Хроническая инфекция легких у больных муковисцидозом: этиология, диагностика, эпидемиология и профилактика. тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 14.02.02, доктор наук Аветисян Лусине Ремуальдовна
Аветисян Лусине Ремуальдовна
доктор наук
2019
- Специальность ВАК РФ14.02.02
- Количество страниц 285
Оглавление диссертации доктор наук Аветисян Лусине Ремуальдовна
ВВЕДЕНИЕ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
ГЛАВА 1. Хроническая инфекция легких при муковисцидозе
1.1. Муковисцидоз: общие сведения
1.2. Эпидемиология муковисцидоза в России
1.3. Распространенность доминирующих возбудителей хронической инфекции
легких у больных МВ по данным Регистров России, Европы и США
1.4. Молекулярная эпидемиология хронической инфекции легких, вызванной доминирующими возбудителями, в зарубежных странах и общие сведения о доминирующих возбудителях
1.5. Особенности бактерий с высоким «риском эпидемического распространения»
и основные механизмы их формирования
1.6. Профилактика и лечение хронической инфекции легких у больных муковисцидозом
ГЛАВА 2. Диагностика хронической инфекции легких у больных муковисцидозом и микробиологические характеристики доминирующих возбудителей
2.1. Диагностика хронической инфекции легких у больных муковисцидозом
2.2. Микробиологическая характеристика и идентификация S. aureus
2.3. Микробиологическая характеристика и идентификация неферментирующих грамотрицательных микроорганизмов
2.4. Другие микроорганизмы, вызывающие хроническую инфекцию легких у больных муковисцидозом
2.5. Заключение
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.
ГЛАВА 3. Материалы и методы исследования
3.1. Материалы исследования
3.2. Методы исследования
3.2.1.Эпидемиологические методы
3.2.2. Бактериологические методы
3.2.3. Молекулярно-генетические методы
3.2.4.Статистические методы
ГЛАВА 4. Разработка алгоритма микробиологической диагностики и применение в эпидемиологическом надзоре хронической инфекции легких у больных муковисцидозом
4.1.Разработка алгоритма диагностики и мониторинга
4.1.1. Первый этап - выделение чистой культуры и этиологическая диагностика
4.1.2. Второй этап алгоритма - выявление эпидемически значимых клонов
ГЛАВА 5. Выявление доминирующих возбудителей и частота их встречаемости у больных муковисцидозом в России
ГЛАВА 6. Эпидемиологические особенности хронической инфекции легких у больных муковисцидозом, вызванной Staphylococcus aureus
6.1. Распространенность S. aureus среди больных муковисцидозом России
6.2. Исследование фенотипических свойств штаммов S. aureus
6.3. Мониторинг хронической инфекции, вызванной S. aureus
6.4. Генетическое разнообразие штаммов S. aureus, циркулирующих среди больных муковисцидозом
ГЛАВА 7. Эпидемиологические особенности хронической инфекции легких у больных муковисцидозом, вызванной Pseudomonas aeruginosa
7.1. Распространенность P. aeruginosa среди больных муковисцидозом России
7.2. Исследование фенотипических признаков P. aeruginosa
7.3. Мониторинг хронической инфекции легких у больных муковисцидозом, вызванной P. aeruginosa
7.4. Генетическое разнообразие штаммов P. aeruginosa, циркулирующих среди больных муковисцидозом
ГЛАВА 8. Эпидемиологические особенности хронической инфекции легких у больных муковисцидозом, вызванной Burkholderia cepacia complex
8.1. Распространенность Burkholderia cepacia complex среди больных муковисцидозом России
8.2. Исследование фенотипических свойств бактерий Вurkholderia cepacia complex
8.3. Мониторинг хронической инфекции, вызванной Burkholderia cepacia complex
8.4. Генетическое разнообразие штаммов Burkholderia cepacia complex, циркулирующих среди больных муковисцидозом
8.5. Исследование эпидемических маркеров Burkholderia cepacia complex
ГЛАВА 9. Эпидемиологические особенности хронической инфекции легких у больных муковисцидозом, вызванной Achromobacter spp
9.1. Клиническое значение и распространенность Achromobacter spp. среди
больных муковисцидозом России
9.2. Исследование фенотипических свойств Achromobacter spp
9.3. Мониторинг хронической инфекции, вызванной Achromobacter spp
9.4. Молекулярные основы резистентности бактерий рода Achromobacter, выделенных от российских больных муковисцидозом
9.5. Генотипирование Achromobacter spp., циркулирующих среди больных муковисцидозом
ГЛАВА 10. Эпидемиологическая значимость изменчивости генома бактерий Pseudomonas aeruginosa, вызывающих хроническую инфекцию легких у больных муковисцидозом
10.1. Молекулярные основы формирования антибиотикоустойчивых бактерий
10.2. Молекулярные основы адаптации бактерий к персистенции в легких больных муковисцидозом
ГЛАВА 11. Система эпидемиологического надзора за хроническими инфекциями легких, вызванными бактериями Burkholderia cepacia complex, Achromobacter spp., P. üeruginosa и MRSA, у больных муковисцидозом
11.1. Эпидемиологический надзор
11.2. Профилактика инфицирования больных муковисцидозом возбудителями
хронической инфекции легких
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность темы и степень ее разработанности
Муковисцидоз (МВ) - самое распространенное наследственное заболевание, обусловленное мутациями в гене, кодирующем белок CFTR Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), который регулирует работу хлорных и натриевых каналов, участвует в транспорте воды. В результате дефекта гена секрет большинства желез внешней секреции сгущается, затрудняется его эвакуация, в органах формируются вторичные изменения, в легких формируется хроническая инфекция, что приводит к ухудшению функции легких и дыхательной недостаточности (Кондратьева Е.И., Каширская Н.Ю., Капранов Н.И., 2016).
На территории РФ контроль за МВ начал осуществляться с 2011 года. С этого года начал ежегодно выходить Регистр больных МВ РФ, включающий, данные, касающиеся возрастно-половой структуры больных МВ, показатели смертности и ее причины, диагностики и генетики МВ, терапии и трансплантации при МВ, легочных и внелегочных осложнений, в том числе информацию об инфекциях респираторного тракта у больных МВ. Согласно Регистру 2016 года частота встречаемости МВ в России составляет 1 на 10000 новорожденных, средняя продолжительность жизни составляет 18-20 лет, в то время как в западных странах средняя продолжительность жизни больных МВ составляет 30 лет (ECFS Patient Registry Annual Data Report, 2016).
МВ - полиорганная патология, но прогноз заболевания, продолжительность и качество жизни больных в первую очередь зависит от тяжести поражения органов дыхания, в патогенезе которых основную роль играет хроническая инфекция легких (ХИЛ). Исследователями различных стран установлено, что основными возбудителями ХИЛ у больных МВ являются Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae, бактерии комплекса Burkholderia cepacia (Bcc) (Gilligan P.H., Lum G., Vandamme P.A.R., Whittier S., 2003; Шагинян И.А., Чернуха М.Ю., 2014). Несмотря на выявление основных возбудителей ХИЛ, профилактические мероприятия в отношении ХИЛ у больных МВ в России были малоэффективными, так как была недостаточно изучена эпидемиология ХИЛ у больных МВ. Существующие требования, изложенные в СанПиНах (2010 г.,
г.), не обеспечивают достаточный уровень и эффективность противоэпидемических и профилактических мероприятий в отношении ХИЛ. Доказательствами этому являются не только продолжающиеся спорадические случаи инфекционных осложнений, но и вспышки госпитальных инфекций среди больных МВ, вызванные В. сепосерааа ST709 и ST208, в детских стационарах Москвы, Санкт-Петербурга, Самары, Кемерово (2006 - 2017 гг.).
Контроль инфекционного процесса при МВ является одним из основных направлений при профилактике и лечении больных МВ, задачами которого являются предупреждение инфицирования нижних дыхательных путей, колонизации и формирования хронической инфекции, обострения и развития цепация-синдрома (некротизирующей пневмонии с септицемией).
Для успешного контроля инфекционного процесса при МВ обязательно знание эпидемиологических и микробиологических особенностей ХИЛ разной этиологии. К началу настоящих исследований они были фактически не изучены. Данные об источниках возбудителей инфекций, о путях их передачи, восприимчивости больных МВ, числе случаев ХИЛ в разных возрастных и половых группах больных были весьма ограничены. Для выяснений этих вопросов необходимо было разработать алгоритм лабораторной микробиологической и молекулярно-биологической диагностики этиологии ХИЛ, который позволял бы выявлять возбудитель, определять его эпидемиологическую значимость, обнаруживать источник инфекции, факторы и пути передачи возбудителей, выявлять возможные резервуары возбудителей в медицинских организациях, а также изучить микроэволюцию возбудителей во время их персистенции при ХИЛ. Полученные данные позволяли бы изучать эпидемиологические особенности ХИЛ и осуществлять соответствующий контроль за инфекцией как в госпитальных, так и внегоспитальных условиях.
Помимо решения основных задач, касающихся эпидемиологии и микробиологии ХИЛ, в процессе исследования будут получены современные данные об антибиотикочувствительности основных этиологических агентов, которые обеспечат врачей сведениями для выбора адекватного этиотропного лечения больных МВ, тем самым способствуя выполнению основной задачи при данной инфекции - увеличению продолжительности жизни и качества жизни
больных МВ.
Цель работы: изучить эпидемиологические и микробиологические особенности хронической инфекции легких (ХИЛ), вызванной бактериями комплекса Burkholderia cepacia, P. aeruginosa, S. aureus и бактериями рода Achromobacter у больных муковисцидозом, и разработать направления эпидемиологического надзора за ХИЛ у больных МВ.
Задачи
1. Определить частоту хронической инфекции легких у больных МВ, вызванной различными возбудителями, и выявить доминирующие микроорганизмы у больных МВ в России.
2. Разработать алгоритм микробиологической диагностики хронической инфекции легких у больных МВ, включающий микробиологические и молекулярно-генетические методы.
3. Охарактеризовать этиологические и эпидемиологические особенности инфекционных осложнений у больных МВ как госпитальных инфекций.
4. Провести генотипирование доминирующих изолятов, выделенных от больных МВ, для установления возможных источников возбудителей хронической инфекции, изучить механизмы формирования эпидемически значимых клонов при персистенции возбудителей у больных МВ.
5. Изучить биологические свойства доминирующих видов возбудителей хронической инфекции и их изменчивость в процессе персистенции.
6. Разработать экспресс-метод идентификации доминирующих возбудителей инфекционных осложнений при МВ в биологическом материале на основе мультиплексной ПЦР для определения тактики профилактических мероприятий.
7. Обосновать основные направления эпидемиологического надзора за ХИЛ и профилактических мероприятий, для противодействия перекрестному инфицированию больных МВ и распространению доминирующих возбудителей ХИЛ в стационаре.
Научная новизна
- Впервые изучены эпидемиологические особенности ХИЛ, вызванной Бсс, P. aeruginosa, S. aureus и Achromobacter spp. у больных МВ в России. Установлено, что инфекция, вызванная Бсс, является преимущественно госпитальной, источником возбудителей являются больные МВ, основной путь передачи возбудителей является воздушно-капельный. Инфекции, вызванные P. aeruginosa, S. aureus и Achromobacter spp. могут иметь как госпитальное, так и внегоспитальное происхождение. Среди больных МВ в России перекрестное инфицирование в большей степени наблюдается при заражении Bcc, Achromobacter spp. и S. aureus.
- Впервые проведен мониторинг ХИЛ, вызванной Бсс, P. aeruginosa, S. aureus и Achromobacter spp., у больных МВ в России, в результате чего показано, что инфекция обусловлена длительной персистенцией мультирезистентных микроорганизмов, которые характеризуются трудностью элиминации и способностью изменять свои фенотипические и генотипические характеристики, то есть подвергаться микроэволюции.
- Разработан алгоритм микробиологической диагностики ХИЛ у больных МВ, который позволит усовершенствовать лабораторную диагностику, контролировать инфекционный и эпидемический процесс при ХИЛ, а также изучить микроэволюцию микроорганизма во время персистенции.
- Впервые изучены молекулярно-генетические характеристики возбудителей ХИЛ (Бсс, P. aeruginosa, S. aureus и Achromobacter spp.) у больных МВ: выявлено генетическое разнообразие возбудителей среди больных МВ в России, показана эпидемиологическая значимость сиквенс-типов ST709 и ST208 Б. cenocepacia, ST36 A. ruhlandii, ST235 P. aeruginosa и ST8 S. aureus - возбудителей ХИЛ у российских больных МВ.
- Впервые от больных МВ был выделен ST709 Б. cenocepacia, являющийся эпидемиологически значимым для российских больных МВ, и изучены его фенотипические и генотипические свойства. Ретроспективно была расшифрована вспышка госпитальной инфекции, вызванная клоном ST709 в 2006 году в РДКБ.
- Впервые от больных МВ выделен метициллинрезистентный S. aureus (MRSA) 8ST, содержащий SCCmec-кассету 1Х типа, которая раннее встречалась среди MRSA принадлежащих к клональному комплексу СС9 (ST9, ST2136, ST2278).
- Впервые проведено полногеномное секвенирование 6 изолятов P. aeruginosa, 9 Всс, 13 изолятов Achromobacter spp., 5 изолятов S. aureus, выделенных от российских больных МВ. Изучены основные адаптационные изменения, происходящие в микроорганизмах при персистенции в дыхательных путях, и молекулярные основы резистентности к антибиотикам.
- Впервые обоснованы основные направления системы эпидемиологического надзора за ХИЛ у больных МВ и тактика адекватных мероприятий по профилактике распространения возбудителей ХИЛ в стационарах.
Теоретическая значимость работы
Теоретическая значимость работы состоит в изучении эпидемиологических и микробиологических особенностей ХИЛ, вызванной бактериями комплекса Burkholderia cepacia, P. aeruginosa, S. aureus и Achromobacter spp. у больных МВ в России, обнаружении генетического разнообразия доминирующих среди больных МВ возбудителей, определении эпидемической значимости определенных сиквенс-типов для формирования внутрибольничного инфицирования, фенотипической и генотипической гетерогенности популяций доминирующих возбудителей, циркулирующих в дыхательных путях больного МВ, а также в изучении биологических свойств возбудителей, способствующих персистенции в организме больного и формированию длительных источников инфекции. Изучены молекулярно-генетические основы изменчивости при персистенции.
Практическая значимость исследований
- На основании проведенных исследований были разработаны Методические рекомендации по организации системы эпидемиологического надзора и
профилактики хронической инфекции у больных МВ «Эпидемиология и контроль хронической инфекции при муковисцидозе (кистозном фиброзе)», которые были утверждены на заседании Совета по внедрению научных достижений в практику ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России (11 июля 2018 года).
- Разработаны клинические рекомендации «Муковисцидоз (кистозный фиброз): эпидемиология и контроль хронической инфекции», которые были одобрены профильной комиссией Минздрава РФ по специальности «эпидемиология» (19 октября 2018 года).
- Подготовлен и опубликован раздел «Микробиология и эпидемиология хронической респираторной инфекции при муковисцидозе» в Национальном консенсусе «Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия», в котором отражены основные аспекты микробиологии, эпидемиологии и методы мониторинга и контроля ХИЛ у больных МВ (г. Москва, 2016 год).
- Разработана удобная в методическом плане, малозатратная методика мультиплексной ПЦР-панели, которую можно внедрить в работу бактериологической лаборатории. Эта методика позволит провести экспресс-диагностику инфекции у больных МВ для своевременного разобщения больных и предупреждения кросс-инфекции между ними.
- Собрана коллекция бактерий Бсс, P. aeruginosa, S. aureus и Achromobacter spp., выделенных в динамике от больных МВ. Эти штаммы могут быть использованы для создания новых терапевтических препаратов и вакцин.
- Получен патент на изобретение № 2018660899. «Программа для контроля микробиологического пейзажа дыхательных путей больных муковисцидозом РФ и чувствительности к антибактериальным препаратам (ПКМПДП)». Дата государственной регистрации в Реестре программ для ЭВМ 29 августа 2018 г.
- Получен патент на изобретение № 2566555. Штамм Бurkholderia cepacia В-7518, используемый для получения антигена для определения антител к Бurkholderia cepacia в биологических средах. Зарегистрировано в Государственном реестре изобретений РФ 29 сентября 2015 г.
Внедрение в практику
Разработанные рекомендации по организации системы эпидемиологического надзора и профилактики инфицирования больных муковисцидозом возбудителями ХИЛ используются в практике ряда медицинских организаций РФ: ФГБНУ «Медико-генетического научного центра» г. Москва, Центра для лечения больных муковисцидозом на базе ГБУЗ НСО «ГДКБ СМП» г. Новосибирск, I и II педиатрического отделения НИИ МПС ФИЦ КНЦ СО РАН г. Красноярск.
Материалы диссертации используются в преподавательской деятельности кафедры инфектологии и вирусологии ФГАОУ ВО Первого МГМУ им. И.М.Сеченова.
Разработанная компьютерная программа ПКМПДП используется в лаборатории молекулярной эпидемиологии госпитальных инфекций ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи», бактериологической лаборатории 15 ГКБ им. О.М. Филатова, ФГБНУ «Медико-генетического научного центра», что позволяет лечащим врачам получать информацию о результатах бактериологических исследований пациента из лаборатории в режиме он-лайн, проводить мониторинг микрофлоры дыхательных путей больных МВ, быстро реагировать на изменения микрофлоры, особенно при получении сведений о первом высеве Всс, Achromobacter spp., P. aeruginosa или MRSA.
Методология и методы исследования
Методологическая основа диссертационной работы спланирована в соответствии с современными принципами научного анализа при изучении эпидемического процесса и включает последовательное применение методов, вошедших в разработанный алгоритм диагностики ХИЛ у больных МВ, включающий этап этиологической диагностики и выявления эпидемически значимых клонов, доминирующих среди больных МВ возбудителей. Решение поставленных задач осуществляли с применением современных
эпидемиологических, микробиологических, молекулярно-биологических, молекулярно-генетических, статистических методов. В работе широко использованы фенотипический метод MALDI-TOF, позволяющий проводить достоверную идентификацию микроорганизма, методы генотипирования RAPD-PCR и MLST, позволяющие выявлять генетическое родство (или гетерогенность) бактерий, а также метод секвенирования полного генома, позволяющего выявлять молекулярные основы микроэволюции и антибиотикорезистентности штаммов.
Основные положения, выносимые на защиту
- Несмотря на высокую актуальность проблемы муковисцидоза (МВ), не были изучены основные эпидемиологические особенности инфекционных осложнений при МВ, этиологическая диагностика ХИЛ нуждалась в значительном совершенствовании, не были известны молекулярно-генетические характеристики доминирующих возбудителей ХИЛ, что затрудняло проведение адекватных лечебных и профилактических мероприятий.
- В результате выполненных исследований были изучены основные эпидемиологические и микробиологические особенности ХИЛ у больных МВ, вызванной наиболее актуальными возбудителями: бактериями комплекса Burkholderia cepacia, P. aeruginosa, S. aureus и бактериями рода Achromobacter, для чего был разработан алгоритм микробиологической диагностики ХИЛ у больных МВ. Показано наличие смешанного инфицирования, определены основные эпидемические маркеры для возбудителей ХИЛ, разработан экспресс-метод идентификации в биологическом материале доминирующих возбудителей инфекционных осложнений при МВ на основе мультиплексной ПЦР.
- Были установлены причины формирования внутрибольничного инфицирования указанными возбудителями и разработана тактика профилактики нозокомиального распространения этих возбудителей.
- Выявлены различия в эффективности антибиотикотерапии ХИЛ, вызванной различными возбудителями, и особенности их эрадикации. Показано, что
микроорганизмы, вызывающие хроническую инфекцию у больных МВ, характеризуются фенотипической гетерогенностью, что обосновывает выбор адекватной тактики комбинированной антибиотикотерапии при лечении как микстинфекции, так и моноинфекции у больных МВ.
- Разработка и внедрение эпидемиологического надзора за ХИЛ и адекватных профилактических мероприятий позволят улучшить качество этиологической диагностики, своевременно выявлять источники инфекций и предупреждать распространение возбудителей ХИЛ среди больных МВ как в стационарах, так и во внегоспитальных условиях, а также оптимизировать тактику антимикробной терапии ХИЛ.
Степень достоверности результатов
Для решения поставленных задач в работе использовались современные эпидемиологические, микробиологические (культуральные, микроскопические, биохимические, MALDI-TOF), молекулярно-генетические (ПЦР, рестрикционный анализ, MLST, секвенирование полного генома) и статистические методы.
Обсуждение результатов проведено с учетом современных данных по эпидемиологии, микробиологии и молекулярной эпидемиологии и генетике. Научные положения и выводы, изложенные в диссертации, обоснованы и подтверждены фактическим материалом.
Указанное выше позволяет считать полученные результаты достоверными, сделанные выводы обоснованными и вытекающими из результатов проведенных исследований.
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Эпидемиология», 14.02.02 шифр ВАК
Клинико-генетическая характеристика детей и подростков с муковисцидозом в Краснодарском крае и оценка роли стафилококковой инфекции при муковисцидозе2021 год, кандидат наук Хачиян Магда Мелсиковна
Эпидемиологические и микробиологичесике особенности хронической инфекции, вызванной бактериями комплекса Burkholderia cepacia, у больных муковисцидозом2011 год, кандидат биологических наук Алексеева, Галина Вальтеровна
Клинико-лабораторная оценка инфекционных осложнений, вызванных неферментирующими грамотрицательными бактериями у пациентов с муковисцидозом2023 год, кандидат наук Козлов Андрей Владимирович
Разработка оптимальной терапии взрослых больных муковисцидозом на основании их генотипических и фенотипических особенностей в Северо-Западном федеральном округе2024 год, кандидат наук Махмутова Виктория Ринатовна
Реализация патогенности бактерий Burkholderia cepacia при разных формах инфекции2008 год, доктор медицинских наук Чернуха, Марина Юрьевна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Хроническая инфекция легких у больных муковисцидозом: этиология, диагностика, эпидемиология и профилактика.»
Апробация работы
Материалы диссертационной работы были доложены и обсуждены на: Х Юбилейном Национальном конгрессе по муковисцидозу, Ярославль, 2011; XIV Международном конгрессе МАКМАХ по антимикробной терапии, Москва, 2012;
XXIV Национальном Конгрессе по болезням органов дыхания, Москва, 2014; XII Национальном конгрессе по муковисцидозу с международным участием, Москва 2015; XIX форуме «Национальные дни лабораторной медицины России-2015» Общероссийской научно-практической конференции, Москва, 2015; 38-й Европейской Конференции по Кистозному Фиброзу, Брюсель, 2015; на XVIII Международном конгрессе МАКМАХ по антимикробной терапии, Москва, 2016;
39-й Европейской Конференции по Кистозному Фиброзу, Базель, 2016; на XIX Международном конгрессе МАКМАХ по антимикробной терапии, Москва, 2017;
40-й Европейской Конференции по Кистозному Фиброзу, Севилья, 2017; Всероссийской школе по муковисцидозу с международным участием «Персонализированная медицина и муковисцидоз», Коломна, 2018; 41-й Европейской Конференции по Кистозному Фиброзу, Белград, 2018; на XXVIII Национальном конгрессе по болезням органов дыхания, Москва, 2018.
Апробация диссертационной работы состоялась на научной конференции отделов эпидемиологии и медицинской микробиологии ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России 27 июня 2018 года (протокол № 18).
ГЛАВА 1. Хроническая инфекция легких при муковисцидозе 1.1. Муковисцидоз: общие сведения
В немецкой и швейцарской литературе упоминания о МВ были еще до того, как швейцарский педиатр Гвидо Фанкони впервые в 1936 году описал связь между целиакией, кистозным фиброзом поджелудочной железы и бронхитом. Швейцарский историк Э.Л. Рочхольц в 1857 в своей книге «Немецкая детская песня и детские игры из Швейцарии» приводил народную примету: «Ребенок скоро умрет, если его лоб во время поцелуя имеет соленый вкус» [1]. В литературе также часто цитировалась версия из словаря шведско-немецкого языка 1848 года: «Горе тому ребенку, чей лоб во время поцелуя имеет соленый вкус, ибо он проклят и должен вскоре умереть» [2]. О том, что МВ является одним из древнейших заболеваний свидетельствуют ряд работ посвященных исследованию происхождения и возраста мутаций гена CFTR, который в 1989 году был обнаружен учеными из Канады и США. В настоящее время в базе данных CFMDB (Cystic Fibrosis mutation database) описаны 2030 мутаций гена CFTR (URL: http://www.genet.sickkids.on.ca/cftrl). Возраст самой распространенной мутации AF508, которая составляет около 70% от всех мутаций этого гена, по разным данным составляет от 3000 до более 52000 лет [3]. Предполагается, что мутация возникла на Ближнем Востоке и, благодаря перемещению народов, появилась в Европе [4].
Термин «кистозный фиброз» был предложен американским патологоанатомом Дороти Андерсен, которая в 1938 году опубликовала монографию «Кистозный фиброз поджелудочной железы и его взаимоотношение с целиакией», в которой впервые описала и выделила это заболевание как самостоятельную нозологическую единицу [5]. В 1946-м году американский педиатр Сидни Фарбер предложил другое название болезни — муковисцидоз (mucoviscidosis (mucus - слизь, viscous - вязкий), указывая на повышенную вязкость секретов экзокринных желез [6].
В 1946 году вышла статья Andersen and Hodges, где они выдвинули предположение о наследственном характере данного заболевания и рецессивной
передаче [7]. В 1953 году детский врач из США Пол ди Сант-Агнезе с коллегами открыл феномен повышенного содержания электролитов в поте больных МВ [8], а в 1959-м Л. Е. Гибсон и Р. Е. Кукк представили метод пилокарпинового теста для проведения потовой пробы, который до настоящего времени является основным методом диагностики этого заболевания [9].
В 1955 году в США был основан национальный исследовательский фонд США (US National CF Research Foundation, в дальнейшем Cystic Fibrosis Foundation (CFF), в 1959 - канадский фонд (CF Foundation), в 1964 г. - исследовательский фонд в Великобритании (UK Cystic Fibrosis Research Trust). В 1960 г. начала работу Европейская рабочая группа по муковисцидозу (European Working Group on Cystic Fibrosis), которая в настоящее время именуется "Европейское общество кистозного фиброза" (European Cystic Fibrosis Society (ECFS)), а в 1965 в Париже была создана международная ассоциация кистозного фиброза (International Cystic Fibrosis Association), переименованная в дальнейшем в CF Worldwide (всемирный) и включающая 67 стран членов. В семидесятых годах прошлого столетия в США, Канаде, Австралии и Европе образуются центры МВ и формируются программы обследования и лечения пациентов [10].
В 1989 году ученые из Канады и США обнаружили ген МВ - CFTR, а в 1991 году Anderson M.P. et al. описывают структуру и функцию CFTR (хлоридного канала) [11].
В России проблемой МВ начали заниматься уже в 60-е годы прошлого столетия. Но особенно активно МВ стал изучаться в 90-е годы. Исследования были посвящены пищеварительной системе, обменным процессам у больных МВ, диагностике, терапии, а также генетическим особенностям МВ в России.
В 1990 году в Медико-генетическом научном центре (г. Москва) был открыт Научно-клинический отдел (НКО) муковисцидоза, который возглавил проф. Н.И. Капранов. Постепенно в России начали создаваться региональные центры МВ. В настоящее время НКО координирует работу региональных центров как Российский центр муковисцидоза [10]. В 2010 году была создана Всероссийская ассоциация для больных муковисцидозом (Общероссийская общественная организация) [12].
Контроль за МВ на территории РФ начал осуществляться с 2011 года, когда НКО совместно с сотрудниками НИИ Пульмонологии ФМБА России создали российский Регистр больных МВ. Регистр начал ежегодно выпускаться с 2011 года. Он включает демографические показатели, данные, касающиеся диагностики, генетики, антропометрических параметров, респираторного статуса, легочных и внелегочных осложнений, терапии, трансплантации, социальной занятости больных МВ, а также включает информацию об инфекциях респираторного тракта. В 2011 году Регистр включал 525 больных московского региона, а Регистр 2016 года включает данные 3049 больных из 81 региона-субъекта РФ [13].
Муковисцидоз - самое распространенное наследственное заболевание, которое обусловлено мутацией гена, расположенного в длинном плече 7-й хромосомы. Носителем мутации в данном гене может быть 1 из 25 представителей белой расы, 1 из 46 латиноамериканцев, 1 из 65 афроамериканцев, 1 из 90 азиатов [14]. Передается по аутосомно-рецессивному типу при наследовании двух мутантных аллелей. В результате мутации гена нарушается синтез белка CFTR -трансмембранного регулятора проводимости муковисцидоза [15]. Это приводит к нарушению транспорта ионов хлора через хлорные каналы, которые пронизывают апикальные мембраны эпителиальных клеток экзокринных желез. В результате этого увеличивается концентрация ионов хлора во внутриклеточном пространстве, что приводит к увеличению реабсорбции ионов натрия железистыми клетками и поступлению в клетку воды, нарушается электролитный состав секрета и выделяется секрет повышенной вязкости. Происходит обструкция выводных протоков органов, с развитием вторичных прогрессирующих изменений (функциональная недостаточность, фиброз). Изменение осмолярности среды в просвете бронхов приводит к снижению активности местных защитных противомикробных систем на клеточном и молекулярном уровнях. Это создает благоприятные условия для бактериальной колонизации и формированию хронической инфекции, которой способствует также свойство некоторых микроорганизмов персистировать в иммунокомпетентных клетках, например, бактерий Всс и P. aeruginosa [16]. Хроническая инфекция поддерживается также
постоянным реинфицированием и суперинфицированием новыми возбудителями. Все это ведет к повреждению дыхательных путей и постоянному ухудшению функции легких и, в итоге к дыхательной недостаточности. Периодические обострения (бронхиты, пневмонии, бронхиолиты) приводят к формированию «порочного круга», включающего увеличение вязкости мокроты, обструкцию дыхательных путей и частые инфекционные воспаления [10], причиной которых могут быть как бактериальная, так и вирусная инфекция.
Несмотря на то, что МВ мультисистемное заболевание, при котором поражаются дыхательные пути, желудочно-кишечный тракт, поджелудочная железа, печень, слюнные, потовые железы, репродуктивная система, главной причиной летальности (более чем в 90% случаев) является патология дыхательных путей [17].
Согласно данным исследователей различных стран в патогенезе инфекционных осложнений основную роль играют S. aureus, P. aeruginosa, H. influenzae, а также Всс. Кроме них причиной ХИЛ могут быть также такие микроорганизмы, как Achromobacter spp., Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia gladioli, Ralstonia spp., Cupriavidus spp., Pandoraea sp., Bordetella spp., Acinetobacter spp., Moraxella spp. и др. [10; 12]. Список микроорганизмов, выделенных из нижних дыхательных путей больных МВ включает более, чем 60 филогенетически разных родов микроорганизмов [18]. При этом установлено, что некоторые микроорганизмы оказывают существенное влияние на тяжесть легочной инфекции (Bcc, P. aeruginosa, MRSA) в то время, как роль других микроорганизмов в инфекционном процессе недостаточно изучена.
1.2. Эпидемиология муковисцидоза в России
Муковисцидоз — орфанное (редкое) заболевание. Согласно CFF (Фонд Кистозного Фиброза) общее количество больных муковисцидозом в мире составляет примерно 70000-100000 человек [21], в Европе и США - в 29000-30000 человек. В России число пациентов с МВ по приблизительным оценкам
Российского центра муковисцидоза составляет 6000-8000 человек [22], из которых в Регистр включены данные только 3049 человек [13]. Согласно Регистру больных муковисцидозом 2016 года в РФ частота заболеваемости МВ в России по данным скрининга новорожденных составляет от 1:2500 до 1:17000, в среднем 1:10000 новорожденных. По регионам заболеваемость больных МВ колеблется от 0,231 (Кабардино-Балкарская республика) до 4,531 (Чувашская республика) на 100000 населения, что, вероятно, обусловлено преобладанием определенного этноса в регионе [13]. Заболеваемость МВ различается также среди представителей различных рас. Так среди белого населения Северной Америки и Европы находится в пределах от 1:1800 новорожденных в Ирландии до 1:3400 в США [19]. Среди латиноамериканцев составляет 1:9600, афроамериканцев - 1:15300, азиатов -1:32000 [20].
Из 2030 описанных мутаций гена CFTR среди российских больных МВ было выявлено 184 мутации, из которых наиболее часто встречались F508del - у 52,06% обследованных больных, CFTRdele2, 3 - у 5,71%, E92K - у 2,67%, 2143delT - у 2,06% и 3849+10kbC>T - у 2,04% больных. Остальные мутации встречались менее чем у 2%. При этом у 73,4% больных, которым проводилось генетическое исследование, были определены 2 мутации и у 20,8% - 1. Тип мутации определяет внешнесекреторную функцию желез [13].
Среди больных в РФ преобладают мужчины - 51,5%. Возраст самого младшего пациента, который наблюдался в 2017 году, - 1 месяц, а самого старшего - 67,0 лет [13].
Применение антибиотиков и ферментных препаратов при лечении МВ привело к росту продолжительности жизни больных МВ. Так в 1964 г. W. Warwick из CFF в Регистре пациентов Североамериканского Фонда показал рост медианы выживаемости в США с 14 лет в 1968 году до 20 лет в 1977 году [23]. Согласно национальному регистру в США в 2006 году средняя продолжительность жизни у больных МВ уже составляла 25,5 года. Согласно европейскому и американскому Регистрам 2016 года средняя продолжительность жизни составляет около 30 лет. В последние годы доля взрослых (18 лет и
старше) среди больных МВ в западных странах достигла 52,4-52,7% [24; 25]. В России средняя продолжительность жизни для больных МВ составляет 18-20 лет. В 2016 году средний возраст больных составил 12,2 ± 9,5 лет, медиана возраста -9,7 (12,9) лет. Доля взрослых пациентов > 18 составляет 24,3%. При этом этот показатель снизился по сравнению с 2011 и 2015 годами, когда показатель был равен 25% и 24,6% соответственно [13].
Причиной смерти у 46 из 53 больных МВ (из них 30 мужского пола), умерших в 2016 году, было бронхолегочное осложнение. Средний возраст смерти согласно Регистру 2016 года составил 15,9 ± 11,2 года. Минимальный возраст смерти - 0,23 лет, максимальный - 44 года [13].
Ожидаемая продолжительность жизни больных муковисцидозом, рожденных в 2016 году составила 55,45 лет. [13].
1.3. Распространенность доминирующих возбудителей хронической инфекции легких у больных МВ по данным Регистров России, Европы и
США
Микробиологическая характеристика больных МВ в России отражена в национальном Регистре больных МВ. В РФ Регистр впервые был опубликован в 2011 г., в то время, как регистры больных МВ в США и некоторых странах Западной Европы существуют еще с прошлого века, а общеевропейский Регистр - с 2003 г. [26].
Согласно Регистру 2016 года частота хронического инфицирования дыхательных путей больных МВ в России составляет: S. aureus - 58,0%, P. aeruginosa - 31,6%, Всс - 6,0%, MRSA - 4,0%, Achromobacter spp. - 4,4%, S. maltophilia - 3,5%, нетуберкулезными микобактериями - 0,7%. При этом наблюдаются выраженные колебания распространенности S. aureus, Р. aeruginosa, Всс, Achromobacter spp. и S. maltophilia по регионам страны [13].
Распространенность S. aureus среди больных МВ по округам колеблется от 46,1% (в Уральском федеральном округе) до 73,5% (в Дальневосточном
федеральном округе). Частота хронического инфицирования P. aeruginosa пациентов с МВ разных округов России также отличается: от 19,7% (в Санкт-Петербурге) до 44,1% (в Южном федеральном округе). Основной причиной таких различий, возможно, являются ошибки при идентификации атипичных форм S. aureus и Р. aeruginosa в региональных лабораториях [26]. При анализе распространенности Всс в РФ наблюдается высокая распространенность в тех субъектах РФ, в которых больные были госпитализированы в одну из федеральных клиник (Центральный, Северо-западный, Приволжский федеральные округа). Такая же закономерность наблюдается и при анализе распространенности Achromobacter spp. [26]. Эти данные косвенно указывают на возможный внутрибольничный характер этих инфекций.
Анализируя данные регистров различных стран, прослеживается различие в показателях инфицирования респираторного тракта больных МВ различными возбудителями в западных странах и РФ (Таблица 1) [18].
Интерпретация результатов, приведенных в Таблице 1, представляет сложную задачу, так как на величину показателей, отражающих уровень распространенности микроорганизмов среди больных МВ, влияет как качество микробиологической диагностики, так и соотношение возрастного состава больных МВ в разных странах. Наблюдается закономерность, что в большинстве «развивающихся» стран показатели, касающиеся трудно диагностируемых микроорганизмов, низкие. Например, распространенность нетуберкулезных микобактерий в Латвии, Литве, Македонии, Румынии, России, Сербии, Словакии составляет меньше 1%, в то время как в большинстве развитых стан (США, Великобритания, Швеция и др.) - от 4 до 12%.
Таблица 1 - Процент больных МВ Европы и США, инфицированных различными возбудителями, по данным общеевропейского Регистра 2014 и регистра CFF 2016 [27; 28].
Страна P. aerugi- Всс S. aureus Achromo- Нетуберкулезные S.
nosa [%) {%) (%) bacter spp- (%) микобактерии (%) malto- philia (%)
Австрия 26,6 3,64 54,3 - 4,5 9,17
Чехия 20,87 10,52 38,56 - 3r17 11,85
Дания 30 6,1 - - - -
Франция 20,87 Ог85 - - 2r12 10,13
Греция 39.25 0 20,71 - 0r59 5,72
Венгрия 30,7 1 ,62 39,14 - 0r90 2,33
Ирландия 30,25 2Г34 40,13 - 1,17 9,13
Израиль 44,24 Ог55 36,75 - 7r86 5,85
Италия 32,67 2Г61 45,54 - 0r60 4,68
Латвия 47,37 5Г26 68,42 - 0 5,26
Литва 8,33 16,67 75 - 0 8,33
Македония 39 1 26 - 0 5
Молдова 65,57 1 ,64 62,30 - - 4,92
Нидерланды 32,51 1 г52 43,83 - 1r52 12,48
Португалия 32,56 6Г59 41,86 - 2r33 10,47
Румыния 20 0 22,5 - 0 0
Россия 30,6 6Г88 52,1 - 0r47 3,11
Сербия 50,65 12,34 62,99 - 0 6,49
Словакия 35,27 5Г39 47,3 - 0r41 5,81
Словения 14,29 1,19 27,28 - 2r38 5,95
Испания 28,02 4Г66 40,99 - 3r04 7,43
Швеция 41,69 2Г88 - - 4r79 8,47
Швейцария 32,20 2Г17 52,31 - 3r53 10,87
Украина 42,06 0 60,75 - - 2,80
Велико- 31,43 Зг49 15,48 - 6r18 6,29
британия
США 46.4 (29*) 2,7 70,6 (26**) 6,3 12,6 13,1
*- хроническое инфицирование; ** - MRSA
В бывших республиках СССР и восточноевропейских странах, где доля взрослых невелика и уступает западноевропейским странам в > 2 раза [27], наблюдается более высокая доля инфицирования S. aureus. С другой стороны, в
США, где пациенты старше 18 составляют 51,6%, процент больных МВ, инфицированных S. aureus, выше, чем в вышеуказанных странах и развитых странах Европы, и составляет 70,6%. Так с 1999 г. до 2016 г. доля S. aureus среди американских больных МВ выросла с 47,4% до 70,6%. В то же время наблюдается снижение распространенности P. aeruginosa с 62% в 1989 году до 46,4% в [28]. Возможно, это является результатом стратегии агрессивной эрадикации P. aeruginosa при первичном высеве и мер профилактики перекрестного инфицирования. Вероятно, высокая доля S. aureus в США обусловлена растущей долей MRSA. Анализ динамики инфицирования MRSA среди больных МВ в США показывает, что с 1999 по 2016 г. распространенность MRSA увеличилась с 4,2 до 26% [28]. Это повышение связано с увеличением распространенности в конце 1990-х CA-MRSA среди здорового населения в США [29]. В РФ частота выделения S. aureus в динамике с 2011 г. по 2016 г. согласно Регистру остается практически на одинаковом уровне (Рисунок 1). В общеевропейском Регистре не фиксируется частота выделения MRSA, а в национальном Регистре частоту выделения MRSA начали фиксировать с 2015 года, которая составляла 6,4% (в 2015 году) и 4,0% (в 2016) [30].
Частота выделения P. aeruginosa среди больных МВ в России в пятилетней динамике не менялась и была сопоставима с показателями общеевропейского Регистра, составляя 31,6% [13; 26; 30]. При этом наблюдали вариабельность распространенности P. aeruginosa между странами Европы: от 14,29% в Словении до 65,57% в Молдове. Возможно, причиной такой разницы является с одной стороны низкий уровень диагностики в некоторых странах или госпитальные вспышки, приводящие к подъему инфицированности P. aeruginosa. При сравнении данных европейского Регистра с показателями Регистров США видно, что в США доля пациентов с P. aeruginosa выше, чем показатель в развитых странах Европы. По мнению С.А. Красовского это обусловлено тем, что в Европе более агрессивный подход к эрадикации первичного высева и контролю хронической P. aeruginosa инфекции [26].
Распространенность Всс среди больных МВ в Европе также колеблется в
зависимости от страны и составляет от 0% (в Греции) до 16,67% (в Литве) [26; 27; 28]. При этом Россия относится к тем странам, где доля Всс высока и составляет 6,0%. Уровень распространенности Всс среди больных МВ России за 5-летний мониторинг, согласно Регистру, не изменился (Рисунок 1), в то время, как в США за 15 лет снизился с 3,3 до 2,5 %, а в Канаде - с 9 до 5 % [26]. В Австралии в 2009 г. распространенность Всс среди больных МВ составляла 4,6 %, а в 2013 г. - уже 2,3%. Тенденция к снижению распространенности Всс в западных странах обусловлены строгими противоэпидемическими мероприятиями при организации помощи больным МВ.
Рисунок 1 - Динамика структуры микрофлоры среди больных МВ России по данным регистров 2011-2016 гг. [13]
В России анализ данных взрослых больных МВ, состоящих на учете в НИИ Пульмонологии (г. Москва), показал, что доля больных с Всс инфекцией в 2000 году составляла 0%, к 2009-2011 годам она достигает максимума 23,9 — 24,3%, а далее наблюдается тенденция к снижению до 16% к 2016 году. Это объясняется, с одной стороны, внедрением в практику жестких мер инфекционного контроля, с другой -большей смертностью среди больных, инфицированных Всс [26]. Анализ результатов исследования образцов от больных МВ в ГКБ № 15 (г. Москва) показал увеличение доли Всс с 1,1% в 2000 г. до 7,3% в 2015 году [31]. Такая разница в
показателях, вероятно, обусловлена разным контингентом обследованных (взрослые, дети), а также качеством диагностики, из-за отсутствия стандартизированных схем и методик микробиологического исследования материала от больных МВ.
Другим микроорганизмом, имеющим значение для больных МВ, является Achromobacter spp. В общеевропейском Регистре и в отчетах Национальных регистров Великобритании, Германии доля инфицированных бактериями рода Achromobacter не представлена. В Регистре CFF данные об этом возбудителе (A. xylosoxidans) представлены начиная с 1995 года, в отечественном Регистре - с
2014 года [28].
Согласно Регистру 2016 года распространенность Achromobacter spp. среди больных МВ России составляет 4,4%, а в США — 6,3% [28]. Надо отметить, что эта разница обусловлена не истинно низкой распространенностью Achromobacter spp. в России, a плохой идентификацией этого микроорганизма в региональных бактериологических лабораториях. В США в двадцатилетней динамике наблюдается тенденция роста распространенности Achromobacter spp.: в 1995 году доля Achromobacter spp. составляла 0,5% с постепенным увеличением до 6,3% в 2016 г. По данным Национальных регистров Франции и Бельгии также отмечается рост инфицирования Achromobacter spp. больных МВ с 2,7% в 2001 году до 6,2% в
2015 году и с 5,9% в 2009 году до 10,5% в 2013 году соответственно [32; 33]. При этом по данным Amoureux в одном из французских центров МВ в 2010 году Achromobacter spp. выделяли от 13,9% пациентов [34]. В начале 2000-ых годов были зафиксированы внутрибольничные вспышки, вызванные Achromobacter spp. в центрах МВ в разных странах Европы. Так в 2004 году была зафиксирована вспышка в Греции (9 пациентов МВ) [35], в 2008-2010 — в Италии [36], 2005-2009 гг. - в Дании (4 пациента МВ) [37].
Таким образом, согласно данным регистров и разных авторов, распространенность различных возбудителей ХИЛ у больных МВ в разных странах отличается. Из особенностей российских больных по сравнению с больными Европы можно выделить более высокую распространенность S. aureus и Bœ.
Сопоставимые данные получены по распространенности P. aeruginosa. Другой особенностью является низкая доля больных с инфекциями, вызванными S. maltophilia и нетуберкулезными микобактериями. Похожие отличия выявлены и при сравнении с данными США, кроме меньшей доли P. aeruginosa у российских пациентов и идентичных данных по инфицированию S. aureus в сравнении с больными МВ из США [26]. При этом распространенность возбудителей среди больных МВ в развитых странах Европы продолжает меняться. Причины этих изменений, скорее всего, многофакторны и включают улучшения в организации помощи больным МВ, в том числе антибиотикотерапия и профилактика инфекции, вызванными этими патогенами.
1.4. Молекулярная эпидемиология хронической инфекции легких, вызванной доминирующими возбудителями, в зарубежных странах и общие
сведения о доминирующих возбудителях
Бактерии комплекса Burkholderia cepacia Одними из наиболее опасных возбудителей для больных МВ являются Всс -неферментирующие грамотрицательные микроорганизмы (НФМО), которые благодаря природной устойчивости к антибактериальным препаратам [38], практически не подвергаются эрадикации, а также имеют способность распространяться среди больных МВ. У пациентов, инфицированных Bcc, наблюдается значительно большее снижение легочной функции по сравнению с неинфицированными [39], повышенная заболеваемость и смертность [40]. Приблизительно у 20% больных, колонизированных Bcc, возникал «цепация-синдром», характеризующийся некротизирующей пневмонией с лихорадкой, бактериемией, увеличением СОЭ и лейкоцитозом, который в 63% случаях заканчивался летальным исходом [41].
Бактерии Bсс относятся к роду Burkholderia. Название Burkholderia cepacia заменило Pseudomonas cepacia в 1992, когда на основании секвенирования гена 16S rRNA, сравнения гомологии ДНК, соединения клеточного липида и жирной
кислоты, а также фенотипических характеристик был выделен отдельный род Burkholderia, куда вошли Pseudomonas cepacia и 6 других видов, принадлежащих к группе II рРНК рода Pseudomonas (P. solonacearum, P. pickettii, P. gladioli, P. mallei, P. pseudomallei и P. caryophyllii). Род Burkholderia - включает как непатогенные бактерии, так и бактерии, вызывающие особо опасные инфекции (B. mallei, B. pseudomallei). За 25 лет, прошедших с первого наименования рода Burkholderia, его таксономия подверглась значительным изменениям и в настоящее время род включает более 80 видов [42] (http://www.bacterio.cict.fr).
Вид P. cepacia (в настоящее время B. cepacia sensu lato или Bcc) был впервые описан в 1950 г. Вальтером Буркхолдером из Корнельского Университета как фитопатоген, вызывающий бактериальную гниль у лука [43]. В 1970-ые годы появились первые сообщения о бактериях Bcc, вызывающих инфекции у больных МВ [44]. В период с 1971 по 1981 гг. по наблюдениям Isles и коллег частота выявления случаев ХИЛ, вызванной Bсс среди пациентов с МВ, проходивших лечение в центре муковисцидоза в Торонто, возросло с 10% до 18% [41].
В середине 90-ых годов Vandamme и его коллеги провели таксономические исследования, и пришли к заключению, что среди бактерий, идентифицированных как B. cepacia, существует выраженная генетическая гетерогенность, на основании чего был введен термин «геномовар». В дальнейшем на основании различных фенотипических свойств они были отнесены к разным видам (тогда еще к 5 видам) и получили биноминальные определения [45].
Бактерии комплекса B. cepacia - группа близкородственных бактерий широко распространенных в природе, обитают в почве и воде [46]. Многие штаммы Всс представляют интерес как биотехнологический объект [47], являются биопестицидами, используются в биоремедиации, в борьбе с грибковыми заболеваниями растений [48] и для получения новых антибиотиков [42]. Другие являются фитопатогенами, вызывают внутрибольничные инфекции (раневые, катетер-ассоциированные инфекции, пневмонии, сепсис и др.) [49; 50]. Особую опасность представляют для лиц с иммунодефицитами различного генеза, например, у больных с хроническим гранулематозом и муковисцидозом [15].
В настоящее время Всс включает 22 близкородственных видов, список которых пополняется с усовершенствованием методов молекулярно-генетического исследования (Таблица 2).
Таблица 2 - Представители комплекса Burkholderia cepacia
№ Современное наименование Гено-мовар Год № Современное наименование Геномо-вар Год
B. cepacia sensu lato
1 B. cepacia (sensu stricto) I 1992 12 B. diffusa - 2008
2 B. multivorans II 1997 13 B. arboris - 2008
3 B. cenocepacia III 2003 14 B. seminalis - 2008
4 B. stabilis IV 2000 15 B. metallica - 2008
5 B. vietnamiensis V 1995 16 B. contaminans - 2008
Похожие диссертационные работы по специальности «Эпидемиология», 14.02.02 шифр ВАК
Клинико-фармакологический подход к оптимизации антибактериальной и муколитической терапии муковисцидоза у детей и подростков2023 год, кандидат наук Кондакова Юлия Александровна
Особенности патологии носа и околоносовых пазух у взрослых больных муковисцидозом: распространенность, клиническое течение и тактика ведения2020 год, кандидат наук Шумкова Галина Леонидовна
Особенности патологии носа и околоносовых пазух у взрослых больных муковисцидозом: распространенность, клиническое течение и тактика ведения2020 год, кандидат наук Шумкова Галина Леонидовна
Углеводные нарушения и сахарный диабет у взрослых пациентов с муковисцидозом2014 год, кандидат наук Самойленко, Виктор Александрович
Новые подходы к оценке качества жизни детей с муковисцидозом2016 год, кандидат наук Самсонова Марина Сергеевна
Список литературы диссертационного исследования доктор наук Аветисян Лусине Ремуальдовна, 2019 год
Список цитируемой литературы
1. Rochholz E.L. Alemannisches Kinderlied und Kinderspiel aus der Schweiz // Leipzig, 1857 eingeschränkte Vorschau in der Google-Buchsuche.
2. Pfyffer J. X. Zitierend aus dem Wörterbuch der Schweizerdeutschen Sprache/ Band 7, 1848, S.899.
3. Morral N., Bertranpetit J., Estivill X., Nunes V. et al. The origin of the major cystic fibrosis mutation (AF508) in European populations //Nat Genet. -1994.- Vol. 7.- P169-175.
4. Saleheen D., Frossard P.M. The cradle of the deltaF508 mutation // Journal of Ayub Medical College, Abbottabad. - 2008.- Vol.20.-N4.-P.157-160.
5. Andersen D.H. "Cyst leiesic fibrosis of the pancreas and its relation to celiac disease"// Am J Dis Child. -1938.-Vol.56. - P.344-399.
6. Farber S. Pancreatic insufficiency and the celiac syndrome // N Engl J Med.- 1943.- Vol.229.- P.653-682.
7. Andersen DH, Hodges RG. Celiac syndrome; genetics of cystic fibrosis of the pancreas, with a consideration of etiology // Am J Dis Child.- 1946.-Vol.72.- P.62-80.
8. Di Sant' Agnese PA, Darling RC, Perera GA, et al. Abnormal electrolyte composition of sweat in cystic fibrosis of the pancreas: clinical implications and relationship to the disease // Pediatrics.- 1953.-Vol.12.- P.549-563.
9. Gibson LE, Cooke RE. A test for concentration of electrolytes in sweat in cystic fibrosis of the pancreas utilising pilocarpine electrophoresis // Pediatrics.- 1959.-Vol.23.-P.545-549.
10. Капранова Н.И., Каширской Н.Ю. Муковисцидоз: монография / под редакцией Капранова НИ., Каширской Н.Ю. - М.: ИД «МЕДПРАКТИКА-М», 2014.-673 с.
11. Berger HA, Anderson MP, Gregory RJ, Thompson S, Howard PW, Maurer RA, Mulligan R, Smith AE, Welsh MJ. Identification and regulation of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulatorgenerated chloride channel.// J Clin Invest. 1991 Oct;88(4):1422-31.
12. «Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия»: Национальный консенсус/Координаторы: Е.И. Кондратьева, Н.Ю. Каширская, Н.И. Капранов - Москва, 2016 -107 с.
13. Регистр больных муковисцидозом в Российской Федерации. 2016 год ./ под редакцией Е.И.Кондратьевой, С.А.Красовского, А.Ю.Воронковой, Е.Л.Амелиной, А.В.Черняка, Н.Ю.Каширской.- М.: ИД «МЕДПРАКТИКА-М», 2016. -72 с.
14. Hamosh A., FitzSimmons S.C., Macek M. et al. "Comparison of the clinical manifestations of cystic fibrosis in black and white patients" // J. Pediatr. - 1998.- Vol.132. - N.2. -P: 255-259.
15. Gilligan P.H., Lum G., Vandamme P.A.R., Whittier S. Burkholderia, Stenotrophomonas, Ralstonia, Brevundimonas, Comamonas, Delftia, Pandorea, and Acidovorax // In: Murray P.R., Baron E.J., Jorgensen J.H., Pfaller M.A., Yolken R.H., editors. Manual of Clinical Microbiology. 8th ed. Washington: ASM Press.- 2003.-P. 729-748.
16. Sajjan S.U., Carmody L.A., Gonzalez C.F., LiPuma J.J. A type IV secretion system contributes to intracellular survival and replication of Burkholderia cenocepacia // Infect Immun.- 2008.- Vol.76.-P.5447 — 5455.
17. Гембицкая Т., Черменский А., Бойцова Е. Муковисцидоз сегодня: достижения и проблемы, перспективы этиопатогенетической терапии // Врач.- 2012.-N 2.-С.5-8.
18. Lipuma JJ. The changing microbial epidemiology in cystic fibrosis // Clin Microbiol.-2010.- Vol.23.-N2.-P.299-323.
19. Mehta G, Macek M Jr, Mehta A; European Registry Working Group et al. Cystic fibrosis across Europe: EuroCareCF analysis of demographic data from 35 countries // J. Cyst.Fibros. - 2010. - Vol. 9.- Suppl2. - P.S5-S21.
20. Strom C.M., Crossley B., Redman J.B. Cystic fibrosis screening: lessons learned from the first 320,000 patients // Genet Med.- 2004.- Vol.6. - N.3. - P:136-140.
21. The Main Site Cystic Fibrosis Foundation (CFF) (URL:http://www.cff.org/ 08.10.2012)
22. Капранов Н.И. // Сборник Муковисцидоз в России (20 лет Российскому центру муковисцидоза). По материалам X национального конгресса "Муковисцидоз у детей и взрослых". - 1-2 июня 2011. - г. Ярославль. С. 12-15.
23. Warwick W., Pogue R.E. Computer studies in cystic fibrosis. In: Proceedings of 5th international Cystic Fibrosis Conference, Cambridge 1969. Lawson D, editor. London: Cystic Fibrosis Research Trust, 320-330.
24. Annual Data Report 2016 Cystic Fibrosis Foundation Patient Registry
25. ECFS Patient Registry Annual Data Report, 2016.
26. Красовский С.А., Амелина Е.Л., Кондратьева Е.И., и др. Респираторная инфекция нижних дыхательных путей у больных муковисцидозом в Российской Федерации по данным Национального регистра (2014) // Пульмонология.- 2016.-Т. 28.- № 4.-С. 421-435.
27. ECFS Patient Registry:2014 Annual Data Report. European Cystic Fibrosis Society; 2016
28. Patient Registry: 2016 Annual Data Report. Bethesda, Maryland: Cystic Fibrosis; 2016
29. Otter J.A., French G.L. Community-associated meticillin-resistant Staphylococcus aureus strains as a cause of healthcare-associated infection // J Hosp Infect.- 2011.-Vol.79.-P.189-193.
30. Регистр больных муковисцидозом в Российской Федерации. 2016 год / под редакцией Е.И.Кондратьевой, С.А.Красовского, А.Ю.Воронковой, Е.Л.Амелиной, А.В.Черняка, Н.Ю.Каширской.- М.: ИД «МЕДПРАКТИКА-М», 2016. - 72 с.
31. Поликарпова С.В., Кондратьева Е.И., Шабалова Л.А. 15-летний мониторинг микрофлоры у больных муковисцидозом // Тезисы XIII Национальный конгресс «Инновационные достижения в диагностике и терапии муковисцидоза» с международным участием, г. Сергиев Посад, 2017 г., С.69-71.
32. Registre français de la mucoviscidose: 2013. Bilan des données. 2013.
33. De Baets F, Schelstraete P, Van Daele S, Haerynck F, Vaneechoutte M. Achromobacter xylosoxidans in cystic fibrosis: prevalence and clinical relevance // J Cyst Fibros. -2007.- Vol.6.-I1.-P.75-78
34. Amoureux L., Bador J., Siebor E. et al. Epidemiology and resistance of Achromobacter xylosoxidans from cystic fibrosis patients in Dijon, Burgundy: first French data // J. Cyst. Fibros. - 2013.- Vol.12.-I2.-P.170-176.
35. Kanellopoulou M., Pournaras S., Iglezos H. et al. Persistent colonization of nine cystic fibrosis patients with an Achromobacter (Alcaligenes) xylosoxidans clone // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis-2004.- vol.23.-№4.-P.336-339.
36. Lambiase A, Catania MR, Del Pezzo M, Rossano F, Terlizzi V, Sepe A, Raia V. Achromobacter xylosoxidans respiratory tract infection in cystic fibrosis patients. Eur //J Clin Microbiol Infect Dis. -2011.-Vol.30.-№8.P.973-980.
37. Ridderberg W., Bendstrup K.E., Olesen H.V. et al. Marked increase in incidence of Achromobacter xylosoxidans infections caused by sporadic acquisition from the environment// J. Cyst. Fibros. -2011.-Vol.10.- №6.-P.466-469.
38. Zlosnik JE, Zhou G, Brant R, Henry DA, Hird TJ, Mahenthiralingam E, Chilvers MA, Wilcox P, Speert DP. Burkholderia species infections in patients with cystic fibrosis in British Columbia, Canada. 30 years' experience // Ann Am Thorac Soc.- 2015. - Vol.12. - N.1. - P.70-8
39. McCloskey M, McCaughan J, Redmond AO, Elborn JS. Clinical outcome after acquisition of Burkholderia cepacia in patients with cystic fibrosis // Ir J Med Sci. - 2001. - Vol.170. - N.1. - P.28-31.
40. Sharma GD, Tosi MF, Stern RC, Davis PB. Progression of pulmonary disease after disappearance of Pseudomonas in cystic fibrosis // Am J Respir Crit Care Med. - 1995. - Vol. - 152. - N.1. - P.169-173.
41. Isles А, MacCluskey I , Corey М, et al. Pseudomonas cepacia infection in cystic fibrosis; an emerging problem // J. Pediatr. - 1984. - Vol.104. - P. 206-210.
42. Depoorter E, Bull MJ, Peeters C, Coenye T, Vandamme P, Mahenthiralingam E. Burkholderia: an update on taxonomy and biotechnological potential as antibiotic producers // Appl Microbiol Biotechnol. - 2016. - Vol.100. - N.12. - P.5215-5229.
43. Burkholder W.H. Sour skin, a bacterial rot of onion bulbs // Phytophathology.- 1950.-Vol. 40.-P. 115-117.
44. Gold R, Jin E, Levison H, Isles A, Fleming PC. Ceftazidime alone and in combination in patients with cystic fibrosis: lack of efficacy in treatment of severe respiratory infections caused by Pseudomonas
cepacia // J Antimicrob Chemother. - 1983. - Vol.12. - Suppl A. - P.331-336.
45. Vandamme P, Holmes B, Vancanneyt M, et al. Occurrence of multiple genomovars of Burkholderia cepacia in cystic fibrosis patients and proposal of Burkholderia multivorans sp. Nov // Int J Syst Bacteriol. - 1997. - Vol.47. - N.4. - P.1188-1200.
46. Coenye T, Vandamme P. Diversity and significance of Burkholderia species occupying diverse ecological niches // Environ Microbiol.- 2003.-Vol.5.-N9.-P.719-729.
47. Caballero-Mellado J. Martínez-Aguilar L., Paredes-Valdez G., Estrada-de los Santos P. Burkholderia unamae sp. nov., an N2-fixing rhizospheric and endophtic species // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. - 2004. - Vol.54. - Pt.4. - P.1165-1172.
48. Mahenthiralingam E., Urban T.A., Goldberg J.B. The multifarious, multireplicon Burkholderia cepacia complex. Nature Reviews // Microbiology.- 2005.- Vol.3.-N.2.-P. 144-156.
49. Lee K.W., Lee S.T., Cho H. Burkholderia Cepacia Causing Nosocomial Urinary Tract Infection in Children // Child Kidney Dis.- 2015.-Vol.19.-N2.-P.143-147.
50. Srinivasan S, Arora NC, Sahai K. Report on the newly emerging nosocomial Burkholderia cepacia in a tertiary hospital // Med J Armed Forces India. -2016.-Vol.-72.-S.1.-P.50-53.
51. Peeters C, Zlosnik JE, Spilker T, Hird TJ, LiPuma JJ, Vandamme P. Burkholderia pseudomultivorans sp. nov., a novel Burkholderia cepacia complex species from human respiratory samples and the rhizosphere // Syst Appl Microbiol. - 2013.- Vol.36. - N.7.- P.483-489. doi: 10.1016/j.syapm.2013.06.003.
52. Coenye T, Vandamme P, Govan JR, LiPuma JJ. Taxonomy and identification of the Burkholderia cepacia complex // J Clin Microbiol.- 2001.- Vol.39.-N10.-P.3427-3436.
53. Vanlaere E., Baldwin A., Gevers D., et al. Taxon K, a complex within the Burkholderia cepacia complex, comprises at least two novel species, Burkholderia contaminans sp. nov. and Burkholderia lata sp. Nov // Int J Syst Evol Microbiol.- 2009.- Vol.59.-P. 102-111.
54. Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, et al. Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex // J Clin Microbiol. -2005.- Vol.43.-N9.-P.4665-4673.
55. Spilker T, Baldwin A, Bumford A, Dowson CG, Mahenthiralingam E, LiPuma JJ. Expanded multilocus sequence typing for burkholderia species // J Clin Microbiol. - 2009.-Vol.47.-N8.-P.2607-2610.
56. Vandamme P, Peeters C. Time to revisit polyphasic taxonomy // Antonie Van Leeuwenhoek. -2014.-Vol.106.-N1.-P.57-65.
57. Ong KS, Aw YK, Lee LH, Yule CM, Cheow YL, Lee SM. Burkholderia paludis sp. nov., an Antibiotic-Siderophore Producing Novel Burkholderia cepacia Complex Species, Isolated from Malaysian Tropical Peat Swamp Soil // Front Microbiol. 2016. - Vol.21. - N.7. - P.2046. doi: 10.3389/fmicb.2016.02046.
58. Martina P, Leguizamon M, Prieto CI, Sousa SA, Montanaro P, Draghi WO, Stämmler M, Bettiol M, de Carvalho CCCR, Palau J, Figoli C, Alvarez F, Benetti S, Lejona S, Vescina C, Ferreras J, Lasch P, Lagares A, Zorreguieta A, Leitäo JH, Yantorno OM, Bosch A. Burkholderia puraquae sp. nov., a novel species of the Burkholderia cepacia complex isolated from hospital settings and agricultural soils // Int J Syst Evol Microbiol. - 2018. - Vol. - 68. - N.1. - P.14-20. doi: 10.1099/ijsem.0.002293.
59. Radhakrishna N., Morton J. Burkholderia pseudomallei in cystic fibrosis and treatment complications // Respirol Case Rep. - 2015. - Vol.3. - N.1. - P.1-2.
60. Reik R, Spilker T, Lipuma JJ. Distribution of Burkholderia cepacia complex species among isolates recovered from persons with or without cystic fibrosis //J Clin Microbiol.- 2005.-Vol.43.- P.2926-2928.
61. Speert DP, Henry D, Vandamme P et al. Epidemiology of Burkholderia cepacia complex in patients with cystic fibrosis, Canada // Emerg Infect Dis.- 2002.-Vol.-8.- P. 181-187.
62. Brisse S, Cordevant C, Vandamme P et al. Species distribution and ribotype diversity of Burkholderia cepacia complex isolates from French patients with cystic fibrosis // J Clin Microbiol. -2004.-Vol.42.-P.4824-4827.
63. Drevinek P, Cinek O, Melter J et al. Genomovar distribution of the Burkholderia cepacia complex differs significantly between Czech and Slovak patients with cystic fibrosis // J Med Microbiol.-2003.-
Vol.52.-P.603-604.
64. Bevivino A, Dalmastri C, Tabacchioni S et al. Burkholderia cepacia complex bacteria from clinical and environmental sources in Italy: genomovar status and distribution of traits related to virulence and transmissibility // J Clin Microbiol.- 2002.-Vol.40.-P.846-851.
65. Cunha MV, Leitao JH, Mahenthiralingam E et al. Molecular analysis ofBurkholderia cepacia complex isolates from a Portuguese cystic fibrosis center: a 7-year study //J Clin Microbiol.-2003.-Vol.41.-P.4113-4120.
66. De Soyza A, Morris K, McDowell A, et al. Prevalence and clonality of Burkholderia cepacia complex genomovars in UK patients with cystic fibrosis referred for lung transplantation // Thorax.-2004.-Vol.59.-N6.-P.526-528.
67. Kidd T.J., Bell S.C., Coulter C. Genomovar Diversity Amongst Burkholderia cepacia Complex Isolates From an Australian Adult Cystic Fibrosis Unit // European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases.-2003.-Vol.22.-I7.-P.434-437.
68. Mahenthiralingam E, Bischof J, Byrne SK et al. DNA-Based diagnostic approaches for identification ofBurkholderia cepacia complex,Burkholderia vietnamiensis, Burkholderia multivorans,Burkholderia stabilis, and Burkholderia cepacia genomovars I and III // J Clin Microbiol.-2000.-Vol.38.-P.3165-3173.
69. Vandamme P, Holmes B, Coenye T et al. Burkholderia cenocepacia sp. nov.-a new twist to an old story // Res Microbiol.- 2003.-Vol.154.-P.91-96.
70. Drevinek P, Mahenthiralingam E. Burkholderia cenocepacia in cystic fibrosis: epidemiology and molecular mechanisms of virulence // Clin Microbiol Infect. -2010.-Vol.-16.-N7.-P.821-830.
71. Coenye T, Spilker T, Van Schoor A, LiPuma JJ, Vandamme P. Recovery of Burkholderia cenocepacia strain PHDC from cystic fibrosis patients in Europe // Thorax.-2004.-Vol.59.-N11.-P.952-954.
72. Govan JR, Brown PH, Maddison J, Doherty CJ, Nelson JW, Dodd M, et al. Evidence for transmission of Pseudomonas cepacia by social contact in cystic fibrosis // Lancet.- 1993.-Vol.342.-P.15-19.
73. Baldwin A., Mahenthiralingam E., Drevinek P. et al. Environmental Burkholderia cepacia Complex Isolates from Human Infections // Emerg Infect Dis. - 2007. - Vol.13. - N.3. - P.458-461.
74. Coutinho CP, Dos Santos SC, Madeira A, Mira NP, Moreira AS, Sâ-Correia I. Long-Term Colonization of the Cystic Fibrosis Lung by Burkholderia cepacia Complex Bacteria: Epidemiology, Clonal Variation, and Genome-Wide Expression Alterations // Front Cell Infect Microbiol.- 2011.-Vol.1.-P:12.
75. Coutinho CP, Barreto C, Pereira L, Lito L, Melo Cristino J, Sâ-Correia I. Incidence of Burkholderia contaminans at a cystic fibrosis centre with an unusually high representation of Burkholderia cepacia during 15 years of epidemiological surveillance // J Med Microbiol.-2015.-Vol.64.-N8.-P.927-935.
76. Dedeckova K., Fila L., Skalicka V., Bartosova J. et al. PCR detection of Burkholderia cepacia complex as one of key factors to handle a long-term outbreak // Journal of Cystic Fibrosis.-2012.-Vol.11.-I5.-P440-445.
77. Vasiljevic ZV, Novovic K, Kojic M, Minic P, Sovtic A, Djukic S, Jovcic B. Burkholderia cepacia complex in Serbian patients with cystic fibrosis: prevalence and molecular epidemiology // Eur J Clin Microbiol Infect Dis.-2016.-Vol.35.-N8.-P.1277-1284.
78. Golini, G, Cazzola, G, and Fontana, R. Molecular epidemiology and antibiotic susceptibility ofBurkholderia cepacia-complex isolates from an Italian cystic fibrosis centre // Eur J Clin Microbiol Infect Dis.-2006.-Vol.25.-P.175-180.
79. Martins K.M., Fongaro G.F., Rodrigeues A.B.D., et al. Genomovar status, virulence markers and genotyping of Burkholderia cepacia complex strains isolated from Brazilian cystic fibrosis patients // Journal of Cystic Fibrosis.-2008.-Vol.7.-I4.-P.336-339.
80. Govan JR, Brown AR, Jones AM. Evolving epidemiology ofPseudomonas aeruginosa and theBurkholderia cepacia complex in cystic fibrosis lung infection // Future Microbiol. -2007.-Vol.2.-No2.-P.153-164.
81. N0rskov-Lauritsen N, Johansen HK, Fenger MG, Nielsen XC, Pressler T, Olesen HV, H0iby N. Unusual Distribution of Burkholderia cepacia Complex Species in Danish Cystic Fibrosis Clinics May
Stem from Restricted Transmission between Patients // J Clin Microbiol. -2010.-Vol.48.-N8.-P.2981-2983.
82. Pope CE, Short P, Carter PE. Species distribution of Burkholderia cepacia complex isolates in cystic fibrosis and non-cystic fibrosis patients in New Zealand // J Cyst Fibros.-2010.-Vol.9.-No6.-P.442-466.
83. Baldwin A, Mahenthiralingam E, Drevinek P, Pope C, et al. Elucidating global epidemiology of Burkholderia multivorans in cases of cystic fibrosis by multilocus sequence typing // J Clin Microbiol.-2008.-Vol.46.-No1.-P.290-295.
84. Jones AM, Dodd ME, Govan JR et al.Jones AM, Dodd ME, Govan JR et al. Burkholderia cenocepacia and Burkholderia multivorans: influence on survival in cystic fibrosis // Thorax. -2004.-Vol.59.-P.948-951.
85. Алексеева Г.В. Эпидемиологические и микробиологические особенности хронической инфекции, вызванной бактериями комплекса Burkholderia cepacia, у больных муковисцидозом: дис. ...канд. мед. наук: 14.02.02, 03.02.03/ Алексеева Галина Вальтеровна. -М., 2011.- 177 л.
86. Шагинян И.А., Чернуха М.Ю. Бактерии комплекса Burkholderia cepacia: особенности диагностики, генома и метаболических свойств // Мол. генетика, микробиол., вирусол.- М-2003.- №2.-С. 3-10.
87. Чернуха М.Ю., Алексеева Г.В., Шагинян И.А. и др. Исследование вирулентных свойств госпитальных штаммов бактерий комплекса Burkholderia cepacia, выделенных в стационарах города Москва // Журн. микробиол.- 2005.- № 6.-С. 46-51.
88. Чернуха М.Ю., Алексеева Г.В., Шагинян И.А., Гинцбург А.Л. Молекулярно-генетические методы как основа полифазного таксономического подхода в индикации и выявлении источника внутрибольничной инфекции, вызванной бактериями комплекса Burkholderia cepacia // Сб. Трудов 5-й Всероссийской научно-практ.конференции «Генодиагностика инфекционных болезней».-М.- 2004.- т.2.- С.136-139.
89. Spear JB, Fuhrer J, Kirby BD. Achromobacter xylosoxidans (Alcaligenes xylosoxidans subsp. xylosoxidans) bacteremia associated with a well-water source: case report and review of the literature // J. Clin. Microbiol. -1988.-Vol.26.-No3.-P. 598-599.
90. Reverdy ME, Freney J, Fleurette J, Coulet M, et al. Nosocomial colonization and infection by Achromobacter xylosoxidans // J. Clin. Microbiol. -1984.-Vol.19.-No2.-P.140-143.
91. Vu-Thien H, Darbord JC, Moissenet D, et al. Investigation of an outbreak of wound infections due to Alcaligenes xylosoxidans transmitted by chlorhexidine in a burns unit // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis.-1998.-Vol.17.-No10.-P.724-726.
92. Festini F, accetti G, Mannini C, et al. Patient risk of contact with respiratory pathogens from inanimate surfaces in a cystic fibrosis outpatient clinic. A prospective study over a four-year period // Pediatr. Pulmonol. -2007.-Vol.42.-No9.-P.779-784.
93. Oie S., Arakawa J., Furukawa H., Matsumoto S., Matsuda N., Wakamatsu H. Microbial contamination of a disinfectant-soaked unwoven cleaning cloth // J. Hosp. Infect.-2012.-Vol.82.-P.61-63.
94. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature. http://www.bacterio.net/achromobacter.html
95. Klinger J.D., Thomassen M.J. Occurrence and antimicro bial susceptibility of gram negative nonfermentative bacilli in cystic fibrosis patients // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. -1985.-Vol.3.-No2.-P.149-158.
96. Spilker T., Vandamme P., Lipuma J.J. Identification and distribution of Achromobacter species in cystic fibrosis // J. Cyst. Fibros. -2013.-Vol.12.-I3. -P.298-301.
97. Vandamme P, Moore ER, Cnockaert M, Peeters C, et al. Classification of Achromobacter genogroups 2, 5, 7 and 14 as Achromobacter insuavis sp. nov., Achromobacter aegrifaciens sp. nov., Achromobacter anxifer sp. nov. and Achromobacter dolens sp. nov., respectively // Syst Appl Microbiol. -2013.- Vol.36.-No7.- P.474-482.
98. Coward A, Kenna DT, Perry C, Martin K, et al. Use of nrdA gene sequence clustering to estimate the prevalence of different Achromobacter species among Cystic Fibrosis patients in the UK // J Cyst Fibros. -2016.-Vol.15.-No4.-P.479-485.
99. Barrado L., Branas P., Orellana M.A. et al. Molecular char acterization of Achromobacter isolates from cystic fibrosis and non cystic fibrosis patients in Madrid, Spain // J. Clin. Microbiol.- 2013.- Vol. 51.- P. 1927-1930.
100. Van Daele S., Verhelst R., Claeys G. et al. Shared Genotypes of Achromobacter xylosoxidans Strains Isolated from Patients at a Cystic Fibrosis Rehabilitation Center // J. Clin. Microbiol.- 2005.-Vol.- 43.-N.-6.-P.2998-3002.
101. Pereira RH, Carvalho-Assef AP, Albano RM et al. Achromobacter xylosoxidans: Characterization of Strains in Brazilian Cystic Fibrosis Patients // J Clin Microbiol. -2011.-Vol.49.-N.10.-P.3649-3651.
102. Ridderberg W., Wang M., N0rskov Lauritsen N. Multilocus sequence analysis of isolates of Achromobacter from patients with cystic fibrosis reveals infecting species other than Achromobacter xylosoxidans // J. Clin. Microbiol. - 2012.- Vol.50.-N.8.-P.2688-2894.
103. The Main Site PubMLST of the Faculty of Zoology. Great Britain, Oxford: Oxford of University. http://pubmlst.org/
104. Nixon GM, Armstrong DS, Carzino R. et al. Clinical outcome after early Pseudomonas aeruginosa infection in cystic fibrosis // J Pediatr. - 2001.- Vol.138.-N.5.-P.699-704.
105. Gessard C. Classics in infectious diseases. On the blue and green coloration that appears on bandages. By Carle Gessard (1850-1925) // Rev Infect Dis. - 1984.- Vol.6.- Suppl. 3.-P.S775-776.
106. Migula W. System der Bakterien. Handbuck der Morphologie, Entwickelung-Geschichte und Systematik der Bakterien/ Migula W.- Jena: Verlag von Gustav Fischer.- 1900.-Vol.2.
107. Peix A, Ramirez-Bahena MH, Velazquez E. Historical evolution and current status of the taxonomy of genus Pseudomonas // Infection, Genetics and Evolution. - 2009. - Vol.9.-N.6.-P.1132-1147.
108. Anzai Y, Kim H, Park J-Y, Wakabayashi H, Oyaizu H. Phylogenetic affiliation of the pseudomonads based on 16S rRNA sequence // Int J Syst Evol Micro.- 2000.- Vol.50.-P:1563-1589.
109. Palleroni N.J. Genus I. Pseudomonas Migula 1894. In: Brenner D.J., Krieg N.R., Staley J.T.// Bergey's Manual of Systematic Bacteriology.- 2005.- Vol. 2.- P. 141-149.
110. Chatterjee P., Davis E., Yu F. et al. Environmental Pseudomonads Inhibit Cystic Fibrosis Patient-Derived Pseudomonas aeruginosa // Appl Environ Microbiol. - 2016. - Vol.83.-N.2.
111. Foca M.C., Jacob S., Whitter P.D. Endemic Pseudomonas aeruginosa infection in a neonatal intensive care unit // N.Engl. J. Med.- 2000.- Vol .343.-P.695-700.
112. Komshian S.V., Tablan O.C., Palutke W. et al. Characteristics of left- sided endocarditis due to Pseudomonas aeruginosa in the Detroit Medical Center // Rev. Infect. Dis.- 1990.-Vol. 12.-P. 693-702.
113. Morrison A.J., Wenzel R.P. Epidemiology of infections due to Pseudomonas aeruginosa // Rev. Infect. Dis. -1984.- Vol.6.-Suppl.3.-P.S627-S642.
114. Шагинян И.А., Капранов Н.И., Чернуха М.Ю. и др. Микробный пейзаж нижних дыхательных путей у различных возрастных групп детей, больных муковисцидозом // ЖМЭИ. -2010.-N.1.- C.15-20.
115. Saiman L, Siegel J. Infection control recommendations for patients with cystic fibrosis: microbiology, important pathogens, and infection control practices to prevent patient- to-patient transmission // Infection control and hospital epidemiology.- 2003.- Vol. 24.-Suppl.5.-P.1-52.
116. Jensen ET, Giwercman B, Ojeniyi B et al. Epidemiology of Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis and the possible role of contamination by dental equipment // J Hosp Infect. - 1997.-Vol.36.-N.2.-P. 117-122.
117. Mahenthiralingam E., Campbell M. E., Foster J. et al. Random amplified polymorphic DNA typing of Pseudomonas aeruginosa isolates recovered from patients with cystic fibrosis // J. Clin. Microbiol.- 1995.- Vol.34.-P. 1129-1135.
118. Norman A, Ciofu O, Amador CI et al. Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain DK1-NH57388A, a Stable Mucoid Cystic Fibrosis Isolate // Genome Announc.- 2016.-Vol. 4.-N.1.
119. Fothergill JL, Walshaw MJ, Winstanley C. Transmissible strains of Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis lung infections // Eur Respir J.- 2012.-Vol.40.-N.1.-P.227-238.
120. Romling U, Kader A, Sriramulu DD et al. Worldwide distribution of Pseudomonas aeruginosa clone C strains in the aquatic environment and cystic fibrosis patients // Environ Microbiol.- 2005.-
Vol.7.-P.1029-1038.
121. Parkins MD, Glezerson BA, Sibley CD et al. A twenty-five year outbreak of Pseudomonas aeruginosa infecting individuals with cystic fibrosis: Identification of the Prairie Epidemic Strain // J Clin Microbiol. -2014.-Vol.52.-N.4.-P.1127-1135.
122. Aaron S.D., Vandemheen K.L., Ramotar K. et al. I Infection with transmissible strains of Pseudomonas aeruginosa and clinical outcomes in adults with cystic fibrosis // JAMA.- 2010.-Vol.304.-N.19.-P.2145-2153.
123. Armstrong DS. Detection of a widespread clone of Pseudomonas aeruginosa in a pediatric cystic fibrosis clinic // Am J Respir Crit Care Med.- 2002.-Vol.166.-N.7.-P.983-987.
124. Jelsbak L., Johansen H.K., Frost A.L. et al. Molecular epidemiology and dynamics of Pseudomonas aeruginosa populations in lungs of cystic fibrosis patients // Infect Immun.-2007.-Vol.5.-P. 2214-2224.
125. Luna R.A., Millecker L.A., Webb C.R. et al. Molecular epidemiological surveillance of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates in a pediatric population of patients with cystic fibrosis and determination of risk factors for infection with the Houston-1 strain // J Clin Microbiol.- 2013.-Vol.51.-N.4.- P.1237-1240.
126. Duong J., Booth S.C., McCartney N.K. et al. Phenotypic and Genotypic Comparison of Epidemic and Non-Epidemic Strains of Pseudomonas aeruginosa from Individuals with Cystic Fibrosis // PLoS 0NE.-2015.-Vol. 10.-N.11.-P. e0143466.
127. Pedersen SS, Koch C, Hoiby N, et al. An epidemic spread of multiresistant Pseudomonas aeruginosa in a cystic fibrosis centre // J Antimicrob Chemother.- 1986.-Vol.17.-N4.-P. 505-516.
128. Fothergill JL, Walshaw MJ, Winstanley C. Transmissible strains of pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis lung infections // Eur Respir J.- 2012.-Vol.40.-P.227-238.
129. Scott F.W., Pitt T.L. Identification and characterization of transmissible Pseudomonas aeruginosa strains in cystic fibrosis patients in England and Wales // J Med Microbiol. -2004.-Vol.53.-P. 609-615.
130. Jones A.M., Govan J.R., Doherty C.J. et al. Spread of a multiresistant strain of Pseudomonas aeruginosa in an adult cystic fibrosis clinic // Lancet. -2001.-Vol.358.-N.9281.-P.557-558.
131. Romling U., Kader A., Sriramulu D.D. et al. Worldwide distribution of Pseudomonas aeruginosa clone C strains in the aquatic environment and cystic fibrosis patients // Environ Microbiol.- 2005.-Vol.7.-N. 7.-P.1029-1038.
132. Armstrong D.S., Nixon G.M., Carzino R. et al. Detection of a widespread clone of Pseudomonas aeruginosa in a pediatric cystic fibrosis clinic // Am J Respir Crit Care Med.-2002.-Vol.166.-N.7.-P.983-987.
133. Anthony M., Rose B., Pegler M.B. et al. Genetic analysis of Pseudomonas aeruginosa isolates from the sputa of Australian adult cystic fibrosis patients // J Clin Microbiol.-2002.-Vol.40.-N.8.-P.2772-2778.
134. O'Carroll M.R., Syrmis M.W., Wainwright C.E. et al. Clonal strains of Pseudomonas aeruginosa in paediatric and adult cystic fibrosis units // Eur Respir J.- 2004.-Vol.24.-N.1.-P. 101-106.
135. Schmid J., Ling L.J., Leung J.L. et al. Pseudomonas aeruginosa transmission is infrequent in New Zealand cystic fibrosis clinics // Eur Respir J.- 2008.-Vol.32.-N.6.-P.1583-1590.
136. Bradbury R., Champion A., Reid D.W. Poor clinical outcomes associated with a multi-drug resistant clonal strain of Pseudomonas aeruginosa in the Tasmanian cystic fibrosis population // Respirology.-2008.-Vol.13.-N.6.-P.886-892.
137. Jelsbak L., Johansen H.K., Frost A.L. et al. Molecular Epidemiology and Dynamics of Pseudomonas aeruginosa Populations in Lungs of Cystic Fibrosis Patients // Infect Immun.-2007.-Vol.75.-N.5.-P.2214-2224.
138. Brimicombe R.W., Dijkshoorn L., van der Reijden T.J. et al. Transmission of Pseudomonas aeruginosa in children with cystic fibrosis attending summer camps in the Netherlands // J Cyst Fibros.-2008.-Vol.7.-N.1.-P.30-36.
139. Kluytmans J., van Belkum A., Verbrugh H. Nasal carriage of Staphylococcus aureus: epidemiology, underlying mechanisms, and associated risks // Clin Microbiol Rev.-1997.-Vol.10.-N.3.-P.505-520.
140. Armstrong-Esther C. A., Smith J. E. Carriage patterns of Staphylococcus aureus in a healthy non-
hospital population of adults and children // Ann. Hum. Biol.-1976.-Vol.3.-P.3: 221-3227.
141. Dasenbrook E.C., Checkley W., Merlo C.A. et al. Association between respiratory tract methicillin-resistant Staphylococcus aureus and survival in cystic fibrosis // JAMA.- 2010.-Vol.303.-P.2386-2392.
142. Taccetti G., Neri A.S., Festini F. et al. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus in cystic fibrosis // Pediatr Pulmonol.-2008.-Vol.43.N/11.-P. 1117-1123.
143. Enright M.C., Robinson D.A., Randle G. et al. The evolutionary history of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.- 2002.-Vol.99.-N.11.-P. 7687-7692.
144. Paterson G.K., Harrison E.M., Holmes M.A. The emergence of mecC methicillin-resistant Staphylococcus aureus.Trends Microbiol. - 2014. - Vol.22. - N.1.- P.42-47.
145. Vandenesh F., Naimi T., Enrigh M.C. et al. Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus carrying Panton-Valentine leukocidin genes: worldwide emergence // Emerg Infect Dis. -2003.-Vol.9.-P.978-984.
146. Crawford S.E., Boyle-Vavra S., Daum R.S. Community-associated methicillin resistant Staphylococcus aureus // Emerging infections.- Washington DC: ASM Press, 2007.-P 153-179.
147. Goss C.H., Muhlebach M.S. Review: Staphylococcus aureus and MRSA in cystic fibrosis // J Cyst Fibros.-2011.-Vol.10.-N.5.-P.298-306.
148. Cocchi P., Cariani L., Favari F. et al. Molecular epidemiology of meticillin-resistant Staphylococcus aureus in Italian cystic fibrosis patients: A national overview // J Cyst Fibros.- 2011.-Vol.10.-N.6.-P.407-411.
149. Glikman D., Siegel J.D., David M.Z. et al. Complex molecular epidemiology of methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates from children with cystic fibrosis in the era of epidemic community-associated methicillin-resistant S. aureus // Chest.- 2008.-Vol.133.-P. 1381-1387.
150. Elizur A., Orscheln R.C., Ferkol T.W. et al. Panton-Valentine Leukocidin-positive methicillin-resistant Staphylococcus aureus lung infection in patients with cystic fibrosis // Chest.-2007.-Vol.131.-P.1718-1725.
151. Gillet Y., Sartel B., Vanhems et al. Association between Staphylococcus aureus strains carrying gene for Panton-Valentine Leukocidin and highly lethal necrotizing pneumoniae in young immunocomponent patients // Lancet.-2002.-Vol.359.-N.753-759.
152. Goodrich J.S., Sutton-Shields T.N., Kerr A. et al. Prevalence of Community-Associated Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus in Patients with Cystic Fibrosis // J Clin Microbiol.- 2009.-Vol.47.-N.4.-N.1231-1233.
153. Stone A., Quittell L., Zhou J. et al. Staphylococcus aureus nasal colonization among pediatric cystic fibrosis patients and their household contacts // The Pediatric infectious disease journal.-2009.-Vol.28.-N.10.-P.895-899.
154. Manos J., Arthur J., Rose B. et al. Transcriptome analyses and biofilm-forming characteristics of a clonal Pseudomonas aeruginosa from the cystic fibrosis lung // J. Med. Microbiol. -2008.- V.57.- № 12.- P. 1454-1465.
155. Kim M.J., Bae I.K., Jeong S.H. et al. Dissemination of metallo-ß-lactamase-producing Pseudomonas aeruginosa of sequence type 235 in Asian countries // J. Antimicrob. Chemother. -2013. - V. 68. - №12.- P. 2820-2824.
156. Pollini S., Maradei S., Pecile P. et al. New acquired metallase from a Pseudomonas aeruginosa clinical isolate from Italy // Antimicrob. Agents Chemother. -2013.- V.57.- №1.- P. 410-416.
157. Viedma E., Juan C., Barrado L. et al. VIM-2-producing multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa ST175 clone, Spain // Emerg. Infect. Dis.- 2012.- V.18.- № 8.- P. 1235-1241.
158. Severino P., Magalhäes V.D. The role of integrons in the dissemination of antibiotic resistance among clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa from an intensive care unit in Brazil// Res. Microbiol. - 2002. -Vol. 153. - № 4. - P. 221-226.
159. Аветисян Л.Р., Воронина О.Л., Чернуха М.Ю. и др. Персистенция штаммов Pseudomonas aeruginosa среди пациентов ФНЦ трансплантологии и искусственных органов // Ж. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. -2012. -№ 4. -С.99-104.
160. Kunkel T.A., Erie D A. DNA mismatch repair // Annu. Rev. Biochem. - 2005.- Vol. 74. - P. 681-
161. Lee K, Lim J.B, Yum J.H. et al. Bla(VIM-2) cassette-containing novel integrons in metallo-beta-lactamase-producing Pseudomonas aeruginosa and Pseudomonas putida isolates disseminated in a Korean hospital // Antimicrob. Agents Chemother. 2002. V. 46. № 4. P. 1053-1058. Molecular epidemiology of an outbreak due to IRT-2 beta-lactamase-producing strains of Klebsiella pneumoniae in a geriatric department // J. Antimicrob. Chemother. -2000. -V. 45. -№ 4. -P. 467-473.
162. Koeleman J.G., Stoof J., van der Bijl M.W. et al. Identification of epidemic strains of Acinetobacter baumannii by integrase gene PCR // J. Clin. Microbiol. -2001. -V. 39. -№ 1. -P. 8-13.
163. Sun L., Jiang L.Z., Steinbach S. et al. The emergence of a highly transmissible lineage of cbl+ Pseudomonas (Burkholderia) cepacia causing CF center epidemics in North America and Britain // Nat. Med. -1995. - Vol.1.- N.1.-P. 661-666.
164. Tyler S.D., Rozee K.R., Johnson W.M. Identification of IS1356, a new insertion sequence, and its association with IS402 in epidemic strains of Burkholderia cepacia infecting cystic fibrosis patients // J. Clin. Microbiol. -1996. -Vol.34.- P. 1610-1616.
165. Baldan R., Testa F., Lore N.I. Factors contributing to epidemic MRSA clones replacement in a hospital setting // PLoS One. -2012. -V. 7. -№ 8. -P. e43153.
166. Döring G., Conway S.P., Heijerman H.G.M. et al. Antibiotic therapy against Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis: a European consensus // Eur Respir J. - 2000.- Vol.16.-P. 749-67.
167. Antibiotic Treatment for Cystic Fibrosis // Report of the UK Cystic Fibrosis Trust Antibiotic Group. - London: UK Cystic Fibrosis Trust. - 2009.
168. Mogayzel P.J., Naureckas E.T., Robinson K.A. et al. Cystic Fibrosis Pulmonary Guidelines // Am J Respir Crit Care Med. - 2013. - Vol.187.-P.680-689.
169. Southern K.W., Barker P.M., Solis-Moya A., Patel L. Macrolide antibiotics for cystic fibrosis // Cochrane Database Syst Rev. - 2012.- Issue 11. - Art. No.CD002203.
170. Kerem E., Conway S., Elborn S. et al. Standards of care for patients with cystic fibrosis: A European consensus // J. Cyst. Fibros. - 2005. - Vol. 4.- № 1. - P. 7-26.
171. Saiman L., Siegel J.D., LiPuma J.J. et al. Infection Prevention and Control Guideline for Cystic Fibrosis: 2013 Update // Infect Control Hosp Epidemiol. -2014.- Suppl 1.-P.S1-S67.
172. Ziaco M., De Castro C., Silipo A. et al. Synthesis of the tetrasaccharide outer core fragment of Burkholderia multivorans lipooligosaccharide // Carbohydr Res.- 2015.-Vol.11.-N.403.-P.182-191.
173. Southern K.W., Littlewood A.E., Littlewood J.M. The prevalence and significance of chronic Staphylococcus aureus infection in patients with cystic fibrosis on long term flucloxacillin // Clinical Ecology of Cystic Fibrosis. Elsevier Science Publ. - 1993. - P.129-130.
174. Weaver L.T., Green M.G., Nicholson K. et al. Prognosis in cystic fibrosis treated with continuous flucloxacillin from the neonatal period // Arch Dis Child. - 1994.- Vol.70.-P. 84-89.
175. Smyth A.R., Rosenfeld M. Prophylactic anti-staphylococcal antibiotics for cystic fibrosis // Cochrane Database of Systematic Reviews. - 2017.- Issue 4. - Art. No. CD001912.
176. Stutman H.R., Lieberman J.M., Nussbaum E., Marks M.I. Antibiotic prophylaxis in infants and young children with cystic fibrosis: a randomized controlled trial // J Pediatr. - 2002. - Vol. 140.- N.3.-P.299-305.
177. Tramper-Stranders G.A., Wolfs T.F., van Haren Noman S. et al. Controlled trial of cycled antibiotic prophylaxis to prevent initial Pseudomonas aeruginosa infection in children with cystic fibrosis // Thorax. - 2010.- Vol. 65.- Issue 10. - P.915-920.
178. Lee T.W.R., Brownlee K.G., Conway S.P. et al. Evaluation of a new definition for chronic Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis patients // J. Cyst.Fibros.- 2003.-Vol.2.-N.1.-P. 29-34.
179. Doring G., Conway S.P., Heijerman H.G. et al. Antibiotic therapy against Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis: a European consensus // Eur Respir J.- 2000.-Vol.16.-P. 749-767.
180. Equi A.C., Pike S.E., Davies J., Bush A. Use of cough swabs in a cystic fibrosis clinic // Arch Dis Child. -2001.-Vol. 85.-N.5.-P.438-439.
181. Kabra S.K., Alok A., Kapil A., Aggarwal G. et al. Can throat swab after physiotherapy replace sputum for identification of microbial pathogens in children with cystic fibrosis? // Indian J Pediatr.-2004.-Vol.71.-N.1.-P.21-23.
182. Denton M., Doherty C., Foweraker J. et al. Laboratory standards for processing microbiological samples from people with cystic fibrosis // Report of the UK Cystic Fibrosis Trust Microbiology Laboratory Standards Working Group; Cystic Fibrosis Trust, Kent, United Kingdom, 2010.
183. Приказ: Об унификации микробиологических (бактериологических) методов исследования, применяемых вм клинико-диагностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений. - Москва, 1985 г.
184. Чернуха М.Ю., Шагинян И.А. Микробиологическая диагностика при легочных заболеваниях/ Респираторная медицина: руководство/ под редакцией А.Г. Чучалина. - М.: ИД «Литтера», 2017. - Том.1. - 464 с.
185. Методики клинических лабораторных исследований: Справочное пособие. Том 3. Клиническая микробиология. Бактериологические исследования. Паразитологические исследования. Инфекционная иммунодиагностика. Молекулярные исследования в диагностике инфекционных заболеваний / Под ред. В.В.Меньшикова. - М.: Лабора, 2009.- 880 с.)
186. Брусина Е.Б., Дмитренко О.А., Глазовская Л.С., Ефимова Т.В. Эпидемиология и эпидемиологический мониторинг инфекций, вызванных метициллинрезистентными штаммами золотистого стафилококка. Федеральные клинические рекомендации. — М., 2014. - 50 с.
187. Besier S., Smaczny C., von Mallinckrodt C. et al. Prevalence and clinical significance of Staphylococcus aureus small-colony variants in cystic fibrosis lung disease // J Clin Microbiol. -2007.-Vol.45.-N.1.-P. 168-172.
188. Gómez-González C., Acosta J., Villa J. et al. Clinical and Molecular Characteristics of Infections with CO2-Dependent Small-Colony Variants of Staphylococcus aureus // J Clin Microbiol. -2010.-Vol.48.-N.8.-P.2878-2884.
189. Schaaff F., Bierbaum G., Baumert N. et al. Mutations are involved in emergence of aminoglycoside-induced small colony variants of Staphylococcus aureus // Int J Med Microbiol. -2003.-Vol.293.-N.6.-P.427-435.
190. Hoffman L.R., Déziel E., D'Argenio D.A. et al. Selection for Staphylococcus aureus small-colony variants due to growth in the presence of Pseudomonas aeruginosa // Proc Natl Acad Sci USA.- 2006.-Vol.103.-N.52.-P.19890-19895.
191. Шагинян И.А., Дмитренко О.А. Молекулярная эпидемиология внутрибольничных инфекций, вызываемых метициллинустойчивыми стафилококками // ЖМЭИ.- 2003.-N.3.-C.99-109.
192. Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам: клинические рекомендации/ Козлов Р.С., Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В. и др. - Москва, 2015. - 162 c.
193. Выявление резистентности к метициллину и другим бета-лактамным антибиотикам методом скрининга: методическое пособие/ А.В. Дехнич.- Смоленск: Институт антимикробной химиотерапии, - 2004.- С.1-5.
194. Bien J., Sokolova O., Bozko P. Characterization of virulence factors of Staphylococcus aureus: novel function of known virulence factors that are implicated in activation of airway epithelial proinflammatory response // Journal of Pathogens. -2011.- Vol.2011.-Article ID 601905.- P.13.
195. Kaneko J., Kamio Y. "Bacterial two-component and hetero-heptameric pore-forming cytolytic toxins: structures pore-forming mechanism organization of the genes"// Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry.-2004.- Vol.68.-P. 981-1003.
196. Gauduchon V., Werner S., Prevost G. et al. Flow cytometric determination of Panton-Valentine leucocidin S component binding // Infect. Immun.-2001.- Vol.69.-P.2390-2395.
197. Miles G., Movileanu L., Bayley H. Subunit composition of a bicomponent toxin: staphylococcal leukocidin forms an octameric transmembrane pore // Protein Sci. - 2002.- Vol.11.-P.894-902.
198. Gillet Y., Issartel B., Vanhems P. et al. Association between Staphylococcus aureus strains carrying gene for Panton-Valentine leukocidin and highly lethal necrotising pneumonia in young immunocompetent patients // Lancet. -2002.-Vol.359.-P.753-759.
199. David M.Z., Daum R.S. Community-Associated Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus:
Epidemiology and Clinical Consequences of an Emerging Epidemic // Clin Microbiol Rev. -2010.-Vol.23.-N.3.-P. 616-687.
200. Rooijakkers S. H. M., Ruyken M., Roos A. et al. "Immune evasion by a staphylococcal complement inhibitor that acts on C3 convertases"// Nature Immunology. - 2005.- Vol.6.-N.9.-P.920-927.
201. Шагинян И.А., Чернуха М.Ю. Неферментирующие грамотрицательные бактерии в этиологии внутрибольничных инфекций: клинические, микробиологические и эпидемиологические особенности // Клиническая микробиология и антимикробная химотерапия.- 2005.-Т. 7.-№.3.-С.271-285.
202. Kiska D.L., Gilligan P.H. Pseudomonas. Manual of Clinical Microbiology/ Murray P.R., Baron E.J.,Jorgensen J.H., Pfaller M.A., Yolken R.H. - 8th ed.- Washington: ASM Press, 2003.-P.719-728.
203. Schreckenberger P.C., Daneshvar M.I., Weyant R.S., Hollis D.G. Acinetobacter, Achromobacter, Chryseobacterium, Moraxella, and other nonfermentative gram-negative rods.Manual of Clinical Microbiology/ Murray P.R., Baron E.J.,Jorgensen J.H., Pfaller M.A., Yolken R.H. - 8th ed.- Washington: ASM Press, 2003.-P. 749-779.
204. Мороз А.Ф., Анциферова Н.Г., Баскакова Н.В. Синегнойная инфекция / Под ред. А. Ф. Мороз. - М. : Медицина, 1988. - 256 с.
205. Егорова О.Н., Брусина Е.Б., Григорьев Е.В. Эпидемиология и профилактика синегнойной инфекции. Федеральные клинические рекомендации. - М., 2014. - 82 с.
206. Wellinghausen N., Köthe J., Wirths B. et al. Superiority of molecular techniques for identification of Gram-negative, oxidase-positive rods, including morphologically nontypical Pseudomonas aeruginosa, from patients with cystic fibrosis // J. Clin. Microbiol. - 2005.- Vol.43.-P.4070-4075.
207. Ben Haj Khalifa A., Moissenet D., Vu Thien H., Khedher M. Virulence factors in Pseudomonas aeruginosa: mechanisms and modes of regulation // Ann Biol Clin. - 2011.- Vol.69. -N.4.-P.393-403.
208. Sadikot R.T., Blackwell T.S., Christman J.W. Prince A.S. Pathogen-host interactions in Pseudomonas aeruginosa pneumonia // Am J Respir Crit Care Med. -2005.- Vol.171.-N.11.-P.1209-1223.
209. Arora S.K., Dasgupta N., Lory S., Ramphal R. Identification of two distinct types of flagellar cap proteins, FliD, in Pseudomonas aeruginosa // Infect Immun. -2000.- Vol.68.-N.3.-P. 1474-1479.
210. Spangenberg C., Heuer T., Bürger C., Tümmler B. Genetic diversity of flagellins of Pseudomonas aeruginosa // FEBS Lett.- 1996.- Vol.396.- N.2-3.-P.213-217.
211. Kus J.V., Tullis E., Cvitkovitch D.G., Burrows L.L. Significant differences in type IV pilin allele distribution among Pseudomonas aeruginosa isolates from cystic fibrosis (CF) versus non-CF patients // Microbiology. -2004.- Vol.150.-Pt. 5.-P.1315-26.
212. Luckett J.C., Darch O., Watters C. et al. A novel virulence strategy for Pseudomonas aeruginosa mediated by an autotransporter with arginine-specific aminopeptidase activity // PLoS Pathog. -2012.-Vol.8.-N.8.-P.e1002854.
213. Feltman H., Schulert G., Khan S. et al. Prevalence of type III secretion genes in clinical and environmental isolates of Pseudomonas aeruginosa // Microbiology. - 2001.- Vol.147.-Pt.10.-P.2659-2669.
214. Lin H.H., Huang S.P., Teng H.C. et al. Presence of the exoU gene of Pseudomonas aeruginosa is correlated with cytotoxicity in MDCK cells but not with colonization in BALB/c mice // J Clin Microbiol.- 2006.- Vol.44.-N.12.-P.4596-4597.
215. Jain M., Ramirez D., Seshadri R. et al. Type III Secretion Phenotypes of Pseudomonas aeruginosa Strains Change during Infection of Individuals with Cystic Fibrosis // J Clin Microbiol. -2004.- Vol.42.-N.11.-P.5229-5237.
216. Lam J.S., Taylor V.L., Islam S.T. et al. Genetic and Functional Diversity of Pseudomonas aeruginosa Lipopolysaccharide // Front Microbiol.- 2011.- Vol.2.-P.118.
217. Raymond C.K., Sims E.H., Kas A. et al. Pseudomonas aeruginosa lipopolysaccharide: a major virulence factor, initiator of inflammation and target for effective immunity // Int J Med Microbiol.-2007. - Vol.297.-N.5.-P.277-295.
218. Kuang Z., Hao Y., Walling B.E. et al. Pseudomonas aeruginosa elastase provides an escape from phagocytosis by degrading the pulmonary surfactant protein-A // PLoS 0ne.-2011.-Vol.6.-N.11.-
P.e2l091.
219. Pier G.B. Pseudomonas aeruginosa lipopolysaccharide: a major virulence factor, initiator of inflammation and target for effective immunity // Int J Med Microbiol.-200l.- Vol.29l.-N.5.-P.2ll-295.
220. Baltch A.L., Hammer M.C., Smith R.P. et al. Effects of Pseudomonas aeruginosa cytotoxin on human serum and granulocytes and their microbicidal, phagocytic, and chemotactic functions // Infect Immun. -1985.-Vol.48.-N.2.-P.498-506.
221. Bahl C.D., Morisseau C., Bomberger J.M. Et al. Crystal structure of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator inhibitory factor Cif reveals novel active-site features of an epoxide hydrolase virulence factor // J Bacteriol. -2010.- Vol.192.-N.l.-P. 1185-1195.
222. Fogle M.R., Griswold J.A., Oliver J.W., Hamood A.N. Anti-ETA IgG neutralizes the effects of Pseudomonas aeruginosa exotoxin A // J Surg Res.- 2002.- Vol.106.-N.1.-P.86-98.
223. Okino N., Ito M. Ceramidase enhances phospholipase C-induced hemolysis by Pseudomonas aeruginosa// J Biol Chem.- 2001.- Vol.282.-N.9.-P.6021-6030.
224. Terada L.S., Johansen K.A., Nowbar S. et al. Pseudomonas aeruginosa hemolytic phospholipase C suppresses neutrophil respiratory burst activity // Infect Immun. -1999.- Vol.6l.-N.5.-P.23l1-23l6.
225. Tramper-Stranders G.A., van der Ent C.K., Molin S. Initial Pseudomonas aeruginosa infection in patients with cystic fibrosis: characteristics of eradicated and persistent isolates // Clin Microbiol Infect.-2012.- Vol.18.-N.6.-P.56l-5l4.
226. Meyer J.M., Neely A., Stintzi A. et al. Pyoverdin is essential for virulence of Pseudomonas aeruginosa// Infect Immun. -1996.- Vol.64.-N.2.-P.518-523.
221. Adler C., Corbalán N.S., Seyedsayamdost M.R. et al. Catecholate siderophores protect bacteria from pyochelin toxicity // PLoS One.- 2012.- Vol.l.-N.10.-P.e46l54.
228. Caldwell C.C., Chen Y., Goetzmann H.S. et al. Pseudomonas aeruginosa exotoxin pyocyanin causes cystic fibrosis airway pathogenesis // Am J Pathol.- 2009.- Vol.1l5.-N.6.-P.24l3-2488.
229. Ramsey D.M., Wozniak D.J. Understanding the control of Pseudomonas aeruginosa alginate synthesis and the prospects for management of chronic infections in cystic fibrosis // Mol Microbiol.-2005.- Vol.56.-N.2.-P.309-322.
230. Lenney W., Gilchrist F.J. Pseudomonas aeruginosa and cyanide production // Eur Respir J. - 2011.-Vol.3l.-N.3.-P.482-483.
231. Bjarnsholt T., Jensen P.0., Jakobsen T.H. et al. Quorum Sensing and Virulence of Pseudomonas aeruginosa during Lung Infection of Cystic Fibrosis Patients // PLoS ONE.- 2010.-Vol.5.-N.4.-P. e10115.
232. Holden M.T., Seth-Smith H.M., Crossman L.C. et al. The Genome of Burkholderia cenocepacia J2315, an an Epidemic Pathogen of Cystic Fibrosis Patients // J. Bacteriol.- 2009.- Vol.191.-P.261-2ll.
233. Coenye T., Vandamme Р., Gowan J.R.W., Lipuma J.J. Taxonomy and identification of the Burkholseria cepacia complex // J. Clin. Microbiol.- 2001.- Vol. 39.-P. 3421-3436.
234. Miller MB, Gilligan PH. Laboratory aspects of management of chronic pulmonary infections in patients with cystic fibrosis // J Clin Microbiol.-2003.-Vol.41.-P.4009-4015.
235. Shelly D.B., Spilker T., Gracely E.J. et al. Utility of commercial systems for identification of Burkholderia cepacia complex from cystic fibrosis sputum culture // J.Clin.Microbiol.-2000.- Vol. 38.-P.3112-3115.
236. Aлексеева r.B., Чернуха M^., Шагинян ИА. Идентификация бактерий комплекса Burkholderia cepacia c помощью ПЦР // «Полимеразная цепная реакция (ПЦР) и ее применение в бактериологии». Учебно-методическое пособие для врачей-бактериологов.- Mосква.- 2006.- глава 2.1.- C. 111-126.
231. Bоронина О.Л., Кунда M.C., Aксенова Е.И. и др. Экспресс диагностика микроорганизмов, поражающих дыхательные пути больных муковисцидозом // Клиническая лабораторная диагностика. - 2013.- №.11.-C.53-58.
238. Tomich M., Herfst C.A., Golden. J.W. et al. Role of flagella in host cell invasion byBurkholderia cepacia // Infect Immun. - 2002.-Vol.l0. - P.1199-1806.
239. Mahenthiralingam E., Urban T.A., Goldberg J.B. The multifarious, multireplicon Burkholderia
cepacia complex. Nature Reviews. Microbiology.- 2005.- Vol.3.- N.2.-P.144-156.
240. Loutet S.A., Flannagan R.S., Kooi C. et al. A complete lipopolysaccharide inner core oligosaccharide is required for resistance of Burkholderia cenocepacia to antimicrobial peptides and bacterial survival in vivo // J Bacteriol.- 2006.- Vol.188.-N.6.-P.2073-2080.
241. Uehlinger S., Schwager S., Bernier S.P. et al. Identification of specific and universal virulence factors in Burkholderia cenocepacia strains by using multiple infection hosts // Infect Immun.- 2009.-Vol.77.- N.9.-P.4102-4110.
242. Jassem A.N., Zlosnik J.E., Henry D.A. et al. In vitro susceptibility of Burkholderia vietnamiensis to aminoglycosides // Antimicrob Agents Chemother.-2011.-Vol.55.-P.2256 — 2264.
243. Peeters E., Nelis H.J., Coenye T. In vitro activity of ceftazidime, ciprofloxacin, meropenem, minocycline, tobramycin and trimethoprim/sulfamethoxazole against planktonic and sessile Burkholderia cepacia complex bacteria // J Antimicrob Chemother. - 2009.- Vol. 64.-P.801 -809.
244. Lambiase A, Catania M.R, Del Pezzo M. et al. Achromobacter spp. Respiratory tract infection in cystic fibrosis patients. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. -2011.-Vol.- 30.-N.8.-P. 973-980.
245. Spilker T., Vandamme P., Lipuma J.J. A multilocus sequ ence typing scheme implies population structure and reveals several putative novel achromobacter species. J. Clin. Microbiol.- 2012.-Vol.-N.50.-P. 3010-3015.
246. Воронина О.Л., Кунда М.С., Н.Н.Рыжова и др. Разнообразие и опасность Achromobacter spp., поражающих дыхательные пути больных муковисцидозом // Пульмонология. - 2015. - № 4. - С. 389-402.
247. Doi .Y, Poirel L., Paterson D.L., Nordmann P. Characterization of a naturally occurring class D beta-lactamase from Achromobacter xylosoxidans // Antimicrob Agents Chemother. - 2008.- Vol.52.-N.6.-P. 1952-1956.
248. Turton J.F., Mustafa N., Shah J. et al. Identification of Achromobacter xylosoxidans by detection of the bla(OXA-114-like) gene intrinsic in this species // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. -2011.- Vol.70.-P.408-411.
249. Papalia M., Almuzara M., Cejas D. et al. OXA-258 from Achromobacter ruhlandii: a Species-Specific Marker // J Clin Microbiol. -2013.- Vol.51.-N.5.-P.1602-1605.
250. Traglia G., Papalia M., Almuzara M. et al. Presence of OXA type enzymes in Achromobacter insuavis and A. dolens. Curr. Microbiol. -2014.-Vol.69.-N.4.-P.501-506.
251. Jakobsen T.H., Hansen M.A., Jensen P.0. et al. Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes // PLoS ONE. -2013.- Vol.8.-P.e68484.
252. Li X., Hu Y., Gong J. et al. Comparative genome characterization of Achromobacter members reveals potential genetic determinants facilitating the adaptation to a pathogenic lifestyle // Appl Microbiol Biotechnol. -2013.-Vol.97.-P.6413-6425.
253. Marshall N.C., Finlay B.B. Targeting the type III secretion system to treat bacterial infections. Expert Opin Ther Targets. -2014.- Vol.18.-N.2.-P.137-152.
254. Audia J.P., Lindsey A.S., Housley N.A. et al. In the absence of effector proteins, the Pseudomonas aeruginosa type three secretion system needle tip complex contributes to lung injury and systemic inflammatory responses // PLoS ONE. -2013.- Vol.-8.-N.11.-P.e81792.
255. Hutchison M.L., Bonell E.C., Poxton I.R., Govan J.R. Endotoxic activity of lipopolysaccharides isolated from emergent potential cystic fibrosis pathogens // FEMS Immunol Med Microbiol. -2000.-Vol.27.-P.73-77.
256. Roberts I.S. The biochemistry and genetics of capsular polysaccharide production in bacteria // Annu Rev Microbiol. -1996.-Vol.50.-P.285-315.
257. Tian F., Ding Y., Zhu H. et al. Genetic diversity of siderophore-producing bacteria of tobacco rhizosphere // Braz J Microbiol. -2009.- Vol.40.-P.276-284.
258. Jakobsen T.H., Hansen M.A., Jensen P.0. et al. Complete genome sequence of the cystic fibrosis pathogen Achromobacter xylosoxidans NH44784-1996 complies with important pathogenic phenotypes // PLoS ONE. -2013.- Vol.8.-N.-7.-P.e68484.
259. Ivanov A., Kostadinova S. Ivanov A., Kostadinova S.
260. Manika K., Giouleka P., Zarogoulidis K., Kioumis I. Multidrug-resistant tuberculosis in an adult with cystic fibrosis // Respiration. -2013.- Vol. 85.-N.4.-P.350-353.
261. Marco A., Montales M.T., Mittadodla P. et al. Tuberculosis reinfection in a pregnant cystic fibrosis patient // Respir Med Case Rep.- 2015.- Vol.23.-N.16.-P.57-59.
262. Viviani L., Harrison M.J., Zolin A. Epidemiology of nontuberculous mycobacteria (NTM) amongst individuals with cystic fibrosis (CF) // Journal of Cystic Fibrosis. - 2016.- Vol.15.-N.5.-P.619-623.
263. Kilby J.M., Gilligan P.H., Yankaskas J.R. et al. Nontuberculous mycobacteria in adult patients with cystic fibrosis. Chest. -1992.-Vol.102.-P. 70-75.
264. Levy I., Grisaru-Soen G., Lerner-Geva L. et al. Multicenter cross-sectional study of nontuberculous mycobacterial infections among cystic fibrosis patients // Israel. Emerg Infect Dis.-2008. - Vol.14.-N.3.-P.378-384.
265. Козлова Я.И., Борзова Ю.В., Суслова И.Е. и др. Аспергиллез легких у больных муковисцидозом // Журнал инфектологии. - 2018.- Т.10.- №. 2.- С.
266. Rogers G.B., Carroll M.P., Serisier D.J. et al. Characterization of bacterial community diversity in cystic fibrosis lung infections by use of 16S ribosomal DNA terminal restriction fragment length polymorphism profiling // J Clin Microbiol.- 2004.-Vol.42.-P. 5176-5183.
267. Sherrard L.J., Bell S.C., Tunney M.M. The role of anaerobic bacteria in the cystic fibrosis airway. Curr Opin Pulm Med.- 2016.- Vol.22.-N.6.-P.637-43.
268. Kahl B., Herrmann M., Everding A.S. et al. Persistent infection with small colony variant strains of Staphylococcus aureus in patients with cystic fibrosis // J Infect Dis.- 1998.- Vol.177. - P. 1023-1029.
269. Oliver A., Canton R., Campo P. et al. High frequency of hypermutable Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis lung infection // Science. - 2000. - Vol. 288.-P.1251-1254.
270. Kidd T.J., Ramsay K.A., Hu H. et al. Low rates of Pseudomonas aeruginosa misidentification in isolates from cystic fibrosis patients// J Clin Microbiol. - 2009. - Vol.47.- P.1503-1509.
271. Приказ Минздрава СССР от 22.04.1985 № 535 «Об унификации микробиологических(бактериологических) методов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений»
272. Kabra S.K., Alok A., Kapil A. et al. Can throat swab after physiotherapy replace sputum for identification of microbial pathogens in children with cystic fibrosis? // Indian J Pediatr. - 2004. - Vol.71. N.1. - P.21-23.
273. Металло-бета-лактамазы: значение и методы выявления у грамотрицательных неферментирующих бактерий: методические рекомендации / Шевченко О.В., Эйдельштейн М.В., Степанова М.Н. // Клин. Микробиол. Антимикроб. Химиотер. - 2007.- Т.9.- №3.- С.211-218.
274. Prunier A.L., Malbruny B., Laurans M. et al. High Rate of Macrolide Resistance in Staphylococcus aureus Strains from Patients with Cystic Fibrosis Reveals High Proportions of Hypermutable Strains // The Journal of Infectious Diseases. - 2003. - Vol.187. - P.1709-1716.
275. Dervla T., Kenna D.T., Doherty C.J. et al. Hypermutability in environmental Pseudomonas aeruginosa and in populations causing pulmonary infection in individuals with cystic fibrosis // Microbiology. - 2007. - Vol.153.-Pt.6. - P.1852-1859.
276. Ramette A., LiPuma J.J., Tiedje J.M. Species abundance and diversity of Burkholderia cepacia complex in the environment // Appl.Environ. Microbil. - 2005. - Vol. 71. - N. 3.- P. 1193-1201.
277. Spilker T., Coenye T., Vandamme P., LiPuma J.J. PCR-based assay for differentiation of Pseudomonas aeruginosa from other Pseudomonas species recovered from cystic fibrosis patients // J Clin Microbiol. - 2004. - Vol.42. - N.5. - P. 2074-2079.
278. Whitby P.W., Carter K.B., Burns J.L. et al. Identification and detection of Stenotrophomonas maltophilia by rRNA-directed PCR // J Clin Microbiol. - 2000. - Vol.38. -N.12. - P.4305-4309.
279. Liu L., Coenye T., Burns J.L. et al. Ribosomal DNA-directed PCR for identification of Achromobacter (Alcaligenes) xylosoxidans recovered from sputum samples from cystic fibrosis patients // J Clin Microbiol. - 2002. - Vol.40. - N.4. - P. 1210-1213.
280. Mason W.J., Blevins J.S., Beenken K. et al. Multiplex PCR Protocol for the Diagnosis of Staphylococcal Infection // J Clin Microbiol. - 2001. - Vol.39. - N.9. - P.3332-3338.
281. Clode F.E., Kaufmann M.E., Malnick H. et al. Distribution of Genes Encoding Putative Transmissibility factors among epidemic and nonepidemic strains of Burkholderia cepacia from cystic fibrosis patients in the United Kingdom // J. Clin. Microbiol. -2000.- Vol. 38.-N.5.-P.1763-1766.
282. «Protocol for PCR amplification of MECA, MECC(MECALGA251), SPA and PVL.». EURL-AR.
- Version - 2, 2012.
283. Su J., Shi L., Yang L. et al. Analysis of integrons in clinical isolates of Escherichia coli in China during the last six years // FFMS Microbil. Lett. - 2006. - Vol.254.- N.1.- P.75-80.
284. Omar N.Y., Ali H.A., Harfoush R.A., El Khayat E.H. Molecular Typing of Methicillin Resistant Staphylococcus aureusClinical Isolates on the Basis of Protein A and Coagulase Gene Polymorphisms // Int J Microbiol. - 2014.- Vol.2014. - P.650328.
285. Zhang K., McClure J.A., Elsayed S. et al. Novel Multiplex PCR Assay for Characterization and Concomitant Subtyping of Staphylococcal Cassette Chromosome mec Types I to V in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus // J Clin Microbiol. - 2005. - Vol.43. -N.10. -P.5026-5033.
286. Lee W.Riley. Molecular Epidemiology of Infectious Diseases. Principles and Practices. - ASM Press. - 2004.- 348 Р.
287. Van de Peer Y. TREECON for Windows user manual. - Antwerp (UIA).- 1998.
288. Curran B., Jonas D., Grundmann H. еt al. Development of a multilocus sequence typing scheme for the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa // J Clin Microbiol. - 2004. - Vol.42.- N.12.-P.5644-5649.
289. The Main Site PubMLST of the Faculty of Zoology, Oxford University, Great Britain (URL: http://www.pubml st.org).
290. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson's index of diversity // Journal of Clinical Microbiology. - 1988. - Vol.26. - N.11.
- P.2465-2466.
291. Anderson S.W., Stapp J.R., Burns J.L., Qin X. Characterization of small- colony-variant Stenotrophomonas maltophilia isolated from the sputum specimens of five patients with cystic fibrosis // J Clin Microbiol. - 2007. -Vol. 45.- P-.529-535.
292. Tablan O.C., Carson L.A., Cusick L.B. et al. Laboratory proficiency test results on use of selective media for isolating Pseudomonas cepacia from simulated sputum specimens of patients with cystic fibrosis // J Clin Microbiol. - 1987. - Vol.25.-N.3. - P.485-487.
293. Черноусова Л.Н., Севастьянова Э.В., Ларионова Е.Е. и др. Федеральные клинические рекомендации по организации и проведению микробиологической и молекулярно-генетической диагностики туберкулеза РОФ. - М.: ИД «Триада», 2015. - 46 с.
294. Papalia M., Almuzara M., Cejas D. OXA-258 from Achromobacter ruhlandii: a Species-Specific Marker // J Clin Microbiol. - 2013. - Vol.51. - N.5. - P.1602-1605.
295. Воронина О.Л., Кунда М.С., Рыжова Н.Н. и др. Разнообразие и опасность Achromobacter spp., поражающих дыхательные пути больных муковисцидозом // Пульмонология. - 2015.-Том 4.
- № 4. - С.389-401.
296. Lynch K.H., Dennis J.J. Development of a Species-Specific fur Gene-Based Method for Identification of the Burkholderia cepacia Complex // J Clin Microbiol. - 2008. - Vol.46.- N.2. - P.447-555.
297. Mahenthiralingam E., Bischof J., Byrne S. et al. DNA-based diagnostic approaches for identification of Burkholderia cepacia complex, Burkholderia vietnamiensis, Burkhol- deria cepacia genomovars I and III // J Clin Microbiol. - 2000. - Vol.38. - N.9. - P.3165-3173.
298. Moore J.E., Millar B.C., Xu J. et al. Misidentification of a genomovar of Burkholderia cepacia by recA restriction fragment length polymorphism. J. Clin. Pathol. - 2002. - Vol.55. - P.309-311.
299. Cesarini S., Bevivino A., Tabacchioni S. et al. RecA gene sequence and Multilocus Sequence Typing for species-level resolution of Burkholderia cepacia complex isolates // Lett Appl Microbiol. -2009. - Vol.49.- N.5. - P.580-588.
300. Tabacchioni S., Ferri L., Manno G. et al. Use of the gyrB Gene to Discriminate Among Species of the Burkholderia Cepacia Complex // FEMS Microbiol Lett. - 2008. - Vol.281. - N. 2. - P.175-182.
301. Papaleo M., Perrin E., Maida I. et al. Identification of species of the Burkholderia cepacia
complex by sequence analysis of the hisA gene // Journal of Medical Microbiology. - 2010. - Vol.59. -Pt.10.- P.1163-1170.
302. Lynch K.H., Dennis J.J. Development of a species-specific fur gene-based method for identification of the Burkholderia cepacia complex // J Clin Microbiol. - 2008. - Vol.46. N.2. - P.447-455.
303. Goss C.H., Muhlebach M.S. Review: Staphylococcus aureus and MRSA in cystic fibrosis. J Cyst Fibros. - 2011. - Vol.10. - N.5.- P.298-306.
304. Dominguez-Bello M.G., Costello E.K., Contreras M. et al. Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns // Proc Natl Acad Sci USA. - 2010. - Vol.107. - P. 11971-11975.
305. Charlson E.S., Bittinger K., Haas A.R. et al. Topographical continuity of bacterial populations in the healthy human respiratory tract // Am J Respir Crit Care Med. - 2011. - Vol.184. - P.957-963.
306. Bosch A.A., Levin E., van Houten M.A. et al. Development of Upper Respiratory Tract Microbiota in Infancy is Affected by Mode of Delivery // EBioMedicine. - 2016. - Vol.9. - P.336-345.
307. Hotterbeekx A., Kumar-Singh S., Goossens H., Malhotra-Kumar S. In vivo and In vitro Interactions between Pseudomonas aeruginosa and Staphylococcus spp. // Front Cell Infect Microbiol.
- 2017. - Vol.7. -P. 106.
308. Rogers G.B.,Carroll M.P., Serisier D.J. Et al. Characterization of bacterial community diversity in cystic fibrosis lung infections by use of 16S ribosomal DNA terminal restriction fragment length polymorphism profiling // J Clin Microbiol. -2004. - Vol.42. - P.5176-5183.
309. Rollin G., Tan X., Tros F. et al. Intracellular Survival of Staphylococcus aureus in Endothelial Cells: A Matter of Growth or Persistence // Frontiers in Microbiology. - 2017. - Vol.8. - P.1354.
310. O'Neill A.J., Chopra I. I. Insertional inactivation of mutS in Staphylococcus aureus reveals potential for elevated mutation frequencies, although the prevalence of mutators in clinical isolates is low // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2002. - Vol.50. - Is.2. - P. 161-169.
311. Goerke C., Matias y Papenberg S., Dasbach S. et al. Increased frequency of genomic alterations in Staphylococcus aureus during chronic infection is in part due to phage mobilization // J Infect Dis. -2004. - Vol.189. - N.4. - P.724-734.
312. Романов А.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В. Молекулярная эпидемиология штаммов Staphylococcus aureus в детских стационарах России // Клин микробиол антимикроб химиотер. -2012. - Том 14. - No 3. - C.201-208.
313. Monecke S., Coombs G., Shore A. et al. A field guide to pandemic, epidemic and sporadic clones of methicillin-resistant Staphylococcus aureus // PLoS One. - 2011. - Vol.6. - N.4. - P. 17936.
314. Дмитренко О.А. Молекулярно-генетические аспекты эпидемиологии внутрибольничных инфекций, вызванных представителями вида Staphylococcus aureus, устойчивыми к метициллину/оксациллину: дис.... докт. мед. наук: 03.00.07, 14.00.30 / Дмитренко Ольга Александровна. - М., 2008. - C.227.
315. Iwao Y., Ishii R., Tomita Y. et al. The emerging ST8 methicillin-resistant Staphylococcus aureus clone in the community in Japan: associated infections, genetic diversity, and comparative genomics // J Infect Chemother. - 2012. - Vol.18. - N.2. - P.228-240.
316. Jung J., Song E.H., Park S.Y. et al. Emergence of Panton-Valentine leucocidin-positive ST8-methicillin-resistant Staphylococcus aureus (USA300 clone) in Korea causing healthcare-associated and hospital-acquired bacteraemia // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. - 2016. - Vol.35. - N.8. - P.1323-1329.
317. Karauzum H., Ferry T., de Bentzmann S. et al. Comparison of Adhesion and Virulence of Two Predominant Hospital-Acquired Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Clones and Clonal Methicillin-Susceptible S. aureus Isolates // Infect Immun. - 2008. - Vol.76. - N.11. - P.5133-5138.
318. Романов А.В., Чернов E.A., Эйдельштейн М.В. Молекулярная эпидемиология внутрибольничных золотистых стафилококков в стационарах различных регионов России // Молекулярная медицина. - 2013. - No 4. - C.55-64. .
319. Stefani S., Chung D.R., Lindsay J.A. et al. Meticillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA): global epidemiology and harmonisation of typing methods // Int J Antimicrob Agents. - 2012. - Vol.39.
- N.4. - N.273-282.
320. Milheirico C., Oliveira D.C., de Lencastre H. Multiplex PCR strategy for subtyping the staphylococcal cassette chromosome mec type IV in methicillin-resistant Staphylococcus aureus : 'SCC mec IV multiplex' // J Antimicrob Chemother. - 2007. - Vol.60. - N.1. - P.42.
321. Smyth D.S., Wong A., Robinson D.A. Cross-species spread of SCCmec IV subtypes in staphylococci // Infect Genet Evol. - 2011. - Vol.11. - N.2. - P.446-453.
322. Robinson D. A., Enright M.C. Evolutionary models of the emergence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus // Antimicrob Agents Chemother. - 2003. - Vol.47. - P.3926-3934.
323. Li S., Skov R.L., Han X. et al. Novel types of staphylococcal cassette chromosome mec elements identified in clonal complex 398 methicillin-resistant Staphylococcus aureus strains // Antimicrob Agents Chemother. - 2011. - Vol.55. - N.6. - P.3046-3050.
324. Shore A.C., Coleman D.C. Staphylococcal cassette chromosome mec: Recent advances and new insights // Int J Med Microbiol. - 2013. - Vol.303. - N.6-7. - P.350-359.
325. Graveland H., Duim B., van Duijkeren E. et al. Livestock-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus in animals and humans[J] // Int J Med Microbiol. - 2011. - Vol.301. - N.8. - P.630-634.
326. Cuny C., Wieler L.H., Witte W. Livestock-Associated MRSA: The Impact on Humans // Antibiotics. - 2015. - Vol.4. - N.4. - P.521-543.
327. Vestergaard M., Cavaco L.M., Sirichote P. et al. SCCmec Type IX Element in Methicillin Resistant Staphylococcus aureus spa Type t337 (CC9) Isolated from Pigs and Pork in Thailand // Front Microbiol.
- 2012. - Vol.3. - P.103.
328. Lulitanond A., Ito T., Li S. et al. ST9 MRSA strains carrying a variant of type IX SCCmec identified in the Thai community // BMC Infect Dis. - 2013. - Vol.13. - P.214.
329. Isobe H., Takano T., Nishiyama A. et al. Evolution and virulence of Panton-Valentine leukocidin-positive ST30 methicillin-resistant Staphylococcus aureus in the past 30 years in Japan // Biomed Res-2012. - Vol.33. - N.2. - P.97-109.
330. Mariem B.J., Ito T., Zhang M. et al. Molecular characterization of methicillin-resistant Panton-valentine leukocidin positive staphylococcus aureus clones disseminating in Tunisian hospitals and in the community // BMC Microbiol. - 2013. - Vol.13. - P.2.
331. Чернуха М.Ю. Реализация патогенности бактерий комплекса Burkholderia cepacia: дис. ... докт. мед. наук: 03.00.07/ Чернуха Марина Юрьевна. - М., 2008. - 232 с.
332. Emerson J., Rosenfeld M., McNamara S. et al. Pseudomonas aeruginosa and other predictors of mortality and morbidity in young children with cystic fibrosis // Pediatr. Pulmonol. - 2002. - Vol.34. -P.91-100.
333. Magiorakos A.P., Srinivasan A., Carey R.B. et al. Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an international expert proposal for interim standard definitions for acquired resistance // Clin. Microbiol. Infect. - 2012. - Vol.18. - N.3. - P.268-281.
334. Pedersen S., Hoiby N., Espersen F., Koch C. Role of alginate in infection with mucoid Pseudomonas aeruginosa in cystic fibrosis // Thorax. - 1992. - Vol.47. - N.1. - P.6-13.
335. Debarbieux L., Leduc D., Maura D. et al. Bacteriophages can treat and prevent Pseudomonas aeruginosa lung infections // J Infect Dis. - 2010. - Vol.201. - P.1096-1104.
336. Morello E., Saussereau E., Maura D. et al. Pulmonary bacteriophage therapy on Pseudomonas aeruginosa cystic fibrosis strains: first steps towards treatment and prevention // PLoS ONE. - 2011. -Vol.6. - P.e16963.
337. Rose T., Verbeken G., Vos D.D. et al. Experimental phage therapy of burn wound infection: difficult first steps // Int J Burns Trauma. - 2014. - Vol.4. - P.66-73.
338. Waters E.M., Neill D.R., Kaman B. et al. Phage therapy is highly effective against chronic lung infections with Pseudomonas aeruginosa // Thorax. - 2017. - Vol.72.- N.7. - P.666-667.
339. Cholley P., Thouverez M., Hocquet D. et al. Most multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates from hospitals in eastern France belonq to a few clonai types // J Clin Microbiol. - 2011. - Vol.49.
- P.2578-2583.
340. Афанасьева М.В. , Красовский С.А., Амелина Е.Л. и др. Выживаемость взрослых больных муковисцидозом с хронической инфекцией респираторного тракта, обусловленной
микроорганизмами Burkholderia cepacia complex // Практическая пульмонология, - 2018.- № 1 .-С.60-64.
341. Шагинян И.А., Данилина Г. А., Чернуха М.Ю. и др. Формирование биопленок клиническими штаммами бактерий комплекса Burkholderia cepacia в зависимости от их фенотипических и генотипических характеристик // Журн. микробиол.- 2007.- № 1.- С.3-9 .
342. Mahenthiralingam E., Vandamme P., Campbell M.E. et al. Infection with Burkholderia cepacia Complex Genomovars in Patients with Cystic Fibrosis: Virulent Transmissible Strains of Genomovar III Can Replace Burkholderia multivorans // Clin Infect Dis. - 2001. - Vol.33. - N.9. - P.1469-1475.
343. Leitäo J.H., Sousa S.A., Cunha M.V. et al. Variation of the antimicrobial susceptibility profiles of Burkholderia cepacia complex clonal isolates obtained from chronically infected cystic fibrosis patients: a five-year survey in the major Portuguese treatment center // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. - 2008. -Vol.27. - N.11. - P.1101-1111.
344. Zlosnik J.E., Speert D.P. The role of mucoidy in virulence of bacteria from the Burkholderia cepacia complex: a systematic proteomic and transcriptomic analysis // J Infect Dis. - 2010. - Vol.202. -N.5. - P.770-781.
345. Sass A., Marchbank A., Tullis E. et al. Spontaneous and evolutionary changes in the antibiotic resistance of Burkholderia cenocepacia observed by global gene expression analysis.BMC Genomics. 2011 Jul 22;12:373.
346. LiPuma J.J., Dasen S.E., Nielson D.W. et al. Person-to-person transmission of Pseudomonas cepacia between patients with cystic fibrosis // Lancet. - 1990. - Vol.336. - N.8723. - P.1094-1096.
347. Graindorge A., Menard A., Neto M. et al. Epidemiology and molecular characterization of a clone ofBurkholderia cenocepacia responsible for nosocomial pulmonary tract infections in a French intensive care unit // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. - 2010. - Vol. 66. - P. 29-40.
348. Swenson C.E., Sadikot R.T. Achromobacter respiratory infections // Ann Am Thorac Soc. - 2015.
- Vol.12. - N.2. - P.252-258.
349. Li X., Hu Y., Gong J. et al. Comparative genome characterization of Achromobacter members reveals potential genetic determinants facilitating the adaptation to a pathogenic lifestyle // Appl Microbiol Biotechnol. - 2013. - Vol.97.- N.14. - P.6413-6425.
350. Кондратьева Е.И., Красовский С.А., И.А. Шагинян и др. Характеристика муковисцидоза у пациентов Российской Федерации, инфицированных Achromobacter sp. // Тезисы XIII Национальный конгресс "Инновационные достижения в диагностике и терапии муковисцидоза" с международным участием. - 2017.- Сергиев Посад.- C. 38-40.
351. Воронина О.Л., Кунда М.С., Рыжова Н.Н. и др. Разнообразие и опасность Achromobacter spp., поражающих дыхательные пути больных муковисцидозом // Пульмонология. - 2015. - Том 25. - № 4. - С.389-401.
352. Rodrigues E.R., Ferreira A.G., Leäo R.S. et al. Characterization of Achromobacter Species in Cystic Fibrosis Patients: Comparison of blaOXA-114PCR Amplification, Multilocus Sequence Typing, and Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry // J Clin Microbiol.
- 2015. - Vol.53. - N.12. - P.-3894-3896.
353. Bador J., Amoureux L., Blanc E., Neuwirth C. Innate aminoglycoside resistance of Achromobacter xylosoxidans is due to AxyXY-OprZ, an RND-type multidrug efflux pump // Antimicrob Agents Chemother. - 2013. - Vol.57. - N.1. - P.603-605.
354. Amoureux L., Bador J., Fardeheb S. et al. Detection of Achromobacter xylosoxidans in hospital, domestic, and outdoor environmental samples and comparison with human clinical isolates // Appl. Environ. Microbiol. - 2013. - Vol.79. - N.23. - P. 7142-7149.
355. Pamp S.J., Gjermansen M., Johansen H.K., Tolker-Nielsen T. Tolerance to the antimicrobial peptide colistin in Pseudomonas aeruginosa biofilms is linked to metabolically active cells, and depends on the pmr and mexAB-oprM genes // Mol. Microbiol. - 2008. - Vol.68. - P.223-240.
356. Nishino K., Yamada J., Hirakawa H. et al. Roles of TolC-dependent multidrug transporters of Escherichia coli in resistance to ß-lactams // Antimicrob Agents Chemother. 2003.- Vol.47. - P.3030-3033.
357. Aendekerk S., Diggle S.P., Song Z. et al. The MexGHI-OpmD multidrug efflux pump controls growth, antibiotic susceptibility and virulence in Pseudomonas aeruginosa via 4-quinolone-dependent cell-to-cell communication // Microbiology. - 2005. - Vol.151. - Pt.4. - P.1113-1125.
358. Tikhonova E.B., Dastidar V., Rybenkov V.V., Zgurskaya H.I. Kinetic control of TolC recruitment by multidrug efflux complexes // Proc Natl Acad Sci USA. - 2009. - Vol.106. - N.38. - P. 16416-16421.
359. Morita Y., Kodama К., Shiota S. et al. NorM, a putative multidrug efflux protein, of Vibrio parahaemolyticusand its homolog in Escherichia coli // Antimicrob. Agents Chemother. - 1998. - Vol.42.
- P.1778-1782.
360. Ballester S., Alonso J.C., López P., Espinosa M. Comparative expression of the pC194 cat gene in Streptococcus pneumoniae, Bacillus subtilis and Escherichia coli // Gene. - 1990. - Vol.86. - N.1. - P.71-79.
361. Pirnay J.-P., De Vos D., Mossialos D. et al. Analysis of the Pseudomonas aeruginosa oprD gene from clinical and environmental isolates // Environ. Microbiol. - 2002. - Vol.4. - P.872-882.
362. Agah Terzi H., Kulah C., Riza Atasoy A., Hakki Ciftci I. Investigation of OprD Porin Protein Levels in Carbapenem-Resistant Pseudomonas aeruginosa Isolates // Jundishapur J Microbiol. - 2015. - Vol.8.
- N.12. - P.e25952.
363. Fernandez L., Gooderham W.J., Bains M. et al. Adaptive resistance to the 'Last Hope' antibiotics polymyxin B and colistin in Pseudomonas aeruginosa is mediated by the novel two-component regulatory system ParR-ParS // Antimicrob Agents Ch. - 2010. - Vol.54. - P.3372-3382.
364. Köhler T., Michea-Hamzehpour M., Henze U. et al. Characterization of MexE-MexF-OprN, a positively regulated multidrug efflux system of Pseudomonas aeruginosa // Mol Microbiol. -1997. -Vol.23. - N.345-354.
365. Köhler T., Epp S.F., Curty L.K., Pechere J-C. Characterization of MexT, the regulator of the mexE-mexF-oprN multidrug efflux system of Pseudomonas aeruginosa // J Bacteriol. - 1999. - Vol.181. P.6300-6305.
366. Poole K.,R. Srikumar R. Multidrug efflux in Pseudomonas aeruginosa: components, mechanisms, and clinical significance // Curr. Top. Med. Chem. - 2001. - Vol.1. - P.59-71.
367. Schweizer H. P. Efflux as a mechanism of resistance to antimicrobials in Pseudomonas aeruginosa and related bacteria: unanswered questions // Genet. Mol. Res. - 2003. - Vol.2. - P.48-62.
368. Hentzer M., Wu H., Andersen J.B. et al. Attenuation of Pseudomonas aeruginosa virulence by quorum sensing inhibitors // EMBO J. - 2003. - Vol.22. - P.3803-3815.
369. LaFayette S.L., Houle D., Beaudoin T. et al. Cystic fibrosis-adapted Pseudomonas aeruginosa quorum sensing lasR mutants cause hyperinflammatory responses // Sci Adv. - 2015. - Vol.1. - N.6. -pii:e1500199.
370. Hoffman L.R., Richardson A.R., Houston L.S. et al. Nutrient Availability as a Mechanism for Selection of Antibiotic Tolerant Pseudomonas aeruginosa within the CF Airway // PLoS Pathog. - 2010.
- Vol.6. - N.1. - P.e1000712.
371. Sachadyn P. Conservation and diversity of MutS proteins // Mutat Res. - 2010. - Vol.694. - N.1-2.
- P.20-30.
372. Hayashi F., Smith K.D., Ozinsky A. et al. The innate immune response to bacterial flagellin is mediated by Toll-like receptor 5 // Nature. - 2001. - Vol.410. - P.1099-1103.
373. Jyot J., Sonawane A., Wu W., Ramphal R. Genetic mechanisms involved in the repression of flagellar assembly by Pseudomonas aeruginosa in human mucus // Molecular Microbiology. - 2007. -Vol.63. - P.1026-1038.
374. Jain M., Ramirez D., Seshadri R. et al. Type III secretion phenotypes of Pseudomonas aeruginosa strains change during infection of individuals with cystic fibrosis // J Clin Microbiol. - 2004. - Vol.42. -N.11. - P.5229-37.
375. Reimmann C., Patel H.M., Walsh C.T., Haas D. PchC Thioesterase Optimizes Nonribosomal Biosynthesis of the Peptide Siderophore Pyochelin in Pseudomonas aeruginosa // J Bacteriol. - 2004. -Vol.186. - N.19. - P.6367-6373.
376. Беляков В.Д., Яфаев Р.Х. Эпидемиология: Учебник.-М.: Медицина, 1989.-стр.58-68.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.