развития патологи. При этом концентрации исследуемых биомолекул в легкодоступных физиологических жидкостях зачастую оказываются очень низки, либо их обнаружение затрудняется присутствием других молекул, сходных по как химическому строению, так и по физиологической функции. Таким образом, на передний план выходят требования к чувствительности метода исследования и расширению его динамического диапазона для повышения селективности и специфичности. Улучшение этих характеристик требует оптимизации параметров физико-химического метода исследования для его адаптации к конкретному объекту [5]. В свою очередь, выбор таких оптимизационных параметров может быть сделан только после изучения физико-химических процессов, происходящих с веществом в процессе исследования.

Биологическая интерпретация и валидация экспериментальных данных и выводов требуют анализа статистически значимой выборки разнородных образцов, либо проведения проверки с использованием разнообразных биологических моделей. Особенно важна статистика в случае биомедицинских исследований и возможного диагностического и терапевтического применения результатов этих исследований. Для этого требуется анализировать значительный объем образцов, полученных от различных пациентов, либо собранных в динамике развития патологии [6]. Таким образом, кроме аналитических характеристик физико-химического метода исследования, важными становятся и такие практические характеристики, как скорость и производительность анализа. Разработка быстрых инструментальных методов исследования вещества, сохраняющих высокие аналитические характеристики, ещё более требовательна к пониманию физико-химических процессов, сопровождающих весь процесс анализа.

Масс-спектрометрия является высокопроизводительным, чувствительным и надежным физико-химическим методом исследования, нашедшим свое применение практически во всех областях наук о жизни и являющимся наиболее универсальным и широко применяемым подходом в протеомике [7,8].

Первые масс-спектрометры были сконструированы в начале XX века в Англии (Джозефом Томсоном), СССР (Николаем Семеновым) и США (Артуром Демпстером) и в первой половине века использовались практически только в физических исследованиях. Однако уже начиная с 1950-х гг. среди задач, решаемых при помощи масс-спектрометрии (МС), начинают превалировать вопросы, связанные с исследованиями в области химии и биологии. Физико-химические ограничения, связанные в первую очередь со сложностью мягкой ионизации больших молекул ввиду их нелетучести, ограничивали применение МС к биологическим образцам, однако открытие MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization, матрично-активированная лазерная десорбция/ионизация) и ESI (ElectroSpray ionization, ионизация электрораспылением) многократно расширили возможности масс-спектрометрии, позволив применить её практически ко всем классам биомолекул [7,9,10]. Развитие методов ионизации, фрагментации и детектирования ионов, а также комбинация МС с различными, в первую очередь хроматографическими, методами разделения вещества позволили создать универсальные и высокоинформативные методы анализа. Дальнейшее развитие масс-спектрометрии для решения задач биологии, химии и медицины привело к тому, что выработались три основные стратегии исследования образца: повышение информативности анализа за счет более эффективного предварительного разделения вещества и его детектирования, в том числе за счет значительно возрастающего времени анализа [5]; предельное ускорение анализа посредством практически полного отказа от пробоподготовки [11]; и создание быстрых методов, комбинирующих определённую пробоподготовку и быстрый анализ вещества [12].

Оптимальные параметры физико-химического метода анализа напрямую зависят от стратегии исследования биологического образца. Времязатратный

высокоинформативный анализ, такой как, например, исследование связанных с каким-либо заболеванием особенностей фосфопротеома различных тканей и жидкостей с применением ВЭЖХ-МС/МС, позволяет сконцентрироваться на повышении эффективности разделения фосфопептидов и точности их идентификации [13]. В свою очередь прямой масс-спектрометрический анализ, практически не предусматривающий пробоподготовки, направлен на выявление отдельных мажорных биомаркеров, либо получение не требующего идентификации отдельных молекул многокомпонентного профиля. В таком случае самым важным параметром для оптимизации оказывается время анализа [11]. Наиболее высокие требования к аналитическим характеристикам физико-химического метода предъявляются в случае реализации одновременно быстрого, но простого и информативного метода анализа, при котором выделенный из биологической матрицы набор молекул не подвергается времязатратной процедуре предварительного разделения, а анализируется одновременно. Разработка такого метода требует глубокой оптимизации масс-спектрометрических параметров как с целью повышения интенсивности сигналов целевых молекул, так и для выделения сигнала интересующих аналитов за счет повышения разрешения детектирования, либо подавления посторонних сигналов. В результате интегральные характеристики такого метода будут зависеть от комбинации множества параметров: методов и условий ионизации образца, условий осуществления фрагментации родительских ионов и особенностей применяемых масс-анализаторов. Направленная на конкретные особенности исследуемого объекта оптимизация этих процессов важна для достижения аналитических характеристик, позволяющих применить метод для решения конкретной биологической задачи. Выбор параметров оптимизации, в свою очередь, требует исследования физико-химических процессов, происходящих на всех стадиях анализа, равно как и изучения влияния условий анализа на эти процессы и, таким образом, на интегральные аналитические характеристики физико-химического метода.

Оптимизация параметров физико-химического метода для решения биологической задачи оказывается напрямую связана с природой аналита и его ролью в биологической системе, поскольку именно эти факторы задают требуемые аналитические характеристики, достижение которых и является целью работы над методом. Абсолютные количества и концентрация проб, которые могут быть использованы для анализа, устанавливают требования по порогу обнаружения метода, а также могут влиять на процессы ионизации образца в масс-спектрометрическом эксперименте. Различия в физико-химических свойствах аналитов будут влиять не только на процесс ионизации, но и на последующие превращения их ионов в процессе фрагментации, а также и накладывать ограничения на применяемые методы детектирования ионов. Таким образом, определение требований к физико-химическому методу, устанавливаемых решаемой биологической задачей, является исходной точкой в разработке и оптимизации аналитического подхода. Исследование физико-химических процессов, на основе которых реализуется разрабатываемый метод исследования, позволяет подобрать значение параметров метода, используемые инструменты, их настройки, вещества, участвующие в анализе и параметры обработки данных, обеспечивающих наилучшие показатели точности, чувствительности, селективности и специфичности разрабатываемого метода исследования. Улучшение одних характеристик метода может привести к одновременному снижению других, поэтому для финальной оценки применимости метода к решению практических задач и окончательному выбору параметров необходимо проверить разработанный физико-химический метод путем анализа модельных образцов, как содержащих исследуемый аналит в заранее известных формах и концентрациях, так и содержащих его в естественных условиях и концентрациях.

Необходимость поиска методов заблаговременной диагностики, терапии и предотвращения различных патологий обуславливает существенное внимание, уделяемое патологическим изменениям на ранних стадиях развития болезней, их механизмам и причинам возникновения [7,14]. Изменение уровня биомаркеров на

ранних стадиях развития патологии могут быть относительно невелики, что требует от применяемых физико-химических методов исследования высоких аналитических характеристик. Фундаментальные и практически значимые исследования социально значимых заболеваний особенно важны, поскольку они представляют угрозу значительной части популяции и, часто, такие болезни сложно диагностировать на ранней стадии. Социально значимые заболевания, зачастую, трудно поддаются лечению, либо неизлечимы, они нарушают базовые функции организма, лишая человека возможности полноценно взаимодействовать с окружающими, что приводит ещё и к тяжелым социально-экономическим последствиям [15]. Одним из широко исследуемых мировым научным сообществом примеров является болезнь Альцгеймера (БА) - неизлечимое нейродегенеративное заболевание, одна из наиболее распространенных форм деменции [16]. Начинаясь, в большинстве случаев, с расстройства кратковременной памяти, БА постепенно приводит к полной когнитивной дисфункции индивида. Нарушения долговременной памяти, расстройства личности и речи приводят к полной беспомощности пациента, что накладывает тяжелое, в том числе экономическое, бремя на общество и, в первую очередь, родственников больного. Ранняя диагностика БА затруднена ввиду возможного длительного бессимптомного протекания, а также частого игнорирования ранних симптомов, списываемых на индивидуальные и общевозрастные особенности. Даже при возникновении существенных признаков деменции постановка диагноза «болезнь Альцгеймера» оказывается нетривиальной задачей ввиду схожести ранних симптомов с симптомами других нейропатологий. Объективные признаки БА, такие как амилоидоз и повышение уровня определенных биомаркеров в цереброспинальной жидкости, могут быть обнаружены одновременно с первыми симптомами, либо даже несколько ранее [17]. Однако, введение подобных тестов в широкий оборот затруднено их высокой стоимостью, сложностью, либо инвазивностью. При этом, в настоящее время не найдено доказанных способов остановить развитие БА [18], и только некоторые клинические исследования демонстрируют терапевтический эффект, выражающийся в возможном снижении

темпов развития деменции, однако эти результаты требуют дальнейших подтверждений на большей выборке пациентов, особенно находящихся на ранних стадиях развития болезни [19].

Отсутствие понимания первопричин возникновения БА, равно как и отсутствие полной картины механизма прогрессирования болезни, затрудняют поиск маркеров и, особенно методов лечения БА. Фундаментальное исследование молекулярных процессов, сопровождающих возникновение и развитие БА, является важным шагом по направлению к разработке методов диагностики и терапии пациентов, страдающих БА. Для выполнения подобных исследований требуется развитие соответствующих физико-химических методов анализа, позволяющих быстро и эффективно исследовать на молекулярном уровне изменения, которые, как предполагается, сопровождают развитие БА. С помощью подобных методов станет возможным предпринять попытку изучить патогенез БА, а также создать метод быстрой, и чувствительной диагностики БА на ранних стадиях её развития.

Бета-амилоид (АР) представляет собой эндогенный полипептид, играющий, как предполагается, ключевую роль в патогенезе БА [20]. Ар является основным компонентом сенильных бляшек в мозгу пациентов с БА, и хотя сам по себе Ар не является патологическим компонентом биологических систем и всегда присутствует в нейронах, некоторые из его форм обладают выраженной нейротоксичностью [21,22]. К настоящему моменту установлено, что изменение относительных концентраций разных форм Ар в плазме крови человека коррелирует с динамикой БА [23]. Нарушения метаболизма Ар, выраженные в накоплении в организме его различных изоформ, в том числе включающих различные пост-трансляционные модификации (ПТМ), также, как предполагается, связаны с патогенезом БА, хотя причинно-следственная связь этих процессов всё ещё не установлена. Среди всевозможных ПТМ Ар значительный интерес представляют фосфорилирование остатка серина и изомеризация остатка аспарагиновой кислоты, поскольку эти ПТМ связаны с процессами образования

патогенных форм Aß и его дальнейшей олигомеризации, приводящей к амилоидозу [24-26].

Фосфорилирование является одной из самых распространенных ПТМ белков и пептидов, регулирующих их активность в биологических системах. Ранее было продемонстрировано, что прогрессирование БА сопровождается повышением уровня фосфорилирования остатка серина в 8 положении Aß [27]. При этом предполагается, что фосфорилирование изменяет взаимодействие пептида с влияющими на димеризацю Aß ионами цинка, поскольку данная модификация локализована в металлсвязывающем домене пептида [28]. Присутствие данной ПТМ может свидетельствовать и о гиперфосфорилировании белка APP (Amyloid Precursor Protein, белок - предшественник амилоида), которое приводит к увеличению выделения Aß в межклеточное пространство [25]. Всё это, в свою очередь, способно повышать вероятность патогенной олигомеризации Aß, приводя к развитию амилоидоза. Изменение уровня фосфорилированного Aß ^Aß) в биологических тканях и жидкостях человека может отражать определенную стадию развития БА и, таким образом, использоваться для изучения патогенеза БА и её ранней диагностики. Разработка быстрого и чувствительного метода исследования содержания фAß в биологических тканях и жидкостях является актуальной задачей для современной науки.

Изомеризация аспарагиновой кислоты также является распространенной, спонтанно возникающей модификацией белков и пептидов. Изомеризация, в частности, сопровождает естественное старение белков и пептидов [29]. Одна из гипотез объясняющих молекулярную природу процесса развития БА опирается как раз на изомеризацию остатка аспарагиновой кислоты в Aß, которая и приводит к его патогенной олигомеризации [24]. Ранее было показано, что сенильные бляшки, выделенные post mortem из мозга пациентов, страдавших тяжёлой формой БА, содержат повышенный процент Aß, изомеризованного по остатку аспарагиновой кислоты (изоAß) [30]. Высокая склонность изоAß к агрегации объясняется повышенным сродством изомерной формы пептида к ионам цинка и меди, что значительно увеличивает скорость олигомеризации Aß

[31]. Более того, изомеризация остатка аспарагиновой кислоты в 7 положении (изоАсп7) Ар приводит к нарушению специфичности гидролиза бета-амилоида N-концевым доменом ангиотензин превращающего фермента (ACE, Angiotensin Converting Enzyme), а введение ингибиторов ACE приводит к замедлению развития объективных синдромов БА как на животных моделях, так и в экспериментальной выборке пациентов [32]. Дальнейшее изучение роли изоАр в патогенезе БА является актуальной задачей наук о жизни и требует разработки метода анализа уровня изоАр в биологических образцах.

Абсолютное количественное определение ПТМ Ар в биологических образцах, однако, не может быть использовано в качестве диагностического критерия, поскольку естественная концентрация Ар в крови и тканях человека может варьироваться как в норме, так и в патологии. Для учета общей вариабельности уровня Ар в образце требуется нормализовать значение концентрации модифицированных форм Ар относительно общего содержания Ар, либо, конкретно, относительно пептида не содержащего ПТМ -немодифицированного Ар (нАР). В таком случае не требуется измерения абсолютных концентраций различных форм пептида в образце, что позволяет проводить относительный количественный анализ - непосредственное определение степени фосфорилирования (СФ), либо степени изомеризации (СИ) Ар. В связи с тем, что нАр является постоянно присутствующим компонентом нервной ткани и биологических жидкостей (плазмы крови и цереброспинальной жидкости), нормализация на содержание нАр будет являться оптимальным выбором, поскольку позволит избежать ошибок, связанных с необходимостью количественного выделения и измерения концентраций всех возможных ПТМ Ар в случае их совместного присутствия. Необходимость проведения только относительного количественного анализа позволяет применить для решения биологической задачи быстрые методы масс-спектрометрического анализа, отказавшись от предварительного хроматографического разделения пробы.

Масс-спектрометрия, применяемая напрямую к выделенному из биологической матрицы образцу, позволяет реализовать требуемые быстрые и

простые методы анализа. Однако, как было сказано выше, для разработки и оценки аналитических характеристик методов относительного количественного анализа ПТМ Ар, требуется оптимизация параметров физико-химического метода исследования применительно к выбранным объектам.

Целью данной работы является выявление физико-химических закономерностей ионизации и фрагментации молекул Ар и его пострансляционных модификаций для разработки и оценки аналитических характеристик методов относительного количественного определения ПТМ Ар на примере фосфорилирования остатка серина в 8 положении и изомеризации аспарагиновой кислоты в 7 положении пептида на уровне концентраций, максимально приближенных к концентрациям исследуемых молекул в биологических пробах.

Для достижения поставленной цели исследования решались следующие задачи:

• Создание масс-спектрометрического метода определения степени фосфорилирования Ар, не требующего использования сложных методик анализа на основе аналитической хроматографии. Выявление особенностей ионизации и фрагментации фосфорилированного Ар, влияющих на аналитические характеристики разрабатываемого метода, и определение преимуществ применения масс-спектрометрии сверхвысокого разрешения для создания новых высокопроизводительных методов определения степени фосфорилирования Ар.

• Исследование механизмов фрагментации немодифицированного и изомеризованного Ар в условиях тандемной времяпролетной масс-спектрометрии с ионизацией методом MALDI для выявления закономерностей, позволяющих создать быстрый и высокочувствительный физико-химический метод измерения степени изомеризации Ар.

• Исследование процессов, сопровождающих сокристаллизацию Ар с МЛЬЭЛ-матрицей и его ионизацию, с целью разработки метода относительного количественного определения уровня изомеризации Ар с использованием

MALDI-TOF/TOF-масс-спектрометрии. Валидация разработанного метода на модельных биологических объектах.

В процессе исследования для решения поставленных задач выполнялись эксперименты с использованием синтетических стандартов Ар в немодифицированной, фосфорилированной и изомеризованной формах. Анализ выполнялся при помощи масс-спектрометра сверхвысокого разрешения LTQ FT Ultra (Thermo Electron Corp.), оснащенного сверхпроводящим магнитом с напряженностью магнитного поля 7Т, а также тандемного времяпролетного масс-спектрометра UltrafleXtreme (Bruker Dlatonik Gmbh.), оснащенного Nd:YAG лазером Smartbeam II с длинной волны 355 нм. Использование высококачественных пептидных стандартов, чистота которых подтверждалась при помощи de novo секвенирования и ВЭЖХ-МС/МС, а также современных масс-спектрометров, обладающих высокими аналитическими характеристиками, позволило получить воспроизводимые и согласованные между собой данные, что подтверждает достоверность результатов проведенных исследований, которые демонстрируют следующую научную новизну:

• Впервые продемонстрировано, что масс-спектрометрия сверхвысокого разрешения позволяет анализировать уровень фосфорилирования Ар без введения внутренних стандартов и предварительного разделения образца даже при малых относительных концентрациях фосфорилированного Ар, что невозможно с использованием масс-спектрометрии низкого разрешения.

• Впервые исследованы закономерности фрагментации немодифицированного и изомерного Ар в условиях высокоэнергетической столкновительной диссоциации и установлено влияние столкновительного газа на эффективность фрагментации Ар. Выявленные зависимости позволили впервые разработать экспрессный метод анализа степени изомеризации Ар с низким порогом обнаружения. Показана возможность применения анализа изотопных распределений стабильных изотопов биогенных химических элементов для повышения динамического диапазона измеряемого аналитического сигнала. На

основании полученных данных были выбраны оптимальные параметры фрагментации, требуемые для создания экспрессного метода анализа степени изомеризации Ар с низким порогом обнаружения.

• Показано, что относительная ошибка измерения степени изомеризации остатка аспарагиновой кислоты в Ар не зависит от абсолютного значения степени изомеризации и концентрации аналита при анализе с использованием метода MALDI-TOF/TOF масс-спектрометрии, что позволило разработать новый физико-химический метод, совмещающий иммунопреципитацию с тандемной времяпролетной масс-спектрометрией для высокочувствительного определения степени изомеризации остатка аспарагиновой кислоты в Ар в биологических образцах. Показано, что различные антитела к Ар могут значительно различаться в селективности к изомеризации аспарагиновой кислоты, что приводит к значительным отклонениям в результатах количественного анализа нативного Ар.

Показанные результаты работы обладают как практической, так и теоретической значимостью в области физической химии, биохимии, молекулярной биологии и аналитической химии. Исследованные физико-химические закономерности процессов ионизации и фрагментации различных форм и ПТМ Ар позволили разработать методы, представляющие интерес с точки зрения их применения к исследованию патогенеза БА, а также могут быть обобщены с целью переноса разработанных методик и на другие ПТМ различных белков и пептидов. Разработанный быстрый и чувствительный метод анализа с использованием тандемной времяпролетной масс-спектрометрии открывает возможность для создания медицинских диагностических систем основанных на использовании степени изомеризации остатков аспарагиновой кислоты в пептидах как биомаркеров патологических состояний организма.

1. Обзор литературы

1.1. Болезнь Альцгеймера и роль бета-амилоида в её патогенезе

Впервые описанная в 1906 г. немецким исследователем Алоисом Альцгеймером, БА является комплексным нейродегенеративным заболеванием, сопровождающимся прогрессирующей потерей памяти и когнитивных функций. Среди ранних симптомов заболевания чаще всего отмечаются расстройства кратковременной памяти, которые, затем, ухудшаются и перерастают в значительные расстройства речи и личности. С течением времени пациент становится не способным к самостоятельному существованию и его содержание полностью ложится на плечи окружающих [16].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Пеков Станислав Игоревич, 2020 год

Список использованных источников

1. Woese C.R. A New Biology for a New Century // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004. Vol. 68, № 2. P. 173-186.

2. Somerville C. The Twentieth Century Trajectory of Plant Biology // Cell. 2000. Vol. 100, № 1. P. 13-25.

3. Curry S. Structural Biology: A Century-long Journey into an Unseen World // Interdiscip. Sci. Rev. 2015. Vol. 40, № 3. P. 308-328.

4. Chen B., Lam T.C., Liu L., To C. Post-translational modifications and their applications in eye research (Review) // Mol. Med. Rep. 2017. Vol. 15, № 6. P. 3923-3935.

5. Alley W.R.J., Mann B.F., Novotny M. V. High-sensitivity Analytical Approaches for the Structural Characterization of Glycoproteins // Chem. Rev. 2013. Vol. 113, № 4. P. 2668-2732.

6. Buonfrate D., Requena-Mendez A., Angheben A., et al. Accuracy of molecular biology techniques for the diagnosis of Strongyloides stercoralis infection—A systematic review and meta-analysis // PLoS Negl. Trop. Dis. 2018. Vol. 12, № 2. P. e0006229.

7. Aksenov A.A., da Silva R., Knight R., et al. Global chemical analysis of biology by mass spectrometry // Nat. Rev. Chem. 2017. Vol. 1. P. 0054.

8. Li X., Wang W., Chen J. Recent progress in mass spectrometry proteomics for biomedical research // Sci. China Life Sci. 2017. Vol. 60, № 10. P. 1093-1114.

9. Karas M., Hillenkamp F. Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding 10,000 Daltons // Anal. Chem. 1988. Vol. 60. P. 2299-2301.

10. Fenn J., Mann M., Meng C.K., Wong S.F. Electrospray Ionization of Large Biomolecules // Science (80-. ). 1989. Vol. 246. P. 64-71.

11. Ifa D.R., Eberlin L.S. Ambient ionization mass spectrometry for cancer diagnosis

and surgical margin evaluation // Clin. Chem. 2016. Vol. 62, № 1. P. 111-123.

12. González-Domínguez R., Sayago A., Fernández-Recamales A. Direct infusion mass spectrometry for metabolomic phenotyping of diseases // Bioanalysis. 2017. Vol. 9, № 1. P. 131-148.

13. Arrington J. V., Hsu C.-C., Elder S.G., Tao W.A. Recent advances in phosphoproteomics and application to neurological diseases // Analyst. 2017. Vol. 142, № 23. P. 4373-4383.

14. Jannetto P.J., Fitzgerald R.L. Effective Use of Mass Spectrometry in the Clinical Laboratory // Clin. Chem. 2015. Vol. 62, № 1. P. 92-98.

15. Hajat C., Stein E. The global burden of multiple chronic conditions: A narrative review // Prev. Med. Reports. 2018. Vol. 12. P. 284-293.

16. Reitz C., Mayeux R. Alzheimer disease: Epidemiology, Diagnostic Criteria, Risk Factors and Biomarkers // Biochem. Pharmacol. 2014. Vol. 88, № 4. P. 640-651.

17. Walhovd K., Fjell A., Brewer J., et al. Combining MR imaging, positron-emission tomography, and CSF biomarkers in the diagnosis and prognosis of Alzheimer disease // Am. J. Neuroradiol. 2010. Vol. 31. P. 347-354.

18. Selkoe D. Resolving controversies on the path to Alzheimer's therapeutics // Nat. Med. 2011. Vol. 17. P. 1060-1065.

19. Hane F.T., Robinson M., Lee B.Y., et al. Recent Progress in Alzheimer's Disease Research, Part 3: Diagnosis and Treatment // J. Alzheimer's Dis. 2017. Vol. 57, № 3. P. 645-665.

20. Hanea F.T., Leea B.Y., Leonenko Z. Recent Progress in Alzheimer's Disease Research, Part 1: Pathology // J. Alzheimer's Dis. 2017. Vol. 57, № 1. P. 1-28.

21. Selkoe D. Toward a comprehensive theory for Alzheimer's disease. Hypothesis: Alzheimer's disease is caused by the cerebral accumulation and cytotoxicity of amyloid-p protei // Ann. N. Y. Acad. Sci. 2006. Vol. 924. P. 17-25.

22. Glabe G.C. Structural classification of toxic amyloid oligomers // J. Biol. Chem.

2008. Vol. 283. P. 29639-29643.

23. Nakamura A., Kaneko N., Villemagne V.L., et al. High performance plasma amyloid-ß biomarkers for Alzheimer's disease // Nature. Nature Publishing Group, 2018. Vol. 554. P. 249-254.

24. Orpiszewski J., Schormann N., Kluve-Beckerman B., et al. Protein aging hypothesis of Alzheimer disease. // FASEB J. 2000. Vol. 14, № 9. P. 1255-1263.

25. Oliveira J., Costa M., De Almeida M.S.C., et al. Protein Phosphorylation is a Key Mechanism in Alzheimer's Disease // J. Alzheimer's Dis. 2017. Vol. 58, № 4. P. 953-978.

26. Kulikova A.A., Cheglakov I.B., Kukharsky M.S., et al. Intracerebral Injection of Metal-Binding Domain of Aß Comprising the Isomerized Asp7 Increases the Amyloid Burden in Transgenic Mice // Neurotox. Res. Springer US, 2016. Vol. 29, № 4. P. 551-557.

27. Kumar S., Walter J. Phosphorylation of amyloid beta (Aß) peptides: A trigger for formation of toxic aggregates in Alzheimer's disease // Aging (Albany. NY). 2011. Vol. 3. P. 803-812.

28. Barykin E.P., Petrushanko I.Y., Kozin S.A., et al. Phosphorylation of the Amyloid-Beta Peptide Inhibits Zinc-Dependent Aggregation, Prevents Na,K-ATPase Inhibition, and Reduces Cerebral Plaque Deposition // Front. Mol. Neurosci. 2018. Vol. 11, № August. P. 1-11.

29. Shimizu T., Matsuoka Y., Shirasawa T. Biological Significance of Isoaspartate and Its Repair System // Biol. Pharm. Bull. 2005. Vol. 28, № 9. P. 1590-1596.

30. Roher A.E., Lowenson J.D., Clarke S., et al. beta-Amyloid-(1-42) is a major component of cerebrovascular amyloid deposits: implications for the pathology of Alzheimer disease // Proc. Natl. Acad. Sci. 1993. Vol. 90, № 22. P. 10836-10840.

31. Zirah S., Kozin S.A., Mazur A.K., et al. Structural Changes of Region 1-16 of the Alzheimer Disease Amyloid ß-Peptide upon Zinc Binding and in Vitro Aging // J. Biol. Chem. 2005. Vol. 281. P. 2151-2161.

32. Kugaevskaya E. V., Veselovsky A. V., Indeykina M.I., et al. N-domain of angiotensin-converting enzyme hydrolyzes human and rat amyloid-P(1-16) peptides as arginine specific endopeptidase potentially enhancing risk of Alzheimer's disease // Sci. Rep. Springer US, 2018. Vol. 8, № 1. P. 1-12.

33. Waring S.C., Rosenberg R.N. Genome-Wide Association Studies in Alzheimer Disease // Arch. Neurol. 2008. Vol. 65, № 3. P. 129-334.

34. Kulic L., Walter J., Multhaup G., et al. Separation of presenilin function in amyloid beta-peptide generation and endoproteolysis of Notch // Proc. Natl. Acad. Sci. 2000. Vol. 97. P. 5913-5918.

35. Racchi M., Johnston J.A., Flood F.M., et al. Amyloid precursor protein metabolism in fibroblasts from individuals with one, two or three copies of the amyloid precursor protein (APP) gene // Biochem. J. 1999. Vol. 338, № 3. P. 777782.

36. Corder E., Saunders A., Strittmatter W., et al. Gene dose of apolipoprotein E type 4 allele and the risk of Alzheimer's disease in late onset families // Science (80-. ). 1993. Vol. 261. P. 921-923.

37. West H., Rebeck G.W., Hyman B. Frequency of the apolipoprotein E2 allele is diminished in sporadic Alzheimer disease // Neurosci. Lett. 1994. Vol. 175. P. 4648.

38. Davies C., Mann D., Sumpter P., Yates P. A quantitative morphometric analysis of the neuronal and synaptic content of the frontal and temporal cortex in patients with Alzheimer's disease // J. Neurol. Sci. 1987. Vol. 78. P. 151-164.

39. Fandrich M. On the structural definition of amyloid fibrils and other polypeptide aggregates // Cell. Mol. Life Sci. 2007. Vol. 64. P. 2066-2078.

40. Masters C., Simms G., Weinman N., et al. Amyloid plaque core protein in Alzheimer disease and Down syndrome // Proc. Natl. Acad. Sci. 1985. Vol. 82, № 12. P. 4245-4249.

41. Lu J.-X., Qiang W., Yau W.-M., et al. Molecular structure of P-amyloid fibrils in

Alzheimer's disease brain tissue // Cell. 2013. Vol. 154, № 6. P. 1257-1268.

42. Saitoh T., Sundsmo M., Roch J., et al. Secreted form of amyloid beta protein precursor is involved in the growth regulation of fibroblasts // Cell. 1989. Vol. 58. P. 615-622.

43. Zhang X., Song W. The role of APP and BACE1 trafficking in APP processing and amyloid- generation // Alzheimer's Res. Ther. 2013. Vol. 5. P. 46.

44. Chow V.W., Mattson M.P., Wong P.C., Gleichmann M. An Overview of APP Processing Enzymes and Products // Neuromolecular Med. 2011. Vol. 12, № 1. P. 1-12.

45. Ling Y., Morgan K., Kalsheker N. Amyloid precursor protein (APP) and the biology of proteolytic processing: Relevance to Alzheimer's disease // Int. J. Biochem. Cell Biol. 2003. Vol. 35. P. 1505-1535.

46. Villemagne V., Pike K., Chetelat G., et al. Longitudinal assessment of Aß and cognition in aging and Alzheimer disease // Ann. Neurol. 2011. Vol. 69, № 1. P. 181-192.

47. Vlassenko A.G., Benzinger T.L., Morris J.C. PET Amyloid-Beta Imaging in Preclinical Alzheimer's Disease // Biochim Biophys Acta. 2012. Vol. 1822, № 3. P. 370-379.

48. Rauk A. The chemistry of Alzheimer's disease // Chem. Soc. Rev. 2009. Vol. 38. P. 2698-2715.

49. Esler W., Stimson E., Jennings J., et al. Alzheimer's disease amyloid propagation by a template-dependent dock-lock mechanism // Biochemistry. 2000. Vol. 39, № 21. P. 6288-6295.

50. Massi F., Straub J. Energy landscape theory for Alzheimer's amyloid beta-peptide fibril elongation // Proteins. 2001. Vol. 42, № 2. P. 217-229.

51. Indeykina M., Kononikhin A., Popov I., et al. Localization of zinc binding sites of Ab1-16 with English mutation during formation of monomers and dimers with zinc // Int. J. Mass Spectrom. Elsevier B.V., 2016. Vol. 409. P. 67-72.

52. Tiiman A., Palumaa P., Töugu V. The missing link in the amyloid cascade of Alzheimer's disease-Metal ions // Neurochemistry International. Elsevier Ltd.,

2013. P. 367-378.

53. Kozin S.A., Mezentsev Y. V., Kulikova A.A., et al. Zinc-induced dimerization of the amyloid-ß metal-binding domain 1-16 is mediated by residues 11-14 // Mol. Biosyst. 2011. Vol. 7, № 4. P. 1053-1055.

54. Neddens J., Temmel M., Flunkert S., et al. Phosphorylation of different tau sites during progression of Alzheimer's disease // Acta Neuropathol. Community. 2018. Vol. 6, № 52.

55. Da Cruz e Silva E., Da Cruz e Silva O. Protein phosphorylation and APP metabolism // Neurochem. Res. 2003. Vol. 28. P. 1553-1561.

56. Takashima A., Honda T., Yasutake K., et al. Activation of tau protein kinase I/glycogen synthase kinase-3beta by amyloid beta peptide (25-35) enhances phosphorylation of tau in hippocampal neurons // Neurosci. Res. 1998. Vol. 31, № 4. P. 317-323.

57. Vintem A., Henriques A., da Cruz e Silva O., da Cruz e Silva E. PP1 inhibition by A peptide as a potential pathological mechanism in Alzheimer's disease // Neurotoxicol. Teratol. 2009. Vol. 31. P. 85-88.

58. Ridley R., Baker H., Windle C., Cummings R. Very long term studies of the seeding of beta-amyloidosis in primates // J. Neural Transm. 2006. Vol. 113, № 9. P. 1243-1251.

59. Swerdlow A., Higgins C., Adlard P., et al. Creutzfeldt-Jakob disease in United Kingdom patients treated with human pituitary growth hormone // Neurology. 2003. Vol. 61, № 6. P. 783-791.

60. Crary J., Trojanowski J., Schneider J., et al. Primary age-related tauopathy (PART): a common pathology associated with human aging // Acta Neuropathol.

2014. Vol. 128, № 6. P. 755-766.

61. Jack C.J., Knopman D., Jagust W., et al. Tracking pathophysiological processes in

Alzheimer's disease: an updated hypothetical model of dynamic biomarkers // Lancet Neurol. 2013. Vol. 12, № 2. P. 207-216.

62. Goedert M. Alzheimer's and Parkinson's diseases: The prion concept in relation to assembled Aß, tau, and a-synuclein // Science (80-. ). 2015. Vol. 349, № 6248. P. 1255555.

63. Sacco F., Perfetto L., Castagnoli L., Cesarenia G. The human phosphatase interactome: An intricate family portrait // FEBS Lett. 2012. Vol. 586, № 17. P. 2732-2739.

64. Li X., Wilmanns M., Thornton J., Köhn M. Elucidating Human Phosphatase-Substrate Networks // Sci. Signal. 2013. Vol. 6, № 275. P. rs10-rs10.

65. Mann M., Jensen O.N. Proteomic analysis of post-translational modifications // Nat. Biotechnol. 2003. Vol. 21, № March. P. 255-261.

66. Manning G., Whyte D.B., Martinez R., et al. The protein kinase complement of the human genome // Science (80-. ). 2002. Vol. 298. P. 1912-1934.

67. Graves J., Krebs E. Protein phosphorylation and signal transduction // Pharmacol Ther. 1999. Vol. 82, № 2-3. P. 111-121.

68. Ardito F., Giuliani M., Perrone D., et al. The crucial role of protein phosphorylation in cell signaling and its use as targeted therapy (Review) // Int. J. Mol. Med. 2017. Vol. 40, № 2. P. 271-280.

69. Tonks N.K. Protein tyrosine phosphatases: from genes, to function, to disease // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006. Vol. 7. P. 833-846.

70. Easty D., Gallagher W., Bennett D.C. Protein tyrosine phosphatases, new targets for cancer therapy // Curr. Cancer Drug Targets. 2006. Vol. 6. P. 519-532.

71. Kumar S., Walter J. Phosphorylation of amyloid beta (Aß) peptides - A trigger for formation of toxic aggregates in Alzheimer's disease // Aging (Albany. NY). 2011. Vol. 3, № 8. P. 803-812.

72. Alonso A., Sasin J., Bottini N., et al. Protein tyrosine phosphatases in the human

genome // Cell. 2004. Vol. 117. P. 699-711.

73. Shi Y. Serine/threonine phosphatases: Mechanism through structure // Cell. 2009. Vol. 139. P. 468-484.

74. Virshup D.M., Shenolikar S. From promiscuity to precision: Protein phosphatases get a makeover // Mol. Cell. 2009. Vol. 33. P. 537-545.

75. Ubersax J.A., Ferrell J.E. jr. Mechanisms of specificity in protein phosphorylation // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2007. Vol. 8, № 7. P. 530-541.

76. Olsen J.V., Blagoev B., Gnad F., et al. Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks // Cell. 2006. Vol. 127. P. 635648.

77. Andersen J.N., Jansen P.G., Echwald S.M., et al. A genomic perspective on protein tyrosine phosphatases: gene structure, pseudogenes, and genetic disease linkage // FASEB J. 2004. Vol. 18. P. 8-30.

78. Gee C.E., Mansuy I.M. Protein phosphatases and their potential implications in neuroprotective processes // Cell. Mol. Life Sci. 2005. Vol. 62. P. 1120-1130.

79. Kumar S., Rezaei-Ghaleh N., Terwel D., et al. Extracellular phosphorylation of the amyloid ß-peptide promotes formation of toxic aggregates during the pathogenesis of Alzheimer's disease // EMBO J. 2011. Vol. 30, № 11. P. 22552265.

80. Wagey R.T., Krieger C. Abnormalities of protein kinases in neurodegenerative diseases // Prog. Drug Res. 1998. Vol. 51. P. 133-183.

81. da Cruz e Silva O., Fardilha M., Henriques A., et al. Signal transduction therapeutics: Relevance for Alzheimer's disease // J. Mol. Neurosci. 2004. Vol. 23. P. 123-142.

82. Chung S. Aberrant phosphorylation in the pathogenesis of Alzheimer's disease // BMB Rep. 2009. Vol. 42. P. 467-474.

83. Cohen P. The role of protein phosphorylation in human health and disease // Eur.

J. Biochem. 2001. Vol. 268. P. 5001-5010.

84. Guillozet A., Weintraub S., Mash D., Mesulam M. Neurofibrillary tangles, amyloid, and memory in aging and mild cognitive impairment // Arch. Neurol. Am. Med. Assoc. 2003. Vol. 60. P. 729-736.

85. Jamasbi E., Separovic F., Hossain M.A., Ciccotosto G.D. Phosphorylation of a full length amyloid-P peptide modulates its amyloid aggregation, cell binding and neurotoxic properties // Mol. Biosyst. Royal Society of Chemistry, 2017. Vol. 13, № 8. P. 1545-1551.

86. Kumar S., Singh S., Hinze D., et al. Phosphorylation of amyloid-beta peptide at serine 8 attenuates its clearance via insulin-degrading and angiotensin-converting enzymes // J. Biol. Chem. 2012. Vol. 287. P. 8641-8651.

87. Gong C., Singh T., Grundke-Iqbal I., Iqbal K. Phosphoprotein phosphatase activities in Alzheimer disease brain. // J. Neurochem. 1993. Vol. 61. P. 921-927.

88. Liu F., Grundke-Iqbal I., Iqbal K., Gong C. Contributions of protein phosphatases PP1, PP2A, PP2B and PP5 to the regulation of tau phosphorylation // Eur. J. Neurosci. 2005. Vol. 22. P. 1942-1950.

89. Holzer M., Bruckner M., Beck M., et al. Modulation of APP processing and secretion by okadaic acid in primary guinea pig neurons // J. Neural Transm. 2000. Vol. 107. P. 451-461.

90. Rebelo S., Domingues S., Santos M., et al. Identification of a novel complex APP:Fe65:PP1 that regulates APP Thr668 phosphorylation levels // J. Alzheimer's Dis. 2013. Vol. 35. P. 761-775.

91. Kitamura Y., Shimohama S., Kamoshima W., et al. Changes of p53 in the brains of patients with Alzheimer's disease // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1997. Vol. 232. P. 418-421.

92. Maclaine N.J., Hupp T.R. The regulation of p53 by phosphorylation: a model for how distinct signals integrate into the p53 pathway // Aging (Albany. NY). 2009. Vol. 1. P. 490-502.

93. Frolich L., Blum-Degen D., Riederer P., Hoyer S. A disturbance in the neuronal insulin receptor signal transduction in sporadic Alzheimer's disease // Ann. N. Y. Acad. Sci. 1999. Vol. 893. P. 290-293.

94. Plum L., Schubert M., Bruning J.C. The role of insulin receptor signaling in the brain // Trends Endocrinol. Metab. 2005. № 16. P. 59-65.

95. Talbot K., Wang H.Y., Kazi H., et al. Demonstrated brain insulin resistance in Alzheimer's disease patients is associated with IGF-1 resistance, IRS-1 dysregulation, and cognitive decline // J. Clin. Invest. 2012. Vol. 122. P. 13161338.

96. Perluigi M., Barone E., Domenico F. Di, Butterfield D.A. Aberrant protein phosphorylation in Alzheimer disease brain disturbs pro-survival and cell death pathways // Biochim. Biophys. Acta - Mol. Basis Dis. 2016. Vol. 1862, № 10. P. 1871-1882.

97. Kozin S.A., Barykin E.P., Telegin G.B., et al. Intravenously Injected Amyloid-ß Peptide With Isomerized Asp7 and Phosphorylated Ser8 Residues Inhibits Cerebral ß-Amyloidosis in AßPP/PS1 Transgenic Mice Model of Alzheimer's Disease // Front. Neurosci. 2018. Vol. 12, № August. P. 1-8.

98. Rezaei-Ghaleh N., Kumar S., Walter J., Zweckstetter M. Phosphorylation Interferes with Maturation of Amyloid-ß Fibrillar Structure in the N Terminus // J. Biol. Chem. 2016. Vol. 291. P. 16059-16067.

99. Ruprecht B., Lemeer S. Proteomic analysis of phosphorylation in cancer // Expert Rev. Proteomics. 2014. Vol. 11, № 3. P. 259-267.

100. Humphrey S.J., Karayel O., James D.E., Mann M. High-throughput and high-sensitivity phosphoproteomics with the EasyPhos platform // Nat. Protoc. 2018. Vol. 13. P. 1897-1916.

101. Guo H., Isserlin R., Lugowski A., et al. Large-scale label-free phosphoproteomics: from technology to data interpretation // Bioanalysis. 2014. Vol. 4, № 18.

102. Riley N.M., Coon J.J. Phosphoproteomics in the Age of Rapid and Deep Proteome

Profiling // Anal. Chem. 2016. Vol. 88, № 1. P. 74-94.

103. Ruprecht B., Koch H., Medard G., et al. Comprehensive and reproducible phosphopeptide enrichment using iron immobilized metal ion affinity chromatography (Fe-IMAC) columns // Mol. Cell. Proteomics. 2015. Vol. 14, № 1. P. 205-215.

104. Ficarro S., Adelmant G., Tomar M., et al. Magnetic bead processor for rapid evaluation and optimization of parameters for phosphopeptide enrichment // Anal. Chem. 2009. Vol. 81, № 11. P. 4566-4575.

105. Lim K., Kassel D. Phosphopeptides enrichment using on-line two-dimensional strong cation exchange followed by reversed-phase liquid chromatography/mass spectrometry // Anal. Biochem. 2006. Vol. 354, № 2. P. 213-219.

106. Mertins P., Qiao J., Patel J., et al. Integrated proteomic analysis of post-translational modifications by serial enrichment // Nat. Methods. 2013. Vol. 10, № 7. P. 634-637.

107. White F.M., Wolf-Yadlin A. Methods for the Analysis of Protein Phosphorylation-Mediated Cellular Signaling Networks // Annu. Rev. Anal. Chem. 2016. Vol. 9, № 1. P. 295-315.

108. Paweletz C., Charboneau L., Bichsel V., et al. Reverse phase protein microarrays which capture disease progression show activation of pro-survival pathways at the cancer invasion front // Oncogene. 2001. Vol. 20, № 16. P. 1981-1989.

109. Sevecka M., Wolf-Yadlin A., MacBeath G. Lysate microarrays enable high-throughput, quantitative investigations of cellular signaling // Mol. Cell. Proteomics. 2011. Vol. 10, № 4. P. M110.005363.

110. Wagner J., Wolf-Yadlin A., Sevecka M., et al. Receptor tyrosine kinases fall into distinct classes based on their inferred signaling networks // Sci. Signal. 2013. Vol. 6, № 284. P. ra58.

111. Krutzik P., Nolan G. Intracellular phospho-protein staining techniques for flow cytometry: monitoring single cell signaling events // Cytom. A. 2003. Vol. 55, №

2. P. 61-70.

112. Bandura D., Baranov V., Ornatsky O., et al. Mass cytometry: technique for real time single cell multitarget immunoassay based on inductively coupled plasma time-of-flight mass spectrometry // Anal. Chem. 2009. Vol. 81, № 16. P. 68136822.

113. Domanski D., Murphy L., Borchers C. Assay development for the determination of phosphorylation stoichiometry using multiple reaction monitoring methods with and without phosphatase treatment: application to breast cancer signaling pathways // Anal. Chem. 2010. Vol. 82, № 13. P. 5610-5620.

114. Zheng Y., Zhang C., Croucher D., et al. Temporal regulation of EGF signalling networks by the scaffold protein Shc1 // Nature. 2013. Vol. 499, № 7457. P. 166171.

115. Ciccimaro E., Blair I. Stable-isotope dilution LC-MS for quantitative biomarker analysis // Bioanalysis. 2010. Vol. 2, № 2. P. 311-341.

116. Geiger T., Clarke S. Deamidation, isomerization, and racemization at asparaginyl and aspartyl residues in peptides. Succinimide-linked reactions that contribute to protein degradation // J. Biol. Chem. 1987. Vol. 262, № 2. P. 785-794.

117. Reissner K., Aswad D. Deamidation and isoaspartate formation in proteins: unwanted alterations or surreptitious signals? // Cell. Mol. Life Sci. 2003. Vol. 60, № 7. P. 1281-1295.

118. Wright H. Nonenzymatic deamidation of asparaginyl and glutaminyl residues in proteins // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1991. Vol. 25, № 1. P. 1-52.

119. Meinwald Y., Stimson E., Scheraga H. Deamidation of the asparaginyl-glycyl sequence // Int. J. Pept. Protein Res. 1986. Vol. 28, № 1. P. 79-84.

120. Robinson N.E., Robinson A.B. Deamidation of human proteins // Proc. Natl. Acad. Sci. 2001. Vol. 98, № 22. P. 12409-12413.

121. Li X., Lin C., O'connor P.B. Glutamine deamidation: Differentiation of glutamic acid and y-glutamic acid in peptides by electron capture dissociation // Anal.

Chem. 2010. Vol. 82, № 9. P. 3606-3615.

122. Wilmarth P.A., Tanner S., Dasari S., et al. ge-Related Changes in Human Crystallins Determined from Comparative Analysis of Post-Translational Modifications in Young and Aged Lens: Does Deamidation Contribute to Crystallin Insolubility? // J. Proteome Res. 2006. Vol. 5, № 10. P. 2554-2566.

123. Hains P.G., Truscott R.J.W. Age-Dependent Deamidation of Lifelong Proteins in the Human Lens // Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 2010. Vol. 51, № 6. P. 31073114.

124. Takata T., Oxford J.T., Demeler B., Lampi K.J. Deamidation destabilizes and triggers aggregation of a lens protein, ßA3-crystallin // Protein Sci. 2008. Vol. 17, № 9. P. 1565-1575.

125. Ritz-Timme S., Collins M.J., Ritz-Timme S., Collins M.J. Racemization of aspartic acid in human proteins // Ageing Res. Rev. Ageing Res. Re6iews. 2002. Vol. 1, № 1. P. 43-59.

126. Capasso S., Di Cerbo P. Kinetic and thermodynamic control of the relative yield of the deamidation of asparagine and isomerization of aspartic acid residues // J. Pept. Res. 2000. Vol. 56. P. 382-387.

127. F.Perna A., Castaldo P., Santo N.G.D., et al. Plasma proteins containing damaged L-isoaspartyl residues are increased in uremia: Implications for mechanism // Kidney Int. 2001. Vol. 59, № 6. P. 2299-2308.

128. Zhang W., Czupryn M. Analysis of isoaspartate in a recombinant monoclonal antibody and its charge isoforms // J. Pharm. Biomed. Anal. 2003. Vol. 30, № 5. P. 1479-1490.

129. Reissner K.J., Paranandi M. V., Luc T.M., et al. Synapsin I Is a Major Endogenous Substrate for Protein L-Isoaspartyl Methyltransferase in Mammalian Brain // J. Biol. Chem. 2006. Vol. 281. P. 8389-8398.

130. Inaba M., Gupta K., Kuwabara M., et al. Deamidation of human erythrocyte protein 4.1: possible role in aging // Blood. 1992. Vol. 79. P. 3355-3361.

131. Takehara T., Takahashi H. Suppression of Bcl-xL Deamidation in Human Hepatocellular Carcinomas // Cancer Res. 2003. Vol. 63. P. 3054-3057.

132. Pepperkok R., Hotz-Wagenblatt A., König N., et al. Intracellular Distribution of Mammalian Protein Kinase a Catalytic Subunit Altered by Conserved Asn2 Deamidation // J. Cell Biol. 2000. Vol. 148, № 4. P. 715.

133. Lanthier J., Desrosiers R. Protein L-isoaspartyl methyltransferase repairs abnormal aspartyl residues accumulated in vivo in type-I collagen and restores cell migration // Exp. Cell Res. 2004. Vol. 293, № 1. P. 96-105.

134. Ingrosso D., D'Angelo S., Di Carlo E., et al. Increased methyl esterification of altered aspartyl residues in erythrocyte membrane proteins in response to oxidative stress // Eur. J. Biochem. 2000. Vol. 267, № 14. P. 4397-4405.

135. D'Angelo S., Ingrosso D., Perfetto B., et al. UVA irradiation induces L-isoaspartyl formation in melanoma cell proteins // Free Radic. Biol. Med. 2001. Vol. 31, № 1. P. 1-9.

136. Fujii N., Tajima S., Tanaka N., et al. The presence of D-beta-aspartic acid-containing peptides in elastic fibers of sun-damaged skin: a potent marker for ultraviolet-induced skin aging // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002. Vol. 294, № 5. P. 1047-1051.

137. Mishra P.K.K., Mahawar M. PIMT-Mediated Protein Repair: Mechanism and Implications // Biochem. 2019. Vol. 84, № 5. P. 453-463.

138. Lowenson J.D., Clarke S. Recognition of D-aspartyl residues in polypeptides by the erythrocyte L-isoaspartyl/D-aspartyl protein methyltransferase. Implications for the repair hypothesis // J. Biol. Chem. 1992. Vol. 267. P. 5985-5995.

139. Johnson B.A., Murray E.D.J., Clarke S., et al. Protein Carboxyl Methyltransferase Facilitates Conversion of Atypical L-Isoaspartyl Peptides to Normal L-Aspartyl Peptid // J. Biol. Chem. 1987. Vol. 262, № 12. P. 5622-5629.

140. Kim E., Lowenson J., MacLaren D., et al. Deficiency of a protein-repair enzyme results in the accumulation of altered proteins, retardation of growth, and fatal

seizures in mice // Proc. Natl. Acad. Sci. 1997. Vol. 94, № 12. P. 6132-6137.

141. Yamamoto A., Takagi H., Kitamura D., et al. Deficiency in protein L-isoaspartyl methyltransferase results in a fatal progressive epilepsy // J. Neurosci. 1998. Vol. 18, № 6. P. 2063-2074.

142. Young G.W., Hoofring S.A., Mamula M.J., et al. Protein L-isoaspartyl methyltransferase catalyzes in vivo racemization of aspartate-25 in mammalian histone H2B // J. Biol. Chem. 2005. Vol. 280, № 28. P. 26094-26098.

143. Moro M.L., Phillips A.S., Gaimster K., et al. Pyroglutamate and Isoaspartate modified Amyloid-Beta in ageing and Alzheimer's disease // Acta Neuropathol. Commun. Acta Neuropathologica Communications, 2018. Vol. 6, № 1. P. 3.

144. Roher A.E., Lowenson J.D., Clarke S., et al. Structural alteration in the peptide backbone of b-amyloid core protein may account for its deposition and stability in Alzheimerr's disease. // J. Biol. Chem. 1993. Vol. 268, № 5. P. 3072-3083.

145. Shapira R., Austin G.E., Mirra S.S. Neuritic plaque amyloid in Alzheimer's disease is highly racemized // J. Neurochem. 1988. Vol. 50. P. 69-74.

146. Toropygin IY, EV K., OA M., et al. The N-domain of angiotensin-converting enzyme specifically hydrolyzes the Arg-5-His-6 bond of Alzheimer's Abeta-(1-16) peptide and its isoAsp-7 analogue with different efficiency as evidenced by quantitative matrix-assisted laser desorption/ionization tim // Rapid Commun Mass Spectrom. 2008. Vol. 22, № 2. P. 231-239.

147. Velazquez P., Cribbs D.H., Poulos T.L., Tenner A.J. Aspartate residue 7 in amyloid b-protein is critical for classical complement pathway activation: implications for Alzheimer's disease pathogenesis // Nat. Med. 1997. Vol. 3. P. 77-79.

148. Fukuda H., Shimizu T., Nakajima M., et al. Synthesis, aggregation, and neurotoxicity of the Alzheimer's Ab1-42 amyloid peptide and its isoaspartyl isomers // Bioorg. Med. Chem. Lett. 1999. Vol. 9. P. 953-956.

149. Kozin S.A., Mitkevich V.A., Makarov A.A. Amyloid-ß containing isoaspartate 7

as potential biomarker and drug target in Alzheimer's disease // Mendeleev Commun. Elsevier Srl, 2016. Vol. 26, № 4. P. 269-275.

150. Venkatachalam C. Stereochemical criteria for polypeptides and proteins. V. Conformation of a system of three linked peptide units // Biopolymers. 1968. Vol. 6, № 10. P. 1425-1436.

151. Chui D., Tanahashi H., Ozawa K., et al. Transgenic mice with Alzheimer presinilin 1 mutations show accelerated neurodegeneration without amyloid plaque formation // Nat. Med. 1999. Vol. 5, № 5. P. 560-564.

152. Neve R.L., Robakis N.K. Alzheimer's disease: a re-examination of the amyloid hypothesis // Trends Neurosci. 1998. Vol. 21. P. 15-19.

153. Shimizu T., Watanabe A., Ogawara M., et al. Isoaspartate Formation and Neurodegeneration in Alzheimer's Disease // Arch. Biochem. Biophys. 2000. Vol. 381, № 2. P. 225-234.

154. Tsvetkov P.O., Popov I.A., Nikolaev E.N., et al. Isomerization of the Asp7 residue results in zinc-induced oligomerization of Alzheimer's disease amyloid P (1-16) peptide // ChemBioChem. 2008. Vol. 9, № 10. P. 1564-1567.

155. Yurinskaya M.M., Mitkevich V.A., Kozin S.A., et al. HSP70 protects human neuroblastoma cells from apoptosis and oxidative stress induced by amyloid peptide isoAsp7-AP(1 -42) // Cell Death Dis. 2015. Vol. 6, № 11. P. e1977.

156. Parri R., Dineley T. Nicotinic acetylcholine receptor interaction with beta-amyloid: molecular, cellular, and physiological consequences // Curr. Alzheimer Res. 2010. Vol. 7, № 1. P. 27-39.

157. Kozin S., Cheglakov I., Ovsepyan A., et al. Peripherally applied synthetic peptide isoAsp7-AP(1-42) triggers cerebral P-amyloidosis // Neurotox. Res. 2013. Vol. 24, № 3. P. 370-376.

158. Faserl K., Sarg B., Maurer V., Lindner H.H. Exploiting charge differences for the analysis of challenging post-translational modifications by capillary electrophoresis-mass spectrometry // J. Chromatogr. A. Elsevier B.V., 2017. Vol.

1498. P. 215-223.

159. Yang H., Zubarev R.A. Mass spectrometric analysis of asparagine deamidation and aspartate isomerization in polypeptides // Electrophoresis. 2010. Vol. 31, № 11. P. 1764-1772.

160. Rehder D., Chelius D., McAuley A., et al. Isomerization of a single aspartyl residue of anti-epidermal growth factor receptor immunoglobulin gamma2 antibody highlights the role avidity plays in antibody activity // Biochemistry. 2008. Vol. 47, № 8. P. 2518-2530.

161. Krokhin O., Antonovici M., Ens W., et al. Deamidation of -Asn-Gly- sequences during sample preparation for proteomics: Consequences for MALDI and HPLC-MALDI analysis // Anal. Chem. 2006. Vol. 78, № 18. P. 6645-6650.

162. Schindler P., Müller D., Märki W., et al. Characterization of a ß-Asp33 isoform of recombinant hirudin sequence variant 1 by low-energy collision-induced dissociation // J. Mass Spectrom. 1996. Vol. 31, № 9. P. 967-974.

163. Gonzalez L.J., Shimizu T., Satomi Y., et al. Differentiating alpha- and beta-aspartic acids by electrospray ionization and low-energy tandem mass spectrometry // Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000. Vol. 14, № 22. P. 20922102.

164. Zheng X., Deng L., Baker E.S., et al. Distinguishing d- and l-aspartic and isoaspartic acids in amyloid ß peptides with ultrahigh resolution ion mobility spectrometry // Chem. Commun. Royal Society of Chemistry, 2017. Vol. 53, № 56. P. 7913-7916.

165. Indeykina M.I., Popov I. a, Kozin S. a, et al. Capabilities of MS for analytical quantitative determination of the ratio of alpha- and betaAsp7 isoforms of the amyloid-beta peptide in binary mixtures // Anal Chem. 2011. Vol. 83, № 8. P. 3205-3210.

166. Sargaeva N.P., Lin C., O'Connor P.B. Identification of aspartic and isoaspartic acid residues in amyloid ß peptides, including Aß 1-42, using electron-ion

reactions // Anal. Chem. 2009. Vol. 81, № 23. P. 9778-9786.

167. Sargaeva N.P., Lin C., O'Cconnor P.B. Differentiating n-terminal aspartic and isoaspartic acid residues in peptides // Anal. Chem. 2011. Vol. 83, № 17. P. 66756682.

168. Chan W.Y.K., Chan T.W.D., O'Connor P.B. Electron transfer dissociation with supplemental activation to differentiate aspartic and isoaspartic residues in doubly charged peptide cations // J. Am. Soc. Mass Spectrom. Elsevier Inc., 2010. Vol. 21, № 6. P. 1012-1015.

169. Wang B., Shang J.Z., Qin Y.J., et al. Differentiation of a- or ß-Aspartic Isomers in the Heptapeptides by the Fragments of [M + Na]+ Using Ion Trap Tandem Mass Spectrometry // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011. Vol. 22, № 8. P. 1453-1462.

170. DeGraan-Weber N., Zhang J., Reilly J.P. Distinguishing Aspartic and Isoaspartic Acids in Peptides by Several Mass Spectrometric Fragmentation Methods // J. Am. Soc. Mass Spectrom. Journal of The American Society for Mass Spectrometry, 2016. Vol. 27, № 12. P. 2041-2053.

171. Terashima I., Koga A., Nagai H. Identification of deamidation and isomerization sites on pharmaceutical recombinant antibody using H2 18O // Anal. Biochem. 2007. Vol. 368, № 1. P. 49-60.

172. Kameoka D., Ueda T., Imoto T. A method for the detection of asparagine deamidation and aspartate isomerization of proteins by MALDI/TOF-mass spectrometry using endoproteinase Asp-N // J. Biochem. 2003. Vol. 134, № 1. P. 129-135.

173. Ni W., Dai S., Karger B., Zhou Z. Analysis of isoaspartic Acid by selective proteolysis with Asp-N and electron transfer dissociation mass spectrometry // Anal. Chem. 2010. Vol. 82, № 17. P. 7485-7491.

174. Inoue K., Hosaka D., Mochizuki N., et al. Simultaneous determination of post-translational racemization and isomerization of N -terminal amyloid-ß in alzheimer's brain tissues by covalent chiral derivatized ultraperformance liquid

chromatography tandem mass spectrometry // Anal. Chem. 2014. Vol. 86, № 1. P. 797-804.

175. Eakin C.M., Miller A., Kerr J., et al. Assessing analytical methods to monitor isoAsp formation in monoclonal antibodies // Front. Pharmacol. 2014. Vol. 5. P. 87.

176. Fonseca M.I., Head E., Velazquez P., et al. The presence of isoaspartic acid in ß-amyloid plaques indicates plaque age // Exp. Neurol. 1999. Vol. 157, № 2. P. 277288.

177. Gahoual R., Beck A., François Y.N., Leize-Wagner E. Independent highly sensitive characterization of asparagine deamidation and aspartic acid isomerization by sheathless CZE-ESI-MS/MS // J. Mass Spectrom. 2016. Vol. 51, № 2. P. 150-158.

178. Winter D., Pipkorn R., Lehmann W. Separation of peptide isomers and conformers by ultra performance liquid chromatography // J. Sep. Sci. 2009. Vol. 32, № 8. P. 1111-1119.

179. Tang K., Page J.S., Smith R.D. Charge Competition and the Linear Dynamic Range of // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004. Vol. 15, № 10. P. 1461-1423.

180. Yu X., Sargaeva N.P., Thompson C.J., et al. In-Source Decay Characterization of Isoaspartate and ß-Peptides // Int. J. Mass Spectrom. 2015. Vol. 390. P. 101-109.

181. Wong J., Cagney G. An overview of label-free quantitation methods in proteomics by mass spectrometry // Methods Mol. Biol. 2010. Vol. 604. P. 273-283.

182. Castet S., Enjalbal C., Fulcrand P., et al. Characterization of Aspartic Acid and ß-Aspartic Acid in Peptides by Fast- atom Bombardment Mass Spectrometry and Tandem Mass Spectrometry // Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996. Vol. 10. P. 1934-1938.

183. Li X., Cournoyer J.J., Lin C., O'Connor P.B. The Effect of Fixed Charge Modifications on Electron Capture Dissociation // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008. Vol. 19, № 10. P. 1514-1526.

184. Roepstorff P., Fohlman J. Proposal for a common nomenclature for sequence ions in mass spectra of peptides // Biol. Mass Spectrom. 1984. Vol. 11, № 11. P. 601.

185. Biemann K. Contributions of mass spectrometry to peptide and protein structure // Biomed. Environ. Mass Spectrom. 1988. Vol. 16, № 1-12. P. 99-111.

186. Zubarev R.A., Kelleher N.L., McLafferty F.W. Electron Capture Dissociation of Multiply Charged Protein Cations. A Nonergodic Process // J. Am. Chem. Soc. 1998. Vol. 120, № 13. P. 3265-3266.

187. O'Connor P.B., Cournoyer J.J., Pitteri S.J., et al. Differentiation of aspartic and isoaspartic acids using electron transfer dissociation // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006. Vol. 17, № 1. P. 15-19.

188. Kelley A.R., Perry G., Castellani R.J., Bach S.B.H.H. Laser-Induced In-Source Decay Applied to the Determination of Amyloid-Beta in Alzheimer's Brains // ACS Chem. Neurosci. 2016. Vol. 7, № 3. P. 261-268.

189. Wysocki V., Tsaprailis G., Smith L., Breci L. Mobile and localized protons: a framework for understanding peptide dissociation // J. Mass Spectrom. 2000. Vol. 35, № 12. P. 1399-1406.

190. Yamazaki Y., Fujii N., Sadakane Y., Fujii N. Differentiation and semiquantitative analysis of an isoaspartic acid in human alpha-Crystallin by postsource decay in a curved field reflectron // Anal. Chem. 2010. Vol. 82, № 15. P. 6384-6394.

191. Carr S., Hemling M., Bean M., Roberts G. Integration of mass spectrometry in analytical biotechnology // Anal. Chem. 1991. Vol. 63, № 24. P. 2802-2824.

192. Yergey J., Heller D., Hansen G., et al. Isotopic Distributions in Mass Spectra of Large Molecules // Anal. Chem. 1983. Vol. 55, № 2. P. 353-356.

193. Guna M. Extending the Ion Capacity of a Linear Ion Trap Using Nonlinear Radio Frequency Fields // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2015. Vol. 26. P. 2125-2132.

194. Henry H., Sobhi H.R., Scheibner O., et al. Comparison between a high- resolution single- stage Orbitrap and a triple quadrupole mass spectrometer for quantitative analyses of drugs // Rapid Commun. Mass Spectrom. 2012. Vol. 26. P. 499-509.

195. Jensen T., de Boevre M., Preußke N., et al. Evaluation of High-Resolution Mass Spectrometry for the Quantitative Analysis of Mycotoxins in Complex Feed Matrices // Toxins (Basel). 2019. Vol. 11. P. 531.

196. Sleighter R.L., Hatcher P.G. The application of electrospray ionization coupled to ultrahigh resolution mass spectrometry for the molecular characterization of natural organic matter // J. Mass Spectrom. 2007. Vol. 42, № 5. P. 559-574.

197. Marshall A.G., Hendrickson C.L. High-Resolution Mass Spectrometers // Annu. Rev. Anal. Chem. 2008. Vol. 1. P. 579-599.

198. Xian F., Hendrickson C.L., Marshall A.G. High Resolution Mass Spectrometry // Anal. Chem. 2012. Vol. 84, № 2. P. 708-719.

199. Eliuk S., Makarov A. Evolution of Orbitrap Mass Spectrometry Instrumentation // Annu. Rev. Anal. Chem. 2015. Vol. 8. P. 61-80.

200. Nikolaev E.N., Kostyukevich Y.I., Vladimirov G.N. Fourier transform ion cyclotron resonance (FT ICR) mass spectrometry: Theory and simulations // Mass Spectrom. Rev. 2016. Vol. 35, № 2. P. 219-258.

201. Valkenborg D., Mertens I., Lemiere F., et al. The isotopic distribution conundrum // Mass Spectrom. Rev. 2011. Vol. 31, № 1. P. 96-109.

202. Sadygov R.G. Poisson Model to Generate Isotope Distribution for Biomolecules // J. Proteome Res. 2018. Vol. 17, № 1. P. 751-758.

203. Lee W.N., Byerley L.O., Bergner E.A., Edmond J. Mass isotopomer analysis: theoretical and practical considerations // Biol. Mass Spectrom. 1991. Vol. 20. P. 451-458.

204. Jagannadham M. V., Nagaraj R. Detecting the Site of Phosphorylation in Phosphopeptides Without Loss of Phosphate Group Using MALDI TOF Mass Spectrometry // Anal Chem Insights. 2008. Vol. 3. P. 21-29.

205. Gonzalez-Sanchez M., Lanucara F., Hardman G., Eyers C. Gas-phase intermolecular phosphate transfer within a phosphohistidine phosphopeptide dimer // Int. J. Mass Spectrom. 2014. Vol. 367. P. 28-34.

206. Edelson-Averbukh M., Shevchenko A., Pipkorn R., Lehmann W.D. Gas-Phase Intramolecular Phosphate Shift in Phosphotyrosine-Containing Peptide Monoanions // Anal. Chem. 2009. Vol. 81. P. 4369-4381.

207. Palumbo A.M., Reid G.E. Evaluation of Gas-Phase Rearrangement and Competing Fragmentation Reactions on Protein Phosphorylation Site Assignment Using Collision Induced Dissociation-MS/MS and MS3 // Anal. Chem. 2008. Vol. 80, № 24. P. 9735-9747.

208. Popov I.A., Indeikina M.I., Pekov S.I., et al. Estimation of phosphorilation level of amyloid beta, extracted from human blood plasma. Ultra high resolution mass spectrometry // Mol. Biol. (Mosk). 2014. Vol. 48, № 4.

209. Kozin S., Zirah S., Rebuffat S., et al. Zinc binding to Alzheimer's Abeta(1-16) peptide results in stable soluble complex // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001. Vol. 285, № 4. P. 959-964.

210. Steen H., Jebanathirajah J.A., Springer M., Kirschner M.W. Stable isotope-free relative and absolute quantitation of protein phosphorylation stoichiometry by MS // Proc. Natl. Acad. Sci. 2005. Vol. 102, № 11. P. 3948-3953.

211. Pekov S., Indeykina M., Popov I., et al. Application of MALDI-TOF/TOF-MS for relative quantitation of a- and ß-Asp7 isoforms of amyloid-ß peptide // Eur. J. Mass Spectrom. 2018. Vol. 24, № 1. P. 141-144.

212. Popov I., Pekov S., Indeykina M., et al. Improvement relative quantitation of the a- and ß- aspartic acid isoform of amyloid-ß peptide using MALDI-CID-TOF/TOF MS // Protein Science. 2017. Vol. 26, № S1. P. 208-209.

213. Pittenauer E., Allmaier G. The Renaissance of High-Energy CID for Structural Elucidation of Complex Lipids: MALDI-TOF/RTOF-MS of Alkali Cationized Triacylglycerols // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009. Vol. 20, № 6. P. 10371047.

214. Kempka M., Sjödahl J., Björk A., Roeraade J. Improved method for peak picking in matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry //

Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004. Vol. 18, № 11. P. 1208-1212.

215. Ramirez J., Fenselau C. Factors contributing to peak broadening and mass accuracy in the characterization of intact spores using matrix-assisted laser desorption/ionization coupled with time-of-flight mass spectrometry // J. Mass Spectrom. 2001. Vol. 36, № 8. P. 929-936.

216. Hoteling A., Kawaoka K., Goodberlet M., et al. Optimization of matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight collision-induced dissociation using poly(ethylene glycol). // Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003. Vol. 17, № 14. P. 1671-1676.

217. Popov I., Kugaevskaya E., Veselovsky A., et al. MALDI-TOF Mass Spectrometry for Investigation of Specific Proteolysis of Amyloid-B Peptide by Angiotensin-Converting Enzyme and its Role on Alzheimer's Disease Pathogenesis // Protein Science. 2018. Vol. 27. P. 91-92.

218. Pekov S.I., Ivanov D.G., Bugrova A.E., et al. Evaluation of MALDI-TOF/TOF Mass Spectrometry Approach for Quantitative Determination of Aspartate Residue Isomerization in the Amyloid-ß Peptide // J. Am. Soc. Mass Spectrom. Journal of The American Society for Mass Spectrometry, 2019. Vol. 30, № 7. P. 1325-1329.

219. O'Nuallain B., Wetzel R. Conformational Abs recognizing a generic amyloid fibril epitope // Proc. Natl. Acad. Sci. 2002. Vol. 99, № 3. P. 1485-1490.

220. Villemagne V.L., Perez K.A., Pike K.E., et al. Blood-Borne Amyloid- Dimer Correlates with Clinical Markers of Alzheimer's Disease // J. Neurosci. 2010. Vol. 30, № 18. P. 6315-6322.

221. Portelius E., Brinkmalm G., Tran A.J., et al. Identification of novel APP/Abeta isoforms in human cerebrospinal fluid // Neurodegener Dis. 2009. Vol. 6, № 3. P. 87-94.

222. Greiner E.R., Kelly J.W., Palhano F.L. Immunoprecipitation of amyloid fibrils by the use of an antibody that recognizes a generic epitope common to amyloid fibrils

// PLoS One. 2014. Vol. 9, № 8. P. 1-12.

223. Pannee J., Tömqvist U., Westerlund A., et al. The amyloid-ß degradation pattern in plasma-A possible tool for clinical trials in Alzheimer's disease // Neurosci. Lett. Elsevier Ireland Ltd, 2014. Vol. 573. P. 7-12.

224. Portelius E., Zetterberg H., Andreasson U., et al. An Alzheimer's disease-specific ß-amyloid fragment signature in cerebrospinal fluid // Neurosci. Lett. 2006. Vol. 409, № 3. P. 215-219.

225. Kim J.S., Ahn H.S., Cho S.M., et al. Detection and quantification of plasma amyloid-ß by selected reaction monitoring mass spectrometry // Anal. Chim. Acta. Elsevier B.V., 2014. Vol. 840. P. 1-9.

226. Galozzi S., Marcus K., Barkovits K. Amyloid-ß as a biomarker for Alzheimer's disease: Quantification methods in body fluids // Expert Rev. Proteomics. 2015. Vol. 12, № 4. P. 343-354.

Приложения

Приложение 1. Схема молекулы АРР с указанием основных доменов и участка, соответствующего Ар.

Домен, сходный с фактором роста

Кислотный домен

АР

Внутриклеточный домен

Си-связывающий К-конец домен

Центральный

домен Клеточная

мембрана

С-конец

Приложение 2. Масс-спектр двухзарядного двукратно протонированного иона Ангиотензина II, зарегистрированный масс-анализаторами низкого (серый цвет линии, Я ~ 400) и высокого (черный цвет линии, Я = 28 500) разрешения.

л

т с о н в и с н е т н и

н

л

л е т и с о н т

О

524

ш/г, Да

Приложение 3. Масс-спектр Ангиотензина II, ион [M+H]+, m/z 1046,62 Да. Аминокислотная последовательность: Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe.

1046

1048

1050 m/z, Да

Приложение 4. Масс-спектр Вещества P, ион [M+H]+, m/z 1347,74 Да. Аминокислотная последовательность: Arg-Pro-Lys-Pro-Gln-Gln-Phe-Gly-Leu-Met.

1347

1348

1349

1350

1351

1352 1353 m/z, Да

Приложение 5. Масс-спектр эквимолярной смеси нAß и фAß.

100

75

50

25

0

нAß (M4+) 499,98 Да

Да. jj

фAß (M4+) 519,97 Да

............Ц

Jul.

нAß (M3+) 666,31 Да

,ц Jti.,1 _fl

фAß (M3+) 692,96 Да

нAß (M2+) 998,96 Да

4L,

фAß (M2+)

1038,94 Да

.............

500

600

700

800

900

1000 m/z, Да

Приложение 6. Масс-спектр фрагментации фAß. Спектр фрагментации трехкратно протонированного иона (m/z 692,96 Да), низкое разрешение (сверху). Спектр фрагментации четырехкратно протонированного иона (m/z 519,97 Да), сверхвысокое разрешение (снизу).

775 800 825 850 m/z, Да

ь т с о н в и с н е т н и

н ь л е т и с о н т

О

b2 + b11

y2+

МИ-ИзР04+

4+

У4+

Уз b2+

Ьи-ИзРо2+

У1з-ИзРО3+

У15-ИзРО3+

V

V

b2+

12

b2+ b13

Приложение 7. Масс-спектр фрагментации HAß. Спектр фрагментации трехкратно протонированного иона (m/z 666,31 Да), низкое разрешение (сверху). Спектр фрагментации четырехкратно протонированного иона (m/z 499,98 Да), сверхвысокое разрешение (снизу).

775 800 825 850 m/z, Да

л

т с о н в и с н е т н и

н

л п

е т и с о н т

О

у2+

у2+

ь7+

л

b2 + b11

b3 + b15

I. h.l, Iii

b2 + b12

r4+4,

Приложение 8. Масс-спектр эквимолярной смеси немодифицированного и изомеризованного по остатку аспарагиновой кислоты в 7 положении Ар (фрагмент 1-16).

0

д е

3

л

с

(у

л

т с о н в и с н е т н и

н т

2 л о с

ю <

2

0

1850

1900

1950

2000

2050

2100 т^,Да

1

Приложение 9. Масс-спектры фрагментации нАр (сверху), изоАр (снизу) и их эквимолярной смеси (посередине). МАЬВ1-ТОЕ/ТОЕ с использованием аргона в качестве столкновительного газа. Фрагмент АР(1-16).

1,5

д1

е

3 0,5 у

ь т с о н в и с н е т н и

н т

тю

л

о

с

б

<

2

2

0

412136 514.157-

J_IА.

619.268 773401

958441

110.066 275.094 412186 514.186 -

619235

110.070 275.086 412174 514.173 !

I 1894.102 1639.837 ,

1492754 -!- 1768.92^ | 1912966

250 500 750 1000 1250 1500 1750 2000 т/г, Да

1

1

Приложение 10. Масс-спектры фрагментации нАр (сверху), изоАр (снизу) и их эквимолярной смеси (посередине). МЛЬВ1-ТОЕ/ТОЕ с использованием гелия в качестве столкновительного газа. Фрагмент АР(1-16).

0

д

е л.

с

(у

ь т с о н в и с н е т н и

н т

2 л о с

ю <